JP2013526717A - マイクロプレートのウェル壁境界を識別するための方法及びシステム - Google Patents
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Abstract
【選択図】 図3
Description
図1に示すように、抽出した特徴は、解析され再構成されて、可能な壁境界の1以上のセグメントの位置を表す候補エッジ画像を形成する(C)。候補エッジ画像の生成には、幾つかの方法があり、特に限定されないが、エッジ検出フィルタ、画素閾値、輪郭抽出モジュール、ハフ変換、画素分類及びクラスタリング又はこれらの組合せを適用することが挙げられる。
B 特徴の検出及び抽出
C 候補エッジ画像を生成する
D 外周境界が計算される
E 内周境界が計算される
F マイクロプレート上への空間領域マッピング
Claims (17)
- マイクロプレートの表面に配置された試験ウェルの壁境界を特定する方法であって、
マイクロプレートを照明し前記マイクロプレートのデジタル画像を取り込み、
画素強度情報を少なくとも部分的に利用して前記マイクロプレートのデジタル画像を解析して、試験ウェルの壁境界の特徴を検出し、
前記壁境界の特徴を使用して、前記マイクロプレートの候補エッジ画像であって前記壁境界の1以上のセグメントの位置を表す候補エッジ画像を生成し、
アルゴリズムを使用して前記候補エッジ画像を解析して、1以上の試験ウェルの外周境界を計算し、前記マイクロプレートの表面上の前記外周境界の空間的位置を決定し、
画素強度情報を少なくとも部分的に利用して前記1以上の試験ウェルの前記外周境界を解析して、前記1以上の試験ウェルの内周境界の空間的位置を決定し、
前記境界の空間領域画像を前記マイクロプレート上にマッピングして、前記マイクロプレートの表面上の試験ウェル領域を識別する
ことを含んでなる方法。 - 前記ウェル境界の特徴が、強度特徴、エッジ特徴、曲率評価のための固有値、テクスチャ特徴、管特徴、コーナー検出特徴、線幅特徴、線連続性特徴、グレイレベル特徴又はこれらの組合せを含む、請求項1記載の方法。
- 候補エッジ画像を生成することは、エッジ検出フィルタ、画素閾値、輪郭抽出モジュール、ハフ変換、画素分類及びクラスタリング又はこれらの組合せを適用することを含む、請求項1又は請求項2記載の方法。
- 1以上の試験ウェルの前記外周境界を計算することが、円フィッティング解析、最良弧解析、矩形フィッティング解析、凸包解析、ハフ変換、輪郭を円若しくは矩形のモデルにフィットさせる際に残余誤差を評価すること、潜在的境界の両側のテクスチャ特徴を解析すること又はこれらの組合せを含む、請求項1乃至請求項3のいずれか1項記載の方法。
- 1以上の試験ウェルの前記外周境界を計算することは、凸包解析を含む、請求項4記載の方法。
- 前記外周境界から内方にトレースを行い内側境界を多数決によって選択することによって、前記ウェルの内周境界を検出するウェル壁精選段階を更に含む、請求項1乃至請求項5のいずれか1項記載の方法。
- 前記検出されたウェル壁のマスクを、前記マイクロプレートの領域にマッピングする、請求項1乃至請求項6のいずれか1項記載の方法。
- マイクロアレイを解析するためのスキャンプラン、照射マスク又はこれらの組合せを生成することを更に含み、前記マイクロアレイが試験サンプルを含む、請求項1乃至請求項7のいずれか1項記載の方法。
- 前記スキャンプラン、照射マスク又はこれらの組合せに基づいて、前記マイクロプレートの追加のデジタル画像を取り込むことを更に含む、請求項8記載の方法。
- 前記試験サンプルが、細胞培養物、組織培養物、有機体全体又はこれらの組合せを含む、請求項8又は請求項9記載の方法。
- マイクロプレートの表面に配置された試験ウェルの壁境界を特定するための装置であって、
1以上の倍率で画像を取得するための1以上の対物レンズ、及びマイクロプレートを保持するためのステージを有する撮像顕微鏡と、
前記ステージ上で前記マイクロプレートを照明するための励起源と、
前記マイクロプレートのデジタル画像を取得するための、前記顕微鏡に接続されたデジタル画像デバイスと、
前記マイクロプレートのデジタル化画像を格納することができる、前記デジタル画像デバイスと通信するストレージデバイスと、
前記ストレージデバイスと通信するプロセッサと
を備えてなり、前記プロセッサが、
画素強度情報を少なくとも部分的に利用して前記マイクロプレートのデジタル画像を解析して、試験ウェルの壁境界の特徴を検出し、
前記壁境界の特徴を使用して、前記マイクロプレートの候補エッジ画像であって前記壁境界の1以上のセグメントの位置を表す候補エッジ画像を生成し、
アルゴリズムを使用して前記候補エッジ画像を解析して、1以上の試験ウェルの外周境界を計算し、前記マイクロプレートの表面上の前記外周境界の空間的位置を決定し、
画素強度情報を少なくとも部分的に利用して前記1以上の試験ウェルの外周境界を解析して、前記1以上の試験ウェルの内周境界の空間的位置を決定し、
前記マイクロプレートの二値画像であって前記試験ウェルの内周境界及び外周境界の位置の空間領域画像である二値画像を生成し、
前記空間領域画像を前記マイクロプレート上にマッピングして、前記マイクロプレートの表面上の試験ウェル領域を識別する
ことができる、装置。 - 前記デジタル画像デバイスが、第1のデジタル画像から取得された二値画像を使用して、前記マイクロプレートの1以上の追加のデジタル画像を取得するように構成される、請求項11記載の装置。
- 前記マイクロプレートのデジタル化画像を表示するための表示デバイスを更に備える、請求項11又は請求項12記載の装置。
- コントローラと、前記コントローラによって実行されたとき、装置に、前記試験ウェルの内周境界及び外周境界を特定させる命令を含む機械可読媒体とを更に備える、請求項11乃至請求項13のいずれか1項記載の装置。
- 解析デバイスの構成要素として組み込まれる、請求項11乃至請求項14のいずれか1項記載の装置。
- 前記解析デバイスがマイクロプレートを染色し撮像することができる、請求項14記載の装置。
- 前記マイクロプレートが組織マイクロアレイである、請求項11乃至請求項16のいずれか1項記載の装置。
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