JP2021093991A5

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Info

Publication number: JP2021093991A5
Application number: JP2019229019A
Authority: JP
Filing date: 2019-12-19
Publication date: 2022-05-12
Anticipated expiration: 2039-12-19

Claims

任意のDNA配列に特異的に結合できる配列認識部分と、
前記配列認識部分の末端以降に複数の３次元構造体が配列しているプローブ部と、を含み、
前記複数の３次元構造体の配列の順番は、前記DNA配列と一対一に対応している、プローブ。
請求項１において、
前記複数の３次元構造体はそれぞれ種類が異なり、
前記３次元構造体の個数は、他のプローブと同一である、プローブ。
請求項１において、
前記複数の３次元構造体は、ストレプトアビジンまたはPEGまたはDIG抗体またはバルジDNA構造のいずれか、もしくはそれらの組み合わせを含んでいる、プローブ。
請求項１において、
前記配列認識部分は、前記DNA配列の一部あるいは全部の相補鎖配列構造を含む、プローブ。
請求項１において、
前記配列認識部分は、PNAで構成されている、プローブ。
任意のDNA配列に特異的に結合できる配列認識部分と、
前記配列認識部分の末端以降に複数の３次元構造体が配列している部分と、を含み、
前記複数の３次元構造体は、１種類の構造体のみで構成されており、その個数が前記DNA配列と一対一に対応をしている、プローブ。
請求項６において、
前記複数の３次元構造体は、ナノポア通過時に互いに干渉しないような距離をもって配列している、プローブ。
請求項１に記載のプローブを複数個含む、プローブセット。
請求項２に記載のプローブを複数個含み、
前記複数の３次元構造体の配列の順番は、異種のプローブ間において異なる、プローブセット。
任意のDNA配列に特異的に結合できる配列認識部分と、
前記配列認識部分の末端以降に複数の３次元構造体が配列しているプローブ部と、を含み、前記複数の３次元構造体の配列の順番は、前記DNA配列と一対一に対応している、第１プローブと、
前記DNA配列のうち、前記配列認識部分が結合する部分以外の場所で特異的に前記DNA配列と結合可能な第２プローブと、
を含む、プローブセット。
任意のDNA配列に特異的に結合できる配列認識部分と、
前記配列認識部分の末端以降に特定の３次元構造体と特異的に結合する複数の足場分子が配列している第１プローブ部と、を含み、
前記複数の足場分子の配列の順番は、前記DNA配列と一対一に対応している、プローブ。
溶液中の任意のDNA配列を同定する方法であって、
任意のDNA配列に特異的に結合できる配列認識部分と、前記配列認識部分の末端以降に複数の３次元構造体が配列している第１プローブ部と、を含み、前記複数の３次元構造体の配列の順番は、前記DNA配列と一対一に対応している、プローブを、前記DNA配列と前記配列認識部分において結合させることと、
前記プローブと前記DNA配列が結合した構造体がナノポアを通過する際の電流値を計測することと、
前記電流値の波形から、前記複数の３次元構造体の配列の順番を特定することで、前記DNA配列の存在を同定することと、を含み、
前記電流値の波形は、前記複数の３次元構造体の通過を反映した信号となっている、方法。
請求項１２において、
前記プローブにおける前記複数の３次元構造体の個数と種類数は同じで、その配列が異なるように設計された複数の前記プローブを用いて、複数の異なる前記DNA配列をそれぞれ同定する、方法。
請求項１２において、
前記電流値の波形は、複数のブロック信号を含み、
各ブロック信号の大きさと各ブロック信号の発生の順番の情報から、前記複数の３次元構造体の配列を特定する、方法。
請求項１２において、
前記プローブにおける前記複数の３次元構造体は、ストレプトアビジンまたはPEGまたはDIG抗体またはバルジDNA構造のいずれか、もしくはそれらの組み合わせで構成されている、方法。
請求項１２において、
前記DNA配列のうち、前記プローブの前記配列認識部分が結合する部分以外に、特異的に結合する第２プローブを結合させることを含む、方法。
請求項１２において、
前記配列認識部分は、前記DNA配列の一部もしくは全体の相補鎖配列構造となっている、方法。
請求項１２において、さらに、
前記プローブにおける前記配列認識部分をプライマとして、前記DNA配列を増幅させることを含む、方法。
請求項１２において、
前記プローブにおける前記配列認識部分がPNAで構成されていることを特徴とする方法。
溶液中の任意のDNA配列を同定する方法であって、
任意のDNA配列に特異的に結合できる配列認識部分と、前記配列認識部分の末端以降に複数の３次元構造体が配列している部分と、を含み、前記複数の３次元構造体は、１種類の構造体のみで構成されており、その個数が前記DNA配列と一対一に対応をしている、プローブを、前記DNA配列と前記配列認識部分において結合させることと、
前記プローブと前記DNA配列が結合した構造体がナノポアを通過する際の電流値を計測することと、
前記電流値の波形から、前記複数の３次元構造体の個数を特定することで、前記DNA配列の存在を同定することと、を含み、
前記電流値の波形は、前記複数の３次元構造体の通過を反映した信号となっている、方法。