JP2018520685A - B型肝炎ウイルスに対する組成物および薬剤ならびにその使用 - Google Patents

B型肝炎ウイルスに対する組成物および薬剤ならびにその使用 Download PDF

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Abstract

本発明は、医学療法、一般に、対象のB型肝炎ウイルスを阻害する方法に有用な、化合物および組成物を包含する。化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し、各鎖は19〜29モノマー長であり、モノマーはUNAモノマーおよび核酸モノマーを含み、化合物はHBVゲノムの配列を標的とする。

Description

本発明は、遺伝子サイレンシングにおける、オリゴマーで構成されるバイオ医薬品および治療学の分野に関する。特に、本発明は、B型肝炎ウイルスに対して作られた治療用オリゴマーの、構造、組成物および方法に関する。
配列表
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B型肝炎は、B型肝炎ウイルス(HBV)の感染に起因する肝疾患である。その重症度は、数週間続く軽度の疾患から、重篤な、生涯にわたる疾患までになり得る。B型肝炎は、急性または慢性のいずれかであり得る。急性B型肝炎ウイルス感染症は、慢性感染症をもたらし得る、短期間の疾患である。慢性B型肝炎ウイルス感染症は、長期間の健康障害(肝硬変、肝がんおよび死など)をもたらし得る、長期間の疾患である。
B型肝炎は通常、感染した人間との性的接触による体液の伝達を通して、または薬物注射の針の共有を通して、伝播する。また、感染した母親から彼女の乳児に、出生時に感染し得る。流行地域において、B型肝炎は、出生時において母親から子供に、または、感染した血液への曝露によって、特に生後5年間における感染した子供から未感染の子供に、最も良く感染する。
最新のWHOの見積もりにおいて、2億4千万人がB型肝炎に慢性的に感染(B型肝炎表面抗原に、少なくとも6ヶ月間陽性であると定義される)している。約780,000人が毎年B型肝炎感染症で死亡している。
急性B型肝炎に特異的な処置はない。慢性B型肝炎感染症は、経口の抗ウイルス薬を含む薬剤で処置できる。WHOは、テノホビルまたはエンテカビルなどの経口処置の使用を推奨している。ほとんどの人間において、処置はウイルスの複製を抑制するが、B型肝炎感染症を治療しない。肝がんは急速に進行し、処置の選択肢は制限される。外科手術、化学療法または肝移植は、最大で数年間延命できる。
B型肝炎表面抗原HBsAgを検出することで、B型肝炎感染症の検査診断ができる。急性B型肝炎ウイルス感染症は、HBsAgおよびコア抗原HBcAgに対する免疫グロブリンM(IgM)抗体の存在によって、特徴付けられる。感染の初期段階において、患者はまた、B型肝炎e抗原(HBeAg)に血清陽性である。HBeAgは通常、ウイルスの高レベルの複製のマーカーである。HBeAgの存在は、感染した個体の血液および体液が高伝染性であることを示す。慢性感染症は、HBeAgの併発を伴う、または伴わない、少なくとも6ヶ月間のHBsAgの持続によって、特徴付けられる。HBsAgの持続は、慢性肝疾患および後年の肝がんの発生におけるリスクの主要なマーカーである。
HBVは、ヘパドナウイルスファミリーのメンバーである。肝細胞に感染できるウイルス粒子は、直径30〜42nmであり、外側のエンベロープおよび正二十面体のヌクレオカプシドコアを有する。ヌクレオカプシドは、ウイルスDNAおよび、逆転写酵素活性を有し得るDNAポリメラーゼを封入する。外側のエンベロープは、ウイルス結合に関与し、細胞内に侵入し得るタンパク質を含む。
一般的に、HBVは4種の同定された遺伝子C、P、SおよびXを有する。遺伝子Cはコアタンパク質HBcAgをコードする。細胞外タンパク質HBeAgは、プレコアタンパク質からプロセシングされる。DNAポリメラーゼは、遺伝子Pにコードされている。遺伝子Sは、小型の表面抗原HBsAgをコードし、これは3種のポリペプチド表面タンパク質(大型、中型および小型)のうちの1つである。遺伝子Xは、肝がんの発生に関連し得る。
HBVはパラレトロウイルスであり、これは複製過程で逆転写を用いる、非レトロウイルスである。このウイルスは、細胞に侵入し、宿主のプロセスで産生したRNAを用いて増殖できる。ウイルスゲノムDNAは、細胞核に導入され、ウイルスポリメラーゼで作用し、宿主のRNAポリメラーゼによって、4種のウイルスmRNAの転写を与え得る。大型のウイルスmRNAを用いて、逆転写によって新たなゲノムのコピーを作製し、コアタンパク質およびウイルスDNAポリメラーゼを作製する。ウイルスmRNAはさらにプロセシングされ、新たなウイルス粒子を形成する。
HBVを、エンベロープタンパク質によって提示されるエピトープに基づく4種の主要な血清型(adr、adw、ayr、ayw)で記述できる。HBVは、8種の遺伝子型(A〜H)およびサブ遺伝子型が同定されている。この遺伝子型は、異なる地理的分布を有し、ウイルスの進化および伝達を追跡するのに用いられる。
B型肝炎の処置における組成物および方法が必要とされている。
B型肝炎感染症を改善または処置する、新規な手法および組成物について、緊急の必要性がある。
本発明は、B型肝炎感染症に対する治療薬として用いる、新規な分子を提供する。本発明の分子を、B型肝炎感染症の改善、予防または処置する組成物の医薬品有効成分として、使用できる。
B型肝炎感染症を処置する本発明の分子は、B型肝炎ウイルスの任意の複製、成熟、増殖または感染の様式に対して作用し得る。B型肝炎ウイルスが、1以上の任意のこのプロセスを実行するのを妨げることによって、本発明の分子は、B型肝炎感染症を改善または処置するのに使用され得る。
本発明の実施態様は、HBVに対する有効性の増強を有利に与える、1以上の性質を有する分子、およびB型肝炎感染症に対する治療薬における組成物または製剤を提供し得、これらは臨床薬を提供し得る。本発明の分子の性質は、それらの構造に起因し、その全体の分子構造は、全体として、著しい利益および性質を与え得る。
本発明の有効な薬剤は、HBVゲノムの発現を阻害できる、オリゴマー分子を含む。本発明のオリゴマーは、HBVゲノムの発現をサイレンシングすることによって、対象のHBV感染症に対する強力な作用を与え得る。
いくつかの実施態様において、広範な新規分子を提供し、この分子は、1以上のリンカー基を包含し得る。リンカー基を、この分子内の鎖に結合させてもよい。各リンカー基を、核酸塩基と結合させてもよい。
いくつかの態様において、リンカー基はモノマーであり得る。モノマーが結合し、鎖状分子を形成してもよい。本発明の鎖状分子において、リンカー基のモノマーを、鎖内の任意の点において結合させてもよい。
ある態様において、リンカー基のモノマーを、鎖の末端付近に存在するように、本発明の鎖状分子と結合させてもよい。鎖状分子の末端を、リンカー基のモノマーによって形成してもよい。
さらなる態様において、鎖状分子の各リンカー基を、核酸塩基と結合させてもよい。鎖状分子内の核酸塩基の存在は、核酸塩基配列を提供し得る。
ある実施態様において、本発明は、リンカー基のモノマーと、特定の天然ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド、または化学修飾されたヌクレオチドとの、新規の組合せを包含する鎖状構造を有する、オリゴマー分子を提供する。
本発明のオリゴマー分子は、HBVゲノムの構成要素を標的とする、核酸塩基配列を提示し得る。
さらなる態様において、本発明は、B型肝炎感染症によって生じる疾患の予防、改善または処置における治療法を提供する。本発明の有効な化合物または分子を、B型肝炎ウイルスによって生じるウイルス感染症の予防または処置に用いてもよい。
本発明は、リンカー基のモノマーを包含するオリゴマー薬剤における、構造、方法および組成物を提供する。本発明のオリゴマー分子を、HBVを標的とする遺伝子サイレンシングの治療法の製剤において、有効な薬剤として用いてもよい。
本発明の実施態様は以下を含む:
第一の鎖および第二の鎖を含む化合物であって、各鎖は19〜29モノマー長であり、モノマーはUNAモノマーおよび核酸モノマーを含み、化合物は14〜29個の連続するモノマー長の2本鎖領域を有し、第一の鎖はRNA干渉におけるパッセンジャー鎖であり、第二の鎖はRNA干渉におけるガイド鎖であり、化合物が、HBVゲノムの発現の阻害を標的とする塩基配列を含む、化合物。この化合物は、1〜7個のUNAモノマーを含んでもよい。
いくつかの実施態様において、化合物は、第一の鎖の1末端(非UNAにおける5’末端)にUNAモノマー、第一の鎖の3末端(非UNAにおける3’末端)にUNAモノマー、および第二の鎖の5’末端から2番目の位置にUNAモノマーを含んでもよい。化合物は、第二の鎖の5’末端から2〜8番目の、任意の1以上の位置において、UNAモノマーを含んでもよい。
ある実施態様において、化合物は、UNAモノマー、天然ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド、または化学修飾されたヌクレオチド、またはそれらの組合せのうち1つまたはそれ以上を伴う3’オーバーハングを有してもよい。3’オーバーハングは、デオキシチミジンヌクレオチド、2’−O−メチルヌクレオチド、逆方向脱塩基モノマー、逆方向チミジンモノマー、L−チミジンモノマー、またはグリセリルヌクレオチドのうち1つまたはそれ以上を有してもよい。
いくつかの態様において、化合物は、非天然ヌクレオチド、修飾されたヌクレオチドまたは化学修飾されたヌクレオチドである、1以上の核酸モノマーを有してもよい。化合物は、ホスホロチオエート、キラルなホスホロチオエートまたはホスホロジチオエート結合によって、連結した1以上のモノマーを有してもよい。
さらなる態様において、化合物を、輸送部分(例えば、糖タンパク質受容体、ガラクトース、ガラクトサミン、N−アセチルガラクトサミン、GalNAc基と結合する部分またはコレステロール輸送部分など)とコンジュゲートしてもよい。化合物を、輸送部分とコンジュゲートし、コンジュゲートしていない化合物と比較して、肝臓内への取り込みを増大させてもよい。
本発明は、脂質ナノ粒子−オリゴマー化合物を含み、ここで1以上の化合物が脂質ナノ粒子に結合している。
本開示の組成物は、1以上の化合物および薬学的に許容し得る担体を含んでもよい。担体は、脂質ナノ粒子またはリポソームであり得る。
本開示の組成物は、遺伝子X、C、PおよびSのHBV転写物の保存領域を標的とする第一の化合物、HBsAgの阻害を標的とする第二の化合物、遺伝子X、CおよびSのHBV転写物の保存領域を標的とする第三の化合物、および薬学的に許容し得る担体を含み得る。
本発明の実施態様は、1525〜1582、374〜414、1776〜1782、244〜256および1818〜1866の任意の位置からの基準位置を有する、1以上の化合物を含む組成物を含む。ある実施態様において、組成物は、1525〜1582の基準位置を有する化合物、374〜414の基準位置を有する化合物、および、1776〜1782の基準位置を有する化合物を含み得る。
本発明の実施態様はさらに、対象に有効量の上記組成物を投与することによって、それを必要とする対象において、HBV感染症に関連する疾患および症状を予防、改善または処置する方法を想定する。組成物の投与は、対象におけるHBVウイルスの力価を減少し得る。対象は、B型肝炎ウイルス感染症に関連する疾患(例えば、肝疾患)と診断されていてもよい。
本発明は、対象に有効量の上記組成物を投与することによって、それを必要とする対象において、B型肝炎ウイルスの複製、成熟、増殖または感染を阻害する方法を含む。組成物は、対象におけるHBsAgの血清濃度を減少させ得る。いくつかの実施態様において、組成物の投与は、対象におけるHBsAgの血清濃度を、2−log10倍または少なくとも7日間、2−log10倍減少させ得る。ある実施態様において、組成物の投与は、対象のHBeAg、または対象のHBV DNAを減少させ得る。
本発明はまた、対象に上記組成物を投与することによって、それを必要とする対象において、B型肝炎ウイルスポリヌクレオチドの発現を阻害する方法および、それを必要とする対象におけるB型肝炎感染症に関連する疾患または症状の予防、改善または処置における上記組成物の使用を想定する。
いくつかの態様において、本開示は、医学療法に使用する、またはヒトもしくは動物の身体の処置に使用する、組成物を含む。ある態様において、本発明は、それを必要とする対象において、B型肝炎感染症に関連する疾患または症状を予防、改善または処置する薬物の調製または製造における、組成物の使用を含む。
図1は、基準ゲノムにおけるHBVタンパク質コード領域および選択された転写物のマップを示す。最上部を、ヌクレオチド位置1/3221と指定する。さらなる指定を以下に示す:pre−S1、大型HBsAg;pre−S2、中型HBsAg;S、HBsAg;P、ポリメラーゼ;X、HBxタンパク質;pre−C、プレコア/HBeAg;C、HBコアAg。pre−S1/pre−S2/Sをコードする、2.4kb、2.1kbおよび0.7kbの転写物ならびにXタンパク質をコードする転写物を示す。プレコア/HBeAgタンパク質は、約1700の位置から始まる、長い、3.5kbの転写物(示していない)から産生するが、コアタンパク質、ポリメラーゼタンパク質およびウイルス複製の鋳型として用いるプレゲノムRNAは、約200ntのより短い転写物から産生する。あるUNAオリゴマー(UNAオリゴマー1、UNAオリゴマー2およびUNAオリゴマー3と呼ぶ)における基準位置の範囲を示す。
図2は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。本発明のUNAオリゴマーは、インビボでのHBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤1および2に含まれ、漸増用量を用いた。UNAオリゴマーを、脂質ナノ粒子中に製剤し、ヒト肝細胞を(70%)含む、HBV感染したPhoenix Bio(PXB)マウスに静脈内注射した。UNAオリゴマー1576およびUNAオリゴマー3分子組成物(1576、380、1777)での処置は共に、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
図3は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおける、インビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマー3分子(1576、380、1777)での処置は、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。本研究では漸増用量を用い、マウスに、4日毎に40日目まで投与し、ウイルスの終点を、4日毎に44日目までモニターした。
図4は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマー3分子(1576、380、1777)での処置は、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。本研究では漸増用量を用い、マウスに、4日毎に40日目まで投与し、ウイルスの終点を、4日毎に44日目までモニターした。
図5は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマー3分子(1576、380、1777)での処置は、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。本研究では漸増用量を用い、マウスに、4日毎に40日目まで投与し、ウイルスの終点を、4日毎に44日目までモニターした。
図6は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマー1777、380および1578での処置は、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
図7は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマー1777、380および1578での処置は、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
図8は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマー1777、380および1578での処置は、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
図9は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマー3分子組成物(1578、380、1777)での処置は、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。
図10は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマー3分子組成物(1578、380、1777)での処置は、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。
図11は、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマー3分子組成物(1578、380、1777)での処置は、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。
図12は、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。本発明のUNAオリゴマーは、インビボでのHBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。一般的に、AAV−HBVマウスモデルは、HBV感染症の研究において頑強なモデルである。UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に製剤し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。本研究では漸増用量を用い、血清ウイルスの終点を、処置の15日前および処置の少なくとも22日後にモニターした。各UNAオリゴマー380、1777および1576での処置は、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
図13は、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に製剤し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。各UNAオリゴマー380、1777および1576ならびに同化合物のUNAオリゴマー3分子組成物(1576、380、1777)での処置は、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。この直接比較は、3分子組成物が、驚くべきことに、個々のオリゴマーと比較して、効果の持続時間中、常に効力が増大していたことを示す。
図14は、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に製剤し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。各UNAオリゴマー380、1777および1576での処置は、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
図15は、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に製剤し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。本研究では漸増用量計画を用い、マウスを0日目に3mg/kg、4日目に5mg/ml、8日目に10mg/mlで処置し、血清ウイルスの終点を、処置後、12日目までモニターした。UNAオリゴマー3分子組成物(1777、380、1578)での処置は、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。
図16は、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に製剤し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。各UNAオリゴマー1578および1575での処置は、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
図17は、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に製剤し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。各UNAオリゴマー1578および1575での処置は、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
図18は、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察された、UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を示す。UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に製剤し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。各UNAオリゴマー1578および1575での処置は、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
本発明は、B型肝炎感染症に対する治療学として使用される、様々な新規な薬剤および組成物を提供する。本発明の分子を、B型肝炎感染症の改善、予防または処置における組成物の医薬品有効成分として使用してもよい。
本発明のガレヌス(galenic)分子は、B型肝炎ウイルスがその1以上のプロセスを実行するのを妨げることができる。本発明の分子を、B型肝炎感染症の改善または処置に使用してもよく、B型肝炎ウイルスの複製、成熟、増殖または感染のうち、任意の様式に対して作用し得る。
本発明の新規な薬剤は、HBVゲノムの発現を阻害する、オリゴマー分子を含む。
本発明の実施態様は、HBVゲノムの全部分に攻撃することによる、対象におけるHBV感染症に対する効力の、顕著でかつ、驚くべき増強を与える。特に、本発明の薬剤および組成物は、HBVにおいて同定されている全ての遺伝子(C、P、SおよびX)を同時に阻害できる。したがって、本開示の化合物および組成物は、Xタンパク質およびウイルスポリメラーゼに加えて、小型の表面抗原HBsAgおよび細胞外タンパク質HBeAgを阻害できる。
本発明の化合物の性質は、その分子構造に起因し、その全体の分子構造が、全体として、それらの性質に基づいて、著しい利益を与え得る。本発明の実施態様は、HBVに対する有効性の増強を有利に与える、1以上の性質を有する分子、およびB型肝炎感染症に対する治療薬における組成物または製剤を提供し得、これらは臨床薬を提供し得る。
広範な新規分子を提供し、各分子は、特殊なリンカー基を包含してもよい。リンカー基を、この分子内の鎖に結合させてもよい。各リンカー基を、核酸塩基と結合させてもよい。
いくつかの態様において、リンカー基はモノマーであり得る。モノマーが結合し、鎖状分子を形成してもよい。本発明の鎖状分子において、リンカー基のモノマーを、鎖内の任意の点において結合させてもよい。
ある態様において、リンカー基のモノマーを、鎖の末端付近に存在するように、本発明の鎖状分子と結合させてもよい。鎖状分子の末端を、リンカー基のモノマーで形成してもよい。
本明細書において、鎖状分子はオリゴマーとも呼ばれ得る。
さらなる態様において、鎖状分子の各リンカー基を、核酸塩基と結合させてもよい。鎖状分子内の核酸塩基の存在は、核酸塩基配列を提供し得る。
ある実施態様において、本発明は、リンカー基のモノマーと、特定の天然ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド、または化学修飾されたヌクレオチドとの、新規の組合せを包含する鎖状構造を有する、オリゴマー分子を提供する。
本発明のオリゴマー分子は、HBVゲノムの構成要素を標的とする、核酸塩基配列を示し得る。いくつかの実施態様において、オリゴマーは、多数の公知のHBVゲノム配列において、保存された、または高度に保存された、HBVゲノムの一部を標的とし得る。
いくつかの態様において、本発明は、HBV核酸分子の、少なくともフラグメントと一致または相補的であり、少なくとも、細胞中に存在するそのようなフラグメントの発現を減少させる、有効なオリゴマー分子を提供する。いくつかの実施態様において、有効なオリゴマー分子は2本鎖であり得る。
任意の特定の理論に拘束されることを意図しないが、細胞の経路は本発明の有効なオリゴマーを用いて、RNA干渉経路における配列特異的な制御因子になると考えられる。有効なオリゴマーは、RNA誘導型サイレンシング複合体(RISC複合体)と結合し得、ここでセンス鎖(パッセンジャー鎖とも呼ばれる)およびアンチセンス鎖(ガイド鎖とも呼ばれる)が巻き戻され、アンチセンス差がRISC複合体内において複合体を形成し得る。ガイド鎖は、標的とされる相補的な配列(例えば、mRNAにおける標的配列)と結合し得、これは次いで切断され、標的配列を含む核酸分子の不活化をもたらし得る。結果として、標的配列を含むmRNAの発現は、減少し得る。
いくつかの実施態様において、オリゴマー分子を輸送部分と結合させてもよい。輸送部分の例は、糖タンパク質受容体、ガラクトース、ガラクトサミン、N−アセチルガラクトサミン、GalNAc基、コレステロール、ステロール、植物ステロール、ステロイド、動物ステロール、ラノステロール、スチグマスタノール(stigmastanol)、ジヒドロラノステロール、チモステロール、チモステロール(zymostenol)、デスモステロールおよび7−デヒドロコレステロールを含む。
さらなる態様において、本発明は、B型肝炎感染症によって生じる疾患の予防、改善または処置における治療法を提供する。本発明の有効な化合物または分子を、B型肝炎ウイルスによって生じるウイルス感染症の予防または処置に用いてもよい。
本発明は、リンカー基のモノマーを包含するオリゴマー薬剤における、構造、方法および組成物を提供する。本発明のオリゴマー分子を、HBVを標的とする遺伝子サイレンシングの治療法の製剤において、有効な薬剤として用いてもよい。
本発明は、遺伝子発現の制御における、その活性のために、治療効果を与えるのに有用な、多様な分子を提供する。本発明の分子を、インビトロおよびインビボにおける遺伝子の制御活性またはサイレンシング活性を与えるように、構築する。
本発明の実施態様は、B型肝炎感染症に対する治療薬として使用する分子を提供し得る。分子を、B型肝炎感染症を改善、予防または処置する組成物における医薬品有効成分として使用してもよい。
ある実施態様において、有効な分子を、モノマーから構成されるオリゴマーとして構築し得る。本発明のオリゴマーの構造は、特定のヌクレオチドと共に、1以上のリンカー基のモノマーを含み得る。
作用様式
B型肝炎感染症の処置において、本発明の分子は、B型肝炎ウイルスの複製、成熟、増殖または感染のうち、任意の様式に対して、作用し得る。B型肝炎ウイルスが任意の1以上の正常なプロセスを実行するのを妨げることによって、本発明の分子を、B型肝炎感染症を改善または処置するのに使用できる。
本発明は、HBVゲノムの全部分を同時に調節することによって、対象のHBV感染症に対する、予測できない有利な効果を提供できる。
いくつかの実施態様において、本発明のUNAオリゴマー薬剤および本開示の組成物は、各HBV遺伝子C、P、SおよびXの発現を阻害できる。
いくつかの態様において、本発明のUNAオリゴマー薬剤および本開示の組成物は、遺伝子C、P、SおよびXを含む、HBVの全ての遺伝子の発現を、同時に阻害できる。
特別な態様において、本開示における本発明のUNAオリゴマー組成物は、HBVの複数の遺伝子(遺伝子PおよびC、PおよびS、またはPおよびXなど)の発現を、同時に阻害できる。
さらなる態様において、本開示における本発明のUNAオリゴマー組成物は、HBVの複数の遺伝子(遺伝子P、SおよびC、またはP、XおよびS、またはP、CおよびXなど)の発現を、同時に阻害できる。
ある態様において、本発明の化合物は、インビボにおいて、対象のHBsAgのゲノム源に関係なく、小型の表面抗原HBsAgを阻害できる。
さらなる態様において、本発明の化合物および組成物は、HBV細胞外タンパク質HBeAg、Xタンパク質、およびHBVウイルスポリメラーゼを阻害できる。
いくつかの態様において、本発明の治療分子は、B型肝炎ウイルスの複製サイクルの工程を予防または阻害するのに有効であり得る。
HBVのウイルス成分は、ヌクレオカプシド、完全または部分的に2本鎖のDNA(弛緩型環状(relaxed circular)、rcDNA)、ポリメラーゼ、表面抗原、コアタンパク質、調節性Xタンパク質および分泌タンパク質を含み得る。
いくつかの実施態様において、本発明の治療分子は、ウイルス成分の、細胞結合型プロテオグリカンへの接着を予防または阻害するのに有効であり得る。
本発明のある実施態様は、ウイルス成分の、肝細胞受容体への結合を予防または阻害するのに有効であり得る、治療分子を提供する。
さらなる実施態様において、本発明の治療分子は、エンドサイトーシスまたは、ウイルス成分の細胞膜への融合による、ウイルス成分の細胞内への侵入を予防または阻害するのに有効であり得る。
本発明の治療分子は、ウイルス成分の、細胞の細胞質への放出を、予防または阻害するのに有効であり得る。
さらなる実施態様において、本発明の治療分子は、HBVヌクレオカプシドの細胞内輸送を予防または阻害するのに有効であり得る。
本開示の態様は治療分子を提供し、これは、細胞内のHBV rcDNAの放出を予防または阻害するのに有効であり得る。
いくつかの実施態様において、本発明の治療分子は、ウイルスポリメラーゼの作用を予防または阻害するのに有効であり得る。
ある実施態様は、細胞内のHBVゲノムDNAの産生を予防または阻害するのに有効であり得る、治療分子を提供し得る。
さらなる実施態様において、本発明の治療分子は、細胞内のウイルスRNAの産生を予防または阻害するのに有効であり得る。
本発明の治療分子は、細胞内のウイルスの複製を予防または阻害するのに有効であり得る。
さらなる実施態様において、治療分子は、細胞内のHBV調節性Xタンパク質を予防または阻害するのに有効であり得る。
本開示のさらなる態様は、細胞内のウイルスRNAの翻訳または逆転写を予防または阻害するのに有効な、治療分子を提供し得る。
いくつかの実施態様において、本発明の治療分子は、細胞内のウイルスヌクレオカプシドの成熟を予防または阻害するのに有効であり得る。
UNAモノマー
いくつかの実施態様において、リンカー基のモノマーは、アンロックドヌクレオモノマー(UNAモノマー)であってもよく、これは、以下に示される、プロパン−1,2,3−トリ−イル−トリスオキシ構造に基づく、有機小分子である。
Figure 2018520685
式中、RおよびRはHであり、RおよびRはホスホジエステル結合であってもよく、Baseは核酸塩基であってもよく、Rは後述する官能基である。
別の観点において、UNAモノマーの主原子を、IUPAC命名法で以下のように表し得る:
Figure 2018520685
式中、オリゴマー鎖の進行方向は、プロパン残基の1末端から3末端である。
核酸塩基の例には、ウラシル、チミン、シトシン、5−メチルシトシン、アデニン、グアニン、イノシン、ならびに天然および非天然の核酸塩基アナログが含まれる。
一般に、UNAモノマーはヌクレオチドでないため、オリゴマーにおいて少なくとも4つの形態を示し得る。第一に、UNAモノマーはオリゴマーにおける内部のモノマーであり得、このUNAモノマーは両側において他のモノマーと隣接する。この形態において、UNAモノマーは、オリゴマーが2本鎖である場合に、塩基対形成に関与し得る(例えば、2本鎖中に核酸塩基を有する他のモノマーが存在する)。
プロパン−1−イル位およびプロパン−3−イル位の両方に隣接する内部のモノマーとしてのUNAモノマーの例(Rは−OH)を以下に示す。
Figure 2018520685
第二に、UNAモノマーは、オリゴマー2本鎖のオーバーハングにおけるモノマーであり得、このUNAモノマーは両側において他のモノマーと隣接する。この形態において、UNAモノマーは塩基対形成に関与しない。UNAモノマーは、ヌクレオチドとは異なり、柔軟な有機構造であるため、UNAモノマーを含むオーバーハングは、オリゴマーにおける柔軟なターミネーターである。
UNAモノマーは、オリゴマーのオーバーハングにおいて末端のモノマーであり得、このUNAモノマーはプロパン−1−イル位またはプロパン−3−イル位のいずれかにおいて、1つのモノマーのみと結合している。この形態において、UNAモノマーは、塩基対形成に関与しない。UNAモノマーはヌクレオチドとは異なり、柔軟な有機構造であるため、UNAモノマーを含むオーバーハングは、オリゴマーにおいて柔軟なターミネーターであり得る。
プロパン−3−イル位に結合した末端モノマーとしてのUNAモノマーの例を以下に示
す。
Figure 2018520685
UNAモノマーは柔軟な分子であり得るため、末端モノマーとしてのUNAモノマーは、多様な立体構造が想定され得る。プロパン−3−イル位に結合した末端モノマーとして、エネルギーを最小化したUNAモノマーの立体構造の例を以下に示す。
Figure 2018520685
したがって、末端UNAモノマーを有するUNAオリゴマーは、siRNAなどの従来の核酸薬剤とは、構造が著しく異なる。例えば、siRNAは、2本鎖の末端モノマーまたはオーバーハングが安定化されている必要があり得る。対照的に、末端UNAモノマーの可動性(conformability)は、種々の性質を有するUNAオリゴマーを与え得る。
特に、UNAモノマーの構造は、天然に存在するヌクレオチドに結合することが可能である。UNAオリゴマーは、UNAモノマー、および天然に存在するヌクレオシドに基づき得る、様々なヌクレオチドから構成された鎖であり得る。
いくつかの実施態様において、UNAモノマーの官能基Rは−OR、−SR、−NR 、−NH(C=O)R、モルホリノ、モルホリン−1−イル、ピペラジン−1−イル、または4−アルカノイル−ピペラジン−1−イルであり得、このRは各Rが同一または異なってもよく、H、アルキル、コレステロール、脂質分子、ポリアミン、アミノ酸、またはポリペプチドであり得る。
UNAモノマーは有機分子である。UNAモノマーは、核酸モノマーまたはヌクレオチドではなく、天然に存在するヌクレオシドまたは修飾された、天然に存在するヌクレオシドでもない。
本発明のUNAオリゴマーは合成鎖状分子である。本発明のUNAオリゴマーは核酸で
はなく、オリゴヌクレオチドでもない。
いくつかの実施態様において、上記に示したように、UNAモノマーは、UNA−A(A~と命名)、UNA−U(U~と命名)、UNA−C(C~と命名)、およびUNA−G(G~と命名)であり得る。
本明細書中で使用され得る記号には、mA、mG、mC、およびmUが含まれ、これらは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドを指す。
本明細書中で使用され得る記号には、小文字cおよびuが含まれ、これらは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドを指す。
本明細書中で使用され得る記号にはdTが含まれ、これは2'−デオキシTヌクレオチドを指す。
オリゴマー薬剤におけるさらなるモノマー
本明細書において、オリゴマー配列に関して、記号XはUNAモノマーを表す。
本明細書において、オリゴマー配列に関して、記号Nは任意の天然ヌクレオチドモノマーまたは修飾されたヌクレオチドモノマーを表す。
本明細書において、オリゴマー配列に関して、記号Qは非天然、修飾された、また
は化学修飾された、ヌクレオチドモノマーを表す。Qモノマーがオリゴマーの一方の鎖に存在し、他方の鎖と対形成しない場合、モノマーは任意の塩基が結合し得る。Qモノマーが一方の鎖に存在し、他方の鎖のモノマーと対形成する場合、Qモノマーは、他方の鎖の対応する対形成する位置におけるモノマーと相補的である、任意の塩基が結合し得る。
核酸モノマーの例は、非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドを含み、当分野で公知のそのような任意のヌクレオチドを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、当分野で公知のそのような任意のヌクレオチドを含み、例えば、2’−O−メチルリボヌクレオチド、2’−O−メチルプリンヌクレオチド、2’−デオキシ−2’−フルオロリボヌクレオチド、2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチド、2’−デオキシリボヌクレオチド、2’−デオキシプリンヌクレオチド、ユニバーサル塩基ヌクレオチド、5−C−メチル−ヌクレオチドおよび逆位デオキシ脱塩基モノマー残基(inverted deoxyabasic monomer residue)を含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、3’末端が安定化したヌクレオチド、3’−グリセリルヌクレオチド、3’−逆位脱塩基ヌクレオチド、3’−逆位チミジンおよびL−チミジンを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、ロックド核酸ヌクレオチド、2’−O,4’−C−メチレン−(D−リボフラノシル)ヌクレオチド、2’−メトキシエトキシ(MOE)ヌクレオチド、2’−メチル−チオ−エチル、2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチド、および2'−O−メチルヌクレオチドを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、2’−アミノヌクレオチド、2’−O−アミノヌクレオチド、2’−C−アリルヌクレオチド、および2’−O−アリルヌクレオチドを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、N−メチルアデノシンヌクレオチドを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、修飾された塩基5−(3−アミノ)プロピルウリジン、5−(2−メルカプト)エチルウリジン、5−ブロモウリジン;8−ブロモグアノシン、または7−デアザアデノシンを有するヌクレオチドモノマーを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、2’−O−アミノプロピル置換されたヌクレオチドを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、2’−O−グアニジノプロピル置換されたヌクレオチドを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、プソイドウリジンを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、ヌクレオチドの2’−OH基の、2’−R、2’−OR、2’−ハロゲン、2’−SR、2’−アミノ、2’−アジドへの置換を含み、ここでRは、H、アルキル、フッ素置換されたアルキル、アルケニル、またはアルキニルを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、ヌクレオチドの2’−OH基の、2’−Rまたは2’−ORへの置換を含み、ここでRは、CN、CF、アルキルアミノ、またはアラルキルを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、修飾された糖(F−HNA、HNA、CeNA、二環式の糖またはLNAなど)を含むヌクレオチドを含む。
非天然、修飾された、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例は、2’−オキサ−3’−アザ−4’a−カルバヌクレオシドモノマー、3−ヒドロキシメチル−5−(1H−1,2,3−トリアゾール)−イソオキサゾリジンモノマーおよび5’−トリアゾリル−2’−オキサ−3’−アザ−4’a−カルバヌクレオシドモノマーを含む。
修飾されたヌクレオチドのいくつかの例は、Saenger, Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag, 1984において、与えられている。
UNAモノマーを含む、オリゴマー化合物
本発明の態様は、UNAを含むオリゴマー化合物における、構造および組成物を提供し得る。オリゴマー薬剤は、1以上のUNAモノマーを包含し得る。本発明のオリゴマー分子を、遺伝子制御の治療学または遺伝子サイレンシングの治療学における、製剤の有効な薬剤として用いてもよい。
いくつかの実施態様において、本発明は、UNAモノマーと、特定の天然ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、修飾されたヌクレオチドまたは化学修飾されたヌクレオチドとの新規な組合せを包含する構造を有する、オリゴマー化合物を提供する。
さらなる態様において、オリゴマー化合物は、薬理活性分子であり得る。本発明のUNAオリゴマーを、遺伝子発現の制御、およびRNA干渉法、ならびにアンチセンス、RNAブロッキングおよびマイクロRNA戦略において、医薬品有効成分として用いてもよい。
本発明のUNAオリゴマーは、式Iの構造を有し得る。
Figure 2018520685
式中、Lは結合であり、nは19〜29であり、各Lにおいて、Lは、化学式−C−C−C−を有するUNAリンカー基であり、ここでRはCに結合し、化学式−OCH(CH)Rを有し、Rは−OR、−SR、−NR 、−NH(C=O)R、モルフォリノ、モルホリン−1−イル、ピペラジン−1−イルまたは4−アルカノイル−ピペラジン−1−イルであり、Rは、各Rにおいて同一または異なっており、H、アルキル、コレステロール、脂質分子、ポリアミン、アミノ酸またはポリペプチドであり、Rは核酸塩基であり、またはL(R)は、リボースなどの糖であり、Rは核酸塩基であり、または、Lは修飾されたリボースなどの修飾された糖であり、Rは核酸塩基である。ある実施態様において、核酸塩基は、修飾された核酸塩基であり得る。Lは、ホスホジエステル結合であり得る。
本発明のUNAオリゴマーは、短鎖分子であり得る。UNAオリゴマーは、2本鎖対であり得る。したがって、UNAオリゴマーは、2本鎖の第一の鎖および第二の鎖を有し得、第二の鎖は、核酸塩基について、第一の鎖と相補的であるが、3つ以下のミスマッチが起こり得る。UNAオリゴマー2本鎖は、オーバーハングを有し得る。
いくつかのUNAオリゴマーが、米国特許第8,314,227号および米国特許出願公開第20110313020 Al号において、議論されている。
UNAオリゴマーの標的は、標的核酸であり得る。いくつかの実施態様において、標的は、対象の任意のmRNAであり得る。UNAオリゴマーは、RNA干渉における遺伝子サイレンシングに有効であり得る。
UNAオリゴマーは、2本鎖を与える2つの鎖を含み得る。2本鎖は、第一の鎖(パッセンジャー鎖またはセンス鎖とも呼ばれる)および第二の鎖(ガイド鎖または園地センス鎖とも呼ばれる)から構成され得る。
いくつかの態様において、本発明のUNAオリゴマーは、2本鎖構造の任意の鎖または両方の鎖の任意の位置において、任意の数のモノマー間ホスホロチオエート結合を有し得る。
いくつかの実施態様において、UNAオリゴマーの任意の1以上のモノマー間結合は、ホスホジエステル、ホスホロチオエート(ジチオアートを含む)、キラルなホスホロチオエート、および他の化学的に修飾された形態であり得る。
本発明のUNAオリゴマーは、2本鎖対を含み、これらは一般的に相補的である。
したがって、例えば、配列番号1は、2本鎖の第一の鎖を示し得、配列番号2は、2本鎖の第二の鎖を示し得、これは、第一の鎖と相補的である。
例えば、第一の鎖における記号「N」は、第二の鎖の対応する位置のモノマーに相補的な、任意のヌクレオチドを示し得る。本開示の例示的なUNAオリゴマーを、2モノマー長のオーバーハングと共に示すが、1〜8モノマー長またはそれ以上のオーバーハングが用いられ得る。
鎖またはオリゴマー内の記号「X」は、UNAモノマーを示す。UNAモノマーがオリゴマーの一方の鎖に存在し、他方の鎖と対形成しない場合、モノマーは任意の塩基が結合し得る。UNAモノマーがオリゴマーの一方の鎖に存在し、他方の鎖のモノマーと対形成する場合、UNAモノマーは、他方の鎖の対応する対形成する位置におけるモノマーと相補的である、任意の塩基が結合し得る。
さらに、オリゴマーがUNAモノマーで終わる場合、上記で示した位置の番号付けに従って、その末端位置は、ヌクレオチドに関して、5’末端の代わりに1末端となり、または、上記で示した位置の番号付けに従って、その末端位置は、ヌクレオチドに関して、3’末端の代わりに3末端となる。例えば、以下のUNAオリゴマーは、第一の鎖において、UNAモノマーの1末端およびUNAモノマーの3末端を有し、第二の鎖において、UNAモノマーの3末端およびヌクレオチドの5’末端を有する。
Figure 2018520685
鎖の相補性は、ミスマッチを含み得る。ある実施態様において、鎖の相補性は、1〜3、またはそれ以上のミスマッチを含み得る。
いくつかの実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、第一の鎖の1末端において、1以上のUNAモノマーを有し得、第一の鎖の3末端において、1以上のUNAモノマーを有し得る。
さらなる実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、第二の鎖の3末端において、1以上のUNAモノマーを含み得る。
ある実施態様において、本発明の2本鎖UNAオリゴマーは、第一の鎖の1末端に1以上のUNAモノマー、第一の鎖の3末端に1以上のUNAモノマー、および第二の鎖の3末端に1以上のUNAモノマーを有し得る。
本発明のUNAオリゴマーは、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長である。
ある実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、19〜23モノマー長の第一の鎖を有し得る。
ある実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、19〜21モノマー長の2本鎖領域を有し得る。
さらなる実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、19〜23モノマー長の第二の鎖を有し得る。
ある実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、19モノマー長の第一の鎖および、21モノマー長の第二の鎖を有し得る。
ある実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、20モノマー長の第一の鎖および、21モノマー長の第二の鎖を有し得る。
ある実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、21モノマー長の第一の鎖および、21モノマー長の第二の鎖を有し得る。
ある実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、22モノマー長の第一の鎖および、21モノマー長の第二の鎖を有し得る。
遺伝子発現を阻害する本発明のUNAオリゴマーは、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は19〜29モノマー長である。モノマーはUNAモノマーおよび核酸ヌクレオシドモノマーであり得る。オリゴマーは、14〜29モノマー長の2本鎖構造を有し得る。UNAオリゴマーは、標的遺伝子を標的とし、従来のsiRNAと比較して減少したオフターゲット効果を示し得る。いくつかの実施態様において、本発明のUNAオリゴマーは、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は19〜23モノマー長である。
別の態様において、UNAオリゴマーは、平滑末端であり得、または1以上のオーバーハングを有し得る。いくつかの実施態様において、第一の鎖および第二の鎖は、鎖間の連結オリゴマーと連結してもよく、一端の連結ループと2本鎖領域を形成してもよい。
ある実施態様において、オーバーハングは1または2モノマー長であり得る。
オーバーハングの例は、UNAモノマー、天然ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、修飾されたヌクレオチドまたは化学修飾されたヌクレオチド、およびそれらの組合せのうち1つ以上を含み得る。
オーバーハングの例は、デオキシチミジンヌクレオチド、2’−O−メチルヌクレオチド、逆方向脱塩基モノマー、逆方向チミジンモノマー、L−チミジンモノマー、またはグリセリルヌクレオチドのうち1つ以上を含み得る。
UNAオリゴマーは、細胞中の標的核酸の切断を仲介し得る。いくつかのプロセスにおいて、UNAオリゴマーの第二の鎖(少なくとも一部分が、標的核酸と相補的であり得る)は、標的核酸にハイブリダイズできるガイド鎖として作用し得る。
第二の鎖は、RNA誘導型サイレンシング複合体(RISC)に組み込まれ得る。
本開示のUNAオリゴマーは、遺伝子サイレンシング活性に適合する、天然に存在する核酸ヌクレオチドおよびその修飾体を含み得る。
いくつかの態様において、UNAオリゴマーは、遺伝子発現を阻害できる、2本鎖構造分子である。
本明細書において、鎖という用語は、モノマーの単一の連鎖を指し、この鎖は任意の数の内部モノマーおよび2つの末端モノマーを有し、各末端モノマーは、鎖が終結するように、一方の側において1つの内部モノマーと結合し、他方の側ではモノマーと結合しない。
UNAオリゴマーのモノマーは、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ギャップ結合(gapped linkage)、および他の変形を介して結合してもよい。
いくつかの実施態様において、UNAオリゴマーは、第一の鎖と第二の鎖との間の相補性において、ミスマッチを含み得る。他の実施態様において、UNAオリゴマーは1つ、2つ、または3つのミスマッチを含み得る。ミスマットは、2本鎖領域の任意の位置において、生じ得る。
UNAオリゴマーの標的は、標的遺伝子の標的核酸であり得る。
UNAオリゴマーは、2本鎖領域の外側に1つまたは2つのオーバーハングを有し得る。オーバーハングは、第一の鎖または第二の鎖の末端における、対形成していない部分であり得る。第一および第二の鎖のオーバーハング部分の長さは、同一または異なり得る。
UNAオリゴマーは、少なくとも1つの平滑末端を有し得る。平滑末端は、オーバーハング部分を持たず、平滑末端における2本鎖領域は、第一および第二の鎖の両方が、同一の位置で終結する。
UNAオリゴマーは、RISCの長さであり得、これは、UNAオリゴマーが25塩基対未満の長さの2本鎖を有することを意味する。
ある実施態様において、UNAオリゴマーは、それ自身でフォールドし、自身とハイブリダイズし、2本鎖領域の末端に結合ループを有する2本鎖領域を形成する、単一鎖であり得る。
5個のUNAモノマーを含み、1以上のQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表1に示す。
表1:5個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
Figure 2018520685
4個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表2に示す。
表2:4個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
Figure 2018520685
4個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表3に示す。
表3:4個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
Figure 2018520685
3個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表4に示す。
表4:3個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
Figure 2018520685
6個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表5に示す。
表5:6個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
7個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表6に示す。
表6:7個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
5個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表7に示す。
表7:5個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
6個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表8に示す。
表8:6個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
5個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表9に示す。
表9:5個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
6個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表10に示す。
表10:6個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
4個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表11に示す。
表11:4個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
5個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表12に示す。
表12:5個のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
7個以上のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、UNAオリゴマーの例を表13に示す。
表13:7個以上のUNAモノマーおよび、さらにQモノマーを含む、オリゴマー化合物
Figure 2018520685
本発明のオリゴマー化合物は、表1〜13に示された構造のうち、任意の1つを有し得る。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーは、Qモノマーであり得る。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーはQモノマーであり得、Qモノマーの数は、20個未満である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーはQモノマーであり得、Qモノマーの数は、12個未満である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーはQモノマーであり得、Qモノマーの数は、10個未満である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーはQモノマーであり得、Qモノマーの数は、8個未満である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーはQモノマーであり得、Qモノマーの数は、1〜20個である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーはQモノマーであり得、Qモノマーの数は、1〜15個である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーはQモノマーであり得、Qモノマーの数は、1〜9個である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドであり得る。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドであり得、2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドの数は、20個未満である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドであり得、2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドの数は、12個未満である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドであり得、2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドの数は、10個未満である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドであり得、2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドの数は、8個未満である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドであり得、2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドの数は、1〜20個である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドであり得、2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドの数は、1〜15個である。
いくつかの実施態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーは2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドであり得、2’−O−メチル修飾されたリボヌクレオチドの数は、1〜9個である。
さらなる態様において、本発明のオリゴマー化合物は、第一の鎖および第二の鎖を有し得、各鎖は独立に、19〜23モノマー長であり、UNAモノマーでない任意のモノマーはQモノマーであり得、オリゴマー化合物はフッ素を含まない。
本発明の実施態様は、HBVに対する有効な薬剤であり、フッ素を含まない、オリゴマー化合物を有利に提供する。
本発明の方法は、対象におけるHBV疾患の処置および/または予防を含む。対象は、ヒトの対象を含む、哺乳類の対象であり得る。
HBV成分標的配列
本明細書において、「Ref Pos」は、基準位置を指し、これは、HBVゲノムにおける基準ヌクレオチドの数的位置である。基準位置は、本発明のオリゴマー化合物のセンス鎖における5’末端に、標的に関して対応する位置である。基準位置は、基準のゲノムに基づくヌクレオチドの数的位置であり、本明細書において、基準のゲノムは、HBV遺伝子型A2(受入番号HE974376)である。したがって、基準位置の番号単独で、基準ゲノム由来の、ある配列を指し、各配列は、本発明のオリゴマー化合物において用いられ得る。表14は、HBV基準ゲノムにおけるゲノム位置を示す。
表14;HBVゲノム位置
Figure 2018520685
図1は、基準ゲノムHE974376における、HBVタンパク質コード領域および、選択された転写物のマップを示す。ヌクレオチド位置1/3221を最上部と指定する。さらなる指定を以下に示す:pre−S1、大型HBsAg;pre−S2、中型HBsAg;S、HBsAg;P、ポリメラーゼ;X、HBxタンパク質;pre−C、プレコア/HBeAg;C、HBコアAg。pre−S1/pre−S2/Sをコードする、2.4kb、2.1kbおよび0.7kbの転写物ならびにXタンパク質をコードする転写物を示す。プレコア/HBeAgタンパク質は、約1700の位置から始まる、長い、3.5kbの転写物(示していない)から産生するが、コアタンパク質、ポリメラーゼタンパク質およびウイルス複製の鋳型として用いるプレゲノムRNAは、約200ntのより短い転写物から産生する。
あるUNAオリゴマー(UNAオリゴマー1、UNAオリゴマー2およびUNAオリゴマー3と呼ぶ)における基準位置の範囲を図1に示す。
いくつかの態様において、本開示における、本発明のオリゴマーは、HBVコアおよびポリメラーゼタンパク質をコードする、長い転写物を標的とし得る。
HBVを標的とするUNAオリゴマー
HBV成分を標的とする、本発明の塩基配列の例を、表15に示す。
本発明のオリゴマー化合物を、各鎖が21モノマー長である、第一の鎖および第二の鎖を有するように、形成してもよい。第一の鎖は、表15(センス)に示すように、結合した塩基の配列を含む、19個の連続するモノマーおよび、3’末端に2個の追加のオーバーハングモノマーを有し得る。第二の鎖は、表15(アンチセンス)に示すように、結合した塩基の配列を含む、19個の連続するモノマーおよび、3’末端に2個の追加のオーバーハングモノマーを有し得る。オーバーハングモノマーは、NN、QQ、XX、NX、NQ、XN、XQ、QNおよびQXのうちいずれかであり得る。例えば、XQは、UNA−U/mUまたはUNA−U/*/dTであり得る。
本発明のオリゴマー化合物は、モノマーから構成され得る。モノマーは、結合した塩基を有し得る。本発明のオリゴマー化合物は、結合した塩基の配列を有し得る。表15に示される塩基配列は、配列における各塩基のどのモノマーが結合しているかを示さない。したがって、表15に示される各配列は、多数の小分子を指し、各小分子はUNAモノマーおよび核酸モノマーで構成される。
いくつかの態様において、本発明のオリゴマー化合物は、結合した塩基(例えば表15に示すように)およびその置換体の配列によって記述され得る。本明細書において、置換体は、本明細書でさらに記述されるように、別々に置換されたUNAモノマー、および別々に置換または修飾された核酸モノマーを含む。
いくつかの実施態様において、各鎖の各末端における、3つのモノマーのうちの1つ以上を、ホスホロチオエート結合、キラルなホスホロチオエート結合またはホスホロジチオエート結合によって、連結してもよい。
例えば、化合物は、第一の鎖の5’末端における2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合、第一の鎖の3’末端における2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合、第一の鎖の3’末端から2番目および3番目の2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合、および第二の鎖の3’末端における2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合を有してもよい。
ある実施態様において、化合物は、第一の鎖の5’末端における2つまたは3つのホスホロチオエート結合、第一の鎖の3’末端における2つまたは3つのホスホロチオエート結合、および第二の鎖の3’末端における1つのホスホロチオエート結合を有してもよい。
さらなる実施態様において、化合物は、第一の鎖の5’末端における1〜3つのホスホロチオエート結合、第一の鎖の3’末端における2つまたは3つのホスホロチオエート結合、第二の鎖の5’末端における2つのホスホロチオエート結合、および第二の鎖の3’末端における2つのホスホロチオエート結合を有してもよい。
いくつかの実施例において、化合物は、第一の鎖の3’末端、第二の鎖の3’末端、または第一の鎖の3’末端および第二の鎖の3’末端の両方において、デオキシチミジンヌクレオチドを有してもよい。
いくつかの態様において、化合物は1〜5個のUNAモノマーを含み得る。
ある態様において、化合物は3個のUNAモノマーを含み得る。
いくつかの実施態様において、化合物は、第一の鎖の1末端(5’末端)においてUNAモノマー、第一の鎖の3末端(3’末端)において、UNAモノマー、および第二の鎖の3’末端から2番目の位置において、UNAモノマーを含み得る。
ある実施態様において、化合物は、第二の鎖の5’末端から2〜8番目(シード領域(seed region))の任意の1つまたはそれ以上の位置において、UNAモノマーを含み得る。
表15:HBVセンス配列およびアンチセンス配列
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
HBVを標的とするUNAオリゴマー
HBV成分を標的とする、本発明の塩基配列の例を、表16に示す。
本発明のオリゴマー化合物を、各鎖が21モノマー長である、第一の鎖および第二の鎖を含むように、形成してもよい。第一の鎖は、表16(センス)に示すように、結合した塩基の配列を含む、19個の連続するモノマーおよび、3’末端に2個の追加のオーバーハングモノマーを有し得る。第二の鎖は、表16(アンチセンス)に示すように、結合した塩基の配列を含む、19個の連続するモノマーおよび、3’末端に2個の追加のオーバーハングモノマーを有し得る。オーバーハングモノマーは、NN、QQ、XX、NX、NQ、XN、XQ、QNおよびQXのうちいずれかであり得る。例えば、XQは、UNA−U/mUまたはUNA−U/*/dTであり得る。
表16:HBVセンス配列およびアンチセンス配列
Figure 2018520685
Figure 2018520685
HBVを標的とするUNAオリゴマー
本発明の実施態様は、HBVを標的とする有効な薬剤である、オリゴマー分子を提供し得る。
HBV成分を標的とする、本発明のUNAオリゴマーの例を、表17に示す。表17は「センス」および「アンチセンス」対を示す。
表17:HBVを標的とするUNAオリゴマー(センス(S)−アンチセンス(AS))
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
HBVを標的とするUNAオリゴマー
本発明の実施態様は、HBVを標的とする有効な薬剤である、オリゴマー分子を提供し得る。
HBV成分を標的とする、本発明のUNAオリゴマーの例を、表18に示す。表18は「センス」および「アンチセンス」対を示す。
表18:HBVを標的とするUNAオリゴマー(センス(S)−アンチセンス(AS))
Figure 2018520685
Figure 2018520685
HBVを標的とするUNAオリゴマー
本発明の実施態様は、HBVを標的とする有効な薬剤である、オリゴマー分子を提供し得る。
HBV成分を標的とする、本発明のUNAオリゴマーの例を、表19に示す。表19は「センス」および「アンチセンス」対を示す。
表19:HBVを標的とするUNAオリゴマー(センス(S)−アンチセンス(AS))
Figure 2018520685
Figure 2018520685
HBVを標的とするUNAオリゴマー
本発明の実施態様は、HBVを標的とする有効な薬剤である、オリゴマー分子を提供し得る。
HBV成分を標的とする、本発明のUNAオリゴマーの例を、表20に示す。表20は「センス」および「アンチセンス」対を示す。
表20:HBVを標的とするUNAオリゴマー(センス(S)−アンチセンス(AS))
Figure 2018520685
本明細書の表において、rNは、Nを指し、これはリボヌクレオチドであり、mNは、化学修飾された2’−OMeリボヌクレオチドを指し、文字間のアスタリスク*は、ホスホロチオエート結合を指し、dNは、デオキシリボヌクレオチドを指し、fは、2’−デオキシ−2’−フルオロリボヌクレオチドを指す。
本発明のさらなる化合物を、表21に示す。
表21:HBVを標的とするUNAオリゴマー(センス(S)−アンチセンス(AS))
Figure 2018520685
HBVに対して使用する組成物
本発明の実施態様は、HBVを標的とする有効な薬剤である、オリゴマー分子の組成物を提供し得る。
HBVウイルス感染症に対して使用する組成物は、複数のウイルス遺伝子産物を抑制するためのターゲティングを提供し得る。
任意の特定の理論に拘束されることを意図しないが、HBVのP、S、CおよびX遺伝子をコードする、特定のオープンリーディングフレーム(ORF)は、重複し得る。
いくつかの実施態様において、本発明の組成物は、HBsAgにおけるHBVゲノム転写物またはORFを標的とする、オリゴマー化合物を含み得る。例えば、これらの実施態様は、HBVゲノムDNAの位置に関係なく、HBsAgの発現を阻害できる。
さらなる実施態様において、組成物は、HBeAgにおけるHBVゲノム転写物またはORFを標的とする、オリゴマー化合物を含み得る。
さらなる実施態様において、組成物は、Xタンパク質におけるHBVゲノム転写物またはORFを標的とする、オリゴマー化合物を含み得る。
さらなる実施態様において、組成物は、DNAポリメラーゼ(P)におけるHBVゲノム転写物またはORFを標的とする、オリゴマー化合物を含み得る。
ある実施態様において、組成物は、遺伝子X、SおよびCからの転写物またはオープンリーディングフレームの保存されたHBVゲノム領域を標的とする、オリゴマー化合物を含み得る。
ある実施態様において、組成物は、遺伝子X、S、CおよびPからの転写物またはオープンリーディングフレームの保存されたHBVゲノム領域を標的とする、オリゴマー化合物を含み得る。
いくつかの態様において、本発明の組成物は、HBVを標的とする有効な薬剤として、オリゴマー化合物2分子を含む。
2分子組成物の例は、1403〜1623の範囲の基準位置を含む化合物および、155〜550の範囲の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む。
2分子組成物の例は、1575〜1581の範囲の基準位置を含む化合物および、245〜414の範囲の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む。
2分子組成物の例は、1525〜1604の範囲の基準位置を含む化合物および、374〜414の範囲の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む。
2分子組成物の例は、1525〜1604の範囲の基準位置を含む化合物および、1776〜1818の範囲の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む。
2分子組成物の例は、374〜414の範囲の基準位置を含む化合物および、1776〜1782の範囲の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む。
2分子組成物の例は、基準位置1578を含む化合物および、基準位置380を含む化合物を含む、組成物を含む。2分子組成物の例は、基準位置1578を含む化合物および、基準位置376または411を含む化合物を含む、組成物を含む。
2分子組成物の例は、基準位置1575および376、1575および380、1575および511、1581および376、1581および380、ならびに1581および411を含む化合物を含む、組成物を含む。
2分子組成物の例は、基準位置1578を含む化合物および、基準位置1777を含む化合物を含む、組成物を含む。
2分子組成物の例は、基準位置1578および1780、1578および1782、1575および1777、1575および1780、1575および1782、1581および1777、1581および1780、1581および1782、1576および1777、1576および1780、または1576および1782を含む化合物を含む、組成物を含む。
例えば、2分子組成物は、表22に示されるように、化合物1578および380を含み得る。
表22;HBVを標的とするUNAオリゴマーの2分子組成物(センス(S)−アンチセンス(AS))
Figure 2018520685
HBVにおける、UNAオリゴマー3分子組成物
いくつかの態様において、本発明の組成物は、HBVを標的とする有効な薬剤として、オリゴマー化合物3分子を含む。
3分子組成物の例は、1403〜1623の範囲の基準位置を含む化合物、155〜550の範囲の基準位置を含む化合物および、1624〜1930の範囲の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む。
3分子組成物の例は、1525〜1582の範囲の基準位置を含む化合物、245〜414の範囲の基準位置を含む化合物および、1777〜1818の範囲の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む。
3分子組成物の例は、1525〜1604の範囲の基準位置を含む化合物、374〜414の範囲の基準位置を含む化合物および、1776〜1782の範囲の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む。
3分子組成物の例は、1525〜1582の範囲の基準位置を含む化合物、374〜414の範囲の基準位置を含む化合物および、1776〜1782の範囲の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む。
3分子組成物の例は、基準位置1578を含む化合物、基準位置380を含む化合物、および基準位置1777を含む化合物を含む、組成物を含む。
3分子組成物の例は、基準位置1576を含む化合物、基準位置380を含む化合物、および基準位置1777を含む化合物を含む、組成物を含む。
3分子組成物の例は、基準位置1575を含む化合物、基準位置380を含む化合物、および基準位置1777を含む化合物を含む、組成物を含む。
3分子組成物の例は、基準位置1578を含む化合物、基準位置1777を含む化合物、および基準位置376または411を含む化合物を含む、組成物を含む。
3分子組成物の例は、基準位置1578を含む化合物、基準位置1780または1782を含む化合物、および基準位置376または411を含む化合物を含む、組成物を含む。
3分子組成物の例は、以下の基準位置を含む化合物を含む、組成物を含む:
1578、1777および376;1578、1777および380;1578、1777および411;1578、1780および376;1578、1780および380;1578、1780および411;1578、1782および376;1578、1782および380;1578、1782および411;
1575、1777および376;1575、1777および380;1575、1777および411;1575、1780および376;1575、1780および380;1575、1780および411;1575、1782および376;1575、1782および380;1575、1782および411;
1581、1777および376;1581、1777および380;1581、1777および411;1581、1780および376;1581、1780および380;1581、1780および411;1581、1782および376;1581、1782および380;1581、1782および411;
1576、1777および376;1576、1777および380;1576、1777および411;1576、1780および376;1576、1780および380;1576、1780および411;1576、1782および376;1576、1782および380;1576、1782および411;
1578、1818および376;1578、1818および380;1578、1818および411;
1575、1818および376;1575、1818および380;1575、1818および411。
例えば、3分子組成物は、表23に示されるように、化合物1578、380および1777を含み得る。
表23:HBVを標的とするUNAオリゴマーの3分子組成物(センス(S)−アンチセンス(AS))
Figure 2018520685
本明細書の表において、rNは、Nを指し、これはリボヌクレオチドであり、mNは、化学修飾された2’−OMeリボヌクレオチドを指し、文字間の*は、ホスホロチオエート結合を指し、dNは、デオキシリボヌクレオチドを指す。
HBV配列
HBVにおける公知の配列のいくつかの例を、表24に示す。
表24:HBVにおける配列
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
HBV疾患を処置する方法
本発明の方法は、哺乳類の対象における様々な疾患の処置および予防を含む。対象はヒトまたは哺乳類であり得る。
本発明の方法において、処置または予防を必要とする対象に、有効量の本発明のオリゴマー化合物を投与できる。
本発明のオリゴマー化合物の有効量は、0.001mg/kg〜50.0mg/kgの範囲の用量であり得る。
本発明の方法において、標的mRNA発現を、対象において、少なくとも5日間減少さ得る。ある実施態様において、標的mRNA発現を、対象において、少なくとも10日間または15日間減少させ得る。
本開示の方法において、オリゴマー化合物の投与は、炎症反応をもたらし得らない。
さらなる実施態様において、本発明は、細胞を本発明のオリゴマー化合物で処理することによって、細胞中の標的遺伝子の発現を阻害する方法を含む。
さらなる実施態様において、本発明は、哺乳類に、本発明のオリゴマー化合物を含む組成物を投与することによって、哺乳類における標的遺伝子の発現を阻害する方法を含む。
医薬組成物
いくつかの態様において、本発明は、オリゴマー化合物および薬学的に許容し得る担体を含む、医薬組成物を提供する。
医薬組成物は、局所投与または全身投与が可能であり得る。いくつかの態様において、医薬組成物は、投与の任意の様式が可能であり得る。ある態様において、投与は、静脈内、皮下、肺内、筋肉内、腹腔内、経皮的、経口的または鼻腔投与であり得る。
本発明の実施態様は、脂質製剤におけるオリゴマー化合物を含む、医薬組成物を含む。
いくつかの実施態様において、医薬組成物は、カチオン性脂質、アニオン性脂質、ステロール、ペグ化脂質、および前記の任意の組合せから選択される、1以上の脂質を含み得る。
ある実施態様において、医薬組成物は、リポソームを実質的に含まなくてもよい。
さらなる実施態様において、医薬組成物は、リポソームまたはナノ粒子を含んでもよい。
本発明の有効な分子の輸送における、脂質および脂質組成物のいくつかの例は、WO/2015/074085に与えられ、これは、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。
さらなる実施態様において、医薬組成物は、ウイルスベクターまたは細菌ベクター内のオリゴマー化合物を含み得る。
本開示の医薬組成物は、当分野で公知の、担体、希釈剤または賦形剤を含み得る。医薬組成物の例は、例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co. (A.R. Gennaro ed. 1985)に記述されている。
医薬組成物における賦形剤の例は、抗酸化剤、懸濁剤、分散剤、保存剤、緩衝剤、等張化剤および界面活性剤を含む。
実施例1:ルシフェラーゼレポーターアッセイ
ルシフェラーゼに基づくレポータープラスミドを、psiCHECK(商標)2ベクター(Promega, Madison, WI)に基づいて、作製した。レポーターp(1−20)を、psiCHECK(商標)2におけるSV40で促進されるウミシイタケルシフェラーゼ遺伝子の終止コドンの下流の、マルチクローニング領域内にクローニングしたEco RI消化部位に対して、位置1から2500の配列を含むオリゴヌクレオチドで作製し、これは、人工3’UTR配列の制御下でウミシイタケルシフェラーゼ遺伝子を発現した。そして、ウミシイタケルシフェラーゼ活性を、転写物の安定性および翻訳効率における、人工3’UTRの効果の指標として、用いた。psiCHECK(商標)2ベクターはまた、構成的に発現するホタルルシフェラーゼ遺伝子を含んでおり、これは、導入効率を正規化する内部標準として役立つ。
全5000個のHepB3細胞(American Type Culture Collection)を、遺伝子導入の1日前に、96ウェルプレートのウェル上に蒔いた。細胞を、0.1mM非必須アミノ酸および10%FBS(Life Technologies, Carlsbad, CA)を添加した、100μlのDMEM(Life Technologies, Carlsbad, CA)中において、37℃でインキュベートした。培地を、遺伝子導入の直前に、90μlの新たな培地に交換した。レポータープラスミドおよびUNAオリゴマーを、遺伝子導入試薬と共に、同時導入し、リポフェクタミン(商標)3000(Life Technologies, Carlsbad, CA)を用いて、レポータープラスミド(100ng)および様々な量のUNAオリゴマーを、P3000と共に、製造者の説明書に従って、細胞に導入した。
デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイシステム(DLRアッセイシステム、Promega, Madison, WI)を用いて、レポーターシステムに基づいて、psiCHECK2におけるデュアルレポーターアッセイを行った。導入の24時間後、細胞を、リン酸緩衝生理食塩水で、穏やかに1回洗浄した。50μlのPassive Lysis Buffer(Promega, Madison, WI)のウェルに、細胞を添加し、穏やかに撹拌しながら、20分間室温でインキュベートした。ルシフェラーゼ活性を、Cytation3イメージングリーダー(BioTek, Winooski, VT)を用いて測定し、レポーター発現におけるUNAオリゴマーの効果を、細胞数および導入効率を正規化した、ウミシイタケ/ホタルの比に基づいて、計算した。
実施例2:UNAオリゴマーのHBV阻害効果を、psiCHECK2アッセイを用いて観察した。1nMの濃度での6日間において、基準位置1578を有するものとして指定された、表19の各UNAオリゴマー化合物における標的発現の阻害割合を、77%〜97%であると決定した。したがって、基準位置1578を有する、表19の全てのUNAオリゴマー化合物は、標的発現のサイレンシングに使用可能であった。
実施例3:UNAオリゴマーのHBV阻害効果を、psiCHECK2アッセイを用いて観察した。1nMの濃度での6日間において、基準位置1777を有するものとして指定された、表19の各UNAオリゴマー化合物における標的発現の阻害割合を、77%〜92%であると決定した。したがって、基準位置1777を有する、表19の全てのUNAオリゴマー化合物は、標的発現のサイレンシングに使用可能であった。
実施例4:UNAオリゴマーのHBV阻害効果を、psiCHECK2アッセイを用いて観察した。1nMの濃度での6日間において、基準位置380を有するものとして指定された、表19の各UNAオリゴマー化合物における標的発現の阻害割合を、87%〜94%であると決定した。したがって、基準位置380を有する、表19の全てのUNAオリゴマー化合物は、標的発現のサイレンシングに使用可能であった。
実施例5:UNAオリゴマーのHBV阻害効果を、psiCHECK2アッセイを用いて観察した。1nMの濃度での6日間において、基準位置1576を有するものとして指定された、表19のUNAオリゴマー化合物における標的発現の阻害割合を、93%であると決定した。したがって、基準位置1576を有するUNAオリゴマー化合物は、標的発現の調節に使用可能であった。
実施例6:UNAオリゴマーのHBV阻害効果を、psiCHECK2アッセイを用いて観察した。1nMの濃度での6日間において、基準位置1575を有するものとして指定された、表19のUNAオリゴマー化合物における標的発現の阻害割合を、90%であると決定した。したがって、基準位置1575を有するUNAオリゴマー化合物は、標的発現の調節に使用可能であった。
実施例7:UNAオリゴマーのHBV阻害効果を、psiCHECK2アッセイを用いて観察した。1nMの濃度での6日間において、基準位置1580を有するものとして指定された、表19のUNAオリゴマー化合物における標的発現の阻害割合を、95%であると決定した。したがって、基準位置1580を有するUNAオリゴマー化合物は、標的発現の調節に使用可能であった。
実施例8:UNAオリゴマーのHBV阻害効果を、psiCHECK2アッセイを用いて観察した。表17における本発明のUNAオリゴマーは、表25に示されるように、標的発現を阻害するIC50を示すことがわかった。
表25:HBVを標的とするUNAオリゴマーのIC50
Figure 2018520685
したがって、本発明のUNAオリゴマー化合物は、HBV標的発現の調節に使用可能であった。本発明のUNAオリゴマー化合物は、標的発現の阻害において、インビトロでピコモル濃度の活性を示した。いくつかの実施態様において、本発明のUNAオリゴマー化合物は、標的発現の阻害における約IC50<200pMという、インビトロでの驚くほど高い活性を示した。
実施例9:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のヒト化PXBマウスモデルにおいて観察した。本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤1および2に含まれていた。
UNAオリゴマーを、脂質ナノ粒子に処方または同時に処方し、HBV感染Phoenix Bio(PXB)マウスに静脈内注射した。マウスは、推定で70%以上の交換率でヒト肝細胞を含む、遺伝子型:cDNA−uPAwild/+/SCID[cDNA−uPAwild/+:B6;129SvEv−Plau,SCID:C.B−17/Icr−scid/scid Jcl]であった。
本研究では、マウスを、0日目に3mg/kg、4日目に5mg/kg、8日目に10mg/kgで処理をする、漸増用量を用いた。
図2に示されるように、UNAオリゴマー1576およびUNAオリゴマー3分子(1576、380、177)での処理は共に、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
表26に示されるように、UNAオリゴマー1576およびUNAオリゴマー3分子(1576、380、177)での処理は共に、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
表26:血清HBeAgのウイルス終点
Figure 2018520685
表27に示されるように、UNAオリゴマー1576およびUNAオリゴマー3分子(1576、380、177)での処理は共に、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
表27:血清HBV DNAのウイルス終点
Figure 2018520685
図2、表26および表27における組成物は、UNAオリゴマー3分子組成物である(1777(配列番号1005および1006)、380(配列番号973および974)、1576(配列番号989および990))。
したがって、本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、著しく、予測できない程有利な、HBV阻害効果を示した。全て(HBsAg、HBeAgおよびHBV DNA)のウイルス終点において、UNAオリゴマー3分子組成物(1576、380、177)での処理は、UNAオリゴマー1576よりも、著しく優れていた。
実施例10:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のPXBマウスモデルにおいて観察した。本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤に含まれていた。
UNAオリゴマーを、脂質ナノ粒子に同時に処方し、HBV感染Phoenix Bio(PXB)マウスに静脈内注射した。マウスは、推定で70%以上の交換率でヒト肝細胞を含む、遺伝子型:cDNA−uPAwild/+/SCID[cDNA−uPAwild/+:B6;129SvEv−Plau,SCID:C.B−17/Icr−scid/scid Jcl]であった。
本研究では、マウスに、4日毎に、40日目まで投与する漸増用量を用い、ウイルス終点を、4日毎に、44日目までモニターした。
図3に示されるように、UNAオリゴマー3分子(1576、380、1777)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。図3の組成物は、UNAオリゴマー3分子組成物である(1777(配列番号1005および1006)、380(配列番号973および974)、1576(配列番号989および990))。
図4に示されるように、UNAオリゴマー3分子(1576、380、1777)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。図4の組成物は、UNAオリゴマー3分子組成物である(1777(配列番号1005および1006)、380(配列番号973および974)、1576(配列番号989および990))。
図5に示されるように、UNAオリゴマー3分子(1576、380、1777)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。図5の組成物は、UNAオリゴマー3分子組成物である(1777(配列番号1005および1006)、380(配列番号973および974)、1576(配列番号989および990))。
したがって、本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、著しく、予測できない程有利な、HBV阻害効果を示した。
実施例11:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のPXBマウスモデルにおいて観察した。本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤に含まれていた。
UNAオリゴマーを、脂質ナノ粒子に処方または同時に処方し、HBV感染Phoenix Bio(PXB)マウスに静脈内注射した。マウスは、推定で70%以上の交換率でヒト肝細胞を含む、遺伝子型:cDNA−uPAwild/+/SCID[cDNA−uPAwild/+:B6;129SvEv−Plau,SCID:C.B−17/Icr−scid/scid Jcl]であった。
血清のウイルス終点を、1回の投与後15日目までモニターした。
図6に示されるように、各UNAオリゴマー1777(配列番号1179および1180)、380(配列番号1173および1174)および1578(配列番号1175および1176)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
図7に示されるように、各UNAオリゴマー1777(配列番号1179および1180)、380(配列番号1173および1174)および1578(配列番号1175および1176)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
図8に示されるように、各UNAオリゴマー1777(配列番号1179および1180)、380(配列番号1173および1174)および1578(配列番号1175および1176)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
図9に示されるように、UNAオリゴマー3分子組成物(1777(配列番号1179および1180)、380(配列番号1173および1174)および1578(配列番号1175および1176))での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。
図10に示されるように、UNAオリゴマー3分子組成物(1777(配列番号1179および1180)、380(配列番号1173および1174)および1578(配列番号1175および1176))での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。
図11に示されるように、UNAオリゴマー3分子組成物(1777(配列番号1179および1180)、380(配列番号1173および1174)および1578(配列番号1175および1176))での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。
したがって、本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、著しく、予測できない程有利な、HBV阻害効果を示した。
実施例12:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察した。本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。一般的に、AAV−HBVマウスモデルは、HBV感染症の研究において頑強なモデルであり、薬剤効果および効力における、直接的な臨床上の適切性を提供し得る。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤に含まれていた。
UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に、処方または同時に処方し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。
本研究は、マウスを、0日目に3mg/kg、4日目に5mg/kg、8日目に10mg/kgで処理する、漸増用量の計画を用いた。
血清ウイルスの終点を、処置の15日前および処置の少なくとも22日後にモニターした。
図12に示されるように、各UNAオリゴマー380(配列番号973および974)、1777(配列番号1005および1006)、および1576(配列番号1003および1004)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
図13に示されるように、各UNAオリゴマー380(配列番号973および974)、1777(配列番号1005および1006)、および1576(配列番号1003および1004)ならびに同一の化合物のUNAオリゴマー3分子組成物(1576、380、1777)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。この直接比較は、3分子組成物が、驚くべきことに、個々のオリゴマーと比較して、効果の持続時間中、常に効力が増大していたことを示す。
図14に示されるように、各UNAオリゴマー380(配列番号973および974)、1777(配列番号1005および1006)、および1576(配列番号1003および1004)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
したがって、本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、著しく、予測できない程有利な、HBV阻害効果を示した。
実施例13:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察した。本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤に含まれていた。
UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に同時に処方し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。
本研究は、マウスを、0日目に3mg/kg、4日目に5mg/kg、8日目に10mg/kgで処理する、漸増用量の計画を用いた。
血清ウイルスの終点を、処置後12日目までモニターした。
図15に示されるように、UNAオリゴマー3分子組成物(1777(配列番号1179および1180)、380(配列番号1173および1174)および1578(配列番号1175および1176))での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。インビボでの用量依存的な応答は、UNAオリゴマー組成物の薬理的効果を示す。
したがって、本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、著しく、予測できない程有利な、HBV阻害効果を示した。
実施例14:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のAAV−HBVマウスモデルで観察した。本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。一般的に、AAV−HBVマウスモデルは、HBV感染症の研究において頑強なモデルであり、薬剤効果および効力における、直接的な臨床上の適切性を提供し得る。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤に含まれていた。
UNAオリゴマーを脂質ナノ粒子中に処方、または同時に処方し、組換えHBVゲノムの、肝臓へのAAVを介する輸送後に、活性なHBV複製を有するC57Bl/6マウスに静脈内注射した。
本研究は、マウスを、0日目に3mg/kg、4日目に5mg/kg、8日目に10mg/kgで処理する、漸増用量の計画を用いた。
血清ウイルスの終点を、処置の15日前および処置の少なくとも22日目後にモニターした。
図16に示されるように、各UNAオリゴマー1578(配列番号993および994)および1575(配列番号988および989)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
図17に示されるように、各UNAオリゴマー1578(配列番号993および994)および1575(配列番号988および989)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBeAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
図18に示されるように、各UNAオリゴマー1578(配列番号993および994)および1575(配列番号988および989)での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBV DNAにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた(平均値±SEM)。
したがって、本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、著しく、予測できない程有利な、HBV阻害効果を示した。
実施例15:UNAオリゴマーのHBV阻害効果を、psiCHECK2アッセイで観察した。1以上の2’−デオキシ−2’−フルオロリボヌクレオチドを含むUNAオリゴマー化合物における、標的発現の阻害割合を測定した。
表28に示されるように、UNAオリゴマー化合物は、10nMにおいて、標的発現の少なくとも87%の阻害を示した。
表28:UNAオリゴマーの活性
Figure 2018520685
したがって、本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、有利な、HBV阻害効果を示した。
実施例16:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のPXBマウスモデルにおいて観察した。本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤に含まれていた。
UNAオリゴマーを、脂質ナノ粒子に処方または同時に処方し、HBV感染Phoenix Bio(PXB)マウスに静脈内注射した。マウスは、推定で70%以上の交換率でヒト肝細胞を含む、遺伝子型:cDNA−uPAwild/+/SCID[cDNA−uPAwild/+:B6;129SvEv−Plau,SCID:C.B−17/Icr−scid/scid Jcl]であった。
表29に示されるように、両方のUNAオリゴマーでの処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
表29:HBsAg(%対照)(hAlbで正規化)
Figure 2018520685
したがって、本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、著しく、予測できない程有利な、HBV阻害効果を示した。
実施例17:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のPXBマウスモデルにおいて観察した。本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤に含まれていた。
UNAオリゴマーを、脂質ナノ粒子に処方または同時に処方し、HBV感染Phoenix Bio(PXB)マウスに静脈内注射した。マウスは、推定で70%以上の交換率でヒト肝細胞を含む、遺伝子型:cDNA−uPAwild/+/SCID[cDNA−uPAwild/+:B6;129SvEv−Plau,SCID:C.B−17/Icr−scid/scid Jcl]であった。
表30に示されるように、3分子UNAオリゴマー組成物での処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
表30:血清HBsAg(%対照)(hAlbで正規化)
Figure 2018520685
表30における組成物は:
UNAオリゴマー3分子組成物(1777(配列番号1005および1006)、380(配列番号973および974)、および1575(配列番号987および988));
UNAオリゴマー3分子組成物(1777(配列番号1005および1006)、380(配列番号973および974)、および1578(配列番号993および994));
UNAオリゴマー3分子組成物(1777(配列番号1005および1006)、380(配列番号973および974)、および1576(配列番号989および990))である。
したがって、本発明の3分子UNAオリゴマー組成物は、インビボにおいて、著しく、予測できない程有利な、HBV阻害効果を示した。
実施例18:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のPXBマウスモデルにおいて観察した。本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤に含まれていた。
UNAオリゴマーを、脂質ナノ粒子に処方または同時に処方し、HBV感染Phoenix Bio(PXB)マウスに静脈内注射した。マウスは、推定で70%以上の交換率でヒト肝細胞を含む、遺伝子型:cDNA−uPAwild/+/SCID[cDNA−uPAwild/+:B6;129SvEv−Plau,SCID:C.B−17/Icr−scid/scid Jcl]であった。
表31に示されるように、3分子UNAオリゴマー組成物での処理は、遺伝子型Ae、Bj、CおよびDにおいて、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
表31:血清HBsAg(%対照)(hAlbで正規化)
Figure 2018520685
表31の組成物は、UNAオリゴマー3分子組成物(1777(配列番号1005および1006)、380(配列番号973および974)、および1578(配列番号993および994))である。
したがって、本発明の3分子UNAオリゴマー組成物は、インビボにおいて、様々な遺伝子型にわたって、著しく、予測できない程有利な、HBV阻害効果を示した。
実施例19:UNAオリゴマーにおけるインビボでのHBV阻害効果を、HBV感染症のPXBマウスモデルにおいて観察した。本発明のUNAオリゴマーは、ホスホロチオエート結合を有し、インビボにおいて、HBV血清感染のパラメータの著しい減少を示した。本研究において、UNAオリゴマーは、脂質ナノ粒子製剤に含まれていた。
UNAオリゴマーを、脂質ナノ粒子に処方または同時に処方し、HBV感染Phoenix Bio(PXB)マウスに静脈内注射した。マウスは、推定で70%以上の交換率でヒト肝細胞を含む、遺伝子型:cDNA−uPAwild/+/SCID[cDNA−uPAwild/+:B6;129SvEv−Plau,SCID:C.B−17/Icr−scid/scid Jcl]であった。
表32に示されるように、UNAオリゴマーでの処理は、PBS対照群と比較して、ウイルス終点の血清HBsAgにおける、迅速かつ持続的な減少を生じた。
表32:HBsAg(%対照)(hAlbで正規化した)
Figure 2018520685
したがって、ホスホロチオエート結合(PS)を含む、本発明のUNAオリゴマーは、インビボにおいて、著しく、予測できない程有利なHBV阻害効果を、より長い持続期間(15日目〜20日目)で示した。ホスホロチオエート結合は以下であった:第一の鎖の5’末端における2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合、第一の鎖の3’末端における2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合、第一の鎖の3’末端から2番目および3番目のモノマー間の1つのホスホロチオエート結合、および第二の鎖の3’末端における2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合。
実施例20:HBV基準ゲノムHB974376(3221bp)
配列番号1181
Figure 2018520685
Figure 2018520685
Figure 2018520685
本明細書で具体的に言及する全ての刊行物、特許および書籍は、全ての目的について、参照により本明細書に取り込まれる。
記載された特定の方法論、プロトコル、材料および試薬は様々であり得るため、本明細書がこれらに限定されないことが理解される。また、本明細書中で用いた用語は、特定の実施態様のみを説明する目的のものであり、添付の特許請求の範囲によって包含される、本発明の範囲を限定する意図ではないことも理解される。
本明細書および添付の特許請求の範囲において、単数形「a」、「an」および「the」は、文脈上明らかな他の指示がない限り、複数形を含むことを注記しておく。さらに、用語「a」(または「an」)、「1以上の」および「少なくとも1つの」は、本明細書において、交換可能に使用され得る。また、用語「含む」、「含んでいる」、「含有する」、「包含する」および「有する」は、交換可能に使用され得ることも注記しておく。
さらなる詳述なしに、当業者は、上述の記載に基づいて、本発明を十分な範囲で利用できると考えられる。したがって、以下の具体的な実施態様は、単なる説明として解釈されるべきであり、いかなる方法においても本開示の残部の限定とはならない。
本明細書に開示される全ての特徴は、任意の組合せで組み合わせてよい。本明細書に開示される各特徴を、同一、等価、または同様の目的を果たす代替の特徴によって、置換してもよい。

Claims (47)

  1. 第一の鎖および第二の鎖を含む化合物であって、各鎖が19〜29モノマー長であり、モノマーがUNAモノマーおよび核酸モノマーを含み、化合物が、連続する14〜29モノマー長の2本鎖領域を有し、第一の鎖がRNA干渉におけるパッセンジャー鎖であり、第二の鎖がRNA干渉におけるガイド鎖であり、化合物が、HBVゲノムの発現の阻害を標的とする塩基の配列を含む、化合物。
  2. 1〜7個のUNAモノマーを含む、請求項1に記載の化合物。
  3. 第一の鎖の1末端(非UNAにおける5’末端)にUNAモノマー、第一の鎖の3末端(非UNAにおける3’末端)にUNAモノマー、および第二の鎖の5’末端から2番目の位置にUNAモノマーを含む、請求項1に記載の化合物。
  4. 第二の鎖の5’末端から2〜8番目の位置のうち、任意の1つまたはそれ以上の位置に、UNAモノマーを含む、請求項1に記載の化合物。
  5. 塩基配列が、以下のセンス、アンチセンスまたはセンス−アンチセンス対、およびそれらの置換体から選択される、請求項1に記載の化合物:
    Figure 2018520685
  6. 以下の対の1つを含む、請求項1に記載の化合物:
    配列番号987および988;
    配列番号993および994;
    配列番号999および1000;
    配列番号1005および1006;
    配列番号1009および1010;
    配列番号1011および1012;
    配列番号1013および1014;
    配列番号1015および1016;
    配列番号969および970;
    配列番号971および972;
    配列番号973および974;
    配列番号977および978;
    配列番号981および982;
    配列番号989および990;
    配列番号997および998;および
    配列番号999および1000。
  7. 以下の対の1つを含む、請求項1に記載の化合物:
    配列番号1145および1146;
    配列番号1175および1176;
    配列番号1149および1150;
    配列番号1163および1164;
    配列番号1165および1166;
    配列番号1167および1168;
    配列番号1169および1170;
    配列番号1153および1154;
    配列番号1155および1156;
    配列番号1157および1158;
    配列番号1160および1161;
    配列番号1159および1160;
    配列番号1147および1148;および
    配列番号1151および1152。
  8. UNAモノマー、天然ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド、または化学修飾されたヌクレオチド、およびそれらの組合せのうち1つ以上を含む3’オーバーハングを有する、請求項1に記載の化合物。
  9. デオキシチミジンヌクレオチド、2’−O−メチルヌクレオチド、逆位脱塩基モノマー、逆位チミジンモノマー、L−チミジンモノマー、またはグリセリルヌクレオチドのうち1つまたはそれ以上を含む3’オーバーハングを有する、請求項1に記載の化合物。
  10. 1以上の核酸モノマーが、非天然ヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド、または化学修飾されたヌクレオチドである、請求項1に記載の化合物。
  11. 各核酸モノマーが、2’−O−メチル基を有する、請求項1に記載の化合物。
  12. 第一の鎖に、1〜8個の、2’−O−メチル基で修飾された核酸モノマーを含み、かつ第二の鎖に、1〜11個の、2’−O−メチル基で修飾された核酸モノマーを含む、請求項1に記載の化合物。
  13. 1以上の2’−メトキシエトキシヌクレオチドを含む、請求項1に記載の化合物。
  14. 1以上の2’−デオキシ−2’−フルオロリボヌクレオチドを含む、請求項1に記載の化合物。
  15. フッ素を含まない、請求項1に記載の化合物。
  16. 各鎖の各末端における3つのモノマーのうち、1つまたはそれ以上が、ホスホロチオエート結合、キラルなホスホロチオエート結合、またはホスホロジチオエート結合によって連結している、請求項1に記載の化合物。
  17. 第一の鎖の5’末端における2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合、第一の鎖の3’末端における2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合、第一の鎖の3’末端から2番目および3番目のモノマー間の1つのホスホロチオエート結合、および第二の鎖の3’末端における2つのモノマー間の1つのホスホロチオエート結合を有する、請求項1に記載の化合物。
  18. 輸送部分とコンジュゲートしている、請求項1に記載の化合物。
  19. 糖タンパク質受容体と結合している輸送部分とコンジュゲートしている、請求項1に記載の化合物。
  20. 化合物が、糖タンパク質受容体と結合している輸送部分とコンジュゲートしており、輸送部分が、ガラクトース、ガラクトサミンまたはN−アセチルガラクトサミンを含む、請求項1に記載の化合物。
  21. GalNAc輸送部分とコンジュゲートしている、請求項1に記載の化合物。
  22. コレステロール輸送部分とコンジュゲートしている、請求項1に記載の化合物。
  23. 化合物の末端において、輸送部分とコンジュゲートしており、コンジュゲートしていない化合物と比較して、肝臓内への取り込みが増大している、請求項1に記載の化合物。
  24. 脂質ナノ粒子と結合した、請求項1〜23のいずれかに記載の1以上の化合物を含む、脂質ナノ粒子−オリゴマー化合物。
  25. 請求項1〜23のいずれかに記載の1以上の化合物および薬学的に許容し得る担体を含む、組成物。
  26. 担体が、脂質ナノ粒子またはリポソームを含む、請求項25に記載の組成物。
  27. 遺伝子X、C、PおよびSのHBV転写物の保存領域を標的とする、請求項1に記載の第一の化合物、HBsAgの阻害を標的とする、請求項1に記載の第二の化合物、遺伝子X、CおよびSのHBV転写物の保存領域を標的とする、請求項1に記載の第三の化合物、および薬学的に許容し得る担体を含む、組成物。
  28. 担体が、脂質ナノ粒子またはリポソームを含む、請求項27に記載の組成物。
  29. 1525〜1582、374〜414、1776〜1782、244〜256および1818〜1866の任意の位置における基準位置を有する、1以上の化合物を含む、組成物。
  30. 1525〜1582の基準位置を有する化合物、374〜414の基準位置を有する化合物、および1776〜1782の基準位置を有する化合物を含む、請求項29に記載の組成物。
  31. 3分子の化合物を含み、3分子が以下から選択される、組成物:
    第一の化合物が配列番号867および908を含み、第二の化合物が配列番号887および928を含み、第三の化合物が配列番号875および916を含む;
    第一の化合物が配列番号889および940を含み、第二の化合物が配列番号887および928を含み、第三の化合物が配列番号875および916を含む;
    第一の化合物が配列番号865および906を含み、第二の化合物が配列番号887および928を含み、第三の化合物が配列番号875および916を含む;
    第一の化合物が配列番号869および910を含み、第二の化合物が配列番号887および928を含み、第三の化合物が配列番号875および916を含む;
    第一の化合物が配列番号867および908を含み、第二の化合物が配列番号885および926を含み、第三の化合物が配列番号875および916を含む;および、
    第一の化合物が配列番号867および908を含み、第二の化合物が配列番号887および928を含み、第三の化合物が配列番号877および918を含む。
  32. ヌクレオチドを含むsiRNAであって、HBVを標的とし、以下のセンス、アンチセンス、またはセンス−アンチセンス対およびそれらの置換体から選択される配列を有する、siRNA:
    Figure 2018520685
  33. それを必要とする対象において、HBV感染症に関連する疾患または症状を予防、改善または処置する方法であって、対象に、有効量の請求項25に記載の組成物を投与することを含む、方法。
  34. 組成物の投与が、対象におけるHBVウイルスの力価を減少させる、請求項33に記載の方法。
  35. 対象が、B型肝炎ウイルス感染症に関連する疾患と診断されている、請求項33に記載の方法。
  36. 対象が、肝疾患と診断されている、請求項33に記載の方法。
  37. それを必要とする対象において、B型肝炎ウイルスの複製、成熟、増殖または感染を阻害する方法であって、対象に、有効量の請求項25に記載の組成物を投与することを含む、方法。
  38. 組成物の投与が、対象におけるHBsAgの血清濃度を減少させる、請求項37に記載の方法。
  39. 組成物の投与が、対象におけるHBsAgの血清濃度を2−log10倍減少させる、請求項37に記載の方法。
  40. 組成物の投与が、対象におけるHBsAgの血清濃度を、少なくとも7日間、2−log10倍減少させる、請求項37に記載の方法。
  41. 組成物の投与が、対象におけるHBeAgを減少させる、請求項37に記載の方法。
  42. 組成物の投与が、対象におけるHBV DNAを減少させる、請求項37に記載の方法。
  43. それを必要とする対象において、B型肝炎ウイルスポリペプチドの発現を阻害する方法であって、対象に、請求項25に記載の組成物を投与することを含む、方法。
  44. それを必要とする対象におけるB型肝炎感染症に関連する疾患または症状の予防、改善または処置のための、請求項25に記載の組成物の使用。
  45. 医学療法に使用するための、請求項25に記載の組成物。
  46. ヒトまたは動物の身体の処置に使用するための、請求項25に記載の組成物。
  47. それを必要とする対象におけるB型肝炎感染症に関連する疾患または症状を予防、改善または処置するための薬物の調製または製造における、請求項25に記載の組成物の使用。
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