JP2021164469A - 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 - Google Patents
超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2021164469A JP2021164469A JP2021110946A JP2021110946A JP2021164469A JP 2021164469 A JP2021164469 A JP 2021164469A JP 2021110946 A JP2021110946 A JP 2021110946A JP 2021110946 A JP2021110946 A JP 2021110946A JP 2021164469 A JP2021164469 A JP 2021164469A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- fetal
- allele
- maternal
- locus
- information
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 title claims abstract description 227
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 title description 24
- 238000011222 transcriptome analysis Methods 0.000 title description 2
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 claims abstract description 201
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 145
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 127
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 claims abstract description 110
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 211
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 109
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 56
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 51
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 claims description 46
- 210000002826 placenta Anatomy 0.000 claims description 41
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 35
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 30
- 201000011461 pre-eclampsia Diseases 0.000 claims description 28
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 claims description 19
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 14
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 12
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 11
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims description 11
- 208000005107 Premature Birth Diseases 0.000 claims description 7
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 claims description 7
- 238000007847 digital PCR Methods 0.000 claims description 5
- 210000004252 chorionic villi Anatomy 0.000 claims description 4
- 206010036590 Premature baby Diseases 0.000 claims 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 144
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 113
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 51
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 37
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 26
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 26
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 24
- 230000003169 placental effect Effects 0.000 description 22
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 13
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 12
- 230000036470 plasma concentration Effects 0.000 description 12
- 101001024425 Mus musculus Ig gamma-2A chain C region secreted form Proteins 0.000 description 10
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 10
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 7
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 6
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 6
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 6
- 210000005059 placental tissue Anatomy 0.000 description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 5
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 5
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 5
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 5
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 5
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 5
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 5
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 4
- 206010068051 Chimerism Diseases 0.000 description 4
- 101000610206 Homo sapiens Pappalysin-1 Proteins 0.000 description 4
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 4
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 4
- 230000035606 childbirth Effects 0.000 description 4
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 4
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 4
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 4
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 4
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 4
- 108091007413 Extracellular RNA Proteins 0.000 description 3
- 102100040156 Pappalysin-1 Human genes 0.000 description 3
- 208000002787 Pregnancy Complications Diseases 0.000 description 3
- 239000013566 allergen Substances 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 3
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 3
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 3
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 3
- 208000012113 pregnancy disease Diseases 0.000 description 3
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 3
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 3
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 3
- 208000032170 Congenital Abnormalities Diseases 0.000 description 2
- 102000012289 Corticotropin-Releasing Hormone Human genes 0.000 description 2
- 108010022152 Corticotropin-Releasing Hormone Proteins 0.000 description 2
- 239000000055 Corticotropin-Releasing Hormone Substances 0.000 description 2
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 2
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 2
- 208000018478 Foetal disease Diseases 0.000 description 2
- 102100032611 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short Human genes 0.000 description 2
- 101001014590 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas Proteins 0.000 description 2
- 101001014594 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short Proteins 0.000 description 2
- 101001014610 Homo sapiens Neuroendocrine secretory protein 55 Proteins 0.000 description 2
- 101000797903 Homo sapiens Protein ALEX Proteins 0.000 description 2
- 102000045959 Interleukin-1 Receptor-Like 1 Human genes 0.000 description 2
- 108700003107 Interleukin-1 Receptor-Like 1 Proteins 0.000 description 2
- 101150078967 PAPPA gene Proteins 0.000 description 2
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 description 2
- 208000036878 aneuploidy Diseases 0.000 description 2
- 231100001075 aneuploidy Toxicity 0.000 description 2
- 208000010668 atopic eczema Diseases 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 229940041967 corticotropin-releasing hormone Drugs 0.000 description 2
- KLVRDXBAMSPYKH-RKYZNNDCSA-N corticotropin-releasing hormone (human) Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(N)=O)[C@@H](C)CC)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC=1N=CNC=1)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CO)[C@@H](C)CC)C(C)C)C(C)C)C1=CNC=N1 KLVRDXBAMSPYKH-RKYZNNDCSA-N 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- 230000009274 differential gene expression Effects 0.000 description 2
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 230000002949 hemolytic effect Effects 0.000 description 2
- 208000026278 immune system disease Diseases 0.000 description 2
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 2
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 2
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 2
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 2
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000032696 parturition Effects 0.000 description 2
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 2
- 238000003793 prenatal diagnosis Methods 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 238000007639 printing Methods 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 235000002020 sage Nutrition 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 238000007482 whole exome sequencing Methods 0.000 description 2
- 102100037426 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 Human genes 0.000 description 1
- 238000012935 Averaging Methods 0.000 description 1
- 206010008805 Chromosomal abnormalities Diseases 0.000 description 1
- 208000031404 Chromosome Aberrations Diseases 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 206010058314 Dysplasia Diseases 0.000 description 1
- 208000001951 Fetal Death Diseases 0.000 description 1
- 206010055690 Foetal death Diseases 0.000 description 1
- 206010060919 Foetal malformation Diseases 0.000 description 1
- 102000054184 GADD45 Human genes 0.000 description 1
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 108010044091 Globulins Proteins 0.000 description 1
- 206010053759 Growth retardation Diseases 0.000 description 1
- 102100035688 Guanylate-binding protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 201000005624 HELLP Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 101000806242 Homo sapiens 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001066163 Homo sapiens Growth arrest and DNA damage-inducible protein GADD45 gamma Proteins 0.000 description 1
- 101001001336 Homo sapiens Guanylate-binding protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000998020 Homo sapiens Keratin, type I cytoskeletal 18 Proteins 0.000 description 1
- 208000006031 Hydrops Fetalis Diseases 0.000 description 1
- 206010020529 Hydrops foetalis Diseases 0.000 description 1
- 102100033421 Keratin, type I cytoskeletal 18 Human genes 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 206010030113 Oedema Diseases 0.000 description 1
- 206010035138 Placental insufficiency Diseases 0.000 description 1
- 108010044012 STAT1 Transcription Factor Proteins 0.000 description 1
- 102100029904 Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta Human genes 0.000 description 1
- 206010052779 Transplant rejections Diseases 0.000 description 1
- 210000001789 adipocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000004100 adrenal gland Anatomy 0.000 description 1
- 230000000172 allergic effect Effects 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 238000003339 best practice Methods 0.000 description 1
- 239000003181 biological factor Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 239000000091 biomarker candidate Substances 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 210000004081 cilia Anatomy 0.000 description 1
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 1
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 230000004064 dysfunction Effects 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000002357 endometrial effect Effects 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 210000001808 exosome Anatomy 0.000 description 1
- 231100000479 fetal death Toxicity 0.000 description 1
- 230000004578 fetal growth Effects 0.000 description 1
- 238000007672 fourth generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 1
- 208000037824 growth disorder Diseases 0.000 description 1
- 231100000001 growth retardation Toxicity 0.000 description 1
- 238000007417 hierarchical cluster analysis Methods 0.000 description 1
- 238000013537 high throughput screening Methods 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 238000005065 mining Methods 0.000 description 1
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000007841 sequencing by ligation Methods 0.000 description 1
- 238000003196 serial analysis of gene expression Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 210000002027 skeletal muscle Anatomy 0.000 description 1
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 description 1
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- WQDSRJBTLILEEK-UHFFFAOYSA-N sulfurous acid Chemical compound OS(O)=O.OS(O)=O WQDSRJBTLILEEK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 201000000596 systemic lupus erythematosus Diseases 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 210000001685 thyroid gland Anatomy 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 238000012070 whole genome sequencing analysis Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
- G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Abstract
【解決手段】妊娠している女性対象由来の試料を使って、妊娠関連障害を診断する、アレル比を決定する、血中の転写物に対する母体または胎児の貢献を決定する、および/または母体または胎児マーカーを同定するための方法を提供する。妊娠している女性対象における妊娠関連障害を診断するための遺伝子の使用も提供する。
【選択図】図18A
Description
本出願は、名称を「超並列RNA配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析(Maternal plasma transcriptome analysis by massively parallel RNA sequencing)」とする2013年2月28日出願の米国仮特許出願第61/770,985号の優先権を主張し、この出願は全ての目的において参照することにより本明細書に組み込まれる。
母体血漿中の妊娠期特異的な細胞外RNA分子が既に報告されている1。この報告では、単に母体由来の末梢血生検を使用することで、胎児を評価し、妊娠経過をモニタリングするための非侵襲性の試験ツールが提供されている。これまでに、母体血漿RNAを用いた、出生前診断として有望な複数の活用方法が開発されてきた2-8。研究者らは、その適用範囲を異なる状況での胎児障害や妊娠期の病気にも広げるため、さらなるRNAマーカーを懸命に探している。
妊娠している女性対象由来の試料を用いて妊娠関連障害を診断する、アレル比を決定する、血中の転写物に対する母体または胎児の寄与率を決定する、および/または母体または胎児マーカーを同定するための方法、システム、および装置を提供する。いくつかの態様において試料は、母体および胎児由来のRNA分子の混合物を含有している血漿である。
I.序論
10年以上も前に、母体の血漿中に、細胞を伴わない胎児由来のRNAが存在することが報告された11。この発見以後現在に至るまで、母体の血漿中に含まれる胎児および胎盤由来の血中RNAを検出するために、多くの研究が行われてきた1、10、12。興味深いことに、血漿での胎盤特異的な転写物の発現レベルと胎盤組織での発現レベルとが正に相関していることが分かり10、このことによって、血漿RNAの解析が、胎盤または胎児の健康および発達をモニターするための、臨床上有効な非侵襲性のツールであることが示された。実際のところ、母体の血中RNAに関する実験から、子癇前症2、13-15、子宮内の発育遅延4および早産8などの妊娠または胎盤に関連する障害、ならびに胎児染色体異数性の非侵襲性試験5、7、16に関する臨床上の応用例が見つかった。このような開発から、出生前障害の分子的評価にRNAバイオマーカーが有望視されている。
II.SNPアレル比による妊娠関連障害の診断方法
A.診断方法
1.アレル比と血漿濃度との相関
母体血漿試料(在胎期間37週2日)の発現プロファイルを解析し、妊婦の対応する胎盤および母体の血液細胞と比較した。Illumina社のHiSeq 2000装置を用い、これら試料のそれぞれについてRNA超並列配列決定を行った。胎盤および母体血液細胞に関しては、超並列配列決定によるエクソーム配列決定で遺伝子型を解析した。NCBI dbSNP Build 135データベースに含まれており、かつ、エクソンに位置しているおよそ100万のSNPについて解析を行い、母親がホモ接合型(遺伝子型AA)で胎児がヘテロ接合型(遺伝子型AB)の情報SNPを分類した。従って、Aアレが母親と胎児に共通のアレルで、Bアレルが胎児特異的ということになる。
2.子癇前症および対照の妊娠例に関する母体血漿中のRNA−SNPアレル比の比較
A.方法
胎児を妊娠している女性対象由来の試料のうち、胎児由来RNAの割合を決定しるための方法1500を図15に示す。試料は前述の方法300と同様に採取・調製したものであってよい。
B.実施例
1.母体血漿に含まれる胎児由来および母体由来転写物の同定および予測
2.PETおよび対照妊娠例におけるRNA−SNPに対する胎児および母体寄与率の比較
IV.ゲノム遺伝子座を母体または胎児マーカーに指定するための方法
A.方法
Bアレル比=Bアレルカウント/(Aアレルカウント+Bアレルカウント)
と表すことができる。理論的には、胎児または母親のいずれかのみに由来する血漿転写物では、アレル特異的発現がないと仮定した場合、Bアレル比は0.5になるはずである。比を算出するための他の方法も当業者には明らかであろう。
上述したようにBアレルのカットオフ値を0.4とすると、妊娠初期(つまり妊娠第一期および第二期)では、血中転写物のうちの0.91%が胎児寄与率の高いものであることが分かった。このパーセンテージは妊娠後期(つまり妊娠第三期)には2.52%に上昇した。反対に、妊娠初期および妊娠後期の転写物のそれぞれ42.58%および50.98%については、母親の寄与率が高いことが分かった(図16、17、および18A)。
A.妊娠関連遺伝子
妊娠関連遺伝子を同定するための方法も提供する。この方法には、複数の第一の配列リードと複数の第二の配列リードを得ることが含まれる。第一の配列リードは、妊娠女性の血漿試料より得られたRNA分子の配列決定から得られる。第二の配列リードは、妊娠していない女性の血漿試料より得られたRNA分子の配列決定から得られる。第一の配列リードと第二の配列リードを参照配列と整列させ、一連の候補遺伝子を指定する。
出産前後の母体血漿試料を使った直接的な実験から、妊娠関連遺伝子のパネルの一覧を作成することができたが、同時に、胎盤および血液細胞に関して行ったRNA−配列決定のデータを比較のために探索した。これまでに報告されているように、妊娠関連遺伝子の発現は胎盤で高く母体血液細胞では低いと仮定して10、15、組織を用いた解析では、任意に、20倍の差をカットオフの最小値に設定した。この組織を用いた解析から、合計で798の候補遺伝子の可能性のある遺伝子を得て、これらについて母体血漿中での胎児寄与率と母体寄与率の割合を算出した。全トランスクリプトームの割合(図18A)と比較して、相対的に割合の高い、主に胎児由来の遺伝子群を同定した(図25)。しかしながら、主に胎児由来の遺伝子がより高い割合で同定できることから、血漿を用いた戦略の方が組織を用いた戦略よりも優れていた(図25)。
本明細書ではまた、妊娠関連障害に関連がある遺伝子を同定する方法も提供する。この方法は、複数の第一の配列リードと複数の第二の配列リードを得ることを含む。第一の配列リードは、健常な妊婦より得られた血漿試料中のRNA分子の配列を決定した結果得られるものであり、第二の配列リードは、妊娠関連障害を患っている、または妊娠関連障害に罹っている胎児を妊娠している妊婦より得られた血漿試料中のRNA分子の配列を決定した結果得られるものである。第一の配列リードと第二の配列リードを参照配列と整列させ、一連の候補遺伝子を指定する。
VI.特定の遺伝子に関するアレル発現パターン
本研究で我々は、RNA−配列決定を利用することで、母体血漿中のトランスクリプトーム活性の全体的な概要を示すための技術を開発することを目的とした。我々はこれまでに、1つまたは複数の胎児特異的遺伝子座を標的とすることで、母体血漿に含まれている胎児DNAの割合を示した。これは、胎児ゲノム全体が、母体血漿中でも均一に存在しているためである30。血中のDNAとは異なり、母体血漿中の胎児由来RNA転写物の割合の測定は、胎児および母体組織での差次的な遺伝子発現、ならびに血中への放出によってその割合が複雑になっているため、単純ではない。母体血漿に関するRNA−配列決定を実施し、胎児と母親との間の多形の差を調べることによって、我々は、胎児由来の血漿転写物の割合を予測することができた。予想通り、血漿トランスクリプトームにおいては母体由来の転写物が優勢であったが、人初期および妊娠後期の母体血漿に含まれている血中転写物のうち、それぞれ、3.70%および11.28%が胎児由来であった。これらの胎児由来転写物には、胎児と母親の双方に由来するRNA分子ならびに胎児のみに由来するRNA分子が含まれる。さらに、妊娠初期および妊娠後期の母体血中転写物のうち、胎児のみに由来するRNA分子はそれぞれ0.90%および2.52%であることを見いだした。このような胎児特異的遺伝子が妊娠後期でより多く存在していることは、おそらく、妊娠が経過するに従って胎児および胎盤の大きさが増大することと相関しているのだろう。
前述の通り、本明細書に記載の方法は移植にも応用可能である。移植のための方法は胎児解析に用いたのと同様な様式で進めることができる。例えば、移植した組織の遺伝子型を得ることができる。態様では、移植した組織でヘテロ接合型であり、宿主生物(例えば男性または女性)でホモ接合方の遺伝子座を同定することができる。また態様では、移植した組織がホモ接合型で、宿主生物(例えば男性または女性)がヘテロ接合型の遺伝子座を同定することもできる。同じ比をコンピューターで算出し、カットオフ値と比較して障害があるか否かを決定することもできる。
本明細書で言及するコンピューターシステムはいずれも、好適な数のサブシステムを使用し得る。コンピューター装置3000に含まれるそのようなサブシステムの例を図30に示している。いくつかの態様では、コンピューターシステムは単一のコンピューター装置を含み、この場合、サブシステムはコンピューター装置の構成要素であってよい。他の態様では、コンピューターシステムは複数のコンピューター装置を含み、コンピューター装置はそれぞれがサブシステムであって、内部コンポーネントを有している。
1. Ng EKO, Tsui NBY, Lau TK, Leung TN, Chiu RWK, Panesar NS, Lit LC, Chan KW, Lo YMD. mRNA of placental origin is readily detectable in maternal plasma. Proc Natl Acad Sci U S A 2003; 100: 4748-53.
2. Ng EKO, Leung TN, Tsui NBY, Lau TK, Panesar NS, Chiu RWK, Lo YMD. The concentration of circulating corticotropin-releasing hormone mRNA in maternal plasma is increased in preeclampsia. Clin Chem 2003; 49: 727-31.
3. Farina A, Sekizawa A, Sugito Y, Iwasaki M, Jimbo M, Saito H, Okai T. Fetal DNA in maternal plasma as a screening variable for preeclampsia. A preliminary nonparametric analysis of detection rate in low-risk nonsymptomatic patients. Prenat Diagn 2004; 24: 83-6.
4. Pang WW, Tsui MH, Sahota D, Leung TY, Lau TK, Lo YM, Chiu RW. A strategy for identifying circulating placental RNA markers for fetal growth assessment. Prenat Diagn 2009; 29: 495-504.
5. Lo YMD, Tsui NBY, Chiu RWK, Lau TK, Leung TN, Heung MM, Gerovassili A, Jin Y, Nicolaides KH, Cantor CR, Ding C. Plasma placental RNA allelic ratio permits noninvasive prenatal chromosomal aneuploidy detection. Nat Med 2007; 13: 218-23.
6. Tsui NBY, Akolekar R, Chiu RWK, Chow KCK, Leung TY, Lau TK, Nicolaides KH, Lo YMD. Synergy of total PLAC4 RNA concentration and measurement of the RNA single-nucleotide polymorphism allelic ratio for the noninvasive prenatal detection of trisomy 21. Clin Chem 2010; 56: 73-81.
7. Tsui NBY, Wong BCK, Leung TY, Lau TK, Chiu RWK, Lo YMD. Non-invasive prenatal detection of fetal trisomy 18 by RNA-SNP allelic ratio analysis using maternal plasma SERPINB2 mRNA: a feasibility study. Prenat Diagn 2009; 29: 1031-7.
8. Chim SS, Lee WS, Ting YH, Chan OK, Lee SW, Leung TY. Systematic identification of spontaneous preterm birth-associated RNA transcripts in maternal plasma. PLoS One 2012; 7: e34328.
9. Wong BCK, Chiu RWK, Tsui NBY, Chan KCA, Chan LW, Lau TK, Leung TN, Lo YMD. Circulating placental RNA in maternal plasma is associated with a preponderance of 5' mRNA fragments: implications for noninvasive prenatal diagnosis and monitoring. Clin Chem 2005;51: 1786-95.
10. Tsui NBY, Chim SSC, Chiu RWK, Lau TK, Ng EKO, Leung TN, Tong YK, Chan KCA, Lo YMD. Systematic micro-array based identification of placental mRNA in maternal plasma: towards non-invasive prenatal gene expression profiling. J Med Genet 2004; 41: 461-7.
11. Poon LL, Leung TN, Lau TK, Lo YMD. Presence of fetal RNA in maternal plasma. Clin Chem 2000; 46: 1832-4.
12. Go AT, Visser A, Mulders MA, Blankenstein MA, Van Vugt JM, Oudejans CB. Detection of placental transcription factor mRNA in maternal plasma. Clin Chem 2004; 50: 1413-4.
13 Smets EM, Visser A, Go AT, van Vugt JM, Oudejans CB. Novel biomarkers in preeclampsia. Clin Chim Acta 2006; 364: 22-32.
14. Purwosunu Y, Sekizawa A, Koide K, Farina A, Wibowo N, Wiknjosastro GH, et al. Cell-free mRNA concentrations of plasminogen activator inhibitor-1 and tissue-type plasminogen activator are increased in the plasma of pregnant women with preeclampsia. Clin Chem 2007; 53: 399-404.
15. Miura K, Miura S, Yamasaki K, Shimada T, Kinoshita A, Niikawa N, et al. The possibility of microarray-based analysis using cell-free placental mRNA in maternal plasma. Prenat Diagn 2010; 30: 849-61.
16. Ng EKO, El-Sheikhah A, Chiu RWK, Chan KC, Hogg M, Bindra R, et al. Evaluation of human chorionic gonadotropin beta-subunit mRNA concentrations in maternal serum in aneuploid pregnancies: a feasibility study. Clin Chem 2004; 50: 1055-7.
17. Mortazavi A, Williams BA, McCue K, Schaeffer L, Wold B. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. Nat Methods 2008; 5: 621-8.
18 .Sultan M, Schulz MH, Richard H, Magen A, Klingenhoff A, Scherf M, et al. A global view of gene activity and alternative splicing by deep sequencing of the human transcriptome. Science 2008; 321: 956-60.
19. Kim J, Zhao K, Jiang P, Lu ZX, Wang J, Murray JC, Xing Y. Transcriptome landscape of the human placenta. BMC Genomics 2012; 13: 115.
20. Wang K, Li H, Yuan Y, Etheridge A, Zhou Y, Huang D, et al. The complex exogenous RNA spectra in human plasma: an interface with human gut biota? PLoS One 2012; 7: e51009.
21. Li H, Guo L, Wu Q, Lu J, Ge Q, Lu Z. A comprehensive survey of maternal plasma miRNAs expression profiles using high-throughput sequencing. Clin Chim Acta 2012; 413: 568-76.
22 .Williams Z, Ben-Dov IZ, Elias R, Mihailovic A, Brown M, Rosenwaks Z, Tuschl T. Comprehensive profiling of circulating microRNA via small RNA sequencing of cDNA libraries reveals biomarker potential and limitations. Proc Natl Acad Sci U S A 2013; 110: 4255-60.
23. Chim SSC, Shing TK, Hung EC, Leung TY, Lau TK, Chiu RWK, Lo YMD. Detection and characterization of placental microRNAs in maternal plasma. Clin Chem 2008; 54 :482-90.
24. Pickrell JK et al. Understanding mechanisms underlying human gene expression variation with RNA sequencing. Nature 2010; 464: 768-772.
25. Smith RM, Webb A, Papp AC, Newman LC, Handelman SK, Suhy A, et al. Whole transcriptome RNA-Seq allelic expression in human brain. BMC Genomics 2013; 14: 571.
26 .Frost JM, Monk D, Stojilkovic-Mikic T, Woodfine K, Chitty LS, Murrell A, et al. Evaluation of allelic expression of imprinted genes in adult human blood. PLoS One 2010; 5: e13556.
27. Daelemans C, Ritchie ME, Smits G, Abu-Amero S, Sudbery IM, Forrest MS, et al. High-throughput analysis of candidate imprinted genes and allele-specific gene expression in the human term placenta. BMC Genet 2010; 11: 25.
28. Lun FMF, Chiu RWK, Sun K, Leung TY, Jiang P, Chan KCA, et al. Noninvasive prenatal methylomic analysis by genomewide bisulfite sequencing of maternal plasma DNA. Clin Chem 2013; 59: 1583-94.
29. Wu C, Orozco C, Boyer J, Leglise M, Goodale J, Batalov S, et al. BioGPS: an extensible and customizable portal for querying and organizing gene annotation resources. Genome Biol 2009; 10: R130.
30. Lo YMD, Chan KCA, Sun H, Chen EZ, Jiang P, Lun FMF, et al. Maternal plasma DNA sequencing reveals the genome-wide genetic and mutational profile of the fetus. Sci Transl Med 2010; 2: 61ra91.
31. Cabili MN, Trapnell C, Goff L, Koziol M, Tazon-Vega B, Regev A, Rinn JL. Integrative annotation of human large intergenic noncoding RNAs reveals global properties and specific subclasses. Genes Dev 2011; 25: 1915-27.
32. St Laurent G, Shtokalo D, Tackett MR, Yang Z, Eremina T, Wahlestedt C, et al. Intronic RNAs constitute the major fraction of the non-coding RNA in mammalian cells. BMC Genomics 2012; 13: 504.
33. Anders S, Reyes A, Huber W. Detecting differential usage of exons from RNA-seq data. Genome Res 2012; 22: 2008-17.
34. Fleischhacker M, Schmidt B. Circulating nucleic acids (CNAs) and cancer--a survey. Biochim Biophys Acta 2007; 1775: 181-232.
Claims (57)
- 胎児を妊娠している女性対象より得た試料を使用する妊娠関連障害の診断方法であって、
複数のリードを得ること、ここで前記リードは、母体および胎児由来RNA分子の混合物を含んでいる試料より得られたRNA分子の解析から得られる、
コンピューターシステムによって前記リードの参照配列中での位置を同定こと、
それぞれが、第一の実体では対応する第一のアレルに関してホモ接合型で、かつ、第二の実体では前記対応する第一のアレルと対応する第二のアレルに関してヘテロ接合型である1つ以上の情報遺伝子座を同定すること、ここで前記第一の実体は前記妊娠中の女性対象または前記胎児であり、前記第二の実体は前記妊娠中の女性対象および前記胎児のうちのもう一方である、
1つ以上の選別された情報遺伝子座を同定するために前記1つ以上の情報遺伝子座を選別すること、ここで前記情報遺伝子座は前記参照配列の発現領域中に位置しており;前記情報遺伝子座には、前記複数のリードの中に、少なくとも予め決めておいた第一の数の前記対応する第一のアレルを含有しているリードが位置し;および、前記複数のリードの中に、少なくとも予め決めておいた第二の数の前記対応する第二のアレルを含有しているリードが位置している、
前記選別された情報遺伝子座のそれぞれについて、前記選別された情報遺伝子座に位置し、かつ、前記対応する第一のアレルを含有しているリードの第一の数を決定すること;および前記選別された情報遺伝子座に位置し、かつ、前記対応する第二のアレルを含有しているリードの第二の数を決定すること、
前記第一の数の第一の和および前記第二の数の前記第二の和を算出すること、
前記第一の和と前記第二の和の比を算出すること、ならびに
前記胎児、母親、または妊娠が妊娠関連障害を有しているか否かを決定するために前記比をカットオフ値と比較すること、ここで前記カットオフ値は前記妊娠関連障害を患っていない妊娠中の女性対象より得られる1つ以上の試料から決定される、
を含む、妊娠関連障害の診断方法。 - 前記妊娠中の女性の前記試料が血漿試料である、請求項1の方法。
- 前記第二の実体が前記妊娠中の女性対象である、請求項1の方法。
- 前記第二の実体が前記胎児である、請求項1の方法。
- 前記第一の和と前記第二の和の比を算出することが、前記第二の和を前記第一の和と前記第二の和の和で割ることを含む、請求項1の方法。
- 前記試料から得られたRNA分子の前記解析が、前記RNA分子またはそのcDNAコピーの配列決定を含む、請求項1の方法。
- 前記試料から得られたRNA分子の前記解析が、デジタルPCRを実施することを含む、請求項1の方法。
- 前記リードの参照配列中での位置を同定することが、前記リードを前記参照配列に対して整列させることを含む、請求項1の方法。
- 前記予め決めておいたリードの第一の数が1であり、前記予め決めておいたリードの第二の数が1である、請求項1の方法。
- 前記妊娠中の女性対象の各情報遺伝子座の遺伝子型を決定するために、母体組織より得られたゲノムDNAの配列を決定することをさらに含む、請求項1の方法。
- 前記胎児の各情報遺伝子座の遺伝子型を決定するために、胎盤、絨毛膜絨毛、羊水、または母体血漿より得られたゲノムDNAの配列を決定することをさらに含む、請求項1の方法。
- 前記試料に含まれるRNAの母体または胎児由来の割合を予測することをさらに含み、ここで前記割合が前記比にスカラーをかけたものである、請求項1の方法。
- 胎児を妊娠している女性対象より得られた試料中の胎児由来RNAの割合を決定する方法であって、
複数のリードを得ること、ここで前記リードは、母体および胎児由来RNA分子の混合物を含有している前記試料より得られたRNAの解析から得られる、
コンピューターシステムによって前記リードの参照配列中での位置を同定すること、
それぞれが、前記胎児では対応する第一のアレルに関してホモ接合型で、かつ、前記妊娠中の女性対象では前記対応する第一のアレルと対応する第二のアレルに関してヘテロ接合型である1つ以上の情報母体遺伝子座を同定すること、
1つ以上の選別された情報母体遺伝子座を同定するために前記1つ以上の情報母体遺伝子座を選別すること、ここで前記情報母体遺伝子座は前記参照配列の発現領域中に位置しており;前記情報母体遺伝子座には、前記複数のリードの中に、少なくとも予め決めておいた第一の数の前記対応する第一のアレルを含有しているリードが位置し;および、前記複数のリードの中に、少なくとも予め決めておいた第二の数の前記対応する第二のアレルを含有しているリードが位置している、
前記選別された情報母体遺伝子座のそれぞれについて、前記選別された情報母体遺伝子座に位置し、かつ、前記対応する第一のアレルを含有しているリードの第一の数を決定すること;および前記選別された情報母体遺伝子座に位置し、かつ、前記対応する第二のアレルを含有しているリードの第二の数を決定すること;前記第一の数と前記第二の数の和を算出すること;前記第二の数を前記和で割った母体比を算出すること;前記妊娠中の女性対象における前記選別された情報母体遺伝子座の総発現を、前記対応する第二のアレルの発現に対する相対値として表すスカラーを決定すること;母体寄与率を得るために前記母体比に前記スカラーをかけること;および、1から前記母体寄与率を引いたものである胎児寄与率を算出すること、ならびに、
前記試料に含まれる胎児に由来するRNAの割合を決定すること、ここで前記割合は前記選別された情報母体遺伝子座の前記胎児寄与率の平均である、
を含む、試料中の胎児由来RNAの割合を決定する方法。 - 前記平均が、前記選別された情報母体遺伝子座の前記和によって重みを付けられている、請求項13の方法。
- 選別された情報母体遺伝子座に関する前記スカラーがおよそ2であると推測される、請求項13の方法。
- 前記妊娠中の女性の前記試料が血漿試料である、請求項13の方法。
- 前記試料から得られたRNA分子の前記解析が、前記RNA分子またはそのcDNAコピーの配列決定を含む、請求項13の方法。
- 前記試料から得られたRNA分子の前記解析が、デジタルPCRを実施することを含む、請求項13の方法。
- 前記リードの参照配列中での位置を同定することが、前記リードを前記参照配列に対して整列させることを含む、請求項13の方法。
- 前記1つ以上の選別された情報母体遺伝子座に関する前記予め決めておいたリードの第一の数が1であり、前記1つ以上の選別された情報母体遺伝子座に関する前記予め決めておいたリードの第二の数が1である、請求項13の方法。
- 前記妊娠中の女性対象の各情報母体遺伝子座の遺伝子型を決定するために、母体組織より得られたゲノムDNAの配列を決定することをさらに含む、請求項13の方法。
- 前記胎児の各情報母体遺伝子座の遺伝子型を決定するために、前記胎盤、前記絨毛膜絨毛、前記羊水、または前記母体血漿より得られたゲノムDNAの配列を決定することをさらに含む、請求項13の方法。
- 1つ以上の情報胎児遺伝子座を同定すること、ここで情報胎児遺伝子座はそれぞれ、前記妊娠中の女性対象では対応する第一のアレルに関してホモ接合型で、かつ、前記胎児では前記対応する第一のアレルおよび対応する第二のアレルに関してヘテロ接合型である、
1つ以上の選別された情報胎児遺伝子座を同定するために前記1つ以上の情報胎児遺伝子座を選別すること、ここで前記胎児情報遺伝子座は前記参照配列の発現領域中に位置しており;前記胎児情報遺伝子座には、前記複数のリードの中に、少なくとも予め決めておいた第一の数の前記対応する第一のアレルを含有しているリードが位置し;および、前記複数のリードの中に、少なくとも予め決めておいた第二の数の前記対応する第二のアレルを含有しているリードが位置している、
前記選別された情報胎児遺伝子座のそれぞれについて、前記選別された胎児情報遺伝子座に位置し、かつ、前記対応する第一のアレルを含有しているリードの第一の数を決定すること;および前記選別された胎児情報遺伝子座に位置し、かつ、前記対応する第二のアレルを含有しているリードの第二の数を決定すること;前記第一の数と前記第二の数の和を算出すること;前記第二の数を前記和で割った胎児比を算出すること;前記胎児における前記選別された情報胎児遺伝子座の総発現を、前記対応する第二のアレルの発現に対する相対値として表すスカラーを決定すること;および、胎児寄与率を得るために前記胎児比に前記スカラーをかけること、ならびに、
前記試料に含まれる胎児に由来するRNAの割合を決定すること、ここで前記割合は、前記選別された情報母体遺伝子座および前記選別された情報胎児遺伝子座に関する前記胎児寄与率の平均である、
ことをさらに含む、請求項13の方法。 - 前記平均が、前記選別された情報母体遺伝子座および前記選別された情報胎児遺伝子座に関する前記和によって重みを付けられている、請求項23の方法。
- 選別された情報胎児遺伝子座に関する前記スカラーがおよそ2であると推測される、請求項23の方法。
- 前記1つ以上の選別された情報胎児遺伝子座に関する前記予め決めておいたリードの第一の数が1であり、前記1つ以上の選別された情報胎児遺伝子座に関する前記予め決めておいたリードの第二の数が1である、請求項23の方法。
- 前記妊娠中の女性対象の各情報胎児遺伝子座の遺伝子型を決定するために、母体組織より得られたゲノムDNAの配列を決定することをさらに含む、請求項23の方法。
- 前記胎児の各情報胎児遺伝子座の遺伝子型を決定するために、前記胎盤、前記絨毛膜繊毛、前記羊水、または前記母体血漿より得られたゲノムDNAの配列を決定することをさらに含む、請求項23の方法。
- 前記試料に含まれる胎児由来のRNAの前記割合をカットオフ値と比較することによって妊娠関連障害を診断することをさらに含む、請求項13または23に記載の方法。
- 胎児を妊娠している女性対象より得た試料を解析することによってゲノム遺伝子座を母体または胎児マーカーとして指定する方法であって、
母体および胎児由来RNA分子の混合物を含有している前記試料より得られたRNA分子の解析から得られる複数のリードを得ること、
コンピューターシステムによって前記リードの参照配列中での位置を同定すること、
それぞれが、第一の実体では対応する第一のアレルに関してホモ接合型で、かつ、第二の実体では前記対応する第一のアレルと対応する第二のアレルに関してヘテロ接合型である1つ以上の情報遺伝子座を同定すること、ここで前記第一の実体は前記妊娠中の女性対象または前記胎児であり、前記第二の実体は前記妊娠中の女性対象および前記胎児のうちのもう一方である;
1つ以上の選別された情報遺伝子座を同定するために前記1つ以上の情報遺伝子座を選別すること、ここで前記情報遺伝子座は前記参照配列の発現領域中に位置しており;前記情報遺伝子座には、前記複数のリードの中に、少なくとも予め決めておいた第一の数の前記対応する第一のアレルを含有しているリードが位置し;および、前記複数のリードの中に、少なくとも予め決めておいた第二の数の前記対応する第二のアレルを含有しているリードが位置している、
前記選別された情報遺伝子座のそれぞれについて、前記選別された情報遺伝子座に位置し、かつ、前記対応する第一のアレルを含有しているリードの第一の数を決定すること;および前記選別された情報遺伝子座に位置し、かつ、前記対応する第二のアレルを含有しているリードの第二の数を決定すること;
前記第一の数と前記第二の数の比を算出すること、ならびに
前記比がカットオフ値を超えた場合に、前記選別された情報遺伝子座を前記第二の実体に関するマーカーとして指定すること、
を含む、ゲノム遺伝子座を母体または胎児マーカーとして指定する方法。 - 前記妊娠中の女性の前記試料が血漿試料である、請求項30の方法。
- 前記第二の実体が前記妊娠中の女性対象である、請求項30の方法。
- 前記第二の実体が前記胎児である、請求項30の方法。
- 前記第一の数と前記第二の数の比を算出することが、前記第二の数を前記第一の数と前記第二の数の和で割ることを含む、請求項30の方法。
- 前記カットオフ値が約0.2〜約0.5である、請求項30の方法。
- 前記カットオフ値が0.4である、請求項35の方法。
- 前記試料から得られたRNA分子の前記解析が、前記RNA分子またはそのcDNAコピーの配列決定を含む、請求項30の方法。
- 前記試料から得られたRNA分子の前記解析が、デジタルPCRを実施することを含む、請求項30の方法。
- 前記リードの参照配列中での位置を同定することが、前記リードを前記参照配列に対して整列させることを含む、請求項30の方法。
- 前記予め決めておいたリードの第一の数が1であり、前記予め決めておいたリードの第二の数が1である、請求項30の方法。
- 前記妊娠中の女性対象の各情報遺伝子座の遺伝子型を決定するために、母体組織より得られたゲノムDNAの配列を決定することをさらに含む、請求項30の方法。
- 前記胎児の各情報遺伝子座の遺伝子型を決定するために、前記胎盤、前記絨毛膜繊毛、前記羊水、または前記母体血漿より得られたゲノムDNAの配列を決定することをさらに含む、請求項30の方法。
- 選別された情報遺伝子座が前記第二の実体に関するマーカーとして指定されるか否かに基づいて妊娠関連障害を診断することをさらに含む、請求項30の方法。
- 選別された情報遺伝子座を含有する前記試料中のRNAに関して、前記第二の実体に由来する前記RNAの割合を決定することをさらに含み、ここで前記割合は前記比にスカラーをかけることによって決定される、請求項30の方法。
- 前記スカラーが、前記対応する第二のアレルの発現に対する相対値として前記第二の実体における前記選別された情報母体遺伝子座の総発現を表している、請求項44の方法。
- 前記スカラーがおよそ2であると推測される、請求項44の方法。
- 前記第二の実体に由来するRNAの前記割合を1から引くことによって、前記第一の実体に由来する前記RNAの割合を決定することをさらに含む、請求項44の方法。
- 前記遺伝子の発現レベルと、各人が健常な胎児を妊娠している1人以上の他の女性対象から決定された対照値と比較することによって、胎児を妊娠している女性対象における妊娠関連障害を診断するための図21または図26に列挙した遺伝子の使用。
- 前記医学的障害が前記女性対象に関連するものである、請求項48に記載の使用。
- 前記医学的障害が前記胎児に関連するものである、請求項48に記載の使用。
- 前記医学的障害が子癇前症または早産である、請求項50に記載の使用。
- 前記発現レベルが前記対照値を超える場合に前記医学的障害と診断される、請求項48に記載の使用。
- 前記発現レベルが前記対照値を下回る場合に前記医学的障害と診断される、請求項48に記載の使用。
- 出産後と比較して、前記女性対象が妊娠中に前記遺伝子の高い発現レベルを示している、請求項48に記載の使用。
- 女性対象における前記遺伝子の前記発現レベルを、
前記女性対象より血漿試料を得ること、
前記試料から得られたRNA分子の解析から得られる複数のリードを得ること、
コンピューターシステムを使用して、前記リードの参照配列中での位置を同定すること、および
前記遺伝子に位置している前記リードを計数すること、
によって測定する、請求項48に記載の使用。 - 請求項1〜55のいずれか1項に記載の方法を実施するように構成されたプロセッサを1つ以上含む、システム。
- 請求項1〜56のいずれか1項に記載の方法の操作を実施するようにプロセッサを制御するための複数の指示を格納しているコンピューターで読み込み可能なメディアを備えている、コンピューター製品。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2023198942A JP2024023390A (ja) | 2013-02-28 | 2023-11-24 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201361770985P | 2013-02-28 | 2013-02-28 | |
US61/770,985 | 2013-02-28 | ||
JP2019087705A JP2019162121A (ja) | 2013-02-28 | 2019-05-07 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019087705A Division JP2019162121A (ja) | 2013-02-28 | 2019-05-07 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023198942A Division JP2024023390A (ja) | 2013-02-28 | 2023-11-24 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2021164469A true JP2021164469A (ja) | 2021-10-14 |
JP7397498B2 JP7397498B2 (ja) | 2023-12-13 |
Family
ID=51388739
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015559600A Active JP6525894B2 (ja) | 2013-02-28 | 2014-02-28 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
JP2019087705A Pending JP2019162121A (ja) | 2013-02-28 | 2019-05-07 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
JP2021110946A Active JP7397498B2 (ja) | 2013-02-28 | 2021-07-02 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
JP2023198942A Pending JP2024023390A (ja) | 2013-02-28 | 2023-11-24 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
Family Applications Before (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015559600A Active JP6525894B2 (ja) | 2013-02-28 | 2014-02-28 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
JP2019087705A Pending JP2019162121A (ja) | 2013-02-28 | 2019-05-07 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023198942A Pending JP2024023390A (ja) | 2013-02-28 | 2023-11-24 | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
Country Status (15)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US10240199B2 (ja) |
EP (4) | EP2961851B1 (ja) |
JP (4) | JP6525894B2 (ja) |
KR (2) | KR102241051B1 (ja) |
CN (2) | CN105143466B (ja) |
AU (4) | AU2014222312B2 (ja) |
CA (2) | CA2897684C (ja) |
EA (2) | EA037326B1 (ja) |
ES (1) | ES2670544T3 (ja) |
HK (1) | HK1253097A1 (ja) |
IL (4) | IL289547B2 (ja) |
MX (3) | MX368004B (ja) |
SG (2) | SG10201609080WA (ja) |
TW (3) | TWI762728B (ja) |
WO (1) | WO2014132244A1 (ja) |
Families Citing this family (15)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR102241051B1 (ko) * | 2013-02-28 | 2021-04-16 | 더 차이니즈 유니버시티 오브 홍콩 | 대량 동시 rna 서열분석에 의한 모체 혈장 전사물 분석 |
CN105441432B (zh) * | 2014-09-05 | 2019-05-28 | 天津华大基因科技有限公司 | 组合物及其在序列测定和变异检测中的用途 |
CN104232777B (zh) * | 2014-09-19 | 2016-08-24 | 天津华大基因科技有限公司 | 同时确定胎儿核酸含量和染色体非整倍性的方法及装置 |
CN104232778B (zh) * | 2014-09-19 | 2016-08-17 | 天津华大基因科技有限公司 | 同时确定胎儿单体型及染色体非整倍性的方法及装置 |
EP3310933B1 (en) * | 2015-06-17 | 2020-11-18 | The Translational Genomics Research Institute | Methods for obtaining biological molecules from a sample |
NL2016967B1 (en) | 2016-06-15 | 2017-12-21 | Iq Products B V | Markers and their ratio to determine the risk for early-onset preeclampsia. |
CA3062985A1 (en) * | 2017-05-16 | 2018-11-22 | The Chinese University Of Hong Kong | Integrative single-cell and cell-free plasma rna analysis |
CN109280697B (zh) * | 2017-07-20 | 2022-04-26 | 天昊生物医药科技(苏州)有限公司 | 利用孕妇血浆游离dna进行胎儿基因型鉴定的方法 |
CA3062226A1 (en) * | 2018-05-25 | 2019-11-25 | Illumina, Inc. | Circulating rna signatures specific to preeclampsia |
AU2020387423A1 (en) | 2019-11-22 | 2021-09-30 | Illumina, Inc. | Circulating RNA signatures specific to preeclampsia |
KR102326813B1 (ko) * | 2020-04-20 | 2021-11-16 | 강원대학교산학협력단 | 임신중독증의 예측 또는 진단을 위한 바이오마커로서의 miRNA-214-3p 및 miRNA-1290-3p |
WO2021252595A1 (en) | 2020-06-10 | 2021-12-16 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method for determining risk of pre-term birth |
KR102497167B1 (ko) * | 2020-11-04 | 2023-02-08 | 강원대학교산학협력단 | miR-155-5p 및 miR-1290-3p의 발현수준 비율을 이용한 임신중독증 진단 방법 |
KR102494583B1 (ko) * | 2020-11-04 | 2023-02-07 | 강원대학교산학협력단 | miR-31-5p 및 miR-1290-3p의 발현수준 비율을 이용한 임신중독증 진단 방법 |
US20230392207A1 (en) | 2022-06-03 | 2023-12-07 | Illumina, Inc. | Circulating rna biomarkers for preeclampsia |
Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008524993A (ja) * | 2005-03-18 | 2008-07-17 | ザ チャイニーズ ユニバーシティー オブ ホンコン | 出生前診断およびモニタリングのためのマーカー |
US20080233583A1 (en) * | 2007-02-20 | 2008-09-25 | Regents Of The University Of California | Biomarkers for preeclampsia |
US20110171650A1 (en) * | 2008-09-16 | 2011-07-14 | University Of Pittsburgh-Of The Commonwealth System Of Higher Education | Gene expression related to preeclampsia |
WO2011154940A1 (en) * | 2010-06-07 | 2011-12-15 | Osnat Ashur-Fabian | Methods and kits for diagnosing conditions related to hypoxia |
WO2012028746A1 (en) * | 2010-09-03 | 2012-03-08 | Centre National De La Recherche Scientifique (Cnrs) | Analytical methods for cell free nucleic acids and applications |
US20120077185A1 (en) * | 2010-08-06 | 2012-03-29 | Tandem Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities and infectious disease |
US20120164648A1 (en) * | 2010-12-28 | 2012-06-28 | Bexmart | Integrated Versatile and Systems Preparation of Specimens |
JP2019162121A (ja) * | 2013-02-28 | 2019-09-26 | ザ チャイニーズ ユニバーシティ オブ ホンコン | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
Family Cites Families (21)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6664056B2 (en) | 2000-10-17 | 2003-12-16 | The Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive prenatal monitoring |
CN101260429B (zh) * | 2003-01-17 | 2011-03-30 | 香港中文大学 | 作为妊娠相关病症的诊断标志物的循环mRNA |
AU2003263660A1 (en) | 2003-08-29 | 2005-03-16 | Pantarhei Bioscience B.V. | Prenatal diagnosis of down syndrome by detection of fetal rna markers in maternal blood |
DK1804836T3 (da) * | 2004-09-24 | 2011-01-24 | Beth Israel Hospital | Fremgangsmåder til diagnosticering og behandling af graviditetskomplikationer |
AU2006224971B2 (en) * | 2005-03-18 | 2009-07-02 | Boston University | A method for the detection of chromosomal aneuploidies |
DE102005013949A1 (de) | 2005-03-26 | 2006-09-28 | Carl Zeiss Meditec Ag | Scanvorrichtung |
US7790463B2 (en) * | 2006-02-02 | 2010-09-07 | Yale University | Methods of determining whether a pregnant woman is at risk of developing preeclampsia |
US7901884B2 (en) * | 2006-05-03 | 2011-03-08 | The Chinese University Of Hong Kong | Markers for prenatal diagnosis and monitoring |
DK2514842T3 (en) | 2007-07-23 | 2016-05-30 | Univ Hong Kong Chinese | Diagnosis of fetal chromosomal aneuploidy using genome sequencing |
US20100016173A1 (en) | 2008-01-30 | 2010-01-21 | Proteogenix, Inc. | Maternal serum biomarkers for detection of pre-eclampsia |
JP5676277B2 (ja) | 2008-02-01 | 2015-02-25 | ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション | 医学的疾患および医学的状態の診断、予後および治療におけるマイクロベシクルの使用 |
CN101871002B (zh) * | 2009-04-22 | 2013-04-17 | 中山大学达安基因股份有限公司 | 一种无创性产前筛查21-三体综合征的试剂盒 |
RS58879B1 (sr) * | 2009-11-05 | 2019-08-30 | Univ Hong Kong Chinese | Analiza genoma fetusa iz majčinskog biološkog uzorka |
US9260745B2 (en) * | 2010-01-19 | 2016-02-16 | Verinata Health, Inc. | Detecting and classifying copy number variation |
DK2376661T3 (en) | 2010-01-19 | 2015-02-02 | Verinata Health Inc | SIMULTANEOUS DETERMINATION OF aneuploidy and fetal FRACTION |
EP2633311A4 (en) | 2010-10-26 | 2014-05-07 | Univ Stanford | NON-INVASIVE F TAL GENE SCREENING BY SEQUENCING ANALYSIS |
US20120184449A1 (en) * | 2010-12-23 | 2012-07-19 | Sequenom, Inc. | Fetal genetic variation detection |
EP3680909B1 (en) * | 2011-01-05 | 2021-06-30 | The Chinese University Of Hong Kong | Noninvasive prenatal genotyping of fetal sex chromosomes |
EP2490027A1 (en) * | 2011-02-15 | 2012-08-22 | Roche Diagnostics GmbH | Means and methods for diagnosing pregnancy complications based on GDF-15 and PlGF/sFlt1 |
EP3489368B1 (en) * | 2011-02-24 | 2020-09-09 | The Chinese University Of Hong Kong | Molecular testing of multiple pregnancies |
CN102286462A (zh) * | 2011-06-27 | 2011-12-21 | 深圳市易瑞生物技术有限公司 | 一种游离rna提取方法及试剂盒 |
-
2014
- 2014-02-28 KR KR1020207004904A patent/KR102241051B1/ko active IP Right Grant
- 2014-02-28 US US14/194,294 patent/US10240199B2/en active Active
- 2014-02-28 EA EA201591582A patent/EA037326B1/ru unknown
- 2014-02-28 CA CA2897684A patent/CA2897684C/en active Active
- 2014-02-28 EP EP14757525.2A patent/EP2961851B1/en active Active
- 2014-02-28 SG SG10201609080WA patent/SG10201609080WA/en unknown
- 2014-02-28 SG SG11201506516TA patent/SG11201506516TA/en unknown
- 2014-02-28 IL IL289547A patent/IL289547B2/en unknown
- 2014-02-28 EP EP21175354.6A patent/EP3910072A3/en active Pending
- 2014-02-28 EP EP19190836.7A patent/EP3587588B1/en active Active
- 2014-02-28 AU AU2014222312A patent/AU2014222312B2/en active Active
- 2014-02-28 WO PCT/IB2014/059351 patent/WO2014132244A1/en active Application Filing
- 2014-02-28 EP EP18160528.8A patent/EP3351643B1/en active Active
- 2014-02-28 KR KR1020157022741A patent/KR102082025B1/ko active IP Right Grant
- 2014-02-28 CN CN201480015402.7A patent/CN105143466B/zh active Active
- 2014-02-28 EA EA202190075A patent/EA202190075A3/ru unknown
- 2014-02-28 MX MX2015010784A patent/MX368004B/es active IP Right Grant
- 2014-02-28 CN CN201811106855.7A patent/CN109136364A/zh active Pending
- 2014-02-28 ES ES14757525.2T patent/ES2670544T3/es active Active
- 2014-02-28 JP JP2015559600A patent/JP6525894B2/ja active Active
- 2014-02-28 CA CA3117788A patent/CA3117788A1/en active Pending
- 2014-03-03 TW TW107135118A patent/TWI762728B/zh active
- 2014-03-03 TW TW111112400A patent/TWI801188B/zh active
- 2014-03-03 TW TW103107127A patent/TWI641834B/zh active
-
2015
- 2015-07-14 IL IL239939A patent/IL239939B/en active IP Right Grant
- 2015-08-20 MX MX2021015876A patent/MX2021015876A/es unknown
- 2015-08-20 MX MX2019010844A patent/MX2019010844A/es unknown
-
2018
- 2018-09-28 HK HK18112484.8A patent/HK1253097A1/zh unknown
-
2019
- 2019-01-23 US US16/255,745 patent/US11970742B2/en active Active
- 2019-05-07 JP JP2019087705A patent/JP2019162121A/ja active Pending
- 2019-07-04 IL IL267845A patent/IL267845B/en active IP Right Grant
- 2019-10-10 AU AU2019246833A patent/AU2019246833B2/en active Active
-
2021
- 2021-03-11 IL IL281429A patent/IL281429B/en unknown
- 2021-07-02 JP JP2021110946A patent/JP7397498B2/ja active Active
-
2022
- 2022-01-06 AU AU2022200046A patent/AU2022200046B2/en active Active
-
2023
- 2023-02-13 AU AU2023200786A patent/AU2023200786A1/en active Pending
- 2023-11-24 JP JP2023198942A patent/JP2024023390A/ja active Pending
Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008524993A (ja) * | 2005-03-18 | 2008-07-17 | ザ チャイニーズ ユニバーシティー オブ ホンコン | 出生前診断およびモニタリングのためのマーカー |
US20080233583A1 (en) * | 2007-02-20 | 2008-09-25 | Regents Of The University Of California | Biomarkers for preeclampsia |
US20110171650A1 (en) * | 2008-09-16 | 2011-07-14 | University Of Pittsburgh-Of The Commonwealth System Of Higher Education | Gene expression related to preeclampsia |
WO2011154940A1 (en) * | 2010-06-07 | 2011-12-15 | Osnat Ashur-Fabian | Methods and kits for diagnosing conditions related to hypoxia |
US20120077185A1 (en) * | 2010-08-06 | 2012-03-29 | Tandem Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities and infectious disease |
WO2012028746A1 (en) * | 2010-09-03 | 2012-03-08 | Centre National De La Recherche Scientifique (Cnrs) | Analytical methods for cell free nucleic acids and applications |
US20120164648A1 (en) * | 2010-12-28 | 2012-06-28 | Bexmart | Integrated Versatile and Systems Preparation of Specimens |
JP2019162121A (ja) * | 2013-02-28 | 2019-09-26 | ザ チャイニーズ ユニバーシティ オブ ホンコン | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
PLOS ONE, vol. Vol.8, No.12, e82638, JPN6022035508, 2013, pages 1 - 8, ISSN: 0005071041 * |
オペレーションズ・リサーチ, JPN6021042456, 2012, pages 360 - 366, ISSN: 0005071042 * |
ファルマシア, vol. 46, no. 5, JPN6021042453, 2010, pages 409 - 413, ISSN: 0005071043 * |
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7397498B2 (ja) | 超並列rna配列決定による母体血漿のトランスクリプトーム解析 | |
US20220106642A1 (en) | Multiplexed Parallel Analysis Of Targeted Genomic Regions For Non-Invasive Prenatal Testing |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210714 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20210714 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20220830 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20221129 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230227 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230530 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230821 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20231024 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20231124 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7397498 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |