JP2019527039A5 - - Google Patents
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Description
一態様では、本発明は、個体から得られる全血試料中の2個以上の遺伝子の発現レベルを測定することにより個体が高リスク(IBD1)表現型を有するかまたは低リスク(IBD2)表現型を有するかを確認することにより、個体における炎症性腸疾患(IBD)の進行が高リスクであるかまたは低リスクであるかを評価する方法に関し、ここで2個以上の遺伝子は、ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、GZMK、LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3からなる群から選択される。本発明の方法は、IBD2表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、およびGZMKの上方制御発現、ならびに遺伝子LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3の下方制御発現によるIBD1表現型の特徴づけをさらに含んでもよい。本発明の方法は、個体におけるIBDの進行のリスクを、a)選択遺伝子の測定された発現レベルを重み付けすること;b)リスクスコアを決定するために、ロジスティック回帰モデルを重み付けた発現レベルに適用することであって、0.5未満のリスクスコアはIBDの進行が低リスクであることを示し、0.5超のリスクスコアはIBDの進行が高リスクであることを示す、適用すること;およびc)その決定の結果をまとめた報告を作成することにより、患者におけるリスクスコアを計算することによって判定することをさらに含んでもよい。
Claims (28)
- 個体における炎症性腸疾患(IBD)の進行が高リスクであるかまたは低リスクであるかを評価する方法であって、前記個体から得られる全血試料中の2個以上の遺伝子の発現レベルを測定することにより、前記個体が高リスク(IBD1)表現型を有するかまたは低リスク(IBD2)表現型を有するかを確認することを含み、
ここで、前記2個以上の遺伝子が、
アレスチンドメイン含有4(ARRDC4);
グアニル酸結合タンパク質5(GBP5);
プリン作動性受容体P2Y Gタンパク質共役、14(P2RY14);
ヴォールトRNA1−1(VTRNA1−1);
インターロイキン18受容体アクセサリータンパク質(IL18RAP);
ハプトグロビン(HP);
nudix(ヌクレオシド二リン酸連結部分X)型モチーフ7(NUDT7);
グランザイムH(GZMH);
T細胞受容体γ定常2(TRGC2);
レクチン、ガラクトシド結合様(LGALSL);
Fc受容体様5(FCRL5);
インターフェロン誘導タンパク質44様(IFI44L);
長い遺伝子間非タンパク質コードRNA1136(LINC01136);
リンパ球抗原96(LY96);
グランザイムK(GZMK);および
T細胞受容体γ可変3(TRGV3)
からなる群から選択され、
IBD1表現型が、IBD2表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、および/またはGZMKの上方制御発現、ならびに遺伝子LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、および/またはTRGV3の下方制御発現を特徴としている、方法。 - 前記個体におけるIBDの進行の前記リスクが、
a)前記選択遺伝子の前記測定された発現レベルを重み付けすること;
b)前記リスクスコアを決定するために、ロジスティック回帰モデルを前記重み付けした発現レベルに適用すること、ここで、0.5未満のリスクスコアがIBDの進行の低リスクを示し、かつ0.5超のリスクスコアがIBDの進行の高リスクを示す、および
c)前記決定の結果をまとめた報告を作成すること、
によって前記患者におけるリスクスコアを計算することにより決定される、請求項1に記載の方法。 - 前記2個以上の遺伝子の発現レベルが、リアルタイム定量PCR(RT−qPCR)、デジタルPCR、マイクロアレイ分析、全トランスクリプトームショットガン配列決定、または直接多重遺伝子発現解析を用いて測定される、請求項2に記載の方法。
- 前記2個以上の遺伝子の発現レベルが、RT−qPCRを用いて測定される、請求項3に記載の方法。
- (i)前記個体から得られる全血試料を準備すること;
(ii)前記全血試料からRNAを抽出すること;
(iii)前記RNAをcDNAに変換すること;および
(iv)前記2個以上の遺伝子の発現レベルを決定するため、RT−qPCR、デジタルPCR、または全トランスクリプトームショットガン配列決定を実施すること、
を含む、請求項4に記載の方法。 - 請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法における使用のための自己免疫性疾患の進行リスク評価システムであって、
ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、GZMK、LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3からなる群から選択される2個以上の遺伝子の発現を測定するための1つまたは複数のツールと、ならびに
前記被験者の前記遺伝子発現データからIBDの進行リスクスコアを計算するようにプログラムされたコンピュータと、を含む、システム。 - 2個以上の遺伝子の前記発現を、RT−qPCR、デジタルPCR、マイクロアレイ分析、全トランスクリプトームショットガン配列決定、または直接多重遺伝子発現解析により測定するための1つまたは複数のツールを含む、請求項6に記載の自己免疫性疾患の進行リスク評価システム。
- (ii)IBDに対する治療におけるステップ(i)において、IBDの進行が高リスクまたは低リスクである者として識別された個体を選択することをさらに含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 個体におけるIBDを治療するための方法で使用するための抗炎症薬または免疫抑制剤であって、
(i)IBDの進行が高リスクまたは低リスクである個体を、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法を用いて識別することと、
(ii)前記個体にIBDに対する治療を、前記抗炎症薬または免疫抑制剤を投与することにより施すことと、
を含む、方法。 - IBDの進行について高リスクまたは低リスクであると判定される個体におけるIBDを治療するための方法で使用するための抗炎症薬または免疫抑制剤であって、
(i)前記個体をIBD1(高リスクのIBDの進行)またはIBD2(低リスクのIBDの進行)として分類する試験結果をレビューすることと、
ここで、前記試験は、前記個体から得られる全血試料中の、ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、GZMK、LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3からなる群から選択される2個以上の遺伝子の発現レベルを測定し、
低リスク(IBD2)表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、およびGZMKの上方制御発現、ならびに遺伝子LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3の下方制御発現が、前記個体が高リスク(IBD1)表現型を有することを示し、かつ
高リスク(IBD1)表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、およびGZMKの下方制御発現、ならびに遺伝子LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3の上方制御発現が、前記個体が低リスク(IBD2)表現型を有することを示す、
(ii)IBDにおけるIBD1またはIBD2表現型を有すると判定された前記個体を、前記抗炎症薬または免疫抑制剤を投与することにより治療することと、
を含む、方法。 - ステップ(i)が、RT−qPCR、デジタルPCR、マイクロアレイ分析、全トランスクリプトームショットガン配列決定、または直接多重遺伝子発現解析により2個以上の遺伝子の発現レベルを測定するための分析の結果を提供する試験を要求することを含む、請求項10に記載の抗炎症薬または免疫抑制剤。
- 個体が高リスクのIBD1表現型を有するかまたは低リスクのIBD2表現型を有するかを評価するためのキットであって、ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、GZMK、LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3からなる群から選択される2個以上の遺伝子の全血試料中での発現レベルを確認するための試薬を含み、
IBD1表現型が、IBD2表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、および/またはGZMKの上方制御発現、ならびに遺伝子LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、および/またはTRGV3の下方制御発現を特徴としており、かつ
IBD2表現型が、IBD1表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、および/またはGZMKの下方制御発現、ならびに遺伝子LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、および/またはTRGV3の上方制御発現を特徴としている、キット。 - 前記キットが、前記2個以上の遺伝子の発現レベルを、RT−qPCR、マイクロアレイ分析、デジタルPCR、全トランスクリプトームショットガン配列決定、または直接多重遺伝子発現解析により確認するための試薬を含む、請求項12に記載のキット。
- 前記IBDが、潰瘍性大腸炎(UC)またはクローン病である、請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法、抗炎症薬または免疫抑制剤、自己免疫性疾患の進行リスク評価システム、あるいはキット。
- IBD患者における低リスク(IBD2)表現型を誘導する能力がある物質を同定するインビトロ方法であって、
(i)目的の物質を用いる治療前にIBD患者から得られる全血試料、および(ii)目的の前記物質を用いる治療後に前記IBD患者から得られる全血試料を準備することと、
ここで、前記IBD患者は、請求項1〜4に記載の方法、または請求項13に記載のキットを用いて、高リスク(IBD1)表現型を有することが判定されている;
試料(i)および(ii)中の、ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、GZMK、LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3からなる群から選択される2個以上の遺伝子の発現レベルを測定することと、
を含み;
試料(i)に対して試料(ii)中での、遺伝子ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、およびGZMKのより低い発現、ならびに遺伝子LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3のより高い発現が、前記物質がIBD患者において低リスク(IBD2)表現型を誘導する能力があることを示す、方法。 - IBD患者において低リスク(IBD2)表現型を誘導する能力があるとして同定された物質を薬剤に配合することをさらに含む、請求項15に記載の方法。
- 個体におけるIBDを治療する能力がある物質を同定するインビトロ方法であって、
(i)IBDの進行が高リスクまたは低リスクである個体を、請求項1〜5または14のいずれか一項に記載の方法を用いて同定することと;
(ii)目的の前記物質を用いる治療後の前記個体におけるIBDの進行の前記レベルを対照と比較することとを含み、ここで、前記対照と比べての前記個体におけるIBDの進行のより低いレベルは、前記物質がIBDを治療する能力があることを示す、方法。 - IBDを治療する能力があるとして同定された物質を薬剤に配合することをさらに含む、請求項16に記載の方法。
- 炎症性腸疾患を示している患者の全血試料由来の患者が識別された選択遺伝子の発現産物のアレイ上で遺伝子発現産物を定量化する方法であって、
a)前記患者の前記全血試料からRNAを準備することと;
b)前記RNAをcDNAに変換することと;
c)前記cDNAの各一定分量を前記cDNAの一定分量が患者試料cDNAの一定分量として同定されるようにアレイ上に置くことと;
d)ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、GZMK、LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3からなる群から選択される3個以上の遺伝子の各遺伝子における前記cDNAの各一定分量に対してRT−qPCR、デジタルPCR、または配列決定を実施し、RT−qPCR、デジタルPCRまたは配列決定の産物を前記アレイ上に提供し、それにより前記3個以上の遺伝子発現産物を含む、患者が識別された選択遺伝子の発現産物のアレイを提供することと;
e)前記3個以上の遺伝子の各選択遺伝子についての遺伝子発現産物の量を、各選択遺伝子についての対照との比較で定量するステップと、を含み、
ここで、各選択遺伝子についての対照が、IBDの進行を有すると診断された患者群における前記遺伝子の遺伝子発現産物の発現レベルの中央値である、方法。 - 前記RT−qPCR産物が、前記cDNAを前記3個以上の遺伝子の各々に特異的なプライマーセットと接触させることにより提供される、請求項19に記載の方法。
- 前記プライマーセットが、フォワードプライマー、リバースプライマー、およびプローブを含む、請求項20に記載の方法。
- 前記アレイ上の選択された各遺伝子発現産物について、
ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、およびGZMKからなる群から選択される遺伝子における遺伝子発現産物の量が、前記遺伝子における前記対照よりも少なく;かつ
LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3からなる群から選択される遺伝子における遺伝子発現産物の量が、前記遺伝子における前記対照よりも多い、
請求項19〜21のいずれか一項に記載の方法。 - 前記アレイ上の選択された各遺伝子発現産物について、
ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、およびGZMKからなる群から選択される遺伝子における遺伝子産物の量が、前記遺伝子における前記対照よりも多く;かつ
LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3からなる群から選択される遺伝子における遺伝子産物の量が、前記遺伝子における前記対照よりも少ない、
請求項19〜21のいずれか一項に記載の方法。 - 前記遺伝子の4個、5個、13個、14個、または16個が、ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1−1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2、GZMK、LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96、およびTRGV3からなる群から選択される、請求項19〜23のいずれか一項に記載の方法。
- IBDの進行を有すると診断された前記患者群が、
前記疾患の初期症状からの12か月の期間にわたる平均0.5以上の再発(relapses);
IBD2群における患者との比較でのフォローアップの単位期間当たりのさらなる治療拡大;及び
IBDの維持段階中に投与される治療より、より高頻度もしくはより侵襲性である疾患の治療計画、
から成る群から選択される1又は複数の指標を経験した患者群である、請求項19〜24のいずれか一項に記載の方法。 - 前記患者群が、IBDの進行を有する10人の患者を含む、請求項19〜25のいずれか一項に記載の方法。
- 前記患者群が、IBDの進行を有する100人の患者を含む、請求項19〜25のいずれか一項に記載の方法。
- 前記配列決定が全トランスクリプトームショットガン配列決定を含む、請求項19〜27のいずれか一項に記載の方法。
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