BR112013002543B1 - método para a produção de uma célula com uma proteína ppx de planta mutada - Google Patents

Abstract

GENES DE PROTOPORFIRINOGÊNIO IX(PPX) OXIDASE MUTADOS. São fornecidas composições e método relacionados com mutuações de genes e/ou proteínas em plantas transgências ou não transgênicas. Em certas modalidades, a divulgação refere-se a mutuações do gene de protoporfirinogênio IX (PPX). Em algumas modalidades a divulgação refere-se a plantas que são resistentes a herbicidas.

Description

CAMPO DA INVENÇÃO

Essa descrição refere-se, pelo menos em parte, às mutações de gene e/ou proteína em plantas.

FUNDAMENTOS DA INVENÇÃO

A seguinte descrição é provida simplesmente como um auxílio no entendimento da invenção e não é admitido descrever ou constituir estado da técnica.

Exemplos de certas mutações nos genes PPX de plantas foram relatados. Por exemplo, US Pat. No. 5.767.373 relata “codificação de sequências de DNA eucariótico para protoporfirinogênio oxidase (protox) nativo ou formas modificadas da enzima que são tolerantes à herbicidas”, US Pat. No. 6.282.837 relata “codificação de sequências de DNA eucariótico para protoporfirinogênio oxidase (protox) nativo ou formas modificadas da enzima que são tolerantes à herbicidas e um método para controlar ervas daninhas utilizando plantas tendo atividade de protox alterada que confere tolerância aos herbicidas”, US Pat No. 6.308.458 relata “métodos para controlar o crescimento de vegetação indesejada compreendendo aplicar uma quantidade eficaz de um herbicida inibidor de protox à uma população de plantas transgênicas ou semente de planta transformada com uma codificação de sequência de DNA para uma enzima de protox modificado que é tolerante a um herbicida inibidor de protox ou ao local onde uma população de plantas transgênicas ou sementes de plantas são cultivados”, US Patente No. 6.905.852 relata “[a] protoporfirinogênio oxidase tolerante ao herbicida fotodegradante e derivados do mesmo, compreendendo um polipeptídeo tendo a sequência de aminoácido representada pela SEQ ID No. 2 [uma proteína PPX] ou peptídeo mutado derivado do mesmo por deleção, adição, substituição, etc. de um ou mais aminoácidos na sequência de aminoácido acima e tendo uma atividade substancialmente equivalente àquela do protoporfirinogênio oxidase”; US Patente No. relata “métodos para conferir resistência aos herbicidas inibidores de protoporfirinogênio sobre plantas de cultura. É conferida resistência por manipulação genética de plantas para expressar DNA clonado codificando um protoporfirinogênio oxidase resistente aos herbicidas porfíricos”; Publicação de Pedido de Patente dos Estados Unidos US No. 20020086395 relata “[a] método para avaliar a capacidade de um composto para inibir a atividade de protoporfirinogênio oxidase, que compreende as etapas de: (1) cultivar um transformador expressando um gene de protoporfirinogênio oxidase presente em um fragmento de DNA em um meio contendo substancialmente nenhum dos compostos protoheme em cada sistema comparativo da presença e ausência de um composto de teste para medir uma taxa de crescimento do transformador sob cada condição, referido transformador sendo resultado de uma célula hospedeira deficiente na capacidade de crescimento com base na atividade de protoporfirinogênio oxidase transformada com o fragmento de DNA em que um promotor funcional na célula hospedeira e um gene de protoporfirinogênio oxidase são ligados operativamente, e (2) determinação da capacidade do composto para inibir a atividade de protoporfirinogênio oxidase comparando as taxas de crescimento; e outros”; Patzoldt WL, et al., PNAS USA 103:12329-34 (2006) relata uma “deleção de 3-bp correspondente ao códon G210” de PPX; e Li X, et al., Plant Physiology 133:736-47 (2003) relata “isolamento dos genes de protoporfirinogênio oxidase (PPO) de plantas e o isolamento de mutantes resistentes ao herbicida”. Os termos PPO e PPX são utilizados intercaladamente aqui.

RESUMO DA INVENÇÃO

A presente descrição refere-se, pelo menos em parte, aos métodos e composições relacionando-se às mutações de gene e proteína em plantas. Em alguns aspectos e modalidades, a presente descrição também refere-se às composições e métodos para produção de plantas resistentes à herbicidas. Os métodos e composições da presente descrição referem-se, pelo menos em parte às mutações em um gene protoporfirinogênio IX oxidase (PPX).

Em um aspecto, é provida uma planta ou uma célula de planta incluindo um gene PPX mutado. Em certas modalidades, o gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada. Em certas modalidades, uma planta tendo uma célula de planta que inclui um gene PPX mutado pode ser resistente à herbicida; por exemplo, resistente a um herbicida inibidor de PPX. Em certas modalidades, a planta ou célula de planta é não transgênica. Em certas modalidades, a planta ou célula de planta é transgênica. A descrição também provê vetores recombinantes incluindo tais genes PPX mutados, bem como plantas transgênicas contendo tais genes PPX mutados. Como utilizado aqui, o termo “gene PPX” refere-se a uma sequência de DNA capaz de gerar um polipeptídeo PPX que compartilha homologia e/ou identidade de aminoácido com sequência de aminoácido SEQ ID NO: 1, e/ou codifica uma proteína que demonstra atividade de PPX. Em certas modalidades, o gene PPX tem 70%; 75%; 80%; 85%; 90%; 95%; 96%; 97%; 98%; 99% ou 100% de identidade para um gene PPX específico; por exemplo, os genes PPX de Russet Burbank mitocondriais, por exemplo, StmPPXI ou StmPPX2; ou, por exemplo, um gene PPX de Russet Burbank plastidal, por exemplo, StcPPXI. Em certas modalidades, o gene PPX tem 60%; 70%; 75%; 80%; 85%; 90%; 95%; 96%; 97%; 98%; 99%; ou 100% de identidade para uma sequência selecionada das sequências nas Figuras 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 41 43 e 45. Em algumas modalidades, um gene PPX é um gene PPX mitocondrial; por exemplo, StmPPXI ou StmPPX2. Em algumas modalidades, um gene PPX é um gene PPX plastidal; por exemplo, StcPPXI. Em algumas modalidades, um gene PPX é um alelo de gene PPX mitocondrial; por exemplo, StmPPX2.1 ou StmPPX2.2. Em algumas modalidades, um gene PPX é um alelo de gene PPX plastidal; por exemplo, StcPPXI ou StcPPXI. 1. Em algumas plantas, tal como cânhamo, o produto de proteína de um único gene PPX é tanto mitocondrial como plastidal como descrito em Patzoldt WL, et a!., PNAS USA 103:12329-34 (2006). Como utilizado aqui, o termo “mutação” refere-se a pelo menos uma variação de nucleotídeo único em uma sequência de ácido nucleico e/ou uma variação de aminoácido único em um polipeptídeo relativo à sequência normal ou sequência do tipo selvagem ou uma sequência de referência, por exemplo, SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2. Em algumas modalidades uma mutação refere-se a pelo menos uma variação de nucleotídeo único em uma sequência de ácido nucleico e/ou uma variação de aminoácido único em um polipeptídeo em relação a um nucleotídeo ou sequência de aminoácido de uma proteína PPX que não é resistente à herbicida. Em certas modalidades, uma mutação pode incluir uma substituição, uma deleção, uma inversão ou uma inserção. Em algumas modalidades, uma substituição, deleção, inserção ou inversão pode incluir uma variação em 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 ou 24 nucleotídeos. Em algumas modalidades, a substituição, deleção, inserção ou inversão pode incluir uma variação em 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 posições de aminoácido. O termo “ácido nucleico” ou “sequência de ácido nucleico” refere- se à um oligonucleotídeo, nucleotídeo ou polinucleotídeo, e fragmentos ou porções do mesmo, que pode ser de fita única ou dupla, e representa uma fita senso ou anti-senso. Um ácido nucleico pode incluir DNA ou RNA, e pode ser de origem natural ou sintética. Por exemplo, um ácido nucleico pode incluir mRNA ou cDNA. Ácido nucleico pode incluir ácido nucleico que foi ampliado (por exemplo, utilizando reação de cadeia de polimerase). A convenção “NTwt###NTmut” é utilizada para indicar uma mutação que resulta no nucleotídeo do tipo selvagem NTwt na posição ### no ácido nucleico sendo substituído por mutante NTmut. O código de letra única para nucleotídeos é como descrito no Manual do Escritório de Patente dos Estados Unidos do Procedimento de Exame de Patente, seção 2422, tabela 1. Neste sentido, a designação nucleotídeo “R” significa purina tal como guanina ou adenina, “Y” significa pirimidina tal como citosina ou timina (uracil se RNA); “M” significa adenina ou citosina; “K” significa guanina ou timina; e “W” significa adenina ou timina. Como utilizado aqui, o termo “gene PPX mutado” refere-se a um gene PPX tendo uma ou mais mutações nas posições de nucleotídeo em relação a uma sequência de ácido nucleico PPX de referência. Em certas modalidades um gene PPX mutado tem uma ou mais mutações em relação a uma sequência de PPX do tipo selvagem correspondente. Como utilizado aqui, o termo “tipo selvagem” pode ser utilizado para designar o alelo padrão em um local , ou o alelo tendo a frequência mais alta em uma população particular. Em alguns casos, alelo do tipo selvagem pode ser representado por um aminoácido particular ou sequência de ácido nucleico. Por exemplo, uma proteína PPX plastidal de batata do tipo selvagem pode ser representada pela SEQ ID NO: 7. Por exemplo, uma proteína PPX mitocondrial de batata do tipo selvagem pode ser representada pela SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades um gene PPX mutado tem uma ou mais mutações em relação a uma sequência PPX de referência de ácido nucleico, por exemplo SEQ ID NOs: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 41 43 ou 45 ou em posições homólogas de parálogos do mesmo. Em algumas modalidades, o gene PPX mutado é modificado com pelo menos uma mutação. Em outras modalidades, o gene PPX mutado é modificado com pelo menos duas mutações. Em outras modalidades, o gene PPX mutado é modificado com pelo menos três mutações. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui duas ou mais mutações de sequências de ácido nucleico selecionadas das Tabelas 2, 3a e 3b. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma ou mais proteínas PPX mitocondriais mutadas. Em outras modalidades, um gene PPX mutado codifica uma ou mais proteínas PPX plastidais mutadas. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado é um gene PPX mitocondrial mutado; por exemplo, StmPPXI mutado. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado é um gene PPX mitocondrial mutado; por exemplo, StmPPX2 mutado. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado é um gene PPX plastidal mutado; por exemplo, StcPPXI mutado. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado é um alelo de gene PPX mitocondrial mutado; por exemplo, StmPPX2.1 mutado ou StmPPX2.2 mutado. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado é um alelo de gene PPX plastidal mutado; por exemplo, StcPPXI mutado ou StcPPXI.1 mutado. Em algumas modalidades, há pelo menos uma mutação em um gene PPX plastídeo e pelo menos uma mutação em um gene PPX mitocondrial. Em algumas modalidades, uma ou mais mutações em um gene PPX leva à resistência à herbicida; por exemplo, resistência a um herbicida inibidor de PPX. Em algumas modalidades, o gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que tem resistência aumentada a um ou mais herbicidas quando comparado a uma proteína PPX de referência.

Em algumas modalidades, as mutações em um gene PPX mutado codificam uma proteína tendo uma combinação de duas ou mais mutações. Em certas modalidades, pelo menos uma mutação está no gene PPX de plastídeo e pelo menos uma mutação está em um gene PPX mitocondrial. Em certas modalidades, as combinações são selecionada das Tabelas 4a e 4b. Em algumas modalidades, as mutações em um gene PPX mutado codificam uma proteína tendo uma combinação de três ou mais mutações; por exemplo, combinações selecionadas das Tabelas 4a e 4b. Em algumas modalidades, a pelo menos uma mutação no gene PPX plastidal e a pelo menos uma mutação no gene PPX mitocondrial são ao mesmo tempo posição correspondente. Em outras modalidades, a pelo menos uma mutação no gene PPX de plastídeo e a pelo menos uma mutação no gene PPX mitocondrial estão em posições correspondentes diferentes. Como utilizado aqui, o termo “proteína PPX” refere-se a uma proteína que tem homologia e/ou identidade de aminoácido para uma proteína PPX de SEQ ID NOs: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 40, 42 ou 44 e/ou demonstra atividade de PPX. Em certas modalidades, a proteína PPX tem identidade de 70%; 75%; 80%; 85%; 90%; 95%; 96%; 97%; 98%; 99% ou 100% para uma proteína PPX específica, tal como por exemplo, a proteína PPX de Russet Burbank mitocondrial ou as proteínas PPX de Russet Burbank plastidal. Em certas modalidades, a proteína PPX tem identidade de 70%; 75%; 80%; 85%; 90%; 95%; 96%; 97%; 98%; 99%; ou 100% para uma sequência selecionada das sequências nas Figuras 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 40, 42 ou 44. Como utilizado aqui, o termo “proteína PPX mutada” refere-se a uma proteína PPX tendo uma ou mais mutações nas posições de aminoácidos em relação a uma sequência de aminoácido PPX de referência, ou em posições homólogas dos parálogos da mesma. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada tem uma ou mais mutações em relação a uma sequência de aminoácido PPX de referência, por exemplo, uma sequência de aminoácido PPX de referência tendo SEQ ID NOs: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21,23, 25, 27, 29, 31,33, 35, 37, 39, 40, 42 ou 44, ou porções da mesma. Em certas modalidades uma proteína PPX mutada tem uma ou mais mutações em relação a uma proteína do tipo selvagem correspondente. Em algumas modalidades uma proteína PPX mutada tem uma ou mais mutações em relação a uma proteína correspondente que não é resistente à herbicida. Em algumas modalidades, a proteína PPX é modificada com pelo menos uma mutação. Em outras modalidades, a proteína PPX é modificada com pelo menos duas mutações. Em outras modalidades, a proteína PPX é modificada com pelo menos três mutações. Em algumas modalidades, uma ou mais proteínas PPX mitocondriais são mutadas. Em outras modalidades, uma ou mais proteínas PPX plastidais são mutadas. Ainda em outra modalidade uma ou mais proteínas PPX mitocondriais e uma ou mais proteínas PPX plastidais são mutadas. Em algumas modalidades, o termo proteína PPX mutada refere-se a uma proteína PPX que aumentou a resistência a um ou mais herbicidas quando comparada a uma proteína de referência.

Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondentes a uma posição selecionada do grupo consistindo em 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 e 525 da SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada includes uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondentes a uma posição selecionada do grupo consistindo em 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 e 500 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma planta ou célula de planta pode incluir um gene protoporfirinogênio IX oxidase (PPX) mutado em que o gene codifica uma proteína incluindo uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, 1170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318.S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 e I525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma planta ou célula de planta pode incluir um gene protoporfirinogênio IX oxidase (PPX) mutado em que o gene codifica uma proteína incluindo uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, 0177, H187, L188, N195, P214, 1215, K229, K230, 0271, D274, F283, A292, S296, 0307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, 0434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 e T500 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX é um parálogo da proteína PPX de Arabidopsis thaliana (por exemplo a proteína PPX pode ser uma proteína PPX plastidal de batata) e a proteína PPX pode ter um N na posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO:1, em que o N é substituído por um aminoácido que não um N; um K na posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO:1, em que o K é substituído por um aminoácido que não um K; um S na posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído com um aminoácido que não um S; e/ou um S na posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui duas ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, 1170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 e I525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui duas ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, 1215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, 0307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 e T500 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, a proteína PPX é um parálogo da proteína PPX de Arabidopsis thaliana (por exemplo a proteína PPX pode ser uma proteína PPX plastidal de batata) e a proteína PPX tem duas ou mais mutações e tem um ou mais de: (1) um N na posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO:1, em que o N é substituído com um aminoácido que não um N; (2) um K na posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO:1, em que o K é substituído com um aminoácido que não um K; (3) um S na posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S; e/ou (4) um S na posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído com um aminoácido que não um S. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui três ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, 1170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 e I525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui três ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, 1215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 e T500 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, a Proteína PPX é um parálogo da proteína PPX de Arabidopsis thaliana (por exemplo, a proteína PPX pode ser uma proteína PPX de batata) e a proteína PPX tem três ou mais mutações e tem um ou mais de: (1) um N na posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO:1, em que o N é substituído com um aminoácido que não um N; (2) um K na posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO:1, em que o K é substituído por um aminoácido que não um K; (3) um S na posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S; e/ou (4) um S na posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um n S.

Em conjunto com os vários aspectos, modalidades, composições e métodos descritos aqui, uma proteína PPX mutada inclui uma ou mais mutações de aminoácido selecionadas das Tabelas 1, 2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d e 10. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui duas ou mais mutações de aminoácido selecionadas das Tabelas 1,2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d e 10. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui três ou mais mutações de aminoácido selecionadas das Tabelas 1, 2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d e 10. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma ou mais mutações de sequências de ácido nucleico selecionadas das Tabelas 2, 3a e 3b. Em algumas modalidades, a uma ou mais mutações em uma proteína PPX mutada inclui uma ou mais mutações, duas ou mais mutações, ou três ou mais mutações selecionadas do grupo consistindo de uma glicina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 1; uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1; um ácido glutâmico para valina em uma posição correspondente à posição 111 de SEQ ID NO: 1; uma glicina para asparagina em uma posição correspondente à posição 130 de SEQ ID NO: 1; um ácido aspártico para histidina em uma posição correspondente à posição 139 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 143 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 147 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para asparigina em uma posição correspondente à posição 165 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para tirosina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; um ácido glutâmico para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 192 de SEQ ID NO: 1; um ácido glutâmico para lisina em uma posição correspondente à posição 192 de SEQ ID NO: 1; uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 193 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 199 de SEQ ID NO: 1; uma valina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 206 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para serina em uma posição correspondente à posição 219 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para cisteína em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para leucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1; uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para fenil alanina em uma posição correspondente à posição 230 de SEQ ID NO: 1; uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1; uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 256 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para serina em uma posição correspondente à posição 256 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 270 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 270 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 271 de SEQ ID NO: 1; uma glutamina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1; uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 305 de SEQ ID NO: 1; uma arginina de ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 311 de SEQ ID NO: 1; uma treonina para glicina em uma posição correspondente à posição 316 de SEQ ID NO: 1; uma treonina para glicina em uma posição correspondente à posição 318 de SEQ ID NO: 1; uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 357 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para treonina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 360 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para lisina em uma posição correspondente à posição 360 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 366 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para cisteína em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para leucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para arginina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para treonina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para valina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 430 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para serina em uma posição correspondente à posição 438 de SEQ ID NO: 1; um ácido glutâmico para lisina em uma posição correspondente à posição 440 de SEQ ID NO: 1; a valina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 444 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 455 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para valina em uma posição correspondente à posição 457 de SEQ ID NO: 1; uma valina para serina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 1; uma valina para tirosina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para serina em uma posição correspondente à posição 478 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para glicina em uma posição correspondente à posição 483 de SEQ ID NO: 1; um ácido aspártico para alanina em uma posição correspondente à posição 484 de SEQ ID NO: 1; uma isoleucina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 485 de SEQ ID NO: 1; um ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 487 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para asparagina em uma posição correspondente à posição 490 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 503 de SEQ ID NO: 1; uma valina para treonina em uma posição correspondente à posição 508 de SEQ ID NO: 1; e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a proteína PPX é um parálogo da proteína PPX de Arabidopsis thaliana (por exemplo a proteína PPX pode ser uma proteína PPX de batata) e a proteína PPX pode ter um N na posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO:1, em que o N é substituído por um aminoácido que não um N; um K na posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO:1, em que o K é substituído por um aminoácido que não um K; um S na posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S; e/ou um S na posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S. Em tais modalidades, a uma ou mais mutações em uma proteína PPX mutada inclui uma ou mais mutações, duas ou mais mutações, ou três ou mais mutações selecionadas do grupo consistindo de uma asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 1; uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para cisteína em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para leucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1; uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1; uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1; uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1; uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 305 de SEQ ID NO: 1; uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 357 de SEQ ID NO: 1; uma serina para arginina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1; uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para cisteína em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para leucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para arginina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para treonina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para valina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para serina em uma posição correspondente à posição 478 de SEQ ID NO: 1; uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1; um ácido aspártico para asparagina em uma posição correspondente à posição 58 de SEQ ID NO: 9; um ácido glutâmico para valina em uma posição correspondente à posição 64 de SEQ ID NO: 9; uma glicina para cisteína em uma posição correspondente à posição 74 de SEQ ID NO: 9; uma glicina para asparagina em uma posição correspondente á posição 84 de SEQ ID NO: 9; uma leucina para histidina em uma posição correspondente à posição 93 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 97 de SEQ ID NO: 9; uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO:9; uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 101 de SEQ ID NO: 9; uma serina para asparagina em uma posição correspondente à posição 119 de SEQ ID NO: 9; uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 121 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma asparagina para tirosina em uma posição correspondente à posição 139 de SEQ ID NO: 9; uma asparagina para arginina em uma posição correspondente à posição 139 de SEQ ID NO: 9; uma asparagina para histidina em uma posição correspondente à posição 139 de SEQ ID NO: 9; um ácido glutâmico para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 150 de SEQ ID NO: 9; um ácido glutâmico para lisina em uma posição correspondente à posição 150 de SEQ ID NO: 9; uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 151 de SEQ ID NO: 9; uma glutamina para leucina em uma posição correspondente à posição 157 de SEQ ID NO: 9; uma valina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 164 de SEQ ID NO: 9; uma valina para alanina em uma posição correspondente â posição 164 de SEQ ID NO: 9; um ácido aspártico para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 170 de SEQ ID NO: 9; uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 177 de SEQ ID NO: 9; uma histidina para glutamina em uma posição correspondente à posição 187 de SEQ ID NO: 9; uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9; uma asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 195 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para serina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; uma isoleucina para serina em uma posição correspondente à posição 215 de SEQ ID NO: 9; uma isoleucina para histidina em uma posição correspondente à posição 215 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 230 de SEQ ID NO: 9; uma cisteína para arginina em uma posição correspondente à posição 271 de SEQ ID NO: 9; um ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 274 de SEQ ID NO: 9; uma fenilalanina para glicina em uma posição correspondente à posição 283 de SEQ ID NO: 9; uma alanina para glicina em uma posição correspondente à posição 292 de SEQ ID NO: 9; uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 296 de SEQ ID NO: 9; uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9; uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 324 de SEQ ID NO: 9; uma asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 324 de SEQ ID NO: 9; um ácido aspártico para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 330 de SEQ ID NO: 9; uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 396 de SEQ ID NO: 9; uma alanina para serina em uma posição correspondente à posição 404 de SEQ ID NO: 9; uma arginina para lisina em uma posição correspondente à posição 406 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 410 de SEQ ID NO: 9; uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 421 de SEQ ID NO: 9; uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9; uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 434 de SEQ ID NO: 9; uma cisteína para tirosina em uma posição correspondente à posição 434 de SEQ ID NO: 9; um ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 447 de SEQ ID NO: 9; uma serina para alanina em uma posição correspondente à posição 448 de SEQ ID NO: 9; uma valina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 449 de SEQ ID NO: 9; um ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 451 de SEQ ID NO: 9; um ácido aspártico para asparagina em uma posição correspondente à posição 454 de SEQ ID NO: 9; uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 465 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para treonina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 9; e uma treonina para serina em uma posição correspondente à posição 500 de SEQ ID NO: 9.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, em certas modalidades, uma proteína PPX mutada pode incluir uma combinação de mutações; por exemplo uma combinação de mutações selecionada das Tabelas 4a e 4b. Em algumas modalidades, a proteína PPX mutada inclui uma combinação de duas ou mais mutações; por exemplo, combinações selecionadas das Tabelas 4a e 4b. Em algumas modalidades, a proteína PPX mutada inclui uma combinação de três ou mais mutações; por exemplo, combinações selecionadas das Tabelas 4a e 4b. Em algumas modalidades, a combinação de mutações em um gene PPX mutado codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente ao Y426 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondentes a uma posição selecionada do grupo consistindo em: N85, R144, F145, A180, A220, L226 e S244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações em um gene PPX mutado codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente ao L393 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondentes a uma posição selecionada do grupo consistindo em: R144, F145, A220, S224 e S244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à L403 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em: F145, A220 e L226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à R144 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondentes a uma posição selecionada do grupo consistindo em : G52, N85, A220, S244, L226, M228, K272, S332, L393, L424, Y426 e I525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à N85 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em: R144, F145, A180, A220, L226, M228 e Q272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à L424 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação na posição de aminoácido correspondente à uma posição selecionada do grupo consistindo em: R144, F145, A220, L226 e L393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à I525 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação na posição de aminoácido correspondente a uma posição N85, F144, F145, A180, L226 e S244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente ao R144 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação na posição de aminoácido correspondente a uma posição A220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a proteína PPX é um parálogo da proteína PPX de Arabidopsis thaliana (por exemplo, a proteína PPX pode ser uma proteína PPX de batata) e a proteína PPX pode ter um N na posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO:1, em que o N é substituído por um aminoácido que não um N; um K na posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO:1, em que oKé substituído por um aminoácido que não um K; um S na posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S; e/ou um S na posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S. Em tais modalidades, a proteína PPX mutada inclui uma combinação de duas ou mais mutações; por exemplo, combinações selecionadas das Tabelas 4a e 4b. Em tais modalidades, a proteína PPX mutada inclui uma combinação de três ou mais mutações; por exemplo, combinações selecionadas das Tabelas 4a e 4b. Em algumas modalidades, a combinação de mutações em um gene PPX mutado codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à Y426 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondentes a uma posição selecionada do grupo consistindo em: N85, R144, F145, A180, A220, L226 e S244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações em um gene PPX mutado codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente ao L393 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondentes a uma posição selecionada do grupo consistindo em: R144, F145, A220, S244 e S224 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à L403 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em: F145, A220 e L226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à R144 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em: N52, N85, A220, S244, L226, M228, K272, S332, L393, L424, Y426 e S525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codificam uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à N85 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondentes a uma posição selecionada do grupo consistindo em: R144, F145, A180, A220, L226, M228 e K272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à L424 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação na posição de aminoácido correspondente à uma posição selecionada do grupo consistindo em: R144, F145, A220, L226 e L393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à S525 de SEQ ID NO: 1 e uma mutação na posição de aminoácido correspondente a uma posição N85, F144, F145, A180, L226 e S244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à 98 de SEQ ID NO: 9 e uma mutação na posição de aminoácido correspondente à uma posição selecionada do grupo consistindo em 74, 93, 97, 98, 119, 121, 124, 139, 150, 151, 164, 188, 214, 229, 230, 271, 274, 292, 307, 324, 396, 410, 423, 434, 447, 448, 451, 465, 470 e 500 de SEQ ID NO: 9. Em certas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à 98 de SEQ ID NO: 9 e uma mutação na posição de aminoácido correspondente à uma posição selecionada do grupo consistindo em 271, 274, 292, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 423, 434, 447, 448, 454, 465, 470 e 500 de SEQ ID NO: 9. Em certas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à 98 de SEQ ID NO: 9 e uma mutação na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em 307 e 423 de SEQ ID NO: 9. Em certas modalidades, a combinação de mutações codifica uma proteína tendo uma mutação em uma posição correspondente à 98 de SEQ ID NO: 9 e uma mutação na posição de aminoácido correspondente à uma posição selecionada do grupo consistindo em 124, 188, 214 e 229 de SEQ ID NO: 9.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui a proteína PPX pode ser um parálogo da proteína PPX de Arabidopsis thaliana (por exemplo a proteína PPX pode ser uma proteína PPX mitocondrial de batata) e a proteína PPX pode ter um ou mais aminoácidos PPX correspondentes à SEQ ID NO: 9. Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, a uma ou mais mutações em um gene PPX mutado pode codificar uma proteína PPX mutada tendo uma ou mais mutações, duas ou mais mutações, três ou mais mutações selecionadas do grupo consistindo de uma proteína PPX mutada pode incluir uma ou mais mutação na posição de aminoácido correspondente à uma ou mais posições selecionadas do grupo consistindo de 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451,454, 465, 470 e 500 de SEQ ID NO: 9.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, a célula de planta pode ter um gene PPX mutado. Em certas modalidades, o gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada . Em certas modalidades, a célula de planta pode ser parte de uma planta resistente ao herbicida. O método pode incluir introduzir em uma célula de planta uma oligonucleobase reparadora de gene (GRON); por exemplo, utilizando uma GRON com uma mutação direcionada em um gene PPX. Em certas modalidades, a célula de planta produzida pelo método pode incluir um gene PPX capaz de expressar uma proteína PPX mutada. O método pode incluir adicionalmente identificar uma célula de planta ou uma planta incluindo uma célula de planta que inclui (1) um gene PPX mutado e/ou (2) crescimento e/ou atividade catalítica normais quando comparado com uma célula de planta do tipo selvagem correspondente. A planta resistente ao herbicida tendo uma célula de planta tal como descrita aqui pode ser identificada na presença de um herbicida inibidor de PPX. Em algumas modalidades, a célula de planta é não transgênica. Em algumas modalidades, a célula de planta é transgênica. Uma planta que inclui uma célula de planta tal como descrito aqui pode ser uma planta resistente à herbicida não transgênica ou transgênica; por exemplo, a planta e/ou célula de planta pode ter um gene PPX mutado que resulta na resistência à pelo menos um herbicida. Em algumas modalidades, uma planta tendo uma célula de planta como descrito aqui pode ser produzida assexuadamente; por exemplo, de uma ou mais células de plantas ou de tecido de planta composto de uma ou mais células vegetais; por exemplo, de um tubérculo. Em outras modalidades, uma planta tendo uma célula de planta tal como descrito aqui pode ser produzida sexuadamente.

Em outro aspecto, é provido um método para produzir uma planta resistente à herbicida. O método pode incluir introduzir em uma célula de planta uma oligonucleobase reparadora de gene (GRON); por exemplo, utilizando uma GRON designada com uma mutação direcionada em um gene PPX. O gene PPX mutado pode expressar uma proteína PPX mutada. O método pode incluir adicionalmente identificar uma planta que tem crescimento e/ou atividade catalítica normais quando comparado a uma célula de planta do tipo selvagem correspondente. A planta pode ser identificada na presença de um herbicida inibidor de PPX. Em algumas modalidades, a planta é não transgênica. A planta pode em algumas modalidades ser uma planta não transgênica resistente à herbicida; por exemplo, a planta pode incluir um gene PPX mutado que resulta na resistência ou tolerância à pelo menos um herbicida.

Em outro aspecto é provido uma semente incluindo um gene PPX mutado. Em algumas modalidades, a semente tem um gene PPX mutado. Em algumas modalidades, o PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada. Em algumas modalidades a proteína PPX mutada pode ser resistente a um herbicida; por exemplo, um herbicida inibidor de PPX. Em algumas modalidades, uma planta crescida de uma semente é resistente a pelo menos um herbicida; por exemplo, um herbicida inibidor de PPX.

Em outro aspecto, é provido um método para aumentar a resistência ao herbicida de uma planta: (a) cruzando uma primeira planta para uma segunda planta, em que a primeira planta que inclui um gene PPX mutado, em que o gene codifica uma proteína PPX mutada; (b) fazer tiragem de uma população resultando do cruzamento para resistência ao herbicida elevado; por exemplo, resistência elevada para um herbicida inibidor de PPX (c) selecionar um membro resultando do cruzamento tendo resistência ao herbicida elevado; e/ou (d) produzir sementes resultantes do cruzamento. Em algumas modalidades, uma semente híbrida é produzida por qualquer um dos métodos tais como descritos aqui. Em algumas modalidades, plantas estão crescente de sementes produzidas por qualquer um dos métodos tal como descrito aqui. Em algumas modalidades, as plantas e/ou semente são não transgênicas. Em algumas modalidades, as plantas e/ou sementes são transgênicas.

Em outro aspecto, é provido um método de controlar plantas daninhas em um campo contendo plantas aplicando uma quantidade eficaz de pelo menos um herbicida para um campo contendo plantas daninhas e plantas. Em algumas modalidades do método, o pelo menos um herbicida é um herbicida inibidor de PPX. Em algumas modalidades do método, uma ou mais plantas no campo inclui um gene PPX mutado; por exemplo tal como descrito aqui. Em algumas modalidades do método uma ou mais plantas no campo inclui uma planta não transgênica ou transgênica tendo um gene PPX mutado tal como descrito aqui. Em algumas modalidades, o gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada. Em algumas modalidades, uma mais das plantas no campo é resistente à herbicida; por exemplo, resistente a um herbicida inibidor de PPX.

Em outro aspecto, é provido um ácido nucleico isolado codificando uma proteína PPX ou porção da mesma. Em algumas modalidades o ácido nucleico isolado inclui uma ou mais das mutações do gene PPX tal como descrito aqui. Em algumas modalidades, o ácido nucleico isolado codifica uma proteína PPX mutada como descrito aqui. Em certas modalidades, o ácido nucleico isolado codifica uma proteína PPX que é resistente à herbicida; por exemplo, resistente a um herbicida inibidor de PPX.

Em outro aspecto, é provido um vetor de expressão contendo um ácido nucleico isolado de um gene PPX mutado. Em algumas modalidades, o vetor de expressão contém um ácido nucleico isolado codificando uma proteína PPX. Em algumas modalidades, o ácido nucleico isolado codifica uma proteína tendo uma mutação selecionada das mutações apresentadas nas Tabelas 1, 2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d e 10. Em certas modalidades, o ácido nucleico isolado codifica uma proteína tendo duas ou mais mutações. Em algumas modalidades, as duas ou mais mutações são selecionadas das Tabelas 1, 2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d e 10. Em certas modalidades, o ácido nucleico isolado codifica uma proteína PPX que é resistente à herbicida; por exemplo, resistente a um herbicida inibidor de PPX. Como utilizado aqui, o termo “herbicida” refere-se a qualquer químico ou substância que pode matar uma planta ou que pode deter ou reduzir o crescimento e/ou viabilidade de uma planta. Em algumas modalidades, resistência ao herbicida é a capacidade geneticamente hereditária de uma planta para sobreviver e reproduzir seguindo o tratamento com uma concentração de herbicida que normalmente mataria ou danificaria gravemente uma planta do tipo selvagem imodificada. Em algumas modalidades, em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, o herbicida é um herbicida inibidor de PPX. Em algumas modalidades, um herbicida inibidor de PPX é um herbicida de uma família química selecionada do grupo de famílias químicas listado na Tabela 5. Em algumas modalidades, um herbicida inibidor de PPX é um herbicida de uma família química selecionada do grupo de famílias químicas consistindo de N-fenilftalimidas, triazolinonas e pirimidindionas. Em algumas modalidades, um herbicida inibidor de PPX é selecionado do grupo de herbicidas listado na Tabela 5. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é selecionado do grupo de herbicidas consistindo em flumoioxazina, sulfentrazona e saflufenacil. Em outras modalidades, o herbicida inibidor de PPX é um herbicida flumioxazina. Em outras modalidades, o herbicida inibidor de PPX é um herbicida sulfentrazum. Em outras modalidades, o herbicida inibidor de PPX é um herbicida saflufenacil.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, a planta ou célula de planta é de uma safra de planta selecionada do grupo consistindo de batata, girassol, beterraba, milho, algodão, soja, trigo, centeio, aveia, arroz, canola, frutas, legumes, tabaco, cevada, sorgo, tomate, manga, pêssego, maçã, pêra, morango, banana, melão, cenoura, alface, cebola, soja spp, cana de açúcar, ervilha, feijão, álamo, uva, frutas cítricas, alfafa, centeio, aveia, gramados e forragem, linho, colza, pepino, glória da manhã, bálsamo, pimenta, berinjela, tagetes, lótus, repolho, margarida, cravo, petúnia, tulipa, íris, lírio, e plantas produtoras de noz na medida em que eles já não são mencionados especificamente. Em algumas modalidades, a planta ou célula de planta é de uma espécie selecionada da Tabela 6. Em algumas modalidades, a planta ou célula de planta é de uma espécie selecionada do grupo consistindo de Arabidopsis thaliana, Solanum tuberosum, Solanum phureja, Oryza sativa, Amaranthus tuberculatus, Zea mays, Brassica napus e Glicina max. Em algumas modalidades, a planta ou célula de planta é um cultivar de batata Russet Burbank. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Russet Burbank. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Arabidopsis thaliana. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Solanum tuberosum. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Solanum phureja. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Zea mays. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Oryza sativa. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Amaranthus tuberculatus. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Sorghum bicolor. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Ricinus communis. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Brassica napus. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX de Glicina max. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado At4g01690 codifica uma proteína PPX de Arabidopsis thaliana. Em algumas modalidades um gene PPX mutado At5g 14220 codifica uma proteína PPX de Arabidopsis thaliana.

Em qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos ou composições descritos aqui pode incluir um ou mais genes PPX mutados. Em algumas modalidades, os métodos e composições envolvem um ou mais genes PPX mutados que codificam uma ou mais proteínas PPX mitocondriais. Em outras modalidades, os métodos e composições incluem um ou mais genes PPX mutados que codificam uma ou mais proteínas PPX plastidais. Em algumas modalidades, os métodos e composições incluem um ou mais genes PPX mutados que codificam uma ou mais proteínas PPX plastidais e proteínas PPX mitocondriais. Em algumas modalidades, os métodos e composições incluem um gene PPX mutado mitocondrial StmPPXI. Em algumas modalidades, os métodos e composições incluem um gene PPX mutado mitocondrial StmPPX2. Em algumas modalidades, a planta tem o gene PPX mutado plastidal StcPPXI. Em algumas modalidades, os métodos e composições incluem um alelo de gene PPX mutado mitocondrial StcPPX2.1. Em algumas modalidades, os métodos e composições incluem um alelo de gene PPX mutado mitocondrial StcPPX2.2. Em algumas modalidades, os métodos e composições incluem um alelo de gene PPX mutado plastidal StcPPXI. Em algumas modalidades, os métodos e composições 5 incluem um alelo de gene PPX mutado plastidal StcPPXI .1. Como utilizado aqui, o termo “gene” refere-se a uma sequência de DNA que inclui sequências de controle e codificação necessárias para a produção de um RNA, que pode ter uma função não-codificante (por exemplo, um RNA ribossômico ou de transferência) ou que pode codificar um polipeptídeo ou um 10 precursor de polipeptídeo. O RNA ou polipeptídeo pode ser codificado por uma sequência codificante de comprimento total ou por qualquer porção da sequência codificante desde que a atividade ou função desejada seja retida. I, Como utilizado aqui, o termo “sequência codificante” refere-se a uma sequência de um ácido nucleico ou seu complemento, ou uma parte do mesmo, - 15 que pode ser transcrita e/ou traduzida para produzir o mRNA para e/ou o polipeptídeo ou um fragmento do mesmo. Sequências codificantes incluem exons em um DNA genômico ou transcrições de RNA primário imaturo, que são unidos pelo maquinário bioquímico das células para prover um mRNA maduro. As fita anti-senso é o complemento de tal ácido nucleico, e a sequência codificante pode 20 ser reduzida nela.

Como utilizado aqui, o termo “sequência não codificante” refere-se a uma sequência de um ácido nucleico ou seu complemento, ou uma parte da mesma, que não é transcrita em aminoácido in vivo, ou onde tRNA não interage para colocar ou tentar colocar um aminoácido. Sequências não-codificantes incluem 25 tanto sequências de intrões no DNA genômico ou transcrições de RNA primário imaturo, e sequências associadas ao gene tais como promotores, reforçadores, silenciadores, etc.

Uma nucleobase é uma base, que em certas modalidades preferenciais é uma purina, pirimidina ou um derivado ou análogo da mesma. Nucleosídeos são 30 nucleobases que contêm uma fração de pentosefuranosil, por exemplo, um ribosídeo ou 2’-deóxiribosídeo opcionalmente substituído. A fração pode ser qualquer grupo que eleve ligação de DNA e/ou diminua degradação de nuclease quando comparada com um nucleosídeo não tendo a fração. Nucleosídeos podem ser ligados por uma ou várias frações de ligação, que pode ou não conter 35 fósforo. Nucleosídeos que são ligados por ligações de fosfodiéster insubstituído são chamados nucleotídeos. Como utilizado aqui, o termo “nucleobase” inclui nucleobases de peptideo, as subunidades dos ácidos nucleicos de peptideo, e nucleobases de morfolina bem como nucleosideos e nucleotideos.

Uma oligonucleobase é um polímero compreendendo nucleobases; preferencialmente pelo menos uma porção das quais pode hibridizar pela base de Watson-Crick emparelhando um DNA tendo a sequência complementar. Uma cadeia de oligonucleobase pode ter uma terminação 5’ e 3’ única, que são as nucleobases finais do polímero. Uma cadeia de oligonucleobase particular pode conter nucleobases de todos os tipos. Um composto de oligonucleobase é um composto compreendendo uma ou mais cadeias de oligonucleobase que podem ser complementares e hibridizadas por emparelhamento de base de Watson- Crick. Nucleobases do tipo ribo incluem pentosefuranosil contendo nucleobases em que o carbono 2’ é um metileno substituído por uma hidroxila, alquilóxi ou halogênio. Nucleobases do tipo deóxiribo são nucleobases que não as nucleobases do tipo ribo e incluem todas as nucleobases que não contêm uma fração de pentosefuranosil.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, uma fita de oligonucleobase pode incluir tanto cadeias de oligonucleobase como segmentos ou regiões de cadeias de oligonucleobase. Uma fita de oligonucleobase pode ter uma extremidade 5’ e uma extremidade 3’, e quando fita de oligonucleobase é coextensiva com uma cadeia, as extremidades 5’ e 3’ da fita são também terminação 5’ e 3’ da cadeia.

Como utilizado aqui, o termo “oligonucleobase reparadora de gene” ou “GRON” refere-se às oligonucleobases, incluindo oligonucleotídeos duplex misturados, moléculas contendo não-nucleotídeo, oligodeóxinucleotídeos de cadeia simples e outras moléculas reparadoras de gene.

Como utilizado aqui, o termo “transgênico” refere-se a um organismo ou célula que tem DNA derivado de outro organismo inserido em seu genoma. Por exemplo, em algumas modalidades, um organismo transgênico ou célula inclui DNA inserido que inclui um promotor de fora e/ou região codificante.

Como utilizado aqui, o termo “não transgênico” refere-se a um organismo ou célula que não tem DNA derivado de outro organismo inserido em seu genoma embora uma planta não transgênica ou célula possa ter uma ou mais mutações direcionadas introduzidas artificialmente.

Como utilizado aqui, o termo “isolado”, quando referindo-se a um ácido nucleico (por exemplo, um oligonucleotídeo tal como RNA, DNA, ou um polímero misturado) refere-se a um ácido nucleico que está separado de uma porção substancial do genoma em que este ocorre naturalmente e/ou é substancialmente separado de outros componentes celulares que acompanham naturalmente tal ácido nucleico. Por exemplo, qualquer ácido nucleico que tenha sido produzido sinteticamente (por exemplo, por condensação de base em série) é considerado como isolado. De modo semelhante, ácidos nucleicos que são expressos de modo recombinante, clonados, produzidos por uma reação de extensão de primer (por exemplo, PCR), ou de outro modo excisados de um genoma também são considerados isolados.

Como utilizado aqui, o termo “sequência de aminoácido” refere-se a uma sequência de polipeptídeo ou proteína. A convenção “AAwt###AAmut” é utilizada para indicar uma mutação que resulta no aminoácido do tipo selvagem AAwt na posição ### no polipeptídeo sendo substituído por mutante AAmut.

Como utilizado aqui, o termo “complemento” refere-se à sequência complementar a um ácido nucleico de acordo com regras de emparelhamento de Watson/Crick padrão. Uma sequência complementar também pode ser uma sequência de RNA complementar à sequência de DNA ou sua sequência complementar, e também pode ser um cDNA.

Como utilizado aqui, o termo “substancialmente complementar” refere-se a duas sequências que hibridizam sob condições de hibridação rigorosas. O versado na técnica entenderá que sequências substancialmente complementares não precisam hibridizar ao longo de todo o seu comprimento.

Como utilizado aqui o termo “códon” refere-se a uma sequência de três nucleotídeos adjacentes (RNA ou DNA) constituindo o código genético que determina a inserção de um aminoácido específico em uma cadeia de polipeptídeo durante síntese de proteína ou o sinal para parar a síntese de proteína. O termo “códon” é utilizado também para referir-se às sequências correspondentes (e complementares) dos três nucleotídeos no RNA mensageiro no qual o DNA original é transcrito.

Como utilizado aqui, o termo “homologia ” refere-se a uma similaridade de sequência dentre as proteínas e DNA. O termo “homologia ” ou “homólogo” refere-se a um grau de identidade. Pode haver homologia parcial ou homologia completa. Uma sequência parcialmente homóloga é uma que tem menos do que 100% de identidade de sequência quando comparada à outra sequência.

Como utilizado aqui, o termo “cerca de” em termos quantitativos refere-se a mais ou menos 10%. Por exemplo, “cerca de 3%” englobaria 2.7-3.3% e “cerca de 10%” englobaria 9-11%. Além disso, onde “cerca de” é utilizado aqui em conjunto com um termo quantitativo é entendido que além do valor mais ou menos 10%, o valor exato do termo quantitativo também é contemplado e descrito. Por exemplo, o termo "cerca de 3%" contempla expressamente, descreve e inclui exatamente 3%.

BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS

Figura 1 é a sequência de aminoácido de uma proteína PPX de cloroplasto de Arabidopsis thaliana (plastídeo) (SEQ ID NO: 1).

Figura 2 é a sequência de ácido nucleico de um cDNA PPX de cloroplasto de Arabidopsis thaliana (plastídeo) (SEQ ID NO: 2).

Figura 3 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Arabidopsis thaliana (SEQ ID NO: 3).

Figura 4 é a sequência de ácido nucleico de um cDNA PPX mitocondrial de Arabidopsis thaliana (SEQ ID NO: 4).

Figura 5 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Amaranthus tuberculatus (SEQ ID NO: 5).

Figura 6 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX mitocondrial de Amaranthus tuberculatus (SEQ ID NO: 6).

Figura 7 é a sequência de aminoácido de proteína PPXStcPPX plastidal de Solanum tuberosum (SEQ ID NO: 7).

Figura 8 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX plastidal de Solanum tuberosum (SEQ ID NO: 8).

Figura 9 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Solanum tuberosum (SEQ ID NO: 9).

Figura 10 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX mitocondrial de Solanum tuberosum (SEQ ID NO: 10).

Figura 11 é a sequência de aminoácido de proteína PPX plastidal de Zea mays (SEQ ID NO: 11).

Figura 12 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX plastidal de Zea mays (SEQ ID NO: 12).

Figura 13 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Zea mays (SEQ ID NO: 13).

Figura 14 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX mitocondrial de Zea mays (SEQ ID NO: 14).

Figura 15 é a sequência de aminoácido de proteína PPX plastidal de Oryza sativa (SEQ ID NO: 15).

Figura 16 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX plastidal de Oryza sativa (SEQ ID NO: 16).

Figura 17 é a sequência de aminoácido de cDNA de proteína PPX mitocondrial de Oryza sativa (SEQ ID NO: 17).

Figura 18 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX mitocondrial de Oryza sativa (SEQ ID NO: 18).

Figura 19 é a sequência de aminoácido de proteína PPX plastidal de Sorghum bicolor (SEQ ID NO: 19).

Figura 20 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX plastidal de Sorghum bicolor (SEQ ID NO: 20).

Figura 21 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Sorghum bicolor (SEQ ID NO: 21).

Figura 22 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX mitocondrial de Sorghum bicolor (SEQ ID NO: 22).

Figura 23 é a sequência de aminoácido de Proteína PPX plastidal de Ricinus communis (SEQ ID NO: 23).

Figura 24 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX plastidal de Ricinus communis (SEQ ID NO: 24).

Figura 25 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Ricinus communis (SEQ ID NO: 25).

Figura 26 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX de Ricinus communis (SEQ ID NO: 26).

Figura 27 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Solanum tuberosum StmPPXI (SEQ ID NO: 27).

Figura 28 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX mitocondrial de Solanum tuberosum StmPPXI (SEQ ID NO: 28).

Figura 29 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Solanum tuberosum StmPPX2.1 (SEQ ID NO: 29).

Figura 30 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX mitocondrial de Solanum tuberosum StmPPX2.1 (SEQ ID NO: 30).

Figura 31 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Solanum tuberosum StmPPX2.2 (SEQ ID NO: 31).

Figura 32 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX mitocondrial de Solanum tuberosum StmPPX2.2 (SEQ ID NO: 32).

Figura 33 é a sequência de aminoácido de proteína PPX plastidal de Brassica napus BncPPXI (SEQ ID NO: 33).

Figura 34 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX de Brassica napus BncPPXI (SEQ ID NO: 34).

Figura 35 é a sequência de aminoácido de proteína PPX plastidal de Brassica napus BncPPX2 (SEQ ID NO: 35).

Figura 36 é a sequência de ácido nucleico de cDNA PPX de Brassica napus BncPPX2 (SEQ ID NO: 36).

Figura 37 é a sequência de aminoácido parcial da Proteína PPX plastidal de Brassica napus BncPPX3 (SEQ ID NO: 37).

Figura 38 é a sequência de ácido nucleico parcial do cDNA PPX de Brassica napus BncPPX3 (SEQ ID NO: 38).

Figura 39 é a sequência de aminoácido de proteína PPX plastidal de Glicina maxGmcPPX1-1 (SEQ ID NO: 39).

Figura 40 é a sequência de aminoácido de proteína PPX plastidal de Glicina max GmcPPX1-2 (SEQ ID NO: 40).

Figura 41 é a sequência de ácido nucleico de proteína PPX plastidal de Glicina max GmcPPXI (SEQ ID NO: 41).

Figura 42 é a sequência de aminoácido de proteína PPX plastidal de Glicina max GmcPPX2 (SEQ ID NO: 42).

Figura 43 é a sequência de ácido nucleico de proteína PPX plastidal de Glicina max GmcPPX2 (SEQ ID NO: 43).

Figura 44 é a sequência de aminoácido de proteína PPX mitocondrial de Glicina max GmcPPX (SEQ ID NO: 44).

Figura 45 é a sequência de ácido nucleico de proteína PPX mitocondrial de Glicina max GmcPPX (SEQ ID NO: 45).

Figura 46 é um alinhamento de proteínas PPX de várias espécies de planta.

Figura 47 é uma tabela de posições de aminoácidos homólogos na sequência de aminoácidos de PPX de planta de várias espécies.

Figura 48 é uma tabela de posições de aminoácido homólogo na sequência de aminoácidos de PPX de planta de várias espécies.

DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO Rapid Trait Development System - Sistema de Desenvolvimento de Traço Rápido (RTDS™)

Em qualquer um dos vários aspectos e modalidades das composições e métodos descritos aqui, mutações nos genes e proteínas podem ser feitas utilizando, por exemplo, a tecnologia do Rapid Trait Development System (RTDS™) desenvolvida por Cibus. Em combinação ou sozinhas, plantas contendo qualquer uma das mutações descritas aqui podem formar a base de novos produtos resistentes a herbicida. Também são providas sementes produzidas das plantas mutadas em que os genes PPX são homozigotos ou heterozigotos para as mutações. As mutações descritas aqui podem estar em combinação com qualquer outra mutação conhecida ou com mutações descobertas no futuro.

Como utilizado aqui, o termo “heterozigoto” refere-se a ter diferentes alelos em um ou mais locais genéticos nos segmentos de cromossomo homólogo. Como utilizado aqui “heterozigoto ” também pode referir-se a uma amostra, uma célula, uma população celular ou um organismo em que diferentes alelos em um ou mais locais genéticos podem ser detectados. Amostras de heterozigoto também podem ser determinadas por meio de métodos conhecidos na técnica tal como, por exemplo, sequenciamento de ácido nucleico. Por exemplo, se um eletroferograma de sequenciamento mostra dois picos em um único local e ambos os picos são grosseiramente do mesmo tamanho, a amostra pode ser caracterizada como heterozigoto. Ou, se um pico é menor do que outro, mas é pelo menos cerca de 25% o tamanho do pico maior, a amostra pode ser caracterizada como heterozigoto. Em algumas modalidades, o pico menor é pelo menos cerca de 15% do pico maior. Em outras modalidades, o pico menor é pelo menos cerca de 10% do pico maior. Em outras modalidades, o pico menor é pelo menos cerca de 5% do pico maior. Em outras modalidades, uma quantidade mínima do pico menor é detectada.

Como utilizado aqui, “homozigoto” refere-se a ter alelos idênticos em um ou mais local genético em segmentos de cromossomo homólogos. “Homozigoto” pode se referir também a uma amostra, uma célula, uma população celular ou um organismo em que os mesmos alelos em um ou mais local genéticos podem ser detectados. Amostras de homozigoto podem ser determinadas por meio de métodos conhecidos na técnica, tal como, por exemplo, sequenciamento de ácido nucleico. Por exemplo, se um eletroferograma de sequenciamento apresenta um pico único em um local particular, a amostra pode ser chamado “homozigoto” com relação ao local. O termo “hemizigoto” refere-se a um gene ou segmento de gene sendo presente apenas uma vez no genótipo de um célula ou um organismo porque o segundo alelo é deletado. Como utilizado aqui “hemizigoto” também pode se referir a uma amostra, uma célula, uma população celular ou um organismo em que um alelo em um ou mais local genético pode ser detectado apenas uma vez no genótipo.

Em algumas modalidades, RTDS é baseado na alteração de um gene direcionado utilizando o sistema reparador de gene próprio da célula para modificar especificamente a sequência de gene no local e não inserir DNA de for a e/ou sequências de controle de expressão de gene. Esse procedimento pode efetuar uma alteração precisa na sequência genética enquanto o restante do genoma é deixado inalterado. Ao contrários dos GMOs transgênicos convencionais, não há integração do material genético de fora, ou é qualquer material genético de fora deixado na planta. Em muitas modalidades, as alterações na sequência genética introduzida por RTDS não são inseridas aleatoriamente. Desde que genes afetados permaneçam em sua localização nativa, nenhum padrão de expressão aleatório, descontrolado ou adverso ocorre.

O RTDS que efetua esta alteração é um oligonucleotídeo quimicamente sintetizado (por exemplo, utilizando uma oligonucleobase reparadora de gene (GRON)) que pode ser composta tanto de DNA quanto bases de RNA modificado bem como outras frações químicas, e é designado para hibridizar na localização de gene direcionada para criar um par(es) de bases incompatível. Este par de base incompatível age como um sinal para atrair o sistema reparador de gene natural da própria célula para o sítio e corrigir (substituir, inserir ou deletar) o nucleotídeo(s) designado dentro do gene. Uma vez que o processo de correção está completo a molécula do RTDS é degradada e o gene agora modificado ou reparado é expresso sob aqueles mecanismos de controle endógeno normal do gene.

Oliqonucleobases reparadoras de gene (“GRON”)

Os métodos e composições descritos aqui podem ser praticados ou feitos com “oligonucleobases reparadoras de gene” por exemplo, tendo as conformações e químicas como descrito em detalhes abaixo. As “oligonucleobases reparadoras de gene” como contemplado aqui também foram descritas na literatura científica publicada e de patente utilizando outros nomes incluindo “oligonucleobases recombinagênicas”, “oligonucleotídeos quiméricos de RNA/DNA”; “oligonucleotídeos quiméricos”; “oligonucleotídeos duplex misturados” (MDONs); “oligonucleotídeos de DNA RNA (RDOs);” “oligonucleotídeos de direcionamento de gene”; “genoplastos”; “oligonucleotídeos modificados de cadeia simples”; “vetores mutacionais de oligodeóxinucleotídeo de cadeia simples” (SSOMVs); “vetores mutacionais duplex”; e “vetores mutacionais heteroduplex”.

Oligonucleobases tendo as conformações e químicas descritas na U.S. Pat. No. 5.565.350 por Kmiec (Kmiec I) e U.S. Pat. No. 5.731.181 por Kmiec (Kmiec II), incorporadas aqui por referência, são adequáveis para uso como “oligonucleobases reparadoras de gene” da presente descrição. As oligonucleobases reparadoras de gene em Kmiec I e/ou Kmiec II contêm duas fitas complementares, uma das quais contém pelo menos um segmento de nucleotídeos do tipo RNA (um “segmento de RNA”) que são base emparelhada para nucleotídeos do tipo DNA da outra fita.

Kmiec II descreve que não nucleotídeos contendo base de purina e pirimidina podem ser substituídos por nucleotídeos. Moléculas reparadoras de gene adicionais que podem ser utilizadas para a presente descrição incluem, mas não são limitadas àquelas descritas nas U.S. Pat. Nos. 5.756.325; 5.871.984; 5.760.012; 5.888.983; 5.795.972; 5.780.296; 5.945.339; 6.004.804; e 6.010.907 e na Patente Internacional No. PCT/US00/23457; e na Publicação de Patente Internacional Nos. WO 98/49350; WO 99/07865; WO 99/58723; WO 99/58702 e WO 99/40789, que estão incorporadas aqui em sua integralidade.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, a oligonucleobase reparadora de gene por ser um oligonucleotídeo duplex misturado (MDON) em que os nucleotídeos do tipo RNA do oligonucleotídeo duplex misturado são feitos resistentes à RNase substituindo uma hodroxila 2’ por uma funcionalidade de flúor, cloro ou bromo ou colocando um substituinte sobre o O 2. Substituintes adequados incluem os substituintes ensinados pelo Kmiec II. Substituintes alternativos podem incluir, mas não estão limitados aos substituintes ensinados pela U.S. Pat. No. 5.334.711 (Sproat) e os substituintes ensinados pelas publicações de patente EP 629 387 e EP 679 657 (coletivamente, os Pedidos de Martin), que estão incorporados aqui por referência. Como utilizado aqui, um derivado de flúor, cloro ou bromo 2’ de um ribonucleotídeo ou um ribonucleotídeo tendo OH 2’ substituído por um substituinte descrito nos Pedidos de Martin ou Sproat é chamado um “Ribonucleotídeo substituído 2’ ”. Como utilizado aqui o termo “nucleotídeo do tipo RNA” significa uma hidroxila 2’ ou nucleotídeo 2’ substituído que é ligado a outros nucleotídeos de um oligonucleotídeo duplex misturado por uma ligação de fosfodiéster insubstituído ou qualquer uma das ligações não naturais ensinadas por Kmiec I ou Kmiec II. Como utilizado aqui o termo “nucleotídeo do tipo deóxiribo” significa um nucleotídeo tendo um H 2’, que pode ser ligado a outros nucleotídeos de uma oligonucleobase reparadora de gene por uma ligação de fosfodiéster insubstituída ou qualquer umas das ligações não naturais ensinadas por Kmiec I ou Kmiec II.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, a oligonucleobase reparadora de gene pode ser oligonucleotídeos duplex misturados (MDON) que são ligados unicamente por ligações fosfodiéster insubstituídas. Em modalidades alternativas, a ligação é por derivados de fosfodiésteres substituídos, fosfodiéster e ligações a base de não fósforo como ensinado por Kmiec II. Ainda em outra modalidade, cada nucleotídeo do tipo RNA no oligonucleotídeo duplex misturado é um nucleotídeo de 2’ substituído. Modalidades preferenciais particulares de ribonucleotídeos de 2’-substituído incluem, mas não estão limitados a ribonucleotídeos substituídos de 2’-flúor, 2’-metóxi , 2’-propilóxi , 2’-alilóxi , 2’-hidroxila etilóxi , 2’-metóxi etilóxi , 2’- flúor propilóxi e 2’-triflúor propilóxi. Modalidades mais preferenciais de ribonucleotídeos de 2’-substituídos são nucleotídeos substituídos de 2’-flúor, 2’- metóxi, 2’-metóxi etilóxi e 2’-alilóxi. Em outra modalidade o oligonucleotídeo duplex misturado é ligado por ligações de fosfodiéster insubstituído.

Embora oligonucleotídeos duplex misturados (MDONs) tendo apena um tipo único de nucleotídeo do tipo RNA de 2’-substituído sejam sintetizados mais convenientemente, os métodos da invenção também podem ser praticados com oligonucleotídeos duplex misturados tendo dois ou mais tipos de nucleotídeos do tipo RNA. A função de um segmento de RNA pode não ser afetada por uma interrupção provocada pela introdução de um deóxinucleotídeo entre dois trinucleotídeos do tipo RNA, consequentemente, o termo segmento de RNA engloba termos tal como “segmento de RNA interrompido”. Um segmento de RNA ininterrupto é chamado de segmento de RNA contíguo. Em uma modalidade alternativa um segmento de RNA pode conter nucleotídeos de 2’-OH insubstituído resistente à RNase alternativa. Os oligonucleotídeos duplex misturados preferencialmente têm menos do que 100 nucleotídeos e mais preferencialmente menos do que 85 nucleotídeos, mas mais do que 50 nucleotídeos. A primeira e segunda fitas são emparelhadas de base de Watson-Crick. Em uma modalidade as fitas do oligonucleotídeo duplex misturado são ligadas covalentemente por um ligante, tal como um hexa de cadeia simples, penta ou tetranucleotídeo de modo que a primeira e segunda fitas sejam segmentos de uma cadeia de oligonucleotídeo única tendo uma extremidade 3’ única e 5’ única. As extremidades 3’ e 5’ podem ser protegidas pela adição de uma “tampa de hairpina” por onde nucleotídeos de terminação 3’ e 5’ são emparelhados de

Watson-Crick aos nucleotídeos adjacentes. Uma segunda tampa de hairpina pode, adicionalmente, ser colocada na junção entre a primeira e segunda fitas distantes das extremidades 3’ e 5’, de modo que o emparelhamento de Watson- Crick entre a primeira e a segunda fitas seja estabilizado.

A primeira e segunda fitas contêm duas regiões que são homólogas com dois fragmentos do gene alvo, ou seja, têm a mesma sequência do gene alvo. Uma região homóloga contém os nucleotídeos de um segmento de RNA e pode conter um ou mais nucleotídeos do tipo DNA do segmento de DNA de conexão e também pode conter Nucleotídeos do tipo DNA que não estão dentro do segmento de DNA interventor. As duas regiões de homologia são separadas por, e cada uma é adjacente a, uma região tendo uma sequência que difere da sequência do gene alvo, chamado de uma “região heteróloga”. A região heteróloga pode ter um, dois ou três nucleotídeos incompatíveis. Os nucleotídeos incompatíveis podem ser contíguos ou alternativamente podem ser separados por um ou dois nucleotídeos que são homólogos com o gene alvo. Alternativamente, a região heteróloga também pode conter uma inserção ou um, dois, três ou de cinco ou menos nucleotídeos. Alternativamente, a sequência do oligonucleotídeo duplex misturado pode diferir da sequência do gene alvo apenas pela deleção de um, dois, três, ou cinco ou menos nucleotídeos do oligonucleotídeo duplex misturado. O comprimento e posição da região heteróloga é, neste caso, considerado para ser o comprimento de deleção, mesmo se nenhum dos nucleotídeos do oligonucleotídeo duplex misturado estão dentro da região heteróloga. A distância entre os fragmentos do gene alvo que são complementares às duas regiões homólogas é idêntica ao comprimento da região heteróloga onde uma substituição ou substituições são pretendidas. Quando a região heteróloga contém uma inserção, as regiões homólogas são, portanto, separadas no oligonucleotídeo duplex misturado mais longe do que seus fragmentos homólogos complementares estão no gene, e a conversão é aplicável quando a região heteróloga codifica uma deleção.

Os segmentos de RNA dos oligonucleotídeos duplex misturados são cada um parte de uma região homóloga, ou seja, uma região que é idêntica na sequência a um fragmento do gene alvo, cujos segmentos juntos contêm preferencialmente pelo menos 13 nucleotídeos do tipo RNA e preferencialmente de 16 a 25 nucleotídeos do tipo RNA ou ainda mais preferencialmente 18-22 nucleotídeos do tipo RNA ou mais preferencialmente 20 nucleotídeos. Em uma modalidade, segmentos de RNA das regiões de homologia são separados por e adjacentes a, ou seja, “conectados por” um segmento de DNA interventor. Em uma modalidade, cada nucleotídeo da região heteróloga é um nucleotídeo do segmento de DNA interventor. Um segmento de DNA interventor que contém a região heteróloga de um oligonucleotídeo duplex misturado é chamado de um “segmento mutador”.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, a oligonucleobase reparadora de gene (GRON) pode ser um vetor mutacional de oligodeóxinucleotídeo de cadeia simples (SSOMV), por exemplo, tal como descrito no Pedido de Patente Internacional PCT/US00/23457, U.S. Pat. Nos. 6.271.360, 6.479.292 e 7.060.500 que estão incorporados por referência em sua integralidade. A sequência do SSOMV é baseada nos mesmos princípios como os vetores mutacionais descritos por exemplo nas U.S. Pat. Nos. 5.756.325; 5.871.984; 5.760.012; 5.888.983; 5.795.972; 5.780.296; 5.945.339; 6.004.804 e 6.010.907 e nas Publicações Internacionais Nos. WO 98/49350; WO 99/07865; WO 99/58723; WO 99/58702 e WO 99/40789. A sequência do SSOMV contém duas regiões que são homólogas com a sequência alvo separado por uma região que contém a alternação genética desejada chamada a região de mutador. A região de mutador pode ter uma sequência que é do mesmo comprimento da sequência que separa as regiões homólogas na sequência alvo, mas tendo uma sequência diferente. Tal região de mutador pode provocar uma substituição. Alternativamente, as regiões homólogas no SSOMV podem ser contíguas entre si, enquanto as regiões no gene alvo tendo a mesma sequência são separadas por um, dois ou mais nucleotídeos. Tal SSOMV provoca uma deleção do gene alvo dos nucleotídeos que estão ausentes do SSOMV. Por último, a sequência do gene alvo que é idêntica às regiões homólogas pode estar adjacente no gene alvo mas, separada por um, dois ou mais nucleotídeos em uma sequência do SSOMV. Tal SSOMV provoca uma inserção em uma sequência do gene alvo.

Os nucleotídeos do SSOMV são deóxiribonucleotídeos que são ligados por ligações de fosfodiéster imodificado exceto aquela da ligação internuclotídeo de terminação 3’ e/ou terminação 5’ ou alternativamente as duas ligações internucleotídeos de terminação 3’ e/ou terminação 5’ podem ser um fósforotioato ou fosfoamidato. Como utilizado aqui uma ligação internucleotídeo é a ligação entre nucleotídeos do SSOMV e não inclui a ligação entre o nucleotídeo de extremidade 3’ ou nucleotídeo de extremidade 5’ e um substituinte de bloqueio. Em uma modalidade específica o comprimento do SSOMV é entre 21 e 55 deóxinucleotídeos e os comprimentos das regiões de homologia são, consequentemente, um comprimento total de pelo menos 20 deóxinucleotídeos e pelo menos duas regiões de homologia deveriam cada um ter comprimentos de pelo menos 8 deóxinucleotídeos.

O SSOMV pode ser designado para ser complementar à fita codificante ou a fita não-codificante do gene alvo. Quando a mutação desejada é uma substituição de uma base única, é preferencial que ambos, o nucleotídeo mutador e o nucleotídeo direcionado, sejam uma pirimidina. Na medida em que é consistente com alcançar o resultado funcional desejado, é preferencial que ambos, o nucleotídeo mutador e o nucleotídeo direcionado, na fita complementar sejam pirimidinas. São particularmente preferenciais SSOMVs que codificam mutações de transversão, ou seja, um nucleotídeo de mutador C ou T é incompatível, respectivamente, com um nucleotídeo C ou T na fita complementar.

Além do oligodeóxinucleotídeo, o SSOMV pode conter um substituinte de bloqueio de 5’ que é anexado aos carbonos de terminação 5’ através de um ligante. A química do ligante não é crítico diferente de seu comprimento, que deveria preferencialmente ser pelo menos 6 átomos de comprimento e que o ligante deveria ser flexível. Uma variedade de substituintes atóxicos tal como biotina, colesterol ou outros esteroides ou um pigmento fluorescente catiônico não intercalado pode ser utilizado. Reagentes particularmente preferenciais para fazer SSOMVs são os reagentes vendidos como Cy3™ e Cy5™ por Glen Research, Sterling Va. (agora GE Healthcare), que são fósforoamiditas bloqueadas que após incorporação em um oligonucleotídeo rendem pigmentos de indomonocarbocianina e indodicarbocianina de 3,3,3’,3’-tetrametil N,N’-isopropil substituídos, respectivamente. Cy3 é particularmente preferencial. Quando a indocarbocianina é substituída por N-oxialquila esta pode ser convencionalmente ligada á terminação 5’ do oligodeóxinucleotídeo como um fosfodiéster com um fosfato de terminação 5’. A química do ligante de pigmento entre o pigmento e o oligodeóxinucleotídeo não é crítica e é escolhida para conveniência sintética. Quando um Cy3 fósforoamidita comercialmente disponível é utilizado como direcionado, a modificação de 5’ resultante consiste de um substituinte de bloqueio e um ligante juntos que são um N-hidróxipropil, N’-fosfatidilpropil 3,3,3’,3’-tetrametil indomonocarbocianina.

Em uma modalidade preferencial o pigmento de indocarbocianina é tetra substituído nas posições 3 e 3’ dos anéis indois. Sem limitações como para teoria essas substituições evitam o pigmento de ser um pigmento de intercalamento. A identidade dos substitutes nessas posições não é crítica. O SSOMV pode, além disso, ter um substituinte de bloqueio de 3’. Novamente a química do substituinte de bloqueio de 3’ não é crítica.

As mutações descritas aqui devem ser também obtidas por mutagênese (aleatória, somática ou direcionada) e qualquer outra tecnologia de edição ou recombinação de DNA incluindo, mas não limitada a, direcionamento de gene utilizando recombinação homóloga de sítio específico por nucleases de dedo de zinco.

Entrega de Oligonucleobases reparadoras de gene nas Células de Planta

Qualquer método comumente conhecido utilizado para transformar uma célula de planta pode ser utilizado para entregar as oligonucleobases reparadoras de gene. Métodos ilustrativos são descritos abaixo.

Microportadores e Microfibras

O uso de microportadores metálicos (microesferas) para introduzir fragmentos grandes de DNA nas células de planta tendo paredes celulares de celulose por penetração de projétil é bem conhecido daqueles versados na técnica relevante (doravante entrega biolística). U.S. Pat. Nos. 4.945.050; 5.100.792 e 5.204.253 descrevem técnicas gerais para selecionar microportadores e dispositivos para projetá-los.

Condições específicas para utilizar microportadores nos métodos descritos aqui são descritas na Publicação Internacional WO 99/07865. Em uma técnica ilustrativa, microportadores de gelo (60 mg/mL), oligonucleotídeo duplex misturado (60 mg/mL) 2.5 M de CaCh e 0.1 M de espermidina são adicionados naquela ordem; a mistura gentilmente agitada, por exemplo, por agitação em vórtex, durante 10 minutos e então deixada em temperatura ambiente durante 10 minutos, sobre o que os microportadores são diluídos em 5 volumes de etanol, centrifugados e resuspensos em 100% de etanol. Bons resultados podem ser obtidos com uma concentração na solução aderente de 8-10 pg/pL de microportadores, 14-17 pg/mL de oligonucleotídeo duplex misturado, 1.1-1.4 M de CaCh e 18-22 mM de espermidina. Resultados ótimos foram observados sob as condições de 8 pg/pL de microportadores, 16.5 pg/mL de oligonucleotídeo duplex misturado, 1.3 M de CaCL e 21 mM de espermidina.

Oligonucleobases reparadoras de gene também podem ser introduzidas nas células de planta para a prática da presente descrição utilizando microfibras para penetrar a parede celular e membrana celular. U.S. Pat. No. 5.302.523 para Coffee et al. descreve o uso de 30.vezes.0.5 pm e 10.vezes.0.3 pm de fibras de carboneto de silício para facilitar transformação das culturas de milho em suspensão de Black Mexican Sweet. Qualquer técnica mecânica que pode ser utilizada para introduzir DNA para transformação e uma célula de planta utilizando microfibras pode ser utilizada para entregar oligonucleobases reparadoras de gene para transmutação.

Uma técnica ilustrativa para entrega de microfibra de uma oligonucleobase reparadora de gene é como a seguir: microfibras estéreis (2 pg) são suspensas em 150 pL de meio de cultura de planta contendo cerca de 10 pg de um oligonucleotídeo duplex misturado. Uma cultura de suspensão é permitida ajustar e igualar volumes de células concentradas e a suspensão de fibra estéril/nucleotídeo são agitadas em vórtex durante 10 minutos e emplacadas. Meios seletivos são aplicados imediatamente ou com um atraso de até cerca de 120 h como é adequado para o traço particular.

Eletroporação de Protoplasto

Em uma modalidade alternativa, as oligonucleobases reparadoras de gene podem ser entregues a uma célula de planta por eletroporação de um protoplasto derivado de uma parte de planta. Os protoplastos são formados por tratamento enzimático de uma parte de planta, particularmente uma folha, de acordo com as técnicas bem conhecidas daqueles versados na técnica. Ver, por exemplo, Gallois et al., 1996, no Methods in Molecular Biology 55:89-107, Humana Press, Totowa, N.J.; Kipp et al., 1999, no Methods in Molecular Biology 133:213-221, Humana Press, Totowa, N.J. Os protoplastos não precisam ser cultivados em meio de crescimento antes da eletroporação. Condições ilustrativas para eletroporação são 3.vezes.10.sup.5 protoplastos em um volume total de 0.3 mL com uma concentração de oligonucleobase reparadora de gene entre 0.6-4 pg/mL.

Incorporação de DNA mediada por PEG de Protoplasto

Em uma modalidade alternativa, ácido nucleicos são tomados por protoplastos de planta na presença do agente modificador de membrana polietileno glicol, de acordo com as técnicas bem conhecidas daqueles versados na técnica (ver, por exemplo, Gharti-Chhetri et al., 1992; Datta etal., 1992).

Micro-injeção

Em uma modalidade alternativa, as oligonucleobases reparadoras de gene podem ser entregues injetando-as com um micro-capilar nas células de planta ou nos protoplastos (ver, por exemplo, Miki etal., 1989; Schnorf et al., 1991).

Transgênicos

Em qualquer um dos vários aspectos e modalidades das composições e métodos descritos aqui, mutações em genes e proteínas podem ser feitas utilizando, por exemplo, tecnologia transgênica. Em algumas modalidades, as composições e métodos incluem uma planta ou célula de planta tendo uma construção de ácido nucleico transformado incluindo um promotor ligado operativamente a um nucleotídeo PPX descrito aqui. Os métodos descritos aqui podem incluir introduzir uma construção de ácido nucleico PPX descrita aqui na pelo menos uma célula de planta e regenerar uma planta transformada dela. A construção de ácido nucleico compreende pelo menos um nucleotídeo que codifica uma proteína PPX resistente a herbicida como descrito aqui, particularmente a sequência de nucleotídeos exibida nas Figuras 2, 4, 6, 8, 10 e 12, e fragmentos e variações da mesma. Os métodos envolvem adicionalmente o uso de um promotor que é capaz de acionar expressão de gene em uma célula de planta. Em uma modalidade, tal promotor é um promotor constitutivo ou um promotor preferencial de tecido. Uma planta produzida por esses métodos pode ter atividade de PPX elevada, e/ou atividade de PPX particularmente tolerante a herbicida, quando comparado com uma planta não transformada. Assim, os métodos encontram uso no reforço ou aumento da resistência de uma planta a pelo menos um herbicida que aumenta a atividade da enzima PPX, particularmente na presença de um herbicida inibidor de PPX.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, os métodos para produzir uma planta resistente â herbicida pode incluir transforma uma célula de planta com uma construção de ácido nucleico compreendendo uma sequência de nucleotídeo ligada operativamente a um promotor que aciona expressão em uma célula de planta e regenera uma planta transformada da dita célula de planta transformada. A sequência de nucleotídeo é selecionada daquela sequência de nucleotídeos que codifica o PPX resistente a herbicida descrito aqui, particularmente a sequência de nucleotídeos exibida nas Figuras 2, 4, 6, 8, 10 e 12, e fragmentos e variações da mesma. Uma planta resistente a herbicida produzida por este método compreende resistência reforçada, comparada com uma planta não transformada, a pelo menos um herbicida, particularmente um herbicida que interfere com a atividade da enzima PPX tal como, por exemplo, um herbicida inibidor de PPX.

As moléculas de ácido nucleico descritas podem ser utilizadas nas construções de ácido nucleico para a transformação de plantas, por exemplo, plantas de cultura, tal como Solanum tuberosum. Em uma modalidade, tais construções de ácido nucleico contendo as moléculas de ácido nucleico da presente descrição podem ser utilizadas para produzir plantas transgênicas para prover resistência aos herbicidas, tal como herbicidas que são conhecidos para inibir atividade de PPX, tal como herbicidas inibidores de PPX. As construções de ácido nucleico podem ser utilizadas nos cassetes de expressão, vetores de expressão, vetores de transformação, plasmídeos e outros. As plantas transgênicas obtidas seguindo a transformação com tais construções demonstram resistência elevada aos herbicidas inibidores de PPX tais como, por exemplo, herbicidas flumioxazina e sulfentrazum.

Construções

As moléculas de ácido nucleico descritas aqui (por exemplo, genes PPX mutados) podem ser utilizadas na produção de construções de ácido nucleico recombinante. Em uma modalidade, as moléculas de ácido nucleico da presente descrição podem ser utilizadas na preparação de construções de ácido nucleico, por exemplo, expressão de cassetes para expressão em uma planta de interesse.

Cassetes de expressão podem incluir sequências regulatórias ligadas operativamente às sequências de ácido nucleico PPX descritas aqui. O cassete pode conter adicionalmente pelo menos um gene adicional para ser co- transformado no organismo. Alternativamente, o gene(s) adicional pode ser provido sobre cassetes de expressão múltipla.

As construções de ácido nucleico podem ser providas com uma pluralidade de sítios de restrição para inserção da sequência de ácido nucleico PPX para ser sob a regulação transcricional das regiões regulatórias. As construções de ácido nucleico podem conter adicionalmente moléculas de ácido nucleico codificantes para genes de marcador selecionável.

Qualquer promotor pode ser utilizado na produção das construções de ácido nucleico. O promotor pode ser nativo ou análogo, ou de fora ou heterólogo, a uma planta um hospedeiro e/ou às sequências de ácido nucleico PPX descritas aqui. Adicionalmente, o promotor pode ser a sequência natural ou alternativamente uma sequência sintética. Onde o promotor é “de fora” ou “heterólogo" a uma planta um hospedeiro, pretende-se que o promotor não seja encontrado na planta nativa na qual o promotor é introduzido. Onde o promotor é “de fora” ou “heterólogo” às sequências de ácido nucleico PPX descritas aqui, pretende-se que o promotor não seja um promotor nativo ou ocorrente naturalmente para as sequências de ácido nucleico PPX ligadas operativamente descritas aqui. Como utilizado aqui, um gene quimérico compreende uma sequência codificante ligada operativamente a uma região de inicialização de transcrição que é heteróloga à sequência codificante.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, as sequências de ácido nucleico PPX descritas aqui podem ser expressas utilizando promotores heterólogos, as sequências de promotor nativo podem ser utilizadas na preparação das construções. Tais construções alterariam níveis de expressão da proteína PPX em uma planta ou célula de planta. Assim, o fenótipo de uma planta ou célula de planta é alterado.

Qualquer promotor pode ser utilizado na preparação das construções para controlar a expressão da sequência codificante de PPX, tal como promotores promotores constitutivos, preferenciais de tecido, induzíveis ou outros para expressão nas plantas. Promotores constitutivos incluem, por exemplo, o promotor de núcleo dp promotor Rsyn7 e outros promotores constitutivos revelados em WO 99/43 838 e U.S. Patente No. 6,072,050; o promotor de CaMV 35S de núcleo (Odell et al. (1985) Nature 313:810-812); actina de arroz (McElroy et al. (1990) plant cell 2:163-171); ubiquitina (Christensen et al. (1989) Plant Mol. Biol. 12:619-632 e Christensen et al. (1992) Plant Mol. Biol. 18:675-689); pEMU (Last et al. (1991) Theor. Appl. Genet. 81:581-588); MAS (Velten et al. (1984) EMBO J. 3:2723-2730); ALS promotor (U.S. Patente No. 5,659,026), e outros. Outros promotores constitutivos incluem, por exemplo, U.S. Patente Nos. 5.608.149; 5.608.144; 5.604.121; 5.569.597; 5.466.785; 5.399.680; 5.268.463; 5.608.142 e 6.177.611.

Promotor preferencial de tecidos pode ser utilizado para direcionar expressão de PPX dentro de um tecido de planta particular. Tal promotor preferencial de tecidos inclui, mas não é limitado a, promotores preferenciais de folha, promotores preferenciais de raiz, promotores preferenciais de semente e promotores preferenciais de tronco. Promotor preferencial de tecidos inclui Yamamoto et al. (1997) Plant J. 12(2):255-265; Kawamata et al. (1997) Plant cell Physiol. 38(7):792-803; Hansen et al. (1997) Mol. Gen Genet. 254(3):337-343; Russell et al. (1997) Transgênica Res. 6(2):157-168; Rinehart et al. (1996) Plant Physiol. 1 12(3):1331-1341; Van Camp et al. (1996) Plant Physiol. 1 12(2):525- 535; Canevascini et al. (1996) Plant Physiol. 112(2): 513-524; Yamamoto et al. (1994) Célula de planta Physiol. 35(5):773-778; Lam (1994) Results Probl. Cell Differ. 20:181-196; Orozco et al. (1993) Plant Mol Biol. 23(6):1129-1138; Matsuoka et al. (1993) Proc Natl. Acad. Sci. USA 90(20):9586- 9590 e Guevara- Garcia et al. (1993) Plant J. 4(3):495-505.

As construções de ácido nucleico também podem incluir regiões de terminação de transcrições. Onde regiões de terminações de transcrições são utilizadas, qualquer região de terminação pode ser utilizada na preparação das construções de ácido nucleico. Por exemplo, a região de terminação pode ser nativa para a região de inicialização transcricional, pode ser nativa para sequência PPX de ligação operativamente de interesse, pode ser nativa para uma planta hospedeira, ou pode ser derivada de outra fonte (ou seja, de fora ou heteróloga ao promotor, a molécula de ácido nucleico PPX de interesse, uma planta hospedeira, ou qualquer combinação dos mesmos). Exemplos de regiões de terminação que estão disponíveis para uso nas construções da presente descrição incluem aqueles do Ti-plasmídeo de A. tumefaciens, tal como as regiões de terminação de sintase de octopina e sintase de nopalina. Ver também Guerineau et al. (1991) Mol. Gen. Genet. 262:141-144; Proudfoot (1991) Cell 64:671-674; Sanfacon et al. (1991) Genes Dev. 5:141-149; Mogen et al. (1990) Plant Cell 2:1261-1272; Munroe et al. (1990) Gene 91:151-158; Bailas et al. (1989) Nucleic Acid Res. 17:7891-7903 e Joshi et al. (1987) Nucleic Acid Res. 15:9627-9639.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, os ácidos nucleicos podem ser otimizados para expressão elevada na planta transformada. Ou seja, os ácidos nucleicos codificando as proteínas PPX mutantes podem ser sintetizados utilizando códons preferenciais de plantas para expressão aprimorada. Ver, por exemplo, Campbell e Gowri (1990) Plant Physiol. 92:1-11 para uma discussão de utilização de códon de hospedeiro preferencial. Métodos estão disponíveis na técnica para sintetização de genes preferenciais de planta. Ver, por exemplo, U.S. Patente Nos. 5.380.831, e 5.436.391, e Murray et al. (1989) Ácidos nucleicos Res. 17:477- 498.

Além disso, outras modificações de sequência podem ser feitas para a sequência de ácidos nucleicos descrita aqui. Por exemplo, modificações de sequência adicionais são conhecidas para reforçar a expressão de gene em um hospedeiro celular. Essas incluem a eliminação das sequências codificando sinais de poliadenilação espúria, sinais de sítios de emenda exon/intron, repetição tipo transposon, e outras tal como sequências bem caracterizadas que podem ser danosas à expressão de gene. O conteúdo G-C da sequência também pode ser ajustado para média de níveis para um hospedeiro celular alvo, como calculado por referência para genes conhecidos expressos na célula hospedeira. Além disso, a sequência pode ser modificada para evitar estruturas de mRNA secundárias de hairpina previstas.

Outras sequências de ácido nucleico também podem ser utilizadas na preparação das construções da presente descrição, por exemplo reforçar a expressão da sequência PPX codificante. Tais sequências de ácido nucleico incluem os introns do gene Adhl intronl de milho (Callis et al. (1987) Genes and Development 1:1183-1200), e sequências líderes, (sequência W) do vírus Mosaico de Tabaco (TMV), Vírus Mosqueado Clorótico de Milho e Vírus Mosaico de Alfalfa (Gallie et al.(1987) Nucleic Acid Res. 15:8693-8711, e Skuzeski et al. (1990) Plant Mol. Biol. 15:65-79, 1990). O primeiro intron do local encolhido-1 do milho apresentou expressão elevada de genes nas construções de gene quimérico. U.S. Pat. Nos. 5.424.412 e 5.593.874 descreve o uso de introns específicos nas construções de expressão de gene, e Gallie et al. ((1994) Plant Physiol. 106:929-939) também mostrou que introns são úteis para regular a expressão de gene sobre uma base específica de tecido. Para reforço adicional ou para otimizar a expressão de gene PPX, os vetores de expressão de planta descritos aqui também podem conter sequências de DNA contendo regiões de anexação de matriz (MARs). Células de planta transformadas com tais sistemas de expressão modificada, então, podem exibir super expressão ou expressão constitutiva de uma sequência de nucleotídeo da descrição.

As construções de expressão descritas aqui também podem incluir sequências de ácido nucleico capazes de direcionar a expressão da sequência PPX para o cloroplasto. Tais sequências de ácido nucleico incluem sequências de direcionamento de cloroplastos que codificam um peptídeo de trânsito de cloroplasto para direcionar o produto de gene do interesse para cloroplastos de célula de planta. Tais peptídeos de trânsito são conhecidos na técnica. Com relação à sequências de direcionamento de cloroplasto, “ligado operativamente” significa que a sequência de ácido nucleico codificando um peptídeo de trânsito (ou seja, a sequência direcionando cloroplasto) é ligada às moléculas de ácido nucleico PPX descritas aqui de modo que as duas sequências estejam contíguas e na mesma moldura de leitura. Ver, por exemplo, Von Heijne et al. (1991) Plant Mol. Biol. Rep. 9:104-126; Clark et al. (1989) J. Biol. Chem. 264:17544-17550; Della-Cioppa et al. (1987) Plant Physiol. 84:965-968; Romer et al. (1993) Biochem. Biophys. Res. Commun. 196:1414-1421; e Shah et al. (1986) Science 233:478-481. Enquanto as proteínas PPX descritas aqui podem incluir um peptídeo de trânsito de cloroplasto nativo, qualquer peptídeo de trânsito de cloroplasto conhecido na técnica pode ser fundido à sequência de aminoácido de uma proteína PPX madura por ligação operativamente a uma sequência de direcionamento de coloroplasto para a extremidade 5' de uma sequência de nucleotídeo codificando uma proteína PPX madura.

Sequências de direcionamento de cloroplastos são conhecidas na técnica e incluem a subunidade pequena de cloroplasto de ribulose-1,5-bisfosfato carboxilase (Rubisco) (de Castro Silva Filho et al. (1996) Plant Mol. Biol. 30:769- 780; Schnell et al. (1991) J. Biol. Chem. 266(5):3335-3342); sintase de 5- (enolpiruvil)shikimato-3-fosfato (EPSPS) (Archer et al. (1990) J. Bioenerg. Biomemb. 22(6):789-810); sintase de triptofano (Zhao et al. (1995) J. Biol. Chem. 270(1 1):6081- 6087); plastocianina (Lawrence et al. (1997) J. Biol. Chem. 272(33):20357-20363); sintase de corismato (Schmidt et al. (1993) J. Biol. Chem. 268(36):27447-27457); e a proteína de ligação a/b de clorofila de coleta de luz (LHBP) (Lamppa et al. (1988) J. Biol. Chem. 263:14996-14999). Ver também Von Heijne et al. (1991) Plant Mol. Biol. Rep. 9:104-126; Clark et al. (1989) J. Biol. Chem. 264:17544-17550; Della-Cioppa et al. (1987) Plant Physiol. 84:965-968; Romer et al. (1993) Biochem. Biophys. Res. Commun. 196:1414-1421 e Shah et al. (1986) Science 233 :478-481.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, as construções de ácido nucleico podem ser preparadas para direcionar a expressão da sequência PPX mutante codificante do cloroplasto da célula de planta. Métodos para transformação dos cloroplastos são conhecidos na técnica. Ver, por exemplo, Svab et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 87:8526-8530; Svab and Maliga (1993) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 90:913- 917; Svab e Maliga (1993) EMBO J. 12:601-606. O método depende da entrega de arma de partícula do DNA contendo um marcador selecionável e direcionamento do DNA para o genoma de plastídeo através da recombinação homóloga. Adicionalmente, transformação de plastídeo pode ser realizada pela transativação de um transgene suportado por plastídeo silente por expressão preferencial de tecido de uma polimerase de RNA codificada nuclear e direcionada de plastídeo. Tal sistema foi relatado em McBride et al. (1994) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 91:7301-7305.

Os ácidos nucleicos de interesse para serem direcionados ao cloroplasto podem ser otimizados para expressão no cloroplasto para contar para diferenças na utilização de códon entre um núcleo de planta e seu organelo. Dessa maneira, os ácidos nucleicos de interesse podem ser sintetizados utilizando códons preferenciais de cloroplasto. Ver, por exemplo, U.S. Patente No. 5,380,831, incorporada aqui por referência.

As construções de ácido nucleico podem ser utilizadas para transformar células de planta e regenerar plantas transgênicas compreendendo a sequência PPX mutante codificante. Numerosos vetores de transformação de planta e métodos para transformar plantas estão disponíveis. Ver, por exemplo, U.S. Patente No. 6.753.458, An, G. et al. (1986) Plant Physiol., 81:301-305; Fry, J. et al. (1987) Plant Cell Rep. 6:321-325; Block, M. (1988) Theor. Appl Genet.76:767- 774; Hinchee et al. (1990) Stadler. Genet. Symp.203212.203-212; Cousins et al. (1991) Aust. J. Plant Physiol. 18:481-494; Chee, P. P. e Slightom, J. L. (1992) Gene.118:255-260; Christou et al. (1992) Trends. Biotechnol. 10:239-246; D'Halluin et al. (1992) Bio/Technol. 10:309-3 14; Dhir et al. (1992) Plant Physiol. 99:81-88; Casas et al. (1993) Proc. Nat. Acad Sci. USA 90:11212-11216; Christou, P. (1993) In Vitro Cell. Dev. Biol.-Plant; 29P:1 19-124; Davies, et al. (1993) Plant Cell Rep. 12:180-183; Dong, J. A. and Me Hughen, A. (1993) Plant Sci. 91:139-148; Franklin, C. I. and Trieu, T. N. (1993) Plant. Physiol. 102:167; Golovkin et al. (1993) Plant Sci. 90:41-52; Guo Chin Sci. Bull. 38:2072-2078; Asano, et al. (1994) Célula de planta Rep. 13; Ayeres N. M. and Park, W. D. (1994) Crit. Rev. Plant. Sci. 13:219-239; Barcelo et al. (1994) Plant. J. 5:583-592; Becker, et al. (1994) Plant. J. 5:299-307; Borkowska et al. (1994) Acta. Physiol Plant. 16:225- 230; Christou, P. (1994) Agro. Food. Ind. Hi Tech. 5: 17-27; Eapen et al. (1994) Plant Cell Rep. 13:582-586; Hartman et al. (1994) Bio-Technology 12: 919923; Ritala et al. (1994) Plant. Mol. Biol. 24:317-325; e Wan, Y. C. e Lemaux, P. G. (1994) Plant Physiol. 104:3748. As construções também podem ser transformadas nas células de planta utilizando recombinação homóloga.

As construções descritas compreendendo as sequências de ácido nucleico PPX descritas aqui podem ser utilizadas em vários métodos para produzir células hospedeiras transgênicas, tais como bactéria, levedura, e transformar células de planta e em alguns casos regenerar plantas transgênicas. Por exemplo, métodos de produção de uma planta safruma transgênica contendo as proteínas mutantes PPX descritas aqui, onde expressão de ácido nucleico(s) em uma planta resulta na tolerância ao herbicida quando comparado com plantas do tipo selvagem ou a plantas do tipo mutante PPX conhecidas compreendendo: (a) introduzir na célula de planta um vetor de expressão compreendendo ácido nucleico codificando uma proteína PPX mutante, e (b) gerar de uma célula de planta uma planta transgênica que é tolerante a herbicida.

Mutações de PPX

As composições e métodos podem relacionar-se pelo menos em parte às mutações em um gene PPX, por exemplo mutações que rendem uma planta resistente ou tolerante a um herbicida da família inibidora de PPX dos herbicidas. As composições e métodos também em certas modalidades referem-se ao uso de uma oligonucleobase reparadora de gene para fazer uma mutação desejada nas sequências cromossômicas ou epissômicas de uma planta no gene codificando para uma proteína PPX. A proteína mutada, que pode em algumas modalidades manter substancialmente a atividade catalítica da proteína do tipo selvagem, permitindo a resistência elevada ou tolerância de uma planta a um herbicida da família inibidora de PPX, e, assim, em algumas modalidades permitindo crescimento substancialmente normal ou desenvolvimento da planta, seus órgãos, tecidos ou células quando comparado com a planta do tipo selvagem independente da presença ou ausência do herbicida. As composições e métodos também referem-se a uma célula de planta transgênica ou não transgênica em que um gene PPX foi mutado, uma planta não transgênica ou transgênica regenerada dali, bem como uma planta resultante de um cruzamento utilizando uma planta não transgênica regenerada ou transgênica para uma planta tendo uma mutação em um gene PPX diferente, por exemplo. Essas mutações também podem ser aplicadas à tolerância de alvo para esses inibidores em plantas incluindo plantas de cultura, algas, bactéria, fungo e sistemas de mamíferos.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, pelo menos uma mutação de uma proteína PPX mutada pode estar na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508, e 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação em uma ou mais posições de aminoácido correspondentes a uma posição selecionada do grupo consistindo em 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 e 50 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 111 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 130 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente PPX mutada inclui uma à posição 139 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 143 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 144 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 145 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 147 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 165 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 180 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 185 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 192 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 193 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 199 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 206 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 219 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 220 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 226 de SEQ mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente PPX mutada inclui uma à posição 228 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 229 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 230 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 244 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 256 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 270 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 271 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 272 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 305 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 311 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 316 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 318 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 332 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 357 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 359 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 360 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 366 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 393 de SEQ mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 438 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 440 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 444 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 455 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 457 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 478 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição de uma fenilalanina para glicina em uma posição correspondente à posição 483 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 484 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 485 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 487 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 490 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 503 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 508 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína à posição 525 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 58 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 64 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 74 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 84 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 93 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 97 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 98 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 101 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 119 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 121 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 124 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 139 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 150 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 151 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 157 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 164 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 170 de SEQ PPX mutada inclui uma ID NO: 1. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína aminoácido correspondente modalidades, uma proteína à posição 177 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 187 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 188 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 195 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 214 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 215 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 229 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 230 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 271 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 274 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 278 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 283 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 292 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 296 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 307 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 324 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 330 de SEQ PPX mutada inclui uma à posição 396 de SEQ PPX mutada inclui uma ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de ID NO: 9. Em algumas mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 404 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 406 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 410 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 421 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 434 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 447 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 448 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 449 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente â posição 451 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 454 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 465 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 500 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui duas ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 e 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui duas ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 e 500 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui três ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 e 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui três ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451,454, 465, 470 e 500 de SEQ ID NO: 9.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, pelo menos uma mutação de uma proteína PPX mutada pode estar na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, 1170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 e I525 de SEQ ID NO: 1. Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, pelo menos uma mutação de uma proteína PPX mutada pode estar na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, 1215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 e T500 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição G52 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição N85 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição E111 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição G130 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D139 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição P143 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição R144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição F145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L147 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição F165 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L167 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 1170 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A180 de SEQ ID NO: 1, Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição P185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição E192 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S193 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição R199 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição V206 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição E212 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição Y219 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição G221 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição M228 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K229 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A230 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K237 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição R256 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição R257 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K270 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição P271 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição Q272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S305 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição E311 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição T316 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição T318 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S332 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S343 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A354 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L357 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K359 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L360 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A366 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição Y426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S430 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K438 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição E440 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição V444 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L455 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K457 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição V470 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição F478 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição F483 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D484 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição I485 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D487 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K490 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L503 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição V508 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição I525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D58 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição E64 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição G74 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição G84 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L93 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K97 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K98 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A101 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S119 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição F121 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição T124 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição N139 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição E150 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S151 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição Q157 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição V164 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D170 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 0177 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição H187 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L188 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição N195 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição P214 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição 1215 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K229 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K230 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição C271 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D274 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição F283 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A292 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S296 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição C307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição N324 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D330 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S396 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A404 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição R406 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K410 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L421 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição C434 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D447 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S448 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição V449 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D451 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição D454 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição Y465 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K470 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição T500 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, a proteína PPX é um parálogo da proteína PPX de Arabidopsis thaliana (por exemplo, a proteína PPX pode ser uma proteína PPX plastidal de batata) e a proteína PPX pode ter um N na posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO:1, em que o N é substituído por um aminoácido que não um N; um K na posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO:1, em que o K é substituído por um aminoácido que não um K; um S na posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S; e/ou um S na posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S. Em tais modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição N52 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição N85 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição R144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição F145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A180 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição P185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição A220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição M228 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição K272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente S305 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S332 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L357 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S359 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição L424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição Y426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição F478 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma mutação na posição de aminoácido correspondente à posição S525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui duas ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em G52, N85, R144, F145, A180, P185, A220, L226, M228, S244, Q272, S305, S332, L357, K359, L393, L403, L424, Y426, F478 e I525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a Proteína PPX é um parálogo de proteína PPX de Arabidopsis thaliana (por exemplo a Proteína PPX pode ser uma proteína PPX de batata) e a proteína PPX tem duas ou mais mutações e tem um ou mais de: (1) um N na posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO:1, em que o N é substituído por um aminoácido que não um N; (2) um K na posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO:1, em que o K é substituído por um aminoácido que não um K; (3) um S na posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S; e/ou (4) um S na posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S. Em tais modalidades, uma proteína PPX mutada inclui duas ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em N52, N85, R144, F145, A180, P185, A220, L226, M228, S244, K272, S305, S332, L357, S359, L393, L403, L424, Y426, F478 e S525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui três ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em G52, N85, R144, F145, A180, P185, A220, L226, M228, S244, Q272, S305, S332, L357, K359, L393, L403, L424, Y426, F478 e I525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, a proteína PPX é um parálogo da proteína PPX de Arabidopsis thaliana (por exemplo a proteína PPX pode ser uma proteína PPX de batata) e a proteína PPX tem três ou mais mutações e tem um ou mais de: (1) um N na posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO:1, em que o N é substituído por um aminoácido que não um N; (2) um K na posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO:1, em que o K é substituído por um aminoácido que não um K; (3) um S na posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S; e/ou (4) um S na posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO:1, em que o S é substituído por um aminoácido que não um S. Em tais modalidades, uma proteína PPX mutada inclui três ou mais mutações, pelo menos uma mutação da qual está na posição de aminoácido correspondente a uma posição selecionada do grupo consistindo em N52, N85, R144, F145, A180, P185, A220, L226, M228, S244, K272, S305, S332, L357, S359, L393, L403, L424, Y426, F478 e S525 de SEQ ID NO: 1.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, a proteína PPX mutada pode incluir uma ou mais mutações selecionadas das mutações apresentadas na Tabela 1. Tabela 1: Mutações de aminoácido na proteína PPX de Arabidopsis thaliana.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, a uma ou mais mutações em um gene PPX mutado pode codificar uma proteína PPX mutada tendo uma ou mais mutações, duas ou mais mutações, ou três ou mais mutações selecionadas do grupo consistindo de uma glicina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 1; uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1; um ácido glutâmico para valina em uma posição correspondente à posição 111 de SEQ ID NO: 1; uma glicina para asparagina em uma posição correspondente à posição 130 de SEQ ID NO: 1; um ácido aspártico para histidina em uma posição correspondente à posição 139 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 143 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1, uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 147 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para asparigina em uma posição correspondente à posição 165 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para tirosina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; um ácido glutâmico para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 192 de SEQ ID NO: 1; um ácido glutâmico para lisina em uma posição correspondente à posição 192 de SEQ ID NO: 1; uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 193 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 199 de SEQ ID NO: 1; uma valina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 206 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para serina em uma posição correspondente à posição 219 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para cisteína em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para leucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1; uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para fenil alanina em uma posição correspondente à posição 230 de SEQ ID NO: 1; uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1; uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 256 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para serina em uma posição correspondente à posição 256 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 270; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 270; uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 271 de SEQ ID NO: 1; uma glutamina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1; uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 305 de SEQ ID NO: 1; um ácido glutâmico para arginina em uma posição correspondente à posição 311 de SEQ ID NO: 1; uma treonina para glicina em uma posição correspondente â posição 316 de SEQ ID NO: 1; uma treonina para glicina em uma posição correspondente à posição 318 de SEQ ID NO: 1; uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1; uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 357 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para treonina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para lisina em uma posição correspondente à posição 360 de SEQ ID NO 1; uma leucina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 360 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 366 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para cisteína em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para leucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para arginina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para treonina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para valina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para serina em uma posição correspondente à posição 438 de SEQ ID NO: 1; um ácido glutâmico para lisina em uma posição correspondente à posição 440 de SEQ ID NO: 1; uma valina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 444 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 455 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para valina em uma posição correspondente à posição 457 de SEQ ID NO: 1; uma valina para serina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 1; uma valina para tirosina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para serina em uma posição correspondente à posição 478 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para glicina em uma posição correspondente à posição 483 de SEQ ID NO: 1; um ácido aspártico para alanina em uma posição correspondente à posição 484 de SEQ ID NO: 1; uma isoleucina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 485 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para asparagina em uma posição correspondente à posição 490 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 503 de SEQ ID NO: 1; uma valina para treonina em uma posição correspondente à posição 508 de SEQ ID NO: 1; e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, um gene PPX mutado pode codificar uma proteína PPX mutada que inclui uma glicina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui um ácido glutâmico para valina em uma posição correspondente à posição 111 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma glicina para asparagina em uma posição correspondente à posição 130 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui um ácido aspártico para histidina em uma posição correspondente à posição 139 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 143 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 147 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para asparigina em uma posição correspondente à posição 165 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para tirosina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui um ácido glutâmico para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 192 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui um ácido glutâmico para lisina em uma posição correspondente à posição 192 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 193 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 199 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma valina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 206 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para serina em uma posição correspondente à posição 219 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para cisteína em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para leucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para fenil alanina em uma posição correspondente à posição 230 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 256 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para serina em uma posição correspondente à posição 256 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 270. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 270. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para arginina em uma posição correspondente â posição 271 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma glutamina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 305 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui um ácido glutâmico para arginina em uma posição correspondente à posição 311 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma treonina para glicina em uma posição correspondente à posição 316 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma treonina para glicina em uma posição correspondente à posição 318 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 357 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para treonina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para lisina em uma posição correspondente à posição 360 de SEQ ID NO 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 360 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 366 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui leucina para serina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para cisteína em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para leucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para arginina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para treonina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para valina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para serina em uma posição correspondente à posição 438 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui um ácido glutâmico para lisina em uma posição correspondente à posição 440 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma valina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 444 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 455 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para valina em uma posição correspondente à posição 457 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma valina para serina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma valina para tirosina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para serina em uma posição correspondente à posição 478 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para glicina em uma posição correspondente à posição 483 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui um ácido aspártico para alanina em uma posição correspondente à posição 484 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma isoleucina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 485 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para asparagina em uma posição correspondente à posição 490 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 503 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma valina para treonina em uma posição correspondente à posição 508 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1.] Tabela 2: Resumos das mutações de nucleotídeo/códon no gene PPX plastidal de Arabidopsis que leva às alterações de aminoácido que conferem tolerância aos inibidores de PPX. Números de posição com base na numeração de gene PPX plastidal de Arabidopsis número At4g01690 (SEQ IP NO: 1).

* “AA mtn” refere-se a uma mutação de aminoácido; “NA mtn” refere-se a uma mutação de ácido nucleico Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, um gene PPX mutado pode incluir um GGG AAA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma glicina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAT GAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma AGG —> TGC ou TGT ácido nucleico mutação que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AGG CAC ou CAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTT —> CTT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTT —► TAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCA —> ACA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CCG CAC ou CAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma CCG —► CGT mutação de ácido nucleico que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CCG —> CGG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCT —> TGT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para cisteína em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCT —> ATT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCT CTT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para leucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCT ACT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCT —> GTT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GTG ATG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico ATG —► CTG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AGC —► GGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AGO —> ACC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CAG —>• TTC ou I I I que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma glutamina para asparagina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TCA —> TTA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 305 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TCT —> TGT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CTC ATC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 357 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAA —> AGA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAA —> ACT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para treonina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTG —> ATG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTG —> TCG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui leucina para serina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTG —> GTG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTA —► CGA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTA —> TCA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma TTG —> TCG mutação de ácido nucleico que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma TAC —> TGC mutação de ácido nucleico que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para cisteína em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC —► TTC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC —> CAC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC -+ ATC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC —> TTA ou CTC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para leucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC —> CGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para arginina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC —> ACC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para treonina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC GTC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para valina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTT —> TCT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para serina em uma posição correspondente à posição 478 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico ATT —■ ACT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1.

Tabela 3A: Resumo das mutações de nucleotídeo/códon em um gene PPX plastidal de batata que leva à alterações de aminoácido que conferem tolerância aos inibidores de PPX. Números de posição estão baseados na numeração do gene PPX plastida de Arabidopsis número At4g01690 (SEQ IP NO: 1).

* “AA mtn” refere-se a uma mutação de aminoácido; “NA mtn” refere-se a uma mutação de ácido nucleico

Em algumas modalidades, em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, a uma ou mais mutações em um gene PPX mutado pode codificar uma proteína PPX mutada tendo uma ou mais mutações, duas ou mais mutações, ou três ou mais mutações selecionadas do grupo consistindo de uma asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 1; uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1, uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para cisteína em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para leucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1; uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1; uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1; uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1; uma lisina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1; uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 305 de SEQ ID NO: 1; uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 357 de SEQ ID NO: 1; uma serina para arginina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1; uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1; uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para cisteína em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para leucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para arginina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para treonina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma tirosina para valina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1; uma fenilalanina para serina em uma posição correspondente à posição 478 de SEQ ID NO: 1; e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1.

Em algumas modalidades, em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, um gene PPX mutado pode codificar uma proteína PPX mutada que inclui uma asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para cisteína em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para leucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 305 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 357 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para arginina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui leucina para serina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para cisteína em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para leucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para arginina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para treonina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para valina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para serina em uma posição correspondente à posição 478 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1.

Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAT —> AAA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAT —> GAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CGC —> TGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CGC —> CAC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTT —> CTT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TI r —> TAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCC —► ACC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CCT —► CAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para arginina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CCT —> CGT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 185 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCC —> TGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para cisteína em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCC —> ATC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCC —► CTC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para leucina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCC —> ACC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCC —> GTC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTG —> ATG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico ATG -* CTG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AGC GGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AGC —> ACC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAA —> AAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma lisina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TCT CTT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 305 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AGT —>• TGT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CTT —> ATT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 357 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma AGT —> AGA mutação de ácido nucleico que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para arginina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AGT ACT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 359 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTG ATG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTG —> TCG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui leucina para serina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTG —> GTG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CTA —> CGA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CTA —► TOA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TTG —> TCG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC TGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para cisteína em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC AAC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC CAC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC ATC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC TTC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para leucina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma TAC CGC mutação de ácido nucleico que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para arginina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC —> ACC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para treonina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAC —► GTC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma tirosina para valina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico I II TCT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para serina em uma posição correspondente à posição 478 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TCT —> ACT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 7.

Tabela 3B: Resumo das mutações de nucleotídeo/códon em um gene PPX mitocondrial de batata que leva à alterações de aminoácido que conferem tolerância aos inibidores de PPX. Números de posições são baseados na numeração do gene PPX mitocondrial do Solanum tuberosum número AJ225108 (SEQ IP NO: 9).

* “AA mtn” refere-se a uma mutação de aminoácido; “NA mtn” refere-se a uma mutação de ácido nucleico

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, um gene PPX mutado pode codificar uma proteína PPX mutada que inclui um ácido aspártico para asparagina em uma posição correspondente à posição 58 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido glutâmico para valina em uma posição correspondente à posição 64 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui glicina para cisteína em uma posição correspondente à posição 74 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui glicina para asparagina em uma posição correspondente à posição 84 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui leucina para histidina em uma posição correspondente à posição 93 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 97 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui alanina para valina em uma posição correspondente à posição 101 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui serina para asparagina em uma posição correspondente à posição 119 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 121 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui asparagina para tirosina em uma posição correspondente à posição 139 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido glutâmico para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 150 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido glutâmico para lisina em uma posição correspondente à posição 150 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui serina para treonina em uma posição correspondente à posição 151 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui glutamina para leucina em uma posição correspondente à posição 157 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui valina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 164 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui valina para alanina em uma posição correspondente à posição 164 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 170 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 177 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui histidina para glutamina em uma posição correspondente à posição 187 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 195 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma prolina para serina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma isoleucina para histidina em uma posição correspondente à posição 215 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma isoleucina para serina em uma posição correspondente à posição 215 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 230 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui cisteína para arginina em uma posição correspondente à posição 271 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 274 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 278 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma fenilalanina para glicina em uma posição correspondente à posição 283 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui alanina para glicina em uma posição correspondente à posição 292 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui serina para leucina em uma posição correspondente à posição 296 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui asparagina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 324 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 324 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 330 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui serina para leucina em uma posição correspondente à posição 396 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui alanina para serina em uma posição correspondente à posição 404 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui arginina para lisina em uma posição correspondente à posição 406 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 410 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui leucina para valina em uma posição correspondente à posição 421 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 434 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui cisteína para tirosina em uma posição correspondente à posição 434 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 447 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui serina para alanina em uma posição correspondente à posição 448 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui valina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 449 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 451 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para asparagina em uma posição correspondente à posição 454 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 465 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para treonina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado codifica uma proteína PPX mutada que inclui treonina para serina em uma posição correspondente à posição 500 de SEQ ID NO: 9.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GAT —> AAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui um ácido aspártico para asparagina em uma posição correspondente à posição 58 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GAA —» GTA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido glutâmico para valina em uma posição correspondente à posição 64 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GGT —> TGT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui glicina para cisteína em uma posição correspondente à posição 74 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GGA —> GAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui glicina para asparagina em uma posição correspondente à posição 84 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CGC -> TGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CGC CAC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CGC -> CTC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAT —► TAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui asparagina para tirosina em uma posição correspondente à posição 139 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GAA —> GAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido glutâmico para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 150 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GAA —* AAA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido glutâmico para lisina em uma posição correspondente à posição 150 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AGT ACT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui serina para treonina em uma posição correspondente à posição 151 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CAG —>• CTG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui glutamina para leucina em uma posição correspondente à posição 157 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GTT —► I I I que codifica uma proteína PPX mutada que inclui valina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 164 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GAT —> GAA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 170 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CAC —> CAG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui histidina para glutamina em uma posição correspondente á posição 187 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CTT —> TTT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAT —> AAA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 195 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CCT —> CAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico CCT -> TCT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui prolina para serina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAG —> GAG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAG —> CAG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAG —> AGG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 230 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GAC —> GGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 283 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TCA TTA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui serina para leucina em uma posição correspondente à posição 296 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TGT —> AGT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAT —> GAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui asparagina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 324 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAT —> AAA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 324 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GAT -+ GAA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 330 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GCC —> TCC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui alanina para serina em uma posição correspondente à posição 404 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AGG —> AAG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui arginina para lisina em uma posição correspondente à posição 406 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAA —► ATA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 410 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico XXX GCT —> GTT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TGC —> AGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 434 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TGC —> TAC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui cisteína para tirosina em uma posição correspondente à posição 434 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TOA —> GCA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui serina para alanina em uma posição correspondente à posição 448 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GAT GGT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente â posição 451 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico GAC —> AAC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui ácido aspártico para asparagina em uma posição correspondente à posição 454 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico TAT —> TTT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 465 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAG —> ACG que codifica uma proteína PPX mutada que inclui lisina para treonina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico ACC _> AGC que codifica uma proteína PPX mutada que inclui treonina para serina em uma posição correspondente à posição 500 de SEQ ID NO: 9.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, um gene PPX mutado pode incluir a GGG —> AAA que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma glicina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, um gene PPX mutado inclui uma mutação de ácido nucleico AAT -> GAT que codifica uma proteína PPX mutada que inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1.

Em algumas modalidades, em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, um gene PPX mutado pode incluir uma combinação de mutações, por exemplo, duas ou mais, três ou mais, quatro ou mais, cinco ou mais ou seis ou mais mutações em um gene PPX. Em certas modalidades, uma combinação de mutações é selecionada das combinações de mutações apresentadas nas Tabelas 4a e 4b. Tabela 4A: Combinações de Mutações de aminoácido (cada fila de cada 5 uma das três colunas agrupadas representa uma combinação de mutações).

Números de posição estão baseadas na numeração do gene PPX plastidal de

composições descritos aqui, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para 10 cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ 15 ID NO: 1. Enquanto que em outras modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma glutamina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma glicina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO:1, uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma glutamina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente â posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e and uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1.

Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1. Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 and uma serina para cisteína em uma posição correspondente à posição 332 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente â posição 144 de SEQ ID NO: 7 e uma lisina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparagina para lisina em uma posição correspondente à posição 52 de SEQ ID NO: 7, uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 7 e uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente á posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma lisina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 272 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO; 1 e uma metionina para leucina em uma posição correspondente à posição 228 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 7 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 220 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para serina em uma posição correspondente à posição 424 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente á posição 145 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para arginina em uma posição correspondente à posição 403 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma leucina para valina em uma posição correspondente à posição 393 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 144 de SEQ ID NO: 1 e uma tirosina para histidina em uma posição correspondente à posição 426 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 1 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 1. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para glicina em uma posição correspondente à posição 244 de SEQ ID NO: 7 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma alanina para treonina em uma posição correspondente à posição 180 de SEQ ID NO: 7 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 7 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para tirosina em uma posição correspondente à posição 145 de SEQ ID NO: 7 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 85 de SEQ ID NO: 7 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 7. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para metionina em uma posição correspondente à posição 226 de SEQ ID NO: 7 e uma isoleucina para treonina em uma posição correspondente à posição 525 de SEQ ID NO: 7. Tabela 4B: Combinações de Mutações de aminoácido (cada fila de cada uma das duas colunas agrupadas representa uma combinação de mutações). Números de posição estão baseados na numeração do gene PPX mitocondrial de

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, uma proteína PPX mutada inclui uma glicina para cisteína em uma posição correspondente à posição 74 de SEQ ID NO: 9 e uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma leucina para histidina em uma posição correspondente à posição 93 de SEQ ID NO: 9 e uma valina para alanina em uma posição correspondente à posição 164 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9 e uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9, uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9, e uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9, uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214, e uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9, e uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para asparagina em uma posição correspondente à posição 119 de SEQ ID NO: 9 e uma asparagina para tirosina em uma posição correspondente à posição 139 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma fenilalanina para leucina em uma posição correspondente à posição 121 de SEQ ID NO: 9 e um ácido glutâmico para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 150 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para treonina em uma posição correspondente à posição 151 de SEQ ID NO: 9, uma lisina para ácido glutâmico em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9, e uma lisina para arginina em uma posição correspondente à posição 230 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma glutamina para leucina em uma posição correspondente à posição 157 de SEQ ID NO: 9 e uma histidina para glutamina em uma posição correspondente à posição 187 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma cisteína para arginina em uma posição correspondente à posição 271 de SEQ ID NO: 9 e a ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 274 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9 e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para leucina em uma posição correspondente à posição 396 de SEQ ID NO: 9 e uma lisina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 410 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 434 de SEQ ID NO: 9 e a treonina para serina em uma posição correspondente à posição 500 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui um ácido aspártico para glicina em uma posição correspondente à posição 447 de SEQ ID NO: 9 e uma alanina para glicina em uma posição correspondente à posição 292 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma serina para alanina em uma posição correspondente à posição 448 de SEQ ID NO: 9 e uma asparigina para ácido aspártico em uma posição correspondente à posição 324 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma tirosina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 465 de SEQ ID NO: 9 e uma lisina para treonina em uma posição correspondente à posição 470 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9, e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 243 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9, uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9, uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9, e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 243 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9, uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9, uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9, e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 243 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9, uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9, e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 243 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9, e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9, uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9, uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9, e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9, uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9, uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9, e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para leucina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9, uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9, uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 de SEQ ID NO: 9, e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9 e uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9 e uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; a prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9 e uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; e uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente â posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para cisteína em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9 e uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9 e uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9 e uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; e uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma alanina para valina em uma posição correspondente à posição 423 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma leucina para fenilalanina em uma posição correspondente à posição 188 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma prolina para histidina em uma posição correspondente à posição 214 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Em algumas modalidades, uma proteína PPX mutada inclui uma arginina para histidina em uma posição correspondente à posição 98 de SEQ ID NO: 9; uma treonina para isoleucina em uma posição correspondente à posição 124 de SEQ ID NO: 9; uma lisina para glutamina em uma posição correspondente à posição 229 SEQ ID NO: 9; e uma cisteína para serina em uma posição correspondente à posição 307 de SEQ ID NO: 9. Parálogos

As mutações de sujeito no gene PPX geralmente são descritas aqui utilizando os genes PPX plastidais de Solanum tuberosum e proteínas (ver, por exemplo, Figuras 8 e 7 respectivamente com posições de aminoácido com referência às posições na Arabidopsis thaliana (SEQ ID NO: 1). As composições e métodos também englobam genes PPX mutantes e proteínas de outras espécies (parálogos). No entanto, devido às variações nos genes PPX de espécies diferentes, o número de resíduo de aminoácido a ser alterado em uma espécie pode ser diferente em outra espécie. Não obstante, a posição análoga é prontamente identificada por alguém versado na técnica por sequência 5 homologia. Por exemplo, Tabela 6 resume as posições de aminoácido homólogas em parálogos de sequência codificante de PPX de planta variados e Figura 33 apresenta um alinhamento de sequência de aminoácido dos parálogos PPX das plantas variadas. Assim, posições análogas nesses e outros parálogos podem ser identificadas e mutadas. 10 Herbicidas

As composições e métodos providos aqui incluem genes PPX e proteínas PPX que conferem resistência aos herbicidas inibidores de PPX. Em algumas modalidades, Herbicidas inibidores de PPX incluem as famílias químicas de difeniléteres, fenilpirazois N-fenilftalimidas, tiadiazois, oxadiazois, triazolinonas, 15 oxazolidinedionas, pirimidindionas. Ingredientes ativos de herbicida inibidor de

PPX exemplares e suas respectivas famílias químicas são resumidos na Tabela 5.

Tabela 5: Herbicidas inibidoresdePPX Exemplares.

Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é acifluorfen-Na. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é bifenox. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é clometóxi fen. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é flúor glicofen-etil. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é fomesafen. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é halosafen. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é lactofen. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é oxifluorfen. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é fluazolato. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é piraflufen-etil. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é cinidon-etil. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é flumioxazina. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é flumiclorac-pentil. Em algumas modalidades, Herbicida inibidor de PPX é flutiacet-metil. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é tidiazimina. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é oxadiazon. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é oxadiargil. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é azafenidina. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é carfentrazona-etil. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é sulfentrazona. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é pentoxazona. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é benzfendizona. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é butafenacil. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é saflufenacil. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é pirazogil. Em algumas modalidades, herbicida inibidor de PPX é profluazol.

Também é provida uma planta transgênica ou não transgênica ou célula de planta tendo uma ou mais mutações no gene PPX, por exemplo, tal como descrito aqui. Em certas modalidades, uma planta ou célula de planta tendo uma ou mais mutações em um gene PPX aumentou a resistência ou tolerância a um membro de herbicidas inibidores de PPX. Em certas modalidades, uma planta ou célula de planta tendo uma ou mais mutações em um gene PPX pode exibir crescimento ou desenvolvimento substancialmente normal da planta, seus órgãos, tecidos ou células, quando comparado com a planta ou célula do tipo selvagem correspondente. Em aspectos e modalidades particulares providas estão plantas transgênicas ou não- transgênicas tendo uma mutação em um gene PPX, por exemplo, tal como descrito aqui, que em certas modalidades aumentou a resistência ou tolerância a um ou mais membros das famílias químicas do herbicida inibidor de PPX e pode exibir crescimento ou desenvolvimento substancialmente normal da planta, seus órgãos, tecidos ou células, quando comparado à planta ou célula do tipo selvagem correspondente, ou seja, na presença de um ou mais herbicidas tais como, por exemplo, flumioxazina, sulfentrazona ou saflufenacil, a proteína PPX mutada tem substancialmente a mesma atividade catalítica quando comparada à proteína PPX do tipo selvagem. São providos adicionalmente métodos para produzir uma planta tendo um gene PPX mutado, por exemplo, tendo uma ou mais mutações como descrito aqui; preferencialmente uma planta mantém substancialmente a atividade catalítica da proteína do tipo selvagem independente da presença ou ausência de um herbicida relevante. Em certas modalidades, os métodos incluem introduzir na célula de planta uma oligonucleobase reparadora de gene com uma ou mais mutações direcionadas no gene PPX (por exemplo, tal como descritas aqui) e identificar uma célula, semente ou planta tendo um gene PPX mutado.

Espécies de Planta

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, plantas como descritas aqui podem ser de qualquer espécie de planta dicotiledônia, monocotiledônia ou gimnospermas, incluindo qualquer espécie de planta lenhosa que cresce como uma árvore ou arbusto, qualquer espécie herbácea, ou qualquer espécie que produz frutos comestíveis, sementes ou vegetais, ou qualquer espécie que produz flores coloridas ou aromáticas. Por exemplo, uma planta ou célula de planta pode ser selecionadas das espécies de planta do grupo consistindo de batata, girassol, beterraba, milho, algodão, soja, trigo, centeio, aveia, arroz, canola, frutas, legumes, tabaco, cevada, sorgo, tomate, manga, pêssego, maçã, pêra, morango, banana, melão, cenoura, alface, cebola, soja spp, cana de açúcar, ervilha, feijão, álamo, uva, frutas cítricas, alfafa, centeio, aveia, gramados e forragem, linho, colza, pepino, glória da manhã, bálsamo, pimenta, berinjela, tagetes, lótus, repolho, margarida, cravo, petúnia, tulipa, íris, lírio, e plantas produtoras de noz na medida em que eles já não são mencionados especificamente. Uma planta ou célula de planta também pode ser das espécies selecionadas da Tabela 6. Uma planta ou célula de planta também pode ser de uma espécie selecionada do grupo consistindo de Arabidopsis thaliana, Solanum tuberosum , Solanum phureja, Oryza sativa, Amaranthus tuberculatus, Sorghum bicolor, Ricinus communis e Zea mays. 5 Tabela 6. Resumo das posições de aminoácido homólogo na sequência de aminoácidos PPX de planta de várias espécies. Ver também Figuras 47 e 48 para resumos de posição de aminoácido homólogo adicional.

Espécie Genbank Acesso # Loc G 52 N 85 R 144 F 145 180 P 185 220 L 226 M 228 S 244 Q 272 S 305 S 332 L 357 K 359 L 393 L 403 L 424 426 F 478 525

Arabidopsis thaliana - At4q01690 AX084732 P 52 85 144 145 180 185 220 226 228 244 272 305 332 357 359 393 403 424 426 478 525

Arabidopsis thaliana At5g14220 NM 121426 M NA 41 101 102 P 137 K 142 182 188 190 206 G 235 L 269 H 298 F 323 L 325 358 371 T 392 F 394 444 D 489

Amaranthus tuberculatus DQ386117 B NA NA 128 129 P 164 K 169 G 210 216 218 234 R 261 L 295 324 F 349 L 351 384 397 T 418 F 420 470 E 515

Solanum tuberosum AJ225107 P N 76 105 164 165 200 205 240 246 248 264 K 292 325 352 377 S 379 413 423 444 446 498 S 545

Solanum tuberosum NA ver Fiq 27. M NA NA 98 99 P 134 N 139 G 178 184 186 202 R 231 L 265 296 F 321 L 323 356 369 T 390 F 392 442 D 487 Zeamays AF216052 P NA NA 142 143 178 P18 3 218 224 226 242 K 270 T 303 330 355 R 357 391 401 422 424 476 S 523

Zea mays AF273767 M NA 70 130 131 P 166 K 171 215 221 223 239 N 268 302 T 336 361 L 363 396 410 T 431 F 433 483 D 528

Oryza sativa - 0s01g028660 0 NM_00104931 2 P G 51 NA 143 144 179 P 184 219 225 227 243 K 271 T 304 T 331 L 356 358 392 402 423 425 477 S 524

Oryza sativa - 0s04g049000 0 NA vor Fiq 17. M D 50 Q 79 139 140 P 175 K 180 G 224 230 232 248 N 277 L 311 345 F 370 L 372 405 419 T 440 F 442 492 D 537

Sorghum bicolor- Sb03g011670 XM_00245543 9 P NA NA 143 144 179 P 184 219 225 227 243 K 271 T 304 331 L 356 R 358 392 402 423 425 477 A 524

Sorghum bicolor - Sb06q020950 XM_00244666 5 M NA 70 130 131 P 166 K 171 215 221 223 239 N 268 L 302 T 336 F 361 L 363 396 410 T 431 F 433 483 D 528

Ricinus communis - Rc1343150 XM_00251512 7 P N 51 84 143 144 179 184 219 225 227 243 K 271 304 331 356 358 392 402 423 425 477 524

Ricinus communis - Rc1678480 XM_00250950 2 M NA NA 99 100 P 135 K 140 181 187 V 189 205 234 F 268 299 F 324 L 326 359 372 T 393 F 395 445 0 490 t G210 deletado no DQ386118 levando à tolerância ao inibidor de PPX P é plastidal; M é mitocondrial; B é ambos 10 A oligonucleobase reparadora de gene pode ser introduzida na célula de planta utilizando qualquer método comumente utilizado na técnica, incluindo mas não limitado aos microportadores (entrega biolística), microfibras, absorção mediada por polietileno glicol (PEG), eletroporação e micro-injeção.

Também são providos métodos e composições relacionadas à cultura de células 15 mutadas de acordo com os métodos como descritos aqui para obter uma planta que produz sementes, doravante uma “planta fértil”, e a produção de sementes e plantas adicionais de tal planta fértil.

Também são providos métodos de controlar seletivamente plantas daninhas no campo, o campo compreendendo plantas com as alterações de gene PPX 20 descritas e plantas daninhas, o método compreendendo aplicação ao campo de um herbicida ao qual as plantas se tornaram resistentes.

Também são providas mutações no gene PPX que conferem resistência ou tolerância a um membro do herbicida relevante para uma planta ou em que o gene PPX mutado tem substancialmente a mesma atividade enzimática quando comparada ao PPX do tipo selvagem.

Seleção de plantas resistentes à herbicida e Aplicação do Herbicida

Plantas e células de planta podem ser testadas para resistência ou tolerância a um herbicida utilizando métodos comumente conhecidos na técnica, por exemplo, cultivando uma planta ou célula de planta na presença de um herbicida e medindo a taxa de crescimento quando comparada à taxa de crescimento na ausência do herbicida.

Como utilizado aqui, crescimento substancialmente normal de uma planta, órgão de planta, tecido de planta ou célula de planta é definido com uma taxa de crescimento ou taxa de divisão celular da planta, órgão de planta, tecido de planta ou célula de planta que é pelo menos 35%, pelo menos 50%, pelo menos 60%, ou pelo menos 75% da taxa de crescimento ou taxa de divisão celular em uma planta correspondente, órgão de planta, tecido de planta ou célula de planta que expressaa proteína PPX do tipo selvagem.

Como utilizado aqui, desenvolvimento substancialmente normal de uma planta, órgão de planta, tecido de planta ou célula de planta é definido com a ocorrência de um ou mais eventos de desenvolvimento na planta, órgão de planta, tecido de planta ou célula de planta que são substancialmente o mesmo daqueles ocorrentes em uma planta, órgão de planta, tecido de planta ou célula de planta correspondente expressando a proteína PPX do tipo selvagem.

Em conjunto com qualquer um dos aspectos, modalidades, métodos e/ou composições descritos aqui, órgãos de planta providos aqui podem incluir, mas não estão limitados a, folhas, troncos, raízes, botões vegetativos, botões florais, meristemas, embriões, cotilédones, endosperma, sépalas, pétalas, pistilos, carpelos, estames, anteras, micrósporos, pólen, tubos polínicos, óvulos, ovários e frutas, ou seções, fatias ou discos tomadas daí. Tecidos de planta incluem, mas não estão limitados aos tecidos de calos, tecidos de terra, tecidos vasculares, tecidos de armazenamento, tecidos meristemáticos, tecidos foliares, tecidos da parte aérea, tecidos das raízes, tecidos na vesícula, tecidos tumorais de plantas e tecidos reprodutivos. Células de planta incluem, mas não estão limitadas às células isoladas com paredes celulares, agregados de tamanho variado das mesmas e protoplastos.

Plantas são substancialmente “tolerantes” a um herbicida relevante quando elas estão sujeitas a ele e provêm uma curva de dose/resposta que é deslocada para a direita quando comparada com aquela provida por planta do tipo não tolerante similarmente sujeitada. Tais curvas de dose/resposta têm “dose” plotada sobre o eixo X e “porcentagem de eliminação”, “efeito herbicida”, etc., plotada sobre o eixo y. Plantas tolerantes exigirão mais herbicida do que plantas do tipo não tolerantes para produzir um dado efeito herbicida. Plantas que são substancialmente “resistentes” ao herbicida exibem menos, se quaisquer, lesões necróticas, líticas, cloróticas ou outras, quando sujeitadas ao herbicida em concentrações e taxas que são tipicamente empregadas pela comunidade agroquímica para elminar plantas daninhas no campo. Plantas que são resistentes a um herbicida são também tolerantes ao herbicida.

Em algumas modalidades uma “resistência elevada a um herbicida” ou “tolerância elevada a um herbicida” refere-se a um nível de resistência ou tolerância que uma planta, semente ou parte de planta tendo um gene PPX mutado ou proteína como descritos aqui tem os herbicidas de planta acima um nível de referência definido. O nível de resistência de referência definido a um herbicida é o nível de resistência exibido por uma planta da mesma espécie sem a(s) mutação correspondente. Em algumas modalidades, a resistência é substancialmente elevada acima do nível de referência definido, por exemplo, superior a ou igual a 20% acima, 50% acima, 75% acima ou 100% acima do nível de referência definido.

EXEMPLOS

O seguinte são exemplos, que ilustram procedimento para praticar a invenção. Estes exemplos não devem ser interpretados como limitativos. Todas as porcentagens são em peso e todas as proporções de mistura de solvente são em volume a menos que notado de outro modo. Exemplo 1: Clonagem e caracterização de gene PPX plastidal e mitocondrial

Genes PPX plastidais e mitocondriais foram ampliados tanto de cDNA quanto de DNA genômico de um cultivar de Russet Burbank. Os colones de PPX plastidais caem em duas classes, dados os nomes StcPPXI e StcPPXI.1, similarmente representando alelos de um único gene PPX na batata. Dentro da sequência codificante do aminoácido, estes clones diferem por 10 polimorfismos, 3 dos quais leva às diferenças de aminoácido com apenas dois sendo encontrados na proteína madura. Uma diferença de aminoácido está no peptideo de transição de cloroplasto. Em um dos clones de StcPPXI.1, intron 3 foi desemendado.

Um clone genômico livre de erro de comprimento total do PPX plastidal foi obtido. A análise de cerca de 5 Kb da sequência genômica de 5 clones independentes e resultados da sequenciamento de cDNA de StcPPX cDNA indicam que a variedade de Russet Burbank sujeita à caracterização é heterozigoto, com muito poucos polimorfismos existindo entre os dois alelos.

Primeiro, cinco clones de DNA genômico de StmPPX de comprimento total foram clonados e sequenciados. Esses cinco representaram, ambos, alelos, tendo os mesmos SNPs como encontrado no cDNA. Fragmentos de DNA genômico de um amplicon menor foram clonados e sequenciados para testar alelos adicionais. Clonagem deste amplicon interno do PPX mitocondrial indicou que ali foram três alelos; 6 dos 22 clones tiveram uma deleção dentro de um dos introns e os outros 16 clones tiveram uma distribuição uniforme dos dois alelos observados nos clones de cDNA. Depois, outros 12 clones de DNA genômico de StmPPX de comprimento total foram sequenciados.

O sequenciamento completo dos genes PPX mitocondriais na batata de Russet Burbank indicou que há dois genes, que chamamos StmPPXI e StmPPX2. Há dois alelos de StmPPX2 com 8 SNPs identificados entre eles. Entre StmPPXI e StmPPX2.1 há 1 inserção, 4 deleções e 30 SNPs, considerados entre StmPPXI e StmPPX2.2 há 1 inserção, 4 deleções e 29 SNPs. Detalhes adicionais estão apresentados na Tabela 7.

Sequências de gene dos genes PPX plastidal e mitocondrial de batata de Russet Burbank (Solatium tuberosum) foram comparados, utilizando a Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), com ou banco de dados instalado localmente com base em estruturas de andaimes para a liberação recente do primeiro genoma de batata completo (Solatium phureja). Apenas um gene PPX mitocondrial único e plastidal único foram encontrados. Tabela 7. Diferenças alélicas entre as formas mitocondriais de PPX na batata Russet Burbank.

Exemplo 2: Complementação de PPX StcPPXI, menos seu peptídeo de transição de cloroplasto foi clonado do cDNA no vetor de triagem funcional de propriedade do Cibus. Este vetor pode ser utilizado tanto para triagem funcional como para GRON QC. Os genes PPX de batata foram utilizado para complementar a cepa mutante de HemG da E. coli, que carece de um gene HemG funcional, um homólogo bacteriano de PPX. Sem um gene de complementação, o meio deve ser suplementado com hematina para crescimento de E. coli. Clones para o gene PPX plastidal (pACYStcPPX Col6) e o gene PPX mitocondrial (pACYStmPPX Col 6, 12 e 21) foram transformados e todos os genes/alelos foram mostrados para complementar a cepa de E. coli mutante de HemG, permitindo-a crescer na ausência de hematina.

Para avaliar as mutações que conferem tolerância aos inibidores de PPX tais como Chateau (flumioxazina -Valent/Sumitomo), Naja (difeniléter - MAI) ou Kixor (saflufenacil - BASF). Herbicidas inibidores de PPX são apresentados na Tabela 5. Ingredientes ativos puros para os herbicidas inibidores de PPX Chateau (flumioxazina -Valent/Sumitomo), Spartan (sulfentrazona - FMC) e Kixor/Sharpen (saflufenacil - BASF) foram obtidos. O clone PPX plastidal de batata do tipo selvagem (pACYStcPPX Col6) foi transformado para complementar a cepa de E. coli mutante de hemG e selecionado com uma série de concentrações do ingrediente ativo para o herbicida inibidor de PPX Spartan (sulfentrazona - FMC) para determinar a concentração em que a cepa menor de HemG complementada não cresce. A construção do tipo selvagem não cresce sobre 2.5 mM de sulfentrazum, portanto, a seleção de mutantes tolerantes foi realizada nessa concentração. Isso foi adicionalmente refinado, e 0.75 mM de sulfentrazona também foi utilizado para selecionar a tolerância. A construção do tipo selvagem teve crescimento limitado em 10 mM de flumioxazina na seleção de líquido e nenhum crescimento em 0.3 mM de saflufenacil na seleção baseada na placa, concentrações utilizadas para testar mutantes tolerantes. Todos os genes e alelos PPX mitocondriais de batata foram testados para tolerância natural à sulfentrazona e flumioxazina, mas nenhum foi tolerante. Exemplo 3: Mutagênese de PCR de PPX e Seleção dos clones Mutagenizados Experimentos de mutagênese foram realizados inicialmente sobre dois fragmentos sobrepondo-se (5’ e 3’) do gene PPX plastidal de batata, para identificar mutações na sequência codificante de PPX plastidal de batata que confere tolerância ao herbicida.

Padronização de Seleção de Líquido

Condições de seleção de cultura de liquido foram desenvolvidas para sulfentrazona e flumioxazina. Culturas de 1 mL de volume foram testadas com concentrações de sulfentrazona e flumioxazina variando de 0 a 10 mM. As amostras de 0 mM tiveram 25 jiL de DMSO (2.5%) para imitar a concentração de DMSO nas amostras contendo 10 mM de herbicida. Cada tubo foi inoculado com 10 pL de uma cultura durante a noite das células de HemG contempladas com o plasmídeo de PPX do tipo selvagem para garantir uniformidade. Leituras espectrofotométricas (OD600) foram tiradas de cada amostra (diluição de 1:4) e uma amostra de cada emplacado sobre placas de LB-Chlor-IPTG para determinar se o OD600 correlacionado com o número de colônias viáveis. Uma diluição de 10% da cultura durante a noite foi emplacada para as células tratadas com sulfentrazona e uma diluição de 1% para as células tratadas com flumioxazina foi emplacada (ver resultados nas Tabelas 8a-f e 9a-d).

Tanto sulfentrazona quanto flumioxazina precipitaram para fora no meio líquido, fazendo-o parecer opaco mesmo antes da bactéria inocular. Como os ODs para sulfentrazona mostram, este herbicida eventualmente entra na solução enquanto flumioxazina não. A solubilidade deficiente de flumioxazina distorce as leituras de OD, no entanto, flumioxazina demonstrou números de colônia diminuindo uniformemente contra o gene WT, indicando a capacidade das células de absorverem a flumioxazina do meio. Mutagênese da extremidade 5’

A extremidade 5’ do gene PPX foi mutagenizada utilizando o Kit de Mutagênese Aleatória Stratagene GeneMorph II e clonada no XL-1 Blue para checar a taxa de mutação. Os resultados mostraram que 14 das 16 colônias sequenciadas foram mutantes. Os 90% das placas de XL-1 Blue (aproximadamente 4000 colônias) foram raspados, preparados de plasmídeo e transformados em HemG e emplacados sobre 2.5 mM de sulfentrazona. As placas de sulfentrazona cultivaram aproximadamente 200 colônias e os 10% de placas de LB-Chlor-IPTG cultivaram gramados de colônias. Tabelas 9a-d descrevem o nucleotídeo e substituições de aminoácido encontradas nos clones tolerantes.

Seleção de clones mutagenizados

Plasmídeos mutagenizados aleatoriamente (extremidades 5’ e 3’) foram transformados em célula de E. coli de XL1-Blue. As colônias resultantes foram fundidas, DNA de plasmídeo isolado e transformado nas células de HemG (E. coli mutante de PPX). Para seleção com flumioxazina, células foram recuperadas durante 1 h em meio mínimo de líquido seguidas pela adição de herbicida e recuperação durante a noite das células. No dia seguinte, as células foram emplacadas em uma diluição adequada sobre placas LB contendo antibiótico para selecionar o plasmídeo complementar. Colônias de cada placa foram sequenciadas. Após a seleção de líquido em 10 mM de flumioxazina, aproximadamente 30 colônias apareceram sobre placas com o PPX do tipo selvagem (WT) comparado com aproximadamente 200-1200 colônias com plasmídeos mutagenizados. Para seleção de sulfentrazona, culturas foram cultivadas em um meio mínimo durante a noite, diluídas e placas emplacadas com concentração de 0 e 0.75 mM de sulfentrazona. Contas de colônia foram comparadas entre as duas e tolerância de mutação determinada com base na porcentagem das colônias sobre placas de 0.75 mM de sulfentrazona quando comparado com aquelas placas de 0 mM. O número de colônias aparecendo sobre as placas servidas como um método para classificar as mutações.

Mutagênese da extremidade 3’

Mutagênese foi realizada sobre a extremidade 3’ do gene PPX. Clones foram transformados em HemG e cultivados durante a noite em 2.5, 5 e 10 mM de flumioxazina para seleção. Seleção em 5mM de flumioxazina teve muito mais colônias do que sobre as placas de seleção de 10mM. Seleção para clones mutagenizados utilizando 10mM de flumioxazina rendeu quatro clones. A seleção para clones mutagenizados utilizando 5mM de flumioxazina rendeu 200 colônias. As três superiores das 200 colônias obtiveram mutagênese da extremidade 3’ foram submetidas à triagem em 10mM de flumioxazina. Todas as colônias tolerantes (aproximadamente 130) foram sequenciadas e os melhores mutantes tolerantes de flumioxazina, avaliadas pela contagem de colônia sobre flumioxazina, a extremidade 3’ avaliada para tolerância à sulfentrazona. Exemplo 4: Análise de Substituições de Aminoácido Conferindo Tolerância

Tolerâncias de todas as substituições de aminoácidos possíveis em cada posição exibindo tolerância à sulfentrazona ou flumioxazina foram testadas. Depois, substituições de aminoácido únicas foram combinadas em todas as permutações e combinações para avaliar a complementação e tolerância ao herbicida. Resultados de combinações de mutante únicas e múltiplas para flumioxazina são mostrados nas Tabelas 8a, 8b e 8c, onde a última coluna mostra o número de colônias relatado para cada mutação sobre 10mM de flumioxazina. Resultados das combinações de mutante único e múltiplo para sulfentrazona são apresentadas nas Tabelas 9a e 9b, onde a última coluna apresenta o número de colônias relatado para cada mutação sobre 0.75mM de sulfentrazona. Resultados de combinações de mutante único e múltiplo para saflufenacil são apresentados na Tabela 10, onde a quarta coluna apresenta o número de colônias relatado para cada mutação sobre 0.3mM de saflufenacil. Tabela 8a. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX plastidal de batata para flumioxazina.

5 Tabela 8b. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX plastidal de batata para flumioxazina.

Tabela 8c. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX plastidal de batata para flumioxazina.

Tabela 8d. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX mitocondrial de batata para 5 mM de 5 flumioxazina.

Tabela 8e. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX mitocondrial de batata para 5 mM de flumioxazina.

Tabela 8f. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX mitocondrial de batata para 10 mM de flumioxazina.

5 Tabela 9a. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX plastidal de batata para sulfentrazona.

Tabela 9b. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX plastidal de batata para sulfentrazona.

Tabela 9c. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX mitocondrial de batata para sulfentrazona.

Tabela 9d. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX mitocondrial de batata para sulfentrazona.

Tabela 10. Tolerância de combinações de mutante único e múltiplo na sequência codificante de PPX plastidal de batata para saflufenacil medida pelo número de colônias relatado.

Exemplo 5: Curvas de Cultura de Célula de planta - Eliminação de 5 Herbicida

Curvas de eliminação de Flumioxazina

Experimentos de seleção de herbicida foram realizados para determinar a concentração de herbicida necessária para eliminar microcalos derivados de protoplasto em um período de tratamento definido. A luz de um resultado de curva de eliminação inicial onde uma concentração de 125 pM foi suficiente para eliminar todas as células dentro de uma semana, uma nova curva de eliminação foi desenhada utilizando concentrações inferiores de flumioxazina almejadas determinando a concentração em que 99% das células são eliminadas (ver Tabela 11). O herbicida foi suspenso em DMSO, com a concentração final de DMSO nos tratamento de herbicida sendo 1%. Desenvolvimento das células foi avaliado sob o microscópio uma vez por semana. A exclusão dos tratamentos de controle, divisão em todos os tratamentos com flumioxazina foi evitada após uma semana e após um mês nenhum microcalo desenvolveu em qualquer concentração testada. Uma concentração de flumioxazina de 0.032 mM é suficiente para prevenir desenvolvimento de microcalo dos protoplastos de batata.

Tabela 11. Resumos dos resultados dos experimentos de curva de eliminação de flumioxazina com suspensão celular e protoplastos derivados de ponta de galho. Protoplastos foram expostos à flumioxazina durante um período de um mês.

Tabela 13. Resumo dos resultados dos experimentos de curva de eliminação de sulfentrazona com suspensão celular e protoplastos derivados de ponta de galho. Protoplastos foram expostos ao herbicida durante um período de um mês.

Exemplo 6: Curvas de eliminação de disco foliar.

Com o objetivo de estabelecer a concentração de sulfentrazona que vai inibir a formação de calos em discos foliares, discos foliares foram perfurados com um furador de orifício estéril de 5 semanas de idade, em plantas de batata cultivadas in vitro. Os discos foliares foram cultivados em louças de petri contendo meio de cultura de Haberlach sólido contendo várias concentrações de Sulfentrazona em uma concentração final de 1% de DMSO. Seis discos foliares cultivados em cada concentração de herbicida. Placas foram vedadas com fita de microporo e incubadas em temperatura ambiente (aproximadamente 23°C). Em um experimento inicial, 7.8 pM de sulfentrazum, a concentração mais baixa testada no experimento, foi suficiente para interromper formações de calos e alvejar todos os discos foliares dentro de 20 dias. Resultados da curva de eliminação com concentrações inferiores de sulfentrazona mostraram que uma concentração de 3.0 pM de Sulfentrazona foi suficiente para inibir a formação de calos na maioria de todos os discos foliares após 20 dias, considerando os calos iniciados após 13 dias sobre as veias foliares de alguns discos foliares cultivados em 2.0 pM de Sulfentrazona. Experimentos de curvas de eliminação de disco foliar similar foram realizados utilizando saflufenacil onde 0.5 pM deste herbicida foi suficiente para inibir a formação de calo na maioria de todos discos foliares após 20 dias. 5 Exemplo 7: Materiais e Métodos para Cultura Celular e Introdução de GRON

Tabela 14. Sequências de GRON

A base de conversão é mostrada em negrito. V=CY3; H=3'DMT dC CPG

Descrição de Trabalho de Cultura Celular. Galhos, por exemplo, derivados de 10 sementes, tubérculos, botões auxiliares, folhas, troncos, raízes, calos ou de embriões derivados de micrósporos, são propagados sob condições estéreis in vitro. Explantes são subcultivados, por exemplo, a cada 3-4 semanas e cultivados em recipientes de cultura de Magenta GA7 (Phytotechnology Laboratories, Shawnee Mission, KS, EUA) com tampas ventiladas em um volume de cerca de 15 100 mL de meio de cultura, por exemplo meio MS, de acordo com Murashige e

Skoog (A revised medium for rapid growth and bioassays with tobacco cultures. Physiol. Plant 15 (1962) 473-49), ou modificações do mesmo. Os recipientes podem ser vedados com fita de Microporo (Empresa 3M). Folhas jovens, pontas de galhos, raízes, microtubérculos ou segmentos de tronco longos possuindo uma 20 folha e botão auxiliar, bem como um calo derivado desse tecidos, podem ser utilizados para isolamento de protoplasto. Protoplastos também podem ser isolados das células de cultura de suspensão derivadas das folhas jovens, pontas de galho, raízes, microtubérculos ou segmentos de tronco longos possuindo uma folha e botão auxiliar, bem como um calo derivado desses tecidos. 25 Isolamento de Protoplasto de Ponta de Galhos

Cerca de 200 pontas de galhos de galhos in vitro de 2 - 8 semanas de idade que foram cultivados sob um regime de dia/noite regular, ou, preferencialmente foram mantidos durante dois dias antes de isolamento de protoplasto no escuro, galhos podem ser cortados em pequenos pedaços com um bisturi em uma louça de petri com água estéril. Após todas as pontas terem sido cortadas, a água é substituída com meio de cultura de protoplasto, preferencialmente BN (Sais e Vitaminas B5 (Laboratórios de Fitotecnologia), glicose 20 g/L, manitol 70 g/L, ácido acético de alfa naftaleno de 5 mg/L, CaCI2 x 2H2O 600 mg/L adicional, 250 mg/L de hidrolisado de caseína, 10 mg/L de HCL de cisteína, 5 g/L de polivinilpirrolidona (MW 10.000). Após aproximadamente 1 - 2 h, o meio de cultura de protoplasto é substituído com solução de enzima, por exemplo consistindo de meio de BN, em que 0.5% (p/v) de Celulase YC e 0.75% (p/v) de Macerozima R10 (ambos da Karlan Research Products, Cottonwood, Arizona), 1 g/L de albumina de soro bovino, e 1 g/L de ácido 2- morfolinoetanosulfônico são dissolvidos. A razão do número de pontas de galho sobre o volume da solução de enzima pode estar entre 10 e 16, preferencialmente 13. A louça com peças de ponta galho na solução de enzima é incubada em 25°C-30°C, preferencialmente 28°C, na escuridão sobre um conjunto de agitador para cerca de 50 rpm. Após incubação durante a noite a suspensão de protoplasto é purificada utilizando um grau de densidade de iodixanol (adaptado da Optiprep Application Sheet C18; Purification of Intact Plant Protoplasts', Axis- Shield USA, 10 Commerce Way, Norton, MA 02776). Após a centrifugação de grau de densidade, a banda com protoplastos purificados é removida junto com cerca de 5 mL de meio W5 (Frigerio et al., 1998). A densidade de protoplasto e rendimento são determinados com um hemocitômetro. A densidade de protoplastos é ajustada para 1 x 106/mL em meio de BN contendo 2 mg/L de 2,6- dicloro benzonitrila (inibidor de sintase de celulose), e os protoplastos são cultivados na escuridão em 30°C durante cerca de 16 h.

Isolamento de Protoplasto das suspensões celulares O isolamento de protoplastos das suspensões celulares segue o mesmo protocolo como descrito para isolamento de protoplastos das pontas de galho, com as exceções a seguir: 1. Suspensões celulares de crescimento rápido são utilizadas, preferencialmente três dias após sua última subcultura. 1,5 mL de volume celular ajustado é transferido para cerca de 15 ml de meio de BN, que após 2h é substituído com solução de enzima. 2. A purificação de protoplasto é seguida imediatamente pelo tratamento de GRON/PEG.

Introdução de Oligonucleotídeo de Reparo de Gene (GRON)

A suspensão de protoplasto é misturada com um volume igual de meio de W5, transferido para um tubo de centrífuga de 50 mL, e centrifugada durante 10 min no menor ajuste de uma centrífuga clínica (cerca de 50 x g). O sobrenadante é removido e substituído com meio de TM (Klaus, S. Markerfreie transplastome Tabakpflanzen (plantas de tabaco transplastômico livre de marcador). Dissertação de PhD, 2002, Ludwig-Maximilians-Universitãt München, 109 pp), ajustando a densidade de protoplasto para 5 x 106/ml_. Alíquotas de 100 pL contendo 5 x 105 de protoplastos cada uma distribuída em 12 mL de tubos de centrífuga de fundo arredondado. GRONs (tais como aqueles apresentados na Tabela 14) direcionados em uma ou mais mutações em um ou ambos os genes PPX mitocondrial e plastidal são então introduzidos nos protoplastos utilizando um tratamento de PEG. Para introduzir os GRONs nos protoplastos, 12,5 pg de GRON dissolvidos em 25 pL de água purificada e 125 pL de uma solução de polietileno glicol (5 g de PEG MW 1500, 638 mg de manitol, 207 mg de CaNO3 x 4H2O e 8.75 mL de água purificada; pH ajustado a cerca de 9.0) é adicionado. Após uma incubação de 10-30 min em gelo, a suspensão de PEG de protoplasto é lavado com meio de W5 e resuspensa em meio de BN. A suspensão é mantida durante a noite na escuridão em temperatura ambiente.

GRONs podem ser introduzidos nos protoplastos por eletroporação, lipídios catiônicos, nanopartículas, policações tal como brometo de hexadimetrina (polibreno) ou espermidina, ou utilizando GRONs complexados para uma variedade de peptídeos penetrando a célula (CPPs) incluindo mas não limitado ao TAT, pVEC, transportando, não-arginina, peptideo inibidor de BAX (VPMLK), ou tal como aqueles listados no Patel et al. Cell Penetrating Peptides: Intracellular Pathways and Pharmaceutical Perspectives. Pesquisa Farmacêutica, 24 (2007) 1977-1992, ou Veldhoen et al. Recent developments in peptide -based nucleic acid delivery. International Journal of Molecular Science (2008) 1276-1320. Em outra modalidade, GRONs são introduzidos nos protoplastos através de polímeros carregados negativamente incluindo, mas não limitados aos dendrímeros tal como Poliamidoamina (PAMAM).

GRONs podem ser entregues em todos os tecidos ou células utilizando métodos que podem incluir micro-injeção, biolísticos com os GRONs revestidos sobre portadores tais como ouro ou diretamente na forma de gotículas de uma suspensão de GRON, whiskers revestidos de GRON ou utilizar GRONs complexados para uma variedade de polímeros carregados negativamente de peptídeos de penetração celular (CPPs) como mencionado no parágrafo anterior. Outras modalidades visualizam o uso de ultrassom, inibição nas soluções contendo GRON, ou permeabilização de paredes celulares, por exemplo através de agentes tais como tolueno ou saponina.

Incorporação de protoplastos no alginato de cálcio

Um dia após a introdução de GRON, protoplastos são incorporados no alginato de cálcio. A incorporação de protoplastos nos substratos de gel (por exemplo, agarose, alginato) foi mostrada para reforçar sobrevivência de protoplasto e para aumentar frequências de divisão das células derivadas de protoplasto. O método aplicado é baseado naquele descrito em Dovzhenko et al. (Técnica de camada de alginato fino para cultivo de protoplasto de protoplastos de folha de tabaco: informação de galho é menos do que duas semanas. Protoplasma 204 (1998) 114-118).

Cultura de protoplasto e seleção de calos resistente a herbicida

A seleção de calos resistentes ao herbicida é executada utilizando subculturas sequenciais dos alginatos em meio líquido de acordo com o Pelletier et al. (1983). A seleção pode ser iniciada uma semana após o tratamento de PEG/GRON em uma concentração adequada de herbicida inibidor de PPX; por exemplo, 32 pM de flumioxazina, ou 0.25 pM, 0.5 pM, 1 pM, 2 pM, 3 pM, 4 pM, 5 pM, 6 pM, 7 pM, 7.8 pM, 15.6 pM, 31.2 pM ou 62.5 pM de sulfentrazona.

Antes do final da fase de seleção em meio líquido, células e colônias são liberadas do alginato tratando-os durante 30-45 min com meio de cultura contendo 50 mM sw citrato de sódio. No momento de transferir colônias liberadas do líquido para o meio sólido Cul (Haberlach et al. Isolation, culture and regeneration of protoplastos from potato and several related Solanum species. Plant Science, 39 (1985) 67-74), a maioria das colônias podem ser ou mortas, ou consistirem de um centro esverdeado, coberto com outras camadas de células mortas. No meio de seleção solidificada (Cul + herbicida) a maioria dos microcalos que ainda contém células viventes pode interromper o cultivo e se tornar amarronzado. Crescimento limitado de calos individuais continua ocasionalmente, mas todos os calos não resistentes eventualmente se tornam marrom e morrem. Duas a três semanas após a transferência para meio de seleção solidificado (occasionalmente mais cedo), calos crescendo ativamente podem aparecer entre um fundo de células amarronzadas e microcallos.

Regeneração das plantas de calos tolerantes a herbicida derivados de protoplasto com uma mutação confirmada em um gene PPX é realizada. Calos tolerantes a herbicida inibidor de PPX que desenvolvem um meio de seleção solidificado e aqueles cujo DNA mediante análise mostra a presença de uma mutação são transferidos ao meio livre de herbicida Cul para acelerar desenvolvimento. Linhagens de calo individual variam nas suas taxas de crescimento e morfologias. Em geral, o desenvolvimento em direção à regeneração de galho segue essas etapas:

Calo verde calo indiferenciado com áreas verdes escuras desenvolvimento de inícios de galho -* desenvolvimento de uma planta. O desenvolvimento de linhagens de calo individual é variável, mas através de subculture contínua e multiplicação sobre meio de Cul ou alterando a formulação de meio para meio de diferenciação incluindo mas não limitado ao meio de diferenciação de Haberlach, durante um período de tempo aceitável (1-6 meses) seguido pela transferência das linhagens de calo para meio de regeneração incluindo, mas não limitado ao meio de regeneração Bokelmann (Bokelmann G.S. e Roest S., Z. Pflanzenphysiol. vol. 109, p. 259-265 (1983)) eventualmente produzem muitos galhos.

Uma vez que os galhos com três a quatro folhas são formados sobre meio de regeneração, eles são transferidos para o meio de propagação incluindo, mas não limitado ao meio de MS. Neste meio, ao longo do tempo, galhos e folhas desenvolvem que são morfologicamente ‘normais’. Após plântulas in vitro produzirem raízes, protocolos padrão são utilizados para adaptação às condições de estufa.

Triagem molecular

Utilizar técnicas moleculares padrão e tecnologias com base em PCR mais sensíveis pode ser utilizado para monitorar a frequência de mutações PPX após um tratamento de RTDS. Essas técnicas moleculares incluem e não são limitadas a, PCR específico de alelo, sequenciamento de DNA e outras tecnologias de identificação de SNP utilizando técnicas de não PCR. Essas técnicas permitem monitoramento da frequência de mutações direcionadas de PPX antecipadamente no procedimento. Em certas modalidades, as mutações podem ser medidas nas populações de células únicas. Essas técnicas podem então ser aplicáveis através de todo o processo de cultivo para confirmar e monitorar se mutações estão presentes nos calos selecionados e plantas regeneradas.

Exemplo 8: Pulverizador de Herbicida

Solanum tuberosum ou plantas de cultivar de batata Russet Burbank quando elas são 2-6" de altura (geralmente o estágio de 5-6 folhas) são pulverizadas com vários herbicidas inibidores de PPX. Herbicidas são pulverizados na presença de 0,25% de surfactante AU391. Os herbicidas são pulverizados, por exemplo, nas taxas a seguir: Flumioxazina 2 oz ingrediente ativo/Acre (ai/A) Sulfentrazona 4.5 oz ai/A Saflufenacil 1 -13 oz ai/A

Herbicidas são aplicados por pulverização foliar com plantas de controle sendo deixadas não pulverizadas. Tentativas de herbicida inibidor de PPX são avaliadas 14 dias após a pulverização utilizando uma escala de dano de 1-10 com 1 sendo morta, e 10 sendo controles não pulverizados não danificados. Linhagens de plantas individuais são pontuadas em cada taxa de pulverização comparado com o desempenho dos controles naquela taxa particular. Herbicidas inibidores de PPX têm uma janela potencialmente ampla de aplicação e podem ser utilizados como uma aplicação “pre” ou “pós” para culturas incluindo batata. Avaliações de herbicida incluem tanto estufa quanto aplicações de campo para monitorar dano de planta (cultura) e/ou controle de plantas daninhas. Produtos do trabalho de RTDS podem permitir fazendeiros plantarem culturas tipo batata e aplicar herbicidas inibidores de PPX para eliminar ou controlar plantas daninhas nos campos embora não danificando as culturas.

A menos que definido de outro modo, todos os termos técnicos e científicos utilizados aqui têm o mesmo significado como comumente entendido por alguém ordinariamente versado na técnica a qual esta invenção pertence.

As invenções ilustrativamente descritas aqui podem ser praticadas adequadamente na ausência de qualquer elemento ou elementos, limitação ou limitações, não especificamente descritos aqui. Assim, por exemplo, os termos “compreendendo”, “incluindo”, “contendo”, etc. devem ser lidos expansivamente e sem limitação. Adicionalmente, os termos e expressões empregados aqui foram utilizados como termos de descrição e não de limitação, e não há intenção no uso de tais termos e expressões de excluir quaisquer equivalentes das características mostradas e descritas ou suas porções. Reconhece-se que várias modificações são possíveis dentro do escopo da invenção reivindicada.

Assim, deve ser entendido que embora a presente invenção tenha sido especificamente descrita por modalidades preferenciais e características opcionais, modificação, melhoria e variação das invenções descritas pode ser recorrido para aqueles versados na técnica, e que tais modificações, melhorias e variações são consideradas para estarem dentro do escopo dessa invenção. Os materiais, métodos e exemplos providos aqui são representativos das modalidades preferenciais, são exemplarmente e não considerados como limitações no escopo da invenção.

A invenção foi descrita amplamente e genericamente aqui. Cada uma das espécies menores e agrupamentos subgenéricos caindo dentro da descrição 5 genérica também foram parte da invenção. Isso inclui a descrição genérica da invenção com uma provisão ou limitação negativa removendo qualquer matéria de sujeito do gênero, em relação a se ou não o material excisado é especificamente recitado aqui.

Além disso, onde características ou aspectos da invenção são descritos em 10 termos de grupos Markush, aqueles versados na técnica reconhecerão que a invenção é também descrita, portanto, em termos de qualquer membro individual ou subgrupo de membros do grupo Markush.

Todas as publicações, pedidos de patente, patentes e outras referências mencionadas aqui são expressamente incorporadas por referência em sua 15 totalidade, para a mesma extensão como se cada uma tivesse sido incorporada por referência individualmente. No caso de conflito, a presente especificação, incluindo definições, irá controlar.

Outras modalidade são exibidas nas reivindicações a seguir

Claims (4)

1. Método para a produção de uma célula com uma proteína PPX de planta mutada, caracterizado pelo fato de que compreende uma substituição na posição de aminoácido correspondente à posição 144 de SEQ ID NO:1, e uma substituição na posição de aminoácido correspondente à posição 220 de SEQ ID NO:1, em que a substituição na posição de aminoácido correspondente à posição 144 de SEQ ID NO:1 é uma substituição de arginina para cisteína ou leucina ou histidina, e em que a substituição na posição de aminoácido correspondente à posição 220 de SEQ ID NO:1 é uma substituição de alanina para treonina, compreendendo expressar a proteína PPX de planta mutada dentro de uma célula.

2. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de ser para a produção de uma planta resistente à flumioxazina, sulfentrazona e saflufenacil, compreendendo adicionalmente identificar uma célula de planta tendo uma taxa de crescimento ou taxa de divisão celular na presença de um herbicida que é pelo menos 35% da taxa de crescimento ou taxa de divisão celular em uma planta correspondente que expressa a proteína PPX do tipo selvagem na ausência do herbicida e regenerar uma planta resistente a herbicida não transgênica tendo um gene PPX mutado da referida célula de planta.

3. Método, de acordo com a reivindicação 1 ou 2, caracterizado pelo fato de que o gene PPX mutado codifica uma proteína compreendendo as substituições R144C e A220T.

4. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizado pelo fato de que a dita célula de planta é uma planta selecionada do grupo consistindo em batata, girassol, beterraba, milho, algodão, soja, trigo, centeio, aveia, arroz, canola, frutas, legumes, tabaco, cevada, sorgo, tomate, manga, pêssego, maçã, pêra, morango, banana, melão, cenoura, alface, cebola, soja spp, cana de açúcar, ervilha, feijão, álamo, uva, frutas cítricas, alfafa, centeio, aveia, gramados e forragem, linho, colza, pepino, glória da manhã, bálsamo, pimenta, berinjela, tagetes, lótus, repolho, margarida, cravo, petúnia, tulipa, íris, lírio, e plantas produtoras de noz, em particular em que a dita célula de planta é uma espécie selecionada do grupo consistindo em Solanum tuberosum, Oryza sativa, Sorghum bicolor, Ricinus communis, Brassica napus, Glycine max, e Zea mays, ou em que a dita célula de planta é uma cultivar de batata Russet Burbank.

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