JP2013527769A - 統合された試料調製システムおよび安定化酵素混合物 - Google Patents
統合された試料調製システムおよび安定化酵素混合物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2013527769A JP2013527769A JP2013509306A JP2013509306A JP2013527769A JP 2013527769 A JP2013527769 A JP 2013527769A JP 2013509306 A JP2013509306 A JP 2013509306A JP 2013509306 A JP2013509306 A JP 2013509306A JP 2013527769 A JP2013527769 A JP 2013527769A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- enzyme mixture
- amplification
- stabilized enzyme
- enzyme
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
- B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
- B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
- B01L3/5027—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
- B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
- B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
- B01L3/5027—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
- B01L3/502753—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip characterised by bulk separation arrangements on lab-on-a-chip devices, e.g. for filtration or centrifugation
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L7/00—Heating or cooling apparatus; Heat insulating devices
- B01L7/52—Heating or cooling apparatus; Heat insulating devices with provision for submitting samples to a predetermined sequence of different temperatures, e.g. for treating nucleic acid samples
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/96—Stabilising an enzyme by forming an adduct or a composition; Forming enzyme conjugates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2200/00—Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
- B01L2200/10—Integrating sample preparation and analysis in single entity, e.g. lab-on-a-chip concept
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2200/00—Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
- B01L2200/16—Reagents, handling or storing thereof
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/06—Auxiliary integrated devices, integrated components
- B01L2300/0672—Integrated piercing tool
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/06—Auxiliary integrated devices, integrated components
- B01L2300/0681—Filter
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
- B01L2300/0809—Geometry, shape and general structure rectangular shaped
- B01L2300/0816—Cards, e.g. flat sample carriers usually with flow in two horizontal directions
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
- B01L2300/0861—Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices
- B01L2300/0864—Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices comprising only one inlet and multiple receiving wells, e.g. for separation, splitting
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
- B01L2300/0861—Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices
- B01L2300/0867—Multiple inlets and one sample wells, e.g. mixing, dilution
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
- B01L2300/0861—Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices
- B01L2300/087—Multiple sequential chambers
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
- B01L2300/0887—Laminated structure
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2400/00—Moving or stopping fluids
- B01L2400/04—Moving fluids with specific forces or mechanical means
- B01L2400/0475—Moving fluids with specific forces or mechanical means specific mechanical means and fluid pressure
- B01L2400/0481—Moving fluids with specific forces or mechanical means specific mechanical means and fluid pressure squeezing of channels or chambers
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2400/00—Moving or stopping fluids
- B01L2400/04—Moving fluids with specific forces or mechanical means
- B01L2400/0475—Moving fluids with specific forces or mechanical means specific mechanical means and fluid pressure
- B01L2400/0487—Moving fluids with specific forces or mechanical means specific mechanical means and fluid pressure fluid pressure, pneumatics
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2400/00—Moving or stopping fluids
- B01L2400/06—Valves, specific forms thereof
- B01L2400/0633—Valves, specific forms thereof with moving parts
- B01L2400/0655—Valves, specific forms thereof with moving parts pinch valves
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2400/00—Moving or stopping fluids
- B01L2400/06—Valves, specific forms thereof
- B01L2400/0677—Valves, specific forms thereof phase change valves; Meltable, freezing, dissolvable plugs; Destructible barriers
- B01L2400/0683—Valves, specific forms thereof phase change valves; Meltable, freezing, dissolvable plugs; Destructible barriers mechanically breaking a wall or membrane within a channel or chamber
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L9/00—Supporting devices; Holding devices
- B01L9/52—Supports specially adapted for flat sample carriers, e.g. for plates, slides, chips
- B01L9/527—Supports specially adapted for flat sample carriers, e.g. for plates, slides, chips for microfluidic devices, e.g. used for lab-on-a-chip
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Clinical Laboratory Science (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Dispersion Chemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
Abstract
Description
本発明は、統合された試料調製/核酸配列決定システムおよび安定化酵素混合物を提供する。詳細には本発明は、試料を処理し、配列決定法(例えば次世代配列決定法)または他の適切な核酸分析法における使用に適するDNAライブラリーを生成するように構成されたマイクロフリューディックカードを提供する。本発明は、酵素(例えば全ゲノム増幅において使用される酵素)、BSAおよび糖を含有する安定化酵素混合物も提供する。そのような酵素混合物は、凍結乾燥されてよく、酵素活性の顕著な減少を伴うことなく数カ月間室温で保存されうる。
本明細書において使用される用語「マイクロフリューディックカード」は、選択された内部チャネル、空所または少なくとも1つの寸法がおよそ0.1から500ミクロンである他のマイクロ構造を有するデバイス、カートリッジまたは「カード」を意味する。マイクロフリューディックデバイスは、レーザー謄写、型押し、スタンピング、射出成形、マスキング、エッチングおよび3次元ソフトリソグラフィーなどの技術を使用して種々の材料から作製されうる。積層マイクロフリューディックデバイスは、粘着性中間層または、方向性ポリプロピレンの圧力処置によってなどの熱性非粘着性結合技術でさらに作製される。積層化された成形マイクロフリューディックデバイスの微小構造は、異なっている場合がある。特定の実施形態において本発明のマイクロフリューディックカードは、制御インターフェースならびに場合による温度および磁気的インターフェースを提供するホスト機器と相互作用するまたは「ドッキングされる」ように設計される。しかしカードは、一般にアッセイを実施するために必要な全ての生物学的試薬を含有しており、1つ以上の試料の添加だけを必要とする。これらのカードは一般に使い捨て、1回限りの使用で使用中および廃棄において生物学的有害物質への暴露の危険を最小化するために、一般に衛生的機能を有して製造される。
本発明は、統合試料調製システムおよび安定化酵素混合物を提供する。詳細には本発明は、試料を処理するステップおよび配列決定法(例えば次世代配列決定法)または他の適切な核酸分析法における使用に適しているDNAライブラリーを生成するステップのために構成されたマイクロフリューディックカードを提供する。本発明は、酵素(例えば全ゲノム増幅において使用される酵素)、BSAおよび糖を含有する安定化酵素混合物も提供する。そのような酵素混合物は、凍結乾燥されることができ、酵素活性の顕著な減少を伴うことなく数カ月間室温で保存されうる。
本発明は、いくつかの分子生物学的工程/ステップの、マイクロフリューディックカードを使用する単一の統合されたシステムへの統合を提供する。次いで統合された方法は、例えば(臨床的、生物学的、環境的)試料の採取および細胞の溶解、核酸の抽出、抽出核酸の増幅(例えば全ゲノム増幅)、増幅核酸の断片化、DNA断片末端の加工、リンカーの連結および処理された核酸(例えば配列決定に適するDNA配列決定ライブラリー)の精製のために使用されうる。統合された工程は、処理時間、労働を劇的に低減させ、自動制御および1回限りの使用のシステム内に統合され品質管理された試薬の使用を通じて工程の一貫性を改善する。
特定の実施形態においてマイクロフリューディックカードは、増幅サブサーキットにおいて全ゲノム増幅(WGA)を実施するために必要な、十分なまたは有用な試薬を有する。本発明が増幅方法としてWGAに限定されず、どちらも当技術分野において十分に周知のPCRまたはTMAなどのその他の任意の種類の適切な増幅技術(および対応する試薬)が使用されうることは記載される。
遺伝子診断、癌研究または法医学などの研究の多数の分野において、ゲノムDNAの不足は、試料に実施されうる遺伝子検査の種類および量の重大な制限要因となる場合がある。この問題を克服するために設計された1つの手法が全ゲノム増幅(WGA)である。元の試料と識別不能だが高いDNA濃度を有する新たな試料を生成するために、目標は限定的なDNA試料を非特異的方法で増幅することである。典型的な全ゲノム増幅技術の目的は、元の配列表現を尊重する一方で、試料をマクログラムレベルにまで増幅することである。
特定の実施形態において標的全ゲノム増幅(TWGA)は、本発明の一部として使用される。標的WGAは、例えば、参照により本明細書に組み込む米国特許出願公開第20100035232号に記載されている。
いくつかの好ましい実施形態において、1つ以上の標的ゲノムが選択される。標的ゲノムの選択は分析の目的によって決定される。例えば標的全ゲノム増幅工程の望ましい結果が、生物戦争攻撃の現場において土壌試料中に存在することが疑われるバチルス・アントラシス(Bacillus anthracis)などの生物戦争生物のゲノムを代表する核酸を得ることである場合は、ただ1つの標的ゲノムとしてバチルス・アントラシスのゲノムを選択することを選ぶことができる。一方標的全ゲノム増幅工程の望ましい結果が、潜在的生物兵器剤の群などの細菌群を代表する核酸を得ることである場合は、次の細菌:バチルス・アントラシス、フランシセラ・ツラレンシス(Francisella tularensis)、エルシニア・ペスチス(Yersinia pestis)、ブルセラ属種(Brucella sp.)、バークホルデリア・マレイ(Burkholderia mallei)、リケッチア・プロワゼキイ(Rickettsia prowazekii)およびエシュリキア・コリ0157(Escherichia coli 0157)の任意または全てを含む群のように複数の標的ゲノムが選択されうる。同様に、異なるゲノムまたはゲノム群が、他の目的のための(1つ以上の)標的ゲノムとして選択されうる。例えばヒトゲノムまたはミトコンドリアDNAは、犯罪が行われた可能性がある場所の土壌試料または他の環境試料中に見出される一般的ゲノムに優先して標的になりうる。したがって従来の方法および組成物は、適用されることができ、ヒトゲノム(標的)はバックグラウンドゲノムに優先して選択的に増幅されうる。他の例は、呼吸器疾患を生じるウイルス群、敗血症を生じる病原体または家庭を汚染することが周知の真菌群のゲノムを含みうる。
バックグラウンドゲノムは、存在する特定の生物の核酸の可能性に基づいて選択されうる。例えばヒトによって取り扱われた土壌試料は、これだけに限らないが、ホモ・サピエンス(Homo sapiens)、ガルス・ガルス(Gallus gallus)、ギラルディア・テータ(Guillardia theta)、オリザ・サティバ(Oryza sativa)、アラビドプシス・タリアナ(Arabidopsis thaliana)、ヤロウイア・リポリティカ(Yarrowia lipolytica)、サッカロマイセス・セレビシエ、デバイヨマイセス・ハンセニイ(Debaryomyces hansenii)、クリベロマイセス・ラクチス(Kluyveromyces lactis)、シゾサッカロマイセス・ポム(Schizosaccharomyces pom)、アスペルギルス・フミガータス(Aspergillus fumigatus)、クリプトコッカス・ネオフォルマンス(Cryptococcus neoformans)、エンセファリトゾーン・クニクリ(Encephalitozoon cuniculi)、エレモテシウム・ゴシッピー(Eremothecium gossypii)、カンジダ・グラブラタ(Candida glabrata)、アピス・メリフェラ(Apis mellifera)、ドロソフィラ・メラノガスター(Drosophila melanogaster)、トリボリウム・カスタネウム(Tribolium castaneum)、アノフェレス・ガンビアエ(Anopheles gambiae)およびカエノルハブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans)を含む生物のゲノムを代表する核酸を含有することが期待される。任意のまたはこれら全てのゲノムは、試料中のバックグラウンドゲノムを評価するために適している。任意の特定の試料中の実際の生物は、供給原および/または環境に基づいて各試料について変化する。したがってバックグラウンドゲノムは、試料中に実際に存在する生物の独自性に基づいて選択されうる。試料の成分は、当業者に周知の任意の多数の技術を使用して測定されうる。さらなる実施形態において、プライマーは、試料中の1つ以上のバックグラウンド生物の実際の同定に基づいておよび試料中に存在する任意のさらなる1つ以上のバックグラウンド生物の可能性に基づいて設計されうる。
試料の標的およびバックグラウンドゲノムが測定されると、次のステップはプライマーハイブリダイゼーション部位として有用な標的ゲノム中のゲノム配列セグメントを同定することである。所与の標的全ゲノム増幅の効率は、プライマーの効果的な使用に依存する。全ゲノムを代表する増幅産物を産生するためにプライマーハイブリダイゼーション部位は、ゲノムの長さにわたって適切な間隔を有するべきである。好ましくはプライマーハイブリダイゼーション部位間の平均間隔距離は、約1000核酸塩基またはそれ未満である。より好ましくは平均間隔は長さ約800核酸塩基またはそれ未満である。さらに好ましくは平均間隔は長さ約600核酸塩基またはそれ未満である。最も好ましくはプライマーハイブリダイゼーション部位間の平均間隔は長さ約500核酸塩基またはそれ未満である。
標的全ゲノム増幅の目的のためにプライマーハイブリダイセーション部位(ゲノム配列決定セグメント)の長さおよびこれらにハイブリダイズする対応するプライマーの長さの選択は、好ましくは2つの要因;(1)所与のプライマーの標的ゲノムへの結合頻度を示す感度、および(2)所与のプライマーがバックグラウンドゲノムにハイブリダイズするよりもより高い頻度で標的ゲノムにハイブリダイズする程度を示す選択性を比較考量する。一般に、より長いプライマーは高い選択性および低い感度である傾向があり、一方短いプライマーについては逆になる。好ましくは長さ約5から約13核酸塩基のプライマーが標的全ゲノム増幅に有用であるが、この範囲から外れるプライマー長も同様に使用されうる。この範囲が5、6、7、8、9、10、11、12および13核酸塩基の長さを有するプライマーを含むことは認識される。プライマーの大きさは、プライマーの選択性とプライマーの感度との間のバランスに影響を与える。最適なプライマー長は、このバランスを考慮して各試料について決定される。5核酸塩基より短いまたは13核酸塩基より長い長さを有するプライマーも、選択性および感度がその試料について最適に維持される場合は有用である。種々の長さを有する複数のプライマーを選択することは、(1つ以上の)標的ゲノム配列にわたる広範なプライミングを提供し、バックグラウンドゲノム配列と比較して(1つ以上の)標的ゲノム配列へのプライマーの優先的な結合も提供する。
いくつかの実施形態において、プライマーセットの費用および複雑度を低減するために標的全ゲノム増幅セット中のプライマーの総数を低減するために全ての固有のゲノム配列セグメントの適切なサブセットを決定することは好ましい。いくつかの実施形態において固有のゲノム配列セグメントの適切なサブセットの決定は、所与のゲノム配列セグメントの感度および/または選択性についての有用なおよび実用的なカットオフ点を示す1つ以上の閾値基準を選択することを必要とする。そのような基準の例は、これだけに限らないが発生頻度の選択された閾値(頻度閾値)および選択された選択性比(選択比閾値)を含む。
選択されたゲノム配列セグメントにハイブリダイズするために設計されるプライマーは、好ましくはゲノム配列セグメントに100%相補的である。他の実施形態において選択されたゲノム配列セグメントにハイブリダイズするために設計されるプライマーは、ゲノム配列セグメントに少なくとも約70%から約100%またはこれらの間の任意の整数もしくは小数で相補的である。一般的に、選択された核酸配列にハイブリダイズするためのプライマーの設計は、当業者に十分に周知であり、商業的に入手可能なコンピュータープログラムによって支援されうる。分析され、プライマーハイブリダイセーション部位として選択されるゲノム配列セグメントと同じ長さであるように所与のプライマーを設計することは一般に好ましい。しかしいくつかの場合においては、プライマーハイブリダイセーション部位と比較してプライマーの長さを変更することは有利でありうる。例えばプライマーが分析され好ましくない融解温度を有することが見出された場合および標的ゲノム配列に対する改善された親和性を有するプライマーを生成するために5’または3’末端での延長から利益を得る場合。プライマーの長さは、増大されても、減少されてもよい。当業者は、プライマー長の変更がプライマーハイブリダイセーション部位も変更し、元の選択されたゲノム配列セグメントとはもはや同一でないことを認識する。いくつかの場合において、所与の長さを変更したプライマーのハイブリダイゼーション部位に対応するゲノム配列セグメントを分析することは有益でありうる。この分析は、これだけに限らないが、発生頻度および選択比を含むデータの検討によって実施されることができ、長さを変更したプライマーの実際のインビトロ検査によっても実施されうる。
上に記載のとおり本発明の実施形態は、マイクロフリューディックカードで生成されるDNAライブラリーを配列決定することに関与する。本発明は、使用される配列決定法によって限定されない。例示的配列決定法は下に記載される。
安定化酵素混合物
この実施例は、全ゲノム増幅(WGA)などの方法において有用である安定化酵素混合物の開発を記載する。図15において記載のとおり、多数の賦形剤製剤がPhi−29、ポリメラーゼIおよび無機ピロホスファターゼのWGAとの適合性について検査された。16個の専売の安定化製剤(賦形剤と称される。)は、WGAにおいて一般に使用される酵素をうまく安定化させることにおいて有用でなかったことが見出された。図16に示すとおり、BSAがこれらの酵素を安定化させるために重要な構成要素であったことが見出された。
試料調製法
この実施例は、例えばマイクロフリューディックデバイスにおいて使用されうる種々の試料調製法を記載する。このような方法は、単一のユニバーサル緩衝剤の使用を可能にし、試料が単一のチューブ中に留まることを可能にする。このような方法のための概要は、次のステップ:溶解および抽出;全ゲノム増幅(または他の増幅法);DNAの断片化;末端の加工;連結;未完成生成物の除去;および最終精製を含む。下に記載されるのは、多数のそのようなステップについての特定の詳細である。
増幅試料(例えばWGA試料)は、次の構成要素:1)ソニケーターアセンブリ:2.4メガヘルツ(meghaertz)、Sonaer241V;2)トランスデューサー:金コーティングネブライザークリスタル(gold coated nebulizer crystal)、Sonaer24AU;3)電源:24ボルト電源、Sonaer ST624;および4)蓋:ソニケーター中を封入するために機械加工されたプラスチック、からなるデバイスで断片化されうる。この方法を使用する超音波処理は、15sオン、15sオフの間隔を有する50%負荷サイクルで合計10分間実施されうる。
連結速度は(30分間に生成される最終産物の量における顕著な増加をもたらした)初期条件から最適化された。最適化は、改変緩衝剤構成要素または濃度および改変酵素濃度を含んだ。パラメーターは下の表1に示されている。反応条件は30C、30分間および65C、10分間であった。
条件を末端加工効率について検査するために検討した。検査した条件は、反応時間、反応温度、dATP濃度、DTT濃度、PEG濃度、スペリミジン濃度、ポリリジン濃度を含んだ。使用されたパラメーターは、下の表2に示される。使用された反応条件は、37C 5分間、50C、2分間および75C、10分間であった。
上の表1に示した「条件1」を(ヘアピン/挿入配列にわずかな変更を有して)使用して実施した連結反応物をexoIIIおよびexoVIIを使用して消化した。下に示すヘアピンおよび挿入物の濃度は、連結反応前である。挿入物の大部分は、連結反応中に「最終産物」に転換された。使用した条件は表3に示されている。反応条件は、37C、1時間および70C、10分間であった。
Claims (22)
- a)生物学的試料の導入のために構成された添加ポート;
b)次の構成要素の1つ以上:
i)廃棄物チャンバー;
ii)i)混合チャンバーおよびii)溶解緩衝液を含有する第一密封容器を含む、前記混合チャンバー中の前記生物学的試料を前記溶解緩衝液で溶解して、溶解試料を生成するように構成された、前記添加ポートに作動可能に連結した溶解サブサーキット;
iii)1)前記溶解試料中に存在する核酸に結合するように構成された核酸抽出構成要素、2)洗浄緩衝液を含有する第2密封容器、3)溶出緩衝液を含有する第3密封容器、および4)前記溶出緩衝液を前記核酸抽出構成要素上にポンピングして、抽出核酸の混合物を生成するためにように構成されたポンプ構成要素を含む、前記溶解サブサーキットおよび前記廃棄物チャンバーの両方に作動可能に連結した核酸抽出サブサーキット;
iv)前記抽出核酸について増幅を実施して、増幅核酸を生成するのに有用である少なくとも1つの増幅関連酵素を含む安定化酵素混合物を含む、前記核酸抽出サブサーキットに作動可能に連結した増幅サブサーキット;
c)i)前記増幅核酸を消化して、断片化核酸を生成するように構成された試薬混合物および/またはii)前記増幅核酸を機械的に断片化して、断片化核酸を生成するように構成された断片化構成要素を含む、前記増幅サブサーキットに作動可能に連結した断片化サブサーキット;ならびに
d)i)配列決定方法における使用のために構成された核酸リンカー、およびii)前記核酸リンカーに前記断片化核酸を連結して、核酸配列決定ライブラリーを生成するように構成された連結酵素混合物を含む、前記断片化サブサーキットに作動可能に連結したリンカー連結サブサーキット
を含むマイクロフリューディックカード。 - 前記少なくとも1つの増幅関連酵素が、全ゲノム増幅(WGA)、PCRまたはTMAを実施するのに有用である酵素を含む、請求項1に記載のマイクロフリューディックカード。
- 前記少なくとも1つの増幅関連酵素が、Phi−29ポリメラーゼ、E.コリDNAポリメラーゼI、無機ピロホスファターゼまたはこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項1に記載のマイクロフリューディックカード。
- 前記安定化酵素混合物が、i)BSA、ii)糖ならびにiii)無機塩、二価金属カチオン、緩衝剤、乳化剤および還元剤からなる群から選択される少なくとも1つの追加的構成要素をさらに含む、請求項1に記載のマイクロフリューディックカード。
- 前記安定化酵素混合物が、i)BSA、ii)糖,iii)無機塩、iv)二価金属カチオン、v)緩衝剤、vi)乳化剤、vii)および還元剤をさらに含む、請求項1に記載のマイクロフリューディックカード。
- e)前記核酸配列決定ライブラリー上の前記リンカーにハイブリダイズするように構成されたアンカー核酸配列を含む核酸精製構成要素を含む、前記リンカー連結構成要素に作動可能に連結した精製サブサーキット
をさらに含む、請求項1に記載のマイクロフリューディックカード。 - 前記核酸配列決定ライブラリーの少なくとも一部分を使用者が回収できるように構成された出口ポートをさらに含む、請求項1に記載のマイクロフリューディックカード。
- 前記断片化サブサーキットが、前記断片化核酸の末端をポリッシングするように構成された少なくとも1種類の酵素をさらに含む、請求項1に記載のマイクロフリューディックカード。
- 前記リンカー連結サブサーキットが、前記核酸配列決定ライブラリーの末端をポリッシングするように構成された少なくとも1種類の酵素をさらに含む、請求項1に記載のマイクロフリューディックカード。
- a)少なくとも1種類の酵素;
b)ウシ血清アルブミン(BSA);
c)糖;
d)無機塩;
e)二価金属カチオン;
f)緩衝剤;
g)乳化剤;および
h)還元剤
を含む安定化酵素混合物。 - ポリエチレングリコール(PEG)をさらに含む、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 凍結乾燥形態である、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 前記BSAが前記安定化酵素混合物中に0.05%−3.0%の濃度で存在する、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 前記糖が前記安定化酵素混合物の5−35%の濃度で存在する、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 前記糖が非還元糖である、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 前記少なくとも1種類の酵素がポリメラーゼを含む、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 前記少なくとも1種類の酵素が無機ピロホスファターゼを含む、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 前記無機塩が前記安定化酵素混合物中に1mM−25mMの濃度で存在する、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 二価金属カチオンが前記安定化酵素混合物中に1mM−30mMの濃度で存在する、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 前記緩衝剤が10mM−100mMの濃度で存在する、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 前記乳化剤が前記安定化酵素混合物中に0.01%−0.15%の濃度で存在する、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
- 前記還元剤が1mM−10mMの濃度で存在する、請求項10に記載の安定化酵素混合物。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US33191010P | 2010-05-06 | 2010-05-06 | |
US61/331,910 | 2010-05-06 | ||
US13/102,520 US8470261B2 (en) | 2010-05-06 | 2011-05-06 | Integrated sample preparation systems and stabilized enzyme mixtures |
US13/102,520 | 2011-05-06 | ||
PCT/US2011/035597 WO2011140489A2 (en) | 2010-05-06 | 2011-05-06 | Integrated sample preparation systems and stabilized enzyme mixtures |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016105893A Division JP2016182127A (ja) | 2010-05-06 | 2016-05-27 | 統合された試料調製システムおよび安定化酵素混合物 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2013527769A true JP2013527769A (ja) | 2013-07-04 |
JP2013527769A5 JP2013527769A5 (ja) | 2014-06-19 |
Family
ID=44904511
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013509306A Pending JP2013527769A (ja) | 2010-05-06 | 2011-05-06 | 統合された試料調製システムおよび安定化酵素混合物 |
JP2016105893A Pending JP2016182127A (ja) | 2010-05-06 | 2016-05-27 | 統合された試料調製システムおよび安定化酵素混合物 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016105893A Pending JP2016182127A (ja) | 2010-05-06 | 2016-05-27 | 統合された試料調製システムおよび安定化酵素混合物 |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (4) | US8470261B2 (ja) |
EP (1) | EP2566985A4 (ja) |
JP (2) | JP2013527769A (ja) |
CN (1) | CN103003449A (ja) |
AU (1) | AU2011249913B2 (ja) |
CA (1) | CA2798635A1 (ja) |
SG (2) | SG10201503540QA (ja) |
WO (1) | WO2011140489A2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017524934A (ja) * | 2014-07-24 | 2017-08-31 | インテリジェント・フィンガープリンティング・リミテッドIntelligent Fingerprinting Limited | サンプル分析デバイス |
JP2020510420A (ja) * | 2017-02-27 | 2020-04-09 | ミダイアグノスティクス・エヌブイmiDiagnostics NV | 核酸を精製し増幅するためのシステムおよび方法 |
Families Citing this family (34)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10337054B2 (en) | 2004-02-02 | 2019-07-02 | Quantum-Si Incorporated | Enrichment of nucleic acid targets |
US9598737B2 (en) * | 2012-05-09 | 2017-03-21 | Longhorn Vaccines And Diagnostics, Llc | Next generation genomic sequencing methods |
US9566335B1 (en) | 2009-09-25 | 2017-02-14 | The Governing Council Of The University Of Toronto | Protein sequencing method and reagents |
CN104508142A (zh) * | 2012-05-09 | 2015-04-08 | 长角牛疫苗和诊断有限责任公司 | 离子激流基因组测序 |
EP2878375A1 (en) | 2013-11-29 | 2015-06-03 | Genewave | Microfluidic cartridge for molecular diagnosis, docking station using such a microfluidic cartridge, and process for analyzing a biological sample |
CN114062468A (zh) * | 2014-03-07 | 2022-02-18 | 生命技术公司 | 用于使用毛细管电泳进行测序的设备、系统和方法 |
US9587263B2 (en) | 2014-03-26 | 2017-03-07 | General Electric Company | Isothermal amplification under low salt condition |
AU2015280069B2 (en) | 2014-06-23 | 2021-08-12 | The General Hospital Corporation | Genomewide unbiased identification of dsbs evaluated by sequencing (guide-seq) |
WO2016065300A1 (en) * | 2014-10-24 | 2016-04-28 | Eshoo Mark W | Microfluidic cartridge |
WO2016185284A1 (en) | 2015-05-20 | 2016-11-24 | Boreal Genomics, Inc. | Method for isolating target nucleic acid using heteroduplex binding proteins |
US10174363B2 (en) | 2015-05-20 | 2019-01-08 | Quantum-Si Incorporated | Methods for nucleic acid sequencing |
CA2991267A1 (en) * | 2015-07-23 | 2017-01-26 | Biocartis Nv | Automated sample to ngs library preparation |
WO2017044843A1 (en) | 2015-09-11 | 2017-03-16 | The General Hospital Corporation | Full interrogation of nuclease dsbs and sequencing (find-seq) |
EP3356526B1 (en) | 2015-09-30 | 2021-08-25 | The General Hospital Corporation | Comprehensive in vitro reporting of cleavage events by sequencing (circle-seq) |
US10814299B2 (en) * | 2015-11-18 | 2020-10-27 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Loading nucleic acids onto substrates |
US10676734B2 (en) | 2016-07-12 | 2020-06-09 | Life Technologies Corporation | Compositions and methods for detecting nucleic acid regions |
EP3555272A2 (en) | 2016-12-19 | 2019-10-23 | Quantum-si Incorporated | Polymerizing enzymes for sequencing reactions |
DK3354746T3 (da) | 2017-01-30 | 2019-09-02 | Gmi Gregor Mendel Inst Fuer Molekulare Pflanzenbiologie Gmbh | Nye spike-in-nukleotider til normalisering af sekvensdata |
JP7216652B2 (ja) * | 2017-01-30 | 2023-02-01 | セイフガード バイオシステムズ ホールディングズ リミテッド | ビーズ破砕用チューブ並びに微生物からデオキシリボ核酸及び/又はリボ核酸を抽出する方法 |
MX2019013111A (es) | 2017-05-05 | 2019-12-16 | Quantum Si Inc | Sustratos que tienen reactividad de superficie modificada y propiedades antiincrustantes en reacciones biologicas. |
CN110506126A (zh) | 2017-05-19 | 2019-11-26 | 简·探针公司 | 含有瓣状核酸内切酶的干燥组合物 |
EP3645745B1 (en) | 2017-06-26 | 2023-08-30 | Universität für Bodenkultur Wien | Novel biomarkers for detecting senescent cells |
US11655504B2 (en) | 2017-07-24 | 2023-05-23 | Quantum-Si Incorporated | High intensity labeled reactant compositions and methods for sequencing |
GB201715684D0 (en) | 2017-09-28 | 2017-11-15 | Univ Gent | Means and methods for single molecule peptide sequencing |
CN112867802B (zh) | 2018-09-20 | 2024-06-04 | 塔微核酸有限责任公司 | 用于预测肝功能障碍的微小rna特征 |
EP3881078A1 (en) | 2018-11-15 | 2021-09-22 | Quantum-Si Incorporated | Methods and compositions for protein sequencing |
US11613772B2 (en) | 2019-01-23 | 2023-03-28 | Quantum-Si Incorporated | High intensity labeled reactant compositions and methods for sequencing |
CA3145246A1 (en) | 2019-06-28 | 2020-12-30 | Quantum-Si Incorporated | Polymerizing enzymes for sequencing reactions |
EP4028570A1 (en) | 2019-10-11 | 2022-07-20 | Quantum-Si Incorporated | Surface modification in the vapor phase |
EP4051903A1 (en) | 2019-10-29 | 2022-09-07 | Quantum-Si Incorporated | Peristaltic pumping of fluids and associated methods, systems, and devices |
CA3168481A1 (en) | 2020-01-21 | 2021-07-29 | Quantum-Si Incorporated | Compounds and methods for selective c-terminal labeling |
KR20230012052A (ko) | 2020-05-20 | 2023-01-25 | 퀀텀-에스아이 인코포레이티드 | 단백질 시퀀싱을 위한 방법 및 조성물 |
EP4095254A3 (en) * | 2021-05-27 | 2022-12-14 | New England Biolabs, Inc. | Fragmentation of dna |
CN113789375B (zh) * | 2021-10-14 | 2024-05-24 | 联合基因生物科技(上海)有限公司 | 一种基于硅基微流片的cyp2c19基因分型的检测试剂、试剂盒和方法 |
Citations (16)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH09511653A (ja) * | 1994-08-19 | 1997-11-25 | パーキン−エルマー コーポレイション | 増幅及び連結反応の共役法 |
JPH10503383A (ja) * | 1995-02-10 | 1998-03-31 | ジェン−プローブ・インコーポレーテッド | 核酸増幅用の安定化された酵素組成物 |
JPH11509094A (ja) * | 1995-06-29 | 1999-08-17 | アフィメトリックス,インコーポレイティド | 統合された核酸診断装置 |
JP2000513940A (ja) * | 1996-07-03 | 2000-10-24 | モレキュラー バイオロジー リソーシス,インコーポレイテッド | 酵素の安定化のための方法および処方物 |
JP2002525125A (ja) * | 1998-09-30 | 2002-08-13 | アプライド・リサーチ・システムズ・エイアールエス・ホールディング・ナムローゼ・フェンノートシャップ | 核酸増幅および配列決定の方法 |
JP2003531592A (ja) * | 2000-04-24 | 2003-10-28 | イーグル リサーチ アンド ディベロップメント,リミティッド ライアビリティー カンパニー | 超高速の核酸配列決定のための電界効果トランジスタ装置 |
JP2004233356A (ja) * | 2003-01-27 | 2004-08-19 | Agilent Technol Inc | ナノポアを通って移動するバイオポリマーの識別装置及び方法 |
JP2006129727A (ja) * | 2004-11-02 | 2006-05-25 | Asahi Kasei Corp | 酵素反応試薬 |
JP2007523627A (ja) * | 2003-01-29 | 2007-08-23 | 454 コーポレーション | 核酸を増幅および配列決定する方法 |
WO2008147382A1 (en) * | 2006-09-27 | 2008-12-04 | Micronics, Inc. | Integrated microfluidic assay devices and methods |
JP2009503555A (ja) * | 2005-08-04 | 2009-01-29 | ヘリコス バイオサイエンシーズ コーポレイション | マルチチャネルフローセル |
JP2009118847A (ja) * | 2000-07-07 | 2009-06-04 | Visigen Biotechnologies Inc | リアルタイム配列決定 |
JP2009529883A (ja) * | 2006-03-15 | 2009-08-27 | マイクロニクス, インコーポレイテッド | 一体型の核酸アッセイ |
JP2010142229A (ja) * | 2008-12-19 | 2010-07-01 | F Hoffmann La Roche Ag | 反応化合物と安定化ポリメラーゼの乾燥組成物 |
WO2010121144A1 (en) * | 2009-04-16 | 2010-10-21 | Spinx, Inc. | Devices and methods for interfacing microfluidic devices with macrofluidic devices |
WO2010144682A1 (en) * | 2009-06-12 | 2010-12-16 | Micronics, Inc. | Rehydratable matrices for dry storage of taq polymerase in a microfluidic device |
Family Cites Families (20)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB9620209D0 (en) | 1996-09-27 | 1996-11-13 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
GB9626815D0 (en) | 1996-12-23 | 1997-02-12 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
US6969488B2 (en) | 1998-05-22 | 2005-11-29 | Solexa, Inc. | System and apparatus for sequential processing of analytes |
US6818395B1 (en) | 1999-06-28 | 2004-11-16 | California Institute Of Technology | Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences |
US7501245B2 (en) | 1999-06-28 | 2009-03-10 | Helicos Biosciences Corp. | Methods and apparatuses for analyzing polynucleotide sequences |
WO2001023610A2 (en) | 1999-09-29 | 2001-04-05 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
US7668697B2 (en) | 2006-02-06 | 2010-02-23 | Andrei Volkov | Method for analyzing dynamic detectable events at the single molecule level |
US20040209299A1 (en) * | 2003-03-07 | 2004-10-21 | Rubicon Genomics, Inc. | In vitro DNA immortalization and whole genome amplification using libraries generated from randomly fragmented DNA |
US7169560B2 (en) | 2003-11-12 | 2007-01-30 | Helicos Biosciences Corporation | Short cycle methods for sequencing polynucleotides |
US7170050B2 (en) | 2004-09-17 | 2007-01-30 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Apparatus and methods for optical analysis of molecules |
EP3415641B1 (en) | 2004-09-17 | 2023-11-01 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Method for analysis of molecules |
US20060094028A1 (en) * | 2004-11-04 | 2006-05-04 | Welch Allyn, Inc. | Rapid diagnostic assay |
US7482120B2 (en) | 2005-01-28 | 2009-01-27 | Helicos Biosciences Corporation | Methods and compositions for improving fidelity in a nucleic acid synthesis reaction |
US20060172314A1 (en) | 2005-01-31 | 2006-08-03 | Song Min-Sun | Quantification of amplified nucleic acids |
WO2007076549A2 (en) * | 2005-12-29 | 2007-07-05 | Honeywell International Inc. | Assay implementation in a microfluidic format |
US7282337B1 (en) | 2006-04-14 | 2007-10-16 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for increasing accuracy of nucleic acid sequencing |
JP5627886B2 (ja) * | 2006-05-16 | 2014-11-19 | フルイディウム コーポレーション | 生物学的な高速解析および高速識別のための、pcrを使用しない試料調製および検出システム |
US20080241951A1 (en) | 2006-07-20 | 2008-10-02 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Method and apparatus for moving stage detection of single molecular events |
US9255348B2 (en) * | 2006-08-25 | 2016-02-09 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Systems and methods for biodosimetry with biochip using gene expression signatures |
AU2007353877B2 (en) | 2006-09-14 | 2012-07-19 | Ibis Biosciences, Inc. | Targeted whole genome amplification method for identification of pathogens |
-
2011
- 2011-05-06 SG SG10201503540QA patent/SG10201503540QA/en unknown
- 2011-05-06 EP EP11778444.7A patent/EP2566985A4/en not_active Withdrawn
- 2011-05-06 CA CA2798635A patent/CA2798635A1/en not_active Abandoned
- 2011-05-06 CN CN2011800337293A patent/CN103003449A/zh active Pending
- 2011-05-06 AU AU2011249913A patent/AU2011249913B2/en not_active Ceased
- 2011-05-06 US US13/102,520 patent/US8470261B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2011-05-06 JP JP2013509306A patent/JP2013527769A/ja active Pending
- 2011-05-06 WO PCT/US2011/035597 patent/WO2011140489A2/en active Application Filing
- 2011-05-06 SG SG2012081717A patent/SG185438A1/en unknown
-
2013
- 2013-06-24 US US13/925,355 patent/US8961899B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2015
- 2015-02-23 US US14/629,047 patent/US9737887B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2016
- 2016-05-27 JP JP2016105893A patent/JP2016182127A/ja active Pending
-
2017
- 2017-03-30 US US15/474,464 patent/US20170266659A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH09511653A (ja) * | 1994-08-19 | 1997-11-25 | パーキン−エルマー コーポレイション | 増幅及び連結反応の共役法 |
JPH10503383A (ja) * | 1995-02-10 | 1998-03-31 | ジェン−プローブ・インコーポレーテッド | 核酸増幅用の安定化された酵素組成物 |
JPH11509094A (ja) * | 1995-06-29 | 1999-08-17 | アフィメトリックス,インコーポレイティド | 統合された核酸診断装置 |
JP2000513940A (ja) * | 1996-07-03 | 2000-10-24 | モレキュラー バイオロジー リソーシス,インコーポレイテッド | 酵素の安定化のための方法および処方物 |
JP2002525125A (ja) * | 1998-09-30 | 2002-08-13 | アプライド・リサーチ・システムズ・エイアールエス・ホールディング・ナムローゼ・フェンノートシャップ | 核酸増幅および配列決定の方法 |
JP2003531592A (ja) * | 2000-04-24 | 2003-10-28 | イーグル リサーチ アンド ディベロップメント,リミティッド ライアビリティー カンパニー | 超高速の核酸配列決定のための電界効果トランジスタ装置 |
JP2009118847A (ja) * | 2000-07-07 | 2009-06-04 | Visigen Biotechnologies Inc | リアルタイム配列決定 |
JP2004233356A (ja) * | 2003-01-27 | 2004-08-19 | Agilent Technol Inc | ナノポアを通って移動するバイオポリマーの識別装置及び方法 |
JP2007523627A (ja) * | 2003-01-29 | 2007-08-23 | 454 コーポレーション | 核酸を増幅および配列決定する方法 |
JP2010142233A (ja) * | 2003-01-29 | 2010-07-01 | 454 コーポレーション | 核酸を増幅および配列決定する方法 |
JP2006129727A (ja) * | 2004-11-02 | 2006-05-25 | Asahi Kasei Corp | 酵素反応試薬 |
JP2009503555A (ja) * | 2005-08-04 | 2009-01-29 | ヘリコス バイオサイエンシーズ コーポレイション | マルチチャネルフローセル |
JP2009529883A (ja) * | 2006-03-15 | 2009-08-27 | マイクロニクス, インコーポレイテッド | 一体型の核酸アッセイ |
WO2008147382A1 (en) * | 2006-09-27 | 2008-12-04 | Micronics, Inc. | Integrated microfluidic assay devices and methods |
JP2010142229A (ja) * | 2008-12-19 | 2010-07-01 | F Hoffmann La Roche Ag | 反応化合物と安定化ポリメラーゼの乾燥組成物 |
WO2010121144A1 (en) * | 2009-04-16 | 2010-10-21 | Spinx, Inc. | Devices and methods for interfacing microfluidic devices with macrofluidic devices |
WO2010144682A1 (en) * | 2009-06-12 | 2010-12-16 | Micronics, Inc. | Rehydratable matrices for dry storage of taq polymerase in a microfluidic device |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017524934A (ja) * | 2014-07-24 | 2017-08-31 | インテリジェント・フィンガープリンティング・リミテッドIntelligent Fingerprinting Limited | サンプル分析デバイス |
JP2020510420A (ja) * | 2017-02-27 | 2020-04-09 | ミダイアグノスティクス・エヌブイmiDiagnostics NV | 核酸を精製し増幅するためのシステムおよび方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20150231629A1 (en) | 2015-08-20 |
US20110281776A1 (en) | 2011-11-17 |
EP2566985A4 (en) | 2014-08-06 |
SG10201503540QA (en) | 2015-06-29 |
JP2016182127A (ja) | 2016-10-20 |
US9737887B2 (en) | 2017-08-22 |
US8470261B2 (en) | 2013-06-25 |
EP2566985A2 (en) | 2013-03-13 |
US8961899B2 (en) | 2015-02-24 |
AU2011249913A1 (en) | 2012-11-29 |
AU2011249913B2 (en) | 2014-09-11 |
SG185438A1 (en) | 2012-12-28 |
US20170266659A1 (en) | 2017-09-21 |
WO2011140489A3 (en) | 2012-03-01 |
US20130274147A1 (en) | 2013-10-17 |
WO2011140489A2 (en) | 2011-11-10 |
CN103003449A (zh) | 2013-03-27 |
CA2798635A1 (en) | 2011-11-10 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US9737887B2 (en) | Integrated sample preparation systems and stabilized enzyme mixtures | |
AU2021257967A1 (en) | Methods and compositions for preparing sequencing libraries | |
JP5985390B2 (ja) | 標的核酸にバーコードを付加するためのマルチプライマー増幅方法 | |
US9840732B2 (en) | Single-particle analysis of particle populations | |
CN103890245B (zh) | 核酸编码反应 | |
WO2016065300A1 (en) | Microfluidic cartridge | |
US20140228245A1 (en) | Method for the spatial arrangement of sample fragments for amplification and immobilization for further derivatizations | |
US10011866B2 (en) | Nucleic acid ligation systems and methods | |
US20230313278A1 (en) | Cell barcoding for single cell sequencing | |
EP2844767A1 (en) | Nucleic acid sequencing systems and methods | |
ES2716094T3 (es) | Métodos para analizar la contaminación en la secuenciación del ADN | |
AU2014259546A1 (en) | Integrated sample preparation systems and stabilized enzyme mixtures | |
CN105803534A (zh) | 集成样品制备系统和稳定的酶混合物 | |
US20240301517A1 (en) | A microfluidic pipeline for isolation and analysis of single viruses | |
WO2016065298A1 (en) | Systems, compositions and methods for size selective nucleic acid purification | |
WO2016077602A1 (en) | Next generation sequencing methods |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20140423 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20140423 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20150227 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20150310 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20150604 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150908 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20160202 |