WO2023232111A1 - Mage-a1特异性tcr及其用途 - Google Patents

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WO2023232111A1
WO2023232111A1 PCT/CN2023/097804 CN2023097804W WO2023232111A1 WO 2023232111 A1 WO2023232111 A1 WO 2023232111A1 CN 2023097804 W CN2023097804 W CN 2023097804W WO 2023232111 A1 WO2023232111 A1 WO 2023232111A1
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WO
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amino acid
seq
acid sequences
sequences shown
cdr3β
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PCT/CN2023/097804
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English (en)
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蒋栋
谢兴旺
毕晶磊
王江华
王雪艳
史云强
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北京可瑞生物科技有限公司
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    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/14Blood; Artificial blood
    • A61K35/17Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/17Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
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    • C07K14/705Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/46Hybrid immunoglobulins
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06Animal cells or tissues; Human cells or tissues

Definitions

  • TCRs T cell receptors
  • uses particularly TCRs directed to MAGE-A1 and their use in the treatment of MAGE-A1 positive cancers.
  • TCR-T uses corresponding experimental techniques to clone a TCR that can specifically recognize a specific HLA-tumor antigen peptide complex, and then delivers the TCR gene coding sequence to more T cells through gene delivery such as lentivirus. , thus endowing these T cells with new antigen recognition specificity.
  • T cells derived from patients are transduced with TCR genes in vitro and amplified in large quantities. They can effectively recognize tumor cell-specific antigens. These T cells are reinfused back to the patient and can specifically kill tumor cells and exert anti-tumor activity.
  • TCR-T can target most tumor-specific antigens, especially those that can recognize intratumor cell antigens (about 1% of all antigens). 90%), therefore TCR-T is expected to be used in the treatment of almost all tumors, especially various solid tumors.
  • tumor cells express specific tumor-related antigens on the surface. These tumor-related antigens are not expressed or are low-expressed in normal tissue cells. Therefore, the development of TCR-T products targeting tumor-related antigens is an important means of tumor immunotherapy. Some of the tumor-related antigens are only expressed on the surface of tumor cells and germ cells, and are called "cancer testis antigens.” Such antigen genes have naturally become the first choice targets for TCR-T product research.
  • the melanoma-associated antigen gene family MAGE is the most thoroughly studied cancer testis antigen to date, and MAGE-A1 is the first cancer testis antigen gene identified.
  • MAGE-A1 is expressed on the surface of various solid tumor cells such as melanoma, lung cancer, colorectal cancer, cervical cancer, breast cancer, etc. Therefore, the development of TCR-T products targeting MAGE-A1 may make more patients The target population will benefit from this.
  • HLA-A0201-restricted TCRs targeting MAGE-A1 have been developed previously, named "ht27” and "T1367” respectively (Obenaus, M., C., Leisegang, M., Chen, X., Gavvovidis, I., van der Bruggen, P., Uckert, W.
  • ht27 is a natural TCR sequence discovered in the human body, but the affinity of this TCR is low and it is difficult to effectively exert an anti-tumor effect in the body; while "T1367” is a human MAGE-A1 antigen discovered in transgenic mice.
  • the mouse TCR sequence has a high affinity and can effectively kill tumor cells in in vitro experiments. However, when applied to human experiments, it may produce a strong autoimmune response, resulting in ineffective treatment.
  • the present invention uses the human TCR ht27 sequence as a template, uses in vitro mutation to mutate the complementarity determining region (CDR) region of ht27, and performs in vitro positive screening on the mutated TCR to obtain high-affinity mutant clones, and then conducts in vitro Negative screening eliminates mutant clones with non-specific activation, thereby obtaining mutant TCR sequences with high affinity and no non-specific reactions.
  • the specific and non-specific reactions of the mutant TCR sequence were verified through in vitro experiments, and a mutant TCR sequence with strong specificity and high affinity was finally obtained.
  • the present disclosure provides a modified T cell receptor (TCR) comprising an alpha chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ and a beta chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ .
  • TCR T cell receptor
  • the modified TCR includes the following amino acid substitutions relative to the parent TCR:
  • the parent TCR includes CDR1 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:24, CDR2 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:25, CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:26, and CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as SEQ ID NO:26.
  • the amino acid positions are numbered according to the naming rules of the International Immunogenetic Information System (IMGT).
  • IMGT International Immunogenetic Information System
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(13) relative to the parent TCR:
  • Amino acid substitution at the Asn57 position which is selected from N57D, N57E, N57H, N57K, N57Q, N57R, N57S and N57T;
  • Amino acid substitution at the Ala65 position which is selected from A65F, A65I, A65L, A65M, A65P, A65V, A65W and A65Y;
  • Amino acid substitution at Ser105 position which is selected from S105L, S105N, S105H, S105Q, S105K and S105R;
  • Amino acid substitution at Ser29 position which is selected from S29A, S29F, S29I, S29L, S29M, S29P, S29V, S29W and S29N;
  • Amino acid substitution at Ser36 position which is selected from S36M, S36L, S36Q, S36I, S36F, S36P and S36V;
  • the modified TCR does not contain a single S105N amino acid substitution relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR: N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V; preferably, the modification The TCR contains the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C and A65V in CDR2 ⁇ relative to the parental TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(3) in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution Y114F, Y114W, Q111GY114F, Q111SY114F, S105L or S105N in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C and A65V in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions Y114F, Y114L, Y114W, Q111GY114F or in CDR3 ⁇ relative to the parental TCR. Q111SY114F.
  • the modified TCR comprises the following amino acid substitutions in (1) and/or (2) in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution N59F in CDR2 ⁇ relative to the parental TCR.
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:46 or is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:46
  • the alpha chain variable region of the amino acid sequence of sequence identity is selected from the amino acid sequence shown in any one of SEQ ID NO:48-64 or has at least 80% with any one of SEQ ID NO:48-64. %, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity to the beta chain variable region of the amino acid sequence.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence selected from or having an amino acid sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 65-68 and 77.
  • the alpha chain variable region has an amino acid sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identical, and has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 47 or is identical to SEQ ID NO: 47
  • a beta chain variable region having an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence selected from or having an amino acid sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 65-68 and 77.
  • the modified TCR further comprises a TCR constant region.
  • the TCR constant region is a murine constant region or a human constant region.
  • the TCR constant region includes a TCR alpha chain constant region and/or a TCR beta chain constant region.
  • the TCR ⁇ chain constant region and/or the TCR ⁇ chain constant region contains at least one cysteine substitution relative to the wild-type sequence to form a disulfide bond between the TCR ⁇ chain and the TCR ⁇ chain.
  • the TCR alpha chain constant region comprises an LVL substitution or a LIV substitution such that the alpha chain constant region comprises the amino acid sequence LLVIVLRIL.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:69 or is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:69
  • the TCR ⁇ chain of the amino acid sequence of sequence identity is selected from the amino acid sequence shown in any one of SEQ ID NO:3-19 or has at least 80%, at least A TCR beta chain having an amino acid sequence of 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence selected from or having an amino acid sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 20-23 and 78.
  • a TCR ⁇ chain that has an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity, and has an amino acid sequence shown in SEQ ID NO:70 or has at least A TCR beta chain having an amino acid sequence of 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence selected from or having an amino acid sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 20-23 and 78.
  • a TCR ⁇ chain having an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity, and having an amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NOs: 3-19 or
  • a TCR beta chain having an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% sequence identity to any one of SEQ ID NOs: 3-19.
  • the modified TCR binds an epitope comprising the amino acid sequence KVLEYVIKV (SEQ ID NO: 2) or a complex of the epitope with an MHC molecule.
  • the MHC molecule is HLA-A*02 type, such as HLA-A*02:01 type or HLA-A*02:05 type.
  • the modified TCR is soluble or membrane-bound.
  • the modified TCR is isolated or purified.
  • the present disclosure provides a modified T cell receptor (TCR) comprising an alpha chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ and a beta chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ , the modified TCR includes the following amino acid substitutions relative to the parent TCR:
  • the parent TCR includes CDR1 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:24, CDR2 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:25, CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:26, and CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as SEQ ID NO:26.
  • the amino acid positions are numbered according to the naming rules of the International Immunogenetic Information System (IMGT).
  • IMGT International Immunogenetic Information System
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(25) relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR: Q29P, A36I, T37E, and T38R; preferably, the modified TCR contains The parent TCR contains the amino acid substitutions Q29P, A36I, T37E and T38R in CDR1 ⁇ .
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(4) in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution S56TE58LG59P, S56TN57QE58PG59L or S56TN57DE58Y in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions in CDR3 ⁇ relative to the parental TCR: G112E, P113H, Y114L, E115I, and EPGQGP at positions Glu108 to Pro113 replaced with VNDGT ;
  • the modified TCR includes an amino acid substitution in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR: EPGQGP at positions Glu108 to Pro113 is replaced with VNDGT or G112EP113HY114LE115I.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(6) in CDR1 ⁇ and/or FR1 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises an amino acid substitution in CDR1 ⁇ and/or FR1 ⁇ relative to the parent TCR: S29TS36DT37IY38L, T26AS28YS29L or T26VS28PS29Y.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(6) in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution S58GN59FM63DD64T, S58IN59FM63QD64Y, S58NN59TM63Q, N59FM63TD64Y, S58AN59FM63ED64S, I56TF57WS58PN59H, I56GF57TS58WN59L or I56TS in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR. 58WN59F.
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:46 or is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:46
  • the ⁇ -chain variable region of the amino acid sequence with sequence identity, and the amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NO:80, 83, 86, 89, 92, 95 or with SEQ ID NO:80, 83 Any one of , 86, 89, 92, and 95 has a beta chain variable region with an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NO: 98, 101, 104, 107, 110, 113, 116, 119, 122, 125, 128 or Having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99
  • the alpha chain variable region of the amino acid sequence having % sequence identity to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 47 or having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or with SEQ ID NO: 47
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NO: 98, 101, 104, 107, 110, 113, 116, 119, 122, 125, 128 or Having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99
  • the alpha chain variable region of the amino acid sequence having % sequence identity, and having an amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NO: 80, 83, 86, 89, 92, 95 or identical to SEQ ID NO: 80, Any one of 83, 86, 89, 92, 95 has a beta chain variable region with an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR further comprises a TCR constant region.
  • the TCR constant region is a murine constant region or a human constant region.
  • the TCR constant region includes a TCR alpha chain constant region and/or a TCR beta chain constant region.
  • the TCR ⁇ chain constant region and/or the TCR ⁇ chain constant region contains at least one cysteine substitution relative to the wild-type sequence to form a disulfide bond between the TCR ⁇ chain and the TCR ⁇ chain.
  • the TCR alpha chain constant region comprises an LVL substitution or a LIV substitution such that the alpha chain constant region comprises the amino acid sequence LLVIVLRIL.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:69 or is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:69
  • a TCR ⁇ chain with an amino acid sequence of sequence identity and an amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NO: 81, 84, 87, 90, 93, 96 or identical to SEQ ID NO: 81, 84, 87, Any one of 90, 93, 96 has a TCR beta chain with an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NO: 99, 102, 105, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126, 129 or Have at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NO: 99, 102, 105, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126, 129 or Have at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99 % sequence identity of the TCR ⁇ chain of the amino acid sequence, and having an amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NO:81, 84, 87, 90, 93, 96 or with SEQ ID NO:81, 84, 87 Any one of , 90, 93, and 96 has a TCR ⁇ chain with an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR binds an epitope comprising the amino acid sequence KVLEYVIKV (SEQ ID NO: 2) or a complex of the epitope with an MHC molecule.
  • the MHC molecule is HLA-A*02 type, such as HLA-A*02:01 type or HLA-A*02:05 type.
  • the modified TCR is soluble or membrane-bound.
  • the modified TCR is isolated or purified.
  • the disclosure provides a modified T cell receptor (TCR) comprising an alpha chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ and a beta chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ , the modified TCR includes the following amino acid substitutions relative to the parent TCR:
  • the parent TCR includes CDR1 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:24, CDR2 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:25, CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:26, and CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as SEQ ID NO:26.
  • the amino acid positions are numbered according to the naming rules of the International Immunogenetic Information System (IMGT).
  • IMGT International Immunogenetic Information System
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(24) relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(4) in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution Q29E or Q29PA36IT37ET38R in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR: S56T, N57D, E58Y, S63D, and K64Q; preferably, the modified TCR Contains the amino acid substitution S56TN57DE58Y or S63DK64Q in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(6) in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises an amino acid substitution in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR: G110WQ111DG112PP113W, Y114W, G112AP113WY114SE115D or Y114F.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(3) relative to the parent TCR:
  • Amino acid substitutions in CDR3 ⁇ include G110WQ111DG112PP113W, Y114W, G112AP113WY114SE115D or Y114F.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(5) in CDR1 ⁇ and/or FR1 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises an amino acid substitution in CDR1 ⁇ and/or FR1 ⁇ relative to the parent TCR: T26VS28PS29Y, S36L, T26SS28MS29L, T26ID27CS28AS29F, S36Q, T26PS28MS29F, S36M, S29ES36F or T26QD27YS28GS29M.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(4) in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises an amino acid substitution in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR: N59F, S58IN59FM63QD64A, S58AN59FM63ED64S, S58AN59FD64Q or S58IN59FM63QD64A.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(2) relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises a compound having a polypeptide selected from any one of SEQ ID NO: 132, 136, 142, 147, 150, 154, 158, 68, 166, 119, 168, 171, 173
  • the modified TCR further comprises a TCR constant region.
  • the TCR constant region is a murine constant region or a human constant region.
  • the TCR constant region includes a TCR alpha chain constant region and/or a TCR beta chain constant region.
  • the TCR ⁇ chain constant region and/or the TCR ⁇ chain constant region contains at least one cysteine substitution relative to the wild-type sequence to form a disulfide bond between the TCR ⁇ chain and the TCR ⁇ chain.
  • the TCR alpha chain constant region comprises an LVL substitution or a LIV substitution such that the alpha chain constant region comprises the amino acid sequence LLVIVLRIL.
  • the modified TCR comprises any one of SEQ ID NO: 134, 138, 144, 148, 151, 156, 160, 23, 167, 120, 169, 172, 174
  • the modified TCR binds an epitope comprising the amino acid sequence KVLEYVIKV (SEQ ID NO: 2) or a complex of the epitope with an MHC molecule.
  • the MHC molecule is HLA-A*02 type, such as HLA-A*02:01 type or HLA-A*02:05 type.
  • the modified TCR is soluble or membrane-bound.
  • the modified TCR is isolated or purified.
  • the present disclosure provides a modified T cell receptor (TCR) comprising an alpha chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ and a beta chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ , the modified TCR includes the following amino acid substitutions relative to the parent TCR:
  • the parent TCR includes CDR1 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:24, CDR2 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:25, CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:26, and CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as SEQ ID NO:26.
  • the amino acid positions are numbered according to the naming rules of the International Immunogenetic Information System (IMGT).
  • IMGT International Immunogenetic Information System
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(31) relative to the parent TCR:
  • Amino acid substitution at the Glu58 position in CDR2 ⁇ which is selected from E58A, E58F, E58I, E58L, E58M, E58P, E58V, E58Y and E58W;
  • Amino acid substitution at the Gly59 position in CDR2 ⁇ which is selected from G59P, G59L, G59D, G59E, G59H, G59K, G59Q, G59R, G59S and G59T;
  • Amino acid substitution at the Ala65 position in CDR2 ⁇ which is selected from A65F, A65I, A65L, A65M, A65P, A65V, A65W and A65Y;
  • Amino acid substitution at Ser105 position in CDR3 ⁇ which is selected from S105L, S105N, S105H, S105Q, S105K and S105R;
  • Amino acid substitution at the Gln111 position in CDR3 ⁇ which is selected from Q111N, Q111K, Q111S, Q111G, Q111A, Q111V, Q111E, Q111L and Q111H;
  • EPGQGP substitution from Glu108 to Pro113 in CDR3 ⁇ is an amino acid substitution of VNDGT;
  • the modified TCR does not contain a single S105N amino acid substitution relative to the parent TCR.
  • the modified TCR includes one or more of the following amino acid substitutions in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR: Q29P, A36I, T37E, and T38R; preferably, the modified TCR contains The parent TCR contains the amino acid substitutions Q29P, A36I, T37E and T38R in CDR1 ⁇ .
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(7) in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution N57DE58YG59QS63TK64CA65V, S56TE58LG59P, S56TN57QE58PG59L or S56TN57DE58Y in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(7) in CDR3 ⁇ relative to the parental TCR:
  • the modified TCR comprises amino acid substitutions in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR: Y114F, Y114W, Q111GY114F, Q111SY114F, S105L, S105N, Glu108 to EPGQGP at the Pro113 position are replaced with VNDGT or G112EP113HY114LE115 I.
  • the modified TCR comprises the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C and A65V in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions Y114F, Y114L, Y114W, Q111GY114F or in CDR3 ⁇ relative to the parental TCR. Q111SY114F.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(6) in CDR1 ⁇ and/or FR1 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises an amino acid substitution in CDR1 ⁇ and/or FR1 ⁇ relative to the parent TCR: S29TS36DT37IY38L, T26AS28YS29L or T26VS28PS29Y.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(6) in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution S58GN59FM63DD64T, S58IN59FM63QD64Y, S58NN59TM63Q, N59FM63TD64Y, S58AN59FM63ED64S, I56TF57WS58PN59H, I56GF57TS58WN59L or I56TS in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR. 58WN59F.
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:46 or is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:46
  • the modified TCR comprises any one of SEQ ID NOs: 65-68, 77, 98, 101, 104, 107, 110, 113, 116, 119, 122, 125, 128
  • the amino acid sequence shown may have at least 80% or at least 85% similarity with any one of SEQ ID NO: 65-68, 77, 98, 101, 104, 107, 110, 113, 116, 119, 122, 125, 128 %, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity of the alpha chain variable region of the amino acid sequence, and having the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 47 or having at least 80%, A beta chain variable region having an amino acid sequence of at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises any one of SEQ ID NOs: 65-68, 77, 98, 101, 104, 107, 110, 113, 116, 119, 122, 125, 128
  • the amino acid sequence shown may have at least 80%, at least 85%, at least 90%, or An alpha chain variable region with an amino acid sequence of at least 95% or at least 99% sequence identity, and having an amino acid sequence selected from the group consisting of any one of SEQ ID NOs: 48-64, 80, 83, 86, 89, 92, 95 Amino acid sequence or has at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity with any one of SEQ ID NO: 48-64, 80, 83, 86, 89, 92, 95
  • the ⁇ chain variable region of the sexual amino acid sequence is any one of SEQ ID NOs: 65-68, 77, 98, 101, 104, 107, 110, 113, 116, 119,
  • the modified TCR further comprises a TCR constant region.
  • the TCR constant region is a murine constant region or a human constant region.
  • the TCR constant region includes a TCR alpha chain constant region and/or a TCR beta chain constant region.
  • the TCR ⁇ chain constant region and/or the TCR ⁇ chain constant region contains at least one cysteine substitution relative to the wild-type sequence to form a disulfide bond between the TCR ⁇ chain and the TCR ⁇ chain.
  • the TCR alpha chain constant region comprises an LVL substitution or a LIV substitution such that the alpha chain constant region comprises the amino acid sequence LLVIVLRIL.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:69 or is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:69
  • a TCR ⁇ chain with an amino acid sequence of sequence identity and an amino acid sequence selected from any one of SEQ ID NO: 3-19, 81, 84, 87, 90, 93, 96 or with SEQ ID NO: 3- Any one of 19, 81, 84, 87, 90, 93, 96 has a TCR beta chain with an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises any one of SEQ ID NOs: 20-23, 78, 99, 102, 105, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126, 129
  • the amino acid sequence shown may have at least 80% or at least 85% similarity with any one of SEQ ID NO: 20-23, 78, 99, 102, 105, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126, 129 %, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity of the TCR ⁇ chain of the amino acid sequence, and having an amino acid sequence shown in SEQ ID NO:70 or having at least 80%, at least 85% with SEQ ID NO:70 , a TCR ⁇ chain having an amino acid sequence of at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises any one of SEQ ID NOs: 20-23, 78, 99, 102, 105, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126, 129
  • the amino acid sequence shown may have at least 80% or at least 85% similarity with any one of SEQ ID NO: 20-23, 78, 99, 102, 105, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126, 129 %, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity of the TCR alpha chain of amino acid sequences, and having any one selected from SEQ ID NO: 3-19, 81, 84, 87, 90, 93, 96
  • the amino acid sequence shown may be at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% identical to any one of SEQ ID NO: 3-19, 81, 84, 87, 90, 93, 96 % sequence identity of the amino acid sequence of the TCR ⁇ chain
  • the modified TCR binds an epitope comprising the amino acid sequence KVLEYVIKV (SEQ ID NO: 2) or a complex of the epitope with an MHC molecule.
  • the MHC molecule is HLA-A*02 type, such as HLA-A*02:01 type or HLA-A*02:05 type.
  • the modified TCR is soluble or membrane-bound.
  • the modified TCR is isolated or purified.
  • the disclosure provides a modified T cell receptor (TCR) comprising an alpha chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ and a beta chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ , the modified TCR includes the following amino acid substitutions relative to the parent TCR:
  • the parent TCR includes CDR1 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:24, CDR2 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:25, CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:26, and CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as SEQ ID NO:26.
  • the amino acid positions are numbered according to the naming rules of the International Immunogenetic Information System (IMGT).
  • IMGT International Immunogenetic Information System
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(33) relative to the parent TCR:
  • Amino acid substitution at the Glu58 position in CDR2 ⁇ which is selected from E58A, E58F, E58I, E58L, E58M, E58P, E58V, E58Y and E58W;
  • Amino acid substitution at the Ala65 position in CDR2 ⁇ which is selected from A65F, A65I, A65L, A65M, A65P, A65V, A65W and A65Y;
  • Amino acid substitution at Ser105 position in CDR3 ⁇ which is selected from S105L, S105N, S105H, S105Q, S105K and S105R;
  • Amino acid substitution at the Gln111 position in CDR3 ⁇ which is selected from Q111D, Q111N, Q111K, Q111S, Q111G, Q111A, Q111V, Q111E, Q111L and Q111H;
  • EPGQGP substitution from Glu108 to Pro113 in CDR3 ⁇ is an amino acid substitution of VNDGT;
  • Amino acid substitution at the Asn59 position in CDR2 ⁇ which is selected from N59L, N59F, N59D, N59E, N59H, N59K, N59Q, N59R, N59S and N59T;
  • the modified TCR does not contain a single S105N amino acid substitution relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(4) in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution Q29E or Q29PA36IT37ET38R in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(7) in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution N57DE58YG59QS63TK64CA65V, S56TE58LG59P, S56TN57QE58PG59L, S56TN57DE58Y or S63DK64Q in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(8) in CDR3 ⁇ relative to the parental TCR:
  • the modified TCR comprises amino acid substitutions in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR: G110WQ111DG112PP113W, G112AP113WY114SE115D, Y114F, Y114W, Q111GY114F, Q111SY114F, S105L, S105N, Glu108 to Pro113 at positions EPGQGP is replaced by VNDGT or G112EP113HY114LE115I.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(3) relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C and A65V in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions Y114F, Y114L, Y114W, Q111GY114F or in CDR3 ⁇ relative to the parental TCR. Q111SY114F.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(7) in CDR1 ⁇ and/or FR1 ⁇ relative to the parent TCR:
  • the modified TCR comprises amino acid substitutions in CDR1 ⁇ and/or FR1 ⁇ relative to the parent TCR: S29TS36DT37IY38L, T26AS28YS29L, T26VS28PS29Y, S36L, T26SS28MS29L, T26ID27CS28AS29F, S36Q, T26PS28MS29F, S36M, S 29ES36F or T26QD27YS28GS29M.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(6) in CDR2 ⁇ relative to the parental TCR:
  • the modified TCR comprises amino acid substitutions N59F, S58IN59FM63QD64A, S58AN59FD64Q, S58IN59FM63QD64A, S58GN59FM63DD64T, S58IN59FM63QD64Y, S58NN59TM63Q, N59FM63TD64Y, in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR.
  • S58AN59FM63ED64S I56TF57WS58PN59H, I56GF57TS58WN59L or I56TS58WN59F.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(2) relative to the parent TCR:
  • CDR1 ⁇ and/or FR1 ⁇ contain amino acid substitutions: S29TS36DT37IY38L, T26AS28YS29L, T26VS28PS29Y, S36L, T26SS28MS29L, T26ID27CS28AS29F, S36Q, T26PS28MS29F, S36M, S29ES36F or T26QD27 YS28GS29M;
  • CDR2 ⁇ contains amino acid substitutions N59F, S58IN59FM63QD64A, S58AN59FD64Q, S58IN59FM63QD64A, S58GN59FM63DD64T, S58IN59FM63QD64Y, S58NN59TM63Q, N59FM63TD64Y, S58AN59FM63ED64S, I56TF57WS58PN59H, I56GF57TS58WN59L or I56TS58WN59F.
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:46 or is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:46
  • the alpha chain variable region of the amino acid sequence having sequence identity, and having an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 48-64, 80, 83, 86, 89, 92, 95, 133, 137, 143, 155, 159, 163, 175
  • the amino acid sequence shown in any one of them may be identical to any one of SEQ ID NO: 48-64, 80, 83, 86, 89, 92, 95, 133, 137, 143, 155, 159, 163, 175
  • a beta chain variable region having an amino acid sequence of at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises SEQ ID NOs: 65-68, 77, 98, 101, 104, 107, 110, 113, 116, 119, 122, 125, 128, 132, 136 , the amino acid sequence shown in any one of 142, 147, 150, 154, 158, 166, 168, 171, 173 or the same as SEQ ID NO: 65-68, 77, 98, 101, 104, 107, 110, 113 , any one of 116, 119, 122, 125, 128, 132, 136, 142, 147, 150, 154, 158, 166, 168, 171, 173 has at least 80%, at least 85%, at least 90%,
  • the alpha chain variable region has an amino acid sequence of at least 95% or at least 99% sequence identity, and has an amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 47 or has at least 80%, at least 85%, or at least 90% identity with SEQ ID NO: 47 %, at least
  • the modified TCR comprises SEQ ID NOs: 65-68, 77, 98, 101, 104, 107, 110, 113, 116, 119, 122, 125, 128, 132, 136 , the amino acid sequence shown in any one of 142, 147, 150, 154, 158, 166, 168, 171, 173 or the same as SEQ ID NO: 98, 101, 104, 107, 110, 113, 116, 119, 122 , any one of 125, 128, 132, 136, 142, 147, 150, 154, 158, 166, 168, 171, 173 has at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99 % sequence identity of the alpha chain variable region of the amino acid sequence, and having an amino acid sequence selected from SEQ ID NO: 48-64, 80, 83, 86, 89, 92, 95, 133, 137, 143, 155, 159,
  • the modified TCR further comprises a TCR constant region.
  • the TCR constant region is a murine constant region or a human constant region.
  • the TCR constant region includes a TCR alpha chain constant region and/or a TCR beta chain constant region.
  • the TCR ⁇ chain constant region and/or the TCR ⁇ chain constant region contains at least one cysteine substitution relative to the wild-type sequence to form a disulfide bond between the TCR ⁇ chain and the TCR ⁇ chain.
  • the TCR alpha chain constant region comprises an LVL substitution or a LIV substitution such that the alpha chain constant region comprises the amino acid sequence LLVIVLRIL.
  • the modified TCR comprises an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:69 or is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:69
  • a TCR ⁇ chain having an amino acid sequence of sequence identity, and having any one selected from SEQ ID NO: 3-19, 81, 84, 87, 90, 93, 96, 135, 139, 145, 157, 161, 164, 176
  • the amino acid sequence shown in the item may have at least 80% similarity with any one of SEQ ID NO: 3-19, 81, 84, 87, 90, 93, 96, 135, 139, 145, 157, 161, 164, 176 , a TCR ⁇ chain having an amino acid sequence of at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99% sequence identity.
  • the modified TCR comprises SEQ ID NOs: 20-23, 78, 99, 102, 105, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126, 129, 134, 138 , the amino acid sequence shown in any one of 144, 148, 151, 156, 160, 167, 169, 172, 174 or the same as SEQ ID NO: 20-23, 78, 99, 102, 105, 108, 111, 114 , any one of 117, 120, 123, 126, 129, 134, 138, 144, 148, 151, 156, 160, 167, 169, 172, 174 has at least 80%, at least 85%, at least 90%, A TCR ⁇ chain having an amino acid sequence of at least 95% or at least 99% sequence identity, and having an amino acid sequence shown in SEQ ID NO:70 or having at least 80%, at least 85%, at least 90%, or at least the same amino acid sequence as SEQ ID NO:
  • the modified TCR comprises SEQ ID NOs: 20-23, 78, 99, 102, 105, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126, 129, 134, 138 , the amino acid sequence shown in any one of 144, 148, 151, 156, 160, 167, 169, 172, 174 or the same as SEQ ID NO: 20-23, 78, 99, 102, 105, 108, 111, 114 , any one of 117, 120, 123, 126, 129, 134, 138, 144, 148, 151, 156, 160, 167, 169, 172, 174 has at least 80%, at least 85%, at least 90%, A TCR ⁇ chain having an amino acid sequence of at least 95% or at least 99% sequence identity, and having an amino acid sequence selected from SEQ ID NOs: 3-19, 81, 84, 87, 90, 93, 96, 135, 139,
  • the modified TCR binds an epitope comprising the amino acid sequence KVLEYVIKV (SEQ ID NO: 2) or a complex of the epitope with an MHC molecule.
  • the MHC molecule is HLA-A*02 type, such as HLA-A*02:01 type or HLA-A*02:05 type.
  • the modified TCR is soluble or membrane-bound.
  • the modified TCR is isolated or purified.
  • the present disclosure provides nucleic acids encoding modified TCRs of the invention.
  • the present disclosure provides a vector comprising a nucleic acid of the invention.
  • the vector is selected from the group consisting of lentiviral vectors, retroviral vectors, plasmids, DNA vectors, mRNA vectors, transposon-based vectors, and artificial chromosomes.
  • the present disclosure provides cells comprising a modified TCR, nucleic acid, or vector of the invention.
  • the cells are selected from lymphocytes (eg, T cells, NK cells), monocytes (eg, PBMCs), and stem cells.
  • the stem cells are lymphoid progenitor cells or induced pluripotent stem cells (iPSCs).
  • the cells are T cells. In some embodiments, the T cells do not express endogenous TCR.
  • the present disclosure provides a method of preparing a cell of the invention, comprising the step of transducing or transfecting the cell with a vector of the invention.
  • the method further includes the step of expanding and/or activating cells before or after said transduction or transfection.
  • the present disclosure provides conjugates comprising a modified TCR according to the invention and an active agent coupled or conjugated to the TCR.
  • the active agent is selected from the group consisting of detectable labels, immunostimulatory molecules and therapeutic agents; preferably, the detectable label is selected from the group consisting of biotin, streptavidin, enzymes or catalytically active fragments thereof, Radionuclides, nanoparticles, paramagnetic metal ions, nucleic acid probes, contrast agents, and fluorescent, phosphorescent or chemiluminescent molecules; preferably, the immunostimulatory molecules are selected from the group consisting of cytokines, chemokines, platelet factors and complement Initiating agent; preferably, the therapeutic agent is selected from immunomodulators, radioactive compounds, enzymes, chemotherapeutic agents and toxins.
  • the present disclosure provides bispecific or multispecific antigen-binding molecules comprising a modified TCR of the invention, or an antigen-binding fragment thereof, and one or more additional antigens that bind one or more additional antigens.
  • the one or more additional antigens are each independently selected from the group consisting of tumor-associated antigens (TAA), tumor-specific antigens (TSA), viral antigens, autoantigens, and immune cell surface molecules.
  • TAA tumor-associated antigens
  • TSA tumor-specific antigens
  • viral antigens viral antigens
  • autoantigens autoantigens
  • immune cell surface molecules e.g. CD3, preferably the one or more additional antigen binding regions are derived from the antigen binding region of an anti-CD3 antibody.
  • the disclosure provides a composition
  • a composition comprising a modified TCR, nucleic acid, vector, cell, conjugate, or bispecific or multispecific antigen-binding molecule according to the invention; preferably, the combination
  • the composition also contains pharmaceutically acceptable carriers or excipients.
  • the composition further comprises a second therapeutic agent, preferably the second therapeutic agent is selected from the group consisting of antibodies, chemotherapeutic agents and small molecule drugs.
  • the present disclosure provides a method of treating MAGE-A1 positive cancer in a subject, comprising administering to the subject an effective amount of a modified TCR of the invention.
  • the present disclosure provides a method of treating MAGE-A1 positive cancer in a subject, comprising administering to the subject an effective amount of a cell of the invention.
  • the cells are autologous or allogeneic to the subject.
  • the method includes the steps of:
  • step (iii) administering the cells obtained in step (ii) to a subject.
  • the method further includes the step of knocking out the endogenous TCR in the cell after step (i) and before (ii).
  • the MAGE-A1 positive cancer is selected from the group consisting of melanoma, lung cancer, colorectal cancer, cervical cancer, breast cancer, liver cancer (e.g., hepatocellular carcinoma), gastric cancer, esophageal cancer, bladder cancer (e.g., bladder cancer) skin cancer), ovarian cancer (such as ovarian serous cystadenocarcinoma), head and neck cancer (such as head and neck squamous cell carcinoma), uterine cancer, endometrial cancer, cholangiocarcinoma, prostate cancer, adrenocortical cancer, mesothelioma, sarcoma , pheochromocytoma, paraganglioma, and thymic carcinoma.
  • melanoma lung cancer, colorectal cancer, cervical cancer, breast cancer, liver cancer (e.g., hepatocellular carcinoma), gastric cancer, esophageal cancer, bladder cancer (e.g., bladder cancer) skin cancer),
  • the method further includes administering a second therapeutic agent, preferably the second therapeutic agent is selected from the group consisting of antibodies, chemotherapeutic agents, and small molecule drugs.
  • the subject has an HLA-A*02 allele, such as an HLA-A*02:01 or HLA-A*02:05 allele.
  • the present disclosure provides a modified TCR, nucleic acid, vector, cell, conjugate, bispecific or multispecific antigen-binding molecule or composition of the invention for use in the treatment of MAGE in a subject -Use in drugs for A1-positive cancers.
  • the disclosure provides a modified TCR, nucleic acid, vector, cell, conjugate, bispecific or multispecific antigen-binding molecule or composition of the invention for use in the treatment of MAGE in a subject -A1 positive cancer.
  • the MAGE-A1 positive cancer is selected from the group consisting of melanoma, lung cancer, colorectal cancer, cervical cancer, breast cancer, liver cancer (eg, hepatocellular carcinoma), gastric cancer, esophageal cancer, bladder cancer (e.g. bladder urothelial carcinoma), ovarian cancer (e.g. ovarian serous cystadenocarcinoma), head and neck cancer (e.g.
  • the subject has an HLA-A*02:01 allele, such as an HLA-A*02:01 or HLA-A*02:05 allele.
  • Figure 1 shows screening of affinity-optimized TCRs of the invention by flow cytometry.
  • Figure 2 shows the activation of target cells loaded with the target antigen peptide (KVLEYVIKV) by the affinity-optimized TCR of the invention as determined by flow cytometry.
  • Figure 3 shows the activation of target cells loaded with gp100 target antigen by a gp100 mutant TCR known from the prior art by flow cytometry.
  • Figure 4 shows the staining of cells expressing gp100 mutant TCRs known in the art at different concentrations of gp100 Dextramer as determined by flow cytometry.
  • Figure 5 shows the results of gradient staining by gp100 Dextramer on cells expressing gp100 mutant TCRs known in the art.
  • Figure 6 shows the linear relationship between Dextramer staining intensity and affinity (KD-SPR) of gp100 mutant TCRs known in the art.
  • Figure 7 shows the staining of cells expressing the mutated TCR of the invention at different concentrations of MAGE-A1 Dextramer determined by flow cytometry.
  • Figure 8 shows the gradient staining results of MAGE-A1 Dextramer on cells expressing the mutant TCR of the present invention.
  • Figure 9 shows the phenotype of the affinity-optimized TCR-T cells of the invention as determined by flow cytometry.
  • Figure 10 shows the specific killing of antigen-positive tumor cells by the affinity-optimized TCR-T cells of the present invention.
  • FIG 11 shows the specific IFN- ⁇ secretion of antigen-positive tumor cells by the affinity-optimized TCR-T cells of the present invention.
  • Figure 12 shows the non-specific response of the affinity-optimized TCR-T cells of the present invention to different HLA typing as determined by IFN- ⁇ secretion experiments.
  • the present disclosure provides a modified T cell receptor (TCR) comprising an alpha chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ and a beta chain variable region containing CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ , and CDR3 ⁇ ,
  • TCR T cell receptor
  • the modified TCR contains the following amino acid substitutions relative to the parent TCR:
  • the parent TCR includes CDR1 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:24, CDR2 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:25, CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:26, and CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as SEQ ID NO:26.
  • the amino acid positions are numbered according to the naming rules of the International Immunogenetic Information System (IMGT).
  • IMGT International Immunogenetic Information System
  • the modified TCR comprises the following amino acid substitutions relative to the parent TCR:
  • the parent TCR includes CDR1 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:24, CDR2 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:25, CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as shown in SEQ ID NO:26, and CDR3 ⁇ with an amino acid sequence as SEQ ID NO:26.
  • the amino acid positions are numbered according to the naming rules of the International Immunogenetic Information System (IMGT).
  • IMGT International Immunogenetic Information System
  • TCR In its native form, the TCR exists as a complex of several proteins on the surface of T cells.
  • T cell receptors are composed of two (separate) protein chains produced by separate T cell receptor alpha and beta (TCR ⁇ and TCR ⁇ ) genes and are called alpha and beta chains.
  • Each chain of the TCR has an N-terminal immunoglobulin-like (Ig)-variable (V) region/domain and an Ig-constant (C) region/domain that anchors the chain across the membrane in the plasma membrane. /membrane spanning region, and a short cytoplasmic tail at the C-terminus.
  • Ig immunoglobulin-like
  • V immunoglobulin-like
  • C Ig-constant
  • a TCR is a heterodimer of one ⁇ chain and one ⁇ chain that binds to MHC molecules presenting antigenic peptides.
  • variable regions of the alpha and beta chains are conferred by the variable regions of the alpha and beta chains.
  • the two variable regions of TCR ⁇ chain and ⁇ chain both contain four framework (FR) regions (FR1 ⁇ / ⁇ , FR2 ⁇ / ⁇ , FR3 ⁇ / ⁇ and FR4 ⁇ / ⁇ ) surrounded by three hypervariable or complementarity determining regions (CDR1 ⁇ / ⁇ , CDR2 ⁇ / ⁇ and CDR3 ⁇ / ⁇ ).
  • FR3 framework FR1 ⁇ / ⁇ , FR2 ⁇ / ⁇ , FR3 ⁇ / ⁇ and FR4 ⁇ / ⁇
  • CDR1 ⁇ / ⁇ , CDR2 ⁇ / ⁇ and CDR3 ⁇ / ⁇ CDR3 is the major determinant of antigen recognition and specificity (i.e., the ability to recognize and interact with a specific antigen), while CDR1 and CDR2 interact primarily with MHC molecules presenting antigenic peptides.
  • the TCR recognizes an antigenic peptide that binds to a major histocompatibility complex (MHC) molecule at the surface of the antigen-presenting cell ("presented/displayed on the MHC molecule").
  • MHC major histocompatibility complex
  • Antigenic peptides presented on MHC molecules are also referred to herein as "complexes of an epitope and an MHC molecule", “epitope-MHC complexes” or "target antigen peptide-MHC complexes”.
  • MHC I and MHC II which present peptides from different cellular compartments.
  • MHC class I molecules are expressed on the surface of all nucleated cells in the body and display peptides or protein fragments from intracellular compartments to cytotoxic T cells.
  • MHC is also called human leukocyte antigen (HLA).
  • HLA human leukocyte antigen
  • MHC class I There are three main types of MHC class I: HLA-A, HLA-B, and HLA-C.
  • the position of the amino acid sequence of TCR in the present invention is numbered according to the naming rules of the International Immunogenetic Information System (IMGT).
  • IMGT International Immunogenetic Information System
  • the position numbers of the amino acid sequences of the TCR alpha chain variable region (V ⁇ ) and beta chain variable region (V ⁇ ) are numbered according to the positions listed in IMGT.
  • the position number listed in IMGT is 29, then it is described in the present invention as the 29th amino acid of V ⁇ ; for a certain amino acid in V ⁇ , the position number listed in IMGT is 57. Then it is described as the 57th amino acid of V ⁇ in the present invention; others are deduced by analogy.
  • special instructions for the sequence position number of other amino acids please follow the special instructions.
  • parental TCR refers to the previously developed HLA-A0201-restricted human TCR ht27 targeting MAGE-A1, which contains CDR1 ⁇ , amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 24 (DFQATT)
  • the sequence is CDR2 ⁇ shown in SEQ ID NO:25 (SNEGSKA)
  • the amino acid sequence is CDR3 ⁇ shown in SEQ ID NO:26 (SAREPGQGPYEQY)
  • the amino acid sequence is CDR1 ⁇ shown in SEQ ID NO:27 (DSSSTY)
  • the amino acid sequence is SEQ CDR2 ⁇ shown in ID NO:28 (IFSNMDM)
  • CDR3 ⁇ whose amino acid sequence is shown in SEQ ID NO:29 (AGSGGGTDKLI)
  • amino acid sequences of its ⁇ chain variable region and ⁇ chain variable region are respectively as SEQ ID NO :46 and SEQ ID NO:47.
  • the modified TCR of the invention comprising amino acid substitutions relative to the parent TCR at one or more of the following positions in the variable region has improved binding affinity for MAGE-A1: Asn57, Glu58, Gly59 in CDR2 ⁇ , Ser63, Lys64, Ala65, Ser105, Glu108, Gln111, Tyr114 in CDR3 ⁇ , Ser29 and Ser36 in CDR1 ⁇ , and Asn59 in CDR2 ⁇ .
  • amino acid substitution at the Ser105 position can increase the binding affinity of TCR by about 10-400 times
  • amino acid substitution at the Glu108 position can increase the binding affinity of TCR by about 1-2 times
  • amino acid substitution at the Gln111 position can increase the binding affinity of TCR by about 10-400 times.
  • amino acid substitution at Tyr114 position can increase the binding affinity of TCR by about 11-944 times.
  • Specific amino acid substitutions at these amino acid positions include, but are not limited to, N57D, N57E, N57H, N57K, N57Q, N57R, N57S, N57T, E58A, E58F, E58I, E58L, E58M, E58P, E58V, E58Y, E58W, G59D, G59E , G59H, G59K, G59Q, G59R, G59S, G59T, S63D, S63E, S63H, S63K, S63Q, S63R, S63T, K64M, K64C, K64W, K64T, K64P, K64A, A65F, A65I, A65L, A65M, A65P, A65V , A65W, A65Y, S105L, S105N, S105H, S105Q, S105
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(33) relative to the parent TCR:
  • Amino acid substitution at the Glu58 position in CDR2 ⁇ which is selected from E58A, E58F, E58I, E58L, E58M, E58P, E58V, E58Y and E58W;
  • Amino acid substitution at the Ala65 position in CDR2 ⁇ which is selected from A65F, A65I, A65L, A65M, A65P, A65V, A65W and A65Y;
  • Amino acid substitution at Ser105 position in CDR3 ⁇ which is selected from S105L, S105N, S105H, S105Q, S105K and S105R;
  • Amino acid substitution at the Gln111 position in CDR3 ⁇ which is selected from Q111D, Q111N, Q111K, Q111S, Q111G, Q111A, Q111V, Q111E, Q111L and Q111H;
  • EPGQGP substitution from Glu108 to Pro113 in CDR3 ⁇ is an amino acid substitution of VNDGT;
  • Amino acid substitution at the Asn59 position in CDR2 ⁇ which is selected from N59L, N59F, N59D, N59E, N59H, N59K, N59Q, N59R, N59S and N59T;
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(13) relative to the parent TCR:
  • Amino acid substitution at the Asn57 position which is selected from N57D, N57E, N57H, N57K, N57Q, N57R, N57S and N57T;
  • Amino acid substitution at the AlA65 position which is selected from A65F, A65I, A65L, A65M, A65P, A65V, A65W and A65Y;
  • Amino acid substitution at Ser105 position which is selected from S105L, S105N, S105H, S105Q, S105K and S105R;
  • Amino acid substitution at Ser29 position which is selected from S29A, S29F, S29I, S29L, S29M, S29P, S29V, S29W and S29N;
  • Amino acid substitution at Ser36 position which is selected from S36M, S36L, S36Q, S36I, S36F, S36P and S36V;
  • the modified TCR does not contain a single S105N amino acid substitution relative to the parent TCR. In some embodiments, the modified TCR comprises a combination of the amino acid substitution S105N and the other amino acid substitutions listed above relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR: N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V.
  • the modified TCR comprises the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C and A65V in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises one or more of the following amino acid substitutions (1)-(3) in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR: (1) Q111G or Q111S; (2) Y114F , Y114L or Y114W; (3) S105L, S105Q, S105N or S105H.
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution Q111GY114F, Q111GY114L, Q111GY114W, Q111SY114F, Q1114SY114L, or Q114SY114W in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution Y114F, Y114W, Q111GY114F, Q111SY114F, S105L or S105N in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR.
  • the modified TCR includes one or more of the following amino acid substitutions in CDR2 ⁇ relative to the parent TCR: N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V; and includes the following in CDR3 ⁇ One or more of amino acid substitutions (1)-(3): (1) Q111G or Q111S; (2) Y114F, Y114L or Y114W; (3) S105L, S105Q, S105N or S105H.
  • the modified TCR comprises the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V in CDR2 ⁇ relative to the parental TCR; and the following amino acid substitutions (1)-(3) in CDR3 ⁇ One or more of: (1) Q111G or Q111S; (2) Y114F, Y114L or Y114W; (3) S105L, S105Q, S105N or S105H.
  • the modified TCR includes the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions Q111GY114F, Q111GY114L, Q111GY114W, Q111SY114F, in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR. Q1114SY114L or Q114SY114W.
  • the modified TCR comprises the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions Y114F, Y114W, Q111GY114F, Q111SY114F, in CDR3 ⁇ relative to the parent TCR. S105L or S105N.
  • the modified TCR comprises the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C and A65V in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions Y114F, Y114L, Y114W, Q111GY114F or in CDR3 ⁇ relative to the parental TCR. Q111SY114F.
  • the modified TCR comprises the following amino acid substitutions in (1) and/or (2) in CDRla relative to the parent TCR: (1) S29L; (2) S36M, S36L, or S36Q.
  • the modified TCR comprises the amino acid substitution N59F in CDR2 ⁇ relative to the parental TCR.
  • the modified TCR comprises the following amino acid substitutions in (1) and/or (2) in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR: (1) S29L; (2) S36M, S36L, or S36Q; and contains the amino acid substitution N59F in CDR2 ⁇ .
  • Each of the three CDR regions of TCR ⁇ and ⁇ chains binds to different parts of the MHC-polypeptide complex and interacts with the MHC-polypeptide complex in a relatively independent manner.
  • mutations in the CDR region disclosed in the present invention whether they are single mutations or combined mutations, they can effectively improve the affinity of TCR relative to wild-type TCR. Some mutation combinations can even produce additive effects, achieving higher affinities.
  • the modified TCR comprises the following amino acid substitutions in (1) and/or (2) in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR: (1) S29L; (2) S36M, S36L, or S36Q; contains the amino acid substitution N59F in CDR2 ⁇ ; and contains one or more of the following amino acid substitutions in CDR2 ⁇ : N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V; and contains the following amino acid substitutions in CDR3 ⁇ (1)- One or more of (3): (1) Q111G or Q111S; (2) Y114F, Y114L or Y114W; (3) S105L, S105Q, S105N or S105H.
  • the modified TCR comprises the following amino acid substitutions in (1) and/or (2) in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR: (1) S29L; (2) S36M, S36L, or S36Q; Contains the amino acid substitution N59F in CDR2 ⁇ ; and includes the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V in CDR2 ⁇ ; and includes one or more of the following amino acid substitutions (1)-(3) in CDR3 ⁇ : (1) Q111G or Q111S; (2) Y114F, Y114L or Y114W; (3) S105L, S105Q, S105N or S105H.
  • the modified TCR comprises the following amino acid substitutions in (1) and/or (2) in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR: (1) S29L; (2) S36M, S36L, or S36Q; contains the amino acid substitution N59F in CDR2 ⁇ ; and contains the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V in CDR2 ⁇ ; and contains the amino acid substitution Q111GY114F, Q111GY114L, Q111GY114W, Q111SY114F, Q1114SY114L, or Q114 in CDR3 ⁇ SY114W.
  • the modified TCR comprises the following amino acid substitutions in (1) and/or (2) in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR: (1) S29L; (2) S36M, S36L, or S36Q;
  • the amino acid substitution N59F is included in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V are included in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions Y114F, Y114W, Q111GY114F, Q111SY114F, S105L, or S105N are included in CDR3 ⁇ .
  • the modified TCR comprises the following amino acid substitutions in (1) and/or (2) in CDR1 ⁇ relative to the parent TCR: (1) S29L; (2) S36M, S36L, or S36Q;
  • the amino acid substitution N59F is included in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions N57D, E58Y, G59Q, S63T, K64C, and A65V are included in CDR2 ⁇ ; and the amino acid substitutions Y114F, Y114L, Y114W, Q111GY114F, or Q111SY114F are included in CDR3 ⁇ .
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 30 and 26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ -chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 31 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ -chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 32 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 33 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 34 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ -chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 35 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 30 and 33 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 30 and 34 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 30 and 35 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) A ⁇ chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 36 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 37 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 30 and 36 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 30 and 37 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 38 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The beta chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 39 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The beta chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 40 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 41 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 79 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The beta chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences shown in SEQ ID NO:82, 25 and 26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 85 and 26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 88 and 26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The beta chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 91 and 26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27-29, respectively; and (ii) The ⁇ -chain variable region includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24, 25 and 94 respectively.
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises:
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 42, 28 and 29, respectively; and ( ii) ⁇ chain variable region, which contains CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences shown in SEQ ID NO:24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 43, 28 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 44, 28 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 45, 28 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27, 76 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 97, 28 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 100, 28 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 103, 28 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27, 106 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27, 109 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27, 112 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27, 115 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27, 118 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27, 121 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27, 124 and 29, respectively; and ( ii) ⁇ -chain variable region, which includes CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ containing the amino acid sequences shown in SEQ ID NO:24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises: (i) an alpha chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ of the amino acid sequences set forth in SEQ ID NO: 27, 127 and 29 respectively; and ( ii) A ⁇ -chain variable region comprising CDR1 ⁇ , CDR2 ⁇ and CDR3 ⁇ having the amino acid sequences shown in SEQ ID NO: 24-26 respectively.
  • the modified TCR comprises:

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Abstract

本公开提供了MAGE-A1特异性TCR及其用途,并具体涉及经修饰以提高结合亲和力的TCR、编码其核酸、包含本发明的核酸的载体,包含本发明的TCR、核酸或载体的细胞,制备本发明的细胞的方法。本公开还涉及包含本发明的TCR的偶联物或组合物,以及通过使用本发明的TCR或细胞来治疗癌症的方法。

Description

MAGE-A1特异性TCR及其用途
本国际专利申请要求2022年6月1日提交中国专利申请CN202210622198.1的优先权权益,其全部内容通过引入并入本文。
技术领域
本公开涉及T细胞受体(TCR)及其用途,特别是针对MAGE-A1的TCR及其在治疗MAGE-A1阳性癌症中的用途。
背景技术
TCR-T是通过相应的实验技术,克隆能够特异性识别特定HLA-肿瘤抗原肽复合物的TCR后,再通过慢病毒等基因递送的方式,将TCR基因编码序列递送至更多的T细胞中,从而赋予这些T细胞新的抗原识别特异性。患者来源的T细胞经体外转导TCR基因、大量扩增,能够有效地识别肿瘤细胞特异性抗原,这些T细胞回输给患者,可特异性杀伤肿瘤细胞,发挥抗肿瘤活性。由于不论是胞内还是胞外抗原,均可以经由HLA呈递后被TCR识别,因此TCR-T可以靶向大部分的肿瘤特异性抗原,尤其是能识别那些肿瘤细胞内抗原(约占全部抗原的90%),因此TCR-T有望用于几乎所有肿瘤的治疗,尤其是各种实体肿瘤。
大量研究发现肿瘤细胞表面表达特定的肿瘤相关抗原,这些肿瘤相关抗原在正常组织细胞中不表达或者低表达,因此开发靶向肿瘤相关抗原的TCR-T产品是肿瘤免疫治疗的一个重要手段。在肿瘤相关抗原中有一些只定向表达在肿瘤细胞和生殖细胞的表面,被称为“癌睾抗原”,这类抗原基因则顺理成章地成为TCR-T产品研究的首选靶标。黑色素瘤相关抗原基因家族MAGE是迄今为止研究最为透彻的癌睾抗原,而MAGE-A1则是第一个被鉴定出来的癌睾抗原基因。大量研究表明,MAGE-A1在黑色素瘤、肺癌、结直肠癌、宫颈癌、乳腺癌等多种实体肿瘤细胞表面均有表达,因此开发针对MAGE-A1的TCR-T产品可能会使更多的适应症人群从此获益。
此前已经开发了多个靶向MAGE-A1的HLA-A0201限制型的TCR,分别命名为“ht27”和“T1367”(Obenaus,M.,C.,Leisegang,M.,Chen,X.,Gavvovidis,I.,van der Bruggen,P.,Uckert,W.et al.,Identification of human T‐cell receptors with optimal affinity to cancer antigens using antigen‐negative humanized mice.Nat.Biotechnol.2015.33:402–407;Ottaviani,S.,Zhang,Y.,Boon,T.and van der Bruggen,P.,A MAGE‐1 antigenic peptide recognized by human cytolytic T lymphocytes on HLA‐A2 tumor cells.Cancer Immunol.Immunother.2005.54:1214–1220.)。其中ht27是从人体中发现的天然TCR序列,但是该TCR的亲和力较低,很难在体内有效发挥抗肿瘤作用;而“T1367”则是从转基因小鼠体内发现的靶向人MAGE-A1抗原的鼠源TCR序列,该TCR有较高的亲和力,在体外实验中能够有效杀伤肿瘤细胞,但是应用于人体实验可能会产生较强的自身免疫反应,导致治疗无效。
因此,存在开发具有高亲和力的特异性靶向MAGE-A1的TCR产品的需求。
发明内容
本发明以人源TCR ht27序列为模板,使用体外突变的方式对ht27的互补决定区(CDR)区进行突变,并且通过对突变后的TCR进行体外阳性筛选获得高亲和力的突变克隆,再进行体外阴性筛选排除存在非特异激活的突变克隆,从而获得具有高亲和力且无非特异反应的突变TCR序列。此外,通过体外实验对突变TCR序列的特异性和非特异性反应进行验证,最终得到了特异性强、亲和力高的突变TCR序列。
相应地,在一方面,本公开提供了修饰的T细胞受体(TCR),所述修饰的TCR包含含有CDR1α、CDR2α和CDR3α的α链可变区和含有CDR1β、CDR2β和CDR3β的β链可变区,所述修饰的TCR相对于亲本TCR包含以下氨基酸取代:
(i)β链可变区的氨基酸取代,其包含
(a)CDR2β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64和Ala65,和/或
(b)CDR3β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser105、Glu108、Gln111和Tyr114;
和/或
(ii)α链可变区的氨基酸取代,其包含
(c)CDR1α中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser29和Ser36,和/或
(d)CDR2α中以下位置处的氨基酸取代:Asn59;
其中所述亲本TCR包含氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示的CDR1β、氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示的CDR2β、氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示CDR3β、氨基酸序列如SEQ ID NO:27所示的CDR1α、氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示的CDR2α、和氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示的CDR3α;
其中氨基酸位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(13)中的一种或多种:
(1)Asn57位置处的氨基酸取代,其选自N57D、N57E、N57H、N57K、N57Q、N57R、N57S和N57T;
(2)Glu58位置处的氨基酸取代,其选自E58A、E58F、E58I、E58L、E58M、E58P、E58V、E58Y和E58W;
(3)Gly59位置处的氨基酸取代,其选自G59D、G59E、G59H、G59K、G59Q、G59R、G59S和G59T;
(4)Ser63位置处的氨基酸取代,其选自S63D、S63E、S63H、S63K、S63Q、S63R和S63T;
(5)Lys64位置处的氨基酸取代,其选自K64M、K64C、K64W、K64T、K64P和K64A;
(6)Ala65位置处的氨基酸取代,其选自A65F、A65I、A65L、A65M、A65P、A65V、A65W和A65Y;
(7)Ser105位置处的氨基酸取代,其选自S105L、S105N、S105H、S105Q、S105K和S105R;
(8)Glu108位置处的氨基酸取代,其选自E108D、E108F、E108T、E108I、E108K和E108P;
(9)Gln111位置处的氨基酸取代,其选自Q111N、Q111K、Q111S、Q111G、Q111A、Q111V、Q111E、Q111L和Q111H;
(10)Tyr114位置处的氨基酸取代,其选自Y114I、Y114F、Y114K、Y114D、Y114L、Y114W、Y114N、Y114P和Y114S;
(11)Ser29位置处的氨基酸取代,其选自S29A、S29F、S29I、S29L、S29M、S29P、S29V、S29W和S29N;
(12)Ser36位置处的氨基酸取代,其选自S36M、S36L、S36Q、S36I、S36F、S36P和S36V;
(13)Asn59置处的氨基酸取代,其选自N59F、N59D、N59E、N59H、N59K、N59Q、N59R、N59S和N59T。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于亲本TCR不包含单独的S105N氨基酸取代。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含以下氨基酸取代中的一种或多种:N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(3)中的一种或多种:
(1)Q111G或Q111S;
(2)Y114F、Y114L或Y114W;
(3)S105L、S105Q、S105N或S105H;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含氨基酸取代Y114F、Y114W、Q111GY114F、Q111SY114F、S105L或S105N。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含氨基酸取代Y114F、Y114L、Y114W、Q111GY114F或Q111SY114F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α中包含以下(1)和/或(2)中的氨基酸取代:
(1)S29L;
(2)S36M、S36L或S36Q。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含氨基酸取代N59F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β;和
(ii)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:46具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:48-64中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68和77中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:65-68和77中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:47具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68和77中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:65-68和77中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:48-64中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR还包含TCR恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区为鼠恒定区或人恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区包括TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸取代,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区包含LVL取代或LIV取代,使得所述α链恒定区包含氨基酸序列LLVIVLRIL。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:69所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:69具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:3-19中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23和78中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23和78中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有SEQ ID NO:70所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:70具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23和78中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23和78中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:3-19中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR结合包含氨基酸序列KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
在一些实施方案中,所述MHC分子为HLA-A*02型,例如HLA-A*02:01型或HLA-A*02:05型。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是可溶的或膜结合的。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是分离或纯化的。
在另一方面,本公开提供了修饰的T细胞受体(TCR),所述修饰的TCR包含含有CDR1α、CDR2α和CDR3α的α链可变区和含有CDR1β、CDR2β和CDR3β的β链可变区,所述修饰的TCR相对于亲本TCR包含以下氨基酸取代:
(i)β链可变区的氨基酸取代,其包含
(a)CDR1β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Gln29、Ala36、Thr37和Thr38,
(b)CDR2β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser56、Asn57、Glu58和Gly59,和/或
(c)CDR3β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Glu108、Pro109、Gly110、Gln111、Gly112、Pro113、Tyr114和Glu115;
和/或
(ii)α链可变区的氨基酸取代,其包含
(d)CDR1α中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser28、Ser29、Ser36、Thr37和Tyr38,
(e)CDR2α中以下位置处的氨基酸取代:Ile56、Phe57、Ser58、Asn59、Met63和Asp64,和/或
(f)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代;
其中所述亲本TCR包含氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示的CDR1β、氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示的CDR2β、氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示CDR3β、氨基酸序列如SEQ ID NO:27所示的CDR1α、氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示的CDR2α、和氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示的CDR3α;
其中氨基酸位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(25)中的一种或多种:
(1)CDR1β中Gln29位置处的氨基酸取代Q29P;
(2)CDR1β中Ala36位置处的氨基酸取代A36I;
(3)CDR1β中Thr37位置处的氨基酸取代T37E;
(4)CDR1β中Thr38位置处的氨基酸取代T38R;
(5)CDR2β中Ser56位置处的氨基酸取代S56T;
(6)CDR2β中Asn57位置处的氨基酸取代,其选自N57Q和N57D;
(7)CDR2β中Glu58位置处的氨基酸取代,其选自E58L、E58P和E58Y;
(8)CDR2β中Gly59位置处的氨基酸取代,其选自G59P和G59L;
(9)CDR3β中Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT的氨基酸取代;
(10)CDR3β中Gly112位置处的氨基酸取代G112E;
(11)CDR3β中Pro113位置处的氨基酸取代P113H;
(12)CDR3β中Tyr114位置处的氨基酸取代Y114L;
(13)CDR3β中Glu115位置处的氨基酸取代E115I;
(14)CDR1α中Ser28位置处的氨基酸取代,其选自S28Y和S28P;
(15)CDR1α中Ser29位置处的氨基酸取代,其选自S29T、S29L和S29Y;
(16)CDR1α中Ser36位置处的氨基酸取代S36D;
(17)CDR1α中Thr37位置处的氨基酸取代T37I;
(18)CDR1α中Tyr38位置处的氨基酸取代Y38L;
(19)CDR2α中Ile56位置处的氨基酸取代,其选自I56T和I56G;
(20)CDR2α中Phe57位置处的氨基酸取代,其选自F57W和F57T;
(21)CDR2α中Ser58位置处的氨基酸取代,其选自S58G、S58I、S58N、S58A、S58P和S58W;
(22)CDR2α中Asn59位置处的氨基酸取代,其选自N59F、N59T、N59H和N59L;
(23)CDR2α中Met63位置处的氨基酸取代,其选自M63D、M63Q、M63T和M63E;
(24)CDR2α中Asp64位置处的氨基酸取代,其选自D64T、D64Y和D64S;
(25)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代,其选自T26A和T26V。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含以下氨基酸取代中的一种或多种:Q29P、A36I、T37E和T38R;优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含氨基酸取代Q29P、A36I、T37E和T38R。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含以下氨基酸取代(1)-(4)中的一种或多种:
(1)S56T;
(2)N57Q或N57D;
(3)E58L、E58P或E58Y;
(4)G59P或G59L;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代S56TE58LG59P、S56TN57QE58PG59L或S56TN57DE58Y。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含以下氨基酸取代中的一种或多种:G112E、P113H、Y114L、E115I和Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT;优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含氨基酸取代:Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT或G112EP113HY114LE115I。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含以下氨基酸取代(1)-(6)中的一种或多种:
(1)S28Y或S28P;
(2)S29T、S29L或S29Y;
(3)S36D;
(4)T37I;
(5)Y38L;
(6)T26A或T26V;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含氨基酸取代:S29TS36DT37IY38L、T26AS28YS29L或T26VS28PS29Y。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含以下氨基酸取代(1)-(6)中的一种或多种:
(1)I56T或I56G;
(2)F57W或F57T;
(3)S58G、S58I、S58N、S58A、S58P或S58W;
(4)N59F、N59T、N59H或N59L;
(5)M63D、M63Q、M63T或M63E;
(6)D64T、D64Y或D64S;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含氨基酸取代S58GN59FM63DD64T、S58IN59FM63QD64Y、S58NN59TM63Q、N59FM63TD64Y、S58AN59FM63ED64S、I56TF57WS58PN59H、I56GF57TS58WN59L或I56TS58WN59F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β;和
(ii)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:46具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:80、83、86、89、92、95中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:80、83、86、89、92、95中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:47具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:80、83、86、89、92、95中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:80、83、86、89、92、95中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR还包含TCR恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区为鼠恒定区或人恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区包括TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸取代,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区包含LVL取代或LIV取代,使得所述α链恒定区包含氨基酸序列LLVIVLRIL。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:69所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:69具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:81、84、87、90、93、96中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:81、84、87、90、93、96中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有SEQ ID NO:70所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:70具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:81、84、87、90、93、96中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:81、84、87、90、93、96中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR结合包含氨基酸序列KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
在一些实施方案中,所述MHC分子为HLA-A*02型,例如HLA-A*02:01型或HLA-A*02:05型。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是可溶的或膜结合的。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是分离或纯化的。
在又一方面,本公开提供了修饰的T细胞受体(TCR),所述修饰的TCR包含含有CDR1α、CDR2α和CDR3α的α链可变区和含有CDR1β、CDR2β和CDR3β的β链可变区,所述修饰的TCR相对于亲本TCR包含以下氨基酸取代:
(i)β链可变区的氨基酸取代,其包含
(a)CDR1β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Gln29、Ala36、Thr37和Thr38,
(b)CDR2β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser56、Asn57、Glu58、Ser63和Lys64,和/或
(c)CDR3β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Gly110、Gln111、Gly112、Pro113、Tyr114和Glu115;
和/或
(ii)α链可变区的氨基酸取代,其包含
(d)CDR1α中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Asp27、Ser28、Ser29和Ser36,
(e)CDR2α中以下位置处的氨基酸取代:Ser58、Asn59、Met63和Asp64,和/或
(f)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代;
其中所述亲本TCR包含氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示的CDR1β、氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示的CDR2β、氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示CDR3β、氨基酸序列如SEQ ID NO:27所示的CDR1α、氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示的CDR2α、和氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示的CDR3α;
其中氨基酸位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(24)中的一种或多种:
(1)Gln29位置处的氨基酸取代,其选自Q29E和Q29P;
(2)Ala36位置处的氨基酸取代A36I;
(3)Thr37位置处的氨基酸取代T37E;
(4)Thr38位置处的氨基酸取代T38R;
(5)Ser56位置处的氨基酸取代S56T;
(6)Asn57位置处的氨基酸取代N57D;
(7)Glu58位置处的氨基酸取代E58Y;
(8)Ser63位置处的氨基酸取代S63D;
(9)Lys64位置处的氨基酸取代K64Q;
(10)Gly110位置处的氨基酸取代G110W;
(11)Gln111位置处的氨基酸取代Q111D;
(12)Gly112位置处的氨基酸取代,其选自G112P和G112A;
(13)Pro113位置处的氨基酸取代P113W;
(14)Tyr114位置处的氨基酸取代,其选自Y114W、Y114S和Y114F;
(15)Glu115位置处的氨基酸取代E115D;
(16)Asp27位置处的氨基酸取代,其选自D27C和D27Y;
(17)Ser28位置处的氨基酸取代,其选自S28P、S28M、S28A和S28G;
(18)Ser29位置处的氨基酸取代,其选自S29Y、S29L、S29F、S29E和S29M;
(19)Ser36位置处的氨基酸取代,其选自S36L、S36Q、S36M和S36F;
(20)Ser58位置处的氨基酸取代,其选自S58I和S58A;
(21)Asn59位置处的氨基酸取代N59F;
(22)Met63位置处的氨基酸取代,其选自M63Q和M63E;
(23)Asp64位置处的氨基酸取代,其选自D64A、D64S和D64Q;
(24)Thr26位置处的氨基酸取代,其选自T26V、T26S、T26I、T26P和T26Q。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含以下氨基酸取代(1)-(4)中的一种或多种:
(1)Q29E或Q29P;
(2)A36I;
(3)T37E;
(4)T38R;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含氨基酸取代Q29E或Q29PA36IT37ET38R。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含以下氨基酸取代中的一种或多种:S56T、N57D、E58Y、S63D和K64Q;优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代S56TN57DE58Y或S63DK64Q。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(6)中的一种或多种:
(1)G110W;
(2)Q111D;
(3)G112P或G112A;
(4)P113W;
(5)Y114W、Y114S或Y114F;
(6)E115D;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含氨基酸取代:G110WQ111DG112PP113W、Y114W、G112AP113WY114SE115D或Y114F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(3)中的一种或多种:
(1)CDR1β中的氨基酸取代Q29E或Q29PA36IT37ET38R;
(2)CDR2β中的氨基酸取代S56TN57DE58Y或S63DK64Q;
(3)CDR3β中的氨基酸取代G110WQ111DG112PP113W、Y114W、G112AP113WY114SE115D或Y114F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含以下氨基酸取代(1)-(5)中的一种或多种:
(1)D27C或D27Y;
(2)S28P、S28M、S28A或S28G;
(3)S29Y、S29L、S29F、S29E或S29M;
(4)S36L、S36Q、S36M或S36F;
(5)T26V、T26S、T26I、T26P或T26Q;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含氨基酸取代:T26VS28PS29Y、S36L、T26SS28MS29L、T26ID27CS28AS29F、S36Q、T26PS28MS29F、S36M、S29ES36F或T26QD27YS28GS29M。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含以下氨基酸取代(1)-(4)中的一种或多种:
(1)S58I或S58A;
(2)N59F;
(3)M63Q或M63E;
(4)D64A、D64S或D64Q;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含氨基酸取代:N59F、S58IN59FM63QD64A、S58AN59FM63ED64S、S58AN59FD64Q或S58IN59FM63QD64A。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(2)中的一种或多种:
(1)CDR1α和/或FR1α中的氨基酸取代:T26VS28PS29Y、S36L、T26SS28MS29L、T26ID27CS28AS29F、S36Q、T26PS28MS29F、S36M、S29ES36F或T26QD27YS28GS29M;
(2)CDR2α中的氨基酸取代:N59F、S58IN59FM63QD64A、S58AN59FM63ED64S、S58AN59FD64Q或S58IN59FM63QD64A。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:103、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:140、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:146、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:165、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:45、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:170、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:130、25和131所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、153和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和162所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:82、91和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:132、136、142、147、150、154、158、68、166、119、168、171、173中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:132、136、142、147、150、154、158、68、166、119、168、171、173中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:133、137、143、155、159、163、175中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:133、137、143、155、159、163、175中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR还包含TCR恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区为鼠恒定区或人恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区包括TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸取代,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区包含LVL取代或LIV取代,使得所述α链恒定区包含氨基酸序列LLVIVLRIL。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:134、138、144、148、151、156、160、23、167、120、169、172、174中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:134、138、144、148、151、156、160、23、167、120、169、172、174中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:135、139、145、157、161、164、176中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:135、139、145、157、161、164、176中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR结合包含氨基酸序列KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
在一些实施方案中,所述MHC分子为HLA-A*02型,例如HLA-A*02:01型或HLA-A*02:05型。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是可溶的或膜结合的。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是分离或纯化的。
在另一方面,本公开提供了修饰的T细胞受体(TCR),所述修饰的TCR包含含有CDR1α、CDR2α和CDR3α的α链可变区和含有CDR1β、CDR2β和CDR3β的β链可变区,所述修饰的TCR相对于亲本TCR包含以下氨基酸取代:
(i)β链可变区的氨基酸取代,其包含
(a)CDR1β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Gln29、Ala36、Thr37和Thr38,
(b)CDR2β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser56、Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64和Ala65,和/或
(c)CDR3β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser105、Glu108、Pro109、Gly110、Gln111、Gly112、Pro113、Tyr114和Glu115;
和/或
(ii)α链可变区的氨基酸取代,其包含
(d)CDR1α中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser28、Ser29、Ser36、Thr37和Tyr38,
(e)CDR2α中以下位置处的氨基酸取代:Ile56、Phe57、Ser58、Asn59、Met63和Asp64,和/或
(f)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代;
其中所述亲本TCR包含氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示的CDR1β、氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示的CDR2β、氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示CDR3β、氨基酸序列如SEQ ID NO:27所示的CDR1α、氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示的CDR2α、和氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示的CDR3α;
其中氨基酸位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(31)中的一种或多种:
(1)CDR1β中Gln29位置处的氨基酸取代Q29P;
(2)CDR1β中Ala36位置处的氨基酸取代A36I;
(3)CDR1β中Thr37位置处的氨基酸取代T37E;
(4)CDR1β中Thr38位置处的氨基酸取代T38R;
(5)CDR2β中Ser56位置处的氨基酸取代S56T;
(6)CDR2β中Asn57位置处的氨基酸取代,其选自N57D、N57E、N57H、N57K、N57Q、N57R、N57S和N57T;
(7)CDR2β中Glu58位置处的氨基酸取代,其选自E58A、E58F、E58I、E58L、E58M、E58P、E58V、E58Y和E58W;
(8)CDR2β中Gly59位置处的氨基酸取代,其选自G59P、G59L、G59D、G59E、G59H、G59K、G59Q、G59R、G59S和G59T;
(9)CDR2β中Ser63位置处的氨基酸取代,其选自S63D、S63E、S63H、S63K、S63Q、S63R和S63T;
(10)CDR2β中Lys64位置处的氨基酸取代,其选自K64M、K64C、K64W、K64T、K64P和K64A;
(11)CDR2β中Ala65位置处的氨基酸取代,其选自A65F、A65I、A65L、A65M、A65P、A65V、A65W和A65Y;
(12)CDR3β中Ser105位置处的氨基酸取代,其选自S105L、S105N、S105H、S105Q、S105K和S105R;
(13)CDR3β中Glu108位置处的氨基酸取代,其选自E108D、E108F、E108T、E108I、E108K和E108P;
(14)CDR3β中Gln111位置处的氨基酸取代,其选自Q111N、Q111K、Q111S、Q111G、Q111A、Q111V、Q111E、Q111L和Q111H;
(15)CDR3β中Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT的氨基酸取代;
(16)CDR3β中Gly112位置处的氨基酸取代G112E;
(17)CDR3β中Pro113位置处的氨基酸取代P113H;
(18)CDR3β中Tyr114位置处的氨基酸取代,其选自Y114I、Y114F、Y114K、Y114D、Y114L、Y114W、Y114N、Y114P和Y114S;
(19)CDR3β中Glu115位置处的氨基酸取代E115I
(20)CDR1α中Ser28位置处的氨基酸取代,其选自S28Y和S28P;
(21)CDR1α中Ser29位置处的氨基酸取代,其选自S29T、S29Y、S29A、S29F、S29I、S29L、S29M、S29P、S29V、S29W和S29N;
(22)CDR1α中Ser36位置处的氨基酸取代,其选自S36D、S36M、S36L、S36Q、S36I、S36F、S36P和S36V;
(23)CDR1α中Thr37位置处的氨基酸取代T37I;
(24)CDR1α中Tyr38位置处的氨基酸取代Y38L;
(25)CDR2α中Ile56位置处的氨基酸取代,其选自I56T和I56G;
(26)CDR2α中Phe57位置处的氨基酸取代,其选自F57W和F57T;
(27)CDR2α中Ser58位置处的氨基酸取代,其选自S58G、S58I、S58N、S58A、S58P和S58W;
(28)CDR2α中Asn59位置处的氨基酸取代,其选自N59L、N59F、N59D、N59E、N59H、N59K、N59Q、N59R、N59S和N59T;
(29)CDR2α中Met63位置处的氨基酸取代,其选自M63D、M63Q、M63T和M63E;
(30)CDR2α中Asp64位置处的氨基酸取代,其选自D64T、D64Y和D64S;
(31)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代,其选自T26A和T26V。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于亲本TCR不包含单独的S105N氨基酸取代。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含以下氨基酸取代中的一种或多种:Q29P、A36I、T37E和T38R;优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含氨基酸取代Q29P、A36I、T37E和T38R。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含以下氨基酸取代(1)-(7)中的一种或多种:
(1)S56T;
(2)N57Q或N57D;
(3)E58L、E58P或E58Y;
(4)G59Q、G59P或G59L;
(5)S63T;
(6)K64C;
(7)A65V;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57DE58YG59QS63TK64CA65V、S56TE58LG59P、S56TN57QE58PG59L或S56TN57DE58Y。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(7)中的一种或多种:
(1)Q111G或Q111S;
(2)G112E;
(3)P113H;
(4)Y114F、Y114L或Y114W;
(5)E115I
(6)S105L、S105Q、S105N或S105H;
(7)Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含氨基酸取代:Y114F、Y114W、Q111GY114F、Q111SY114F、S105L、S105N、Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT或G112EP113HY114LE115I
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含氨基酸取代Y114F、Y114L、Y114W、Q111GY114F或Q111SY114F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含以下氨基酸取代(1)-(6)中的一种或多种:
(1)S28Y或S28P;
(2)S29T、S29L或S29Y;
(3)S36D、S36M、S36L或S36Q;
(4)T37I;
(5)Y38L;
(6)T26A或T26V;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含氨基酸取代:S29TS36DT37IY38L、T26AS28YS29L或T26VS28PS29Y。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含以下氨基酸取代(1)-(6)中的一种或多种:
(1)I56T或I56G;
(2)F57W或F57T;
(3)S58G、S58I、S58N、S58A、S58P或S58W;
(4)N59F、N59T、N59H或N59L;
(5)M63D、M63Q、M63T或M63E;
(6)D64T、D64Y或D64S;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含氨基酸取代S58GN59FM63DD64T、S58IN59FM63QD64Y、S58NN59TM63Q、N59FM63TD64Y、S58AN59FM63ED64S、I56TF57WS58PN59H、I56GF57TS58WN59L或I56TS58WN59F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β;和
(ii)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:46具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:47具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR还包含TCR恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区为鼠恒定区或人恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区包括TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸取代,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区包含LVL取代或LIV取代,使得所述α链恒定区包含氨基酸序列LLVIVLRIL。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:69所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:69具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有SEQ ID NO:70所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:70具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR结合包含氨基酸序列KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
在一些实施方案中,所述MHC分子为HLA-A*02型,例如HLA-A*02:01型或HLA-A*02:05型。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是可溶的或膜结合的。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是分离或纯化的。
在又一方面,本公开提供了修饰的T细胞受体(TCR),所述修饰的TCR包含含有CDR1α、CDR2α和CDR3α的α链可变区和含有CDR1β、CDR2β和CDR3β的β链可变区,所述修饰的TCR相对于亲本TCR包含以下氨基酸取代:
(i)β链可变区的氨基酸取代,其包含
(a)CDR1β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Gln29、Ala36、Thr37和Thr38,
(b)CDR2β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser56、Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64和Ala65,和/或
(c)CDR3β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser105、Glu108、Pro109、Gly110、Gln111、Gly112、Pro113、Tyr114和Glu115;
和/或
(ii)α链可变区的氨基酸取代,其包含
(d)CDR1α中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Asp27、Ser28、Ser29、Ser36、Thr37和Tyr38,
(e)CDR2α中以下位置处的氨基酸取代:Ile56、Phe57、Ser58、Asn59、Met63和Asp64,和/或
(f)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代;
其中所述亲本TCR包含氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示的CDR1β、氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示的CDR2β、氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示CDR3β、氨基酸序列如SEQ ID NO:27所示的CDR1α、氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示的CDR2α、和氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示的CDR3α;
其中氨基酸位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(33)中的一种或多种:
(1)CDR1β中Gln29位置处的氨基酸取代,其选自Q29E和Q29P;
(2)CDR1β中Ala36位置处的氨基酸取代A36I;
(3)CDR1β中Thr37位置处的氨基酸取代T37E;
(4)CDR1β中Thr38位置处的氨基酸取代T38R;
(5)CDR2β中Ser56位置处的氨基酸取代S56T;
(6)CDR2β中Asn57位置处的氨基酸取代,其选自N57D、N57E、N57H、N57K、N57Q、N57R、N57S和N57T;
(7)CDR2β中Glu58位置处的氨基酸取代,其选自E58A、E58F、E58I、E58L、E58M、E58P、E58V、E58Y和E58W;
(8)CDR2β中Gly59位置处的氨基酸取代,其选自G59P、G59L、G59D、G59E、G59H、G59K、G59Q、G59R、G59S和G59T;
(9)CDR2β中Ser63位置处的氨基酸取代,其选自S63D、S63E、S63H、S63K、S63Q、S63R和S63T;
(10)CDR2β中Lys64位置处的氨基酸取代,其选自K64Q、K64M、K64C、K64W、K64T、K64P和K64A;
(11)CDR2β中Ala65位置处的氨基酸取代,其选自A65F、A65I、A65L、A65M、A65P、A65V、A65W和A65Y;
(12)CDR3β中Ser105位置处的氨基酸取代,其选自S105L、S105N、S105H、S105Q、S105K和S105R;
(13)CDR3β中Glu108位置处的氨基酸取代,其选自E108D、E108F、E108T、E108I、E108K和E108P;
(14)CDR3β中Gly110位置处的氨基酸取代G110W;
(15)CDR3β中Gln111位置处的氨基酸取代,其选自Q111D、Q111N、Q111K、Q111S、Q111G、Q111A、Q111V、Q111E、Q111L和Q111H;
(16)CDR3β中Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT的氨基酸取代;
(17)CDR3β中Gly112位置处的氨基酸取代,其选自G112P、G112A和G112E;
(18)CDR3β中Pro113位置处的氨基酸取代,其选自P113W和P113H;
(19)CDR3β中Tyr114位置处的氨基酸取代,其选自Y114I、Y114F、Y114K、Y114D、Y114L、Y114W、Y114N、Y114P和Y114S;
(20)CDR3β中Glu115位置处的氨基酸取代,其选自E115D和E115I
(21)CDR1α中Asp27位置处的氨基酸取代,其选自D27C和D27Y;
(22)CDR1α中Ser28位置处的氨基酸取代,其选自S28M、S28A、S28G、S28Y和S28P;
(23)CDR1α中Ser29位置处的氨基酸取代,其选自S29E、S29T、S29Y、S29A、S29F、S29I、S29L、S29M、S29P、S29V、S29W和S29N;
(24)CDR1α中Ser36位置处的氨基酸取代,其选自S36D、S36M、S36L、S36Q、S36I、S36F、S36P和S36V;
(25)CDR1α中Thr37位置处的氨基酸取代T37I;
(26)CDR1α中Tyr38位置处的氨基酸取代Y38L;
(27)CDR2α中Ile56位置处的氨基酸取代,其选自I56T和I56G;
(28)CDR2α中Phe57位置处的氨基酸取代,其选自F57W和F57T;
(29)CDR2α中Ser58位置处的氨基酸取代,其选自S58G、S58I、S58N、S58A、S58P和S58W;
(30)CDR2α中Asn59位置处的氨基酸取代,其选自N59L、N59F、N59D、N59E、N59H、N59K、N59Q、N59R、N59S和N59T;
(31)CDR2α中Met63位置处的氨基酸取代,其选自M63D、M63Q、M63T和M63E;
(32)CDR2α中Asp64位置处的氨基酸取代,其选自D64A、D64Q、D64T、D64Y和D64S;
(33)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代,其选自T26S、T26I、T26P、T26Q、T26A和T26V。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于亲本TCR不包含单独的S105N氨基酸取代。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含以下氨基酸取代(1)-(4)中的一种或多种:
(1)Q29E或Q29P;
(2)A36I;
(3)T37E;
(4)T38R;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含氨基酸取代Q29E或Q29PA36IT37ET38R。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含以下氨基酸取代(1)-(7)中的一种或多种:
(1)S56T;
(2)N57Q或N57D;
(3)E58L、E58P或E58Y;
(4)G59Q、G59P或G59L;
(5)S63T或S63D;
(6)K64C或K64Q;
(7)A65V;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57DE58YG59QS63TK64CA65V、S56TE58LG59P、S56TN57QE58PG59L、S56TN57DE58Y或S63DK64Q。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(8)中的一种或多种:
(1)G110W;
(2)Q111D、Q111G或Q111S;
(3)G112E、G112P或G112A;
(4)P113H或P113W;
(5)Y114S、Y114F、Y114L或Y114W;
(6)E115I或E115D;
(7)S105L、S105Q、S105N或S105H;
(8)Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含氨基酸取代:G110WQ111DG112PP113W、G112AP113WY114SE115D、Y114F、Y114W、Q111GY114F、Q111SY114F、S105L、S105N、Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT或G112EP113HY114LE115I。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(3)中的一种或多种:
(1)CDR1β中的氨基酸取代Q29E或Q29PA36IT37ET38R;
(2)CDR2β中的氨基酸取代N57DE58YG59QS63TK64CA65V、S56TE58LG59P、S56TN57QE58PG59L、S56TN57DE58Y或S63DK64Q;
(3)CDR3β中的氨基酸取代:G110WQ111DG112PP113W、G112AP113WY114SE115D、Y114F、Y114W、Q111GY114F、Q111SY114F、S105L、S105N、Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT或G112EP113HY114LE115I。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含氨基酸取代Y114F、Y114L、Y114W、Q111GY114F或Q111SY114F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含以下氨基酸取代(1)-(7)中的一种或多种:
(1)D27C或D27Y;
(2)S28Y、S28P、S28M、S28A或S28G;
(3)S29T、S29L、S29Y、S29F、S29E或S29M;
(4)S36F、S36D、S36M、S36L或S36Q;
(5)T37I;
(6)Y38L;
(7)T26A、T26V、T26S、T26I、T26P或T26Q;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含氨基酸取代:S29TS36DT37IY38L、T26AS28YS29L、T26VS28PS29Y、S36L、T26SS28MS29L、T26ID27CS28AS29F、S36Q、T26PS28MS29F、S36M、S29ES36F或T26QD27YS28GS29M。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含以下氨基酸取代(1)-(6)中的一种或多种:
(1)I56T或I56G;
(2)F57W或F57T;
(3)S58G、S58I、S58N、S58A、S58P或S58W;
(4)N59F、N59T、N59H或N59L;
(5)M63D、M63Q、M63T或M63E;
(6)D64A、D64Q、D64T、D64Y或D64S;
优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含氨基酸取代N59F、S58IN59FM63QD64A、S58AN59FD64Q、S58IN59FM63QD64A、S58GN59FM63DD64T、S58IN59FM63QD64Y、S58NN59TM63Q、N59FM63TD64Y、S58AN59FM63ED64S、I56TF57WS58PN59H、I56GF57TS58WN59L或I56TS58WN59F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(2)中的一种或多种:
(1)CDR1α和/或FR1α中包含氨基酸取代:S29TS36DT37IY38L、T26AS28YS29L、T26VS28PS29Y、S36L、T26SS28MS29L、T26ID27CS28AS29F、S36Q、T26PS28MS29F、S36M、S29ES36F或T26QD27YS28GS29M;
(2)CDR2α中包含氨基酸取代N59F、S58IN59FM63QD64A、S58AN59FD64Q、S58IN59FM63QD64A、S58GN59FM63DD64T、S58IN59FM63QD64Y、S58NN59TM63Q、N59FM63TD64Y、S58AN59FM63ED64S、I56TF57WS58PN59H、I56GF57TS58WN59L或I56TS58WN59F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、25和131所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、153和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和162所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:82、91和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β;和
(ii)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:140、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:146、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:165、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:45、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:170、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:140、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:146、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:165、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:45、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:170、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、25和131所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、153和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和162所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:82、91和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:46具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:47具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR还包含TCR恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区为鼠恒定区或人恒定区。在一些实施方案中,所述TCR恒定区包括TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸取代,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。在优选的实施方案中,所述TCRα链恒定区包含LVL取代或LIV取代,使得所述α链恒定区包含氨基酸序列LLVIVLRIL。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:69所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:69具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有SEQ ID NO:70所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:70具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR结合包含氨基酸序列KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
在一些实施方案中,所述MHC分子为HLA-A*02型,例如HLA-A*02:01型或HLA-A*02:05型。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是可溶的或膜结合的。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是分离或纯化的。
在另一方面,本公开提供了编码本发明的修饰的TCR的核酸。
在又一方面,本公开提供了包含本发明的核酸的载体。
在一些实施方案中,所述载体选自慢病毒载体、逆转录病毒载体、质粒、DNA载体、mRNA载体、基于转座子的载体和人工染色体。
在另一方面,本公开提供了细胞,其包含本发明的修饰的TCR、核酸、或载体。
在一些实施方案中,所述细胞选自淋巴细胞(例如T细胞、NK细胞)、单核细胞(例如PBMC)和干细胞。在一些实施方案中,所述干细胞为淋巴祖细胞或诱导多能干细胞(iPSC)。在一些实施方案中,所述细胞为T细胞。在一些实施方案中,所述T细胞不表达内源性TCR。
在又一方面,本公开提供了制备本发明的细胞的方法,其包括用本发明的载体转导或转染细胞的步骤。
在一些实施方案中,所述方法还包括在所述转导或转染之前或之后扩增和/或活化细胞的步骤。
在另一方面,本公开提供了偶联物,其包含根据本发明的修饰的TCR和与所述TCR偶联或缀合的活性剂。
在一些实施方案中,所述活性剂选自可检测标记、免疫刺激分子和治疗剂;优选地,所述可检测标记选自生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、和萤光、磷光或化学发光分子;优选地,所述免疫刺激分子选自细胞因子、趋化因子、血小板因子和补体启动剂;优选地,所述治疗剂选自免疫调节剂、放射性化合物、酶、化学治疗剂和毒素。
在又一方面,本公开提供了双特异性或多特异性抗原结合分子,其包含本发明的修饰的TCR或其抗原结合片段,和结合一个或多个另外的抗原的一个或多个另外的抗原结合区,任选地其中所述一个或多个另外的抗原结合区各自独立地选自衍生自抗体的抗原结合区和衍生自TCR的抗原结合区。
在一些实施方案中,所述一个或多个另外的抗原各自独立地选自肿瘤相关抗原(TAA)、肿瘤特异性抗原(TSA)、病毒抗原、自身抗原、和免疫细胞表面分子。在一些实施方案中,所述一个或多个另外的抗原为CD3,优选地,所述一个或多个另外的抗原结合区衍生自抗CD3抗体的抗原结合区。
在另一方面,本公开提供了组合物,其包含根据本发明的修饰的TCR、核酸、载体、细胞、偶联物、或双特异性或多特异性抗原结合分子;优选地,所述组合物还包含药学上可接受的载体或赋形剂。
在一些实施方案中,所述组合物还包含第二治疗剂,优选地,所述第二治疗剂选自抗体、化疗剂和小分子药物。
在又一方面,本公开提供了治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症的方法,其包括向所述受试者施用有效量的本发明的修饰的TCR。
在另一方面,本公开提供了治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症的方法,其包括向所述受试者施用有效量的本发明的细胞。
在本公开治疗方法的一些实施方案中,所述细胞对于所述受试者是自体的或同种异体的。
在一些实施方案中,所述方法包括以下步骤:
(i)从所述受试者分离含有细胞的样品;
(ii)用本发明的载体转导或转染所述细胞;和
(iii)将步骤(ii)中得到的细胞施用于受试者。
在一些实施方案中,所述方法还包括在步骤(i)之后和(ii)之前敲除所述细胞中的内源性TCR的步骤。
在一些实施方案中,所述MAGE-A1阳性癌症选自黑色素瘤、肺癌、结直肠癌、宫颈癌、乳腺癌、肝癌(例如肝细胞癌)、胃癌、食道癌、膀胱癌(例如膀胱尿路上皮癌)、卵巢癌(例如卵巢浆液性囊腺癌)、头颈癌(例如头颈鳞状细胞癌)、子宫癌、子宫内膜癌、胆管癌、前列腺癌、肾上腺皮质癌、间皮瘤、肉瘤、嗜铬细胞瘤、副神经节瘤和胸腺癌。
在一些实施方案中,所述方法还包括施用第二治疗剂,优选地,所述第二治疗剂选自抗体、化疗剂和小分子药物。
在本公开治疗方法的一些实施方案中,所述受试者具有HLA-A*02等位基因,例如HLA-A*02:01或HLA-A*02:05等位基因。
在另一方面,本公开提供了本发明的修饰的TCR、核酸、载体、细胞、偶联物、双特异性或多特异性抗原结合分子或组合物在制备用于治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症的药物中的用途。
在又一方面,本公开提供了本发明的修饰的TCR、核酸、载体、细胞、偶联物、双特异性或多特异性抗原结合分子或组合物,其用于治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症。
在本公开的用途的一些实施方案中,所述MAGE-A1阳性癌症选自黑色素瘤、肺癌、结直肠癌、宫颈癌、乳腺癌、肝癌(例如肝细胞癌)、胃癌、食道癌、膀胱癌(例如膀胱尿路上皮癌)、卵巢癌(例如卵巢浆液性囊腺癌)、头颈癌(例如头颈鳞状细胞癌)、子宫癌、子宫内膜癌、胆管癌、前列腺癌、肾上腺皮质癌、间皮瘤、肉瘤、嗜铬细胞瘤、副神经节瘤和胸腺癌。在一些实施方案中,所述受试者具有HLA-A*02:01等位基因,例如HLA-A*02:01或HLA-A*02:05等位基因。
附图说明
图1显示了通过流式细胞术进行的本发明亲和力优化的TCR的筛选。
图2显示了通过流式细胞术确定的本发明亲和力优化的TCR对负载靶抗原肽(KVLEYVIKV)的靶细胞的激活。
图3显示了通过流式细胞术进行的现有技术已知的gp100突变TCR对负载gp100靶抗原的靶细胞的激活。
图4显示了通过流式细胞术确定的不同浓度gp100 Dextramer对表达现有技术已知gp100突变TCR的细胞的染色。
图5显示了gp100 Dextramer对表达现有技术已知gp100突变TCR的细胞的梯度染色结果。
图6显示了Dextramer染色强度与现有技术已知的gp100突变TCR的亲和力(KD-SPR)线性关系。
图7显示了通过流式细胞术确定的不同浓度MAGE-A1 Dextramer对表达本发明突变TCR的细胞的染色。
图8显示了MAGE-A1 Dextramer对表达表达本发明突变TCR的细胞的梯度染色结果。
图9显示了通过流式细胞术确定的本发明亲和力优化的TCR-T细胞的表型。
图10显示了本发明亲和力优化的TCR-T细胞对抗原阳性肿瘤细胞的特异性杀伤。
图11显示了本发明亲和力优化的TCR-T细胞对抗原阳性肿瘤细胞的特异性IFN-γ分泌。
图12显示了通过IFN-γ分泌实验确定的本发明亲和力优化的TCR-T细胞对不同HLA分型的非特异性反应。
具体实施方式
除非另有限定,否则本文所使用的全部技术和科学术语的含义与本领域普通技术人员通常所理解的含义相同。例如,本文所使用的术语如Janeway CA Jr,Travers P,Walport M等的《免疫生物学》(Immunobiology),第五版,New York:GarlandScience(2001)和“A multilingual glossary of biotechnological terms:(IUPAC Recommendations)”,Leuenberger,H.G.W,Nagel,B.和H.编辑(1995),Helvetica Chimica Acta,CH-4010 Basel,Switzerland中所述的定义。
应当注意,如本文中及所附权利要求书中使用的,单数形式“一个”、“一种”和“该/所述”包括复数提及物,除非上下文另有明确规定。因此,术语“一个”、“一种”、“一个/种或多个/种”和“至少一个/种”可以互换使用。类似地,术语“包含”、“包括”和“具有”可以互换使用。
在本文中及所附权利要求书中使用术语“包含”时,其不排除其它元素。为了本发明的目的,术语“由...组成”被认为是术语“包含”的优选实施方案。如果在下文中将组定义为包括或包含至少一定数量的实施方案,则还应被理解为公开了优选仅由这些实施方案组成的组。
在一方面,本公开提供了修饰的T细胞受体(TCR),所述修饰的TCR包含含有CDR1α、CDR2α和CDR3α的α链可变区和含有CDR1β、CDR2β和CDR3β的β链可变区,所述修饰的TCR相对于亲本TCR包含以下氨基酸取代:
(i)β链可变区的氨基酸取代,其包含
(a)CDR1β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Gln29、Ala36、Thr37和Thr38,
(b)CDR2β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser56、Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64和Ala65,和/或
(c)CDR3β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser105、Glu108、Pro109、Gly110、Gln111、Gly112、Pro113、Tyr114和Glu115;
和/或
(ii)α链可变区的氨基酸取代,其包含
(d)CDR1α中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Asp27、Ser28、Ser29、Ser36、Thr37和Tyr38,
(e)CDR2α中以下位置处的氨基酸取代:Ile56、Phe57、Ser58、Asn59、Met63和Asp64,和/或
(f)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代;
其中所述亲本TCR包含氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示的CDR1β、氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示的CDR2β、氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示CDR3β、氨基酸序列如SEQ ID NO:27所示的CDR1α、氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示的CDR2α、和氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示的CDR3α;
其中氨基酸位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于亲本TCR包含以下氨基酸取代:
(i)β链可变区的氨基酸取代,其包含
(a)CDR2β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64和Ala65,和/或
(b)CDR3β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser105、Glu108、Gln111和Tyr114;
和/或
(ii)α链可变区的氨基酸取代,其包含
(c)CDR1α中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser29和Ser36,和/或
(d)CDR2α中以下位置处的氨基酸取代:Asn59;
其中所述亲本TCR包含氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示的CDR1β、氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示的CDR2β、氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示CDR3β、氨基酸序列如SEQ ID NO:27所示的CDR1α、氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示的CDR2α、和氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示的CDR3α;
其中氨基酸位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。
在TCR的天然形式中,其作为T细胞表面上的若干蛋白质的复合物存在。T细胞受体由两条(单独的)蛋白质链组成,这些蛋白质链由独立的T细胞受体α和β(TCRα和TCRβ)基因产生,并被称为α链和β链。TCR的每条链具有一个N末端免疫球蛋白样(Ig)-可变(V)区/结构域,一个Ig-恒定(C)区/结构域,将链锚定在质膜中的跨膜/细胞膜跨越区域,和C-末端的短细胞质尾。
通常,TCR是一条α链和一条β链的异二聚体,该异二聚体可以结合呈递抗原肽的MHC分子。
抗原特异性是由α和β链的可变区赋予的。TCRα链和β链的两个可变区(α链可变区(Vα)和β链可变区(Vβ))均包含由4个框架(FR)区(FR1α/β、FR2α/β、FR3α/β和FR4α/β)包围的三个高变或互补决定区(CDR1α/β、CDR2α/β和CDR3α/β)。CDR3是抗原识别和特异性(即识别特异性抗原并与之相互作用的能力)的主要决定簇,而CDR1和CDR2主要与呈递抗原肽的MHC分子相互作用。
TCR识别抗原肽,该抗原肽与抗原呈递细胞表面处的主要组织相容性复合体(MHC)分子结合(“在MHC分子上呈递/展示”)。在MHC分子上呈递的抗原肽在本文中也称为“表位与MHC分子的复合物”、“表位-MHC复合物”或“靶抗原肽-MHC复合物”。存在两种不同类别的MHC分子:MHC I和MHC II,其呈递来自不同细胞区室的肽。MHC I类分子在人体所有有核细胞的表面上均有表达,并展示从细胞内区室到细胞毒性T细胞的肽或蛋白质片段。在人类中,MHC也称为人白细胞抗原(HLA)。MHC I类有三种主要类型:HLA-A、HLA-B和HLA-C。一旦TCR结合其特异性表位-MHC复合物,则T细胞被活化并发挥生物效应功能。
本发明中TCR的氨基酸序列的位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。例如,TCRα链可变区(Vα)和β链可变区(Vβ)的氨基酸序列的位置编号,按照IMGT中列出的位置进行编号。例如,Vα中的某个氨基酸,IMGT中列出的位置编号为29,则本发明中将其描述为Vα第29位氨基酸;Vβ中的某个氨基酸,IMGT中列出的位置编号为57,则本发明中将其描述为Vβ第57位氨基酸;其他以此类推。本文中,其他氨基酸的序列位置编号有特殊说明的,则按特殊说明。
如本文所用的术语“亲本TCR”是指先前开发的靶向MAGE-A1的HLA-A0201限制型的人源TCR ht27,其包含氨基酸序列如SEQ ID NO:24(DFQATT)所示的CDR1β、氨基酸序列如SEQ ID NO:25(SNEGSKA)所示的CDR2β、氨基酸序列如SEQ ID NO:26(SAREPGQGPYEQY)所示CDR3β、氨基酸序列如SEQ ID NO:27(DSSSTY)所示的CDR1α、氨基酸序列如SEQ ID NO:28(IFSNMDM)所示的CDR2α、和氨基酸序列如SEQ ID NO:29(AGSGGGTDKLI)所示的CDR3α,并且其α链可变区和β链可变区的氨基酸序列分别如SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47所示。
α链可变区:
β链可变区:
本发明人发现,相对于亲本TCR在可变区的以下一个或多个位置处包含氨基酸取代的本发明的修饰的TCR具有改善的针对MAGE-A1的结合亲和力:CDR2β中的Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64、Ala65,CDR3β中的Ser105、Glu108、Gln111、Tyr114,CDR1α中的Ser29和Ser36,以及CDR2α中的Asn59。例如,Ser105位置处的氨基酸取代能够使TCR的结合亲和力提升约10-400倍;Glu108位置处的氨基酸取代能够使TCR的结合亲和力提升约1-2倍;Gln111位置处的氨基酸取代能够使TCR的结合亲和力提升约12-14倍;Tyr114位置处的氨基酸取代能够使TCR的结合亲和力提升约11-944倍。这些氨基酸位置处的具体的氨基酸取代包括但不限于N57D、N57E、N57H、N57K、N57Q、N57R、N57S、N57T、E58A、E58F、E58I、E58L、E58M、E58P、E58V、E58Y、E58W、G59D、G59E、G59H、G59K、G59Q、G59R、G59S、G59T、S63D、S63E、S63H、S63K、S63Q、S63R、S63T、K64M、K64C、K64W、K64T、K64P、K64A、A65F、A65I、A65L、A65M、A65P、A65V、A65W、A65Y、S105L、S105N、S105H、S105Q、S105K、S105R、E108D、E108F、E108T、E108I、E108K、E108P、Q111N、Q111K、Q111S、Q111G、Q111A、Q111V、Q111E、Q111L、Q111H、Y114I、Y114F、Y114K、Y114D、Y114L、Y114W、Y114N、Y114P、Y114S、S29A、S29F、S29I、S29L、S29M、S29P、S29V、S29W、S29N、S36M、S36L、S36Q、S36I、S36F、S36P、S36V、N59F、N59D、N59E、N59H、N59K、N59Q、N59R、N59S和N59T。
因此,在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(33)中的一种或多种:
(1)CDR1β中Gln29位置处的氨基酸取代,其选自Q29E和Q29P;
(2)CDR1β中Ala36位置处的氨基酸取代A36I;
(3)CDR1β中Thr37位置处的氨基酸取代T37E;
(4)CDR1β中Thr38位置处的氨基酸取代T38R;
(5)CDR2β中Ser56位置处的氨基酸取代S56T;
(6)CDR2β中Asn57位置处的氨基酸取代,其选自N57D、N57E、N57H、N57K、N57Q、N57R、N57S和N57T;
(7)CDR2β中Glu58位置处的氨基酸取代,其选自E58A、E58F、E58I、E58L、E58M、E58P、E58V、E58Y和E58W;
(8)CDR2β中Gly59位置处的氨基酸取代,其选自G59P、G59L、G59D、G59E、G59H、G59K、G59Q、G59R、G59S和G59T;
(9)CDR2β中Ser63位置处的氨基酸取代,其选自S63D、S63E、S63H、S63K、S63Q、S63R和S63T;
(10)CDR2β中Lys64位置处的氨基酸取代,其选自K64Q、K64M、K64C、K64W、K64T、K64P和K64A;
(11)CDR2β中Ala65位置处的氨基酸取代,其选自A65F、A65I、A65L、A65M、A65P、 A65V、A65W和A65Y;
(12)CDR3β中Ser105位置处的氨基酸取代,其选自S105L、S105N、S105H、S105Q、S105K和S105R;
(13)CDR3β中Glu108位置处的氨基酸取代,其选自E108D、E108F、E108T、E108I、E108K和E108P;
(14)CDR3β中Gly110位置处的氨基酸取代G110W;
(15)CDR3β中Gln111位置处的氨基酸取代,其选自Q111D、Q111N、Q111K、Q111S、Q111G、Q111A、Q111V、Q111E、Q111L和Q111H;
(16)CDR3β中Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT的氨基酸取代;
(17)CDR3β中Gly112位置处的氨基酸取代,其选自G112P、G112A和G112E;
(18)CDR3β中Pro113位置处的氨基酸取代,其选自P113W和P113H;
(19)CDR3β中Tyr114位置处的氨基酸取代,其选自Y114I、Y114F、Y114K、Y114D、Y114L、Y114W、Y114N、Y114P和Y114S;
(20)CDR3β中Glu115位置处的氨基酸取代,其选自E115D和E115I;
(21)CDR1α中Asp27位置处的氨基酸取代,其选自D27C和D27Y;
(22)CDR1α中Ser28位置处的氨基酸取代,其选自S28M、S28A、S28G、S28Y和S28P;
(23)CDR1α中Ser29位置处的氨基酸取代,其选自S29E、S29T、S29Y、S29A、S29F、S29I、S29L、S29M、S29P、S29V、S29W和S29N;
(24)CDR1α中Ser36位置处的氨基酸取代,其选自S36D、S36M、S36L、S36Q、S36I、S36F、S36P和S36V;
(25)CDR1α中Thr37位置处的氨基酸取代T37I;
(26)CDR1α中Tyr38位置处的氨基酸取代Y38L;
(27)CDR2α中Ile56位置处的氨基酸取代,其选自I56T和I56G;
(28)CDR2α中Phe57位置处的氨基酸取代,其选自F57W和F57T;
(29)CDR2α中Ser58位置处的氨基酸取代,其选自S58G、S58I、S58N、S58A、S58P和S58W;
(30)CDR2α中Asn59位置处的氨基酸取代,其选自N59L、N59F、N59D、N59E、N59H、N59K、N59Q、N59R、N59S和N59T;
(31)CDR2α中Met63位置处的氨基酸取代,其选自M63D、M63Q、M63T和M63E;
(32)CDR2α中Asp64位置处的氨基酸取代,其选自D64A、D64Q、D64T、D64Y和D64S;
(33)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代,其选自T26S、T26I、T26P、T26Q、T26A和T26V。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(13)中的一种或多种:
(1)Asn57位置处的氨基酸取代,其选自N57D、N57E、N57H、N57K、N57Q、N57R、N57S和N57T;
(2)Glu58位置处的氨基酸取代,其选自E58A、E58F、E58I、E58L、E58M、E58P、E58V、E58Y和E58W;
(3)Gly59位置处的氨基酸取代,其选自G59D、G59E、G59H、G59K、G59Q、G59R、G59S和G59T;
(4)Ser63位置处的氨基酸取代,其选自S63D、S63E、S63H、S63K、S63Q、S63R和S63T;
(5)Lys64位置处的氨基酸取代,其选自K64M、K64C、K64W、K64T、K64P和K64A;
(6)AlA65位置处的氨基酸取代,其选自A65F、A65I、A65L、A65M、A65P、A65V、A65W和A65Y;
(7)Ser105位置处的氨基酸取代,其选自S105L、S105N、S105H、S105Q、S105K和S105R;
(8)Glu108位置处的氨基酸取代,其选自E108D、E108F、E108T、E108I、E108K和E108P;
(9)Gln111位置处的氨基酸取代,其选自Q111N、Q111K、Q111S、Q111G、Q111A、Q111V、Q111E、Q111L和Q111H;
(10)Tyr114位置处的氨基酸取代,其选自Y114I、Y114F、Y114K、Y114D、Y114L、Y114W、Y114N、Y114P和Y114S;
(11)Ser29位置处的氨基酸取代,其选自S29A、S29F、S29I、S29L、S29M、S29P、S29V、S29W和S29N;
(12)Ser36位置处的氨基酸取代,其选自S36M、S36L、S36Q、S36I、S36F、S36P和S36V;
(13)Asn59置处的氨基酸取代,其选自N59F、N59D、N59E、N59H、N59K、N59Q、N59R、N59S和N59T。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于亲本TCR不包含单独的S105N氨基酸取代。在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于亲本TCR包含氨基酸取代S105N和上文所列的其他氨基酸取代的组合。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含以下氨基酸取代中的一种或多种:N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V。在优选的实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(3)中的一种或多种:(1)Q111G或Q111S;(2)Y114F、Y114L或Y114W;(3)S105L、S105Q、S105N或S105H。在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含氨基酸取代Q111GY114F、Q111GY114L、Q111GY114W、Q111SY114F、Q1114SY114L或Q114SY114W。在优选的实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含氨基酸取代Y114F、Y114W、Q111GY114F、Q111SY114F、S105L或S105N。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含以下氨基酸取代中的一种或多种:N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(3)中的一种或多种:(1)Q111G或Q111S;(2)Y114F、Y114L或Y114W;(3)S105L、S105Q、S105N或S105H。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(3)中的一种或多种:(1)Q111G或Q111S;(2)Y114F、Y114L或Y114W;(3)S105L、S105Q、S105N或S105H。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含氨基酸取代Q111GY114F、Q111GY114L、Q111GY114W、Q111SY114F、Q1114SY114L或Q114SY114W。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含氨基酸取代Y114F、Y114W、Q111GY114F、Q111SY114F、S105L或S105N。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含氨基酸取代Y114F、Y114L、Y114W、Q111GY114F或Q111SY114F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α中包含以下(1)和/或(2)中的氨基酸取代:(1)S29L;(2)S36M、S36L或S36Q。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含氨基酸取代N59F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α中包含以下(1)和/或(2)中的氨基酸取代:(1)S29L;(2)S36M、S36L或S36Q;并且在CDR2α中包含氨基酸取代N59F。
TCRα和β链的各3个CDR区结合于MHC-多肽复合物的不同部位,以相对独立的形式与MHC-多肽复合物发生作用。对于本发明公开的CDR区的突变,无论是单独突变还是组合突变,均相对于野生型TCR有效提高TCR的亲和力。有些突变组合甚至能够产生叠加效果,达到更高的亲合力。
因此,在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α中包含以下(1)和/或(2)中的氨基酸取代:(1)S29L;(2)S36M、S36L或S36Q;在CDR2α中包含氨基酸取代N59F;并且在CDR2β中包含以下氨基酸取代中的一种或多种:N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(3)中的一种或多种:(1)Q111G或Q111S;(2)Y114F、Y114L或Y114W;(3)S105L、S105Q、S105N或S105H。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α中包含以下(1)和/或(2)中的氨基酸取代:(1)S29L;(2)S36M、S36L或S36Q;在CDR2α中包含氨基酸取代N59F;并且在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(3)中的一种或多种:(1)Q111G或Q111S;(2)Y114F、Y114L或Y114W;(3)S105L、S105Q、S105N或S105H。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α中包含以下(1)和/或(2)中的氨基酸取代:(1)S29L;(2)S36M、S36L或S36Q;在CDR2α中包含氨基酸取代N59F;并且在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含氨基酸取代Q111GY114F、Q111GY114L、Q111GY114W、Q111SY114F、Q1114SY114L或Q114SY114W。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α中包含以下(1)和/或(2)中的氨基酸取代:(1)S29L;(2)S36M、S36L或S36Q;在CDR2α中包含氨基酸取代N59F;并且在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含氨基酸取代Y114F、Y114W、Q111GY114F、Q111SY114F、S105L或S105N。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α中包含以下(1)和/或(2)中的氨基酸取代:(1)S29L;(2)S36M、S36L或S36Q;在CDR2α中包含氨基酸取代N59F;并且在CDR2β中包含氨基酸取代N57D、E58Y、G59Q、S63T、K64C和A65V;并且在CDR3β中包含氨基酸取代Y114F、Y114L、Y114W、Q111GY114F或Q111SY114F。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、25和131所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、153和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和162所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:82、91和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β;和
(ii)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:140、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:146、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:165、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:45、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:170、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β;和
(ii)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含 分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包 含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:103、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:140、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:146、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:165、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:45、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:170、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、25和131所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、153和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:130、91和162所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:82、91和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含:
(i)α链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
(ii)β链可变区,其包含
分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:103、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、25和131所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:44、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:140、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:146、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:45、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、153和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:43、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和162所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:165、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:45、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID  NO:170、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:43、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含:(i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和(ii)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:82、91和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:46具有至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区;和/或具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区;和/或具有SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:47具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区;和/或具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
如本文所用的术语“序列同一性”表示两个(核苷酸或氨基酸)序列在比对中在相同位置处具有相同残基的程度,并且通常表示为百分数。优选地,同一性在被比较的序列的整体长度上确定。因此,具有完全相同序列的两个拷贝具有100%同一性,但是高度保守性较低且具有缺失、添加或替换的序列可具有较低程度的同一性。本领域技术人员将认识到,一些算法可以用于使用标准参数来确定序列同一性,例如Blast(Altschul等(1997)Nucleic Acids Res.25:3389-3402)、Blast2(Altschul等(1990)J.Mol.Biol.215:403-410)、Smith-Waterman(Smith等(1981)J.Mol.Biol.147:195-197)和ClustalW。
因此,例如SEQ ID NO:46或47的氨基酸序列可以作为“主体序列”或“参考序列”,而 与之不同的TCRα链或β链可变区氨基酸序列可作为“查询序列”。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区;和具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中任一项所示的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中任一项所示的氨基酸序列的α链可变区;和具有SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中任一项所示的氨基酸序列的α链可变区;和具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中任一项所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:48所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:49所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:50所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:51所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:52所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:53所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:54所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:55所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:56所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:57所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:58所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:59所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:60所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:61所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列 的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:62所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:63所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:64所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:65所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:66所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:67所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:68所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:77所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:80所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:83所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:86所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:89所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:92所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:95所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:98所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:101所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:104所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:107所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:110所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:113所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:116所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:119所示的氨基酸序列 的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:122所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:125所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:128所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:132所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:133所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:136所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:137所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:142所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:143所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:147所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:143所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:150所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:143所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:154所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:155所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:158所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:159所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:68所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:163所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:166所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:143所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:119所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:143所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:168所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:143所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:171所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:143所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:173所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:143所示的氨基酸序列的β链可变区。
在优选的实施方案中,所述修饰的TCR包含具有如SEQ ID NO:154所示的氨基酸序列的α链可变区,和具有如SEQ ID NO:175所示的氨基酸序列的β链可变区。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR还包含TCR恒定区。
如本文所用的术语“恒定区”可以是人恒定区或衍生自另一物种,从而产生“嵌合的”TCR。例如,人α和/或β链可以被它们的鼠对应物取代(“鼠源化”),已经发现所述鼠对应物通过支持TCRα和β链的优先配对来增强人TCR的表面表达以及增强与CD3共受体更稳定的结合。
在一些实施方案中,所述TCR恒定区为鼠恒定区或人恒定区。
据报道,在恒定区添加二硫键可促进TCRα和β链的正确配对(Kuball J等Blood.2007  Mar 15;109(6):2331-8)。因此,本文还设想在恒定区中添加一个或多个半胱氨酸修饰,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。
在一些实施方案中,所述TCR恒定区包括TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区;优选地,所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸突变,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键。
在一些实施方案中,所述半胱氨酸突变在以下的一个或多个位置处:野生型人TCRα链恒定区第48位、野生型鼠TCRα链恒定区第48位、野生型人TCRβ链恒定区第57位、野生型鼠TCRβ链恒定区第57位。
野生型TCR恒定区的序列可以在国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的公开数据库中找到,如TCR分子α链的恒定域序列为“TRAC*01”,TCR分子β链的恒定域序列为“TRBC1*01”或“TRBC2*01”。
本发明中TCR恒定区氨基酸序列的位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。例如,TCRα链恒定区(TRAC)中的某个氨基酸,IMGT中列出的位置编号为48,则本文中将其描述为TCRα链恒定区(TRAC)第48位氨基酸;TCRβ链恒定区(TRBC)中的某个氨基酸,IMGT中列出的位置编号为57,则本文中将其描述为TCRβ链恒定区(TRBC)第57位氨基酸;其他以此类推。本发明中,其他氨基酸的序列位置编号有特殊说明的,则按特殊说明。
在一些实施方案中,TCRα链恒定区还包含LVL取代或LIV取代,使得恒定区(和/或跨膜区)包含氨基酸序列LLVIVLRIL。例如,当TCRα链包含人恒定区时,该人恒定区可以包含LVL突变,使得恒定区(和/或跨膜区)包含氨基酸序列当TCRα链包含鼠恒定区时,该鼠恒定区可以包含LIV突变,使得恒定区(和/或跨膜区)包含氨基酸序列
在一些实施方案中,TCRα链恒定区包含与SEQ ID NO:71具有至少80%、至少85%、至少90%至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列同一性的氨基酸序列,和/或TCRβ链恒定区包含与SEQ ID NO:72具有至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中,所述TCRα链恒定区包含如SEQ ID NO:71所示的氨基酸序列,并且所述TCRβ链恒定区包含如SEQ ID NO:72所示的氨基酸序列。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR可以包含信号肽序列,例如可以在α链和/或β链的N端包含信号肽序列。信号肽序列可以是本领域已知的任何合适的序列。例如,本发明的TCR的α链信号肽序列可以具有如SEQ ID NO:74所示的氨基酸序列(MKTFAGFSFLFLWLQLDCMS)。本发明的TCR的β链信号肽序列可以具有如SEQ ID NO:75所示的氨基酸序列(MLLLLLLLGPGSGL)。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:69所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:69具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链;和/或具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:69所示的氨基酸序列的TCRα链;和具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中 任一项所示的氨基酸序列的TCRβ链。
SEQ ID NO:69和3-19的氨基酸序列如下所示:


在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链;和/或具有SEQ ID NO:70所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:70具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中任一项所示的氨基酸序列的TCRα链;和具有SEQ ID NO:70所示的氨基酸序列的TCRβ链。
SEQ ID NO:20-23、78和70的氨基酸序列如下所示:

在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链;和/或具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。在一些实施方案中,所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中任一项所示的氨基酸序列的TCRα链;和具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中任一项所示的氨基酸序列的TCRβ链。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR结合包含氨基酸序列KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
术语“表位”通常是指抗原上的位点,通常是结合结构域识别的(多)肽。术语“结合结构域”以其最广义是指“抗原结合位点”,即表征与抗原靶标上的特定表位结合/相互作用的分子的结构域。抗原靶标可以包含单个表位,但通常包含至少两个表位,并且根据抗原的大小、构象和类型,抗原靶标可以包括任何数量的表位。术语“表位”通常包括线性表位和构象表位。线性表位为包含在氨基酸一级序列中的连续表位,并且其通常包括至少2个氨基酸或更多个氨基酸。构象表位是由通过靶标抗原、并且特别是靶(多)肽的折叠而并排的非连续氨基酸形成的。
本发明的TCR能够有利地(特异性)识别MAGE-A1抗原,特别是MAGE-A1上的表位KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)或所述表位与MHC分子的复合物,例如所述表位与HLA-A*02的复合物。
在一些实施方案中,所述MHC分子为HLA-A*02型,例如HLA-A*02:01型、HLA-A*02:03型、HLA-A*02:05型、HLA-A*02:06型、HLA-A*02:07型、HLA-A*02:10型或HLA-A*02:11型。在优选的实施方案中,所述MHC分子为HLA-A*02:01型或HLA-A*02:05型。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是可溶的或膜结合的。
本发明的TCR可以以可溶性TCR(sTCR)的形式提供。可溶性TCR可用作诊断工具和将治疗剂或效应细胞特异性靶向例如表达被可溶性TCR识别的抗原靶标的癌细胞的载体或“衔接子”。可溶性TCR通常为包含TCRα链和/或β链或其可变区或CDR的片段或构建体,并且任选地其通过二硫键稳定或通过合适的接头共价连接。通常,可溶性TCR不包括例如跨膜区。
本发明的TCR还可以以膜结合形式提供。通常,膜结合的TCR包括跨膜区,以使其锚定在细胞膜上。
在一些实施方案中,所述修饰的TCR是分离或纯化的。
如本文所用的术语“分离或纯化的”是指已经从其产生环境的组分中鉴别、分离和/或回收,使得该“分离或纯化的”TCR不含或基本上不含来自其产生环境的、可能干扰其治疗或诊断用途的其它污染物组分。污染物组分可包括酶、激素和其它蛋白质或非蛋白质溶质。因此,可以通过至少一个移除或基本上移除这些污染物组分的纯化步骤制备“分离或纯化的”TCR。
在另一方面,本公开提供了编码本发明的修饰的TCR的核酸。
在又一方面,本公开提供了包含本发明的核酸的载体。
如本文所用的术语“载体”是用作将(外源)遗传材料转移到宿主细胞中的媒介的核酸分子,在该宿主细胞中作为载体的所述核酸分子可以例如复制和/或表达。术语“载体”涵盖但不限于质粒、病毒载体(包括逆转录病毒载体、慢病毒载体、腺病毒载体、牛痘病毒载体、多瘤病毒载体和腺病毒相关载体(AAV))、噬菌体、噬菌粒、粘粒和人工染色体(包括BAC和YAC)。载体本身通常是核苷酸序列,通常是包含插入物(转基因)的DNA序列和作为载体“骨架”的较大序列。工程化载体通常包含在宿主细胞中自主复制的起点(如果需要多核苷酸的稳定表达)、选择标记和限制酶切割位点(如多克隆位点,MCS)。载体可另外包含启动子、遗传标记、报告基因、靶向序列和/或蛋白质纯化标签。如本领域技术人员已知的,大量合适的载体是本领域技术人员已知的,并且许多可商购获得。在J.Sambrook等,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(第4版),Cold Spring HarborLaboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,New York(2012)中提供了合适载体的实例,其通过引用整体并入本文。
在一些实施方案中,所述载体选自慢病毒载体、逆转录病毒载体、质粒、DNA载体、mRNA载体、基于转座子的载体和人工染色体。
在另一方面,本公开提供了细胞,其包含本发明的修饰的TCR、核酸、或载体。
如本文所用的术语“细胞”是指能够表达本发明的修饰的TCR的任何类型的细胞。细胞可以为真核细胞,例如,植物(不具有发育成植株的潜能)、动物、真菌或藻类,或可以为原核细胞,例如,细菌或原生动物。细胞可以为培养的细胞或原代细胞,即直接分离自生物体,例如人。细胞可以为贴壁细胞或悬浮细胞,即悬浮生长的细胞。合适的宿主细胞为本领域已知的并且包括,例如,DH5α大肠杆菌细胞、中国仓鼠卵巢细胞、猴VERO细胞、COS细胞、HEK293细胞等。为了产生本发明的TCR的目的,细胞优选为哺乳动物细胞。最优选地,宿主细胞为人细胞。
在一些实施方案中,所述细胞选自淋巴细胞(例如T细胞、NK细胞)、单核细胞(例如PBMC)和干细胞。
如本文所用的术语“干细胞”是用于表达本发明的TCR的干细胞。例如,干细胞可以是淋巴祖细胞、诱导多能干细胞(iPSC)或造血干细胞(HSC)。在一些实施方案中,干细胞不包括通过破坏人类胚胎获得的胚胎干细胞,和/或不包括用于发育并形成动物个体的全能性干细胞。将基因转移至干细胞通常不会导致在细胞表面表达TCR,因为干细胞表面不表达CD3分子。然而,当干细胞分化为迁移至胸腺的淋巴前体(lymphoid precursor)时,CD3分子的表达将启动在胸腺细胞的表面表达该引入的TCR分子。
在一些实施方案中,所述干细胞为淋巴祖细胞或诱导多能干细胞(iPSC)。
在一些实施方案中,所述细胞为T细胞。T细胞可为任何T细胞,如培养的T细胞,例如原代T细胞或来自培养的T细胞系的T细胞,例如Jurkat、SupTl等,或从哺乳动物获得的T细胞。如果从哺乳动物获得,则T细胞可从许多来源获得,包括但不限于血液、骨髓、淋巴结、胸腺或其它组织或液体。T细胞也可被富集或纯化。优选地,T细胞为人T细胞。更优选地,T细胞为分离自人的T细胞。T细胞可以为任何类型的T细胞并且可以为任何发育阶段的T细胞,包括但不限于CD4+/CD8+双阳性T细胞、CD4+辅助性T细胞,例如Th1和Th2细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞(例如,细胞毒性T细胞)、肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)、记忆性T细胞(例如,中心记忆性T细胞和效应记忆性T细胞)、初始T细胞等。在一些实施方案中,所述T细胞不表达内源性TCR。
设想表达本发明的TCR的效应细胞以高亲合力结合其抗原靶标(优选由抗原呈递细胞在HLA-A*02上呈递的抗原表位)。术语“亲合力”或“结合亲合力”是指表达本发明的TCR的T细胞在体外响应于给定浓度的配体的能力,并且认为其与表达TCR的细胞的体内效应能力相关。根据定义,具有高结合亲合力的表达TCR的细胞在体外试验中响应于非常低的抗原剂量,而较低结合亲合力的这类细胞在达到类似于高亲合力的表达TCR的细胞的免疫响应之前,则需要更高量的抗原。因此,可以将结合亲合力看作是表达TCR的细胞的活化阈值的定量决定因素。这通过将此类细胞在体外暴露于不同量的同源抗原来测定。具有高结合亲合力的TCR的细胞响应于低抗原剂量。例如,如果TCR表达细胞在与靶抗原肽-HLA-*02表达靶细胞共培养时激活靶细胞的EC50不高于10-5M(如10-5M或更低,例如10-6M、10-7M、10-8M或10-9M),则通常认为该TCR表达细胞以“高”结合亲合力结合其抗原靶标。
在又一方面,本公开提供了制备本发明的细胞的方法,其包括用本发明的载体转导或转染细胞的步骤。
如本文所用的术语“转染”是有意将核酸分子或多核苷酸(包括载体)引入靶细胞的过程。一个例子是RNA转染,即将RNA(例如体外转录的RNA,ivtRNA)引入宿主细胞的过程。该术语主要用于真核细胞中的非病毒方法。术语“转导”通常用于描述病毒介导的核酸分子或多核苷酸的转移。动物细胞的转染通常涉及在细胞膜中打开瞬时的孔或“洞”,以允许摄取材料。可以使用磷酸钙、通过电穿孔、通过细胞挤压或通过将阳离子脂质与材料混合以产生与细胞膜融合并将它们的运载物沉积入内部的脂质体,进行转染。用于转染真核宿主细胞的示例性技术包括脂质囊泡介导的摄取、热休克介导的摄取、磷酸钙介导的转染(磷酸钙/DNA共沉淀)、显微注射和电穿孔。
在一些实施方案中,所述方法还包括在所述转导或转染之前或之后扩增和/或活化细胞的步骤。
在另一方面,本公开提供了偶联物,其包含根据本发明的修饰的TCR和与所述TCR偶联或缀合的活性剂。
在一些实施方案中,所述活性剂选自可检测标记、免疫刺激分子和治疗剂。优选地,可检测标记选自生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、和萤光、磷光或化学发光分子。优选地,免疫刺激分子选自细胞因子(如IL-2和IFN-γ)、趋化因子(如IL-8)、血小板因子(如血小板因子4)和补体启动剂。优选地,治疗剂选自免疫调节剂、放射性化合物、酶、化学治疗剂和毒素。其他合适的治疗剂包括小分子细胞毒性剂,即具有杀死分子量小于700道尔顿的哺乳动物细胞能力的化合物。此类化合物还可含有能够具有细胞毒性作用的有毒金属。此外,应理解这些小分子细胞毒性剂还包括前体药物,即在生理条件下衰变或被转化以释放细胞毒性剂的化合物。此类药剂的实例包括顺铂、美登素衍生物、雷查霉素、卡奇霉素、多西他赛、依托泊苷、吉西他滨、异环磷醯胺、伊立替康、美法仑、米托蒽醌、吓吩姆钠光敏素II、替莫唑胺、拓扑替康、葡糖醛酸三甲曲沙、耳他汀E、长春新碱和多柔比星;肽细胞毒素,即,具有杀伤哺乳动物细胞能力的蛋白质或其片段;例如,蓖麻毒素、白喉毒素、假单胞菌细菌外毒素A、Dnase和RNase;放射性核素,即元素的不稳定同位素,其在衰减的同时发出一种或多种的α或β粒子或γ射线,例如,碘-131、铼-186、铟-111、钇-90、铋-210和-213、锕-225和砹-213;螯合剂,其可用于促进这些放射性核素与分子或其多聚体的结合;或异种蛋白结构域、同种异体蛋白结构域、病毒/细菌蛋白结构域、病毒/细菌肽。
在又一方面,本公开提供了双特异性和多特异性抗原结合分子,其包含本发明的修饰的TCR或其抗原结合片段,和结合一个或多个另外的抗原的一个或多个另外的抗原结合区,其中所述一个或多个另外的抗原结合区各自独立地选自衍生自抗体的抗原结合区和衍生自TCR的抗原结合区。
在一些实施方案中,所述一个或多个另外的抗原中各自独立地选自肿瘤相关抗原(TAA)、肿瘤特异性抗原(TSA)、病毒抗原、自身抗原、和免疫细胞表面分子。
肿瘤相关抗原(TAA)的实例包括但不限于黑色素瘤相关抗原(例如gp100、MAGEA1、MAGEA3、MAGEA6、MAGEA4、MAGEA2、MAGEA12、MAGEA2B、MAGEA9B、MAGEA10、MAGEA11、MAGEB2、MAGEC1、MAGEC2)、IGF2BP1、GNGT1、PI4K2B、CCR8、NPSR1、COX7B2、ONECUT3、SMC1B、FOXI3、GAGE2A、FBXO43、BRDT、PAGE2、GAGE13、POU5F1B、CTAG1A、内源性逆转录酶抗原、5T4、甲胎蛋白、BCMA、CA-125、癌胚抗原、CSPG4、ROR1、Tyrp-1、TACI、ALK、CLL-1、FLT3、间皮素、MUC-1。
肿瘤特异性抗原(TSA)的实例包括但不限于KRAS、TP53、PIK3CA、CTNNB1、EGFR、BRAF和GNAS。
病毒抗原的实例包括但不限于HPV E6或E7抗原、CMV抗原、HBV抗原、EBV抗原、疱疹病毒抗原、人类免疫缺陷病毒(HIV)抗原、流感病毒抗原和冠状病毒抗原。
如本文所用的术语“自身抗原”是指生物、物理、化学因素引起的自身组织细胞结构与成分发生改变,从而引起机体免疫系统针对这些自身组织细胞成分产生免疫应答反应的抗原物质。隐蔽抗原的释放可产生免疫应答。人体内某些组织成分,如精子、眼内容物、脑等,在正常情况下从未与免疫细胞接触。因手术、外伤、感染等原因破坏隔绝屏障,便与免疫系统接触,从而产生免疫应答,如自身免疫性交感性眼炎。自身成分的改变可能产生自身抗原。自身成分在受到物理因素(如冷、热、电离辐射)、化学因素(如药物)或生物因素(如细菌、病毒等)作用后,其抗原性发生变化。改变的自身成分刺激免疫系统引起自身免疫应答。例如,变性的IgG可刺激机体产生抗变性IgG抗体(类风湿因子),引起类风湿关节炎。临床上使用某些药物后,可改变血细胞表面抗原性,引起自身免疫性溶血性贫血或粒细胞减少。共同抗原引发的交叉反应可产生免疫应答。某些细菌、病毒与正常人体某些组织细胞上有相类似的抗原决定簇,针对这些细菌、病毒抗原决定簇产生的自身抗体和致敏淋巴细胞可与自身组织细胞发生交叉反应,引起自身免疫性疾病。例如,A型溶血性链球菌的多种抗原蛋白与人心肌内膜和肾小球基底膜有共同抗原。柯萨奇病毒感染激发的免疫应答可攻击胰岛的β细胞引起糖尿病。
在一些实施方案中,所述自身抗原为红斑狼疮、自身免疫破坏胰岛导致的糖尿病、强直性脊椎炎、类风湿关节炎。
免疫细胞表面分子的实例包括但不限于CD3(例如CD3γ、CD3δ和CD3ε链)、CD4、CD8、CD10、CD11b、CD11c、CD14、CD16、CD18、CD25、CD32a、CD32b、CD41、CD41b、CD42a、CD42b、CD44、CD45RA、CD49、CD61、CD64、CD68、CD94、CD90、CD117、Nkp46、NKG2D、FcεRI、TCRα/β、TCRγ/δ、HLA-DR、CD28、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)、ICOS(CD278)、2B4(CD244)、HVEM、LAG3、DAP10、DAP12、CD27、CD40、GITR、LFA-1、MyD88、CD2、CD7、LIGHT和B7-H3。在一些实施方案中,所述一个或多个另外的抗原为CD3。在一些实施方案中,所述一个或多个另外的抗原结合区衍生自抗CD3抗体或抗CD3TCR的抗原结合区,优选衍生自抗CD3抗体的抗原结合区。在优选的实施方案中,本公开提供了双特异性分子,其包含本发明的修饰的TCR或其抗原结合片段和抗CD3抗体的抗原结合区。
在另一方面,本公开提供了组合物,其包含根据本发明的修饰的TCR、核酸、载体、细胞、偶联物、或双特异性抗原结合分子或多特异性抗原结合分子;优选地,所述组合物还包含药学上可接受的载体或赋形剂。
术语“组合物”特别是指适合施用于人的组合物。然而,该术语通常也涵盖适合施用于非人动物的组合物。所述组合物及其组分(即活性剂和任选的载体或赋形剂)优选为药物上可接受的,即在接受者中能够引发所需的治疗效果而不会引起任何不希望的局部或全身作用。本发明的药学上可接受的组合物可以是例如无菌的。具体地,术语“药学上可接受的”可以表示由管理机构或其他公认的药典认可用于动物,更特别是用于人中。
术语“赋形剂”包括填充剂、粘合剂、崩解剂、包衣剂、吸附剂、抗粘附剂、助流剂、防腐剂、抗氧化剂、调味剂、着色剂、甜味剂、溶剂、共溶剂、缓冲剂、螯合剂、粘度赋予剂、表面活性剂、稀释剂、润湿剂、载体、稀释剂、防腐剂、乳化剂、稳定剂和张力调节剂。本领域技术人员已知选择合适的赋形剂以制备本发明的组合物。用于本发明的组合物中的示例性载体包括盐水、缓冲盐水、葡萄糖和水。通常,合适的赋形剂的选择尤其取决于所使用的活性剂、待治疗的疾病和组合物的期望剂型。
根据所采用的活性剂(如可溶性TCR),可将本公开的组合物制备成各种形式,如固态、液态、气态或冻干形式,特别可以是软膏剂、乳膏剂、透皮贴剂、凝胶剂、粉剂、片剂、溶液剂、气雾剂、颗粒剂、丸剂、混悬剂、乳剂、胶囊剂、糖浆剂、液体剂、酏剂、浸膏剂、酊剂或流浸膏提取物的形式,或者是特别适用于所需施用方法的形式。本发明已知的用于生产药物的过程在第22版的Remington’s Pharmaceutical Sciences(Ed.MaackPublishing Co,Easton,Pa.,2012)中显示,并可包括例如常规混合、溶解、制粒、制糖衣、研磨、乳化、包封、包埋或冻干过程。包含例如本文所述的宿主细胞或可溶性TCR的组合物通常以液体形式提供,并且优选包含药学上可接受的缓冲剂。
在一些实施方案中,所述组合物还包含第二治疗剂,优选地,所述第二治疗剂选自抗体、化疗剂和小分子药物。
第二治疗剂的优选实例包括已知的抗癌药物,例如顺铂、美登素衍生物、雷查霉素(rachelmycin)、卡里奇霉素(calicheamicin)、多西紫杉醇、依托泊苷、吉西他滨、异环磷酰胺、伊立替康、美法仑、米托蒽醌、sorfimer卟啉钠II(sorfimer sodiumphotofrin II)、替莫唑胺、拓扑替康、葡萄糖醛酸曲美沙特(trimetreate glucuronate)、奥利斯他汀E(auristatin E)、长春新碱和阿霉素;和肽细胞毒素,例如蓖麻毒素、白喉毒素、假单胞菌细菌外毒素A、DNA酶和RNA酶;放射性核素,例如碘131、铼186、铟111、铱90、铋210和213、锕225和砹213;前药,例如抗体定向的酶前药;免疫刺激剂,例如IL-2,趋化因子例如IL-8、血小板因子4;抗体或其片段,例如抗CD3抗体或其片段;补体活化剂;病毒/细菌蛋白结构域和病毒/细菌肽。
在又一方面,本公开提供了治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症的方法,其包括向所述受试者施用有效量的本发明的修饰的TCR。
在另一方面,本公开提供了治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症的方法,其包括向所述受试者施用有效量的本发明的细胞。
如本文所用的术语“治疗”包括在有需要的受试者中的治疗性或预防性治疗。“治疗性或预防性治疗”包括旨在完全预防临床和/或病理表现的预防性治疗或旨在改善或缓解临床和/或病理表现的治疗性治疗。因此,术语“治疗”还包括改善或预防疾病。
如本文所用的术语“有效量”意指当施用到受试者用于治疗或预防疾病时足以实现这样的治疗或预防的治疗剂的量。“有效量”可根据化合物、疾病及其严重度、以及待治疗的受试者的年龄、体重等改变。“治疗有效量”是指用于治疗性治疗的有效量。“预防有效量”是指用于预防性治疗的有效量。
可通过在如细胞培养物或实验动物中的标准程序如ED50(在50%群体中治疗有效的剂量)和LD50(对50%群体致死的剂量)确定治疗功效和毒性。治疗和毒性作用之间的剂量比是治疗指数,并且可以表示为ED50/LD50的比率。优选表现出大治疗指数的药物组合物。
本领域技术人员采用已知技术可确定所施用的TCR或细胞的确切剂量。合适的剂量提供足够量的本发明活性剂,并且优选是治疗有效的,即足以在合理的时间范围内引起受试者或动物的例如治疗性或预防性响应。例如,本发明的TCR的剂量应在从施用时起约2小时或更久,例如12小时至24小时或更久时间(例如,1个月、2个月、3个月、6个月、12个月、24个月等)的时段内足以结合癌症抗原或检测、治疗或预防癌症。在某些实施方案中,时间段甚至可以更久。如本领域已知,针对治疗目的(如缓解相对于疾病的急性发作),给药途径、时间和频率,给药制剂的时间和频率,年龄,体重,一般健康状况,性别,饮食,疾病状态的严重程度,药物组合,反应敏感性和对治疗的耐受性/响应的调整可能是必要的。
用于确定施用剂量的许多测定为本领域已知的。为了本发明的目的,测定可用于确定待施用于哺乳动物的起始剂量,所述测定包括,将给定剂量的表达本发明的TCR的T细胞施用于一组哺乳动物中的哺乳动物(各自被施用不同剂量的T细胞)后,比较靶细胞裂解或由此类T细胞分泌的IFN-γ所达到的程度。在施用某剂量后,靶细胞裂解或IFN-γ分泌所达到的程度可以通过本领域已知的方法测定。本发明的TCR或细胞的剂量也可通过可能伴随本发明TCR或细胞的施用的任何不利副作用的存在、性质和程度来确定。通常,主治医师决定施用于每个个体患者的本发明TCR或细胞的剂量,这考虑到多种因素,如年龄、体重、一般健康、饮食、性别、待施用的活性剂、施用途径以及治疗病况的严重程度。在本公开的治疗方法的一些实施方案中,每次输注施用的细胞数目可以例如从约1×106至约1×1012个细胞或更多个细胞之间变化。在某些实施方案中,可以施用少于1x106个细胞。
应认识到,治疗可能需要单次施用治疗有效剂量或多次施用治疗有效剂量的本发明的活性剂。例如,根据特定组合物的配方、半衰期和清除率,一些组合物可以每3至4天施用、每周施用,或每两周施用一次,或在一个月内施用一次。
本公开的组合物可适用于多种途径施用。通常,通过胃肠外完成施用。胃肠外递送方法包括局部、动脉内、肌内、皮下、髓内、鞘内、心室内、静脉内、腹膜内、子宫内、阴道内、舌下或鼻内施用。
术语“受试者”或“个体”或“动物”或“患者”在本文可互换使用,指需要治疗的任何受试者,特别是哺乳动物受试者。一般而言,哺乳动物受试者包括人、非人灵长类动物、狗、猫、豚鼠、兔、大鼠、小鼠、马、牛、乳牛等。然而,很容易理解,特别设想将本文提供的TCR、核酸、载体、宿主细胞和药物组合物用于治疗人类受试者,特别是那些HLA-A*02阳性受试者,例如HLA-A*02:01、HLA-A*02:03、HLA-A*02:05、HLA-A*02:06、HLA-A*02:07、HLA-A*02:10或HLA-A*02:11阳性受试者,优选HLA-A*02:01或HLA-A*02:05阳性受试者。
在本公开治疗方法的一些实施方案中,所述细胞对于所述受试者是自体的或同种异体的。
在一些实施方案中,所述方法包括以下步骤:(i)从所述受试者分离含有细胞的样品;(ii)用本发明的载体转导或转染所述细胞;和(iii)将步骤(ii)中得到的细胞施用于受试者。在一些实施方案中,所述方法还包括在步骤(i)之后和(ii)之前敲除所述细胞中的内源性TCR的步骤。
在一些实施方案中,所述MAGE-A1阳性癌症选自黑色素瘤、肺癌、结直肠癌、宫颈癌、乳腺癌、肝癌(例如肝细胞癌)、胃癌、食道癌、膀胱癌(例如膀胱尿路上皮癌)、卵巢癌(例如卵巢浆液性囊腺癌)、头颈癌(例如头颈鳞状细胞癌)、子宫癌、子宫内膜癌、胆管癌、前列腺癌、肾上腺皮质癌、间皮瘤、肉瘤、嗜铬细胞瘤、副神经节瘤和胸腺癌。
在一些实施方案中,所述方法还包括施用第二治疗剂,优选地,所述第二治疗剂选自抗体、化疗剂和小分子药物。第二治疗剂的优选实例如上文所述。
在本公开治疗方法的一些实施方案中,所述受试者具有HLA-A*02等位基因,例如HLA-A*02:01、HLA-A*02:03、HLA-A*02:05、HLA-A*02:06、HLA-A*02:07、HLA-A*02:10或HLA-A*02:11等位基因,优选HLA-A*02:01或HLA-A*02:05等位基因。
在另一方面,本公开提供了检测(例如诊断)受试者中MAGE-A1阳性癌症的方法,其中所述方法包括(i)使从受试者获得的样品与本发明的TCR、细胞或偶联物接触;和(ii)检测所述样品中MAGE-A1抗原的存在,其中所述MAGE-A1抗原的存在指示所述MAGE-A1阳性癌症。MAGE-A1阳性癌症优选选自黑色素瘤、肺癌、结直肠癌、宫颈癌、乳腺癌、肝癌(例如肝细胞癌)、胃癌、食道癌、膀胱癌(例如膀胱尿路上皮癌)、卵巢癌(例如卵巢浆液性囊腺癌)、头颈癌(例如头颈鳞状细胞癌)、子宫癌、子宫内膜癌、胆管癌、前列腺癌、肾上腺皮质癌、间皮瘤、肉瘤、嗜铬细胞瘤、副神经节瘤和胸腺癌。
在一些实施方案中,从受试者获得的样品可以是血液样品、尿液样品、组织样品或细胞样品。在某些实施方案中,所述方法在体外进行。在一些实施方案中,所述方法包括(i)使从所述受试者获得的样品与本公开的偶联物接触,其中该偶联物包含可检测标记;和(ii)通过检测可检测标记来检测所述样品中MAGE-A1抗原的存在。可检测标记的实例包括但不限于生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、和萤光、磷光或化学发光分子;优选酶或其催化活性片段、放射性核素、萤光、磷光或化学发光分子。
在又一方面,本公开提供了试剂盒,其包含本发明的TCR或偶联物,所述试剂盒用于检测待测样品中阳性表位的存在,其中,所述表位为包含KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位。
在一些实施方式中,所述试剂盒为用于检测(例如诊断)受试者中MAGE-A1阳性癌症的试剂盒,其包含本发明的TCR或偶联物。MAGE-A1阳性癌症优选选自黑色素瘤、肺癌、结直肠癌、宫颈癌、乳腺癌、肝癌(例如肝细胞癌)、胃癌、食道癌、膀胱癌(例如膀胱尿路上皮癌)、卵巢癌(例如卵巢浆液性囊腺癌)、头颈癌(例如头颈鳞状细胞癌)、子宫癌、子宫内膜癌、胆管癌、前列腺癌、肾上腺皮质癌、间皮瘤、肉瘤、嗜铬细胞瘤、副神经节瘤和胸腺癌。
在一些实施方案中,所述偶联物包含可检测标记。可检测标记的实例包括但不限于生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、和萤光、磷光或化学发光分子;优选酶或其催化活性片段、放射性核素、萤光、磷光或化学发光分子。在一些实施方案中,试剂盒还可以包含如何使用该试剂盒的说明书。
在另一方面,本公开提供了本发明的修饰的TCR、核酸、载体、细胞、偶联物、双特异性抗原结合分子或多特异性抗原结合分子、或组合物在制备用于治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症的药物中的用途。
在又一方面,本公开提供了本发明的修饰的TCR、核酸、载体、细胞、偶联物、双特异性抗原结合分子或多特异性抗原结合分子、或组合物,其用于治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症。
在另一方面,本公开提供了本发明的修饰的TCR或偶联物在制备用于检测待测样品中阳性表位的存在的试剂盒中的用途,其中,所述表位为包含KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位。
在一些实施方式中,本公开提供了本发明的修饰的TCR或偶联物在制备用于检测检测(例如诊断)受试者中MAGE-A1阳性癌症的试剂盒中的用途。
在又一方面,本公开提供了本发明的修饰的TCR或偶联物,其用于检测待测样品中阳性表位的存在,其中,所述表位为包含KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位,例如,检测(例如诊断)受试者中MAGE-A1阳性癌症。
在本公开的用途的一些实施方案中,所述MAGE-A1阳性癌症优选选自黑色素瘤、肺癌、结直肠癌、宫颈癌、乳腺癌、肝癌(例如肝细胞癌)、胃癌、食道癌、膀胱癌(例如膀胱尿路上皮癌)、卵巢癌(例如卵巢浆液性囊腺癌)、头颈癌(例如头颈鳞状细胞癌)、子宫癌、子宫内膜癌、胆管癌、前列腺癌、肾上腺皮质癌、间皮瘤、肉瘤、嗜铬细胞瘤、副神经节瘤和胸腺癌。
在一些实施方案中,所述受试者具有HLA-A*02:01等位基因,例如HLA-A*02:01、HLA-A*02:03、HLA-A*02:05、HLA-A*02:06、HLA-A*02:07、HLA-A*02:10或HLA-A*02:11等位基因,优选HLA-A*02:01或HLA-A*02:05等位基因。
下面结合具体实施例来进一步描述本发明,本发明的优点和特点将会随着描述而更为清楚。应当理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。以下实施例中未注明具体条件的实验方法,通过按照本领域的常规条件,例如,Sambrook和Russeii等人,分子克隆:实验室手册(第三版)(2001),CSHL出版社中所述的条件,或按照制造商所建议的条件。除非另有说明,否则以下实施例中所用的实验材料和试剂均可商购获得。
实施例1.亲和力增强的取代TCR的筛选
本发明人以人源TCR ht27序列为模板,使用体外取代的方式对ht27的互补决定区(CDR)区进行取代,并且通过对取代后的TCR进行体外阳性筛选获得高亲和力的取代克隆。通过该方法,筛选到的优选TCR序列在ht27β链的CDR1β的位置Gln29、Ala36、Thr37、Thr38,CDR2β的位置Ser56、Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64和Ala65以及CDR3β的位置Ser105、Glu108、Pro109、Gly110、Gln111、Gly112、Pro113、Tyr114和Glu115处包含氨基酸取代,具体的氨基酸取代包括Q29P、A36I、T37E、T38R、S56T、N57D、N57E、N57H、N57K、N57Q、N57R、N57S、N57T、E58A、E58F、E58I、E58L、E58M、E58P、E58V、E58Y、E58W、G59D、G59E、G59H、G59K、G59Q、G59R、G59S、G59T、G59P、G59L、S63D、S63E、S63H、S63K、S63Q、S63R、S63T、K64M、K64C、K64W、K64T、K64P、K64A、A65F、A65I、A65L、A65M、A65P、A65V、A65W、A65Y、S105L、S105N、S105H、S105Q、S105K、S105R、E108D、E108F、E108T、E108I、E108K、E108P、Q111N、Q111K、Q111S、Q111G、Q111A、Q111V、Q111E、Q111L、Q111H、G112E、P113H、108-113位EPGQGP取代为VNDGT、Y114I、Y114F、Y114K、Y114D、Y114L、Y114W、Y114N、Y114P、Y114S、E115I等。筛选到的优选TCR序列在ht27α链的CDR1α的位置Asp27、Ser28、Ser29、Ser36、Thr37、Tyr38,以及CDR2α的位置Ile56、Phe57、Ser58、Asn59、Met63、Asp64处包含氨基酸取代,具体的氨基酸取代包括S28Y、S28P、S29Y、S29T、S29A、S29F、S29I、S29L、S29M、S29P、S29V、S29W、S29N、S36M、S36L、S36Q、S36I、S36F、S36P、S36V、S36D、T37I、Y38L、I56T、I56G、F57W、F57T、S58G、S58I、S58N、S58A、S58P、S58W、N59L、N59F、N59D、N59E、N59H、N59K、N59Q、N59R、N59S、N59T、M63D、M63Q、M63T、M63E、D64T、D64Y、D64S等。筛选到的优选TCR序列还包括在α链框架区1(FR1α)Thr26位置处的氨基酸取代,例如T26A、T26V等。
TCRα和β链的各3个CDR区结合于MHC-多肽复合物的不同部位,以相对独立的形式与MHC-多肽复合物发生作用。对于上述CDR区的突变,无论是单独突变还是组合突变,均相对于野生型TCR有效提高TCR的亲和力。有些突变组合甚至能够产生叠加效果,达到更高的亲合力。
代表性取代TCR如下表1所示。表1显示了本发明的代表性取代TCR相对于野生型ht27 TCR的氨基酸取代区域和取代类型。
表1.代表性取代TCR

发明人进一步将上述不同CDR区的突变进行组合,筛选得到亲和力高达pM级别的突变TCR。筛选到的TCR序列的氨基酸取代的位置包括ht27β链的CDR1β的位置Asp27、Phe28、Gln29、Ala36、Thr37、Thr38,CDR2β的位置Ser56、Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64和Ala65以及CDR3β的位置Ser105、Ala106、Arg107、Glu108、Pro109、Gly110、Gln111、Gly112、Pro113、Tyr114和Glu115处,以及ht27α链的CDR1α的位置Asp27、Ser28、Ser29、Ser36、Thr37、Tyr38,以及CDR2α的位置Ile56、Phe57、Ser58、Asn59、Met63、Asp64、Met65,还包括FR1αThr26位置处的氨基酸取代。代表性取代TCR如下表2所示。表2显示了本发明的代表性取代TCR相对于野生型ht27 TCR的氨基酸取代区域和取代类型。
表2.代表性取代TCR

野生型ht27 TCR的CDR序列及α链和β链可变区的氨基酸序列如下表3所示。本发明的代表性取代TCR的CDR序列及α链和β链可变区的氨基酸序列如下表4所示。
表3.ht27 TCR的CDR序列及α链和β链可变区的氨基酸序列

表4.代表性取代TCR的CDR序列及α链和β链可变区的氨基酸序列





















为了增加外源TCR在人源T细胞表面的正确配对和表达,将TCR的α链和β链可变区融合至鼠源TCR恒定区,并在鼠源TCR恒定区引入经典的α链C区“LIV”取代(即,在鼠源TCRα链恒定区引入氨基酸取代以使恒定区包含氨基酸序列以粗体显示)和经典的α链T48C和β链S57C取代(以粗体加下划线显示)。
α链恒定区的氨基酸序列:
β链恒定区的氨基酸序列:
通过2A自剪切肽(ATNFSLLKQAGDVEENPGP(SEQ ID NO:73)),以β-T2A-α的顺序将TCR的α链和β链(α链和β链的N端分别包含信号肽序列MKTFAGFSFLFLWLQLDCMS(SEQ ID NO:74)和MLLLLLLLGPGSGL(SEQ ID NO:75))串联构建至慢病毒表达载体中。以ht27-WT TCR为例,串联的TCR分子的氨基酸序列如下所示(信号肽以粗体显示,恒定区序列以下划线显示,2A自剪切肽以斜体显示):
分别将天然人源TCR ht27WT和本发明的取代TCR序列克隆至TCR串联表达慢病 毒载体中,包装慢病毒,转导报告细胞JKR9,然后分选TCR表达阳性细胞。用HLA-A*02:01阳性的T2细胞负载不同浓度的MAGE-A1靶抗原肽(KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)),然后分别与转导TCR ht27WT、本发明的取代TCR的JKR9报告细胞进行共孵育激活。激活16h后,染色报告基因进行流式分析。本发明的高亲和力TCR在报告细胞上的激活结果如图1和图2所示。根据图2的结果计算EC50值,将ht27-WT的EC50值设置为1,计算取代TCR相对于ht27-WT的EC50强化倍数,结果如表5所示。
表5.代表性取代TCR的EC50值及其相对于野生型ht27 TCR的EC50强化倍数

其中,将不同CDR区的突变进行组合得到的突变TCR的激活功能显著优于野生型TCR ht27,亲和力高达pM级别,其EC50值如下表6所示。
表6.组合突变TCR的EC50值
上述结果表明,相对于野生型TCR ht27,在氨基酸位置Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64、Ala65、Ser105、Gln111、Tyr114、Ser29、Ser36、Asn59的一个或多个处具有氨基酸取代的TCR显示出明显改善的亲和力。这些氨基酸取代可以进一步组合以产生具有更高亲和力的取代TCR。
然而,组合突变TCR转导JKR9报告细胞后,与未负载靶肽的T2细胞发生了非特异性激活反应(图1),这可能是因为这些TCR过高的亲和力导致。使用现有技术已知的靶向 gp100的超高亲和力突变TCR(gp100-b03a8、gp100-b28a2、gp100-b28a8、gp100-b33a2、gp100-b17a2、gp100-b10a2、gp100-b23a2、gp100-b26a2、gp100-b26a8、gp100-b27a2、gp100-b27a8)进行如上文所述的流式分析,也观察到类似的非特异性激活(图3)。尽管存在非特异性激活,但使用突变TCR gp100-b27a8制备的可溶性TCR蛋白药物Kimmtrak分子(商品名:Tebentafusp-tebn)已经获批上市,用于转移性葡萄膜黑色素瘤的治疗。这表明了超高亲和力的突变TCR(KD-SPR值<1nM)的药用价值。
实施例2.通过Dextramer染色评估超高亲和力突变TCR的亲和力
多聚体(Dextramer)是pMHC分子的多聚物,在体外实验中,可用于从T细胞文库中发现特异性识别特定抗原肽的TCR序列。Dextramer与TCR的特异性结合可以通过荧光标记实现流式检测、分选。同时,Dextramer与TCR的结合力强度与TCR的亲和力呈正相关,因此可以通过Dextramer染色方法筛选亲和力超高突变TCR,并对突变TCR的亲和力进行评估。
为验证该方法的可行性,使用靶标gp100的已知亲和力的突变TCR(gp100-b03a8、gp100-b28a2、gp100-b28a8、gp100-b33a2、gp100-b17a2、gp100-b10a2、gp100-b23a2、gp100-b26a2、gp100-b26a8、gp100-b27a2、gp100-b27a8)进行试验。通过SPR测定的已知gp100-TCR各突变体的亲和力如下:
验证方法如下:
首先将已知亲和力的gp100突变TCR通过慢病毒转导JKR9细胞,构建突变TCR表达细胞系。然后使用gp100靶抗原肽(YLEPGPVTV,SEQ ID NO:177)制备Dextramer;再用PBS将Dextramer进行10倍浓度稀释,总共稀释4个浓度梯度(染色终浓度为2nM~0.002nM)。随后分别用不同浓度的Dextramer对不同亲和力的突变TCR转导的JKR9细胞进行平行染色;通过流式分析记录各实验组的染色阳性率及MFI。结果如图4所示。最后通过汇总不同实验组的数据,分别分析Dextramer染色阳性率和平均染色强度(MFI)是否与SPR测定的亲和力存在相关性关系。
结果显示,随着染色时Dextramer使用浓度的降低,高亲和力TCR染色优势逐渐显现,不论是染色阳性率还是MFI均呈现出与突变TCR亲和力相关的染色优势(图4)。将染色数据提取后进一步分析发现,在Dextramer使用浓度低于0.2nM时染色强度与TCR的亲和力展现出线性对应关系(图5)。分别将极限低浓度(0.02nM)Dextramer染色MFI、Dextramer梯度浓度染色MFI的EC50与SPR测定的真实亲和力(KD-SPR)进行相关性分析,发现使用极限低浓度Dextramer染色MFI和Dextramer梯度浓度染色MFI均能较好地反应SPR测定结果,并得到了KD-SPR与Dextramer染色MFI的线性关系公式(图6)。这些结果表明,Dextramer染色可用于评估突变TCR的亲和力。
经过上述方法验证之后,用上述Dextramer染色方法评估了本发明的靶向MAGE-A1的突变TCR的亲和力。结果如图7-图8所示。
结果显示,本发明的突变TCR在极低浓度Dextramer染色条件下,均显示出染色强阳性,且染色强度(MFI)随着Dextramer浓度增加而增加,这表明本发明的突变TCR对靶标-pMHC复合物的亲和力极高。
使用如上文所述的KD-SPR与Dextramer染色MFI的线性关系公式(图6),将本发明 的突变TCR的Dextramer染色MFI带入公式,推算突变TCR的KD-SPR值,结果如下表所示。结果显示,所有突变TCR的推算结果SPR值均达到10pM水平,表明了本发明的突变TCR的极高亲和力。
实施例3.亲和力优化的TCR的细胞膜表达稳定性评估
用293T细胞包装分别生产ht27WT和经亲和力优化的TCR的慢病毒(MOI=10),转导PBMC后扩增培养至第11天收获。收获时细胞增殖良好,增殖倍数在70-150倍,细胞活率均>90%。用人CD3-FITC抗体染色,以确认T细胞,同时证明TCR转导成功;用抗小鼠TCRβ-APC抗体染色,以检测TCR-T的表达率;用CD4-APC和CD8-PE-Cy7抗体染色,以检测CD4/CD8的比例。
流式分析的结果显示,在相同转导和培养条件下,经亲和力优化的TCR转导后各细胞表达CD4/CD8的比例均接近于1:1,TCR阳性率均大于75%,在75-90%之间(图9)。这表明经亲和力优化的TCR分子具有很好的膜表达稳定性,提示其潜在具有很好的抗原反应性和抗肿瘤活性。
实施例4.亲和力优化的TCR-T细胞对抗原阳性肿瘤细胞的高效特异性杀伤
使用表达亲和力优化的TCR或ht27WT的T细胞作为效应细胞,用未转导TCR的PBMC平行扩增培养后作为效应细胞的阴性对照。使用Hela-A2-eGFP-LUC(MAGE-A1阳性、HLA-A*02:01阳性)作为HLA-抗原肽匹配的阳性靶细胞;使用Siha-eGFP-LUC细胞(MAGE-A1阴性、HLA-A*02:01阴性)作为HLA-抗原肽不匹配的阴性靶细胞。所有靶细胞均稳定表达萤光素酶(Luciferase)基因。效应细胞与不同靶细胞分别按照9:1、3:1和1:1的效靶比(E:T)孵育16-20h,加入萤光素酶底物以检测存活的靶细胞。根据剩余的靶细胞计算出被杀伤的靶细胞比例,结果如图10所示。
结果显示,亲和力优化的TCR-T细胞对Hela-A2-eGFP-LUC阳性靶细胞具有明显的杀伤活性,并且其杀伤活性显著高于Ht27WT TCR-T细胞;而亲和力优化的TCR-T细胞对阴性靶细胞则完全没有杀伤作用。这些结果表明,亲和力优化的TCR-T细胞具有高效的特异性杀伤HLA-抗原肽匹配的靶细胞的能力,且随着亲和力的提升其杀伤活性也随之增强。
实施例5.亲和力优化的TCR-T细胞对抗原阳性肿瘤细胞的特异性INF-γ分泌
使用表达亲和力优化的TCR或ht27WT的T细胞作为效应细胞,用未转导TCR的PBMC平行扩增培养后作为效应细胞的阴性对照。使用Hela-A2-eGFP-LUC和A375-eGFP-LUC细胞(MAGE-A1阳性、HLA-A*02:01阳性)作为HLA-抗原肽匹配的阳性靶细胞;使用和Siha- eGFP-LUC细胞(MAGE-A1阴性、HLA-A*02:01阴性)作为HLA-抗原肽不匹配的阴性靶细胞。效应细胞与不同靶细胞分别按照1:1的效靶比(E:T)孵育16-20h,用IFN-γELISA试剂盒(ExCell,Cat#EH008-96)检测上清液中IFN-γ分泌的情况,结果如图11所示。
结果显示,亲和力优化的TCR-T细胞与阳性靶细胞A375或Hela-A2共孵育后可检测到明显的IFN-γ分泌,并且其IFN-γ分泌量显著高于Ht27WT TCR-T细胞,而对HLA-抗原肽不匹配的阴性靶细胞则完全没有检测到IFN-γ的分泌。这些结果表明,亲和力优化的TCR-T细胞对HLA-抗原肽匹配的靶细胞具有良好的特异性杀伤作用,且该特异性杀伤作用随着亲和力的提升而增强。
实施例6.亲和力优化的TCR-T细胞对表达不同HLA分型的T2-KO-TAP1细胞株的非特异性活化
为检测亲和力优化的TCR-T细胞是否会产生同种异体反应(Alloreactivity),即与其他不匹配的HLA产生抗原非依赖的交叉反应,构建T2-KO-TAP1细胞株(敲除HLA同时表达抗原肽转运蛋白TAP1),并由该细胞株分别表达66种不同的HLA,所选高频HLA-A、HLA-B、HLA-C可覆盖90%以上人群。不同HLA基因转导T2-KO-TAP1细胞后经流式细胞仪分选,HLA表达率均高于95%。使用1x105个表达亲和力优化的TCR的T细胞作为效应细胞,与1x105个靶细胞(表达不同HLA的T2-KO-TAP1细胞)共培养16-24小时,收集上清液进行IFN-γ检测,以负载10-7M的MAGE-A1多肽的T2细胞(HLA-A*02:01阳性)作为靶细胞的阳性对照,结果如图12所示。
结果显示,Ht27M1001(亲和力提升388倍)、Ht27M1005(亲和力提升11倍)与所有T2-KO-TAP1-HLA细胞共培养后均未检测到IFN-γ分泌,表明Ht27M1001和Ht27M1005具有良好的特异性。
实施例7.亲和力优化的TCR对不同组织来源的抗原阴性靶细胞以及表达不同HLA分型的T2-KO-TAP1细胞株的非特异性活化
为进一步确定亲和力优化的TCR识别靶抗原的特异性,检测了亲和力优化的TCR对不同组织来源的抗原阴性靶细胞以及表达不同HLA分型的T2-KO-TAP1细胞株的非特异性活化。具体实验操作如下。
构建脱靶反应检测工具:参考Cancer Cell Line Encyclopedia(CCLE)数据库中转录组测序数据TPM(Transcripts Per Million mapped reads),将靶基因TPM=0定义为靶基因表达阴性。筛选出9种来源于不同组织的MAGE-A1基因表达阴性的细胞系作为抗原阴性靶细胞,并用HLA-A*02:01基因转导这些细胞系作为检测脱靶反应的工具细胞。
构建同种异体反应检测工具:敲除T2细胞内源HLA-B*51:01、HLA-C*01:02基因,使其无法表达内源的I类HLA分子(T2KO细胞);继而向T2细胞内过表达TAP1/2基因,构建内源性抗原呈递功能完善的工具细胞(T2KO-TAP);最终向T2KO-TAP中分别转导不同的高频HLA,以构建不同分型的T2-KO-TAP1细胞株作为检测同种异体反应的工具细胞。具体如实施例6所述进行构建。
非特异反应性检测:检测过程中将转导亲和力优化的TCR的JKR9报告细胞分别与过表达HLA-A*02:01的抗原阴性靶细胞以及表达不同HLA分型的T2-KO-TAP1细胞株进行共培养。培养16h后,通过流式分析判断高亲和力突变TCR转导的JKR9报告细胞是否能被以上工具细胞激活,进而判断突变TCR是否存在脱靶反应或同种异体反应。以HLA-抗原肽匹配的阳性靶细胞A375-A1-A2细胞(MAGE-A1阳性、HLA-A*02:01阳性)作为阳性对 照。本发明的高亲和力TCR的非特异性活化结果如下表所示。
结果显示,ht27M1001、ht27M1002、ht27M1003、ht27M1004、ht27M1005、ht27M1006、ht27M1009、ht27M1010、ht27M1011、ht27M1012、ht27M1013、ht27M1018、ht27M1019、ht27M1128、ht27M1166、ht27M1169、ht271170、ht27M1226、ht27M1240、ht27M1243、ht27M1245、ht27M1285、ht27M1290、ht27M1369、ht27M1378、ht27M1414、ht27M1457、ht27M1557、ht27M1387、ht27M1398、ht27M1401、ht27M1374、ht27M1381、ht27M1360、ht27M1362、ht27M1363、ht27M1365、ht27M1418、ht27M1436均未检测到对HLA匹配的抗原阴性靶细胞以及表达不同HLA分型的T2-KO-TAP1细胞株的非特异性活化,表明这些亲和力优化的TCR具有良好的特异性。
本申请参考了各种发行的专利、公开的专利申请、期刊文章和其他出版物,将所有这些引入本申请作为参考。若任何引入的参考文献和本说明书有冲突,则以本说明书为准。此外,落入现有技术范围的本发明的任何具体实施方案可以明确地从任何一个或多个权利要求中排除。因为所述实施方案被认为是本领域技术人员已知的,它们可以被排除,即使所述排除没有在本申请中明确列出。本发明的任何具体实施方案可从任何权利要求中以任何理由排除,不管是否与现有技术的存在有关。
虽然已经参考其特定实施方案描述本发明,本领域的技术人员应当理解可以进行各种改变且可以替换等同物而不脱离本发明的真正的精神和范围。另外,可作出许多修改以使特定的情况,材料,组合物,方法,方法步骤适于本发明的目的,精神和范围。所有这些修改都旨在权利要求的范围内。

Claims (50)

  1. 修饰的T细胞受体(TCR),所述修饰的TCR包含含有CDR1α、CDR2α和CDR3α的α链可变区和含有CDR1β、CDR2β和CDR3β的β链可变区,所述修饰的TCR相对于亲本TCR包含以下氨基酸取代:
    (i)β链可变区的氨基酸取代,其包含
    (a)CDR1β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Gln29、Ala36、Thr37和Thr38,
    (b)CDR2β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser56、Asn57、Glu58、Gly59、Ser63、Lys64和Ala65,和/或
    (c)CDR3β中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Ser105、Glu108、Pro109、Gly110、Gln111、Gly112、Pro113、Tyr114和Glu115;
    和/或
    (ii)α链可变区的氨基酸取代,其包含
    (d)CDR1α中的以下一个或多个位置处的氨基酸取代:Asp27、Ser28、Ser29、Ser36、Thr37和Tyr38,
    (e)CDR2α中以下位置处的氨基酸取代:Ile56、Phe57、Ser58、Asn59、Met63和Asp64,和/或
    (f)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代;
    其中所述亲本TCR包含氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示的CDR1β、氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示的CDR2β、氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示CDR3β、氨基酸序列如SEQ ID NO:27所示的CDR1α、氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示的CDR2α、和氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示的CDR3α;
    其中氨基酸位置按照国际免疫遗传学信息系统(IMGT)的命名规则进行编号。
  2. 根据权利要求1的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(33)中的一种或多种:
    (1)CDR1β中Gln29位置处的氨基酸取代,其选自Q29E和Q29P;
    (2)CDR1β中Ala36位置处的氨基酸取代A36I;
    (3)CDR1β中Thr37位置处的氨基酸取代T37E;
    (4)CDR1β中Thr38位置处的氨基酸取代T38R;
    (5)CDR2β中Ser56位置处的氨基酸取代S56T;
    (6)CDR2β中Asn57位置处的氨基酸取代,其选自N57D、N57E、N57H、N57K、N57Q、N57R、N57S和N57T;
    (7)CDR2β中Glu58位置处的氨基酸取代,其选自E58A、E58F、E58I、E58L、E58M、E58P、E58V、E58Y和E58W;
    (8)CDR2β中Gly59位置处的氨基酸取代,其选自G59P、G59L、G59D、G59E、G59H、G59K、G59Q、G59R、G59S和G59T;
    (9)CDR2β中Ser63位置处的氨基酸取代,其选自S63D、S63E、S63H、S63K、S63Q、S63R和S63T;
    (10)CDR2β中Lys64位置处的氨基酸取代,其选自K64Q、K64M、K64C、K64W、K64T、K64P和K64A;
    (11)CDR2β中Ala65位置处的氨基酸取代,其选自A65F、A65I、A65L、A65M、A65P、 A65V、A65W和A65Y;
    (12)CDR3β中Ser105位置处的氨基酸取代,其选自S105L、S105N、S105H、S105Q、S105K和S105R;
    (13)CDR3β中Glu108位置处的氨基酸取代,其选自E108D、E108F、E108T、E108I、E108K和E108P;
    (14)CDR3β中Gly110位置处的氨基酸取代G110W;
    (15)CDR3β中Gln111位置处的氨基酸取代,其选自Q111D、Q111N、Q111K、Q111S、Q111G、Q111A、Q111V、Q111E、Q111L和Q111H;
    (16)CDR3β中Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT的氨基酸取代;
    (17)CDR3β中Gly112位置处的氨基酸取代,其选自G112P、G112A和G112E;
    (18)CDR3β中Pro113位置处的氨基酸取代,其选自P113W和P113H;
    (19)CDR3β中Tyr114位置处的氨基酸取代,其选自Y114I、Y114F、Y114K、Y114D、Y114L、Y114W、Y114N、Y114P和Y114S;
    (20)CDR3β中Glu115位置处的氨基酸取代,其选自E115D和E115I
    (21)CDR1α中Asp27位置处的氨基酸取代,其选自D27C和D27Y;
    (22)CDR1α中Ser28位置处的氨基酸取代,其选自S28M、S28A、S28G、S28Y和S28P;
    (23)CDR1α中Ser29位置处的氨基酸取代,其选自S29E、S29T、S29Y、S29A、S29F、S29I、S29L、S29M、S29P、S29V、S29W和S29N;
    (24)CDR1α中Ser36位置处的氨基酸取代,其选自S36D、S36M、S36L、S36Q、S36I、S36F、S36P和S36V;
    (25)CDR1α中Thr37位置处的氨基酸取代T37I;
    (26)CDR1α中Tyr38位置处的氨基酸取代Y38L;
    (27)CDR2α中Ile56位置处的氨基酸取代,其选自I56T和I56G;
    (28)CDR2α中Phe57位置处的氨基酸取代,其选自F57W和F57T;
    (29)CDR2α中Ser58位置处的氨基酸取代,其选自S58G、S58I、S58N、S58A、S58P和S58W;
    (30)CDR2α中Asn59位置处的氨基酸取代,其选自N59L、N59F、N59D、N59E、N59H、N59K、N59Q、N59R、N59S和N59T;
    (31)CDR2α中Met63位置处的氨基酸取代,其选自M63D、M63Q、M63T和M63E;
    (32)CDR2α中Asp64位置处的氨基酸取代,其选自D64A、D64Q、D64T、D64Y和D64S;
    (33)FR1α中Thr26位置处的氨基酸取代,其选自T26S、T26I、T26P、T26Q、T26A和T26V。
  3. 根据权利要求1或2的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含以下氨基酸取代(1)-(4)中的一种或多种:
    (1)Q29E或Q29P;
    (2)A36I;
    (3)T37E;
    (4)T38R;
    优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1β中包含氨基酸取代Q29E或Q29PA36IT37ET38R。
  4. 根据权利要求1-3中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含以下氨基酸取代(1)-(7)中的一种或多种:
    (1)S56T;
    (2)N57Q或N57D;
    (3)E58L、E58P或E58Y;
    (4)G59Q、G59P或G59L;
    (5)S63T或S63D;
    (6)K64C或K64Q;
    (7)A65V;
    优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2β中包含氨基酸取代N57DE58YG59QS63TK64CA65V、S56TE58LG59P、S56TN57QE58PG59L、S56TN57DE58Y或S63DK64Q。
  5. 根据权利要求1-4中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含以下氨基酸取代(1)-(8)中的一种或多种:
    (1)G110W;
    (2)Q111D、Q111G或Q111S;
    (3)G112E、G112P或G112A;
    (4)P113H或P113W;
    (5)Y114S、Y114F、Y114L或Y114W;
    (6)E115I或E115D;
    (7)S105L、S105Q、S105N或S105H;
    (8)Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT;
    优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR3β中包含氨基酸取代:G110WQ111DG112PP113W、G112AP113WY114SE115D、Y114F、Y114W、Q111GY114F、Q111SY114F、S105L、S105N、Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT或G112EP113HY114LE115I。
  6. 根据权利要求1-5中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(3)中的一种或多种:
    (1)CDR1β中的氨基酸取代Q29E或Q29PA36IT37ET38R;
    (2)CDR2β中的氨基酸取代N57DE58YG59QS63TK64CA65V、S56TE58LG59P、S56TN57QE58PG59L、S56TN57DE58Y或S63DK64Q;
    (3)CDR3β中的氨基酸取代:G110WQ111DG112PP113W、G112AP113WY114SE115D、Y114F、Y114W、Q111GY114F、Q111SY114F、S105L、S105N、Glu108至Pro113位置处的EPGQGP取代为VNDGT或G112EP113HY114LE115I。
  7. 根据权利要求1-6中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含以下氨基酸取代(1)-(7)中的一种或多种:
    (1)D27C或D27Y;
    (2)S28Y、S28P、S28M、S28A或S28G;
    (3)S29T、S29L、S29Y、S29F、S29E或S29M;
    (4)S36F、S36D、S36M、S36L或S36Q;
    (5)T37I;
    (6)Y38L;
    (7)T26A、T26V、T26S、T26I、T26P或T26Q;
    优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR1α和/或FR1α中包含氨基酸取代:S29TS36DT37IY38L、T26AS28YS29L、T26VS28PS29Y、S36L、T26SS28MS29L、T26ID27CS28AS29F、S36Q、T26PS28MS29F、S36M、S29ES36F或T26QD27YS28GS29M。
  8. 根据权利要求1-7中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含以下氨基酸取代(1)-(6)中的一种或多种:
    (1)I56T或I56G;
    (2)F57W或F57T;
    (3)S58G、S58I、S58N、S58A、S58P或S58W;
    (4)N59F、N59T、N59H或N59L;
    (5)M63D、M63Q、M63T或M63E;
    (6)D64A、D64Q、D64T、D64Y或D64S;
    优选地,所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR在CDR2α中包含氨基酸取代N59F、S58IN59FM63QD64A、S58AN59FD64Q、S58IN59FM63QD64A、S58GN59FM63DD64T、S58IN59FM63QD64Y、S58NN59TM63Q、N59FM63TD64Y、S58AN59FM63ED64S、I56TF57WS58PN59H、I56GF57TS58WN59L或I56TS58WN59F。
  9. 根据权利要求1-8中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR相对于所述亲本TCR包含以下氨基酸取代(1)-(2)中的一种或多种:
    (1)CDR1α和/或FR1α中包含氨基酸取代:S29TS36DT37IY38L、T26AS28YS29L、T26VS28PS29Y、S36L、T26SS28MS29L、T26ID27CS28AS29F、S36Q、T26PS28MS29F、S36M、S29ES36F或T26QD27YS28GS29M;
    (2)CDR2α中包含氨基酸取代N59F、S58IN59FM63QD64A、S58AN59FD64Q、S58IN59FM63QD64A、S58GN59FM63DD64T、S58IN59FM63QD64Y、S58NN59TM63Q、N59FM63TD64Y、S58AN59FM63ED64S、I56TF57WS58PN59H、I56GF57TS58WN59L或I56TS58WN59F。
  10. 根据权利要求1的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR包含:
    (i)α链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:27-29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
    (ii)β链可变区,其包含
    分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、25和131所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、153和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、91和162所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
    分别如SEQ ID NO:82、91和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
  11. 根据权利要求1的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR包含:
    (i)β链可变区,其包含分别如SEQ ID NO:24-26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β;和
    (ii)α链可变区,其包含
    分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:103、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:44、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:140、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:146、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:45、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:43、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:165、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
    分别如SEQ ID NO:45、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:170、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:43、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
    分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α。
  12. 根据权利要求1的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR包含:
    (i)α链可变区,其包含
    分别如SEQ ID NO:42、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:43、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:44、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:97、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:100、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:103、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、106和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、109和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、112和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、115和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、121和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、124和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、127和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:103、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:44、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:140、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:146、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:45、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:43、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:45、28和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:165、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:27、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
    分别如SEQ ID NO:45、141和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:170、76和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,
    分别如SEQ ID NO:43、118和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α,或
    分别如SEQ ID NO:152、149和29所示的氨基酸序列的CDR1α、CDR2α和CDR3α;和
    (ii)β链可变区,其包含
    分别如SEQ ID NO:24、30和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和31所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和32所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和34所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和36所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、30和37所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和38所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和39所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和40所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和41所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和79所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:82、25和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、85和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、88和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、25和94所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、25和131所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:24、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、91和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、153和35所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、91和26所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,
    分别如SEQ ID NO:130、91和162所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β,或
    分别如SEQ ID NO:82、91和33所示的氨基酸序列的CDR1β、CDR2β和CDR3β。
  13. 根据权利要求1的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:46所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:46具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、 92、95、133、137、143、155、159、163、175中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
  14. 根据权利要求1的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有SEQ ID NO:47所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:47具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
  15. 根据权利要求1的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:65-68、77、98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:98、101、104、107、110、113、116、119、122、125、128、132、136、142、147、150、154、158、166、168、171、173中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的α链可变区,和具有选自SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:48-64、80、83、86、89、92、95、133、137、143、155、159、163、175中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的β链可变区。
  16. 根据权利要求1-15中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR还包含TCR恒定区。
  17. 根据权利要求16的修饰的TCR,其中所述TCR恒定区为鼠恒定区或人恒定区。
  18. 根据权利要求16或17的修饰的TCR,其中所述TCR恒定区包括TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区;
    优选地,所述TCRα链恒定区和/或TCRβ链恒定区包含相对于野生型序列的至少一个半胱氨酸取代,以在TCRα链和TCRβ链之间形成二硫键;
    优选地,所述TCRα链恒定区包含LVL取代或LIV取代,使得所述α链恒定区包含氨基酸序列LLVIVLRIL。
  19. 根据权利要求16的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR包含具有SEQ ID NO:69所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:69具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中的任一项具有 至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
  20. 根据权利要求16的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有SEQ ID NO:70所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:70具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
  21. 根据权利要求16的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR包含具有选自SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:20-23、78、99、102、105、108、111、114、117、120、123、126、129、134、138、144、148、151、156、160、167、169、172、174中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和具有选自SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中任一项所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3-19、81、84、87、90、93、96、135、139、145、157、161、164、176中的任一项具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
  22. 根据权利要求1-21中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR结合包含氨基酸序列KVLEYVIKV(SEQ ID NO:2)的表位或所述表位与MHC分子的复合物。
  23. 根据权利要求22的修饰的TCR,其中所述MHC分子为HLA-A*02型,例如HLA-A*02:01型或HLA-A*02:05型。
  24. 根据权利要求1-23中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR是可溶的或膜结合的。
  25. 根据权利要求1-24中任一项的修饰的TCR,其中所述修饰的TCR是分离或纯化的。
  26. 核酸,其编码根据权利要求1-25中任一项的修饰的TCR。
  27. 载体,其包含根据权利要求26的核酸。
  28. 根据权利要求27载体,其中所述载体选自慢病毒载体、逆转录病毒载体、质粒、DNA载体、mRNA载体、基于转座子的载体和人工染色体。
  29. 细胞,其包含根据权利要求1-25中任一项的修饰的TCR、根据权利要求26的核酸、或根据权利要求27或28的载体。
  30. 根据权利要求29的细胞,其中所述细胞选自淋巴细胞(例如T细胞、NK细胞)、单核细胞(例如PBMC)和干细胞。
  31. 根据权利要求30的细胞,其中所述干细胞为淋巴祖细胞或诱导多能干细胞(iPSC)。
  32. 根据权利要求30的细胞,其中所述细胞为T细胞。
  33. 根据权利要求32的细胞,其中所述T细胞不表达内源性TCR。
  34. 制备权利要求29-33中任一项的细胞的方法,其包括用权利要求27或28的载体转导或转染细胞的步骤。
  35. 根据权利要求34的方法,其还包括在所述转导或转染之前或之后扩增和/或活化细胞的步骤。
  36. 偶联物,其包含根据权利要求1-25中任一项的修饰的TCR和与所述TCR偶联或缀合的活性剂。
  37. 根据权利要求36的偶联物,其中所述活性剂选自可检测标记、免疫刺激分子和治疗剂;
    优选地,所述可检测标记选自生物素、链霉抗生物素蛋白、酶或其催化活性片段、放射性核素、纳米颗粒、顺磁性金属离子、核酸探针、造影剂、和萤光、磷光或化学发光分子;
    优选地,所述免疫刺激分子选自细胞因子、趋化因子、血小板因子和补体启动剂;
    优选地,所述治疗剂选自免疫调节剂、放射性化合物、酶、化学治疗剂和毒素。
  38. 双特异性或多特异性抗原结合分子,其包含权利要求1-25中任一项的修饰的TCR或其抗原结合片段,和结合一个或多个另外的抗原的一个或多个另外的抗原结合区,任选地其中所述一个或多个另外的抗原结合区各自独立地选自衍生自抗体的抗原结合区和衍生自TCR的抗原结合区。
  39. 根据权利要求38的双特异性或多特异性抗原结合分子,其中所述一个或多个另外的抗原各自独立地选自肿瘤相关抗原(TAA)、肿瘤特异性抗原(TSA)、病毒抗原、自身抗原、和免疫细胞表面分子。
  40. 根据权利要求39的双特异性或多特异性抗原结合分子,其中所述一个或多个另外的抗原为CD3,优选地,所述一个或多个另外的抗原结合区衍生自抗CD3抗体的抗原结合区。
  41. 组合物,其包含根据权利要求1-25中任一项的修饰的TCR、根据权利要求26的核酸、根据权利要求27或28的载体、根据权利要求29-33中任一项的细胞、根据权利要求36 或37的偶联物、或根据权利要求38-40中任一项的双特异性或多特异性抗原结合分子;
    优选地,所述组合物还包含药学上可接受的载体或赋形剂。
  42. 根据权利要求41的组合物,其中所述组合物还包含第二治疗剂,优选地,所述第二治疗剂选自抗体、化疗剂和小分子药物。
  43. 治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症的方法,其包括向所述受试者施用有效量的根据权利要求1-25中任一项的修饰的TCR。
  44. 治疗受试者中的MAGE-A1阳性癌症的方法,其包括向所述受试者施用有效量的根据权利要求29-33中任一项的细胞。
  45. 根据权利要求44的方法,其中所述细胞对于所述受试者是自体的或同种异体的。
  46. 根据权利要求44的方法,其包括以下步骤:
    (i)从所述受试者分离含有细胞的样品;
    (ii)用权利要求27或28的载体转导或转染所述细胞;和
    (iii)将步骤(ii)中得到的细胞施用于受试者。
  47. 根据权利要求46的方法,其还包括在步骤(i)之后和(ii)之前敲除所述细胞中的内源性TCR的步骤。
  48. 根据权利要求43-47中任一项的方法,其中所述MAGE-A1阳性癌症选自黑色素瘤、肺癌、结直肠癌、宫颈癌、乳腺癌、肝癌(例如肝细胞癌)、胃癌、食道癌、膀胱癌(例如膀胱尿路上皮癌)、卵巢癌(例如卵巢浆液性囊腺癌)、头颈癌(例如头颈鳞状细胞癌)、子宫癌、子宫内膜癌、胆管癌、前列腺癌、肾上腺皮质癌、间皮瘤、肉瘤、嗜铬细胞瘤、副神经节瘤和胸腺癌。
  49. 根据权利要求43-48中任一项的方法,其中所述方法还包括施用第二治疗剂,优选地,所述第二治疗剂选自抗体、化疗剂和小分子药物。
  50. 根据权利要求43-49中任一项的方法,其中所述受试者具有HLA-A*02等位基因,例如HLA-A*02:01或HLA-A*02:05等位基因。
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