JP2021090462A - 高親和性ｍａｇｅ−ａ１特異的ｔｃｒ及びその使用 - Google Patents

高親和性ｍａｇｅ−ａ１特異的ｔｃｒ及びその使用 Download PDF

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Abstract

【課題】様々な腫瘍関連抗原（ヒトＭＡＧＥ−Ａ１エピトープを含む）に対し高いまたは強化された親和性を有するＴＣＲと、このような高親和性抗原特異的ＴＣＲを発現するＴ細胞と、このような高親和性抗原特異的ＴＣＲをコードする核酸と、がんにおけるような、細胞がこれらの抗原のうちの１つ以上を過剰発現する疾患または障害の処置で使用するための組成物とを提供すること。【解決手段】ある特定の態様において、本開示は、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）（例えば、ヒト白血球抗原、ＨＬＡ）に関連するＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド抗原に対し特異的な結合タンパク質を含む組成物を提供する。【選択図】なし

Description

配列表に関する記述
本発明に付随する配列表は、紙の複写の代わりにテキスト形式で提供され、参照により本明細書に組み入れられる。配列表を含むテキストファイルの名称は、３６００５６＿４４６ＷＯ＿ＳＥＱＵＥＮＣＥ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔである。このテキストファイルは、８６．３ＫＢであり、２０１８年３月１４日に作成され、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
腫瘍特異的Ｔ細胞の養子移入は、既存腫瘍を除去するための魅力的な戦略であり、既存腫瘍を除去し再発を防止するためにはｉｎ ｖｉｖｏで抗原特異的Ｔ細胞のロバストな集団を確立することを必要とする（Ｓｔｒｏｍｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２５７：１４５，２０１４）。腫瘍特異的なＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の移入は安全であり、選択患者における直接の抗腫瘍活性を媒介することができるが（Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．７２：ＬＢ−１３６，２０１２；Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．５：１７４ｒａ１２７，２０１３；Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０９：４５９２，２０１２）２−４、各患者またはドナーから単離されたＣＴＬの結合活性における可変性は、臨床試験における抗腫瘍有効性を制約する（Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。ＴＣＲ親和性は、ＣＴＬ結合活性の重要な決定因子である（Ｚｏｅｔｅ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：２６８，２０１３）ため、腫瘍特異的抗原に対し特異的な、十分に特徴づけられたＴ細胞クローンから単離された高親和性ＴＣＲα／β遺伝子を用いて、ドナーまたは患者Ｔ細胞の抗原特異性をリダイレクトするように戦略が開発されている（Ｓｔｒｏｍｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２５７：１４５，２０１４；Ｒｏｂｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２９：９１７，２０１１）。自己／腫瘍反応性ＴＣＲを発現するＴ細胞は中枢性及び末梢性（免疫）寛容に供される（Ｓｔｏｎｅ ａｎｄ Ｋｒａｎｚ，Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：２４４，２０１３）ため、このような高親和性の自己／腫瘍反応性Ｔ細胞は希少であり、相対的ＴＣＲ親和性はドナー間で幅広く変動する。そのため、ＴＣＲα／β遺伝子療法コンストラクトを生成することができる十分に高親和性の腫瘍特異的Ｔ細胞クローンを同定するには、多数の一致したドナーをスクリーニングしなければならない。例えば、単一のＨＬＡアレルに対し高い機能的結合活性を有する自然誘発ウィルムス腫瘍抗体１（ＷＴ１）特異的ＴＣＲの単離は、７５名を超える正常なドナーの末梢レパートリーからの数千の個別のＴ細胞クローンを提示する数百の野生型特異的Ｔ細胞株のスクリーニングを必要とし、多大な時間及び労力を要するプロセスであった（Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｓｃｈｍｉｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２０：１２４０，２００９；Ｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ３１０：４０，２００６）。
Ｓｔｒｏｍｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２５７：１４５，２０１４ Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．７２：ＬＢ−１３６，２０１２ Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．５：１７４ｒａ１２７，２０１３ Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０９：４５９２，２０１２ Ｚｏｅｔｅ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：２６８，２０１３ Ｓｔｒｏｍｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２５７：１４５，２０１４ Ｒｏｂｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２９：９１７，２０１１ Ｓｔｏｎｅ ａｎｄ Ｋｒａｎｚ，Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：２４４，２０１３ Ｃｈａｐｕｉｓ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｓｃｈｍｉｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２０：１２４０，２００９ Ｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ３１０：４０，２００６
白血病及び腫瘍のような様々ながんに向けられた代替の抗原特異的ＴＣＲ免疫療法が必要とされている。本開示の実施形態は、このような必要性に対処し、他の関連する利点をもたらす。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
結合タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを含む修飾細胞であって、前記コードされた結合タンパク質が、
（ａ）配列番号２６、３２、３８、４４、５０、もしくは５１のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）α鎖可変（Ｖα）ドメイン、及びＴＣＲβ鎖可変（Ｖβ）ドメイン；
（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、もしくは４７のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＶβドメイン、及びＶαドメイン；または
（ｃ）配列番号２６、３２、３８、４４、５０、もしくは５１のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＶαドメイン、及び配列番号２３、２９、３５、４１、もしくは４７のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＶβドメイン
を含み、
前記結合タンパク質が、ＣＤ８に非依存的に、またはＣＤ８の不在下で、細胞表面上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＨＬＡ複合体に対し特異的に結合可能である、前記修飾細胞。
（項目２）
前記コードされた結合タンパク質が、ＫＶＬＥＹＶＩＫＶ（配列番号１２３）：ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体に対し、約１０−８Ｍ以下のＫｄにて特異的に結合可能である、項目１に記載の修飾細胞。
（項目３）
（ａ）の前記Ｖβドメインが、ＴＲＢＶ３０アレル、ＴＲＢＶ２９アレル、またはＴＲＢＶ９アレルから誘導される、項目１または２に記載の修飾細胞。
（項目４）
（ｂ）の前記Ｖαドメインが、ＴＲＡＶ３８−１アレル、ＴＲＡＶ３４アレル、ＴＲＡＶ１６アレル、またはＴＲＡＶ５アレルから誘導される、項目１または２に記載の修飾細胞。
（項目５）
前記コードされたＶαドメインが、配列番号３、７、１１、１５、及び１９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対し少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を含み、前記コードされたＶβドメインが、配列番号１、５、９、１３、１７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対し少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を含み、ただし、（ａ）前記ＣＤＲのうちの少なくとも３つまたは４つが配列の変化を有さず、配列の変化を有する前記ＣＤＲが、最大２つのアミノ酸置換、最大５つ連続するアミノ酸欠失、またはこれらの組合せを有するにとどまり、（ｂ）前記コードされた結合タンパク質が、ＣＤ８に非依存的に、またはＣＤ８の不在下で、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＨＬＡ細胞表面複合体に対し、依然として特異的に結合可能であることを条件とする、項目１〜４のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目６）
（ａ）前記コードされたＶαドメインが、（ｉ）配列番号２４、３０、３６、４２、及び４８のいずれか１つに記載のＣＤＲ１アミノ酸配列、及び／または（ｉｉ）配列番号２５、３１、３７、４３、及び４９のいずれか１つに記載のＣＤＲ２アミノ酸配列を含み、及び／または
（ｂ）前記コードされたＶβドメインが、（ｉｉｉ）配列番号２１、２７、３３、３９、及び４５のいずれか１つに記載のＣＤＲ１アミノ酸配列、及び／または（ｉｖ）配列番号２２、２８、３４、４０、及び４６のいずれか１つに記載のＣＤＲ２アミノ酸配列を含む、
項目１〜５のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目７）
前記コードされた結合タンパク質が、
（ａ）配列番号２４〜２６にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号２１〜２３にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列；
（ｂ）配列番号３０〜３２にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号２７〜２９にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列；
（ｃ）配列番号３６〜３８にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号３３〜３５にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列；
（ｄ）配列番号４２〜４４にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号３９〜４１にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列；または
（ｅ）配列番号４８〜５０にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号４５〜４７にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列
を含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目８）
前記コードされた結合タンパク質が、ＫＶＬＥＹＶＩＫＶ（配列番号１２３）：ＨＬＡ−Ａ＊２０１複合体に対し特異的に結合する、項目１〜７のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目９）
前記コードされたＶαドメインが、配列番号３、７、１１、１５、または１９に記載のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる、項目１〜８のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１０）
前記コードされたＶβドメインが、配列番号１、５、９、１３、または１７に記載のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる、項目１〜９のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１１）
配列番号４、８、１２、１６、または２０に記載のアミノ酸配列に対し少なくとも９０％の配列同一性を有するＴＣＲα鎖定常（Ｃα）ドメインをコードする異種ポリヌクレオチドをさらに含む、項目１〜１０のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１２）
配列番号２、６、１０、１４、または１８に記載のアミノ酸配列に対し少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖定常（Ｃβ）ドメインをコードする異種ポリヌクレオチドをさらに含む、項目１〜１１のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１３）
前記コードされた結合タンパク質が、配列番号３を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号１を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号４を含むまたはそれからなるＣαドメインと、配列番号２を含むまたはそれからなるＣβドメインとを含む、項目１〜１２のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１４）
前記コードされた結合タンパク質が、配列番号７を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号５を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号８を含むまたはそれからなるＣαドメインと、配列番号６を含むまたはそれからなるＣβとを含む、項目１〜１２のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１５）
前記コードされた結合タンパク質が、配列番号１１を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号９を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号１２を含むまたはそれからなるＣαドメインと、配列番号１０を含むまたはそれからなるＣβドメインとを含む、項目１〜１４のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１６）
前記コードされた結合タンパク質が、配列番号１５を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号１３を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号１６を含むまたはそれからなるＣαと、配列番号１４を含むまたはそれからなるＣβドメインとを含む、項目１〜１２のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１７）
前記コードされた結合タンパク質が、配列番号１９を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号１７を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号２０を含むまたはそれからなるＣαドメインと、配列番号１８を含むまたはそれからなるＣβドメインとを含む、項目１〜１２のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１８）
前記結合タンパク質が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、ＴＣＲの抗原結合断片、またはキメラ抗原受容体である、項目１〜１７のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目１９）
前記ＴＣＲ、前記キメラ抗原受容体、または前記ＴＣＲの前記抗原結合断片が、キメラ型、ヒト化型、またはヒト型である、項目１８に記載の修飾細胞。
（項目２０）
前記ＴＣＲの前記抗原結合断片が、１本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）を含む、項目１８または１９に記載の修飾細胞。
（項目２１）
前記結合タンパク質が、キメラ型抗原受容体であり、任意選択によりＴＣＲ−ＣＡＲである、項目１８〜２０のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目２２）
前記結合タンパク質が、ＴＣＲである、項目１８〜２０のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目２３）
前記修飾細胞が、ヒト免疫細胞である、項目１〜２２のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目２４）
前記免疫細胞が、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、またはＮＫ−Ｔ細胞である、項目２３に記載の修飾細胞。
（項目２５）
前記免疫細胞が、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、または両方である、項目２４に記載の修飾細胞。
（項目２６）
前記修飾細胞が、ＰＤ−１遺伝子、ＬＡＧ３遺伝子、ＴＩＭ３遺伝子、ＣＴＬＡ４遺伝子、ＨＬＡ構成要素遺伝子、ＴＣＲ構成要素遺伝子、またはこれらの任意の組合せの染色体遺伝子ノックアウトを含む、項目２３〜２５のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目２７）
前記染色体遺伝子ノックアウトが、α１マクログロブリン遺伝子、α２マクログロブリン遺伝子、α３マクログロブリン遺伝子、β１ミクログロブリン遺伝子、またはβ２ミクログロブリン遺伝子から選択されるＨＬＡ構成要素遺伝子のノックアウトを含む、項目２６に記載の修飾細胞。
（項目２８）
前記染色体遺伝子ノックアウトが、ＴＣＲα可変領域遺伝子、ＴＣＲβ可変領域遺伝子、ＴＣＲ定常領域遺伝子、またはこれらの組合せから選択されるＴＣＲ構成要素遺伝子のノックアウトを含む、項目２６に記載の修飾細胞。
（項目２９）
前記修飾細胞が、ＣＤ４＋Ｔ細胞であり、ＣＤ８共受容体の少なくとも細胞外部分をコードする異種ポリヌクレオチドをさらに含む、項目２５〜２８のいずれか１項に記載の修飾細胞。
（項目３０）
前記結合タンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド及び／またはＣＤ８共受容体の少なくとも細胞外部分をコードする前記ポリヌクレオチドが、前記修飾細胞による発現のためにコドン最適化されている、項目２９に記載の修飾細胞。
（項目３１）
項目１〜３０のいずれか１項に記載の修飾細胞と、薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、組成物。
（項目３２）
有効量の、（ｉ）項目１〜３０のいずれか１項に記載の修飾細胞、または（ｉｉ）項目３１に記載の組成物を含む、単位用量。
（項目３３）
少なくとも約３０％の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞と、（ｉｉ）少なくとも約３０％の修飾ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物との組合せを約１：１の比で含む、項目３２に記載の単位用量。
（項目３４）
前記単位用量が、ナイーブＴ細胞を実質的に含有しない、項目３３に記載の単位用量。
（項目３５）
ＴＣＲ Ｖαドメイン及びＴＣＲ Ｖβドメインを有する結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、前記コードされた結合タンパク質が、ＣＤ８に非依存的に、またはＣＤ８の不在下で、細胞表面上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＨＬＡ複合体に対し、特異的に結合可能であり、前記単離されたポリヌクレオチドが、
（ａ）配列番号９７、１０３、１０９、１１５、もしくは１２１に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及びＶβコードポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号９４、１００、１０６、１１２、もしくは１１８に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及びＶαコードポリヌクレオチド；または
（ｃ）配列番号９７、１０３、１０９、１１５、もしくは１２１に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及び配列番号９４、１００、１０６、１１２、もしくは１１８に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド
を含む、前記単離されたポリヌクレオチド。
（項目３６）
（ａ）の前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、ＴＲＢＶ３０アレル、ＴＲＢＶ２９アレル、またはＴＲＢＶ９アレルから誘導される、項目３５に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目３７）
（ｂ）の前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、ＴＲＡＶ３８−１アレル、ＴＲＡＶ３４アレル、ＴＲＡＶ１６アレル、またはＴＲＡＶ５アレルから誘導される、項目３５に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目３８）
（ａ）配列番号９７に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及び配列番号９４に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１０３に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及び配列番号１００に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１０９に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及び配列番号１０６に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；
（ｄ）配列番号１１５に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及び配列番号１１２に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；または
（ｅ）配列番号１２１に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及び配列番号１１８に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド
を含む、項目３５〜３７のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目３９）
（ａ）配列番号９５、１０１、１０７、１１３、もしくは１１９に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号９６、１０２、１０８、１１４、もしくは１２０に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号９２、９８、１０４、１１０、もしくは１１６に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド；及び／または
（ｄ）配列番号９３、９９、１０５、１１１、もしくは１１７に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド
をさらに含む、項目３５〜３８のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４０）
（ａ）配列番号９５に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号９６に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号９７に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号９２に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号９３に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号９４に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１０１に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１０２に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号１０３に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号９８に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号９９に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号１００に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１０７に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１０８に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号１０９に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号１０４に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１０５に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号１０６に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；
（ｄ）配列番号１１３に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１１４に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号１１５に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号１１０に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１１１に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号１１２に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；または
（ｅ）配列番号１１９に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１２０に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号１２１に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号１１６に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１１７に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号１１８に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド
を含む、項目３５〜３９のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４１）
前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号５８、６６、７４、８２、または９０に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号５６、６４、７２、８０、または８８に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、項目３５〜４０のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４２）
（ａ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号５８に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号５６に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む；
（ｂ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号６６に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号６４に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む；
（ｃ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号７４に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号７２に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む；
（ｄ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号８２に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号８０に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む；または
（ｅ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号９０に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号８８に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、
項目３５〜４１のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４３）
（ａ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号５８に記載のヌクレオチド配列を含みまたはそれからなり、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号５６に記載のヌクレオチド配列を含むまたはそれからなる；
（ｂ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号６６に記載のヌクレオチド配列を含みまたはそれからなり、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号６４に記載のヌクレオチド配列を含むまたはそれからなる；
（ｃ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号７４に記載のヌクレオチド配列を含みまたはそれからなり、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号７２に記載のヌクレオチド配列を含むまたはそれからなる；
（ｄ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号８２に記載のヌクレオチド配列を含みまたはそれからなり、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号８０に記載のヌクレオチド配列を含むまたはそれからなる；または
（ｅ）前記Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号９０に記載のヌクレオチド配列を含みまたはそれからなり、前記Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号８８に記載のヌクレオチド配列を含むまたはそれからなる、
項目４２に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４４）
（ａ）配列番号５９、６７、７５、８３、もしくは９１に対し少なくとも８０％の同一性を有するＣαドメインコードポリヌクレオチド；及び／または
（ｂ）配列番号５７、６５、７３、８１、もしくは８９に対し少なくとも８０％の同一性を有するＣβドメインコードポリヌクレオチド
をさらに含む、項目３５〜４３のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４５）
前記Ｃαドメインコードポリヌクレオチドが、配列番号５９、６７、７５、８３、または９１に記載のヌクレオチド配列を含みまたはそれからなり、前記Ｃβドメインコードポリヌクレオチドが、配列番号５７、６５、７３、８１、または８９に記載のヌクレオチド配列を含むまたはそれからなる、項目４４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４６）
（ａ）配列番号５８に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号５６に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号５９に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号５７に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号６６に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号６４に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号６７に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号６５に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号７４に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号７２に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号７５に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号７３に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチド；
（ｄ）配列番号８２に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号８０に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号８３に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号８１に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチド；または
（ｅ）配列番号９０に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号８８に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号９１に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号８９に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチド
を含む、項目４５に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４７）
ＴＣＲα鎖コードポリヌクレオチドとＴＣＲβ鎖コードポリヌクレオチドとの間に配置される自己切断ペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、項目４４〜４６のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４８）
自己切断ペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、配列番号１２８〜１３２のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含むまたはそれからなる、項目４７に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目４９）
前記ポリヌクレオチドが、配列番号１２４〜１２７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる自己切断ペプチドをコードする、項目４７に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目５０）
発現調節配列に対し作用可能に結合した項目３５〜４９のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
（項目５１）
前記ベクターが、宿主細胞に前記ポリヌクレオチドを送達可能である、項目５０に記載の発現ベクター。
（項目５２）
前記宿主細胞が、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である、項目５１に記載の発現ベクター。
（項目５３）
前記ヒト免疫系細胞が、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４−ＣＤ８−ダブルネガティブＴ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、樹状細胞、またはこれらの任意の組合せである、項目５２に記載の発現ベクター。
（項目５４）
前記Ｔ細胞が、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはこれらの任意の組合せである、項目５３に記載の発現ベクター。
（項目５５）
前記ベクターがウイルスベクターである、項目５０〜５４のいずれか１項に記載の発現ベクター。
（項目５６）
前記ウイルスベクターが、レンチウイルスベクターまたはγレトロウイルスベクターである、項目５５に記載の発現ベクター。
（項目５７）
ＭＡＧＥ−Ａ１発現に関連する過剰増殖障害を処置するための方法であって、前記処置を必要とするヒト対象に、項目１〜３０のいずれか１項に記載の修飾細胞、項目３１に記載の組成物、または項目３〜３４のいずれか１項に記載の単位用量を投与することを含む、前記方法。
（項目５８）
前記過剰増殖障害が、血液悪性腫瘍または固形がんである、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記血液悪性腫瘍が、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄球性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病（ＣＥＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、または多発性骨髄腫（ＭＭ）から選択される、項目６０に記載の方法。
（項目６０）
前記固形がんが、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、トリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）、卵巣癌、悪性メラノーマ、結腸癌、結腸直腸腺癌、結腸直腸癌、胆道癌、膀胱癌、骨軟部癌、脳癌、乳癌、子宮頚癌、類腱腫、胚性癌、子宮内膜癌、食道癌、胃癌、胃腺癌、多形性神経膠芽細胞腫、婦人科腫瘍、頭頸部扁平上皮癌、肝癌、肺癌、中皮腫、骨肉腫、膵臓癌、膵管腺癌、原発性星状細胞腫瘍、原発性甲状腺癌、前立腺癌、腎癌、腎細胞癌、横紋筋肉腫、皮膚癌、軟部肉腫、精巣胚細胞腫瘍、尿路上皮癌、子宮肉腫、または子宮癌から選択される、項目５８に記載の方法。
（項目６１）
前記修飾細胞が、クラスＩ ＨＬＡ制限様式において、ＭＡＧＥ−Ａ１に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を促進可能である、項目５７〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６２）
前記クラスＩ ＨＬＡ制限応答が、抗原ペプチド輸送体（ＴＡＰ）非依存的である、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
前記抗原特異的Ｔ細胞応答が、ＣＤ４＋ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ）応答及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答のうちの少なくとも１つを含む、項目６１または６２に記載の方法。
（項目６４）
前記ＣＴＬ応答が、異常なＭＡＧＥ−Ａ１発現を有する細胞に対し向けられる、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
前記修飾細胞がｅｘ ｖｉｖｏで修飾される、項目５７〜６４のいずれか１項に記載の方法。
（項目６６）
前記修飾細胞が、同種細胞、同系細胞、または自己細胞である、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記修飾細胞が修飾ヒト免疫細胞であり、前記免疫細胞が、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４−ＣＤ８−ダブルネガティブＴ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、樹状細胞、またはこれらの任意の組合せから選択される、項目５７〜６６のいずれか１項に記載の方法。
（項目６８）
前記Ｔ細胞が、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはこれらの任意の組合せである、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記Ｔ細胞がＣＤ４＋Ｔ細胞である、項目６７または６８に記載の方法。
（項目７０）
前記ＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＣＤ８共受容体の少なくとも細胞外部分をコードする異種ポリヌクレオチドをさらに含む、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記対象に、細胞表面上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＨＬＡ複合体に対し特異的に結合可能なＣＤ８＋Ｔ細胞を投与することをさらに含む、項目６９または７０に記載の方法。
（項目７２）
前記ＣＤ８＋Ｔ細胞が、項目１〜３０のいずれか１項に記載の修飾細胞を含む、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記修飾細胞が非経口的に投与される、項目５７〜７２のいずれか１項に記載の方法。
（項目７４）
前記方法が、前記対象に、複数回用量の前記修飾細胞を投与することを含む、項目５７〜７３のいずれか１項に記載の方法。
（項目７５）
前記複数回用量が、約２週間〜約４週間の投与間の間隔にて投与される、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
前記修飾細胞が、前記対象に、約１０７細胞／ｍ２〜約１０１１細胞／ｍ２の用量にて投与される、項目５７〜７５のいずれか１項に記載の方法。
（項目７７）
前記方法が、サイトカインを投与することをさらに含む、項目５７〜７６のいずれか１項に記載の方法。
（項目７８）
前記サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、またはこれらの任意の組合せである、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記サイトカインが、ＩＬ−２であり、かつ前記修飾細胞と同時または順次に投与される、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記対象がサイトカイン投与前に前記修飾細胞を少なくとも３回または４回投与されたことを条件に、前記サイトカインが順次に投与される、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記サイトカインが、ＩＬ−２であり、かつ皮下投与される、項目７８〜８０のいずれか１項に記載の方法。
（項目８２）
前記対象がさらに、免疫抑制療法を受けている、項目５７〜８１のいずれか１項に記載の方法。
（項目８３）
前記免疫抑制療法が、カルシニューリン阻害物質、コルチコステロイド、微小管阻害物質、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、免疫チェックポイント阻害物質、またはこれらの任意の組合せから選択される、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記対象がさらに、有効量の刺激性免疫チェックポイント分子を投与される、項目５７〜８３のいずれか１項に記載の方法。
（項目８５）
前記対象が、非骨髄破壊的または骨髄破壊的な造血細胞移植を受けたことがある、項目５７〜８４のいずれか１項に記載の方法。
（項目８６）
前記対象が、前記非骨髄破壊的造血細胞移植から少なくとも３ヵ月後に前記修飾細胞を投与される、項目８５に記載の方法。
（項目８７）
前記対象が、前記骨髄破壊的造血細胞移植から少なくとも２ヵ月後に前記修飾細胞を投与される、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記対象が、ＤＮＡ低メチル化剤及びＨＤＡＣ阻害物質のうちの１つ以上を投与されたことがある、項目５７〜８７のいずれか１項に記載の方法。
（項目８９）
ペプチド抗原に対し特異的に結合可能であるＣＤ８＋Ｔ細胞からのＴＣＲをコードする異種ポリヌクレオチドを含む、修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞。
（項目９０）
前記ＴＣＲが高親和性ＴＣＲである、項目８９に記載の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞。
（項目９１）
前記ＴＣＲが、ＣＤ８に非依存的に、またはＣＤ８の不在下で、細胞表面上のペプチド：抗原ＨＬＡ複合体に対し特異的に結合可能である、項目８９または９０に記載の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞。
（項目９２）
ＣＤ８共受容体分子の少なくとも細胞外部分をコードする異種ポリヌクレオチドをさらに含む、項目８９〜９１のいずれか１項に記載の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞。
（項目９３）
前記異種ポリヌクレオチドが、前記ＣＤ８＋Ｔ細胞からのＣＤ８α及びＣＤ８βをコードする、項目９２に記載のＣＤ４＋Ｔ細胞。
（項目９４）
前記修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞が、前記ペプチド：抗原ＨＬＡ複合体に結合したときに、ＣＴＬ応答を誘発可能である、項目９２または９３に記載の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞。
（項目９５）
前記ペプチド抗原が、ＭＡＧＥ−Ａ１からのものである、項目８９〜９４のいずれか１項に記載の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞。
（項目９６）
修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞を作製するための方法であって、ペプチド抗原に対し特異的に結合可能なＣＤ８＋Ｔ細胞からのＴＣＲをコードする異種ポリヌクレオチドを用いて、ＣＤ４＋Ｔ細胞に形質導入することを含む、前記方法。
（項目９７）
前記ＴＣＲが天然存在のＴＣＲである、項目９６に記載の方法。
（項目９８）
ＣＤ８共受容体の少なくとも細胞外部分をコードする異種ポリヌクレオチドを用いて、前記ＣＤ４＋Ｔ細胞に形質導入することをさらに含む、項目９６または項目９７に記載の方法。
（項目９９）
前記ＣＤ８共受容体が、前記ＣＤ８＋Ｔ細胞からのＣＤ８α及びＣＤ８βを含む、項目９８に記載の方法。
ウイルス抗体に対する高親和性Ｔ細胞が、自己抗原に対する高親和性Ｔ細胞よりも高い頻度で見いだされ（Ａ）、自己抗原に対する高親和性Ｔ細胞が非常に低い頻度で見いだされる（Ｂ）ことを説明する、代表的なデータを示している。 本開示の発明者らにより実施されたＴ細胞濃縮アッセイの概略図を示している。 抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の濃縮に使用された一連の選別実験からのフローサイトメトリーデータを示している。 ＭＡＧＥ−Ａ１：ＨＬＡ四量体を用いた本開示のＴＣＲβ ＣＤＲ３濃縮スキームからの例示的なデータを示している。 図４Ａ及び４Ｂは、それぞれ、（Ａ）本開示の方法を用いて同定されたＴＣＲによるＭＡＧＥ−Ａ１：ＨＬＡ四量体の特異的結合、及び（Ｂ）ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＴＣＲの濃縮を示している。 ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がＭＡＧＥ−Ａ１：ＨＬＡ四量体に結合していることを示すフローサイトメトリーのデータを示している。 抗原発現Ｕ２６６骨髄腫細胞の不在下（左）または存在下（右）におけるＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞によるサイトカイン産生を示している。 本開示の高親和性ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲ形質導入ＣＤ８＋Ｔ細胞が、抗原：ＭＨＣ四量体に結合し、ＭＡＧＥ−Ａ１：ＭＨＣ（Ａ＊０２０１）提示細胞を殺滅することを示す、特異的溶解データを示している。図５Ｃにおけるデータは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を、Ｕ２６６細胞単体の場合、外来のインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮγ）を伴う場合、または外来のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドを伴う場合に共培養した標準的なＣｒ５１放出アッセイから得たものである。 ＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＴＣＲ及びＣＤ８共受容体（いずれもペプチド抗原に対し特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞からのもの）を発現するように形質導入される、本開示に従った免疫療法アプローチを図示している。形質導入ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の抗原応答（例えば、免疫療法設定における注入されたＣＴＬ）を増強または改善し得る。 本開示の発明者が実施した、ＣＤ４＋Ｔ細胞がＣＤ８共受容体ではなくＣＤ８非依存的ＭＨＣクラスＩ制限ＴＣＲを発現するように形質導入した実験のデザインを示している。 Ａは、高親和性ＣＤ８抗ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲを発現するＴ細胞（ＣＤ８＋及びＣＤ４＋）におけるＭＡＧＥ−Ａ１：ＭＨＣ四量体に対する結合をアッセイした実験からのフローサイトメトリーのデータを示している。Ｂは、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的Ｔ細胞とＭＡＧＥ−Ａ１：ＭＨＣ四量体との特異的結合を示している。Ｃは、本開示のＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＴＣＲを発現するＣＤ８＋Ｔ細胞による標的細胞溶解（Ｃｒ５１放出）と、同等のＣＤ４＋Ｔ細胞による殺滅の欠如とを示している。 Ａは、高親和性ＣＤ８抗ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲを発現するＴ細胞（ＣＤ８＋及びＣＤ４＋）におけるＭＡＧＥ−Ａ１：ＭＨＣ四量体に対する結合をアッセイした実験からのフローサイトメトリーのデータを示している。Ｂは、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的Ｔ細胞とＭＡＧＥ−Ａ１：ＭＨＣ四量体との特異的結合を示している。Ｃは、本開示のＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＴＣＲを発現するＣＤ８＋Ｔ細胞による標的細胞溶解（Ｃｒ５１放出）と、同等のＣＤ４＋Ｔ細胞による殺滅の欠如とを示している。 Ａは、本開示の発明者らが行った、高親和性ＭＡＧＥ−Ａ１クラスＩ ＴＣＲ及びＣＤ８αβ共受容体を発現するようにＣＤ４＋Ｔ細胞に形質導入し、ペプチド：ＭＨＣを発現する細胞の存在下における機能性について調べた実験を説明する概略図を示している。Ｂは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲ及びＣＤ８共受容体の両方を形質導入したＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲ単体を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞と比較して、より高い割合でサイトカインを産生したことを示している。Ｃは、示されているＴ細胞による、抗原提示ＭＥＬ５２６メラノーマ標的細胞の特異的溶解を示している。Ｄは、抗原で刺激した後の形質導入ＣＤ４＋Ｔ細胞の２つの群の拡大を示している。 Ａは、本開示の発明者らが行った、高親和性ＭＡＧＥ−Ａ１クラスＩ ＴＣＲ及びＣＤ８αβ共受容体を発現するようにＣＤ４＋Ｔ細胞に形質導入し、ペプチド：ＭＨＣを発現する細胞の存在下における機能性について調べた実験を説明する概略図を示している。Ｂは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲ及びＣＤ８共受容体の両方を形質導入したＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲ単体を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞と比較して、より高い割合でサイトカインを産生したことを示している。Ｃは、示されているＴ細胞による、抗原提示ＭＥＬ５２６メラノーマ標的細胞の特異的溶解を示している。Ｄは、抗原で刺激した後の形質導入ＣＤ４＋Ｔ細胞の２つの群の拡大を示している。 Ａは、本開示の発明者らが行った、高親和性ＭＡＧＥ−Ａ１クラスＩ ＴＣＲ及びＣＤ８αβ共受容体を発現するようにＣＤ４＋Ｔ細胞に形質導入し、ペプチド：ＭＨＣを発現する細胞の存在下における機能性について調べた実験を説明する概略図を示している。Ｂは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲ及びＣＤ８共受容体の両方を形質導入したＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲ単体を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞と比較して、より高い割合でサイトカインを産生したことを示している。Ｃは、示されているＴ細胞による、抗原提示ＭＥＬ５２６メラノーマ標的細胞の特異的溶解を示している。Ｄは、抗原で刺激した後の形質導入ＣＤ４＋Ｔ細胞の２つの群の拡大を示している。
ある特定の態様において、本開示は、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）（例えば、ヒト白血球抗原、ＨＬＡ）に関連するＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド抗原に対し特異的な結合タンパク質を含む組成物を提供する。当該組成物は、例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１発現に関連する疾患もしくは障害（例えば、がん）の処置で、またはがん処置のための養子免疫療法で使用され得る。ある特定の実施形態において、本開示は、このようなＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ）を発現するように修飾された宿主細胞を提供する。
他の態様において、本開示は、ペプチド抗原（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１）に対し特異的に結合可能なＣＤ８＋Ｔ細胞からのＴＣＲをコードする異種ポリヌクレオチドを含み、任意選択により、ＣＤ８共受容体分子の少なくとも細胞外部分をコードする異種ポリヌクレオチドを含む、修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞を提供する。
背景として、腫瘍はかつて正常だった組織から生じることから、Ｔ細胞ベースの免疫療法にとってのほとんどの腫瘍標的は、自己抗原である。例えば、このような腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）は、がん細胞内では高レベルで発現し得るが、その他の細胞内では、発現しないまたは最小限に発現する可能性がある。胸腺内でＴ細胞が発達する間、自己抗原に弱く結合するＴ細胞は、胸腺内での生存を許され、さらなる発達及び成熟を経ることができるが、自己抗原に強力に結合するＴ細胞は、望ましくない自己免疫応答を開始すると考えられるため、免疫系により除去される。そのため、Ｔ細胞は、抗原に結合する相対的能力により選別されて、外部の侵入者に対し応答し（すなわち、非自己抗原の認識）、同時に自己免疫応答（すなわち、自己抗原の認識）を防止する免疫系を準備する。この寛容機構は、高い親和性を有する腫瘍（自己）抗原を認識することができる天然存在のＴ細胞を制約するため、腫瘍細胞を効果的に排除するであろうＴ細胞を除去する。その結果、腫瘍抗原に対し特異的な高親和性ＴＣＲを有するＴ細胞の単離は、ほとんどのこのような細胞が免疫系により実質的に除去されるため、困難である。
本開示は、ＭＡＧＥ−Ａ１（別名ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥファミリーメンバーＡ１、ＣＴ １．１、及びメラノーマ抗原遺伝子１）ペプチドに対し特異的なＴＣＲ、例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドに対し特異的な高親和性ＴＣＲであって、このようなＴＣＲを発現する細胞が、ＣＤ８に非依存的に、ＭＡＧＥ−Ａ１：ＨＬＡ複合体に対し結合可能である、ＴＣＲを提供する。加えて、このようなＴＣＲは、任意選択により、内在的ＴＣＲに比べてより効率的にＣＤ３タンパク質と会合可能であり得る。
ＨＬＡが一致したドナーの大きなコホートから、短期間（約６〜８週間）で、Ｔ細胞クローン型のスクリーニング及びランク付けを（親和性に基づいて）迅速かつ同時に行う方法が開発された。ある特定の実施形態において、本開示は、対象の免疫細胞（例えば、ＰＢＭＣ）の存在下で、限定的な濃度の抗原特異的ｐＭＨＣ多量体を使用することにより、高親和性ＴＣＲを有する細胞を濃縮するための方法を提供する。ＴＣＲβレパートリー及び頻度解析をバイオインフォマティックスと合わせて使用して、ＴＣＲα鎖及びβ鎖の対を正確に同定した。このような方法の利点は、個別のＴＣＲのクローニングとは対照的に、複数のドナーからの数千のクローンのＴＣＲ親和性を迅速に比較することが可能になることである。
本明細書で説明される組成物及び方法は、ある特定の実施形態において、ＭＡＧＥ−Ａ１発現に関連する疾患及び状態の処置に対する治療有用性を有する。このような疾患としては、様々な形態の過剰増殖障害、例えば、血液悪性腫瘍及び固形がんが挙げられる。これら及び関連する使用における非限定的な例が本明細書で説明されており、このような例としては、例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドに対し特異的な強化されたまたは高い親和性ＴＣＲを発現する組換えＴ細胞の使用による、ＭＡＧＥ−Ａ１抗原特異的Ｔ細胞応答のｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、及びｉｎ ｖｉｖｏ刺激が挙げられる。
本開示をより詳細に記載する前に、本明細書で使用されるある特定の用語の定義を示すことが本開示の理解に役立つ可能性がある。追加的な定義は、本開示全体にわたって記載される。
本明細書において、任意の濃度範囲、パーセンテージ範囲、比率範囲、または整数範囲は、別段の指示がない限り、記載範囲内の任意の整数の値、及び適切な場合はその端数（例えば、ある整数の１０分の１及び１００分の１）を含むように理解されたい。また、本明細書に記載されている任意の物理的特色に関する任意の数字範囲、例えば、ポリマーサブユニット、サイズ、または厚さは、別段の指示がない限り、記載範囲内の任意の整数を含むように理解されたい。本明細書で使用する「約」という用語は、別段の指示がない限り、示されている範囲、値、または構造の±２０％を意味する。本明細書で使用する「ａ」及び「ａｎ」という用語は、挙げられている構成要素における「１つ以上」を指すものと理解されたい。選択肢（例えば、「または」）の使用は、選択肢のうちの１つ、両方、またはその任意の組合せのいずれかを意味するものと理解されたい。本明細書で使用する「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「有する（ｈａｖｅ）」、及び「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という用語は同義語として使用され、これらの用語及びその変形形態は、非限定的と解釈されるように意図されている。
加えて、本明細書に記載されている構造及び置換基の様々な組合せから誘導される、個別の化合物、または化合物群は、各化合物または化合物群が個別に記載されている場合と同じ程度に本出願によって開示されているものと理解されたい。したがって、特定の構造または特定の置換基の選択は、本開示の範囲内にある。
「〜から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」という用語は、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と等価ではなく、請求項における指定された材料もしくはステップ、または特許請求されている主題の基本的特徴に実質的な影響を及ぼさない材料もしくはステップを指す。例えば、あるタンパク質ドメイン、領域、もしくはモジュール（例えば、結合ドメイン、ヒンジ領域、リンカーモジュール）、またはタンパク質（１つ以上のドメイン、領域、もしくはモジュールを有し得る）が特定のアミノ酸配列「から本質的になる」のは、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質におけるこの特定のアミノ酸配列が、合わせて、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質の長さのうちの多くても２０％（例えば、多くても１５％、１０％、８％、６％、５％、４％、３％、２％、または１％）に寄与しドメイン（複数可）、領域（複数可）、モジュール（複数可）、またはタンパク質の活性（例えば、結合タンパク質の標的結合親和性）に実質的に影響を及ぼさない（すなわち、活性を５０％を超えて低減しない、例えば、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または１％以下）伸長、欠失、変異、またはこれらの組合せを（例えば、アミノもしくはカルボキシ末端、またはドメイン間にて）含む場合である。
本明細書で使用する「免疫系細胞」とは、骨髄内の造血幹細胞から生じる免疫系の任意の細胞を意味し、造血幹細胞は、２つの主な系列、骨髄前駆細胞（単球、マクロファージ、樹状細胞、巨核球、及び顆粒球のような骨髄細胞をもたらす）、ならびにリンパ球様前駆細胞（Ｔ細胞、Ｂ細胞、及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞のようなリンパ球様細胞をもたらす）をもたらす。例示的な免疫系細胞としては、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４−ＣＤ８−ダブルネガティブＴ細胞、γδＴ細胞、制御性Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、及び樹状細胞が挙げられる。マクロファージ及び樹状細胞は、「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」と呼ばれることがあり、ペプチドと複合体化したＡＰＣの表面上にある主要組織適合複合体（ＭＨＣ）受容体がＴ細胞の表面上にあるＴＣＲと相互作用したときに、Ｔ細胞を活性化することができる特化型細胞である。
「主要組織適合複合体」（ＭＨＣ）とは、細胞表面にペプチド抗原を送達する糖タンパク質を指す。ＭＨＣクラスＩ分子は、（３つのαドメインを有する）α鎖にまたがる膜と、非共有結合的に会合したβ２ミクログロブリンとを有するヘテロ二量体である。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、２つの膜貫通糖タンパク質、α及びβから構成され、これらの両方が膜にまたがっている。各鎖は２つのドメインを有する。ＭＨＣクラスＩ分子は、サイトゾル内で生じたペプチドを細胞表面に送達し、細胞表面で、ペプチド：ＭＨＣ複合体はＣＤ８＋Ｔ細胞に認識される。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、小胞系内で生じたペプチドを細胞表面に送達し、細胞表面で、これらはＣＤ４＋Ｔ細胞に認識される。ヒトＭＨＣは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）と呼ばれる。
「Ｔ細胞」は、胸腺内で成熟し、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を産生する免疫系細胞である。Ｔ細胞は、ナイーブ（抗原に曝露されず、ＴＣＭとの比較におけるＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ１２７、及びＣＤ４５ＲＡの発現増大、ならびにＣＤ４５ＲＯの発現低下）と、メモリーＴ細胞（ＴＭ）（抗原経験、長寿命）と、エフェクター細胞（抗原経験、細胞傷害性）とであり得る。ＴＭは、さらに、セントラルメモリーＴ細胞（ＴＣＭ、ナイーブＴ細胞との比較におけるＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ１２７、ＣＤ４５ＲＯ、及びＣＤ９５の発現増大、ならびにＣＤ５４ＲＡの発現低下）と、エフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭ、ナイーブＴ細胞またはＴＣＭとの比較におけるＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ４５ＲＡの発現低下、及びＣＤ１２７の発現増大）とのサブセットに分類することができる。エフェクターＴ細胞（ＴＥ）とは、ＴＣＭとの比較においてＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８の発現低下を有し、グランザイム及びパーフォリンが陽性である、抗原経験ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球を指す。その他の例示的なＴ細胞としては、制御性Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋（Ｆｏｘｐ３＋）制御性Ｔ細胞及びＴｒｅｇ１７細胞、ならびにＴｒ１、Ｔｈ３、ＣＤ８＋ＣＤ２８−、及びＱａ−１制限Ｔ細胞が挙げられる。
「Ｔ細胞受容体」（ＴＣＲ）とは、ＭＨＣ受容体に結合している抗原ペプチドに特異的に結合可能な免疫グロブリンスーパーファミリーメンバー（可変結合ドメイン、定常ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞質側末端を有する；例えば、Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ：Ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ ｉｎ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｄｉｓｅａｓｅ，３ｒｄ Ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐ．４：３３，１９９７を参照）を指す。ＴＣＲは、細胞の表面上で、または可溶形態で見いだすことができ、概して、α鎖及びβ鎖を有するヘテロ二量体（それぞれＴＣＲα及びＴＣＲβとしても知られている）、またはγ鎖及びδ鎖を有するヘテロ二量体（それぞれＴＣＲγ及びＴＣＲδとしても知られている）から構成される。免疫グロブリンのように、ＴＣＲ鎖の細胞外部分（例えば、α鎖、β鎖）は、２つの免疫グロブリンドメイン、すなわちＮ末端における可変ドメイン（例えば、α鎖可変ドメインまたはＶα、ベータ鎖可変ドメインまたはＶβ；典型的にはＫａｂａｔナンバリング（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ”，ＵＳ Ｄｅｐｔ．Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，１９９１，５ｔｈ ｅｄ．）に基づくアミノ酸１〜１１６）と、細胞膜に隣接する１つの定常ドメイン（例えば、α鎖定常ドメインまたはＣα（典型的には、Ｋａｂａｔに基づくアミノ酸１１７〜２５９）、β鎖定常ドメインまたはＣβ（典型的には、Ｋａｂａｔに基づくアミノ酸１１７〜２９６））とを含有する。これもまた免疫グロブリンのように、可変ドメインは、フレームワーク領域（ＦＲ）によって分離された相補性決定領域（ＣＤＲ）を含有する（例えば、Ｊｏｒｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：９１３８，１９９０；Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．７：３７４５，１９８８を参照；また、Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｖ．Ｃｏｍｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２７：５５，２００３も参照）。ネイティブＴＣＲのＶα及びＶβは、概して同様の構造を有し、各可変ドメインは、４つの保存ＦＲ及び３つのＣＤＲを含む。Ｖαドメインは、２つの別々のＤＮＡセグメント、可変遺伝子セグメント及び連結遺伝子セグメント（Ｖ−Ｊ）によってコードされ、Ｖβドメインは、３つの別々のＤＮＡセグメント、可変遺伝子セグメント、多様性遺伝子セグメント、及び連結遺伝子セグメント（Ｖ−Ｄ−Ｊ）によってコードされる。単一のＶαまたはＶβドメインは、抗原結合特異性を与えるのに十分であり得る。さらに、特定の抗原に結合するＴＣＲは、当該抗原に結合するＴＣＲからのＶαまたはＶβドメインを用いて、それぞれ、相補的なＶαドメインまたはＶβドメインのライブラリーをスクリーニングすることで、単離することができる。ある特定の実施形態において、ＴＣＲは、Ｔ細胞（またはＴリンパ球）の表面上に見いだされ、ＣＤ３複合体と会合する。本開示で使用するＴＣＲの供給源は、様々な動物種、例えば、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、またはその他の動物からのものであり得る。
本明細書で使用する「ＣＤ８共受容体」または「ＣＤ８」という用語は、アルファ−アルファホモ二量体またはアルファ−ベータヘテロ二量体のいずれかとしての、細胞表面糖タンパク質ＣＤ８を意味する。ＣＤ８共受容体は、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋）の機能を支援し、その細胞質チロシンリン酸化経路を介したシグナリングを通じて機能する（Ｇａｏ ａｎｄ Ｊａｋｏｂｓｅｎ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ ２１：６３０−６３６，２０００；Ｃｏｌｅ ａｎｄ Ｇａｏ，Ｃｅｌｌ．Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：８１−８８，２００４）。５つの異なるＣＤ８ベータ鎖（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ識別子Ｐ１０９６６を参照）と、単一のＣＤ８アルファ鎖（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ識別子Ｐ０１７３２を参照）とが存在する。概して、ＣＤ８は、ｐＭＨＣクラスＩ複合体に結合する。
「ＣＤ４共受容体」または「ＣＤ４」とは、ＴＣＲの抗原提示細胞との連絡を支援する免疫グロブリン共受容体糖タンパク質を指す（Ｃａｍｐｂｅｌｌ ＆ Ｒｅｅｃｅ，Ｂｉｏｌｏｇｙ ９０９（Ｂｅｎｊａｍｉｎ Ｃｕｍｍｉｎｇｓ，Ｓｉｘｔｈ Ｅｄ．，２００２）を参照）。ＣＤ４は、免疫細胞、例えば、ヘルパーＴ細胞、単球、マクロファージ、及び樹状細胞の表面上に見いだされ、細胞表面で発現する４つの免疫グロブリンドメイン（Ｄ１〜Ｄ４）を含む。抗原提示の間、ＣＤ４はＴＣＲ複合体と共に動員されて、ＭＨＣＩＩ分子の異なる領域に結合する（ＣＤ４はＭＨＣＩＩ β２に結合し、一方ＴＣＲ複合体はＭＨＣＩＩ α１／β１に結合する）。理論に拘泥することは望まないが、ＴＣＲ複合体に近接していることで、ＣＤ関連キナーゼ分子が、ＣＤ３の細胞質ドメイン上に存在する免疫受容体チロシン活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）をリン酸化することが可能になると考えられている。この活性は、様々なタイプのヘルパーＴ細胞を産生するために活性化ＴＣＲによって生成されたシグナルを増幅すると考えられる。概して、ＣＤ４は、ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体に結合する。
「ＣＤ３」は、６つの鎖のマルチタンパク質複合体である（Ａｂｂａｓ ａｎｄ Ｌｉｃｈｔｍａｎ，２００３；Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．，ｐ１７２及び１７８，１９９９を参照）。哺乳類において、この複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、及びＣＤ３ζ鎖のホモ二量体を含む。ＣＤ３γ、ＣＤ３δ及びＣＤ３ε鎖は、単一の免疫グロブリンドメインを含有する、免疫グロブリンスーパーファミリーにおける高関連性の細胞表面タンパク質である。ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及びＣＤ３εの膜貫通領域は負に帯電しており、この特徴が、これらの鎖と正に帯電したＴ細胞受容体鎖との会合を可能にする。ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及びＣＤ３εの細胞内尾部は、それぞれ、免疫受容体チロシン活性化モチーフまたはＩＴＡＭとして知られている単一の保存モチーフを含有し、一方各ＣＤ３ζ鎖は３つずつ有する。理論に拘泥することは望まないが、ＩＴＡＭはＴＣＲ複合体のシグナリング能力にとって重要であると考えられている。本開示で使用するＣＤ３は、ヒト、マウス、ラット、またはその他の動物を含めた様々な動物種からのものであり得る。
本明細書で使用する「ＴＣＲ複合体」とは、ＣＤ３とＴＣＲとの会合により形成される複合体を指す。例えば、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζのホモ二量体、ＴＣＲα鎖、及びＴＣＲβ鎖から構成され得る。代替的に、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζのホモ二量体、ＴＣＲγ鎖、及びＴＣＲδ鎖から構成され得る。
本明細書で使用する「ＴＣＲ複合体の構成要素」とは、ＴＣＲ鎖（すなわち、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲγ、もしくはＴＣＲδ）、ＣＤ３鎖（すなわち、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤ３ζ）、または２つ以上のＴＣＲ鎖もしくはＣＤ３鎖によって形成された複合体（例えば、ＴＣＲα及びＴＣＲβの複合体、ＴＣＲγ及びＴＣＲδの複合体、ＣＤ３ε及びＣＤ３δの複合体、ＣＤ３γ及びＣＤ３εの複合体、もしくはＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及び２つのＣＤ３ε鎖のサブＴＣＲ複合体）を指す。
本明細書で使用する「結合ドメイン」（「結合領域」または「結合部分」とも呼ばれる）とは、標的（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＭＨＣ複合体）と特異的かつ非共有結合的に会合、合体、または化合する能力を有する分子またはその一部分（例えば、ペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、タンパク質）を指す。結合ドメインには、生物学的分子、分子複合体（すなわち、２つ以上の生物学的分子を含む複合体）、またはその他の目的標的に対する任意の天然存在、合成、半合成、または組換え産生された結合パートナーが含まれる。例示的な結合ドメインとしては、１本鎖免疫グロブリン可変領域（例えば、ｓｃＴＣＲ、ｓｃＦｖ）、受容体外部ドメイン、リガンド（例えば、サイトカイン、ケモカイン）、または生物学的分子、分子複合体、もしくはその他の目的標的に結合する特定の能力について選択された合成ポリペプチドが挙げられる。
本明細書で使用する「特異的に結合する」または「〜に対し特異的」とは、親和性またはＫａ（すなわち、１／Ｍの単位を用いた特定の結合相互作用の平衡会合定数）が１０５Ｍ−１（この会合反応におけるオン速度［ｋｏｎ］のオフ速度［ｋｏｆｆ］に対する比率に等しい）以上である、結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ受容体）または結合ドメイン（もしくはその融合タンパク質）と標的分子との会合または合併であって、他の任意の分子または構成要素と有意に会合または合併しない、会合または合併を指す。結合タンパク質または結合ドメイン（もしくはその融合タンパク質）は、「高親和性」の結合タンパク質または結合ドメイン（もしくはその融合タンパク質）としても「低親和性」の結合タンパク質または結合ドメイン（もしくはその融合タンパク質）としても分類され得る。「高親和性」の結合タンパク質または結合ドメインとは、少なくとも１０７Ｍ−１、少なくとも１０８Ｍ−１、少なくとも１０９Ｍ−１、少なくとも１０１０Ｍ−１、少なくとも１０１１Ｍ−１、少なくとも１０１２Ｍ−１、または少なくとも１０１３Ｍ−１のＫａを有する結合タンパク質または結合ドメインを指す。「低親和性」結合タンパク質または結合ドメインとは、最大１０７Ｍ−１、最大１０６Ｍ−１、最大１０５Ｍ−１のＫａを有する結合タンパク質または結合ドメインを指す。代替的に、親和性は、Ｍの単位を用いた特定の結合相互作用の平衡解離定数（Ｋｄ）（例えば、１０−５Ｍ〜１０−１３Ｍ）として定義され得る。
ある特定の実施形態において、受容体または結合ドメインは「強化された親和性」を有し得、これは、標的抗原に対する結合が野生型（または親）結合ドメインよりも強力な、選択または操作された受容体または結合ドメインを指す。例えば、強化された親和性は、標的抗原に対するＫａ（平衡会合定数）が野生型の結合ドメインよりも高いことに起因することもあれば、標的抗原に対するＫｄ（解離定数）が野生型の結合ドメインのＫｄよりも低いことに起因することもあれば、標的抗原に対するオフ速度（ｋｏｆｆ）が野生型の結合ドメインのオフ速度よりも低いことに起因することもあれば、これらの組合せであることもある。ある特定の実施形態において、強化された親和性のＴＣＲは、特定の宿主細胞、例えば、Ｔ細胞における発現を強化するように、コドン最適化され得る（Ｓｃｈｏｌｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１９：１３５，２００６）。
特定の標的に特異的に結合する本開示の結合ドメインを同定するための、及び結合ドメインまたは融合タンパク質の親和性を定量するためのアッセイは様々なものが知られており、例えば、ウェスタンブロット法、ＥＬＩＳＡ、解析用超遠心分離法、分光法、表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））解析法がある（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５１：６６０，１９４９；Ｗｉｌｓｏｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９５：２１０３，２００２；Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：２５６０，１９９３；及び米国特許第５，２８３，１７３号、第５，４６８，６１４号、または等価物を参照）。
「ＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質」という用語は、ＭＡＧＥ−Ａ１またはそのペプチドもしくは断片に特異的に結合するタンパク質またはポリペプチドを指す。一部の実施形態において、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質またはポリペプチドは、ＭＡＧＥ−Ａ１またはそのペプチド、例えば、ＭＨＣまたはＨＬＡ分子と複合体化したＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドに、例えば、細胞表面上で、少なくとも特定の親和性で、または少なくともおよそ特定の親和性で結合する。ある特定の実施形態において、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質は、ＭＡＧＥ−Ａ１由来ペプチド：ＨＬＡ複合体（またはＭＡＧＥ−Ａ１由来ペプチド：ＭＨＣ複合体）に、約１０−８Ｍ未満、約１０−９Ｍ未満、約１０−１０Ｍ未満、約１０−１１Ｍ未満、約１０−１２Ｍ未満、もしくは約１０−１３Ｍ未満のＫｄで、または、例えば、本明細書で提供されるＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＴＣＲのいずれかのような、本明細書で提供される例示的なＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質により、同じアッセイによる測定で示される親和性とおよそ同じ、少なくともおよそ同じ、もしくはそれより大きいかおよそそれくらいの親和性で、結合する。ある特定の実施形態において、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質は、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質またはその結合部分を含む。
親和性、または見かけ上の親和性、または相対的親和性を評価するためのアッセイとしては、例えば、様々な濃度の四量体への結合を、例えば標識四量体を用いたフローサイトメトリーによって評価することによる、ＴＣＲに対する（またはＴＣＲから誘導される結合ドメインを含む結合タンパク質に対する）見かけ上の親和性の測定が挙げられる。一部の例において、ＴＣＲの見かけ上のＫＤは、様々な濃度の標識四量体の２倍希釈物を用いて測定され、その後に非線形回帰によって結合曲線が決定され、見かけ上のＫＤは、最大半量の結合をもたらすリガンドの濃度として決定される。
「ＭＡＧＥ−Ａ１結合ドメイン」または「ＭＡＧＥ−Ａ１結合断片」という用語は、特異的ＭＡＧＥ−Ａ１結合を担うＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質のドメインまたは一部分を指す。ＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合ドメイン単体（すなわち、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質の他のいかなる部分も伴わない）は可溶性であり得、ＭＡＧＥ−Ａ１に、約１０−８Ｍ未満、約１０−９Ｍ未満、約１０−１０Ｍ未満、約１０−１１Ｍ未満、約１０−１２Ｍ未満、または約１０−１３Ｍ未満のＫＤで結合することができる。例示的なＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合ドメインとしては、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ｓｃＴＣＲ（例えば、１本鎖αβＴＣＲタンパク質、例えば、Ｖα−Ｌ−Ｖβ、Ｖβ−Ｌ−Ｖα、Ｖα−Ｃα−Ｌ−Ｖα、またはＶα−Ｌ−Ｖβ−Ｃβ（Ｖα及びＶβは、それぞれＴＣＲα及びβ可変ドメインであり、Ｃα及びＣβは、それぞれＴＣＲα及びβ定常ドメインであり、Ｌはリンカーである））、ならびに本明細書に記載のｓｃＦｖ断片が挙げられ、これらは、抗ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲまたは抗体から誘導され得る。
抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞、マクロファージ、リンパ球、またはその他の細胞タイプ）による抗原処理の原理、及びＡＰＣによるＴ細胞への抗原提示（免疫適合性（例えば、抗原提示に関係するＭＨＣ遺伝子の少なくとも１つのアレル形態を共有する）ＡＰＣとＴ細胞との間の主要組織適合複合体（ＭＨＣ）制限提示を含む）の原理は、十分に確立されている（例えば、Ｍｕｒｐｈｙ，Ｊａｎｅｗａｙ’ｓ Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（８ｔｈ Ｅｄ．）２０１１ Ｇａｒｌａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，ＮＹ；ｃｈａｐｔｅｒｓ ６，９ ａｎｄ １６を参照）。例えば、サイトゾル内で生じる処理済み抗原ペプチド（例えば、腫瘍抗原、細胞内病原体）は、概して約７アミノ酸〜約１１アミノ酸長であり、クラスＩ ＭＨＣ分子と会合するが、一方小胞系で処理されたペプチド（例えば、細菌、ウイルス）は、約１０アミノ酸〜約２５アミノ酸と長さが様々であり、クラスＩＩ ＭＨＣ分子と会合する。
「ＭＡＧＥ−Ａ１抗原」または「ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド抗原」とは、長さが約７アミノ酸〜約１５アミノ酸の範囲の天然または合成により産生されたＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質の一部分を指し、これはＭＨＣ（例えば、ＨＬＡ）分子との複合体を形成することができ、このような複合体は、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＭＨＣ（例えば、ＨＬＡ）複合体に対し特異的なＴＣＲと結合することができる。
「リンカー」とは、２つのタンパク質、ポリペプチド、ペプチド、ドメイン、領域、またはモチーフを接続するアミノ酸配列を指し、リンカーは、２つのサブ結合ドメインの相互作用に適合性のスペーサー機能を提供して、得られるポリペプチドが、標的分子に対する特異的結合親和性を保持する（例えば、ｓｃＴＣＲ）、またはシグナリング活性を保持する（例えば、ＴＣＲ複合体）ようにすることができる。ある特定の実施形態において、リンカーは、約２〜約３５アミノ酸から構成され、例えば、または約４〜約２０アミノ酸、または約８〜約１５アミノ酸、または約１５〜約２５アミノ酸から構成される。
「接合部アミノ酸（ｊｕｎｃｔｉｏｎ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ）」または「接合部アミノ酸残基」とは、ポリペプチドにおける２つの隣接するモチーフ間、領域間、またはドメイン間の、例えば、結合ドメインと隣接する定常ドメインとの間、またはＴＣＲ鎖と隣接する自己切断ペプチドとの間の１つ以上（例えば、約２〜１０）のアミノ酸残基を指す。接合部アミノ酸は、融合タンパク質のコンストラクト設計からもたらされ得る（例えば、融合タンパク質をコードする核酸分子の構築中に制限酵素部位を使用することから得られるアミノ酸残基）。
「改変ドメイン」または「改変タンパク質」とは、野生型のモチーフ、領域、ドメイン、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質（例えば、野生型のＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、ＴＣＲα定常ドメイン、ＴＣＲβ定常ドメイン）に対し、少なくとも８５％の同一でない配列同一性（例えば、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％）を有するモチーフ、領域、ドメイン、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質を指す。
本明細書で使用する「核酸」または「核酸分子」または「ポリヌクレオチド」とは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、オリゴヌクレオチド、例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）またはｉｎ ｖｉｔｒｏ翻訳によって生成された断片、及びライゲーション、切断、エンドヌクレアーゼ作用、またはエキソヌクレアーゼ作用のうちのいずれかによって生成された断片、のうちのいずれかを指す。ある特定の実施形態において、本開示の核酸は、ＰＣＲによって産生される。核酸は、天然存在のヌクレオチド（例えば、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチド）、天然存在のヌクレオチドのアナログ（例えば、天然存在のヌクレオチドのαエナンチオマー形態）、または両方の組合せである単量体から構成され得る。修飾ヌクレオチドは、糖部分、またはピリミジンもしくはプリン塩基部分内に修飾を有するか、またはこれらの置換えを有し得る。核酸単量体は、ホスホジエステル結合またはこのような結合のアナログにより結合され得る。ホスホジエステル結合のアナログとしては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｓｅｌｅｎｏａｔｅ）、ホスホロジセレノエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｄｉｓｅｌｅｎｏａｔｅ）、ホスホロアニロチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｎｉｌｏｔｈｉｏａｔｅ）、ホスホルアニリデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｎｉｌｉｄａｔｅ）、ホスホルアミデートなどが挙げられる。核酸分子は、１本鎖であっても２本鎖であってもよい。
「単離された」という用語は、材料が、材料の元の環境（例えば、材料が天然に存在する場合は自然環境）から取り出されることを意味する。例えば、生きている動物内に存在する天然存在の核酸またはポリペプチドは単離されていないが、自然系内に共存する材料の一部または全てから分離した同じ核酸またはポリペプチドは単離されている。このような核酸はベクターの一部になり得、及び／またはこのような核酸またはポリペプチドは組成物（例えば、細胞可溶化物）の一部になり得るが、このようなベクターまたは組成物が核酸またはポリペプチドにとっての自然環境の一部ではないという点において、このような核酸は依然として単離されている。「遺伝子」という用語は、ポリペプチド鎖の産生に関与するＤＮＡのセグメントを意味し、遺伝子は、コード領域の前及び後に「リーダー及びトレーラー」領域を含み、さらに個別のコードセグメント（エクソン）間に介在配列（イントロン）を含む。
本明細書で使用する「修飾された」、「操作された」、または「組換え」という用語は、人の介入により遺伝子的に操作された、すなわち、外来もしくは異種の核酸分子の導入により修飾された、細胞、微生物、核酸分子、もしくはベクターを指し、または、内在の核酸分子もしくは遺伝子の発現が調節されている、制御解除されている、または構成的であるように改変された細胞もしくは微生物を指す。ヒトにより生成される遺伝子改変としては、例えば、１つ以上のタンパク質もしくは酵素をコードする核酸分子（これには、プロモーターのような発現調節エレメントが含まれ得る）を導入する修飾、またはその他の核酸分子の付加、欠失、置換、または細胞の遺伝子材料に対するその他の機能的な破壊もしくは追加が挙げられ得る。例示的な修飾としては、参照分子または親分子からの異種または相同のポリペプチドのコード領域またはその機能的断片における修飾が挙げられる。
本明細書で使用する「変異」とは、参照または野生型の核酸分子またはポリペプチド分子と比較しての、それぞれ核酸分子またはポリペプチド分子の配列の変化を指す。変異は、ヌクレオチド（複数可）またはアミノ酸（複数可）の置換、挿入、または欠失を含めた、配列におけるいくつかの異なるタイプの変化をもたらし得る。ある特定の実施形態において、変異は、１つもしくは３つのコドンもしくはアミノ酸の置換、１つ〜約５つのコドンもしくはアミノ酸の欠失、またはこれらの組合せである。
「保存的置換」とは、当技術分野では、あるアミノ酸の、同様の特性を有する別のアミノ酸に対する置換として認識されている。例示的な保存的置換は、例えば、ＷＯ９７／０９４３３の１０ページ；Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ；Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．ＮＹ，ＮＹ，ｐｐ．７１−７７，１９７５；及びＬｅｗｉｎ，Ｇｅｎｅｓ ＩＶ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｐｒｅｓｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ，ｐ．８，１９９０で説明されている。アミノ酸の保存的置換は、天然に生じる場合もあれば、結合タンパク質またはＴＣＲが組換えにより産生されたときに導入される場合もある。アミノ酸の置換、欠失、及び付加は、当技術分野で公知の変異誘発法を用いてタンパク質に導入することができる（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，２００１を参照）。オリゴヌクレオチド指向の部位特異的（またはセグメント特異的）変異誘発手順を用いて、所望の置換、欠失、または挿入に応じて改変された特定のコドンを有する改変ポリヌクレオチドをもたらすことができる。代替的に、ランダムまたは飽和の変異誘発技法、例えば、アラニンスキャニング変異誘発、エラープローンポリメラーゼ連鎖反応変異誘発、及びオリゴヌクレオチド指向変異誘発を使用して、免疫原ポリペプチドバリアントを調製することができる（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（上記）を参照）。
「コンストラクト」という用語は、組換え核酸分子を含有する任意のポリヌクレオチドを指す。コンストラクトは、ベクター（例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター）内に存在する場合もあれば、ゲノム内に組み込まれる場合もある。
「ベクター」とは、別の核酸分子を輸送可能な核酸分子である。ベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ウイルス、ＲＮＡベクター、または直鎖状もしくは環状のＤＮＡもしくはＲＮＡ分子（染色体性、非染色体性、半合成、もしくは半合成の核酸分子が含まれ得る）であり得る。例示的なベクターは、自己複製可能なもの、または自らが結合している核酸分子を発現可能なもの（発現ベクター）である。
「作用可能に結合した」または「作用的に結合した」という用語は、２つ以上の核酸分子が、単一の核酸分子または断片上で、一方の機能が他方の機能の影響を受けるように会合することを指す。例えば、プロモーターは、コード配列の発現に影響を及ぼすことが可能である（すなわち、コード配列がプロモーターの転写調節下にある）とき、そのコード配列と作用可能に結合している。「非結合」とは、会合している遺伝子エレメントが、互いに密接に関連しておらず、一方の機能が他方に影響を及ぼさないことを意味する。
本明細書で使用する「発現ベクター」とは、好適な宿主内で核酸分子の発現に影響を及ぼすことが可能な好適な調節配列に作用可能に結合した核酸分子を含有する、ＤＮＡコンストラクトを指す。このような調節配列としては、転写に影響を及ぼすプロモーター、このような転写を調節する任意選択のオペレーター配列、好適なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写及び翻訳の終結を調節する配列が挙げられる。ベクターは、プラスミド、ファージ粒子、ウイルス、または単に潜在的なゲノム挿入物であり得る。ベクターは、ひとたび好適な宿主に形質転換されると、宿主ゲノムに非依存的に複製及び機能する場合もあれば、一部の場合には、ゲノム自体に組み込まれる場合もある。本明細書において、「プラスミド」、「発現プラスミド」、「ウイルス」、及び「ベクター」は、しばしば互換的に使用される。
本明細書で使用する「発現」という用語は、遺伝子のような核酸分子のコード配列に基づいて、ポリペプチドが産生されるプロセスを指す。当該プロセスとしては、転写、転写後調節、転写後修飾、翻訳、翻訳後調節、翻訳後修飾、またはこれらの任意の組合せが挙げられ得る。
核酸分子を細胞内に挿入する文脈における「導入される」という用語は、「トランスフェクション」、または「形質転換」、または「形質導入」を意味し、核酸分子が真核または原核細胞内に組み込まれることへの言及を含み、核酸分子は、細胞のゲノム（例えば、染色体、プラスミド、プラスチド、またはミトコンドリアＤＮＡ）内に組み込まれる場合もあれば、自律レプリコンに変換される場合もあれば、一過性に発現する（例えば、トランスフェクションｍＲＮＡ）場合もある。
本明細書で使用する「異種」または「外来」の核酸分子、コンストラクト、または配列とは、宿主細胞に対しネイティブではないが、宿主細胞からのポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの一部分に対し相同であり得る、ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの一部分を指す。異種または外来のポリヌクレオチド、コンストラクト、または配列の供給源は、異なる属または種からのものであり得る。ある特定の実施形態において、異種または外来の（すなわち、内在またはネイティブでない）ポリヌクレオチドは、例えば、結合体化、形質転換、トランスフェクション、エレクトロポレーションなどにより、宿主細胞または宿主ゲノムに加えられ、加えられた分子は、宿主ゲノム内に組み込まれるか、または染色体外遺伝子材料として（例えば、プラスミドまたはその他の自己複製ベクター形態として）存在し得、複数の複製物内に存在し得る。加えて、「異種」とは、宿主細胞が相同なタンパク質または活性をコードする場合であっても、宿主細胞内に導入された外来のポリヌクレオチドによってコードされる、ネイティブでない酵素、タンパク質、またはその他の活性を指す。
本明細書で説明されているように、２つ以上の異種または外来の核酸分子は、別々のポリヌクレオチドとして、複数の個別に調節された遺伝子として、ポリシストロニックなポリヌクレオチドとして、融合タンパク質をコードする単一の核酸分子として、またはこれらの任意の組合せで、宿主細胞内に導入することができる。例えば、本明細書で開示されているように、宿主細胞は、ＭＡＧＥ−Ａ１抗原ペプチドに対し特異的な所望のＴＣＲ（例えば、ＴＣＲα及びＴＣＲβ）をコードする２つ以上の異種または外来のポリヌクレオチドを発現するように修飾され得る。２つ以上の外来の核酸分子が宿主細胞内に導入されたとき、２つ以上の外来の核酸分子は、単一のポリヌクレオチドとして（例えば、単一のベクター上で）、別々のベクター上で、単一の部位もしくは複数の部位にて宿主染色体内に組み込まれて、またはこれらの任意の組合せで導入され得ると理解されている。言及される異種の核酸分子またはタンパク質活性の数は、コードする核酸分子の数またはタンパク質活性の数を指し、宿主細胞内に導入された別々のポリヌクレオチドの数を指すわけではない。
本明細書で使用する「内在」または「ネイティブ」という用語は、宿主細胞内に通常存在する遺伝子、タンパク質、または活性を指す。さらに、親の遺伝子、タンパク質、または活性との比較における変異、過剰発現、シャッフル、重複、または他の方法による改変が行われた遺伝子、タンパク質、または活性は、その特定の宿主細胞に対し、依然内在的またはネイティブであるとみなされる。例えば、第１の遺伝子（例えば、プロモーター、翻訳減衰配列）からの内在的調節配列は、第２のネイティブな遺伝子または核酸分子の発現を改変または制御するのに使用することができ、この第２のネイティブな遺伝子または核酸分子の発現または制御は、親細胞における通常の発現または制御とは異なる。
「相同」または「ホモログ」という用語は、宿主の細胞、種、または株に見いだされるまたはこれらから誘導される分子または活性を指す。例えば、異種または外来の核酸分子は、ネイティブな宿主細胞遺伝子に対し相同であり得、また任意選択により、改変された発現レベル、異なる配列、改変された活性、またはこれらの任意の組合せを有し得る。
本明細書で使用する「配列同一性」とは、配列をアラインメントしギャップを導入して、必要な場合は最大パーセント配列同一性を達成した後に、１つの配列内での、もう１つの参照ポリペプチド配列内のアミノ酸残基と同一であるアミノ酸残基のパーセンテージを指し、いかなる保存的置換も配列同一性の一部として考慮しない。パーセンテージ配列同一性の値は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９７）“Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ ａｎｄ ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：ａ ｎｅｗ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｄａｔａｂａｓｅ ｓｅａｒｃｈ ｐｒｏｇｒａｍｓ”，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２により定義されたＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ２．０ソフトウェアを用いて生成することができ、パラメーターはデフォルト値に設定する。
本明細書で使用する「造血前駆細胞」とは、造血幹細胞または胎児組織から誘導することができ、成熟細胞タイプ（例えば、免疫系細胞）へのさらなる分化が可能な細胞である。例示的な造血前駆細胞としては、ＣＤ２４Ｌｏ Ｌｉｎ− ＣＤ１１７＋表現型を有する細胞、または胸腺内に見いだされる細胞（前駆胸腺細胞と呼ばれる）が挙げられる。
本明細書で使用する「宿主」という用語は、目的ポリペプチド（例えば、高いまたは強化された親和性の抗ＭＡＧＥ−Ａ１ ＴＣＲ）を産生する異種または外来の核酸分子を用いた遺伝子修飾の標的となる細胞（例えば、Ｔ細胞）または微生物を指す。ある特定の実施形態において、宿主細胞は、任意選択により、異種または外来のタンパク質の生合成に関連するまたは関連しない所望の特性をもたらす他の遺伝子修飾（例えば、検出可能マーカー、欠失、改変、または切断された内在的ＴＣＲ、共刺激因子発現の増大）を既に有してもよく、またはこのような遺伝子修飾を含むように修飾されてもよい。ある特定の実施形態において、宿主細胞は、ＭＡＧＥ−Ａ１抗原ペプチドに対し特異的なＴＣＲα鎖をコードする異種または外来の核酸分子を形質導入した、ヒト造血前駆細胞である。
本明細書で使用する「過剰増殖障害」とは、正常細胞または病的でない細胞との比較における過度の成長または増殖を指す。例示的な過剰増殖障害としては、腫瘍、がん、新生物性組織、癌腫、肉腫、悪性細胞、前悪性細胞、及び非新生物性または非悪性の過剰増殖障害（例えば、腺腫、線維腫、脂肪腫、平滑筋腫、血管腫、線維症、再狭窄、及び自己免疫疾患、例えば、関節リウマチ、変形性関節症、乾癬、炎症性腸疾患など）が挙げられる。
ＭＡＧＥ−Ａ１抗原ペプチドに対し特異的な結合タンパク質
ある特定の態様において、本開示は、ＭＡＧＥ−Ａ１またはＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド抗原、例えば、ＨＬＡ分子と複合体化したＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドに対し特異的に結合する結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、１本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、またはＣＡＲ）をコードする異種ポリヌクレオチドを含む修飾細胞を提供する。
背景として、免疫療法の理想的な標的は、悪性組織における高発現及び正常組織における限定発現〜無発現を伴う免疫原性タンパク質である。がん／精巣抗原（ＣＴＡ）として知られている固有の一群は、様々な悪性組織で発現するが、精巣の生殖細胞を除く健康な成体組織での発現が低レベルであることから、有望な免疫療法標的として同定されている（Ａｄｅｍｕｙｉｗａ ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，７（６）：ｅ３８７８３（２０１２）；Ｂａｄｏｖｉｎａｃ Ｃｒｎｊｅｖｉｃ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｄ Ｏｎｃｏｌ．，２９（３）：１５８６−９１（２０１２）；Ｃｕｒｉｇｌｉａｎｏ，Ｇ．ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｏｎｃｏｌ．，２２（１）：９８−１０３（２０１１））。さらに、ＣＴＡは、より高グレードの病変及びアグレッシブな悪性腫瘍で特に発現し、不十分な臨床成績を伴う（Ｂａｒｒｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，１２（３ Ｐｔ １）：７６４−７１（２００６）；Ｇｕｒｅ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，１１（２２）：８０５５−６２（２００５）；Ｖｅｌａｚｑｕｅｚ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎ．，７：１１（２００７））。ＭＡＧＥファミリータンパク質は、メラノーマ、肺、卵巣、多発性骨髄腫、及びＴＮＢＣのような多くの腫瘍タイプで広く発現するＣＴＡである。Ｓｉｍｐｓｏｎ，Ａ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ／ｔｅｓｔｉｓ ａｎｔｉｇｅｎｓ，ｇａｍｅｔｏｇｅｎｅｓｉｓ ａｎｄ ｃａｎｃｅｒ，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ，２００５．５（８）：６１５−２５；Ｗｅｏｎ，Ｊ．Ｌ．ａｎｄ Ｐ．Ｒ．Ｐｏｔｔｓ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，２０１５．３７：１−８；Ｐａｒｋ，Ｔ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ，２０１６．３９（１）：１−７；Ｌｉ，Ｘ．，Ｓ．Ｃ．Ｈｕｇｈｅｓ，ａｎｄ Ｒ．Ｗｅｖｒｉｃｋ，Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅｔ，２０１５．２０８（１−２）：２５−３４；Ｋｅｒｋａｒ，Ｓ．Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ，２０１６．３９（４）：１８１−７．詳細には、ＭＡＧＥ−Ａ１は、ＴＮＢＣ症例全体（ｎ＝８１）の６９．１％、及びグレードＩＩＩ症例の８５．７％で発現している。Ｍｒｋｌｉｃ，Ｉ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ，２０１４．１１６（５）：７４０−６．加えて、メラノーマ細胞株からのエビデンスからは、ＭＡＧＥ−Ａ１が腫瘍形成を直接駆動することが示唆される。Ｗａｎｇ，Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ，２０１６．４７３（４）：９５９−６５．
ある特定の実施形態において、本開示の結合タンパク質は、（ａ）配列番号２６、３２、３８、４４、５０、もしくは５１のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）α鎖可変（Ｖα）ドメイン、及びＴＣＲβ鎖可変（Ｖβ）ドメイン；（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、または４７のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＶβドメイン、及びＶαドメイン；または（ｃ）配列番号２６、３２、３８、４４、５０、もしくは５１のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＶαドメイン、及び配列番号２３、２９、３５、４１、または４７のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＶβドメインを含む。
ペプチド−ＭＨＣ複合体、例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＭＨＣ複合体は、ＴＣＲ Ｖα及びＴＣＲ Ｖβドメインに認識され、かつこれらを通じて結合する。リンパ球が発生する間、Ｖαエクソンは、異なる可変及び連結遺伝子セグメント（Ｖ−Ｊ）から組み立てられ、Ｖβエクソンは、異なる可変、多様性、及び連結遺伝子セグメント（Ｖ−Ｄ−Ｊ）から組み立てられる。ＴＣＲα染色体座位は、７０〜８０個の可変遺伝子セグメントと、６１個の連結遺伝子セグメントとを有する。ＴＣＲβ染色体座位は、５２個の可変遺伝子セグメントと、２つの別々のクラスターであって、各々が単一の多様性遺伝子セグメントを６または７個の連結遺伝子セグメントと共に含有する、クラスターとを有する。機能的なＶα及びＶβ遺伝子エクソンは、Ｖαについては、可変遺伝子セグメントを連結遺伝子セグメントと共に組み換え、Ｖβについては、可変遺伝子セグメントを多様性遺伝子セグメント及び連結遺伝子セグメントと共に組み換えることによって生成される。
ＴＣＲ Ｖα及びＶβドメインはそれぞれ、ペプチド−ＭＨＣ複合体に接触する３つの超可変ループ（相補性決定領域（ＣＤＲ）とも呼ばれる）を含む。ＣＤＲ１及びＣＤＲ２は、可変遺伝子セグメント内でコードされ、一方ＣＤＲ３は、Ｖαについては可変及び連結セグメントにまたがる領域によって、Ｖβについては可変、多様性、及び連結セグメントにまたがる領域によってコードされる。したがって、ＶαまたはＶβの可変遺伝子セグメントが（例えば、既知のＴＲＡＶまたはＴＲＶＢアレルによって）既知である場合、これらの対応するＣＤＲ１及びＣＤＲ２の配列を推測することができる。さらに、本開示のＭＡＧＥ−Ａ１に対し特異的な高親和性ＴＣＲ可変領域（例えば、高親和性ＣＤＲ３配列を有することにより同定されるもの）のいくつかは、選択ＴＣＲαアレルまたはＴＣＲβアレルによってコードされる。ある特定の実施形態において、コードされた結合ドメインは、ＴＲＢＶ３０アレル、ＴＲＢＶ２９アレル、またはＴＲＢＶ９アレルから誘導されるＶβドメインを含む。一部の実施形態において、コードされた結合ドメインは、ＴＲＡＶ３８−１アレル、ＴＲＡＶ３４アレル、ＴＲＡＶ１６アレル、またはＴＲＡＶ５アレルから誘導されるＶαドメインを含む。
ＴＣＲ可変ドメイン配列は、ナンバリングスキーム（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（ＩＭＧＴ）及びＡｈｏ）に対しアラインメントすることができ、これにより等価の残基位置にはアノテーションを付し、異なる分子についてはＡｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ Ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ（ＡＮＡＲＣＩ）ソフトウェアツール（２０１６，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １５：２９８−３００）を用いて比較することができる。ナンバリングスキームは、ＴＣＲ可変ドメイン内のフレームワーク領域及びＣＤＲの標準化された描写を提供する。
ある特定の実施形態において、結合タンパク質は、本明細書で開示されている参照アミノ酸配列に比べて機能的な可変アミノ酸配列を含み、コードされた結合タンパク質は、参照アミノ酸配列を含む結合タンパク質に比べて、結合特徴を保持する。例えば、一部の実施形態において、コードされたＶαドメインは、配列番号３、７、１１、１５、及び１９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対し少なくとも約９０％同一である（例えば、少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、または１００％同一である）アミノ酸配列を含み、コードされたＶβドメインは、配列番号１、５、９、１３、１７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対し少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を含み、ただし、（ａ）ＣＤＲのうちの少なくとも３つまたは４つが配列の変化を有さず、配列の変化を有するＣＤＲが、最大２つのアミノ酸置換、最大５つ連続するアミノ酸欠失、またはこれらの組合せを有するにとどまり、（ｂ）コードされた結合タンパク質が、ＣＤ８に非依存的に、またはＣＤ８の不在下で、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＨＬＡ細胞表面複合体に対し、依然として特異的に結合可能であることを条件とする。
特定の実施形態において、（ａ）Ｖαドメインは、（ｉ）配列番号２４、３０、３６、４２、及び４８のいずれか１つに記載のＣＤＲ１アミノ酸配列、及び／または（ｉｉ）配列番号２５、３１、３７、４３、及び４９のいずれか１つに記載のＣＤＲ２アミノ酸配列を含み；及び／または（ｂ）コードされたＶβドメインは、（ｉｉｉ）配列番号２１、２７、３３、３９、及び４５のいずれか１つに記載のＣＤＲ１アミノ酸配列、及び／または（ｉｖ）配列番号２２、２８、３４、４０、及び４６のいずれか１つに記載のＣＤＲ２アミノ酸配列を含む。さらなる実施形態において、コードされた結合タンパク質は、（ａ）配列番号２４〜２６にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号２１〜２３にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列；（ｂ）配列番号３０〜３２にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号２７〜２９にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列；（ｃ）配列番号３６〜３８にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号３３〜３５にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列；（ｄ）配列番号４２〜４４にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号３９〜４１にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列；または（ｅ）配列番号４８〜５０にそれぞれ記載のＶα ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列、ならびに配列番号４５〜４７にそれぞれ記載のＶβ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態において、Ｖαドメインは、配列番号３、７、１１、１５、または１９に記載のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。さらなる実施形態において、コードされたＶβドメインは、配列番号１、５、９、１３、または１７に記載のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる。
一部の実施形態において、結合タンパク質は、ＴＣＲα鎖定常ドメイン、ＴＣＲβ鎖定常ドメイン、または両方を含む。ある特定の実施形態において、ＴＣＲα鎖定常（Ｃα）ドメインは、配列番号４、８、１２、１６、または２０のいずれか１つのアミノ酸配列に対し、少なくとも９０％の配列同一性を有する。さらなる実施形態において、ＴＣＲβ鎖定常（Ｃβ）ドメインは、配列番号２、６、１０、１４、または１８のアミノ酸配列のいずれか１つに対し、少なくとも９０％の配列同一性を有する。
したがって、一部の実施形態において、本開示の結合は、Ｖαドメイン、Ｖβドメイン、Ｃαドメイン、及びＣβドメインを含む。さらなる実施形態において、結合タンパク質は、配列番号３を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号１を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号４を含むまたはそれからなるＣαドメインと、配列番号２を含むまたはそれからなるＣβドメインとを含む。他の実施形態において、結合タンパク質は、配列番号７を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号５を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号８を含むまたはそれからなるＣαドメインと、配列番号６を含むまたはそれからなるＣβドメインとを含む。さらに他の実施形態において、結合タンパク質は、配列番号１１を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号９を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号１２を含むまたはそれからなるＣαドメインと、配列番号１０を含むまたはそれからなるＣβドメインとを含む。他の実施形態において、結合タンパク質は、配列番号１５を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号１３を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号１６を含むまたはそれからなるＣαと、配列番号１４を含むまたはそれからなるＣβドメインとを含む。さらに他の実施形態において、結合タンパク質は、配列番号１９を含むまたはそれからなるＶαドメインと、配列番号１７を含むまたはそれからなるＶβドメインと、配列番号２０を含むまたはそれからなるＣαドメインと、配列番号１８を含むまたはそれからなるＣβドメインとを含む。
本明細書で開示されているいずれの実施形態においても、結合タンパク質（例えば、可溶性形態の、または本開示の修飾細胞の細胞表面上に発現する結合タンパク質）は、ＣＤ８に非依存的に、またはＣＤ８の不在下で、細胞表面上にＭＡＧＥ−Ａ１：ＨＬＡ−Ａ＊２０１複合体（例えば、ＫＶＬＥＹＶＩＫＶ（配列番号１２３）：ＨＬＡ−Ａ＊２０１複合体）に結合可能である。
ある特定の実施形態において、上述のＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質のいずれも、それぞれＴ細胞受容体（ＴＣＲ）、キメラ抗原受容体、またはＴＣＲの抗原結合断片であり、これらはいずれもキメラ型、ヒト化型、またはヒト型であり得る。さらなる実施形態において、ＴＣＲの抗原結合断片は、１本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。ある特定の実施形態において、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質は、ＴＣＲであり、任意選択によりｓｃＴＣＲである。操作されたＴＣＲを産生するための方法は、例えば、Ｂｏｗｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，４６（１５）：３０００（２００９）で説明されている（当該文献の技法は、参照により本明細書に組み入れられる）。ある特定の実施形態において、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合ドメインは、ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＴＣＲ結合ドメインを含むＣＡＲである（例えば、Ｗａｌｓｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ ７：１０７１３（２０１７）を参照（当該文献のＴＣＲ ＣＡＲコンストラクトは、その全体が参照により本明細書に組み入れられる））。ＣＡＲの作製方法は、例えば、米国特許第６，４１０，３１９号；米国特許第７，４４６，１９１号；米国特許公開第２０１０／０６５８１８号；米国特許第８，８２２，６４７号；ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１４／０３１６８７号；米国特許第７，５１４，５３７号；及びＢｒｅｎｔｊｅｎｓ ｅｔ ａｌ．，２００７，Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１３：５４２６でも説明されている（これらの文献の技法は、参照により本明細書に組み入れられる）。
組換えにより産生された可溶性ＴＣＲの単離及び精製に有用な方法は、例として、組換え可溶性ＴＣＲを培地に分泌する好適な宿主細胞／ベクター系から上清を得ることと、次に市販のフィルターを用いて培地を濃縮することが挙げられ得る。濃縮後、濃縮液は、単一の好適な精製マトリックスまたは一連の好適なマトリックス（例えば、親和性マトリックスまたはイオン交換樹脂）に適用され得る。組換えポリペプチドをさらに精製するために、１回以上の逆相ＨＰＬＣステップを用いることができる。これらの精製方法は、免疫原をその天然環境から単離するときに用いることもできる。本明細書で説明されている単離された／組換え可溶性ＴＣＲのうちの１つ以上を大規模生産するための方法としては、適切な培養要件を維持するための監視及び調節が行われるバッチ細胞培養が挙げられる。可溶性ＴＣＲの精製は、本明細書で説明され当技術分野で公知である、国内外の規制当局の法及びガイドラインに適合する方法に従って実施することができる。
ある特定の実施形態において、ＭＡＧＥ−Ａ１に対し特異的な結合タンパク質または高親和性ＴＣＲをコードする核酸分子は、養子移入療法で使用するための宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）のトランスフェクション／形質導入に使用される。ＴＣＲシークエンシングの進歩が説明されており（例えば、Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １１４：４０９９，２００９；Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌａｔ．Ｍｅｄ．２：４７ｒａ６４，２０１０；Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，（Ｓｅｐｔ．１０）Ｊ．Ｉｍｍ．Ｍｅｔｈ．Ｅｐｕｂ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ，２０１１；Ｗａｒｒｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．２１：７９０，２０１１）、本開示に従って実施形態を実践する過程で用いられてもよい。同様に、所望の核酸を用いたＴ細胞のトランスフェクション／形質導入方法が説明されており（例えば、米国特許出願公開第ＵＳ２００４／００８７０２５号）、同じように所望の抗原特異性のＴ細胞を用いた養子移入手順も説明されており（例えば、Ｓｃｈｍｉｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎ．２０：１２４０，２００９；Ｄｏｓｓｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１７：７４２，２００９；Ｔｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １１２：２２６１，２００８；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１８：７１２，２００７；Ｋｕｂａｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １０９：２３３１，２００７；ＵＳ２０１１／０２４３９７２；ＵＳ２０１１／０１８９１４１；Ｌｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５：２４３，２００７）、そのため、これらの方法論を、本明細書の教示（ＨＬＡ受容体と共に複合体化したＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド抗原に対し特異的な高親和性ＴＣＲに向けたものを含む）に基づいて、本開示の実施形態に適用することが企図されている。
本明細書で説明されているＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質またはドメインは、多数の当技術分野で容認されたＴ細胞活性をアッセイするための方法論（Ｔ細胞結合、活性または誘導の定量を含み、また抗原特異的なＴ細胞応答の定量も含む）のいずれかに従って、機能的に特徴づけることができる。例としては、Ｔ細胞増殖、Ｔ細胞サイトカイン放出、抗原特異的Ｔ細胞刺激、ＭＨＣ制限Ｔ細胞刺激、ＣＴＬ活性（例えば、事前充填した標的細胞からの５１Ｃｒ放出の検出によるもの）、Ｔ細胞表現型マーカー発現における変化、及びその他のＴ細胞機能の尺度の定量が挙げられる。これら及び同様のアッセイを実施するための手順は、例えば、Ｌｅｆｋｏｖｉｔｓ（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍａｎｕａｌ：Ｔｈｅ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｓｏｕｒｃｅｂｏｏｋ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１９９８）に見いだすことができる。また、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ；Ｗｅｉｒ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ（１９８６）；Ｍｉｓｈｅｌｌ ａｎｄ Ｓｈｉｇｉｉ（ｅｄｓ．）Ｓｅｌｅｃｔｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ（１９７９）；Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｒｅｅｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８１：１３０９（１９９８）及び文献内で引用されている参考文献も参照のこと。
「ＭＨＣ−ペプチド四量体染色」とは、ＭＨＣ分子の四量体を特色とする、抗原特異的Ｔ細胞の検出に使用されるアッセイを指し、各ＭＨＣ分子は、少なくとも１つの抗原（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１）と同族である（例えば、同一である、または関連する）アミノ酸配列を有する同一のペプチドを含み、この複合体は、この同族抗原に対し特異的なＴ細胞受容体に結合可能である。各ＭＨＣ分子は、ビオチン分子でタグ付けされ得る。ビオチン化されたＭＨＣ／ペプチドは、蛍光標識することができるストレプトアビジンを添加することにより四量体化される。この四量体は、蛍光標識を介しフローサイトメトリーによって検出することができる。ある特定の実施形態において、ＭＨＣ−ペプチド四量体アッセイは、本開示の強化された親和性のＴＣＲを検出または選択するのに使用される。
サイトカインのレベルは、本明細書で説明され当技術分野で実践されている方法、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＳＰＯＴ、細胞内サイトカイン染色、及びフローサイトメトリー、ならびにこれらの組合せ（例えば、細胞内サイトカイン染色及びフローサイトメトリー）に従って定量することができる。免疫応答の抗原特異的な誘発または刺激からもたらされる免疫細胞の増殖及びクローン発現は、リンパ球（例えば、末梢血細胞またはリンパ節からの細胞の試料中の循環リンパ球）を単離することと、細胞を抗原で刺激することと、サイトカイン生産、細胞増殖、及び／または細胞生存率を、例えば、トリチウム標識されたチミジンまたは非放射性アッセイ（例えば、ＭＴＴアッセイなど）を組み込むことにより測定することと、によって定量することができる。免疫原がＴｈ１免疫応答とＴｈ２免疫応答との間のバランスに及ぼす影響は、例えば、Ｔｈ２サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１２、ＩＬ−２、及びＴＮＦ−β）、ならびに２型サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、及びＩＬ−１３）のレベルを定量することによって、調べることができる。
ポリヌクレオチド及びベクター
別の態様において、本明細書では、単離されたまたは組換えのポリヌクレオチドであって、５Ｔ４に対し特異的な本開示の結合タンパク質（例えば、免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質、例えば、ＴＣＲ、ｓｃＴＣＲ、またはＣＡＲ）をコードし、宿主細胞（例えば、本開示の免疫細胞）における発現にコドン最適化されている、ポリヌクレオチドが提供される。また、本開示のポリヌクレオチドを含むベクター（例えば、発現ベクター）であって、当該ポリヌクレオチドが、発現調節配列（例えば、プロモーター）に対し作用的に会合している、または作用可能に結合している、ベクターも提供される。本開示のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドに対し特異的な結合タンパク質を産生する発現ベクターの構築は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９ ａｎｄ ２００１ ｅｄｉｔｉｏｎｓ；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ）及びＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２００３）で説明されているように、制限エンドヌクレアーゼ消化、ライゲーション、形質転換、プラスミド精製、ＤＮＡシークエンシング、またはこれらの組合せを用いて行うことができる。効率的な転写及び翻訳のため、発現コンストラクトに含まれるポリヌクレオチドは、少なくとも１つの適切な発現調節配列（制御配列とも呼ばれる）、例えば、リーダー配列、特に、本開示の結合タンパク質をコードするヌクレオチド配列に対し作用可能に（すなわち、作用的に）結合しているプロモーターを含む。
核酸は、任意の形態の１本鎖または２本鎖のＤＮＡ、ｃＤＮＡ、またはＲＮＡであり得、互いに相補的な核酸のプラス鎖及びマイナス鎖（アンチセンスＤＮＡ、ｃＤＮＡ、及びＲＮＡを含む）を含んでもよい。また、ｓｉＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、リボザイム、及びその他の様々な天然存在または合成形態のＤＮＡまたはＲＮＡも含まれる。
本明細書で説明されているＭＡＧＥ−Ａ１に対し特異的な結合タンパク質（例えば、免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質）または高親和性組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする、単離されたまたは組換えの核酸分子は、分子生物学またはポリペプチド精製分野における様々な方法及び技法に従って、産生及び調製することができる。
ある特定の実施形態において、ＴＣＲ Ｖαドメイン及びＴＣＲ Ｖβドメインを有する結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、コードされた結合タンパク質が、ＣＤ８に非依存的に、またはＣＤ８の不在下で、細胞表面上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＨＬＡ複合体に対し特異的に結合可能であり、単離されたポリヌクレオチドが、（ａ）配列番号９７、１０３、１０９、１１５、もしくは１２１に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及びＶβコードポリヌクレオチド；（ｂ）配列番号９４、１００、１０６、１１２、もしくは１１８に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及びＶαコードポリヌクレオチド；または（ｃ）配列番号９７、１０３、１０９、１１５、もしくは１２１に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、及び配列番号９４、１００、１０６、１１２、もしくは１１８に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチドを含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。さらなる実施形態において、Ｖβコードポリヌクレオチドは、ＴＲＢＶ３０アレル、ＴＲＢＶ２９アレル、またはＴＲＢＶ９アレルから誘導される。一部の実施形態において、Ｖαコードポリヌクレオチドは、ＴＲＡＶ３８−１アレル、ＴＲＡＶ３４アレル、ＴＲＡＶ１６アレル、またはＴＲＡＶ５アレルから誘導される。
一部の実施形態において、本開示の結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、（ａ）配列番号９７に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド及び配列番号９４に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；（ｂ）配列番号１０３に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド及び配列番号１００に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；（ｃ）配列番号１０９に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド及び配列番号１０６に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；（ｄ）配列番号１１５に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド及び配列番号１１２に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；または（ｅ）配列番号１２１に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド及び配列番号１１８に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドは、さらに、（ａ）配列番号９５、１０１、１０７、１１３、もしくは１１９に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド；（ｂ）配列番号９６、１０２、１０８、１１４、もしくは１２０に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド；（ｃ）配列番号９２、９８、１０４、１１０、もしくは１１６に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド；及び／または（ｄ）配列番号９３、９９、１０５、１１１、もしくは１１７に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチドを含む。
ある特定の実施形態において、本開示の結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドは、（ａ）配列番号９５に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号９６に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号９７に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号９２に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号９３に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号９４に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；（ｂ）配列番号１０１に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１０２に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号１０３に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号９８に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号９９に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号１００に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；（ｃ）配列番号１０７に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１０８に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号１０９に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号１０４に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１０５に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号１０６に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；（ｄ）配列番号１１３に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１１４に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号１１５に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号１１０に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１１１に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号１１２に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド；または（ｅ）配列番号１１９に記載のＶα ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１２０に記載のＶα ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、配列番号１２１に記載のＶα ＣＤＲ３コードポリヌクレオチド、配列番号１１６に記載のＶβ ＣＤＲ１コードポリヌクレオチド、配列番号１１７に記載のＶβ ＣＤＲ２コードポリヌクレオチド、及び配列番号１１８に記載のＶβ ＣＤＲ３コードポリヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、本開示は、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、Ｖαコードポリヌクレオチドが、配列番号５８、６６、７４、８２、または９０に対し少なくとも８０％の同一性（例えば、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、または１００％の同一性）を有するヌクレオチド配列を含み、Ｖβコードポリヌクレオチドが、配列番号５６、６４、７２、８０、または８８に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチドを提供する。さらなる実施形態において、（ａ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号５８に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号５６に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む；（ｂ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号６６に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号６４に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む；（ｃ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号７４に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号７２に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む；（ｄ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号８２に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号８０に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む；または（ｅ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号９０に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号８８に対し少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
特定の実施形態において、（ａ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号５８に記載のヌクレオチド配列を含みもしくはそれからなり、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号５６に記載のヌクレオチド配列を含むもしくはそれからなる；（ｂ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号６６に記載のヌクレオチド配列を含みもしくはそれからなり、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号６４に記載のヌクレオチド配列を含むもしくはそれからなる；（ｃ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号７４に記載のヌクレオチド配列を含みもしくはそれからなり、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号７２に記載のヌクレオチド配列を含むもしくはそれからなる；（ｄ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号８２に記載のヌクレオチド配列を含みもしくはそれからなり、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号８０に記載のヌクレオチド配列を含むもしくはそれからなる；または（ｅ）Ｖαコードポリヌクレオチドは、配列番号９０に記載のヌクレオチド配列を含みもしくはそれからなり、Ｖβコードポリヌクレオチドは、配列番号８８に記載のヌクレオチド配列を含むもしくはそれからなる。
本開示の結合タンパク質コードポリヌクレオチドは、ある特定の実施形態において、さらに、ＴＣＲα鎖定常ドメインをコードするポリヌクレオチド、ＴＣＲβ鎖定常ドメインをコードするポリヌクレオチド、または両方を含む。一部の実施形態において、本開示の結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドは、さらに、（ａ）配列番号５９、６７、７５、８３、もしくは９１に対し少なくとも８０％の同一性を有するＣαドメインコードポリヌクレオチド；及び／または（ｂ）配列番号５７、６５、７３、８１、もしくは８９に対し少なくとも８０％の同一性を有するＣβドメインコードポリヌクレオチドを含む。さらなる実施形態において、Ｃαドメインコードポリヌクレオチドは、配列番号５９、６７、７５、８３、または９１に記載のヌクレオチド配列を含みまたはそれからなり、Ｃβドメインコードポリヌクレオチドは、配列番号５７、６５、７３、８１、または８９に記載のヌクレオチド配列を含むまたはそれからなる。
特定の実施形態において、本開示の結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドは、（ａ）配列番号５８に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号５６に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号５９に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号５７に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチド；（ｂ）配列番号６６に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号６４に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号６７に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号６５に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチド；（ｃ）配列番号７４に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号７２に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号７５に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号７３に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチド；（ｄ）配列番号８２に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号８０に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号８３に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号８１に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチド；または（ｅ）配列番号９０に記載のＶαコードポリヌクレオチド、配列番号８８に記載のＶβコードポリヌクレオチド、配列番号９１に記載のＣαドメインコードポリヌクレオチド、及び配列番号８９に記載のＣβドメインコードポリヌクレオチドを含む。
さらなる実施形態において、本開示の結合タンパク質の２つ以上の置換遺伝子産物は、諸部分が切断可能または除去可能なセグメントによって分かれている単一のペプチドとして発現する。例えば、単一のポリヌクレオチドまたはベクターによってコードされる分離可能なポリペプチドの発現に有用な自己切断ペプチドは、当技術分野において公知であり、例えば、ブタテッショウウイルス−１ ２Ａ（Ｐ２Ａ）ペプチド（例えば、配列番号１２８または１２９のいずれか１つに示されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるペプチド）、Ｔｈｏｓｅａ ａｓｉｇｎａウイルス２Ａ（Ｔ２Ａ）ペプチド（例えば、配列番号１３２に示されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるペプチド）、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）２Ａ（Ｅ２Ａ）ペプチド（例えば、配列番号１３１に示されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるペプチド）、ならびに口蹄疫ウイルス２Ａ（Ｆ２Ａ）ペプチド（例えば、配列番号１３０に示されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるペプチド）が挙げられる。
したがって、ある特定の実施形態において、本開示の結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドは、さらに、ＴＣＲα鎖コードポリヌクレオチドとＴＣＲβ鎖コードポリヌクレオチドとの間に配置される、ＴＣＲ ＶβドメインコードポリヌクレオチドとＴＣＲ Ｖαコードポリヌクレオチドとの間に配置される、もしくはＴＣＲ可変ドメインコードポリヌクレオチドとＴＣＲ定常ドメインコードポリヌクレオチドとの間に配置される、またはこれらの任意の組合せで、自己切断ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、自己切断ペプチドをコードするポリヌクレオチドは、配列番号１２８〜１３２のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含むまたはそれからなる。さらなる実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号１２４〜１２７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むまたはそれからなる自己切断ペプチドをコードする。
また、本明細書では、本開示のポリヌクレオチドを含有するベクターも提供される。目的のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドに対し特異的な結合タンパク質または高親和性の操作されたＴＣＲを組換えにより産生するために使用される発現ベクターの構築は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９ ａｎｄ ２００１ ｅｄｉｔｉｏｎｓ；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ）及びＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２００３）で説明されているように、制限エンドヌクレアーゼ消化、ライゲーション、形質転換、プラスミド精製、及びＤＮＡシークエンシングの使用を含めた任意の好適な分子生物学の操作技法を使用することによって、遂行することができる。効率的な転写及び翻訳を得るため、各組換え発現コンストラクト内のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの適切な発現調節配列、例えば、結合タンパク質をコードするヌクレオチド配列に対し作用可能に（すなわち、作用的に）結合しているプロモーターを含む。加えて、本開示の結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、結合タンパク質（プレ結合タンパク質とも呼ばれる）のアミノ末端におけるリーダー配列をコードする配列も含むことができ、このリーダー配列は、成熟結合タンパク質を産生するために細胞によって除去され得る。
例示的なベクターは、結合している別の核酸分子を輸送可能な、または宿主生物内で複製可能な核酸分子を含むことができる。ベクターの一部の例としては、プラスミド、ウイルスベクター、コスミド、その他が挙げられる。導入された宿主細胞内での自己複製が可能であり得るベクター（例えば、細菌複製開始点を有する細菌ベクター、及びエピソーム哺乳類ベクター）もあれば、宿主細胞のゲノム内に統合され、または宿主細胞に導入されたときにポリヌクレオチド挿入物の組込みを促進し、それにより宿主ゲノムと共に複製し得るベクター（例えば、レンチウイルスベクター）もある。加えて、作用可能に結合している遺伝子の発現を指示することが可能なベクターもある（このようなベクターは「発現ベクター」と呼ばれ得る）。関連する実施形態によれば、１つ以上の薬剤（例えば、本明細書で説明されているようなＭＡＧＥ−Ａ１に対し特異的な結合タンパク質もしくは高親和性組換えＴＣＲ、またはこれらのバリアント）が、対象に同時投与される場合、各薬剤は、別々のベクター内に存在しても同じベクター内に存在してもよく、複数のベクター（各ベクターは異なる薬剤、同じ薬剤を含有する）が細胞または細胞集団に導入されても、対象に投与されてもよい。
ある特定の実施形態において、ＭＡＧＥ−Ａ１に対し特異的な結合タンパク質または高親和性組換えＴＣＲは、ベクターのある特定のエレメントに対し作用的に結合し得る。例えば、ライゲーションしているコード配列の発現及び処理に影響を及ぼす必要のあるポリヌクレオチド配列は、作用的に結合し得る。発現調節配列としては、適切な転写開始、終結、プロモーター、及びエンハンサー配列；効率的なＲＮＡプロセッシングシグナル、例えば、スプライシング及びポリアデニル化シグナル；細胞質ｍＲＮＡを安定化する配列；翻訳効率を強化する配列（すなわち、Ｋｏｚａｋコンセンサス配列）；タンパク質安定性を強化する配列；ならびに、場合によってはタンパク質分泌を強化する配列が挙げられ得る。発現調節配列は、目的遺伝子に、及び途中でまたは離れて目的遺伝子を調節するように作用する発現調節配列に隣接している場合、作用的に結合し得る。ある特定の実施形態において、本開示の結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、ウイルスベクター（例えば、レンチウイルスベクターまたはγレトロウイルスベクター）である発現ベクターに含まれる。
ウイルスベクターとしては、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス（例えば、アデノ随伴ウイルス）、コロナウイルス、マイナス鎖ＲＮＡウイルス、例えば、オルソミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、ラブドウイルス（例えば、狂犬病ウイルス及び水疱性口内炎ウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、麻疹及びセンダイ）、プラス鎖ＲＮＡウイルス、例えば、ピコルナウイルス及びアルファウイルス、ならびに２本鎖ＤＮＡウイルス（アデノウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス１型及び２型、エプスタイン・バーウイルス、サイトメガロウイルス）、ならびにポックスウイルス（例えば、ワクシニア、鶏痘、及びカナリアポックス）を含む）が挙げられる。その他のウイルスとしては、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポバウイルス、ヘパドナウイルス、及び肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例としては、トリ白血病肉腫、哺乳類Ｃ型、Ｂ型ウイルス、Ｄ型ウイルス、ＨＴＬＶ−ＢＬＶ群、レンチウイルス、スプーマウイルスが挙げられる（Ｃｏｆｆｉｎ，Ｊ．Ｍ．，Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ：Ｔｈｅ ｖｉｒｕｓｅｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，Ｉｎ Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｂ．Ｎ．Ｆｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｅｄｓ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ−Ｒａｖｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９６）。
本明細書で使用する「レンチウイルスベクター」とは、遺伝子送達のためのＨＩＶベースのレンチウイルスベクターを意味し、レンチウイルスベクターは、組込み型であっても非組込み型であってもよく、比較的大きなパッケージング容量を有し、様々な異なる細胞タイプを形質導入することができる。レンチウイルスベクターは、通常、３つ（パッケージング、エンベロープ、及び移入）以上のプラスミドを産生細胞内への一過性トランスフェクション後に生成される。ＨＩＶと同様に、レンチウイルスベクターは、ウイルス表面の糖タンパク質と細胞表面上の受容体との相互作用を通じて、標的細胞に進入する。進入の際、ウイルスＲＮＡは、ウイルス逆転写酵素複合体によって媒介される逆転写を経る。逆転写の産物は、２本鎖の直鎖状ウイルスＤＮＡであり、これは感染細胞のＤＮＡへのウイルス組込みのための基質である。
特定の実施形態において、組換えのまたは操作された発現ベクターは、適切な細胞、例えば、Ｔ細胞または抗原提示細胞、すなわち、その細胞表面でペプチド／ＭＨＣ複合体を示し（例えば、樹状細胞）、ＣＤ８が欠如している細胞に送達される（すなわち、本開示の結合タンパク質コードポリヌクレオチドを宿主細胞に送達可能である）。ある特定の実施形態において、宿主細胞は、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である。例えば、免疫系細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４−ＣＤ８−ダブルネガティブＴ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、樹状細胞、またはこれらの任意の組合せであり得る。ある特定の実施形態において、Ｔ細胞が宿主である場合、Ｔ細胞は、ナイーブ、セントラルメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはこれらの任意の組合せであり得る。そのため、本開示の組換え発現ベクターには、例えば、リンパ組織特異的転写制御エレメント（ＴＲＥ）、例えば、Ｂリンパ球、Ｔリンパ球、または樹状細胞特異的ＴＲＥも含まれ得る。リンパ組織特異的ＴＲＥは、当技術分野において公知である（例えば、Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１２：１０４３，１９９２；Ｔｏｄｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７７：１６６３，１９９３；Ｐｅｎｉｘ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７８：１４８３，１９９３を参照）。
ベクターに加えて、ある特定の実施形態は、本開示のベクターを含む宿主細胞に関する。当業者は、多くの好適な宿主細胞が当技術分野において入手可能であることを容易に理解する。宿主細胞としては、ベクターまたは核酸及び／またはタンパク質の組込みを受けることができる任意の個別の細胞または細胞培養物、ならびに任意の後代細胞が挙げられ得る。この用語は、遺伝子的または表現型的に同じかまたは異なるかにかかわらず、宿主細胞の後代も包含する。好適な宿主細胞は、ベクターに依存し得るものであり、哺乳類細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、及び細菌細胞が挙げられ得る。これらの細胞は、ウイルスベクター、リン酸カルシウム沈殿法を介した形質転換、ＤＥＡＥ−デキストラン、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、またはその他の方法の使用により、ベクターまたはその他の材料に組み込むように誘導することができる。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｄ ｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８９）を参照。
宿主細胞
本開示の結合タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを含む宿主細胞（すなわち、修飾細胞）も提供される。ある特定の実施形態において、宿主細胞は、例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、またはＮＫ−Ｔ細胞のようなヒト免疫細胞を含む。一部の実施形態において、宿主細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、または両方を含む。所望の核酸を用いたＴ細胞のトランスフェクション／形質導入方法が説明されており（例えば、米国特許出願公開第ＵＳ２００４／００８７０２５号）、同じように所望の標的特異性のＴ細胞を用いた養子移入手順も説明されており（例えば、Ｓｃｈｍｉｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎ．２０：１２４０，２００９；Ｄｏｓｓｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１７：７４２，２００９；Ｔｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １１２：２２６１，２００８；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１８：７１２，２００７；Ｋｕｂａｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １０９：２３３１，２００７；ＵＳ２０１１／０２４３９７２；ＵＳ２０１１／０１８９１４１；Ｌｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５：２４３，２００７）、そのため、これらの方法論を、本明細書の教示に基づいて、本開示の実施形態に適用することが企図されている。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、結合タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを含み、コードされた結合タンパク質は、（ａ）配列番号２６、３２、３８、４４、５０、もしくは５１のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）α鎖可変（Ｖα）ドメイン、及びＴＣＲβ鎖可変（Ｖβ）ドメイン；（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、または４７のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＶβドメイン、及びＶαドメイン；または（ｃ）配列番号２６、３２、３８、４４、５０、もしくは５１のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＶαドメイン、及び配列番号２３、２９、３５、４１、または４７のいずれか１つに記載のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するＶβドメインを含み、結合タンパク質は、ＣＤ８に非依存的に、またはＣＤ８の不在下で、細胞表面上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＨＬＡ複合体に対し特異的に結合可能である。一部の実施形態において、コードされた結合タンパク質は、ＫＶＬＥＹＶＩＫＶ（配列番号１２３）：ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体に対し、約１０−８Ｍ以下のＫｄにて特異的に結合可能である。
任意の適切な方法を使用して、細胞、例えば、Ｔ細胞をトランスフェクションまたは形質導入することや、本発明の方法のポリヌクレオチドまたは組成物を投与することができる。ポリヌクレオチドを宿主細胞に送達するための公知の方法としては、例えば、カチオンポリマー、脂質様分子、及びある特定の市販製品、例えば、ＩＮ−ＶＩＶＯ−ＪＥＴ ＰＥＩの使用が挙げられる。その他の方法としては、ｅｘ ｖｉｖｏ形質導入、注射、エレクトロポレーション、ＤＥＡＥ−デキストラン、超音波処理ローディング、リポソーム媒介のトランスフェクション、受容体媒介の形質導入、微粒子銃、トランスポゾン媒介の移入などが挙げられる。宿主細胞をトランスフェクションまたは形質導入するまたさらなる方法は、ベクターを用いるものであり、本明細書でさらに詳細に説明されている。
前述のいずれの実施形態においても、宿主細胞（例えば、免疫細胞）は、免疫シグナリングまたはその他の関連活性に関与するポリペプチドをコードする１つ以上の内在的遺伝子の発現を低減または除去するように修飾されている「ユニバーサルドナー」細胞であり得る。例示的な遺伝子ノックアウトとしては、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＨＬＡ分子、ＴＣＲ分子などをコードするものが挙げられる。理論に拘泥することは望まないが、ある特定の内在的に発現する免疫細胞タンパク質は、宿主免疫細胞を受け取る同種宿主に異質なものとして認識される可能性があり、これにより、宿主免疫細胞の除去がもたらされる（例えば、ＨＬＡアレル）こともあれば、修飾細胞の免疫活性が下方制御される（例えば、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＣＴＬＡ４）こともあれば、本開示の異種発現した結合タンパク質の結合活性が妨害される（例えば、非ＭＡＧＥ−Ａ１抗原に結合し、それによりＭＡＧＥ−Ａ１を発現する細胞に結合する修飾細胞を妨害する内在的ＴＣＲ）こともある。したがって、このような内在的遺伝子またはタンパク質の発現または活性を低下または除去することで、同種宿主内における修飾細胞の活性、耐性、持続性が改善される可能性があり、また（例えば、ＨＬＡタイプにかかわらない任意のレシピエントへの）投与向けのユニバーサルな「既製」細胞が可能になる。
ある特定の実施形態において、本開示の宿主細胞（例えば、修飾免疫細胞）は、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＨＬＡ構成要素（例えば、α１マクログロブリン、α２マクログロブリン、α３マクログロブリン、β１ミクログロブリン、もしくはβ２ミクログロブリン）、またはＴＣＲ構成要素（例えば、ＴＣＲ可変領域もしくはＴＣＲ定常領域をコードする遺伝子）をコードする遺伝子における１つ以上の染色体遺伝子ノックアウトを含む（例えば、Ｔｏｒｉｋａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．６：２１７５７（２０１６）；Ｔｏｒｉｋａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １１９（２４）：５６９７（２０１２）；及びＴｏｒｉｋａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １２２（８）：１３４１（２０１３）を参照（これらの文献の遺伝子編集技法及び組成物は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる））。本明細書で使用する「染色体遺伝子ノックアウト」という用語は、修飾細胞における遺伝子改変であって、修飾細胞による機能的活性の内在的ポリペプチド産物の産生を防止する遺伝子改変を指す。染色体遺伝子ノックアウトをもたらす改変としては、例えば、導入されたナンセンス変異（未成熟終止コドンの形成を含む）、ミスセンス変異、遺伝子欠失、及び鎖切断、ならびに修飾細胞における内在的遺伝子発現を阻害する阻害性核酸分子の異種発現が挙げられ得る。
染色体遺伝子ノックアウトは、免疫細胞の染色体編集によって導入することができる。ある特定の実施形態において、染色体遺伝子ノックアウトは、免疫細胞の染色体編集によって行われる。染色体編集は、例えば、エンドヌクレアーゼを使用して実施することができる。本明細書で使用する「エンドヌクレアーゼ」とは、ポリヌクレオチド鎖内のホスホジエステル結合の切断を触媒可能な酵素を指す。ある特定の実施形態において、エンドヌクレアーゼは、標的遺伝子を切断することにより、標的遺伝子の不活性化または「ノックアウト」が可能である。エンドヌクレアーゼは、天然存在、組換え、遺伝子修飾、または融合エンドヌクレアーゼであり得る。エンドヌクレアーゼにより引き起こされる核酸鎖切断は、一般的に、相同組換えまたは非相同末端結合（ＮＨＥＪ）という独特の機構を通じて修復される。相同組換えの間、ドナー核酸分子は、標的遺伝子を不活性化するための遺伝子「ノックイン」に使用され得る。ＮＨＥＪは、切断部位のＤＮＡ配列にしばしば変化（例えば、少なくとも１つのヌクレオチドの置換、欠失、または付加）をもたらす、エラープローン修復プロセスである。ＮＨＥＪは、標的遺伝子の「ノックアウト」に使用され得る。エンドヌクレアーゼを用いて免疫細胞における遺伝子または遺伝子発現を中断またはノックアウトする方法は、当技術分野において公知であり、例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１５／０６６２６２号；第ＷＯ２０１３／０７４９１６号；及び第ＷＯ２０１４／０５９１７３号で説明されている（これらの文献の各々からの方法は、参照により組み入れられる）。エンドヌクレアーゼの例としては、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ＴＡＬＥヌクレアーゼ、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓヌクレアーゼ、及びメガヌクレアーゼが挙げられる。
本明細書で使用する「ジンクフィンガーヌクレアーゼ」（ＺＦＮ）とは、非特異的ＤＮＡ切断ドメイン（例えば、ＦｏｋＩエンドヌクレアーゼ）と融合しているジンクフィンガーＤＮＡ結合ドメインを含む、融合タンパク質を指す。約３０アミノ酸の各ジンクフィンガーモチーフはＤＮＡの約３塩基対に結合し、ある特定の残基におけるアミノ酸は、トリプレット配列特異性を改変するように変化し得る（例えば、Ｄｅｓｊａｒｌａｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９０：２２５６−２２６０，１９９３；Ｗｏｌｆｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８５：１９１７−１９３４，１９９９を参照）。複数のジンクフィンガーモチーフが同時並行的に結合して、所望のＤＮＡ配列（例えば、約９〜約１８塩基対の範囲の長さを有する領域）に対する結合特異性を創出することができる。背景として、ＺＦＮは、ゲノム内の部位特異的ＤＮＡ２本鎖切断（ＤＳＢ）の形成を触媒することによってゲノム編集を媒介し、ＤＳＢの部位におけるゲノムに対し相同なフランキング配列を含む導入遺伝子の標的化された組込みは、相同組換え修復によって促進される。代替的に、ＺＦＮによって生成されたＤＳＢは、切断部位におけるヌクレオチドの挿入または欠失をもたらすエラープローン細胞修復経路である非相同末端結合（ＮＨＥＪ）による修復を介して、標的遺伝子のノックアウトをもたらし得る。ある特定の実施形態において、遺伝子ノックアウトは、ＺＦＮ分子を用いて行われる挿入、欠失、変異、またはこれらの組合せを含む。
本明細書で使用する「転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ」（ＴＡＬＥＮ）とは、ＴＡＬＥＮ ＤＮＡ結合ドメイン及びＤＮＡ切断ドメイン（例えば、ＦｏｋＩエンドヌクレアーゼ）を含む融合タンパク質を指す。「ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメイン」または「ＴＡＬＥ」は、１つ以上のＴＡＬＥリピートドメイン／単位から構成されており、各ドメインは概して、１２番目及び１３番目のアミノ酸が多岐にわたる高度に保存された３３〜３５アミノ酸配列を有する。ＴＡＬＥリピートドメインは、ＴＡＬＥと標的ＤＮＡ配列との結合に関与する。多岐にわたるアミノ酸残基は、反復可変二残基（ＲＶＤ：Ｒｅｐｅａｔ Ｖａｒｉａｂｌｅ Ｄｉｒｅｓｉｄｕｅ）と呼ばれ、特異的なヌクレオチド認識に関係する。このようなＴＡＬＥのＤＮＡ認識のための天然の（カノニカル）コードは、位置１２及び１３におけるＨＤ配列がシトシン（Ｃ）への結合をもたらし、ＮＧがＴに結合し、ＮＩがＡに、ＮＮがＧまたはＡに結合し、ＮＧがＴに結合するように決定されており、また、ノンカノニカル（非定型）ＲＶＤも公知である（例えば、米国特許公開第ＵＳ２０１１／０３０１０７３号を参照（この非定型ＲＶＤは、その全体が参照により本明細書に組み入れられる））。ＴＡＬＥＮは、Ｔ細胞のゲノム内の部位特異的２本鎖切断（ＤＳＢ）を方向付けるのに使用することができる。非相同末端結合（ＮＨＥＪ）は、アニーリングのための配列重複が少ないか全くない２本鎖切断端の両側からＤＮＡをライゲーションし、それにより遺伝子発現をノックアウトするエラーを誘導する。代替的に、導入遺伝子内に相同なフランキング配列が存在する場合は、相同組換え修復により、ＤＳＢの部位に導入遺伝子を導入することができる。ある特定の実施形態において、遺伝子ノックアウトは、挿入、欠失、変異、またはこれらの組合せを含み、ＴＡＬＥＮ分子を用いて行われる。
本明細書で使用する「クラスター化された規則的間隔の短回文配列リピート（ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ ｒｅｇｕｌａｒｌｙ ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ ｓｈｏｒｔ ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ ｒｅｐｅａｔｓ）／Ｃａｓ」（ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）ヌクレアーゼ系とは、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）先導型Ｃａｓヌクレアーゼを用いて、塩基対相補性を介しゲノム内の標的部位（プロトスペーサーとして知られている）を認識し、次に、短い保存されたプロトスペーサー関連モチーフ（ＰＡＭ）が相補的な標的配列の３’のすぐ後にある場合はＤＮＡを切断する系を指す。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は、Ｃａｓヌクレアーゼの配列及び構造に基づいて３つのタイプ（すなわち、Ｉ型、ＩＩ型、及びＩＩＩ型）に分類される。Ｉ型及びＩＩＩ型におけるｃｒＲＮＡ先導型サーベイランス複合体は、複数のＣａｓサブユニットを必要とする。最も研究されているＩＩ型系は、少なくとも３つの構成要素：ＲＮＡ先導型Ｃａｓ９ヌクレアーゼ、ｃｒＲＮＡ、及びトランス作用ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）を含む。ｔｒａｃｒＲＮＡは、デュプレックス形成領域を含む。ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡは、ｃｒＲＮＡ上のスペーサーとＰＡＭ上流の標的ＤＮＡ上のプロトスペーサーとの間のワトソン・クリック塩基対合を介して、Ｃａｓ９ヌクレアーゼと相互作用すること及びＣａｓ９／ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体を特異的な部位に先導することが可能なデュプレックスを形成する。Ｃａｓ９ヌクレアーゼは、ｃｒＲＮＡスペーサーによって画定される領域内の２本鎖切断端を切断する。ＮＨＥＪによる修復は、標的座位の発現を中断する挿入及び／または欠失をもたらす。代替的に、相同なフランキング配列を有する導入遺伝子は、相同組換え修復を介してＤＳＢの部位に導入することができる。ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡは、操作して単一のガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡまたはｇＲＮＡ）にすることができる（例えば、Ｊｉｎｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３３７：８１６−２１，２０１２を参照）。さらに、標的部位に対し相補的なガイドＲＮＡの領域は、所望の配列を標的化するように改変またはプログラムすることができる（Ｘｉｅ ｅｔ ａｌ．，ＰＬＯＳ Ｏｎｅ ９：ｅ１００４４８，２０１４；米国特許出願公開第ＵＳ２０１４／００６８７９７号、米国特許出願公開第ＵＳ２０１４／０１８６８４３号；米国特許第８，６９７，３５９号、及びＰＣＴ公開第ＷＯ２０１５／０７１４７４号；これらの文献の各々の技法及び組成物は、参照により組み入れられる）。ある特定の実施形態において、遺伝子ノックアウトは、挿入、欠失、変異、またはこれらの組合せを含み、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼ系を用いて行われる。
本明細書で使用する「メガヌクレアーゼ」とは、「ホーミングエンドヌクレアーゼ」とも呼ばれ、大きな認識部位（約１２〜約４０塩基対の２本鎖ＤＮＡ配列）によって特徴づけられるエンドデオキシリボヌクレアーゼを指す。メガヌクレアーゼは、配列及び構造モチーフに基づいて５つのファミリー：ＬＡＧＬＩＤＡＤＧ、ＧＩＹ−ＹＩＧ、ＨＮＨ、Ｈｉｓ−Ｃｙｓボックス、及びＰＤ−（Ｄ／Ｅ）ＸＫに分類することができる。例示的なメガヌクレアーゼとしては、Ｉ−ＳｃｅＩ、Ｉ−ＣｅｕＩ、ＰＩ−ＰｓｐＩ、ＰＩ−Ｓｃｅ、Ｉ−ＳｃｅＩＶ、Ｉ−ＣｓｍＩ、Ｉ−ＰａｎＩ、Ｉ−ＳｃｅＩＩ、Ｉ−ＰｐｏＩ、Ｉ−ＳｃｅＩＩＩ、Ｉ−ＣｒｅＩ、Ｉ−ＴｅｖＩ、Ｉ−ＴｅｖＩＩ、及びＩ−ＴｅｖＩＩＩが挙げられ、これらの認識配列は公知である（例えば、米国特許第５，４２０，０３２号及び第６，８３３，２５２号；Ｂｅｌｆｏｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３７９−３３８８，１９９７；Ｄｕｊｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ ８２：１１５−１１８，１９８９；Ｐｅｒｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２２：１１２５−１１２７，１９９４；Ｊａｓｉｎ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．１２：２２４−２２８，１９９６；Ｇｉｍｂｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６３：１６３−１８０，１９９６；Ａｒｇａｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８０：３４５−３５３，１９９８を参照）。
ある特定の実施形態において、天然存在のメガヌクレアーゼは、ＰＤ−１、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＣＴＬＡ４、ＨＬＡコード遺伝子、またはＴＣＲ構成要素コード遺伝子から選択される標的の部位特異的ゲノム修飾を促進するのに使用され得る。他の実施形態において、標的遺伝子に対する新規の結合特異性を有する操作されたメガヌクレアーゼは、部位特異的ゲノム修飾に使用される（例えば、Ｐｏｒｔｅｕｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３：９６７−７３，２００５；Ｓｕｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４２：３１−４１，２００４；Ｅｐｉｎａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３１：２９５２−６２，２００３；Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ １０：８９５−９０５，２００２；Ａｓｈｗｏｒｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ４４１：６５６−６５９，２００６；Ｐａｑｕｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．７：４９−６６，２００７；米国特許公開第ＵＳ２００７／０１１７１２８；ＵＳ２００６／０２０６９４９；第ＵＳ２００６／０１５３８２６号；第ＵＳ２００６／００７８５５２号；及び第ＵＳ２００４／０００２０９２号を参照）。
ある特定の実施形態において、染色体遺伝子ノックアウトは、腫瘍関連抗原に対し特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む修飾細胞内に導入される阻害性核酸分子を含み、この阻害性核酸分子は、標的特異的阻害物質をコードし、コードされた標的特異的阻害物質は、修飾細胞における内在的遺伝子の発現（すなわち、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ４、ＨＬＡ構成要素、ＴＣＲ構成要素、またはこれらの任意の組合せの発現）を阻害する。
染色体遺伝子ノックアウトは、ノックアウト手順または薬剤を使用した後の修飾細胞のＤＮＡシークエンシングによって直接確認することができる。また、染色体遺伝子ノックアウトは、ノックアウトの後の遺伝子発現の不在（例えば、遺伝子によってコードされるｍＲＮＡまたはポリペプチド産物の不在）から推測することもできる。
一部の実施形態において、修飾細胞は、本開示の結合タンパク質（例えば、ペプチド抗原に対し特異的に結合可能なＣＤ８＋Ｔ細胞からのＭＡＧＥ−Ａ１特異的なＴＣＲ）をコードする異種ポリヌクレオチドを含むＣＤ４＋Ｔ細胞である。一部の実施形態において、修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞の異種的にコードされたＴＣＲは、高親和性ＴＣＲである。特定の実施形態において、修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞の異種的にコードされたＴＣＲは、ＣＤ８に非依存的に、またはＣＤ８の不在下で、細胞表面上のペプチド：抗原ＨＬＡ複合体に対し特異的に結合可能である。
さらなる実施形態において、修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞は、さらに、ＣＤ８共受容体の少なくとも細胞外部分をコードする異種ポリヌクレオチドを含む。実施例に示されているように、ＣＤ４＋Ｔ細胞による、本開示のＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質とＣＤ８共受容体の少なくとも細胞外部分との同時発現は、ＣＤ４＋Ｔ細胞に新規のまたは改善された機能性（例えば、改善されたサイトカイン放出、ＭＡＧＥ−Ａ１：ＨＬＡ発現標的細胞に結合したときのＣＴＬ応答）をもたらし得る。ＣＤ８共受容体α鎖のアミノ酸配列は、配列番号１４３に示されている。ＣＤ８共受容体β鎖の５つの異なるアイソフォームのアミノ酸配列は、それぞれ配列番号１４４〜１４８に示されている。一部の実施形態において、本開示の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞は、さらに、全長のＣＤ８共受容体β鎖をコードする異種ポリヌクレオチド、全長のＣＤ８共受容体α鎖をコードする異種ポリヌクレオチド、または両方を含む。一部の実施形態において、ＣＤ８コードポリヌクレオチドは、
また、本明細書では、修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞を作製するための方法であって、ペプチド抗原に対し特異的に結合可能なＣＤ８＋Ｔ細胞からのＴＣＲをコードする異種ポリヌクレオチドを用いて、ＣＤ４＋Ｔ細胞に形質導入することを含む方法も提供される。ある特定の実施形態において、ＣＤ４＋Ｔ細胞の修飾に使用されるＴＣＲコードポリヌクレオチドは、天然存在のＣＤ８＋Ｔ細胞からのものである（すなわち、ＴＣＲは天然存在のＴＣＲである）。当該方法のさらなる実施形態は、ＣＤ８共受容体の少なくとも細胞外部分をコードする異種ポリヌクレオチドを用いて、ＣＤ４＋Ｔ細胞に形質導入することを含んでもよく、一部の実施形態において、ＣＤ８共受容体は、ＣＤ８＋Ｔ細胞からのＣＤ８α及びＣＤ８βを含んでもよい。
組成物
本明細書では、本明細書で開示されている修飾細胞と、薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤とを含む組成物（例えば、薬学的組成物）も提供される。好適な賦形剤としては、水、食塩水、ブドウ糖、グリセロールなど、及びこれらの組合せが挙げられる。諸実施形態において、本明細書で開示されている融合タンパク質または宿主細胞を含む組成物は、さらに、好適な注入媒体を含む。好適な注入媒体は、任意の等張媒体製剤とすることができ、典型的には、生理食塩水、Ｎｏｒｍｏｓｏｌ Ｒ（Ａｂｂｏｔｔ）またはＰｌａｓｍａ−Ｌｙｔｅ Ａ（Ｂａｘｔｅｒ）、水中５％ブドウ糖、乳酸リンゲル液を利用することができる。注入媒体には、ヒト血清アルブミンまたはその他のヒト血清構成要素を追加することができる。本明細書で説明されている組成物は、単位用量または複数回用量の容器、例えば、密封されたアンプルまたはバイアルで提示され得る。このような容器は、患者への注入まで製剤の安定性を保つために凍結されてもよい。
組成物の「有効量」とは、薬用量において、及び必要とされる時間期間について、本明細書で記載されているような所望の臨床結果または有益な処置を達成するのに十分な量を指す。有効量は、１回以上の投与において送達され得る。投与が、疾患または疾患状態を有することが既に知られているまたは確認されている対象に対する場合、処置に関しては「治療量」という用語が使用されることがあり、また、疾患または疾患状態の発生（例えば、再発）しやすいまたは発生するリスクがある対象に対する、防止的道筋としての有効量の投与を説明するために「予防有効量」が使用されることがある。
組成物は、医療分野の当業者により処置（または予防）される疾患または状態に適切であると判定される様式で、投与することができる。組成物における適切な用量ならびに好適な投与の期間及び頻度は、患者の健康状態、患者のサイズ（すなわち、体重、質量、または身体面積）、患者の状態のタイプ及び重症度、活性成分の特定の形態、ならびに投与方法などの因子によって決定される。概して、適切な用量及び処置のレジメンは、治療的及び／または予防的利益（例えば、臨床成績の改善を含めた本明細書で説明されているような利益、例えば、より頻繁な完全もしくは部分的な軽快、あるいはより長い無病及び／または全生存期間、あるいは症状重症度の減少）をもたらすのに十分な量の組成物（複数可）をもたらす。予防的使用については、用量は、疾患または障害に関連する疾患の予防、発症の遅延、または重症度の減少に十分であるべきである。本明細書で説明されている方法に従って投与される組成物の予防的利益は、前臨床試験（ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏ試験を含む）ならびに臨床試験を実施し、このような試験から得られたデータを適切な統計的、生物学的、及び臨床的な方法及び技法によって解析することにより、決定することができる。
治療有効用量は、処置対象のヒトまたは非ヒト哺乳類において、臨床的に望ましい結果をもたらすことが可能な、養子移入で使用される（ヒトＭＡＧＥ−Ａ１に対し特異的な結合タンパク質または高親和性組換えＴＣＲを発現する）宿主細胞の量（すなわち、統計的に有意な様式で、ＭＡＧＥ−Ａ１を過剰発現する細胞に対する特異的なＴ細胞免疫応答（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）を誘導または強化するのに十分な量）である。任意の一患者のための薬用量は、患者のサイズ、体重、体表面積、年齢、投与される特定の療法、性別、投与の時間及び経路、全般的健康状態、ならびに同時に投与されている他の薬物を含めた多くの因子に依存する。用量は様々となるが、本明細書で説明されている組換え発現ベクターを含む宿主細胞の好ましい投与用量は、約１０７細胞／ｍ２、約５×１０７細胞／ｍ２、約１０８細胞／ｍ２、約５×１０８細胞／ｍ２、約１０９細胞／ｍ２、約５×１０９細胞／ｍ２、約１０１０細胞／ｍ２、約５×１０１０細胞／ｍ２、または１０１１細胞／ｍ２である。ある特定の実施形態において、単位用量は、本明細書で説明されている修飾細胞を約１０７細胞／ｍ２〜１０１１細胞／ｍ２の用量にて含む。
ある特定の実施形態において、単位用量は、（ｉ）少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％の操作されたＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％の操作されたＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物との組合せを、約１：１の比率で含む。さらなる実施形態において、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するか、またはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない（すなわち、同等数のＰＢＭＣを有する患者試料との比較において、単位用量中に存在するナイーブＴ細胞集団の約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、約５％未満、または約１％未満を有する）。
一部の実施形態において、単位用量は、（ｉ）少なくとも約５０％の操作されたＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約５０％の操作されたＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物との組合せを、約１：１の比率で含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するか、またはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。さらなる実施形態において、単位用量は、（ｉ）少なくとも約６０％の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約６０％の修飾ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物との組合せを、約１：１の比率で含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するか、または実質的にナイーブＴ細胞を含有しない。またさらなる実施形態において、単位用量は、（ｉ）少なくとも約７０％の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約７０％の修飾ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物との組合せを、約１：１の比率で含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するか、または実質的にナイーブＴ細胞を含有しない。一部の実施形態において、単位用量は、（ｉ）少なくとも約８０％の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約８０％の修飾ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物との組合せを、約１：１の比率で含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するか、またはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。一部の実施形態において、単位用量は、（ｉ）少なくとも約８５％の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約８５％の修飾ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物との組合せを、約１：１の比率で含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するか、またはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。一部の実施形態において、単位用量は、（ｉ）少なくとも約９０％の修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約９０％の修飾ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物との組合せを、約１：１の比率で含み、単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するか、またはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。
本明細書で説明されているいずれの実施形態においても、単位用量は、等しいまたはほぼ等しい修飾ＣＤ４５ＲＡ−ＣＤ３＋ＣＤ８＋及び修飾ＣＤ４５ＲＡ−ＣＤ３＋ＣＤ４＋ＴＭ細胞を含む。
様々な処置レジメン（例えば、非経口または静脈内の投与または製剤を含む）において、本明細書で説明されている特定の組成物を使用するための、好適な投薬及び処置レジメンの開発。主題組成物が非経口的に投与される場合、当該組成物は、無菌の水性または油性の溶液または懸濁液も含むことができる。好適な無毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒としては、水、リンゲル液、等張塩溶液、１，３−ブタンジオール、エタノール、プロピレングリコール、または水との混合液中のポリエチレングリコールが挙げられる。水性の溶液または懸濁液は、さらに、１つ以上の緩衝剤、例えば、酢酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム、ホウ酸ナトリウム、または酒石酸ナトリウムを含んでもよい。当然ながら、任意の投薬単位製剤の調製で使用する任意の材料は、医薬的に純粋であり、かつ用いる量において実質的に無毒であるべきである。加えて、活性化合物が徐放性の調製物及び製剤に組み込まれてもよい。本明細書で使用する薬用量単位形態とは、処置される対象の単位薬用量に適した物理的に別々の単位を指し、各単位は、所望の効果をもたらすように算出された所定の量の修飾細胞または活性化合物を適切な薬学的担体と共に含有することができる。
本明細書で使用する組成物の投与とは、送達の経路または方式にかかわらず、対象に組成物を送達することを指す。投与は、持続的または間欠的に、そして非経口的にもたらされ得る。投与は、認識された状態、疾患、または疾患状態を有すると既に確認されている対象を処置するためのものであっても、このような状態、疾患、または疾患状態を発生しやすいまたは発生するリスクがある対象を処置するためのものであってもよい。補助的療法との同時投与には、任意の投薬スケジュールにおける任意の順序での、複数の薬剤の同時及び／または順次の送達が含まれ得る（例えば、１つ以上のサイトカインを伴う修飾細胞；免疫抑制療法、例えば、カルシニューリン阻害物質、コルチコステロイド、微小管阻害物質、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、ＨＤＡＣ阻害物質、ＤＮＡ低メチル化剤、またはこれらの任意の組合せ）。
ある特定の実施形態において、複数回用量の、本明細書で説明されている修飾細胞が対象に投与され、複数回用量は約２〜約４週間の投与間の間隔にて投与され得る。
処置方法
ある特定の実施形態において、本開示は、過剰増殖障害またはＭＡＧＥ−Ａ１発現（例えば、異常なＭＡＧＥ−Ａ１発現）によって特徴づけられる状態を処置するための方法に向けられており、当該方法は、このような処置を必要としているヒト対象に、本明細書で開示されている修飾細胞、組成物、または単位用量（またはこれらの任意の組合せ）を投与することによるものである。
ＭＡＧＥ−Ａ１発現に関連する状態としては、ＭＡＧＥ−Ａ１の細胞または分子事象の活性低下、活性過剰、または不適当な活性が存在する任意の障害または状態が挙げられ、このような状態は、異常に高い（統計的有意性を伴う）レベルのＭＡＧＥ−Ａ１発現、または正常細胞との対比での罹患細胞（例えば、骨髄腫細胞）における不適切な（すなわち、所与の細胞タイプの健康な細胞には生じない）発現の結果であり得る。このような障害または状態を有する対象は、本明細書で説明されている実施形態の組成物または方法を用いた処置から恩恵を受けるであろう。したがって、異常なＭＡＧＥ−Ａ１発現に関連する一部の状態には、急性に加えて慢性の障害及び疾患、例えば、対象を特定の障害に罹患させやすくする病的状態が含まれ得る。
ＭＡＧＥ−Ａ１発現に関連する状態の一部の例としては、増殖障害または過剰増殖障害が挙げられ、このような状態は、腫瘍、新生物、がん、悪性腫瘍などを含めた、対象における活性化及び／または増殖細胞（転写的に活性過剰でもあり得る）の状態を指す。活性化または増殖細胞に加えて、過剰増殖障害には、壊死またはアポトーシスのいずれかにかかわらず、細胞死プロセスの異常または調節不全も含まれ得る。このような細胞死プロセスの異常は、がん（原発性、続発性悪性腫瘍及び転移を含む）、またはその他の状態を含めた様々な状態に関連し得る。
対象における過剰増殖障害または悪性状態の存在とは、対象における異形成細胞、がん性細胞、及び／または形質転換細胞の存在を指し、このような細胞としては、例えば、新生物、腫瘍、非接触性の阻害性細胞または腫瘍形成的に形質転換された細胞など（例えば、固形がん、リンパ腫及び白血病（例えば、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病など）を含めた血液がん）が挙げられ、これらは当技術分野において公知であり、これらに対する診断及び分類の判断基準は確立されている（例えば、Ｈａｎａｈａｎ ａｎｄ Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ｃｅｌｌ １４４：６４６，２０１１；Ｈａｎａｈａｎ ａｎｄ Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ｃｅｌｌ １００：５７，２０００；Ｃａｖａｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．６０：３１９，２０１１；Ｋｙｒｉｇｉｄｅｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃａｒｃｉｎｏｇ．９：３，２０１０）。ある特定の実施形態において、このようながん細胞は、急性骨髄性白血病、Ｂ細胞リンパ芽球性白血病、Ｔ細胞リンパ芽球性白血病、または骨髄腫の細胞であり得、これらのがんタイプのいずれかを開始し連続的に移植することが可能ながん幹細胞を含む（例えば、Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃ．Ｔｈｅｒａｐ．１７：２１９，２００９を参照）。
ある特定の実施形態において、血液悪性腫瘍または固形がんのような過剰増殖障害を処置するための方法であって、当該処置を必要とするヒト対象に、本開示の修飾細胞、組成物、または単位用量を投与することを含む方法が提供される。例示的な血液悪性腫瘍としては、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄球性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病（ＣＥＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、または多発性骨髄腫（ＭＭ）が挙げられる。
さらなる実施形態において、過剰増殖障害、例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、トリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）、卵巣癌、悪性メラノーマ、結腸癌、結腸直腸腺癌、結腸直腸癌、胆道癌、膀胱癌、骨軟部癌、脳癌、乳癌、子宮頚癌、類腱腫、胚性癌、子宮内膜癌、食道癌、胃癌、胃腺癌、多形性神経膠芽細胞腫、婦人科腫瘍、頭頸部扁平上皮癌、肝癌、肺癌、中皮腫、骨肉腫、膵臓癌、膵管腺癌、原発性星状細胞腫瘍、原発性甲状腺癌、前立腺癌、腎癌、腎細胞癌、横紋筋肉腫、皮膚癌、軟部肉腫、精巣胚細胞腫瘍、尿路上皮癌、子宮肉腫、または子宮癌から選択される固形がんを処置するための方法が提供される。
医療分野の当業者が理解するように、「処置する」及び「処置」という用語は、対象（すなわち、患者、宿主（ヒトであっても非ヒト動物であってもよい））の疾患、障害、または状態の医療的管理を指す（例えば、Ｓｔｅｄｍａｎ’ｓ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙを参照）。概して、適切な用量及び処置レジメンは、治療的利益または予防的利益をもたらすのに十分な量の、ヒトＭＡＧＥ−Ａ１またはヒトＭＡＧＥ−Ａ１を発現する宿主細胞に対し特異的な結合タンパク質または高親和性組換えＴＣＲのうちの１つ以上、及び任意選択により補助的療法（例えばサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、またはこれらの任意の組合せ）を提供する。治療的処置または予防的もしくは防止的方法から得られる治療的または予防的利益としては、例えば、臨床成績の改善が挙げられ、ここでの目的は、所望でない生理的変化もしくは障害を防止する、もしくは遅らせる、もしくは別の方法で低減する（例えば、未処置対照との対比において統計的に有意な様式で低下させる）こと、またはこのような疾患もしくは障害の拡大もしくは重症度を防止する、遅らせる、もしくは別の方法で低減することである。対象を処置することからの有益なまたは所望の臨床結果としては、処置される疾患もしくは障害からもたらされるまたはこれに関連する症状の軽減、減少、緩和；症状の発生率の低下；クオリティーオブライフの改善；より長い無病状態（すなわち、対象が、疾患の診断がなされる基礎となる症状を提示する見込みまたは傾向を低下させること）；疾患の程度の減弱；疾患状態の安定化（すなわち、悪化していない）；疾患進行の遅延または緩徐化；疾患状態の回復または一時的緩和；及び（検出可能か検出不可能かにかかわらず）（部分的か全体的かにかかわらず）軽快；あるいは全生存期間が挙げられる。
「処置」は、対象が処置を受けない場合に予想される生存期間と比較したときの生存期間の延長も意味することがある。本明細書で説明されている方法及び組成物を必要とする対象には、既に疾患または障害を有する対象に加えて、疾患または障害を有する傾向があるまたは発生するリスクがある対象も含まれる。予防的処置を必要とする対象には、疾患、状態、または障害が防止される（すなわち、疾患または障害の発生率または再発率の見込みを低下させる）べきである対象が含まれる。本明細書で説明されている組成物（及び組成物を含む調製物）ならびに方法によってもたらされる臨床的利益は、実施例で説明されているように、組成物の投与が利益をもたらすことが意図されている対象におけるｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイ、前臨床試験、及び臨床試験を設計及び実行することによって評価することができる。
本開示の方法のある特定の実施形態において、修飾細胞は、クラスＩ ＨＬＡ制限様式において、ＭＡＧＥ−Ａ１に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を促進可能である。一部の実施形態において、クラスＩ ＨＬＡ制限応答は、抗原ペプチド輸送体（ＴＡＰ）非依存的である。一部の実施形態において、本開示の方法に従って投与される修飾細胞によって促進される抗原特異的Ｔ細胞応答は、ＣＤ４＋ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ）応答及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答のうちの少なくとも１つを含む。特定の実施形態において、本開示の方法に従って誘発されるＣＴＬ応答は、異常なＭＡＧＥ−Ａ１発現を有する細胞（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１＋腫瘍細胞）に対し向けられる。ＣＴＬ免疫応答のレベルは、本明細書で説明され当技術分野で通例的に実践されている多数の免疫学的方法のうちのいずれか１つによって定量され得る。ＣＴＬ免疫応答のレベルは、例えば、Ｔ細胞によって発現する、本明細書で説明されているＭＡＧＥ−Ａ１特異的結合タンパク質のうちのいずれか１つを投与する前及び後に定量され得る。ＣＴＬ活性を定量するための細胞傷害性アッセイは、当技術分野で通例的に実践されているいくつかの技法及び方法のうちのいずれか１つを用いて実施され得る（Ｈｅｎｋａｒｔ ｅｔ ａｌ．，“Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ−Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ”（Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｐａｕｌ（ｅｄ．））（２００３ Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ），ｐａｇｅｓ １１２７−５０、及び文献内で引用されている参考文献を参照）。
抗原特異的Ｔ細胞応答は、典型的には、観察されるＴ細胞応答を、本明細書で説明されているＴ細胞機能パラメーター（例えば、増殖、サイトカイン放出、ＣＴＬ活性、改変された細胞表面のマーカー表現型など）のうちのいずれかに従って比較することによって定量され、この比較は、適切な文脈における同族抗原（例えば、免疫適合性の抗原提示細胞によって提示されるときに、Ｔ細胞のプライミングまたは活性化に使用される抗原）に曝露されているＴ細胞と、同族ではなく構造的に別個または無関係の対照抗原に曝露されている同じ供給元集団からのＴ細胞との間でなされ得る。同族抗原に対する応答が、統計的有意性を伴って対照抗原に対する応答よりも大きければ、抗原特異性を意味する。
本明細書で説明されているＭＡＧＥ−Ａ１由来抗原ペプチドに対する免疫応答の存在及びレベルを定量するための生物学的試料は、対象から得られ得る。本明細書で使用する「生物学的試料」は、血液試料（血清もしくは血漿はこの血液試料から調製され得る）、生検標本、体液（例えば、肺洗浄液、腹水、粘膜洗液、滑膜液）、骨髄、リンパ節、組織外植片、臓器培養物、または対象もしくは生物源からの任意の他の組織もしくは細胞調製物であり得る。また、生物学的試料は、任意の免疫原性組成物を投与する前の対象から得ることもでき、このような生物学的試料は、ベースライン（すなわち、免疫処置前）データを確立するための対照として有用である。
ある特定の実施形態において、本開示の修飾細胞は、養子細胞療法において有用である。例えば、一部の実施形態において、修飾細胞は、ｅｘ ｖｉｖｏで修飾され（例えば、本開示の組換え発現ベクターまたはポリヌクレオチドを形質導入し）、次に修飾細胞を必要とする対照に投与される。ある特定の実施形態において、修飾細胞は、同種細胞、同系細胞、または自己細胞（すなわち、修飾細胞を投与される対象に対して）である。本開示のいずれの方法においても、修飾細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４−ＣＤ８−ダブルネガティブＴ細胞、γδＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、樹状細胞、またはこれらの任意の組合せから選択される修飾ヒト免疫細胞を含む。ある特定の実施形態において、修飾細胞は、Ｔ細胞であり、例えば、ナイーブＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはこれらの任意の組合せである。
ある特定の実施形態において、本開示の方法で使用される修飾細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。一部のこのような実施形態において、修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞は、さらに、ＣＤ８共受容体の少なくとも細胞外部分をコードし、任意選択により完全なＣＤ８α鎖、完全なＣＤ８β鎖、または両方をコードする異種ポリヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、このような方法は、さらに、対象に、細胞表面上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＨＬＡ複合体に対し特異的に結合可能であるＣＤ８＋Ｔ細胞（例えば、本開示に記載のＣＤ８＋修飾Ｔ細胞）を投与することを含む。
本開示の処置または防止の方法は、修飾細胞を投与もしくは投薬する任意の適切な方法、または併用療法を含むことができる。例えば、ある特定の実施形態において、複数回用量の、本明細書で説明されている修飾細胞が対象に投与され、複数回用量は約２〜約４週間の投与間の間隔にて投与され得る。加えて、本開示の処置または防止の方法は、本開示の単位用量、細胞、または組成物を投与する前または後に追加的な処置を含み得る処置クールまたはレジメンの一部として、対象に投与され得る。さらなる実施形態において、サイトカインは、対象が、サイトカイン投与前に組換え宿主細胞を少なくとも３回または４回投与されたことを条件に、順次に投与される。ある特定の実施形態において、サイトカインは皮下投与される（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１）。またさらなる実施形態において、処置されている対象は、さらに、免疫抑制療法、例えば、カルシニューリン阻害物質、コルチコステロイド、微小管阻害物質、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、またはこれらの任意の組合せの投与を受けている。なおさらなる実施形態において、処置されている対象は、非骨髄破壊的または骨髄破壊的な造血細胞移植を受けたことがあり、当該処置は、非骨髄破壊的造血細胞移植から少なくとも２ヵ月〜少なくとも３ヵ月後に投与され得る。一部の実施形態において、対象は、ＤＮＡ低メチル化剤及びＨＤＡＣ阻害物質のうちの１つ以上を投与されており、これらの一方または両方がＭＡＧＥ−Ａ１発現を強化する（Ｗｅｏｎ，Ｊ．Ｌ．ａｎｄ Ｐ．Ｒ．Ｐｏｔｔｓ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，２０１５．３７：ｐ．１−８を参照）ことにより、ＭＡＧＥ−Ａ１を標的とする養子細胞療法を強化する可能性がある。
ある特定の実施形態において、本開示に記載の方法は、さらに、併用療法において疾患または障害を処置するための１つ以上の追加的薬剤を投与することを含む。例えば、ある特定の実施形態において、併用療法は、修飾細胞を免疫チェックポイント阻害物質と共に（同時発生的に、同時に、または順次に）投与することを含む。一部の実施形態において、併用療法は、修飾細胞を免疫チェックポイント剤のアゴニストと共に投与することを含む。さらなる実施形態において、併用療法は、修飾細胞を、二次療法、例えば、化学療法剤、放射線療法、手術、抗体、またはこれらの任意の組合せと共に投与することを含む。
本明細書で使用する「免疫抑制剤（ｉｍｍｕｎｅ ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｇｅｎｔ）」または「免疫抑制剤（ｉｍｍｕｎｏｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｇｅｎｔ）」という用語は、免疫応答の調節または抑制を支援する阻害性シグナルをもたらす、１つ以上の細胞、タンパク質、分子、化合物、または複合体を指す。例えば、免疫抑制剤としては、免疫刺激を部分的もしくは全体的にブロックする分子；免疫活性化を低下させる、防止する、もしくは遅延させる分子；または免疫抑制を増大、活性化、もしくは上方制御する分子が挙げられる。（例えば、免疫チェックポイント阻害物質を用いて）標的となる例示的な免疫抑制剤としては、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ４、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＣＤ２４４／２Ｂ４、ＨＶＥＭ、ＢＴＬＡ、ＣＤ１６０、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＫＩＲ、ＰＶＲ１Ｇ（ＣＤ１１２Ｒ）、ＰＶＲＬ２、アデノシン、Ａ２ａＲ、免疫抑制性サイトカイン（例えば、ＩＬ−１０、ＩＬ−４、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−３５）、ＩＤＯ、アルギナーゼ、ＶＩＳＴＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３、ＣＥＡＣＡＭ−５、Ｔｒｅｇ細胞、またはこれらの任意の組合せが挙げられる。
免疫抑制剤阻害物質（免疫チェックポイント阻害物質とも呼ばれる）は、化合物、抗体、抗体断片もしくは融合ポリペプチド（例えば、ＣＴＬＡ４−ＦｃまたはＬＡＧ３−ＦｃなどのＦｃ融合）、アンチセンス分子、リボザイムもしくはＲＮＡｉ分子、または低分子量の有機分子であり得る。本明細書で開示されているいずれの実施形態においても、方法は、修飾細胞を、単独または組合せでの、以下の免疫抑制構成要素のうちのいずれか１つに対する１つ以上の阻害物質と共に含み得る。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＰＤ−１阻害物質と組み合わせて、例えば、ＰＤ−１特異的抗体またはその結合断片、例えば、ピディリズマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ＭＥＤＩ０６８０（旧称ＡＭＰ−５１４）、ＡＭＰ−２２４、ＢＭＳ−９３６５５８、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用される。さらなる実施形態において、本開示の修飾細胞は、ＰＤ−Ｌ１特異的抗体またはその結合断片、例えば、ＢＭＳ−９３６５５９、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）、アテゾリズマブ（ＲＧ７４４６）、アベルマブ（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて使用される。
さらなる実施形態において、本開示の修飾細胞は、ＬＡＧ３阻害物質、例えば、ＬＡＧ５２５、ＩＭＰ３２１、ＩＭＰ７０１、９Ｈ１２、ＢＭＳ−９８６０１６、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＣＴＬＡ４の阻害物質と組み合わせて使用される。特定の実施形態において、修飾細胞は、ＣＴＬＡ４特異的抗体またはその結合断片、例えば、イピリムマブ、トレメリムマブ、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ融合タンパク質（例えば、アバタセプト、ベラタセプト）、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、Ｂ７−Ｈ３特異的抗体またはその結合断片、例えば、エノブリツズマブ（ＭＧＡ２７１）、３７６．９６、または両方と組み合わせて使用される。Ｂ７−Ｈ４抗体結合断片は、例えば、Ｄａｎｇａｊ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．７３：４８２０，２０１３、加えて米国特許第９，５７４，０００号ならびにＰＣＴ特許公開第ＷＯ２０１６／４０７２４Ａ１号及びＷＯ２０１３／０２５７７９Ａ１号で説明されているように、ｓｃＦｖまたはその融合タンパク質であり得る。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＣＤ２４４の阻害物質と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＢＬＴＡ、ＨＶＥＭ、ＣＤ１６０、またはこれらの任意の組合せの阻害物質と組み合わせて使用される。抗ＣＤ−１６０抗体は、例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１０／０８４１５８号で説明されている。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＴＩＭ３の阻害物質と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、Ｇａｌ９の阻害物質と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、アデノシンシグナリングの阻害物質、例えば、デコイアデノシン受容体と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、Ａ２ａＲの阻害物質と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＫＩＲの阻害物質、例えば、リリルマブ（ＢＭＳ−９８６０１５）と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、阻害性サイトカイン（典型的には、ＴＧＦβ以外のサイトカイン）またはＴｒｅｇの発生もしくは活性の阻害物質と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＩＤＯ阻害物質、例えば、ｌｅｖｏ−１−メチルトリプトファン、エパカドスタット（ＩＮＣＢ０２４３６０；Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １１５：３５２０−３０，２０１０）、エブセレン（Ｔｅｒｅｎｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．４９：５９１−６００，２０１０）、インドキシモド、ＮＬＧ９１９（Ｍａｕｔｉｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｍｅｒｉｃａｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １０４ｔｈ Ａｎｎｕａｌ Ｍｅｅｔｉｎｇ ２０１３；Ａｐｒ ６−１０，２０１３）、１−メチル−トリプトファン（１−ＭＴ）−チラ−パザミン、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、アルギナーゼ阻害物質、例えば、Ｎ（オメガ）−ニトロ−Ｌ−アルギニンメチルエステル（Ｌ−ＮＡＭＥ）、Ｎ−オメガ−ヒドロキシ−ノル−ｌ−アルギニン（ｎｏｒ−ＮＯＨＡ）、Ｌ−ＮＯＨＡ、２（Ｓ）−アミノ−６−ボロノヘキサン酸（ＡＢＨ）、Ｓ−（２−ボロノエチル）−Ｌ−システイン（ＢＥＣ）、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＶＩＳＴＡの阻害物質、例えば、ＣＡ−１７０（Ｃｕｒｉｓ，Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ，Ｍａｓｓ．）と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＴＩＧＩＴの阻害物質、例えば、ＣＯＭ９０２（Ｃｏｍｐｕｇｅｎ，Ｔｏｒｏｎｔｏ，Ｏｎｔａｒｉｏ Ｃａｎａｄａ）、ＣＤ１５５の阻害物質、例えば、ＣＯＭ７０１（Ｃｏｍｐｕｇｅｎ）、または両方と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＰＶＲＩＧ、ＰＶＲＬ２、または両方の阻害物質と組み合わせて使用される。抗ＰＶＲＩＧ抗体は、例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１６／１３４３３３号で説明されている。抗ＰＶＲＬ２抗体は、例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１７／０２１５２６号で説明されている。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＬＡＩＲ１阻害物質と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３、ＣＥＡＣＡＭ−５、またはこれらの任意の組合せの阻害物質と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態において、修飾細胞は、刺激性免疫チェックポイント分子の活性を増大する薬剤（すなわち、アゴニストである）と組み合わせて使用される。例えば、修飾細胞は、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）アゴニスト（例えば、ウレルマブ）、ＣＤ１３４（ＯＸ−４０）アゴニスト（例えば、ＭＥＤＩ６４６９、ＭＥＤＩ６３８３、またはＭＥＤＩ０５６２）、レナリドミド、ポマリドミド、ＣＤ２７アゴニスト（例えば、ＣＤＸ−１１２７）、ＣＤ２８アゴニスト（例えば、ＴＧＮ１４１２、ＣＤ８０、またはＣＤ８６）、ＣＤ４０アゴニスト（例えば、ＣＰ−８７０，８９３、ｒｈｕＣＤ４０Ｌ、またはＳＧＮ−４０）、ＣＤ１２２アゴニスト（例えば、ＩＬ−２）、ＧＩＴＲのアゴニスト（例えば、ＰＣＴ特許公開第ＷＯ２０１６／０５４６３８で説明されているヒト化モノクローナル抗体）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）のアゴニスト（例えば、ＧＳＫ３３５９６０９、ｍＡｂ ８８．２、ＪＴＸ−２０１１、Ｉｃｏｓ １４５−１、Ｉｃｏｓ ３１４−８、またはこれらの任意の組合せ）と組み合わせて使用され得る。本明細書で開示されているいずれの実施形態においても、方法は、修飾細胞を、単独または組合せでの、前述のうちのいずれかを含めた刺激性免疫チェックポイント分子の１つ以上のアゴニストと共に投与することを含み得る。
ある特定の実施形態において、併用療法は、修飾細胞と、以下の１つ以上：非炎症性固形腫瘍により発現するがん抗原に対し特異的な抗体もしくはその抗原結合断片、放射線処置、手術、化学療法剤、サイトカイン、ＲＮＡｉ、またはこれらの任意の組合せを含む二次療法とを含む。
ある特定の実施形態において、併用療法の方法は、修飾細胞を投与することと、さらに、放射線療法または手術を投与することとを含む。放射線療法は、当技術分野において周知であり、Ｘ線療法、例えば、ガンマ照射、及び放射性医薬品療法が挙げられる。対象における所与のがんの処置に適切な手術及び外科的技法は、当業者に周知されている。
ある特定の実施形態において、併用療法の方法は、修飾細胞を投与することと、さらに、化学療法剤を投与することとを含む。化学療法剤としては、以下に限定されないが、クロマチン機能の阻害物質、トポイソメラーゼ阻害物質、微小管阻害薬、ＤＮＡ損傷剤、代謝拮抗物質（例えば、葉酸アンタゴニスト、ピリミジンアナログ、プリンアナログ、及び糖修飾アナログ）、ＤＮＡ合成阻害物質、ＤＮＡ相互作用剤（例えば、挿入剤）、ならびにＤＮＡ修復阻害物質が挙げられる。例示的な化学療法剤としては、限定されないが、以下の群が挙げられる：代謝拮抗物質／抗がん剤、例えば、ピリミジンアナログ（５−フルオロウラシル、フロクスウリジン、カペシタビン、ゲムシタビン、及びシタラビン）ならびにプリンアナログ、葉酸アンタゴニスト及び関連阻害物質（メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチン、及び２−クロロデオキシアデノシン（クラドリビン））；増殖阻害／有糸分裂阻害剤（ビンカアルカロイド（ビンブラスチン、ビンクリスチン、及びビノレルビン）のような天然産物、微小管破壊剤、例えば、タキサン（パクリタキセル、ドセタキセル）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ノコダゾール、エポチロン、及びナベルビン、エピジポドフィロトキシン（ｅｐｉｄｉｐｏｄｏｐｈｙｌｌｏｔｏｘｉｎ）（エトポシド、テニポシド）、ＤＮＡ損傷剤（アクチノマイシン、アムサクリン、アントラサイクリン、ブレオマイシン、ブスルファン、カンプトセシン、カルボプラチン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、シトキサン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、ヘキサメチルメラミンオキサリプラチン、イホスファミド、メルファラン、メクロレタミン、ミトマイシン、ミトキサントロン、ニトロウレア、プリカマイシン、プロカルバジン、タキソール、タキソテール、テモゾラミド（ｔｅｍｏｚｏｌａｍｉｄｅ）、テニポシド、トリエチレンチオホスホルアミド、及びエトポシド（ＶＰ１６））を含む）；抗生物質、例えば、ダクチノマイシン（アクチノマイシンＤ）、ダウノルビシン、ドキソルビシン（アドリアマイシン）、イダルビシン、アントラサイクリン、ミトキサントロン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）、及びミトマイシン；酵素（Ｌ−アスパラギンを全身的に代謝し、自分自身のアスパラギンを合成する能力を有しない細胞を取り除くＬ−アスパラギナーゼ）；抗血小板剤；増殖阻害／有糸分裂阻害アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタード（メクロレタミン、シクロホスファミド及びアナログ、メルファラン、クロラムブシル）、エチレンイミン及びメチルメラミン（ヘキサメチルメラミン及びチオテパ）、スルホン酸アルキル−ブスルファン、ニトロソウレア（カルムスチン（ＢＣＮＵ）及びアナログ、ストレプトゾシン）、トラゼン−ダカルバジン（ＤＴＩＣ）；増殖阻害／有糸分裂阻害代謝拮抗物質、例えば、葉酸アナログ（メトトレキセート）；白金配位錯体（シスプラチン、カルボプラチン）、プロカルバジン、ヒドロキシウレア、ミトタン、アミノグルテチミド、ホルモン、ホルモンアナログ（エストロゲン、タモキシフェン、ゴセレリン、ビカルタミド、ニルタミド）、及びアロマターゼ阻害物質（レトロゾール、アナストロゾール）；抗凝血物質（ヘパリン、合成ヘパリン塩、及びその他のトロンビン阻害物質）；繊維素溶解剤（例えば、組織プラスミノーゲン活性化物質、ストレプトキナーゼ、及びウロキナーゼ）、アスピリン、ジピリダモール、チクロピジン、クロピドグレル、アブシキシマブ；遊走阻害剤；分泌抑制剤（ブレベルジン（ｂｒｅｖｅｌｄｉｎ））；免疫抑制物質（シクロスポリン、タクロリムス（ＦＫ−５０６）、シロリムス（ラパマイシン）、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル）；抗血管新生化合物（ＴＮＰ４７０、ゲニステイン）、及び成長因子阻害物質（血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）阻害物質、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）阻害物質）；アンギオテンシン受容体ブロッカー；一酸化窒素ドナー；アンチセンスオリゴヌクレオチド；抗体（トラツズマブ、リツキシマブ）；キメラ抗体受容体；細胞周期阻害物質及び分化誘導物質（トレチノイン）；ｍＴＯＲ阻害物質、トポイソメラーゼ阻害物質（ドキソルビシン（アドリアマイシン）、アムサクリン、カンプトセシン、ダウノルビシン、ダクチノマイシン、エニポシド、エピルビシン、エトポシド、イダルビシン、イリノテカン（ＣＰＴ−１１）及びミトキサントロン、トポテカン、イリノテカン）、コルチコステロイド（コルチゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾン、及びプレドニゾロン）；成長因子シグナル伝達キナーゼ阻害物質；ミトコンドリア機能不全誘導物質、毒素、例えば、コレラ毒素、リシン、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓアデニル酸シクラーゼ毒素、またはジフテリア毒素、及びカスパーゼ活性化物質；ならびにクロマチン破壊剤。
サイトカインは、抗がん活性に対する宿主免疫反応を操作するために使用されることが増えている。例えば、Ｆｌｏｒｏｓ ＆ Ｔａｒｈｉｎｉ，Ｓｅｍｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．４２（４）：５３９−５４８，２０１５を参照。免疫抗がんまたは抗腫瘍応答の促進に有用なサイトカインとしては、例えば、単独または本開示の修飾細胞との任意の組合せにおけるＩＦＮ−α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１、ＩＬ−２４、及びＧＭ−ＣＳＦが挙げられる。
実施例１
がんエピトープに対し特異的な高親和性ＴＣＲの生成
養子細胞療法で使用するための高親和性ＴＣＲの生成は、胸腺選択のために困難である。胸腺選択では、自己抗原に対する高親和性を伴うＴＣＲ（例えば、ＭＡＲＴ１及びＭＡＧＥ−Ａ１）が除去されるため、このような高親和性ＴＣＲは、外部抗原に対し特異的なＴＣＲに比べて相対的に希少である（例えば、図１Ａ及び１Ｂを参照）。図２Ａ及び２Ｂに示されているように、ＭＡＧＥ−Ａ１に対し特異的な高親和性ＴＣＲを同定するための新規のスクリーニング及び濃縮のプロセスが開発された。簡潔に述べると、健康なドナー１２名の末梢血単核球（ＰＢＭＣ）からのＣＤ８＋Ｔ細胞を、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１の存在下で、ペプチドパルス自己ＤＣで１回刺激し、ペプチドパルス自己ＰＢＭＣで２回刺激して、ポリクローナルＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞株を得た。全てのドナーからの刺激された細胞株をプールし、限定された濃度のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド：ＭＨＣ多量体を用いて数回選別し、これにより、濃縮された高親和性Ｔ細胞クローン集団を得た。この集団からのＴＣＲβ遺伝子を、プールされた個別のｐＭＨＣ選別におけるＴＣＲ頻度に対しシークエンシングした。
図３は、ＭＡＧＥ−Ａ１抗原に対し特異的なＴＣＲβ ＣＤＲ３を発現するＴ細胞を濃縮した一連のｐＭＨＣ選別からの例示的なデータを示している。プールから同定された高親和性クローンは、ＭＡＧＥ−Ａ１：ＭＨＣに強力に結合し、より低いＥＣ５０と相関した（図４Ａ、４Ｂ）。
実施例２
ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＴＣＲのｉｎ ｖｉｔｒｏ機能性
実施例１の方法を用いて生成した高親和性ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞クローン「ＭＡ２」（図５Ａ）をさらなる試験のために選択した。図５Ｂに示されているように、ＭＡ２＋ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＭＡＧＥ−Ａ１発現ＨＡＬ−Ａ＊２０１＋Ｕ２６６多発性骨髄腫細胞と共培養したときに、サイトカインを選択的に産生した（１０：１のエフェクター：標的（Ｅ：Ｔ）比、４時間）。標準的な４時間のＣｒ５１放出アッセイにおいて、ＭＡ２＋Ｔ細胞は、外来のＩＦＮ−γ及びＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドの存在下でも不在下でも、標的細胞を殺滅可能であった（図５Ｃ）。
実施例３
ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＣＤ８ ＴＣＲはＣＤ８に非依存的に四量体に結合する
ＣＤ８＋ＴＣＲは、クラスＩ ＨＬＡ分子によって提示された抗原を認識し、一方ＣＤ４＋ＴＣＲは、クラスＩＩ ＨＬＡの文脈において提示された抗原を認識する。高親和性ＭＡ２ ＴＣＲが、ＣＤ８に非依存的にＭＡＧＥ−Ａ１：ＨＬＡ Ｉに結合することができるかを試験するため、ＣＤ４＋Ｔ細胞にＭＡ２ ＴＣＲを形質導入した（例えば、図６Ａ及び６Ｂの概略図を参照）。図７Ａ及び７Ｂに示されているように、ＭＡ２ ＴＣＲを形質導入したＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＭＡ２ ＣＤ８＋Ｔ細胞と同等の（Ｂｍａｘにおける約５倍の差）親和性でＭＡＧＥ−Ａ１：ＨＬＡ四量体に結合した。しかし、図７Ｃに示されているように、形質転換ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで標的細胞を殺滅しなかった。
実施例４
ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＣＤ８ ＴＣＲ及びＣＤ８共受容体を発現する操作されたＣＤ４＋Ｔ細胞の機能的試験
次に、ＣＤ８＋共受容体が高親和性ＣＤ８−ＴＣＲ発現ＣＤ４＋Ｔ細胞の機能を改善する能力について検討した（例えば、図６Ａを参照）。図８Ａの図で説明されているように、ＣＤ４＋Ｔ細胞に、高親和性クラスＩ制限ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＴＣＲ及びＣＤ８共受容体の両方を形質導入した。図８Ｂは、外来のＣＤ８ ＴＣＲ及びＣＤ８共受容体の両方を形質導入したＣＤ４＋Ｔ細胞が、外来のＣＤ８ ＴＣＲ単体を形質導入したＣＤ４＋Ｔ細胞と比較して、より高い割合で抗原に応答してサイトカインを産生したことを示している。図８Ｃは、二重に形質導入したＣＤ４＋Ｔ細胞が、驚くべきことに、同じ高親和性ＴＣＲを発現するＣＤ８＋Ｔ細胞と同等の比率で、ＭＥＬ５２６標的細胞に対する細胞溶解活性を呈したことを示している。図８Ｄに示されているように、二重に形質導入したＣＤ４＋Ｔ細胞はさらに、抗原による刺激後、ＣＤ８を伴わないＭＡ２＋ＣＤ４＋細胞よりもロバストに増殖した。
これらのデータは、本開示の高親和性ＭＡＧＥ−Ａ１特異的ＴＣＲ、ならびに当該ＴＣＲを発現するＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＭＡＧＥ−Ａ１発現がん細胞の標的化及び殺滅に有用であり、ＭＡＧＥ−Ａ１発現疾患に対する細胞免疫療法における用途を有することを示すものである。
上記の様々な実施形態は、組み合わせてさらなる実施形態をもたらすことができる。本明細書で参照されている、及び／または（存在する場合）出願データシートに列挙されている全ての米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、及び非特許刊行物は、２０１７年３月１５日に出願された米国仮特許出願第６２／４７１，９５６号を含めて、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。実施形態の態様は、なおさらなる実施形態を提供するために様々な特許、出願、及び刊行物の概念を用いる必要がある場合、修正することができる。
これら及びその他の変更は、上記の詳細な説明に照らして、実施形態に対し行われ得る。概して、以下の請求項において、使用されている用語は、請求項を明細書及び請求項で開示されている特定の実施形態に限定するように解釈されるべきではなく、このような用語は、請求項が権利を有する全ての範囲の等価物と共に、全ての可能な実施形態を含むように解釈されるべきである。したがって、請求項は、本開示によって限定されない。

Claims (1)

  1. 本明細書に記載の発明。

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