JP2021526799A - 発酵および産生中の真菌の形態を制御するためのシグナル伝達に関与する遺伝子の操作 - Google Patents
発酵および産生中の真菌の形態を制御するためのシグナル伝達に関与する遺伝子の操作 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2021526799A JP2021526799A JP2020567817A JP2020567817A JP2021526799A JP 2021526799 A JP2021526799 A JP 2021526799A JP 2020567817 A JP2020567817 A JP 2020567817A JP 2020567817 A JP2020567817 A JP 2020567817A JP 2021526799 A JP2021526799 A JP 2021526799A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- gene
- genes
- filamentous fungal
- promoter
- host cell
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 1139
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 title claims abstract description 342
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title claims description 61
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 title claims description 53
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 title claims description 53
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 title description 2
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 269
- 230000037361 pathway Effects 0.000 claims abstract description 216
- 230000028160 response to osmotic stress Effects 0.000 claims abstract description 151
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 claims abstract description 129
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 127
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract description 91
- 241000233866 Fungi Species 0.000 claims abstract description 78
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 claims abstract description 53
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims abstract description 49
- 230000012010 growth Effects 0.000 claims abstract description 48
- 238000009630 liquid culture Methods 0.000 claims abstract description 48
- 230000004077 genetic alteration Effects 0.000 claims abstract description 26
- 231100000118 genetic alteration Toxicity 0.000 claims abstract description 26
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 claims abstract description 25
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 203
- 101150020516 SLN1 gene Proteins 0.000 claims description 151
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 130
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 116
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 113
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid group Chemical group C(CC(O)(C(=O)O)CC(=O)O)(=O)O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 102
- 239000002609 medium Substances 0.000 claims description 89
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 83
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 76
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 76
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 claims description 66
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 claims description 66
- 241000228245 Aspergillus niger Species 0.000 claims description 54
- 239000008188 pellet Substances 0.000 claims description 51
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims description 45
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims description 38
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 33
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims description 33
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 33
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 33
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 32
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 32
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 32
- 101150054232 pyrG gene Proteins 0.000 claims description 32
- 241000228212 Aspergillus Species 0.000 claims description 30
- 239000011572 manganese Substances 0.000 claims description 30
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 claims description 28
- 229910052748 manganese Inorganic materials 0.000 claims description 28
- PWHULOQIROXLJO-UHFFFAOYSA-N Manganese Chemical compound [Mn] PWHULOQIROXLJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 27
- 241000223218 Fusarium Species 0.000 claims description 26
- 241000223259 Trichoderma Species 0.000 claims description 26
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 claims description 26
- 230000006872 improvement Effects 0.000 claims description 25
- 101150088678 manB gene Proteins 0.000 claims description 20
- 101100075927 Aspergillus aculeatus mndA gene Proteins 0.000 claims description 19
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 claims description 18
- 101150009288 amyB gene Proteins 0.000 claims description 17
- 101100277447 Bacillus subtilis (strain 168) degQ gene Proteins 0.000 claims description 16
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims description 14
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 14
- UHPMCKVQTMMPCG-UHFFFAOYSA-N 5,8-dihydroxy-2-methoxy-6-methyl-7-(2-oxopropyl)naphthalene-1,4-dione Chemical compound CC1=C(CC(C)=O)C(O)=C2C(=O)C(OC)=CC(=O)C2=C1O UHPMCKVQTMMPCG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 13
- 241001578974 Achlya <moth> Species 0.000 claims description 13
- 241001019659 Acremonium <Plectosphaerellaceae> Species 0.000 claims description 13
- 241000222490 Bjerkandera Species 0.000 claims description 13
- 241001619326 Cephalosporium Species 0.000 claims description 13
- 241000123346 Chrysosporium Species 0.000 claims description 13
- 241000935926 Diplodia Species 0.000 claims description 13
- 241000896533 Gliocladium Species 0.000 claims description 13
- 241000223198 Humicola Species 0.000 claims description 13
- 241000235395 Mucor Species 0.000 claims description 13
- 241000226677 Myceliophthora Species 0.000 claims description 13
- 241000221960 Neurospora Species 0.000 claims description 13
- 241000228143 Penicillium Species 0.000 claims description 13
- 241000222395 Phlebia Species 0.000 claims description 13
- 241000235379 Piromyces Species 0.000 claims description 13
- 241000221945 Podospora Species 0.000 claims description 13
- 241000231139 Pyricularia Species 0.000 claims description 13
- 241000235402 Rhizomucor Species 0.000 claims description 13
- 241000235527 Rhizopus Species 0.000 claims description 13
- 241000222480 Schizophyllum Species 0.000 claims description 13
- 241000223255 Scytalidium Species 0.000 claims description 13
- 241001085826 Sporotrichum Species 0.000 claims description 13
- 241000228341 Talaromyces Species 0.000 claims description 13
- 241000228178 Thermoascus Species 0.000 claims description 13
- 241001313536 Thermothelomyces thermophila Species 0.000 claims description 13
- 241001494489 Thielavia Species 0.000 claims description 13
- 241001149964 Tolypocladium Species 0.000 claims description 13
- 241000082085 Verticillium <Phyllachorales> Species 0.000 claims description 13
- 241001507667 Volvariella Species 0.000 claims description 13
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 claims description 13
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 12
- 241000223651 Aureobasidium Species 0.000 claims description 12
- 241000146399 Ceriporiopsis Species 0.000 claims description 12
- 241000228437 Cochliobolus Species 0.000 claims description 12
- 241000222511 Coprinus Species 0.000 claims description 12
- 241000222356 Coriolus Species 0.000 claims description 12
- 241001252397 Corynascus Species 0.000 claims description 12
- 241000221755 Cryphonectria Species 0.000 claims description 12
- 241001337994 Cryptococcus <scale insect> Species 0.000 claims description 12
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 claims description 12
- 101150038738 ble gene Proteins 0.000 claims description 12
- 241000221961 Neurospora crassa Species 0.000 claims description 11
- 230000003204 osmotic effect Effects 0.000 claims description 11
- 101150068888 MET3 gene Proteins 0.000 claims description 9
- 101150008194 argB gene Proteins 0.000 claims description 9
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 claims description 9
- 101150095344 niaD gene Proteins 0.000 claims description 9
- 230000008723 osmotic stress Effects 0.000 claims description 9
- 101150016309 trpC gene Proteins 0.000 claims description 9
- 108090000913 Nitrate Reductases Proteins 0.000 claims description 8
- 108010048241 acetamidase Proteins 0.000 claims description 8
- QRBLKGHRWFGINE-UGWAGOLRSA-N 2-[2-[2-[[2-[[4-[[2-[[6-amino-2-[3-amino-1-[(2,3-diamino-3-oxopropyl)amino]-3-oxopropyl]-5-methylpyrimidine-4-carbonyl]amino]-3-[(2r,3s,4s,5s,6s)-3-[(2s,3r,4r,5s)-4-carbamoyl-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)- Chemical compound N=1C(C=2SC=C(N=2)C(N)=O)CSC=1CCNC(=O)C(C(C)=O)NC(=O)C(C)C(O)C(C)NC(=O)C(C(O[C@H]1[C@@]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O1)(C)O[C@H]1[C@@H]([C@](O)([C@@H](O)C(CO)O1)C(N)=O)O)C=1NC=NC=1)NC(=O)C1=NC(C(CC(N)=O)NCC(N)C(N)=O)=NC(N)=C1C QRBLKGHRWFGINE-UGWAGOLRSA-N 0.000 claims description 7
- LTQCLFMNABRKSH-UHFFFAOYSA-N Phleomycin Natural products N=1C(C=2SC=C(N=2)C(N)=O)CSC=1CCNC(=O)C(C(O)C)NC(=O)C(C)C(O)C(C)NC(=O)C(C(OC1C(C(O)C(O)C(CO)O1)OC1C(C(OC(N)=O)C(O)C(CO)O1)O)C=1NC=NC=1)NC(=O)C1=NC(C(CC(N)=O)NCC(N)C(N)=O)=NC(N)=C1C LTQCLFMNABRKSH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 108010035235 Phleomycins Proteins 0.000 claims description 7
- 108020004485 Nonsense Codon Proteins 0.000 claims description 5
- 238000004737 colorimetric analysis Methods 0.000 claims description 5
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 claims description 5
- 230000037434 nonsense mutation Effects 0.000 claims description 5
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 claims description 4
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 claims description 4
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 claims description 4
- 230000000149 penetrating effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000003938 response to stress Effects 0.000 claims description 2
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 claims 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 abstract description 54
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 330
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 description 156
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 122
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 75
- 239000000047 product Substances 0.000 description 72
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 62
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 62
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 54
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 43
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 35
- -1 pH 2 Substances 0.000 description 33
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 30
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 28
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 28
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 28
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 28
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 28
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 28
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 26
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 26
- 230000008569 process Effects 0.000 description 25
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 24
- 241000510930 Brachyspira pilosicoli Species 0.000 description 20
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 19
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 19
- 239000013587 production medium Substances 0.000 description 19
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 18
- 238000013461 design Methods 0.000 description 17
- 230000006870 function Effects 0.000 description 17
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 17
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 16
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 16
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 16
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 16
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 15
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 15
- 235000010633 broth Nutrition 0.000 description 15
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 15
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 15
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 15
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 15
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 15
- 102100021885 Speedy protein A Human genes 0.000 description 14
- 101710151560 Speedy protein A Proteins 0.000 description 14
- 239000013000 chemical inhibitor Substances 0.000 description 14
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 14
- 241000894007 species Species 0.000 description 14
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 14
- 101100064718 Borrelia bavariensis (strain ATCC BAA-2496 / DSM 23469 / PBi) fusA1 gene Proteins 0.000 description 13
- 101100402341 Caenorhabditis elegans mpk-1 gene Proteins 0.000 description 13
- 101100209555 Caenorhabditis elegans vha-17 gene Proteins 0.000 description 13
- 101150040099 MAP2K2 gene Proteins 0.000 description 13
- 101100395423 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) hog-1 gene Proteins 0.000 description 13
- 101150113535 chek1 gene Proteins 0.000 description 13
- 235000019441 ethanol Nutrition 0.000 description 13
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 13
- 101150043210 nikA gene Proteins 0.000 description 13
- 229920001451 polypropylene glycol Polymers 0.000 description 13
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 13
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 12
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 12
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 12
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 12
- 230000028070 sporulation Effects 0.000 description 12
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 12
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 11
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 11
- 230000008238 biochemical pathway Effects 0.000 description 11
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 11
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 11
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 11
- 230000006780 non-homologous end joining Effects 0.000 description 11
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 11
- 108010072039 Histidine kinase Proteins 0.000 description 10
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 10
- 238000000021 kinase assay Methods 0.000 description 10
- 210000005088 multinucleated cell Anatomy 0.000 description 10
- 231100000219 mutagenic Toxicity 0.000 description 10
- 230000003505 mutagenic effect Effects 0.000 description 10
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 10
- 230000004044 response Effects 0.000 description 10
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 10
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 10
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 9
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 101100462611 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) prr-1 gene Proteins 0.000 description 9
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 9
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 9
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 9
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 8
- 241000776564 Acetobacter cerevisiae Species 0.000 description 8
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 8
- FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N D-Glucitol Natural products OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N 0.000 description 8
- FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N D-glucitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N 0.000 description 8
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 8
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 8
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 8
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 8
- 230000002528 anti-freeze Effects 0.000 description 8
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 8
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 8
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 8
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 8
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 8
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 8
- 239000000600 sorbitol Substances 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 230000001969 hypertrophic effect Effects 0.000 description 7
- 238000003674 kinase activity assay Methods 0.000 description 7
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 7
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 7
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 7
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 7
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 7
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 7
- 101150092328 22 gene Proteins 0.000 description 6
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 6
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 6
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 6
- 239000013599 cloning vector Substances 0.000 description 6
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 6
- 230000009931 harmful effect Effects 0.000 description 6
- VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N methane Chemical compound C VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 6
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 6
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 6
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 6
- 125000000472 sulfonyl group Chemical group *S(*)(=O)=O 0.000 description 6
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 6
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 6
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 6
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 6
- SEHFUALWMUWDKS-UHFFFAOYSA-N 5-fluoroorotic acid Chemical compound OC(=O)C=1NC(=O)NC(=O)C=1F SEHFUALWMUWDKS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 5
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 5
- DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N Propylene glycol Chemical compound CC(O)CO DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 5
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 5
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 5
- 150000001298 alcohols Chemical class 0.000 description 5
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 5
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 5
- 230000008859 change Effects 0.000 description 5
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 5
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 5
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 5
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 5
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 5
- 238000011031 large-scale manufacturing process Methods 0.000 description 5
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 5
- 230000000243 photosynthetic effect Effects 0.000 description 5
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 5
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 5
- 238000002708 random mutagenesis Methods 0.000 description 5
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 5
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 5
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 5
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 5
- SVTBMSDMJJWYQN-UHFFFAOYSA-N 2-methylpentane-2,4-diol Chemical compound CC(O)CC(C)(C)O SVTBMSDMJJWYQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000002028 Biomass Substances 0.000 description 4
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 4
- 101000925662 Enterobacteria phage PRD1 Endolysin Proteins 0.000 description 4
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 241001467460 Myxogastria Species 0.000 description 4
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 4
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 4
- 230000001851 biosynthetic effect Effects 0.000 description 4
- 230000001925 catabolic effect Effects 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 4
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 4
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 4
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 238000010362 genome editing Methods 0.000 description 4
- 230000028644 hyphal growth Effects 0.000 description 4
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 4
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 4
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N lactic acid Chemical compound CC(O)C(O)=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 4
- 230000013011 mating Effects 0.000 description 4
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 4
- 230000000065 osmolyte Effects 0.000 description 4
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 4
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 4
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 4
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 4
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 4
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 4
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 4
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 4
- 239000001052 yellow pigment Substances 0.000 description 4
- NEEVCWPRIZJJRJ-LWRDCAMISA-N 5-(benzylideneamino)-6-[(e)-benzylideneamino]-2-sulfanylidene-1h-pyrimidin-4-one Chemical compound C=1C=CC=CC=1C=NC=1C(=O)NC(=S)NC=1\N=C\C1=CC=CC=C1 NEEVCWPRIZJJRJ-LWRDCAMISA-N 0.000 description 3
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 3
- 108010059892 Cellulase Proteins 0.000 description 3
- 241000195493 Cryptophyta Species 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 3
- SEKJSSBJKFLZIT-UHFFFAOYSA-N LSM-1988 Chemical compound C1=CC(CN(C)C)=CC=C1C1=NC2=CC=CC3=C2N1CCNC3=O SEKJSSBJKFLZIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- YBHQCJILTOVLHD-YVMONPNESA-N Mirin Chemical compound S1C(N)=NC(=O)\C1=C\C1=CC=C(O)C=C1 YBHQCJILTOVLHD-YVMONPNESA-N 0.000 description 3
- 108091005461 Nucleic proteins Chemical group 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 3
- WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M Potassium chloride Chemical compound [Cl-].[K+] WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M Potassium hydroxide Chemical compound [OH-].[K+] KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 3
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 3
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 3
- 238000010923 batch production Methods 0.000 description 3
- 230000006399 behavior Effects 0.000 description 3
- 230000008236 biological pathway Effects 0.000 description 3
- ZPEIMTDSQAKGNT-UHFFFAOYSA-N chlorpromazine Chemical compound C1=C(Cl)C=C2N(CCCN(C)C)C3=CC=CC=C3SC2=C1 ZPEIMTDSQAKGNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229960001076 chlorpromazine Drugs 0.000 description 3
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 3
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 3
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 3
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 3
- 230000000368 destabilizing effect Effects 0.000 description 3
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 3
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 3
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 3
- 239000000446 fuel Substances 0.000 description 3
- 238000012224 gene deletion Methods 0.000 description 3
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 3
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 3
- 230000006799 invasive growth in response to glucose limitation Effects 0.000 description 3
- 238000012804 iterative process Methods 0.000 description 3
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 3
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 3
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 3
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 3
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 3
- 235000005985 organic acids Nutrition 0.000 description 3
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 3
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 3
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 3
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 3
- 101150039840 srpB gene Proteins 0.000 description 3
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 3
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 3
- 238000011426 transformation method Methods 0.000 description 3
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 3
- 235000012141 vanillin Nutrition 0.000 description 3
- MWOOGOJBHIARFG-UHFFFAOYSA-N vanillin Chemical compound COC1=CC(C=O)=CC=C1O MWOOGOJBHIARFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- FGQOOHJZONJGDT-UHFFFAOYSA-N vanillin Natural products COC1=CC(O)=CC(C=O)=C1 FGQOOHJZONJGDT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- GHOKWGTUZJEAQD-ZETCQYMHSA-N (D)-(+)-Pantothenic acid Chemical compound OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(O)=O GHOKWGTUZJEAQD-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 2
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PAWQVTBBRAZDMG-UHFFFAOYSA-N 2-(3-bromo-2-fluorophenyl)acetic acid Chemical compound OC(=O)CC1=CC=CC(Br)=C1F PAWQVTBBRAZDMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DLFVBJFMPXGRIB-UHFFFAOYSA-N Acetamide Chemical compound CC(N)=O DLFVBJFMPXGRIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonia chloride Chemical compound [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710130006 Beta-glucanase Proteins 0.000 description 2
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 description 2
- 238000010354 CRISPR gene editing Methods 0.000 description 2
- UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L Calcium chloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Ca+2] UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- XTEGARKTQYYJKE-UHFFFAOYSA-M Chlorate Chemical compound [O-]Cl(=O)=O XTEGARKTQYYJKE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 2
- 241001137853 Crenarchaeota Species 0.000 description 2
- 201000007336 Cryptococcosis Diseases 0.000 description 2
- 241000221204 Cryptococcus neoformans Species 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N D-xylopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N 0.000 description 2
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 101710121765 Endo-1,4-beta-xylanase Proteins 0.000 description 2
- 241001137858 Euryarchaeota Species 0.000 description 2
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 2
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N Iron Chemical compound [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150059802 KU80 gene Proteins 0.000 description 2
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 2
- 241000192041 Micrococcus Species 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 2
- 108010059820 Polygalacturonase Proteins 0.000 description 2
- BUGBHKTXTAQXES-UHFFFAOYSA-N Selenium Chemical compound [Se] BUGBHKTXTAQXES-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L Sulfate Chemical compound [O-]S([O-])(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 description 2
- ZJCCRDAZUWHFQH-UHFFFAOYSA-N Trimethylolpropane Chemical compound CCC(CO)(CO)CO ZJCCRDAZUWHFQH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N ammonium sulfate Chemical compound N.N.OS(O)(=O)=O BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052921 ammonium sulfate Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000001166 ammonium sulphate Substances 0.000 description 2
- 235000011130 ammonium sulphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 description 2
- 230000000975 bioactive effect Effects 0.000 description 2
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 2
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000001110 calcium chloride Substances 0.000 description 2
- 229910001628 calcium chloride Inorganic materials 0.000 description 2
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 2
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 2
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 2
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 2
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 2
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 2
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 2
- 238000010924 continuous production Methods 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 230000001627 detrimental effect Effects 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- 238000001952 enzyme assay Methods 0.000 description 2
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 2
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 2
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 2
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 2
- 230000004992 fission Effects 0.000 description 2
- 238000010363 gene targeting Methods 0.000 description 2
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 2
- 230000008826 genomic mutation Effects 0.000 description 2
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 2
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 2
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 2
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 2
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 2
- 108010002430 hemicellulase Proteins 0.000 description 2
- 229940059442 hemicellulase Drugs 0.000 description 2
- IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N hexadecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(O)=O IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 2
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 2
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 2
- 101150085005 ku70 gene Proteins 0.000 description 2
- 239000004310 lactic acid Substances 0.000 description 2
- 235000014655 lactic acid Nutrition 0.000 description 2
- 238000010801 machine learning Methods 0.000 description 2
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000019341 magnesium sulphate Nutrition 0.000 description 2
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 2
- 230000006609 metabolic stress Effects 0.000 description 2
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000001543 one-way ANOVA Methods 0.000 description 2
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 2
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 2
- PXQPEWDEAKTCGB-UHFFFAOYSA-N orotic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC(=O)NC(=O)N1 PXQPEWDEAKTCGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 2
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 229920005862 polyol Polymers 0.000 description 2
- 150000003077 polyols Chemical class 0.000 description 2
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 2
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 2
- 239000001267 polyvinylpyrrolidone Substances 0.000 description 2
- 229920000036 polyvinylpyrrolidone Polymers 0.000 description 2
- 235000013855 polyvinylpyrrolidone Nutrition 0.000 description 2
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 2
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 2
- YPFDHNVEDLHUCE-UHFFFAOYSA-N propane-1,3-diol Chemical compound OCCCO YPFDHNVEDLHUCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960004063 propylene glycol Drugs 0.000 description 2
- 235000013772 propylene glycol Nutrition 0.000 description 2
- 101150044726 pyrE gene Proteins 0.000 description 2
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 description 2
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 239000007320 rich medium Substances 0.000 description 2
- 229930000044 secondary metabolite Natural products 0.000 description 2
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 2
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 2
- 229910001415 sodium ion Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000012064 sodium phosphate buffer Substances 0.000 description 2
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 description 2
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 2
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 2
- 230000008961 swelling Effects 0.000 description 2
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 description 2
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 description 2
- 229940040944 tetracyclines Drugs 0.000 description 2
- 238000000844 transformation Methods 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 description 2
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 2
- 229930003231 vitamin Natural products 0.000 description 2
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 description 2
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N -2-Amino-4-hydroxybutanoic acid Natural products OC(=O)C(N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- MSFSPUZXLOGKHJ-PGYHGBPZSA-N 2-amino-3-O-[(R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-D-glucopyranose Chemical compound OC(=O)[C@@H](C)O[C@@H]1[C@@H](N)C(O)O[C@H](CO)[C@H]1O MSFSPUZXLOGKHJ-PGYHGBPZSA-N 0.000 description 1
- FVTWJXMFYOXOKK-UHFFFAOYSA-N 2-fluoroacetamide Chemical compound NC(=O)CF FVTWJXMFYOXOKK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020003589 5' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- NEEVCWPRIZJJRJ-UHFFFAOYSA-N 5,6-bis(benzylideneamino)-2-sulfanylidene-1H-pyrimidin-4-one Chemical compound C=1C=CC=CC=1C=NC=1C(O)=NC(S)=NC=1N=CC1=CC=CC=C1 NEEVCWPRIZJJRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000003727 ADP Glo Kinase Assay Methods 0.000 description 1
- 108010000700 Acetolactate synthase Proteins 0.000 description 1
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000186046 Actinomyces Species 0.000 description 1
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 241000589158 Agrobacterium Species 0.000 description 1
- 241000589155 Agrobacterium tumefaciens Species 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- ATRRKUHOCOJYRX-UHFFFAOYSA-N Ammonium bicarbonate Chemical compound [NH4+].OC([O-])=O ATRRKUHOCOJYRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004254 Ammonium phosphate Substances 0.000 description 1
- 239000004382 Amylase Substances 0.000 description 1
- 102000013142 Amylases Human genes 0.000 description 1
- 108010065511 Amylases Proteins 0.000 description 1
- 108010053481 Antifreeze Proteins Proteins 0.000 description 1
- 101710152845 Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase Proteins 0.000 description 1
- 241000235349 Ascomycota Species 0.000 description 1
- 241000892910 Aspergillus foetidus Species 0.000 description 1
- BHELIUBJHYAEDK-OAIUPTLZSA-N Aspoxicillin Chemical compound C1([C@H](C(=O)N[C@@H]2C(N3[C@H](C(C)(C)S[C@@H]32)C(O)=O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC(=O)NC)=CC=C(O)C=C1 BHELIUBJHYAEDK-OAIUPTLZSA-N 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 description 1
- 241000606125 Bacteroides Species 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 102100032487 Beta-mannosidase Human genes 0.000 description 1
- 101100348341 Caenorhabditis elegans gas-1 gene Proteins 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100035882 Catalase Human genes 0.000 description 1
- 108010053835 Catalase Proteins 0.000 description 1
- 206010057248 Cell death Diseases 0.000 description 1
- 108010084185 Cellulases Proteins 0.000 description 1
- 102000005575 Cellulases Human genes 0.000 description 1
- GHOKWGTUZJEAQD-UHFFFAOYSA-N Chick antidermatitis factor Natural products OCC(C)(C)C(O)C(=O)NCCC(O)=O GHOKWGTUZJEAQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000606161 Chlamydia Species 0.000 description 1
- 241000191368 Chlorobi Species 0.000 description 1
- 241001142109 Chloroflexi Species 0.000 description 1
- 241001112696 Clostridia Species 0.000 description 1
- 244000060011 Cocos nucifera Species 0.000 description 1
- 235000013162 Cocos nucifera Nutrition 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 241001362614 Crassa Species 0.000 description 1
- 241000192700 Cyanobacteria Species 0.000 description 1
- 229930105110 Cyclosporin A Natural products 0.000 description 1
- PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N Cyclosporin A Chemical compound CC[C@@H]1NC(=O)[C@H]([C@H](O)[C@H](C)C\C=C\C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)CN(C)C1=O PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N 0.000 description 1
- 108010036949 Cyclosporine Proteins 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 1
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101710096438 DNA-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 1
- ZGTMUACCHSMWAC-UHFFFAOYSA-L EDTA disodium salt (anhydrous) Chemical compound [Na+].[Na+].OC(=O)CN(CC([O-])=O)CCN(CC(O)=O)CC([O-])=O ZGTMUACCHSMWAC-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 101710147028 Endo-beta-1,4-galactanase Proteins 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- OTMSDBZUPAUEDD-UHFFFAOYSA-N Ethane Chemical compound CC OTMSDBZUPAUEDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PLUBXMRUUVWRLT-UHFFFAOYSA-N Ethyl methanesulfonate Chemical compound CCOS(C)(=O)=O PLUBXMRUUVWRLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000230562 Flavobacteriia Species 0.000 description 1
- 229930091371 Fructose Natural products 0.000 description 1
- RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N Fructose Chemical compound OC[C@H]1O[C@](O)(CO)[C@@H](O)[C@@H]1O RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N 0.000 description 1
- 239000005715 Fructose Substances 0.000 description 1
- 108700005088 Fungal Genes Proteins 0.000 description 1
- 230000005526 G1 to G0 transition Effects 0.000 description 1
- 108010093031 Galactosidases Proteins 0.000 description 1
- 102000002464 Galactosidases Human genes 0.000 description 1
- 101100264215 Gallus gallus XRCC6 gene Proteins 0.000 description 1
- 108700007698 Genetic Terminator Regions Proteins 0.000 description 1
- 229930191978 Gibberellin Natural products 0.000 description 1
- 101710137787 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A Proteins 0.000 description 1
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 1
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 1
- 102000004269 Granulocyte Colony-Stimulating Factor Human genes 0.000 description 1
- 108010017080 Granulocyte Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 1
- 229940121710 HMGCoA reductase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 101100295959 Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) arcB gene Proteins 0.000 description 1
- 229920002488 Hemicellulose Polymers 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 206010020880 Hypertrophy Diseases 0.000 description 1
- 241001022421 Ictiobus niger Species 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102000004877 Insulin Human genes 0.000 description 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 description 1
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 description 1
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 description 1
- 241000973945 Intrasporangium oryzae Species 0.000 description 1
- 239000005569 Iron sulphate Substances 0.000 description 1
- 108010025815 Kanamycin Kinase Proteins 0.000 description 1
- UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N L-homoserine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 108010059881 Lactase Proteins 0.000 description 1
- 241000186660 Lactobacillus Species 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OYHQOLUKZRVURQ-HZJYTTRNSA-N Linoleic acid Chemical compound CCCCC\C=C/C\C=C/CCCCCCCC(O)=O OYHQOLUKZRVURQ-HZJYTTRNSA-N 0.000 description 1
- 108090001060 Lipase Proteins 0.000 description 1
- 239000004367 Lipase Substances 0.000 description 1
- 102000004882 Lipase Human genes 0.000 description 1
- 102000004317 Lyases Human genes 0.000 description 1
- 108090000856 Lyases Proteins 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 101150002830 MPG1 gene Proteins 0.000 description 1
- 241001344131 Magnaporthe grisea Species 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000002720 Malnutrition Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- WAEMQWOKJMHJLA-UHFFFAOYSA-N Manganese(2+) Chemical compound [Mn+2] WAEMQWOKJMHJLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 241001529548 Megasphaera cerevisiae Species 0.000 description 1
- 241001430197 Mollicutes Species 0.000 description 1
- PCZOHLXUXFIOCF-UHFFFAOYSA-N Monacolin X Natural products C12C(OC(=O)C(C)CC)CC(C)C=C2C=CC(C)C1CCC1CC(O)CC(=O)O1 PCZOHLXUXFIOCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSFSPUZXLOGKHJ-UHFFFAOYSA-N Muraminsaeure Natural products OC(=O)C(C)OC1C(N)C(O)OC(CO)C1O MSFSPUZXLOGKHJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910002651 NO3 Inorganic materials 0.000 description 1
- 101100022915 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) cys-11 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100342585 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) mus-51 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100074054 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) mus-52 gene Proteins 0.000 description 1
- NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N Nitrate Chemical compound [O-][N+]([O-])=O NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091092724 Noncoding DNA Proteins 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 102000007981 Ornithine carbamoyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 101710113020 Ornithine transcarbamylase, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 108010078678 Osmolite Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000021314 Palmitic acid Nutrition 0.000 description 1
- 235000019483 Peanut oil Nutrition 0.000 description 1
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 1
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 239000001888 Peptone Substances 0.000 description 1
- 108010080698 Peptones Proteins 0.000 description 1
- 241000433547 Phanerochaete chrysosporium RP-78 Species 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000589952 Planctomyces Species 0.000 description 1
- 108700001094 Plant Genes Proteins 0.000 description 1
- 229920001030 Polyethylene Glycol 4000 Polymers 0.000 description 1
- 108010039918 Polylysine Proteins 0.000 description 1
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004146 Propane-1,2-diol Substances 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 101800004937 Protein C Proteins 0.000 description 1
- 102000017975 Protein C Human genes 0.000 description 1
- 108010009736 Protein Hydrolysates Proteins 0.000 description 1
- 102000001253 Protein Kinase Human genes 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 1
- 108091030071 RNAI Proteins 0.000 description 1
- 102000002490 Rad51 Recombinase Human genes 0.000 description 1
- 108010068097 Rad51 Recombinase Proteins 0.000 description 1
- 102000053062 Rad52 DNA Repair and Recombination Human genes 0.000 description 1
- 108700031762 Rad52 DNA Repair and Recombination Proteins 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-RMMQSMQOSA-N Raffinose Natural products O(C[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O[C@@]2(CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O1)[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-RMMQSMQOSA-N 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000002278 Ribosomal Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010000605 Ribosomal Proteins Proteins 0.000 description 1
- 240000000111 Saccharum officinarum Species 0.000 description 1
- 235000007201 Saccharum officinarum Nutrition 0.000 description 1
- 101800001700 Saposin-D Proteins 0.000 description 1
- 101100342589 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) pku70 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100074057 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) pku80 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100022918 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) sua1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091058545 Secretory proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000040739 Secretory proteins Human genes 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000295644 Staphylococcaceae Species 0.000 description 1
- 235000021355 Stearic acid Nutrition 0.000 description 1
- 108010023197 Streptokinase Proteins 0.000 description 1
- 101100370749 Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) trpC1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 1
- 229940100389 Sulfonylurea Drugs 0.000 description 1
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019486 Sunflower oil Nutrition 0.000 description 1
- 101150014929 TPS2 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000204315 Thermosipho <sea snail> Species 0.000 description 1
- 241000204652 Thermotoga Species 0.000 description 1
- JZRWCGZRTZMZEH-UHFFFAOYSA-N Thiamine Natural products CC1=C(CCO)SC=[N+]1CC1=CN=C(C)N=C1N JZRWCGZRTZMZEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 108010073062 Transcription Activator-Like Effectors Proteins 0.000 description 1
- 102000004357 Transferases Human genes 0.000 description 1
- 108090000992 Transferases Proteins 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-UHFFFAOYSA-N UNPD196149 Natural products OC1C(O)C(CO)OC1(CO)OC1C(O)C(O)C(O)C(COC2C(C(O)C(O)C(CO)O2)O)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 102100036973 X-ray repair cross-complementing protein 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100036976 X-ray repair cross-complementing protein 6 Human genes 0.000 description 1
- 108700040099 Xylose isomerases Proteins 0.000 description 1
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 1
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 description 1
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 1
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000758405 Zoopagomycotina Species 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 238000002679 ablation Methods 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 150000001242 acetic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 102000005421 acetyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108020002494 acetyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- 150000001299 aldehydes Chemical class 0.000 description 1
- GZCGUPFRVQAUEE-SLPGGIOYSA-N aldehydo-D-glucose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C=O GZCGUPFRVQAUEE-SLPGGIOYSA-N 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 description 1
- 229940126575 aminoglycoside Drugs 0.000 description 1
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001099 ammonium carbonate Substances 0.000 description 1
- 235000012501 ammonium carbonate Nutrition 0.000 description 1
- 235000019270 ammonium chloride Nutrition 0.000 description 1
- 229910000148 ammonium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019289 ammonium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 235000019418 amylase Nutrition 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 125000005427 anthranyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 239000002518 antifoaming agent Substances 0.000 description 1
- 239000007798 antifreeze agent Substances 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000004507 artificial chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000000712 assembly Effects 0.000 description 1
- 238000000429 assembly Methods 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- 230000035578 autophosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000000376 autoradiography Methods 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 108010047754 beta-Glucosidase Proteins 0.000 description 1
- 102000006995 beta-Glucosidase Human genes 0.000 description 1
- 108010055059 beta-Mannosidase Proteins 0.000 description 1
- 235000013361 beverage Nutrition 0.000 description 1
- 230000002457 bidirectional effect Effects 0.000 description 1
- 102000023732 binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000010256 biochemical assay Methods 0.000 description 1
- 239000003139 biocide Substances 0.000 description 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 239000000337 buffer salt Substances 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 108010089934 carbohydrase Proteins 0.000 description 1
- 150000001722 carbon compounds Chemical class 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 description 1
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000019522 cellular metabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000036755 cellular response Effects 0.000 description 1
- 230000005754 cellular signaling Effects 0.000 description 1
- 229940106157 cellulase Drugs 0.000 description 1
- 239000002962 chemical mutagen Substances 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 210000004978 chinese hamster ovary cell Anatomy 0.000 description 1
- 229960001265 ciclosporin Drugs 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 230000002301 combined effect Effects 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 238000007596 consolidation process Methods 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 238000012864 cross contamination Methods 0.000 description 1
- 238000012136 culture method Methods 0.000 description 1
- 230000021953 cytokinesis Effects 0.000 description 1
- 238000013500 data storage Methods 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 230000002939 deleterious effect Effects 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- MNNHAPBLZZVQHP-UHFFFAOYSA-N diammonium hydrogen phosphate Chemical compound [NH4+].[NH4+].OP([O-])([O-])=O MNNHAPBLZZVQHP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 230000003292 diminished effect Effects 0.000 description 1
- 210000001840 diploid cell Anatomy 0.000 description 1
- ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L dipotassium hydrogen phosphate Chemical compound [K+].[K+].OP([O-])([O-])=O ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- BNIILDVGGAEEIG-UHFFFAOYSA-L disodium hydrogen phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].OP([O-])([O-])=O BNIILDVGGAEEIG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229910000397 disodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019800 disodium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 230000001094 effect on targets Effects 0.000 description 1
- 238000005265 energy consumption Methods 0.000 description 1
- 239000003256 environmental substance Substances 0.000 description 1
- 230000006862 enzymatic digestion Effects 0.000 description 1
- 238000001976 enzyme digestion Methods 0.000 description 1
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 description 1
- 108010093305 exopolygalacturonase Proteins 0.000 description 1
- 238000013401 experimental design Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 239000003925 fat Substances 0.000 description 1
- 235000019197 fats Nutrition 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 239000012467 final product Substances 0.000 description 1
- 238000007667 floating Methods 0.000 description 1
- 235000013312 flour Nutrition 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 125000002485 formyl group Chemical group [H]C(*)=O 0.000 description 1
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 1
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 1
- 101150036170 gas-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008246 gaseous mixture Substances 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 1
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 1
- 238000012226 gene silencing method Methods 0.000 description 1
- IXORZMNAPKEEDV-UHFFFAOYSA-N gibberellic acid GA3 Natural products OC(=O)C1C2(C3)CC(=C)C3(O)CCC2C2(C=CC3O)C1C3(C)C(=O)O2 IXORZMNAPKEEDV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003448 gibberellin Substances 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 125000002791 glucosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 1
- 150000002334 glycols Chemical class 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 229910001385 heavy metal Inorganic materials 0.000 description 1
- SPSXSWRZQFPVTJ-ZQQKUFEYSA-N hepatitis b vaccine Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCSC)C(=O)N[C@@H](CC1N=CN=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)OC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N)C1=CC=CC=C1 SPSXSWRZQFPVTJ-ZQQKUFEYSA-N 0.000 description 1
- 229940124736 hepatitis-B vaccine Drugs 0.000 description 1
- 238000002868 homogeneous time resolved fluorescence Methods 0.000 description 1
- 235000012907 honey Nutrition 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N hydroxyacetaldehyde Natural products OCC=O WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004029 hydroxymethyl group Chemical group [H]OC([H])([H])* 0.000 description 1
- 239000002471 hydroxymethylglutaryl coenzyme A reductase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 239000003018 immunosuppressive agent Substances 0.000 description 1
- 229940124589 immunosuppressive drug Drugs 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 1
- 239000002054 inoculum Substances 0.000 description 1
- 150000002484 inorganic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 229910010272 inorganic material Inorganic materials 0.000 description 1
- 229940125396 insulin Drugs 0.000 description 1
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 1
- FBAFATDZDUQKNH-UHFFFAOYSA-M iron chloride Chemical compound [Cl-].[Fe] FBAFATDZDUQKNH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- BAUYGSIQEAFULO-UHFFFAOYSA-L iron(2+) sulfate (anhydrous) Chemical compound [Fe+2].[O-]S([O-])(=O)=O BAUYGSIQEAFULO-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 150000002576 ketones Chemical class 0.000 description 1
- 229940116108 lactase Drugs 0.000 description 1
- 150000003893 lactate salts Chemical class 0.000 description 1
- 229940039696 lactobacillus Drugs 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 238000004989 laser desorption mass spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 229920005610 lignin Polymers 0.000 description 1
- 235000020778 linoleic acid Nutrition 0.000 description 1
- OYHQOLUKZRVURQ-IXWMQOLASA-N linoleic acid Natural products CCCCC\C=C/C\C=C\CCCCCCCC(O)=O OYHQOLUKZRVURQ-IXWMQOLASA-N 0.000 description 1
- 235000019421 lipase Nutrition 0.000 description 1
- 229940040461 lipase Drugs 0.000 description 1
- 238000001638 lipofection Methods 0.000 description 1
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 1
- XIXADJRWDQXREU-UHFFFAOYSA-M lithium acetate Chemical compound [Li+].CC([O-])=O XIXADJRWDQXREU-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 230000004777 loss-of-function mutation Effects 0.000 description 1
- PCZOHLXUXFIOCF-BXMDZJJMSA-N lovastatin Chemical compound C([C@H]1[C@@H](C)C=CC2=C[C@H](C)C[C@@H]([C@H]12)OC(=O)[C@@H](C)CC)C[C@@H]1C[C@@H](O)CC(=O)O1 PCZOHLXUXFIOCF-BXMDZJJMSA-N 0.000 description 1
- 229960004844 lovastatin Drugs 0.000 description 1
- QLJODMDSTUBWDW-UHFFFAOYSA-N lovastatin hydroxy acid Natural products C1=CC(C)C(CCC(O)CC(O)CC(O)=O)C2C(OC(=O)C(C)CC)CC(C)C=C21 QLJODMDSTUBWDW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 1
- 101150039489 lysZ gene Proteins 0.000 description 1
- 235000018977 lysine Nutrition 0.000 description 1
- 230000002101 lytic effect Effects 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000006148 magnetic separator Substances 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 230000037353 metabolic pathway Effects 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 229920000609 methyl cellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000001923 methylcellulose Substances 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000003032 molecular docking Methods 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 229910000402 monopotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019796 monopotassium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 230000004660 morphological change Effects 0.000 description 1
- 230000004995 multiple fission Effects 0.000 description 1
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 1
- WQEPLUUGTLDZJY-UHFFFAOYSA-N n-Pentadecanoic acid Natural products CCCCCCCCCCCCCCC(O)=O WQEPLUUGTLDZJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001937 non-anti-biotic effect Effects 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 210000000633 nuclear envelope Anatomy 0.000 description 1
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 description 1
- 235000018343 nutrient deficiency Nutrition 0.000 description 1
- QIQXTHQIDYTFRH-UHFFFAOYSA-N octadecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC(O)=O QIQXTHQIDYTFRH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OQCDKBAXFALNLD-UHFFFAOYSA-N octadecanoic acid Natural products CCCCCCCC(C)CCCCCCCCC(O)=O OQCDKBAXFALNLD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 1
- 235000019198 oils Nutrition 0.000 description 1
- 235000014593 oils and fats Nutrition 0.000 description 1
- 229940124276 oligodeoxyribonucleotide Drugs 0.000 description 1
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 description 1
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 239000013307 optical fiber Substances 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 150000002894 organic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 125000001477 organic nitrogen group Chemical group 0.000 description 1
- 229960005010 orotic acid Drugs 0.000 description 1
- 229940055726 pantothenic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000019161 pantothenic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011713 pantothenic acid Substances 0.000 description 1
- 238000003068 pathway analysis Methods 0.000 description 1
- 239000000312 peanut oil Substances 0.000 description 1
- 229940049954 penicillin Drugs 0.000 description 1
- WXZMFSXDPGVJKK-UHFFFAOYSA-N pentaerythritol Chemical compound OCC(CO)(CO)CO WXZMFSXDPGVJKK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019319 peptone Nutrition 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- 230000003094 perturbing effect Effects 0.000 description 1
- JTJMJGYZQZDUJJ-UHFFFAOYSA-N phencyclidine Chemical compound C1CCCCN1C1(C=2C=CC=CC=2)CCCCC1 JTJMJGYZQZDUJJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- PJNZPQUBCPKICU-UHFFFAOYSA-N phosphoric acid;potassium Chemical compound [K].OP(O)(O)=O PJNZPQUBCPKICU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 1
- 238000000596 photon cross correlation spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 230000029553 photosynthesis Effects 0.000 description 1
- 238000010672 photosynthesis Methods 0.000 description 1
- 230000035479 physiological effects, processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000003375 plant hormone Substances 0.000 description 1
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 1
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229920001522 polyglycol ester Polymers 0.000 description 1
- 229920000656 polylysine Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 1
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000013630 prepared media Substances 0.000 description 1
- 229930010796 primary metabolite Natural products 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000000644 propagated effect Effects 0.000 description 1
- 229960000856 protein c Drugs 0.000 description 1
- 230000004853 protein function Effects 0.000 description 1
- 229940121649 protein inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 239000012268 protein inhibitor Substances 0.000 description 1
- 230000006916 protein interaction Effects 0.000 description 1
- 230000009145 protein modification Effects 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N raffinose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO[C@@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091008020 response regulators Proteins 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 235000002020 sage Nutrition 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 150000004671 saturated fatty acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000003441 saturated fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- 101150071118 seb1 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000006152 selective media Substances 0.000 description 1
- 108091006024 signal transducing proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000034285 signal transducing proteins Human genes 0.000 description 1
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000009331 sowing Methods 0.000 description 1
- 239000003549 soybean oil Substances 0.000 description 1
- 235000012424 soybean oil Nutrition 0.000 description 1
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 239000007362 sporulation medium Substances 0.000 description 1
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 1
- 239000008117 stearic acid Substances 0.000 description 1
- 239000008223 sterile water Substances 0.000 description 1
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 1
- 229960005202 streptokinase Drugs 0.000 description 1
- 150000003890 succinate salts Chemical class 0.000 description 1
- YROXIXLRRCOBKF-UHFFFAOYSA-N sulfonylurea Chemical class OC(=N)N=S(=O)=O YROXIXLRRCOBKF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 1
- 239000002600 sunflower oil Substances 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 235000019157 thiamine Nutrition 0.000 description 1
- KYMBYSLLVAOCFI-UHFFFAOYSA-N thiamine Chemical compound CC1=C(CCO)SCN1CC1=CN=C(C)N=C1N KYMBYSLLVAOCFI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960003495 thiamine Drugs 0.000 description 1
- 239000011721 thiamine Substances 0.000 description 1
- 235000008521 threonine Nutrition 0.000 description 1
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 1
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 1
- 239000012096 transfection reagent Substances 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 1
- 238000012384 transportation and delivery Methods 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 150000004670 unsaturated fatty acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000021122 unsaturated fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 1
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 1
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/80—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/37—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from fungi
- C07K14/38—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from fungi from Aspergillus
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
- C12N1/14—Fungi; Culture media therefor
- C12N1/16—Yeasts; Culture media therefor
- C12N1/18—Baker's yeast; Brewer's yeast
- C12N1/185—Saccharomyces isolates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1079—Screening libraries by altering the phenotype or phenotypic trait of the host
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
- C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
- C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
- C12N15/905—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in yeast
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
- C12P7/40—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carboxyl group including Peroxycarboxylic acids
- C12P7/44—Polycarboxylic acids
- C12P7/48—Tricarboxylic acids, e.g. citric acid
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12R—INDEXING SCHEME ASSOCIATED WITH SUBCLASSES C12C - C12Q, RELATING TO MICROORGANISMS
- C12R2001/00—Microorganisms ; Processes using microorganisms
- C12R2001/645—Fungi ; Processes using fungi
- C12R2001/85—Saccharomyces
- C12R2001/865—Saccharomyces cerevisiae
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Botany (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Virology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
本願は、2018年6月6日に出願した米国仮出願第62/681,604号に基づく優先権の利益を主張するものであり、前記仮出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
技術分野
配列表に関する記述
以下の用語は当業者によってよく理解されると考えられるが、本開示の主題の説明を容易にするために、以下の定義を記載する。
概観
糸状真核マイクローブ
形態関連遺伝子
プロモーターラダー
プロモータースワッピング
SNPスワッピング
プロトプラスト形成方法
形質転換方法
選択された配列のルーピングアウト
形質転換のための構築物
同核性プロトプラストの精製
同核性形質転換体の識別
配列ベーススクリーニング
形質転換体の純度を決定するための配列ベーススクリーニングの使用
表現型スクリーニング
HTP自動化システム
コンピュータシステムハードウェア
細胞培養および発酵
プロトプラストを形質転換するための構築物
プロトプラストの生成
プロトプラストの形質転換
形質転換体についてのスクリーニング
結果
(実施例2)
糸状真菌のHTPゲノム操作:特定の遺伝子が糸状真菌形態において果たす役割の確認−特定の形態制御遺伝子の欠失
プロトプラストを形質転換するための構築物
結果
(実施例3)
糸状真菌のHTPゲノム操作:遺伝子発現を変更することによる、糸状真菌細胞形態の変更
結果
(実施例4)
キレート剤を欠く液内培養における形態突然変異体糸状真菌株の増殖の調査
(実施例5)
糸状真菌のHTPゲノム操作:糸状真菌形態に影響を及ぼす遺伝子の確認
方法
クエン酸産生
浸透ストレス応答
結果
1.親の株に由来する糸状真菌の変異株であって、変異株の細胞が液内培養条件下で増殖させると親の株の細胞と比較してS.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質の機能的A.nigerオルソログの減少した量および/または活性の低い型を産生することになる、Saccharomyces Cerevisiae(S.cerevisiae)SLN1遺伝子またはNeurospora crassa(N.crassa)nik1遺伝子のAspergillus niger(A.niger)オルソログの遺伝的変更を変異株が有するため、変異株の細胞が、液内培養で増殖させると親の株の細胞と比較して非菌糸体ペレット形成表現型を有する、変異株。
2.非液内増殖条件下で増殖させると親の株と比較して正常に胞子形成する、実施形態1に記載の変異株。
3.遺伝的変更が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログのための天然プロモーターを、S.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質のA.nigerオルソログの遺伝子を天然プロモーターと比較して弱く発現するプロモーターと置き換えることを含む、実施形態1または2に記載の変異株。
4.S.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質のA.nigerオルソログの遺伝子をより弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、実施形態3に記載の変異株。
5.S.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質のA.nigerオルソログの遺伝子をより弱く発現するプロモーターが、配列番号1または配列番号2のプロモーターから選択される、実施形態3または4に記載の変異株。
6.遺伝的変更が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の天然型のA.nigerオルソログを、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の突然変異A.nigerオルソログと置き換えることを含み、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の突然変異A.nigerオルソログが、S.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質の突然変異A.nigerオルソログをコードする、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
7.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の突然変異A.nigerオルソログが、一塩基多型を含む、実施形態6に記載の変異株。
8.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の突然変異A.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列を含む、実施形態6または7に記載の変異株。
9.遺伝的変更が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の天然型のA.nigerオルソログを選択可能なマーカー遺伝子に置き換えることによって、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の天然型A.nigerオルソログを変異株のゲノムから除去することを含む、実施形態1または2に記載の変異株。
10.S.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質のA.nigerオルソログが構成要素であるシグナル伝達カスケード内の1つまたは複数の遺伝子の破壊をさらに含む、上記実施形態のいずれかに記載の変異株。
11.1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、実施形態10に記載の変異株。
12.配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される1つまたは複数の遺伝子の破壊をさらに含む、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
13.破壊が、1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、天然プロモーターと比較して1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、1つもしくは複数の遺伝子から1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、実施形態10〜12のいずれか1つに記載の変異株。
14.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、実施形態13に記載の変異株。
15.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、配列番号1または配列番号2のプロモーターから選択される、実施形態13または14に記載の変異株。
16.1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、配列番号5、6または8である核酸配列から選択される、実施形態13に記載の変異株。
17.選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
18.比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、実施形態17に記載の変異株。
19.栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、実施形態17に記載の変異株。
20.方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、実施形態17に記載の変異株。
21.抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、実施形態17に記載の変異株。
22.糸状真菌が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
23.糸状真菌が、A.nigerまたはその完全世代もしくは不完全世代である、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
24.宿主細胞の形態を調節する遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む糸状真菌宿主細胞であって、プロモーターが、遺伝子にとって異種であり、プロモーターが、配列番号1〜4からなる群から選択される核酸配列を有する、糸状真菌宿主細胞。
25.発酵培地において液内培養条件下で増殖させたとき、宿主細胞の形態を調節する遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを有さない参照糸状真菌宿主細胞と比較して、非菌糸体ペレット形態を有する、実施形態24に記載の糸状真菌宿主細胞。
26.発酵培地が、少なくとも14ppbのマンガンを含む、実施形態25に記載の糸状真菌宿主細胞。
27.発酵培地が、キレート剤を含まない、実施形態25または26に記載の糸状真菌宿主細胞。
28.宿主細胞の形態を調節する遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを有さない参照糸状真菌宿主細胞により産生される量と少なくとも同等である量の目的の生成物を産生する、実施形態24〜27のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
29.形態を調節する遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログ、配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せである核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される、実施形態24〜28のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
30.形態を調節する遺伝子が、遺伝子の野生型または突然変異型である、実施形態24〜29のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
31.形態を調節する遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログであり、プロモーターが、配列番号1または2から選択される、実施形態24〜30のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
32.形態を調節する遺伝子が、配列番号7である、実施形態24〜30のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
33.Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態24〜32のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
34.A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、実施形態24〜33のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
35.少なくとも14ppbのマンガンと、非菌糸体ペレット表現型を含む糸状真菌細胞とを含む、発酵ブロスであって、ブロスがキレート剤を含まず、糸状真菌細胞が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の遺伝的に変更されたA.nigerオルソログを含む、発酵ブロス。
36.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の遺伝的に変更されたA.nigerオルソログが、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログに作動可能に連結された異種プロモーターを含む、実施形態35に記載の発酵ブロス。
37.異種プロモーターが、配列番号1または2から選択される、実施形態36に記載の発酵ブロス。
38.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の遺伝的に変更されたA.nigerオルソログが、突然変異を含む、実施形態35〜37のいずれか1つに記載の発酵ブロス。
39.突然変異がSNPにおけるものである、実施形態38に記載の発酵ブロス。
40.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列を有する、実施形態38または39に記載の発酵ブロス。
41.S.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質のA.nigerオルソログが構成要素であるシグナル伝達カスケード内の1つまたは複数の遺伝子の破壊をさらに含み、1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、実施形態35〜40のいずれか1つに記載の発酵ブロス。
42.配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンからなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子の破壊をさらに含む、実施形態35〜40のいずれか1つに記載の発酵ブロス。
43.糸状真菌宿主細胞が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態35〜42のいずれか1つに記載の発酵ブロス。
44.糸状真菌宿主細胞が、A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、実施形態35〜43のいずれか1つに記載の発酵ブロス。
45.プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを生成するための方法であって、
a.基本糸状真菌株に対して形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子とプロモーターラダーとを提供するステップであって、前記プロモーターラダーが、基本糸状真菌株において異なる発現プロファイルを示す複数のプロモーターを含む、ステップ;および
b.基本糸状真菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状真菌株の各々の株内にユニークな遺伝的変異が見られる前記複数の個々の糸状真菌株を含む初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを作出するステップであって、前記ユニークな遺伝的変異の各々が、基本糸状真菌株に対する形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子の1つに作動可能に連結されたプロモーターラダーからのプロモーターの1つまたは複数を含む、ステップ
を含む方法。
46.プロモーターラダーが、表2に見出されるプロモーターを含む、実施形態45に記載の方法。
47.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、破壊を含む、実施形態45または46に記載の方法。
48.破壊が、一塩基多型(SNP)、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、欠失および/または挿入である、実施形態47に記載の方法。
49.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログ、配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せである核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される、実施形態45〜48のいずれか1つに記載の方法。
50.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態45〜49のいずれか1つに記載の方法。
51.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、配列番号7により表される遺伝子である、実施形態45〜50のいずれか1つに記載の方法。
52.糸状真菌株が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態45〜51のいずれか1つに記載の方法。
53.糸状真菌株が、A.niger株である、実施形態45〜52のいずれか1つに記載の方法。
54.生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法であって、
a.基本糸状真菌株に対して形態において役割を果たす複数の標的遺伝子とプロモーターラダーとを提供するステップであって、前記プロモーターラダーが、基本糸状真菌株において異なる発現プロファイルを示す複数のプロモーターを含む、ステップ;
b.基本糸状真菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状真菌株の各々の株内にユニークな遺伝的変異が見られる前記複数の個々の糸状真菌株を含む、初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを作出するステップであって、前記ユニークな遺伝的変異の各々が、基本糸状真菌株に対する形態において役割を果たす標的遺伝子の1つに作動可能に連結されたプロモーターラダーからのプロモーターの1つまたは複数を含む、ステップ;
c.参照糸状真菌株に対する形態学的表現型改善に関して初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの個々の糸状真菌株をスクリーニングおよび選択することによって、形態学的表現型改善を付与するユニークな遺伝的変異を識別するステップ;
d.前記ステップでスクリーニングされた少なくとも2つの個々の糸状真菌株に存在する遺伝的変異からのユニークな遺伝的変異の組合せを各々が含む、その後の複数の糸状真菌マイクローブを提供することによって、その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを作出するステップ;
e.参照糸状真菌株に対する形態学的表現型改善に関してその後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの個々の糸状真菌株をスクリーニングおよび選択することによって、追加の形態学的表現型改善を付与する遺伝的変異のユニークな組合せを識別するステップ;および
f.糸状真菌株が、生産糸状真菌株の形態学的表現型と比較して所望のレベルの改善された形態学的表現型を示すまで、線形または非線形的に、ステップd)〜e)を1回または複数回繰り返すステップであって、各々その後の反復により微生物株の新しいプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが作出され、新しいライブラリー中の各々の株が、前のライブラリーの少なくとも2つの個々の糸状真菌株の中から選択された遺伝的変異の組合せである遺伝的変異を含む、ステップ
を含む方法。
55.その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーである、実施形態54に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
56.その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーのサブセットである、実施形態54に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
57.その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、前記プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーである、実施形態54に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
58.その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、前記プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーのサブセットである、実施形態54に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
59.プロモーターラダーが、表2に見出されるプロモーターを含む、実施形態54〜58のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
60.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、破壊を含む、実施形態54〜59のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
61.破壊が、SNP、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、欠失および/または挿入である、実施形態54〜60のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
62.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログ、配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せである核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される、実施形態54〜60のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
63.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の配列を含む、実施形態62に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
64.糸状真菌株が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態54〜63のいずれか1つに記載の、生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
65.糸状真菌株が、A.niger株である、実施形態54〜64のいずれか1つに記載の、生産糸状真菌株の形態学的表現型のためのプロモータースワップ法。
66.形態学的表現型改善が、液内培養条件下で増殖させると非菌糸体ペレット形態を形成する能力を付与することを含む、実施形態54〜65のいずれか1つに記載の、生産糸状真菌株の形態学的表現型のためのプロモータースワップ法。
67.液内培養条件が、少なくとも14ppbのマンガンを含むがキレート剤を含まない培養培地を含む、実施形態66に記載の、生産糸状真菌株の形態学的表現型のためのプロモータースワップ法。
68.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の宿主細胞のオルソログの異種改変を含む糸状真菌宿主細胞であって、その改変によって、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の改変されたオルソログによりコードされたタンパク質が、異種改変を欠いている親の糸状真菌宿主細胞と比べて活性の低下および/または発現の減少を有する、糸状真菌宿主細胞。
69.発酵培地において液内培養条件下で増殖させたとき、非菌糸体ペレット形態を有する、実施形態68に記載の糸状真菌宿主細胞。
70.異種改変が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のオルソログのための天然プロモーターを、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のオルソログを天然プロモーターと比較して弱く発現するプロモーターと置き換えることを含む、実施形態68または69に記載の糸状真菌宿主細胞。
71.異種改変が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のオルソログを、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のオルソログの突然変異バージョンと置き換えることを含む、実施形態68〜70のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
72.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のオルソログの突然変異バージョンが、一塩基多型(SNP)を含む、実施形態71に記載の糸状真菌宿主細胞。
73.異種改変が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のオルソログを選択可能なマーカー遺伝子と置き換えることによって、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の天然オルソログを糸状真菌宿主細胞のゲノムから除去することを含む、実施形態68または69に記載の糸状真菌宿主細胞。
74.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のオルソログが構成要素である生化学的経路内の1つまたは複数の遺伝子の異種改変をさらに含む、実施形態68〜73のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
75.1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae Ssk1遺伝子のオルソログ、S.cerevisiae Ssk2遺伝子のオルソログ、S.cerevisiae Ypd1遺伝子のオルソログ、S.cerevisiae Skn7遺伝子のオルソログまたはこれらの任意の組合せから選択される、実施形態74に記載の糸状真菌宿主細胞。
76.Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態68または69に記載の糸状真菌宿主細胞。
77.A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、実施形態68または69に記載の糸状真菌宿主細胞。
78.異種改変が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログのための天然プロモーターを、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログを天然プロモーターと比較して弱く発現するプロモーターと置き換えることを含む、実施形態77に記載の糸状真菌宿主細胞。
79.S.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質のA.nigerオルソログの遺伝子をより弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、実施形態78に記載の糸状真菌宿主細胞。
80.S.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質のA.nigerオルソログの遺伝子をより弱く発現するプロモーターが、配列番号1または配列番号2のプロモーターから選択される、実施形態78に記載の糸状真菌宿主細胞。
81.異種改変が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログを、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログの突然変異バージョンと置き換えることを含む、実施形態77または78に記載の糸状真菌宿主細胞。
82.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログの突然変異バージョンが、SNPを含む、実施形態81に記載の糸状真菌宿主細胞。
83.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の突然変異A.nigerオルソログが、配列番号7の配列を含む、実施形態82に記載の糸状真菌宿主細胞。
84.異種改変が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログを選択可能なマーカー遺伝子と置き換えることによって、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の天然A.nigerオルソログを糸状真菌宿主細胞のゲノムから除去することを含む、実施形態77に記載の糸状真菌宿主細胞。
85.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが構成要素である生化学的経路内の1つまたは複数の遺伝子の異種改変をさらに含む、実施形態77に記載の糸状真菌宿主細胞。
86.1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9を有するS.cerevisiae Ypd1遺伝子のA.nigerオルソログ、配列番号10を有するS.cerevisiae Ssk1遺伝子のA.nigerオルソログ、配列番号11もしくは12を有するS.cerevisiae Skn7遺伝子のA.nigerオルソログ、配列番号13を有するS.cerevisiae Ssk2遺伝子のA.nigerオルソログまたはこれらの任意の組合せから選択される、実施形態85に記載の糸状真菌宿主細胞。
87.配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される1つまたは複数の遺伝子の破壊をさらに含む、実施形態77に記載の糸状真菌宿主細胞。
88.破壊が、1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、天然プロモーターと比較して1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、1つまたは複数の遺伝子から1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、実施形態87に記載の糸状真菌宿主細胞。
89.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、実施形態88に記載の糸状真菌宿主細胞。
90.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、配列番号1または配列番号2のプロモーターから選択される、実施形態88に記載の糸状真菌宿主細胞。
91.1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、配列番号5、6または8から選択される、実施形態88に記載の糸状真菌宿主細胞。
92.選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、実施形態73、84または88に記載の糸状真菌宿主細胞。
93.比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、実施形態92に記載の糸状真菌宿主細胞。
94.栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、実施形態92に記載の糸状真菌宿主細胞。
95.方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、実施形態92に記載の糸状真菌宿主細胞。
96.抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、実施形態92に記載の糸状真菌宿主細胞。
97.親の株に由来する糸状真菌の変異株であって、変異株の細胞が液内培養条件下で増殖させると親の株の細胞と比較して浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子によりコードされた機能タンパク質の減少した量および/または活性の低い型を産生することになる、浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子の遺伝的変更を変異株が有するため、変異株の細胞が、液内培養で増殖させると親の株の細胞と比較して非菌糸体ペレット形成表現型を有する、変異株。
98.非液内増殖条件下で増殖させると親の株と比較して正常に胞子形成する、実施形態97に記載の変異株。
99.糸状真菌が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
100.糸状真菌が、Aspergillus niger(A.niger)またはその完全世代もしくは不完全世代である、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
101.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の糸状真菌オルソログである、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
102.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態100に記載の変異株。
103.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、実施形態100に記載の変異株。
104.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、Saccharomyces cerevisiae(S.cerevisiae)SLN1遺伝子またはNeurospora crassa(N.crassa)nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態100に記載の変異株。
105.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、実施形態104に記載の変異株。
106.遺伝的変更が、1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、天然プロモーターと比較して1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、1つまたは複数の遺伝子から1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
107.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、実施形態106に記載の変異株。
108.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、配列番号1もしくは配列番号2から選択される核酸配列を含むか、それから実質的になるか、またはそれからなる、実施形態106または107に記載の変異株。
109.選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、実施形態106に記載の変異株。
110.比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、実施形態109に記載の変異株。
111.栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、実施形態109に記載の変異株。
112.方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、実施形態109に記載の変異株。
113.抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、実施形態109に記載の変異株。
114.浸透圧ストレス応答経路の1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、一塩基多型を含む、実施形態106に記載の変異株。
115.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログであり、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログの突然変異型が、配列番号7の核酸配列である、実施形態114に記載の変異株。
116.配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される1つまたは複数の遺伝子の遺伝的変更をさらに含む、上記実施形態のいずれか1つに記載の変異株。
117.遺伝的変更が、1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、天然プロモーターと比較して1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、1つまたは複数の遺伝子から1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、実施形態116に記載の変異株。
118.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、実施形態117に記載の変異株。
119.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、配列番号1もしくは配列番号2から選択される核酸配列を含むか、それから実質的になるか、またはそれからなる、実施形態117または118に記載の変異株。
120.選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、実施形態117に記載の変異株。
121.比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、実施形態120に記載の変異株。
122.栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、実施形態120に記載の変異株。
123.方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、実施形態120に記載の変異株。
124.抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、実施形態120に記載の変異株。
125.1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、一塩基多型を含む、実施形態117に記載の変異株。
126.1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、配列番号5、6または8から選択される核酸配列である、実施形態125に記載の変異株。
127.宿主細胞の形態を調節する遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む糸状真菌宿主細胞であって、プロモーターが、遺伝子にとって異種であり、プロモーターが、配列番号1〜4からなる群から選択される核酸配列を有する、糸状真菌宿主細胞。
128.発酵培地において液内培養条件下で増殖させたとき、宿主細胞の形態を調節する遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを有さない参照糸状真菌宿主細胞と比較して、非菌糸体ペレット形態を有する、実施形態127に記載の糸状真菌宿主細胞。
129.発酵培地が、少なくとも14ppbのマンガンを含む、実施形態128に記載の糸状真菌宿主細胞。
130.発酵培地が、キレート剤を含まない、実施形態127または128に記載の糸状真菌宿主細胞。
131.宿主細胞の形態を調節する遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを有さない参照糸状真菌宿主細胞により産生される量と少なくとも同等である量の目的の生成物を産生する、実施形態127〜130のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
132.目的の生成物が、クエン酸、または目的の酵素である、実施形態131に記載の糸状真菌宿主細胞。
133.形態を調節する遺伝子が、浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子、配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せである核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される、実施形態127〜132のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
134.形態を調節する遺伝子が、遺伝子の野生型または突然変異型である、実施形態127〜133のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
135.Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態127〜134のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
136.A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、実施形態127〜135のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
137.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の糸状真菌オルソログである、実施形態133〜136のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
138.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態136に記載の糸状真菌宿主細胞。
139.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、実施形態136に記載の糸状真菌宿主細胞。
140.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態136に記載の糸状真菌宿主細胞。
141.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、実施形態140に記載の糸状真菌宿主細胞。
142.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列である、実施形態140に記載の糸状真菌宿主細胞。
143.プロモーターが、配列番号1または2の核酸配列から選択される、実施形態127〜142のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
144.宿主細胞の浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子の異種改変を含む糸状真菌宿主細胞であって、改変された1つまたは複数の遺伝子によりコードされたタンパク質が、宿主細胞の浸透圧応答経路の改変された1つまたは複数の遺伝子を欠いている親の糸状真菌宿主細胞と比べて活性の低下および/または発現の減少を有する、糸状真菌宿主細胞。
145.発酵培地において液内培養条件下で増殖させたとき、非菌糸体ペレット形態を有する、実施形態144に記載の糸状真菌宿主細胞。
146.Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態144または145に記載の糸状真菌宿主細胞。
147.A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、実施形態144または145に記載の糸状真菌宿主細胞。
148.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路の糸状真菌オルソログである、実施形態144〜147のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
149.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態147に記載の糸状真菌宿主細胞。
150.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、実施形態147に記載の糸状真菌宿主細胞。
151.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態147に記載の糸状真菌宿主細胞。
152.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、実施形態151に記載の糸状真菌宿主細胞。
153.異種改変が、1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、天然プロモーターと比較して1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、1つまたは複数の遺伝子から1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、実施形態144〜152に記載のいずれか1つの糸状真菌宿主細胞。
154.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、実施形態153に記載の糸状真菌宿主細胞。
155.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、配列番号1もしくは配列番号2から選択される核酸配列を含むか、それから実質的になるか、またはそれからなる、実施形態153または154に記載の糸状真菌宿主細胞。
156.選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、実施形態153に記載の糸状真菌宿主細胞。
157.比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、実施形態156に記載の糸状真菌宿主細胞。
158.栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、実施形態156に記載の糸状真菌宿主細胞。
159.方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、実施形態156に記載の糸状真菌宿主細胞。
160.抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、実施形態156に記載の糸状真菌宿主細胞。
161.浸透圧ストレス応答経路の1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、一塩基多型を含む、実施形態153に記載の糸状真菌宿主細胞。
162.浸透圧ストレス経路の1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログであり、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログの突然変異型が、配列番号7の核酸配列である、実施形態161に記載の糸状真菌宿主細胞。
163.配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される1つまたは複数の遺伝子の遺伝的変更をさらに含む、実施形態144〜162のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
164.遺伝的変更が、1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、天然プロモーターと比較して1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、1つもしくは複数の遺伝子から1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、実施形態163に記載の糸状真菌宿主細胞。
165.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、実施形態164に記載の糸状真菌宿主細胞。
166.天然プロモーターと比較して1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、配列番号1もしくは配列番号2から選択される核酸配列を含むか、それから実質的になるか、またはそれからなる、実施形態164または165に記載の糸状真菌宿主細胞。
167.選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、実施形態164に記載の糸状真菌宿主細胞。
168.比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、実施形態167に記載の糸状真菌宿主細胞。
169.栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、実施形態167に記載の糸状真菌宿主細胞。
170.方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、実施形態167に記載の糸状真菌宿主細胞。
171.抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、実施形態167に記載の糸状真菌宿主細胞。
172.1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、一塩基多型を含む、実施形態164に記載の糸状真菌宿主細胞。
173.1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、配列番号5、6または8から選択される核酸配列である、実施形態172に記載の糸状真菌宿主細胞。
174.少なくとも14ppbのマンガンと、非菌糸体ペレット表現型を含む糸状真菌細胞とを含む、発酵ブロスであって、ブロスがキレート剤を含まず、糸状真菌細胞が、糸状真菌細胞の浸透圧応答経路からの1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子を含む、発酵ブロス。
175.浸透圧応答経路からの1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、異種プロモーターに作動可能に連結されている、実施形態174に記載の発酵ブロス。
176.異種プロモーターが、配列番号1または2から選択される、実施形態175に記載の発酵ブロス。
177.浸透圧応答経路からの1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、突然変異を含む、実施形態174〜176のいずれか1つに記載の発酵ブロス。
178.突然変異がSNPにおけるものである、実施形態177に記載の発酵ブロス。
179.糸状真菌宿主細胞が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態174〜178のいずれか1つに記載の発酵ブロス。
180.糸状真菌宿主細胞が、A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、実施形態174〜178のいずれか1つに記載の発酵ブロス。
181.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の遺伝的に変更された糸状真菌オルソログである、実施形態174〜180のいずれか1つに記載の発酵ブロス。
182.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の遺伝的に変更されたA.nigerオルソログである、実施形態180に記載の発酵ブロス。
183.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せから選択される核酸配列を有する遺伝子の遺伝的に変更された型である、実施形態180に記載の発酵ブロス。
184.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の遺伝的に変更されたA.nigerオルソログである、実施形態180に記載の発酵ブロス。
185.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の遺伝的に変更されたA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列を有する遺伝子である、実施形態184に記載の発酵ブロス。
186.プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを生成するための方法であって、
a.基本糸状真菌株に対して形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子とプロモーターラダーとを供給するステップであって、前記プロモーターラダーが、基本糸状真菌株において異なる発現プロファイルを示す複数のプロモーターを含む、ステップ;および
b.基本糸状真菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状真菌株の各々の株内にユニークな遺伝的変異が見られる前記複数の個々の糸状真菌株を含む、初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを作出するステップであって、前記ユニークな遺伝的変異の各々が、基本糸状真菌株に対する浸透圧ストレス応答において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子の1つに作動可能に連結されたプロモーターラダーからのプロモーターの1つまたは複数を含む、ステップ
を含む、方法。
187.プロモーターラダーが、表2に見出されるプロモーターを含む、実施形態186に記載の方法。
188.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、破壊を含む、実施形態186または187に記載の方法。
189.破壊が、SNP、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、欠失および/または挿入である、実施形態188に記載の方法。
190.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子、配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せである核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される、実施形態186〜189のいずれか1つに記載の方法。
191.糸状真菌宿主細胞が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態180〜190のいずれか1つに記載の方法。
192.糸状真菌宿主細胞が、A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、実施形態180〜190のいずれか1つに記載の方法。
193.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の糸状真菌オルソログである、実施形態190〜192のいずれか1つに記載の方法。
194.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態192に記載の方法。
195.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、実施形態192に記載の方法。
196.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態192に記載の方法。
197.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、実施形態196に記載の方法。
198.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列である、実施形態192に記載の方法。
199.生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法であって、
a.基本糸状真菌株に対して形態において役割を果たす複数の標的遺伝子とプロモーターラダーとを供給するステップであって、前記プロモーターラダーが、基本糸状真菌株において異なる発現プロファイルを示す複数のプロモーターを含む、ステップ;
b.基本糸状真菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状真菌株の各々の株内にユニークな遺伝的変異が見られる前記複数の個々の糸状真菌株を含む、初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを作出するステップであって、前記ユニークな遺伝的変異の各々が、基本糸状真菌株に対する形態において役割を果たす複数の標的遺伝子の1つに作動可能に連結されたプロモーターラダーからのプロモーターの1つまたは複数を含む、ステップ;
c.参照糸状真菌株に対する形態学的表現型改善に関して初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの個々の糸状真菌株をスクリーニングおよび選択することによって、形態学的表現型改善を付与するユニークな遺伝的変異を識別するステップ;
d.前記ステップでスクリーニングされた少なくとも2つの個々の糸状真菌株に存在する遺伝的変異からのユニークな遺伝的変異の組合せを各々が含む、その後の複数の糸状真菌マイクローブを提供することによって、その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを作出するステップ;
e.参照糸状真菌株に対する形態学的表現型改善に関してその後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの個々の糸状真菌株をスクリーニングおよび選択することによって、追加の形態学的表現型改善を付与する遺伝的変異のユニークな組合せを識別するステップ;および
f.糸状真菌株が、生産糸状真菌株の形態学的表現型と比較して所望のレベルの改善された形態学的表現型を示すまで、線形または非線形的に、ステップd)〜e)を1回または複数回繰り返すステップであって、各々その後の反復により微生物株の新しいプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが作出され、新しいライブラリー中の各々の株が、前のライブラリーの少なくとも2つの個々の糸状真菌株の中から選択された遺伝的変異の組合せである遺伝的変異を含む、ステップ
を含む方法。
200.その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーである、実施形態199に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
201.その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーのサブセットである、実施形態199に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
202.その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、前のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーである、実施形態199に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
203.その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、前のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーのサブセットである、実施形態199に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
204.プロモーターラダーが、表2に見出されるプロモーターを含む、実施形態199〜203のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
205.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、破壊を含む、実施形態199〜204のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
206.破壊が、SNP、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、欠失および/または挿入である、実施形態199〜205のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
207.形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子が、浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子、配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せである核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される、実施形態199〜205のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
208.糸状真菌宿主細胞が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、実施形態199〜207のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
209.糸状真菌宿主細胞が、A.nigerまたはその完全世代もしくは不完全世代である、実施形態199〜207のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
210.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の糸状真菌オルソログである、実施形態207〜209のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
211.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態209に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
212.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、実施形態209に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
213.浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、実施形態209に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
214.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、実施形態213に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
215.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列である、実施形態213に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
216.形態学的表現型改善が、液内培養条件下で増殖させると非菌糸体ペレット形態を形成する能力を付与することを含む、実施形態199〜215のいずれか1つに記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型のためのプロモータースワップ法。
217.液内培養条件が、少なくとも14ppbのマンガンを含むがキレート剤を含まない培養培地を含む、実施形態216に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型のためのプロモータースワップ法。
218.液内培養条件下で増殖させたとき、変異株により産生されるS.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質の機能的A.nigerオルソログの量が、親の株の細胞により産生されるS.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質の機能的A.nigerオルソログの量と比較して少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または99%減少される、実施形態1〜23のいずれか1つに記載の変異株。
219.変異株および/または親の株により産生されるS.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質の機能的A.nigerオルソログの量が、定量的質量分析またはイムノアッセイを使用して測定され、イムノアッセイが、Luminexアッセイ、ELISAまたは定量的ウェスタンブロット解析から選択される、実施形態1〜23または218のいずれか1つに記載の変異株。
220.液内培養条件下で増殖させたとき、変異株により産生されるS.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質の機能的A.nigerオルソログの活性が、親の株の細胞により産生されるS.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質の機能的A.nigerオルソログの活性と比較して少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または99%低下される、実施形態1〜23のいずれか1つに記載の変異株。
221.変異株および/または親の株により産生されるS.cerevisiae SLN1タンパク質またはN.crassa Nik1タンパク質の機能的A.nigerオルソログの活性が、キナーゼアッセイを使用して測定される、実施形態1〜23または220のいずれか1つに記載の変異株。
222.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa Nik1遺伝子の改変オルソログによりコードされたタンパク質の発現が、異種改変を欠いている親の糸状真菌宿主細胞におけるS.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa Nik1遺伝子のオルソログによりコードされたタンパク質の発現と比べて少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または99%減少される、実施形態68〜96のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
223.糸状真菌宿主細胞および/または異種改変を欠いている親の糸状真菌宿主細胞における、S.cerevisiae SLN1遺伝子もしくはN.crassa Nik1遺伝子の改変オルソログまたはS.cerevisiae SLN1遺伝子もしくはN.crassa Nik1遺伝子のオルソログによりコードされたタンパク質の発現が、定量的質量分析またはイムノアッセイを使用して測定され、イムノアッセイが、Luminexアッセイ、ELISAまたは定量的ウェスタンブロット解析から選択される、実施形態68〜96または222のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
224.S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa Nik1遺伝子の改変オルソログによりコードされたタンパク質の活性が、異種改変を欠いている親の糸状真菌宿主細胞におけるS.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa Nik1遺伝子のオルソログによりコードされたタンパク質の活性と比べて少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または99%低下される、実施形態68〜96のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
225.糸状真菌宿主細胞および/または異種改変を欠いている親の糸状真菌宿主細胞における、S.cerevisiae SLN1遺伝子もしくはN.crassa Nik1遺伝子の改変オルソログまたはS.cerevisiae SLN1遺伝子もしくはN.crassa Nik1遺伝子のオルソログによりコードされたタンパク質の活性が、キナーゼアッセイを使用して測定される、実施形態68〜96または224のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
226.液内培養条件下で増殖させたとき、変異株により産生される浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子によりコードされた機能タンパク質の量が、親の株により産生される浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子によりコードされた機能タンパク質の量と比較して少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または99%減少される、実施形態97〜126のいずれか1つに記載の変異株。
227.変異株および/または親の株により産生される浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子によりコードされた機能タンパク質の量が、定量的質量分析またはイムノアッセイを使用して測定され、イムノアッセイが、Luminexアッセイ、ELISAまたは定量的ウェスタンブロット解析から選択される、実施形態97〜126または226のいずれか1つに記載の変異株。
228.液内培養条件下で増殖させたとき、変異株により産生される浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子によりコードされた機能タンパク質の活性が、親の株により産生される浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子によりコードされた機能タンパク質の活性と比較して少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または99%低下される、実施形態97〜126のいずれか1つに記載の変異株。
229.変異株および/または親の株により産生される浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子によりコードされた機能タンパク質の活性が、キナーゼアッセイを使用して測定される、実施形態97〜126または228のいずれか1つに記載の変異株。
230.改変された1つまたは複数の遺伝子によりコードされたタンパク質の発現が、宿主細胞の浸透圧応答経路の改変された1つまたは複数の遺伝子を欠いている親の糸状真菌宿主細胞における改変された1つまたは複数の遺伝子によりコードされたタンパク質の発現と比べて少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または99%減少される、実施形態144〜173のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
231.糸状真菌宿主細胞、および/または宿主細胞の浸透圧応答経路の改変された1つもしくは複数の遺伝子を欠いている親の糸状真菌宿主細胞における、改変された1つまたは複数の遺伝子によりコードされたタンパク質の発現が、定量的質量分析またはイムノアッセイを使用して測定され、イムノアッセイが、Luminexアッセイ、ELISAまたは定量的ウェスタンブロット解析から選択される、実施形態144〜173または230のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
232.改変された1つまたは複数の遺伝子によりコードされたタンパク質の活性が、宿主細胞の浸透圧応答経路の改変された1つまたは複数の遺伝子を欠いている親の糸状真菌宿主細胞における改変された1つまたは複数の遺伝子によりコードされたタンパク質の活性と比べて少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または99%低下される、実施形態144〜173のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
233.糸状真菌宿主細胞、および/または宿主細胞の浸透圧応答経路の改変された1つもしくは複数の遺伝子を欠いている親の糸状真菌宿主細胞における、改変された1つまたは複数の遺伝子によりコードされたタンパク質の活性が、キナーゼ活性を使用して測定される、実施形態144〜173または232のいずれか1つに記載の糸状真菌宿主細胞。
Claims (121)
- 親の株に由来する糸状真菌の変異株であって、前記変異株の細胞が液内培養条件下で増殖させると前記親の株の細胞と比較して前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子によりコードされる機能タンパク質の減少した量および/または活性の低い型を産生することになる、浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子の遺伝的変更を前記変異株が有するため、前記変異株の細胞が、液内培養で増殖させると前記親の株の細胞と比較して非菌糸体ペレット形成表現型を有する、変異株。
- 非液内増殖条件下で増殖させると前記親の株と比較して正常に胞子形成する、請求項1に記載の変異株。
- 前記糸状真菌が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、請求項1または2に記載の変異株。
- 前記糸状真菌が、Aspergillus niger(A.niger)またはその完全世代もしくは不完全世代である、請求項1または2に記載の変異株。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の糸状真菌オルソログである、請求項1に記載の変異株。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項4に記載の変異株。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、請求項4に記載の変異株。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、Saccharomyces cerevisiae(S.cerevisiae)SLN1遺伝子またはNeurospora crassa(N.crassa)nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項4に記載の変異株。
- 前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記A.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、請求項8に記載の変異株。
- 前記遺伝的変更が、前記1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、前記天然プロモーターと比較して前記1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、前記1つもしくは複数の遺伝子から前記1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、前記1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、請求項1に記載の変異株。
- 前記天然プロモーターと比較して前記1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、請求項10に記載の変異株。
- 前記天然プロモーターと比較して前記1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、配列番号1もしくは配列番号2から選択される核酸配列を含むか、それから実質的になるか、またはそれからなる、請求項10または11に記載の変異株。
- 前記選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、請求項10に記載の変異株。
- 前記比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、請求項13に記載の変異株。
- 前記栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、請求項13に記載の変異株。
- 前記方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、請求項13に記載の変異株。
- 前記抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、前記ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、請求項13に記載の変異株。
- 浸透ストレス応答経路の1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、一塩基多型を含む、請求項10に記載の変異株。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログであり、前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記A.nigerオルソログの突然変異型が、配列番号7の核酸配列である、請求項18に記載の変異株。
- 配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される1つまたは複数の遺伝子の遺伝的変更をさらに含む、請求項1に記載の変異株。
- 前記遺伝的変更が、前記1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、前記天然プロモーターと比較して前記1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、前記1つもしくは複数の遺伝子から前記1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、前記1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、請求項20に記載の変異株。
- 前記天然プロモーターと比較して前記1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、請求項21に記載の変異株。
- 前記天然プロモーターと比較して前記1つまたは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターが、配列番号1もしくは配列番号2から選択される核酸配列を含むか、それから実質的になるか、またはそれからなる、請求項21または22に記載の変異株。
- 前記選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、請求項21に記載の変異株。
- 前記比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、請求項24に記載の変異株。
- 前記栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、請求項24に記載の変異株。
- 前記方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、請求項24に記載の変異株。
- 前記抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、前記ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、請求項24に記載の変異株。
- 前記1つまたは複数の遺伝子の前記突然変異型が、一塩基多型を含む、請求項21に記載の変異株。
- 前記1つまたは複数の遺伝子の前記突然変異型が、配列番号5、6または8から選択される核酸配列である、請求項29に記載の変異株。
- 宿主細胞の形態を調節する遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む糸状真菌宿主細胞であって、前記プロモーターが、前記遺伝子にとって異種であり、前記プロモーターが、配列番号1〜4からなる群から選択される核酸配列を有する、糸状真菌宿主細胞。
- 発酵培地において液内培養条件下で増殖させたとき、前記宿主細胞の形態を調節する前記遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを有さない参照糸状真菌宿主細胞と比較して、非菌糸体ペレット形態を有する、請求項31に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記発酵培地が、少なくとも14ppbのマンガンを含む、請求項32に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記発酵培地が、キレート剤を含まない、請求項31または32に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記宿主細胞の形態を調節する前記遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを有さない参照糸状真菌宿主細胞により産生される量と少なくとも同等である量の目的の生成物を産生する、請求項31に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 目的の前記生成物が、クエン酸、または目的の酵素である、請求項35に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 形態を調節する前記遺伝子が、浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子、配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せである核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される、請求項31に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 形態を調節する前記遺伝子が、前記遺伝子の野生型または突然変異型である、請求項31に記載の糸状真菌宿主細胞。
- Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、請求項31に記載の糸状真菌宿主細胞。
- A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、請求項31に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の糸状真菌オルソログである、請求項37から40のいずれか一項に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項40に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、請求項40に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項40に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記A.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、請求項44に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記A.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列である、請求項44に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記プロモーターが、配列番号1または2の核酸配列から選択される、請求項31に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 宿主細胞の浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子の異種改変を含む糸状真菌宿主細胞であって、前記改変された1つまたは複数の遺伝子が、前記宿主細胞の浸透圧応答経路の前記改変された1つまたは複数の遺伝子を欠いている親の糸状真菌宿主細胞と比べて活性の低下および/または発現の減少を有する、糸状真菌宿主細胞。
- 発酵培地において液内培養条件下で増殖させたとき、非菌糸体ペレット形態を有する、請求項48に記載の糸状真菌宿主細胞。
- Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、請求項48または49に記載の糸状真菌宿主細胞。
- A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、請求項48または49に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の糸状真菌オルソログである、請求項48に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項51に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、請求項51に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項51に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記A.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、請求項55に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記異種改変が、前記1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、前記天然プロモーターと比較して前記1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、前記1つもしくは複数の遺伝子から前記1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、前記1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、請求項48に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記天然プロモーターと比較して前記1つまたは複数の遺伝子を弱く発現する前記プロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、請求項57に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記天然プロモーターと比較して前記1つまたは複数の遺伝子を弱く発現する前記プロモーターが、配列番号1もしくは配列番号2から選択される核酸配列を含むか、それから実質的になるか、またはそれからなる、請求項57または請求項58に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、請求項57に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、請求項60に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、請求項60に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、請求項60に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、前記ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、請求項60に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 浸透ストレス応答経路の1つまたは複数の遺伝子の突然変異型が、一塩基多型を含む、請求項57に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 浸透ストレス経路の1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログであり、前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記A.nigerオルソログの突然変異型が、配列番号7の核酸配列である、請求項65に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される1つまたは複数の遺伝子の遺伝的変更をさらに含む、請求項48に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記遺伝的変更が、前記1つもしくは複数の遺伝子の天然プロモーターから、前記天然プロモーターと比較して前記1つもしくは複数の遺伝子を弱く発現するプロモーターへの置き換え、前記1つまたは複数の遺伝子から前記1つもしくは複数の遺伝子の突然変異型への置き換え、前記1つもしくは複数の遺伝子から選択可能なマーカーへの置き換え、またはこれらの組合せから選択される、請求項67に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記天然プロモーターと比較して前記1つまたは複数の遺伝子を弱く発現する前記プロモーターが、amyBプロモーターまたはmanBプロモーターから選択される、請求項68に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記天然プロモーターと比較して前記1つまたは複数の遺伝子を弱く発現する前記プロモーターが、配列番号1もしくは配列番号2から選択される核酸配列を含むか、それから実質的になるか、またはそれからなる、請求項68または請求項69に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記選択可能なマーカーが、栄養要求性マーカー遺伝子、比色分析用マーカー遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、または方向マーカー遺伝子から選択される、請求項68に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記比色分析用マーカー遺伝子が、aygA遺伝子である、請求項71に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記栄養要求性マーカー遺伝子が、argB遺伝子、trpC遺伝子、pyrG遺伝子、またはmet3遺伝子から選択される、請求項71に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記方向マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ(amdS)遺伝子または硝酸レダクターゼ遺伝子(niaD)から選択される、請求項71に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記抗生物質耐性遺伝子が、ble遺伝子であり、前記ble遺伝子が、フレオマイシンに対する耐性を付与する、請求項71に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記1つまたは複数の遺伝子の前記突然変異型が、一塩基多型を含む、請求項68に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 前記1つまたは複数の遺伝子の前記突然変異型が、配列番号5、6または8から選択される核酸配列である、請求項76に記載の糸状真菌宿主細胞。
- 少なくとも14ppbのマンガンと、非菌糸体ペレット表現型を含む糸状真菌細胞とを含む、発酵ブロスであって、前記ブロスがキレート剤を含まず、前記糸状真菌細胞が、前記糸状真菌細胞の浸透圧応答経路からの1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子を含む、発酵ブロス。
- 前記浸透圧応答経路からの前記1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、異種プロモーターに作動可能に連結されている、請求項78に記載の発酵ブロス。
- 前記異種プロモーターが、配列番号1または2から選択される、請求項79に記載の発酵ブロス。
- 前記浸透圧応答経路からの前記1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、突然変異を含む、請求項78から80のいずれか一項に記載の発酵ブロス。
- 突然変異がSNPにおけるものである、請求項81に記載の発酵ブロス。
- 糸状真菌宿主細胞が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、請求項78に記載の発酵ブロス。
- 糸状真菌宿主細胞が、A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、請求項78に記載の発酵ブロス。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の遺伝的に変更された糸状真菌オルソログである、請求項78に記載の発酵ブロス。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の遺伝的に変更されたA.nigerオルソログである、請求項84に記載の発酵ブロス。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せから選択される核酸配列を有する遺伝子の遺伝的に変更された型である、請求項84に記載の発酵ブロス。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝的に変更された遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子の遺伝的に変更されたA.nigerオルソログである、請求項84に記載の発酵ブロス。
- 前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記遺伝的に変更されたA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列を有する遺伝子である、請求項88に記載の発酵ブロス。
- プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを生成するための方法であって、
a.基本糸状真菌株に対して形態において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子とプロモーターラダーとを提供するステップであって、前記プロモーターラダーが、前記基本糸状真菌株において異なる発現プロファイルを示す複数のプロモーターを含む、ステップ;および
b.前記基本糸状真菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状真菌株の各々の株内にユニークな遺伝的変異が見られる前記複数の個々の糸状真菌株を含む初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを作出するステップであって、前記ユニークな遺伝的変異の各々が、前記基本糸状真菌株に対する浸透ストレス応答において役割を果たす1つまたは複数の標的遺伝子の1つに作動可能に連結された前記プロモーターラダーからのプロモーターの1つまたは複数を含む、ステップ
を含む、方法。 - 前記プロモーターラダーが、表2に見出されるプロモーターを含む、請求項90に記載の方法。
- 形態において役割を果たす前記1つまたは複数の標的遺伝子が、破壊を含む、請求項90または91に記載の方法。
- 前記破壊が、SNP、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、欠失および/または挿入である、請求項92に記載の方法。
- 形態において役割を果たす前記1つまたは複数の標的遺伝子が、浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子、配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せである核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される、請求項90に記載の方法。
- 糸状真菌宿主細胞が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、請求項90に記載の方法。
- 糸状真菌宿主細胞が、A.nigerまたはその完全世代または不完全世代である、請求項90に記載の方法。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の糸状真菌オルソログである、請求項94から96のいずれか一項に記載の方法。
- 浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項96に記載の方法。
- 浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、請求項96に記載の方法。
- 浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項96に記載の方法。
- 前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記A.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、請求項100に記載の方法。
- S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列である、請求項96に記載の方法。
- 生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法であって、
a.基本糸状真菌株に対して形態において役割を果たす複数の標的遺伝子とプロモーターラダーとを提供するステップであって、前記プロモーターラダーが、前記基本糸状真菌株において異なる発現プロファイルを示す複数のプロモーターを含む、ステップ;
b.前記基本糸状真菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状真菌株の各々の株内にユニークな遺伝的変異が見られる前記複数の個々の糸状真菌株を含む初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを作出するステップであって、前記ユニークな遺伝的変異の各々が、前記基本糸状真菌株に対する形態において役割を果たす前記複数の標的遺伝子の1つに作動可能に連結された前記プロモーターラダーからの前記プロモーターの1つまたは複数を含む、ステップ;
c.参照糸状真菌株に対する形態学的表現型改善に関して前記初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの個々の糸状真菌株をスクリーニングおよび選択することによって、形態学的表現型改善を付与するユニークな遺伝的変異を識別するステップ;
d.前記ステップでスクリーニングされた少なくとも2つの個々の糸状真菌株に存在する前記遺伝的変異からのユニークな遺伝的変異の組合せを各々が含む、その後の複数の糸状真菌マイクローブを提供することによって、その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーを作出するステップ;
e.前記参照糸状真菌株に対する形態学的表現型改善に関して前記その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの個々の糸状真菌株をスクリーニングおよび選択することによって、追加の形態学的表現型改善を付与する遺伝的変異のユニークな組合せを識別するステップ;および
f.糸状真菌株が、前記生産糸状真菌株の形態学的表現型と比較して所望のレベルの改善された形態学的表現型を示すまで、線形または非線形的に、ステップd)〜e)を1回または複数回繰り返すステップであって、各々その後の反復により微生物株の新しいプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが作出され、前記新しいライブラリー中の各々の株が、前のライブラリーの少なくとも2つの個々の糸状真菌株の中から選択された遺伝的変異の組合せである遺伝的変異を含む、ステップ
を含む方法。 - 前記その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、前記初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーである、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 前記その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、前記初期プロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーのサブセットである、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 前記その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、前のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーである、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 前記その後のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーが、前のプロモータースワップ糸状真菌株ライブラリーの完全なコンビナトリアルライブラリーのサブセットである、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 前記プロモーターラダーが、表2に見出されるプロモーターを含む、請求項103から107のいずれか一項に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 形態において役割を果たす前記1つまたは複数の標的遺伝子が、破壊を含む、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 破壊が、SNP、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、欠失および/または挿入である、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 形態において役割を果たす前記1つまたは複数の標的遺伝子が、浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子、配列番号5、6、8またはこれらの任意の組合せである核酸配列を有する遺伝子の非SNP含有バージョンから選択される、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 糸状真菌宿主細胞が、Achlya、Acremonium、Aspergillus、Aureobasidium、Bjerkandera、Ceriporiopsis、Cephalosporium、Chrysosporium、Cochliobolus、Corynascus、Cryphonectria、Cryptococcus、Coprinus、Coriolus、Diplodia、Endothis、Fusarium、Gibberella、Gliocladium、Humicola、Hypocrea、Myceliophthora(例えば、Myceliophthora thermophila)、Mucor、Neurospora、Penicillium、Podospora、Phlebia、Piromyces、Pyricularia、Rhizomucor、Rhizopus、Schizophyllum、Scytalidium、Sporotrichum、Talaromyces、Thermoascus、Thielavia、Tramates、Tolypocladium、Trichoderma、Verticillium、Volvariella種、またはそれらの完全世代もしくは不完全世代およびシノニムもしくは分類学的同等物から選択される、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 糸状真菌宿主細胞が、A.nigerまたはその完全世代もしくは不完全世代である、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 前記浸透圧応答経路の前記1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子の糸状真菌オルソログである、請求項111から113のいずれか一項に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、表7に見出される酵母浸透圧応答経路遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項113に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、配列番号9、10、11、12、13またはこれらの任意の組合せの核酸配列を有する遺伝子から選択される、請求項113に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 浸透圧応答経路の1つまたは複数の遺伝子が、S.cerevisiae SLN1遺伝子またはN.crassa nik1遺伝子のA.nigerオルソログである、請求項113に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記A.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列の非SNP含有バージョンである、請求項117に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 前記S.cerevisiae SLN1遺伝子または前記N.crassa nik1遺伝子の前記A.nigerオルソログが、配列番号7の核酸配列である、請求項117に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型を改善するためのプロモータースワップ法。
- 前記形態学的表現型改善が、液内培養条件下で増殖させると非菌糸体ペレット形態を形成する能力を付与することを含む、請求項103に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型のためのプロモータースワップ法。
- 前記液内培養条件が、少なくとも14ppbのマンガンを含むがキレート剤を含まない培養培地を含む、請求項120に記載の生産糸状真菌株の形態学的表現型のためのプロモータースワップ法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201862681604P | 2018-06-06 | 2018-06-06 | |
US62/681,604 | 2018-06-06 | ||
PCT/US2019/035793 WO2019236848A1 (en) | 2018-06-06 | 2019-06-06 | Manipulation of genes involved in signal transduction to control fungal morphology during fermentation and production |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2021526799A true JP2021526799A (ja) | 2021-10-11 |
JPWO2019236848A5 JPWO2019236848A5 (ja) | 2022-06-10 |
Family
ID=68763753
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020567817A Pending JP2021526799A (ja) | 2018-06-06 | 2019-06-06 | 発酵および産生中の真菌の形態を制御するためのシグナル伝達に関与する遺伝子の操作 |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US11028401B2 (ja) |
EP (1) | EP3810750A4 (ja) |
JP (1) | JP2021526799A (ja) |
KR (1) | KR20210018219A (ja) |
CN (1) | CN112166180A (ja) |
BR (1) | BR112020024839A2 (ja) |
CA (1) | CA3097071A1 (ja) |
WO (1) | WO2019236848A1 (ja) |
Families Citing this family (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2018226900A2 (en) | 2017-06-06 | 2018-12-13 | Zymergen Inc. | A htp genomic engineering platform for improving fungal strains |
WO2019236848A1 (en) | 2018-06-06 | 2019-12-12 | Zymergen Inc. | Manipulation of genes involved in signal transduction to control fungal morphology during fermentation and production |
US11479779B2 (en) | 2020-07-31 | 2022-10-25 | Zymergen Inc. | Systems and methods for high-throughput automated strain generation for non-sporulating fungi |
CN114907998A (zh) * | 2021-02-07 | 2022-08-16 | 中粮营养健康研究院有限公司 | 酿酒酵母、提高酿酒酵母基因组突变率的方法、驯化酿酒酵母的方法以及它们的应用 |
CN114774455A (zh) * | 2022-04-19 | 2022-07-22 | 中国农业科学院农产品加工研究所 | 一种适用于拟轮枝镰孢菌的CRISPR/Cas9载体及其构建方法和应用 |
WO2024023343A1 (en) | 2022-07-28 | 2024-02-01 | Mushlabs Gmbh | Method and system for fungal culture and characteristics prediction of mycelium derived products |
CN115820746B (zh) * | 2022-11-08 | 2023-08-18 | 华南理工大学 | 激酶基因在调控丝状真菌菌丝形态中的应用 |
CN117025713B (zh) * | 2023-09-21 | 2024-02-13 | 北京工商大学 | 一种复合菌系制备乙醇的方法 |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5939306A (en) * | 1997-04-16 | 1999-08-17 | University Technology Corporation | Osmosensing histidine kinases |
US6716625B1 (en) * | 1997-04-16 | 2004-04-06 | Claude Selitrennikoff | Histidine kinases of Aspergillus and other fungal species, related compositions, and methods of use |
US20080038201A1 (en) * | 2006-04-13 | 2008-02-14 | Klein Bruce S | Global regulator of morphogenesis and pathogenicity in dimorphic fungi and uses thereof |
WO2016130523A1 (en) * | 2015-02-09 | 2016-08-18 | Danisco Us Inc | Fungal strains and methods of use |
WO2017100377A1 (en) * | 2015-12-07 | 2017-06-15 | Zymergen, Inc. | Microbial strain improvement by a htp genomic engineering platform |
WO2018009372A1 (en) * | 2016-07-05 | 2018-01-11 | Zymergen Inc. | Genetic perturbation of the rna degradosome protein complex |
Family Cites Families (102)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5198345A (en) | 1985-04-15 | 1993-03-30 | Gist-Brocades N.V. | Vectors in use in filamentous fungi |
US5364770A (en) | 1985-08-29 | 1994-11-15 | Genencor International Inc. | Heterologous polypeptides expressed in aspergillus |
US4935349A (en) | 1986-01-17 | 1990-06-19 | Zymogenetics, Inc. | Expression of higher eucaryotic genes in aspergillus |
DK122686D0 (da) | 1986-03-17 | 1986-03-17 | Novo Industri As | Fremstilling af proteiner |
US5766912A (en) | 1986-03-17 | 1998-06-16 | Novo Nordisk A/S | Humicola lipase produced in aspergillus |
US5252726A (en) | 1987-09-04 | 1993-10-12 | Novo Nordisk A/S | Promoters for use in aspergillus |
US5516670A (en) | 1991-09-30 | 1996-05-14 | Kuehnle; Adelheid R. | Magnetophoretic particle delivery method and apparatus for the treatment of cells |
BE1005432A4 (nl) | 1991-10-01 | 1993-07-20 | Dsm Nv | Expressiecassette voor heterologe eiwitten. |
AU664223B2 (en) | 1991-12-09 | 1995-11-09 | Unilever Plc | Process for producing/secreting a protein by a transformed mould using expression/secretion regulating regions derived from an (aspergillus) endoxylanase II gene |
AU4641393A (en) | 1992-06-17 | 1994-01-04 | University Of Hawaii | Use of mtr gene sequences for expression of foreign genes |
EP1321523A3 (en) | 1993-07-23 | 2004-03-03 | DSM IP Assets B.V. | Selection marker gene free recombinant strains; a method for obtaining them and the use of these strains |
US5605793A (en) | 1994-02-17 | 1997-02-25 | Affymax Technologies N.V. | Methods for in vitro recombination |
US5837458A (en) | 1994-02-17 | 1998-11-17 | Maxygen, Inc. | Methods and compositions for cellular and metabolic engineering |
US5741665A (en) | 1994-05-10 | 1998-04-21 | University Of Hawaii | Light-regulated promoters for production of heterologous proteins in filamentous fungi |
US6548285B1 (en) | 1995-08-03 | 2003-04-15 | Dsm N.V. | Polynucleotides encoding Aspergillus Niger and Penicillium Chrysogenum acetamidases and methods of use as selectable markers |
US5532148A (en) * | 1995-08-30 | 1996-07-02 | Ntec, Inc. | Process for producing of citric acid and monovalent citrate salts |
US5753477A (en) | 1996-03-19 | 1998-05-19 | University Technology Corporation | Magneto-biolistic methods |
JPH1180185A (ja) | 1997-09-05 | 1999-03-26 | Res Dev Corp Of Japan | オリゴヌクレオチドの化学合成法 |
JPH11304666A (ja) | 1998-04-24 | 1999-11-05 | Hitachi Ltd | 試料ハンドリングツールおよびその使用方法 |
CN1230546C (zh) | 1998-10-06 | 2005-12-07 | 马克·阿龙·埃马尔法尔布 | 丝状真菌宿主领域的转化系统 |
WO2005021772A1 (en) | 2003-08-29 | 2005-03-10 | Degussa Ag | Process for the preparation of l-lysine |
US9243043B2 (en) | 2004-04-02 | 2016-01-26 | Dsm Ip Assets B.V. | Filamentous fungal mutants with improved homologous recombination efficiency |
EP1915618A4 (en) | 2005-06-02 | 2009-09-30 | Fluidigm Corp | ANALYSIS USING MICROFLUIDIC SEPARATION DEVICES |
WO2008000715A1 (en) | 2006-06-26 | 2008-01-03 | Dsm Ip Assets B.V. | High throughput transfection of filamentous fungi |
US9862956B2 (en) | 2006-12-10 | 2018-01-09 | Danisco Us Inc. | Expression and high-throughput screening of complex expressed DNA libraries in filamentous fungi |
US20100120154A1 (en) | 2007-03-21 | 2010-05-13 | Dsm Ip Assets B.V. | Method for homologous recombination |
AU2008343972B2 (en) | 2007-12-19 | 2014-07-03 | Glycofi, Inc. | Yeast strains for protein production |
EP2356242A2 (en) | 2008-09-30 | 2011-08-17 | Novozymes Inc. | Methods for using positively and negatively selectable genes in a filamentous fungal cell |
WO2010094772A1 (en) | 2009-02-20 | 2010-08-26 | Febit Holding Gmbh | Synthesis of sequence-verified nucleic acids |
US8881797B2 (en) | 2010-05-05 | 2014-11-11 | Ametek, Inc. | Compact plate-fin heat exchanger utilizing an integral heat transfer layer |
US9701969B2 (en) | 2010-06-03 | 2017-07-11 | Danisco Us Inc. | Filamentous fungal host strains and DNA constructs, and methods of use thereof |
EP2395087A1 (en) | 2010-06-11 | 2011-12-14 | Icon Genetics GmbH | System and method of modular cloning |
US9587242B2 (en) | 2011-04-22 | 2017-03-07 | Danisco Us Inc. | Filamentous fungi having an altered viscosity phenotype |
US9206450B2 (en) * | 2011-11-30 | 2015-12-08 | Battelle Memorial Institute | Enhanced citric acid production in aspergillus with inactivated asparagine-linked glycosylation protein 3 (ALG3), and/or increased laeA expression |
CN104603273B (zh) | 2012-03-12 | 2019-09-10 | 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 | 重组系统 |
US20130319861A1 (en) | 2012-05-30 | 2013-12-05 | Berkeley Lights, Inc. | Outputting A Droplet Of Liquid Medium From A Device For Processing Micro-Objects In The Medium |
JP2015530074A (ja) | 2012-07-13 | 2015-10-15 | バークレー ライツ,インコーポレイテッド | 生物学的マイクロ物体の結合 |
US8921055B2 (en) | 2012-10-30 | 2014-12-30 | Berkeley Lights, Inc. | Detecting cells secreting a protein of interest |
US9857333B2 (en) | 2012-10-31 | 2018-01-02 | Berkeley Lights, Inc. | Pens for biological micro-objects |
US9403172B2 (en) | 2012-11-08 | 2016-08-02 | Berkeley Lights, Inc. | Circuit based optoelectronic tweezers |
JP2015063522A (ja) * | 2013-08-30 | 2015-04-09 | 国立大学法人東北大学 | Ebd及びhkd含有融合ペプチド及び当該ペプチドを発現する形質転換体 |
EP3060912B1 (en) | 2013-10-22 | 2020-07-15 | Berkeley Lights, Inc. | Method and microfluidic device for assaying biological activity |
US9889445B2 (en) | 2013-10-22 | 2018-02-13 | Berkeley Lights, Inc. | Micro-fluidic devices for assaying biological activity |
CA2927701C (en) | 2013-10-22 | 2020-10-13 | Berkeley Lights, Inc. | Microfluidic devices having sequestration pens and methods of testing biological micro-objects with same |
US20160304905A1 (en) | 2013-12-03 | 2016-10-20 | Novozymes A/S | Fungal Gene Library By Double Split-Marker Integration |
US11318479B2 (en) | 2013-12-18 | 2022-05-03 | Berkeley Lights, Inc. | Capturing specific nucleic acid materials from individual biological cells in a micro-fluidic device |
US20150166326A1 (en) | 2013-12-18 | 2015-06-18 | Berkeley Lights, Inc. | Capturing Specific Nucleic Acid Materials From Individual Biological Cells In A Micro-Fluidic Device |
US20150306599A1 (en) | 2014-04-25 | 2015-10-29 | Berkeley Lights, Inc. | Providing DEP Manipulation Devices And Controllable Electrowetting Devices In The Same Microfluidic Apparatus |
US11192107B2 (en) | 2014-04-25 | 2021-12-07 | Berkeley Lights, Inc. | DEP force control and electrowetting control in different sections of the same microfluidic apparatus |
US20150306598A1 (en) | 2014-04-25 | 2015-10-29 | Berkeley Lights, Inc. | DEP Force Control And Electrowetting Control In Different Sections Of The Same Microfluidic Apparatus |
CN106460004A (zh) | 2014-04-28 | 2017-02-22 | 加利福尼亚大学董事会 | 用于商业化学品生产的生物平台 |
WO2015188171A1 (en) | 2014-06-06 | 2015-12-10 | Berkeley Lights, Inc. | Isolating microfluidic structures and trapping bubbles |
WO2016073990A2 (en) | 2014-11-07 | 2016-05-12 | Editas Medicine, Inc. | Methods for improving crispr/cas-mediated genome-editing |
EP3227025B1 (en) | 2014-12-05 | 2019-03-27 | The Regents of The University of California | Single-sided light-actuated microfluidic device with integrated mesh ground |
EP3610946A1 (en) | 2014-12-08 | 2020-02-19 | Berkeley Lights, Inc. | Actuated microfluidic structures for directed flow in a microfluidic device and methods of use thereof cross reference to related application(s) |
SG11201704558QA (en) | 2014-12-08 | 2017-07-28 | Berkeley Lights Inc | Microfluidic device comprising lateral/vertical transistor structures and process of making and using same |
WO2016094522A1 (en) | 2014-12-09 | 2016-06-16 | Berkeley Lights, Inc. | Automated detection of assay-positive areas in microfluidic devices |
WO2016094459A2 (en) | 2014-12-09 | 2016-06-16 | Berkeley Lights, Inc. | Automated detection and repositioning of micro-objects in microfluidic devices |
US9744533B2 (en) | 2014-12-10 | 2017-08-29 | Berkeley Lights, Inc. | Movement and selection of micro-objects in a microfluidic apparatus |
EP3229962A2 (en) | 2014-12-10 | 2017-10-18 | Berkeley Lights, Inc. | Systems for operating electrokinetic devices |
JP6814142B2 (ja) | 2014-12-16 | 2021-01-13 | ダニスコ・ユーエス・インク | 真菌ゲノム改変システムおよび使用方法 |
WO2016110453A1 (en) | 2015-01-06 | 2016-07-14 | Dsm Ip Assets B.V. | A crispr-cas system for a filamentous fungal host cell |
CA2977546A1 (en) | 2015-03-04 | 2016-09-09 | Berkeley Lights, Inc. | Generation and selection of embryos in vitro |
US10101250B2 (en) | 2015-04-22 | 2018-10-16 | Berkeley Lights, Inc. | Manipulation of cell nuclei in a micro-fluidic device |
CA3176084A1 (en) | 2015-04-22 | 2016-10-27 | Berkeley Lights, Inc. | Microfluidic device for culturing biological cells and methods of use thereof |
JP2018512875A (ja) | 2015-04-22 | 2018-05-24 | バークレー ライツ,インコーポレイテッド | マイクロ流体デバイスにおける細胞の凍結及び保管 |
TWI712686B (zh) | 2015-04-22 | 2020-12-11 | 美商柏克萊燈光有限公司 | 用於微流體裝置之培養站 |
US10751715B1 (en) | 2015-04-22 | 2020-08-25 | Berkeley Lights, Inc. | Microfluidic reporter cell assay methods and kits thereof |
KR102413673B1 (ko) | 2015-10-01 | 2022-06-27 | 버클리 라잇츠, 인크. | 웰 플레이트 인큐베이터 |
US10799865B2 (en) | 2015-10-27 | 2020-10-13 | Berkeley Lights, Inc. | Microfluidic apparatus having an optimized electrowetting surface and related systems and methods |
CA3004919C (en) | 2015-11-23 | 2024-04-09 | Berkeley Lights, Inc. | In situ-generated microfluidic isolation structures, kits and methods of use thereof |
US11151497B2 (en) | 2016-04-27 | 2021-10-19 | Zymergen Inc. | Microbial strain design system and methods for improved large-scale production of engineered nucleotide sequences |
WO2017100376A2 (en) | 2015-12-07 | 2017-06-15 | Zymergen, Inc. | Promoters from corynebacterium glutamicum |
US9988624B2 (en) * | 2015-12-07 | 2018-06-05 | Zymergen Inc. | Microbial strain improvement by a HTP genomic engineering platform |
EP3387438B1 (en) | 2015-12-08 | 2023-03-01 | Berkeley Lights, Inc. | Microfluidic devices and kits and methods for use thereof |
WO2017117567A1 (en) | 2015-12-30 | 2017-07-06 | Berkeley Lights, Inc. | Droplet generation in a microfluidic device having an optoelectrowetting configuration |
WO2017117408A1 (en) | 2015-12-30 | 2017-07-06 | Berkeley Lights, Inc. | Microfluidic devices for optically-driven convection and displacement, kits and methods thereof |
WO2017117521A1 (en) | 2015-12-31 | 2017-07-06 | Berkeley Lights, Inc. | Tumor infilitrating cells engineered to express a pro-inflammatory polypeptide |
TWI821913B (zh) | 2016-01-15 | 2023-11-11 | 美商伯克利之光生命科技公司 | 製造患者專一性抗癌治療劑之方法及使用該治療劑之治療方法 |
WO2017160991A1 (en) | 2016-03-16 | 2017-09-21 | Lavieu Gregory G | Methods, systems and devices for selection and generation of genome edited clones |
US20180135011A1 (en) | 2017-03-13 | 2018-05-17 | Berkeley Lights, Inc. | Selection and cloning of t lymphocytes in a microfluidic device |
IL262367B (en) | 2016-04-15 | 2022-09-01 | Berkeley Lights Inc | Systems methods and kits for tests based on isolation in a confinement cell |
US10675625B2 (en) | 2016-04-15 | 2020-06-09 | Berkeley Lights, Inc | Light sequencing and patterns for dielectrophoretic transport |
EP3463665B1 (en) | 2016-05-26 | 2024-05-01 | Bruker Cellular Analysis, Inc. | Microfluidic device with covalently modified surfaces |
EP3487510B1 (en) | 2016-07-21 | 2023-07-19 | Berkeley Lights, Inc. | Sorting of t lymphocytes in a microfluidic device |
US20190225988A1 (en) | 2016-09-15 | 2019-07-25 | Novozymes A/S | Genomic integration of DNA fragments in fungal host cells |
KR102650753B1 (ko) | 2016-10-01 | 2024-03-26 | 버클리 라잇츠, 인크. | 미세유체 장치에서 인 시츄 식별을 위한 dna 바코드 조성물 및 방법 |
KR20230115350A (ko) | 2016-10-23 | 2023-08-02 | 버클리 라잇츠, 인크. | B 세포 림프구들의 스크리닝 방법 |
EP3548602A4 (en) | 2016-12-01 | 2020-07-15 | Berkeley Lights, Inc. | WELL PLATE INCUBATOR |
WO2018102748A1 (en) | 2016-12-01 | 2018-06-07 | Berkeley Lights, Inc. | Automated detection and repositioning of micro-objects in microfluidic devices |
CN114414510A (zh) | 2016-12-01 | 2022-04-29 | 伯克利之光生命科技公司 | 用于对微物体成像的设备、系统和方法 |
JP6994730B2 (ja) | 2016-12-26 | 2022-02-04 | 独立行政法人酒類総合研究所 | ゲノム編集タンパク質の直接導入による糸状菌ゲノム編集方法 |
KR20190098213A (ko) | 2016-12-30 | 2019-08-21 | 지머젠 인코포레이티드 | 유전자 조작 및 균주 정제를 위한 자동화 단계를 사용하여 균류 생산 균주를 제조하는 방법 |
EP3615219A4 (en) | 2017-04-26 | 2021-04-28 | Berkeley Lights, Inc. | BIOLOGICAL TREATMENT SYSTEMS AND METHODS USING A MICROFLUIDIC APPARATUS HAVING AN OPTIMIZED ELECTROWET SURFACE |
WO2018226900A2 (en) | 2017-06-06 | 2018-12-13 | Zymergen Inc. | A htp genomic engineering platform for improving fungal strains |
USD844471S1 (en) | 2017-06-30 | 2019-04-02 | Berkeley Lights, Inc. | Analytical instrument |
CA3096161A1 (en) | 2018-03-28 | 2019-10-03 | Berkeley Lights, Inc. | Methods for preparation of nucleic acid sequencing libraries |
WO2019236848A1 (en) | 2018-06-06 | 2019-12-12 | Zymergen Inc. | Manipulation of genes involved in signal transduction to control fungal morphology during fermentation and production |
EP3853352A4 (en) | 2018-09-21 | 2022-08-10 | Berkeley Lights, Inc. | FUNCTIONALIZED TRUCK PLATE, PROCESS FOR ITS MANUFACTURE AND ITS USE |
CA3115531A1 (en) | 2018-10-18 | 2020-04-23 | Berkeley Lights, Inc. | Proto-antigen-presenting synthetic surfaces, activated t cells, and uses thereof |
AU2020369657A1 (en) | 2019-10-25 | 2022-05-26 | Berkeley Lights, Inc. | Systems for operating microfluidic devices |
EP3894834A4 (en) | 2019-11-17 | 2022-08-31 | Berkeley Lights, Inc. | SYSTEMS AND METHODS FOR ANALYSIS OF BIOLOGICAL SAMPLES |
-
2019
- 2019-06-06 WO PCT/US2019/035793 patent/WO2019236848A1/en unknown
- 2019-06-06 KR KR1020207032760A patent/KR20210018219A/ko unknown
- 2019-06-06 BR BR112020024839-8A patent/BR112020024839A2/pt unknown
- 2019-06-06 CN CN201980033430.4A patent/CN112166180A/zh active Pending
- 2019-06-06 JP JP2020567817A patent/JP2021526799A/ja active Pending
- 2019-06-06 US US16/433,624 patent/US11028401B2/en active Active
- 2019-06-06 CA CA3097071A patent/CA3097071A1/en active Pending
- 2019-06-06 EP EP19815719.0A patent/EP3810750A4/en active Pending
-
2021
- 2021-04-30 US US17/245,928 patent/US11299741B2/en active Active
-
2022
- 2022-03-21 US US17/699,827 patent/US20220259607A1/en active Pending
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5939306A (en) * | 1997-04-16 | 1999-08-17 | University Technology Corporation | Osmosensing histidine kinases |
US6716625B1 (en) * | 1997-04-16 | 2004-04-06 | Claude Selitrennikoff | Histidine kinases of Aspergillus and other fungal species, related compositions, and methods of use |
US20080038201A1 (en) * | 2006-04-13 | 2008-02-14 | Klein Bruce S | Global regulator of morphogenesis and pathogenicity in dimorphic fungi and uses thereof |
WO2016130523A1 (en) * | 2015-02-09 | 2016-08-18 | Danisco Us Inc | Fungal strains and methods of use |
WO2017100377A1 (en) * | 2015-12-07 | 2017-06-15 | Zymergen, Inc. | Microbial strain improvement by a htp genomic engineering platform |
WO2018009372A1 (en) * | 2016-07-05 | 2018-01-11 | Zymergen Inc. | Genetic perturbation of the rna degradosome protein complex |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
HAGIWARA D ET AL., PLOS ONE, vol. Vol.8 Issue. 12, JPN6023018548, 2013, pages 1 - 15, ISSN: 0005050317 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20190376070A1 (en) | 2019-12-12 |
BR112020024839A2 (pt) | 2021-05-18 |
CN112166180A (zh) | 2021-01-01 |
WO2019236848A1 (en) | 2019-12-12 |
US20220259607A1 (en) | 2022-08-18 |
US20210254080A1 (en) | 2021-08-19 |
US11028401B2 (en) | 2021-06-08 |
EP3810750A4 (en) | 2022-03-23 |
KR20210018219A (ko) | 2021-02-17 |
CA3097071A1 (en) | 2019-12-12 |
US11299741B2 (en) | 2022-04-12 |
EP3810750A1 (en) | 2021-04-28 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2021526799A (ja) | 発酵および産生中の真菌の形態を制御するためのシグナル伝達に関与する遺伝子の操作 | |
US11180753B2 (en) | HTP genomic engineering platform for improving fungal strains | |
JP6798056B2 (ja) | Htpゲノム操作プラットフォームによる微生物株の改良 | |
US11155807B2 (en) | Automated system for HTP genomic engineering | |
US20190323036A1 (en) | Method to build fungal production strains using automated steps for genetic manipulation and strain purification | |
WO2018226810A1 (en) | High throughput transposon mutagenesis | |
JP2009502158A (ja) | 酵母のストレス耐性を増加させる遺伝子類の同定方法類、およびそれらの遺伝子類の酵母株改良のための使用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220602 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20220602 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20230426 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230508 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20230807 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20231006 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20231108 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20240110 |