JP2022066380A - 細胞 - Google Patents

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Abstract

【課題】キメラ抗原受容体(CAR)と、シグナル伝達改変タンパク質とを含む、細胞を提供すること。【解決手段】シグナル伝達改変タンパク質は、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するがキナーゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む切断型タンパク質;(ii)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するがホスファターゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む切断型タンパク質;(iii)(a)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来の、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)異種ドメインを含む融合タンパク質のうちの1つから選択され得る。【選択図】なし

Description

発明の分野
本発明は、免疫細胞活性化後に伝搬されるシグナル伝達経路を操作またはモジュレートすることを可能にする融合タンパク質および切断型タンパク質に関する。
発明の背景
自己T細胞を用いた養子免疫療法は、抗腫瘍特異性を示すT細胞の集団を生成するために、患者からT細胞を単離し、続いてそれらをエクスビボで刺激、改変および/または増殖させることを含む。患者に再注入されると、これらの細胞は、腫瘍発現抗原を認識し、腫瘍拒絶を媒介することができる。
様々な状況の多くの試験において、このアプローチは、強力で有効な長期間持続する癌処置である可能性を有することが既に示されている。例えば、固形臓器移植後のリンパ増殖性疾患などのEBV駆動腫瘍は、エクスビボで増殖させたEBV特異的T細胞によって有効に処置され得る。
非ウイルス性悪性腫瘍のための同様の治療は、腫瘍の切除片から腫瘍浸潤リンパ球(TIL)を単離し、次いで、自己腫瘍試料による刺激および増殖に供することを含む。次いで、腫瘍反応性を示す増殖したT細胞培養物を患者に再注入し得る。
抗原への反復曝露によってT細胞特異性を選択および改善するのではなく、遺伝子改変および腫瘍特異的T細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)のいずれかの導入によって、所望の抗腫瘍特異性をT細胞に付与し得る。十分な数の細胞を生産して患者内で有意義な臨床反応を達成するために、これらの細胞は、エクスビボで増殖する。
しかしながら、上記で詳述されるアプローチには限界がある。例えば、不十分なシグナル伝達、IL2の欠如または分化のために、養子移入T細胞は、インビボで限定的な持続性および増殖を示し得る。さらなる例として、養子移入T細胞は、腫瘍微小環境内において阻害性刺激に屈し得る。例えば、それらは消耗し、過剰活性化による活性化誘導性細胞死を受け得るか、またはオンターゲットオフ腫瘍効果を引き起こし得る。
治療抗腫瘍免疫を活性化するための別の有望なアプローチは、免疫チェックポイントの遮断である。免疫チェックポイントは、自己寛容を維持し、末梢組織における生理学的免疫応答の持続時間および振幅をモジュレートするために重要な免疫系の様々な阻害経路を指す。
腫瘍は、特に腫瘍抗原に特異的なT細胞に対する主要な免疫耐性機構として、特定の免疫チェックポイント経路を利用することが公知である。免疫チェックポイントの多くは、リガンド-受容体相互作用によって開始されるが、これは、それらが抗体によって遮断され得るか、または組換え形態のリガンドもしくは受容体によってモジュレートされ得ることを意味する。細胞傷害性Tリンパ球関連抗原4(CTLA4)抗体は、米国食品医薬品局(FDA)の承認を得たこのクラスの最初の免疫療法薬であった。より最近では、プログラム細胞死タンパク質1(PD1)などのさらなる免疫チェックポイントタンパク質の遮断薬が開発されており、抗腫瘍免疫を増強することが示されている。
免疫チェックポイント阻害剤の使用に伴う1つの問題は、多数のリガンド:受容体相互作用によって引き起こされる多数の阻害経路があることである。抗体または組換え形態のリガンド/受容体の使用は、このような阻害経路の1つのみを遮断し、腫瘍が、他の分子を使用して特異的な免疫チェックポイント遮断を埋め合わせ得る可能性が残る。
本発明者らは、T細胞およびナチュラルキラー(NK)細胞などの免疫細胞におけるシグナル伝達経路をモジュレートおよび/または操作するための系を開発した。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
キメラ抗原受容体(CAR)と、以下:
(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するがキナーゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む切断型タンパク質;
(ii)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するがホスファターゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む切断型タンパク質;
(iii)(a)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来の、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)異種ドメインを含む融合タンパク質
のうちの1つから選択されるシグナル伝達改変タンパク質とを含む、細胞。
(項目2)
前記シグナル伝達改変タンパク質が、ZAP70 SH2ドメインを含むがZAP70キナーゼドメインを欠く切断型タンパク質である、項目1に記載の細胞。
(項目3)
前記シグナル伝達改変タンパク質が、PTPN6 SH2を含むがPTPN6ホスファターゼドメインを欠く切断型タンパク質である、項目1に記載の細胞。
(項目4)
前記シグナル伝達改変タンパク質が、SHP-2 SH2ドメインを含むがSHP-2ホスファターゼドメインを欠く切断型タンパク質である、項目1に記載の細胞。
(項目5)
前記シグナル伝達改変タンパク質が、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)ホスファターゼドメインを含む融合タンパク質である、項目1に記載の細胞。
(項目6)
前記融合タンパク質がZAP70 SH2ドメインを含む、項目5に記載の細胞。
(項目7)
前記融合タンパク質が、PTPN6またはSHP-2ホスファターゼドメインを含む、項目5または6に記載の細胞。
(項目8)
前記シグナル伝達改変タンパク質が、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)キナーゼドメインを含む融合タンパク質である、項目1に記載の細胞。
(項目9)
前記融合タンパク質が、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含む、項目8に記載の細胞。
(項目10)
前記融合タンパク質がZap70キナーゼドメインを含む、項目8または9に記載の細胞。
(項目11)
前記融合タンパク質が、AKTまたはJAKキナーゼドメインを含む、項目8または9に記載の細胞。
(項目12)
前記シグナル伝達改変タンパク質が、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来の、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)異種シグナル伝達ドメインを含む融合タンパク質である、項目1に記載の細胞。
(項目13)
前記融合タンパク質が、ZAP70、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含む、項目12に記載の細胞。
(項目14)
前記異種シグナル伝達ドメインが、ITAMまたはITIM含有受容体によって通常は活性化されないシグナル伝達分子に由来する、項目12または13に記載の細胞。
(項目15)
前記異種シグナル伝達ドメインが共刺激性ドメインである、項目12、13または14に記載の細胞。
(項目16)
前記融合タンパク質が、CD28、OX40または41BB共刺激性ドメインを含む、項目15に記載の細胞。
(項目17)
前記異種シグナル伝達ドメインが阻害性ドメインである、項目12、13または14に記載の細胞。
(項目18)
前記阻害性ドメインが、CD148またはCD45のエンドドメインを含む、項目17に記載の細胞。
(項目19)
前記異種シグナル伝達ドメインが、ICOS、CD27、BTLA、CD30、GITRまたはHVEMのエンドドメインであるか、またはこれを含む、項目17に記載の細胞。
(項目20)
前記シグナル伝達改変タンパク質が、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)ITAM含有ドメインを含む融合タンパク質である、項目1に記載の細胞。
(項目21)
前記融合タンパク質がZAP70 SH2ドメインを含む、項目20に記載の細胞。
(項目22)
前記ITAM含有ドメインがCD3ゼータのエンドドメインであるか、またはこれを含む、項目20または21に記載の細胞。
(項目23)
前記シグナル伝達改変タンパク質が、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)ITIM含有ドメインを含む融合タンパク質である、項目1に記載の細胞。
(項目24)
前記融合タンパク質が、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含む、項目23に記載の細胞。
(項目25)
前記ITIM含有ドメインが、PD1、PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1またはKIR3DL3由来のエンドドメインであるか、またはこれを含む、項目23または24に記載の細胞。
(項目26)
前記シグナル伝達改変タンパク質が、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来の、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメインを含む融合タンパク質である、項目1に記載の細胞。
(項目27)
前記融合タンパク質が、ZAP70、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含む、項目26に記載の細胞。
(項目28)
前記プロテアーゼドメインがタバコエッチウイルスプロテアーゼ(TeV)であるか、またはこれを含む、項目26または27に記載の細胞。
(項目29)
プロテアーゼ切断部位を有する膜繋留転写因子も含む、項目26~28のいずれかに記載の細胞。
(項目30)
前記プロテアーゼ切断部位における切断が、標的遺伝子の発現増加をもたらす前記転写因子を放出する、項目29に記載の細胞。
(項目31)
前記標的遺伝子がサイトカインをコードする、項目30に記載の細胞。
(項目32)
前記サイトカインが、以下の群:IL-2、IL-7、IL-15およびIL-12から選択される、項目31に記載の細胞。
(項目33)
前記キメラ抗原受容体(CAR)が、細胞内プロテアーゼ切断部位を含む標的CARである、項目26~28のいずれかに記載の細胞。
(項目34)
前記標的CARが活性化または共刺激性エンドドメインを含み、前記プロテアーゼ切断部位における切断が、前記標的CARからエンドドメインを除去する、項目33に記載の細胞。
(項目35)
前記標的CARが阻害性エンドドメインを含み、前記プロテアーゼ切断部位における切断が、前記標的CARから前記阻害性エンドドメインを除去する、項目33に記載の細胞。
(項目36)
前記阻害性エンドドメインが、CD148またはCD45エンドドメインを含む、項目35に記載の細胞。
(項目37)
2つのCAR:ITAM含有エンドドメインを含む活性化CAR;および項目33~36のいずれかで定義される標的CARを含む、項目1に記載の細胞。
(項目38)
2つのCAR:ITIM含有エンドドメインを含む阻害性CAR;および項目33~36のいずれかで定義される標的CARを含む、項目1に記載の細胞。
(項目39)
キメラ抗原受容体をコードする第1の核酸配列;および
上記項目のいずれかで定義される切断型タンパク質または融合タンパク質をコードする第2の核酸配列
を含む、核酸構築物。
(項目40)
項目29~32のいずれかで定義される膜繋留転写因子をコードする第3の核酸配列も含む、項目39に記載の核酸構築物。
(項目41)
項目33~36のいずれかで定義される標的CARをコードする第3の核酸配列も含む、項目39に記載の核酸構築物。
(項目42)
項目37で定義される活性化CARまたは項目38で定義される阻害性CARをコードする第4の核酸配列も含む、項目41に記載の核酸構築物。
(項目43)
項目39~42のいずれかに記載の核酸構築物、または項目39~42のいずれかで定義される第1および第2のならびに場合により第3および/もしくは第4(fouth)の核酸配列を含む、ベクター。
(項目44)
項目39~42のいずれかで定義される第1および第2のならびに場合により第3および/または第4(fouth)の核酸配列を含む、ベクターのセット。
(項目45)
レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクター(複数も可)である、項目43または44に記載のベクターまたはベクターのセット。
(項目46)
複数の項目1~38のいずれかに記載の細胞を含む、医薬組成物。
(項目47)
疾患の処置および/または予防において使用するための、項目46に記載の医薬組成物。
(項目48)
疾患を処置および/または予防するための方法であって、項目46に記載の医薬組成物を被験体に投与する工程を含む、方法。
(項目49)
以下:
(i)被験体から細胞含有試料を単離する工程;
(ii)項目41または42に記載の核酸構築物、項目43~45のいずれかに記載のベクターまたはベクターのセットを前記細胞に形質導入またはトランスフェクトする工程;および
(iii)(ii)の細胞を前記被験体に投与する工程
を含む、項目48に記載の方法。
(項目50)
疾患の処置および/または予防のための医薬の製造における、項目46に記載の医薬組成物の使用。
(項目51)
前記疾患が癌である、項目47に記載の使用のための医薬組成物、または項目48もしくは49に記載の方法、または項目50に記載の使用。
(項目52)
項目1~38のいずれかに記載の細胞を作製するための方法であって、項目41または42に記載の核酸構築物、項目43~45のいずれかに記載のベクターまたはベクターのセットを前記細胞に導入する工程を含む、方法。
(項目53)
前記細胞が、被験体から単離された試料に由来する、項目52に記載の方法。
細胞内シグナル伝達経路は、タンパク質の可逆的な翻訳後修飾によって開始および制御される。本発明者らは、T細胞における活性化および阻害性シグナル伝達経路が、即時T細胞シグナル伝達タンパク質由来のSH2ドメインを含む融合タンパク質または切断型タンパク質によってモジュレートおよび/または操作され得ることを決定した。換言すれば、T細胞における活性化および阻害性シグナル伝達経路は、リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合することができるタンパク質由来のSH2ドメインを含む融合タンパク質または切断型タンパク質によってモジュレートおよび/または操作され得る。
したがって、第1の態様では、本発明は、キメラ抗原受容体(CAR)と、以下:
(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するがキナーゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む切断型タンパク質;
(ii)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するがホスファターゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む切断型タンパク質;
(iii)(a)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来の、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)異種ドメインを含む融合タンパク質
のうちの1つから選択されるシグナル伝達改変タンパク質とを含む、細胞を提供する。
シグナル伝達改変タンパク質は、ZAP70 SH2ドメインを含むがZAP70キナーゼドメインを欠く切断型タンパク質であり得る。
シグナル伝達改変タンパク質は、PTPN6 SH2を含むがPTPN6ホスファターゼドメインを欠く切断型タンパク質であり得る。
シグナル伝達改変タンパク質は、SHP-2 SH2ドメインを含むがSHP-2ホスファターゼドメインを欠く切断型タンパク質であり得る。
シグナル伝達改変タンパク質は、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)ホスファターゼドメインを含む融合タンパク質であり得る。
融合タンパク質は、例えばZAP70 SH2ドメイン、PTPN6またはSHP-2ホスファターゼドメインを含み得る。
シグナル伝達改変タンパク質は、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)キナーゼドメインを含む融合タンパク質であり得る。
融合タンパク質は、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含み得る。融合タンパク質はZap70キナーゼドメインを含み得る。
融合タンパク質は、AKTまたはJAKキナーゼドメインを含み得る。
シグナル伝達改変タンパク質は、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来の、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)異種シグナル伝達ドメインを含む融合タンパク質であり得る。
融合タンパク質は、ZAP70、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含み得る。
異種シグナル伝達ドメインは、ITAMまたはITIM含有受容体によって通常は活性化されないシグナル伝達分子に由来し得る。
異種シグナル伝達ドメインは共刺激性ドメインであり得る。これに関して、融合タンパク質は、CD28、OX40または41BB共刺激性ドメインを含み得る。
異種シグナル伝達ドメインは阻害性ドメインであり得る。これに関して、阻害性ドメインは、CD148またはCD45のエンドドメインであってもよいし、これを含んでもよい。あるいは、異種シグナル伝達ドメインは、ICOS、CD27、BTLA、CD30、GITRまたはHVEMのエンドドメインであるか、またはこれを含む。
シグナル伝達改変タンパク質は、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)ITAM含有ドメインを含む融合タンパク質であり得る。
融合タンパク質はZAP70 SH2ドメインを含み得る。
ITAM含有ドメインはCD3ゼータのエンドドメインであってもよいし、またはこれを含んでもよい。
シグナル伝達改変タンパク質は、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)ITIM含有ドメインを含む融合タンパク質であり得る。
融合タンパク質は、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含み得る。
ITIM含有ドメインは、PD1、PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1またはKIR3DL3由来のエンドドメインであってもよいし、またはこれを含んでもよい。
シグナル伝達改変タンパク質は、(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来の、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメインを含む融合タンパク質であり得る。
融合タンパク質は、ZAP70、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含み得る。
プロテアーゼドメインはタバコエッチウイルスプロテアーゼ(TeV)であってもよいし、またはこれを含んでもよい。
細胞はまた、プロテアーゼ切断部位を有する膜繋留転写因子も含む。プロテアーゼ切断部位における切断は、標的遺伝子の発現増加をもたらす転写因子を放出し得る。
標的遺伝子は、サイトカイン、例えば、IL-2、IL-7、IL-15およびIL-12から選択されるサイトカインをコードする。
この実施形態では、キメラ抗原受容体(CAR)は、細胞内プロテアーゼ切断部位を含む標的CARであり得る。
標的CARは活性化または共刺激性エンドドメインを含み、プロテアーゼ切断部位における切断が、前記標的CARからエンドドメインを除去し得る。
あるいは、標的CARは、阻害性エンドドメインを含み、プロテアーゼ切断部位における切断が、前記標的CARから前記阻害性エンドドメインを除去し得る。阻害性エンドドメインは、CD148またはCD45エンドドメインを含み得る。
本発明の細胞は、2つのCAR:ITAM含有エンドドメインを含む活性化CAR;および上で定義される標的CARを含み得る。
あるいは、本発明の細胞は、2つのCAR:ITIM含有エンドドメインを含む阻害性CAR;および上で定義される標的CARを含み得る。
第2の態様では、本発明は、キメラ抗原受容体をコードする第1の核酸配列;および
本発明の第1の態様との関連で定義される切断型タンパク質または融合タンパク質をコードする第2の核酸配列
を含む、核酸構築物を提供する。
核酸構築物は、上で定義される膜繋留転写因子をコードする第3の核酸配列も含み得る。
核酸構築物は、上で定義される標的CARをコードする第3の核酸配列も含み得る。
核酸構築物は、上で定義される活性化CARまたは阻害性CARをコードする第4の核酸配列も含み得る。
第3の態様では、本発明の第2の態様に従う核酸構築物、または上で定義される第1および第2のならびに場合により第3および/もしくは第4(fouth)の核酸配列を含む、ベクター。
上で定義される第1および第2のならびに場合により第3および/または第4の核酸配列を含む、ベクターのセットもまた提供される。
ベクターまたはベクターのセットは、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクター(複数も可)であり得る。
第4の態様では、複数の本発明の第1の態様に従う細胞を含む、医薬組成物が提供される。
第5の態様では、疾患の処置および/または予防において使用するための、本発明の第4の態様に従う医薬組成物が提供される。
第6の態様では、疾患を処置および/または予防するための方法であって、本発明の第4の態様に従う医薬組成物を被験体に投与する工程を含む、方法が提供される。
方法は、以下:
(i)被験体から細胞含有試料を単離する工程;
(ii)本発明の第2の態様に従う核酸構築物、本発明の第3の態様に従うベクターまたはベクターのセットを前記細胞に形質導入またはトランスフェクトする工程;および
(iii)(ii)の細胞を前記被験体に投与する工程
を含み得る。
第7の態様では、疾患の処置および/または予防のための医薬の製造における、本発明の第4の態様に従う医薬組成物の使用が提供される。
疾患は癌であり得る。
第8の態様では、本発明の第1の態様の細胞を作製するための方法であって、本発明の第2の態様の核酸構築物、本発明の第3の態様のベクターまたはベクターのセットを前記細胞に導入する工程を含む方法が提供される。
細胞は、被験体から単離された試料に由来し得る。
第1のさらなる態様では、本発明はまた、(i)ZAP70またはPTPN6 SH2ドメイン;および(ii)異種ドメインを含む融合タンパク質を提供する。
融合タンパク質は、ZAP70 SH2ドメインおよびITAM含有ドメインを含み得る。ITAM含有ドメインは、CD3ゼータのエンドドメインであり得るか、またはこれを含み得る。
融合タンパク質は、PTPN6 SH2ドメインおよびITIM含有ドメインを含み得る。ITIM含有ドメインは、PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1またはKIR3DL3由来のエンドドメインであり得るか、またはこれを含み得る。
融合タンパク質は、PTPN6 SH2ドメインを含み、ZAP70キナーゼドメインに融合され得る。
融合タンパク質は、PTPN6キナーゼドメインに融合されたZAP70 SH2ドメインを含み得る。
融合タンパク質は、(i)ZAP70またはPTPN6 SH2ドメイン;および(ii)異種シグナル伝達ドメインを含み得る。
異種シグナル伝達ドメインは、ITAM含有受容体によって通常は活性化されないシグナル伝達分子に由来し得る。異種シグナル伝達ドメインは、CD28、41BBまたはOX40のエンドドメインであり得るか、またはこれを含み得る。異種シグナル伝達ドメインは、ICOS、CD27、BTLA、CD30、GITRまたはHVEMのエンドドメインであり得るか、またはこれを含み得る。
融合タンパク質は、(i)ZAP70またはPTPN6 SH2ドメイン;および(ii)キナーゼドメインを含み得る。
キナーゼドメインは、AKTまたはJAKキナーゼドメインであり得るか、またはこれを含み得る。
融合タンパク質は、(i)ZAP70またはPTPN6 SH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメインを含み得る。
プロテアーゼドメインは、タバコエッチウイルスプロテアーゼ(TeV)であり得るか、またはこれを含み得る。
第2のさらなる態様では、本発明は、ZAP70 SH2ドメインを含むがZAP70キナーゼドメインを欠く切断型タンパク質を提供する。
第3のさらなる態様では、本発明は、PTPN6 SH2ドメインを含むがPTPN6キナーゼドメインを欠く切断型タンパク質を提供する。
本発明はまた、シグナル伝達系であって、
(i)抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、CD3ゼータエンドドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含む受容体;および
(ii)ZAP70 SH2ドメインを含む本発明の第1のさらなる態様の融合タンパク質;または本発明の第2のさらなる態様の切断型タンパク質
を含み、前記抗原結合ドメインへの抗原の結合が、前記CD3ゼータエンドドメインと前記融合/切断型タンパク質との間の結合をもたらすシグナル伝達系を提供する。
本発明はまた、シグナル伝達系であって、
(i)抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、PTPN6結合ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含む受容体;および
(ii)PTPN6 SH2ドメインを含む本発明の第1のさらなる態様の融合タンパク質;または本発明の第3のさらなる態様の切断型タンパク質
を含み、前記抗原結合ドメインへの抗原の結合が、前記PTPN6結合ドメインと前記融合/切断型タンパク質との間の結合をもたらすシグナル伝達系を提供する。
受容体は、T細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)であり得る。
第4のさらなる態様では、本発明は、本発明の第1のさらなる態様の融合タンパク質または本発明の第2もしくは第3のさらなる態様の切断型タンパク質をコードする核酸を提供する。
第5のさらなる態様では、本発明は、(i)ZAP70またはPTPN6 SH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメイン(例えば、TeVドメイン)を含む融合タンパク質をコードする核酸配列、ならびに
(i)膜繋留;
(ii)プロテアーゼ認識部位;および
(iii)転写因子
を含む膜繋留転写因子をコードする核酸配列を含む核酸構築物を提供する。
第6のさらなる態様では、本発明は、
(a)PTPN6 SH2ドメインを含む本発明の第1のさらなる態様の融合タンパク質または本発明の第3のさらなる態様の切断型タンパク質をコードする核酸配列;および
(b)ITIM含有エンドドメインを含む受容体をコードする核酸配列
を含む核酸構築物を提供する。
第7のさらなる態様では、本発明は、(i)ZAP70またはPTPN6 SH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメイン(例えば、TeVドメイン)を含む融合タンパク質をコードする核酸配列、ならびにプロテアーゼ切断部位を含む受容体をコードする核酸配列を含む核酸構築物を提供する。
第8のさらなる態様では、本発明は、
(a)(i)PTPN6 SH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメイン(例えば、TeVドメイン)を含む融合タンパク質をコードする核酸配列;
(b)プロテアーゼ切断部位を含む受容体をコードする核酸配列;ならびに
(c)ITIM含有エンドドメインを含む受容体をコードする核酸配列
を含む核酸構築物を提供する。
受容体は、T細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)であり得る。
適切には、本発明の第8の態様の核酸構築物では、核酸配列(b)は、
(i)膜貫通ドメインと活性化エンドドメインとの間のプロテアーゼ切断部位;または
(ii)プロテアーゼ切断部位を介して阻害性エンドドメインに融合された活性化エンドドメイン
を含むT細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)であり得る。
第9のさらなる態様では、本発明は、本発明の第4のさらなる態様の核酸または本発明の第5~9のさらなる態様のいずれかの核酸構築物を含むベクターを提供する。
ベクターは、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターであり得る。
第10のさらなる態様では、本発明は、本発明の第1のさらなる態様の融合タンパク質または本発明の第2もしくは第3のさらなる態様の切断型タンパク質を含む細胞を提供する。
第11のさらなる態様では、本発明は、(a)PTPN6 SH2ドメインを含む本発明の第1のさらなる態様の融合タンパク質、または本発明の第3のさらなる態様の切断型タンパク質;および(b)ITIM含有エンドドメインを含む受容体を含む細胞を提供する。
細胞は、T細胞またはナチュラルキラー(NK)細胞などの免疫細胞であり得る。
第12のさらなる態様では、本発明は、(i)ZAP70またはPTPN6 SH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメイン(例えば、TeVドメイン)を含む融合タンパク質、ならびにプロテアーゼ切断部位を含む受容体を含む細胞を提供する。
第13のさらなる態様では、本発明は、
(a)(i)PTPN6 SH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメイン(例えば、TeVドメイン)を含む融合タンパク質;
(b)プロテアーゼ切断部位を含む受容体;ならびに
(c)ITIM含有エンドドメインを含む受容体
を含む細胞を提供する。
受容体は、T細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)であり得る。
受容体(b)は、
(i)膜貫通ドメインと活性化エンドドメインとの間のプロテアーゼ切断部位;または
(ii)プロテアーゼ切断部位を介して阻害性エンドドメインに融合された活性化エンドドメイン
を含むT細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)であり得る。
第14のさらなる態様では、本発明は、本発明の第4のさらなる態様の核酸または本発明の第5~9のさらなる態様のいずれかの核酸構築物を含む細胞を提供する。
第15のさらなる態様では、本発明は、複数の、本発明の第10~14のさらなる態様のいずれかの細胞を含む医薬組成物を提供する。
第16のさらなる態様では、本発明は、疾患の処置および/または予防において使用するための、本発明の第15のさらなる態様の医薬組成物を提供する。
第17のさらなる態様では、本発明は、疾患を処置および/または予防するための方法であって、第15のさらなる態様の医薬組成物を被験体に投与する工程を含む方法に関する。
前記方法は、以下:
(i)被験体からT細胞またはNK細胞含有試料を単離する工程;
(ii)本発明の第4~9のさらなる態様のいずれかの核酸、または本発明の第10のさらなる態様のベクターを前記T細胞またはNK細胞に形質導入またはトランスフェクトする工程;および
(iii)(ii)からのT細胞またはNK細胞を前記被験体に投与する工程
を含み得る。
第18のさらなる態様では、本発明は、疾患の処置および/または予防のための医薬の製造における、第15のさらなる態様の医薬組成物の使用に関する。
疾患は、癌であり得る。
第19のさらなる態様では、本発明は、本発明の第4のさらなる態様の核酸、または本発明の第5~8のさらなる態様のいずれかの核酸構築物、または本発明の第9のさらなる態様のベクターを含むキットを提供する。
第20のさらなる態様では、本発明は、本発明の第10~14のさらなる態様のいずれかの細胞を含むキットに関する。
第21のさらなる態様では、本発明は、本発明の第10~14のさらなる態様のいずれかの細胞を作製するための方法であって、本発明の第4~8のさらなる態様のいずれかの核酸配列、または本発明の第9のさらなる態様のベクターを前記細胞に導入する工程を含む方法に関する。
細胞は、被験体から単離された試料に由来し得る。本発明のまたさらなる態様は、以下の項目に要約されている。
A1.リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するがキナーゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む、切断型タンパク質。
A2.ZAP70 SH2ドメインを含むがZAP70キナーゼドメインを欠く、項目A1に記載の切断型タンパク質。
B1.リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するがホスファターゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む、切断型タンパク質。
B2.PTPN6 SH2ドメインを含むがPTPN6ホスファターゼドメインを欠く、項目B1に記載の切断型タンパク質。
B3.SHP-2 SH2ドメインを含むがSHP-2ホスファターゼドメインを欠く、項目B1に記載の切断型タンパク質。
C1.(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)ホスファターゼドメインを含む、融合タンパク質。
C2.ZAP70 SH2ドメインを含む、項目C1に記載の融合タンパク質。
C3.PTPN6またはSHP-2ホスファターゼドメインを含む、項目C1またはC2に記載の融合タンパク質。
D1.(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)キナーゼドメインを含む、融合タンパク質。
D2.PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含む、項目D1に記載の融合タンパク質。
D3.Zap70キナーゼドメインを含む、項目D1またはD2に記載の融合タンパク質。
D4.AKTまたはJAKキナーゼドメインを含む、項目D1またはD2に記載の融合タンパク質。
E1.(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来の、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)異種シグナル伝達ドメインを含む、融合タンパク質。
E2.ZAP70、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含む、項目E1に記載の融合タンパク質。
E3.前記異種シグナル伝達ドメインが、ITAMまたはITIM含有受容体によって通常は活性化されないシグナル伝達分子に由来する、項目E1またはE2に記載の融合タンパク質。
E4.前記異種シグナル伝達ドメインが共刺激性ドメインである、項目E1、E2またはE3に記載の融合タンパク質。
E5.CD28、OX40または41BB共刺激性ドメインを含む、項目E4に記載の融合タンパク質。
E6.前記共刺激性ドメインが阻害性ドメインである、項目E1、E2またはE3に記載の融合タンパク質。
E7.前記阻害性ドメインが、CD148またはCD45のエンドドメインを含む、項目E6に記載の融合タンパク質。
E8.前記異種シグナル伝達ドメインが、ICOS、CD27、BTLA、CD30、GITRまたはHVEMのエンドドメインであるか、またはこれを含む、項目E6に記載の融合タンパク質。
F1.(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)ITAM含有ドメインを含む、融合タンパク質。
F2.ZAP70 SH2ドメインを含む、項目F1に記載の融合タンパク質。
F3.前記ITAM含有ドメインがCD3ゼータのエンドドメインであるか、またはこれを含む、項目F1またはF2に記載の融合タンパク質。
G1.(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)ITIM含有ドメインを含む、融合タンパク質。
G2.PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含む、項目G1に記載の融合タンパク質。
G3.前記ITIM含有ドメインが、PD1、PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1またはKIR3DL3由来のエンドドメインであるか、またはこれを含む、項目G1またはG2に記載の融合タンパク質。
H1.(i)リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来の、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメインを含む、融合タンパク質。
H2.ZAP70、PTPN6またはSHP-2由来のSH2ドメインを含む、項目H1に記載の融合タンパク質。
H3.前記プロテアーゼドメインがタバコエッチウイルスプロテアーゼ(TeV)であるか、またはこれを含む、項目H1またはH2に記載の融合タンパク質。
I1.項目AもしくはBのいずれかに記載の切断型タンパク質、または項目C、D、E、F、GもしくはHのいずれかに記載の融合タンパク質をコードする核酸配列。
J1.項目Iに記載の核酸配列、およびキメラ抗原受容体をコードする核酸配列を含む、核酸構築物。
J2.項目Iに記載の核酸配列、およびプロテアーゼ切断部位を有する膜繋留転写因子をコードする核酸配列を含む、核酸構築物。
J3.項目Iに記載の核酸配列、および細胞内プロテアーゼ切断部位を含む標的CARをコードする核酸配列を含む、核酸構築物。
K1.項目Iに記載の核酸配列または項目Jに記載の核酸構築物を含む、ベクター。
L1.項目AもしくはBのいずれかに記載の切断型タンパク質、または項目C、D、E、F、GもしくはHのいずれかに記載の融合タンパク質を含む、細胞。
M1.項目Hのいずれかに記載の融合タンパク質、およびプロテアーゼ切断部位を有する膜繋留転写因子を含む、細胞。
M2.前記プロテアーゼ切断部位における切断が、標的遺伝子の発現増加をもたらす転写因子を放出する、項目M1に記載の細胞。
M3.前記標的遺伝子がサイトカインをコードする、項目M2に記載の細胞。
M4.前記サイトカインが、以下の群:IL-2、IL-7、IL-15およびIL-12から選択される、項目M3に記載の細胞。
M5.項目Hのいずれかに記載の融合タンパク質、および細胞内プロテアーゼ切断部位を含む標的受容体(CAR)を含む、細胞。
M6.前記標的CARが活性化または共刺激性エンドドメインを含み、前記プロテアーゼ切断部位における切断が、前記標的CARから前記エンドドメインを除去する、項目M5に記載の細胞。
M7.前記標的CARが阻害性エンドドメインを含み、前記プロテアーゼ切断部位における切断が、前記標的CARから前記阻害性エンドドメインを除去する、項目M5に記載の細胞。
M8.前記阻害性エンドドメインが、CD148またはCD45エンドドメインを含む、項目M7に記載の細胞。
M9.項目Hのいずれかに記載の融合タンパク質、ならびに2つのCAR:ITAM含有エンドドメインを含む活性化CAR;および項目M5~M8のいずれかで定義される標的CARを含む、細胞。
M10.項目Hのいずれかに記載の融合タンパク質、ならびに2つのCAR:ITIM含有エンドドメインを含む阻害性CAR;および項目M5~M8のいずれかで定義される標的CARを含む、細胞。
上記本発明の態様は、T細胞シグナル伝達経路を、例えば表1に記載されている機構によってモジュレートし、または変化させることを可能にする。
Figure 2022066380000001

Figure 2022066380000002
(a)-即時T細胞活性化経路の図。T細胞受容体活性化は、ITAMのリン酸化をもたらす。リン酸化ITAMは、ZAP70 SH2ドメインによって認識される。認識されると、ZAP70は膜近位領域にリクルートされ、続いてそのキナーゼドメインがLATをリン酸化する。続いて、リン酸化LATは、GRAP、GRB2およびPLC-γのSH2ドメインによって認識される。(b)-即時T細胞阻害経路の図。PD1などの阻害性免疫受容体の活性化は、ITIMドメインのリン酸化をもたらす。これらは、PTPN6のSH2ドメインによって認識される。認識されると、PTPN6は膜近位領域にリクルートされ、続いてそのホスファターゼドメインがITAMドメインを脱リン酸化して、免疫活性化を阻害する。
遮断シグナル系の図-a)キナーゼドメインを含まない切断型ZAP70が過剰発現される。その結果として、それは、ITAMについて全長ZAP70と競合し、ITAMシグナル伝達を低減する。(b)ホスファターゼドメインを含まない切断型PTPN6が過剰発現され、全長PTPN6と競合して、ITIMシグナル伝達を低減する。
クロスワイヤーシグナル系の図:(a)ZAP70 SH2はPTPN6ホスファターゼに融合されているので、ITAMリン酸化を弱めるように作用する。(b)PTPN6 SH2はZAP70キナーゼに融合されており、阻害性シグナルに応じて逆説的に活性化される。
増幅シグナル系の図:(a)全長ZAP70は、そのアミノ末端に結合されたCD3ゼータエンドドメインを有するので、一連のITAMがアセンブルする。(b)全長PTPN6は、そのアミノ末端に結合されたPD1エンドドメインを有するので、一連のITIMがアセンブルする。
バイパスシグナル系の例の図:(a)CD28エンドドメインに融合されたZAP70;(b)41BBエンドドメインに融合されたZAP70;(c)AKTキナーゼに融合されたZAP70;(d)PTPN6 SH2ドメインは、41BBエンドドメインに融合されている。
例示的な転写シグナル系の図:a)ZAP-TeV融合物は、そのTeV認識モチーフの切断によって膜から放出され得る膜繋留転写因子と共発現される。これは、CD19 CARと共発現されることが示されている。したがって、標的細胞上のCD19を認識すると、T細胞が活性化し、加えて転写因子が活性化する。(b)代わりにPTPN6-TeV融合物を使用した代替の系。ここで、CARは、ITIMを有するエンドドメインからなる。したがって、CARによってCD19が認識されると、転写因子が活性化するが、これはT細胞の活性化とは無関係である。
去勢シグナル系の図:2つのCARが示されている-CD19を認識し、活性化するもの、およびCD33を認識し、阻害するもの-これらの特異性は、例示のためのものに過ぎない。(a)AND NOTシグナル去勢;この場合、活性化されると、SH2-Tev融合タンパク質は活性化ITIM CARにリクルートされる。これは、TeV切断部位が膜貫通ドメインをITAMドメインに接続するように、構築された活性化CARからのITAMの切断をもたらす。したがって、活性化CARは阻害される。(b)ANDシグナル去勢:この場合、活性化されると、SH2-TeV融合タンパク質はITIM CARにリクルートされる。これは、ホスファターゼがTeV切断ドメインを介してそのカルボキシ末端に接続されるように、構築された活性化CARからのホスファターゼドメインの放出をもたらす。これは構成的阻害の解放をもたらし、CARが同種抗原の存在下で活性化することを可能にする。
異なるSH2ドメインとAKTキナーゼドメインとのいくつかの融合物を構築した:ZAP-AKT、GRAP-AKT、GRB-AKTおよびPLC-γ。
(a)分裂促進抗体OKT3で活性化してまたは活性化せずに、異なるSH2/AKT融合物を形質導入したT細胞のホスホAKT染色。(b)ZAP-AKT融合物、ZAPおよびAKTがフレキシブルリンカーを介して接続された改良ZAP-AKT融合物、ならびにR190K置換がZAPのITAM結合能力を除去する対照ZAP-AKTを形質導入したT細胞のホスホAKT染色。T細胞をOKT3で刺激し、またはOKT3で刺激しなかった。facsプロットは、非形質導入T細胞のものに対してオーバーレイされている。 (a)分裂促進抗体OKT3で活性化してまたは活性化せずに、異なるSH2/AKT融合物を形質導入したT細胞のホスホAKT染色。(b)ZAP-AKT融合物、ZAPおよびAKTがフレキシブルリンカーを介して接続された改良ZAP-AKT融合物、ならびにR190K置換がZAPのITAM結合能力を除去する対照ZAP-AKTを形質導入したT細胞のホスホAKT染色。T細胞をOKT3で刺激し、またはOKT3で刺激しなかった。facsプロットは、非形質導入T細胞のものに対してオーバーレイされている。
(a)漸増量のOKT3で活性化されたT細胞のホスホ-AKTブロット。(b)刺激しなかった、OKT3のみで刺激した、またはOKT3およびIL-2の両方で刺激したZAP-AKTまたは対照T細胞の顕微鏡写真。OKT3のみで刺激したZAP-AKT T細胞は、OKT3およびIL2の両方で刺激した非形質導入T細胞に類似する。
(a)直接的なTeV転写スイッチの実行。CD19 CARのエンドドメインは、TeVプロテアーゼで置換されている。膜繋留VP16/GAL4転写因子も共発現される。ルシフェラーゼレポーターは、VP16/GAL5活性を検出する。(b)ZAP-TeVによる実行。標準的なCD19 CARは、膜繋留転写因子と一緒にZAP-TeV融合物と共発現される。
CD19陰性(左)またはCD19陽性(右)標的への曝露後の、ZAP-TeV系転写スイッチおよび対照発現T細胞の活性。活性は、ルシフェラーゼを添加した後の光出力によって測定される。順に、試験した条件は、(a)ZAP-TeVと共発現させたaCD19 CAR;(b)不活性(R190K)と共発現させたaCD19 CAR;(c)ZAP-TeVおよび膜繋留転写因子と共に共発現させたaCD19 CAR;(d)膜繋留転写因子と共発現させた不活性(R190K)ZAP-TEVと共発現させたaCD19 CAR;(e)膜繋留転写因子と共発現させたaCD19 CAR/TeV融合物;(f)構成的に活性なGAL4/VP16転写因子。
(a)CARの一般的な構造:結合ドメインは、抗原を認識する;スペーサーは、細胞表面から結合ドメインを引き上げる;膜貫通ドメインはタンパク質を膜に固定し、エンドドメインはシグナルを伝達する。(b)~(d):様々な世代および配置のCARエンドドメイン:(b)初期の設計は、ITAMシグナルを単独で、FcεR1-γまたはCD3ζエンドドメインを介して伝達する設計であり、後期の設計は、さらなる(c)1つまたは(d)2つの共刺激性シグナルをシスで伝達するる設計である。
本発明の例示的なタンパク質配列。 本発明の例示的なタンパク質配列。 本発明の例示的なタンパク質配列。 本発明の例示的なタンパク質配列。 本発明の例示的なタンパク質配列。 本発明の例示的なタンパク質配列。 本発明の例示的なタンパク質配列。 本発明の例示的なタンパク質配列。
切断型SHP-1(PTPN6)または切断型SHP-2を使用したPD-1シグナルの遮断。PD1と、CARのみ(FMC63);またはCARおよび切断型SHP-1もしくはCARおよび切断型SHP-2を含有するバイシストロン性構築物のいずれかとをPBMC細胞に共形質導入した。これらの細胞を、CD19、PDL1またはその両方を形質導入したSupT1細胞と48時間共培養し、IFNγ放出をELISAによって測定した。
SHP-2 SH2ドメインとZap70キナーゼとの融合物を使用したPD-1シグナルのハイジャック。PD1と、CARのみ(FMC63);またはCAR、ならびにSHP-2 SH2ドメインおよびZAP70キナーゼを含む融合タンパク質を含有するバイシストロン性構築物のいずれかとをPBMC細胞に共形質導入した。これらの細胞を、CD19またはPDL1を形質導入したSupT1細胞と1:1の比で24時間共培養した。IFNγ放出をELISAによって測定し(A)、SupT1細胞の死滅をFACSによって定量した(B)。
詳細な説明
タンパク質
本発明は、SH2ドメインを含む切断型タンパク質を提供する。
本発明はまた、(i)SH2ドメイン;および(ii)異種ドメインを含む融合タンパク質を提供する。
SH2ドメインは、リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するタンパク質に由来し得るか、またはリン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するタンパク質に由来し得る。
ITAMに結合するタンパク質の例は、ZAP70である。ITIMに結合するタンパク質の例としては、PTPN6およびSHP-2が挙げられる。
したがって、本発明の融合タンパク質は、SH2ドメイン、およびSH2ドメインが由来する野生型タンパク質に存在しない少なくとも1つのさらなるドメインを含む。
SRC相同性2(SH2)ドメイン
細胞内シグナル伝達経路は、タンパク質の可逆的な翻訳後修飾(リン酸化、ユビキチン化およびアセチル化を含む)によって開始および制御される。
SH2ドメインはモジュールタンパク質ドメインであり、アダプターとして機能し、それらの各タンパク質結合パートナー(多くの場合は細胞表面受容体)におけるリン酸化ペプチドに結合することによって、タンパク質間相互作用を媒介する。典型的には、SH2ドメインは、より長いペプチドモチーフが標的タンパク質内にある状況ではリン酸化チロシン残基に結合し、SH2ドメインは、最大クラスの公知のpTyr認識ドメインを表す。
SH2ドメインは、いかなる内在性の触媒活性も欠くが、多くの場合、それらは独立の触媒ドメインにカップリングされて、特異的な入力シグナルに応じて、これらの触媒ドメインを特定の細胞内位置に、または適切な基質、活性化因子もしくは阻害因子の近位に局在化するように機能する。加えて、SH2ドメインはまた、アダプタータンパク質ドメインに連結されて見られ得るので、大きな多タンパク質複合体の形成において働き得る。
ゼータ鎖関連プロテインキナーゼ70(ZAP70)
ZAP70は、T細胞およびナチュラルキラー細胞の表面膜の近くで通常は発現されるタンパク質である。それはT細胞受容体(TCR)の一部であり、T細胞シグナル伝達において重要な役割を果たす。その分子量は70kDaであり、2つのN末端SH2ドメインおよびC末端キナーゼドメインから構成される。それは、プロテインチロシンキナーゼファミリーのメンバーである。
T細胞活性化における最初の段階は、TCRによる標的細胞上のペプチドMHC複合体の認識である。この初期事象は、TCR複合体におけるLckキナーゼと、CD3ゼータの細胞質尾部との近接会合を引き起こす。次いで、Lckは、CD3ゼータの細胞質尾部におけるチロシン残基をリン酸化して、ZAP70がリクルートを可能にする。ZAP70は、TCRの結合後のT細胞活性化において中心的な役割を果たすSH2含有キナーゼである。ZAP70におけるタンデムSH2ドメインがリン酸化CD3に結合し、その結果、ZAP70は、Lckによって、または他のZAP70分子によってトランスにリン酸化および活性化される。次いで、活性ZAP70は、下流の膜タンパク質、とりわけ活性化T細胞のリンカー(LAT)タンパク質をリン酸化することができる。LATは足場タンパク質であり、複数の残基におけるそのリン酸化は、LATにおけるリン酸化ペプチドを認識し、T細胞活性化シグナルを下流に伝達するいくつかの他のSH2ドメイン含有タンパク質(Grb2、PLC-gおよびGrap)とそれが相互作用することを可能にし、最終的には広範なT細胞応答が生じる。このプロセスは、図1に要約されている。
ヒトZAP70タンパク質は、UniProtKBアクセッション番号P43403を有する。この配列は619アミノ酸長であり、配列番号1として示されている。
Figure 2022066380000003
本発明の融合タンパク質は、ZAP70 SH2ドメインを含み得る。本発明の切断型タンパク質は、ZAP70 SH2ドメインを含み得るか、またはこれからなり得る。これに関して、融合または切断型タンパク質は、配列番号2として示されている配列を含み得るか、またはこれからなり得る。
Figure 2022066380000004
ZAP70は、配列のN末端、配列番号1として示されている配列の残基10~102および163~254において、2つのSH2ドメインを有する。したがって、本発明の切断型タンパク質または融合タンパク質は、配列番号3および4として示されている配列の一方または両方を含み得る。
Figure 2022066380000005
変異型配列が、必要な特性を有するSH2ドメイン配列である限り、融合タンパク質は、少なくとも80、85、90、95、98または99%の配列同一性を有する配列番号2、3または4の変異型を含み得る。換言すれば、変異型配列は、ZAP70のリクルートを可能にするCD3ゼータの細胞質尾部におけるリン酸化チロシン残基に結合することができなければならない。
配列アラインメントの方法は、当技術分野では周知であり、好適なアラインメントプログラムを用いて遂行される。配列同一性%は、2つの配列を最適な形で並列させたときにその2つの配列において同一であるアミノ酸残基またはヌクレオチド残基のパーセンテージをいう。ヌクレオチドおよびタンパク質の配列相同性または同一性は、http://blast.ncbi.nlm.nih.govで公的に入手可能である、デフォルトパラメータを用いるBLASTプログラム(Basic Local Alignment Search Tool at the National Center for Biotechnology Information)などの標準アルゴリズムを用いて決定され得る。配列同一性または相同性を決定するための他のアルゴリズムとしては、LALIGN(http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/lalign/およびhttp://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/lalign/nucleotide.html)、AMAS(マルチプルアライメント配列分析、http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/Amas/amas.html)、FASTA(http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta/)、Clustal Omega(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)、SIM(http://web.expasy.org/sim/)ならびにEMBOSS Needle(http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html)が挙げられる。
特定の実施形態では、融合タンパク質は、ZAP70 SH2ドメインおよびZAP70キナーゼドメインを含み得る。例えば、融合タンパク質は、配列番号1として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
非受容体6型チロシンプロテインホスファターゼ(PTPN6)
PTPN6は、Src相同性領域2ドメイン含有ホスファターゼ-1(SHP-1)としても公知である。それは、プロテインチロシンホスファターゼファミリーのメンバーである。
PTPN6のN末端領域は、PTPN6とその基質との相互作用を媒介する2つのタンデムSH2ドメインを含有する。C末端領域は、チロシンプロテインホスファターゼドメインを含有する。
PTPN6は、多くの阻害性免疫受容体またはITIM含有受容体に結合して、それからのシグナルを伝搬することができる。このような受容体の例としては、限定されないが、PD1、PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1およびKIR3DL3が挙げられる。
ヒトPTPN6タンパク質は、UniProtKBアクセッション番号P29350を有する。この配列は595アミノ酸長であり、配列番号5として示されている。
Figure 2022066380000006
本発明の融合タンパク質は、PTPN6 SH2ドメインを含み得る。本発明の切断型タンパク質は、PTPN6 SH2ドメインを含み得るか、またはこれからなり得る。これに関して、融合または切断型タンパク質は、配列番号6として示されている配列を含み得るか、またはこれからなり得る。
Figure 2022066380000007
PTPN6は、配列のN末端、配列番号5として示されている配列の残基4~100および110~213において、2つのSH2ドメインを有する。したがって、本発明の切断型タンパク質または融合タンパク質は、配列番号3および4として示されている配列の一方または両方を含み得る。
Figure 2022066380000008
変異型配列が、必要な特性を有するSH2ドメイン配列である限り、融合タンパク質は、少なくとも80、85、90、95、98または99%の配列同一性を有する配列番号6、7または8の変異型を含み得る。換言すれば、変異型配列は、PTPN6のリクルートを可能にするPD1、PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1またはKIR3DL3の少なくとも1つの細胞質尾部におけるリン酸化チロシン残基に結合することができなければならない。
特定の実施形態では、融合タンパク質は、PTPN6 SH2ドメインおよびPTPN6ホスファターゼドメインを含み得る。例えば、融合タンパク質は、配列番号5として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
SHP-2
PTPN11、PTP-1DおよびPTP-2Cとしても公知のSHP-2は、プロテインチロシンホスファターゼ(PTP)ファミリーのメンバーである。PTPN6のように、SHP-2は、そのN末端における2つのタンデムSH2ドメインと、それに続くプロテインチロシンホスファターゼ(PTP)ドメインとからなるドメイン構造を有する。不活性状態では、N末端SH2ドメインはPTPドメインに結合し、活性部位への潜在的基質のアクセスを遮断する。したがって、SHP-2は、自己阻害される。標的ホスホ-チロシル残基に結合すると、N末端SH2ドメインはPTPドメインから放出され、自己阻害を緩和することによって酵素を触媒的に活性化する。
ヒトSHP-2は、UniProtKBアクセッション番号P35235-1を有する。この配列は597アミノ酸長であり、配列番号9として示されている。
Figure 2022066380000009
本発明の融合タンパク質は、SHP-2 SH2ドメインを含み得る。本発明の切断型タンパク質は、SHP-2 SH2ドメインを含み得るか、またはこれからなり得る。これに関して、融合または切断型タンパク質は、例えば配列番号9のアミノ酸6~102を含むSHP-2の第1のSH2ドメイン、もしくは例えばSHP-2のアミノ酸112~216を含むSHP-2の第2のSH2ドメインを含み得るか、またはこれからなり得る。融合または切断型タンパク質は、配列番号10、11もしくは12として示されている配列を含み得るか、またはこれからなり得る。
Figure 2022066380000010
変異型配列が、ITIM含有ドメインに結合することができるSH2ドメイン配列である限り、融合タンパク質は、少なくとも80、85、90、95、98または99%の配列同一性を有する配列番号10、11または12の変異型を含み得る。例えば、変異型配列は、PD1、PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1またはKIR3DL3の細胞質尾部におけるリン酸化チロシン残基に結合することができるものであり得る。
異種ドメイン
本明細書で使用される用語「異種ドメイン」は、
i)ZAP70 SH2ドメインを含む融合タンパク質については、野生型ZAP70(配列番号1を参照のこと);
ii)PTPN6 SH2ドメインを含む融合タンパク質については、野生型PTPN6(配列番号5を参照のこと);または
iii)SHP-2 SH2ドメインを含む融合タンパク質については、野生型SHP-2(配列番号9を参照のこと)
に存在しない任意のタンパク質ドメインを指す。
異種ドメインは、ZAP70、SHP-2もしくはPTPN6由来の異なるタンパク質であり得るか、またはこれに由来し得る(例えば、その一部)。
あるいは、融合タンパク質は、ZAP70 SH2ドメインと、PTPN6由来のドメイン、例えばPTPN6キナーゼドメインとの融合物を含み得る。同様に、融合タンパク質は、PTPN6 SH2ドメインと、ZAP70由来のドメイン、例えばZAP70キナーゼドメインとの融合物を含み得る。
増幅シグナル
本発明は、ITAM結合タンパク質由来のSH2ドメイン;およびITAM含有ドメインを含む融合タンパク質を提供する。
本発明はまた、ITIM結合タンパク質由来のSH2ドメイン;およびITIM含有ドメインを含む融合タンパク質を提供する。
これらの「増幅」シグナル伝達分子は、T細胞などの免疫細胞内において興奮性または阻害性シグナルを増幅するであろう。
図4に示されているように、このような分子の存在は、ITAMまたはITIMのいずれかの連結をもたらして、それぞれ活性化または阻害性シグナルの増大をもたらすであろう。
活性化シグナルの増幅は、抗原に対する免疫細胞(例えば、CAR-T細胞)の感受性を増加させることが望ましい状況において有用である。これは、例えば、標的抗原が標的細胞上において低レベルで発現される場合であり得る。
T細胞活性化を低減または防止することが望ましい状況における阻害系の増幅。国際公開第2015/075469号には、T細胞などの細胞によって発現されると、少なくとも2つの標的抗原AおよびB)の特定の発現パターンを検出することができる「論理ゲート」キメラ抗原受容体ペアのパネルが記載されている。この出願に記載されている「AND NOTゲート」は、抗原Aが標的細胞上に存在するが抗原Bは存在しない場合にのみ、T細胞がトリガーするように、CARのペアを含む。このAND NOTゲートでは、(抗原Aを認識する)一方のCARは、ITAMを含む活性化エンドドメインを有するのに対して、(抗原Bを認識する)他方のCARは、ITIMを含み得る阻害性エンドドメインを有する。抗原Aのみの存在下では、ライゲーションされていない阻害性CARの存在は、T細胞活性化を防止するために不十分であるので、活性化が起こる。しかしながら、両抗原の存在下では、高密度の活性化および阻害性CARの両方を有する膜領域が形成する。両エンドドメインが濃縮するので、T細胞活性化が防止または低減される。
本発明の増幅シグナル伝達分子を使用した阻害性シグナルの増幅をANDゲートで使用して、両抗原の存在下で(すなわち、阻害性CARによる活性化CARの不完全阻害により)起こる任意の残存シグナル伝達を低減または除去し得る。
ITAM含有ドメイン
一実施形態では、融合タンパク質は、ZAP70 SH2ドメインおよび免疫受容活性化チロシンモチーフ(ITAM)含有ドメインを含む。
全長ZAP70とITAM含有ドメインとの融合物は、活性化免疫シグナルを増幅する構造をもたらす。ここで、融合タンパク質は、ホスホ-ITAM免疫受容体エンドドメインにリクルートされる。通常、ZAP70は、シグナルを伝搬するように機能するだけではなく、リン酸化されてより多くのZAP70をリクルートする別の一連のITAMも提供する。これは、シグナル強度を増加させるために有用であり得、例えば、低密度抗原に対する感受性を増加させ得る。いくつかの実施形態では、融合物は、ITAM含有エンドドメインを有するZAP70 SH2ドメインのみを含み得る(例えば、融合物は、ZAP70キナーゼドメインを含有しない)。他の実施形態では、ITAMを有するZAP70触媒ドメイン(キナーゼドメイン)の比を変動させて、活性化受容体と同種標的との相互作用のダイナミクスに応じて、活性化の動態に影響を与え得る。
ITAMは、免疫系の特定の細胞表面タンパク質の細胞質尾部において2回反復される4アミノ酸の保存的配列である。モチーフは、任意の2つの他のアミノ酸によってロイシンまたはイソロイシンから分離されたチロシンを含有し、シグネチャーはYxxL/Iとなる。典型的には、これらのシグネチャーの2つは、分子の尾部において6~8アミノ酸によって分離される(YxxL/Ix(6-8)YxxL/I)。
ITAMは、免疫細胞におけるシグナル伝達に重要である。したがって、それらは、重要な細胞シグナル伝達分子の尾部、例えばT細胞受容体複合体のCD3およびζ鎖、B細胞受容体複合体のCD79アルファおよびβ鎖、ならびに特定のFc受容体に見られる。これらのモチーフ内のチロシン残基は、受容体分子とそれらのリガンドとの相互作用後にリン酸化され、細胞のシグナル伝達経路に関与する他のタンパク質のためのドッキング部位を形成する。
幾つかのタンパク質が、1つまたはそれより多くのITAMモチーフを伴うエンドドメインを含むことが知られている。かかるタンパク質として少し例を挙げれば、CD3イプシロン鎖、CD3ガンマ鎖およびCD3デルタ鎖が挙げられる。ITAMモチーフは、サインYxxL/Iを与える、任意の2つの他のアミノ酸によりロイシンまたはイソロイシンから分離されたチロシンとして容易に認識され得る。常というわけではないが、典型的には、これらのモチーフの2つが、分子(YxxL/Ix(6-8)YxxL/I)のテイルにおける6~8個の間のアミノ酸により分離される。このため、当業者であれば、活性化シグナルを伝達するための1つまたはそれより多くのITAMを含む既存のタンパク質を容易に見出すことができる。さらに、モチーフが単純であり、複合2次構造が要求されないと仮定すると、当業者であれば、活性化シグナルを伝達するための人工ITAMを含むポリペプチドを設計できる(合成シグナル伝達分子に関する、国際公開第2000063372号参照)。
ITAM含有ドメインは、CD3ゼータエンドドメインであり得るか、またはこれを含み得る。適切には、ITAM含有ドメインは、配列番号13として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型であって、リン酸化されてZAP70をリクルートする能力を保持するその変異型を含み得る。
Figure 2022066380000011
一例として、融合タンパク質は、CD3ゼータエンドドメインに融合されたZAP70-SH2ドメインを含有する配列番号14として示されている配列であり得るか、またはこれを含み得る。
Figure 2022066380000012
適切には、融合タンパク質は、配列番号14として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
ITIM含有ドメイン
一実施形態では、融合タンパク質は、PTPN6 SH2ドメインおよび免疫受容阻害性チロシンモチーフ(ITIM)含有ドメインを含む。
全長PTPN6とITIM含有ドメインとの融合物は、阻害性免疫シグナルを増幅する構造をもたらす。ここで、融合タンパク質は、ホスホ-ITIM免疫受容体エンドドメインにリクルートされる。通常、PTPN6は、シグナルを伝搬するように機能するだけではなく、リン酸化されてより多くのPTPN6をリクルートする別の一連のITIMも提供する。いくつかの実施形態では、融合物は、ITIM含有エンドドメインを有するPTPN6 SH2ドメインのみを含み得る(例えば、融合物は、PTPN6ホスファターゼドメインを含有しない)。他の実施形態では、ITIMを有するPTPN6触媒ドメイン(ホスファターゼドメイン)の比を変動させて、阻害性受容体と同種標的との相互作用のダイナミクスに応じて、活性化の動態に影響を与え得る。
ITIMは、免疫系の多くの阻害性受容体の細胞質尾部に見られる保存的アミノ酸配列(S/I/V/LxYxxI/V/L)である。ITIMを有する阻害性受容体がそれらのリガンドと相互作用した後、それらのITIMモチーフは、Srcキナーゼの酵素によってリン酸化されて、それらは、PTPN6 SH2ドメインとリン酸化ITIMドメインとの間の相互作用を介して、PTPN6をリクルートすることが可能になる。
ITIM含有エンドドメインとしては、例えば、CD22、LAIR-1、キラー害性受容体ファミリー(KIR)、LILRB1、CTLA4、PD-1、BTLA由来のものが挙げられる。PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1およびKIR3DL3由来のITIMエンドドメインは、それぞれ配列番号15~24に示されている。
Figure 2022066380000013
ITIM含有ドメインは、PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1もしくはKIR3DL3エンドドメインであり得るか、またはこれを含み得る。適切には、ITIM含有ドメインは、配列番号15~24のいずれかに示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型であって、Srcキナーゼによってリン酸化されて阻害性免疫シグナルを増幅する能力を保持するその変異型を含み得る。
一例として、融合タンパク質は、PD1エンドドメインに融合されたPTPN6-SH2ドメインを含有する配列番号25として示されている配列であり得るか、またはこれを含み得る。
Figure 2022066380000014
適切には、融合タンパク質は、配列番号25として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
クロスワイヤーシグナル
本発明は、ITAM結合タンパク質由来のSH2ドメイン;およびホスファターゼドメインを含む融合タンパク質を提供する。
本発明はまた、ITIM結合タンパク質由来のSH2ドメイン;およびキナーゼドメインを含む融合タンパク質を提供する。
これらの「クロスワイヤー」シグナル伝達分子は、T細胞などの免疫細胞内において興奮性または阻害性シグナルを逆転させるであろう。例えば、CARによる標的抗原の認識後に、またはTCRによるMHC:ペプチドの認識後に、T細胞が興奮性シグナルを受け取ると、第1の種類のクロスワイヤー分子の存在により、細胞は、興奮性シグナルを阻害性シグナルと解釈するであろう。
T細胞活性化を弱めることまたは修正は、様々な状況において有用であり得、例えば、それは、標的細胞上の標的抗原の発現が高レベルであるCAR発現T細胞のために使用され得る。それは、T細胞枯渇および/または活性化誘導性細胞死をもたらし得るT細胞過剰活性化を防止するために使用され得る。T細胞の非常に過度なまたは非常に迅速な活性化の防止はまた、CAR-T細胞処置の病理的副作用、例えばサイトカイン放出症候群(CRS)を予防または軽減し得る。
逆の状況は、例えば、PD1のライゲーション後に、T細胞が阻害性シグナルを受け取る場合であり、第2の種類のクロスワイヤー分子の存在により、細胞は、阻害性シグナルを興奮性シグナルと解釈するであろう。
T細胞阻害の軽減または逆転は、細胞が、敵対的な腫瘍微小環境内において阻害性刺激を克服するのに役立つので、T細胞の持続性およびインビボでの増殖を増加させるはずである。
一実施形態では、融合タンパク質は、PTPN6 SH2ドメインおよびZAP70キナーゼドメインを含む。別の実施形態では、本融合タンパク質は、PTPN6キナーゼドメインに融合されたZAP70 SH2ドメインを含む。
PTPN6由来のホスファターゼドメインに融合されたZAP70 SH2ドメインに関する実施形態では、PTPN6ホスファターゼドメインが、ZAP70 SH2ドメインを介して活性化ITAMにリクルートされるので、T細胞は興奮性シグナルを受け取ると、それを阻害性シグナルと解釈する。
ZAP70由来のキナーゼドメインに融合されたPTPN6 SH2ドメインに関する実施形態では、ZAP70キナーゼドメインが、PTPN6ドメインを介して活性化ITIMにリクルートされるので、T細胞は阻害性シグナルを受け取ると、それを興奮性シグナルと解釈する。PTPN6 SH2ドメインとZAP70キナーゼドメインとの融合物は、野生型PTPN6によるリン酸化ITIMの競合をもたらして阻害性シグナルを遮断するが、さらに逆説的な活性化シグナルを伝達するであろう。これは、腫瘍微小環境におけるチェックポイント遮断シグナルの克服に適用され得る。
ヒトZAP70キナーゼ、PTPN6ホスファターゼおよびSHP-2ホスファターゼドメインドメインの配列は、それぞれ配列番号26、27および28として示されている。
Figure 2022066380000015
ZAP70キナーゼドメイン、PTPN6ホスファターゼドメインまたはSHP-2ホスファターゼドメインは、それぞれ配列番号26、配列番号27もしくは配列番号28として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型であって、野生型キナーゼ/ホスファターゼドメインと同じ様式で下流のタンパク質をリン酸化もしくは脱リン酸化する能力を保持するその変異型であり得るか、またはこれを含み得る。
ZAP70キナーゼドメインに融合されたPTPN6 SH2ドメイン;PTPN6キナーゼドメインに融合されたZAP70 SH2ドメイン;およびZAP70キナーゼドメインに融合されたSHP-2 SH2ドメインを含む融合タンパク質の例は、それぞれ配列番号29、配列番号30および配列番号61として示されている。
Figure 2022066380000016

Figure 2022066380000017
融合タンパク質は、配列番号29、配列番号30もしくは配列番号61として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型であり得るか、またはこれを含み得る。
異種シグナル伝達ドメイン
本融合タンパク質は、(i)ZAP70、PTPN6またはSHP-2 SH2ドメイン;および(ii)異種シグナル伝達ドメインを含み得る。
本明細書で使用される用語「異種シグナル伝達ドメイン」は、野生型ZAP70、PTPN6またはSHP-2タンパク質に存在しないシグナル伝達ドメインを指す。このように、融合タンパク質がZAP70 SH2ドメインを含む場合、それは、ZAP70キナーゼドメインではないシグナル伝達ドメインを含む。あるいは、融合タンパク質がPTPN6 SH2ドメインを含む場合、それは、PTPN6ホスファターゼドメインではないシグナル伝達ドメインを含む。
バイパスシグナル
異種シグナル伝達ドメインは、ITAM含有受容体によって通常は活性化されないシグナル伝達分子に由来し得る。換言すれば、異種シグナル伝達ドメインは、TCRへの抗原の結合後の免疫学的シグナル1の伝搬に関与しないシグナル伝達分子に由来し得る。免疫学的シグナル1は、同種標的細胞のT細胞死滅を引き起こすために十分であるが、増殖および生存のためにT細胞を完全に活性化しない。
本発明のこの態様の一実施形態では、本発明は、(i)ITAMに結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)異種シグナル伝達ドメインを含む融合タンパク質を提供する。
例えば、ZAP70と、ITAM含有受容体によって典型的には活性化されない別のシグナル伝達分子との融合物は、シグナルを一方の経路から別のものにバイパスするように作用し得る。一例は、共刺激である。ZAP70とCD28のエンドドメインとの融合物は、CD28共刺激性シグナルおよびITAM活性化シグナルを伝達し得る。同様に、ZAP70と41BBまたはOX40のエンドドメインとの融合物は、41BBまたはOX40共刺激性シグナルを伝達し得る。他の経路もリクルートされ得、例えば、ZAP70とAKTキナーゼドメインとの融合物は、ITAMがリン酸化されると、AKTシグナルの伝達をもたらし得る。他の例としては、JAK由来のキナーゼドメインが挙げられ得る。このように、T細胞は、単純な抗原認識シグナルを、共刺激性シグナルの伝達またはサイトカイン型シグナルの伝達とさえ解釈し得る。
このような融合タンパク質は、例えば、T細胞の反復エクスビボ刺激が、共刺激表面抗原を欠く集団であって、限定的なインビボ増殖能力を有する集団をもたらし、その結果、持続性および有効性が限定され得るアプローチにおいて有用であり得る。TCRのみを介したT細胞の活性化をもたらす共刺激表面抗原の喪失は、インビボ有効性と持続性に悪影響を及ぼすより大きな程度の活性化誘導性細胞死に関連している。この効果は、表面で発現される4-1BBおよびOX40の活性化によって逆転され得るが、これは、共刺激が活性化誘導性細胞死を防止し得、腫瘍特異的T細胞のより大きな増殖を支持し得ることを実証している。
本発明のこの態様の別の実施形態では、本発明は、(i)ITIMに結合するタンパク質由来のSH2ドメイン;および(ii)異種シグナル伝達ドメインを含む融合タンパク質を提供する。
例えば、PTPN6 SH2ドメインまたはSHP-2 SH2ドメインは、共刺激性エンドドメインに融合され得るので、T細胞は、阻害性シグナルを共刺激性シグナルと解釈する。
異種シグナル伝達ドメインは、例えば、CD28、41BBまたはOX40に由来し得る。
CD28は、T細胞増殖を引き起こす強力な共刺激性シグナル(すなわち、免疫学的シグナル2)を提供する。CD28は、CD80(B7.1)およびCD86(B7.2)タンパク質の受容体である。
41BB(CD137)は、TNFスーパーファミリーに属する2型膜貫通糖タンパク質であり、活性化T細胞上で発現される。41BBの架橋は、T細胞増殖、IL-2分泌、生存および細胞溶解活性を増強する。
OX40(CD134)は二次共刺激性分子であり、活性化の24~72時間後に発現される;そのリガンドのOX40Lはまた、休止中の抗原提示細胞上では発現されないが、それらの活性化後に発現される。OX40の発現は、T細胞の完全な活性化に依存する;CD28なしでは、OX40の発現は遅延し、4倍低いレベルである。OX40を介したシグナル伝達は、初期活性化および増殖後の長期T細胞生存に必要である。
CD28、41BBおよびOX40シグナル伝達ドメイン(エンドドメイン)は、それぞれ配列番号31、32および33として示されている。
Figure 2022066380000018
異種シグナル伝達ドメインは、それぞれ配列番号31;配列番号32もしくは配列番号33として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型であり得るか、またはこれを含み得る。
異種シグナル伝達ドメインは、阻害性シグナル伝達ドメインであり得るか、またはこれを含み得る。
例えば、阻害性シグナル伝達ドメインは、CD148またはCD45のエンドドメインを含み得る。CD148およびCD45は、本来的にはTCRシグナル伝達の上流のリン酸化チロシンに対して作用することが示されている。
CD148は、受容体様プロテインチロシンホスファターゼであり、PLCγ1およびLATのリン酸化および機能を妨害することによって、TCRシグナル伝達を負に調節する。
すべての造血細胞上に存在するCD45は、プロテインチロシンホスファターゼであり、再度PLCγ1をリン酸化することによって、シグナル伝達および機能応答を調節することができる。
阻害性シグナル伝達ドメインは、受容体様チロシンホスファターゼの一部の全部(all of part)を含み得る。ホスファターゼは、T細胞シグナル伝達に関与する要素、例えばPLCγ1および/またはLATのリン酸化および/または機能を妨害し得る。
阻害性シグナル伝達ドメインは、ICOS、CD27、BTLA、CD30、GITRまたはHVEMのエンドドメインであり得るか、またはこれを含み得る。
阻害性シグナル伝達ドメインは、配列番号34~39として示されている配列、または少なくとも80%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
Figure 2022066380000019
配列が有効な細胞内シグナル伝達ドメインを提供する限り、変異型配列は、配列番号34~39と少なくとも80%、85%、90%、95%、98%または99%の配列同一性を有し得る。
適切には、融合タンパク質は、配列番号40~45として示されている配列のいずれかであり得るか、またはこれを含み得る。
Figure 2022066380000020

Figure 2022066380000021
適切には、融合タンパク質は、配列番号40~45として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型のいずれかを含み得る。
キナーゼドメイン
異種シグナル伝達ドメインは、キナーゼドメインであり得る。例えば、異種シグナル伝達ドメインは、AKTキナーゼドメインまたはJAKキナーゼドメインを含み得る。
プロテインキナーゼB(PKB)としても公知のAktは、セリン/トレオニン特異的プロテインキナーゼであり、グルコース代謝、アポトーシス、細胞増殖、転写および細胞遊走などの複数の細胞プロセスにおいて重要な役割を果たす。
TCRの活性化後、T細胞は、生存および増殖を支持するIL2を分泌する。しかしながら、この分泌は一過性であり、インビトロで活性化および増殖したT細胞は、生存を外因性IL2に依存するようになる。TCRまたはCAR活性化に関連するITAMリン酸化後のAKTリン酸化を増加させることによって、外因性IL2への活性化T細胞の依存性を低減または除去し、それらの増殖および生存を増強し得る。
Aktキナーゼドメインは、配列番号46として示されている。
Figure 2022066380000022
配列が有効なキナーゼドメインを提供する限り、異種シグナル伝達ドメインは、配列番号46として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型であり得るか、またはこれを含み得る。
一例として、融合タンパク質は、それぞれ、Aktキナーゼドメインに直接融合されたZAP70-SH2ドメイン、リンカーを介してAktキナーゼドメインに融合されたZAP70-SH2ドメイン、非機能的になるように突然変異されたZAP70であって、Aktキナーゼドメインに融合されたZAP70;および、Aktキナーゼドメインに融合された二重SHP-2 SH2ドメインを含有する配列番号47~49および62として示されている配列のいずれかであり得るか、またはこれを含み得る。
Figure 2022066380000023

Figure 2022066380000024
融合タンパク質は、配列番号47~49もしくは62のいずれかとして示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
ヤヌスキナーゼ(JAK)は、JAK-STAT経路を介してサイトカイン媒介性シグナルを伝達する細胞内非受容体チロシンキナーゼのファミリーである。4つのJAKファミリーメンバーは、ヤヌスキナーゼ1(JAK1);ヤヌスキナーゼ2(JAK2);ヤヌスキナーゼ3(JAK3);およびチロシンキナーゼ2(TYK2)である。
Figure 2022066380000025

Figure 2022066380000026
プロテアーゼドメイン
本発明はまた、(i)ITAMまたはITIM含有タンパク質に結合するタンパク質由来のSH2ドメインおよび(ii)プロテアーゼドメインを含む融合タンパク質を提供する。
プロテアーゼドメインは、特定の認識配列において切断することができる任意のプロテアーゼであり得る。このように、プロテアーゼドメインは、特定の標的配列における切断を介して、単一の標的ポリペプチドを2つの異なるポリペプチドに分離することを可能にする任意のプロテアーゼであり得る。
プロテアーゼドメインは、タバコエッチウイルス(TeV)プロテアーゼドメインであり得る。
TeVプロテアーゼは、キモトリプシン様プロテアーゼである高度に配列特異的なシステインプロテアーゼである。TeVプロテアーゼは、その標的切断部位に非常に特異的であるので、インビトロおよびインビボの両方で融合タンパク質の制御切断に頻繁に使用される。コンセンサスTeV切断部位は、ENLYFQ\S(「\」は、切断されるペプチド結合を示す)である。ヒト細胞などの哺乳動物細胞は、内因性TeVプロテアーゼを発現しない。
したがって、TeV切断認識部位は、配列番号51として示されている。
配列番号51-Tev切断部位
ENLYFQS
TeVプロテアーゼドメインは、配列番号52として示されている。
Figure 2022066380000027
したがって、配列が有効なプロテアーゼ機能を提供する限り、プロテアーゼドメインは、配列番号52として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型であり得るか、またはこれを含み得る。
一例として、融合タンパク質は、それぞれ、TEVプロテアーゼ配列に融合されたZAP70-SH2ドメイン、またはTEVプロテアーゼ配列に融合されたPTPN6-SH2ドメインを含有する配列番号53または54として示されている配列であり得るか、またはこれを含み得る。
Figure 2022066380000028
融合タンパク質は、配列番号53もしくは54として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
SH2ドメインおよび異種ドメインを空間的に分離するために、融合タンパク質のSH2ドメインおよび異種ドメインは、リンカーによって分離され得る。
転写シグナル
前記セクションに記載されているように、プロテアーゼを含む融合タンパク質は、細胞において、プロテアーゼ切断部位を有する膜繋留タンパク質と共発現され得る。プロテアーゼ部位における膜繋留タンパク質の切断は、タンパク質の膜遠位部分を放出するであろう。
膜繋留タンパク質は、例えば、膜繋留転写因子であり得る。切断が起こると、転写はその繋留から放出され、自由に核に移行する。
ZAP70 SH2またはPTPN6 SH2ドメインとプロテアーゼドメインとの融合物は、それぞれITAMまたはITIMリン酸化後に膜近位へのプロテアーゼのリクルートをもたらすであろう。
ITAMまたはITIMドメインのリン酸化は、膜近位領域への、それぞれプロテアーゼドメインに融合されたZAP70 SH2またはPTPN6 SH2のリクルートをもたらす。この結果、転写因子はその繋留から放出され、核に移動する。これは、多くの用途を有し得る:例えば、活性化されると、T細胞は、T細胞の分化を防止するように作用する転写因子を発現するようにプログラムされ得る。例えば、活性化されると、T細胞は、T細胞の増殖および生存を刺激するように作用し得るIL2、IL7もしくはIL15、または敵対的な腫瘍微小環境を腫瘍の免疫拒絶をより促すものに変換し得るIL12などのサイトカインを発現するようにプログラムされ得る。
特に、
(i)リン酸化ITAMに結合するタンパク質由来のSH2ドメインを含む融合タンパク質;および
(ii)膜繋留転写因子
を共発現する細胞であって、
前記転写因子が、膜繋留から放出されると、細胞におけるIL2、Il7および/またはIL15の発現を増加させる細胞が提供される。
また、
(i)リン酸化ITIMに結合するタンパク質由来のSH2ドメインを含む融合タンパク質;および
(ii)膜繋留転写因子
を共発現する細胞であって、
前記転写因子が、膜繋留から放出されると、細胞におけるIL12の発現を増加させる細胞が提供される。
プロテアーゼ認識部位
プロテアーゼ認識部位は、融合タンパク質のプロテアーゼドメインが、膜繋留と転写因子との間において膜繋留転写因子を特異的に切断することを可能にする任意のアミノ酸配列であり得る。例えば、一実施形態では、プロテアーゼドメインはTeVプロテアーゼドメインであり、プロテアーゼ認識部位はTeVプロテアーゼ認識部位である。
膜繋留
膜繋留は、転写因子およびプロテアーゼ認識部位を膜近位に局在化することができる任意の配列、シグナルまたはドメインであり得る。例えば、膜繋留は、ミリストイル化シグナルまたは膜貫通ドメインであり得る。
適切には、膜貫通ドメインは、膜において熱力学的に安定な任意のタンパク質構造であり得る。これは、典型的には、いくつかの疎水性残基から構成されるアルファヘリックスである。膜貫通部分を供給するために、任意の膜貫通タンパク質の膜貫通ドメインが使用され得る。当業者であれば、TMHMMアルゴリズム(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/)を使用して、タンパク質の膜貫通ドメインの存在および範囲を決定し得る。さらに、タンパク質の膜貫通ドメインが比較的単純な構造(すなわち、膜を貫通するために十分な長さの疎水性アルファヘリックスを形成すると予測されるポリペプチド配列)であることを考慮して、人工的に設計されたTMドメインも使用され得る(米国特許第7052906号には、合成膜貫通成分が記載されている)。
膜貫通ドメインは、良好な安定性を与えるCD28に由来し得る。
転写因子
転写因子は、関連ITAMまたはITIMモチーフのリン酸化後に所望の応答を刺激するように選択される任意の転写因子であり得る。
転写因子は、天然または人工のものであり得る。人工転写因子は、例えば、TALEN、ジンクフィンガーアセンブリまたはCrispR/CAS9に由来し得、後者は、ガイドmRNAと共発現される。
好ましくは、転写因子は、プロテアーゼドメインによる切断後にヌクレアーゼへの輸送を助ける核局在化シグナルを含有するであろう。
一例として、(膜繋留転写因子を含むタンパク質であって、(i)膜繋留;(ii)プロテアーゼ認識部位;および(iii)転写因子を含むタンパク質をコードする)核酸配列(ii)は、RQR8ドメイン;CD4-Endotox1膜貫通ドメイン、TEVプロテアーゼ認識部位およびVP16-GAL4転写因子を含有する配列番号55として示されている配列からなるか、またはこれを含むタンパク質をコードし得る。
Figure 2022066380000029

適切には、タンパク質は、配列番号55として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
受容体
本発明はさらに、(a)PTPN6 SH2ドメインを含む本発明の第1の態様の融合タンパク質または本発明の第3の態様の切断型タンパク質をコードする核酸配列;および(b)ITIM含有エンドドメインを含む受容体をコードする核酸配列を含む核酸構築物を提供する。
去勢シグナル
上記プロテアーゼを含む融合タンパク質は、細胞において、細胞内プロテアーゼ切断部位を含む標的受容体と共発現され得る。プロテアーゼ部位における標的受容体の切断は、標的受容体の細胞内膜遠位部分を放出するであろう。
標的受容体は、例えば、T細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)であり得る。
受容体は、タンパク質の細胞内部分の末端に位置する活性化または共刺激性エンドドメインを含み得る。このため、プロテアーゼ切断部位における切断は、標的CARから活性化または共刺激性エンドドメインを除去して、標的受容体媒介性T細胞活性化を低減または防止する。
あるいは、標的受容体は、タンパク質の細胞内部分の末端に位置する阻害性エンドドメインを含み得る。このため、プロテアーゼ切断部位における切断は、標的CARから阻害性エンドドメインを除去して、標的受容体媒介性T細胞活性化についての可能性「のスイッチを入れる」。
阻害性エンドドメインは、例えば、CD148もしくはCD45エンドドメイン、またはPD1、PDCD1、BTLA4、LILRB1、LAIR1、CTLA4、KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR3DL1もしくはKIR3DL3などのタンパク質由来のITIM含有エンドドメインを含み得る。
一例として、標的受容体は、PD-1由来のITIMエンドドメインを含有するCD33に対するCARを含有する配列番号56として示されている配列を含み得る。
Figure 2022066380000030
適切には、タンパク質は、配列番号56として示されている配列、または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
受容体が、膜貫通ドメインと活性化エンドドメインとの間にプロテアーゼ切断部位を含む場合、去勢シグナル融合タンパク質は、受容体を阻害するために使用され得る。例えば、そのエンドドメインがプロテアーゼ切断部位によって膜貫通ドメインから分離される第1のCARが構築され得る。異なる抗原を認識する第2のCARは、ITIM含有エンドドメインから構成され得る。第2の受容体の同種抗原の認識は、膜への去勢シグナル融合タンパク質のリクルート、および続いてプロテアーゼ認識部位における切断をもたらすであろう。このような切断は、第1の受容体から活性化エンドドメインを分離し、前記受容体の活性化およびシグナル伝搬を防止する。
これは、第1のCARが単独で活性化された場合(すなわち、第1のCARがその同種抗原に結合したが、第2のCARがその同種抗原に結合しなかった場合)にのみ、持続的なシグナルが伝達される「AND NOT」型論理ゲートをもたらすであろう。例えば、単一抗原の存在(または非存在)が癌を有効に描写することは比較的珍しく、これが特異性の欠如をもたらし得るので、このような「論理ゲート」は有用であり得る。正常細胞上の抗原発現の標的化は、オンターゲットオフ腫瘍毒性をもたらす。いくつかの癌では、腫瘍は、1つの抗原(典型的には、組織特異的抗原)の存在、および正常細胞上に存在する別の抗原の不存在によって最も首尾よく定義される。例えば、急性骨髄性白血病(AML)細胞は、CD33を発現する。正常幹細胞はCD33を発現するがCD34も発現する一方、AML細胞は典型的にはCD34陰性である。AMLを処置するためのCD33のみの標的化は、それが正常な幹細胞を枯渇させるので、顕著な毒性に関連する。しかしながら、CD33陽性であるがCD34陽性ではない細胞の特異的な標的化は、このかなりのオフターゲット毒性を回避するであろう。
このような「AND NOT」ゲートのための抗原の潜在的なペアは、表2に示されている。
Figure 2022066380000031
一例として、膜貫通ドメインと活性化エンドドメインとの間にプロテアーゼ切断部位を含む受容体は、切断可能なCD3ゼータエンドドメインを有するCD19に対するCARを含有する配列番号57として示されている配列であり得る。
Figure 2022066380000032
適切には、受容体は、配列番号57として示されている配列;または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
受容体が、プロテアーゼ切断部位を介して阻害性エンドドメインに融合された活性化エンドドメインを含む場合、去勢シグナル融合タンパク質は、人工シグナル伝達ドメインを活性化するために使用され得る。例えば、そのエンドドメインが、プロテアーゼ切断部位を介して阻害性エンドドメインに融合された活性化エンドドメインを含む第1のCARが構築され得る。異なる抗原を認識する第2のCARは、ITIM含有エンドドメインから構成され得る。第2の受容体の同種抗原の認識は、膜への去勢シグナル融合タンパク質のリクルート、および続いて第1の受容体の活性化エンドドメインからの阻害性エンドドメインの切断をもたらすであろう。活性化ドメインからの阻害性ドメインの切断およびそれによる分離は、抗原結合後の第1のCARの活性化を可能にし、したがって第1の受容体を介したシグナル伝達の活性化を可能にするであろう。
これは、第1の受容体および第2の受容体が両方とも活性化された場合のみ、生産的なシグナル伝達が起こる「AND」型CAR論理ゲートをもたらすであろう。例えば、ほとんどの癌は、単一抗原に基づいて正常組織と区別され得ないので、このような「論理ゲート」は有用である。したがって、正常組織が治療によって損傷されるかなりの「オンターゲットオフ腫瘍」毒性が生じる。いくつかの癌では、2つの癌抗原の存在の標的化が、1つの標的化よりも選択的であり、したがって有効であり得る。例えば、B慢性リンパ性白血病(B-CLL)は、CD19を標的化することによって現在処置されている一般的な白血病である。これはリンパ腫を処置するだけではなく、処置がかなりの毒性効果を有するような、B細胞区画全体を枯渇させるものである。B-CLLは、CD5およびCD19が共発現されるという点で普通ではない表現型を有する。CD5およびCD19を発現する細胞のみを標的化することによって、オンターゲットオフ腫瘍毒性をかなり減少させることが可能であろう。
このような「AND」論理ゲートのための抗原の潜在的なペアは、表3に示されている。
Figure 2022066380000033
一例として、プロテアーゼ切断部位を介して阻害性エンドドメインに融合された活性化エンドドメインを含む受容体は、CD3ゼータエンドドメインおよび切断可能なCD148エンドドメインを有するCD19に対するCARを含有する配列番号58として示されている配列であり得る。
Figure 2022066380000034
適切には、受容体は、配列番号58として示されている配列;または少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%の配列同一性を有するその変異型を含み得る。
遮断シグナル
本発明は、リン酸化免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)に結合するがキナーゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む切断型タンパク質を提供する。
例えば、切断型タンパク質は、ZAP70 SH2ドメインを含み得るが、ZAP70キナーゼドメインを欠き得る。換言すれば、本発明は、(i)配列番号2として示されている配列を含むが、配列番号26として示されている配列を含まない切断型タンパク質を提供する。
ZAP70 SH2ドメインの過剰発現は、全長/野生型ZAP70との競合をもたらす。切断型ZAP70はシグナルを伝搬し得ないので、シグナル伝達は、野生型ZAP70と切断型タンパク質との比に比例して減少する。これは、T細胞活性化の強度を減少させて、例えばT細胞過剰活性化(これは、T細胞枯渇、活性化誘導性細胞死をもたらし得、臨床状況ではサイトカインストームをもたらし得る)を防止するために有用であり得る。
本発明はまた、リン酸化免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ(ITIM)に結合するがホスファターゼドメインを欠くタンパク質由来のSH2ドメインを含む切断型タンパク質を提供する。
例えば、切断型タンパク質は、PTPN6 SH2ドメインを含み得るが、PTPN6ホスファターゼドメインを欠き得る。換言すれば、本発明は、(i)配列番号6として示されている配列を含むが、配列番号27として示されている配列を含まない切断型タンパク質を提供する。
この場合、ITIMシグナル伝達は、野生型PTPN6と切断型タンパク質との比に比例して減少し得る。これは、PD1シグナル伝達などの阻害性シグナルを減少させるために有用であり得る。これは、T細胞が、PDL1(または類似の阻害性受容体)を過剰発現して免疫拒絶を回避する腫瘍を標的化する場合に適用され得る。
上記遮断シグナルまたはクロスワイヤーシグナルの使用は、典型的には抗体を用いてPD-L1/PD1などの単一リガンド/受容体相互作用を遮断する伝統的な免疫チェックポイント遮断アプローチよりも顕著な利点を提供する。上記で説明されているように、阻害性免疫受容体クラスは、T細胞状態によって変動する冗長および発現パターンを有する多くのメンバーを含有する。抗体または組換えリガンド/受容体の使用は、一方の阻害性受容体を有効に遮断し得るが、他方のものから伝達される阻害性シグナルに影響を与えないであろう。個々の阻害性受容体のゲノム編集(Mengerら、Cancer Res.2016 Apr 15;76(8):2087-93)は、同様の制限を有する。個々の阻害性受容体と共刺激性ドメインとの融合物の戦略もまた、同様の制限に悩まされている(Liuら、Cancer Res.2016 Mar 15;76(6):1578-90)。
本発明の方法は、ITIMを介して伝達される阻害性シグナルを遮断(および戦略に応じて再解釈)するであろう。したがって、全クラスの阻害性シグナルがモジュレートされる。ITIMを介してシグナル伝達する阻害性受容体のリストは、Odorizzi and Wherry(2012)J.Immunol.188:2957-2965の表IIに提供されている。それらとしては、PD1、BTLA、2B4、CTLA-4、GP49B、Lair-1、Pir-B、PECAM-1、CD22、Siglec7、Siglec9、KLRG1、ILT2、CD94-NKG2AおよびCD5が挙げられる。
核酸
一態様では、本発明は、本発明の融合タンパク質または切断型タンパク質をコードする核酸を提供する。
本明細書で使用される用語「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド」および「核酸」は、互いに同義語であることを意図する。
当業者であれば、多数の異なるポリヌクレオチドおよび核酸が、遺伝コードの縮重の結果として同じポリペプチドをコードし得ることを理解する。加えて、当業者であれば、ポリペプチドが発現される任意の特定の宿主生物のコドン使用頻度を反映するために、ルーチンな技術を使用して、本明細書記載のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド配列に影響を与えないヌクレオチド置換を行い得ると理解されよう。
本発明にしたがう核酸は、DNAまたはRNAを含み得る。それらは、単鎖または二本鎖であり得る。それらはまた、その中に合成ヌクレオチドまたは改変ヌクレオチドを含むポリヌクレオチドであり得る。オリゴヌクレオチドに対するいくつかの異なる種類の改変が当技術分野で公知である。これらとしては、メチルホスホネート骨格およびホスホロチオエート骨格、分子の3’および/または5’末端におけるアクリジンまたはポリリシン鎖の付加が挙げられる。本明細書記載の使用の目的のために、ポリヌクレオチドは、当技術分野で利用可能な任意の方法によって改変され得ると理解すべきである。このような改変は、目的のポリヌクレオチドのインビボ活性または寿命を増強するために行われ得る。
ヌクレオチド配列に関して、用語「変異体」、「相同体」または「誘導体」は、配列からのまたは配列への1つ(またはそれを超える)核酸の任意の置換、変異、改変、置き換え、欠失または付加を含む。
核酸構築物
一態様では、本発明は、本発明の切断型タンパク質または融合タンパク質を別のタンパク質と共発現する核酸構築物を提供する。核酸構築物は、本発明の切断型タンパク質または融合タンパク質をコードする核酸配列;および別のタンパク質をコードする核酸を含み得る。
本発明は、本発明の切断型タンパク質または融合タンパク質をキメラ抗原受容体と共発現する核酸構築物を提供する。核酸構築物は、(i)本発明の切断型タンパク質または融合タンパク質をコードする核酸配列;および(ii)キメラ抗原受容体をコードする核酸を含み得る。
キメラ抗原受容体(CAR)は、CD3ゼータなどのITAM含有エンドドメインを含む活性化CARであり得る。CARは、国際公開第2015/075469号に記載されているように「ライゲーション・オフ」エンドドメイン(これは、CD148またはCD45などの受容体様チロシンホスファターゼ由来のエンドドメインの全部または一部を含み得る)を含む阻害性CARであり得る。CARは、国際公開第2015/075470号に記載されているように「ライゲーション・オン」エンドドメイン(これは、ITIMドメインを含み得る)を含む阻害性CARであり得る。
本発明の融合タンパク質および切断型タンパク質は、2つまたはそれを超えるCARの「論理ゲート」の組み合わせを発現する細胞と一緒に使用され得る。ORゲートは、国際公開第2015/075468号に記載されているように2つの活性化CARを含む。ANDゲートは、国際公開第2015/075469号に記載されているように活性化CARおよび「ライゲーション・オフ」阻害性CARを含む。AND notは、国際公開第2015/075470号に記載されているように活性化CARおよび「ライゲーション・オン」阻害性CARを含む。
したがって、本発明は、
(i)本発明の切断型タンパク質または融合タンパク質をコードする核酸配列;
(ii)第1のキメラ抗原受容体(CAR);および
(iii)第2のキメラ抗原受容体
を含む核酸構築物を提供する。
本発明の転写シグナル態様に関して、(i)SH2ドメイン;およびプロテアーゼドメインを含む融合タンパク質をコードする核酸配列;ならびに(ii)膜繋留;プロテアーゼ認識部位;および転写因子を含む膜繋留転写因子をコードする核酸配列を含む核酸構築物が提供される。
本発明の去勢シグナル態様に関して、(i)SH2ドメインおよびプロテアーゼドメイン(例えば、TeVドメイン)を含む融合タンパク質をコードする核酸配列;ならびに(ii)プロテアーゼ切断部位を含む受容体をコードする核酸配列を含む核酸構築物が提供される。
例えば、本発明は、(a)(i)PTPN6 SH2ドメイン;および(ii)プロテアーゼドメイン(例えば、TeVドメイン)を含む融合タンパク質をコードする核酸配列;(b)プロテアーゼ切断部位を含む受容体をコードする核酸配列;ならびに(c)ITIM含有エンドドメインを含む受容体をコードする核酸配列を含む核酸構築物を提供する。
受容体は、T細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)であり得る。
適切には、核酸配列(b)によってコードされるタンパク質は、(i)膜貫通ドメインと活性化エンドドメインとの間のプロテアーゼ切断部位;または(ii)プロテアーゼ切断部位を介して阻害性エンドドメインに融合された活性化エンドドメインを含むT細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)であり得る。
本発明の核酸構築物が別個のポリペプチドを生成する場合、例えば、それが本発明の融合タンパク質およびCARを共発現する場合、それはまた、両タンパク質の発現を可能にする核酸配列を含み得る。例えば、それは、2つの核酸配列間の切断部位をコードする配列を含み得る。新生ポリペプチドが生成されると、いかなる外部切断活性も必要とせずに、それが2つのタンパク質に直ぐに切断されるように、切断部位は自己切断性であり得る。
示されている配列を有する口蹄疫ウイルス(FMDV)2a自己切断ペプチドを含む様々な自己切断部位が公知である:
Figure 2022066380000035
共発現配列は、内部リボソームエントリー配列(IRES)であり得る。共発現配列は、内部プロモーターであり得る。
(詳細な説明)
キメラ抗原受容体(CAR)
図13で概略的に示されているCARは、細胞外抗原認識ドメイン(バインダー)を細胞内シグナル伝達ドメイン(エンドドメイン)に結び付けるキメラI型膜貫通タンパク質である。バインダーは、典型的にはモノクローナル抗体(mAb)から誘導された1本鎖可変フラグメント(scFV)であるが、抗体様抗原結合部位を含む他のフォーマットに基づくことも可能である。スペーサードメインは、通常膜からバインダーを単離し、好適な配向をもたせるのに必要である。使用される一般的なスペーサードメインは、IgG1のFcである。より小型のスペーサー、例えば、抗原によっては、CD8αからのストーク、さらにはIgG1ヒンジ単独でも十分であり得る。膜貫通ドメインは、細胞膜にタンパク質をつなぎ止め、スペーサーをエンドドメインに結び付ける。
初期のCAR設計は、FcεR1またはCD3ゼータのガンマ鎖のどちらかの細胞内部分から誘導されたエンドドメインを有していた。したがって、これらの第一世代受容体は、免疫学的シグナル1を伝達するもので、同種標的細胞のT細胞による致死を誘発するのに十分ではあったが、T細胞を十分に活性化して増殖および生存をもたらすことはなかった。この限界を克服するため、複合エンドドメインが構築された:T細胞共刺激分子の細胞内部分とCD3ゼータの細胞内部分の融合により、抗原認識後活性化シグナルおよび共刺激シグナルを同時に伝達することができる第二世代受容体がもたらされる。最も一般的に使用される共刺激ドメインは、CD28の共刺激ドメインである。これは、T細胞増殖を誘発する最も強力な共刺激シグナル、すなわち免疫学的シグナル2を供給する。また、生存シグナルを伝達する密接に関連したOX40および41BBなど、TNF受容体ファミリーのエンドドメインを含む一部の受容体も記載されている。活性化シグナル、増殖シグナルおよび生存シグナルを伝達することができるエンドドメインを有するさらにいっそう強力な第三世代CARが現在記載されている。
CARエンコード核酸は、例えば、レトロウイルスベクターを用いてT細胞に移入され得る。レンチウイルスベクターも使用され得る。こうして、多数のがん特異的T細胞が、養子細胞移入のために生成され得る。CARが標的抗原と結合したとき、これにより、活性化シグナルの、それが発現されるT細胞への伝達がもたらされる。すなわち、CARは、標的抗原を発現する腫瘍細胞に向けたT細胞の特異性および細胞傷害性を誘導する。
したがって、典型的には、CARは、(i)抗原結合ドメイン;(ii)スペーサー;(iii)膜貫通ドメイン;および(iii)シグナル伝達ドメインを含むかまたはこれと会合する細胞内ドメインを含む。
抗原結合ドメイン
抗原結合ドメインは、抗原を認識するCARの部分である。抗体、抗体模倣物、およびT細胞受容体の抗原結合部位に基づくものを含め、多数の抗原結合ドメインが当技術分野では知られている。例えば、抗原結合ドメインは、モノクローナル抗体から誘導された1本鎖可変フラグメント(scFv);標的抗原の天然リガンド;標的に対する十分な親和力をもつペプチド;単一ドメイン抗体;Darpin(設計されたアンキリン反復タンパク質)などの人工単一バインダー;またはT細胞受容体から誘導された単鎖を含み得る。
抗原結合ドメインは、抗体の抗原結合部位に基づかないドメインを含み得る。例えば、抗原結合ドメインは、腫瘍細胞表面受容体についての可溶性リガンド(例えば、サイトカインまたはケモカインなどの可溶性ペプチド)であるタンパク質/ペプチドに基づくドメイン;または膜結合リガンドもしくは結合対のカウンターパートを腫瘍細胞で発現させるための受容体の細胞外ドメインを含み得る。
抗原結合ドメインは、抗原の天然リガンドに基づき得る。
抗原結合ドメインは、コンビナトリアルライブラリーからの親和性ペプチドまたは新たに設計された親和性タンパク質/ペプチドを含み得る。
スペーサードメイン
CARは、抗原結合ドメインを膜貫通ドメインと連結し、空間的に抗原結合ドメインをエンドドメインから分離させるためのスペーサー配列を含み得る。可撓性スペーサーは、抗原結合ドメインを異なる方向で配向させることにより、結合を促進し得る。
2つのCARを必要とする本発明の態様では、第1のCARおよび第2のCARは、異なるスペーサー分子を含む。例えば、スペーサー配列は、例えば、IgG1 Fc領域、IgG1ヒンジまたはヒトCD8ストークまたはマウスCD8ストークを含み得る。あるいは、スペーサーは、IgG1 Fc領域、IgG1ヒンジまたはCD8ストークと類似した長さおよび/またはドメインスペーシング特性を有する代替的リンカー配列を含み得る。ヒトIgG1スペーサーは、Fc結合性モチーフを除去するために改変され得る。
上記スペーサードメインはすべて、ホモ二量体を形成する。しかしながら、機構は、ホモ二量体受容体の使用に限定されず、スペーサーが十分に強固である限り、単量体受容体で機能するはずである。このようなスペーサーの例は、CD2または切断型CD22である。
CARは典型的にはホモダイマーであるため(図13a参照)、交差対合がヘテロダイマー性キメラ抗原受容体を生じさせ得る。これは、例えば以下の様々な理由により望ましくない:(1)エピトープは、標的細胞上で同じ「レベル」にはないことがあり得、その結果、交差対合したCARは1つの抗原に結合できるのみであり得る;(2)2つの異なるscFvからのVHおよびVLは、取り換え可能であるが、標的を認識できないか、またはなお悪いことには予想外で予測外の抗原を認識することがあり得る。上記の「AND」および「AND NOT」ゲートの場合、第1のCARのスペーサーは、交差対合を回避するため第2のCARのスペーサーとは十分に異なるが、共局在することに関して十分類似であり得る。オーソロガススペーサー配列の対が使用され得る。例は、ネズミおよびヒトCD8ストーク、または、あるいはモノマー性であるスペーサードメイン、例えばCD2のエクトドメインである。
共局在するスペーサー対の例を下表に示す:
Figure 2022066380000036
膜貫通ドメイン
膜貫通ドメインは、膜にわたるCARの配列である。
膜貫通ドメインは、膜において熱力学的に安定しているいかなるタンパク質構造であってよい。これは、典型的には幾つかの疎水性残基で構成されるアルファ・へリックスである。いかなる膜貫通タンパク質の膜貫通ドメインでも、本発明の膜貫通部分を供給するのに使用され得る。タンパク質の膜貫通ドメインの存在および範囲は、TMHMMアルゴリズム(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/)を用いて当業者により決定され得る。さらに、タンパク質の膜貫通ドメインが比較的単純な構造、すなわち膜にわたるのに十分な長さを有する疎水性アルファへリックスを形成すると予測されるポリペプチド配列であるとすれば、人工的に設計されたTMドメインもまた使用され得る(米国特許第7052906B1号は、合成膜貫通成分について記載している)。
膜貫通ドメインは、CD28から誘導され得、良好な受容体安定性を与える。
活性化エンドドメイン
エンドドメインは、CARのシグナル伝達部分である。それは、CARの細胞内ドメインの部分であってもよいし、それに会合してもよい。抗原認識後、受容体がクラスター形成し、天然CD45およびCD148は、シナプスから排除され、シグナルは細胞へ伝達される。最も一般的に使用されるエンドドメイン成分は、3つのITAMを含むCD3-ゼータのエンドドメイン成分である。これは、抗原が結合された後、活性化シグナルをT細胞に伝達する。CD3-ゼータは、十分に適格な活性化シグナルを提供しない可能性があるので、追加の共刺激シグナル伝達が必要とされ得る。例えば、キメラCD28およびOX40は、CD3-ゼータと併用されて、増殖/生存シグナルを伝達し得るか、または3つ全部が一緒に使用され得る。
CARが活性化エンドドメインを含む場合、該細胞は、CD3-ゼータエンドドメイン単独、CD28またはOX40どちらかのエンドドメインと共にCD3-ゼータエンドドメインまたはCD28エンドドメインならびにOX40およびCD3-ゼータエンドドメインを含み得る。
ITAMモチーフを含有する任意のエンドドメインは、本発明において活性化エンドドメインとして作用し得る。ITAMモチーフを含有する適切なエンドドメインは、本明細書に記載されている。
阻害性ドメイン
「AND」ゲートとして上記で言及される実施形態では、第1のCARは、プロテアーゼ切断部位を介して阻害性エンドドメインに融合された活性化エンドドメインを含み得る。このようなものとして、阻害性エンドドメインは、第2のCARの活性化の非存在下では、第1のCARによってT細胞活性化を阻害する。第2のCARが活性化されると、第2のCARのエンドドメインにおけるITIMがリン酸化され、PTPN6/プロテアーゼドメイン融合タンパク質が膜にリクルートされる。これは、活性化エンドドメインと阻害性エンドドメインとの間の第1のCARの切断をもたらして、T細胞活性化を可能にする。
阻害性エンドドメインは、同じエンドドメインにある場合にCARを活性化することによってT細胞シグナル伝達を阻害する任意の配列を含み得る。
阻害性エンドドメインは、受容体様チロシンホスファターゼなどのチロシンホスファターゼであり得るかまたはこれを含み得る。阻害性エンドドメインは、CARの活性化エンドドメインと共局在化したときTCRシグナル伝達を阻害することができる任意のチロシンホスファターゼであり得るかまたはこれを含み得る。阻害性エンドドメインは、CARの活性化エンドドメインと共局在化したときTCRシグナル伝達を阻害することができるリン酸化ITAMについての十分に速い触媒速度を有する任意のチロシンホスファターゼであり得るかまたはこれを含み得る。
ベクター
本発明は、本発明に従う1つまたは複数の核酸配列あるいは構築物を含むベクター、またはベクターのキットも提供する。そのようなベクターを使用して核酸配列または構築物を宿主細胞に導入し、そうすることで核酸配列または構築物によってコードされるタンパク質を発現させることができる。
ベクターは、例えば、プラスミドまたはレトロウイルスベクターもしくはレンチウイルスベクターなどのウイルスベクター、またはトランスポゾンに基づくベクターまたは合成mRNAであってよい。
ベクターは、T細胞細胞にトランスフェクトまたは形質導入することができるものであってよい。
細胞
本発明はまた、本発明の融合タンパク質、切断型タンパク質、核酸および/または核酸構築物を含む免疫細胞に関する。
細胞は、細胞溶解性免疫細胞であり得る。
細胞溶解性免疫細胞は、細胞媒介性免疫において中心的役割を演じるリンパ球のタイプであるT細胞またはTリンパ球であり得る。それらは、細胞表面におけるT細胞受容体(TCR)の存在により、B細胞およびナチュラルキラー細胞(NK細胞)など、他のリンパ球とは区別することができる。下記で概説する通り、様々なタイプのT細胞がある。
ヘルパーTヘルパー細胞(TH細胞)は、形質細胞および記憶B細胞へのB細胞の成熟、ならびに細胞傷害性T細胞およびマクロファージの活性化を含む、免疫学的プロセスで他の白血球を補助する。TH細胞は、それらの表面でCD4を発現する。TH細胞は、抗原提示細胞(APC)の表面でMHCクラスII分子によりペプチド抗原と共に提示されたときに活性化される。これらの細胞は、種々のサイトカインを分泌することにより、種々のタイプの免疫応答を促進する、TH1、TH2、TH3、TH17、Th9、またはTFHを含む、幾つかのサブタイプのうちの1つに分化し得る。
細胞傷害性T細胞(TC細胞またはCTL)は、ウイルス感染細胞および腫瘍細胞を破壊し、また移植拒絶でも関与する。CTLは、それらの表面でCD8を発現する。これらの細胞は、全有核細胞の表面に存在する、MHCクラスIに随伴する抗原に結合することにより標的を認識する。調節性T細胞により分泌されるIL-10、アデノシンおよび他の分子を通じて、CD8+細胞はアネルギー状態に不活化され得、実験的自己免疫脳脊髄炎などの自己免疫疾患を防止する。
記憶T細胞は、感染の消散後長期にわたって持続する抗原特異的T細胞のサブセットである。それらは、それらの同種抗原に再曝露されると、迅速に多数のエフェクターT細胞に拡大し、過去の感染に対する「記憶」をもつ免疫系を提供する。記憶T細胞は、3つのサブタイプ:セントラル記憶T細胞(TCM細胞)および2タイプのエフェクター記憶T細胞(TEM細胞およびTEMRA細胞)を含む。記憶細胞は、CD4+またはCD8+のいずれかであり得る。記憶T細胞は、典型的には細胞表面タンパク質CD45ROを発現する。
以前にはサプレッサーT細胞として知られていた、調節性T細胞(Treg細胞)は、免疫寛容の維持に非常に重要である。それらの主たる役割は、免疫反応の終末に向けてT細胞媒介性免疫を制止し、胸腺での負の選択のプロセスを逃れた自己反応性T細胞を抑制することである。
CD4+Treg細胞の2つの主なクラス-天然に存在するTreg細胞および適応Treg細胞については記載されている。
天然に存在するTreg細胞(CD4+CD25+FoxP3+Treg細胞としても知られている)は、胸腺で生じ、TSLPで活性化された骨髄性(CD11c+)樹状細胞および形質細胞様(CD123+)樹状細胞の両方と発達中のT細胞との間の相互作用に関連付けられている。天然に存在するTreg細胞は、FoxP3と呼ばれる細胞内分子の存在により他のT細胞からは区別され得る。FOXP3遺伝子の変異は、調節性T細胞の発達を防止し得るため、致命的な自己免疫疾患IPEXが引き起こされ得る。
適応Treg細胞(Tr1細胞またはTh3細胞としても知られている)は、正常な免疫応答中に生じ得る。
ナチュラルキラー細胞(またはNK細胞)は、先天性免疫系の一部を形成する細胞溶解性細胞の1タイプである。NK細胞は、MHC非依存的にウイルス感染細胞からの内生シグナルに対して、迅速な応答を提供する。
NK細胞(自然リンパ球の群に属する)は、大顆粒リンパ球(LGL)として定義され、Bリンパ球およびTリンパ球を生じる共通のリンパ性前駆細胞から分化した第3の種類の細胞を構成する。NK細胞は、骨髄、リンパ節、脾臓、扁桃および胸腺で分化および成熟し、次いでそこから循環系に入ることが知られている。
本発明の細胞は、上記で挙げた細胞タイプのいずれでもよい。
本発明の分子を発現するTまたはNK細胞は、患者自身の末梢血から(第1団)、またはドナー末梢血からの造血幹細胞移植の状況において(第2団)、または非関連ドナーからの末梢血(第3団)から生体外で作製され得る。
あるいは、本発明の分子を発現するTまたはNK細胞は、T細胞への誘導性前駆細胞または胚性前駆細胞の生体外分化から誘導され得る。あるいは、溶解機能を保持し、治療薬として作用することができる不死化T細胞系も使用され得る。
これらのすべての実施形態において、細胞は、ウイルスベクターでの形質導入、DNAまたはRNAでのトランスフェクションを含む多くの手段のうちの1つにより受容体構成成分およびシグナル伝達構成成分をコードするDNAまたはRNAを導入することにより生成される。
本発明の細胞は、被験体由来の生体外TまたはNK細胞であり得る。TまたはNK細胞を、末梢血単核細胞(PBMC)試料から得てもよい。TまたはNK細胞は、本発明の核酸で形質導入される前に、例えば抗CD3モノクローナル抗体での処理により活性化および/または拡大され得る。
本発明のTまたはNK細胞は、
(i)被験体または上記で挙げた他の供給源からのTまたはNK細胞含有試料の単離;および
(ii)本発明に従う1つまたはそれより多くの核酸配列(複数も可)によるTまたはNK細胞の形質導入またはトランスフェクション
により作製され得る。
次いで、T細胞またはNK細胞は、抗原結合ポリペプチドの抗原結合ドメインの発現を基準にして選択されて、精製される。
本発明はまた、本発明の融合タンパク質または切断型タンパク質およびキメラ抗原受容体(CAR)を含む細胞を提供する。
キメラ抗原受容体(CAR)は、CD3ゼータなどのITAM含有エンドドメインを含む活性化CARであり得る。CARは、国際公開第2015/075469号に記載されているように「ライゲーション・オフ」エンドドメイン(これは、CD148またはCD45などの受容体様チロシンホスファターゼ由来のエンドドメインの全部または一部を含み得る)を含む阻害性CARであり得る。CARは、国際公開第2015/075470号に記載されているように「ライゲーション・オン」エンドドメイン(これは、ITIMドメインを含み得る)を含む阻害性CARであり得る。
本発明の融合タンパク質および切断型タンパク質は、2つまたはそれを超えるCARの「論理ゲート」の組み合わせを発現する細胞と一緒に使用され得る。ORゲートは、国際公開第2015/075468号に記載されているように2つの活性化CARを含む。ANDゲートは、国際公開第2015/075469号に記載されているように活性化CARおよび「ライゲーション・オフ」阻害性CARを含む。AND notは、国際公開第2015/075470号に記載されているように活性化CARおよび「ライゲーション・オン」阻害性CARを含む。
したがって、本発明は、
(i)本発明の切断型タンパク質または融合タンパク質をコードする核酸配列;
(ii)第1のキメラ抗原受容体(CAR);および
(iii)第2のキメラ抗原受容体
を含む細胞を提供する。
本発明の転写シグナル態様に関して、(i)SH2ドメインおよびプロテアーゼを含む融合タンパク質;ならびに(ii)膜繋留、プロテアーゼ認識部位;および転写因子を含む膜繋留転写因子を含む細胞が提供される。
本発明の去勢シグナル態様に関して、(i)SH2ドメインおよびプロテアーゼを含む融合タンパク質;ならびに(ii)プロテアーゼ切断部位を含む受容体を含む細胞が提供される。
受容体は、例えば、(i)膜貫通ドメインと活性化エンドドメインとの間のプロテアーゼ切断部位;または(ii)プロテアーゼ切断部位を介して阻害性エンドドメインに融合された活性化エンドドメインを含むT細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)であり得る。
組成物
本発明はまた、本発明の複数の細胞を含む医薬組成物に関する。医薬組成物は、さらに薬学的に許容し得る担体、希釈剤または賦形剤を含んでいてもよい。医薬組成物は、所望により1種またはそれより多くのさらなる医薬活性ポリペプチドおよび/または化合物を含んでいてもよい。かかる製剤は、例えば、静脈内注入に好適な形態であり得る。
処置方法
本発明の細胞は、がん細胞などの標的細胞を殺すことができるものであればよい。
本発明の細胞は、ウイルス感染症などの感染症の処置に使用され得る。
本発明の細胞はまた、例えば自己免疫疾患、アレルギーおよび移植片対宿主拒絶における、病的免疫応答の制御に使用され得る。
本発明の細胞は、膀胱がん、乳がん、結腸がん、子宮体がん、腎臓がん(腎細胞)、白血病、肺がん、メラノーマ、非ホジキンリンパ腫、膵臓がん、前立腺がんおよび甲状腺がんなどのがん性疾患の処置に使用され得る。
本発明の細胞は、舌、口および咽頭のがんを含む口腔および咽頭のがん;食道がん、胃がんおよび結腸直腸がんを含む消化器系のがん;肝細胞癌および胆管癌を含む肝臓および胆道系のがん;気管支原性がんおよび喉頭のがんを含む呼吸器系のがん;骨肉腫を含む骨および関節のがん;メラノーマを含む皮膚のがん;乳がん;女性における子宮がん、卵巣がんおよび子宮頸がん、男性における前立腺がんおよび精巣がんを含む生殖器のがん;腎細胞癌および尿管(utterer)もしくは膀胱の移行上皮癌を含む腎臓系(renal tract)のがん;神経膠腫、多形神経膠芽腫および髄芽腫(medullobastoma)を含む脳がん;甲状腺がん、副腎癌および多発性内分泌腫瘍症候群に随伴するがんを含む内分泌系のがん;ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫を含むリンパ腫;多発性骨髄腫および形質細胞腫;急性および慢性の両方の、骨髄性またはリンパ性の白血病;ならびに神経芽細胞腫を含む他の部位および非特定部位のがんを処置するのに使用され得る。
本発明の細胞による処置は、標準的手法で起こることが多い腫瘍細胞のエスケープまたは放出を防止するのを助け得る。
以下、実施例により本発明をさらに記載するが、これは、本発明を実施する上で当業者を助ける役割を果たすことを意味するもので、本発明の範囲をいかなる意味にせよ限定する意図はない。
実施例1-増大されたシグナルまたは非生理学的シグナルへのT細胞活性化経路の従属
T細胞を活性化する場合、シグナルをモジュレートまたは再伝達することができるように、T細胞活性化シグナルを従属させるまたは「ハイジャック」することができるかを決定するために、初期T細胞シグナル活性化に関与する多くのSH2ドメインを試験した。
本発明者らは、AKTのキナーゼドメインをZap70、Grap、Grb2およびPLCγ由来のSH2ドメインに連結することによって、いくつかのキメラAKT構築物を生成した(図8)。
非形質導入(NT)T細胞では、OKT3で処置してTCRの架橋および活性化を誘導した後に、内因性AKTの非常に低レベルのリン酸化が検出可能であった(図10b:上のパネル)。しかしながら、Zap-AKT構築物を発現する細胞では、有意なレベルのホスホ-AKTが観察された(図10b:下のパネル)。
T細胞活性化のためのリンカー(LAT)はZAP70の下流標的であり、Grb2、GrapおよびPLCγなどのいくつかのSH2含有タンパク質によって結合される。これらの各LATバインダー由来のSH2ドメインもまた、CD3ゼータからの活性化シグナルをハイジャックすることを可能にすると予想された。しかしながら、これは当てはまらなかった。
AKTキナーゼドメインをGrb2、GrapまたはPLCγ由来のSH2ドメインに連結した場合、NT T細胞について観察されたレベルを超えるAKTキナーゼドメインのTCR依存性リン酸化は観察されなかった(図9a)。
これは、このT細胞シグナル伝達ハイジャック系が、Zap70または非受容体6型チロシンプロテインホスファターゼ(PTPN6)などの非常に初期のT細胞シグナル伝達分子由来のタンデムSH2ドメインを特に必要とすることを実証している。
実施例2-転写制御
TeVプロテアーゼをZap70 SH2ドメインに融合した。膜結合転写因子も以下のように生成した:TeV切断部位によって分離されたVP16/GAL4転写因子とインフレームで、RQR8をクローニングした。この融合タンパク質は、TeVが切断されると、(核局在化シグナルを含有する)VP16/GAL4転写因子の放出を可能にする。
これらのタンパク質を両方とも、CD19特異的キメラ抗原受容体も発現するT細胞において発現させた。ZAP70-TeVのアプローチが必要であることを実証するために、そのエンドドメインをTeVで置換したCD19 CARと共に転写因子を共発現させた(図11)。
T細胞をCD19陰性および陽性標的に曝露した。GALv/VP16に応答するルシフェラーゼカセットによって、転写活性化を測定した。標準CD19 CARをZAP-TeVおよび膜繋留転写因子と共発現させた条件のみが、CD19が認識されると、選択的転写活性化をもたらした。TeVに直接融合したCD19 CARは、構成的転写活性化をもたらした(図12)。
実施例3-切断型SHP-1(PTPN6)または切断型SHP-2を使用したPD-1シグナル遮断
以下の表に示されているように、PBMC細胞を形質導入した:
Figure 2022066380000037
細胞を、CD19、PDL1またはその両方を形質導入したSupT1細胞と共に48時間共培養し、IFNγ放出をELISAによって測定した。結果は、図15に示されている。
SupT1標的細胞上のPDL1の存在は、IFNγ放出の減少を引き起こした。切断型SHP-1または切断型SHP-2構築物と共にCARを発現するPBMCでは、CARのみを発現するものと比較して、IFNγ放出が増加した。これは、切断型SHp-1およびSHP-2構築物が、標的細胞からのPDL1阻害性シグナルを成功裏に阻害したことを示している。
実施例4-SHP-2 SH2ドメインとZap70キナーゼとの融合物を使用したPD-1シグナルハイジャック
以下の表に示されているように、PBMC細胞を形質導入した:
Figure 2022066380000038
細胞を、CD19またはPDL1を形質導入したSupT1細胞と共に1:1の比で24時間共培養した。IFNγ放出をELISAによって測定した(図16A)。CAR-SHP2.Zap70+PD1形質導入T細胞をPDL1 SupT1標的細胞と共に共培養すると、CAR+PD1形質導入T細胞と比較して、IFN-γ産生の増加が見られた。
細胞毒性アッセイも行って、SupT1細胞の死滅をFACSによって定量した(図16B)。PDL1陽性標的細胞をCAR-SHP2.Zap70+PD1形質導入T細胞と共に共培養すると、PDL1 SupT1標的のほぼ完全な死滅が観察された。対照的に、CAR+PD1のみの構築物では、死滅が見られなかった。これにより、SHP2のホスファターゼドメインをZap70のキナーゼドメインで置換すると、阻害性PD1シグナルが活性化シグナルに成功裏に変換されたことが示された。したがって、SHP-2-Zap70キナーゼ融合タンパク質は阻害性PDL1-PD1シグナルを成功裏にハイジャックし、それをT細胞活性化シグナルに変えた。
上記の明細書で挙げた出版物は全て、参照により本明細書に援用する。本発明の記載された方法および系の様々な修飾および変形は、本発明の範囲および趣旨から逸脱することなく当業者には明らかである。本発明を特定の好ましい実施形態と共に記載したが、請求されている本発明は、かかる特定の実施形態に過度に限定されるべきではないことを理解するべきである。事実、分子生物学、細胞免疫学または関連分野における専門家にとって明白な、本発明を実施するために記載された方法の様々な修飾も以下の特許請求の範囲の範囲内に含まれるものとする。

Claims (1)

  1. 本明細書および図面に記載の物、方法またはシステム。
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