CN103002905A - Sparc微环境标签在癌症治疗中的应用 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了用于预测对化学疗法的应答的多参数的基于抗SPARC抗体的技术。

Description

SPARC微环境标签在癌症治疗中的应用
本申请根据35U.S.C.§119(e)要求2010年6月3日提交的美国临时申请No.61/351,233的优先权效益，其全部内容通过引用并入本文。
发明背景
酸性的富含半胱氨酸的分泌蛋白(也被称作骨粘连蛋白(osteonectin)，BM40或SPARC，在下文中称作“SPARC”)，是一种基质相关的蛋白质，其引起细胞形状的变化，抑制细胞周期进展和影响细胞外基质的合成(Bradshaw等人,Proc.Nat.Acad.Sci.USA100:6045-6050(2003))。鼠SPARC基因于1986年被克隆(Mason等人,EMBO J.5:1465-1472(1986))，全长人SPARC cDNA于1987年被克隆和测序(Swaroop等人,Genomics2:37-47(1988))。SPARC的表达在发育上受到调控，主要在正常发育或应答于损伤而发生重塑的组织中表达。例如，在发育中的骨和牙齿中高水平表达SPARC蛋白(参见，例如，Lane等人,FASEB J.,8,163173(1994)；Yan&Sage,J.Histochem.Cytochem.47:1495-1505(1999))。
SPARC在几种侵袭性癌症中被上调，但在相应的正常组织中不存在(Porter等人,J.Histochem.Cytochem.,43,791(1995))。SPARC的表达在多种肿瘤(例如，膀胱、肝、卵巢、肾、肠和乳腺)中被诱导。例如，在膀胱癌中，SPARC的表达与晚期癌症相关。已显示T2或更晚期的侵袭性膀胱癌相对于T1期的膀胱瘤(或不那么浅表性的肿瘤)表达更高水平的SPARC和具有更加不良的预后(参见，例如，Yamanaka等人,J.Urology,166,24952499(2001))。在脑膜瘤中，SPARC的表达仅与侵袭性肿瘤相关(参见，例如，Rempel等人,ClincalCancer Res.,5,237241(1999))。也已在74.5%的原位侵袭性乳腺癌损伤(参见，例如，Bellahcene，等人,Am.J.Pathol.,146,95100(1995))和54.2%的乳腺浸润性导管癌(参见，例如，Kim等人,J.Korean Med.Sci.,13,652657(1998))中检测到SPARC的表达。SPARC的表达还与乳腺癌的频繁微钙化相关(参见，例如，Bellahcene等人，同上)，这表明SPARC表达可能负责乳腺转移灶对骨的亲和性。
令人惊讶地，还显示SPARC在某些系统中具有抗肿瘤活性。SPARC是一种有力的细胞周期抑制剂，将细胞阻止在G中期(Yan&Sage,J.Histochem.Cytochem.47:1495-1505(1999))，并且已显示SPARC的诱导型表达在体外模型系统中抑制乳腺癌细胞的增殖(Dhanesuan等人,Breast Cancer Res.Treat.75:73-85(2002))。类似地，外源SPARC可以以浓度依赖性方式减少HOSE(人卵巢表面上皮)和卵巢癌细胞的增殖。此外，SPARC诱导卵巢癌细胞的细胞凋亡。已经报道了存在于细胞例如卵巢上皮细胞上的SPARC受体的另外的证据。已有人提出，SPARC对其受体的结合可能触发介导其肿瘤抑制功能的组织特异性信号转导途径(Yiu等人,Am.J.Pathol.159:609-622(2001))。也已报道纯化的SPARC在体内异种移植物模型系统中强烈抑制血管生成和显著减弱神经母细胞瘤的肿瘤生长(Chlenski等人,Cancer Res.62:7357-7363(2002))。
癌症现主要利用三种类型的疗法：手术、放射疗法和化学疗法之一或其组合来进行治疗。手术通常仅对于治疗早期的癌症是有效的。对于超过50%的患癌个体，在他们被诊断时，他们不再是有效手术治疗的候选者。放射疗法仅对于患有处于癌症的早期和中期的临床局限性疾病的患者有效，对于具有转移的晚期癌症是无效的。
化学疗法包括细胞复制或细胞代谢的破坏。化学疗法可以是有效的，但存在严重的副作用，例如呕吐、低白细胞(WBC)、脱发、体重减轻和其它毒效应。由于极端的毒副作用，许多患有癌症的个体不能成功地完成完整的化学治疗方案。化学疗法诱导的副作用明显影响了个体的生活质量并且可显著地影响个体对治疗的顺从性。此外，与化学治疗剂相关的有害副作用通常是此类药物施用时的主要剂量限制性毒性(DLT)。例如，粘膜炎为几种抗癌剂(包括抗代谢物细胞毒性剂5-FU、甲氨蝶呤和抗肿瘤抗生素例如多柔比星)的主要剂量限制性毒性之一。当严重时，这类化学疗法诱导的副作用中的许多副作用可导致住院治疗，或需要利用镇痛药的治疗以治疗疼痛。一些患癌个体由于差的耐受而死于化疗。抗癌药物的极端副作用是由此类药物的差的靶特异性引起的。药物在个体的大多数正常器官以及目标靶肿瘤中循环。引起副作用的差的靶特异性还降低了化学疗法的功效，因为只有一部分药物被正确靶向。化疗疗法的功效因抗癌药物在靶肿瘤中的差的保留而被进一步降低。
由于癌症的严重性和广泛性，存在对这些疾病和病症的克服手术、化学疗法和放射治疗的缺点的有效治疗的巨大需要。具体地，鉴于与化学疗法相关的严重副作用，需要鉴定将对化学治疗方案产生应答或不应答的肿瘤。
发明概述
本发明提供了“SPARC微环境标签”作为管理具有癌症的动物的工具。所述“SPARC微环境标签”（SMS）是当以2种抗SPARC抗体染色组织学切片时观察到的免疫染色式样，第一种抗SPARC抗体优先染色肿瘤细胞中的SPARC，第二种抗SPARC抗体优先染色成纤维细胞中的SPARC。为了测定SMS，对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任意组合进行免疫染色并评分(作为阳性细胞百分率，在给定放大倍数下免疫染色的视野的百分率和/或从0-4的染色强度)。
在一个实施方式中，本发明提供了利用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则施用治疗有效量的所述化学治疗方案。在另一个实施方式中，本发明提供了预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测对于所述化学治疗方案的阳性应答。
在另一个实施方式中，本发明提供了预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险或死于该肿瘤的低风险的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测该肿瘤的进展的低风险或死于该肿瘤的低风险。
本发明还提供了用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的试剂盒，其包含：
（a）具有第一抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，和
（b）具有第二抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色。
附图说明
图1显示了临床试验设计的示意图。
图2显示了新辅助乳腺癌试验(N＝107)中的HER2-阴性患者的结果。图2A显示了无进展生存(progression free survival,PFS)，图2B显示了总体生存(OS)(对于该患者群体未达到PFS和OS的中位数)。
图3图示了向其他预后因子中增添SMS风险簇(risk cluster)进一步将具有低风险(0风险因子)、中等风险(1风险因子)和高风险(2风险因子)的肿瘤区分开(就缩短的PFS而言)。
图4图示了向其他预后因子中增添SMS风险簇进一步将具有低风险(0风险因子)、中等风险(1风险因子)和高风险(2风险因子)的肿瘤区分开(就缩短的OS而言)。
发明详述
如本文中所使用的，术语“肿瘤”是指任何赘生性生长、增殖或细胞团，无论是良性还是恶性的(癌性的)，无论是原发部位损伤还是转移灶。
如本文中所使用的，术语“癌症”是指由对正常生长控制已失去易感性的细胞的增殖引起或表征的增殖性障碍。相同组织类型的癌症通常源于相同组织，并且可基于它们的生物学特征而被分成不同亚型。癌症的4个常见类型为癌(上皮组织衍生的)、肉瘤(结缔组织或中胚层衍生的)、白血病(造血组织衍生的)和淋巴瘤(淋巴组织衍生的)。已知200多种不同类型的癌症，身体的每一个器官和组织可被影响。癌症的一些具体实例（不限制癌症的定义）可包括黑素瘤、白血病、星形细胞瘤、胶质母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、淋巴瘤、神经胶质瘤、何杰金氏淋巴瘤和慢性淋巴细胞性白血病。可被不同癌症影响的器官和组织的实例包括胰腺、乳腺、甲状腺、卵巢、子宫、睾丸、前列腺、甲状腺、垂体、肾上腺、肾、胃、食道或直肠、头与颈、骨、神经系统、皮肤、血液、鼻咽组织、肺、泌尿道、宫颈、阴道、外分泌腺和内分泌腺。可选择地，癌症可以为多中心的或具有不明原发部位(CUPS)。
如本文中所使用的，“癌细胞”是指已经历转化事件并且其生长的调控不再达到与所述转化事件之前相同的程度的细胞。
如本文中所使用的，“药剂”为可被施用给患者或测试受试者、能够产生效应的组合物。所述效应可以是化学、生物或物理效应，所述患者或测试受试者可以是人或非人动物例如啮齿类动物或转基因小鼠。所述组合物可包括合成制造的、自然界中发现的或部分合成来源的具有不同分子组成的小的有机或无机分子。该组中包括核苷酸、核酸、氨基酸、肽、多肽、蛋白质或包含这类实体中至少一种的复合物。药剂可由单独的或与药学上可接受的赋形剂组合的有效成分组成。
如本文中所使用的，“药学上可接受的赋形剂”包括生理上相容的任何和所有溶剂、分散介质、包衣、抗菌剂、抗微生物或抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。赋形剂可适合于静脉内、腹膜内、肌内、硬膜内或口服施用。赋形剂可包括无菌含水溶液或分散体，用于即时制备无菌注射液或分散体。这类介质用于制备药剂的用途在本领域是已知的。
如本文中所使用的，药剂的“药理有效量”是指使用以这样的浓度存在的药剂的量：所述浓度引起在药物使用期间引起治疗水平的药物递送。这可取决于递送模式、剂量的时期、接受药剂的受试者的年龄、体重、一般健康状况、性别和饮食。确定何种剂量是“药理有效量”需要在本领域普通技术人员的能力之内的常规最优化。基于给定的治疗方案杀死癌细胞或缩小肿瘤大小、降低总癌症生长(即通过减少血管生成)和/或抑制转移的能力，可将癌症或癌细胞描述为对该治疗方案或化学治疗剂“敏感”或“具有抗性”。对治疗方案有抗性的癌细胞可能对所述方案不应答并且可能继续增殖。对治疗方案敏感的癌细胞可对所述方案有应答，从而导致细胞死亡、肿瘤大小的减小、总体生长(肿瘤负荷)减少或转移的抑制。
如本文中所使用的，“治疗方案”或“疗法”是指施用对癌细胞有害的至少一种试剂。按照本发明使用的适当的治疗方案包括但不限于“化学治疗方案”、“放射治疗方案”、“替代治疗方案”及其组合。
如本文中所使用的，“化学疗法”是指至少一种有害地破坏癌细胞的化学治疗剂的施用。存在许多临床医生可获得的这类化学治疗剂。可以以单次大剂量(single bolus dose)施用化学治疗剂给受试者，或可以在一段时间内以更小的剂量施用所述化学治疗剂。可使用单一化学治疗剂(单药疗法(single-agent therapy))或可组合使用超过一种试剂(联合治疗(combination therapy))。可单独使用化学疗法来治疗一些类型的癌症。可选择地，可将化学疗法与其它类型的治疗例如本文中描述的放射疗法或替代疗法(例如免疫疗法)组合使用。此外，可将化学增敏剂与化学治疗剂以联合治疗的方式施用。
如本文中所使用的，“化学治疗剂”或“抗癌药”是指可用于治疗癌症并且通常具有直接杀死癌细胞的能力的药剂。化学治疗剂的实例包括烷化剂、抗代谢药、天然产物、激素和拮抗剂以及混杂剂(miscellaneous agents)。备选名称的实例示于括号内。烷化剂的实例包括氮芥例如二氯甲基二乙胺、环磷酰胺、异环磷酰胺、美法仑(L-沙可来新)和苯丁酸氮芥；乙烯亚胺类和甲基蜜胺类例如六甲嘧胺和噻替派；烷基磺酸盐例如白消安；亚硝基脲例如卡莫司汀(BCNU)、司莫司汀(甲基-CCNU)、洛莫司汀(CCNU)和链佐星(链脲霉素)；DNA合成拮抗剂例如磷酸雌莫司汀；和三嗪例如达卡巴嗪(DTIC，二甲基-三azeno咪唑羧酰胺)和替莫唑胺。抗代谢药的实例包括叶酸类似物例如甲氨蝶呤(氨甲蝶呤)；嘧啶类似物例如氟尿嘧啶(5-氟尿嘧啶，5-FU、5FU)、氟尿苷(氟脱氧尿苷，FUdR)、阿糖胞苷(胞嘧啶阿糖核苷)和吉西他滨；嘌呤类似物例如巯基嘌呤(6-巯基嘌呤，6-MP)、硫鸟嘌呤(6-硫鸟嘌呤，TG)和喷司他丁(2’-脱氧助间型霉素，脱氧助间型霉素)、克拉屈滨和氟达拉滨；以及拓扑异构酶抑制剂例如安吖啶。天然产物的实例包括长春花生物碱类例如长春碱(VLB)和长春新碱；紫杉烷类例如紫杉醇和多西他赛(泰索帝)；表鬼臼毒素例如依托泊苷和替尼泊苷；喜树碱例如托泊替坎和伊立替康；抗生素例如更生霉素(放线菌素D)、柔红霉素(道诺霉素，红比霉素)、多柔比星、博来霉素、丝裂霉素(丝裂霉素C)、伊达比星、表柔比星；酶例如L-天冬酰胺酶；和生物反应调节剂(biological response modifier)例如干扰素α和白细胞介素2。激素和拮抗剂的实例包括促黄体释放激素(luteinising releasing hormone)激动剂例如布舍瑞林；肾上腺皮质类固醇例如泼尼松和相关制剂；孕激素例如己酸羟孕酮、醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；雌激素例如二乙基己烯雌酚和炔雌醇以及相关制剂；雌激素拮抗剂例如他莫昔芬和阿那曲唑；雄激素例如丙酸睾酮和氟甲睾酮以及相关制剂；雄激素拮抗剂例如氟他胺和比卡鲁胺；和促性腺激素-释放激素类似物例如亮丙瑞林。混杂剂的实例包括沙立度胺；铂配位络合物例如顺铂(顺-DDP)、奥沙利铂和卡铂；蒽二酮类例如米托蒽醌；取代的脲类例如羟基脲；甲基肼衍生物例如丙卡巴肼(N-甲基肼，MIH)；肾上腺皮质抑制剂例如米托坦(o,p’-DDD)和氨鲁米特；RXR激动剂例如贝沙罗汀；和酪氨酸激酶抑制剂例如伊马替尼。此类药物的备选名称和商品名称以及化学治疗剂的其它实例和它们的使用方法(包括给药和施用方案)对于本领域普通技术人员来说是已知的。具体地，按照本发明使用的适当的化学治疗剂包括但不限于纳米颗粒白蛋白结合型紫杉醇。
AbraxaneTM，也称为ABI-007，是一种优选的化学治疗剂。AbraxaneTM为紫杉醇的白蛋白-纳米颗粒制剂。当利用盐水重建时，使用白蛋白纳米颗粒作为媒介物导致胶体形成。基于临床研究，已知AbraxaneTM的使用具有与TaxolTM相比较有所减少的超敏反应的特征。因此，术前用药法(premedication)对于接受AbraxaneTM的患者不是必需的。
白蛋白-纳米颗粒制剂的其它有利方面是通过排除毒性乳化剂，有可能以比对于TaxolTM可能采用的间隔更频繁的间隔施用更高剂量的紫杉醇。由于(i)更高的可耐受剂量(300mg/m2)、(ii)更长的半衰期、(iii)延长的局部肿瘤可获得性和/或(iv)持续的体内释放AbraxaneTM，存在实体瘤中看到增强功效的潜能。
阳性应答被定义为包括但不限于病理应答(肿瘤大小或负荷的减小)、总体存活或无进展存活，如由度量方式至少5%，优选至少10%，更优选至少15%，更优选至少20%，最优选至少25%或更多的提高显示的。可选择地，该度量方式显示与无替代疗法或替代疗法之前相比较有统计上显著的量的提高。
阴性应答包括但不限于病理进展、总存活或无进展存活减小。
如本文中所使用的，术语“放射治疗方案”或“放射疗法”是指杀死癌细胞的辐射的施用。辐射与细胞内的各种分子相互作用，但导致细胞死亡的主要靶为脱氧核糖核酸(DNA)。然而，放射疗法通常还导致对细胞膜和细胞核膜或其它细胞器的损伤。DNA损伤通常包括糖-磷酸主链的单链和双链断裂。此外，存在DNA与蛋白质的交联，这可破坏细胞功能。取决于辐射的类型，DNA损伤的机制可变化，相对生物有效性同样地也可变化。例如，重粒子(即质子、中子)直接破坏DNA并且具有更大的相对生物有效性。电磁场辐射通过主要由细胞水的电离产生的短寿命羟基自由基导致间接电离作用。辐射的临床应用由外线束辐射(来自外部来源)和距离放射疗法(brachytherapy)(使用植入或插入患者的辐射源)组成。外线束辐射由X射线和/或γ射线组成，而距离放射疗法应用衰变并且发射α粒子或β粒子以及γ射线的放射性核。
还可将放射疗法与化学疗法组合使用，其中化学治疗剂用作放射增敏剂。适合于个体患者的放射疗法的具体选择可由进行护理的本领域技术人员通过考虑癌症的组织和分期来确定。
如本文中所使用的，术语“替代治疗方案”或“替代疗法”可包括例如生物反应调节剂(包括多肽、碳水化合物和脂质生物应答调节剂)、毒素、凝集素、抗血管生成因子、受体酪氨酸激酶抑制剂(例如IressaTM(吉非替尼)、TarcevaTM(埃罗替尼)、ErbituxTM(西妥昔单抗)、伊马替尼甲磺酸盐(GleevecTM))、蛋白体抑制剂(例如硼替佐米，(VelcadeTM))；VEGFR2抑制剂例如PTK787(ZK222584)、极光激酶抑制剂(例如ZM447439)；雷帕霉素的哺乳动物靶(mTOR)抑制剂、环加氧酶-2(COX-2)抑制剂、雷帕霉素抑制剂(例如西罗莫司，(RapamuneTM))；法呢酰基转移酶抑制剂(例如替吡法尼，(ZarnestraTM))；基质金属蛋白酶抑制剂(例如BAY12-9566；硫酸化多糖tecogalan)；血管生成抑制剂(例如贝伐单抗(AvastinTM))；夫马洁林(fumagillin)的类似物例如TNP-4；羧胺三唑；BB-94和BB-2516；沙立度胺；白细胞介素-12；利诺胺；肽片段；以及针对血管生长因子和血管生长因子受体的抗体)；血小板衍生生长因子受体抑制剂、蛋白激酶C抑制剂、丝裂原活化激酶(mitogen-activated kinase)抑制剂、丝裂原活化蛋白激酶激酶抑制剂、劳斯肉瘤病毒转化癌基因(SRC)抑制剂、组蛋白脱乙酰基酶抑制剂、小低氧诱导因子抑制剂、hedgehog抑制剂和TGF-β信号转导抑制剂。此外，也可在替代治疗方案中考虑使用免疫治疗剂。实例包括趋化因子、化学趋向素(chemotaxin)、细胞因子、白细胞介素或组织因子。适当的免疫治疗剂还包括含血清或γ球蛋白的预先形成抗体；非特异性免疫刺激佐剂；活性特异性免疫疗法；和过继免疫疗法。此外，替代疗法可包括其它基于生物学的化学实体，例如多核苷酸，包括反义分子、多肽、抗体、基因疗法载体等。可将此类替代治疗剂单独或组合或与本文中描述的其它治疗方案组合施用。替代治疗方案中使用的此类试剂的备选名称和商品名称以及替代治疗方案中使用的其它实例和它们的使用方法(包括给药和施用方案)对于本领域医生来说是已知的。此外，在联合疗法的替代治疗方案中使用化学治疗剂和其它试剂的方法(包括给药和施用方案)对于本领域普通技术人员来说也是已知的。
具体地，适当的替代治疗方案包括但不限于针对癌细胞表面上的分子的抗体，例如针对Her2(例如，曲妥珠单抗)、EGF或EGF受体、VEGF(例如，贝伐珠单抗)或VEGF受体CD20等的抗体。治疗剂还包括介导补体激活、细胞介导的细胞毒性、诱导细胞凋亡、诱导细胞死亡和调理中的一个项或多项的任何抗体或抗体片段。例如，这样的抗体片段可以是完整或部分Fc结构域。
如本文中所使用的，术语“组织学切片”是指适合用于封固在显微镜载玻片上并且利用任何适当的方案染色的组织样品薄切片。如本文中所使用的，“对组织学切片进行免疫染色”是指因抗体与作为细胞内基质的细胞组分结合而产生的组织学切片的细胞和细胞内基质的染色。如本文中所使用的，为了“显著(predominantly)”或“优先(preferentially)”染色某一结构(例如，癌细胞优先于成纤维细胞)，组织学切片中被优先染色的结构的免疫染色应当具有通过病理学家利用任何适当的系统分级的强度，例如当由本领域普通技术人员利用显微镜观察时为3/3，同时所有其它结构染色只具有1/3的强度或显示0/3(无染色)。
如本文中所使用的，术语“表位”是指被抗体结合的三维结构，特别地被抗体靶向的氨基酸序列。如本文中所使用的，术语“被MAB941单克隆抗体识别的表位”是指被MAB941单克隆抗体结合的SPARC的氨基酸序列。(SPARC单克隆抗体(R&D Systems,Minneapolis,MN),目录号MAB941)。
如本文中所使用的，“免疫显性表位”是指被多克隆抗血清中的抗体以最大集合亲合力(collective avidity)结合的三维结构。具体地，表位在利用该多克隆抗血清的免疫染色方案中负责染色模式。如本文中所使用的，术语“被AF941多克隆抗体识别的免疫显性SPARC表位”是指发现AF941多克隆抗血清对其有最大亲合力的SPARC肽和氨基酸序列。因此，对这类SPARC肽和氨基酸序列的结合和染色导致大部分被观察到的免疫染色。(SPARC多克隆抗体(R&D Systems,Minneapolis,MN),目录号AF941)。
表位作图也可使用本领域已知的标准技术来进行。例如，来自"Epitope Mapping,"Chapter11,in Using Antibodies by Ed Harlowand David Lane.Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold SpringHarbor,NY,USA,1999的程序，其通过引用方式全文并入本文。通过表位作图，可以通过标准技术容易地产生表位特异性抗体。
“抗体”意指但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、二聚体、多聚体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)。抗体可以是鼠、人、人源化、嵌合抗体或来源于其它物种。抗体为由免疫系统产生的蛋白质，其能够识别并且结合特定抗原。靶抗原通常具有被多个抗体上的CDR识别的多个结合位点，也称为表位。特异性结合不同表位的每一种抗体具有不同的结构。因此，一种抗原具有超过一种相应的抗体。
抗体包括全长免疫球蛋白分子或全长免疫球蛋白分子的免疫学活性部分，即包含免疫特异性结合目标靶的抗原或其部分的抗原结合部位的分子。靶包括癌细胞或产生与自身免疫疾病相关的自身免疫抗体的其它细胞。
本文中公开的免疫球蛋白可以是免疫球蛋白分子的任何类别(例如，IgG、IgE、IgM、IgD和IgA)或亚类(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)。免疫球蛋白可来源于任何物种。
“抗体片段”包括全长抗体的一部分，其保持期望的生物活性。“抗体片段”通常为抗原结合部分或其可变区。抗体片段的实例包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段；双体；线性抗体；由Fab表达文库产生的片段、抗独特型(抗-Id)抗体、CDR(互补决定区)和任何上述抗体的表位结合片段，其免疫特异性结合癌细胞抗原、病毒抗原或微生物抗原，单链抗体分子；和从抗体片段形成的多特异性抗体。
本文中提及的单克隆抗体明确地包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与源自特定物种的抗体或属于特定抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的其余部分与源自另一物种的抗体或属于另一抗体类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们显示需要的生物活性(美国专利No.4,816,567)。本文中的目标嵌合抗体包括“灵长类源化的(primatized)”抗体，其包含源自非人灵长类动物(例如，旧大陆猴或猿猴)的可变结构域抗原结合序列和人恒定区序列。
“抗体依赖性的细胞介导的细胞毒性”和“ADCC”是指细胞介导的反应，其中表达Fc受体(FcR)的非特异性细胞毒性细胞(例如，天然杀伤(NK)细胞、嗜中性白细胞和巨噬细胞)识别靶细胞上的结合抗体，随后引起靶细胞裂解。介导ADCC的主要细胞即NK细胞仅表达Fc.γ.RIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。为了测定目标分子的ADCC活性，可以进行体外ADCC测定(美国专利No.5,003,621；美国专利No.5,821,337)。用于此类测定的有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。
“诱导细胞死亡”的抗体为引起活细胞变成不存活的抗体。可以在补体和免疫效应细胞不存在的情况下测定体外细胞死亡，以区分由抗体依赖性的细胞介导的细胞毒性(ADCC)或补体依赖细胞毒性(CDC)诱导的细胞死亡。因此，可以使用热灭活的血清(即，在补体不存在的情况下)和在免疫效应细胞不存在的情况下进行细胞死亡的测定。为了测定抗体是否能够诱导细胞死亡，可以测定相对于未处理的细胞而言膜完整性的丧失，这可以通过碘化丙啶（PI）、台盼蓝或7AAD的摄取来评价。细胞死亡诱导性抗体是在PI摄取测定中诱导BT474细胞摄取PI的那些抗体。
“诱导细胞凋亡”的抗体是诱导程序性细胞死亡的抗体，如通过膜联蛋白V的结合、DNA的片段化、细胞皱缩、内质网膨胀、细胞片段化和/或膜囊泡（称作凋亡小体）的形成来测定。
如本文中所使用的，“化学增敏剂”或“致敏物质”为可增强化学治疗剂、放射治疗或替代治疗方案的疗效，从而增强这样的治疗或试剂的功效的药剂。也可在动物例如人或啮齿类动物中通过例如在一段时间内测量肿瘤大小、肿瘤负荷或转移灶的发病率来测量肿瘤或癌细胞对治疗的敏感性或抗性。例如，对于人进行约2、约3、约4或约6个月，对于小鼠进行约2-4、约3-5或约4-6周。如果与在这样的组合物或方法不存在的情况下的治疗敏感性或抗性相比较，治疗敏感性增加或抗性减小达到约10%或更高，例如约30%、约40%、约50%、约60%、约70%、约80%或更高或约为2倍、约为3倍、约为4倍、约为5倍、约为10倍、约为15倍、约为20倍或更多，则所述组合物或治疗方法可增加肿瘤或癌细胞对治疗性治疗的反应敏感性。测定对治疗性治疗的敏感性或抗性在本领域是常规的，并且在本领域普通技术人员的能力范围之内。
术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”可互换使用，意指由通过肽键或经修饰的肽键例如肽等排物(peptide isostere)(经修饰的肽键)(其可为肽提供额外的期望的性质例如增加半衰期)共价连接的至少两个氨基酸残基组成的化合物。肽可包括至少两个氨基酸。本文中描述的包含氨基酸的肽或蛋白质还可通过天然过程例如翻译后加工或通过本领域公知的化学修饰技术进行进一步修饰。修饰可在肽中的任何地方发生，包括肽主链、氨基酸侧链和氨基或羧基末端。应理解，相同类型的修饰可以以相同或不同的程度存在于给定肽的若干位置上。
用于确定SPARC微环境标签(SMS)的方法包括利用第一抗SPARC抗体(其中所述第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色)和利用第二抗SPARC抗体(其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色)对肿瘤的组织学切片进行免疫染色。利用两种不同的抗体测定七个组分的SPARC表达：肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质(间质)、血管、神经和肿瘤内的其它正常解剖组织。测定每一个视野内染色细胞的百分比、染色强度(0-4)和肿瘤的每个组分的总体评分(因变量)(每患者的总变量：7个组分x2种抗体x3个评分=42个被评分的变量)。
在本发明的所有方法中，可以使用本领域普通技术人员已知的任何适当的方法鉴定合适的抗-SPARC抗体，例如组织微阵列，以测定肿瘤和成纤维细胞SPARC染色的正确分布。可以使用通过本领域已知的标准技术制备的单克隆抗体和多克隆抗体。一种特别优选的抗SPARC抗体是识别被AF941多克隆抗体识别的免疫显性表位的抗体，其可用于优先免疫染色肿瘤细胞。
可使用Beecher Instruments Micro Tissue Arrayer来建立包含来自选定块的一式二份重复的0.6-mm核心的组织微阵列。可从完成的阵列块切割4微米厚的切片，将其转移至硅烷化的载玻片上。随后可用苏木精和伊红对来自这些阵列的切片进行染色以估计适合性。微波抗原恢复：将载玻片在高压锅(Nordic Ware)中置于10mM柠檬酸盐缓冲液(pH6.0)中，以大功率进行微波加热直至缓冲液在压力下沸腾4分钟。此时，终止微波加热，将载玻片在高压锅内再温育20分钟，之后将它们取出并漂洗。蛋白酶抗原恢复：按照提供商推荐的方案在蛋白酶-1溶液(Ventana)中温育4分钟。
在一个实施方式中，本发明提供了利用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则施用治疗有效量的所述化学治疗方案。
本发明提供了用于以化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法中的几个示例性的预先确定的SMS。一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
用于以化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
用于以化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
用于以化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的优选实施方式中，肿瘤是乳腺癌，并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的另一个优选实施方式中，肿瘤是乳腺癌，并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。在特别优选的实施方式中，肿瘤是Her2阴性乳腺癌，并且化学治疗方案包括术前治疗和术后治疗，所述术前治疗包括6个周期的以白蛋白结合型紫杉醇(nab-Paclitaxel)(175mg/m2)、吉西他滨(2000mg/m2)和表柔比星(50mg/m2)治疗14天，所述术后治疗包括4个周期的以白蛋白结合型紫杉醇(220mg/m2)+吉西他滨(2000mg/m2)治疗14天。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的另一个特别优选实施方式中，肿瘤是Her2乳腺癌，并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性，并且所述化学治疗方案包括：6个周期的：（a）在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇；（b）在每一个“28天周期”的第1天，卡铂AUC6；（c）4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和（d）5mg/kg/周的贝伐单抗。在这6个周期之后，通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的另一个优选实施方式中，肿瘤是胰腺癌，化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
在使用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法的另一个优选实施方式中，肿瘤是黑素瘤，并且所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
在另一个实施方式中，本发明提供了预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测对于所述化学治疗方案的阳性应答。
本发明还提供了预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法，包括：使用识别AF941多克隆抗体所识别的免疫显性表位的抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，如果所述抗SPARC抗体对组织学切片中的肿瘤细胞有染色，则预测对于所述化学治疗方案的阳性应答。具体地，本发明提供了预测肿瘤对化学治疗方案的应答的方法，其中所述化学治疗方案包括施用白蛋白结合型纳米颗粒紫杉醇和吉西他滨。
本发明还提供了预测动物内的肿瘤对化学治疗方案的应答的方法，其中“应答”定义为但不限于病理应答、总体存活或无进展存活。所述方法包括：用抗SPARC抗体对所述肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述抗SPARC抗体识别被MAB941单克隆抗体识别的表位，以及如果该抗SPARC抗体对组织学切片中的肿瘤细胞存在染色，则预测对所述化学治疗方案的不良应答。具体地，本发明提供了预测胰腺癌对化学治疗方案的应答的方法，其中所述化学治疗方案包括施用白蛋白结合型纳米颗粒紫杉醇和吉西他滨。
本发明提供了用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的几个示例性的预先确定的SMS。一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
在另一实施方式中，本发明提供了预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测进展的低风险。
本发明提供了用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的几个示例性的预先确定的SMS。一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。在优选实施方式中，具有该预先确定的SMS的肿瘤是乳腺癌肿瘤。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。在优选实施方式中，具有该预先确定的SMS的肿瘤是胰腺癌肿瘤。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法中的另一个示例性的预先确定的SMS包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。在优选实施方式中，具有该预先确定的SMS的肿瘤是黑素瘤。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法的优选实施方式，其中肿瘤是乳腺癌，包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法还可以包括向该动物使用化学治疗方案。在优选实施方式中，所述化学治疗方案包括紫杉醇。
在另一实施方式中，本发明提供了预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤的低风险的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测该动物具有死于该肿瘤的低风险。
本发明提供了用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤的低风险的几个示例性的预先确定的SMS。用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤的低风险的方法的优选实施方式，其中肿瘤是乳腺癌，包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤(其中所述肿瘤是乳腺癌)的低风险的另一个优选实施方式包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤(其中所述肿瘤是胰腺癌)的低风险的另一个优选实施方式包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
用于预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤(其中所述肿瘤是黑素瘤)的低风险的另一个优选实施方式包括预先确定的SMS，其包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
预测具有肿瘤的动物是否具有死于该肿瘤的低风险的方法还可以包括向该动物使用化学治疗方案。在优选实施方式中，所述化学治疗方案包括紫杉醇。
本发明还提供了用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的试剂盒，其包含：
（a）具有第一抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（b）具有第二抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色。
本发明的方法包括但不限于这样的实施方式，其中所述肿瘤是下列类型的肿瘤，例如口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
在本发明的优选实施方式中，所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。在特别优选的实施方式中，肿瘤是乳腺癌。
本发明的任何方法包括，其中所述动物是哺乳动物。更优选地，所述动物是人。
用于本发明的化学治疗方案可以是本领域技术人员已知的任何合适的方案。优选的化学治疗方案将包括使用紫杉醇治疗。更优选的化学治疗方案将包括使用纳米颗粒白蛋白结合型紫杉醇治疗。另外，本领域技术人员将知道，化学治疗方案可以包括组合治疗。优选的组合包括但不限于，白蛋白结合型紫杉醇、吉西他滨和表柔比星；白蛋白结合型紫杉醇和卡铂；白蛋白结合型紫杉醇和曲妥珠单抗；白蛋白结合型紫杉醇和贝伐单抗。
特别优选的化学治疗方案包括下列任一项：
（a）每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇，2000mg/m2吉西他滨，50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后治疗：14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨，持续4个周期；
（b）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2)，每4周内持续3周；或
（c）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡铂(AUC2)，每4周内持续3周。
另一个优选化学治疗方案包括6个周期的：（a）在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇；（b）在每一个“28天周期”的第1天，卡铂AUC6；（c）4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和（d）5mg/kg/周的贝伐单抗。在这6个周期之后，通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
以下实施例进一步例示了本发明，但是当然不应该被解释为以任何方式限制其范围。
实施例1
本研究的目的是评估肿瘤微环境中哪一种SPARC同种型和功能负责患者的结果，以及特别地确定SPARC免疫染色的模式与利用纳米颗粒白蛋白结合型(nab)紫杉醇(即，
Figure BDA00002740326100241
)治疗的患者结果之间是否存在相关性。
SPARC是多种肿瘤类型、包括乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌、肺癌、黑素瘤和头颈癌中的差的预后因子，已经表明其与增加的肿瘤血管生成、侵袭和转移相关。nab-紫杉醇可利用白蛋白运输的内源途径来进入肿瘤细胞，包括内源细胞gp60-白蛋白受体运输和结合由肿瘤分泌的SPARC。头颈癌的初始临床前研究和小型回顾性临床研究表明肿瘤组织内增加的内源SPARC可预测对nab-紫杉醇治疗的有利应答(Desai等人，2009,Trans Onc.2,59-64)。
进行了4个前瞻性研究，以确定SPARC肿瘤免疫染色模式即“SPARC微环境标签”(SMS)是否可区分在利用nab-紫杉醇方案治疗时具有低和高复发风险的患者。
评估了来自这4个临床试验的患者结果(表1)。
表1.提供样品和结果数据的临床试验
Figure BDA00002740326100251
总体上，此方法基于如下物质的连续施用：(1)针对待定位的抗原的一抗，(2)生物素化的连接抗体，(3)缀合有酶的链霉抗生物素蛋白和(4)底物色素原(DAB)。随后在Richard-Allan苏木精(Kalamazoo,Mich)中对载玻片进行复染，通过梯度乙醇溶液脱水，然后盖上盖玻片。使用自动染色装置(Dako Cytomation Autostainer,Dako,Carpinteria,CA)对所有载玻片进行染色。
如下所述进行本实施例的免疫染色。评估抗SPARC的一系列抗体。由通过美国病理委员会(American Board of Pathology)认证的病理学家进行详细的免疫组织学评估。按照0-4+的等级分配染色评分，4+为最阳性的。由于不知道肿瘤的哪一个组分对于SPARC的活性是重要的，因此进行各组分的分解，包括肿瘤、血管、成纤维细胞、炎性细胞、炎性细胞和正常解剖组织内的染色。
将来自福尔马林固定的、石蜡包埋的肿瘤块(每块有2个来自最具代表性的区域的核心)的组织核心排成阵列(Beecher Instruments,Silver Spring,Md)以产生各自测量为2.0mm的核心的组织微阵列，并且将其置于带正电荷的载玻片上。将具有样品的载玻片置于60℃烘箱中进行1小时，冷却，通过二甲苯脱蜡和通过梯度乙醇溶液至水对其再水化。将所有载玻片于3%过氧化氢水溶液中猝灭5分钟以封闭内源过氧化物酶。
如果未看到染色，则进行抗原恢复，以相同视野中的正常组织的染色用作内部阳性对照。利用加热法进行抗原恢复，其中将样品置于柠檬酸溶液，pH6.1(编号S1699,Dako,Carpinteria,Calif)中于94℃(使用蔬菜蒸笼)下进行20分钟，然后冷却15分钟。随后将载玻片置于免疫染色系统例如Dako Cytomation Autostainer(Dako,Carpinteria,CA)上，用于利用适当的抗体进行免疫组织化学。
在本研究中鉴定到对SPARC具有差别性亲和力的两种抗体，单克隆抗体(在下文中以“M”表示)(以1:100稀释于tris碱稀释剂中的SPARC单克隆抗体(R&D Systems,Minneapolis,MN)，目录号MAB941批号ECH045011)和多克隆抗体(在下文中以“P”表示)(以1:50稀释于tris碱稀释剂中的SPARC多克隆抗体(R&D Systems,Minneapolis,MN)，目录号AF941批号EWN04)。在载玻片上制备肿瘤的组织学切片，使用标准免疫染色方案进行染色。将所有载玻片于3%过氧化氢水溶液中猝灭5分钟以封闭内源过氧化物酶。在缓冲液漂洗后，用抗体M或阴性对照试剂温育载玻片30分钟。对于每种试剂，将小鼠辣根过氧化物酶聚合物试剂盒(Mouse MACH3HRP PolymerKit,Biocare Medical,Concord,CA)温育20分钟。在进行再一次缓冲液漂洗后，施用DAB色素原(Dako,Carpinteria,CA)，进行10分钟。将苏木精用于复染载玻片。使用相同的方案，利用抗体P对样品进行免疫染色，区别在于使用抗生物素蛋白-生物素检测试剂盒(BiocareMedical,Concord,CA)(每种试剂温育15分钟)替代HRP检测试剂盒。
由委员会认证的病理学家进行一系列肿瘤内SPARC表达的详细病理学评估。针对不同肿瘤组分，对SPARC表达水平(如通过免疫组织化学测定的)进行评分。按0-3的等级将评分赋予SPARC表达水平，3为最高阳性评分，这在本领域内常规地进行并且对于本领域普通技术人员来说是公知的。所使用的单克隆和多克隆抗体检测不同的SPARC表达模式，如表2中显示的。
表2.M和P免疫染色谱
Figure BDA00002740326100271
所述多克隆抗体显示对成纤维细胞相关SPARC的优先染色，而所述单克隆抗体对肿瘤相关SPARC优先染色。
根据这些染色优先性，建立下列模式（称作A至E）并分析它们在一系列肿瘤中的预测值：
A：当在任何组分中发现为3+时。
B：当利用单克隆抗SPARC抗体在任何组分中发现为3+时。
C：当利用多克隆抗SPARC抗体在任何组分中发现为3+时。
D：当利用两种抗SPARC抗体在肿瘤细胞中发现为3+时。
E：当利用两种抗SPARC抗体在成纤维细胞中发现为3+时。
将逻辑回归和比例风险(proportional hazard)用于鉴定SMS与应答、无进展存活(PFS)以及总体存活(OS)与各种肿瘤内SPARC染色模式之间的任何相关性。由于样本大小不足将下列从统计分析中去除，因为大量的组织样品不包含这些结构：炎性细胞、血管、神经细胞、间质、正常解剖组织。
肿瘤组之一为具有不能切除的IV期黑素瘤(上文列出的N057E研究)的患者的卡铂和nab-紫杉醇(ABI-007)的II期试验。在“28天”的周期的第1、8和15天施用nab-紫杉醇(100mg/m2)和卡铂(AUC2)。在“D”模式的存在与总体存活之间有统计上显著的相关性。
另一个肿瘤组来自已利用在28天的周期的第1、8和15天施用的Abraxane剂量(100-150mg/m2)和吉西他滨(1000mg/m2)(上文列出的CA040研究)治疗的晚期胰腺癌患者。在这些患者中观察到下列应答：
表3.应答率
(*CR，完全应答；PR，部分应答；SD，无应答和稳定的疾病；PD，无应答和进行性疾病)
在第二组肿瘤(晚期胰腺癌)中，所述多克隆抗体对肿瘤的染色预示了对疗法的应答(单尾t-检验，p=0.027)。此外，所述单克隆抗体对肿瘤细胞的染色预测了更差的总体存活和无进展存活。此外，B模式染色预示了胰腺癌患者中采用该方案的最差无进展存活。
本实施例证明了SPARC免疫组织化学是用于预测对基于nab-紫杉醇的化学疗法的应答的有效方法。
实施例2
对来自SPARC免疫染色的染色模式数据进行了更系统的分析，以鉴定产生预后信息的模式。使用不同形式的聚类分析挖掘来自实施例1中研究的相同肿瘤组的染色模式数据，以在各种肿瘤中就针对SPARC染色模式的应答、无进展存活(PFS)和总体存活(OS)鉴定最具区分性的SPARC表达组分(如通过免疫染色模式显示的)。如上文中所指出的，显现为预后重要的模式被称为“SPARC微环境标签”(“SMS”)。
利用两种不同抗体M和P（见实施例1）通过免疫染色表征了上述研究中获得的样品中的7个肿瘤肿瘤组分中的SPARC表达。这些肿瘤组分是：肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质(间质)、血管、神经和肿瘤内的其它正常解剖组织。测定肿瘤的每一个组分的每个视野内染色细胞的百分率、染色强度(0-4)和总体评分(因变量)(每个患者的总的变量：7个成分x两种抗体x3个评分＝42个评分的变量)。
“评分”组合了阳性细胞百分率和染色强度。如果无细胞或无组分呈染色阳性，则评分为“阴性”。如果少于10%的细胞为阳性，强度为2+或更低并且小于20%的细胞为阳性，或强度为1+或更低并且小于30%的细胞为阳性，则评分为“弱阳性”。如果强度为4+并且10-40%的细胞为阳性，强度为3+并且10-50%的细胞为阳性，强度为2+并且20-70%的细胞为阳性，或强度为4+或更低并且20-40%的细胞为阳性，或强度为1+或更低并且超过30%的细胞为阳性，则评分为“适中阳性”。如果强度为4+并且超过40%的细胞为阳性，或强度为3+并且超过50%的细胞为阳性，强度为2+并且超过70%的细胞为阳性，则评分为“强阳性”。该系统总结于表4。
表4.SMS评分系统
Figure BDA00002740326100301
该数据是使用GeneSpring软件包和Nexus阵列分析程序挖掘的。另外，对于聚类提示具有区分多种结果参数能力的参数，测定了ANOVA或t-检验(非配对)统计。对于聚类程序中的分析，将免疫染色结果归一化为：0+=0,1+=25,2+=50,3+=75,4+=100,阴性=0,弱=33,适中=66,强烈=100,%是病理学家报告的百分率。使用该程序，可以鉴定为任何肿瘤/治疗组合提供统计上显著的预后信息的SMS组分。表5-7中显示了乳腺癌、黑素瘤和胰腺癌的示例性结果。
表5.提供统计学上显著的预后信息的乳腺癌SMS组分(层次聚类，BRE73研究,38个高风险，30个低风险患者，总体存活)
Figure BDA00002740326100311
表6.提供统计学上显著的预后信息的黑素瘤SMS组分(层次聚类，ABX054研究,31个高风险，9个低风险患者，总体存活)
表7.提供统计学上显著的预后信息的胰腺癌SMS组分(层次聚类，CA040研究,16个高风险，20个低风险患者，总体存活)
Figure BDA00002740326100331
虽然表5-7中列出的任一项SPARC SMS组分都可用于预测所研究的特定肿瘤对于所研究的特定治疗的应答，但是，组合使用表中列出的对应于特定肿瘤和特定治疗的多项或全部SPARC SMS组分提供了对该特定肿瘤对于该特定治疗的应答的显著更精确的预测。因此，对于给定肿瘤/治疗对，表中的所有成分的归一化的评分的加和可用于将患者归类为高风险或低风险。截留值将是表5-7中显示的那些或列的加和。
鉴定的SMS中有这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管和间质对于第二抗体的染色为阳性。另一个SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。另一个SMS具有这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
实施例3
在该实施例中，乳腺肿瘤的SMS与临床结果相关联。
123个具有局部晚期乳腺癌(LABC)的患者进行如下治疗：6个周期的吉西他滨2000mg/m2,表柔比星50mg/m2和nab-紫杉醇175mg/m2，持续14天，然后进行手术(见图1)。手术之后，患者接受4个周期的：吉西他滨2000mg/m2，和nab-P220mg/m2，持续14天(见图1)。“病理完全应答”(pCR)定义为在乳腺(pT0)和腋下淋巴结(pN0)中没有残余的侵袭性癌症。“完全应答”(CR)定义为仅在乳腺中的病理完全应答。
在处理前肿瘤样品上进行SPARC免疫组织化学(IHC)成分评分。根据本发明的经验证的IHC程序(其使用2种不同的抗体(抗体M和P)定量7种肿瘤成分中的SPARC表达：肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常组织)，由2位委员会认证的病理学家独立地对肿瘤活检样品中的SPARC免疫染色进行评分。该评分包括确定每个视野中染色的细胞的百分率，染色的强度和总体评分(因变量)。因此，对于每个患者测定了42个变量（7个成分，2种抗体和3种评分）。使用Partek阵列分析程序进行数据的分析/聚类(SOM，层次，K-平均值和连接)。使用标准统计学方法将成功矩阵例如无进展存活(PFS)与SMS关联。
对于76个患者产生了SPARC IHC数据，76个中有18个(24%)具有进展或死亡。（令人惊奇的是，具有更高的SPARC的患者进展更好——不希望被任何特定理论所限，这些数据说明被nab-紫杉醇靶向）。
基于聚类分析，鉴定了区分低风险(LR)组(n=35,PFS81%，在24个月时)与高风险(HR)组(n=41,PFS65%，在24个月时)(p=0.02)的独特SMS。LR组中有3个具有pCR的患者，HR组中有5个pCR(p=ns)。2个组之间的TN阶段、三-阴性状态、ER(雌激素受体)状态和PR（孕酮受体）状态是类似的。
表7.
Figure BDA00002740326100351
通过将SPARC SMS与TN,ER-,PR-组合而改善其预后能力。例如，24个月时的PFS是93%(n=24,非-TN,SPARC LR),93%(n=21,ER+,SPARC LR),92%(n=20,PR+,SPARC LR)，相对于33%(n=15,TN,SPARC HR),40%(n=20,ER-,SPARC HR),51%(n=22,PR-,SPARC HR),分别是p<0.0001,p=0.0001,p=0.002。当把HRSMS与TN,ER-,PR-组合时，中位数PFS从22.7,30.0,22.7个月降低至19.5（对于TN）,24.2（对于ER-）,14.3（对于PR-）个月。
图3和4中显示了新辅助疗法乳腺癌试验(N=107)中的具有HER2阴性患者的总体PFS和OS。（对于该患者群体未达到中位数PFS和OS）。肿瘤应答（CR和pCR）显示出朝着更好的PFS和OS的趋势，但是不是统计上显著的。来自68个这些HER2阴性患者的SPARCSMS与PFS和存活关联。
表8.
Figure BDA00002740326100361
通过IHC研究了已知的预后因子（ER、PR和三阴性）的状态并与68个具有可获得的SPARC SMS数据的HER2阴性患者中的PFS和OS关联（对数秩检验）。如所预期的那样，预后因子将患者分级，就PFS和OS而言具有显著性P值。
作为预后因子，SPARC独立于ER、PR和三阴性肿瘤状态。将SMS风险聚类添加至其它预后因子进一步区分了具有低风险（0风险因子）、中等风险（1风险因子）和高风险（2风险因子）的肿瘤（就缩短的PFS而言）。(风险0：SPARC LR,并且无已知的风险因子；风险1：SPARC HR,或ER-阴性(A),PR-阴性（B）,三阴性(C);风险2：SPARC HR+已知的风险因子)(图5)。将SMS风险聚类添加至其它预后因子中进一步区分了具有低风险（0风险因子）、中等风险（1风险因子）和高风险（2风险因子）的肿瘤（就缩短的OS而言）（图6）。
因此，该实施例显示：单独的SPARC微环境标志物能够区分低风险和高风险的肿瘤（就OS而言）。
本文引用的所有参考文献，包括公开物、专利申请和专利，均通过引用方式并入本文，达到如同每篇参考文献都单独且特别被指明通过引用方式并入并以其全文显示于本文的程度。
在描述本发明的上下文中(尤其是以下权利要求的上下文中)术语"一种/个(a)"和"一种/个(an)"和"该/所述(the)"的使用应该被解释为涵盖了单数和复数，除非本文中另有指明或上下文明显矛盾。除非另有指明，否则术语"含有(comprising)"、"具有(having)"、"包括(including)"和"含有(containing)"应该被解释为开放式术语(即，意思是“包括但不限于”)。除非本文另有指明，否则本文中提及的数值范围仅仅是作为单独提及落在该范围内的每个单独数值的简便方式，并且每个单独数值并入本说明书中，如同在本文中单独提及一样。除非本文另有指明或者上下文明显矛盾，否则本文描述的所有方法可以通过任意合适的顺序进行。除非另有要求，否则本文提供的任意和所有实施例或示例性语言(例如“例如”)仅仅意在更好地诠释本发明，而不对本发明的范围进行限制作用。本说明书中的任何语言不应被解释为指明未要求保护的要素对于本发明的实施是必不可少的。
在本文中描述了本发明的优选实施方式，包括本发明人已知的用于实施本发明的最佳模式。本领域普通技术人员在阅读了上述说明书之后，那些优选实施方式的变体会变得明显。本发明人预期技术人员视情况而应用此类变体，本发明人想到本发明可以按照除了本文特异性描述以外的方式来实施。因此，本发明包括适用法律所允许的随附的权利要求中提及的主题的所有修饰和等同物。此外，除非本文另有指明或上下文明显矛盾，否则本发明中包括上述要素的以其所有可能变体进行的任意组合。

Claims (57)

1.利用化学治疗方案治疗动物中的肿瘤的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签(SMS)，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则施用治疗有效量的所述化学治疗方案。
2.权利要求1的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管、和间质对于第二抗体的染色为阳性。
3.权利要求1的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
4.权利要求1的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
5.权利要求1的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
6.权利要求1-5任一项的方法，其中所述肿瘤选自：口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
7.权利要求6的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。
8.权利要求7的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌。
9.权利要求1-5任一项的方法，其中所述哺乳动物是人。
10.权利要求1-5任一项的方法，其中所述化学治疗方案包括紫杉醇。
11.权利要求10的方法，其中所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇。
12.权利要求11的方法，其中所述化学治疗方案包括下列任意：
（a）每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇，2000mg/m2吉西他滨，50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后施用：14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨，持续4个周期；
（b）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2)，每4周内持续3周；或
（c）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡铂(AUC2)，每4周内持续3周。
13.权利要求11的方法，其中所述化学治疗方案包括6个周期的：
（a）在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇；
（b）在每一个“28天周期”的第1天，卡铂AUC6；
（c）4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和
（d）5mg/kg/周的贝伐单抗；
然后通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
14.权利要求1的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
15.权利要求1的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
16.权利要求15的方法，其中所述肿瘤是Her2阳性乳腺癌，并且其中所述化学治疗方案包括6个周期的：
（a）在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇；
（b）在每一个“28天周期”的第1天，卡铂AUC6；
（c）4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和
（d）5mg/kg/周的贝伐单抗；
然后通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
17.权利要求15的方法，其中所述肿瘤是Her2阴性乳腺癌，并且其中所述化学治疗方案包括术前治疗和术后治疗，所述术前治疗包括6个周期的以白蛋白结合型紫杉醇(175mg/m2)、吉西他滨(2000mg/m2)和表柔比星(50mg/m2)治疗14天，所述术后治疗包括4个周期的以白蛋白结合型紫杉醇(220mg/m2)+吉西他滨(2000mg/m2)治疗14天。
18.权利要求1的方法，其中所述肿瘤是胰腺癌，所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
19.权利要求1的方法，其中所述肿瘤是黑素瘤，并且所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过大约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
20.预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签(SMS)，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤血管和肿瘤间质的染色，
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测对于所述化学治疗方案的阳性应答。
21.权利要求20的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
22.权利要求20的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
23.权利要求20的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
24.权利要求20的方法，其中所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
25.权利要求20-24任一项的方法，其中所述肿瘤选自：口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
26.权利要求25的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌或黑素瘤。
27.权利要求20-24任一项的方法，其中所述哺乳动物是人。
28.权利要求27的方法，其中所述化学治疗方案包括紫杉醇。
29.权利要求28的方法，其中所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇。
30.权利要求29的方法，其中所述化学治疗方案包括下列任意：
（a）每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇，2000mg/m2吉西他滨，50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后施用：14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨，持续4个周期；
（b）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2)，每4周内持续3周；或
（c）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡铂(AUC2)，每4周内持续3周。
31.权利要求29的方法，其中所述治疗方案包括6个周期的：
（a）在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇；
（b）在每一个“28天周期”的第1天，卡铂AUC6；
（c）4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和
（d）5mg/kg/周的贝伐单抗；
然后通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
32.用于预测动物中的肿瘤对于化学治疗方案的应答的试剂盒，其包含：
（a）具有第一抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，和
（b）具有第二抗SPARC抗体的免疫染色剂，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色。
33.预测具有肿瘤的动物是否具有该肿瘤的进展的低风险的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签(SMS)，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，和
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测进展的低风险。
34.权利要求33的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少约70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
35.权利要求33的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性
36.权利要求33的方法，其中所述肿瘤是胰腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
37.权利要求33的方法，其中所述肿瘤是黑素瘤并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
38.权利要求33的方法，其中所述肿瘤选自：口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
39.权利要求38的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。
40.权利要求39的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌。
41.权利要求38的方法，其中所述哺乳动物是人。
42.权利要求38的方法，其中使用包括紫杉醇的化学治疗方案治疗所述哺乳动物。
43.权利要求42的方法，其中所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇。
44.权利要求43的方法，其中所述化学治疗方案包括下列任意：
（a）每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇，2000mg/m2吉西他滨，50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后施用：14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨，持续4个周期；
（b）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2)，每4周内持续3周；或
（c）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡铂(AUC2)，每4周内持续3周。
45.权利要求43的方法，其中所述化学治疗方案包括6个周期的：
（a）在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇；
（b）在每一个“28天周期”的第1天，卡铂AUC6；
（c）4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和
（d）5mg/kg/周的贝伐单抗；
然后通过手术切除原发肿瘤，然后施以治疗有效量的曲妥珠单抗和贝伐单抗持续52周。
46.预测具有肿瘤的动物是否具有死于肿瘤的低风险的方法，包括：
（a）制备所述肿瘤的多个组织学切片以获得SPARC微环境标签(SMS)，
（b）利用第一抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中第一抗SPARC抗体优先对肿瘤细胞内的SPARC染色，
（c）利用第二抗SPARC抗体对肿瘤的组织学切片进行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗体优先对成纤维细胞内的SPARC染色，
（d）测定第一抗SPARC抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色和第二抗体对肿瘤细胞、成纤维细胞、炎性细胞、无细胞间质/基质、血管、神经组织、肿瘤内的正常解剖组织或其任何组合的染色，
（e）如果免疫染色显示出预先确定的SMS，则预测具有死于该肿瘤的低风险。
47.权利要求46的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于约70%的肿瘤细胞、成纤维细胞、血管、间质和炎性细胞对于第一抗体的染色为阳性，并且至少50%的炎性细胞和至少70%的血管，和间质对于第二抗体的染色为阳性。
48.权利要求46的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：至少60%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且至少60%的肿瘤细胞对于第二抗体的染色为阳性。
49.权利要求46的方法，其中所述肿瘤是胰腺癌并且所述预先确定的SMS包括这样的免疫染色：小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第一抗体的染色为阳性，并且小于50%的肿瘤细胞、血管和间质对于第二抗体的染色为阳性，并且血管具有以第二抗体的至少适中的阳性评分。
50.权利要求46的方法，其中所述肿瘤是黑素瘤并且预先确定的SMS包括这样的免疫染色：肿瘤细胞、血管、炎性细胞和成纤维细胞对于第一抗体具有不超过2+的强度；不超过约50%的肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的染色为阳性；肿瘤细胞、血管、炎性细胞、间质和成纤维细胞对于第一抗体的评分为不高于轻微阳性。
51.权利要求46的方法，其中所述肿瘤选自：口腔肿瘤、咽肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、骨肿瘤、软骨瘤、骨转移、肉瘤、皮肤肿瘤、黑素瘤、乳腺肿瘤、生殖系统肿瘤、泌尿道肿瘤、眼眶肿瘤、脑和中枢神经系统肿瘤、神经胶质瘤、内分泌系统肿瘤、甲状腺肿瘤、食管肿瘤、胃肿瘤、小肠肿瘤、结肠肿瘤、直肠肿瘤、肛门肿瘤、肝肿瘤、胆囊肿瘤、胰腺肿瘤、喉肿瘤、肺肿瘤、支气管肿瘤、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈肿瘤、宫体肿瘤、卵巢肿瘤、外阴肿瘤、阴道肿瘤、前列腺肿瘤、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤、膀胱肿瘤、肾肿瘤、肾盂肿瘤、输尿管肿瘤、头颈肿瘤、甲状旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病和肛门肿瘤。
52.权利要求51的方法，其中所述肿瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。
53.权利要求46-51任一项的方法，其中所述哺乳动物是人。
54.权利要求46的方法，其中使用包括紫杉醇的化学治疗方案治疗所述哺乳动物。
55.权利要求54的方法，其中所述化学治疗方案包括白蛋白结合型紫杉醇。
56.权利要求54的方法，其中所述化学治疗方案包括下列任意：
（a）每14天的175mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇，2000mg/m2吉西他滨，50mg/m2的表柔比星，持续6个周期，然后通过手术切除原发肿瘤，然后进行下列术后施用：14天的220mg/m2的白蛋白结合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他滨，持续4个周期；
（b）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以吉西他滨(1000mg/m2)，每4周内持续3周；或
（c）每周施以白蛋白结合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周内持续3周，和每周施以卡铂(AUC2)，每4周内持续3周。
57.权利要求54的方法，其中所述治疗方案包括6个周期的：
（a）在每一个“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新辅助疗法白蛋白结合型紫杉醇；
（b）在每一个“28天周期”的第1天，卡铂AUC6；
（c）4mg/kg载量、然后2mg/kg/周的曲妥珠单抗；和
（d）5mg/kg/周的贝伐单抗；
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