JP2014134385A - クロマトグラフ質量分析用データ処理装置 - Google Patents

Abstract

【課題】目的化合物と夾雑物とが充分に分離できない場合でも、目的化合物の定量分析に利用される確認イオン比の精度を確保する。
【解決手段】目的化合物の定量分析に際し、該化合物由来のマスクロマトグラムに対し重なっているピークを分割するベースライン補助線を引くための手動波形処理等をオペレータが処理メニューリスト５４上で選択指示すると、処理対象のイオンを選択するための処理対象イオンリスト５５が表示される。このリスト５５で全イオンを選択すれば、同じ処理条件の下での波形処理が該化合物の定量イオン、確認イオンのマスクロマトグラム全てに適用され、定量イオンや確認イオンのみを選択すれば、選択されたマスクロマトグラムのみに対し指定された処理条件の下での波形処理が実施される。それにより、m/zによってピークの重なり状況が異なる場合でも正確なピーク面積値を求め、確認イオン比の精度を高めることができる。
【選択図】図３

Description

本発明は、ガスクロマトグラフ（ＧＣ）や液体クロマトグラフ（ＬＣ）の検出器として質量分析装置（ＭＳ）を用いた、ガスクロマトグラフ質量分析（ＧＣ／ＭＳ）、液体クロマトグラフ質量分析装置（ＬＣ／ＭＳ）等のクロマトグラフ質量分析装置で収集されたデータを処理するデータ処理装置に関する。

クロマトグラフ質量分析では、被検試料中に含まれる各種成分をカラムを通して時間的に分離し、その分離された各成分から生成したイオンを四重極マスフィルタ等の質量分析器により質量電荷比m/zに応じて分離し検出器で検出する。

クロマトグラフ質量分析装置を用いて試料に含まれる既知の化合物を定量する場合には、一般に、その化合物を特徴付ける質量電荷比を有するイオンを定量イオン（ターゲットイオンともいう）に定め、該イオンについてのＳＩＭ（選択イオンモニタリング）測定或いはＭＲＭ（多重反応モニタリング）測定を実行する。そして、その測定により得られた定量イオンの強度を時間経過に伴ってプロットしてマスクロマトグラム（抽出イオンクロマトグラムともいう）を作成し、このマスクロマトグラム上で目的とする化合物の保持時間付近に現れるピークを検出する。そして、そのピークの面積値を求め、これを予め作成しておいた成分濃度とピーク面積値との関係を示す検量線に照らして濃度を算出する。通常、定量イオンとしては、その化合物の典型的なマススペクトルにおいて信号強度が最大であるピークに対応したイオンが選択される。

定量イオンは各化合物を特徴付けるイオンではあるものの、実際の試料には様々な夾雑物が混じっていたり、分析条件が適切でないために前段のＧＣやＬＣでの成分分離が不充分で別の化合物由来のピークが重なっていたりすることがよくある。こうした場合、定量イオンのマスクロマトグラムピークを見ただけでは、そのピークが確かに目的化合物由来のものであるか否かの確認が難かしい場合がある。そこで一般に、定量イオンとは別に、その化合物を特徴付ける別の質量電荷比のイオンを確認イオンとして１乃至複数種類選定しておき、その確認イオンの信号強度と定量イオンの信号強度との相対比率（以下「確認イオン比」という）を求め、この確認イオン比に基づいて、定量イオンのクロマトグラムピークが目的化合物由来であるかどうかの確認、つまりピークの同定が行われる（特許文献１参照）。

一般に、クロマトグラム上の目的ピークの面積値を正確に計算するには、ピーク波形処理によってベースラインを適切に決定する必要がある。特に、複数のピークが完全には分離されずに重なっている場合やベースラインのドリフトが大きい場合などには、ベースラインを決める波形処理方法（アルゴリズム）によってピーク面積値が大きく変わってくる（非特許文献１参照）。そこで、該非特許文献１にも開示されているように、従来のクロマトグラフ用データ処理装置では、重なり合った複数のピークに対しそれぞれ適切なベースライン補助線を設定するために、「垂直分割」や「ベースライン分割」などの複数種の異なる波形処理を選択できるようになっている。

図５（ａ）はクロマトグラム上で重なった複数のピーク対し「垂直分割」を行った場合（特許文献２参照）、図５（ｂ）は同じ複数のピークに対し「ベースライン分割」を行った場合の例である。分割方法によってベースライン補助線Ｐ１、Ｐ２は大きく異なり、計算されるピーク面積値（図中の斜線の範囲）も大きく相違することが分かる。もちろん、自動的な波形処理ではオペレータが所望するベースライン補助線が描かれない場合もあり、例えばオペレータが手動でピークの始点及び終点を指定してその間を直接的に繋いでベースライン補助線を設定する等、手動波形処理もしばしば利用されている。

従来のクロマトグラフ質量分析装置で収集されたデータを処理するデータ処理装置でも同様に、マスクロマトグラムやトータルイオンクロマトグラムに対して波形処理を行い、ベースライン補助線を描いたりピーク分割を行ったりする機能が備えられている。上述したように、或る一つの化合物に対して定量分析のためのＳＩＭ測定やＭＲＭ測定を実行した場合、該化合物由来の定量イオンのマスクロマトグラム、一乃至複数の確認イオンのマスクロマトグラムなど、複数のマスクロマトグラムが作成されるが、これらは同一測定条件の下で同一化合物から得られた結果であるため、クロマトグラムの波形処理も同一条件で以て実施される。即ち、例えば定量イオンのマスクロマトグラムについて垂直分割による波形処理を行うと、同じ化合物由来の確認イオンのマスクロマトグラムについて垂直分割による波形処理が自動的に実施される。

ところが、同一分析条件の下で同一化合物から得られた結果であっても、試料中に混入している夾雑物の影響や別の化合物との重なりによる妨害の状況などは質量電荷比によって異なる。そのため、例えば定量イオンのマスクロマトグラムにおいて適切である波形処理条件が確認イオンのマスクロマトグラムに対しても適切であるとは限らない。

例えばベースラインの時間的なドリフトが大きなクロマトグラムに「垂直分割」による波形処理を適用すると、ドリフト相当分が目的ピークの面積値に含まれてしまい、ピーク面積値が実際よりも大きくなる傾向にある。一方、目的ピークの大きなテーリングに他のピークが重なっているクロマトグラムに「ベースライン分割」による波形処理を適用すると、テーリングの一部がピーク面積値に反映されなくなり、ピーク面積値が実際よりも小さくなる傾向にある。こうしたことのために、従来のクロマトグラフ質量分析用データ処理装置において定量イオンや確認イオンのマスクロマトグラムに対する波形処理を行ってピーク面積値を求め確認イオン比を計算すると、確認イオン比の精度がかなり低下してしまう場合があった。

特開２００６−１８９２７９号公報 特開２００６−４７２８０号公報

「ピーク 波形処理 を確認しましょう」、[online]、株式会社島津製作所、［平成24年8月31日検索］、インターネット＜URL :http://www.an.shimadzu.co.jp/hplc/support/lib/lctalk/23/23lab.htm＞

本発明は上記課題に鑑みて成されたものであり、その目的とするところは、クロマトグラフ質量分析により収集されたデータを解析処理して定量分析を行う場合に、確認イオン比の算出精度を改善し、ひいては定量の正確性を向上させることができるクロマトグラフ質量分析用データ処理装置を提供することにある。

上記課題を解決するためになされた本発明は、クロマトグラフ質量分析装置により収集されたデータに基づいて、所定質量電荷比を有する目的化合物由来の定量イオンとそれとは異なる質量電荷比を有する一又は複数の確認イオンとについてそれぞれマスクロマトグラムを作成し、それらマスクロマトグラム上のピークを利用して目的化合物を定量するクロマトグラフ質量分析用データ処理装置において、
a)後記クロマトグラム波形処理部による所定の波形処理条件の下での波形処理の実行の設定時又はその実行時に、該波形処理の実行対象のマスクロマトグラムとして、少なくとも定量イオンのマスクロマトグラムのみ、１又は複数の確認イオンのマスクロマトグラムのみ、又は、定量イオン及び１又は複数の確認イオンのマスクロマトグラムの全て、のいずれかを選択するための表示を行い、該表示に対するオペレータの指示を受けて、前記波形処理の実行対象のマスクロマトグラムを決定するクロマトグラム選択決定部と、
b)オペレータにより設定された波形処理条件に従って、マスクロマトグラム上の目的ピークの面積値又は高さ値を算出するために必要な波形処理を、前記クロマトグラム選択決定部により決定された１又は複数のマスクロマトグラムに対してそれぞれ実行するクロマトグラム波形処理部と、
を備えることを特徴としている。

本発明に係るクロマトグラフ質量分析用データ処理装置は、上記クロマトグラム選択決定部及びクロマトグラム波形処理部に対応した機能を実現する専用のコンピュータプログラムを、表示部、操作部（キーボード、ポインティングデバイスなど）などを含む汎用のコンピュータ上で実行することにより具現化することができる。

また本発明に係るクロマトグラフ質量分析用データ処理装置において、クロマトグラム波形処理部により実行されるマスクロマトグラムに対する波形処理の具体的な内容は、クロマトグラム上のピークの面積値又は高さ値に影響を与える波形処理であれば特に限定されないが、典型的には、マスクロマトグラム上で目的とするピークの面積値又は高さ値を算出する際に用いられるペースライン補助線を設定する処理とすることができる。

本発明に係るクロマトグラフ質量分析用データ処理装置では、オペレータが例えば上記ベースライン補助線を新たに引くような波形処理を指定する操作を行うと、クロマトグラム選択決定部は、波形処理対象を、定量イオンのマスクロマトグラムのみ、１又は複数の確認イオンのマスクロマトグラムのみ、又は、定量イオン及び１又は複数の確認イオンのマスクロマトグラムの全て、のいずれにするかの選択肢を列記したリストボックス又はドロップダウンリストを表示画面上に表示する。該表示に対してオペレータが選択指示を行うと、この指示を受けてクロマトグラム選択決定部は、波形処理対象の１又は複数のマスクロマトグラムを決定する。クロマトグラム波形処理部は、決定された１又は複数のマスクロマトグラムに対してのみ、オペレータにより設定された波形処理条件に従い、マスクロマトグラム上の目的ピークの面積値又は高さ値を算出するために必要な波形処理、例えばベースライン補助線の描出処理を実行する。

即ち、本発明に係るクロマトグラフ質量分析用データ処理装置では、或る一つの化合物から同一の分析条件の下で得られた定量イオンのマスクロマトグラムと確認イオンのマスクロマトグラムとに対しても、同一の波形処理条件の下での波形処理が自動的に実行されるのではなく、オペレータ（ユーザ）による処理対象のクロマトグラムの選択操作が要求される。これにより、同一試料由来の定量イオンのマスクロマトグラムと確認イオンのマスクロマトグラムとについて、それぞれ異なる波形処理条件に従った波形処理を実施することができる。具体的には、オペレータは表示画面上に描画された定量イオン及び確認イオンのマスクロマトグラムの波形形状を目視で確認し、その波形形状から適切であると判断した波形処理条件で各マスクロマトグラムに対する波形処理を独立に行うようにすればよい。

また本発明に係るクロマトグラフ質量分析用データ処理装置では、前記クロマトグラム波形処理部により波形処理された定量イオンのマスクロマトグラム及び確認イオンのマスクロマトグラムに基づき、定量イオン及び確認イオンの各ピークの面積値又は高さ値を算出し、その定量イオンのピークの面積値又は高さ値と確認イオンのピークの面積値又は高さ値との比を確認イオン比として算出する確認イオン比計算部、をさらに備える構成とするとよい。
この構成によれば、定量イオンのマスクロマトグラムと確認イオンのマスクロマトグラムとで夾雑物の影響や他の成分の重なり具合などの様相がかなり相違する場合であっても、それらイオンに由来するピークの面積値や高さ値を精度よく求めることができ、それに基づき正確な確認イオン比を算出してオペレータに提示することができる。

本発明に係るクロマトグラフ質量分析用データ処理装置によれば、或る一つの化合物から同一の分析条件の下で得られた定量イオンのマスクロマトグラムと確認イオンのマスクロマトグラムとで夾雑物の影響や他の成分の重なり具合などがかなり異なる場合であっても、高い精度のピーク面積値に基づき正確な確認イオン比を算出することができる。それによって、例えば目的化合物由来であると推測されるクロマトグラムピークが真に目的化合物由来であるか否かを正確に判断することができ、誤った定量を行うことを防止することができる。

本発明に係るクロマトグラフ質量分析用データ処理装置を含むＧＣ−ＭＳシステムの一実施例の概略構成図。 本実施例のＧＣ−ＭＳシステムにおいて定量分析を実行する際の処理及び操作手順の一例を示すフローチャート。 本実施例のＧＣ−ＭＳシステムにおける波形処理実行時の表示画面の一例を示す模式図。 本実施例のＧＣ−ＭＳシステムにおける波形処理の結果得られるマスクロマトグラム表示画面（ｂ）及び従来のＧＣ−ＭＳシステムにおける波形処理の結果得られるマスクロマトグラム表示画面（ａ）の一例を示す図。 クロマトグラムに対する波形処理の結果描かれるベースライン補助線及びそれに基づくピーク面積算出対象の一例を示す概略図。

以下、本発明に係るクロマトグラフ質量分析用データ処理装置を備えたガスクロマトグラフ質量分析システム（以下「ＧＣ−ＭＳシステム」という）について、添付図面を参照して説明する。図１は本実施例によるＧＣ−ＭＳシステムの概略構成図である。

このＧＣ−ＭＳシステムは、試料中の含有成分を時間的に分離するガスクロマトグラフ（ＧＣ）１と、分離された各成分を質量電荷比に応じて分離して検出する質量分析計（ＭＳ）２と、ＭＳ２で取得されたデータを処理するためのパーソナルコンピュータ（ＰＣ）３と、を備える。ＰＣ３には専用のデータ処理用ソフトウエアがインストールされており、このソフトウエアをＰＣ３で実行することにより、クロマトグラム作成部３１、処理対象選択決定部３２、波形処理部３３、定量処理部３４などの機能ブロックを含むデータ処理部３０、測定データ保存部３５、入出力制御部３６などの各機能が具現化される。またＰＣ３には、マン−マシンインターフェイスとして、キーボードやマウス等のポインティングデバイスである操作部４と、表示部５とが接続されている。

このＧＣ−ＭＳシステムにおいて試料中の既知の目的化合物の定量を行う際には、その目的化合物の保持時間付近の所定の測定時間範囲において、化合物毎に予め決められている所定の質量電荷比の定量イオン及びそれとは異なる質量電荷比を有する１又は複数の確認イオンに対するＳＩＭ測定が実行される。ＳＩＭ測定の実行によって、その測定時間範囲に亘り、定量イオンの質量電荷比におけるイオン強度の時間的変化を示すデータ、及び１又は複数の確認イオンの質量電荷比におけるイオン強度の時間的変化を示すデータが得られ、これらデータが典型的には一つのデータファイルに格納されて測定データ保存部３５に保存される。

図２は本実施例のＧＣ−ＭＳシステムにおいて定量分析を実行する際の処理及び操作手順の一例を示すフローチャート、図３はその処理に際して表示部５に表示される定量分析用表示画面の一例を示す模式図である。
定量分析用表示画面５０では、或る程度広い測定時間範囲に対して得られている全てのクロマトグラムが表示される広範囲クロマトグラム表示領域５１が上部に配置され、その左下部に特定の質量電荷比に対する狭い測定時間範囲のマスクロマトグラムが表示される拡大クロマトグラム表示領域５２が配置され、その右隣には、測定対象の化合物名、保持時間などが列挙された化合物テーブル、又は各化合物の定量結果を示すテーブルなどが表示されるテーブル表示領域５３が配置されている。なお、図３の表示例では、テーブル表示領域５３には各化合物の定量結果を示すテーブルが表示されている。

オペレータが定量分析対象の試料を特定し操作部４で所定の操作を行うと、データ処理部３０においてクロマトグラム作成部３１は特定された試料に対して得られたデータを測定データ保存部３５から読み込み、質量電荷比に依らないトータルイオンクロマトグラム（ＴＩＣ）や特定の質量電荷比毎のマスクロマトグラム（ＭＩＣ）を作成する。作成されたトータルイオンクロマトグラムやマスクロマトグラムは、広範囲クロマトグラム表示領域５１内の一つのクロマトグラム表示枠中に異なる表示色で以て重ね描き表示される。

目的化合物の定量分析を行いたい場合、オペレータはテーブル表示領域５３に表示されている化合物テーブルや定量結果テーブル中で目的の化合物を操作部４により選択指示する。すると、クロマトグラム作成部３１は選択指示された化合物に対応する特定の質量電荷比を持つ定量イオン及び確認イオン（この例では確認イオンは２種類）のマスクロマトグラムを抽出し、目的化合物の保持時間を中心とする所定の時間範囲のマスクロマトグラムを拡大クロマトグラム表示領域５２に表示する（ステップＳ１）。

拡大クロマトグラム表示領域５２に表示されている定量イオンや確認イオンのマスクロマトグラムにおいて複数のピークが重なっている場合、ピーク分割を適切に行わないと、ピーク面積値に基づく正確な定量が行えない。ピーク分割は自動で行うことも可能であるが、ここでは、ピーク分割位置をオペレータが指定する手動波形処理を行うものとする。手動波形処理を行う場合には、オペレータが操作部４で所定操作を行うと、図３に示すように、定量分析用表示画面５０に重畳して処理メニューリスト５４が表示される。この中でオペレータが「手動波形処理」を選択する（ステップＳ２）と、処理対象選択決定部３２は処理メニューリスト５４の横にさらに処理対象イオンリスト５５を表示する。この処理対象イオンリスト５５には、「全イオン」、「定量イオン」、「確認イオン１」、「確認イオン２」という４種の選択肢が用意されている。「全イオン」とは、定量イオン及び２種類の確認イオンの３種のイオンを意味する。なお、或る化合物に３種以上の確認イオンが対応付けられている場合には、選択可能な確認イオンが増えるだけである。

オペレータは、ステップＳ２で選択指示した手動波形処理を実行したいマスクロマトグラムを、処理対象イオンリスト５５の中から選択指示する（ステップＳ３）。例えば、定量イオンと２種の確認イオンのマスクロマトグラムの全てについて同じ処理条件で以て手動波形処理を行いたい場合には、操作部４により「全イオン」を選択指示すればよく、或る一つのマスクロマトグラムについてのみ（例えば定量イオンのマスクロマトグラムのみ）指定した処理条件で以て手動波形処理を行いたい場合には、「定量イオン」、「確認イオン１」、又は「確認イオン２」のいずれかを同様に選択指示すればよい。従来は、このようなイオン毎の選択肢が用意されておらず、自動的に「全イオン」に対する波形処理が行われていたが、本実施例では、オペレータの判断によって波形処理を実施するマスクロマトグラムを自由に設定することが可能である。

オペレータにより複数の（この例では四つの）選択肢のうちのいずれか一つが選択指示されると、処理対象選択決定部３２は指示された処理対象イオンを波形処理部３３に通知する。波形処理部３３は通知された１又は複数のイオンに対するマスクロマトグラムについて、オペレータの手動操作による波形処理を実行する（ステップＳ４）。具体的には、マスクロマトグラム上で指定したピーク開始時刻及びピーク終了時刻をそれぞれピーク始点及びピーク終点としたベースライン補助線を描くような波形処理を実行したり、或いは、マスクロマトグラム上で指定した時刻でピークの垂直分割を行うようにベースライン補助線を描くような波形処理を実行したりする。

目的化合物由来であって上記ステップＳ４による波形処理対象とは別のイオンのマスクロマトグラムについて異なる処理条件の下での手動波形処理が必要であれば、ステップＳ５からＳ２へと戻り、「手動波形処理」の指定→処理対象イオンの選択指示→処理実行、という手順で必要なマスクロマトグラムの波形処理を実行する。それによって、定量イオン及び各確認イオンのマスクロマトグラムそれぞれについて、保持時間付近に現れる目的化合物由来と考えられるピークとこれに重なっているピークとを適切に分離するためのベースライン補助線が設定され、ピーク分割が可能となる。

そのあと、オペレータが処理メニューリスト５４中で「定量計算」の実行を指示すると、定量処理部３４は定量イオン及び確認イオンのマスクロマトグラムのそれぞれについて、波形処理によって設定されたベースライン補助線を利用して目的化合物の保持時間付近のピークの面積値を計算し、定量イオンのマスクロマトグラムから得られたピーク面積値を所定の検量線に照らして定量値（濃度）を算出する。また、定量イオン及び確認イオンのマスクロマトグラムからそれぞれ得られたピーク面積値に基づき確認イオン比を算出する（ステップＳ６）。

そして、入出力制御部３６を通して目的化合物の定量結果及び確認イオン比を表示する（ステップＳ７）。図３中のテーブル表示領域５３に配置されている定量結果テーブルでは、「濃度」が定量結果である。また、同テーブル中の「類似度」は標準のマススペクトルとの一致度に相当する情報である。

図４は或る一つの化合物由来の定量イオン及び２種の確認イオンのマスクロマトグラムに対する波形処理を行った結果例を示す図であり、（ａ）は従来のＧＣ−ＭＳシステムにおける波形処理の結果得られるマスクロマトグラム、（ｂ）は本実施例のＧＣ−ＭＳシステムにおける波形処理の結果得られるマスクロマトグラムである。これらは図には、▼で示す位置に保持時間を持つ目的化合物（フルバリネート：Fluvalinate-2）由来にする、定量イオン（m/z250.10）のマスクロマトグラムＡ、第１確認イオン（m/z252.10）のマスクロマトグラムＢ、第２確認イオン（m/z181.10）のマスクロマトグラムＣ、の三つが重畳して表示されている。定量イオンのマスクロマトグラムＡ及び第１確認イオンのマスクロマトグラムＢでは、目的化合物のピークはほぼ充分に分離されているのに対し、第２確認イオンのマスクロマトグラムＣでは、目的化合物のピークは時間的に先行する他の成分（夾雑物などと想定される）由来の大きなピークのテーリング部に完全に乗っている。

いま、定量イオンのマスクロマトグラムにおいて目的化合物の保持時間付近のピークを適切に抽出するには、ピーク開始時刻をｔ1、ピーク終了時刻をｔ2とした条件の下で波形処理を実行すればよい。従来、そうした処理条件の波形処理を実行すると、定量イオン及び２種の確認イオンのマスクロマトグラムＡ〜Ｃで同じようにベースライン補助線が引かれるため、図４（ａ）に示すように、定量イオン及び第１確認イオンのマスクロマトグラムＡ、Ｂについてはそれぞれ適切なベースライン補助線Ｐa、Ｐbが描かれるが、第２確認イオンのマスクロマトグラムＣについてはピーク開始時刻ｔ1における信号強度が極端に大きいため、不適切なベースライン補助線Ｐcが描かれてしまう。こうした不適切なベースライン補助線Ｐcに基づいて確認イオン比を計算しても、正確な値が求まらないことは明らかである。

これに対し、上述した本実施例のＧＣ／ＭＳシステムにおけるデータ処理では、オペレータは、ピーク開始時刻をｔ1、ピーク終了時刻をｔ2とした条件の下での波形処理を、定量イオン及び第１確認イオン（図３中の処理対象イオンリスト５５における「確認イオン１」）についてのみ適用するようにし、第２確認イオン（図３中の処理対象イオンリスト５５における「確認イオン２」）についてはピーク時刻ｔ3において垂直分割を行うように指示すればよい。これにより、従来の処理とは異なり、第２確認イオンのマスクロマトグラムＣにおいて重なったピークを適切に分割するようにベースライン補助線Ｐc’が描かれる。その結果、定量イオン、第１確認イオンだけでなく、第２確認イオンのピーク面積値も適切に算出されるから、これによって確認イオン比も精度よく求まり、定量イオンが真に目的化合物由来のものであるか否かを判断するための適切な情報をオペレータに提供することができる。

なお、上記実施例は本発明の一例にすぎず、本発明の趣旨に沿った範囲で適宜変形や修正、追加を行っても本願特許請求の範囲に包含されることは明らかである。

１…ガスクロマトグラフ（ＧＣ）
２…質量分析計（ＭＳ）
３…パーソナルコンピュータ（ＰＣ）
３０…データ処理部
３１…クロマトグラム作成部
３２…処理対象選択決定部
３３…波形処理部
３４…定量処理部
３５…測定データ保存部
３６…入出力制御部
４…操作部
５…表示部
５０…定量分析用表示画面
５１…広範囲クロマトグラム表示領域
５２…拡大クロマトグラム表示領域
５３…テーブル表示領域
５４…処理メニューリスト
５５…処理対象イオンリスト

Claims (3)

1. クロマトグラフ質量分析装置により収集されたデータに基づいて、所定質量電荷比を有する目的化合物由来の定量イオンとそれとは異なる質量電荷比を有する一又は複数の確認イオンとについてそれぞれマスクロマトグラムを作成し、それらマスクロマトグラム上のピークを利用して目的化合物を定量するクロマトグラフ質量分析用データ処理装置において、
   a)後記クロマトグラム波形処理部による所定の波形処理条件の下での波形処理の実行の設定時又はその実行時に、該波形処理の実行対象のマスクロマトグラムとして、少なくとも定量イオンのマスクロマトグラムのみ、１又は複数の確認イオンのマスクロマトグラムのみ、又は、定量イオン及び１又は複数の確認イオンのマスクロマトグラムの全て、のいずれかを選択するための表示を行い、該表示に対するオペレータの指示を受けて、前記波形処理の実行対象のマスクロマトグラムを決定するクロマトグラム選択決定部と、
   b)オペレータにより設定された波形処理条件に従って、マスクロマトグラム上の目的ピークの面積値又は高さ値を算出するために必要な波形処理を、前記クロマトグラム選択決定部により決定された１又は複数のマスクロマトグラムに対してそれぞれ実行するクロマトグラム波形処理部と、
   を備えることを特徴とするクロマトグラフ質量分析用データ処理装置。
2. 請求項１に記載のクロマトグラフ質量分析用データ処理装置であって、
   前記クロマトグラム波形処理部による波形処理は、マスクロマトグラム上で目的とするピークの面積値又は高さ値を算出する際に用いられるペースライン補助線を設定する処理であることを特徴とするクロマトグラフ質量分析用データ処理装置。
3. 請求項２に記載のクロマトグラフ質量分析用データ処理装置であって、
   前記クロマトグラム波形処理部により波形処理された定量イオンのマスクロマトグラム及び確認イオンのマスクロマトグラムに基づき、定量イオン及び確認イオンの各ピークの面積値又は高さ値を算出し、その定量イオンのピークの面積値又は高さ値と確認イオンのピークの面積値又は高さ値との比を確認イオン比として算出する確認イオン比計算部、をさらに備えることを特徴とするクロマトグラフ質量分析用データ処理装置。