JP2016529903A - 神経膠芽腫を治療するための診断方法及び組成物 - Google Patents

神経膠芽腫を治療するための診断方法及び組成物 Download PDF

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Abstract

本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答する可能性が高い、神経膠芽腫を有する患者を同定し、治療するための１つ以上のバイオマーカーの発現を検出する方法及び組成物を提供する。本発明は、本方法で使用されるキット及び製造品も提供する。【選択図】なし

Description

本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体での治療から恩恵を得られる、神経膠芽腫を有する患者の同定方法に関する。
神経膠腫は、全ての悪性脳腫瘍とＣＮＳ腫瘍の８１％を占めている。神経膠芽腫（多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）；世界保健機関（ＷＨＯ）グレードＩＶの星状細胞腫）は、特に、悪性神経膠腫の６０％から７０％を占め、神経膠腫の最も侵襲的なサブタイプのままである。これは、成人で主に発症し（診断時の年齢の中央値：６４歳）、その発症率は、米国で３．０５／１００，０００と推定されている。１年及び５年の全生存は、それぞれ２９％と３％であり、神経膠芽腫の予後は特に悪いままである（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｂｒａｉｎ Ｔｕｍｏｒ Ｒｅｇｉｓｔｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ （２００５），（ＣＢＴＲＵＳ；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｔｒｕｓ．ｏｒｇ）。
バイオマーカーの発現レベルの測定は、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体などのＶＥＧＦアンタゴニストでの治療を含む特定の治療法に応答する神経膠芽腫を有する患者を同定するための効果的な手段である場合がある。
神経膠芽腫を有するどの患者がどの治療に応答するかを決定し、単剤として使用されるのであれ、他の薬剤と併用されるのであれ、ＶＥＧＦアンタゴニスト療法での患者に対する効果的な治療レジメンにそのような決定を導入するための効果的な手段が必要とされている。
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に応答する可能性が高い、神経膠芽腫を有する患者を同定する方法を提供する。これらの患者は、以下の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現レベルに基づいて同定される。
第１の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いかどうかの決定方法を提供する。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定し、（ｃ）ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを患者に知らせることを含む。
第２の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果を最適にする方法も提供する。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定し、（ｃ）抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含むという提案を患者に提供することを含む。
上記の方法では、患者は、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性を試験されている患者の集団であってもよく、基準レベルは、患者集団における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。これらの方法の他の実施形態では、基準レベルは、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。
上記の方法では、患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化は、基準レベルに対する増加または減少であってもよい。
患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現は、例えば、ｍＲＮＡ及び／または血漿タンパク質レベルを測定することで検出することができる。
生体試料は、腫瘍組織、例えば、腫瘍組織生検または血漿試料などであってもよい。
本発明のこれらの方法は、患者由来の生体試料中の遺伝子の少なくとも２、３、４個またはそれ以上の発現を検出することをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料中の遺伝子の少なくとも１／４または少なくとも１／３の発現を検出することをさらに含むことができる。
上記の方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体であってもよい。抗ＶＥＧＦ抗体は、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体、ベバシズマブであってもよく、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ここで、ＶＨは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは、配列番号１のアミノ酸配列を有する。
上記の方法は、ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する工程をさらに含むことができる。投与されたＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体、ベバシズマブであってもよく、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ここで、ＶＨは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは、配列番号１のアミノ酸配列を有する。
上記の方法は、（ｉ）抗腫瘍性剤、化学療法剤、増殖阻害性剤、及び細胞傷害性剤からなる群から選択される薬剤を用いた治療、（ｉｉ）放射線治療、または（ｉｉｉ）その組み合わせを行うことをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、上記の方法は、化学療法剤、例えば、テモゾロミド（ＴＭＺ）を患者に投与することをさらに含むことができる。
上記の方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、全生存期間（ＯＳ）の増加または延長であってもよい。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加または延長であってもよい。
上記の方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが判明した患者は、例えば、前神経（ＰＮ）型（前神経亜型）の神経膠芽腫を有してもよい。
第３の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する治療の選択方法を含む。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定し、（ｃ）患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む治療を選択し、必要に応じて、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む選択された治療を患者に提案することを含む。
これらの方法では、基準レベルは、神経膠芽腫を有する患者の集合における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。これらの方法のいくつかの実施形態では、基準レベルは、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。
これらの方法では、患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化は、基準レベルに対する増加または減少であってもよい。患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現は、例えば、ｍＲＮＡ及び／または血漿タンパク質レベルを測定することで検出することができる。生体試料は、腫瘍組織、例えば、腫瘍組織生検または血漿試料などであってもよい。
本発明のこれらの方法は、患者由来の生体試料中の遺伝子の少なくとも２、３、４個またはそれ以上の発現を検出することをさらに含むことができる。これらの方法のいくつかの実施形態では、患者由来の生体試料中の遺伝子の少なくとも１／４または少なくとも１／３の発現をさらに検出する。
これらの方法では、工程（ｃ）の治療は、抗腫瘍性剤、化学療法剤、増殖阻害性剤、及び細胞傷害性剤からなる群から選択される薬剤、放射線治療、またはその組み合わせであってもよい。いくつかの実施形態では、これらの方法は、化学療法剤、例えば、ＴＭＺを患者に投与することをさらに含む。
これらの方法は、（ｄ）患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストの有効量を患者に投与する工程をさらに含むことができる。投与されたＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体、ベバシズマブであってもよく、または抗ＶＥＧＦ抗体は、ＶＨ及びＶＬを含み、ここで、ＶＨは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは、配列番号１のアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、方法は、少なくとも第２の薬剤の有効量を投与することをさらに含む。第２の薬剤は、例えば、抗腫瘍性剤、化学療法剤、増殖阻害性剤、細胞傷害性剤、及びその組み合わせからなる群から選択することができる。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ＴＭＺである。
これらの方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、ＯＳの増加または延長であってもよい。これらの方法のいくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、ＰＦＳの増加または延長であってもよい。
これらの方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが判明した患者は、例えば、ＰＮ型（ＰＮ亜型）の神経膠芽腫を有してもよい。
第１、第２、及び第３の態様の方法のいずれかにおいて、少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択することができる。少なくとも１つの遺伝子が、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される場合、患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化は、基準レベルに対する増加であってもよい。
第４の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いかどうかの決定方法を提供する。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、ここで、少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択され、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定し、（ｃ）ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを患者に知らせることを含む。
第５の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果を最適にする方法を提供する。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、ここで、少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択され、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定し、（ｃ）抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含むという提案を患者に提供することを含む。
第６の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する治療の選択方法を含む。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、ここで、少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択され、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定し、（ｃ）患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む治療を選択し、必要に応じて、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む選択された治療を患者に提案することを含む。
第４、第５、及び第６の態様の方法のいずれかにおいて、患者は、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性を試験されている患者の集団であってもよく、基準レベルは、患者集団における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。これらの方法の他の実施形態では、基準レベルは、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。
第７の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いかどうかの決定方法を提供する。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、を含む。いくつかの実施形態では、第７の態様の方法は、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを患者に知らせることをさらに含むことができる。
第８の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果を最適にする方法も提供する。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、を含む。いくつかの実施形態では、第８の態様の方法は、抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含むという提案を患者に提供することをさらに含むことができる。
第７及び第８の態様の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性を試験されている患者の集団であってもよく、基準レベルは、患者集団における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。これらの方法の他の実施形態では、基準レベルは、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。
第７及び第８の態様の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化は、基準レベルに対する増加または減少であってもよい。
第７及び第８の態様の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現は、例えば、ｍＲＮＡ及び／または血漿タンパク質レベルを測定することで検出することができる。
第７及び第８の態様の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、生体試料は、腫瘍組織、例えば、腫瘍組織生検または血漿試料などであってもよい。
本発明の第７及び第８の態様の方法は、患者由来の生体試料中の遺伝子の少なくとも２、３、４個またはそれ以上の発現を検出することをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、本発明の第７及び第８の態様の方法は、患者由来の生体試料中の遺伝子の少なくとも１／４または少なくとも１／３の発現を検出することをさらに含むことができる。
第７及び第８の態様の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体であってもよい。抗ＶＥＧＦ抗体は、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体、ベバシズマブであってもよく、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ここで、ＶＨは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは、配列番号１のアミノ酸配列を有する。
本発明の第７及び第８の態様の方法は、ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する工程をさらに含むことができる。投与されたＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体、ベバシズマブであってもよく、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ここで、ＶＨは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは、配列番号１のアミノ酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、第７及び第８の態様の方法のいずれかは、（ｉ）抗腫瘍性剤、化学療法剤、増殖阻害性剤、及び細胞傷害性剤からなる群から選択される薬剤を用いた治療、（ｉｉ）放射線治療、または（ｉｉｉ）その組み合わせを行うことをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、上記の方法は、化学療法剤、例えば、テモゾロミド（ＴＭＺ）を患者に投与することをさらに含むことができる。
第７及び第８の態様の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、全生存期間（ＯＳ）の増加または延長であってもよい。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性が、 例えば、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加または延長であってもよい。
第７及び第８の態様の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが判明した患者は、例えば、前神経（ＰＮ）型（前神経亜型）の神経膠芽腫を有してもよい。
第９の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する治療の選択方法を特徴とする。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、を含む。いくつかの実施形態では、第９の態様の方法は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む治療を選択し、必要に応じて、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む選択された治療を患者に提案することをさらに含むことができる。
第９の態様の方法のいくつかの実施形態では、基準レベルは、神経膠芽腫を有する患者の集合における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。第９の態様の方法のいくつかの実施形態では、基準レベルは、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。
第９の態様の方法のいくつかの実施形態では、患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化は、基準レベルに対する増加または減少であってもよい。患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現は、例えば、ｍＲＮＡ及び／または血漿タンパク質レベルを測定することで検出することができる。生体試料は、腫瘍組織、例えば、腫瘍組織生検または血漿試料などであってもよい。
本発明の第９の態様の方法は、患者由来の生体試料中の遺伝子の少なくとも２、３、４個またはそれ以上の発現を検出することをさらに含むことができる。これらの方法のいくつかの実施形態では、患者由来の生体試料中の遺伝子の少なくとも１／４または少なくとも１／３の発現をさらに検出する。
第９の態様の方法のいくつかの実施形態では、工程（ｄ）の治療は、抗腫瘍性剤、化学療法剤、増殖阻害性剤、及び細胞傷害性剤からなる群から選択される薬剤、放射線治療、またはその組み合わせであってもよい。いくつかの実施形態では、これらの方法は、化学療法剤、例えば、ＴＭＺを患者に投与することをさらに含む。
本発明の第９の態様の方法は、（ｅ）患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストの有効量を患者に投与する工程をさらに含むことができる。投与されたＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体、ベバシズマブであってもよく、または抗ＶＥＧＦ抗体は、ＶＨ及びＶＬを含み、ここで、ＶＨは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは、配列番号１のアミノ酸配列を有する。
第９の態様の方法のいくつかの実施形態では、方法は、少なくとも第２の薬剤の有効量を投与することをさらに含む。第２の薬剤は、例えば、抗腫瘍性剤、化学療法剤、増殖阻害性剤、細胞傷害性剤、及びその組み合わせからなる群から選択することができる。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、ＴＭＺである。
第９の態様の方法のいくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、ＯＳの増加または延長であってもよい。これらの方法のいくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、ＰＦＳの増加または延長であってもよい。
第９の態様の方法のいくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが判明した患者は、例えば、ＰＮ型（ＰＮ亜型）の神経膠芽腫を有してもよい。
第７、第８、及び第９の態様の方法のいずれかにおいて、少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択することができる。少なくとも１つの遺伝子が、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される場合、患者試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化は、基準レベルに対する増加であってもよい。
第１０の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いかどうかの決定方法を提供する。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、ここで、少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択され、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、を含む。
第１１の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果を最適にする方法を提供する。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、ここで、少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択され、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、を含む。
第１２の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する治療の選択方法を含む。本方法は、（ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前に、患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現を検出することと、ここで、少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択され、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することと、ここで、基準レベルに対する患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、を含む。
第１０、第１１、及び第１２の態様の方法のいずれかにおいて、患者は、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性を試験されている患者の集団であってもよく、基準レベルは、患者集団における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。これらの方法の他の実施形態では、基準レベルは、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルであってもよい。
第１３の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果の最適化に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストを含み、ここで、患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つを異なるレベル（例えば、増加したレベルまたは減少したレベル）で発現する。第１３の態様のいくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストを、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して異なるレベルで発現した表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つを有する患者に投与する。
第１４の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストを含み、ここで、患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つを異なるレベル（例えば、増加したレベルまたは減少したレベル）で発現する。
第１５の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果の最適化に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストを含み、ここで、患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対してＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を増加したレベルで発現する。第１５の態様のいくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストを、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して増加したレベルで発現したＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を有する患者に投与する。
第１６の態様では、本発明は、神経膠芽腫を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストを含み、ここで、患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を増加したレベルで発現する。別の態様では、本発明は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療から恩恵を得るかどうかを決定するキットを特徴とする。該キットは、（ａ）表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現レベルを決定することができるポリペプチドまたはポリヌクレオチドと、（ｂ）表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現レベルを決定するためのポリペプチドまたはポリヌクレオチドの使用説明書と、ここで、基準レベルに対する少なくとも１つの遺伝子発現レベルの変化は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療から恩恵を得ることを示す。
拡張された１０８個の分類子遺伝子の発現に従って、ｋ＝３グループにしたＡｖａＧｌｉｏ試料の教師なし分析（ＰＡＭクラスタリング）の結果を示すヒートマップである。負のシルエット幅が割り当てられた試料は、「未分類」と標識した。列の注釈は、シグネチャー遺伝子を強調表示している。行の注釈は、試料のＰＡＭクラスター／遺伝子発現サブタイプ割り当てを示す。 ２つのＡｖａＧｌｉｏ治療アーム（ベバシズマブ治療アーム：点線；プラセボ治療アーム：実線）における教師なし分析（ＰＡＭ）を用いて前神経（ＰＮ）サブタイプに割り当てた患者のカプラン−マイヤー生存率曲線である。リスクのある患者数は、ベバシズマブ治療アーム（上段）及びプラセボ治療アーム（下段）のグラフの下に示す。 ＰＡＭＲアルゴリズム（閾値＝４）により得られた収縮セントロイドを示す。非ＰＮ及びＰＮセントロイドのＧｅｎｅｗｉｓｅスコアを示す。左右に示した線は、負及び正の遺伝子スコアをそれぞれ示す。線の長さは、各々によってセントロイドに寄与したＧｅｎｅｗｉｓｅ重量の大きさを示す。 ２つのＡｖａＧｌｉｏ治療アーム（ベバシズマブ治療アーム：点線；プラセボ治療アーム：実線）における収縮セントロイド分類（ＰＡＭＲ）を用いて前神経（ＰＮ）サブタイプに割り当てた患者のカプラン−マイヤー生存率曲線である。リスクのある患者数は、ベバシズマブ治療アーム（上段）及びプラセボ治療アーム（下段）のグラフの下に示す。 教師なし分析（ＰＡＭ）によって同定されたサブタイプにわたる連続前神経スコアの分布を示す箱ひげ図である。前神経スコアは、患者ごとに以下の１０個の遺伝子：ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２にわたる平均ｚ−スコアとして計算した。 連続前神経スコアの中央値での分割に基づいた、「バイオマーカー高」サブグループに割り当てた２つのＡｖａＧｌｉｏ治療アーム（ベバシズマブ治療アーム：点線；プラセボ治療アーム：実線）における患者のカプラン−マイヤー生存率曲線である。リスクのある患者数は、ベバシズマブ治療アーム（上段）及びプラセボ治療アーム（下段）のグラフの下に示す。 連続前神経スコアの中央値での分割に基づいた、「バイオマーカー低」サブグループに割り当てた２つのＡｖａＧｌｉｏ治療アーム（ベバシズマブ治療アーム：点線；プラセボ治療アーム：実線）における患者のカプラン−マイヤー生存率曲線である。リスクのある患者数は、ベバシズマブ治療アーム（上段）及びプラセボ治療アーム（下段）のグラフの下に示す。
Ｉ．緒言
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体での治療に感受性または応答性のある、神経膠芽腫を有する患者をモニタリングおよび／または同定するための方法及び組成物を提供する。本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（抗ＶＥＧＦ抗体など）で治療する前の、表１、表２、または表３に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１またはそれ以上の遺伝子の発現レベルの決定が、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体での治療に感受性または応答性の患者を同定するのに有用であるという発見に基づく。場合によっては、次いで、ＶＥＧＦアンタゴニスト療法を患者のために選択することができ、さらに、ＶＥＧＦアンタゴニスト療法を場合によっては患者に施すことができる。
ＩＩ．定義
「抗血管形成剤」または「血管新生（血管形成）インヒビター」は、直接的または間接的に、血管新生、脈管形成または望ましくない血管透過を阻害する、小分子量の物質、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、単離したタンパク質、組み換えタンパク質、抗体、またはそれらのコンジュゲートまたは融合タンパク質のことを言う。抗血管形成剤には、結合して、血管形成因子またはそのレセプターの血管形成活性を遮断する作用剤が含まれることが理解されるであろう。例えば、抗血管形成剤は、明細書全体を通じて定義されまたは当該技術分野で公知の血管形成剤に対する抗体または他のアンタゴニスト、例えば、限定されないが、ＶＥＧＦ-Ａに対する、または、ＶＥＧＦ―Ａレセプター（例えば、ＫＤＲレセプターまたはＦｌｔ−１レセプター）に対する抗体、ＶＥＧＦ−ｔｒａｐ、Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標）（メシル酸イマチニブ）などの抗ＰＤＧＦＲインヒビターである。また、抗血管形成剤には、天然の血管形成インヒビター、例えば、アンジオスタチン、エンドスタチンなどが含まれる。Ｋｌａｇｓｂｒｕｎ及びＤ’Ａｍｏｒｅ， Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．，５３：２１７−３９（１９９１）；Ｓｔｒｅｉｔ及びＤｅｔｍａｒ，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，２２：３１７２−３１７９（２００３）（例えば、悪性黒色腫の抗血管形成治療を記載している表３）；Ｆｅｒｒａｒａ ＆ Ａｌｉｔａｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ５（１２）：１３５９−１３６４（１９９９）；Ｔｏｎｉｎｉら．，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，２２：６５４９−６５５６（２００３）（例えば、公知の抗血管新生因子を記載している表２）；及び、Ｓａｔｏ Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．，８：２００−２０６（２００３）（例えば、臨床試験で用いられる抗血管形成剤を記載している表１）を参照されたい。
本明細書における「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、それらが所望の抗原結合活性を呈する限り、限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片を含む様々な抗体構造を包含する。
「ＶＥＧＦ」または「ＶＥＧＦ−Ａ」という用語は、本明細書で使用する場合、例えば、Ｌｅｕｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４６：１３０６（１９８９）、及びＨｏｕｃｋら、Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎ．，５：１８０６（１９９１）によって記載されているように、１６５−アミノ酸のヒト血管内皮細胞成長因子と、関連した１２１−、１４５−、１８９−、及び２０６−アミノ酸のヒト血管内皮細胞成長因子、並びにそれらの天然に存在する対立遺伝子型及びそのプロセシング型のことを言う。ＶＥＧＦ−Ａは、ＶＥＧＦ−Ｂ、ＶＥＧＦ−Ｃ、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＶＥＧＦ−Ｅ、ＶＥＧＦ−Ｆ、及びＰｌＧＦを含む遺伝子ファミリーの一部である。ＶＥＧＦ−Ａは、ＶＥＧＦＲ−１（Ｆｌｔ−１）及びＶＥＧＦＲ−２（Ｆｌｋ−１／ＫＤＲ）の２つの高親和性レセプターチロシンキナーゼに主に結合し、後者は、ＶＥＧＦ−Ａの血管内皮細胞分裂促進シグナルの主な伝達物質である。更に、ニューロピリン−１は、ヘパリン−結合ＶＥＧＦ−Ａアイソフォームのレセプターとして同定されており、血管の発達において役割を果たし得る。「ＶＥＧＦ」または「ＶＥＧＦ−Ａ」という用語は、非ヒト種、例えば、マウス、ラットまたは霊長類由来のＶＥＧＦのことも言う。特定の種由来のＶＥＧＦは、ヒトＶＥＧＦについてはｈＶＥＧＦ、マウスＶＥＧＦについてはｍＶＥＧＦなどの用語で表されることもある。一般に、ＶＥＧＦは、ヒトＶＥＧＦのことを言う。「ＶＥＧＦ」という用語は、１６５−アミノ酸のヒト血管内皮細胞成長因子のアミノ酸８〜１０９、または１〜１０９を含む切断型または断片のポリペプチドのことを言うためにも用いられる。任意のこのようなＶＥＧＦ型を指すときは、本出願では、例えば、「ＶＥＧＦ（８−１０９）」、「ＶＥＧＦ（１−１０９）」または「ＶＥＧＦ１６５」で特定してもよい。「切断した（切断型の）」天然のＶＥＧＦのアミノ酸位置は、天然のＶＥＧＦ配列に示される数で示す。例えば、切断型の天然ＶＥＧＦのアミノ酸位置１７（メチオニン）は、天然のＶＥＧＦ中の位置１７（メチオニン）でもある。切断型の天然ＶＥＧＦは、天然のＶＥＧＦに匹敵するＫＤＲ及びＦｌｔ−１レセプターに結合親和性を有する。
「抗ＶＥＧＦ抗体」とは、十分な親和性及び特異性でＶＥＧＦに結合する抗体である。選択した抗体は通常、ＶＥＧＦに対して結合親和性を有し、例えば、抗体は１００ｎＭ〜１ｐＭの間のＫｄ値でｈＶＥＧＦを結合し得る。抗体の親和性は、表面プラズモン共鳴に基づくアッセイ（例えば、ＰＣＴ出願公開ＷＯ２００５／０１２３５９に記載されてビアコアアッセイなど）；酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）；及び競合アッセイ（例えば、ＲＩＡ）により決定することができる。ある実施形態では、本発明の抗ＶＥＧＦ抗体は、ＶＥＧＦ活性が関与する疾患または状態を標的して、妨害する治療薬として用いられ得る。また、抗体は、例えば、治療としての有効性を評価するために、他の生物学的活性アッセイを施してもよい。このようなアッセイは、当該技術分野で公知であり、標的抗原に依存し、抗体としての使用を意図している。例として、ＨＵＶＥＣ阻害アッセイ；腫瘍細胞増殖阻害アッセイ（例えば、ＷＯ８９／０６６９２に記載のもの）；抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）及び補体媒介性細胞障害（ＣＤＣ）アッセイ（米国特許第５，５００，３６２号）；及びアゴニスト活性または造血アッセイ（ＷＯ９５／２７０６２を参照）などがある。抗ＶＥＧＦ抗体は通常、他のＶＥＧＦホモログ、例えば、ＶＥＧＦ−ＢまたはＶＥＧＦ−Ｃにも、他の増殖因子、例えば、ＰｌＧＦ、ＰＤＧＦまたはｂＦＧＦにも結合しない。
本発明による「Ｂ２０系列抗体」は、ＰＣＴ特許出願公開ＷＯ２００５／０１２３５９（その開示内容全体を参照により本明細書に明確に組み込んだものとする）の図２７〜２９のいずれか１つのＢ２０抗体またはＢ２０由来抗体の配列由来の抗ＶＥＧＦ抗体である。ＰＣＴ特許出願公開ＷＯ２００５／０４４８５３、及び米国特許出願第６０／９９１，３０２号も参照されたい。これらの特許出願の内容は参照により本明細書に明確に組み込んだものとする。一実施形態では、Ｂ２０系列抗体は、残基Ｆ１７、Ｍ１８、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｙ２５、Ｑ８９、Ｉ９１、Ｋ１０１、Ｅ１０３、及びＣ１０４を含むヒトＶＥＧＦ上の機能的エピトープに結合する。
本発明による「Ｇ６系列抗体」は、ＰＣＴ特許出願公開ＷＯ２００５／０１２３５９（その開示内容全体を参照により本明細書に明確に組み込んだものとする）の図７、２４〜２６、及び３４〜３５のいずれか１つのＧ６抗体またはＧ６由来抗体の配列由来の抗ＶＥＧＦ抗体である。その開示内容全体を参照により本明細書に明確に組み込んだものとする、ＰＣＴ特許出願公開ＷＯ２００５／０４４８５３も参照されたい。一実施形態では、Ｇ６系列抗体は、残基Ｆ１７、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｄ６３、Ｉ８３、及びＱ８９を含むヒトＶＥＧＦ上の機能的エピトープに結合する。
「ｒｈｕＭＡｂ ＶＥＧＦ」または「Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）」としても公知の、抗ＶＥＧＦ抗体「ベバシズマブ（ＢＶまたはＢｅｖ）」は、Ｐｒｅｓｔａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９（１９９７）に従って生成された組み換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体である。この抗体は、ヒトＶＥＧＦのそのレセプターへの結合を遮断するマウス抗ｈＶＥＧＦモノクローナル抗体Ａ．４．６．１由来の変異した、ヒトＩｇＧ１フレームワーク領域及び抗原結合相補性決定領域を含む。ほとんどのフレームワーク領域を含むベバシズマブのアミノ酸配列のほぼ９３％が、ヒトＩｇＧ１に由来し、その配列の約７％がマウス抗体Ａ４．６．１に由来する。ベバシズマブは、約１４９，０００ダルトンの分子量を有し、グリコシル化されている。他の抗ＶＥＧＦ抗体としては、米国特許第６８８４８７９号及びＷＯ２００５／０４４８５３に記載の抗体が挙げられる。
「エピトープＡ４．６．１」は、抗ＶＥＧＦ抗体ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））によって認識されるエピトープのことを言う（Ｍｕｌｌｅｒ Ｙら、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ １５ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ １９９８， ６：１１５３−１１６７を参照されたい）。本発明のある実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、限定されないが、ハイブリドーマＡＴＣＣＨＢ１０７０９によって生成されたモノクローナル抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１と同じエピトープに結合するモノクローナル抗体；Ｐｒｅｓｔａら、（１９９７） Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５７：４５９３−４５９９に従って生成された組み換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体が挙げられる。
本発明による「機能的エピトープ」は、抗体の結合に活動的に関与する抗原のアミノ酸残基のことを言う。抗原の活動的に関与している残基の何れか１つの変異（例えば、アラニンまたはホモログ突然変異による野生型ＶＥＧＦの突然変異）により、抗体の相対的な親和性比（ＩＣ５０突然変異ＶＥＧＦ／ＩＣ５０野生型ＶＥＧＦ）が５以上になるように抗体の結合が阻害されるであろう（ＷＯ２００５／０１２３５９の実施例２を参照）。一実施形態では、溶液結合ファージディスプレイＥＬＩＳＡによって相対的親和性比を測定する。簡潔に言うと、９６ウェルＭａｘｉｓｏｒｐイムノプレート（ＮＵＮＣ）を、ＰＢＳ中の２μｇ／ｍｌの濃度の試験すべきＦａｂ型の抗体にて４℃で一晩コートし、ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡおよび０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０（ＰＢＴ）にて室温で２時間ブロックした。まず、ＰＢＴにて段階希釈したファージディスプレイｈＶＥＧＦアラニン点突然変異体（残基８−１０９型）または野生型ｈＶＥＧＦ（８−１０９）をＦａｂコートプレート上で室温で１５分間インキュベートし、ＰＢＳ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０（ＰＢＳＴ）にてプレートを洗浄する。結合したファージを、ＰＢＴにて１：５０００に希釈した抗Ｍ１３モノクローナル抗体西洋わさびペルオキシダーゼ（Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｐｈａｒｍａｃｉａ）コンジュゲートにて検出し、３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ、Ｋｉｒｋｅｇａａｒｄ ＆ Ｐｅｒｒｙ Ｌａｂｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）基質にておよそ５分間反応させ、１．０ＭのＨ３ＰＯ４にて消光して、４５０ｎｍの分光光度を読む。ＩＣ５０値（ＩＣ５０，ａｌａ／ＩＣ５０，ｗｔ）は結合親和性における倍数的減少（相対的結合親和性）を表す。
この抗ＶＥＧＦ抗体ラニビズマブまたはＬＵＣＥＮＴＩＳ（登録商標）抗体またはｒｈｕＦａｂ Ｖ２は、ヒト化、親和性成熟抗ヒトＶＥＧＦ Ｆａｂ断片である。ラニビズマブは、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉの発現ベクター及び細菌のファーメンテーションで、標準的な組み換え技術方法によって産生される。ラニビズマブは、グリコシル化されておらず、約４８，０００ダルトンという分子量を有する。ＷＯ９８／４５３３１及びＵＳ２００３／０１９０３１７を参照されたい。
「単離された」抗体とは、その天然環境の成分から同定され、分離され、及び／または回収されている抗体である。その天然環境の混入成分は、その抗体についての研究、診断または治療的な用途を妨害する物質であり、それらとしては、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様または非タンパク質様の溶質を挙げることができる。いくつかの実施形態では、抗体は、（１）例えば、ローリー法によって決定したときに、抗体の９５重量％を超えるまで、いくつかの実施形態では９９重量％を超えるまで精製されるか、（２）例えば、スピニングカップシークエネーターの使用により、少なくとも１５残基のＮ末端アミノ酸配列もしくは内部アミノ酸配列を得るのに十分な程度まで精製されるか、または（３）例えば、クマシー・ブルー染色もしくは銀染色を用いた、還元条件もしくは非還元条件でＳＤＳ−ＰＡＧＥによって、均一になるまで精製される。抗体の天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、単離された抗体としては、組み換え細胞内でｉｎ ｓｉｔｕの抗体が含まれる。しかしながら、通常は、単離された抗体とは、少なくとも１回の精製段階によって調製されるものである。
「天然の抗体」とは通常は、２本の同一の軽（Ｌ）鎖及び２本の同一の重（Ｈ）鎖から構成される約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は、一つの共有ジスルフィド結合により重鎖に結合する一方で、ジスルフィド結合の数は異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖の間で変化する。各重鎖及び軽鎖は、規則的に間隔のあいた鎖内ジスルフィド架橋も有する。各重鎖は、一方の末端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、続いて多数の定常ドメインを有する。各軽鎖は、一方の末端に可変ドメイン（ＶＬ）と、そのもう一方の末端に定常ドメインとを有する；軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第１定常ドメインと整列され、軽鎖可変ドメインは、重鎖の可変ドメインと整列されている。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間の界面を形成すると考えられる。
抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」とは、その抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインのことを言う。重鎖の可変ドメインは、「ＶＨ」と呼ばれてもよい。軽鎖の可変ドメインは、「ＶＬ」と呼ばれてもよい。これらのドメインは一般には、抗体の最も可変の部分であって、抗原結合部位を含む。
「可変」という用語は、可変ドメインの特定の部分が、抗体間で広範囲に配列が異なり、それぞれ特定の抗体の、その特定の抗原に対する結合及び特異性に用いられるという事実のことを言う。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメイン全体にわたり均等に分布しているわけではない。この可変性は、軽鎖及び重鎖両方の可変ドメインにおける超可変領域（ＨＶＲ）と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインはそれぞれ、４つのＦＲ領域を含み、それらのＦＲ領域は大部分がβシート立体配置を採っており、３つのＨＶＲにより連結され、これらのＨＶＲは、βシート構造を連結するループを形成して、場合によりこのβシート構造の一部を形成する。各鎖中のＨＶＲは、ＦＲ領域によって近接して一緒に保持されて、もう一方の鎖由来のＨＶＲと共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，第５版．Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ．（１９９１）を参照されたい）。定常ドメインは、抗原に抗体を結合させることに直接には関与していないが、抗体依存性細胞性細胞傷害作用への抗体の関与などの様々なエフェクター機能を示す。
任意の脊椎動物種由来の抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２つの明らかに別個の型のうちの１つに割り当てることができる。
それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に依存して、抗体（免疫グロブリン）を異なるクラスに割り当てることができる。免疫グロブリンには以下の５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらのいくつかを「サブクラス」（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２にさらに分けることができる。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造及び三次元立体配置は周知であり、例えば、Ａｂｂａｓら、Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第４版（Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ，Ｃｏ．２０００）に一般的に記載されている。抗体は、１つ以上の他のタンパク質またはペプチドとのこの抗体の共有結合または非共有結合によって形成される、より大きい融合分子の一部であってもよい。
「全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「全抗体」という用語は、本明細書において相互交換可能に用いられ、下に定義されるような抗体断片ではなく、その実質的にインタクトな形態の抗体のことを言う。この用語は、特に、Ｆｃ領域を含む重鎖を有する抗体のことを言う。
「抗体断片」とは、インタクトな抗体の一部を含み、その一部は、その抗原結合領域を含むのが好ましい。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片；ダイアボディ；線状抗体；一本鎖抗体分子；及び抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられる。
抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれる、それぞれ単一の抗原結合部位を有する２本の同一の抗原結合断片と、その名称が容易に結晶化できる能力を反映している残りの「Ｆｃ」断片とを産生する。ペプシン処理は、２つの抗原結合部位を有するＦ（ａｂ’）２断片を生じ、この断片は、依然として抗原と架橋できる。
「Ｆｖ」とは、完全な抗原結合部位を含む最小限の抗体断片である。一実施形態では、２つの鎖のＦｖ種は、密接に非共有的に会合した、１つの重鎖可変ドメインと１つの軽鎖可変ドメインとの二量体からなる。一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）種では、１つの重鎖及び１つの軽鎖可変ドメインが、可塑性のペプチドリンカーによって共有結合されてもよく、その結果、その軽鎖及び重鎖が、２つの鎖のＦｖ種における構造と類似の「二量体」構造で会合し得る。各可変ドメインの３つのＨＶＲが相互作用してＶＨ−ＶＬ二量体の表面上に抗原結合部位を規定するのは、この立体配置である。まとめると、６つのＨＶＲは、抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一の可変ドメイン（すなわち抗原に対して特異的な３つのＨＶＲのみを含むＦｖの半分）でさえも、結合部位全体よりも低い親和性ではあるが、抗原を認識してその抗原と結合する能力を有する。
Ｆａｂ断片は、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含み、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１定常ドメイン（ＣＨ１）も含む。Ｆａｂ’断片は、重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に、抗体のヒンジ領域由来の１つ以上のシステインを含む２〜３の残基が付加していることが、Ｆａｂ断片と異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは、本明細書においては定常ドメインのシステイン残基（単数または複数）が１つの遊離チオール基を有するＦａｂ’についての呼称である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、その間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として本来産生された。抗体断片の他の化学的カップリングも公知である。
「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」の抗体断片は、抗体のＶＨドメイン及びＶＬドメインを含み、ここで、これらのドメインは、単一ポリペプチド鎖中に存在する。一般に、ｓｃＦｖポリペプチドは、ｓｃＦｖが抗原結合のための所望の構造を形成することを可能にする、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間のポリペプチドリンカーをさらに含む。ｓｃＦｖの総説については、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｅｎ，Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ編，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９４）ｐｐ．２６９〜３１５を参照されたい。
「ダイアボディ」という用語は、２つの抗原結合部位を有する抗体断片のことを言い、この断片は、同じポリペプチド鎖（ＶＨ−ＶＬ）中で軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。同じ鎖上の２つのドメイン間で対形成させるには短すぎるリンカーを用いることによって、これらのドメインに別の鎖の相補的ドメインと対形成することを強いて、２つの抗原結合部位を生み出す。ダイアボディは、二価であってもまたは二重特異性であってもよい。ダイアボディは、例えば、ＥＰ４０４，０９７；ＷＯ１９９３／０１１６１；Ｈｕｄｓｏｎら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９〜１３４（２００３）；及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒら、ＰＮＡＳ ＵＳＡ，９０：６４４４〜６４４８（１９９３）に、さらに詳細に記載されている。トリアボディ（三特異性抗体）及びテトラボディ（四特異性抗体）は、Ｈｕｄｓｏｎら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９〜１３４（２００３）にも記載されている。
本明細書で使用する「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られた抗体のことを言い、即ち、集団を構成する個々の抗体は、微量に存在し得る潜在的な変異体、例えば、天然に存在する変異体を除いて同一である。従って、「モノクローナル」という修飾詞は、別個の抗体の混合物ではないという、その抗体の特徴を示す。ある実施形態では、このようなモノクローナル抗体は、典型的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を包含し、ここで、この標的に結合するポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列からの単一の標的結合ポリペプチド配列の選択を包含するプロセスによって得られた。例えば、この選択プロセスは、複数のクローン、例えば、ハイブリドーマクローンのプール、ファージクローン、または組み換えＤＮＡクローンからの特有のクローンの選択であってもよい。選択された標的結合配列をさらに変更して、例えば、標的について親和性を改善する、標的結合配列をヒト化する、細胞培養物でのその産生を改善する、インビボでのその免疫原性を減少する、多重特異性抗体を作製するなどを行うことができ、変更した標的結合配列を含んでいる抗体も本発明のモノクローナル抗体であることが理解されるべきである。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を典型的には含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。その特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、他の免疫グロブリンが典型的には混入していないという点で有利である。
「モノクローナル」という修飾詞は、実質的に均一な抗体集団から得られているという抗体の特徴を示しており、抗体を何か特定の方法で生産する必要があると解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、様々な技術、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ及びＭｉｌｓｔｅｉｎら，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）；Ｈａｎｇｏら、Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ，１４（３）：２５５〜２６０（１９９５）；Ｈａｒｌｏｗら，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，第２版、１９８８）；Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇら，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔ−Ｃｅｌｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ５６３〜６８１，（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１））、組み換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照）、ファージディスプレイ技術（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎら，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４〜６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１〜５９７（１９９２）；Ｓｉｄｈｕら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９〜３１０（２００４）；Ｌｅｅら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３〜１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，ＰＮＡＳ ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７〜１２４７２（２００４）；及びＬｅｅら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１〜２）：１１９〜１３２（２００４）、並びにヒト免疫グロブリン遺伝子座またはヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子の一部または全てを含む動物のヒト抗体またはヒト様抗体を産生するための技術（例えば、ＷＯ１９９８／２４８９３；ＷＯ１９９６／３４０９６；ＷＯ１９９６／３３７３５；ＷＯ１９９１／１０７４１；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら，ＰＮＡＳ ＵＳＡ，９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら，Ｎａｔｕｒｅ，３６２：２５５〜２５８（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎら，Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏ．，７：３３（１９９３）；米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；及び同第５，６６１，０１６号；Ｍａｒｋｓら，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９〜７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇら，Ｎａｔｕｒｅ，３６８：８５６〜８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ，３６８：８１２〜８１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌｄら，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，１４：８４５〜８５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１４：８２６（１９９６）；並びにＬｏｎｂｅｒｇ及びＨｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３：６５〜９３（１９９５）を参照）によって作製され得る。
本明細書におけるモノクローナル抗体とは、詳細には、重鎖及び／または軽鎖の一部が特定の種由来の抗体あるいは特定の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか相同であり、ただしその鎖（単数または複数）の残りの部分が別の種由来の抗体あるいは別の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか相同である「キメラ」抗体、並びにそれが所望の生物学的活性を呈する限りこのような抗体の断片を包含する（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎら，ＰＮＡＳ ＵＳＡ，８１：６８５１〜６８５５（１９８４））。キメラ抗体としては、抗体の抗原結合領域が、例えば、目的の抗原でマカクザルを免疫することによって産生される抗体由来である、ＰＲＩＭＡＴＩＺＥＤ（登録商標）抗体が挙げられる。
非ヒト（例えば、マウス）抗体の「ヒト化」型とは、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むキメラ抗体である。一実施形態では、ヒト化抗体とは、レシピエントのＨＶＲ由来の残基が、所望の特異性、親和性、及び／または能力を有する、マウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長類などの非ヒト種（ドナー抗体）のＨＶＲ由来の残基によって置換されているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体に、またはドナー抗体に見出されない残基を含んでもよい。これらの修飾は、抗体の能力をさらに洗練するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、全てまたは実質的に全ての超可変ループが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、かつ全てあるいは実質的に全てのＦＲがヒト免疫グロブリン配列のものである、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体は、必要に応じて、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒトの免疫グロブリンのものを含む。さらなる詳細については、例えば、Ｊｏｎｅｓら，Ｎａｔｕｒｅ ３２１，５２２〜５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら，Ｎａｔｕｒｅ ３３２，３２３〜３２９（１９８８）及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３〜５９６（１９９２）を参照されたい。例えば、Ｖａｓｗａｎｉ及びＨａｍｉｌｔｏｎ，Ａｎｎ．Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ ＆ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：１０５〜１１５（１９９８）；Ｈａｒｒｉｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ２３：１０３５〜１０３８（１９９５）；Ｈｕｒｌｅ及びＧｒｏｓｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．５：４２８〜４３３（１９９４）；及び米国特許第６，９８２，３２１号及び同７，０８７，４０９号も参照されたい。
「ヒト抗体」とは、ヒトによって産生される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を保有するか、及び／または本明細書において開示されるようなヒト抗体を作製するための任意の技術を用いて作製されている抗体である。ヒト抗体のこの定義は、詳細には、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を除外する。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリーを含む、当該技術分野で公知の様々な技術を用いて生成され得る。Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ及びＷｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１）。ヒトモノクローナル抗体の調製のためには、Ｃｏｌｅら、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，ｐ．７７（１９８５）；Ｂｏｅｒｎｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７（１）：８６〜９５（１９９１）に記載の方法も利用可能である。ｖａｎ Ｄｉｊｋ及びｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，５：３６８〜７４（２００１）も参照されたい。ヒト抗体は、抗原のチャレンジに応答してこのような抗体を生成するように改変されているが、その内因性の遺伝子座が無効にされているトランスジェニック動物、例えば、免疫されたゼノマウス（ｘｅｎｏｍｉｃｅ）に対して抗原を投与することによって調製されてもよい（例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術に関しては米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号を参照されたい）。例えば、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されるヒト抗体に関しては、Ｌｉら、ＰＮＡＳ ＵＳＡ，１０３：３５５７〜３５６２（２００６）も参照されたい。
「超可変領域」、「ＨＶＲ」、または「ＨＶ」という用語は、本明細書で使用する場合、抗体の可変ドメインの領域であって、配列が超可変であるか、及び／または構造的に規定されたループを形成する領域のことを言う。一般に、抗体は、６つのＨＶＲを含む；ＶＨにおいて３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、及びＶＬにおいて３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）。天然の抗体では、Ｈ３及びＬ３は、６つのＨＶＲの最大の多様性を示し、特にＨ３は、抗体に微細な特異性を付与するのに独特の役割を果たすと考えられている。例えば、Ｘｕら，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：３７−４５（２０００）；Ｊｏｈｎｓｏｎ及びＷｕ ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１−２５（Ｌｏ編，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）を参照されたい。確かに、重鎖のみからなる天然に生じるラクダ抗体は、軽鎖の不存在下で機能的で安定である。例えば、Ｈａｍｅｒｓ−Ｃａｓｔｅｒｍａｎら， Ｎａｔｕｒｅ ３６３：４４６−４４８ （１９９３）及びＳｈｅｒｉｆｆら， Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ． ３：７３３−７３６ （１９９６）を参照されたい。
多数のＨＶＲの描写が本明細書で使用され、また本明細書に含まれる。カバット相補性決定領域（ＣＤＲ）であるＨＶＲは、配列可変性に基づいており、最も一般的に使用されている（Ｋａｂａｔら， Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ， 第５版． Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ， Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ， Ｂｅｔｈｅｓｄａ， ＭＤ． （１９９１））。Ｃｈｏｔｈｉａは、構造的ループ位置の代わりを言及している（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７））。ＡｂＭ ＨＶＲは、カバットＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ構造的ループの間の妥協を表し、オックスフォード・分子ＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアにより使用される。「接触」ＨＶＲは、利用できる複合体結晶構造の分析に基づく。これらそれぞれのＨＶＲの残基を以下に記す。
カバットループ ＡｂＭ Ｃｈｏｔｈｉａ 接触
Ｌ１ Ｌ２４−Ｌ３４ Ｌ２４−Ｌ３４ Ｌ２６−Ｌ３２ Ｌ３０−Ｌ３６
Ｌ２ Ｌ５０−Ｌ５６ Ｌ５０−Ｌ５６ Ｌ５０−Ｌ５２ Ｌ４６−Ｌ５５
Ｌ３ Ｌ８９−Ｌ９７ Ｌ８９−Ｌ９７ Ｌ９１−Ｌ９６ Ｌ８９−Ｌ９６
Ｈ１ Ｈ３１−Ｈ３５Ｂ Ｈ２６−Ｈ３５Ｂ Ｈ２６−Ｈ３２ Ｈ３０−Ｈ３５Ｂ（カバット番号付け）
Ｈ１ Ｈ３１−Ｈ３５ Ｈ２６−Ｈ３５ Ｈ２６−Ｈ３２ Ｈ３０−Ｈ３５（Ｃｈｏｔｈｉａ番号付け）
Ｈ２ Ｈ５０−Ｈ６５ Ｈ５０−Ｈ５８ Ｈ５３−Ｈ５５ Ｈ４７−Ｈ５８
Ｈ３ Ｈ９５−Ｈ１０２ Ｈ９５−Ｈ１０２ Ｈ９６−Ｈ１０１ Ｈ９３−Ｈ１０１
ＨＶＲは、次の通り「伸展ＨＶＲ」を含み得る：ＶＬ中において２４−３６または２４−３４（Ｌ１）、４６−５６または５０−５６（Ｌ２）及び８９−９７または８９−９６（Ｌ３）と、ＶＨ中において２６−３５（Ｈ１）、５０−６５または４９−６５（Ｈ２）及び９３−１０２、９４−１０２、または９５−１０２（Ｈ３）。これらの伸展ＨＶＲ定義の各々に対して上掲のＫａｂａｔらに従って、可変ドメイン残基を番号付けした。
「フレームワーク」または「ＦＲ」残基とは、本明細書において定義されるようなＨＶＲ残基以外の可変ドメイン残基である。
「カバットでの可変ドメイン残基番号付け」または「カバットでのアミノ酸位置番号付け」という用語及びそれらの異なる言い回しは、上掲のＫａｂａｔらの抗体の編集の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインについて用いられる番号付けシステムのことを言う。この番号付けシステムを用いて、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲまたはＨＶＲを短くすること、またはそこへの挿入に対応するアミノ酸を少ししか含まなくてもよいし、または付加的なアミノ酸を含んでもよい。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後ろに単一のアミノ酸挿入（カバットによれば残基５２ａ）を含んでもよく、重鎖ＦＲ残基８２の後ろに挿入された残基（例えば、カバットによれば残基８２ａ、８２ｂ、及び８２ｃなど）を含んでもよい。残基のカバット番号付けは、「標準」カバット番号付け配列とのこの抗体の配列の相同領域でのアラインメントによって所定の抗体について決定してもよい。
「親和性成熟した」抗体とは、変更（単数または複数）を有さない親抗体に比べて、抗原に対する抗体の親和性に改善を生じるその１つ以上のＨＶＲに、１つ以上の変更を有する抗体である。一実施形態では、親和性成熟した抗体は、標的抗原に対してナノモル濃度またはピコモル濃度の親和性を有する。親和性成熟した抗体は、当該技術分野で公知の手順を用いて産生されてもよい。例えば、Ｍａｒｋｓら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９〜７８３（１９９２）は、ＶＨ及びＶＬドメインシャッフリングによる親和性成熟を記載している。ＨＶＲ及び／またはフレームワーク残基のランダム突然変異誘発は、例えば、Ｂａｒｂａｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３８０９〜３８１３（１９９４）；Ｓｃｈｉｅｒら、Ｇｅｎｅ １６９：１４７〜１５５（１９９５）；Ｙｅｌｔｏｎら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５：１９９４〜２００４（１９９５）；Ｊａｃｋｓｏｎら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０〜９（１９９５）；及びＨａｗｋｉｎｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９〜８９６（１９９２）に記載されている。
本明細書で使用する「アンタゴニスト」とは、それらが結合する分子の生物学的活性を阻害または低減する化合物または薬剤のことを言う。アンタゴニストには、ＶＥＧＦに結合し、場合によっては別の分子にコンジュゲートまたは融合した、抗体、合成または天然配列のペプチド、イムノアドヘシン、および小分子アンタゴニストが含まれる。「遮断」抗体または「アンタゴニスト」抗体とは、それが結合する抗原の生物学的活性を阻害するかまたは低減する抗体である。
「ＶＥＧＦアンタゴニスト」とは、ＶＥＧＦまたは１つ以上のＶＥＧＦレセプターまたはそれらをコードする核酸への結合を含むＶＥＧＦ活性を中和、遮断、阻害、抑止、低減または干渉することができる分子のことを言う。好ましくは、ＶＥＧＦアンタゴニストは、ＶＥＧＦまたはＶＥＧＦレセプターに結合する。ＶＥＧＦアンタゴニストとしては、抗ＶＥＧＦ抗体及びその抗原結合性断片、ＶＥＧＦ及びＶＥＧＦレセプターに結合し、かつリガンドレセプター相互作用を遮断するポリペプチド（例えば、イムノアドヘシン、ペプチボディ）、抗ＶＥＧＦレセプター抗体及びＶＥＧＦレセプターアンタゴニスト、例えば、ＶＥＧＦＲチロシンキナーゼの小分子インヒビター、ＶＥＧＦに結合するアプタマー及びストリンジェントな条件下でＶＥＧＦまたはＶＥＧＦレセプターをコードする核酸配列にハイブリダイズする核酸（例えば、ＲＮＡｉ）が挙げられる。１つの好ましい実施形態によれば、ＶＥＧＦアンタゴニストは、ＶＥＧＦに結合して、ＶＥＧＦ誘発性の内皮細胞増殖をインビトロで阻害する。１つの好ましい実施形態によれば、ＶＥＧＦアンタゴニストは、非ＶＥＧＦまたは非ＶＥＧＦレセプターよりも大きい親和性でＶＥＧＦまたはＶＥＧＦレセプターに結合する。１つの好ましい実施形態によれば、ＶＥＧアンタゴニストは、１μＭ〜１ｐＭの間のＫｄでＶＥＧＦまたはＶＥＧＦレセプターに結合する。別の好ましい実施形態によれば、ＶＥＧＦアンタゴニストは、５００ｎＭ〜１ｐＭの間でＶＥＧＦまたはＶＥＧＦレセプターに結合する。
好ましい実施形態によれば、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗体、ペプチボディ、イムノアドヘシン、低分子またはアプタマーなどのポリペプチドから選択される。好ましい実施形態では、抗体は、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）抗体または抗ＶＥＧＦレセプター抗体、例えば、抗ＶＥＧＦＲ２または抗ＶＥＧＦＲ３抗体である。ＶＥＧＦアンタゴニストの他の例としては、以下が挙げられる：ＶＥＧＦ−Ｔｒａｐ、Ｍｕｃａｇｅｎ、ＰＴＫ７８７、ＳＵ１１２４８、ＡＧ−０１３７３６、Ｂａｙ ４３９００６（ソラフェニブ）、ＺＤ−６４７４、ＣＰ６３２、ＣＰ−５４７６３２、ＡＺＤ−２１７１、ＣＤＰ−１７１、ＳＵ−１４８１３、ＣＨＩＲ−２５８、ＡＥＥ−７８８、ＳＢ７８６０３４、ＢＡＹ５７９３５２、ＣＤＰ−７９１、ＥＧ−３３０６、ＧＷ−７８６０３４、ＲＷＪ−４１７９７５／ＣＴ６７５８、及びＫＲＮ−６３３。
「抗腫瘍性組成物」または「抗癌組成物」または「抗癌剤」という用語は、少なくとも一つの活性治療薬、例えば「抗癌剤」を含む、癌を治療する際に有用な組成物のことを言う。治療薬（抗癌剤）の例としては、限定するものではないが、例えば、化学療法剤、増殖阻害性剤、細胞傷害性剤、放射線療法に用いられる薬剤、抗血管形成剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤及び癌を治療する他の薬剤、例えば、抗ＨＥＲ−２抗体、抗ＣＤ２０抗体、上皮成長因子レセプター（ＥＧＦＲ）アンタゴニスト（例えば、チロシンキナーゼインヒビター）、ＨＥＲ１／ＥＧＦＲインヒビター（例えば、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（商標））、血小板由来成長因子インヒビター（例えば、Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標）（メシル酸イマチニブ））、ＣＯＸ−２インヒビター（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、以下の標的ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、ＰＤＧＦＲ−β、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡまたはＶＥＧＦレセプターの一つ以上と結合するアンタゴニスト（例えば中和抗体）、またはＶＥＧＦレセプター（単数または複数）、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２、及び他の生物活性でかつ有機化学剤などが挙げられる。その組み合わせも本発明に包含される。
「化学療法剤」とは、癌の治療に有用な化合物である。化学療法剤の例としては、癌の治療に有用な化合物が挙げられる。化学療法剤の例としては、アルキル化剤、例えば、テモゾロミド（ＴＭＺ）、アルキル化剤ダカルバジンのイミダゾテトラジン誘導体が挙げられる。化学療法剤のさらなる例としては、例えば、パクリタキセルまたはトポテカンまたはペグ化リポソームドキソルビシン（ＰＬＤ）である。化学療法剤の他の例としては、アルキル化剤、例えば、チオテパ及びＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロホスファミド；アルキルスルホネート、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、及びトリメチロールメラミンを含めたエチレンイミン及びメチラメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成アナログを含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成アナログ、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エルテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンγ１Ｉ及びカリケアマイシンωＩ１（例えば、Ａｇｎｅｗ，Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３−１８６（１９９４）を参照されたい）；ダイネマイシンＡを含むダイネマイシン；ビスホスフォネート、例えば、クロドロネート；エスペラマイシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関係する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）ドキソルビシン、（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えば、メトトレキサート、及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、及びチオグアニン；ピリミジンアナログ、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補給物、例えば、フロリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン；エルフォルニチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド、例えば、メイタンシン及びアンサマイトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）ポリサッカライド複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド類、例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標）パクリタキセル（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（商標）クレモフォー無添加、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐａｒｔｎｅｒｓ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ，Ｉｌｌ．）、及びＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）ドキセタキセル（Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ，Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）；クロランブシル；ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；プラチナアナログ、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチン；ビンブラスチン；プラチナ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；マイトキサントロン；ビンクリスチン；ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロナート；イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ、ＣＰＴ−１１）（５−ＦＵ及びロイコボリンによるイリノテカンの治療レジメンを含む）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸のようなレチノイド；カペシタビン；コンブレタスタチン；ロイコボリン（ＬＶ）；オキサリプラチン、例えば、オキサリプラチン治療レジメン（ＦＯＬＦＯＸ）；ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））；細胞増殖を減少させる、ＰＫＣ−α、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、ＥＧＦＲ（例えば、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））、及びＶＥＧＦ−Ａのインヒビター、上述したもののいずれかの薬学的に許容される塩類、酸類、または誘導体が挙げられる。
「細胞傷害性剤」という用語は、本明細書で使用する場合、細胞の機能を阻害もしくは阻止するか、及び／または細胞破壊を生ずる物質のことを言う。この用語は、放射性同位元素（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、及びＬｕの放射性同位元素）、化学療法剤、例えば、メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド類（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシンまたは他の挿入剤、酵素及びその断片、例えば、核酸分解酵素、抗生物質、並びに毒素、例えば、小分子毒素または細菌、糸状菌、植物もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素と、その断片及び／または変異体など、並びに下に開示する種々の抗腫瘍または抗癌剤を含むものとする。他の細胞傷害性剤を以下に記載する。殺腫瘍性剤は、腫瘍細胞の破壊を引き起こす。
「増殖阻害性剤」とは、本明細書で使用する場合、細胞（例えば、Ｒｏｂｏ４を発現する細胞）の成長及び／または増殖をインビトロまたはインビボのいずれかで阻害する化合物または組成物のことを言う。従って、増殖阻害性剤は、Ｓ期のＲｏｂｏ４発現細胞の割合を有意に低減する薬剤であってもよい。増殖阻害性剤の例としては、Ｇ１停止及びＭ期停止を誘導する薬剤などの、細胞周期の進行を（Ｓ期以外の位置で）遮断する薬剤が挙げられる。古典的なＭ期遮断薬としては、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、並びにアントラサイクリン抗生物質ドキソルビシン（（８Ｓ−シス）−１０−［（３−アミノ−２，３，６−トリデオキシ−α−Ｌ−リキソ−ヘキサピラノシル）オキシ］−７，８，９，１０−テトラヒドロ−６，８，１１−トリヒドロキシ−８−（ヒドロキシアセチル）−１−メトキシ−５，１２−ナフタセンジオン）、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンなどのトポイソメラーゼＩＩインヒビターが挙げられる。Ｇ１で停止させる薬剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、及びａｒａ−ＣなどのＤＮＡアルキル化剤は、Ｓ期停止にも波及する。さらなる情報は、Ｔｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ ａｎｄ Ｉｓｒａｅｌ，編集の、Ｍｕｒａｋａｍｉらによる「Ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ，ａｎｄ ａｎｔｉｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｄｒｕｇｓ」（ＷＢ Ｓａｕｎｄｅｒｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９５）という標題の第１章、特に１３頁に見出すことができる。タキサン類（パクリタキセル及びドセタキセル）は、両方ともイチイに由来する抗癌剤である。ヨーロッパイチイに由来するドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ）は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）の半合成アナログである。パクリタキセル及びドセタキセルは、チューブリン二量体から微小管の集合を促進し、細胞の有糸分裂を阻害する結果となる脱重合を防ぐことによって微小管を安定化する。
「バイオマーカー」及び「マーカー」という用語は、本明細書で互換的に使用されて、ＤＮＡ系、ＲＮＡ系、タンパク質系、炭水化合物系または糖脂質系の分子マーカーを指す。対象または患者の試料中のそれらの発現または存在は、標準的な方法（または本明細書に開示される方法）によって検出することができ、ＶＥＧＦアンタゴニストに対する哺乳類対象の応答性または感受性をモニタリングするのに有用である。そうしたバイオマーカーには、限定されないが、表１、表２、及び表３に記載される遺伝子が含まれる。そうしたバイオマーカーの発現は、ＶＥＧＦアンタゴニストに感受性または応答性の患者から得られた試料において、（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について検査を受けた患者、例えば、神経膠芽腫を有する患者の群／集団由来の試料中のバイオマーカーの中央発現レベル；ＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者、例えば、神経膠芽腫を有する患者の群／集団由来の試料中のバイオマーカーの中央発現レベル；先の時点で前もって個体から得られた試料中のそのレベル；または原発腫瘍状態でＶＥＧＦアンタゴニスト（抗ＶＥＧＦ抗体など）を用いる前治療を受け、現在転移に見舞われている可能性がある患者由来の試料中のそのレベルを含めた）基準レベルより高いまたはより低いと決定することができる。少なくとも１つの遺伝子、例えば、表１、表２、及び表３に記載される遺伝子などの基準発現レベルより大きいまたはその基準発現レベル未満の発現レベルを有する個体は、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い対象／患者として同定することができる。例えば、基準レベル（上記の中央値レベルなど）と比べて（即ち、より高いまたはより低い）最大５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％または５％の遺伝子発現レベルを示すそうした対象／患者は、抗ＶＥＧＦ抗体などのＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い対象／患者（例えば、神経膠芽腫を有する患者）として同定することができる。
「発現のレベル」または「発現レベル」という用語は、互換的に使用され、一般に、生体試料中のポリヌクレオチド、アミノ酸産物、またはタンパク質の量のことを言う。「発現」とは一般に、遺伝子がコードする情報が細胞に存在し機能する構造に変換されるプロセスのことを言う。従って、本発明によれば、遺伝子の「発現」は、ポリヌクレオチドに転写、タンパク質に翻訳、または翻訳後のタンパク質の修飾のことも言う。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、または翻訳後修飾タンパク質の断片も、オルタナティブスプライシングで生じた転写産物、または分解された転写産物から生じた転写産物由来であれ、翻訳後のタンパク質プロセシング（例えばタンパク質分解）由来であれ、発現されたとみなされるべきである。「発現された遺伝子」は、ｍＲＮＡとしてのポリヌクレオチドに転写された後タンパク質に翻訳されるもの、転写されてＲＮＡになったがタンパク質には翻訳されないもの（例えば運搬及びリボソームＲＮＡ）を包含する。
「試料」及び「生体試料」という用語は、体液、体組織（例えば、腫瘍組織）、細胞、または他の供給源を含む、個体から得られた任意の生体試料を指すために本明細書では互換的に使用される。生体液は、例えば、リンパ、血清、新鮮な全血、末梢血液単核細胞、凍結した全血、血漿(新鮮なものまたは凍結したものを含む)、尿、唾液、精液、滑液、及び髄液である。試料には、乳房組織、腎組織、結腸組織、脳組織、筋組織、滑液膜組織、皮膚、毛包、骨髄、及び腫瘍組織も含まれる。哺乳動物から組織バイオプシー及び生体液を得るための方法は、当該技術分野でよく知られている。
本明細書で使用する場合、「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」（及び「治療する」または「治療すること」などのその文法的変異）とは、治療されている個体の自然の経過を変化させる試みにおける臨床的介入のことを言い、予防のため、または臨床病理経過中に実施することができる。治療の所望する効果には、限定されないが、疾患の発症または再発の予防、症状の緩和、疾病の任意の直接的または間接的な病理学的結果の減少、転移の予防、全生存期間（ＯＳ）の増加、無増悪生存期間（ＰＦＳ）、疾患進行の速度の低下、疾患状態の改善または緩和、及び寛解または予後の改善が挙げられる。
本明細書で使用する場合、治療に対して「患者に知らせること」または「患者に提案を提供すること」という字句は、患者が治療で適切に治療されたかまたは適切に治療されなかったかを同定するために、該患者の試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つのレベルまたは存在に関して生成された情報またはデータを使用することを言う。いくつかの実施形態では、治療には、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含み得る。いくつかの実施形態では、提案には、投与されるＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の有効量を適合させる必要性がある患者の同定を含み得る。いくつかの実施形態では、治療を提案することには、投与されるＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の量を適合することを提案することを含む。本明細書で使用する場合、治療に対して「患者に知らせること」または「患者に提案を提供すること」という字句はまた、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いかまたはより低いと同定または選択された患者に対して、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む治療を提案または選択するために生成された情報またはデータを使用することを言う。使用または生成される情報またはデータは、書面、口述、または電子などの任意の形態であってもよい。いくつかの実施形態では、生成された情報またはデータを使用することには、通信すること、提示すること、報告すること、保存すること、送ること、転送すること、供給すること、送信すること、分配すること、またはその組み合わせが含まれる。いくつかの実施形態では、通信すること、提示すること、報告すること、保存すること、送ること、転送すること、供給すること、送信すること、分配すること、またはその組み合わせは、計算機デバイス、分析ユニット、またはその組み合わせによって行われる。さらにいくつかの実施形態では、通信すること、提示すること、報告すること、保存すること、送ること、転送すること、供給すること、送信すること、分配すること、またはその組み合わせは、研究所または医療専門家によって行われる。いくつかの実施形態では、情報またはデータには、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つのレベルと基準レベルとの比較が含まれる。いくつかの実施形態では、情報またはデータには、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つが試料中に存在するかまたは不在であることの示唆が含まれる。いくつかの実施形態では、情報またはデータには、患者がＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む治療で適切に治療されるかまたは適切に治療されないかの示唆が含まれる。
本明細書で使用する場合、「患者を同定すること」または「患者を同定する」という字句は、患者が、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む治療から恩恵を得る可能性がより高いかまたは恩恵を得る可能性がより低いと同定または選択するために、該患者の試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つのレベルまたは存在に関して生成された情報またはデータを使用することを言う。使用または生成される情報またはデータは、書面、口述、または電子などの任意の形態であってもよい。いくつかの実施形態では、生成された情報またはデータを使用することには、通信すること、提示すること、報告すること、保存すること、送ること、転送すること、供給すること、送信すること、分配すること、またはその組み合わせが含まれる。いくつかの実施形態では、通信すること、提示すること、報告すること、保存すること、送ること、転送すること、供給すること、送信すること、分配すること、またはその組み合わせは、計算機デバイス、分析ユニット、またはその組み合わせによって行われる。さらにいくつかの実施形態では、通信すること、提示すること、報告すること、保存すること、送ること、転送すること、供給すること、送信すること、分配すること、またはその組み合わせは、研究所または医療専門家によって行われる。いくつかの実施形態では、情報またはデータには、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つのレベルと基準レベルとの比較が含まれる。いくつかの実施形態では、情報またはデータには、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つが試料中に存在するかまたは不在であることの示唆が含まれる。いくつかの実施形態では、情報またはデータには、患者がＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む治療に応答する可能性がより高いかまたはより低いかの示唆が含まれる。
本明細書で使用する場合、「治療を選択すること」という字句は、患者に対する治療を同定または選択するために、該患者の試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つのレベルまたは存在に関して生成された情報またはデータを使用することを言う。いくつかの実施形態では、治療は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含み得る。いくつかの実施形態では、「治療を選択すること」という字句には、投与されるＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の有効量を適合させる必要性がある患者の同定が含まれる。
「単剤療法」とは、癌または腫瘍の治療のために治療期間の過程において単一の治療薬のみを含む治療レジメンを意味する。ＶＥＧＦ特異的アンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を使用した単剤療法は、ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストが、治療期間中に付加的な抗癌治療の不存在下で投与されることを意味する。
「有効量」という用語は、哺乳動物、例えば、ヒトなどの対象または患者における神経膠芽腫などの疾患または障害を治療するために有効な薬物の量のことを言う。癌の場合、治療的有効量の薬物により、癌細胞の数を減少させ；腫瘍の大きさを小さくし；癌細胞の周辺器官への浸潤を阻害し（即ち、ある程度に遅く、好ましくは止める）；腫瘍の転移を阻害（即ち、ある程度に遅く、好ましくは止める）し；腫瘍の増殖をある程度阻害し；及び／または障害に関連する１つ以上の症状をある程度和らげることが可能である。薬物が、成長を妨げ及び／または現存の癌細胞を死滅させる範囲において、それは細胞分裂停止性及び／または細胞傷害性である。癌治療においては、インビボにおける効力は、例えば、生存期間、無増悪生存期間（ＰＦＳ）、全生存期間（ＯＳ）、奏功率（ＲＲ）、応答期間、及び／または生活の質を評価することにより測定することができる。
ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に対する患者の「有効な応答」または患者の「応答性」もしくは「感受性」とは、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療由来のまたはその治療の結果としての神経膠芽腫の危険性があるか、またはその障害を患っている患者にもたらされる、臨床的または治療的利益のことを言う。そうした利益には、このアンタゴニストでの治療由来のまたはその治療の結果としての、患者の細胞応答もしくは生物学的応答、完全奏効、部分奏効、疾患の安定（進行または再発がない）または晩期再発を伴う応答が含まれる。例えば、有効な応答は、表１、表２、または表３に記載されるバイオマーカーの１つ以上を、（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について検査を受けた患者の群／集団由来の試料中のバイオマーカーの中央発現レベル；神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者の群／集団由来の試料中のバイオマーカーの中央発現レベル；先の時点で前もって個体から得られた試料中のそのレベル；または原発腫瘍状態でＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を用いる前治療を受け、現在転移に見舞われている可能性がある患者由来の試料中のそのレベルを含めた）基準レベルに比べてより高いまたはより低いレベルで発現すると診断された患者における腫瘍サイズの低減、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加、及び／または全生存期間（ＯＳ）の増加であり得る。遺伝子バイオマーカー（単数または複数）の発現は、そうした有効な応答を効率的にまたは高感度で予測する。
「生存期間」は、生存している対象のことを言い、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び全生存期間（ＯＳ）を含む。生存期間、はカプラン・マイヤー法によって推定することができ、生存期間の違いは、層別ログランク試験を用いて計算される。
「全生存期間」または「ＯＳ」は、治療の開始からまたは最初の診断から一定期間、例えば、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年、約１０年などの間生存している対象のことを言う。本発明の根底となる研究では、生存分析のために使用した事象は、全死因死亡であった。
「無増悪生存期間」または「ＰＦＳ」は、治療（または無作為化）から最初の疾患の進行または死亡までの時間のことを言う。例えば、それは、治療の開始からまたは最初の診断から、約１ヶ月、約２ヶ月、約３ヶ月、約４ヶ月、約５ヶ月、約６ヶ月、約７ヶ月、約８ヶ月、約９ヶ月、約１年、約２年、約３年などの一定期間、癌の再発を伴わずに、対象が生存している時間である。本発明の一態様では、ＭａｃＤｏｎａｌｄら、（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１９９０；８：１２７７−８０、１９９０）に記載のようにＰＦＳはマクドナルド応答基準によって評価することができる。
「全奏効率」または「奏効率」（ＯＲＲ）は、最小限の時間で癌の大きさまたは癌（例えば、神経膠芽腫）の量の減少を経験するヒトの割合のことを言い；ＯＲＲは、完全及び部分奏功率の合計で表すことができる。
「生存期間を延長させる」または「生存の可能性を増大させる」とは、未治療の対象（例えば、ＶＥＧＦ抗体で治療されていない対象）または未治療の対象の集団と比較して、または、神経膠芽腫のための標準的な治療において使用されるものなど、例えば、放射線治療の有無によらずテモゾロミドなど、化学療法剤のみでの治療などの対照治療プロトコルと比較して、治療された対象（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）で治療された対象）または治療された対象の集団においてＰＦＳ及び／またはＯＳが増加していることを意味する。生存期間は、治療の開始後または最初の診断後、少なくとも約１カ月、約２カ月、約４カ月、約６カ月、約９カ月、または少なくとも約１年、または少なくとも約２年、または少なくとも約３年、または少なくとも約４年、または少なくとも約５年、または少なくとも約１０年などの間モニターされる。
ハザード比（ＨＲ）は、事象の割合に対する統計的定義である。本発明の目的では、ハザード比は、実験的治療群における事象の確率を、任意の特定の時点での対照治療群における事象の確率で割ったものを表すと定義される。無増悪生存期間分析における「ハザード比」は、２つの無増悪生存期間曲線の間の差のまとめであり、所定の追跡調査期間にわたって対照と比較した治療に対する死亡リスクの減少を表す。
本明細書における「患者」または「対象」とは、疾患または障害、例えば、神経膠芽腫（ＧＢＭ）の１つ以上の徴候、症状、または他の指標に見舞われているまたは見舞われた、治療に適格なヒトなどの（例えば、イヌ、ネコ、ウマ、ウサギ、動物園の動物、ウシ、ブタ、ヒツジ、非ヒト霊長類、及びヒトなどの哺乳動物を含めた）任意の単一の動物のことを言う。患者として含まれることが意図されるものは、疾患のいかなる臨床徴候も示さない、臨床研究試験に関与する任意の患者、または疫学的研究に関与する患者、または対照として一度使用された患者である。患者は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）または別の薬物を用いて以前に治療されていてもよいし、そのような治療がされていなくてもよい。患者は、本明細書の治療が開始されるときに使用される付加的な薬物（単数または複数）に対してナイーブでもよく、即ち、患者は、「ベースライン」（即ち、本明細書の治療方法において、アンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の最初の用量を投与する前の設定時点、例えば、治療を開始する前に対象をスクリーニングする日）において、例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）以外の治療で以前に治療されていなくてもよい。そうした「ナイーブ」患者または対象は、そうした付加的な薬物（単数または複数）での治療の候補であると一般に見なされる。
用語「癌」及び「癌性」は、無秩序な細胞増殖により典型的に特徴付けられる哺乳動物における生理学的状態のことを言うかまたは表している。この定義に含まれるのは、良性及び悪性の癌、並びに休眠腫瘍または微小転移である。癌の例としては、限定されないが、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫及び白血病が挙げられる。このような癌のより特定の例としては、限定されないが、例えば、前神経ＧＢＭ、神経ＧＢＭ、古典的なＧＢＭ、及び間葉系ＧＢＭを含む神経膠芽腫（ＧＢＭ）が挙げられる。ＧＢＭは、新たに診断されたものでも、診断されたものでも、または再発であってもよい。他の癌としては、例えば、乳癌、扁平細胞癌、肺癌（小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌、及び肺の扁平癌腫を含む）、腹膜の癌、肝細胞癌、胃または腹部の癌（胃腸癌を含む）、膵臓癌、卵巣癌、子宮頸癌、肝臓癌、膀胱癌、肝癌、乳癌、大腸癌、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓または腎癌、肝癌、前立腺癌、産卵口癌、甲状腺癌、肝臓癌及び様々なタイプの頭頸部癌、並びにＢ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；小リンパ球（ＳＬ）ＮＨＬ；中悪性度／濾胞性ＮＨＬ；中悪性度びまん性ＮＨＬ；高悪性度免疫芽細胞性ＮＨＬ；高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ；高悪性度小非分割細胞ＮＨＬ；バルキー疾患ＮＨＬ；外套細胞リンパ腫；エイズ関連リンパ腫；及びヴァルデンストレームマクログロブリン血症を含む）；慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；急性リンパ芽球白血病（ＡＬＬ）；ヘアリー細胞白血病；慢性骨髄芽球性白血病；及び移植後リンパ増殖性疾患（ＰＴＬＤ）、並びに母斑症に関連した異常な血管増殖、浮腫（例えば、脳腫瘍に関連したもの）、及びメイグス症候群が含まれる。
本明細書で使用する場合、「腫瘍」とは、悪性または良性にかかわらず、全ての腫瘍性細胞成長および増殖を、並びに全ての前癌性および癌性の細胞および組織のことを言う。用語「癌」、「癌性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、及び「腫瘍」は、本明細書で言及する場合、相互排他的でない。
「薬学的製剤」という用語は、薬剤の生物学的活性が有効であるような形態であって、製剤を投与する対象にとって許容できない毒性である追加の成分を含まない無菌調製物のことを言う。
「薬学的に許容される担体」は、対象に非毒性であり、活性成分以外の薬学的製剤中の成分のことを言う。薬学的に許容される担体は、限定されないが、緩衝液、賦形剤、安定剤、または防腐剤が含まれる。
「キット」は、少なくとも１つの試薬、例えば、神経膠芽腫を有する患者の治療のための薬剤、または本発明のバイオマーカー遺伝子もしくはタンパク質を特異的に検出するプローブを含む、任意の製造品（例えば、パッケージまたは容器）である。製造品は、好ましくは、本発明の方法を行うためのユニットとして宣伝され、流通され、または販売される。
本明細書で使用する場合、用語「共変量」は、患者に関するある種の変数または情報のことを言う。臨床エンドポイントは、回帰モデルにおいてしばしば考慮され、この場合、エンドポイントは従属変数に相当し、バイオマーカーは主変数または標的独立変数（リグレッサー）に相当する。臨床データプールからさらなる変数が考慮される場合は、それらは（臨床的）共変量として示される。
「臨床的共変量」という用語は、一般にベースラインで利用可能な、患者についての全ての臨床情報を説明するのに本明細書で使用される。こうした臨床的共変量は、性別、年齢などの人口統計学的情報、他の既往情報、合併症、併用療法、身体検査の結果、得られた一般的な実験室パラメータ、血管新生障害の既知の特性、臨床疾患の病期分類、前治療のタイミングおよび結果、病歴、並びに治療に対する臨床応答と関係があり得る全ての類似した情報を含む。
本明細書で使用する場合、用語「生分析」または「未調整分析」とは、考慮されるバイオマーカーの他に、さらなる臨床的共変量が、独立因子としても階級化共変量としても回帰モデルで使用されない回帰分析のことを言う。
本明細書で使用する場合、用語「共変量によって調整済み」は、考慮されるバイオマーカーの他に、さらなる臨床的共変量が、独立因子または階級化共変量のいずれかとして回帰モデルで使用される回帰分析のことを言う。
本明細書で使用する場合、用語「一変量」は、独立変数として、標的バイオマーカーのうちの１つのみがモデルの一部である、回帰モデルまたはグラフィックアプローチのことを言う。こうした一変量モデルは、さらなる臨床的共変量を用いて、及びそれを用いずに考慮することができる。
本明細書で使用する場合、用語「多変量」は、独立変数として、１つを超える標的バイオマーカーがモデルの一部である、回帰モデルまたはグラフィックアプローチのことを言う。こうした多変量モデルは、さらなる臨床的共変量を用いて、及びそれを用いずに考慮することができる。
ＩＩＩ．ＶＥＧＦアンタゴニストに応答性の患者を同定するための方法
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）療法に応答する可能性が高い患者を同定および／またはモニタリングするための方法を提供する。本方法は、特に、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の患者への投与が有効である確度を高めるのに有用である。本方法は、患者由来の生体試料中の１つ以上の遺伝子バイオマーカーの発現の検出であって、１つ以上のそうしたバイオマーカーの発現は、患者が抗ＶＥＧＦ抗体などのＶＥＧＦアンタゴニストに感受性であるか、または応答性であるかの指標となる発現の検出を含む。
より詳細には、患者由来の試料中の、以下の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現レベルの決定は、抗ＶＥＧＦ抗体などのＶＥＧＦアンタゴニストに患者が応答性であるか、または感受性であるかをモニタリングするのに有用である。本明細書に記載の方法のいずれかにおいて、例えば、表３に記載の遺伝子から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の遺伝子の任意の組み合わせの発現レベルを決定することができる。あるいは、本明細書に記載の方法のいずれかにおいて、表３に記載の１０個全ての遺伝子（ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２）の発現レベルを決定することができる。
表１．Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇプラットフォームに記載されているフィリップスの拡張された分類子遺伝子リストからの１０８個の遺伝子
表２．６５個の収縮セントロイドサブタイプ分類子遺伝子
表３．１０個の例示的分類子遺伝子
一例において、患者由来の試料中の、表３に記載の遺伝子の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）の発現レベルの決定は、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブなどのＶＥＧＦアンタゴニストに患者が応答性であるか、または感受性であるかをモニタリングするのに有用である。一例において、患者由来の試料中の、表３に記載の遺伝子の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）の発現レベルの決定は、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブなどのＶＥＧＦアンタゴニストに患者が応答性であるか、または感受性であるかをモニタリングするのに有用である。一例において、患者由来の試料中の、表１に記載の１０８個全ての遺伝子の発現レベルの決定は、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブなどのＶＥＧＦアンタゴニストに患者が応答性であるか、または感受性であるかをモニタリングするのに有用である。
場合によっては、本明細書に記載の方法のいずれかにおいて、全部で少なくとも１０個の遺伝子（例えば、１０、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０個またはそれ以上の遺伝子）の発現レベルを決定することができる。別の例では、本明細書に記載の方法のいずれかにおいて、全部で６５個またはそれ以上の遺伝子（例えば、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、または１０５個またはそれ以上の遺伝子）の発現レベルを決定することができる。
開示される方法およびアッセイは、患者を治療するための適切なまたは有効な療法を評価するのに有用なデータおよび情報を得るための、簡便、効率的かつ潜在的に費用効率が高い手段を提供する。例えば、患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療前及び／または治療後に組織試料（例えば、腫瘍生検物または血液検体）を提供することができ、様々なインビトロでのアッセイを通して試料を調査して、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブなどのＶＥＧＦアンタゴニストに患者の細胞が感受性であるかどうかを決定することができる。
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）に対する患者の感受性または応答性をモニタリングするための方法も提供する。本方法は、遺伝子またはタンパク質の発現を検出するアッセイ（ＰＣＲおよび酵素免疫アッセイなど）及び適切な活性を検出する生化学的アッセイを含めた、様々なアッセイ形式で行うことができる。患者試料中のそうしたバイオマーカーの発現または存在の決定は、患者が、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブなどのＶＥＧＦアンタゴニストの生物学的効果に感受性であるかどうかの予測となる。本明細書の出願人らの発明は、（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について検査を受けた患者の群／集団由来の試料中のバイオマーカーの中央発現レベル、または神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者の群／集団由来の試料中のバイオマーカーの中央発現レベルを含む）基準レベルに対する神経膠芽腫を有する患者由来の試料中の、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）の発現の差異または変化（即ち、増大または低下）が、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブなどのＶＥＧＦアンタゴニストでのこのような患者の治療と相関するということである。
実施例５は、少なくとも１つの評価バイオマーカーの基準レベルに対するＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の遺伝子）の少なくとも１つの発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に応答する可能性が高い患者を同定することを示す。場合によっては、少なくとも１つの評価バイオマーカーの基準レベルに対する、表１、表２、または表３に記載される１つ以上の遺伝子と組み合わせて決定したＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の遺伝子）の少なくとも１つの発現レベルは、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に応答する可能性が高い患者を同定するのにも有用であり得る。典型的には、基準レベル（例えば、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性を試験されている患者の群／集団由来の試料中のバイオマーカー（単数または複数）の中央発現レベル（単数または複数）、または神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者の群／集団由来の試料中のバイオマーカー（単数または複数）の中央発現レベル（単数または複数））に対する遺伝子の少なくとも１つにおける発現の少なくとも約１．５倍、１．６倍、１．８倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異または変化（即ち、低下または増大）、あるいは測定された遺伝子（単数または複数）の平均発現レベル（単数または複数）から少なくとも約−２、−３、−４、−５、または−６の標準偏差の平均対数比の差異または変化（即ち、低下または増大）は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答するかまたは感受性であることを示している。
本発明の方法によれば、特定の個体（例えば、患者）がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと思われる尤度は、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現レベルを検出し、その遺伝子の発現レベルを基準発現レベルと比較することによって決定することができる。例えば、上述のように、基準発現レベルは、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）への応答性を試験されている患者の群／集団における上記少なくとも１つの遺伝子の中央発現レベルでもよい。いくつかの実施形態では、基準発現レベルは、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）療法に応答しないと同定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の中央発現レベルである。いくつかの実施形態では、基準発現レベルは、先の時点で前もって個体から得た試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルである。他の実施形態では、個体は、ＶＥＧＦアンタゴニストでの前治療を原発腫瘍状態で受けた患者である。いくつかの実施形態では、個体は、転移に見舞われている患者である。本明細書に記載の少なくとも１つのバイオマーカー遺伝子の基準発現レベルより大きいまたは小さい発現レベルを有する個体は、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い対象／患者として同定される。中央値と比べて（即ち、より高いまたはより低い）、例えば、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％の遺伝子発現レベルを示す対象／患者は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に応答する可能性が高い患者として同定される。対象／患者には、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを知らせてもよく、及び／または、抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含む提案を提供してもよい。遺伝子発現レベルは、本明細書に記載のバイオマーカー遺伝子の少なくとも１つ、または本明細書に記載のバイオマーカー遺伝子の任意の線形結合（例えば、平均、加重平均または中央値）を使用して、当該技術分野で公知の方法、例えば、Ｓｏｋａｌ Ｒ．Ｒ．およびＲｈｏｌｆ，Ｆ．Ｊ．（１９９５）「Ｂｉｏｍｅｔｒｙ：ｔｈｅ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｉｎ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｒｅｓｅａｒｃｈ」Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ．に記載されている方法を使用して決定することができる。
一態様では、本発明は、（ｉ）任意のＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前、または（ｉｉ）そのような治療の前後のいずれかで得られた患者由来の試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の少なくとも１つの発現を、バイオマーカーとして評価することを含む、神経膠芽腫を有する患者が抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）などのＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答するかどうかの決定方法を提供する。基準レベル（上記を参照のこと）に対する遺伝子の少なくとも１つの発現における変化（即ち、増大または低下）は、患者が抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）などのＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを示す。患者には、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを知らせてもよく、及び／または、抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含む提案を提供してもよい。
別の態様では、本発明は、（ｉ）任意のＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前、または（ｉｉ）そのような治療の前後のいずれかで得られた患者由来の試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の少なくとも１つの発現を、バイオマーカーとして検出することを含む、神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果を最適にする方法を提供する。基準レベル（上記を参照のこと）に対する遺伝子の少なくとも１つの発現における変化（即ち、増大または低下）は、患者が抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）などのＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを示す。患者には、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを知らせてもよく、及び／または、抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含む提案を提供してもよい。
別の態様では、本発明は、（ｉ）任意のＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与する前、または（ｉｉ）そのような治療の前後のいずれかで得られた患者由来の試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の少なくとも１つの発現を、バイオマーカーとして検出することを含む、神経膠芽腫を有する患者に対する治療の選択方法を提供する。基準レベル（上記を参照のこと）に対する遺伝子の少なくとも１つの発現における変化（即ち、増大または低下）は、患者が抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）などのＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを示す。ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む治療は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合に選択してもよいし、患者には、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む選択治療の提案が提供されてもよい。
別の実施形態では、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体に対する患者の感受性または応答性をモニタリングする方法を提供する。本方法は、患者由来の試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の少なくとも１つの遺伝子発現を評価することと、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）に対する患者の感受性または応答性を予測することとを含み、ここで、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現における変化（即ち、増大または低下）は、ＶＥＧＦアンタゴニストでの効果的な治療に対する患者の感受性または応答性と相関する。本方法の一実施形態によれば、生体試料は、任意のＶＥＧＦアンタゴニストの投与前に患者から入手し、アッセイを施して、試料中の少なくとも１つの遺伝子の発現産物のレベルを評価する。表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現が基準レベル（例えば、上記を参照のこと）に対して変化（即ち、増大または低下）する場合、患者は、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体での治療に対して感受性または応答性があると決定される。患者には、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に感受性または応答性がある可能性が高いことを知らせてもよく、及び／または、抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含む提案を提供してもよい。本方法の別の実施形態では、生体試料は、本明細書に記載したように、ＶＥＧＦアンタゴニストの投与前後に患者から入手する。
生物システムはいくらか可変性があり、必ずしも完全に予測可能とは限らず、そのため、多くの優れた診断検査または治療薬が時折効果的でないことを、医療分野の、特に診断検査および治療薬を用いる治療の適用に係る当業者なら認識するであろう。従って、検査結果、患者の状態および病歴ならびに主治医自身の経験に基づいて、個々の患者に対する最も適切な治療方針を決定するのは、最終的に主治医の判断にかかっている。例えば、特に、他の明らかな治療選択のすべてまたは多くが失敗した場合、または別の治療と共に与えるときにいくらかの相乗作用が予測される場合に、診断検査のデータまたは他の決定基準からのデータに基づいて、患者がＶＥＧＦアンタゴニストに特に感受性であると予想されないときでさえ、医師が、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）などのＶＥＧＦアンタゴニストで患者を治療することを選択する場合さえあり得る。
さらに明示された実施形態では、本発明は、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）などのＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に対する患者の感受性を予測する、またはＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に患者が効果的に応答するかどうかを予測する方法であって、本明細書で同定された試料中で発現する遺伝子バイオマーカーの１つ以上のレベルを評価すること、及びＶＥＧＦアンタゴニストによる阻害に対する患者の感受性を予測することを含み、これらの遺伝子バイオマーカーの１つ以上の発現レベルが、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への有効な応答に対する患者の高感受性と相関する方法を提供する。
試料は、神経膠芽腫を患っていることが疑われるか、もしくは神経膠芽腫を患っていると診断され、それ故に治療を必要としていると思われる患者から、またはいかなる障害も疑われない正常な個体から、取得することができる。マーカー発現の評価については、患者の試料、例えば、細胞またはこれらの細胞によって産生されたタンパク質もしくは核酸を含むものを本発明の方法で使用することができる。本発明の本方法では、バイオマーカーのレベルは、試料、好ましくは、組織試料（例えば、腫瘍組織試料、生検物など）中のマーカー量（例えば、絶対量または濃度）を評価することによって決定することができる。加えて、バイオマーカーのレベルは、検出可能なレベルのバイオマーカーを含む体液または排泄物において評価することができる。本発明で試料として有用な体液または分泌物には、例えば、血液、尿、唾液、便、胸膜液、リンパ液、痰、腹水、前立腺液、脳脊髄液（ＣＳＦ）、または任意の他の体分泌物またはそれらの誘導体が含まれる。血液という単語は、全血、血漿、血清、または血液の任意の誘導体を含むことを意図する。そうした体液または排泄物におけるバイオマーカーの評価は、侵襲的サンプリング法が不適切なまたは不都合な状況で、好ましいこともあり得る。しかしながら、体液試料の場合には、本明細書における検査試料は、好ましくは、血液、滑液膜組織、または滑液、最も好ましくは血液である。
試料は、凍結物、新鮮物、固定（例えば、ホルマリン固定）物、遠心分離物、及び／または包埋（例えば、パラフィン包埋）物などでもよい。当然ながら、細胞試料は、試料中のマーカーの量を評価するのに先立って、様々な周知の採取後の調製技術及び保存技術（例えば、核酸及び／またはタンパク質抽出、固定、保存、凍結、限外濾過、濃縮、蒸発、遠心分離など）にかけることができる。同様に、生検物も、採取後の調製技術および保存技術、例えば、固定にかけることができる。
本明細書に記載の方法のいずれかにおいて、個体（例えば、患者/対象）には、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に感受性または応答性がある尤度の増大または低下を知らせてもよく；抗癌治療（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストを含むかまたは含まない抗癌治療）の提案を提供してもよく；及び／または、適当な治療（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／または他の抗血管形成剤）を選択してもよい。
Ａ．遺伝子発現の検出
本明細書に記載の遺伝子バイオマーカーは、当該技術分野で公知の任意の方法を使用して検出することができる。例えば、哺乳動物由来の組織または細胞試料は、ノーザン、ドットブロットまたはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）解析、アレイハイブリダイゼーション、ＲＮａｓｅプロテクションアッセイを使用して、またはＤＮＡマイクロアレイスナップショットを含めた、市販品として入手可能なＤＮＡ ＳＮＰチップマイクロアレイを使用して、例えば、目的の遺伝子バイオマーカー由来のｍＲＮＡまたはＤＮＡについて簡便にアッセイすることができる。例えば、定量的ＰＣＲアッセイなどのリアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）アッセイが当該技術分野でよく知られている。本発明の例示的実施形態では、腫瘍試料（例えば、神経膠芽腫瘍試料）などの生体試料中の目的の遺伝子バイオマーカー由来のｍＲＮＡを検出するための方法は、少なくとも１つのプライマーを使用して逆転写によって試料からｃＤＮＡを生成すること、そのようにして生成されたｃＤＮＡを増幅すること、及び増幅ｃＤＮＡの存在を検出することを含む。加えて、そうした方法は、（例えば、アクチンファミリーメンバーなどの「ハウスキーピング」遺伝子の比較対照ｍＲＮＡ配列のレベルを同時に調査することによって）生体試料中のｍＲＮＡレベルを決定することを可能にする１つ以上の工程を含むことができる。場合によっては、増幅ｃＤＮＡの配列を決定することができる。
１．核酸の検出
特定の一実施形態では、本明細書に記載のバイオマーカー遺伝子の発現は、ＲＴ−ＰＣＲ技術によって行うことができる。ＰＣＲに使用されるプローブは、検出可能なマーカー、例えば、放射性同位元素、蛍光化合物、生物発光化合物、化学発光化合物、金属キレーター、または酵素などで標識することができる。そうしたプローブ及びプライマーを使用して、試料中の、表１、表２、または表３に記載される発現遺伝子の存在を検出することができる。当業者なら理解するように、非常に多くの異なるプライマー及びプローブを調製し、表１、表２、及び表３に記載される１つ以上の発現遺伝子の増幅、クローニング、及び／または存在及び／またはレベルを決定するために効果的に使用することができる。
他の方法は、マイクロアレイ技術によって組織（例えば、腫瘍組織、例えば、神経膠芽腫腫瘍組織）または細胞試料中における表１、表２、または表３に記載された遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））からのｍＲＮＡｓを検査または検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを使用して、試験及び対照組織試料からの試験及び対照ｍＲＮＡ試料を逆転写させ、標識してｃＤＮＡプローブを生成する。次いで、プローブを、固体支持体に固定した核酸アレイにハイブリダイズさせる。アレイは、アレイの各メンバーの配列と位置が分かるように構成される。例えば、所定の疾患状態で発現される潜在性を有している遺伝子の選択が、固体支持体上にアレイされ得る。特定のアレイメンバーとの標識プローブのハイブリダイゼーションは、プローブが誘導された試料がその遺伝子を発現することを示している。疾患組織の遺伝子発現差の解析は、貴重な情報を提供し得る。マイクロアレイ技術は、単一の実験で何千の遺伝子のｍＲＮＡ発現プロファイルを評価するために核酸ハイブリダイゼーション技術及び計算技術を利用する（例えば、ＷＯ２００１／７５１６６を参照されたい）。アレイ製造の検討については、例えば、米国特許第５，７００，６３７号、米国特許第５，４４５，９３４号、及び米国特許第５，８０７，５２２号、Ｌｏｃｋａｒｔ， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， １４：１６７５−１６８０ （１９９６）；及びＣｈｅｕｎｇら、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ２１（Ｓｕｐｐｌ）：１５−１９ （１９９９）を参照されたい。
加えて、ＥＰ１７５３８７８に記載されているマイクロアレイを利用するＤＮＡプロファイリング及び検出方法を用いることができる。この方法は、短いタンデム反復（ＳＴＲ）分析とＤＮＡマイクロアレイを利用して、異なるＤＮＡ配列を素早く同定し、識別する。ある実施形態では、標識されたＳＴＲ標的配列は、相補的プローブを担持するＤＮＡマイクロアレイにハイブリダイズさせる。これらのプローブは、長さが様々で、可能なＳＴＲの範囲をカバーする。ＤＮＡハイブリッドの標識された一本鎖領域は、ハイブリダイゼーション後の酵素的消化を利用し、マイクロアレイ表面から選択的に除去される。未知の標的における反復の数は、マイクロアレイにハイブリダイズされたままの標的ＤＮＡのパターンに基づいて推定される。
マイクロアレイプロセッサの一例は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）システムであり、これは商業的に入手可能で、ガラス表面上でオリゴヌクレオチドを直接合成することにより製造されるアレイを含む。当業者に知られているように他のシステムを使用してもよい。
ＲＴ−ＰＣＲまたは他のＰＣＲベースの方法のほかに、バイオマーカーのレベルを決定するための他の方法には、プロテオミクス技術、並びに分子レベルでの患者の応答に基づいて血管新生疾患の治療に必要な個別化された遺伝的プロファイルが含まれる。本明細書における特殊化されたマイクロアレイ、例えば、オリゴヌクレオチドマイクロアレイまたはｃＤＮＡマイクロアレイは、１つ以上の抗ＶＥＧＦ抗体に対する感受性または耐性と相関している発現プロファイルを有する１つ以上のバイオマーカーを含み得る。本発明で使用される、核酸を検出するために使用可能な他の方法は、ＲＮＡベースのゲノム解析、例えば、ＲＮＡＳｅｑを含む高スループットＲＮＡ配列発現解析を伴う。
上記技術を適用する際の指針を提供する多くの参照文献が入手可能である（Ｋｏｈｌｅｒら、Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９８０）；Ｔｉｊｓｓｅｎ， Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｎｉｍｕｎｏａｓｓａｙｓ （Ｅｌｓｅｖｉｅｒ， Ａｍｓｔｅｒｄａｍ， １９８５）；Ｃａｍｐｂｅｌｌ， Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ （Ｅｌｓｅｖｉｅｒ， Ａｍｓｔｅｒｄａｍ， １９８４）；Ｈｕｒｒｅｌｌ， Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ （ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ， Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ， ＦＬ， １９８２）；及びＺｏｌａ， Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ， ｐｐ． １４７−１５８ （ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．， １９８７）。ノーザンブロット分析は、当該技術分野でよく知られている一般的な技術であり、例えばＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版，１９８９， Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｆｒｉｔｃｈ， Ｍａｎｉａｔｉｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ， １０ Ｓｋｙｌｉｎｅ Ｄｒｉｖｅ， Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ， ＮＹ １１８０３−２５００に記載されている。遺伝子及び遺伝子産物の状態を評価するための典型的なプロトコルは、例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら編， １９９５， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ Ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｕｎｉｔｓ ２（ノーザンブロット法）、４（サザンブロット法）、１５（免疫ブロット法）及び１８（ＰＣＲ分析）に見出される。
２．タンパク質の検出
表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））に対応するタンパク質バイオマーカーなどのタンパク質バイオマーカーの検出については、例えば、抗体ベースの方法、並びに質量分析法、及び当該技術分野で公知の他の同様の手段を含む、様々なタンパク質アッセイが利用できる。抗体ベースの方法の場合では、例えば、試料を、抗体−バイオマーカー複合体を生成するのに十分な条件下で、そのバイオマーカーに特異的な抗体と接触させてよく、次いで該複合体が検出される。タンパク質バイオマーカーの存在の検出は、血漿や血清を含む広範な種類の組織や試料をアッセイするウェスターンブロット法（免疫沈降の有無にかかわらず）、２次元ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、免疫沈降、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）、フローサイトメトリー、及びＥＬＩＳＡ手順をなど複数の方法で達成できる。このようなアッセイフォーマットを使用する広範な免疫アッセイ技術が入手可能であり、例えば、米国特許法第４，０１６，０４３号、同第４，４２４，２７９号、及び同第４，０１８，６５３号などを参照されたい。これらには、非競合タイプのシングルサイト及び２サイトまたは「サンドイッチ」アッセイと、従来の競合結合アッセイの両方が包含される。これらのアッセイは、標識抗体と標的バイオマーカーの直接的な結合も含む。
サンドイッチアッセイは、最も有用で一般的に使用されるアッセイの１つである。サンドイッチアッセイ技術にはいくつかのバリエーションがあり、その全てが本発明に包含されるものとする。簡潔に言うと、典型的なフォワードアッセイでは、標識されていない抗体が固体基質上に固定化され、試験試料を、結合された分子と接触させる。抗体−抗原複合体を形成するのに十分な、適切な時間インキュベートした後、検出可能なシグナルを産生する能力のあるリポーター分子で標識された抗原特異二次抗体を加え、抗体−抗原標識抗体の別の複合体を形成するのに十分な時間インキュベートする。反応しなかった物質を全て洗い流し、抗原の存在をリポーター分子が産生したシグナルの観察により決定する。結果は、目視で見えるシグナルを観察するだけの質的なものでもよいし、既知量のバイオマーカーを含む対照試料との比較により定量化してもよい。
フォワードアッセイのバリエーションには、試料と標識抗体の両方を同時に結合抗体に加える同時アッセイも含まれる。これらの技術は、後に明らかにする任意の軽微なバリエーションも含め、当業者には公知である。典型的なフォワードサンドイッチアッセイでは、バイオマーカーに特異性を有する一次抗体は固体表面に共有結合的にまたは受動的に結合される。固体表面は、典型的には、ガラスまたはポリマーであり、最も一般的に使用されるポリマーは、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリビニルクロリド、またはポリプロピレンである。固体支持体は、チューブ、ビーズ、マイクロプレートディスクの形態、または免疫アッセイを実施するのに適切な任意の他の表面であり得る。結合の過程は当該技術分野では公知であり、一般に架橋的な共有結合的結合または物理的吸着からなり、ポリマー−抗体複合体は試験試料に備えて洗浄される。次いで試験試料の一定分量が固相複合体に加えられ、十分な時間（例えば、２〜４０分または都合によっては一晩）、適切な条件（例えば、室温から４０℃まで、例えば、２５℃〜３２℃）下でインキュベートして、抗体中に存在する任意のサブユニットの結合を可能にする。インキュベーション期間後、抗体サブユニット固相を洗浄し、乾燥し、バイオマーカーの一部に特異的な二次抗体とインキュベートする。二次抗体は、二次抗体と分子マーカーの結合を示すのに用いられるリポーター分子に連結される。
代替の方法は、試料中の標的バイオマーカーを固定化し、次いで固定化した標的をリポーター分子で標識され得るまたはされない特異的抗体に曝露することを伴う。標的の量とリポーター分子シグナルの強度にもよるが、結合された標的は、抗体の直接的な標識により検出可能であってもよい。あるいは、一次抗体に特異的な第２標識抗体を標的−一次抗体複合体に曝露し、標的−一次抗体−二次抗体の三次複合体を形成する。この複合体は、リポーター分子が発するシグナルで検出される。本明細書で使用される「リポーター分子」とは、その化学的性質により、抗原に結合した抗体の検出を可能にする、解析的に同定可能なシグナルを提供する分子を意味する。このタイプのアッセイで最も一般的に使用されるリポーター分子は、酵素、フルオロフォアまたは分子（即ち、放射性同位元素）と化学発光分子を含む放射性核種のいずれかである。
酵素免疫アッセイの場合では、酵素は、通常グルタルアルデヒドまたは過ヨウ素酸により、二次抗体にコンジュゲートされている。しかしながら、容易に理解されようが、あらゆる種類の異なる接合技術が存在し、熟練者には容易に入手可能である。一般的に使用される酵素としては、特に、西洋わさびペルオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、及びアルカリホスファターゼが挙げられる。特定の酵素と共に使用される基質は、対応する酵素による加水分解後、検出可能な色の変化を発生させるために選ばれる。適切な酵素の例としては、アルカリホスファターゼとペルオキシダーゼが挙げられる。上述の発色基質ではなく蛍光産物を生じる蛍光発生基質を使用することも可能である。いずれの場合も、酵素−標識抗体を一次抗体−分子マーカー複合体に加え、結合させ、余分な試薬を洗い流す。次いで、適切な基質を含む溶液を抗体−抗原−抗体の複合体に加える。基質は、二次抗体と連結した酵素と反応し、質的に目視可能なシグナルを生じるが、これを通常は分光光度でさらに定量化し、試料中に存在していたバイオマーカーの量を示してもよい。あるいは、フルオレセインやローダミンなどの蛍光化合物を抗体の結合能を変更することなく化学的に抗体に連結させてもよい。特定の波長の光で照射され活性化すると、蛍光色素で標識された抗体は光エネルギーを吸着し、分子内で興奮性への状態を誘導し、次いで光学顕微鏡で目視検出可能な特徴的な色の発光が生じる。ＥＩＡと同様に、蛍光標識抗体は、一次抗体−分子マーカー複合体に結合する。結合しなかった試薬を洗い流した後、残った三次複合体を適切な波長の光に曝露し、観察された蛍光で目的とする分子マーカーの存在が示される。免疫蛍光法及びＥＩＡ技術は、いずれも当該技術分野で十分に確立されている。しかしながら、放射性同位元素、化学発光または生物発光分子などの他のリポーター分子も使用してよい。
Ｂ．キット
バイオマーカーの検出に使用するため、キットまたは製造品も本発明により提供される。このようなキットは、患者がＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療から恩恵を得るかどうかを決定するために使用することができる。これらのキットは、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つ（例えば、表３に記載の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、及び／または、表２に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、または６０個もしくはそれ以上の異なる遺伝子）、及び／または、表１に記載の少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個もしくはそれ以上の異なる遺伝子））の発現レベルを決定することができるポリペプチドまたはポリヌクレオチドと、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現レベルを決定するためのポリペプチドまたはポリヌクレオチドの使用説明書とを含み得る。表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現が、基準レベル（例えば、上記を参照のこと）に対して変化（即ち、増大または低下）するかまたは基準レベルと異なる場合、患者がＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）での治療から恩恵を得る。次に、患者には、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に感受性または応答性がある可能性が高いことを知らせてもよく、及び／または、抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含む提案を提供してもよい。
これらのキットは、バイアル、チューブなどの１つ以上の容器手段を閉じ込めて収容するように区画化されたキャリア手段を含んでもよく、各容器手段は、本方法で使用される別々の化合物または要素の１つを含む。例えば、容器手段の１つは、検出可能に標識されたかまたは標識が可能なプローブを含み得る。そのようなプローブは、それぞれタンパク質またはメッセージに特異的なポリペプチド（例えば、抗体）またはポリヌクレオチドであり得る。キットが核酸ハイブリダイゼーションを利用して標的核酸を検出する場合、キットは、標的核酸配列を増幅するためのヌクレオチド（単数または複数）を収容する容器、及び／またはリポーター分子、例えば、酵素、蛍光、または放射性同位元素標識に結合したレポーター手段、例えば、ビオチン結合タンパク質、例えば、アビジンまたはストレプトアビジンを含有する容器を有し得る。
そのようなキットは、上述の容器、及び緩衝液、希釈液、フィルター、針、シリンジ、及び使用説明書と共にパッケージ挿入物を含む、商業用及び使用者の観点から望ましい物質を含む、１つ以上の他の容器を典型的に含むであろう。ラベルは、組成物が特定の用途に使用されることを示すように容器に存在し、インビボまたはインビトロ使用のための指示、例えば上述したものを示し得る。
本発明のキットは、多くの実施形態を有する。典型的な実施形態は、容器、該容器上のラベル、及び該容器に収容された組成物を含むキットであり、ここで、組成物は、タンパク質または自己抗体バイオマーカーに結合する一次抗体を含み、該容器上のラベルは、組成物が試料中のこのようなタンパク質または抗体の存在を評価するために使用可能であることを示し、キットは、特定の試料タイプ中におけるバイオマーカータンパク質の存在を評価するために抗体を使用することについての使用説明書を含む。本キットは、試料を調製し、試料に抗体を適用するための使用説明書及び材料のセットをさらに含み得る。本キットは、一次及び二次抗体の双方を含み、ここで、二次抗体は、標識、例えば、酵素標識にコンジュゲートされている。
別の実施形態は、容器、該容器上のラベル、及び該容器内に収容された組成物を含むキットであり、ここで、組成物は、ストリンジェントな条件下で本明細書に記載のバイオマーカーの相補体にハイブリダイズする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、上記容器上のラベルは、組成物が、試料中の本明細書に記載のバイオマーカーの存在を評価するために使用可能であることを示し、キットは、特定の試料タイプ中のバイオマーカーＲＮＡまたはＤＮＡの存在を評価するためにポリヌクレオチド（単数または複数）を使用することについての使用説明書を含む。
キットの他の任意の成分には、１つ以上の緩衝液（例えば、遮断緩衝液、洗浄緩衝液、基質緩衝液など）、他の試薬、例えば、酵素標識により化学的に改変される基質（例えば色素原）、エピトープ回収液、対照試料（正及び／または負の対照）、対照スライド（単数または複数）などが含まれる。キットには、キットを使用して得られる結果を解釈するための説明書を含めることもできる。
抗体ベースキットについてのさらなる特定の実施形態では、キットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質に結合する第１の抗体（例えば、固体支持体に結合）；場合によっては、（２）タンパク質または第１の抗体のいずれかに結合し、検出可能な標識にコンジュゲートする第２の異なる抗体を含み得る。
オリゴヌクレオチドべースキットに対しては、キットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、例えば、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド、または（２）バイオマーカー核酸分子を増幅するのに有用なプライマー対を含むことができる。キットは、例えば、緩衝剤、防腐剤、またはタンパク質安定剤も含み得る。キットは、検出可能な標識を検出するのに必要な成分（例えば、酵素または基質）をさらに含むことができる。キットは、アッセイされ、試験試料と比較され得る対照試料または一連の対照試料も含み得る。キットの各成分は、個々の容器内に包含せしめることができ、様々な容器の全ては、キットを使用して実施されるアッセイの結果を解釈するための説明書と共に、単一パッケージ内にあり得る。
Ｃ．統計
本明細書で使用する場合、予測ルールの一般的形態は、応答性または非応答性を予測し、またはより一般的には、適切に定められた臨床エンドポイントによる有益性または有益性の欠如を予測するための臨床的共変量を潜在的に含む１つ以上のバイオマーカーの関数の仕様からなる。
予測ルールの最も単純な形態は、予測がカットオフまたは閾値によって決定される共変量のない一変量モデルからなる。これは、特定のカットオフｃ、バイオマーカー測定ｘについてのヘビサイド関数により表すことができ、二値予測ＡまたはＢは次のように作成される：Ｈ（ｘ−ｃ）＝０ならば、Ａを予測し、Ｈ（ｘ−ｃ）＝１ならば、Ｂを予測する。
これは、予測ルールにおいて、一変量バイオマーカー測定を使用する最も簡単な方法である。このような単純なルールが十分である場合、効果の方向性、即ち、高いまたは低い発現レベルが患者にとって有益であるかどうかを、簡単に同定することが可能になる。
臨床的共変量を考慮することが必要である場合、及び／または多変量の予測ルールにおいて複数のバイオマーカーが使用される場合、この状況はさらに複雑になり得る。以下２つの仮説例が関与する問題点を例証する：
共変量調整（仮説例）：
バイオマーカーＸについて、高発現レベルが悪い臨床応答に関与していることが、臨床試験集団において見出される（一変量分析）。詳細な分析が、集団には２種類の臨床応答が存在し、その第一の群が第二の群よりも悪い応答を有し、同時に第一の群に対するバイオマーカー発現が少なくとも１つの用量のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の投与後に一般により高いことを示す。調整共変量分析は、各群について、臨床有益性と臨床応答との間の関係が逆転し、即ち、群内で、より低い発現レベルは良好な臨床応答に関連していることを明らかにする。全体的な反対効果は共変量タイプによりマスクされ、予測ルールの一部としての共変量調整分析は方向を逆転させた。
多変量予測（仮説例）：
バイオマーカーＸについて、高発現レベルが悪い臨床応答に僅かに関与していることが、臨床試験集団において見出される（一変量分析）。第２のバイオマーカーＹについては、同様な観察が一変量分析によってなされた。ＸとＹの組み合わせはでは、双方のバイオマーカーが低い場合に、良好な臨床応答が見られることが明らかになった。これにより、双方のバイオマーカーが所定のカットオフよりも低いならば、有益であると予測されるという規則が作成される（ヘビサイド予測関数のＡＮＤ−−接続）。組み合わせ規則については、一変量の意味における単純なルールはもはや通用しない；例えば、Ｘにおいて低い発現レベルを有していても、より良好な臨床応答を自動的には予測しないであろう。
これらの単純な例は、共変量を有するかまたは有さない予測ルールが、各バイオマーカーの一変量レベルでは判断できないことを示している。複数のバイオマーカーと、共変量による潜在的調整とを組み合わせると、単一のバイオマーカーに対する単純な関係をあてがうことができなくなる。特に血清中のマーカー遺伝子は、他の臨床的共変量を潜在的に含む複数のマーカー予測モデルに使用され得るので、このようなモデル内における単一マーカー遺伝子の有益な効果の方向は、単純な方法では測定できず、一変量分析、即ち、単一マーカー遺伝子について記載されている状況で見出される方向性と矛盾し得る。
臨床医は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の特定の用量スキームの効果を測定するために当該技術分野で知られているいくつかの方法のいずれかを使用することができる。例えば、インビボ画像処理（例えば、ＭＲＩ）を使用して、腫瘍サイズを決定し、あらゆる腫瘍転移を特定して、治療に対する相対的に効果的な応答性を決定することができる。投薬レジメンを調節して最適な所望の応答（例えば、治療応答）をもたらすことができる。例えば、ある用量を投与し得、いくつかの分割用量を経時的に投与し得、または治療状況の危急性に示されるとおり、用量を比例的に減少または増加させ得る。
ＩＶ．ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療
Ａ．用量及び投与
本明細書に記載のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に応答性または感受性のある患者がひとたび同定されれば、ＶＥＧＦアンタゴニスト単独での治療または他の薬剤との組み合わせでの治療を行うことができる。例えば、そのような治療は、腫瘍サイズ（例えば、神経膠芽腫腫瘍サイズ）の減少、または無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）の増加を生じ得る。さらに、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）と少なくとも１つの第２の薬剤（単数または複数）の組み合わせでの治療は、好ましくは患者に対して相加的な、より好ましくは相乗的な（または相加的よりも大なる）治療的恩恵を生じる。好ましくは、この併用方法において、第２の薬剤の少なくとも一回の投与と本明細書におけるアンタゴニストの少なくとも一回の投与の間のタイミングは、約１ヶ月以下、より好ましくは約２週間以下である。
ＶＥＧＦアンタゴニストへの患者の可能な応答性の診断後に該患者に治療的有効量のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を投与する正確な方法は担当する医師の裁量に委ねられることは医療技術分野の当業者には理解されるであろう。投薬量、他の薬剤との併用、投与のタイミング及び頻度等を含む投与態様は、そのようなＶＥＧＦアンタゴニストに対する患者の可能な応答性の診断、並びに患者の症状及び病歴に影響を受け得る。従って、ＶＥＧＦアンタゴニストに対して相対的に感受性ではないと予想される神経膠芽腫を有する患者でさえ、特に、アンタゴニストに対する患者の応答性を変え得る薬剤を含む他の薬剤と組み合わせて、それでの治療から尚恩恵を受け得る。
ＶＥＧＦアンタゴニストを含む組成物は、良好な医療行為と一致した様式で処方され、用量決定され、投与されるであろう。ここで考慮される要因には、治療される神経膠芽腫の特定のタイプ（例えば、新たに診断された神経膠芽腫または再発神経膠芽腫、前神経型の神経膠芽腫、間葉タイプの神経膠芽腫、または増殖タイプの神経膠芽腫）、治療される特定の哺乳動物（例えば、ヒト）、個々の患者の臨床症状、神経膠芽腫の原因、薬剤の送達部位、起こり得る副作用、アンタゴニストのタイプ、投与方法、投与スケジュール、及び医師に既知の他の要因が含まれる。投与されるＶＥＧＦアンタゴニストの有効量は、このような考慮によるであろう。
当該技術分野の通常の技量を有する医師であるならば、特定のアンタゴニストのタイプのような要因に応じて、必要とされる薬学的組成物の有効量を、直ぐに決定し処方することができる。例えば、医師は、所望の治療効果を達成するのに必要とされるものよりも低いレベルで薬学的組成物に用いられるこのようなＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の用量ではじめ、所望の効果が達成されるまで徐々に用量を増加させていくことができる。アンタゴニストの所定の用量または治療レジメンの効果は、例えば、効能の標準的な尺度を使用し、患者の徴候及び症状を評価することにより決定することができる。
ある例では、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、対象に投与される唯一の薬剤である（即ち、単剤療法として）。
ある例では、患者は、同じＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）で少なくとも２回治療される。従って、最初の及び第２のＶＥＧＦアンタゴニストの曝露は、好ましくは同じアンタゴニストでなされ、より好ましくは全てのＶＥＧＦアンタゴニストの曝露は、同じＶＥＧＦアンタゴニストでなされる。即ち、最初の２回の曝露、及び好ましくは全ての曝露での治療は、１つのタイプのＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、ＶＥＧＦに結合するアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体で、例えば、全てベバシズマブでなされる。
一般的な提案として、１用量当たりに非経口的に投与されるＶＥＧＦアンタゴニストの有効量は、１つ以上の投薬量で、約２０ｍｇから約５０００ｍｇの範囲である。抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）のような抗体に対する例示的投薬レジメンは、毎１、２、３、または４週１００または４００ｍｇを含むか、または毎１、２、３、または４週当たり約１、３、５、１０、１５、または２０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。例えば、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）の有効量は、２週間毎に、必要に応じて、静脈内（ｉ．ｖ．）投与によって１０ｍｇ／ｋｇで投与され得る。別の例では、抗ＶＥＧＦ抗体の有効量は、３週間毎に、必要に応じて、ｉ．ｖ．投与によって１５ｍｇ／ｋｇで投与され得る。用量は、注入のように、単一用量としてまたは複数用量（例えば、２または３用量）として、投与され得る。
場合によっては、疾患のタイプ及び重篤度に応じて、約１μｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ（例えば、０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ）のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）が、例えば、１回または複数回の別個の投与かまたは連続注入にかかわらず、対象への投与に対する最初の候補用量である。一実施形態では、所望の用量には、例えば、６ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、及び１５ｍｇ／ｋｇが含まれる。症状に応じて、数日以上にわたる繰り返し投与またはサイクルでは、上記または当該技術分野で公知の方法によって測定される際に、癌が治療されるまで治療が維持される。しかしながら、他の投薬レジメンは、有用であり得る。一例において、抗ＶＥＧＦ抗体は、限定されないが、６ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、または１５ｍｇ／ｋｇを含む、約６ｍｇ／ｋｇ〜約１５ｍｇ／ｋｇの範囲の用量で毎週、２週間毎、または３週間毎に投与される。本発明の治療の進行は、従来の技術及びアッセイにより容易にモニターされる。他の実施形態では、そのような投薬レジメンは、神経膠芽腫の化学療法レジメンと併用される。
ＶＥＧＦアンタゴニストの複数曝露が提供される場合、各曝露は同じまたは異なる投与手段を使用して提供され得る。一実施形態では、各曝露は静脈内投与による。他の実施形態では、各曝露は皮下投与によって与えられる。さらに別の実施形態では、曝露は静脈内投与及び皮下投与双方によって与えられる。
一実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、静注またはボーラスよりむしろゆっくりとした静脈内注入で投与される。例えば、プレドニゾロンまたはメチルプレドニゾロンなどのステロイド（例えば、約８０〜１２０ｍｇ静脈内、より詳細には、約１００ｍｇ静脈内）は、任意の抗ＶＥＧＦ抗体の注入の約３０分前に投与される。例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体は、専用ラインを介して注入される。
ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）への複数用量の曝露の初回用量では、または１回だけの用量を伴う曝露の場合の単回用量では、約５０ｍｇ／時の速度でそのような注入が開始されることが好ましい。例えば、最大約４００ｍｇ／時まで約３０分毎に約５０ｍｇ／時増分の速度で上げていくことができる。しかしながら、対象が注入関連の反応を被っている場合には、注入速度を、例えば、現在の速度の半分、例えば、１００ｍｇ／時から５０ｍｇ／時までに低減するのが好ましい。例えば、このような用量のＶＥＧＦアンタゴニストの注入（例えば、約１０００ｍｇの全用量）は、約２５５分（４時間１５分）で完了させる。場合によっては、対象は、注入の開始の約３０分から６０分前に、アセトアミノフェン／パラセタモール（例えば、約１ｇ）及びジフェンヒドラミンＨＣｌ（例えば、約５０ｍｇまたは類似薬剤の均等用量）の予防治療を経口で受ける。
ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を複数回注入（用量）して全曝露を達成する場合、この実施形態の第２または次のＶＥＧＦアンタゴニスト注入が、初回注入より速い速度で、例えば、約１００ｍｇ／時で開始される。この速度は、例えば、最大約４００ｍｇ／時まで約３０分毎に約１００ｍｇ／時増分の速度で上げていくことができる。注入関連反応を被っている対象は、注入速度をその速度の半分、例えば、１００ｍｇ／時から５０ｍｇ／時までに低減するのが好ましい。好ましくは、そのような第２のまたは続く用量のＶＥＧＦアンタゴニストの注入（例えば、約１０００ｍｇの全用量）は、約１９５分（３時間１５分）で完了させる。
一実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）であり、約０．４から４グラムの用量で投与され、より好ましくは、抗体は、約１ヶ月の期間内に１から４用量の頻度で約０．４から１．３グラムの用量で投与される。さらにより好ましくは、用量は、約５００ｍｇから１．２グラムであり、他の実施形態では、約７５０ｍｇから１．１グラムである。そのような態様では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、好ましくは２から３用量で投与され、及び／または約２から３週間の期間内に投与される。
治療期間は、医学的に必要である限り、または所望の治療効果（例えば、本明細書に記載のもの）が達成されるまで継続することができる。ある実施形態では、治療は、１カ月、２カ月、４カ月、６カ月、８カ月、１０カ月、１年、２年、３年、４年、５年、または最大で対象の生涯の年数にわたって継続される。
しかしながら、上記のように、これらの示唆量のＶＥＧＦアンタゴニストは、かなり治療的裁量次第である。適切な用量を選択し、スケジュール化する際の重要な因子は、上に示されるように、得られる結果である。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、神経膠芽腫の最初の徴候、診断、出現、または発症の後できるだけ早く投与される。
１．投与経路
ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、非経口、局所、皮下、腹腔内、肺内、鼻腔内、及び／または病巣内投与を含む、任意の適切な手段により投与される。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。くも膜下腔内投与もまた考えられる。加えて、ＶＥＧＦアンタゴニストは、例えば、減少用量のＶＥＧＦアンタゴニストでのパルス注入により適切に投与されてもよい。最も好ましくは、投薬は、静脈内注射により投与される。
抗ＶＥＧＦ抗体の複数の暴露をもたらす場合、各暴露は、同じまたは異なる投与手段を用いてもたらしてもよい。一実施形態では、各暴露は、静脈内（ｉ．ｖ．）投与による。例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブは、専用ラインを介して注入してもよい。例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブは、まず静脈内に約９０分かけて投与し、その後約６０分、次いで約３０分かけて注入してもよい。別の実施形態では、各暴露は、皮下（ｓ．ｃ．）投与で与えられる。さらに別の実施形態では、暴露は、ｉ．ｖ．及びｓ．ｃ．投与の両方で与えられる。
上に記載の伝統的な経路による患者へのＶＥＧＦアンタゴニストの投与とは別に、本発明は、遺伝子療法による投与を含む。例えば、細胞内抗体を産生させるための遺伝子療法の使用に関してはＷＯ１９９６／０７３２１を参照されたい。
患者の細胞中に核酸（場合によってはベクターに含まれる）を導入するために２つの主要なアプローチ法がある；インビボとエキソビボである。インビボ送達では、核酸は、患者の通常はアンタゴニストが必要とされる部位に直接的に注入される。エキソビボ治療では、患者の細胞が取り除かれ、核酸がこれらの単離細胞中に導入され、改変された細胞が患者に直接的にまたは例えば患者に移植される多孔性膜内に封入されて、投与される（例えば、米国特許第４，８９２，５３８号及び同第５，２８３，１８７号を参照されたい）。生細胞中に核酸を導入するために利用できる様々な技術がある。該技術は、核酸がインビトロで培養された細胞中に移されるか、意図される宿主の細胞にインビボで移されるかに応じて変わる。インビトロで哺乳動物細胞中に核酸を移送するのに適した技術は、リポソーム、電気穿孔法、マイクロインジェクション法、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、リン酸カルシウム沈降法などの使用を含む。遺伝子のエキソビボ送達のためによく使用されるベクターは、レトロウイルスである。
現在好ましいインビボ核酸移入技術は、ウイルスベクター（例えば、アデノウイルス、単純ヘルペスＩウイルス、またはアデノ随伴ウイルス）、及び脂質ベース系（例えば、遺伝子の脂質媒介移入に有用な脂質は、ＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥ、及びＤＣ−Ｃｈｏｌである）での形質移入を含む。いくつかの状況では、核酸供給源に、標的細胞に特異的な薬剤、例えば、標的細胞上の細胞表面膜タンパク質に特異的な抗体、標的細胞上のレセプターのリガンドなどを提供するのが望ましい。リポソームが用いられる場合、エンドサイトーシスに関連する細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質が、ターゲティング及び／または取り込みの促進のために用いられ、例えば、特定の細胞型向性のキャプシドタンパク質またはその断片、サイクリングにおいて内部移行を受けるタンパク質の抗体、及び細胞内局在化をターゲティングし細胞内半減期を向上させるタンパク質である。レセプター媒介エンドサイトーシスの技術は、例えば、Ｗｕら、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２６２：４４２９−４４３２ （１９８７）；及びＷａｇｎｅｒら、ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８７： ３４１０−３４１４ （１９９０）に記載されている。遺伝子マーキング及び遺伝子療法プロトコルは、例えば、Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５６：８０８−８１３ （１９９２）及びＷＯ１９９３／２５６７３に記載されている。
２．併用療法
いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、１つ以上のさらなる抗癌剤または療法と併用してもよい。抗癌療法の例としては、限定されないが、手術、放射線療法（放射線治療）、生物療法、免疫療法、化学療法（例えば、テモゾロミド（ＴＭＺ））、またはこれらの療法の組み合わせが挙げられる。加えて、細胞傷害性剤、抗血管形成剤、及び抗増殖剤を抗ＶＥＧＦ抗体と併用してもよい。１つ以上のさらなる抗癌剤または療法は、好ましくは、それらが互いに悪影響を及ぼさないようにＶＥＧＦアンタゴニストに対して相補的な活性を有している。併用投与には、別々の製剤または単一の薬学的製剤を使用しての同時投与と、何れかの順序での連続投与が含まれ、ここで、両方（または全て）の活性剤が同時にその生物学的活性を作用させる時間があるのが好ましい。
１つ以上のさらなる抗癌剤は、化学療法剤、細胞傷害剤、サイトカイン、増殖阻害性剤、抗ホルモン剤、及びその組み合わせであり得る。このような分子は、意図される目的のために効果的である量で組み合わされて好適に存在する。また、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む薬学的組成物は、治療的に有効量の抗腫瘍性剤、化学療法剤、増殖阻害性剤、細胞傷害性剤、またはその組み合わせを含み得る。
一態様では、第１の化合物は、抗ＶＥＧＦ抗体であり、少なくとも１つのさらなる化合物は、抗ＶＥＧＦ抗体以外の治療用抗体である。一実施形態では、少なくとも１つのさらなる化合物は、癌細胞表面マーカーに結合する抗体である。一実施形態では、少なくとも１つのさらなる化合物は、抗ＨＥＲ２抗体のトラスツズマブ（例えば、ハーセプチン（登録商標）， Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ， Ｉｎｃ．， Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ）である。一実施形態では、少なくとも１つのさらなる化合物は、抗ＨＥＲ２抗体のペルツズマブ（オムニターグ（商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ， Ｉｎｃ．， Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ， 米国特許第６，９４９，２４５号を参照）である。ある実施形態では、少なくとも１つのさらなる化合物は、抗体であり（裸の抗体またはＡＤＣ）、さらなる抗体は、第２、第３、第４、第５、第６、またはそれ以上の抗体であり、そのような第２、第３、第４、第５、第６、またはそれ以上の抗体（裸またはＡＤＣのいずれか）を組み合わせることが、血管新生疾患の治療に効果的である。
本発明に係る他の治療レジメンは、放射線療法及び／または骨髄及び末梢血移植、及び／または細胞傷害性剤、化学療法剤、または増殖阻害性剤を限定しないで含む抗癌剤の投与を含み得る。このような実施形態の１つでは、化学療法剤は、例えば、シクロホスファミド、ヒドロキシダウノルビシン、アドリアマイシン、ドキソルビシン、ビンクリスチン（オンコビン（商標））、プレドニゾロン、ＣＨＯＰ、ＣＶＰ、またはＣＯＰ、または抗ＰＳＣＡ、抗ＨＥＲ２（例えば、ハーセプチン（登録商標）、オムニターグ（商標））などの免疫療法などの薬剤または薬剤の組み合わせである。別の実施形態では、組み合わせは、ドセタキセル、ドキソルビシン、及びシクロホスファミドを含む。併用療法は、同時または連続的なレジメンとして投与され得る。連続して投与される場合、組み合わせは、２つ以上の投与で投与され得る。併用投与には、別々の製剤または単一の薬学的製剤を使用しての同時投与と、何れかの順序での連続投与が含まれ、ここで、両方（または全て）の活性剤が同時にその生物学的活性を作用させる時間があるのが好ましい。
一実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体）での治療は、異なった化学療法剤のカクテルの同時投与を含む、本明細書で特定された抗癌剤と、１つ以上の化学療法剤または増殖阻害性剤の併用投与を含む。化学療法剤は、タキサン類（例えば、パクリタキセル及びドセタキセル）及び／またはアントラサイクリン抗生物質を含む。そのような化学治療剤の調製と投薬スケジュールは、製造者の指示書に従ってまたは熟練した医師により経験的に決定されて、使用される。そのような化学療法のための調製と投薬スケジュールは、“Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ Ｓｅｒｖｉｃｅ”， （１９９２） Ｅｄ．， Ｍ．Ｃ． Ｐｅｒｒｙ， Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ， Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ， Ｍｄにも記載されている。
上記の同時投与薬剤の任意のものに適した投薬量は、現在使用されているものであり、ＶＥＧＦアンタゴニストと他の化学療法剤または治療の併用作用（相乗作用）のために低下させることができる。
併用療法は、一緒に使用される活性成分が化合物を別個に使用して得られる効果の合計よりも大きい場合に「相乗効果」をもたらし、「相乗的」、つまり該効果が達成されることが分かる。相乗効果は、活性成分が、（１）同時処方され、併用された単位投薬製剤として同時に投与または送達され；（２）別個の製剤として交互にまたは並行して送達される場合；または（３）ある種の他のレジメンによって、達成することができる。交互療法で送達される場合、相乗効果は、化合物が、例えば、別個にシリンジで異なる注射によって逐次的に投与されまたは送達されるときに達成され得る。一般に、交互療法の間、各活性成分の有効用量が逐次的、即ち、連続的に投与される一方、併用療法では２つまたはそれ以上の活性成分の有効用量が併せて投与される。
一般に、疾患の予防または治療に対して、さらなる治療薬の適切な投薬量は、治療されるべき疾患のタイプ、抗体のタイプ、疾患の重篤度及び過程、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びさらなる薬剤（例えば、ＴＭＺ）が予防目的か治療目的で投与されるかどうか、過去の治療法、患者の臨床歴、及びＶＥＧＦアンタゴニスト及びさらなる薬剤への応答、及び担当医師の裁量に依存する。ＶＥＧＦアンタゴニスト及びさらなる薬剤は、好適には一回でまたは一連の治療で患者に投与される。ＶＥＧＦアンタゴニストは、典型的には上に記載されたようにして投与される。疾患のタイプ及び重篤度に応じて、約２０ｍｇ／ｍ２から６００ｍｇ／ｍ２のさらなる薬剤が、例えば、一または複数回の別個の投与かまたは連続注入にかかわらず、患者への投与に対する最初の候補用量である。一つの典型的な毎日の投薬量は、上述の要因に応じて、約からまたは約２０ｍｇ／ｍ２、８５ｍｇ／ｍ２、９０ｍｇ／ｍ２、１２５ｍｇ／ｍ２、２００ｍｇ／ｍ２、４００ｍｇ／ｍ２、５００ｍｇ／ｍ２またはそれ以上の範囲となるかも知れない。症状に応じて、数日以上にわたる繰り返し投与では、疾患兆候の所望の抑制が生じるまで、治療が維持される。従って、約２０ｍｇ／ｍ２、８５ｍｇ／ｍ２、９０ｍｇ／ｍ２、１２５ｍｇ／ｍ２、２００ｍｇ／ｍ２、４００ｍｇ／ｍ２、５００ｍｇ／ｍ２、６００ｍｇ／ｍ２（またはその任意の組み合わせ）の１つ以上の用量が患者に投与され得る。そのような用量は、間欠的に、例えば、毎週または２週毎、３週毎、４、５、または６週毎に投与され得る（例えば、患者に約２から約２０、例えば、約６用量のさらなる薬剤が投与される）。初回のより高い負荷投与量の後、１つ以上のより低い用量を投与することができる。しかしながら、他の投薬レジメンは有用であり得る。この治療法の進行は、従来技術及びアッセイにより容易にモニターされる。
一実施形態では、対象には、神経膠芽腫を治療するためにいずれの薬物（単数または複数）も事前には投与されていない。別の実施形態では、対象または患者は、神経膠芽腫を治療するために１つ以上の薬剤（単数または複数）を事前に投与されている。別の実施形態では、対象または患者は、事前に投与された１つ以上の薬剤に対して非応答性であった。対象が非応答性であり得るこのような薬物としては、例えば、抗腫瘍性剤、化学療法剤、細胞傷害性剤、及び／または増殖阻害性剤が挙げられる。特に、対象が非応答性であり得るこのような薬物としては、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）が挙げられる。別の態様では、再治療が、対象が以前に非応答性であった１つ以上の抗体またはイムノアドヘシンと考えられるように、このようなＶＥＧＦアンタゴニストは、抗体またはイムノアドヘシンを含む。
Ｂ．ＶＥＧＦアンタゴニスト
本明細書に記載の全ての方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体である。
ある実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、キメラ抗体である。所定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎら、ＰＮＡＳ ＵＳＡ， ８１：６８５１−６８５５ （１９８４））に記載されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類由来の可変領域）及びヒト定常領域を含む。さらなる例において、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変更された「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
ある実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減するために、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持したまま、ヒト化されている。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（またはその一部）が、非ヒト抗体から由来し、ＦＲ（またはその一部）がヒト抗体配列に由来する、１つ以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、必要に応じて、ヒト定常領域の少なくとも一部をも含む。いくつかの実施形態では、ヒト化抗体のいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性または親和性を回復もしくは改善するめに、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。ヒト化抗体及びそれらの製造方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ， Ｆｒｏｎｔ． Ｂｉｏｓｃｉ． １３：１６１９−１６３３ （２００８）に総説され、さらに、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３−３２９ （１９８８）； Ｑｕｅｅｎら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８６：１００２９−１００３３ （１９８９）；米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号、及び同第７，０８７，４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉら、Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：２５−３４ （２００５） （ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングを記述）；Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２８：４８９−４９８ （１９９１） （「リサーフェシング」を記述）； Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａら、 Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３−６０ （２００５） （「ＦＲシャッフリング」を記述）；及びＯｓｂｏｕｒｎら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１−６８ （２００５）、及びＫｌｉｍｋａら、Ｂｒ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ， ８３：２５２−２６０ （２０００） （ＦＲシャッフリングへの「誘導選択」アプローチを記述）に記載されている。
ある実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野で公知の様々な技術を用いて生産することができる。ヒト抗体は、ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． ５： ３６８−７４ （２００１）、及びＬｏｎｂｅｒｇ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０：４５０−４５９ （２００８）に一般的に記載されている。ヒト抗体は、抗原曝露に応答して、インタクトなヒト抗体またはヒト可変領域を持つインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することにより調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、または染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含む。このようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般的に不活性化される。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、Ｌｏｎｂｅｒｇ， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． ２３：１１１７−１１２５ （２００５）を参照されたい。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を記載している、米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号；ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術を記載している米国特許第５，７７０，４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７，０４１，８７０号及び、ＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号）も参照されたい。このような動物で生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、さらに改変される可能性がある。ヒト抗体は、ハイブリドーマベース法によって作成することができる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ細胞株が記載されている。（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， １３３： ３００１ （１９８４）； Ｂｒｏｄｅｕｒら、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， ｐｐ． ５１−６３ （Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ， Ｉｎｃ．， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９８７）；及びＢｏｅｒｎｅｒら、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， １４７： ８６ （１９９１）を参照されたい）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体はまた、Ｌｉら、ＰＮＡＳ ＵＳＡ， １０３：３５５７−３５６２ （２００６）に記載されている。さらなる方法は、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載している）及びＮｉ， Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ， ２６（４）：２６５−２６８ （２００６） （ヒト−ヒトハイブリドーマを記載している）に記載されたものを含む。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）はまた、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ， Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ， ２０（３）：９２７−９３７ （２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ， ２７（３）：１８５−９１ （２００５）に記載される。
ある実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、所望の活性または活性（複数）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離してもよいし、あるいは単離されていてもよい。例えば、様々な方法が、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてのライブラリーをスクリーニングするために、当該技術分野で知られている。そのような方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら、ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１−３７ （Ｏ’Ｂｒｉｅｎら編 Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ， Ｔｏｔｏｗａ， ＮＪ， ２００１）に総説され、更に、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４； Ｃｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３５２： ６２４−６２８ （１９９１）； Ｍａｒｋｓら、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２２２： ５８１−５９７ （１９９２）； Ｍａｒｋｓ ａｎｄ Ｂｒａｄｂｕｒｙ， ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１６１−１７５ （Ｌｏ編、Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ， Ｔｏｔｏｗａ， ＮＪ， ２００３）； Ｓｉｄｈｕら、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ３３８（２）： ２９９−３１０ （２００４）； Ｌｅｅら、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ３４０（５）： １０７３−１０９３ （２００４）； Ｆｅｌｌｏｕｓｅ， ＰＮＡＳ ＵＳＡ １０１（３４）： １２４６７−１２４７２ （２００４）；及びＬｅｅら、 Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１−２）： １１９−１３２ （２００４）に記載されている。
いくつかのファージディスプレイ法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により個別にクローニングされ、ファージライブラリーにランダムに再結合され、その後、Ｗｉｎｔｅｒら、Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， １２： ４３３−４５５ （１９９４）に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、通常、抗体断片を、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片、またはＦａｂ断片の何れかとして提示する。免疫された起源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要性を伴うことなく免疫原に高親和性抗体を提供する。代わりに、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら、ＥＭＢＯ Ｊ， １２： ７２５−７３４ （１９９３）に記載されるように、ナイーブなレパートリーを、任意の免疫感作無しで、広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対して、抗体の単一起源を提供するために、（例えば、ヒトから）クローン化することができる。最後に、ナイーブなライブラリーはまた、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ２２７： ３８１−３８８ （１９９２）に記載されるように、非常に可変なＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再構成を達成するために、幹細胞由来の再構成されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用することにより合成することができる。ヒト抗体ファージライブラリーを記述する特許公報は、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、及び米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号、及び同第２００９／０００２３６０号を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法において有用な抗ＶＥＧＦ抗体は、ＶＥＧＦに十分な親和性と特異性で結合し、ＶＥＧＦの生物学的活性を減少または阻害することができる任意の抗体またはその抗原結合断片が含まれる。抗ＶＥＧＦ抗体は通常、ＶＥＧＦ−ＢまたはＶＥＧＦ−Ｃなどの他のＶＥＧＦホモログにも、ＰＩＧＦ、ＰＤＧＦまたはｂＦＧＦなどの他の増殖因子にも結合しないであろう。例えば、本発明のある実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、限定されないが、ハイブリドーマＡＴＣＣＨＢ１０７０９によって生成されたモノクローナル抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１と同じエピトープに結合するモノクローナル抗体；Ｐｒｅｓｔａら、（１９９７） Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５７：４５９３−４５９９に従って生成された組み換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体を含む。一実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、「ｒｈｕＭＡｂ ＶＥＧＦ」または「ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）」としても知られている「ベバシズマブ（ＢＶまたはＢｅｖ）」である。これは変異ヒトＩｇＧ１フレームワーク領域及びヒトＶＥＧＦのそのレセプターへの結合を遮断するマウス抗ｈＶＥＧＦモノクローナル抗体Ａ４．６．１由来の抗原結合相補性決定領域を含む。フレームワーク領域のほとんどを含め、ベバシズマブのアミノ酸配列のおよそ９３％は、ヒトのＩｇＧ１に由来し、配列のおよそ７％はマウス抗体Ａ４．６．１に由来する。ベバシズマブ及び他のヒト化抗ＶＥＧＦ抗体は、２００５年２月２６日に発行された米国特許第６，８８４，８７９号にさらに記載されている。追加の抗体は、特許出願の内容が参照により本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ特許出願公開ＷＯ２００５／０１２３５９、ＰＣＴ特許出願公開ＷＯ２００５／０４４８５３、及び米国特許出願第６０／９９１，３０２号に記載されるように、Ｇ６またはＢ２０系列抗体（例えば、Ｇ６−３１、Ｂ２０−４．１）が含まれる。さらなる抗体については、米国特許第７，０６０，２６９号、同第６，５８２，９５９号、同第６，７０３，０２０号；同第６，０５４，２９７号；ＷＯ９８／４５３３２；ＷＯ９６／３００４６；ＷＯ９４／１０２０２；ＥＰ０６６６８６８Ｂ１；米国特許出願公開第２００６００９３６０号、同第２００５０１８６２０８号、同第２００３０２０６８９９号、同第２００３０１９０３１７号、同第２００３０２０３４０９号、及び同第２００５０１１２１２６号；及びＰｏｐｋｏｖら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８８：１４９−１６４ （２００４）を参照されたい。他の抗体には、残基Ｆ１７、Ｍ１８、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｙ２５、Ｑ８９、Ｉ１９１、Ｋ１０ｌ、Ｅ１０３、及びＣ１０４を含む、または、代わりに、残基Ｆ１７、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｄ６３、Ｉ８３、及びＱ８９を含む、ヒトＶＥＧＦ上の機能的エピトープに結合するものが含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のいずれか１つに有用な抗ＶＥＧＦ抗体は、アミノ酸配列:
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＳＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＶＬＩＹＦＴＳＳＬＨＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＳＴＶＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１）を含む軽鎖可変領域と、以下のアミノ酸配列：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＧＷＩＮＴＹＴＧＥＰＴＹＡＡＤＦＫＲＲＦＴＦＳＬＤＴＳＫＳＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＫＹＰＨＹＹＧＳＳＨＷＹＦＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号２）を含む重鎖可変領域を有する。
本明細書における抗ＶＥＧＦ抗体は、キメラ抗体、ヒト化抗体、またはヒト抗体であってもよく、例えば、ベバシズマブであってもよい。
さらに他の実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、裸の抗ＶＥＧＦ抗体のようにコンジュゲートしていなくてもよいし、あるいはさらなる有効性、例えば、半減期を改善するために別の分子とコンジュゲートしていてもよい。
Ｖ．医薬製剤
本発明に従って使用されるアンタゴニストの治療製剤は、所望の程度の純度を有するアンタゴニストと任意の薬学的に許容される担体、賦形剤または安定剤とを、凍結乾燥製剤または水性溶液の形態で混合することによって保存用に調製される。製剤に関する一般的な情報については、例えば、Ｇｉｌｍａｎら、（ｅｄｓ．） （１９９０）， Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｅｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ， ８ｔｈ Ｅｄ．， Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ； Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ （ｅｄ．）， Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， １８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ， （１９９０）， Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．， Ｅａｓｔｏｒｉ， Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ．； Ａｖｉｓら、（ｅｄｓ．） （１９９３） Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ： Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ Ｄｅｋｋｅｒ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ； Ｌｉｅｂｅｒｍａｎら、（ｅｄｓ．） （１９９０） Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ： Ｔａｂｌｅｔｓ Ｄｅｋｋｅｒ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ；及びＬｉｅｂｅｒｍａｎら、（ｅｄｓ．） （１９９０）， Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ： Ｄｉｓｐｅｒｓｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｅｋｋｅｒ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， Ｋｅｎｎｅｔｈ Ａ．Ｗａｌｔｅｒｓ （ｅｄ．） （２００２） Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎｓ （Ｄｒｕｇｓ ａｎｄ ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）， Ｖｏｌ １１９， Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒを参照されたい。
許容される担体、賦形剤、または安定剤は、使用される投薬量及び濃度でレシピエントに毒性でなく、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸のような緩衝液；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤（例えば、オクタデシルジメチオルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウムクロライド；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルまたはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、またはリジン；モノサッカライド、ジサッカライド、及びグルコース、マンノース、またはデキストリンを含む他の炭水化物；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース、またはソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム、金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；及び／またはＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤が挙げられる。
例示の抗ＶＥＧＦ抗体製剤は、米国特許第6,884,879号に記載されている。ある実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、単回使用バイアル中に25 mg/mLで処方される。ある実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体の１００ｍｇが、米国薬局方による、２４０ｍｇのα，α−トレハロース二水和物、２３．２ｍｇのリン酸ナトリウム（一塩基性、一水和物）、４．８ｍｇのリン酸ナトリウム（二塩基性無水）、１．６ｍｇのポリソルベート２０、及び注射用水中に処方される。ある実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体の４００ｍｇが、米国薬局方による、９６０ｍｇのα，α−トレハロース二水和物、９２．８ｍｇのリン酸ナトリウム（一塩基性、一水和物）、１９．２ｍｇのリン酸ナトリウム（二塩基性無水）、６．４ｍｇのポリソルベート２０、及び注射用水中に処方される。
皮下投与に適合された凍結乾燥製剤は、例えば、米国特許第６，２６７，９５８号に記載されている。このような凍結乾燥製剤は、適切な希釈剤とともに高タンパク質濃度に再構成してもよいし、再構成された製剤を本明細書で治療されるべき哺乳動物に皮下投与してもよい。
アンタゴニストの結晶化形態も考えられる。例えば、ＵＳ２００２／０１３６７１９Ａ１を参照されたい。
また、本明細書中の製剤は、２つ以上の活性化合物（上述のような第２の薬剤）、好ましくは互いに悪影響を与えない相補的活性を有するものを含有してもよい。このような薬剤のタイプ及び有効量は、例えば、製剤中に存在するＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の量及びタイプ、及び対象の臨床パラメーターに依存する。好ましいこのような第２の薬剤は、上述されている。
また、活性成分は、例えば、コアセルベーション技術または界面重合法により調製したマイクロカプセル、例えば、それぞれ、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミン微小球体、ミクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）におけるまたはマクロエマルジョンにおける、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン−マイクロカプセル及びポリ−（メチルメタクリラート）マイクロカプセルに包含してよい。このような技術は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｏｓｏｌ， Ａ． Ｅｄ． （１９８０）に開示される。
徐放性製剤が調製されてもよい。徐放性製剤の好適な例は、アンタゴニストを含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、そのマトリクスが成形品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形をしている。徐放性マトリクスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）またはポリ（ビニルアルコール））、ポリアクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸とγエチル−Ｌ−グルタマートの共重合体、非−分解性エチレン−ビニルアセテート、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸共重合体及び酢酸ロイプロリドから構成される注射用ミクロスフェア）のような分解性乳酸−グリコール酸共重合体、及びポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
インビボ投与に使用される製剤は無菌でなければならない。これは滅菌濾過膜による濾過によって容易に達成される。
実施例
次の実施例は、現在請求している発明を、限定しないで例証するために提供される。
実施例１．統計的方法及びマイクロアレイ分析
統計的方法
一般に、統計的タスクは次の工程を含み得る：
・ １．候補バイオマーカーの事前選択
・ ２．関連性のある臨床効果の応答性予測共変量の事前選択
・ ３．一変量レベルでのバイオマーカー予測関数の選択
・ ４．一変量レベルでの臨床的共変量を含むバイオマーカー予測関数の選択
・ ５．多変量レベルでのバイオマーカー予測関数の選択
・ ６．多変量レベルでの臨床的共変量を含むバイオマーカー予測関数の選択
次のテキストは、異なる工程を詳細に説明する：
１．候補バイオマーカーの事前選択：
候補バイオマーカーの統計的事前選択は、臨床的有益性の尺度関連性の強度に向けられている。この目的のために、異なる臨床エンドポイントは、誘導されたサロゲートスコア、例えば、観測打ち切りを回避するＴＴＰに関する臨床的有益性スコアの度合いの順序割り当てに変換され得る。これらのサロゲート変換指標は、例えば、ノンパラメトリックスピアマン順位相関アプローチにより、簡単な相関関係分析に容易に使用することができる。代替法は、例えば、コックス比例ハザード回帰のように、事象発生までの時間の回帰モデル（ｔｉｍｅ−ｔｏ−ｅｖｅｎｔ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ｍｏｄｅｌｓ）における計量的共変量として、バイオマーカー測定値を使用する。バイオマーカー値の統計的分布に応じて、この工程は、いくつかの事前加工、例えば、分散安定化変換、適切な尺度の使用、または未加工測定値の代わりにパーセンタイルを使用するなどの標準化工程が必要となり得る。さらなるアプローチは、例えば、一人の患者を基準に、（ｘ軸＝バイオマーカー値、ｙ軸＝臨床的有益性の尺度）の散布を示すことによる、二変量散布プロットの検査である。例えば、平滑化スプラインにより達成されるいくつかのノンパラメトリック回帰線は、バイオマーカーと臨床的有益性との関連性を視覚化するのに有用であり得る。
これらの異なるアプローチの目的は、用いられる有益性指標の少なくとも１つにおける臨床的有益性とのある程度の関連性を示し、他の指標についての結果は矛盾しない候補バイオマーカーを事前選択することである。利用可能な対照群が存在する場合、異なる治療群における臨床的有益性とバイオマーカーとの間の関連性の差異は、バイオマーカー（単数または複数）をさらなる考察に適したものとする差異予測の兆候となるかもしれない。
２．関連性のある臨床効果の応答性予測共変量の事前選択
本明細書で定義された臨床的共変量の統計的事前選択は、バイオマーカーの事前選択についてのアプローチと類似しており、臨床的有益性の尺度との関連性の強度を指向している。よって、原則的には、上の１で検討したものと同じ方法が適用される。統計的基準に加え、臨床経験からの基準及び理論的知識が、関連する臨床的共変量を事前選択するのに適用され得る。
臨床的共変量の予測値は、バイオマーカーの予測値と相互作用し得る。それらは、必要ならば、改善された予測ルールに対して考慮されるであろう。
３．一変量レベルでのバイオマーカー予測関数の選択
「予測関数」という用語は、一般的に標的予測を暗示するためにスケーリングされた数をもたらすバイオマーカー測定値の数的関数を意味するのに使用される。
簡単な例は、特定のカットオフｃとバイオマーカー測定ｘについてのヘビサイド関数の選択であり、ここで、二値予測ＡまたはＢは次のようになされる、Ｈ（ｘ−ｃ）＝０ならば、Ａを予測、Ｈ（ｘ−ｃ）＝１ならば、Ｂを予測。
これは、おそらくは、予測ルールにおいて一変量バイオマーカー測定値を使用する最も一般的な方法である。上述のような「予測関数」の定義は、予測可能性を探究するのに使用され得る既存のトレーニングデータセットへの照会を含む。トレーニングセットから適切なカットオフｃを達成するために異なる経路を取ることができる。先ず、１に記載された平滑化スプラインを用いた散布図を使用し、カットオフを定める。別法では、分布のいくつかのパーセンタイル、例えば、中央値または四分位数が選択され得る。また、カットオフは、臨床的有益性の尺度に関するその予測可能性に従い、全ての可能なカットオフを調べることにより、体系的に抽出することができる。次に、これらの結果をプロットして、マニュアル選択が可能になるか、または最適化のためのいくつかの探索アルゴリズムを用いることが可能になる。これは、コックスモデルを使用してある種の臨床エンドポイントに基づいて現実化することができ、各検定カットオフにおいて、バイオマーカーが二値共変量として使用される。次に、臨床エンドポイントの結果を、双方のエンドポイントに沿った予測を示すカットオフを選択するために、合わせて考慮することができる。
予測関数を選択するための他の一般的ではないアプローチは、共変量として、バイオマーカー値（おそらくは変換されたもの）を持つトレーニングセットから得られる固定パラメーターコックス回帰モデルに基づき得る。さらなる可能性は、いくつかの尤度比（またはその単調変換）に基づいて決定するものであり、標的確率密度は、予測状態の分離のためのトレーニングセットにおいて事前決定される。次いで、バイオマーカーが予測基準のいくつかの関数に当てはめられるであろう。
４．一変量レベルでの臨床的共変量を含むバイオマーカー予測関数の選択
一変量は、１つのバイオマーカーのみを使用することを言い、臨床的共変量に関して、これは多変量モデルであり得る。このアプローチは、該方法が関連する共変量情報の導入を可能にすべきことを除けば、臨床的共変量を用いない探索と類似している。カットオフを選択する散布図法は、共変量の限られた使用のみを可能にし、例えば、二値共変量は、プロット内でカラーコード化され得る。分析が、いくつかの回帰手法に依存しているならば、共変量（また一回でのそれらの多く）を使用することは通常は容易である。上の３に記載されたコックスモデルに基づくカットオフ探索により、共変量を容易に導入することが可能となり、それによって、共変量調整された一変量カットオフ探索に至る。共変量による調節は、モデルにおける共変量として、または層別解析における包含物を介してなされ得る。
また、予測関数の他の選択により、共変量の導入が可能になる。
これがわかりやすいのが、予測関数としてのコックスモデルの選択である。これには、例えば、異なる年齢群に対して異なる予測基準が適用されることを意味する、相互作用レベルにおける共変量の影響を推定するための選択肢が含まれる。
予測関数の尤度比のタイプについて、共変量を含む予測密度が推定されなければならない。この目的のためには、多変量パターン認識の方法を使用することができ、またはバイオマーカー値を、共変量についての重回帰により調整することができる（密度推定の前）。
バイオマーカー（未加工測定値レベル）と臨床的共変量を用い、応答として臨床的有益性の指標を利用して、ＣＡＲＴ技術（Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｒｅｅｓ， Ｂｒｅｉｍａｎら（Ｗａｄｓｗｏｒｔｈ， Ｉｎｃ．： Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９８４）を、この目的のために使用することができる。カットオフが探索され、デシジョンツリータイプの関数が、予測のための共変量に関与していることが見出されるであろう。ＣＡＲＴにより選択されるカットオフとアルゴリズムは、しばしば最適に近く、異なる臨床的に有益な尺度を考慮することにより組み合わせて一体され得る。
５．多変量レベルでのバイオマーカー予測関数の選択
異なる一変量予測関数の選択内で、それらの予測可能性を維持するいくつかのバイオマーカー候補が存在している場合、バイオマーカーの組み合わせにより、即ち、多変量予測関数を考慮することにより、さらなる改善が達成され得る。
単純なヘビサイド関数モデルに基づき、バイオマーカーの組み合わせは、例えば、最適なカットオフが示されるバイオマーカー値の二変量散布図を考慮することにより評価され得る。次に、バイオマーカーの組み合わせは、改善された予測が達成されるように、論理「ＡＮＤ」と「ＯＲ」演算子により、異なるヘビサイド関数を組み合わせることにより達成できる。
この目的のために、複数のバイオマーカー(未加工測定値レベル)と、応答としての臨床的有益性尺度を用いて、バイオマーカーのためのカットオフと予測のためのデシジョンツリータイプの関数とを達成するために、ＣＡＲＴ技術を使用することができる。ＣＡＲＴにより選択されるカットオフとアルゴリズムは、最適に近いことがよくあり、異なった臨床的に有益な尺度を考慮することにより組み合わせて一体化されてもよい。
コックス回帰は、異なるレベルで使用できる。第一の方法は、二値方式で複数のバイオマーカーを導入することである（即ち、いくつかのカットオフを持つヘビサイド関数に基づく）。他の選択肢は、（適切な変換後に）計量方式でバイオマーカーを、または二値及び計量の混合アプローチを用いることである。発展的多変量予測関数は、上の３に記載されたようなコックス型のものである。
多変量尤度比アプローチは実施が困難であるが、多変量予測関数のための他の選択肢を提供する。
６．多変量レベルでの臨床的共変量を含むバイオマーカー予測関数の選択
関連する臨床的共変量が存在する場合、複数の臨床的共変量と複数のバイオマーカーを組み合わせることにより、さらなる改善が達成され得る。異なる予測関数の選択は、臨床的共変量を含む可能性に関して評価されるであろう。
バイオマーカーに対するヘビサイド関数の簡単な論理的組み合わせに基づき、トレーニングセットで得られるロジスティック回帰モデルに基づく予測関数に、さらなる共変量を含めることができる。
ＣＡＲＴ技術及び展開デシジョンツリーは、予測アルゴリズムにおけるこれらを含む、さらなる共変量と共に、容易に使用することができる。
コックス回帰に基づく全ての予測関数は、さらなる臨床的共変量を使用することができる。例えば、異なる年齢群に対して異なる予測基準が適用されることを意味する、相互作用レベルでの共変量の影響を推定するための選択肢が存在する。
多変量尤度比アプローチは、付加的な共変量の使用に、直接拡張可能ではない。
マイクロアレイ解析
全ての解析工程は、オープンソースプログラミング言語Ｒ（Ｒ Ｃｏｒｅ Ｔｅａｍ （２０１３） Ｒ： Ａ Ｌａｎｇｕａｇｅ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｆｏｒ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ． Ｒ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ， Ｖｉｅｎｎａ， Ａｕｓｔｒｉａ）を用いて行った。全てのＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイからの未加工データをＲｅｆＰｌｕｓ Ｒパッケージを用いて共通基準分布に正規化した（Ｈａｒｂｒｏｎら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ。２３（１８）： ２４９３−２４９４、２００７）。
実施例２．ＡｖａＧｌｉｏ試験
ＡｖａＧｌｉｏ試験は、新たに診断された神経膠芽腫ための、テモゾロミドと放射線治療とを組み合わせたベバシズマブの有効性と安全性を評価した。この試験は、ベバシズマブ＋化学療法対化学療法単独の前向き、無作為化、二重盲検、プラセボを対照第ＩＩＩ相評価として設計された。適格であるためには、外科的切除または生検の何れかの後に確定された組織診断で患者は新たに神経膠芽腫と診断されていなければならない。化学療法や放射線治療にベバシズマブを追加することにより、ＡｖａＧｌｉｏ試験は、治療の選択肢が限られ、特に不良な予後に直面している患者のこの群に対する全生存期間（ＯＳ）及び無増悪生存期間（ＰＦＳ）を改善することを目的とした。主な目的は、テモゾロミド（ＴＭＺ）及び放射線治療にのみに対して、またはテモゾロミド及び放射線治療＋ベバシズマブに対して無作為化された患者のＯＳとＰＦＳを比較することであった。
ＡｖａＧｌｉｏ試験の概要
この試験は、３相（同時、維持、及び単剤療法）、及び２つ（２）の治療群：ＴＭＺ及び放射線治療（治療群１）とＴＭＺ及び放射線治療＋ベバシズマブ（治療群２）から構成された。患者は無作為にどちらかの治療群に割り当てられた（１：１）。
治療群１（化学療法及び放射線治療単独）：適格患者は、６週間、週５日、２Ｇｙの放射線治療と、放射線治療の１日目から最終日まで６週間毎日、経口で７５ｍｇ／ｍ２のＴＭＺを、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇのベバシズマブの静脈注射と併用して受けた。４週間の治療中断の後、適格患者は、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇのプラセボの静脈注射と併用して、４週間毎のスケジュールの１日目から５日目に１５０〜２００ｍｇ／ｍ２のＴＭＺを６サイクル受けた。ＴＭＺは、増加され得る１５０ｍｇ／ｍ２の用量で開始して経口投与された。次いで、プラセボ単剤療法（１５ｍｇ／ｋｇを３週間毎）は疾患の進行まで継続された。疾患の進行の際、患者は治験責任医師の判断で治療された。
治療群２（ＴＭＺ及び放射線治療＋ベバシズマブ）：適格患者は、６週間、週５日、２Ｇｙの放射線治療と、放射線治療の１日目から最終日まで６週間毎日、経口で７５ｍｇ／ｍ２のＴＭＺを、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇのベバシズマブの静脈注射と併用して受けた。４週間の治療中断の後、適格患者は、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇのベバシズマブの静脈注射と併用して、４週間毎のスケジュールの１日目から５日目に１５０〜２００ｍｇ／ｍ２のＴＭＺを６サイクル受けた。ＴＭＺは、増加され得る１５０ｍｇ／ｍ２の用量で開始して経口投与された。次いで、ベバシズマブ単剤療法（１５ｍｇ／ｋｇを３週間毎）は、疾患の進行まで継続された。疾患の進行の際、患者は治験責任医師の判断で治療された。
耐えられる限り、最初のベバシズマブの注入は、９０分にわたり、続く注入は６０分にわたり、次いで３０分であった。ベバシズマブは、放射線治療及びＴＭＺ治療の最終日の日に、即ち、ＴＭＺ治療の中断の開始前日に投与した。
ＰＦＳの分析は、Ｍａｃｄｏｎａｌｄら（Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ １９９０；８：１２７７−８０）に記載されるように、脳のＭＲＩ及び神経学的評価を用いた腫瘍評価マクドナルドの応答基準（ＷＨＯ基準の改変版）に基づいていた。腫瘍評価は、ベースラインで、４週間の治療中断の終了時で、その後８週間毎に実施された。
試験集団−包含基準
１８歳以上で、外科的切除または生検のいずれかの後に確定された組織診断で新たにテント上神経膠芽腫（ＧＢＭ）と診断された患者が含まれた。これは、組織学的に検証されたＧＢＭにアップグレードされた低悪性度星細胞腫の診断を以前に受けた未治療の化学療法及び放射線治療患者を含む。患者のＷＨＯのパフォーマンスステータスは、≦２でなければならない。
試験集団−排除基準
脳の手術後のＭＲＩにおける最近の出血の証拠は、候補患者から排除した。しかしながら、手術に関連した出血性変化が消散した、臨床的に無症状のヘモジデリンの存在、腫瘍において点状出血の存在を有する患者は、試験への参加を許可された。臨床試験への登録のためＭＧＭＴステータスについての事前の集中スクリーニング；神経膠芽腫及び低悪性度星細胞腫に対する任意の事前の化学療法（カルムスチン含有ウエハー（Ｇｌｉａｄｅｌ（登録商標）を含む）または免疫療法（ワクチン療法を含む）；脳への任意の事前の放射線治療または放射線場に潜在的な重複が生じる任意の事前の放射線治療；高血圧性クリーゼまたは高血圧性脳症の既往歴；無作為化前の１ヶ月以内にＮＣＩ−ＣＴＣの基準に従って≧グレード２の喀血の既往歴；（治療的抗凝血がない場合）出血性素因または凝固障害の証拠；無作為化前の２８日以内の、大手術、直視下生検、頭蓋内生検、脳室腹腔短絡術、または重大な外傷性損傷；無作為化前の７日以内のコア生検（頭蓋内生検を除く）または他の軽微な外科的処置も患者から排除した。ベバシズマブ／プラセボ投与の前の２日以内に行われる場合、中心血管アクセスデバイス（ＣＶＡＤ）の配置；無作為化前の６ヶ月以内に腹瘻または消化管穿孔の既往歴；無作為化前の６ヶ月以内に頭蓋内膿瘍の既往歴；深刻な非治癒傷、活動性潰瘍または未治療骨折も患者から排除した。妊娠中または授乳中の女性に対して、試験治療開始前の７日以内または１４日以内（試験治療開始前の７日以内に確認の尿妊娠検査を伴う）に血清妊娠検査を評価した。非常に効果の高い、ホルモン性避妊手段または非ホルモン性の避妊手段（即ち、子宮内避妊具）を使用しない（最後の月経後２年未満または外科的に不妊ではないと定義される）繁殖性の女性及び男性；無作為化前６ヶ月以内の脳卒中または一過性脳虚血発作（ＴＩＡ）の既往歴；無作為化前６ヶ月以内に、制御が不十分な高血圧（持続的収縮期血圧＞１５０ｍｍＨｇ及び／または拡張期圧＞１００ｍｍＨｇ）、または外科的修復を必要とする大動脈瘤または最近の末梢動脈血栓症を含む重大な血管疾患を持つ患者も排除した。無作為化前６ヶ月以内に心筋梗塞または不安定狭心症またはニューヨーク心臓協会（ＮＹＨＡ）グレードＩＩ以上のうっ血性心不全（ＣＨＦ）；試験薬物または賦形剤のいずれかに対する既知の過敏症を有する患者も排除した。
実施例３．遺伝子発現サブタイプの教師なし同定
Ｐｈｉｌｌｉｐｓら（Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ． ９（３）： １５７−１７３、２００６）に最初に記載された遺伝子発現サブタイプをＡｖａＧｌｉｏ試験から得た試料に割り当てようとする代替のアプローチでは、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ遺伝子発現データの教師なし分析を行った。３５個のプローブシグネチャに加えて、Ｐｈｉｌｌｉｐｓらは、６６７個のＥｎｔｒｅｚ遺伝子識別子にマッピングした書き込み時に、５５６個の固有注釈付き遺伝子記号に対応するより広範な一連の７２５個のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイプローブも同定した。上の表１に列挙した、これらの遺伝子の１０８個をＮａｎｏｓｔｒｉｎｇプラットフォーム上にアッセイした。
次に、サブタイプ特異的遺伝子のこの拡張リストを用いて、ＡｖａＧｌｉｏデータの教師なし分析を行った。文献に報告されているように、ＩＤＨ１遺伝子中に機能獲得突然変異（Ｒ１３２ＭＵＴ）を担持するＧＢＭ患者は、ＩＤＨ１野生型遺伝子を持つ患者よりも予後が極めて良好である（Ｌａｉら、 Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｏｎｃｏｌ． ２９（３４）： ４４８２−９０、２０１１）。ＡｖａＧｌｉｏバイオマーカーを入手可能な集団（ｎ＝３４９）からの患者１０人は、ＩＤＨ１（Ｒ１３２ＭＵＴ）機能獲得変異体を担持する。これらの患者は、以下の分析から除外した。
ｎＣｏｕｎｔｅｒ解析ソフトウェアから得られた未加工のＮａｎｏｓｔｒｉｎｇカウントをｌｏｇ２変換し、全てのアッセイプローブにわたる発現の平均及び標準偏差を同じ基準値に調整することで試料を正規化した。これら１０８個の遺伝子に対する遺伝子発現スコアをｚ−スコアに正規化し、変換した後、Ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ ａｒｏｕｎｄ ｍｅｄｏｉｄｓ（ＰＡＭ、Ｋａｕｆｍａｎ ａｎｄ Ｒｏｕｓｓｅｅｕｗ． Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ｂｙ Ｍｅａｎｓ ｏｆ Ｍｅｄｏｉｄｓ． Ｒｅｐｏｒｔｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｆａｃｕｌｔｙ ｏｆ Ｍａｔｈｅｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， Ｄｅｌｆｔ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， １９８７）を用いて教師なし分析（「クラスタリング」）を行って、ＡｖａＧｌｉｏ試料をｋ＝３クラスターにした。クラスターは事前に指定されていないが、代わりに、アルゴリズムによって自動的に決定した。少数の試料を負のシルエット幅でクラスタリングし、それらの発現は最終のクラスター割り当てと一致しなかったことを示し、これらの試料を「未分類」（図１）と標識した。Ｐｈｉｌｌｉｐｓらのシグネチャー遺伝子の最も高い発現（図１、行の注釈）に基づいて、標識「前神経」、「間葉」、及び「増殖」をＰＡＭクラスターに割り当てた。
８５個の試料からなる前神経（ＰＮ）クラスター割り当ての予測値を試験するため、主な公知の臨床的共変量（例えば、年齢、コルチコステロイド、切除範囲、性別、Ｋａｒｎｏｆｓｋｙパフォーマンススコア（ＫＰＳ）、Ｏ−６−メチルグアニン−ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）プロモーターのメチル化ステータス、ミニメンタルステート検査スコア（ＭＭＳＥ）、再帰的分割分析（ＲＰＡ）クラス、及びＷＨＯパフォーマンススコア）を占めるこの亜群中のＯＳに対するＲＴ及び化学療法と併用した抗ＶＥＧＦ治療（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体療法、例えば、ベバシズマブ療法）の効果の多変量分析を行った。多変量Ｃｏｘ ＰＨは、抗ＶＥＧＦ治療がＰＮ亜型神経膠芽腫を有する患者には著しいＯＳ利益をもたらすが、非ＰＮ亜型神経膠芽腫を有する患者にはＯＳ利益をもたらさなかったことを示す（図２）。具体的には、ＰＮ亜型神経膠芽腫を有する患者では、治療群におけるＯＳ中央値は、ＨＲが０．４２に等しいプラセボ治療群の１２．２カ月と比べて１７．１カ月であった（９５％Ｃｌ＝０．２３〜０．７８；ｐ＝０．００６）。
３つのサブタイプのＮａｎｏｓｔｒｉｎｇ特異的セントロイドを定義するため、３つのＰＡＭクラスター／サブタイプの各々の分類子遺伝子ごとの平均発現を算出した（表４）。
表４．Ｐｈｉｌｌｉｐｓ発現サブタイプの拡張Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ特異的セントロイド
実施例４．収縮セントロイドサブタイプ分類子の定義
収縮セントロイドは、新規の試料の分類において、競合する方法よりも正確であることが多いことが示されている（Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉら、ＰＮＡＳ． ９９（１０）： ６５６７−６５７２， ２００２）。各クラスのセントロイドを（各遺伝子の級内標準偏差によって正規化後の）全セントロイドへ収縮させることで、同じクラスの試料内で発現が安定な遺伝子により重い重量を割り当てる。同時に、例えば、ユーザ定義した閾値を下回って重量が収縮する遺伝子を除去することで、減少した一連の分類子特徴を得ることができる。ここで、ＰＮをＡｖａＧｌｉｏトライアル由来の非ＰＮ試料から区別する収縮セントロイド分類子を得るためにＰＡＭＲアルゴリズムを使用している。
実施例３に記載されるように、前処理されたＡｖａＧｌｉｏ遺伝子発現データを教師なし分析することでサブタイプ標識を得た。ＰＡＭＲアルゴリズムのトレーニングセットとして、非ＰＮ試料（増殖試料または間葉試料）を単一の非ＰＮカテゴリーにまとめた（表５）。
表５．収縮セントロイド分類子（ＩＤＨ１野生型患者のみ、ｎ＝３３９）のトレーニングに使用したクラス当たりのＡｖａＧｌｉｏ試料の数
入力としてＮａｎｏｓｔｒｉｎｇプラットフォーム上で分析した７５３個全ての固有遺伝子からの全発現データを用いて収縮セントロイドをトレーニングした。１０倍交差検証を用いてクラス誤差率を推定した。ここで、４．０の収縮閾値を選択し、６５個の分類子遺伝子を選択し、９％の平均分類誤差率を達成した（表６及び図３を参照）。
表６．ＰＡＭＲアルゴリズムで得られた収縮セントロイド分類子
トレーニングデータ上の収縮セントロイド分類子の能力を試験するため、ＰＡＭＲによって割り当てた事後クラス確率に基づいて、全てのＡｖａＧｌｉｏ試料をＰＮまたは非ＰＮ亜群に再分類した。トレーニングデータ上で分類子の良好な性能（９１％リコール）を観察し、７１個の試料をＰＮ亜群に割り当てた。
この亜群分類結果の予測値を試験するため、主な公知の臨床的共変量（例えば、年齢、コルチコステロイド、切除範囲、性別、Ｋａｒｎｏｆｓｋｙパフォーマンススコア（ＫＰＳ）、Ｏ−６−メチルグアニン−ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）プロモーターのメチル化ステータス、ミニメンタルステート検査スコア（ＭＭＳＥ）、再帰的分割分析（ＲＰＡ）クラス、及びＷＨＯパフォーマンススコア）を占めるこの亜群中のＯＳに対するＲＴ及び化学療法と併用した抗ＶＥＧＦ治療（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体療法、例えば、ベバシズマブ療法）の効果の多変量分析を行った。多変量Ｃｏｘ ＰＨは、抗ＶＥＧＦ治療がＰＮ亜型神経膠芽腫を有する患者には著しいＯＳ利益をもたらすが、非ＰＮ亜型神経膠芽腫を有する患者にはＯＳ利益をもたらさなかったことを示す（図４）。具体的には、ＰＮ亜型神経膠芽腫を有する患者では、治療群におけるＯＳ中央値は、ＨＲが０．４２に等しいプラセボ治療群の１２．０カ月と比べて１５．１カ月であった（９５％Ｃｌ＝０．２４〜０．７５；ｐ＝０．００３）。
実施例５．連続予測前神経スコアの導出
以前の実施例では、患者を遺伝子発現サブタイプに分類することができ、前神経（ＰＮ）サブタイプへの割り当ては、この亜群中のＯＳにおいて、ＲＴ及び化学療法と併用した抗ＶＥＧＦ治療（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体療法、例えば、ベバシズマブ療法）の予測となることを実証した。ここで、収縮セントロイド分類子（実施例４）からトップテンの最も高く重み付けた予測遺伝子を用いて、各患者の定量的ＰＮスコアを算出した。
以下の１０個の遺伝子：ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２は、ＰＡＭＲアルゴリズムに従ってＰＮ試料と非ＰＮ試料を最もよく区別し（表６）、最も大きなスコアを受けた。これらの遺伝子は全て、非ＰＮ試料中よりもＰＮ試料中でより高い相対発現を示す（表６）。従って、ＡｖａＧｌｉｏバイオマーカー利用可能集団（ＩＤＨ１野生型患者のみ；ｎ＝３３９）中の各患者の１０個全ての遺伝子にわたって平均ｚスコアを算出することで、それらの発現をまとめた。
予想した通り、この連続要約スコアは、教師なし分析（ＰＡＭ、実施例３）から導出したＰｈｉｌｌｉｐｓ遺伝子発現サブタイプ割り当てと高く相関している。「前神経」として分類された患者は高い連続前神経スコアを示し、「間葉」として分類された患者は低い連続前神経スコアを示し、「増殖」として分類された患者は中間スコアを示した（図５）。
この連続前神経スコアの予測値を試験するため、主な公知の臨床的共変量（例えば、年齢、コルチコステロイド、切除範囲、性別、Ｋａｒｎｏｆｓｋｙパフォーマンススコア（ＫＰＳ）、Ｏ−６−メチルグアニン−ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）プロモーターのメチル化ステータス、ミニメンタルステート検査スコア（ＭＭＳＥ）、再帰的分割分析（ＲＰＡ）クラス、及びＷＨＯパフォーマンススコア）を占める完全なバイオマーカー利用可能集団（ＩＤＨ１野生型患者；ｎ＝３３９）のＯＳに対するＲＴ及び化学療法と併用した抗ＶＥＧＦ治療（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体療法、例えば、ベバシズマブ療法）の効果の多変量分析を行った。多変量Ｃｏｘ ＰＨは、連続前神経スコアの有意な予後値（バイオマーカー主効果に対するｐ＝０．００４）及び予測値（治療／バイオマーカー相互作用効果に対するｐ＝０．００５）の両方を示す。
連続前神経スコアの予測値を視覚化するため、連続前神経スコアの中央値で分割することで（例えば、患者の５０％をそれぞれ最高スコアと最低スコアに分離することで）、患者を「バイオマーカー低」集団と「バイオマーカー高」集団に二分した。図６Ａに示すように、「バイオマーカー高」亜群の患者では、治療群におけるＯＳ中央値は、ＨＲが０．５１に等しいプラセボ治療群の１３．０カ月と比べて１５．７カ月であった（９５％Ｃｌ＝０．３５〜０．７５；ｐ＝０．０００６、多変量ＣｏｘＰＨは、バイオマーカー高集団内でフィッティング）。「バイオマーカー低」集団の治療群間で有意差は観察されなかった（図６Ｂ）。
上記発明は理解を明瞭にする目的から例証と実施例によってある程度詳細に説明したが、説明と実施例は本発明の範囲を限定するものと解してはいけない。本明細書で引用された全ての特許、特許出願、科学的文献、及びＧｅｎｂａｎｋ受託番号の開示は、各特許、特許出願、科学的文献、及びＧｅｎｂａｎｋ受託番号が特に個々に出典明示により援用されているかの如く、その全体をあらゆる目的のために出典明示により明示的に援用する。そのような特許出願は、具体的には、２０１３年８月３０日に出願された米国仮特許出願第６１／８７２，３４６号に含まれ、本出願は、米国仮特許出願第６１／８７２，３４６号の利益を主張するものである。

Claims (122)

  1. 神経膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いかどうかの決定方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現を検出することと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、ことと、
    （ｃ）ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを前記患者に知らせること
    を含む、前記方法。
  2. 神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果を最適化する方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現を検出することと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、ことと、
    （ｃ）前記抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含むという提案を前記患者に提供すること
    を含む、前記方法。
  3. 前記患者が、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性を試験されている患者の集団であり、前記基準レベルが、前記患者集団における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項１または２に記載の方法。
  4. 前記基準レベルが、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項１または２に記載の方法。
  5. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する増加である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
  6. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する減少である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
  7. 前記患者から得られた前記生体試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現が、ｍＲＮＡを測定することで検出される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
  8. 前記患者から得られた前記生体試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現が、血漿タンパク質レベルを測定することで検出される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法
  9. 前記生体試料が、腫瘍組織である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
  10. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも２つの発現を検出することをさらに含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
  11. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも３つの発現を検出することをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも４つの発現を検出することをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
  13. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも１／４の発現を検出することをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも１／３の発現を検出することをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
  15. 前記ＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  16. 抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープに結合する、請求項１５に記載の方法。
  17. 抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項１５に記載の方法。
  18. 抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが、配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項１５に記載の方法。
  19. ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に投与することをさらに含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
  20. 前記投与されたＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項１９に記載の方法。
  21. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープに結合する、請求項２０に記載の方法。
  22. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項２０に記載の方法。
  23. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが、配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項２０に記載の方法。
  24. （ｉ）抗腫瘍剤、化学療法剤、増殖阻害剤、及び細胞傷害性剤からなる群から選択される薬剤を用いた治療、（ｉｉ）放射線治療、または（ｉｉｉ）その組み合わせを行うことをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
  25. テモゾロミド（ＴＭＺ）を前記患者に投与することをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
  26. ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性が、全生存期間の増加である、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  27. ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが判明した患者が、前神経型の神経膠芽腫を有する、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
  28. 神経膠芽腫を有する患者に対する治療の選択方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現を検出することと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、ことと、
    （ｃ）前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む治療を選択し、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む前記選択された治療を前記患者に提案すること
    を含む、前記方法。
  29. 前記基準レベルが、神経膠芽腫を有する患者の集合における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記基準レベルが、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項２８に記載の方法。
  31. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する増加である、請求項２８、２９、または３０に記載の方法。
  32. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する減少である、請求項２８、２９、または３０に記載の方法。
  33. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも２つの発現を検出することをさらに含む、請求項２８〜３２のいずれか１項に記載の方法。
  34. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも３つの発現を検出することをさらに含む、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも４つの発現を検出することをさらに含む、請求項３４に記載の方法。
  36. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも１／４の発現を検出することをさらに含む、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも１／３の発現を検出することをさらに含む、請求項３６に記載の方法。
  38. （ｃ）の前記治療が、抗腫瘍剤、化学療法剤、増殖阻害剤、及び細胞傷害性剤からなる群から選択される薬剤、放射線治療、またはその組み合わせである、請求項２８に記載の方法。
  39. （ｃ）の前記治療が、テモゾロミド（ＴＭＺ）である、請求項２８に記載の方法。
  40. （ｄ）前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストの有効量を前記患者に投与することをさらに含む、請求項２８に記載の方法。
  41. 前記投与されたＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープに結合する、請求項４１に記載の方法。
  43. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項４１に記載の方法。
  44. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが、配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項４１に記載の方法。
  45. 少なくとも第２の薬剤の有効量を投与することをさらに含む、請求項４０に記載の方法。
  46. 前記第２の薬剤が、抗腫瘍剤、化学療法剤、増殖阻害剤、細胞傷害性剤、及びその組み合わせからなる群から選択される、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記第２の薬剤が、テモゾロミド（ＴＭＺ）である、請求項４５に記載の方法。
  48. ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性が、全生存期間の増加である、請求項２８〜４７のいずれか１項に記載の方法。
  49. ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが判明した患者が、前神経型の神経膠芽腫を有する、請求項２８〜４８のいずれか１項に記載の方法。
  50. 前記少なくとも１つの遺伝子が、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される、請求項１〜４９のいずれか１項に記載の方法。
  51. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する増加である、請求項５０に記載の方法。
  52. 神経膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いかどうかの決定方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの発現遺伝子を検出することであって、ここで、前記少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される、ことと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、ことと、
    （ｃ）ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを前記患者に知らせること
    を含む、前記方法。
  53. 神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果を最適化する方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの発現遺伝子を検出することであって、ここで、前記少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される、ことと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、ことと、
    （ｃ）前記抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含むという提案を前記患者に提供すること
    を含む、前記方法。
  54. 神経膠芽腫を有する患者に対する治療の選択方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの発現遺伝子を検出することであって、、ここで、前記少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される、ことと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、ことと、
    （ｃ）前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む治療を選択し、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む前記選択された治療を前記患者に提案すること
    を含む、前記方法。
  55. 前記患者が、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性を試験されている患者の集団であり、前記基準レベルが、前記患者集団における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項５２、５３、または５４に記載の方法。
  56. 前記基準レベルが、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項５２、５３、または５４に記載の方法。
  57. 神経膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いかどうかの決定方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現を検出することと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、こと
    を含む、前記方法。
  58. 神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果を最適化する方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現を検出することと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、こと
    を含む、前記方法。
  59. 前記患者が、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性を試験されている患者の集団中の患者であり、前記基準レベルが、前記患者集団における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項５７または５８に記載の方法。
  60. 前記基準レベルが、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項５７または５８に記載の方法。
  61. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する増加である、請求項５７または５８に記載の方法。
  62. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する減少である、請求項５７または５８に記載の方法。
  63. 前記患者から得られた前記生体試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現が、ｍＲＮＡを測定することで検出される、請求項５７または５８に記載の方法。
  64. 前記患者から得られた前記生体試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現が、血漿タンパク質レベルを測定することで検出される、請求項５７または５８に記載の方法。
  65. 前記生体試料が、腫瘍組織である、請求項１〜６４のいずれか１項に記載の方法。
  66. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも２つの発現を検出することをさらに含む、請求項１〜６５のいずれか１項に記載の方法。
  67. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも３つの発現を検出することをさらに含む、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも４つの発現を検出することをさらに含む、請求項６７に記載の方法。
  69. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも１／４の発現を検出することをさらに含む、請求項６８に記載の方法。
  70. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも１／３の発現を検出することをさらに含む、請求項６９に記載の方法。
  71. 前記ＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項１〜７０のいずれか１項に記載の方法。
  72. 抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープに結合する、請求項７１に記載の方法。
  73. 抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項７１に記載の方法。
  74. 抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが、配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項７１に記載の方法。
  75. ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に投与することをさらに含む、請求項１〜７４のいずれか１項に記載の方法。
  76. 前記投与されたＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項７５に記載の方法。
  77. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープに結合する、請求項７６に記載の方法。
  78. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項７６に記載の方法。
  79. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが、配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項７６に記載の方法。
  80. （ｉ）抗腫瘍剤、化学療法剤、増殖阻害剤、及び細胞傷害性剤からなる群から選択される薬剤を用いた治療、（ｉｉ）放射線治療、または（ｉｉｉ）その組み合わせを行うことをさらに含む、請求項７５に記載の方法。
  81. テモゾロミド（ＴＭＺ）を前記患者に投与することをさらに含む、請求項７５に記載の方法。
  82. ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性が、全生存期間の増加である、請求項１〜８１のいずれか１項に記載の方法。
  83. ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが判明した患者が、前神経型の神経膠芽腫を有する、請求項１〜８２のいずれか１項に記載の方法。
  84. 神経膠芽腫を有する患者に対する治療の選択方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現を検出することと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、こと
    を含む、前記方法。
  85. 前記基準レベルが、神経膠芽腫を有する患者の集団における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項８４に記載の方法。
  86. 前記基準レベルが、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項８４に記載の方法。
  87. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する増加である、請求項８４、８５、または８６に記載の方法。
  88. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する減少である、請求項８４、８５、または８６に記載の方法。
  89. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも２つの発現を検出することをさらに含む、請求項８４〜８８のいずれか１項に記載の方法。
  90. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも３つの発現を検出することをさらに含む、請求項８９に記載の方法。
  91. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも４つの発現を検出することをさらに含む、請求項９０に記載の方法。
  92. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも１／４の発現を検出することをさらに含む、請求項９１に記載の方法。
  93. 前記患者由来の前記生体試料中の前記遺伝子の少なくとも１／３の発現を検出することをさらに含む、請求項９２に記載の方法。
  94. 前記治療が、抗腫瘍剤、化学療法剤、増殖阻害剤、及び細胞傷害性剤からなる群から選択される薬剤、放射線治療、またはその組み合わせである、請求項８４に記載の方法。
  95. 前記治療が、テモゾロミド（ＴＭＺ）である、請求項８４に記載の方法。
  96. 前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストの有効量を前記患者に投与することをさらに含む、請求項８４に記載の方法。
  97. 前記投与されたＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項９６に記載の方法。
  98. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープに結合する、請求項９７に記載の方法。
  99. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項９７に記載の方法。
  100. 前記投与された抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが、配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項９７に記載の方法。
  101. 少なくとも第２の薬剤の有効量を投与することをさらに含む、請求項９６に記載の方法。
  102. 前記第２の薬剤が、抗腫瘍剤、化学療法剤、増殖阻害剤、細胞傷害性剤、及びその組み合わせからなる群から選択される、請求項１０１に記載の方法。
  103. 前記第２の薬剤が、テモゾロミド（ＴＭＺ）である、請求項１０１に記載の方法。
  104. ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性が、全生存期間の増加である、請求項８４〜１０３のいずれか１項に記載の方法。
  105. ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが判明した患者が、前神経型の神経膠芽腫を有する、請求項８４〜１０４のいずれか１項に記載の方法。
  106. 前記少なくとも１つの遺伝子が、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される、請求項１〜１０５のいずれか１項に記載の方法。
  107. 前記患者試料中の前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、前記基準レベルに対する増加である、請求項１０６に記載の方法。
  108. ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことを前記患者に知らせることをさらに含む、請求項５７に記載の方法。
  109. 前記抗癌治療がＶＥＧＦアンタゴニストを含むという提案を前記患者に提供することをさらに含む、請求項５８に記載の方法。
  110. 前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いと同定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む治療を選択し、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む前記選択された治療を前記患者に提案することをさらに含む、請求項８４に記載の方法。
  111. 神経膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いかどうかの決定方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの発現遺伝子を検出することであって、ここで、前記少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される、ことと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、こと
    を含む、前記方法。
  112. 神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果を最適化する方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの発現遺伝子を検出することであって、ここで、前記少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される、ことと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、こと
    を含む、前記方法。
  113. 神経膠芽腫を有する患者に対する治療の選択方法であって、
    （ａ）ＶＥＧＦアンタゴニストの前記患者への投与の前に、前記患者から得られた生体試料中の少なくとも１つの発現遺伝子を検出することであって、ここで、前記少なくとも１つの遺伝子は、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される、ことと、
    （ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルと前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを比較することであって、ここで、前記基準レベルに対する前記患者試料中のＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及び／またはＰＦＮ２の発現レベルの増加により、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高い患者を同定する、こと
    を含む、前記方法。
  114. 前記患者が、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性を試験されている患者の集団中の患者であり、前記基準レベルが、前記患者集団における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項１１１、１１２、または１１３に記載の方法。
  115. 前記基準レベルが、神経膠芽腫を有しかつＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答しないと同定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の発現の中央値レベルである、請求項１１１、１１２、または１１３に記載の方法。
  116. 神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果の最適化に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストであって、
    前記患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストの投与の前に、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つを異なるレベルで発現する、前記ＶＥＧＦアンタゴニスト。
  117. 前記ＶＥＧＦアンタゴニストを、前記少なくとも１つの遺伝子の前記基準発現レベルに対して異なるレベルで発現した表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つを有する前記患者に投与される、請求項１１６に記載のＶＥＧＦアンタゴニスト。
  118. 神経膠芽腫を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストであって、
    前記患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストの投与の前に、表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つを異なるレベルで発現する、前記ＶＥＧＦアンタゴニスト。
  119. 神経膠芽腫を有する患者に対する抗癌治療の治療効果の最適化に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストであって、
    前記患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストの投与の前に、前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対してＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を増加したレベルで発現する、前記ＶＥＧＦアンタゴニスト。
  120. 前記ＶＥＧＦアンタゴニストを、前記少なくとも１つの遺伝子の前記基準発現レベルに対して増加したレベルで発現したＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を有する前記患者に投与される、請求項１１９に記載のＶＥＧＦアンタゴニスト。
  121. 神経膠芽腫を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストであって、
    前記患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストの投与の前に、ＮＣＡＭ１、ＯＭＧ、ＰＲＫＣＺ、ＧＡＬＮＴ１３、ＧＰＲ１７、ＤＮＭ３、ＦＥＲＭＴ１、ＳＮＡＰ９１、ＡＢＨＤ６、及びＰＦＮ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を増加したレベルで発現する、前記ＶＥＧＦアンタゴニスト。
  122. 患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療から恩恵を得るかどうかを決定するキットであって、
    （ａ）表１、表２、または表３に記載される遺伝子の少なくとも１つの発現レベルを決定することができるポリペプチドまたはポリヌクレオチドと、
    （ｂ）表１、表２、または表３に記載される前記遺伝子の少なくとも１つの発現レベルを決定するための前記ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの使用説明書であって、ここで、基準レベルに対する前記少なくとも１つの遺伝子発現レベルの変化は、前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療から恩恵を得ることを示す、使用説明書
    を含む、前記キット。
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