JP2020505913A - 修飾した代謝作用を有する免疫細胞およびそれらの使用 - Google Patents

修飾した代謝作用を有する免疫細胞およびそれらの使用 Download PDF

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Abstract

SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターが過剰発現するように適合された修飾T細胞を説明する。さらに、疾患、特にガンの処置におけるそのような修飾T細胞の使用、SLC1A5を過剰発現する修飾T細胞およびそのような修飾T細胞を提供するための核酸およびベクターを選定する方法を記載する。

Description

本発明は、低トリプトファンまたはトリプトファン消耗ミクロ環境(tryptophan depleted micro-environment)、特に、トリプトファン異化作用が起こる環境において機能するように適合されたT細胞に関し、ここでT細胞はアミノ酸トランスポーター、好適には、グルタミンおよび/またはトリプトファントランスポーター、例えば、SLC1A5およびそのアイソフォームを発現するように修飾された。本発明はさらに、そのようなT細胞を提供する方法およびその使用を提供する。
本発明の背景
トリプトファン分解は多くの腫瘍によって利用されている免疫回避戦略である。
インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO)およびトリプトファン2,3-ジオキシゲナーゼ(TDO)は、キヌレニン経路の律速酵素であり、それは必須アミノ酸トリプトファンをキヌレニンに変換する。
低トリプトファン条件、典型的に<5μMは、IDO活性によって引き起こされ、腫瘍細胞の広範なリモデリング、アミノ酸代謝、遺伝子発現、およびまた、遺伝子、例えば、SLC7A11、SLC1A4およびSLC1A5などのようなもので、SLC1A5スプライスバリアントを含むものをコードするアミノ酸トランスポーターの発現の上方制御を誘導する。
SLC1A5は、溶質キャリアファミリーのナトリウム依存性高親和性グルタミントランスポーターである。SLC1A5(およびそのスプライスバリアント)の発現の上方制御は、腫瘍細胞へのグルタミンの取込みを改善する。グルタミンの取込みを増強することに加えて、SLC1A5の発現の上方制御はまた、大きな中性アミノ酸トランスポーター(LAT1)の活性を増強することによってトリプトファン輸送を改善する。LAT1は、分枝鎖(バリン、ロイシン、イソロイシン)および芳香族(トリプトファン、チロシン)アミノ酸を優先的に輸送するヘテロ二量体膜輸送タンパク質である。機能的LAT1トランスポーターは、二つの別個の遺伝子によってコードされる二つのタンパク質から構成される:
1.SLC3A2遺伝子によってコードされる4F2hc/CD98重サブユニットタンパク質、および
2.SLC7A5遺伝子によってコードされるCD98軽サブユニットタンパク質。
絶対アミノ酸交換体(obligate amino acid exchanger)であり、LAT1活性は分枝鎖および芳香族アミノ酸の取込みのための細胞内グルタミンの交換に大きく依存する。
IDOおよびTDOの構成的発現は、腫瘍微小環境(tumour microenvironment)においてトリプトファン異化作用をもたらす複数のヒトガンで報告された。限られたトリプトファンの利用性は、T細胞の増殖およびエフェクター機能の低下をもたらすきわめて大きな免疫調節効果を有する。ガン細胞は、アミノ酸トランスポーターの上方制御によるこの敵対的な微小環境によって保護され、それはガン細胞に腫瘍内の他の細胞を上回る選択的利益を与える。
トリプトファン異化作用がT細胞に対して免疫抑制効果を有することは確立されているが、トリプトファン異化作用がT細胞に影響を与えるメカニズムはあまり理解されていない。
IDOは、Tリンパ球に対するその免疫抑制効果のために、近年注目を集めており、一部はトリプトファン消耗から、および一部はトリプトファン異化代謝産物の直接的効果からもたらされる。
TDOは、トリプトファン分解酵素であり、免疫抑制効果をもたらすことが観察された。
TDOおよびIDOインヒビターは、腫瘍性免疫拒絶反応を促進すること、およびガン免疫療法の効率を改善することが示唆された。
本発明の概略
IDOは細胞質ゾル酵素であり、従ってIDOによるトリプトファン分解は細胞内で起こる。しかしながら、トリプトファンは特定のトランスポーターを通して原形質膜をたやすく横切るので、細胞はトリプトファンシンクとして作用し、腫瘍細胞の周囲のミクロ環境にトリプトファンにおける低下を生じさせる。インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO)によって媒介されるトリプトファン異化作用は、腫瘍のミクロ環境においてトリプトファン消耗による腫瘍免疫回避(tumoural immune evasion)に関与する(contributing to)末梢免疫寛容の重要なメカニズムである。T細胞であり、それがガン細胞を標的とする能力をもち、およびトリプトファン異化作用が起こる免疫調節性腫瘍ミクロ環境に抵抗する能力をもつものを提供することができれば、有益であろう。
本発明者らは、低トリプトファン条件への曝露後、特に、IDOまたはTDO酵素(群)(TDO enzyme(s)、「(群)」は複数もあり得ることを示すときに用いる)を発現する腫瘍によって引き起こされるような増殖停止に対する耐性をT細胞に供給することができる方法を決定したが、本方法には、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターを過剰発現する(over-expressing)T細胞を提供することが含まれる。
T-細胞はそれらのT-細胞受容体(TCR)成分に基づいて二つの群に分けられる。TCRヘテロ二量体は、αおよびβ鎖を含むことができる。αおよびβTCRは、抗原提示細胞上のMHC分子によって示されるペプチドを介して外来抗原を認識する。TCRヘテロ二量体は、代わりにγおよびδ鎖を含むことができる。TCRs、γおよびδ鎖を含め、(γδTCR)はMHC非依存(MHC independent)である。
標的細胞の効果的な死滅をもたらすT細胞の十分な活性化は、生産的シグナル1およびシグナル2生成を必要とする。TCR/CD3シグナルからシグナル1を受け取ると、シグナル2は同時刺激性分子、例えば、CD28によって提供される。
適切には、T細胞は、αβTCRまたはγδTCRを発現する細胞であると考えてもよい。適切には、T細胞は、Vガンマ(γ)1ないし9およびVデルタ(δ)1ないし8からの任意のガンマデルタTCRペアリングのTCRを発現するガンマデルタ(γδ)T細胞であり得る。γδT細胞はVγ9Vδ2サブタイプのものであり得る。
したがって、本発明の第一の態様は、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターを過剰発現するT細胞を提供する。代替のトランスポーターには、高親和性グルタミン酸および中性アミノ酸トランスポーターファミリーの他のメンバー(SLC1A1、SLC1A2、SLC1A3、SLC1A4、SLC1A5、SLC1A6、SLC1A7)、ヘテロ二量体アミノ酸トランスポーターの重サブユニット(heavy subunits)(SLC3A1、SLC3A2)、ナトリウム-および塩化物-依存性ナトリウム:神経伝達物質シンポーターファミリーのメンバー(SLC6A1、SLC6A2、SLC6A3、SLC6A4、SLC6A5、SLC6A6、SLC6A7、SLC6A8、SLC6A9、SLC6A10、SLC6A11、SLC6A12、SLC6A13、SLC6A14、SLC6A15、SLC6A16、SLC6A17、SLC6A18、SLC6A19、SLC6A20)またはカチオン性アミノ酸トランスポーター/糖タンパク質関連ファミリーのメンバー(SLC7A1、SLC7A2、SLC7A3、SLC7A4、SLC7A5、SLC7A6、SLC7A7、SLC7A8、SLC7A9、SLC7A10、SLC7A11、SLC7A13、SLC7A14)が含まれ得る。
その技術において熟練の者には理解されるであろうが、例えば、Timosenko(チモセンコ)ら、「Nutritional Stress induced by tryptophan-degrading enzymes results in ATF4-dependent reprogramming of the amino acid transporter profile in tumor cells(トリプトファン分解酵素によって誘導される栄養ストレスは腫瘍細胞におけるアミノ酸トランスポータープロファイルのATF4依存性再プログラミングをもたらす)」、Cancer Res.(キャンサー・リサーチ)2016 76(21):6193-6204において考察されるように、SLC1A5は全長トランスクリプト(全長転写物とも言う)として(SLC1A5ロング(SLC1A5-L))、および切断スプライスバリアント(truncated splice variants)で、SLC1A5ミドル(SLC1A5-M)およびSLC1A5ショート(SLC1A5-S)を含めたものとして存在することが知られる。
適切には、T細胞は、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターを発現し得、そこでは随意に、トランスポーター(輸送体とも言う)は、高親和性グルタミン酸および中性アミノ酸トランスポーターファミリー(SLC1A1、SLC1A2、SLC1A3、SLC1A4、SLC1A5、SLC1A6、SLC1A7);ヘテロ二量体アミノ酸トランスポーターの重サブユニット(SLC3A1、SLC3A2);ナトリウム-および塩化物-依存性ナトリウム:神経伝達物質シンポーター(共輸送体とも言う)ファミリーのメンバー(SLC6A1、SLC6A2、SLC6A3、SLC6A4、SLC6A5、SLC6A6、SLC6A7、SLC6A8、SLC6A9、SLC6A10、SLC6A11、SLC6A12、SLC6A13、SLC6A14、SLC6A15、SLC6A16、SLC6A17、SLC6A18、SLC6A19、SLC6A20)またはカチオン性アミノ酸トランスポーター/糖タンパク質関連ファミリーのメンバー(SLC7A1、SLC7A2、SLC7A3、SLC7A4、SLC7A5、SLC7A6、SLC7A7、SLC7A8、SLC7A9、SLC7A10、SLC7A11、SLC7A13、SLC7A14)で、T細胞において典型的に観察されるような発現レベルの少なくとも二、少なくとも三、少なくとも四、少なくとも五、少なくとも六、少なくとも七、少なくとも八、少なくとも九、少なくとも十、少なくとも20、少なくとも50、少なくとも100倍のレベルでのものから選ばれる。未修飾T細胞(unmodified T cells)における内因性SLC1A5または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターの発現レベルは、ウエスタンブロッティングまたはフローサイトメトリーなどのような技術を用いて決定され得、および遺伝子的に修飾したT細胞(genetically modified T cells)におけるレベルと比較され得る。
適切には、T細胞は、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターを発現し得、そこで随意に、トランスポーターは、高親和性グルタミン酸および中性アミノ酸トランスポーターファミリー(SLC1A1、SLC1A2、SLC1A3、SLC1A4、SLC1A5、SLC1A6、SLC1A7);ヘテロ二量体アミノ酸トランスポーターの重サブユニット(SLC3A1、SLC3A2);ナトリウム-および塩化物-依存性ナトリウム:神経伝達物質シンポーターファミリーのメンバー(SLC6A1、SLC6A2、SLC6A3、SLC6A4、SLC6A5、SLC6A6、SLC6A7、SLC6A8、SLC6A9、SLC6A10、SLC6A11、SLC6A12、SLC6A13、SLC6A14、SLC6A15、SLC6A16、SLC6A17、SLC6A18、SLC6A19、SLC6A20)またはカチオン性アミノ酸トランスポーター/糖タンパク質関連ファミリーのメンバー(SLC7A1、SLC7A2、SLC7A3、SLC7A4、SLC7A5、SLC7A6、SLC7A7、SLC7A8、SLC7A9、SLC7A10、SLC7A11、SLC7A13、SLC7A14)で、活性化T細胞において典型的に観察されるような発現レベルの少なくとも二、少なくとも三、少なくとも四、少なくとも五、少なくとも六、少なくとも七、少なくとも八、少なくとも九、少なくとも十、少なくとも20、少なくとも50、少なくとも100倍のレベルでのものから選ばれる。
適切には、T細胞はガンマデルタT細胞であってよい。実施形態では、ガンマデルタT細胞は活性化され得る(すなわち、それらがより一層急速に増殖し、およびサイトカインを分泌するときである)。T細胞はアルファベータT細胞であってよい。アルファベータT細胞は活性化され得る。T細胞は、ガンマデルタまたはアルファベータT細胞であり得、それには腫瘍抗原に結合することが可能なキメラ抗原受容体(CAR)と一緒にSLC1A5トランスポーターまたはそのアイソフォームおよび/またはグルタミンもしくはトリプトファントランスポーターが含まれる。適切には、CARは、シグナル1応答だけ、例えば、CD3ゼータ(CD3 zeta)ドメインからのもの、またはシグナル1およびシグナル2応答、例えば、CD3ゼータドメインおよび同時刺激性(co-stimulatory)ドメインからのものを、CARの細胞外部分が抗原に結合するときに提供するCARであり得る。そのようなCARsはアルファベータT細胞と共に使用するのに有用であることができる。CARは、同時刺激性CARであり得、およびWO2016/166544号によって考察されるように、抗原結合に対してシグナル2応答だけを提供する。CARは、シグナル2応答だけを、例えば、同時刺激性ドメインを介して提供し、ガンマデルタT細胞と共に使用するのに有益であり得、そこではシグナル1は、T細胞によって認識される抗原に対して、ガンマデルタT細胞上のT細胞受容体(TCR)の結合によって提供され得る。
適切には、T細胞は、アルファベータT細胞またはガンマデルタT細胞であってよく、それはSLC1A5、またはそのアイソフォームおよび/またはグルタミンもしくはトリプトファントランスポーターを、疾患の抗原に対して特異的に結合することが可能なキメラ抗原受容体(CAR)と一緒に過剰発現する(over-expresses)。
適切には、T細胞は、ガンマデルタ(γδ)T細胞であってよく、それは、Vガンマ(γ)1ないし9およびVデルタ(δ)1ないし8からの任意のガンマデルタTCRペアリングのTCRを発現し、およびSLC1A5、またはそのアイソフォームおよび/またはグルタミンもしくはトリプトファントランスポーターを、疾患抗原に対して特異的に結合することが可能なキメラ抗原受容体(CAR)と一緒に発現する。γδT細胞はVγ9Vδ2サブタイプのものであり得る。
ガンマデルタT細胞は、グルタミンおよび/またはトリプトファントランスポーター、例えば、SLC1A5およびCARなどのようなものを含んでよい。適切には、CARは、古典的または調整不可能なCAR(シグナル1およびシグナル2を提供することができるCAR)であり得る。古典的CARは、細胞外抗原結合ドメイン、ヒンジ領域、膜貫通ドメイン、一またはそれよりも多く(一以上とも言う)の同時刺激性ドメイン(シグナル2を提供する)および活性化ドメイン、例は、CD3ゼータを提供するシグナル1から構成される。実施形態では、CARは、同時刺激性CARであり得、同時刺激性ドメインだけを含むが、シグナル1を含まず、それは活性化ドメインを提供する(CARに結合する際、共刺激性(costimulatory)シグナルだけが提供されるようにされる(シグナル2)(すなわち、シグナル1は共刺激性CAR単独の活性化を通して提供されない))。そのような実施形態において、T細胞上に存在する第二の受容体、例えば、T細胞受容体(TCR)などのようなものは、シグナル1およびシグナル2を相乗作用させてT細胞の活性化を可能にするために、シグナル1を提供し得る。
SLC1A5は単独で、またはSLC7A5およびSLC3A2と一緒に、LAT1トランスポーターを形成するために過発現され(overexpressed)得、T細胞によるトリプトファンの取込みがさらに上方制御される。
適切には、T細胞は、SLC1A5および/またはグルタミンもしくはトリプトファントランスポーターを、T細胞において典型的に観察される発現レベルの少なくとも二、少なくとも三、少なくとも四、少なくとも五、少なくとも六、少なくとも七、少なくとも八、少なくとも九、少なくとも十、少なくとも20、少なくとも50、少なくとも100倍のレベルにて発現し得る。
適切には、T細胞は、SLC1A5および/またはグルタミンもしくはトリプトファントランスポーターを、活性化T細胞において典型的に観察される発現レベルの少なくとも二、少なくとも三、少なくとも四、少なくとも五、少なくとも六、少なくとも七、少なくとも八、少なくとも九、少なくとも十、少なくとも20、少なくとも50、少なくとも100倍のレベルにて発現し得る。過剰発現は当技術において既知の任意の手段によってもたらされてよい。適切には、過剰発現は、修飾T細胞(modified T cell、改変T細胞、改変型T細胞などとも言う))が、低トリプトファンのミクロ環境において、例えば、腫瘍細胞の周りで検出されるような低トリプトファンのミクロ環境において有利に機能することを、機能的に可能にする。
トリプトファン異化作用が起こる低トリプトファンのミクロ環境において機能するように適合された修飾γδT細胞は、キメラ抗原受容体を含んでよく、そこではキメラ抗原受容体には、疾患抗原に対して結合特異性を有する細胞外抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、
および
(i)少なくとも一の同時刺激性シグナル伝達領域(シグナル2を提供可能であるがシグナル1はそうでない)およびシグナル伝達ドメイン、例えば、CD3ゼータを提供するシグナル1はなく(「同時刺激性」または「調整可能」CARを提供する)、または
(ii)CD3ゼータ活性化/シグナル伝達ドメイン(シグナル1を提供可能)、または
(iii)少なくとも一の同時刺激性シグナル伝達領域およびCD3ゼータ(シグナル1およびシグナル2を提供可能な古典的CAR)活性化/シグナル伝達ドメイン
が含まれる。
適切には、CARの核酸配列がCD3ゼータドメインを含むとき、CARは「古典的」または「調整不可能」と考えられる。CARが同時刺激性ドメインだけを含む実施形態では、それは「同時刺激性」または「TCR調整可能」CARと考えることができる。
CAR、「古典的」または「同時刺激性」をコードする核酸配列は、疾患関連抗原または腫瘍抗原またはタンパク質または糖質(カーボハイドラート、炭水化物とも言う)または脂質または小分子を認識する単鎖可変フラグメント(scFv)を含み得る。
CARの抗原結合ドメインは、多くの形態を取り得、以下の(制限されないが)、抗体、ナノボディ、増殖因子配列、合成配列で、可溶性因子に基づくもの、配列で、受容体外部ドメイン(receptor ecto-domain)、または細胞表面受容体の細胞外ドメインに結合し、それは次に上記のように膜貫通および同時刺激性ドメインに融合される因子に基づく配列から導き出される単鎖可変フラグメント(scFv)が含まれる。
適切には、疾患抗原はウイルス抗原であり得る。
疾患抗原は、細胞表面標的または、腫瘍、細胞感染、細菌感染、真菌感染もしくは原生動物感染において見出される抗原であり得るか、または活性もしくは不活化ウイルスフラグメント、ペプチド、タンパク質、そのようなウイルスからの抗原性セグメントもしくはその種の他のものなどであることができる。細胞表面標的は、腫瘍特異的抗原および/または腫瘍関連抗原を含み得る。
適切には、細胞外抗原結合ドメインは、腫瘍特異的または疾患関連抗原で、それは腫瘍/罹患細胞にだけ存在し、および他の任意の細胞には存在しないもの、および/または疾患関連抗原で、それはいくらかの罹患細胞およびまたいくらかの正常な細胞に存在するものを認識し、およびそれに結合し得る。そのような疾患関連抗原には、制限されないが、CD19、EGFR、EGFRvRIII、ErbB2、GM3、GD2、GD3、CD20、CD22、CD30、CD37、CD38、CD70、CD75、CD79b、CD33、CD138、gp100、NY-ESO-1、MICA、MICB、MART1、AFP、ROR1、ROR2、PSMA、PSCA、変異Ras、p53、B-Raf、c-met、VEGF、炭酸脱水酵素IX、WT1、ガン胚抗原(carcinoembryonic antigen)、CA-125、MUC-1、MUC-3、上皮性腫瘍抗原およびMAGE型抗原で、MAGEA1、MAGEA3、MAGEA4、MAGEA12、MAGEC2、BAGE、GAGE、XAGE1B、CTAG2、CTAG1、SSX2、もしくはLAGE1を含むもの、またはウイルス抗原またはそれらの組合せまたは翻訳後修飾されたタンパク質で、制限されないが、カルバミル化およびシトルニル化(citrunillated)タンパク質を含んでよいものが含まれ得る。
細胞表面抗原は、免疫チェックポイントリガンド、例えば、PD-L1またはPD-L2であることができる。
CARの膜貫通ドメインは、CD3またはCD4またはCD8またはCD28またはそれらの一部分の膜貫通ドメインの一以上を含むことができる。
CARの共刺激性シグナル伝達領域は、例えば、CD28、CD137(4-1BB)、ICOS、CD27、OX40、LFA1、PD-1、CD150、CD154、CD244、NKG2D、DNAX-活性化タンパク質(DAP)-10、DAP-12、LIGHT、Fc受容体γ鎖、IL-2共通γ鎖、IL-12受容体のシグナル2を提供する細胞内ドメインの一以上を含み得る。
本発明の第二の態様によれば、ガン、適切には、哺乳動物、好ましくはヒトにおいてガンを処置する方法を提供し、本方法には、本発明の第一の態様のT細胞の有効量の施与が含まれる。
本発明の第三の態様によれば、核酸によって形質転換されたT細胞が、コードされたトリプトファンまたはグルタミントランスポーター、例えば、SLC1A5を発現可能にできるように適合された制御配列に作動可能に連結されたSLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンまたはグルタミントランスポーターをコードする分離された核酸が提供される。
SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターの発現のための核酸配列は、以下の要素を含み得る;
・プロモーター、例えば、制限されないが、CMV、EF1α、MSCV、PGK、CAG、IRESまたはUBC
・SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターの核酸配列で、N終端Kozak(コザック)配列を適切に含むもの
・RNAスプライス/ポリアデニル化配列、例えば、制限されないが、BGHまたはSV40。
T細胞がCARを含む実施形態では、SLC1A5配列、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターは、二つの無関係なmRNAsを生産するために、CARのそれとは別のプロモーターに作動可能に連結され得る。適切には、CARおよびトランスポーターコード核酸配列によってコードされるトランスポーターの発現は、二つの無関係なmRNAsを生産するために、共通の、双方向性プロモーターからの転写によって達成され得る。あるいはまた、CARおよびトランスポーター配列の発現は、単一のプロモーターからの転写によって、および二つのタンパク質を翻訳することが可能な単一のmRNAを生産するために、二つのコード配列間の内部リボソーム侵入部位(internal ribosomal entry site)(IRES)の組込みによって達成され得る。適切には、CARおよびトランスポーター配列は、自己開裂T2A開裂配列によって分けられ得、単一のmRNAが提供され、共通のプロモーターから駆動され、二つのタンパク質を生成するために、同時翻訳的に開裂される単一のポリペプチドが翻訳される。
本発明の第四の態様によれば、本発明の第三の態様の核酸を含むベクターが提供される。
SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターの核酸配列の過剰発現を可能にし得る核酸を導入するために、任意の適切なベクターが使用され得る。ベクター骨格は、細菌の複製起点、例えば、pBR322などのようなもの、および抗生物質耐性を付与する選択マーカー、例えば、制限されないが、細菌宿主中でのプラスミドDNAの十分な増殖を可能にするために抗生物質のアンピシリンに耐性を付与するベータ-ラクタマーゼ遺伝子を含み得る。随意に、ベクターは、インテグラーゼ、例えば、phiC31などのようなものの細菌およびファージ付着部位(attBおよびattP)を、細菌骨格を欠くミニサークルの生産を可能にするために、エンドヌクレアーゼ、例えば、I-SceIなどのようなものの認識部位と組み合わせて含み得る。ベクターにはまた、SLC1A5、またはそのアイソフォーム、または興味がある標的細胞、最も好ましくはT細胞における発現に適したプロモーター配列に連結された代替のトリプトファンまたはグルタミントランスポーターの発現についてコードする配列が含まれるであろう。随意に、ベクターには、哺乳動物細胞におけるポジティブ選択(positive selection)のために、抗生物質耐性遺伝子が含まれてよく、およびまた発現の識別用のレポーター遺伝子、例えば、制限されないが、緑色蛍光タンパク質(GFP)などのようなものも含まれ得る。さらなるレポーターおよび/または選択遺伝子の発現は、個々のプロモーター、双方向性プロモーターから推進され得るか、またはIRESもしくは自己開裂性T2A配列の使用によって達成され得る。
本発明の第五の態様によれば、本発明の第三の態様の核酸または第四の態様のベクターにより形質転換された宿主T細胞が提供される。
SLC1A5または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターをコードする核酸を組み込むためにT細胞を遺伝的に修飾する方法には、その技術において熟練した者(当業者とも言う)に既知の任意の技術を含み得る。
適切な方法論には、制限されないが、ウイルス、例は、レンチウイルス/レトロウイルス/アデノウイルスによるウイルス形質導入、エレクトロポレーション、ヌクレオフェクション、脂質ベースのトランスフェクション(形質移入とも言う)試薬、ナノ粒子、塩化カルシウムベースのトランスフェクション方法または細菌由来のトランスポゾン、DNAトランスポゾンまたはレトロトランスポゾン、TALENSまたはCRISPR/Cas9技術による核酸の細胞トランスフェクションが含まれる。
適切には、T細胞を修飾するために提供される遺伝情報は、DNA(cDNA、プラスミド、線状、エピソーム、ミニサークル)、RNAまたはインビトロ転写(IVT)RNAの形態をとり得る。トランスポーター(群)および/またはCAR配列をコードする遺伝情報に加えて、その遺伝情報はまた、遺伝情報の宿主ゲノムへの統合を補助するのに必要なタンパク質/酵素/配列をもコードし得る。
レンチウイルス/レトロウイルス/アデノウイルスが形質導入のために採用されるとき、このプロセスを強化するために、その技術において熟練する者によって理解されるように化学試薬の含有物(inclusion、インクルージョン)を用いることができる。これらには、例えば、制限されないが、臭化ヘキサジメスリン(ポリブレン)、フィブロネクチン、組換えヒトフィブロネクチン(例えば、RetroNectin-Takara Clontech(レトロネクチン-タカラ・クロンテック)などのようなもの)、DEAEデキストランおよびTransPlus Virus Transduction Enhancer(トランスプラス・ウイルス・トランスダクション・エンハンサー)(ALSTEM Cell Advancements(アルステム・セル・アドバンスメンツ))が含まれる。
適切には、トランスポーターおよび/またはCARをコードする核酸の組込みは、培養期間にわたり任意の時点でT細胞、末梢血単核細胞(PBMCs)、臍帯血単核細胞(CBMCs)または組織由来増殖T細胞(tissue derived expanded T cells)に導入され得る。
本発明の第六の態様によれば、第三の態様の核酸またはトランスポーターを発現可能な第四の態様のベクターがT細胞によって発現されるように宿主T細胞を培養する方法が提供される。随意に、宿主細胞を培養する方法の一実施形態は、T細胞を細胞培養媒体から回収することをさらに含む。
本発明のさらなる態様によれば、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはグルタミンもしくはトリプトファントランスポーターを発現する腫瘍細胞に本発明のT細胞を送る方法が提供され、そこでは腫瘍細胞の周りのミクロ環境はトリプトファンを消耗させる。適切には、実施形態において、トリプトファン消耗(トリプトファン枯渇とも言う)は、宿主動物において細胞を取り囲む典型的な細胞ミクロ環境におけるものよりも少なくとも一倍、少なくとも二倍、少なくとも三倍、少なくとも四倍、少なくとも五倍少ないトリプトファンを引き起こし得る。トリプトファン消耗を評価するために、適切なトランスポーターの発現を、例えば、フローサイトメトリー、ウエスタンブロッティング、免疫細胞化学、qPCRまたはその種の他のものなど、およびそれらの組合せを用いてモニターし得る。
本発明のさらなる態様によれば、本発明のT細胞を治療上の薬剤、適切には、抗ガン剤と一緒に含む組成物を提供する。
適切には、治療剤は、放射性ヌクレオチド、ホウ素、ガドリニウムまたはウラン原子、免疫調節物質、免疫複合体、サイトカイン、ホルモン、ホルモンアゴニスト、酵素、酵素インヒビター、光活性治療剤、細胞傷害性薬物、毒素、血管新生インヒビター、免疫チェックポイントインヒビター、治療用抗体、抗体-薬物コンジュゲート(ADC)またはそれらの組合せからなる群より選び得る。
治療剤は、免疫複合体/ADCを含み得、細胞傷害性薬物が含まれる。適切には、細胞傷害性薬物は薬物、プロドラッグ、酵素または毒素であり得る。
実施形態では、対象、適切には哺乳動物、特にヒトにおいてガンを処置する方法は、本発明のT細胞の治療上有効な量により対象を処置することを含むことができる。実施形態では、T細胞は、体重1kg当たり1×104細胞の投薬量において、ないし1用量につき対象の体重1kg当たり5×108細胞を超えてT細胞の治療上有効な調剤物において提供され得る。
実施形態では、本方法は、T細胞の治療上有効な調剤物を繰り返し施与することを含むことができる。
実施形態において、治療されるガンは(制限されないが)、腎臓、脳、卵巣、頸部、肺、膀胱、食道、結腸直腸、皮膚、黒色腫、白血病、骨髄腫、リンパ腫、骨、肝細胞、子宮内膜、膵臓、子宮、頭頸部、唾液腺、胸部、前立腺または大腸のガンから選ぶことができる。
ここで使用されるように、用語SLC1A5は、中性アミノ酸トランスポーターで、双性イオン性アミノ酸が好ましいものに言及することができる。適切には、それは基質中性アミノ酸を許容することができ、グルタミン、アスパラギンならびに分枝鎖および芳香族アミノ酸が含まれる。それにはまた、メチル化、アニオン性および/またはカチオン性アミノ酸が含まれ得る。
SLC1A5はまたASCT2またはATBOとも称することができ、およびナトリウム依存性アミノ酸トランスポーターとして機能することができる。
実施形態では、SLC1A5は、R16、AAAT、NZA1、RDRC、ASCT-TおよびN7BS1であることができる。SLC1A5はまた、溶質キャリアファミリー1メンバー5(Solute Carrier Family 1 Member 5)、溶質キャリアファミリー1(Neutral Amino Acid Transporter(中性アミノ酸トランスポーター))メンバー5、ナトリウム依存性中性アミノ酸トランスポーター2型(Sodium-Dependent Neutral Amino Acid Transporter Type 2)、RD114/Simian Type D Retrovirus Receptor(RD114/サルD型レトロウイルス受容体)、Baboon M7 Virus Receptor(ヒヒM7ウイルス受容体)、ATB(0)、ASCT2、M7V1、RDRC、中性アミノ酸トランスポーターB(0)、中性アミノ酸トランスポーターB、RD114 Virus Receptor(RD114ウイルス受容体)、M7VS1、AAAT、ATBO、R16およびRDRとも称され得る。
ヒトSLC1A5についての核酸配列は、NIHNCBI sequence websites(NIHNCBI配列ウェブサイト)のアクセッション番号(受入番号)BC000062の下で見出すことができる。実施形態において、アミノ酸配列はアクセッション番号AAH00062.1によって提供され得る。
SLC1A5バリアントは、AAH00062.1によって提供される配列に対し、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%の配列同一性をもち得る。認められるように、そのようなバリアント(変種、変異体などとも言う)は、トランスポーターとして、特に修飾T細胞へのトリプトファンの取込みを増強するために、機能することができるタンパク質をコードすべきである。示されるように、SLC1A5は切断アイソフォーム(truncated isoforms)において存在する。したがって、トランスポーターとして機能することができるタンパク質を適切にコードすることができるSLC1A5のフラグメントであるバリアントが提供される。機能的活性スクリーニングは、SLC1A5のフラグメント(断片とも言う)のそのようなバリアントによってコードされる適切なN終端またはC終端欠失タンパク質を定めるために利用することができる。
適切には、ヒトSLC1A5遺伝子のバリアントは、別の動物、例えば、マウスまたはラットまたはその種の他のものなどからの相同体によって提供され得る。適切には、そのような相同体は、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列同一性の配列相同性を示し得る。
相同性は、必要ならば最大の相同性パーセントを達成するために、配列を整列させ、およびギャップを導入した後、ここで論じるようにバリアントおよびSLC1A5間で同一であるアミノ酸配列または核酸配列において残基のパーセンテージとして定められる。
整列(アラインメントとも言う)ならびに相同性および配列同一性を実行するための方法、およびコンピュータープログラムは、その技術においてよく知られる。
ここで用いるように、SLC1A5バリアントは、SLC1A5のアミノ酸配列修飾を含むことができ、そこではバリアントは、SLC1A5トランスポーターがコードされる核酸中に適したヌクレオチド変化を導入することによって提供される。修飾には、欠失、挿入、置換またはその種の他のものなどが含まれることができる。適切には、アミノ酸の変化をなすことができ、そこではアミノ酸の変化には、欠失、挿入および/または置換が含まれ、またはそれはSLC1A5トランスポーターの翻訳後修飾プロセス、例えば、その上のグリコシル化部位の数および/または位置を変える。
適切には、技術、例えば、アラニンスキャニング変異誘発などのようなものを、適切なアミノ酸置換を行うことができる場所を定めるために使用することができる。これを機能的スクリーニングと組み合わせて、置換、欠失または挿入がバリアントポリペプチドの適切な機能的活性を提供する場所を定めるために使用することができる。
バリアントポリペプチドはまた、ポリペプチドのCまたはN終端での修飾を含むことができる。その技術において既知であろうように、適切には、アミノ酸をコードする核酸の、またはアミノ酸の置換は、保存的置換をもたらし、そこでは類似のアミノ酸は、共通の側鎖特性に基づき、例えば、疎水性、中性、親水性、酸性、塩基性、鎖配向、または芳香族残基が保存されていると考えられるもので、それを提供することができる。
適切には、トランスポーターのアミノ酸配列バリアントをコードする核酸分子は、その技術において既知の様々な方法によって調製することができる。これらの方法には、制限されないが、部位特異的変異誘発、PCR変異誘発、カセット変異誘発またはその種の他のものなどによる調製が含まれることができる。
実施形態では、「治療上有効な」は、哺乳動物における疾患または障害、特にガンを処置するのに効果的なT細胞の量に言及する。T細胞およびガンに関する「治療上有効な」量は、ガン細胞の数を減らすのに必要なT細胞の数、例えば、腫瘍の大きさを減らし、その広がりを抑制し、または遅らせ、または末梢器官へのガン細胞の浸潤を停止させ、腫瘍の転移を抑制し、遅らせ、または停止させ、ガンの増殖を抑制し、遅らせ、または停止させ、および/またはガンに関連する一またはそれよりも多く(一以上とも言う)の症状を抑制し、遅らせ、または停止させるものであり得る。
適切には、治療上有効な量のT細胞の施与は、既存のガン細胞の増殖を妨げ、および/または消滅させ得る。ガン治療に関して、治療上有効な量は、例えば、疾患進行までの時間を評価すること、および/または処置応答速度を定めることによって測定することができる。適切には、T細胞の提供に加え、さらなる抗ガン処理が提供されてよい。
ここで用いる用語「ガン」は、哺乳動物、特にヒトにおける生理学的状態に言及し、無秩序な細胞増殖によって特徴付けられる。
実施形態において、これには、良性、前がん性、悪性、転移性、非転移性細胞が含まれることができる。ガンの例には、制限されないが、がん腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫および白血病またはリンパ性腫瘍が含まれる。適切には、ガンには、扁平上皮細胞ガン、肺ガンで、小細胞(肺)がん、非小細胞肺がん、肺の腺がんおよび肺の扁平上皮がんを含むもの、腹膜のガン、肝細胞ガン、胃または腹部ガン(gastric or stomach cancer)で、消化管がんを含むもの、膵ガン、(神経)膠芽(細胞)腫、子宮頸(部)ガン、卵巣ガン、肝臓ガン、膀胱ガン、肝ガン(ヘパトーマ)、胸部(乳)ガン、結腸(大腸)ガン、直腸ガン、結腸直腸がん、子宮内膜または子宮ガン、唾液腺ガン、腎臓または腎ガン、前立腺ガン、陰門ガン(vulvul cancer)、甲状腺ガン、肝性カルシノーマ、肛門ガン、陰茎ガンならびに頭頸部ガンが含まれることができる。
適切には、腫瘍応答は、腫瘍の形態での変化について、例えば、腫瘍量、腫瘍サイズおよびその他同種類のものなどに関連して、またはMRIスキャン、X線スキャン、CTスキャン、骨造影もしくは生検サンプリングを使用して、評価することができる。
ここで、分離した核酸分子は、次の核酸分子であり得、それはそれが核酸の自然な供給源と通常関連する少なくとも一つの汚染核酸分子から識別され、および分けられる。分離した核酸はまた、それらが自然に見出されるものとは異なる形態または状況(setting)である核酸をも含むことができる。
分離した核酸にはまた、次の核酸分子が含まれ、それは通常核酸を発現する細胞において含まれるが、それは細胞において異なる位置、例えば、異なる染色体位置に提供される。ここで用いる制御配列は、宿主有機体において作動可能に連結されたコード配列の発現のためのDNA配列に言及する。適切には、制御配列は、T細胞において作動可能に連結されたコード配列の発現を可能にするのに適する。
ここで用いるように作動可能に連結される核酸は、別の核酸配列と機能的な関係に置かれる核酸を説明する。例えば、分泌リーダー配列のためのDNAは、それがポリペプチドの分泌を可能にするプレタンパク質として発現される場合、ポリペプチドのためのDNAに作動可能に連結される。プロモーターまたはエンハンサーは、それがコード配列の転写に影響を及ぼす場合、コード配列に作動可能に連結される。
本発明のさらなる態様は、化学療法剤、細胞傷害剤、サイトカイン、増殖抑制剤、抗ホルモン剤、抗血管新生剤および本発明のT細胞を含むことができ、組成物が形成され、組成物の成分は、意図する目的に有効な量と組み合わされ、同時に、順次にまたは別々に提供されるようにされる。
実施形態において、本発明の組成物は、腫瘍細胞が細胞の周りのトリプトファン消耗ミクロ環境をもつかどうかを定めるために、対象または対象から得られる腫瘍細胞の試験後に提供されることができる。
したがって、IDOまたはTDOを発現する腫瘍を処置するために、ある方法を提供し、それには、次のステップが含まれる。
-本発明のT細胞または組成物を、上昇したレベルのIDOまたはTDOを発現する腫瘍細胞を有する対象に提供すること、
-随意に、本方法は、腫瘍細胞においてIDOまたはTDOの発現上昇の存在を検出するステップを含むことができる。
さらなる態様によれば、キメラ抗原受容体、例えば、「古典的」または「同時刺激性CAR」、ならびにグルタミンおよび/またはトリプトファントランスポーターから選ばれるキメラ抗原受容体を同時発現する方法が提供され、それには、標的または疾患抗原および独立したベクター/構築物内または同じ構築物内に含まれるグルタミンおよび/またはトリプトファントランスポーターに対して結合特異性を有する適切なCARをコードする遺伝情報を導入するステップが含まれる。SLC1A5配列、SLC1A5配列のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターは、二つの無関係なmRNAsを生産するためにCARのそれとは別のプロモーターから駆動され得る。CARおよびトランスポーター配列の発現は、二つの無関係なmRNAsを生産するために、共通の、双方向性プロモーターからの転写によって達成され得る。CARおよびトランスポーター配列の発現は、単一プロモーターからの転写、および二つのタンパク質を翻訳することが可能な単一のmRNAを生産するために、二つのコード配列間のIRESの組込みによって達成され得る。CARおよびトランスポーター配列は、自己開裂性T2A開裂配列(self-cleaving T2A cleavage sequence)によって分けられてもよく、それは単一のmRNAを提供し、共通のプロモーターから駆動され、単一のポリペプチドを翻訳し、それは二つのタンパク質を生じさせるために同時翻訳的に開裂されるであろう。
したがって、キメラ抗原受容体ならびにグルタミンおよび/またはトリプトファントランスポーターを発現するT細胞が提供され得る。
適切には、低トリプトファンおよび/またはグルタミン条件において増殖することが可能なT細胞を選ぶために、ある方法が提供される。その選定の方法には、SLC1A5-過剰発現(または代替の過剰発現トランスポーター)T細胞を、最適状態に及ばないレベル(sub-optimal levels)のL-トリプトファン、例えば、5μM未満のL-トリプトファンの濃度を含む細胞培養増殖媒体において増殖させるステップが含まれる。適切なトランスポーターを発現する細胞はまた、最適状態に及ばないレベルのL-グルタミン、例えば、3μM未満の濃度のL-グルタミンを含有する細胞培養増殖媒体において増殖により豊富化され得る。最適状態に及ばないレベルのL-トリプトファンおよびL-グルタミンの双方を含む細胞培養増殖媒体もまた使用され得る。あるいはまた、トランスポーターを発現する細胞は、低トリプトファン条件を似せるために、SLC1A5のインヒビター(抑制物質とも言う)、例えば、O-ベンジル-L-セリン(O-Benzyl-L-Serine)などのようなものの存在を含む細胞培養増殖媒体において増殖によって豊富化され得る。そのような増殖条件は、遺伝的に導入されたトランスポーターを発現するT細胞を細胞培養集団内で豊富化および選定し得る方法を提供し、それにより未修飾T細胞の増殖に対して選定がされる。
実施形態では、キメラ抗原受容体およびグルタミンまたはトリプトファントランスポーターを過発現するT細胞は、低濃度のトリプトファンおよび/または低グルタミンを含有する媒体、またはSLC1A5のインヒビター、例えば、O-ベンジル-L-セリンなどのようなものの存在下で細胞を培養することによって選定され得る。
実施形態では、グルタミンおよび/またはトリプトファントランスポーターに対して結合特異性を有する抗体を、低トリプトファンおよび/またはグルタミン条件において増殖可能なT細胞を選定するために使用することができる。適切には、抗体は、抗SLC1A5、抗SLC7A5、抗LAT1または抗SLC3A2から選ばれ得る。
実施形態において、修飾T細胞にて過発現されるトランスポーターに対して向けられた抗体は、それが対象に治療上施与され、処置への有害反応の事象において施与された修飾T細胞を消耗させる安全機構として別々に対象に施与され得る。そのような抗体は、修飾T細胞を消耗させるために、抗体依存性細胞介在性細胞傷害活性(antibody dependent cell mediated cytotoxicity、ADCC)を引き起こすであろう。そのような治療用抗体には、制限されないが、抗SLC1A5、抗SLC7A5、抗LAT1または抗SLC3A2が含まれ得る。
このテキストにおいて引用した各文書、参考文献、特許出願または特許は、参照によりその全体がここに明示的に組み込まれ、それはこのテキストの一部として読者によって読まれ、および検討されるべきであることを意味する。本テキストにおいて引用される文書、参考文献、特許出願または特許がこのテキストにおいて繰り返されないのは、単に簡潔さのためである。
本テキストにおいて含まれる引用された資料または情報への言及は、その資料または情報が共通の一般的知識の一部であるとか、または何等かの国において知られていたとかの容認として理解されるべきではない。
ここで使用するように、冠詞「a(ある一つの)」および「an」は、冠詞の文法上の目的語の一または一よりも多くに(例えば、少なくとも一に)言及する。
「約」は、概して、測定値の性質または精度を考慮して、測定された量について許容可能な程度の誤差を意味するものとする。
本明細を通して、前後関係が別なふうに要求しない限り、用語「comprise(含む)」または「include(含む)」、または変形、例えば、「comprises」または「comprising」、「includes」または「including」などのようなものは、述べられたインテジャー(全数、完全体などとも言う)またはインテジャーのグループの包含を意味すると理解されるが、他の任意のインテジャーまたはインテジャーのグループを除外するものではない。
本発明の各態様の好ましい特長および実施形態は、文脈が別なふうに要求しない限り必要な変更を加えて他の態様のそれぞれと同様である。
本発明の実施形態を次に、添付の図面を参照して、一例としてだけ説明し、そこでは次のようである:
本発明の提案された核酸構築物を例示し、そこではSLC1A5遺伝子がmRNA安定性のためのBGHポリアデニル化シグナルを有するEF1アルファプロモーター下で発現される。pEF-DEST51ベクター(Life Technologies(ライフ・テクノロジーズ))はまた、pUC複製起点および細菌宿主においてプラスミドDNAの十分な増殖を可能にするために抗生物質アンピシリンに対する耐性を付与するベータ-ラクタマーゼ遺伝子(注釈付きAmpR)を含む。 A)未修飾T細胞を例示し、そこでSLC1A5がナトリウム依存的にグルタミンを輸送し、それはSLC7A5/SLC3A2(LAT1)アンチポーター(交換輸送体とも言う)複合体ための基質を提供し、それはアミノ酸、例えば、トリプトファンなどのようなものの導入のための細胞内グルタミンの流出に大きく依存する。B)修飾T細胞であり、SLC1A5含有ベクターでのT細胞のトランスフェクションまたは形質導入によってSLC1A5を過剰発現するように操作され、SLC1A5の発現およびそれ故に細胞内へのグルタミンの取込み増加が引き起こされる。これは、SLC7A5/SLC3A2(LAT1)アンチポーター複合体のための追加の基質(グルタミン)を提供し、それ故にトリプトファンの導入/取込みが増加される。 SLC1A5過発現T細胞の作用の提案された様式の説明例を提供し、および(A)IDO+腫瘍細胞を例示し、それは細胞周期停止、細胞傷害性T細胞における活性化およびアポトーシスの低下を引き起こす低トリプトファン微小環境を作り出す。腫瘍細胞は、SLC1A5の発現を上方制御することによって低トリプトファン条件を補う。(B)SLC1A5過発現を介して腫瘍細胞と同じ補償機構をT細胞に備えることによって、T細胞は低トリプトファン腫瘍微小環境において機能することができる。 SLC1A5および同時刺激性CAR過発現ガンマデルタT細胞の作用の提案された様式の説明例を提供し、(A)IDO+腫瘍細胞は、キメラ抗原受容体発現γδT細胞において細胞周期停止、低下した活性化およびアポトーシスを引き起こす低トリプトファン微小環境を作り出す。腫瘍細胞は、SLC1A5の発現を上方制御することによって低トリプトファン条件を補い、それはトリプトファンのより一層大きな導入を可能にする。(B)ガンマデルタCAR-T細胞にSLC1A5過発現を介して腫瘍細胞と同じ補償機構を備えることにより、ガンマデルタCAR-T細胞は低トリプトファン腫瘍微小環境において機能し、およびγδTCRを介するホスホ抗原およびCAR(または同時刺激性CAR)を介する疾患抗原を認識することによって十分な細胞傷害性エフェクター機能を引き出すことができ;CAR/SLC1A5γδT細胞は、機能し、および細胞媒介性細胞傷害作用(cell-mediate cytotoxicity)を実行することができる。 同時刺激性CAR構築物を例示し、それには、GMCSF-R分泌シグナルドメイン、CD19に対するscFv、CD28ヒンジ、膜貫通および活性化ドメインならびにCD137(4-1BB)活性化ドメインが含まれる。同じ構築物からのSLC1A5同時発現は、SLC1A5配列の前のC終端T2A自己開裂ペプチドまたは内部リボソーム侵入部位(IRES)のいずれでもによって達成され得る。 Vデルタ2γδT細胞におけるSLC1A5の形質導入効率および発現レベルを例示する。PLCMsを、ゾレドロン酸によるそれらの刺激の48時間後に、SLC1A5-L(受入#NP_005619.1)またはSLC1A5-S(受入#NP_001138616.1)およびGFP配列を伴うレンチウイルスベクターにより形質導入した。形質導入細胞をさらに16日間増殖させ、およびGFP陽性細胞の割合をフローサイトメトリーによって測定した。GFP陽性細胞によって測定された形質導入効率(%)は、16.7%(SLC1A5-S)および20%(SLC1A5-L)であった(A)。細胞を固定/透過処理によってSLC1A5についても細胞内染色し、およびフローサイトメトリーによって分析した。形質導入にかかわらず、少なくとも97%のγδT細胞がSLC1A5を発現した(C)。しかしながら、SLC1A5の発現レベル(平均蛍光強度、MFIによって測定)は、非形質導入γδT細胞におけるものよりも、形質導入されたγδT細胞において高く、SLC1A5-L(〜(おおよそ、約とも言う)10倍)またはSLC1A5-S(〜1.5倍)による(B)。これらのデータは、SLC1A5-LまたはSLC1A5-Sにより形質導入されたγδT細胞によってより一層高い発現レベルのトランスポーターが所有されることを実証する。 図6-1の説明中の(B)および(C)の説明のものに対応する。 SLC1A5インヒビターO-ベンジル-L-セリン(BenSer)に対する耐性、およびSLC1A5-L配列を含むレンチウイルスにより形質導入されたVデルタ2γδT細胞の結果として得られたポジティブ選択を例示する。PBMCsを、ゾレドロン酸によるそれらの刺激から48時間後に形質導入した。細胞を、21日までの間、BenSerの存在下または不存在下でALys媒体において増殖させた。選択圧下、形質導入したγδT細胞の生存優位性を定めるために、増殖の二または三週間での細胞を生存能力(ヨウ化プロピジウムを使用)またはGFP陽性γδT細胞を測定するフローサイトメトリーによって分析した。三週間の増殖後、BenSerの存在下で、増殖の初期段階においてγδT細胞と比較して、非形質導入γδT細胞において生存能力の減少が見られた(12日目の80%超から23日目の60%未満)(A)。しかしながら、SLC1A5-Lアイソフォームにより形質導入したγδT細胞は生存能力において低下を示さず、BenSerに対して抵抗性になった(A)。さらに、GFP陽性γδT細胞においての増加が、ビヒクルコントロールと比較してBenSerの存在下で二または三週間の増殖後に記録された(それぞれ、〜17%および〜14%の増加)(BおよびC)。したがって、SLC1A5-Lの過発現は、γδT細胞を低レベルのL-トリプトファンに似せた培地においてBenSerに対して耐性にする。
IDOおよびTDOの発現によって引き起こされるトリプトファンの不足または消耗について、そこでは、腫瘍細胞は、SLC1A5およびその切断アイソフォームを含むアミノ酸トランスポーターの発現を調節し、それは次にグルタミンおよびトリプトファンの腫瘍細胞への取込みを順に促進し、および腫瘍細胞の周りにトリプトファンの消耗された微小環境をもたらし、それを補うため、本発明は、次のようなT細胞を提供し、それは、SLC1A5およびその切断アイソフォームを含むそのようなアミノ酸トランスポーターの発現を上方制御し、およびそのような低トリプトファン濃度においてT細胞が増殖を可能にされる。
ここで考察される特定の実施形態において、SLC1A5は、T細胞によって発現され、およびその上に提供されるキメラ抗原ベクター構築物と同じベクター上で同時発現させることができる。
適切には、SLC1A5はプロモーターの下で発現され、または内部リボソーム侵入部位(IRES)または単一のmRNAを提供するT2A開裂配列によってキメラ抗原受容体の発現に連結され、共通のプロモーターから駆動されることができ、単一のポリペプチドが翻訳され、それは二つのタンパク質を生成するために同時翻訳的に開裂される(図5を参照)。ここで考察するように、SLC1A5トランスポーターが提供されるベクターは、Gateway(ゲートウェー)「DEST」シリーズ(Life Technologies)からのもののような哺乳動物発現ベクター、レンチウイルスベクターで、例えば、System Biosciences(システム・バイオサイエンシーズ)によって提供されるpCDH suite(pCDHスイート)からなどのようなもの、トランスポゾンベクターまたはミニサークルの生成に適したベクターであることができる。
SLC1A5の同時発現は、以下のいくつかの利益を提供する:
1.キメラ抗原受容体およびSLC1A5を発現するトランスフェクトT細胞は、低トリプトファンおよび/またはグルタミン条件において増殖優位性をもち、およびそれ故にこれらの条件は、キメラ抗原受容体およびトランスポーターの双方を発現する細胞について選定するために用いることができ、
2.SLC1A5を単独で、またはキメラ抗原受容体と組み合わせて過剰発現するT細胞は、腫瘍発現IDOまたはTDOによって引き起こされる低トリプトファン条件への曝露後の増殖停止に対してより一層耐性である。
3.SLC1A5を単独で、またはキメラ抗原受容体と組み合わせて発現するT細胞は、SLC1A5トランスポーターに特異的な抗体の使用によって養子細胞移入後に選択的に消耗され得る。
ここで考察するように、低トリプトファンおよび/またはグルタミン条件において増殖優位性をもつT細胞は、細胞培養培地においてグルタミンおよび/またはトリプトファンの低条件を用いるトランスフェクション後に選ぶことができる。
あるいはまた、適切なT細胞は、例えば、SLC1A5またはその種の他のものなどに結合することができる抗体を用いてポジティブに選定することができる。例えば、磁気活性化細胞選別(MACS)技術、蛍光活性化細胞選別(FACS)またはその技術において熟練した者に既知の類似の技術が使用される。
例1
T細胞のトランスフェクションを可能にするためのベクターの生成
SLC1A5ロングアイソフォームをコードするDNAは、attL1とattL2の組換え部位の間のpDONR221バックボーンにおいてGeneArt(ジーンアート)(Life Technologies)から入手した。次いで、SLC1A5をLR Clonase(クロナーゼ)IIリコンビナーゼ反応(Life Technologies)を用いて様々なGateway適合性目的ベクター(Gateway compatible destination vectors)に組み換えることができる。この例では、SLC1A5をEF1アルファプロモーターおよびBGHポリアデニル化シグナルを含むpEF-DEST51に組み換えた(図1参照)。
例2
トリプトファン濃度の減少、例えば、5μM未満の減少によりT細胞がT細胞増殖停止を克服することを可能にするレベルにてSLC1A5の発現を提供するためのT細胞のトランスフェクション。
T細胞を、例1に記載のベクターを用いて、Nucleofection(ヌクレオフェクション)(Lonza(ロンザ))またはNeon electroporation system(ネオン・エレクトロポレーション・システム)(Thermo Fisher(サーモ・フィッシャー))のいずれかによってもエレクトロポレーションする。24ないし48時間の間完全培地(例えば、IMDMなどのようなもの)で回収した後、T細胞を5μM未満のL-トリプトファンしか含まないIMDM媒体において培養する。
例3
レンチウイルスシステムを使用してSLC1A5ロングアイソフォーム遺伝子を提供する例。
例1でのSLC1A5ロングアイソフォーム遺伝子をpCDHベクターバックボーン(Systems Bioscience(システムズ・バイオサイエンス))中にクローニングした。HEK293T細胞を、pCDHベクター、およびウイルス生産用に必要なgag、pol、revおよびenv遺伝子を発現するレンチウイルスパッケージングベクターの混合物により、Purefection transfection reagent(ピュアフェクション・トランスフェクション試薬)(System Bioscience)を用いて、同時トランスフェクションすることによって、レンチウイルス上清を生成した。ウイルス上清をトランスフェクションの48および72時間後に集め、およびPEG-it(System Bioscience)を用いて濃縮した。T細胞をプレーティング(平板培養とも言う)し、およびレンチウイルスの添加により感染させた。
SLC1A5ロングアイソフォーム(SLC1A5-L)およびその切断アイソフォーム(SLC1A5-S)を、SLC1A5-LまたはSLC1A5-Sの配列のいずれかでもを含むレンチウイルスシステム、次いでT2AおよびGFP配列を続けることによって、γδT細胞において形質導入した。機能的な形質導入効率は、GFP陽性γδT細胞に基づいて16.7(SLC1A5-S)および20%(SLC1A5-L)であった(図6A参照)。さらに、それらが形質導入されたか否かにかかわらず、大部分のγδT細胞はSLC1A5を発現した(図6B参照)。しかしながら、SLC1A5の発現レベルは、非形質導入γδT細胞におけるよりも形質導入γδT細胞において10倍(SLC1A5-L)または1.5倍(SLC1A5-S)高かった(図6C参照)。
例4
トランスポゾンに基づくシステムを用いるSLC1A5ロングアイソフォーム遺伝子を提供する例。
例1においてのSLC1A5ロングアイソフォーム遺伝子をPB51xベクター(System Bioscience)中にクローニングした。T細胞を、PB51xベクターおよび「Super」PiggyBac transposase expression vector(「スーパー」ピギーバック・トランスポザーゼ発現ベクター)(System Bioscience)により、Nucleofection(Lonza)またはNeon electroporation system(Thermo Fisher)のいずれかでもによって同時トランスフェクトした(co-transfected)。
例5
選択マーカーとしてのSLC1A5の使用および選択圧環境を可能にするために使用され得る媒体の考察。
T細胞を、SLC1A5発現構築物(例1でのようなもの)によりトランスフェクト(例2および4でのように)または形質導入(例3でのように)のいずれかでもして、SLC1A5の過発現が可能になる。SLC1A5を発現することが可能なベクターによるT細胞のトランスフェクション/形質導入の後、T細胞は、完全培地、例えば、ALySまたはIMDMなどのようなものにおいて典型的には24ないし48時間の回復期間が許される。回復期間の後、T細胞を、5μM未満のL-トリプトファンしか含まないか、または4mM未満のL-グルタミンしか含まないか、または条件の組合せを含むALySまたはIMDM媒体において培養する。未修飾T細胞と比較して増殖をモニターする。
細胞培養システムにおいてL-トリプトファンの実際の濃度は経時的にコントロールされなかったので、このことによりガンマデルタT細胞の反応に影響を及ぼすことができる。したがって、SLC1A5 O-ベンジル-L-セリン(BenSer)のインヒビターを、制御された選択圧環境を生成させるために、培養培地に添加し、それは低L-トリプトファン条件に似るものである。SLC1A5-SまたはSLC1A5-S(ゾレドロン酸による刺激の48時間後)を伴うレンチウイルスベクターにより形質導入したPBMCsを、BenSerの存在下または不存在下にALys媒体において培養した。増殖の二および三週間で、γδT細胞について、細胞生存率およびGFP陽性細胞を測定するために、選択圧下での形質導入γδT細胞の生存優位性を決定するためにフローサイトメトリーによって分析した。三週間の増殖後、BenSerの存在は、初期の増殖段階と比較して、形質導入されていないγδT細胞の生存能力を低下させた(図7A)。しかしながら、SLC1A5-Lアイソフォームにより形質導入されたγδT細胞は生存能力において低下を示さず、および従ってBenSerに対して耐性となった(図7A)。さらに、GFP陽性γδT細胞の割合は、BenSerの存在下での二および三週間の増殖後に、ビヒクルコントロールと比較して増加した(それぞれおよそ17%および14%の増加、図7B-C)。したがって、SLC1A5-Lアイソフォームの過発現は、培養培地においてガンマデルタT細胞をBenSerに対して耐性にし、それは低レベルのL-トリプトファンによく似ている。
本発明を、特定の例を参照して詳しく示し、および説明したが、本発明の範囲から離れることなくそこでの形態および詳細において様々な変化を加えることができることはその技術において熟練する者には理解されるであろう。

Claims (26)

  1. SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターが過剰発現するように適合された修飾T細胞。
  2. T細胞は、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターが、未修飾T細胞において観察される発現レベルの少なくとも二倍のレベルで発現するように適合される、請求項1の修飾T細胞。
  3. T細胞は、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターが、未修飾活性化T細胞において観察される発現レベルの少なくとも二倍のレベルで発現するように適合される、請求項1の修飾T細胞。
  4. T細胞は、次の
    (i)ガンマデルタT細胞受容体、
    (ii)アルファベータT細胞受容体、
    (iii)T細胞受容体および少なくとも一のキメラ抗原受容体(CAR)
    の少なくとも一を発現する、請求項1ないし3のいずれか一項の修飾T細胞。
  5. T細胞は、ガンマデルタT細胞受容体および同時刺激性キメラ抗原受容体(CAR)を発現し、そこで共刺激性CARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインを含み、そこで細胞内シグナル伝達ドメインは、同時刺激性シグナル(シグナル2だけ)を、T細胞に対して、細胞外抗原結合ドメインへの抗原の結合に続いて提供する、請求項4の修飾T細胞。
  6. T細胞はT細胞受容体およびキメラ抗原受容体(CAR)を発現し、そこでCARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインを含み、そこで細胞内シグナル伝達ドメインは、シグナル1応答だけを、T細胞に対して、抗原結合ドメインへの抗原の結合に続いて提供する、請求項4の修飾T細胞。
  7. T細胞はT細胞受容体およびキメラ抗原受容体(CAR)を発現し、そこでCARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインを含み、そこで細胞内シグナル伝達ドメインは、シグナル1応答およびシグナル2応答(同時刺激性ドメインからのもの)を、T細胞に対して、抗原結合ドメインへの抗原の結合に続いて提供する、請求項4の修飾T細胞。
  8. T細胞はガンマデルタT細胞受容体およびキメラ抗原受容体(CAR)を発現し、そこで使用に際してシグナル1は、TCRによって認識される細胞結合標的へのガンマデルタT細胞でのTCRの第一の結合事象によって提供され、およびシグナル2は、同時刺激性CARの抗原結合ドメインへの抗原の第二の結合事象によって提供され、および第一および第二の結合事象の双方からのシグナル1およびシグナル2の併用(in combination)はそれぞれT細胞を活性化する、請求項5の修飾T細胞。
  9. T細胞はガンマデルタT細胞受容体を発現し、そこでガンマデルタ(γδ)T細胞はVγ9Vδ2サブタイプのものである、請求項1ないし8のいずれか一項の修飾T細胞。
  10. SLC1A5は、LAT1トランスポーターを形成するためにSLC7A5およびSLC3A2と共に過発現される、先行する請求項のいずれかの修飾T細胞。
  11. ガンを処置する方法であって、請求項1ないし10のいずれか一項の修飾T細胞の有効量を、それを必要とする対象に対して施与することを含む、方法。
  12. 薬において使用するための、請求項1ないし10のいずれか一項の修飾T細胞。
  13. ガンまたはウイルスの処置において使用するための、請求項1ないし10のいずれか一項の修飾T細胞。
  14. 核酸によって形質転換されたT細胞が、コードされたSLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターを発現可能にするように適合された制御配列に作動可能に連結されたSLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターをコードする分離された核酸であり、随意にトリプトファンまたはグルタミントランスポーターは、高親和性グルタミン酸および中性アミノ酸トランスポーターファミリー(SLC1A1、SLC1A2、SLC1A3、SLC1A4、SLC1A5、SLC1A6、SLC1A7);ヘテロ二量体アミノ酸トランスポーターの重サブユニット(SLC3A1、SLC3A2);ナトリウム-および塩化物-依存性ナトリウム:神経伝達物質共輸送体ファミリーのメンバー(SLC6A1、SLC6A2、SLC6A3、SLC6A4、SLC6A5、SLC6A6、SLC6A7、SLC6A8、SLC6A9、SLC6A10、SLC6A11、SLC6A12、SLC6A13、SLC6A14、SLC6A15、SLC6A16、SLC6A17、SLC6A18、SLC6A19、SLC6A20)またはカチオン性アミノ酸トランスポーター/糖タンパク質関連ファミリーのメンバー(SLC7A1、SLC7A2、SLC7A3、SLC7A4、SLC7A5、SLC7A6、SLC7A7、SLC7A8、SLC7A9、SLC7A10、SLC7A11、SLC7A13、SLC7A14)から選ばれる、核酸。
  15. 請求項14の核酸を含むベクター。
  16. 請求項14の核酸または請求項15のベクターでトランスフェクトまたは形質導入された宿主T細胞。
  17. 請求項14の核酸または請求項15のベクターによってコードされるトランスポーターを発現するためにT細胞を培養する方法であって、請求項14に従う核酸または請求項15に従うベクターをT細胞中に導入するステップを含む、方法。
  18. T細胞は処置される疾患を有する対象から分離されたT細胞である、請求項17の方法。
  19. 請求項1ないし10のいずれか一項のT細胞および治療上の薬剤を含む、薬剤組成物。
  20. 疾患を処置または防止するための薬の製造における、請求項1ないし10のいずれか一項に従う修飾T細胞の使用。
  21. 疾患はガンである、請求項20に従う薬の製造における修飾T細胞の使用。
  22. 修飾T細胞を対象に提供するにあたり、次のステップ、
    a.対象から分離したT細胞含有サンプルを提供すること
    b.請求項14の核酸または請求項15のベクターを用いて、T細胞含有サンプルのT細胞を形質導入またはトランスフェクトすること、および
    c.(b)からの細胞を対象に対して施与すること
    を含む、方法。
  23. 請求項1ないし10のいずれか一項に請求するように、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターが過発現するように適合された修飾T細胞を選定する方法であって、次のステップ:
    a.SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターが、5μM未満の濃度のL-トリプトファンおよび3μM未満の濃度のL-グルタミンの少なくとも一を伴う媒体において、またはSLC1A5のインヒビターの存在下で過発現するように適合された修飾T細胞が含まれるT細胞の集団を培養することであり、随意にそこで前記インヒビターはO-ベンジル-L-セリンであり;
    b.ステップaに従って培養するとき増殖するそれらの修飾T細胞を選ぶこと
    を含む、方法。
  24. 請求項1ないし10のいずれか一項に請求するように、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターが過発現するように適合された修飾T細胞を選定する方法であって、次の、
    a.SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターの少なくとも一に対して結合特異性を有する結合メンバーを、SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターの少なくとも一を発現するT細胞に提供すること、
    b.随意に、ステップaにおいて結合メンバーのT細胞への結合を検出すること、および
    c.結合メンバーが結合するT細胞を選ぶこと
    を含む、方法。
  25. SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターが過発現するように適合された修飾T細胞を分離する方法であって、次のステップ:
    a.SLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、または代替のトリプトファンもしくはグルタミントランスポーターに対して結合特異性を有する結合メンバーを、T細胞を含む培養物に提供すること、
    b.培養物を形成する結合メンバーが結合するT細胞を分離すること
    を含む、方法。
  26. 請求項11に請求するようにガンを処置する方法であって、第一の時点で請求項1ないし10のいずれか一項の修飾T細胞の有効量を、それを必要とする対象に対して施与することを含み、後の第二の時点で、対象において存在する修飾T細胞に選択的に結合し、およびそれを減らすために、修飾T細胞に結合することが可能なSLC1A5、SLC1A5のアイソフォーム、またはトリプトファンまたはグルタミントランスポーターに対して結合特異性を有する結合メンバーを、対象に対して施与するステップをさらに含む、方法。
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