JP7206284B2 - Dna、特にセルフリーdnaのエピジェネティック解析の方法 - Google Patents
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Description
の検出が必要である。
最初、5hmCは潜在的に重要な修飾として後で特定されるまで特定されなかったため、研究者は5mCに焦点を合わせた。単一塩基の解像度で未修飾のシトシン残基と5mC残基とを区別するために、バイサルファイトがスキーム1のプロセスでシトシン残基をジヒドロウラシル残基に急速に変換する限り、DNAエピジェネティック解析では通常、バイサルファイト試薬の使用が必要であった。
一方、スキーム2に示すように、5mCで非常に低い変換率を示す。
酵素は5mCを修飾せずに5hmCを選択的にグルコシル化するため、T4バクテリオファージ酵素、β-グルコシルトランスフェラーゼ(β-GT)によるグルコシル化を伴うDNAの5hmCを検出するいくつかの方法が報告されている。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
セルフリーDNA中の酸化5-メチルシトシン残基をジヒドロウラシル残基に変換する方法であって、5-カルボキシシトシン、5-ホルミルシトシン、およびそれらの組み合わせから選択される少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基を含むセルフリーDNAを、前記少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基を還元、脱アミノ化、および脱炭酸または脱ホルミル化のいずれかを行うのに有効な有機ボランと接触させ、、それによりその代わりにジヒドロウラシル残基を提供することを含む方法。
(項目2)
前記少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基が、5-カルボキシシトシンを含む、項目1記載の方法。
(項目3)
前記少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基が、5-ホルミルシトシンを含む、項目1記載の方法。
(項目4)
前記少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基が、5-カルボキシシトシンおよび5-ホルミルシトシンの組み合わせを含む、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記有機ボランが、ボランと、窒素複素環および第3級アミンから選択される窒素含有化合物との錯体を含む、項目1から4のいずれか一項に記載の方法。
(項目6)
前記有機ボランが、ボランと窒素複素環との錯体を含む、項目5に記載の方法。
(項目7)
前記窒素複素環が、1~4個の低級アルキル基で必要に応じて置換されたピリジンを含む、項目6に記載の方法。
(項目8)
前記窒素複素環が、ピリジン、2-メチルピリジン、または5-エチル-2-メチルピリジンを含む、項目7記載の方法。
(項目9)
前記窒素複素環が、2-メチルピリジンを含み、前記有機ボランが2-ピコリンボランである、項目8記載の方法。
(項目10)
前記有機ボランが、ボランと第3級アミンとの錯体を含む、項目5に記載の方法。
(項目11)
前記第3級アミンが、トリエチルアミンおよびトリ(t-ブチル)アミンから選択される、項目10に記載の方法。
(項目12)
還元、脱アミノ化、および脱炭酸が、いかなる中間体を単離することなく行われる、項目1記載の方法。
(項目13)
前記方法が、バイサルファイトの非存在下で行われる、項目1記載の方法。
(項目14)
(a)5-カルボキシシトシン、5-ホルミルシトシン、およびそれらの組み合わせから選択される少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基を含むセルフリーDNAの試料;ならびに
(b)前記少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基を還元、脱アミノ化、および脱炭酸または脱ホルミル化のいずれかを行うのに有効な有機ボラン
を含む反応混合物。
(項目15)
前記少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基が、5-カルボキシシトシンを含む、項目14に記載の混合物。
(項目16)
前記少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基が、5-ホルミルシトシンを含む、項目14に記載の混合物。
(項目17)
前記少なくとも1つの酸化5-メチルシトシン残基が、5-カルボキシシトシンと5-ホルミルシトシンとの組み合わせを含む、項目14に記載の混合物。
(項目18)
前記有機ボランが、ボランと、窒素複素環および第3級アミンから選択される窒素含有化合物との錯体を含む、項目15から17のいずれか一項に記載の混合物。
(項目19)
前記有機ボランが、ボランと窒素複素環との錯体を含む、項目18に記載の混合物。
(項目20)
前記窒素複素環が、1~4個の低級アルキル基で必要に応じて置換されたピリジンを含む、項目19に記載の混合物。
(項目21)
前記窒素複素環が、ピリジン、2-メチルピリジン、または5-エチル-2-メチルピリジンを含む、項目20記載の混合物。
(項目22)
前記窒素複素環が、2-メチルピリジンを含み、前記有機ボランが、2-ピコリンボランである、項目21に記載の混合物。
(項目23)
前記有機ボランが、ボランと第3級アミンとの錯体を含む、項目18に記載の混合物。
(項目24)
前記第3級アミンが、トリエチルアミンおよびトリ(t-ブチル)アミンから選択される、項目23に記載の混合物。
(項目25)
前記混合物がバイサルファイトを実質的に含まない、項目14に記載の混合物。
(項目26)
セルフリーDNA中の5-メチルシトシン残基の存在および位置を検出するための方法であって、前記方法が:
(a)断片化されたアダプターライゲーションセルフリーDNA中の5-ヒドロキシメチルシトシン残基を修飾し、その上に親和性タグを提供するステップであって、ここで前記親和性タグにより前記セルフリーDNAから修飾5-ヒドロキシメチルシトシン含有DNAを除去できるステップ;
(b)前記セルフリーDNAから前記修飾5-ヒドロキシメチルシトシン含有DNAを除去し、未修飾5-メチルシトシン残基を含むDNAを残すステップ;
(c)前記未修飾5-メチルシトシン残基を酸化し、酸化5-メチルシトシン残基を含むDNAを得るステップ;
(d)前記酸化5-メチルシトシン残基を含むDNAを、前記酸化5-メチルシトシン残基を還元、脱アミノ化、および脱炭酸または脱ホルミル化のいずれかを行うのに有効な有機ボランと接触させ、それにより、前記酸化5-メチルシトシン残基の代わりにジヒドロウラシル残基を含むDNAを提供するステップ;
(e)前記ジヒドロウラシル残基を含むDNAを増幅および配列決定するステップ;
(f)(e)中の前記配列決定の結果から5-メチル化パターンを決定するステップ
を含む、方法。
(項目27)
(g)ステップ(b)で前記セルフリーDNA試料から除去された5-ヒドロキシメチルシトシン含有DNAにおけるヒドロキシメチル化パターンを特定するステップ、
をさらに含む、項目26に記載の方法:
(項目28)
ステップ(a)から(d)が、バイサルファイトの非存在下で行われる、項目26または項目27に記載の方法。
(項目29)
ステップ(a)から(d)が、いかなる中間体を単離することなく行われる、項目26または項目27に記載の方法。
(項目30)
前記親和性タグがビオチンを含み、ステップ(a)がビオチンでの5-ヒドロキシメチルシトシン残基の選択的標識を含む、項目26または項目27に記載の方法。
(項目31)
ステップ(b)が前記ビオチン化DNAを支持体結合ストレプトアビジンと接触させることを含む、項目30に記載の方法。
(項目32)
ステップ(c)が酵素的に行われる、項目26または項目27に記載の方法。
(項目33)
ステップ(c)がTen-Eleven Translocation(TET)酵素を使用して行われる、項目32に記載の方法。
(項目34)
ステップ(c)が化学的に行われる、項目26または項目27に記載の方法。
(項目35)
前記セルフリーDNAが、セルフリーDNAの選択された領域を含む、項目1に記載の方法。
(項目36)
前記セルフリーDNA試料が、セルフリーDNAの選択された領域を含む、項目26または項目27に記載の方法。
(項目37)
前記アダプターライゲーションDNA断片が、試料識別子配列、断片識別子配列、および鎖識別子配列から選択される少なくとも1つの分子バーコードを含むアダプターを含む、項目26または27に記載の方法。
(項目38)
ステップ(e)において、プロセス識別子配列を含む分子バーコードが、前記DHU含有DNAに付加される、項目26または項目27に記載の方法。
(項目39)
前記セルフリーDNAが、二本鎖DNAを含む、項目26または項目27に記載の方法。
(項目40)
前記セルフリーDNAが、一本鎖DNAを含む、項目26または項目27に記載の方法。
(項目41)
前記親和性タグが、所定の配列を有する選択されたオリゴヌクレオチドタグで構成されており、ステップ(a)が、前記オリゴヌクレオチドタグによる5-ヒドロキシメチルシトシン残基の選択的標識を含む、項目26または項目27に記載の方法。
(項目42)
ステップ(b)が、オリゴヌクレオチドタグ付きDNAを、前記所定の配列に実質的に相補的な配列を含む支持体結合オリゴヌクレオチドと接触させることを含む、項目41に記載の方法。
(項目43)
前記アダプターライゲーションDNA断片が、断片識別子配列および鎖識別子配列の両方を含む、項目37に記載の方法。
(項目44)
処理された鎖における前記断片識別子配列および前記鎖識別子配列を分析して、鋳型DNA断片が完全に修飾またはヘミ修飾されているかを決定することをさらに含む、項目43に記載の方法。
(項目45)
セルフリーDNAの5-メチルシトシン残基をジヒドロウラシル残基に変換するためのキットであって、前記5-ヒドロキシメチルシトシン残基をブロックするためのブロッキング試薬組成物、ヒドロキシメチル化を超えて前記5-メチルシトシン残基を酸化して酸化5-メチルシトシン残基を提供する酸化試薬、および前記酸化5-メチルシトシン残基を還元、脱アミノ化、および脱炭酸または脱ホルミル化のいずれかを行うのに有効な有機ボランを含む、キット。
(項目46)
セルフリーDNA試料中の5-メチルシトシン残基を同定するためのキットであって、5-ヒドロキシメチルシトシン残基を修飾してその上に親和性タグを提供し、前記試料から前記修飾5-ヒドロキシメチルシトシン残基を除去し、ヒドロキシメチル化を超えて未修飾5-メチルシトシン残基を酸化して酸化5-メチルシトシン残基を提供するための個々の試薬組成物、ならびに前記酸化5-メチルシトシン残基を還元、脱アミノ化、および脱炭酸または脱ホルミル化のいずれかを行うのに有効な有機ボランを含む、キット。
(項目47)
セルフリーDNA中の5-メチルシトシン残基および5-ヒドロキシメチルシトシン残基の存在および位置を検出する方法であって、前記方法が、
(a)断片化された、アダプターライゲーションセルフリーDNAの5-ヒドロキシメチルシトシン残基をビオチン化して、ビオチン化5-ヒドロキシメチルシトシン含有DNA断片の最初の群を形成するステップ;
(b)前記セルフリーDNAからビオチン化5-ヒドロキシメチルシトシン含有DNA断片の最初の群を除去し、未修飾DNAと未修飾5-メチルシトシン残基を含むDNA断片とを残すステップ;
(c)未修飾5-メチルシトシン断片を含むDNA断片を酸化して、それの代わりに5-ヒドロキシメチルシトシン残基を提供し、その後ビオチン化して、ビオチン化5-ヒドロキシメチルシトシン含有DNA断片の第2の群を提供するステップ;
(d)ビオチン化5-ヒドロキシメチルシトシン含有DNA断片の第2の群を除去するステップ;ならびに
(e)前記最初の群のDNA断片および第2の群のDNA断片をプールし、増幅し、配列決定するステップ、
を含む方法。
(項目48)
(f)ステップ(e)の前記結果から、5-メチル化パターン、5-ヒドロキシメチル化パターン、または5-メチル化パターンおよび5-ヒドロキシメチル化パターンの両方を決定することをさらに含む、項目46に記載の方法。
(項目49)
セルフリーDNAの単一のDNA鎖における5-メチルシトシンと5-ヒドロキシメチルシトシンとの共起を同定する方法であって、
(a)断片化された、アダプターライゲーションセルフリーDNA中の5-ヒドロキシメチル残基を、前記セルフリーDNAからタグ付きDNA断片を選択的に除去できる親和性タグで官能基化するステップ;
(b)前記除去されたタグ付きDNA断片を酸化して、その結果、未修飾5-メチルシトシン残基が、5-ホルミルシトシン、5-カルボキシシトシン残基、またはそれらの組み合わせから選択される酸化5-メチルシトシン残基に変換されるステップ;
(c)(b)の前記酸化タグ付きDNA断片を、前記酸化5-メチルシトシン残基を還元、脱アミノ化、および脱炭酸または脱ホルミル化のいずれかを行うのに有効な有機ボランと接触させ、それにより、前記酸化5-メチルシトシン残基の代わりにジヒドロウラシル残基を含むDNAを提供するステップ;ならびに
(d)ジヒドロウラシル残基を含む前記DNAを増幅し、配列決定するステップ、
を含む、方法。
(項目50)
DNA試料中の5-メチルシトシン残基および5-ヒドロキシメチルシトシン残基の存在および位置を検出するための方法であって、前記方法が、
(a)前記DNA試料からのタグ付き5-ヒドロキシメチルシトシン含有DNAの選択的除去を可能にする親和性タグを使用して、前記DNA試料内の5-ヒドロキシメチルシトシン残基を官能化するステップ;
(b)前記タグ付きDNA断片を前記DNA試料から除去し、未修飾DNAおよび未修飾5-メチルシトシン残基を含むDNAを残すステップ;
(c)前記5-メチルシトシン残基を修飾して、前記5-メチルシトシン含有DNAの選択的除去を可能にするステップ;
(d)前記修飾5-メチルシトシン含有DNAを除去するステップ;ならびに
(e)前記タグ付き5-ヒドロキシメチル含有DNAおよび前記修飾5-メチルシトシン含有DNAにプロセス識別子配列を追加するステップであって、ここで各プロセス識別子配列が、前記タグ付きDNAおよび前記修飾DNAを識別および/または分離するために使用されるプロセスを識別するステップ。
(項目51)
前記DNA試料が、セルフリーDNAを含む、項目50に記載の方法。
(項目52)
前記セルフリーDNAが、試料識別子配列、断片識別子配列、および鎖識別子配列から選択される分子バーコードを含む少なくとも1つのアダプターとアダプターライゲーションされる、項目51に記載の方法。
1.定義および用語:
で表され得り、または
として、複素環式窒素原子とホウ素の間の電荷移動の証拠がある。
例えば、Hoffmann (1964), ”Extended Huckel Theory. III. Compounds of Boron and Nitrogen,” J. Chem. Phys.40:2474を参照。
の構造を有する第3級アミンから形成される。
ここで式中、R1、R2、およびR3部分は、同一または異なってもよく、一般に、置換および/またはヘテロ原子含有ヒドロカルビル基を含むC1~C12ヒドロカルビル基から独立して選択される。R1、R2、およびR3は、典型的にはC1~C12アルキル、より典型的には低級アルキル、例えばメチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、n-ブチル、イソブチル、t-ブチル、シクロペンチル、シクロヘキシルなどである。本明細書で使用するための例示的な第3級アミン-ボラン錯体には、トリエチルアミンボランおよびトリ(t-ブチル)アミンボランが含まれる。
一方、5fCをジヒドロウラシルに変換する対応する順序は、スキーム5に示す。
表1:
表に示されているように、5hmC残基のβGTブロッキングを有するTAPSと、CAPSは、5mC残基および5hmC残基の差分読み取りを可能にする。
表2
表からわかるように、5mC残基のみ(つまり、5hmC残基を含まない)を有するDNA断片はTGペアとして読み取られ、そのように一意に識別できる。必要に応じて、天然の5mC含有断片およびビオチン化5hmC断片を別々にプルダウンするようにプロセスを改変して、鋳型DNA断片内の5hmC残基の存在および位置を検出できるようにすることができる。
Claims (9)
- セルフリーDNA試料中のアダプターライゲーションされた標的DNAにおける5hmC位置を同定するための方法であって、該方法が、
(a)5mCに影響を与えることなく、該標的DNAにおける5hmCを酸化試薬により酸化して、酸化5hmCを含有するDNAを得るステップであって、該酸化5hmCが、5caC、5fC、およびそれらの組み合わせから選択される、ステップ;
(b)酸化5hmCを含有する該DNAをピリジンボランと反応させて、該酸化5hmCを還元、脱アミノ化、および脱炭酸または脱ホルミル化のいずれかをして、それにより、該酸化5hmCの代わりにDHUを含有する修飾DNAを提供するステップ;
(c)該修飾DNAを増幅および配列決定して、5hmCを示す配列読み取りを提供するステップ;および
(d)該5hmCを示す配列読み取りと該標的分子について得られた標準配列読み取りとを比較するステップであって、該標準配列読み取りにおけるCから該5hmCを示す配列読み取りにおけるTへの変化が、5hmC位置を示す、ステップ
を含む、方法。 - ステップ(a)から(c)が、任意の中間体を単離することなく実施される、請求項1に記載の方法。
- ステップ(a)から(c)が、バイサルファイト非存在下で実施される、請求項1に記載の方法。
- ステップ(a)が、化学酸化試薬を使用して実施される、請求項1に記載の方法。
- 前記化学酸化試薬が過ルテニウム酸塩である、請求項4に記載の方法。
- 前記アダプターライゲーションされた標的DNAが、試料識別子配列と、断片識別子配列および鎖識別子配列から選択される少なくとも1つの追加の分子バーコードとを含有するアダプターを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記アダプターライゲーションされた標的DNAが、断片識別子配列および鎖識別子配列の両方を含む、請求項6に記載の方法。
- 前記セルフリーDNAが、二本鎖DNAを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記セルフリーDNAが、一本鎖DNAを含む、請求項1に記載の方法。
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