JP2013530166A - 癌治療におけるｓｐａｒｃ微小環境痕跡シグネチャーの使用 - Google Patents

Abstract

本発明は、化学療法への反応を予測するための、マルチパラメトリックな抗ＳＰＡＲＣ抗体に基づいた技術を提供する。

【選択図】 図１

Description

本出願は、２０１０年６月３日に出願された、米国仮出願番号61/351,233の35 U.S.C. §119(e)のもとの優先権の利益を主張し、その全体の内容は参照することにより本明細書に組み込まれる。

酸性であり且つシステインに富んだ分泌タンパク質（オステオネクチン、ＢＭ４０、又はＳＰＡＲＣとしても知られる）（以下、「ＳＰＡＲＣ」という）は、マトリックス結合タンパク質であり、細胞の形状の変化を誘発し、細胞周期の進行を阻害し、かつ細胞外マトリックスの合成に影響する（Bradshaw et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA 100: 6045-6050 (2003)）。マウスＳＰＡＲＣ遺伝子は１９８６年にクローニングされ(Mason et al．， EMBO J． 5: 1465−1472 (1986))、全長ヒトＳＰＡＲＣ ｃＤＮＡは１９８７年にクローニング及びシークエンスされた（Swaroop et al., Genomics 2: 37-47 (1988)）。ＳＰＡＲＣの発現は発生的に制御され、正常発生中の再構築を受けている組織において、又は傷害への応答において、主に発現する。例えば、高レベルのＳＰＡＲＣタンパク質は、発生中の骨及び歯において発現する（例えば、Lane et al., FASEB J., 8, 163 173 (1994); Yan & Sage, J. Histochem. Cytochem. 47:1495-1505 (1999)を参照）。

ＳＰＡＲＣはいくつかの侵襲性の癌において上方制御されているが、対応する正常組織には存在しない（Porter et al., J. Histochem. Cytochem., 43, 791 (1995)）。ＳＰＡＲＣの発現は、様々な腫瘍の間で誘導される（例えば、膀胱、肝臓、卵巣、腎臓、腸、及び乳房）。膀胱癌において、例えば、ＳＰＡＲＣの発現は進行性の癌と関連している。ステージＴ２又はより進行した、浸潤性の膀胱腫瘍では、ステージＴ１の膀胱腫瘍（又は、より早期の表在性腫瘍）と比べ、高レベルのＳＰＡＲＣの発現を示し、より不良な予後となる（例えば、Yamanaka et al., J. Urology, 166, 2495−2499（2001）を参照）。髄膜腫において、ＳＰＡＲＣの発現は浸潤性腫瘍にのみ関連している（例えば、Rempel et al., Clincal Cancer Res., 5, 237 241 (1999)を参照）。ＳＰＡＲＣの発現は、上皮内浸潤性乳癌腫病変の７４．５％（例えば、Bellahcene et al., Am. J. Pathol., 146, 95−100（1995）を参照）、及び浸潤性の乳管癌の５４．２％（例えば、Kim et al., J. Korean Med. Sci., 13, 652−657（1998）を参照）でも検出される。ＳＰＡＲＣの発現は乳癌における頻繁な微小石灰化とも関連付けられており（例えば、上掲のBellahcene et al.を参照）、このことはＳＰＡＲＣの発現が、乳房転移の骨に対する親和性に関与し得ることを示唆している。

驚いたことに、ＳＰＡＲＣはいくつかの系において、抗腫瘍活性を有することも示されている。ＳＰＡＲＣは、細胞をｍｉｄ−Ｇにおいて停止させる強力な細胞周期阻害剤であり（Yan & Sage, J. Histochem. Cytochem. 47:1495-1505 (1999)）、ＳＰＡＲＣの誘導型発現は、ｉｎ ｖｉｔｒｏモデル系において、乳癌細胞の増殖を阻害することが示されている（Dhanesuan et al., Breast Cancer Res. Treat. 75:73-85 (2002)）。同様に、外来のＳＰＡＲＣは、ＨＯＳＥ（ヒト卵巣表面上皮）及び卵巣癌細胞の両方の増殖を、濃度依存的な様式で、減少させることができる。更に、ＳＰＡＲＣは卵巣癌細胞においてアポトーシスを誘導する。卵巣上皮細胞等の細胞上に存在する、ＳＰＡＲＣレセプターについての更なる証拠が報告されている。ＳＰＡＲＣの当該レセプターへの結合が、その腫瘍抑制機能を媒介する、組織特異的なシグナリング経路を作動させているであろうことが提唱されている（Yiu et al., Am. J. Pathol. 159:609-622 (2001)）。精製したＳＰＡＲＣが、強力に血管新生を阻害し、ｉｎ ｖｉｖｏでの異種移植モデル系において、神経芽細胞腫の腫瘍の成長を有意に弱めることも報告されている（Chlenski et al., Cancer Res. 62:7357-7363 (2002)）。

癌は現在主に、３種類の治療：手術、放射線、及び化学療法、のうちの１つ又はその組み合わせにより治療される。一般的に、手術は初期の癌を治療することにのみ効果的である。５０％を超える癌を有する個人については、彼らが診断されるまでに、彼らはもはや効果的な手術治療についての候補者ではなくなっている。放射線治療は、初期及び中期の癌で、臨床的に限局性疾患である個人に対してのみ効果的であり、転移を伴う後期の癌には効果的でない。

化学療法は、細胞の複製又は細胞の代謝の崩壊を伴う。化学療法は効果的であり得るが、しかし、深刻な副作用、例えば、嘔吐、低白血球（ＷＢＣ）、髪の喪失、体重の喪失、及び他の有毒な効果がある。非常に有毒な副作用のため、癌を有する多くの個人は完全な化学療法レジメンを成功裏に終えることができない。化学療法誘導性の副作用は、個人の生活の質へ著しく影響を与え、治療を受けている個人の服薬遵守へ劇的に影響し得る。更に、化学療法剤に関連した好ましくない副作用は、一般的に、これらの薬剤の投与における、主要な用量限定毒性（ＤＬＴ）である。例えば、粘膜炎はいくつかの抗癌剤（代謝拮抗細胞毒性剤、５−ＦＵ、メトトレキサート、及び抗腫瘍抗生物質、ドキソルビシン等が挙げられる）についての、主要な用量限定毒性の一つである。これら化学療法誘導性副作用の多くは、もし深刻であれば、入院することになり得る、又は痛みを管理するために鎮痛剤を用いた治療を必要とし得る。癌を有する個人の中には、耐性に乏しいために、化学療法で死亡する者もいる。抗癌剤の極度の副作用は、そのような薬剤の乏しい標的特異性により引き起こされる。薬剤は、個人のほとんどの正常臓器、及び意図した標的腫瘍を循環する。ごく一部の薬剤のみが正確に標的化されるので、副作用を起こす乏しい標的特異性は、化学療法の有効性も減ずる。化学療法の有効性は、標的腫瘍内での抗癌剤の保持が乏しいために、更に減少する。

癌の重大性及び広範性ゆえ、手術、化学療法、及び放射線治療の欠点を克服するような、当該疾患及び障害の効果的な治療に対する大きな必要性が存在する。特に、化学療法に関連した深刻な副作用を考慮して、どの腫瘍が化学療法レジメンに対し反応するか、又はしないかを同定する必要性がある。

本発明は、「ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャー」を、癌を有する動物の管理手段として提供する。「ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャー」（ＳＭＳ）は、２つの抗ＳＰＡＲＣ抗体（第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体は、腫瘍細胞において優先的にＳＰＡＲＣを染色し、第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体は、線維芽細胞において優先的にＳＰＡＲＣを染色する）を用いて、組織切片を染色した際に観察される、免疫染色パターンである。腫瘍細胞のＳＭＳを決定するために、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせを、免疫染色し、スコア化する（パーセンテージ陽性細胞として、０−４の特定の拡大率及び／又は染色強度で、免疫染色された領域のパーセンテージ）。

一の実施形態において、本発明は、化学療法レジメンを用いて動物における腫瘍を治療する方法を提供し、以下を含む：
（ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャーを得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
（ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、かつ、

（ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、化学療法レジメンの治療有効量を投与する。他の実施形態において、本発明は、動物における腫瘍の化学療法レジメンに対する反応を予測する方法を提供し、以下を含む：
（ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャーを得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
（ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、かつ、
（ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、化学療法レジメンに対する陽性反応を予測する。

他の実施形態において、本発明は、腫瘍を有する動物で、その腫瘍の進行の低いリスクを有するかどうか、又はその腫瘍による死亡の低いリスクを有するかどうかを予測する方法を提供し、以下を含む：
（ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャーを得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
（ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、かつ、
（ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、腫瘍の進行の低いリスク又は腫瘍による死亡の低いリスクを予測する。

本発明は、動物における腫瘍の、化学療法レジメンに対する反応を予測するためのキットも提供し、以下を含む：
（ａ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた免疫染色であって、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、かつ、
（ｂ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた免疫染色であって、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とする。

図１は、臨床試験設計の略図を示す。 図２は、ネオアジュバント乳癌試験における、ＨＥＲ２ネガティブ患者についての結果をグラフで示す（Ｎ＝１０７）。図２Ａは、無増悪期間（ＰＦＳ）を示し、図２Ｂは全体の生存率（ＯＳ）を示す。（ＰＦＳ及びＯＳの中央値は、この患者集団では得られなかった。） 図２は、ネオアジュバント乳癌試験における、ＨＥＲ２ネガティブ患者についての結果をグラフで示す（Ｎ＝１０７）。図２Ａは、無増悪期間（ＰＦＳ）を示し、図２Ｂは全体の生存率（ＯＳ）を示す。（ＰＦＳ及びＯＳの中央値は、この患者集団では得られなかった。） 図３は、ＳＭＳリスク群を別の予後因子へ加えることで、短縮したＰＦＳに関して、低リスク（０リスク因子）、中リスク（１リスク因子）、及び高リスク（２リスク因子）を有する腫瘍を更に区別したことを、グラフで説明する。 図４は、ＳＭＳリスク群を別の予後因子へ加えることで、短縮したＯＳに関して、低リスク（０リスク因子）、中リスク（１リスク因子）、及び高リスク（２リスク因子）を有する腫瘍を更に区別したことを、グラフで説明する。

発明の詳細な説明
本明細書で使用される場合、用語「腫瘍」は、良性又は悪性（癌性）であろうと、原発部位病変又は転移であろうと、いかなる新生物の成長、増殖、又は細胞集団をもいう。

本明細書で使用される場合、用語「癌」は、正常な増殖制御に対する感受性を喪失した細胞の増殖によって引き起こされる、又は特徴付けられる、増殖性疾患のことを言う。同一組織型の癌は通常、同一組織に由来し、それらの生物学的な特徴に基づいて異なるサブタイプに分けることができる。癌の４つの一般的なカテゴリーは、カルシノーマ（上皮組織由来）、肉腫（結合組織又は中胚葉系由来）、白血病（造血組織由来）、及びリンパ腫（リンパ組織由来）である。200を超える異なるタイプの癌が知られており、体の全ての臓器及び組織が罹患し得る。癌の定義を限定するものではないが、癌の具体例として、メラノーマ、白血病、星状細胞腫、神経膠芽腫、網膜芽細胞腫、リンパ腫、神経膠腫、ホジキンリンパ腫、及び慢性リンパ性白血病が挙げられる。様々な癌に罹患し得る臓器及び組織の例として、膵臓、乳房、甲状腺、卵巣、子宮、精巣、前立腺、甲状腺、脳下垂体、副腎、腎臓、胃、食道又は直腸、頭頸部、骨、神経系、皮膚、血液、鼻咽頭組織、肺、泌尿器、子宮頸部、膣、外分泌腺、内分泌腺が挙げられる。或いは、癌は多発癌又は原発不明癌（CUPS）であり得る。

本明細書中で使用される場合、「癌性細胞」とは、形質転換事象を起こした細胞であって、その増殖が前記の形質転換事象以前と同程度にはもはや制御されないものをいう。

本明細書で使用される場合、「薬物」とは、患者又は被験者へ投与され得る組成物であって、効果を生じさせることができるものをいう。上記効果は、化学的、生物学的、又は物理的なものであり得、患者又は被験者は、ヒト、又は齧歯動物若しくはトランスジェニックマウス等の非ヒト動物であり得る。上記組成物は、明確な分子的構成を有する有機若しくは無機の小分子であって、合成されたもの、天然に見出されるもの、又は部分合成起源のものを含み得る。このグループには、ヌクレオチド、核酸、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又はこれらの構成要素の少なくとも１つを含む複合体が含まれる。当該薬物は、効果を生じる組成物単独、又は医薬上許容される賦形剤との組み合わせで構成され得る。

本明細書中で使用される場合、「医薬上許容される賦形剤」は、任意及び全ての、生理学的に適合性の溶媒、分散媒、コーティング、抗菌、抗微生物又は抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤等を含む。上記賦形剤は、静脈内、腹腔内、筋肉内、髄腔内、又は口腔の投与に適したものであり得る。上記賦形剤は、無菌の注入可能な溶液又は分散液の即時調製のための、無菌の水性溶液又は分散液を含み得る。薬物の調製のためのそのような媒体の使用は当該技術分野で公知である。

本明細書で使用される場合、薬物の「薬理学上有効量」とは、薬剤が使用される期間に渡って送達される薬剤の、治療レベルをもたらすような濃度で存在する薬物の量を使用することをいう。これは、薬物を受容する被験者における、送達方法、投与の周期、年齢、体重、一般的な健康状態、性別、及び食事に依存し得る。どの用量が「薬理学上有効量」であるかの決定は、ルーチンの最適化を必要とし、これは当業者の能力の範囲内である。癌又は癌性細胞は、既定の治療レジメンまたは化学療法剤が、癌細胞を殺す若しくは腫瘍の大きさを減少させる能力、癌の全体的な成長を減少させる能力（即ち、血管新生の減少を介して）、及び／又は転移を阻害する能力に基づいて、該レジメンに対して「感受性」又は「抵抗性」と記述され得る。治療レジメンに対して抵抗性の癌細胞は、該レジメンに反応せず増殖し続ける可能性がある。治療レジメンに対して感受性の癌細胞は、該レジメンに反応し、細胞死、腫瘍サイズの減少、全体的な成長の減少（腫瘍量）、又は転移阻害をもたらし得る。

本明細書中で使用される場合、「治療レジメン」又は「治療」とは、癌性細胞に有害な少なくとも１つの薬剤の投与のことをいう。本発明に従って使用される適切な治療レジメンは、「化学療法レジメン」、「放射線治療レジメン」、「代替治療レジメン」、及びこれらの組み合わせを含むが、これらに限定されるものではない。

本明細書中で使用される場合、「化学療法」とは、癌性細胞を破壊するための有害な、少なくとも１つの化学療法薬の投与のことをいう。臨床医が使用可能なそのような化学療法薬は多種多様に存在する。化学療法薬は対象に対して単回ボーラス投与、又は時間をかけてより少量の投与で実施され得る。単一の化学療法薬（単一薬剤治療法）又は複数の薬剤の組み合わせ（併用療法）が使用され得る。化学療法はそれのみで、いくつかのタイプの癌の治療に用いることができる。或いは、化学療法は、放射線治療又は本明細書に記載されている他の治療法（例えば免疫治療法）等の他の治療法との組み合わせで用いることができる。更に、化学療法増感剤が化学療法薬との併用療法として投与され得る。

本明細書中で使用される場合、「化学療法薬」又は「抗癌剤」とは、癌を治療するために使用される場合があり、一般的に、直接癌性細胞を殺す能力を有する薬物のことをいう。化学療法薬の例としては、アルキル化剤、代謝拮抗薬、天然物、ホルモン、及び拮抗薬、並びに種々の作用物質が挙げられる。別称の例は括弧内に示される。アルキル化剤の例は、メクロレタミン、シクロフォスファミド、イホスファミド、メルファラン（L−サルコリジン）、及びクロラムブシル等のナイトロジェンマスタード；ヘキサメチルメラミン及びチオテパ等のエチレンイミン及びメチルメラミン；ブスルファン等のアルキルスルホン酸；カルムスチン（BCNU）、セムスチン（メチル−CCNU）、ロムスチン（CCNU）、及びストレプトゾシン（ストレプトゾトシン）等のニトロソウレア；リン酸エストラムスチン等のDNA合成拮抗剤；並びにダカルバジン（DTIC、ジメチル−トリアゼノイミダゾールカルボキサミド）及びテモゾロミド等のトリアジンを含む。代謝拮抗薬の例は、メトトレキサート（アメトプテリン）等の葉酸類似体；フルオロウラシン(fluorouracin)（5−フルオロウラシル、5−FU、5FU）、フロクスウリジン（フルオロデオキシウリジン、FUdR）、シタラビン（シトシンアラビノシド）、及びゲムシタビン等のピリミジン類似体；メルカプトプリン（6−メルカプトプリン、6−MP）、チオグアニン（6−チオグアニン、TG）及びペントスタチン（2'−デオキシコホルマイシン、デオキシコホルマイシン）、クラドリビン及びフルダラビン等のプリン類似体；並びにアムサクリン等のトポイソメラーゼ阻害剤を含む。天然物の例は、ビンブラスチン（VLB）及びビンクリスチン等のビンカアルカロイド；パクリタキセル及びドセタキセル（タキソテール）等のタキサン；エトポシド及びテニポシド等のエピポドフィロトキシン；トポテカン及びイリノテカン等のカンプトテシン；ダクチノマイシン（アクチノマイシンD）、ダウノルビシン（ダウノマイシン、ルビドマイシン）、ドキソルビシン、ブレオマイシン、マイトマイシン（マイトマイシンC）、イダルビシン、エピルビシン等の抗生物質；L−アスパラギナーゼ等の酵素；並びにインターフェロンα及びインターロイキン２等の生物学的応答調節物質を含む。ホルモン及び拮抗薬の例は、ブセレリン等の黄体ホルモン放出ホルモン作用物質；プレドニゾン及び関連製剤等の副腎皮質ステロイド；カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；ジエチルスチルベストロール及びエチニルエストラジオール及び関連製剤等のエストロゲン；タモキシフェン及びアナストロゾール等のエストロゲン拮抗薬；プロピオン酸テストステロン及びフルオキシメステロン及び関連製剤等のアンドロゲン；フルタミド及びビカルタミド等のアンドロゲン拮抗薬；並びにリュープロリド等の性腺刺激ホルモン放出ホルモン類似体を含む。種々の作用物質の例は、サリドマイド；シスプラチン（cis-DDP）、オキサリプラチン及びカルボプラチン等の白金配位錯体；ミトキサントロン等のアントラセンジオン；ヒドロキシウレア等の置換尿素；プロカルバジン（N-メチルヒドラジン、MIH）等のメチルヒドラジン誘導体；ミトタン（o,p'-DDD）及びアミノグルテチミド等の副腎皮質抑制剤；ベキサロテン等のRXR作用物質；並びにイマチニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤を含む。これらの物質及び化学療法薬の追加の例の別称及び商標名、並びに用量や投与レジメンを含むそれらの使用法は当該分野に精通した者に公知であろう。特に、本発明に従って使用される適切な化学療法薬は、ナノ粒子アルブミン結合パクリタキセルを含むが、これに限定されるものではない。

アブラキサン（登録商標）（ＡＢＩ−００７としても知られる）は好ましい化学療法薬である。アブラキサン（登録商標）は、パクリタキセルのアルブミン-ナノ粒子製剤である。アルブミンナノ粒子の媒体としての使用は、生理食塩水で再構成した際にコロイドの形成をもたらす。臨床研究に基づいて、アブラキサン（登録商標）の使用が、タキソール（登録商標）と比べて、減少した過敏性反応により特徴付けられることが示されている。従って、アブラキサン（登録商標）を受けている患者については、前投薬の必要はない。

アルブミン−ナノ粒子形成の別の利点は、有毒な乳化剤を除外することによって、タキソール（登録商標）よりも、より高用量のパクリタキセルをより高頻度の間隔で投与することが可能であるという点である。（ｉ）より高い許容できる用量（３００ｍｇ／ｍ^２）、（ｉｉ）より長い半減期、（ｉｉｉ）長期の局所的な腫瘍への使用可能性、及び／又は（ｉｖ）持続したｉｎ ｖｉｖｏ放出アブラキサン（登録商標）の結果として、増強された有効性が固形腫瘍において見ることができるという可能性が存在する。

陽性反応は、少なくとも５％、好ましくは少なくとも１０％、より好ましくは少なくとも１５％、更により好ましくは少なくとも２０％、最も好ましくは少なくとも２５％又はそれ以上の計量の改善によって示されるような、病理学的な反応（腫瘍サイズ又は重量の減少）、全体の生存率、又は無増悪期間を含むものとして定義されるが、これらに限定されるものではない。或いは、上記計量は、治療なし、又は治療前、又は他の治療と比較して、統計的に有意な量による改善を示す。

陰性反応は、病理学的な進行、減じた全体の生存率又は無増悪期間を含むが、これらに限定されない。

本明細書中で使用される場合、用語「放射線治療レジメン」又は「放射線治療」は、癌性細胞を殺す放射線の投与のことをいう。放射線は細胞内の様々な分子と相互作用するが、細胞死という結果を招く主要な標的はデオキシリボ核酸（DNA）である。しかしながら、放射線治療はしばしば細胞膜及び核膜並びに他の細胞小器官に対しても傷害をもたらす。DNA損傷は通常、糖−リン酸骨格における１本鎖及び２本鎖切断に関連する。更に、細胞機能を破壊し得る、DNAとタンパク質の架橋が生じる可能性がある。放射線のタイプによって、DNA損傷の機序は、相対的な生物学的有効性と共に、様々であり得る。例えば、重粒子（即ち陽子、中性子）はDNAを直接傷害し、より大きな相対的生物学的有効性を有する。電磁放射線は主に細胞内の水のイオン化によって生じる、寿命の短いヒドロキシル基のフリーラジカルを介して、間接的なイオン化という結果をもたらす。放射線の臨床応用は、外部からの放射線照射（外部の照射源から）及び密封小線源治療（患者に移植された又は埋め込まれた放射線源の使用）からなる。外部からの放射線照射は、X線及び／又はガンマ線からなり、一方、密封小線源治療は崩壊してアルファ粒子、又はガンマ線と共にベータ粒子を放射する放射性核を用いる。

放射線治療は更に、併用化学療法において、放射線増感剤として作用する化学療法薬と共に使用され得る。個々の患者に適した特定の放射線治療法の選択は、当業者によって治療の時点で癌の組織やステージを考慮した上で決定され得る。

本明細書中で使用される場合、用語「代替治療レジメン」又は「代替治療」は、例えば、生物学的応答修飾因子（ポリペプチド性、炭水化物性、及び脂質性の生物学的応答修飾因子を含む）、毒素、レクチン、血管新生抑制剤、受容体型チロシンキナーゼ阻害剤（例えばイレッサ（登録商標）（ゲフィチニブ）、タルセバ（登録商標）（エルロチニブ）、アービタックス（登録商標）（セツキシマブ）、イマチニブメシル酸塩（グリベック（登録商標））、プロテアソーム(proteosome)阻害剤（例えば、ボルテゾミブ、（ベルケイド（登録商標））；PTK787（ZK222584）、オーロラキナーゼ阻害剤（例えばZM447439）等のVEGFR2阻害剤；哺乳類ラパマイシン標的タンパク質（mTOR）阻害剤、シクロオキシゲナーゼ−２（COX-2）阻害剤、ラパマイシン阻害剤（例えば、シロリムス、（ラパミューン（登録商標）））；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤（例えば、ティピファニブ（ザーネストラ（登録商標）））；マトリックスメタロプロテアーゼ阻害剤（例えば、BAY 12-9566；硫酸多糖テコガラン）；血管新生阻害剤（例えば、ベバシズマブ（アバスチン（登録商標）））；TNP-4等のフマギリン類似体；カルボキシアミノトリアゾール(carboxyaminotriazole)；BB-94及びBB-2516；サリドマイド；インターロイキン−１２；リノマイド；ペプチド断片；並びに血管成長因子及び血管成長因子受容体に対する抗体）；血小板由来成長因子受容体阻害剤、プロテインキナーゼC阻害剤、マイトジェン活性化キナーゼ阻害剤、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ阻害剤、ラウス肉腫ウイルス形質転換癌遺伝子（SRC）阻害剤、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤、小分子低酸素誘導因子阻害剤、ヘッジホッグ阻害剤、並びにTGF-βシグナル阻害剤を含み得る。更に、免疫治療薬もまた代替治療レジメンとして考えられるであろう。例として、ケモカイン、ケモタキシン、サイトカイン、インターロイキン、又は組織因子が含まれる。適切な免疫治療薬には、事前に作られた抗体を含む血清又はガンマグロブリン；非特異的な免疫刺激アジュバンド；能動的で特異的な免疫療法；及び養子免疫療法も含まれる。更に、代替治療法は、ポリヌクレオチド（アンチセンス分子を含む）、ポリペプチド、抗体、遺伝子治療ベクター等の、他の生物を基盤とした化学物質を含み得る。そのような代替治療は、単独若しくは組み合わせで、又は本明細書に記載されている別の治療レジメンとの組み合わせで実施されてもよい。代替治療レジメンにおいて用いられるこれらの薬剤の別称及び商標名、並びに代替治療レジメンで用いられている薬剤の追加の例、並びに用量や投与レジメンを含むそれらの使用方法は、当該分野に精通した臨床医に公知であろう。更に、用量及び投与レジメンを含めて、併用療法における代替治療レジメンに用いられる、化学療法薬及び他の薬剤の使用方法もまた、当該技術分野の精通した者に公知であろう。

特に、適切な代替治療レジメンは、Her2（例えばトラスツズマブ）、EGF又はEGF受容体、VEGF（例えばベバシズマブ）又はVEGF受容体、CD20等に対する抗体等の、癌細胞表面上の分子に対する抗体を含むが、これに限定されるものではない。治療薬は、補体活性化、細胞を介した細胞毒、アポトーシス誘導、細胞死誘導、及びオプソニン化のうちの一以上を媒介する任意の抗体又は抗体断片を更に含み得る。例えば、そのような抗体断片は、完全な又は部分的なFc領域であり得る。

本明細書で使用される場合、用語「組織切片」は、顕微鏡スライド上にマウントし、任意の適当なプロトコールにより染色するのに適した、組織サンプルの薄い切片のことをいう。本明細書で使用される場合、「組織切片を免疫染色すること」は、細胞及び細胞内マトリックスの成分への抗体の結合の結果としてもたらされる、組織切片の細胞及び細胞内マトリックスの染色のことをいう。本明細書で使用される場合、「主に（predominantly）」又は「優先的に（preferentially）」構造を染色することとは、例えば、線維芽細胞よりも癌細胞で、組織切片において優先的に染色された構造の免疫染色は、病理学者によって任意の適切な系により等級分けされた強度であるべきである（例えば、当業者により顕微鏡で観察されたとき３／３、全ての他の構造の染色は、１／３の強度のみ又は０／３を示す（染色なし））。

本明細書で使用される場合、用語「エピトープ」とは、抗体によって結合された三次元構造をいい、特に、該抗体により標的とされたアミノ酸配列をいう。本明細書で使用される場合、用語「ＭＡＢ９４１モノクローナル抗体により認識されるエピトープ」は、ＭＡＢ９４１モノクローナル抗体により結合される、ＳＰＡＲＣのアミノ酸配列のことをいう。（ＳＰＡＲＣモノクローナル抗体（R&D Systems、ミネアポリス、MN）、カタログ番号ＭＡＢ９４１）

本明細書で使用される場合、「免疫優性エピトープ」は、ポリクローナル抗血清中の抗体により、最も強い共同的な結合力で結合される、三次元構造をいう。特に、免疫染色プロトコールにおける染色のパターンの原因となるエピトープは、該ポリクローナル抗血清を用いている。本明細書で使用される場合、用語「ＡＦ９４１ポリクローナル抗体によって認識される免疫優性ＳＰＡＲＣエピトープ」は、ＡＦ９４１ポリクローナル抗血清によって、最も強い結合力が見られる、ＳＰＡＲＣのペプチド及びアミノ酸配列をいう。従って、これらのＳＰＡＲＣのペプチド及びアミノ酸配列への結合、並びにその染色が生じ、大部分の免疫染色が観察される。（ＳＰＡＲＣポリクローナル抗体（R&D Systems、ミネアポリス、MN）、カタログ番号ＡＦ９４１）。

エピトープマッピングもまた、当該技術分野で公知の標準的な技術を使用して行うことが可能である。例えば、"Epitope Mapping," Chapter 11, in Using Antibodies by Ed Harlow and David Lane. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 1999（その全体を参照することによって本明細書に組み込まれる）、のプロトコール。エピトープをマッピングすることにより、エピトープ特異的抗体を、標準的な技術によって、容易に産生することが可能である。

「抗体」は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、ダイマー、マルチマー、多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体）を意味するが、これに限定されるものではない。抗体は、マウス由来、ヒト由来、ヒト化、キメラ型、又は他の種由来のものであり得る。抗体は特異的な抗原を認識し結合することのできる、免疫系によって産生されたタンパク質である。標的抗原は一般的に、複数の抗体のCDRによって認識される多くの結合部位（エピトープとも呼ばれる）を有する。異なるエピトープに特異的に結合するそれぞれの抗体は、異なる構造を有する。故に、抗原は一つより多くの対応する抗体を有し得る。

抗体は、全長のイムノグロブリン分子又は全長のイムノグロブリン分子の免疫学的な活性部位（即ち、対象となる標的抗原又はその一部に、免疫特異的に結合するような抗原結合部位を含む分子）を含む。標的としては、癌細胞、又は自己免疫疾患に関連する自己免疫抗体を産生する他の細胞が挙げられる。

本明細書で開示されているイムノグロブリンは、任意のクラス（例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、及びIgA）又はサブクラス（例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びIgA2）であるイムノグロブリン分子であり得る。上記イムノグロブリンは任意の動物由来のものであり得る。

「抗体断片」は、所望の生物学的活性を維持している全長抗体の一部を含む。「抗体断片」は一般的に、抗体の結合領域又は可変領域のことである。抗体断片の例は、Fab、Fab'、F(ab')２、及びFv断片；二重特異性抗体；直鎖状抗体；Fab発現ライブラリーにより産生された断片、抗イディオタイプ（anti-Id）抗体、CDR（相補性決定領域）、及び癌細胞抗原、ウイルス抗原又は微生物抗原に免疫特異的に結合する上記の任意のエピトープ結合断片、一本鎖抗体分子；並びに抗体断片から形成された多重特異性抗体を含む。

本明細書で参照されているモノクローナル抗体は具体的に、重鎖及び／又は軽鎖の一部が、特定の種由来又は特定のクラス若しくはサブクラスに属する抗体における対応配列と同一又は相同であり、一方で、鎖（複数）の残りの部分が、別の種由来又は別のクラス又はサブクラスに属する抗体における対応配列と同一又は相同である「キメラ」抗体を含み、また同様に、望ましい生物学的活性示す限りそのような抗体の断片も含む（米国特許第4,816,567号明細書）。ここで対象となるキメラ抗体は、非ヒト霊長類（例えば、旧世界ザル又は類人猿）由来の可変領域抗原結合配列及びヒト定常領域配列を含有する「霊長類化」抗体を含む。

「抗体依存的細胞媒介性細胞傷害」及び「ADCC」は、Fc受容体（FcR）を発現する非特異的細胞傷害性細胞（例えば、ナチュラルキラー（NK）細胞、好中球、及びマクロファージ）が、標的細胞上に結合している抗体を認識し、結果として標的細胞の溶解を引き起こす、細胞を媒介した反応のことをいう。ADCCを媒介する主要な細胞（NK細胞）は、FcγRIIIのみを発現するのに対し、単核球はFcγRI、FcγRII及びFcγRIIIを発現する。対象分子のADCC活性を評価するために、in vitro ADCC解析を行うことができる（米国特許第5,003,621号明細書; 米国特許第5,821,337号明細書）。当該解析に役立つエフェクター細胞としては、末梢血単核球（PBMC）及びナチュラルキラー（NK）細胞が挙げられる。

「細胞死を誘導する」抗体は、生細胞を非生細胞にするものである。抗体依存的細胞媒介性細胞傷害（ADCC）によって誘導される細胞死、又は補体依存性細胞傷害（CDC）によって誘導される細胞死とを区別するために、in vitroにおいて細胞死を、補体の非存在下及び免疫エフェクター細胞の非存在下で決定し得る。故に、細胞死の解析は、熱失活させた血清（即ち補体の非存在下）を使用して、かつ、免疫エフェクター細胞の非存在下で行われ得る。抗体が細胞死を誘導できるかを決定するために、ヨウ化プロピジウム（PI）、トリパンブルー又は7AADの取込みによって膜完全性の欠失を、未処理の細胞と比較することで評価することができる。細胞死誘導抗体は、BT474細胞においてPI取込み解析でPIの取込みを誘導する。

「アポトーシスを誘導する」抗体は、アネキシンVの結合、DNAの断片化、細胞縮小、小胞体の拡張、細胞の断片化、及び／又は膜小胞形成（アポトーシス小体）によって決定されるプログラム細胞死を誘導するものである。

本明細書中で使用される場合、「化学療法増感剤」又は「増感剤」は、化学療法薬、放射線療法又は代替治療レジメンの治療効果を増進し、それ故、そのような治療又は薬剤の効果を向上させる可能性のある薬物である。治療に対する腫瘍又は癌性細胞の感受性又は抵抗性は、ヒト又は齧歯動物等の動物において、例えば腫瘍の大きさ、腫瘍の重量又は一定期間中における転移発生頻度を測定する等によっても評価される場合がある。例えば、ヒトについては約２、約３、約４又は約６ヶ月、及びマウスについては約２〜４、約３〜５、又は約４〜６週が挙げられる。治療の組成物又は方法は、前記組成物又は方法を欠く状態での治療感受性又は抵抗性と比べ、治療感受性の増加又は抵抗性の減少が、約１０％以上、例えば、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、若しくはそれより高い、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約２０倍若しくはそれより高い場合に、治療法に対する腫瘍又は癌性細胞の反応を感作し得る。治療法に対する感受性又は抵抗性の決定は、当該技術分野で通常行われており、当該技術分野に精通した者の技術範疇にある。

用語「ペプチド」、「ポリペプチド」、及び「タンパク質」は、互換的に用いられる場合があり、ペプチド結合又は修飾型ペプチド結合（例えば、半減期の増加等の付加的な望ましい性質をペプチドに提供し得る、ペプチドアイソスター（修飾型ペプチド結合））によって、共有結合的につながれた少なくとも２つのアミノ酸残基を含む化合物のことをいう。ペプチドは少なくとも２つのアミノ酸を含み得る。本明細書に記載のペプチド又はタンパク質を構成するアミノ酸は、翻訳後修飾等の自然過程又は当該技術分野で周知の化学修飾技術のいずれかによって修飾されていてもよい。修飾はペプチド骨格、アミノ酸側鎖及びアミノ又はカルボキシル末端を含む、ペプチド中のいかなる場所にも起こり得る。同様の修飾は、あるペプチドにおけるいくつかの部位で同じ又は異なる度合いで存在し得ると理解されている。

ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャー（ＳＭＳ）を決定するための方法論は、第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体（第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体は腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色する）、及び第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体（第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体は線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色する）を用いて、腫瘍の組織切片を免疫染色することを含む。ＳＰＡＲＣ発現の７つの構成要素：腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス（ストローマ）、血管、神経、及び他の腫瘍内の正常な解剖学的形態を、２つの異なる抗体を用いて決定した。各領域において染色された細胞のパーセント（腫瘍の各構成要素についての、染色強度（０〜４）及び全体のスコア（依存性変数））を決定した（患者当りの全変数：７構成要素×２抗体×３スコア＝４２変数スコア）。

本発明の全ての方法において、腫瘍及び線維芽細胞のＳＰＡＲＣ染色の正確な分布を分析するために、適切な抗ＳＰＡＲＣ抗体は、組織マイクロアレイ等の当業者に公知の適切な任意の方法を使用して同定することができる。当該技術分野で公知の標準的な技術によって産生した、モノクローナル及びポリクローナル抗体を使用することが可能である。特に好ましい抗ＳＰＡＲＣ抗体の一つは、ＡＦ９４１ポリクローナル抗体によって認識される免疫優性エピトープを認識する抗体であり、腫瘍細胞を優先的に免疫染色することに使用することが可能である。

選択したブロックからの二つ組みの０．６ｍｍコアを含む組織マイクロアレイは、Beecher Instruments Micro Tissue Arrayerを使用して構築することができる。４μｍの厚みの切片を、全アレイブロックから切り出し、シラン処理されたガラススライドに移すことができる。当該アレイからの切片はその後、ヘマトキシリン及びエオジンで染色し、妥当性を評価することが可能である。電子レンジでの抗原回復は、圧力鍋（Nordic Ware）中の１０ｍｍクエン酸緩衝液（ｐＨ６．０）にスライドを置き、４分間、圧力下で、前記緩衝液が沸騰するまでハイパワーで電子レンジにかけることから構成され得る。この時点で電子レンジを止め、スライドを圧力鍋で更に２０分間インキュベートし、その後、それらを取り出し洗浄する。プロテイナーゼによる抗原回復は、製造業者の推奨プロトコールに従い、プロテイナーゼ−１溶液（Ventana）中での４分間のインキュベーションから構成される。

一の実施形態において、本発明は、化学療法レジメンを用いて動物における腫瘍を治療する方法を提供し、以下を含む：
（ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャーを得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
（ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、かつ、
（ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、化学療法レジメンの治療有効量を投与すること。

本発明は、化学療法レジメンで動物における腫瘍を治療する方法における使用について、いくつかの典型的な所定のＳＭＳ’ｓを提供する。１つの典型的な所定のＳＭＳは、腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞の少なくとも７０％が上記第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること、並びに少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが上記第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む。

化学療法レジメンで動物における腫瘍を治療する方法における使用についての、他の典型的な所定のＳＭＳは、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが上記第一の抗体で染色陽性であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が上記第二の抗体で染色陽性である、免疫染色を含む。

化学療法レジメンで動物における腫瘍を治療する方法における使用についての、他の典型的な所定のＳＭＳは、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが上記第一の抗体で染色陽性であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが上記第二の抗体で染色陽性であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有する、免疫染色を含む。

化学療法レジメンで動物における腫瘍を治療する方法における使用についての、他の典型的な所定のＳＭＳは、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する；５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体での染色陽性である；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアである、免疫染色を含む。

化学療法レジメンで動物における腫瘍を治療する方法の好ましい実施形態において、腫瘍は乳癌であり、所定のＳＭＳは、少なくとも７０％の腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞が第一の抗体で染色陽性であり、少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性である、免疫染色を含む。

化学療法レジメンで動物における腫瘍を治療する方法の、他の好ましい実施形態において、腫瘍は乳癌であり、所定のＳＭＳは、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性である、免疫染色を含む。特に好ましい実施形態において、腫瘍はＨｅｒ２ネガティブ乳癌であり、化学療法レジメンは、nab-パクリタキセル（１７５ｍｇ／ｍ^２）、ゲムシタビン（２０００ｍｇ／ｍ^２）、及びエピルビシン（５０ｍｇ／ｍ^２）を用いた１４日間、６周期を含む手術前の治療、並びにnab-パクリタキセル（２２０ｍｇ／ｍ^２）＋ゲムシタビン（２０００ｍｇ／ｍ^２）（１４日間の４周期）を含む手術後の治療を含む。

化学療法レジメンで動物における腫瘍を治療する方法の、他の特に好ましい実施形態において、腫瘍はＨｅｒ２乳癌であり、所定のＳＭＳは、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性である、免疫染色を含み、化学療法レジメンは、（ａ）２８日周期の１、８、１５日目で１２５ｍｇ／ｍ２でネオアジュバントnab-パクリタキセル；（ｂ）２８日周期の１日目でカルボプラチンＡＵＣ６（ｃ）４ｍｇ／ｋｇ量と、それに続く２ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋのトラスツズマブ、並びに（ｄ）５ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋでのベバシズマブ、を６周期行うことを含む。上記の６周期の後、原発腫瘍の手術での摘出を行い、その後、今度は５２週間の治療有効量のトラスツズマブ及びベバシズマブの治療を行う。

化学療法レジメンで動物における腫瘍を治療する方法の、他の好ましい実施形態において、腫瘍は膵臓癌であり、化学療法レジメンはnab-パクリタキセルを含み、所定のＳＭＳは、５０％未満の、腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体での染色陽性であり、５０％未満の、腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度の陽性スコア有している、免疫染色を含む。

化学療法レジメンで動物における腫瘍を治療する方法の、他の好ましい実施形態において、腫瘍はメラノーマであり、化学療法レジメンはnab-パクリタキセルを含み、所定のＳＭＳは、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する；約５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体で染色陽性である；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアである、免疫染色を含む。

他の実施形態において、本発明は、動物における腫瘍の化学療法レジメンに対する反応を予測する方法を提供し、以下を含む：
（ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャーを得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
（ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、かつ、
（ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、化学療法レジメンに対する陽性反応を予測する。

本発明は、動物における腫瘍の化学療法レジメンに対する反応を予測する方法をも提供し、以下を含む：ＡＦ９４１ポリクローナル抗体により認識される、免疫優性エピトープを認識する抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて、腫瘍の組織切片を免疫染色し、かつ抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた組織切片における腫瘍細胞の染色が見られた場合に、化学療法レジメンに対する陽性反応を予測する。特に、本発明は、腫瘍の化学療法レジメン（該化学療法レジメンはアルブミン結合ナノ粒子パクリタキセル及びゲムシタビンを投与することを含む）への反応を予測する方法を提供する。

本発明は、動物における腫瘍の化学療法レジメンへの反応を予測する方法をも提供する（ここで、「反応」とは、病理学的反応、全体の生存率、又は無増悪期間として定義されるが、これらに限定されない）。上記方法は以下を含む：抗ＳＰＡＲＣ抗体が、ＭＡＢ９４１モノクローナル抗体により認識されるエピトープを認識するものであって、該抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた組織切片における腫瘍細胞の染色が見られた場合に、化学療法レジメンに対する乏しい反応を予測する。特に、本発明は、膵臓癌の化学療法レジメンへの反応を予測する方法を提供し、ここで該化学療法レジメンは、アルブミン結合ナノ粒子パクリタキセル及びゲムシタビンを投与することを含む。

本発明は、動物における腫瘍の化学療法レジメンへの反応を予測するための使用について、いくつかの典型的な所定のＳＭＳ’ｓを提供する。１つの典型的な所定のＳＭＳは、腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞の少なくとも７０％が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること、並びに少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む。

動物における腫瘍の化学療法レジメンへの反応を予測する方法における使用についての、他の典型的な所定のＳＭＳは、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性である、免疫染色を含む。

動物における腫瘍の化学療法レジメンへの反応を予測する方法における使用についての、他の典型的な所定のＳＭＳは、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有する、免疫染色を含む。

動物における腫瘍の化学療法レジメンへの反応を予測する方法における使用についての、他の典型的なＳＭＳは、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する；５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体で染色陽性である；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアである、免疫染色を含む。

他の実施形態において、本発明は、腫瘍を有する動物で、その腫瘍の進行の低いリスクを有するかどうかを予測する方法を提供し、以下を含む：
（ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャーを得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
（ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、かつ、
（ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、進行の低いリスクを予測する。

本発明は、腫瘍を有する動物がその腫瘍の進行についての低いリスクを有するかを予測することにおける使用について、いくつかの典型的な所定のＳＭＳ’ｓを提供する。１つのそのような典型的な所定のＳＭＳは、７０％未満の腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること、並びに少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む。

腫瘍を有する動物がその腫瘍の進行についての低いリスクを有するかを予測する方法における使用についての、他の典型的な所定のＳＭＳは、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性である、免疫染色を含む。好ましい実施形態において、この所定のＳＭＳを有する腫瘍は、乳癌腫瘍である。

腫瘍を有する動物がその腫瘍の進行についての低いリスクを有するかを予測する方法における使用についての、他の典型的な所定のＳＭＳは、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有する、免疫染色を含む。好ましい実施形態において、この所定のＳＭＳを有する腫瘍は、膵臓癌腫瘍である。

腫瘍を有する動物がその腫瘍の進行についての低いリスクを有するかを予測する方法における使用についての、他の典型的なＳＭＳは、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する；５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体で染色陽性である；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアである、免疫染色を含む。好ましい実施形態において、この所定のＳＭＳを有する腫瘍は、メラノーマ腫瘍である。

腫瘍を有する動物がその腫瘍の進行についての低いリスクを有するかを予測する方法の好ましい実施形態では、該腫瘍が乳癌であって、約７０％未満の腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞が第一の抗体で染色陽性であり、少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性である、免疫染色を含む所定のＳＭＳを含む。

腫瘍を有する動物がその腫瘍の進行についての低いリスクを有するかを予測する方法は、該動物への化学療法レジメンの投与を更に含み得る。好ましい実施形態において、上記化学療法レジメンはパクリタキセルを含む。

他の実施形態において、本発明は、腫瘍を有する動物が、その腫瘍による死亡についての低いリスクを有するかを予測する方法を提供し、以下を含む：
（ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャーを得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
（ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
（ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、かつ、
（ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、該動物が腫瘍による死亡の低いリスクを有することを予測する。

本発明は、腫瘍を有する動物が、その腫瘍による死亡についての低いリスクを有するかを予測することにおける使用について、いくつかの典型的な所定のＳＭＳ’ｓを提供する。腫瘍を有する動物が、その腫瘍による死亡についての低いリスクを有するかを予測する方法の好ましい実施形態では、該腫瘍が乳癌であって、約７０％未満の腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞が第一の抗体で染色陽性であり、少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性である、免疫染色を含む所定のＳＭＳを含む。

腫瘍を有する動物が、その腫瘍による死亡についての低いリスクを有するかを予測する方法の、他の好ましい実施形態は、該腫瘍が乳癌であって、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性である、免疫染色を含む所定のＳＭＳを含む。

腫瘍を有する動物が、その腫瘍による死亡についての低いリスクを有するかを予測する方法の、他の好ましい実施形態は、該腫瘍が膵臓癌であって、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有する、免疫染色を含む所定のＳＭＳを含む。

腫瘍を有する動物が、その腫瘍による死亡についての低いリスクを有するかを予測する方法の、他の好ましい実施形態は、該腫瘍がメラノーマであって、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する；約５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体で染色陽性である；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアである、免疫染色を含む所定のＳＭＳを含む。

腫瘍を有する動物が、その腫瘍による死亡についての低いリスクを有するかを予測する方法は、該動物へ化学療法レジメンを投与することを更に含み得る。好ましい実施形態において、該化学療法レジメンは、パクリタキセルを含む。

本発明は、動物における腫瘍の、化学療法レジメンに対する反応を予測するためのキットも提供し、以下を含む：
（ａ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた免疫染色であって、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、かつ、
（ｂ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた免疫染色であって、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とする。

本発明に係る方法は、腫瘍のタイプが、口腔腫瘍、咽頭腫瘍、消化器系腫瘍、呼吸器系腫瘍、骨腫瘍、軟骨性腫瘍、骨転移、肉腫、皮膚腫瘍、メラノーマ、乳房腫瘍、生殖器系腫瘍、泌尿器系腫瘍、眼窩腫瘍、脳及び中枢神経系腫瘍、神経膠腫、内分泌系腫瘍、甲状腺腫瘍、食道腫瘍、胃腫瘍、小腸腫瘍、大腸腫瘍、直腸腫瘍、肛門腫瘍、肝臓腫瘍、胆嚢腫瘍、膵腫瘍、喉頭腫瘍、肺の腫瘍、気管支腫瘍、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、子宮頸部腫瘍、子宮体部腫瘍、卵巣腫瘍、外陰部腫瘍、膣腫瘍、前立腺腫瘍、前立腺癌、精巣腫瘍、陰茎の腫瘍、膀胱腫瘍、腎臓の腫瘍、腎盂の腫瘍、尿管の腫瘍、頭部及び頸部の腫瘍、副甲状腺癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、並びに肛門腫瘍等である、実施形態を含むが、これらに限定されない。

本発明の好ましい実施形態において、上記腫瘍は、乳癌、膵臓癌、肺癌又はメラノーマである。特に好ましい実施形態において、上記腫瘍は乳癌である。

本発明に係る任意の方法では、上記動物は哺乳類を含む。更により好ましくは、上記動物はヒトである。

本発明において使用される化学療法レジメンは、当業者に公知であるいかなる適切なレジメンでもあり得る。好ましい化学療法レジメンは、パクリタキセルを用いた治療を含むであろう。更により好ましい化学療法レジメンは、ナノ粒子アルブミン結合パクリタキセルを用いた治療を含むであろう。更に、当業者は、化学療法レジメンが併用療法を含み得ることを承知するであろう。好ましい組み合わせは、nab-パクリタキセル、ゲムシタビン及びエピルビシン；nab-パクリタキセル及びカルボプラチン；nab-パクリタキセル及びトラスツズマブ；並びにnab-パクリタキセル及びベバシズマブ、を含むが、これらに限定されない。

特に好ましい化学療法レジメンは、以下のうちのいずれかを含む：
（ａ）ネオアジュバントnab-パクリタキセルを175 mg/m²で、ゲムシタビンを2000 mg/m²で、エピルビシンを50 mg/m²で、１４日に一度を６周期、その後、手術による原発性腫瘍の摘出、その後、手術後：nab-パクリタキセルを220 mg/m²で、及びゲムシタビンを2000 mg/m²で、１４日間を４周期；
（ｂ）nab-パクリタキセル（100〜150 mg/m2）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びゲムシタビン（1000 mg/m2）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で；又は
（ｃ）nab-パクリタキセル（100 mg/m2）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びカルボプラチン（ＡＵＣ２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で。

他の好ましい化学療法レジメンは、以下を６周期行うことを含む：
（ａ）２８日周期の１、８、１５日目で１２５ｍｇ／ｍ２でネオアジュバントnab-パクリタキセル；（ｂ）２８日周期の１日目でカルボプラチン ＡＵＣ６（ｃ）４ｍｇ／ｋｇ量と、それに続く２ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋのトラスツズマブ、並びに（ｄ）５ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋでのベバシズマブ。上記の６周期の後、原発腫瘍の手術での摘出を行い、その後、今度は５２週間の治療有効量のトラスツズマブ及びベバシズマブの治療を行う。

以下の実施例は本発明を更に説明するが、いうまでもなく、いかなる方法においてもその範囲を限定するように構成されるべきではない。

（実施例１）
この研究の目的は、どのＳＰＡＲＣアイソフォーム及び機能が腫瘍の微小環境において、患者の治療効果に対する原因となるかを評価し、かつ、特に、ナノ粒子アルブミン結合（ｎａｂ）パクリタキセル（即ち、アブラキサン（登録商標））を用いて、ＳＰＡＲＣの免疫染色のパターンと患者の治療効果との間に相関があったかを決定することであった。

ＳＰＡＲＣは、乳癌、膵臓癌、前立腺癌、肺癌、メラノーマ、並びに頭部及び頸部の癌を含む、複数の腫瘍タイプにおける不良な予後の因子であり、増大した腫瘍の血管新生、浸潤及び転移と関連している。nab-パクリタキセルは、内在性のアルブミン輸送経路（内皮細胞ｇｐ６０−アルブミンレセプター輸送、及び腫瘍が分泌したＳＰＡＲＣへの結合を含む）を使用し、腫瘍細胞に入ることができる。頭部及び頸部の癌における、最初の前臨床研究及び小規模の遡及的臨床研究は、腫瘍組織において増加した内在性ＳＰＡＲＣによって、nab-パクリタキセル治療に対する好ましい反応を予測し得ることを示唆した（Desai et al. 2009, Trans Onc. 2, 59-64）。

４つの前向き研究では、ＳＰＡＲＣの腫瘍免疫染色パターン（即ち、「ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャー」（ＳＭＳ））が、nab-パクリタキセルレジメンで治療した時に、再発の低いリスク及び高いリスクを有する患者を区別することが可能であるかを検討した。

上記４つの臨床試験からの患者の治療効果を評価した（表１）。

全体的に、この方法は以下の連続的な適用に基づく、（１）局在する抗原に対する一次抗体、（２）ビオチン化結合抗体、（３）酵素結合ストレプトアビジン、及び（４）発色基質（ＤＡＢ）。その後、スライドをRichard-Allanヘマトキシリン（Kalamazoo、MI）中で対比染色し、段階的なエタノール溶液で脱水し、カバーガラスで覆う。全てのスライドを、自動染色機器を使用し染色した（Dako Cytomation Autostainer, Dako, Carpinteria, CA）。

本実施例における免疫染色は、以下に記載したように行った。ＳＰＡＲＣに対する一連の抗体を評価した。詳細な免疫組織学的な評価は、アメリカ病理学委員会（American Board of Pathology）により認定された病理学者によって行われた。染色スコアを０〜４＋の尺度で割り当て、４＋が最も陽性である。腫瘍のどの構成要素がＳＰＡＲＣの活性に重要であるかは知られていなかったので、様々な構成要素の分解を行った（腫瘍、血管、線維芽細胞、ストローマ細胞、炎症細胞、及び正常な解剖学的形態における染色などが挙げられる）。

ホルマリン固定、パラフィン包埋腫瘍ブロックからの、組織主要部（ブロック当りの最も代表的な領域から２つの主要部）を、各２．０ｍｍの計測用主要部の組織マイクロアレイを作成するために配置し（Beecher Instruments, Silver Spring, MD）、ポジティブチャージのスライド上に置いた。標本スライドを６０℃オーブンに１時間置き、冷却、脱パラフィンを行い、キシレン及び段階的なエタノール溶液から水への移動を介して再水和した。全てのスライドは、水中３％過酸化水素溶液において５分間クエンチし、内在性ペルオキシダーゼを阻止する。

染色が見られなかった場合、抗原回復を行い、同一領域における正常組織の染色を、内部ポジティブコントロールとした。抗原回復は加熱法により行う（野菜蒸し器を使用し、標本をｐＨ６．１のクエン酸溶液（code S1699, Dako, Carpinteria, CA）中に２０分間、９４℃に置き、その後１５分間冷却する）。その後、適切な抗体を使用し免疫組織化学に使用するために、スライドを、Dako Cytomation Autostainer（Dako, Carpinteria, CA）等の、免疫染色システムにセットする。

ＳＰＡＲＣに対し異なる親和性を有する２つの抗体を、この研究のために同定した（モノクローナル抗体（これ以降「Ｍ」と表示する）（ＳＰＡＲＣモノクローナル抗体（R&D Systems, Minneapolis, MN）、カタログ番号ＭＡＢ９４１、ロット番号ＥＣＨ０４５０１１、トリスベースの希釈液中で１：１００に希釈）、及びポリクローナル抗体（これ以降「Ｐ」と表示する）（ＳＰＡＲＣポリクローナル抗体（R&D Systems, Minneapolis, MN）、カタログ番号ＡＦ９４１、ロット番号ＥＷＮ０４、トリスベースの希釈液中で１：５０に希釈））。腫瘍の組織切片をスライド上に調製し、標準的な免疫染色プロトコールを使用して染色した。全てのスライドは、水中３％過酸化水素溶液において５分間クエンチし、内在性ペルオキシダーゼを阻止した。緩衝液でのすすぎの後、スライドを抗体Ｍ又はネガティブコントロール試薬で、３０分間インキュベートした。マウスホースラディッシュペルオキシダーゼポリマーキット（Mouse MACH 3 HRP Polymer Kit, Biocare Medical, Concord, CA）を、試薬当り２０分間インキュベートした。もう一度緩衝液ですすいだ後、ＤＡＢ色素原（Dako, Carpinteria, CA）を１０分間適用した。スライドを対比染色するために、ヘマトキシリンを使用した。ＨＲＰ検出キットの代わりに、アビジン−ビオチン検出キット（Biocare Medical, Concord, CA）を使用し、試薬当り１５分間のインキュベートを行ったが、抗体Ｐを用いた標本の免疫染色についても同じプロトコールを使用した。

一連の腫瘍におけるＳＰＡＲＣ発現の詳細な病理学的評価は、委員会によって認定された病理学者により行われた。免疫組織化学により決定したＳＰＡＲＣ発現のレベルを、様々な腫瘍の構成要素についてスコア化した。スコアを０〜３の尺度でＳＰＡＲＣ発現のレベルに対し割り当てた。３が最も陽性であり、これらは、当該分野で一般的に行われており、当業者に周知である。表２に示されているように、使用したモノクローナル及びポリクローナル抗体は、ＳＰＡＲＣ発現の異なるパターンを検出した。

ポリクローナル抗体は、線維芽細胞に関連するＳＰＡＲＣの優先的な染色を示し、一方、モノクローナル抗体は、腫瘍に関連するＳＰＡＲＣを優先的に染色した。

これらの染色優先度から、以下のパターン（ＡからＥと命名した）を確立し、一連の腫瘍におけるそれらの予測値について解析した：
Ａ：任意の構成要素において、３＋を見出した時、
Ｂ：モノクローナル抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて、任意の構成要素において、３＋を見出した時、
Ｃ：ポリクローナル抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて、任意の構成要素において、３＋を見出した時、
Ｄ：両方の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて、腫瘍細胞において、３＋を見出した時、
Ｅ：両方の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて、線維芽細胞において、３＋を見出した時。

ロジスティック回帰及び比例ハザードを使用し、様々な腫瘍におけるＳＰＡＲＣ染色パターンに対する、ＳＭＳ及び反応、無増悪期間（ＰＦＳ）、並びに全体の生存率（ＯＳ）の間の、いかなる相関性をも同定した。不十分なサンプルサイズに起因して、多数の組織サンプルは以下の構造を含まなかったため、統計解析から以下：炎症細胞、血管、神経細胞、ストローマ、正常な組織解剖学的形態を除いた。

腫瘍セットの一つは、切除不能なステージＩＶメラノーマ（上記にリストされたＮ０５７Ｅ研究）を有する患者における、カルボプラチン及びnab-パクリタキセル（ABI-007）のフェーズＩＩ試験であった。nab-パクリタキセル（100 mg/m²）及びカルボプラチン（ＡＵＣ２）は、２８日周期の１、８、及び１５日目に投与された。パターン「Ｄ」の存在と全体の生存率との間には、統計上有意な相関があった。

アブラキサン用量（100-150 mg/m²）及びゲムシタビン（1000 mg/m²）で、２８日周期の１、８、及び１５日目の投与で治療した（上記にリストされたＣＡ０４０研究）、進行性膵臓腺癌を有する患者からの、別の腫瘍のセット。これらの患者の間で、以下の反応が観察された：

この第二の腫瘍のセットにおいて（進行性膵臓癌）、ポリクローナル抗体を用いた腫瘍の染色が、治療への反応予測性があった（１テイルｔ−検定、ｐ＝０．０２７）。更に、モノクローナル抗体を用いた腫瘍細胞の染色は、より悪い全体の生存率及び無増悪期間を予測した。更に、Ｂパターン染色は、膵臓腺癌を有するこれらの患者において、このレジメンを用いた最悪の無増悪期間の予測性があった。

本実施例は、ＳＰＡＲＣ免疫組織化学が、nab-パクリタキセルに基づいた化学療法に対する反応を予測するための、有益な方法であることを説明する。

（実施例２）
ＳＰＡＲＣ免疫染色からの染色パターンデータの、より体系的な解析に取り組み、予後の情報を生じるパターンを同定し、実施例１において研究したものと同じ腫瘍セットからの染色パターンデータを、様々な形のクラスター解析を使用して取り出し、様々な腫瘍におけるＳＰＡＲＣの染色パターンに対する、反応、無増悪期間（ＰＦＳ）、及び全体の生存率（ＯＳ）についての、ＳＰＡＲＣ発現の最も特徴的な構成要素（免疫染色パターンにより示される）を同定した。上記に言及したように、予後的に有意であるとされたパターンを、「ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャー」（「ＳＭＳ」）という。

上記の研究において得られたサンプルから得た、７つの腫瘍の構成要素におけるＳＰＡＲＣ発現について、２つの異なる抗体、Ｍ及びＰを用いた免疫染色を介して特徴を明らかにした（実施例１を参照）。これらの腫瘍の構成要素は、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス（ストローマ）、血管、神経、及び腫瘍内の他の正常な解剖学的形態であった。各領域において染色された細胞のパーセント（腫瘍の各構成要素についての、染色強度（０〜４）及び全体のスコア（依存性変数））を決定した（患者当りの全変数：７構成要素×２抗体×３スコア＝４２変数スコア）。

上記スコア化では、パーセント陽性細胞と染色強度とを組み合わせた。細胞又は構成要素が陽性に染まらなかった場合、スコアは陰性となった。＜１０％の細胞が陽性である、強度が２＋若しくはそれ未満及び＜２０％の細胞が陽性である、又は強度が１＋若しくはそれ未満及び＜３０％の細胞が陽性である場合、スコアは「弱陽性」であった。強度が４＋及び１０〜４０％の細胞が陽性である、強度が３＋及び１０〜５０％の細胞が陽性である、強度が２＋及び２０〜７０％の細胞が陽性である、又は強度が４＋若しくはそれ未満及び２０〜４０％の細胞が陽性である、又は強度が１＋若しくはそれ未満及び＞３０％の細胞が陽性である場合、スコアは「中程度に陽性」であった。強度が４＋及び＞４０％の細胞が陽性である、又は強度が３＋及び＞５０％の細胞が陽性である、強度が２＋及び＞７０％の細胞が陽性である場合、スコアは「強陽性」であった。このシステムを表４に要約する。

このデータは、GeneSpringソフトウェアスイート及びNexus array analysisプログラムにおける、クラスター化プログラムを使用して取り出した。更に、クラスター化が様々な結果パラメーターについて識別力を有することを示唆したパラメーターについて、ＡＮＯＶＡ又はｔ−検定（独立）統計を決定した。クラスター化プログラムにおける解析について、免疫染色の結果を、０＋＝０、１＋＝２５、２＋＝５０、３＋＝７５、４＋＝１００、陰性＝０、弱＝３３、中程度＝６６、強＝１００へ基準化し、％は病理学者により報告された％である。このプロトコールを使用して、統計上有意な予後の情報を提供するＳＭＳ構成要素を、任意の腫瘍／治療の組み合わせについて、同定することが可能である。乳癌、メラノーマ及び膵臓癌についての、典型的な結果を表５〜７に示す。

表５〜７において同定されている、ＳＰＡＲＣ ＳＭＳ構成要素の任意の一つを使用し、研究された特定の治療に対する、研究された特定の腫瘍の反応を予測することが可能であるが、特定の腫瘍及び特定の治療に対応する、上記表において同定されたＳＰＡＲＣ ＳＭＳ構成要素の多く又は全ての組み合わせの使用は、特定の治療に対する特定の腫瘍の反応の、実質上より正確な予測を提供する。従って、特定の腫瘍／治療の組についての、表における全ての構成要素に対する基準化したスコアの和を使用し、患者を高リスク又は低リスクに分類することが可能である。カットオフ値は、表５〜７に示されるもの、又はカラムの和であろう。

同定したＳＭＳの間で、腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞の少なくとも７０％が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、並びに少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であった。別のＳＭＳは、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有する、免疫染色を含む。別のＳＭＳは、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する；５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体で染色陽性である；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアである、免疫染色を有する。

（実施例３）
本実施例において、乳房腫瘍のＳＭＳが臨床結果と相関した。

局所的な進行性乳癌（ＬＡＢＣ）を有する１２３人の患者を、ゲムシタビン2000 mg/m²、エピルビシン50 mg/m²、及びnab-パクリタキセル 175 mg/m2 q14日を６周期治療した後、手術により治療した（図１を参照）。手術後、上記患者は、ゲムシタビン2000 mg/m²、及びnab-P 220 mg/m2 q14日を４周期受けた（図１を参照）。「病理学的な完全反応」（ｐＣＲ）を、乳房（ｐＴ０）及び腋窩リンパ節（ｐＮ０）における残存浸潤性癌の非存在により定義した。「完全反応」（ＣＲ）は、乳房のみにおける病理学的な完全反応として定義した。

ＳＰＡＲＣ免疫組織化学（ＩＨＣ）の構成要素スコア化を、治療前腫瘍サンプルについて行った。７つの腫瘍構成要素（腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常組織）について、２つの異なる抗体（抗体Ｍ及びＰ）を用いてＳＰＡＲＣ発現を定量する本発明に従って、認証されたＩＨＣプロトコールを使用して、委員により認定された２人の病理学者により、腫瘍生検におけるＳＰＡＲＣ免疫染色を独立にスコア化した。当該スコア化は、各領域における染色された細胞のパーセント、染色の強度、及び全体のスコアの決定を含んだ（依存性変数）。従って、患者当り４２の変数を決定した（７構成要素、２抗体、３スコア）。データの解析／クラスター化（ＳＯＭ、階層的、Ｋ−平均、及び相互関係（link））を、Partek array analysisプログラムを使用して行った。例えば、無増悪期間（ＰＦＳ）などの、成功の測定基準は、標準的な統計学的方法を使用し、ＳＭＳと相関した。

ＳＰＡＲＣのＩＨＣのデータを、７６人の患者（１８／７６（２４％）が進行又は死亡であった）に対し作成した。（驚いたことに、より高いＳＰＡＲＣを有する患者の容体はより良好であった−特定の理論により縛られるのは望まないが、これらのデータは、nab-パクリタキセルによる標的化を示唆する。）

クラスター解析に基づいて、低リスク（ＬＲ）群（ｎ＝３５、２４ｍｏｓでＰＦＳ ８１％）と高リスク（ＨＲ）群（ｎ＝４１、２４ｍｏｓでＰＦＳ ６５％）を区別する（ｐ＝０．０２）、特有のＳＭＳ’ｓを同定した。ＬＲ群においてｐＣＲを有する３人の患者及び、ＨＲ群における５ｐＣＲが存在した（ｐ＝ｎｓ）。ＴＮステージ（トリプルネガティブ状態）、ＥＲ（エストロゲンレセプター）状態、及びＰＲ（プロゲステロンレセプター）状態は、２群の間で類似していた。

ＳＰＡＲＣ ＳＭＳの予後の力は、それをＴＮ、ＥＲ−、ＰＲ−と組み合わせることにより向上した。例えば、２４ヶ月のＰＦＳは、９３％（ｎ＝２４、非ＴＮ、ＳＰＡＲＣ ＬＲ）、９３％（ｎ＝２１、ＥＲ＋、ＳＰＡＲＣ ＬＲ）、及び９２％（ｎ＝２０、ＰＲ＋、ＳＰＡＲＣ ＬＲ）対、３３％（ｎ＝１５、ＴＮ、ＳＰＡＲＣ ＨＲ）、４０％（ｎ＝２０、ＥＲ−、ＳＰＡＲＣ ＨＲ）、及び５１％（ｎ＝２２、ＰＲ−、ＳＰＡＲＣ ＨＲ）、それぞれ、ｐ＜０．０００１、ｐ＝０．０００１、ｐ＝０．００２であった。ＰＦＳの中央値は、２２．７、３０．０及び２２．７ヶ月（ＴＮ、ＥＲ−、ＰＲ−について）から、１９．５、２４．２、及び１４．３ヶ月（ＨＲ ＳＭＳをＴＮ、ＥＲ−、及びＰＲ−と組み合わせたとき）へと減少した。

ネオアジュバント乳癌試験（Ｎ＝１０７）におけるＨＥＲ２−ネガティブ患者の全体のＰＦＳ及びＯＳは、図３及び４に示されている。（ＰＦＳ及びＯＳの中央値は、この患者集団に届かなかった。）腫瘍の反応（ＣＲ及びｐＣＲ）は、より良いＰＦＳ及びＯＳへ向かう傾向を示したが、統計上有意ではなかった。これらＨＥＲ２−ネガティブ患者の６８人でＳＰＡＲＣ ＳＭＳが、ＰＦＳ及び生存率と相関した。

既知の予後因子の状態（ＥＲ、ＰＲ、及びトリプルネガティブ）をＩＨＣにより調査し、利用可能なＳＰＡＲＣ ＳＭＳデータを有する６８のＨＥＲ２−ネガティブ患者において、ＰＦＳ及びＯＳとに関連付けた（Log階層試験）。予後因子は、ＰＦＳ及びＯＳに関して、有意なＰ値を有すると予期されるとして、患者を階層化した。

予後因子として、ＳＰＡＲＣはＥＲ、ＰＲ及びトリプルネガティブの腫瘍の状態とは独立している。ＳＭＳリスククラスターの他の予後因子への追加は、短縮したＰＦＳに関して、低リスク（０リスク因子）、中リスク（１リスク因子）、及び高リスク（２リスク因子）を有する腫瘍を更に区別した。（リスク０：ＳＰＡＲＣ ＬＲ、及び既知のリスク因子なし；リスク１：ＳＰＡＲＣ ＨＲ，又はＥＲ−ネガティブ（Ａ）、ＰＲ−ネガティブ（Ｂ）、トリプルネガティブ（Ｃ）；リスク２：ＳＰＡＲＣ ＨＲに加えて既知のリスク因子）（図５）。ＳＭＳリスククラスターの他の予後因子への追加は、短縮したＯＳに関して、低リスク（０リスク因子）、中リスク（１リスク因子）、及び高リスク（２リスク因子）を有する腫瘍を更に区別した（図６）。

従って、本実施例は、ＯＳに関して、ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャーのみで低リスク及び高リスクの腫瘍を区別することが可能であることを示す。

本明細書に引用される、刊行物、特許出願、及び特許を含む、全ての参照は、それぞれの参照が個別に具体的に示され、参照により組み込まれ、及びその全体が本明細書中に記載されたのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。

本発明を記述することに関して（特に以下の特許請求の範囲に関して）、用語「a」及び「an」及び「the」並びに同様の指示対象の使用は、本明細書中で指示がない又は明らかに文脈と矛盾する場合を除き、単数及び複数の両方を対象とすると解釈されるべきである。用語「含む（comprising）」、「有する（having）」、「含む（including）」及び「含む（containing）」は、特に指示の無い場合は、制約のない用語として解釈されるべきである（即ち、「を含むが、これに限定されるものではない」ということを意味する）。本明細書中の値の範囲の列挙は、本明細書中に特記のない限り、この範囲内に入る各個別の値を個々に言及する、簡単な方法としての役割を単に意図したものであり、各個別の値はそれが個々に本明細書に列挙されたかのように本明細書中に組み込まれる。本明細書中に記載される全ての方法は、本明細書中に特記のない限り、又はさもなくば文脈により明らかに矛盾しない限り、任意の適切な順序で実施され得る。本明細書中に提供される任意の全ての例、又は例示的語句（例えば、「等（such as）」）の使用は、本発明をより明確に説明することを単に意図するにすぎず、別途特許請求されない限り、本発明の範囲を限定しない。本明細書中のいかなる語句も、特許請求されていない任意の要素を本発明の実施に必須なものとして示していると解釈されるべきではない。

本発明を実施するための本発明者らが知る最良の形態を含む、本発明の好ましい実施形態が本明細書中に記載されている。これらの好ましい実施形態のバリエーションは、前述の記載を読めば、当業者に明らかになり得る。本発明者らは、当業者が必要に応じてこのようなバリエーションを使用することを予期し、また本発明者らは、本明細書中に具体的に記載されたもの以外の方法で、本発明が実施されることを意図する。従って、本発明は、適用法により許容されるように、本明細書に添付された特許請求の範囲に列挙された対象の全ての改変物及び均等物を含む。更に、上記要素の全ての可能なバリエーションでの上記要素の任意の組み合わせが、本明細書中に特記のない限り、又はさもなくば文脈により明らかに矛盾しない限り、本発明により包含される。

Claims (57)

1. 化学療法レジメンを用いて動物における腫瘍を治療する方法であって、以下を含む：
   （ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャー（ＳＭＳ）を得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
   （ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
   （ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
   （ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、
   （ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、化学療法レジメンの治療有効量を投与する。
2. 所定のＳＭＳが、少なくとも７０％の腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること、並びに少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項１に記載の方法。
3. 所定のＳＭＳが、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項１に記載の方法。
4. 所定のＳＭＳが、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有することを含む、請求項１に記載の方法。
5. 所定のＳＭＳが、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する免疫染色であること；５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体での染色陽性の免疫染色であること；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアを有する免疫染色であることを含む、請求項１に記載の方法。
6. 腫瘍が、口腔腫瘍、咽頭腫瘍、消化器系腫瘍、呼吸器系腫瘍、骨腫瘍、軟骨性腫瘍、骨転移、肉腫、皮膚腫瘍、メラノーマ、乳房腫瘍、生殖器系腫瘍、泌尿器系腫瘍、眼窩腫瘍、脳及び中枢神経系腫瘍、神経膠腫、内分泌系腫瘍、甲状腺腫瘍、食道腫瘍、胃腫瘍、小腸腫瘍、大腸腫瘍、直腸腫瘍、肛門腫瘍、肝臓腫瘍、胆嚢腫瘍、膵腫瘍、喉頭腫瘍、肺の腫瘍、気管支腫瘍、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、子宮頸部腫瘍、子宮体部腫瘍、卵巣腫瘍、外陰部腫瘍、膣腫瘍、前立腺腫瘍、前立腺癌、精巣腫瘍、陰茎の腫瘍、膀胱腫瘍、腎臓の腫瘍、腎盂の腫瘍、尿管の腫瘍、頭部及び頸部の腫瘍、副甲状腺癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、並びに肛門腫瘍からなる群より選択される、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
7. 腫瘍が、乳癌、膵臓癌、肺癌、又はメラノーマである、請求項６に記載の方法。
8. 腫瘍が乳癌である、請求項７に記載の方法。
9. 哺乳動物がヒトである、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
10. 化学療法レジメンがパクリタキセルを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
11. 化学療法レジメンがｎａｂ−パクリタキセルを含む、請求項１０に記載の方法。
12. 化学療法レジメンが以下のいずれかを含む、請求項１１に記載の方法：
    （ａ）ネオアジュバントｎａｂ−パクリタキセルを１７５ｍｇ／ｍ^２で、ゲムシタビンを２０００ｍｇ／ｍ^２で、エピルビシンを５０ｍｇ／ｍ^２で、１４日に一度を６周期、その後、手術による原発性腫瘍の摘出、その後、ｎａｂ−パクリタキセルを２２０ｍｇ／ｍ^２で、及びゲムシタビンを２０００ｍｇ／ｍ^２で、１４日間、４周期、手術後に投与；
    （ｂ）ｎａｂ−パクリタキセル（１００〜１５０ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びゲムシタビン（１０００ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で；又は
    （ｃ）ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びカルボプラチン（ＡＵＣ２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で。
13. 化学療法レジメンが以下を６周期行うことを含む、請求項１１に記載の方法：
    （ａ）各２８日周期の１、８、１５日目で１２５ｍｇ／ｍ^２でネオアジュバントnab-パクリタキセル、
    （ｂ）各２８日周期の１日目でカルボプラチンＡＵＣ６、
    （ｃ）４ｍｇ／ｋｇ量と、それに続く２ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋのトラスツズマブ、並びに
    （ｄ）５ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋでのベバシズマブ、
    その後、原発性腫瘍の手術での摘出、
    その後、５２週間の治療有効量のトラスツズマブ及びベバシズマブ。
14. 腫瘍が乳癌であって、所定のＳＭＳが、少なくとも７０％の腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること、並びに少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項１に記載の方法。
15. 腫瘍が乳癌であって、所定のＳＭＳが、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項１に記載の方法。
16. 腫瘍がＨｅｒ２陽性乳癌であって、化学療法レジメンが以下を６周期行うことを含む、請求項１５に記載の方法：
    （ａ）各２８日周期の１、８、１５日目で１２５ｍｇ／ｍ^２でネオアジュバントnab-パクリタキセル、
    （ｂ）各２８日周期の１日目でカルボプラチンＡＵＣ６、
    （ｃ）４ｍｇ／ｋｇ量と、それに続く２ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋのトラスツズマブ、並びに
    （ｄ）５ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋでのベバシズマブ、
    その後、原発性腫瘍の手術での摘出、
    その後、５２週間の治療有効量のトラスツズマブ及びベバシズマブ。
17. 腫瘍がＨｅｒ２ネガティブ乳癌であって、化学療法レジメンが、ｎａｂ−パクリタキセル（１７５ｍｇ／ｍ^２）、ゲムシタビン（２０００ｍｇ／ｍ^２）、及びエピルビシン（５０ｍｇ／ｍ^２）を用いて１４日間、６周期行うことを含む手術前の治療、並びにｎａｂ−パクリタキセル（２２０ｍｇ／ｍ^２）及びゲムシタビン（２０００ｍｇ／ｍ^２）（１４日間の４周期）を含む手術後の治療を包含する、請求項１５に記載の方法。
18. 腫瘍が膵臓癌であって、化学療法レジメンがｎａｂ−パクリタキセルを含み、所定ＳＭＳが、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有することを含む、請求項１に記載の方法。
19. 腫瘍がメラノーマであって、化学療法レジメンがｎａｂ−パクリタキセルを含み、所定のＳＭＳが、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する免疫染色であること；約５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアを有する免疫染色であることを含む、請求項１に記載の方法。
20. 動物における腫瘍の化学療法レジメンに対する反応を予測する方法であって、以下を含む：
    （ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャー（ＳＭＳ）を得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
    （ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
    （ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
    （ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、並びに、第二の抗体を用いた、腫瘍の血管及び腫瘍のストローマの染色を決定し、
    （ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、化学療法レジメンに対する陽性反応を予測する。
21. 所定のＳＭＳが、少なくとも７０％の腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること、並びに少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項２０に記載の方法。
22. 所定のＳＭＳが、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項２０に記載の方法。
23. 所定ＳＭＳが、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有することを含む、請求項２０に記載の方法。
24. 所定のＳＭＳが、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する免疫染色であること；５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアを有する免疫染色であることを含む、請求項２０に記載の方法。
25. 腫瘍が、口腔腫瘍、咽頭腫瘍、消化器系腫瘍、呼吸器系腫瘍、骨腫瘍、軟骨性腫瘍、骨転移、肉腫、皮膚腫瘍、メラノーマ、乳房腫瘍、生殖器系腫瘍、泌尿器系腫瘍、眼窩腫瘍、脳及び中枢神経系腫瘍、神経膠腫、内分泌系腫瘍、甲状腺腫瘍、食道腫瘍、胃腫瘍、小腸腫瘍、大腸腫瘍、直腸腫瘍、肛門腫瘍、肝臓腫瘍、胆嚢腫瘍、膵腫瘍、喉頭腫瘍、肺の腫瘍、気管支腫瘍、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、子宮頸部腫瘍、子宮体部腫瘍、卵巣腫瘍、外陰部腫瘍、膣腫瘍、前立腺腫瘍、前立腺癌、精巣腫瘍、陰茎の腫瘍、膀胱腫瘍、腎臓の腫瘍、腎盂の腫瘍、尿管の腫瘍、頭部及び頸部の腫瘍、副甲状腺癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、並びに肛門腫瘍からなる群より選択される、請求項２０〜２４のいずれか１項に記載の方法。
26. 腫瘍が、乳房腫瘍、膵臓腫瘍、又はメラノーマである、請求項２５に記載の方法。
27. 哺乳動物がヒトである、請求項２０〜２４のいずれか１項に記載の方法。
28. 化学療法レジメンがパクリタキセルを含む、請求項２７に記載の方法。
29. 化学療法レジメンがｎａｂ−パクリタキセルを含む、請求項２８に記載の方法。
30. 化学療法レジメンが以下のいずれかを含む、請求項２９に記載の方法：
    （ａ）ネオアジュバントｎａｂ−パクリタキセルを１７５ｍｇ／ｍ^２で、ゲムシタビンを２０００ｍｇ／ｍ^２で、エピルビシンを５０ｍｇ／ｍ^２で、１４日に一度を６周期、その後、手術による原発性腫瘍の摘出、その後、ｎａｂ−パクリタキセルを２２０ｍｇ／ｍ^２で、及びゲムシタビンを２０００ｍｇ／ｍ^２で、１４日間、４周期、手術後に投与；
    （ｂ）ｎａｂ−パクリタキセル（１００〜１５０ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びゲムシタビン（１０００ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で；又は
    （ｃ）ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びカルボプラチン（ＡＵＣ２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で。
31. 化学療法レジメンが以下を６周期行うことを含む、請求項２９に記載の方法：
    （ａ）各２８日周期の１、８、１５日目で１２５ｍｇ／ｍ^２でネオアジュバントnab-パクリタキセル、
    （ｂ）各２８日周期の１日目でカルボプラチンＡＵＣ６、
    （ｃ）４ｍｇ／ｋｇ量と、それに続く２ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋのトラスツズマブ、並びに
    （ｄ）５ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋでのベバシズマブ、
    その後、原発性腫瘍の手術での摘出、
    その後、５２週間の治療有効量のトラスツズマブ及びベバシズマブ。
32. 動物における腫瘍の、化学療法レジメンに対する反応を予測するためのキットであって、以下を含む：
    （ａ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた免疫染色であって、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、かつ、
    （ｂ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた免疫染色であって、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とする。
33. 腫瘍を有する動物が、その腫瘍の進行の低いリスクを有するかどうかを予測する方法であって、以下を含む：
    （ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャー（ＳＭＳ）を得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
    （ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
    （ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
    （ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、かつ、
    （ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、進行の低いリスクを予測する。
34. 腫瘍が乳癌であって、所定のＳＭＳが、約７０％未満の腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること、並びに少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項３３に記載の方法。
35. 腫瘍が乳癌であって、所定のＳＭＳが、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項３３に記載の方法。
36. 腫瘍が膵臓癌であって、所定ＳＭＳが、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有することを含む、請求項３３に記載の方法。
37. 腫瘍がメラノーマであって、所定のＳＭＳが、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する免疫染色であること；約５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアを有する免疫染色であることを含む、請求項３３に記載の方法。
38. 腫瘍が、口腔腫瘍、咽頭腫瘍、消化器系腫瘍、呼吸器系腫瘍、骨腫瘍、軟骨性腫瘍、骨転移、肉腫、皮膚腫瘍、メラノーマ、乳房腫瘍、生殖器系腫瘍、泌尿器系腫瘍、眼窩腫瘍、脳及び中枢神経系腫瘍、神経膠腫、内分泌系腫瘍、甲状腺腫瘍、食道腫瘍、胃腫瘍、小腸腫瘍、大腸腫瘍、直腸腫瘍、肛門腫瘍、肝臓腫瘍、胆嚢腫瘍、膵腫瘍、喉頭腫瘍、肺の腫瘍、気管支腫瘍、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、子宮頸部腫瘍、子宮体部腫瘍、卵巣腫瘍、外陰部腫瘍、膣腫瘍、前立腺腫瘍、前立腺癌、精巣腫瘍、陰茎の腫瘍、膀胱腫瘍、腎臓の腫瘍、腎盂の腫瘍、尿管の腫瘍、頭部及び頸部の腫瘍、副甲状腺癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、並びに肛門腫瘍からなる群より選択される、請求項３３に記載の方法。
39. 腫瘍が、乳癌、膵臓癌、肺癌、又はメラノーマである、請求項３８に記載の方法。
40. 腫瘍が乳癌である、請求項３９に記載の方法。
41. 哺乳動物がヒトである、請求項３８に記載の方法。
42. 哺乳動物が、パクリタキセルを含む化学療法レジメンを用いて治療される、請求項３８に記載の方法。
43. 化学療法レジメンがｎａｂ−パクリタキセルを含む、請求項４２に記載の方法。
44. 化学療法レジメンが以下のいずれかを含む、請求項４３に記載の方法：
    （ａ）ネオアジュバントｎａｂ−パクリタキセルを１７５ｍｇ／ｍ^２で、ゲムシタビンを２０００ｍｇ／ｍ^２で、エピルビシンを５０ｍｇ／ｍ^２で、１４日に一度を６周期、その後、手術による原発性腫瘍の摘出、その後、ｎａｂ−パクリタキセルを２２０ｍｇ／ｍ^２で、及びゲムシタビンを２０００ｍｇ／ｍ^２で、１４日間、４周期、手術後に投与；
    （ｂ）ｎａｂ−パクリタキセル（１００〜１５０ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びゲムシタビン（１０００ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で；又は
    （ｃ）ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びカルボプラチン（ＡＵＣ２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で。
45. 化学療法レジメンが以下を６周期行うことを含む、請求項４３に記載の方法：
    （ａ）各２８日周期の１、８、１５日目で１２５ｍｇ／ｍ^２でネオアジュバントｎａｂ−パクリタキセル、
    （ｂ）各２８日周期の１日目でカルボプラチンＡＵＣ６、
    （ｃ）４ｍｇ／ｋｇ量と、それに続く２ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋのトラスツズマブ、並びに
    （ｄ）５ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋでのベバシズマブ、
    その後、原発性腫瘍の手術での摘出、
    その後、５２週間の治療有効量のトラスツズマブ及びベバシズマブ。
46. 腫瘍を有する動物が、腫瘍による死亡の低いリスクを有するかを予測する方法であって、以下を含む：
    （ａ）ＳＰＡＲＣ微小環境シグネチャー（ＳＭＳ）を得るために、腫瘍の複数の組織切片を調製し、
    （ｂ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体が腫瘍細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
    （ｃ）第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いて腫瘍の組織切片を免疫染色し、当該第二の抗ＳＰＡＲＣ抗体が線維芽細胞においてＳＰＡＲＣを優先的に染色することを特徴とし、
    （ｄ）第一の抗ＳＰＡＲＣ抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色、及び、第二の抗体を用いた、腫瘍細胞、線維芽細胞、炎症細胞、無細胞ストローマ／マトリックス、血管、神経組織、腫瘍内の正常な解剖学的形態、又はそれらの任意の組み合わせの染色を決定し、
    （ｅ）所定のＳＭＳが免疫染色により示された場合に、腫瘍による死亡の低いリスクが存在することを予測する。
47. 腫瘍が乳癌であって、所定のＳＭＳが、約７０％未満の腫瘍細胞、線維芽細胞、血管、ストローマ及び炎症細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること、並びに少なくとも５０％の炎症細胞及び少なくとも７０％の血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項４６に記載の方法。
48. 腫瘍が乳癌であって、所定のＳＭＳが、少なくとも６０％の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、少なくとも６０％の腫瘍細胞が第二の抗体で染色陽性の免疫染色であることを含む、請求項４６に記載の方法。
49. 腫瘍が膵臓癌であって、所定のＳＭＳが、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第一の抗体で染色陽性の免疫染色であり、５０％未満の腫瘍細胞、血管、及びストローマが第二の抗体で染色陽性の免疫染色であり、血管が第二の抗体で少なくとも中程度に陽性スコアを有することを含む、請求項４６に記載の方法。
50. 腫瘍がメラノーマであって、所定のＳＭＳが、腫瘍細胞、血管、炎症細胞及び線維芽細胞が第一の抗体で２＋強度以下を有する免疫染色であること；約５０％以下の、腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞が第一の抗体で染色陽性の免疫染色であること；並びに腫瘍細胞、血管、炎症細胞、ストローマ、及び線維芽細胞に対し、第一の抗体で弱陽性を超えないスコアを有する免疫染色であることを含む、請求項４６に記載の方法。
51. 腫瘍が、口腔腫瘍、咽頭腫瘍、消化器系腫瘍、呼吸器系腫瘍、骨腫瘍、軟骨性腫瘍、骨転移、肉腫、皮膚腫瘍、メラノーマ、乳房腫瘍、生殖器系腫瘍、泌尿器系腫瘍、眼窩腫瘍、脳及び中枢神経系腫瘍、神経膠腫、内分泌系腫瘍、甲状腺腫瘍、食道腫瘍、胃腫瘍、小腸腫瘍、大腸腫瘍、直腸腫瘍、肛門腫瘍、肝臓腫瘍、胆嚢腫瘍、膵腫瘍、喉頭腫瘍、肺の腫瘍、気管支腫瘍、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、子宮頸部腫瘍、子宮体部腫瘍、卵巣腫瘍、外陰部腫瘍、膣腫瘍、前立腺腫瘍、前立腺癌、精巣腫瘍、陰茎の腫瘍、膀胱腫瘍、腎臓の腫瘍、腎盂の腫瘍、尿管の腫瘍、頭部及び頸部の腫瘍、副甲状腺癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、並びに肛門腫瘍からなる群より選択される、請求項４６に記載の方法。
52. 腫瘍が、乳癌、膵臓癌、肺癌、又はメラノーマである、請求項５１に記載の方法。
53. 哺乳動物がヒトである、請求項４６〜５１のいずれか１項に記載の方法。
54. 哺乳動物が、パクリタキセルを含む化学療法レジメンを用いて治療される、請求項４６に記載の方法。
55. 化学療法レジメンがｎａｂ−パクリタキセルを含む、請求項５４に記載の方法。
56. 化学療法レジメンが以下のいずれかを含む、請求項５４に記載の方法：
    （ａ）ネオアジュバントｎａｂ−パクリタキセルを１７５ｍｇ／ｍ^２で、ゲムシタビンを２０００ｍｇ／ｍ^２で、エピルビシンを５０ｍｇ／ｍ^２で、１４日に一度を６周期、その後、手術による原発性腫瘍の摘出、その後、ｎａｂ−パクリタキセルを２２０ｍｇ／ｍ^２で、及びゲムシタビンを２０００ｍｇ／ｍ^２で、１４日間、４周期、手術後に投与；
    （ｂ）ｎａｂ−パクリタキセル（１００〜１５０ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びゲムシタビン（１０００ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で；又は
    （ｃ）ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ／ｍ^２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で、及びカルボプラチン（ＡＵＣ２）を週に一度、４週間ごとの期間から３週連続で。
57. 化学療法レジメンが以下を６周期行うことを含む、請求項５４に記載の方法：
    （ａ）各２８日周期の１、８、１５日目で１２５ｍｇ／ｍ^２でネオアジュバントｎａｂ−パクリタキセル、
    （ｂ）各２８日周期の１日目でカルボプラチンＡＵＣ６、
    （ｃ）４ｍｇ／ｋｇ量と、それに続く２ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋのトラスツズマブ、並びに
    （ｄ）５ｍｇ／ｋｇ／ｗｅｅｋでのベバシズマブ、
    その後、原発性腫瘍の手術での摘出、
    その後、５２週間の治療有効量のトラスツズマブ及びベバシズマブ。

Images