JP2016523533A5 - - Google Patents

Claims (15)

1. 宿主生物のゲノムに結合している組み合わせポリヌクレオチドを一緒になって形成する第２のポリヌクレオチドに組み込まれた第１のポリヌクレオチドを新規に特性解析する方法であって、
   前記第１のポリヌクレオチドを配列特異的に標識化して前記第１のポリヌクレオチド上の配列特異的な第１の標識のパターンを用意し、前記第２のポリヌクレオチドを配列特異的に標識化して前記第２のポリヌクレオチド上の第２の標識の配列特異的なパターンを用意する工程であって、ここで前記第１のポリヌクレオチドは、前記宿主生物のゲノムを起源としない核酸配列を含み、前記標識化された第１のポリヌクレオチド中の核酸配列の起源は未知である、工程；
   前記組み合わせポリヌクレオチドを標識化後に直線化する工程；
   前記第１のポリヌクレオチドおよび前記第２のポリヌクレオチド上の配列特異的標識のパターンを検出する工程；
   前記第１のポリヌクレオチドに特徴的な標識化パターンを宿主ゲノムの参照パターンと比較することにより、前記宿主ゲノムを起源としない前記第１のポリヌクレオチドを含むものとして、前記組み合わせポリヌクレオチドの第１の領域を同定する工程；および
   前記第１のポリヌクレオチドに近接する前記第２のポリヌクレオチドの標識化パターンを特性解析して、前記第２のポリヌクレオチドへの前記第１のポリヌクレオチドの組込みの位置および方向を同定する工程
   を含む方法。
2. 前記宿主ゲノムの参照パターンが、インシリコ参照を含む、請求項１に記載の方法。
3. 前記宿主ゲノムの参照パターンが、標識化された参照分子を含む、請求項１に記載の方法。
4. 前記標識化された参照分子が、宿主ゲノムの核酸を含む、請求項３に記載の方法。
5. 前記第１のポリヌクレオチドが、前記宿主ゲノムとは異なる因子を含む、請求項１に記載の方法。
6. 前記第２のポリヌクレオチドが宿主生物のゲノムの配列を含む、請求項１に記載の方法。
7. 生物学的サンプルにおいて１以上の外来性因子の有無を決定する方法であって、
   少なくとも１つの外来性因子核酸の配列特異的標識化の参照パターンを用意する工程；
   前記生物学的サンプルにおいて、ポリヌクレオチドを配列特異的に標識化して第１のポリヌクレオチド上の配列特異的な第１の標識のパターンを用意する工程；
   前記ポリヌクレオチドを標識化後に直線化する工程；
   前記ポリヌクレオチド上の配列特異的標識のパターンを検出する工程；
   前記ポリヌクレオチド上の１以上の外来性因子に特徴的な１以上のパターンの有無を決定することにより、前記生物学的サンプル中の１以上の外来性因子の有無を決定する工程；
   前記生物学的サンプル由来のポリヌクレオチドの配列特異的標識のパターンを、少なくとも１つの外来性因子核酸の参照配列上のインシリコパターンのパターンとアラインすることにより、前記生物学的サンプル由来のポリヌクレオチドの配列特異的標識のパターンを分析する工程；および
   前記少なくとも１つの外来性因子核酸の参照配列に類似した前記生物学的サンプル由来のポリヌクレオチドに特徴的な１以上のパターンの有無に基づいて対象における外来性因子の有無を決定することにより、前記対象における外来性因子の有無を決定する工程
   を含む方法。
8. 前記少なくとも１つの配列特異的標識化のパターンが、宿主核酸配列から外来性因子核酸配列が区別されるように選択される、請求項７に記載の方法。
9. 前記ポリヌクレオチド上の配列特異的標識のパターンを参照宿主ゲノムのパターンとアラインする工程；および
   前記参照宿主ゲノムと完全にアラインされる任意のポリペプチドが１以上の外来性因子に特徴的なパターンを含まないことを決定する工程
   を更に含む、請求項７に記載の方法。
10. 前記生物学的サンプル由来のポリヌクレオチドの配列特異的標識の配列パターンを分析することが、前記生物学的サンプル由来のポリヌクレオチドの配列特異的標識の配列パターンを少なくとも３つの異なる外来性因子の核酸のインシリコ参照パターンのパターンとアラインすることを含む、請求項７に記載の方法。
11. 宿主ゲノムに共有結合または非共有結合で結合している第１のポリヌクレオチドを新規に特性解析する方法であって、
    前記第１のポリヌクレオチドおよび前記第１のポリヌクレオチドに隣接する配列を配列特異的に標識化して前記第１のポリヌクレオチドおよび隣接配列上の配列特異的な第１の標識のパターンを用意する工程であって、ここで前記第１のポリヌクレオチドは、宿主生物のゲノムを起源としない核酸配列を含み、前記配列特異的な第１の標識のパターンを含む前記第１のポリヌクレオチドについては起源が未知である、工程；
    前記第１のポリヌクレオチドを標識化後に直線化する工程；
    前記第１のポリヌクレオチド上の配列特異的な第１の標識のパターンを検出する工程；および
    前記第１のポリヌクレオチドに隣接する配列上の前記宿主ゲノムに特徴的なパターンの有無に基づいて、前記宿主ゲノム中における前記第１のポリヌクレオチドの有無を決定する工程
    を含む、方法。
12. 配列特異的な標識化が、１００ｋｂ当たり５〜２０標識の標識密度である、請求項１〜請求項１１のいずれか一項に記載の方法。
13. 前記第１のポリヌクレオチドのコピー数を決定することを更に含む、請求項１〜請求項１２のいずれか一項に記載の方法。
14. 前記第１のポリヌクレオチドが、ウイルス配列、細菌配列、ミトコンドリア配列、葉緑体配列、エピソーム配列、ミニ染色体配列、転位因子配列、およびファージ配列の少なくとも１つを含む、請求項１〜請求項１３のいずれか一項に記載の方法。
15. 直線化が、少なくとも１つのナノチャネルを用いて行われる、請求項１〜請求項１４のいずれか一項に記載の方法。