JP2018044826A - ペプチド解析方法、ペプチド解析装置、及びペプチド解析用プログラム - Google Patents
ペプチド解析方法、ペプチド解析装置、及びペプチド解析用プログラム Download PDFInfo
- Publication number
- JP2018044826A JP2018044826A JP2016178853A JP2016178853A JP2018044826A JP 2018044826 A JP2018044826 A JP 2018044826A JP 2016178853 A JP2016178853 A JP 2016178853A JP 2016178853 A JP2016178853 A JP 2016178853A JP 2018044826 A JP2018044826 A JP 2018044826A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- peptide
- measurement
- protein
- mrm
- chromatograms
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Landscapes
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Abstract
Description
a) 解析目的であるタンパク質又はペプチドを含む試料をクロマトグラフによって時間的に分離する工程と、
b) 該分離された試料に含まれるタンパク質又はペプチドがイオン化して生じるプリカーサイオン、該プリカーサイオンが異なる箇所でアミノ酸が開裂して形成される複数種のフラグメントイオンに応じた複数のMRMトランジションを測定条件としたMRM測定を実行する測定実行工程と、
c) 前記MRM測定により得られたデータに基づき、前記複数のMRMトランジションの各値におけるクロマトグラムを作成する工程と、
d) 前記複数のクロマトグラムの各々についてピークを検出するピーク検出工程と、
e) 前記複数のクロマトグラムの各々に複数のピークが検出された場合であって、前記複数のクロマトグラムに共通に、複数のピークがそれぞれ同一保持時間に存在するか否かを判定することにより、前記解析目的であるタンパク質又はペプチドの一部のアミノ酸が異性化しているか否かを判断する工程
とを備えることを特徴とする。
a) 解析目的であるタンパク質又はペプチドを含む試料をクロマトグラフによって時間的に分離し、その分離された試料に含まれるタンパク質又はペプチドがイオン化して生じるプリカーサイオン、該プリカーサイオンが異なる箇所でアミノ酸が開裂して形成される複数種のフラグメントイオンに応じた複数のMRMトランジションを測定条件としたMRM測定を実行するように前記クロマトグラフ質量分析装置を動作させる分析制御部と、
b) 前記MRM測定により得られたデータに基づき、前記複数のMRMトランジションの各値におけるクロマトグラムを作成するクロマトグラム作成部と、
c) 前記複数のクロマトグラムの各々についてピークを検出するピーク検出部と、
d) 前記複数のクロマトグラムの各々に複数のピークが検出された場合であって、前記複数のクロマトグラムに共通に、複数のピークがそれぞれ同一保持時間に存在するか否かを判定することにより、前記解析目的であるタンパク質又はペプチドの一部のアミノ酸が異性化しているか否かを判断する異性化判断部
とを備えることを特徴とする。
a) 解析目的であるタンパク質又はペプチドを含む試料をクロマトグラフによって時間的に分離し、その分離された試料に含まれるタンパク質又はペプチドがイオン化して生じるプリカーサイオン、該プリカーサイオンが異なる箇所でアミノ酸が開裂して形成される複数種のフラグメントイオンに応じた複数のMRMトランジションを測定条件としたMRM測定を実行するように前記クロマトグラフ質量分析装置を動作させる分析制御機能部と、
b) 前記MRM測定により得られたデータに基づき、前記複数のMRMトランジションの各値におけるクロマトグラムを作成し、前記複数のクロマトグラムの各々に複数のピークが検出された場合において、前記複数のクロマトグラムに共通に、複数のピークがそれぞれ同一保持時間に存在するか否かを判定することにより、前記解析目的であるタンパク質又はペプチドの一部のアミノ酸が異性化しているか否かを判断する異性化判断機能部
とを備えることを特徴とする。
図1に示すように、ペプチド解析装置は、液体クロマトグラフ部(LC部)1と質量分析部(MS/MS部)2とを含む液体クロマトグラフ質量分析システム(「LC−MS/MSシステム」という)である。
まず、ポンプ12は移動相容器11から移動相を吸引して一定流量で以てカラム14に送給する。インジェクタ13から一定量の試料液が移動相中に導入されると、移動相の流れに乗って試料はカラム14に導入され、カラム14を通過する間に試料中の各種化合物は時間方向に分離されてカラム14出口から溶出し、MS/MS部2に導入される。
イオン検出器34の検出信号はデータ処理部40に入力され、マススペクトルやマスクロマトグラムが作成されるとともに、後述するようなペプチド解析処理などが実行される。
MRM測定では、前段四重極マスフィルタ30及び後段四重極マスフィルタ33でそれぞれ所定の質量電荷比のイオンのみを通過させてMS/MS測定が行われ、これにより、目的化合物由来の特定のプリカーサイオンに対する特定のプロダクトイオンが検出される。MRM測定では、プリカーサイオンの質量電荷比(m/z)とプロダクトイオンの質量電荷比(m/z)とを1組とするチャンネルを複数設定した測定を行うことができ、プリカーサイオンの質量電荷比とプロダクトイオンの質量電荷比の組を「MRMトランジション」という。以下に説明するペプチド解析処理では、MS/MS測定としてMRM測定が使用される。
なお、異性化ペプチドの解析に際して、既に決まった保持時間やピーク強度比を測定条件として用いる場合は、上述の処理は省略することができる。
一方、紐付けられたピークの強度比と標準ペプチドのピーク強度比の差が許容範囲内であれば(ステップS8においてYes)、紐付けられたピークの保持時間を標準ペプチドについて得られたピークの保持時間と照合し(ステップS9)、その差が許容範囲内であれば、標準ペプチドと同じ種類の異性体(上述のAspの例では4種類の異性体)が実試料に含まれていると推定してその結果を出力する(ステップS11、S12)。また、許容範囲を超えているときは、標準ペプチドと同じではないが、実試料に異性体が含まれていると推定してその結果を出力する(ステップS14、S15)。
ここでは、アスパラギン酸を含むペプチドとして、アミノ酸配列が「TVLDSGISEVR」である11個のアミノ酸から成るペプチドを用いた。この試料ペプチドは、水晶体に存在するタンパク質の一種であるクリスタリン(Crystallin)に含まれ、白内障を発症した患者においてD体からL体に変化することが指摘されているアスパラギン酸の複数の異性体を含むペプチドの混合物である。
測定に使用した装置は以下の通りである。
LC−MS/MS:株式会社島津製作所製 LCMS-8060
カラム: L-column 2 metal free, 3 μm, 150 x 2.0 mm (一般財団法人化学物質評価研究機構)製 カタログ番号731020
(3)この試料を、0.2μL(カラムあたりの各異性体ペプチドの重量:0.1ng)ずつLC部1に導入してLC−MS/MS測定を実行する。
このときのLC部1における測定条件を表1に、MS/MS測定の測定条件を表2に示す。表1に示すように、ここでは、移動相Aと移動相Bの組成を連続的に変化させながら試料に含まれるペプチドを分離するグラジエント分離を行っている。
図6に示すように、各異性体ペプチドに対応するピーク毎に、5個の測定条件に対応するピーク強度比が少しずつ異なり、特にAsp(D)とセリン(記号S)の間で開裂が生じる測定条件y7で得られたMRMクロマトグラムのピーク強度と、Aspとロイシン(記号L)の間で開裂が生じる測定条件y8で得られたMRMクロマトグラムのピーク強度の比(y8/y7)が、4種類の異性体ペプチドにおいて異なることが分かる。従って、ピーク強度比y8/y7を指標とすることにより、異性体ペプチドが存在すること、及び異性化が生じている箇所(この例ではAsp)を推定することが可能であることが検証できた。
14…カラム
2…MS/MS部
20…質量分析装置
30…四重極マスフィルタ
30…前段四重極マスフィルタ
31…コリジョンセル
32…多重極イオンガイド
34…イオン検出器
35…CIDガス供給部
36…電源部
40…データ処理部
41…データ収集部
42…データ記憶部
43…グラフ作成部
44…定量分析部
50…制御部
52…入力部
53…表示部
Claims (5)
- MS/MS測定が可能なクロマトグラフ質量分析装置を用いて、タンパク質又はペプチドの一部のアミノ酸の異性化を解析するためのペプチド解析方法であって、
a) 解析目的であるタンパク質又はペプチドを含む試料をクロマトグラフによって時間的に分離する工程と、
b) 該分離された試料に含まれるタンパク質又はペプチドがイオン化して生じるプリカーサイオン、該プリカーサイオンが異なる箇所でアミノ酸が開裂して形成される複数種のフラグメントイオンに応じた複数のMRMトランジションを測定条件としたMRM測定を実行する測定実行工程と、
c) 前記MRM測定により得られたデータに基づき、前記複数のMRMトランジションの各値におけるクロマトグラムを作成する工程と、
d) 前記複数のクロマトグラムの各々についてピークを検出するピーク検出工程と、
e) 前記複数のクロマトグラムの各々に複数のピークが検出された場合であって、前記複数のクロマトグラムに共通に、複数のピークがそれぞれ同一保持時間に存在するか否かを判定することにより、前記解析目的であるタンパク質又はペプチドの一部のアミノ酸が異性化しているか否かを判断する工程
とを備えることを特徴とするペプチド解析方法。 - 請求項1に記載のペプチド解析方法において、
前記複数のクロマトグラムの同一保持時間に存在するピークの強度比を比較することにより、異性化しているアミノ酸が存在する部位を推定する異性化部位推定工程を
有することを特徴とする、ペプチド解析方法。 - 請求項1又は2に記載のペプチド解析方法において、
保持時間を第1軸、強度を第2軸とする座標軸に前記複数のクロマトグラムを表示する表示工程を
有することを特徴とする、ペプチド解析方法。 - MS/MS測定が可能なクロマトグラフ質量分析装置を含み、タンパク質又はペプチドの一部のアミノ酸の異性化を解析するためのペプチド解析装置であって、
a) 解析目的であるタンパク質又はペプチドを含む試料をクロマトグラフによって時間的に分離し、その分離された試料に含まれるタンパク質又はペプチドがイオン化して生じるプリカーサイオン、該プリカーサイオンから複数の異なる数のアミノ酸がそれぞれ開裂して形成される複数種のフラグメントイオンに応じた複数のMRMトランジションを測定条件としたMRM測定を実行するように前記クロマトグラフ質量分析装置を動作させる分析制御部と、
b) 前記MRM測定により得られたデータに基づき、前記複数のMRMトランジションの各値におけるクロマトグラムを作成するクロマトグラム作成部と、
c) 前記複数のクロマトグラムの各々についてピークを検出するピーク検出部と、
d) 前記複数のクロマトグラムの各々に複数のピークが検出された場合であって、前記複数のクロマトグラムに共通に、複数のピークがそれぞれ同一保持時間に存在するか否かを判定することにより、前記解析目的であるタンパク質又はペプチドの一部のアミノ酸が異性化しているか否かを判断する異性化判断部
とを備えることを特徴とするペプチド解析装置。 - タンパク質又はペプチドの一部のアミノ酸の異性化を解析するために、MS/MS測定が可能なクロマトグラフ質量分析装置の動作を制御するとともに該装置で得られたデータを処理する、コンピュータ上で動作するプログラムであって、
a) 解析目的であるタンパク質又はペプチドを含む試料をクロマトグラフによって時間的に分離し、その分離された試料に含まれるタンパク質又はペプチドがイオン化して生じるプリカーサイオン、該プリカーサイオンから複数の異なる数のアミノ酸がそれぞれ開裂して形成される複数種のフラグメントイオンに応じた複数のMRMトランジションを測定条件としたMRM測定を実行するように前記クロマトグラフ質量分析装置を動作させる分析制御機能部と、
b) 前記MRM測定により得られたデータに基づき、前記複数のMRMトランジションの各値におけるクロマトグラムを作成し、前記複数のクロマトグラムの各々に複数のピークが検出された場合において、前記複数のクロマトグラムに共通に、複数のピークがそれぞれ同一保持時間に存在するか否かを判定することにより、前記解析目的であるタンパク質又はペプチドの一部のアミノ酸が異性化しているか否かを判断する異性化判断機能部
とを備えることを特徴とするペプチド解析用プログラム。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2016178853A JP6665740B2 (ja) | 2016-09-13 | 2016-09-13 | ペプチド解析方法、ペプチド解析装置、及びペプチド解析用プログラム |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2016178853A JP6665740B2 (ja) | 2016-09-13 | 2016-09-13 | ペプチド解析方法、ペプチド解析装置、及びペプチド解析用プログラム |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2018044826A true JP2018044826A (ja) | 2018-03-22 |
JP2018044826A5 JP2018044826A5 (ja) | 2019-02-21 |
JP6665740B2 JP6665740B2 (ja) | 2020-03-13 |
Family
ID=61693669
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016178853A Active JP6665740B2 (ja) | 2016-09-13 | 2016-09-13 | ペプチド解析方法、ペプチド解析装置、及びペプチド解析用プログラム |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP6665740B2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2021010401A1 (ja) * | 2019-07-17 | 2021-01-21 | 株式会社島津製作所 | イソアスパラギン酸の分析方法、及び質量分析装置 |
WO2022045142A1 (ja) * | 2020-08-31 | 2022-03-03 | 株式会社島津製作所 | アシルカルニチン分析方法及びアシルカルニチン分析装置 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20050221455A1 (en) * | 2003-10-21 | 2005-10-06 | Cargill, Inc. | Production of monatin and monatin precursors |
JP2005331421A (ja) * | 2004-05-21 | 2005-12-02 | Hitachi High-Technologies Corp | 質量分析装置および異性体分析方法 |
WO2015033397A1 (ja) * | 2013-09-04 | 2015-03-12 | 株式会社島津製作所 | クロマトグラフ質量分析用データ処理装置 |
US9075073B1 (en) * | 2014-03-26 | 2015-07-07 | Shimadzu Corporation | Compound-analyzing method, compound analyzer and computer readable medium recording a compound-analyzing program |
-
2016
- 2016-09-13 JP JP2016178853A patent/JP6665740B2/ja active Active
Patent Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20050221455A1 (en) * | 2003-10-21 | 2005-10-06 | Cargill, Inc. | Production of monatin and monatin precursors |
JP2007508840A (ja) * | 2003-10-21 | 2007-04-12 | カーギル,インコーポレイティド | モナチンおよびモナチン前駆体の製造 |
JP2005331421A (ja) * | 2004-05-21 | 2005-12-02 | Hitachi High-Technologies Corp | 質量分析装置および異性体分析方法 |
WO2015033397A1 (ja) * | 2013-09-04 | 2015-03-12 | 株式会社島津製作所 | クロマトグラフ質量分析用データ処理装置 |
US20160202219A1 (en) * | 2013-09-04 | 2016-07-14 | Shimadzu Corporation | Data processing system for chromatographic mass spectrometry |
US9075073B1 (en) * | 2014-03-26 | 2015-07-07 | Shimadzu Corporation | Compound-analyzing method, compound analyzer and computer readable medium recording a compound-analyzing program |
JP2015184253A (ja) * | 2014-03-26 | 2015-10-22 | 株式会社島津製作所 | 化合物分析方法、化合物分析装置、及び化合物分析用プログラム |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2021010401A1 (ja) * | 2019-07-17 | 2021-01-21 | 株式会社島津製作所 | イソアスパラギン酸の分析方法、及び質量分析装置 |
WO2022045142A1 (ja) * | 2020-08-31 | 2022-03-03 | 株式会社島津製作所 | アシルカルニチン分析方法及びアシルカルニチン分析装置 |
JPWO2022045142A1 (ja) * | 2020-08-31 | 2022-03-03 | ||
JP7229501B2 (ja) | 2020-08-31 | 2023-02-28 | 株式会社島津製作所 | アシルカルニチン分析方法及びアシルカルニチン分析装置 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP6665740B2 (ja) | 2020-03-13 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US7498568B2 (en) | Real-time analysis of mass spectrometry data for identifying peptidic data of interest | |
JP4988884B2 (ja) | 質量分析システム | |
US10288589B2 (en) | Mass spectrometry method and mass spectrometer | |
JP4515819B2 (ja) | 質量分析システム | |
EP1622188B1 (en) | Methods and apparatus for mass spectrometry | |
JP5003274B2 (ja) | 質量分析システムおよび質量分析方法 | |
US8426155B2 (en) | Proteome analysis in mass spectrometers containing RF ion traps | |
CN107923873B (zh) | 高分子化合物的定量分析方法以及用于该定量分析的数据处理装置 | |
JP2017191056A (ja) | 質量分析を用いた多成分一斉分析方法及び多成分一斉分析用プログラム | |
JP5655758B2 (ja) | 質量分析装置 | |
JP5362009B2 (ja) | 質量分析方法 | |
JP2019020206A (ja) | 質量分析を用いた認知機能障害疾患バイオマーカーの定量方法及び質量分析装置 | |
JP6146211B2 (ja) | 質量分析データ処理方法及び該方法を用いた質量分析装置 | |
JP6665740B2 (ja) | ペプチド解析方法、ペプチド解析装置、及びペプチド解析用プログラム | |
EP3916756A1 (en) | Absolute quantitation of a target analyte using a mass spectrometer | |
US10768151B2 (en) | Techniques for display and processing of mass spectral data | |
JP5840915B2 (ja) | 糖ペプチドイオンを効率的に選択可能な質量分析方法及び装置 | |
JP6079587B2 (ja) | 糖ペプチド解析装置 | |
JP2018044826A5 (ja) | ||
JP5967314B2 (ja) | クロマトグラフ質量分析装置 | |
Rouse et al. | Top-down characterization of protein pharmaceuticals by liquid chromatography/mass spectrometry: Application to recombinant factor IX comparability—A case study | |
JP6413785B2 (ja) | 質量分析装置及びクロマトグラフ質量分析装置 | |
JP6520025B2 (ja) | 質量分析データの処理方法 | |
JP7380501B2 (ja) | 分子構造解析システム及び分子構造解析方法 | |
JP2010014563A (ja) | 質量分析方法及び質量分析システム |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190109 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190109 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20191024 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20191119 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20191224 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20200121 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20200203 |
|
R151 | Written notification of patent or utility model registration |
Ref document number: 6665740 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R151 |