JP2020536524A - クリックベースのライゲーション - Google Patents
クリックベースのライゲーション Download PDFInfo
- Publication number
- JP2020536524A JP2020536524A JP2020518080A JP2020518080A JP2020536524A JP 2020536524 A JP2020536524 A JP 2020536524A JP 2020518080 A JP2020518080 A JP 2020518080A JP 2020518080 A JP2020518080 A JP 2020518080A JP 2020536524 A JP2020536524 A JP 2020536524A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- click
- reaction
- molecule
- catalyst
- methyl
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims abstract description 79
- 238000012650 click reaction Methods 0.000 claims abstract description 73
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 claims abstract description 57
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 55
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 48
- 239000012190 activator Substances 0.000 claims abstract description 32
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims abstract description 27
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 47
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 claims description 45
- 239000002184 metal Substances 0.000 claims description 45
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 claims description 44
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 claims description 42
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 32
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 29
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 22
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 17
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 claims description 17
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 claims description 16
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 15
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 14
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 14
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 claims description 13
- -1 alkali metal cations Chemical class 0.000 claims description 11
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 11
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 10
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 10
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 10
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 9
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 9
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 claims description 9
- 125000002355 alkine group Chemical group 0.000 claims description 9
- IVRMZWNICZWHMI-UHFFFAOYSA-N azide group Chemical group [N-]=[N+]=[N-] IVRMZWNICZWHMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 9
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims description 9
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 claims description 7
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 7
- 229910052784 alkaline earth metal Inorganic materials 0.000 claims description 6
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 claims description 6
- MGQYHUDOWOGSQI-UHFFFAOYSA-N 2-[4-[[bis[(1-tert-butyltriazol-4-yl)methyl]amino]methyl]triazol-1-yl]acetic acid Chemical compound N1=NN(C(C)(C)C)C=C1CN(CC=1N=NN(C=1)C(C)(C)C)CC1=CN(CC(O)=O)N=N1 MGQYHUDOWOGSQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 claims description 5
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 claims description 5
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 claims description 5
- WMEZDVILBKIODK-UHFFFAOYSA-N C(C)(C)(C)N1N=NC(=C1)CN(CC=1N=NN(C=1)C(C)(C)C)CC=1N=NN(C=1)CCCS(=O)(=O)O Chemical compound C(C)(C)(C)N1N=NC(=C1)CN(CC=1N=NN(C=1)C(C)(C)C)CC=1N=NN(C=1)CCCS(=O)(=O)O WMEZDVILBKIODK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 claims description 3
- KIWBPDUYBMNFTB-UHFFFAOYSA-N Ethyl hydrogen sulfate Chemical compound CCOS(O)(=O)=O KIWBPDUYBMNFTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229910052783 alkali metal Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 239000012876 carrier material Substances 0.000 claims description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 claims description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- VAKXPQHQQNOUEZ-UHFFFAOYSA-N 3-[4-[[bis[[1-(3-hydroxypropyl)triazol-4-yl]methyl]amino]methyl]triazol-1-yl]propan-1-ol Chemical compound N1=NN(CCCO)C=C1CN(CC=1N=NN(CCCO)C=1)CC1=CN(CCCO)N=N1 VAKXPQHQQNOUEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 claims 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 claims 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims 1
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 claims 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 claims 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 claims 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 abstract description 3
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 abstract description 3
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 abstract description 3
- 238000003203 nucleic acid sequencing method Methods 0.000 abstract description 2
- 239000010949 copper Substances 0.000 description 49
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 35
- 239000000047 product Substances 0.000 description 24
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 23
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 20
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 19
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 18
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 description 16
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 14
- 150000001345 alkine derivatives Chemical class 0.000 description 13
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 13
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 13
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 13
- 150000001540 azides Chemical class 0.000 description 12
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 11
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 10
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 10
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 10
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 9
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 9
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 9
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 9
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 9
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 8
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 8
- 150000003852 triazoles Chemical class 0.000 description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 7
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 7
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 7
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 6
- 239000008049 TAE buffer Substances 0.000 description 6
- HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound CC(O)=O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 6
- 239000002638 heterogeneous catalyst Substances 0.000 description 6
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 6
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 6
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 6
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 6
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 6
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 6
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 6
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 5
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 5
- VKIGAWAEXPTIOL-UHFFFAOYSA-N 2-hydroxyhexanenitrile Chemical compound CCCCC(O)C#N VKIGAWAEXPTIOL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 4
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 4
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 4
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 4
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 4
- 239000005546 dideoxynucleotide Substances 0.000 description 4
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 4
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 4
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 4
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 4
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 239000003643 water by type Substances 0.000 description 4
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 4
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 3
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- RDHPKYGYEGBMSE-UHFFFAOYSA-N bromoethane Chemical compound CCBr RDHPKYGYEGBMSE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 3
- 238000009499 grossing Methods 0.000 description 3
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 3
- 150000004713 phosphodiesters Chemical group 0.000 description 3
- 238000003762 quantitative reverse transcription PCR Methods 0.000 description 3
- 230000004044 response Effects 0.000 description 3
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 3
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 125000000472 sulfonyl group Chemical group *S(*)(=O)=O 0.000 description 3
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- QWENRTYMTSOGBR-UHFFFAOYSA-N 1H-1,2,3-Triazole Chemical compound C=1C=NNN=1 QWENRTYMTSOGBR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 2
- 238000006736 Huisgen cycloaddition reaction Methods 0.000 description 2
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 2
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 2
- 150000001340 alkali metals Chemical class 0.000 description 2
- 125000000852 azido group Chemical group *N=[N+]=[N-] 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 2
- 238000006555 catalytic reaction Methods 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 2
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 2
- 238000002330 electrospray ionisation mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 2
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 2
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 2
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 2
- 230000008092 positive effect Effects 0.000 description 2
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 2
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 2
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 2
- 238000007841 sequencing by ligation Methods 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical group CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 2
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000008836 DNA modification Effects 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 108091081548 Palindromic sequence Proteins 0.000 description 1
- 108010002747 Pfu DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 229910052776 Thorium Inorganic materials 0.000 description 1
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 1
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229910001420 alkaline earth metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000001342 alkaline earth metals Chemical class 0.000 description 1
- 125000000129 anionic group Chemical group 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 238000010461 azide-alkyne cycloaddition reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002585 base Substances 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000006172 buffering agent Substances 0.000 description 1
- 229910052793 cadmium Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003610 charcoal Substances 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 238000006352 cycloaddition reaction Methods 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 229910052741 iridium Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000002427 irreversible effect Effects 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 229910052753 mercury Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 230000009149 molecular binding Effects 0.000 description 1
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 229910052763 palladium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 229910052697 platinum Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 230000006950 reactive oxygen species formation Effects 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 1
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 1
- 229910052707 ruthenium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000001542 size-exclusion chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 229910052721 tungsten Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910052726 zirconium Inorganic materials 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
- C12Q2523/10—Characterised by chemical treatment
- C12Q2523/109—Characterised by chemical treatment chemical ligation between nucleic acids
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
2001年/2002年に、Sharpless及びMeldalのグループは、「クリックケミストリー」の概念及び「クリック」反応として考慮される形質転換のための基準を独立して定義した(Sharpless, K.B.ら、Angew. Chem. 2002, 114, 2708; Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 2596, Meldal, M.ら、J. Org. Chem., 2002, 67, 3057)。それ以来、アジドとアルキンとの銅触媒化反応により1,2,3−トリアゾールが得られる1,3−双極子ヒュスゲン環化付加反応の変型(R. Huisgen, 1,3−Dipolar Cycloaddition Chemistry (Ed.: A. Padwa), Wiley, New York, 1984)が最も広く使用されるクリック反応となった。その緩い条件及び高い効率の結果として、この反応は、生物学及び材料科学における無数の適用、例えばDNA標識目的を見出した(Gramlich, P.M.A. ら、Postsynthetic DNA Modification through the Copper−Catalyzed Azide−Alkyne Cycloaddition Reaction. Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, 8350)。
本発明は、クリック官能基としてアルキン基及びアジド基を使用するクリック反応における2つの反応パートナーを連結する効率を改善することに関する。以下で意図されたクリック反応は、金属触媒、特に不均一Cu(I)又は他の適した金属触媒によって触媒される、アジドである1,3−双極性部分と末端アルキンである不飽和部分との間の反応である。触媒される形でのクリック反応は、5員の複素環1,2,3−トリアゾール部分をもたらす非協奏的なイオン性機構である。
本発明は、スプリントオリゴヌクレオチドについての要求を回避し、かつさらに高い収率のクリックライゲーション反応を導く、クリック反応のための改善された条件について提供する。本発明の条件下で実施できるかかるクリック反応の例において、3’−アルキン又は3’−アジドで修飾したヌクレオチドが、例えば逆転写(RNAシーケンシング)中に又は平滑末端化(一本鎖DNAオーバーハングをヌクレオチドで満たす及び/又は除去する)中に酵素により導入することによって、及び/又はdAテーリング(平滑末端二本鎖DNAの3’末端へのヌクレオチド、ほとんどの場合にdATPの非鋳型付加)によって、オリゴヌクレオチドに導入されてよい。RNAシーケンシングについて、第一のアダプター(アダプターは、プライマー結合及びハイブリダイゼーションのための相補配列を含む短いオリゴヌクレオチドである)を、部分的にランダム化したプライマーを使用して導入することができる。第二のアダプターは、3’−アルキン又は3’−アジド末端化cDNAにクリック結合される。ClickAdapt RNAライブラリー調製中のかかる反応の概要を図2aに示す。
200μLの反応バイアル中で、単一の反応体ペレット(600〜800μm、元素の銅を含む)を12.5μLの反応混合物と合し、そして45℃で60分間インキュベートした。反応混合物を、4mMのTHPTA、55μMのアルキンオリゴ1、55μMのアジドオリゴ1から構成し、カチオンの影響を調べると16mMの一価カチオン(又は8mMの二価カチオン)であった。dH2Oを使用して、適宜最終的に12.5μLに体積を調整した。
ClickAdaptプロトコルの実現可能性は、モデルRNA配列についての例示である。RNAを、プライマー1にハイブリダイズさせ、そしてMuLV逆転写酵素を使用して、200μMのdTTP、dGTP、dCTP及び3’−アジド−ddATPの存在下で逆転写した。ヌクレオチド及び酵素を、製造業者の指示に従ってヌクレオチド除去キット(Qiagen)を使用してcDNAを精製することにより除去した。
増幅産物を、核酸中の核酸塩基の配列を決定するプロセスによって分析した。含まれているアダプター配列は、固定化、配列決定又はさらなる増幅のために、相補的オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを可能にする。
200μLの反応バイアル中で、2つの反応体ペレット(600〜800μm、元素の銅を含む;試料1)又は反応体ペレットなし(試料2)を12.5μLの反応混合物と合し、そして45℃で60分間インキュベートした。
ここでは、eGFP遺伝子をコードする精製したin vitro転写(IVT)mRNAを使用したプロトコル開発中に得られたライブラリー調製プロトコルの詳細な実験条件を説明する。
200μLのRNase free tube中で、250ngのIVT mRNAを、100pmol部分ランダム化プライマー、1×反応緩衝液、10mMのDTT(ジチオトレイトール)、500μMのdNTP、0〜100μMのAzddNTP及び200単位の逆転写酵素と合した。
200μLの反応管中で、2つの反応体ペレットを、それぞれのセットアップ(1〜5)について1.25μLのアクチベーター(200mMのMgCl2、50%(v/v)DMSO水溶液中で8mMのTHPTA)(10x)、1μLのアルキンアダプターオリゴ(100μM)及び10.25μLの精製cDNAと合した。その混合物をサーモミキサー中で45℃、600rpmで、60分間インキュベートした。そして、それぞれの試料を短時間スピンダウンさせ、その上清を新たなバイアルに移した。
200μLの反応管中で、20μLのPCRを、0.5μLのクリック反応物、10pmolのプライマー、Phusion緩衝液中で0.5単位のPhusion DNAポリメラーゼ、及び200μMのdNTPを合することにより調製した。
1500μLの反応バイアル中で、4つの反応体ペレットを27.9μLの反応混合物と合し、45℃で60分間インキュベートした。
200μLの反応バイアル中で、1つの反応体ペレット(600〜800μm、元素の銅を含む)を6.7μLの反応混合物と合し、そして45℃で60分間インキュベートした。反応混合物は、800μMのTHPTA、20mMのMgCl2、455μMのアルキンオリゴビオチン、及び5%DMSO(v/v)を有するdH2O中で450μMのアジドオリゴビオチンからなった。
Claims (15)
- クリックライゲーション反応で第一の分子を第二の分子に結合するための方法において、第一の分子が、アルキン基である第一のクリック官能基を含み、かつ第二の分子が、アジド基である第二のクリック官能基を含み、前記方法が、触媒の存在下で反応混合物中で第一の分子と第二の分子との接触を含む方法であって、クリック反応が反応混合物中で追加の金属カチオンの存在下で実施されることを特徴とする、前記方法。
- 追加のアルカリ金属カチオン又はアルカリ土類金属カチオンとして、好ましくはLi+、K+、Mg2+、又はZn2+が、クリック反応混合物中に存在する、請求項1に記載の方法。
- 前記金属カチオンが、1〜200mmol/l、好ましくは5〜25mmol/l、及び最も好ましくは10〜20mmol/lの量でクリック反応混合物中に含まれる、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記クリック反応混合物が、有機溶媒、好ましくはDMSO、及び/又は好ましくはトリス(3−ヒドロキシプロピルトリアゾリルメチル)アミン(THPTA)、2−(4−((ビス((1−(tert−ブチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メチル)アミノ)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル)酢酸(BTTAA)、トリス((1−ベンジル−4−トリアゾリル)メチル)アミン(TBTA)、2−(4−((ビス((1−(tert−ブチル)−1H−1,2,3,−トリアゾール−4−イル)メチル)アミノ)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾリル−1−イル)エチルスルフェート(BTTES)又はそれらの類似体、特に他の三座型のポリトリアゾールの少なくとも1つから選択されるCu安定化リガンドを含む、請求項1、2又は3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記有機溶媒が、2〜10%(v/v)、好ましくは4〜6%(v/v)の量でクリック反応混合物中に含まれ、及び/又はCu(I)−安定化リガンドが、10〜4000μmol/l、好ましくは500〜1000μmol/lの量でクリック反応混合物中に含まれる、請求項4に記載の方法。
- 前記触媒が、Cu触媒、好ましくは不均一Cu触媒である、請求項1から5までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記第一の分子及び前記第二の分子の少なくとも1つが、生体分子、好ましくはヌクレオシド、ヌクレオチド、核酸、アミノ酸、ペプチド、糖及び脂質から選択される生体分子であり、かつ特に好ましくは第一の分子と第二の分子の双方がオリゴヌクレオチドである、請求項1から6までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記第一の分子及び前記第二の分子の少なくとも1つが、検出可能な標識を有する、請求項1から7までのいずれか1項に記載の方法。
- クリックライゲーション反応において使用するためのアクチベーター組成物であって、アルキン基である第一のクリック官能基を含む第一の分子とアジド基である第二のクリック官能基を含む第二の分子とが、触媒、例えば不均一Cu触媒の存在下で結合され、アクチベーター混合物が、追加の金属カチオン及びさらに有機溶媒及び/又はCu安定化リガンドを含む、前記アクチベーター組成物。
- 二価の金属カチオンが、アルカリ土類金属カチオン、好ましくはMg2+であり、及び/又は前記Cu安定化リガンドが、トリス(3−ヒドロキシプロピルトリアゾリルメチル)アミン(THPTA)、2−(4−((ビス((1−(tert−ブチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メチル)アミノ)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル)酢酸(BTTAA)、トリス((1−ベンジル−4−トリアゾリル)メチル)アミン(TBTA)、2−(4−((ビス((1−(tert−ブチル)−1H−1,2,3,−トリアゾール−4−イル)メチル)アミノ)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾリル−1−イル)エチルスルフェート(BTTES)又はそれらの類似体、特に他の三座型のポリトリアゾールの少なくとも1つから選択され、及び/又は有機溶媒が、DMSOである、請求項9に記載のアクチベーター組成物。
- 前記金属カチオンを1〜200mmol/l、好ましくは5〜25mmol/lの量で、及び/又は前記有機溶媒を2〜10%(v/v)、好ましくは4〜6%(v/v)の量で、及び/又は前記Cu安定化リガンドを10〜4000μmol/l、好ましくは500〜1000μmol/lの量で含む、請求項9又は10に記載のアクチベーター組成物。
- 第一の成分として不均一Cu触媒を、及び第二の成分として請求項9から11までのいずれか1項に記載のアクチベーター組成物を含む、クリックライゲーション試薬キット。
- アルキン基である第一のクリック官能基を含む第一の分子、アジド基である第二のクリック官能基を含む第二の分子、緩衝液、溶媒、酵素、修飾及び/又は非修飾ヌクレオチド、5’末端に二本鎖ループを任意に含む(インデックス)プライマー及び/又はアダプター、並びに任意にクロマトグラフィー材料からなる群から好ましくは選択されるクリック反応の1種以上のさらなる成分を含む、請求項12に記載のクリックライゲーション試薬キット。
- 第一の分子を第二の分子に結合するためのクリックライゲーション反応のための不均一Cu触媒を含む少なくとも1つの反応チャンバーを有する装置であって、第一の分子がアルキン基である第一のクリック官能基を含み、第二の分子がアジド基である第二のクリック官能基、及び任意にさらに固体キャリア材料を含み、少なくとも装置の1つの反応チャンバーにおいて金属カチオン又は請求項9から11までのいずれか1項記載のアクチベーター組成物が存在する、前記装置。
- RNA又はDNA増幅、RNA又はDNA標識方法及びRNA又はDNAシーケンシング方法から選択される後続反応を任意にさらに含む、クリック反応産物を提供するための、請求項1から8までのいずれか1項に記載の方法、請求項9から11までのいずれか1項に記載のアクチベーター組成物、請求項12又は13に記載のクリックライゲーション試薬キット、又は請求項14に記載の装置の使用。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP17194093.5 | 2017-09-29 | ||
EP17194093.5A EP3461832A1 (en) | 2017-09-29 | 2017-09-29 | Click based ligation |
EP18164071 | 2018-03-26 | ||
EP18164071.5 | 2018-03-26 | ||
PCT/EP2018/076495 WO2019063803A1 (en) | 2017-09-29 | 2018-09-28 | LIGATURE BASED ON A CLICK REACTION |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2020536524A true JP2020536524A (ja) | 2020-12-17 |
JP2020536524A5 JP2020536524A5 (ja) | 2021-11-04 |
Family
ID=63683912
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020518080A Pending JP2020536524A (ja) | 2017-09-29 | 2018-09-28 | クリックベースのライゲーション |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20200361984A1 (ja) |
EP (1) | EP3688004A1 (ja) |
JP (1) | JP2020536524A (ja) |
KR (1) | KR20200057708A (ja) |
CN (1) | CN111183144A (ja) |
AU (1) | AU2018338781B2 (ja) |
BR (1) | BR112020004041A2 (ja) |
CA (1) | CA3070514A1 (ja) |
WO (1) | WO2019063803A1 (ja) |
Families Citing this family (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2021130151A1 (en) | 2019-12-23 | 2021-07-01 | Baseclick Gmbh | Method of amplifying mrnas and for preparing full length mrna libraries |
EP3842532A1 (en) | 2019-12-23 | 2021-06-30 | baseclick GmbH | Method of amplifying mrnas and for preparing full length mrna libraries |
MX2022011504A (es) | 2020-03-19 | 2022-10-07 | Baseclick Gmbh | Arnm modificados para desarrollo de vacunas. |
EP4046651A1 (en) | 2021-02-23 | 2022-08-24 | baseclick GmbH | Method for producing an mrna tumor vaccine |
WO2023194331A1 (en) | 2022-04-04 | 2023-10-12 | Ecole Polytechnique Federale De Lausanne (Epfl) | CONSTRUCTION OF SEQUENCING LIBRARIES FROM A RIBONUCLEIC ACID (RNA) USING TAILING AND LIGATION OF cDNA (TLC) |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20110210017A1 (en) * | 2010-03-01 | 2011-09-01 | Lai Rebecca Y | Fabrication of electrochemical biosensors via click chemistry |
JP2012523224A (ja) * | 2009-04-09 | 2012-10-04 | ベースクリック ゲーエムベーハー | 不均一系触媒でのクリック化学 |
US20160347785A1 (en) * | 2015-06-01 | 2016-12-01 | Occidental College | Methods, compositions, and kits using heterogeneous catalysts |
US20170051338A1 (en) * | 2014-04-29 | 2017-02-23 | Baseclick Gmbh | Self-assembly of dna origami: a new diagnostic tool |
Family Cites Families (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ZA973642B (en) * | 1996-04-26 | 1997-11-25 | Merck & Co Inc | DNA vaccine formulations. |
DK2226316T3 (en) * | 2002-05-30 | 2016-04-11 | Scripps Research Inst | Copper catalyzed ligation of azides and acetylenes |
US8114636B2 (en) * | 2006-02-10 | 2012-02-14 | Life Technologies Corporation | Labeling and detection of nucleic acids |
GB0706243D0 (en) * | 2007-03-30 | 2007-05-09 | Univ Southampton | Modified nucleic acids |
US8680260B2 (en) * | 2009-05-15 | 2014-03-25 | Riken | 18F-labeled azide compound, reagent for 18F-labeling and method for 18F-labeling of alkyne compound using same |
US20130046083A1 (en) * | 2011-08-16 | 2013-02-21 | Tom Brown | Oligonucleotide ligation |
WO2014016202A1 (en) * | 2012-07-22 | 2014-01-30 | Universität Basel | Methods for catalytic alkylation of nucleic acids |
US10155797B2 (en) * | 2015-09-11 | 2018-12-18 | The Governors Of The University Of Alberta | Binding-induced DNA nanomachines |
-
2018
- 2018-09-28 BR BR112020004041-0A patent/BR112020004041A2/pt unknown
- 2018-09-28 WO PCT/EP2018/076495 patent/WO2019063803A1/en unknown
- 2018-09-28 JP JP2020518080A patent/JP2020536524A/ja active Pending
- 2018-09-28 AU AU2018338781A patent/AU2018338781B2/en active Active
- 2018-09-28 US US16/651,450 patent/US20200361984A1/en not_active Abandoned
- 2018-09-28 KR KR1020207007632A patent/KR20200057708A/ko not_active Application Discontinuation
- 2018-09-28 EP EP18778490.5A patent/EP3688004A1/en active Pending
- 2018-09-28 CN CN201880062888.8A patent/CN111183144A/zh active Pending
- 2018-09-28 CA CA3070514A patent/CA3070514A1/en active Pending
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012523224A (ja) * | 2009-04-09 | 2012-10-04 | ベースクリック ゲーエムベーハー | 不均一系触媒でのクリック化学 |
US20110210017A1 (en) * | 2010-03-01 | 2011-09-01 | Lai Rebecca Y | Fabrication of electrochemical biosensors via click chemistry |
US20170051338A1 (en) * | 2014-04-29 | 2017-02-23 | Baseclick Gmbh | Self-assembly of dna origami: a new diagnostic tool |
US20160347785A1 (en) * | 2015-06-01 | 2016-12-01 | Occidental College | Methods, compositions, and kits using heterogeneous catalysts |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
ACC. CHEM. RES., vol. 48, JPN6022043094, 2015, pages 2516 - 2528, ISSN: 0005035679 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN111183144A (zh) | 2020-05-19 |
BR112020004041A2 (pt) | 2020-09-08 |
CA3070514A1 (en) | 2019-04-04 |
KR20200057708A (ko) | 2020-05-26 |
EP3688004A1 (en) | 2020-08-05 |
US20200361984A1 (en) | 2020-11-19 |
AU2018338781B2 (en) | 2023-04-20 |
WO2019063803A1 (en) | 2019-04-04 |
AU2018338781A1 (en) | 2020-02-06 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2020536524A (ja) | クリックベースのライゲーション | |
EP2191011B1 (en) | Method for sequencing a polynucleotide template | |
JP7206284B2 (ja) | Dna、特にセルフリーdnaのエピジェネティック解析の方法 | |
CN110650968B (zh) | 修饰的核苷或核苷酸 | |
KR20210043634A (ko) | 라이브러리 인리치먼트를 개선하기 위한 조성물 및 방법 | |
JPH0723800A (ja) | 核酸の検出方法 | |
JP7485483B2 (ja) | 自家発光に基づく単一チャネルシーケンシング法 | |
KR102445790B1 (ko) | mRNA를 증폭하는 방법 및 전장 mRNA 라이브러리를 제조하는 방법 | |
EP3461832A1 (en) | Click based ligation | |
EP4127220B1 (en) | Methods and compositions for preparing nucleic acid libraries | |
WO2022271954A1 (en) | Methods and compositions for combinatorial indexing of bead-based nucleic acids | |
JP4651666B2 (ja) | 単一の反応槽において処理される生体試料中に存在する、標的の核酸の標識及び精製方法 | |
RU2809771C2 (ru) | Композиции и способы для улучшения обогащения библиотек | |
EP3842532A1 (en) | Method of amplifying mrnas and for preparing full length mrna libraries | |
JP3587284B2 (ja) | 遺伝子工学用色素含有剤 | |
EP4314283A1 (en) | Methods of preparing directional tagmentation sequencing libraries using transposon-based technology with unique molecular identifiers for error correction | |
CN116064750A (zh) | 一种用于多重pcr扩增的反应体系及其扩增试剂盒 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210924 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20210924 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20221018 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230117 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20230412 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230809 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20230817 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20231006 |