JP2017510293A5 - - Google Patents
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Description
この局面および本明細書に記載の他のすべての局面のもう1つの態様において、強力なゲノムインスレーターは、cHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す。1つの態様において、強力なゲノムインスレーターは、cHS4インスレーターエレメントのものよりも少なくとも50%高いエンハンサー遮断活性を示す。他の態様において、強力なゲノムインスレーターは、cHS4インスレーターエレメントのものよりも少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも15倍、少なくとも20倍、少なくとも50倍、少なくとも100倍高い(またはそれを上回る)エンハンサー遮断活性を示す。
[本発明1001]
強力なゲノムインスレーターエレメントの少なくとも1つのコピーをコードするウイルスベクター組成物であって、ゲノムインスレーターエレメントが400bp未満の配列およびCTCF結合部位コア配列を含む、ウイルスベクター組成物。
[本発明1002]
ウイルスベクターがレトロウイルスベクターである、本発明1001の組成物。
[本発明1003]
レトロウイルスベクターがレンチウイルスベクターである、本発明1002の組成物。
[本発明1004]
ウイルスベクターが遺伝子治療用ベクターである、本発明1001の組成物。
[本発明1005]
治療物質をコードする配列をさらに含む、本発明1001の組成物。
[本発明1006]
コア配列が、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1005の組成物:
。
[本発明1007]
ゲノムインスレーターエレメントが、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1001の組成物:
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[本発明1008]
ベクターが少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントを含む、本発明1001の組成物。
[本発明1009]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが、それらがベクター中でベクタープロウイルスの両側に位置するように配置されている、本発明1008の組成物。
[本発明1010]
ベクターが同じゲノムインスレーターエレメントのコピーを2つ含む、本発明1008の組成物。
[本発明1011]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが2種の異なるゲノムインスレーターエレメントである、本発明1008の組成物。
[本発明1012]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1010または1011の組成物:
。
[本発明1013]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1008の組成物:
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[本発明1014]
CTCF結合部位コア配列がヒトゲノム中の高占有率CTCF結合部位である、本発明1001の組成物。
[本発明1015]
高占有率部位が、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%のCTCF占有率を含む、本発明1014の組成物。
[本発明1016]
遺伝子インスレーターエレメントがベクターのウイルス力価を有意には変化させない、本発明1001の組成物。
[本発明1017]
ゲノムインスレーターエレメントの配列が300bp未満である、本発明1001の組成物。
[本発明1018]
ゲノムインスレーターエレメントがサイレンサー活性を実質的に含まない、本発明1001の組成物。
[本発明1019]
任意で以下のうち1つまたは複数を含む、本発明1001の組成物:
(a)プロモーター、
(b)エンハンサー、
(c)制限部位、
(d)非翻訳領域、
(e)DNアーゼI高感受性部位、
(f)多重クローニング部位、
(g)末端反復配列、または
(h)ポリA尾部をコードする配列。
[本発明1020]
治療物質が、関心対象の遺伝子、タンパク質、ドミナントネガティブ突然変異体、RNA干渉物質、またはmiRNAを含む、本発明1001の組成物。
[本発明1021]
強力なゲノムインスレーターがcHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す、本発明1001の組成物。
[本発明1022]
強力なゲノムインスレーターを同定するための方法であって、
(a)ゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフのCTCFタンパク質による占有率を決定する段階、および
(b)エンハンサー遮断活性に関して試験し、それによって強力なゲノムインスレーターを同定する段階
を含む、方法。
[本発明1023]
段階(a)の後に、以下の段階をさらに含む、本発明1022の方法:
(i)CTCFによる占有があると判定された1つまたは複数のCTCF結合モチーフを、それぞれが固有のCTCFコア配列を有するクラスに分類する段階、
(ii)段階(i)において同定されたCTCF結合モチーフのクラスを、それらのCTCF占有率に応じて、占有率が最も高いものから最も低いものまでにランク付けする段階、および
(iii)高くランク付けされたクラスの中で、1つまたは複数のCTCF結合モチーフを選択する段階。
[本発明1024]
ゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフの占有率を決定する段階(a)が、以下の段階を含む、本発明1022の方法:
(i)実質的に完全なゲノム配列を含むデータベースを1つまたは複数のCTCF結合モチーフに関してスキャンすることによって、1つまたは複数のCTCF結合モチーフの事例の数を決定する段階、
(ii)ChIP-シークエンシング技術を用いて決定されたCTCFと結合する配列を含むデータベースを用いて、CTCFと結合するように働く、ゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフを同定する段階、
(iii)段階(i)の1つまたは複数のCTCF結合モチーフの各事例と、段階(ii)のCTCF結合データとのアラインメントを行う段階、および
(iv)CTCFと結合するように働くCTCF結合モチーフの事例のパーセンテージを計算し、それによって占有率を決定する段階。
[本発明1025]
コア配列が、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1023の方法:
。
[本発明1026]
CTCF結合モチーフが、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1023または1024の方法:
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[本発明1027]
試験のために選択されるCTCF結合モチーフの占有率が、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%のCTCF占有率を示す、本発明1022の方法。
[本発明1028]
CTCF結合モチーフの配列が300bp未満である、本発明1022の方法。
[本発明1029]
強力なゲノムインスレーターがcHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す、本発明1022の方法。
[本発明1030]
疾患を治療するための方法であって、本発明1001のベクターを投与する段階を含み、該ベクターが治療物質をコードする配列をさらに含み、かつ該治療物質が疾患の治療を媒介する、方法。
[本発明1031]
治療物質がタンパク質、ドミナントネガティブ突然変異体、RNA干渉物質、またはmiRNAを含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
治療物質をコードする核酸を投与するための方法であって、
(a)治療物質、および
(b)ゲノムインスレーターエレメントが400bp未満の配列およびCTCF結合部位コア配列を含む、強力なゲノムインスレーターエレメントの少なくとも1つのコピー
をコードするウイルスベクターを対象に投与する段階を含む、方法。
[本発明1033]
ベクターが、強力なゲノムインスレーターエレメントを欠く同じベクターと比較して、対象における腫瘍形成を少なくとも50%減少させる、本発明1032の方法。
[本発明1034]
ベクターが、強力なゲノムインスレーターエレメントを欠く同じベクターと比較して、腫瘍発生率を少なくとも10分の1に低下させる、本発明1032の方法。
[本発明1035]
ウイルスベクターがレトロウイルスベクターである、本発明1032の方法。
[本発明1036]
レトロウイルスベクターがレンチウイルスベクターである、本発明1035の方法。
[本発明1037]
コア配列が、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1032の方法:
。
[本発明1038]
ゲノムインスレーターエレメントが、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1032の方法:
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[本発明1039]
ベクターが少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントを含む、本発明1032の方法。
[本発明1040]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが、それらがベクター中でベクタープロウイルスの両側に位置するように配置されている、本発明1039の方法。
[本発明1041]
ベクターが同じゲノムインスレーターエレメントのコピーを2つ含む、本発明1039の方法。
[本発明1042]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが2種の異なるゲノムインスレーターエレメントである、本発明1039の方法。
[本発明1043]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1041または1042の方法:
。
[本発明1044]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1039の方法:
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[本発明1045]
CTCF結合部位コア配列がヒトゲノム中の高占有率CTCF結合部位である、本発明1032の方法。
[本発明1046]
高占有率部位が少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%のCTCF占有率を有する、本発明1045の方法。
[本発明1047]
遺伝子インスレーターエレメントがベクターのウイルス力価を有意には変化させない、本発明1032の方法。
[本発明1048]
ゲノムインスレーターエレメントの配列が300bp未満である、本発明1032の方法。
[本発明1047]
ゲノムインスレーターエレメントがサイレンサー活性を実質的に含まない、本発明1032の方法。
[本発明1049]
ベクターが任意で以下のうち1つまたは複数を含む、本発明1032の方法:
(a)プロモーター、
(b)エンハンサー、
(c)制限部位、
(d)非翻訳領域、
(e)DNアーゼI高感受性部位、
(f)多重クローニング部位、
(g)末端反復配列、または
(h)ポリA尾部をコードする配列。
[本発明1050]
治療物質が、関心対象の遺伝子、タンパク質、ドミナントネガティブ突然変異体、RNA干渉物質、またはmiRNAを含む、本発明1032の方法。
[本発明1051]
強力なゲノムインスレーターがcHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す、本発明1032の方法。
[本発明1001]
強力なゲノムインスレーターエレメントの少なくとも1つのコピーをコードするウイルスベクター組成物であって、ゲノムインスレーターエレメントが400bp未満の配列およびCTCF結合部位コア配列を含む、ウイルスベクター組成物。
[本発明1002]
ウイルスベクターがレトロウイルスベクターである、本発明1001の組成物。
[本発明1003]
レトロウイルスベクターがレンチウイルスベクターである、本発明1002の組成物。
[本発明1004]
ウイルスベクターが遺伝子治療用ベクターである、本発明1001の組成物。
[本発明1005]
治療物質をコードする配列をさらに含む、本発明1001の組成物。
[本発明1006]
コア配列が、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1005の組成物:
。
[本発明1007]
ゲノムインスレーターエレメントが、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1001の組成物:
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[本発明1008]
ベクターが少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントを含む、本発明1001の組成物。
[本発明1009]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが、それらがベクター中でベクタープロウイルスの両側に位置するように配置されている、本発明1008の組成物。
[本発明1010]
ベクターが同じゲノムインスレーターエレメントのコピーを2つ含む、本発明1008の組成物。
[本発明1011]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが2種の異なるゲノムインスレーターエレメントである、本発明1008の組成物。
[本発明1012]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1010または1011の組成物:
。
[本発明1013]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1008の組成物:
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[本発明1014]
CTCF結合部位コア配列がヒトゲノム中の高占有率CTCF結合部位である、本発明1001の組成物。
[本発明1015]
高占有率部位が、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%のCTCF占有率を含む、本発明1014の組成物。
[本発明1016]
遺伝子インスレーターエレメントがベクターのウイルス力価を有意には変化させない、本発明1001の組成物。
[本発明1017]
ゲノムインスレーターエレメントの配列が300bp未満である、本発明1001の組成物。
[本発明1018]
ゲノムインスレーターエレメントがサイレンサー活性を実質的に含まない、本発明1001の組成物。
[本発明1019]
任意で以下のうち1つまたは複数を含む、本発明1001の組成物:
(a)プロモーター、
(b)エンハンサー、
(c)制限部位、
(d)非翻訳領域、
(e)DNアーゼI高感受性部位、
(f)多重クローニング部位、
(g)末端反復配列、または
(h)ポリA尾部をコードする配列。
[本発明1020]
治療物質が、関心対象の遺伝子、タンパク質、ドミナントネガティブ突然変異体、RNA干渉物質、またはmiRNAを含む、本発明1001の組成物。
[本発明1021]
強力なゲノムインスレーターがcHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す、本発明1001の組成物。
[本発明1022]
強力なゲノムインスレーターを同定するための方法であって、
(a)ゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフのCTCFタンパク質による占有率を決定する段階、および
(b)エンハンサー遮断活性に関して試験し、それによって強力なゲノムインスレーターを同定する段階
を含む、方法。
[本発明1023]
段階(a)の後に、以下の段階をさらに含む、本発明1022の方法:
(i)CTCFによる占有があると判定された1つまたは複数のCTCF結合モチーフを、それぞれが固有のCTCFコア配列を有するクラスに分類する段階、
(ii)段階(i)において同定されたCTCF結合モチーフのクラスを、それらのCTCF占有率に応じて、占有率が最も高いものから最も低いものまでにランク付けする段階、および
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[本発明1024]
ゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフの占有率を決定する段階(a)が、以下の段階を含む、本発明1022の方法:
(i)実質的に完全なゲノム配列を含むデータベースを1つまたは複数のCTCF結合モチーフに関してスキャンすることによって、1つまたは複数のCTCF結合モチーフの事例の数を決定する段階、
(ii)ChIP-シークエンシング技術を用いて決定されたCTCFと結合する配列を含むデータベースを用いて、CTCFと結合するように働く、ゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフを同定する段階、
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(iv)CTCFと結合するように働くCTCF結合モチーフの事例のパーセンテージを計算し、それによって占有率を決定する段階。
[本発明1025]
コア配列が、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1023の方法:
。
[本発明1026]
CTCF結合モチーフが、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1023または1024の方法:
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[本発明1027]
試験のために選択されるCTCF結合モチーフの占有率が、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%のCTCF占有率を示す、本発明1022の方法。
[本発明1028]
CTCF結合モチーフの配列が300bp未満である、本発明1022の方法。
[本発明1029]
強力なゲノムインスレーターがcHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す、本発明1022の方法。
[本発明1030]
疾患を治療するための方法であって、本発明1001のベクターを投与する段階を含み、該ベクターが治療物質をコードする配列をさらに含み、かつ該治療物質が疾患の治療を媒介する、方法。
[本発明1031]
治療物質がタンパク質、ドミナントネガティブ突然変異体、RNA干渉物質、またはmiRNAを含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
治療物質をコードする核酸を投与するための方法であって、
(a)治療物質、および
(b)ゲノムインスレーターエレメントが400bp未満の配列およびCTCF結合部位コア配列を含む、強力なゲノムインスレーターエレメントの少なくとも1つのコピー
をコードするウイルスベクターを対象に投与する段階を含む、方法。
[本発明1033]
ベクターが、強力なゲノムインスレーターエレメントを欠く同じベクターと比較して、対象における腫瘍形成を少なくとも50%減少させる、本発明1032の方法。
[本発明1034]
ベクターが、強力なゲノムインスレーターエレメントを欠く同じベクターと比較して、腫瘍発生率を少なくとも10分の1に低下させる、本発明1032の方法。
[本発明1035]
ウイルスベクターがレトロウイルスベクターである、本発明1032の方法。
[本発明1036]
レトロウイルスベクターがレンチウイルスベクターである、本発明1035の方法。
[本発明1037]
コア配列が、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1032の方法:
。
[本発明1038]
ゲノムインスレーターエレメントが、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1032の方法:
SEQ ID NO.:10、SEQ ID NO.:11、SEQ ID NO.:12、SEQ ID NO.:13、SEQ ID NO.:14、SEQ ID NO.:15、SEQ ID NO.:16、SEQ ID NO.:17、SEQ ID NO.:18、SEQ ID NO.:19、SEQ ID NO.:20、SEQ ID NO.:21、SEQ ID NO.:22、SEQ ID NO.:23、SEQ ID NO.:24、SEQ ID NO.:25、SEQ ID NO.:26、SEQ ID NO.:27、SEQ ID NO.:28、SEQ ID NO.:29、SEQ ID NO.:30、SEQ ID NO.:31、SEQ ID NO.:32、SEQ ID NO.:33、SEQ ID NO.:34、SEQ ID NO.:35、およびSEQ ID NO.:36。
[本発明1039]
ベクターが少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントを含む、本発明1032の方法。
[本発明1040]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが、それらがベクター中でベクタープロウイルスの両側に位置するように配置されている、本発明1039の方法。
[本発明1041]
ベクターが同じゲノムインスレーターエレメントのコピーを2つ含む、本発明1039の方法。
[本発明1042]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが2種の異なるゲノムインスレーターエレメントである、本発明1039の方法。
[本発明1043]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される14bp配列である、本発明1041または1042の方法:
。
[本発明1044]
少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される配列を含む、本発明1039の方法:
SEQ ID NO.:10、SEQ ID NO.:11、SEQ ID NO.:12、SEQ ID NO.:13、SEQ ID NO.:14、SEQ ID NO.:15、SEQ ID NO.:16、SEQ ID NO.:17、SEQ ID NO.:18、SEQ ID NO.:19、SEQ ID NO.:20、SEQ ID NO.:21、SEQ ID NO.:22、SEQ ID NO.:23、SEQ ID NO.:24、SEQ ID NO.:25、SEQ ID NO.:26、SEQ ID NO.:27、SEQ ID NO.:28、SEQ ID NO.:29、SEQ ID NO.:30、SEQ ID NO.:31、SEQ ID NO.:32、SEQ ID NO.:33、SEQ ID NO.:34、SEQ ID NO.:35、およびSEQ ID NO.:36。
[本発明1045]
CTCF結合部位コア配列がヒトゲノム中の高占有率CTCF結合部位である、本発明1032の方法。
[本発明1046]
高占有率部位が少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%のCTCF占有率を有する、本発明1045の方法。
[本発明1047]
遺伝子インスレーターエレメントがベクターのウイルス力価を有意には変化させない、本発明1032の方法。
[本発明1048]
ゲノムインスレーターエレメントの配列が300bp未満である、本発明1032の方法。
[本発明1047]
ゲノムインスレーターエレメントがサイレンサー活性を実質的に含まない、本発明1032の方法。
[本発明1049]
ベクターが任意で以下のうち1つまたは複数を含む、本発明1032の方法:
(a)プロモーター、
(b)エンハンサー、
(c)制限部位、
(d)非翻訳領域、
(e)DNアーゼI高感受性部位、
(f)多重クローニング部位、
(g)末端反復配列、または
(h)ポリA尾部をコードする配列。
[本発明1050]
治療物質が、関心対象の遺伝子、タンパク質、ドミナントネガティブ突然変異体、RNA干渉物質、またはmiRNAを含む、本発明1032の方法。
[本発明1051]
強力なゲノムインスレーターがcHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す、本発明1032の方法。
Claims (52)
- 強力なゲノムインスレーターエレメントの少なくとも1つのコピーをコードするウイルスベクター組成物であって、ゲノムインスレーターエレメントが400bp未満の配列およびCTCF結合部位コア配列を含む、ウイルスベクター組成物。
- ウイルスベクターがレトロウイルスベクターである、請求項1記載の組成物。
- レトロウイルスベクターがレンチウイルスベクターである、請求項2記載の組成物。
- ウイルスベクターが遺伝子治療用ベクターである、請求項1記載の組成物。
- 治療物質をコードする配列をさらに含む、請求項1記載の組成物。
- ゲノムインスレーターエレメントが、以下からなる群より選択される配列を含む、請求項1記載の組成物:
SEQ ID NO.:10、SEQ ID NO.:11、SEQ ID NO.:12、SEQ ID NO.:13、SEQ ID NO.:14、SEQ ID NO.:15、SEQ ID NO.:16、SEQ ID NO.:17、SEQ ID NO.:18、SEQ ID NO.:19、SEQ ID NO.:20、SEQ ID NO.:21、SEQ ID NO.:22、SEQ ID NO.:23、SEQ ID NO.:24、SEQ ID NO.:25、SEQ ID NO.:26、SEQ ID NO.:27、SEQ ID NO.:28、SEQ ID NO.:29、SEQ ID NO.:30、SEQ ID NO.:31、SEQ ID NO.:32、SEQ ID NO.:33、SEQ ID NO.:34、SEQ ID NO.:35、およびSEQ ID NO.:36。 - ベクターが少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントを含む、請求項1記載の組成物。
- 少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが、それらがベクター中でベクタープロウイルスの両側に位置するように配置されている、請求項8記載の組成物。
- ベクターが同じゲノムインスレーターエレメントのコピーを2つ含む、請求項8記載の組成物。
- 少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが2種の異なるゲノムインスレーターエレメントである、請求項8記載の組成物。
- 少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される配列を含む、請求項8記載の組成物:
SEQ ID NO.:10、SEQ ID NO.:11、SEQ ID NO.:12、SEQ ID NO.:13、SEQ ID NO.:14、SEQ ID NO.:15、SEQ ID NO.:16、SEQ ID NO.:17、SEQ ID NO.:18、SEQ ID NO.:19、SEQ ID NO.:20、SEQ ID NO.:21、SEQ ID NO.:22、SEQ ID NO.:23、SEQ ID NO.:24、SEQ ID NO.:25、SEQ ID NO.:26、SEQ ID NO.:27、SEQ ID NO.:28、SEQ ID NO.:29、SEQ ID NO.:30、SEQ ID NO.:31、SEQ ID NO.:32、SEQ ID NO.:33、SEQ ID NO.:34、SEQ ID NO.:35、およびSEQ ID NO.:36。 - CTCF結合部位コア配列がヒトゲノム中の高占有率CTCF結合部位である、請求項1記載の組成物。
- 高占有率部位が、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%のCTCF占有率を含む、請求項14記載の組成物。
- 遺伝子インスレーターエレメントがベクターのウイルス力価を有意には変化させない、請求項1記載の組成物。
- ゲノムインスレーターエレメントの配列が300bp未満である、請求項1記載の組成物。
- ゲノムインスレーターエレメントがサイレンサー活性を実質的に含まない、請求項1記載の組成物。
- 任意で以下のうち1つまたは複数を含む、請求項1記載の組成物:
(a)プロモーター、
(b)エンハンサー、
(c)制限部位、
(d)非翻訳領域、
(e)DNアーゼI高感受性部位、
(f)多重クローニング部位、
(g)末端反復配列、または
(h)ポリA尾部をコードする配列。 - 治療物質が、関心対象の遺伝子、タンパク質、ドミナントネガティブ突然変異体、RNA干渉物質、またはmiRNAを含む、請求項1記載の組成物。
- 強力なゲノムインスレーターがcHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す、請求項1記載の組成物。
- 強力なゲノムインスレーターを同定するための方法であって、
(a)ゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフのCTCFタンパク質による占有率を決定する段階、および
(b)エンハンサー遮断活性に関して試験し、それによって強力なゲノムインスレーターを同定する段階
を含む、方法。 - 段階(a)の後に、以下の段階をさらに含む、請求項22記載の方法:
(i)CTCFによる占有率を有すると決定された1つまたは複数のCTCF結合モチーフを、それぞれが固有のCTCFコア配列を有するクラスに分類する段階、
(ii)段階(i)において同定されたCTCF結合モチーフのクラスを、それらのCTCF占有率に応じて、占有率が最も高いものから最も低いものまでにランク付けする段階、および
(iii)高くランク付けされたクラスの中で、1つまたは複数のCTCF結合モチーフを選択する段階。 - ゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフの占有率を決定する段階(a)が、以下の段階を含む、請求項22記載の方法:
(i)実質的に完全なゲノム配列を含むデータベースをゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフに関してスキャンすることによって、1つまたは複数のCTCF結合モチーフの事例の数を決定する段階、
(ii)ChIP-シークエンシング技術を用いて決定されたCTCFと結合する配列を含むデータベースを用いて、CTCFと結合するように働く、ゲノム中の1つまたは複数のCTCF結合モチーフを同定する段階、
(iii)段階(i)の1つまたは複数のCTCF結合モチーフの各事例と、段階(ii)のCTCF結合データとのアラインメントを行う段階、および
(iv)CTCFと結合するように働くCTCF結合モチーフの事例のパーセンテージを計算し、それによって占有率を決定する段階。 - CTCF結合モチーフが、以下からなる群より選択される配列を含む、請求項23または24記載の方法:
SEQ ID NO.:10、SEQ ID NO.:11、SEQ ID NO.:12、SEQ ID NO.:13、SEQ ID NO.:14、SEQ ID NO.:15、SEQ ID NO.:16、SEQ ID NO.:17、SEQ ID NO.:18、SEQ ID NO.:19、SEQ ID NO.:20、SEQ ID NO.:21、SEQ ID NO.:22、SEQ ID NO.:23、SEQ ID NO.:24、SEQ ID NO.:25、SEQ ID NO.:26、SEQ ID NO.:27、SEQ ID NO.:28、SEQ ID NO.:29、SEQ ID NO.:30、SEQ ID NO.:31、SEQ ID NO.:32、SEQ ID NO.:33、SEQ ID NO.:34、SEQ ID NO.:35、およびSEQ ID NO.:36。 - 試験のために選択されるCTCF結合モチーフの占有率が、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%のCTCF占有率を示す、請求項22記載の方法。
- CTCF結合モチーフの配列が300bp未満である、請求項22記載の方法。
- 強力なゲノムインスレーターがcHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す、請求項22記載の方法。
- 請求項1記載のベクターを含む、疾患を治療するための薬学的組成物であって、該ベクターが治療物質をコードする配列をさらに含み、かつ該治療物質が疾患の治療を媒介する、薬学的組成物。
- 治療物質がタンパク質、ドミナントネガティブ突然変異体、RNA干渉物質、またはmiRNAを含む、請求項30記載の薬学的組成物。
- (a)治療物質、および
(b)ゲノムインスレーターエレメントが400bp未満の配列およびCTCF結合部位コア配列を含む、強力なゲノムインスレーターエレメントの少なくとも1つのコピー
をコードするウイルスベクターを含む、治療物質をコードする核酸を投与するための薬学的組成物。 - ベクターが、強力なゲノムインスレーターエレメントを欠く同じベクターと比較して、対象における腫瘍形成を少なくとも50%減少させる、請求項32記載の薬学的組成物。
- ベクターが、強力なゲノムインスレーターエレメントを欠く同じベクターと比較して、腫瘍発生率を少なくとも10分の1に低下させる、請求項32記載の薬学的組成物。
- ウイルスベクターがレトロウイルスベクターである、請求項32記載の薬学的組成物。
- レトロウイルスベクターがレンチウイルスベクターである、請求項35記載の薬学的組成物。
- ゲノムインスレーターエレメントが、以下からなる群より選択される配列を含む、請求項32記載の薬学的組成物:
SEQ ID NO.:10、SEQ ID NO.:11、SEQ ID NO.:12、SEQ ID NO.:13、SEQ ID NO.:14、SEQ ID NO.:15、SEQ ID NO.:16、SEQ ID NO.:17、SEQ ID NO.:18、SEQ ID NO.:19、SEQ ID NO.:20、SEQ ID NO.:21、SEQ ID NO.:22、SEQ ID NO.:23、SEQ ID NO.:24、SEQ ID NO.:25、SEQ ID NO.:26、SEQ ID NO.:27、SEQ ID NO.:28、SEQ ID NO.:29、SEQ ID NO.:30、SEQ ID NO.:31、SEQ ID NO.:32、SEQ ID NO.:33、SEQ ID NO.:34、SEQ ID NO.:35、およびSEQ ID NO.:36。 - ベクターが少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントを含む、請求項32記載の薬学的組成物。
- 少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが、それらがベクター中でベクタープロウイルスの両側に位置するように配置されている、請求項39記載の薬学的組成物。
- ベクターが同じゲノムインスレーターエレメントのコピーを2つ含む、請求項39記載の薬学的組成物。
- 少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントが2種の異なるゲノムインスレーターエレメントである、請求項39記載の薬学的組成物。
- 少なくとも2つのゲノムインスレーターエレメントがそれぞれ、以下からなる群より選択される配列を含む、請求項39記載の薬学的組成物:
SEQ ID NO.:10、SEQ ID NO.:11、SEQ ID NO.:12、SEQ ID NO.:13、SEQ ID NO.:14、SEQ ID NO.:15、SEQ ID NO.:16、SEQ ID NO.:17、SEQ ID NO.:18、SEQ ID NO.:19、SEQ ID NO.:20、SEQ ID NO.:21、SEQ ID NO.:22、SEQ ID NO.:23、SEQ ID NO.:24、SEQ ID NO.:25、SEQ ID NO.:26、SEQ ID NO.:27、SEQ ID NO.:28、SEQ ID NO.:29、SEQ ID NO.:30、SEQ ID NO.:31、SEQ ID NO.:32、SEQ ID NO.:33、SEQ ID NO.:34、SEQ ID NO.:35、およびSEQ ID NO.:36。 - CTCF結合部位コア配列がヒトゲノム中の高占有率CTCF結合部位である、請求項32記載の薬学的組成物。
- 高占有率部位が少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%のCTCF占有率を有する、請求項45記載の薬学的組成物。
- 遺伝子インスレーターエレメントがベクターのウイルス力価を有意には変化させない、請求項32記載の薬学的組成物。
- ゲノムインスレーターエレメントの配列が300bp未満である、請求項32記載の薬学的組成物。
- ゲノムインスレーターエレメントがサイレンサー活性を実質的に含まない、請求項32記載の薬学的組成物。
- ベクターが任意で以下のうち1つまたは複数を含む、請求項32記載の薬学的組成物:
(a)プロモーター、
(b)エンハンサー、
(c)制限部位、
(d)非翻訳領域、
(e)DNアーゼI高感受性部位、
(f)多重クローニング部位、
(g)末端反復配列、または
(h)ポリA尾部をコードする配列。 - 治療物質が、関心対象の遺伝子、タンパク質、ドミナントネガティブ突然変異体、RNA干渉物質、またはmiRNAを含む、請求項32記載の薬学的組成物。
- 強力なゲノムインスレーターがcHS4インスレーターエレメントのものよりも高いエンハンサー遮断活性を示す、請求項32記載の薬学的組成物。
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