JP2020506712A - 異種遺伝子発現のための強力で短いプロモーター - Google Patents

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Abstract

本発明は、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むプラスミドベクター、ウイルスベクター、ウイルス、および細胞株に使用するためのAoHV−1プロモーターを提供する。本発明はまた、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換えプラスミドベクター、ウイルスベクター、ウイルス、および細胞株の作製方法および使用方法を提供する。

Description

本発明は、生物学的研究、医学、および異種遺伝子発現に関連する他の用途の分野に関する。より詳しくは、本発明は、プラスミド、ウイルスベクターおよび細胞株の発現カセットにおける異種遺伝子発現のための強力かつ短いプロモーターであって、単独で、またはhCMVプロモーターなどの一般に使用されるプロモーターと組み合わせて使用され得るプロモーターに関する。
組換え発現ベクターは、例えば、生物学的研究のための哺乳動物遺伝子発現系を含む、異種タンパク質の発現のための種々の分子生物学的用途において、ウイルスベクター作製用細胞株を生産するために、また遺伝子治療およびワクチン接種のためのウイルスベクターとして、広範に使用されている。遺伝子治療およびワクチン接種の用途では、ウイルスベクターなどのベクターは、細胞に導入する1つまたは複数の目的の遺伝子のキャリアとして使用される。例えば、ウイルスベクターは、所望の抗原をコードする遺伝子またはその一部を発現させて、免疫応答を惹起するために使用され得る。
発現ベクターの一部であるシス作用エレメントは、プラスミドおよびウイルスベクターの適用成功に大きく影響し得る。プロモーターは、発現ベクターの発現カセットに配置され、発現の全体的な強度を決定する主要なシス作用エレメントである。プロモーターは転写を開始し、したがって、目的のクローン化遺伝子の発現を制御する重要な点である。発現ベクターにおいて一般に使用されるプロモーター配列は、ウイルスまたは真核生物の遺伝子調節配列に由来する。
発現ベクターおよびウイルスベクターにおいて一般に使用されるエンハンサーおよびプロモーター配列のいくつかは、例えば、hCMV、CAG、SV40、mCMV、EF−1αおよびhPGKプロモーターである。その高い効力および約0.8kBの中程度のサイズのために、hCMVプロモーターは、これらのプロモーターの中で最も一般的に使用されているものの1つである。hPGKプロモーターは小さいサイズ(約0.4kB)を特徴とするが、hCMVプロモーターよりも効力が低い。一方、サイトメガロウイルス初期エンハンサーエレメント、プロモーター、ニワトリベータ−アクチン遺伝子の第1エキソンおよびイントロン、ならびにウサギベータ−グロビン遺伝子のスプライスアクセプターからなるCAGプロモーターは、hCMVプロモーターに匹敵する非常に強力な遺伝子発現を指示することができるが、その大きなサイズのために、空間的制約が大きな問題であり得るウイルスベクター、例えば、アデノウイルスベクター(AdV)、アデノ関連ウイルスベクター(AAV)またはレンチウイルスベクター(LV)には、あまり適していない。
ある場合には、1つのベクターから少なくとも2つの抗原を発現させることが望ましい。2つの異なる遺伝子を発現させるために、2つの発現カセットがベクターに配置される状況では、一般に発現カセット、特にプロモーター配列のサイズの制約がとりわけ重要である。サイズの制約に加えて、2つの発現カセットをベクターに配置する場合、同一または非常に類似したプロモーター配列さえも、作製中にベクターの遺伝的不安定性をもたらし得るので、使用することは不利である。したがって、2つの異なる遺伝子を発現するために、2つの発現カセットをベクターに配置する場合、互いに配列同一性をほとんどまたは全く有さない、比較的小さく、比較的強力な異なる異種プロモーター配列を使用することが望ましい。
また、ウイルスベクター作製用細胞株を生産する場合、ウイルスベクターの発現カセットにおいて一般的に使用される他のプロモーター(例えば、一般的に使用されているhCMVプロモーター)とは異なる配列を有する強力なプロモーターを有することが望ましい。細胞株のゲノムとその中で産生されるベクターとの間の配列同一性の有意なストレッチは、相同組換え、および、したがって産生されたベクターバッチの遺伝的不安定性または不均一性をもたらし得(例えば、Lochmueller et al,1994)、したがって回避することが好ましい(例えば、Fallaux et al,1998;Murakami et al,2002)。また、このような用途では、一般的に使用されるhCMVプロモーターと配列同一性がほとんどないか、または全くない強力なプロモーターを使用することが望ましいであろう。
したがって、例えばプラスミド、ウイルスベクターおよび細胞株において使用するために、好ましくは短いサイズであり、かつhCMVプロモーターと配列同一性がほとんどないか、または全くないであろう強力なプロモーターを見出す必要性が依然として存在している。
本発明は、ヨザルヘルペスウイルス1型(Aotine herpesvirus−1)の主要な最初期プロモーター領域(AoHV−1プロモーター)を含む組換え核酸分子、ならびに導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むベクター(例えば、プラスミドベクター、ウイルスベクター)、組換えウイルス、および組換え細胞株を提供する。本発明はまた、AoHV−1プロモーターからの転写を調節するために使用され得る調節配列に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換え核酸分子を提供する。
一般的でかつ好ましい実施形態は、本明細書に添付の独立請求項および従属請求項によってそれぞれ定義されており、簡潔にするために、それらは、参照により本明細書に組み込まれる。本発明の様々な態様の他の好ましい実施形態、特徴および利点は、下の詳細な説明と添付の図面とから明らかになるであろう。
一実施形態において、本発明は、AoHV−1プロモーターであって、プラスミドベクター、ウイルスベクターもしくは組換えウイルスにより、またはAoHV−1プロモーターを含む宿主細胞のゲノムにおいて、導入遺伝子を発現させるために、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを提供する。
特定の実施形態では、本発明はAoHV−1プロモーターを含むプラスミドベクターであって、1kb未満のAoHV−1 DNAを含むプラスミドベクターを提供する。
特定の実施形態では、本発明は、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む発現カセットであって、その導入遺伝子はAoHV−1プロモーターに異種であり、例えば、導入遺伝子は天然ではAoHV−1プロモーターに作動可能に連結されていない、かつ/または導入遺伝子はAoHV−1に由来しない、発現カセットを提供する。発現カセットは、例えば、プラスミド、ベクター、ウイルスゲノム、細胞株などに組み込まれ得る。本発明はまた、このような発現カセットを作製する方法であって、組換え手段または核酸合成によって発現カセットを構築する工程を含む方法を提供する。本発明はまた、導入遺伝子を発現させる方法であって、例えば組換え細胞株において、本発明の発現カセットから導入遺伝子を発現させることを含む方法を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、AoHV−1プロモーターを含む組換え細胞株であって、AoHV−1プロモーターが導入遺伝子に作動可能に連結されている、組換え細胞株を提供する。特定の実施形態では、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターは、例えば、導入遺伝子を発現させるためのプラスミドベクター、ウイルスベクター、または組換えウイルスに統合されて、細胞株中に存在し得る。特定の実施形態において、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターは、導入遺伝子を発現する組換え細胞株のゲノムに組み込まれている。特定の実施形態では、導入遺伝子は、細胞株のゲノムに組み込まれ、テトラサイクリンリプレッサー(TetR)タンパク質をコードする。その特定の実施形態では、前記細胞株は、PER.C6細胞株である。
別の実施形態では、本発明はまた、細胞において導入遺伝子を発現させる方法であって、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換えベクターを細胞に提供することを含む方法を提供する。
特定の実施形態では、本発明はまた、目的のタンパク質を生成する方法であって、AoHV−1プロモーターが目的のタンパク質をコードする導入遺伝子に作動可能に連結されている方法において、目的のタンパク質をコードする核酸配列に作動可能に連結されたAoHV−1タンパク質を含む細胞を提供する工程、およびこの細胞から目的のタンパク質を発現させる工程を含む方法を提供する。特定の実施形態では、本方法はさらに、目的のタンパク質を、例えば、細胞から、または培養培地から、または細胞および培養培地から回収する工程を含む。特定の実施形態では、本方法はさらに、目的のタンパク質を精製する工程を含む。目的のタンパク質は、好ましくは、天然のヨザルヘルペスウイルス1型(Aotine herpesvirus−1)によってコードされないタンパク質、すなわち、異種タンパク質である。
特定の実施形態では、本発明は、AoHV−1プロモーターからの転写を調節するために使用され得る調節配列に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを提供する。その特定の実施形態では、それは、例えば、AoHV−1プロモーターに作動可能に連結されているリプレッサー結合配列へのリプレッサーの結合によって抑制され得る。特定の実施形態では、AoHV−1プロモーターは、リプレッサーを除去することによって、または誘導シグナルもしくは誘導剤を提供することによって誘導され得る。
特定の実施形態では、本発明は、発現が可逆的に制御され得るように、1つ以上のテトラサイクリンオペレーター配列(tetO部位)に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを提供する。
別の実施形態では、本発明はまた、AoHV−1プロモーターを含む組換えウイルスを作製する方法であって、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むコンストラクトを調製する工程、および前記コンストラクトを組換えウイルスのゲノムに組み込む工程を含む方法を提供する。
本発明の特定の実施形態では、AoHV−1プロモーターは目的のタンパク質をコードする導入遺伝子に作動可能に連結され、目的のタンパク質は治療用タンパク質または抗原である。
特定の実施形態では、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むウイルスおよびウイルスベクターは、組換えアデノウイルス(rAd)およびrAdベクターである。
特定の実施形態では、本発明は、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むrAdおよびrAdベクター、ならびにrAdおよびrAdベクターを作製および/または使用する方法であって、rAdおよびrAdベクターは、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む方法に関する。
特定の実施形態では、本発明の組換えアデノウイルスはE1領域に欠失を有し、特定の実施形態において、本発明の組換えアデノウイルスは、このE1領域に、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む。代替として、組換えアデノウイルスの他の領域も使用され得る。例えば、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む発現カセットはまた、組換えアデノウイルスの、E3領域に、またはゲノムの右端、E4領域と右ITRとの間に配置され得る。
特定の実施形態では、本発明によるrAdベクターは、ウイルス複製に必要なアデノウイルスゲノムのE1領域、例えばE1a領域および/またはE1b領域の少なくとも1つの必須遺伝子機能が欠損している。特定の実施形態では、本発明によるアデノウイルスベクターは、非必須E3領域の少なくとも一部が欠損している。特定の実施形態では、ベクターは、E1領域の少なくとも1つの必須遺伝子機能と、非必須E3領域の少なくとも一部とが欠損している。アデノウイルスベクターは、「多重欠損」であり得、これは、アデノウイルスベクターがアデノウイルスゲノムの2つ以上の領域のそれぞれに1つ以上の必須遺伝子機能が欠損していることを意味する。例えば、前述のE1−欠損またはE1−、E3−欠損アデノウイルスベクターは、E4領域の少なくとも1つの必須遺伝子および/またはE2領域(例えば、E2A領域および/またはE2B領域)の少なくとも1つの必須遺伝子がさらに欠損していることができる。
別の実施形態では、本発明はまた、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換えアデノウイルスのゲノムを含む組換えDNA分子を提供する。
異なるプロモーターコンストラクトからのルシフェラーゼの発現を、HEK293細胞における一過性トランスフェクションで評価した。ルシフェラーゼ発現を相対発光量(RLU)として測定し、SEAPレベルを測定することによってトランスフェクション効率を補正した。示したプロモーターについての結果を、hCMVプロモーターの制御下でのルシフェラーゼの陽性対照および非トランスフェクト細胞の陰性対照と比較して示す。 図2:CLC workbenchを用いて行われたhCMVとchCMVショートまたはAoHV−1ショートとの間の配列アラインメント。灰色の陰影は、整列した配列間のヌクレオチドの相違を示す。完全なプロモーター配列を用いてアラインメントを行った。しかし、配列が整列する領域が潜在的な相同組換え事象に関連するので、これらの領域のみを図に示す。ダッシュは、アラインメントのない領域(ギャップ)を示す。(A)hCMVとchCMVショートとのアラインメント領域。(B)hCMVとAoHV−1ショートとのアラインメント領域。 (上記の通り。) 発現を調節するためのtTA応答プロモーターとしての適用性についての「7×TetO−AoHV−1」の試験。ベロ細胞を、ガウシアルシフェラーゼ発現が7×TetO−AoHV−1(コアAoHV−1プロモーターの上流に配置された7×TetO)(これは最小のプロモーター活性を与える)の制御下にあるプラスミドで一時的にトランスフェクトした。プロモーター活性を誘導するために、テトラサイクリントランスアクチベータータンパク質(tTA)を発現するプラスミドを同時トランスフェクトした。tTAプラスミドで同時トランスフェクトした細胞の培養培地にドキシサイクリンを添加して、プロモーター活性を止めた。ラウス肉腫ウイルスプロモーター(RSV)を陽性対照として使用した。 図4:細胞における目的の遺伝子(GOI)の発現調節に対するAoHV−1ショートのTetR抑制バージョンの試験。(A)一過性プラスミドトランスフェクションにおけるeGFP発現を誘導するプロモーターhCMV、hPGKおよびAoHV−1ショートの効力の比較。Evos蛍光顕微鏡で撮影したeGFP発現の写真を示す。(B)AoHV−1ショートの調節バージョンの設計および試験。PER.C6−hCMV.TetR細胞におけるAoHV.2×tetOまたは標準hCMVプロモーター(pCDNA)によるeGFPの一過性発現。(C)安定な細胞株におけるAoHV.2×tetOによるGOIの調節された発現。ウエスタンブロットアッセイにおけるGOIの発現を示す。レーンのラベル表示:レーン1:クローン11、レーン2:クローン11+ドキシサイクリン、レーン3:クローン73、レーン4:クローン73+ドキシサイクリン、レーン5:陽性発現対照、AoHV−1プロモーターの制御下でGOIを発現するプラスミドで一過性にトランスフェクトされた細胞、レーン6:陰性対照(トランスフェクトされていないPER.C6細胞)。 (上記の通り。) 図5:(A)Ad26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLベクターゲノムの概略図。白抜きの矢印は、2つの導入遺伝子カセットの挿入を示す:E1領域欠失の位置に挿入されたCMVまたはCMVtetOプロモーター駆動Gluc発現カセット、およびE4領域とRITRとの間に挿入されたAoHV−1プロモーター駆動RFL発現カセット。黒色の矢印は、導入遺伝子カセットを駆動するプロモーターを示す。灰色の矢印はコード配列を示す。GLuc、ガウシアルシフェラーゼ。RFL、赤色発光ホタルルシフェラーゼ。LITRおよびRITR、左および右の逆位末端配列。CMV、ヒトサイトメガロウイルス主要最初期プロモーター(hCMV MIEp)。CMVtetO、2つのテトラサイクリンオペレーター(TetO)配列(TetR抑制発現のため)を備えたhCMV MIEp。AoHV−1 P、AoHV−1ショートプロモーター。SV40pA、SV40ウイルス由来ポリアデニル化シグナル。BGHpA、ウシ成長ホルモン遺伝子由来ポリアデニル化シグナル。E4、Ad26のE4領域。(B)同一性PCRによる、Ad26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLの精製バッチに対する導入遺伝子(TG)カセット完全性の分析。PCRを行って、E1に挿入されたTGカセット(「E1 PCR」)、およびE4とRITRとの間に位置するTGカセット(「E4 PCR1」および「E4 PCR2」)を増幅させた。異なるPCRで予想されたPCR産物サイズを挿入図に示す。L,1 Kb Plus DNA Ladder(Invitrogen)、P1=「エンプティ」発現カセット(すなわち、hCMVプロモーターおよびSV40ポリアデニル化シグナルからなるが、TGコード配列はない)を有するpAdApt26(Abbink et al.,2007)。P2、pWE.Ad26.dE3.5orf6(Abbink et al.,2007)、E4領域とRITRとの間に導入遺伝子カセットの挿入なし。W、DNA鋳型のない対照。V1、Ad26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLウイルスDNA。V2、Ad26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLウイルスDNA。(CおよびD)Ad26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFL精製バッチによる導入遺伝子発現の分析。96ウェルプレートに播種したA549細胞を、示したウイルス粒子対細胞比(VP/細胞)で3連で感染させ、GLucおよびRFL活性を、感染の2日後に採取したサンプルにおいて検出した。RLU、相対発光量。Ad26.CMV(エンプティ)、GLucまたはRFLコード配列を有さない適合対照Ad26ウイルスベクター。*、Ad26.CMVtetO_Gluc.AoHV1_RFLの10VP/細胞での感染で見られた187RLUの1つの異常値を除いた(この3連の感染での他の2つの値は、14および26RLUであった)。 (上記の通り。) (上記の通り。) (上記の通り。) 図6:(A)pC_AoHV_TetRのプラスミドマップ。灰色の矢印は、テトラサイクリンリプレッサー(TetR)タンパク質、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼII、およびベータ−ラクタマーゼのコード配列を示し、黒色の矢印は、他の遺伝要素を示す。白抜きの矢印は、pC_AoHV_TetRを構築するためにpcDNA2004Neo(−)に挿入された合成配列を示す。AoHV−1 P、AoHV−1ショートプロモーター。TetR、コドン最適化テトラサイクリンリプレッサーコード配列。BGH pA、ウシ成長ホルモン遺伝子由来ポリアデニル化シグナル。SV40 P、SV40ウイルス由来プロモーター。pUC ori、pUC複製起点。bla P、ベータ−ラクタマーゼの発現を駆動するプロモーター。(B)20、40、および60世代でのフローサイトメトリー細胞内染色による、長期継代でのPER.C6/TetR細胞クローンによるTetR発現の安定性。各時点で各クローン(選択ありで増殖、および選択なしで増殖)について観察されたTetR陽性画分を示す。PER.C6、抗生物質による選択なしでのみ増殖させた、TetR構築物を含まない対照PER.C6細胞株(C)長期継代(60回の集団倍加)後のTetR機能性アッセイ。PER.C6/TetR細胞クローンをAd26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLに感染させ、その後、GLucおよびRFL活性を測定した。感染複製毎に、CMVまたはCMVtetOプロモーター駆動GLuc活性を、同じ試料について見られたAoHV−1プロモーター駆動RFL活性によって正規化した。得られた正規化Gluc値を、TetR陰性対照細胞株(PER.C6)について見出された値と比較して、この図で表す。+、細胞を抗生物質選択で増殖させた。−、細胞を抗生物質選択なしで増殖させた。Ctrl(+)、ヒトCMVプロモーターの制御下、pCDNA6/TR(Thermo Fisher Scientific、カタログ番号:V102520)、TetR配列を含むプラスミドによる安定なトランスフェクションによってPER.C6から得られた、以前に確立されたTetR陽性対照細胞株。 (上記の通り。) (上記の通り。) 図7:(A)AoHV−1プロモーターの切断バージョンおよび伸長バージョンの設計。GenBankアクセッション番号 NC_016447のヌクレオチド番号157077〜154304に左から右に対応するヨザルヘルペスウイルス1型(Aotine herpesvirus−1)ゲノムの2774bpストレッチを示す。ラベルを付したバーは、本明細書において設計し試験された種々のAoHV−1プロモーター変異体を示す。配列v00およびv06は、それぞれ、その天然のAvrII部位を有するAoHV−1ショートプロモーター、および天然のAvrII部位を有さないAoHV−1ショートプロモーターを示す。DおよびA、それぞれ予測されたスプライスドナー部位およびアクセプター部位。TATA、推定TATAボックス。Inr、推定イニシエーター配列(予測された転写開始部位を含む)。(B)一過性にトランスフェクトされたPER.C6細胞における異なるバージョンのAoHV−1プロモーターの効力試験の結果。2つの実験の平均結果を、v00 AoHV−1ショートプロモーターと比較して示す。 (上記の通り。)
ヨザルヘルペスウイルス1型(Aotine herpesvirus−1)の最初期エンハンサー/プロモーター領域に由来する新しいプロモーター(AoHV−1プロモーター)の同定、設計、および試験に関する実験結果を本明細書に記載する。結果は、AoHV−1プロモーターが、異なる細胞株におけるプラスミドベクターによる一過性トランスフェクション、および導入遺伝子に作動可能に連結したAoHV−1プロモーターを含むウイルスによるウイルス感染に基づいて、それが作動可能に連結した導入遺伝子の強力な発現を提供することを示す。AoHV−1プロモーターはまた、比較的短いプロモーターであり、そのため、サイズの制約が懸念される多くの適用における使用に好適である。したがって、本発明のAoHV−1プロモーターは、強力な発現が優先的である場合、および/またはAoHV−1プロモーターの小さいサイズが有用である場合の適用における使用、例えば、他のより長いプロモーターと比較して、限られたサイズのベクターまたはウイルスゲノムに導入遺伝子のためのより多くの空間を残すための使用に好適である。さらに、hCMVのような他の一般に使用されるプロモーターとの低い配列相同性のために、AoHV−1プロモーターはまた、同時に使用される2つのプロモーター間の配列同一性が懸念される適用、例えば、同じウイルスベクターから2つの異なる導入遺伝子を発現する場合、またはhCMVプロモーター配列も含むプロデューサー細胞株を用いてウイルスを生成する場合の適用においても有用である。AoHV−1プロモーターはまた、AoHV−1プロモーターからの転写の調節に使用され得る調節配列と共に使用するのに好適である。
したがって、本発明は、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換え核酸分子に関する。特定の実施形態では、本発明は、細胞中で導入遺伝子を発現させるための導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むベクターおよびウイルスの使用に関する。特定の非限定的な実施形態では、本発明のベクターは、プラスミド、コスミド、ファージミド、バクテリオファージ、細菌人工染色体、酵母人工染色体、ヒト人工染色体、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、エプスタイン・バール・ウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、またはそれらの組み合わせもしくはキメラを含み得る。当業者であれば、本発明のAoHV−1プロモーターがまた、遺伝子発現および遺伝子導入の分野で使用される他のベクター、特に、強力な発現が重要であり、そして発現カセットの全体的なサイズが関連する因子であるベクターにおいて有用であることを認識するであろう。
本発明はまた、宿主細胞が異種タンパク質、または他の目的の発現産物を産生することを可能にするためのベクターの使用に関する。例えば、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むプラスミドベクターは、細胞において異種タンパク質を発現するために使用され得る。このようなプラスミドベクターは、例えば、(1)AoHV−1プロモーターと;(2)導入遺伝子の翻訳開始のためのコザックコンセンサス配列と;(3)導入遺伝子のコード領域、例えば、所望のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と;(4)導入遺伝子のコード全体が読み取られたときに翻訳を終結させる、導入遺伝子の終結配列と;ポリアデニル化シグナル、ならびに/または特定のベクターからの導入遺伝子を発現することが当業者に知られている介在配列および他のエレメントと;そして(6)任意選択により、ベクターがゲノムに直接挿入されない場合に、ベクター全体が細胞内に入ったなら直ちにそれを再生させる複製起点とを含むDNA配列であり得る。ベクターは、例えば、トランスフェクション、エレクトロポレーション、または感染によって宿主細胞に導入することができ、そして宿主細胞を培養して導入遺伝子を発現させることができる。
特定の実施形態における本発明のプラスミドベクターはまた、いくつかの制限部位を含むDNAの短いセグメントである、ポリリンカーとも呼ばれる多重クローニング部位(MCS)を1つ以上含む。MCS内のこれらの制限部位は一般に特有のものであり、所与のプラスミド内で1回だけ生じる。MCSは一般に分子クローニングまたはサブクローニングに関連する手順の間に使用され、一片のDNAまたはいくつかのDNA片のMCSの領域への挿入、例えば、細胞における発現のために目的のタンパク質をコードする導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む発現カセットの挿入を可能にすることから、バイオテクノロジー、バイオエンジニアリング、および分子遺伝学において極めて有用である。
本発明はまた、本明細書に記載のベクターによって形質転換された細胞、および、AoHV−1プロモーターを含む組換え細胞株であって、AoHV−1プロモーターが導入遺伝子に作動可能に連結されている、組換え細胞株を提供する。この場合、形質転換は、異種核酸物質が細胞に導入され、細胞内で発現されるプロセスを指す。したがって、本明細書で使用される形質転換には、「一過性」で「安定した」トランスフェクション手順、例えば、以下に限定されないが、エレクトロポレーション、カチオン性脂質/DNA複合体、タンパク質/DNA複合体、リン酸カルシウム媒介性飲作用、ウイルスベクターなどによって媒介されるものが含まれる。この場合、宿主細胞に導入された核酸が染色体外に存在するか、またはトランスフェクトされた核酸が宿主細胞のゲノムに組み込まれている。トランスフェクション手順はまた、選択マーカー(例えば、抗生物質に対する耐性)をコードする第2の核酸を含み得、これは、トランスフェクトされたAoHV−1プロモーターを含む核酸が維持されるように、細胞の陽性選択を可能にする。したがって、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターは、導入遺伝子を発現させるための、例えば、プラスミドベクター、ウイルスベクター、または組換えウイルスに統合されて、細胞株中に存在し得る。特定の実施形態では、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターは、導入遺伝子を発現する組換え細胞株のゲノムに組み込まれ得る。
本発明はまた、細胞において導入遺伝子を発現させる方法であって、導入遺伝子が、例えば、目的のタンパク質をコードする導入遺伝子、または非コード配列(例えば、マイクロRNA、短干渉RNA(siRNA)、またはアンチセンスRNAなどの調節RNA)を含む導入遺伝子を含む方法において、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むベクターを細胞に提供することを含む方法を提供する。特に、特定の実施形態では、本発明はまた、目的のタンパク質を生成する方法であって、AoHV−1プロモーターが目的の発現産物をコードする導入遺伝子に作動可能に連結されている方法において、目的の発現産物をコードする核酸配列に作動可能に連結されたAoHV−1タンパク質を含む細胞を提供する工程、およびこの細胞に目的の発現産物を発現させる工程を含む方法を提供する。特定の実施形態では、発現産物はタンパク質である。特定の実施形態では、発現産物はテトラサイクリンリプレッサー(TetR)タンパク質である。本方法は、目的の発現産物、例えば、タンパク質を、例えば、細胞から、または培養培地から、または細胞および培養培地から回収する工程をさらに含み得る。本方法はまた、例えば、診断、治療または予防目的、研究などを含む、種々の目的のためにタンパク質を精製する工程を含み得る。さらに、任意選択により、精製した目的のタンパク質を医薬組成物に製剤化することができる。治療タンパク質には、例えば、抗凝固剤、血液凝固因子、成長因子、ホルモン、抗体、Fc融合タンパク質、骨形成タンパク質、人工タンパク質足場、酵素、およびサイトカイン(例えば、ケモカイン、インターフェロン、インターロイキン、リンホカイン、および腫瘍壊死因子など)が含まれ得る。
本発明はまた、ウイルスを作製する方法であって、前記ウイルスを増殖させる機能を有する遺伝子を発現する細胞中でウイルスを増殖させる工程を含む方法において、前記遺伝子はAoHV−1プロモーターの制御下にあり、かつ前記遺伝子は核酸(例えば、調節RNA)またはタンパク質、例えば、ウイルス複製サイクルの欠損またはウイルスの他の機能(例えば、感染)を補完するタンパク質をコードする方法を提供する。ウイルスは野生型ウイルスであり得るが、好ましくは、例えば、複製欠損または感染欠損をもたらす欠損を有する組換えウイルスである。さらに、前記遺伝子は、細胞の染色体外エレメントから、または好ましくはゲノムから発現させることができ(この細胞は、この場合、安定な細胞株からのものあり得る)、細胞は、ウイルスが回収され、任意選択により精製され、次いで、他の細胞に感染させるために、または医薬組成物などに製剤化するために使用され得るように、培養培地中で培養することができる。
本発明による「細胞」または「宿主細胞」は、AoHV−1プロモーターが活性であり得る細胞であり得る。特定の実施形態では、細胞はその正常組織から単離され、例えば、培養培地(インビトロ)で培養され得る。特定の実施形態では、本発明による細胞または宿主細胞は、例えば、細胞株由来の不死化細胞である。特定の実施形態では、本発明による細胞または宿主細胞は、哺乳動物または鳥の細胞であり、好ましくは、哺乳動物の細胞である。本発明による細胞または宿主細胞のいくつかの非限定的な例は、齧歯類細胞、ヒト細胞、サル細胞、イヌ細胞、ニワトリ細胞などである。本発明による細胞または宿主細胞のいくつかの非限定的な例は、ベロ細胞、MDCK細胞、HEK293細胞、PER.C6細胞、CHO細胞、ニワトリ胚線維芽細胞、ハイブリドーマ細胞、ベビーハムスター腎臓(BHK)細胞、ヒーラ細胞、A549細胞などである。当業者であれば、AoHV−1プロモーターが目的の発現産物の発現を指示するために多くの異なる細胞において使用され得ること、および細胞の種類が本発明に重要ではないことを認識するであろう。
特定の態様では、本発明は、プロデューサー細胞であって、AoHV−1プロモーターがTetRタンパク質をコードする核酸配列に作動可能に連結されている、好ましくはAoHV−1プロモーターおよびTetRをコードする配列がプロデューサー細胞のゲノムに組み込まれている、好ましくは前記細胞が哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞である細胞を提供し、特に好ましい実施形態では、プロデューサー細胞は、PER.C6細胞(例えば、米国特許第5,994,128号明細書を参照)から、そのゲノムへAoHV−1プロモーターおよびTetRをコードする配列を組み込むことによって得られる。したがって、本発明はまた、前記細胞のゲノムに組み込まれた導入遺伝子を含むPER.C6細胞であって、導入遺伝子は、TetRコード配列に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む核酸を含むPER.C6細胞を提供する。その非限定的な実施形態では、導入遺伝子は、配列番号20で示される配列を有する。したがって、このような細胞はTetRを発現し、そして例えば、TetRによって調節され得るプロモーター、例えば、1つ以上のtetO部位に作動可能に連結されたCMVまたは他のプロモーターの制御下で、目的の発現産物をコードする組換えアデノウイルスを産生させるために使用することができ、これは、アデノウイルスによってコードされる目的の発現産物がプロデューサー細胞に有毒であるか、またはそれがアデノウイルスの増殖中に産生される場合に、組換えアデノウイルスの安定性もしくは収率を減少させるなら、特に有利であり得る。そのような系では、TetRは、組換えアデノウイルスが増殖し生成される間に目的の発現産物が産生されないか、または非常に低いレベルでのみ産生され、産生の間の組換えアデノウイルスの収率および/または安定性を改善させるように、プロデューサー細胞における産生の間に、tetO調節プロモーター、例えばtetO調節hCMVプロモーターを抑制し得る。一態様では、本発明はまた、(i)TetRをコードする配列に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むプロデューサー細胞、および(ii)1つ以上のtetO部位に作動可能に連結されるプロモーターに作動可能に連結された目的の発現産物をコードする配列を含む組換えアデノウイルスを含む組み合わせを提供する。
本発明はまた、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むベクターおよびウイルスを用いて、遺伝的疾患、代謝疾患または後天性疾患を治療する方法を提供する。この方法は、細胞を、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む本発明のベクターまたはウイルスの十分な量と接触させることを含み、その細胞は、導入遺伝子が細胞中で発現するように形質転換される。細胞は、インビトロ、エクスビボまたはインビボで形質転換することができる。
ベクターの重要な側面は、プラスミドベクターなどのDNAベクターであれ、アデノウイルスベクターなどのウイルスベクターであれ、所望の導入遺伝子配列を収容するこれらのベクターの能力である。このような能力は、ベクターのサイズ制約によって制限されることがあり、例えば、あるサイズ限界を超えた場合、不安定になるかまたは生成が不可能になることさえあり得る。したがって、プロモーターによって占められる空間は、そのようなプロモーターが有する機能とは別に、新しいベクターを設計する際の重要な考慮事項である。本発明のAoHV−1プロモーターは、比較的短いという利点を有し、これは、ベクターの特定のサイズ限界において、導入遺伝子のためにより多くの空間が残ることを意味し、例えば導入遺伝子が免疫原である場合、より多くのエピトープが含まれることを可能にし、またはより大きいサイズの他のプロモーターと比較してより大きいタンパク質の発現を可能にする。本発明のAoHV−1プロモーターのさらなる利点は、例えば、ベクターなどの1つの核酸分子上の両プロモーター、または細胞株中の1つのプロモーターと細胞株中に存在するベクターなどの核酸分子上の他のプロモーターのような、1つの系でhCMVプロモーターと組み合わせても、AoHV−1プロモーターとhCMVプロモーターとの間の低い配列相同性のために、プロモーター配列間で相同組換えが起こるリスクが非常に限定されることである。
本明細書では、「低(い)配列相同性」および「低(い)配列同一性」という用語は、それらがhCMVプロモーター配列に関連して使用される場合、hCMVプロモーターに対し約50%未満の同一性を有する、好ましくは、hCMVプロモーターに対し約40%未満の同一性を有するプロモーター配列を指す。さらに、「低(い)配列相同性」および「低(い)配列同一性」を有するプロモーター配列はまた、好ましくは約15核酸より長い連続する同一アラインメントのストレッチを有さない、またはより好ましくは約14核酸より長い同一アラインメントのストレッチを有さない。特定の好ましい実施形態では、プロモーターはAoHV−1ショートプロモーター(配列番号1または配列番号30)であり、hCMVプロモーターとの同一性は36%であり、かつ、14核酸より長い連続する同一アラインメントのストレッチは存在しない。他の好ましい実施形態では、プロモーターは、プロモーター活性を有する配列番号1または配列番号30の断片、例えば配列番号25または配列番号26を含む。本明細書で使用される場合、アラインメントは、当業者によく知られた方法、例えば、BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)などのアルゴリズムを使用して、異なるヌクレオチド配列またはタンパク質配列を整列させ、比較する方法を指す(Altschul,Gish,Miller,Myers,& Lipman,1990)。
本発明はまた、hCMVプロモーターおよびAoHV−1プロモーターを含むベクターまたはウイルスによって形質転換された細胞またはトランスジェニック生物を提供する。ここで、hCMVプロモーターおよびAoHV−1プロモーターは導入遺伝子に、両方の導入遺伝子が細胞またはトランスジェニック生物において発現するように連結されている。hCMVプロモーターおよびAoHV−1プロモーターは別々の分子に存在してもよく(例えば、プラスミドもしくはウイルス上の1つのプロモーターと、細胞のゲノム中の他のプロモーター、または異なるプラスミド上の両方のプロモーター、または細胞のゲノム中の両方のプロモーター)、あるいは両方のプロモーターは単一の分子に(例えば、ゲノムの1つの染色体、または1つのプラスミドに、またはウイルスの1つのゲノムに)存在してもよい。
本発明はまた、組換えウイルスを作製する方法であって、ウイルスが標的細胞に導入されると導入遺伝子が強力に発現される方法において、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むコンストラクトを調製する工程と、前記コンストラクトを組換えウイルスに組み込み、次いで、例えば、ウイルスによる感染によって、ベクターを細胞に導入する工程とを含む方法を提供する。コンストラクト自体の調製は、当業者に知られ、組換えベクターまたは組換えウイルスの技術の分野において日常的に行われており、本明細書中に例示されている、よく知られた標準的な分子クローニング方法の使用を包含する(例えば、(Holterman et al.,2004;Lemckert et al.,2006;Vogels et al.,2003);Sambrook,Fritsch and Maniatis,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd edition、1989;Current Protocols in Molecular Biology,Ausubel FM,et al,eds,1987;the series Methods in Enzymology(Academic Press,Inc.);PCR2:A Practical Approach,MacPherson MJ,Hams BD,Taylor GR,eds,1995を参照されたい)。AoHV−1プロモーターは上記のような特徴を有し、本開示を考慮して、PCRまたはデノボ核酸合成などの日常的な方法によって得ることができる。便宜のため、当業者は、例えば、プラスミド形態の導入遺伝子の容易な操作と導入のために、E1領域までのアデノウイルスのゲノムの左部分のための第1の部分、および第1の部分との再結合時に完全なアデノウイルスゲノムをもたらすことができるゲノムの残部のためのより大きい第2の部分など、より小型の断片にクローニングすることでウイルスゲノムを操作し得る(例えば、国際公開第99/55132号パンフレットを参照されたい)。
例えば、本発明のベクターまたはウイルスまたは細胞における「異種核酸」または「異種遺伝子」(本明細書においては「導入遺伝子」または「目的の遺伝子」とも称する)は、ベクターもしくはウイルスもしくは細胞に天然に存在しないか、または天然にはAoHV−1プロモーターに作動可能に連結されていない核酸である。それは、例えば、標準的な分子生物学的手法によりベクターまたはウイルスまたは細胞に導入される。特定の実施形態では、それは、目的のタンパク質またはその一部をコードし得る。このような場合、目的のタンパク質は、天然にAoHV−1プロモーターに作動可能に連結された配列によって天然にはコードされていないので、「異種タンパク質」と呼ばれ得る。導入遺伝子は例えば、プラスミドベクターに、またはアデノウイルスベクターの欠失したE1またはE3領域にクローニングすることができる。本発明のいくつかの実施形態では、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを有する発現カセットは、アデノウイルスゲノムのE1領域に配置される。本発明のいくつかの実施形態では、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを有する発現カセットは、アデノウイルスゲノムのE3領域に配置される。本発明のいくつかの実施形態では、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを有する発現カセットは、アデノウイルスゲノムのE4領域と右ITRとの間に配置される。他の実施形態では、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを有する発現カセットは、プラスミドベクター中に存在する。他の実施形態では、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを有する発現カセットは、細胞のゲノムに組み込まれる。このような細胞または細胞株は、例えば、プロモーターが活性である条件下で細胞を培養することによって、導入遺伝子を組換え的に発現させるために使用することができ(プロモーターの非調節バージョンが使用される場合、すなわち、プロモーターに調節エレメントが付加されていない場合、この発現は、培養の際に自動的に起こる)、導入遺伝子の発現を駆動する。
本明細書で使用される場合、「プロモーター」、または「プロモーター領域」、または「プロモーターエレメント」という用語は、同義的に使用され、それが作動可能に連結している核酸配列の転写を制御する核酸配列の断片(典型的にはDNAであるが、これに限定されるものではない)を指す。プロモーター領域は、RNAポリメラーゼの認識、結合、および転写開始に十分な特異的配列を含む。さらに、プロモーター領域は、任意選択的に、このRNAポリメラーゼの認識、結合、および転写開始活性を調節する配列を含み得る。これらの配列は、シス作用性であるか、またはトランス作用因子応答性であり得る。さらに、プロモーターは、調節の性質により、構成的または調節的であり得る。
プロモーターが核酸配列のストレッチから構築され、多くの場合、転写開始部位、RNAポリメラーゼの結合部位、TATAボックスなどの一般的転写因子結合部位、特異的転写因子結合部位などのエレメントまたは機能単位を核酸配列のストレッチ中に含むことを当業者は認識するであろう。エンハンサー、ときにプロモーター配列の末端のイントロンなどのさらなる調節配列も存在し得る。このような機能単位は、互いに直接隣接し得るが、プロモーター機能において直接的な役割を有さない核酸のストレッチによって分離されることもある。当業者は、核酸のストレッチ中のヌクレオチドがプロモーター機能に関連するかどうかを試験するため、および標準的な分子生物学的方法によって、例えば、プロモーター活性を保持しながらその長さを最小限にするために、または活性を最適化するために、所与のプロモーター配列に対するヌクレオチドの除去または付加の効果を試験するために、本明細書中の実施例を参照し得る。また、他のプロモーター(例えば、hCMV)との同一性(のストレッチ)を減少させるために、プロモーターに変異を導入することができる(これらのプロモーターが同じ細胞中に存在するか、または同時に使用されることが意図されている場合)。
本明細書中で使用される場合、「エンハンサー」という用語は、遺伝子またはいくつかの遺伝子の転写を刺激または増強するためにタンパク質(アクチベータータンパク質)によって結合され得る調節DNA配列(例えば、50〜1500bp)を指す。これらのアクチベータータンパク質(別名、転写因子)は、メディエータ複合体と相互作用し、ポリメラーゼIIおよび基本転写因子を動員し、次に遺伝子の転写を開始する。エンハンサーは、一般にシス作用性であるが、それらが調節する1つまたは複数の遺伝子の開始部位の上流または下流に位置し得る。さらに、エンハンサーは、前方向または後方向であり得、かつ転写に影響を及ぼすために転写開始部位の近くに位置する必要はなく、いくつかは、開始部位の数十万塩基対上流または下流に位置することが見出されている。エンハンサーは、イントロン内に見出すこともできる。
本明細書中の配列は、当該技術分野で慣用されているように5’から3’の方向で示される。また、「上流」および「下流」という用語は、当該技術分野で一般に使用されている転写の方向に関してであることにも留意されたい。例えば、慣例により、上流および下流という用語は、RNA転写が起こる5’から3’の方向に関する。上流は、RNA分子の5’末端方向であり、下流は、3’末端方向である。二本鎖DNAを考えると、上流は、対象の遺伝子のコード鎖の5’末端方向であり、下流は、3’末端方向である。DNAの逆平行性により、これは、鋳型鎖の3’末端が遺伝子の上流にあり、5’末端が下流にあることを意味する。
本発明によるAoHV−1プロモーターは、好ましくはTATAボックス配列、例えば、配列番号25の251〜258位に位置する配列を含む。本明細書で定義される「TATAボックス」は、TATA結合タンパク質(TBP)によって結合され得、そしてコンセンサス配列TATAWAWR(ここで、WはAまたはTであり、RはAまたはGである)を有するDNA配列である。それは、通常、転写開始部位の約25〜35塩基対上流に位置する。特定の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、TATAボックス配列TATATAAG(配列番号25の251〜258位)を含む。当業者であれば、AoHV−1プロモーターの前記TATAボックス配列(すなわち、TATATAAG)が、プロモーター活性の予想された有意な減少なしに、類似の標準TATAボックス配列、すなわち、コンセンサス配列TATAWAWR(ここで、WはAまたはTであり、RはAまたはGである)に対応するものによって置換され得ることを理解するであろう。
本発明によるAoHV−1プロモーターはまた、配列番号25の280〜286位に位置するような(推定)イニシエーターエレメント(Inr)(配列:CCATTCG)を含み得る。Inrが存在する実施形態では、AoHV−1プロモーターの前記Inr配列(すなわち、CCATTCG)の、Inr配列YYANWYY(ここで、YはCまたはTであり;NはA、C、GまたはTであり;WはAまたはTである)に主に付着する別の配列による置換が、前記プロモーターの活性に有意に影響を及ぼさないと予想される。
推定Inrが存在する特定の実施形態では、AoHV−1プロモーターは、配列番号25の、251〜258位に対応するTATAボックス、ならびに約nt286までの配列を含む。理論に縛られることを望むものではないが、本発明のAoHV−1プロモーターの特定の実施形態はTATAボックスおよびInrの両方を含むことが有益であり得る。ここで、Inr配列はTATAボックスの第1のntの約25〜40nt下流、例えば、約29〜36nt下流に位置する。
また、Inrが存在しない実施形態では、TATAボックスの下流、および目的の作動可能に連結された遺伝子のコード配列の上流に、少なくとも約25〜35塩基対を含むことが好ましい。本願は、TATAボックスの最初のntの約29〜35nt下流の天然の位置にコンセンサスInr配列をもはや含まないAoHV−1プロモーターの少なくとも1つの例を含むが、そのようなプロモーターはなお活性であり、その位置のInr配列が機能的プロモーターに必須ではないことを示す。
本発明によるAoHV−1プロモーターは、本明細書においては、プロモーター活性を有し、配列番号25の少なくとも50、100、150、200、250、300、または350ヌクレオチドからなる断片に対して少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性を有するか、または100%同一である配列を含む配列と定義される。前記断片は、配列番号25のnt237〜286に対して少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性を有するか、または100%同一である、少なくとも50ntからなる配列を含むことが好ましく、前記少なくとも50ntは、配列番号25中の約nt251〜258に対応する位置に配列TATAWAWR(TATAボックスコンセンサス配列)を含むことが好ましい)。
したがって、特定の好ましい実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号25のnt237−286に対して少なくとも80%の同一性を有する配列を含む。
本発明のAoHV−1プロモーターの3’側トランケーションは、おそらく、配列番号25の約nt286の下流(すなわち、この配列のヌクレオチド282にあると予想される、予想転写開始部位を含む推定Inrの下流)に、プロモーター活性に強い影響を及ぼさずになされ得るが、一方、推定Inr/転写開始部位を除去する、または特に、前記推定Inr/転写開始部位および前記TATAボックスの両方を除去する、より大きな3’側トランケーションは、プロモーター活性を有意に減少させると予想される。実際、AoHV−1ショートプロモーターの3’側トランケーションバージョン(配列番号30)(これは、ヌクレオチド399の下流のAoHV−1配列を含んでいない(すなわち、配列番号25のヌクレオチド287に対応する、配列番号30では推定Inrの下流に1つのAoHV−1ヌクレオチドのみを含む))は、,:プロモーターとしてなお活性であることが示された。
TATAボックスの上流にわずかに120のヌクレオチドを含む比較的短いプロモーター断片(配列番号26)が、有意なプロモーター活性を有しており、これは(例えば、配列番号25におけるように)いくつかのさらなる上流配列を加えることによって、さらにいくらか増大させることができることが、本明細書中に示されている。一方、AoHV−1ショートプロモーター(配列番号30)の3’末端(すなわち、推定Inr/転写開始部位の下流)における、(例えば、配列番号27、配列番号28および配列番号29のような)特定のさらなる下流配列を含むことによる伸長は、活性をさほど増加させないようである。
好ましい実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド201〜286と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%同一であるか、または100%同一である断片を含む。
より好ましい実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド187〜286と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%同一であるか、または100%同一である断片を含む。
より好ましい実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド137〜286と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%同一であるか、または100%同一である断片を含む。
より好ましい実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド131〜286と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%同一であるか、または100%同一である断片を含む。
より好ましい実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド87〜286と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%同一であるか、または100%同一である断片を含む。
より好ましい実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド37〜286と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%同一であるか、または100%同一である断片を含む。
より好ましい実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド1〜286と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%同一であるか、または100%同一である断片を含む。
特定の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号26の少なくとも200のヌクレオチドに対して少なくとも98%の同一性を有する配列を含むことが好ましく(また、少なくともInr、およびTATAボックスを含むその上流の配列、およびさらに上流の配列、例えば、配列番号25の少なくとも約nt87〜286を含むことが好ましい)、配列番号26に対して少なくとも99%の同一性を有するか、または100%同一であるヌクレオチド配列を含むことがより好ましく、配列番号25に対して少なくとも99%の同一性を有するか、または100%同一であるヌクレオチド配列を含むことがより一層好ましい。特定の実施形態では、AoHV−1プロモーターは、配列番号32の断片と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるか、または100%同一である240〜1500ヌクレオチド、好ましくは240〜1000ヌクレオチド、より好ましくは240〜500ヌクレオチドの断片を含み、前記配列番号32の断片は、配列番号25のヌクレオチド201〜286(これは、配列番号32のヌクレオチド1359〜1444に対応する)と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるか、または100%同一である断片を含む。
本発明は、導入遺伝子を有するベクターのサイズ制限との関連で非常に有利であり得る(すなわち、より大きい導入遺伝子を収容することができ、かつ/またはベクターがより安定であり得る)、比較的小さいサイズを有する強力なAoHV−1プロモーターを提供する。したがって、本発明のAoHV−1プロモーターは、好ましくは長さが2000ヌクレオチド(2kb)未満、好ましくは1kb未満、より好ましくは0.8kb未満である。特定の好ましい実施形態では、AoHV−1プロモーターは、700未満、650未満、600未満、550未満、500未満のヌクレオチド長である。特定の好ましい実施形態では、AoHV−1プロモーターは、少なくとも200、少なくとも240、少なくとも250、少なくとも300、少なくとも350、少なくとも400ヌクレオチド長である。特定の好ましい実施形態では、AoHV−1プロモーターは、200〜500、例えば240〜485ヌクレオチド長である。本明細書に示すように、比較的短い配列を有するにもかかわらず、この新規のAoHV−1プロモーターは、驚くべきことに、それが作動可能に連結している導入遺伝子を強力に発現させることができる。
当業者であれば、提供された配列に変異を作ることができ、得られたプロモーターは日常的な方法によってプロモーター活性を試験することができることを認識するであろう。また、配列の変異体は天然に、例えば、ウイルスの異なる単離物中に存在し得、したがって、このような変異体はヌクレオチド配列にいくらかの差異を有し得るが、同一の機能を維持し得る。一般的には、示されたプロモーター配列に対して少なくとも90%の同一性を有する配列は依然として機能的活性を有し、それ故、AoHV−1プロモーターと考えられる。したがって、本発明のAoHV−1プロモーターは、好ましくは、本明細書中で提供される好ましいAoHV−1プロモーター配列、例えば、配列番号1、30、25または26のいずれか1つに対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%もしくは99%の同一性を有するか、または100%同一である配列を含む。当業者であればまた、提供されるプロモーター配列の異なる部分の配列の長さがある程度変化し得、そして実質的に類似の結果が得られ得ることを知っているであろう。本明細書中に例示されるプロモーター配列の断片または変異配列が依然としてプロモーター活性を有するか否かの試験は、当業者であれば本明細書中に開示される情報を用いて過度の負担なしに実施することができる。
本発明のAoHV−1プロモーターの好ましい実施形態は、配列番号26を含むAoHV−1プロモーターである。本発明のAoHV−1プロモーターは、好ましくは、配列番号26、または50、100、150もしくは200ヌクレオチドからなるその断片に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の同一性を有する。特定の好ましい実施形態では、AoHV−1プロモーターは、配列番号26、または少なくとも50、100、150もしくは200ヌクレオチドからなるその断片と100%同一である。
本発明のさらなる好ましいAoHV−1プロモーターは、配列番号25を含むAoHV−1プロモーターである。特定の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、好ましくは、配列番号25、または少なくとも50、100、150、200、250、300もしくは350ヌクレオチドからなるその断片に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%もしくは99%の同一性を有するか、または100%同一である。特定の好ましい実施形態では、AoHV−1プロモーターは、配列番号25、または少なくとも50、100、150、200、250、300もしくは350ヌクレオチドからなるその断片と100%同一である。
さらなる実施形態では、本発明の好ましいAoHV−1プロモーターは、配列番号1または配列番号30を含むAoHV−1ショートプロモーターである。特定の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、好ましくは、配列番号1、または少なくとも50、100、150、200、250、300、350もしくは400ヌクレオチドからなるその断片に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の同一性を有する。特定の好ましい実施形態では、AoHV−1プロモーターは、配列番号1と100%同一であるか、または配列番号30と100%同一であるか、または少なくとも50、100、150、200、250、300、350もしくは400ヌクレオチドからなるこれらの1つの断片と100%同一である。
他の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号22に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性を有するか、または100%同一である配列を含む。
他の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号23に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性を有するか、または100%同一である配列を含む。
他の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号27に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性を有するか、または100%同一である配列を含む。
他の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号28に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性を有するか、または100%同一である配列を含む。
他の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、配列番号29に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性を有するか、または100%同一である配列を含む。
特定の他の実施形態では、本発明のAoHV−1プロモーターは、転写を調節するための1つ以上のオペレーター配列および/またはエンハンサー配列、例えば、tetO配列、クメート(cumate)オペロン由来のオペレーター配列、SV40またはhCMVのような天然に存在するエンハンサー−プロモーター対由来のエンハンサー(Foecking & Hofstetter,1986)、合成エンハンサー(Schlabach,Hu,Li,& Elledge,2010)、または当業者によく知られている他の調節配列に作動可能に連結されたコアプロモーター(配列番号31)を含む。本明細書中で使用される場合、「コアプロモーター」という用語は、それ自体のプロモーター活性は非常に低いが、コアプロモーターからの転写を調節する1つ以上の調節配列、例えば、テトラサイクリン制御トランスアクチベータータンパク質(tTA)によって結合され得るtetO配列と組み合わされると、導入遺伝子の強力な発現を駆動し得る、プロモーターの最小機能単位を意味するものとする。コアプロモーター配列に関する議論については、例えば、(Smale,2001)を参照されたい。
AoHV−1プロモーターに作動可能に連結された導入遺伝子は、強力に発現され得る。本明細書中で使用される場合、「強力に発現される」または「強力な発現」は、例えば、ウエスタンブロット、FACS分析、または発光もしくは蛍光を使用する他のアッセイなどの種々のタンパク質検出手法の1つによって測定された場合に、AoHV−1プロモーターからの発現が、hCMVプロモーター(配列番号4を有する)からの発現の少なくとも約30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、もしくは好ましくは約100%、またはそれ以上であることを意味する。注目すべきことに、hCMVプロモーターは、hPGK、UBI CまたはRSV LTRプロモーターなどの他の一般に使用されるプロモーターと比較して、はるかに強力である(Powell,Rivera−Soto,& Gray,2015)。hCMVプロモーターは、ヒトサイトメガロウイルスの主要最初期(mIE)領域に由来し、ワクチンおよび遺伝子治療ベクターにおける強力な遺伝子発現のために頻繁に使用される。例えば、hCMVプロモーター配列は、hCMV AD169株mIE遺伝子座(X03922)に由来し得、かつNF1結合部位、エンハンサー領域、TATAボックスおよび第1のエキソンの一部を含み得る。より短い(例えば、エンハンサーおよびプロモーター領域のみを含み、NF1結合部位を欠く)またはより長い(例えば、追加の細胞因子結合部位および第1のイントロン配列を含む)他のhCMVプロモーター配列が知られている。長さが異なるこれらのhCMVプロモーターは全て、強力な遍在的に活性なプロモーターであることがわかった。トランケートされたhCMVプロモーターの例は、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第7,407,801号明細書に開示されている。本明細書で使用される場合、「hCMVプロモーター」は、配列番号4のnt578〜736、好ましくはnt564〜736に対して、少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。本発明者らの研究室における実験(示さず)で、配列番号4のnt578〜736の断片がプロモーター活性を有することが示され、また配列番号4のnt564〜736に対していくつかのミスマッチを有する配列が良好な発現レベルを提供することが、他(例えば、米国特許公報第7、407、801B2号明細書、その中の配列番号1)によって示されている。特定の実施形態では、hCMVプロモーターは、配列番号4に対して、少なくとも80%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。本明細書に記載の発現レベルの比較のためのhCMVプロモーター配列は、配列番号4であった。例えば、ベクター中の本発明のAoHV−1プロモーターからの発現レベルは、好ましくは、導入遺伝子が配列番号4のhCMVプロモーターの制御下にあるベクターからの発現レベルの少なくとも約30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、もしくは好ましくは約100%、またはそれ以上である。さらに、hCMVプロモーターの制御下で抗原を発現するrAdから、発現が、有意なT細胞およびB細胞免疫応答を生じさせるのに十分であることは知られている。同様に、rAd由来の本発明のAoHV−1プロモーターによって発現される導入遺伝子の発現は、導入遺伝子に対し有意なT細胞およびB細胞免疫応答を生じさせると予想される。例えば、導入遺伝子が対象に投与された際に免疫応答を誘発する抗原をコードする場合、導入遺伝子の強力な発現が、抗原に対して測定可能な免疫応答を生じさせると予測される。
本開示で使用される数値に関する「約」という用語は、値±10%を意味する。
「コード配列」、「コードする配列」、または「コードする」という用語は、本明細書では同義的に使用され、適切な調節配列に作動可能に連結されると、インビトロまたはインビボで転写され(DNA)、ポリペプチドに翻訳される(mRNA)、核酸配列を指す。
ポリアデニル化シグナル、例えば、ウシ成長ホルモンポリAシグナル(米国特許第5,122,458号明細書)またはSV40ポリAシグナルは、導入遺伝子の後方に存在し得る。
さらなる調節配列もまた、本発明のAoHV−1プロモーターを含むコンストラクトに付加し得る。「調節配列」という用語は、本明細書中で「調節エレメント」と同義的に使用され、それが作動可能に連結している核酸配列の転写を調節し、したがって転写調節因子として働く核酸断片(典型的にはDNAであるが、これに限定されない)を指す。この発現の調節は、タンパク質の発現が宿主細胞に対して有害である場合、例えば、発現が宿主細胞に対して致死的である、または細胞の増殖に負の影響を及ぼす、かつ/またはタンパク質産生を低減もしくは排除する場合に特に有用であり得る。さらに、発現の調節はまた、発現がベクター不安定性を引き起こす場合、またはインビトロまたはインビボで行われる実験のために発現時期が考慮される場合にも有用であり得る。調節配列は、多くは、転写タンパク質および/または転写を活性化または抑制する転写因子の核酸結合ドメインによって認識される核酸配列を含む。例えば、調節配列は、発現がテトラサイクリンリプレッサータンパク質(tetR)の存在下で阻害されるように、1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10など)のテトラサイクリンオペレーター配列(tetO部位)を含み得る(例えば、国際公開第1999/000510A1を参照されたい)。単一tetO配列の例は、CCCTATCAGTGATAGAG(配列番号14)である。テトラサイクリンの非存在下では、tetRタンパク質は、tetO部位に結合し、このtetO部位に作動可能に連結した遺伝子の転写を抑制することができる。しかし、テトラサイクリンの存在下では、tetRタンパク質は立体構造が変化し、オペレーター配列への結合が妨げられ、作動可能に連結した遺伝子の転写を生じさせる。特定の実施形態では、本発明のベクターまたはrAdは、tetRタンパク質が発現するプロデューサー細胞株で産生されるベクター中で1つ以上の導入遺伝子の発現が阻害されるように、任意選択的に、AoHV−1プロモーターに作動可能に連結された1つ以上のtetO部位を含み得る。その後、tetRタンパク質を発現しない対象または細胞にそのベクターが導入されると、発現は阻害されない(例えば、国際公開第07/073513号パンフレットを参照されたい)。特定の他の実施形態では、本発明のベクターは、任意選択的に、クメート(cumate)遺伝子スイッチ系を含み得る。そこでは、発現の調節が、例えば、プロモーター下流の転写開始部位近傍に配置することによって作動可能に連結されたオペレーター部位(CuO)にリプレッサー(CymR)が結合することによって媒介される(例えば、(Mullick et al.,2006)を参照されたい)。他の実施形態では、よく知られているlacリプレッサー系が、本発明のプロモーターと組み合わされ、この場合、1つ以上のlacオペレーター部位がプロモーターに作動可能に連結され、その結果、lacリプレッサータンパク質の結合が発現を調節するために使用され得る。
本明細書で使用される場合、「リプレッサー」という用語は、組換え発現ベクターの異種タンパク質産物の生成に対して阻害し、干渉し、遅延させ、かつ/または抑制する能力を有する実体(例えば、タンパク質または他の分子)を指す。例えば、発現カセット内などの発現ベクターに沿う適切な位置での結合部位との干渉によるものである。リプレッサーの例としては、tetR、CymR、lacリプレッサー、trpリプレッサー、galリプレッサー、ラムダリプレッサー、および当該技術分野で知られている他の適切なリプレッサーが挙げられる。
「作動可能に連結された」または「作動的に連結された」という用語は、本明細書では同義的に使用され、核酸配列と、プロモーター、エンハンサー、リプレッサー、転写および翻訳終結部位、ならびに他のシグナル配列などのヌクレオチド制御配列との機能的関係を指し、2つ以上のDNA断片がそれらの意図した目的のために協力して機能するように結合することを意味する。例えば、典型的にはDNAである核酸配列と、調節配列またはプロモーター領域との作動可能な連結は、DNAを特異的に認識し、それに結合し、それを転写するRNAポリメラーゼにより、そのようなDNAの転写が調節配列またはプロモーターから開始されるような、DNAと調節配列またはプロモーターとの間の物理的かつ機能的な関係を指す。発現および/またはインビトロ転写を最適化するために、それが発現される細胞型における核酸またはDNAの発現のための調節配列を改変することが可能であり得る。そのような改変の望ましさまたは必要性は、経験的に決定し得る。
本発明はまた、細胞内で導入遺伝子を発現させる方法であって、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換えウイルス、例えば、組換えアデノウイルスを細胞に提供することを含む方法を提供する。組換えアデノウイルスの細胞への提供は、アデノウイルスを対象へ投与することにより、またはインビトロもしくはエクスビボでアデノウイルスを細胞へ導入(例えば、感染)することにより行われ得る。特定の実施形態では、本発明は、例えば、組換えアデノウイルスを対象に投与することにより、細胞内で導入遺伝子を発現するために使用する組換えアデノウイルスベクターを提供する。
本発明はまた、細胞内で導入遺伝子を発現させる方法であって、例えば、目的のタンパク質(目的のタンパク質は、例えば、治療用タンパク質または抗原である)などの発現産物をコードする導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換えウイルス、例えば、組換えアデノウイルスを細胞に提供することを含む方法を提供する。
本発明はまた、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むベクター、例えば、組換えアデノウイルスを対象に投与することを含む、抗原に対する免疫応答を誘導する方法を提供する。本発明はまた、抗原に対する免疫応答を誘導するために使用する、本発明によるベクターまたは組換えアデノウイルスを提供する。
本発明のAoHV−1プロモーターは、特定の実施形態では、例えば、ワクチンの適用においてこれらの抗原に対する免疫応答を生成する目的で、抗原の発現を駆動するために使用することができる。導入遺伝子の同一性は、本発明では重要でなく、このことは、例えば、任意の導入遺伝子を含むベクターまたはアデノウイルスに適している。好適な導入遺伝子は、当業者によく知られており、例えば、遺伝子治療目的などで治療効果を有するポリペプチド、またはワクチン接種目的でベクター、例えばrAdベクターを使用した場合に免疫応答が所望されるポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームなどの導入遺伝子オープンリーディングフレームを挙げることができる。特に好ましい異種核酸は、免疫応答を生じさせる必要がある抗原決定基をコードする目的の遺伝子である。このような抗原決定基も、通常、抗原と称される。組換えベクターが対象に投与されると、抗原に対する免疫応答が生じる。任意の所望の抗原がベクターによってコードされ得る。本発明による典型的な実施形態では、抗原は、疾患または病態を引き起こし得る、生物に由来するペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質である。したがって、好ましいさらなる実施形態では、前記目的の異種核酸は、免疫原性(または抗原性)決定基をコードする。より好ましくは、前記免疫原性決定基は、細菌、ウイルス、酵母または寄生生物に由来する抗原である。このような生物によって引き起こされる疾患は、一般に「感染症」と称される(したがって、疾患は、「感染する」生物に限定されず、宿主に侵入して疾患を引き起こすものも含む)。例えば腫瘍抗原などのいわゆる「自己抗原」も最新技術の一部を形成し、本発明による組換えベクター中の異種核酸によってコードされ得る。抗原決定基(または抗原)を取得する非限定的な例は、熱帯熱マラリア原虫(Plasmodium falciparum)などのマラリアを引き起こす生物、マイコバクテリウム・ツベルクローシス(Mycobacterium tuberculosis)などの結核を引き起こす生物、酵母、またはウイルスである。他の好ましい実施形態では、フラビウイルス(例えば、西ナイルウイルス、C型肝炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、デングウイルス、ジカウイルス)、エボラウイルス、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、およびマールブルグウイルスなどのウイルスに由来する抗原が本発明による組成物で使用され得る。抗原の例示的な非限定的実施形態は、熱帯熱マラリア原虫(P.falciparum)由来のCSタンパク質またはその免疫原性部分、M.ツベロクローシス(M.tuberculosis)由来の1つの抗原のタンパク質、またはいくつかの抗原の融合タンパク質、例えばAg85A、Ag85Bおよび/またはTB10.4タンパク質もしくはその免疫原性部分、ウイルス糖タンパク質またはその免疫原性部分、例えばエボラウイルスまたはマールブルグウイルスなどの糸状ウイルス由来のGP、gag、pol、env、nef、もしくはその変異体などのHIVタンパク質、あるいはインフルエンザウイルス由来のHA、NA、M、もしくはNPタンパク質、またはこれらのいずれかの免疫原性部分、あるいは呼吸器合胞体ウイルス(RSV)抗原、例えばRSV Fタンパク質もしくはRSV Gタンパク質、その両方、または他のRSVタンパク質、ヒトパピローマウイルスもしくは他のウイルスの抗原などである。組換えベクター、例えば、rAdは1つの抗原をコードし得るが、任意選択的に、同じ生物由来の2つの異なる抗原、または任意選択的に、異なる生物由来の抗原の組み合わせ、例えば、第1の生物由来の第1の抗原および第2の生物由来の第2の抗原をコードし得る。例えば、抗原、およびToll様受容体(TLR)アゴニスト、例えばdsRNAまたはその模倣体などのTLR3アゴニストなど、抗原および例えばアジュバントを同じrAdベクターなどのベクターへコードすることも可能である(例えば、国際公開第2007/100908号パンフレット)。特定の実施形態では、組換えベクター、例えば、組換えアデノウイルスは2つの異なる抗原(1つはAoHV−1プロモーターの制御下にあり、1つは、異なるプロモーター(例えば、hCMVプロモーター)の制御下にある)をコードする。他の実施形態では、ベクターまたは組換えウイルスは抗原および免疫モジュレーターをコードし、そのうちの1つはAoHV−1プロモーターの制御下にあり、他は異なるプロモーター、例えばhCMVプロモーターの制御下にある。特定の実施形態では、さらなる異種配列または導入遺伝子が、AoHV−1プロモーターの制御下にある導入遺伝子に加えて、ベクターまたは組換えウイルス中に存在し得る。
本発明はまた、導入遺伝子に作動可能に連結された本発明のAoHV−1プロモーターを含む組換えDNA分子を提供する。本発明はまた、導入遺伝子に作動可能に連結された本発明のAoHV−1プロモーターを含む組換えアデノウイルスを提供する。当業者は、これがまた、一緒になって本発明の単一組換えDNA分子を形成し得る、少なくとも2つの異なる組換えDNA分子の組み合わせであり得ることを認識するであろう。そのような分子は、ゲノムを操作し、新規の組換えアデノウイルスを作製する上で有用である。ゲノムは、許容細胞におけるアデノウイルスの複製およびパッケージングに必要なタンパク質をコードする。
本明細書で使用される場合、組換えアデノウイルスの「組換え」という用語は、野生型アデノウイルスとは対照的に、人の手によって改変されていることを意味し、例えば、異種遺伝子、異種遺伝子群、またはその一部、および導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む。
アデノウイルスベクター、それらを構築する方法、およびそれらを増殖させる方法は、当該技術分野でよく知られており、例えば米国特許第5,559,099号明細書、米国特許第5,837,511号明細書、米国特許第5,846,782号明細書、米国特許第5,851,806号明細書、米国特許第5,994,106号明細書、米国特許第5,994,128号明細書、米国特許第5,965,541号明細書、米国特許第5,981,225号明細書、米国特許第6,040,174号明細書、米国特許第6,020,191号明細書、米国特許第6,113,913号明細書、および米国特許第8,932,607号明細書、ならびにThomas Shenk,“Adenoviridae and their Replication”M.S.Horowitz,“Adenoviruses”,Chapters 67 and 68,respectively,in Virology,B.N.Fields et al.,eds.,3d ed.,Raven Press,Ltd.,New York(1996)、および本明細書で言及している他の参考文献に記載されている。一般に、アデノウイルスベクターの構築は、例えば、Sambrook et al.,Molecular Cloning,a Laboratory Manual,2d ed.,Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1989)、Watson et al.,Recombinant DNA,2d ed.,Scientific American Books(1992)、およびAusubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology,Wiley Interscience Publishers,NY(1995)、ならびに本明細書で言及している他の参考文献に記載されているものなど、当該技術分野でよく知られている標準的な分子生物学的手法の使用を含む。
本発明によるアデノウイルスは、アデノウイルス科(Adenoviridae)に属し、好ましくはマストアデノウイルス属(Mastadenovirus)に属するものである。それは、ヒトアデノウイルスであり得るが、他の種に感染するアデノウイルス、例えば、以下に限定はされないが、ウシアデノウイルス(例えば、ウシアデノウイルス3、BAdV3)、イヌアデノウイルス(例えば、CAdV2)、ブタアデノウイルス(例えば、PAdV3または5)、またはシミアンアデノウイルス(チンパンジーアデノウイルスまたはゴリラアデノウイルスなどのサルアデノウイルスおよび類人猿アデノウイルスを含む)でもあり得る。好ましくは、アデノウイルスは、ヒトアデノウイルス(HAdVまたはAdHu;本発明では、種を示さずにAdに言及する場合はヒトアデノウイルスを意味し、例えば、簡略表記の「Ad5」は、ヒトアデノウイルス血清型5であるHAdV5と同じものを意味する)、あるいはチンパンジーもしくはゴリラアデノウイルス(ChAd、AdCh、またはSAdV)、またはアカゲザルアデノウイルスなどのシミアンアデノウイルス(RhAd)である。
最も進んだ研究は、ヒトアデノウイルスを用いて実施されており、本発明の特定の態様ではヒトアデノウイルスが好ましい。特定の好ましい実施形態では、本発明による組換えアデノウイルスは、ヒトアデノウイルスをベースとする。好ましい実施形態では、組換えアデノウイルスは、ヒトアデノウイルス血清型5、11、26、34、35、48、49または50をベースとする。本発明の特に好ましい実施形態によれば、アデノウイルスは、血清型26および35の1つのヒトアデノウイルスである。これらの血清型の利点は、ヒト集団における低い血清陽性率および/または低い既存の中和抗体力価である。rAd26ベクターの調製は、例えば、国際公開第2007/104792号パンフレットおよび(Abbink et al.,2007)に記載されている。 Ad26のゲノム配列の例は、GenBankアクセッション番号 EF153474および国際公開第2007/104792号パンフレットの配列番号1に見出される。rAd35ベクターの調製は、例えば、米国特許第7,270,811号明細書、国際公開第00/70071号パンフレットおよび(Vogels et al.,2003)に記載されている。 Ad35のゲノム配列の例は、GenBankアクセッション番号 AC_000019、および国際公開第00/70071号パンフレットの図6に見出される。
上記のヒトおよび非ヒトアデノウイルスの大多数の配列は知られており、その他については日常的な手順を用いて得ることができる。
本発明による組換えアデノウイルスは、複製コンピテントまたは複製欠損であり得る。
特定の実施形態では、アデノウイルスは、複製欠損であり、例えば、これは、このアデノウイルスがゲノムのE1領域に欠失を含むためである。「E1領域における欠失」は、野生型アデノウイルスと比較したときのこの領域における欠失を意味し、E1A、E1B 55KまたはE1B 21Kコード領域の少なくとも1つの欠失、好ましくはE1A、E1B 55K、およびE1B21Kコード領域の欠失を意味する。当業者に知られているように、アデノウイルスゲノムからの必須領域が欠失している場合、これらの領域でコードされる機能は、好ましくは、プロデューサー細胞によってトランスに提供される必要がある。すなわち、E1、E2および/またはE4領域の一部または全部がアデノウイルスから欠失している場合、これらは、プロデューサー細胞内、例えばそのゲノムに組み込まれ、またはいわゆるヘルパーアデノウイルスもしくはヘルパープラスミドの形態で存在する必要がある。アデノウイルスは、E3領域内にも欠失を有し得るが、これは複製に不要であるため、そのような欠失は補完される必要はない。
使用可能なプロデューサー細胞(当該技術分野および本明細書では、時に「パッケージング細胞」または「補完細胞」とも称される)は、所望のアデノウイルスが増殖し得る任意のプロデューサー細胞であり得る。例えば、組換えアデノウイルスベクターの増殖は、アデノウイルス内の欠損を補完するプロデューサー細胞内で行われる。そのようなプロデューサー細胞は、好ましくは、それらのゲノム内に少なくとも1つのアデノウイルスE1配列を有し、それによりE1領域内に欠失を有する組換えアデノウイルスを補完することができる。E1によって不死化されたヒト網膜細胞、例えば911またはPER.C6細胞(例えば、米国特許第5,994,128号明細書を参照されたい)、E1−形質転換羊膜細胞(例えば、欧州特許第1230354号明細書を参照されたい)、E1−形質転換A549細胞(例えば、国際公開第98/39411号パンフレット、米国特許第5,891,690号明細書を参照されたい)、GH329:ヒーラ細胞(Gao,Engdahl,& Wilson,2000)、293細胞などの任意のE1−補完プロデューサー細胞を使用することができる。(Gao,Engdahl,& Wilson,2000)特定の実施形態では、プロデューサー細胞は、例えば、HEK293細胞、またはPER.C6細胞、または911細胞、またはIT293SF細胞などである。
当業者であれば、アデノウイルスに加えて、他のウイルスも、本発明のAoHV−1プロモーターを使用するウイルスベクターとしての使用に好適であることを認識するであろう。例えば、アデノ随伴ウイルス(AAV)、単純ヘルペスウイルス(HSV)、麻疹ウイルス、アルファウイルス、EBNAウイルス、レトロウイルス、ポックスウイルスおよびレンチウイルスなどのパラミクソウイルスなどもまた、本発明のAoHV−1プロモーターを含むように操作され得る。例えば、(Heilbronn & Weger,2010;Robbins & Ghivizzani,1998;Walther & Stein,2000)で論じられているような異なるベクターについての総説を参照されたい。(Heilbronn & Weger,2010;Robbins & Ghivizzani,1998;Walther & Stein,2000)
ヒトに投与するために、例えば、ベクター、組換えウイルス、または本発明の方法を用いて発現される組換えタンパク質、例えば、rAd、または本発明のAoHV−1プロモーターを用いて発現される組換えタンパク質、および薬学的に許容される担体または賦形剤を含む医薬組成物を使用し得る。本発明との関連では、「薬学的に許容される」という用語は、担体または賦形剤が、使用する投与量および濃度で、それらを投与された被験体に望ましくない影響や有害な影響を引き起こさないことを意味する。このような薬学的に許容される担体および賦形剤は、当該技術分野でよく知られている(Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th edition,A.R.Gennaro,Ed.,Mack Publishing Company[1990];Pharmaceutical Formulation Development of Peptides and Proteins,S.Frokjaer and L.Hovgaard,Eds.,Taylor & Francis[2000];およびHandbook of Pharmaceutical Excipients,3rd edition,A.Kibbe,Ed.,Pharmaceutical Press[2000]を参照されたい)。精製されたベクター、例えばrAd、またはタンパク質は、好ましくは、滅菌溶液として処方され、投与されるが、凍結乾燥製剤を利用することも可能である。滅菌溶液は、滅菌ろ過または当該技術分野でそれ自体知られている他の方法によって調製される。その後、溶液は、凍結乾燥されるか、または医薬投与容器に充填される。溶液のpHは、一般に、pH3.0〜9.5、例えばpH5.0〜7.5の範囲である。ベクターもしくはrAdまたはタンパク質は一般的には好適な緩衝剤を有する溶液中にあり、そしてこの溶液は塩も含み得る。任意選択により、アルブミンなどの安定剤が含まれ得る。特定の実施形態では、洗浄剤が添加される。特定の実施形態では、ベクター、rAdまたはタンパク質は、注射用製剤に製剤化され得る。これらの製剤は、薬剤成分、例えば、ベクター、rAdまたはポリペプチドを有効量含有し、滅菌溶液、懸濁液または凍結乾燥バージョンであり、任意選択的に安定剤または賦形剤を含有する。医薬製剤は種々の投与経路、例えば、筋肉内または皮内注射、吸入、静脈内投与、経口投与など用に調製することができる。
アデノウイルス製剤の例は、アデノウイルス世界標準(Hoganson et al.,2002):20mM トリス pH8、25mM NaCl、2.5%グリセロール;または20mM トリス、2mM MgCl、25mM NaCl、スクロース10w/v%、ポリソルベート−80 0.02w/v%;または10〜25mM クエン酸塩緩衝剤 pH5.9〜6.2、4〜6%(w/w)ヒドロキシプロピル−ベータ−シクロデキストリン(HBCD)、70〜100mM NaCl、0.018〜0.035%(w/w)ポリソルベート−80、および、任意選択により0.3〜0.45%(w/w)エタノールである。明らかに、多くの他の緩衝液を用いることができ、貯蔵や精製医薬製剤の医薬投与に好適な製剤が数例知られている。
特定の実施形態では、本発明のベクターまたは組換えウイルス、例えば、rAdを含む組成物は、1つ以上のアジュバントをさらに含む。適用される抗原決定基に対する免疫応答をさらに増大させるアジュバントは、当該技術分野で知られており、アデノウイルスおよび好適なアジュバントを含む医薬組成物は、例えば、国際公開第2007/110409号パンフレット(参照により本明細書に組み込まれる)に開示されている。「アジュバント」および「免疫刺激剤」という用語は、本明細書では同義的に使用され、免疫系の刺激を引き起こす1種以上の物質と定義される。この場合、アジュバントは、本発明のアデノウイルスベクターの免疫応答を増強させるために使用される。好適なアジュバントの例としては、水酸化アルミニウムおよび/またはリン酸アルミニウムなどのアルミニウム塩;MF59などのスクアレン−水エマルションをはじめとする油エマルション組成物(または水中油型組成物)(例えば、国際公開第90/14837号パンフレットを参照されたい);例えば、QS21および免疫賦活性錯体(ISCOMS)などのサポニン製剤(例えば、米国特許第5,057,540号明細書;および国際公開第90/03184号パンフレット、国際公開第96/11711号パンフレット、国際公開第2004/004762号パンフレット、国際公開第2005/002620号パンフレットを参照されたい);細菌または微生物の派生物(その例として、モノホスホリルリピドA(MPL)、3−O−脱アシル化MPL(3dMPL)、CpGモチーフ含有オリゴヌクレオチド、ADPリボース化細菌毒素またはそれらの変異体(大腸菌(E.coli)易熱性エンテロトキシンLT、コレラ毒素CTなど)がある)が挙げられる。例えば、C4結合タンパク質(C4bp)のオリゴマー化ドメインと目的の抗原との融合をコードする異種核酸(Ogun,Dumon−Seignovert,Marchand,Holder,& Hill,2008)、またはdsRNAなどのTLR3アゴニストなどのトール様受容体(TLR)アゴニストをコードする異種核酸(例えば、国際公開第2007/100908号パンフレットを参照されたい)、または免疫賦活性サイトカイン、例えば、インターロイキン、例えば、IL−12をコードする異種核酸(例えば、米国特許第5,723,127号明細書を参照されたい)などを使用することによって、ベクターコードアジュバントを使用することも可能である。
本発明による医薬組成物は、特定の実施形態では、ワクチンであり得る。
本発明のベクターまたは組換えウイルス、例えば、アデノウイルス組成物の投与は、標準的な投与経路を使用して行われ得る。非限定的な実施形態としては、例えば、皮内、筋肉内などの注射などによる非経口投与、あるいは皮下もしくは経皮、または、例えば鼻腔内、口腔などの粘膜投与が挙げられる。当業者は、ワクチン中の抗原に対する免疫応答を誘導するために、組成物、例えばワクチンを投与する様々な可能性を認識している。
アデノウイルス組成物は、対象、例えばヒト対象に投与され得る。1回の投与で対象に提供されるアデノウイルスの総用量は、当業者に知られているように様々であり得、一般に1×10ウイルス粒子(vp)〜1×1012vp、好ましくは1×10vp〜1×1011vp、例えば3×10〜5×1010vp、例えば10〜3×1010vpである。
本明細書で用いられる対象は、好ましくは、哺乳動物、例えば、齧歯類(例えばマウス)、または非ヒト霊長類、またはヒトである。好ましくは、対象は、ヒト対象である。
1種以上のワクチンの1回以上の追加免疫投与を提供することも可能である。追加ワクチン接種を行う場合、一般に、そのような追加ワクチン接種は、組成物を対象に最初に投与(このような場合、「初回ワクチン接種」と称される)した後、1週間〜1年、好ましくは2週間〜4カ月の時点で、同じ対象に投与されるであろう。代替の追加免疫レジメンでは、異なるベクター、例えば、血清型の異なる1つ以上のアデノウイルス、またはMVAなどの他のベクター、またはDNA、またはタンパク質を初回ワクチン接種または追加ワクチン接種として対象に投与することも可能である。
本明細書全体にわたり、特許、公開公報、技術論文および学術論文などの各種刊行物が括弧に入れて引用されており、それぞれの完全引用は、本明細書の最後に見出し得る。これらの引用刊行物はそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施形態
実施形態1は、異種導入遺伝子に作動可能に連結されたヨザルヘルペスウイルス(Aotine Herpesvirus)主要最初期プロモーター(AoHV−1プロモーター)を含む組換え核酸分子である。
実施形態2は、AoHV−1プロモーターと、それに続く多重クローニング部位とを含むプラスミドベクターである。
実施形態3は、AoHV−1プロモーターがAoHV−1プロモーターからの転写を調節する調節配列に作動可能に連結されている、実施形態1の組換え核酸分子または実施形態2のプラスミドベクターである。
実施形態4は、AoHV−1プロモーターが1つ以上のテトラサイクリンオペレーター配列(tetO部位)を含む調節配列に作動可能に連結されている、実施形態1の組換え核酸分子または実施形態2のプラスミドベクターである。
実施形態5は、実施形態1、3または4のいずれか1つに記載の組換え核酸分子を含む、組換えベクターまたは組換えウイルスである。
実施形態6は、ベクターがプラスミドベクターである、実施形態5に記載の組換えベクターである。
実施形態7は、ウイルスがアデノウイルスである、実施形態5に記載の組換えウイルスである。
実施形態8は、アデノウイルスがそのゲノムの領域に欠失を有する、実施形態7に記載の組換えアデノウイルスである。
実施形態9は、欠失がE1領域、E3領域、またはE1領域およびE3領域にある、実施形態8に記載の組換えアデノウイルスである。
実施形態10は、実施形態1、3または4に記載の組換え核酸分子、実施形態2、3または4に記載のプラスミドベクター、あるいは実施形態5〜9のいずれか1つに記載の組換えベクターまたは組換えウイルスを含む細胞である。
実施形態11は、そのゲノム中にAoHV−1プロモーターを含む組換え核酸分子を含む細胞であり、好ましくは、前記プロモーターは目的のタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されている細胞である。
実施形態12は、(i)第1の導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換え核酸分子、および(ii)第2の導入遺伝子に作動可能に連結されたhCMVプロモーターを含む組換え核酸分子を含む細胞である。
実施形態13は、(i)第1の導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換え核酸分子、および(ii)第2の導入遺伝子に作動可能に連結されたhCMVプロモーターを含む組換え核酸分子を含むベクターである。
実施形態14は、導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換えアデノウイルスを作製する方法であって、アデノウイルスが標的細胞に感染すると、導入遺伝子は強力に発現される方法において、
a)導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含むコンストラクトを調製する工程;および
b)前記コンストラクトを組換えアデノウイルスのゲノムに組み込む工程
を含む方法である。
実施形態15は、目的のタンパク質をコードする導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む組換え核酸分子を作製する方法であって、AoHV−1プロモーターに作動可能に連結された導入遺伝子の分子クローニングを含む方法である。
実施形態16は、実施形態7〜9のいずれか1つに記載の組換えアデノウイルスのゲノムを含む組換えDNA分子である。
実施形態17は、AoHV−1プロモーターを細胞に導入する工程、およびAoHV−1プロモーターをゲノムに組み込む工程を含む、実施形態11の細胞を作製する方法であり、好ましくは、前記プロモーターは目的のタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されている方法である。
実施形態18は、目的の発現産物を生産する方法であって、宿主細胞で目的の発現産物をコードする導入遺伝子を発現させる工程を含む方法において、導入遺伝子はAoHV−1プロモーターに作動可能に連結されている方法である。
実施形態19は、発現産物がタンパク質である、実施形態18の方法である。
実施形態20は、実施形態1、3、4、5または6のいずれか1つに記載の組換え核酸分子由来の導入遺伝子を宿主細胞で発現させることを含む、目的の導入遺伝子を発現させる方法である。
実施形態21は、目的の導入遺伝子が宿主細胞で発現される目的のタンパク質をコードする、実施形態20の方法である。
実施形態22は、宿主細胞から、または宿主細胞が培養されている培養培地から、または宿主細胞および培養培地の両方から、目的のタンパク質を回収する工程をさらに含む、実施形態19または21の方法である。
実施形態24は、ウイルスを作製する方法であって、前記ウイルスを増殖させる機能を有する遺伝子を発現させる細胞中でウイルスを増殖させる工程を含む方法において、前記遺伝子はAoHV−1プロモーターの制御下にある方法である。
実施形態25は、前記ウイルスがそれ自体のゲノムから機能的形態の前記遺伝子を生成せず、かつ前記遺伝子が前記ウイルスの複製に必須である、実施形態24に記載の方法である。
実施形態26は、実施形態5〜9のいずれか1つに記載の組換えベクターまたは組換えウイルス、および薬学的に許容される担体または賦形剤を含む医薬組成物である。
実施形態27は、ゲノム中のAoHV−1プロモーターがテトラサイクリンリプレッサー(TetR)タンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されている、実施形態11に記載の細胞である。
実施形態28は、第1の導入遺伝子がTetRをコードする、実施形態12に記載の細胞である。
実施形態29は、第2の導入遺伝子に作動可能に連結されたhCMVプロモーターを含む組換え核酸分子を含む組換えアデノウイルスをさらに含む、実施形態28に記載の細胞である。
実施形態30は、hCMVプロモーターがTetRによって、例えば、1つ以上のtetO部位に作動可能に連結されることによって調節され得る、実施形態29に記載の細胞である。
実施形態31は、細胞がPER.C6細胞である、実施形態27、28、29、または30に記載の細胞である。
実施形態32は、導入遺伝子がTetRをコードする、実施形態20に記載の方法である。
実施形態33は、細胞がPER.C6細胞である、実施形態32に記載の方法である。
実施形態34は、組換えアデノウイルスを増殖させる方法であって、実施形態27、29、または31に記載の細胞中で、1つ以上のtetO部位に作動可能に連結されたhCMVプロモーターの制御下で、導入遺伝子をコードする組換えアデノウイルスを増殖させる工程、および、好ましくは、組換えアデノウイルスを単離する工程を含む方法である。
実施形態35は、AoHV−1プロモーターが、配列番号25のnt237〜286に対して少なくとも80%の同一性を有する配列を含む、実施形態1〜34のいずれか1つである。
実施形態36は、AoHV−1プロモーターが配列番号25のnt237〜286に対して少なくとも86%の同一性、好ましくは少なくとも90%の同一性、好ましくは少なくとも96%の同一性、好ましくは少なくとも98%の同一性、より好ましくは100%の同一性を有する配列を含む、実施形態1〜35のいずれか1つである。
実施形態37は、AoHV−1プロモーターが、配列番号25のnt131〜286に対して少なくとも90%の同一性を有する配列を含む、実施形態1〜36のいずれか1つである。
実施形態38は、AoHV−1プロモーターが、配列番号31を少なくとも95%同一である配列を含む、実施形態1〜37のいずれか1つである。
実施形態39は、AoHV−1プロモーターが配列番号32の240〜1500ヌクレオチド、好ましくは240〜1000ヌクレオチド、より好ましくは240〜500ヌクレオチドを含む、実施形態1〜38のいずれか1つである。
実施形態40は、AoHV−1プロモーターが、配列番号26を含む、実施形態1〜39のいずれか1つである。
実施形態41は、AoHV−1プロモーターが、配列番号25の少なくとも300ヌクレオチドからなる断片と少なくとも95%同一である配列を含む、実施形態1〜40のいずれか1つである。
実施形態42は、AoHV−1プロモーターが配列番号25を含む、実施形態1〜41のいずれか1つである。
実施形態43は、AoHV−1プロモーターが、配列番号1の少なくとも400ヌクレオチドからなる断片と少なくとも95%同一である配列を含む、実施形態1〜42のいずれか1つである。
実施形態44は、AoHV−1プロモーターが配列番号1または配列番号30を含む、実施形態43である。
実施形態45は、好ましくは細胞のゲノム内に、配列番号20を含む導入遺伝子を含む細胞である。,
実施形態46は、細胞はPER.C6細胞である、実施形態45に記載の細胞である。
さらなる説明なしに、当業者であれば、ここまでの説明ならびに次の具体的な方法および実施例により、本発明を作成して使用し、かつ請求項に記載された方法を実施することができるであろう。したがって、次の実施例は、本発明のいくつかの実施形態、特徴および利点を具体的に示すが、本開示の残りの部分を限定するものとして決して解釈されるべきではない。実施例は、単に本発明を明確にするに過ぎない。
方法
細胞培養:
HEK293細胞を、10%ウシ胎児血清(FBS)を含むダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)中で維持した。ベロ細胞を、5%ウシ胎児血清(FBS)を補充した最小必須培地(MEM、Life Technologies)中で培養した。PER.C6細胞(Fallaux et al.,1998)を、10mM MgClを補充した10%ウシ胎児血清(FBS)を含むDMEM中で培養した。
PER.C6−hCMV.TetR細胞(本明細書に記載)を、2ug/mlのブラスチシジン(Gibco A11139−03)を補充した以外はPER.C6細胞について上記したのと同様の培地中で培養した。
上記細胞の継代培養は、細胞を分離するためにTrypLE Select Enzyme(ThermoFisher、カタログ番号:12563011)を用いて、標準的なプロトコルに従って行った。
pAdApt35プラスミド:
異なるプロモーターコンストラクトを、AvrIIおよびHindIII制限酵素認識部位を用いて、pAdApt35(Vogels et al.2007)にクローニングした。ホタルルシフェラーゼをコードする遺伝子を、HindIIIおよびXbaI制限酵素認識部位を用いて挿入し、異なる試験プロモーター(pAdapt35.P.Luc)下でLuc遺伝子が発現するpAdaptプラスミドを得た。これらのプラスミドを実施例1で使用した。
一過性にトランスフェクトしたHEK293細胞における発現の分析。
HEK293細胞をマルチウェル6ポリ−L−リシン(PLL)コーティングプレートに播種し、Lipofectamineを製造業者(Life Technologies)によって提供された使用説明書に従って使用して、1μgのpAdapt.P.Lucプラスミドでトランスフェクトした。その後、プレートを37℃、10%CO中で24時間インキュベートした。トランスフェクトした24時間後、ルシフェラーゼ活性を、Luminoskan(商標)Ascentマイクロプレート照度計において、0.1%DTT(1M)の存在下、細胞溶解物中で測定した。トランスフェクション効率の対照として、分泌胚性アルカリホスファターゼをコードするプラスミドを同時トランスフェクトした(80ng/ウェル)。SEAPレベルを、Clontech Great EscAPe(商標)SEAP化学発光キット2.0およびTrilux Microbetaワークステーションを用いて測定した。一過性にトランスフェクトしたHEK293細胞における発現分析を、実施例1において使用する。
一過性トランスフェクトVero細胞におけるtTA応答性人工プロモーター「7xTetO−AoHV−1」の制御下でのガウシアルシフェラーゼの発現分析
ベロ細胞を、1.25×10細胞/ウェルの播種密度でマルチウェル96プレートに播種した。播種の1日後に、7xtetO−AoHV−1の制御下で、細胞をガウシアルシフェラーゼ遺伝子を含むpDualLuc由来プラスミドでトランスフェクトした。ルシフェラーゼプラスミドの他に、テトラサイクリン制御トランスアクチベーター(tTA)タンパク質をコードするプラスミド、または陰性対照プラスミド(pBluescript)で、細胞を同時トランスフェクトした。細胞トランスフェクションは、Lipofectamine 3000を用いて、製造業者のプロトコル(Life Technologies)に従って行った。トランスフェクションの24時間後に、ルシフェラーゼ活性を、Luminoskan(商標)Ascentマイクロプレート照度計において、Pierceガイウシアホタルルシフェラーゼデュアルアッセイキット(Thermo Scientific)を用いて測定した。トランスフェクション効率の照合のために、測定されたガウシアルシフェラーゼ単位を、赤色ホタルルシフェラーゼ(AoHV−1ショートによって駆動される発現カセットを、同じpDualLucプラスミドに位置させた)のレベルに正規化した。一過性にトランスフェクトしたベロ細胞における発現分析を、実施例2において行った。
一過性トランスフェクトPER.C6細胞におけるAoHV−1プロモーター変異体の制御下でのガウシアルシフェラーゼの発現分析
PER.C6細胞を、5×10細胞/ウェルの播種密度でマルチウェル96プレートに播種した。播種の1日後に、実施例6に記載のように、異なるAoHV−1プロモーター変異体の制御下で、ガウシアルシフェラーゼ遺伝子を含むpDualLuc由来プラスミドを使用して細胞をトランスフェクトした。細胞トランスフェクションは、Lipofectamine 2000 CDを用いて、製造業者のプロトコル(Life Technologies)に従って行った。トランスフェクションの24時間後に、ルシフェラーゼ活性を、Pierceガイウシアホタルルシフェラーゼデュアルアッセイキット(Thermo Scientific)およびLuminoskan(商標)Ascentマイクロプレート照度計を用いて測定した。トランスフェクション効率の照合のために、測定されたガウシアルシフェラーゼ単位を、赤色ホタルルシフェラーゼ(AoHV−1ショートによって駆動される発現カセットを、同じpDualLucプラスミドに位置させた)のレベルに正規化した。この方法の項は、実施例6に適用可能である。
PER.C6−hCMV.TetRおよびPER.C6−AoHV.TetR細胞
TetRを安定に発現する2種類のPER.C6細胞を作製し、ここで使用した。まず、hCMVプロモーターの制御下でTetRを発現するPER.C6−hCMV.TetR細胞を、プラスミドpCDNA6/TR(Thermo Fisher Scientific カタログ番号:V102520)を用い、製造業者のプロトコルに記載されている標準手順に従って、PER.C6細胞を安定にトランスフェクトすることによって生成した。次に、AoHV−1ショートプロモーターの制御下でTetRを発現するPER.C6−AoHV.TetR細胞を、実施例5(および、そこで言及されている方法の項)に記載の手順に従って、PER.C6細胞をプラスミドpC_AoHV_TetRで安定にトランスフェクションすることによって生成した。
TetR調節AoHV−1ショートプロモーターの制御下で目的のさらなる遺伝子を発現するPER.C6−hCMV.TetR細胞の細胞クローン生成
PER.C6−hCMV.TetR細胞を、トランスフェクションの1日前に、T80培養フラスコに播種した。トランスフェクションに使用したプラスミドは、AoHV.2×tetOプロモーター(配列番号7)の制御下で目的の遺伝子(GOI)を担持した。さらに、それは、SV40由来のプロモーターによって制御されるネオマイシンホスホトランスフェラーゼII遺伝子発現カセットを含有する。プラスミドは、いくつかのクローニング工程により、pcDNA2004Neo(−)(GenBankアクセッション番号 FB674876)のhCMVプロモーター含有MfeI−XbaI断片を、AoHV.2×tetOを含む断片で置き換え、続いてGOIのコード配列で置き換えることによって構築した。トランスフェクションを、Lipofectamin 2000を用いて製造業者のプロトコル(Invitrogen)に従って行った。トランスフェクションの翌日、細胞を10cm培養皿に1:2、1:4、1:8および1:16の比率で継代し播種した。播種の1日後、細胞培養培地を、0.5mg/mlのジェネティシン(Gibco 10131−019)を補充したPER.C6−hCMV.TetR培地と交換した。培地を週2回交換した。トランスフェクションの2〜3週間後にクローンを採取した。この方法の項は、実施例3に適用可能である。
目的の遺伝子の発現を分析するためのウエスタンブロット
播種した細胞を、ドキシサイクリン(1μg/ml)と共に、またはドキシサイクリンなしで2日間インキュベートし、RIPA緩衝液(150mM NaCl、1%triton X100、0.5%デオキシコール酸塩、0.1%SDS、50mM トリス−HCL)に回収した。
試料を10%ビス−トリスゲル(Invitrogen NP0301PK2)にロードし、MOPS緩衝液(Invitrogen NP0001)中で泳動した。SDSゲルをiBlot2システム(Invitrogen)でブロットし、タンパク質をニトロセルロース膜(Invitrogen IB23001)に移した。膜をブロッキング緩衝液(LI−COR 927−40000)中、4℃で一晩ブロッキングした。ウエスタンブロット膜をブロッキング緩衝液中で一次抗体(1:200 Ad35ウイルスに対しマウスポリクローナル(社内))と共に2時間インキュベートし、TBSTで洗浄した。ウエスタンブロットをブロッキング緩衝液中で二次抗体(1:5000 ヤギ抗マウス−800CW)と共に1時間インキュベートし、TBSTで複数回洗浄した。LI−COR Odesseyイメージャーで可視化した。この方法の項は、実施例3に適用可能である。
デュアルルシフェラーゼプラスミドpDualLucの生成
pDualLuc(配列番号21)は、2つの発現カセット、すなわちヒトサイトメガロウイルス(hCMV)プロモーターの制御下でガウシアルシフェラーゼ(Gluc)を発現する第1の発現カセット、およびAoHV−1ショートプロモーターの制御下で赤色発光ホタルルシフェラーゼ(RFL)を発現する第2のカセットを担持するプラスミドである。pDualLuc内では、GlucおよびRFL発現カセットが互いに対してテールトゥテール配向に位置付けられている。
pDualLucは、GeneArt(Life Technologies)で行われた、いくつかの遺伝子合成およびサブクローニング工程によって生成された。最初に、それぞれの発現カセットを有する合成断片「CMV_GLuc_SV」(配列番号17)および「AoHV1_RFL_BGH」(配列番号19)を生成し、標準GeneArtプラスミド(pMK−RQ)中にクローニングした。続いて、MluIおよびNsiI制限部位を用いて、合成断片AoHV1_RFL_BGHを、CMV_GLuc_SV含有コンストラクトにさらにサブクローニングした。
pDualLucのガウシアルシフェラーゼ駆動CMVプロモーター配列に、特有の制限部位XhoIおよびHindIIIが隣接しており、本明細書中の実施例2および6において行われたように、このプロモーターの代替プロモーター配列による置換を可能にする。
Ad26ベクターゲノムプラスミドpAd26.dE1.dE3.5orf6の生成
以前に生成されたAd26ベースのベクターについて記載されているように、pAd26.dE1.dE3.5orf6は、E1欠失、E3欠失、およびAd26 E4 orf6のAd5のそれによる置換を担持する完全長のAd26ベクターゲノムを含むプラスミドである(Abbink et al.,2007)。pAd26.dE1.dE3.5orf6のプラスミド骨格は、pMB1複製起点およびアンピシリン耐性遺伝子を含み、pBR322(GenBankアクセッション番号 J01749.1)に由来する。pAd26.dE1.dE3.5orf6はさらに、ベクターゲノムのE1欠失の代わりに特有のAsiSI制限部位を含み、ベクターゲノムのE4領域と右逆位末端配列(RITR)との間に特有のPacI制限部位を含む。これらの部位を用いて、それぞれの位置に導入遺伝子カセットを挿入することができる。最後に、pAd26.dE1.dE3.5orf6内のアデノウイルスベクターゲノムはその末端の各々にSwaI制限部位が隣接され、SwaI消化によるプラスミド骨格からのその放出を可能にする。
pAd26.dE1.dE3.5orf6の構築は、いくつかの合成およびクローニング工程を伴った。(所望の)Ad26ベクターゲノムの左端および右端断片を含む2kb配列(配列番号16)を、GeneArt/Life Technologiesで合成した。この配列の左端ベクターゲノム断片は、ベクターゲノムの左逆位末端配列(LITR)から、(野生型)Ad26ウイルスゲノム(GenBankアクセッション番号 EF153474.1)の3755〜3767位のSfiI部位に対応するSfiI部位にまで及ぶ。右端のウイルスゲノム断片は、野生型Ad26ウイルスゲノムの34079〜34084位のNheI部位に対応するNheI部位から右ITR(RITR)にまで及ぶ。この合成配列は、E1欠失(Ad26、GenBankアクセッション番号 EF153474.1、の472〜3365位)、ならびに上記の制限部位(すなわち、E1欠失の代わりのAsiSI部位、E4とRITRとの間のPacI部位、およびベクターゲノム配列に直接隣接する2つのSwaI部位)を有するように設計された。遺伝子合成断片は、クローニングを促進するために2つの外側制限部位をさらに含んだ:MfeI部位は左端側に含まれ、一方、AseI部位は右端側に含まれた。合成された断片を、MfeI−AseI制限断片として、EcoRIおよびNdeI消化pBR322(GenBankアクセッション番号 J01749.1)に連結(それによって、pBR322の2.3kb、テトラサイクリン耐性遺伝子含有EcoRI−NdeI断片を置換)して、それぞれの連結断片を生成するために消化された制限部位を廃棄した。最終的に、ベクターゲノムの左端および右端を有する得られたプラスミドを用いて、2回の連続クローニング工程によりpAd26.dE1.dE3.5orf6を構築した。まず、pWE.Ad26.dE3.5orf6に由来する12.7kbのSfiI−NheI Ad26ベクターゲノム制限断片(Abbink et al.,2007)を、SfiIおよびNheIによって消化された「左端/右端」プラスミドに連結した。次に、pWE.Ad26.dE3.5orf6に由来する13.7kbのSfiI−SfiI Ad26ベクターゲノム制限断片を、得られた部分ベクターゲノムプラスミドのSfiI部位に挿入した。
Ad26ベクターゲノムプラスミドのpAd26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびpAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLの生成
pAd26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLは、pAd26.dE1.dE3.5orf6のAd26ベクターゲノムを含むプラスミドであり(上記を参照)、以下の2つの導入遺伝子発現カセットを有するように改変されている:(1)(欠失)E1領域に挿入されたヒトサイトメガロウイルス(hCMV)プロモーター駆動ガウシアルシフェラーゼ(Gluc)発現カセット、および(2)E4とRITRとの間に挿入されたAoHV−1プロモーター駆動赤色蛍光ホタルルシフェラーゼ(RFL)発現カセット。
pAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLは、GLuc発現カセットのhCMVプロモーター内に2つのテトラサイクリンオペレーター(tetO)配列をさらに有することを除いて、pAd26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLと同一である。
プラスミドpAd26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびpAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLの構築は、必要な発現カセットを担持する中間コンストラクトの生成、続いてGibsonアセンブリ(Gibson et al.,2009)によるpAd26.dE1.dE3.5orf6のAd26ベクターゲノムへのこれらのカセットの挿入を含んだ。合成配列「CMV_GLuc_SV」(配列番号17)、「CMVtetO_GLuc_SV」(配列番号18)、および「AoHV1_RFL_BGH」(配列番号19)を有する中間コンストラクトは、遺伝子合成サービス提供者GeneArt(Life Technologies)で生成された。配列CMV_GLuc_SVは、GLuc発現用の発現カセットを含む。それは、ヒトサイトメガロウイルス(hCMV)プロモーター(配列番号4)、Glucコード配列、およびSV40由来ポリアデニル化シグナル配列を含む。配列CMVtetO_GLuc_SVは、そのhCMVプロモーター由来のプロモーター内に、CMVtetO(配列番号15)(2つのテトラサイクリンオペレーター(tetO)配列を含む54bp挿入)を有する点で、配列CMV_GLuc_SVとは異なる。配列AoHV1_RFL_BGHは、RFL発現用の発現カセットを含む。それは、AoHV−1ショート(配列番号30)、RFLコード配列、およびウシ成長ホルモン遺伝子由来ポリアデニル化シグナル配列を含む。配列CMV_GLuc_SVおよびCMVtetO_Gluc_SVは、pAd26.dE1.dE3.5orf6のAsiSI部位に直接隣接する配列に対応する短いフランキング配列をさらに含むように設計した。これらのフランキング配列は、インビトロアセンブリー(IVA)法(例えば、Gibsonら(Gibson et al.,2009)によって記載されるような)によって、pAd26.dE1.dE3.5orf6のAsiSI部位(すなわち、AdベクターゲノムのE1欠失の位置)への関連発現カセットの挿入を可能にする。同様に、配列AoHV1_RFL_BGHは、IVAによるpAd26.dE1.dE3.5orf6のPacI部位(すなわち、ベクターゲノムのE4領域とRITRとの間)への関連発現カセットの挿入を可能にするフランキング配列を含む。3つの配列はすべて、それぞれのプラスミド骨格からこれらの配列を除くためのフランキング外側制限部位をさらに備えていた(それらは遺伝子合成サービス供給者によって提供される)。pAd26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLは、AsiSIとPacIの両方で消化されるプラスミドpAd26.dE1.dE3.5orf6と合成配列CMV_GLuc_SVおよびAoHV1_RFL_BGH(これらは、それぞれのプラスミド骨格から、それぞれPmlIおよびPshAIで消化されて除去された)との間で4断片Gibsonアセンブリ反応(New England Biolabs)を行うことによって構築された。pAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLは、pAd26.dE1.dE3.5orf6と同じ方法で生成されたが、Gibsonアセンブリ反応でCMV_Gluc_SVの代わりに合成配列CMVtetO_GLuc_SVを用いた。
導入遺伝子カセットの完全性の分析のためのプライマー
「E1 PCR」プライマー対配列:
TGGCGCGAAAACTGAATGAG−フォアード(配列番号8)
GCAGGCGGGTTGTCAAATAAG−リバース(配列番号9)
「E4 PCR1」プライマー対配列:
GACGGGAGCAATCCCTCCAG−フォアード(配列番号10)
CCCCACAAAGTAAACAAAAG−リバース(配列番号11)
「E4 PCR2」プライマー対配列:
CGTTCTCACTTCCTCGTATC−フォアード(配列番号12)
CAACGCTGATTGGACGAG−リバース(配列番号13)
この項に記載のプラスミドは、実施例4で使用する。
TetR発現プラスミドpC_AoHV_TetR
pC_AoHV_TetRを構築するために、AoHV−1ショート(配列番号30)の後にコドン最適化TetRコード配列を含む1.3Kbp DNA(配列番号20)断片を合成し(GeneArt/LifeTechnolgiesにおいて)、続いてMfeIおよびXbaI制限部位を用いてpcDNA2004Neo(−)(GenBankアクセッション番号 FB674876)にサブクローニングした。図6Aは、1.3Kbp挿入の位置が示されているpC_AoHV_TetRのマップを示す。
PER.C6−AoHV.TetR細胞株の生成手順
安定なPER.C6−AoHV.TetR細胞株を、標準的な細胞株生成手順によって生成した。簡潔に記載すると、4mM L−グルタミン(Lonza)を補充したCDM4 PerMAb培地(HyClone)中で増殖させた無血清増殖懸濁適合PER.C6細胞(Fallaux et al.,1998)を、BioRadエレクトロポレーターを使用するエレクトロポレーションによってプラスミドpC_AoHV_TetRでトランスフェクトした。「PerMAb選択培地」、すなわち、4mM L−グルタミンおよび125μg/mLジェネティシン(Gibco)を補充したCDM4 PerMAb培地中での回収および抗生物質選択の後、トランスフェクトされた細胞を、単一細胞クローニングのために、4mM L−グルタミンおよび125μg/mLジェネティシンを補充したMAb培地(SAFC)に入ったMW96プレートに1ウェルあたり1生細胞で播種した。細胞コロニーが形成されたところで、PerMAb選択培地中、静的培養で、単離されたクローンを数継代培養して増殖させた。続いて、100個のクローンを、抗TetR抗体(Tet03、MoBiTec)を用いるフローサイトメトリー細胞内染色手順によって、TetRを発現する能力について分析した。この最初のスクリーニングにおいて、試験した100個のクローンのうち94個がTetR陽性であることがわかった。これらのTetR陽性クローンのうち47個を選択し、4mMのL−グルタミンおよび125μg/mLのジェネティシンを補充したPermexcis培地(Lonza)中での増殖に適応させた後、フローサイトメトリー細胞内染色手順によるTetR発現、ならびにTetR機能アッセイによるTetR活性について再び試験した(本明細書の方法の項に記載)。次いで、30時間以下の集団倍加時間を示し、広範囲のTetR活性レベルを示す24個のTetR陽性クローンを選択した。PER.C6−AoHV.TetRクローン#1〜#24と示されるこれらのクローンを、振盪フラスコ中で増殖するように(再)適合され、その後、最終的に小規模研究細胞バンク中に凍結保存された。この方法の項は、実施例5に適用可能である。
PER.C6−AoHV.TetRクローンからのTetR発現の安定性
長期継代を行った際のPER.C6−AoHV.TetR細胞クローンによるTetR発現の安定性の分析。振盪フラスコ中、抗生物質選択が行われた場合と行われなかった場合で、PER.C6−AoHV.TetR細胞クローンを、約60回の集団倍加(または世代)に達するまで、複数継代、増殖させた。TetR発現を、第20代、第40代、および第60代で、フローサイトメトリー細胞内染色によって分析した。これらの時点の各々において、各クローンの細胞をフローサイトメトリー細胞内二重染色プロトコルに供して、TetRおよびチューブリンの両方を検出した。染色は、標準的なフローサイトメトリー細胞内手順に従い、そして2つの抗体インキュベーション工程、すなわち抗TetRマウスモノクローナル抗体(Tet03、MoBiTec)を用いる第1の工程、および抗マウスIgG−FITC複合体(554001、BD Biosciences)を抗チューブリン抗体−Alexa Fluor 647複合体(ab195884、Abcam)と組み合わせて用いる第2の工程を含んだ。クローン毎に、TetR陽性細胞およびTetR陰性細胞の画分を、ストリンジェントなチューブリン陽性ゲート内で決定した。この方法の項は、実施例5に適用可能である。
TetR機能アッセイ
TetR機能アッセイを、PER.C6−AoHV.TetR細胞クローンの長期継代後に行った。振盪フラスコ中、抗生物質選択が行われた場合と行われなかった場合で、PER.C6−AoHV.TetR細胞クローンを、約60回の集団倍加(または世代)に達するまで、複数継代、増殖させた。その後、PER.C6−AoHV.TetR細胞クローンおよび対照PER.C6細胞を、4mMのL−グルタミンを補充したPermexcis培地の入ったポリ−L−リシン被覆マルチウェル96プレートに播種し、2時間のインキュベーション後、ベクターAd26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFL(実施例4に記載)によって4連で感染させた。感染後1日目に、感染細胞をルシフェラーゼ細胞溶解緩衝液(Pierce/Thermo Scientific)中に回収した。続いて、各細胞溶解物の別々のアリコートを使用して、GLucおよびRFL活性を、それぞれ、BioLuxガウシアルシフェラーゼアッセイキット(NEB)およびルシフェラーゼアッセイキット(Pierce/Thermo Scientific)試薬、ならびにLuminoskan Ascentマイクロプレート照度計(Thermo Scientific)を、製造業者の使用説明書に従って使用して測定した。感染複製毎に、Gluc活性をRFL活性によって正規化した。この方法の項は、実施例5に適用可能である。
実施例1:異種遺伝子の発現のための強力なプロモーターとしてのAoHV−1ショートの同定
ウイルスまたは動物/ヒトゲノムに由来するプロモーターは、異種タンパク質発現のために、例えば、細胞または宿主生物において目的の遺伝子を発現するためのプラスミドベクターまたはウイルスベクターにおける発現カセットにおいて頻繁に使用される。この目的のために一般的に使用されるプロモーターは、ヒトサイトメガロウイルス(hCMV)の最初期領域に由来するプロモーターである(Powell et al.,2015)。他の宿主に感染するいくつかのサイトメガロウイルス(CMV)もまた知られている。それらは、例えば、アカゲザル(rhCMV)(Barry,Alcendor,Power,Kerr,& Luciw,1996;Chan,Chiou,Huang,& Hayward,1996;Chang et al.,1993;Hansen,Strelow,Franchi,Anders,& Wong,2003)およびチンパンジー(chCMV)(Chan et al.1996)に感染する。
好ましくは強力で短く、また一般に使用されるhCMVプロモーターとの配列同一性の低いプロモーターを同定するために、いくつかの推定プロモーター配列を同定し、試験した。本発明者らが試験したいくつかの推定プロモーターであって、hCMVとより遠縁のヘルペスウイルスに由来するものは、プロモーター活性が非常に低いか、または全く示さなかった。異なるCMV種に由来し、そして強力なプロモーターであることが知られているいくつかの他のプロモーターについて、本発明者らはプロモーター活性を確認したが、残念なことに、このようなプロモーターはしばしば以下の欠点のうちの1つを示す:これらは、例えばエンハンサーおよびイントロン配列を含むために、より大きなサイズを特徴とし、かつ/またはhCMVプロモーター配列に高い相同性を示す。
ヨザルヘルペスウイルス1型(Aotine herpesvirus 1)(AoHV−1)は、サイトメガロウイルスとして暫定的に分類される。興味深いことに、AoHV−1の完全なゲノム配列が公開され、オープンリーディングフレーム(ORF)が配列に注釈されているが、主要最初期プロモーターはこれまで記載されていない。本発明者らはAoHV−1ゲノムの領域の異なる長さの2つの異なる設計を試験し、それぞれの推定プロモーター配列をAoHV−1ロングおよびAoHV−1ショートと称した。これらの配列に対するプロモーター活性を実証する以下に記載の結果に基づいて、本発明者らは、これらとその誘導体を、AoHV−1主要最初期プロモーター、または簡単にAoHV−1プロモーターと称する。
異種遺伝子発現の効力について、同定した推定プロモーター配列を試験するために、本発明者らは、推定プロモーター配列をGeneArt Life Technologiesで合成してもらい、ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子の上流のAvrIIおよびHindIII制限部位によりpAdapt35.Lucプラスミドにサブクローニングした。トランスフェクションの24時間後にトランスフェクトされたHEK293細胞において、ホタルルシフェラーゼレベルを測定し、hCMVプロモーター(配列番号4)によって誘導されたホタルルシフェラーゼ発現と比較した。
本発明者らは、あり得るプロモーターのパネルから、いくつかの強力なプロモーター(データは示さず)を選択したが、そのうち、chCMVショートおよびAoHV−1ショートは、非常に小さいサイズおよび効力のために好ましいであろう。選択したプロモーターAoHV−1ショート(配列番号1)、AoHV−1ロング(配列番号2)、chCMVショート(配列番号3)およびhCMVプロモーターの効力試験の結果を図1に示す。AoHV−1ショートプロモーター、AoHV−1ロングプロモーター、chCMVショートプロモーターおよびhCMVプロモーターの全てが、この実験において、同等のプロモーター効力を示す。
しかし、図2Aに示すように、chCMVショートは、アラインメント領域においてhCMVと非常に高い配列同一性(配列同一性 約64%)を有し、特にchCMVショートプロモーターの下流部分は、hCMVと有意なアラインメントおよび長い配列同一性ストレッチを示す(19ヌクレオチドまでのいくつかの同一ストレッチと、ほんのわずかなヌクレオチドが異なっているだけの100を超えるヌクレオチドの相同ストレッチとを有する)。対照的に、図2Bに示すように、新規プロモーターのAoHV−1ショートは、アラインメント領域においてhCMVとの配列同一性が低く(配列同一性 約36%)、かつhCMV対照に匹敵する効力を有している。相同プロモーター領域間の潜在的な相同組換えに関して、2つの配列における同一のストレッチの長さは、全体的な配列相同性よりも関連性が高い。注目すべきことに、AoHV−1ショートプロモーターはhCMVと、最大で14ヌクレオチド長の、短い同一配列ストレッチをほんのわずかしか共有せず、これは、より多くの、および/またはより長い同一ヌクレオチドのストレッチを共有するプロモーター、例えば(Rubnitz & Subramani,1984)と比較して、hCMVプロモーターとAoHV−1ショートプロモーターとの間の相同組換えリスクの大幅な低減をもたらすものと考えられる。したがって、hCMVプロモーターとAoHV−1ショートプロモーターとの間の望ましくない相同組換えの危険性は、非常に低いと考えられる。必要であれば、これらのプロモーター間の配列同一性の既に非常に限定されたレベルを、いずれかのプロモーターに1つ以上の標的変異を作り、これがプロモーター活性を失わない日常的な方法によって試験することによって、さらに減少することができよう。
結論として、AoHV−1ショートプロモーターは、ゴールドスタンダード(gold standard)hCMVの範囲において非常に良好な効力を示し、同時に、非常に短い配列(484bp)を有し、かつhCMVプロモーターに対し低い配列同一性を有するので、好ましい。
実施例2:哺乳動物細胞における目的の遺伝子の誘導発現のための小分子−制御可能なトランスアクチベーターーベースの系におけるAoHV−1コアプロモーターの適用
遺伝子の誘導発現は、バイオテクノロジーの分野、特に毒性遺伝子産物の一過性発現に高い適用性を有し得る。哺乳動物細胞における異種遺伝子調節のための特定のよく確立された系は、hCMVコアプロモーターに連結されたTetオペレーター(TetO)配列の多数のコピーからなる人工プロモーターを利用する(Gossen & Bujard,1992;Gossen et al.,1995)。これらの系において、基礎転写活性を全く示さないか、または非常に低い基礎転写活性を示す前記人工プロモーターは、テトラサイクリン制御性トランスアクチベータータンパク質(tTA)またはリバーステトラサイクリン制御性トランスアクチベータータンパク質(rtTA)として知られる特定の組換え転写因子のTetO配列に特異的に結合することによって活性化され得る。ここでは、hCMVコアプロモーターの代わりに、AoHV−1プロモーターの配列エレメントを用いて、同様のtTA/rtTA応答性人工プロモーターを生成することができるか否かを試験した。
この目的のために、推定最小(コア)AoHV−1プロモーターのみを7つのTetオペレーターのすぐ下流に配置したプロモーター(7×TetO−AoHV−1、配列番号5)を構築した。プロモーター配列をGeneArt Life Technologiesで合成し、XhoIおよびHindIII制限部位によって本明細書中の方法の項に記載のプラスミドpDualLucにサブクローニングし、それによってこのプラスミドのガウシアルシフェラーゼレポーター遺伝子を制御するCMVプロモーターを置換した。トランスフェクションの24時間後に、トランスフェクトされたVero細胞においてガウシアルシフェラーゼレベルを測定し、トランスアクチベータータンパク質tTAの存在下での同じプロモーターによるガウシアルシフェラーゼ発現と比較した。発現カセットが同じpDualLucプラスミド上に位置するAoHV−1短プロモーターの制御下での赤色蛍光ホタルルシフェラーゼ(RFL)の測定によって、発現データをトランスフェクション効率について正規化した。図3は、7×TetO−AoHV−1プロモーターの制御下でのガウシアルシフェラーゼ遺伝子の発現を示す。4つの独立した実験(N=4)にわたって、7×TetO−AoHV−1プロモーターの基礎発現レベルは、バックグラウンドレベル(培地のみでトランスフェクトした細胞、陰性対照)に近く、トランスアクチベータータンパク質tTA(7×TetO−AoHV−1+tTA)をコードするプラスミドで同時トランスフェクトした場合よりも平均で1400倍低かった。プロモーターのtetO配列へのtTAの結合を阻害するであろうドキシサイクリンを添加すると(2回実施、N=2)、発現の基礎レベルが再び観察された。7×TetO−AoHV−1の誘導された発現レベルもまた、RSVプロモーター(ラウス肉腫ウイルスのLTRに由来する;これはバイオテクノロジー発現系で使用するために記載された別のプロモーターである)と比較し、誘導された7×TetO−AoHV−1プロモーターがRSVプロモーターによるよりも約1log高いガウシアルシフェラーゼ発現をもたらすことが示された。
結論として、AoHV−1プロモーター由来の推定コアプロモーター含有配列を用いて、テトラサイクリン制御性トランスアクチベータータンパク質に応答する人工プロモーターを構築することができる。これに関連して、この配列の適用により、目的の遺伝子の発現の厳密に制御された調節が可能になることがわかった。したがって、前記配列は、本明細書で定義されるように、それ自体のプロモーター活性は非常に低いが、天然または人工転写因子の結合部位などの他の調節配列と組み合わせると、強力な遺伝子発現を駆動することができる、真の「コアプロモーター」を表す。
実施例3:哺乳動物細胞における目的の遺伝子の調節発現のための小分子−制御可能な細菌リプレッサータンパク質ーベースの系におけるAoHV−1コアプロモーターの適用
実施例2で述べたとおり、言及したように、細胞株における、例えば、目的の毒性遺伝子の調節発現は、タンパク質またはウイルスベクターの組換え産生に必須であり得る。hCMVプロモーターを有する発現カセットを既に含むウイルスベクターを使用する場合、産生細胞系における目的の遺伝子(GOI)の発現のためには異なる配列を有する強力なプロモーターを使用することが望ましい。hCMVプロモーターの代替物を同定するために、AoHV−1ショートプロモーターおよびヒトホスホグリセリン酸キナーゼ1(hPGK)プロモーター(バイオテクノロジー発現系で使用するために記載された別のプロモーター)を、PER.C6細胞におけるeGFPの一過性発現について試験した。実施例1の結果と一致して、AoHV−1ショートプロモーターは再び、異種遺伝子を発現するための強力なプロモーターであり、eGFP発現レベルの駆動が、(配列番号4の)hCMVと同程度で、hPGKプロモーター(配列番号6)よりもはるかに高いことを示した(図4A)。
以下において、通常は構成的に活性であるAoHV−1短プロモーター(実施例1および本実施例の最初の部分を参照)を、TATAボックスの下流およびAoHV−1ショートプロモーターの転写開始部位(TSS)の上流に2つのTetオペレーターを挿入することによって、テトラサイクリンリプレッサータンパク質(TetR)調節プロモーターとして設計した(AoHV.2×tetO、配列番号7)。この設計は、以前に、hCMVプロモーターに作用することが示されていた(例えば、国際公開第1999/000510A1号パンフレットを参照)。このプロモーターは、TetRを発現しない細胞において活性である。この設計においては、プロモーター活性はTetRの存在下、例えば、TetRを発現する細胞株において抑制される。抑制は、TetRタンパク質に対して高い親和性を有するドキシサイクリン(Dox)の添加によって軽減され得る。図4Bは、AoHV.2×TetOの下流にクローニングされたeGFPの発現がPER.C6−hCMV.TetR細胞において実際に抑制されることを示す。Doxの添加により、hCMVによって駆動されるeGFP発現レベルと同程度にまで、eGFPタンパク質発現レベルを増加させる。
目的の遺伝子のTetR調節発現を示す安定な細胞クローンを確立するために、hCMVプロモーターの制御下でTetRを発現するPER.C6−hCMV.TetR細胞を、AoHV.2×tetOの制御下で目的の遺伝子を発現するプラスミドでトランスフェクトした。85個のクローンを、抗生物質選択培地を用いて選択した。この実験では、目的の遺伝子(GOI)の誘導発現を試験するために、2つのクローンを選択した。図4Cは、GOIを誘導発現させるために選択された2つのクローンの試験を示す。ウエスタンブロットから分かるように、試験した両クローンはDoxの非存在下で低いバックグラウンドシグナルを示すが、Doxの存在下ではGOIは強力に発現される。陽性対照として、AoHV−1ショートプロモーターの制御下でGOIを発現するプラスミドで一過性にトランスフェクトした細胞を使用した。陽性対照は細胞クローンよりも高いGOIの発現レベルを示し、これは、安定な細胞株を作製した場合に一般に観察される。
クメート(cumate)オペレーター配列(CuO)がAoHV−1ショートプロモーターの(推定)開始エレメントのすぐ下流に配置された、代替の細菌リプレッサー調節プロモーターもまた設計されて試験され、そしてまた機能的であることが証明された(データ示さず)。このプロモーター設計においては、CymRリプレッサータンパク質が、CuO配列に結合し、それによって発現を阻害することができる。
さらに、記載されたTetR調節AoHV1プロモーターベースの系およびCymR調節AoHV1プロモーターベースの系に類似して、Lacオペレーター(LacO)含有AoHV−1ショートプロモーターが生成され、Lacリプレッサー(LacR)によって強く抑制可能であることが証明された(データは示さず)。
結論として、この実施例が、異種遺伝子の発現に一般的に使用されている他のプロモーターに比べて、AoHV−1ショートプロモーターが高い効力を有することを確認するものである。さらに、哺乳動物細胞におけるGOIの調節発現を可能にする、AoHV−1プロモーターのTetR−、CymR−、およびLacR調節バージョンが生成された。これは、例えば、細胞に対して毒性のあるタンパク質の発現に、または細胞もしくはベクターの不安定性をもたらすタンパク質の発現に使用することができる。
実施例4:2つの発現カセットを有するウイルスベクターにおけるAoHV−1プロモーターの適用
AoHV−1ショートプロモーター(AoHV−1ショート)は、ワクチン抗原または他の目的のタンパク質の発現を駆動するウイルスベクターに適用することができる。これは、アデノウイルスベクターAd26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFL.との関連におけるAoHV−1ショートの適用によって本明細書中で説明される。これらはいずれも、2つの発現カセット、すなわち(欠失)E1領域の代わりに挿入されたガウシアルシフェラーゼ(GLuc)をコードする第1のカセット、およびE4領域と右の逆位末端配列(RITR)との間に位置する赤色蛍光ホタルルシフェラーゼ(RFL)をコードする第2のカセットを担持する、2つのAd26ベースの組換えアデノウイルスベクターである。2つのウイルスのGluc発現カセットは、それぞれ、hCMVプロモーター(配列番号4)およびCMVtetO(配列番号15)によって駆動される。CMVtetOは、2つのテトラサイクリンオペレーター(TetO)配列モチーフを含む配列の挿入を担持し、このプロモーターがテトラサイクリンリプレッサー(TetR)タンパク質によって抑制可能であるという点で、hCMVプロモーターとは異なる。両ウイルスにおいて、RFL発現カセットは、AoHV−1ショート(配列番号30)の制御下にある。2つのベクターのゲノムの概略図については、図5Aを参照されたい。
上記の2つのベクターを、本明細書の方法の項に記載される完全ゲノムプラスミドのpAd26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびpAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLの、PER.C6細胞へのトランスフェクションによって生成した。これらのトランスフェクションは、前日に1フラスコあたり3×10個のPER.C6細胞を播種したT25組織培養フラスコ中で、Lipofectamine 2000トランスフェクション試薬(Invitrogen)および1回のトランスフェクションあたり4μgのSwaI消化プラスミドDNAを用いて、標準的な手順に従って行った。(SwaI消化は、プラスミド骨格からアデノウイルスベクターゲノムを放出する働きをする)。ウイルスレスキュートランスフェクションの回収後、大規模ウイルス生成感染がトランスフェクション後のウイルス継代数(VPN)5で行われるまで、PER.C6細胞での数回の連続した感染ラウンドによってウイルスをさらに増幅させた。ウイルスは、前述のように、2段階塩化セシウム(CsCl)密度勾配超遠心分離手順を用いて粗ウイルス回収物から精製した(Havenga et al.,2006)。前述のように、両方の場合において、ウイルス粒子(VP)力価を決定する分光光度法に基づく手順、および感染単位(IU)力価を決定するTCID50アッセイによって、ウイルスを定量した(Maizel,White,& Scharff,1968)。
Ad26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLの精製バッチのVPおよびIU定量結果を表1に示す。2つのバッチで得られたウイルス収量ならびにVP対IU比は、標準的な単一導入遺伝子発現カセット含有Ad26ベースのベクターでルーチン的に得られるものと同じ範囲である。例えば、Ad26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLのバッチで得られたVP対IU比、すなわち23および14は両方とも、異なる(単一の)導入遺伝子発現カセットを有するAd26ベースのベクターのパネルについて以前に報告された、18、11、24、10、12および26のVP対IU比の範囲内にある。(Zahn et al.,2012)。
アデノウイルスのE1領域からの2つの導入遺伝子の発現のための2つの同一のプロモーターの使用は、おそらく相同組換えによって、遺伝的不安定性を生じ得ることが以前に報告されている(例えば、(Belousova et al.,2006)および国際公開第2016/166088A1号パンフレットの実施例2を参照されたい)。これが、それぞれE1およびE4_rITRの位置においてhCMVプロモーターと同じ系に本発明のAoHV−1プロモーターの組み合わせを使用することによって解決され得るか否かを調べるために、本発明者らはこの組み合わせについて導入遺伝子カセットの完全性を試験した。導入遺伝子(TG)カセットの完全性を、Ad26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFLの2つの精製バッチについて、PCRに基づく増幅と、それに続く導入遺伝子カセット挿入領域の配列を決定することによって確認した(図5B)。具体的には、PCRを行って、E1に挿入されたTGカセットを増幅させ(「E1 PCR」)、かつE4とRITRとの間に位置するTGカセットを標的とする2つのPCRを行った(「E4 PCR1」および「E4 PCR2」)。これらのPCRにおいて使用するプライマーは全て、Ad26特異的配列に相補的である(すなわち、それらは、それぞれのTGカセット自体内に位置する配列にアニールしない)。全てのPCRで、予想されるサイズの産物が得られたが、欠失を示すより小さいサイズの産物は識別できなかった。PCR産物の配列決定によっても、いかなる変異も見出されなかった。したがって、本発明のAoHV−1プロモーターとhCMVプロモーターとの単一ベクターにおける組み合わせは、遺伝的に安定なベクターを生じた。
最後に、Ad26.CMV_GLuc.AoHV1_RFLおよびAd26.CMVtetO_GLuc.AoHV1_RFL精製バッチを、それらがコードする2つのルシフェラーゼを発現する能力について試験した。この目的のために、ヒト細胞株A549を、2つのウイルスにより異なる感染効率で感染させ、GLucおよびRFL活性を、2日後に採取したサンプルにおいて検出した。結果は、両ベクターがGLucおよびRFLの両方を発現することができたことを示す(図5CおよびD)。これは、関連する導入遺伝子発現カセット構成が、それらが試験されたアデノウイルスゲノム状況内で完全に機能的であることを示している。
結論として、AoHV−1ショートは、ウイルスベクターに挿入された導入遺伝子発現カセットから目的のタンパク質の発現を駆動するプロモーターとして適用され得る。これが、それぞれが、アデノウイルスベクターゲノム内の異なる位置に挿入された2つの別々の導入遺伝子発現カセットを含む2つのアデノウイルスベクターという状況下で、AoHV−1ショートを用いてRFLを発現させた上記で例示されている。これらのアデノウイルスベクターは容易に生成され、良好なVP対IU比を示し、遺伝的および機能的に無傷の導入遺伝子発現カセットを有する高力価精製ベクターバッチに生産可能であることがわかった。
実施例5:細胞における目的の遺伝子の安定した発現のためのプラスミドにおけるAoHV−1プロモーターの適用
AoHV−1プロモーターは、安定な細胞株における異種遺伝子の発現を駆動するために適用することができる。本明細書では、これを、TetR遺伝子発現がAoHV−1プロモーターによって駆動されるプラスミドであるpC_AoHV_TetRを用いて、TetR発現細胞株を生成することによって説明する。
pC_AoHV_TetRは、図6Aに示されており、本明細書の方法の項に記載されている。これは、AoHV−1プロモーターの制御下にあるTetRコード発現カセット、およびSV40由来プロモーターの制御下にあるネオマイシンホスホトランスフェラーゼII遺伝子発現カセットを含む。後者のカセットは、ジェネティシン補充細胞増殖培地を使用することによって、安定にトランスフェクトされた細胞の選択を可能にする。
本明細書中の「PER.C6−AoHV.TetR細胞株生成手順」の方法の項にさらに詳述されているように、pC_AoHV_TetRを使用して、ヒト細胞株PER.C6へ安定にトランスフェクションした。これにより、単一細胞クローニング後、多数のTetR発現「PER.C6−AoHV.TetR」細胞クローンが効率的に生成された。試験した100個のジェネティシン耐性クローンのうち94個が、TetRを検出するフローサイトメトリー細胞内染色プロトコルに基づく第1のスクリーニング工程において、TetR発現に陽性であることがわかった(データは示さず)。これらのTetR陽性クローンの47についての第2のスクリーニング工程の後(データは示さず)、24クローンの選択を、小規模研究細胞バンクに凍結保存した。
凍結保存したPER.C6−AoHV.TetRの12個のクローンを、ジェネティシン選択の存在下および非存在下の両方で、振盪フラスコ中でのそれらの解凍後増殖性能、および長期継代(60集団倍加まで)時に(機能的)TetRを発現するそれらの能力のさらなる評価に供した。全てのクローンが、親懸濁液PER.C6対照細胞株と少なくとも同程度の効率で、かつ同様の生存率で増殖することがわかった(データは示さず)。フローサイトメトリー細胞内染色によるTetR発現の分析により、TetR陽性細胞画分が長期継代実験を通して高いままであった(すなわち、97%以上)ことがさらに示された。これを、3つの代表的なクローン(PER.C6−AoHV.TetRクローン1〜3)について図6Bに示す。最後に、TetR機能性アッセイは、PER.C6−AoHV.TetRクローン1〜3について図6Cに示すように、12個のクローンが全て、それらの長期継代後に有意なTetR媒介抑制活性を示すことを実証した。具体的には、第60世代において、12個のPER.C6−AoHV.TetRクローンは全て、TetR調節プロモーターによって駆動されるアデノウイルスベクターコードレポーター遺伝子の発現を抑制する能力を維持した。12の異なるクローンで観察された抑制レベルは、ヒトCMVプロモーターによって制御されるTetR発現カセットを含むプラスミドである、以前に記載されたTetR発現プラスミドpCDNA6/TRを用いて作製された陽性対照細胞株(PER.C6−hCMV.TetR)で観察されたレベルと同様であった(またはそれよりも高かった)。
結論として、TetR発現がAoHV1プロモーターによって駆動される安定なsPER.C6−AoHV.TetR細胞株が首尾よく生成された。これは、本発明のAoHV−1プロモーターに作動可能に連結された導入遺伝子を宿主細胞のゲノムに組み込んだ後の、目的のタンパク質の安定な発現の1つの非限定的な例である。
実施例6:AoHV−1プロモーターの異なるバージョンの設計
異種遺伝子を発現するためのAoHV−1主要最初期調節領域の必須部分をマッピングするために、AoHV−1プロモーターの異なるバージョンのパネルを作製した。異なる設計を図7Aに示す。この短いプロモーター配列の必須部分をマッピングするために、既に非常に短いAoHV−1ショート配列をトランケートして、2つの設計を行った。他の設計は、AoHV−1ショートの効力が増大され得るか否かを試験するために、さらなる推定ドメインおよび細胞因子結合部位、ならびに予測されるイントロン配列を含む。
試験したプロモーターバージョンは、バージョンv00〜v09と命名し、以下に記載する:
v00:配列番号30(天然のAvrII部位を有する)
v01:配列番号22
v02:配列番号23
v03:配列番号24
v04:配列番号25
v05:配列番号26
v06:配列番号1(AvrII部位は、ヌクレオチド360位でのシトシン(c)の単一ヌクレオチド挿入により除去)
v07:配列番号27
v08:配列番号28
v09:配列番号29
プロモーター活性を、PER.C6細胞へのプラスミドの一過性トランスフェクションを用いて試験した。異なるプロモーターバージョンは、本明細書中の方法の項に記載されるpDualLucプラスミドにおけるガウシアルシフェラーゼの発現を駆動する。図7Bは、AoHV−1ショート(バージョン00)の活性と比べたプロモーター効力試験の結果を示す。実験は2回行った。それぞれの個々の値を、同じ実験におけるv00の平均に対して算出した。平均および標準偏差を計算するために、2つの実験の値をプールし、これをAoHV−1ショートv00に対して示した。v00およびv06(それぞれAvrII部位を有するおよび有さないAoHV−1ショート)の活性は、同じ範囲にあると考えられる。
興味深いことに、切断したバージョン04は、AoHV−1ショート(バージョン00および06)に匹敵するプロモーター活性を示す。このバージョン04は、長さがわずか371ヌクレオチド長である。対照的に、さらに切断した241ヌクレオチド長のバージョン05は、AoHV−1ショートと比較して活性が減少しており、これは、いくつかの予測される細胞因子結合部位が存在しないことによって説明され得る。このプロモーターバージョン05は、依然として強力なプロモーターと考えることができる。プロモーターの活性は、さらなる切断と共に徐々に減少すると予想される。
AoHV−1ショートプロモーターと比較して全ての伸長を含む他のほとんどのプロモーターバージョンの効力は、AoHV−1短プロモーターの範囲内である。これらの伸長されたAoHV−1プロモーター変異体のうち、v03のみ(データは示さず)がAoHV−1ショートと比較してプロモーター活性の大幅な低下を示すが、これは、v03における不完全なイントロン配列の存在によって説明することができ、v03はその伸長内に予測スプライスドナー部位を有するが、さらに下流に位置するいくつかの予測スプライスアクセプターは欠いている。対照的に、それぞれそれらの予測スプライスドナー部位(のいずれか)の下流に少なくとも1つの予測スプライスアクセプター部位を有する伸長AoHV−1プロモーター変異体v07、v08およびv09はそれぞれ、AoHV−1ショートプロモーターの範囲内の発現を示した。配列v09はv07の欠失変異体であり、v07と比較して、v09は、特定の予測スプライスドナーおよびアクセプター配列を無傷のまま残す内部欠失を有する。データは、v09が予測イントロンを有する短いが強力なAoHV−1プロモーター変異体の例であることを示す。同様の短いが強力なイントロン含有プロモーターが、AoHV−1プロモーター変異体v08に(v07に適用される前記内部欠失と)同様の欠失を適用することによって生成され得ることが想定され得る。
2つのさらなるAoHV−1プロモーター配列、配列番号33および配列番号34もまた設計し、目的の遺伝子の発現を駆動する能力を試験した。AoHV−1ショート(すなわち、配列番号30)と比較して、これら2つの配列はそれぞれ84bp長の3’トランケーションを持ち、さらにAoHV−1プロモーターコア領域内にそれぞれ2個および7個の単一ヌクレオチド置換を持つ。前記3’トランケーションのために、配列番号33および配列番号34はいずれも、AoHV−Iプロモーターの推定イニシエーター配列の下流にたった1個のAoHV−1ヌクレオチドを含む。
配列番号33を、合成遺伝子断片の一部として、プラスミドpC_AoHV_TetR(本明細書の方法の項に記載)に挿入し、そのプラスミドのAoHV−1ショートプロモーターを置換することによって、TetRコード配列に作動可能に連結させた。PER.C6細胞への一過性トランスフェクション、続く抗TetRモノクローナル抗体(TetR03、MoBiTec)を用いた細胞溶解物の免疫ブロッティングによって、その後、配列番号33のプロモーター活性がAoHV−1ショートのプロモーター活性と類似していることが示された(データは示さず)。
配列番号34を、AvrIIおよびAscI制限部位を使用して、合成遺伝子断片をpDualLuc(本明細書の方法の項に記載)にクローニングすることによって、RFLコード配列に作動可能に連結させた。PER.C6細胞への一過性トランスフェクション実験、続く細胞溶解物におけるRFL活性の測定によって、配列番号34が機能的プロモーター配列であることが示された(データは示さず)。
これらのプロモーター変異体の活性は、プロモーターの活性に、推定Inrの最初のヌクレオチド3’(すなわち、配列番号25のヌクレオチド287に対応する、配列番号30のヌクレオチド399)の下流にAoHV−1配列を含む必要がないことを示している。,:
結論
上記のように、短くかつ強力なプロモーターが、ヨザルヘルペスウイルス1型(Aotine herpesvirus−1)から特定された。AoHV−1プロモーターは短い配列を有し、かつhCMVプロモーターに匹敵する効力を有する。これらの特徴は、AoHV−1プロモーターを、hCMVプロモーターが使用される状況下で代替として使用する理想的なプロモーターにする。さらに、AoHV−1プロモーターはhCMVプロモーターに対する配列同一性が比較的低く、これは、AoHV−1プロモーターを、同じウイルスベクターから2つの異なる導入遺伝子を発現する場合、または同様の配列を含み得るプロデューサー細胞株を用いてウイルスを生成する場合、hCMVプロモーターと組み合わせて使用するのに適したものとする。AoHV−1プロモーターはまた、AoHV−1プロモーターからの転写の調節に使用され得る調節配列と共に使用するのに好適である。
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Claims (25)

  1. 異種導入遺伝子に作動可能に連結されたヨザルヘルペスウイルス1型(Aotine Herpesvirus 1)主要最初期プロモーター(AoHV−1プロモーター)を含む核酸分子。
  2. 前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のnt237〜286に対して少なくとも80%の同一性を有する配列を含み、好ましくは、前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド201〜286と少なくとも少なくとも95%同一である配列を含む、請求項1に記載の核酸分子。
  3. 前記AoHV−1プロモーターは、前記AoHV−1プロモーターからの転写を調節する調節配列に作動可能に連結されている、請求項1または2に記載の核酸分子。
  4. 前記AoHV−1プロモーターは、1つ以上のテトラサイクリンオペレーター配列(tetO部位)を含む調節配列に作動可能に連結されている、請求項1〜3のいずれか一項に記載の核酸分子。
  5. 請求項1〜4のいずれか一項に記載の核酸分子を含むベクターまたはウイルス。
  6. 前記ベクターはプラスミドベクターである、請求項5に記載のベクター。
  7. 前記ウイルスはアデノウイルスである、請求項5に記載のウイルス。
  8. 前記アデノウイルスは、そのゲノムに、好ましくはそのゲノムの少なくともE1領域に、少なくとも1つの欠失を有する、請求項7に記載のアデノウイルス。
  9. 請求項1〜4のいずれか一項に記載の核酸分子、または請求項5〜8のいずれか一項に記載のベクターもしくはウイルスを含む細胞。
  10. そのゲノム中にAoHV−1プロモーターを含む核酸分子を含み、好ましくは、前記プロモーターは目的のタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されている細胞。
  11. 前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のnt237〜286に対して少なくとも80%の同一性を有する配列を含み、好ましくは、前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド201〜286と少なくとも少なくとも95%同一である配列を含む、請求項10に記載の細胞。
  12. 前記ゲノム中の前記AoHV−1プロモーターは、テトラサイクリンリプレッサー(TetR)タンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されており、好ましくは前記細胞はPER.C6細胞である、請求項10または11に記載の細胞。
  13. (i)第1の導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む核酸分子、および(ii)第2の導入遺伝子に作動可能に連結されたhCMVプロモーターを含む核酸分子を含む細胞。
  14. 前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のnt237〜286に対して少なくとも80%の同一性を有する配列を含み、好ましくは、前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド201〜286と少なくとも少なくとも95%同一である配列を含み、かつ前記hCMVプロモーターは、配列番号4のnt578〜736に対して、好ましくはnt564〜736に対して少なくとも95%の同一性を有する配列を含む、請求項13に記載の細胞。
  15. 前記第1の導入遺伝子はTetRをコードし、好ましくは、前記細胞はPER.C6細胞である、請求項13または14に記載の細胞。
  16. 第2の導入遺伝子に作動可能に連結されたhCMVプロモーターを含む前記核酸分子は、アデノウイルスの一部である、請求項15に記載の細胞。
  17. (i)第1の導入遺伝子に作動可能に連結されたAoHV−1プロモーターを含む核酸分子、および(ii)第2の導入遺伝子に作動可能に連結されたhCMVプロモーターを含む核酸分子を含むベクター。
  18. 前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のnt237〜286に対して少なくとも80%の同一性を有する配列を含み、好ましくは、前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド201〜286と少なくとも少なくとも95%同一である配列を含む、請求項17に記載のベクター。
  19. 目的の発現産物を生産する方法であって、請求項1〜8のいずれか一項に記載の核酸分子からの導入遺伝子を宿主細胞で発現させる工程であって、前記導入遺伝子は前記目的の発現産物をコードする工程を含む方法。
  20. 前記発現産物はタンパク質である、請求項19に記載の方法。
  21. 前記宿主細胞から、または前記宿主細胞が培養されている培養培地から、または前記宿主細胞および前記培養培地の両方から、前記目的の発現産物を回収する工程をさらに含む、請求項19または20に記載の方法。
  22. ウイルスを作製する方法であって、前記ウイルスを増殖させる機能を有する異種遺伝子を発現させる細胞中で前記ウイルスを増殖させる工程であって、前記異種遺伝子は、AoHV−1プロモーターの制御下にある工程、および前記細胞から、または前記細胞が培養されている培養培地から、または前記細胞および前記培養培地の両方から、前記ウイルスを回収する工程を含む方法。
  23. 前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のnt237〜286に対して少なくとも80%の同一性を有する配列を含み、好ましくは、前記AoHV−1プロモーターは、配列番号25のヌクレオチド201〜286と少なくとも少なくとも95%同一である配列を含む、請求項22に記載の方法。
  24. 請求項5〜8のいずれか一項に記載のベクターまたはウイルス、および薬学的に許容される担体または賦形剤を含む医薬組成物。
  25. アデノウイルスを調製する方法であって、請求項12に記載の細胞中で、1つ以上のtetO部位に作動可能に連結されたhCMVプロモーターの制御下で、導入遺伝子をコードするアデノウイルスを増殖させる工程、および、好ましくは、前記アデノウイルスを単離する工程を含む方法。
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