JP2014532430A5

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Publication number: JP2014532430A5
Application number: JP2014540177A
Authority: JP
Filing date: 2012-11-05
Publication date: 2015-12-24
Anticipated expiration: 2032-11-05

Claims

複数の一本鎖オリゴヌクレオチドとハイブリダイズしている一本鎖足場核酸を含む核酸複合体であって、
前記複数の中の第１の一本鎖オリゴヌクレオチドが第１の結合パートナーに連結し、
任意選択により、前記複数の中の第２の一本鎖オリゴヌクレオチドが第２の結合パートナーに連結し、
更に任意選択により、前記複数の中の第３の一本鎖オリゴヌクレオチドが第３の結合パートナーに連結し、
更に任意選択により、前記複数の中の第４の一本鎖オリゴヌクレオチドが第４の結合パートナーに連結している、核酸複合体。
前記複数の中の第２の一本鎖オリゴヌクレオチドが第２の結合パートナーに連結し、
前記第１および第２の結合パートナーが、（１）第１または第２の結合パートナーのいずれでもない分析物に対する結合親和性を有し、または（２）互いに結合親和性を有する、請求項１に記載の核酸複合体。
（１）前記第１の結合パートナーが受容体であり、前記第２の結合パートナーが該受容体のリガンドであり、または
（２）前記第１の結合パートナーが抗体または抗原結合性抗体断片であり、前記第２の結合パートナーが、該抗体または抗原結合性断片に結合する抗原である、請求項１に記載の核酸複合体。
前記第１の一本鎖オリゴヌクレオチドおよび前記第２の一本鎖オリゴヌクレオチドが、少なくともまたは約１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２２０、２４０、２６０、２８０、３００、３５０、４００、５００、１０００、２０００、２５００または５０００ヌクレオチド、互いに離れ、
任意選択により、前記第１の一本鎖オリゴヌクレオチドおよび前記第２の一本鎖オリゴヌクレオチドが、足場核酸の中心からおよそ等距離に位置する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の核酸複合体。
請求項１〜４のいずれか一項に記載の複数の核酸複合体を含む組成物。
前記複数の中の核酸複合体が、（１）同じ結合パートナーを含み、または（２）各々が足場核酸に結合するときの第１と第２の一本鎖オリゴヌクレオチドの間の距離に基づいて互いに異なる、請求項５に記載の組成物。
請求項１〜４のいずれか一項に記載の核酸複合体、および
固体支持体
を含み、
任意選択により、前記核酸複合体が前記固体支持体に連結し、
更に任意選択により、前記固体支持体がビーズである、組成物。
前記組成物が複数の異なる核酸複合体を含み、
任意選択により、前記複数の中の核酸複合体が、第１の結合パートナー、第２の結合パートナー、または第１および第２の結合パートナーで互いに異なり、
更に任意選択により、前記複数の中の核酸複合体が、第１と第２の一本鎖オリゴヌクレオチドの間の距離に基づいて互いに異なる、請求項７に記載の組成物。
一本鎖足場核酸、および
足場核酸上の連続配列に相補的な配列を各々有する複数の一本鎖オリゴヌクレオチド
を含むキットであって、
前記オリゴヌクレオチドが前記足場核酸とハイブリダイズするとき、オリゴヌクレオチドの間で重複が存在しない、キット。
（１）第１の結合パートナーに連結している第１の一本鎖オリゴヌクレオチド、
（２）第２の結合パートナーに連結している第２の一本鎖オリゴヌクレオチド、
（３）第３の結合パートナーに連結している第３の一本鎖オリゴヌクレオチド、および/または
（４）第４の結合パートナーに連結している第４の一本鎖オリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項９に記載のキット。
前記第１および第２の結合パートナーが、（１）互いに結合親和性を有し、任意選択により第３および第４の結合パートナーが互いに結合親和性を有し、または（２）前記核酸複合体の一本鎖オリゴヌクレオチドに結合している結合パートナーでない分析物に対して結合親和性を有する、請求項９または１０に記載のキット。
単離された一本鎖足場核酸を、前記足場核酸上の配列に相補的な配列を各々有する複数の一本鎖オリゴヌクレオチドと組み合わせる工程であって、該一本鎖オリゴヌクレオチドが重複なしに配列特異的に前記足場核酸とハイブリダイズして核酸複合体を形成することを可能にする条件下で組み合わせる工程
を含む方法であって、
前記複数が、第１の結合パートナーに連結している第１の一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、
任意選択により、前記複数の中の全てのオリゴヌクレオチドが、前記足場核酸のモル濃度より約１０倍大きい等モル濃度で存在する、方法。
前記複数が、第２の結合パートナーに連結している第２の一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、
任意選択により、前記第２の一本鎖オリゴヌクレオチドが前記足場核酸の濃度に等しいモル濃度で存在する、請求項１２に記載の方法。
（ａ）前記第２の結合パートナーが前記第１の結合パートナーに対して結合親和性を有し、または
（ｂ）前記第１および第２の結合パートナーが核酸複合体に含まれない分析物に対して親和性を有する、請求項１３に記載の方法。
第１および第２の結合パートナーを含む請求項１に記載の核酸複合体を、第１および第２の結合パートナーが互いに十分な親和性を有するならば、第１および第２の結合パートナーが互いに結合するのを可能にする条件下に置く工程と、
第１の結合パートナーと第２の結合パートナーの間の結合または結合の変化を検出する工程と
を含む方法。
前記第２の結合パートナーがライブラリーメンバーであり、
前記第１の結合パートナーに対して十分な親和性を有するライブラリーメンバーを含む核酸複合体を得る工程、およびライブラリーメンバーを増幅して配列決定をする工程をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
第１および第２の結合パートナーを含む核酸複合体を、第１および第２の結合パートナーが互いに結合するのを可能にする条件下に置く工程と、
前記第１の結合パートナーと第２の結合パートナーの間の結合の変化を、ゲル電気泳動を用いて検出する工程であって、前記第１および第２の結合パートナーが互いに結合するときのゲル中の移動度から判定される核酸複合体の見かけの長さが、前記第１および第２の結合パートナーが互いに結合しないときの核酸複合体の見かけの長さと異なる、工程と
を含む方法であって、
任意選択により、前記第１および第２の結合パートナーが、単一の足場核酸とハイブリダイズしている別々のオリゴヌクレオチドに共有結合によって連結し、
更に任意選択により、前記第１および第２の結合パートナーが互いに結合すると、結合の変化を検出する前に前記核酸複合体が過剰な可溶形の前記第１または第２の結合パートナーと組み合わされる、請求項１５に記載の方法。
第１と第２の結合パートナーの間の会合または解離の速度を検出する工程であって、前記第１および第２の結合パートナーが、複数の一本鎖オリゴヌクレオチドとハイブリダイズしている一本鎖足場核酸を含む請求項１に記載の核酸複合体に連結し、前記複数の中の第１の一本鎖オリゴヌクレオチドが前記第１の結合パートナーに連結し、前記複数の中の第２の一本鎖オリゴヌクレオチドが前記第２の結合パートナーに連結している、工程
を含む方法であって、
会合または解離が、前記核酸複合体の長さまたは立体構造の変化によって検出され、
任意選択により、会合および／または解離が、ゲル電気泳動、原子間力顕微鏡法（AFM）、光学ピンセット、磁気ピンセット、連結粒子運動、遠心力顕微鏡法（CFM）または単一分子蛍光画像化を用いて検出される、方法。
前記核酸複合体の長さまたは立体構造の変化が、核酸複合体の末端間の長さの変化またはゲル電気泳動の泳動距離の変化である、請求項１８に記載の方法。
同じ核酸複合体を用いて同じ前記第１および第２の結合パートナーの会合および解離を繰り返して検出する工程を含み、
任意選択により、会合または解離の速度が、過剰な可溶形の前記第１または第２の結合パートナーの存在下で検出される、請求項１８に記載の方法。
結合対の間の会合および／または解離動態を測定するための、複数の一本鎖オリゴヌクレオチドとハイブリダイズしている一本鎖足場核酸を含む核酸複合体の使用であって、前記複数の中の第１の一本鎖オリゴヌクレオチドが第１の結合パートナーに連結し、前記複数の中の第２の一本鎖オリゴヌクレオチドが第２の結合パートナーに連結している、使用。
前記結合対が、（１）受容体および受容体のリガンド、または（２）２つの核酸で構成される、請求項２１に記載の使用。
前記第１の結合パートナーおよび前記第２の結合パートナーが、（１）結合対であり、（２）互いに同一であり、および/または（３）同一の部分に結合してループ状の核酸構築物を形成する、請求項２１に記載の使用。
第１および第２の結合パートナーを含む請求項１に記載の核酸複合体を、第１および第２の結合パートナーが第１または第２の結合パートナーのいずれでもない分析物と結合するのを可能にする条件下で、試料と組み合わせる工程と、
前記核酸複合体の長さまたは立体構造の変化に基づいて、前記第１および第２の結合パートナーと、前記試料中に存在するならば分析物との結合を検出する工程と
を含む方法。
その各々が連続ヌクレオチド配列とハイブリダイズしている複数の一本鎖オリゴヌクレオチドとハイブリダイズしている一本鎖足場核酸と、
足場核酸の２つの非連続ヌクレオチド配列とハイブリダイズしている架橋オリゴヌクレオチドと
を含む核酸複合体であって、
任意選択により、前記核酸複合体が、各々が前記足場核酸の２つの非連続ヌクレオチド配列とハイブリダイズしている２つ以上の架橋オリゴヌクレオチドを含み、各架橋オリゴヌクレオチドが前記足場核酸の異なる領域に結合している、核酸複合体。
複数のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズしている足場核酸を含む核酸複合体を、該足場核酸の２つの非連続配列とハイブリダイズする架橋オリゴヌクレオチドと組み合わせる工程であって、前記架橋オリゴヌクレオチドが２つの非連続配列に結合することを可能にする条件下で行う工程と、
前記核酸複合体における２つの非連続配列への架橋オリゴヌクレオチドの結合を検出する工程と
を含む方法。
前記結合または前記結合の変化が、ゲル電気泳動、原子間力顕微鏡法（AFM）、光学ピンセット、磁気ピンセット、連結粒子運動、遠心力顕微鏡法（CFM）または単一分子蛍光画像化を用いて検出される、請求項１５、２４または２６に記載の方法。