JP2017525380A - アセチルCoAからアルケンを生成する組換え微生物 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、USPTOに2014年9月3日に出願され、米国特許出願第62/045,083号を正式に割り当てられた「気体性C1炭素源および/または気体性C1炭素源と電子をアルケンに変換するための遺伝子操作された微生物および方法(Genetically engineered microorganism and process for converting gaseous C1−carbon sources and/or gaseous C1−carbon sources and electrons into alkenes)に関する出願の利益およびそれに対する優先権を主張する。本出願はまた、USPTOに2014年9月9日に出願され、米国特許出願第62/047,827号を正式に割り当てられた「気体性C1炭素源および/または気体性C1炭素源と電子を1,3−ブタジエンに変換するための遺伝子操作された微生物および方法(Genetically engineered microorganism and process for converting gaseous C1−carbon sources and/or gaseous C1−carbon sources and electrons into 1,3−butadiene)に関する出願の利益およびそれに対する優先権を主張する。本出願はまた、欧州特許庁に2014年9月26日に出願され、欧州特許出願第14186574号を正式に割り当てられた「気体性C1炭素源および/または気体性C1炭素源と電子を2−メチル−1,3−ブタジエンと1,3−ブタジエンに変換するための遺伝子操作された微生物および方法(Genetically engineered microorganism and process for converting gaseous C1−carbon sources and/or gaseous C1−carbon sources and electrons into 2−methyl−1,3−butadiene and 1,3−butadiene)に関する出願の利益およびそれに対する優先権を主張する。本出願はまた、欧州特許庁に2014年9月26日に出願され、欧州特許出願第14186690号を正式に割り当てられた「気体性C1炭素源および/または気体性C1炭素源と電子をアルケンに変換するための遺伝子操作された微生物および方法(Genetically engineered microorganism and process for converting gaseous C1−carbon sources and/or gaseous C1−carbon sources and electrons into alkene)に関する出願の利益およびそれに対する優先権を主張する。前記出願である米国特許出願第62/045,083号、米国特許出願第62/047,827号、欧州特許出願第14186574号、および欧州特許出願第14186690号の内容は、全ての表、図面、および特許請求の範囲を含め、ならびにそこに含まれず、PCTのRule 4.18に準拠するPCTのRule 20.5(a)において言及される説明、特許請求の範囲または図面の任意の要素または一部の組み込みを含め、その全体があらゆる目的で参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は配列表を含む。
組換え微生物が提供される。また、組換え微生物を用いる方法が提供される。この方法は、C1炭素源を、1〜6個の炭素原子の主鎖を有する1つまたは複数のアルカンおよび/またはアルケンに変換する方法である。
バッキ(Alkalibaculum bacchii)、アセトアリエロビウム・リオテラ(Aecetoariaerobium riotera)、ユーバクテリウム・リモサム(Eubacterium limosum)、デスルフィトバクテリウム・ハフィエリス(Desulfitbacterium hafhierise)、ペプトストレプトコッカス・プロダクタス(Peptostreptococcus productus)、ロドスピリルム・ルブルム(Rhodospirillum rubrum)、サーモアナエロバクター・キウビ(Thermoanaerobacter kiuvi)、オキソバクター・プフェニギ(Oxobacter pfennigii)、アセトハロビウム・アラバチカム(Acetohalobium arabaticum)、カルボフィルス・カルボキシダス(Carbophilus carboxidus)、クロアシバチルス・エブリエンシス(Cloacibacillus evryensis)、ヒドロゲノファガ・シュードフラバ(Hydrogenophaga pseudoflava)、ロドシュードモナス・パルストリス(Rhodopseudomonas palustris)、シュードモナス・ガゾトロファ(Pseudomonas gazotropha)、ラルストニア・ユートロファ(Ralstonia eutropha)、カルデリハビタンス・マリチムス(Calderihabitans maritimus)、カロリバクテリウム・システルナエ(Caloribacterium cisternae)、カルボキシドブラキウム・パシフィカム(Carboxydobrachium pacificum)、デスルフリスポラ・サーモフィラ(Desulfurispora thermophila)、ディクチオグロムス・サーモフィルム(Dictyoglomus thermophilum)、ヒドロゲノフィルス・アイランディクス(Hydrogenophilus islandicus)、サーミンコラ・カルボキシジフィラ(Thermincola carboxydiphila)、サーミンコラ・フェリアセチカ(Thermincola ferriacetica)、サーミンコラ・ポテンス(Thermincola potens)、サーモアセトゲニウム・ファエウム(Thermoacetogenium phaeum)、サーモアナエロバクター・キブイ(Thermoanaerobacter kivui)、サーモアナエロバクター・サーモヒドロスルフリクス亜種カルボキシドボランス(Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus subsp. carboxydovorans)、サーモシヌス・カルボキシジボランス(Thermosinus carboxydivorans)、オリゴトロファ・カルボキシドボランス(Oligotropha carboxidovorans)、デスルフォスポロシヌス・メリジエイ(Desulfosporosinus meridiei)、デハロコッコイデス・マッカルチ(Dehalococcoides mccartyi)、デスルファチバシルム・アリファチシボランス(Desulfatibacillum aliphaticivorans)、デスルフォバクテリウム・オートトロフィカム(Desulfobacterium autotrophicum)、デスルフォバクラ・トルオリカ(Desulfobacula toluolica)、デスルフォスピラ・ジョエルゲンセニ(Desulfospira joergensenii)、デスルフォスポロシヌス・オリエンチス(Desulfosporosinus orientis)、デスルフォスポロシヌス・ヤンギアエ(Desulfosporosinus youngiae)、デスルフォベルミクルス・ハロフィルス(Desulfovermiculus halophilus)、デスルフリスポラ・サーモフィラ(Desulfurispora thermophila)、ホロファガ・フォエチダ(Holophaga foetida)、メタノブレビバクター・アルボリフィルス(Methanobrevibacter arboriphilus)、オレニア・サリナリア(Orenia salinaria)、ペニバシルス・ポリミキサ(Paenibacillus polymyxa)、チンダリア・カリフォニエンシスTindallia californiensis)、アノキシバチルス・フラビサームス(Anoxybacillus flavithermus)、デスルフォビルグラ・サーモクニクリ(Desulfovirgula thermocuniculi)、サーモセジミニバクター・オセアニ(Thermosediminibacter oceani)、カンジダタス・スカリンデュア・ブロダエ(Candidatus Scalindua brodae)、アセトアナエロビウム・ノテラエ(Acetoanaerobium noterae)、アンモニフェックス・デゲンシ(Ammonifex degensii)、アセチトマクルム・ルミニス(Acetitomaculum ruminis)、アセトアナエロビウム・ロマシュコビル(Acetoanaerobium romashkovil)、アセトネマ・ロンガム(Acetonema longum)、ブリアネラ・フォルマテキシゲンス(Bryanella formatexigens)、カロラマトル・フェルビダス(Caloramator fervidus)、ナトロニエラ・アセチゲナ(Natroniella acetigena)、ナトロニンコラ・ヒスチノボランス(Natronincola histinovorans)、シントロフォコッカス・スクロムタンス(Syntrophococcus sucromutans)、トレポネマ・プリミチア(Treponema primitia)、シュードモナス・カルボキシドヒロゲナ(Pseudomonas carboxydohyrogena)、シュードモナス・サーモカルボキシドボランス(Pseudomonas thermocarboxydovorans)、ブラジリゾビウム・ジャポニカム(Bradyrhizobium japonicum)、ストレプトミセス・サーモオートトロフィクス(Streptomyces thermoautotrophicus)、バチルス・シュレゲリ(Bacillus schlegelii)、カルダナエロバクター・スブテラネウス(Caldanaerobacter subterraneus)、サーモリトバクター・カルボキシジボランス(Thermolithobacter carboxydivorans)、サーモコッカス・オヌリネウス(Thermococcus onnurineus)、サーモフィルム・カルボキシジトロフス(Thermofilum carboxyditrophus)、アルケオグロブス・フルギダス(Archaeoglobus fulgidus)、デスルフォモニル・チエジェイ(Desulfomonile tiedjei)、サーモプロテウス・テナックス(Thermoproteus tenax)またはルブリビバックス・ゲラチノーサ(Rubrivivax gelatinosa)の種である。
20−トランスポザーゼ(例えば、himar1)
22−トランスポザーゼ認識部位(5’ITR逆方向末端反復)
24−抗生物質耐性マーカー(mIsR)
26−目的の遺伝子(カーゴ)
28−トランスポザーゼ認識部位(3’ITR逆方向末端反復)
30−複製起点
31−アセトアセチル−コエンザイムAシンターゼチオラーゼ(EC2.3.1.9)=AtoB
32−3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.157)=hbd
34−3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.55)=crt
36−アシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)=YciA、YdiI
38−フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ(EC4.1.1.−)=PAD1、PADC
40−ゲラニオールイソメラーゼ/リナロールデヒドラターゼ(EC5.4.4.4およびEC4.2.1.127)=GIM、GIT
42−アセチル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.2)=AccABCD
44−アセトアセチル−CoAシンターゼ(EC2.3.1.194)=nphT7
46−アセトアセチル−CoAリダクターゼ(EC1.1.1.36)=phaB1
48−(R)特異的エノイル−CoAヒドラターゼ(EC4.2.1.119)=phaJ
50−4−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ(EC2.6.1.19)=gabT
52−グルタミン酸デヒドロゲナーゼ(EC1.4.1.2)=gdh
54−2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ(EC1.1.99.2)=ygaF
56−グルタコン酸CoA−トランスフェラーゼ(EC2.8.3.12)=gctA
58−2−ヒドロキシグルタリル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.−)=hdgAB
60−グルタコニル−CoAデカルボキシラーゼ(EC4.1.1.70)=gcdABCD
62−4−ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ、NAD依存的4−ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.61)とも呼ばれる=4hbD
64−4−ヒドロキシ酪酸CoA−トランスフェラーゼ(EC2.8.3.−)=abfT
66−ビニルアセチル−CoA−デルタ−イソメラーゼ(EC4.2.1.120)=abfD
68−4−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ(EC5.3.3.3)=abfD
70−アセトアセチル−コエンザイムAシンターゼチオラーゼ(EC2.3.1.9)=Bktb
72−2−オキソグルタル酸/酪酸フェレドキシンオキシドリダクターゼ、2−ケトグルタル酸オキシドリダクターゼ(EC1.2.7.3)とも呼ばれる=KorAB
74−ピルビン酸/2−オキソ酪酸フェレドキシンオキシドリダクターゼ、ピルビン酸/ケトイソ吉草酸オキシドリダクターゼ(EC1.2.7.1)=PFOR
76−メチルマロニル−CoAムターゼ(EC5.4.99.2)=scpA
78−メチルマロニル−CoAデカルボキシラーゼ(EC4.1.1.41)=scpB
80−3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリル−CoAシンターゼ(EC2.3.3.10)=mvaS
82−3−メチルグルタコニル−CoAヒドラターゼ(EC4.2.1.18)=liuC
84−3−メチルクロトニル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.4)=liuBD
86−trans−2−エノイル−CoAリダクターゼ(EC1.1.1.36)=ter
88−アセチル−CoAアセチルトランスフェラーゼ(EC3.1.2.−)=Bktb
90−3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.157)=pAAH1
92−アシル−CoAヒドロラーゼ(EC3.1.2.−)=mBACH
94−リン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)=ptb
96−酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)=buk
100−乳酸CoA−トランスフェラーゼ(EC2.8.3.−)=pct
102−ラクトイル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.54)=lcdAB
104−マロニルCoAリダクターゼ(EC1.2.1.75)=mcr
106−マロニルCoAリダクターゼ(EC1.1.1.298)=mcr
108−プロピオニル−CoAシンターゼ(EC6.2.1.36)=pcr
110−プロピオニル−CoAシンターゼ/アクリロイル−CoAシンターゼ(EC4.2.1.116)=pcr、msed12
112−プロピオニル−CoAシンターゼ(EC1.3.1.84)=pcr
132−リプレッサー(例えば、lacI)
134−オペレーター部位(例えば、lacオペレーター)
136−トランスポザーゼ認識部位(5’ITR逆方向末端反復)
138−抗生物質耐性遺伝子(mIsR)
140−抗生物質耐性タンパク質(mIsR)
142−陽性選択特徴を有するプラスミド
144−DNAカセットが無作為に組み込まれた染色体
pMB1=複製起点(大腸菌(E.coli))
repH=複製起点(クロストリジウム(Clostridium))
catp=クロラムフェニコール/チアンフェニコール耐性マーカー
lacI=lacリプレッサー
tetR=テトラサイクリンリプレッサー
xylR=キシロースリプレッサー
himar=トランスポザーゼ
別途記述しない限り、説明および特許請求の範囲を含む本文献中で用いられる以下の用語は、下記に与えられる定義を有する。
1.非極性側鎖(例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン)、
2.非荷電極性側鎖(例えば、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、プロリン、システイン、トリプトファン)、
3.塩基性側鎖(例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン)、
4.酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、
5.ベータ−分枝側鎖(例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン)および
6.芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)
に分けられる。この分類を、さらに分割することができる。さらなる位置付けとして、以下の8群はそれぞれ、通常、互いに対する保存的置換を定義すると考えられるアミノ酸:
1)アラニン(Ala)、グリシン(Gly);
2)アスパラギン酸(Asp)、グルタミン酸(Glu);
3)アスパラギン(Asn)、グルタミン(Gln);
4)アルギニン(Arg)、リシン(Lys);
5)イソロイシン(Ile)、ロイシン(Leu)、メチオニン(Met)、バリン(Val);
6)フェニルアラニン(Phe)、チロシン(Tyr)、トリプトファン(Trp);
7)セリン(Ser)、トレオニン(Thr);および
8)システイン(Cys)、メチオニン(Met)
を含有する。保存的置換を、上記6群のうちの1群内の最初のアミノ酸の、6群のうちの同じ群内のさらなるアミノ酸による置換であると考えることができる。保存的置換は一般に、突然変異されるアミノ酸と、それぞれに続く1つまたは複数の、保存的であると考えることができる置換にしたがって列挙してある、以下の置換:Ala→Gly、Ser、Val;Arg→Lys;Asn→Gln、His;Asp→Glu;Cys→Ser;Gln→Asn;Glu→Asp;Gly→Ala;His→Arg、Asn、Gln;Ile→Leu、Val;Leu→Ile、Val;Lys→Arg、Gln、Glu;Met→Leu、Tyr、Ile;Phe→Met、Leu、Tyr;Ser→Thr;Thr→Ser;Trp→Tyr;Tyr→Trp、Phe;Val→Ile、Leuである。他の置換もまた許容され、経験的に、または他の既知の保存的もしくは非保存的置換にしたがって決定することができる。保存的置換はまた、非天然アミノ酸の使用を含んでもよい。
本明細書に記載の組換え微生物は、一般に、生合成経路を提供する、完成させる、または増強する1つまたは複数の異種核酸配列を含有する。本明細書に記載の組換え微生物は一般に、アルカンおよび/またはアルケンの形成をもたらす生合成経路を一緒に定義するいくつかの酵素を発現することができる。生合成経路の1つまたは複数の酵素は、異種核酸配列によってコードされる。典型的には、生合成経路の酵素は、アルカンおよび/またはアルケンの生成を可能にするのに十分な量で発現される。それにより、組換え微生物は、一酸化炭素および/または二酸化炭素を、アルカンおよび/またはアルケンに変換することができる。本明細書に記載の組換え微生物は、メタンの形成をもたらす経路の酵素をコードする核酸配列を含有してもよい。いくつかの実施形態においては、本明細書に記載の組換え微生物は、エタンの形成をもたらす経路の酵素をコードする核酸配列を含有してもよい。
いくつかの原核生物は、グラム陰性細菌などの本明細書に記載の組換え微生物を取得する際の使用にとって好適である。いくつかの実施形態において、用いられる微生物は、一酸化炭素または二酸化炭素などの1つの炭素反応物質を発酵することができる細菌である。好適な種は、アセトバクテリウム(Acetobacterium)、アセトハロビウム(Acetohalobium)、アセトアナエロビウム(Acetoanaerobium)、アセチトマクルム(Acetitomaculum)、アセトネマ(Acetonema)、アルカリバクルム(Alkalibaculum)、アノキシバチルス(Anoxybacillus)、アモニフェックス(Ammonifex)、アーケオグロブス(Archaeoglobus)、バチルス(Bacillus)、ブラウティア(Blautia)、ブラジリゾビウム(Bradyrhizobium)、ブリアネラ(Bryanella)、ブチリバクテリウム(Butyribacterium)、カロラマトル(Caloramator)、カルデリハビタンス(Calderihabitans)、カロリバクテリウム(Caloribacterium)、カルダナエロバクター(Caldanaerobacter)、カンジダタス(Candidatus)、カルボフィルス(Carbophilus)、カルボキシドブラキウム(Carboxydobrachium)、カルボキシドセラ(Carboxydocella)、カルボキシドサームス(Carboxydothermus)、クロアシバチルス(Cloacibacillus)、クロストリジウム(Clostridium)、デスルホモニル(Desulfomonile)、デスルホビルグラ(Desulfovirgula)、ホロファガ(Holophaga)、ユーバクテリウム(Eubacterium)、デスルフィトバクテリウム(Desulfitbacterium)、デスルホトマクルム(Desulfotomaculum)、デスルフリスポラ(Desulfurispora)、デスルホスポロシヌス(Desulfosporosinus)、デハロコッコイデス(Dehalococcoides)、デスルファチバシルム(Desulfatibacillum)、デスルホバクテリウム(Desulfobacterium)、デスルホバクラ(Desulfobacula)、デスルホスピラ(Desulfospira)、デスルホベルミクルス(Desulfovermiculus)、デスルホビブリオ(Desulfovibrio)、ディクチオグロムス(Dictyoglomus)、ヒドロゲノフィルス(Hydrogenophilus)、ヒドロゲノファガ(Hydrogenophaga)、ムーレラ(Moorella)、メタノブレビバクター(Methanobrevibacter)、マイコバクテリウム(Mycobacterium)、ナトロニエラ(Natroniella)、ナトロニンコラ(Natronincola)、オリゴトロファ(Oligotropha)、オキソバクター(Oxobacter)、オレニア(Orenia)、ペニバチルス(Paenibacillus)、ペプトストレプトコッカス(Peptostreptococcus)、シュードモナス(Pseudomonas)、ラルストニア(Ralstonia)、ロドシュードモナス(Rhodopseudomonas)、ロドスピリルム(Rhodospirillum)、ルブリビバックス(Rubrivivax)、ルミノコッカス(Ruminococcus)、スカリンデュア(Scalindua)、シントロホコッカス(Syntrophococcus)、ストレプトミセス(Streptomyces)、スポロミュサ(Sporomusa)、サーモアナエロバクター(Thermoanaerobacter)、サーミンコラ(Thermincola)、サーモアセトゲニウム(Thermoacetogenium)、サーモシヌス(Thermosinus)、チンダリア(Tindallia)、サーモセジミニバクター(Thermosediminibacter)、トレポネマ(Treponema)、サーモリトバクター(Thermolithobacter)、サーモコッカス(Thermococcus)、サーモフィルム(Thermofilum)またはサーモプロテウス(Thermoproteus)の属にあってもよい。典型的には、アルカン/アルケン産生株としての開発のために選択される株を第1に分析して、どのアルケン産生遺伝子がその株にとって内因性であり、どの遺伝子が存在しないかを決定する。内因性対応物が株中に存在しない遺伝子を、1つまたは複数の構築物中で集合させた後、株中に形質転換して、失われている機能を供給する。内因性対応物が株中に存在する遺伝子を、必要に応じて、1つまたは複数の組換え遺伝子を用いて改変または添加して、例えば、特定の経路または特定のステップを介する流動を増強することができる。
本明細書に記載の微生物は、いくつかの実施形態においては、細菌であってもよい。いくつかの実施形態においては、本明細書に記載の細菌は、細菌染色体とさらなる核酸分子とを含有してもよい。さらなる核酸分子は、上記のように導入されたものであってもよい。いくつかの実施形態においては、本明細書に記載の細菌は、細菌染色体を含有し、さらなる核酸分子を含有しない。細菌染色体は、いくつかの実施形態においては、改変されており、本明細書に記載の外因性核酸配列を含有してもよい。外因性核酸配列は、異種核酸配列であってもよい。一実施形態において、細菌染色体は、本明細書に記載の異種性を含む外因性の核酸配列を含有し、さらなる核酸分子を含有しない。
必要に応じて、核酸もしくはタンパク質の量を検出することにより、または、酵素の場合、酵素活性を検出することにより、タンパク質の発現を検証することができる。任意の利用可能な方法を用いて、本明細書に開示される方法の文脈において核酸またはタンパク質の存在を検出することができる。そのような方法は、当業界で周知の確立された標準的な手順を含んでもよい。そのような技術の例としては、限定されるものではないが、RT−PCR、RNAase保護アッセイ、ノーザン分析、ウェスタン分析、ELISA、ラジオイムノアッセイまたは蛍光滴定アッセイが挙げられる。酵素について、酵素活性を用いて、その存在を評価し、存在するタンパク質の量を見積もることができる。それぞれの活性試験を、細胞中に導入することができる入手可能な色素を用いて細胞中、in vivoで実行することができる。
本明細書に記載の組換え微生物を用いて、1つまたは複数のアルケンおよび/またはアルカン生成物を生成することができる。1つまたは複数のアルケンおよび/またはアルカンの生成は、それぞれの微生物によってアセチル−CoAに変換することができる基質を提供することを含んでもよい。上記で説明された通り、アセチル−CoAは、中心的な代謝構成要素(building stone)である。用いられる微生物に応じて、様々な基質が潜在的に好適であってもよい。いくつかの実施形態においては、生成物は、COを含む基質を提供することを含んでもよい。いくつかの実施形態においては、CO2を含む基質を提供することができる。基質は、気体性であってもよく、ある特定の量のCOおよび/またはCO2を含有してもよい。例えば、25%(v/v)以上の一酸化炭素を含有する基質を提供することができる。また、25%(v/v)以上の二酸化炭素を含有する基質を提供することもできる。いくつかの実施形態においては、35%(v/v)以上の一酸化炭素を含有する基質を提供することができる。いくつかの実施形態においては、35%(v/v)以上の二酸化炭素を含有する基質を提供することができる。COは、水素と一酸化炭素とから本質的になる気体混合物である、合成気体とも呼ばれる、合成ガスに含まれる成分であってもよい。いくつかの実施形態においては、COとCO2の両方が合成ガス中に含まれていてもよい。
発現プラスミドSG323(および本明細書に記載される他の全てのプラスミド)の構築を、アゾトバクター・ビネランディ(Azotobacter vinelandii)CAに由来する遺伝子を用いる標準的な組換えDNA技術および分子クローニング技術によって実施した。図4Dは、操作されたモリブデンニトロゲナーゼ経路を含有するプラスミドSG323(配列番号4)を示す。このプラスミドを、以下のプロトコールによってクロストリジウム・リュングダリイ(Clostridium ljungdahlii)細胞中にエレクトロポレーションした。
エレクトロコンピテントなC.リュングダリイ(C. ljungdahlii)細胞の調製:C.リュングダリイ(C. ljungdahlii)エレクトロコンピテント細胞を作製するための手順を、以前に報告されたプロトコール(Kopke, M., et al., Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. (2010) 107, 29, 13087-13092)から改変した。遠心分離以外の全ての操作を、嫌気性チャンバ中、氷上で実行した。全てのバッファーおよび遠心分離チューブを、使用前に氷冷し、無酸素状態にした。全てのプラスチックを、使用前に少なくとも24h、嫌気性チャンバに入れて、残留酸素を全て除去した。コンピテント細胞を、使用まで−80℃で10%DMSOを含むSMPバッファー(270mMスクロース、1mM MgCl2、7mMリン酸ナトリウム、pH6)中で維持した。エレクトロコンピテントなC.リュングダリイ(C. ljungdahlii)細胞を、凍結ストックから新鮮に接種した培養物から調製した後、YTF液体培地中に2回移した。コンピテント細胞の調製の約15〜16h前に、中期から後期対数期の培養物を、40mM DL−トレオニンを添加した100mLの新鮮なYTF培地(600nmでの最終光密度[OD500]=0.004]を含有する2つの血清ボトル中に移した。37℃で一晩増殖させた後、初期対数期の細胞(OD600=0.2〜0.3;200mL)を、4℃で10min、10,000rpmでの遠心分離により集めた。細胞を200mlのSMP洗浄バッファーで2回洗浄し、1010〜1011細胞/mLの最終濃度で同じバッファー中に再懸濁した。凍結防止バッファー(60%DMSO−40%SMP、pH6)を、最終再懸濁容量の1/5でコンピテント細胞に添加して、10%DMSOの最終濃度を達成した。得られたコンピテント細胞(25μL/チューブ)を、将来の使用のために−80℃で保存した。これらの凍結コンピテント細胞の能力は、約1カ月にわたって安定なままであった。
10g/L酵母抽出物
16g/L Bactoトリプトン
4g/L塩化ナトリウム
5g/Lフルクトース
2mM L−システインを添加
最終pHは6.0である。
NH4Cl: 1.0g
KCl: 0.1g
MgSO4x7H2O 0.2g
NaCl 0.8g
KH2PO4 0.1g
CaCl2x2H2O 20.0mg
微量元素(以下を参照) 10.0mL
Wolfeのビタミン溶液(以下を参照) 10.0mL
還元剤(以下を参照) 10.0mL
蒸留水 980.0mL
最終pHは6.0である。
ニトリロ三酢酸 2.0g
MnSO4xH2O 1.0g
Fe(SO4)2(NH4)2x6H2O 0.8g
CoCl2x6H2O 0.2g
ZnSO4x7H2O 0.2mg
CuCl2x2H2O 20.0mg
NiCl2x6H2O 20.0mg
Na2MoO4x2H2O 20.0mg
Na2SeO4 20.0mg
Na2WO4 20.0mg
蒸留水 1.0L
ニトリロ三酢酸を水に添加し、KOHでpH6.0に調整する。残りの成分を添加する。
ビオチン 2.0mg
葉酸 2.0mg
塩酸ピリドキシン 10.0mg
チアミンxHCl 5.0mg
リボフラビン 5.0mg
ニコチン酸 5.0mg
D−(+)−パントテン酸カルシウム 5.0mg
ビタミンB12 0.1mg
p−アミノ安息香酸 5.0mg
チオクト酸 5.0mg
蒸留水 1.0L。
L−システイン(遊離塩基) 4.0g
蒸留水 100.0mL。
また、プラスミドSG193(図4Aおよび配列番号1)、プラスミドSG211(図4Bおよび配列番号2)およびプラスミドSG278(図4Cおよび配列番号3)を用いて、クロストリジウム・リュングダリイ(Clostridium ljungdahlii)およびクロストリジウム・オートエタノゲナム(Clostridium autoethanogenum)細胞を操作して、メタン、エタン、エテン、プロパン、プロペン、n−ブタン、1−ブテン、2−メチルプロペン、n−ペンタン、1−ペンテン、n−ヘキサンを生成した。好ましい実施形態に記載されたものと同じ基本プロトコールおよびプロセスを実施した。以下に列挙されるような様々な基質を用いた。
60%CO、10%CO2、30%H2
100%CO
30%CO2および60%H2
60%CO、10%CO2、30%H2および電子
100%COおよび電子
100%CO2および電子
30%CO2および60%H2および電子。
以下の実施例は、所与の宿主または筐体微生物中に異種DNA(代謝遺伝子クラスターまたは他の任意の機能的もしくは非機能的核酸配列)を組み込む方法を例示する。突然変異細菌の陽性選択(または直接的遺伝子選択)は、組換え細菌の生存が生物中に導入されるDNAによりコードされる特定の機能の存在または非存在に依存する場合はいつでも可能である。スクリーニング法に勝る選択方法の利点は、部位特異的突然変異を有する細菌の増殖がその特異的突然変異を欠く細菌よりも非常に好ましく、かくして、好ましい突然変異体の同定を容易にするということである。転位のために認識される塩基配列に隣接するトランスポザーゼおよび組み込みカセットなどの、転位にとって必要とされる全ての機能はプラスミド上に導入されるため、組み込みカセットの一部としての抗生物質選択マーカーによる直接陽性選択は不可能である。耐性マーカーはプラスミド上で機能的であり、したがって(多くのプラスミドも高コピー数を有する)、増殖における優位性は組み込み事象からは生じない。しかしながら、マーカーが染色体DNA中に組み込まれた場合にのみ発現され、かくして、活性である場合、インテグランドに関する陽性選択が可能である。
転位にとって必要な全てのもの(抗生物質耐性マーカーおよびBsFbFPに隣接した、逆方向末端反復とも呼ばれる転位のために認識される塩基配列およびキシロース誘導プロモーターの制御下にあるトランスポザーゼを含む組み込みカセット)を担持する4つの異なる大腸菌(E.coli)−クロストリジウムシャトルプラスミドと、さらなる機能を有さない大腸菌(E.coli)−クロストリジウムシャトルプラスミドのみからなる陰性対照とを試験することによって、嫌気性蛍光タンパク質(BsFbFP)の染色体組み込みを確立した。野生型トランスポザーゼhimar1およびまた過活動変異体himar1C9を試験した。クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)の遺伝子形質転換のために、プラスミドpANTによってin vivoでプラスミドをメチル化した。用いたベクターは、配列番号9〜14のものである。そのベクターマップを、図9〜図14から取ることができる。
プラスミドpANT(φ3Tメチルトランスフェラーゼ)と共に大腸菌(E.coli)XL1 Blue MR中でのプラスミドの形質転換
抗生物質:アンピシリン、クロラムフェニコールおよびテトラサイクリンの播種
中間調製(DNAの濃度は低すぎるべきではない)。
・OD600=0.8〜1で細胞を集める
・2200gで10min(4℃)、細胞を遠心分離する
・40mlの氷冷HEB+バッファーで細胞を洗浄する
・2200xgで10min(4℃)遠心分離する
・HEB+バッファーで3回、細胞を洗浄する
・2mlのHEBバッファー中に懸濁し、600μLにアリコートする(1回の形質転換)
・冷却した4mmのエレクトロポレーションキュベットおよび最大4μLのプラスミド(600μLの細胞)を用いる
・氷上で2minインキュベートする
・2500Vでエレクトロポレーションする
・1.4mLの2xYTG培地を添加し、36℃で4時間インキュベートする
・適切な抗生物質、例えば、クラリスロマイシン(Cla)またはチアンフェニコール(Tm)を選択プレート上に播種する
・36℃で3日間インキュベートする
・コロニーを観察し、液体培養に接種する。
2xYTG:5g/Lグルコース
16g/Lトリプトン
10g/L酵母抽出物
5g/L NaCl
pH7.0
HEB+バッファー:
7mM HEPES
272mMスクロース
5mM MgCl2
pH7.4
HEBバッファーは、MgCl2を含有しない。
用いたメチル化プラスミドの濃度:
pANTメチル化プラスミドBG00132:350ng/μL
pANTメチル化プラスミドBG00133:300ng/μL
pANTメチル化プラスミドBG00134:280ng/μL
pANTメチル化プラスミドBG00135:385ng/μL
pANTメチル化プラスミドBG00136:500ng/μL。
培地1=2xYTG 5g/Lグルコース
培地2=2xYTG 5g/Lグルコース+2.5g/Lキシロース
培地3=2xYTG 5g/Lグルコース+10g/Lキシロース。
2μLのそれぞれの予備培養物を、
−5g/Lグルコース
−5g/Lグルコースおよび2.5g/Lキシロース〜10g/Lキシロース
を含有する2xYTプレート上に播種した。
1.2xYTGプレート
2.5g/Lグルコースおよび2.5g/Lキシロースを含む2xYTGX
3.10g/Lキシロースを含む2xYTX。
1.2xYTGプレート
2.5g/Lグルコースおよび2.5g/Lキシロースを含む2xYTGX
3.10g/Lキシロースを含む2xYTX。
1.2xYTGプレート
2.5g/Lグルコースおよび2.5g/Lキシロースを含む2xYTGX
3.10g/Lキシロースを含む2xYTX。
1.抗生物質を含まない2xYTGプレート
2.10μg/Lクラリスロマイシン(Cla)を含む2xYTGプレート
3.20μg/Lチアンフェニコール(Tm)を含む2xYTGプレート。
Macherey−Nagelからのキット(溶解が難しい細菌のための特殊なプロトコール)を用いるクロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)組み込み株(表を参照)のゲノムDNAの調製。約20mLの液体培養物を用いた。gDNAの濃度を、ナノドロップによって決定した。
インテグランド1=470ng/μL
インテグランド2=460ng/μL
インテグランド3=520ng/μL
インテグランド4=710ng/μL
インテグランド5=380ng/μL
インテグランド6=460ng/μL
インテグランド7=440ng/μL
インテグランド8=450ng/μL
インテグランド9=420ng/μL
インテグランド10=400ng/μL
インテグランド11=570ng/μL
インテグランド12=370ng/μL。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)組み込みチェック。
鋳型:インテグランド(クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum))のゲノムDNAおよび野生型gDNA、陽性対照ベクターBG132
プライマーBG272フォワード:GCACTTCCTCTTGTTGGAAAT(配列番号58)
プライマーBG273リバース:ACTTGTGCAAGTCCACTTAAA(配列番号59)。
鋳型:インテグランド(クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum))のゲノムDNAおよび野生型gDNA、陽性対照ベクターBG132
プライマーBG274フォワード:CTATGTGGCGCGGTATTATC(配列番号60)
BG275リバース:GCATTTAAGCGTCAGAGCATGG(配列番号61)。
鋳型:インテグランド(クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum))のゲノムDNAおよび野生型gDNA、陽性対照ベクターBG132
プライマーBG276フォワード:TTTAATCGTGGAATACGGGTTTG(配列番号62)
プライマーBG277リバース:GTGAGCTATTCACTTTAGGTTTAGG(配列番号63)。
鋳型:インテグランド(クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum))のゲノムDNAおよび野生型gDNA、陽性対照ベクターBG132
プライマーBG278フォワード:CAAAAGGCCAGGAACCGTAA(配列番号64)
プライマーBG279リバース:GCGTCAGACCCCGTAGAAAA(配列番号65)。
鋳型:インテグランド(クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum))のゲノムDNAおよび野生型gDNA、陽性対照ベクターBG132
プライマーBG280フォワード:ATTGTAAACCGCCATTCAGAG(配列番号66)
プライマーBG281リバース:ATACCGTTGCGTATCACTTTC(配列番号67)。
レーン1:Roth(Carl Roth GmbH & CO.KG、Karlsruhe、Germany)から購入した3μLラダー1kB
レーン2〜6:インテグランド1 PCR1〜5;結果:1および3陽性、2、4、5陰性
レーン7〜11:インテグランド2 PCR1〜5;結果:1および3陽性、2、4、5陰性
レーン12:Rothから購入した3μLラダー100bp
レーン13〜17:インテグランド3 PCR1〜5;1および3陽性、2、4、5陰性
レーン18〜22:インテグランド4 PCR1〜5;1および3陽性、2、4、5陰性
レーン23〜27:インテグランド5 PCR1〜5;1および3陽性、2、4、5陰性
レーン28:Rothから購入した3μLラダー1kB。
レーン1:Rothから購入した3μLラダー1kB
レーン2〜6:インテグランド6 PCR1〜5;結果:1および3陽性、2、4、5陰性
レーン7〜11:インテグランド7 PCR1〜5;結果:1および3陽性、2、4、5陰性
レーン12〜16:インテグランド8 PCR1〜5;1および3陽性、2、4、5陰性
レーン17:Rothから購入した3μLラダー100bp
レーン18〜22:野生型 PCR1〜5;全て陰性
レーン23〜27:インテグランド5 PCR1〜5;1、3、4、5陽性、2陰性
レーン28:Rothから購入した3μLラダー1kB。
初期の分析に関する表:
インテグランドを、Leica蛍光顕微鏡上で分析した。クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)インテグランド1の画像を、図16A、図16Bおよび図16Cに示す。倍率は1000xである。クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)インテグランド2の画像を、図16Dに示す。クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)インテグランド10の画像を、図16E、図16Fおよび図16Gに示す。クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)野生型対照の画像を、図16Hに示す。全ての検査したインテグランドが、蛍光を示す。野生型対照は陰性である。
初期の、面倒な染色体組み込み系をさらに改善するために、組み込みマーカーの転写を遮断するリプレッサーを含む新しいプラスミドを構築した。続いて、新しい系を試験するために、以下の大腸菌(E.coli)−クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)シャトルベクターを、クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)中に形質転換した。このプラスミドをクロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)中に形質転換するために、最初は上記のプラスミドpANTの助けを借りてin vivoでメチル化した。これを達成するために、プラスミドを、大腸菌(E.coli)XL1−Blue細胞中に形質転換した(上記参照)。実施例2に由来する最高性能のベクター(上記参照)である、ベクターBG133(「N」と省略される)は、配列番号11の配列を有していた。ベクターBG168(「I」と省略される、図17を参照)は、配列番号15の配列を有していた。温度感受性プラスミドBG182(図18を参照)は、配列番号16の配列を有していた。プラスミド調製後、クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)を、例えば、上記のプロトコールによりプラスミドBG168で遺伝的に形質転換することができる。C.アセトブチリカム(C. acetobutylicum)を、0.6〜0.8の光密度に達するまで、2xYTG培地(16g/Lトリプトン、10g/L酵母抽出物、5g/L NaCl、5g/Lグルコース)中で嫌気的に培養した。以下のステップも全て嫌気的に行った。細胞を2000g(4℃)で10min遠心分離した後、エレクトロポレーションバッファー(7mM Hepes、270mMスクロース、5mM MgCl2、pH7.4)で洗浄した。これを、さらに2回繰り返した。次いで、冷却したエレクトロポレーションキュベットを、5kgのプラスミドDNA、500μLのコンピテント細胞と共に調製し、3msを超えて2500Vでエレクトロポレーションした。新鮮な2xYTG培地を用いて2時間再生した後、好適な抗生物質を添加した2xYTG寒天プレート上に細胞を播種した。2日後、遺伝的に形質転換されたコロニーが見えるようになった。陽性選択系により染色体インテグランドを単離した:トランスポザーゼ誘導のためにキシロースを添加して、および、第2の抗生物質を添加して、細胞を培養した。2回の連続導入後、細胞を再播種し、次いで、個々の試験のために拾った。第2の(組み込み)マーカーであるクラリスロマイシンについて耐性のままにしながら、チアンフェニコールである第1の(主鎖)マーカーについての耐性の喪失によってインテグランドを同定した。100を超えるインテグランドを単離することができた。唯一の画分をさらに分析した。クロストリジウム・アセトブチリカム(Clostridium acetobutylicum)組み込み株のゲノムDNAの調製を、Macherey−Nagelからのキット(溶解が難しい細菌のための特殊なプロトコール)を用いて実施した;約20mLの液体培養を用いた。
N=プラスミドN(上記参照)
I=プラスミドI(上記参照)
V=液体培養(複製物)7mLのサイズ
U=連続導入の回数
#=番号
Cla=クラリスロマイシン。
1.抗生物質を含まない2xYTG
2.5μg/mLクラリスロマイシンを含む2xYTG
3.20μg/mLチアンフェニコールを含む2xYTG。
LGC GenomicsによるPCRゲノムウォーキングの第1ラウンドは、以下の結果を提供した。
実施例2に記載されたものと同じ陽性選択系を含む以下のプラスミド(上記参照)を、クロストリジウム・リュングダリイ(Clostridium ljungdahlii)およびクロストリジウム・オートエタノゲナム(Clostridium autoethanogenum)と共に用いた:配列番号17の配列を有するベクターBG282(図19);配列番号18の配列を有するベクターBG281(図20);配列番号19の配列を有するベクターBG287(図21);配列番号20の配列を有するベクターBG288(図22);配列番号21の配列を有するベクターBG289(図23);配列番号22の配列を有するベクターBG290(図24);配列番号23の配列を有するベクターBG291(図25);配列番号24の配列を有するベクターBG292(図26);配列番号25の配列を有するベクターBG178(図27)。例えば、プラスミドBG281を用いて、クロストリジウム・リュングダリイ(Clostridium ljungdahlii)の染色体中に大きなメバロン酸生合成遺伝子クラスターを組み込んだ。別の例として、プラスミドBG282を用いて、クロストリジウム・オートエタノゲナム(Clostridium autoethanogenum)の染色体中にわずかに異なるMVA経路を組み込んだ。
形質転換を、Leang, L., et al., Appl Environ Microbiol. (2013) 79, 4, 1102-1109にしたがって実施した。NEB発現細胞の代わりに大腸菌(E.coli)BL21、およびPETC培地の代わりにYTF培地を用いた。プロトコールは以下の通りであった:
遠心分離以外の全ての操作を、嫌気性チャンバ中、氷上で実行した。全てのバッファーおよび遠心分離チューブを、使用前に氷冷し、無酸素状態にした。全てのプラスチックを、使用前に少なくとも24h、嫌気性チャンバに入れて、残留酸素を全て除去した。コンピテント細胞を、使用まで−80℃で10%DMSOを含むSMPバッファー(270mMスクロース、1mM MgCl2、7mMリン酸ナトリウム、pH6)中で維持した。エレクトロコンピテントなC.リュングダリイ(C. ljungdahlii)細胞を、凍結ストックから新鮮に接種した後、PETC液体培地中に2回移した培養物から調製した。PETC培地を、形質転換効率を有意に喪失することなく、YTF培地と交換することができる。コンピテント細胞の調製の約15〜16h前に、中期から後期対数期の培養物を、40mM DL−トレオニンを添加した100mlの新鮮なPETC培地を含有する2つの血清ボトルに移した(600nmでの最終光密度[OD600]=0.004)。37℃で一晩増殖させた後、初期対数期の細胞(OD6000.2〜0.3;200ml)を、4℃で10minの10,000rpmでの遠心分離によって集めた。細胞を200mlのSMP洗浄バッファーで2回洗浄し、1010〜1011細胞/mlの最終濃度で同じバッファー中に再懸濁した。凍結防止バッファー(60%DMSO−40%SMP、pH6)を、最終再懸濁容量の1/5でコンピテント細胞に添加して、10%DMSOの最終濃度を達成した。得られたコンピテント細胞(25μl/チューブ)を、将来の使用のために−80℃で保存した。これらの凍結されたコンピテント細胞の能力は、約1カ月にわたって安定なままであった。
全ての手順を、嫌気性チャンバ中で実行した。エレクトロコンピテントなC.リュングダリイ(C. ljungdahlii)細胞(25μL)を、−80℃の冷凍庫から嫌気性チャンバに氷上で迅速に移した。氷上で解凍した後(約1min)、細胞を1〜5μgのDNAと混合し、予め冷却した0.1cmギャップのGene Pulserキュベット(Bio−Rad)に移した。Gene Pulser Xcellmicrobialエレクトロポレーションシステム(Bio−Rad)を用いることにより、600Ohmの抵抗および25μFの電気容量で0.625kVを細胞にパルスした。パルスの直後、細胞を0.5mlの新鮮なPETC培地を用いて回収し、5mM L−システイン(pH7)を添加した10mlのPETC培地を含有する圧力チューブに移し、37℃でインキュベートした。エレクトロポレーションされた細胞を、その細胞密度がエレクトロポレーションの直後よりも高くなるまで(約9〜12h)、37℃で回復させた。5ミリリットル容量の派生培養物または適切に希釈された培養物を、適切な抗生物質を含有する20mLのRCM融解寒天(1.5%)と混合し、ペトリ皿に注いだ。寒天混合物を固化させた後、プレートを、下を上にしてインキュベートした。
形質転換体を、5μg/mLクラリスロマイシンを含むYTX(5g/Lキシロース)を用いて液体中で3回培養した。新鮮な培地(5g/Lキシロースおよび5μg/mLクラリスロマイシンを含有するYTX)を用いる連続導入を3回実施した。その後、5μLを、抗生物質を含まないYTGプレート上にスポットした。それぞれのプレートの4個のコロニーを拾い、5μg/mLクラリスロマイシンを含むYTGプレート、5μg/mLチアンフェニコールを含むYTGプレートおよび抗生物質を含まないプレート上に同時に打った。
推定インテグランドのgDNA上でのPCRを、以下のプライマー(組み込みカセットを増幅する):
プライマーフォワード:CTGTCTCTTATACACATCTGCTGATAAGTCCCCGGTC(配列番号92)、
プライマーリバース:CTGTCTCTTATACACATCTGCTGATAAGTCCCCGGTC(配列番号93)
を用いて、アニーリング温度55℃、伸長時間5minおよび30サイクルで実施した。
単一の構築物、BG289を、組み込みのために選択した。BG289の形質転換体を、5μg/mLクラリスロマイシンを含むYTX(5g/Lキシロース)中で培養した。新鮮な培地(5g/Lキシロースおよび5μg/mLクラリスロマイシンを含有するYTX)を用いる連続導入を3回実施した。その後、抗生物質を含まないYTGプレート上に5μLをスポットした。10個のコロニーを拾い、5μg/mLクラリスロマイシンを含むYTGプレート、5μg/mLチアンフェニコールを含むYTGプレートおよび抗生物質を含まないプレート上に同時に打った。これにより、4個のインテグランドが得られた。インテグランド(クラリスロマイシン耐性であったが、チアンフェニコール耐性ではなかったもの)を、ゲノムDNAの調製のために培養した。クロストリジウム・オートエタノゲナム(Clostridium autoethanogenum)インテグランドのゲノムDNAの調製を、Macherey−Nagelからのキット(溶解が難しい細菌のための特殊なプロトコール)を用いて実施した。約10mLの液体培養を用いた。gDNAの濃度を、ナノドロップにより決定した。
推定インテグランドのgDNA上でのPCRを、以下のプライマー(組み込みカセット中の酵素に結合する):
プライマーフォワード:GGGTTGCCTTACTGGTTAG(配列番号94)
プライマーリバース:GCAGTATCGGTTCGGTAATC(配列番号95)
を用いて、アニーリング温度55℃、伸長時間60secおよび30サイクルを用いて実施した。
図48および図49は、それぞれが2−メチル−1,3−ブタジエン経路の酵素をコードする配列を含有する、プラスミドSG726(配列番号44)およびSG705(配列番号45)をそれぞれ示す(遺伝子については、参照符号も参照されたい)。図49は、操作された2−メチル−1,3−ブタジエン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG705(配列番号45)を示す(遺伝子については、参照符号も参照されたい)。エレクトロコンピテントなC.リュングダリイ(C. ljungdahlii)細胞の調製および電気的形質転換を、実施例1に記載のように実行した(実施例3も参照されたい)。2−メチル−1,3−ブタジエン生成を、実施例1に記載のように実施した。2−メチル−1,3−ブタジエン形成を、上記のようにGC−MSによって検出することができた。
図6および図5Aは、それぞれが2−メチル−1,3−ブタジエン経路の酵素をコードする配列を含有する、プラスミドSG156(配列番号7)およびSG123(配列番号5)をそれぞれ示す(遺伝子については、参照符号も参照されたい)。図5Bおよび図7Bは、それぞれがさらに操作された2−メチル−1,3−ブタジエン経路の酵素をコードする配列を含有する、プラスミドSG124(配列番号6)およびSG157(配列番号8)をそれぞれ示す(遺伝子については、参照符号も参照されたい)。エレクトロコンピテントなC.リュングダリイ(C. ljungdahlii)細胞の調製および電気的形質転換を、実施例1に記載のように実行した(実施例3も参照されたい)。2−メチル−1,3−ブタジエン生成を、100%CO2を用いて実施例1に記載のように実施した。図8Aおよび図8Bは、Shimadzu GC−MS QP5050Aを用いるGC−MSによる生成物分析を示す。試料を、500μL Hamilton Gastightシリンジにより採取した。500μLの頭部空間を収集し、−1のスプリットを用いて、RXI−5msカラム30m、0.25mm IDおよび0.25μm DF(Restek)上にロードした。分離を、イソクラチックに30℃で実行した(注入温度60℃;SIMはm/z=67で記録)。スペクトルは、2−メチル−1,3−ブタジエンとの完全な一致を示す。
図50は、操作された1,3−ブタジエン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG714(配列番号46)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。図51は、第2の操作された1,3−ブタジエン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG739(配列番号47)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。エレクトロコンピテントなC.リュングダリイ(C. ljungdahlii)細胞の調製および電気的形質転換を、実施例1に記載のように実行した(実施例3も参照されたい)。1,3−ブタジエン生成を、実施例1に記載のように実施した。1,3−ブタジエン生成を、上記のようなGC−MSによって検出することができた。
図34は、操作された1,3−ブタジエン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG387(配列番号30)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。図35は、第2の操作された1,3−ブタジエン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG411(配列番号31)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。
図36は、操作されたプロペン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG455(配列番号32)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。図52は、さらに操作されたプロペン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG755(配列番号48)を示す。図53は、別の操作されたプロペン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG779(配列番号49)を示す。図37は、さらに別の操作されたプロペン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG479(配列番号33)を示す。
図38は、操作された1−ブテン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG539(配列番号34)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。図39は、別の操作された1−ブテン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG523(配列番号35)を示す。図54は、別の操作された1−ブテン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG839(配列番号50)を示す。図55は、さらに別の操作された1−ブテン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG823(配列番号51)を示す。
図41は、操作されたイソブテン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG601(配列番号37)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。図40は、さらに操作されたイソブテン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG582(配列番号36)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。図56は、さらに別の操作されたイソブテン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG882(配列番号52)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。図57は、さらに別の操作されたイソブテン経路の酵素をコードする配列を含有するプラスミドSG901(配列番号53)を示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。
図42および図43は、それぞれが操作された1−ペンテン経路の酵素をコードする配列を含有する、プラスミドSG498(配列番号38)およびSG513(配列番号39)をそれぞれ示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。図58および図59は、それぞれが別の操作された1−ペンテン経路の酵素をコードする配列を含有する、プラスミドSG798(配列番号54)およびSG813(配列番号55)をそれぞれ示す。
図44、図45、図60および図61は、それぞれが操作されたエテン経路の酵素をコードする配列を含有する、プラスミドSG557(配列番号40)、SG598(配列番号41)、SG857(配列番号56)、およびSG898(配列番号57)をそれぞれ示す(遺伝子については参照符号も参照されたい)。
22 トランスポザーゼ認識部位(5’ITR逆方向末端反復)
24 抗生物質耐性マーカー(mIsR)
26 目的の遺伝子(カーゴ)
28 トランスポザーゼ認識部位(3’ITR逆方向末端反復)
30 複製起点
31 アセトアセチル−コエンザイムAシンターゼチオラーゼ(EC2.3.1.9)=AtoB
32 3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.157)=hbd
34 3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.55)=crt
36 アシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)=YciA、YdiI
38 フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ(EC4.1.1.−)=PAD1、PADC
40 ゲラニオールイソメラーゼ/リナロールデヒドラターゼ(EC5.4.4.4およびEC4.2.1.127)=GIM、GIT
42 アセチル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.2)=AccABCD
44 アセトアセチル−CoAシンターゼ(EC2.3.1.194)=nphT7
46 アセトアセチル−CoAリダクターゼ(EC1.1.1.36)=phaB1
48 (R)特異的エノイル−CoAヒドラターゼ(EC4.2.1.119)=phaJ
50 4−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ(EC2.6.1.19)=gabT
52 グルタミン酸デヒドロゲナーゼ(EC1.4.1.2)=gdh
54 2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ(EC1.1.99.2)=ygaF
56 グルタコン酸CoA−トランスフェラーゼ(EC2.8.3.12)=gctA
58 2−ヒドロキシグルタリル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.−)=hdgAB
60 グルタコニル−CoAデカルボキシラーゼ(EC4.1.1.70)=gcdABCD
62 4−ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ、NAD依存的4−ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.61)とも呼ばれる=4hbD
64 4−ヒドロキシ酪酸CoA−トランスフェラーゼ(EC2.8.3.−)=abfT
66 ビニルアセチル−CoA−デルタ−イソメラーゼ(EC4.2.1.120)=abfD
68 4−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ(EC5.3.3.3)=abfD
70 アセトアセチル−コエンザイムAシンターゼチオラーゼ(EC2.3.1.9)=Bktb
72 2−オキソグルタル酸/酪酸フェレドキシンオキシドリダクターゼ、2−ケトグルタル酸オキシドリダクターゼ(EC1.2.7.3)とも呼ばれる=KorAB
74 ピルビン酸/2−オキソ酪酸フェレドキシンオキシドリダクターゼ、ピルビン酸/ケトイソ吉草酸オキシドリダクターゼ(EC1.2.7.1)=PFOR
76 メチルマロニル−CoAムターゼ(EC5.4.99.2)=scpA
78 メチルマロニル−CoAデカルボキシラーゼ(EC4.1.1.41)=scpB
80 3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリル−CoAシンターゼ(EC2.3.3.10)=mvaS
82 3−メチルグルタコニル−CoAヒドラターゼ(EC4.2.1.18)=liuC
84 3−メチルクロトニル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.4)=liuBD
86 trans−2−エノイル−CoAリダクターゼ(EC1.1.1.36)=ter
88 アセチル−CoAアセチルトランスフェラーゼ(EC3.1.2.−)=Bktb
90 3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.157)=pAAH1
92 アシル−CoAヒドロラーゼ(EC3.1.2.−)=mBACH
94 リン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)=ptb
96 酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)=buk
100 乳酸CoA−トランスフェラーゼ(EC2.8.3.−)=pct
102 ラクトイル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.54)=lcdAB
104 マロニルCoAリダクターゼ(EC1.2.1.75)=mcr
106 マロニルCoAリダクターゼ(EC1.1.1.298)=mcr
108 プロピオニル−CoAシンターゼ(EC6.2.1.36)=pcr
110 プロピオニル−CoAシンターゼ/アクリロイル−CoAシンターゼ(EC4.2.1.116)=pcr、msed12
112 プロピオニル−CoAシンターゼ(EC1.3.1.84)=pcr
132 リプレッサー(例えば、lacI)
134 オペレーター部位(例えば、lacオペレーター)
136 トランスポザーゼ認識部位(5’ITR逆方向末端反復)
138 抗生物質耐性遺伝子(mIsR)
140 抗生物質耐性タンパク質(mIsR)
142 陽性選択特徴を有するプラスミド
144 DNAカセットが無作為に組み込まれた染色体
Claims (10)
- アセチル−CoAの、2〜5個の炭素原子の主鎖を有する1つまたは複数のアルケンへの変換を可能にする1つまたは複数の酵素をコードする異種核酸配列を含む組換え微生物であって、前記異種核酸配列が、
(a)アセチル−CoAのクロトニル−CoAへの変換を触媒し、クロトニル−CoAのアルケンへの変換をさらに触媒する1つもしくは複数の酵素をコードする1つもしくは複数のコード配列;または
(b)アセチル−CoAの3−メチルクロトニル−CoAへの変換を触媒し、3−メチルクロトニル−CoAのアルケンへの変換をさらに触媒する1つもしくは複数の酵素をコードする1つもしくは複数のコード配列;または
(c)アセチル−CoAのプロピオニル−CoAへの変換を触媒し、プロピオニル−CoAのアルケンへの変換をさらに触媒する1つもしくは複数の酵素をコードする1つもしくは複数のコード配列;または
(d)アセチル−CoAのアクリロイル−CoAへの変換を触媒し、アクリロイル−CoAのアルケンへの変換をさらに触媒する1つもしくは複数の酵素をコードする1つもしくは複数のコード配列
を含み、それぞれのコード配列が転写プロモーターに作動可能に連結されている、組換え微生物。 - 一酸化炭素と二酸化炭素の一方または両方を、アセチル−CoAに変換する内因性酵素をさらに含む、請求項1に記載の組換え微生物。
- (i)アセチル−CoAのクロトニル−CoAへの変換を触媒する前記1つまたは複数の酵素が、
− アセチル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.2);アセトアセチル−CoAシンターゼ(EC2.3.1.194);アセトアセチル−CoAリダクターゼ(EC1.1.1.36);およびエノイル−CoAヒドラターゼ2(EC4.2.1.119);または
− アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.9);3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.157);および3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ;または
− 4−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ(EC2.6.1.19);グルタミン酸デヒドロゲナーゼ(EC1.4.1.2);2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ(EC1.1.99.2);グルタコン酸CoAトランスフェラーゼ(EC2.8.3.12);2−ヒドロキシグルタリル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.−);およびグルタコニル−CoAデカルボキシラーゼ(EC4.1.1.70);または
− 4−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ(EC2.6.1.19);4−ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.61);4−ヒドロキシ酪酸CoA−トランスフェラーゼ(EC2.8.3.−);ビニルアセチル−CoA−デルタ−イソメラーゼ(EC4.2.1.120);および4−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ(EC5.3.3.3)
を含み;
(ii)アセチル−CoAの3−メチルクロトニル−CoAへの変換を触媒する前記1つまたは複数の酵素が、(a)(I)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.9)、および(II)アセチル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.2)とアセトアセチル−CoAシンターゼ(EC2.3.1.194)との組合せの一方または両方;(b)3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリル−CoAシンターゼ(EC2.3.3.10);(c)3−メチルグルタコニル−CoAヒドラターゼ(EC4.2.1.18)ならびに(d)3−メチルクロトニル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.4)
を含み;
(iii)アセチル−CoAのプロピオニル−CoAへの変換を触媒する前記1つまたは複数の酵素が、
− アセチル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.2);マロニルCoAリダクターゼ(EC1.2.1.75);マロニルCoAリダクターゼ(EC1.1.1.298);プロピオニル−CoAシンターゼ(EC6.2.1.36);プロピオニル−CoAシンターゼ/アクリロイル−CoAシンターゼ(EC4.2.1.116);およびプロピオニル−CoAシンターゼ(EC1.3.1.84);または
− アセチル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.2);メチルマロニル−CoAムターゼ(EC5.4.99.2)およびメチルマロニル−CoAデカルボキシラーゼ(EC4.1.1.41);または
− 2−オキソグルタル酸/酪酸フェレドキシンオキシドリダクターゼ(EC1.2.7.3)および/もしくはピルビン酸/2−オキソ酪酸フェレドキシンオキシドリダクターゼ(EC1.2.7.1);または
− 乳酸CoA−トランスフェラーゼ(EC2.8.3.−);ラクトイル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.54);およびプロピオニル−CoAシンターゼ(EC1.3.1.84)
を含み;
(iv)アセチル−CoAのアクリロイル−CoAへの変換を触媒する前記1つまたは複数の酵素が、
− アセチル−CoAカルボキシラーゼ(EC6.4.1.2);マロニルCoAリダクターゼ(EC1.2.1.75);マロニルCoAリダクターゼ(EC1.1.1.298);プロピオニル−CoAシンターゼ(EC6.2.1.36);およびプロピオニル−CoAシンターゼ/アクリロイル−CoAシンターゼ(EC4.2.1.116);または
− 乳酸CoA−トランスフェラーゼ(EC2.8.3.−);およびラクトイル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.54)
を含む、請求項1または2に記載の組換え微生物。 - (i)クロトニル−CoAのアルケンへの変換を触媒する前記1つまたは複数の酵素が、
− (a)アシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)および(b)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ(EC4.1.1.−);あるいは
− (c)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19);(d)酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)、および(e)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ(EC4.1.1.−);あるいは
− (f)trans−2−エノイル−CoAリダクターゼ(EC1.1.1.36);(g)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.9);(h)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.157);(i)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.55);(j)アシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)、および/またはリン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)と酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)との組合せ;および(k)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−);あるいは
− (l)(i)アルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC1.2.1.−)もしくはアルコールデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.−)または(ii)アシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)とアルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC1.2.1.−)もしくはアルコールデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.−)との組合せ、または(iii)アルデヒドフェレドキシンオキシドリダクターゼ(EC1.2.7.5)とアシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)との組合せ;または(iv)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)、酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)およびアルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC1.2.1.−)もしくはアルコールデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.−)の組合せ、または(v)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)、酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)およびアルデヒドフェレドキシンオキシドリダクターゼ(EC1.2.7.5)の組合せ;(m)アルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC1.2.1.−)および/またはアルコールデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.−);ならびに(n)ゲラニオールイソメラーゼ(EC5.4.4.4)もしくはリナロールデヒドラターゼ(EC4.2.1.127)、または(i)ファルネソールキナーゼ(EC2.7.1.−)、ゲラニルゲラニオールキナーゼ(EC2.7.1.B19)、ヒドロキシエチルチアゾールキナーゼ(EC2.7.1.50)もしくはウンデカプレノールキナーゼ(EC2.7.1.66)のうちの1つもしくは複数と、(ii)2−メチル−1,3−ブタジエンシンターゼ(EC4.2.3.27)もしくはメチルブテノールシンターゼのうちの1つもしくは複数との組合せ
を含み;
(ii)3−メチルクロトニル−CoAのアルケンへの変換を触媒する前記1つまたは複数の酵素が、
− (a)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−);および(b)アシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−)、および/またはリン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)と酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)との組合せ;あるいは
− (c)(i)アルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC1.2.1.−)もしくはアルコールデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.−)または(ii)アシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)とアルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC1.2.1.−)もしくはアルコールデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.−)との組合せ、または(iii)アルデヒドフェレドキシンオキシドリダクターゼ(EC1.2.7.5)とアシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)との組合せ;または(iv)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)、酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)およびアルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC1.2.1.−)もしくはアルコールデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.−)の組合せ、または(v)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)、酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)およびアルデヒドフェレドキシンオキシドリダクターゼ(EC1.2.7.5)の組合せ;(m)アルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC1.2.1.−)および/またはアルコールデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.−);ならびに(n)ゲラニオールイソメラーゼ(EC5.4.4.4)もしくはリナロールデヒドラターゼ(EC4.2.1.127)、または(i)ファルネソールキナーゼ(EC2.7.1.−)、ゲラニルゲラニオールキナーゼ(EC2.7.1.B19)、ヒドロキシエチルチアゾールキナーゼ(EC2.7.1.50)もしくはウンデカプレノールキナーゼ(EC2.7.1.66)のうちの1つもしくは複数と、(ii)2−メチル−1,3−ブタジエンシンターゼ(EC4.2.3.27)もしくはメチルブテノールシンターゼのうちの1つもしくは複数との組合せ
を含み;
(iii)プロピオニル−CoAのアルケンへの変換を触媒する前記1つまたは複数の酵素が、(a)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.9);(b)(I)アセトアセチル−CoAリダクターゼ(EC1.1.1.36)およびエノイル−CoAヒドラターゼ2(EC4.2.1.119)および/または(II)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ(EC1.1.1.157)および3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ(EC4.2.1.55)の組合せ;(c)アシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)、および/またはリン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)と酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)との組合せ;ならびに(d)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ(EC4.1.1.−)
を含み;
(iv)アクリロイル−CoAのアルケンへの変換を触媒する前記1つまたは複数の酵素が、(a)アシル−CoAチオエステラーゼ(EC3.1.2.−)、および/またはリン酸ブチリルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.19)と酪酸キナーゼ(EC2.7.2.7)との組合せ;ならびに(b)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ(EC4.1.1.−)
を含む、請求項1から3のいずれか一項に記載の組換え微生物。 - 前記異種遺伝子配列が異種核酸分子または微生物の染色体中に含まれる、請求項1から4のいずれか一項に記載の組換え微生物。
- 一酸化炭素と二酸化炭素の一方または両方をアセチル−CoAに変換する前記内因性酵素がWood−Ljungdahl経路の酵素である、請求項2から5のいずれか一項に記載の組換え微生物。
- クロストリジウム・リュングダリイ(Clostridium ljungdahlii)、クロストリジウム・オートエタノゲナム(Clostridium autoethanogenum)、クロストリジウム・カルボキシジボランス(Clostridium carboxidivorans)、クロストリジウム・アセチカム(Clostridium aceticum)、クロストリジウム・ドラケイ(Clostridium drakei)、クロストリジウム・スカトロゲネス(Clostridium scatologenes)、クロストリジウム・ラグスダレイ(Clostridium ragsdalei)、クロストリジウム・ホルミコアセチカム(Clostridium formicoaceticum)、クロストリジウム・マグナム(Clostridium magnum)、ブチリバクテリウム・メチロトロフィカム(Butyribacterium methylotrophicum)、アセトバクテリウム・ウッディ(Acetobacterium woodii)、アルカリバクルム・バッキ(Alkalibaculum bacchii)、アセトアリエロビウム・リオテラ(Aecetoariaerobium riotera)、ブラウティア・プロダクタ(Blautia producta)、ユーバクテリウム・リモサム(Eubacterium limosum)、デスルフィトバクテリウム・ハフィエリス(Desulfitbacterium hafhierise)、ムーレラ・サーモアセチカ(Moorella thermoacetica)、ペプトストレプトコッカス・プロダクタス(Peptostreptococcus productus)、ロドスピリルム・ルブルム(Rhodospirillum rubrum)、スポロミュサ・オバタ(Sporomusa ovata)、スポロミュサ・シルバセチカ(Sporomusa silvacetica)、スポロミュサ・スフェロイデス(Sporomusa sphaeroides)、サーモアナエロバクター・キウビ(Thermoanaerobacter kiuvi)、オキソバクター・プフェニギ(Oxobacter pfennigii)、アセトバクテリウム・フィメタリウム(Acetobacterium fimetarium)、アセトハロビウム・アラバチカム(Acetohalobium arabaticum)、ブラウティア・ウェクスレラエ(Blautia wexlerae)、カルボフィルス・カルボキシダス(Carbophilus carboxidus)、クロアシバチルス・エブリエンシス(Cloacibacillus evryensis)、ヒドロゲノファガ・シュードフラバ(Hydrogenophaga pseudoflava)、ロドシュードモナス・パルストリス(Rhodopseudomonas palustris)、シュードモナス・ガゾトロファ(Pseudomonas gazotropha)、ラルストニア・ユートロファ(Ralstonia eutropha)、カルデリハビタンス・マリチムス(Calderihabitans maritimus)、カロリバクテリウム・システルナエ(Caloribacterium cisternae)、カルボキシドブラキウム・パシフィカム(Carboxydobrachium pacificum)、カルボキシドセラ・フェリレデューセンス(Carboxydocella ferrireducens)、カルボキシドセラ・スポロプロデューセンス(Carboxydocella sporoproducens)、カルボキシドセラ・サーマウトトロフィカ(Carboxydocella thermautotrophica)、カルボキシドサームス・フェリレデューセンス(Carboxydothermus ferrireducens)、カルボキシドサームス・ヒドロゲノフォーマンス(Carboxydothermus hydrogenoformans)、カルボキシドサームス・アイランディクス(Carboxydothermus islandicus)、カルボキシドサームス・パーチナックス(Carboxydothermus pertinax)、カルボキシドサームス・シデロフィルス(Carboxydothermus siderophilus)、クロストリジウム・フェルビダス(Clostridium fervidus)、クロストリジウム・サーモセルム(Clostridium thermocellum)、デスルホトマクルム・カルボキシジボランス(Desulfotomaculum carboxydivorans)、デスルホトマクルム・クズネトソビ(Desulfotomaculum kuznetsovii)、デスルホトマクルム・サーモベンゾイクム亜種サーモシントロフィクム(Desulfotomaculum thermobenzoicum subsp. thermosyntrophicum)、デスルホトマクルム・サーモシステルナム(Desulfotomaculum thermocisternum)、デスルフリスポラ・サーモフィラ(Desulfurispora thermophila)、ディクチオグロムス・サーモフィルム(Dictyoglomus thermophilum)、ヒドロゲノフィルス・アイランディクス(Hydrogenophilus islandicus)、ムーレラ・ムルデリ(Moorella mulderi)、ムーレラ・スタムシ(Moorella stamsii)、サーミンコラ・カルボキシジフィラ(Thermincola carboxydiphila)、サーミンコラ・フェリアセチカ(Thermincola ferriacetica)、サーミンコラ・ポテンス(Thermincola potens)、サーモアセトゲニウム・ファエウム(Thermoacetogenium phaeum)、サーモアナエロバクター・キブイ(Thermoanaerobacter kivui)、サーモアナエロバクター・サーモヒドロスルフリクス亜種カルボキシドボランス(Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus subsp. carboxydovorans)、サーモシヌス・カルボキシジボランス(Thermosinus carboxydivorans)、スポロミュサ・テルミチダ(Sporomusa termitida)、クロストリジウム・ホルミカセチカム(Clostridium formicaceticum)、オリゴトロファ・カルボキシドボランス(Oligotropha carboxidovorans)、デスルホトマクルム・ギブソニアエ(Desulfotomaculum gibsoniae)、デスルフォスポロシヌス・メリジエイ(Desulfosporosinus meridiei)、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ(Blautia hydrogenotrophica)、デハロコッコイデス・マッカルチ(Dehalococcoides mccartyi)、デスルファチバシルム・アリファチシボランス(Desulfatibacillum aliphaticivorans)、デスルフォバクテリウム・オートトロフィカム(Desulfobacterium autotrophicum)、デスルフォバクラ・トルオリカ(Desulfobacula toluolica)、デスルフォスピラ・ジョエルゲンセニ(Desulfospira joergensenii)、デスルフォスポロシヌス・オリエンチス(Desulfosporosinus orientis)、デスルフォスポロシヌス・ヤンギアエ(Desulfosporosinus youngiae)、デスルホトマクルム・アセトキシダンス(Desulfotomaculum acetoxidans)、デスルホトマクルム・アルコーリボラックス(Desulfotomaculum alcoholivorax)、デスルホトマクルム・カルボキシジボランス(Desulfotomaculum carboxydivorans)、デスルホトマクルム・サポマンデンス(Desulfotomaculum sapomandens)、デスルホトマクルム・サーモシステルナム(Desulfotomaculum thermocisternum)、デスルフォベルミクルス・ハロフィルス(Desulfovermiculus halophilus)、デスルフォビブリオ・アラスケンシス(Desulfovibrio alaskensis)、デスルホビブリオ・フリギダス(Desulfovibrio frigidus)、デスルフリスポラ・サーモフィラ(Desulfurispora thermophila)、ホロファガ・フォエチダ(Holophaga foetida)、メタノブレビバクター・アルボリフィルス(Methanobrevibacter arboriphilus)、オレニア・サリナリア(Orenia salinaria)、ペニバシルス・ポリミキサ(Paenibacillus polymyxa)、チンダリア・カリフォニエンシス(Tindallia californiensis)、アノキシバチルス・フラビサームス(Anoxybacillus flavithermus)、デスルフォビルグラ・サーモクニクリ(Desulfovirgula thermocuniculi)、サーモセジミニバクター・オセアニ(Thermosediminibacter oceani)、アセトバクテリウム・バキイ(Acetobacterium bakii)、アセトバクテリウム・カルビノリカム(Acetobacterium carbinolicum)、アセトバクテリウム・デハロゲナンス(Acetobacterium dehalogenans)、アセトバクテリウム・マリカム(Acetobacterium malicum)、アセトバクテリウム・パルドサム(Acetobacterium paludosum)、アセトバクテリウム・ツンドラエ(Acetobacterium tundrae)、アセトバクテリウム・ウィエリンガエ(Acetobacterium wieringae)、カンジダタス・スカリンデュア・ブロダエ(Candidatus Scalindua brodae)、アセトアナエロビウム・ノテラエ(Acetoanaerobium noterae)、ブラウティア・ハンセニ(Blautia hansenii)、アンモニフェックス・デゲンシ(Ammonifex degensii)、アセチトマクルム・ルミニス(Acetitomaculum ruminis)、アセトアナエロビウム・ロマシュコビル(Acetoanaerobium romashkovil)、アセトバクテリウム・プサモリチカム(Acetobacterium psammolithicum)、アセトネマ・ロンガム(Acetonema longum)、ブリアネラ・フォルマテキシゲンス(Bryanella formatexigens)、カロラマトル・フェルビダス(Caloramator fervidus)、クロストリジウム・コッコイデス(Clostridium coccoides)、クロストリジウム・ディフィシレ(Clostridium difficile)、ムーレラ・グリセリニ(Moorella glycerini)、ナトロニエラ・アセチゲナ(Natroniella acetigena)、ナトロニンコラ・ヒスチノボランス(Natronincola histinovorans)、ルミノコッカス・ヒドロゲノトロフィクス(Ruminococcus hydrogenotrophicus)、ルミノコッカス・プロダクタス(Ruminococcus productus)、ルミノコッカス・シンキイ(Ruminococcus schinkii)、スポロミュサ・アシドボランス(Sporomusa acidovorans)、スポロミュサ・アエリボランス(Sporomusa aerivorans)、スポロミュサ・マロニカ(Sporomusa malonica)、スポロミュサ・パウシボランス(Sporomusa paucivorans)、シントロフォコッカス・スクロムタンス(Syntrophococcus sucromutans)、トレポネマ・プリミチア(Treponema primitia)、シュードモナス・カルボキシドヒロゲナ(Pseudomonas carboxydohyrogena)、シュードモナス・サーモカルボキシドボランス(Pseudomonas thermocarboxydovorans)、ブラジリゾビウム・ジャポニカム(Bradyrhizobium japonicum)、ストレプトミセス・サーモオートトロフィクス(Streptomyces thermoautotrophicus)、マイコバクテリウム・スメグマチス(Mycobacterium smegmatis)、マイコバクテリウム・ゴルドナ(Mycobacterium gordonae)、マイコバクテリウム・ツベルクロシス(Mycobacterium tuberculosis)、バチルス・シュレゲリ(Bacillus schlegelii)、カルダナエロバクター・スブテラネウス(Caldanaerobacter subterraneus)、サーモリトバクター・カルボキシジボランス(Thermolithobacter carboxydivorans)、サーモコッカス・オヌリネウス(Thermococcus onnurineus)、サーモフィルム・カルボキシジトロフス(Thermofilum carboxyditrophus)、アルケオグロブス・フルギダス(Archaeoglobus fulgidus)、デスルフォモニル・チエジェイ(Desulfomonile tiedjei)、デスルフォビブリオ・ブルガリス(Desulfovibrio vulgaris)、サーモプロテウス・テナックス(Thermoproteus tenax)またはルブリビバックス・ゲラチノーサ(Rubrivivax gelatinosa)のうちの1つの種である、請求項1から6のいずれか一項に記載の組換え微生物。
- 前記異種核酸配列が、
(a)(i)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9);(ii)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.157);(iii)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.55);(iv)アシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−);(v)アルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.2.1.−)またはアルコールデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.−);および(vi)ゲラニオールイソメラーゼ酵素(EC5.4.4.4)またはリナロールデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.127)をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(b)(i)アセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2);(ii)アセトアセチル−CoAシンターゼ酵素(EC2.3.1.194);(iii)アセトアセチル−CoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.36);(iv)エノイル−CoAヒドラターゼ2酵素(EC4.2.1.119);(v)アシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−);(vi)アルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.2.1.−)またはアルコールデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.−);および(vii)ゲラニオールイソメラーゼ酵素(EC5.4.4.4)またはリナロールデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.127)をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(c)4−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ酵素(EC2.6.1.19);グルタミン酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.4.1.2);2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.99.2);グルタコン酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.12);2−ヒドロキシグルタリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.−);グルタコニル−CoAデカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.70);アシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−);アルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.2.1.−)またはアルコールデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.−);およびゲラニオールイソメラーゼ酵素(EC5.4.4.4)またはリナロールデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.127)をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(d)4−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ酵素(EC2.6.1.19);4−ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.61);4−ヒドロキシ酪酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.−);ビニルアセチル−CoA−デルタ−イソメラーゼ酵素(EC4.2.1.120);4−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC5.3.3.3);アシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−);アルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.2.1.−)またはアルコールデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.−);およびゲラニオールイソメラーゼ酵素(EC5.4.4.4)またはリナロールデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.127)をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(e)(i)(I)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9)および/もしくはアセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2)、アセトアセチル−CoAシンターゼ酵素(EC2.3.1.194)、3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリル−CoAシンターゼ酵素(EC2.3.3.10)、3−メチルグルタコニル−CoAヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.18)、および3−メチルクロトニル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.4)、または(II)(i)(I)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9)、3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.157)、および3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.55)および/もしくは(II)アセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2)、アセトアセチル−CoAシンターゼ酵素(EC2.3.1.194)、アセトアセチル−CoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.36)およびエノイル−CoAヒドラターゼ2酵素(EC4.2.1.119);ならびに
(ii)アルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.2.1.−)またはアルコールデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.−);ならびに
(iii)ゲラニオールイソメラーゼ酵素(EC5.4.4.4)および/もしくはリナロールデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.127)、および/または(I)ファルネソールキナーゼ酵素(EC2.7.1.−)、ゲラニルゲラニオールキナーゼ酵素(EC2.7.1.B19)、ヒドロキシエチルチアゾールキナーゼ酵素(EC2.7.1.50)もしくはウンデカプレノールキナーゼ酵素(EC2.7.1.66)のうちの1つもしくは複数と、(II)2−メチル−1,3−ブタジエンシンターゼ酵素(EC4.2.3.27)もしくはメチルブテノールシンターゼ酵素、
のうちの1つもしくは複数との組合せをコードするコード配列の組合せ;あるいは
(f)(i)(I)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9)、3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.157)、および3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.55)の組合せ、および/もしくはアセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2)、アセトアセチル−CoAシンターゼ酵素(EC2.3.1.194)、アセトアセチル−CoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.36)およびエノイル−CoAヒドラターゼ2酵素(EC4.2.1.119)の組合せ、または(II)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9)および/もしくはアセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2)およびアセトアセチル−CoAシンターゼ酵素(EC2.3.1.194);3−ヒドロキシ−3−メチルグルタリル−CoAシンターゼ酵素(EC2.3.3.10);3−メチルグルタコニル−CoAヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.18);および3−メチルクロトニル−CoAカルボキシラーゼ酵素の組合せ;ならびに
(ii)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.19)および酪酸キナーゼ酵素(EC2.7.2.7)、および/またはアシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−)の組合せ;および(iii)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−)
をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(g)(i)乳酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.−)、(ii)ラクトイル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.54)、(iii)(I)アシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−)または(II)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.19)および酪酸キナーゼ酵素(EC2.7.2.7)の組合せのうちの一方または両方;ならびに(iv)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−)をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(h)(i)(I)4−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ酵素(EC2.6.1.19)、4−ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.61)、4−ヒドロキシ酪酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.−)、ビニルアセチル−CoA−デルタ−イソメラーゼ酵素(EC4.2.1.120)、および4−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC5.3.3.3)の組合せ、または(II)4−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ酵素(EC2.6.1.19)、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.4.1.2)、2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.99.2)、グルタコン酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.12)、2−ヒドロキシグルタリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.−)、およびグルタコニル−CoAデカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.70);ならびに
(ii)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.19)および酪酸キナーゼ酵素(EC2.7.2.7)、および/またはアシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−)の組合せ;ならびに
(iii)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−)
をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(i)(i)(I)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.157)、および3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.55)および/または(II)アセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2)、アセトアセチル−CoAシンターゼ酵素(EC2.3.1.194)、アセトアセチル−CoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.36)およびエノイル−CoAヒドラターゼ2酵素(EC4.2.1.119)の組合せ;(ii)trans−2−エノイル−CoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.36);(iii)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9);(iv)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.157);(v)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.55);(vi)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.19)および酪酸キナーゼ酵素(EC2.7.2.7)、および/またはアシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−)の組合せ;ならびに(vii)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−)をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(j)(i)アセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2);(ii)メチルマロニル−CoAムターゼ酵素(EC5.4.99.2);(iii)メチルマロニル−CoAデカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.41);(iv)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9);(v)(I)アセトアセチル−CoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.36)およびエノイル−CoAヒドラターゼ2酵素(EC4.2.1.119)および/または(II)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.157)および3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.55)の組合せ;(vi)アシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−);(vii)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9);(iix)(I)アセトアセチル−CoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.36)およびエノイル−CoAヒドラターゼ2酵素(EC4.2.1.119)および/または(II)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.157)および3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.55)の組合せ;(ix)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.19)および酪酸キナーゼ酵素(EC2.7.2.7)、および/またはアシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−)の組合せ;ならびに(x)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−)をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(k)(i)(I)2−オキソグルタル酸/酪酸フェレドキシンオキシドリダクターゼ酵素(EC1.2.7.3)、およびピルビン酸/2−オキソ酪酸フェレドキシンオキシドリダクターゼ酵素(EC1.2.7.1)の組合せ;(II)乳酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.−)、ラクトイル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.54)、およびプロピオニル−CoAシンターゼ酵素(EC1.3.1.84)の組合せ;または(III)アセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2)、マロニルCoAリダクターゼ酵素(EC1.2.1.75)、マロニルCoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.298)、プロピオニル−CoAシンターゼ酵素(EC6.2.1.36)、プロピオニル−CoAシンターゼ/アクリロイル−CoAシンターゼ酵素(EC4.2.1.116)、およびプロピオニル−CoAシンターゼ酵素(EC1.3.1.84)の組合せ;ならびに(ii)ラクトイル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.54);ならびに(iii)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9);ならびに(iv)(I)アセトアセチル−CoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.36)およびエノイル−CoAヒドラターゼ2酵素(EC4.2.1.119)および/または(II)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.157)および3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.55)の組合せ;(iv)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.19)および酪酸キナーゼ酵素(EC2.7.2.7)、および/またはアシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−)の組合せ;ならびに(v)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−)
をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(l)(i)4−アミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ酵素(EC2.6.1.19);(ii)(I)グルタミン酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.4.1.2)、2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.99.2)、グルタコン酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.12)、2−ヒドロキシグルタリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.−)および/または(II)4−ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.61);4−ヒドロキシ酪酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.−)、ビニルアセチル−CoA−デルタ−イソメラーゼ酵素(EC4.2.1.120)およびグルタコニル−CoAデカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.70)の組合せ;(iii)4−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC5.3.3.3);(iv)trans−2−エノイル−CoAリダクターゼ酵素(EC1.1.1.36);(v)アセチル−CoA C−アセチルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.9);(vi)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.157);(vii)3−ヒドロキシブチリル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.55);(iix)アシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−);ならびに(x)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−)をコードするコード配列の組合せ;あるいは
(m)(i)(I)アセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2)、マロニルCoAリダクターゼ酵素(マロン酸セミアルデヒド形成)(EC1.2.1.75)、3−ヒドロキシプロピオン酸デヒドロゲナーゼ酵素(EC1.1.1.298)、3−ヒドロキシプロピオニル−CoAシンターゼ酵素(EC6.2.1.36)、およびヒドロキシプロピオニル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.116)の組合せ、または(II)(α)アセチル−CoAカルボキシラーゼ酵素(EC6.4.1.2)、乳酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.−)、およびラクトイル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.54)および/もしくは(β)乳酸CoA−トランスフェラーゼ酵素(EC2.8.3.−)およびラクトイル−CoAデヒドラターゼ酵素(EC4.2.1.54)の組合せ;
(ii)(I)リン酸ブチリルトランスフェラーゼ酵素(EC2.3.1.19)および酪酸キナーゼ酵素(EC2.7.2.7)の組合せ、および/または(II)アシル−CoAチオエステラーゼ酵素(EC3.1.2.−);ならびに
(iii)フェニルアクリル酸デカルボキシラーゼ酵素(EC4.1.1.−)
をコードするコード配列の組合せ
を含む、請求項1から7のいずれか一項に記載の組換え微生物。 - 請求項1から8のいずれか一項に記載の組換え微生物と、一酸化炭素または二酸化炭素の一方または両方とを接触させることを含む、2〜5個の炭素原子の主鎖を有する1つまたは複数のアルケンを生成する方法。
- エチレン、1−プロペン、1−ブテン、2−メチルプロペン、1,3−ブタジエン、1−ペンテン、または2−メチル−1,3−ブタジエンのうちの1つまたは複数を生成する方法である、請求項9に記載の方法。
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