JP2017525665A - 部位特異的タンパク質修飾 - Google Patents

部位特異的タンパク質修飾 Download PDF

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Abstract

本発明は、タンパク質およびペプチドの部位選択的修飾において使用するための方法および試薬に関する。部位選択的修飾とは、N末端アミノ官能基の反応性を増大させために、タンパク質またはポリペプチドのN末端において、近隣のヒスチジンアミノ酸の存在を使用して、アミノ官能基を選択的に誘導することである。本発明の方法によって得られた、修飾されたタンパク質またはペプチドは、画像処理研究または治療用途に使用することができる。

Description

発明の分野
本発明は、一般に、タンパク質またはポリペプチドに修飾基を導入する新規な方法に関する。詳細には、本発明は、N末端アミノ官能基の反応性を増大させるために、タンパク質またはポリペプチドのN末端において、近隣のヒスチジンアミノ酸(neighboring histidine amino acid)の存在を使用して、アミノ官能基を選択的に誘導することに関する。
発明の背景
タンパク質またはペプチドに基をコンジュゲートさせることによって、タンパク質またはペプチドの特性および特徴を改良できることはよく知られている。一般に、このようなコンジュゲーションでは一般に、タンパク質中のある官能基がコンジュゲート基中の別の官能基と反応することが必要となる。リシン残基中のN−末端アミノ基またはε−アミノ基などのアミノ基が、この目的に適するアシル化試薬と組み合わせて使用されている。コンジュゲート用化合物をタンパク質に付着させる場合などでは、コンジュゲーション反応を制御することが、またどれだけのコンジュゲート基を付着させるのかを制御することが、往々にして望ましく、または必要である。これはしばしば、特異性または選択性と呼ばれる。
タンパク質またはペプチドの部位特異的な修飾は、医薬品およびバイオテクノロジー業界における長年にわたる課題である。古典的方法は、多くの場合、非特異的な標識(たとえば、NHS標識)につながり、または工業技術(たとえば、マレイミドCys標識または天然でないアミノ酸)を必要とする。加えて、選択的な化学反応のレパートリーは、しかしながら、非常に限られている。1つの選択肢は、独特な反応性を有する天然でない特別なアミノ酸を導入し、次いで、さらなる誘導体化においてこの反応性を活用する、組換え法によるものである。別の選択肢は、修飾しようとするタンパク質の構造的および機能的特色を認識する酵素の使用である。
組換え法にもかかわらず、タンパク質/ペプチドの選択的な誘導体化が非常に難しい仕事であることに変わりはない。したがって、当業界では、タンパク質またはペプチドのN末端などのアミノ酸残基を選択的に誘導体化する一般法が求められている。
発明の要旨
本発明は、標的タンパク質または標的ペプチドを、N末端アミノ酸のアミノ官能基において修飾する方法であって、
a.得られるタンパク質またはペプチドが、N末端アミノ酸に隣接する(adjacent to)位置にヒスチジンアミノ酸を含有するように、標的タンパク質または標的ペプチドを修飾するステップと、
b.N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドを、アシル化用化合物(acylating compound)と6未満のpHで接触させて、修飾されたタンパク質またはポリペプチドを生成するステップと
を含む方法に関する。
本発明はまた、得られるタンパク質またはペプチドが、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有するように、標的タンパク質または標的ペプチドを修飾するための種々の方法に関する。このような方法について、本明細書においてより詳細に述べる。
別の実施形態では、本発明は、標的タンパク質または標的ペプチドを、N末端アミノ酸のアミノ官能基において修飾する方法であって、
a.得られるタンパク質またはペプチドが、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有するように、標的タンパク質または標的ペプチドをするステップと、
b.N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドを、活性化型の次式の酸:
HO−C(O)−(L−R[式中、
は、リンカーであり、
は、生体相互作用薬(biointeractive agent)もしくは分析用薬剤(analytical agent)への共有結合を促進する反応性基を含む部分であり、またはRは、生体相互作用薬もしくは分析用薬剤であり、
nは、0または1である]
と6未満のpHで接触させて、修飾されたタンパク質またはポリペプチドを生成するステップと
を含む方法に関する。
別の実施形態では、本発明は、標的タンパク質または標的ペプチドを、式:
Figure 2017525665
[式中、
は、リンカーであり、
Rは、Hまたは−S(O)Naであり、
は、生体相互作用薬もしくは分析用薬剤への共有結合を促進する反応性基を含む部分であり、またはRは、生体相互作用薬もしくは分析用薬剤であり、
nは、0または1である]
のアシル化剤を使用して、上述のとおりに修飾するための選択的な方法に関する。
前述の実施形態のさらなる態様では、本発明は、タンパク質またはペプチドを、N末端アミノ基において本明細書に記載のとおりに修飾するための選択的な方法であって、前記の生体相互作用薬または分析用薬剤が、ビオチン、蛍光体(フルオロフォア(fluorophore))、毒素、キレーター、半減期延長性部分(たとえば、アルブミン結合性部分、Fc変異体(Fc variant)、未変性Fc(native Fc)など)、画像処理試薬(imaging reagent)、およびペプチドから選択される、選択的な方法に関する。
別の実施形態では、本発明は、タンパク質またはペプチドを、N末端アミノ基において本明細書に記載のとおりに修飾するための選択的な方法であって、Rが、生体相互作用薬または分析用薬剤への共有結合を促進する反応性基を含む部分である、選択的な方法に関する。反応性基の例は、アシル、エステルもしくは混合無水物、アルキン、テトラジン、マレイミド、イミデート、カルボキシ、またはより一般には、アミノ基、アジド基、アルケン基、チオール基などの官能基、または生体相互作用薬もしくは分析用薬剤上に存在するヒドラジン、ヒドロキシルアミン基と共有結合を形成しうる基である。この実施形態の特定の一態様において、本発明の方法は、生体相互作用薬または分析用薬剤を、前記アシル化剤中に存在する反応性基と反応させるステップをさらに含み、前記生体相互作用薬または生体分析用薬剤は、官能基を介して、場合によりリンカーLを介して反応させる。リンカーは、本明細書においてより詳細に定義する。
一実施形態では、標的タンパク質または標的ペプチドは、増殖分化因子15(GDF15)タンパク質、その相同体、変異体、断片、および他の修飾形態、未変性Fc、Fc変異体、またはAPJアゴニストペプチドから選択される。
本発明のこれらおよび他の態様は、以下の本発明の詳細な説明において解明される。
図面の簡単な説明
詳細な説明
定義:
本明細書を解釈する目的では、別段指定しない限り、以下の定義が適用され、適切な場合は必ず、単数で使用された用語は複数も包含し、逆もまたそうなる。
特許、特許公報、および他の文献へのすべての言及は、これらを法的に許される程度に本開示に組み込むためになされる。
本発明は、標的タンパク質またはペプチドに修飾用化合物を選択的な要領で導入する方法を提供することにより、前述の要求に対処する。
本明細書で使用するとき、また添付の特許請求の範囲において、単数形「a」、「an」、および「the」が、文脈によって明らかにそうでなく規定されない限り、複数の指示対象を包含することに留意しなければならない。したがって、たとえば、「the conjugate」への言及は、1つまたは複数のコンジュゲートへの言及を包含し、「the polypeptide」への言及は、1つまたは複数のポリペプチドへの言及を包含する、などである。
用語アルキルとは、1〜30個の炭素原子を含む、完全飽和の分枝状もしくは非分枝状(または直鎖もしくは線状)炭化水素部分を指す。アルキルは、5〜20個の炭素原子、より好ましくは10〜15個の炭素原子を含むことが好ましい。C10〜15アルキルとは、10〜15個の炭素を含むアルキル鎖を指す。
用語「アルケニル」とは、少なくとも1つの炭素−炭素二重結合を有する分枝状または非分枝状炭化水素を指す。用語「C2〜30−アルキニル」とは、2個〜7個の炭素原子を有し、少なくとも1つの炭素−炭素三重を含む炭化水素を指す。
用語「アルキニル」とは、少なくとも1つの炭素−炭素三重結合を有する分枝状または非分枝状炭化水素を指す。用語「C2〜30−アルキニル」とは、2個〜7個の炭素原子を有し、少なくとも1つの炭素−炭素三重結合を含む炭化水素を指す。
用語アリールとは、環部分に6〜10個の炭素原子を有する、単環式または二環式の芳香族炭化水素基を指す。アリールの代表例は、フェニルまたはナフチルである。
用語ヘテロアリールは、炭素原子と1〜5個のヘテロ原子とから選択される5〜10個の環員を含んでおり、各ヘテロ原子は、O、N、またはSから独立して選択され、SおよびNは、種々の酸化状態に酸化されていてもよい、単環式または二環式ヘテロアリールを包含する。二環式ヘテロアリール系については、系は完全に芳香族である(すなわち、すべての環が芳香族である)。
用語シクロアルキルとは、3〜12個の炭素原子、好ましくは3〜8個、または3〜7個の炭素原子の、飽和または不飽和であるが非芳香族の単環式、二環式、または三環式炭化水素基を指す。二環式および三環式のシクロアルキル系については、すべての環が非芳香族である。たとえば、シクロアルキルは、シクロアルケニルおよびシクロアルキニルを包含する。用語「シクロアルケニル」とは、少なくとも1つの炭素−炭素二重結合を有する、3〜12個の炭素原子の二環式または三環式炭化水素基を指す。用語「シクロアルキニル」とは、少なくとも1つの炭素−炭素三重結合を有する、3〜12個の炭素原子の二環式または三環式炭化水素基を指す。
用語ヘテロシクリルとは、O、S、およびNから選択される少なくとも1個のヘテロ原子を含んでおり、NおよびSは、場合により種々の酸化状態に酸化されていてもよい、飽和または不飽和の非芳香族(部分的不飽和であるが非芳香族の)単環式、二環式、または三環式環系を指す。一実施形態では、ヘテロシクリル部分は、5〜7個の環原子と、O、S、またはNから選択されるさらなるヘテロ原子とを場合により含んでいる、飽和した単環に相当する。このヘテロ環は、アルキル、ハロ、オキソ、アルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシで置換されていてもよい。他の実施形態では、ヘテロシクリルは、二環式または三環式である。多環式の系については、一部の環が芳香族で、飽和または部分的に飽和した1つまたは複数の環に縮合していてもよい。全体的に縮合した系は、完全には芳香族でない。たとえば、ヘテロ環系は、芳香族ヘテロアリール環が飽和または部分的に飽和したシクロアルキル環系と縮合したものである場合もある。
用語「コンジュゲート」とは、標的タンパク質/ペプチドを、場合によりリンカーを介して生体相互作用薬/分析用薬剤に共有結合させた結果として生成されたエンティティ(entity)を指すものである。用語「コンジュゲーション」とは、標的タンパク質/ペプチドを、場合によりリンカーを介して生体相互作用薬/分析用薬剤に共有結合させるステップを指すものである。
本明細書で使用するとき、用語「ポリペプチド」とは、自然に産生されようが合成によって生成されようが、ペプチド結合によって連結されたアミノ酸残基のポリマーを指す。約10アミノ酸残基未満のポリペプチドは、「ペプチド」と呼ぶのが普通である。用語「ペプチド」とは、ペプチド結合によって連結された2つ以上のアミノ酸の配列を示すものであり、前記アミノ酸は、天然でも天然でなくてもよい。この用語は、たとえばシステイン架橋などの共有結合性相互作用、または非共有結合相互作用によってまとまった2つ以上のペプチドからなるものでよい、用語ポリペプチドおよびタンパク質を包含する。当業界で受け入れられている3文字または1文字略語を使用して、本発明のペプチドおよびポリペプチドを構成するアミノ酸残基を表す。「D」が前に付く場合を除き、アミノ酸は、L−アミノ酸である。1文字略語が大文字であるとき、略語は、D−アミノ酸を指す。1文字略語が小文字であるとき、略語は、L−アミノ酸を指す。集まりまたは連なりまたはアミノ酸略語を使用して、ペプチドを表す。ペプチドは、N末端を左側にして示し、配列は、N末端からC末端に向かって記す。
本発明のペプチドは、非天然アミノ酸(すなわち、自然界では発生しない化合物)を含んでおり、当業界で知られているような他のアミノ酸類似体をその代わりとして用いてもよい。
ある特定の非天然アミノ酸は、Deiters et al., J Am Chem Soc 125:11782-11783, 2003、Wang and Schultz, Science 301:964-967, 2003、Wang et al., Science 292:498-500, 2001、Zhang et al., Science 303:371-373, 2004、または米国特許第7,083,970号明細書に記載の技術によって導入することができる。簡潔に述べると、こうした発現系の一部には、部位特異的突然変異誘発が関与して、本発明のポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームに、アンバーTAGなどのナンセンスコドンが導入される。次いで、このような発現ベクターは、導入されたナンセンスコドンに特異的なtRNAを利用することのできる宿主に導入され、選択された非天然アミノ酸を積み込んでいる。本発明のポリペプチドに諸部分をコンジュゲートさせる目的で有益な特定の非天然アミノ酸として、アセチレン側鎖およびアジド側鎖を有するものが挙げられる。
「タンパク質」とは、1つまたは複数のポリペプチド鎖を含む巨大分子である。タンパク質は、炭水化物基などの非ペプチド成分も含んでよい。炭水化物および他の非ペプチド置換基は、タンパク質が産生されるところの細胞によってタンパク質に付加される場合があり、細胞の種類によって様々となる。タンパク質は、本明細書では、そのアミノ酸主鎖構造に関して定義しており、炭水化物基などの置換基は一般に指定してないが、それにもかかわらず存在してよい。非宿主DNA分子によってコードされたタンパク質またはポリペプチドは、「異種」タンパク質またはポリペプチドである。
「単離ポリペプチドまたは単離タンパク質」とは、本来はポリペプチドに随伴する炭水化物、脂質、または他のタンパク質性不純物などの細胞成分を本質的に含まないポリペプチドまたはタンパク質(たとえば、GDF15)である。通常、単離ポリペプチドまたはタンパク質の調製物は、高度に精製された形、すなわち、純度少なくとも約80%、純度少なくとも約90%、純度少なくとも約95%、純度95%超、たとえば、96%、97%、98%、もしくはこれより高い純度、または純度99%超のポリペプチドまたはタンパク質を含有する。特定のタンパク質調製物が単離ポリペプチドまたはタンパク質を含有することを示す1つの手段は、タンパク質調製物をドデシル硫酸ナトリウム(SDS)ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけ、ゲルをCoomassie Brilliant Blue染色した後の単一バンドの出現によるものである。しかし、用語「単離」は、二量体などの別の物理的形態、または別法としてグリコシル化もしくは誘導体化された形態の同じポリペプチドまたはタンパク質の存在を除外しない。単離ポリペプチドは、その治療、診断、予防、または研究用途の妨げとなる、その自然環境において見出される他のいかなる混入ポリペプチドまたは他の混入物も、実質的に含まないことが好ましい。
当業者なら、本明細書に記載のポリペプチドまたはタンパク質のいずれかの配列において、その活性を必然的に低下させることなく、種々のアミノ酸置換、たとえば、保存的アミノ酸置換がなされてもよいことは理解されよう。本明細書で使用するとき、「その置換基として一般に使用されるアミノ酸」は、保存的置換(すなわち、化学的特徴が同等であるアミノ酸での置換)を包含する。保存的置換の目的で、非極性(疎水性)アミノ酸としては、アラニン、ロイシン、イソロイシン、バリン、グリシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、およびメチオニンが挙げられる。極性(親水性)天然アミノ酸としては、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、およびグルタミンが挙げられる。正電荷を有する(塩基性)アミノ酸としては、アルギニン、リシン、およびヒスチジンが挙げられる。負電荷を有する(酸性)アミノ酸としては、アスパラギン酸およびグルタミン酸が挙げられる。アミノ酸置換の例としては、その対応するD−アミノ酸の代わりにL−アミノ酸を用いるもの、ホモシステインもしくは含チオール側鎖を有する他の非天然アミノ酸の代わりにシステインを用いるもの、ホモリシン、ジアミノ酪酸、ジアミノプロピオン酸、オルニチン、もしくは含アミノ側鎖を有する他の非天然アミノ酸の代わりにリシンを用いるもの、またはノルバリンの代わりにアラニンを用いるものなどが挙げられる。
本明細書で使用する用語「アミノ酸」とは、その構造でそうした立体異性体型が可能である場合、すべて、そのDおよびL立体異性体の、自然に存在するアミノ酸、天然でないアミノ酸、アミノ酸類似体、および、自然に存在するアミノ酸と同様にして機能するアミノ酸模倣物を指す。アミノ酸は、本明細書では、その名称、一般に知られているその3文字記号、またはIUPAC−IUB Biochemical Nomenclature Commissionが推奨する1文字記号のいずれかで呼ぶ。
用語「自然に存在する」とは、自然界で見出され、人の手で操作されていない材料を指す。同様に、「自然に存在しない」や「自然でない」などは、本明細書で使用するとき、自然界で見出されない、または人の手で構造が改変されもしくは合成されている材料を指す。アミノ酸に関連して使用するとき、用語「自然に存在する」とは、20種の通常のアミノ酸(すなわち、アラニン(AまたはAla)、システイン(CまたはCys)、アスパラギン酸(DまたはAsp)、グルタミン酸(EまたはGlu)、フェニルアラニン(FまたはPhe)、グリシン(GまたはGly)、ヒスチジン(HまたはHis)、イソロイシン(IまたはIle)、リシン(KまたはLys)、ロイシン(LまたはLeu)、メチオニン(MまたはMet)、アスパラギン(NまたはAsn)、プロリン(PまたはPro)、グルタミン(QまたはGln)、アルギニン(RまたはArg)、セリン(SまたはSer)、トレオニン(TまたはThr)、バリン(VまたはVal)、トリプトファン(WまたはTrp)、およびチロシン(YまたはTyr)を指す。
本明細書で使用する用語「非天然アミノ酸」および「天然でないアミノ酸」は、同じであろうと異なっていようと、任意の生物中で、任意の生物からの未改変または改変遺伝子を使用して、生合成によって生成することのできないアミノ酸構造を、互換的に表すものである。これら用語は、自然に存在する(野生型)タンパク質配列または本発明の配列中に存在しないアミノ酸残基を指す。これらの用語は、限定はしないが、20種の自然に存在するアミノ酸の1つ、セレノシステイン、ピロリシン(Pyl)、またはピロリン−カルボキシ−リシン(Pcl、たとえば、PCT特許公開第2010/48582号に記載のとおり)でない、改変アミノ酸および/またはアミノ酸類似体を包含する。このような非天然アミノ酸残基は、自然に存在するアミノ酸の置換によって、および/または自然に存在する(野生型)タンパク質配列もしくは本発明の配列への非天然アミノ酸の挿入によって導入することができる。非天然アミノ酸残基は、分子に所望の機能性、たとえば、機能性部分(たとえば、PEG)を連結する能力が付与されるように組み込むこともできる。アミノ酸に関連して使用するとき、記号「U」は、本明細書で使用される「非天然アミノ酸」および「天然でないアミノ酸」を意味するものとする。
ポリペプチドまたはタンパク質について本明細書で使用する用語「類似体」とは、ペプチド/タンパク質の1つまたは複数のアミノ酸残基が他のアミノ酸残基で置き換えられている、かつ/または1つまたは複数のアミノ酸残基がペプチド/タンパク質から欠失している、かつ/または1つまたは複数のアミノ酸残基がペプチド/タンパク質に付加されている、修飾されたペプチドまたはタンパク質を意味する。アミノ酸残基のこのような付加または欠失は、ペプチドのN末端および/またはペプチドのC末端で起こりうる。
用語「APJ」(「アペリン受容体」、「アンジオテンシン様1受容体」、「アンジオテンシンII様1受容体」などとも呼ばれる)とは、380残基、7回膜貫通ドメインのGi共役型受容体を指し、その遺伝子は、ヒトの11番染色体の長腕上に位置する(NCBI参照配列:NP_005152.1、NCBI参照配列:NM_005161によってコードされる)。APJは、1993年に、変性オリゴヌクレオチドプライマーを使用して、ヒトゲノムDNAから初めてクローン化され(O’Dowd et al. Gene, 136:355-60、1993)、1型アンジオテンシンII受容体と有意に相同的である。しかし、この相同性にもかかわらず、アンジオテンシンIIは、APJを結合しない。この内因性リガンドは、長年の間オーファンであったが、単離され、アペリンと命名された(Tatemoto et al., Biochem Biophys Res Commun 251, 471-6 (1998))。
用語「APJアゴニスト」はアペリンポリペプチドを含む:アペリンは、77残基のプレタンパク質(NCBI参照配列:NP_0059109.3、NCBI参照配列:NM_017413.3によってコードされる)を指し、これがプロセシングを受けて、生物学的活性型のアペリンペプチド、たとえば、アペリン−36、アペリン−17、アペリン−16、アペリン−13、アペリン−12になる。「アペリン−36」と呼ばれる全長成熟ペプチドは、36アミノ酸を含むが、最も強力なアイソフォームは、「Pyr−1−アペリン−13またはPyr−アペリン−13」と呼ばれる、ピログルタミン酸化型のアペリン13量体(アペリン−13)である。種々のアペリン型は、たとえば、米国特許第6,492,324B1号明細書に記載されている。アペリンペプチドアゴニストは、参照により本明細書に援用される、特許出願番号国際公開第2013/111110号パンフレット、国際公開第2014/081702号パンフレット、国際公開第2015/013168号パンフレット、国際公開第2015/013165号パンフレット、国際公開第2015/013167号パンフレット、および国際公開第2015/013169号パンフレットにも記載されている。
用語「GDF15ポリペプチド」および「GDF15タンパク質」は、互換的に使用され、ヒトやマウスなどの哺乳動物において発現される、自然に存在する野生型ポリペプチドを意味する。この開示の目的では、用語「GDF15タンパク質」は、20アミノ酸のシグナルペプチド、167アミノ酸のプロドメイン、およびプロドメインからフューリン様プロテアーゼによって切除される112アミノ酸の成熟ドメインを含んでいる、308アミノ酸残基からなるいずれかの全長GDF15ポリペプチド(NCI参考配列NP_004855.2)を指すのに互換的に使用してよい。308アミノ酸のGDF15ポリペプチドを「全長」GDF15ポリペプチドと呼び、112アミノ酸のGDF15ポリペプチド(たとえば、アミノ酸197〜308)を「成熟」GDF15ポリペプチドと呼ぶ。成熟GDF15ペプチドは、TGF〜スーパーファミリーの仲間に典型的である、(3つの鎖内ジスルフィド結合を有する)システインノットモチーフおよび単一の鎖間ジスルフィド結合の形成に必要となる7つの保存されたシステイン残基を含んでいる。成熟GDF15ペプチドは、4番目の鎖内ジスルフィド結合を形成する2つの追加のシステイン残基も含んでいる。したがって、生物学的に活性のあるGDF15は、1つの鎖間ジスルフィド結合によって共有結合連結されている、成熟ペプチドのホモ二量体である。したがって、GDF15タンパク質またはポリペプチドには、このタンパク質の多量体、より詳細には二量体も含まれる。
用語「GDF15突然変異体ポリペプチド」は、自然に存在するGDF15ポリペプチド配列が修飾されたものである、GDF15ポリペプチドを包含する。そのような修飾には、限定はしないが、自然に存在しないアミノ酸、自然に存在しないアミノ酸類似体、およびアミノ酸模倣物での置換を含めた、1つまたは複数のアミノ酸置換が含まれる。
一態様では、用語「GDF15突然変異体タンパク質」は、未変性GDF15ポリペプチドの所与の位置に通常見られる少なくとも1つの残基が欠失し、または未変性GDF15配列中のその位置に通常は見られない残基で置き換えられたものである、GDF15タンパク質配列(たとえば、配列番号1〜8)を指す。一部の場合では、未変性GDF15ポリペプチドの所与の位置に通常見られる単一の残基を、その位置に通常は見られない2つ以上の残基で置き換えることが望ましくなり、さらに他の場合では、未変性GDF15ポリペプチド配列を保持し、タンパク質中の所与の位置に1つまたは複数の残基を挿入することが望ましい場合もあり、さらに他の場合では、所与の残基を完全に欠失させることが望ましい場合もあり、これらの構築物はすべて、用語「GDF15突然変異体タンパク質」に包含される。本発明はまた、このようなGDF15突然変異体ポリペプチド配列をコードする核酸分子も包含する。
種々の実施形態において、GDF15突然変異体タンパク質は、自然に存在するGDF15タンパク質に対する同一性が少なくとも約85パーセントであるアミノ酸配列を含む。他の実施形態では、GDF15ポリペプチドは、自然に存在するGDF15ポリペプチドアミノ酸配列に対する同一性が少なくとも約90パーセント、または約95、96、97、98、もしくは99パーセントであるアミノ酸配列を含む。このようなGDF15突然変異体ポリペプチドは、血中グルコース、インスリン、トリグリセリド、もしくはコレステロールレベルを低下させる能力;体重を減少させる能力;または耐糖能、エネルギー消費、もしくはインスリン感受性を改善する能力などの、野生型GDF15突然変異体ポリペプチドの少なくとも1つの活性を保持することが好ましいが、必要ではない。
GDF15ポリペプチドおよびGDF15突然変異体ポリペプチド、ならびにこのようなポリペプチドを含む構築物を、主としてヒトGDF15について開示しているが、本発明は、そのようには限定されず、GDF15ポリペプチドおよびGDF15突然変異体ポリペプチドが他の種(たとえば、カニクイザル(cynomolgous monkeys)、マウス、ラット)由来である、GDF15ポリペプチドおよびGDF15突然変異体ポリペプチド、ならびにこのようなポリペプチドを含む構築物へと拡張される。一部の例では、GDF15ポリペプチドまたはGDF15突然変異体ポリペプチドは、対象において代謝障害を治療し、または改善するのに、対象と同じ種由来であるGDF15突然変異体ポリペプチドの成熟型にして使用することができる。
GDF15突然変異体ポリペプチドは、生物学的に活性があることが好ましい。種々のそれぞれの実施形態において、GDF15ポリペプチドまたはGDF15突然変異体ポリペプチドは、自然に存在する形態の成熟GDF15タンパク質と同等である、それを超える、またはそれ未満である生物学的活性を有する。生物学的活性の例としては、血中グルコース、インスリン、トリグリセリド、もしくはコレステロールレベルを低下させる能力;体重を減少させる能力;または耐糖能、脂質耐性、もしくはインスリン感受性を改善する能力;尿中グルコースおよびタンパク質排出を減少させる能力が挙げられる。
ポリペプチドまたはタンパク質の構造に関連して本明細書で使用するとき、用語「N末端」(または「アミノ末端」)および「C末端」(または「カルボキシル末端」)とは、それぞれ、ポリペプチドの最も端のアミノ末端およびカルボキシル末端を指す。用語「N末端アミノ酸」とは、N末端に存在する最後のアミノ酸を指す。用語「N末端アミノ酸に隣接するアミノ酸」とは、N末端の最後のアミノ酸に隣接する位置に存在するアミノ酸(すなわち、タンパク質またはペプチドに存在する、N末端から数えて2番目のアミノ酸)を指す。
半減期延長性部分という用語は、たとえば、ポリエチレングリコール(PEG)などのポリマー、脂肪酸、コレステロール基、炭水化物、もしくはオリゴ糖、またはサルベージ受容体に結合するいずれかの天然もしくは合成タンパク質、ポリペプチド、もしくはペプチドを指す。半減期延長性部分は、血清半減期の長い血漿タンパク質(たとえば、アルブミンおよび免疫グロブリン)に結合させることができる。たとえば、半減期延長性部分は、IgG定常ドメインもしくはその断片(たとえば、Fc領域)、ヒト血清アルブミン(HSA)、またはアルブミン結合性ポリペプチドである。他の実施形態では、半減期延長性部分は、アルブミン結合性残基または他の血漿タンパク質結合性残基である。本明細書で使用する「アルブミン結合性残基」とは、ヒト血清アルブミンに、共有結合によってでなく結合する残基を意味する。一実施形態では、アルブミン結合性残基は、親油性残基である。別の実施形態では、アルブミン結合性残基は、生理的pHで負電荷を有する。結合性残基は、通常、負電荷を有しうるカルボン酸を含む。別の実施形態では、半減期延長性部分は、それぞれが、少なくとも1つのカルボン酸(たとえば、1、2、3または4つのCO2H)で置換され、ヒドロキシル基で場合によりさらに置換されている、C6〜70アルキル、C6〜70アルケニル、またはC6〜70アルキニル鎖であると定義することのできる、脂肪酸である。脂肪酸の例は、式A1、A2、およびA3によって規定される。他の実施形態では、半減期延長性部分は、血漿タンパク質(たとえば、アルブミン)に、非共有結合的に結合する小分子である。そのような小分子は、たとえば、Warfarin、アスピリン、ベンゾジアゼピン誘導体(たとえば、ジアゼパム)、インドール、カルデノリド(たとえば、ジギトキシン)、および胆汁酸(biliary acid)である。
半減期延長性部分は、分子量が、出所の種に応じて、その単量体の形で、およそ65〜67キロダルトンの間である、血漿において最も豊富なタンパク質を指す、アルブミンを包含する。用語「アルブミン」は、「血清アルブミン」と互換的に使用され、本発明の修飾ペプチドとコンジュゲートを形成するアルブミンの供給源を定義することにはならない。したがって、本明細書で使用する用語「アルブミン」は、血液や漿液などの自然供給源から精製されたアルブミンを指すこともあり、または化学合成もしくは組換え生成されたアルブミンを指すこともある。
半減期延長性部分は、単量体の形であろうと多量体の形であろうと、全抗体の消化によって得られる、または他の手段によって生成された、非抗原結合性断片の配列を含む分子または配列を指す、「未変性Fc」を包含し、ヒンジ領域を含んでいてもよい。未変性Fcのもともとの免疫グロブリン供給源は、ヒト起源であることが好ましく、免疫グロブリンのいずれでもよいが、IgG1およびIgG2が好ましい。未変性Fc分子は、共有結合性(すなわち、ジスルフィド結合)および非共有結合性の連係によって、二量体または多量体の形に連結されうる単量体ポリペプチドで構成されている。未変性Fc分子の単量体サブユニット間の分子間ジスルフィド結合の数は、クラス(たとえば、IgG、IgA、およびIgE)またはサブクラス(たとえば、IgG1、IgG2、IgG3、IgA1、およびIgGA2)に応じて、1〜4の範囲である。未変性Fcの一例は、IgGのパパイン消化によって得られる、ジスルフィド結合型の二量体である(Ellison et al., 1982, Nucleic Acids Res. 10: 4071-9を参照されたい)。本明細書で使用する用語「未変性Fc」は、単量体、二量体、および多量体形態に対して総称的である。
半減期延長性部分は、未変性Fcから修飾されてはいるが、サルベージ受容体、すなわちFcRn(新生児Fc受容体)に対する結合部位を依然として含む分子または配列を指す、「Fc変異体」を包含する。国際公開第第97/34631号パンフレットおよび第96/32478号パンフレットは、典型的なFc変異体、ならびにサルベージ受容体との相互作用について記載しており、参照により本明細書に援用される。したがって、用語「Fc変異体」は、非ヒト化未変性Fcからヒト化された分子または配列を含みうる。さらに、未変性Fcは、本発明のバイオコンジュゲートに必要とならない構造上の特色または生物学的活性をもたらすので除去してよい領域を含む。したがって、用語「Fc変異体」は、(1)ジスルフィド結合形成、(2)選択された宿主細胞との不適合、(3)選択された宿主細胞において発現された後のN末端不均一性、(4)グリコシル化、(5)補体との相互作用、(6)サルベージ受容体以外のFc受容体への結合、または(7)抗体依存的な細胞傷害活性(ADCC)、に影響を及ぼす、またはこれらに関与する、1つまたは複数の未変性Fc部位もしくは残基を欠いている、または1つまたは複数のFc部位もしくは残基が修飾されている分子または配列を包含する。Fc変異体については、以下でさらに詳細に述べる。
半減期延長性部分(half-time extending moiety)とは、上で規定したとおりの未変性FcならびにFc変異体および配列を包含する「Fcドメイン」を指す。Fc変異体および未変性Fc分子のように、用語「Fcドメイン」は、全抗体から消化されていようが、他の手段によって生成されていようが、単量体または多量体の形の分子を包含する。本発明の一部の実施形態では、Fcドメインは、式I’、または式I〜IXのいずれかのポリペプチドに、たとえば、Fcドメインとペプチド配列間の共有結合を介して、コンジュゲートさせることができる。このようなFcタンパク質は、Fcドメインの連係によって多量体を形成することができ、そうしたFcタンパク質およびその多量体は両方とも、本発明の態様である。
半減期延長性部分は、修飾配列を含む、抗体のFc断片を意味するものとされる、「修飾Fc断片」を包含する。Fc断片は、CH2、CH3、およびヒンジ領域の一部を含む、抗体の一部分である。修飾Fc断片は、たとえば、IgGl、IgG2、IgG3、またはIgG4から導くことができる。FcLALAは、LALA突然変異(L234A、L235A)を有する修飾Fc断片であり、低下した効率でADCCを誘発し、ヒト補体を弱く結合および活性化する。Hessell et al. 2007 Nature 449:101-104。Fc断片への追加の修飾については、たとえば、米国特許第7,217,798号明細書に記載されている。
リンカーは、標的タンパク質/ペプチドと、生体相互作用薬/分析用薬剤または生体相互作用薬/分析用薬剤への共有結合を促進する反応性基を含むいずれかの部分とを隔てる。リンカーは、主としてスペーサーとして働くので、その化学構造は肝要でない。
リンカーは、一方が標的ペプチド/タンパク質、他方が生体相互作用薬/生体分析用薬剤と反応しうる、2つの反応性基/官能基を含んでいる化学的部分である。リンカーの2つの反応性基/官能基は、連結部分またはスペーサーを介して連結され、連結部分またはスペーサーの構造は、リンカーの標的タンパク質/ペプチド、および生体相互作用薬/分析用薬剤との結合の妨げとならない限り、肝要でない。
リンカーは、ペプチド結合によって互いに連結しているアミノ酸で構成されたものでよい。本発明の一部の実施形態では、リンカーは、ペプチド結合によって連結された1〜20個のアミノ酸で構成され、アミノ酸は、20種の自然に存在するアミノ酸から選択される。種々の実施形態において、1〜20個のアミノ酸は、アミノ酸のグリシン、セリン、アラニン、メチオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、およびリシンから選択される。一部の実施形態では、リンカーは、グリシンやアラニンなどの、立体障害のない大多数のアミノ酸で構成される。一部の実施形態では、リンカーは、ポリグリシン、ポリアラニン、グリシンとアラニンの組合せ(ポリ(Gly−Ala)など)、またはグリシンとセリンの組合せ(ポリ(Gly−Ser)など)である。
一部の実施形態では、リンカーは、非天然アミノ酸から選択される1〜20のアミノ酸を含む。生体相互作用薬または分析用薬剤とのコンジュゲーションには、1〜10アミノ酸残基のリンカーが好ましいが、本発明は、いずれの長さまたは組成のリンカーも企図する。非天然アミノ酸リンカーの一例は、次式:
Figure 2017525665
を有する8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸またはその反復単位である。
本明細書に記載のリンカーは、例示的なものであり、はるかに長い、また他の残基を含むリンカーが、本発明によって企図される。非ペプチドリンカーも、本発明によって企図される。
他の実施形態では、リンカーは、1つまたは複数のアルキル基、アルケニル基、シクロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、ヘテロ環基、ポリエチレングリコール、および/または1つまたは複数の天然もしくは天然でないアミノ酸、またはこれらの組合せを含み、アルキル、アルケニル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、ポリエチレングリコール、および/または天然もしくは天然でないアミノ酸はそれぞれ、場合により合体および連結し合っており(combined and linked together)、または生体相互作用薬/分析用薬剤および/もしくは標的タンパク質/ペプチドに、−C(O)O−、−OC(O)−、−NHC(O)−、−C(O)NH−、−O−、−NH−、−S−、−C(O)−、−OC(O)NH−、−NHC(O)−O−、=NH−O−、=NH−NH−、もしくは=NH−N(アルキル)−から選択される化学基を介して連結している。
アルキルスペーサーを含んでいるリンカーは、たとえば、−NH−(CH−C(O)−または−S−(CH−C(O)−または−O−(CH−C(O)−、−NH−(CH−NH、−O−C(O)−(CH2)−C(O)−O−、−C(O)−(CH−O−、−NHC(O)−(CH−C(O)−NH−などであり、zは、2〜20である。こうしたアルキルリンカーは、限定はしないが、低級アルキル(たとえば、C〜C)、低級アシル、ハロゲン(たとえば、Cl、Br)、CN、NH2、またはフェニルを含めた、いずれかの非立体障害性基でさらに置換されていてもよい。
リンカーは、ポリマーの性質のものでもよい。リンカーは、生物学的に安定または生分解性であるポリマー鎖または単位を含んでよい。連結が繰り返されているポリマーは、結合不安定性に応じて、生理的条件下で様々な程度の安定性を備えうる。ポリマーは、ポリカルボネート(−O−C(O)−O−)、ポリエステル(−C(O)−O−)、ポリウレタン(−NH−C(O)−O−)、ポリアミド(−C(O)−NH−)などの結合を含んでいてよい。こうした結合は、例として示しており、本発明のポリマー鎖またはリンカーにおいて用いることのできる結合のタイプを限定するものではない。適切なポリマーとしては、たとえば、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリビニルピロリドン、ポリビニルアルコール、ポリアミノ酸、ジビニルエーテルマレイン酸無水物、N−(2−ヒドロキシプロピル)−メタクリルアミド、デキストラン、デキストラン誘導体、ポリプロピレングリコール、ポリオキシエチル化ポリオール、ヘパリン、ヘパリン断片、多糖、セルロースおよびセルロース誘導体、デンプンおよびデンプン誘導体、ポリアルキレングリコールおよびその誘導体、ポリアルキレングリコールおよびその誘導体のコポリマー、ポリビニルエチルエーテルなど、およびこれらの混合物が挙げられる。ポリマーリンカーは、たとえば、ポリエチレングリコール(PEG)である。PEGリンカーは、線状または分枝状である場合がある。本発明におけるPEGリンカーの分子量は、特定のいずれかの大きさに限定されないが、ある特定の実施形態は、100〜5000ダルトン、たとえば、500〜1500ダルトンの間の分子量を有する。
リンカーは、標的ペプチド/タンパク質のアミノ基と生体相互作用薬/生体分析用薬剤上の官能基/反応性基との間に架橋を形成する適切な官能基−反応性基を、両方の末端に含んでいる。
リンカーは、性質の異なるいくつかの連結部分(またはスペーサー)(たとえば、アミノ酸、ヘテロシクリル部分、PEG、および/またはアルキル部分の組合せ)を含んでもよい。この例において、各連結部分は、これら部分が互いに連結され、また各末端において、それぞれのパートナーとの架橋が形成されるように、両方の末端に、適切な官能基−反応性基を含んでいる。
修飾された標的タンパク質/ペプチドまたはその構築物(すなわち、部分的なリンカーに付着しているペプチド/タンパク質)は、分析用薬剤/生体相互作用薬またはその構築物(すなわち、部分的なリンカーに予め付着しているもの)上の利用可能な反応性官能基と反応し、共有結合を形成しうる反応性基を含む。反応性基は、共有結合を形成しうる化学基である。反応性基は、コンジュゲーションの一方の部位に配置され、一般に、それによってコンジュゲーションの他方の部位にあるアミノ基、ヒドロキシル基、アルケン基、カルボキシ基、ヒドラジン基、ヒドロキシルアミン基、アジド基、またはチオール基のような官能基と共有結合を形成することのできる、カルボキシ、ホスホリル、アシル基、エステルまたは混合無水物、マレイミド、N−ヒドロキシスクシンイミド、テトラジン、アルキン、イミデート、ピリジン−2−イル−ジスルファニルでよい。
標的ペプチド/標的タンパク質を生体相互作用薬/分析用薬剤および/もしくはリンカー部分にコンジュゲートさせる、および/または性質の異なる種々の連結部分を互いにコンジュゲートさせるための、特に重要な反応性基は、N−ヒドロキシスクシンイミド、アルキン(より詳細にはシクロオクチン)である。
官能基(Fg)としては、1.マレイミド、トシルスルホン、またはピリジン−2−イルジスルファニルなどの反応性基と反応させるためのチオール基;2.カルボン酸または活性化型カルボン酸(たとえば、N−ヒドロキシスクシンアミド化学によるアミド結合形成)、ホスホリル基、アシル基、混合無水物などの反応性基と反応させるためのアミノ基(たとえば、アミノ酸のアミノ官能基);3.アルキン、より詳細にはシクロオクチン反応性基とのHuisgen付加環化(より一般的にはクリックケミストリーとして知られる)にかけるためのアジド;4.ヒドロキシルアミンまたはヒドラジンから選択される反応性基と反応させて、それぞれオキシムまたはヒドラジンを生成するためのカルボニル基;5.アザ[4+2]付加においてテトラジン反応性基と反応させるためのアルケンが挙げられる。リンカーおよび官能基/反応性基のいくつかの例を本明細書で述べてはいるが、本発明は、リンカーまたはいずれの長さおよび組成を企図する。
用語「毒素」とは、酵素、細胞受容体、巨大分子および細胞などと相互作用をなすことができ、危害または疾患を引き起こす、小分子またはペプチドを指す。このような毒素は、がん療法において、がん細胞を破壊するのに使用することができる。その毒性ゆえに、こうした毒素は、薬物それ自体として使用することはできない。毒素は通常、これをがん細胞に仕向けるタンパク質に連結される。毒素の例は、MMAF(モノメチルアウリスタチンF)、MMAE(モノメチルアウリスタチンE)、メルタンシン(mertansine)(DM−1)、メイタンシン、クリプトフィシン、ツブリシン(tubulysin)、およびドラスタチン10である。
用語「キレーター」または「キレート剤」とは、金属イオン(たとえば、ランタニド)と錯体を形成しうる有機分子を指す。キレーターは、タンパク質またはペプチドの標識に一般に使用される。金属イオンコンジュゲートの最終製品は、放射免疫検出法、放射免疫療法、磁気共鳴画像法、光線力学療法または他の同様の物理療法に使用される。キレーターまたはキレート剤の非限定的な例は、DTPA(ジエチレントリアミンペンタ酢酸無水物)およびその誘導体、NOTA(1,4,7−トリアザシクロノナン−N,N’,N’’−三酢酸)およびその誘導体、たとえばNODA−GA、(放射性金属イオンを結合する)DOTA(1,4,7,10−テトラアザシクロドデカン−N,N’,N’’,N’’’−四酢酸)およびその誘導体、TETA(1,4,8,11−テトラアザシクロテトラデカン−N,N’,N’’,N’’’−四酢酸)およびその誘導体、DTTAN−(p−イソチオシアナトベンジル)−ジエチレントリアミン−N,N’,N’’,N’’’−四酢酸である。これらおよび他のキレーターは、市販品供給元から容易に入手可能である。
用語「画像処理試薬」とは、臨床家が、塊(mass)が良性であるか悪性であるかを判定し、身体における転移がん部位の場所を突き止められるように設計された化学薬品である。画像処理剤は、特定の腫瘍を目標とし、その後、ターゲットが中和されるように画像処理機器を調整することができる。画像処理剤の例は、蛍光体、vivotag、蛍光ナノ粒子、ルシフェリン、およびxenolightである。
用語「蛍光体」とは、光励起後に再び発光しうる化学化合物を指す。蛍光体は、通常、いくつかの芳香族基の組合せ、またはいくつかのπ結合を有する平面もしくは環状分子を含んでいる。蛍光体は、一般に、巨大分子に共有結合されて、親和性(affine)または生体活性試薬(抗体、ペプチド、核酸)のマーカー(または色素、タグ、もしくはレポーター)として働く。蛍光体は、様々な分析方法、すなわち、蛍光画像法および分光法において、組織、細胞、または材料の染色に顕著に使用される。例としては、フルオレセイン、ローダミン、Cy5やCy7などのCy色素、Alexa750、Alexa647、Alexa488などのAlexa色素、クマリンなどが挙げられる。
本明細書で使用する「生体相互作用薬」とは、生きている組織または細胞に導入されたとき、生物学的反応を引き起こす有機部分または化合物を指す。生体相互作用薬の例としては、抗原、毒素、治療用タンパク質またはペプチドなどが挙げられる。生体相互作用薬は、小分子および巨大分子の場合がある。
本明細書で使用する「分析用薬剤」とは、分析用薬剤が結合され、または別な形で関連付けられている材料を、質的または量的に特徴付けるための、機器を用いた方法によって検出することのできる、有機部分または化合物を指す。このような分析用薬剤の例としては、標識、たとえば、蛍光体または放射標識が挙げられる。
実施形態
本発明の種々の実施形態をここに記載する。各実施形態で明細に述べられた特色は、明細に述べられた他の特色と組み合わせて、さらなる実施形態を実現してもよいと認識される。
実施形態1において、本発明は、標的タンパク質または標的ペプチドを、N末端アミノ酸のアミノ官能基において修飾する方法であって、
c.得られるタンパク質またはペプチドが、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有するように、標的タンパク質または標的ペプチドを修飾するステップと、
d.N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドを、アシル化用化合物と6未満のpHで接触させて、修飾されたタンパク質またはペプチドを生成するステップと
を含む方法に関する。
実施形態2において、本発明は、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端アミノ酸に隣接するアミノ酸を、ヒスチジンアミノ酸で置き換えることにより調製される、実施形態1に従う方法に関する。
実施形態3において、本発明は、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端にある2つのアミノ酸を、アミノ酸配列XH−[Hは、ヒスチジンであり、Xは、M、A、Q、NおよびGから選択されるアミノ酸である]で置き換えることにより調製される、実施形態1に従う方法に関する。
実施形態4において、本発明は、前記アミノ酸配列XH−がMH−およびAH−である、実施形態3に従う方法に関する。
実施形態5において、本発明は、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端にある3つのアミノ酸を、アミノ酸配列XHX’−[Hは、ヒスチジンであり、XおよびX’は、独立して、M、A、Q、NおよびGから選択されるアミノ酸である]で置き換えることにより調製される、実施形態1に従う方法に関する。
実施形態6において、本発明は、前記アミノ酸配列XHX’−がAHA−およびMHAである、実施形態5に従う方法に関する。
実施形態7において、本発明は、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端に、式XHの2つのアミノ酸配列または式XHX’−の3つのアミノ酸配列[式中、Hは、ヒスチジンであり、XおよびX’は、M、A、Q、NおよびGから独立して選択される]を追加することにより調製される、実施形態1に従う方法に関する。
実施形態8において、本発明は、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端にヒスチジンタグを追加することにより調製される、実施形態1に従う方法に関する。この実施形態の一態様では、前記ヒスチジンタグは、1〜10のヒスチジンアミノ酸を含む。この実施形態のさらなる態様では、前記ヒスチジンタグは、1つまたは複数のメチオニンアミノ酸を、このアミノ酸がN末端アミノ酸に隣接する位置に配置されない限り、さらに含む。
実施形態9において、本発明は、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端に、MHHHHHH−またはMHHHHHHM−から選択されるアミノ酸配列を追加することにより調製される、実施形態8に従う方法に関する。
実施形態10において、本発明は、前記アシル化剤が、活性化型の式:
HO−C(O)−(L−R[式中、
は、リンカーであり、
は、生体相互作用薬もしくは分析用薬剤への共有結合を促進する反応性基を含む部分であり、またはRは、生体相互作用薬もしくは分析用薬剤であり、
nは、0または1である]の酸である、実施形態1〜9のいずれか1つの方法に関する。
活性化型のカルボン酸は、当業者によく知られている。実施形態10Aにおいて、本発明で使用する活性化型のカルボン酸は、フルオロフェニルエステルなどのエステル;無水物または混合無水物;塩化アシル、アジ化アシル;リン酸アシル、およびN−ヒドロキシスクシンイミドによって活性化された酸から選択される。
実施形態11において、本発明は、前記アシル化剤が次式:
Figure 2017525665
[Rは、HまたはSONaである]のものである、実施形態10または10Aの方法に関する。
実施形態12において、本発明は、nが1であり、Lが、1つまたは複数のアルキル基、アルケニル基、シクロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、ヘテロ環基、ポリエチレングリコール、および/もしくは1つまたは複数の天然もしくは天然でないアミノ酸、またはこれらの組合せを含み、前記アルキル、アルケニル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、ポリエチレングリコール、および/もしくは天然もしくは天然でないアミノ酸はそれぞれ、場合により互いに合体および連結しており、または前記生体相互作用薬/分析用薬剤および/もしくは前記標的タンパク質/ペプチドに、−C(O)O−、−OC(O)−、−NHC(O)−、−C(O)NH−、−O−、−NH−、−S−、−C(O)−、−OC(O)NH−、−NHC(O)−O−、=NH−O−、=NH−NH−、もしくは=NH−N(アルキル)−から選択される化学基を介して連結している、実施形態10、10A、または11の方法に関する。
実施形態13において、本発明は、前記リンカーが、線状もしくは分枝状アルキル、または分子量が100kD〜5000kDの間であるポリエチレングリコールである、実施形態12に従う方法に関する。実施形態13Aにおいて、最も重要なリンカーは、式:
Figure 2017525665
[式中、yは、0〜34である]の分枝状でないオリゴエチレングリコール部分である。
実施形態14において、本発明は、R1が生体相互作用薬/分析用薬剤である、実施形態10、10A、11、12、または13に従う方法に関する。
実施形態15において、本発明は、R1がビオチンである、実施形態14に従う方法に関する。ビオチン化のためのこうしたアシル化剤の非限定的な例は、
式:
Figure 2017525665
のSONHS−ビオチン、
式:
Figure 2017525665
のSONHS−LC−ビオチン、
式:
Figure 2017525665
のNHS−PEG24−ビオチン、
および、たとえば市販品供給元から容易に入手可能である他の既知のビオチン構築物である。
実施形態16、本発明は、R1が脂肪酸(FA)部分である、実施形態14に従う方法に関する。脂肪酸の例は、少なくとも1つのカルボン酸(たとえば、1、2、3または4つのCOH)で置換され、場合によりヒドロキシル基でさらに置換されている、C6〜70アルキル、C6〜70アルケニル、C6〜70アルキニル鎖である。脂肪酸(FA)は、標的タンパク質または標的ペプチドに、リンカーLを介してコンジュゲートされることが好ましい。実施形態16Aにおいて、本発明は、R1が、次式:
Figure 2017525665
[Rは、COH、Hであり、
、R、およびRは、互いに独立して、H、OH、COH、−CH=CH、または−C≡CHであり、
Akは、分枝状C〜C30アルキレンであり、
q、r、およびpは、互いに独立して、6〜30の間の整数であり、結合点は、CO2H官能基のいずれかである]またはこれらのアミド、エステル、もしくは薬学的に許容される塩から選択される、実施形態16に従う方法に関する。
実施形態16Cにおいて、R1は、次の脂肪酸:
Figure 2017525665
[式中、Ak、Ak、Ak、Ak、およびAkは、独立して、(C8〜20)アルキレンであり、RおよびRは、独立して、(C8〜20)アルキルである]から選択される。
実施形態16Dにおいて、R1は、次の脂肪酸:
Figure 2017525665
から選択される。
これらの脂肪酸部分は、同時出願された米国出願番号、米国特許出願公開第62/015,862号明細書(代理人案件整理番号PAT056274−US−PSP)、米国特許出願公開第62/082,327号明細書(代理人案件整理番号PAT056274−US−PSP02)、および米国特許出願公開第62/107,016号明細書(代理人案件整理番号PAT056274−US−PSP03)に記載されている。
実施形態17において、本発明は、前記アシル化剤が、
Figure 2017525665
[R8は、線状もしくは分枝状C6〜70アルキル、線状もしくは分枝状C6〜70アルケニル、または線状もしくは分枝状C6〜70アルキニルであり、これらはそれぞれ、カルボキシおよびヒドロキシルから選択される1〜3つの置換基で場合により置換されており(optionally substituted with optionally substituted with 1 to 3 substituents selected from carboxy and hydroxyl)、
sは、1〜34である]である、実施形態1〜14および16のいずれか1つに従う方法に関する。この実施形態の特定の態様において、R8は、
Figure 2017525665
[式中、Ak、R、R、R、R、q、r、およびpは、上で規定している]である。このような脂肪酸−PEG−NHS部分の例は、同時出願された米国特許出願公開第62/015,862号(代理人案件整理番号PAT056274−US−PSP)明細書および米国特許出願公開第62/082,327号(代理人案件整理番号PAT056274−US−PSP02)明細書および第62/107,016号(代理人案件整理番号PAT056274−US−PSP03)明細書に記載されている。
実施形態18において、本発明は、R1が、生体相互作用薬への共有結合を促進する反応性基を含む部分である、実施形態10、10A、11、12、または13に従う方法に関する。
実施形態19において、本発明は、前記反応性基が、アシル、エステルまたは混合無水物、アルキン、テトラジン、マレイミド、イミデート、カルボキシから選択される、実施形態18に従う方法に関する。この実施形態の特定の一態様において、前記反応性基は、シクロアルキン、テトラジン、およびマレイミドから選択される。この実施形態のさらに別の態様では、前記反応性基は、シクロアルキン部分である。
実施形態20において、本発明は、R1がシクロオクチン部分である、実施形態18または19に従う方法に関する。この実施形態の一態様では、前記アシル化剤は、次のカルボン酸:
Figure 2017525665
または式:
Figure 2017525665
のアシル化剤から活性化されたものである。
実施形態19の別の態様では、前記反応性基は、テトラジンである。テトラジン反応性基を含むアシル化用部分の非限定的な例は、活性化型の次の酸:
Figure 2017525665
または式:
Figure 2017525665
のアシル化剤である。
実施形態19のさらに別の態様では、前記反応性基は、マレイミドである。マレイミド反応性基を含むアシル化用部分の非限定的な例は、活性化型の次の酸:
Figure 2017525665
[式中、Akは、C2〜10アルキレンである]
実施形態21において、本発明は、前記アシル化剤が
Figure 2017525665
である、実施形態1〜13および18〜20のいずれか1つに従う方法に関する。
実施形態22において、本発明は、生体相互作用薬または分析用薬剤を、前記アシル化剤中に存在する反応性基と反応させるステップをさらに含み、前記生体相互作用薬または生体分析用薬剤は、官能基を介して、場合によりリンカーL2を介して反応させる、実施形態18〜21のいずれか1つに従う方法に関する。
実施形態23において、本発明は、前記官能基が、アミノ基、アジド基、アルケン基、チオール基、およびヒドラジン、ヒドロキシルアミン基から選択される、実施形態22に従う方法に関する。実施形態23の好ましい態様である実施形態23Aでは、官能基は、アジドである。
実施形態24において、本発明は、アジド官能基を含む前記生体相互作用薬または分析用薬剤が、
Figure 2017525665
[式中、yは、0〜34であり、FAは、そのカルボン酸官能基の1つを介してPEGリンカーに付着している脂肪酸残基である]である、実施形態22、23、または23Aに従う方法に関する。別の実施形態では、FAは、次式:
Figure 2017525665
を有する。
アジド官能基を含む生体相互作用薬の別の例は、(好ましくはN末端に)アジドリシンが場合によりリンカー(たとえば、ポリグリシン)を介して導入されている治療用ペプチドである。このような生体相互作用薬の一例は、
Figure 2017525665
である。
実施形態25において、本発明は、前記生体相互作用薬または分析用薬剤が、ビオチン、蛍光体、毒素、キレーター、半減期延長性部分、たとえば、アルブミン結合性部分または他の血漿タンパク質結合性部分、未変性FcまたはFc変異体、画像処理試薬、およびペプチドから選択される、前述の実施形態のいずれか1つに従う方法に関する。
実施形態25Aにおいて、前記生体相互作用薬は、毒素である。毒素の非限定的な例は、MMAF(モノメチルアウリスタチン(monomethylauristation)):
Figure 2017525665
である。
実施形態26において、本発明は、前記標的タンパク質または標的ペプチドが、APJアゴニストペプチド、未変性FcもしくはFc変異体、またはGDF15タンパク質もしくはその変異体である、前述の実施形態のいずれか1つに従う方法に関する。
実施形態27において、本発明は、前記pHが5未満である、前述の実施形態のいずれか1つに従う方法に関する。
実施形態27Aにおいて、本発明は、前記pHが約4.5である、前述の実施形態のいずれか1つに従う方法に関する。実施形態27の別の態様である実施形態27Bでは、前記pHは、4.5〜4.8である。実施形態27Bの一態様では、前記pHは、約4.6である。実施形態27Bの別の態様では、前記pHは、約4.75である。pHは、酢酸ナトリウム、リン酸ナトリウム、もしくはリン酸カリウム、またはこれらの組合せである緩衝液を使用して調整することができる。緩衝液の非限定的な例は、NaOAc、リン酸水素ナトリウムまたはリン酸二カリウム(NaHPOまたはKHPO)である。
実施形態28において、本発明は、前記pHが4である、前述の実施形態のいずれか1つに従う方法に関する。
別の態様では、本明細書で開示する方法から調製されるコンジュゲートが開示される。別の態様では、本明細書で開示するコンジュゲートまたは修飾タンパク質/ペプチドを用いて調製されるワクチンが開示される。別の態様では、本明細書で開示する修飾タンパク質/ペプチドを含む治療用タンパク質/ペプチドが開示される。別の態様では、本明細書で開示する修飾タンパク質/ペプチドを含む画像処理剤が開示される。別の態様では、本明細書で開示する修飾タンパク質/ペプチドを含む標識用ツールが開示される。
別の実施形態では、方法、方法から得られるコンジュゲート、リンカー、および生体相互作用薬/分析用薬剤は、以下の実施例の部において定めるものである。
方法のステップa):得られるタンパク質またはペプチドが、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有するようになる、標的ペプチド/タンパク質の合成。
標的タンパク質/ペプチドは、N末端アミノ酸に隣接する位置に、ヒスチジンアミノ酸をすでに有するものでもよい。標的タンパク質が、N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を有していない場合、本発明のステップa)に従って、タンパク質/ペプチドを修飾することが可能である。タンパク質へのアミノ酸残基の挿入は、翻訳後化学修飾やトランスジェニック技術などの、当業者に知られている標準技術によって引き起こすことができる。
本発明のこの方法は、標的ペプチドまたはタンパク質が修飾される結果、N末端にあるアミノ酸のアミノ官能基が活性化される、ステップa)を含む。
ステップaは、以下のスキーム1〜5によって表すことができる。
スキーム1は、標的タンパク質またはペプチドを、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端アミノ酸に隣接するアミノ酸をヒスチジンアミノ酸で置き換えることにより修飾する、ステップa)について述べるものである。
Figure 2017525665
式中、Pは、N末端にその最後の3アミノ酸(Aa3、Aa2、Aa1)を有する、標的タンパク質/ペプチドである。
スキーム2は、標的タンパク質またはペプチドを、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端にある2つのアミノ酸(すなわち、AaおよびAa)をアミノ酸配列XH−[Hは、ヒスチジンであり、Xは、M、A、Q、NおよびGから選択されるアミノ酸である]で置き換えることにより修飾する、ステップa)について述べるものである。
Figure 2017525665
スキーム3は、標的タンパク質またはペプチドを、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端にある3つのアミノ酸(すなわち、Aa、Aa、およびAa)をアミノ酸配列XHX’−[Hは、ヒスチジンであり、XおよびX’は、独立して、M、A、Q、NおよびGである]で置き換えることにより修飾する、ステップa)について述べるものである。
Figure 2017525665
スキーム4および5は、標的ペプチドまたはタンパク質を、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端に、式XHの2つのアミノ酸配列または式XHX’−の3つのアミノ酸配列[式中、Hは、ヒスチジンであり、XおよびX’は、M、A、Q、NおよびGから独立して選択される]を追加することにより修飾する、ステップa)について述べるものである。
Figure 2017525665
スキーム1〜5において上述したとおりの修飾ペプチドまたはポリペプチド/タンパク質は、合成化学的方法もしくは組換え法のいずれかによって、または両方の方法を組み合わせて生成することができる。ペプチドまたはポリペプチド/タンパク質構築物は、全長として生成してもよいし、または全長でない断片として合成し、つないでもよい。本発明のペプチドおよびポリペプチドは、ペプチド合成のための、それ自体が知られている手順によって生成することができる。ペプチド合成の方法は、固相合成および液相合成のいずれかのものでよい。すなわち、問題のペプチドおよびポリペプチドは、タンパク質を構成しうる部分的なペプチドまたはアミノ酸をその残部と縮合させ、生成物が保護基を有するとき、保護基を外し、その後、所望のペプチドを製造することができる。縮合および脱保護の既知の方法としては、以下の文献(1)〜(5)に記載の手順が挙げられる。
(1)M. Bodanszky and M. A. Ondetti, Peptide Synthesis, Interscience Publishers, New York, 1966、
(2)Schroeder and Luebke, The Peptide, Academic Press, New York, 1965、
(3)Nobuo Izumiya et al. Fundamentals and Experiments in Peptide Synthesis, Maruzen, 1975、
(4)Haruaki Yajima and Shumpei Sakakibara, Biochemical Experiment Series 1, Protein Chemistry IV, 205, 1977、および
(5)Haruaki Yajima (ed.), Development of Drugs-Continued, 14, Peptide Synthesis, Hirokawa Shoten
反応後、ペプチドまたはポリペプチドは、溶媒抽出、カラムクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排斥クロマトグラフィー(SEC)、再結晶などの従来の精製技術を組み合わせて、精製および単離することができる。上述のように単離したペプチドが遊離化合物である場合、既知の方法によってペプチドを適切な塩に変換することができる。逆に、単離された生成物が塩である場合、既知の方法によってペプチドを遊離ペプチドに変換することができる。
ポリペプチドのアミドは、アミド化に適した、ペプチド合成用の樹脂を使用して得ることができる。樹脂としては、クロロメチル樹脂、ヒドロキシメチル樹脂、ベンズヒドリルアミン樹脂、アミノメチル樹脂、4−ベンジルオキシベンジルアルコール樹脂、4−メチルベンズヒドリルアミン樹脂、PAM樹脂、4−ヒドロキシメチルメチルフェニルアセトアミドメチル樹脂、ポリアクリルアミド樹脂、4−(2’,4’−ジメトキシフェニル−ヒドロキシメチル)フェノキシ樹脂、4−(2’,4’−ジメトキシフェニル−Fmoc−アミノメチル)フェノキシ樹脂、塩化2−クロロトリチル樹脂などが挙げられる。このような樹脂を使用して、α−アミノ基および側鎖の官能基が適切に保護されているアミノ酸を、目的のペプチドの配列に従い、それ自体が知られている種々の縮合技術によって樹脂上で縮合させる。一連の反応の終盤に、ペプチドまたは保護されたペプチドを樹脂から外し、必要に応じて保護基を除去し、ジスルフィド結合を形成させて、目的のポリペプチドを得る。
上述の保護されたアミノ酸の縮合には、HATU、HCTU、またはたとえばカルボジイミドなどの、ペプチド合成用の様々な活性化試薬を使用することができる。カルボジイミドとしては、DCC、N,N’−ジイソプロピルカルボジイミド、およびN−エチル−N’−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドが挙げられる。このような試薬を用いた活性化には、ラセミ化防止添加剤、たとえば、HOBtまたはOxyma Pureを使用することができる。保護されたアミノ酸は、活性化試薬およびラセミ化防止剤と共に、樹脂にそのまま加えてもよいし、または対称酸無水物、HOBtエステル、またはHOOBtエステルとして予め活性化し、次いで樹脂に加えてもよい。保護されたアミノ酸の活性化または樹脂との縮合のための溶媒は、ペプチド縮合反応に有用であることがわかっている溶媒の中から適正に選択することができる。たとえば、N,N−ジメチルホルムアミド、N−メチルピロリドン、クロロホルム、トリフルオロエタノール、ジメチルスルホキシド、DMF、ピリジン、ジオキサン、塩化メチレン、テトラヒドロフラン、アセトニトリル、酢酸エチル、またはこれらの適切な混合物を挙げることができる。反応温度は、ペプチド結合形成に有用であることがこれまでにわかっている範囲から選択することができ、普通は、約−20℃〜50℃の範囲から選択する。活性化型アミノ酸誘導体は、一般に、1.5〜4倍過剰の割合で使用する。ニンヒドリン反応を利用した試験によって、縮合が不十分であるとわかったなら、十分な縮合を実現するために、保護基を除去せずに、縮合反応を繰り返すことができる。繰り返した縮合によって、それでも十分な程度の縮合がなされない場合、未反応のアミノ基を、無水酢酸またはアセチルイミダゾールでアセチル化することができる。
出発材料アミノ酸のアミノ基の保護基としては、Z、Boc、第三級アミルオキシカルボニル、イソボルニルオキシカルボニル、4−メトキシベンジルオキシカルボニル、CI−Z、Br−Z、アダマンチルオキシカルボニル、トリフルオロアセチル、フタリル、ホルミル、2−ニトロフェニルスルフェニル、ジフェニルホスフィノチオイル、またはFmocが挙げられる。使用することのできるカルボキシ保護基としては、限定はしないが、上述のC1〜6アルキル、C3〜8シクロアルキル、およびC6〜10アリール−C1〜2アルキル、ならびに2−アダマンチル、4−ニトロベンジル、4−メトキシベンジル、4−クロロベンジル、フェナシル、ベンジルオキシカルボニルヒドラジド、第三級ブトキシカルボニルヒドラジド、およびトリチルヒドラジドが挙げられる。
セリンおよびトレオニンのヒドロキシ基は、エステル化またはエーテル化によって保護することができる。前記エステル化に適した基としては、炭素から導かれる基、たとえば、低級アルカノイル基、たとえばアセチルなど、アロイル基、たとえばベンゾイルなど、ベンジルオキシカルボニル、およびエトキシカルボニルが挙げられる。前記エーテル化に適した基としては、ベンジル、テトラヒドロピラニル、および第三級ブチルが挙げられる。チロシンのフェノール性ヒドロキシル基の保護基としては、Bzl、Cl−Bzl、2−ニトロベンジル、Br−Z、および第三級ブチルが挙げられる。
ヒスチジンのイミダゾールの保護基としては、Tos、4−メトキシ−2,3,6−トリエチルベンゼンスルホニル、DNP、ベンジルオキシメチル、Bum、Boc、Trt、およびFmocが挙げられる。
出発アミノ酸の活性化型カルボキシル基には、対応する酸無水物、アジ化物、および活性エステル、たとえば、ペンタクロロフェノール、2,4,5−トリクロロフェノール、2,4−ジニトロフェノール、シアノメチルアルコール、p−ニトロフェノール、HONB、N−ヒドロキシスクシンイミド、N−ヒドロキシフタルイミド、HOBtなどのアルコールとのエステルなどが含まれる。出発アミノ酸の活性化型アミノ基には、対応するホスホルアミドが挙げられる。
保護基の脱離方法としては、パラジウムブラックやパラジウム炭素などの触媒の存在下で水素ガスを使用する触媒還元、無水フッ化水素、メタンスルホン酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリフルオロ酢酸、またはこうした酸の混合物での酸処理、ジイソプロピルエチルアミン、トリエチルアミン、ピペリジン、ピペラジンでの塩基処理、液体アンモニア中でのナトリウム金属による還元が挙げられる。上述の酸処理による脱離反応は、一般に、−20℃〜40℃の温度で実施され、アニソール、フェノール、チオアニソール、m−クレゾール、p−クレゾール、硫化ジメチル、1,4−ブタンジチオール、1,2−エタンジチオールなどのカチオンアクセプターを加えて、有利に行うことができる。ヒスチジンのイミダゾール基の保護に使用した2,4−ジニトロフェニル基は、チオフェノールでの処理によって脱離させることができ、トリプトファンのインドール基の保護に使用したホルミル基は、希水酸化ナトリウム溶液または希アンモニア水溶液でのアルカリ処理、ならびに1,2−エタンジチオール、1,4−ブタンジチオール存在下での上述の酸処理によって脱離させることができる。
出発材料の反応に関与すべきでない官能基の保護方法、使用することのできる保護基、保護基の除去方法、および反応に関与すべき官能基を活性化する方法は、すべて、既知の基および方法の中から公正に選択することができる。
アミド型のポリペプチドを得る別の方法は、C末端アミノ酸の−カルボキシル基を最初にアミド化するステップと、次いでペプチド鎖を所望の鎖長までN側に伸長し、次いで、C末端ペプチドのα−アミノ基、および目的ポリペプチドの残部を形成することになるアミノ酸またはペプチドのα−カルボキシ基を選択的に脱保護するステップと、α−アミノ基および側鎖官能基が上述の適切な保護基で保護されている2つの断片を、上で挙げたものなどの混合溶媒中で縮合させるステップとを含む。この縮合反応のパラメータは、上述したのと同じものでよい。縮合によって得られた保護ペプチドから、上述の方法によってすべての保護基を除去して、その結果、所望の粗製ペプチドが得られる。この粗製ペプチドを、既知の精製手順によって精製し、主画分を凍結乾燥して、目的のアミド化ポリペプチドを得ることができる。ポリペプチドのエステルを得るには、C末端アミノ酸のa−カルボキシル基を所望のアルコールと縮合させて、アミノ酸エステルを得、次いで、アミド生成について上述した手順に従う。
別法として、スキーム1〜5に記載のとおりの修飾ペプチドまたはタンパク質の生成には、組換え発現法が特に有用である。宿主細胞(ペプチドの配列をコードする核酸を含むように人工的に操作されており、転写および翻訳を行い、場合によりペプチドを細胞成長培地に分泌する細胞)を使用する組換えタンパク質発現は、当業界で日常的に使用される。組換え生成法については、通常、ペプチドのアミノ酸配列をコードする核酸が、従来の方法によって合成され、発現ベクターに組み込まれることになる。このような方法は、追加のペプチド配列または他のタンパク質もしくはタンパク質断片もしくはドメインに融合したペプチドを含むポリペプチド組成物の製造に特に好ましい。宿主細胞は、場合により、大腸菌(E.Coli)、COS−1、COS−7、HEK293、BHT21、CHO、BSC−1、Hep G2、653、SP2/0、293、heLa、骨髄腫、リンパ腫、酵母、昆虫、もしくは植物細胞、またはこれらのいずれかの派生、不死化、もしくは形質転換細胞から選択される少なくとも1種でよい。
本発明はまた、RNAの形でも、またはcDNA、ゲノムDNA、および合成DNAを含めたDNAの形でもよい、上述の変異体をコードするポリヌクレオチドも包含する。DNAは、二本鎖でも一本鎖でもよい。本発明の組成物をコードするコード配列は、遺伝暗号の冗長性または縮重の結果として様々となりうる。
本発明の組成物をコードするポリヌクレオチドには、次のもの、すなわち、変異体のコード配列のみ;変異体のコード配列と、機能ポリペプチドやリーダーもしくは分泌配列またはプロタンパク質配列などの追加のコード配列;変異体のコード配列と、変異体のコード配列の5’および/または3’側のイントロンや非コード配列などの非コード配列を含めることができる。したがって、用語「変異体をコードするポリヌクレオチド」は、変異体のコード配列だけでなく、追加のコード配列および/または非コード配列を含むポリヌクレオチドも含みうる、ポリヌクレオチドを包含する。
本発明はさらに、示された置換を含んでいる、ポリペプチドの断片、類似体、および誘導体をコードする、記載のポリヌクレオチドの変異体に関する。ポリヌクレオチドの変異体は、上述のとおり、ヒトGDF15配列の自然に存在するアレル変異体、自然に存在しない変異体、または切断型変異体でよい。したがって、本発明は、上述の変異体をコードするポリヌクレオチド、ならびに開示された変異体の断片、誘導体、または類似体をコードする、そのようなポリヌクレオチドの変異体も包含する。このようなヌクレオチド変異体には、第1または第2の実施形態の、示されたアミノ酸置換の少なくとも1つが存在しさえすれば、欠失変異体、置換変異体、切断型変異体、および付加または挿入変異体が含まれる。
本発明のポリヌクレオチドは、配列を発現制御配列に作動可能に連結(すなわち、それが確実に機能するように配置)した後、宿主中で発現させることができる。こうした発現ベクターは、通常、宿主生物中で、エピソームとして、または宿主染色体DNAの一体部分として複製可能である。一般的に、発現ベクターは、所望のDNA配列で形質転換された細胞の検出を可能にするために、選択マーカー、たとえば、テトラサイクリン、ネオマイシン、およびジヒドロ葉酸還元酵素を含む。GDF15変異体は、哺乳動物細胞、昆虫、酵母、細菌細胞、または他の細胞において、適切なプロモーターの制御下で発現させることができる。本発明のDNA構築物から得られたRNAを使用する、無細胞翻訳系を用いて、このようなタンパク質を生成することもできる。
大腸菌(Escherichia Coli)(E. coli)は、特に本発明のポリヌクレオチドのクローン化に有用な、原核生物宿主である。使用に適する他の微生物宿主として、枯草菌(Bacillus subtilis)、ネズミチフス菌(Salmonella typhimurium)、ならびにセラチア属(Serratia)、シュードモナス属(Pseudomonas)、連鎖球菌属(Streptococcus)、およびブドウ球菌属(Staphylococcus)の種々の種が挙げられるが、選択できるものとして、他の微生物宿主を用いてもよい。こうした原核生物宿主では、宿主細胞と適合しうる発現制御配列(たとえば、複製開始点)を通常含んでいる発現ベクターも作製することができる。加えて、ラクトースプロモーター系、トリプトファン(Trp)プロモーター系、β−ラクタマーゼプロモーター系、またはファージλもしくはT7からのプロモーター系などの、よく知られたいくつかのプロモーターのいずれかが存在してもよい。プロモーターは通常、転写および翻訳を開始し、完了するために、場合によりオペレーター配列と共に発現を制御し、リボソーム結合部位配列などを備えている。
タンパク質発現の分野の技術者なら、大腸菌(E. coli)中での発現については、成熟配列のN末端に、メチオニンまたはメチオニン−アルギニン配列が導入される場合があり、本発明の文脈の範囲内で予期されることを認識されよう。したがって、別段注釈を加えない限り、大腸菌(E. coli)中で発現させた本発明の組成物は、N末端に導入されたメチオニン配列を有する。
酵母や真菌などの他の微生物も、発現に使用してよい。ピキア・パストリス(Pichia pastoris)、出芽酵母(Saccharomyces cerevisiae)、分裂酵母(Schizosaccharomyces pombe)、ピキア・アングスタ(Pichia angusta)が、好ましい酵母宿主の例であり、適切なベクターは、望み通りに、3−ホスホグリセリン酸キナーゼまたは他の解糖酵素を始めとするプロモーターや複製開始点などの発現制御配列、停止配列などを有する。クロコウジカビ(Aspergillus niger)、トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)、およびスエヒロタケ(Schizophyllum commune)が真菌宿主の例ではあるが、選択できるものとして、他の真菌宿主も用いてよい。
哺乳動物組織細胞培養も、本発明のポリペプチドの発現および生成に使用することができる。無傷の変異体を分泌しうるいくつかの適切な宿主細胞系が当業界で開発されており、CHO細胞系、種々のCOS細胞系、NSO細胞、シリアンハムスター卵巣細胞系、HeLa細胞、またはヒト胎児由来腎臓細胞系(すなわち、HEK293、HEK293EBNA)が挙げられる。
哺乳動物細胞用の発現ベクターは、複製開始点、プロモーター、エンハンサーなどの発現制御配列、およびリボソーム結合部位、RNAスプライス部位、ポリアデニル化部位などの必要なプロセシング情報部位、および転写停止配列を含む場合がある。好ましい発現制御配列は、SV40、アデノウイルス、ウシパピローマウイルス、サイトメガロウイルス、ラウス肉腫ウイルスなどに由来するプロモーターである。好ましいポリアデニル化部位としては、SV40およびウシ成長ホルモン由来の配列が挙げられる。
対象となる(たとえば、本発明の組成物および発現制御配列をコードする)ポリヌクレオチドを含んでいるベクターは、細胞宿主の種類に応じて様々となる、よく知られた方法によって、宿主細胞にトランスフェクトすることができる。たとえば、原核細胞には、塩化カルシウムトランスフェクションがよく利用されるのに対し、他の細胞宿主には、リン酸カルシウム処理または電気穿孔法を使用することができる。
種々のタンパク質精製法を用いることができ、そのような方法は、当業界で知られており、たとえば、Deutscher, Methods in Enzymology 182: 83-9 (1990)およびScopes, Protein Purification: Principles and Practice, Springer-Verlag, NY (1982)に記載されている。選択される精製ステップは、たとえば、本発明の組成物に使用された生成方法の性質に応じて決まる。
ポリペプチドは、(たとえば、他のポリペプチドを含まない)実質的に純粋または単離された形で調製することができる。ポリペプチドは、存在しうる他の成分(たとえば、他のポリペプチドまたは他の宿主細胞成分)に比べてポリペプチドが富化されている組成物として存在する場合もある。たとえば、他の発現タンパク質を実質的に含まない、たとえば、他の発現タンパク質が組成物の90%未満、60%未満、50%未満、40%未満、30%未満、20%未満、10%未満、5%未満、または1%未満しか占めていない組成物としてポリペプチドが存在するような、精製ポリペプチドを提供することができる。
方法のステップb):(ステップaからの)修飾タンパク質/ペプチドへの部位特異的コンジュゲーション−修飾ペプチド/タンパク質のN末端におけるアミノ基の選択的アセチル化
標的タンパク質またはペプチドのN末端アミノ基のアシル化は、以下のスキーム6によって表すことができる。
Figure 2017525665
式中、Pは、ステップa)による修飾ペプチドまたはタンパク質であり、R、L、およびnは、上で規定したとおりである。
活性化型の酸6Aは、NHS−エステルであることが好ましい。アシル化反応は、水性媒質中にて6未満のpHで実施する。別の実施形態では、アシル化反応は、5未満のpHで実施する。さらに別の実施形態では、アシル化反応は、約4のpHで実施する。さらに別の実施形態では、アシル化反応は、約4.5のpHで実施する。さらに別の実施形態では、アシル化反応は、4.5〜4.8の間のpHで実施する。さらに別の実施形態では、pHは、約4.6である。さらに別の実施形態では、pHは、約4.75である。pHは、酢酸ナトリウム、リン酸ナトリウム、もしくはリン酸カリウム、またはこれらの組合せである緩衝液を使用して調整することができる。緩衝液の非限定的な例は、NaOAc、リン酸水素ナトリウムまたはリン酸二カリウム(NaHPOまたはKHPO)である。
は、生体相互作用薬または分析用薬剤の場合がある。
別法として、Rは、生体相互作用薬もしくは分析用薬剤への共有結合を促進する反応性基を含む部分である場合もある。
R1が、反応性基を含む部分であるとき、本発明の方法のステップb)は、以下のスキーム7によって表すことができる。
Figure 2017525665
式中、P、L、およびnは、上で規定しており、Mは、化学的部分であり、Rは、反応性基である。Rの例は、アシル、エステルまたは混合無水物、アルキン、テトラジン、マレイミド、イミデート、カルボキシである。
本発明の方法は、生体相互作用薬または分析用薬剤を、コンジュゲート7Bの反応性基Rと反応させるステップをさらに含んでもよく、前記生体相互作用薬または生体分析用薬剤は、対応する官能基を介して、場合によりリンカーL2を介して反応させる。
このステップは、以下のスキーム8によって表すことができる。
Figure 2017525665
式中、Pは、得られるタンパク質またはペプチドがN末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有するように、ステップa)に従って修飾されている、標的タンパク質または標的ペプチドであり、
およびLは、リンカーであり、
は、反応性基であり、
は、官能基であり、
Gは、RをFと反応させた結果として生成された得られる化学基であり、
R’1は、生体相互作用薬または分析用薬剤であり、
nおよびtは、独立して、0または1である。
官能基(Fg)の例は、アミノ基、アジド基、アルケン基、チオール基、またはヒドラジン、ヒドロキシルアミン基である。
官能基(Fg)としては、1.マレイミド、トシルスルホン、ピリジン−2−イルジスルファニルなどの反応性基と反応させるためのチオール基;2.カルボン酸または活性化型カルボン酸(たとえば、N−ヒドロキシスクシンアミド化学によるアミド結合形成)、ホスホリル基、アシル基、混合無水物などの反応性基と反応させるためのアミノ基(たとえば、アミノ酸のアミノ官能基);3.アルキン、より詳細にはシクロオクチン反応性基とのHuisgen付加環化(より一般的にはクリックケミストリーとして知られる)にかけるためのアジド;4.ヒドロキシルアミンまたはヒドラジンから選択される反応性基と反応させて、それぞれオキシムまたはヒドラジンを生成するためのカルボニル基;5.アザ[4+2]付加においてテトラジン反応性基と反応させるためのアルケンが挙げられる。リンカーおよび官能基/反応性基のいくつかの例を本明細書で述べてはいるが、本発明は、リンカーまたはいずれの長さおよび組成を企図する。
一実施形態では、本発明は、Rが、アジド官能基を含んでいる生体相互作用薬への共有結合を促進するアルキン反応性基を含んでいる部分である(すなわち、Rは、アルキンまたはシクロアルキンまたはビシクロアルキンである)(すなわち、化合物8Aにおいて、tは、0であり、Fは、アジドである)、実施形態18〜21のいずれか1つに従う方法に関する。別法として、生体相互作用薬または分析用薬剤は、末端位にアジド官能基を含んでいるリンカーLに付着していてもよい(すなわち、化合物8Aにおいて、tは、1であり、Fは、アジドである)。アルキン反応性基を含んでいる部分は、市販品供給元から容易に入手可能である。特に重要なのは、シクロアルキン部分である。タンパク質標識のためのクリックケミストリーにおける環状アルキンの使用の例は、参照により本明細書に援用される米国特許出願公開第2009/0068738号明細書に記載されている。詳細な例は、上で実施形態20に記載している。
この化学事象には、より一般的にはクリックケミストリーとして知られる、アジド−アルキンHuisgen付加環化が伴う。この特定の実施形態では、アジド−アルキン付加環化の結果として生成する、得られる化学基Gは、スキーム9に示されるとおり、トリアゾールである。
Figure 2017525665
式中、すべての変数は、上述しており、C1は、フッ素で場合により置換されている単環式、二環式、または三環式の炭素環またはヘテロ環系である。一実施形態では、Lは、アルキレン鎖がオキソ(=O)で場合により置換されており、1個または複数の炭素がOまたはNHで置き換えられている、C1〜C20アルキレンリンカーである。
別の実施形態では、本発明は、R1が、アルケン官能基(好ましくは、歪みアルケン)を含んでいる生体相互作用薬/分析用薬剤への共有結合を促進するためのテトラジン反応性基を含んでいる部分である(すなわち、化合物8Aにおいて、sは、0であり、Fは、アルケンまたはシクロアルケンである)、実施形態18〜21のいずれか1つに従う方法に関する。別法として、生体相互作用薬または分析用薬剤は、末端位にアルケン官能基を含んでいるリンカーLに付着していてもよい(すなわち、化合物8Aにおいて、sは、1であり、Fは、アルケンまたはシクロアルケンである)。テトラジン部分は、市販品供給元から容易に入手可能であり、非限定的な例は、実施形態19に記載している。この化学事象は、アザ[4+2]付加環化として知られている。この特定の実施形態では、テトラジン−アルケン付加環化の結果として生成する、得られる化学基Gは、式:
Figure 2017525665
[式中、uは、0〜2の整数であり、vは、0〜3の整数である]
の多環式の基である。
スキーム10に、テトラジン−アルケン付加環化を使用する、このさらなる誘導体化を示す。
Figure 2017525665
式中、変数は、上で規定したとおりであり、Dは、歪みアルケン、すなわち、モノまたはビシクロアルケニル環系である。
別の実施形態では、本発明は、R1が、チオール官能基を含んでいる生体相互作用薬/分析用薬剤への共有結合を促進するためのマレイミド反応性基を含んでいる部分である(すなわち、化合物8Aにおいて、sは、0であり、Fは、−SHである)、実施形態18〜21のいずれか1つに従う方法に関する。別法として、生体相互作用薬または分析用薬剤は、末端位にアルケン官能基を含んでいるリンカーLに付着していてもよい(すなわち、化合物8Aにおいて、sは、1であり、Fは、−SHである)。マレイミドを含んでいる部分は、市販品供給元から容易に入手可能であり、非限定的な例は、実施形態19に記載している。この特定の実施形態において、チオール−マレイミド反応の結果として生成する、得られる化学基Gは、式:
Figure 2017525665
である。
スキーム11に、このさらなるマレイミド−チオール誘導体化を示す。
Figure 2017525665
上述の化学および試薬を使用して、構築物F−(L−R’および/または活性化型のHO−C(O)−(L−Rおよび/または活性化型のHO−C(O)−(L−Rが生成される。各連結単位は、その末端に、適切な反応性基/官能基を有することができる。アルキン(シクロアルキン)、マレイミド、またはテトラジン反応性基を、反応性パートナー上に存在する官能基(それぞれ、アジド、チオール、およびアルケン)と反応させる。
本発明の方法の医学および診断への適用
このように、タンパク質/ペプチドの物理化学的性質を変化させる、たとえば、溶解性を増大(または低下)させて、治療用タンパク質の生物学的利用能が加減されるように、タンパク質を修飾することが望ましい場合がある。別の実施形態では、血漿タンパク質、たとえばアルブミンに結合する、またはタンパク質のサイズを大きくするタンパク質/ペプチドに化合物をコンジュゲートさせて、腎臓からの排泄を妨げまたは遅らせることにより、身体におけるクリアランス速度を加減することが望ましい場合もある。コンジュゲーションは、タンパク質/ペプチドの、加水分解、たとえば、in vivoタンパク質分解に対する感受性を変化させる、特に低下させるものでもよい。
別の実施形態では、タンパク質/ペプチドの分析を容易にするために、標識をコンジュゲートさせることが望ましい場合もある。そのような標識の例としては、放射性同位体、すでに述べた蛍光体などの蛍光マーカー、および酵素基質が挙げられる。
さらに別の実施形態では、タンパク質の単離を容易にするために、化合物がタンパク質にコンジュゲートされる。たとえば、特定のカラム材料に特異的な親和性を有する化合物をタンパク質にコンジュゲートさせることができる。たとえば、タンパク質にある1つまたは複数の免疫原性エピトープが隠れ、マスキングされ、または弱まるようにタンパク質をコンジュゲートすることにより、タンパク質の免疫原性を加減することが望ましい場合もある。
一実施形態では、本発明は、標的タンパク質の薬理学的性質を改善する方法を提供する。改善は、対応する未修飾タンパク質に対してのものである。そのような薬理学的性質の例としては、いずれかの詳細なタンパク質の、機能in vivo半減期、免疫原性、腎臓濾過、プロテアーゼ保護、およびアルブミン結合または他の血漿タンパク質結合が挙げられる。
修飾タンパク質の治療的使用
未修飾タンパク質/ペプチドが治療用タンパク質である限り、本発明はまた、修飾タンパク質の治療における使用、特に、修飾タンパク質を含む医薬組成物に関する。したがって、本明細書で使用するとき、用語「treatment(治療)」および「treating(治療すること)」とは、疾患や障害などの状態の抑制に努める目的での患者の管理および手当を意味する。この用語は、患者が罹患している所与の状態についての全範囲の治療、たとえば、症状もしくは合併症を緩和する、疾患、障害、もしくは状態の進行を遅らせる、症状および合併症を緩和もしくは軽減する、および/または疾患、障害、もしくは状態を治癒させ、もしくは解消する、ならびに状態を予防するための活性化合物の投与を包含するものであり、予防とは、疾患、状態、または障害の抑制に努める目的での患者の管理および手当であると理解され、症状または合併症の発症を予防するための活性化合物の投与を包含する。治療を受ける患者は、哺乳動物、特にヒトであることが好ましいが、イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ブタなどの動物も含めてよい。それでもなお、治療レジメンおよび予防(防止的)レジメンは、本明細書で開示され、治療を行う医師または獣医師が考える使用について、別個の側面を呈すると認識すべきである。
本明細書で使用する、修飾タンパク質の「治療有効量」とは、所与の疾患およびその合併症の臨床的発現を治癒させ、緩和し、または部分的に抑止するのに十分な量を意味する。これの実現にかなう量が「治療有効量」と定義される。各目的についての有効量は、たとえば、疾患または傷害の重症度、ならびに対象の体重、性別、年齢、および全般的状態に応じて決まる。適切な投与量の決定は、値の行列を構築し、行列の異なる点を試験することにより、型通りの実験を使用して実現することができ、これらがすべて、訓練された医師または獣医師の技量の範囲内であることは理解されよう。
本明細書で開示する方法および組成物により、治療において使用される修飾タンパク質が提供される。そのため、典型的な非経口用量は、投与1回あたり10−9mg/kg〜約100mg/kg体重の範囲にある。典型的な投与服用量(administration dose)は、投与1回あたり約0.0000001〜約10mg/kg体重である。正確な用量は、たとえば、投与の指示、医薬、頻度、および方式、治療を受ける対象の性別、年齢、および全般的状態、治療する疾患または状態の性質および重症度、所望の治療効果、ならびに当業者には明白である他の要素に応じて決まる。典型的な投与頻度は、1日2回、1日1回、1日おき(bi−daily)、1週間に2回、1週間に1回であり、またはさらに長い投与間隔がとられる。活性化合物の半減期が、コンジュゲートされていない対応するタンパク質に比べて延長されているため、1週間に2回、1週間に1回などの長い投与間隔、またはさらに長い投与間隔の投与レジメンは、特定の実施形態である。多くの疾患は、治療の中で、同時に投与または順次投与される2種以上の医薬を使用して治療される。したがって、疾患の1種類を治療する治療方法における修飾タンパク質が、疾患の治療において普通に使用される1種または複数の他の治療用活性化合物と組み合わせて使用される場合があることが予期される。疾患の治療において普通に使用される他の治療用活性化合物と組み合わされた修飾タンパク質が、その疾患用の医薬の製造において使用されることも予期される。
医薬組成物
本発明のコンジュゲートは、皮下、筋肉内、静脈内、腹腔内、吸入、鼻腔内、経口などを始めとする様々な手段のいずれかにおいて投与することができる。本発明の特に好ましい実施形態では、本発明のコンジュゲート、またはそのアミド、エステル、もしくは塩の連続的な静脈内投与を用いる。本発明におけるコンジュゲートは、ボーラスとして、または一定期間にわたる連続注入として投与することができる。移植可能なポンプを使用してもよい。本発明のある特定の実施形態では、断続的または連続的なコンジュゲート投与を、1日〜数日間(たとえば、2〜3日間以上)またはより長期間、たとえば、数週間、数か月、もしくは数年間継続する。一部の実施形態では、断続的または連続的なコンジュゲート投与を少なくとも約3日間、好ましくは少なくとも約6日間施す。別の実施形態では、断続的または連続的なコンジュゲート投与を少なくとも約1週間施す。他の実施形態では、断続的または連続的なコンジュゲート投与を少なくとも約2週間施す。投与中または複数回の投与の合間に、特定の閾値を上回る平均血漿コンジュゲート濃度を維持することが望ましい場合もある。望ましい濃度は、たとえば、対象の生理的状態、疾患重症度などに基づき決定することができる。そのような望ましい値(複数可)は、標準の臨床試験を実施して割り出すことができる。代わりに、ペプチドおよびそのコンジュゲートは、FcRn機序によって、経口的に送達することができるはずである(Nat Rev Immunol. 7(9), 715-25, 2007、Nat Commun. 3;3:610, 2012、Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol 304: G262-G270, 2013)。
別の態様では、本発明は、本発明のコンジュゲート、またはそのアミド、エステル、もしくは塩と、1種または複数の薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物を提供する。医薬組成物は、経口投与、皮下投与、非経口投与、直腸投与などの特定の投与経路用に製剤化することができる。加えて、本発明の医薬組成物は、固体形態(限定はせず、カプセル剤、錠剤、丸剤、顆粒、凍結乾燥剤、粉末、または坐剤を含める)、または液体形態(限定はせず、溶液、懸濁液、または乳濁液を含める)に仕立てることができる。医薬組成物は、無菌製造、滅菌などの従来の製薬業務にかけることができ、かつ/または、従来の不活性希釈剤、膜形成剤、等張化剤、滑沢剤、または緩衝剤、ならびに保存剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、緩衝液などの佐剤を含有してよい。
注射用途に適する医薬組成物は、通常、滅菌注射溶液または分散液を即座に調製するための、滅菌水溶液(水溶性の場合)または分散液と滅菌粉末を含む。
静脈内の投与については、適切な担体として、生理食塩水、静菌水、Cremophor ELTM(BASF、ニュージャージー州Parsippany)、またはリン酸緩衝食塩水(PBS)が挙げられる。すべての場合において、組成物は、滅菌とすべきであり、容易な注射適用性(syringability)が存在する程度に流動的にすべきである。好ましい医薬製剤は、製造および貯蔵の条件下で安定しており、細菌や真菌などの微生物による汚染作用に対抗して保存しなければならない。一般に、妥当な担体は、たとえば、水、エタノール、ポリオール(たとえば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど)、およびこれらの適切な混合物を含有する溶媒または分散媒でよい。適正な流動度は、たとえば、レシチンなどのコーティング剤の使用、分散液の場合では必要な粒径の維持、および界面活性剤の使用によって維持することができる。微生物による作用の予防は、種々の抗菌剤および抗真菌剤、たとえば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなどによって実現することができる。多くの場合、等張化剤、たとえば、糖、マンニトールなどのポリアルコール、アミノ酸、ソルビトール、塩化ナトリウムを組成物に含めることが好ましい。注射用組成物の吸収の延長は、吸収を遅らせる薬剤、たとえば、モノステアリン酸アルミニウムやゼラチンを組成物に含めることにより実現できる。一部の実施形態では、コンジュゲート生成物の分解に対する安定化を促進し、投与および活性化合物の放出を支援するために、組換えアルブミンなどの多機能賦形剤を製剤工程に織り込んでもよい(BioPharm International, 2012, Vol 23, Issue 3, pp 40-44)。
ある特定の注射用組成物は、水性の等張性溶液または懸濁液であり、坐剤は、脂肪質の乳濁液または懸濁液から調製することが有利である。前記組成物は、滅菌され、かつ/または保存剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、溶解促進剤(solution promoter)、浸透圧調節用の塩、および/または緩衝液などの佐剤を含有するものでよい。加えて、前記組成物は、治療上価値のある他の物質も含有してよい。前記組成物は、従来の混合、造粒、またはコーティング法に従って調製され、それぞれ、約0.1〜75%、または約1〜50%の活性成分を含有する。
滅菌注射溶液は、必要に応じて、上で列挙した成分の1つまたは組合せを含有する適切な溶媒に、必要な量の活性化合物を混ぜた後、濾過滅菌することにより調製できる。分散液は、一般に、基礎の分散媒、および上で列挙したものからの他の必要な成分を含有する滅菌ビヒクルに、活性化合物を混ぜることにより調製される。滅菌注射溶液を調製するための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であるが、この方法では、活性成分の粉末と、所望の任意の追加成分が、予め滅菌濾過されたその溶液から得られる。
経口組成物は、一般に、不活性希釈剤または可食担体を含む。治療的経口投与の目的では、活性化合物は、賦形剤と混ぜ、錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤、たとえばゼラチンカプセル剤の形で使用することができる。経口組成物は、含嗽液として使用するために流動性担体を使用して調製することもできる。薬学的に適合する結合剤、および/または佐剤材料を、組成物の一部として含めることができる。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、次の成分、すなわち、微結晶性セルロース、トラガカントゴム、ゼラチンなどの結合剤、デンプンやラクトースなどの賦形剤、アルギン酸、Primogel、コーンスターチなどの崩壊剤、ステアリン酸マグネシウムやSterotesなどの滑沢剤、コロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤、スクロースやサッカリンなどの甘味剤、またはハッカ、サリチル酸メチル、オレンジ香料などの着香剤のいずれか、または同様の性質の化合物を含有してよい。経口送達用の製剤は、消化管内での安定性を向上させ、かつ/または吸収を強化するための薬剤が組み込まれていると有利な場合もある。
吸入による投与について、発明治療薬は、適切な噴射剤、たとえば、二酸化炭素などの気体を含有する加圧容器もしくは計量分配装置、またはネブライザーから、エアロゾルスプレーの形で送達することが好ましい。治療薬の全身送達のために、肺が広い表面積を備えていることは注目される。
薬剤は、たとえば、米国特許出願公開第2004/0096403号明細書に記載のものなどのポリマー系微小粒子に、または当業界で知られている他の広範な薬物送達ビヒクルのいずれかと共同して、カプセル封入することができる。本発明の他の実施形態では、たとえば、米国特許出願公開第2004/0062718号明細書に記載されているように、薬剤を荷電脂質と共同して送達する。後者の系は、治療用ポリペプチドであるインスリンの投与に使用されており、ペプチド剤の投与についてこの系の実益を示していることが注目される。
全身投与は、経粘膜的または経皮的手段によるものでもよい。
経皮的適用に適する組成物は、有効量の本発明のコンジュゲートを適切な担体と共に含む。経皮送達に適する担体として、ホストの皮膚を介した透過を手助けする薬理学的に許容される被吸収性溶媒が挙げられる。経皮的デバイスは、たとえば、裏部材と、化合物を場合により担体と共に含有するレザバーと、場合により、ホストの皮膚の化合物を、長期間にわたって、制御され、予め決められた速度で送達するための速度制御バリアと、デバイスを皮膚に固定するための手段とを備えた絆創膏の形態である。
たとえば皮膚および眼への局所適用に適する組成物には、水溶液、懸濁液、軟膏、クリーム、ゲル、または、たとえばエアロゾルなどによる送達のためのスプレー製剤が含まれる。このような局所送達系は、特に、皮膚への適用に相応しくなる。すなわち、こうした局所送達系は、当業界でよく知られている美容製剤を含めた局所的使用に特に適する。このような組成物は、可溶化剤、安定剤、張性増強剤(tonicity enhancing agent)、緩衝剤、および保存剤を含有してもよい。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、皮下投与用である。ポリペプチド治療薬(たとえば、抗体、融合タンパク質など)の皮下投与に適する製剤成分および方法は、当業界で知られている。たとえば、米国特許出願公開第2011/0044977号明細書、米国特許第8,465,739号明細書、および米国特許第8,476,239号明細書を参照されたい。通常、皮下投与用の医薬組成物は、適切な安定剤(たとえば、メチオニンなどのアミノ酸、およびまたはスクロースなどの糖)、緩衝剤、および等張化剤(tonicifying agent)を含有する。
本明細書で使用するとき、局所適用は、吸入または鼻腔内適用にも関連することがある。こうした適用は、乾燥粉末吸入器から乾燥粉末(単独、混合物、たとえばラクトースとの乾燥ブレンドとして、またはたとえばリン脂質との混合型要素粒子としてのいずれか)の形で、または加圧容器、ポンプ、スプレー、アトマイザー、もしくはネブライザーからエアロゾルスプレー体裁の形で、適切な噴射剤を使用しまたは使用せずに、好都合に送達することができる。
本発明はさらに、活性成分としての本発明の化合物が分解する速度を減速する1種または複数の薬剤を含む医薬組成物および剤形を提供する。本明細書では「安定剤」と呼ぶ、そのような薬剤として、限定はしないが、アスコルビン酸などの酸化防止剤、pH緩衝液、または塩緩衝液、組換えアルブミンが挙げられる。
本明細書で使用するとき、用語「薬学的に許容される塩」とは、本発明のコンジュゲートの生物学的有効性および特性を保持し、通常は生物学的または別な意味で望ましい塩を指す。多くの場合、本発明のコンジュゲートは、アミノ基および/もしくはカルボキシル基またはそれと同様の基が存在するおかげで、酸および/または塩基の塩を形成することができる。
薬学的に許容される酸付加塩、たとえば、酢酸塩、アスパラギン酸塩、安息香酸塩、ベシル酸塩、臭化物/臭化水素酸塩、炭酸水素塩/炭酸塩、硫酸水素塩/硫酸塩、カンファースルホン酸塩、塩化物/塩酸塩、クロルテオフィリン酸塩(chlortheophyllonate)、クエン酸塩、エタンジスルホン酸塩、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルクロン酸塩、馬尿酸塩、ヨウ化水素酸塩/ヨウ化物、イセチオン酸塩、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、メチル硫酸塩、ナフトエ酸塩、ナプシル酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オクタデカン酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、リン酸塩/リン酸水素塩/リン酸二水素塩、ポリガラクツロン酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、スルホサリチル酸塩、酒石酸塩、トシル酸塩、およびトリフルオロ酢酸塩は、無機酸および有機酸に対して生成することができる。
塩を導くことのできる無機酸としては、たとえば、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸などが挙げられる。
塩を導くことのできる有機酸としては、たとえば、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、コハク酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、トルエンスルホン酸、スルホサリチル酸などが挙げられる。薬学的に許容される塩基付加塩は、無機塩基および有機塩基に対して生成することができる。
塩を導くことのできる無機塩基としては、たとえば、アンモニウム塩、および周期表のI〜XII列の金属が挙げられる。ある特定の実施形態では、塩は、ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、鉄、銀、亜鉛、および銅から導かれ、特に適切な塩として、アンモニウム、カリウム、ナトリウム、カルシウム、およびマグネシウム塩が挙げられる。
塩を導くことのできる有機塩基としては、たとえば、第一級、第二級、および第三級アミン、自然に存在する置換アミンを始めとする置換アミン、環状アミン、塩基性イオン交換樹脂などが挙げられる。ある特定の有機アミンとして、イソプロピルアミン、ベンザチン、コリネート(cholinate)、ジエタノールアミン、ジエチルアミン、リシン、メグルミン、ピペラジン、およびトロメタミンが挙げられる。
本発明の薬学的に許容される塩は、従来の化学的方法によって、親化合物、塩基性または酸性部分から合成することができる。一般に、そのような塩は、遊離酸形態のこうした化合物を化学量論量の相応しい塩基(Na、Ca、Mg、またはKの水酸化物、炭酸塩、炭酸水素塩など)と反応させる、または遊離塩基形態のこうした化合物を化学量論量の相応しい酸と反応させることにより調製できる。こうした反応は通常、水もしくは有機溶媒中または二者の混合物中で実施される。一般に、実用可能な場合、エーテル、酢酸エチル、エタノール、イソプロパノール、またはアセトニトリルのような非水性媒質の使用が望ましい。追加の適切な塩の一覧は、たとえば、“Remington’s Pharmaceutical Sciences”, 20th ed., Mack Publishing Company, Easton, Pa., (1985)ならびにStahlおよびWermuthによる“Handbook of Pharmaceutical Salts: Properties, Selection, and Use” (Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2002)で見ることができる。
本明細書で使用するとき、用語「薬学的に許容される担体」は、当業者に知られているであろうが、ありとあらゆる溶媒、分散媒、コーティング剤、界面活性剤、酸化防止剤、保存剤(たとえば、抗菌剤、抗真菌剤)、等張化剤、吸収遅延剤、塩、保存剤、薬物、薬物安定剤、結合剤、賦形剤、崩壊剤、滑沢剤、甘味剤、着香剤、色素、組換えアルブミンなどの多機能賦形剤など、およびこれらの組合せを包含する(たとえば、Remington’s Pharmaceutical Sciences, 18th Ed. Mack Printing Company, 1990, pp. 1289-1329を参照されたい)。従来のいかなる担体も、活性成分と相容れない範囲にあるものを除き、治療組成物または医薬組成物におけるその使用を企図する。
本発明の実施例(Example of the invention)
実験方法
略語
ACN アセトニトリル
BOC tert−ブチルオキシカルボニル
DIEA ジイソプロピルエチルアミン
DIPEA N,N’−ジイソプロピルエチルアミン
DMF N,N’−ジメチルホルムアミド
DMSO ジメチルスルホキシド
DTT ジチオトレイトール
Fmoc フルオレニルメチルオキシカルボニルクロリド
HATU 1−[ビス(ジメチルアミノ)メチレン]−1H−1,2,3−トリアゾロ[4,5−b]ピリジニウム−3−オキシドヘキサフルオロホスフェート
HCTU 2−(6−クロロ−1H−ベンゾトリアゾール−1−イル)−1,1,3,3−テトラメチルアミニウムヘキサフルホロホスフェート
HOBt ヒドロキシベンゾトリアゾール
HPCL 高速液体クロマトグラフィー
HPF6 ヘキサフルオロリン酸
LC 液体クロマトグラフィー
MALDI マトリックス支援レーザー脱離イオン化法
MS 質量分析
NHS N−ヒドロスクシンイミド
NMP N−メチルピロリドン
NMR 核磁気共鳴
PBS リン酸緩衝食塩水
PEG ポリエチレングリコール
PS ペプチド合成
PG 保護基
RP−HPLC 逆相HPLC
SM 出発材料
SCF 超臨界流体
SPPS 固相ペプチド合成
TIC 全イオン電流(total in current)
TIPS トリイソプロピルシラン
TFA トリフルオロ酢酸
Trt トリチル
UPLC 超高速液体クロマトグラフィー
Figure 2017525665
Figure 2017525665
UPLC HRMS方法F:
カラム:Acquity BEH300 C4 1.7μm、2.1×50mm
溶離液A:水(0.1%TFA)
溶離液B:ACN(0.1%TFA)
流れ:0.5mL/分
温度:40℃
勾配:20%で0.5分保持、10分で80%ACNまでの勾配
一般的なペプチド合成(本発明の方法のステップa:得られるペプチドが、N末端アミノ酸に隣接する位置でヒスチジンを含有するようにペプチドを修飾するステップ)
ペプチドは、標準の固相Fmoc化学によって合成した。ペプチドは、Libertyマイクロ波ペプチド合成装置(CEM Corporation、米国ノースカロライナ州)において組み立てた。C末端上に非置換カルボキサミドを有するペプチドは、Fmoc保護されたRink−Amide−AM樹脂(Novabiochem、米国)から合成した。
合成サイクル:樹脂をDMFおよびDCMで洗浄した。20%ピペリジン/DMFでの処理(通常は、0.1mmolあたり7ml 2回)によって、Fmocを除去した。樹脂をDMFで洗浄した。Fmoc−アミノ酸(5当量、0.2M DMF溶液)、HCTU(5当量、0.5M DMF溶液)、およびDIPEA(10当量、2M NMP溶液)を加えた後、懸濁液を、窒素中にて、特定の要件に応じて、マイクロ波電力を0〜20ワットとして、通常は5〜50分間、75℃で混合することにより、カップリングを行った。DMFで洗浄した後、カップリングステップを、特定の要件に応じて1回繰り返すとよい。樹脂をDMFで洗浄した。
ペプチドは、分取逆相HPLCによって精製した。次のカラムを使用した:Waters XBridge 30×50mm 5umカラム。移動相は、溶離液A(5mMのNH4OH H2O水溶液)と溶離液B(ACN)からなるものとした。勾配は、分離の問題の特定の要件に基づき設計した。純粋な生成物をACN/H2Oから凍結乾燥した。
以下では、代表的な実施例の合成について記載する。
ペプチド1:AHNGDLKF−NH2
AHNGDLKF−NH2の合成
Figure 2017525665
A−H(Trt)−N(Trt)−G−D(O−tBu)−L−K(Boc)−F−NH−PSの調製
Fmoc保護されたRink−Amide−AM樹脂(316mg、0.25mmol)を、Libertyマイクロ波ペプチド合成装置での固相ペプチド合成(SPPS)にかけた。
カップリングを以下のとおりに実施した:
Figure 2017525665
ペプチド1の調製
(保護基の除去を伴う樹脂からの切断、次いで精製)
中間体(0.25mmol)に、TFA/H2O/TIPS(95:2.5:2.5)の混合物(3mL、0.2gのDTTを含有する)を加え、懸濁液を室温で3時間振盪した。切断溶液を濾別し、樹脂を95%TFA(1mL)水溶液で洗浄した。合わせた切断および洗浄溶液を冷ジエチルエーテル(30mL)上へ注いで、沈殿を得た。懸濁液を遠心分離し、上清を廃棄した。残渣にジエチルエーテル(30mL)を加え、懸濁液を3分間ボルテックスし、遠心分離し、上清を廃棄した。洗浄過程を2回繰り返した。固体を真空中で乾燥させた。粗生成物を分取HPLCによって精製し(勾配:3.2分かけて5〜20%のB)、ACN/H2Oから凍結乾燥して、実施例1(49mg、0.054mmol)を得た。LCMS(Waters Acquity UPLC XBridge C18 3.5μm、3.0×30mm、40℃、溶離液A:水+5mMのNH4OH、溶離液B:ACN、勾配 2分かけて5%〜95%のB/A):保持時間:0.70分;測定値:[M+H]+=900.8;計算値:[M+H]+=901.0)。
ペプチド2および3は、似たようにして合成した。
ペプチド2.ALNGDLKF−NH2
LCMS保持時間:0.81分;測定値:[M+H]+=876.8;計算値:[M+H]+=877.0)。
ペプチド3.MHNGDHLF−NH2
LCMS保持時間:0.68分;測定値:[M+H]+=969.8;計算値:[M+H]+=970.1)。
一般的なNHS反応性アッセイ:(本発明のステップb)
スルホ−NHS−LCビオチン(5当量)をpH4の30mM NaOAc緩衝液中のペプチド(0.2mg/ml)に加え、反応液を室温で静置する。1時間後、反応液を200当量のヒドラジン水和物で失活させ、変換をLCMSによってモニターし、MALDIまたはNMRによってマッピングする。化合物の比率を、214nmでのUV吸収に基づいて推定した。
SM=出発材料
+1=N末端における反応性
+1’=リシンでの反応性
+2=N末端およびリシンの両方での反応性
配列 LC−MSによる結果(SM:+1:+1’:+2)

AHNGDLKL 0:9:1:0
ALNGDLKF 7:1:0:0
MHNGDHLF 0:10:n/a:0
アシル化剤としてAHNGDLKF−NH2およびスルホ−NHS−LCビオチンを使用する本発明のステップb
LCMS生成物保持時間:1.81分;測定値:[M+H]+=1239.63;計算値:[M+H]+=1239.6200)。
マッピングデータ(MALDI LIFT法を使用する):ビオチン+アラニン:測定値:[M+H]+=約411;計算値:[M+H]+=411.21)。ビオチン+AH:測定値:[M+H]+=548.27;計算値:[M+H]+=548.27)。アラニン単独の質量は検出されなかった。
アシル化剤としてALNGDLKF−NH2およびスルホ−NHS−LCビオチンを使用する本発明のステップb
LCMS生成物保持時間:1.29分;測定値:[M+H]+=876.50;計算値:[M+H]+=877.0)。ほんのわずかの添加(ほとんどが出発材料)
アシル化剤としてMHNGDHLF−NH2およびスルホ−NHS−LCビオチンを使用する本発明のステップb
LCMS生成物保持時間:2.05分;測定値:[M+H]+=1308.5972;計算値:[M+H]+=1308.59)。
マッピングデータ(MALDI LIFT法を使用する):マッピングデータ(MALDI LIFT法を使用する):ビオチン+メチオニン:測定値:[M−H]=470.64;計算値:[M−H]=470.66)。メチオニン単独の質量は検出されなかった。
スルホ−NHS−LCビオチンのAPJアゴニストペプチドへの部位特異的コンジュゲーション(中間体c):
ステップ1:A−H−Q−R−P−C−L−S−C−K−G−P−(D−Nle)−フェネチルアミン中間体aの合成
Figure 2017525665
フェネチルアミン−AMEBA樹脂(Sigma Aldrich、0.1mmol、1.0mmol/g)を自動ペプチド合成装置(CEM Liberty Blue Microwave)で、Arg残基に対して2倍の標準ArgとD−Nleを用い、2倍の時間でカップリングさせることにより固相ペプチド合成にかけた。アミノ酸は、0.2MのDMF中溶液として調製した。標準のカップリングサイクルは、次のとおりに定めた。
− アミノ酸カップリング:AA(5当量)、HATU(5当量)、DIEA(25当量)
− 洗浄:DMF(3×7mL)
− Fmoc脱保護:20%ピペリジン/0.1M HOBt(2×7mL)
− 洗浄:DMF(4×7mL、次いで1×5mL)
Figure 2017525665
ペプチドを組み立てた後、樹脂をDMF(2×50mL)およびDCM(2×50mL)で洗浄し、次いで真空中で乾燥させて、中間体a(276mg、0.1mmol)を得た。
ステップ2:中間体bの調製(樹脂からのペプチドの切断)
Figure 2017525665
中間体a(276mg、0.1mmol)を4mLのTFA溶液(37mLのTFA、1mLの水、1mLのTIPS、3.06gのDTT)と合わせて、室温で3時間振盪した。溶液を樹脂から除去し、40mLの冷EtO中に沈殿させた。溶液をボルテックスし、氷上に10分間静置した後、4000rpmで5分間遠心分離した。溶媒を除去し、白色固体を冷EtO(各回40mL)でさらに2回洗浄し、遠心分離し(各回5分)、デカントした。固体を真空中で終夜乾燥させ、中間体b−バッチ1(17.4mg、0.012mmol)を得た。LCMS(SQ2 生成物分析−酸性−ペプチド−極性、Acquity UPLC BEH C18カラム、130Å、1.7μm、2.1mm×50mm、50℃):R=1.83分、MS[M+H]1513.5。
ステップ3:中間体cの調製(システイン残基の環化)
Figure 2017525665
中間体b−バッチ1および2(29.6mg、0.020mmol)を水(3mL)および10滴のDMSOに溶解させて、わずかに濁った溶液を得た。ヨウ素(HOAc中50mM、0.783mL、0.039mmol)をゆっくりと滴下添加し、反応液を室温で終夜混合した。粗製反応液のLCMS分析により、出発材料の完全な変換が示された。色が消失するまで、0.5Mのアスコルビン酸を滴下添加した。材料を、MS起動式HPLCによって精製した。プールした画分の凍結乾燥により、7mgの所望の生成物を白色粉末(4.63μmol、24%)として得た。LCMS(SQ2 生成物分析−酸性−ペプチド、Acquity UPLC BEH C18カラム、130Å、1.7μm、2.1mm×50mm、50℃):R=0.90分、MS[M+H]1511.8。
ステップ4:中間体dの調製(NHS/ペプチドの反応性)
Figure 2017525665
スルホ−NHS−LC−ビオチン(Sigma Aldrich、0.737mg、1.324μmol、5当量)を30mMのpH4 NaOAc緩衝液(266μL)に溶解させ、中間体c(0.4mg、0.265mmol)に加えた。反応液を、室温で16時間混合した。33μlの反応混合物を除去し、ヒドラジン一水和物(0.6μL、200当量)で失活させた。出発材料の+1生成物への完全な変換が、LCMSによって観察された。N末端のAla残基での標識は、製造業者のプロトコールに従って反応混合物をTrypsin Gold(Promega)で消化することおよびLCMS分析によって確認された。LCMS(SQ2 生成物分析−酸性−ペプチド、Acquity UPLC BEH C18カラム、130Å、1.7μm、2.1mm×50mm、50℃):R=2.29分、MS[M+2/2]925.8。
ステップ5:中間体dのTrypsin Goldでの消化(N末端標識)
Figure 2017525665
Trypsin Gold(Promega パート番号TB309)の溶液を、50mM酢酸(1μg/μL)中で調製した。中間体d(100μL、0.081μmol)の粗製の混合物を50mMのTris−HCl、1mMのCaCl pH7.4(200μl)で希釈して、0.5mg/mLの溶液を得た。Trypsin Gold(3μL)を加え、反応液を37℃で16時間混合した。LCMS分析により、各断片にビオチンを1回加えると、中間体dのC末端のRおよびK位で切断が起こったことが示された。LCMS(SQ4 生成物分析−20分−酸性−XX極性、Acquity CSH 1.7μm 2.1×100mm、50℃):断片1:AHQR+1 ビオチン R=5.92分、MS[M+2/2]計算値:425.715、実測値:426.1;断片2:AHQRPCLSCK+1 ビオチン R=11.40分、MS[M+2/2]計算値:740.345、実測値:740.9、MS[M+3/3]計算値:493.896、実測値:494.4。
治療用タンパク質の例(GDF15):本発明の方法のステップa):得られるペプチドが、N末端アミノ酸に隣接する位置でヒスチジンを含有するようにペプチドを修飾するステップ
大腸菌(E.coli)細胞中でのヒトGDF−15タンパク質の発現
大腸菌(E.coli)株BL21(DE3)Gold(Stratagene)およびRosetta(DE3)pLysS細胞(Novagen)を、それぞれ配列番号1〜7の構築物および構築物MAHA−(200−308)−hGDF15で形質転換し、pET26bベクターにクローニングした。形質転換した細胞を、OD600が1.5に到達するまで、最初は3ml、次いで50mlのLuria Broth(Bacto−Tryptone 10g/L、酵母エキス5g/L、NaCl 5/L、グルコース6g/L)中で抗生物質選択下で増殖させた。予備培養物を使用して、Terrific Broth培地(NH4SO4 1.2g/L、H2PO4 0.041g/L、K2HPO4 0.052g/L、Bacto−Tryptone 12g/L、酵母エキス 24g/L)で満たした2つの1L発酵槽に接種した。pHが7.1を超えて上昇したときに、1mMのイソプロピル−β−D−チオガラクトピラノシド(IPTG)の自動添加によって、培養物を誘導した。他の発酵パラメータは以下であった:温度=37℃;2NのNaOH/H2SO4の添加によってpH7.0+/−0.2に調整された;撹拌機の速度のカスケードでpO2>30%、空気流および酸素添加。誘導の5時間後、培養物を10℃に冷却し、細胞を遠心分離によって回収した。
GDF15変異体の精製およびリフォールディング
a)封入体
目的のタンパク質を発現する組換え大腸菌(E.coli)のペレットを、50mMのNaHPO/150mMのNaCl/5mMのベンズアミジンHCl/5mMのDTT、pH8.0、4℃に再懸濁させ(5%w/v)、ホモジナイズし、Frenchプレス(800および80バール)を2回通して溶解させた。封入体(IB)を、4℃にて12,000rpm(12’000 rpm)で60分間遠心分離することによって単離した。
b)フォールディングされていない粗製タンパク質の精製
IBを、6Mのグアニジン/100mMのNaHPO/10mMのTris/20mMのβ−メルカプトエタノール pH8.0中に可溶化し(5%w/v)、室温で2時間撹拌した。デブリを12,000rpmでの遠心分離によって除去した。可溶化したIBをNi−NTA−Superflowでさらに精製した(Hisタグを有さない構築物は、高いヒスチジン含有量によりこの樹脂に同様に結合する)。6Mのグアニジン/100mMのNaHPO/10mMのTris/5mMのβ−メルカプトエタノール pH8.0でのベースライン洗浄後、結合した材料を、pH4.5に調整した同じ緩衝液で溶出させた。溶出液をpH8.0に調整し、100mMのDTTを加え、溶液を4℃で終夜撹拌した。次いで、トリフルオロ酢酸(TFA、水中10%の保存溶液)の添加によって、pHを2に調整し、水中0.1%のTFAで、溶液を1:1にさらに希釈した。粗製のタンパク質溶液を、50分で0〜50%のアセトニトリルの勾配を使用して、RP−HPLC(Poros)によりさらに精製した。画分を含有するGDF−15を、プールし、凍結乾燥させた。
c)タンパク質のフォールディング
方法1:凍結乾燥した材料を100mMの酢酸中に2mg/mlで溶解させ、フォールディング緩衝液(100mMのCHES/1MのNaCl/30mMのCHAPS/5mMのGSH/0.5mMのGSSG/20%のDMSO、pH9.5、4℃)中で15〜20倍に希釈し、溶液を4℃で3日間穏やかに撹拌した。3日後に、3体積の100mM 酢酸を加え、溶液を限外濾過(5kDaカットオフ)によって約100〜200mlまで濃縮し、100mMの酢酸で10倍に希釈し、再濃縮した。リフォールディングされた材料を、50℃で作動する、Vydac C4カラムでの分取RP−HPLC(緩衝液A:水中0.1%のTFA、緩衝液B:アセトニトリル中0.05%のTFA)によってさらに精製した。ローディング後、カラムを15%の緩衝液Bで洗浄し、50分で15%のB〜65%のBの勾配で溶出した。目的のタンパク質を含有する集めた画分を、等体積の緩衝液Aで希釈し、凍結乾燥した。リフォールディング収率は、両方のタンパク質に対して約25%であった。
方法2:フォールディング緩衝液:100mMのCHES、pH9.4、0.9Mのアルギニン、0.5MのNaCl、1mMのEDTA、2.5mMのGSH、1mMのGSSG(最終濃度)を用いた方法1に従うプロトコール。
以下のGDF−15変異体を、上記手順に従って調製した。
M−(His)−hGDF15
Figure 2017525665
LCMS:計算質量値:26462 実測質量値:26464
MH−(199−308)−hGDF15
Figure 2017525665
LCMS:計算質量値:24636 実測質量値:24638
M−(His)−M−hGDF15
Figure 2017525665
LCMS:計算質量値:26724 実測質量値:26725
M−(His)−cynoGDF15
Figure 2017525665
LCMS:計算質量値(二量体):26664 実測質量値:26665
His−dGDF15:
Figure 2017525665
LCMS:計算質量値(二量体):26368 実測質量値:26363
AH−(199−308)−hGDF15
Figure 2017525665
ステップ1:構築物M−His−TEV(ENLYFQ/A)−H−hsGDF15 aa199−308の調製
構築物M−His6−TEV(ENLYFQ/A)−H−hsGDF15 aa199−308は、上記手順(ステップa、bおよびc)に従って調製した。
ステップ2:ステップ1からのタンパク質のTEV切断
凍結乾燥したタンパク質を水中に可溶化させて、最終濃度1.75mg/mlとした。タンパク質を、6MのGuan/50mM Tris、pH8.0+50mMのDTT中で1:1に希釈することによって再度アンフォールディングさせ、室温で1時間撹拌した。材料を、Vydac C4カラムでの分取RP−HPLCによって再精製し、凍結乾燥した。26mgの凍結乾燥物を、26mlの50mM Tris/3M UREA、pH7,5+3000ユニットのAcTEVプロテアーゼ(Invitrogen、12575−023)中に可溶化させ、4日間インキュベートした。次いで、トリフルオロ酢酸(TFA、水中10%の保存溶液)の添加によって、pHをpH2.0に調整し、溶液を、水中0.1%のTFAで150mlまでさらに希釈した。0.22umの膜を介した濾過の後、材料を、Vydac C4カラムでの分取RP−HPLCによって再度精製して、上手く切断されたタンパク質を単離した。画分を手動で集め、標的タンパク質を含有する画分を単離し、凍結乾燥した。次いで、切断されたGDF15タンパク質をリフォールディングさせ、リフォールディングしたタンパク質を上述のように精製した。
LCMS:計算質量値(二量体):24516 実測質量値:24518
以下のGDF15変異体を、上記手順に従って調製した。
MHA−(200−308)−hGDF15
Figure 2017525665
LCMS:計算質量値(二量体):24752
以下のGDF15変異体を、上記手順に従って調製した。
AHA−(200−308)−hGDF15
Figure 2017525665
LCMS:計算質量値(二量体):24430;実測質量値(二量体):24432
脂肪酸アシル化剤を用いたMH−(199−308)GDF15の部位特異的コンジュゲーション
ステップ1:脂肪酸−リンカーアシル化剤の調製
ステップ1a:1−ベンジル3−tert−ブチル2ウンデシルマロネート
Figure 2017525665
0℃で、N中にて、DMF(8mL)中NaH(160mg、4.0mmol)の懸濁液に、DMF(2mL)中ベンジルtert−ブチルマロネート(1.0g、4.0mmol)を加えた。混合物を50分間撹拌し、その後、DMF(2mL)中1−ブロモウンデカンを加えた。さらに1時間撹拌した後、反応液を室温に温めた。反応液を終夜維持した。EtO(100mL)および水(20mL)を反応液に分配して加えた。水性相をEtO(100mL)で抽出し、合わせた有機物をNaSOで乾燥させた。溶媒を蒸発させ、残渣をフラッシュカラム(C18 12g、40〜100%のACN/水+0.1%TFA)によって精製して、表題化合物を無色の油状物(1.14g、2.82mmol、71%)として得た:LCMS方法A Rt=1.58分、
Figure 2017525665
ステップ1b:1,11−ジベンジル11−tert−ブチルドコサン−1,11,11−トリカルボキシレート
Figure 2017525665
DMF(1mL)中I−1(650mg、1.61mmol)の溶液を、0℃で、N中にて、DMF(6mL)中NaH(70.7mg、1.77mmol)の懸濁液にゆっくりと加えた。混合物を40分間撹拌し、その後、DMF(1mL)中ベンジル11−ブロモウンデカノエート(571mg、1.61mmol)を加えた。添加の際に、反応液を室温に温め、終夜撹拌した。反応液をEtO(100mL)で希釈し、水(20mL)で抽出した。水性相をEtO(100mL)で抽出し、合わせた有機物をNaSOで乾燥させた。溶媒を蒸発させた。残渣をフラッシュカラム(シリカ 80g、0〜10%のEtOAc/HEP)によって精製して、I−2を無色の油状物(823mg、1.21mmol、75%)として得た:
Figure 2017525665
ステップ1c:13−(ベンジルオキシ)−2−((ベンジルオキシ)カルボニル)−13−オキソ−2−ウンデシルトリデカン酸
Figure 2017525665
DCM(3mL)中中間体I−2(200mg、0.295mmol)の溶液に、TFA(0.6mL)を加え、反応液を室温で3時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をフラッシュカラム(シリカ 12g、0〜15%のEtOAc/HEP)によって精製して、表題化合物(177mg、0.284mmol、96%)を得た:
Figure 2017525665
ステップ1d:1,11−ジベンジル11−(2,5−ジオキソシクロペンチル)ドコサン−1,11,11−トリカルボキシレート
Figure 2017525665
DCM(1mL)中DCC(58.6mg、0.284mmol)の溶液を、N中にて、DCM(2mL)およびTHF(0.3mL)中I−3(177mg,0.284mmol)およびN−ヒドロキシスクシンイミド(32.7mg、0.284mmol)の溶液に加えた。反応液を室温で4時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をフラッシュカラム(シリカ 12g、0〜35%のEtOAc/HEP)によって精製して、I−4を無色の油状物(153mg、0.213mmol、75%)として得た:
Figure 2017525665
ステップ1e:脂肪酸−リンカー構築物(中間体5)
Figure 2017525665
THF(1.5mL)およびDCM(1.5mL)中中間体I−4(145mg、0.201mmol)の溶液を、アミノ−PEG24−酸を入れたバイアルに加えた。DIPEA(88μL、0.504mmol)を加え、反応液をシェーカープレート上で15時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣を超臨界流体クロマトグラフィー(Waters HILIC 20×150mm、15〜25%のMeOH/CO2)によって精製して、中間体I−5(151mg、0.086mmol、43%)を得た:LCMS方法C Rt=1.30分、
Figure 2017525665
ステップ1f:中間体6
Figure 2017525665
DCM(0.265mL)中DCC(22mg、0.103mmol)を、DCM(1.5mL)中中間体I−5(150mg、0.086mmol)およびN−ヒドロキシスクシンイミドの溶液に加えた。反応液を1.5時間撹拌した。さらなるTHF(0.5mL)中N−ヒドロキシスクシンイミド(10mg)およびDCM(0.265mL)中DCC(22mg)を加え、反応液を終夜撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をフラッシュカラム(シリカ 12、0〜5%のMeOH/DCM)によって精製して、中間体I−6(159mg、定量)を白色の固体として得た:LCMS方法A Rt=1.55分、[M+HO+H]+2 933.9。
ステップ1g:脂肪酸−リンカーアシル化剤(中間体7)
Figure 2017525665
THF(5mL)中中間体I−6(159mg、0.086mmol)の溶液に、THF(1mL)中10%の炭素担持Pd(4.6mg、4.3μmol)の懸濁液を加えた。反応液を水素中に置き、40分間撹拌した。さらに炭素担持Pd(7mg、6.5μmol)を加え、次いで、水素中にてもう1時間撹拌した。反応液をメンブレンフィルターに通し、濾液を蒸発させた。残渣をHPLC(Sunfire C18 30×50mm、45〜70% ACN/水+0.1%TFA)によって精製して、表題の脂肪酸−リンカーアシル化剤(83mg、0.047mmol、54%)を得た:LCMS方法A Rt=1.03分、
Figure 2017525665
ステップ2:MH−(199−308)−hGDF15の脂肪酸−リンカーアシル化剤との選択的コンジュゲーション
Figure 2017525665
MH−(199−308)−hGDF15(0.393mL、0.028μmol、1.78mg/mL)を1.5mlの30mM酢酸ナトリウム緩衝液(pH4)に加え、NHS脂肪酸(I−7:474ug、0.284umol、10mg/ml)を溶液に加えた。5時間後、反応をMALDIにより完了した。生成物を、アミコン限外濾過10kDを使用して5回洗浄することによって精製して、575ugのコンジュゲートを73%の収率で得た。MALDI:sm(18%)、予想質量値:24638 実測質量値:24735;+1脂肪酸(38%) 予想質量値:26192 実測質量値:26268;+2脂肪酸(40%) 予想質量値:27746 実測質量値:27798;+3脂肪酸(4%) 予想質量値:29300 実測質量値:29333。
ステップ2:M−(His)6−hGDF15−(199−308)の脂肪酸−リンカーアシル化剤との部位特異的コンジュゲーション
Figure 2017525665
M−(His)−hGDF15(0.493mL、0.026μmol、1.42mg/mL)を1.5mlの30mM酢酸ナトリウム緩衝液に加え、NHS脂肪酸(I−7:0.221mg、0.132umol、10mg/mL)を溶液に加えた。終夜反応が完了しなかったため、さらに2.5当量の脂肪酸NHS(0.110mg、0.066umol、10mg/mL)を加え、5時間後、Maldiは主要な生成物として+2コンジュゲートを示した。生成物を、アミコン限外濾過10kDを使用して5回洗浄することによって精製して、565ugのコンジュゲートを76%の収率で得た。MALDI:sm(18%)、予想質量値:26468 実測質量値:26553;+1脂肪酸(38%) 予想質量値:28022 実測質量値:28099;+2脂肪酸(40%) 予想質量値:29576 実測質量値:29649;+3脂肪酸(4%) 予想質量値:31130 実測質量値:31201。
Figure 2017525665
AH−GDF15+I−7:
Figure 2017525665
配列(単量体):
Figure 2017525665
脂肪酸I−7の10mg/mL溶液をHO中で調製した。AH−hGDF15(1.12mg/mL、175μL、0.0080μmol)を202μLの30mM NaOAc緩衝液(pH4.0)と合わせ、I−7のアリコート(13.33μL)を加えた。反応液を室温で16時間混合し、この時点で、MALDI分析により出発材料の30%の変換が示された。さらに6.67μLのI−7のアリコートを加え、反応液を16時間混合し、13.33μLのI−7のアリコートを加えた。室温で16時間混合した後、I−7(13.33μL)を加え、反応液を室温で3日間混合した。13.33μLのI−7のアリコートを加え、反応液を室温で16時間混合し、この時点で、MALDI分析により95%超の変換が示された。10kDa MWCOアミコン遠心濾過器を使用して、反応液を5回希釈および濃縮して0.2mLの体積にすることによって、溶液を30mMのNaOAc緩衝液(pH4.0)に交換した。濃度は、A280(30040M−1cm−1;26072g/mol)によって、0.31mg/mL、30%であることが測定された。
[実施例6A]
AHA−hGDF15−(200−308)の脂肪酸−リンカーアシル化剤との部位特異的コンジュゲーション
Figure 2017525665
分子生物学グレードの水中の脂肪酸(中間体7)の10mg/mL溶液を調製した。AHA−hGDF15(30mMのNaOAc(pH4.0)中6.67mg/mL、5.247mL、1.433μmol)に、30mMのNaOAc(pH4.6)(許容される範囲4.5〜5.0)を加えて、最終タンパク質濃度0.88mg/mLを得た。中間体7(10当量、2.39mL、0.014mmol)を加え、反応液を室温で18時間混合した。反応バイアル中に沈殿が形成された。反応混合物を、4×15mLの10kDaアミコン遠心濾過器の中で分割して、それぞれを、30mMのNaOAc(pH4.0)で15mLに希釈した。材料を、30mMのNaOAc(pH4.0)に4回緩衝液交換し、サンプルを合わせて、25.6mLの体積とし、洗浄の間に、フィルターの沈殿をピペットチップで撹拌した。沈殿が溶液中に残ったので、混合物を4℃で終夜静置した。濃度は、A280(30040cm−1−1;27538g/mol)によって、1.62mg/mL(100%)であることが測定された。UPLC分析により、+1および+2生成物の60%の回収が示された(方法F)。
Figure 2017525665
精製:
粗生成物を、逆相クロマトグラフィー(緩衝液A 水中0.1%TFA、緩衝液B ACN中0.1MTFA 勾配;99%〜80%緩衝液A)、Waters BEH300 130Å、3.5μm、4.6mm×100mm 流量2.5ml/分によって精製した。
画分1:未反応AHA−hGDF15:Rt=17.33分
画分2:AHA−hGDF15+1FA:Rt=20.20分(およそ15%の収率)
画分3:AHA−hGDF15+2FA:Rt=21.60分(およそ15%の収率)
画分4:AHA−hGDF15+3FA:Rt=23.0分(およそ5%の収率)
あるいは、反応は、pH4.73で、10mMのNaHPO−7HOおよび30mMのNaOAc中で行ってもよく、分子生物学グレードの水中中間体7の10mg/mL溶液を調製した。AHA−hGDF15(30mMのNaOAc(pH4.0)中12.04mg/mL、4.15μL、0.002μmol)に、30mMのNaOAc 10mMのNaHSO−7HO(pH4.73)を加えて、最終タンパク質濃度0.88mg/mLを得た。中間体7(20当量、6.83μL、0.041μmol)を加え、反応液を室温で18時間混合した。反応混合物は、沈殿によって濁った。UPLC分析により、58%の+1および+2生成物が示された(方法F)。
Figure 2017525665
反応はまた、pH4.6で、30mMのNaOAcおよび10mMのKHPO中で行ってもよく、分子生物学グレードの水中中間体7の10mg/mL溶液を調製した。AHA−hGDF15(30mMのNaOAc(pH4.0)中6.21mg/mL、5.261mL、1.337μmol)に、30mMのNaOAc 10mMのKHSO(pH4.6)(許容される範囲4.5〜5.0)を加えて、最終タンパク質濃度0.88mg/mLを得た。中間体7(10当量、68.3μL、0.409μmol)を加え、反応液を室温で7時間混合した。反応混合物は、沈殿によって濁った。反応混合物を、15mLの10kDaアミコン遠心濾過器の中4つの9mL部分に分割して、30mMのNaOAc(pH4.0)で15mLに希釈した。材料を、30mMのNaOAc(pH4.0)に4回緩衝液交換し、各洗浄の間に、沈殿をピペットチップで撹拌した。反応混合物を75mLの体積まで濃縮した。沈殿が残ったので、材料を4℃で2日間保存した。濃度は、A280(30040cm−1−1、27538g/mol)によって、0.4mg/mL(97%)であることが測定された。UPLC分析により、+1および+2生成物の61%の回収率が示された(方法F)。
Figure 2017525665
N末端標識を確認するための、マッピングを用いたM(His)M−GDF15のビオチン化
Figure 2017525665
30mMのNaOAc(pH4)酢酸ナトリウム緩衝液中MHHHHHHM−hGDF15(0.53mg/mL、8mL)の溶液に、NHSエステルの溶液(pH4 30mMのNaOAc緩衝液中1.5mg/mL)を、以下の量で、2時間おきに連続して加えた、118uL、177uL。pH4のNaOAc緩衝液を用いるアミコン濃縮装置を使用して混合物を濃縮/洗浄し(3回)、タンパク質の高回収率を達成するため、カートリッジを繰り返し洗浄した。5.8mLの0.64mg/mLの生成物が得られた。LCMS;予想値(+1):27066、実測値(+1):27066;予想値(+2):27406、実測値(+2):27405。
Glu−C消化およびマッピングを使用して、N末端で90%のビオチン化が確認された。
このプロトコールの目的は、HPLC−MS/MS(高速液体クロマトグラフィー−タンデム質量分析)またはMALDI MS(マトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析)のいずれかによる次の分析のために、タンパク質を還元し、アルキル化させ、Glu−C(S.アウレウス(S. aureus)V8)で消化することである。簡潔には、純粋なタンパク質は、カオトロープで再構成され、ジチオトレイトールで還元され、ヨードアセトアミドでアルキル化され、次いでGlu−Cで消化される。Glu−Cは、炭酸水素アンモニウムまたは酢酸アンモニウム緩衝液で緩衝されると、グルタミン酸残基に特異性を有する。Glu−Cは、リン酸緩衝液の存在下で、アスパラギン酸またはグルタミン酸のいずれかを切断する。
1.実験方法
1.1.再構成/変性(25uL中4MのGnHCl)
1.1.1.25uLの4M塩酸グアニジン(GnHCl)を、乾燥タンパク質のアリコートに加える。
1.1.2.およそ2分間、穏やかに撹拌、振盪またはタップして、タンパク質を再構成および変性させる。
1.2.還元(50uL中2MのGnHCl、100mMのABC、10mMのDDT)
1.2.1. 20uLの調製したばかりの250mM炭酸水素アンモニウム緩衝液(ABC)を加える。
1.2.2. 5uLの調製したばかりの水中100mMのジチオトレイトール(DTT)を加える。
1.2.3.穏やかに振盪しながら、37℃で1時間インキュベートする。
1.3.アルキル化(60uL中1.6MのGnHCl、83.3mMのABC、8.3mMのDDT、35mMのIAA)
1.3.1. 4.75uLの水を加える。
1.3.2. 5.25uLの調製したばかりの水中400mMのヨードアセトアミド(IAA)を加える。
1.3.3.簡単にかつ穏やかに撹拌または振盪させてサンプルを混合する。
1.3.4.暗室で、室温で40分間インキュベートする。
1.4.浄化
1.4.1.少なくとも1000uLの氷冷エタノールを加える。
1.4.2.穏やかに撹拌または振盪させて混合する。
1.4.3. −20℃で2時間インキュベートしてタンパク質を沈殿させる。
1.4.4. 4℃で、10,000RPMで10分間遠心分離する。
1.4.5.上清の大部分を除去する。
1.4.6.Speedvacで完了まで乾燥させる。
1.5.Glu−C消化(100uL中0.25MのGnHCl、25mMのAmAc(約pH6.5)、20:1のタンパク質:Glu−C)
1.5.1. 10uLの2.5MGnHCl中で乾燥タンパク質を再構成する。
1.5.2.およそ1分間、穏やかに撹拌、振盪またはタップしてタンパク質を再構成する。
1.5.3. 10uLの調製したばかりの250mMの酢酸アンモニウム緩衝液を加える。
1.5.4. 100uLのmilliQ水中で10ugのGlu−Cを再構成する。
1.5.5.(1ugのGlu−C:20ugのタンパク質)の比を達成するために、適切な量の0.1ug/uLのGlu−Cを加える。たとえば、20ugのタンパク質に対して10uLを加える。
1.5.6. 100uLの最終反応液体積を達成するために水を加える。
1.5.7.穏やかに振盪しながら、37℃で4時間インキュベートする。
1.5.8.Glu−Cは、pH4.0〜9.0で酵素活性を有するため、酸または塩基を加えて活性を失活させることは不可能である。直ちに分析することを推奨する。
ビオチン化GDF15サンプルにより、339daの質量がシフトしたGluCペプチドが得られるはずである。
化学的ビオチン化GDF15のN末端GluC消化生成物。配列:LC−ビオチン−M(His)MARNGDHCPLGPGRCCRLHTVRASLE。3つのシステインのアルキル化で計算されたモノアイソトピック質量=4311.9755Da M3+チャージ+1計算値=1438.3325 実測質量値=1438.3331。
M(His)−hGDF15の部位特異的ビオチン化
Figure 2017525665
His−hGDF15+ビオチン−PEG24−NHSエステル:
Figure 2017525665
30mMのpH4のNaOAc中ビオチン−PEG24−NHS(Biomatrik,Inc.)の10mg/mL溶液を調製した。MHHHHHH−hGDF15(1.007mL、0.054μmol)を30mMのNaOAc(pH4)(1.5mL)およびビオチン−PEG24−NHS(Biomatrik,Inc.、397μL、2.70μmol)と合わせた。混合物を室温で16時間振盪し、この時点で、さらに10当量(79.4μL)のNHS溶液を加え、反応液を室温で16時間混合した。さらに10当量(79.4μL)のNHS溶液を加え、反応液を室温で16時間混合した。反応液を37℃に加熱し、10時間撹拌し、この時点で、10kDa MWCOアミコン遠心濾過器を使用して、サンプルを5回希釈および濃縮して2mLの体積にすることによって、混合物を30mMのNaOAc(pH4)に交換した。LCMS分析により、出発材料、+1および+2生成物の存在が示された。濃度は、A280(29090M−1cm−1;27818g/mol)によって、1.20mg/mL(100%)であることが測定された。LCMS方法D:R=2.48分;MS[M+1+1ビオチン]、[M+1+2ビオチン]:実測値:27818.0000、29174.0000、計算値:27823.7、29179.4。
[実施例8A]
M(His)6−hGDF15の部位特異的ビオチン化
Figure 2017525665
His−hGDF15+スルホ−NHS−ビオチン
Figure 2017525665
30mMのpH4のNaOAc中スルホ−NHS−ビオチン(ThermoFisher)の10mg/mL溶液を調製した。His−hGDF15B8(100μL、0.0076μmol)を、30mMのNaOAc(pH4)(293.3μL)およびスルホ−NHS−ビオチン(ThermoFisher、6.70μL、0.151μmol)と合わせた。混合物を室温で16時間振盪した。10kDa MWCOアミコン遠心濾過器を使用して、サンプルを5回希釈および濃縮して150μLの体積にすることによって、混合物を30mMのNaOAc(pH4)に交換した。LCMS分析により、出発材料、+1および+2生成物の存在が示された。濃度は、A280(29090M−1cm−1;26917g/mol)によって、1.08mg/mL(80%)であることが測定された。LCMS方法E:R=5.05分;MS[M+1+1ビオチン]実測値:26690、計算値:26692、[M+1+2ビオチン]:実測値:26918、計算値:26920、[M+1+3ビオチン]:実測値:27143、計算値:27148。
M(His)6M−hGDF15を用いたBCNアシル化剤の部位特異的コンジュゲーション
Figure 2017525665
His−hGDF15
Figure 2017525665
His−hGDF15(0.6mL、4.8mg/mL)の保存溶液を、30mMのNaOAc pH4.5緩衝液(5.2mL)で0.5mg/mLまで希釈した。DMSO(251μL)中(1R,8S,9s)−ビシクロ[6.1.0]ノナ−4−イン−9−イルメチル(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)カーボネート(NHS−BCN)の10mg/mL保存溶液をゆっくり加え、反応液を24℃で21時間シェーカープレートに置いた。反応液を、30mMのNaOAc pH4.5緩衝液で30mLまで希釈し、10kDa MWCOアミコン遠心濾過器を使用して(4回繰り返す)、2mLまで濃縮して、2.5mLの濃縮物を得た。A280(ε=29090M−1cm−1、26730g/mol)に基づくと、濃度は0.93mg/mL(2.33mg、80%)であった:LCMS QT2_15−60kDa_15分_極性
Figure 2017525665
+1BCNおよび+2BCNは、単量体および二量体部分のN末端アミノ基のアシル化を指す。+3BCNは、非選択的アシル化を指す。
M(His)−hGDF15を用いたBCNアシル化剤の部位特異的コンジュゲーション
Figure 2017525665
His−hGDF15配列:
Figure 2017525665
His−hGDF1(7.04mL、1.42mg/mL)の保存溶液を、30mMのNaOAc pH4.5緩衝液(12.95mL)で0.5mg/mLまで希釈した。DMSO(0.88mL)中(1R,8S,9s)−ビシクロ[6.1.0]ノナ−4−イン−9−イルメチル(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)カーボネート(NHS−BCN)の10mg/mL保存溶液をゆっくり加え、反応液を24℃で21時間シェーカープレートに置いた。さらに一部のNHS−BCN保存溶液(176μL)を加え、反応液を24℃で24時間維持した。反応液を、30mMのNaOAc pH4.5緩衝液で60mLまで希釈し、10kDa MWCO限外濾過カートリッジを使用して4mLまで濃縮して(4回繰り返す)、4.1mLの濃縮物を得た。A280(ε=29090M−1cm−1、26700g/mol)に基づくと、濃度は2.19mg/mL(8.98mg、89%)であった:LCMS QT2_15−60kDa_15分_極性
Figure 2017525665
+1BCNおよび+2BCNは、単量体および二量体部分のN末端アミノ基のアシル化を指す。+3BCNは、非選択的アシル化を指す。
His−hGDF15のフルオロフォア標識
ステップ1:フルオロフォア−リンカーアシル化剤(I−8)の調製
Figure 2017525665
PBS(1mL)中Alexafluor647−NHSエステル(Life Technologies、5mg、4.00μmol)の溶液に、アジド−dPEG23−アミン(Quanta Biodesigh カタログ番号10525、4.84mg、4.4μmol)を加えた。反応液を室温で6.5時間混合し、この時点で、さらに2.5当量のアジド−dPEG23−アミン(1mg)を2滴のDIPEAと共に加えた。反応液を室温で16時間混合した。LCMS分析によって、完全な変換が観察された。混合物を、さらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS方法E:R=1.73分;MS[M+H/3]:実測値:646.1、計算値:655.3。
ステップ2:フルオロフォア剤(I−8)を用いたhis−hGDF15−BCN構築物(実施例10)のさらなる誘導体化
Figure 2017525665
His−hGDF15−AF647:
Figure 2017525665
His−hGDF15−BCN(500μL、2.19mg/mL、0.041μmol)の溶液に、1(20.55μL、7.86mg/mL、0.082μol)の溶液を加えた。反応液を室温で2日間混合し、この時点で、LCMS分析によって75%の変換が観察された。10kDa MWCOアミコン遠心濾過器を使用して、サンプルを8回希釈および濃縮して2.25mLの容量にすることによって、混合物をPBSに交換した。濃度は、A280(29090M−1cm−1、28600g/mol)によって0.32mg/mL(60%)であることが測定された。LCMS方法B:R=6.19分;MS[M+H+1AF647]:実測値:28580.0000、計算値:28609.336。
Cu64アイソトープキレーターのGDF15への部位特異的コンジュゲーション
Figure 2017525665
His−hGDF15(1.12mg/mL、200uL)の溶液に、NODA−GA−NHS、HPF6、TFA塩(CheMatechカタログ番号C098)(20uL、10mg/mL)の溶液を加え、混合物を室温で2日間撹拌した。LC−MS分析によって、部分的な変換(+1の50%)が観察された。200uLのpH4 NaOAc緩衝液および20uLのNODA−GA−NHS溶液を加え、混合物を室温でさらに2日間撹拌した。LC−MS分析によって、+1および+2の約70%の変換が観察された。さらにNODA−GA−NHS溶液(20uL)を加え、混合物を室温で終夜撹拌した。LC−MS分析によって、+1および+2の約80%の変換が観察された。混合物を、アミコン10kで4回洗浄して、150uLの0.40mg/mL溶液を得た。
Figure 2017525665
トキシンのGDF15への部位特異的コンジュゲーション
ステップ1:トキシン構築物の調製
Figure 2017525665
DMSO(130uL)中マレイミドMMAF(Concortis)(1.57mg、1.2当量)の溶液に、72.7uLのDMSO中2−アミノ−N−(3−アジドプロピル)−3−メルカプトプロピオンアミド(0.2mg、1当量)、およびDIPEA(1uL、6当量)の溶液を加え、混合物を室温で1時間撹拌した。LC−MS分析によって、部分的な変換が観察された。さらにアジドシステイン(100uL)を加えた。反応液を3日撹拌した。
スケールアップ:1.7mgのマレイミドMMAF(Concortis)(200uLのDMSO中)を、cys−N3(130uL+100uL)およびDIPEA(2uL)に加え、反応液を3日かけて撹拌した。
両方の混合物を合わせて、10〜90%のACN/水(0.1%TFA)(室温=1.15分)で溶出するSunfire C18によって精製して、2.9mgのクリーンな生成物を92%の収率で得た。
ステップ2:BCNのHis−cynoGDF15への部位特異的コンジュゲーション(本発明のステップbに相当する)
Figure 2017525665
his−cynoGDF15(B1、150uL、0.87mg/mL)に、pH4の緩衝液(450uL)およびDMSO(10mg/mL、4.12uL)中NHS−BCN(Berry and associatesカタログ番号LK4320)を加え、混合物を4Cで週末にかけて撹拌した。4Cで1日後に、60%の変換が明らかになり、この時点で、7当量のDMSO中NHS−BCN(10mg/ml、4.12uL)を加えた。さらに4Cで24時間後、13当量のNHS−BCN(DMSO中10mg/ml、8ul)を加え、反応液を室温で4時間インキュベートした。部分的な変換が観察された。混合物を室温でさらに4時間インキュベートした。完全な変換が観察され、混合物を15mLまで希釈し、アミコン10Kカートリッジを4回通して洗浄/濃縮して、7mLの0.60mg/mL溶液(4.2mg)を88%の収率で得た。LCMS:+1 予想質量値:26844、実測質量値:26842;+2 予想質量値:27024 実測質量値:27020。
ステップ3:コンジュゲート構築物のさらなる修飾
Figure 2017525665
BCN−GDF15(7mL、0.6mg/mL)に、アジド−MMAF(200uL、DMSO中7.25mg/mL)を加え、混合物を室温で3日かけて、続いて30℃で2日間撹拌した。モノ−およびビス−修飾生成物への約70%の変換が得られた。生成物をアミコン10kで洗浄して、pH4の30mMの酢酸ナトリウム中4.7mLの1mg/mL生成物を、定量的収率で得た。Maldi:sm(25%) 計算質量値:(+1)26844(+2)27024 実測質量値:(+1)26699;+1トキシン(50%) 計算質量値:28377 実測質量値:(+1)28525;+2トキシン(25%) 計算質量値:30088 実測質量値:29910。
FcのAPJペプチドアゴニストへの部位特異的コンジュゲーション
一般スキーム:
Figure 2017525665
ステップ1:NH2−アジドLys−GGGGS−Q−R−P−C−L−S−C−K−G−P−DNle−フェネチルアミンの合成
中間体14
Figure 2017525665
フェニチルアミン−AMEBA樹脂(Sigma Aldrich、0.25mmol、1.0mmol/g)を、Arg残基に2倍の標準Argを用いた、自動ペプチド合成装置(CEM Liberty Blue Microwave)での固相ペプチド合成にかけ、Dnleおよびアジドリジンを2回カップリングした。アミノ酸は、0.2MのDMF中溶液として調製した。標準のカップリングサイクルは、次のとおりに定めた:
− アミノ酸カップリング:AA(5当量)、HATU(5当量)、DIEA(25当量)
− 洗浄:DMF(3×7mL)
− Fmoc脱保護:20%ピペリジン/0.1M HOBt(2×7mL)
− 洗浄:DMF(4×7mL、次いで1×5mL)
Figure 2017525665
ペプチドを組み立てた後、樹脂をDMF(2×50mL)およびDCM(2×50mL)で洗浄し、次いで真空中で乾燥させて、中間体14a(770mg、0.250mmol)を得た。
ステップ2:中間体14bの調製(樹脂からのペプチドの切断)
中間体14a(770mg、0.250mmol)を半分に分け、各サンプルを6mLのTFA溶液(37mLのTFA、1mLのH2O、1mLのTIPS、2.569g(20当量)のDTT)と合わせ、室温で3時間振盪した。溶液を樹脂から除去し、40mLの冷EtO中へ沈殿させた。溶液をボルテックスし、氷上に10分間静置し、その後、4000rpmで5分間遠心分離した。溶液を除去し、白色の固体を冷EtO(各回40mL)で2回以上洗浄し、遠心分離(各回5分)して、デカントした。固体を真空中で終夜乾燥させ、M−起動式HPLCによって精製し、中間体14bを白色の固体(80mg、0.045mmol、80%)として得た。LCMS(SQ2 生成物分析−酸性−ペプチド−極性、Acquity UPLC BEH C18カラム、130Å、1.7μm、2.1mm×50mm、50℃):R=2.32分、MS[M+H+2/2]888.0。
ステップ3:中間体14cの調製(システイン残基の環化)
Figure 2017525665
中間体14b(80mg、0.045mmol)を水(1.25mL)に溶解させ、ヨウ素(HOAc中50mM、1.804mL、0.090mmol)をゆっくりと滴下添加し、反応液を室温で3時間混合した。粗製の反応液のLCMS分析により、出発材料の完全な変換が示された。色が消失するまで、0.5Mのアスコルビン酸を滴下添加した。材料を、MS−起動式HPLCによって精製した。プールされた画分の凍結乾燥により、20.1mgの所望の生成物を白色の固体(0.045mmol、25%)として得た。LCMS(SQ2 生成物分析−酸性−ペプチド−極性、Acquity UPLC BEH C18カラム、130Å、1.7μm、2.1mm×50mm、50℃):R=2.17分、MS[M+H+2/2]886.8。
ステップ4:Fc−AH構築物の調製
AH−Fc構築物のクローン化:
以下に示すDNA断片は、CMVプロモーターの下流に、マウスIgκシグナル配列に続いてヒトFcを含んでいるベクターpPL1146を鋳型として使用する標準のPCR技術によって作製した。NheI部位に続いて、ベクターpPL1146に含まれているシグナル配列の5’末端に対応する配列を収容する、順方向プライマー(5’−GCT TGC TAG CCA CCA TGG AAA CTG−3’)を設計した。逆方向プライマー
Figure 2017525665
は、EcoRI部位、アペリン配列、グリシンセリンリンカー、および、pPL1146に含まれているヒトFcの3’末端に相補的な配列を収容するように設計した。増幅した後、断片を、NheIおよびEcoRI両方で制限消化し、アガロースゲルから単離および精製し、同じようにして消化および精製したベクターpPL1146に連結した。連結物を大腸菌(E coli)DH5□細胞に形質転換し、適正なプラスミドを含んでいるコロニーを、DNA配列決定によって鑑別した。示す配列は、センス鎖についてのものであり、5’−から3’−方向に伸びている。
ネクレオチド配列
Figure 2017525665
AH−Fcのタンパク質発現および精製:
標準のポリエチレンイミン法を使用して、1mlあたり1×10細胞の密度で、AH−Fc発現プラスミドDNAをHEK293T細胞に形質移入した。次いで、500mlの培養物を、3Lフラスコ中のFreeStyle 293培地(Life Technologies)において37℃で4日間成長させた。
AH−Fcタンパク質は、清澄化した条件培地から精製した。簡潔に述べると、500mlの条件培地を、4ml/分で、5mlのHiTrap MabSelect SuReカラム(GE Life Sciences)に流した。0.1%のTriton X−114を含有する20カラム体積のPBSでカラムを洗浄し、次いで、Fc−AHタンパク質を0.1Mのグリシン(pH2.7)で溶離させ、1MのTris−HCl(pH9)で中和し、PBSに対して透析した。タンパク質収量は、条件培地500mlあたり10〜20mgであり、エンドトキシンレベルは、Charles River ENDOSAFE PTS試験によって測定したとき、1EU/mgを下回った。
タンパク質は、還元されたN−脱グリコシルAH−Fcタンパク質のLC/MSによって特徴付けられた。Fc−AHの分子量が予想された。
未変性AH−Fcタンパク質のLC/MS:ピークは、不均一であり、二量体について予想されるより約3kDa大きかった。これは、N連結型グリコシル化コンセンサス部位を有するFcについて予想されるN連結型グリコシル化の特性を示している。
Superdex200での分析的サイズ排斥:AH−Fcタンパク質は、89〜100%の間の二量体、0〜10%の四量体、および0〜1%の凝集体を有する。
還元SDS/PAGE:タンパク質は、主に、予想されたサイズのモノマーとして移動した。
ステップ5:AH−Fc BCNの調製(Fc−HA N末端におけるクリックハンドルの設置)
Figure 2017525665
AH−Fc配列:
Figure 2017525665
AH−Fc(ステップ4に由来:1mL、3mg/mL、0.117μmol)を、30mMのNaOAc(pH4.0)(4.3mL)に溶解させ、DMSO(0.70mL)中(1R,8S,9s)−ビシクロ[6.1.0]ノナ−4−イン−9−イルメチル(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)カーボネート(BCN)の10mg/mLの保存溶液をゆっくりと加え、反応液を室温で3日間シェーカープレートに置いた。BCN(0.25mL)を加え、反応液を室温で3日間混合した。BCN(0.70mL)を加え、反応液を室温で16時間混合した。10kDa MWCOアミコン遠心濾過器を使用して、反応液を5回希釈および濃縮して900μLの体積にすることによって、溶液を30mMのNaOAc(pH4.0)に交換した。溶液を遠心分離し、上清を除去した。濃度は、A280によって、1.73mg/mL(1.56mg、26%)であることが測定された。LCMS(QT2、タンパク質_20〜70kDa_3分、Proswift Monolith 4.6×50mm、50℃、溶離液A:水+0.1%ギ酸、溶離液B:CAN+0.1%ギ酸、2分かけて2〜98%)R=1.58分。
Figure 2017525665
ステップ6:Fc−HA−BCN+中間体14c(CNMペプチドのFCへのコンジュゲーション)
Figure 2017525665
O中中間体14cの50mg/mLの保存溶液を調製した。中間体14c(53.7μL、1.515μmol)を、30mMのNaOAc(pH4.0)中Fc−HA−BCN(1.73mg/mL、1.56mg、0.03μmol)の保存溶液に加え、反応液を室温で16時間混合した。50kDa MWCOアミコン遠心濾過器を使用して、反応液を5回希釈および濃縮して250μLの体積にすることによって、溶液を30mMのNaOAc(pH4.0)に交換した。濃度は、A280によって、3.32mg/mL(830μg、50%)であることが測定された。LCMS(QT2、タンパク質_35〜70kDa_3分、Proswift Monolith 4.6×50mm、50℃、溶離液A:水+0.1%ギ酸、溶離液B:CAN+0.1%ギ酸、2分かけて10〜80%)R=1.43分、MS[M(グリコシル化)+H]54524.5。

Claims (33)

  1. 標的タンパク質または標的ペプチドを、N末端アミノ酸のアミノ官能基において修飾する方法であって、
    a.得られるタンパク質またはペプチドが、前記N末端アミノ酸に隣接する位置にヒスチジンアミノ酸を含有するように、前記標的タンパク質または標的ペプチドを修飾するステップと、
    b.前記N末端アミノ酸に隣接する前記位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドを、アシル化用化合物と6未満のpHで接触させて、修飾されたタンパク質またはペプチドを生成するステップと
    を含む、方法。
  2. 前記N末端アミノ酸に隣接する前記位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドの前記N末端アミノ酸に隣接するアミノ酸を、ヒスチジンアミノ酸で置き換えることにより調製される、請求項1に記載の方法。
  3. 前記N末端アミノ酸に隣接する前記位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドの前記N末端にある2つのアミノ酸を、アミノ酸配列XH−[式中、Hは、ヒスチジンであり、Xは、M、A、Q、NおよびGから選択されるアミノ酸である]で置き換えることにより調製される、請求項1に記載の方法。
  4. 前記アミノ酸配列XH−が、MH−またはAH−である、請求項3に記載の方法。
  5. 前記N末端アミノ酸に隣接する前記位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端にある3つのアミノ酸を、アミノ酸配列XHX’−[式中、Hは、ヒスチジンであり、XおよびX’は、独立して、M、A、Q、NおよびGから選択されるアミノ酸である]で置き換えることにより調製される、請求項1に記載の方法。
  6. 前記アミノ酸配列XHX’−が、AHA−およびMHAから選択される、請求項5に記載の方法。
  7. 前記N末端アミノ酸に隣接する前記位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端に、式XHの2つのアミノ酸配列または式XHX’−の3つのアミノ酸配列[式中、Hは、ヒスチジンであり、XおよびX’は、M、A、Q、NおよびGから独立して選択される]を追加することにより調製される、請求項1に記載の方法。
  8. 前記N末端アミノ酸に隣接する前記位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端にヒスチジンタグを追加することにより調製される、請求項1に記載の方法。
  9. 前記N末端アミノ酸に隣接する前記位置にヒスチジンアミノ酸を含有する前記タンパク質またはペプチドが、前記標的タンパク質または標的ペプチドのN末端に、MHHHHHH−またはMHHHHHHM−から選択されるアミノ酸配列を追加することにより調製される、請求項8に記載の方法。
  10. 前記アシル化剤が、活性化型の次式:
    HO−C(O)−(L−R[式中、
    は、リンカーであり、
    は、生体相互作用薬もしくは分析用薬剤への共有結合を促進する反応性基を含む部分であるか、またはRは、生体相互作用薬もしくは分析用薬剤であり、
    nは、0または1である]
    の酸である、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。
  11. 前記アシル化剤が、次式:
    Figure 2017525665
    [Rは、HまたはSONaである]
    のものである、請求項10に記載の方法。
  12. nが1であり、Lが、1つまたは複数のアルキル基、アルケニル基、シクロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、ヘテロ環基、ポリエチレングリコール、および/もしくは1つまたは複数の天然もしくは天然でないアミノ酸、またはこれらの組合せを含み、前記アルキル、アルケニル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、ポリエチレングリコール、および/もしくは天然もしくは天然でないアミノ酸はそれぞれ、場合により互いに合体および連結しているか、または前記生体相互作用薬/分析用薬剤および/もしくは前記標的タンパク質/ペプチドに、−C(O)O−、−OC(O)−、−NHC(O)−、−C(O)NH−、−O−、−NH−、−S−、−C(O)−、−OC(O)NH−、−NHC(O)−O−、=NH−O−、=NH−NH−、もしくは=NH−N(アルキル)−から選択される化学基を介して連結している、請求項10または11に記載の方法。
  13. 前記リンカーが、線状もしくは分枝状アルキル、または分子量が100kD〜5000kDの間であるポリエチレングリコールである、請求項12に記載の方法。
  14. が生体相互作用薬または分析用薬剤である、請求項10から13のいずれか一項に記載の方法。
  15. R1がビオチンである、実施形態14に記載の方法。
  16. R1がアルブミン結合性部分である、実施形態14に記載の方法。
  17. 前記アシル化剤が、
    Figure 2017525665
    [R8は、線状もしくは分枝状C6〜70アルキル、線状もしくは分枝状C6〜70アルケニル、または線状もしくは分枝状C6〜70アルキニルであり、これらはそれぞれ、カルボキシおよびヒドロキシルから選択される1〜3つの置換基で場合により置換されており、
    sは、1〜34である]
    である、実施形態1から14および16のいずれか1つに記載の方法。
  18. が、生体相互作用薬もしくは分析用薬剤への共有結合を促進する反応性基を含む部分である、請求項10から13のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記反応性基が、アシル、エステルもしくは混合無水物、アルキン、テトラジン、マレイミド、イミデート、またはカルボキシから選択される、請求項18に記載の方法。
  20. 前記反応性基がシクロオクチン部分である、請求項18または19に記載の方法。
  21. 前記アシル化剤が
    Figure 2017525665
    である、請求項1から13および18から20のいずれか一項に記載の方法。
  22. 生体相互作用薬または分析用薬剤を、前記アシル化剤中に存在する前記反応性基と反応させるステップをさらに含み、前記生体相互作用薬または分析用薬剤は、官能基を介して、場合によりリンカーLを介して反応させる、請求項18から21のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記官能基が、アミノ基、アジド基、アルケン基、チオール基、およびヒドラジン、ヒドロキシルアミン基から選択される、請求項22に記載の方法。
  24. 前記官能基がアジドである、請求項22または23に記載の方法。
  25. 前記生体相互作用薬または分析用薬剤が、ビオチン、蛍光体、毒素、キレーター、アルブミン結合性部分または血漿タンパク質結合性部分、未変性Fc、Fc変異体、画像処理試薬、およびペプチドから選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記標的タンパク質または標的ペプチドが、APJアゴニストペプチド、未変性Fc、Fc変異体、またはGDF15タンパク質もしくはその変異体である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記pHが5未満である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  28. 前記pHが4である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
  29. 請求項1から28のいずれか一項に記載の方法によって調製されるコンジュゲート。
  30. 請求項29に記載のコンジュゲートまたは請求項1から28のいずれか一項に記載の修飾タンパク質もしくは修飾ペプチドを含む、ワクチン。
  31. 請求項1から28のいずれか一項に記載の修飾タンパク質または修飾ペプチドを含む、治療用タンパク質。
  32. 請求項1から28のいずれか一項に記載の修飾タンパク質または修飾ペプチドを含む、画像処理剤。
  33. 請求項1から28のいずれか一項に記載の修飾タンパク質または修飾ペプチドを含む、標識用ツール。
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