JP2020503839A - 哺乳類で発現した新規なヒト免疫不全ウイルスエンベロープタンパク質抗原 - Google Patents
哺乳類で発現した新規なヒト免疫不全ウイルスエンベロープタンパク質抗原 Download PDFInfo
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Abstract
Description
I.ポリペプチド
に見ることができる。HIVエンベロープタンパク質のアミノ酸配列は、たとえば「gp160」又は「HIVエンベロープタンパク質」についてのNCBI's Protein databaseを(たとえばhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/proteinで)検索することによって同定することもできる。
A.HIVエンベロープタンパク質のエピトープ
https://www.hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/ab/gp160.htmlで入手可能なLANL gp160 AB Epitope Mapから選択することができる。LANL gp160 AB Epitope Mapの2017年10月19日版の一部を図43に採録する。本発明の種々の実施形態はLANL gp160 AB Epitope Mapに記載されたエピトープを特徴としている。
B.リンカー
C.融合タンパク質
D.リーダーペプチド配列
E.アフィニティタグ
F.例示的なポリペプチド配列
II.HIV-1及びHIV-2による感染の免疫生物学
III.オリゴマーポリペプチド
IV.核酸、クローニング細胞、及び発現細胞
又はクローニング細胞であってよい。核酸は典型的にはE.coliでクローニングされるが、他のクローニング細胞を用いてもよい。細胞が発現細胞である場合には、核酸は任意選択で染色体の核酸であり、即ちヌクレオチド配列は染色体に挿入されるが、核酸はたとえば染色体外DNAとして発現細胞の中に存在してよい。
V.アッセイ及び試薬
VI.薬学的組成物
VII.抗体選択の方法
VIII.生物学的試料を選択する方法
HIVエンベロープタンパク質のエピトープを含む種々のポリペプチドを設計した。ポリペプチドenv_1〜env_4は、αヘリカル又はβシートリンカー配列のいずれかを用いて継ぎ合わせたLANL HIV-1 gp160エンベロープエピトープマップ(https://www.hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/ab/gp160.html)から誘導したgp120ヒトB細胞エピトープを用いて設計した。これらの配列はマウスIgG CH2/CH3領域とも融合した。いくつかのバージョンでは、IgGヒンジ領域も含まれ、それによりダイマーの形成が可能であった。ポリペプチドenv_5は、p53のテトラマー化モチーフに融合した同じSYN-gp120配列を用いて設計した。ポリペプチドenv_6は、GCN4のトリマー化モチーフに融合したSYN-gp120配列を用いて設計した。ポリペプチドenv_7は、クラスリンのトリマー化モチーフに融合したSYN-gp120配列を用いて設計した。ポリペプチドenv_8及びenv_9は、「SYN-gp41」と指定されたαヘリカルリンカーで継ぎ合わせ、ヒンジ領域を含み又は含まずに、IgG CH2/CH3ドメインと融合させたgp41に対応するLANL HIV gp160エピトープマップからのヒトB細胞エピトープを用いて設計した。ポリペプチドenv_10〜env_17は、ヒンジ領域又はgp120のV3ループを含み又は含まずに、IgG CH2/CH3ドメインと融合したRCSB Protein Data Bank(PDB)エントリー5TE4及び5T33からのアミノ酸配列から誘導したHIV-1 gp120配列を用いて設計した。ポリペプチドenv_14〜env_17は、αヘリカルリンカーに続くIgG CH2/CH3ドメインのC末端に融合したRCSB Protein Data Bank(PDB)エントリー5V8Lからのアミノ酸配列から誘導したHIV-1 gp41配列の一部をさらに含む。ポリペプチドenv_18及びenv_19は、それぞれヒンジ領域を含み又は含まずに、IgG CH2/CH3ドメインに融合したPDBエントリー5V8Lから誘導したgp41配列を用いて設計した。ポリペプチドenv_20は、1エピトープ領域を拡張したポリペプチドenv_8の改変であった。ポリペプチドenv_21は、C末端で融合したSYN-gp120ドメインを有するポリペプチドenv_20と同じであった。ポリペプチドenv_22は、NCBI Reference Sequence NP_579895から誘導し、gp41とgp120の配列の間のIgG CH2/CH3ドメインを有するSYN-gp120配列と融合した、切り詰めたgp41配列であった。ポリペプチドenv_23及びenv_24は、HIV-1エンベロープタンパク質エピトープから誘導し、それぞれそのC末端又はN末端でIgG CH2/CH3ドメインと融合した。ポリペプチドenv_25〜env_27は、HIVエンベロープタンパク質エピトープに対応するクレードA、クレードC、及びコンセンサス配列であった。ポリペプチドenv_28及びenv_29は、それぞれそのN末端又はC末端でIgG CH2/CH3ドメインに融合したHIV-2エンベロープタンパク質エピトープに対応する。ポリペプチドenv_30及びenv_31は、それぞれそのN末端又はC末端でIgG CH2/CH3ドメインに融合したHIV-1エンベロープタンパク質エピトープに対応する。ポリペプチドenv_32及びenv_33は、それぞれそのN末端又はC末端で融合したIgG CH2/CH3ドメインを有するポリペプチドenv_22で用いた同じgp41配列に対応する。ポリペプチドenv_34は、米国特許第6284248号の配列番号10から誘導したgp160配列に対応し、これをポリペプチドenv_35〜env_38の対照として用いた。この配列はエンベロープ膜貫通配列を含まず、gp120/gp41切断部位が変異している。ポリペプチドenv_35〜env_38は、クレードA、C、AE及びポリペプチドenv_34の配列に整列したコンセンサス配列からのエンベロープ配列に対応している。ポリペプチドenv_39は、gp120とgp41の配列の間にIgG CH2/CH3ドメインを有するNCBI Reference Sequence NP_579895から誘導された、切り詰められたgp41配列に融合したHIV-1 gp120クレードBエンベロープタンパク質エピトープから誘導された。ポリペプチドenv_40は、HIV-1 gp120エンベロープの同じ配列、IgG CH2/CH3ドメイン及びより長いリンカーと融合した、切り詰められたgp41に対応する。ポリペプチドenv_41は、gp41とgp120の配列の間にIgG CH2/CH3ドメインを有するHIV-1 gp120エンベロープタンパク質エピトープにそのC末端で融合した、NCBI Reference Sequence NP_579895から誘導された、切り詰められたgp41配列に対応する。ポリペプチドenv_42〜env_44はポリペプチドenv_40と同様であるが、それぞれクレードA、AE及びAG株からのgp120配列を用いている。ポリペプチドenv_45はポリペプチドenv_40と同様であるが、コンセンサスgp120配列を用いている。ポリペプチドenv_46はgp120とp24の配列の間にIgG CH2/CH3ドメインを有するHIV-1カプシドタンパク質p24配列に融合したHIV-1 gp120クレードBエンベロープタンパク質エピトープから誘導した。ポリペプチドenv_47は、p24とgp120の配列の間にIgG CH2/CH3ドメインを有するHIV-1 gp120クレードBエンベロープタンパク質エピトープに融合したHIV-1カプシドタンパク質p24配列から誘導した。ポリペプチドenv_48はポリペプチドenv_46と同様であるが、p24タンパク質の選択されたエピトープを除去している。ポリペプチドenv_49はポリペプチドenv_47と同様であるが、p24タンパク質の選択されたエピトープを除去している。ポリペプチドenv_50はポリペプチドenv_46と同様であるが、選択されたp24の変異を有している。ポリペプチドenv_51はポリペプチドenv_47と同様であるが、選択されたp24の変異を有している。ポリペプチドenv_52はポリペプチドenv_46と同様であるが、p24配列に選択されたアラニン置換を有している。ポリペプチドenv_53はポリペプチドenv_47と同様であるが、p24配列に選択されたアラニン置換を有している。ポリペプチドenv_54は、IgG CH2/CH3ドメインを有するHIV-1 gp120タンパク質にそのC末端で融合したHIV-1 gp41配列に対応している。
実施例1に記載し、それぞれ配列番号1〜38及び91〜106で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドenv_1〜env_38及びenv_39〜env_54の構造を、Cyrus Biotechタンパク質モデリングツールの中のRosettaソフトウェアを用いて、又はPDBからの既知の構造をPyMolを用いて手動で継ぎ合わせることによって予測した。図2〜図40及び図44はPyMolで描いた。融合タンパク質を暗灰色で示し、HIVエンベロープタンパク質(これは1つ又は複数のエピトープを含む)のアミノ酸配列を明灰色で示す。
ポリペプチドenv_1、2、3、4、5、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、及びenv_18をクローニングし、哺乳類細胞で発現し、細胞上清を単離した。細胞上清からのタンパク質を4〜20%のトリス-グリシンTGX(商標)ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミド(SDS-PAGE)ゲルで、還元条件及び非還元条件下に分析した。ゲルをInstantBlue(商標)タンパク質染色で染色した。ポリペプチドenv_1、2、3、5、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、及び18は検出可能なレベルで発現した(図41及び図42)。
酵素免疫吸着アッセイ(ELISA)を用いて、哺乳類で発現したHIV env組換えポリペプチドが、酵母で発現したHIV抗原Env13(対照)で検出できなかったドナーの血漿試料中のHIV抗体を検出できることを確定した。
Claims (32)
- リーダーペプチド、
融合タンパク質、
HIV gp120タンパク質の少なくとも1つのエピトープ、及び/又は
HIV gp41タンパク質の少なくとも1つのエピトープ
を含む組換えポリペプチドであって、
融合タンパク質がHIVによってコードされていない領域を含み、前記領域が抗体のFcドメイン、p53ドメイン、GCN4ドメイン又はクラスリンドメインからなる群から選択され、組換えポリペプチドが膜貫通ドメインを欠いている、組換えポリペプチド。 - 前記膜貫通ドメインのアミノ酸配列が配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、又は配列番号72からなる群から選択される、請求項1に記載の組換えポリペプチド。
- 少なくとも4、5、6、7、8、9、又は10個のエピトープを含む、請求項1又は2に記載の組換えポリペプチド。
- アミノ酸配列がHIVによってコードされていないリンカーによってそれぞれのエピトープが別のエピトープに連結されている、請求項3に記載の組換えポリペプチド。
- それぞれのエピトープを別のエピトープに連結する前記リンカーが配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号109、配列番号110、又は配列番号111で表されるアミノ酸配列を含む、請求項4に記載の組換えポリペプチド。
- 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、又は配列番号106で表されるアミノ酸配列を含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
- 融合タンパク質が、アミノ酸配列が配列番号77、配列番号78、配列番号80、又は配列番号107からなる群から選択される抗体Fcドメインを含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
- 抗体Fcドメインがオリゴマー化ドメインを欠き、
組換えポリペプチドがモノマーである、
請求項7に記載の組換えポリペプチド。 - 配列番号1、配列番号2、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、又は配列番号106で表されるアミノ酸配列を含む、請求項8に記載の組換えポリペプチド。
- 抗体Fcドメインがダイマー化ドメインを含む、請求項7に記載の組換えポリペプチド。
- 配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、又は配列番号19で表されるアミノ酸配列を含む、請求項10に記載の組換えポリペプチド。
- 融合タンパク質がp53、GCN4、クラスリン、又は抗体のFcドメインからなる群から選択されるオリゴマー化ドメインを含む、請求項1から5又は10若しくは11のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
- 配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、又は配列番号19で表されるアミノ酸配列を含む、請求項12に記載の組換えポリペプチド。
- 組換えポリペプチドのN末端がリーダーペプチドからなり、
リーダーペプチドが哺乳類細胞中におけるポリペプチドの翻訳の後で哺乳類細胞の細胞表面膜の外側の組換えポリペプチドを転位させることができる、
請求項1から13のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。 - リーダーペプチドが配列番号84で表されるアミノ酸配列を含む、請求項1から14のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
- 融合タンパク質がリーダーペプチドであり、
組換えポリペプチドがHIV gp120のエピトープ及びHIV gp41のエピトープを含み、
組換えポリペプチドがgp120/gp41切断部位を欠いている、
請求項14又は15に記載の組換えポリペプチド。 - 配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、又は配列番号38で表されるアミノ酸配列を含む、請求項16に記載の組換えポリペプチド。
- ポリヒスチジンアフィニティタグをさらに含む、請求項1から17のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
- 請求項1から7又は10から18のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドの少なくとも2つを含む、オリゴマーポリペプチド。
- 請求項1から18のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項19に記載のオリゴマーポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及び
ヌクレオチド配列に作動可能に連結されたプロモーター
を含む、核酸。 - 請求項1から18のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項19に記載のオリゴマーポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を含む細胞であって、哺乳類細胞である、細胞。
- CHO、BHK、NS0、Sp2/0、COS、C127、HEK293、HT-1080、PER.C6、HeLa、又はJurkat細胞である、請求項21に記載の細胞。
- 請求項1から18のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項19に記載のオリゴマーポリペプチドを含む免疫アッセイ試薬であって、固体支持体に結合された、免疫アッセイ試薬。
- 固体支持体がビーズ、膜、マイクロタイタープレート、ポリペプチドチップ、又はクロマトグラフィーカラムの固相である、請求項23に記載の免疫アッセイ試薬。
- 固体支持体と、請求項1から18のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項19に記載のオリゴマーポリペプチドとを含む、HIV抗体を含む組成物をアッセイするためのデバイスであって、オリゴマーポリペプチドが共有結合又は非共有結合で固体支持体に結合している、デバイス。
- 固体支持体がビーズ、膜、マイクロタイタープレート、ポリペプチドチップ、又はクロマトグラフィーカラムの固相である、請求項25に記載のデバイス。
- 抗体を含む試料をアッセイするための方法であって、
試料と請求項1から18のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項19に記載のオリゴマーポリペプチドとを接触させる工程、及び
抗体とポリペプチド又はオリゴマーポリペプチドとの間の結合親和性を決定する工程
を含む、方法。 - 結合親和性が相対的結合親和性であり、
結合親和性が1つ又は複数の異なった抗体の結合親和性に関連するので相対的結合親和性である、請求項27に記載の方法。 - 請求項1から18のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項19に記載のオリゴマーポリペプチドを動物に投与する工程を含む、抗体を産生する方法。
- 複数の抗体から抗HIV抗体を選択する方法であって、
(a)請求項1から18のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項19に記載のオリゴマーポリペプチドのいずれか、及び(b)複数の抗体を含む組成物を接触させる工程、並びに
組成物中の他の抗体に対してポリペプチド又はオリゴマーポリペプチドに高い結合親和性を有する抗体を同定し、それにより抗HIV抗体を選択する工程
を含む、方法。 - ヒト患者におけるHIV感染を予防し又は治療する方法であって、請求項1から18のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項19に記載のオリゴマーポリペプチドのいずれかを患者に投与する工程を含む、方法。
- ヒト生物学的試料の供給源から生物学的試料を選択する方法であって、前記供給源から、請求項1から18のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項19に記載のオリゴマーポリペプチドのいずれかと抗原抗体複合体を形成する抗体を含まない試料を選択する工程を含む、方法。
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