JP2017530715A5 - - Google Patents

Claims (20)

1. 試料中の標的核酸を検出する方法であって、
   ５’から３’方向に、シグナルＤＮＡ生成配列、エンドヌクレアーゼ認識部位、および標的核酸の３’末端と相補的な配列であって、ロックされた核酸を含む配列を含む第１のオリゴヌクレオチド、
   ５’から３’方向に、第１のオリゴヌクレオチドのシグナルＤＮＡ生成配列によって生成したシグナルＤＮＡ配列に相補的な第１のシグナルＤＮＡ生成配列、エンドヌクレアーゼ認識部位、および第１のオリゴヌクレオチドのシグナルＤＮＡ生成配列によって生成したシグナルＤＮＡ配列に相補的な配列であって、ロックされた核酸を含む第２の配列を含む第２のオリゴヌクレオチド、
   ポリメラーゼならびに
   ニッキング反応のためのエンドヌクレアーゼ
   と試料を接触させること、並びに
   シグナルＤＮＡの存在が試料中の標的核酸の存在を示す、シグナルＤＮＡの有無を決定すること
   を含む方法。
2. ロックされた核酸がオリゴヌクレオチドの３’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０位またはそれらの組合せの位置にある、請求項１に記載の方法。
3. 第２のオリゴヌクレオチドが２、３または４つのロックされた核酸を含む、請求項１に記載の方法。
4. ロックされた核酸が第２のオリゴヌクレオチドの３’末端から３および６位の位置にある、請求項３に記載の方法。
5. 実質的に定温で実行される、請求項１に記載の方法。
6. 約２０℃から約４２℃の温度で実行される、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
7. 標的がマイクロＲＮＡであるか、または感染性因子に由来する、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
8. ５’から３’方向に、既知のシグナルＤＮＡ配列と相補的な第１の配列、エンドヌクレアーゼ認識部位、および第１の配列と同一の既知のシグナルＤＮＡ配列と相補的な第２の配列を含み、第２の配列はロックされた核酸を含む、化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド。
9. ロックされた核酸がオリゴヌクレオチドの３’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０位またはそれらの組合せの位置にある、請求項８に記載の化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド。
10. ロックされた核酸がオリゴヌクレオチドの３’末端から３および６位の位置にある、請求項８に記載の化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド。
11. ａ）オリゴヌクレオチドの３’末端から６位と他の１−５および７−１０位のいずれかとの組合せ、
    ｂ）オリゴヌクレオチドの３’末端から１および２位、
    ｃ）オリゴヌクレオチドの３’末端から１および１０位、
    ｄ）オリゴヌクレオチドの３’末端から２および１０位、
    ｅ）オリゴヌクレオチドの３’末端から４および８位、
    ｆ）オリゴヌクレオチドの３’末端から５および９位、
    ｇ）オリゴヌクレオチドの３’末端から１および８位、
    ｈ）オリゴヌクレオチドの３’末端から２および８位、
    ｉ）オリゴヌクレオチドの３’末端から３および８位ならびに
    ｊ）オリゴヌクレオチドの３’末端から２および７位
    からなる群から選択される位置にロックされた核酸を含む、請求項８に記載の化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド。
12. 第２の配列が３つのロックされた核酸を含む、請求項８に記載の化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド。
13. ロックされた核酸が、
    ａ）オリゴヌクレオチドの３’末端から６位と１−５および７−１０位のいずれか２つとの組合せ、ならびに
    ｂ）オリゴヌクレオチドの３’末端から１、２および１０位
    からなる群から選択される位置にある、請求項１２に記載の化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド。
14. 第２の配列が４つのロックされた核酸を含む、請求項８に記載の化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド。
15. ロックされた核酸がオリゴヌクレオチドの３’末端から６位、ならびに１−５および７−１０位の３つの位置のその他の組合せである、請求項１４に記載の化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド。
16. ３’末端修飾をさらに含む、請求項８から１５のいずれかに記載の化学的に修飾されたオリゴヌクレオチド。
17. 試料中の標的核酸を検出する組成物であって、
    ５’から３’方向に、シグナルＤＮＡ生成配列、エンドヌクレアーゼ認識部位、および標的核酸の３’末端と相補的な配列であって、ロックされた核酸を含む配列を含む第１のオリゴヌクレオチド、
    ５’から３’方向に、第１のオリゴヌクレオチドのシグナルＤＮＡ生成配列によって生成したシグナルＤＮＡ配列に相補的な第１のシグナルＤＮＡ生成配列、エンドヌクレアーゼ認識部位、および第１のオリゴヌクレオチドのシグナルＤＮＡ生成配列によって生成したシグナルＤＮＡ配列に相補的な配列であって、ロックされた核酸を含む第２の配列を含む第２のオリゴヌクレオチド、
    ポリメラーゼならびに
    ニッキング反応のためのエンドヌクレアーゼ
    を含む組成物。
18. ロックされた核酸が第２のオリゴヌクレオチドの３’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０位またはそれらの組合せの位置にある、請求項１７に記載の組成物。
19. ロックされた核酸が第２のオリゴヌクレオチドの３’末端から３および６位の位置にある、請求項１７に記載の組成物。
20. 試料中の標的核酸を検出するキットであって、
    ５’から３’方向に、シグナルＤＮＡ生成配列、エンドヌクレアーゼ認識部位、および標的核酸の３’末端と相補的な配列であって、ロックされた核酸を含む配列を含む第１のオリゴヌクレオチド、
    ５’から３’方向に、第１のオリゴヌクレオチドのシグナルＤＮＡ生成配列によって生成したシグナルＤＮＡ配列に相補的な第１のシグナルＤＮＡ生成配列、エンドヌクレアーゼ認識部位、および第１のオリゴヌクレオチドのシグナルＤＮＡ生成配列によって生成したシグナルＤＮＡ配列に相補的な配列であって、ロックされた核酸を含む第２の配列を含む第２のオリゴヌクレオチド、
    ポリメラーゼならびに
    ニッキング反応のためのエンドヌクレアーゼ
    を含むキット。