JP2014513794A - ルミネセンス検出方法 - Google Patents

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Abstract

検体の検出方法が提供される。方法は、サンプル、1つの壁115を有する容器110、及び発光反応のための触媒を提供することを含む。壁が、有色部分115bを含む。方法は、容器において反応を行うことと、容器の反応混合物から放出される光の有無を検出することと、を更に含む。容器から放出される光を検出することは、着色部分を通過する光を検出することを含み得る。有色部分が視覚的に検出され、その色が容器内に配置された検体特異的な試薬自体を連想させ得る。容器及び発光反応のための触媒を含むキットも提供される。
【選択図】図1

Description

[関連出願の相互参照]
[0001] 本出願は、2011年4月22日に出願された米国特許仮出願第61/478,251号の利益を請求するものであり、参照によりこの開示内容全体が本明細書に組み込まれる。
[背景]
[0002] 実験室では、多くの場合、例えば、病原体の存在又は同一性を決定するための試験などの多様な試験手順を行う。各試験は、サンプル中における特定の微生物の存在を検出することができる検体特異的な試薬(例えば、酵素基質、核酸プライマー若しくはプローブ、抗体、モノクローナル抗体、又はレセプタ)を含むことがある。
[0003] 病原体に対する実験室試験が、個々の容器(例えば、チューブ又はマイクロチューブ)において頻繁に行われる。更に、同時に1回分の試験を処理し、実験室作業の効率を向上させることは珍しくない。類似の試験は、多くの場合、同一様のチューブにおいて行われるため、実験室技術者は、ラベルを使用し、異なるサンプル材料及び/又は検体特異的な試薬を含有するチューブを識別する。
[0004] チューブの内容物を同定するために、ラベルを反応チューブに日常的に付ける。チューブ又は対応するキャップに、ラベルを付ける場合もある。パーマネント防水インキを使用し、取り扱い時、ラベルが洗浄又は擦り落とされることを防ぐ。あるいは、チューブの内容物の説明書を有する接着ラベルをチューブに取り付ける。
[0005] ラベルは、多くの場合、チューブの内容物に関連する多量の情報(例えば、サンプル同一性、日付、試験又は試薬特異的な検体の種類、オペレーター)を含む。場合によっては、比較的多量の情報を比較的小さなラベルに組み入れることができるように、バーコードラベルが使用される。
[概要]
[0006] 一般に、本発明は、検体の検出方法に関する。特に、方法は、発光反応を検出することにより、検体の存在の検出に関する。方法は、更に、その方法に使用することができる有色容器に関する。驚くべきことに、互いに視覚的に識別可能な、多様な有色容器を、その容器の有色の壁を通過する光の検出を必要とする検出方法において、使用することができる。都合のよいことに、有色容器は、反応の少なくとも1つの構成成分の瞬間的な視覚的な識別をもたらし、それにより、実験誤差の可能性を低下させる。
[0007] 一態様では、本開示は、検体の検出方法を提供する。方法には、サンプル、発光反応のための触媒、及び容器を提供することと、容器中で反応混合物を形成することと、容器中の反応混合物から放出される光を検出することと、を含み得る。反応混合物は、サンプル及び触媒を含み得る。容器は、少なくとも1つの壁を含み得る。壁の少なくとも一部分は、着色剤を含む。
[0008] 上記実施形態のいずれかにおいて、容器は、ルミノメーターにおける使用に適合され得る。上記実施形態のいずれかにおいて、反応混合物を形成することは、反応混合物を形成し、発光反応を促進することを更に含み得る。上記実施形態のいずれかにおいて、その一部分は見かけ上、有色であり得る。上記実施形態のいずれかにおいて、発光反応から光を検出することは、検出器を備えるルミノメーターに容器を動作可能に配置することを更に含み得る。上記実施形態のいずれかにおいて、容器を動作可能に配置することは、その部分の少なくとも一部が反応混合物と検出器との間に配置されるように、容器を配置することを更に含み得る。上記実施形態のいずれかにおいて、光を検出することは、光の量を定量化することを更に含み得る。
[0009] 上記実施形態のいずれかにおいて、触媒を提供することは、乾燥した再水和可能な触媒を提供することを更に含み得る。上記実施形態のいずれかにおいて、触媒を提供することは、ルシフェラーゼを提供することを含み得る。上記実施形態のいずれかにおいて、検出試薬及び容器を提供することは、触媒が内部に配置された容器を提供することを更に含み得る。
[0010] 上記実施形態のいずれかにおいて、方法は、検体特異的な試薬を提供することを更に含み得る。上記実施形態のいずれかにおいて、検体特異的な試薬を提供することは、ポリヌクレオチドを提供することを更に含み得る。上記実施形態のいずれかにおいて、反応混合物を形成することは、反応混合物を形成し、核酸増幅を促進することを更に含み得る。上記実施形態のいずれかにおいて、その部分の色は、容器内に配置された検体特異的な試薬自体を連想させ得る。上記実施形態のいずれかにおいて、検体は、DNA又はRNAを含み得る。
[0011] 上記実施形態のいずれかにおいて、着色剤は、赤着色剤、青着色剤、黄着色剤、緑着色剤、前述の着色剤の任意の2種以上の混合物、又は前述の着色剤の任意の2種以上の組み合わせを含み得る。
[0012] 別の一態様において、本開示はキットを提供する。キットは、検出試薬及び容器を含み得る。容器は、少なくとも1つの壁を含み得る。壁の少なくとも一部分は、着色剤を含み得る。容器は、ルミノメーターにおける使用に適合され得る。
[0013] キットの任意の実施形態において、その部分は見かけ上、有色であり得る。キットの任意の実施形態において、検出試薬は、検体特異的な試薬であり得る。キットの任意の実施形態において、その部分の色は、検体特異的な試薬自体を連想させ得る。任意の実施形態において、キットは、細胞溶解剤、RNAポリメラーゼ、又はDNAポリメラーゼを更に含み得る。キットの任意の実施形態において、色は、赤、黄、青、緑、それらの混合、又はそれらの組み合わせを含み得る。
[0014] 本明細書で使用するとき、用語「検体」は、様々な分子(例えば、ヌクレオチド、核酸タンパク質、酵素)又は分子のエピトープ(例えば、タンパク質、糖タンパク質、又は多糖の異なる結合部位)、又は微生物の全細胞を指す。検体は、微生物(すなわち、バクテリア、酵母、カビ、又はウイルス)又は対象の微生物の集団の特徴を示し得るため、サンプル中の検体の存在は、そのサンプル中の微生物の存在を示す。
[0015] 用語「好ましい」及び「好ましくは」とは、特定の状況下で、特定の利益をもたらすことができる、本発明の実施形態を指す。しかしながら、他の実施形態もまた、同じ状況又は他の状況下で、好ましい場合がある。更には、1つ以上の好ましい実施形態の詳細説明は、他の実施形態が有用ではないことを意味するものではなく、本発明の範囲から他の実施形態を排除することを意図するものではない。
[0016] 用語「含む」及びその変化形は、これらの用語が、本説明及び特許請求の範囲に現れる場合、限定する意味を有するものではない。
[0017] 本明細書で使用するところの「a」、「an」、「the」、「少なくとも1つの」及び「1つ以上の」は、互換可能に使用される。したがって、例えば、容器は、「1つ以上の」容器を意味することと解釈され得る。
[0018] 用語「及び/又は」とは、列記される要素のうちの1つ若しくは全て、又は列記される要素のうちの任意の2つ以上の組み合わせを意味する。
[0019] また本明細書では、終端点による数値範囲の詳細説明は、その範囲内に含まれる全ての数を包含する(例えば、1〜5は、1、1.5、2、2.75、3、3.80、4、5などを包含する)。
[0020] 上記の本発明の課題を解決するための手段は、開示される実施形態のそれぞれ、又は本発明のあらゆる実装を説明することを意図するものではない。以下の説明により、例示的実施形態を、より具体的に例示する。本出願の全体にわたる幾つかの箇所で、実施例のリストを通じて指針が提供され、それらの実施例は、様々な組み合わせで使用することができる。いずれの場合でも、記載されるリストは、代表的な群としての役割のみを果たすものであり、排他的なリストとして解釈するべきではない。
[0021] これら及び他の実施形態の追加の詳細を添付図及び以下の説明にて提示する。他の特徴、目的及び利点は、説明及び図面から、並びに請求項から明らかになるであろう。
[0022] 本開示により、着色剤を含む部分を有する容器の一実施形態の側面図。 [0023] 本開示により、着色剤を含む部分を有する容器及びルミネセンスリーダーの一実施形態の分解断面概略図。 [0024] 図2Aのルミネセンスリーダーと操作上連結される、図2Aの容器の断面概略図。 [0025] 透明容器及び着色剤を含む容器において行われる発光反応から放出される光のスペクトルの一部のグラフ。
[詳細な説明]
[0026] 実験室試験における傾向は、微容量試験の使用である。特定の試薬(例えば、酵素、酵素試薬、染料、モノクローナル抗体)の費用及び、検体分子をかなりの少量に濃縮することにより、検出反応の動力学を向上させることができるサンプル調製技術の開発により、この傾向が進んでいる。また、特定の機器(例えば、リアルタイムPCRサーマルサイクラー)を使用し、多数の試験を行う傾向があり、その試験の多くは、検体特異的な試薬(すなわち、プライマー及び/又はプローブ)を含む。このような機器では、多くの場合、試験の全てが行われる、標準化された容器(例えば、マイクロチューブ)を使用する。標準化された容器は同一と考えられるため、実験室技術者は、各容器の内容物を識別するために、ラベルの使用に頼っている。
[0027] ラベルを使用して、各容器の内容物に関連する多様な重要情報(例えば、サンプル同一性、サンプル供給元、日付、オペレーター、試験の種類、検体特異的な試薬、ロット番号など)を記録することができる。容器は非常に小さいため、容器及び/又はそのキャップの利用可能な表面積に合うラベルに情報の全てを記録することが困難な場合がある。バーコードの使用は、特有のコード/ナンバーを有する特定のサンプルを関連付けることができ、それにより技術者はバーコードに関連する多量の情報を記録することが可能である。しかし、このようなコードは、情報が蓄積されたデータベースに連結するバーコードリーダーで容易に解読されるだけで、技術者が、任意の所定の容器の内容物の重要な属性を直ちに視認することを難しくしている。
[0028] ラベルの使用に関連する他の欠点としては、ラベルが、試験が行われる容器の壁又はキャップの一部又は全てを不明瞭にし得ることである。これは、容器において発生する反応(例えば、ルミネセンスによる光の放出が検体の有無の検出の根拠である反応)の光学的な検出を必要とする試験に対して問題となり得る。光学検出器(例えば、フォトマルチプライヤー、フォトダイオード、電荷結合素子(CCD)、相補型金属酸化膜半導体(CMOS)、半導体、写真用フィルム)に向かう経路上で、光が、容器の外へ進んでいることにより、及び/又は、光を光学出器に向かわせることを意図する反射面に向け、光が進んでいることにより、検出システムの潜在的感度を低減するとき、ラベルは、実質的に発光反応から光を吸収してもよい。
[0029] したがって、i)微小容器に含まれる1つ以上の重要な構成成分が、技術者又は機器により、容易にかつ瞬間的に認識されるような、特定の微小容器を製作すること、及びii)微小容器における反応の光学的な検出を使用して、しるしにより実質的な干渉を避けることなどの、微小容器においてルミネセンス系アッセイを行うことを試みる技術者が直面する少なくとも2つの問題がある。本発明の方法は、容器にしるしを付ける手段が、光を吸収し、かつ発光反応とフォトダイオードとの間の経路に直接位置させるものの、驚くべきことに、発光反応の検出を実質的に妨げないように、その手段を提供する。理論に束縛されるものではないが、通常、ヒト観察者が有色材料の少なくとも2つの層(例えば、壁)を通過する光(微小容器の外にある供給元から)を視覚的に検出しているため、観察者がチューブの色を容易に検出すると考えられている。したがって、人間の目により検出されるとき、外部の光の見かけの吸光度は、少なくとも倍増する。これに対して、微小容器内の発光反応から放出される光が、検出器の経路上を進むとき、その光は壁を通過するだけである。都合のよいことに、これにより、微小容器内の反応から放出される光の比較的小さい干渉(すなわち、吸光度)を使用して、チューブの色の容易な可視検出を行う。
[0030] 方法は、サンプル、検出試薬、及び容器を提供することを含む。容器は、開口部及び内部収容容器を形成する、少なくとも1つの壁を含む。サンプルは、検体(例えば、特定の微生物又は微生物の集団に関連する検体)を含む疑いがあり得る。特に関心のある微生物としては、原核生物及び真核生物、特にグラム陽性細菌、グラム陰性細菌、真菌、原生動物、マイコプラズマ、酵母、ウイルス、及び脂質エンベロープウイルスさえ挙げられる。特に関連性のある生物としては、腸内細菌科若しくは球菌科、又はブドウ球菌属の種、連鎖球菌種、シュードモナス種、腸球菌種、サルモネラ菌種、レジオネラ菌種、赤痢菌種、エルニシア種、エンテロバクター種、エシェリキア種、バチルス種、リステリア種、ビブリオ種、コリネバクテリア種、並びにヘルペスウイルス、アスペルギルス種、フサリウム種、及びカンジダ種のメンバーが挙げられる。特に悪性の生物には、黄色ブドウ球菌(メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)などの耐性菌株を包含する)、表皮ブドウ球菌、肺炎球菌、ストレプトコッカス・アガラクチア、化膿レンサ球菌、エンテロコッカス・フィカリス、バンコマイシン耐性腸球菌(VRE)、バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌(VRSA)、バンコマイシン低度耐性黄色ブドウ球菌(VISA)、炭疽菌、緑膿菌、大腸菌、クロコウジカビ、アスペルギルス・フミガータス、アスペルギルス・クラバタス、フザリウム・ソラニ、フザリウム・オキシスポラム、フザリウム・クラミドスポラム(F. chlamydosporum)、リステリア・モノサイトゲネス、リステリア・イバノビ、コレラ菌、腸炎ビブリオ、サルモネラ・コレラスイス、チフス菌、ネズミチフス菌、カンジダ・アルビカンス、カンジダ・グラブラタ、カンジダ・クルセイ、エンテロバクター・サカザキ、大腸菌O157及び多剤耐性グラム陰性桿菌(MDR)が挙げられる。
[0031] グラム陽性及びグラム陰性細菌には、特に関心が持たれている。更により関心が持たれているのは、黄色ブドウ球菌などのグラム陽性細菌である。典型的に、これらは、細胞壁タンパク質等の細胞の細胞壁成分の特性の存在を検出することによって、検出することができる。また、特に対象となるものは、MRSA、VRSA、VISA、VRE、及びMDR等の抗生物質耐性菌である。典型的に、これらは、抗生物質耐性に関連する膜タンパク質、輸送タンパク質、酵素等の細胞内成分の存在を追加的に検出することによって検出することができる。
[0032] いくつかの実施形態において、検体は、発光反応に対する反応物質(例えば、ATP、ルシフェラーゼ)である生体分子であってもよい。いくつかの実施形態において、検体は、発光反応に対する反応物質を生成する反応又は一連の反応に関与する生体分子(例えば、核酸)であってもよい。特定の核酸検体の存在に応じて、発光反応に対する反応物質を生成する一連の反応の非限定的例は、Gandelmanら(「Novel Bioluminescent Quantitative Detection of Nucleic Acid Amplification in Real−Time」,2010,Plos ONE,volume 5(11),article e14155,published at www.plosone.org in November 2010)によって記載されるLAMP−BARTアッセイである。
[0033] 図1は、本開示による容器110の一実施形態を示す。容器110は、開口部120及び内部収容容器130を形成する、一体型壁115を含む。任意に、キャップ(図示せず)を使用して、開口部120を封止してもよい。容器110は、ルミノメーターにおける使用に適合される。本明細書で使用するとき、「ルミノメーターにおける使用に適合される」は、容器110が、容器又はその内容物(例えば、反応混合物)から放出される光を検出し、所望により、ルミノメーターで測定することができるように、ルミノメーターに収容されることが可能な形状及び寸法を有することを意味する。任意の実施形態において、容器110は、例えば、図2A〜Bに示すように、光検出器に動作可能に連結される熱転写機に収容されるように構成される(すなわち、好適な大きさ及び形状を有する)。したがって、これらの実施形態において、同時に、容器及びその内容物の温度を任意に制御し、かつ/又は熱転写機により調節しながら、容器110又はその内容物から放出される光を、光検出器によって、受ける。
[0034] 容器110は、光(例えば、発光反応からの光の可視波長)が光検出器へ向け、壁115を通過することを実質的に防止しない、光学的透明性及び光透過率を有する材料(例えば、ガラス、ポリエチレン、ポリプロピレンなどのポリマー材料)から作製することができる。いくつかの実施形態において、容器は、試験管、反応管、又はマイクロ遠心チューブであり得る。Turner Biosystems(Sunnyvale,CA)から入手可能な20/20単管ルミノメーターは、例えば、ルミノメーターにおいて1.5mLのマイクロ遠心チューブの使用を可能にするサンプルアダプターを含む。
[0035] 容器110の壁115は、着色剤を含む部分115bを更に含む。いくつかの実施形態(図示せず)において、着色剤を含む部分は、キャップであってもよく、チューブにおける発光反応から検出される光は、その光がキャップを通過した後、検出される。いくつかの実施形態において、機器を使用して(例えば、分光光度計を使用して)、着色剤を検出することができる。好ましい実施形態において、着色剤を含む壁115の部分115bに関連する色を、視覚的に検出することができる。その部分は、壁115の表面積の任意の検出可能な画分を含み得る。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約1パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約2パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約5パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約10パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約15パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約20パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約30パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約40パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約50パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約60パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約70パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約80パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約90パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約95パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の最大約99パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の最大全表面積を含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約1パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約2パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約5パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約10パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約15パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約20パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約30パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約40パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約50パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約60パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約70パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約80パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約90パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約95パーセントを含む。いくつかの実施形態において、その部分は、壁の表面積の少なくとも約99パーセントを含む。
[0036] いくつかの実施形態において、着色剤は、容器110を形成する材料(例えば、ガラス、ポリマー樹脂)に組み込まれる色素及び/又は染料である。あるいは又は更に、いくつかの実施形態(図示せず)において、容器110は、壁115の表面(例えば、内表面又は外表面)部分115bに連結する層(例えば、塗膜又はフィルム層)を更に含む。その層は、着色剤を含み得る。着色剤は、赤着色剤、青着色剤、黄着色剤、緑着色剤、前述の着色剤の任意の2種以上の混合物、又は前述の着色剤の任意の2種以上の組み合わせを含み得る。
[0037] 容器110に関して、着色剤を含む壁115の部分115bは、光(例えば、発光反応からの光の可視波長)が光検出器へ向け、部分115bを通過することを実質的に防止しない、光学的透明性及び光透過率を有する。好ましい実施形態において、着色剤を含まない類似の容器に対して、着色剤を有する部分115bを含む容器は、発光反応から放出される光の少なくとも約50%以上の透過を可能にする。より好ましい実施形態において、着色剤を含まない類似の容器に対して、着色剤を有する部分115bを含む容器は、発光反応から放出される光の少なくとも約75%以上の透過を可能にする。より好ましい実施形態において、着色剤を含まない類似の容器に対して、着色剤を有する部分115bを含む容器は、発光反応から放出される光の少なくとも約85%以上の透過を可能にする。より好ましい実施形態において、着色剤を含まない類似の容器に対して、着色剤を有する部分115bを含む容器は、発光反応から放出される光の少なくとも約90%以上の透過を可能にする。より好ましい実施形態において、着色剤を含まない類似の容器に対して、着色剤を有する部分115bを含む容器は、発光反応から放出される光の少なくとも約95%以上の透過を可能にする。
[0038] 容器110の開口部120は、材料(図示せず)を容器110の収容容器130に移動することを可能にする。その材料は、液体及び/又は個体の材料を含み、発光反応を促進することができる。発光反応を促進する好適な材料の非限定的例としては、液体媒体(例えば、水、緩衝液)、酵素(例えば、ルシフェラーゼ、アルカリフォスファターゼ)、酵素基質(例えば、ルシフェリン、ATP、2−クロロ−5−(4−メトキシスピロ[1,2−ジオキセタン−3,2’−(5−クロロトリシクロ[3.3.1.13.7]デカン])−4−イル]−1−フェニルリン酸塩(Sigma−Aldrich(St.Louis,MO)から入手可能なCDR−STAR化学発光アルカリフォスファターゼ))、化学発光試薬(例えば、ルミノール)、及び細胞溶解剤(例えば、洗浄剤、TRITON X−100)が挙げられる。酵素(例えば、アルカリフォスファターゼ、ルシフェラーゼ)は、結合相手(例えば、抗体又はレセプタなどのタンパク質)と結合してもよい。サンプル材料はまた、開口部120を通じて、収容容器130に移動させることができる。
[0039] サンプル材料は、検体を含有する疑いのあるサンプル材料を含む。サンプル材料は、液体、固体、液体に懸濁又は分散した固体、ヒドロゲルであってもよい。実施形態のいずれかにおいて、サンプルは、濃縮(例えば、濾過、沈殿、凝集、遠心分離、吸収、及び/又は吸着)、増幅(例えば、成長系及び/又は酵素増幅)、増菌(例えば、選択的成長増菌)、抽出(例えば、細胞溶解)、及び精製(例えば、クロマトグラフ精製、溶媒分離)を含むが、これらに限定されない、1つ以上のサンプル調製技術を受ける微生物及び/又は分子を含んでもよい。
[0040] 発光反応のための触媒を提供することは、可能なその他の点よりも高速で又は異なる条件下で(例えば、低温で)、発光反応を進行させる物質を提供することを含む。いくつかの実施形態において、触媒は、例えば、ルシフェラーゼ(例えば、ホタルルシフェラーゼ)又はアルカリフォスファターゼなどの酵素である。いくつかの実施形態において、サンプルは、その触媒を含んでもよい。いくつかの実施形態において、触媒は、乾燥した再水和可能な形態で提供され得る。いくつかの実施形態において、乾燥した再水和可能な触媒は、容器110の内部収容容器115に供給され得る。いくつかの実施形態において、触媒は、別の容器(図示せず)に供給され、内部収容容器115に移動させてもよい。触媒は、水性液体(例えば、水、緩衝液)で再水和かつ/又は希釈されてもよい。
[0041] 方法は、容器に反応混合物を形成することを更に含む。形成されるとき、反応混合物は、発光反応のための触媒(例えば、ルシフェラーゼ)及びサンプルを含む。サンプルは、直接的に又は間接的に、発光反応に対する少なくとも1つの反応物質を提供する。例えば、いくつかの実施形態において、サンプルは、細胞又は生物発光反応に対する反応物質としてATPを提供する細胞可溶化物を含んでもよい。したがって、いくつかの実施形態において、反応混合物を形成することは、細胞溶解剤(例えば、洗浄剤)を含む反応混合物を形成することを更に含む。いくつかの実施形態において、サンプルは、デオキシリボヌクレオシド三リン酸及び核酸ポリメラーゼの存在下で、重合反応を促進し、DNA又はRNAを形成することができる核酸(DNA又はRNA)を含んでもよい。また、重合反応により、Gandelmanらに記載されるように、生物発光反応に対する反応物質として使用することができるATPを、アデノシン一リン酸及びATPスルフリラーゼの存在下で、製造することができるピロリン酸塩(P 4−)が製造される。したがって、いくつかの実施形態において、反応混合物を形成することは、核酸増幅を促進することを含む反応混合物を形成することを更に含む。いくつかの実施形態において、反応混合物を形成することは、核酸前駆体(例えば、dNTPの)、核酸ポリメラーゼ、及びピロリン酸塩を使用し、発光反応に対する反応物質(例えば、ATP)を製造する酵素(例えば、ATPスルフリラーゼ)を含む反応混合物を形成することを含む。
[0042] 通常は、反応混合物を形成することは、流体接触に(例えば、水性緩衝液など水性流体に)反応物質を配置することを含む。容器110において、水性流体を容器110に添加する前又は後、試薬を容器に添加することによって、反応混合物を形成することができる。あるいは、別容器(図示せず)において、反応混合物を形成することができ、反応混合物の一部又は全てを容器110に移動させることができる。
[0043] その方法は、容器から又はその内容物から放出される光の有無を検出することを更に含む。いくつかの実施形態において、容器から又はその内容物から放出される光の有無を検出することは、光を検出する検出器を含むルミノメーターを使用して、光を検出することを更に含む。これらの実施形態において、その方法は、容器から放出される光又はその内容物から放出される光を検出器によって検出することができるように、容器をルミノメーターに動作可能に配置することを更に含む。いくつかの実施形態において、容器をルミノメーターに動作可能に配置することは、着色剤を含む壁の部分115bの少なくとも一部が反応混合物と検出器との間に配置されるように、容器を配置することを更に含む。
[0044] 図2A及び2Bは、検体を検出するシステム200の一実施形態を示す。図2Aは、システム200構成要素の部分的分解長手方向の断面概略図を示す。システム200は、容器210及びGandelmanらにより記載されるダイオードベースの装置に類似するダイオードリーダー240を含む。容器210は、壁215及びキャップ218を含む。壁215は、着色剤を含む部分(例えば、全壁)を含む。容器210に配置されるものは、反応混合物230である。
[0045] リーダー240は、容器を収納するように構成された空洞243を備える受容器242を含む。受容器242は、例えば、プラスチック又は金属を含む多様な材料で製作され得る。好ましい実施形態において、受容器242は操作上、熱源(例えば、抵抗器、図示せず)及び温度コントローラ(図示せず)に連結される熱伝導性材料(例えば、アルミニウム)から製作される。図示の実施形態において、空洞は、キャップ218を除く容器215が操作上、受容器242の空洞243に連結される(すなわち、完全にかつ確実に設置される)ことができるような、形及び大きさである。
[0046] 任意に、リーダー240は、光回収要素244を含む。光回収要素244は、載頭円錐形状を有し、検出器248に向かっていない方向に容器から放出される光を回収し、検出器248に向かっている方向(矢印「A」)に光を屈折及び/又は反射するこが意図される。いくつかの実施形態において、光回収要素244は、ミラー状表面(例えば、受容器242を製作するために使用される材料の形成された、コーティングされた、及び/又は研磨された表面)であり得る。
[0047] 検出器248は、光子信号(すなわち、光)を電気信号に変えることができる任意の検出器であり得る。好適な検出器248の例としては、例えば、フォトマルチプライヤーチューブ及びフォトダイオード(例えば、アバランチャーフォトダイオード)が挙げられる。リーダー240は、ハウジング260及び所望により、サンプルをリーダー240で分析しているとき検出器248から外部の光を実質的に排除するカバー(図示せず)を更に含む。
[0048] 図2Bは、容器210が動作可能にリーダー240に配置されている、図2Aのシステム200の断面長手方向の断面概略図である。図示の実施形態において、全壁が着色剤を含むため、容器210を動作可能に配置することは、壁215の有色部分の少なくとも一部が反応混合物230と検出器248との間に配置されるように、容器210を配置することを更に含む。
[0049] いくつかの実施形態において、リーダー240は、ルミノメーターに含まれてもよい。ルミノメーターは、例えば、BioControl Systems,Inc.(Bellevue,WA)から入手可能なライトニングMVP型ルミノメーターなどの手持ち式のルミノメーターであり得る。あるいは、ルミノメーターは、例えば、20/20単管ルミノメーター又はGandelmanらに記載されるものに類似したルミノメーターなどのベンチトップ型ルミノメーターであり得る。
[0050] 本開示によると、容器から放出される光の有無を検出することは、反応混合物を形成後、行われる。反応混合物は、サンプルにおける検体が直接的に又は間接的に発光反応を可能にするように構成される。したがって、反応混合物が形成された後、容器から又はその内容物(例えば、反応混合物)から放出される光の存在は、試験されるサンプルの部分における検体の存在を示す指標である。逆に、反応混合物が形成された後、容器から又はその内容物から放出される光がないことは、試験されるサンプルの部分における検体がないことを示す指標である。
[0051] いくつかの実施形態において、容器から又はその内容物から放出される光の有無を検出することは、容器から放出される光の量を定量化することを更に含む。本明細書で使用するとき、容器から放出される光を検出すること及び/又は定量化することは、容器の内容物(例えば、反応混合物)によって放出され、容器の有色部分を通過する、少なくともいくらかの光を検出すること及び/又は定量化することを意味する。いくつかの実施形態において、検出された及び/又は定量化された光の多くは、容器の内容物によって放出され、容器の有色部分を通過している。
[0052] 方法の実施形態のいずれかにおいて、その方法は、検体特異的な試薬を提供することを更に含み得る。実施形態のいずれかにおいて、検体特異的な試薬は、検体固有ポリヌクレオチド(例えば、核酸増幅を促進するために使用することができるプライマー)を含み得る。実施形態のいずれかにおいて、検体特異的な試薬は、容器に供給され得る(例えば、液体媒質で又は脱水された試薬として)。実施形態のいずれかにおいて、容器の有色部分の色は、容器内に供給された検体特異的な試薬自体を連想させ得る。任意の色を使用して、検体特異的な試薬を有する容器を指示してもよい。例えば、青色の容器は、大腸菌を検出する検体特異的な試薬を含み、黄色チューブは、黄色ブドウ球菌を検出する検体特異的な試薬を含み、かつ/又は緑色チューブは、カンピロバクター・ジェジュニを検出する検体特異的な試薬を含んでもよい。
[0053] 別の態様において、本開示は、検体を検出するキットを提供する。キットは、本明細書に記載するように、容器を含む。容器は、開口部及び内部収容容器を形成する、少なくとも1つの壁を含む。壁の少なくとも一部分は、本明細書に記載するように、着色剤を含む。いくつかの実施形態において、その部分は見かけ上、着色されている。容器は、更にルミノメーターにおける使用に適合される。キットは、本明細書に記載するように、発光反応のための触媒を更に含む。任意の実施形態において、触媒は、例えば、ルシフェラーゼを含み得る。
[0054] 任意の実施形態において、キットは、検体特異的な試薬を更に含み得る。任意の実施形態において、検体特異的な試薬は、例えば、ポリヌクレオチド又は抗体を含み得る。
[0055] 任意の実施形態において、キットは、細胞から核酸を抽出し、かつ/又は精製するために使用される試薬を更に含み得る。このような試薬の非限定的例としては、細胞溶解剤(例えば、洗浄剤、酵素、リゾスタフィン)が挙げられる。任意の実施形態において、キットは、核酸(例えば、RNAポリメラーゼ、DNAポリメラーゼ、リボヌクレオチド三リン酸の混合物、デオキシリボヌクレオシド三リン酸の混合物)の増幅を促進するために使用される試薬を更に含み得る。任意の実施形態において、キットは、ATP(例えば、ATPスルフリラーゼ、アデノシン一リン酸)の合成を促進する試薬を更に含み得る。
[実施形態]
[0056] 実施形態Aは、検体の検出方法であって、
サンプル、発光反応のための触媒、少なくとも1つの壁を含む容器を提供することであって、
容器が、ルミノメーターにおける使用に適合され、
壁の少なくとも一部分が、着色剤を含むことと、
容器において反応混合物を形成することであって、この反応混合物が、サンプル及び触媒を含むことと、
容器において、反応混合物から放出される光の有無を検出することと、を含む方法である。
[0057] 実施形態Bは、容器が検出器を含むルミノメーターにおける使用に適合される、実施形態Aの方法である。
[0058] 実施形態Cは、反応混合物を形成することが、反応混合物を形成し、発光反応を促進することを更に含む、実施形態A又は実施形態Bの方法である。
[0059] 実施形態Dは、その部分が見かけ上、着色されている、前述の実施形態のいずれか1つの方法である。
[0060] 実施形態Eは、容器からの光を検出することが、ルミノメーターに容器を動作可能に配置することを更に含む、実施形態B〜Dのいずれか1つの方法である。
[0061] 実施形態Fは、容器を動作可能に配置することが、その部分の少なくとも一部が反応混合物と検出器との間に配置されるように、容器を配置することを更に含む、実施形態Eの方法である。
[0062] 実施形態Gは、光を検出することが光の量を定量化することを含む、前述の実施形態のいずれか1つの方法である。
[0063] 実施形態Hは、触媒を提供することが乾燥した再水和可能な触媒を提供することを更に含む、前述の実施形態のいずれか1つの方法である。
[0064] 実施形態Iは、触媒を提供することがルシフェラーゼを提供することを含む、前述の実施形態のいずれか1つの方法である。
[0065] 実施形態Jは、検出試薬及び容器を提供することが、触媒が内部に配置された容器を提供することを更に含む、前述の実施形態のいずれか1つの方法である。
[0066] 実施形態Kは、検体特異的な試薬を提供することを更に含む、前述の実施形態のいずれか1つの方法である。
[0067] 実施形態Lは、その部分の色が容器内に配置された検体特異的な試薬自体を連想させる、実施形態Kの方法である。
[0068] 実施形態Mは、検体特異的な試薬を提供することが検体特異的なポリヌクレオチドを提供することを更に含む、実施形態K又は実施形態Lの方法である。
[0069] 実施形態Nは、反応混合物を形成することが、反応混合物を形成し、核酸増幅を促進することを更に含む、前述の実施形態のいずれか1つの方法である。
[0070] 実施形態Oは、検体特異的な試薬がDNA、RNA、又は酵素標識化タンパク質を含む、前述の実施形態のいずれか1つの方法である。
[0071] 実施形態Pは、着色剤が、赤着色剤、黄着色剤、青着色剤、緑着色剤、前述の着色剤の任意の2種以上の混合物、又は前述の着色剤の任意の2種以上の組み合わせを含む、前述の実施形態のいずれか1つの方法である。
[0072] 実施形態Qは、
発光反応のための触媒と、
少なくとも1つの壁を含む容器と、を含み、
壁の少なくとも一部分が、着色剤を含み、
容器がルミノメーターにおける使用に適合される、キットである。
[0073] 実施形態Rは、その部分が見かけ上、着色されている、実施形態Qのキットである。
[0074] 実施形態Sは、検体特異的な試薬を更に含む、実施形態Q又は実施形態Rのキットである。
[0075] 実施形態Tは、試薬が容器に配置される、実施形態Sのキットである。
[0076] 実施形態Uは、検体特異的な試薬が検体特異的なポリヌクレオチドを含む、実施形態S又は実施形態Tのキットである。
[0077] 実施形態Vは、その部分の色が検体特異的な試薬自体を連想させる、実施形態S〜Uのいずれか1つのキットである。
[0078] 実施形態Wは、触媒がルシフェラーゼを含む、実施形態S〜Vのいずれか1つのキットである。
[0079] 実施形態Xは、細胞溶解剤、RNAポリメラーゼ、DNAポリメラーゼ、又はATPスルフリラーゼを更に含む、実施形態S〜Wのいずれか1つのキットである。
[0080] 本発明を、以下の実施例によって例示する。具体的な実施例、材料、量、及び手順は、本明細書に記載される本発明の範囲及び趣旨に従って、広範に解釈されるものとして理解されたい。
[0081] 材料
微生物ルミネセンスシステムLL1試薬及び微生物ルミネセンスシステムLL1緩衝液(両方とも、3M Health Care(St.Paul,MN)から入手可能なMLS L/L1置換キット、カタログ# 3003Bから入手)
微生物ルミネセンスシステム(ATP)陽性コントロール(カタログ#3004、3M Health Care(St.Paul,MN))
分子等級水、カタログNo.W4502、Sigma Chemical Co.(St.Louis,MO)
0.2mL PCRチューブ(# 34267.8S透明、#34267.8B青色、#34267.8G緑色、#34267.8Y黄色、#34267.8Lラベンダー、改変青、改変ラベンダー)、Biotix(San Diego,CA)。部品番号は、BiotixのストックPCRチューブを指す。しかし、実施例で使用される、改変青及び改変ラベンダーチューブが特注であり、ストックPCRチューブを製作するために通常、使用される着色剤の量(ストックチューブに対して)の半分を使用して、Biotixにより製作されるという点に留意すべきである。
Hygiena Snapshot 1515 Universal ATP Surface Test、Hygiena(Camarillo,CA)
生物制御ライトニングMVPルミノメーター、BioControl Systems(Bellevue,WA)。
[0082] 比較例1.透明マイクロチューブを使用するバイオルミネセンスの検出。
[0083] 試薬:製造者の指示に従って、微生物ルミネセンスシステムLL1試薬は、LL1緩衝液を使用して、再構成され、渦巻いて、混合する。分子等級の水1mLを使用して、ATP陽性コントロールバイアル瓶を再構成する。
[0084] ハイブリッドデバイスの構造:1cmの部片は、かみそりの刃を使用して、SnapShotデバイスチューブの底を切り離した。切り離しは、チューブの縦軸にほぼ直交することが確認できることに注意した。キャップ(取り付けられた綿棒を有する)が装置から取り外され、綿棒の軸(繊維状の綿棒を含む)の約5cmが壊れた。(切り離された)チューブを振盪し、チューブの壁に緩く付着した任意の水分を排出する。8個のチューブストリップから0.2mLの透明PCRチューブを切り出し、PCRチューブの開口端をSnapShotチューブの底の切り離した開口部に挿入した。PCRチューブの約1cmがSnapShotチューブの底に延出するように、SnapShotチューブにPCRチューブを十分に挿入した。PCRチューブの外径及びSnapShotチューブの内径は、PCRチューブが所定位置でしっかりと保持され、ハイブリッドデバイスにおいて耐液性シール形成するような類似の寸法である。
[0085] ハイブリッドデバイスの底で、100μLのLL1試薬を透明PCRチューブにピペットで移し、ハイブリッドデバイスを生物制御ライトニングMVPルミノメーターに挿入し、製造者の指示に従うRLU指数を得ることにより、ブランクサンプルを分析した。10μLのATP溶液を、次に、100μLのLL1試薬をハイブリッドデバイスにピペットで移すことによって、試験サンプルを分析した。マイクロピペットを使用して、溶液を混合し、ハイブリッドデバイスを生物制御ライトニングMVPルミノメーターに挿入し、製造者の指示に従うRLU指数を得た。5つの複製デバイスを、ブランク及び試験溶液で試験した。ハイブリッドデバイスをチューブから放出される光を検出するルミノメーターに配置しながら、各反応(すなわち、ブランク反応及び試験反応)に対する液体の全てがハイブリッドデバイスのPCRチューブ部分に保持されることが確認された。結果を表1に示す。追加のコントロールとして、空のハイブリッドデバイス(LL1試薬を含まない、かつATP溶液を含まない)をルミノメーター内に配置し、RLU指数を得た。
[0086] 実施例1〜4.有色マイクロチューブを使用するバイオルミネセンスの検出。
[0087] 実施例1については、青色PCRチューブを使用して、ハイブリッドデバイスを構築すること、実施例2については、緑色PCRチューブを使用して、ハイブリッドデバイスを構築すること、実施例3については、黄色PCRチューブを使用して、ハイブリッドデバイスを構築すること、及び実施例4については、ラベンダー色PCRチューブを使用して、ハイブリッドデバイスを構築すること以外は、比較例1に記載するように、試薬及びハイブリッドデバイスを調製した。「ブランク」(ATPを含まない)及び「試験」のRLU指数を、比較例1記載の同様の方法を使用して、得た。結果を表1に要約する。
[0088]
Figure 2014513794
[0089] 結果から、容易にチューブの色が観察され、かつ人間のオペレーターによって識別されるが、有色チューブを使用して検出された光の量は、透明チューブを使用して検出された光の約89.9%(ラベンダー色のチューブ)〜約99.9%(黄色のチューブ)の範囲に及ぶことがわかる。
[0090] 実施例5.有色マイクロチューブによる光透過率。
[0091] 透明及び有色のPCRチューブによる可視光の透過率は、分光光度計(型番80−2097−62、LKB Biochrom(Cambridge,UK))を使用して、測定された。空のキュベットを使用して、参照スキャンを行った。前述の対応する透明及び有色のBiotex PCRチューブを含む個々のキュベットを使用して、実験用スキャンを行った。図3は、透明PCRチューブ(線「A」)及び改変ラベンダー色PCRチューブ(線「B」)を通過する500〜700nmの光の透過率の比較を示す。表2は、様々な有色のPCRチューブのそれぞれを通過する500nm〜700nmの光の透過率が、透明PCRチューブを通過する光の透過率と比較された実験の結果を示す。透明PCRマイクロチューブを含むキュベットを使用して、参照スキャンを行った以外は、上述するように実験を行った。チューブ全てが、透明チューブを透過した光の少なくとも80%で透過したが、緑色、黄色、改変青色、及び改変ラベンダー色チューブは、透明チューブを透過した光の少なくとも90%で透過した。
[0092]
Figure 2014513794
[0093] 本明細書に引用するすべての特許、特許出願及び公開公報、並びに電子的に入手可能な資料の開示内容の全体を援用する。本出願の開示内容と本明細書に援用されるいずれかの文書の開示内容との間になんらかの矛盾が存在する場合には、本出願の開示内容が優先するものとする。上記の詳細な説明及び実施例はあくまで理解を助けるために示したものである。これらによって不要な限定をするものと理解されるべきではない。本発明は、図示及び説明された厳密な詳細に限定されるものではなく、当業者には明らかな変形例は特許請求の範囲によって定義される本発明に含まれるものとする。
[0094] 全ての見出しは、読者の利便性のためであり、指定のない限り、その見出しに続く本文の意味を限定するために使用するべきではない。
[0095] 本発明の趣旨及び範囲から逸脱することなく、様々な修正を行ってもよい。これらの及び他の実施形態は、以下の特許請求の範囲に含まれる。

Claims (20)

  1. 検体の検出方法であって、
    サンプル、発光反応のための触媒、及び少なくとも1つの壁を含む容器であって、
    前記容器は、ルミノメーターにおける使用に適合されており、
    前記壁の少なくとも一部分は、着色剤を含む、
    サンプル、発光反応のための触媒、及び少なくとも1つの壁を含む容器を提供することと、
    容器内で反応混合物を形成する工程において、前記反応混合物は前記サンプル及び前記触媒を含むことと、
    前記容器内で、前記反応混合物から放出される光の有無を検出することと、
    を含む、方法。
  2. 前記容器が、検出器を含むルミノメーターにおける使用に適合されている、請求項1に記載の方法。
  3. 前記一部分が視認可能に着色されている、請求項1又は2に記載の方法。
  4. 前記容器からの光を検出することが、前記ルミノメーター内に前記容器を動作可能に配置することを更に含む、請求項2又は3に記載の方法。
  5. 前記容器を動作可能に配置することが、前記一部分の少なくとも一部が前記反応混合物と検出器との間に配置されるように、前記容器を配置することを更に含む、請求項4に記載の方法。
  6. 前記触媒を提供することが、ルシフェラーゼを提供することを含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記検出試薬及び前記容器を提供することが、前記触媒が内部に配置された前記容器を提供することを更に含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
  8. 検体特異的な試薬を提供することを更に含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記一部分の色が前記容器内に配置された前記検体特異的な試薬の識別に関連する、請求項8に記載の方法。
  10. 検体特異的な試薬を提供することが検体特異的なポリヌクレオチドを提供することを更に含む、請求項8又は9に記載の方法。
  11. 反応混合物を形成することが、反応混合物を形成し、核酸増幅を促進することを更に含む、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記検体特異的な試薬がDNA、RNA、又は酵素標識化タンパク質を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記着色剤が、赤着色剤、黄着色剤、青着色剤、緑着色剤、前述の着色剤の任意の2種又はそれ以上の混合物、又は前述の着色剤の任意の1つ又は2種以上の組み合わせを含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法。
  14. 発光反応のための触媒と、
    少なくとも1つの壁を含む容器と、
    を含み、
    前記壁の少なくとも一部分が、着色剤を含み、
    前記容器がルミノメーターにおける使用に適合されている、キット。
  15. 前記一部分が視認可能に着色されている、請求項14に記載のキット。
  16. 検体特異的な試薬を更に含む、請求項14又は15に記載のキット。
  17. 前記検体特異的な試薬が検体特異的なポリヌクレオチドを含む、請求項16に記載のキット。
  18. 前記一部分の前記色が前記検体特異的な試薬の識別に関連する、請求項16又は17に記載のキット。
  19. 前記触媒がルシフェラーゼを含む、請求項14〜18のいずれか一項に記載のキット。
  20. 細胞溶解剤、RNAポリメラーゼ、DNAポリメラーゼ、又はATPスルフリラーゼを更に含む、請求項14〜19のいずれか一項に記載のキット。
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