JP2019505578A - 未成熟終止コドンのリードスルーを促進することにより免疫反応を誘発するための方法 - Google Patents

未成熟終止コドンのリードスルーを促進することにより免疫反応を誘発するための方法 Download PDF

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Abstract

【解決手段】 本明細書においては、未成熟終止コドン(PTC)を擁するメッセンジャーRNA(mRNA)のPTCリードスルーの促進により、個体において免疫反応を引き起こし、かつ/または、(増殖性などの)異常細胞の表面上のネオアンチゲンの発現を誘発するための組成物及び方法が、特に提供される。
【選択図】 図1

Description

この出願は、2015年12月23日に出願された米国仮特許出願番号第62/387,565号に対する優先権を主張する。その出願の開示は、その全体が、本参照により本明細書に組み込まれる。
この発明は、一般に、それらに対する免疫反応を誘発するために、未成熟終止コドン(PTC)リードスルーを促進するための組成物及び方法に関する。
過去二十年にわたってなされた癌治療薬の開発における進歩にもかかわらず、免疫システムに異常増殖している細胞を攻撃させることに基づく治療は、転移性疾患への進行を含む腫瘍の進行の遅延においては、限定的な成功しか収めていない。この一つの理由は、癌細胞に対する免疫システムによる天然発生性の反応は弱いという事実にある。これは、部分的には、癌細胞が、免疫システムが異物として認識する抗原を一般的には発現しないからである。たいてい、従来型の癌ワクチンは、体中に免疫反応を引き起こすために、腫瘍細胞上に発現される免疫原性が弱い抗原に依存する。しかしながら、最善の癌ワクチンですら、疾患進行を一時的にだけ遅延することにしか効果的でなく、疾患進行を逆行させることができると示されているものは殆どない。
かくして、癌細胞の表面上のネオアンチゲンの発現を誘発させるための改善された組成物及び方法に対し、特に需要がある。そのような新規抗原は、個体において強力な免疫反応をもたらすことができ、その個体の体じゅうの癌細胞の破壊及び排除につながるであろう。
本明細書の至る箇所において、様々な特許、特許出願、及び他の種類の刊行物(例えば、ジャーナル記事、電子データベースエントリー、など)が参照される。本明細書において引用されるすべての特許、特許出願、及び他の刊行物の開示は、その全体があらゆる目的のため本参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書において提供される発明は、とくに、未成熟終止コドン(PTC)リードスルーを促進することにより、個体において免疫反応を引き起こす、かつ/または、異常(増殖性などの)細胞の表面上のネオアンチゲンの発現を誘発するための組成物及び方法を開示する。
従って、いくらかの態様においては、本明細書においては、免疫反応をそれを必要とする個体において引き起こす方法が提供され、その方法は、未成熟終止コドンの発生をもたらすフレームシフト変異を有するmRNAにおいて未成熟終止コドンのリードスルーを促進するある量の化合物をその個体に投与する工程を有し、その量はそのmRNAのタンパク質への翻訳をもたらすのに十分である。別の一態様においては、本明細書においては、異常細胞の表面上の1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘発するための方法が提供され、その方法は、未成熟終止コドンの発生をもたらすフレームシフト変異を有するmRNAにおいて未成熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物をその細胞に接触させる工程を有し、その未成熟終止コドンのリードスルーは、そのmRNAのタンパク質への翻訳と、その細胞の表面上の1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現とをもたらす。
本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、そのフレームシフト変異を有するmRNAから翻訳されるタンパク質は非機能性である。いくらかの実施形態においては、その免疫反応は、そのmRNAの翻訳からの処理タンパク質の、免疫細胞による認識により媒介される。いくらかの実施形態においては、その免疫細胞はT細胞またはB細胞である。いくらかの実施形態においては、その免疫反応はクラスIまたはクラスII主要組織適合性複合体(MHC)分子により媒介される。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その免疫反応はT細胞により媒介される。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その免疫反応はB細胞により媒介される。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、そのT細胞は、ガンマデルタT細胞、アルファベータT細胞、またはナチュラルキラーT細胞である。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その免疫反応は炎症反応である。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、そのmRNAは増殖性細胞中に発現する。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その増殖性細胞は癌細胞である。いくらかの実施形態においては、その癌は、結腸癌、乳癌、膵臓癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞種、例えば、急性リンパ性白血病及び急性骨髄性白血病、慢性白血病などの白血病、真性多血症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、並びに重鎖病かならなる群から選択される。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物の投与をさらに有する。いくらかの実施形態においては、その免疫チェックポイント分子は、CTLA4、PD−1、PD−L1、A2AR、B7−H3、B7−H4、またはTIM3のうち一つまたはそれより多くである。いくらかの実施形態においては、その1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物は、アンタゴニスト抗体である。いくらかの実施形態においては、そのアンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上のエピジェネティック調節化合物の投与をさらに有する。いくらかの実施形態においては、そのエピジェネティック調節化合物は、ボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、5−アザシチジン、パノビノスタット、及び/またはベリノスタットのうち一つまたはそれより多くである。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その化合物は小分子化学化合物である。いくらかの実施形態においては、その化合物はアタルレンである。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その個体は哺乳類である。いくらかの実施形態においては、その哺乳類はヒトである。
他の態様においては、本明細書においては、免疫反応をそれを必要とする個体において引き起こす方法が提供され、その方法は、未成熟終止コドンの発生をもたらすナンセンス変異を有するmRNAにおいて未成熟終止コドンのリードスルーを促進するある量の化合物をその個体に投与する工程を有し、その量はそのmRNAのタンパク質への翻訳をもたらすのに十分である。さらに別の一態様においては、本明細書においては、異常細胞の表面上の1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘発するための方法が提供され、その方法は、未成熟終止コドンの発生をもたらすナンセンス変異を有するmRNAにおいて未成熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物を細胞に接触させる工程を有し、その未成熟終止コドンのリードスルーは、そのmRNAのタンパク質への翻訳と、その細胞の表面上の1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現とをもたらす。
本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、そのナンセンス変異を有するmRNAから翻訳されるタンパク質は、腫瘍抑制遺伝子ではない。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、そのナンセンス変異を有するmRNAから翻訳されるタンパク質は、ジストロフィン、アルファ−L−イズロニダーゼ、及び/または嚢胞性繊維症膜貫通コンダクタンス制御因子(CFTR)タンパク質のうち一つまたはそれより多くではない。いくらかの実施形態においては、その免疫反応は、そのmRNAの翻訳からの処理タンパク質の、免疫細胞による認識により媒介される。いくらかの実施形態においては、その免疫細胞はT細胞またはB細胞である。いくらかの実施形態においては、その免疫反応はクラスIまたはクラスII主要組織適合性複合体(MHC)分子により媒介される。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その免疫反応はT細胞により媒介される。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その免疫反応はB細胞により媒介される。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、そのT細胞は、ガンマデルタT細胞、アルファベータT細胞、またはナチュラルキラーT細胞である。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その免疫反応は炎症反応である。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、そのmRNAは増殖性細胞中に発現する。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その増殖性細胞は癌細胞である。いくらかの実施形態においては、その癌は、結腸癌、乳癌、膵臓癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞種、例えば、急性リンパ性白血病及び急性骨髄性白血病、慢性白血病などの白血病、真性多血症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、並びに重鎖病かならなる群から選択される。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物の投与をさらに有する。いくらかの実施形態においては、その免疫チェックポイント分子は、CTLA4、PD−1、PD−L1、A2AR、B7−H3、B7−H4、またはTIM3のうち1つまたはそれ以上である。いくらかの実施形態においては、その1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物は、アンタゴニスト抗体である。いくらかの実施形態においては、そのアンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上のエピジェネティック調節化合物の投与をさらに有する。いくらかの実施形態においては、そのエピジェネティック調節化合物は、ボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、5−アザシチジン、パノビノスタット、及び/またはベリノスタットのうち1つまたはそれ以上である。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その化合物は小分子化学化合物である。いくらかの実施形態においては、その化合物はアタルレンである。本明細書において開示されるあらゆる実施形態のいくらかの実施形態においては、その個体は哺乳類である。いくらかの実施形態においては、その哺乳類はヒトである。
本明細書において開示される態様及び実施形態のそれぞれは、その実施形態または態様の文脈から明確にあるいは明白に除外されない限り、一緒に使用されることが可能である。
図1は、PTC124(アタルレン)投与の腫瘍体積(mm)に対する効果を比較するグラフを描写する。 図2は、PTC124(アタルレン)及び/または抗CTLA−4投与の腫瘍体積(mm)に対する効果を比較するグラフを描写する。 図3は、PTC124(アタルレン)及び/または抗PD−1投与の腫瘍体積(mm)に対する効果を比較するグラフを描写する。 図4は、治療後の免疫細胞浸潤を示す腫瘍切片の顕微鏡写真の図を描写する。 図5は、PTC124(アタルレン)での治療後の腫瘍内T細胞浸潤についてのFACS解析の結果を示すバーグラフを描写する。
癌免疫治療のためのチェックポイント遮断の有効性に対する主な障害は、膨大な免疫エディティングを経た後期癌により発現される有力な腫瘍ネオアンチゲンの欠乏に関する。この免疫エディティングのプロセスは、腫瘍のライフサイクルの初期に起こり、免疫原性のあるまたは強力な腫瘍特異的抗原を発現しゆえに細胞傷害性T細胞により標的とされた腫瘍細胞の集団の欠落をもたらす。成熟腫瘍は、従って、主に、弱い腫瘍抗原のみの発現などの複数の免疫回避戦略を展開し、ゆえに細胞傷害性T細胞により効果的には標的とされにくい腫瘍細胞からなる。癌における免疫治療モダリティーとしてのチェックポイント遮断の最近の成功にもかかわらず、これらの薬の有効性は、強力な腫瘍ネオアンチゲンの利用可能性と非常によく相関する。とりわけ、これらの薬が最も効果的である腫瘍は、黒色腫、及び非小細胞肺癌(NSCLC)などの、最大の変異搭載量を有する腫瘍である。黒色腫、及び非小細胞肺癌は、ともに、それぞれ、UV損傷及び喫煙の、強力な環境誘発性変異シグナチャーを擁する。
免疫治療における進歩とならぶ腫瘍ワクチン開発における努力は、腫瘍試料に対し実施されるRNAseq/エクソームシークエンシングが変異転写物を同定し、その転写物はそれから強力なネオアンチゲンとしてはたらくことができるかの能力に対して選択され、それからワクチン開発のベースとして使用される現在のアプローチをもたらした。これらの変異検出方法の特性ゆえ、検出されるmRNA種の圧倒的多数が、ヌクレオチド転移及び転換により引き起こされ、サイレント置換または一アミノ酸置換のいずれかをもたらした、コード配列中にミスセンス変異を含有するものである。これらのタンパク質はネオアンチゲンとしてはたらく能力はあるが、一つよりも多いアミノ酸相違を有する変異mRNA種を同定するのが、ずっと好ましいであろう。その変異mRNA種は、よりずっと強力なネオアンチゲンとしてはたらきうる。
強力な腫瘍ネオアンチゲンを生じるより望ましい腫瘍mRNAプールは、未成熟終止コドン(PTC)を含有するものであろう。これらのmRNA種は、挿入、欠失、ナンセンス変異、及び不終止(終止が遅延する)変異などのはるかにより有害な変異を含有する。しかしながら、皮肉なことに、これらの同じPTC含有性種は非常に不安定であり、かつナンセンス依存性分解(NMD)経路により迅速に分解される。従ってそれらの種は、一般に、その非常に少量しか存在しないまたは完全に存在しないためRNA配列中では検出不可能であり、またタンパク質に翻訳されるとしても稀である。PCT含有性mRNAは、リーディングフレームにけるシフト及び/または代わりの終止コドンの使用ゆえに、野生型配列とは異なる多くのアミノ酸をコードする可能性を有する。タンパク質がPCT含有性mRNA種から転写されうるならば、そのタンパク質は、非常に異なる配列を有するタンパク質をコードしうるため、極めて強力な腫瘍ネオアンチゲンの供給源であることを意味するであろう。腫瘍においてPCTリードスルーを促進することを目的とする治療アプローチは、PCT含有性転写物が翻訳され、強いネオアンチゲンがin vivoで発現されることを許容する。
従って、この発明は、とくに、未成熟終止コドン(PTC)を擁する1つまたはそれ以上のメッセンジャーRNA(mRNA)分子を発現する細胞を有する個体において、それらの細胞の表面上の1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘発することにより、免疫反応を引き起こすための、方法及び組成物を提供する。本発明は、部分的には、PTCリードスルー促進剤が、「リードスルー」、及びそれに続く、対応する野生型タンパク質とは異なる、時には顕著に異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドへの、PTCを擁するmRNAの翻訳をもたらすという発明者の発見に基づく。理論には拘束されないが、これらのペプチドのタンパク質分解及び腫瘍組織適合性複合体(MHC)分子による細胞表面上の提示は、例えばT細胞などの免疫システムの構成成分による攻撃のための非常に抗原性の高い標的をもたらしうる。本発明は、迅速に分裂する細胞の超可変的性質ゆえ、癌などの過剰増殖細胞により特徴描写される疾患の治療に対し、とくに有用性を有する。癌細胞は、免疫システムによる検出を、部分的にはその表面上に抗原性が弱いまたは非抗原性ペプチドのみを提示することにより、回避する。従って、一実施形態においては、本明細書において開示される組成物及び方法は、癌細胞の表面上にネオアンチゲンの発現を誘発し、それにより免疫システムによる攻撃に脆弱にさせる、効果的な方法を提示する。
I.一般的な技法
本発明の実施は、別に示されない限り、当業者に周知である、分子生物学、微生物学、細胞生物学、生化学、核酸化学、及び免疫学の従来型の技法を利用する。そのような技法は、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,fourth edition(Sambrook et al.,2012)及びMolecular Cloning:A Laboratory Manual,third edition(Sambrook and Russel,2001),(本明細書においては合わせて「Sambrook」と呼ばれる);Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel et al.,eds.,1987,2014までの補足を含む);PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis et al.,eds.,1994);Antibodies:A Laboratory Mannual,Second edition,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor NY(Greenfield,ed.,2014),Beaucage et al.,eds.,Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry,John Wiley&Sons,Inc.,New York,2000,(2014までの補足を含む)、Gene Transfer and Expression in Mammalian Cells(Makrides,ed.,Elsevier Sciences B.V.,Amsterdam,2003)、及びCurrent Protocols in Immunology(Horgan K and S.Shaw(1994)(2014までの補足を含む)などの文献に完全に説明される。
II.定義
本明細書において開示される「未成熟終止コドン」(PTC)または「未成熟ストップコドン」は、変異の結果生じる(内因性終止コドンの前の)mRNA中へのストップコドンの導入を指す。
本明細書において使用される「ナンセンス変異」は、転写mRNAにおけるPTCもしくはナンセンスコドンを、及び短縮され不完全で通常は非機能性のタンパク質産物をもたらす、DNAの配列における点変異である。ナンセンス変異は、さまざまな疾患、とくに遺伝的に受け継がれる疾患の基礎となりうる、遺伝子変異である。例えば癌においては、ナンセンス変異は一般に、獲得性であり、あるいは腫瘍における体細胞変異である。いくらかの実施形態においては、そのナンセンス変異は体細胞変異である。別の一実施形態においては、そのナンセンス変異は生殖細胞変異ではない。
「不終止」は、mRNAの、3'非翻訳領域への継続的及び不適切翻訳をもたらす、内因性終止コドン中の点変異である。不終止変異は、変則的なアミノ酸配列の導入、及び下流の終止コドンの利用をもたらす。いくらかの実施形態においては、不終止変異は、体細胞変異である。別の一実施形態においては、その不終止変異は生殖細胞変異ではない。
「フレームシフト変異」は、オープンリーディングフレーム内の1つまたはそれ以上のヌクレオチドの欠失または挿入を指す。例えば、コーディング領域のリーディングフレームがヌクレオチド一つまたは二つぶんシフトする、単一ヌクレオチドまたはジヌクレオチドの欠失または挿入である。従って、フレームシフト変異を擁するmRNAから翻訳されるポリペプチドのアミノ酸配列は、対応する野生型配列とは非常に異なる。いくらかの実施形態においては、フレームシフト変異はPTCを産生する。いくらかの実施形態においては、フレームシフト変異は、a+1または+2フレームシフト変異をもたらす、ヌクレオチドまたはジヌクレオチド欠失である。しかしながら、フレームシフト変異が起こるならば、あらゆる数のヌクレオチド欠失が起こりうる。あるいは、1つまたはそれ以上のヌクレオチドの挿入がフレームシフトを生じさせるかもしれず、そのような変異もまた本発明の一部を形成する。フレームシフトを生じさせる他の遺伝的改変もまた、本発明の一部を形成する。その改変は、エクソンスキップもたくはイントロン配列保持をもたらすスプライス部位の変異、あるいは、異なる位置からの翻訳開始またはイントロンもしくは5'もしくは3'非翻訳領域内などのコーディング領域外の変異をもたらすヌクレオチド配列の変化などである。その変異は、翻訳の誤り、及び変異タンパク質の産生をもたらしうる。この種類の遺伝子変異においては、変異タンパク質は、完全に変異型のアミノ酸配列であろうし、また野生型配列を含有しないであろう。いくらかの実施形態においては、フレームシフト変異は、未成熟終止コドン(mRNA中の早くに起こる場合)、あるいは、遅延終止コドン(内因性終止コドンの近くで起こる場合)をもたらしうる。いくらかの実施形態においては、そのフレームシフト変異は体細胞変異である。別の一実施形態においては、そのフレームシフト変異は生殖細胞変異ではない。
本明細書において使用される「非機能的」ポリペプチドは、1つまたはそれ以上の変異ゆえに、対応する非変異(野生型)ポリペプチドと比べて、細胞の文脈において機能を果たすことができないポリペプチドを指す。「機能的」ポリペプチドは、1つまたはそれ以上の変異アミノ酸を有するかもしれないが、対応する非変異(野生型)ポリペプチドと比べて、少なくともある程度は細胞機能を果たしうるポリペプチドである。
本明細書において使用される「リードスルー」は、リボソーム翻訳において未成熟終止コドンをスキップし、またはアミノ酸を置換し、または未成熟終止コドンを有するmRNAの分解を抑制することを意味する。
本明細書において使用される「ポリペプチド」は、タンパク質、ペプチド、ポリペプチドの断片、及び融合ポリペプチドを含む。
用語「患者」または「個体」は、本明細書においては互換的に使用され、治療されることになる対象者を意味する。いくらかの実施形態においては、個体は哺乳類である。他の実施形態においては、哺乳類はヒトである。いくらかの場合においては、本発明の方法は、実験動物において、獣医学的適用において、並びに、マウス、ラット、及びハムスターを含む齧歯類、並びに霊長類を含むがこれらに限定されない、疾患のための動物モデルの開発において、用いられる。
「〜を含む(including)」、「〜を含有する(containing)」、「〜により特徴付けられる(characterized by)」と同意義である転換語「comprising」は、包括的または開放型であり、追加の列挙されていない要素または方法ステップを除外しない。これに対し、転換語「〜を有する(consisting of)」は、特許請求の範囲において特定されないあらゆる要素、ステップ、または成分を除外する。転換語「実質的に〜からなる(consisting essentially of)」は、特許請求の範囲の範囲を、その特定される材料またはステップ、及び特許請求の範囲に係る発明の「基本的及び新規特徴に実質的には影響しないもの」に限定する。
本明細書において使用されるすべての技術的及び科学的用語は、本明細書において別に定義されない限り、この発明が関連する技術分野の当業者により一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
本明細書においては、単数形「a」、「an」、及び「the」は、文脈が明らかに別に示さない限り、その複数形の参照対象を含む。
III. 組成物
未成熟終止コドン(PTC)変異は、塩基置換またはフレームシフト変異が、センスコドンを三つの終止コドン(UAA、UAG、またはUGA)のうちの一つへと変化させる変異である。酵母、ヒト遺伝疾患、及びイムノグロブリンファミリー遺伝子発現の研究が、そのような鎖終止変異を含有するナンセンスRNAの、翻訳を最小限にし、かつRNA安定性を調節する、mRNA監視メカニズムを同定した。この監視メカニズムは、「ナンセンス依存性分解」(「NMD」)と呼ばれる。例えば、Hentze&Kulozik,Cell 96:307−310(1999);Culbertson,Trends in Genetics 15:74−80(1999);及びLi&Wilkinson,Immunity 8:135−141(1998)を参照。NMDは、正常細胞(例えばB、及びT細胞)と遺伝子変異を有する細胞(つまり、細胞増殖を制御する遺伝子に変異を有する細胞)との両者において作動可能である、転写後メカニズムである。
異常な転写産物を検出するプロセスは、mRNAの翻訳の間に起こる。哺乳類における異常転写産物の検出のための一般的なモデルは、翻訳の第一ラウンドの間に、リボソームが、スプライシングが起こった後にmRNAに結合しているエクソン−エクソン接合複合体を除去することを提唱する。この翻訳の第一ラウンドの後にこれらのタンパク質いずれかがmRNAに結合したままであれば、NMDが活性化される。PTCの下流に位置するエクソン−エクソン接合複合体は、リボソームが複合体に到達する前に放出されるため、転写産物からは除去されない。翻訳の停止は、UPF1、SMG1、並びに放出因子eRF1及びeRF2からなる複合体の、mRNA上での集合をもたらす。転写産物がPTCを含有するためにエクソン接合複合体(EJC)がmRNA上に残されたら、UPF1がUPF2及びUPF3と接触し、UPF1のリン酸化を引き起こす。
従って、理論には拘束されることなく、また本発明の一態様においては、PTCを擁するmRNAのポリペプチドへの翻訳を誘発するために、PTCのリードスルーを促進する化合物が提供され、ゆえにリボソームによる最初のラウンドの間のmRNAに結合するすべてのEJCの除去を確実にする。
A. PTCリードスルーを促進する化合物
PTCを擁するmRNAのリードスルーを促進することが可能であるあらゆる化合物が、本発明における使用のために適切である。今日まで、哺乳類細胞中で活性がある最もよく報告されるPTCリードスルー化合物は、抗生剤のアミノグリコシドクラスに属してきた。一定の種類のアミノグリコシドは、near cognateトラスファーRNA(tRNA)によるランダムなアミノ酸の挿入により、リボソームにPTC変異をリードスルーするように誘発しうる。アミノグリコシドの治療的可能性は、研究室において、嚢胞性繊維症(例えば、Du et al.,2002,J.Mol.Med.80.595−604を参照)、筋萎縮症(例えば、Loufani et al.,2004,Arterioscler.Thromb.Vase.Biol.24:671−676を参照)、ハーラー症候群(Keeling et al.,2001,Hum.Mol.Genet.10:291−299)、シスチン症(Helip−Wooley et al.,2002,Mol.Genet Metab.75:128−133)、脊髄性筋萎縮症(Sossi et al.,2001,Eur.J.Hum.Genet.9:1 13−120)、毛細血管拡張性運動失調症(Lai et al.,2004,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,101:15676−15681)、及び1型アッシャー症候群(Rebibo−Sabbah et al.,2007.Hum.Genet.122:373−381)などの異なる遺伝学的モデルに対し評価されてきた。臨床試験もまた、アミノグリコシドがいくらかの機能的タンパク質産生を誘発しうることを示す。しかしながら、治療的利益は不明確のままである(例えば、Politano et al.,2003,Acta Myol.22:15−21を参照)。
より効率的な非アミノグリコシドリードスルー化合物アルタレン(以前はPTC124として知られていた)が、ルシフェレースベースのハイスループットスクリーニング(HTS)アッセイを使用して、>800,000化学物質及びアナログをスクリーニングすることにより、合成的に開発された(例えば、Welch et al.,2007,Nature.447:87−91を参照)。嚢胞性繊維症におけるフェーズI臨床研究は、アタルレンが一般的に良好な耐用性を示し、アミノグリコシドよりも効率的なリードスルー活性を有するようであることを確認した(Hirawat et al.,2007,J.Clin.Pharmacol.47:430−444)。さらに、PTC124は、正常終止コドンのリボソームリードスルーは誘発しない。
従って、一実施形態においては、PTCリードスルーを促進する化合物は、式Iの化合物1,2,4−オキサジアゾール安息香酸化合物:
Figure 2019505578
あるいは、その薬学的に許容可能な塩、水和物、包接化合物、プロドラッグ、多形体、エナンチオマー、ジアステレオマー、ラセミ体を含む立体異性体、または立体異性体の混合物である。
ここで、Zは、置換もしくは未置換アリール、置換もしくは未置換ヘテロアリール、置換もしくは未置換シクロアルキル、置換もしくは未置換アルキル、置換もしくは未置換アルケニル、置換もしくは未置換ヘテロ環、置換もしくは未置換アリールアルキルであり;
は、水素、置換もしくは未置換アルキル、置換もしくは未置換シクロアルキル、置換もしくは未置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは未置換アリール、置換もしくは未置換ヘテロアリール、−(CHCHOR、またはあらゆる生体加水分解性基であり;
、R、R、R、及びRは、独立に、水素、置換もしくは未置換アルキル、置換もしくは未置換アルケニル、置換もしくは未置換アルキニル、置換もしくは未置換シクロアルキル、置換もしくは未置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは未置換アリール、置換もしくは未置換ヘテロアリール、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、ハロゲン、CF、OCF、OCHF、CN、COOH、COOR、SO、NO、NH、またはN(Rであり;
各出現Rは、独立に、水素、置換もしくは未置換アルキル、置換もしくは未置換アルケニル、置換もしくは未置換アルキニル、置換もしくは未置換シクロアルキル、置換もしくは未置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは未置換アリール、置換もしくは未置換ヘテロアリール、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、ハロゲン、またはCFであり;
nは1から7の整数である。
さらなる実施形態においては、PTCリードスルーを促進する化合物は、3−[5−(2−フルオロフェニル)−1,2,4−オキサジアゾール−3−イル]安息香酸化合物である。
いくらかの態様においては、PTCリードスルーを促進する化合物は、小分子である。小分子は、好ましくは本明細書において定義される結合ポリペプチドまたは抗体以外の有機分子である。有機小分子は、既知の方法論を使用して同定かつ化学合成されうる(例えば、PCT出願公報第WO00/00823号及び第WO00/39585号を参照)。有機小分子は、通常はサイズが約2000ダルトンより小さく、あるいはサイズが約1500、750、500、250、または200ダルトンより小さい。ここで、本明細書において開示されるPTCリードスルーを促進するそのような有機小分子は、周知の技法を使用して過剰な実験なしに同定されうる。この点に関しては、PTCリードスルーを促進することが可能な分子について有機小分子ライブラリーをスクリーニングするための技法は、当技術分野において周知であることが特筆される(例えば、米国特許出願公報第2004/0214193及び2003/0049666号;並びに国際特許出願公報第WO2001/044516号を参照、それらの開示内容は、本参照により本明細書に組み込まれる)。
有機小分子は、例えば、アルデヒド、ケトン、オキシム、ヒドラゾン、セミカルバゾン、カルバジド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、N−置換ヒドラジン、ヒドラジド、アルコール、エーテル、チオール、チオエーテル、ジスルフィド、カルボン酸、エステル、アミド、尿素、カルバマート、炭酸塩、ケタール、チオケタール、アセタール、チオアセタール、ハロゲン化アリール、アリールスルホネート、ハロゲン化アルキル、アルキルスルホネート、芳香族化合物、複素環化合物、アニリン、アルケン、アルキン、ジオール、アミノアルコール、オキサゾリジン、オキサゾリン、チアゾリジン、エナミン、スルホンアミド、エポキシド、アジリジン、イソシアン酸塩、塩化スルホニル、ジアゾ化合物、酸塩化物、またはそれらの類似物でありうる。
いくらかの態様においては、小分子化合物は、コンビナトリアルな化学物質ライブラリーの構成要素である。コンビナトリアル化学物質ライブラリーは、より小さいサブユニットまたはモノマーからなる、複数種の化学化合物の収集物である。コンビナトリアルライブラリーは、数百から何十万種にわたる異なる種の化学化合物など、様々なサイズを有する。また、炭水化物、オリゴヌクレオチド、及び小有機分子などの化合物からなる、オリゴマー及びポリマーのライブラリーを含む、さまざまなライブラリーの種類も存在する。そのようなライブラリーは、化学化合物の固定及びクロマトグラフィー分離、並びに、PTCリードスルーを促進するまたは目的の生物活性(PTCを擁するmRNAの翻訳などだがこれに限定されない)を媒介することが可能なリガンドを同定かつ特徴描写するための使用など、さまざまな使用を有する。
個相支持体上で化合物ライブラリーを合成するためのさまざまな技法が、当技術分野において知られている。固相支持体は、一般に、ライブラリーの化合物を形成するためにサブユニットまたはモノマーと結合するように機能化されている表面を有するポリマー物体である。一つのライブラリーの合成には、一般に、多数の固相支持体が関与する。コンビナトリアルライブラリーを作成するためには、固相支持体が、化合物の1つまたはそれよ以上のサブユニットと、また1つまたはそれ以上の試薬と、慎重に制御される所定の化学反応の順序に従い、反応させられる。別の言葉では、ライブラリーは、固相支持体上で「成長」させられる。より大きいライブラリーは、より多数の反応を必要とし、ライブライーをなす複数種の化合物の化学組成物について絶えず把握するタスクを複雑化する。いくらかの実施形態においては、小分子は、サイズが約2000ダルトンより小さく、あるいはサイズが約1500、750、500、250、または200ダルトンより小さい。
本明細書におけるあらゆる態様において開示される小分子薬剤は、個体支持体上で実施されうるあらゆる種類の化学反応に由来しうる。そのような化学反応は、ブタジエンのトラッピングを含む2+2環化付加;イソキサゾリン、フラン、及び修飾ペプチドの合成を含む[2+3]環化付加;ジオール、アルデヒド、及びケトンの固定を含むアセタール形成;アルデヒドの誘導体化、プロパンジオールの合成を含むアルドール縮合;アルデヒドの誘導体化を含むベンゾイン縮合;ベンゾジアゼピン及びヒダントイン、チアゾリジン、ターンミメティック、ポルフィリン、フタロシアニンを含む環状縮合;ジエステルの環化を含むディークマン環化;アクリル酸の誘導体化を含むディールスアルダー反応;アルコールのアルケンへの付加を含む求電子付加;アルデヒドの誘導体化を含むグリニャール反応;二置換アルケンの合成を含むヘック反応;in situでのニトリルオキシドの合成を含むヘンリー反応([2+3]環化付加を参照);フェロモン及びペプチドの合成(アルケンの水素化)を含む接触水素化;スルファニルケトン、ビシクロ[2.2.2]オクタンの合成を含むマイケル反応;アリールエーテル、ペプチジルホスホナート、及びチオエーテルを含むミツノブ反応;キノロンの合成を含む求核芳香置換;アルデヒド及びケトンの合成を含む酸化;ペンチノールでのノルボルナジエンの環化を含むポーソン−カンド環化付加;ヘリセンの合成を含む光化学環化;アルデヒド及び塩化アクリルの誘導体化を含む有機金属化合物を伴う反応;カルボニル、カルボン酸、エステル、及びニトロ基の還元を含む錯水素化物及びスズ化合物を伴う反応;カルボキシル基の還元を含むそ合反応;ビフェニル誘導体の合成を含むスティル反応;置換シクロヘキサノンの合成を含むストーク反応;キノロンの合成を含む還元的アミノ化;フェニル酢及び酸誘導体の合成を含む鈴木反応;並びにアルデヒド、フェロモン、及びスルファニルケトンの反応を含むウィッティヒ−ホーナー反応を含むが、これらに限定されない。
化学ライブラリーの合成、並びに個々の固相支持体上へのそれらのライブラリーの個々の化合物のデコンボリューションを開示する参考文献は、米国特許出願第2009/0032592号;Needels et al.,(1993),Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:10700−10704;及びPCT出願公報第WO97/15390号において見つけられうる。それらの開示は、本参照により本明細書に組み込まれる。
一定の実施形態においては、本明細書において開示される方法における使用のためのPTCリードスルーを促進するための化合物は、
Figure 2019505578
いくらかの実施形態においては、本明細書において開示されるいずれかの方法における使用のために適するPTCリードスルーを促進するための化合物は、限定することなく、アミカシン、G418(ゲネチシン)、ゲンタマイシン、またはパロモマイシンなどの、アミノグリコシドである。他の実施形態においては、PTCリードスルー化合物は、限定することなく、NB54、NB74、NB84、またはTC007などの、アミノグリコシド誘導体である。さらなる実施形態においては、PTCリードスルーを促進するための化合物は、限定することなく、ネガマイシンまたはタイロシンなどの非アミノグリコシドである(Bidou et al.,2012,Trends Molec.Med.18(11):679−88;McKinney et al.,2015,ACS Med.Let.,6:930−955;及びDu et al.,2009,J.Exp.Med.,206(10):2285−97を参照、これらは本参照により本明細書に組み込まれる)。
さらなる実施形態においては、本明細書において開示される方法における使用のためのPTCリードスルーを促進するための化合物は、
Figure 2019505578
さらに他の実施形態においては、本明細書において開示される方法における使用のためのPTCリードスルーを促進するための化合物は、限定することなく、
Figure 2019505578
Figure 2019505578
などの、ネガマイシン誘導体でありうる。
本明細書において開示される方法における使用のために適切である更なるPTCリードスルー薬は、限定することなく、イセパマイシン、トブラマイシン、RTC#1、RTC#2、RTC#3、RTC#4、RTC#7、RTC#9、RTC#10、RTC#11、RTC#16、RTC#17、クリトシン、マクロライドスピラマイシン、マクロライドジョサマイシン、マクロライドタイロシン、NB30、ストレプトマイシン、ハイグロマイシン、ピューロマイシン、リビドマイシン、TC001、TC003、TC0032、JL022、JL023、ハイグロマイシンB、カナマイシンA、カナマイシンB及びその「JL」誘導体、ネオマイシン及びその「TC」誘導体、パロアミン及びその合成誘導体、パロモマイシン及びその「NB」誘導体、またはオレアンドマイシンを含む(Lee&Dougherty,2012,Pharmacol&Therap.,136:227−66を参照、これらの開示は本参照により本明細書に組み込まれる)。他のPTCリードスルー薬は、ネガマイシン及びゲンタマイシンを含む。
本発明における使用のためのPTCリードスルーを促進するために適切である他の化合物は、米国特許出願公報第2015/0274674号、第2015/0051251号、第2013/0217717号、第2012/0087896号、第2011/0046136号、第2011/0003843号、第2010/0093867号、第2008/0207538号、第2007/0203123号、第2006/0166926号、及び第2006/0167283号;国際特許出願公報第WO2015/134711号、第WO2015/109248号、第2013/142346号、第WO2012/016930号、第WO2008/101935号、第WO2004/009958号、第WO2004/009610号、第WO2004/009533号、及び第WO2014/055644号、並びに、米国特許第8,163,782号、及び第6,992,096号において見つけられうる。これら各々の開示は、その全体が本参照により本明細書に組み込まれる。
B. 医薬組成物
本明細書においては、本明細書において開示されるPTCリードスルーを促進する化合物のいずれかを有する医薬組成物もまた提供される。本発明の医薬組成物は、錠剤、カプセル剤、顆粒剤、粉末剤、ペレット剤、カプレット剤、ミニ錠剤、トローチ剤、ミニ錠剤及び/またはペレット剤で満たされたカプセル剤、多層錠剤、懸濁液のための顆粒剤、小袋に詰められた顆粒剤または粉末剤のうち一つまたはそれより多くを含みうる。他の実施形態においては、本発明の組成物は、フィルムコート錠剤を与えるようにコーティングされうる。
本発明の組成物は、薬学的に賦形剤を混合する工程、及び、その賦形剤を、PTCリードスルーを促進する化合物の水溶液またはアルコール溶液と、並びに糖と、任意で薬学的に許容可能な賦形剤と共に顆粒化する工程により、調製されうる。その顆粒剤は、乾燥かつ潤滑化され、適切な剤形へと変換されうる。
PTCリードスルーを促進する化合物またはそれらの薬学的に許容可能な塩の安定個体医薬組成物は、直接圧縮、湿式または乾式顆粒化、スラギング、ホットメルト顆粒化、ホットメルト押出、流動層顆粒化、押出球状化、噴霧乾燥、及び溶媒蒸発などの薬学的技術の当業者に知られるプロセスにより、調製されうる。ある実施形態においては、PTCリードスルーを促進する化合物またはそれらの薬学的に許容可能な塩の安定医薬組成物は、その化合物を、1つまたはそれ以上の糖と、1つまたはそれ以上の薬学的に許容可能な賦形剤とともに乾式/湿式顆粒化する工程、及び任意でその顆粒剤を他の賦形剤と混合する工程により、調製される。
薬学的に許容可能な賦形剤は、1つまたはそれ以上の結合剤、充てん剤、潤滑剤、可溶化剤、安定化剤、崩壊剤、滑剤、及びそれらの類似物を含みうる。
適切な「希釈剤」は、ラクトース、微結晶セルロース、リン酸カルシウム、デキストリン、デキストロース、デキストレート、マンニトール、ソルビトール、スクロース、及びそれらの類似物のうち一つまたはそれより多くを含みうる。とくに、希釈剤は、ラクトース及び微結晶セルロースである。希釈剤は、組成物の顆粒剤外及び/または顆粒剤内部分に存在しうる。
適切な「崩壊剤」は、クロスポビドン(ポリプラスドン)、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、カルメロース、カルボキシスターチナトリウム、カルメロースカルシウム、コーンスターチ、部分的にアルファー化されたスターチ、クロスカルメロースナトリウム、スターチグリコール酸ナトリウム、及びそれらの類似物のうち一つまたはそれより多くを含みうる。とくに、崩壊剤は、クロスポビドンである。崩壊剤は、組成物の顆粒剤外及び/または顆粒剤内部分に存在しうる。
適切な「結合剤」は、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリビニルピロリドン(ポビドンK30)、ポリビニルアルコール、これらが部分的にサポニン化されたもの、スターチ、及びそれらの類似物のうち一つまたはそれより多くを含みうる。とくに、結合剤はポリビニルピロリドンである。
適切な「可溶化剤」は、ポロキサマー、ポリエチレングリコール、ポリソルベート、ラウリル硫酸ナトリウム、グリセリルモノステアラート、グリセリルモノオレエート、レシチン、ポリオキシエチレンアルキルエステル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレン脂肪酸エステル、及びそれらの類似物のうち一つまたはそれより多くを含みうる。とくに、可溶化剤は、ポロキサマー及びグリセリルモノオレエートである。
適切な「安定化剤」は、クエン酸、酒石酸、フマル酸、マレイン酸、ビタミンEアセタート、及びそれらの類似物のうち1つまたはそれ以上を含みうる。とくに、安定化剤は、ビタミンEアセタートである。
適切な「潤滑剤/滑剤」は、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、パルミチン酸、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、フマル酸ステアリルナトリウム、ベヘン酸グリセリル、タルク、及びそれらの類似物のうち1つまたはそれ以上を含む。
本発明に従うPTCリードスルーを促進するあらゆる化合物が、1つまたはそれ以上の薬学的に許容可能な担体または賦形剤を使用して従来型の方式で製剤化されうる。従って、本発明に従う使用のための化合物は、例えば、経口、舌下、口腔内、腸管外、直腸、膣内、または鼻腔内投与のために、あるいは吸入または送気(口または鼻のいずれかを介する)による投与に適切な形態で、あるいは局所投与に、好ましくは目における局所適用に適切な形態で製剤化されうる。別の一実施形態においては、PTCリードスルーを促進するための化合物は、局所または皮下投与のために製剤化される。
経口投与のためには、医薬組成剤は、例えば、結合剤(例えば、アルファー化トウモロコシスターチ、ポリビニルピロリドン、またはヒドロキシプロピルメチルセルロース);充てん剤(例えば、ラクトース、微結晶セルロース、またはリン酸カルシウム);潤滑剤(例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、またはシリカ);崩壊剤(例えば、ポテトスターチ、またはスターチグリコール酸ナトリウム);または湿潤剤(例えば、ラウリル硫酸ナトリウム)などの薬学的に許容可能な賦形剤を用いて、従来型の方法により調製される錠剤またはカプセル剤の形態を取りうる。錠剤は、当技術分野において周知の方法によりコーティングされうる。経口投与のための液体調製物は、例えば、溶液、シロップ、または懸濁液の形態をとってもよく、あるいは、水または他の適切な媒体での使用前の構成のための乾燥産物として提示されうる。そのような液体調製物は懸濁剤(例えば、ソルビトールシロップ、メチルセルロース、または食用硬化油);乳化剤(例えば、レシチン、またはアカシア);非水性媒体(例えば、アーモンド油、エステル油、またはエチルアルコール);及び保存剤(例えば、メチルもしくはp−ヒドロキシ安息香酸プロピル、またはソルビン酸)などの薬学的に許容可能な添加剤を用いて、従来型の方法により調製されうる。
口腔内投与については、組成物は、従来型の様式で製剤化される錠剤またはトローチ剤の形態をとりうる。
本発明に従う使用のためのPTCリードスルーを促進するための化合物は、注射による腸管外投与、便利には静脈内、筋肉内、腫瘍内、または皮下注射、例えば、ボーラス注射または継続的静脈内注入のために製剤化されうる。注射のための製剤は、例えば、アンプル中または複数用量容器中、任意では添加された保存剤とともに、単位剤形で提示される。腸管外投与のための組成物は、油性または水性媒体中の懸濁液、溶液、または乳液などの形態をとってもよく、また、懸濁、安定化、及び/または分散剤などの製剤用剤を含有してもよい。あるいは、有効成分は、例えば滅菌パイロジェンフリーの水または等張食塩水などの適切な媒体を用いる使用前の構成のための、粉末、結晶、またはフリーズドライ個体などの乾燥形態をとってもよい。製剤は、例えば滅菌アンプルまたはバイアル中に提示されうる。
本発明に従う使用のためのPTCリードスルーを促進するための化合物は、例えばココアバターまたは他のグリセリドなどの従来型の坐薬ベースなどを含有する、坐薬または停留浣腸などの直腸組成物中に製剤化されてもよい。
舌下投与のための錠剤は、従来型の様式で製剤化されうる。
鼻腔内投与のためには、例えば、スプレーまたはドロップの形態で提示される例えば溶液、懸濁液、または乳液などの液体の形態で、あるいは粉末剤として、本発明に従う使用のためのPTCリードスルーを促進するための化合物が使用されうる。好ましくは、鼻腔内投与のための調製物は、送気装置から、または加圧パックもしくは適切な推進剤の使用を伴ってネブライザーから、スプレーまたはエアロゾルの形態で送達される。
吸入による投与については、本発明に従う使用のためのPCTリードスルーを促進するための化合物が、例えばジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、テトラフルオロエタン、ヘプタフルオロプロパン、二酸化炭素、または他の適切な気体などの適切な推進剤の使用を伴って、加圧パックまたはネブライザーからのエアロゾルスプレー提示の形態で便利に送達されうる。加圧エアロゾルの場合には、用量単位は、計量される量を送達するためにバルブを提供することにより決定されうる。例えば吸入器または送気装置における使用のためのゼラチンの、カプセル及びカートリッジは、本発明の化合物と、ラクトースまたはスターチなどの適切な粉末ベースとの粉末混合物を含有して製剤化されうる。
局所投与については、医薬組成物は、例えば、目への局所適用に適するクリーム、ジェル、ローション、フォーム、またはドロップの形態で提示される溶液、懸濁液、または乳液(ナノ粒子またはリポソーム含有性乳液など)の、液体でありうる。
組成物は、各投薬量が、約1mgから約5mg、1mgから約10mg、約1mgから約20mg、約1mgから約30mg、約1mgから約40mg、約1mgから約50mg、約1mgから約60mg、約1mgから約70mg、約1mgから約80mg、または約1mgから約90のうちいずれかなど、約5mgから約100mgまたはそれ以上の有効成分を含んで、単位剤形へと製剤化されうる。範囲は、包括的であり、これらの値間のあらゆる範囲を含む。用語「単位剤形」は、個体のための単位投薬量として適する物理的に個別の単位を指し、各単位は、適切な医薬賦形剤または担体との関連で、望ましい治療効果を産生するように計算される、所定の量の活性材料を含有する。
IV.本発明の方法
いくらかの態様においては、本明細書においては、免疫反応をそれを必要とする個体において引き起こすための方法、及び異常細胞の表面上の1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘発する方法が開示される。これは、上で開示のPTCリードスルーを促進する有効量の化合物一つまたはそれより多くを、それを必要とする個体に投与する工程により果たされる。一実施形態においては、PTCリードスルー後のmRNAから翻訳されるタンパク質は非機能的タンパク質である。有効量は、以下及び本明細書において開示されるように機能性をもたらしうる。
いくらかの実施形態においては、個体に投与されるPTCリードスルーを促進するための化合物の量は、以下の範囲のいずれかに含まれる:約0.5から約5mg/kg、約5から約10mg/kg、約10から約15mg/kg、約15から約20mg/kg、約20から約25mg/kg、約20から約50mg/kg、約25から約50mg/kg、約50から約75mg/kg、約50から約100mg/kg、約75から約100mg/kg、約100から約125mg/kg、約125から約150mg/kg、約150から約175mg/kg、約175から約200mg/kg、約200から約225mg/kg、約225から約250mg/kg、約250から約300mg/kg、約300から約350mg/kg、約350から約400mg/kg、約400から約450mg/kg、または約450から約500mg/kg。いくらかの実施例においては、個体に投与される治療有効量のテロメラーゼ阻害剤の量は、約30mgから約300mg、または約50mgから約200mg、または約10mgから約100mgなどの、約5mgから約500mgの範囲にある。
他の実施形態においては、個体に投与されるPTCリードスルーを促進するための化合物の濃度は、希釈(約0.1mg/ml)または濃縮(約200mg/ml)されており、例えば、約0.1から約200mg/ml、約0.1から約180mg/ml、約0.1から約160mg/ml、約0.1から約140mg/ml、約0.1から約120mg/ml、約0.1から約100mg/ml、約0.1から約80mg/ml、約0.1から約60mg/ml、約0.1から約40mg/ml、約0.1から約20mg/ml、約0.1から約10mg/ml約2から約40mg/ml、約4から約35mg/ml、約6から約30mg/ml、約8から約25mg/ml、約10から約20mg/ml、約12から約15mg/mlのうちいずれか、あるいは、約0.1mg/ml、0.2mg/ml、0.3mg/ml、0.4mg/ml、0.5mg/ml、0.6mg/ml、0.7mg/ml、0.8mg/ml、0.9mg/ml、1mg/ml、1.1mg/ml、1.2mg/ml、1.3mg/ml、1.4mg/ml、1.5mg/ml、1.6mg/ml、1.7mg/ml、1.8mg/ml、1.9mg/ml、2mg/ml、2.1mg/ml、2.2mg/ml、2.3mg/ml、2.4mg/ml、または2.5mg/mlのうちいずれかを含む。
いくらかの実施形態においては、PTCリードスルーを促進するための化合物の濃度は、0.1mg/kg、0.2mg/kg、0.3mg/kg、0.4mg/kg、0.5mg/kg、1.3mg/kg、1.5mg/kg、2mg/kg、3mg/kg、4mg/kg、5mg/kg、6mg/kg、7mg/kg、8mg/kg、9mg/kg、10mg/kg、11mg/kg、12mg/kg、13mg/kg、14mg/kg、15mg/kg、16mg/kg、17mg/kg、18mg/kg、19mg/kg、20mg/kg、21mg/kg、22mg/kg、23mg/kg、24mg/kg、25mg/kg、26mg/kg、27mg/kg、28mg/kg、29mg/kg、30mg/kg、31mg/kg、32mg/kg、33mg/kg、33.3mg/kg、34mg/kg、35mg/kg、36mg/kg、37mg/kg、38mg/kg、39mg/kg、40mg/kg、41mg/kg、42mg/kg、43mg/kg、44mg/kg、45mg/kg、46mg/kg、47mg/kg、48mg/kg、49mg/kg、50mg/kg、51mg/kg、52mg/kg、53mg/kg、54mg/kg、55mg/kg、56mg/kg、57mg/kg、58mg/kg、59mg/kg、60mg/kg、61mg/kg、62mg/kg、63mg/kg、64mg/kg、65mg/kg、66mg/kg、67mg/kg、68mg/kg、69mg/kg、70mg/kg、71mg/kg、72mg/kg、73mg/kg、74mg/kg、75mg/kg、76mg/kg、77mg/kg、88mg/kg、89mg/kg、90mg/kg、91mg/kg、92mg/kg、93mg/kg、94mg/kg、95mg/kg、96mg/kg、97mg/kg、98mg/kg、99mg/kg、100mg/kg、110mg/kg、120mg/kg、130mg/kg、140mg/kg、150mg/kg、160mg/kg、170mg/kg、180mg/kg、190mg/kg、200mg/kg、210mg/kg、220mg/kg、230mg/kg、240mg/kg、または250mg/kgのうち少なくともおおよそいずれかである。
さらなる実施形態においては、本明細書において開示される方法のいずれかに従うPTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物を用いる治療は、PTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物で治療されていない腫瘍と比較して、少なくとも約15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の腫瘍のサイズの縮小をもたらす。
いくらかの実施形態においては、本明細書において開示される方法のいずれかに従うPTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物を用いる治療は、PTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物で治療されていない腫瘍中のT細胞反応と比較して、CD4+、CD8+、CD3+、及び/またはCD45+エフェクターT細胞反応のいずれか(例えば、腫瘍内T細胞浸潤)において、少なくとも約15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の増加をもたらす。
別の一実施形態においては、本明細書において開示される方法のいずれかに従うPTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物を用いる治療は、PTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物で治療されていない個体と比較して、少なくとも約15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の腫瘍阻害効果を呈する。
C.免疫反応の引き起こし
本明細書において開示される方法により引き出される免疫反応は、PTC含有性mRNAの翻訳から作成される処理タンパク質の、免疫細胞による認識により媒介される。いくらかの実施形態においては、その免疫細胞はT細胞またはB細胞であり、それらは骨髄中の造血幹細胞に由来する主な種類のリンパ球である。B細胞は液性免疫反応に関与し、一方でT細胞は細胞性免疫反応に関与する。B細胞とT細胞との両者が、特定の標的を認識する受容体分子を擁する。T細胞は、抗原が処理され腫瘍組織適合性複合体(MHC)分子との組み合わせで提示された後に「非自己」標的を認識し、そのようなタンパク質は、ナンセンスまたはフレームシフト変異により引き起こされるPTCを含有するmRNAから翻訳される。T細胞には二つの主なサブタイプがある:キラーT細胞、及びヘルパーT細胞。キラーT細胞はクラスIMHC分子と組み合わせられた抗原しか認識しない。一方で、ヘルパーT細胞はクラスIIMHC分子と組み合わせられた抗原しか認識しない。抗原提示のこれら二つのメカニズムは、二種類のT細胞の異なる役割を反映する。第三の、マイナーなサブタイプは、MHC受容体に結合していない完全な抗原を認識するγδT細胞である(Holtmeier&Kabelitz(2005),Chemical Immunology and Allergy,86:151−83)。
従って、本明細書において開示されるあらゆる方法において、免疫反応は、B細胞またはT細胞のいずれかと、クラスIMHC分子及びクラスIIMHC分子のいずれかにより提示される新規の抗原とにより媒介される。例えば、キラーT細胞は、損傷を受けたまたは機能不全の細胞を殺す、T細胞の亜群である。キラーT細胞は、そのT細胞受容体(TCR)が、別の細胞のMHCクラスI受容体との複合体でのこの特異的抗原に結合すると、活性化される。T細胞はそれから、MHC I受容体がこの抗原を擁する細胞を探して、体中を移動する。活性化T細胞がそのような細胞に接触すると、パーフォリンなどのサイトトキシンを放出し、パーフォリンは標的細胞の形質膜中に孔を形成し、イオン、水、及びトキシンが進入するのを許容する。T細胞活性化は、厳格に制御され、一般には非常に強いMHC/抗原活性化シグナル、あるいは「ヘルパー」T細胞により提供される追加の活性化シグナルを要する。
B細胞に関しては、B細胞は、その表面上の抗体が特異的な異物抗原に結合する際に、標的を認識する。この抗原/抗体複合体は、B細胞により取込まれ、タンパク質分解によりペプチドへと処理される。そのB細胞はそれから、これらの抗原性ペプチドをその表面のMHCクラスII分子上に提示する。このMHCと抗原との組合せが、匹敵するヘルパーT細胞を引き寄せ、そのヘルパーT細胞はリンフォカインを放出しB細胞を活性化する。活性化B細胞はそれから分裂し始めるにつれ、その子孫(形質細胞)がこの抗原を認識する何百ものコピーの抗体を分泌する。これらの抗体は血液血漿及びリンパ中を循環し、その抗原を発現する病原に結合し、補体活性化による破壊のため、あるいは貪食細胞による取込み及び破壊のために、その病原を標識する。
所与の化合物が本明細書において開示のあらゆる方法に従って投与される場合に免疫反応を引き起こすか否かは、フローサイトメトリーによる数え上げ、CD4及びCD8エフェクターT細胞反応、並びにTeg反応を含むがこれらに限定されない当技術分野において既知のあらゆる方法によって測定されうる。
D.異常細胞
本明細書において開示の方法のいくらかの態様においては、1つまたはそれ以上の新規抗原の発現が、異常細胞の表面上に誘発される。一定の実施形態においては、異常細胞は、癌などの超増殖性細胞である。
本発明の組成物及び方法により予防かつ/または治療されうる癌は、ヒト肉腫及び癌腫、例えば癌腫、例えば、結腸癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、メルケル細胞腫、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞種、白血病、例えば、急性リンパ性白血病及び急性骨髄性白血病(骨髄芽球性、前骨芽球性、骨髄単球性、単球性、及び赤白血病)、慢性白血病(慢性骨髄性(顆粒球性)白血病、及び慢性リンパ球性白血病)、並びに真性多血症、リンパ腫(ホジキン病、及び非ホジキン病)、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、並びに重鎖病を含むがこれらに限定されない。
E.チェックポイント阻害剤
本明細書において開示の方法のいくらかの実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント阻害剤を阻害する1つまたはそれ以上の化合物を投与する工程をさらに有する。免疫チェックポイントは、シグナル(共刺激分子)を上げるまたはシグナルを下げる、免疫システムにおける分子である。チェックポント阻害剤は、癌細胞が免疫システムによる検出を回避する主な方法のうちの1つを克服するように設計される。Tリンパ球は日常的に疾患の兆候について細胞を監視する。細胞表面上の抗原が細胞は異常であることを示唆する場合、T細胞は、免疫反応が体内の正常組織を損傷することを防ぐための追加の分子の発現を増加させることを含む、免疫反応を始動する。これらの分子が免疫チェックポイントとして知られる。
癌細胞は、しばしば、免疫システムによる攻撃を回避または抑制するために、免疫チェックポイント分子を使用する。従って、癌細胞表面上の免疫チェックポイント分子の発現は、T細胞などの免疫細胞が癌細胞を「異物」または「異常」として認識することを予防する。結果として、チェックポイント阻害剤は、阻害性免疫チェックポイント分子を遮断する化合物であり、T細胞認識を介する免疫システムの活性化をもたらす。
当初は進行性黒色腫に対する適用とされた二つのチェックポイント阻害薬−イピリムマブ(Yervoy(商標);CTLA−4を標的とすることにより免疫システムを活性化させるように機能するモノクローナル抗体)、及びペンブロリズマブ(Keytruda(商標);programmed cell death 1(PD−1)受容体を標的とするヒト化抗体)の有効性ゆえ、阻害性チェックポイント分子は、癌免疫療法のための新しい標的としてますますみなされている。ニボルマム(Opdivo(商標))として知られる別の一チェックポイント阻害剤は、PD−1とprogrammed cell death ligand 1(PD−L1)との相互作用を遮断し免疫反応の阻害を予防する。
1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害可能であるあらゆる分子が、本明細書において開示される方法において使用されうる。これらの分子は、限定することなく、抗体またはその機能的断片、阻害性ポリペプチド、小分子化学化合物、及び/または阻害性核酸(アンチセンスオリゴヌクレオチド、小阻害性RNA(siRNA)、小ヘアピンRNA(shRNA)、及び/またはリボザイムなどの触媒性核酸などだがこれらに限定されない)を含む。本明細書において開示されるあらゆる方法における使用のための、チェックポイント阻害剤により標的とするための適切な免疫チェックポイント分子は、限定することなく、アデノシンA2A受容体(A2AR)、B7−H3(CD276としてもしられる;例えば、MGA271)、cytotoxyc T−lymphocyte−associated protein 4(CTLA−4;CD152としても知られる;例えば、イピリムマブ;AGEN−1884(Agenus))、programmed cell death ligand 1(PD−L1;CD274としても知られる;例えば、MDX−1105(Brystol Myers Squibb)、WBP−3155(C−stone)、LY3300054(Eli Lilly))、programmed cell death protein−1(PD−1;CD279としても知られる;例えば、ペンブロリズマブ、SHR−1210(Incyte)、STI−A1110(Sorrento)、REGN2810(Regeneron))、CT−011(ピジリズマブ;Curetech)、PDR−001(Novartis)、BGB−A317(BeiGene)、TSR−042(Tesaro)、ENUMC−8(Ennumeral)、MGD−013(Macrogenis;PD1及びLag3に対する二重特異性抗体)、B7−H4(TIM3;VTCN1としても知られる)、T−cell immunoglobulin and mucin−domain containing−3(TIM−3;HAVCR2としても知られる)、B and T Lymphocyte Attenuateor(BTLA;CD272としても知られる)、indoleamine−pyrrole 2,3−dioxygenase(IDO)、killer−cell immunoglobulin−like receptors(KIRs;例えば、リリルマブ)、lymphocyte−activation gene 3(LAG−3;例えば、BMS−986016)、T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains(TIGIT;WUCAM及びVstm3としても知られる)、ILT−3、ILT−4、及び/またはV−domain Ig suppressor of T cell activation(VISTA)のうち一つまたはそれより多くを含む。
いくらかの実施形態においては、チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ(Bristol−Myers Squibb)、ニボルマブ(Bristol−Myers Squibb)、ペンブロリズマブ(Merck)デュルバルマブ(Medimmune)、アテゾリズマブ(Genentech/Roche)、トレメリムマブ(Medimmune)、及び/またはアベルマブ(Pfizer)のうち一つまたはそれより多くなどであるがこれらに限定されない、アンタゴニスト抗体である。
これらなどのアンタゴニスト抗体が癌の治療に対していくらかの有望性を示している一方、個体へのモノクローナル抗体の投与は、望まれない免疫反応ゆえ、有害事象及び重篤な副作用にも関連付けられている。特に、モノクローナル抗体の投与は、急性アナフィラキシー、血清病、及び抗体の産生などの免疫反応のリスクを有する。さらに、感染及び癌、自己免疫疾患、並びに、心臓毒性、肝炎、肺臓炎、及び大腸炎などの臓器特異的有害事象を含む、その特異的標的と関連して、モノクローナル抗体に関する多数の有害効果が存在する。免疫チェックポント療法を受けている個体が、同時に複数の免疫チェックポイントタンパク質を標的とするために、1つよりも多いモノクローナル抗体を投与されることは、しばしば起こることである。残念ながら、副作用及び毒性のリスクは、治療レジュメンの一部として個体に投与されるモノクローナル抗体の数にあわせて指数関数的に上昇する。かくして、腫瘍成長を阻害する能力に関して現在複数のモノクローナル抗体を使用する治療レジュメンと比べてより効果的または同じくらい効果的でありながら、複数のモノクローナル抗体の投与に関連する有害効果を生じない治療レジュメンが、非常に必要とされている。
以下にさらに議論されることになるが、いくらかの実施形態においては、本明細書においては、PTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物と、免疫チェックポイントタンパク質を阻害する化合物(抗体など、例えばモノクローナル抗体)との組合せを投与することにより、個体において腫瘍成長を阻害するための方法が開示される。そのPTCリードスルー促進/免疫チェックポイント阻害の組合せは、2つまたはそれ以上の抗体ベースの免疫チェックポイント阻害性療法と比較して、腫瘍成長を阻害するにあたり、同じだけ効果的、あるいはより効果的である。さらに、本明細書において開示される方法に従う、PTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物と、免疫チェックポイントタンパク質を阻害する化合物との組合せの投与は、2つまたはそれ以上の抗体ベースの免疫チェックポイント阻害性療法(例えば、抗PD−1及び抗CTLA−4抗体の組合せ)と比較して、副作用及び有害事象を減少させる(例えば、副作用及び有害事象の減少が約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、または100%のうちいずれか、またこれらのパーセンテージの間にあたるすべての値を含む)。
別の一実施形態においては、本明細書において開示される方法のいずれかに従って投与される、1つまたはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を阻害する1つまたはそれ以上の化合物との組合せでの、PTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物は、1つまたはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を阻害する1つまたはそれ以上の化合物との組合せでのPTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物で治療されていない腫瘍と比較して、少なくとも約15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の腫瘍阻害効果を提供する。一実施形態においては、そのPTCリードスルー阻害剤は、アタルレン(PTC124)である。別の一実施形態においては、PTCリードスルー阻害剤(例えば、アタルレン)は、PD−1に対する抗体との組合せで投与される。別の一実施形態においては、PTCリードスルー阻害剤(例えば、アタルレン)は、CTLA−4に対する抗体との組合せで投与される。さらなる実施形態においては、PTCリードスルー阻害剤(例えば、アタルレン)と免疫チェックポイントタンパク質を阻害する単一の化合物(例えば、抗PD−1抗体または抗CTLA−4抗体)との組合せは、免疫チェックポイントタンパク質を阻害する2つまたはそれ以上の化合物の組合せ(例えば、抗PD−1抗体と抗CTLA−4抗体との組合せ)単独と比較して、腫瘍成長の阻害において、同じだけまたはより効果的である。
さらなる一実施形態においては、本明細書において開示される方法のいずれかに従って投与される、1つまたはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を阻害する2つまたはそれ以上の化合物との組合せでの、PTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物は、1つまたはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を阻害する2つまたはそれ以上の化合物との組合せでのPTCリードスルーを促進するための1つまたはそれ以上の化合物で治療されていない腫瘍と比較して、少なくとも約15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の腫瘍阻害効果を提供する。一実施形態においては、そのPTCリードスルー阻害剤は、アタルレン(PTC124)である。別の一実施形態においては、PTCリードスルー阻害剤(例えば、アタルレン)は、PD−1に対する抗体及びCTLA−4に対する抗体との組合せで投与される。
F.エピジェネチック調節化合物
本明細書において開示される方法のいずれかのいくらかの実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上のエピジェネティック調節化合物の投与をさらに有する。本明細書において使用される「エピジェネティック」は、細胞中で染色体及び遺伝子に課される物理的変化を指すことを意図し、その変化は、染色体中のDNA及び遺伝子の機能に影響し、遺伝子中のDNAのヌクレオチド配列は変化させない。エピジェネティック調節の代表的な例は、メチル化及びアセチル化などのDNAの共有結合性の化学修飾、並びに、DNAーDNAスーパーコイルの非共有結合性及び非化学修飾、及びヒストンのような染色体タンパク質との結合を含むが、これらに限定されない。エピジェネティック変化の結果の代表的で非限定的な例は、一定の遺伝子により産生されるRNAの、それによりタンパク質産物のレベルの増加もしくは減少、及び/または、転写因子が遺伝子プロモーターに結合する様式の変化を含む。
本発明の方法における使用のための適切なエピジェネティック調節化合物は、限定することなく、ヒストンジアセチラーゼ(HDAC)阻害剤、アゾシチジン、BET阻害剤、EZH2阻害剤、及び/またはdot1Lのうち一つまたはそれより多くを含む。いくらかの実施形態においては、エピジェネティック調節化合物は、ベリノスタット(Merck)、ロミデプシン(Celgene)、デシタビン(Otuka);及び5−アゾシチジン(Celgene)、パノビノスタット(Novartis)、またはベリノスタット(Spectrum)のうち1つまたはそれ以上である。
G.癌治療
本発明の方法は、アジュバント環境において実施されうる。「アジュバント環境」は、個体が増殖性疾患、とくに癌の罹患歴を有し、かつ、(必ずしもではないが)一般的には、手術、放射線療法、及び/または化学療法を含むがこれらに限定されない治療法に応答してきた臨床的環境を指す。しかしながら、増殖性疾患の罹患歴ゆえ、これらの個体は、その疾患を発病するリスクを有するとみなされる。「アジュバント環境」における治療または投与は、続く治療のモードを指す。
本明細書において提供される方法は、「ネオアジュバント環境」においても実施されうる。すなわち、その方法は、一次/決定的治療の前に実行されうる。いくらかの態様においては、個体は、以前に治療されている。他の態様においては、個体は、以前に治療を受けていない。いくらかの態様においては、治療は、第一選択治療である。
いくらかの態様においては、本明細書において開示の方法のいずれも、治療的有効量の抗癌療法の、それを必要とする個体への投与を含む。本明細書において使用される、抗癌療法の「治療的有効量」または「治療的有効投薬量」は、有益なまたは望ましい結果をもたらすのに十分な量である。治療用の使用のためには、有益なまたは望ましい結果は、癌から生じる1つまたはそれ以上の症状の減少、癌で苦しむ人の生活の質の増大、癌を治療するのに必要となる他の医薬品の用量の減少、標的によるなど他の医薬品の効果の増強、疾患の進行の遅延、及び/または生存の延長をなどの臨床結果を含む。有効投薬量は、1つまたはそれ以上の投与で投与されうる。本発明の目的のためには、抗癌療法の有効投薬量は、直接的または間接的に治療的処置を達成するのに十分な量である。臨床的文脈において理解される、抗癌療法の治療的有効投薬量は、別の抗癌療法と共に達成されてもよく、あるいはそうでなくてもよい。
いくらかの態様においては、本明細書において開示の方法のいずれも、個体に1つまたはそれ以上の追加の抗癌療法を投与する工程をさらに有しうる。様々なクラスの抗癌剤が使用されうる。非限定的な例は、放射線療法、アルキル化剤(例えば、シスプラチン、カルボプラチン、またはオキサリプラチン)、抗代謝剤(例えば、アザチオプリン、またはメルカプトプリン)、アントラサイクリン、植物アルカロイド(例えば、ビンカアルカロイド(ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、またはビンデシンなど)、及びタキサン(パクリタキセル、タキソール、またはドセタキセルなど)を含む)、トポイソメラーゼ阻害剤(例えば、カンプトテシン、イリノテカン、トポテカン、アムサクリン、エトポシド、リン酸エトポシド、またはテニポシド)、ポドフィロトキシン(及び、エトポシド及びテニポシドなどのその誘導体)、抗体(例えば、モノクローナルまたはポリクローナル)、チロシンキナーゼ阻害剤(例えば、メシル酸イマチニブ(Gleevec(登録商標)またはGlivec(登録商標)))、ホルモン療法、可溶性受容体、並びに他の抗新生物剤(例えば、ダクチノマイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、ブレオマイシン、メクロレタミン、シクロホスファミド、クロラムブシル、またはイホスファミド)を含む。
H.T細胞アゴニスト
本明細書において開示のいずれか方法のいくらかの実施形態においては、その方法は、T細胞を活性化させる1つまたはそれ以上の化合物の投与を有する。これらのポリペプチドは、しばしば「刺激性チェックポイント分子」と呼ばれ、tumor necrosis factor(TNF)受容体スーパーファミリー、及びB7−CD28スーパーファミリーのメンバーである。本発明における使用のために適切であるT細胞アゴストの非限定的例は、限定することなく、CD27(例えば、CDX−1127(Celldex Therapeutics))、ICOS、GITR、B7−H3、CD28(例えば、TGN1412)、CD40、インターロイキン−2受容体サブユニットベータ(ILR2β;CD122としても知られる;例えば、NKTR−214)、CD137(TNFRSF9、4−1BB、及びinduced by lymphocyte activation(ILA)としても知られる)、並びに/またはOXO40(CD134及びTNFRSF4としても知られる;例えば、MEDI0562、MEDI6469、及びMEDI6383(AstraZeneca))を含む。
I.分子アジュバント
本明細書において開示のいずれか方法のいくらかの実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上の分子アジュバントの投与を有する。本明細書において使用される「分子アジュバント」は、限定することなく、樹状細胞を活性化させる薬剤を含む免疫反応を増強する分子を指す。分子アジュバントは、限定することなく、タンパク質、脂質、核酸、炭水化物、または化学化合物を含んでもよく、樹状細胞はその分子アジュバントに対する受容体を有し、その受容体の占有は、細胞内シグナル伝達、及び樹状細胞のフェノタイプの変化をもたらし、続いて起こる免疫反応の量または質の向上をもたらす。分子アジュバントの非限定的例は、TNF受容体スーパーファミリー(TNFRSF)アゴニスト、Toll様受容体(TLR)リガンド、及び細胞内DNAセンサーアゴニストを含む。
1.分子アジュバントとしてのTNFRSFアゴニスト
TNFRSFは、樹状細胞、マクロファージ、及びT細胞上の多くの重要な受容体を含む。例えば、cluster of differentiation 40(CD40)は、抗原提示細胞上に見られ、その活性化に必要である共刺激タンパク質である。T細胞上のCD154(CD40L)のCD40への結合は、抗原提示細胞を活性化し、様々な下流の効果を誘発する。CD40Lは、DC上のCD80及びCD86の発現を強くアップレギュレートし、CD4+T細胞をTh1細胞の方へと分化させる。
分子アジュバントとして顕著な可能性を有することが示されてきた他のTNFRSFアゴニストは、限定することなく、4−1BB、CD30、herpes virus entry mediator、CD40、CD27、及びglucocorticoid−induced TNFR−related protein(GITR)を含み、そのリガンドはそれぞれ、4−1BBL、CD30L、LIGHT、CD27L/CD70、及びGITRLである(So et al.,(2006),Int.J.Hematol.83,1ー11)。
2.TLRアゴニスト
本明細書において使用される用語「Toll様受容体」(または「TLR」)は、微生物産物を感知し、かつ/または適応免疫反応を始動させるToll様受容体ファミリータンパク質またはその断片を指す。一実施形態においては、TLRは、樹状細胞(DC)活性化する。Toll様受容体(TLR)は、微生物病原体を認識する先天性免疫のセンサーとして当初は同定された、パターン認識受容体のファミリーである。TLRは、ロイシンリッチな繰返しのエクトドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内TIR(Toll/IL−1R)ドメインを含有する、保存された膜貫通性分子のファミリーを有する。TLRは、しばしば「PAMPS」(pathogen associated molecular patterns)と呼ばれる、微生物中の特徴的な構造を認識する。TLRへのリガンド結合は、炎症及び免疫に関与する因子の産生を誘発する細胞内シグナリング経路のカスケードを引き起こす。
ヒトにおいては、十のTLRが同定されている。細胞表面上に発現するTLRは、TLR−1、−2、−4、−5、及び−6を含み、一方でTLR−3、−7/8、及び−9は、ER区画と共に発現される。ヒト樹状細胞サブセットは、特徴的なTLR発現パターンを基に同定されうる。例としては、骨髄系または「従来型」のDCサブセット(mDC)は刺激されるとTLR1−8を発現し、活性化マーカーのカスケード(例えば、CD80、CD86、MHCクラスI及びII、CCR7)、炎症性サイトカイン、及びケモカインが産生される。この刺激及びその結果生じる発現の結果は、抗原特異的CD4+及びCD8+T細胞プライミングである。これらのDCは、抗原を取込み、それを適切な形でT細胞に提示する増強された能力を獲得する。これに対し、DCの形質細胞様サブセット(pDC)は、活性化に際しTLR7及びTLR9のみを発現し、その結果起こるNK細胞並びにT細胞の活性化が伴う。瀕死の細胞はDC機能に対しては悪影響を及ぼしうるため、DCをTLRアゴニストで活性化することは、癌治療に対する免疫療法アプローチにおいて抗腫瘍免疫をプライムするために有益でありうると提唱されてきた。また、放射線及び化学療法を使用する乳癌の成功を伴う治療には、TLR4が必要とされることも提唱されてきた。
当技術分野において知られ、かつ本発明における使用が見いだされるTLRアゴニストは、以下を含むが、これらに限定されない:Pam3Cys、TLR−1/2アゴニスト;CFA、TLR−2アゴニスト;MALP2、TLR−2アゴニスト;Pam2Cys、TLR−2アゴニスト;FSL−1、TLR−2アゴニスト;Hib−OMPC、TLR−2アゴニスト;polyribosinic:polyribocytidic acid(Poly I:C)、TLR−3アゴニスト;polyadenosine−polyuridylic acid(poly AU)、TLR−3アゴニスト;poly−L−lysine及びカルボキシメチルセルロースで安定化されたPolyinosinic−Polycytidylic acid(Hiltonol(登録商標))、TLR−3アゴニスト;monophosphoryl lipid A(MPL)、TLR−4アゴニスト;LPS、TLR−4アゴニスト;細菌フラジェリン、TLR−5アゴニスト;シアリル−Tn(STn)、多数のヒト癌細胞上のMUC1ムチンに関連する炭化水素かつTLR−4アゴニスト;イミキモド、TLR−7アゴニスト;レシキモド、TLR−7/8アゴニスト;ロキソリビン、TLR−7/8アゴニスト;及び非メチル化CpGジヌクレオチド(CpG−ODN)、TLR−9アゴニスト。
3. 細胞内DNAセンサーアゴニスト
cGAS−STING経路は、細胞質DNAの存在を検出し、応答として炎症性遺伝子の発現を引き起こすようにはたらく、先天性免疫システムの構成要素である。DNAは、通常は細胞の核中に見られる。DNAの細胞質への局在は、腫瘍化またはウィルス感染と関連付けられる。cGAS−STING経路は、細胞質DNAを検出し、免疫反応を誘発するようにはたらく。
DNAへの結合に際し、タンパク質サイクリックGMP−AMP合成酵素(cGAS)は、サイクリックGMP−AMP(cGAMP)を形成するようにAMP及びGMPの二量体化を引き起こす。cGAMPは、Stimulator of Interferon Genes(STING)に結合し、このことはTBK1が下流の転写因子IRF3をリン酸化することを引き起こし、これが1型IFN反応及びSTAT6を誘発し、STAT6は、IRF3とは独立にCCL2及びCCL20などのケモカインを誘発する(Burdette et al.,2011,Nature 478, 515−18)。STINGにより活性化されるシグナリング経路は、合わさって、細胞質中の異所性DNAを有する細胞に対する先天性免疫反応を誘発する。STING活性の喪失は、マウス胚性線維芽細胞が一定のウィルスによる感染と戦う能力を阻害し、より一般的には、導入された細胞質DNAに対する1型IFN反応に必要とされる(Ishikawa,et al.,2009,Nature 461,788−92)。
DNAは、ワクチンによりコードされる抗原に対する免疫反応をブーストするための強力なアジュバントであることが示されてきた。cGMAPは、STINGのIRF3活性化を介して、インターフェロンの転写を刺激する。このことは、cGAMPを、炎症反応をブーストすることが可能な強力なワクチンアジュバントにする(Diner et al.,2013,Cell Rep.,3(5):1355−61)。研究は、ニワトリ抗原であるovalbumin(OVA)がコードされるワクチンは、cGAMPと共同で、in vivoで、STING依存的に抗原特異的T細胞及びB細胞を活性化できたことを示してきた。OVA+cGAMPでワクチン接種をされたマウスからのT細胞は、OVAペプチドで刺激されると、OVAのみを受けた動物と比べて、上昇したIFN−g及びIL−2を有することが示された(Xiao−Dong et al.,2013,Science,341(6152):1390−94)。さらに、cGAMPの増強された安定性は、その特有の2'−5'ホスホジエステル結合ゆえ、in vivo適用のためのDNAに対する好ましいアジュバントとしうる。
J.微小環境調節剤
本明細書において開示されるいずれかの方法の他の実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上の微小環境調節因子の投与をさらに有する。「微小環境調節剤」は、腫瘍成長を支持する免疫抑制性腫瘍微小環境を産生することが可能である因子を指す(Ino et al.,2013,J Cancer Sci Ther.,S13)。そのような一調節剤は、やはりチェックポイントタンパク質として同定された、インドールアミン(2,3)−ジオキシゲナーゼ(IDO)である(supra参照)。IDOは、必須アミノ酸トリプトファンを分解する代謝経路における第一ステップにおいてはたらく、二つのアイソフォーム(IDO1及びIDO2)を有する酵素である。IDOは、免疫システムのエフェクターT細胞を遮断することによりその免疫調節性効果を呈する(Smith et al.,Cancer Discov.2012;2(8):772−735)。IDO発現は、主な機能が免疫反応の最後においてT細胞媒介性免疫を遮断することであるT細胞のサブセットである、調節性T細胞をも直接的に活性化させる。
他の一微小環境調節剤は、トリプトファン2,3−ジオキシゲナーゼ(TDO)である。TDOは、ヒトの体において、トリプトファンの流動の生理学的調節において中心的な役割を果たす。TDOは、キヌレニン経路に沿ってのトリプトファン分解の第一かつ律速ステップを触媒し、これにより全身のトリプトファンレベルを調節する。トリプトファン2,3−ジオキシゲナーゼは、かなりの割合のヒト腫瘍において発現されることが示されてきた(Pilotte et al.,2012, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 109(7):2497−502)。同じ研究において、腫瘍によるトリプトファン2,3−ジオキシゲナーゼ発現は、免疫マウスによる腫瘍拒絶を防止した。そのグループにより開発されたトリプトファン2,3−ジオキシゲナーゼ阻害剤は、マウスがトリプトファン2,3−ジオキシゲナーゼ発現腫瘍を拒絶する能力を復活させた。このことは、トリプトファン2,3−ジオキシゲナーゼ阻害剤が、癌療法における潜在性を提示することを示す。
本発明の方法における使用のために適切である他の微小環境調節剤は、限定することなく、IDO、TDO、CD73、COX2阻害剤、CD39阻害剤、及びA2A受容体アゴニストを含みうる。
K.ケモカイン受容体アンタゴニスト
本明細書において開示されるいずれかの方法のさらに他の実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上の受容体アンタゴニストの投与をさらに有する。ケモカイン受容体は、主にリンパ球の表面上に見られる七回膜貫通ドメインを含有するGタンパク質共役受容体である。ケモカイン受容体は、異なるファミリーに分けられる:結合するケモカインの四つの個別のサブファミリーに対応する、CXCケモカイン受容体、CCケモカイン受容体、CX3Cケモカイン受容体、及びXCケモカイン受容体である。
いくらかの実施形態においては、本発明の方法は、CXCケモカイン受容体ファミリーのケモカイン受容体に対する1つまたはそれ以上のアンタゴニストを含む。適切なCXCファミリーメンバーの標的は、CXCR1(IL8RAまたはCD181としても知られる)、及びCXCR4(fusinまたはCD184としても知られる)を含む。CXCR1は、腫瘍生存に必要となる細胞成長及び血管新生において役割を有すると考えられている。
他の実施形態においては、本発明の方法は、CCケモカイン受容体(またはベータケモカイン受容体)ファミリーのケモカイン受容体に対する1つまたはそれ以上のアンタゴニストを含み、それは、限定することなく、CCR2、CCR5、及び/またはCCR4を含みうる。
L.サイトカイン療法
本明細書において開示されるいずれかの方法の他の実施形態においては、その方法は、1つまたはそれ以上のサイトカイン療法の投与をさらに有する。サイトカインは、免疫反応を調節する能力を有する、腫瘍内に存在する多くの種類の細胞により産生されるタンパク質の幅広いグループである。これらの免疫調節効果は、サイトカインが、免疫反応を引き起こすための薬として使用されることを許容する。一般的に使用されるサイトカインの2つのグループは、インターフェロン及びインターロイキンである。
本発明における使用のために適切であるサイトカイン療法の非限定的な例は、限定することなく、I型IFN(IFNα)、IL−2、IL−17、IL−15、IFNγ、IL−10、IL−12、IL−21、FLT3、及び/または抗TGFβを含む。これらのタンパク質に対する受容体(例えば、IL−2R、IL−7R、IL−15R、IL−10R、IL−12R、またはIL−21Rなど)もまた、標的とされうる(例えば、活性化薬(例えば、小分子)、抗体、またはポリペプチドを使用して)。
M.他の免疫療法
本明細書において開示の方法を用いる使用のために適切である他の免疫療法は、限定することなく、免疫原性化学療法、XRT、腫瘍溶解性ウィルス、凍結療法、TACE、免疫調節剤の腫瘍内注射、発癌性経路(MAPK、ベータカテニン、PI3K/PTENなど)に対する標的療法、エピジェネティック療法、CSF1/CSFR1枯渇性抗体、及び、抗CCR4(例えば、モガブリズマブ;Kyowa)、抗IL−8/IL−8R、抗CCR2、抗CCR5、抗CXCR1/CXCR2、抗CTLA4、抗CCR4、抗CCR8、抗CD25、抗KIR、抗NKG2Da、抗NKG2DL(MICA)、アルギナーゼ、IDO/TDO、アデノシン、A2AR、CD39、CD73、PI3Kガンマ、抗NKG2D、CD94、並びに、CD47/SIRPa、Mer/Axl/Tyro3、TIM3、MFG−E8/GAS6、及び/またはDD1アルファのうち一つまたはそれより多くを活性化または阻害するための療法を含む。免疫療法に関するさらなる情報は、Adams et al.,2015,Nature Rev.Drug.Disc.,14:603−22;Weinmann,2016,ChemMedChem,11:450−66;及びZhan et al.,2016,Drug Disc.Today,21(6):1027−36において見つけられうる。これらの開示は、本参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書の至る所で与えられる最大の数値的制限のそれぞれは、それより低い数値的制限が本明細書においてあたかも明確に書かれたかのように、そのようなそれより低い数値的制限それぞれを含むことが意図される。本明細書の至る所で与えられる最小の数値的制限それぞれは、それより高い数値的制限が本明細書においてあたかも明確に書かれたかのように、そのようなそれより高い数値的制限それぞれを含むことになる。本明細書の至る所で与えられる数値的範囲それぞれは、それより狭い数値的制限が本明細書においてあたかも明確に書かれたかのように、そのようなより広い数値的範囲内にあるそのようなそれより狭い数値的制限それぞれを含むことになる。
本発明は、以下の実施例への参照によりさらに理解されうる。その実施例は、例証として提供され、限定的であるとは意図されない。
実施例1:同系免疫応答性マウスにおける腫瘍の、PTCリードスルーを促進する化合物での治療
この実施例は、PTCリードスルーを促進する化合物が、免疫反応の産生、及び腫瘍の縮小をもたらすことを示す。
材料及び方法
同系免疫応答性腫瘍モデルは、マウス癌細胞株を用いて作成される。細胞株の例は、数ある中、膵臓(Pan02)、前立腺(RM1)、結腸(CT−26、Colon−26、MC38−26)、腎臓(Renca)、膀胱(MBT−2)、肺(LL/2、KLN205)、黒色腫(B16BL6、B16F10、S91)、乳(4T1、EMT6、JC)、繊維肉腫(WEHI−164)、白血病(C1498、L1210)、肝臓(H22、Hepal−6)、リンパ腫(A20、EL−4、E.G&−OVA、L5178−R、P388D1)、肥満細胞腫(P815)、骨髄腫(MPC−11)、神経芽腫(Neuro−2a)を含む(world wide web.crownbio.com/oncology/in−vivo−services/syngeneic−tumor−models/)。マウスに腫瘍細胞の懸濁液が皮下注射され、その懸濁液は注射からおよそ4−6週間後に腫瘍へと発達する。
早期の確立されたマウス腫瘍に対する治療の有効性を試験するため、グループあたり10匹のマウスのコホートが、第3−7日から、あるいは腫瘍が触知可能であるときに、薬(またはシャム対照)を与えられる。薬は毎日、毎日二回、毎週数回与えられ、あるいは、マウスが4−6週間にて屠殺されるまで、または腫瘍がサイズ3−5cmに達するもしくは潰瘍化するまで継続的に投薬される。治療の間、腫瘍体積は、週に三回、キャリパーにより三次元測定値を使用して決定された。腫瘍は、屠殺の後に回収され、最終腫瘍体積を決定するために重量測定された。
腫瘍を擁する他のコホートは、腫瘍中の免疫T細胞反応を調べるため、より早い時点において屠殺される。腫瘍内免疫反応は、フローサイトメトリーによる計数、CD4及びCD8エフェクターT細胞反応、並びにTreg反応を使用して評価される。完治した動物は、ネオアンチゲンに対して記憶抗腫瘍反応が誘発されているかを決定するため、同一の腫瘍でリチャレンジされる。
同じ腫瘍細胞株は、ネオアンチゲンを同定するためにin vitroにて薬で処理される。処理の前及び後でRNAseqが実施され、ネオアンチゲンを予測するためにコンピューターにより解析される。誘発されたネオアンチゲン特異的T細胞反応を示すため、これらの同じ薬で処理された細胞株が、腫瘍を擁する薬で治療された動物から得られたT細胞を刺激するために使用される。
この実施例においては、薬がPTCリードスルー阻害剤アタルレンまたは他の一リードスルー化合物(RTC)である場合、グループあたり10匹のマウスのコホートが、DMSO(10mg/kgについては2%、100mg/kgについては20%)及び(2−ヒドロキシプロピル)−β−シクロデキストリン(22%)(Cat.#H5784、Sigma−Aldrich)を含有するPBS中に溶解された10または100mg/kgのアタルレン(Selleck Chemicals,Houston,TX,USA)で、連続する2日にわたり毎日四回腹腔内(i.p.)注射により治療される(Miller et al,2014)。
Mdxマウス(週齢4週)が、腹腔内にRTC13またはPTC124(DMSO中に懸濁)を注射され、注射は、4週間にわたり5日毎に一回30mg/kgの濃度にて実施された(Keyali et al.2012)。
実施例2:同系免疫応答性マウス中の腫瘍の、RTCと免疫療法剤との組合せでの治療
この実施例は、同系免疫応答性マウス中の腫瘍の、RTCと、チェックポイント遮断などの免疫療法剤との組合せでの治療の効果を示す。これらのアプローチを組み合わせること(局所または全身性のいずれか)は、in vivoでの強力な腫瘍ネオアンチゲンの産生ゆえに、癌免疫療法の有効性を多いに増強させうる。以前まで隠れていた強い内因性の腫瘍抗原を呼び起こすことは、新たにされた免疫監視のラウンドをおそらく誘発することになり、それは各個体の腫瘍に固有のこれらの変異に対する免疫を駆動する他のアプローチ(チェックポイント遮断、免疫アジュバント)の同時の使用によりさらに増強されうる。
現在、チェックポイント遮断は、存在する細胞傷害性T細胞にその腫瘍を撲滅するという仕事を完遂することを可能にするために、T細胞阻害性経路の除去のみを要する継続する獲得免疫を有する、免疫学的に「ホット」な腫瘍を有する個体での、主な治療に関する進歩であってきた。PCTリードスルーは、内因性ワクチン効果を通じて新規のT細胞増殖を駆動することにより、免疫学的に「コールド」な腫瘍を「ホット」な腫瘍に変換する潜在性を有する。このことは、チェックポイント遮断からの利益を受けるであろう患者の潜在的な数を広げる。
材料及び方法
使用された癌のマウスモデルは、上で開示の通りである。
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫反応、CD4及びCD8エフェクターT細胞反応、並びにTreg反応の評価は、上で開示の通りである。
薬がRTCである場合、グループあたり10匹のマウスのコホートが、10または100mg/kgの薬で、薬(DMSO中に再懸濁されている)の腹腔内注射、口腔注入、または他の投与経路により、治療された。注射は、30mg/kgの濃度にて毎日2−4回実施された(Keyali et al.2012)。
1つまたはそれ以上の免疫療法剤との組合せは、腫瘍に対する免疫反応を増強するための薬(とくに、PD1/PD−L1及び/またはCTLA4の調節剤)を含む(Curran et al.,PNAS,2010;Duraiswamy et al.,Cancer Res 2013)。これらは、以下を含むがそれらに限定されない:チェックポイント阻害剤(例えば、PD−1、PD−L1、CTLA4、LAG3、TIM3、TIGHT、BTLA、B−7H3、B7−H4、ILT−3、ILT−4、及び/またはVISTAの阻害剤)、T細胞アゴニスト(例えば、CD27、OX−40、GITR、ICOS、B7−H3、及び/またはCD137のアゴニスト)、分子アジュバント(例えば、CD40、TLRリガンド、及び/または細胞内DNAセンサーアゴニスト(STING))、微小環境調節剤(例えば、CD73、IDO、TDO、COX2阻害剤、CD39阻害剤、A2A受容体アゴニスト)、ケモカイン受容体アンタゴニスト(例えば、CXCR1、CCR2、CCR5、CCR4、及び/またはCXCR4のアンタゴニスト)、並びに/あるいはサイトカイン療法(例えば、IL−2、IL−15、IFNγ、IL−10、IL−12、及び/または抗TGF−β)。
実施例3:RTCのエピジェネティック調節薬との組合せ
この実施例は、同系免疫応答性マウス中の腫瘍の、RTCと、エピジェネティック調節薬との組合せでの治療の効果を示す。1つまたはそれ以上のエピジェネティック調節剤の追加は、ネオアンチゲンの免疫認識を増強する潜在性を有する。
材料及び方法
使用された癌のマウスモデルは、上で開示の通りである。
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫反応、CD4及びCD8エフェクターT細胞反応、並びにTreg反応の評価は、上で開示の通りである。
腫瘍のエピジェネティック調節剤での治療は、免疫反応に関与する遺伝子の抑制を除去しうる。RTCとエピジェネティック調節薬との組合せは、ネオアンチゲンの認識を増強するであろう。エピジェネティック調節薬の非限定的な例は、限定することなく、HDAC阻害剤、アゾシチジン、BET阻害剤、EZH2阻害剤、及び/またはdot1L阻害剤(例えば、ピノメトスタット)を含む。
実施例4:RTCの放射線療法との組合せ
この実施例は、同系免疫応答性マウス中の腫瘍の、RTCと放射線療法との組合せでの治療の効果を示す。放射線療法(RT)の前のRTCでの治療は、免疫刺激性細胞死の前に腫瘍中のネオアンチゲンの発現を増加させ、増強されたネオアンチゲン提示をもたらすであろう。
材料及び方法
使用された癌のマウスモデルは、上で開示の通りである。
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫反応、CD4及びCD8エフェクターT細胞反応、並びにTreg反応の評価は、上で開示の通りである。
腫瘍を標的とする放射線療法(RT)の間のRTCでの継続的な治療は、変異誘発及びDNA損傷によりネオアンチゲンを産生する可能性を秘める。細胞死の間のこれらの抗原の放出と共に、腫瘍特異的T細胞を活性化させるように免疫反応を引き起こす炎症性シグナル。放射線療法は、腫瘍の微小環境に影響を及ぼして活性化T細胞の浸潤を増強し、腫瘍拒絶の障壁を克服しうる。RTC及び免疫療法剤(実施例4)のRTとの組合せは、ネオアンチゲンの発現を増強させることにより、個々の患者におけるプライミング(抗原提示)と免疫反応のエフェクターフェーズとの両者に対する放射線の効果を増強させる(Demaria et al,JAMA Oncology 2015)。
実施例5:RTCの化学療法との組合せ
この実施例は、同系免疫応答性マウス中の腫瘍の、RTCと放射線療法との組合せでの治療の効果を示す。化学療法の前のRTCでの治療は、免疫刺激性細胞死の前に腫瘍中のネオアンチゲンの発現を増加させ、増強されたネオアンチゲン提示をもたらすであろう。
材料及び方法
使用された癌のマウスモデルは、上で開示の通りである。
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫反応、CD4及びCD8エフェクターT細胞反応、並びにTreg反応の評価は、上で開示の通りである。
化学療法の間のRTCでの継続的な治療は、変異誘発及びDNA損傷によりネオアンチゲンを、また免疫反応を引き起こす炎症性シグナルをと共に、細胞死の間のこれらの抗原の放出を産生し、腫瘍特異的T細胞を活性化させる可能性を秘める。化学療法は、腫瘍の微小環境に影響を及ぼして活性化T細胞の浸潤を増強し、腫瘍拒絶の障壁を克服しうる。RTC及び免疫療法剤(実施例3)の化学療法との組合せは、ネオアンチゲンの発現を増強させることにより、個々の患者におけるプライミングと免疫反応のエフェクターフェーズとの両者に対する化学療法の効果を増強させる。
実施例6:RTCと腫瘍溶解性ウィルスとの組合せ
この実施例は、同系免疫応答性マウス中の腫瘍の、RTCと腫瘍溶解性ウィルスとの組合せでの治療の効果を示す。
材料及び方法
使用された癌のマウスモデルは、上で開示の通りである。
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫反応、CD4及びCD8エフェクターT細胞反応、並びにTreg反応の評価は、上で開示の通りである。
免疫原性細胞死を誘発するための他のアプローチは、選択的に腫瘍細胞を殺すための腫瘍溶解性ウィルスの使用を含む。従って、患者のRTCでの前もっての治療は、腫瘍溶解性ウィルスに、誘発されたネオアンチゲンの抗原提示を、次いで増強されたT細胞反応を向上させることを、可能とするであろう。
実施例7:RTCのワクチン療法との組合せ
この実施例は、同系免疫応答性マウス中の腫瘍の、RTCとワクチン療法との組合せでの治療の効果を示す。
材料及び方法
使用された癌のマウスモデルは、上で開示の通りである。
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫反応、CD4及びCD8エフェクターT細胞反応、並びにTreg反応の評価は、上で開示の通りである。
ネオアンチゲンワクチンは、癌において潜在的に有効であえるワクチンアプローチとして新たに現れている。今日まで、ネオアンチゲンはアミノ酸置換を含んできたが、一方でRTC化合物は、ネオアンチゲンの範囲を単一アミノ酸置換を超えて広くするだろう。RTCから産生された異常なペプチド、またはそれら産物をコードするDNAもしくはRNAは、個別化ワクチンの構成要素を象徴する。RTCで治療された患者の腫瘍の転写プロファイリングは、そのようなワクチンを産生するために使用されうる異常リードスルータンパク質の候補を提供する。RTCで治療された腫瘍全体は、ホールセルワクチンのための基礎としても使用されうる。誘発されたネオアンチゲンに対するそのようなワクチンは、他のワクチンに加え、これらの実施例のあらゆる薬剤と組み合わされうる。
実施例8:RTCの、CAR−T細胞または患者由来腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)との組合せ
この実施例は、同系免疫応答性マウス中の腫瘍の、RTCとAR−T細胞または患者由来腫瘍浸潤性リンパ球との組合せでの治療の効果を示す。
材料及び方法
使用された癌のマウスモデルは、上で開示の通りである。
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫反応、CD4及びCD8エフェクターT細胞反応、並びにTreg反応の評価は、上で開示の通りである。
RTCで治療された患者において誘発されたT細胞は、これらの薬により産生されたネオアンチゲンを認識するように誘発されるだろう。これらの特異的T細胞は、ex vivoで増殖されて直接患者に再注入されうる。あるいは、そのTCRがクローニングされて再注入のためのCAR−T細胞を工学操作するために使用されうる。
実施例9:マウス腫瘍モデルにおける、RTC単独での、及びRTCと1つまたはそれ以上の免疫療法剤との組合せでの、使用
この実施例は、腫瘍を擁するC57BL/6マウスの治療に対する、RTC単独での、及びRTCと1つまたはそれ以上の免疫療法剤との組合せの有効性を評価した。
材料及び方法
動物:週齢6−8週(播種時の推定週齢)のメスC57BL/6マウスは、Shanghai Lingchang Bio−Technology Co.Ltd(LC、Shanghai、China)から入手した。動物は、20−26℃において、12時間の明と12時間の暗サイクルで収容された。
細胞培養:MC38腫瘍細胞は、in vitroで単層培養として、10%ウシ胎児血清が補足されたDMEM培地中で、37℃にて空気中5%CO2の空気中で維持された。その腫瘍細胞は、常に週に二回、継代培養された。指数成長フェーズにある細胞が回収され、腫瘍は種のために計数された。
治療用化合物:アタルレン(PTC124)は、Selleck Chemicals(Houston、TX)から入手した。抗PD−1及び抗CTLA−4抗体は、BioXCellから、また抗CD8抗体も同様に、入手した。化合物は、表1に示されるように製剤化された。化合物は製剤化され、
Figure 2019505578
Figure 2019505578
腫瘍播種:腫瘍発育のため、各マウスは、右横腹下部領域に、PBS0.1mL中のMC38腫瘍細胞(1x10)が皮下に播種された。治療は、平均腫瘍サイズがおよそ50mmに達した際に開始された。化合物が投与され、各実験グループにおける動物数は表2に示される。腫瘍細胞播種の日にちは、第0日として示される。
グループ割り振り:グループ化及び治療の前に、すべての動物が重量測定され、キャリパーを使用して腫瘍体積が測定された。腫瘍体積は、定誤差を最小限にするため、選択された動物を特定のグループへとランダム化するための数値的パラメーターとして使用された。グループ化は、StudyDirector(商標)ソフトウェア(Studylog Systems,Inc.CA,USA)を使用して実施された。グループ割り当てのためには、グループごとの腫瘍体積の最小変度を示す一つの最適なランダム化設計(Matched分布により作成された)が選択された。
Figure 2019505578

・N:動物数;
・投薬体積は10μl/g;
・PTC124はランダム化にて第一用量が与えられた(腫瘍サイズ〜50mm)。
CD8、CTLA−4、及びPD−1抗体は、腫瘍サイズが到達した際(75−100mm)にルーチンで与えられた。それはPTC124を与えてから3−4日後であった。
・試験化合物及び抗体が同じ日に投与された場合、PTC124は午前中に与えられ、抗体は午後に与えられた。
FACS解析:腫瘍細胞が各治療グループから単離され、FACS解析が、当技術分野において周知である方法に従って実施された。FACS解析のために使用された試薬は、下の表3において示される。
Figure 2019505578
免疫組織化学(IHC):腫瘍試料からのホルマリン固定パラフィン埋め込み(FFPE)組織が4μmに切片化された。抗原回復(AR)は、100℃にてEDTA緩衝液中でpH9.0にて20分にわたり実施された。一次抗体(検証済みの濃度に希釈)、RT60分+二次抗体(使用準備済み)、RT60分+Bond Polymer Refine Detection。使用された抗体及び試薬は、表4中に示される。
Figure 2019505578
結果:
腫瘍細胞播種の後、動物は、毎日、病的状態及び死亡数に加え、病的状態、食料及び水消費の目測、体重増加/減少、目/毛の艶喪失、並びにあらゆる他の異常効果などの正常行動に対する腫瘍成長及び治療のあらゆる影響について確認された。腫瘍体積は、キャリパーを使用して少なくとも二次元で週に二回測定され、体積が、式:V=0.5axbを使用してmmで表現された。ここで、a及びbは、それぞれ腫瘍の長径及び短径である。
実験期間にわたる各治療グループについての平均腫瘍体積は表5中に示され、腫瘍体積のパーセント阻害は表6中に示される。
Figure 2019505578
Figure 2019505578
表6に示されるように、PTCリードスルー阻害剤(PTC124)は、それ自身で(グループ2;図1)、また免疫療法剤抗PD−1との(グループ4;図3)及び抗CTLA−4との(グループ5;図2)組合せで、腫瘍阻害を促進する特性を有する。とくに、PTC124のCTLA−4との組合せは、腫瘍阻害に関して、抗PD−1抗体と抗CTLA−4抗体との組合せでの治療(グループ8)と同じだけ有効であった。一つよりも多い抗体ベースの治療薬を利用する免疫療法は、急性アナフィラキシー、血清病、及び抗体産生などの有害事象及び副作用と関連付けられてきたため、このことは意義深い。さらに、抗CD8抗体での治療はPTC124の有益な治療効果を無効にすることが示されたため、PTC124での治療はT細胞媒介性であることが示された(グループ3;図1)。
図4に示されるように、免疫組織化学解析は、PTCリードスルー阻害剤での治療が、腫瘍組織に浸潤する顕著な数のCD3+免疫細胞をもたらしたことを示した。図4はまた、この効果は、治療がPD−1に対する抗体及びCTLA−4に対する抗体と組合せられると増強されたことも示す。さらに、図5に示されるように、FACS解析は、PTC124での治療が、腫瘍内T細胞浸潤(CD45+、CD3+、CD8+、及びCD4+細胞)の増加と関連付けられたことを明らかにした。
実施例10:RTCの、免疫療法剤の組合せとの組合せでの使用
この実施例は、腫瘍を擁するC57BL/6マウスの治療に対する、RTCと二つの免疫療法剤(抗PD−1及び抗CTLA−4)との組合せの有効性を評価する。
材料及び方法
動物維持、細胞培養、播種、グループ割り振り、並びにアタルレン(PCT124)、抗PD−1、及び抗CTLA−4抗体の製剤化は、実施例9において議論されるように実施された。
化合物が投与され、各実験グループにおける動物数は、表7に示される。腫瘍細胞播種の日は、第0日として示される。
Figure 2019505578
結果:
腫瘍細胞播種の後、動物は、毎日、病的状態及び死亡数に加え、病的状態、食料及び水消費の目測、体重増加/減少、目/毛の艶喪失、並びにあらゆる他の異常効果などの正常行動に対する腫瘍成長及び治療のあらゆる影響について確認された。腫瘍体積は、キャリパーを使用して少なくとも二次元で週に2回測定され、体積が、式:V=0.5axbを使用してmmで表現された。ここで、a及びbは、それぞれ腫瘍の長径及び短径である。

Claims (47)

  1. それを必要とする個体において免疫反応を引き起こす方法であって、未成熟終止コドンの発生をもたらすフレームシフト変異を有するmRNAにおいて、未成熟終止コドンのリードスルーを促進する一定量の化合物を前記個体に投与する工程を有し、前記量は前記mRNAのタンパク質への翻訳をもたらすのに十分である、方法。
  2. 異常細胞の表面上に1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘発する方法であって、未成熟終止コドンの発生をもたらすフレームシフト変異を有するmRNAにおいて、未成熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物を前記細胞に接触させる工程を有し、前記未成熟終止コドンのリードスルーは、前記mRNAのタンパク質への翻訳と、前記細胞の表面上の1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現とをもたらす、方法。
  3. 請求項1または請求項2記載の方法において、前記フレームシフト変異を有するmRNAから翻訳されるタンパク質は非機能性である、方法。
  4. 請求項1の方法において、前記免疫反応は、免疫細胞による前記mRNAの翻訳からの処理タンパク質の認識によって媒介される、方法。
  5. 請求項4の方法において、前記免疫細胞はT細胞またはB細胞である、方法。
  6. 請求項4の方法において、前記免疫反応はクラスIまたはクラスII主要組織適合性複合体(MHC)分子によって媒介される、方法。
  7. 請求項1または3〜6のいずれか1項記載の方法において、前記免疫反応はT細胞によって媒介される、方法。
  8. 請求項1または3〜6のいずれか1項記載の方法において、前記免疫反応はB細胞によって媒介される、方法。
  9. 請求項5または請求項7記載の方法において、前記T細胞は、ガンマデルタT細胞、アルファベータT細胞、またはナチュラルキラーT細胞である、方法。
  10. 請求項1または3〜6のいずれか1項の方法において、前記免疫反応は炎症反応である、方法。
  11. 請求項1〜10のいずれか1項記載の方法において、前記mRNAは増殖性細胞中に発現する、方法。
  12. 請求項1〜11のいずれか1項記載の方法において、前記増殖性細胞は癌細胞である、方法。
  13. 請求項12記載の方法において、前記癌は、結腸癌、乳癌、膵臓癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞種、例えば、急性リンパ性白血病及び急性骨髄性白血病、慢性白血病などの白血病、真性多血症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、並びに重鎖病からなる群から選択される、方法。
  14. 請求項1〜13のいずれか1項記載の方法であって、さらに、1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物を投与する工程を有する、方法。
  15. 請求項14記載の方法において、前記免疫チェックポイント分子は、CTLA4、PD−1、PD−L1、A2AR、B7−H3、B7−H4、またはTIM3のうち1つまたはそれ以上である、方法。
  16. 請求項15記載の方法において、前記1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物は、アンタゴニスト抗体である、方法。
  17. 請求項16記載の方法において、前記アンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである、方法。
  18. 請求項1〜17のいずれか1項記載の方法であって、さらに、1つまたはそれ以上のエピジェネティック調節化合物を投与する工程を有する、方法。
  19. 請求項18記載の方法において、前記エピジェネティック調節化合物は、ボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、5−アザシチジン、パノビノスタット、及び/またはベリノスタットのうち1つまたはそれ以上である、方法。
  20. 請求項1〜19のいずれか1項記載の方法において、前記化合物は小分子化学化合物である、方法。
  21. 請求項20記載の方法において、前記化合物はアタルレンである、方法。
  22. 請求項1〜21のいずれか1項記載の方法において、前記個体は哺乳類である、方法。
  23. 請求項22記載の方法において、前記哺乳類はヒトである、方法。
  24. それを必要とする個体において免疫反応を引き起こす方法であって、未成熟終止コドンの発生をもたらすナンセンス変異を有するmRNAにおいて、未成熟終止コドンのリードスルーを促進する一定量の化合物を前記個体に投与する工程を有し、前記量は前記mRNAのタンパク質への翻訳をもたらすのに十分である、方法。
  25. 異常細胞の表面上に1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘発する方法であって、未成熟終止コドンの発生をもたらすナンセンス変異を有するmRNAにおいて、未成熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物を前記細胞に接触させる工程を有し、未成熟終止コドンのリードスルーは、前記mRNAのタンパク質への翻訳と、前記細胞の表面上の1つまたはそれ以上のネオアンチゲンの発現とをもたらす、方法。
  26. 請求項24または請求項25記載の方法において、前記ナンセンス変異を有するmRNAから翻訳されるタンパク質は腫瘍抑制遺伝子ではない、方法。
  27. 請求項24または請求項25記載の方法において、前記ナンセンス変異を有するmRNAから翻訳されるタンパク質は、ジストロフィン、アルファ−L−イズロニダーゼ、及び/または嚢胞性繊維症膜貫通コンダクタンス制御因子(CFTR)タンパク質のうち1つまたはそれ以上ではない、方法。
  28. 請求項24記載の方法において、前記免疫反応は、免疫細胞による前記mRNAの翻訳からの処理タンパク質の認識によって媒介される、方法。
  29. 請求項28記載の方法において、前記免疫細胞はT細胞またはB細胞である、方法。
  30. 請求項28記載の方法において、前記免疫反応はクラスIまたはクラスII主要組織適合性複合体(MHC)分子によって媒介される、方法。
  31. 請求項24または26〜29のいずれか1項記載の方法において、前記免疫反応はT細胞によって媒介される、方法。
  32. 請求項24または26〜29のいずれか1項記載の方法において、前記免疫反応はB細胞によって媒介される、方法。
  33. 請求項29または請求項31記載の方法において、前記T細胞は、ガンマデルタT細胞、アルファベータT細胞、またはナチュラルキラーT細胞である、方法。
  34. 請求項24または26〜29のいずれか1項記載の方法において、前記免疫反応は炎症反応である、方法。
  35. 請求項24〜34のいずれか1項記載の方法において、前記mRNAは増殖性細胞中に発現する、方法。
  36. 請求項24〜35のいずれか1項記載の方法において、前記増殖性細胞は癌細胞である、方法。
  37. 請求項36記載の方法において、前記癌は、結腸癌、乳癌、膵臓癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞種、例えば、急性リンパ性白血病及び急性骨髄性白血病、慢性白血病などの白血病、真性多血症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、並びに重鎖病からなる群から選択される、方法。
  38. 請求項24〜37のいずれか1項記載の方法であって、さらに、1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物を投与する工程を有する、方法。
  39. 請求項38記載の方法において、前記免疫チェックポイント分子は、CTLA4、PD−L1、PD−1、A2AR、B7−H3、B7−H4、またはTIM3のうち1つまたはそれ以上である、方法。
  40. 請求項39記載の方法において、前記1つまたはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物は、アンタゴニスト抗体である、方法。
  41. 請求項40記載の方法において、前記アンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである、方法。
  42. 請求項24〜41のいずれか1項記載の方法であって、さらに、1つまたはそれ以上のエピジェネティック調節化合物を投与する工程を有する、方法。
  43. 請求項42記載の方法において、前記エピジェネティック調節化合物は、ボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、5−アザシチジン、パノビノスタット、及び/またはベリノスタットのうち1つまたはそれ以上である、方法。
  44. 請求項54〜43のいずれか1項記載の方法において、前記化合物は小分子化学化合物である、方法。
  45. 請求項44記載の方法において、前記化合物はアタルレンである、方法。
  46. 請求項24〜45のいずれか1項記載の方法において、前記個体は哺乳類である、方法。
  47. 請求項46記載の方法において、前記哺乳類はヒトである、方法。
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