JP2015507931A - ブロック型プライマーを用いた等温増幅法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、合衆国法典第35巻第119条(e)項(35 U.S.C. §119(e))のもとに、2012年2月14日出願の発明の名称「RAPID DETECTION OF RPOB GENE MUTATIONS CONFERRING RIFAMPIN RESISTANCE IN MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS」を有する米国特許仮出願第61/598,648号に対する優先権を主張し、該出願は、参照によりその全体で本明細書中に組み入れられる。
リファンピン耐性を付与する突然変異のうちの大多数が生じるrpoB遺伝子のコア領域をカバーする重複プローブのセットを設計した(図1)。結核菌のrpoB遺伝子(27、GenBank登録番号L27989)は、81塩基対のコア配列(コドン508〜534を含む)を有し、この配列は報告された薬剤耐性結核症例に関して臨床的に重要な突然変異のうちの大多数を載せる。このコア領域を含有する128塩基対の断片を、本明細書中に記載された革新技術を用いて増幅した。プローブは、図1に示されたアンプリコンの指示する領域にハイブリダイズする。
結晶シリコンウエハーを、ポリマーアミノ官能性T構造ポリジメチルシロキサン(TSPS、United Chemical Technologies, Bristol, PA)を用いてコーティングし、150℃にて24時間硬化させた。TSPSコーティングしたウエハーを、慣用の手段によりさらに調製して(Zhong, X.B., R. Reynolds, J. R. Kidd, K. K. Kidd, R. Jenison, R. A. Marlar, and D. C. Ward. 2003. Single-nucleotide polymorphism genotyping on optical thin-film biosensor chips. Proc. Natl. Acad. Sci. 100: 11559-11564を参照されたい)、アルデヒド官能化表面を作製し、室温で保存した。
rpoB遺伝子の領域をカバーする一本鎖128塩基合成DNA鋳型を、TB ID/Rアッセイを用いて増幅した。野生型および28種類の突然変異型配列が設計され、Integrated DNA Technologies社により合成された。プローブ内の突然変異塩基を大文字で表し、野生型塩基を小文字で表す。参照野生型TB H37RaゲノムDNA鋳型、同種でないマイコバクテリウム(NTM)種の他の株ならびに特異性試験のための他の細菌属が、アメリカンタイプカルチャーコレクション(ATCC、表1)から提供された。すべての他のゲノムDNA鋳型(10種類の野生型および26種類の突然変異型臨床単離体)はZeptoMetrix(Buffalo, NY)から提供され、それらの単離体についての詳細な遺伝子型情報を、表2に列記する。
Primer 3ソフトウェアにて、HDA設計に関して以前に公表されたパラメータを用いて、結核菌の野生型配列rpoB遺伝子配列に対してプライマーを設計した(An, L., W. Tang, T. A. Ranalli, H. J. Kim, J. Wytiaz, and H. Kong. 2005. Characterization of a thermostable UvrD helicase and its participation in helicase-dependent amplification. J. Biol. Chem. 280:28952-28958を参照されたい)。結核菌ゲノムの高いGC含量により、プライマーGC含量、生成物Tm、および生成物の長さについては規制を緩めた。ブロック型プライマーの配列は、rpoB1502F63(配列番号1:5’-CGA TCA AGG AGT TCT TCG GCrA CCA G/iSpC3-3’)およびrpoB1629F52(配列番号2:5’-/5BioTEG/GGC ACG CTC ACG TGA CAG ArCC GCC /iSpC3-3’)であり、iSpC3はプライマー配列の3’末端のC3ブロックを示す。用いた非ブロック型プライマー配列は、rpoB1502F1(配列番号3:5’-CGA TCA AGG AGT TCT TCG GC-3’)およびmtb-9R1(配列番号4:5’-GGC ACG CTC ACG TGA CAG A-3’)であった。すべてのプライマーは、Integrated DNA Technologies社により合成された。
効率=10(-1/勾配)-1。
ln(gDNAコピー)=kt+ln(横断時間)(式中、k=倍加時間)。
平型角型底面ウェルを有する96ウェルプレート(Whatman)に固定化したチップを用いて、アッセイを行なった。20μLのアンプリコンおよび80μLのハイブリダイゼーションバッファー(5×SSC、5mg/mLアルカリ処理カゼイン、0.05%Tween-20、および0.03%ProClin-300保存料、250pMのハイブリダイゼーション対照プローブに対するビオチン標識逆相補的配列( C)を添加し、各チップに対するウェル中で軽く混合し、続いてプレートを95℃に設定したオーブン(Torrey Pines Scientific)中で6分間インキュベートして、アンプリコンを変性させた。変性後、プレートを10分間、53℃に設定した第2のハイブリダイゼーションオーブンにすぐに移した。ハイブリダイゼーション後、ウェルを、洗浄バッファーA(0.1×SSC、0.1%SDS)で3回(各200μL)軽く洗浄し、続いて洗浄バッファーB(0.1×SSC、0.01%Tween20)で3回(各200μL)軽く洗浄した。洗浄後、75mMクエン酸ナトリウム、500mM塩化ナトリウム、10%ウシ胎児血清、5mg/mLアルカリ処理カゼイン、0.5%ProClin300保存料の中の100μLのペルオキシダーゼコンジュゲート化抗ビオチンモノクローナルマウス抗体(Jackson ImmunoResearch Laboratory, Inc)をウェルに添加し、続いて室温で10分間インキュベートした。ウェルをさらに室温にて洗浄バッファーBで3回(各200μL)軽く洗浄した。次に、100μLのTMB基質(BioFX/SurModics)を添加し、室温にて5分間インキュベートした。最後に、それぞれ蒸留水およびメタノールでウェルを2回リンスした。圧縮空気を用いてチップを乾燥させ、μEye(IDS Imaging Development Systems GmbH Obersulm, Germany)により制御されたCCDカメラを用いて、画像を取得した。
チップスポットシグナル強度を定量するために、ImageJ(National Institute of Health; http://imagej.nih.gov/ij/)を用いた。辺縁周囲のスポット中に円を配置し、平均シグナル画素強度を測定した。次に、同じ円を近接するスポット外領域にドラッグして外し、平均画素強度を測定して、バックグラウンド画素値を生成した。反応スポットシグナル強度からバックグラウンドを減算することにより、調整済み平均スポットシグナル強度を得た。100画素を超えるシグナル強度を有するそれぞれのプローブについて、結果を野生型であると決定した。それらの値を、次に平均して、平均野生型シグナルを決定した。50未満のプローブシグナルはいずれも、突然変異型アレルをカバーすると決定した。平均野生型シグナルを突然変異型シグナルによって除算して、各突然変異に対するシグナル対ノイズ比を決定した。結核菌複合体(TBC)の存在について有効な検査とみなされるべき結果に対しては、少なくとも3種類のプローブが、互いに2倍以内で100画素を超えるシグナルを有しなければならない。2を超える比率が、突然変異の存在を示した。
rpoBアンプリコン領域を含むDNA配列決定鋳型(440bp)を、Roche LightCycler 480 SYBR Green Iマスターキットにて、500nMのプライマー(rpoB1375F、配列番号5:5'-CTGATCCAAAACCAGATCCG-3'、およびrpoB1814R、配列番号6:5'-TACACGATCTCGTCGCTAAC-3')を用いて100ナノグラムのゲノムDNAからPCR増幅し、続いてゲル精製した。DNA鋳型を、rpoB遺伝子特異的プライマー:rpoB1402F、配列番号7:5'-ATGTCGCGGATGGAGCGGGTG-3'、およびrpoB1721R、配列番号8:5'-GAGCCGATCAGACCGATGTTG-3’を用いて両方向に配列決定した(SeqWright, Inc.)。
結核菌ゲノムは高GC含量を有するので(65%;データはhttp://tuberculist.epfl.ch/から入手可能)、プライマーアーチファクトは標的増幅アプローチでの主に考え得る競合的副反応であり、アッセイ感度および多重化(マルチプレックス化)する能力に影響する。非修飾型HDAプライマーを用いた初期の設計は、50nMまでのプライマー濃度を用いてゲノムDNAをうまく増幅できたが、より高いプライマー濃度では、プライマーアーチファクトのみが増幅された(図2aを参照されたい)。図2aを参照すると、14レーンでのアンプリコンのゲル分析が示されている。レーン1および14は25塩基対DNAラダーに関し;レーン2〜4は50nM/50nM非ブロック型HDAプライマーに関し;レーン5〜7は50nM/50nM pbHDAに関し;レーン8〜10は200nM/400nM非ブロック型HDAプライマーに関し;レーン11〜13は200nM/400nM bpHDAに関し;レーン2、5、8、11は鋳型不含対照を有し;レーン3、6、9、および12は結核菌由来のH37aゲノムDNAの30コピーが投入され;レーン4、7、10、および13は30,000コピーのH37aゲノムDNAを有した。
ここで増幅されるrpoB遺伝子の領域内に存在する突然変異を検出するために、本発明者らは、野生型結核菌に完全に相補的な重複プローブのセットを作製し、変性シリコンチップに配置した。アンプリコン中に突然変異が存在する場合、突然変異した領域に相補的であるプローブに対して、ハイブリダイゼーションシグナルは劇的に減少するか、または消失するであろう。2種類の重複プローブにカバーされる突然変異に関しては、両方のプローブが影響を受け得る(図1を参照されたい)。
本アッセイをさらに確認するために、本発明者らは、10種類の野生型および26種類のRIF耐性標本についての臨床単離体由来のゲノムDNAを試験した(表2を参照されたい)。TB ID/Rアッセイは、rpoB遺伝子配列決定と比較して、10/10種類の野生型サンプル(100%特異的、95%CI 65.6〜100%)および24/26種類のRIF耐性サンプル(92.3%、95%CI 73.4〜98.7%)を正しく分類した。野生型アンプリコンは、10種類の固有の単離体にわたって2倍未満のばらつきで、各プローブに対して強いシグナルを示した(データ示さず)。単一の突然変異を含む臨床サンプルのそれぞれについて、合成鋳型を用いて得られた結果と比較して同様のレベルの識別が観察された。シグナル脱落は、コドン511〜526での突然変異に関して観察された。S531L突然変異に対するゲノムDNAに由来するアンプリコンについては、合成鋳型ほどは識別が良好ではなかったが、3種類の固有の菌株に対する平均として19のシグナル対ノイズ比を有して、容易に識別できた。L533P突然変異は、5.3のシグナル対ノイズ比を有して、合成鋳型と同様に機能した。TB ID/Rにより突然変異体として正しく分類された2つのサンプルは、rpoB遺伝子配列決定により単一の突然変異型アレルを保有することが明らかになったが、しかしながら、それぞれが、TB ID/Rにより2種類以上の突然変異の存在の兆候を有した。単一のD516G突然変異であることが当初報告されたサンプル#8094は、プローブ1.3、2.2、および3.4でのシグナル喪失を有し、このことは、上流コドンでのさらなる突然変異を示した。rpoB遺伝子の再配列決定により、511cCgでの突然変異が明らかになり、これは、プローブ1.3でのシグナルの喪失を説明する。サンプル#11230は、H526Nでの単一の突然変異を有するサンプルであると報告された。TB ID/Rは、1箇所の突然変異を含有するとしてこのサンプルを検出したが、非常に低い比である2.6を有した。このサンプルの再配列決定は、突然変異の位置での混合した塩基を明らかにし、このことは、2種類の固有のアレルの存在を示し、この突然変異に対する低い比を説明した。TB ID/Rアッセイはさらに、rpoBコア領域に複数の突然変異を有する6種類のサンプルを用いて試された。TB ID/Rは、5/6サンプルを突然変異体として正しく分類したが、一部のケースでは予期しないプローブ応答を伴った。3箇所の突然変異(S512R/Q513P/D516A)を有するサンプル#18740(プローブ1.3、2.2、および3.4でのシグナル喪失により検出されていたはずである)は、TB ID/Rにより、プローブ1.3および7.5でのシグナル喪失により検出された。rpoB遺伝子の再配列決定により、S512R突然変異の存在が確認され、531tGg突然変異が追加で検出されたが、しかしながら、Q513PおよびD516A突然変異の両方が検出されず、このことは、TB ID/Rの結果と一致した。H526N/L533V(#15606)を有するサンプルのケースでは、プローブ5.7および7.5の両方がシグナルを喪失していたはずである場合で、プローブ7.5でのみシグナルが失われた。
方法:200nMの以下のそれぞれのブロック型プライマー:mecA898-ribo、mec990r-bio-ribo、tuf430l-bio-ribo、tuf527r-bio-ribo、nuc555f-bio-ribo、およびnuc661r-riboを含有する、最終濃度1×のABIIバッファー、3.85mM MgSO4、40mM NaCl、0.4mM dNTP混合物、0.01%Tween-20、0.01%Triton X-100、5ng/μL uvrDヘリカーゼ、2ng/μL一本鎖結合性タンパク質、および0.8ng/μL GST DNAポリメラーゼ(BioHelix, Beverly, MA)を用いて、三重bpHDAをセットアップした。RNase H2(IdT Technologies)を、最終濃度100、31.6、10、3.16、1および0mU/μLで添加した。2×酵素ミックスを作製し、マイクロタイタープレートの個々のウェルに加えた。メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(ATCC 33592)混入(spiked)陽性血液Cx(BACTEC、BD)を、アクロモペプチダーゼ(achromopeptidase)ベースの抽出バッファーを用いて抽出し、抽出された細胞にプライマーを添加して、2×鋳型/プライマーミックスを作製し、これを次に2×酵素ミックスに加えて、65℃にてインキュベートした。反応を、増幅中に形成される二本鎖DNAへのEvaGreen 色素の結合によりモニタリングした(LC480、Roche)。
方法:以下(表2〜3)に示す種々の濃度のbpHDA増幅のためのブロック型(tcdB7011f-RIBO/tcdB7089r-RIBO)DNAプライマーまたはHDA増幅のための非ブロック型(tcdB7011f/tcdB7089r)DNAプライマーのいずれかを含有する、最終濃度1×のABIIバッファー、3.85mM MgSO4、40mM NaCl、0.4mM dNTP混合物、0.01%Tween-20、0.01%Triton X-100、5ng/μL uvrDヘリカーゼ、2ng/μL一本鎖結合性タンパク質、および0.8ng/μL GST DNAポリメラーゼ(BioHelix, Beverly, MA)を用いて、反応をセットアップした。RNase H2(IdT Technologies)を、bpHDA反応のために30mU/μLの最終濃度まで添加した。2×酵素ミックスを作製し、マイクロタイタープレートの個々のウェルに加えた。各ウェルに、水(鋳型不含対照)または100コピーのクロストリジウム・ディフィシレ(Clostridium difficile)630株ゲノムDNA(ATCC #BAA-1382D-5)を添加し、65℃でインキュベートした。反応を、増幅中に形成される二本鎖DNAへのEvaGreen色素の結合によりモニタリングした(LC480、Roche)。
方法:bpHDA増幅のための種々の濃度のブロック型DNAプライマー(表1〜2)を含有する、最終濃度1×のABIIバッファー、3.85mM MgSO4、40mM NaCl、0.4mM dNTP混合物、0.01%Tween-20、0.01%Triton X-100、5ng/μL uvrDヘリカーゼ、2ng/μL一本鎖結合性タンパク質、および0.8ng/μL GST DNAポリメラーゼ(BioHelix, Beverly, MA)を用いて、反応をセットアップした。RNase H2(IdT Technologies)を、3mU/μLまたは30mU/μLの最終濃度まで添加した。2×酵素ミックスを作製し、マイクロタイタープレートの個々のウェルに加えた。各ウェルに、水(鋳型不含対照)または10,000コピーのクロストリジウム・ディフィシレ(Clostridium difficile)630株ゲノムDNA(ATCC #BAA-1382D-5)を添加し、65℃でインキュベートした。反応を、増幅中に形成される二本鎖DNAへのEvaGreen色素の結合によりモニタリングした(LC480、Roche)。
方法:種々のブロック型プライマーのRNase H2切断速度を測定するために、クエンチ済み/蛍光プライマーを合成DNA鋳型(400nMプライマーおよび200nM鋳型)と、RNaseミックス(1×アニーリングバッファーII、3.85mM MgSO4、40mM NaCl、5%Ficoll 400(Sigma)、7.5%Ficoll 70(Sigma)、5%スクロース(Sigma)、0.01%Tween-20(Sigma)、2.5mg/mLウシ血清アルブミン(Probumin、Calbiochem)、0.01%Triton X-100(Sigma)および10mU/μLピロコッカス・アビシ(Pyrococcus abyssi)RNase H2(Integrated DNA Technologies))中でアニーリングさせ、70℃でインキュベートした。切断についてのT1/2は、Roche LightCycler480を用いてフロオレセインまたはHEX色素についての蛍光変化をモニタリングした場合に切断の最大半値を達成するのに必要とされる時間であった。プライマーTmは、最近傍熱動態演算(Oligo Analayzer、www.idtdna.com)を用い、60mM NaClおよび4mM MgSO4、ならびに0.25μMオリゴに設定して測定した。bpHDA反応は、最終濃度1×のABIIバッファー、3.85mM MgSO4、40mM NaCl、0.4mM dNTP混合物、0.01%Tween-20、0.01%Triton X-100、5ng/μL uvrDヘリカーゼ、2ng/μL一本鎖結合性タンパク質、0.8ng/μL GST DNAポリメラーゼ(BioHelix, Beverly, MA)、100nMのフォワードmecAプライマー(表7)、200nMリバースプライマー(mec990-bio-r2、すべての増幅反応で用いた)を用いてセットアップし、10mU/μLのRNase H2を各増幅反応で用いた。
Claims (15)
- 以下のステップ:
(a)標的配列をブロック型プライマーと混合するステップであって、該ブロック型プライマーは、その5’末端に単一のリボヌクレオチドおよびその3’末端にブロック修飾を含むフラップを含み、それによりDNAポリメラーゼによる伸長が起こらない、上記ステップ;
(b)ステップ(a)の混合物を耐熱性RNase H酵素および耐熱性ヘリカーゼ依存的増幅試薬と接触させるステップ;
(c)ステップ(b)の混合物を加熱するステップであって、ここで、RNase H酵素がブロック型プライマーからフラップを除去することにより非ブロック型プライマーを生じ、ヘリカーゼ依存的増幅試薬が非ブロック型プライマーを伸長して二本鎖アンプリコンを生成し、これが、ブロック型プライマーにハイブリダイズすることができる一本鎖核酸アンプリコンへと変性されるステップ
を含む、等温核酸配列増幅法。 - RNase H酵素がRNase H1である、請求項1に記載の方法。
- RNase H酵素がRNase H2である、請求項1に記載の方法。
- RNase H酵素が1mU/μL以上の濃度で存在する、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- RNase H酵素が3mU/μL以上の濃度で存在する、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- ブロック型プライマーが、以下の式:5’-dNa-Nb-dNc-X-3’
[式中、
aは11以上の整数であり;
bは1の整数であり;
cは1以上の整数であり;
dNはデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログであり;
Nは非修飾リボヌクレオチドまたは修飾リボヌクレオチドであり;
Xは、それによりDNAポリメラーゼによる伸長が起こらない、デオキシヌクレオチド、ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、または非ヌクレオチド修飾である]
のものである、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。 - プライマーフラップがプライマーの融解温度を2℃超高める、請求項6に記載の方法。
- プライマーフラップが、少なくとも3塩基対からなり、少なくとも1個のシトシンまたはグアノシン塩基を含有する、請求項6または7に記載の方法。
- プライマーフラップが、シトシンまたはグアノシン塩基を有さず、少なくとも4塩基対からなる、請求項6または7に記載の方法。
- プライマーフラップが、シトシンまたはグアノシンを有さず、修飾塩基および副溝結合剤から選択される少なくとも2個の塩基からなる、請求項6または7に記載の方法。
- プライマーフラップが、70℃でインキュベートされる約10mU/μLのRNase H2、約200nMの標的配列、および約400nMのブロック型プライマーを含有する切断アッセイを用いて、約15分以内に除去される、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- アンプリコンが約60分間未満で検出可能である、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- アンプリコンが約30分間未満で検出可能である、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- HDA増幅試薬が、バッファー、DNAポリメラーゼ、ヘリカーゼ、一本鎖結合性タンパク質およびデオキシヌクレオチド三リン酸からなる群のうちの1以上から選択される、請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。
- HDA増幅試薬が、バッファー、DNAポリメラーゼ、一本鎖結合性タンパク質およびデオキシヌクレオチド三リン酸からなる群のうちの1以上から選択される、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
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