JP2020500005A - 抗ｏ１抗体およびその使用 - Google Patents

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Abstract

本開示は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１に特異的に結合し、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のオプソニン作用による死滅を誘導する結合タンパク質（例えば抗体またはその抗原結合断片）を提供する。本開示はまた、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を低下させるまたは対象においてクレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））感染症を治療するもしくは予防するための方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１結合タンパク質（例えば抗体またはその抗原結合断片）を対象に投与するステップを含む方法をも提供する。【選択図】図１Ａ−Ｃ

Description

電子的に提出された配列表に対する参照
本出願と共に提出され、ＡＳＣＩＩテキストファイルＫＬＥＢ−１０１−ＷＯ−ＰＣＴ＿ＳＬ．ｔｘｔ（サイズ：３７，３１３バイト；および作成日：２０１７年１０月６日）で電子的に提出された配列表の内容は、その全体が参照により本明細書に援用される。
本発明の分野は、概して、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（例えば抗体およびその抗原結合断片）ならびにクレブシエラ感染症の予防または治療のためのそれらの結合タンパク質の使用に関する。
クレブシエラは、肺炎、尿路感染症、新生児敗血症、および外科手術による創傷感染症を含む、日和見感染および院内感染の原因病原体として臨床上の重要性が急速に増しているグラム陰性菌である。そのうえ、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、および壊死性髄膜炎などのクレブシエラ感染症に関連する、出現しつつある症候群がある。クレブシエラ感染症の臨床上の影響は、例えばＰｏｄｓｃｈｕｎ Ｒ．ａｎｄ Ｕｌｌｍａｎ Ｕ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｒｅｖ．１１：５８９−６０３（１９９８）において議論されている。
抗生物質抵抗性が、細菌感染への対処における重大な課題の１つとして出現してきた。例えばＩｒｅｄｅｌｌ Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，ＢＭＪ ３５１：ｈ６４２０（２０１５）を参照されたい。薬剤抵抗性の黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）に対していくらかの進歩が得られたが、グラム陰性日和見感染症は、非常に問題である。このような中で、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、多薬剤抵抗性株が広範にわたって広まっており、特に厄介になってきた。肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネマーゼ（ｃａｒｂａｐｅｎａｍａｓｅ）（ＫＰＣ）およびニューデリーメタロベータラクタマーゼ１（ＮＤＭ−１）を含む広域スペクトルベータラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）およびカルバペネム抵抗性腸内細菌科（ＣＲＥ）カルバペネマーゼなどのような感染症は、世界中に拡散し、現在の抗生物質の分類は主として不適切なものになった。このような現実は、抗生物質流通ルートの縮小と合わさって、わずかな治療の選択肢しか残さない。最近、いくつかの注目を集める感染が発生しており、これは肺炎桿菌抗生物質抵抗性に関する緊急性を強調する。そのため、抗生物質療法を補完する戦略を開発することは重要である。
複数の毒性因子が、莢膜多糖（ＣＰＳ）およびリポ多糖（ＬＰＳ）を含めて、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の病原に関係してきた。ＬＰＳおよびＣＰＳに向けられるポリクローナル抗体は、致命的な肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染症の前臨床モデルにおいて防御的である。しかしながら、抗体によりこれらの２つの抗原を標的にすることにより、株の対象範囲に関して重大な課題が生じる。７７を超える既知の莢膜血清型および８つのＯ抗原血清型があり、いずれが最も一般的であるかまたは病原に最も関連しているかは明らかでない。加えて、ＬＰＳ内の保存エピトープを標的にする限られた数のモノクローナル抗体について、報告された防御効果はない（Ｂｒａｄｅ ｅｔ ａｌ．２００１，Ｊ Ｅｎｄｏｔｏｘｉｎ Ｒｅｓ，７（２）：１１９−２４）。
したがって、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））感染症、とりわけ抗生物質抵抗性のクレブシエラ感染症に対して防御効果を有する抗体を同定および開発する必要が大いにある。
本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１結合タンパク質、例えば抗体またはその抗原結合断片および肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１結合タンパク質を使用してクレブシエラ感染症を治療するための方法を提供する。
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、抗原結合タンパク質は、ａ）クレブシエラのオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導する、ｂ）血清殺菌活性測定法（ｓｅｒｕｍ ｂａｃｔｅｒｉｃｉｄａｌ ａｓｓａｙ）によって測定されるように補体依存性の死滅を介してクレブシエラを死滅させる、またはｃ）クレブシエラのＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介してクレブシエラを死滅させる、単離抗原結合タンパク質が、本明細書において提供される。
１つの実例では、抗原結合タンパク質は、（ｉ）クレブシエラのＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介してクレブシエラを死滅させ、かつリポ多糖（ＬＰＳ）を中和するまたは（ｉｉ）クレブシエラのＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介してクレブシエラを死滅させるが、ＬＰＳを中和しない。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、またはＫ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）である。１つの実例では、クレブシエラは、表８の列１〜１３４の１つに列挙される株を含め、多薬剤抵抗性である。
１つの実例では、抗原結合タンパク質は、ａ）肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導する、ｂ）血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介して肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を死滅させる、および／またはｃ）リポ多糖（ＬＰＳ）を中和する。
１つの実例では、抗原結合タンパク質は、多薬剤抵抗性の肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株を、少なくとも１つの抗生物質に対して感受性にする。
１つの実例では、抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原のＤ−ガラクタンＩＩドメインに結合する。
本開示はまた、相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、ＨＣＤＲ１は、配列番号１のアミノ酸配列を有し、ＨＣＤＲ２は、配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＨＣＤＲ３は、配列番号３のアミノ酸配列を有し、ＬＣＤＲ１は、配列番号４のアミノ酸配列を有し、ＬＣＤＲ２は、配列番号５または１０のアミノ酸配列を有し、ＬＣＤＲ３は、配列番号１１のアミノ酸配列を有する、単離抗原結合タンパク質をも提供する。
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、抗原結合タンパク質は、配列番号１２と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および／または配列番号１３と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、単離抗原結合タンパク質が、本明細書において提供される。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、配列番号１２を含むＶＨおよび／または配列番号１３を含むＶＬを含む。
本開示はまた、配列番号１２を含むＶＨおよび配列番号１３を含むＶＬを含む抗体と、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原中の同じエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質をも提供する。
１つの実例では、配列番号１２を含むＶＨおよび配列番号１３を含むＶＬを含む抗体の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原への結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質が、本明細書において提供される。
本開示はまた、相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３は、それぞれ配列番号４１、４２、４３、４４、４５、および４６、それぞれ配列番号３２、３３、３４、３５、３６、および３８、それぞれ配列番号３２、３３、３４、３５、３７、および３８、それぞれ配列番号１、２、３、４、５、および７、それぞれ配列番号１、２、３、４、６、および７、それぞれ配列番号１４、１５、１６、１７、１８、および２０、それぞれ配列番号１４、１５、１６、１７、１９、および２０、それぞれ配列番号２３、２４、２５、２６、２７、および２９、それぞれ配列番号２３、２４、２５、２６、２８、および２９のアミノ酸配列を含む、単離抗原結合タンパク質をも提供する。
１つの実例では、配列番号４７、配列番号３９、配列番号８、配列番号２１、もしくは配列番号３０を含むＶＨおよび／または配列番号４８、配列番号４０、配列番号９、配列番号２２、もしくは配列番号３１を含むＶＬを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が、本明細書において提供される。
１つの実例では、それぞれ配列番号４７および配列番号４８、それぞれ配列番号３９および配列番号４０、それぞれ配列番号８および配列番号９、それぞれ配列番号２１および配列番号２２、またはそれぞれ配列番号３０および配列番号３１を含むＶＨおよびＶＬを含む抗体と、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原中の同じエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が、本明細書において提供される。
１つの実例では、それぞれ配列番号４７および配列番号４８、それぞれ配列番号３９および配列番号４０、それぞれ配列番号８および配列番号９、それぞれ配列番号２１および配列番号２２、またはそれぞれ配列番号３０および配列番号３１を含むＶＨおよびＶＬを含む抗体の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原への結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質が、本明細書において提供される。
１つの実例では、抗原結合タンパク質は、抗体である。１つの実例では、抗原結合タンパク質は、抗体の抗原結合断片である。１つの実例では、抗原結合タンパク質は、モノクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、またはその抗原結合断片である。１つの実例では、抗原結合タンパク質は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、単鎖ＦｖもしくはｓｃＦｖ、ジスルフィド連結Ｆｖ、Ｖ−ＮＡＲドメイン、ＩｇＮａｒ、イントラボディ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、シングルドメイン抗体、ＤＶＤ−Ｉｇ、Ｆｃａｂ、ｍＡｂ２、（ｓｃＦｖ）２、またはｓｃＦｖ−Ｆｃを含む。
本開示はまた、本明細書において開示される抗体またはその抗原結合断片を含む抗原結合タンパク質をコードする単離核酸分子をも提供する。１つの実例では、核酸分子は、制御配列に作動可能に連結される。１つの実例では、本明細書において提供される核酸分子を含むベクターが、本明細書において提供される。
本開示はまた、本明細書において提供される核酸分子または本明細書において提供されるベクターで形質転換された宿主細胞をも提供する。１つの実例では、宿主細胞は、例えば、ＨＥＫ２９３細胞、ＮＳ０マウス骨髄腫細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）ヒト細胞、またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞を含む哺乳類宿主細胞である。
本開示はまた、本明細書において提供される抗体またはその抗原結合断片を含む抗原結合タンパク質を作製するための方法であって、（ａ）抗原結合タンパク質を発現する宿主細胞を培養するステップまたは本明細書において提供される宿主細胞もしくは本明細書において提供されるハイブリドーマを培養するステップおよび（ｂ）その抗原結合タンパク質を培養宿主細胞から単離するステップを含む方法をも提供する。１つの実例では、本明細書において提供される方法を使用して産生される抗原結合タンパク質が、本明細書において提供される。
本開示はまた、その抗体またはその抗原結合断片を含む本明細書の抗原結合タンパク質、および薬学的に許容可能な賦形剤を含む医薬組成物を提供する。１つの実例では、薬学的に許容可能な賦形剤が保存剤、安定剤、または酸化防止剤である。１つの実例では、医薬組成物が医薬として使用するためのものである。
本開示はまた、クレブシエラ感染症に関連する状態を治療するための、本明細書において提供される抗原結合タンパク質（抗体もしくはその抗原結合断片を含む）または医薬組成物の使用をも提供する。１つの実例では、クレブシエラ感染症に関連する状態の治療、予防、または回復を、それを必要としている対象において行うための方法であって、有効量の本明細書において提供される抗原結合タンパク質（抗体もしくはその抗原結合断片を含む）または本明細書において提供される医薬組成物を対象に投与するステップを含む方法が、本明細書において提供される。１つの実例では、クレブシエラ感染症に関連する状態の治療を、それを必要としている対象において行うための方法は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）を含む抗原結合タンパク質の有効量を投与するステップを含む。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、抗体またはその抗原結合断片である。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、本明細書において提供される抗原結合タンパク質または本明細書において提供される医薬組成物である。１つの実例では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。
１つの実例では、クレブシエラ（抗生物質抵抗性のクレブシエラを含む）に感染した対象において、クレブシエラの増殖を阻害するまたはクレブシエラの数を低下させるための方法であって、本明細書において提供される抗原結合タンパク質または本明細書において提供される医薬組成物をそれを必要としている対象に投与するステップを含む方法が、本明細書において提供される。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、抗体またはその抗原結合断片である。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、本明細書において提供される抗原結合タンパク質または本明細書において提供される医薬組成物である。１つの実例では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。
本開示はまた、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）の同時感染に関連する状態の治療、予防、または回復をそれを必要としている対象において行うための方法であって、本明細書において提供される抗原結合タンパク質（抗体もしくはその抗原結合断片を含む）または本明細書において提供される医薬組成物を含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質の有効量を前記対象に投与するステップを含む方法をも提供する。
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）に同時感染した対象において、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の毒性を阻害する、低下させる、もしくはなくすための方法または肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）の両方に感染した対象の生存を増加させるための方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質の有効量を対象に投与するステップを含む方法が、本明細書において提供される。
本開示はまた、抗生物質に対して抗生物質抵抗性のクレブシエラ株を感作するための方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）と抗体抵抗性のクレブシエラ株を接触させるステップを含む方法をも提供する。１つの実例では、方法は、抗生物質を投与するステップをさらに含む。１つの実例では、抗原結合タンパク質および抗生物質は、相乗的な治療効果をもたらす。
図１Ａ−Ｃは、抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原抗体の活性を示す図である。図１Ａは、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）による、精製Ｏ１ ＬＰＳに結合する抗体の能力を示す。図１Ｂは、血清殺菌活性測定法（ＳＢＡ）を使用して示されるように、補体依存性の死滅を媒介する抗体の活性を示す。 図１Ｃは、オプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導する抗体の能力を示す。分類Ｉ抗体（例えば５４Ｈ７およびＫＰＢ２０２）ならびに分類ＩＩ抗体（例えばＫＰＡ２７、ＫＰＥ３３、およびＫＰＪ４）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯＰＫを誘導し、ＳＢＡアッセイにおいて測定されるように、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を死滅させる。しかしながら、分類Ｉ抗体はまたＬＰＳを中和するが、分類ＩＩ抗体は中和しない。 図２は、抗Ｏ１−ＬＰＳ抗体が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株Ｋｐ８０４５（Ｏ１：Ｋ１）に対する鼻腔内肺感染症モデルにおいて、細菌による肺の負担を低下させることを示す図である。感染の４８時間後に投与した場合、１５ｍｇ／ｋｇのＫＰＥ３３は、細菌による肺の負担を有意に低下させ、１５ｍｇ／ｋｇの他の抗Ｏ１抗体もまた、約２〜３対数、臓器負担を低下させた。無関係のヒトＩｇＧ１抗体（ＩｇＧコントロール）は、コントロールとして使用した。 図３Ａ−Ｃは、抗Ｏ１抗原抗体ＫＰＥ３３が、細菌感染の１時間後に投与された場合に、致命的な細菌による攻撃からマウスを防御することを示す図である。図３Ａは、ＫＰＥ３３が、ヒトＩｇＧ１コントロール抗体（Ｒ３４７）と比較して、多薬剤抵抗性の肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネム抵抗性（ＣＲＥ）株Ｋｐ１１３１１１５（Ｏ１）による致命的な細菌性肺炎モデルにおいて生存を用量依存的に強化したことを示す。図３Ｂは、ＫＰＥ３３が、ヒトＩｇＧ１コントロール抗体（Ｒ３４７）と比較して、広域スペクトルベータ−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）株Ｋｐ８５６１（Ｏ１）による致命的な菌血症モデルにおいて生存を有意に強化したことを示す。 図３Ｃは、ＫＰＥ３３−Ｈ３２＋Ｌ２０１６（Ｅ１Ｑ）（「ＫＰＥ３３−Ｈ３２」）およびＫＰＥ３３−Ｈ３２＋Ｌ２０１６（Ｅ１Ｑ）（「ＫＰＥ３３−Ｈ３３」）が、ヒトＩｇＧ１コントロール抗体（Ｒ３４７）と比較して、多薬剤抵抗性の肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネム抵抗性（ＣＲＥ）株Ｋｐ１１３１１１５（Ｏ１）による致命的な細菌性肺炎モデルにおいて生存を用量依存的に強化したことを示す。 図４Ａ−Ｂは、ＫＰＥ３３が、肺炎（図４Ａ）および菌血症（図４Ｂ）モデルの両方において抗生物質メロペネムと相乗的に作用することを示す図である。抗生物質および抗体の両方は、ニューモニエ（ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１株Ｋｐ８０４５（図４Ａ）またはＫｐ８５６１（図４Ｂ）による感染後に投与した。メロペネムおよびＫＰＥ３３の組み合わせは、メロペネムもしくはＫＰＥ３３のいずれかの単独療法またはヒトＩｇＧ１コントロール抗体（Ｒ３４７）およびメロペネムの組み合わせよりも、肺炎および菌血症モデルの両方において有意によりよい防御を示した。 図５は、ＫＰＥ３３ｖ２０１６を生成するためのＫＰＥ３３の配列最適化を示す図である。グラフは、Ｏｃｔｅｔプラットフォームによって測定されるように、Ｏ１ ＬＰＳへのＫＰＥ３３−ｒＩｇＧ１（左）およびＫＰＥ３３ｖ２０１６（右）の結合を示す。ＫＰＥ３３およびＫＰＥ３３ｖ２０１６の両方は、それぞれ平均５．８３Ｅ−０９および４．１３Ｅ−０９で同等の親和性定数（ＫＤ）を示した。下のパネルは、ＫＰＥ３３可変重鎖（ＶＨ）および可変軽鎖（ＶＬ）についてのアミノ酸配列ならびに最適化ＫＰＥ３３ｖ２０１６ ＶＨおよびＶＬについてのアミノ酸配列を示す。図は、出ている順番に、それぞれ配列番号８、１２、９、および１３を開示する。 図６は、配列最適化ＫＰＥ３３（ＫＰＥ３３−Ｖ−２０１６）が、致命的な肺炎モデルにおいて防御活性を維持したことを示す図である。ＫＰＥ３３またはＫＰＥ３３−Ｖ−２０１６は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネム抵抗性（ＫＰＣ）株による細菌感染の１時間後に６ｍｇ／ｋｇで投与した。両方の抗体は、ヒトＩｇＧ１コントロール抗体と比較した場合、同様のレベルの防御を示した。ＫＰＥ３３のＩｇＧ２サブクラスもまた、このモデルにおいて比較し、それは、ＫＰＥ３３−ＩｇＧ１よりもわずかに低い活性を示した。 図７Ａ−Ｄは、ＫＰＥ３３が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の同時感染モデルにおいて防御することを示す図である。図７Ａは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の亜致死接種材料による同時感染が致命的な肺炎を引き起こしたことを示す。肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による細菌の負担は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のみに感染したマウスと比較して、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に同時感染したマウスの肺（図７Ｂ）および脾臓（図７Ｃ）において、有意に増加した。 肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による細菌の負担は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のみに感染したマウスと比較して、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に同時感染したマウスの肺（図７Ｂ）および脾臓（図７Ｃ）において、有意に増加した。図７Ｄは、同時感染の２４時間前のＫＰＥ３３（０．５ｍＬ、ｉｐ）による１回の治療が、致命的な同時感染からマウスを救ったことを示す。 図８は、抗Ｏ１抗原抗体５４Ｈ７が、ＬＰＳによる攻撃の後に血清サイトカインを低下させることを示す図である。５４Ｈ７およびＩｇＧ１コントロール抗体は、ＬＰＳによる攻撃の３時間前にマウスに与えた。次いで、３時間後に、動物から血液を採り、血清中のサイトカインを測定した。５４Ｈ７は、２つのＯ１ ＬＰＳ攻撃モデル（Ｋｐ４３８１６ ＬＰＳおよびＫｐ１５３８０ ＬＰＳ）中の血清ＩＬ−６、ケモカインＣＸＣＬ−１、およびＴＮＦ−アルファを低下させた。ポリミクシンＢ（ＰＭＢ）は、ポジティブコントロールとして使用した。 図９は、５４Ｈ７が、内毒血症ＬＰＳ誘発性セプシスモデルにおいてマウスを防御することを示す図である。５４Ｈ７およびコントロール抗体は、ＬＰＳによる攻撃の２４時間前にマウスに与えた。５４Ｈ７は、コントロールＩｇＧ抗体（Ｒ３４７）と比較して、１ｍｇ／ｋｇという低い濃度で有意な防御をもたらした。 図１０Ａ−Ｂは、マウスにおける細菌攻撃モデルにおける５４Ｈ７の効果を示す図である。図１０Ａは、１５ｍｇ／ｋｇ ５４Ｈ７が、致命的な肺炎からマウスを防御することを実証し、図１０Ｂは、５４Ｈ７が、このモデルにおいて抗生物質メロペネムと相乗作用を示すことを実証する。 図１１は、ＬＰＳ構造におけるＤ−ガラクタンＩＩドメインをコードするｗｂｂＹＺ遺伝子の欠失により、フローサイトメトリー分析によって示されるように、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株Ｋｐ１１３１１５にＫＰＥ３３抗体および５４Ｈ７抗体が結合しなくなることを示す図である。 図１２は、脂質Ａ、コアオリゴ糖、および繰り返しオリゴ糖単位から構成される非常に可変性のＯ抗原を含むＯ１ ＬＰＳの構造を示す図である。下の表は、Ｏ１、Ｏ２ａ、およびＯ２ａｃ ＬＰＳ血清型の化学組成を提供する。 図１３は、ＫＰＥ３３および５４Ｈ７が、Ｏ１ ＬＰＳ上の同じエピトープへの結合について競合しないことを示す図である。競合的結合は、精製Ｏ１ ＬＰＳをあらかじめロードした捕捉プローブを使用し、Ｆｏｒｔｅｂｉｏ Ｏｃｔｅｔによって測定した。１０μｇ／ｍＬ ＫＰＥ３３による最初の結合の後に、プローブを、１０μｇ／ｍＬ ＫＰＥ３３と等濃度の５４Ｈ７（黒色の線）、ＫＰＥ３３（濃い灰色の線）、またはコントロール抗体Ｒ３４７（明るい灰色の線）とを含有する抗体混合物と共にインキュベートした。 図１４Ａ−Ｄは、γδＴ細胞動員およびＩＬ−１７シグナル伝達が、抗Ｏ１抗体による防御と相関することを示す図である。図１４Ａは、抗ＬＰＳモノクローナル抗体により予防的に治療し、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（１ｅ４ ＣＦＵ Ｋｐ８０４５）に感染させたマウスの肺におけるγδＴＣＲ＋Ｔ細胞のパーセントについてのフローサイトメトリー分析を示す。図１４Ｂは、抗ＬＰＳモノクローナル抗体により治療し（感染の１時間後）、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（１ｅ４ ＣＦＵ Ｋｐ８０４５）に８時間感染させたマウスの肺におけるγδＴＣＲ＋Ｔ細胞のパーセントについてのフローサイトメトリー分析を示す。 図１４Ｃは、ｃ−ＩｇＧまたはＫＰＥ３３により予防的に免疫化し、２４時間後に肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（１ｅ４ ＣＦＵ Ｋｐ８０４５）に感染させたＣ５７ＢＬ／６（野生型）およびｉｌ１７ａ（ＩＬ−１７ノックアウト）マウスの生存を示す（ｐ値は、ＫＰＥ３３野生型（ＷＴ）マウスおよびＫＰＥ３３ノックアウト（ＫＯ）マウスの間の有意性を示す；群当たりＮ＝５）。図１４Ｄは、ｃ−ＩｇＧまたは５４Ｈ７により予防的に免疫化し、２４時間後に肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（１ｅ４ ＣＦＵ Ｋｐ８０４５）に感染させたＣ５７ＢＬ／６（野生型）およびｉｌ１７ａ（ＩＬ−１７ノックアウト）マウスの生存を示す（群当たりＮ＝５）。統計的有意性は、ＡＮＯＶＡ、その後に続くＤｕｎｎ検定（図１４Ａ）またはログランク検定（図１４Ｃ）によって決定した。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。
本開示は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に結合する抗体またはその抗原結合断片を含む、単離結合タンパク質を提供する。関連するポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、および抗体またはその抗原結合断片を含む肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１結合タンパク質を含む医薬組成物も提供される。本明細書において開示される、抗体または抗原結合断片を含むＯ１結合タンパク質を作製および使用する方法も提供される。本開示はまた、本明細書において開示される、抗体または抗原結合断片を含むＯ１結合タンパク質を投与することにより、クレブシエラ感染症（例えば、Ｏ１血清型肺炎桿菌などの肺炎桿菌）に関連する状態を予防および／または治療する方法も提供する。
本開示がより容易に理解されるために、ある用語について最初に定義する。さらなる定義は詳細な説明の全体にわたって示される。
Ｉ．定義
用語「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈が明確に示さない限り、複数の指示物を含む。例えば、「抗原結合タンパク質」は、１つ以上の抗原結合タンパク質を示すことが理解される。用語「１つの（ａ）」（または「１つの（ａｎ）」）ならびに用語「１つ以上」および「少なくとも１つ」は、本明細書では同義的に使用することができる。さらに、「および／または」は、本明細書で使用される場合、２つの指定される特徴または構成要素の各々の、他方を伴うまたは伴わない具体的な開示と解釈されるべきである。したがって、用語「および／または」は、本明細書で「Ａおよび／またはＢ」などの語句で用いられるとき、「ＡおよびＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単独）、および「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、用語「および／または」は、「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」などの語句で用いられるとき、以下の態様の各々を包含することが意図される：Ａ、Ｂ、およびＣ；Ａ、Ｂ、またはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；ＡおよびＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；およびＣ（単独）。
用語「含む」は、全般的に、包含するという意味で使用される、すなわち、１つ以上の特徴または構成要素の存在を許可する。本明細書において態様が用語「含む」を用いて記載される場合は常に、「からなる」および／または「から本質的になる」の用語で記載される他の点で類似の態様も提供される。
本明細書および請求項の全体にわたって数値に関連して使用される用語「約」は、当業者によく知られており、許容され得る精度の幅を意味する。一般に、そのような精度の幅は±１０％である。
特に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての科学技術用語は、本開示が関係する技術分野の当業者が一般に理解するのと同じ意味を有する。例えば、Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｕｏ，Ｐｅｉ−Ｓｈｏｗ，２ｎｄ ｅｄ．，２００２，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ；Ｔｈｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ ｅｄ．，１９９９，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；およびＯｘｆｏｒｄ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ Ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｒｅｖｉｓｅｄ，２０００，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓが、本開示で使用される用語の多くの一般的な辞書を当業者に提供する。
単位、接頭辞、および記号は、それらの国際単位系（ＳＩ）で認められている形式で示される。数値範囲は、その範囲を定義する数を含む。特に指示されない限り、アミノ酸配列は左から右にアミノからカルボキシ方向に記載する。本明細書に提供される見出しは、本明細書を全体として参照することによって有され得る種々の態様または本開示の態様の限定ではない。したがって、この直後に定義する用語は、本明細書を全体として参照することによってさらに十全に定義される。
用語「抗原結合タンパク質」は、抗Ｏ１抗体またはその抗原結合断片など、標的、例えば肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原を認識し、特異的に結合する１つ以上のポリペプチドから構成される分子を指す。
用語「抗体」は、免疫グロブリン分子の可変領域内の少なくとも１つの抗原認識部位を介してタンパク質、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、または前述の組み合わせなどの標的を認識し、それに特異的に結合する免疫グロブリン分子を意味する。本明細書で使用されるとき、用語「抗体」は、その抗体が所望の生物学的活性を呈する限りにおいて、インタクトなポリクローナル抗体、インタクトなモノクローナル抗体、少なくとも２つのインタクトな抗体から作成された二重特異性抗体などの多重特異性抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体を含む融合タンパク質、および任意の他の修飾免疫グロブリン分子を包含する。抗体は、それぞれα、δ、ε、γ、およびμと称されるその重鎖定常ドメインのアイデンティティに基づき、５つの主要な免疫グロブリンクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭ、またはそのサブクラス（アイソタイプ）（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２）のいずれかのものであり得る。異なる免疫グロブリンクラスは異なる周知のサブユニット構造および三次元配置を有する。抗体は、ネイキッドであってもよく、または毒素、放射性同位体等の他の分子にコンジュゲートしてもよい。
用語「抗体断片」または「その抗体断片」は、インタクトな抗体の一部分を指す。「抗原結合断片」または「その抗原結合断片」は、抗原に結合するインタクトな抗体の一部分を指す。抗原結合断片は、インタクトな抗体の抗原決定可変領域を含有することができる。抗体断片の例としては、限定はされないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片、線状抗体、ｓｃＦｖ、ならびに一本鎖抗体が挙げられる。
元の抗体または断片の特異性を保持する他の抗体またはキメラ分子またはその断片を産生するために、モノクローナル抗体および他の抗体またはその断片を得て、組換えＤＮＡ技術の技術を使用することが可能である。そのような技術は、異なる免疫グロブリンの定常領域または定常領域およびフレームワーク領域に抗体の免疫グロブリン可変領域または相補性決定領域（ＣＤＲ）をコードするＤＮＡを導入することを含むことができる。例えば、欧州特許出願公開第Ａ−１８４１８７号明細書、英国特許第２１８８６３８Ａ号明細書、または欧州特許出願公開第Ａ−２３９４００号明細書および多くのそれに続く文献を参照されたい。抗体を産生するハイブリドーマまたは他の細胞は、遺伝子突然変異または他の変化を受けることがあり、これにより、産生される抗体またはその断片の結合特異性が改変されてもまたは改変されなくてもよい。
抗体工学の技術において利用可能なさらなる技術は、ヒト抗体およびヒト化抗体またはその断片を単離することを可能にした。例えば、ヒトハイブリドーマは、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｓｅｆａｎ．Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌｓ（２００１）によって記載されるように作製することができる。抗原結合タンパク質を生成するための別の確立された技術、ファージディスプレイは、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｓｅｆａｎ．Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌｓ（２００１）および国際公開第９２／０１０４７号パンフレットなどの多くの刊行物に詳細に記載された。マウス抗体遺伝子が不活性化され、かつヒト抗体遺伝子と機能的に置き換えられているが、マウス免疫系のインタクトな他の構成要素が残っているトランスジェニックマウスは、ヒト抗原に対するヒト抗体を単離するために使用することができる。
合成抗体またはその断片は、例えばＫｎａｐｐｉｋ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（２０００）２９６，５７−８６またはＫｒｅｂｓ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２５４ ２００１ ６７−８４によって記載されるように、適した発現ベクター内で合成され、アセンブルされるオリゴヌクレオチドによって生成される遺伝子からの発現によって作り出すことができる。
全抗体の断片が抗原に結合する機能を実行し得ることが示された。結合断片の例は、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、およびＣＨ１ドメインからなるＦａｂ断片；（ｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；（ｉｉｉ）単一抗体のＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片；（ｉｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄ，Ｅ．Ｓ．ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３４１，５４４−５４６（１９８９），ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ，３４８，５５２−５５４）；（ｖ）単離ＣＤＲ領域；（ｖｉ）２つの連結されたＦａｂ断片を含む二価の断片であるＦ（ａｂ’）２断片、（ｖｉｉ）単鎖Ｆｖ分子（ｓｃＦｖ）、ＶＨドメインおよびＶＬドメインは、２つのドメインが結び付いて、抗原結合部位を形成するのを可能にするペプチドリンカーによって連結されている（Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４２，４２３−４２６，１９８８；Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ，ＰＮＡＳ ＵＳＡ，８５，５８７９−５８８３，１９８８）；（ｖｉｉｉ）二重特異性単鎖Ｆｖ二量体（ＰＣＴ／ＵＳ９２／０９９６５）、ならびに（ｉｘ）遺伝子融合によって構築される多価または多重特異性断片である「ダイアボディ」（国際公開第９４／１３８０４号パンフレット；Ｐ．Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０ ６４４４−６４４８，１９９３）である。Ｆｖ、ｓｃＦｖ、またはダイアボディ分子は、ＶＨおよびＶＬドメインを連結するジスルフィド架橋の組み込みによって安定化されてもよい（Ｙ．Ｒｅｉｔｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ，１４，１２３９−１２４５，１９９６）。ＣＨ３ドメインにつながれたｓｃＦｖを含むミニボディも作製されてもよい（Ｓ．Ｈｕ ｅｔ ａｌ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，５６，３０５５−３０６１，１９９６）。
二重特異性抗体が使用されることになる場合、これらは、従来の二重特異性抗体であってもよく、これらは、様々な方法で製造することができ（Ｈｏｌｌｉｇｅｒ，Ｐ．ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ Ｇ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．４，４４６−４４９（１９９３））、例えば、化学的にもしくはハイブリッドハイブリドーマから調製することができるかまたは上記に言及される二重特異性抗体断片のいずれかであってもよい。二重特異性抗体の例は、異なる特異性を有する２つの抗体の結合ドメインを使用し、短い可動性のペプチドを介して直接連結することができるＢｉＴＥ（商標）技術のものを含む。これは、短い単一ポリペプチド鎖上で２つの抗体を組み合わせる。ダイアボディおよびｓｃＦｖは、可変ドメインのみを使用して、Ｆｃ領域なしで構築し、抗イディオタイプ反応の影響を可能性として低下させることができる。二重特異性ダイアボディはまた、二重特異性全抗体とは対照的に、それらを容易に構築することができ、大腸菌において発現させることができるため、特に有用であり得る。適切な結合特異性のダイアボディ（および抗体断片などの他の多くのポリペプチド）は、ライブラリからファージディスプレイ（国際公開第９４／１３８０４号パンフレット）を使用して容易に選択することができる。ダイアボディの一方のアームが、例えばＯ１に対して特異的な特異性を有するように一定に保たれることになる場合、他方のアームが多種多様であるライブラリを作製することができ、適切な特異性の抗体を選択することができる。二重特異性全抗体は、ノブイントゥホール（ｋｎｏｂｓ−ｉｎｔｏ−ｈｏｌｅｓ）遺伝子操作によって作製されてもよい（Ｊ．Ｂ．Ｂ．Ｒｉｄｇｅｗａｙ ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．，９，６１６−６２１，１９９６）。多重特異性および／または多価分子を作り出した免疫グロブリン様ドメインベースの技術は、ｄＡｂ、ＴａｎｄＡｂ、ナノボディ（ｎａｎｏｂｏｄｙ）、ＢｉＴＥ、ＳＭＩＰ、ＤＮＬ、アフィボディ（ａｆｆｉｂｏｄｙ）、フィノマー（Ｆｙｎｏｍｅｒ）、Ｋｕｎｉｔｚドメイン、Ａｌｂｕ−ｄａｂ、ＤＡＲＴ、ＤＶＤ−ＩＧ、Ｃｏｖｘボディ、ペプチボディー（ｐｅｐｔｉｂｏｄｙ）、ｓｃＦｖ−Ｉｇ、ＳＶＤ−Ｉｇ、ｄＡｂ−Ｉｇ、ノブインホール（Ｋｎｏｂｓ−ｉｎ−Ｈｏｌｅｓ）、ＤｕｏＢｏｄｉｅｓ（商標）、およびｔｒｉｏｍＡｂを含む。二重特異性二価抗体およびそれらを作製する方法は、例えば米国特許第５，７３１，１６８号明細書；米国特許第５，８０７，７０６号明細書；米国特許第５，８２１，３３３号明細書；ならびに米国特許出願公開第２００３／０２０７３４号明細書および米国特許出願公開第２００２／０１５５５３７号明細書において記載され、これらのすべての開示は、本明細書において参照により援用される。二重特異性四価抗体およびそれらを作製する方法は、例えば国際公開第０２／０９６９４８号パンフレットおよび国際公開第００／４４７８８号パンフレットにおいて記載され、これらの両方の開示は、本明細書において参照により援用される。一般に、国際公開第９３／１７７１５号パンフレット；国際公開第９２／０８８０２号パンフレット；国際公開第９１／００３６０号パンフレット；国際公開第９２／０５７９３号パンフレット；Ｔｕｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０−６９（１９９１）；米国特許第４，４７４，８９３号明細書；米国特許第４，７１４，６８１号明細書；米国特許第４，９２５，６４８号明細書；米国特許第５，５７３，９２０号明細書；米国特許第５，６０１，８１９号明細書；Ｋｏｓｔｅｌｎｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：１５４７−１５５３（１９９２）を参照されたい。
語句「エフェクター機能」は、Ｆｃ受容体または補体成分との抗体のＦｃ構成要素の相互作用から結果として生じる抗体の活性を指す。これらの活性は、例えば抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、および抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）を含む。したがって、エフェクター機能が改変された抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、少なくとも１つのエフェクター機能（例えば、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、および／またはＡＤＣＰ）の活性を変えるＦｃ領域における改変（例えば、アミノ酸置換、欠失、追加、またはオリゴ糖の変化）を含有する抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）を指す。エフェクター機能が改善された抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、少なくとも１つのエフェクター機能（例えば、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、および／またはＡＤＣＰ）の活性を増加させるＦｃ領域における改変（例えば、アミノ酸置換、欠失、追加、またはオリゴ糖の変化）を含有する抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）を指す。
用語「特異的な」は、特異的な結合ペアのあるメンバーがその特異的結合パートナー以外の分子にいかなる有意な結合も示さないであろう状態を指すために使用されてもよい。用語はまた、例えば、抗原結合ドメインが、多くの抗原が有する特定のエピトープに対して特異的である場合にも適用可能であり、この場合、抗原結合ドメインを有する抗原結合タンパク質は、そのエピトープを有する様々な抗原に結合することができるであろう。
「特異的に結合する」により、抗体またはその抗原結合断片を含む抗原結合タンパク質がその抗原結合ドメインを介してエピトープに結合することならびに結合が抗原結合ドメインおよびエピトープ間のいくらかの相補性を必要とすることを一般に意味する。この定義にしたがって、抗体が偶然の関係がないエピトープに結合するよりも容易にその抗原結合ドメインを介してエピトープに結合する場合、抗体は、そのエピトープに「特異的に結合する」と言われる。本明細書において使用されるように、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に「特異的に結合する」抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原には特異的に結合しない。
「親和性」は、リガンド結合反応の本質的な結合強度の尺度である。例えば、抗体（Ａｂ）−抗原（Ａｇ）相互作用の強度の尺度は、結合親和性を通して測定され、これは、解離定数ｋｄによって定量化されてもよい。解離定数は、結合親和性定数であり、
Figure 2020500005
 によって与えられる。親和性は、例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）、ＫｉｎＥｘＡ親和性アッセイ、フローサイトメトリー、および／またはラジオイムノアッセイを使用して測定されてもよい。
「効力」は、定められた強度の効果をもたらすために必要とされる化合物の量で表現される化合物の薬理活性についての尺度である。それは、明確な生物学的効果を実現するために必要とされる化合物の量を指し、必要とされる用量が少ないほど、その薬剤は強力である。Ｏ１に結合する抗原結合タンパク質の効力は、例えば、本明細書において記載されるようにＯＰＫアッセイを使用して決定されてもよい。
「オプソニン作用による死滅」または「ＯＰＫ」は、免疫細胞による食作用の結果として生じる、細胞、例えばクレブシエラの死を指す。ＯＰＫ活性は、実施例４において使用される生物発光ＯＰＫ活性によって測定する。抗原結合タンパク質（例えば抗体またはその抗原結合断片）は、ＯＰＫを誘導することができ、死滅のパーセンテージは、４０％以上である。抗原結合タンパク質（例えば抗体またはその抗原結合断片）は、ＯＰＫを強力に誘導することができ、死滅のパーセンテージは、８０％以上である。
死滅はまた、「血清殺菌活性測定法」を使用して測定することができる。細菌表面上での補体結合および「膜侵襲複合体」の形成を介しての死滅は、実施例４において記載されるアッセイを使用して評価することができる。抗原結合タンパク質（例えば抗体またはその抗原結合断片）は、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラを死滅させることができ、死滅のパーセンテージは、４０％以上である。抗原結合タンパク質（例えば抗体またはその抗原結合断片）は、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラを大いに死滅させることができ、死滅のパーセンテージは、８０％以上である。
抗体またはその抗原結合断片を含む抗原結合タンパク質は、抗原結合タンパク質がエピトープへの参照抗体または抗原結合断片の結合をある程度ブロックする場合、定められたエピトープへの参照抗体もしくはその抗原結合断片の結合を競合的に阻害するか、または参照抗体もしくは抗原結合断片と「競合する」と言われる。競合的阻害は、当技術分野において知られている任意の方法、例えば競合ＥＬＩＳＡアッセイによって決定することができる。結合分子は、少なくとも９０％、少なくとも８０％、少なくとも７０％、少なくとも６０％、または少なくとも５０％、定められたエピトープへの参照抗体もしくは抗原結合断片の結合を競合的に阻害するか、または参照抗体もしくはその抗原結合断片と競合すると言うことができる。
用語「競合する」は、抗原結合タンパク質（例えば、中和抗原結合タンパク質または中和抗体）に関して使用される場合、試験下の抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその免疫学的機能的断片）が、共通抗原（例えば、Ｏ１多糖またはその断片）への参照抗原結合タンパク質（例えば、リガンドまたは参照抗体）の特異的な結合を妨げるかまたは阻害するアッセイによって決定されるように、抗原結合タンパク質の競合を意味する。多数のタイプの競合的結合アッセイ、例えば、固相直接的または間接的ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、固相直接的または間接的酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ（例えば、Ｓｔａｈｌｉ ｅｔ ａｌ．，１９８３，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ９２：２４２−２５３を参照されたい）；固相直接的ビオチン−アビジンＥＩＡ（例えば、Ｋｉｒｋｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９８６，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３７：３６１４−３６１９を参照されたい）、固相直接的標識アッセイ、固相直接的標識サンドイッチアッセイ（例えば、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，１９８８，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓを参照されたい）；１−１２５標識を使用する固相直接的標識ＲＩＡ（例えば、Ｍｏｒｅｌ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５：７−１５を参照されたい）；固相直接的ビオチン−アビジンＥＩＡ（例えば、Ｃｈｅｕｎｇ，ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７６：５４６−５５２を参照されたい）；および直接的標識ＲＩＡ（Ｍｏｌｄｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｓｃａｎｄ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３２：７７−８２）を使用することができる。典型的に、そのようなアッセイは、これら非標識試験抗原結合タンパク質および標識参照抗原結合タンパク質のいずれかを有する固体表面またはセルに結合した精製抗原の使用を伴う。
競合的阻害は、試験抗原結合タンパク質の存在下において固体表面またはセルに結合した標識の量を決定することによって測定することができる。通常、試験抗原結合タンパク質は、過剰に存在する。競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク質）は、参照抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質および立体障害が生じるほど、参照抗原結合タンパク質が結合するエピトープに限りなく近い隣接するエピトープに結合する抗原結合タンパク質を含む。通常、競合抗原結合タンパク質が過剰に存在する場合、競合抗原結合タンパク質は、少なくとも４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、または７５％、共通抗原への参照抗原結合タンパク質の特異的な結合を阻害するであろう。一部の実例では、結合が、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて阻害される。
本明細書において開示される抗原結合タンパク質、抗体、またはその抗原結合断片は、抗原、例えばそれらが認識するかまたは特異的に結合する標的ポリペプチドのエピトープまたは一部分に関して説明するかまたは特徴付けることができる。例えば、本明細書において開示される抗原結合ポリペプチドまたはその断片の抗原結合ドメインと特異的に相互作用するＯ１の一部分は、「エピトープ」である。エピトープは、連続するアミノ酸またはタンパク質の三次フォールディングによって並ぶようになる連続していないアミノ酸の両方から形成することができる。連続するアミノ酸から形成されるエピトープは、変性溶媒への接触に際して典型的に保持されるのに対して、三次フォールディングによって形成されるエピトープは、変性溶媒による処置に際して典型的に失われる。立体エピトープは、抗原のアミノ酸配列の不連続なセクションで構成され得る。線状エピトープは抗原の連続したアミノ酸配列によって形成される。エピトープ決定基は、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル基、またはスルホニル基などの分子の化学的に活性な表面基を含んでいてもよく、特定の三次元構造特性および／または特定の電荷特性を有し得る。エピトープは、ユニークな空間的コンホメーションに少なくとも３つ、４つ、５つ、６つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５のアミノ酸を典型的に含む。エピトープは、当技術分野において知られている方法を使用して決定することができる。
アミノ酸は、本明細書において、その一般に知られている三文字記号によるか、あるいはＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学命名委員会（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ）が推奨する一文字記号により参照される。ヌクレオチドも同様に、その一般に認められている一文字コードによって参照される。
本明細書において使用されるように、用語「ポリペプチド」は、アミド結合（ペプチド結合としても知られている）によって直線的に連結される単量体（アミノ酸）から構成される分子を指す。用語「ポリペプチド」は、２つ以上のアミノ酸の任意の鎖を指し、特定の長さの産物を指すものではない。本明細書において使用されるように、用語「タンパク質」は、いくつかの実例ではアミド結合以外の結合によって結び付けることができる１つ以上のポリペプチドから構成される分子を包含することが意図される。他方では、タンパク質はまた、単一ポリペプチド鎖とすることができる。この後者の実例では、単一ポリペプチド鎖は、いくつかの実例では、タンパク質を形成するために互いに融合された２つ以上のポリペプチドサブユニットを含むことができる。用語「ポリペプチド」および「タンパク質」はまた、限定を伴うことなくグリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、知られている保護基／遮断基による誘導体化、タンパク質切断、または天然に存在しないアミノ酸による修飾を含む発現後修飾の産物も指す。ポリペプチドまたはタンパク質は、天然の生物学的な供給源に由来するかまたは組換え技術によって産生することができるが、示される核酸配列から必ずしも翻訳されるわけではない。ポリペプチドまたはタンパク質は、化学合成によるものを含む任意の方法で生成することができる。
用語「単離」は、本開示の抗原結合タンパク質またはそのような結合タンパク質をコードする核酸が全般的に本開示にしたがうであろう状態を指す。単離タンパク質および単離核酸は、それらが自然環境またはそのような調製物がインビトロにおいてもしくはインビボにおいて実施される組換えＤＮＡ技術によるものである場合にそれらが調製される環境（例えば、細胞培養）において見つけられる、他のポリペプチドまたは核酸など、それらが自然に関連している物質がないかまたは本質的にないであろう。タンパク質および核酸は、希釈剤またはアジュバントと共に製剤されてもよく、なお実際的な目的のために単離されてもよく、例えば、タンパク質は、イムノアッセイで使用されるマイクロタイタープレートをコーティングするために使用される場合、ゼラチンまたは他の担体と通常混合されるか、または診断もしくは療法において使用される場合、薬学的に許容可能な担体もしくは希釈剤と混合されるであろう。抗原結合タンパク質は、天然にまたは異種真核細胞（例えば、ＣＨＯもしくはＮＳ０（ＥＣＡＣＣ ８５１１０５０３）細胞）の系によってグリコシル化されてもよく、またはそれらは非グリコシル化であってもよい（例えば、原核細胞における発現によって産生される場合）。
「単離される」ポリペプチド、抗原結合タンパク質、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物は、自然界で見つけられない形態のポリペプチド、抗原結合タンパク質、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物である。単離ポリペプチド、抗原結合タンパク質、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物は、それらがもはや自然界で見つけられる形態でない程度まで精製されたものを含む。いくつかの実施形態では、単離される抗原結合タンパク質、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物が本質的に純粋である。
「組換え」ポリペプチド、タンパク質、または抗体は、組換えＤＮＡ技術によって産生されるポリペプチドまたはタンパク質または抗体を指す。宿主細胞で発現する組換えポリペプチド、タンパク質、および抗体は、任意の好適な技術によって分離され、分画され、または部分的もしくは実質的に精製されている天然または組換えポリペプチドと同様に、本開示の目的のために単離されていると見なされる。
ポリペプチドの断片、変異体、または誘導体およびその任意の組み合わせも本開示に含まれる。用語「断片」は、本開示のポリペプチドおよびタンパク質を指す場合、参照ポリペプチドまたはタンパク質の特性の少なくともいくつかを保持する任意のポリペプチドまたはタンパク質を含む。ポリペプチドの断片は、タンパク分解断片および欠失断片を含む。
用語「変異体」は、本明細書において使用されるように、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって親の抗体またはポリペプチド配列と異なる抗体またはポリペプチド配列を指す。本開示の抗体またはポリペプチドの変異体は、アミノ酸置換、欠失、または挿入によりアミノ酸配列が改変された断片およびさらに抗体またはポリペプチドを含む。変異体は、天然に存在し得るかまたは天然に存在し得ない。天然に存在しない変異体は、当技術分野において知られている突然変異誘発技術を使用して産生することができる。変異ポリペプチドは、保存的または非保存的アミノ酸置換、欠失、または追加を含むことができる。
抗体またはポリペプチドに適用される用語「誘導体」は、天然のポリペプチドまたはタンパク質上に見つけられないさらなる特徴を示すように改変された抗体またはポリペプチドを指す。「誘導体」抗体の１つの例は、第２のポリペプチドもしくは他の分子（例えば、ＰＥＧなどのポリマー、発色団、もしくはフルオロフォア）または原子（例えば、放射性同位体）との融合物またはコンジュゲートである。
用語「ポリヌクレオチド」または「ヌクレオチド」は、本明細書において使用されるように、単数の核酸および複数の核酸を包含することが意図され、単離核酸分子または構築物、例えばメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、またはプラスミドＤＮＡ（ｐＤＮＡ）を指す。ある種の態様では、ポリヌクレオチドが、従来のホスホジエステル結合または従来のものではない結合（ペプチド核酸（ＰＮＡ）で見つけられるものなどのアミド結合）を含む。
用語「核酸」は、ポリヌクレオチド中に存在する任意の１つ以上の核酸セグメント、例えばＤＮＡ、ｃＤＮＡ、またはＲＮＡ断片を指す。核酸またはポリヌクレオチドに適用される場合、用語「単離」は、その天然の環境から取り出された核酸分子、ＤＮＡ、またはＲＮＡを指し、例えば、ベクターに含有される抗原結合タンパク質をコードする組換えポリヌクレオチドは、本開示のために単離されていると見なされる。単離ポリヌクレオチドのさらなる例は、異種宿主細胞中に維持されるかまたは溶液中の他のポリヌクレオチドから精製された（部分的にもしくは実質的に）組換えポリヌクレオチドを含む。単離ＲＮＡ分子は、本開示のポリヌクレオチドのインビボまたはインビトロＲＮＡ転写物を含む。本開示による単離ポリヌクレオチドまたは核酸は、合成して産生されたそのような分子をさらに含む。加えて、ポリヌクレオチドまたは核酸は、プロモーター、エンハンサー、リボソーム結合部位、または転写終結シグナルなどの調節エレメントを含むことができる。
本明細書において使用されるように、用語「宿主細胞」は、組換え核酸を有するかまたは有することができる細胞または細胞の集団を指す。宿主細胞は、原核細胞（例えば、大腸菌）またはその代わりに、宿主細胞は、真核生物、例えば真菌細胞（例えば、サッカロミセス・セレビシエ、ピキア・パストリス、もしくは分裂酵母などの酵母細胞）および昆虫細胞（例えば、Ｓｆ−９）または哺乳類細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｆ、ＣＨＯ、ＣＯＳ−７、ＮＩＨ−３Ｔ３、ＮＳ０マウス骨髄腫細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）ヒト細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、もしくはハイブリドーマ）などの様々な動物細胞とすることができる。
用語「アミノ酸置換」は、親配列に存在するアミノ酸残基を別のアミノ酸残基に置き換えることを指す。アミノ酸は、親配列において、例えば化学的ペプチド合成を用いるか、または当技術分野において公知の組換え方法で置換することができる。したがって、「Ｘ位での置換」または「Ｘ位での置換」と言う場合、Ｘ位に存在するアミノ酸を代替的なアミノ酸残基で置換することを指す。一部の実施形態において、置換パターンは、スキーマＡＸＹにしたがって記述することができ、ここでＡは、天然でＸ位に存在するアミノ酸に対応する一文字コードであり、Ｙは置換するアミノ酸残基である。他の態様において、置換パターンはスキーマＸＹにしたがって記述することができ、ここでＹは、天然でＸ位に存在するアミノ酸を置換するアミノ酸残基に対応する一文字コードである。
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、同様の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基ファミリーは当技術分野において定義されており、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が含まれる。したがって、ポリペプチドのアミノ酸が同じ側鎖ファミリーの別のアミノ酸に置き換えられる場合、この置換は保存的であると見なされる。別の態様では、一続きのアミノ酸を、側鎖ファミリーメンバーの順番および／または組成が異なる構造的には同様の一続きによって保存的に置き換えることができる。
非保存的置換は、（ｉ）電気陽性側鎖を有する残基（例えば、Ａｒｇ、ＨｉｓまたはＬｙｓ）が電気陰性残基（例えば、ＧｌｕまたはＡｓｐ）に代えて、またはそれによって置換されているか、（ｉｉ）親水性残基（例えば、ＳｅｒまたはＴｈｒ）が疎水性残基（例えば、Ａｌａ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、ＰｈｅまたはＶａｌ）に代えて、またはそれによって置換されているか、（ｉｉｉ）システインまたはプロリンが任意の他の残基に代えて、またはそれによって置換されているか、または（ｉｖ）かさ高い疎水性または芳香族側鎖を有する残基（例えば、Ｖａｌ、Ｈｉｓ、ＩｌｅまたはＴｒｐ）がより小さい側鎖を有するもの（例えば、Ａｌａ、Ｓｅｒ）または側鎖を有しないもの（例えば、Ｇｌｙ）に代えて、またはそれによって置換されているものを含む。
当業者は他の置換を容易に特定することができる。例えば、アミノ酸アラニンについて、置換は、Ｄ−アラニン、グリシン、β−アラニン、Ｌ−システインおよびＤ−システインのいずれか１つから選択することができる。リジンについて、置換は、Ｄ−リジン、アルギニン、Ｄ−アルギニン、ホモアルギニン、メチオニン、Ｄ−メチオニン、オルニチン、またはＤ−オルニチンのいずれか１つであってもよい。概して、単離ポリペプチドの特性の変化を引き起こすと予想し得る機能的に重要な領域の置換は、（ｉ）極性残基、例えば、セリンまたはスレオニンが疎水性残基、例えば、ロイシン、イソロイシン、フェニルアラニン、またはアラニンに代えて（またはそれによって）置換されるか、（ｉｉ）システイン残基が任意の他の残基に代えて（またはそれによって）置換されるか、（ｉｉｉ）電気陽性側鎖を有する残基、例えば、リジン、アルギニンまたはヒスチジンが電気陰性側鎖を有する残基、例えば、グルタミン酸またはアスパラギン酸に代えて（またはそれによって）置換されるか、または（ｉｖ）かさ高い側鎖を有する残基、例えば、フェニルアラニンが、かかる側鎖を有しないもの、例えばグリシンに代えて（またはそれによって）置換されるものである。前述の非保存的置換の１つがタンパク質の機能特性を変化させ得る可能性はまた、タンパク質の機能的に重要な領域に対する置換の位置にも相関する。したがって一部の非保存的置換は、生物学的特性に対する効果をほとんどまたは全く有しない。
用語「アミノ酸挿入」は、親配列に存在する２つのアミノ酸残基間に新規アミノ酸残基を導入することを指す。アミノ酸は、例えば、化学的ペプチド合成を用いるか、または当技術分野において公知の組換え方法で親配列に挿入することができる。したがって本明細書で使用されるとき、語句「Ｘ位とＹ位との間への挿入」、「ＩＭＧＴ Ｘ位とＹ位との間への挿入」または「Ｋａｂａｔ Ｘ位とＹ位との間への挿入」（ここでＸおよびＹはアミノ酸位置に対応する）は（例えば、２３９位と２４０位との間へのシステインアミノ酸挿入）、Ｘ位とＹ位との間へのアミノ酸の挿入を指し、また、核酸配列における、Ｘ位およびＹ位のアミノ酸をコードするコドン間への、あるアミノ酸をコードするコドンの挿入も指す。挿入パターンは、スキーマＡＸｉｎｓにしたがって記述することができ、ここでＡは、挿入されるアミノ酸に対応する一文字コードであり、およびＸは挿入前の位置である。
２つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列間の「パーセント配列同一性」または「パーセント同一性」という用語は、２つの配列の最適アラインメントのため導入しなければならない付加または欠失（即ちギャップ）を考慮した、比較ウィンドウにわたって配列が共有される同一のマッチ位置の数を指す。マッチ位置は、標的配列と参照配列との両方で同一のヌクレオチドまたはアミノ酸が提供される任意の位置である。ギャップはヌクレオチドまたはアミノ酸ではないため、標的配列に提供されるギャップはカウントしない。同様に、カウントするのは標的配列のヌクレオチドまたはアミノ酸であり、参照配列のヌクレオチドまたはアミノ酸ではないため、参照配列に提供されるギャップもカウントしない。配列同一性のパーセンテージは、両方の配列に同一のアミノ酸残基または核酸塩基が存在する位置の数を決定してマッチ位置の数を求め、そのマッチ位置の数を比較ウィンドウ内の位置の総数で除し、その結果に１００を乗じて配列同一性パーセンテージを求めることにより計算される。２つの配列間の配列の比較およびパーセント配列同一性の決定は、容易に利用可能なソフトウェアプログラムを用いて達成することができる。好適なソフトウェアプログラムは、様々な供給元から、タンパク質配列およびヌクレオチド配列の両方のアラインメントについて利用可能である。パーセント配列同一性を決定するための１つの好適なプログラムは、米国政府の国立バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）のＢＬＡＳＴウェブサイト（ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）から入手可能なＢＬＡＳＴプログラムスイートの一部であるｂｌ２ｓｅｑである。ｂｌ２ｓｅｑは、ＢＬＡＳＴＮまたはＢＬＡＳＴＰのいずれかのアルゴリズムを使用して２つの配列間の比較を行う。ＢＬＡＳＴＮは核酸配列の比較に用いられ、一方、ＢＬＡＳＴＰはアミノ酸配列の比較に用いられる。他の好適なプログラムは、例えば、ＥＭＢＯＳＳバイオインフォマティクスプログラムスイートの一部であって、かつ欧州バイオインフォマティクス研究所（Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ：ＥＢＩ）、ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａからも入手可能なニードル（Ｎｅｅｄｌｅ）、ストレッチャー（Ｓｔｒｅｔｃｈｅｒ）、ウォーター（Ｗａｔｅｒ）、またはマッチャー（Ｍａｔｃｈｅｒ）である。
「特異的な結合メンバー」は、互いに結合特異性を有する分子のペアのメンバーを示す。特異的な結合ペアのメンバーは、天然に由来してもよく、または全体的もしくは部分的に合成して産生されてもよい。分子のペアの一方のメンバーは、その表面上に、あるエリアまたはくぼみを有し、これは、分子のペアの他方のメンバーに特異的に結合し、そのため、その特定の空間的な正反対の構造に対して相補的である。したがって、ペアのメンバーは、互いに特異的に結合する特性を有する。特異的な結合ペアのタイプについての例は、抗原−抗体、ビオチン−アビジン、ホルモン−ホルモン受容体、受容体−リガンド、酵素−基質である。本開示は、抗原−抗体タイプの反応に関する。
本明細書において使用される用語「ＩｇＧ」は、認められている免疫グロブリンガンマ遺伝子によって実質的にコードされる抗体のクラスに属するポリペプチドを指す。ヒトでは、このクラスは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４を含む。マウスでは、このクラスは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、およびＩｇＧ３を含む。
用語「抗原結合ドメイン」は、抗原の一部またはすべてに特異的に結合し、相補的であるエリアを含む、抗体の一部を示す。抗原が大きい場合、抗体は、抗原の特定の一部にのみ結合してもよく、この一部は、エピトープと呼ばれる。抗原結合ドメインは、１つ以上の抗体可変ドメインによってもたらされてもよい（例えば、ＶＨドメインからなる、いわゆるＦｄ抗体断片）。抗原結合ドメインは、抗体軽鎖可変領域（ＶＬ）および抗体重鎖可変領域（ＶＨ）を含んでいてもよい。
用語「抗原結合タンパク質断片」または「抗体断片」は、インタクトな抗原結合タンパク質または抗体の一部分を指し、インタクトな抗原結合タンパク質または抗体の抗原決定可変領域を指す。当技術分野において、抗体の抗原結合機能が完全長抗体の断片によって果たされ得ることは公知である。抗体断片の例としては、限定はされないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片、線状抗体、一本鎖抗体、および抗体断片で形成される多重特異性抗体が挙げられる。
用語「モノクローナル抗体」は、単一の抗原決定基またはエピトープの高度に特異的な認識および結合に関与する均質な抗体集団を指す。これは、典型的には異なる抗原決定基に対する異なる抗体を含むポリクローナル抗体と対照的である。用語「モノクローナル抗体」は、インタクトなモノクローナル抗体および完全長モノクローナル抗体の両方、ならびに抗体断片（Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖなど）、単鎖（ｓｃＦｖ）突然変異体、抗体部分を含む融合タンパク質、および抗原認識部位を含む任意の他の修飾免疫グロブリン分子を包含する。さらに、「モノクローナル抗体」は、限定はされないが、ハイブリドーマ、ファージ選択、組換え発現、およびトランスジェニック動物によることを含めた、任意の方法で作製されたかかる抗体を指す。
用語「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体、または当技術分野において公知の任意の技法を用いて作製されるヒトによって産生される抗体に対応するアミノ酸配列を有する抗体を指す。ヒト抗体のこの定義には、インタクトなまたは完全長の抗体、その断片、および／または少なくとも１つのヒト重鎖および／または軽鎖ポリペプチドを含む抗体、例えば、マウス軽鎖およびヒト重鎖ポリペプチドを含む抗体などが含まれる。用語「ヒト化抗体」は、最小限の非ヒト（例えば、マウス）配列を含むように改変された非ヒト（例えば、マウス）免疫グロブリンに由来する抗体を指す。
用語「キメラ抗体」は、免疫グロブリン分子のアミノ酸配列が２つ以上の種に由来する抗体を指す。典型的には、軽鎖および重鎖の両方の可変領域が、所望の特異性、親和性、および能力を有する哺乳動物の１つの種（例えば、マウス、ラット、ウサギ等）に由来する抗体の可変領域に対応し、一方、定常領域が、別の種（通常はヒト）に由来する抗体の配列と同種であり、その種における免疫応答の誘発が回避される。
用語「抗体結合部位」は、相補的な抗体が特異的に結合する連続または不連続な部位（すなわちエピトープ）を含む抗原（例えば、Ｏ１）内の領域を指す。したがって、抗体結合部位は、抗原内に、エピトープを越えた、結合親和性および／または安定性などの特性を決定し得るかまたは抗原酵素活性または二量化などの特性に影響を与え得る追加的な範囲を含み得る。したがって、２つの抗体が抗原内の同じエピトープに結合する場合であっても、抗体がエピトープ外のアミノ酸との個別的な分子間接触を確立する場合、かかる抗体は個別的な抗体結合部位に結合すると見なされる。
ＩＭＧＴ付番方式は、概して、可変ドメインの残基（およそ軽鎖の残基１〜１０７および重鎖の残基１〜１１３）を参照するときに用いられる（例えば、Ｌｅｆｒａｎｃ， Ｍ．−Ｐ． ｅｔ ａｌ． Ｄｅｖ． Ｃｏｍｐ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２７：５５−７７（２００３））。
語句「Ｋａｂａｔにある通りのアミノ酸位置付番」、「Ｋａｂａｔ位置」、およびその文法上の変化形は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）における抗体の編成の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに用いられる付番方式を指す。この付番方式を用いると、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＷまたはＣＤＲの短縮、またはそれへの挿入に対応するより少ないかまたは追加的なアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔによる残基５２ａ）を含み、および重鎖ＦＷ残基８２の後に挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔによる残基８２ａ、８２ｂ、および８２ｃ等）を含み得る。抗体５４Ｈ７は、Ｋａｂａｔシステムによって付番する。
残基のＫａｂａｔ付番は、所与の抗体について、相同性領域において抗体の配列を「標準」Ｋａｂａｔ付番配列とアラインメントすることにより決定し得る。Ｃｈｏｔｈｉａは、その代わりに構造ループの位置を参照する（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７））。Ｋａｂａｔ付番規則を用いて付番したときのＣｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ−Ｈ１ループの末端は、ループの長さに応じてＨ３２〜Ｈ３４で異なる（これは、Ｋａｂａｔ付番スキームがＨ３５ＡおよびＨ３５Ｂに挿入を置くためであり、３５Ａも３５Ｂも存在しない場合、ループは３２で終わり、３５Ａのみが存在する場合、ループは３３で終わり、３５Ａおよび３５Ｂの両方が存在する場合、ループは３４で終わる）。ＡｂＭ超可変領域は、Ｋａｂａｔ ＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ 構造ループとの妥協案に相当し、Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ’ｓ ＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって用いられている。ＣＤＲのＩＭＧＴ（Ｌｅｆｒａｎｃ，Ｍ．−Ｐ．ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖ．Ｃｏｍｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２７：５５−７７（２００３））分類も使用することができる。
用語「Ｋａｂａｔ中のＥＵインデックス」は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）において記載されるヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の付番方式を指す。例えば、「Ｌ２３４」および「ＥＵ Ｌ２３４」は共に、Ｋａｂａｔに示されるＥＵインデックスにしたがって２３４位のアミノ酸ロイシンを指す。
本明細書において使用される用語「Ｆｃドメイン」、「Ｆｃ領域」、および「ＩｇＧ Ｆｃドメイン」は、ＩｇＧ分子のパパイン消化によって得られる結晶化可能断片に対応する、免疫グロブリン、例えばＩｇＧ分子の一部分を指す。Ｆｃ領域は、ジスルフィド結合によって連結される、ＩｇＧ分子の２つの重鎖のＣ末端半分を含む。それは、抗原結合活性を有していないが、炭水化物成分ならびに補体およびＦｃＲｎ受容体を含むＦｃ受容体に対する結合部位を含有する。例えば、Ｆｃドメインは、第２の定常ドメインＣＨ２（ヒトＩｇＧ１のＥＵ２３１〜３４０位の残基）および第３の定常ドメインＣＨ３（ヒトＩｇＧ１のＥＵ３４１〜４４７位の残基）全体を含有する。
Ｆｃとは、独立してこの領域を指し得るか、または抗体、抗体断片、もしくはＦｃ融合タンパク質に関連してこの領域を指し得る。多型は、ＥＵ２７０、２７２、３１２、３１５、３５６、および３５８位を含むが、これらに限定されない、Ｆｃドメイン中の多くの位置に観察される。したがって、「野生型ＩｇＧ Ｆｃドメイン」または「ＷＴ ＩｇＧ Ｆｃドメイン」は、任意の天然に存在するＩｇＧ Ｆｃ領域（すなわち任意の対立遺伝子）を指す。数限りないＦｃ突然変異体、Ｆｃ断片、Ｆｃ変異体、およびＦｃ誘導体が、例えば米国特許第５，６２４，８２１号明細書；米国特許第５，８８５，５７３号明細書；米国特許第５，６７７，４２５号明細書；米国特許第６，１６５，７４５号明細書；米国特許第６，２７７，３７５号明細書；米国特許第５，８６９，０４６号明細書；米国特許第６，１２１，０２２号明細書；米国特許第５，６２４，８２１号明細書；米国特許第５，６４８，２６０号明細書；米国特許第６，５２８，６２４号明細書；米国特許第６，１９４，５５１号明細書；米国特許第６，７３７，０５６号明細書；米国特許第７，１２２，６３７号明細書；米国特許第７，１８３，３８７号明細書；米国特許第７，３３２，５８１号明細書；米国特許第７，３３５，７４２号明細書；米国特許第７，３７１，８２６号明細書；米国特許第６，８２１，５０５号明細書；米国特許第６，１８０，３７７号明細書；米国特許第７，３１７，０９１号明細書；米国特許第７，３５５，００８号明細書；米国特許出願公開第２００４／０００２５８７号明細書；ならびに国際公開第９９／０５８５７２号パンフレット、国際公開第２０１１／０６９１６４号パンフレット、および国際公開第２０１２／００６６３５号パンフレットにおいて記載される。
ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４の重鎖の配列は、多くの配列データベースにおいて、例えばＵｎｉｐｒｏｔデータベース（ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ）でそれぞれ受託番号Ｐ０１８５７（ＩＧＨＧ１＿ＨＵＭＡＮ）、Ｐ０１８５９（ＩＧＨＧ２＿ＨＵＭＡＮ）、Ｐ０１８６０（ＩＧＨＧ３＿ＨＵＭＡＮ）、およびＰ０１８６１（ＩＧＨＧ１＿ＨＵＭＡＮ）の下で見つけることができる。
用語「ＹＴＥ」または「ＹＴＥ突然変異体」は、ヒトＦｃＲｎへの結合の増加をもたらし、かつ突然変異を有する抗体の血清半減期を改善するＩｇＧ１ Ｆｃドメイン中の突然変異のセットを指す。ＹＴＥ突然変異体は、ＩｇＧの重鎖中に導入される３つの「ＹＴＥ突然変異」の組み合わせ：Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、およびＴ２５６Ｅを含み、付番は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスにしたがう。参照により本明細書に援用される米国特許第７，６５８，９２１号明細書を参照されたい。ＹＴＥ突然変異体は、同じ抗体の野生型バージョンと比較して、抗体の血清半減期を増加させることが示された。例えば、それらの全体が参照により本明細書に援用されるＤａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８１：２３５１４−２４（２００６）および米国特許第７，０８３，７８４号明細書を参照されたい。「Ｙ」突然変異体は、Ｍ２５６Ｙ突然変異のみを含み、同様に、「ＹＴ」突然変異は、Ｍ２５２ＹおよびＳ２５４Ｔのみを含み、「ＹＥ」突然変異は、Ｍ２５２ＹおよびＴ２５６Ｅのみを含む。他の突然変異がＥＵ２５２位および／または２５６位に存在してもよいことが明確に企図される。特定の態様では、ＥＵ２５２位の突然変異が、Ｍ２５２Ｆ、Ｍ２５２Ｓ、Ｍ２５２Ｗ、もしくはＭ２５２Ｔであってもよく、および／またはＥＵ２５６位の突然変異が、Ｔ２５６Ｓ、Ｔ２５６Ｒ、Ｔ２５６Ｑ、もしくはＴ２５６Ｄであってもよい。
用語「Ｎ３」または「Ｎ３突然変異体」は、ＦｃＲｎへの結合の増加をもたらし、かつ突然変異を有する抗体の血清半減期を改善するＩｇＧ１ Ｆｃドメイン中の突然変異のセットを指す。Ｎ３突然変異体は、野生型ＩｇＧｌ定常ドメイン基本構造の中に組み込まれた、４３２〜４３７位の配列Ｃｙｓ−Ｓｅｒ−Ｔｒｐ−Ｈｉｓ−Ｌｅｕ−Ｃｙｓ（配列番号６８）を含む（４３７位および４３８位の間に挿入なし）。参照によりこれによって援用される国際公開第２０１５１７５８７４号パンフレットを参照されたい。
用語「天然に存在するＯ１」は、概して、Ｏ１多糖またはその断片が存在することができる状態を指す。天然に存在するＯ１は、組換え技術を使用するコード核酸の導入なしで、細胞によって天然に産生されるＯ１多糖を意味する。したがって、天然に存在するＯ１は、天然に、例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）によって産生されるものであってもよく、および／またはクレブシエラ属の様々なメンバーから単離されるものであってもよい。
用語「組換えＯ１」は、Ｏ１多糖またはその断片が存在してもよい状態を指す。組換えＯ１は、組換えＤＮＡにより、例えば異種宿主において産生されるＯ１多糖またはその断片を意味する。
本明細書において使用される用語「半減期」または「インビボにおける半減期」は、所与の動物の血液循環中の本開示の特定のタイプの抗体、抗原結合タンパク質、またはポリペプチドの生物学的半減期を指し、動物に投与された量の半分が動物の血液循環および／または他の組織から取り除かれるのに必要とされる時間によって示される。
本明細書において使用される用語「対象」は、限定はされないが、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、雌ウシ、クマ、ニワトリ、両生類、爬虫類などを含めた、特定の治療のレシピエントとなる任意の動物（例えば、哺乳動物）を指す。本明細書において使用される用語「対象」および「患者」は、クレブシエラ感染症に関連する状態の診断、予後診断、または療法のための任意の対象、特に哺乳類対象を指す。本明細書において使用されるように、「クレブシエラ感染症に関連する状態を有する患者」などの語句は、クレブシエラ感染症に関連するその状態のための療法の投与、画像処理手順もしくは他の診断手順、および／または予防的治療から利益を得るであろう哺乳類対象などの対象を含む。
「クレブシエラ」は、腸内細菌科のグラム陰性条件的嫌気性桿菌の属を指す。クレブシエラは、例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、Ｋ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）を含む。
クレブシエラ属のメンバーは、典型的に、それらの細胞表面上に少なくとも２つのタイプの炭水化物抗原：Ｏ抗原およびＫ抗原を発現する。Ｏ抗原はリポ多糖であり、Ｋ抗原は莢膜多糖である。これらの抗原の構造のばらつきは、抗原をクレブシエラ「血清型」で分類するための基準となる。したがって、Ｏ１結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）が、複数のクレブシエラ株または血清型に結合する能力は、様々なＯ抗原および／またはＫ抗原を有するクレブシエラに結合するその能力を指す。本明細書において提供されるいくつかの実施形態では、クレブシエラは、Ｏ１血清型である。
本明細書において使用される用語「医薬組成物」は、活性成分の生物学的活性が有効となるのを可能にするような形態の調製物であって、その組成物を投与しようとする対象にとって許容できない毒性がある追加的な構成成分を含有しない調製物を指す。そのような組成物は無菌とすることができる。
抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）の「有効量」は、本明細書において開示されるように、特に記載される目的を実行するのに十分な量である。「有効量」は、記載される目的に関して実験的に常法で決定することができる。本明細書において使用される用語「治療有効量」は、対象または哺乳類における疾患または状態を「治療する」のに有効である、ポリペプチド、例えば抗体を含む抗原結合タンパク質または他の薬剤の量を指し、クレブシエラ媒介性の疾患または状態を有する対象に対していくらかの改善または有益性をもたらす。したがって、「治療有効」量は、クレブシエラ媒介性の疾患または状態の、少なくとも１つの臨床症状におけるいくらかの軽減、緩和、および／または減少をもたらす量である。本開示の方法および系によって治療することができる、クレブシエラ媒介性の疾患または状態に関連する臨床症状は、当業者によく知られている。さらに、当業者は、いくらかの有益性が対象に対してもたらされる限り、治療効果が完全であるかまたは根治的である必要がないことを十分に理解するであろう。いくつかの実施形態では、用語「治療有効」は、それを必要としている患者においてクレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））またはクレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））活性を低下させることができる治療剤の量を指す。投与される実際の量ならびに投与の速度および時間的経過は、治療されているものの性質および重症度に依存するであろう。治療についての処方せん、例えば投薬量に関する決定などは、開業医および他の医師の責任の範囲内にある。抗体およびその抗原結合断片の適切な用量は、当技術分野においてよく知られている。Ｌｅｄｅｒｍａｎｎ Ｊ．Ａ．ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ４７：６５９−６６４；Ｂａｇｓｈａｗｅ Ｋ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ａｎｔｉｂｏｄｙ，Ｉｍｍｕｎｏｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｎｄ Ｒａｄｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ４：９１５−９２２を参照されたい。
本明細書において使用されるように、「十分な量」またはクレブシエラ媒介性の疾患または状態を有する患者において特定の結果を実現する「のに十分な量」は、任意選択で治療効果である、所望の効果をもたらすのに有効である、治療剤（例えば、本明細書において開示される抗体を含む抗原結合タンパク質）の量を指す（すなわち治療有効量の投与によるもの）。いくつかの実施形態では、そのような特定の結果が、それを必要としている患者におけるクレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））またはクレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））活性の低下である。
本明細書において使用される用語「標識」は、「標識」ポリペプチドまたは抗体を生成するために、ポリペプチド、例えば抗体を含む抗原結合タンパク質に直接または間接的にコンジュゲートされる検出可能な化合物または組成物を指す。標識は、それ自体が検出可能であってもよく（例えば、放射性同位体標識または蛍光標識）、または酵素標識の場合、検出可能な基質化合物または組成物の化学的改変を触媒することができる。
「治療する」または「治療」または「治療すること」または「軽減する」または「軽減すること」または「回復させること」または「回復させる」などの用語は、診断された病的状態または障害を治癒し、減速させ、その症状を和らげ、および／またはその進行を止める治療手段を指す。「予防する」などの用語は、標的にされる病的状態または障害の発症を予防しかつ／または遅らせる予防または防止手段を指す。したがって、治療を必要としている人は、疾患または状態をすでに有している人を含む。予防を必要としている人は、疾患または状態を起こしやすい人および疾患または状態を予防すべき人を含む。例えば、語句「クレブシエラ媒介性の疾患または状態を有する患者を治療する」は、好ましくは、対象がもはやそれによって不快感および／または機能異常を被らない程度まで、クレブシエラ媒介性の疾患または状態の重症度を低下させることを指す（例えば、未治療患者と比較した場合の喘息増悪における相対的な低下）。語句「クレブシエラ媒介性の疾患または状態を予防する」は、クレブシエラ媒介性の疾患もしくは状態の可能性を低下させることおよび／またはクレブシエラ媒介性の疾患もしくは状態の発生を低下させることを指す。
本明細書において使用されるように、用語「クレブシエラ感染症に関連する状態」は、疾患または状態を有する対象における、クレブシエラ感染症（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）による感染症）によって引き起こされる（単独でもしくは他の媒介物質と共同して）、それによって悪化するか、それに関連するか、またはそれによって長引く任意の病態を指す。クレブシエラ感染症に関連する状態の非限定的な例は、肺炎、尿路感染症、敗血症／セプシス、新生児敗血症、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、および脊椎関節症を含む。いくつかの実施形態では、クレブシエラ感染症が、院内感染症である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ感染症が、日和見感染症である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ感染症が、臓器移植の結果として生じる。いくつかの実施形態では、対象が、例えば人工呼吸器、カテーテル、または静脈内カテーテルを含む、クレブシエラに汚染された医療デバイスに暴露される。
ＣＤＲまたはＣＤＲのセットを有する構造は、一般に、ＣＤＲまたはＣＤＲのセットは、再編成された免疫グロブリン遺伝子によってコードされる天然に存在するＶＨおよびＶＬ抗体可変ドメインのＣＤＲまたはＣＤＲのセットに対応する位置に位置する抗体の重鎖配列もしくは軽鎖配列またはその実質的な一部分でできているであろう。免疫グロブリン可変ドメインの構造および位置は、（参照により本明細書において援用されるＫａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ｅｔ ａｌ，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ．ＵＳ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ．１９８７およびその最新版、現在はインターネットで入手可能（ｈｔｔｐ：／／ｉｍｍｕｎｏ．ｂｍｅ．ｎｗｕ．ｅｄｕまたは任意の検索エンジンを使用して「Ｋａｂａｔ」を検索）を参照することによって決定されてもよい。ＣＤＲはまた、フィブロネクチンまたはシトクロムＢなどの他の足場によって運ぶこともできる。
ＣＤＲアミノ酸配列は、実質的に本明細書において説明されるように、ヒト可変ドメインまたは実質的なその一部分中にＣＤＲとして有することができる。ＨＣＤＲ３配列は、実質的に本明細書において説明されるように、本開示の実施形態を示し、これらのそれぞれは、ヒト重鎖可変ドメインまたは実質的なその一部分中にＨＣＤＲ３として担持され得る。
本開示において用いられる可変ドメインは、任意の生殖系もしくは再編成されたヒト可変ドメインから得ることができるか、または知られているヒト可変ドメインのコンセンサス配列に基づいた合成可変ドメインとすることができる。ＣＤＲ配列（例えば、ＣＤＲ３）は、組換えＤＮＡ技術を使用して、ＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ３）を欠く可変ドメインのレパートリーに導入することができる。
例えば、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９２，１０：７７９−７８３；参照により本明細書に援用される）は、可変ドメインエリアの５’末端に向けられるかまたはそれに近接するコンセンサスプライマーが、ＣＤＲ３を欠くＶＨ可変ドメインのレパートリーをもたらすために、ヒトＶＨ遺伝子の第３のフレームワーク領域に対するコンセンサスプライマーと共に使用される、抗体可変ドメインのレパートリーを産生する方法を提供する。Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．は、このレパートリーを特定の抗体のＣＤＲ３と組み合わせることができる方法をさらに記載する。類似した技術を使用して、本開示のＣＤＲ３由来の配列を、ＣＤＲ３を欠くＶＨまたはＶＬドメインのレパートリーとシャッフルすることができ、シャッフルして完成したＶＨまたはＶＬドメインを、抗原結合タンパク質をもたらすために、同種のＶＬまたはＶＨドメインと組み合わせることができる。次いで、レパートリーは、適した抗原結合タンパク質が選択されるために、国際公開第９２／０１０４７号パンフレットのファージディスプレイ系またはＫａｙ，Ｂ．Ｋ．，Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．，ａｎｄ ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ，Ｊ．（１９９６）Ｐｈａｇｅ Ｄｉｓｐｌａｙ ｏｆ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ：Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓを含む、それに続く多くの文献のいずれかなどの適した宿主系においてディスプレイすることができる。レパートリーは、１０４以上のいずれの個々のメンバーからも、例えば１０６〜１０８または１０１０のいずれのメンバーからもなることができる。他の適した宿主系は、酵母ディスプレイ、細菌ディスプレイ、Ｔ７ディスプレイ、リボソームディスプレイなどを含む。リボソームディスプレイの概説については、本明細書において参照により援用されるＬｏｗｅ Ｄ ａｎｄ Ｊｅｒｍｕｔｕｓ Ｌ，２００４，Ｃｕｒｒ．Ｐｈａｒｍ，Ｂｉｏｔｅｃｈ，５１７−２７、さらに国際公開第９２／０１０４７号パンフレットを参照されたい。
類似したシャッフリング技術またはコンビナトリアル技術はまた、Ｓｔｅｍｍｅｒ（本明細書において参照により援用されるＮａｔｕｒｅ，１９９４，３７０：３８９−３９１）よっても開示され、Ｓｔｅｍｍｅｒは、β−ラクタマーゼ遺伝子に関しての技術を記載しているが、このアプローチが抗体の生成に使用されてもよいことを述べている。
さらなる代案は、可変ドメイン全体において突然変異を生成するために、１つ以上の選択されたＶＨおよび／またはＶＬ遺伝子のランダム突然変異誘発を使用して、本開示のＣＤＲ由来の配列を有する新規なＶＨまたはＶＬ領域を生成することである。そのような技術は、エラープローンＰＣＲを使用したＧｒａｍ ｅｔ ａｌ（１９９２，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ，８９：３５７６−３５８０）によって記載される。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのアミノ酸置換が、ＨＣＤＲおよび／またはＬＣＤＲのセット内でなされる。
使用されてもよい他の方法は、ＶＨまたはＶＬ遺伝子のＣＤＲ領域に対して突然変異誘発を誘導することである。そのような技術は、Ｂａｒｂａｓ ｅｔ ａｌ，（１９９４，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ，９１：３８０９−３８１３）およびＳｃｈｉｅｒ ｅｔ ａｌ（１９９６，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６３：５５１−５６７）によって開示される。
本開示の方法および技術は、別段の指示がない限り、当技術分野においてよく知られており、本明細書の全体にわたって引用され、考察される様々な全般的なおよびより詳細な参考文献において記載される従来の方法にしたがって全般的に実行される。例えば、すべて本明細書において参照により援用されるＳａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（２００１）およびＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ（１９９２），ａｎｄ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９９０）を参照されたい。
当業者は、当技術分野におけるルーチン的な手法を使用して、本開示の抗原結合タンパク質を提供するために上記に記載されるような技術を使用することができるであろう。
ＩＩ．Ｏ１抗原結合分子
本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合するＯ１抗原結合分子、例えば抗原結合タンパク質、抗体、およびその抗原結合断片を提供する。本明細書において定義されるように、抗体およびその抗原結合断片を含む「Ｏ１抗原結合分子」は、Ｏ２に結合しない。総称して、これらの作用物質は、本明細書において「Ｏ１結合分子」または「Ｏ１結合剤」と呼ばれる。
クレブシエラリポ多糖（ＬＰＳ）のＯ１抗原は、反復単位Ｄ−ガラクタン（Ｄ−Ｇａｌ Ｉ）ＩおよびＤ−ガラクタンＩＩ（Ｄ−Ｇａｌ ＩＩ）から構成される２つの構造上別個のドメインを含有する。図１２を参照されたい。低分子量Ｄ−Ｇａｌ Ｉポリマーは、コアオリゴ糖に直接連結され、構造→３）−β−Ｄ−Ｇａｌｆ−（１→３）−α−Ｄ−Ｇａｌｐ−（１→の反復単位から構成される。Ｏ抗原生合成は、部分的に、６つの遺伝子（ｗｚｍ、ｗｚｔ、ｇｌｆ、ｗｂｂＭ、ｗｂｂＮ、およびｗｂｂＯ）から構成されるｗｂ（ｒｆｂ）遺伝子クラスターの産物によって実行される（Ｗｈｉｔｆｉｅｌｄ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．１９９１．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｔｗｏ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｌｙ ｄｉｓｔｉｎｃｔ Ｄ−Ｇａｌａｃｔａｎ Ｏ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ｌｉｐｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ ｏｆ Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｅｒｏｔｙｐｅ Ｏ１．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ．１４２０−１４３１；Ｃｌａｒｋｅ，Ｂ．Ｒ．ａｎｄ Ｗｈｉｔｆｉｅｌｄ Ｃ．１９９２．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃｌｏｎｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ ｒｆｂ ｒｅｇｉｏｎ ｏｆ Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｅｒｏｔｙｐｅ Ｏ１：Ｋ２０．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ．１７４：４６１４−４６２１）。Ｄ−Ｇａｌ Ｉドメインはまた、クレブシエラＯ２ ＬＰＳについての主なＯ抗原構成要素でもある。高分子量Ｄ−Ｇａｌ ＩＩポリマーは、Ｄ−Ｇａｌ Ｉの遠位端部に連結され、構造→３）−α−Ｄ−Ｇａｌｐ−（１→３）−β−Ｄ−Ｇａｌｐ−（１→の繰り返し単位からなる。Ｄ−Ｇａｌ ＩＩ生合成に必要な遺伝子は、ｗｂｂＹおよびｗｂｂＺとして最近同定され、これらは、ｗｂクラスターに連結されていない。（Ｈｓｉｅｈ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．２０１４．Ｄ−ｇａｌａｃｔａｎ ＩＩ ｉｓ ａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｏｍｉｎａｎｔ ａｎｔｉｇｅｎ ｉｎ Ｏ１ ＬＰＳ ａｎｄ ａｆｆｅｃｔｓ ｖｉｒｕｌｅｎｃｅ ｉｎ Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ：ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ｖａｃｃｉｎｅ ｄｅｓｉｇｎ．Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．５：１−１３を参照されたい）。Ｄ−Ｇａｌ ＩＩの追加がＯ１血清型を決定し、ＰＬＡを引き起こす肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の中で血清抵抗性および高い有病率の一因となる。（Ｈｓｉｅｈ，Ｐ．Ｆ．２０１２．Ｌｉｐｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ Ｏ１ ａｎｔｉｇｅｎ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅｓ ｔｏ ｔｈｅ ｖｉｒｕｌｅｎｃｅ ｉｎ Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｃａｕｓｉｎｇ ｐｒｉｍａｒｙ ｐｙｏｇｅｎｉｃ ｌｉｖｅｒ ａｂｓｃｅｓｓ．；Ｐａｎ Ｙ−Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ ＯＮＥ ７（３）：ｅ３３１５５（２０１３）ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．００３３１５５）。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する、抗体またはポリペプチドである単離抗原結合タンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗体の抗原結合断片である。
ある実施形態では、Ｏ１結合分子は、抗体またはポリペプチドである。いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合するマウス、非ヒト、ヒト化、キメラ、リサーフェシング、またはヒト抗原結合タンパク質である単離抗原結合タンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合するヒト化、キメラ、リサーフェシング、またはヒト抗原結合タンパク質である単離抗原結合タンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合分子は、ヒト化抗体またはその抗原結合断片である。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合分子は、ヒト抗体またはその抗原結合断片である。
本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質（例えば抗体またはその抗原結合断片）は、ａ）クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導する、ｂ）血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介してクレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる、またはｃ）クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、補体依存性の死滅を介してクレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
本開示はまた、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質（例えば抗体またはその抗原結合断片）は、ＯＰＫを誘導するが、ＬＰＳを中和しない単離抗原結合タンパク質をも提供する。本明細書において提供される実施例において実証されるように、高レベルのインビボにおける活性は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合し、ＯＰＫを誘導するが、ＬＰＳを中和しない抗原結合タンパク質に関連する。
本開示はまた、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質（例えば抗体またはその抗原結合断片）は、ＯＰＫを誘導し、ＬＰＳを中和する単離抗原結合タンパク質をも提供する。
Ｏ１結合剤は、抗Ｏ１抗原抗体ＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＢＪ４、５４Ｈ７、およびその抗原結合断片を含む。Ｏ１結合剤はまた、ＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＢＪ４、または５４Ｈ７と同じ肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１エピトープに特異的に結合するＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む。
いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤、例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片は、抗体クローンＲｕＯ１を含まない。Ｒｕｋａｖｉｎａ Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ６５：１７５４−６０（１９９７）を参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤、例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片は、マウス抗体ではない。
いくつかの実施形態では、Ｏ１結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原のＤ−ガラクタンＩＩドメインに結合する。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原のＤ−ガラクタンＩＩドメイン内のエピトープに結合する。
Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）はまた、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原へのＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＰＪ４、または５４Ｈ７の結合を競合的に阻害するＯ１結合剤をも含む。いくつかの実施形態では、抗Ｏ１抗体またはその抗原結合断片は、競合ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原へのＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＰＪ４、または５４Ｈ７の結合を競合的に阻害する。いくつかの実施形態では、抗Ｏ１抗体またはその抗原結合断片は、競合ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）へのＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＰＪ４、または５４Ｈ７の結合を競合的に阻害する。
いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）はまた、例えばＯｃｔｅｔプラットフォームによって測定されるように、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原への５４Ｈ７の結合を競合的に阻害するが、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原へのＫＰＥ３３の結合を競合的に阻害しないＯ１結合剤をも含む。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）はまた、例えばＯｃｔｅｔプラットフォームによって測定されるように、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原へのＫＰＥ３３の結合を競合的に阻害するが、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原への５４Ｈ７の結合を競合的に阻害しないＯ１結合剤をも含む。
いくつかの実施形態では、抗Ｏ１抗体またはその抗原結合断片は、Ｏ１クレブシエラ株（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１株を含む）に結合するが、対応するｗｂｂＹＺノックアウト株に結合しない（例えばＦＡＣＳアッセイによって測定されるように）。いくつかの実施形態では、抗Ｏ１抗体またはその抗原結合断片は、クレブシエラ株Ｋｐ１１３１１１５に結合するが、Ｋｐ１１３１１１５ΔｗｂｂＹＺノックアウト株に結合しない（例えばＦＡＣＳアッセイによって測定されるように）。
Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）はまた、ＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＢＪ４、または５４Ｈ７の重鎖および軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）配列を含むＯ１結合剤を含む。ＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＢＪ４、および５４Ｈ７のＣＤＲ配列は、下記の表１および２に記載される。５４Ｈ７以外のすべての抗体については、表１および２に列挙されるＣＤＲは、ＩＭＧＴシステムを使用して決定した。５４Ｈ７については、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔシステムを使用して決定した。
Figure 2020500005
Figure 2020500005
本明細書において記載される抗原結合タンパク質（抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、本明細書において記載される個々の可変軽鎖または可変重鎖のうちの１つを含むことができる。本明細書において記載される抗原結合タンパク質（抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）はまた、可変軽鎖および可変重鎖の両方を含むこともできる。抗Ｏ１抗原ＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＢＪ４、および５４Ｈ７抗体の可変軽鎖配列および可変重鎖配列は、下記の表３および４に提供される。
Figure 2020500005
Figure 2020500005
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、配列番号８、１２、２１、または３０と少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号９、１３、２２、３１と少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む単離抗原結合タンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、配列番号８、１２、２１、または３０の配列を含む重鎖可変領域および配列番号９、１３、２２、３１の配列を含む軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、配列番号８、９、１２、１３、２１、２２、３０、または３１に対して少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％の配列同一性を有する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、保存的アミノ酸置換によってのみ配列番号８、９、１２、１３、２１、２２、３０、または３１と異なる。いくつかの実施形態では、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、配列番号８、１２、２１、または３０と少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号９、１３、２２、３１と少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、抗体クローンＲｕＯ１ではない（Ｒｕｋａｖｉｎａ Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ６５：１７５４−６０（１９９７を参照されたい）。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９５％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、任意選択で、抗原結合タンパク質は、ＬＰＳを中和しないまたはＬＰＳを中和する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９５％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９５％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９５％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えばメロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９６％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、任意選択で、抗原結合タンパク質は、ＬＰＳを中和しないまたはＬＰＳを中和する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９６％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９６％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９６％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えばメロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９７％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、任意選択で、抗原結合タンパク質は、ＬＰＳを中和しないまたはＬＰＳを中和する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９７％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９７％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９７％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えばメロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９８％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、任意選択で、抗原結合タンパク質は、ＬＰＳを中和しないまたはＬＰＳを中和する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９８％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９８％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９８％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えばメロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９９％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、任意選択で、抗原結合タンパク質は、ＬＰＳを中和しないまたはＬＰＳを中和する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９９％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９９％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を死滅させる単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）であって、前記抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号８および９、１２および１３、３１および２２、または３０および３１と少なくとも９９％同一なＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えばメロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する単離抗原結合タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に加えて、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）のＯ１抗原に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に加えて、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）のＯ１抗原に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）であって、単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、抗体クローンＲｕＯ１ではない（Ｒｕｋａｖｉｎａ Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ６５：１７５４−６０（１９９７を参照されたい）単離抗原結合タンパク質を提供する。Ｏ１抗原に結合する単離抗原結合タンパク質の能力は、Ｔｒａｕｔｍａｎｎ Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ４４：４４−５１（１９９６）において提供されるものなどのような方法を使用して調べることができる。
モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５によって記載されるものなどのハイブリドーマ法を用いて調製することができる。ハイブリドーマ法の使用では、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物を免疫し、免疫抗原に特異的に結合し得る抗体のリンパ球による産生を誘発する。リンパ球はまた、インビトロで免疫することもできる。免疫後、リンパ球を単離し、例えばポリエチレングリコールを使用して好適な骨髄腫細胞株と融合することによりハイブリドーマ細胞を形成し、次にそこから未融合のリンパ球および骨髄腫細胞を選択によって除くことができる。次に、免疫沈降、免疫ブロット法によるか、またはインビトロ結合アッセイ（例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ））によって決定するとき選択の抗原を特異的に対象とするモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを、標準方法を用いたインビトロ培養か（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８６）、あるいは動物においてインビボで増殖させることができる。次に、モノクローナル抗体を、ポリクローナル抗体について上記に記載されるように、培養培地または腹水から精製することができる。
あるいは、モノクローナル抗体はまた、米国特許第４，８１６，５６７号明細書に記載される通り組換えＤＮＡ方法を用いて作製することもできる。成熟Ｂ細胞またはハイブリドーマ細胞から、その抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子を特異的に増幅するオリゴヌクレオチドプライマーを使用したＲＴ−ＰＣＲによるなどして、モノクローナル抗体をコードするポリヌクレオチドを単離し、従来の手順を用いてその配列を決定する。次に、重鎖および軽鎖をコードする単離ポリヌクレオチドを好適な発現ベクターにクローニングし、本来免疫グロブリンタンパク質を産生しない大腸菌細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または骨髄腫細胞などの宿主細胞にその発現ベクターをトランスフェクトすると、宿主細胞によってモノクローナル抗体が生成される。また、記載される通り、所望の種のＣＤＲを発現するファージディスプレイライブラリから、所望の種の組換えモノクローナル抗体またはその断片を単離することもできる（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｎａｔｕｒｅ，３４８：５５２−５５４；Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８；およびＭａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１−５９７）。
モノクローナル抗体をコードするポリヌクレオチドは、組換えＤＮＡ技術を用いた何らかの種々の方法でさらに修飾することができ、それにより代替的な抗体を作成し得る。一部の実施形態では、例えばマウスモノクローナル抗体の軽鎖および重鎖の定常ドメインが、１）例えばヒト抗体のそれらの領域に置換されてキメラ抗体が作成されるか、または２）非免疫グロブリンポリペプチドに置換されて融合抗体が作成され得る。一部の実施形態では、定常領域がトランケートされるか、または除去されて、モノクローナル抗体の所望の抗体断片が作成される。可変領域の部位特異的または高密度突然変異誘発を用いてモノクローナル抗体の特異性、親和性等を最適化することができる。
いくつかの実施形態では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に対するモノクローナル抗体がヒト化抗体である。ある実施形態では、そのような抗体が、ヒト対象に投与された場合に抗原性およびＨＡＭＡ（ヒト抗マウス抗体）応答を低下させるために治療上使用される。ヒト化抗体は、当技術分野において知られている様々な技術を使用して産生することができる。ある代替の実施形態では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に対する抗体がヒト抗体である。
ヒト抗体は、当技術分野において公知の様々な技法を用いて直接調製することができる。インビトロで免疫されるか、または標的抗原に対する抗体を産生する免疫された個体から単離された固定化ヒトＢリンパ球を作成することができる（例えば、Ｃｏｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，ｐ．７７（１９８５）；Ｂｏｅｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７（１）：８６−９５；および米国特許第５，７５０，３７３号明細書を参照されたい）。また、例えば、Ｖａｕｇｈａｎ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１４：３０９−３１４、Ｓｈｅｅｔｓ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，９５：６１５７−６１６２、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１、およびＭａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１に記載される通り、ヒト抗体はファージライブラリから選択することもでき、ここで、そのファージライブラリはヒト抗体を発現する）。抗体ファージライブラリを作成および使用する技術は、米国特許第５，９６９，１０８号明細書、同第６，１７２，１９７号明細書、同第５，８８５，７９３号明細書、同第６，５２１，４０４号明細書；同第６，５４４，７３１号明細書；同第６，５５５，３１３号明細書；同第６，５８２，９１５号明細書；同第６，５９３，０８１号明細書；同第６，３００，０６４号明細書；同第６，６５３，０６８号明細書；同第６，７０６，４８４号明細書；および同第７，２６４，９６３号明細書；およびＲｏｔｈｅ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏ．，３７６：１１８２−２００（これらの各々は、全体として参照により援用される）にも記載されている。親和性成熟戦略およびチェインシャッフリング戦略（Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９−７８３、全体として参照により援用される）が当技術分野において公知であり、高親和性ヒト抗体の作成に用いることができる。
ヒト化抗体はまた、免疫時に内因性免疫グロブリンを産生することなくヒト抗体の完全レパートリーを産生する能力を有するヒト免疫グロブリン遺伝子座を含有するトランスジェニックマウスでも作製することができる。この手法は、米国特許第５，５４５，８０７号明細書；同第５，５４５，８０６号明細書；同第５，５６９，８２５号明細書；同第５，６２５，１２６号明細書；同第５，６３３，４２５号明細書；および同第５，６６１，０１６号明細書に記載されている。
本開示によれば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的な一本鎖抗体の作製技法を適合させることができる（米国特許第４，９４６，７７８号明細書を参照されたい）。加えて、Ｏ１抗原に対して所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂ断片またはその断片の迅速かつ有効な同定を可能にするＦａｂ発現ライブラリの構築方法を適合させることができる（Ｈｕｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４６：１２７５−１２８１（１９８９））。抗体断片は、限定はされないが：（ａ）抗体のペプシン消化によって作製されるＦ（ａｂ’）２断片、（ｂ）Ｆ（ａｂ’）２断片のジスルフィド架橋の還元によって生成されるＦａｂ断片、（ｃ）抗体をパパインおよび還元剤で処理することによって生成されるＦａｂ断片、および（ｄ）Ｆｖ断片を含め、当技術分野における技法によって作製することができる。
その血清半減期を増加させるために抗体を修飾することは、とりわけ抗体断片の場合にさらに望ましいものとなり得る。これは、例えば、抗体断片の適切な領域の突然変異によって抗体断片にサルベージ受容体結合エピトープを組み込むことによるか、または後に抗体断片にいずれかの末端もしくは中央で（例えば、ＤＮＡまたはペプチド合成によって）融合するペプチドタグにそのエピトープを組み込むことによって達成し得る。
本開示の抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、抗体定常領域またはその一部をさらに含むことができる。例えば、ＶＬドメインは、そのＣ−末端部で、ヒトＣκまたはＣγ鎖を含む抗体軽鎖定常ドメインに付けることができる。同様に、ＶＨドメインをベースとする抗原結合タンパク質は、そのＣ−末端部で、任意の抗体アイソタイプ、例えばＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、およびＩｇＭならびにアイソタイプサブクラス、特にＩｇＧ１およびＩｇＧ４のいずれかに由来する免疫グロブリン重鎖のすべてまたは一部（例えばＣＨ１ドメイン）に結合することができる。例えば、免疫グロブリン重鎖は、抗体アイソタイプサブクラス、ＩｇＧ１に由来することができる。これらの特性を有し、可変領域を安定化する任意の合成または他の定常領域変異体も本開示の実施形態で使用することが企図される。抗体定常領域は、ＹＴＥ突然変異を有するＦｃ領域とすることができ、Ｆｃ領域は、下記のアミノ酸置換を含む：Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ。この残基の付番は、Ｋａｂａｔの付番に基づく。Ｆｃ領域中のＹＴＥ突然変異は、抗原結合タンパク質の血清中での持続性を増加させる（Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ，Ｗ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２８１，２３５１４−２３５２４を参照されたい）。抗体定常領域は、Ｎ３突然変異を有するＦｃ領域とすることができ、Ｆｃ領域は、Ｋａｂａｔの付番に基づいて４３２〜４３７位に配列Ｃｙｓ−Ｓｅｒ−Ｔｒｐ−Ｈｉｓ−Ｌｅｕ−Ｃｙｓ（配列番号６８）を含む（４３７位および４３８位の間に挿入なし）。Ｆｃ領域中のＮ３突然変異はまた、抗原結合タンパク質の血清中での持続性をも増加させる。ある実施形態では、抗体定常領域は、ＹＴＥ突然変異、Ｎ３突然変異、またはＹＴＥ突然変異およびＮ３突然変異の両方を含むことができる。
本明細書におけるいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質、例えば抗体またはその抗原結合断片が、エフェクター機能を改善するために、例えば、抗原依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）および／または補体依存性細胞障害作用（ＣＤＣ）を増強するために修飾される。これは、１つ以上のアミノ酸置換をなすことによってまたはＦｃ領域中にシステインを導入することによって実現することができる。抗体のエフェクター機能を増強するかもしくは衰えさせ、かつ／または抗体の薬物動態学的特性（例えば、半減期）を改変することができるＦｃ領域の変異体（例えば、アミノ酸置換および／または追加および／または欠失）は、例えば米国特許第６，７３７，０５６Ｂ１号明細書、米国特許出願公開第２００４／０１３２１０１Ａ１号明細書、米国特許第６，１９４，５５１号明細書、ならびに米国特許第５，６２４，８２１号明細書および米国特許第５，６４８，２６０号明細書において開示される。置換のある特定のセット、３重突然変異Ｌ２３４Ｆ／Ｌ２３５Ｅ／Ｐ３３１Ｓ（「ＴＭ」；Ｋａｂａｔ付番）は、ヒトＣ１ｑ、ＣＤ６４、ＣＤ３２Ａ、およびＣＤ１６に対するヒトＩｇＧ１分子の結合活性における大幅な減少を引き起こす。例えば、Ｏｇａｎｅｓｙａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．６４：７００−７０４（２００８）を参照されたい。他の場合、定常領域修飾が血清半減期を増加させることができる。Ｆｃ領域を含むタンパク質の血清半減期は、ＦｃＲｎに対するＦｃ領域の結合親和性を増加させることによって増加させることができる。
抗原結合タンパク質が抗体またはその抗原結合断片である場合、それは、（ａ）ＩｇＡ定常ドメイン、（ｂ）ＩｇＤ定常ドメイン、（ｃ）ＩｇＥ定常ドメイン、（ｄ）ＩｇＧ１定常ドメイン、（ｅ）ＩｇＧ２定常ドメイン、（ｆ）ＩｇＧ３定常ドメイン、（ｇ）ＩｇＧ４定常ドメイン、および（ｈ）ＩｇＭ定常ドメインからなる群から選択される重鎖免疫グロブリン定常ドメインをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、ＩｇＧ１重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む抗体またはその抗原結合断片である。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、ＩｇＧ１／ＩｇＧ３キメラ重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む抗体またはその抗原結合断片である。
本開示の抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、（ａ）Ｉｇカッパ定常ドメインおよび（ｂ）Ｉｇラムダ定常ドメインからなる群から選択される軽鎖免疫グロブリン定常ドメインをさらに含むことができる。
本開示の抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、ヒトＩｇＧ１定常ドメインおよびヒトラムダ定常ドメインをさらに含むことができる。本開示の抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、ヒトＩｇＧ２定常ドメインおよびヒトラムダ定常ドメインをさらに含むことができる。
本開示の抗原結合タンパク質は、２５２、２５４、および２５６位に突然変異を含有するＩｇＧ Ｆｃドメインを含むことができ、位置付番は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスにしたがう。例えば、ＩｇＧ１ Ｆｃドメインは、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、およびＴ２５６Ｅの突然変異を含有することができ、位置付番は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスにしたがう。
本開示はまた、本開示の抗原結合タンパク質の単離ＶＨドメインおよび／または本開示の抗原結合タンパク質の単離ＶＬドメインにも関する。
本開示の抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）は、検出可能なまたは機能的な標識により標識することができる。検出可能な標識は、１３１Ｉまたは９９Ｔｃなどの放射能標識を含み、これらは、抗体画像処理について当技術分野において知られている従来の化学を使用して本開示の抗体に付けられてもよい。標識はまた、ホースラディッシュペルオキシダーゼなどの酵素標識を含む。標識は、特定の関連する検出可能な成分、例えば標識アビジンへの結合を介して検出されてもよいビオチンなどの化学成分をさらに含む。本開示の抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）に付けられてもよい他の検出可能なまたは機能的な標識の非限定的な例は、同位体標識、磁気標識、レドックス活性成分、光学色素、ビオチン化基、ビオチンシグナル伝達ペプチド、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、および黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）などの蛍光成分、ならびにヒスチジンペプチド（ｈｉｓ）、ヘマグルチニン（ＨＡ）、金結合ペプチド、Ｆｌａｇなどの二次レポーターによって認識されるポリペプチドエピトープ、放射性同位体、放射性核種、毒素、治療剤および化学療法剤を含む。
ＩＩＩ．医薬組成物
本開示はまた、本明細書において記載される１つまたはそれ以上のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体または抗原結合断片を含む）を含む医薬組成物をも提供する。ある実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容可能なビヒクルまたは薬学的に許容可能な賦形剤をさらに含む。ある実施形態では、これらの医薬組成物は、ヒト患者においてクレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））感染症に関連する状態を治療する、予防する、または回復させる際に使用を見出す。ある実施形態では、これらの医薬組成物は、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））の増殖を阻害する際に使用を見出す。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ１血清型である。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体または抗原結合断片を含む）を含む医薬組成物は、抗体クローンＲｕＯ１を含まない（Ｒｕｋａｖｉｎａ Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ６５：１７５４−６０（１９９７）を参照されたい）。
ある実施形態では、製剤は、本明細書において記載される抗体または抗Ｏ１結合剤を薬学的に許容可能なビヒクル（例えば担体、賦形剤）と組み合わせることによって、保存および使用のために調製される（例えば、参照により本明細書に援用されるＲｅｍｉｎｇｔｏｎ，Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ ＭａｃｋＰｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，２０００を参照されたい）。いくつかの実施形態では、製剤は、保存剤を含む。
本開示の医薬組成物は、局所的なおよび全身性の治療のために多数の方法で投与することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書において記載される１つまたはそれ以上のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗体または抗原結合断片）を含む医薬組成物は、肺炎、尿路感染症、敗血症／セプシス、新生児敗血症／セプシス、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、または脊椎関節症を治療するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書において記載される１つまたはそれ以上のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗体または抗原結合断片）を含む医薬組成物は、院内感染症、日和見感染症、臓器移植後の感染症、ならびにクレブシエラ感染症に関連する他の状態（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）による感染症）において有用である。いくつかの実施形態では、本明細書において記載される１つまたはそれ以上のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗体または抗原結合断片を含む）を含む医薬組成物は、例えば人工呼吸器、カテーテル、または静脈内カテーテルを含む、クレブシエラに汚染されたデバイスに暴露される対象において有用である。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、対象におけるクレブシエラの増殖を阻害するのに有効な、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）の量を含む。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ１血清型である。
いくつかの実施形態では、クレブシエラ感染症に関連する状態を治療する、予防する、および／または回復させるための方法は、クレブシエラに感染した対象を、インビボにおいて、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物と接触させるステップを含む。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤を含む医薬組成物は、感染症を予防するために、対象が細菌に暴露されたのと同時にまたはその直後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤を含む医薬組成物は、感染後に治療薬として投与される。
ある実施形態では、クレブシエラ感染症を治療する、予防する、および／または回復させるための方法は、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含む。ある実施形態では、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、対象がクレブシエラに感染する前に投与される。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、対象がクレブシエラに感染した後に投与される。
ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、人工呼吸器で対象に投与される。ある実施形態では、対象は、カテーテル（例えば尿道カテーテルまたは静脈内カテーテル）を有する。ある実施形態では、対象は、抗生物質（例えばメロペネム、カルバペネム、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミド、および／またはコリスチン）を受けている。
ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、院内クレブシエラ感染症の治療または予防のためのものである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、日和見クレブシエラ感染症の治療または予防のためのものである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、臓器移植後のクレブシエラ感染症の治療または予防のためのものである。
ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、クレブシエラ感染症の治療または予防のためのものであり、クレブシエラは、広域スペクトルベータ−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生クレブシエラである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、クレブシエラ感染症の治療または予防のためのものであり、クレブシエラは、非広域スペクトルベータ−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生クレブシエラである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、クレブシエラ感染症の治療または予防のためのものであり、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネム抵抗性腸内細菌科（ＣＲＥ）クレブシエラである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、クレブシエラ感染症の治療または予防のためのものであり、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネマーゼ（ＫＰＣ）産生クレブシエラである。
ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、セファロスポリン抵抗性のクレブシエラ感染症の治療または予防のためのものである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、アミノグリコシド抵抗性のクレブシエラ感染症の治療または予防のためのものである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、キノロン抵抗性のクレブシエラ感染症の治療または予防のためのものである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、カルバペネム抵抗性のクレブシエラ感染症の治療または予防のためのものである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、コリスチン抵抗性のクレブシエラ感染症の治療または予防のためのものである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、セファロスポリン、アミノグリコシド、キノロン、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミド、カルバペネム、およびコリスチン抵抗性のクレブシエラ感染症の治療または予防のためのものである。ある実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、抗生物質に対して感受性のクレブシエラによる感染症の治療または予防のためのものである。
クレブシエラ感染症に関連する状態の治療、予防、および／または回復のために、本明細書において記載される医薬組成物、抗体、または抗Ｏ１結合剤の適切な投薬量は、状態のタイプ、状態の重症度および経過、状態の応答性、医薬組成物、抗体、または抗Ｏ１結合剤が治療目的に投与されるかまたは防止目的に投与されるか、以前の療法、患者の病歴など、治療している医者の判断によるあらゆることに依存する。医薬組成物、抗体、または抗Ｏ１結合剤は、１回または数日〜数か月まで続く一連の治療の間または治癒を遂げるまでまたは状態の縮小が実現されるまで投与することができる。最適な投薬スケジュールは、患者の体内の薬剤蓄積についての測定値から計算することができ、個々の抗体または作用物質の相対的な効力に依存して変動するであろう。投与している医者は、最適な投薬量、投薬の手法、および反復率を容易に決定することができる。
ＩＶ．使用の方法
本明細書において記載されるＯ１結合剤（抗Ｏ１抗原抗体およびその抗原結合断片を含む）は、肺炎、尿路感染症、敗血症／セプシス、新生児敗血症／セプシス、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、および脊椎関節症を含むが、これらに限定されない様々な適用に有用である。いくつかの実施形態では、本明細書において記載されるＯ１結合剤（抗Ｏ１抗体およびその抗原結合断片を含む）は、院内感染症、日和見感染症、臓器移植後の感染症、ならびにクレブシエラ感染症に関連する他の状態（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）による感染症）において有用である。いくつかの実施形態では、本明細書において記載されるＯ１結合剤（抗Ｏ１抗体またはその抗原結合断片を含む）は、例えば人工呼吸器、カテーテル、または静脈内カテーテルを含む、クレブシエラに汚染されたデバイスに暴露される対象において有用である。
いくつかの実施形態では、本開示は、クレブシエラ感染症に関連する状態を治療する、予防する、および／または回復させるための方法であって、有効量のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を対象に投与するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、その量は、対象におけるクレブシエラの増殖を阻害するのに有効である。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ１血清型である。いくつかの実施形態では、対象は、クレブシエラに暴露された。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、対象において検出された。いくつかの実施形態では、対象は、例えば症状に基づいてクレブシエラに感染していることが疑われる。
いくつかの実施形態では、本開示は、クレブシエラの増殖を阻害するための方法であって、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を対象に投与するステップを含む方法をさらに提供する。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ１血清型である。いくつかの実施形態では、対象は、クレブシエラに暴露された。いくつかの実施形態では、クレブシエラは、対象において検出された。いくつかの実施形態では、対象が、例えば症状に基づいてクレブシエラに感染していることが疑われる。
いくつかの実施形態では、クレブシエラ感染症に関連する状態を治療する、予防する、および／または回復させるための方法は、クレブシエラに感染した対象を、インビボにおいて、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）と接触させるステップを含む。ある実施形態では、細胞をＯ１結合剤と接触させるステップは、動物モデルにおいて行われる。例えば、Ｏ１結合剤は、細菌による負担を低下させるためにマウスクレブシエラ感染症モデルに投与することができる。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）は、感染症を予防するために動物への細菌の導入前に投与される。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）は、感染症を予防するために、動物が細菌に暴露されたのと同時にまたはその直後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）は、感染後に治療薬として投与される。いくつかの実施形態では、クレブシエラ感染症に関連する状態を治療する、予防する、および／または回復させるための方法は、クレブシエラに感染した対象を、インビボにおいて、Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）と接触させるステップを含み、単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、抗体クローンＲｕＯ１ではない（Ｒｕｋａｖｉｎａ Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ６５：１７５４−６０（１９９７を参照されたい）。
ある実施形態では、クレブシエラ感染症を治療する、予防する、および／または回復させるための方法は、有効量のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を対象に投与するステップを含む。ある実施形態では、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、有効量のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）は、対象がクレブシエラに感染する前に投与される。いくつかの実施形態では、有効量のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）は、対象がクレブシエラに感染した後に投与される。
ある実施形態では、対象は、人工呼吸器をしている。ある実施形態では、対象は、カテーテル（例えば尿道カテーテルまたは静脈内カテーテル）を有する。ある実施形態では、対象は、抗生物質（例えばメロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）を受けている。
ある実施形態では、クレブシエラ感染症は、院内感染症である。ある実施形態では、クレブシエラ感染症は、日和見感染症である。ある実施形態では、クレブシエラ感染症は、臓器移植の結果として生じる。
ある実施形態では、クレブシエラは、広域スペクトルベータ−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生クレブシエラである。ある実施形態では、クレブシエラは、非ＥＳＢＬ産生クレブシエラである。ある実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネマーゼ（ＫＰＣ）産生クレブシエラである。ある実施形態では、クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネム抵抗性腸内細菌科（ＣＲＥ）クレブシエラである。
ある実施形態では、クレブシエラは、セファロスポリン抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラは、アミノグリコシド抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラは、キノロン抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラは、カルバペネム抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラは、セファロスポリン、アミノグリコシド、キノロン、およびカルバペネム抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラは、セファロスポリン、アミノグリコシド、およびキノロン抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラは、抗生物質に対して感受性である。
ある実施形態では、クレブシエラ感染症を治療する、予防する、および／または回復させるための方法は、有効量のＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）および抗生物質を対象に投与するステップを含む。Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）および抗生物質は、同時にまたは逐次的に投与することができる。Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）および抗生物質は、同じ医薬組成物において投与することができる。Ｏ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）および抗生物質は、別々の医薬組成物において同時にまたは逐次的に投与することができる。ある実施形態では、抗生物質は、クレブシエラ感染症を治療するのに適した抗生物質である。ある実施形態では、抗生物質は、メロペネムである。ある実施形態では、抗生物質は、カルバペネムまたはコリスチンである。ある実施形態では、抗生物質は、セファロスポリン、アミノグリコシド、キノロン、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミド、カルバペネム、および／またはコリスチンである。
本開示はまた、Ｏ１リポ多糖またはＯ１抗原を含有するクレブシエラを検出するための方法をも提供する。いくつかの実施形態では、Ｏ１またはＯ１抗原を含有するクレブシエラを検出するための方法は、本明細書において提供されるＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）と試料を接触させるステップおよび試料への結合剤（例えば抗体またはその抗原結合断片）の結合についてアッセイするステップを含む。結合を評価する方法は、当技術分野においてよく知られている。いくつかの実施形態では、方法は、Ｏ１リポ多糖またはＯ１抗原を含有するクレブシエラを検出するステップを含む。いくつかの実施形態では、Ｏ１またはＯ１を含有するクレブシエラを検出するための方法は、本明細書において提供されるＯ１結合剤（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）と試料を接触させるステップおよび試料への結合剤（例えば抗体またはその抗原結合断片）の結合についてアッセイするステップを含む。
Ｖ．キット
本開示の任意の態様または実施形態による単離抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を含むキットもまた、本開示の一態様として提供される。キットにおいて、抗原結合タンパク質、抗体、またはその抗原結合断片は、試料中でのその反応性を例えば下記にさらに記載されるように決定することができるように標識することができる。キットの構成要素は、一般に無菌であり、密封バイアルまたは他の容器中にある。キットは、抗体が有用な診断分析または他の方法において用いることができる。キットは、方法、例えば本開示にしたがう方法における構成要素の使用のための説明書を含有することができる。そのような方法の実行を支援するかまたは可能にする付随的な材料が本開示のキットに含まれてもよい。
試料中の抗体またはその抗原結合断片の反応性は、任意の適切な手段によって決定することができる。ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）は、可能性として考えられる１つの手段である。放射性標識抗原を非標識抗原（試験サンプル）と混合し、抗体に結合させる。結合した抗原を結合していない抗原から物理的に分離し、抗体に結合した放射性抗原の量を決定する。試験サンプル中に抗原が多くあるほど、抗体に結合する放射性抗原は少ないであろう。競合的結合アッセイはまた、レポーター分子に連結された抗原または類似体を使用して、非放射性抗原と共に使用することもできる。レポーター分子は、スペクトルで特定される吸収特性または放射特性を有する蛍光色素、蛍光体、またはレーザー色素とすることができる。適した蛍光色素は、フルオレセイン、ローダミン、フィコエリトリン、およびＴｅｘａｓ Ｒｅｄを含む。適した発色性色素は、ジアミノベンジジンを含む。
他のレポーターは、有色、磁気、または常磁性のラテックスビーズなどの高分子コロイド粒子または微粒子物質および検出可能なシグナルを直接または間接的に、視覚的に観察するか、電子的に検出するか、または他に記録することができるようにする生物学的または化学的活性剤を含む。これらの分子は、例えば、色を生じるかもしくは変化させるか、または電気的な特性における変化を引き起こす反応を触媒する酵素とすることができる。それらは、分子が反応性であり、あるエネルギー状態間の電子遷移が特徴的なスペクトルの吸収または放射をもたらす。それらは、バイオセンサーと共に使用される化学物質を含むことができる。ビオチン／アビジンまたはビオチン／ストレプトアビジンおよびアルカリホスファターゼ検出系を用いることができる。
個々の抗体−レポーターコンジュゲートによって生成されるシグナルは、試料（標準および試験）中の適切な抗体結合の定量化可能な絶対的または相対的データを得るために使用することができる。
本開示はまた、競合アッセイにおいて抗原レベルを測定するための、上記に記載される抗原結合タンパク質の使用も提供し、競合アッセイにおいて本開示によって提供される抗原結合タンパク質を用いることにより、試料中のＯ１抗原またはＯ１抗原を含むクレブシエラのレベルを測定する方法を含む。いくつかの実施形態では、結合していない抗原からの結合している抗原の物理的な分離が必要とされない。いくつかの実施形態では、物理的なまたは光学的な変化が結合に際して起こるように、レポーター分子が抗原結合タンパク質に連結される。レポーター分子は、検出可能であり、好ましくは測定可能なシグナルを直接または間接的に生成することができる。いくつかの実施形態では、レポーター分子の連結が直接的もしくは間接的であるかまたは共有結合性であり、例えば、ペプチド結合または非共有結合性の相互作用を介したものである。ペプチド結合を介した連結は、抗体およびレポーター分子をコード遺伝子融合物の組換え発現の結果としてのものとすることができる。
本開示はまた、本開示による抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を用いることによって、直接、Ｏ１抗原のレベルを測定するための方法をも提供する。いくつかの実施形態では、これらの方法は、バイオセンサーシステムを利用する。いくつかの実施形態では、方法は、本開示による抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を用いることによって、Ｏ１抗原を検出するステップを含む。
ＶＩ．ポリヌクレオチドおよび宿主細胞
さらなる態様では、本開示は、本開示による抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体もしくはその抗原結合断片）、ＶＨドメイン、および／またはＶＬドメインをコードする核酸配列を含む単離核酸を提供する。いくつかの態様では、本開示は、本明細書において記載される抗原結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体もしくはその抗原結合断片）、ＶＨドメイン、および／またはＶＬドメインを作製するまたは調製するための方法であって、前記抗原結合タンパク質、ＶＨドメイン、および／またはＶＬドメインの産生をもたらす条件下で前記核酸を発現させるステップならびに任意選択で、抗原結合タンパク質、ＶＨドメイン、および／またはＶＬドメインを回収するステップを含む方法を提供する。
本開示によって提供される核酸は、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡを含む。一態様では、核酸は、ｃＤＮＡである。一態様では、本開示は、上記に記載されるＣＤＲもしくはＣＤＲのセットまたはＶＨドメインもしくはＶＬドメインまたは抗体抗原結合部位もしくは抗体、例えばｓｃＦｖ、ＩｇＧ１、もしくはＩｇＧ２をコードする核酸を提供する（例えば表１〜４を参照されたい）。
本開示の一態様は、本明細書において記載されるＶＨ ＣＤＲまたはＶＬ ＣＤＲ配列をコードする核酸、一般に単離核酸、任意選択でｃＤＮＡを提供する。いくつかの実施形態では、ＶＨ ＣＤＲは、配列番号１〜３、１４〜１６、および２３〜２５から選択される。いくつかの実施形態では、ＶＬ ＣＤＲは、配列番号４〜７、１０、１１、１７〜２０、および２６〜２９から選択される。ＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＢＪ４、または５４Ｈ７のＨＣＤＲのセットをコードする核酸およびＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＢＪ４、または５４Ｈ７のＬＣＤＲのセットをコードする核酸もまた、表１および２に記載される個々のＣＤＲ、ＨＣＤＲ、ＬＣＤＲ、およびＣＤＲ、ＨＣＤＲ、ＬＣＤＲのセットをコードする核酸のように提供される。いくつかの実施形態では、本開示の核酸は、表３および４に記載されるＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３Ｖ２０１６、ＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＢＪ４、または５４Ｈ７のＶＨドメインおよび／またはＶＬドメインをコードする。
本発明は、下記の表５および６に示されるものから選択される配列を含むポリヌクレオチドをさらに提供する。
Figure 2020500005
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Figure 2020500005
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表５または６に提供される配列番号のいずれか１つに対して少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するポリヌクレオチドもまた、提供される。したがって、ある実施形態では、ポリヌクレオチドは、（ａ）表５に提供される配列番号のいずれか１つに対して少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリヌクレオチドおよび／または（ｂ）表６に提供される配列番号のいずれか１つに対して少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。ある実施形態では、ポリヌクレオチドは、（ａ）表５に提供される配列番号の配列を有するポリヌクレオチド；および／または（ｂ）表６に提供される配列番号の配列を有するポリヌクレオチドを含む。
本開示は、本明細書において開示される核酸分子またはその相補体（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）の断片である、ハイブリダイゼーションプローブ、ＰＣＲプライマー、またはシークエンシングプライマーとしての使用に十分な単離ポリヌクレオチドまたはｃＤＮＡ分子を提供する。核酸分子は、例えば、制御配列に作動可能に連結することができる。
本開示はまた、上記に記載される少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むプラスミド、ベクター、転写または発現カセットの形態の構築物も提供する（例えば表５および６を参照されたい）。
本開示はまた、１つ以上の核酸、プラスミド、ベクターを含むかまたは上記に記載される組換え宿主細胞も提供する（例えば表５および６を参照されたい）。提供される任意のＣＤＲまたはＣＤＲのセットまたはＶＨドメインもしくはＶＬドメインまたは抗体抗原結合部位、抗体、例えばｓｃＦｖ、ＩｇＧ１、またはＩｇＧ２（例えば表１〜４を参照されたい）をコードする核酸は、それ自体、コード産物の産生の方法のように、本開示の一態様を形成し、この方法は、産物（例えば、本明細書において開示される、例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む抗原結合タンパク質）をコードする核酸からの発現を含む。発現は、適切な条件下で、本明細書において記載される核酸を含有する組換え宿主細胞を培養することによって好都合に実現することができる。発現による産生後、ＣＤＲ、ＣＤＲのセット、ＶＨもしくはＶＬドメイン、抗原結合タンパク質は、任意の適した技術を使用して単離および／または精製することができる。
いくつかの実例では、宿主細胞は、ＨＥＫ２９３細胞、ＨｅＬａ細胞、ＮＳ０マウス骨髄腫細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）ヒト細胞、またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞などのような哺乳類宿主細胞である。
抗原結合タンパク質、ＶＨおよび／またはＶＬドメイン、ならびにコード核酸分子およびベクターは、例えば、それらの自然環境から、実質的に純粋なもしくは均質の形態で単離するおよび／もしくは精製することができるまたは核酸の場合、必要とされる機能を有するポリペプチドをコードする配列以外のもともとの核酸もしくは遺伝子がないもしくは実質的にないものとすることができる。本開示による核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡを含み、全体的にまたは部分的に合成することができる。本明細書において説明されるヌクレオチド配列への言及は、特定の配列を有するＤＮＡ分子を包含し、文脈上他の意味に解すべき場合を除き、ＵがＴと置換される、特定の配列を有するＲＮＡ分子を包含する。
様々な異なる宿主細胞におけるポリペプチドのクローニングおよび発現のための系が、よく知られている。適した宿主細胞は、細菌、哺乳類細胞、植物細胞、酵母およびバキュロウイルス系、ならびにトランスジェニック植物および動物を含む。異種ポリペプチドの発現のための当技術分野において利用可能な哺乳類細胞系は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＨｅＬａ細胞、ベビーハムスター腎臓細胞、ＮＳ０マウスメラノーマ細胞、ＹＢ２／０ラット骨髄腫細胞、ヒト胎児由来腎臓細胞、ヒト胎児由来網膜細胞、およびその他多くの細胞を含む。一般的な細菌宿主は、大腸菌である。
大腸菌などの原核細胞における抗体および抗体断片の発現は、当技術分野において十分に確立されている。概説については、例えばＰｌｕｅｃｋｔｈｕｎ，Ａ．Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９：５４５−５５１（１９９１）を参照されたい。培養中の真核細胞における発現も抗原結合タンパク質の産生のための選択肢として当業者に利用可能である。例えば、Ｃｈａｄｄ ＨＥ ａｎｄ Ｃｈａｍｏｗ ＳＭ（２００１）１１０ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １２：１８８−１９４、Ａｎｄｅｒｓｅｎ ＤＣ ａｎｄ Ｋｒｕｍｍｅｎ Ｌ（２００２）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １３：１１７、Ｌａｒｒｉｃｋ ＪＷ ａｎｄ Ｔｈｏｍａｓ ＤＷ（２００１）Ｃｕｒｒｅｎｔ ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １２：４１１−４１８。
プロモーター配列、ターミネーター配列、ポリアデニル化配列、エンハンサー配列、マーカー遺伝子、および必要に応じて他の配列を含む適切な調節配列を含有する、適したベクターを選択または構築することができる。ベクターは、必要に応じてプラスミド、ウイルス、例えば「ファージまたはファージミドであってもよい。より詳細については、例えばＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ：３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，２００１，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓを参照されたい。例えば、核酸構築物の調製、突然変異誘発、シークエンシング、細胞中へのＤＮＡの導入および遺伝子発現、ならびにタンパク質の分析における、核酸の操作のための多くの知られている技術およびプロトコールは、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９８８，Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｒｏｍ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，４ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ １９９９において詳細に記載される。Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．およびＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（両方）の開示は、参照により本明細書に援用される。
したがって、本開示のさらなる態様は、本明細書において開示される核酸を含有する宿主細胞を提供する。例えば、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質または本開示の抗原結合タンパク質の抗体ＣＤＲ、ＣＤＲのセット、またはＶＨおよび／もしくはＶＬドメイン（例えば表１〜４を参照されたい）をコードするヌクレオチド配列（例えば表５および６を参照されたい）を含む核酸で形質転換された宿主細胞を提供する。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、本開示の発現抗原結合タンパク質または本開示の抗原結合タンパク質の抗体ＣＤＲ、ＣＤＲのセット、またはＶＨおよび／もしくはＶＬドメイン（例えば表１〜４を参照されたい）を含む。
そのような宿主細胞は、インビトロにおけるものとすることができ、培養中のものとすることができる。そのような宿主細胞は、単離宿主細胞とすることができる。そのような宿主細胞は、インビボにおけるものとすることができる。
本明細書において提供されるさらなる態様は、宿主細胞中にそのような核酸を導入するステップを含む方法である。導入は、任意の利用可能な技術を用いることができる。真核細胞について、適した技術は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン、エレクトロポレーション、リポソーム媒介性のトランスフェクション、およびレトロウイルスもしくは他のウイルス、例えばワクシニアウイルスまたは昆虫細胞についてバキュロウイルスを使用する形質導入を含んでいてもよい。宿主細胞、特に真核細胞中への核酸の導入は、ウイルスまたはプラスミドベースの系を使用することができる。プラスミド系は、エピソームで維持されてもよく、または宿主細胞中にもしくは人工染色体中に組み込まれてもよい。組み込みは、単一の遺伝子座または複数の遺伝子座での１つ以上のコピーのランダムまたは標的統合によるものとすることができる。細菌細胞について、適した技術は、塩化カルシウム形質転換、エレクトロポレーション、およびバクテリオファージを使用するトランスフェクションを含んでいてもよい。
導入後、核酸からの発現を引き起こすまたは可能にする、例えば、遺伝子の発現のための条件下で宿主細胞を培養することができる。
一実施形態では、本開示の核酸が、宿主細胞のゲノム（例えば、染色体）中に統合される。統合は、標準的な技術にしたがって、ゲノムとの組換えを促進する配列の組み入れによって促進することができる。
本開示はまた、上記に記載される抗原結合タンパク質またはポリペプチドを発現するために発現系において構築物（例えば、上記に記載されるプラスミド、ベクターなど）を使用するステップを含む方法を提供する。
別の態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）を産生するハイブリドーマを提供する。
本開示のさらなる態様は、本開示の抗体結合タンパク質（例えば抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片）の産生のための方法であって、コード核酸からの発現を引き起こすステップを含む方法を提供する。そのような方法は、前記抗原結合タンパク質の産生に適した条件下で宿主細胞を培養するステップを含むことができる。
いくつかの実施形態では、産生のための方法は、宿主細胞またはハイブリドーマから産生される抗原結合タンパク質（抗Ｏ１抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を単離するおよび／または精製するステップをさらに含む。
材料および方法
特に指定のない限り、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）分離株はすべて、Ａｍｅｒｉｃａ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｈｅａｌｔｈ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ（ＩＨＭＡ）、またはＥｕｒｏｆｉｎ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから購入し、培養物は、３７℃で２×ＹＴ培地中で維持し、適切な場合、抗生物質を補足した。
統計分析は、すべてＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍバージョン６で実行した。細菌負担を比較するために、抗Ｏ１抗原抗体治療動物は、対応のないｔ検定によってヒトアイソタイプコントロール抗体治療動物と比較した。生存結果は、カプランマイヤー曲線としてプロットし、Ｌｏｇ−ｒａｎｋ（Ｍｅｎｔａｌ−Ｃｏｘ）検定で分析した。
実施例１：肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＬＰＳ−Ｏ１に対して高い抗体力価を有するＰＢＭＣおよび扁桃腺のドナーの選択
末梢血単核球（ＰＢＭＣ）および血清は、健康な献血者（Ｎ＝５６７）由来のバフィーコートから分離した。ＰＭＢＣは液体窒素中で保存したのに対して、血漿は４℃で保存した。肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）免疫ドナーを同定するために、利用可能な血清はすべて、Ｋｐ４３８１６およびＫｐ４２１１（ＬＰＳ−Ｏ１血清型）へのならびに無莢膜型（ｕｎｅｎｃａｐｓｕｌａｔｅｄ）突然変異株Ｋｐ４３８１６ΔｃｐｓＢおよび二重突然変異体Ｋｐ４３８１６ΔｃｐｓＢΔｗａａＬへの結合について試験した。二重突然変異体Ｋｐ４３８１６ΔｃｐｓＢΔｗａａＬは、その表面上にＬＰＳ Ｏ抗原を発現しない。加えて、利用可能な血清はすべて、ハイスループット血清殺菌活性測定法（ＳＢＡアッセイ）を使用し、補体の存在下において、それらの殺菌作用について試験した。発光性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株４２１１（ｌｕｘ）の一晩培養物は、ＯＤ６００を０．００３にするためにＭｕｌｌｅｒ ＨｉｎｔｏｎＩＩ培地中で希釈した。等容量の血清、４２１１ｌｕｘ、および仔ウサギ血清（Ｃｅｄａｒｌａｎｅ）を、３８４ウェルプレート中で混合し、振盪しながら（２５０ｒｐｍ）２時間３７℃でインキュベートした。次いで、相対発光単位（ＲＬＵ）をＥｎｖｉｓｉｏｎ Ｍｕｌｔｉｌａｂｅｌプレート読み取り装置（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して測定した。死滅のパーセンテージは、ヒト血清から得られたＲＬＵと、抗体なしのアッセイから得られたＲＬＵを比較することによって決定した。
ＰＢＭＣドナーは、それらの結合力価ならびにそれらのＳＢＡおよびＯＰＫ活性に基づいてランク付けした。ＯＰＫアッセイは、記載されるものに変更を加えて実行した（Ｗａｎｇ，Ｑ．ｅｔ ａｌ．Ｔａｒｇｅｔ−Ａｇｎｏｓｔｉｃ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａｇａｉｎｓｔ Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｍｕｌｔｉｍｅｒｉｃ ＭｒｋＡ Ｆｉｍｂｒｉａｌ Ｓｕｂｕｎｉｔ Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．２０１６ Ｊｕｎ １；２１３（１１）：１８００−８）。手短かに言えば、発光性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）莢膜突然変異株４３８１６ΔｃｐｓＢ（４３８１６ΔｃｐｓＢ Ｌｕｘ）の対数期培養物を、約２×１０６細胞／ｍｌまで希釈した。細菌、補体を提供する希釈仔ウサギ血清（Ｃｅｄａｒｌａｎｅ、Ｋｐ４３８１６ΔｃｐｓＢをあらかじめ取り込んでいる、１：１０）、ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）分化ＨＬ−６０細胞、および血清を、３８４ウェルプレート中で混合し、振盪しながら（２５０ｒｐｍ）２時間３７℃でインキュベートした。次いで、相対発光単位（ＲＬＵ）をＥｎｖｉｓｉｏｎ Ｍｕｌｔｉｌａｂｅｌプレート読み取り装置（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して測定した。死滅のパーセンテージは、ヒト血清から得られたＲＬＵと、抗体なしのアッセイから得られたＲＬＵを比較することによって決定した。
扁桃腺およびアデノイドのドナーの選択については、扁桃腺の単核細胞を、Ｐｉｎｎａ，Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３９：１２６０−１２７０（２００９）において記載されるように多クローン的に刺激した。ポリクローナル抗体混合物を含有する上清を、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって、細菌株の様々なプールにまたは精製細菌抗原（例えばＬＰＳもしくは他の多糖、細菌タンパク質）に結合する抗体の存在を決定するために使用した。肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対して強いポリクローナル抗体力価を有する扁桃腺を、実施例２で記載されるように、抗体生成のために選択した。
実施例２：モノクローナルＫＰＡ２７、ＫＰＢ２０２、ＫＰＥ３３、およびＫＰＪ４の同定
記憶Ｂ細胞は、ＣＤ１９ミクロビーズを使用して、凍結保存ＰＭＢＣから単離し、その後、セルソーティングによって、ＩｇＭ、ＩｇＤ、およびＩｇＡを持つ細胞を除去した。記憶Ｂ細胞を、Ｔｒａｇｇｉａｉ，Ｅ．ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ １０：８７１−８７５（２００４）において記載されるように不死化した。
ＫＰＡ２７およびＫＰＥ３３は、２人の異なる免疫ドナーの末梢血から単離した：それぞれ＃４８７および＃２６２。それらは、ＬＰＳ−Ｏ１血清型の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に結合し、株Ｋｐ４２１１（ＬＰＳ−Ｏ１）の補体依存性の死滅（ＳＢＡ）を媒介することが最初のスクリーニングにおいて示された。ＫＰＡ２７およびＫＰＥ３３を、ＩｇＧ２抗体として免疫ドナーから単離した。
ＫＰＢ２０２およびＫＰＪ４は、２人の異なるドナーの扁桃腺のＢ細胞から単離した：Ｔ６（ＫＰＢ２０２）およびＴ８（ＫＰＪ４）。それらは、ＬＰＳ−Ｏ１血清型の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に結合し、株Ｋｐ４２１１（ＬＰＳ−Ｏ１）の補体依存性の死滅（ＳＢＡ）を媒介することが最初のスクリーニングにおいて示された。ＫＰＢ２０２およびＫＰＪ４は、それぞれＩｇＧ１抗体およびＩｇＧ２抗体としてドナーから単離した。
実施例３：肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原特異的ハイブリドーマの単離
肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）分離株は、Ａｍｅｒｉｃａ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ ＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎまたはＥｕｒｏｆｉｎ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから購入した。Ｂａｌｂ／ｃマウスを、４週間、腹腔内（ｉｐ）ルートを介して肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）４３８１６ＤＭにより毎週免疫化し、その後、野生型肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）臨床分離株の混合物により最後の追加免疫（ｂｏｏｓｔ）を行った。免疫の終了時に、リンパ節および脾臓Ｂ細胞を回収し、Ｐ３Ｘ骨髄腫と融合した。次いで、結果として生じるハイブリドーマ由来の上清を、４３８１６ＤＭへの結合について全細菌ＥＬＩＳＡによってスクリーニングした。ポジティブなハイブリドーマを抗生物質のない培地において継代培養し、上清を、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対して防御する可能性のあるハイブリドーマを選択するためにＳＢＡおよびＯＰＫアッセイにかけた。１つのポジティブなハイブリドーマが、５４Ｈ７抗体を産生した。
実施例４：抗Ｏ１抗原抗体の特徴付け
単離抗体は、全細菌へのそれらの結合、オプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）、補体依存性の死滅（ＳＢＡ）、ＬＰＳ中和、および精製Ｏ１ ＬＰＳへの結合について試験した。単離抗Ｏ１抗原抗体の特性を表７に概説する。
ＯＰＫアッセイは、記載されるものに変更を加えて実行した（Ｗａｎｇ，Ｑ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．２１３：１８００−８（２０１６））。手短かに言えば、発光性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）莢膜突然変異株４３８１６ΔｃｐｓＢ（４３８１６ΔｃｐｓＢ Ｌｕｘ）の対数期培養物を、約２×１０６細胞／ｍｌまで希釈した。細菌、補体を提供する希釈仔ウサギ血清（Ｃｅｄａｒｌａｎｅ、Ｋｐ４３８１６ΔｃｐｓＢをあらかじめ取り込んでいる、１：１０）、ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）分化ＨＬ−６０細胞、および抗体を、３８４ウェルプレート中で混合し、振盪しながら（２５０ｒｐｍ）２時間３７℃でインキュベートした。次いで、相対発光単位（ＲＬＵ）をＥｎｖｉｓｉｏｎ Ｍｕｌｔｉｌａｂｅｌプレート読み取り装置（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して測定した。死滅のパーセンテージは、抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ｍＡｂおよびネガティブコントロールｍＡｂから得られたＲＬＵと、抗体なしのアッセイから得られたＲＬＵを比較することによって決定した。結果を図１Ｃに示す。５４Ｈ７、ＫＰＢ２０２、ＫＰＡ２７、ＫＰＥ３３、およびＫＰＪ４抗体は、ＯＰＫ死滅を誘導した。
血清に対する肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株Ｋｐ４２１１ｌｕｘの感受性および抗体依存性の死滅を、高処理血清殺菌活性測定法（ＳＢＡ）によって測定した。発光性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株４２１１（ｌｕｘ）の一晩培養物は、ＯＤ６００を０．００３にするためにＭｕｌｌｅｒ ＨｉｎｔｏｎＩＩ培地中で希釈した。等容量の抗体、４２１１ｌｕｘ、および仔ウサギ血清（Ｃｅｄａｒｌａｎｅ）を、３８４ウェルプレート中で混合し、振盪しながら（２５０ｒｐｍ）２時間３７℃でインキュベートした。次いで、相対発光単位（ＲＬＵ）をＥｎｖｉｓｉｏｎ Ｍｕｌｔｉｌａｂｅｌプレート読み取り装置（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して測定した。死滅のパーセンテージは、抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ｍＡｂおよびネガティブコントロールｍＡｂから得られたＲＬＵと、抗体なしのアッセイから得られたＲＬＵを比較することによって決定した。結果を図１Ｂに示す。５４Ｈ７、ＫＰＢ２０２、ＫＰＡ２７、ＫＰＥ３３、およびＫＰＪ４抗体はすべて、血清殺菌活性測定法（ＳＢＡ）によって示されるように補体依存性の死滅を介して肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を死滅させる。
ＬＰＳ中和は、ＮＦ−κＢ応答プロモーター（ＲＡＷ２６４．７−ｌｕｘ）のコントロール下にホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子を持つマウスＲＡＷ２６４．７マクロファージ細胞系を利用することによってアッセイした。段階希釈抗体ストックを１：１の比でＬＰＳと混合し、１時間４℃でインキュベートした。次いで、抗体／ＬＰＳ混合物を、あらかじめ接種したＲＡＷ２６４．７−ｌｕｘ細胞（５ｅ３細胞／ウェル）を含有するアッセイプレートの中に１：１０で希釈し、次いで、これを２．５時間３７℃／５％ＣＯ２に置いた。インキュベーション後、次いで、Ｓｔｅａｄｙ Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を、それぞれのウェルに追加し、光から防御してさらに２０分間インキュベートした。次いで、相対発光単位（ＲＬＵ）をＥｎｖｉｓｉｏｎ Ｍｕｌｔｉｌａｂｅｌプレート読み取り装置（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して測定した。阻害のパーセンテージは、抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ｍＡｂおよびネガティブコントロールｍＡｂから得られたＲＬＵと、抗体なしのアッセイから得られたＲＬＵを比較することによって決定した。細菌ＬＰＳによるＴＬＲ４受容体の活性化は、ＮＦ−κＢ転写調節因子の下流の活性化に結び付く。ＮＦ−κＢ応答ルシフェラーゼ活性の誘導の減少は、ＬＰＳ ｍＡｂによるＬＰＳ中和活性を定量化するために使用した。結果を表７に概説する。５４Ｈ７抗体およびＫＰＢ２０２抗体は、ＬＰＳを中和したが、ＫＰＡ２７抗体、ＫＰＥ３３抗体、およびＫＰＪ４抗体は、中和しなかった。
精製Ｏ１ ＬＰＳへの結合は、標準的なＥＬＩＳＡ法によってアッセイした。手短かに言えば、ＥＬＩＳＡプレート（Ｎｕｎｃ ＭａｘｉＳｏｒｐ）を、４Ｃで一晩、ＰＢＳ、ｐＨ７．２中精製Ｏ１ ＬＰＳによりコーティングし、その後、１％ＢＳＡ（ＰＢＳ−Ｂ）を補足したＰＢＳによりプレートをブロックした。コーティングしたプレートを、室温で１時間、モノクローナル抗体の一連の希釈液と共にインキュベートした。次いで、ＨＲＰコンジュゲート抗ヒト二次抗体を追加する前に、１時間、０．１％ Ｔｗｅｅｎ−２０（ＰＢＳ−Ｔ）を含有するＰＢＳによりプレートを洗浄し、その後、ＴＭＢ ＴＭＢ（３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン）基質を追加した。４５０ｎｍの吸光度をマイクロプレート読み取り装置（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）によって測定し、データをＰｒｉｓｍソフトウェアによりプロットした。結果を図１Ａに示す。５４Ｈ７、ＫＰＢ２０２、ＫＰＡ２７、ＫＰＥ３３、およびＫＰＪ４抗体は、精製Ｏ１ ＬＰＳに結合した。
Figure 2020500005
実施例５：抗Ｏ１抗原抗体はクレブシエラによる臓器負担を低下させる
抗Ｏ１抗原抗体が臓器負担を低下させる能力を、細菌感染モデルにおいて試験した。これらの実験において、Ｃ５７ＢＬ／６マウスは、Ｊａｃｋｓｏｎ ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから得て、特別な、病原体なしの設備で維持した。動物実験はすべて、ＩＡＣＵＣのプロトコールおよびガイダンスにしたがって行った。肺炎桿菌株は、一晩、寒天プレート上で成長させ、適切な濃度で食塩水中で希釈した。接種材料の力価は、攻撃前および後に、寒天プレート上に段階希釈した細菌を平板培養することによって決定した。
１５ｍｇ／ｋｇの抗体およびコントロールは、細菌感染の２４時間前に投与した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、肺炎を誘導するために４０μｌ食塩水中１ｅ４ ＣＦＵ Ｋｐ８０４５（Ｏ１：Ｋ１）細菌を鼻腔内に接種した。肺の細菌による負担は、感染の４８時間後にＣＦＵを決定するために寒天プレート上に肺ホモジネートを平板培養することによって測定した。結果を図２に示す。肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染の４８時間後、ＫＰＥ３３は、臓器負担を有意に低下させ、他の抗Ｏ１抗原抗体もまた、約２〜３対数、臓器負担を低下させた。
実施例６：抗Ｏ１抗原抗体は致命的な細菌による攻撃に対して防御する
抗Ｏ１抗原抗体が致命的な細菌による攻撃を防御する能力もまた、評価した。
急性肺炎モデルにおいて、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、１ｅ４〜１ｅ８ ＣＦＵの多薬剤抵抗性肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネム抵抗性（ＣＲＥ）臨床分離株ＫＰ１１３１１１５（Ｏ１）を鼻腔内に接種した。０．２、１、および５ｍｇ／ｋｇの抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）モノクローナル抗体ＫＰＥ３３ならびに５ｍｇ／ｋｇのヒトＩｇＧ１コントロール抗体を、細菌による攻撃の１時間後に与えた（治療上の投薬）。マウスの生存は、８日目まで毎日モニターした。結果を図３Ａに示す。
さらに、急性肺炎モデルにおいて、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、１ｅ４〜１ｅ８ ＣＦＵの多薬剤抵抗性肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネム抵抗性（ＣＲＥ）臨床分離株ＫＰ１１３１１１５（Ｏ１）を鼻腔内に接種した。０．２および１ｍｇ／ｋｇの抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）モノクローナル抗体ＫＰＥ３３−Ｈ３２＋Ｌ２０１６（ＥＱ１）およびＫＰＥ３３−Ｈ３２＋Ｌ２０１６（ＥＱ１）ならびに５ｍｇ／ｋｇのヒトＩｇＧ１コントロール抗体を、細菌による攻撃の１時間後に与えた（治療上の投薬）。マウスの生存は、８日目まで毎日モニターした。結果を図３Ｃに示す。
これらの結果は、細菌による攻撃後に治療上与えられたＫＰＥ３３、ＫＰＥ３３−Ｈ３２＋Ｌ２０１６（ＥＱ１）、およびＫＰＥ３３−Ｈ３２＋Ｌ２０１６（ＥＱ１）が、薬剤抵抗性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株ＫＰＣ Ｋｐ１１３１１１５による致命的な細菌による攻撃からマウスを防御することを実証する。
菌血症モデルにおいて、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、１ｅ８ ＣＦＵ広域スペクトルベータラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）臨床分離株Ｋｐ８５６１（Ｏ１）を腹腔内に接種した。１．５、５、および１５ｍｇ／ｋｇの抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）モノクローナル抗体ＫＰＥ３３ならびに４５ｍｇ／ｋｇのヒトＩｇＧ１コントロール抗体を、細菌による攻撃の１時間後に与えた（治療上の投薬）。マウスの生存は、８日目まで毎日モニターした。結果を図３Ｂに示す。
結果は、細菌による攻撃後に治療上与えられたＫＰＥ３３が、広域スペクトルベータ−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）株Ｋｐ８５６１からマウスを防御することを実証する。
実施例７：抗Ｏ１抗原抗体ＫＰＥ３３および抗生物質の相乗作用
抗Ｏ１抗原抗体および抗生物質の相乗作用もまた、肺炎および菌血症マウスモデルにおいて評価した。
肺炎実験において、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、１ｅ４〜１ｅ８ ＣＦＵのＫｐ８０４５クレブシエラを鼻腔内に接種した。（図４Ａを参照されたい。）菌血症実験において、マウスにＫｐ８５６１クレブシエラを接種した。（図４Ｂを参照されたい。）治療量以下の投薬量の抗体（Ｋｐ８０４５については１ｍｐｋおよびＫｐ８５６１については２．５ｍｐｋ）ならびにメロペネム抗生物質（Ｋｐ８０４５については２．５ｍｐｋおよびＫｐ８５６１については５ｍｐｋ）の両方を細菌による攻撃後に投与した。マウスの生存は、８日目まで毎日モニターした。
結果を図４に示す、また、結果は、メロペネムおよびＫＰＥ３３の組み合わせが、有意な相乗作用を示し、かつメロペネムもしくはＫＰＥ３３のいずれかの単独療法またはヒトＩｇＧ１コントロール抗体（Ｒ３４７）およびメロペネムの組み合わせよりも、よりよい防御を示したことを実証する。
実施例８：ＫＰＥ３３配列最適化
抗薬剤抗体による可能性として考えられる免疫原性を含む、抗体開発にとって可能性として考えられる、配列の不利な点を減らすために、ＫＰＥ３３の軽鎖ＣＤＲ３中の対になっていないシステインをトレオニン（Ｔ）と交換し、ＫＰＥ３３のフレームワーク１、２、および４中の体細胞突然変異を、生殖系の残基と置き換えた（図５に概説する）。ＣＤＲは、上記に記載されるＣ１０７Ｔ置換を除いて、野生型として維持した。最適化ＫＰＥ３３は、ＫＰＥ３３ｖ２０１６と名付けた。配列最適化がＬＰＳ Ｏ１との相互作用を変えなかったことを確認するために、Ｏ１ ＬＰＳへのＫＰＥ３３およびＫＰＥ３３ｖ２０１６の結合をＯｃｔｅｔプラットフォームによって溶相で試験した。このプラットフォームは、より生物学的に有意義な設定において生体分子複合体形成の速度および複合体安定性を測定するための有力なツールを提供する。手短かに言えば、プロテインＡコーティングセンサーを、Ｋｉｎｅｔｉｃｓバッファー（ＦｏｒｔｅＢｉｏ、ＰＢＳにより１×〜１０×に希釈）中０．２μｇ／ｍＬ抗Ｏ１ ＬＰＳ ｍＡｂを含有する溶液に浸漬する前に、１０分間、２μｇ／ｍＬ Ｏ１ ＬＰＳによりコーティングした。バイオセンサーに結合した分子の数の変化は、リアルタイムで記録した干渉パターンにおいてシフトを引き起こした。図５に示されるように、ｍＡｂは、Ｏ１ ＬＰＳに結合した。Ｏ１ ＬＰＳへのＫＰＥ３３およびＫＰＥ３３ｖ２０１６の親和性定数（ＫＤ）は、Ｏｃｔｅｔセンサーグラムからオン速度およびオフ速度に基づいて計算した。ＫＰＥ３３およびＫＰＥ３３ｖ２０１６の両方は、それぞれ平均５．８３Ｅ−０９および４．１３Ｅ−０９で同等の親和性定数を示した（図５）。
ＫＰＥ３３ｖ２０１６をさらに最適化し、それによって２つの新たな変異体−ＫＰＥ３３ Ｈ３２＋Ｌ２０１６（１ＥＱ）およびＫＰＥ３３ Ｈ３３＋Ｌ２０１６（１ＥＱ）を作り出した。これらの変異体は両方とも、ＣＤＲＨ１に隣接するメチオニンからイソロイシンへの突然変異、ＣＤＲＨ２におけるトリプトファンからチロシンへの突然変異、ＣＤＲＨ２に隣接するアスパラギン酸からグルタミン酸への突然変異、ＦＲＨ３におけるアスパラギンからグルタミンへのおよびメチオニンからロイシンへの突然変異、ならびにＣＤＲＨ３におけるアスパラギン酸からアスパラギンへの突然変異を含有する。加えて、ＫＰＥ３３ Ｈ３２＋Ｌ２０１６（１ＥＱ）は、生殖系の残基に変えられた４つのＦＲＨ３残基を有したのに対して、ＫＰＥ３３ Ｈ３３＋Ｌ２０１６（１ＥＱ）は、生殖系に変えられた同じＦＲＨ３残基のうちの３つのみを有する。これらの変異体は両方とも、ＫＰＥ３３ｖ２０１６と同じ軽鎖を含有するが、残基１にグルタミン酸からグルタミンへの１つの突然変異を有する。ＫＰＥ３３ Ｈ３２＋Ｌ２０１６（１ＥＱ）およびＫＰＥ３３ Ｈ３３＋Ｌ２０１６（１ＥＱ）の親和性は、Ｏｃｔｅｔによって測定し、それぞれ４．４６Ｅ−０９および５．０１Ｅ−０９の値がもたらされた。
配列の最適化がＫＰＥ３３抗体の効能を阻害しなかったことを確認するために、最適化ＫＰＥ３３Ｖ２０１６抗体を、実施例６において記載される同じ致命的な肺炎モデルにおいてアッセイした。ＫＰＥ３３またはＫＰＥ３３−Ｖ−２０１６は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネム抵抗性（ＫＰＣ）株による細菌感染の１時間後に６ｍｇ／ｋｇの用量で投与した。図６に示す結果は、ＫＰＥ３３およびＫＰＥ３３Ｖ２０１６の両方が、ヒトＩｇＧ１コントロール抗体と比較した場合、同様のレベルの防御を示すことを実証した。ＫＰＥ３３のＩｇＧ２バージョンは、ＫＰＥ３３ＩｇＧ１よりもわずかに低い活性を示した（図６を参照されたい）。
実施例９：抗Ｏ１抗原抗体は同時感染モデルにおいて防御する
同時感染における抗Ｏ１抗原抗体の効能を評価するために、メスの７〜８週齢のＣ５７ＢＬ／６マウスに、３％イソフルランでしばらくの間麻酔をかけ、５０μｌの細菌懸濁液を鼻孔に置いた。動物に、５ｅ７ ＣＦＵ黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＳＦ８３００（ＵＳＡ３００）を単独でまたは１．５ｅ２ ＣＦＵの肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）と組み合わせて接種し、生存の研究のために７日間モニターした。臓器負担研究のために、肺および脾臓は、上記の実施例５において記載されるように、攻撃の２４時間または４８時間後に回収した。防御研究のために、マウスを、致命的な細菌による攻撃の前にＫＰＥ３３またはコントロールｍＡｂにより受動的に免疫化した（０．５ｍＬ、ｉｐ）。データはすべて、Ｐｒｉｓｍでプロットした。
結果を図７Ａ〜Ｄに示す。黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）および肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の亜致死接種材料による同時感染は、致命的な肺炎を引き起こし（図７Ａ）、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による細菌の負担は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のみに感染したマウスと比較して、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に同時感染したマウスの肺（図７Ｂ）および脾臓（図７Ｃ）において、有意に増加した。同時感染の２４時間前のＫＰＥ３３による１回の予防の治療は、マウスを救った（図７Ｄ）。
実施例１０：抗Ｏ１抗原抗体はＬＰＳ攻撃後に血清サイトカインを低下させる
ＬＰＳ攻撃後の血清サイトカインに対する抗Ｏ１抗原抗体の効果を決定するために、Ｃ５７ＢＬ／６マウスは、抗Ｏ１投与の２４時間後、腹腔内に、０．３ｍｇ／ｋｇ ＬＰＳにより攻撃した。３時間後、動物を犠牲死させ、血清サイトカインは、メーカーの説明書に基づいて、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＭＳＤ）炎症促進性サイトカインキットを使用して測定した。ポリミクシンＢ（ＰＭＢ）は、ポジティブコントロールとして使用した。血清ＩＬ−６、ＴＮＦ−アルファ、およびＣＸＣＬ１濃度をＰｒｉｓｍでプロットした。
結果を図８に示す、また、結果は、５４Ｈ７が、Ｋｐ４３８１６ ＬＰＳおよびＫｐ１５３８０ ＬＰＳによるＬＰＳ攻撃後に血清ＩＬ−６、ＫＣ、およびＴＮＦ−アルファのレベルを低下させることを実証する。
実施例１１：抗Ｏ１抗原抗体は内毒血症モデルにおいてマウスを防御する
抗Ｏ１抗原抗体の防御効果を決定するために、６〜８週齢のメスのマウス（Ｂａｌｂ／ｃ）を、Ｄ−ガラクトース（Ｄ−Ｇａｌ、１２ｍｇ／ｋｇ）により感作し、続いて、抗Ｏ１抗原抗体投与の２４時間後に１０〜５０ｎｇのＬＰＳにより腹腔内（ｉｐ）攻撃した。抗体を、０．２ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、または５ｍｇ／ｋｇの用量で投与した。マウス生存は、ＬＰＳ攻撃の６日後までモニターした。
結果を図９に示す、また、結果は、５４Ｈ７が、コントロールＩｇＧ抗体（Ｒ３４７）と比較して、１ｍｇ／ｋｇまたは５ｍｇ／ｋｇのいずれかの用量で投与した場合に、内毒血症ＬＰＳ誘発性セプシスモデルにおいてマウスを防御することを実証する。
実施例１２：抗Ｏ１抗原抗体５Ｈ４７はクレブシエラによる臓器負担を低下させ、抗生物質と相乗作用を有する
抗Ｏ１抗原抗体５Ｈ４７が臓器負担を低下させる能力を、細菌感染モデルにおいて試験した。
抗生物質と組み合わせた抗Ｏ１抗原抗体の効能を決定するために、５４Ｈ７を急性肺炎モデルにおいて試験した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、１ｅ４ ＣＦＵの非常に有毒な株Ｋｐ４３８１６（Ｏ１）を鼻腔内に接種した。１５ｍｇ／ｋｇの抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）モノクローナル抗体５４Ｈ７および１５ｍｇ／ｋｇのヒトＩｇＧ１コントロール抗体を、細菌による攻撃の２４時間前に与えた（予防の投薬）。マウスの生存は、１４日目まで毎日モニターした。結果を図１０Ａに示す。
抗Ｏ１抗原抗体および抗生物質の相乗作用はまた、肺炎マウスモデルにおいても評価した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、１ｅ４〜１ｅ８ ＣＦＵのＫｐ８０４５クレブシエラを鼻腔内に接種した。治療量以下の投薬量の抗体（１ｍｐｋ）およびメロペネム抗生物質（１．５ｍｐｋ）の両方を、それぞれ、細菌による攻撃の１時間または４時間後に投与した。マウスの生存は、８日目まで毎日モニターした。結果を図１０Ｂに示す。
５４Ｈ７は、Ｋｐ４３８１６肺炎モデルに対する単独療法において１５ｍｐｋで有意な防御を示した。治療量以下の投薬量の５４Ｈ７およびメロペネムを使用した場合、組み合わせは、有意な相乗作用を示し、かつメロペネムもしくは５４Ｈ７のいずれかのみの単独療法またはヒトＩｇＧ１コントロール抗体（Ｒ３４７）およびメロペネムの組み合わせよりも、よりよい防御を示した。
実施例１３：エピトープ研究
肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ｗｂｂＹＺ遺伝子座は、ＬＰＳ構造におけるＤ−ガラクタンＩＩドメインをコードし、これは、Ｏ２に対してＯ１血清型を定義する。（Ｈｓｉｅｈ，ＰＦ．ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５：６０８（２０１４）。本明細書において開示される抗Ｏ１抗原抗体がＤ−ガラクタンＩＩドメインに結合するかどうかを調査するために、ｗｂｂＹＺ遺伝子座を遺伝的にノックアウトすることによって、Ｏ１株Ｋｐ１１３１１１５をＯ２血清型に変換した。Ｋｐ１１３１１１５野生型（ＷＴ株）およびＫｐ１１３１１１５ΔｗｂｂＹＺ株への肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１ ＬＰＳ抗体の結合を、ＦＡＣＳ分析によって試験した。ヒトＩｇＧ１および抗ＭｒｋＡ抗体は、それぞれネガティブコントロールおよびポジティブコントロールとして使用した。ＷｂｂＹＺ遺伝子ノックアウトにより、５４Ｈ７およびＫＰＥ３３は全く結合しなくなった。しかしながら、この遺伝子のノックアウトは、ＭｒｋＡ抗体への結合を変化させなかった。図１１に示すデータは、ＫＰＥ３３および５４Ｈ７の両方が、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１ ＬＰＳ抗原のＤ−ガラクタンＩＩドメインに結合することを示す。（図１２は、Ｏ１ ＬＰＳの構造を示す）。
ＫＰＥ３３および５４Ｈ７は両方とも、Ｏ１ ＬＰＳのＤ−ガラクタンＩＩドメインに結合するが、それらは、ＫＰＥ３３および５４Ｈ７による競合的結合研究において、精製Ｏ１ ＬＰＳをあらかじめロードした捕捉プローブを使用するＦｏｒｔｅｂｉｏ Ｏｃｔｅｔによって測定されるように、同じエピトープに結合しない。手短かに言えば、１０μｇ／ｍＬ ＫＰＥ３３による最初の結合の後に、プローブを、１０μｇ／ｍＬ ＫＰＥ３３と等濃度の５４Ｈ７、ＫＰＥ３３、またはコントロール抗体Ｒ３４７とを含有する抗体混合物と共にインキュベートした。結果を図１３に示す。５４Ｈ７のみがさらなる結合を示すことができ、ＫＰＥ３３および５４Ｈ７が、Ｏ１ ＬＰＳ上の異なるエピトープを塞ぐことを示した。
実施例１４：抗Ｏ１抗原抗体は臨床的に関係のあるクレブシエラに結合する
抗Ｏ１抗原抗体が臨床的に関係のあるクレブシエラ株に結合するかどうかを決定するために、臨床分離株へのＫＰＥ３３の結合をウエスタンブロットアッセイによって決定した。ＫＰＥ３３が結合する臨床的に関係のあるクレブシエラ株の概要を表８に示す。ＫＰＥ３３がこれらの株のすべてに結合する能力およびインビボにおいて４つの異なる株から防御するその能力は、ＫＰＥ３３が多くの臨床的に関係のあるクレブシエラ株を死滅させることができることを示す。
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表８の列１〜３６の分離株は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネム抵抗性（ＣＲＥ）株である。表８の列３７〜１３４の分離株は、広域スペクトルベータラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）株であり、表８の列１３５〜１８４の分離株は、抗生物質感受性株である。
これらの結果は、抗Ｏ１抗原抗体であるＫＰＥ３３が、臨床株の広く多様な群だけでなく、抗生物質抵抗性の臨床的に関係のある株にも結合することを実証する。これらの結果は、ＫＰＥ３３が、表８に開示される１つまたはそれ以上のクレブシエラ株について、本明細書において記載される治療薬および／または診断薬として有用になり得ることを示唆する。
実施例１５：γδＴ細胞動員およびＩＬ−１７シグナル伝達は抗Ｏ１抗体による防御と相関する
ＴＬＲ４シグナル伝達は、粘膜の自然免疫防御において鍵となる細胞集団であるγδＴ細胞の動員および活性化に関係してきた。γδＴ細胞動員に対するＬＰＳ中和およびＬＰＳ非中和抗Ｏ１抗体の効果を調べるために、γδＴＣＲ＋Ｔ細胞のパーセントを、抗Ｏ１抗体により治療し、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（１ｅ４ ＣＦＵ Ｋｐ８０４５）に感染させたマウスの肺において測定した。フローサイトメトリー分析は、早期のγδＴ細胞動員が、ＫＰＥ３３ではなく５４Ｈ７による予防処置によって阻害されることを明らかにした（図１４Ａ）。感染の１時間後の５４Ｈ７またはＫＰＥ３３のいずれかによるマウスの治療は、γδＴ細胞の動員を阻害せず、早期のＬＰＳシグナル伝達の中和が、これらの有益な細胞の動員を妨げることを示唆した（図１４Ｂ）。
γδＴ細胞は、ＩＬ−１７の主な生産者であり、これは、鍵となる抗菌経路および好中球の食細胞機能を活性化する。ＩＬ−１７Ａ−／−マウスは、ＫＰＥ３３によってもたらされる防御へのこの経路の寄与を実証するために利用した。野生型およびＩＬ−１７Ａ−／−マウスを、ｃ−ＩｇＧ、５４Ｈ７、またはＫＰＥ３３により予防的に治療し、致命的な数の肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染させた。生存の差異は、ｃ−ＩｇＧまたは５４Ｈ７により予防的に免疫化した野生型およびＩＬ−１７Ａ−／−マウスの間では観察されなかった（図１４Ｃ）。対照的に、生存における有意な低下は、ＫＰＥ３３を受けた野生型マウスと比較して、ＫＰＥ３３により受動的に免疫化されたＩＬ−１７Ａ−／−マウスにおいて観察された（図１４Ｄ）。これらの結果は、γδＴ細胞の主な特徴であるＩＬ−１７シグナル伝達が、ＫＰＥ３３によってもたらされる最適な防御に必要とされることを示唆する。
具体的な実施形態の前出の説明は、本開示の一般的性質を十分に完全に明らかにするものであり、したがって第三者が、当技術分野の範囲内の知識を適用することにより、本開示の一般的概念から逸脱することなく、過度の実験を行うことなしにかかる具体的な実施形態を容易に改良しおよび／またはそれを様々な適用に適合させることができる。したがって、かかる適合形態および改良形態は、本明細書に提供される教示および指針に基づけば、開示される実施形態の均等物の意味および範囲内にあることが意図される。本明細書における用語法または表現法は、限定ではなく、説明を目的とするものであり、したがって本明細書の用語法または表現法は当業者によって教示および指針を踏まえて解釈されるべきであることが理解されなければならない。
本開示の広さおよび範囲は、上記の例示的な実施形態のいずれによっても限定されないが、下記の請求項およびそれらの均等物にしたがってのみ定義されるべきである。
本出願において引用されるすべての刊行物、特許、特許出願、および／または他の文献は、それぞれの個々の刊行物、特許、特許出願、および／または他の文献が事実上、参照により組み込まれるように個々に示されるのと同じように、事実上、それらの全体が参照により組み込まれる。

Claims (88)

  1. 肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、前記抗原結合タンパク質は、ａ）クレブシエラのオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導する、ｂ）血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介してクレブシエラを死滅させる、またはｃ）クレブシエラのＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介してクレブシエラを死滅させる、単離抗原結合タンパク質。
  2. 前記抗原結合タンパク質は、リポ多糖（ＬＰＳ）を中和しない、請求項１に記載の抗原結合タンパク質。
  3. 前記抗原結合タンパク質は、ＬＰＳを中和する、請求項１に記載の抗原結合タンパク質。
  4. （ｉ）クレブシエラのＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介してクレブシエラを死滅させ、かつリポ多糖（ＬＰＳ）を中和するまたは（ｉｉ）クレブシエラのＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介してクレブシエラを死滅させるが、ＬＰＳを中和しない、請求項１に記載の抗原結合タンパク質。
  5. 前記抗原結合タンパク質は、致命的なクレブシエラによる攻撃に暴露されたマウスにおいて治療的に有効である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  6. 前記クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、またはＫ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）である、請求項５のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  7. 前記クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）である、請求項６に記載の抗原結合タンパク質。
  8. 前記クレブシエラは、多薬剤抵抗性である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  9. 前記肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、株Ｋｐ１１３１１５またはＫｐ８５６１である、請求項８に記載の抗原結合タンパク質。
  10. 前記肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、表８の列１〜１３４の１つに列挙される株である、請求項８に記載の抗原結合タンパク質。
  11. 前記抗原結合タンパク質は、多薬剤抵抗性の肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株を、少なくとも１つの抗生物質に対して感受性にする、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  12. 前記クレブシエラは、抗生物質に対して感受性である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  13. 前記肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、表８の列１３５〜１８４の１つに列挙される株である、請求項１２に記載の抗原結合タンパク質。
  14. 前記抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原のＤ−ガラクタンＩＩドメインに結合する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  15. 相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、
    ＨＣＤＲ１は、配列番号１のアミノ酸配列を有し、
    ＨＣＤＲ２は、配列番号２または５９のアミノ酸配列を有し、
    ＨＣＤＲ３は、配列番号３または６０のアミノ酸配列を有し、
    ＬＣＤＲ１は、配列番号４のアミノ酸配列を有し、
    ＬＣＤＲ２は、配列番号５または１０のアミノ酸配列を有し、
    ＬＣＤＲ３は、配列番号１１のアミノ酸配列を有する、単離抗原結合タンパク質。
  16. 肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、前記抗原結合タンパク質は、配列番号１２、６１、もしくは６２と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および／または配列番号１３もしくは６３と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、単離抗原結合タンパク質。
  17. その前記抗原結合タンパク質は、配列番号１２、６１、または６２を含むＶＨおよび配列番号１３または６３を含むＶＬを含む、請求項１６に記載の抗原結合タンパク質。
  18. 配列番号１２を含むＶＨを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
  19. 配列番号１３を含むＶＬを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
  20. 配列番号１２、６１、または６２を含むＶＨおよび配列番号１３または６３を含むＶＬを含む抗体と、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原中の同じエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
  21. 配列番号１２、６１、または６２を含むＶＨおよび配列番号１３または６３を含むＶＬを含む抗体の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原への結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質。
  22. 相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、前記ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３は、
    それぞれ配列番号４１、４２、４３、４４、４５、および４６、
    それぞれ配列番号３２、３３、３４、３５、３６、および３８、
    それぞれ配列番号３２、３３、３４、３５、３７、および３８、
    それぞれ配列番号１、２、３、４、５、および７、
    それぞれ配列番号１、２、３、４、６、および７、
    それぞれ配列番号１４、１５、１６、１７、１８、および２０、
    それぞれ配列番号１４、１５、１６、１７、１９、および２０、
    それぞれ配列番号２３、２４、２５、２６、２７、および２９、または
    それぞれ配列番号２３、２４、２５、２６、２８、および２９
    のアミノ酸配列を含む、単離抗原結合タンパク質。
  23. 肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、前記抗原結合タンパク質は、
    それぞれ配列番号４７および配列番号４８、
    それぞれ配列番号３９および配列番号４０、
    それぞれ配列番号８および配列番号９、
    それぞれ配列番号２１および配列番号２２、または
    それぞれ配列番号３０および配列番号３１
    と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一なＶＨおよびＶＬを含む、単離抗原結合タンパク質。
  24. 前記抗原結合タンパク質は、
    それぞれ配列番号４７および配列番号４８、
    それぞれ配列番号３９および配列番号４０、
    それぞれ配列番号８および配列番号９、
    それぞれ配列番号２１および配列番号２２、または
    それぞれ配列番号３０および配列番号３１
    を含むＶＨおよびＶＬを含む、請求項２３に記載の抗原結合タンパク質。
  25. 配列番号４７、配列番号３９、配列番号８、配列番号２１、または配列番号３０を含むＶＨを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
  26. 配列番号４８、配列番号４０、配列番号９、配列番号２２、または配列番号３１を含むＶＬを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
  27. それぞれ配列番号４７および配列番号４８、
    それぞれ配列番号３９および配列番号４０、
    それぞれ配列番号８および配列番号９、
    それぞれ配列番号２１および配列番号２２、または
    それぞれ配列番号３０および配列番号３１
    を含むＶＨおよびＶＬを含む抗体として、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原中の同じエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
  28. それぞれ配列番号４７および配列番号４８、
    それぞれ配列番号３９および配列番号４０、
    それぞれ配列番号８および配列番号９、
    それぞれ配列番号２１および配列番号２２、または
    それぞれ配列番号３０および配列番号３１
    を含むＶＨおよびＶＬを含む抗体の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原への結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質。
  29. 前記抗原結合タンパク質は、マウス、非ヒト、ヒト化、キメラ、リサーフェシング、またはヒトである、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  30. 前記抗原結合タンパク質は、ヒト化、キメラ、リサーフェシング、またはヒトである、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  31. 前記抗原結合タンパク質は、抗体である、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  32. 前記抗原結合タンパク質は、抗体の抗原結合断片である、請求項１〜３１のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  33. モノクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、またはその抗原結合断片である、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  34. 前記抗原結合タンパク質は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、単鎖ＦｖもしくはｓｃＦｖ、ジスルフィド連結Ｆｖ、Ｖ−ＮＡＲドメイン、ＩｇＮａｒ、イントラボディ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、シングルドメイン抗体、ＤＶＤ−Ｉｇ、Ｆｃａｂ、ｍＡｂ２、（ｓｃＦｖ）２、またはｓｃＦｖ−Ｆｃを含む、請求項１〜３０、３２、または３３のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  35. 約４．０Ｅ−０９〜６．０Ｅ−０９ｎＭの範囲のＫｄでクレブシエラＯ１抗原に結合する、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  36. 結合親和性は、フローサイトメトリー、Ｂｉａｃｏｒｅ、ＫｉｎＥｘａ、またはラジオイムノアッセイによって測定される、請求項３５に記載の抗原結合タンパク質。
  37. 前記抗原結合タンパク質は、ａ）肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導する、ｂ）血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介して肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を死滅させる、および／またはｃ）リポ多糖（ＬＰＳ）を中和する、請求項１５〜３６のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  38. 前記抗原結合タンパク質は、（ｉ）肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介して肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を死滅させ、ＬＰＳを中和するまたは（ｉｉ）肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯＰＫを誘導し、血清殺菌活性測定法によって測定されるように補体依存性の死滅を介して肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を死滅させるが、ＬＰＳを中和しない、請求項３７に記載の抗原結合タンパク質。
  39. 前記肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、多薬剤抵抗性である、請求項３７または３８に記載の抗原結合タンパク質。
  40. 前記肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、株Ｋｐ１１３１１５またはＫｐ８５６１である、請求項３９に記載の抗原結合タンパク質。
  41. 前記肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、表８の列１〜１３４の１つに列挙される株である、請求項３９に記載の抗原結合タンパク質。
  42. 前記抗原結合タンパク質は、多薬剤抵抗性の肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株を抗生物質に対して感受性にする、請求項３９〜４１のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  43. 前記クレブシエラは、抗生物質に対して感受性である、請求項３７または３８に記載の抗原結合タンパク質。
  44. 前記肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、表８の列１３５〜１８４の１つに列挙される株である、請求項４３に記載の抗原結合タンパク質。
  45. 前記抗原結合タンパク質は、リポ多糖（ＬＰＳ）を中和しない、請求項１５〜４４のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  46. 前記抗原結合タンパク質は、ＬＰＳを中和する、請求項１５〜４４のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  47. 前記抗原結合タンパク質は、致命的なクレブシエラによる攻撃に暴露されたマウスにおいて治療的に有効である、請求項１５〜４６のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  48. 前記抗原結合タンパク質は、
    （ａ）ＩｇＡ定常ドメイン、
    （ｂ）ＩｇＤ定常ドメイン、
    （ｃ）ＩｇＥ定常ドメイン、
    （ｄ）ＩｇＧ１定常ドメイン、
    （ｅ）ＩｇＧ２定常ドメイン、
    （ｆ）ＩｇＧ３定常ドメイン、
    （ｇ）ＩｇＧ４定常ドメイン、および
    （ｈ）ＩｇＭ定常ドメイン
    からなる群から選択される重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  49. 前記抗原結合タンパク質は、ＩｇＧ１定常ドメインを含む、請求項４８に記載の抗原結合タンパク質。
  50. 前記抗原結合タンパク質は、
    （ａ）Ｉｇカッパ定常ドメイン、および
    （ｂ）Ｉｇラムダ定常ドメイン
    からなる群から選択される軽鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む、請求項１〜４９のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  51. 前記抗原結合タンパク質は、ヒトＩｇＧ１定常ドメインおよびヒトラムダ定常ドメインを含む、請求項１〜４７に記載のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  52. 請求項１〜５１のいずれか一項に記載のその抗原結合タンパク質をコードする単離核酸分子。
  53. 前記核酸分子が、制御配列に作動可能に連結される、請求項５２に記載の核酸分子。
  54. 請求項５２または５３に記載の核酸分子を含むベクター。
  55. 請求項５２もしくは５３に記載の核酸分子または請求項５４に記載のベクターにより形質転換された宿主細胞。
  56. 前記宿主細胞が、哺乳類宿主細胞である、請求項５５に記載の宿主細胞。
  57. 前記宿主細胞は、ＨＥＫ２９３細胞、ＮＳ０マウス骨髄腫細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）ヒト細胞、またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である、請求項５６に記載の哺乳類宿主細胞。
  58. 請求項１〜５１のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を産生するハイブリドーマ。
  59. 請求項１〜５１のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を産生する単離宿主細胞。
  60. 請求項１〜５１のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を作製するための方法であって、（ａ）前記抗原結合タンパク質を発現する宿主細胞を培養するステップまたは請求項５５〜５７もしくは５９のいずれか一項に記載の宿主細胞または請求項５８に記載のハイブリドーマを培養するステップおよび（ｂ）その前記抗原結合タンパク質を前記培養宿主細胞から単離するステップを含む方法。
  61. 請求項６０に記載の方法を使用して産生される抗原結合タンパク質。
  62. 請求項１〜５１または６１のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質および薬学的に許容可能な賦形剤を含む医薬組成物。
  63. 前記薬学的に許容可能な賦形剤は、保存剤、安定剤、または酸化防止剤である、請求項６２に記載の医薬組成物。
  64. 医薬として使用される請求項６２または６３に記載の医薬組成物。
  65. 標識基またはエフェクター基をさらに含む、請求項１〜５１もしくは６１のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または請求項６２〜６４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  66. 前記標識基が、同位体標識、磁気標識、レドックス活性成分、光学色素、ビオチン化基、ビオチンシグナル伝達ペプチド、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）などの蛍光成分、ヒスチジンペプチド（ｈｉｓ）、ヘマグルチニン（ＨＡ）、金結合ペプチド、およびＦｌａｇなどの二次レポーターによって認識されるポリペプチドエピトープからなる群から選択される、請求項６５に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物。
  67. 前記エフェクター基が、放射性同位体、放射性核種、毒素、治療薬、および化学療法剤からなる群から選択される、請求項６５に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物。
  68. クレブシエラ感染症に関連する状態を治療するための、請求項１〜５１または６１〜６７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物の使用。
  69. クレブシエラ感染症に関連する状態の治療、予防、または回復を、それを必要としている対象において行うための方法であって、有効量の請求項１〜５１または６１〜６７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物を前記対象に投与するステップを含む方法。
  70. クレブシエラに感染した対象においてクレブシエラの増殖を阻害するまたはクレブシエラの数を低下させるための方法であって、請求項１〜５１または６１〜６７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物をそれを必要としている対象に投与するステップを含む方法。
  71. クレブシエラ感染症に関連する状態の治療をそれを必要としている対象において行うための方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質の有効量を前記対象に投与するステップを含む方法。
  72. 肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）の同時感染に関連する状態の治療、予防、または回復をそれを必要としている対象において行うための方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質の有効量を前記対象に投与するステップを含む方法。
  73. 肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）に同時感染した対象において、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の毒性を阻害する、低下させる、またはなくすための方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質の有効量を前記対象に投与するステップを含む方法。
  74. 肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）の両方に感染した対象の生存を増加させるための方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質の有効量を前記対象に投与するステップを含む方法。
  75. 前記クレブシエラは、抗生物質抵抗性である、請求項６９〜７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記クレブシエラは、セファロスポリン、キノロン、カルバペネム、メロペネム、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミド、および／またはコリスチンに対して抵抗性である、請求項７５に記載の方法。
  77. 前記クレブシエラは、抗生物質に対して感受性である、請求項６９〜７４のいずれか一項に記載の方法。
  78. 抗生物質に対して抗生物質抵抗性のクレブシエラ株を感作するための方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質と前記抗体抵抗性のクレブシエラ株を接触させるステップを含む方法。
  79. 抗生物質を投与するステップをさらに含む、請求項６９〜７８のいずれか一項に記載の方法。
  80. 前記抗原結合タンパク質および前記抗生物質は、相乗的な治療効果をもたらす、請求項７９に記載の方法。
  81. 抗生物質抵抗性のクレブシエラ株に感染した対象においてクレブシエラ感染症を予防するまたは治療するための方法であって、抗生物質および肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質を対象に同時投与するステップを含み、前記同時投与は、等モル量の前記抗原結合タンパク質または前記抗生物質の投与の個々の効果の合計よりも大きな治療効果をもたらす方法。
  82. 前記治療効果は、前記抗原結合タンパク質または前記抗生物質の１つのみを投与した対象の相加的な生存パーセントよりも大きな生存パーセントをもたらす、請求項８１に記載の方法。
  83. 前記抗生物質は、メロペネムである、請求項７９〜８２に記載のいずれか一項に記載の方法。
  84. 肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する前記抗原結合タンパク質は、抗体またはその抗原結合断片である、請求項７１〜８３のいずれか一項に記載の方法。
  85. 肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する前記抗原結合タンパク質は、請求項１〜５１または６１〜６７のいずれか一項に記載の前記抗原結合タンパク質または前記医薬組成物である、請求項７１〜８３のいずれか一項に記載の方法。
  86. クレブシエラは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である、請求項６９〜７１または７５〜８５のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記状態は、肺炎、尿路感染症、敗血症／セプシス、新生児敗血症／セプシス、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、および脊椎関節症からなる群から選択される、請求項６８、６９、７１、７２、７５〜７７、７９、８０、または８３〜８６のいずれか一項に記載の使用または方法。
  88. 前記状態は、院内感染症である、請求項６８、６９、７１、７２、７５〜７７、７９、８０、または８３〜８６のいずれか一項に記載の使用または方法。
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