JP2014239679A - 細胞のエピジェネティックな情報を得る方法、細胞の特性を判定する方法、薬剤感受性を判断するまたは薬剤若しくは免疫療法剤の種類を選択する方法、疾患の診断方法、並びに自己複製ベクター、アッセイキットおよび分析装置 - Google Patents
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Abstract
Description
レポーター核酸構築物は、例えば、自己複製ベクターであってよい。レポーター核酸構築物としての自己複製ベクターについて、以下に図面を用いて説明する。なお、同じ構成については同じ符号を付し、説明については省略する。また、各実施形態の構成が組み合わされて1つの実施形態において利用されてもよく、また複数の実施形態が1つの分析において同時に使用されてもよい。
細胞のエピジェネティックな情報を得る方法では、細胞内で複製開始蛋白質が発現する条件下で、自己複製ベクターが使用される。自己複製ベクターは「レポーターベクター」とも称される。
複製開始蛋白質をコードする遺伝子が、シミアンウイルス40のラージT抗原遺伝子であり、前記複製開始配列が、シミアンウイルス40からの複製開始配列である組み合わせ;
複製開始蛋白質をコードする遺伝子が、エプスタインバーウイルスのEBNA−1遺伝子であり、複製開始配列が、エプスタインバーウイルスからの複製開始配列である組み合わせ;
複製開始蛋白質をコードする遺伝子が、マウスポリオーマウイルスのラージT抗原遺伝子であり、複製開始配列が、マウスポリオーマウイルスからの複製開始配列である組み合わせ。これらのような組み合わせは好ましいが、これらに限定するものではない。
次に、図3を参照しながらプラスミドベクターの1例について説明する。
更なるプラスミドベクターの1例について図4(a)、(b)および(c)を参照しながら説明する。
更なるプラスミドベクターの例について図5を用いて説明する。図5(a)は、被検細胞50に導入された自己複製ベクター51を示す。自己複製ベクター51は、レポーター遺伝子発現ユニット2と、複製開始配列3とを備える。レポーター遺伝子発現ユニット2は、標的核酸配列4と、その下流に機能的に連結されたレポーター遺伝子5と、その下流に機能的に連結された転写終結シグナル配列6とを備える。被検細胞50中には、自己複製ベクター51とは独立して、複製開始蛋白質ユニット52が存在している。複製開始蛋白質ユニット52は、構成的に発現するプロモーター53と、その下流に機能的に連結された複製開始蛋白質をコードする配列54と、その下流に機能的に連結された転写終結シグナル配列55とを備える。
上述した第1の実施形態〜第4の実施形態においては、1つの自己複製ベクターにレポーター遺伝子発現ユニットが含まれている。しかしながら、1つの自己複製ベクターに含まれるレポーター遺伝子発現ユニットの数は、1つに限定されるものではない。言い換えれば、自己複製ベクターは、少なくとも1つのレポーター遺伝子発現ユニットと複製開始配列とを含んでよい。ここでは、更なる実施形態として複数のレポーター遺伝子発現ユニットを含む1つの例として、2つのレポーター遺伝子発現ユニットを含む例を示す。
更なるプラスミドベクターの例について図7を用いて説明する。図7は、第4の実施形態に記載した複製開始蛋白質遺伝子発現ベクターと第5の実施形態とを一緒に用いる例を示す。これらの詳細は第4の実施形態および第5の実施形態において説明した通りである。
更なる実施形態として細胞のエピジェネティックな遺伝情報を得る方法が提供される。被検細胞のエピジェネティックな遺伝情報を得る方法について図8を用いて説明する。
被検細胞のエピジェネティックな遺伝情報を得る方法を利用して被検細胞の特性を判定することも可能である。被検細胞の特性を判定する方法は、被検細胞のエピジェネティックな遺伝情報に基づいて、被検細胞の特性を決定することを含む。
上記のようにして得られた細胞のエピジェネティックな遺伝情報に基づいて、対象における特定の疾患が診断されてもよい。一般的に、そのような診断は、医師または獣医師などの専門家による判断が最終的に含まれるであろう。
(1)複製開始蛋白質を発現する条件下で細胞を含む検出対象に対して、検出可能な信号を生ずる遺伝子をレポーター遺伝子として含む自己複製ベクターを取り込ませることと、
(2)検出対象としての細胞または検出対象に含まれる細胞が分裂して増殖しうる培養条件下において、検出対象を任意の期間に亘り培養することと、
(3)前記検出対象から生じる当該信号を検出することと、
(4)前記検出された信号に基づいて、検出対象が特定の疾患に罹患しているか否かを判定することと、
を含んでもよい。
(1)複製開始蛋白質を発現する条件下で細胞を含む検出対象に対して、ルシフェラーゼ遺伝子をレポーター遺伝子として含む自己複製ベクターを取り込ませることと、
(2)検出対象としての細胞または検出対象に含まれる細胞が分裂して増殖しうる培養条件下において、検出対象を任意の期間に亘り培養することと、
(3)前記検出対象からルシフェラーゼ蛋白質を抽出することと、
(4)前記ルシフェラーゼ蛋白質の基質であるルシフェリンと接触させ、ルミノメーターで発光を検出することと、
(5)検出された発光に関する情報に基づいて、検出対象が特定の疾患に罹患しているか否かを判定することと、
を含んでもよい。
(1)検出対象としての細胞または細胞を含む検出対象に対して、細胞外に金属化合物結合能を提示するレポーター遺伝子をレポーター遺伝子として含む自己複製ベクターを取り込ませることと、
(2)前記細胞外に金属化合物結合ペプチドを提示させることと、
(3)前記金属化合物結合ペプチドに対して、前記金属化合物結合ペプチドと結合対を形成可能な金属を接触させることと、
(4)前記金属化合物結合ペプチドに結合した金属を検出することと、
(5)当該検出の結果に基づいて、検出対象が特定の疾患に罹患しているか否かを判定することと、
を含む。
更なる実施形態として、アッセイキットが提供される。アッセイキットは、少なくとも1種類のレポーター核酸構築物、例えば、実施形態に従う少なくとも1種類の自己複製ベクターを含む。アッセイキットは、1種類の自己複製ベクターを含んでもよく、2種類以上の自己複製ベクターを組合せて含んでもよい。またアッセイキットは、更に、自己複製ベクターを担持するそれ自身公知のキャリアおよび/または自己ベクター複製ベクターを収容する容器、複製開始蛋白質遺伝子発現ベクターを含んでもよい。更に、アッセイキットは、細胞のエピジェネティックな情報を得る方法または細胞特性の判定方法を行うために必要な何れかの試薬を含んでもよい。
また、レポーター核酸構築物は、組成物として提供されてもよい。そのような組成物は、例えば、実施形態に従う少なくとも1種類の自己複製ベクターを含む。組成物の1例は、1種類の自己複製ベクターを含んでもよく、2種類以上の自己複製ベクターを組合せて含んでもよい。また組成物は、例えば、自己複製ベクターを担持するそれ自身公知のキャリア、複製開始蛋白質遺伝子発現ベクター、賦形剤、安定剤および/または他の所望の効果を有する成分などを含んでもよい。当該組成物は、容器に含まれて提供されてもよい。
更なる実施形態として、上述のような方法、例えば、エピジェネティックな情報を得る方法、並びにそれを用いる細胞特性の判定方法などを行うための分析装置が提供される。
例1
プラスミド型自己複製ベクターの作製
図14に概要を示すようにメチル化された標的核酸配列を含むプラスミド型自己複製ベクターを作製した。標的核酸配列として、GFAP遺伝子プロモーター配列を選択した。鋳型核酸の増幅と制限酵素による切断を行うことによって、標的核酸配列としてGFAP遺伝子プロモーター配列を調製した。得られたGFAP遺伝子プロモーター配列は、被修飾塩基を含み、且つプロモーター活性を有する核酸配列である。制限酵素による切断を行い、次にこの標的核酸配列を、メチル化酵素SssIによりメチル化した。得られたメチル化標的核酸配列をリガーゼによる連結を行うことによって、pM53−R550Kベクターに組み込んだ。pM53−R550Kベクターは、レポーター遺伝子とIRESと複製開始蛋白質をコードする配列と転写終結シグナル配列と複製開始配列とを上流から下流に向けてこの順番で備えるベクターである。得られたベクターをメチル化された標的核酸配列を含むプラスミド型自己複製ベクターとした。各工程の詳細を以下に記す。
マウスゲノムDNAを鋳型として用いてPCRを行った。マウスゲノムDNAにおいて増幅された配列は表2に示す配列番号1である。
フォワードプライマー:
5’−CGACGCGTGTCTGTAAGCTGAAGACCTGGC−3’(配列番号11)
リバースプライマー:
5'−AAAAGTACTCCTGCCCTGCCTCTGCTGGCTC−3’(配列番号12)。
GFAP遺伝子プロモーター配列をメチル化し、そこに含まれる被修飾塩基をメチル化した。
自己複製型ベクターpM53−R550Kベクターを制限酵素Mlu Iと制限酵素Xho Iで切断した。これに対して、上記(2)で得られた精製されたGFAP遺伝子プロモーター配列をT4リガーゼにより連結した。これにより、pM53−R550K−GFAPpベクターを得た。このpM53−R550K−GFAPpベクターは、標的核酸配列を含む。ここにおいて、標的核酸配列はメチル化されている。
例2
標的核酸配列のメチル化および脱メチル化の検出
pM53−R550K−GFAPpベクターに含まれる標的核酸配列の塩基の修飾の状態に依存して、プロモーター活性化の程度が、変化することを確認するための試験を行った。
実施例として、上記の方法により得られたメチル化されたプラスミド型自己複製ベクターpM53−R550K−GFAPpベクターと、非メチル化のプラスミド型自己複製ベクターpM53−R550K−GFAPpベクターを用いた。これらは自己複製可能なプラスミドベクターである。
(a)細胞へのベクターの導入
pcDNA4/V5−His/lacZベクター、メチル化または非メチル化のPGV−B2−GFAPpベクターおよびメチル化または非メチル化のpM53−R550K−GFAPpベクターをそれぞれグリオーマC6細胞に導入した。この導入は、リポフェクション法で行った。これらのベクターの各導入には、導入試薬としてリポフェクタミン2000(Life Technologies社)を使用した。リポフェクションの操作は、試薬の製造元によるマニュアルに従った。その概略は次の通りである。マイクロチューブ中で、25μLのOpti−MEMに懸濁した0.45μLのカチオン脂質(リポフェクタミン2000)と、何れかのベクターを含む25μLのOpti−MEMとを混合した。これによりリポフェクタミン/ベクターの複合体を形成した。ここで、25μLのOpti−MEMに含まれる各ベクターの量は次の通りである。pM53−R550K−GFAPpまたはPGV−B2−GFAPpについては、25μLのOpti−MEMにDNAとして0.066μgが含まれた。pcDNA4/V5−His/lacZについては、25μLのOpti−MEMにDNAとして0.033μgが含まれた。
各ベクターについてリポフェクタミン/ベクター複合体を形成した後に、それぞれの複合体を培養プレート(96ウェルプレート)に対して1ウェル当たり50μLずつ添加した。そこに対して更に、RPMI1640培地(10%非動化FCS含有)に懸濁したグリオーマC6細胞溶液(5x105cell/mL)を1ウェルあたり100μLずつ播種した。
その後、1分間穏やかにプレートを攪拌して、反応液と細胞溶液を混ぜ合わせた。その後、37℃、5%CO2雰囲気下で24時間、37℃、5%CO2雰囲気下で付着培養を行った。
グリオーマC6細胞に各ベクターをそれぞれ導入した後で、それぞれのベクターに含まれる標的核酸配列について脱メチル化反応を行った。脱メチル化反応は、メチル基転移酵素の阻害剤である5−aza−2−deoxycytidine(5−aza−dC)(フナコシ株式会社)を用いて行った。
5−aza−dCの添加から48時間後に培養プレートから培地を取り除いた。各細胞をPBSで2回洗浄してから、それらの細胞からルシフェラーゼ(レポーター蛋白質)をそれぞれ抽出した。具体的には、次の通りに抽出を行った。抽出試薬である細胞溶解液(PicaGene Cell lysis buffer LCβ, TOYO B−Net社)を添加し、室温で15分間に亘って細胞と細胞溶解液との懸濁液をインキュベートした。その後、この懸濁液を、15,000rpmで5分間、遠心分離機器で遠心分離した。それにより、懸濁液から細胞残渣を取り除いた。それにより上清を得た。この上清にルシフェラーゼ基質溶液(PicaGene LT2.0, TOYO B−Net社)を加えた。次に、検出試薬であるルシフェラーゼ基質溶液(ルシフェリン溶液)を添加した。生じた発光強度をルミノメーター(Mithras LB940, Berthold社)で測定した。
結果を図15(a)および(b)に示す。これらのグラフは、ベクター導入細胞からのレポーター蛋白質シグナル強度の脱メチル化反応による変化を表す。
ゲノムDNAとレポーターベクターにおけるCK19遺伝子プロモーター領域(標的核酸配列)のメチル化率の比較
実施形態の一例である、図5に示すレポーターベクター(自己複製ベクター51)と複製開始蛋白質遺伝子発現ベクター(複製開始蛋白質ユニット52を有するベクター)を構築した。レポーターベクターに標的核酸配列としてCK19遺伝子のプロモーター領域(−617〜+61 bp、配列番号2)を組み込み、当該ベクターを導入した被検細胞のゲノムDNAとレポーターベクターの標的核酸配列のメチル化率を比較した。
標的核酸配列であるCK19遺伝子のプロモーター領域(−617〜+61、配列番号2)を、ヒトのゲノムDNAを鋳型としてPCRで増幅した。PCRには、PrimeSTAR GLX DNA polymerase (TaKaRa BIO)を用いておこなった。PCRに用いたプライマーの塩基配列を以下に示す。
Reverse primer, 5’-TGGGCTAGCCCAAGAAGCTGGTTCTGAGAGG-3’(配列番号14)。
複製開始蛋白質遺伝子は、シミアンウイルス40のラージT抗原遺伝子(SV40LT)とした。同遺伝子をPrimeSTAR GLX DNA polymerase(TaKaRa BIO)を用いたPCRで増幅した後、遺伝子発現ベクターのサイトメガロウイルス初期プロモーターの下流に組み込んだ。これにより図17に示す複製開始蛋白質(SV40LT)遺伝子発現用ベクターpCMV−LTを作製した。以下に、PCRに用いたプライマーの塩基配列を示す。
Reverse primer, 5’-GGGAATTCTTATGTTTCAGGTTCAGGTTCAGGGGGAG-3’(配列番号16)。
100μLのOpti−MEM(Life Technologies)に0.5μgのレポーターベクターを単独で、或いは0.4μgのレポーターベクターと0.1μgの複製開始蛋白質発現ベクターpCMV−LTを共に加えた。その後、0.5μLのエンハンサー試薬(Plus reagent,Life Technologies)を加えた。これを室温に5分間インキュベートした。この溶液に、1.25μLのLipofectamine LTXを加えてよく縣濁した。その後、室温に25分間インキュベートした。溶液を24ウェルプレートに移し、Huh−7細胞の縣濁液200μLを加えて穏やかに混合した。その後、37℃、5%CO2雰囲気のインキュベータ内で細胞を培養した。
トランスフェクションから96時間後、24ウェルプレートから培養液を取り除き、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)で細胞を洗浄した。その後、200μLのTrypsin−EDTAを加えて室温に5分間静置した。300μLのPBSを加え、細胞を1.5mlチューブに回収した。その後、遠心により細胞を沈殿させた。細胞を200μLのPBSに懸濁し、DNeasy Blood & Tissue Kit(Qiagen)を用いて、ゲノムDNAとレポーターベクターを含む溶液を得た。
ゲノムDNAのCK19遺伝子のプロモーター領域(−617〜+61bp、配列番号2)に含まれるCCGG配列メチル化率(2番目のシトシンの5−メチル化の有無)を次の様に調べた。即ち、それについて、メチル化感受性制限酵素HpaIIとメチル化非感受性制限酵素MspIによるメチル化検出法で調べた。HpaIIとMspIは共通のCCGG配列を認識する制限酵素である。HpaIIは、メチル化シトシンを含むCCGG配列(CmCGG)を切断できず、MspIはメチル化シトシンに係らずCCGG配列を切断する。上記(4)で調整したゲノムDNAとレポーターベクターを含む溶液を、制限酵素HpaII、或いはMspIで切断した。その後、QIAquick PCR purification kit(Qiagen)で精製した。これを制限酵素処理DNAとした。このDNAと制限酵素未処理DNAを鋳型として、下記プライマーを用いてPCRを行った。それにより、ゲノムDNAのCOX2遺伝子プロモーター領域のCCGG配列を含む領域を増幅した(図18)。
Reverse Primer 1 (C1), 5’-AGAGGCCCCTGCCCTCCAGAGGT-3’(配列番号18)
Forward Primer 2 (C2), 5’-GCAAATTCCTCAGGGCTCAGATA-3’(配列番号19)
Reverse Primer 2‘ (G2), 5’-CCAGGCCTCCGAAGGACGACGTGGC-3’(配列番号20)
PCR反応液をアガロースゲル(含エチジウムプロマイド)で電気泳動した。その後、UV照射によりゲル中のPCR増幅産物を可視化して写真を撮影した。そして、得られた写真におけるそれぞれのバンド強度を画像解析ソフトウェアImage Jで数値化した。更に、得られた数値と以下の式から、AおよびBの全DNAに対するCCGG配列メチル化の割合を算出した。
非複製レポーターベクターのメチル化率は、上記(3)に示す方法で行った。レポーターベクターpC2sLoと共に、或いはp19sLo単独でヒト肝がん細胞株Huh−7にトランスフェクションした。96時間後に抽出したDNA溶液を用いて、メチル化率を検出した。レポーターベクターの複製には、複製開始配列と複製開始蛋白質とが同一細胞内に共存する必要がある。従って、p19sLoを単独で細胞に導入した場合、p19sLoは細胞内で複製しない。上記(5)と同様の方法で、レポーターベクターp19sLoのCK19遺伝子のプロモーター領域(−617〜+61bp、配列番号2)に含まれるCCGG配列メチル化率(2番目のシトシンの5−メチル化の有無)を調べた。上記(4)で調整したDNAを、制限酵素HpaII、或いはMspIで切断した。その後、QIAquick PCR purification kit(Qiagen)で精製した。これを制限酵素処理DNAとした。これらのDNAと制限酵素未処理のDNAを鋳型として、下記プライマーを用いたPCRをおこなった。それによりp19sLoのCK19遺伝子プロモーター領域のCCGG配列を含む領域を増幅した(図18)。
Reverse Primer 1(C1), 5’-AGAGGCCCCTGCCCTCCAGAGGT-3’(配列番号18)
Forward Primer 2 (C2), 5’-GCAAATTCCTCAGGGCTCAGATA-3’(配列番号19)
Reverse Primer 2‘ (P2), 5’-AATGCCAAGCTTACTTAGATCG-3’(配列番号22)。
複製レポーターベクターのメチル化率は、レポーターベクターp19sLoとpCMV−LTをHuh−7に共導入し、96時間後に抽出したDNAを用いて検出した。P19sLoとpCMV−LTを細胞に共導入すると、複製開始配列と複製開始蛋白質が細胞内に共存するため、p19sLoが細胞内で複製する。DNAをHpaII、或いはMspIで処理した制限酵素処理DNAと制限酵素未処理DNAを鋳型として、上記(6)と同じプライマーでPCRをおこなった。それによりp19sLoのCK19遺伝子プロモーター領域のCCGG配列を含む領域を増幅した。PCR反応液のアガロースゲル(含エチジウムプロマイド)電気泳動の結果を図21aに示す。その結果、AとBのレーンHではPCR増幅産物が検出された。CCGG配列のメチル化の割合は、Aが0%であり、Bが16%であった(図21b)。さらに、DpnI法(細胞内で複製したベクターの検出法)と、HpaIIとMspIによるメチル化検出法を組み合わせて、細胞内で複製したレポーターベクターのみのCK19遺伝子プロモーター領域CCGG配列のメチル化率を調べた(図22a)。その結果、AとBのレーンHにおいてPCR増幅産物が検出された。各CCGG配列のメチル化の割合は、Aが0%、Bが24%であった(図22b)。レポーターベクターのCK19遺伝子プロモーター領域は、ゲノムDNAのCK19遺伝子プロモーター領域(標的核酸配列)とほぼ同じ比率でメチル化された。
ゲノムDNAとレポーターベクターにおけるCOX2遺伝子プロモーター領域(標的核酸配列)のメチル化率の比較
実施形態の一例である、図5に示すレポーターベクター(自己複製ベクター51)と複製開始蛋白質遺伝子発現ベクター(複製開始蛋白質ユニット52を有するベクター)とを構築した。レポーターベクターに標的核酸配列としてCOX2遺伝子のプロモーター領域(−540〜+115bp、配列番号3)を組み込んだ。このベクターを導入した被検細胞のゲノムDNAとレポーターベクターの標的核酸配列のメチル化率を比較した。
標的核酸配列であるCOX2遺伝子のプロモーター領域(−540〜+115bp、配列番号3)を、ヒトのゲノムDNAを鋳型としてPCRで増幅した。PCRには、PrimeSTAR GLX DNA polymerase(TaKaRa BIO)を用いておこなった。PCRに用いたプライマーの塩基配列を以下に示す。
Reverse primer, 5’-AGGCTCGAGCGCGGGGGTAGGCTTTGCTGTCTGAG-3’(配列番号24)。
上記の例3の(2)と同じ複製開始蛋白質(SV40LT)遺伝子発現用ベクターpCMV−LTを用いた。
レポーターベクターと反応バッファーからなる反応溶液(50mM NaCl、10mM Tris−HCl,10mM MgCl2,1mM DTT,160μM S−アデノシルメチオニン)を調整した。これに対して、DNAメチル化酵素:SssI CpG Methyltransferase(New England Biolabs)を加えて37℃で一晩反応させ、レポーターベクターのCG配列のシトシンをメチル化した。
例3の(3)と同様の方法でトランスフェクションを行った。
細胞からのゲノムDNAおよびレポーターベクターの調整は、上記例3の(4)と同様の方法でおこなった。
ゲノムDNAのCOX2遺伝子プロモーター(−540〜+115bp、配列番号3)に含まれるCCGG配列メチル化率(2番目のシトシンの5−メチル化の有無)を次のように調べた。即ち、それについて、メチル化感受性制限酵素HpaIIとメチル化非感受性制限酵素MspIによるメチル化検出法で調べた。(5)で調整したゲノムDNAとレポーターベクターを含む溶液を、制限酵素HpaII、或いはMspIで切断した後、QIAquick PCR purification kit(Qiagen)で精製し、これを制限酵素処理DNAとした。このDNAと制限酵素未処理DNAとを鋳型として使用し、更に下記プライマーを用いたPCRを行った。それによりゲノムDNAのCOX2遺伝子プロモーター領域のCCGG配列を含む領域を増幅した(図24)。
Reverse Primer 1(C2), 5’-GGGCAGGGTTTTTTACCCAC-3’(配列番号26)
Forward Primer 2 (C3), 5’-AGCTTCCTGGGTTTCCGATTT-3’(配列番号27)
Reverse Primer 2’(G2),5’-GCCAGGTACTCACCTGTATGGCTG-3’(配列番号28)。
非複製レポーターベクターのメチル化率は、上記(3)に示す方法で、レポーターベクターpC2sLoと共に、または単独で、ヒト肝がん細胞株Huh−7にトランスフェクションした。その96時間後に抽出したDNA溶液を用いて検出した。上記(5)と同様の方法で、レポーターベクターpC2sLoのCOX2遺伝子のプロモーター領域(−540〜+115bp、配列番号3)に含まれるCCGG配列メチル化率を調べた。上記(5)で調整したDNAを、制限酵素HpaII、或いはMspIで切断した。その後、QIAquick PCR purification kit(Qiagen)で精製した。これを制限酵素処理DNAとした。これらのDNAと制限酵素未処理のDNAを鋳型として、下記プライマーを用いたPCRを行った。pC2sLoのCOX2遺伝子プロモーター領域のCCGG配列を含む領域を増幅した(図24)。
Reverse Primer 1 (C2), 5’-GGGCAGGGTTTTTTACCCAC-3’(配列番号26)
Forward Primer 2 (C3), 5’-AGCTTCCTGGGTTTCCGATTT-3’(配列番号27)
Reverse Primer 2’(P2), 5’-AATGCCAAGCTTACTTAGATCG-3’(配列番号29)。
複製レポーターベクターのメチル化率は、レポーターベクターpC2sLoと複製開始蛋白質遺伝子発現ベクターpCMV−LTをHuh−7に共導入した。その96時間後に抽出したDNA溶液を用いて検出した。DNAをHpaII、或いはMspIで処理した制限酵素処理DNAと制限酵素未処理DNAを鋳型として、上記(7)と同じプライマーでPCRを行った。それによりpC2sLoのCOX2遺伝子プロモーター領域のCCGG配列を含む領域を増幅した。PCR反応液のアガロースゲル(含エチジウムプロマイド)電気泳動の結果を図27aに示す。その結果、AおよびBのレーンHにおいてPCR増幅産物が検出された。CCGG配列メチル化の割合は、Aが14%であり、Bが24%であった(図27b)。さらに、DpnI法(細胞内で複製したベクターの検出法)と、HpaIIとMspIによるメチル化検出法を組み合わせることにより、細胞内で複製したレポーターベクターのみのCOX2遺伝子プロモーター領域CCGG配列のメチル化率を調べた(図28a)。その結果、AおよびBのレーンHにおいてPCR増幅産物が検出された。各CCGG配列のメチル化の割合は、Aが57%であり、Bが23%であった(図28b)。複製したレポーターベクターのCOX2遺伝子プロモーター領域は、ゲノムDNAのCOX2遺伝子プロモーター領域(標的核酸配列)とほぼ同じ比率でメチル化された。
非複製メチル化レポーターベクターのメチル化率の検出には、メチル化レポーターベクターpC2sLoを単独でヒト肝がん細胞株Huh−7にトランスフェクションした。その96時間後に上記(5)の方法で抽出したDNA溶液を用いた。DNAを制限酵素HpaII、或いはMspIで切断した。その後、それをQIAquick PCR purification kit(Qiagen)で精製し、制限酵素処理DNAとした。これらのDNAと制限酵素未処理のDNAを鋳型として、下記プライマーを用いたPCRを行った。それによりpC2sLoのCOX2遺伝子プロモーター領域のCCGG配列を含む領域を増幅した。PCR反応液のアガロースゲル(含エチジウムプロマイド)電気泳動の結果を図29aに示す。図29aの結果から、AおよびBのレーンHにおいてPCR増幅産物が検出された。CCGG配列のメチル化の割合は、Aが100%であり、Bが86%であった(図29b)。非複製メチル化レポーターベクターのメチル化率は、宿主細胞のゲノムDNAのメチル化率と一致しなかった。
複製メチル化レポーターベクターのメチル化率の検出には、レポーターベクターpC2sLoと複製開始蛋白質遺伝子発現ベクターpCMV−LTとをHuh−7に共導入し、96時間後に抽出したDNA溶液を用いた。HpaII、或いはMspIで処理した制限酵素処理DNAと制限酵素未処理DNAとを鋳型として用いた。上記(6)と同じプライマーでPCRを行った。それによりpC2sLoのCOX2遺伝子プロモーター領域のCCGG配列を含む領域を増幅した。PCR反応液のアガロースゲル(含エチジウムプロマイド)電気泳動の結果を図30aに示す。その結果、AおよびBのレーンHにおいてPCR増幅産物が検出された。CCGG配列メチル化の割合は、Aが45%であり、Bが79%であった(図31b)。さらに、DpnI法(細胞内で複製したベクターの検出法)と、HpaIIとMspIによるメチル化検出法とを組み合わせて、細胞内で複製したレポーターベクターのみのCOX2遺伝子プロモーター領域CCGG配列のメチル化率を調べた(図31a)。その結果、AおよびBのレーンHにおいてPCR増幅産物が検出された。各CCGG配列のメチル化の割合は、Aが95%であり、Bが35%であった(図31b)。細胞内で複製したレポーターベクターと、ゲノムDNAのCOX2遺伝子プロモーター領域内CCGG配列のメチル化率とを比較すると、Bが強く脱メチル化されており、メチル化の割合はAが高かった。
ルシフェラーゼアッセイによる標的核酸配列(COX2遺伝子プロモーター領域)の脱メチル化の検出
上記例4と同様の方法で、メチル化/非メチル化レポーターベクターpC2sLoを単独、或いは複製開始蛋白質発現ベクターpCMV−LTと共にヒト肝がん細胞株Huh−7にトランスフェクションした。その72時間培養後、pC2sLoに由来するレポーター活性を測定した。24ウェルプレートから培養液を取り除き、PBSで洗浄した。その後、150μLの細胞溶解液(Promega)を加えて−80℃に30分以上静置して凍結した。細胞溶解液を室温で解凍した後、溶解液を遠心チューブに回収した。この遠心により細胞残渣を沈殿させた。上清10μLを96ウェルプレート(Nunc)に分注した。これに50μLのLuciferase基質溶液(One-Glo Luciferase Assay System, Promega)を加えて細胞溶解液の発光強度を測定した。結果を図32に示す。図32のグラフの縦軸は、発光強度の回復率を示した。この発光強度の回復率は、脱メチル化の指標である。発光強度の回復率は、非メチル化レポーターベクターを導入した細胞から得られた発光強度を100%とした時のメチル化レポーターDNAを導入した細胞から得られた発光強度の割合である。グラフの左端には、非複製レポーターベクターの発光強度の回復率を、右端には、複製レポーターベクターの回復率を示した。このグラフから、発光強度の回復率は、非複製レポーターベクターよりも複製レポーターベクターの方が高いことが分かった。それにより、複製レポーターベクターにおいて、標的核酸配列に生じた脱メチル化を高感度に検出することが可能になった。この結果から、細胞内で複製するレポーターベクターを使用することによって、レポーター活性を指標として、被検細胞の特定の配列におけるエピジェネティックな情報を得ることが可能であることが明らかになった。
2種類のレポーター遺伝子発現ユニット(官能基が置換された標的核酸配列を含むユニットと、官能基が置換されていない標的核酸配列を含むユニット)、及び複製開始配列を有する自己複製ベクター
(1)ベクターの作製
実施形態の一例である図6に示すレポーターベクター(自己複製ベクター61)を構築した。エビ由来のルシフェラーゼが組込まれたレポーターベクターpNL1.1(プロメガ社)を制限酵素KpnIとBamHIで切断した。そのDNA末端をT4 DNAポリメラーゼで平滑化した。その後、エビルシフェラーゼとSV40転写終結配列からなるDNA断片を精製した。この断片を制限酵素SspIで切断したp19sLoと、T4 DNAリガーゼにより連結して自己複製ベクターp19sLo−NLを構築した。このp19sLo−NLに、CpGのシトシンをメチル化したCOX2遺伝子プロモーター(配列番号3)を組み込んだ。ヒトのゲノムを鋳型に、PCRによってCOX2遺伝子プロモーターを増幅した。PCRに用いたプライマー配列を以下に示した。
Reverse primer, 5’-AGGCTCGAGCGCGGGGGTAGGCTTTGCTGTCTGAG-3’(配列番号24)。
100μLのOpti−MEM(Life Technologies)に0.5μgのレポーターベクターを単独、或いは0.4μgのp19sLo−mC2sNLと0.1μgの複製開始蛋白質発現ベクターpCMV−LTとを共に加えた。その後、0.5μLのエンハンサー試薬(Plus reagent, Life Technologies)を加えて室温で5分間インキュベートした。この溶液に、1.25μLのLipofectamine LTXを加えてよく縣濁した。その後、室温で25分間インキュベートした。溶液を24ウェルプレートに移した。そこにHuh−7細胞の縣濁液200μLを加えて穏やかに混合した。これによりベクターを細胞に導入した(図34)。
レポーター遺伝子発現ユニット、及び複製開始遺伝子発現ユニット、及び複製開始配列を有する自己複製ベクター
(1)ベクターの作製
実施形態の1例である図4に示すレポーターベクター(自己複製ベクター41)を構築した。pCMV−LT(実施例3(2))から複製開始蛋白質遺伝子発現ユニットを制限酵素BglIとBamHIとで切断した。そのDNA末端をT4 DNAポリメラーゼで平滑化した。その後、複製開始蛋白質遺伝子発現ユニットのDNA断片を精製した。このDNA断片を、制限酵素SspIで切断したpC2sLo(実施例4(1))に連結して自己複製ベクターpC2sLo−CMVLTを構築した(図35)。
100μLのOpti−MEM(Life Technologies)に0.5μgのpC2sLo−CMVLTを加えた。その後、0.5μLのエンハンサー試薬(Plus reagent, Life Technologies)を加えて、室温で5分間インキュベートした。この溶液に、1.25μLのLipofectamine LTXを加えてよく縣濁した。その後、室温で25分間インキュベートした。溶液を24ウェルプレートに移した。そこにHuh−7細胞の縣濁液200μLを加えて穏やかに混合した。その後、37℃、5%CO2雰囲気のインキュベータ内で細胞を培養した。
ゲノムDNAおよびレポーターベクターの調整は、上記例3の(4)と同様の方法でおこなった。
レポーターベクターのメチル化率は、自己複製レポーターベクターpC2sLo−CMVLTをHuh−7に導入し、その72時間後に抽出したDNA溶液を用いて、上記例4(7)と同様の方法で調べた。上記(3)で調整した溶液を、制限酵素HpaII、或いはMspIで切断した。その後、それをQIAquick PCR purification kit (Qiagen)で精製した。これらのDNAと制限酵素未処理DNAを鋳型として、上記例4(7)と同じプライマーでPCRを行った。pC2sL−CMVLTのCOX2遺伝子プロモーター領域(−540〜+115 bp、配列番号3)のCCGG配列を含む領域を増幅した(図24)。PCR反応液のアガロースゲル(含エチジウムプロマイド)電気泳動の結果を図36aに示す。図36aの結果から、AおよびBのレーンHにおいてPCR増幅産物が検出された。CCGG配列のメチル化の割合は、Aが9%であり、Bが0.5%であった。自己複製レポーターベクターpC2sLo−CMVLTのCOX2遺伝子プロモーター領域では、ゲノムDNAのCOX2遺伝子プロモーター領域(例4(6)、図25)と同様に、Aのメチル化率が高かった。
Claims (29)
- 被検細胞のゲノム上の特定の配列における修飾の状態を、前記被検細胞の核内での自己複製中に官能基の置換によって対応するその配列上に写し取り、当該写し取られた官能基の存在状況に依存して検出可能な信号を生ずるレポーター核酸構築物を、当該被検細胞の核内に導入することと、前記レポーター核酸構築物を自己複製させることと、前記被検細胞において生じた当該信号の有無および/または大きさを検出することと、前記検出により得られた結果に基づいて、前記被検細胞のエピジェネティックな情報を得ることとを含む細胞のエピジェネティックな情報を得る方法。
- 前記レポーター核酸構築物が、
(a)官能基が置換され得る塩基を含み、前記塩基における当該官能基の置換の程度に依存するプロモーター活性を有し、且つ被検細胞のゲノム上の特定の配列に対して相同性を有する標的核酸配列と、
前記標的核酸配列の下流に機能的に連結され前記標的核酸配列の活性化により発現するレポーター蛋白質をコードするレポーター遺伝子と、
前記レポーター遺伝子の下流に機能的に連結された転写終結シグナル配列と
を含むレポーター遺伝子発現ユニット、および
(b)前記レポーター遺伝子発現ユニットと同一核酸上に存在する複製開始配列
を含む自己複製ベクターであることを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記自己複製ベクターの自己複製を開始するために、前記被検細胞の核内において、当該複製開始配列を活性化する複製開始蛋白質が発現されていることを特徴とする請求項2に記載の方法。
- 前記自己複製ベクターの自己複製を開始するために、前記被検細胞の核内に、当該複製開始蛋白質を発現する複製開始蛋白質ユニットを含む複製開始蛋白質遺伝子発現ベクターを導入すること特徴とする請求項3に記載の方法。
- 前記自己複製ベクターが、更に当該複製開始蛋白質を発現する複製開始蛋白質ユニットを含むことを特徴とする請求項3に記載の方法。
- 前記自己複製ベクターが、更に前記レポーター遺伝子発現ユニットの下流に機能的に連結されたIRES配列と、前記IRES配列の下流に機能的に連結された前記複製開始蛋白質をコードする配列と、複製開始配列とを更に含み、前記転写終結シグナル配列は、前記複製開始蛋白質をコードする配列の下流に機能的に連結されており、前記複製開始配列は、前記転写終結シグナル配列の下流に機能的に連結されていることを特徴とする請求項3に記載の方法。
- (1)当該被検細胞に対して、前記自己複製ベクターを導入することと、
(2)複製開始蛋白質が発現する条件下で前記被検細胞を培養することにより、前記自己複製ベクターを複製させることと、
(3)当該レポーター蛋白質を検出および/またはその発現量を測定することと、
(4)前記(3)の結果に基づいて、当該被検細胞のゲノム上にある特定の配列における修飾についての情報を得ることと、
を含むことを特徴とする請求項2〜6の何れか1項に記載の細胞のエピジェネティックな情報を得る方法。 - 前記自己複製ベクターに含まれる前記レポーター遺伝子発現ユニットを第1のレポーター遺伝子発現ユニットとし、前記自己複製ベクターが、前記第1のレポーター遺伝子発現ユニットの下流で、且つ前記複製開始配列の上流に、第2のレポーター遺伝子発現ユニットを更に含むことを特徴とする請求項2〜5の何れか1項に記載の方法。
- (1)被検細胞に対して、前記自己複製ベクターを導入することと、
(2)複製開始蛋白質が発現する条件下で前記被検細胞を培養することにより、前記自己複製ベクターを複製させることと、
(3)第1のレポーター遺伝子発現ユニットおよび第2のレポーター遺伝子発現ユニットにそれぞれ由来する第1のレポーター蛋白質および第2のレポーター蛋白質を検出および/またはその発現量を測定することと、
(4)前記(3)で得られた前記第1のレポーター蛋白質と前記第2のレポーター蛋白質の発現量を比較して、当該被検細胞のゲノム上にある特定の配列に含まれる核酸の官能基の置換についての情報を得ることと、
を含む、請求項8に記載の方法。 - 前記複製開始蛋白質ユニットが、当該複製開始蛋白質をコードする配列と、その上流に機能的に連結された構成的に発現するプロモーターとを含む請求項4または5に記載の方法。
- 前記標的核酸配列における官能基が置換され得る当該塩基が、少なくとも1つのシトシンおよび/またはグアニンであることを特徴とする請求項2〜10の何れか1項に記載の方法。
- 前記官能基がメチル基である請求項1〜11の何れか1項に記載の方法。
- 前記レポーター遺伝子が、ルシフェラーゼ遺伝子、β−ガラクトシダーゼ遺伝子、一酸化窒素合成酵素遺伝子、キサンチンオキシダーゼ遺伝子、青色蛍光蛋白質遺伝子、緑色蛍光蛋白質遺伝子、赤色蛍光蛋白質遺伝子および重金属結合蛋白質遺伝子からなる群より選択される請求項8〜12の何れか1項に記載の方法。
- 前記複製開始蛋白質をコードする遺伝子と前記複製開始配列との組み合わせが、次の組み合わせから選択されることを特徴とする請求項10〜13の何れか1項に記載の方法;
(1)前記複製開始蛋白質をコードする遺伝子がシミアンウイルス40のラージT抗原遺伝子であり、複製開始配列が、シミアンウイルス40からの複製開始配列である;
(2)前記複製開始蛋白質をコードする遺伝子が、エプスタインバーウイルスのEBNA−1遺伝子であり、複製開始配列が、エプスタインバーウイルスからの複製開始配列である;および
(3)前記複製開始蛋白質をコードする遺伝子が、マウスポリオーマウイルスのラージT抗原遺伝子であり、複製開始配列が、マウスポリオーマウイルスからの複製開始配列である。 - 前記ラージT抗原遺伝子が、配列番号5、配列番号6若しくは配列番号7で示される核酸、または配列番号5、配列番号6若しくは配列番号7の配列中の1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された配列により示され、DNA複製開始機能を有する核酸である請求項14に記載の方法。
- 請求項1〜15の何れか1項に記載の方法であって、前記被検細胞が、対象から採取された血液に含まれる細胞である方法。
- 請求項1〜16の何れか1項に記載の方法により得られた被検細胞のエピジェネティックな情報に基づいて、被検細胞の特性を決定すること含む、細胞の特性を判定する方法。
- 請求項17に記載の方法であって、前記特性が、薬剤感受性である方法。
- 請求項1〜16の何れか1項に記載の方法により得られた被検細胞のエピジェネティックな情報に基づいて、被検細胞の特性を決定するが、当該被検細胞が癌化した細胞であるのか否かを決定すること含む、細胞の特性を判定する方法。
- 請求項16〜19の何れか1項に記載の方法により得られた結果に基づいて、当該被検細胞が採取された対象について、薬剤感受性を判断する、または外科的手術後に使用されるべき薬剤若しくは免疫療法剤の種類を選択する方法。
- 請求項1〜16の何れか1項に記載の方法により得られた被検細胞のエピジェネティックな遺伝情報に基づいて、対象から採取された被検細胞の特性を決定し、特定の疾患に罹患しているか否かを決定することを含む、対象における疾患の診断方法。
- 対象に含まれる細胞のエピジェネティックな情報を得る方法であって、当該方法は、
(1)細胞の核内に自己複製ベクターが導入された対象において、複製開始蛋白質を発現させる条件下に維持することにより、導入された前記自己複製ベクターを自己複製させることと、
(2)前記対象について、前記自己複製ベクターから生じたレポーター蛋白質を検出および/またはその発現量を測定することと、
(3)前記(2)の結果に基づいて、当該対象に含まれる細胞中のゲノム上にある特定の配列における修飾についての情報を得ることと、
を含み、且つ
前記自己複製ベクターは、
(a)官能基が置換され得る塩基を含み、前記塩基における当該官能基の置換の程度に依存するプロモーター活性を有し、且つ被検細胞のゲノム上の特定の配列に対して相同性を有する標的核酸配列と、
前記標的核酸配列の下流に機能的に連結され前記標的核酸配列の活性化により発現するレポーター蛋白質をコードするレポーター遺伝子と、
前記レポーター遺伝子の下流に機能的に連結された転写終結シグナル配列と
を含むレポーター遺伝子発現ユニット、および
(b)前記レポーター遺伝子発現ユニットと同一核酸上に存在する複製開始配列
を含むことを特徴とする方法。 - 細胞のエピジェネティックな情報を得るための自己複製ベクターであって、
(a)官能基が置換され得る塩基を含み、前記塩基における当該官能基の置換の程度に依存するプロモーター活性を有し、且つ被検細胞のゲノム上の特定の配列に対して相同性を有する標的核酸配列と、
前記標的核酸配列の下流に機能的に連結され前記標的核酸配列の活性化により発現するレポーター蛋白質をコードするレポーター遺伝子と、
前記レポーター遺伝子の下流に機能的に連結された転写終結シグナル配列と
を含むレポーター遺伝子発現ユニット、および
(b)前記レポーター遺伝子発現ユニットと同一核酸上に存在する複製開始配列
を含むベクター。 - 細胞のエピジェネティックな情報を得るための自己複製ベクターであって、
(a)官能基が置換され得る塩基を含み、前記塩基における当該官能基の置換の程度に依存するプロモーター活性を有し、且つ被検細胞のゲノム上の特定の配列に対して相同性を有する標的核酸配列と、
前記標的核酸配列の下流に機能的に連結され前記標的核酸配列の活性化により発現するレポーター蛋白質をコードするレポーター遺伝子と、
前記レポーター遺伝子の下流に機能的に連結された転写終結シグナル配列と
を含む第1のレポーター遺伝子発現ユニット、
(b)官能基が置換され得る塩基を含み、前記塩基における当該官能基の置換の程度に依存するプロモーター活性を有し、且つ被検細胞のゲノム上の特定の配列に対して相同性を有する標的核酸配列と、
前記標的核酸配列の下流に機能的に連結され前記標的核酸配列の活性化により発現するレポーター蛋白質をコードするレポーター遺伝子と、
前記レポーター遺伝子の下流に機能的に連結された転写終結シグナル配列と
を含む、前記第1のレポーター遺伝子発現ユニットの下流に連結された第2のレポーター遺伝子発現ユニット、および
(c)前記第1および前記第2のレポーター遺伝子発現ユニットと同一核酸上に存在する複製開始配列
を含むベクター。 - 前記第1のレポーター遺伝子発現ユニットに含まれる官能基が置換され得る前記塩基が、特定の官能基を有しておらず、前記第2のレポーター遺伝子発現ユニットに含まれる官能基が置換され得る前記塩基が、前記特定の官能基を有していることを特徴とする請求項24に記載のベクター。
- 前記第1のレポーター遺伝子発現ユニットと、前記第2のレポーター遺伝子発現ユニットとにそれぞれ含まれる前記レポーター遺伝子が互いに異なる種類の遺伝子であることを特徴とする請求項24または25に記載のベクター。
- 前記レポーター遺伝子が、ルシフェラーゼ遺伝子、β−ガラクトシダーゼ遺伝子、一酸化窒素合成酵素遺伝子、キサンチンオキシダーゼ遺伝子、青色蛍光蛋白質遺伝子、緑色蛍光蛋白質遺伝子、赤色蛍光蛋白質遺伝子および重金属結合蛋白質遺伝子からなる群より選択されることを特徴とする請求項23〜26の何れか1項に記載に記載のベクター。
- 請求項23〜26の何れか1項に記載の自己複製ベクターと、前記自己複製ベクターを収容する容器とを具備するアッセイキット。
- 被検細胞を含む試料に対して請求項23〜26の何れか1項に記載の前記自己複製ベクターを導入する遺伝子導入部と、複製開始蛋白質を発現させることによって、前記遺伝子導入部からの当該試料に含まれる当該自己複製ベクターを自己複製させる恒温部と、前記恒温部からの当該試料において、当該レポーター遺伝子の発現に由来して生じた信号を検出する検出部と、当該検出された信号に基づいて当該被検細胞のエピジェネティックな情報について分析する分析部とを具備する分析装置。
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Families Citing this family (1)
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---|---|---|---|---|
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Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013042721A (ja) * | 2011-08-25 | 2013-03-04 | Toshiba Corp | プラスミド型ベクター、遺伝子プロモーター活性の検出方法、及びアッセイキット |
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---|---|---|---|---|
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Non-Patent Citations (8)
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---|
BARRETO G. ET AL.: "Gadd45a promotes epigenetic gene activation by repair-mediated DNA demethylation", NATURE, vol. 445(7128), JPN6014032926, 2007, pages 671 - 675, XP002571281, ISSN: 0003850749, DOI: 10.1038/NATURE05515 * |
HASSE A. ET AL.: "De novo methylation of transfected CAT gene plasmid constructs in F9 mouse embryonal carcinoma cells", BIOCHIM. BIOPHYS. ACTA., vol. 1131(1), JPN6014032930, 1992, pages 16 - 22, ISSN: 0003850751 * |
HSIEH C.: "Evidence that protein binding specifies sites of DNA demethylation", MOL. CELL. BIOL., vol. 19(1), JPN6014032936, 1999, pages 46 - 56, ISSN: 0003850755 * |
MAHON M.: "Vectors bicistronically linking a gene of interest to the SV40 large T antigen in combination with t", BIOTECHNIQUES, vol. 51(2), JPN6014032935, 2011, pages 119 - 126, ISSN: 0003850754 * |
MAJUMDER S. ET AL.: "Role of DNA methyltransferases in regulation of human ribosomal RNA gene transcription", J. BIOL. CHEM., vol. 281(31), JPN6014032928, 2006, pages 22062 - 22072, ISSN: 0003850750 * |
SHERF B. ET AL.: "Dual-luciferase reporter assay: an advanced co-reporter technology integrating firefly and Renilla l", PROMEGA NOTES MAGAZINE 1996, 57, P.02, JPN6014032937, ISSN: 0003850756 * |
TAMURA Y. ET AL.: "Epigenetic aberration of the human REELIN gene in psychiatric disorders", MOL. PSYCHIATRY, vol. 12(6), JPN6014032933, 2007, pages 593 - 600, ISSN: 0003850753 * |
WISCHNEWSKI F. ET AL.: "Promoter demethylation and histone acetylation mediate gene expression of MAGE-A1, -A2, -A3, and -A1", MOL. CANCER RES., vol. 4(5), JPN6014032931, 2006, pages 339 - 349, ISSN: 0003850752 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
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