KR101920503B1 - 변이된 프로토포르피리노겐 ix 산화효소(ppx) 유전자 - Google Patents

변이된 프로토포르피리노겐 ix 산화효소(ppx) 유전자 Download PDF

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Abstract

유전자도입 혹은 유전자비도입 식물에서 유전자 및/또는 단백질 돌연변이에 관련된 조성물 및 방법이 제공된다. 소정의 실시형태에 있어서, 본 발명은 프로토포르피리노겐 IX(PPX) 유전자에서의 돌연변이에 관한 것이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 본 발명은 제초제 저항성인 식물에 관한 것이다.

Description

변이된 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(PPX) 유전자{MUTATED PROTOPORPHYRINOGEN IX OXIDASE (PPX) GENES}
본 발명은, 적어도 부분적으로, 식물에서의 유전자 및/또는 단백질 돌연변이에 관한 것이다.
식물의 PPX 유전자의 소정의 돌연변이의 예들이 보고되어 있다. 예를 들어, 미국 특허 제5,767,373호는 "제초제 내성(tolerant)이 있는 천연의 프로토포르피리노겐 산화효소(프로톡스(protox)) 혹은 이 효소의 변형된 형태를 암호화(coding)하는 진핵생물 DNA 서열"을 개시하고 있고; 미국 특허 제6,282,837호는 "제초제 내성이 있는 천연의 프로토포르피리노겐 산화효소(프로톡스) 혹은 이 효소의 변형된 형태를 암호화하는 진핵생물 DNA 서열 및 제초제에 내성을 부여하는 변형된 프로톡스 활성을 지니는 식물을 이용하는 잡초를 제어하기 위한 방법"을 개시하고 있으며; 미국 특허 제6,308,458호는 "프로톡스-억제 제초제에 내성이 있는 변형된 프로톡스 효소를 암호화하는 DNA 서열로 형질전환된(transformed) 유전자도입(transgenic) 식물 혹은 식물 종자의 모집단에, 또는 상기 유전자도입 식물 혹은 식물 종자의 모집단이 재배되는 장소에 유효량의 프로톡스-억제 제초제를 적용하는 것을 포함하는 원치 않는 초목의 성장을 제어하는 방법"을 개시하고 있고; 미국 특허 제6,905,852호는 "서열번호 2[PPX 단백질]로 표시되는 아미노산 서열을 지니는 폴리펩타이드 또는 프로토포르피리노겐 산화효소의 활성과 실질적으로 동등한 활성을 지니며 상기 아미노산 서열 내의 하나 이상의 아미노산의 결실, 부가, 치환 등에 의해 그로부터 유래된 변이된(mutated) 펩타이드를 포함하는, 광퇴색 제초제에 내성이 있는 프로토포르피리노겐 산화효소 및 그의 유도체"를 개시하고 있으며; 미국 특허 제호는 "작물 식물에 대해 프로토포르피리노겐-억제 제초제에 대해서 저항성(resistant)을 부여하는 방법"을 개시하고 있다. 저항성은 포르피린성 제초제에 저항성이 있는 프로토포르피리노겐 산화효소를 암호화(encoding)하는 클론화된 DNA를 발현하도록 식물을 유전공학적으로 조작함으로써 부여되고; 미국 특허 출원 공개 제20020086395호 공보는 "프로토포르피리노겐 산화효소활성을 억제하는 화합물의 능력을 평가하기 위한 방법으로서, 해당 방법이 (1) 숙주 세포에서 작용가능한 프로모터와 프로토포르피리노겐 산화효소유전자가 조작적으로 연결되어 있는 DNA 단편을 이용해서 형질전환된 프로토포르피리노겐 산화효소활성에 의거한 성장 능력에 결함이 있는 숙주 세포로부터 기인되는 형질전환체의 성장 속도를 각 조건 하에서 측정하기 위하여 테스트 화합물의 존재 및 부재의 각 비교 시스템에서 실질적으로 프로토헴 화합물을 함유하지 않는 배지 중에서 DNA 단편에 존재하는 프로토포르피리노겐 산화효소유전자를 발현시키는 단계; 및 (2) 상기 성장 속도를 비교함으로써 프로토포르피리노겐 산화효소유전자를 억제하는 상기 화합물의 능력을 결정하는 단계 등을 포함하는 방법"을 개시하고 있으며; 문헌[Patzoldt WL, et al., PNAS USA 103:12329-34 (2006)]은 PPX의 "G210 코돈에 대응하는 3-bp 결실"을 개시하고 있고; 문헌[Li X, et al., Plant Physiology 133:736-47 (2003)]은 "식물 프로토포르피리노겐 산화효소(protoporphyrinogen oxidase: PPO) 유전자의 단리 및 제초제-저항성 돌연변이체의 단리"를 개시하고 있다. PPO 및 PPX라는 용어는 본 명세서에서 호환가능하게 이용된다.
본 발명은, 적어도 부분적으로, 식물 내 유전자 및 단백질 돌연변이에 관한 방법 및 조성물에 관한 것이다. 몇몇 양상 및 실시형태에 있어서, 본 발명은 또한 제초제-저항성 식물을 생산하기 위한 조성물 및 방법에 관한 것이다. 본 발명의 방법 및 조성물은, 적어도 부분적으로, 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(PPX) 유전자에서의 돌연변이에 관한 것이다.
일 양상에 있어서, 변이된 PPX 유전자를 포함하는 식물 혹은 식물 세포가 제공된다. 소정의 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 소정의 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자를 포함하는 식물 세포를 지니는 식물은 제초제-저항성; 예를 들어, PPX-억제 제초제에 대해 저항성이 있을 수 있다. 소정의 실시형태에 있어서, 식물 또는 식물 세포는 유전자비도입(non-transgenic)되어 있다. 소정의 실시형태에 있어서, 식물 또는 식물 세포는 유전자도입되어 있다. 본 발명은 또한 이러한 변이된 PPX 유전자를 포함하는 유전자도입 식물뿐만 아니라 이러한 변이된 PPX 유전자를 포함하는 재조합 벡터를 제공한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "PPX 유전자"란 용어는 아미노산 서열 서열번호 1과 상동성(homology) 및/또는 아미노산 동일성(identity)을 공유하고/하거나, PPX 활성을 입증하는 단백질을 암호화하는 PPX 폴리펩타이드를 생성가능한 DNA 서열을 지칭한다. 소정의 실시형태에 있어서, PPX 유전자는 특정 PPX 유전자; 예를 들어, 미토콘드리아 러셋 버뱅크(mitochondrial Russet Burbank) PPX 유전자, 예를 들어, StmPPX1 또는 StmPPX2; 또는 예를 들어, 색소체 러셋 버뱅크 PPX 유전자, 예를 들어, StcPPX1에 대해서 70%; 75%; 80%; 85%; 90%; 95%; 96%; 97%; 98%; 99%; 또는 100% 동일성을 지닌다. 소정의 실시형태에 있어서, PPX 유전자는 도 2, 도 4, 도 6, 도 8, 도 10, 도 12, 도 14, 도 16, 도 18, 도 20, 도 22, 도 24, 도 26, 도 28, 도 30, 도 32, 도 34, 도 36, 도 38, 도 41, 도 43 및 도 45에서의 서열들로부터 선택된 서열에 대해서 60%; 70%; 75%; 80%; 85%; 90%; 95%; 96%; 97%; 98%; 99%; 또는 100% 동일성을 지니는 서열을 지닌다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 유전자는 미토콘드리아 PPX 유전자; 예를 들어, StmPPX1 또는 StmPPX2이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 유전자는 색소체 PPX 유전자; 예를 들어, StcPPX1이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 유전자는 미토콘드리아 PPX 유전자 대립형질 혹은 대립유전자(allele); 예를 들어, StmPPX2.1 또는 StmPPX2.2이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 유전자는 색소체 PPX 유전자 대립유전자; 예를 들어, StcPPX1 또는 StcPPX1.1이다. 몇몇 식물, 예컨대, 물대마(water hemp)에 있어서, 단일 PPX 유전자의 단백질 산물은 문헌[Patzoldt WL, et al., PNAS USA 103:12329-34 (2006)]에 개시된 바와 같은 미토콘드리아와 색소체의 양쪽 모두이다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "돌연변이"란 용어는 정상 서열 또는 야생형 서열 또는 기준 서열, 예컨대, 서열번호 1 또는 서열번호 2에 대해서 핵산 서열 내의 적어도 단일의 뉴클레오타이드 변형(variation) 및/또는 폴리펩타이드 내의 단일의 아미노산 변형을 지칭한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이란 제초제 저항성이 없는 PPX 단백질의 아미노산 서열 또는 뉴클레오타이드에 대해서 핵산 서열 내의 적어도 단일의 뉴클레오타이드 변형 및/또는 폴리펩타이드 내의 단일의 아미노산 변형을 지칭한다. 소정의 실시형태에 있어서, 돌연변이는 치환, 결실, 역전 또는 삽입을 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 치환, 결실, 삽입 또는 역전은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24개의 뉴클레오타이드에서의 변형을 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 치환, 결실, 삽입 또는 역전은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8개의 아미노산 위치에서의 변형을 포함할 수 있다. "핵산" 또는 "핵산 서열"이란 용어는 올리고뉴클레오타이드, 뉴클레오타이드 또는 폴리뉴클레오타이드, 및 그의 단편 혹은 부분을 지칭하며, 이는 단일 가닥 혹은 이중 가닥일 수 있고 센스 혹은 안티센스 가닥을 나타낸다. 핵산은 DNA 또는 RNA를 포함할 수 있고, 천연 혹은 합성 기원일 수 있다. 예를 들어, 핵산은 mRNA 또는 cDNA을 포함할 수 있다. 핵산은 (예컨대, 중합효소 연쇄 반응을 이용해서) 증폭된 핵산을 포함할 수 있다. 전환 "NTwt###NTmut"는 돌연변이체 NTmut로 대체되어 있는 핵산 내의 위치 ###에서 야생형 뉴클레오타이드 NTwt로 되는 돌연변이를 나타내는데 이용된다. 뉴클레오타이드에 대한 단일 문자 코드는 특허 조사 절차의 미국 특허청 매뉴얼, 부문 2422, 표 1에 기재된 바와 같다. 이 점에서, 뉴클레오타이드 표기 "R"은 구아닌 혹은 아데닌 등과 같은 퓨린을 의미하고, "Y"는 사이토신 혹은 티민(RNA인 경우 유라실) 등과 같은 피리미딘을 의미하며; "M"은 아데닌 혹은 사이토신을 의미하고; "K"는 구아닌 또는 티민을 의미하며; "W"는 아데닌 또는 티민을 의미한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "변이된 PPX 유전자"란 용어는 기준 PPX 핵산 서열에 대해서 뉴클레오타이드 위치에서 1가지 이상의 돌연변이를 지니는 PPX 유전자를 지칭한다. 소정의 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 대응하는 야생형 PPX 서열에 대해서 1가지 이상의 돌연변이를 지닌다. 본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "야생형"이란 용어는 유전자좌에서의 표준 대립유전자, 또는 특정 모집단에서 최고 빈도를 지니는 대립유전자를 표기하는데 이용될 수 있다. 몇몇 경우에, 야생형 대립유전자는 특정 아미노산 혹은 핵산 서열로 표시될 수 있다. 예를 들어, 야생형 감자 색소체 PPX 단백질은 서열번호 7로 표시될 수 있다. 예를 들어, 야생형 감자 미토콘드리아 PPX 단백질은 서열번호 9로 표시될 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 기준 PPX 핵산 서열, 예를 들어 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 41 43 혹은 45에 대해서 혹은 그의 파랄로그(paralog)의 상동성 위치에서 1가지 이상의 돌연변이를 지닌다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 적어도 하나의 돌연변이로 변형된다. 다른 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 적어도 2가지 돌연변이로 변형된다. 다른 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 적어도 3가지 돌연변이로 변형된다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 표 2, 표 3a 및 표 3b로부터 선택된 2가지 이상의 핵산 서열 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 하나 이상의 변이된 미토콘드리아 PPX 단백질을 암호화한다. 다른 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 하나 이상의 변이된 색소체 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 변이된 미토콘드리아 PPX 유전자; 예를 들어, 변이된 StmPPX1이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 변이된 미토콘드리아 PPX 유전자; 예를 들어, 변이된 StmPPX2이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 변이된 색소체 PPX 유전자; 예를 들어, 변이된 StcPPX1이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 변이된 미토콘드리아 PPX 유전자 대립유전자; 예를 들어, 변이된 StmPPX2.1 또는 변이된 StmPPX2.2이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 변이된 색소체 PPX 유전자 대립유전자; 예를 들어, 변이된 StcPPX1 또는 변이된 StcPPX1.1이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 색소체 PPX 유전자 내에 적어도 하나의 돌연변이 그리고 미토콘드리아 PPX 유전자 내에 적어도 하나의 돌연변이가 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 유전자 내의 1가지 이상의 돌연변이는 제초제 저항성; 예를 들어, PPX-억제 제초제에 대해 저항성을 초래한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 기준 PPX 단백질과 비교해서 1종 이상의 제초제에 대해 증가된 저항성을 지니는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다.
몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자 내의 돌연변이는 2가지 이상의 돌연변이의 조합을 지니는 단백질을 암호화한다. 소정의 실시형태에 있어서, 적어도 하나의 돌연변이는 색소체 PPX 유전자 내에 있고, 적어도 하나의 돌연변이는 미토콘드리아 PPX 유전자 내에 있다. 소정의 실시형태에 있어서, 조합은 표 4a 및 표 4b로부터 선택된다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자 내의 돌연변이는 3가지 이상의 돌연변이의 조합; 예를 들어, 표 4a 및 표 4b로부터 선택된 조합을 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 색소체 PPX 유전자 내의 적어도 하나의 돌연변이와 미토콘드리아 PPX 유전자 내의 적어도 하나의 돌연변이는 동일한 대응하는 위치에 있다. 다른 실시형태에 있어서, 색소체 PPX 유전자 내의 적어도 하나의 돌연변이와 미토콘드리아 PPX 유전자 내의 적어도 하나의 돌연변이는 상이한 대응하는 위치에 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "PPX 단백질"이란 용어는 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 40, 42 또는 44의 PPX 단백질에 대해서 상동성 및/또는 아미노산 동일성을 지니고/지니거나 PPX 활성을 입증하는 단백질을 지칭한다. 소정의 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 특정 PPX 단백질, 예를 들어, 미토콘드리아 러셋 버뱅크 PPX 단백질 또는 색소체 러셋 버뱅크 PPX 단백질에 대해서 70%; 75%; 80%; 85%; 90%; 95%; 96%; 97%; 98%; 99%; 또는 100% 동일성을 지닌다. 소정의 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 도 1, 도 3, 도 5, 도 7, 도 9, 도 11, 도 13, 도 15, 도 17, 도 19, 도 21, 도 23, 도 25, 도 27, 도 29, 도 31, 도 33, 도 35, 도 37, 도 39, 도 40, 도 42 또는 도 44의 서열들로부터 선택된 서열에 대해서 70%; 75%; 80%; 85%; 90%; 95%; 96%; 97%; 98%; 99%; 또는 100% 동일성을 지닌다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "변이된 PPX 단백질"이란 용어는 기준 PPX 아미노산 서열에 대해서 아미노산의 위치에, 또는 그의 파랄로그의 상동성 위치에 1가지 이상의 돌연변이를 지니는 PPX 단백질을 지칭한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 기준 PPX 아미노산 서열, 예를 들어, 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 40, 42 또는 44, 또는 이들의 부분을 지니는 기준 PPX 아미노산 서열에 대해서 1가지 이상의 돌연변이를 지닌다. 소정의 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 대응하는 야생형 단백질에 대해서 1가지 이상의 돌연변이를 지닌다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 제초제 저항성이 없는 대응하는 단백질에 대해서 1가지 이상의 돌연변이를 지닌다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 적어도 하나의 돌연변이로 변형된다. 다른 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 적어도 2가지 돌연변이로 변형된다. 다른 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 적어도 3가지 돌연변이로 변형된다. 몇몇 실시형태에 있어서, 하나 이상의 미토콘드리아 PPX 단백질은 돌연변이된다. 다른 실시형태에 있어서, 하나 이상의 색소체 PPX 단백질은 돌연변이된다. 또 다른 실시형태에 있어서, 하나 이상의 미토콘드리아 PPX 단백질과 하나 이상의 색소체 PPX 단백질은 돌연변이된다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질이란 용어는 기준 단백질에 비해서 1종 이상의 제초제에 대해 증가된 저항성을 지니는 PPX 단백질을 지칭한다.
몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 및 525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 및 500으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 식물 또는 식물 세포는 변이된 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(PPX) 유전자를 포함할 수 있고, 여기서 상기 유전자는 서열번호 1의 G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, I170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 및 I525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에 돌연변이를 포함하는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 식물 또는 식물 세포는 변이된 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(PPX) 유전자를 포함할 수 있고, 여기서 상기 유전자는 서열번호 9의 D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, I215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 및 T500으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 아미노산 위치에 돌연변이를 포함하는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 아라비돕시스 탈리아나(Arabidopsis thaliana)(애기장대) PPX 단백질의 파랄로그이고(예를 들어 PPX 단백질은 감자 색소체 PPX 단백질일 수 있고), PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에 N(여기서 N은 N 이외의 아미노산으로 치환됨); 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에 K(여기서 K는 K 이외의 아미노산으로 치환됨); 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨); 및/또는 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨)를 지닐 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, I170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 및 I525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 9의 D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, I215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 및 T500으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질의 파랄로그이고(예를 들어 PPX 단백질은 감자 색소체 PPX 단백질일 수 있고), PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이를 지니고, 또한 (1) 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에 N(여기서 N은 N 이외의 아미노산으로 치환됨); (2) 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에 K(여기서 K는 K 이외의 아미노산으로 치환됨); (3) 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨); 및/또는 (4) 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨) 중 하나 이상을 지닌다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, I170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 및 I525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 9의 D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, I215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 및 T500으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질의 파랄로그이고(예를 들어 PPX 단백질은 감자 PPX 단백질일 수 있고), PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이를 지니며, 또한 (1) 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에 N(여기서 N은 N 이외의 아미노산으로 치환됨); (2) 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에 K(여기서 K는 K 이외의 아미노산으로 치환됨); (3) 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨); 및/또는 (4) 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨) 중 하나 이상을 지닌다.
본 명세서에 개시된 각종 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 단백질은 표 1, 표 2, 표 3a, 표 3b, 표 4a, 표 4b, 표 8a 내지 표 8f, 표 9a 내지 표 9d 및 표 10으로부터 선택된 1가지 이상의 아미노산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 표 1, 표 2, 표 3a, 표 3b, 표 4a, 표 4b, 표 8a 내지 표 8f, 표 9a 내지 표 9d 및 표 10으로부터 선택된 2가지 이상의 아미노산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 표 1, 표 2, 표 3a, 표 3b, 표 4a, 표 4b, 표 8a 내지 표 8f, 표 9a 내지 표 9d 및 표 10으로부터 선택된 3가지 이상의 아미노산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 표 2, 표 3a 및 표 3b로부터 선택된 1가지 이상의 핵산 서열 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질에서의 1가지 이상의 돌연변이는 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에서 글라이신에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로; 서열번호 1의 위치 111에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 130에 대응하는 위치에서 글라이신에서 아스파라긴으로; 서열번호 1의 위치 139에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 143에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로; 서열번호 1의 위치 147에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 165에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 아스파라긴으로; 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 티로신으로; 서열번호 1의 위치 192에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아스파르트산으로; 서열번호 1의 위치 192에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 193에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 199에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 206에 대응하는 위치에서 발린에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 219에 대응하는 위치에서 티로신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로; 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 서열번호 1의 위치 230에 대응하는 위치에서 알라닌에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 256에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 256에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 270에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루탐산으로; 서열번호 1의 위치 270에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 서열번호 1의 위치 271에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 글루타민에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 305에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 311에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 316에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 318에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 357에 대응하는 위치에서 류신에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 라이신에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 360에 대응하는 위치에서 류신에서 아스파르트산으로; 서열번호 1의 위치 360에 대응하는 위치에서 류신에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 366에 대응하는 위치에서 알라닌에서 글루탐산으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 430에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 438에 대응하는 위치에서 라이신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 440에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 444에 대응하는 위치에서 발린에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 455에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 457에 대응하는 위치에서 라이신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 470에 대응하는 위치에서 발린에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 470에 대응하는 위치에서 발린에서 티로신으로; 서열번호 1의 위치 478에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 483에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 484에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 알라닌으로; 서열번호 1의 위치 485에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 글루탐산으로; 서열번호 1의 위치 487에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 490에 대응하는 위치에서 라이신에서 아스파라긴으로; 서열번호 1의 위치 503에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 508에 대응하는 위치에서 발린에서 트레오닌으로; 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이로 이루어진 군으로부터 선택된 1가지 이상의 돌연변이, 2가지 이상의 돌연변이, 또는 3가지 이상의 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질의 파랄로그이고(예를 들어 PPX 단백질은 감자 PPX 단백질일 수 있고), PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에 N(여기서 N은 N 이외의 아미노산으로 치환됨); 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에 K(여기서 K는 K 이외의 아미노산으로 치환됨); 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨; 및/또는 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨)를 지닐 수 있다. 이러한 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질에서의 1가지 이상의 돌연변이는 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로; 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로; 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 라이신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 305에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 357에 대응하는 위치에서 류신에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 세린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 478에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로; 서열번호 9의 위치 58에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 아스파라긴으로; 서열번호 9의 위치 64에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 발린으로; 서열번호 9의 위치 74에 대응하는 위치에서 글라이신에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 84에 대응하는 위치에서 글라이신에서 아스파라긴으로; 서열번호 9의 위치 93에 대응하는 위치에서 류신에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 97에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로; 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로; 서열번호 9의 위치 101에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로; 서열번호 9의 위치 119에 대응하는 위치에서 세린에서 아스파라긴으로; 서열번호 9의 위치 121에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 139에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 티로신으로; 서열번호 9의 위치 139에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아르기닌으로; 서열번호 9의 위치 139에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 150에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아스파르트산으로; 서열번호 9의 위치 150에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 라이신으로; 서열번호 9의 위치 151에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로; 서열번호 9의 위치 157에 대응하는 위치에서 글루타민에서 류신으로; 서열번호 9의 위치 164에 대응하는 위치에서 발린에서 페닐알라닌으로; 서열번호 9의 위치 164에 대응하는 위치에서 발린에서 알라닌으로; 서열번호 9의 위치 170에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글루탐산으로; 서열번호 9의 위치 177에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로; 서열번호 9의 위치 187에 대응하는 위치에서 히스티딘에서 글루타민으로; 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 9의 위치 195에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 세린으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 215에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 세린으로; 서열번호 9의 위치 215에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루탐산으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 서열번호 9의 위치 230에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로; 서열번호 9의 위치 271에 대응하는 위치에서 시스테인에서 아르기닌으로; 서열번호 9의 위치 274에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로; 서열번호 9의 위치 283에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 글라이신으로; 서열번호 9의 위치 292에 대응하는 위치에서 알라닌에서 글라이신으로; 서열번호 9의 위치 296에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로; 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로; 서열번호 9의 위치 324에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로; 서열번호 9의 위치 324에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로; 서열번호 9의 위치 330에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글루탐산으로; 서열번호 9의 위치 396에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로; 서열번호 9의 위치 404에 대응하는 위치에서 알라닌에서 세린으로; 서열번호 9의 위치 406에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 라이신으로; 서열번호 9의 위치 410에 대응하는 위치에서 라이신에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 421에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로; 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로; 서열번호 9의 위치 434에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로; 서열번호 9의 위치 434에 대응하는 위치에서 시스테인에서 티로신으로; 서열번호 9의 위치 447에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로; 서열번호 9의 위치 448에 대응하는 위치에서 세린에서 알라닌으로; 서열번호 9의 위치 449에 대응하는 위치에서 발린에서 글루탐산으로; 서열번호 9의 위치 451에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로; 서열번호 9의 위치 454에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 아스파라긴으로; 서열번호 9의 위치 465에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 9의 위치 470에 대응하는 위치에서 라이신에서 트레오닌으로; 및 서열번호 9의 위치 500에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 세린의 변이로 이루어진 군으로부터 선택된 1가지 이상의 돌연변이, 2가지 이상의 돌연변이, 또는 3가지 이상의 돌연변이를 포함한다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 소정의 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 돌연변이들의 조합; 예를 들어 표 4a 및 표 4b로부터 선택된 돌연변이들의 조합을 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이의 조합; 예를 들어, 표 4a 및 표 4b로부터 선택된 조합을 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이의 조합; 예를 들어, 표 4a 및 표 4b로부터 선택된 조합을 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자 내의 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 Y426에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 N85, R144, F145, A180, A220, L226 및 S244로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이의 조합을 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자 내의 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 L393에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 R144, F145, A220, S224 및 S244로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이의 조합을 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 L403에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 F145, A220 및 L226으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이의 조합을 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 R144에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 G52, N85, A220, S244, L226, M228, K272, S332, L393, L424, Y426 및 I525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이의 조합을 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 N85에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 R144, F145, A180, A220, L226, M228 및 Q272로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이의 조합을 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 L424에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 R144, F145, A220, L226 및 L393으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이의 조합을 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 I525에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 위치 N85, F144, F145, A180, L226 및 S244에 대응하는 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 R144에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 위치 A220에 대응하는 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질의 파랄로그이고(예를 들어 PPX 단백질은 감자 PPX 단백질일 수 있고), PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에 N(여기서 N은 N 이외의 아미노산으로 치환됨); 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에 K(여기서 K는 K 이외의 아미노산으로 치환됨; 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨); 및/또는 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨)를 지닐 수 있다. 이러한 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이의 조합; 예를 들어, 표 4a 및 표 4b로부터 선택된 조합을 포함한다. 이러한 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이의 조합; 예를 들어, 표 4a 및 표 4b로부터 선택된 조합을 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자 내의 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 Y426에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 N85, R144, F145, A180, A220, L226 및 S244로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자 내의 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 L393에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 R144, F145, A220, S244 및 S224로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 L403에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 F145, A220 및 L226으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 R144에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 N52, N85, A220, S244, L226, M228, K272, S332, L393, L424, Y426 및 S525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 N85에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 R144, F145, A180, A220, L226, M228 및 K272로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 L424에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 R144, F145, A220, L226 및 L393로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 1의 S525에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 1의 위치 N85, F144, F145, A180, L226 및 S244로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 9의 98에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 9의 74, 93, 97, 98, 119, 121, 124, 139, 150, 151, 164, 188, 214, 229, 230, 271, 274, 292, 307, 324, 396, 410, 423, 434, 447, 448, 451, 465, 470 및 500으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 소정의 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 9의 98에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 9의 271, 274, 292, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 423, 434, 447, 448, 454, 465, 470 및 500으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 소정의 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 9의 98에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 9의 307 및 423으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 소정의 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 서열번호 9의 98에 대응하는 위치에서의 돌연변이와 서열번호 9의 124, 188, 214 및 229로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에서의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다.
본 명세서에 개시된 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, PPX 단백질은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질의 파랄로그일 수 있고(예를 들어 PPX 단백질은 감자 미토콘드리아 PPX 단백질일 수 있고), PPX 단백질은 서열번호 9에 대한 하나 이상의 대응하는 PPX 아미노산을 지닐 수 있다. 본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자 내의 1가지 이상의 돌연변이는 변이된 PPX 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 1가지 이상의 돌연변이, 2가지 이상의 돌연변이, 3가지 이상의 돌연변이를 지니는 변이된 PPX 단백질을 암호화할 수 있고, 상기 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 및 500로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 위치에 대응하는 아미노산 위치에 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 식물 세포는 변이된 PPX 유전자를 지닐 수 있다. 소정의 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 소정의 실시형태에 있어서, 식물 세포는 제초제-저항성 식물의 일부일 수 있다. 상기 방법은 식물 세포 내로 유전자 올리고뉴클레오베이스(gene repair oligonucleobase: GRON)를; 예를 들어, PPX 유전자 내에 표적화된 돌연변이를 지니는 GRON을 이용해서 도입하는 단계를 포함할 수 있다. 소정의 실시형태에 있어서, 상기 방법에 의해 생산된 식물 세포는 변이된 PPX 단백질을 발현할 수 있는 PPX 유전자를 포함할 수 있다. 상기 방법은 대응하는 야생형 식물 세포와 비교해서 (1) 변이된 PPX 유전자 및/또는 (2) 정상 성장 및/또는 촉매 활성을 포함하는 식물 세포를 포함하는 식물 세포 또는 식물을 식별하는 것을 포함할 수 있다. 본 명세서에 기재된 바와 같은 식물 세포를 지니는 제초제-저항성 식물은 PPX-억제 제초제의 존재 중에서 식별될 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 식물 세포는 유전자비도입되어 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 식물 세포는 유전자도입되어 있다. 본 명세서에 기재된 바와 같은 식물 세포를 포함하는 식물은 유전자비도입 또는 유전자도입 제초제-저항성 식물일 수 있고; 예를 들어, 식물 및/또는 식물 세포는 적어도 1종의 제초제에 대한 저항성을 초래하는 변이된 PPX 유전자를 지닐 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 본 명세서에 기재된 바와 같은 식물 세포를 지니는 식물은 1종 이상의 식물 세포로부터 혹은 1종 이상의 식물 세포로 구성된 식물 조직으로부터; 예를 들어, 덩이줄기로부터 무성으로 생산될 수 있다. 다른 실시형태에 있어서, 본 명세서에 기재된 바와 같은 식물 세포를 지니는 식물은 유성으로 생산될 수 있다.
다른 양상에서, 제초제-저항성 식물을 생산하는 방법이 제공된다. 해당 방법은 식물 세포 내로 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스(GRON)를; 예를 들어, PPX 유전자 내에 표적화된 돌연변이로 지정된 GRON을 도입하는 단계를 포함할 수 있다. 변이된 PPX 유전자는 변이된 PPX 단백질을 발현할 수 있다. 상기 방법은 대응하는 야생형 식물 세포와 비교해서 정상 성장 및/또는 촉매 활성을 지니는 식물을 식별하는 단계를 더 포함할 수 있다. 식물은 PPX-억제 제초제의 존재 중에 식별될 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 식물은 유전자비도입되어 있다. 식물은, 몇몇 실시형태에 있어서, 유전자비도입 제초제-저항성 식물일 수 있고; 예를 들어, 식물은 적어도 1종의 제초제에 대해서 저항성 혹은 내성을 초래하는 변이된 PPX 유전자를 포함할 수 있다.
다른 양상에 있어서, 변이된 PPX 유전자를 포함하는 종자(seed)가 제공된다. 몇몇 실시형태에 있어서, 종자는 변이된 PPX 유전자를 지닌다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 제초제; 예를 들어, PPX-억제 제초제에 대해 저항성이 있을 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 종자로부터 성장된 식물은 적어도 1종의 제초제; 예를 들어, PPX-억제 제초제에 저항성이 있다.
다른 양상에 있어서, (a) 제1식물을 제2식물과 이종교배하고(여기서 제1식물은 변이된 PPX 유전자를 포함하고, 상기 유전자는 변이된 PPX 단백질을 암호화함); (b) 상기 이종교배로부터 얻어진 모집단을, 증가된 제초제-저항성; 예를 들어, PPX-억제 제초제에 대한 증가된 저항성에 대해서 스크리닝(screening)하며, (c) 증가된 제초제-저항성을 지니는 상기 이종교배로부터 얻어진 멤버를 선택하고/하거나 (d) 상기 이종교배로부터 얻어진 종자를 생산함으로써 식물의 제초제-저항성을 증가시키는 방법이 제공된다. 몇몇 실시형태에 있어서, 잡종 종자(hybrid seed)가 본 명세서에 기재된 바와 같은 방법들 중 어느 하나에 의해 생산될 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 식물은 본 명세서에 기재된 바와 같은 방법들 중 어느 하나에 의해 생산된 종자들로부터 성장된다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 식물 및/또는 종자는 유전자비도입되어 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 식물 및/또는 종자는 유전자도입되어 있다.
다른 양상에 있어서, 잡초와 식물을 포함하는 밭(field)에 유효량의 적어도 1종의 제초제를 적용함으로써 식물을 포함하는 밭에서 잡초를 조절하는 방법이 제공된다. 상기 방법의 몇몇 실시형태에 있어서, 적어도 1종의 제초제는 PPX-억제 제초제이다. 상기 방법의 몇몇 실시형태에 있어서, 밭 내의 식물들 중 1종 이상은 변이된 PPX 유전자; 예를 들어 본 명세서에 기재된 것 등을 포함한다. 상기 방법의 몇몇 실시형태에 있어서, 밭 내의 식물들의 1종 이상은 본 명세서에 기재된 바와 같은 변이된 PPX 유전자를 지니는 유전자비도입 또는 유전자도입 식물을 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 밭 내의 식물들의 1종 이상은 제초제 저항성; 예를 들어, PPX-억제 제초제에 대한 저항성이 있다.
다른 양상에 있어서, PPX 단백질 혹은 그의 일부를 암호화하는 단리된 핵산이 제공된다. 몇몇 실시형태에 있어서, 단리된 핵산은 본 명세서에 기재된 바와 같은 PPX 유전자 돌연변이들 중 하나 이상을 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 단리된 핵산은 본 명세서에 개시된 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 소정의 실시형태에 있어서, 단리된 핵산은 제초제 저항성; 예를 들어, PPX-억제 제초제에 대한 저항성이 있는 PPX 단백질을 암호화한다.
다른 양상에 있어서, 변이된 PPX 유전자의 단리된 핵산을 함유하는 발현 벡터가 제공된다. 몇몇 실시형태에 있어서, 발현 벡터는 PPX 단백질을 암호화하는 단리된 핵산을 함유한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 단리된 핵산은 표 1, 표 2, 표 3a, 표 3b, 표 4a, 표 4b, 표 8a 내지 표 8f, 표 9a 내지 표 9d 및 표 10에 표시된 돌연변이들로부터 선택된 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 소정의 실시형태에 있어서, 단리된 핵산은 2가지 이상의 돌연변이를 지니는 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 2가지 이상의 돌연변이는 표 1, 표 2, 표 3a, 표 3b, 표 4a, 표 4b, 표 8a 내지 표 8f, 표 9a 내지 표 9d 및 표 10으로부터 선택된다. 소정의 실시형태에 있어서, 단리된 핵산은 제초제 저항성; 예를 들어, PPX-억제 제초제에 대한 저항성이 있는 PPX 단백질을 암호화한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "제초제"란 용어는 식물을 사멸시킬 수 있거나 식물의 성장 및/또는 생육성을 중단시키거나 저감시킬 수 있는 임의의 화학약품 혹은 물질을 지칭한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 제초제 저항성은 미변형 야생형 식물을 통상 사멸시키거나 심하게 손상시키는 제초제의 농도로 후속의 처리에 살아남거나 재생되는 식물의 유전학적 유전 능력이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 제초제는 PPX-억제 제초제이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 표 5에 열거된 화학약품 계열의 군으로부터 선택된 화학약품 계열로부터의 제초제이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 N-페닐프탈이미드류, 트라이아졸리논류 및 피리미딘다이온류로 이루어진 화학약품 계열의 군으로부터 선택된 화학약품 계열로부터의 제초제이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 표 5에 열거된 제초제의 군으로부터 선택된다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 플루미옥사진(flumioxazin), 설펜트라존(sulfentrazone) 및 사플루페나실(saflufenacil)로 이루어진 제초제의 군으로부터 선택된다. 다른 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 플루미옥사진 제초제이다. 다른 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 설펜트라존 제초제이다. 다른 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 사플루페나실 제초제이다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 식물 또는 식물 세포는, 이미 구체적으로 언급되어 있는 한에 있어서 감자, 해바라기, 사탕무, 옥수수, 목화, 대두, 밀, 호밀, 귀리, 벼, 캐놀라, 과실류(fruits), 채소류, 담배, 보리, 수수, 토마토, 망고, 복숭아, 사과, 배, 딸기, 바나나, 멜론, 당근, 상추, 양파, 콩 종(soya spp), 사탕수수, 완두콩, 필드빈(field beans), 포플러, 포도, 감귤류, 알팔파(alfalfa), 호밀, 귀리, 잔디 및 사료 풀(turf and forage grasses), 아마, 유지종자 평지, 오이, 나팔꽃, 발삼, 후추, 가지, 매리골드, 연(lotus), 양배추, 데이지, 카네이션, 페튜니아, 튤립, 붓꽃, 백합 및 너트-생산 식물로 이루어진 군으로부터 선택된 식물 작물이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 식물 또는 식물 세포는 표 6으로부터 선택된 종이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 식물 또는 식물 세포는 아라비돕시스 탈리아나, 솔라넘 투베로섬(Solanum tuberosum)(감자), 솔라넘 푸레자(Solanum phureja), 오리자 사티바(Oryza sativa)(벼), 아마란투스 투베쿨라투스(Amaranthus tuberculatus), 지 메이스(Zea mays)(옥수수), 브라시카 나퍼스(Brassica napus)(유채) 및 글라이신 맥스(Glycine max)로 이루어진 군으로부터 선택된 종이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 식물 또는 식물 세포는 러셋 버뱅크 감자 품종이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 러셋 버뱅크 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 솔라넘 투베로섬 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 솔라넘 푸레자 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 지 메이스 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 오리자 사티바 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 아마란투스 투베쿨라투스 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 소르굼 비콜로르(Sorghum bicolor) PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 리시너스 콤뮤니스(Ricinus communis) PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 브라시카 나퍼스 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 글라이신 맥스 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자 At4g01690은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자 At5g14220은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질을 암호화한다.
본 명세서에 개시된 양상들, 실시형태들, 방법들 또는 조성물들 중 어느 하나에 있어서는 하나 이상의 변이된 PPX 유전자를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 방법들 및 조성물들은 하나 이상의 미토콘드리아 PPX 단백질을 암호화하는 하나 이상의 변이된 PPX 유전자를 포함한다. 다른 실시형태에 있어서, 상기 방법들 및 조성물들은 하나 이상의 색소체 PPX 단백질을 암호화하는 하나 이상의 변이된 PPX 유전자를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 방법들 및 조성물들은 하나 이상의 색소체 PPX 단백질 및 미토콘드리아 PPX 단백질을 암호화하는 하나 이상의 변이된 PPX 유전자를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 방법들 및 조성물들은 미토콘드리아 변이된 PPX 유전자 StmPPX1을 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 방법들 및 조성물들은 미토콘드리아 변이된 PPX 유전자 StmPPX2를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 식물은 색소체 변이된 PPX 유전자 StcPPX1을 지닌다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 방법들 및 조성물들은 미토콘드리아 변이된 PPX 유전자 대립유전자 StcPPX2.1을 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 방법들 및 조성물들은 미토콘드리아 변이된 PPX 유전자 대립유전자 StcPPX2.2를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 방법들 및 조성물들은 색소체 변이된 PPX 유전자 대립유전자 StcPPX1을 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 방법들 및 조성물들은 색소체 변이된 PPX 유전자 대립유전자 StcPPX1.1을 포함한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "유전자"란 용어는 비암호화 기능(예컨대, 리보솜 혹은 전이 RNA)을 지닐 수 있거나 폴리펩타이드 또는 폴리펩타이드 전구체를 암호화하는, RNA의 생산을 위해 필요한 제어 및 암호화 서열을 포함하는 DNA를 지칭한다. RNA 또는 폴리펩타이드는 목적으로 하는 활성 혹은 기능이 유지되는 한 전장 암호화 서열(full length coding sequence)에 의해 또는 해당 암호화 서열의 임의의 부분에 의해 암호화될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "암호화 서열"이란 용어는 mRNA 및/또는 폴리펩타이드 또는 그의 단편을 생산하기 위하여 전사 및/또는 번역될 수 있는, 핵산 혹은 그의 보체, 또는 그의 일부의 서열을 지칭한다. 암호화 서열은, 성숙 mRNA를 생산하기 위하여 세포의 생화학적 기구에 의해 함께 연합되는, 게놈 DNA 내의 엑손 또는 미성숙 1차 RNA 전사물을 포함할 수 있다. 안티 센스 가닥은 이러한 핵산의 보체이고, 암호화 서열은 그로부터 추론될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이,"비암호화(non-coding) 서열"이란 용어는, 생체내에서 아미노산으로 전사되지 않거나 tRNA가 아미노산을 배치하거나 배치하려고 시도하도록 상호작용하지 않는, 핵산 혹은 그의 보체 혹은 그의 일부의 서열을 지칭한다. 비-암호화 서열은, 게놈 DNA 혹은 미성숙 1차 RNA 전사물 내의 인트론 서열과, 프로모터, 인핸서(enhancer), 사일런서(silencer) 등과 같은 유전자-연관 서열의 양쪽 모두를 포함한다.
뉴클레오베이스는 염기로, 소정의 바람직한 실시형태에서는 퓨린, 피리미딘, 또는 그의 유도체 혹은 유사체이다. 뉴클레오사이드는 펜토세푸라노실 모이어티, 예컨대, 임의선택적으로 치환된 리보사이드 혹은 2'-데옥시리보사이드를 함유하는 뉴클레오베이스이다. 상기 모이어티는 해당 모이어티를 지니지 않는 뉴클레오사이드와 비교해서 DNA 결합을 증가시키고/시키거나 뉴클레아제 분해를 저감시키는 임의의 군일 수 있다. 뉴클레오사이드는 인을 함유할 수 있거나 함유할 수 없는 수개의 연쇄 모이어티(linkage moiety) 중 하나에 의해 연결될 수 있다. 비치환 포스포다이에스터 연쇄에 의해 연결되는 뉴클레오사이드는 뉴클레오타이드라 지칭된다. 본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "뉴클레오베이스"란 용어는 펩타이드 뉴클레오베이스, 펩타이드 핵산의 서브유닛, 및 몰폴린 뉴클레오베이스뿐만 아니라 뉴클레오사이드 및 뉴클레오타이드를 포함한다.
올리고뉴클레오베이스는 뉴클레오베이스를 포함하는 중합체이며; 바람직하게는 그의 적어도 일부는 상보성 서열을 지니는 DNA에 대한 왓슨-크릭 염기 짝짓기에 의해 혼성화될 수 있다. 올리고뉴클레오베이스 사슬은 단일의 5' 및 3' 말단을 지닐 수 있고, 이들은 중합체의 궁극적인 뉴클레오베이스이다. 특정 올리고뉴클레오베이스 사슬는 모든 우형의 뉴클레오베이스를 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오베이스 화합물은 상보성이고 왓슨-크릭 염기 짝짓기에 의해 혼성화될 수 있는 하나 이상의 올리고뉴클레오베이스 사슬를 포함하는 화합물이다. 리보형 뉴클레오베이스는 펜토세푸라노실 함유 뉴클레오베이스를 함유하며, 여기서 2' 탄소는 하이드록실, 알킬옥시 혹은 할로겐으로 치환된 메틸렌이다. 데옥시리보형 뉴클레오베이스는 리보형 뉴클레오베이스 이외의 뉴클레오베이스이고, 펜토세푸라노실 모이어티를 함유하지 않는 모든 뉴클레오베이스를 포함한다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 올리고뉴클레오베이스 가닥은 올리고뉴클레오베이스 사슬과 올리고뉴클레오베이스 사슬의 세그먼트 혹은 영역의 양쪽 모두를 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오베이스 가닥은 5' 단부와 3' 단부를 지닐 수 있고, 올리고뉴클레오베이스 가닥이 사슬과 동일 공간을 차지할 경우, 해당 가닥의 5' 및 3' 단부는 또한 사슬의 5' 및 3' 말단이다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "유전자 수복 올리고뉴클레오베이스" 또는 "GRON"이란 용어는 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드, 비-뉴클레오타이드 함유 분자, 단일 가닥 올리고데옥시뉴클레오타이드 및 기타 유전자 수복 분자를 비롯하여 올리고뉴클레오베이스를 지칭한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "유전자도입"이란 용어는 그의 게놈 내로 삽입된 다른 유기체로부터 유래된 DNA를 지니는 유기체 혹은 세포를 지칭한다. 예를 들어, 몇몇 실시형태에 있어서, 유전자도입 유기체 혹은 세포는 외래 프로모터 및/또는 암호화 영역을 포함하는 삽입된 DNA를 포함한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "유전자비도입"이란 용어는 유전자비도입 식물 또는 세포가 하나 이상의 인공적으로 도입된 표적화된 돌연변이를 지닐 수 있다고 하더라도 그의 게놈 내로 삽입된 다른 유기체로부터 유래된 DNA를 지니지 않는 유기체 또는 세포를 지칭한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "단리된"이란 용어는, 핵산(예컨대, RNA, DNA 혹은 혼합 중합체 등과 같은 올리고뉴클레오타이드)과 관련된 경우, 천연적으로 유래하고/하거나 실질적으로 이러한 핵산을 천연적으로 수반하는 다른 세포 성분과는 실질적으로 분리되는 게놈의 실질적인 부분으로부터 떨어져 있는 핵산을 지칭한다. 예를 들어, 합성적으로(예컨대, 시리얼 염기 축합에 의해) 생산된 임의의 핵산은 단리되는 것으로 여겨진다. 마찬가지로, 프라이머 연장 반응(예컨대, PCR)에 의해 재조합적으로 발현되고, 클로닝되어 생산되거나 또는 다르게는 게놈으로부터 작용하는 핵산은 단리되는 것으로 여겨진다.
명세서에서 이용되는 바와 같이, "아미노산 서열"이란 용어는 폴리펩타이드 또는 단백질 서열을 지칭한다. 통상 "AAwt###AAmut"는 돌연변이체 AAmut와 교체되고 있는 폴리펩타이드 내의 위치 ###에서 야생형 아미노산 AAwt으로 되는 돌연변이를 나타내는데 이용된다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "보체"란 용어는 표준 왓슨/크릭 짝짓기 규칙에 따라서 핵산에 대한 상보성 서열을 지칭한다. 보체 서열은 또한 DNA 서열 혹은 그의 상보성 서열에 대한 RNA 상보성의 서열일 수 있고, 또한 cDNA일 수도 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "실질적으로 상보성"이란 용어는 거의 엄격한 혼성화 조건 하에 혼성화되는 2개의 서열을 지칭한다. 당업자라면 실질적으로 상보성 서열이 그의 전체 길이에 따라서 혼성화될 필요가 없는 것을 이해할 것이다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "코돈"이란 용어는 단백질 합성 동안 폴리펩타이드 사슬 내의 특정 아미노산의 삽을 결정하는 유전 코드 혹은 단백질 합성을 중지시키는 신호를 구성하는 3개의 인접한 뉴클레오타이드(RNA 또는 DNA)의 서열을 지칭한다. "코돈"이란 용어는 또한 원래의 DNA가 전사되는 메신저 RNA 내의 3개의 뉴클레오타이드의 대응하는(및 상보성) 서열을 지칭하는데 이용된다,
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "상동성"이란 용어는 단백질과 DNA 간의 서열 유사성을 지칭한다. "상동성" 혹은 "상동성의"이란 용어는 동일성의 정도를 지칭한다. 부분 상동성 혹은 완전 상동성이 있을 수 있다. 부분 상동성 서열은 다른 서열과 비교될 경우 100% 미만의 서열 동일성을 지니는 것이다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, 양적인 용어에서의 "약"이란 용어는 = 혹은 - 10%를 지칭한다. 예를 들어, "약 3%"는 2.7 내지 3.3%를 포함하고, "약 10%"는 9 내지 11%를 포함한다. 게다가, "약"이 양적 용어와 함께 본 명세서에서 이용될 경우, + 혹은 - 10%에 부가해서, 양적 용어의 정확한 값이 또한 상정되고 기재된다. 예를 들어, "약 3%"란 용어는 정확히 3%를 분명히 상정하고 기재하며 포함한다.
도 1은 아라비돕시스 탈리아나 엽록체(색소체) PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 1)을 나타낸 도면;
도 2는 아라비돕시스 탈리아나 엽록체(색소체) PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 2)을 나타낸 도면;
도 3은 아라비돕시스 탈리아나 미토콘드리아 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 3)을 나타낸 도면;
도 4는 아라비돕시스 탈리아나 미토콘드리아 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 4)을 나타낸 도면;
도 5는 아마란투스 투베쿨라투스 미토콘드리아 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 5)을 나타낸 도면;
도 6은 아마란투스 투베쿨라투스 미토콘드리아 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 6)을 나타낸 도면;
도 7은 솔라넘 투베로섬 색소체 PPX 단백질 StcPPX의 아미노산 서열(서열번호 7)을 나타낸 도면;
도 8은 솔라넘 투베로섬 색소체 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 8)을 나타낸 도면;
도 9는 솔라넘 투베로섬 미토콘드리아 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 9)을 나타낸 도면;
도 10은 솔라넘 투베로섬 미토콘드리아 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 10)을 나타낸 도면;
도 11은 지 메이스 색소체 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 11)을 나타낸 도면;
도 12는 지 메이스 색소체 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 12)을 나타낸 도면;
도 13은 지 메이스 미토콘드리아 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 13)을 나타낸 도면;
도 14는 지 메이스 미토콘드리아 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 14)을 나타낸 도면;
도 15는 오리자 사티바 색소체 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 15)을 나타낸 도면;
도 16은 오리자 사티바 색소체 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 16)을 나타낸 도면;
도 17은 오리자 사티바 미토콘드리아 PPX 단백질 cDNA의 아미노산 서열(서열번호 17)을 나타낸 도면;
도 18은 오리자 사티바 미토콘드리아 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 18)을 나타낸 도면;
도 19는 소르굼 비콜로르 색소체 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 19)을 나타낸 도면;
도 20은 소르굼 비콜로르 색소체 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 20)을 나타낸 도면;
도 21은 소르굼 비콜로르 미토콘드리아 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 21)을 나타낸 도면;
도 22는 소르굼 비콜로르 미토콘드리아 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 22)을 나타낸 도면;
도 23은 리시너스 콤뮤니스 색소체 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 23)을 나타낸 도면;
도 24는 리시너스 콤뮤니스 색소체 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 24)을 나타낸 도면;
도 25는 리시너스 콤뮤니스 미토콘드리아 PPX 단백질의 아미노산 서열(서열번호 25)을 나타낸 도면;
도 26은 리시너스 콤뮤니스 미토콘드리아 PPX cDNA의 핵산 서열(서열번호 26)을 나타낸 도면;
도 27은 솔라넘 투베로섬 미토콘드리아 PPX 단백질 StmPPX1의 아미노산 서열(서열번호 27)을 나타낸 도면;
도 28은 솔라넘 투베로섬 미토콘드리아 PPX cDNA StmPPX1의 핵산 서열(서열번호 28)을 나타낸 도면;
도 29는 솔라넘 투베로섬 미토콘드리아 PPX 단백질 StmPPX2.1의 아미노산 서열(서열번호 29)을 나타낸 도면;
도 30은 솔라넘 투베로섬 미토콘드리아 PPX cDNA StmPPX2.1의 핵산 서열(서열번호 30)을 나타낸 도면;
도 31은 솔라넘 투베로섬 미토콘드리아 PPX 단백질 StmPPX2.2의 아미노산 서열(서열번호 31)을 나타낸 도면;
도 32는 솔라넘 투베로섬 미토콘드리아 PPX cDNAStmPPX2.2의 핵산 서열(서열번호 32)을 나타낸 도면;
도 33은 브라시카 나퍼스 색소체 PPX 단백질 BncPPX1의 아미노산 서열(서열번호 33)을 나타낸 도면;
도 34는 브라시카 나퍼스 PPX cDNA BncPPX1의 핵산 서열(서열번호 34)을 나타낸 도면;
도 35는 브라시카 나퍼스 색소체 PPX 단백질 BncPPX2의 아미노산 서열(서열번호 35)을 나타낸 도면;
도 36은 브라시카 나퍼스 PPX cDNA BncPPX2의 핵산 서열(서열번호 36)을 나타낸 도면;
도 37은 브라시카 나퍼스 색소체 PPX 단백질 BncPPX3의 부분 아미노산 서열(서열번호 37)을 나타낸 도면;
도 38은 브라시카 나퍼스 PPX cDNA BncPPX3의 부분 핵산 서열(서열번호 38)을 나타낸 도면;
도 39는 글라이신 맥스 색소체 PPX 단백질 GmcPPX1-1의 아미노산 서열(서열번호 39)을 나타낸 도면;
도 40은 글라이신 맥스 색소체 PPX 단백질 GmcPPX1-2의 아미노산 서열(서열번호 40)을 나타낸 도면;
도 41은 글라이신 맥스 색소체 PPX 단백질 GmcPPX1의 핵산 서열(서열번호 41)을 나타낸 도면;
도 42는 글라이신 맥스 색소체 PPX 단백질 GmcPPX2의 아미노산 서열(서열번호 42)을 나타낸 도면;
도 43은 글라이신 맥스 색소체 PPX 단백질 GmcPPX2의 핵산 서열(서열번호 43)을 나타낸 도면;
도 44는 글라이신 맥스 미토콘드리아 PPX 단백질 GmcPPX의 아미노산 서열(서열번호 44)을 나타낸 도면;
도 45는 글라이신 맥스 미토콘드리아 PPX 단백질 GmcPPX의 핵산 서열(서열번호 45)을 나타낸 도면;
도 46은 다양한 식물 종의 PPX 단백질의 정렬을 나타낸 도면;
도 47은 다양한 종의 식물 PPX 아미노산 서열에서의 상동성 아미노산 위치를 나타낸 표;
도 48은 다양한 종의 식물 PPX 아미노산 서열의 상동성 아미노산 위치를 나타낸 표.
신속 특성 개발 시스템(Rapid Trait Development System: RTDS (상표명))
본 명세서에 개시된 조성물들 및 방법들의 각종 양상 및 실시형태의 어느 하나에 있어서, 유전자 및 단백질의 돌연변이는, 예를 들어, 시부스사(Cibus)에 의해 개발된 신속 특성 개발 시스템( RTDS (상표명)) 기술을 이용해서 행해질 수 있다. 본 명세서에 개시된 돌연변이들의 어느 하나를 포함하는 식물은, 조합하여 혹은 단독으로, 새로운 제초제 저항성 산물의 기초를 형성할 수 있다. 또한, PPX 유전자가 돌연변이에 대해서 동형접합성(homozygous) 혹은 이형접합성(heterozygous)인 성숙한 식물로부터 생산된 종자가 제공된다. 본 명세서에 개시된 돌연변이는 알려진 임의의 기타 돌연변이 혹은 장래에 개발될 돌연변이와 조합될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "이형접합성"이란 용어는 상동성 염색체 세그먼트 내의 하나 이상의 유전자좌(genetic loci)에서 상이한 대립형질 혹은 대립유전자를 지칭한다. 본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "이형접합성"은 또한 하나 이상의 유전자좌에서의 상이한 대립유전자가 검출될 수 있는 샘플, 세포, 세포 모집단 혹은 유기체를 지칭할 수 있다. 이형접합성 샘플은 또한, 예를 들어, 핵산 서열결정 등과 같은 당업계에 공지된 방법들을 통해서 결정될 수 있다. 예를 들어, 서열결정 일렉트로페로그램(sequencing electropherogram)이 단일의 개소에서 2개의 피크를 보이고 두 피크가 모두 대체로 동일한 크기라면, 해당 샘플은 이형접합성으로서 특성규명될 수 있다. 또는, 하나의 피크가 다른 것보다 작지만 보다 큰 피크의 크기의 적어도 약 25%라면, 해당 샘플은 이형접합성으로서 특성규명될 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 보다 작은 피크는 보다 큰 피크의 적어도 약 15%이다. 다른 실시형태에 있어서, 보다 작은 피크는 보다 큰 피크의 적어도 약 10%이다. 다른 실시형태에 있어서, 보다 작은 피크는 보다 큰 피크의 적어도 약 5%이다. 다른 실시형태에 있어서, 보다 작은 피크의 최소량이 검출된다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "동형접합성"은 상동성 염색체 세그먼트 내에 하나 이상의 유전자좌에서 동일한 대립유전자를 지니는 것을 의미한다. "동형접합성"은 또한 하나 이상의 유전자좌에서 동일한 대립유전자가 검출될 수 있는 샘플, 세포, 세포 모집단 혹은 유기체를 지칭할 수 있다. 동형접합성 샘플은, 예를 들어, 핵산 서열결정 등과 같은 당업계에 공지된 방법들을 통해서 결정될 수 있다. 예를 들어, 서열결정 일렉트로페로그램이 특정 개소에서 단일의 피크를 보인다면, 해당 샘플은 그 개소에 관하여 동형접합성이라 지칭될 수 있다.
"반접합성"(hemizygous)이란 용어는 제2대립유전자가 결실되어 있기 때문에 세포 혹은 유기체의 유전자형에 단지 1회 존재하는 유전자 혹은 유전자 세그먼트를 지칭한다. 본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "반접합성"은 또한 하나 이상의 유전자좌에서의 대립유전자가 유전자형에서 단지 1회 검출될 수 있는 샘플, 세포, 세포 모집단 혹은 유전자를 지칭할 수 있다.
몇몇 실시형태에 있어서, RTDS는 동소에(in situ) 유전자 서열을 특이적으로 변형시키지만 외래 DNA 및/또는 유전자 벌현 제어 서열을 삽입하지 않도록 세포 자체의 유전자 수복 시스템을 활용함으로써 표적화된 유전자를 변경하는 것에 기초하고 있다. 이 절차는 게놈의 나머지가 변하지 않은 상태에서 유전자 서열에 정밀한 변화를 가져올 수 있다. 종래의 유전자도입 GMO와 대조적으로, 외래 유전 물질의 통합이 없고 또한 식물에 유지된 어떠한 외래 유전 물질도 없다. 많은 실시형태에 있어서, RTDS에 의해 도입된 유전자 서열의 변화는 무작위로 삽입되지 않는다. 영향받은 유전자가 그들의 천연의 위치에 유지되므로, 랜덤하거나 제어되지 않거나 역 패턴의 발현은 일어나지 않는다.
이 변화를 받은 RTDS는 DNA와 변성된 RNA 염기 양쪽 모두뿐만 아니라 기타 화학적 모이어티로 구성될 수 있는 (예컨대, 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스(GRON)를 이용해서) 화학적으로 합성된 올리고뉴클레오타이드이며, 부정합된 염기쌍(들)을 작성하기 위하여 표적화된 유전자 개소에서 혼성화되도록 설계된다. 이 부정합된 염기쌍은 그 부위에 세포 자체의 천연 유전자 수복 시스템을 유인하여 유전자 내에 설계된 뉴클레오타이드(들)를 교정(대체, 삽입 혹은 결실)하는 신호로서 작용한다. 일단 교정 과정이 완료되면, RTDS 분자는 분해되어, 이제 변성된 혹은 수복된 유전자가 그 유전자의 정상의 내인성 제어 기전 하에 발현된다.
유전자 수복 올리고뉴클레오베이스("GRON")
본 명세서에 개시된 상기 방법들 및 조성물들은, 예를 들어, 이하에 상세히 기재된 바와 같은 입체형태 및 화학을 지니는 "유전자 수복 올리고뉴클레오베이스"로 실시되거나 이루어질 수 있다. 본 명세서에서 상정되는 바와 같은 "유전자 수복 올리고뉴클레오베이스"는 또한 "재조합생성 올리고뉴클레오베이스"; "RNA/DNA 키메릭(chimeric) 올리고뉴클레오타이드"; "키메릭 올리고뉴클레오타이드"; "혼합 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드"(mixed duplex oligonucleotide: MDON); "RNA DNA 올리고뉴클레오타이드(RNA DNA oligonucleotide: RDO)"; "유전자 표적화 올리고뉴클레오타이드"; "제노플라스트(genoplast)"; "단일 가닥 변성 올리고뉴클레오타이드"; "단일 가닥 올리고데옥시뉴클레오타이드 돌연변이 벡터"(Single stranded oligodeoxynucleotide mutational vector: SSOMV); "듀플렉스 돌연변이 벡터"; 및 "헤테로듀플렉스 돌연변이 벡터"를 포함하는 기타 명칭을 이용하여 공개된 과학적 및 특허 문헌에 기재되어 있다.
Kmiec에 의한 미국 특허 제5,565,350호(Kmiec I) 및 Kmiec에 의한 미국 특허 제5,731,181호(Kmiec II)(이들 문헌은 참조로 본 명세서에 병합됨)에 기재된 입체형태 및 화학을 지니는 올리고뉴클레오베이스는 본 발명의 개시내용의 "유전자 수복 올리고뉴클레오베이스"로서 이용하기에 적합하다. Kmiec I 및/또는 Kmiec II에 있어서의 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스는 2개의 상보성 가닥을 함유하며, 그 중 하나는 다른 가닥의 DNA형 뉴클레오타이드에 대해서 짝을 이루는 염기인 RNA형 뉴클레오타이드의 적어도 하나의 세그먼트("RNA 세그먼트")를 함유한다.
Kmiec II는 퓨린 및 피리미딘 염기 함유 비-뉴클레오타이드가 뉴클레오타이드를 대신할 수 있는 것을 개시하고 있다. 본 명세서에서 이용될 수 있는 추가의 유전자 수복 분자로는 미국 특허 제5,756,325호; 제5,871,984호; 제5,760,012호; 제5,888,983호; 제5,795,972호; 제5,780,296호; 제5,945,339호; 제6,004,804호; 및 제6,010,907호 및 국제특허 제PCT/US00/23457호; 그리고 국제특허 공개 제WO 98/49350호; 제WO 99/07865호; 제WO 99/58723호; 제WO 99/58702호; 및 제WO 99/40789호에 기재된 것들을 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니며, 이들 문헌은 각각 그들의 전문이 참조로 본 명세서에 병합된다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스는 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드(MDON)일 수 있고, 여기서 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드의 RNA형 뉴클레오타이드는 2'-하이드록실을 플루오로, 클로로 혹은 브로모 작용기로 대체하거나 2'-O 상에 치환체를 배치함으로써 RNase 저항성을 만든다. 적절한 치환체는 Kmiec II에 의해 교시된 치환체를 포함한다. 대안적인 치환체로는 미국 특허 제5,334,711호(Sproat)에 의해 교시된 치환체 및 특허 공보 제EP 629 387호 및 제EP 679 657호(일괄적으로 "Martin 출원들"이라 칭함)에 의해 교시된 치환체를 들 수 있지만, 이들로 제한되는 것은 아니고, 이들 문헌은 참조로 본 명세서에 병합된다. 본 명세서에서 이용되는 바와 같이, 리보뉴클레오타이드의 2'-플루오로, 클로로 혹은 브로모 유도체 또는 Martin 출원들 혹은 Sproat에 기재된 치환체로 치환된 2'-OH를 지니는 리보뉴클레오타이드는 "2'-치환된 리보뉴클레오타이드"라 명명된다. 본 명세서에 이용되는 바와 같이, "RNA형 뉴클레오타이드"란 용어는 Kmiec I 혹은 Kmiec II에 의해 교시된 비천연 연쇄들의 어느 하나 혹은 비치환된 포스포다이에스터 연쇄에 의해 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드의 다른 뉴클레오타이드로 연결된 2'-하이드록실 혹은 2'-치환된 뉴클레오타이드를 의미한다. 본 명세서에 이용되는 바와 같이, "데옥시리보형 뉴클레오타이드"란 용어는, Kmiec I 혹은 Kmiec II에 의해 교시된 비천연 연쇄들의 어느 하나 혹은 비치환된 포스포다이에스터 연쇄에 의해 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스의 기타 뉴클레오타이드에 연결될 수 있는, 2'-H를 지니는 뉴클레오타이드를 의미한다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스는 비치환된 포스포다이에스터 결합에 의해 단독으로 연결된 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드(MDON)일 수 있다. 대안적인 실시형태에 있어서, 연쇄는 Kmiec II에 의해 교시된 바와 같은 치환된 포스포다이에스터, 포스포다이에스터 유도체 및 비-인계 연쇄에 의한 것이다. 또 다른 실시형태에 있어서, 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드 내의 각 RNA형 뉴클레오타이드는 2'-치환된 뉴클레오타이드이다. 2'-치환된 리보뉴클레오타이드의 특히 바람직한 실시형태로는 2'-플루오로, 2'-메톡시, 2'-프로필옥시, 2'-알릴옥시, 2'-하이드록실에틸옥시, 2'-메톡시에틸옥시, 2'-플루오로프로필옥시 및 2'-트라이플루오로프로필옥시 치환된 리보뉴클레오타이드를 들 수 있지만, 이들로 제한되는 것은 아니다. 2'-치환된 리보뉴클레오타이드의 더욱 바람직한 실시형태는 2'-플루오로, 2'-메톡시, 2'-메톡시에틸옥시 및 2'-알릴옥시 치환된 뉴클레오타이드이다. 다른 실시형태에 있어서, 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드는 비치환된 포스포다이에스터 결합에 의해 연결된다.
단일 유형의 2'-치환된 RNA형 뉴클레오타이드만을 지니는 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드(MDON)가 더욱 편리하게 합성되지만, 본 발명의 방법은 또한 2가지 이상의 유형의 RNA형 뉴클레오타이드를 지니는 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드를 이용해서 실시될 수 있다. RNA 세그먼트의 기능은 두 RNA형 트라이뉴클레오타이드 사이에 데옥시뉴클레오타이드의 도입에 의해 유발된 중단에 의해 영향받지 않을 수 있고, 따라서, RNA 세그먼트란 용어는 "단속(interrupted) RNA 세그먼트" 등과 같은 용어를 포함한다. 비단속(uninterrupted) RNA 세그먼트는 연속 RNA 세그먼트라 지칭된다. 대안적인 실시형태에 있어서, RNA 세그먼트는 RNase-저항성 뉴클레오타이드와 비치환된 2'-OH 뉴클레오타이드를 교대로 포함할 수 있다. 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드는 바람직하게는 100개 미만의 뉴클레오타이드, 보다 바람직하게는 85개 미만의 뉴클레오타이드, 그러나 50개 초과 뉴클레오타이드를 지닌다. 제1 및 제2가닥은 왓슨-크릭 염기 쌍을 이룬다. 일 실시형태에 있어서, 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드의 가닥들은 단일 가닥의 헥사, 펜타 혹은 테트라뉴클레오타이드 등과 같은 링커에 의해 공유결합적으로 결합되므로, 제1 및 제2가닥은 단일의 3' 및 단일의 5' 단부를 지니는 단일의 올리고뉴클레오타이드 사슬의 세그먼트이다. 3' 및 5' 단부는 "헤어핀 캡"(hairpin cap)의 추가에 의해 보호될 수 있고, 이에 따라서 3' 말단 5' 말단 뉴클레오타이드는 인접한 뉴클레오타이드와 왓슨-크릭 쌍을 이룬다. 제2헤어핀 캡은, 추가로, 3' 및 5' 단부로부터 떨어진 제1 및 제2가닥 간의 접합부에 위치될 수 있으므로, 제1 및 제2가닥 사이에서의 왓슨-크릭 짝짓기(쌍)는 안정화된다.
제1 및 제2가닥은 표적 유전자의 두 단편과 상동성인 두 영역을 포함하며, 즉 표적 유전자와 동일한 서열을 지닌다. 상동성 영역은 RNA 세그먼트의 뉴클레오타이드들을 포함하고, DNA 세그먼트를 접속하는 1개 이상의 DNA형 뉴클레오타이드를 포함할 수 있으며, 또한 중개(intervening) DNA 세그먼트 내에 있지 않은 DNA형 뉴클레오타이드들을 포함할 수 있다. 두 상동성 영역은, "이종 영역"(heterologous region)이라 불리는, 표적 유전자의 서열과는 다른 서열을 지니는 영역에 의해 분리되고 각각 해당 영역에 인접하고 있다. 이종 영역은 1, 2 혹은 3개의 부정합된 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 부정합된 뉴클레오타이드는 표적 유전자와 상동성인 1 혹은 2개의 뉴클레오타이드와 연속할 수 있거나 혹은 대안적으로 이 뉴클레오타이드에 의해 분리될 수 있다. 대안적으로, 이종 영역은 또한 1, 2, 3 혹은 4 혹은 그 이하의 뉴클레오타이드의 삽입을 포함할 수 있다. 대안적으로, 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드의 서열은 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드로부터 단지 1, 2, 3 또는 5 혹은 그 이하의 뉴클레오타이드의 결실에 의해서 표적 유전자의 서열과는 상이할 수 있다. 이종 영역의 길이와 위치는, 이 경우에, 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드의 어느 뉴클레오타이드도 이종 영역 내에 있지 않더라도, 결실의 길이인 것으로 여겨진다. 두 상동성 영역에 대해서 상보성인 표적 유전자의 단편들 간의 거리는 치환 혹은 치환들이 의도된 이종 영역의 길이와 동일하다. 이종 영역이 삽입을 포함할 경우, 상동성 영역은 따라서 해당 유전자 내에 있는 그들의 상보성 상동성 단편보다 더 멀리 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드 내에서 분리되며, 이종 영역이 결실을 암호화할 경우 그 반대도 적용가능하다.
혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드의 RNA 세그먼트는 각각 상동성 영역, 즉, 표적 유전자의 단편에 대해서 서열이 동일한 영역의 일부이며, 여기서 세그먼트들은 함께 바람직하게는 적어도 13개의 RNA형 뉴클레오타이드, 바람직하게는 16 내지 25개의 RNA형 뉴클레오타이드 또는 더욱 바람직하게는 18 내지 22개의 RNA형 뉴클레오타이드 또는 가장 바람직하게는 20개의 뉴클레오타이드를 포함한다. 일 실시형태에 있어서, 상동성 영역의 RNA 세그먼트는 중개 DNA 세그먼트에 의해 분리되고 해당 인접하여, 즉, 해당 세그먼트에 의해 접속된다. 일 실시형태에 있어서, 이종 영역의 각 뉴클레오타이드는 중개 DNA 세그먼트의 뉴클레오타이드이다. 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드의 이종 영역을 포함하는 중개 DNA 세그먼트는 "돌연변이 유발 유전자 세그먼트"(mutator segment)라 불린다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스(GRON)는, 예를 들어, 국제 특허 출원 제PCT/US00/23457호, 미국 특허 제6,271,360호, 제6,479,292호 및 제7,060,500호 공보에 개시된 것과 같은, 단일 가닥 올리고데옥시뉴클레오타이드 돌연변이 벡터(single stranded oligodeoxynucleotide mutational vector: SSOMV)일 수 있고, 상기 문헌들은 그들의 전문이 참조로 본 명세서에 병합된다. SSOMV의 서열은 예를 들어 미국 특허 제 5,756,325호; 제5,871,984호; 제5,760,012호; 제5,888,983호; 제5,795,972호; 제5,780,296호; 제5,945,339호; 제6,004,804호; 및 제6,010,907호, 그리고 국제 특허 공개 제WO 98/49350호; 제WO 99/07865호; 제WO 99/58723호; 제WO 99/58702호; 및 제WO 99/40789호에 기재된 돌연변이 벡터와 동일한 원리에 의거하고 있다. SSOMV의 서열은 돌연변이 유발 유전자 영역이라 불리는 목적으로 하는 유전자 변형을 포함하는 영역에 의해 분리된 표적 서열과 상동성인 두 영역을 포함한다. 돌연변이 유발 유전자 영역은 상이한 서열을 지니지만 표적 서열 내의 상동성 영역들을 분리하는 서열과 동일한 길이인 서열을 지닐 수 있다. 이러한 돌연변이 유발 유전자 영역은 치환을 유발할 수 있다. 대안적으로, SSOMV 내의 상동성 영역들은 서로 연속할 수 있지만, 동일한 서열을 지니는 표적 유전자 내의 영역들은 1, 2개 혹은 그 이상의 뉴클레오타이드에 의해 분리된다. 이러한 SSOMV는 SSOMV가 없는 뉴클레오타이드의 표적 유전자로부터 결실을 유발한다. 마지막으로, 상동성 영역과 동일한 표적 유전자의 서열은 SSOMV의 서열 내에서 1, 2개 혹은 그 이상의 뉴클레오타이드 내에서 인접할 수 있다. 이러한 SSOMV는 표적 유전자의 서열에 삽입을 유발한다.
SSOMV의 뉴클레오타이드는 3' 말단 및/또는 5' 말단 뉴클레오타이드간 연쇄 또는 대안적으로 2개의 3' 말단 및/또는 5' 말단 뉴클레오타이드간 연쇄가 포스포티오에이트 혹은 포스포아미데이트일 수 있는 것을 제외하고, 미변성 포스포다이에스터 결합에 의해 연결된 데옥시리보뉴클레오타이드이다. 본 명세서에 이용되는 바와 같이 뉴클레오타이드간 연쇄는 SSOMV의 뉴클레오타이드들 사이의 연쇄이고, 3' 단부 뉴클레오타이드 혹은 5' 단부 뉴클레오타이드와 블로킹 치환체 사이에 연쇄를 포함하지 않는다. 특정 실시형태에 있어서, SSOMV의 길이는 21개의 데옥시뉴클레오타이드와 55개의 데옥시뉴클레오타이드 사이에 있고, 상동성 영역의 길이는, 따라서 적어도 20개의 데옥시뉴클레오타이드의 총 길이이고, 적어도 2개의 상동성 영역은 각각 적어도 8개의 데옥시뉴클레오타이드의 길이를 지녀야 한다.
SSOMV는 표적 유전자의 암호화 혹은 비암호화 가닥에 대해서 상보성으로 되도록 설계될 수 있다. 목적으로 하는 돌연변이는 단일 염기의 치환인 경우, 돌연변이 유발 유전자 뉴클레오타이드와 표적화된 뉴클레오타이드가 모두가 피리미딘인 것이 바람직하다. 목적으로 하는 작용성 결과를 달성하는 것과 일치하는 정도까지, 상보성 가닥 내의 돌연변이 유발 유전자 뉴클레오타이드와 표적으로 하는 뉴클레오타이드가 모두 피리미딘인 것이 바람직하다. 전환 돌연변이를 암호화하는 SSOMV가 특히 바람직하고, 즉, C 또는 T 돌연변이 유발 유전자 뉴클레오타이드는 각각 상보성 가닥 내의 C 또는 T 뉴클레오타이드와 부정합된다.
올리고데옥시뉴클레오타이드에 부가해서, SSOMV는 링커를 통해서 5' 말단 탄소에 부착된 5' 블로킹 치환체를 함유할 수 있다. 링커의 화학은, 바람직하게는 적어도 6개의 원자 길이를 지녀야만 하는 그의 길이 이외에 임계적이지 않고, 링커는 유연해야만 한다. 다양한 비독성 치환체, 예컨대, 바이오틴, 콜레스테롤 혹은 기타 스테로이드류 또는 비인터칼레이팅 양이온성 형광 염과가 이용될 수 있다. SSOMV를 제조하는 특히 바람직한 시약은 버지니아주의 스털링시에 소재한 Glen Research(이제는 GE Healthcare)에 의해 Cy3(상표명) 및 Cy5(상표명)로서 판매되는 시약이며, 이들은 각각 블로킹된 포스포르아미다이트로, 올리고뉴클레오타이드 내로 혼입될 때 각각 3,3,3',3'-테트라메틸 N,N'-아이소프로필 치환된 인도모노카보사이아닌 및 인도다이카보사이아닌 염료가 수득된다. Cy3은 특히 바람직하다. 인도카보사이아닌이 N-옥시알킬치환된 경우, 5' 말단 포스페이트를 지니는 포스포다이에스터로서 올리고데옥시뉴클레오타이드의 5' 말단에 편리하게 연결될 수 있다. 염료와 올리고데옥시뉴클레오타이드 간의 염료 링커의 화학은 임계적이지 않고, 합성 편의를 위하여 채택된다. 시판의 Cy3 포스포르아미다이트가 지시된 바와 같이 이용될 경우, 얻어지는 5' 변형은 블로킹 치환체와 링커로 구성되고, 이들은 함께 N-하이드록시프로필, N'-포스파티딜프로필 3,3,3',3'-테트라메틸 인도모노카보사이아닌이다.
바람직한 실시형태에 있어서, 인도카보사이아닌 염료는 인돌 고리의 3 위치와 3' 위치에서 테트라치환되어 있다. 이론에 제한 없이, 이들 치환은 염료를 인터칼레이팅 염료로부터 보호한다. 이들 위치에서의 치환체의 동일성은 임계적이지 않다. SSOMV는 부가적으로 3' 블로킹 치환체를 지닐 수 있다. 재차 3' 블로킹 치환체의 화학은 임계적이지 않다.
본 명세서에서 기재된 돌연변이는 돌연변이유발(무작위, 신체적 혹은 지향적) 및 아연 핑거 뉴클레아제에 의한 부위 특이적 상동성 재조합을 이용한 유전자 표적화를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아닌 기타 임의의 DNA 편집 혹은 재조합 기술에 의해 얻어질 수도 있었다.
유전자 수복 올리고뉴클레오베이스의 식물 세포 내로의 전달
식물 세포를 형질전환하는데 이용되는 임의의 통상 공지된 방법은 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스를 전달하는데 이용될 수 있다. 예시적인 방법은 이하에 기재되어 있다.
마이크로캐리어 및 마이크로섬유
추진 침투에 의해 셀룰로스 세포벽을 지니는 식물 세포 내로 대형 단편을 도입하는 금속성 마이크로캐리어(미소구체)의 이용은 당업자에게 충분히 공지되어 있다(이후에 바이오리스틱 전달(biolistic delivery)). 미국 특허 제4,945,050호; 제5,100,792호 및 제5,204,253호는 마이크로캐리어를 선택하는 일반적인 기술 및 이를 기획하는 장치를 기술하고 있다.
본 명세서에 개시된 방법에서 마이크로캐리어를 이용하는 특정 조건은 국제 특허 공개 공보 제WO 99/07865호에 기재되어 있다. 예시적인 기술에 있어서, 빙냉 마이크로캐리어(60 ㎎/㎖), 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드(60 mg/㎖), 2.5M CaCl2 및 0.1M 스퍼미딘은 이 순서로 첨가되고, 이 혼합물은 예컨데 소용돌이에 의해 10분 동안 온화하게 교반되고 나서 10분간 실온에서 정치되며, 이때 마이크로캐리어는 에탄올 5체적 중에 희석되고, 원심분리 후 100% 에탄올 중에 재현탁된다. 양호한 결과는 8 내지 10 ㎍/㎕ 마이크로캐리어, 14 내지 17 ㎍/㎖ 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드, 1.1 내지 1.4M CaCl2 및 18 내지 22mM 스퍼미딘의 유착 용액 중에 소정 농도로 얻어질 수 있다. 최적 결과는 8 ㎍/㎕ 마이크로캐리어, 16.5 ㎍/㎖ 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드, 1.3M CaCl2 및 21mM 스퍼미딘의 조건 하에 관찰되었다.
유전자 수복 올리고뉴클레오베이스는 세포벽과 세포막을 침투하도록 마이크로섬유를 이용해서 본 발명의 실시를 위하여 식물 세포 내로 도입될 수 있다. 미국 특허 제5,302,523호(Coffee 등)는 블랙 맥시칸 스위트(Black Mexican Sweet)의 현탁 옥수수 배양물의 형질전환을 용이하게 하기 위하여 30×0.5㎛ 및 10×0.3㎛ 탄화규소 섬유의 이용을 기재하고 있다. 마이크로섬유를 이용하여 식물 세포의 형질전환을 위하여 DNA를 도입하는데 이용될 수 있는 임의의 기계적 기술이 변종을 위하여 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스를 전달하는데 이용될 수 있다.
유전자 수복 올리고뉴클레오베이스의 마이크로섬유 전달을 위한 예시적인 기술은 다음과 같다: 멸균 마이크로섬유(2㎍)를, 혼합된 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드를 약 10㎍ 함유하는 식물 배양 배지 150㎕에 현탁시켰다. 현탁액 배양물을 정치시키고, 농축 세포 및 멸균 섬유/뉴클레오타이드 현탁액의 동일 체적이 10분 동안 소용돌이 교반되어 평판배양된다(plated). 선택적 배지는 특정 소질에 적합한 약 120시간까지의 지연으로 혹은 즉시 적용된다.
원형질체 전기천공
대안적인 실시형태에 있어서, 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스는 식물 부분으로부터 유래된 원형질체의 전기천공에 의해 식물 세포에 전달될 수 있다. 원형질체는, 당업자에게 충분히 공지된 기술에 따라서, 식물 부분, 특히 잎의 효소 처리에 의해 형성된다. 이에 대해서는, 예를 들어, 문헌[Gallois et al., 1996, Methods in Molecular Biology 55:89-107, Humana Press, Totowa, N.J.; Kipp et al., 1999, Methods in Molecular Biology 133:213-221, Humana Press, Totowa, N.J.]을 참조할 수 있다. 원형질체는 전기천공 전에 성장 배지에서 배양될 필요는 없다. 전기천공을 위한 예시적인 조건은 0.6 내지 4 ㎍/㎖의 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스의 농도로 0.3㎖의 총 체적에서 3×105 원형질체이다.
원형질체 PEG-매개 DNA 흡수
예시적인 실시형태에 있어서, 핵산은 당업계에 충분히 공지된 기술에 따라서, 막변성제인 폴리에틸렌 글라이콜의 존재 하에 식물 원형질체에 의해 흡수된다(예컨대, 문헌[Gharti-Chhetri et al., 1992; Datta et al., 1992] 참조).
미세주입(Microinjection)
대안적인 실시형태에 있어서, 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스는 식물 세포 내로 혹은 원형질체 내로 미세모세관법으로 주입함으로써 전달될 수 있다(예컨대, 문헌[Miki et al., 1989; Schnorf et al., 1991] 참조).
유전자도입
본 명세서에 개시된 조성물들 및 방법들의 각종 양상 및 실시형태의 어느 하나에 있어서, 유전자 및 단백질의 돌연변이는, 예를 들어, 유전자도입 기술을 이용해서 행해질 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 상기 조성물들 및 방법들은 본 명세서에 개시된 PPX 뉴클레오타이드에 작동적으로 연결된 프로모터를 포함하는 형질전환된 핵산 작제물을 지니는 식물 또는 식물 세포를 포함한다. 본 명세서에 개시된 방법은 본 명세서에 개시된 PPX 핵산 작제물을 적어도 하나의 식물 세포 내로 도입하고 이로부터 형질전환된 식물을 재생시키는 단계를 포함할 수 있다. 핵산 작제물은 본 명세서에 개시된 바와 같은 제초제-저항성 PPX 단백질을 암호화하는 적어도 하나의 뉴클레오타이드, 특히 도 2, 도 4, 도 6, 도 8, 도 10 및 도 12에 기재된 뉴클레오타이드 서열 및 그의 단편 및 변형체를 포함한다. 상기 방법들은 식물 세포 내에 유전자 발현을 기동시킬 수 있는 프로모터의 이용을 더 포함한다. 일 실시형태에 있어서, 이러한 프로모터는 구조적 프로모터 혹은 조직-선호형 프로모터이다. 이들 방법에 의해 생산된 식물은, 미형질전환 식물에 비해서, 증가된 PPX 활성 및/또는 특히 제초제-내성 PPX 활성을 지닐 수 있다. 이와 같이 해서, 상기 방법들은, 특히 PPX-억제 제초제의 존재 하에, PPX 효소의 활성을 증가시키는 적어도 1종의 제초제에 대한 식물의 저항성을 증대 혹은 증가시키는데 있어서의 용도를 발견한다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 제초제-저항성 식물을 생산하는 방법은 식물 세포 내의 발현을 기동시키는 프로모터에 대해서 작동적으로 연결된 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 핵산 작제물로 식물 세포를 형질전환시키는 단계 및 해당 형질전환된 식물 세포로부터 형질전환된 식물을 재생시키는 단계를 포함할 수 있다. 뉴클레오타이드 서열은 본 명세서에 개시된 제초제-저항성 PPX를 암호화하는 뉴클레오타이드, 특히 도 2, 도 4, 도 6, 도 8, 도 10 및 도 12에 기재된 뉴클레오타이드 서열, 및 이들의 단편 및 변형물로부터 선택된다. 이 방법에 의해 생산된 제초제-저항성 식물은, 적어도 1종의 제초제, 특히, PPX 효소의 활성을 간섭하는 제초제, 예를 들어, PPX-억제 제초제 등에 대해서, 미형질전환 식물에 비해서 증대된 저항성을 포함한다.
개시된 핵산 분자는 식물, 예를 들어, 작물 식물, 예컨대, 솔라넘 투베로섬의 형질전환을 위하여 핵산 작제물에 이용될 수 있다. 일 실시형태에 있어서, 본 발명의 핵산 분자를 함유하는 이러한 핵산 작제물은 제초제, 예를 들어, PPX 활성을 억제하는 것으로 알려진 제초제, 예컨대, PPX-억제 제초제에 대한 저항성을 제공하기 위하여 유전자도입 식물을 생산하는데 이용될 수 있다. 핵산 작제물은 발현 카세트, 발현 벡터, 형질전환 벡터, 플라스미드 등에 이용될 수 있다. 이러한 작제물에 의한 혈질전환을 수행하여 얻어진 유전자도입 식물은, 예를 들어, 플루미옥사진 및 설펜트라존 제초제 등과 같은 PPX-억제 제초제에 대한 증가된 저항성을 입증한다.
작제물(Construct)
본 명세서에 개시된 핵산 분자(예컨대, 변이된 PPX 유전자)는 재조합 핵산 작제물의 생산에 이용될 수 있다. 일 실시형태에 있어서, 본 발명의 핵산 분자는 핵산 작제물, 예를 들어, 관심 대상 식물의 발현을 위한 발현 카세트의 제조에 이용될 수 있다.
발현 카세트는 본 명세서에 개시된 PPX 핵산 서열에 작동적으로 연결된 조절 서열(regulatory sequence)을 포함할 수 있다. 상기 카세트는 유기체에 공-형질전환될 적어도 하나의 추가의 유전자를 부가적으로 포함할 수 있다. 대안적으로, 추가의 유전자(들)는 다수의 발현 카세트 상에 제공될 수 있다.
핵산 작제물에는 조절 영역의 전사 조절 하에 있도록 PPX 핵산 서열의 삽입을 위한 복수의 규제 부위가 제공될 수 있다. 핵산 작제물은 선택가능한 마커 유전자를 암호화하는 핵산 분자를 추가로 함유할 수 있다.
임의의 프로모터가 핵산 작제물의 제조에 이용될 수 있다. 이 프로모터는 본 명세서에 개시된 식물 숙주 및/또는 PPX 핵산 서열에 대해서 천연 혹은 유사, 또는 외래 혹은 이종일 수 있다. 또한, 상기 프로모터는 천연 서열 또는 대안적으로 합성 서열일 수 있다. 프로모터가 식물 숙주에 대해서 "외래" 혹은 "이종"일 경우, 프로모터가 도입되는 천연 식물에서 해당 프로모터가 발견되지 않는 것이 의도된다. 프로모터가 본 명세서에 개시된 PPX 핵산 서열에 대해서 "외래" 혹은 "이종"일 경우, 프로모터는 본 명세서에 개시된 작동적으로 연결된 PPX 핵산 서열에 대해서 자연 혹은 천연 유래 프로모터가 아닌 것이 의도된다. 본 명세서에서 이용되는 바와 같이, 키메릭 유전자는 암호화 서열에 대해서 이종인 전사 초기 영역에 대해서 작동적으로 연결된 암호화 서열을 포함한다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 본 명세서에 개시된 PPX 핵산 서열은 이종 프로모터를 이용해서 발현될 수 있고, 천연 프로모터 서열은 작제물의 제조에 이용될 수 있다. 이러한 작제물은 식물 또는 식물 세포의 PPX 단백질의 발현 수준을 변화시킬 것이다. 이와 같이 해서, 식물 또는 식물 세포의 표현형이 변경된다.
임의의 프로모터는 구성적, 조직-선호형, 유인성을 제공하기 위한 프로모터, 혹은 식물에서 발현을 위한 기타 프로모터 등과 같은, PPX 암호화 서열의 발현을 제어하기 위하여 작제물의 제조에 이용될 수 있다. 구성적 프로모터는, 예를 들어, 제WO 99/43 838호 및 미국 특허 제 6,072,050호에 개시된 Rsyn7 프로모터의 코어 프로모터 혹은 기타 구성적 프로모터; 코어 CaMV 35S 프로모터(Odell et al. (1985) Nature 313:810-812); 벼 액틴(McElroy et al. (1990) Plant Cell 2:163-171); 유비퀴틴(Christensen et al. (1989) Plant Mol. Biol. 12:619-632 및 Christensen et al. (1992) Plant Mol. Biol. 18:675-689); pEMU(Last et al. (1991) Theor. Appl. Genet. 81:581-588); MAS(Velten et al. (1984) EMBO J. 3:2723-2730); ALS 프로모터(미국 특허 제5,659,026호) 등을 포함한다. 기타 구성적 프로모터는, 예를 들어, 미국 특허 제5,608,149호; 제5,608,144호; 제5,604,121호; 제5,569,597호; 제5,466,785호; 제5,399,680호; 제5,268,463; 5,608,142호; 및 제6,177,611호에 개시된 것들을 포함한다.
조직-선호형 프로모터는 특정 식물 조직 내에서 PPX 발현을 지향시키는데 이용될 수 있다. 이러한 조직-선호형 프로모터로는 잎-선호형 프로모터, 뿌리-선호형 프로모터, 종자-선호형 프로모터 및 줄기-선호형 프로모터를 들 수 있지만, 이들로 제한되는 것은 아니다. 조직-선호형 프로모터로는 문헌[Yamamoto et al. (1997) Plant J. 12(2):255-265; Kawamata et al. (1997) Plant Cell Physiol. 38(7):792-803; Hansen et al. (1997) Mol. Gen Genet. 254(3):337-343; Russell et al. (1997) Transgenic Res. 6(2):157-168; Rinehart et al. (1996) Plant Physiol. 112(3):1331-1341; Van Camp et al. (1996) Plant Physiol. 112(2):525-535; Canevascini et al. (1996) Plant Physiol. 112(2): 513-524; Yamamoto et al. (1994) Plant Cell Physiol. 35(5):773-778; Lam (1994) Results Probl. Cell Differ. 20:181-196; Orozco et al. (1993) Plant Mol Biol. 23(6):1129-1138; Matsuoka et al. (1993) Proc Natl. Acad. Sci. USA 90(20):9586-9590; 및 Guevara-Garcia et al. (1993) Plant J. 4(3):495-505]에 개시된 것들을 들 수 있다.
핵산 작제물은 또한 전사 종결 영역을 포함할 수 있다. 전사 종결 영역이 이용될 경우, 임의의 종결 영역은 핵산 작제물의 제조에 이용될 수 있다. 예를 들어, 종결 영역은 전사 개시 영역에 대해서 고유할 수 있거나, 관심대상의 작동적으로 연결된 PPX 서열에 대해서 고유할 수 있거나, 식물 숙주에 대해서 고유할 수 있거나, 또는 다른 공급원(즉, 프로모터에 대해서 외래 혹은 이종, 관심 대상 PPX 핵산 분자, 식물 숙주 또는 이들의 임의의 조합)으로부터 유래될 수 있다. 본 발명의 작제물에 이용하기에 유용한 종결 영역의 예는 A. 투메파시엔스(A. tumefaciens), 예컨대, 옥토핀 합성효소 및 노팔린 합성효소 종결 영역의 Ti-플라스미드로부터의 것들을 포함한다. 이에 대해서는, 또한 문헌[Guerineau et al. (1991) Mol. Gen. Genet. 262:141-144; Proudfoot (1991) Cell 64:671-674; Sanfacon et al. (1991) Genes Dev. 5:141-149; Mogen et al. (1990) Plant Cell 2:1261-1272; Munroe et al. (1990) Gene 91:151-158; Ballas et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17:7891-7903; 및 Joshi et al. (1987) Nucleic Acid Res. 15:9627-9639]을 참조할 수 있다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 핵산은 형질전환된 식물에서 증가된 발현을 위하여 최적화될 수 있다. 즉, 돌연변이체 PPX 단백질을 암호화하는 핵산은 개선된 발현을 위하여 식물-선호형 코돈을 이용해서 합성될 수 있다. 숙주-선호 코돈 용도에 대해서는, 예컨대, 문헌[Campbell and Gowri (1990) Plant Physiol. 92:1-11]을 참조할 수 있다. 상기 방법은 식물-선호형 유전자를 합성하기 위하여 당업계에서 이용가능하다. 이에 대해서는, 예컨대, 미국 특허 제5,380,831호 및 제5,436,391호, 그리고 문헌[Murray et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17:477-498]을 참조할 수 있다.
또한, 기타 서열 변형은 본 명세서에 개시된 핵산 서열에 대해서 행해질 수 있다. 예를 들어, 추가의 서열 변형이 세포 숙주에서의 유전자 발현을 증대시키는 것으로 알려져 있다. 이들은 거짓 폴리알데하이드화 신호, 엑손/인트론 분할 부위 신호, 트랜스포손-유사 반복을 암호화하는 서열, 및 유전자 발현에 대해서 유해할 수 있는 기타 이러한 잘 특성규명된 서열의 제거를 포함한다. 이 서열의 G-C 내용은 또한 숙주 세포에서 발현된 공지의 유전자를 기준으로 해서 계산된 바와 같이, 표적 세포 숙주에 대해서 평균 수준으로 조정될 수 있다. 또한, 서열은 예측된 헤어핀 2차 mRNA 구조를 회피하기 위하여 변형될 수 있다.
기타 핵산 서열은 또한, 예를 들어, PPX 암호화 서열의 발현을 증대시키기 위하여 본 발명의 작제물의 제조에 이용될 수 있다. 이러한 핵산 서열로는 옥수수 AdhI, 인트론l 유전자의 인트론(Callis et al. (1987) Genes and Development 1:1183-1200), 및 담배 모자이크 바이러스(Tobacco Mosaic virus: TMV), 옥수수 클로로틱 모자이크 바이러스(Maize Chlorotic Mottle Virus and Alfalfa Mosaic Virus)로부터의 리더 서열, (W-서열)(Gallie et al.(1987) Nucleic Acid Res. 15:8693-8711 및 Skuzeski et al. (1990) Plant Mol. Biol. 15:65-79, 1990)을 들 수 있다. 옥수수의 쉬렁켄-1 로커스(shrunken-1 locus)로부터의 제1인트론은 키메릭 유전자 작제물에서 유전자의 발현을 증가시키는 것으로 판명되어 있다. 미국 특허 제5,424,412호 및 제5,593,874호는 유전자 발현 작제물 내의 특정 인토론의 이용을 개시하고, Gallie 등((1994) Plan Physiol. 106:929-939)은 또한 인트론이 조직 특이적 기반 상에서 유전자 발현을 조절하기 위하여 유용한 것을 표시하고 있다. PPX 유전자 발현을 더욱 증대 혹은 최적화시키기 위하여, 본 명세서에 개시된 식물 발현 벡터는 기질 부착 영역(matrix attachment region: MAR)을 포함하는 DNA 서열을 또한 함유할 수 있다. 이어서, 이러한 변형된 발현 시스템으로 형질전환된 식물 세포는 본 발명의 뉴클레오타이드 서열의 과발현 혹은 구성적 발현을 나타낼 수 있다.
본 명세서에 개시된 발현 작제물은 또한 엽록체에 PPX 서열의 발현을 지향시킬 수 있는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 식물 세포 엽록체에 관심 대상 유전자 생성물을 지향시키기 위하여 엽록체 통과 펩타이드(chloroplast transit peptide)를 암호화하는 엽록체 표적화 서열을 포함한다. 이러한 통과 펩타이드는 당업계에 공지되어 있다. 엽록체-표적화 서열에 관하여, "작동적으로 연결된"이란, 2개의 서열이 연속하고 동일한 판독 프레임에 있도록 통과 펩타이드를 암호화하는 핵산 서열(즉, 엽록체-표적화 서열)이 본 명세서에 개시된 PPX 핵산 분자에 연결되는 것을 의미한다. 이에 대해서는, 예컨대, 문헌[Von Heijne et al. (1991) Plant Mol. Biol. Rep. 9:104-126; Clark et al. (1989) J. Biol. Chem. 264:17544-17550; Della-Cioppa et al. (1987) Plant Physiol. 84:965-968; Romer et al. (1993) Biochem. Biophys. Res. Commun. 196:1414-1421; 및 Shah et al. (1986) Science 233:478-481]을 참조할 수 있다. 본 명세서에 개시된 PPX 단백질은 천연의 엽록체 통과 펩타이드를 포함할 수 있지만, 당업계에 공지된 어떠한 엽록체 통과 펩타이드라도 성숙 PPX 단백질을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열의 5'-말단에 엽록체-표적화 서열을 작동적으로 연결함으로써 성숙 PPX 단백질의 아미노산 서열에 융합될 수 있다.
엽록체 표적화 서열은 당업계에 공지되어 있고, 이는 리불로스-1,5-비스포스페이트 카복실라제(Rubisco)(de Castro Silva Filho et al. (1996) Plant Mol. Biol. 30:769-780; Schnell et al. (1991) J. Biol. Chem. 266(5):3335-3342); 5-(에놀피루빌)시키메이트-3-포스페이트 합성효소(EPSPS)(Archer et al. (1990) J. Bioenerg. Biomemb. 22(6):789-810); 트립토판 합성효소(Zhao et al. (1995) J. Biol. Chem. 270(11):6081-6087); 플라스토시아아닌(Lawrence et al. (1997) J. Biol. Chem. 272(33):20357-20363); 코리스메이트 합성효소(Schmidt et al. (1993) J. Biol. Chem. 268(36):27447-27457); 및 광 수확 클로로필 a/b 결합 단백질(LHBP)(Lamppa et al. (1988) J. Biol. Chem. 263:14996-14999)의 엽록체 소형 서브유닛을 포함한다. 이에 대해서는 또한 문헌[Von Heijne et al. (1991) Plant Mol. Biol. Rep. 9:104-126; Clark et al. (1989) J. Biol. Chem. 264:17544-17550; Della-Cioppa et al. (1987) Plant Physiol. 84:965-968; Romer et al. (1993) Biochem. Biophys. Res. Commun. 196:1414-1421; 및 Shah et al. (1986) Science 233 :478-481]을 참조할 수 있다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 핵산 작제물은 식물 세포 엽록체로부터 돌연변이체 PPX 암호화 서열의 발현을 지향하기 위하여 제조될 수 있다. 엽록체의 형질전환을 위한 방법은 당업계에 공지되어 있다. 이에 대해서는, 예컨대, 문헌[Svab et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8526-8530; Svab and Maliga (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:913-917; Svab and Maliga (1993) EMBO J. 12:601-606]을 참조할 수 있다. 이 방법은 선택가능한 마커를 포함하는 DNA의 입자 건 전달 및 상동성 재조합을 통한 색소체 게놈에 대한 DNA의 표적화에 의존한다. 부가적으로, 색소체 형질전환은 핵-암호화되고 색소체-지향 RNA 중합효소의 조직-선호된 발현에 의해 침묵 색소체-담지 이식유전자의 전사 촉진에 의해 달성될 수 있다. 이러한 시스템은 문헌[McBride et al. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:7301-7305]에 보고되어 있다.
엽록체에 대해서 표적화될 관심 대상 핵산은 식물 핵과 이 세포기관 사이의 코돈 이용의 차이를 고려하기 위하여 엽록체의 발현을 위해 최적화될 수 있다. 그와 같이 해서, 관심 대상 핵산은 엽록체-선호형 코돈을 이용해서 합성될 수 있다. 이에 대해서는, 예를 들어, 미국 특허 제5,380,831호를 참조할 수 있고, 이 문헌은 참조로 본 명세서에 병합된다.
핵산 작제물은 식물 세포를 형질전환하여 돌연변이체 PPX 암호화 서열을 포함하는 유전자도입 식물을 재생하는데 이용될 수 있다. 다수의 식물 형질전환 벡터 및 식물을 형질전환하는 방법이 이용가능하다. 이에 대해서는, 예를 들어, 문헌[미국 특허 제6,753,458호, An, G. et al. (1986) Plant Physiol., 81:301-305; Fry, J. et al. (1987) Plant Cell Rep. 6:321-325; Block, M. (1988) Theor. Appl Genet.76:767-774; Hinchee et al. (1990) Stadler. Genet. Symp.203212.203-212; Cousins et al. (1991) Aust. J. Plant Physiol. 18:481-494; Chee, P. P. and Slightom, J. L. (1992) Gene.118:255-260; Christou et al. (1992) Trends. Biotechnol. 10:239-246; D'Halluin et al. (1992) Bio/Technol. 10:309-3 14; Dhir et al. (1992) Plant Physiol. 99:81-88; Casas et al. (1993) Proc. Nat. Acad Sci. USA 90:11212-11216; Christou, P. (1993) In Vitro Cell. Dev. Biol.-Plant; 29P:1 19-124; Davies, et al. (1993) Plant Cell Rep. 12:180-183; Dong, J. A. and Mc Hughen, A. (1993) Plant Sci. 91:139-148; Franklin, C. I. and Trieu, T. N. (1993) Plant. Physiol. 102:167; Golovkin et al. (1993) Plant Sci. 90:41-52; Guo Chin Sci. Bull. 38:2072-2078; Asano, et al. (1994) Plant Cell Rep. 13; Ayeres N. M. and Park, W. D. (1994) Crit. Rev. Plant. Sci. 13:219-239; Barcelo et al. (1994) Plant. J. 5:583-592; Becker, et al. (1994) Plant. J. 5:299-307; Borkowska et al. (1994) Acta. Physiol Plant. 16:225-230; Christou, P. (1994) Agro. Food. Ind. Hi Tech. 5: 17-27; Eapen et al. (1994) Plant Cell Rep. 13:582-586; Hartman et al. (1994) Bio-Technology 12: 919923; Ritala et al. (1994) Plant. Mol. Biol. 24:317-325; 및 Wan, Y. C. and Lemaux, P. G. (1994) Plant Physiol. 104:3748]을 참조할 수 있다. 작제물은 또한 상동성 재조합을 이용해서 식물 세포 내로 형질전환될 수 있다.
본 명세서에 개시된 PPX 핵산 서열을 포함하는 개시된 작제물은, 박테리아, 효모 등과 같은 유전자도입 숙주 세포를 생산하고, 식물 세포를 형질전환하고 몇몇 경우에 유전자도입 식물을 재생하기 위하여 각종 방법에서 이용될 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 개시된 PPX 돌연변이체 단백질을 포함하는 유전자도입 작물 식물(여기에서 이 식물 내의 핵산(들)의 발현은 야생형 식물에 비해서 혹은 공지된 PPX 돌연변이체형 식물에 비해서 제추제 내성을 초래함)을 생산하는 방법은, (a) 돌연변이체 PPX 단백질을 암호화하는 핵산을 포함하는 발현 벡터를 식물 세포 내에 도입하는 단계 및 (b) 상기 식물 세포로부터 제초제 내성이 있는 유전자도입 식물을 생산하는 단계를 포함한다.
PPX 돌연변이
상기 조성물들 및 방법들은 적어도 부분적으로 PPX 유전자의 돌연변이, 예를 들어, 제초제 중 PPX-억제 계열의 제초제에 저항성 혹은 내성이 있는 식물을 부여하는 돌연변이에 관한 것일 수 있다. 상기 조성물들 및 방법들은 또한, 소정의 실시형태에 있어서, PPX 단백질을 암호화하는 유전자에서 식물의 염색체 혹은 에피솜 서열의 목적으로 돌연변이를 일으키기 위한 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스의 사용에 관한 것이다. 돌연변이된 단백질은, 몇몇 실시형태에 있어서, 야생형 단백질의 촉매 활성을 유지할 수 있어, PPX-억제 계열의 제초제에 대해서 식물의 증가된 저항성 혹은 내성을 허용하고, 이와 같이 해서, 몇몇 실시형태에 있어서, 제초제의 존재 유무에 관계없이 야생형 식물과 비교해서 식물, 그의 기관, 조직, 또는 세포의 실질적으로 정상 성장 혹은 발달을 허용할 수 있다. 상기 조성물들 및 방법들은 또한 예를 들어 PPX 유전자가 돌연변이된 유전자비도입 또는 유전자도입 식물 세포, 그로부터 재생된 유전자비도입 식물 혹은 유전자도입 식물뿐만 아니라, 상이한 PPX 유전자의 돌연변이를 지니는 식물에 재생된 유전자비도입 또는 유전자도입 식물을 이용한 이종교배로부터 생기는 식물에 관한 것이다. 이들 돌연변이는 또한 작물 식물을 비롯한 식물, 조류(algae), 박테리아, 곰팡이류 및 포유동물 계통에서 이들 억제제에 대한 내성을 표적화하기 위하여 적용될 수 있다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 단백질의 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 및 525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있을 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 및 50으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 하나 이상의 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 111에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 130에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 139에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 143에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 147에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 165에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 192에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 193에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 199에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 206에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 219에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 229에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 230에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 256에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 270에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 271에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 305에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 311에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 316에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 318에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 357에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 360에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 366에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 438에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 440에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 444에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 455에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 457에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 470에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 478에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 483에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 484에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 485에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 487에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 490에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 503에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 508에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 58에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 64에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 74에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 84에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 93에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 97에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 101에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 119에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 121에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 139에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 150에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 151에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 157에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 164에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 170에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 177에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 187에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 195에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 215에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 230에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 271에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 274에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 278에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 283에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 292에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 296에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 324에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 330에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 396에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 404에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 406에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 410에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 421에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 434에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 447에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 448에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 449에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 451에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 454에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 465에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 470에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 500에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 및 525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 9의 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 및 500으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 및 525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 9의 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 및 500으로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 단백질의 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, I170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 및 I525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있을 수 있다. 본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 단백질의 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 9의 D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, I215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 및 T500로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있을 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 G52에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 N85에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 E111에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 G130에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 D139에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 P143에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 R144에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 F145에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L147에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 F165에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L167에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 I170에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 A180에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 P185에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 E192에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S193에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 R199에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 V206에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 E212에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 Y219에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 A220에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 G221에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L226에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 M228에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 K229에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 A230에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 K237에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S244에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 R256에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 R257에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 K270에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 P271에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 Q272에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S305에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 E311에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 T316에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 T318에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S332에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S343에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 A354에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L357에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 K359에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L360에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 A366에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L393에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L403에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L424에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 Y426에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S430에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 K438에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 E440에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 V444에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L455에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 K457에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 V470에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 F478에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 F483에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 D484에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 I485에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 D487에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 K490에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L503에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 V508에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 I525에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 D58에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 E64에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 G74에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 G84에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 L93에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 K97에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 K98에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 A101에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 S119에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 F121에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 T124에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 N139에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 E150에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 S151에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 Q157에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 V164에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 D170에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 C177에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 H187에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 L188에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 N195에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 P214에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 I215에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 K229에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 K230에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 C271에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 D274에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 F283에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 A292에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 S296에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 C307에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 N324에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 D330에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 S396에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 A404에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 R406에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 K410에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 L421에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 A423에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 C434에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 D447에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 S448에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 V449에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 D451에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 D454에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 Y465에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 K470에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 T500에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질의 파랄로그이고(예를 들어 PPX 단백질은 감자 색소체 PPX 단백질일 수 있고), PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에 N(여기서 N은 N 이외의 아미노산으로 치환됨); 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에 K(여기서 K는 K 이외의 아미노산으로 치환됨); 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨); 및/또는 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨)을 지닐 수 있다. 이러한 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 N52에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 N85에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 R144에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 F145에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 A180에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 P185에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 A220에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L226에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 M228에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S244에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 K272에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 S305에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S332에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L357에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S359에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L393에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L403에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 L424에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 Y426에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 F478에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 S525에 대응하는 아미노산 위치에 돌연변이를 포함한다.
몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이를 지니되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 G52, N85, R144, F145, A180, P185, A220, L226, M228, S244, Q272, S305, S332, L357, K359, L393, L403, L424, Y426, F478 및 I525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질의 파랄로그이고(예를 들어 PPX 단백질은 감자 PPX 단백질일 수 있고), PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이를 지니고, (1) 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에 N(여기서 N은 N 이외의 아미노산으로 치환됨); (2) 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에 K(여기서 K는 K 이외의 아미노산으로 치환됨); (3) 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨); 및/또는 (4) 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨) 중 하나 이상을 지닌다. 이러한 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 2가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 N52, N85, R144, F145, A180, P185, A220, L226, M228, S244, K272, S305, S332, L357, S359, L393, L403, L424, Y426, F478 및 S525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 G52, N85, R144, F145, A180, P185, A220, L226, M228, S244, Q272, S305, S332, L357, K359, L393, L403, L424, Y426, F478 및 I525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX 단백질은 아라비돕시스 탈리아나 PPX 단백질의 파랄로그이고(예를 들어 PPX 단백질은 감자 PPX 단백질일 수 있고), PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이를 지니고, (1) 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에 N(여기서 N은 N 이외의 아미노산으로 치환됨); (2) 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에 K(여기서 K는 K 이외의 아미노산으로 치환됨); (3) 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨); 및/또는 (4) 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에 S(여기서 S는 S 이외의 아미노산으로 치환됨) 중 하나 이상을 지닌다. 이러한 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 3가지 이상의 돌연변이를 포함하되, 그 중 적어도 하나의 돌연변이는 서열번호 1의 N52, N85, R144, F145, A180, P185, A220, L226, M228, S244, K272, S305, S332, L357, S359, L393, L403, L424, Y426, F478 및 S525로 이루어진 군으로부터 선택된 위치에 대응하는 아미노산 위치에 있다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 단백질은 표 1에 표시된 돌연변이들로부터 선택된 1가지 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다.
Figure 112013018499504-pct00001
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자에서의 1가지 이상의 돌연변이는 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에서 글라이신에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로; 서열번호 1의 위치 111에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 130에 대응하는 위치에서 글라이신에서 아스파라긴으로; 서열번호 1의 위치 139에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 143에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로, 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로; 서열번호 1의 위치 147에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 165에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 아스파라긴으로; 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 티로신으로; 서열번호 1의 위치 192에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아스파르트산으로; 서열번호 1의 위치 192에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 193에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 199에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 206에 대응하는 위치에서 발린에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 219에 대응하는 위치에서 티로신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로; 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 서열번호 1의 위치 230에 대응하는 위치에서 알라닌에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 256에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 256에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 세린으로; 위치 270에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루탐산으로; 위치 270에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 서열번호 1의 위치 271에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 글루타민에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 305에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 311에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 316에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 318에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 357에 대응하는 위치에서 류신에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 라이신에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 360에 대응하는 위치에서 류신에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 360에 대응하는 위치에서 류신에서 아스파르트산으로; 서열번호 1의 위치 366에 대응하는 위치에서 알라닌에서 글루탐산으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 438에 대응하는 위치에서 라이신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 440에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 444에 대응하는 위치에서 발린에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 455에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 457에 대응하는 위치에서 라이신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 470에 대응하는 위치에서 발린에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 470에 대응하는 위치에서 발린에서 티로신으로; 서열번호 1의 위치 478에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 483에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 484에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 알라닌으로; 서열번호 1의 위치 485에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 글루탐산으로; 서열번호 1의 위치 490에 대응하는 위치에서 라이신에서 아스파라긴으로; 서열번호 1의 위치 503에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 508에 대응하는 위치에서 발린에서 트레오닌으로; 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이로 이루어진 군으로부터 선택된 1가지 이상의 돌연변이, 2가지 이상의 돌연변이, 또는 3가지 이상의 돌연변이를 지니는 변이된 PPX 단백질을 암호화할 수 있다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자는 라이신 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에서 글라이신에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화할 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 111에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 130에 대응하는 위치에서 글라이신에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 139에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 143에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 147에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 165에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 192에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 192에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 193에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 199에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 206에 대응하는 위치에서 발린에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 219에 대응하는 위치에서 티로신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 230에 대응하는 위치에서 알라닌에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 256에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 256에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 위치 270에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 위치 270에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 271에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 글루타민에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 305에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 311에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 316에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 318에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 357에 대응하는 위치에서 류신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 라이신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 360에 대응하는 위치에서 류신에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 360에 대응하는 위치에서 류신에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 366에 대응하는 위치에서 알라닌에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 438에 대응하는 위치에서 라이신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 440에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 444에 대응하는 위치에서 발린에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 455에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 457에 대응하는 위치에서 라이신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 470에 대응하는 위치에서 발린에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 470에 대응하는 위치에서 발린에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 478에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 483에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 484에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 485에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 490에 대응하는 위치에서 라이신에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 503에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 508에 대응하는 위치에서 발린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다.
Figure 112013018499504-pct00002
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에서 글라이신에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GGG → AAA를 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAT → GAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGG → TGC 또는 TGT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGG → CAC 또는 CAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTT → CTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTT → TAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화암호화하는 GCA → ACA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CCG → CAC 또는 CAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CCG → CGT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CCG → CGG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCT → TGT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCT → ATT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCT → CTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCT → ACT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCT → GTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GTG → ATG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 ATG → CTG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGC → GGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGC → ACC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 글루타민에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CAG → TTC 또는 TTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 305에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TCA → TTA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TCT → TGT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 357에 대응하는 위치에서 류신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CTC → ATC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAA → AGA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 라이신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAA → ACT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTG → ATG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTG → TCG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTG → GTG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTA → CGA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTA → TCA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTG → TCG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → TGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → TTC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → CAC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → ATC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → TTA 또는 CTC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → CGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → ACC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → GTC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 478에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTT → TCT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 ATT → ACT 핵산 돌연변이를 포함한다.
[표 3a]
Figure 112013018499504-pct00003
몇몇 실시형태에 있어서, 본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자 내의 1가지 이상의 돌연변이는 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로; 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로, 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로; 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로; 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로; 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 라이신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 305에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 357에 대응하는 위치에서 류신에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 세린에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 시스테인으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아이소류신으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 류신으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아르기닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 트레오닌으로; 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 발린으로; 서열번호 1의 위치 478에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 세린으로; 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이로 이루어진 군으로부터 선택된 1가지 이상의 돌연변이, 2가지 이상의 돌연변이, 또는 3가지 이상의 돌연변이를 지니는 변이된 PPX 단백질을 암호화할 수 있다.
몇몇 실시형태에 있어서, 본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 라이신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 305에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 357에 대응하는 위치에서 류신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 세린에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 359에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 478에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다.
몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 52에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAT → AAA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAT → GAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CGC → TGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CGC → CAC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTT → CTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTT → TAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCC → ACC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 185에 대응하는 위치에서 프롤린에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CCT → CAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 185에 대응하는 위치에서 프폴린에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CCT → CGT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCC → TGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCC → ATC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCC → CTC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCC → ACC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCC → GTC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTG → ATG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 ATG → CTG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGC → GGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGC → ACC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 272에 대응하는 위치에서 라이신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAA → AAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 305에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TCT → CTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGT → TGT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 357에 대응하는 위치에서 류신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CTT → ATT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 359에 대응하는 위치에서 세린에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGT → AGA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 359에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGT → ACT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTG → ATG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTG → TCG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTG → GTG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CTA → CGA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CTA → TCA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTG → TCG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → TGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → AAC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → CAC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → ATC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → TTC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → CGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → ACC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAC → GTC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 478에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TTT → TCT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 7의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TCT → ACT 핵산 돌연변이를 포함한다.
[표 3b]
Figure 112013018499504-pct00004
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 58에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화할 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 64에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 74에 대응하는 위치에서 글라이신에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 84에 대응하는 위치에서 글라이신에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 93에 대응하는 위치에서 류신에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 97에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 101에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 119에 대응하는 위치에서 세린에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 121에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 139에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 150에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 150에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 151에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 157에 대응하는 위치에 글루타민에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 164에 대응하는 위치에서 발린에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 164에 대응하는 위치에서 발린에서 알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 170에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 177에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 187에 대응하는 위치에서 히스티딘에서 글루타민으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 195에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 215에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 215에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 230에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 271에 대응하는 위치에서 시스테인에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 274에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 278에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 283에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 292에 대응하는 위치에서 알라닌에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 296에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 324에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 324에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 330에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 396에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 404에 대응하는 위치에서 알라닌에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 406에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 410에 대응하는 위치에서 라이신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 421에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 434에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 434에 대응하는 위치에서 시스테인에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 447에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 448에 대응하는 위치에서 세린에서 알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 449에 대응하는 위치에서 발린에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 451에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 454에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 465에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 470에 대응하는 위치에서 라이신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 500에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 58에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GAT → AAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 64에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GAA → GTA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 74에 대응하는 위치에서 글라이신에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GGT → TGT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 84에 대응하는 위치에서 글라이신에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GGA → GAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CGC → TGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CGC → CAC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CGC → CTC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 139에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAT → TAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 150에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GAA → GAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 150에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GAA → AAA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 151에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGT → ACT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 157에 대응하는 위치에 글루타민에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CAG → CTG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 164에 대응하는 위치에서 발린에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GTT → TTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 170에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GAT → GAA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 187에 대응하는 위치에서 히스티딘에서 글루타민으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CAC → CAG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CTT → TTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 195에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAT → AAA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CCT → CAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 CCT → TCT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAG → GAG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAG → CAG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 230에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAG → AGG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 283에 대응하는 위치에 아스파르트산에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GAC → GGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 296에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TCA → TTA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TGT → AGT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 324에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAT → GAT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 324에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAT → AAA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 330에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글루탐산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GAT → GAA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 404에 대응하는 위치에서 알라닌에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GCC → TCC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 406에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AGG → AAG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 410에 대응하는 위치에서 라이신에서 아이소류신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAA → ATA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 XXX GCT → GTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 434에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TGC → AGC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 434에 대응하는 위치에서 시스테인에서 티로신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TGC → TAC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 448에 대응하는 위치에서 세린에서 알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TCA → GCA 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 451에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GAT → GGT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 454에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 아스파라긴으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GAC → AAC 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 465에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 TAT → TTT 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 470에 대응하는 위치에서 라이신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAG → ACG 핵산 돌연변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 9의 위치 500에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 세린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 ACC → AGC 핵산 돌연변이를 포함한다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에서 글라이신에서 라이신으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 GGG → AAA를 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 유전자는 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화하는 AAT → GAT 핵산 돌연변이를 포함한다
몇몇 실시형태에 있어서, 본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 유전자는 PPX 유전자 내에 돌연변이들, 예를 들어, 2가지 이상, 3가지 이상, 4가지 이상, 5가지 이상 또는 6가지 이상의 돌연변이의 조합을 포함할 수 있다. 소정의 실시형태에 있어서, 돌연변이들의 조합은 표 4a 및 표 4b에 표시된 돌연변이들의 조합으로부터 선택된다.
[표 4a]
Figure 112013018499504-pct00005
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로 및 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로의 변이를 포함한다. 한편 다른 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 글루타민에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 52에 대응하는 위치에서 글라이신에서 라이신으로, 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로 및 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로 및 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 글루타민에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로 및 서열번호 1의 위치 332에 대응하는 위치에서 세린에서 시스테인으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 라이신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 7의 위치 52에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 라이신으로, 서열번호 7의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로 및 서열번호 7의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로 및 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 272에 대응하는 위치에서 라이신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 228에 대응하는 위치에서 메티오닌에서 류신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 220에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 1의 위치 424에 대응하는 위치에서 류신에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 1의 위치 403에 대응하는 위치에서 류신에서 아르기닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 393에 대응하는 위치에서 류신에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 144에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 1의 위치 426에 대응하는 위치에서 티로신에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 1의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 1의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 7의 위치 244에 대응하는 위치에서 세린에서 글라이신으로 및 서열번호 7의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 7의 위치 180에 대응하는 위치에서 알라닌에서 트레오닌으로 및 서열번호 7의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 7의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 7의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 7의 위치 145에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 티로신으로 및 서열번호 7의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 7의 위치 85에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로 및 서열번호 7의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 7의 위치 226에 대응하는 위치에서 류신에서 메티오닌으로 및 서열번호 7의 위치 525에 대응하는 위치에서 아이소류신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다.
[표 4b]
Figure 112013018499504-pct00006
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 74에 대응하는 위치에서 글라이신에서 시스테인으로 및 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 93에 대응하는 위치에서 류신에서 히스티딘으로 및 서열번호 9의 위치 164에 대응하는 위치에서 발린에서 알라닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로 및 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로, 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로, 및 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로, 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로, 및 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로, 및 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 119에 대응하는 위치에서 세린에서 아스파라긴으로 및 서열번호 9의 위치 139에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 티로신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 121에 대응하는 위치에서 페닐알라닌에서 류신으로 및 서열번호 9의 위치 150에 대응하는 위치에서 글루탐산에서 아스파르트산으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 151에 대응하는 위치에서 세린에서 트레오닌으로, 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루탐산으로, 및 서열번호 9의 위치 230에 대응하는 위치에서 라이신에서 아르기닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 157에 대응하는 위치에서 글루타민에서 류신으로 및 서열번호 9의 위치 187에 대응하는 위치에서 히스티딘에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 271에 대응하는 위치에서 시스테인에서 아르기닌으로 및 서열번호 9의 위치 274에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로 및 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 396에 대응하는 위치에서 세린에서 류신으로 및 서열번호 9의 위치 410에 대응하는 위치에서 라이신에서 아이소류신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 434에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로 및 서열번호 9의 위치 500에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 447에 대응하는 위치에서 아스파르트산에서 글라이신으로 및 서열번호 9의 위치 292에 대응하는 위치에서 알라닌에서 글라이신으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 448에 대응하는 위치에서 세린에서 알라닌으로 및 서열번호 9의 위치 324에 대응하는 위치에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 465에 대응하는 위치에서 티로신에서 페닐알라닌으로 및 서열번호 9의 위치 470에 대응하는 위치에서 라이신에서 트레오닌으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로, 및 서열번호 9의 위치 243에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로, 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로, 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로, 및 서열번호 9의 위치 243에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로, 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로, 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로, 및 서열번호 9의 위치 243에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로, 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로, 및 서열번호 9의 위치 243에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로, 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로, 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로, 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로, 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로, 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로, 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로, 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 류신으로, 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로, 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로, 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로 및 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로 및 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로 및 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 및 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 및 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함하는 변이된 PPX 단백질을 암호화한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 시스테인으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로 및 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로 및 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로 및 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 및 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 및 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 423에 대응하는 위치에서 알라닌에서 발린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 188에 대응하는 위치에서 류신에서 페닐알라닌으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 214에 대응하는 위치에서 프롤린에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변이된 PPX 단백질은 서열번호 9의 위치 98에 대응하는 위치에서 아르기닌에서 히스티딘으로; 서열번호 9의 위치 124에 대응하는 위치에서 트레오닌에서 아이소류신으로; 서열번호 9의 위치 229에 대응하는 위치에서 라이신에서 글루타민으로; 및 서열번호 9의 위치 307에 대응하는 위치에서 시스테인에서 세린으로의 변이를 포함한다.
파랄로그
PPX 유전자 내의 대상 돌연변이는, 아라비돕시스 탈리아나의 위치를 기준으로 한 아미노산 위치(서열번호 1)를 지니는 솔라넘 투베로섬 색소체 PPX 유전자 및 단백질을 이용해서 본 명세서에 개괄적으로 기재되어 있다(예컨대, 각각 도 8 및 도 7 참조). 조성물들 및 방법들은 또한 다른 종의 돌연변이체 PPX 유전자 및 단백질(파랄로그)을 포함한다. 그러나, 상이한 종의 PPX 유전자 내의 변형으로 인해, 하나의 종에서 변화될 아미노산 잔기의 수는 다른 종과 상이할 수 있다. 그럼에도 불구하고, 유사한 위치가 서열 상동성에 의해 당업자에 의해 용이하게 확인된다. 예를 들어, 이하의 표 6은 각종 식물 PPX 암호화 서열 파랄로그 내 상동성 아미노산 위치를 요약하고, 도 33은 각종 식물로부터 PPX 파랄로그의 아미노산 서열을 도시하고 있다. 이와 같이 해서, 이들 및 기타 파랄로그에서의 유사한 위치가 확인되고 변이될 수 있다.
제초제
본 명세서에서 제공된 조성물들 및 방법들은 PPX-억제 제초제에 대한 저항성을 부여하는 PPX 유전자 및 PPX 단백질을 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 다이페닐에터류, 페닐피라졸류 N-페닐프탈이미드류, 티아다이아졸류, 옥사다이아졸류, 트라이아졸리논류, 옥사졸리딘다이온류, 피리미딘다이온류의 화학적 계열을 포함한다. 예시적인 PPX-억제 제초제 활성 성분들 및 그들의 각각의 화학약품 계열은 하기 표 5에 요약되어 있다.
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몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 아시플루오르펜-Na이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 바이페녹스이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 클로메톡시펜이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 플루오로글라이코펜-에틸이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 포메사펜이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 할로사펜이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 락토펜이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 옥시플루오펜이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 플루아졸레이트이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 피라플루펜-에틸이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 시니돈-에틸이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 플루미옥사진이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 플루미클로락-펜틸이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 플루티아세트-메틸이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 티디아지민이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 옥사다이아존이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 옥사다이아르길이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 아자페니딘이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 카펜트라존-에틸이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 설펜트라존이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 펜톡사존이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 벤즈펜디존이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 뷰타페나실이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 사플루페나실이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 피라조길이다. 몇몇 실시형태에 있어서, PPX-억제 제초제는 프로플루아졸이다.
예를 들어, 본 명세서에 개시된 것과 같은 PPX 유전자 내에 1가지 이상의 돌연변이를 지니는 유전자도입 혹은 유전자비도입 식물 또는 식물 세포가 또한 제공된다. 소정의 실시형태에 있어서, PPX 유전자 내에 1가지 이상의 돌연변이를 지니는 식물 또는 식물 세포는 PPX-억제 제초제의 멤버에 대해서 증가된 저항성 혹은 내성을 지닌다. 소정의 실시형태에 있어서, PPX 유전자 내에 1가지 이상의 돌연변이를 지니는 식물 또는 식물 세포는 대응하는 야생형 식물 또는 세포에 비해서 식물, 그의 기관, 조직 혹은 세포의 실질적으로 정상 성장 혹은 발달을 나타낼 수 있다. 특정 양상 및 실시형태에서는, 예를 들어, 소정의 실시형태에 있어서 PPX-억제 제초제 화학약품 계열의 하나 이상의 멤버에 대해서 증가된 저항성 혹은 내성을 지니고, 대응하는 야생형 식물 또는 세포에 비해서, 식물, 그의 기관, 조직 혹은 세포의 실질적으로 정상 성장 혹은 발달을 보일 수 있는, 본 명세서에 개시된 것과 같은 PPX 유전자 내에 돌연변이를 지니는 유전자도입 또는 유전자비도입 식물이 제공되며, 즉, 예를 들어, 플루미옥사진, 설펜트라존 혹은 사플루페나실 등과 같은 1종 이상의 제초제의 존재 하에, 변이된 PPX 단백질은 야생형 PPX 단백질에 비해서 실질적으로 동일한 촉매 활성을 지닌다.
변이된 PPX 유전자를 지니는, 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같은 1가지 이상의 돌연변이를 지니는 식물을 생산하기 위한 방법이 또한 제공되되; 바람직하게는 이 식물은 관련 제초제의 존재 유무에 관계 없이 야생형 단백질의 촉매 활성을 실질적으로 유지한다. 소정의 실시형태에 있어서, 상기 방법은 PPX 유전자(예를 들어, 본 명세서에 개시된 것) 내의 1가지 이상의 표적화된 돌연변이를 식물 세포 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스에 도입하는 단계 및 변이된 PPX 유전자를 지니는 세포, 종자 혹은 식물을 확인하는 단계를 포함한다.
식물 종
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 본 명세서에 개시된 바와 같은 식물은, 나무 혹은 관목으로서 성장하는 임의의 목재 식물종, 임의의 초본성 종, 또는 식용가능한 과실류, 종자 혹은 채소류를 생산하는 임의의 종, 또는 다채롭고 방향성의 꽃을 생산하는 임의의 종을 비롯하여, 쌍자엽, 단자엽 혹은 겉씨 식물의 임의의 종일 수 있다. 예를 들어, 식물 또는 식물 세포는, 이미 구체적으로 언급되어 있지 않은 한에 있어서, 감자, 해바라기, 사탕무, 옥수수, 목화, 대두, 밀, 호밀, 귀리, 벼, 캐놀라, 과실류, 채소류, 담배, 보리, 수수, 토마토, 망고, 복숭아, 사과, 배, 딸기, 바나나, 멜론, 당근, 상추, 양파, 콩 종, 사탕수수, 완두콩, 필드빈, 포플러, 포도, 감귤류, 알팔파, 호밀, 귀리, 잔디 및 사료 풀, 아마, 유지종자 평지, 오이, 나팔꽃, 발삼, 후추, 가지, 매리골드, 연, 양배추, 데이지, 카네이션, 페튜니아, 튤립, 붓꽃, 백합, 및 너트-생산 식물로 이루어진 군으로부터 선택된 식물의 종으로부터 선택될 수 있다. 식물 또는 식물 세포는 또한 표 6으로부터 선택된 종일 수 있다. 식물 또는 식물 세포는 또한 아라비돕시스 탈리아나, 솔라넘 투베로섬, 솔라넘 푸레자, 오리자 사티바, 아마란투스 투베쿨라투스, 소르굼 비콜로르, 리시너스 콤뮤니스 및 지 메이스로 이루어진 군으로부터 선택된 종일 수 있다.
Figure 112013018499504-pct00008
유전자 수복 올리고뉴클레오베이스는, 마이크로캐리어(바이오리스틱 전달), 마이크로섬유, 폴리에틸렌 글라이콜(PEG)-매개 흡수, 전기천공 및 미세주입를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아닌, 당업계에서 통상적으로 이용되는 임의의 방법을 이용해서 식물 세포 내로 도입될 수 있다.
또, 종자를 생산하는 식물(이하 "수정 식물"(fertile plant))을 얻기 위하여 본 명세서에 개시된 바와 같은 방법에 따라 변이된 세포의 배양, 및 이러한 수정 식물로부터 종자 및 추가의 식물의 생산과 관련된 방법들 및 조성물들이 제공된다.
또한, 밭 내의 잡초를 선택적으로 제어하는 방법이 제공되되, 상기 밭은 개시된 PPX 유전자 변경을 지니는 식물 및 잡초를 포함하며, 상기 방법은 식물에 저항성을 부여하는 제초제의 분야에의 적용을 포함한다.
또, 식물에 대해서 관련된 제초제의 멤버에 대해서 저항성 혹은 내성을 부여하는 PPX 유전자의 돌연변이를 제공하거나, 여기서 상기 변이된 PPX 유전자는 야생형 PPX에 비해서 실질적으로 동일한 효소 활성을 지닌다.
제초제 저항성 식물의 선택 및 제초제의 적용
식물 및 식물 세포는, 예컨대, 제초제의 존재 하에 식물 또는 식물 세포를 성장시키고 제초제의 부재 하의 성장 속도와 비교하여 그 성장 속도를 측정함으로써 당업계에 통상적으로 공지된 방법을 이용해서 제초제에 대한 저항성 혹은 내성에 대해서 테스트될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, 식물, 식물 기관, 식물 조직 또는 식물 세포의 실질적으로 정상 성장은 야생형 PPX 단백질을 발현하는 대응하는 식물, 식물 기관, 식물 조직 또는 식물 세포에서의 성장속도 혹은 세포분할속도의 적어도 35%, 적어도 50%, 적어도 60% 또는 적어도 75%인 식물, 식물 기관, 식물 조직 또는 식물 세포의 성장속도 혹은 세포분할속도로서 규정된다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, 식물, 식물 기관, 식물 조직 또는 식물 세포의 실질적으로 정상 발달은 야생형 PPX 단백질을 발현하는 대응하는 식물, 식물 기관, 식물 조직 또는 식물 세포에서 일어나는 것과 실질적으로 동일한 식물, 식물 기관, 식물 조직 또는 식물 세포에서의 하나 이상의 발달 이벤트의 발생으로서 규정된다.
본 명세서에 개시된 상기 양상들, 실시형태들, 방법들 및/또는 조성물들 중 어느 하나와 관련하여, 본 명세서에서 제공되는 식물 기관으로는, 잎, 줄기, 뿌리, 식물생장 싹, 꽃눈, 분열조직, 배아, 떡잎, 배젖, 꽃받침, 꽃잎, 암술, 심피, 수술, 꽃밥, 소포자, 꽃가루, 꽃가루 관, 밑씨, 씨방 및 과실류, 또는 이들로부터 얻어진 단편, 슬라이스 혹은 절편(disc)을 들 수 있지만, 이들로 제한되는 것은 아니다. 식물 조직으로는 캘러스 조직, 기본 조직, 맥관 조직, 저장 조직, 분열 조직, 잎 조직, 싹 조직, 뿌리 조직, 충영 조직(gall tissue), 식물 종양 조직 및 재생 조직을 들 수 있지만, 이들로 제한되는 것은 아니다. 식물 세포로는 세포벽을 지니는 단리된 세포, 그의 다양한 크기의 응집체, 및 원형질체를 들 수 있지만, 이들로 제한되는 것은 아니다.
식물은 이에 적용되어 마찬가지로 적용받는 비내성 유사 식물에 의해 제공되는 것과 비교할 때 우측으로 시프트되는 용량/반응 곡선을 제공할 경우 관련된 제초제에 대해서 실질적으로 "내성"이 있다. 이러한 용량/반응 곡선에서는, 용량이 X-축 상에 플롯되고, "퍼센트 사멸", "제초제 효과" 등이 y-축 상에 플롯된다. 내성이 있는 식물은 주어진 제초제 활성을 생성하기 위하여 비내성 유사 식물보다 더욱 제초제를 필요로 할 것이다. 제초제에 대해서 실질적으로 "저항성"이 있는 식물은, 만약 있다면, 밭에서 잡초를 사멸시키기 위하여 농약 집단에서 전형적으로 이용되는 농도 및 비율로 제초제에 적용될 경우 소수의 괴저성, 용균성, 백화 혹은 기타 병변을 보인다. 제초제에 저항성이 있는 식물은 또한 제초제에 대해서 내성이 있다.
몇몇 실시형태에 있어서, "제초제에 대해서 증가된 저항성" 또는 "제초제에 대해서 증가된 내성"은, 본 명세서에 개시된 바와 같은 변이된 PPX 유전자 혹은 단백질을 지니는 식물, 종자 혹은 식물 부분이 규정된 기준 수준 이상의 제초제를 재배해야 하는 저항성 혹은 내성의 수준을 지칭한다. 제초제에 대한 저항성의 규정된 기준 수준은 대응하는 돌연변이(들)가 없는 동일한 종의 식물에 의해 발현되는 저항성의 수준이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 저항성은 실질적으로 규정된 기준 수준 이상, 예를 들어, 규정된 기준 수준보다 실질적으로 증가, 예컨대, 규정된 기준 수준보다 20% 이상, 50% 이상, 75% 이상; 또는 100% 이상이다.
실시예
이하는 본 발명을 실시하기 위한 절차를 예시하는 실시예이다. 이들 실시예는 제한으로서 해석되어서는 안 된다. 모든 퍼센트는 중량에 의한 것이고, 모든용매 혼합물 비율은 달리 표시되지 않는 한 체적에 의한 것이다.
실시예 1: 색소체 및 미토콘드리아 PPX 유전자 클로닝 및 특성규명
색소체 및 미토콘드리아 PPX 유전자는 러셋 버뱅크 품종으로부터 cDNA 및 게놈 DNA의 양쪽 모두로부터 증폭되었다. 색소체 PPX 클론은 감자 내의 단일 PPX 유전자의 대립유전자를 마찬가지로 나타내는 StcPPX1과 StcPPX1.1로 명명되는 두 부류로 된다. 아미노산 암호화 서열 내에서, 이들 클론은 10개의 다형성에 의해 상이하며, 그 중 3개는 아미노산 차이를 초래하고 단지 2개만이 성숙 단백질에서 발견된다. 하나의 아미노산 차이는 엽록체 통과 펩타이드에 있다. StcPPX1.1 클론들 중 하나에서, 인트론 3은 접합되지 않았다.
색소체 PPX의 전장 오류-무함유 게놈 클론을 획득하였다. 5개의 독립적인 클론 및 StcPPX cDNA 서열결정결과로부터 약 5 Kb의 게놈 서열의 분석은, 특성규명되는 러셋 버뱅크 다양성이 이형접합성이고, 매우 소수의 다형성이 두 대립유전자 간에 존재하고 있는 것을 나타낸다.
우선 5개의 전장 StmPPX 게놈 DNA 클론이 클로닝되고 서열결정되었다. 이들 5개는 cDNA에서 발견되는 것과 동일한 SNP를 지니는 두 대립유전자를 나타내었다. 보다 짧은 앰플리콘의 게놈 DNA 단편은 추가의 대립유전자를 위하여 테스트하기 위하여 클로닝되고 서열결정되었다. 미토콘드리아 PPX의 이 내부 앰플리콘의 클로닝은 3개의 대립유전자가 있었음을 나타내며; 즉, 22개의 클론 중 6개가 인트론들 중 하나 내에 결실을 지녔고, 나머지 16개의 클론은 cDNA 클론 내에서 관찰되는 2개의 대립유전자의 균일한 분포를 지녔다. 다음에, 나머지 12개의 전장 StmPPX 게놈 DNA 클론이 서열결정되었다.
러셋 버뱅크 감자 내의 미토콘드리아 PPX 유전자의 완결된 서열결정은 StmPPX1과 StmPPX2라고 지칭되는 2개의 유전자가 있었음을 나타내었다. 2개의 StmPPX2 대립유전자가 있고, 이들 간에 8개의 SNP가 확인되었다. StmPPX1과 StmPPX2.1 사이에는 1개의 삽입, 4개의 결실 및 30개의 SNP가 있는 반면, StmPPX1과 StmPPX2.2 사이에는 1개의 삽입, 4개의 결실 및 29개의 SNP가 있다. 추가의 상세는 이하의 표 7에 제시되어 있다.
러셋 버뱅크(솔라넘 투베로섬)로부터의 색소체 및 미토콘드리아 감자 PPX 유전자의 유전자 서열은, BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)를 이용해서, 제1의 전체 감자(솔라넘 푸레자) 게놈의 최근의 방출을 위한 스캐폴드에 의거한 당사의 로컬에 설치된 데이터베이스와 비교되었다. 단지 단일의 색소체 및 단일의 미토콘드리아 PPX 유전자가 발견되었다.
Figure 112013018499504-pct00009
실시예 2: PPX 상보성
보다 적은 그의 엽록체 통과 펩타이드인 StcPPX1이 cDNA로부터 시부스 소유 기능 스크리닝 벡터(Cibus proprietary functional screening vector) 내로 클로닝되었다. 이 벡터는 기능 스크리닝과 GRON QC 양쪽 모두를 위하여 이용될 수 있다. 감자 PPX 유전자는, PPX의 박테리아 상동성인 기능성 HemG 유전자를 결여하고 있는, 대장균(E. coli)의 HemG 돌연변이체 균주의 보체에 이용되었다. 보체 유전자 없이, 배지는 대장균 성장을 위하여 헤마틴으로 보충되어야만 한다. 색소체 PPX 유전자(pACYStcPPX Col6) 및 미토콘드리아 PPX 유전자(pACYStmPPX Col 6, 12 및 21)의 클론은 형질전환되었고, 모든 유전자/대립유전자는 HemG 돌연변이체 대장균 균주를 보완하여, 이는 헤마틴의 부재에서 성장될 수 있는 것으로 판명되었다.
샤토(Chateau)(플루미옥사진 - Valent/Sumitomo), 나자(Naja)(다이페닐에터 MAI) 또는 킥소르(Kixor)(사플루페나실 - BASF) 등과 같은 PPX 억제제에 대한 내성을 부여하는 돌연변이를 평가하기 위하여, PPX 억제용 제초제가 표 5에 표시되어 있다. PPX 억제용 제초제인 샤토(플루미옥사진 - Valent/Sumitomo), 스파탄(Spartan)(설펜트라존 FMC) 및 킥소르/샤펜(Kixor/Sharpen)(사플루페나실 BASF)용의 순수한 활성 성분이 획득되었다. 야생형 감자 색소체 PPX 클론(pACYStcPPX Col6)은, hemG 돌연변이체 대장균 균주를 보완하기 위하여 형질전화되었고, 보완된 HemG 마이너스 균주가 성장하지 않는 농도를 결정하기 위하여 PPX 억제용 제초제인 스파탄(설펜트라존 FMC)용의 활성 성분의 일련의 농도를 이용해서 선택되었다. 야생형 작제물은 2.5mM 설펜트라존 상에서 성장하지 않았고, 따라서 내성 돌연변이를 위한 선택이 이 농도에서 수행되었다. 이것은 더욱 정제되었고, 0.75mM 설펜트라존이 또한 내성을 위하여 선택하는데 이용되었다. 야생형 작제물은 액체 선택에 있어서 10mM 플루미옥사진에서 제한된 성장을 지녔고, 내성 돌연변이를 테스트하는데 이용되는 플레이트 기반 선택, 농도에 있어서 0.3mM 사플루페나실에서는 성장하지 않았다. 모든 감자 미토콘드리아 PPX 유전자 및 대립유전자가 설펜트라존 및 플루미옥사진에 대해서 천연 내성을 위하여 테스트되었지만, 어느 것도 내성은 없었다.
실시예 3: PPX PCR-돌연변이유발 및 돌연변이유발된 클론의 선택
돌연변이유발 실험은 제초제 내성을 부여하는 감자 색소체 PPX 암호화 서열 내의 돌연변이를 확인하기 위하여, 감자 색소체 PPX 유전자의 두 중첩하는 단편(5 및 3) 상에서 초기에 수행되었다.
액체 선택 표준화
액체 배양 선택 조건은 설펜트라존과 플루미옥사진의 양쪽 모두에 대해서 개발되었다. 1㎖ 체적의 배양물이 0 내지 10mM 범위의 설펜트라존 및 플루미옥사진 농도로 테스트되었다. 0mM 샘플은 10mM 제초제를 함유하는 샘플에서 DMSO의 농도를 모방하도록 25㎖ DMSO(2.5%)를 지녔다. 각 관(tube)은 균일성을 확실하게 하기 위하여 야생형 PPX 플라스미드로 보완된 HemG 세포의 하룻밤 배양물 10㎕로 접종되었다. 흡광분석 판독치(OD600)는, 해당 OD600가 생존 콜로니의 수와 상관이 있는지의 여부를 결정하기 위하여, 각 샘플(1:4 희석) 및 LB-Chlor-IPTG 플레이트 상에서 평판배양된 각 샘플에 대해서 취해졌다. 하룻밤 배양물의 10% 희석액을 설펜트라존-처리된 세포에 대해서 평판배양하고, 플루미옥사진으로 처리된 세포에 대한 1% 희석액을 평판배양하였다(그 결과는 표 8a 내지 8f 및 표 9a 내지 9d 참조).
설펜트라존과 플루미옥사진의 양쪽 모두가 액체 배지 중에서 석출되어, 박테리아 접종 전에도 불투명하게 보였다. 설펜트라존에 대한 OD가 나타내는 바와 같이, 이 제초제는 용액 중에 궁극적으로 있는 반면 플루미옥사진은 그렇지 않앗다. 플루미옥사진 결여 용해도는 OD 판독치를 왜곡하고 있지만, 플루미옥사진은, 야생형(WT) 유전자에 대해서 꾸준하게 감소하는 콜로니 수를 입증하였으며, 이는 배지로부터 플루미옥사진을 흡수하는 세포 능력을 나타낸다.
5' 단부 돌연변이유발
PPX 유전자의 5' 단부를 Stratagene GeneMorph II 무작위 돌연변이유발 키트를 이용해서 돌연변이유발시켰고 그 돌연변이 속도를 체크하기 위하여 XL-1 블루로 클로닝시켰다. 결과는 서열결정된 16개의 콜로니 중 14개가 돌연변이체였던 것으로 나타났다. 90% XL-1 블루 플레이트(대략 4000개의 콜로니)를 긁어내, 플라스미드 준비하고(prepped), HemG 내로 형질전환시키고 2.5mM 설펜트라존 상에서 평판배양시켰다. 설펜트라존 플레이트는 대략 200개의 콜로니를 성장시켰고, 10% LB-Chlor-IPTG 플레이트는 성긴 콜로니를 성장시켰다. 표 9a 내지 표 9d는 내성 있는 클론에서 발견된 뉴클레오타이드 및 아미노산 치환을 기재하고 있다.
돌연변이유발된 클론의 선택
무작위로 돌연변이유발된 플라스미드(5' 및 3' 단부)가 XL1-블루 대장균 세포 내로 형질전환되었다. 얻어진 콜로니를 풀링하고, 플라스미드 DNA를 단리하고, HemG(PPX 돌연변이체 대장균) 세포 내로 형질전화시켰다. 플루미옥사진의 선택을 위하여, 세포를 액체 최소 배지 중에서 1시간 동안 회수하고 나서 제초제의 첨가 및 세포의 하룻밤 회수를 행하였다. 그 다음 날, 세포를 보완용 플라스미드를 선택하기 위하여 항생제를 함유하는 LB 플레이트 상에서 적절한 희석으로 평판배양하였다. 각 플레이트로부터의 콜로니를 서열결정하였다. 10mM 플루미옥사진 중 액체 선택 후, 돌연변이유발된 플라스미드를 지닌 대략 200 내지 1200개의 콜로니와 비교해서 야생형(WT) PPX를 이용한 플레이트 상에서 대략 30개의 콜로니가 보였다. 설펜트라존 선택을 위하여, 배양물을 최소 배지에서 하룻밤 성장시키고, 희석 후, 설펜트라존의 0 및 0.75mM 농도에서 평판 배양하였다. 콜로니 계수치가 두 가지 간에 비교되어, 0mM 플레이트 상에서의 것과 비교해서 0.75mM 설펜트라존 플레이트상에서의 콜로니의 퍼센트에 의거해서 돌연변이 내성이 결정되었다. 플레이트 상에 보이는 콜로니의 수는 돌연변이를 등급 매기는 방법으로서 제공되었다.
3' 단부 돌연변이유발
PPX 유전자의 3' 단부 상에 돌연변이유발을 수행하였다. 클론을 HemG 내로 형질전환시키고, 선택을 위하여 2.5, 5 및 10mM 플루미옥사진에서 하룻밤 성장시켰다. 5mM 플루미옥사진에서의 선택은 10mM 선택 플레이트 상에서보다 더 많은 콜로니를 지녔다. 10mM 플루미옥사진을 이용해서 클론을 돌연변이유발시키기 위한 선택으로 4개의 클론이 수득되었다. 5mM 플루미옥사진을 이용해서 클론을 돌연변이유발시키기 위한 선택으로 200개의 콜로니가 수득되었다. 3' 단부 돌연변이유발을 위하여 얻어진 200개의 콜로니 중 상부 1/3은 10mM 플루미옥사진 중에 스크리닝되었다. 모든 내성 콜로니(대략130개)가 서열결정되었고, 최상의 플루미옥사진 내성 변이체가 플루미옥사진 상의 콜로니 계수치에 의해 평가되었으며, 3' 단부는 설펜트라존에 대한 내성에 대해서 평가되었다.
실시예 4: 내성을 부여하는 아미노산 치환의 분석
설펜트라존 혹은 플루미옥사진에 대한 내성을 나타내는 각 위치에서의 모든 가능한 아미노산 치환의 내성이 테스트되었다. 다음에, 단일 아미노산 치환이 상보성 및 제초제 내성을 평가하기 위하여 모든 순열 조합으로 조합되었다. 플루미옥사진에 대한 단일 및 다수 돌연변이체 조합의 결과가 표 8a, 표 8b 및 표 8c에 표시되어 있고, 여기서, 가장 나중의 열이 10mM 플루미옥사진에 대한 각 돌연변이에 대해서 보고된 콜로니의 수를 나타낸다. 설펜트라존에 대한 단일 및 다수 돌연변이체 조합의 결과가 표 9a 및 표 9b에 표시되어 있고, 여기서, 가장 나중의 열이 0.75mM 설펜트라존에 대한 각 돌연변이에 대해서 보고된 콜로니의 수를 나타낸다. 사플루페나실에 대한 단일 및 다수 돌연변이체 조합의 결과가 표 10에 표시되어 있고, 여기서, 네번째 열이 0.3mM 사플루페나실에 대한 각 돌연변이에 대해서 보고된 콜로니의 수를 나타낸다.
[표 8a]
Figure 112013018499504-pct00010
[표 8b]
Figure 112013018499504-pct00011
[표 8c]
Figure 112013018499504-pct00012
[표 8d]
Figure 112013018499504-pct00013
[표 8e]
Figure 112013018499504-pct00014
[표 8f]
Figure 112013018499504-pct00015
[표 9a]
Figure 112013018499504-pct00016
[표 9b]
Figure 112013018499504-pct00017
[표 9c]
Figure 112013018499504-pct00018
[표 9d]
Figure 112013018499504-pct00019
Figure 112013018499504-pct00020
실시예 5: 식물 세포 배양 제초제 사멸 곡선
플루미옥사진 사멸 곡선
제초제 선택 실험은 규정된 처리 기간에 원형질체 유래 마이크로캘러스(microcalli)를 사멸시키는데 필요한 제초제의 농도를 결정하기 위하여 수행되었다. 125μM의 농도가 1주 내에 모든 세포를 사멸시키기에 충분한 초기 사멸 곡선 결과를 감안하여, 새로운 사멸 곡선은 세포의 99%가 사멸되는 농도를 결정할 목적으로 플루미옥사진의 보다 낮은 농도를 이용해서 설계되었다(표 11 참조). 제초제는 DMSO 중에 현탁되었고, 제초제 처리 중의 DMSO의 최종 농도는 1%이다. 세포의 발달은 1주에 한번 현미경 하에 평가되었다. 제어 처리를 제외하고, 플루미옥사진에 의한 모든 처리에서의 분할은 1주 후 방지되었고, 1달 후에 어떠한 마이크로캘러스도 임의의 테스트된 농도에서 발달되지 않았다. 0.032mM의 플루미옥사진 농도는 감자 원형질체로부터의 마이크로캘러스 발달을 방지하는데 충분하다.
Figure 112013018499504-pct00021
설펜트라존 사멸 곡선
경정-유래 원형질체(shoot tip-derived protoplast) 및 세포 현탁액에 대한 설펜트라존을 이용한 사멸 곡선은 7.8μM 설펜트라존의 농도가 모든 원형질체-유래 세포를 사멸시키는데 충분한 것을 나타내었다(표 12 참조). 따라서, 새로운 사멸 곡선이 표 13에 표시된 보다 낮은 농도의 0, 0.5, 0.6, 0.7 및 0.8μM의 설펜트라존에서 개시되었다. 이 결과는 GRON 처리된 원형질체가 제초제의 0.6μM과 0.7μM 사이의 농도에서 선택될 수 있다.
Figure 112013018499504-pct00022
Figure 112013018499504-pct00023
실시예 6: 엽편 사멸 곡선(Leaf disk kill curve)
잎 절편 외식편(leaf disc explant) 내의 캘러스 형성을 억제하는 설펜트라존의 농도를 확립할 목적으로, 잎 절편을 5주령의 시험관내 성장된 감자 식물로부터 멸균 구멍 펀치로 천공하였다. 잎 절편을 1% DMSO의 최종 농도에서 각종 농도의 설펜트라존을 함유하는 고형 Haberlach 배양 배지를 포함하는 페리 접시에서 배양하였다. 6개의 잎 절편이 각 제초제 농도에서 배양되었다. 플레이트를 마이크로포어 테이프로 밀봉하고 실온(대략 23℃)에서 인큐베이팅하였다. 초기 실험에서, 그 실험에서 테스트된 가장 낮은 농도인 7.8μM 설펜트라존은 20일 이내에 캘러스 형성을 중지시키고 모든 잎 절편을 탈색시키기에 충분하였다. 보다 낮은 농도의 설펜트라존의 사멸 곡선의 결과는 3.0μM 농도의 설펜트라존이 20일 후 모든 잎 절편에서 캘러스 형성을 억제하는 데 충분한 반면, 캘러스는 2.0μM의 설펜트라존 상에서 성장된 일부 잎 절편의 잎맥 상에서 13일 후에 개시된 것을 나타내었다. 유사한 잎 절편 사멸 곡선 실험이 사플루페나실을 이용해서 수행되었고, 여기서 0.5μM의 이 제초제가 20일 후 거의 모든 잎 절편에서 캘러스 형성을 억제하는데 충분하였다.
실시예 7: 세포 배양 및 GRON 도입용의 물질 및 방법
Figure 112013018499504-pct00024
세포 배양 작업 설명. 예를 들어, 종자, 덩이줄기, 곁눈, 잎, 줄기, 뿌리, 캘러로부터, 또는 소포자 유래된 배아로부터 유래된 싹은 시험관내에서 멸균 조건 하에 번식되었다. 외식편은, 예를 들어 매 3 내지 4주마다 계대배양되고, 약 100㎖ 배양 배지, 예를 들어, Murashige and Skoog(A revised medium for rapid growth and bioassays with tobacco cultures. Physiol. Plant 15(1962) 473-49)에 따른 MS 배지 혹은 그의 변형물의 체적으로, 통기구가 형성된 뚜껑을 가진 마젠타 GA7 배양 용기(Phytotechnology Laboratories, 미국 캔사스주의 샤우니 미션시에 소재) 내에서 배양되었다. 이들 용기는 마이크로포어 테이프(Micropore tape)(3M Company)로 밀봉될 수 있다. 어린 잎, 경정, 뿌리, 잎과 곁눈을 지닌 미세덩이줄기 또는 긴 줄기 세그먼트뿐만 아니라, 이들 조직으로부터 유래된 캘러스는, 원형질체 단리를 위하여 이용될 수 있다. 원형질체는 또한 어린 잎, 경정, 뿌리, 잎과 곁눈을 지닌 미세덩이줄기 또는 긴 줄기 세그먼트뿐만 아니라, 이들 조직으로부터 유래된 캘러스로부터 유래된 현탁액 배양 세포로부터 단리될 수 있다.
경정으로부터의 원형질체 단리
규칙적인 주/야 요법 하에 배양된, 또는 바람직하게는 암흑에서 원형질체 단리 전에 2일 동안 유지된 2 내지 8주령의 시험관내 싹의 약 200개의 경정에서, 싹들은 멸균수가 있는 페트리 접시에 메스로 작은 조각들로 절단될 수 있다. 모든 잎눈이 절단된 후에, 물을 원형질체 배양 배지, 바람직하게는 BN(B5 염 및 비타민(Phytotechnology Laboratories), 글루코스 20 g/ℓ, 만니톨 70 g/ℓ, 알파 나프탈렌 아세트산 5 ㎎/ℓ, 추가의 CaCl2×2H2O 600㎎/ℓ, 카제인 가수분해물 250㎎/ℓ, 시스테인-HCL 10 ㎎/ℓ, 폴리비닐피롤리돈(MW 10,000) 5 g/ℓ)으로 교체한다. 대략 1 내지 2시간 후, 원형질체 배양 배지를, 예를 들어, 배지 BN(0.5% (w/v) 셀룰라제(Cellulase) YC 및 0.75%(w/v) 마세로자임(Macerozyme) R10(모두 아리조나주의 코튼우드시에 소재한 Karlan Research Products로부터 입수), 1 g/ℓ 소혈청 알부민 및 1 g/ℓ 2-몰폴리노에탄설폰산이 용해되어 이루어진 효소 용액으로 교체한다. 효소 용액의 체적에 대한 경정의 개수의 비는 10 내지 16, 바람직하게는 13일 수 있다. 효소 용액 중의 경정 조각들이 있는 접시를 약 50rpm으로 설정된 진탕기 상에서 암흑 속에서 25℃ 내지 30℃, 바람직하게는 28℃에서 인큐베이팅한다. 하룻밤 인큐베이션 후, 원형질체 현탁액을 이오딕산올(iodixanol) 밀도 구배(Optiprep Application Sheet C18로부터 조정됨; 온전한 식물 원형질체의 정제; Axis-Shield USA, 메사추세츠주 02776 노톤 커머스 웨이 10에 소재)를 이용해서 정제시킨다. 밀도 구배 원심분리 후, 정제된 원형질체를 지니는 밴드는 약 5㎖ W5 배지(Frigerio et al., 1998)와 함께 제거한다. 원형질체 밀도 및 수율은 혈구계수기로 결정된다. 원형질체 밀도는 2 ㎎/ℓ 2,6-다이클로로벤조나이트릴(셀룰로스 합성효소 억제제)을 함유하는 BN 배지 중에서 1×106/㎖로 조정되고, 원형질체는 약 16시간 동안 30℃에서 건조 상태로 배양된다.
세포 현탁액으로부터의 원형질체 단리
세포 현탁액으로부터의 원형질체의 단리는 이하의 예외와 함께, 경정으로부터 원형질체의 단리에 대해서 설명된 바와 같은 프로토콜에 따른다:
1. 신속 성장용 세포 현탁액이, 바람직하게는 최종 계대배양 후 3일에 이용된다. 1.5㎖ 고정된 세포 체적을 약 15㎖ BN 배지로 옮기고, 2시간 후에 효소 용액으로 교체한다. 2. 원형질체 정제 직후 GRON/PEG 처리를 행한다.
유전자 수복 올리고뉴클레오타이드(GRON) 도입
원형질체 현탁액을 동일 체적의 W5 배지와 혼합하고, 50㎖ 원심분리관으로 옮기고 나서, 임상 원심분리기의 최저 설정치(약 50×g)에서 10분 동안 원심분리한다. 상청액을 제거하고, TM 배지(Klaus, S. Markerfreie transplastome Tabakpflanzen (Marker-free transplastomic tobacco plants). PhD Dissertation, 2002, Ludwig-Maximilians-Universitaet Muenchen, 109 pp)로 교체하고, 원형질체 밀도를 5×106/㎖로 조정한다. 5×105 원형질체를 함유하는 100㎕ 분획을 각각 12㎖ 둥근 바닥 원심분리관 내로 분배시킨다. 미토콘드리아 및 색소체 PPX 유전자 중 한쪽 혹은 양쪽 모두의 1가지 이상의 돌연변이에서 표적화된 GRON(표 14에 표시된 것 등)을 이어서 PEG 처리를 이용해서 원형질체 내로 도입한다. GRON을 원형질체 내로 도입하기 위하여, 정제수 25㎕ 및 폴리에틸렌 글라이콜 용액 125㎕에 용해된 12.5㎍ GRON(5g PEG MW 1500, 638㎎ 만니톨, 207㎎ CaNO3×4H2O 및 8.75㎖ 정제수; pH 약 9.0으로 조정됨)을 첨가한다. 얼음 상에서 10 내지 30분 인큐베이션 후, 원형질체-PEG 현탁액을 W5 배지에서 세척하고, 배지 BN 중에 재현탁시킨다. 현탁액을 실온에서 암흑 속에서 하룻밤 유지한다.
GRON은, 전기천공, 양이온 지질, 나노입자, 헥사다이메트린 브로마이드(폴리브렌) 또는 스퍼미딘 등과 같은 다가 양이온에 의해, 또는 TAT, pVEC, 트랜스포탄(transportan), 노나-아르기닌, BAX 억제용 펩타이드(VPK), 또는 문헌[Patel et al. Cell Penetrating Peptides: Intracellular Pathways and Pharmaceutical Perspectives. Pharmaceutical Research, 24 (2007) 1977-1992, 또는 Veldhoen et al. Recent developments in peptide-based nucleic acid delivery. International Journal of Molecular Science (2008) 1276-1320]에 열거된 것 등을 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아닌 각종 세포 침투용 펩타이드(cell penetrating peptides: CPP)에 복합화된 GRON을 이용해서 원형질체 내로 도입될 수 있다. 다른 실시형태에 있어서, GRON은 폴리아미도아민(PAMAM) 등과 같은 덴드리머를 포함하지만 이로써 제한되는 것은 아닌 음하전 중합체를 통해서 원형질체 내로 도입된다.
GRON은 또한 미세주입, 금 등과 같은 캐리어 상에 코팅된 GRON을 이용하는 바이오리스틱을 포함할 수 있는 방법을 이용해서 또는 GRON 현탁액의 점적의 형태로 직접, GRON 코팅된 휘스커 또는 이전의 단락에 언급된 바와 같은 각종 세포 침투용 펩타이드(CPP)에 복합화된 GRON을 이용해서 전체 조직 혹은 세포 내로 전달될 수 있다. 다른 실시형태는, 초음파의 이용, GRON 함유 용액 중의 흡수, 또는 예를 들어 톨루엔 혹은 사포닌 등과 같은 제제를 통한 세포벽의 투과화를 상정한다.
알긴산칼슘 내 원형질체의 편입
GRON 도입 후 어느 날에, 원형질체를 알긴산칼슘 내에 편입시킨다. 겔 기질(예컨대, 아가로스, 알지네이트) 내의 원형질체의 편입은 원형질체 생존을 증대시키고 원형질체-유래 세포의 분할 빈도를 증가시키는 것으로 판명되었다. 적용된 방법은 Dovzhenko 등에 의해 기재된 것에 의거하고 있다(Thin-alginate-layer technique for protoplast culture of tobacco leaf protoplasts: shoot formation in less than two weeks. Protoplasma 204 (1998) 114-118).
원형질체 배양 및 제초제-저항성 캘러스의 선택
제초제-저항성 캘러스의 선택은 문헌[Pelletier et al. (1983)]에 따라서 액체 배지 중에서 알지네이트의 순차적인 계대배양을 이용해서 수행된다. 선택은 PPX-억제 제초제의 적절한 농도; 예를 들어, 32μM 플루미옥사진, 또는 0.25μM, 0.5μM, 1μM, 2μM, 3μM, 4μM, 5μM, 6μM, 7μM, 7.8μM, 15.6μM, 31.2μM 혹은 62.5μM 설펜트라존에서 PEG/GRON 처리 후 1주에 개시될 수 있다.
액체 배지 중의 선택 위상의 종료 전에, 세포와 콜로니는 50mM 시트르산 나트륨을 함유하는 배양 배지에서 이들을 30 내지 45분 동안 처리함으로써 알지네이트로부터 방출된다. 액체에서 고형 배지 Cul로의 방출된 콜로니를 옮기는 순간에(Haberlach et al. Isolation, culture and regeneration of protoplasts from potato and several related Solanum species. Plant Science, 39 (1985) 67-74), 대부분의 콜로니가 사멸되거나, 사멸 세포의 외층으로 덮인 녹색 중심으로 구성될 수 있다. 고형화된 선택 배지(Cul + 제초제) 상에, 여전히 생세포를 포함하는 대부분의 마이크로캘러스는 성장을 멈추어 갈색으로 변할 수 있다. 개별의 캘러스의 제한된 성장은 경우에 따라 계속되지만, 모든 비저항성 캘러스는 궁극적으로 갈변하여 사멸한다. 고형화된 선택 배지로 옮긴 후 2 내지 3주에(경우에 따라 조기에), 활발하게 성장하는 캘러스는 갈색을 띤 세포 및 마이크로캘러스의 배경 중에서 나타날 수 있다.
PPX 유전자 내 확인된 돌연변이를 지니는 원형질체-유도, 제초제-내성 캘러스로부터의 식물의 재생이 수행된다. 고형 선택 배지 상에서 발달하고 분석 시의 DNA가 돌연변이의 존재를 나타내는 PPX-억제 제초제-내성 캘러스는 발달을 가속시키기 위하여 제초제-무함유 배지 Cul로 옮긴다. 개별의 캘러스 라인은 그들의 성장속도와 형태가 다양하다. 일반적으로 싹 재생을 향한 발달은 이들 단계를 따른다:
미분화된 그린 캘러스 캘러스 → 싹의 암흑 녹색 영역을 지니는 캘러스 → 싹 개시 발달 → 식물의 발달.
개별의 캘러스 계통의 성장은 가변적이지만, 허용가능한 시간 기간(1 내지 6개월) 동안, Cul 배지 상에서의 연속 계대배양 및 다중화를 통해서 또는 배지 조성을 분화 배지를 포함하지만 이것으로 제한되는 것은 아닌 분화 배지로 변화시키고 나서, 캘러스 라인을 Bokelmann 재생 배지(Bokelmann G.S. and Roest S., Z. Pflanzenphysiol. vol. 109, p. 259-265 (1983))를 포함하지만 이것으로 제한되는 것은 아닌 재생 배지로 옮김으로써 궁극적으로 다수가 싹을 생성한다.
일단 3 내지 4개의 잎을 지니는 싹들이 재생 배지에서 형성되면, 이들을 MS 배지를 포함하는(이로써 제한되지 않음) 전파 배지로 옮긴다. 이 배지 상에서, 시간 경과에 따라서, 형태적으로 '정상'인 싹과 잎이 성장한다. 시험관내 작은 식물이 뿌리를 생성한 후에, 표준 프로토콜은 온실 조건에 대한 적응화를 위하여 이용된다.
분자 스크리닝
표준 분자 기술 및 더욱 민감한 PCR기반 기술을 이용하는 것은 RTDS 처리 후 PPX 돌연변이의 빈도를 모니터링하는데 이용될 수 있다. 이들 분자 기술은, 대립유전자 특이적 PCR, DNA 서열결정 및 비 PCR 기술을 이용하는 기타 SNP 확인 기술을 포함하지만, 이들로 제한되는 것은 아니다. 이들 기술은 이 절차에 있어서 조기에 PPX 표적화된 돌연변이의 빈도를 모니터링하는 것을 허용한다. 소정의 실시형태에 있어서, 돌연변이는 단일 세포의 모집단에서 측정될 수 있다. 이어서, 이들 기술은 선택된 캘러스 및 재생된 식물에 존재하는 돌연변이를 확인하고 모니터링하기 위하여 배양 과정 전체를 통해서 적용가능할 수 있다.
실시예 8: 제초제 분무
솔라넘 투베로섬 혹은 러셋 버뱅크 감자 품종 식물은, 이들이 2 내지 6" 크기(tall)(대체로 5 내지 6엽기)인 경우, 각종 PPX-억제 제초제가 분무된다. 제초제는 0.25% AU391 계면활성제의 존재 하에 분무된다. 제초제는, 예를 들어, 이하의 비율로 분무된다:
플루미옥사진 2 온스 활성 성분/에이커(ai/A)
설펜트라존 4.5 온스 ai/A
사플루페나실 1 내지 13 온스 ai/A
제초제는 나뭇잎 분무에 의해 적용되는 한편 대조 식물은 미분무 상태인 채이다. PPX-억제 제초제 시험은 1 내지 10의 손상 스케일을 이용해서 분무 후 14일에 평가되되, 1은 사멸이고, 10은 미손상된 미분무 대조군이다. 개별의 식물 계통은 그 특정 속도에서 대조군의 성능에 비해서 각 분무 속도에서 점수 매겨진다. PPX 억제용 제초제는 잠재적으로 광범위한 적용창을 지니고, 감자를 포함한 작물을 위한 적용 "전" 혹은 "후"로서 사용될 수 있다. 제초제 평가는 식물(작물) 손상 및/또는 잡초 대조군을 모니터링하기 위하여 온실과 밭 적용 모두를 포함한다. RTDS 작업으로부터의 산물은 농부가 감자와 같은 작물을 재배하고 PPX 억제용 제초제를 적용하여 작물을 손상시키지 않고 밭 내의 잡초를 제거 혹은 제어할 수 있다.
달리 규정되어 있는 한, 본 명세서에서 이용되는 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 발명의 속하는 기술분야의 당업자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 지닌다.
본 명세서에 예시적으로 기재된 본 발명은 본 명세서에 구체적으로 개시되지 않은 임의의 요소 혹은 요소들, 제한 혹은 제한들의 부재에서도 적절하게 실시될 수 있다. 따라서, 예를 들어, "구비하는", "포함하는", "함유하는" 등과 같은 용어는 제한 없이 광범위하게 읽혀야 한다. 부가적으로, 본 명세서에서 이용되는 용어와 표현들은 기술의 용어로서 이용되었을 뿐 제한은 아니며, 표시되고 기재된 특성의 임의의 등가물 혹은 그의 일부를 배제하는 그러한 용어 및 표현의 이용을 의도하는 것은 아니다. 각종 변형이 청구된 본 발명의 범위 내에서 가능하다는 것이 인정된다.
이와 같이 해서, 본 발명은 구체적으로 바람직한 실시형태에 의해 구체적으로 개시되어 있지만, 개시된 본 발명의 임의선택적인 특성, 변화, 개량 및 변형이 당업자에 의해 취해질 수 있고, 이러한 변화, 개량 및 변형은 본 발명의 범위 내인 것으로 여겨지는 것을 이해해야 한다. 본 명세서에서 제공된 물질, 방법 및 예는 바람직한 실시형태를 대표하는 것으로 예시적일 뿐, 본 발명의 범위에 대한 제한으로서 의도된 것은 아니다.
본 발명은 본 명세서에 광범위하고도 일반적으로 기재되어 있다. 일반적인 개시 내에 들어가는 보다 협소한 종류 및 하위속의 그룹화의 각각도 본 발명의 일부를 형성한다. 이것은, 실시된 물질이 구체적으로 본 명세서에 언급되어 있든지 그렇지 않든지에 무관하게, 임의의 주된 사항을 그 속으로부터 제거하는 부정적인 제한 혹은 조건을 지니는 본 발명의 일반적인 설명을 포함한다.
또한, 본 발명의 특성 혹은 양상이 마쿠시 그룹의 관점에서 기재되는 경우, 당업자라면 본 발명이 이에 따라서 마쿠시 그룹의 임의의 개별적인 멤버 혹은 그 멤버의 서브그룹의 관점에서 기재되는 것임을 인식할 것이다.
본 명세서에서 언급된 모든 간행물, 특허 출원, 특허 공보 및 기타 참조문헌은, 각각이 개별적으로 참조로 병합되는 것과 같은 정도로, 명백히 그들의 전문이 참조로 본 명세서에 병합된다. 상충하는 경우, 정의를 비롯하여 본 명세서가 제어될 것이다.
기타 실시형태는 이하의 특허청구범위 내에 기술되어 있다.
SEQUENCE LISTING <110> CIBUS US LLC CIBUS EUROPE B.V. <120> MUTATED PROTOPORPHYRINOGEN IX OXIDASE (PPX) GENES <130> WO2012/018862 <140> 13/247,954 <141> 2011-09-28 <150> PCT/US2011/046330 <151> 2011-08-02 <150> 61/370,436 <151> 2010-08-03 <160> 50 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 537 <212> PRT <213> Arabidopsis thaliana <400> 1 Met Glu Leu Ser Leu Leu Arg Pro Thr Thr Gln Ser Leu Leu Pro Ser 1 5 10 15 Phe Ser Lys Pro Asn Leu Arg Leu Asn Val Tyr Lys Pro Leu Arg Leu 20 25 30 Arg Cys Ser Val Ala Gly Gly Pro Thr Val Gly Ser Ser Lys Ile Glu 35 40 45 Gly Gly Gly Gly Thr Thr Ile Thr Thr Asp Cys Val Ile Val Gly Gly 50 55 60 Gly Ile Ser Gly Leu Cys Ile Ala Gln Ala Leu Ala Thr Lys His Pro 65 70 75 80 Asp Ala Ala Pro Asn Leu Ile Val Thr Glu Ala Lys Asp Arg Val Gly 85 90 95 Gly Asn Ile Ile Thr Arg Glu Glu Asn Gly Phe Leu Trp Glu Glu Gly 100 105 110 Pro Asn Ser Phe Gln Pro Ser Asp Pro Met Leu Thr Met Val Val Asp 115 120 125 Ser Gly Leu Lys Asp Asp Leu Val Leu Gly Asp Pro Thr Ala Pro Arg 130 135 140 Phe Val Leu Trp Asn Gly Lys Leu Arg Pro Val Pro Ser Lys Leu Thr 145 150 155 160 Asp Leu Pro Phe Phe Asp Leu Met Ser Ile Gly Gly Lys Ile Arg Ala 165 170 175 Gly Phe Gly Ala Leu Gly Ile Arg Pro Ser Pro Pro Gly Arg Glu Glu 180 185 190 Ser Val Glu Glu Phe Val Arg Arg Asn Leu Gly Asp Glu Val Phe Glu 195 200 205 Arg Leu Ile Glu Pro Phe Cys Ser Gly Val Tyr Ala Gly Asp Pro Ser 210 215 220 Lys Leu Ser Met Lys Ala Ala Phe Gly Lys Val Trp Lys Leu Glu Gln 225 230 235 240 Asn Gly Gly Ser Ile Ile Gly Gly Thr Phe Lys Ala Ile Gln Glu Arg 245 250 255 Lys Asn Ala Pro Lys Ala Glu Arg Asp Pro Arg Leu Pro Lys Pro Gln 260 265 270 Gly Gln Thr Val Gly Ser Phe Arg Lys Gly Leu Arg Met Leu Pro Glu 275 280 285 Ala Ile Ser Ala Arg Leu Gly Ser Lys Val Lys Leu Ser Trp Lys Leu 290 295 300 Ser Gly Ile Thr Lys Leu Glu Ser Gly Gly Tyr Asn Leu Thr Tyr Glu 305 310 315 320 Thr Pro Asp Gly Leu Val Ser Val Gln Ser Lys Ser Val Val Met Thr 325 330 335 Val Pro Ser His Val Ala Ser Gly Leu Leu Arg Pro Leu Ser Glu Ser 340 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508 <212> PRT <213> Arabidopsis thaliana <400> 3 Met Ala Ser Gly Ala Val Ala Asp His Gln Ile Glu Ala Val Ser Gly 1 5 10 15 Lys Arg Val Ala Val Val Gly Ala Gly Val Ser Gly Leu Ala Ala Ala 20 25 30 Tyr Lys Leu Lys Ser Arg Gly Leu Asn Val Thr Val Phe Glu Ala Asp 35 40 45 Gly Arg Val Gly Gly Lys Leu Arg Ser Val Met Gln Asn Gly Leu Ile 50 55 60 Trp Asp Glu Gly Ala Asn Thr Met Thr Glu Ala Glu Pro Glu Val Gly 65 70 75 80 Ser Leu Leu Asp Asp Leu Gly Leu Arg Glu Lys Gln Gln Phe Pro Ile 85 90 95 Ser Gln Lys Lys Arg Tyr Ile Val Arg Asn Gly Val Pro Val Met Leu 100 105 110 Pro Thr Asn Pro Ile Glu Leu Val Thr Ser Ser Val Leu Ser Thr Gln 115 120 125 Ser Lys Phe Gln Ile Leu Leu Glu Pro Phe Leu Trp Lys Lys Lys Ser 130 135 140 Ser Lys Val Ser Asp Ala Ser Ala Glu Glu Ser Val Ser Glu Phe Phe 145 150 155 160 Gln Arg His Phe Gly Gln Glu Val Val Asp Tyr Leu Ile Asp Pro Phe 165 170 175 Val Gly Gly Thr Ser Ala Ala Asp Pro Asp Ser Leu Ser Met Lys His 180 185 190 Ser Phe Pro Asp Leu Trp Asn Val Glu Lys Ser Phe Gly Ser Ile Ile 195 200 205 Val Gly Ala Ile Arg Thr Lys Phe Ala Ala Lys Gly Gly Lys Ser Arg 210 215 220 Asp Thr Lys Ser Ser Pro Gly Thr Lys Lys Gly Ser Arg Gly Ser Phe 225 230 235 240 Ser Phe Lys Gly Gly Met Gln Ile Leu Pro Asp Thr Leu Cys Lys Ser 245 250 255 Leu Ser His Asp Glu Ile Asn Leu Asp Ser Lys Val Leu Ser Leu Ser 260 265 270 Tyr Asn Ser Gly Ser Arg Gln Glu Asn Trp Ser Leu Ser Cys Val Ser 275 280 285 His Asn Glu Thr Gln Arg Gln Asn Pro His Tyr Asp Ala Val Ile Met 290 295 300 Thr Ala Pro Leu Cys Asn Val Lys Glu Met Lys Val Met Lys Gly Gly 305 310 315 320 Gln Pro Phe Gln Leu Asn Phe Leu Pro Glu Ile Asn Tyr Met Pro Leu 325 330 335 Ser Val Leu Ile Thr Thr Phe Thr Lys Glu Lys Val Lys Arg Pro Leu 340 345 350 Glu Gly Phe Gly Val Leu Ile Pro Ser Lys Glu Gln Lys His Gly Phe 355 360 365 Lys Thr Leu Gly Thr Leu Phe Ser Ser Met Met Phe Pro Asp Arg Ser 370 375 380 Pro Ser Asp Val His Leu Tyr Thr Thr Phe Ile Gly Gly Ser Arg Asn 385 390 395 400 Gln Glu Leu Ala Lys Ala Ser Thr Asp Glu Leu Lys 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aatcccatag agctggtcac 420 aagtagtgtg ctctctaccc aatctaagtt tcaaatcttg ttggaaccat ttttatggaa 480 gaaaaagtcc tcaaaagtct cagatgcatc tgctgaagaa agtgtaagcg agttctttca 540 acgccatttt ggacaagagg ttgttgacta tctcatcgac ccttttgttg gtggaacaag 600 tgctgcggac cctgattccc tttcaatgaa gcattctttc ccagatctct ggaatgtaga 660 gaaaagtttt ggctctatta tagtcggtgc aatcagaaca aagtttgctg ctaaaggtgg 720 taaaagtaga gacacaaaga gttctcctgg cacaaaaaag ggttcgcgtg ggtcattctc 780 ttttaagggg ggaatgcaga ttcttcctga tacgttgtgc aaaagtctct cacatgatga 840 gatcaattta gactccaagg tactctcttt gtcttacaat tctggatcaa gacaggagaa 900 ctggtcatta tcttgtgttt cgcataatga aacgcagaga caaaaccccc attatgatgc 960 tgtaattatg acggctcctc tgtgcaatgt gaaggagatg aaggttatga aaggaggaca 1020 accctttcag ctaaactttc tccccgagat taattacatg cccctctcgg ttttaatcac 1080 cacattcaca aaggagaaag taaagagacc tcttgaaggc tttggggtac tcattccatc 1140 taaggagcaa aagcatggtt tcaaaactct aggtacactt ttttcatcaa tgatgtttcc 1200 agatcgttcc cctagtgacg ttcatctata tacaactttt attggtggga gtaggaacca 1260 ggaactagcc aaagcttcca ctgacgaatt aaaacaagtt gtgacttctg accttcagcg 1320 actgttgggg gttgaaggtg aacccgtgtc tgtcaaccat tactattgga ggaaagcatt 1380 cccgttgtat gacagcagct atgactcagt catggaagca attgacaaga tggagaatga 1440 tctacctggg ttcttctatg caggtaatca tcgagggggg ctctctgttg ggaaatcaat 1500 agcatcaggt tgcaaagcag ctgaccttgt gatctcatac ctggagtctt gctcaaatga 1560 caagaaacca aatgacagct tataacattg tcaaggttcg tcccttttta tcacttactt 1620 tgtaaacttg taaaatgcaa caagccgccg tgcgattagc caacaactca gcaaaaccca 1680 gattctcata aggctcacta attccagaat aaactattta tgtattgttt ggtctgtttt 1740 cttgttgcat cactggtatg gtctgtctag gtagaagaat atgatagggt gagggatttt 1800 aggattgaag aatctttaaa ac 1822 <210> 5 <211> 534 <212> PRT <213> Amaranthus tuberculatus <400> 5 Met Val Ile Gln Ser Ile Thr His Leu Ser Pro Asn Leu Ala Leu Pro 1 5 10 15 Ser Pro Leu Ser Val Ser Thr Lys Asn Tyr Pro Val Ala Val Met Gly 20 25 30 Asn Ile Ser Glu Arg Glu Glu Pro Thr Ser Ala Lys Arg Val Ala Val 35 40 45 Val Gly Ala Gly Val Ser Gly Leu Ala Ala Ala Tyr Lys Leu Lys Ser 50 55 60 His Gly Leu Ser Val Thr Leu Phe Glu Ala Asp Ser Arg Ala Gly Gly 65 70 75 80 Lys Leu Lys Thr Val Lys Lys Asp Gly Phe Ile Trp Asp Glu Gly Ala 85 90 95 Asn Thr Met Thr Glu Ser Glu Ala Glu Val Ser Ser Leu Ile Asp Asp 100 105 110 Leu Gly Leu Arg Glu Lys Gln Gln Leu Pro Ile Ser Gln Asn Lys Arg 115 120 125 Tyr Ile Ala Arg Ala Gly Leu Pro Val Leu Leu Pro Ser Asn Pro Ala 130 135 140 Ala Leu Leu Thr Ser Asn Ile Leu Ser Ala Lys Ser Lys Leu Gln Ile 145 150 155 160 Met Leu Glu Pro Phe Leu Trp Arg Lys His Asn Ala Thr Glu Leu Ser 165 170 175 Asp Glu His Val Gln Glu Ser Val Gly Glu Phe Phe Glu Arg His Phe 180 185 190 Gly Lys Glu Phe Val Asp Tyr Val Ile Asp Pro Phe Val Ala Gly Thr 195 200 205 Cys Gly Gly Asp Pro Gln Ser Leu Ser Met His His Thr Phe Pro Glu 210 215 220 Val Trp Asn Ile Glu Lys Arg Phe Gly Ser Val Phe Ala Gly Leu Ile 225 230 235 240 Gln Ser Thr Leu Leu Ser Lys Lys Glu Lys Gly Gly Glu Asn Ala Ser 245 250 255 Ile Lys Lys Pro Arg Val Arg Gly Ser Phe Ser Phe Gln Gly Gly Met 260 265 270 Gln Thr Leu Val Asp Thr Met Cys Lys Gln Leu Gly Glu Asp Glu Leu 275 280 285 Lys Leu Gln Cys Glu Val Leu Ser Leu Ser Tyr Asn Gln Lys Gly Ile 290 295 300 Pro Ser Leu Gly Asn Trp Ser Val Ser Ser Met Ser Asn Asn Thr Ser 305 310 315 320 Glu Asp Gln Ser Tyr Asp Ala Val Val Val Thr Ala Pro Ile Arg Asn 325 330 335 Val Lys Glu Met Lys Ile Met Lys Phe Gly Asn Pro Phe Ser Leu Asp 340 345 350 Phe Ile Pro Glu Val Thr Tyr Val Pro Leu Ser Val Met Ile Thr Ala 355 360 365 Phe Lys Lys Asp Lys Val Lys Arg Pro Leu Glu Gly Phe Gly Val Leu 370 375 380 Ile Pro Ser Lys Glu Gln His Asn Gly Leu Lys Thr Leu Gly Thr Leu 385 390 395 400 Phe Ser Ser Met Met Phe Pro Asp Arg Ala Pro Ser Asp Met Cys Leu 405 410 415 Phe Thr Thr Phe Val Gly Gly Ser Arg Asn Arg Lys Leu Ala Asn Ala 420 425 430 Ser Thr Asp Glu Leu Lys Gln Ile Val Ser Ser Asp Leu Gln Gln Leu 435 440 445 Leu Gly Thr Glu Asp Glu Pro Ser Phe Val Asn His Leu Phe Trp Ser 450 455 460 Asn Ala Phe Pro Leu Tyr Gly His Asn Tyr 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caggaaagcg ttggtgaatt ttttgagcga cattttggga aagagtttgt tgattatgtt 600 attgaccctt ttgttgcggg tacatgtggt ggagatcctc aatcgctttc catgcaccat 660 acatttccag aagtatggaa tattgaaaaa aggtttggct ctgtgtttgc cggactaatt 720 caatcaacat tgttatctaa gaaggaaaag ggtggagaaa atgcttctat taagaagcct 780 cgtgtacgtg gttcattttc atttcaaggt ggaatgcaga cacttgttga cacaatgtgc 840 aaacagcttg gtgaagatga actcaaactc cagtgtgagg tgctgtcctt gtcatataac 900 cagaagggga tcccctcact agggaattgg tcagtctctt ctatgtcaaa taataccagt 960 gaagatcaat cttatgatgc tgtggttgtc actgctccaa ttcgcaatgt caaagaaatg 1020 aagattatga aatttggaaa tccattttca cttgacttta ttccagaggt gacgtacgta 1080 cccctttccg ttatgattac tgcattcaaa aaggataaag tgaagagacc tcttgagggc 1140 ttcggagttc ttatcccctc taaagagcaa cataatggac tgaagactct tggtacttta 1200 ttttcctcca tgatgtttcc tgatcgtgct ccatctgaca tgtgtctctt tactacattt 1260 gtcggaggaa gcagaaatag aaaacttgca aacgcttcaa cggatgaatt gaagcaaata 1320 gtttcttctg accttcagca gctgttgggc actgaggacg aaccttcatt tgtcaatcat 1380 ctcttttgga gcaacgcatt cccattgtat ggacacaatt acgattctgt tttgagagcc 1440 atagacaaga tggaaaagga tcttcctgga tttttttatg caggtaacca taagggtgga 1500 ctttcagtgg gaaaagcgat ggcctccgga tgcaaggctg cggaacttgt aatatcctat 1560 ctggactctc atatatacgt gaagatggat gagaagaccg cgtaa 1605 <210> 7 <211> 557 <212> PRT <213> Solanum tuberosum <400> 7 Met Thr Thr Thr Ala Val Ala Asn His Pro Ser Ile Phe Thr His Arg 1 5 10 15 Ser Pro Leu Pro Ser Pro Ser Ser Ser Ser Ser Ser Pro Ser Phe Leu 20 25 30 Phe Leu Asn Arg Thr Asn Phe Ile Pro Tyr Phe Ser Thr Ser Lys Arg 35 40 45 Asn Ser Val Asn Cys Asn Gly Trp Arg Thr Arg Cys Ser Val Ala Lys 50 55 60 Asp Tyr Thr Val Pro Pro Ser Glu Val Asp Gly Asn Gln Phe Pro Glu 65 70 75 80 Leu Asp Cys Val Val Val Gly Ala Gly Ile Ser Gly Leu Cys Ile Ala 85 90 95 Lys Val Ile Ser Ala Asn Tyr Pro Asn Leu Met Val Thr Glu Ala Arg 100 105 110 Asp Arg Ala Gly Gly Asn Ile Thr Thr Val Glu Arg Asp Gly Tyr Leu 115 120 125 Trp Glu Glu Gly Pro Asn Ser Phe Gln Pro Ser Asp Pro Met Leu Thr 130 135 140 Met Ala Val 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<213> Solanum tuberosum <400> 8 atgacaacaa cggccgtcgc caaccatcct agcattttca ctcaccggtc gccgctgccg 60 tcgccgtcgt cctcctcctc atcgccgtca tttttatttt taaaccgtac gaatttcatt 120 ccttactttt ccacctccaa gcgcaatagt gtcaattgca atggctggag aacacgatgt 180 tccgttgcca aggattatac agttcctccc tcggaagtcg acggtaatca gttcccggag 240 ctggattgtg tggtagttgg agcaggaatt agtggactct gcattgctaa ggtgatttcg 300 gctaattatc ccaatttgat ggtgacggag gcgagggatc gtgccggtgg aaacataacg 360 acggtggaaa gagatggata cttatgggaa gaaggtccta acagtttcca gccttcggat 420 cctatgttga caatggctgt agattgtgga ttgaaggatg atttggtgtt gggagatcct 480 gatgcgcctc gctttgtctt gtggaaggat aaactaaggc ctgttcccgg caagctcact 540 gatcttccct tctttgattt gatgagtatc cctggcaagc tcagagctgg ttttggtgcc 600 attggccttc gcccttcacc tccaggttat gaggaatcag ttgagcagtt cgtgcgtcgt 660 aatcttggtg cagaagtctt tgaacgtttg attgaaccat tttgttctgg tgtttacgcc 720 ggtgacccct caaaattgat tatgaaagca gcatttggga aagtgtggaa gctagaacaa 780 actggtggta gcattattgg gggaaccttt aaagcaatta aggagagatc cagtaaccct 840 aaaccgcctc gtgatccgcg tttaccaaca ccaaaaggac aaactgttgg atcatttagg 900 aagggtctga gaatgctgcc ggatgcaatt tgtgaaagac tgggaagcaa agtaaaacta 960 tcatggaagc tttctagcat tacaaagtca gaaaaaggag gatatctctt gacatacgag 1020 acaccagaag gagtagtttc tctgcgaagt cgaagcattg tcatgactgt tccatcctat 1080 gtagcaagca acatattacg ccctctttcg gtcgctgcag cagatgcact ttcaagtttc 1140 tactatcccc cagtagcagc agtgacaatt tcatatcctc aagaggctat tcgtgatgag 1200 cgtctggttg atggtgaact aaagggattt gggcagttgc atccacgttc acagggagtg 1260 gaaacactag gaacaatata tagttcatca ctctttccta accgtgctcc aaatggccgg 1320 gtgctactct tgaactacat tggaggagca acaaatactg aaattgtgtc taagacggag 1380 agccaacttg tggaagcagt tgaccgtgac ctcagaaaaa tgcttataaa acccaaagca 1440 caagatccct ttgttacggg tgtgcgagta tggccacaag ctatcccaca gtttttggtc 1500 ggacatctgg atacactagg tactgcaaaa actgctctaa gtgataatgg gcttgacggg 1560 ctattccttg ggggtaatta tgtgtctggt gtagcattgg gaaggtgtgt tgaaggtgct 1620 tatgaaatag catctgaggt aactggattt ctgtctcagt atgcatacaa atga 1674 <210> 9 <211> 504 <212> PRT <213> Solanum tuberosum <400> 9 Met Ala Pro Ser Ala Gly Glu Asp Lys Gln Asn Cys Pro Lys Arg Val 1 5 10 15 Ala Val Ile Gly Ala Gly Val Ser Gly Leu Ala Ala Ala Tyr Lys Leu 20 25 30 Lys Ile His Gly Leu Asp Val Thr Val Phe Glu Ala Glu Gly Arg Ala 35 40 45 Gly Gly Lys Leu Arg Ser Leu Ser Gln Asp Gly Leu Ile Trp Asp Glu 50 55 60 Gly Ala Asn Thr Met Thr Glu Ser Glu Gly Asp Val Thr Phe Leu Leu 65 70 75 80 Asp Ser Leu Gly Leu Arg Glu Lys Gln Gln Phe Pro Leu Ser Gln Asn 85 90 95 Lys Arg Tyr Ile Ala Arg Asn Gly Thr Pro Thr Leu Ile Pro Ser Asn 100 105 110 Pro Ile Asp Leu Ile Lys Ser Asn Phe Leu Ser Thr Gly Ser Lys Leu 115 120 125 Gln Met Leu Phe Glu Pro Leu Leu Trp Lys Asn Lys Lys Leu Thr Lys 130 135 140 Val Ser Asp Glu His Glu Ser Val Ser Gly Phe Phe Gln Arg His Phe 145 150 155 160 Gly Lys Glu Val Val Asp Tyr Leu Ile Asp Pro Phe Val Ala Gly Thr 165 170 175 Cys Gly Gly Asp Pro Asp Ser Leu Ser Met His Leu Ser Phe Pro Glu 180 185 190 Leu Trp Asn Leu Glu Lys Arg Phe Gly 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ttgggtgctg agggagagcc aacatatgtg aatcatgtat gctggagtaa agcatttccg 1320 ttgtacgggc ataactatga ttcagtcctc gatgcaattg acaaaatgga gaaaaatctt 1380 cctggattat tctatgcagg taaccacaag ggaggattgt cagttggcaa agcactatct 1440 tctggatgta atgcagcaga tcttgttata tcatatcttg aagccgtttc aacggacacc 1500 aaaaaccata ggtgaaatct attctctcat gcagcttgcc gttctttgtt ccacaaaatc 1560 gtttaacttc atgacgagga gcaactttaa cgtgcagcca gtgacgca 1608 <210> 11 <211> 535 <212> PRT <213> Zea mays <400> 11 Met Val Ala Ala Thr Ala Thr Ala Met Ala Thr Ala Ala Ser Pro Leu 1 5 10 15 Leu Asn Gly Thr Arg Ile Pro Ala Arg Leu Arg His Arg Gly Leu Ser 20 25 30 Val Arg Cys Ala Ala Val Ala Gly Gly Ala Ala Glu Ala Pro Ala Ser 35 40 45 Thr Gly Ala Arg Leu Ser Ala Asp Cys Val Val Val Gly Gly Gly Ile 50 55 60 Ser Gly Leu Cys Thr Ala Gln Ala Leu Ala Thr Arg His Gly Val Gly 65 70 75 80 Asp Val Leu Val Thr Glu Ala Arg Ala Arg Pro Gly Gly Asn Ile Thr 85 90 95 Thr Val Glu Arg Pro Glu Glu Gly Tyr Leu Trp Glu Glu Gly Pro Asn 100 105 110 Ser Phe Gln Pro 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cgacccccgc ggcgggaggt 240 ccgtcgccgt cgtcggcgcc ggcgtcagtg ggctcgcggc ggcgtacagg ctgaggaagc 300 gcggcgtgca ggtgacggtg ttcgaggcgg ccgacagggc gggtgggaag atacggacca 360 actccgaggg cgggttcatc tgggacgaag gggccaacac catgacagag agtgaattgg 420 aggcaagcag gcttattgac gatcttggcc tacaaggcaa acagcagtat cctaactcac 480 aacacaagcg ttacattgtc aaagatggag caccaacact gattccctca gatcccattg 540 cgctcatgaa aagcactgtt ctttctacaa aatcaaagct caagctattt ctggaaccat 600 ttctctatga gaaatctagc agaaggacct cgggaaaagt gtctgatgaa catttaagtg 660 agagtgttgc aagtttcttt gaacgccact ttggaaaaga ggttgttgat tatcttattg 720 atccatttgt ggctggaaca agcggaggag atcctgagtc attatcaatt cgtcatgcat 780 ttccagcatt atggaatttg gagaataagt atggctctgt cattgctggt gccatcttgt 840 ccaaactatc cactaagggt gattcagtga agacaggagg tgcttcgcca gggaaaggaa 900 ggaataaacg tgtgtcattt tcatttcatg gtggaatgca gtcactaata gatgcacttc 960 acaatgaagt tggagatggt aacgtgaagc ttggtacaga agtgttgtca ttggcatgtt 1020 gctgtgatgg agtctcttct tctggtggtt ggtcaatttc tgttgattca 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ttaaaagagt agctgttgta 60 ggtgctgggg ttagtgggct tgctgcagct tacaaactga aatcacatgg cttgaaagtt 120 acagtatttg aagctgaaga aagagctgga gggaagctga gaagcgttaa ccatgatggt 180 ttaatttggg atgaaggtgc aaataccatg actgagagtg aaatggaggt caaaagttta 240 attggcaatc ttgggattcg tgaaaagcaa caatttccga tttcacagaa caaaaggtat 300 attgtaagaa atgggaagcc aatattaata cccacaaatc ccatcgcact gatcaccagc 360 aacattctct ctgcacagtc aaagtttcaa atcattctgg agccattttt gtggaagaaa 420 cgtgaatctt cagaaacgca caatgcttat actgaggaaa gtgttggtga gtttttccaa 480 cgtcattttg gtaaagaggt tgttgattat cttattgacc cttttgttgc gggcactagt 540 gctggagatc ctgaatctct ttctgtatgc cattcttttc cagagctatg gaatctggag 600 aaacgatttg gatctattat agctggggta gttcaggcaa aattatctac caaaagaggg 660 aagagccaag aaaccaaagg atcatcggta aagaagaagc agcagcgtgg ttcattctct 720 ttttttggtg gaatgcagac gctaactgat acattgtgca aagcacttgc gaaggatgag 780 cttagattag aatcaaaggt cttctctttg tcttacaatc ctgattctaa gtcagcagta 840 gagaattggt cactttctta tgcttttaag ggcgccaagc atttgcaaaa ctcatcttat 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ggaatttaga gaaaaggttt 600 ggctcagtca tagttggggc aattcgatcc aagttatcac ctataaagga aaagaaacaa 660 ggaccaccca aaacttcaga aaataagaag cgccagcggg ggtccttttc atttttgggc 720 ggaatgcaaa cacttactga cgcaatatgc aatgatctca aagaagatga acttaggcta 780 aactctagag ttctggaatt atcttgtagc tgtagtgggg actctgcgac agatagctgg 840 tcaatttttt ctgcctcacc acacaagcgg caagcagaag aagattcatt tgatgctgta 900 attatgacgg cccctctctg tgacgttaag ggtatgaaga ttgctaagag aggaaatcca 960 tttctgctca actttattcc tgaggttgat tatgtaccac tatctgttgt tataaccaca 1020 tttaagaagg agagtgtaaa gcatcctctt gagggttttg gagtgcttgt accttccgag 1080 gagcaaaaac atggtctgaa gacattaggc accctcttct cttctatgat gtttccagat 1140 cgtgcaccca acaatgtcta tctctatact acatttgttg gtggaagccg aaatagagaa 1200 ctcgcgaaag cctcgaggac tgagctgaaa gagatagtaa cttctgacct taagcagttg 1260 ttgggtgctg agggagagcc aacatatgtg aatcatgtat gctggagtaa agcatttccg 1320 ttgtacgggc ataactatga ttcagtcctc gatgcaattg acaaaatgga gaaaaatctt 1380 cctggattat tctatgcagg taaccacaag ggaggattgt cagttggcaa agcactatct 1440 tctggatgta atgcagcaga tcttgttata tcatatcttg aagccgtttc aacggacacc 1500 aaaaaccata ggtgaaatct attctctcat gcagcttgcc gttctttgtt ccacaaaatc 1560 gtttaacttc atgacgagga gcaactttaa cgtgcagcca gtgacgca 1608 <210> 33 <211> 535 <212> PRT <213> Brassica napus <400> 33 Met Asp Leu Ser Leu Leu Arg Pro Gln Pro Phe Leu Ser Pro Phe Ser 1 5 10 15 Asn Pro Phe Pro Arg Ser Arg Pro Tyr Lys Pro Leu Asn Leu Arg Cys 20 25 30 Ser Val Ser Gly Gly Ser Val Val Ser Ser Thr Ile Glu Gly Gly Gly 35 40 45 Gly Gly Lys Thr Val Thr Ala Asp Cys Val Ile Val Gly Gly Gly Ile 50 55 60 Ser Gly Leu Cys Ile Ala Gln Ala Leu Val Thr Lys His Pro Asp Ala 65 70 75 80 Ala Lys Asn Val Met Val Thr Glu Ala Lys Asp Arg Val Gly Gly Asn 85 90 95 Ile Ile Thr Arg Glu Glu Gln Gly Phe Leu Trp Glu Glu Gly Pro Asn 100 105 110 Ser Phe Gln Pro Ser Asp Pro Met Leu Thr Met Val Val Asp Ser Gly 115 120 125 Leu Lys Asp Asp Leu Val Leu Gly Asp Pro Thr Ala Pro Arg Phe Val 130 135 140 Leu Trp Asn Gly Lys Leu Arg Pro Val Pro Ser Lys Leu Thr 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tctccttctc gcgggcgatc 120 gccatggatt tatctcttct ccgtccgcag ccattcctat cgccattctc aaatccattt 180 cctcggtcgc gtccctacaa gcctctcaac ctccgttgct ccgtatccgg tggatccgtc 240 gtctcttcta caatcgaagg cggaggagga ggtaaaaccg tcacggcgga ctgcgtgatc 300 gtcggcggag gaatcagcgg cctgtgcatt gcgcaagcgc tcgtgacgaa gcacccagac 360 gctgcaaaga atgtgatggt gacggaggcg aaggaccgtg tgggagggaa tatcatcacg 420 cgagaggagc aagggtttct atgggaagaa ggtcccaata gctttcagcc gtctgatcct 480 atgctcacta tggtggtaga tagtggtttg aaagatgatc tagtcttggg agatcctact 540 gctccgaggt ttgtgttgtg gaatgggaag ctgaggccgg ttccgtcgaa gctaactgac 600 ttgcctttct ttgacttgat gagtattgga gggaagatta gagctgggtt tggtgccatt 660 ggtattcgac cttcacctcc gggtcgtgag gaatcagtgg aagagtttgt aaggcgtaat 720 cttggtgatg aggtttttga gcgcttgatt gaaccctttt gctcaggtgt ttatgcggga 780 gatcctgcga aactgagtat gaaagcagct tttgggaagg tttggaagct agaggagaat 840 ggtgggagca tcattggtgg tgcttttaag gcaattcaag cgaaaaataa agctcccaag 900 acaacccgag acccgcgtct gccaaagcca aagggccaaa cagttggttc 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Asp Pro Asp Ala Pro Arg Phe 130 135 140 Val Leu Trp Asn Gly Lys Leu Arg Pro Val Pro Gly Lys Pro Thr Asp 145 150 155 160 Leu Pro Phe Phe Asp Leu Met Ser Ile Gly Gly Lys Ile Arg Ala Gly 165 170 175 Phe Gly Val Leu Gly Ile Arg Pro Pro Pro Pro Val Glu Glu Phe Val 180 185 190 Arg Arg Asn Leu Gly Asp Asp Val Phe Glu Arg Leu Ile Glu Pro Phe 195 200 205 Cys Ser Gly Gly Asn Thr Cys Ile Phe Lys Phe Val Gly Ala Leu Leu 210 215 220 Ile Leu Trp Gly Leu Cys Arg Arg Ser Phe Lys Ile Lys Tyr Glu Ser 225 230 235 240 Ser Ile Trp Glu Ser Leu Glu Ala Gly Lys Asn Gly Gly Ser Ile Ile 245 250 255 Gly Gly Thr Phe Lys Ala Ile Gln Glu Arg Asn Gly Ala Ser Lys Pro 260 265 270 Pro Arg Asp Pro Arg Leu Pro Lys Pro Lys Gly Gln Thr Val Gly Ser 275 280 285 Phe Arg Lys Gly Leu Ile Met Leu Pro Asp Ala Ile Ser Ala Arg Leu 290 295 300 Gly Asn Lys Val Lys Leu Ser Trp Lys Leu Ser Ser Ile Ser Lys Leu 305 310 315 320 Asp Ser Gly Glu Tyr Ser Leu Thr Tyr Glu Thr Pro Glu Gly Val Val 325 330 335 Ser Leu Gln Cys Lys Thr Val Val Leu 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<210> 41 <211> 1656 <212> DNA <213> Glycine max <400> 41 atggtttccg tcttcaacga catcctattc ccgcctaacc aaaccctttc cccaacgtcc 60 ttcttcacct ctcccactcg aaaattccct cgctctcgcc ctaaccctat tctccgctgc 120 tccatcgccg aggagtccac cgagtctcgg cccaaaaccg gagactcccc ccccccgccg 180 ttgatggagg cgttagcggt ctggcatcgc ccaggccctc gccaccaagc acgccaatgc 240 caacactgtt ggggagattc gagggcccga gaccgtgtcg gcggcggcaa catcaccacg 300 atggagagtg gcggatacct ctgggaagaa ggccccaaca gctttcagcc ctctgatcca 360 atgctcacca tggtggtgga cagtggctta aaggatcagc ttgttttggg ggatcctgat 420 gcacctcggt ttgtgttgtg gaatgggaag ttgaggccag tgcctgggaa gccgactgat 480 ttgcctttct ttgacttgat gagcatcggt ggcaaaatca gggctggctt tggtgtgctt 540 ggtattcggc ctcctcctcc agttgaagag tttgttcgtc ggaaccttgg tgatgatgtt 600 tttgaacgat tgatagagcc tttttgttca gggggcaata cttgtatatt taaatttgtg 660 ggagcattac tcatattgtg gggtctatgc aggcgatcct tcaaaattaa gtatgaaagc 720 agcatttggg aaagtttgga ggctggaaaa aatggtggta gcataattgg tggaactttc 780 aaagcaatac aagagagaaa tggagcttca aaaccacctc gagatccacg tctgccaaaa 840 ccaaagggtc agactgttgg atcttttcgg aagggactta tcatgttgcc tgatgcaatt 900 tctgcaagat taggcaacaa agtaaagtta tcttggaagc tttcaagtat tagtaaactg 960 gatagtggag agtacagttt gacatatgaa acacccgaag gagtggtttc tttgcagtgc 1020 aaaaccgttg tcctgaccat tccttcctat gttgctagta cattgctgcg tcctctgtct 1080 gctgctgctg cagatacgct ttcaaagttt tattaccctc cagttgttgc agtttccata 1140 tcctatccaa aagaagctat tagatcagaa tgcttgatag atggtgagtt gaaggggttt 1200 ggagctatat acagctcatc actattctcc aatcgagcac cacctggaag ggttctactc 1260 ttgaattaca ttggaggagc tactaatact ggaatttatc aaagtttttc tgggaaactt 1320 caaggatggt ttaaagaact aatcattttc accagcgggt tatttgggtg ttttaaacaa 1380 ctcaggccta atggtcttgt ttcgaatacg gacagtgaac ttgtcgcaac agttgatcga 1440 gatttgagaa aaatccttat aaacccaaat gcccaggatc catttgtagt gggggtgaga 1500 ctgtggcctc aagctattcc acagttctta attggccatc ttgatcttct agatgttgct 1560 aaagcttctc tcagaaatac tgggtttgaa gggctgttcc ttgggggtaa ctatgtgtct 1620 ggtgttgcct tgggacgatg ggttgaggga gcctga 1656 <210> 42 <211> 543 <212> PRT <213> Glycine max <400> 42 Met Val Ser Val Phe Asn Glu Ile Leu Phe Pro Pro Asn Gln Thr Leu 1 5 10 15 Leu Arg Pro Ser Leu His Ser Pro Thr Ser Phe Phe Thr Ser Pro Thr 20 25 30 Arg Lys Phe Pro Arg Ser Arg Pro Asn Pro Ile Leu Arg Cys Ser Ile 35 40 45 Ala Glu Glu Ser Thr Ala Ser Pro Pro Lys Thr Arg Asp Ser Ala Pro 50 55 60 Val Asp Cys Val Val Val Gly Gly Gly Val Ser Gly Leu Cys Ile Ala 65 70 75 80 Gln Ala Leu Ala Thr Lys His Ala Asn Ala Asn Val Val Val Thr Glu 85 90 95 Ala Arg Asp Arg Val Gly Gly Asn Ile Thr Thr Met Glu Arg Asp Gly 100 105 110 Tyr Leu Trp Glu Glu Gly Pro Asn Ser Phe Gln Pro Ser Asp Pro Met 115 120 125 Leu Thr Met Val Val Asp Ser Gly Leu Lys Asp Glu Leu Val Leu Gly 130 135 140 Asp Pro Asp Ala Pro Arg Phe Val Leu Trp Asn Arg Lys Leu Arg Pro 145 150 155 160 Val Pro Gly Lys Leu Thr Asp Leu Pro Phe Phe Asp Leu Met Ser Ile 165 170 175 Gly Gly Lys Ile Arg Ala Gly Phe Gly Ala Leu Gly Ile Arg Pro Pro 180 185 190 Pro Pro Gly His Glu Glu Ser Val Glu Glu Phe Val Arg Arg Asn Leu 195 200 205 Gly Asp Glu Val Phe Glu Arg Leu Ile Glu Pro Phe Cys Ser Gly Val 210 215 220 Tyr Ala Gly Asp Pro Ser Lys Leu Ser Met Lys Ala Ala Phe Gly Lys 225 230 235 240 Val Trp Lys Leu Glu Lys Asn Gly Gly Ser Ile Ile Gly Gly Thr Phe 245 250 255 Lys Ala Ile Gln Glu Arg Asn Gly Ala Ser Lys Pro Pro Arg Asp Pro 260 265 270 Arg Leu Pro Lys Pro Lys Gly Gln Thr Val Gly Ser Phe Arg Lys Gly 275 280 285 Leu Thr Met Leu Pro Asp Ala Ile Ser Ala Arg Leu Gly Asn Lys Val 290 295 300 Lys Leu Ser Trp Lys Leu Ser Ser Ile Ser Lys Leu Asp Ser Gly Glu 305 310 315 320 Tyr Ser Leu Thr Tyr Glu Thr Pro Glu Gly Val Val Ser Leu Gln Cys 325 330 335 Lys Thr Val Val Leu Thr Ile Pro Ser Tyr Val Ala Ser Thr Leu Leu 340 345 350 Arg Pro Leu Ser Ala Ala Ala Ala Asp Ala Leu Ser Lys Phe Tyr Tyr 355 360 365 Pro Pro Val Ala Ala Val Ser Ile Ser Tyr Pro Lys Glu Ala Ile Arg 370 375 380 Ser Glu Cys Leu Ile Asp Gly Glu Leu Lys Gly Phe Gly Gln Leu His 385 390 395 400 Pro Arg Ser Gln Gly Val Glu Thr Leu Gly Thr Ile Tyr Ser Ser Ser 405 410 415 Leu Phe Pro Asn Arg Ala Pro Pro Gly Arg Val Leu Leu Leu Asn Tyr 420 425 430 Ile Gly Gly Ala Thr Asn Thr Gly Ile Leu Ser Lys Thr Asp Ser Glu 435 440 445 Leu Val Glu Thr Val Asp Arg Asp Leu Arg Lys Ile Leu Ile Asn Pro 450 455 460 Asn Ala Gln Asp Pro Phe Val Val Gly Val Arg Leu Trp Pro Gln Ala 465 470 475 480 Ile Pro Gln Phe Leu Val Gly His Leu Asp Leu Leu Asp Val Ala Lys 485 490 495 Ala Ser Ile Arg Asn Thr Gly Phe Glu Gly Leu Phe Leu Gly Gly Asn 500 505 510 Tyr Val Ser Gly Val Ala Leu Gly Arg Cys Val Glu Gly Ala Tyr Glu 515 520 525 Val Ala Ala Glu Val Asn Asp Phe Leu Thr Asn Arg Val Tyr Lys 530 535 540 <210> 43 <211> 1632 <212> DNA <213> Glycine max <400> 43 atggtttccg tcttcaacga gatcctattc ccgccgaacc aaacccttct tcgcccctcc 60 ctccattccc caacctcttt cttcacctct cccactcgaa aattccctcg ctctcgccct 120 aaccctattc tacgctgctc cattgcggag gaatccaccg cgtctccgcc caaaaccaga 180 gactccgccc ccgtggactg cgtcgtcgtc ggcggaggcg tcagcggcct ctgcatcgcc 240 caggccctcg ccaccaaaca cgccaatgcc aacgtcgtcg tcacggaggc ccgagaccgc 300 gtcggcggca acatcaccac gatggagagg gacggatacc tctgggaaga aggccccaac 360 agcttccagc cttctgatcc aatgctcacc atggtggtgg acagtggttt aaaggatgag 420 cttgttttgg gggatcctga tgcacctcgg tttgtgttgt ggaacaggaa gttgaggccg 480 gtgcccggga agctgactga tttgcctttc tttgacttga tgagcattgg tggcaaaatc 540 agggctggct ttggtgcgct tggaattcgg cctcctcctc caggtcatga ggaatcggtt 600 gaagagtttg ttcgtcggaa ccttggtgat gaggtttttg aacggttgat agagcctttt 660 tgttcagggg tctatgcagg cgatccttca aaattaagta tgaaagcagc attcgggaaa 720 gtttggaagc tggaaaaaaa tggtggtagc attattggtg gaactttcaa agcaatacaa 780 gagagaaatg gagcttcaaa accacctcga gatccgcgtc tgccaaaacc aaaaggtcag 840 actgttggat ctttccggaa gggacttacc atgttgcctg atgcaatttc tgccagacta 900 ggcaacaaag taaagttatc ttggaagctt tcaagtatta gtaaactgga tagtggagag 960 tacagtttga catatgaaac accagaagga gtggtttctt tgcagtgcaa aactgttgtc 1020 ctgaccattc cttcctatgt tgctagtaca ttgctgcgtc ctctgtctgc tgctgctgca 1080 gatgcacttt caaagtttta ttaccctcca gttgctgcag tttccatatc ctatccaaaa 1140 gaagctatta gatcagaatg cttgatagat ggtgagttga aggggtttgg tcaattgcat 1200 ccacgtagcc aaggagtgga aacattagga actatataca gctcatcact attccccaac 1260 cgagcaccac ctggaagggt tctactcttg aattacattg gaggagcaac taatactgga 1320 attttatcga agacggacag tgaacttgtg gaaacagttg atcgagattt gaggaaaatc 1380 cttataaacc caaatgccca ggatccattt gtagtggggg tgagactgtg gcctcaagct 1440 attccacagt tcttagttgg ccatcttgat cttctagatg ttgctaaagc ttctatcaga 1500 aatactgggt ttgaagggct cttccttggg ggtaattatg tgtctggtgt tgccttggga 1560 cgatgcgttg agggagccta tgaggtagca gctgaagtaa acgattttct cacaaataga 1620 gtgtacaaat ag 1632 <210> 44 <211> 515 <212> PRT <213> Glycine max <400> 44 Met Ala Ser Ser Ala Thr Asp Asp Asn Pro Arg Ser Val Lys Arg Val 1 5 10 15 Ala Val Val Gly Ala Gly Val Ser Gly Leu Ala Ala Ala Tyr Lys Leu 20 25 30 Lys Ser His Gly Leu Asp Val Thr Val Phe Glu Ala Glu Gly Arg Ala 35 40 45 Gly Gly Arg Leu Arg Ser Val Ser Gln Asp Gly Leu Ile Trp Asp Glu 50 55 60 Gly Ala Asn Thr Met Thr Glu Ser Glu Ile Glu Val Lys Gly Leu Ile 65 70 75 80 Asp Ala Leu Gly Leu Gln Glu Lys Gln Gln Phe Pro Ile Ser Gln His 85 90 95 Lys Arg Tyr Ile Val Lys Asn Gly Ala Pro Leu Leu Val Pro Thr Asn 100 105 110 Pro Ala Ala Leu Leu Lys Ser Lys Leu Leu Ser Ala Gln Ser Lys Ile 115 120 125 His Leu Ile Phe Glu Pro Phe Met Trp Lys Arg Ser Asp Pro Ser Asn 130 135 140 Val Cys Asp Glu Asn Ser Val Glu Ser Val Gly Arg Phe Phe Glu Arg 145 150 155 160 His Phe Gly Lys Glu Val Val Asp Tyr Leu Ile Asp Pro Phe Val Gly 165 170 175 Gly Thr Ser Ala Ala Asp Pro Glu Ser Leu Ser Met Arg His Ser Phe 180 185 190 Pro Glu Leu Trp Asn Leu Glu Lys Arg Phe Gly Ser Ile Ile Ala Gly 195 200 205 Ala Leu Gln Ser Lys Leu Phe Ala Lys Arg Glu Lys Thr Gly Glu Asn 210 215 220 Arg Thr Ala Leu Arg Lys Asn Lys His Lys Arg Gly Ser Phe Ser Phe 225 230 235 240 Gln Gly Gly Met Gln Thr Leu Thr Asp Thr Leu Cys Lys Glu Leu Gly 245 250 255 Lys Asp Asp Leu Lys Leu Asn Glu Lys Val Leu Thr Leu Ala Tyr Gly 260 265 270 His Asp Gly Ser Ser Ser Ser Gln Asn Trp Ser Ile Thr Ser Ala Ser 275 280 285 Asn Gln Ser Thr Gln Asp Val Asp Ala Val Ile Met Thr Asn Leu His 290 295 300 Tyr Leu Lys His Ser Leu His Asn Gly Gln Ala Pro Leu Tyr Asn Val 305 310 315 320 Lys Asp Ile Lys Ile Thr Lys Arg Gly Thr Pro Phe Pro Leu Asn Phe 325 330 335 Leu Pro Glu Val Ser Tyr Val Pro Ile Ser Val Met Ile Thr Thr Phe 340 345 350 Lys Lys Glu Asn Val Lys Arg Pro Leu Glu Gly Phe Gly Val Leu Val 355 360 365 Pro Ser Lys Glu Gln Lys Asn Gly Leu Lys Thr Leu Gly Thr Leu Phe 370 375 380 Ser Ser Met Met Phe Pro Asp Arg Ala Pro Ser Asp Leu Tyr Leu Tyr 385 390 395 400 Thr Thr Phe Ile Gly Gly Thr Gln Asn Arg Glu Leu Ala Gln Ala Ser 405 410 415 Thr Asp Glu Leu Arg Lys Ile Val Thr Ser Asp Leu Arg Lys Leu Leu 420 425 430 Gly Ala Glu Gly Glu Pro Thr Phe Val Asn His Phe Tyr Trp Ser Lys 435 440 445 Gly Phe Pro Leu Tyr Gly Arg Asn Tyr Gly Ser Val Leu Gln Ala Ile 450 455 460 Asp Lys Ile Glu Lys Asp Leu Pro Gly Phe Phe Phe Ala Gly Asn Tyr 465 470 475 480 Lys Gly Gly Leu Ser Val Gly Lys Ala Ile Ala Ser Gly Cys Lys Ala 485 490 495 Ala Asp Leu Val Ile Ser Tyr Leu Asn Ser Ala Ser Asp Asn Thr Val 500 505 510 Pro Asp Lys 515 <210> 45 <211> 1548 <212> DNA <213> Glycine max <400> 45 atggcttcct ctgcaacaga cgataaccca agatctgtaa aaagagtagc tgttgttggt 60 gctggggtaa gtgggcttgc tgcggcttac aaattgaaat cacatggtct ggatgtcact 120 gtatttgaag ctgagggaag agctggaggg aggttgagaa gtgtttctca ggatggtcta 180 atttgggatg agggagctaa tacaatgact gaaagtgaaa ttgaggttaa aggtttgatt 240 gatgctcttg gacttcaaga aaagcagcag tttccaatat cacagcataa gcgctatatt 300 gtgaaaaatg gggcaccact tctggtaccc acaaatcctg ctgcactact gaagagtaaa 360 ctgctttctg cacaatcaaa gatccatctc atttttgaac catttatgtg gaaaagaagt 420 gacccctcta atgtgtgtga tgaaaattct gtggaaagtg taggcaggtt ctttgaacgt 480 cattttggaa aagaggttgt ggactatctg attgatcctt ttgttggggg cactagtgca 540 gcagatcctg aatctctctc tatgcgccat tctttcccag agctatggaa tttggagaaa 600 aggtttggct ccattatagc cggggcattg caatctaagt tattcgccaa aagggaaaaa 660 actggagaaa ataggactgc actaagaaaa aacaaacaca agcgtggttc gttttctttc 720 cagggtggga tgcagacact gacagataca ttgtgcaaag agcttggcaa agacgacctt 780 aaattaaatg aaaaggtttt gacattagct tatggtcatg atggaagttc ctcttcacaa 840 aactggtcta ttactagtgc ttctaaccaa agtacacaag atgttgatgc agtaatcatg 900 acgaatctgc attatttaaa gcattcgttg cataatggtc aagctcctct atataatgtc 960 aaggacatca agatcacaaa aaggggaact ccctttccac ttaattttct tcccgaggta 1020 agctacgtgc caatctcagt catgattact accttcaaaa aggagaatgt aaagagacct 1080 ttggagggat ttggagttct tgttccttct aaagagcaaa aaaatggttt aaaaaccctt 1140 ggtacacttt tttcctctat gatgttccca gatcgtgcac ctagtgattt atatctctat 1200 accaccttca ttggcggaac tcaaaacagg gaacttgctc aagcttcaac tgacgagctt 1260 aggaaaattg ttacttctga cctgagaaag ttgttgggag cagaggggga accaacattt 1320 gttaaccatt tctattggag taaaggcttt cctttgtatg gacgtaacta tgggtcagtt 1380 cttcaagcaa ttgataagat agaaaaagat cttcccggat ttttctttgc aggtaactac 1440 aaaggtggac tctcagttgg caaagcaata gcctcaggct gcaaagcagc tgatcttgtg 1500 atatcctacc tcaactctgc ttcagacaac acagtgcctg ataaatga 1548 <210> 46 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 46 gttgggagat cctgatgcgc cttgctttgt cttgtggaag gataaacc 48 <210> 47 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 47 gtttatcctt ccacaagaca aagcaaggcg catcaggatc tcccaacc 48 <210> 48 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 48 catcatttta caggtgttta caccggtgac ccctcaaaat tgc 43 <210> 49 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 49 caattttgag gggtcaccgg tgtaaacacc tgtaaaatga tgc 43 <210> 50 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 50 Val Pro Met Leu Lys 1 5

Claims (62)

  1. 변이된 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(protoporphyrinogen IX oxidase: PPX) 유전자를 포함하는 유전자비도입 식물 세포(non-transgenic plant cell)로서,
    상기 유전자는 서열번호 1의 144 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(R144C) 및 서열번호 1의 220 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(A220T)를 포함하는 단백질을 암호화하고,
    상기 식물 세포는 인위적으로 도입된 표적화된 돌연변이를 갖는 유전자비도입 식물 세포인, 유전자비도입 식물 세포.
  2. 삭제
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  5. 변이된 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(PPX) 유전자를 포함하는 유전자비도입 식물로서,
    상기 유전자는 서열번호 1의 144 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(R144C) 및 서열번호 1의 220 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(A220T)를 포함하는 단백질을 암호화하고,
    상기 식물은 인위적으로 도입된 표적화된 돌연변이를 갖는 유전자비도입 식물인, 유전자비도입 식물.
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  9. 제5항에 있어서, 상기 식물은 감자, 해바라기, 사탕무, 옥수수, 목화, 대두, 밀, 호밀, 귀리, 벼, 캐놀라, 과실류(fruits), 채소류, 담배, 보리, 수수, 토마토, 망고, 복숭아, 사과, 배, 딸기, 바나나, 멜론, 당근, 상추, 양파, 콩 종(soya spp), 사탕수수, 완두콩, 필드빈(field beans), 포플러, 포도, 감귤류, 알팔파(alfalfa), 호밀, 귀리, 잔디 및 사료 풀(turf and forage grasses), 아마, 유지종자 평지, 오이, 나팔꽃, 발삼, 후추, 가지, 매리골드, 연(lotus), 양배추, 데이지, 카네이션, 페튜니아, 튤립, 붓꽃, 백합 및 너트-생산 식물로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 유전자비도입 식물.
  10. 제5항에 있어서, 상기 식물은 솔라넘 투베로섬(Solanum tuberosum), 오리자 사티바(Oryza sativa) 및 지 메이스(Zea mays)로 이루어진 군으로부터 선택된 종인 것인 유전자비도입 식물.
  11. 제5항에 있어서, 상기 식물은 러셋 버뱅크 감자 품종인 것인 유전자비도입 식물.
  12. 제5항에 있어서, 상기 식물은 무성으로 복제된 것인 유전자비도입 식물.
  13. 제5항에 있어서, 상기 식물은 덩이줄기로부터 생성된 것인 유전자비도입 식물.
  14. 제5항에 있어서, 상기 식물은 1종 이상의 제초제에 저항성(resistant)이 있는 것인 유전자비도입 식물.
  15. 제5항에 있어서, 상기 식물은 1종 이상의 PPX-억제 제초제에 저항성이 있는 것인 유전자비도입 식물.
  16. 삭제
  17. 제5항에 있어서, 상기 식물은 플루미옥사진(flumioxazin), 설펜트라존(sulfentrazone) 및 사플루페나실(saflufenacil)로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 제초제에 저항성이 있는 것인 유전자비도입 식물.
  18. 변이된 PPX 유전자를 지니는 유전자비도입 식물 세포를 생성하는 방법으로서, 상기 방법은 서열번호 1의 144 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(R144C) 및 서열번호 1의 220 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(A220T)를 포함하는 PPX 단백질을 발현하는 PPX 유전자를 지니는 식물 세포를 생성하기 위하여, 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(PPX) 유전자 내에 표적화된 돌연변이를 갖는 식물 세포 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스(gene repair oligonucleobase: GRON)를 식물 세포에 도입하는 단계를 포함하는 것인 방법.
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  22. 제18항에 있어서, 상기 식물 세포는 감자, 해바라기, 사탕무, 옥수수, 목화, 대두, 밀, 호밀, 귀리, 벼, 캐놀라, 과실류, 채소류, 담배, 보리, 수수, 토마토, 망고, 복숭아, 사과, 배, 딸기, 바나나, 멜론, 당근, 상추, 양파, 콩 종, 사탕수수, 완두콩, 필드빈, 포플러, 포도, 감귤류, 알팔파, 호밀, 귀리, 잔디 및 사료 풀, 아마, 유지종자 평지, 오이, 나팔꽃, 발삼, 후추, 가지, 매리골드, 연, 양배추, 데이지, 카네이션, 페튜니아, 튤립, 붓꽃, 백합 및 너트-생산 식물로 이루어진 군으로부터 선택된 식물인 것인 방법.
  23. 제18항에 있어서, 상기 식물 세포는 솔라넘 투베로섬(Solanum tuberosum), 오리자 사티바, 소르굼 비콜로르(Sorghum bicolor), 리시너스 콤뮤니스(Ricinus communis), 브라시카 나퍼스(Brassica napus), 글라이신 맥스(Glycine max) 및 지 메이스로 이루어진 군으로부터 선택된 종인 것인 방법.
  24. 제18항에 있어서, 상기 식물 세포는 러셋 버뱅크 감자 품종인 것인 방법.
  25. 제18항에 있어서, 상기 식물은 1종 이상의 제초제에 저항성이 있는 것인 방법.
  26. 제18항에 있어서, 상기 식물은 1종 이상의 PPX-억제 제초제에 저항성이 있는 것인 방법.
  27. 삭제
  28. 제18항에 있어서, 상기 식물은 플루미옥사진, 설펜트라존 및 사플루페나실로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 제초제에 저항성이 있는 것인 방법.
  29. 제초제-저항성 식물을 생산하는 방법으로서,
    (a) 서열번호 1의 144 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(R144C) 및 서열번호 1의 220 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(A220T)를 포함하는 PPX 단백질을 발현하는 PPX 유전자를 지니는 식물 세포를 생성하기 위하여, 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(PPX) 유전자 내에 표적화된 돌연변이를 갖는 식물 세포 유전자 수복 올리고뉴클레오베이스(gene repair oligonucleobase: GRON)를 식물 세포에 도입하는 단계;
    (b) 제초제의 존재 중에서 대응하는 야생형 식물 세포와 비교해서 실질적으로 정상의 성장과 촉매 활성을 지니는 식물 세포를 식별하는 단계; 및
    (c) 상기 식물 세포로부터 변이된 PPX 유전자를 지니는 유전자비도입 제초제-저항성 식물을 재생시키는 단계;를 포함하는 방법.
  30. 제29항에 있어서, 상기 제초제는 PPX-억제 제초제인 것인 방법.
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  32. 삭제
  33. 삭제
  34. 제29항에 있어서, 상기 식물은 감자, 해바라기, 사탕무, 옥수수, 목화, 대두, 밀, 호밀, 귀리, 벼, 캐놀라, 과실류, 채소류, 담배, 보리, 수수, 토마토, 망고, 복숭아, 사과, 배, 딸기, 바나나, 멜론, 당근, 상추, 양파, 콩 종, 사탕수수, 완두콩, 필드빈, 포플러, 포도, 감귤류, 알팔파, 호밀, 귀리, 잔디 및 사료 풀, 아마, 유지종자 평지, 오이, 나팔꽃, 발삼, 후추, 가지, 매리골드, 연, 양배추, 데이지, 카네이션, 페튜니아, 튤립, 붓꽃, 백합 및 너트-생산 식물로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 방법.
  35. 제29항에 있어서, 상기 식물은 솔라넘 투베로섬, 오리자 사티바 및 지 메이스로 이루어진 군으로부터 선택된 종인 것인 방법.
  36. 제29항에 있어서, 상기 식물은 러셋 버뱅크 감자 품종인 것인 방법.
  37. 제29항에 있어서, 상기 식물은 무성으로 복제된 것인 방법.
  38. 제29항에 있어서, 상기 식물은 덩이줄기로부터 생성된 것인 방법.
  39. 제29항에 있어서, 상기 식물은 1종 이상의 제초제에 저항성이 있는 것인 방법.
  40. 제29항에 있어서, 상기 식물은 1종 이상의 PPX-억제 제초제에 저항성이 있는 것인 방법.
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  42. 제29항에 있어서, 상기 식물은 플루미옥사진, 설펜트라존 및 사플루페나실로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 제초제에 저항성이 있는 것인 방법.
  43. 변이된 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(PPX) 유전자를 포함하는 식물 세포로서, 상기 유전자는 서열번호 1의 144 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(R144C) 및 서열번호 1의 220 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(A220T)를 포함하는 단백질을 암호화하는 것인, 식물 세포.
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  47. 변이된 프로토포르피리노겐 IX 산화효소(PPX) 유전자를 포함하는 식물로서, 상기 유전자는 서열번호 1의 144 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(R144C) 및 서열번호 1의 220 위치에 대응하는 아미노산 위치의 돌연변이(A220T)를 포함하는 단백질을 암호화하는 것인 식물.
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  52. 제47항에 있어서, 상기 식물은 감자, 해바라기, 사탕무, 옥수수, 목화, 대두, 밀, 호밀, 귀리, 벼, 캐놀라, 과실류, 채소류, 담배, 보리, 수수, 토마토, 망고, 복숭아, 사과, 배, 딸기, 바나나, 멜론, 당근, 상추, 양파, 콩 종, 사탕수수, 완두콩, 필드빈, 포플러, 포도, 감귤류, 알팔파, 호밀, 귀리, 잔디 및 사료 풀, 아마, 유지종자 평지, 오이, 나팔꽃, 발삼, 후추, 가지, 매리골드, 연, 양배추, 데이지, 카네이션, 페튜니아, 튤립, 붓꽃, 백합 및 너트-생산 식물로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 식물.
  53. 제47항에 있어서, 상기 식물은 솔라넘 투베로섬, 오리자 사티바 및 지 메이스로 이루어진 군으로부터 선택된 종인 것인 식물.
  54. 제47항에 있어서, 상기 식물은 러셋 버뱅크 감자 품종인 것인 식물.
  55. 제47항에 있어서, 상기 식물은 무성으로 복제된 것인 식물.
  56. 제47항에 있어서, 상기 식물은 덩이줄기로부터 생성된 것인 식물.
  57. 제47항에 있어서, 상기 식물은 1종 이상의 제초제에 저항성이 있는 것인 식물.
  58. 제47항에 있어서, 상기 식물은 1종 이상의 PPX-억제 제초제에 저항성이 있는 것인 식물.
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  60. 제47항에 있어서, 상기 식물은 플루미옥사진, 설펜트라존 및 사플루페나실로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 제초제에 저항성이 있는 것인 식물.
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