JP2022023150A

JP2022023150A - 変異したプロトポルフィリノーゲンｉｘオキシダーゼ（ｐｐｘ）遺伝子

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Publication number: JP2022023150A
Application number: JP2021171606A
Authority: JP
Inventors: エフ．ダブリュー．ゴーカル，グレゴリー; F W Gocal Gregpry; アール．ビーサム，ピーター; R Beetham Peter; スコプケ，アウラデ; De Schopke Aura; ダム，サラ; Dumm Sarah; ピアース，ジェームス; Pearce James; スコプケ，クリスチャン; Schopke Christian; エー．ウォーカー，ケイス; A Walker Keith
Original assignee: Cibus Europe BV; Cibus US LLC
Current assignee: Cibus Europe BV; Cibus US LLC
Priority date: 2010-08-03
Filing date: 2021-10-20
Publication date: 2022-02-07
Anticipated expiration: 2031-08-02
Also published as: WO2012018862A2; CA3084764C; JP7354205B2; JP2013545434A; BR112013002543B1; IL266730A; MX2013001299A; ZA201301067B; MX2020011389A; CN107384911B; JP2023183416A; PL2600710T3; IL294685A; NZ607627A; DK2600710T3; JP6396958B2; CN103327809A; SI2600710T1; CA3210405A1; CL2013000341A1

Abstract

【課題】変異したプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子を含む、ＰＰＸを阻害する除草剤に対して抵抗性を有し得る植物または植物細胞を提供する。【解決手段】特定のアミノ酸に人為的に導入された標的化変異を有するＰＰＸ遺伝子を含む植物または植物細胞、および、ＰＰＸ遺伝子に標的化した変異を有する遺伝子修復オリゴ核酸塩基（ＧＲＯＮ）を植物細胞に導入することを含む、前記植物細胞の産生方法を提供する。【選択図】なし

Description

本開示は、少なくとも部分的には、植物における遺伝子および／またはタンパク質の変異に関する。

以下の記述は、本発明の理解を助けることのみを意図して提供されるもので、従来の技術を記載または構成することを認めているものではない。

植物のＰＰＸ遺伝子における特定の変異の例が報告されている。例えば、米国特許第５，７６７，３７３号は、「除草剤耐性である天然のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ（プロトックス）または該酵素の改変体をコードする真核生物ＤＮＡ配列」を開示し；米国特許第６，２８２，８３７号は、「除草剤耐性である天然のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ（プロトックス）または該酵素の改変体をコードする真核生物ＤＮＡ配列および除草剤に対する耐性を与える改変されたプロトックス活性を有する植物を使って雑草を抑制する方法」を開示し；米国特許第６，３０８，４５８号は、「プロトックス阻害型除草剤に対して耐性のある改変されたプロトックス酵素をコードするＤＮＡ配列で形質転換したトランスジェニック植物もしくは植物種子の個体群、または該トランスジェニック植物または植物種子の固体群を栽培している場所に、有効量のプロトックス阻害型除草剤を適用することを含む、望ましくない植生の成長を抑制するための方法」を開示し；米国特許第６，９０５，８５２号は、「配列ＩＤ番号２［ＰＰＸタンパク質］により表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドまたは上記アミノ酸配列中の１つまたは複数のアミノ酸の欠失、付加、置換などによりそこから誘導される変異したペプチドを含み、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼの活性に実質的に相当する活性を有する、光退色除草剤およびその誘導体に対して耐性のあるプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ」を開示している；米国特許第（）号は、「作物植物にプロトポルフィリノーゲン阻害型除草剤に対する抵抗性を与える方法。抵抗性は、ポルフィリン系除草剤に対して抵抗性のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼをコードする、クローニングしたＤＮＡを発現するように遺伝子操作することにより与えられる」を開示している；米国特許出願公開第２００２００８６３９５号は、（１）各条件下で、形質転換体の成長率を測定するために、試験化合物の存在および非存在の各比較系において、ＤＮＡフラグメント中に存在するプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ遺伝子を発現する形質転換体を、プロトヘム化合物を実質的に含まない培地で培養するステップ（ただし、前記形質転換体は、宿主細胞中で機能可能なプロモーターおよびプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ遺伝子が作動可能に連結しているＤＮＡフラグメントによって形質転換されたプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ活性に基いて、成長能力に不足のある宿主細胞から生じる）、ならびに（２）成長率などを比較することにより、化合物のプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ活性を阻害する能力を求めるステップを含む、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ活性を阻害する化合物の能力の評価の方法」を開示している；ＰａｔｚｏｌｄｔＷＬら、ＰＮＡＳＵＳＡ１０３：１２３２９－３４（２００６年）は、ＰＰＸの「Ｇ２１０コドンに対応する３－ｂｐ欠失」を開示している；ＬｉＸら、ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌｏｇｙ１３３：７３６－４７（２００３年）は、「植物プロトポルフィリノーゲン（ＰＰＯ）遺伝子の単離および除草剤耐性変異の単離」を開示している。ＰＰＯおよびＰＰＸという用語は、本明細書中では同義語的に使用される。

本開示は、少なくとも部分的には、植物における遺伝子およびタンパク質変異に関係する方法および組成物に関する。いくつかの態様および実施形態において、本開示はまた除草剤耐性の植物を作り出すための組成物および方法に関係する可能性がある。本開示の方法および組成物は、少なくとも部分的にはプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子における変異に関する。

１つの態様において、変異したＰＰＸ遺伝子を含む植物または植物細胞が提供される。特定の実施形態において、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したＰＰＸタンパク質をコードする。特定の実施形態において、変異したＰＰＸ遺伝子を含む植物細胞を有する植物は、除草剤耐性、例えば、ＰＰＸを阻害する除草剤に対して抵抗性を有し得る。特定の実施形態において、該植物または植物細胞は非トランスジェニックである。特定の実施形態において、該植物または植物細胞はトランスジェニックである。本開示は、また、かかる変異したＰＰＸ遺伝子を含む組み換えベクター、ならびにかかる変異したＰＰＸ遺伝子を含むトランスジェニック植物を提供する。

本明細書中で使用される場合、「ＰＰＸ遺伝子」という用語は、アミノ酸配列配列ＩＤ番号：１と相同性および／もしくはアミノ酸同一性を共有し、ならびに／またはＰＰＸ活性を示すタンパク質をコードするＰＰＸポリペプチドを生成することの可能なＤＮＡ配列を指す。特定の実施形態において、該ＰＰＸ遺伝子は、特定のＰＰＸ遺伝子、例えばＳｔｍＰＰＸ１もしくはＳｔｍＰＰＸ２；または、例えばプラスチドのＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋＰＰＸ遺伝子、例えばＳｔｃＰＰＸ１、例えばミトコンドリアのＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋＰＰＸ遺伝子に対して７０％；７５％；８０％；８５％；９０％；９５％；９６％；９７％；９８％；９９％；または１００％の同一性を有する。特定の実施形態において、ＰＰＸ遺伝子は、図２、図４、図６、図８、図１０、図１２、図１４、図１６、図１８、図２０、図２２、図２４、図２６、図２８、図３０、図３２、図３４、図３６、図３８、図４１、図４３および図４５の配列から選択される配列に対して６０％；７０％；７５％；８０％；８５％；９０％；９５％；９６％；９７％；９８％；９９％；または１００％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ遺伝子はミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子、例えばＳｔｍＰＰＸ１またはＳｔｍＰＰＸ２である。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ遺伝子はプラスチドのＰＰＸ遺伝子、例えば、ＳｔｃＰＰＸである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ遺伝子はミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子の対立遺伝子、例えばＳｔｍＰＰＸ２．１またはＳｔｍＰＰＸ２．２である。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ遺伝子はプラスチドのＰＰＸ遺伝子の対立遺伝子；例えば、ＳｔｃＰＰＸ１またはＳｔｃＰＰＸ１．１である。ウォーターヘンプ（water hemp）などの一部の植物では、単一のＰＰＸ遺伝子のタンパク質産生物は、ＰａｔｚｏｌｄｔＷＬらによるＰＮＡＳＵＳＡ１０３：１、２３２９－３４（２００６年）で開示されているようにミトコンドリアおよびプラスチドの両方の産生物である。

本明細書中で使用される場合、「変異」という用語は正常な配列または野生型配列またはリファレンス配列、例えば配列ＩＤ番号：１もしくは配列ＩＤ番号２に比較して、核酸配列中の少なくとも１つのヌクレオチドの変化および／またはポリペプチド中の１つのアミノ酸変化を指す。いくつかの実施形態では、変異は除草剤耐性ではないＰＰＸタンパク質のヌクレオチドまたはアミノ酸配列と比較して、核酸配列における少なくとも１個のヌクレオチドの変化および／またはポリペプチドにおける１個のアミノ酸変化を指す。特定の実施形態において、変異は置換、欠失、反転または挿入を含み得る。いくつかの実施形態では、置換、欠失、挿入または反転は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４個のヌクレオチドでの変化を含み得る。いくつかの実施形態では、置換、欠失、挿入または反転は１、２、３、４、５、６、７または８のアミノ酸位置における変異を含み得る。「核酸」または「核酸配列」という用語は、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドおよびフラグメントまたはこれらの一部を指し、１本鎖の場合も２本鎖の場合もあり得、センス鎖またはアンチセンス鎖を表す。核酸はＤＮＡまたはＲＮＡを含み、天然起源または合成によるものとすることができる。例えば、核酸はｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含み得る。核酸は（例えばポリメラーゼ連鎖反応を使って）増幅された核酸を含み得る。変換「ＮＴｗｔ＃＃＃ＮＴｍｕｔ」は、変異型ＮＴｍｕｔによって置換されている核酸で位置＃＃＃にある野生型ヌクレオチドＮＴｗｔに帰結する変異を表すのに用いられる。ヌクレオチドを表す単一のアルファベット・コードは、米国特許審査手続便覧セクション２４２２、表１の記述に従う。この点において、ヌクレオチド指定「Ｒ」は、グアニンまたはアデニンなどのプリンを意味し、「Ｙ」はシトシンまたはチミン（ＲＮＡの場合はウラシル）などのピリミジンを意味する；「Ｍ」はアデニンまたはシトシンを意味する；「Ｋ」はグアニンまたはチミンを意味する；「Ｗ」はアデニンまたはチミンを意味する。

本明細書中で使用される場合、「変異したＰＰＸ遺伝子」という用語は、リファレンスＰＰＸ核酸配列と比較してヌクレオチド位置に１つまたは複数の変異を有するＰＰＸ遺伝子を指す。特定の実施形態において、変異したＰＰＸ遺伝子は、対応する野生型ＰＰＸ配列と比較して１つまたは複数の変異を有する。本明細書中で使用される場合、「野生型」という用語は、遺伝子座にある標準対立遺伝子、すなわち、特定の固体群において最高の頻度を有する対立遺伝子を指定するのに使われることもある。一部の事例では、野生型対立遺伝子は、特定のアミノ酸または核酸配列によって表されることもある。例えば、野生型のバレイショのプラスチドのＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７によって表され得る。例えば、野生型のバレイショのミトコンドリアのＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９によって表され得る。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、例えば、配列ＩＤ番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４１、４３もしくは４５、またはこれらのパラログの相同位置において、リファレンスＰＰＸ核酸配列と比較して１つまたは複数の変異を有する。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、少なくとも１つの変異によって改変される。他の実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、少なくとも２つの変異によって改変される。他の実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、少なくとも３つの変異によって改変される。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、表２、３ａおよび３ｂから選択される２つまたはそれ以上の核酸配列の変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、１つまたは複数の変異したミトコンドリアのＰＰＸタンパク質をコードする。他の実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、１つまたは複数の変異したプラスチドのＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子、例えば、変異したＳｔｍＰＰＸ１である。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子、例えば、変異したＳｔｍＰＰＸ２である。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したプラスチドのＰＰＸ遺伝子、例えば、変異したＳｔｃＰＰＸ１である。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子の対立遺伝子、例えば、変異したＳｔｍＰＰＸ２．１または、変異したＳｔｍＰＰＸ２．２である。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したプラスチドのＰＰＸ遺伝子の対立遺伝子、例えば、変異したＳｔｃＰＰＸ１または、変異したＳｔｃＰＰＸ１．１である。いくつかの実施形態では、プラスチドのＰＰＸ遺伝子に少なくとも１つの変異があり、さらにミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子に少なくとも１つの変異がある。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ遺伝子における１つまたは複数の変異は、除草剤耐性、例えば、ＰＰＸを阻害する除草剤に対する耐性につながる。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、リファレンスＰＰＸタンパク質に比較して、１つまたは複数の除草剤に対する耐性を増加した変異したＰＰＸタンパク質をコードする。

いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子における変異は、２つまたはそれ以上の変異の組合せを有するタンパク質をコードする。特定の実施形態においては、少なくとも１つの変異が、プラスチドのＰＰＸ遺伝子に存在し、少なくとも１つの変異がミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子に存在する。特定の実施形態において、その組合せは、表４ａおよび４ｂから選択される。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子における変異は、３つまたはそれ以上の変異の組合せ、例えば、表４ａおよび４ｂから選択される組合せを有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、プラスチドのＰＰＸ遺伝子におけるその少なくとも１つの変異およびミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子におけるその少なくとも１つの変異は、同一の対応する位置に存在する。他の実施形態では、プラスチドのＰＰＸ遺伝子におけるその少なくとも１つの変異およびミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子におけるその少なくとも１つの変異は、異なる対応する位置に存在する。

本明細書中で使用される場合、「ＰＰＸタンパク質」という用語は、配列ＩＤ番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４０、４２または４４のＰＰＸタンパク質に対して、相同性および／またはアミノ酸同一性を有し、さらに／またはＰＰＸ活性を示すタンパク質を指す。特定の実施形態において、該ＰＰＸタンパク質は、特定のＰＰＸタンパク質、例えば、ミトコンドリアのＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋＰＰＸタンパク質またはプラスチドのＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋＰＰＸタンパク質に対して、７０％；７５％；８０％；８５％；９０％；９５％；９６％；９７％；９８％；９９％；または１００％の同一性を有する。特定の実施形態においては、ＰＰＸタンパク質は、図１、図３、図５、図７、図９、図１１、図１３、図１５、図１７、図１９、図２１、図２３、図２５、図２７、図２９、図３１、図３３、図３５、図３７、図３９、図４０、図４２または図４４の配列から選択される配列に対して、７０％；７５％；８０％；８５％；９０％；９５％；９６％；９７％；９８％；９９％；または１００％の同一性を有する。.

本明細書中で使用される場合、「変異したＰＰＸタンパク質」という用語は、リファレンスＰＰＸアミノ酸配列に比較したアミノ酸の位置もしくはこれらのパラログの相同位置に、１つまたは複数の変異を有するＰＰＸタンパク質を指す。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４０、４２もしくは４４を有するリファレンスＰＰＸアミノ酸配列またはこれらの一部を有するリファレンスＰＰＸアミノ酸配列に対して、１つまたは複数の変異を有する。特定の実施形態において変異したＰＰＸタンパク質は、対応する野生型タンパク質と比較して１つまたは複数の変異を有する。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、除草剤耐性ではない対応するタンパク質と比較して１つまたは複数の変異を有する。いくつかの実施形態では、ＰＰＸタンパク質は、少なくとも１つの変異によって改変される。他の実施形態では、ＰＰＸタンパク質は、少なくとも２つの変異によって改変される。他の実施形態では、ＰＰＸタンパク質は、少なくとも３つの変異によって改変される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のミトコンドリアのＰＰＸタンパク質が変異している。他の実施形態では、１つまたは複数のプラスチドのＰＰＸタンパク質が変異している。さらにもう１つの実施形態では、１つまたは複数のミトコンドリアのＰＰＸタンパク質および１つまたは複数のプラスチドのＰＰＸタンパク質が変異している。いくつかの実施形態では、「変異したＰＰＸタンパク質」という用語は、リファレンスタンパク質と比較して、１つまたは複数の除草剤に対して増加した抵抗性を有するＰＰＸタンパク質を指す。

いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の５２、８５、１０５、１１１、１３０、１３９、１４３、１４４、１４５、１４７、１６５、１６７、１７０、１８０、１８５、１９２、１９３、１９９、２０６、２１２、２１９、２２０、２２１、２２６、２２８、２２９、２３０、２３７、２４４、２５６、２５７、２７０、２７１、２７２、３０５、３１１、３１６、３１８、３３２、３４３、３５４、３５７、３５９、３６０、３６６、３９３、４０３、４２４、４２６、４３０、４３８、４４０、４４４、４５５、４５７、４７０、４７８、４８３、４８４、４８５、４８７、４９０、５０３、５０８および５２５から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパクは、配列ＩＤ番号：９の５８、６４、７４、８４、９３、９７、９８、１０１、１１９、１２１、１２４、１３９、１５０、１５１、１５７、１６４、１７０、１７７、１８７、１８８、１９５、２１４、２１５、２２９、２３０、２７１、２７４、２７８、２８３、２９２、２９６、３０７、３２４、３３０、３９６、４０４、４０６、４１０、４２１、４２３、４３４、４４７、４４８、４４９、４５１、４５４、４６５、４７０および５００から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、遺伝子が配列ＩＤ番号：１のＧ５２、Ｎ８５、Ｎ１０５、Ｅ１１１、Ｇ１３０、Ｄ１３９、Ｐ１４３、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ｌ１４７、Ｆ１６５、Ｌ１６７、Ｉ１７０、Ａ１８０、Ｐ１８５、Ｅ１９２、Ｓ１９３、Ｒ１９９、Ｖ２０６、Ｅ２１２、Ｙ２１９、Ａ２２０、Ｇ２２１、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｋ２２９、Ａ２３０、Ｋ２３７、Ｓ２４４、Ｒ２５６、Ｒ２５７、Ｋ２７０、Ｐ２７１、Ｑ２７２、Ｓ３０５、Ｅ３１１、Ｔ３１６、Ｔ３１８、Ｓ３３２、Ｓ３４３、Ａ３５４、Ｌ３５７、Ｋ３５９、Ｌ３６０、Ａ３６６、Ｌ３９３、Ｌ４０３、Ｌ４２４、Ｙ４２６、Ｓ４３０、Ｋ４３８、Ｅ４４０、Ｖ４４４、Ｌ４５５、Ｋ４５７、Ｖ４７０、Ｆ４７８、Ｆ４８３、Ｄ４８４、Ｉ４８５、Ｄ４８７、Ｋ４９０、Ｌ５０３、Ｖ５０８およびＩ５２５から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、変異したプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、遺伝子が配列ＩＤ番号：９のＤ５８、Ｅ６４、Ｇ７４、Ｇ８４、Ｌ９３、Ｋ９７、Ｋ９８、Ａ１０１、Ｓ１１９、Ｆ１２１、Ｔ１２４、Ｎ１３９、Ｅ１５０、Ｓ１５１、Ｑ１５７、Ｖ１６４、Ｄ１７０、Ｃ１７７、Ｈ１８７、Ｌ１８８、Ｘ１９５、Ｐ２１４、Ｉ２１５、Ｋ２２９、Ｋ２３０、Ｃ２７１、Ｄ２７４、Ｆ２８３、Ａ２９２、Ｓ２９６、Ｃ３０７、Ｎ３２４、Ｄ３３０、Ｓ３９６、Ａ４０４、Ｒ４０６、Ｋ４１０、Ｌ４２１、Ａ４２３、Ｃ４３４、Ｄ４４７、Ｓ４４８、Ｖ４４９、Ｄ４５１、Ｄ４５４、Ｙ４６５、Ｋ４７０およびＴ５００から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、変異したプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態では、ＰＰＸタンパク質は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質（例えば、ＰＰＸタンパク質は、バレイショのプラスチドのＰＰＸタンパク質であり得る）のパラログであり、該ＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置にＮを有し、そのＮがＮ以外のアミノ酸で置換されていること、配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にＫを有し、そのＫがＫ以外のアミノ酸で置換されていること；配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていること；および／または配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていることがあり得る。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＧ５２、Ｎ８５、Ｎ１０５、Ｅ１１１、Ｇ１３０、Ｄ１３９、Ｐ１４３、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ｌ１４７、Ｆ１６５、Ｌ１６７、Ｉ１７０、Ａ１８０、Ｐ１８５、Ｅ１９２、Ｓ１９３、Ｒ１９９、Ｖ２０６、Ｅ２１２、Ｙ２１９、Ａ２２０、Ｇ２２１、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｋ２２９、Ａ２３０、Ｋ２３７、Ｓ２４４、Ｒ２５６、Ｒ２５７、Ｋ２７０、Ｐ２７１、Ｑ２７２、Ｓ３０５、Ｅ３１１、Ｔ３１６、Ｔ３１８、Ｓ３３２、Ｓ３４３、Ａ３５４、Ｌ３５７、Ｋ３５９、Ｌ３６０、Ａ３６６、Ｌ３９３、Ｌ４０３、Ｌ４２４、Ｙ４２６、Ｓ４３０、Ｋ４３８、Ｅ４４０、Ｖ４４４、Ｌ４５５、Ｋ４５７、Ｖ４７０、Ｆ４７８、Ｆ４８３、Ｄ４８４、Ｉ４８５、Ｄ４８７、Ｋ４９０、Ｌ５０３、Ｖ５０８およびＩ５２５から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に２つまたはそれ以上の変異、少なくとも１つの変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９のＤ５８、Ｅ６４、Ｇ７４、Ｇ８４、Ｌ９３、Ｋ９７、Ｋ９８、Ａ１０１、Ｓ１１９、Ｆ１２１、Ｔ１２４、Ｎ１３９、Ｅ１５０、Ｓ１５１、Ｑ１５７、Ｖ１６４、Ｄ１７０、Ｃ１７７、Ｈ１８７、Ｌ１８８、Ｘ１９５、Ｐ２１４、Ｉ２１５、Ｋ２２９、Ｋ２３０、Ｃ２７１、Ｄ２７４、Ｆ２８３、Ａ２９２、Ｓ２９６、Ｃ３０７、Ｎ３２４、Ｄ３３０、Ｓ３９６、Ａ４０４、Ｒ４０６、Ｋ４１０、Ｌ４２１、Ａ４２３、Ｃ４３４、Ｄ４４７、Ｓ４４８、Ｖ４４９、Ｄ４５１、Ｄ４５４、Ｙ４６５、Ｋ４７０およびＴ５００から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置にある２つまたは複数の変異、少なくとも１つの変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＰＸタンパク質は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質（例えば、このＰＰＸタンパク質はバレイショのプラスチドのＰＰＸタンパク質であり得る）のパラログであり、このＰＰＸタンパク質は２つまたはそれ以上の変異を有し、さらに以下の１つまたは複数を有する：（１）配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置にＮを有し、そのＮがＮ以外のアミノ酸で置換されていること；（２）配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にＫを有し、そのＫがＫ以外のアミノ酸で置換されていること（３）配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていること；および／または（４）配列ＩＤ番号：１の位置５２５に相当する位置にＳを有し、そのがＳ以外のアミノ酸で置換されていること。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＧ５２、Ｎ８５、Ｎ１０５、Ｅ１１１、Ｇ１３０、Ｄ１３９、Ｐ１４３、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ｌ１４７、Ｆ１６５、Ｌ１６７、Ｉ１７０、Ａ１８０、Ｐ１８５、Ｅ１９２、Ｓ１９３、Ｒ１９９、Ｖ２０６、Ｅ２１２、Ｙ２１９、Ａ２２０、Ｇ２２１、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｋ２２９、Ａ２３０、Ｋ２３７、Ｓ２４４、Ｒ２５６、Ｒ２５７、Ｋ２７０、Ｐ２７１、Ｑ２７２、Ｓ３０５、Ｅ３１１、Ｔ３１６、Ｔ３１８、Ｓ３３２、Ｓ３４３、Ａ３５４、Ｌ３５７、Ｋ３５９, Ｌ３６０、Ａ３６６、Ｌ３９３、Ｌ４０３、Ｌ４２４、Ｙ４２６、Ｓ４３０、Ｋ４３８、Ｅ４４０、Ｖ４４４、Ｌ４５５、Ｋ４５７、Ｖ４７０、Ｆ４７８、Ｆ４８３、Ｄ４８４、Ｉ４８５、Ｄ４８７、Ｋ４９０、Ｌ５０３、Ｖ５０８およびＩ５２５から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に３つまたはそれ以上、少なくとも１つの変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９のＤ５８、Ｅ６４、Ｇ７４、Ｇ８４、Ｌ９３、Ｋ９７、Ｋ９８、Ａ１０１、Ｓ１１９、Ｆ１２１、Ｔ１２４、Ｎ１３９、Ｅ１５０、Ｓ１５１、Ｑ１５７、Ｖ１６４、Ｄ１７０、Ｃ１７７、Ｈ１８７、Ｌ１８８、Ｘ１９５、Ｐ２１４、Ｉ２１５、Ｋ２２９、Ｋ２３０、Ｃ２７１、Ｄ２７４、Ｆ２８３、Ａ２９２、Ｓ２９６、Ｃ３０７、Ｎ３２４、Ｄ３３０、Ｓ３９６、Ａ４０４、Ｒ４０６、Ｋ４１０、Ｌ４２１、Ａ４２３、Ｃ４３４、Ｄ４４７、Ｓ４４８、Ｖ４４９、Ｄ４５１、Ｄ４５４、Ｙ４６５、Ｋ４７０およびＴ５００から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に３つまたはそれ以上、少なくとも１つの変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＸタンパク質は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質（例えば、このＰＰＸタンパク質はバレイショのＰＰＸタンパク質であり得る）のパラログであり、このＰＰＸタンパク質は３つまたはそれ以上の変異を有し、さらに以下の１つまたは複数を有する：（１）配列ＩＤ番号：１の位置５２に相当する位置にＮを有し、そのＮがＮ以外のアミノ酸で置換されていること；（２）配列ＩＤ番号：１の位置２７２に相当する位置にＫを有し、そのＫがＫ以外のアミノ酸で置換されていること；（３）配列ＩＤ番号：１の位置３５９に相当する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていること；および／または（４）配列ＩＤ番号：１の位置５２５にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていること。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸタンパク質は、表１、表２、表３ａ、表３ｂ、表４ａ、表４ｂ、表８ａ～ｆ、表９ａ～ｄおよび表１０から選択される１つまたは複数のアミノ酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、表１、表２、表３ａ、表３ｂ、表４ａ、表４ｂ、表８ａ～ｆ、表９ａ～ｄおよび表１０から選択される２つまたはそれ以上のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、表１、表２、表３ａ、表３ｂ、表４ａ、表４ｂ、表８ａ～ｆ、表９ａ～ｄおよび表１０から選択される３つまたはそれ以上のアミノ酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、表２、表３ａおよび表３ｂから選択される１つまたは複数の核酸配列の変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質における１つまたは複数の変異は、配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置におけるグリシンからリジン；配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸；配列ＩＤ番号：１の位置１１１に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン、配列ＩＤ番号：１の位置１３０に相当する位置でのグリシンからアスパラギン、配列ＩＤ番号：１の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジ、配列ＩＤ番号：１の位置１４３に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからシステイン；配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン；配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン；配列ＩＤ番号：１の位置１４７に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置１６５に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン；配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからアルギニン；配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン；配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからチロシン；配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸、配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ＩＤ番号：１の位置１９３に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の１９９に対応する位置におけるアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置２０６に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置２１９に対応する位置におけるチロシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の２２０の位置に対応する位置におけるアラニンからシステイン；配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからイソロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン；配列ＩＤ番号：１の位置２２０対応する位置におけるアラニンからバリン；配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置におけるロイシンからメチオニン；配列ＩＤ番号：１の２２８の位置に対応する位置におけるメチオニンからロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン、配列ＩＤ番号：１の位置２３０に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからグリシン；配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからトレオニン；配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置におけるアルギニンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸、配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置におけるリジンからグルタミン、配列ＩＤ番号：１の位置２７１に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン；配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置３１１に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置３１６に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、配列ＩＤ番号：１の位置３１８に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置におけるセリンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置３５７に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるリジンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるリジンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置３６０に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸、配列ＩＤ番号：１の位置３６０に対応する位置におけるロイシンからリジン、配列ＩＤ番号：１の位置３６６に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の４０３の位置に対応する位置におけるロイシンからアルギニン；配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置におけるロイシンからセリン；配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置におけるロイシンからセリン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからシステイン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからアルギニン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからトレオニン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからバリン；配列ＩＤ番号：１の位置４３０に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置４３８に対応する位置におけるリジンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４４０に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ＩＤ番号：１の位置４４４に対応する位置におけるバリンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置４５５に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置４５７に対応する位置におけるリジンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置におけるバリンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置におけるバリンからチロシン、配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４８３に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン、配列ＩＤ番号：１の位置４８４に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置４８５に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸、配列ＩＤ番号：１の位置４８７に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン、配列ＩＤ番号：１の位置４９０に対応する位置におけるリジンからアスパラギン、配列ＩＤ番号：１の位置５０３に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置５０８に対応する位置におけるバリンからトレオニン、および配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンから成る群から選択される１つもしくはそれ以上の変異、２つもしくはそれ以上の変異、または３つもしくはそれ以上の変異を含む。いくつかの実施形態では、ＰＰＸタンパク質はＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質（例えば、該ＰＰＸタンパク質はバレイショのＰＰＸタンパク質であり得る）のパラログであり、該ＰＰＸタンパク質は配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置にＮを有し、そのＮがＮ以外のアミノ酸で置換されている；配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にＫを有し、そのＫがＫ以外のアミノ酸で置換されている；配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されている；および／または配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されている。このような実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質における１つまたは複数の変異は、配列ＩＤ番号：１の位置５２対応する位置におけるアスパラギンからリジン；配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸；配列ＩＤ番号：１の１４４の位置に対応する位置におけるアルギニンからシステイン；配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン；配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン；配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン；配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからアルギニン；配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン；配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからシステイン；配列ＩＤ番号：１の２２０の位置に対応する位置におけるアラニンからイソロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン；配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからバリン；配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置におけるロイシンからメチオニン；配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置におけるメチオニンからロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからグリシン；配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからトレオニン；配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン；配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置におけるセリンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置３５７に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるセリンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の４０３の位置に対応する位置におけるロイシンからアルギニン；配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置におけるロイシンからセリン；配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置におけるロイシンからセリン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからシステイン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６の位置に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン；配列ＩＤ番号：１の４２６の位置に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン；配列ＩＤ番号：１の４２６の位置に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン；配列ＩＤ番
号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからロイシン；配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからアルギニン；配列ＩＤ番号：１の４２６の位置に対応する位置におけるチロシンからトレオニン；配列ＩＤ番号：１の４２６の位置に対応する位置におけるチロシンからバリン；配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン、配列ＩＤ番号：９の位置５８に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン、配列ＩＤ番号：９の位置６４に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン；配列ＩＤ番号：９の位置７４に対応する位置におけるグリシンからシステイン；配列ＩＤ番号：９の位置８４に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン；配列ＩＤ番号：９の位置９３に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置９７に対応する位置におけるリジンからアルギニン；配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置におけるアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置におけるアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１０１に対応する位置におけるアラニンからバリン、配列ＩＤ番号：９の位置１１９に対応する位置におけるセリンからアスパラギン、配列ＩＤ番号：９の位置１２１に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン；配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン、配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン、配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸、配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ＩＤ番号：９の位置１５１に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ＩＤ番号：９の位置１５７に対応する位置におけるグルタミンからロイシン；配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン；配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置におけるバリンからアラニン；配列ＩＤ番号：９の位置１７０に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸、配列ＩＤ番号：９の位置１７７に対応する位置におけるシステインからセリン；配列ＩＤ番号：９の位置１８７に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン；配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：９の位置１９５に対応する位置におけるアスパラギンからリジン；配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置におけるプロリンからセリン；配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン；配列ＩＤ番号：９の位置２１５に対応する位置におけるイソロイシンからセリン；配列ＩＤ番号：９の位置２１５に対応するイソロイシンからヒスチジン；配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン、配列ＩＤ番号：９の位置２３０に対応する位置におけるリジンからアルギニン、配列ＩＤ番号：９の位置２７１に対応する位置におけるシステインからアルギニン、配列ＩＤ番号：９の位置２７４に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン；配列ＩＤ番号：９の位置２８３に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン、配列ＩＤ番号：９の位置２９２に対応する位置におけるアラニンからグリシン；配列ＩＤ番号：９の位置２９６に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置におけるシステインからセリン；配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸；配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置におけるアスパラギンからリジン；配列ＩＤ番号：９の位置３３０に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸、配列ＩＤ番号：９の位置３９６に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置４０４に対応する位置におけるアラニンからセリン；配列ＩＤ番号：９の位置４０６に対応する位置におけるアルギニンからリジン、配列ＩＤ番号：９の位置４１０に対応する位置におけるリジンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置４２１に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置におけるアラニンからバリン、配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置におけるシステインからセリン；配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置におけるシステインからチロシン；配列ＩＤ番号：９の位置４４７に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン；配列ＩＤ番号：９の位置４４８に対応する位置におけるセリンからアラニン、配列ＩＤ番号：９の位置４４９に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸、配列ＩＤ番号：９の位置４５１に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン、配列ＩＤ番号：９の位置４５４に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン；配列ＩＤ番号：９の位置４６５に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：９の位置４７０に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および配列ＩＤ番号：９の位置５００に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択される１つもしくはそれ以上の変異、２つもしくはそれ以上の変異、または３つもしくはそれ以上の変異を含む。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、特定の実施形態において、変異したＰＰＸタンパク質は、複数の変異の組合せ、例えば表４ａおよび４ｂから選択される変異の組合せを含み得る。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、２つまたはそれ以上の変異の組合せを含む；例えば、表４ａおよび４ｂから選択される変異の組合せを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、３つまたはそれ以上の変異の組合せを含む；例えば、表４ａおよび４ｂから選択される組合せを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子中の変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＹ４２６に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＮ８５、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ａ１８０、Ａ２２０、Ｌ２２６、およびＳ２４４から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子中の変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＬ３９３に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＲ１４４、Ｆ１４５、Ａ２２０、Ｓ２２４およびＳ２４４から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＬ４０３に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＦ１４５、Ａ２２０およびＬ２２６から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＲ１４４に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＧ５２、Ｎ８５、Ａ２２０、Ｓ２４４、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｋ２７２、Ｓ３３２、Ｌ３９３、Ｌ４２４、Ｙ４２６、およびＩ５２５から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＮ８５、ならびに配列ＩＤ番号：１のＲ１４４、Ｆ１４５, Ａ１８０、Ａ２２０、Ｌ２２６、Ｍ２２８、およびＱ２７２から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＬ４２４に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＲ１４４、Ｆ１４５、Ａ２２０、Ｌ２２６、およびＬ３９３から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＩ５２５に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１の位置Ｎ８５、Ｆ１４４、Ｆ１４５、Ａ１８０、Ｌ２２６、およびＳ２４４に対応するアミノ酸位置に変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＲ１４４に対応する位置における変異、および配列ＩＤ番号：１の位置Ａ２２０に対応する位置における変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＰＰＸタンパク質は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質（例えば、該ＰＰＸタンパク質はバレイショのＰＰＸタンパク質であり得る）のパラログであり、該ＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置にＮを有し、そのＮがＮ以外のアミノ酸で置換されている；配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にＫを有し、そのＫがＫ以外のアミノ酸で置換されている；配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されている；配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されている。このような実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、２つまたはそれ以上の組合せ；例えば、表４ａおよび表４ｂから選択される組合せを含む。このような実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、３つまたはそれ以上の変異の組合せ；例えば、表４ａおよび表４ｂから選択される組合せを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子における変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＹ４２６に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＮ８５、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ａ１８０、Ａ２２０、Ｌ２２６、およびＳ２４４から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子における変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＬ３９３に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＲ１４４、Ｆ１４５、Ａ２２０、Ｓ２４４およびＳ２２４から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＬ４０３に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＦ１４５、Ａ２２０およびＬ２２６から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＲ１４４に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＮ５２、Ｎ８５、Ａ２２０、Ｓ２４４、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｋ２７２、Ｓ３３２、Ｌ３９３、Ｌ４２４、Ｙ４２６およびＳ５２５から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＮ８５に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のR１４４、Ｆ１４５、Ａ１８０、Ａ２２０、Ｌ２２６、Ｍ２２８および K２７２から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：１のＬ４２４に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１のＲ１４４、Ｆ１４５、Ａ２２０、Ｌ２２６およびＬ３９３から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは配列ＩＤ番号：１のＳ５２５に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：１の位置Ｎ８５、Ｆ１４４、Ｆ１４５、Ａ１８０、Ｌ２２６およびＳ２４４に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：９の９８に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：９の７４、９３、９７、９８、１１９、１２１、１２４、１３９、１５０、１５１、１６４、１８８、２１４、２２９、２３０、２７１、２７４、２９２、３０７、３２４、３９６、４１０、４２３、４３４、４４７、４４８、４５１、４６５、４７０および５００から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。特定の実施形態において、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：９の９８に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：９の２７１、２７４、２９２、３０７、３２４、３３０、３９６、４０４、４０６、４１０、４２３、４３４、４４７、４４８、４５４、４６５、４７０および５００から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。特定の実施形態において、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：９の９８に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：９の３０７および４２３から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。特定の実施形態において、変異の組合せは、配列ＩＤ番号：９の９８に対応する位置における変異、ならびに配列ＩＤ番号：９の１２４、１８８、２１４および２２９から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置での変異を有するタンパク質をコードする。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せてＰＰＸタンパク質はＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質（例えば、該ＰＰＸタンパク質はバレイショのＰＰＸタンパク質であり得る）のパラログであり、該ＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９に対して１つまたは複数の対応するＰＰＸアミノ酸を有し得る。本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子における１つまたは複数の変異は、配列ＩＤ番号：９の位置５８、６４、７４、８４、９３、９７、９８、１０１、１１９、１２１、１２４、１３９、１５０、１５１、１５７、１６４、１７０、１７７、１８７、１８８、１９５、２１４、２１５、２２９、２３０、２７１、２７４、２７８、２８３、２９２、２９６、３０７、３２４、３３０、３９６、４０４、４０６、４１０、４２１、４２３、４３４、４４７、４４８、４４９、４５１、４５４、４６５、４７０および５００から成る群から選択される１つまたは複数の位置に対応するアミノ酸位置に１つまたは複数の変異を含み得る、変異したＰＰＸタンパク質から成る群から選択される１つもしくはそれ以上の変異、２つもしくはそれ以上の変異、３つもしくはそれ以上の変異を有する変異したＰＰＸタンパク質をコードし得る。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、植物細胞は、変異したＰＰＸ遺伝子を有し得る。特定の実施形態において、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したＰＰＸタンパク質をコードする。特定の実施形態において、植物細胞は、除草剤耐性植物の一部であり得る。本方法は、植物細胞に、遺伝子修復オリゴ核酸塩基（ＧＲＯＮ）を導入することを含み得る；例えば、ＰＰＸ遺伝子における標的化した変異と組み合わせてＧＲＯＮを使用するなどである。特定の実施形態において、本方法により産生される植物細胞は、変異したＰＰＸタンパク質を発現可能なＰＰＸ遺伝子を含み得る。本方法は、（１）変異したＰＰＸ遺伝子および／または（２）対応する野生型植物細胞と比較して正常な成長および／または触媒活性を含む植物細胞または植物細胞を含んでいる植物を同定することをさらに含み得る。本明細書中に記述したような植物細胞を有する除草剤耐性植物は、ＰＰＸを阻害する除草剤の存在下で同定し得る。いくつかの実施形態では、該植物細胞は非トランスジェニックである。いくつかの実施形態では、該植物細胞はトランスジェニックである。本明細書中に記述されるような植物細胞を含む植物は、非トランスジェニックまたはトランスジェニックな除草剤耐性植物であり得る；例えば、該植物および／または植物細胞は、少なくとも１つの除草剤に対する抵抗性の獲得に通じる変異したＰＰＸ遺伝子を有し得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記述するような植物細胞を有する植物は、無性生殖により産生し得る；例えば、１つまたは複数の植物細胞から、または１つもしくは複数の植物細胞から成る植物組織から産生し得る；例えば、塊茎から産生し得る。他の実施形態では、本明細書に記述されているような植物細胞を有する植物を有性生殖により産生し得る。

もう１つの態様において、除草剤耐性植物を産生するための方法が提供される。本方法は、植物細胞に遺伝子修復オリゴ核酸塩基（ＧＲＯＮ）を導入することを含み得る；例えば、ＰＰＸ遺伝子における標的化した変異で設計したＧＲＯＮを使用するなどである。変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したＰＰＸタンパク質を発現し得る。本方法は、対応する野生型植物細胞と比較して、正常な成長および／または触媒活性を有する植物を同定することをさらに含み得る。該植物は、ＰＰＸを阻害する除草剤の存在下で同定し得る。いくつかの実施形態では、該植物は非トランスジェニックである。いくつかの実施形態では、該植物は非トランスジェニックな除草剤耐性植物である；例えば、該植物は、少なくとも１つの除草剤に対する抵抗性の獲得に通じる変異したＰＰＸ遺伝子を含み得る。

もう１つの態様において、変異したＰＰＸ遺伝子を含む種子が提供される。いくつかの実施形態では、該種子は、変異したＰＰＸ遺伝子を有する。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸは、変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、除草剤、例えば、ＰＰＸを阻害する除草剤に対して抵抗性を有し得る。いくつかの実施形態では、該種子から生育される植物は、少なくとも１つの除草剤、例えば、ＰＰＸを阻害する除草剤に対して抵抗性を有する。

もう１つの態様において、植物の除草剤抵抗性を以下により増加するための方法が提供される：（ａ）第１の植物を第の植物と交雑させるが、ここで第１の植物は、変異したＰＰＸ遺伝子を含み、その遺伝子は、変異したＰＰＸタンパク質をコードしているものとする；（ｂ）除草剤抵抗性の増加、例えば、ＰＰＸを阻害する除草剤に対する抵抗性を増加する目的で、交雑から生じる固体群をスクリーニングする、（ｃ）除草剤抵抗性が増加する、交雑から生じたメンバーを選択する；および／または（ｄ）交雑から生じた種子を産生する。いくつかの実施形態では、交配種子が本明細書中に記述される方法のいずれかによって産生される。いくつかの実施形態では、植物は、本明細書中に記述される方法のいずれかによって産生される種子から生育される。いくつかの実施形態では、該植物または種子は非トランスジェニックである。いくつかの実施形態では、該植物および／または種子はトランスジェニックである。

もう１つの態様において、雑草および植物を含む畑に少なくとも１つの除草剤を有効量適用することにより、植物を含む畑で雑草を抑制する方法が提供される。本方法のいくつかの実施形態では、少なくとも１つの除草剤は、ＰＰＸを阻害する除草剤である。本方法のいくつかの実施形態では、畑の植物の１つまたは複数は、変異したＰＰＸ遺伝子、例えば、本明細書中で記述されたような変異したＰＰＸ遺伝子を含む。本方法のいくつかの実施形態では、畑での植物の１つまたは複数は、本明細書中で記述したような変異したＰＰＸ遺伝子を有する非トランスジェニック植物またはトランスジェニック植物を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、畑の植物の１つまたは複数は除草剤耐性であり、例えば、ＰＰＸを阻害する除草剤に対して抵抗性を有する。

もう１つの態様において、ＰＰＸタンパク質またはその一部をコードする単離された核酸が提供される。いくつかの実施形態では、単離された核酸は、本明細書中で記述されるようなＰＰＸ遺伝子変異を１つまたは複数含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸は、本明細書で開示されるように、変異したＰＰＸタンパク質をコードする。特定の実施形態において、単離された核酸は、除草剤耐性；例えば、ＰＰＸを阻害する除草剤に対する抵抗性のあるＰＰＸタンパク質をコードする。

もう１つの態様において、変異したＰＰＸ遺伝子の単離された核酸を含む発現ベクターが提供される。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＰＰＸタンパク質をコードする単離された核酸を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸は、表１、表２、表３ａ、表３ｂ、表４ａ、表４ｂ、表８ａ～８ｆ、表９ａ～９ｄおよび表１０に示す変異から選択される変異を有するタンパク質をコードする。特定の実施形態において、単離された核酸は、２つまたはそれ以上の変異を有するタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、２つまたはそれ以上の変異が表１、表２、表３ａ、表３ｂ、表４ａ、表４ｂ、表８ａ～８f、表９ａ～９ｄおよび表１０から選択される。特定の実施形態においては、単離された核酸は、除草剤耐性、例えば、ＰＰＸを阻害する除草剤に対して抵抗性のあるＰＰＸタンパク質をコードする。

本明細書中で使用される場合、「除草剤」という用語は植物を枯らすことができるか、または植物の成長および／または成長力を停止もしくは低下させることのができる任意の薬品または物質を指す。いくつかの実施形態では、除草剤抵抗性は、改質されていない野生型植物は通常枯れるか、激しく傷つくはずの濃度の除草剤で処理された後も、生存し、繁殖するための植物の遺伝的な能力である。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、除草剤はＰＰＸを阻害する除草剤である。いくつかの実施形態では、ＰＰＸを阻害する除草剤は、表５に掲載されている化学物ファミリーの群から選択される化学物ファミリーからの除草剤である。いくつかの実施形態では、ＰＰＸを阻害する除草剤は、Ｎ－フェニルフタルイミド、トリアゾリノンおよびピリミジンジオンから成る化学物ファミリーの群から選択される化学物ファミリーからの除草剤である。いくつかの実施形態では、ＰＰＸを阻害する除草剤は表５に掲載されている除草剤の群から選択される。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤は、フルミオキサジン（flumioxazin）、スルフェントラゾンおよびサフルフェナシルから成る除草剤の群から選択される。他の実施形態では、ＰＰＸを阻害する除草剤は、フルミオキサジン除草剤である。他の実施形態では、ＰＰＸを阻害する除草剤はスルフェントラゾン除草剤である。他の実施形態では、ＰＰＸを阻害する除草剤は、サフルフェナシル除草剤である。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、植物または植物細胞は、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズｓｐｐ、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン（field bean）、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、およびすでに具体的に言及されていない場合は堅果を生じる植物から成る群から選択される植物の作物に由来する。いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、表６から選択される種に属す。いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ、ｈａｌｉａｎａ、Ｓｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍ、Ｓｏｌａｎｕｍｐｈｕｒｅｊａ、Ｏｒｙｚａｓａｔｉｖａ、Ａｍａｒａｎｔｈｕｓｔｕｂｅｒｃｕｌａｔｕｓ、Ｚｅａｍａｙｓ、ＢｒａｓｓｉｃａｎａｐｕｓおよびＧｌｙｃｉｎｅｍａｘから成る群から選択される種に属す。いくつかの実施形態では、植物または植物細胞は、ＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋバレイショ品種である。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＳｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＳｏｌａｎｕｍｐｈｕｒｅｊＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＺｅａｍａｙｓＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＯｒｙｚａｓａｔｉｖＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＡｍａｒａｎｔｈｕｓｔｕｂｅｒｃｕｌａｔｕｓＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＳｏｒｇｈｕｍｂｉｃｏｌｏｒＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＲｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、ＢｒａｓｓｉｃａｎａｐｕｓＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子はＧｌｙｃｉｎｅｍａｘＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子Ａｔ４Ｇ０１６９０は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子AＴ５g１４２２０は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質をコードする。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物は、１つまたは複数の変異したＰＰＸ遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、１つまたは複数のミトコンドリアのＰＰＸタンパク質をコードする１つまたは複数の変異したＰＰＸ遺伝子を必要とする。他の実施形態では、本方法および組成物は、１つまたは複数のプラスチドのＰＰＸタンパク質をコードする１つまたは複数の変異したＰＰＸ遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、１つまたは複数のプラスチドのＰＰＸタンパク質およびミトコンドリアのＰＰＸタンパク質をコードする１つまたは複数の変異したＰＰＸ遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、ミトコンドリアの変異したＰＰＸ遺伝子ＳｔｍＰＰＸ１を含む。いくつかの実施形態では, 本方法および組成物は、ミトコンドリアの変異したＰＰＸ遺伝子ＳｔｍＰＰＸ２を含む。いくつかの実施形態では、植物はプラスチドの変異したＰＰＸ遺伝子ＳｔｃＰＰＸ１を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、ミトコンドリアの変異したＰＰＸ遺伝子の対立遺伝子ＳｔｃＰＰＸ２．１を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、ミトコンドリアの変異したＰＰＸ遺伝子の対立遺伝子ＳｔｃＰＰＸ２．２を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物は、プラスチドの変異したＰＰＸ遺伝子の対立遺伝子ＳｔｃＰＰＸ１を含む。いくつかの実施形態では、本方法および組成物はプラスチドの変異したＰＰＸ遺伝子の対立遺伝子ＳｔｃＰＰＸ１．１を含む。

本明細書中で使用される場合、「遺伝子」という用語は、ＲＮＡの生成に必要な制御配列およびコーディング配列を含むＤＮＡ配列を指し、これは、非コーディング機能（例えば、リボソームまたはトランスファーＲＮＡ）を有することも、またはポリペプチドまたはポリペプチド前駆体をコードすることもある。ＲＮＡまたはポリペプチドは、全長コーディング配列によってコードされるか、または所望の活性または機能が維持される限り、コーディング配列の任意の一部によってコードされていてもよい。

本明細書中で使用される場合、「コーディング配列」という用語は、転写されるか、および／または翻訳されて、ｍＲＮＡおよび／またはポリペプチドまたはそのフラグメントを生成することができる核酸もしくはその相補体、またはその一部の配列を指す。コーディング配列は、ゲノムＤＮＡまたは未成熟一次ＲＮＡ転写物中のエクソンを含み、これはその細胞の生化学機構により一緒に連結されて、成熟ｍＲＮＡを与える。アンチセンス鎖はこのような核酸の相補体であり、コーディング配列はここから推定することができる。

本明細書中で使用される場合、「非コーディング配列」という用語は、インビボでアミノ酸に転写されない核酸もしくはその相補体の配列またはその一部、または、ｔＲＮＡがアミノ酸を配置するよう相互作用しないかまたはも配置しようとしない配列を指す。非コーディング配列は、ゲノムＤＮＡまたは未成熟一次ＲＮＡ転写物中のイントロン配列およびプロモーター、エンハンサー、サイレンサーなどの遺伝子付随配列の両方を含む。

核酸塩基は塩基であり、特定の好ましい実施形態においては、プリン、ピリミジン、またはこれらの誘導体もしくは類似体である。ヌクレオシドはペントースフラノシル成分を含有する酸塩基、例えば、任意に置換されたリボシドまたは２’－デオキシリボシドである。該成分は、該成分を有していないヌクレオシドと比較して、ＤＮＡ結合の増加および／またはヌクレアーゼ分解の低下を引き起こす任意の基とすることができる。ヌクレオシドは、リンを含有してもしなくてもよいいくつかの連結成分の１つによって連結されることができる。未置換のホスホジエステル結合により連結されているヌクレオシドは、ヌクレオチドと呼ばれる。

オリゴ核酸塩基は、核酸塩基を含むポリマーであり、好ましくは、その少なくとも一部は、ワトソン－クリック塩基対形成により、相補的配列を有するＤＮＡに、ハイブリダイズすることができる。オリゴ核酸塩基鎖は、単一の５’および３’末端を有することができ、これはポリマー中の最終の核酸塩基である。特定のオリゴ核酸塩基鎖は、すべてのタイプの核酸塩基を含むことができる。オリゴ核酸塩基化合物は、相補的であって、ワトソン－クリック塩基対形成によってハイブリダイズされ得る１つまたは複数のオリゴ核酸塩基鎖を含む化合物である。リボ型の核酸塩基は、ペントースフラノシル含有核酸塩基であり、２’炭素がヒドロキシル、アルキルオキシまたはハロゲンと置換されたメチレンである。デオキシリボ型の核酸塩基は、リボ型の核酸塩基以外の核酸塩基であり、これには、ペントースフラノシル成分を含まないすべての核酸塩基が含まれる。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、オリゴ核酸塩基鎖には、オリゴ核酸塩基鎖およびオリゴ核酸塩基のセグメントまたは領域の両方が含まれて得る。オリゴ核酸塩基鎖は５’末端および３’末端を有することができ、オリゴ核酸塩基鎖（strand）が鎖（chain）と同一の広がりを持つとき、オリゴ核酸塩基鎖の５’末端および３’末端は鎖の５’末端および３’末端でもある。

本明細書中で使用される場合、「遺伝子修復オリゴ核酸塩基」または「ＧＲＯＮ」という用語は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド、非ヌクレオチド含有分子、一本鎖オリゴデオキシヌクレオチドおよびその他の遺伝子修復分子を含む、オリゴ核酸塩基を指す。

本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック」という用語は、そのゲノムに挿入された別の生命体を起源とするＤＮＡを有する生命体または細胞を指す。例えば、いくつかの実施形態では、トランスジェニック生命体または細胞には、異種プロモーターおよび／またはコーディング領域を含む挿入されたＤＮＡが含まれる。

本明細書中で使用される場合、「非トランスジェニック」という用語は、そのゲノムに挿入された別の生物由来のＤＮＡを有さない生物または細胞を指す。ただし、非トランスジェニック植物または細胞は、１つまたは複数の人為的に導入された標的化変異を有し得る。

本明細書中で使用される場合、「単離された」という用語は、核酸（例えば、ＲＮＡ、ＤＮＡまたは混合ポリマーなどのオリゴヌクレオチド）を指すとき、それが天然に生じるゲノムの実質的な部分から分離されているか、および／または、そのような核酸に天然で付随する他の細胞成分から実質的に分離されている核酸を指す。例えば、合成により製造された（例えば、連続的な塩基縮合により）核酸は、単離されたものと見なされる。同様に、組換え的に発現された、クローニングされた、プライマー伸張反応（例えば、ＰＣＲ）により生成された、または他の方法によりゲノムから切り出された核酸も、また、単離されたものと見なされる。

本明細書中で使用される場合、「アミノ酸配列」という用語は、ポリペプチドまたはタンパク質の配列を指す。「ＡＡｗｔ＃＃＃ＡＡｍｕｔ」という表記法は、ポリペプチド中の位置＃＃＃において、野生型アミノ酸ＡＡｗｔが変異型ＡＡｍｕｔで置換されることになる変異を表すのに用いられる。

本明細書中で使用される場合、「相補体」という用語は、標準的なワトソン－クリック塩基対形成規則に従う、核酸の相補的配列を指す。相補的配列は、ＤＮＡ配列に対して相補的なＲＮＡ配列またはその相補配列であってよく、ｃＤＮＡであってもよい。

本明細書中で使用される場合、「実質的に相補的な」という用語は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする２つの配列を意味する。当業者は実質的に相補的な配列はその全長にわたってハイブリダイズする必要はないことを理解するであろう。

本明細書中で使用される場合、「コドン」という用語は、タンパク質合成中に、ポリペプチド鎖への特定のアミノ酸の挿入を決定する遺伝的コードまたはタンパク質合成停止のシグナルを構成する、３つの隣接するヌクレオチド（ＲＮＡとＤＮＡのいずれか）の配列を表す。「コドン」という用語は、また、元のＤＮＡが転写されたメッセンジャーＲＮＡ中の３つのヌクレオチドの対応する（そして相補的な）配列を指す場合にも使われる。

本明細書中で使用される場合、「相同性」という用語は、タンパク質およびＤＮＡの間での配列類似性を指す。「相同性」または「相同」という用語は、同一性の程度を指す。部分的な相同性である場合も、完全な相同性である場合もある。部分的に相同な配列とは、別の配列と比較したときに、１００％より低い配列同一性を有する配列である。

本明細書中で使用される場合、数量的な「約」という用語は、プラスまたはマイナス１０％を指す。例えば、「約３％」は、２．７～３．３％を包含し、「約１０％」は、９～１１％を包含する。さらに、本明細書中で「約」が数量的な言葉と組み合わせて用いられる場合、その値にプラスまたはマイナス１０％に加えて、その数量的な言葉の正確な値も企図および記述される。例えば、「約３％」という用語は、正確に３％も、明示的に企図され、記述され、包含される。

Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ葉緑体（プラスチド）のＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：１）。Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａc葉緑体（プラスチド）ＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号２）。ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａミトコンドリアのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：３）。ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号：４）。ＡｍａｒａｎｔｈｕｓｔｕｂｅｒｃｕｌａｔｕｓミトコンドリアのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：５）。ＡｍａｒａｎｔｈｕｓｔｕｂｅｒｃｕｌａｔｕｓミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡのアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：６）。ＳｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍプラスチドのＰＰＸタンパク質ＳｔｃＰＰＸのアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：７）。ＳｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍプラスチドのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号：８）。ＳｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍミトコンドリアのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：９）。ＳｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号：１０）。ＺｅａｍａｙｓプラスチドのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：１１）。ＺｅａｍａｙｓプラスチドのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号：１２）。ＺｅａｍａｙｓミトコンドリアのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：１３）。ＺｅａｍａｙｓミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号：１４）。ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａプラスチドのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：１５）。ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａプラスチドのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号：１６）。ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａミトコンドリアのＰＰＸタンパク質ｃＤＮＡのアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：１７）。ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号：１８）。ＳｏｒｇｈｕｍｂｉｃｏｌｏｒプラスチドのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：１９）。ＳｏｒｇｈｕｍｂｉｃｏｌｏｒプラスチドのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号：２０）。ＳｏｒｇｈｕｍｂｉｃｏｌｏｒミトコンドリアのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：２１）。ＳｏｒｇｈｕｍｂｉｃｏｌｏｒミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号：２２）。ＲｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓプラスチドのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：２３）。ＲｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓプラスチドのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号２４）。ＲｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓミトコンドリアのＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：２５）。ＲｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡの核酸配列である（配列ＩＤ番号２６）。ＳｏｌａｎｕｍＴｕｂｅｒｏｓｕｍミトコンドリアのＰＰＸタンパク質ＳｔｍＰＰＸ１のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：２７）。ＳｏｌａｎｕｍＴｕｂｅｒｏｓｕｍミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡＳｔｍＰＰＸ１の核酸配列である（配列ＩＤ番号２８）。ＳｏｌａｎｕｍＴｕｂｅｒｏｓｕｍミトコンドリアのＰＰＸタンパク質ＳｔｍＰＰＸ２．１のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：２９）。ＳｏｌａｎｕｍＴｕｂｅｒｏｓｕｍミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡＳｔｍＰＰＸ２．１の核酸配列である（配列ＩＤ番号：３０）。ＳｏｌａｎｕｍＴｕｂｅｒｏｓｕｍミトコンドリアのＰＰＸタンパク質ＳｔｍＰＰＸ２．２のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：３１）。ＳｏｌａｎｕｍＴｕｂｅｒｏｓｕｍミトコンドリアのＰＰＸｃＤＮＡＳｔｍＰＰＸ２．２の核酸配列である（配列ＩＤ番号：３２）。ＢｒａｓｓｉｃａｎａｐｕｓプラスチドのＰＰＸタンパク質ＢｎｃＰＰＸ１のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：３３）。ＢｒａｓｓｉｃａｎａｐｕｓＰＰＸｃＤＮＡＢｎｃＰＰＸ１の核酸配列である（配列ＩＤ番号：３４）。ＢｒａｓｓｉｃａｎａｐｕｓプラスチドのＰＰＸタンパク質ＢｎｃＰＰＸ２のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：３５）。ＢｒａｓｓｉｃａｎａｐｕｓＰＰＸｃＤＮＡＢｎｃＰＰＸ２の核酸配列である（配列ＩＤ番号：３６）。ＢｒａｓｓｉｃａｎａｐｕｓプラスチドのＰＰＸタンパク質ＢｎｃＰＰＸ３の部分アミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：３７）。ＢｒａｓｓｉｃａｎａｐｕｓＰＰＸｃＤＮＡＢｎｃＰＰＸ３の部分核酸配列である（配列ＩＤ番号：３８）。ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘプラスチドのＰＰＸタンパク質ＧｍｃＰＰＸ１－１のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：３９）。ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘプラスチドのＰＰＸタンパク質ＧｍｃＰＰＸ１－２のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：４０）。ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘプラスチドのＰＰＸタンパク質ＧｍｃＰＰＸ１の核酸配列である（配列ＩＤ番号：４１）。ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘプラスチドのＰＰＸタンパク質ＧｍｃＰＰＸ２のアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：４２）。ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘプラスチドのＰＰＸタンパク質ＧｍｃＰＰＸ２の核酸配列である（配列ＩＤ番号：４３）。ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘミトコンドリアのＰＰＸタンパク質ＧｍｃＰＰＸのアミノ酸配列である（配列ＩＤ番号：４４）。ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘミトコンドリアのＰＰＸタンパク質ＧｍｃＰＰＸの核酸配列である（配列ＩＤ番号：４５）。様々な植物種のＰＰＸタンパク質のアラインメントである。様々な種の植物ＰＰＸアミノ酸配列における相同のアミノ酸位置の表である。様々な種の植物のＰＰＸアミノ酸配列における相同のアミノ酸位置の表である。

ＲａｐｉｄＴｒａｉｔＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔＳｙｓｔｅｍ（ＲＴＤＳ（登録商標））
本明細書中で開示される組成物および方法の様々な態様および実施形態のいずれにおいても、遺伝子およびタンパク質における変異は、例えば、Ｃｉｂｕｓ社によって開発されたＲａｐｉｄＴｒａｉｔＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔＳｙｓｔｅｍ（ＲＴＤＳ（登録商標））技術を用いて、作成され得る。本明細書中で開示されるいずれかの変異を含む植物は、組み合わせてまたは単独で、新規な除草剤耐性製品の基礎を形成することができる。また、ＰＰＸ遺伝子の変異についてホモ接合性またはヘテロ接合性のいずれかである変異した植物から生成される種子も提供される。本明細書に開示される変異は、他の既知の任意の変異との、または将来発見される変異との組み合わせであってもよい。

本明細書中で使用される場合、「ヘテロ接合性」という用語は、相同な染色体セグメント中の１つまたは複数の遺伝子座において異なる対立遺伝子を有することを指す。本明細書中で使用される場合、「ヘテロ接合性」はまた、１つまたは複数のの遺伝子座において異なる対立遺伝子が検出され得るサンプル、細胞、細胞集団または生物も指すことがある。ヘテロ接合性のサンプルは、当該技術分野において知られる方法、例えば、核酸配列決定によって判定してもよい。例えば、配列決定の電気泳動像が単一の遺伝子座に２つのピークを示し、両方のピークがおおよそ同じサイズであれば、そのサンプルはヘテロ接合性であると特徴づけることができる。あるいは、一方のピークが他方のピークより小さいが、大きい方のピークのサイズの少なくとも約２５％のサイズであれば、そのサンプルはヘテロ接合性であると特徴づけることができる。一部の実施形態においては、小さい方のピークは大きい方のピークの少なくとも約１５％である。他の実施形態においては、小さい方のピークは、大きい方のピークの少なくとも約１０％である。他の実施形態においては、小さい方のピークは、大きい方のピークの少なくとも約５％である。他の実施形態においては、小さい方のピークの最少量が検出される。

「半接合」という用語は、第２の対立遺伝子が欠失しているため、細胞または生物の遺伝子型に１回だけ存在している遺伝子または遺伝子セグメントを指す。本明細書中で使用される場合、「半接合」はまた、１つまたは複数の遺伝子座において対立遺伝子が遺伝子型で１回のみ検出され得るサンプル、細胞、細胞集団または生物を指すこともある。

いくつかの実施形態では、ＲＴＤＳは、細胞自身の遺伝子修復系を利用して、遺伝子配列をインサイチューで特異的に改変し、外来ＤＮＡおよび／または遺伝子発現制御配列を挿入せずに、標的とする遺伝子を変化させることに基づく。この方法は、ゲノムの残部を変化させずに残し、遺伝子配列に精密な変化を起こすことができる。従来のトランスジェニックＧＭＯとは対照的に、外来性の遺伝的物質のインテグレーションはなく、外来性の遺伝的物質は植物中に残らない。多くの実施形態において、ＲＴＤＳにより導入される遺伝的配列の変化はランダムに挿入されるものではない。影響を受ける遺伝子は、その天然の位置に留まるため、ランダムな、制御されない、または有害な発現パターンは生じない。

この変化を引き起こすＲＴＤＳは、標的とする遺伝子の位置でハイブリダイズして、ミスマッチした塩基対（単数または複数）を生成するよう設計された、ＤＮＡおよび修飾ＲＮＡ塩基の両方、ならびに他の化学成分から構成されることができる、（例えば、遺伝子修復オリゴ核酸塩基（ＧＲＯＮ）を使って）化学的に合成されたオリゴヌクレオチドである。このミスマッチした塩基対は、細胞自身の天然の遺伝子修復系をその部位に引きつけるシグナルとして作用し、遺伝子中の指定されたヌクレオチド（単数または複数）を修正（置換、挿入または欠失）する。修正プロセスが完了すると、ＲＴＤＳ分子は分解され、今回改変されたまたは修復された遺伝子は、その遺伝子の通常の内因性制御機構の下で発現される。

遺伝子修復オリゴ核酸塩基（「ＧＲＯＮ」）
本明細書中で開示される方法および組成物は、例えば、以下で詳述されるコンフォメーションおよび化学を有する「遺伝子修復オリゴ核酸塩基」を用いて、実施または製造することができる。本明細書において企図される「遺伝子修復オリゴ核酸塩基」は、公開された化学文献および特許文献において、例えば、「組換え誘導性（ｒｅｃｏｍｂｉｎａｇｅｎｉｃ）オリゴ核酸塩基」；「ＲＮＡ／ＤＮＡキメラオリゴヌクレオチド」；「キメラオリゴヌクレオチド」；「混合デュープレックスオリゴヌクレオチド」（ＭＤＯＮｓ）；「ＲＮＡＤＮＡオリゴヌクレオチド（ＲＤＯｓ）」；「遺伝子標的化オリゴヌクレオチド」；「ジェノプラスト」；「一本鎖修飾オリゴヌクレオチド」；「一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド変異用ベクター」（ＳＳＯＭＶｓ）；「デュープレックス変異用ベクター」；および「ヘテロデュープレックス変異用ベクター」などの、他の名称を用いて記載されている。

参照により、本明細書に組み込まれる、Ｋｍｉｅｃの米国特許第５，５６５，３５０号（ＫｍｉｅｃＩ）およびＫｍｉｅｃの米国特許第５，７３１，１８１号（ＫｍｉｅｃＩＩ）に記載されるコンフォメーションおよび化学を有するオリゴ核酸塩基は、本開示の「遺伝子修復オリゴ核酸塩基」として用いるのに適している。ＫｍｉｅｃＩおよび／またはＫｍｉｅｃＩＩの遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、２つの相補的鎖を含み、その一方は他方の鎖のＤＮＡ型のヌクレオチドと塩基対形成される、少なくとも１つのＲＮＡ型のヌクレオチドのセグメント（「ＲＮＡセグメント」）を含む。

ＫｍｉｅｃＩＩは、ヌクレオチドの代わりに、プリンおよびピリミジン塩基含有非ヌクレオチドを用いてもよいことを開示している。本開示に用いることができる追加的な遺伝子修復分子は、米国特許第５，７５６，３２５号；第５，８７１，９８４号；第５，７６０，０１２号；第５，８８８，９８３号；第５，７９５，９７２号；第５，７８０，２９６号；第５，９４５，３３９号；第６，００４，８０４号；および第６，０１０，９０７号、および国際出願ＰＣＴ／ＵＳ００／２３４５７号；および国際公開ＷＯ第９８／４９３５０号；ＷＯ第９９／０７８６５号；ＷＯ第９９／５８７２３号；ＷＯ第９９／５８７０２号；およびＷＯ第９９／４０７８９号に記載されており、それぞれはその全体が参照により本明細書に組み込まれる。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド（ＭＤＯＮ）であり、ここで、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドのＲＮＡ型のヌクレオチドは、２’－ヒドロキシルをフルオロ、クロロまたはブロモ官能基で置換することにより、または２’－Ｏ上に置換基を配置することにより、ＲＮａｓｅに耐性とされる。適切な置換基としては、ＫｍｉｅｃＩＩにより教示される置換基が挙げられる。代替の置換基としては、以下に限定されないが、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第５，３３４，７１１号（Ｓｐｒｏａｔ）により教示される置換基および特許公開ＥＰ第６２９，３８７号およびＥＰ第６７９６５７号（併せてＭａｒｔｉｎ出願と称される）により教示される置換基が挙げられる。本明細書中で使用される場合、リボヌクレオチドの２’－フルオロ、クロロもしくはブロモ誘導体、またはＭａｒｔｉｎ出願またはＳｐｒｏａｔに記載される置換基で置換された２’－ＯＨを有するリボヌクレオチドは、「２’－置換リボヌクレオチド」と称される。本明細書中で使用される場合、「ＲＮＡ型のヌクレオチド」という用語は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドの他のヌクレオチドに未置換ホスホジエステル結合またはＫｍｉｅｃＩまたはＫｍｉｅｃＩＩに教示されるいずれかの非天然型結合により連結されている、２’－ヒドロキシルまたは２’－置換ヌクレオチドを意味する。本明細書中で使用される場合、「デオキシリボ型のヌクレオチド」という用語は、２’－Ｈを有するヌクレオチドを意味し、これは未置換ホスホジエステル結合またはＫｍｉｅｃＩまたはＫｍｉｅｃＩＩに教示されるいずれかの非天然型結合により、遺伝子修復オリゴ核酸塩基の他のヌクレオチドと連結されることができる。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、もっぱら未置換ホスホジエステル結合により連結されている混合デュープレックスオリゴヌクレオチド（ＭＤＯＮ）とすることができる。代替の実施形態においては、結合は、置換されたホスホジエステル、ホスホジエステル誘導体およびＫｍｉｅｃＩＩに教示されるような非リン系結合によるものである。さらなる別の実施形態においては、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド中のそれぞれのＲＮＡ型のヌクレオチドは２’－置換ヌクレオチドである。２’－置換リボヌクレオチドの特に好ましい実施形態は、以下に限定されないが、２’－フルオロ、２’－メトキシ、２’－プロピルオキシ、２’－アリルオキシ、２’－ヒドロキシルエチルオキシ、２’－メトキシエチルオキシ、２’－フルオロプロピルオキシおよび２’－トリフルオロプロピルオキシ置換リボヌクレオチドである。２’－置換リボヌクレオチドのより好ましい態様は、２’－フルオロ、２’－メトキシ、２’－メトキシエチルオキシ、および２’－アリルオキシ置換ヌクレオチドである。別の実施形態においては、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドは、未置換ホスホジエステル結合により連結されている。

１つの型の２’－置換ＲＮＡ型のヌクレオチドのみを有する混合デュープレックスオリゴヌクレオチド（ＭＤＯＮ）はより便利に合成することができるが、本発明の方法は、２またはそれ以上の型のＲＮＡ型のヌクレオチドを有する混合デュープレックスオリゴヌクレオチドを用いても実践することができる。ＲＮＡセグメントの機能は、２つのＲＮＡ型のトリヌクレオチドの間にデオキシヌクレオチドが導入されることにより引き起こされる中断によっては影響され得ないい。したがって、ＲＮＡセグメントという用語は、「中断されたＲＮＡセグメント」などの用語を包含する。中断されていないＲＮＡセグメントは、連続的ＲＮＡセグメントと称される。代替の実施形態においては、ＲＮＡセグメントは、ＲＮａｓｅ耐性および未置換２’－ＯＨヌクレオチドを交互に含むことができる。混合デュープレックスオリゴヌクレオチドは、好ましくは１００ヌクレオチド未満、より好ましくは８５ヌクレオチド未満であるが、５０より多いヌクレオチドを有する。第１および第２の鎖はワトソン－クリック塩基対を形成する。１つの実施形態においては、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドの鎖は、リンカー、例えば、一本鎖ヘキサ、ペンタまたはテトラヌクレオチドにより共有結合されており、このため第１の鎖および第２の鎖は、単一の３’末端および単一の５’末端を有する単一のオリゴヌクレオチド鎖のセグメントである。３’および５’末端は、「ヘアピンキャップ」を付加することにより保護することができ、このことにより、３’および５’末端ヌクレオチドは隣接するヌクレオチドとワトソン－クリック対を形成する。さらに、第２のヘアピンキャップを３’および５’末端から離れた位置の第１の鎖と第２の鎖との間の接合部に配置することができ、これにより第１の鎖と第２の鎖との間のワトソン－クリック対が安定化される。

第１の鎖および第２の鎖は、標的遺伝子の２つのフラグメントと相同な２つの領域を含み、すなわち、標的遺伝子と同じ配列を有する。相同領域は、ＲＮＡセグメントのヌクレオチドを含み、連結ＤＮＡセグメントの１つまたは複数のＤＮＡ型のヌクレオチドを含んでいてもよく、また、介在ＤＮＡセグメント中には存在しないＤＮＡ型のヌクレオチドを含んでいてもよい。相同性の２つの領域は、「非相同領域」と称される、標的遺伝子の配列とは異なる配列を有する領域により分離されており、かつそれぞれは隣接している。非相同領域は、１個、２個または３個のミスマッチしたヌクレオチドを含むことができる。ミスマッチしたヌクレオチドは、連続的であってもよく、あるいは標的遺伝子と相同な１個または２個のヌクレオチドにより分離されていてもよい。あるいは、非相同領域はまた、１個、２個、３個または５個またはそれより少ないヌクレオチドの挿入を含むことができる。あるいは、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドの配列は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドからの１個、２個、３個または５個またはそれより少ないヌクレオチドの欠失によってのみ、標的遺伝子の配列と異なっていてもよい。この場合、非相同領域の長さおよび位置は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチドのヌクレオチドが非相同領域中になくても、欠失の長さであるとみなされる。置換（単数または複数）が意図される場合、２つの相同領域に相補的な標的遺伝子のフラグメント間の距離は、非相同領域の長さと同一である。非相同領域が挿入を含む場合、このことにより相同領域は、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド中で、その相補的相同フラグメントが遺伝子中で離れているよりさらに離れており、非相同領域が欠失をコードする場合にはその逆があてはまる。

混合デュープレックスオリゴヌクレオチドのＲＮＡセグメントは、それぞれ相同領域、すなわち、標的遺伝子のフラグメントと配列が同一である領域の一部である。これらのセグメントは、一緒になって、好ましくは、少なくとも１３個のＲＮＡ型のヌクレオチドを含み、好ましくは１６個から２５個のＲＮＡ型のヌクレオチドを含み、またはさらにより好ましくは１８個から２２個のＲＮＡ型のヌクレオチドを含み、または最も好ましくは２０個のヌクレオチドを含む。１つの実施形態においては、相同性領域のＲＮＡセグメントは、介在ＤＮＡセグメントにより分離されかつ隣接しており、すなわち「接続」されている。１つの実施形態においては、非相同領域の各ヌクレオチドは介在ＤＮＡセグメントのヌクレオチドである。混合デュープレックスオリゴヌクレオチドの非相同領域を含む介在ＤＮＡセグメントは「変異誘発セグメント」と称される。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、遺伝子修復オリゴ核酸塩基（ＧＲＯＮ）は一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド変異誘発ベクター（ＳＳＯＭＶ）であり、例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ００／２３４５７号、米国特許第６，２７１，３６０号、第６，４７９，２９２号および第７，０６０，５００号により開示されている。ＳＳＯＭＶの配列は、米国特許第５，７５６，３２５号；第５，８７１，９８４号；第５，７６０，０１２号；第５，８８８，９８３号；第５，７９５，９７２号；第５，７８０，２９６号；第５，９４５，３３９号；第６，００４，８０４号；および第６，０１０，９０７号および国際公開ＷＯ第９８／４９３５０号；ＷＯ第９９／０７８６５号；ＷＯ第９９／５８７２３号；ＷＯ第９９／５８７０２号；およびＷＯ第９９／４０７８９号に記載される変異誘発ベクターと同じ原理に基づく。ＳＳＯＭＶの配列は、変異誘発領域と称される、所望の遺伝的変更を含む領域により隔てられている、標的配列と相同な２つの領域を含む。変異誘発領域は、標的配列中で相同領域を隔てている配列と同じ長さであるが、異なる配列を有する配列を有することができる。そのような変異誘発領域は、置換を引き起こすことができる。あるいは、ＳＳＯＭＶ中の相同領域は、互いに連続していてもよいが、標的遺伝子中の同じ配列を有する領域は、１個、２個またはそれ以上のヌクレオチドにより隔てられている。そのようなＳＳＯＭＶは、ＳＳＯＭＶに存在しないヌクレオチドの標的遺伝子からの欠失を引き起こす。最後に、標的遺伝子の相同領域と同一の配列は、標的遺伝子中で隣接していてもよいが、ＳＳＯＭＶの配列中では、１個、２個またはそれ以上のヌクレオチドにより隔てられている。そのようなＳＳＯＭＶは、標的遺伝子の配列中に挿入を引き起こす。

ＳＳＯＭＶのヌクレオチドは、３’末端および／または５’末端ヌクレオチド間結合を除き未修飾ホスホジエステル結合により連結されているデオキシリボヌクレオチドであるか、あるいは、２つの３’末端および／または５’末端ヌクレオチド間結合はホスホロチオエートまたはホスホルアミダイトであってもよい。本明細書中で使用される場合，ヌクレオチド間結合はＳＳＯＭＶのヌクレオチドの間の連結であり、３’末端ヌクレオチドまたは５’末端ヌクレオチドとブロッキング置換基との間の連結を含まない。特定の実施形態においては、ＳＳＯＭＶの長さは２１から５５デオキシヌクレオチドであり、したがって、相同性領域の長さは合計して少なくとも２０デオキシヌクレオチドであり、少なくとも２つの相同性領域はそれぞれ少なくとも８デオキシヌクレオチドの長さを有するべきである。

ＳＳＯＭＶは、標的遺伝子のコーディング鎖または非コーディング鎖のいずれかに相補的であるように設計することができる。所望の変異が単一塩基の置換である場合、変異誘発ヌクレオチドおよび標的ヌクレオチドの両方がピリミジンであることが好ましい。所望の機能上の結果を達成することと一致する範囲で、相補鎖中の変異誘発ヌクレオチドおよび標的ヌクレオチドの両方がピリミジンであることが好ましい。特に好ましいものは、トランスバージョン変異をコードする、すなわち、ＣまたはＴ変異誘発ヌクレオチドがそれぞれ相補鎖中のＣまたはＴヌクレオチドとミスマッチするＳＳＯＭＶである。

オリゴデオキシヌクレオチドに加え、ＳＳＯＭＶは、５’末端炭素にリンカーを介して結合された５’ブロッキング置換基を含むことができる。リンカーの化学はその長さを除き重要ではなく、長さは、好ましくは少なくとも６原子の長さであるべきであり、リンカーは柔軟性を有するものであるべきである。種々の非毒性置換基、例えば、ビオチン、コレステロールまたは他のステロイドまたは非インターカレート性のカチオン性蛍光染料を用いることができる。ＳＳＯＭＶを製造するのに特に好ましい試薬は、バージニア州ＳｔｅｒｌｉｎｇのＧｌｅｎＲｅｓｅａｒｃｈ社（現在はＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ）からＣｙ３（商標）およびＣｙ５（商標）として市販されている試薬であり、オリゴヌクレオチド中に取り込まれると、それぞれ３，３，３’，３’－テトラメチルＮ，Ｎ’－イソプロピル置換インドモノカルボシアニンおよびインドジカルボシアニン染料を生ずる、ブロックされたホスホルアミダイトである。Ｃｙ３が特に好ましい。インドカルボシアニンがＮ－オキシアルキル置換されている場合、これはオリゴデオキシヌクレオチドの５’末端に５’末端リン酸を有するホスホジエステルとして便利に連結することができる。染料とオリゴデオキシヌクレオチドとの間の染料リンカーの化学は重要ではなく、合成の便宜により選択される。市販のＣｙ３ホスホルアミダイトを指示どおりに用いる場合、得られる５’修飾は、ブロッキング置換基およびリンカーが一緒になって、Ｎ－ヒドロキシプロピル、Ｎ’－ホスファチジルプロピル３，３，３’，３’－テトラメチルインドモノカルボシアニンから構成される。

好ましい態様においては、インドカルボシアニン染料はインドール環の３および３’位においてテトラ置換されている。理論に制約されるものではないが、これらの置換のため、染料はインターカレート染料ではない。これらの位置における置換基の識別は重要ではない。ＳＳＯＭＶはさらに３’ブロッキング置換基を有することができる。ここでも、３’ブロッキング置換基の化学は重要ではない。

本明細書に記載される変異はまた、突然変異生成（ランダム、体細胞的（ｓｏｍａｔｉｃ）または定方向）、または他のＤＮＡ編集または組換え手法、例えば、以下に限定されないが、ジンクフィンガーヌクレアーゼによる部位特異的相同組換えを用いる遺伝子標的化によっても得ることができる。

植物細胞への遺伝子修復オリゴ核酸塩基の送達
植物細胞の形質転換する目的に用いられる任意の既知の方法を用いて、遺伝子修復オリゴ核酸塩基を送達することができる。例示的な方法について以下に説明する。

マイクロキャリアおよびマイクロファイバー
セルロース細胞壁を有する植物細胞中に大きなフラグメントのＤＮＡを発射貫入により導入するための金属マイクロキャリア（微小球）の使用は、当業者によく知られている（以下、バイオリスティック送達と称する）。米国特許第４，９４５，０５０号；第５，１００，７９２号および第５，２０４，２５３号は、マイクロキャリアおよびこれらを発射させるためのデバイスを選択する一般的手法を記載している。

本明細書で開示される方法においてマイクロキャリアを用いるための具体的な条件は、国際公開ＷＯ第９９／０７８６５号に記載されている。例示的手法においては、氷冷したマイクロキャリア（６０ｍｇ／ｍＬ）、混合デュープレックスオリゴヌクレオチド（６０ｍｇ／ｍＬ）、２．５ＭのＣａＣｌ_２および０．１Ｍのスペルミジンをこの順番で加え、混合物を例えば１０分間ボルテックスすることにより穏やかに撹拌し、次に室温で１０分間放置し、その後、マイクロキャリアを５倍容量のエタノールで希釈し、遠心分離し、１００％エタノールに再懸濁する。良好な結果は、接着溶液中の濃度が８－１０μｇ／μＬのマイクロキャリア、１４－１７μｇ／ｍＬの混合デュープレックスオリゴヌクレオチド、１．１－１．４ＭのＣａＣｌ_２および１８－２２ｍＭスペルミジンの場合に得ることができる。最適な結果は、８μｇ／μＬのマイクロキャリア、１６．５μｇ／ｍＬの混合デュープレックスオリゴヌクレオチド、１．３ＭのＣａＣｌ_２および２１ｍＭのスペルミジンの場合に認められた。

遺伝子修復オリゴ核酸塩基はまた、本発明の実施にあたり、細胞壁および細胞膜に侵入するためにマイクロファイバーを用いて植物細胞中に導入することができる。Ｃｏｆｆｅｅらの米国特許第５，３０２，５２３号は、３０ｘ０．５μｍおよび１０ｘ０．３μｍのシリコンカーバイド繊維を用いて、トウモロコシ（ＢｌａｃｋＭｅｘｉｃａｎＳｗｅｅｔ）の懸濁培養物の形質転換を容易にすることを記載している。マイクロファイバーを用いる植物細胞の形質転換用にＤＮＡを導入するために用いることができる任意の機械的手法を用いて、トランス変異用に遺伝子修復オリゴ核酸塩基を送達することができる。

遺伝子修復オリゴ核酸塩基のマイクロファイバーによる送達の例示的手法は次のとおりである：滅菌したマイクロファイバー（２μｇ）を約１０μｇの混合デュープレックスオリゴヌクレオチドを含む１５０μＬの植物培養液に懸濁させる。懸濁した培養物を沈殿させ、集めた細胞と滅菌ファイバー／ヌクレオチド懸濁液とを等量で１０分間ボルテックスし、プレートに播種する。選択培地は、特定の特性に適するように、ただちに適用するか、または約１２０時間まで遅らせて適用する。

プロトプラストのエレクトロポレーション
代替の実施形態においては、遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、植物の一部に由来するプロトプラストのエレクトロポレーションにより植物細胞に送達することができる。プロトプラストは、当業者によく知られる手法にしたがって、植物の一部、特に葉を酵素で処理することにより形成される。例えば、Ｇａｌｌｏｉｓら、１９９６、ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ５５：８９－１０７、ＨｕｍａｎａＰｒｅｓｓ、Ｔｏｔｏｗａ、Ｎ．Ｊ．；Ｋｉｐｐｅｔら、１９９９年、ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ１３３：２１３－２２１、ＨｕｍａｎａＰｒｅｓｓ、Ｔｏｔｏｗａ、Ｎ．Ｊを参照されたい。プロトプラストは、エレクトロポレーション前に成長培地で培養する必要はない。エレクトロポレーションの条件の一例は、総容量０．３ｍＬ中に３ｘ１０^５個のプロトプラストであり、遺伝子修復オリゴ核酸塩基の濃度は０．６－４μｇ／ｍＬである。

プロトプラストＰＥＧ媒介性ＤＮＡ取り込み
代替の実施形態においては、当業者によく知られる手法にしたがって、膜改変剤であるポリエチレングリコールの存在下で、核酸を植物プロトプラストに取り込ませる（例えば、Ｇｈａｒｔｉ－Ｃｈｈｅｔｒｉら、１９９２；Ｄａｔｔａら、１９９２を参照されたい）。

マイクロインジェクション
代替の実施形態においては、遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、マイクロキャピラリーを用いて植物細胞またはプロトプラストに注入することにより送達することができる（例えば、Ｍｉｋｉら、１９８９年；Ｓｃｈｎｏｒｆら、１９９１年を参照）。

トランスジェニック
本明細書中に開示される組成物および方法の様々な態様および実施形態のいずれかにおいて、遺伝子およびタンパク質における変異は、例えばトランスジェニック技術を使って生成され得る。いくつかの実施形態では、該組成物および方法は、本明細書中に開示されたＰＰＸヌクレオチドに操作可能な形で連結されたプロモーターを含む、形質転換された核酸構築体を有する植物または植物細胞を含む。本明細書中に開示された方法は、本明細書中に開示されたＰＰＸ核酸構築体を少なくとも１つの植物細胞に導入し、そこから形質転換された植物を再生することも含み得る。該核酸構築体は、本明細書中に開示されているような除草剤耐性ＰＰＸタンパク質をコードする少なくとも１つのヌクレオチド、特に図２、図４、図６、図８、図１０および図１２に規定されたヌクレオチド配列およびフラグメントならびにそれらの異型を含む。該方法は、さらに、植物細胞において遺伝子発現を推進することが可能なプロモーターの使用も伴う。１つの実施形態において、このようなプロモーターは、構成的プロモーターまたは組織優先プロモーターである。これらの方法で生成される植物は、形質転換されていない植物と比較すると、増加したＰＰＸ活性および／または特に除草剤耐性ＰＰＸ活性を有し得る。したがって、これらの方法は、特にＰＰＸを阻害する除草剤の存在下で、ＰＰＸ酵素の活性を高める、少なくとも１つの除草剤に対する植物の抵抗性を強化または増加する上で有用である。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、除草剤耐性植物を生成するための方法は、植物細胞における発現を促進するプロモーターに作動可能に連結されたヌクレオチド配列を含む核酸構築体を用いて、植物細胞を形質転換し、さらに前記形質転換した植物細胞から形質転換した植物を再生することも含み得る。ヌクレオチド配列は、本明細書中で開示された除草剤耐性ＰＰＸ、特に図２、図４、図６、図８、図１０および図１２に規定されたヌクレオチド配列およびフラグメントならびにこれらの異型をコードするヌクレオチド配列から選択される。この方法により生成された除草剤耐性植物は、形質転換されていない植物と比較すると、少なくとも１つの除草剤、特に、例えばＰＰＸを阻害する除草剤など、ＰＰＸ酵素の活性に干渉する除草剤に対して、強化された抵抗性を含む。

開示された核酸分子は、植物、例えばＳｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍなどの作物植物の形質を転換する目的で核酸構築体中で用いることができる。１つの実施形態において、本開示の核酸分子を含むこのような核酸構築体は、ＰＰＸ阻害型除草剤など、ＰＰＸ活性を阻害することが知られている除草剤などの除草剤に対する抵抗性を作り出す目的で、トランスジェニック植物の生成に利用することができる。核酸構築体は、発現カセット、発現ベクター、形質転換ベクター、プラスミドなどの中で用いることができる。このような構築体による形質転換に続いて得られるトランスジェニック植物は、ＰＰＸ阻害型除草剤、例えば、フルミオキサジン除草剤およびスルフェントラゾン除草剤などに対して増加された抵抗性を示す。

構築体
本明細書中で開示される核酸分子（例えば、変異したＰＰＸ遺伝子）は、組換え核酸構築体の生成に使用することができる。１つの実施形態では、本開示の核酸分子は、関心対象の植物における発現のために、核酸構築体、例えば、発現カセットの調製に使用することができる。

発現カセットは、本明細書中で開示されるＰＰＸ核酸配列に操作可能な形で連結される調節配列を含んでもよい。該カセットは、さらに、生物に同時形質転換される少なくとも１つの追加の遺伝子を含んでもよい。あるいは、遺伝子（単数または複数）は複数の発現カセットで提供することもできる。

核酸構築体は、調節領域の転写調節の下に置かれるＰＰＸ核酸配列の挿入のために、複数の制限酵素認識部位を使って提供されてもよい。核酸構築体はさらに、選択可能なマーカー遺伝子をコードする核酸分子を含んでもよい。

任意のプロモーターを、核酸構築体の生成に使用することができる。プロモーターは、植物宿主および／または本明細書中で開示されるＰＰＸ核酸配列に対して、本来のものまたは類似性のものまたは外来性のものもしくは異種性のものであってもよい。さらに、プロモーターは、自然の配列であっても、あるいは合成配列であってもよい。プロモーターが植物宿主に対して「外来性の」または「異種性の」ものである場合、プロモーターは、プロモーターが導入される本来の植物中に見つけられないことが意図される。プロモーターが、本明細書中で開示されるＰＰＸ核酸配列に対して「外来性の」または「異種性の」ものである場合、プロモーターは、本明細書中で開示された、作動可能に連結されたＰＰＸ核酸配列に対して本来のまたは天然に発生するプロモーターではないことが意図される。本明細書中で使用されるように、キメラ遺伝子は、コーディング配列に対して異種性の転写開始領域に作動可能に連結されたコーディング配列を含む。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、本明細書中で開示されるＰＰＸ核酸配列は、異種性のプロモーターを使用して発現されることもあるが、本来のプロモーター配列を構築体の調製に使用することもできる。このような構築体は、植物または植物細胞におけるＰＰＸタンパク質の発現レベルを変更することになる。したがって植物または植物細胞の表現型は改変される。

ＰＰＸコーディング配列の発現を制御するための構築体の調製には、例えば、植物中での発現のための構成的プロモーター、組織優先プロモーター、誘導プロモーターまたはその他のプロモーターを可能にするプロモーターなど、任意のプロモーターを使用することができる。構成的プロモーターは、例えば、Ｒｓｙｎ７プロモーターのコアプロモーターならびに国際公開第９９／４３８３８号および米国特許第６，０７２，０５０号に開示される他の構成的なプロモーター、コアＣａＭＶ３５Ｓプロモーター（Ｏｄｅｌｌら（１９８５年）Ｎａｔｕｒｅ３１３：８１０－８１２ページ）；イネアクチン（ＭｃＥｌｒｏｙら（１９９０年）ＰｌａｎｔＣｅｌｌ２：１６３－１７１ページ）、ユビキチン（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎら（１９８９年）ＰｌａｎｔＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．１２：６１９－６３２ページおよびＣｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎら（１９９２年）ＰｌａｎｔＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．１８：６７５－６８９ページ）；ｐＥＭＵ（Ｌａｓｔら（１９９１年）Ｔｈｅｏｒ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎｅｔ．８１：５８１－５８８ページ）；ＭＡＳ（Ｖｅｌｔｅｎら（１９８４年）ＥＭＢＯＪ．３：２７２３－２７３０ページ）；ＡＬＳプロモーター（米国特許第５，６５９，０２６号）、ならびにその他同種のものを含む。他の構成的プロモーターは、例えば、米国特許第５，６０８，１４９号；第５，６０８，１４４号；第５，６０４，１２１号；第５，５６９，５９７号；第５，４６６，７８５号；第５，３９９，６８０号；第５，２６８，４６３号；第５，６０８，１４２号、および第６，１７７，６１１号を含む。

組織優先プロモーターは、特定の植物組織内でのＰＰＸ発現を指向するために利用することができる。このような組織優先プロモーターは、葉優先プロモーター、根優先プロモーター、種子優先プロモーター、および茎優先プロモーターを含むが、これらに限定されない。組織優先プロモーターは、Ｙａｍａｍｏｔｏら（１９９７年）ＰｌａｎｔＪ．１２（２）：２５５－２６５ページ；Ｋａｗａｍａｔａら（１９９７年）ＰｌａｎｔＣｅｌｌＰｈｙｓｉｏｌ．３８（７）：７９２－８０３ページ；Ｈａｎｓｅｎら（１９９７年）Ｍｏｌ．ＧｅｎＧｅｎｅｔ．２５４（３）：３３７－３４３ページ；Ｒｕｓｓｅｌｌら（１９９７年）ＴｒａｎｓｇｅｎｉｃＲｅｓ．６（２）：１５７－１６８ページ；Ｒｉｎｅｈａｒｔら（１９９６年）ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．１１２（３）：１３３１－１３４１ページ；ＶａｎＣａｍｐら（１９９６年）ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．１１２（２）：５２５－５３５ページ；Ｃａｎｅｖａｓｃｉｎｉら（１９９６年）ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．１１２（２）：５１３－５２４ページ；Ｙａｍａｍｏｔｏら（１９９４年）ＰｌａｎｔＣｅｌｌＰｈｙｓｉｏｌ．３５（５）：７７３－７７８ページ；Ｌａｍ（１９９４年）ＲｅｓｕｌｔｓＰｒｏｂｌ．ＣｅｌｌＤｉｆｆｅｒ２０：１８１－１９６ページ；Ｏｒｏｚｃｏら（１９９３年）ＰｌａｎｔＭｏｌＢｉｏｌ．２３（６）：１１２９－１１３８ページ；Ｍａｔｓｕｏｋａら（１９９３年）ＰｒｏｃＮａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９０（２０）：９５８６－９５９０ページ；およびＧｕｅｖａｒａ－Ｇａｒｃｉａら（１９９３年）ＰｌａｎｔＪ．４（３）：４９５－５０５ページを含む。

核酸構築体は、転写終結領域を含んでもよい。転写終結領域を使用する場合、核酸構築体の調製には、任意の転写終結領域を使用してよい。例えば、終結領域は転写開始領域と同じ天然型、作動可能に連結された関心対象のＰＰＸ配列と同じ天然型、植物宿主と同じ天然型、または他の起源に由来するものでもよい（すなわち、プロモーター、当該ＰＰＸ核酸分子、植物宿主もしくはこれらの任意の組み合わせに対して外来もしくは異種）。本開示の構築体で使用することの可能な終結領域の例として、オクトピン合成酵素およびノパリン合成酵素終結領域などの、Ａ．ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓのＴｉプラスミドから得られるものが挙げられる（Ｇｕｅｒｉｎｅａｕら（１９９１年）Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．２６２：１４１－１４４；Ｐｒｏｕｄｆｏｏｔ（１９９１年）Ｃｅｌｌ６４：６７１－６７４；Ｓａｎｆａｃｏｎら（１９９１年）ＧｅｎｅｓＤｅｖ．５：１４１－１４９；Ｍｏｇｅｎら（１９９０年）ＰｌａｎｔＣｅｌｌ２：１２６１－１２７２；Ｍｕｎｒｏｅら（１９９０年）Ｇｅｎｅ９１：１５１－１５８；Ｂａｌｌａｓら（１９８９）ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．１７：７８９１－７９０３；およびＪｏｓｈｉら（１９８７年）ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄＲｅｓ．１５：９６２７－９６３９も参照されたい）。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、核酸は形質転換した植物中で発現を増強するために最適化することができる。すなわち、変異ＰＰＸタンパク質をコードする核酸は、発現の向上のために植物優先コドンを使って合成することができる。例えば、宿主優先コドンの用途の検討については、ＣａｍｐｂｅｌｌおよびＧｏｗｒｉ（１９９０年）ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．９２：１－１１を参照されたい。植物優先遺伝子の合成には、当技術分野で利用可能な方法が存在する。例えば、米国特許第５，３８０，８３１号および第５，４３６，３９１号およびＭｕｒｒａｙら（１９８９年）ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．１７：４７７－４９８を参照されたい。

加えて、その他の配列改変を、本明細書中で開示される核酸配列に加えることができる。例えば、追加的な配列改変は細胞宿主における遺伝子発現を高めることが知られている。これには、擬似ポリアデニル化シグナル、エクソン／イントロンスプライス部位シグナル、トランスポゾン様リピート、ならびに遺伝子発現に有害となる可能性のある、十分特性の明らかな他の配列をコードする配列の除去が含まれる。配列のＧ－Ｇ含量を、宿主細胞で発現される既知遺伝子と比較して計算された、標的細胞性宿主に対する平均的なレベルに調整することもできる。さらに、配列は予測されるｍＲＮＡのヘアピン二次構造を避けるように改変することも可能である。

他の核酸配列も、例えば、ＰＰＸのコーディング配列の発現を増強する目的で、本開示の構築体の調製に使用することができる。このような核酸配列には、トウモロコシのイントロンＡｄｈＩ、イントロン１遺伝子（Ｃａｌｌｉｓら（１９８７年）ＧｅｎｅｓａｎｄＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ１：１１８３－１２００）、ならびにタバコモザイクウイルス（ＴＭＶ）、トウモロコシクロロティックモットルウイルスおよびアルファルファモザイクウイルス（Ｇａｌｌｉｅら（１９８７年）ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄＲｅｓ．１５：８６９３－８７１１ならびにＳｋｕｚｅｓｋｉら（１９９０年）ＰｌａｎｔＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５：６５－７９、１９９０）由来のリーダー配列（W配列）が含まれる。トウモロコシのｓｈｒｕｎｋｅｎ－１遺伝子座由来の第１のイントロンは、キメラ遺伝子構築体において遺伝子の発現を増加させることが明らかになった。米国特許第５，４２４，４１２号および第５，５９３，８７４号は、遺伝子発現構築体における特定のイントロンの使用を開示し、Ｇａｌｌｉｅら（（１９９４年）ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．１０６：９２９－９３９）は、遺伝子発現を組織特異的に制御するために、イントロンが有用であることも明らかにした。ＰＰＸ遺伝子発現をさらに高め、または最適化するために、本明細書中に開示される植物発現ベクターはまた、マトリクス結合領域（ＭＡＲ）を含むＤＮＡ配列を含有することができる。このように改変された発現系で形質転換された植物細胞は、その後、本開示のヌクレオチド配列の、過剰発現もしくは構成的発現を示す可能性がある。

本明細書中に開示される発現構築体は、葉緑体にＰＰＸ配列の発現を誘導可能な核酸配列も含むことができる。このような核酸配列には、植物細胞葉緑体に対して、関心対象の遺伝子産物を誘導するための葉緑体輸送ペプチドをコードする葉緑体標的配列も含まれる。そのような輸送ペプチドは当該技術分野において公知である。葉緑体標的配列に関し、「作動可能に結合」とは、輸送ペプチドをコードする核酸配列（すなわち、葉緑体標的配列）が本明細書中で開示されるＰＰＸ核酸分子に結合し、この２つの配列が連続的で、同じリーディングフレーム内にあるようになることである。例えば、ＶｏｎＨｅｉｊｎｅら（１９９１年）ＰｌａｎｔＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐ．９：１０４－１２６；Ｃｌａｒｋら（１９８９年）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：１７５４４－１７５５０；Ｄｅｌｌａ－Ｃｉｏｐｐａら（１９８７年）ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．８４：９６５－９６８；Ｒｏｍｅｒら（１９９３年）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１９６：１４１４－１４２１；およびＳｈａｈら（１９８６年）Ｓｃｉｅｎｃｅ２３３：４７８－４８１を参照されたい。本明細書中で開示されるＰＰＸタンパク質は、天然葉緑体輸送ペプチドを含むが、成熟ＰＰＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列の５’末端に葉緑体標的配列を作動可能に結合することにより、当該技術分野において公知の任意の葉緑体輸送ペプチドが、成熟ＰＰＸタンパク質のアミノ酸配列に融合され得る。

葉緑体標的配列は当該技術分野において公知であり、リブロース－１，５－二リン酸カルボキシラーゼ（Ｒｕｂｉｓｃｏ）の葉緑体小サブユニット（ｄｅＣａｓｔｒｏＳｉｌｖａＦｉｌｈｏら（１９９６年）ＰｌａｎｔＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．３０：７６９－７８０；Ｓｃｈｎｅｌｌら（１９９１年）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６６（５）：３３３５－３３４２）；５－（エノールピルビル）シキミ酸－３－リン酸合成酵素（ＥＰＳＰＳ）（Ａｒｃｈｅｒら（１９９０年）Ｊ．Ｂｉｏｅｎｅｒｇ．Ｂｉｏｍｅｍｂ．２２（６）：７８９－８１０）；トリプトファン合成酵素（Ｚｈａｏら（１９９５年）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０（１１）：６０８１－６０８７）；プラストシアニン（Ｌａｗｒｅｎｃｅら（１９９７年）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２（３３）：２０３５７－２０３６３）；コリスミ酸合成酵素（Ｓｃｈｍｉｄｔら（１９９３年）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８（３６）：２７４４７－２７４５７）；および集光性クロロフィルａ／ｂ結合タンパク質（ＬＨＢＰ）（Ｌａｍｐｐａら（１９８８年）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６３：１４９９６－１４９９９）を含む。ＶｏｎＨｅｉｊｎｅら（１９９１年）ＰｌａｎｔＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐ．９：１０４－１２６；Ｃｌａｒｋら（１９８９年）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：１７５４４－１７５５０；Ｄｅｌｌａ－Ｃｉｏｐｐａら（１９８７年）ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．８４：９６５－９６８；Ｒｏｍｅｒら（１９９３年）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１９６：１４１４－１４２１；およびＳｈａｈら（１９８６年）Ｓｃｉｅｎｃｅ２３３：４７８－４８１も参照されたい。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、核酸構築体は、植物細胞葉緑体からの変異ＰＰＸコーディング配列の発現を誘導するように調製することができる。葉緑体の形質転換のための方法も当該技術分野において公知である。例えば、Ｓｖａｂら（１９９０年）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８７：８５２６－８５３０；ＳｖａｂおよびＭａｌｉｇａ（１９９３年）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９０：９１３－９１７；ＳｖａｂおよびＭａｌｉｇａ（１９９３年）ＥＭＢＯＪ．１２：６０１－６０６を参照されたい。該方法は、選択マーカーを含むＤＮＡのパーティクルガンによる送達および相同組換えによる色素体ゲノムへのＤＮＡの標的化に依存する。加えて、核にコードされ、色素体へ方向づけられるＲＮＡポリメラーゼの組織優先の発現による、色素体に運ばれるサイレントトランス遺伝子のトランス活性化により、色素体の形質転換を行うことができる。そのようなシステムは、ＭｃＢｒｉｄｅら（１９９４年）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９１：７３０１－７３０５にて報告されている。

葉緑体を標的とする関心対象の核酸は、植物核とこの細胞小器官との間でのコドン使用の相違を考慮し、葉緑体における発現のために最適化されてもよい。このように、関心対象の核酸は葉緑体優先コドンを用いて合成されてもよい。例えば、本明細書に参照により組み込まれる、米国特許第５，３８０，８３１号を参照されたい。

核酸構築体は、植物細胞の形質転換および変異ＰＰＸコーディング配列を含むトランスジェニック植物の再生のために使用することができる。多くの植物形質転換ベクターおよび植物を形質転換する方法を利用できる。例えば、米国特許第６，７５３，４５８号、Ａｎ，Ｇ．ら（１９８６年）ＰｌａｎｔＰｙｓｉｏｌ．，８１：３０１－３０５；Ｆｒｙ，Ｊ．ら（１９８７年）ＰｌａｎｔＣｅｌｌＲｅｐ．６：３２１－３２５；Ｂｌｏｃｋ，Ｍ．（１９８８年）Ｔｈｅｏｒ．ＡｐｐｌＧｅｎｅｔ．７６：７６７－７７４；Ｈｉｎｃｈｅｅら（１９９０年）Ｓｔａｄｌｅｒ．Ｇｅｎｅｔ．Ｓｙｍｐ．２０３２１２．２０３－２１２；Ｃｏｕｓｉｎｓら（１９９１年）Ａｕｓｔ．Ｊ．ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．１８：４８１－４９４；Ｃｈｅｅ，Ｐ．Ｐ．およびＳｌｉｇｈｔｏｍ，Ｊ．Ｌ．（１９９２年）Ｇｅｎｅ１１８：２５５－２６０；Ｃｈｒｉｓｔｏｕら（１９９２年）Ｔｒｅｎｄｓ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１０：２３９－２４６；Ｄ’Ｈａｌｌｕｉｎら（１９９２年）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌ．１０：３０９－３１４；Ｄｈｉｒら（１９９２年）ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．９９：８１－８８；Ｃａｓａｓら（１９９３年）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．ＡｃａｄＳｃｉ．ＵＳＡ９０：１１２１２－１１２１６；Ｃｈｒｉｓｔｏｕ，Ｐ．（１９９３年）ＩｎＶｉｔｒｏＣｅｌｌ．Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．－Ｐｌａｎｔ；２９Ｐ：１１９－１２４；Ｄａｖｉｅｓら（１９９３年）ＰｌａｎｔＣｅｌｌＲｅｐ．１２：１８０－１８３；Ｄｏｎｇ，Ｊ．Ａ．およびＭｃＨｕｇｈｅｎ，Ａ．（１９９３年）ＰｌａｎｔＳｃｉ．９１：１３９－１４８；Ｆｒａｎｋｌｉｎ，Ｃ．Ｉ．およびＴｒｉｅｕ，Ｔ．Ｎ．（１９９３年）Ｐｌａｎｔ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．１０２：１６７；Ｇｏｌｏｖｋｉｎら（１９９３年）ＰｌａｎｔＳｃｉ．９０：４１－５２；ＧｕｏＣｈｉｎＳｃｉ．Ｂｕｌｌ．３８：２０７２－２０７８；Ａｓａｎｏら（１９９４年）ＰｌａｎｔＣｅｌｌＲｅｐ．１３；ＡｙｅｒｅｓＮ．Ｍ．およびＰａｒｋ，Ｗ．Ｄ．（１９９４年）Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｐｌａｎｔ．Ｓｃｉ．１３：２１９－２３９；Ｂａｒｃｅｌｏら（１９９４年）Ｐｌａｎｔ．Ｊ．５：５８３－５９２；Ｂｅｃｋｅｒら（１９９４年）Ｐｌａｎｔ．Ｊ．５：２９９－３０７；Ｂｏｒｋｏｗｓｋａら（１９９４年）Ａｃｔａ．ＰｈｙｓｉｏｌＰｌａｎｔ．１６：２２５－２３０；Ｃｈｒｉｓｔｏｕ，Ｐ．（１９９４年）Ａｇｒｏ．Ｆｏｏｄ．Ｉｎｄ．ＨｉＴｅｃｈ．５：１７－２７；Ｅａｐｅｎら（１９９４年）ＰｌａｎｔＣｅｌｌＲｅｐ．１３：５８２－５８６；Ｈａｒｔｍａｎら（１９９４年）Ｂｉｏ－Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ１２：９１９９２３；Ｒｉｔａｌａら（１９９４年）Ｐｌａｎｔ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４：３１７－３２５；ならびにＷａｎ，Ｙ．Ｃ．およびＬｅｍａｕｘ，Ｐ．Ｇ．（１９９４年）ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌ．１０４：３７４８を参照されたい。構築体は相同組換えを使って植物細胞に形質転換することもできる。

本明細書中で開示されるＰＰＸ核酸配列を含むか維持された構築体は、細菌、酵母などのトランスジェニック宿主細胞を産生するため、および植物細胞を形質転換し、場合によっては、トランスジェニック植物を再生するために、様々な方法で使用することができる。例えば、本明細書中に開示されるＰＰＸ変異タンパク質を含むトランスジェニック作物植物を産生する方法は、植物における核酸の発現が、野生型植物または既知のＰＰＸ変異植物と比較して、除草剤耐性につながる場合、（ａ）変異ＰＰＸタンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターを植物細胞に導入すること、および（ｂ）植物細胞から、除草剤耐性のトランスジェニック植物を生成することを含む。

ＰＰＸ変異
組成物および方法は、少なくとも部分的には、ＰＰＸ遺伝子における変異、例えば、ＰＰＸ阻害ファミリーの除草剤に属す除草剤に対するて抵抗性または耐性を植物に与える変異に関し得る。該組成物および方法は、また、特定の実施形態において、ＰＰＸタンパク質をコードする遺伝子において、染色体またはエピソー無配列に所望の変異を生じさせるための遺伝子修復オリゴ核酸塩基の使用に関する。変異したタンパク質は、いくつかの実施形態では、野生型タンパク質の触媒活性を実質的に維持することができ、ＰＰＸ阻害ファミリーの除草剤に対して、植物の抵抗性または耐性の増加につながり、いくつかの実施形態では、除草剤の有無に関わらず、野生型の植物と比較して、植物、その器官、組織または細胞の実質的に正常な成長または発達を可能にする。該組成物および方法は、また、ＰＰＸ遺伝子に変異が生じた非トランスジェニックまたはトランスジェニック植物細胞、そこから再生された非トランスジェニック植物またはトランスジェニック植物、ならびに再生された非トランスジェニック植物またはトランスジェニック植物を、例えば、異なるＰＰＸ遺伝子に変異を有する植物に対して使った交差から生じる植物に関する。これらの変異は作物植物、藻、細菌、菌類を含めた植物および哺乳類系で、これらの阻害剤に対する耐性を目的として適用することもできる。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸタンパク質の少なくとも１つの変異は、配列ＩＤ番号：１の５２、８５、１０５、１１１、１３０、１３９、１４３、１４４、１４５、１４７、１６５、１６７、１７０、１８０、１８５、１９２、１９３、１９９、２０６、２１２、２１９、２２０、２２１、２２６、２２８、２２９、２３０、２３７、２４４、２５６、２５７、２７０、２７１、２７２、３０５、３１１、３１６、３１８、３３２、３４３、３５４、３５７、３５９、３６０、３６６、３９３、４０３、４２４、４２６、４３０、４３８、４４０、４４４、４５５、４５７、４７０、４７８、４８３、４８４、４８５、４８７、４９０、５０３、５０８、および５２５から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在することができる。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の５８、６４、７４、８４、９３、９７、９８、１０１、１１９、１２１、１２４、１３９、１５０、１５１、１５７、１６４、１７０、１７７、１８７、１８８、１９５、２１４、２１５、２２９、２３０、２７１、２７４、２７８、２８３、２９２、２９６、３０７、３２４、３３０、３９６、４０４、４０６、４１０、４２１、４２３、４３４、４４７、４４８、４４９、４５１、４５４、４６５、４７０および５０から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１１１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１３０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１３９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１６５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１９３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１９９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２０６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２１９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２３０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２７１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置３１１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置３１６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置３１８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の３５７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置３６０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置３６６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４３８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４４０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４４４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４５５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４５７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４８３に対応する位置にある位置フェルニルアラニンからグリシンに対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４８４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４８５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４８７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置４９０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置５０３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置５０８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置５８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置６４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置７４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置８４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１０１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１１９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１２１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１５１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１５７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１７０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１７７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１８７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１９５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応するアミノ酸位置に変異を
含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２１５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２３０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２７１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２７４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２７８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２８３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２９２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２９６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置３３０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置３９６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４０４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４０６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４１０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４２１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４４７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４４８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４４９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４５１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４５４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４６５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４７０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置５００に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、２つまたはそれ以上の変異を含み、少なくともそのうちの１つの変異は、配列ＩＤ番号：１の５２、８５、１０５、１１１、１３０、１３９、１４３、１４４、１４５、１４７、１６５、１６７、１７０、１８０、１８５、１９２、１９３、１９９、２０６、２１２、２１９、２２０、２２１、２２６、２２８、２２９、２３０、２３７、２４４、２５６、２５７、２７０、２７１、２７２、３０５、３１１、３１６、３１８、３３２、３４３、３５４、３５７、３５９、３６０、３６６、３９３、４０３、４２４、４２６、４３０、４３８、４４０、４４４、４５５、４５７、４７０、４７８、４８３、４８４、４８５、４８７、４９０、５０３、５０８および５２５から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、２つまたはそれ以上の変異を含み、少なくともそのうちの１つの変異は配列ＩＤ番号：９の５８、６４、７４、８４、９３、９７、９８、１０１、１１９、１２１、１２４、１３９、１５０、１５１、１５７、１６４、１７０、１７７、１８７、１８８、１９５、２１４、２１５、２２９、２３０、２７１、２７４、２７８、２８３、２９２、２９６、３０７、３２４、３３０、３９６、４０４、４０６、４１０、４２１、４２３、４３４、４４７、４４８、４４９、４５１、４５４、４６５、４７０および５００から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、３つまたはそれ以上の変異を含み、そのうちの少なくとも１つの変異は、配列ＩＤ番号：１の５２、８５、１０５、１１１、１３０、１３９、１４３、１４４、１４５、１４７、１６５、１６７、１７０、１８０、１８５、１９２、１９３、１９９、２０６、２１２、２１９、２２０、２２１、２２６、２２８、２２９、２３０、２３７、２４４、２５６、２５７、２７０、２７１、２７２、３０５、３１１、３１６、３１８、３３２、３４３、３５４、３５７、３５９、３６０、３６６、３９３、４０３、４２４、４２６、４３０、４３８、４４０、４４４、４５５、４５７、４７０、４７８、４８３、４８４、４８５、４８７、４９０、５０３、５０８および５２５から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、３つまたはそれ以上の変異を含み、少なくともそのうちの１つの変異は、配列ＩＤ番号：９の５８、６４、７４、８４、９３、９７、９８、１０１、１１９、１２１、１２４、１３９、１５０、１５１、１５７、１６４、１７０、１７７、１８７、１８８、１９５、２１４、２１５、２２９、２３０、２７１、２７４、２７８、２８３、２９２、２９６、３０７、３２４、３３０、３９６、４０４、４０６、４１０、４２１、４２３、４３４、４４７、４４８、４４９、４５１、４５４、４６５、４７０および５００から成る群から選択される位置に相当するアミノ酸位置に存在する。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸタンパク質の少なくとも１つの変異は、配列ＩＤ番号：１のＧ５２、Ｎ８５、Ｎ１０５、Ｅ１１１、Ｇ１３０、Ｄ１３９、Ｐ１４３、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ｌ１４７、Ｆ１６５、Ｌ１６７、Ｉ１７０、Ａ１８０、Ｐ１８５、Ｅ１９２、Ｓ１９３、Ｒ１９９、Ｖ２０６、Ｅ２１２、Ｙ２１９、Ａ２２０、Ｇ２２１、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｋ２２９、Ａ２３０、Ｋ２３７、Ｓ２４４、Ｒ２５６、Ｒ２５７、Ｋ２７０、Ｐ２７１、Ｑ２７２、Ｓ３０５、Ｅ３１１、Ｔ３１６、Ｔ３１８、Ｓ３３２、Ｓ３４３、Ａ３５４、Ｌ３５７、Ｋ３５９、Ｌ３６０、Ａ３６６、Ｌ３９３、Ｌ４０３、Ｌ４２４、Ｙ４２６、Ｓ４３０、Ｋ４３８、Ｅ４４０、Ｖ４４４、Ｌ４５５、Ｋ４５７、Ｖ４７０、Ｆ４７８、Ｆ４８３、Ｄ４８４、Ｉ４８５、Ｄ４８７、Ｋ４９０、Ｌ５０３、Ｖ５０８およびＩ５２５から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在することができる。本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸタンパク質の少なくとも１つの変異は、配列ＩＤ番号：９のＤ５８、Ｅ６４、Ｇ７４、Ｇ８４、Ｌ９３、Ｋ９７、Ｋ９８、Ａ１０１、Ｓ１１９、Ｆ１２１、Ｔ１２４、Ｎ１３９、Ｅ１５０、Ｓ１５１、Ｑ１５７、Ｖ１６４、Ｄ１７０、Ｃ１７７、Ｈ１８７、Ｌ１８８、Ｘ１９５、Ｐ２１４、Ｉ２１５、Ｋ２２９、Ｋ２３０、Ｃ２７１、Ｄ２７４、Ｆ２８３、Ａ２９２、Ｓ２９６、Ｃ３０７、Ｎ３２４、Ｄ３３０、Ｓ３９６、Ａ４０４、Ｒ４０６、Ｋ４１０、Ｌ４２１、Ａ４２３、Ｃ４３４、Ｄ４４７、Ｓ４４８、Ｖ４４９、Ｄ４５１、Ｄ４５４、Ｙ４６５、Ｋ４７０およびＴ５００から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在することができる。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｇ５２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＮ８５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＥ１１１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＧ１３０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＤ１３９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＰ１４３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＲ１４４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｆ１４５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＬ１４７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｆ１６５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ１６７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｉ１７０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＡ１８０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｐ１８５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｅ１９２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ１９３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｒ１９９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＶ２０６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｅ２１２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＹ２１９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＡ２２０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｇ２２１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＬ２２６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｍ２２８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｋ２２９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ａ２３０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｋ２３７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ２４４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｒ２５６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｒ２５７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｋ２７０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｐ２７１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｑ２７２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ３０５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｅ３１１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｔ３１６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｔ３１８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ３３２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ３４３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ａ３５４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ３５７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｋ３５９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＬ３６０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ａ３６６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ３９３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ４０３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ４２４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｙ４２６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ４３０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｋ４３８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｅ４４０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｖ４４４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ４５５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｋ４５７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｖ４７０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｆ４７８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｆ４８３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｄ４８４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｉ４８５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｄ４８７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｋ４９０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ５０３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｖ５０８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｉ５２５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｄ５８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｅ６４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｇ７４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｇ８４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｌ９３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｋ９７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｋ９８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ａ１０１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｓ１１９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｆ１２１に対応するアミノ酸位置に変異を
含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｔ１２４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｎ１３９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｅ１５０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｓ１５１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｑ１５７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｖ１６４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｄ１７０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｃ１７７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｈ１８７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｌ１８８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｎ１９５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｐ２１４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｉ２１５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｋ２２９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｋ２３０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｃ２７１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９のＤ２７４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｆ２８３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ａ２９２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｓ２９６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｃ３０７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｎ３２４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｄ３３０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｓ３９６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ａ４０４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｒ４０６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｋ４１０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｌ４２１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ａ４２３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｃ４３４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｄ４４７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｓ４４８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｖ４４９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｄ４５１に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｄ４５４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｙ４６５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｋ４７０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置Ｔ５００に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では, ＰＰＸタンパク質は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質（例えば、ＰＰＸタンパク質はバレイショのプラスチドのＰＰＸタンパク質であり得る）のパラログであり、該ＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置にＮを有し、そのＮがＮ以外のアミノ酸で置換されていること；配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にＫを有し、そのＫがＫ以外のアミノ酸で置換されていること；配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていること；および／または配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていることがあり得る。そのような実施形態においては、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｎ５２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｎ８５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｒ１４４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｆ１４５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ａ１８０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｐ１８５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ａ２２０に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ２２６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｍ２２８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ２４４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｋ２７２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ３０５に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ３３２に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ３５７に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｓ３５９に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ３９３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ４０３に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｌ４２４に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｙ４２６に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置Ｆ４７８に対応するアミノ酸位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１にの位置Ｓ５２５対応するアミノ酸位置の位置に変異を含む。

いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、２つまたはそれ以上の変異を含み、そのうちの少なくとも１つの変異は、配列ＩＤ番号：１のＧ５２、Ｎ８５、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ａ１８０、Ｐ１８５、Ａ２２０、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｓ２４４、Ｑ２７２、Ｓ３０５、Ｓ３３２、Ｌ３５７、Ｋ３５９、Ｌ３９３、Ｌ４０３、Ｌ４２４、Ｙ４２６、Ｆ４７８およびＩ５２５から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、ＰＰＸタンパク質は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質（例えば、ＰＰＸタンパク質はバレイショのＰＰＸタンパク質であり得る）のパラログであり、該ＰＰＸタンパク質は、２つまたはそれ以上の変異を有し、さらに以下の１つまたは複数を有する：（１）配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置にＮを有し、そのＮがＮ以外のアミノ酸で置換されていること；（２）配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にＫを有し、そのＫがＫ以外のアミノ酸で置換されていること；（３）配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていること；および／または（４）配列ＩＤ番号：１の位置５２５に相当する位置にＳを有し、そのがＳ以外のアミノ酸で置換されていること。このような実施形態においては、変異したＰＰＸタンパク質は、２つまたはそれ以上の変異を有し、そのうちの少なくとも１つの変異は、配列ＩＤ番号：１のＮ５２、Ｎ８５、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ａ１８０、Ｐ１８５、Ａ２２０、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｓ２４４、Ｋ２７２、Ｓ３０５、Ｓ３３２、Ｌ３５７、Ｓ３５９、Ｌ３９３、Ｌ４０３、Ｌ４２４、Ｙ４２６、Ｆ４７８およびＳ５２５から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１のＧ５２、Ｎ８５、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ａ１８０、Ｐ１８５、Ａ２２０、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｓ２４４、Ｑ２７２、Ｓ３０５、Ｓ３３２、Ｌ３５７、Ｋ３５９、Ｌ３９３、４０３、Ｌ４２４、Ｙ４２６、Ｆ４７８およびＩ５２５から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。いくつかの実施形態では、ＰＰＸタンパク質は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎＰＰＸタンパク質（例えば、ＰＰＸタンパク質はバレイショのＰＰＸタンパク質であり得る）のパラログであり、該ＰＰＸタンパク質は３つまたはそれ以上の変異を有し、さらに以下の１つまたは複数を有する：（１）配列ＩＤ番号：１の位置５２に相当する位置にＮを有し、そのＮがＮ以外のアミノ酸で置換されていること；（２）配列ＩＤ番号：１の位置２７２に相当する位置にＫを有し、そのＫがＫ以外のアミノ酸で置換されていること；（３）配列ＩＤ番号：１の位置３５９に相当する位置にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていること；および／または（４）配列ＩＤ番号：１の位置５２５にＳを有し、そのＳがＳ以外のアミノ酸で置換されていること。このような実施形態においては、変異したＰＰＸタンパク質は、３つまたはそれ以上の変異を有し、そのうちの少なくとも１つの変異は、配列ＩＤ番号：１のＮ５２、Ｎ８５、Ｒ１４４、Ｆ１４５、Ａ１８０、Ｐ１８５、Ａ２２０、Ｌ２２６、Ｍ２２８、Ｓ２４４、Ｋ２７２、Ｓ３０５、Ｓ３３２、Ｌ３５７、Ｓ３５９、Ｌ３９３、Ｌ４０３、Ｌ４２４、Ｙ４２６、Ｆ４７８およびＳ５２５から成る群から選択される位置に対応するアミノ酸位置に存在する。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸタンパク質は、票に示された変異から選択される１つまたは複数の変異を含むことができる。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子における１つまたは複数の変異は、配列ＩＤ番号：１の５２の位置に対応する位置におけるグリシンからリジン、配列ＩＤ番号：１の８５の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸、配列ＩＤ番号：１の位置１１１に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン、配列ＩＤ番号：１の位置１３０に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン、配列ＩＤ番号：１の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン、配列ＩＤ番号：１の位置１４３に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン、配列ＩＤ番号：１の位置１４７に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置１６５に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからチロシン、配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸、配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ＩＤ番号：１の位置１９３に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置１９９に対応する位置におけるアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置２０６に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置２１９に対応する位置におけるチロシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからバリン、配列ＩＤ番号：１の２２６の位置に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置におけるメチオニンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン、配列ＩＤ番号：１の位置２３０に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからグリシン、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置におけるアルギニンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸、配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸、配列ＩＤ番号：１の位置２７１に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置におけるグルタミンからフェルニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置３１１に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置３１６に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、配列ＩＤ番号：１の位置３１８に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置におけるセリンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置３５７に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるリジンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるリジンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置３６０に対応する位置におけるロイシンからリジン、配列ＩＤ番号：１の位置３６０に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸、配列ＩＤ番号：１の位置３６６に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置におけるロイシンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置４３８に対応する位置におけるリジンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４４０に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン、配列ＩＤ番号：１の位置４４４に対応する位置におけるバリンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置４５５に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置４５７に対応する位置におけるリジンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置におけるバリンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置におけるバリンからチロシン、配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４８３に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン、配列ＩＤ番号：１の位置４８４に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置４８５に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸、配列ＩＤ番号：１の位置４９０に対応する位置におけるリジンからアスパラギン、配列ＩＤ番号：１の位置５０３に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置５０８に対応する位置におけるバリンからトレオニン、および配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンから成る群から選択される１つもしくはそれ以上の変異、２つもしくはそれ以上の変異、または３つもしくはそれ以上の変異を有する変異したＰＰＸタンパク質をコードする。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の５２の位置に対応する位置にグリシンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードすることができる。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の８５の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１１１に対応する位置にグルタミン酸からバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１３０に対応する位置にグリシンからアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１３９に対応する位置にアスパラギン酸からヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４３に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４７に対応する位置におけるロイシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１６５に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１９３に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１９９に対応する位置にアルギニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２０６に対応する位置にバリンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２１９に対応する位置にチロシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の２２６の位置に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。くつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２３０に対応する位置にアラニンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置におけるアルギニンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置にリジンからグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置にリジンからグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２７１に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にグルタミンからフェルニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３１１に対応する位置にグルタミン酸からアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３１６に対応する位置にトレオニンからグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３１８に対応する位置にトレオニンからグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置にセリンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３５７に対応する位置にロイシンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にリジンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３６０に対応する位置にロイシンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３６０に対応する位置にロイシンからアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３６６に対応する位置にアラニンからグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンから
ロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４３８に対応する位置にリジンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４４０に対応する位置におけるグルタミン酸からリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４４４に対応する位置におけるバリンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４５５に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４５７に対応する位置にリジンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置におけるバリンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置にバリンからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応する位置にフェニルアラニンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４８３に対応する位置にフェニルアラニンからグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４８４に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４８５に対応する位置にイソロイシンからグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４９０に対応する位置にリジンからアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置５０３に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置５０８に対応する位置にバリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。

* 「AA mtn」はアミノ酸の変異を指す；「NA mtn」は核酸の変異を指す。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置にグリシンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＧＧ →ＡＡＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＴ→ＧＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＧ →ＴＧＣまたはＴＧＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＧ→ＣＡＣまたはＣＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＴ→ＣＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＴ→ＴＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＡ→ＡＣＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＣＧ→ＣＡＣまたはＣＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＣＧ→ＣＧＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＣＧ→ＣＧＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＴ→ＴＧＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＴ→ＡＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＴ→ＣＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＴ→ ＡＣＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＴ →ＧＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＴＧ→ＡＴＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＴＧ→ＣＴＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＣ→ＧＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＣ→ＡＣＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にグルタミンからアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＡＧ → ＴＴＣまたはＴＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＣＡ→ ＴＴＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置にセリンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＣＴ→ＴＧＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３５７に対応する位置にロイシンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＴＣ→ＡＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＡ→ ＡＧＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にリジンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＡ → ＡＣＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＧ → ＡＴＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＧ → ＴＣＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＧ → ＧＴＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＡ→ ＣＧＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＡ→ＴＣＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＧ → ＴＣＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＴＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ → ＴＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ → ＣＡＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＡＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ → ＴＴＡまたはＣＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＣＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ → ＡＣＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ → ＧＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＴ→ＴＣＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＴＴ→ ＡＣＴ核酸変異を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子における１つまたは複数の変異は、配列ＩＤ番号：１の５２の位置に対応する位置におけるアスパラギンからリジン、配列ＩＤ番号：１の８５の位置に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置におけるメチオニンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからグリシン、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置におけるリジンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応する位置におけるセリンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置におけるセリンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置３５７に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるセリンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるセリンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからメチオニン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置におけるロイシンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置におけるロイシンからセリン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからシステイン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからロイシン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからアルギニン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからトレオニン、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからバリン、配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリンおよび配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンから成る群から選択される１つもしくはそれ以上の変異、２つもしくはそれ以上の変異、または３つもしくはそれ以上の変異を有する変異したＰＰＸタンパク質をコードすることができる。

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の５２の位置に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードすることができる。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にリジンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置にセリンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３５７に対応する位置にロイシンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にセリンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は。配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応する位置にフェニルアラニンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。

いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置５２に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＴ→ＡＡＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含むＡＡＴ→ＧＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＧＣ→ＴＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＧＣ→ＣＡＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＴ→ＣＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＴ→ＴＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＣ→ＡＣＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置１８５に対応する位置にプロリンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＣＴ→ＣＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置１８５に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＣＴ→ＣＧＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２２０に対応する位置にアラニンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＣ→ＴＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２２０に対応する位置にアラニンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＣ→ＡＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２２０に対応する位置にアラニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＣ→ＣＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＣ→ＡＣＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２２０に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＣ→ＧＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＧ→ＡＴＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２２６に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＴＧ→ＣＴＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質：７をコードするＡＧＣ→ＧＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＣ→ＡＣＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置２７２に対応する位置にリジンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＡ→ＡＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置３０５に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＣＴ→ＣＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置３３２に対応する位置にセリンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＴ→ＴＧＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置３５７に対応する位置にロイシンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＴＴ→ＡＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置３５９に対応する位置にセリンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＴ→ＡＧＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置３５９に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＴ→ＡＣＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置３９３に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＧ→ＡＴＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置３９３に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＧ→ＴＣＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＧ→ＧＴＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＴＡ→ＣＧＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４０３に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＴＡ→ＴＣＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＧ→ＴＣＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２６に対応する位置にチロシンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＴＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＡＡＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＣＡＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２６に対応する位置にチロシンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＡＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２６に対応する位置にチロシンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＴＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２６に対応する位置にチロシンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＣＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２６に対応する位置にチロシンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＡＣＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２６に対応する位置にチロシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＣ→ＧＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置４２８に対応する位置にフェニルアラニンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＴＴ→ＴＣＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：７の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＣＴ→ＡＣＴ核酸変異を含む。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置５８に対応する位置にアスパラギン酸からアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードすることができる。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置６４に対応する位置にグルタミン酸からバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置７４に対応する位置にグリシンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置８４に対応する位置にグリシンからアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置９３に対応する位置にロイシンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置９７に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１０１に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１１９に対応する位置にセリンからアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１２１に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置にアスパラギンからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置にグルタミン酸からアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置にグルタミン酸からリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１５１に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１５７に対応する位置にグルタミンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置にバリンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置にバリンからアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１７０に対応する位置にアスパラギン酸からグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１７７に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１８７に対応する位置にヒスチジンからグルタミンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１９５に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２１５に対応する位置にイソロイシンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２１５に対応する位置にイソロイシンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２３０に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２７１に対応する位置にシステインからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２７４に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２７８に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２８３に対応する位置にフェニルアラニンからグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２９２に対応する位置にアラニンからグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２９６に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置３３０に対応する位置にアスパラギン酸からグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置３９６に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４０４に対応する位置にアラニンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４０６に対応する位置にアルギニンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４１０に対応する位置にリジンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４２１に対応する位置にロイシンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置にシステインからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４４７に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４４８に対応する位置にセリンからアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４４９に対応する位置にバリンからグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４５１に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４５４に対応する位置にアスパラギン酸からアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４６５に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４７０に対応する位置にリジンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置５００に対応する位置にトレオニンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードする。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置５８に対応する位置にアスパラギン酸からアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＡＴ→ＡＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置６４に対応する位置にグルタミン酸からバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＡＡ→ＧＴＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置７４に対応する位置にグリシンからシステインを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＧＴ→ＴＧＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置８４に対応する位置にグリシンからアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＧＡ→ＧＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置９３に対応する位置にロイシンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＧＣ→ＴＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＧＣ →ＣＡＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＧＣ →ＣＴＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置にアスパラギンからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＴ→ＴＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置にグルタミン酸からアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＡＡ→ＧＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置にグルタミン酸からリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＡＡ→ＡＡＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１５１に対応する位置にセリンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＴ →ＡＣＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１５７に対応する位置にグルタミンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＡＧ→ＣＴＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置にバリンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＴＴ→ＴＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１７０に対応する位置にアスパラギン酸からグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＡＴ→ＧＡＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１８７に対応する位置にヒスチジンからグルタミンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＡＣ→ＣＡＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＴＴ→ ＴＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置１９５に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＴ→ＡＡＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＣＴ→ＣＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＣＣＴ→ＴＣＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＧ→ＧＡＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＧ→ＣＡＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２３０に対応する位置にリジンからアルギニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＧ→ ＡＧＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２８３に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＡＣ→ＧＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置２９６に対応する位置にセリンからロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＣＡ→ＴＴＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＧＴ→ＡＧＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＴ→ＧＡＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置にアスパラギンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＴ→ＡＡＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置３３０に対応する位置にアスパラギン酸からグルタミン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＡＴ→ＧＡＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４０４に対応する位置にアラニンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＣＣ→ ＴＣＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４０６に対応する位置にアルギニンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＧＧ →ＡＡＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４１０に対応する位置にリジンからイソロイシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＡ→ＡＴＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＸＸＸＧＣＴ→ＧＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置にシステインからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＧＣ→ＡＧＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置にシステインからチロシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＧＣ→ＴＡＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４４８に対応する位置にセリンからアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＣＡ→ＧＣＡ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４５１に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＡＴ→ＧＧＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４５４に対応する位置にアスパラギン酸からアスパラギンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＡＣ→ＡＡＣ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４６５に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＴＡＴ→ＴＴＴ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置４７０に対応する位置にリジンからトレオニンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＧ→ＡＣＧ核酸変異を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：９の位置５００に対応する位置にトレオニンからセリンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＣＣ→ＡＧＣ核酸変異を含む。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の５２の位置に対応する位置にグリシンからリジンを含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＧＧＧ→ＡＡＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸ遺伝子は、配列ＩＤ番号：１の８５の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む変異したＰＰＸタンパク質をコードするＡＡＴ→ＧＡＴの核酸変異を含む。

いくつかの実施形態では, 本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異の組合せ、例えば、ＰＰＸ遺伝子における２つもしくはそれ以上、３つもしくはそれ以上、４つもしくはそれ以上、５つもしくはそれ以上、または６つもしくはそれ以上の変異を含み得る。特定の実施形態において、変異の組合せは、表４ａおよび表４ｂに示されている変異の組合せから選択される。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置にセリンからシステインを含む。他の実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にグルタミンからフェルニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の５２の位置に対応する位置にグリシンからリジン、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の８５の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の８５の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置におけるメチオニンからロイシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の８５の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の８５の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の２７２の位置に対応する位置にグルタミンからフェルニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の８５の位置に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ
番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置にセリンからシステインを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：７の位置２７２に対応する位置にリジンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７の位置５２に対応する位置にアスパラギンからリジン、配列ＩＤ番号：７の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：７の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置にリジンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置にメチオニンからロイシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番
号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：７の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置にロイシンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置にロイシンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置にロイシンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置にチロシンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７の位置２４４に対応する位置にセリンからグリシンおよび配列ＩＤ番号：７の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７の位置１８０に対応する位置にアラニンからトレオニンおよび配列ＩＤ番号：７の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：７の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７の位置１４５に対応する位置にフェニルアラニンからチロシンおよび配列ＩＤ番号：７の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７の位置８５に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸および配列ＩＤ番号：７の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：７の位置２２６に対応する位置にロイシンからメチオニンおよび配列ＩＤ番号：７の位置５２５に対応する位置にイソロイシンからトレオニンを含む。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置７４に対応する位置にグリシンからシステインおよび配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステインを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９３に対応する位置にロイシンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置にバリンからアラニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１１９に対応する位置にセリンからアスパラギンおよび配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置にアスパラギンからチロシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１２１に対応する位置にフェニルアラニンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置にグルタミン酸からアスパラギン酸を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１５１に対応する位置にセリンからトレオニン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミン酸および配列ＩＤ番号：９の位置２３０に対応する位置にリジンからアルギニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置１５７に対応する位置にグルタミンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：９の位置１８７に対応する位置にヒスチジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置２７１に対応する位置にシステインからアルギニンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２７４に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置３９６に対応する位置にセリンからロイシンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４１０に対応する位置にリジンからイソロイシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置にシステインからセリンおよび配列ＩＤ番号：９の位置５００に対応する位置にトレオニンからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４４７に対応する位置にアスパラギン酸からグリシンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２９２に対応する位置にアラニンからグリシンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４４８に対応する位置にセリンからアラニンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置にアスパラギンからアスパラギン酸を含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置４６５に対応する位置にチロシンからフェニルアラニンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４７０に対応する位置にリジンからトレオニンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジン、および配列ＩＤ番号：９の位置２４３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２４３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２４３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２４３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステインおよび配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、および配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジン、および配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含
む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからシステイン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシンおよび配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置にアラニンからバリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置にロイシンからフェニルアラニン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置にプロリンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。いくつかの実施形態では、変異したＰＰＸタンパク質は、配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置にアルギニンからヒスチジン、配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置にトレオニンからイソロイシン、配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置にリジンからグルタミンおよび配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置にシステインからセリンを含む。

パラログ
ＰＰＸ遺伝子における主題の変異は、一般に、ＳｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍプラスチドのＰＰＸ遺伝子およびタンパク質（例えば、それぞれ図８および７を参照されたい）を使って、本明細書では記述され、アミノ酸の位置はＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ（配列ＩＤ番号：１）での位置を参照する。該組成物および方法は、変異した他の種（パラログ）のＰＰＸ遺伝子およびタンパク質も包含する。ただし、他の種のＰＰＸ遺伝子では変化があるため、１つの種において変更の対象となるアミノ酸残基の数は、別の種では異なる可能性がある。しかし類似の位置は、配列相同性により当業者によって、容易に同定される。例えば、表６は様々な植物のＰＰＸコーディング配列パラログにおける相同アミノ酸位置を要約し、図３３は、様々な植物に由来するＰＰＸパラログのアミノ酸配列アラインメントを示している。したがって、これらおよびその他のパラログにおける相同位置は、同定して変異させることが可能である。

除草剤
本明細書中で提供される組成物および方法は、ＰＰＸ阻害型除草剤に対する抵抗性を与えるＰＰＸ遺伝子およびＰＰＸタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤は、ジフェニルエーテル系、フェニルピラゾール系、Ｎ－フェニルフタルイミド系、チアジアゾール系、オキサジアゾール系、リアゾリノン系、オキサゾリジンジオン系、ピリミジンジオン系の化学ファミリーを含む。代表的なＰＰＸ阻害型除草剤の活性成分およびそれらのそれぞれの化学ファミリーについては表５に要約されている。

いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はアシフルオルフェン－Ｎａである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はビフェノックスである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はクロメトキシフェンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はフルオログリコフェンエチルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はホメサフェンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はハロサフェンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はラクトフェンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はオキシフルオルフェンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はフルアゾレートである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はピラフルフェンエチルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はシニドンエチルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はフルミオキサジンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はフルミクロラックペンチルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はフルチアセットメチルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はチジアジミンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はオキサジアゾンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はオキサジアルギルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はアザフェニジンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はカルフェントラゾンエチルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はスルフェントラゾンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はペントキサゾンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はベンズフェンジゾンである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はブタフェナシルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はサフルフェナシルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はピラゾギルである。いくつかの実施形態では、ＰＰＸ阻害型除草剤はプロフルアゾールである。

例えば本明細書中で開示されているものなど、ＰＰＸ遺伝子において１つまたは複数の変異を有するトランスジェニック植物もしくは非トランスジェニック植物または植物細胞も提供される。特定の実施形態において、ＰＰＸ遺伝子において１つまたは複数の変異を有する植物または植物細胞は、ＰＰＸ阻害型除草剤のメンバーに対する抵抗性または耐性を増加した。特定の実施形態において、ＰＰＸ遺伝子において１つまたは複数の変異を有する植物または植物細胞は、対応する野生型植物または細胞に比較して、植物、その器官、組織または細胞の実質的に正常な成長または発育を示し得る。特定の態様および実施形態では、例えば、本明細書中に開示したようなＰＰＸ遺伝子に変異を有し、特定の実施形態において、ＰＰＸ阻害型除草剤の化学ファミリーの１つまたは複数のメンバーに対して増加した抵抗性または耐性を有し、対応する野生型植物または細胞に比較して、植物、その器官、組織または細胞の実質的に正常な成長または発育を示し得るトランスジェニック植物または非トランスジェニック植物が提供される。すなわち、例えば、フルミオキサジン、スルフェントラゾンまたはサフルフェナシルなどの、１つまたは複数の存在下において、変異したＰＰＸタンパク質は、野生型ＰＰＸタンパク質と比較して実質的に同一の触媒活性を有する。

変異したＰＰＸ遺伝子、例えば、本明細書中に記載された１つまたは複数の変異を有する植物を産生するための方法がさらに提供される；好ましくは、該植物は、関係する除草剤の存在の有無に関わらず、野生型タンパク質の触媒活性を実質的に維持する。特定の実施形態において、該方法は、ＰＰＸ遺伝子に１つまたは複数の標的化した変異（例えば、本明細書中で開示した変異など）を有する遺伝子修復オリゴヌクレオチドを植物細胞に導入すること、および変異したＰＰＸ遺伝子を有する細胞、種子または植物を同定することを含む。

植物の種
本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、本明細書中で開示される植物は、双子葉植物、単子葉植物または裸子植物の任意の種に属すものとすることができ、木もしくは潅木として生長する任意の木本植物種、任意の草本類、または食用果実、種子もしくは野菜を産生する任意の種、または色彩または芳香のある花をつける任意の種を含む。例えば、植物または植物細胞は、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズｓｐｐ、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン（field bean）、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、およびすでに具体的に言及されていない場合は堅果を生じる植物から成る群から選択され得る。該植物または植物細胞は、表６から選択される種にも属し得る。該植物または植物細胞は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ、Ｓｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍ、Ｓｏｌａｎｕｍｐｈｕｒｅｊａ、Ｏｒｙｚａｓａｔｉｖａ、Ａｍａｒａｎｔｈｕｓｔｕｂｅｒｃｕｌａｔｕｓ、Ｓｏｒｇｈｕｍｂｉｃｏｌｏｒ、ＲｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓおよびＺｅａｍａｙｓから成る群から選択される種にも属し得る。

ＤＱ３８６１１８において、Ｇ２１０が欠失すると、ＰＰＸ阻害剤に対する耐性に通じる。
Ｐはプラスチド、Ｍはミトコンドリア、Ｂは両方を指す。

遺伝子修復オリゴ核酸塩基は、以下に限定されないが、マイクロキャリア（遺伝子銃送達）、マイクロファイバ、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）媒介性取り込み、エレクトロポレーション、およびマイクロインジェクションを含む、当業で一般に用いられている任意の方法を使って、植物細胞に導入することが可能である。

種子を産生する植物（以降では「稔性植物」と呼ぶ）を得るために、本明細書で開示した方法に従って変異させた細胞の培養、ならびにそのような稔性植物からの種子および追加の植物の産生に関する方法および組成物も提供される。

畑における雑草を選択的に抑制する方法も提供され、該畑は、開示されたＰＰＸ遺伝子の改変を有する植物および雑草を含み、該方法は、植物が抵抗性を与えられた除草剤を畑に散布することを含む。

関係する除草剤のメンバーに対する抵抗性または耐性を植物に与えるＰＰＸ遺伝子における変異も提供する。あるいは、変異したＰＰＸ遺伝子は野生型ＰＰＸに比較して、実質的に同一の酵素活性を有する。

除草剤耐性植物の選択および除草剤の散布
植物および植物細胞は、当業で一般に知られている方法、例えば、除草剤の存在下で植物または植物細胞を栽培し、除草剤の非存在下での成長速度と比較して、成長速度を測定するなどを使って、除草剤に対する抵抗性または耐性を試験することができる。

本明細書中で使用される場合、植物、植物器官、植物組織または植物細胞の実質的に正常な成長は、野生型ＰＰＸタンパク質を発現している、対応する植物、植物器官、植物組織または植物細胞における成長速度または細胞分裂の速度の少なくとも３５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％または少なくとも７０％の植物、植物器官、植物組織または植物細胞における成長速度または細胞分裂の速度として定義される。

本明細書中で使用される場合、植物、植物器官、植物組織または植物細胞の実質的に正常な成長は、野生型ＰＰＸタンパク質を発現している、対応する植物、植物器官、植物組織または植物細胞で発生するのと実質的に同じ１つまたは複数の成長事象が、該植物、植物器官、植物組織または植物細胞で発生することと定義される。

本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、本明細書中で提供される植物器官は、以下に限定されないが、葉、茎、根、枝芽、花芽、分裂組織、胚、子葉、内胚乳、萼片、花弁、雌しべ、心皮、雄しべ、葯、小胞子、花粉、花粉管、胚珠、子房および果実またはこれらから摘出される房、断片または円盤を含まれ得る。植物組織は、以下に制限されないが、カルス組織、基本組織、維管束組織、貯蔵組織、分裂組織、葉組織、茎の組織、根の組織、えい瘤の組織、植物腫瘍の組織、および生殖組織を含む。植物細胞は、以下に限定されないが、細胞壁を有する単離された細胞、その様々な大きさの集合体およびプロトプラストを含む。

植物は、除草剤をこれに適用して用量応答曲線を求めたときに、同じように適用した非寛容性の同様の植物から得られるものと比較して右にシフトしている場合、関連する除草剤に対して実質的に「耐性」である。そのような用量応答曲線は、「用量」をＸ軸にプロットし、「殺草パーセント」、「除草効果」などをＹ軸にプロットしたものである。耐性の植物は、所定の除草効果を得るために、非耐性の同様の植物より多くの除草剤を必要とする。除草剤に対して実質的に「抵抗性」である植物は、畑の雑草を防除するために除草剤を農薬社会で典型的に用いられる濃度および速度で適用したときに、壊死、溶解、退緑またはその他の病変が仮にあったとしても、わずかである。除草剤に対して抵抗性の植物は、除草剤に対して耐性でもある。

いくつかの実施形態では、「除草剤に対する増加した抵抗性」または「除草剤に対する増加した耐性」は、本明細書中で開示されるような変異したＰＰＸ遺伝子またはタンパク質を有する植物、種子または植物の一部が、定義された基準濃度を超える植物除草剤に対して有する抵抗性または耐性のレベルを指す。除草剤に対する抵抗性の定義された基準レベルは、対応する変異（単数または複数）を有していない、同一種の植物によって示される抵抗のレベルである。いくつかの実施形態では、抵抗性は定義された基準レベルを実質的に超えて増加し、例えば、２０％以上、５０％以上、７５％以上または１００％である。

実施例
以下は、本発明の実践手順を説明するための例である。これらの例は限定的なものとみなされるべきではない。すべてのパーセント値は、重量％であり、すべての溶媒混合物の割合は、特に他に断っていない限り、容量％である。

実施例１：プラスチドおよびミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子のコローニングおよび特性評価
プラスチドおよびミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子を、ＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋ栽培品種由来のｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡの両方から増幅した。プラスチドのＰＰＸクローンを２つのクラスに分類し、恐らくバレイショの単一のＰＰＸ遺伝子の対立遺伝子を表す、ＳｔｃＰＰＸ１およびＳｔｃＰＰＸ１．１と命名した。アミノ酸コーディング配列内で、これらのクローンは１０の異なる多型があり、そのうちの３つはアミノ酸の違いに繋がり、２つだけが成熟タンパク質で発見される。１つのアミノ酸の違いは、葉緑体の輸送ペプチドにある。ＳｔｃＰＰＸ１．１クローンの１つにおいては、イントロン３はスプライスされていなかった。.

プラスチドのＰＰＸエラーのない全長ゲノムクローンを得た。５つの独立したクローン由来の約５Ｋｂのゲノム配列およびＳｔｃＰＰＸｃＤＮＡ配列決定の結果の解析は、特性評価の対象となったＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋ種は、ヘテロ接合であり、２つの対立遺伝子間に存在する多型は極めて少ないことを示唆している。

まず、５つの全長ＳｔｍＰＰＸゲノムＤＮＡクローンをクローニングし、配列を決定した。これらの５つは、両方の対立遺伝子を表し、ｃＤＮＡにあるものと同一のＳＮＰを有していた。より短いアンプリコンのゲノムＤＮＡフラグメントをクローニングし、配列を決定し、追加の対立遺伝子について試験した。ミトコンドリアのＰＰＸのこの内部アンプリコンのクローニングは、3つの対立遺伝子が存在すること；２２のクローンのうちの６は、イントロンの１つの内部に欠失があり、残りの１６のクローンは、ｃＤＮＡクローンで観察された２つの対立遺伝子が均等に分布していることを示唆した。次に、別の１２の全長ＳｔｍＰＰＸゲノムＤＮＡクローンの配列を決定した。

ＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋバレイショのミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子の完了した配列決定は、２つの遺伝子があることを示唆し、それらを我々はＳｔｍＰＰＸ１およびＳｔｍＰＰＸ２と命名した。２つのＳｔｍＰＰＸ２対立遺伝子があり、その２つの間で８個のＳＮＰが同定された。ＳｔｍＰＰＸ１およびＳｔｍＰＰＸ２．１の間では、１つの挿入、４つの欠失および３０のＳＮＰが存在し、ＳｔｍＰＰＸ１およびＳｔｍＰＰＸ２．２の間では、１つの挿入、４つの欠失および２９のＳＮＰが存在する。補足的な詳細は表７に示されている。

ＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋ（Ｓｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）由来のプラスチドおよびミトコンドリアのバレイショのＰＰＸ遺伝子の遺伝子配列を、ＢａｓｉｃＬｏｃａｌＡｌｉｇｎｍｅｎｔＳｅａｒｃｈＴｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）を使用して、最初の完全バレイショ（Ｓｏｌａｎｕｍｐｈｕｒｅｊａ）ゲノムの最近のリリースのスカフォールドに基く、我々がローカルにインストールしているデータベースと比較した。１個のプラスチドおよび１個のミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子だけが見つかった。

実施例２：ＰＰＸ相補性

ＳｔｃＰＰＸ１を、その葉緑体輸送ペプチドを差し引いて、ｃＤＮＡからＣｉｂｕｓが所有権を持つ機能的スクリーニングベクターにクローニングした。このベクターは、機能的スクリーニングおよびＧＲＯＮＱＣの両方に用いることができる。バレイショのＰＰＸ遺伝子を、ＰＰＸの細菌ホモログである機能的ＨｅｍＧ遺伝子を持たない大腸菌のＨｅｍＧ変異株を相補するのに使った。相補遺伝子がないと、大腸菌の成長のためには、培地にヘマチンを補給しなければならない。プラスチドのＰＰＸ遺伝子（ｐＡＣＹＳｔｃＰＰＸＣｏｌ６)およびミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子（ｐＡＣＹＳｔｍＰＰＸＣｏｌ６、１２および２１）のクローンの形質を転換し、すべての遺伝子／対立遺伝子は、ＨｅｍＧ変異大腸菌株を相補し、ヘマチンの非存在下でも大腸菌が成長できるようにすることが明らかになった。

Ｃｈａｔｅａｕ（フルミオキサジン－Ｖａｌｅｎｔ／住友）、Ｎａｊａ（ジフェニルエーテル－ＭＡＩ）またはＫｉｘｏｒ（サフルフェナシル－ＢＡＳＦ）などのＰＰＸ阻害剤に対する耐性を与える変異を評価するため。ＰＰＸ阻害型除草剤は表５に示されている。ＰＰＸ阻害型除草剤のＣｈａｔｅａｕ（フルミオキサジン－Ｖａｌｅｎｔ／住友）、Ｓｐａｒｔａｎ（スルフェントラゾン－ＦＭＣ）およびＫｉｘｏｒ／Ｓｈａｒｐｅｎ（サフルフェナシル－ＢＡＳＦ）の純粋な活性成分を得た。野生型のバレイショのプラスチドのＰＰＸクローン（ｐＡＣＹＳｔｃＰＰＸＣｏｌ６）をｈｅｍＧ変異型大腸菌株を相補するように形質転換し、相補したＨｅｍＧのない株が成長しない濃度を求めるために、ＰＰＸ阻害型除草剤Ｓｐａｒｔａｎ（スルフェントラゾン－ＦＭＣ）の活性成分の一連の濃度を使って選択した。野生型構築体は、２．５ｍＭのスルフェントラゾンでは成長しなかったため、耐性変異の選択をこの濃度で実施した。これをさらに精密化し、０．７５ｍＭのスルフェントラゾンをさらに使って、耐性の選択をした。野生型構築体は、耐性変異型の有無を試験するための濃度である、液体選択での１０ｍＭのフルミオキサジンでは成長が限られ、プレートベースの選択である０．３ｍＭのサフルフェナシルではまったく成長しなかった。すべてのバレイショのミトコンドリアのＰＰＸ遺伝子および対立遺伝子を、スルフェントラゾンおよびフルミオキサジンに対する天然の耐性の有無について試験したが、どれも耐性ではなかった。

実施例３：ＰＰＸＰＣＲ突然変異誘発および突然変異を誘発されたクローンの選択
突然変異誘発実験を、最初に、バレイショのプラスチドのＰＰＸ遺伝子の２つのオーバーラップするフラグメント（５’および３’）上で実施し、除草剤耐性を与えるバレイショのプラスチドのＰＰＸコーディング配列における変異を同定した。

液体選択標準化
液体培地選択条件を、スルフェントラゾンおよびフルミオキサジンの両方について明らかにしていった。濃度が０から１０ｍＭまでの範囲を取るスルフェントラゾンおよびフルミオキサジンを使って試験した。１０ｍＭの除草剤を含む試料中のＤＭＳＯの濃度を再現するために、０ｍＭの試料は、２５μＬのＤＭＳＯ（２．５％）を含有した。均一にするために、各管に、野生型ＰＰＸプラスミドで相補したＨｅｍＧ細胞の一夜培養１０μＬを接種した。試料（希釈１：４）ごとに分光光度を測定（ＯＤ６００）し、各々の試料をＬＢ－Ｃｈｌｏｒ－ＩＰＴＧプレートに播種し、ＯＤ６００が成長できるコロニーの数と相関しているかどうか判定した。スルフェントラゾンで処理した細胞については、一夜培養の１０％希釈の一夜培養をプレートに播種し、フルミオキサジンで処理した細胞の１％希釈をプレートに播種した（表８のａからｆおよび表９のａからｄの結果を参照されたい）。

スルフェントラゾンおよびフルミオキサジンは両方とも、液体培地中で凝結し、細菌を接種する前でも、液体培地を不透明にした。スルフェントラゾンのＯＤが示すように、この除草剤は、最終的には溶液になるが、フルミオキサジンはならない。フルミオキサジンの溶解度の不足により、ＯＤの測定値に歪みが生じるが、フルミオキサジンは、ＷＴ遺伝子と対照して、コロニーの安定的な減少を示し、細胞がフルミオキサジンを培地から吸収可能であることを示唆している。

５’末端の突然変異誘発
ＰＰＸ遺伝子の５’末端に、ＳｔｒａｔａｇｅｎｅＧｅｎｅＭｏｒｐｈＩＩＲａｎｄｏｍＭｕｔａｇｅｎｅｓｉｓＫｉｔを使って突然変異を誘発し、ＸＬ－１Ｂｌｕｅにクローニングし、変異率を確認した。結果は、配列を決定した１６のコロニーのうち、１４が変異であることを示した。９０％のＸＬ－１Ｂｌｕｅプレート（約４０００コロニー）を擦り取り、プラスミドを準備し、ＨｅｍＧに形質転換し、２．５ｍＭのスルフェントラゾン上に播種した。スルフェントラゾンのプレートでは、約２００コロニーが生育し、１０％のＬＢ－Ｃｈｌｏｒ－ＩＰＴＧプレートでは、コロニーの芝生が生育した。表９のａからｄは、耐性クローン中で見られるヌクレオチドおよびアミノ酸の置換を記述する。

突然変異したクローンの選択
無作為に突然変異を誘発したプラスミド（５’末端および３’末端）をＸＬ１－Ｂｌｕｅ大腸菌細胞に形質転換した。得られたコロニーをプールし、プラスミドＤＮＡを単離して、ＨｅｍＧ (ＰＰＸ変異大腸菌）細胞に形質転換した。フルミオキサジンによる選択では、細胞を１時間、液体最小培地で回収した後、除草剤を添加し、細胞の一夜回収を行った。翌日、相補プラスミドの選択のために、細胞を、抗生物質を含むＬＢプレート上に適切な希釈で播種した。各プレートからのコロニーの配列を決定した。１０ｍＭのフルミオキサジンでの液体選択後、突然変異を誘発したプラスミドでは約２００～１２００のコロニーが出現したのに対し、野生型（ＷＴ）ＰＰＸのプレート上では、約３０のコロニーが出現した。スルフェントラゾン選択の場合、培地を最小培地で一夜生育させ、０ｍＭおよび０．７５ｍＭの濃度のスルフェントラゾンで希釈し、プレートに播種した。コロニー数を２つの間で比較し、変異耐性を０．７５ｍＭのスルフェントラゾンのプレート上のコロニーのパーセント値に基いて求め、０ｍＭのプレートの場合と比較した。プレート上に出現するコロニーの数は、変異にランクを付けるための方法としての役割を担った。

３’末端の突然変異誘発
突然変異誘発は、ＰＰＸ遺伝子の３’末端上で実施された。クローンは、ＨｅｍＧに形質転換され、選択のために、２．５ｍＭ、５ｍＭおよび１０ｍＭのフルミオキサジン中で一夜培養された。５ｍＭのフルミオキサジンでの選択には、１０ｍＭの選択プレート上よりもずっと多いコロニーが存在した。１０ｍＭのフルミオキサジンを使って、突然変異を誘発したクローンの選択では、４つのクローンが生じた。５ｍＭのフルミオキサジンを使って突然変異を誘発したクローンの選択では、２００のコロニーが生じた。３’末端の突然変異誘発のために得られた２００のコロニーの上の３分の１を、１０ｍＭフルミオキサジン中でスクリーニングした。すべての耐性コロニー（約１３０）の配列を決定し、最良のフルミオキサジン耐性変異を、フルミオキサジン上のコロニーの数で評価し、３’末端をスルフェントラゾンに対する耐性について評価した。

実施例４：耐性を与えるアミノ酸置換の解析
スルフェントラゾンまたはフルミオキサジンに対する耐性を示す各位置での可能なアミノ酸置換すべての耐性を試験した。次に単一のアミノ酸置換をすべての順列および組合せで組み合わせ、相補性および除草剤耐性を評価した。フルミオキサジンに対する単一および複数の変異の組合せの結果は表８ａ、表８ｂおよび表８ｃに示されており、最後の列は、１０ｍＭのフルミオキサジン上の各変異について報告されたコロニーの数を示している。スルフェントラゾンに対する単一および複数の変異の組合せの結果は、表９ａおよび表９ｂに示されており、最後の列は、０．７５ｍＭのスルフェントラゾン上での各変異について報告されたコロニーの数を示している。サフルフェナシルに対する単一および複数の変異の組合せの結果は、表１０に示されており、第４の列は、０．３ｍＭのサフルフェナシル上での各変異について報告されたコロニーの数を示している。

実施例５植物細胞の培地－除草剤による殺草曲線
フルミオキサジン殺草曲線
定義された処理期間におけるプロトプラスト誘導Ｍｉｃｒｏｃｏｌｅｕｓを殺草するために必要な除草剤の濃度を求めるために除草剤選択実験を実行した。１．２５μＭの濃度で１週間以内にすべての細胞を殺草するのに十分だった初期殺草曲線結果に照らして、細胞の９９％が殺草される濃度を求める目的で、フルミオキサジンの濃度を下げて使い、新しい殺草曲線を設計した（表１１を参照）。除草剤処理のＤＭＳＯの最終濃度を１％として、除草剤をＤＭＳＯに懸濁した。細胞の発達を１週間に１回、顕微鏡で評価した。対照処理を除き、１週間後、フルミオキサジンによるすべての処理において、分裂は防止され、１ヶ月後、試験されたいずれの濃度でもＭｉｃｒｏｃｏｌｅｕｓは発育しなかった。バレイショのプロトプラストからのＭｉｃｒｏｃｏｌｅｕｓの発育を防止するのに、フルミオキサジンの濃度は、０．０３２ｍＭで十分だった。

スルフェントラゾン殺草曲線
茎頂誘導プロトプラストおよび細胞懸濁でのスルフェントラゾンの殺草曲線は、プロトプラスト誘導細胞すべてを殺草するには濃度７．８μＭのスルフェントラゾンで十分であることを示している（表１２を参照されたい）。したがって、新しい殺草曲線は、表１３に示すように、スルフェントラゾンの濃度を下げて、０、０．５、０．６、０．７および０．８μＭから始めた。結果は、ＧＲＯＮ処理したプロトプラストは、０．６μＭから０．７μＭまでの除草剤の濃度で選択され得ることを示唆している。

実施例６：リーフディスク殺草曲線
リーフディスク外植片におけるカルス形成を阻害するスルフェントラゾンの濃度を確立する目的で、５週齢のインビトロで栽培したバレイショの苗木から、滅菌したパンチでくり抜いてリーフディスクを作成した。作成したリーフディスクを、最終濃度１％のＤＭＳＯ中で様々な濃度のスルフェントラゾンを含有する固体のＨａｂｅｒｌａｃｈ培地を入れたペトリ皿で培養した。除草剤濃度ごとにそれぞれ６つのリーフディスクを培養した。プレートをマイクロポアテープで密封し、室温（約２３℃）でインキュベートした。初期実験では、２０日以内にカルスの形成を止め、すべてのリーフディスクを漂白するのに、その実験で試験した最低濃度である７．８μＭのスルフェントラゾンで十分だった。より低い濃度のスルフェントラゾンを使った場合の殺草曲線の結果は、２０日後にほぼすべてのリーフディスクでカルス形成を阻害するのに、３．０μＭの濃度のスルフェントラゾンで十分であったが、２．０μＭのスルフェントラゾン上で栽培したいくつかのリーフディスクの葉脈には、１３日後にカルスが惹起された。同様のリーフディスク殺草曲線実験をサフルフェナシルを使って実施し、２０日後にほぼすべてのリーフディスクにおいてカルス形成を阻害するのに、この除草剤では、０．５μＭで十分だった。

実施例７：細胞培養およびＧＲＯＮ導入のための材料および方法

細胞培養作業説明。例えば、種子、塊茎、腋芽、葉、茎、根、カルスまたは小胞子誘導誘導胚から誘導された新芽を、インビトロで無菌状態で繁殖させる。外植片を、例えば、３～４週間ごとに継代培養し、容量約１００ｍＬの培地、例えば、ＭＳ培地で、蓋に通気口のあるＭａｇｅｎｔａＧＡ７培養容器（ＰｈｙｔｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、米国カンザス州ＳｈａｗｎｅｅＭｉｓｓｉｏｎ）の中で、ＭｕｒａｓｈｉｇｅおよびＳｋｏｏｇが記述した方法（Ａｒｅｖｉｓｅｄｍｅｄｉｕｍｆｏｒｒａｐｉｄｇｒｏｗｔｈａｎｄｂｉｏａｓｓａｙｓｗｉｔｈｔｏｂａｃｃｏｃｕｌｔｕｒｅｓ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｐｌａｎｔ１５（１９６２年）４７３－４９）またはその改変された方法に従って培養する。容器はマイクロポアテープ（３Ｍ社）で密封することができる。幼葉、茎頂、根、微小塊茎、または葉および脇芽を出している長い茎の切片、ならびにこれらの組織から誘導されたカルスをプロトプラスト単離に使用することができる。プロトプラストは、幼葉、茎頂、根、微小塊茎、または葉および脇芽を出している長い茎の切片、ならびにこれらの組織から誘導されたカルスから誘導された懸濁培養細胞からも単離することができる。

茎頂からのプロトプラストの単離
インビトロの２～８週齢の茎の約２００の茎頂を通常の昼／夜型で培養するか、または好ましくはプロトプラストの単離の前に２日間、暗中で保管する。茎は滅菌水を入れたペトリ皿の中で外科用メスを使って小さな片にカットしてもよい。すべての茎頂をカットし終えた後、水をプロトプラスト培地、好ましくはＢＮ培地（Ｂ５塩およびビタミン類（ＰｈｙｔｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ））、グルコース２０ｇ／Ｌ、マニトール７０ｇ／Ｌ、α－ナフタレン酢酸５ｍｇ／Ｌ、追加のＣａＣｌ_２ｘ２Ｈ_２Ｏ６００ｍｇ／Ｌ、カゼイン水解物２５０ｍｇ／Ｌ、システイン－ＨＣＬ１０ｍｇ／Ｌ、ポリビニルピロリドン（ＭＷ１０，０００）５ｇ／Ｌで置き換える。約１～２時間後、プロトプラスト培地を、酵素液、例えば、０．５％（重量／容量）のセルラーゼ（Ｃｅｌｌｕｌａｓｅ）ＹＣおよび０．７５％（重量／容量）のマセロザイム（Ｍａｃｅｒｏｚｙｍｅ）Ｒ１０（いずれもアリゾナ州ＣｏｔｔｏｎｗｏｏｄのＫａｒｌａｎＲｅｓｅａｒｃｈＰｒｏｄｕｃｔｓより）、１ｇ／Ｌのウシ血清アルブミン、および１ｇ／Ｌの２－モルホリノエタンスルホン酸を溶解したＢＮ培地から成る酵素液で交換する。酵素液の容量に対する茎頂の数の比率は１０から１６の間とすることができ、好ましくは１３である。酵素液中に茎頂の切片を入れた皿を２５℃～３０℃、好ましくは２８℃で、５０ｒｐｍに設定した振とう培養機で暗所でインキュベートする。一晩インキュベートした後、プロトプラスト懸濁液を、イオジキサノール密度勾配（ＯｐｔｉｐｒｅｐＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＳｈｅｅｔＣ１８；ＰｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＩｎｔａｃｔＰｌａｎｔＰｒｏｔｏｐｌａｓｔｓ；Ａｘｉｓ－ＳｈｉｅｌｄＵＳＡ，１０ＣｏｍｍｅｒｃｅＷａｙ，Ｎｏｒｔｏｎ，ＭＡ０２７７６を適用）を用いて精製する。密度勾配遠心分離の後、精製されたプロトプラストを含むバンドを約５ｍＬのＷ５培地とともに取り出す（Ｆｒｉｇｅｒｉｏら、１９９８年）。２ｍｇ／Ｌの２，６－ジクロロベンゾニトリル（セルロース合成阻害剤）を含有するＢＮ培地中で、プロトプラストの密度を１ｘ１０^６／ｍＬに調整し、プロトプラストを３０℃で約１６時間、暗中で培養する。

細胞懸濁液からのプロトプラストの単離
細胞懸濁液からのプロトプラストの単離は、以下の例外を除き、茎頂からのプロトプラストの単離について記述したのと同じ手順に従う：
１．成長の速い細胞懸濁液、好ましくは最後に継代培養から３日後に用いる。１．５ｍＬの沈降した細胞容量を約１５ｍＬのＢＮ培地に移し、２時間後に、酵素液で置き換える。２．プロトプラスト精製の後、直ちにＧＲＯＮ／ＰＥＧ処理を行う。

遺伝子修復オリゴヌクレオチド（ＧＲＯＮ）の導入
プロトプラスト懸濁液を等容量のＷ５培地と混合し、５０ｍＬの遠心管に移し、臨床用遠心分離器で最低の設定（約５０ｘｇ）で１０分間遠心分離した。上清を除去し、ＴＭ培地（Ｋｌａｕｓ，Ｓ．ＭａｒｋｅｒｆｒｅｉｅｔｒａｎｓｐｌａｓｔｏｍｅＴａｂａｋｐｆｌａｎｚｅｎ（Ｍａｒｋｅｒ－ｆｒｅｅｔｒａｎｓｐｌａｓｔｏｍｉｃｔｏｂａｃｃｏｐｌａｎｔｓ）．ＰｈＤＤｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎ，２００２，Ｌｕｄｗｉｇ－Ｍａｘｉｍｉｌｉａｎｓ－ＵｎｉｖｅｒｓｉｔａｔＭｕｎｃｈｅｎ，１０９ページ）で置き換えて、プロトプラスト密度を５ｘ１０^６／ｍＬに調節した。それぞれ５ｘ１０^５個のプロトプラストを含む１００μＬのアリコートを１２ｍＬの丸底遠心管に入れる。次に、ミトコンドリアとプラスチドのＰＰＸ遺伝子の一方または両方の１つまたは複数の変異を標的とするＧＲＯＮ（表４に掲載したものなど）を、ＰＥＧ処理を用いてプロトプラストに導入する。ＧＲＯＮをプロトプラストに導入するために、１２．５μｇのＧＲＯＮを２５μＬの純粋に溶解し、１２５μＬのポリエチレングリコール溶液（５ｇＰＥＧＭＷ１５００、６３８ｍｇのマンニトール、２０７ｍｇのＣａＮＯ_３ｘ４Ｈ_２Ｏおよび８．７５ｍＬの純水；ｐＨを約９．０に調節）を添加する。氷上で１０～３０分間インキュベーションした後、プロトプラスト－ＰＥＧ懸濁液をＷ５培地で洗浄し、培地ＢＮに再懸濁する。懸濁液を室温で暗中で一晩保持する。

ＧＲＯＮは、エレクトロポレーション、カチオン性脂質、ナノ粒子、ヘキサジメトリンブロミド（ポリブレン）またはスペルミジンなどのポリカチオン、または以下に限定されないが、ＴＡＴ、ｐＶＥＣ、トランスポルタン（transportan）、ｎｏｎａ－アルギニン、ＢＡＸ阻害ペプチド（ＶＰＭＬＫ）、またはＰａｔｅｌらのＣｅｌｌＰｅｎｅｔｒａｔｉｎｇＰｅｐｔｉｄｅｓ：ＩｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒＰａｔｈｗａｙｓａｎｄＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＰｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ、ＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＲｅｓｅａｒｃｈ、２４（２００７年）１９７７－１９９２もしくはＶｅｌｄｈｏｅｎらのＲｅｃｅｎｔｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｓｉｎｐｅｐｔｉｄｅ－ｂａｓｅｄｎｕｃｌｅｉｃａｃｉｄｄｅｌｉｖｅｒｙ、ＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＪｏｕｒｎａｌｏｆＭｏｌｅｃｕｌａｒＳｃｉｅｎｃｅ（２００８年）１２７６－１３２０に掲載されているものなどを含む、多様な膜透過性ペプチド（cell penetrating peptide）（ＣＰＰ）に複合化されたＧＲＯＮを使用することにより、プラスミドに導入することができる。もう１つの実施形態では、ＧＲＯＮは、以下に限定されないが、ポリアミドアミン（ＰＡＭＡＭ）などのデンドリマーを含む、負に帯電したポリマーを使ってプロトプラストに導入される。

ＧＲＯＮは、マイクロインジェクション、金などの担体にコーティングしたＧＲＯＮもしくはＧＲＯＮ懸濁液の小滴の形を直接用いる遺伝子銃、ＧＲＯＮをコーティングしたウイスカー、または直前の段落で言及したような様々な膜貫通ペプチド（ＣＰＰ）、負に帯電したポリマーに複合化されたＧＲＯＮの使用を含み得る方法を使って、組織または細胞全体に送達させることもできる。他の実施形態では、超音波の使用、ＧＲＯＮを含有する溶液中での浸潤、または例えば、トルエンもしくはサポニンなどの薬剤の使用による細胞壁の透過化処理を想定している。

アルギン酸カルシウムへのプロトプラストの包理
ＧＲＯＮ導入の１日後、プロトプラストをアルギン酸カルシウムに包埋する。ゲル基質（例えば、アガロース、アルギン酸塩など）へのプロトプラストの包埋は、プロトプラストの生存を高め、プロトプラスト誘導細胞の分裂頻度を増加することが示された。適用された方法は、Ｄｏｖｚｈｅｎｋｏら（Ｔｈｉｎ－ａｌｇｉｎａｔｅ－ｌａｙｅｒｔｅｃｈｎｉｑｕｅｆｏｒｐｒｏｔｏｐｌａｓｔｃｕｌｔｕｒｅｏｆｔｏｂａｃｃｏｌｅａｆｐｒｏｔｏｐｌａｓｔｓ：ｓｈｏｏｔｆｏｒｍａｔｉｏｎｉｎｌｅｓｓｔｈａｎｔｗｏｗｅｅｋｓ．Ｐｒｏｔｏｐｌａｓｍａ２０４（１９９８年）１１４－１１８）によって記述された方法に基いている。

プロトプラスト培地および除草剤耐性カルスの選択
除草剤耐性カルスの選択は、Ｐｅｌｌｅｔｉｅｒら（１９８３年）に従って、液体培地中でアルギン酸塩の連続的な継代培養を使って実施する。選択は、適切な濃度のＰＰＸ阻害型除草剤、例えば、３２μＭのフルミオキサジン、または０．２５μＭ、０．５μＭ、１μＭ、２μＭ、３μＭ、４μＭ、５μＭ、６μＭ、７μＭ、７．８μＭ、１５．６μＭ、３１．２μＭもしくは６．２.５μＭのスルフェントラゾンでのＰＥＧ／ＧＲＯＮ処理の１週間後に開始することができる。

液体培地での選択段階が終了する前に、５０ｍＭのクエン酸ナトリウムを含有する培地を使って、３０～４５分間処理することにより、細胞およびコロニーをアルギン酸塩から放出させる。放出されたコロニーを液体培地から固体培地Ｃｕｌ（Ｈａｂｅｒｌａｃｈら、Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ，ｃｕｌｔｕｒｅａｎｄｒｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｏｆｐｒｏｔｏｐｌａｓｔｓｆｒｏｍｐｏｔａｔｏａｎｄｓｅｖｅｒａｌｒｅｌａｔｅｄＳｏｌａｎｕｍｓｐｅｃｉｅｓ．ＰｌａｎｔＳｃｉｅｎｃｅ、３９（１９８５年）６７－７４）に移すときに、大部分のコロニーは死滅しているか、または死亡した細胞の外層に覆われた緑色がかった中心から構成されている可能性がある。固化した選択培地（Ｃｕｌ＋除草剤）上では、生きている細胞をまだ含んでいるマイクロカルスの大部分は成長を停止し、褐色がかった色に変化する。時々、個々のカルスの限定された成長が続くが，すべての非抵抗性カルスは最終的に褐色に変化し、死亡する。固化した選択培地に移した２～３週間後（場合によってはより早期に）、褐色ががった細胞およびマイクロカルスの背景の中で、活発に成長するカルスが出現することもある。

プロトプラストから誘導された、ＰＰＸ遺伝子の変異が確認された除草剤耐性カルスからの植物の再生を実行する。固化選択培地上で発生し、そのＤＮＡを分析すると変異の存在を示すＰＰＸ阻害型除草剤耐性カルスを、除草剤を含まない培地Ｃｕｌに移して、発生を加速させる。個々のカルス系統は、その成長速度および形態学は様々である。一般に、新芽生成に向けた発生は以下の段階を経る：
未分化、緑色カルス－＞暗緑色の領域をもつカルス－＞最初の新芽の発生－＞植物の成長

個々のカルス系統の発生は様々であるが、許容可能な期間（１～６ヶ月）、Ｃｕｌ培地上での連続的な継代および増殖、または以下に限定されないが、Ｈａｂｅｒｌａｃｈ分化培地を含む、分化培地に、培地の配合を変更した後、カルス系統を以下に限定されないが、Ｂｏｋｅｌｍａｎｎ再生培地（ＢｏｋｅｌｍａｎｎＧ．Ｓ．およびＲｏｅｓｔＳ．，Ｚ．Ｐｆｌａｎｚｅｎｐｈｙｓｉｏｌ．ｖｏｌ．１０９、２５９－２６５ページ（１９８３年））を含む再生培地にカルス系統を移すことにより、最終的に多くのカルス系統が発芽する。

再生培地上で３～４葉の新芽が形成されたら、これを以下に限定されないが、ＭＳ培地を含む繁殖培地に移す。この培地上では、時間が経過すると、形態学的に「正常な」新芽および葉が発生する。インビトロで植物体が根を生成した後、標準的なプロトコルを用いて温室条件に適合させる。

分子スクリーニング
標準的な分子技術およびより高感度のＰＣＲに基く技術を使って、ＲＴＤＳ処理後のＰＰＰＸ変異の頻度をモニタリングすることができる。これらの分子技術としては、以下に限定されないが、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、ＤＮＡ配列決定および非ＰＣＲ技術を利用した、その他のＳＮＰ同定技術が挙げられる。これらの技術は、手順の早期にＰＰＸの標的化した変異の頻度をモニタリング可能にする。特定の実施形態においては、変異は単一細胞の数で測定することができる。その後、これらの技術は培養プロセスの全体を通じ、選択したカルスおよび再生した植物に存在する変異の確認およびモニタリングの目的に適用することが可能である。

実施例８：除草剤噴霧
ＳｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍまたはＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋバレイショ栽培品種植物に、それらの丈が２～６インチ（一般に５～６葉期）になったときに、様々なＰＰＸ阻害型除草剤を噴霧する。除草剤は、０．２５％のＡＵ３９１海面活性剤の存在下で噴霧する。除草剤は、例えば、次の割合で噴霧する：
フルミオキサジン２オンスの活性成分/エーカー（ａｉ／Ａ）
スルフェントラゾン４．５オンスａｉ／Ａ
サフルフェナシル１～１３オンスａｉ／Ａ

除草剤は葉面散布により適用し、対照植物には散布しない。ＰＰＸ阻害型除草剤の試験は、散布の１４日後に、枯死を１、未散布対照の損傷なしを１０とする１－１０の損傷評点を用いて評価する。個々の植物系統は、各散布率で、その特定の速度における対照の性能と比較して評点する。ＰＰＸ阻害型除草剤は、潜在的な適用の時間帯が広く、バレイショを含む作物に「前」または「後」に適用することができる。除草剤評価は、温室および畑での適用の両方が含まれ、植物（作物）の損傷および／または雑草の抑制をモニタリングする。ＲＴＤＳ作業からの成果は、農業家がバレイショのような作物を植えて、ＰＰＸ阻害型除草剤を適用し、作物には損傷を与えずに、畑の雑草を除去または抑制することを可能にする。

特に他に定義されていない限り、本明細書中で用いられる技術的および科学的用語はすべて、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されているのと同じ意味を有する。

本明細書中に例示的に記述された本発明は、本明細書中に具体的に開示されていない任意の１つまたは複数の要素、１つまたは複数の制限の非存在下でも適切に実践され得る。したがって、例えば、用語「含む（comprising）」、「含む（including）」、「含有する（containing）」などは、拡張的かつ制限なしに読まれるべきだる。さらに、本明細書中で用いられる用語および表現は、制限ではなく、説明の言葉として用いられており、そのような用語および表現の使用には、示され、記述された特長またはそれらの一部に相当するもののどれでも除外する意図はない。主張された本発明の範囲内で、様々な改変が可能であることが認識される。

したがって、本発明は、好ましい実施形により具体的に開示されているが、開示された本発明の任意の特長、改変、改善および変型が当業者によって、用いられることが可能であり、そのような改変、改善および変型は、本発明の範囲内であるとみなされるべきであることを理解されるべきである。ここに提供される材料、方法および例は、好ましい実施形態を代表するもので、例示的であり、本発明の範囲を制限する意図はない。

本発明は本明細書中では、広範かつ一般的に記述されてきた。一般的開示に包含される、より狭い種および亜属のそれぞれも本願発明の一部を形成する。これには、属から任意の主題を除く、排除または負の限定を含む、本発明の一般的説明が含まれ、除かれる物が本明細書に特定的に記載されているか否かは問わない。

さらに、本発明の特長または態様が、マルクーシュグループの観点から記述されているところでは、当業者は、本発明がマルクーシュグループのあらゆる個々のメンバーまた又はメンバーのサブグループの観点からも説明されていることが理解されよう。

本明細書中に言及された刊行物、特許出願およびその他の参照はすべて、各々が個別に参照された場合に組み込まれるのと同じ範囲で、参照により、その全文が明示的に組み込まれる。矛盾がある場合、定義も含めて、本明細書の記載が優先する。

その他の実施形態は、以下の特許請求の範囲の中で規定される。

Claims

変異したプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子を含む植物であって、前記遺伝子が、配列ＩＤ番号：１の１４５の位置に対応する位置でのフェニルアラニンからチロシンへの置換、並びに任意に配列ＩＤ番号：１の４２６の位置に対応する位置でのチロシンからフェニルアラニンへの置換、配列ＩＤ番号：１の４０３の位置に対応する位置でのロイシンからアルギニンへの置換、および配列ＩＤ番号：１の３９３の位置に対応する位置でのロイシンからバリンへの置換からなる群から選択される一つ以上の置換を含むタンパク質をコードすることを特徴とし、前記植物は人為的に導入された標的化変異を有する非トランスジェニック植物である、植物。
変異したプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子を含む植物細胞であって、前記遺伝子が、配列ＩＤ番号：１の１４５の位置に対応する位置でのフェニルアラニンからチロシンへの置換、並びに任意に配列ＩＤ番号：１の４２６の位置に対応する位置でのチロシンからフェニルアラニンへの置換、配列ＩＤ番号：１の４０３の位置に対応する位置でのロイシンからアルギニンへの置換、および配列ＩＤ番号：１の３９３の位置に対応する位置でのロイシンからバリンへの置換からなる群から選択される一つ以上の置換を含むタンパク質をコードすることを特徴とし、前記植物細胞は人為的に導入された標的化変異を有する非トランスジェニック植物細胞である、植物細胞。
前記植物または前記植物細胞が由来する植物が、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズｓｐｐ、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン（field bean）、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、および堅果を生じる植物から成る群から選択され、具体的には前記植物または前記植物細胞が由来する植物が、Ｓｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍ、ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａおよびＺｅａｍａｙｓから成る群から選択される種またはＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋバレイショ栽培品種であることを特徴とする、請求項１に記載の植物または請求項２に記載の植物細胞。
前記植物または前記植物細胞が由来する植物が、無性生殖により産生されるか、または塊茎から産生されることを特徴とする、請求項１に記載の植物または請求項２に記載の植物細胞。
前記植物または前記植物細胞が由来する植物は、アシフルオルフェン－Ｎａ、ビフェノックス、クロメトキシフェン、フルオログリコフェンエチル、ホメサフェン、ハロサフェン、ラクトフェン、オキシフルオルフェン、フルアゾレート、ピラフルフェンエチル、シニドンエチル、フルミオキサジン、フルミクロラックペンチル、フルチアセットメチル、チジアジミン、オキサジアゾン、オキサジアルギル、アザフェニジン、カルフェントラゾンエチル、スルフェントラゾン、ペントキサゾン、ベンズフェンジゾン、ブタフェナシル、サフルフェナシル、ピラゾギル、プロフルアゾールのようなＰＰＸ阻害型除草剤の一つまたは複数に抵抗性であり、具体的には、前記植物または前記植物細胞が由来する植物は、フルミオキサジン、スルフェントラゾン、およびサフルフェナシルからなる群から選択される除草剤の一つまたは複数に抵抗性であることを特徴とする、請求項１～４のいずれか一項に記載の植物または植物細胞。
変異したプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子を有する非トランスジェニック植物細胞を産生するための方法であって、配列ＩＤ番号：１の１４５の位置に対応する位置でのフェニルアラニンからチロシンへの置換、並びに任意に配列ＩＤ番号：１の４２６の位置に対応する位置でのチロシンからフェニルアラニンへの置換、配列ＩＤ番号：１の４０３の位置に対応する位置でのロイシンからアルギニンへの置換、および配列ＩＤ番号：１の３９３の位置に対応する位置でのロイシンからバリンへの置換からなる群から選択される一つ以上の置換を含むＰＰＸタンパク質を発現するＰＰＸ遺伝子を有する植物細胞を産生するために、ＰＰＸ遺伝子に標的化した変異を有する遺伝子修復オリゴ核酸塩基（ＧＲＯＮ）を植物細胞に導入することを含む方法。
さらに、除草剤の存在下で、対応する野生型植物細胞と比較して実質的に正常な成長および触媒活性を有する植物細胞を同定すること；および
前記植物細胞から変異したＰＰＸ遺伝子を有する非トランスジェニック除草剤耐性植物を再生することを含む、除草剤耐性植物を産生するための請求項６に記載の方法。
前記植物細胞が、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズｓｐｐ、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン（field bean）、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、および堅果を生じる植物から成る群から選択される植物由来であり、
具体的には、前記植物細胞が、Ｓｏｌａｎｕｍｔｕｂｅｒｏｓｕｍ、Ｏｒｙｚａｓａｔｉｖａ、Ｓｏｒｇｈｕｍｂｉｃｏｌｏｒ、Ｒｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓ、Ｂｒａｓｓｉｃａｎａｐｕｓ、Ｇｌｙｃｉｎｅｍａｘ、およびＺｅａｍａｙｓから成る群から選択される種またはＲｕｓｓｅｔＢｕｒｂａｎｋバレイショ栽培品種由来であることを特徴とする、請求項６または７に記載の方法。
前記植物は、アシフルオルフェン－Ｎａ、ビフェノックス、クロメトキシフェン、フルオログリコフェンエチル、ホメサフェン、ハロサフェン、ラクトフェン、オキシフルオルフェン、フルアゾレート、ピラフルフェンエチル、シニドンエチル、フルミオキサジン、フルミクロラックペンチル、フルチアセットメチル、チジアジミン、オキサジアゾン、オキサジアルギル、アザフェニジン、カルフェントラゾンエチル、スルフェントラゾン、ペントキサゾン、ベンズフェンジゾン、ブタフェナシル、サフルフェナシル、ピラゾギル、プロフルアゾールのようなＰＰＸ阻害型除草剤の一つまたは複数に抵抗性であり、具体的には、前記植物は、フルミオキサジン、スルフェントラゾン、およびサフルフェナシルからなる群から選択される除草剤の一つまたは複数に抵抗性であることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
前記植物細胞が、無性生殖により産生されるか、または塊茎から産生される植物由来であることを特徴とする、請求項６または７に記載の方法。