JP2013519378A - 低分子rna分子の検出のための組成物および方法 - Google Patents
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- C12Q1/6813—Hybridisation assays
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Abstract
Description
本出願は、2010年2月11日に出願された米国仮特許出願61/303,517からの優先権を主張し、上記米国仮特許出願は、その全容が、本明細書に援用される。
本発明は、一般に、分子生物学の分野に関し、具体的には、混合物中の標的核酸分子の検出、同定、および定量の分野に関する。
ヒト身体におけるすべての細胞は、同じ遺伝物質を含むが、同一の遺伝子は、それら細胞のうちのすべてにおいて活性であるわけではない。遺伝子発現パターンにおける改変は、生物学的機能に対して顕著な効果を有し得る。遺伝子発現におけるこれらバリエーションは、改変された生理学的および病的プロセスのコアになる。従って、病的な細胞と比較して、正常細胞における遺伝子の発現を同定および定量することは、新薬および診断標的の発見を補助し得る。
本発明の組成物および方法は、複雑な混合物もしくは多重反応において、低分子RNA分子(例えば、miRNA分子)の特異的検出のために長期間必要とされてきた解決法を提供する。これは、上記標的低分子RNAと、特有なタグの特異的付着を指向するブリッジ分子との間のハイブリダイゼーションの融解温度を標準化することによって、単一の温度での特有な配列特異的タグ分子への任意の低分子RNA分子の連結によって達成され得る。上記連結されたタグは、その後、タグ化低分子RNAの混合集団の融解温度を標準化し、このことは、上記混合集団が多重ハイブリダイゼーションアッセイに供されることを可能にする。上記アッセイにおいて、同じ温度で配列特異的様式において、低分子RNAを区別することは可能である。
本発明は、mRNA遺伝子発現の多重分析のための感度の高いハイブリダイゼーションベースの技術を提供する。本発明の特定の実施形態において、上記nCounter(登録商標)分析システムが使用される。上記nCounter(登録商標)分析システムを使用するmRNA検出実験において、高いハイブリダイゼーション反応温度(代表的には、65℃)は、70〜100塩基標的領域の特異的標的/レポーター相互作用を促進する。このようなアッセイは、このような短い配列の低い融解温度(Tm)に起因して、低分子核酸種(例えば、miRNA)の検出を可能にしない。従って、本発明は、上記nCounter(登録商標) miRNA発現アッセイキットにおいて使用され得る新規なアッセイを提供することによってこの問題を解決する。これは、本明細書に記載されるnCounter(登録商標)分析システムと適合性であり、モデル系としてマイクロRNA(miRNA)を使用して、短いRNAの特異的かつ感度の高い検出を可能にする。上記アッセイは、低分子RNAの各別個の種に特異的DNAタグを付着させ、それによって、上記nCounter(登録商標)分析システムの標準的ハイブリダイゼーション条件と適合性であるように十分高いTmでキメラRNA−DNA標的を作ることを含む。上記タグの付加は、単一のサンプルが、数百種もの低分子RNAについて同時にアッセイされ得るように、多重様式で行われ得る。本発明の重要な特徴は、上記タグ付着反応の特異性および効率が多重フォーマットで維持されるように、狭く規定された反応条件下での各タグの非常に特異的な付着である。ここで別個の相互作用のすべてが、同時にかつ同一の反応条件下で生じる。
マイクロRNA(miRNA)は、それらの標的mRNAの3’非翻訳領域(UTR)に結合することによってメッセンジャーRNA(mRNA)をタンパク質へと翻訳するのを阻害することによって作用すると仮定される、低分子の調節性非コードRNAである。MiRNAは、mRNA変性を引き起こすかもしくは翻訳自体を阻害するかのいずれかによって、mRNA翻訳を阻害する。
上記nCounter(登録商標)分析システムの基本は、アッセイされるべき各遺伝子に割り当てられた特有のコードである(国際特許出願PCT/US2008/059959およびGeissら.Nature Biotechnology.2008.26(3):317−325;これらの内容は、それら全体が本明細書に参考として援用される)。上記コードは、アッセイされるべき各標的の特有のバーコードを作る色つき蛍光スポットの規則正しいシリーズから構成される。プローブの対は、各標的に対して設計される(ビオチン化捕捉プローブおよび蛍光バーコードを有するレポータープローブ)。
上記nCounter(登録商標) miRNA発現アッセイにおいて、上記miRNAサンプルは、これらが上記のnCounter(登録商標) 分析システムのプローブハイブリダイゼーション反応へと導入され得る前に、タグ化されなければならない。別段示されなければ、提供される例におけるデータを、以下のnCounter(登録商標) miRNA発現アッセイキットサンプル調製プロトコルの実施形態、続いて、上記でおよびGeissらにおいて簡潔に記載された標準的nCounter(登録商標) アッセイプロトコルを使用して、生成した。
以下の例におけるnCounter(登録商標)は、上記アッセイからのデータは、上記nCounter(登録商標)分析システムによって600視野において検出される計数として表す。計数は、上記標的RNAの発現レベルと相関する。
上記低分子RNA標的への特異的核酸タグの付加は、2つの主要な目的にかなう:1)それは、各RNA種に強く特有の識別子を付加し、ハイブリダイゼーションベースのアッセイにおいて密接に関連したRNA標的間を区別しやすくする;および2)それは、異なるRNA標的のためのハイブリダイゼーションアッセイが、同じ温度で多重化され得るように、上記標的の機能的Tmの操作および均一化を可能にする。
配列の出発プールを、配列のExternal RNA Controls Consortium(ERCC)データベース(http://ukpmc.ac.uk/articlerender.cgi?artid=486406において公に入手可能)から配列を選択することによって生成した。
タイプ1タグおよびブリッジ計を、図2に図示する。上記RNA逆相補体DNA二重鎖(RNA−RC DNA二重鎖)の上記計算されたRNA/DNA Tmが、76℃〜84℃の間であった場合、図2におけるフラグメントAは、全長タグを規定し、上記短いRNA配列(例えば、上記miRNA配列)は、捕捉付着領域を定義した。上記ブリッジ配列(図2,フラグメントC+D)を、その後、2部分(上記低分子RNAブリッジセグメント(C)および上記タグブリッジセグメント(D))で計算した。上記低分子RNAブリッジセグメントを、上記RNA−RC DNA配列をとり、計算されたRNA/DNA Tmが44℃〜53℃の間である、最も5’末端における配列のフラグメントを同定することによって生成した。上記タグブリッジセグメントを、上記レポーター付着領域(A)の逆相補体をとり、計算されたDNA/DNA Tmが44℃〜53℃の間である最も3’末端における配列のフラグメントを同定することによって生成した。完全ブリッジ配列を、上記低分子RNAブリッジセグメントの5’末端を、上記タグブリッジセグメント(C+D)の3’末端に連結することによって作った。
タイプ2タグおよびブリッジ設計を、図2に図示する。上記RNA−RC DNA二重鎖の計算されたTmが76℃未満であった場合、無作為のサイズのDNA配列のさらなるセグメントを、全体プール配列から選択し、上記RNA−RCの5’末端に付加し、この合わされた配列の推定DNA/DNA Tmを計算した。この部分が最終的ハイブリダイゼーションアッセイにおいて形成する上記実際の二重鎖は、DNA/RNA−DNAキメラ二重鎖であるが、計算を、DNA/DNA相互作用を反映するように単純化した。このプロセスを、76℃〜84℃の間の推定DNA/DNA Tmを有する配列組み合わせが見いだされるまで、反復した。配列のこのさらなるセグメントを、図3においてセグメントBとして示す。次いで、全長タグを、Bを、Aの5’末端へ連結することによって作った(図3)。セグメントBを合わせた上記低分子RNA配列は、上記捕捉付着領域を定義した。
用語「異質DNA配列」とは、任意の既知のゲノムと最小限のもしくは無視できる程度の交差反応性を有する無作為化DNA配列を記載する。候補異質DNA配列の相同性および/もしくは同一性は、例えば、Altschulら,(J.Mol.Biol.215:403−10(1990))のNBLASTおよびBLASTプログラムを使用することによって、特定の種もしくはすべての種においてすべての既知の配列と比較される。異質DNA配列は、遺伝子も、それらの調節性エレメントもコード市内。むしろ、上記異質DNA配列は、本発明の組成物、方法、およびキット内の非コード機能を有する。
本発明は、ブリッジおよびタグ、例えば、低分子RNA分子(miRNA分子を含む)を結合する単離されおよび精製された核酸分子を提供する。例示的タグ分子としては、配列番号11〜20のデオキシリボ核酸分子が挙げられるが、これらに限定されない。例示的ブリッジ分子としては、配列番号21〜30のデオキシリボ核酸分子が上げられるが、これらに限定されない。
本発明の組成物および方法は、病気もしくは障害を発症させるリスクのある被験体において遺伝子発現を検出するために使用される。さらに、本発明の組成物および方法は、病気もしくは障害と診断された被験体、および診断もしくは予後の必要性のある被験体での遺伝子発現を検出するために使用される。本明細書に記載される組成物および方法は、疾患進行および遺伝子発現および調節のレベルに対する治療の有効性をモニターするために使用される。さらに、本明細書に提供される組成物および方法は、障害を発症させる個人的リスクおよび将来の子供に障害を伝えるリスクについて個体をスクリーニングするために使用される。胚性細胞は、障害の存在もしくは非存在について、本発明の組成物および方法を使用して試験される。
本発明の組成物および方法は、癌を発症するリスクのある細胞および被験体または癌を発症する素因を有し得るそれら細胞および被験体を同定するために使用される。さらに、本発明の組成物および方法は、癌を発症するリスクのある被験体もしくは癌を発症した被験体を診断もしくは予後予測の目的で、癌細胞タイプ、癌サブタイプ、腫瘍グレード、もしくは癌ステージを区別するために使用される。本発明の組成物および方法は、腫瘍、癌、もしくは処置レジメンをモニターするか、またはこれらの進行をモニターするためにさらに使用される。さらに、本発明の組成物および方法は、癌を発症する任意の遺伝的素因について個体をスクリーニングするために使用される。
本発明の組成物および方法は、発達障害もしくは変性性障害を発症するリスクのある細胞および被験体、または発達障害もしくは変性性障害を発症する素因を有し得る細胞および被験体を同定するために使用される。さらに、本発明の組成物および方法は、発達障害もしくは変性性障害を現すリスクのある被験体もしくは発達障害もしくは変性性障害と診断された被験体を診断もしくは予後予測する目的で、発達障害、変性性障害、もしくは変性性障害からくる発達障害を区別するために使用される。本発明の組成物および方法は、発達障害、変性性障害、もしくは処置レジメンの進行をモニターするためにさらに使用される。さらに、本発明の組成物および方法は、発達障害もしくは変性性障害を彼自身/彼女自身が現すことについて、または発達障害もしくは変性性障害を有する子供をもうけることについて、何らかの遺伝的素因に対して個体をスクリーニングするために使用される。
本発明の組成物および方法は、神経障害を発症させるリスクがある細胞および被験体もしくは神経障害を発祥させる素因を有し得る細胞および被験体を同定するために使用される。さらに、本発明の組成物および方法は、神経障害を示すリスクがある被験体もしくは神経障害と診断された被験体を診断もしくは予後予測する目的で、神経障害を区別するために使用される。本発明の組成物および方法は、神経障害もしくは処置レジメンの進行をモニターするためにさらに使用される。さらに、本発明の組成物および方法は、神経障害を彼自身/彼女自身が現すことについて、もしくは神経障害を有する子供をもうけることについて、何らかの遺伝的素因に対して個体をスクリーニングするために使用される。
本発明の組成物および方法は、「幹細胞」障害を発症するリスクのある細胞および被験体、もしくは幹細胞障害を発症する素因を有し得る細胞および被験体を同定するために使用される。さらに、本発明の組成物および方法は、幹細胞障害を示すリスクのある被験体もしくは幹細胞障害と診断された被験体を診断もしくは予後予測する目的で、幹細胞障害を区別するために使用される。本発明の組成物および方法は、幹細胞障害もしくは処置レジメンの進行をモニターするためにさらに使用される。さらに、本発明の組成物および方法は、幹細胞障害を彼自身/彼女自身が示すことについて、もしくは幹細胞障害を有する子供をもうけることについて、何らかの遺伝的素因に対して個体をスクリーニングするために使用される。
キットは、少なくとも1つのタグ(例えば、表2示されるとおり)、少なくとも1個のブリッジ(例えば、表3に示されるとおり)、およびボリュームエクスクルーダーもしくはヌクレアーゼのいずれかである物質を含む組成物を含む。あるいは、キットは、1個以上のタグ(例えば、表2に示されるとおり)、1個以上のブリッジ(例えば、表3に示されるとおり)、およびボリュームエクスクルーダーもしくはヌクレアーゼのいずれかである物質を含む組成物を含む。タグは、上記ブリッジとは別個に提供される。あるいは、タグは、ブリッジを含む混合物中に提供される。なぜなら、タグとブリッジ分子との交差ハイブリダイゼーションの程度は、無視できるからである。特定の実施形態において、キットはまた、リガーゼを含む。特定の実施形態において、キットは、少なくとも1つのタグ、少なくとも1つのブリッジおよびリガーゼを含み得る。これら実施形態において、キットはまた、ボリュームエクスクルーダーもしくはヌクレアーゼを含み得る。
上記nCounter(登録商標) miRNAサンプル調製キットは、特有のオリゴヌクレオチドタグをmiRNAに連結し、これら短いRNAが上記標準的nCounter(登録商標) 遺伝子発現アッセイにおいて高い特異性および感度で検出されることを可能にするための試薬を提供する。上記miRNAタグ連結反応は、総RNAのバックグラウンドにおいて行われ得る。
上記miRNAサンプル調製プロトコルに使用されるサーモサイクラーは、加熱したふた(例えば、表1.2に列挙されるMJ Research/BioRadモデル)を有した。加熱したふた付きの他のサーモサイクラーも、十分に機能すると予測され、上記アッセイキットは、適切な精嚢を確認するためのコントロールを含む。上記サーモサイクラーは、このアッセイを使用する前に、較正されるべきである。
すべての実験を、12セットのアッセイにおいて設計した。以下のプロトコルは、12アッセイのうちの1セットについてである。すべての試薬は、12反応のありコートで供給する。
1.RNAサンプルを、DEPC(もしくはRNAse非含有)H2Oを使用して、33ng/μLに標準化した。
2.上記miRNAアッセイコントロールの1:500希釈物を、調製した。499μL DEPC H2Oを、滅菌美章園心チューブの中で、上記miRNAアッセイコントロールの1μLへと添加した。上記チューブを、ボルテックスすることによって混合、短時間遠心分離にかけ、氷上で保存した。
3.アニーリングマスターミックスを、13μLのアニーリング緩衝液、26μLのnCounter(登録商標) miRNAタグ試薬および工程2において調製した6.5μLの上記1:500 miRNAアッセイコントロール希釈物を合わせることによって、調製した。これを、ピペットで上下させることによって十分に混合した。
4.3.5μLの上記アニーリングマスターミックスを、各チューブにアリコートに分けた。
5.3μL(100ng)のRNAサンプルを、各チューブに添加した。チューブにキャップをし、軽くたたいて混合し、遠心分離にかけた。
6.上記ストリップを、上記サーモサイクラーの中に入れ、上記アニーリングプロトコルを開始した。
7.19.5μL PEGを、13μL 連結緩衝液と合わせて、連結マスターミックスを調製した。
8.上記アニーリングプロトコルの完了後、上記サーモサイクラーが48℃に達したとき、2.5μLの上記連結マスターミックスを各チューブに添加した(上記サーモサイクラーを、工程9および工程10に関して48℃で維持されるように、静置した)。上記チューブを軽くたたいて、混合し、遠心分離にかけた。
9.上記チューブを、48℃のサーモサイクラーに戻し、上記ふたを閉め、上記チューブを48℃において5分間にわたってインキュベートした。
10.上記サーモサイクラーを開け、上記キャップをチューブから注意深く外し、上記チューブを上記ブロックの上に残し、1.0μLのリガーゼを各チューブに直接添加し、その間にそれらを48℃でインキュベートした。上記ピペットチップをチェックして確認し、上記リガーゼのすべてを上記反応系に添加した。混合する必要はなかった。
注意:PEGは粘性であり、ゆっくりとピペットですって、上記混合物の中に正確に移すことを確実にした。これを、ピペットで上下させることによって十分に混合した。
注意:工程10に関しては、上記チューブを上記サーモサイクラーから外さず、上記チューブの温度を48℃で維持した。
11.リガーゼを上記最後のチューブに添加した直後、上記チューブに再度キャップをし、ヒートブロック中に置いた。上記サーモサイクラーを閉じ、上記連結プロトコルを開始した。
12.連結プロトコルの完了後、1μL 連結クリーンアップ酵素を、各反応系に添加した。上記チューブを、この工程のために上記ヒートブロックから外した。上記チューブを軽くたたいて、混合し、遠心分離にかけた。
13.上記チューブを上記サーモサイクラーに戻し、上記精製プロトコルを開始した。
14.精製プロトコルの完了後、40μL DEPC(もしくはRNAse非含有)H2Oを、各サンプルに添加した。これを十分に混合し、遠心分離にかけた(必要であれば、この段階において、上記精製サンプル調製反応を、最大数週間にわたって、−20℃で貯蔵した)。上記ハイブリダイゼーションプロトコルに進む前にサンプルを変性させた(miRNAハイブリダイゼーションプロトコルの工程5)。
上記最終ハイブリダイゼーション反応系は、以下の成分を含んでいた:10μL レポーターコードセット、10μL ハイブリダイゼーション緩衝液、上記miRNAサンプル調製プロトコルから5μL アリコート、および5μL 捕捉プローブセット。
1.上記レポーターコードセットおよび捕捉プローブセット試薬の両方のアリコートを、冷凍庫から出して、氷上で融解した。上記アリコートを数回転倒して十分に混和した。上記試薬を短時間、<1000rpmにおいて遠心分離にかけた。
2.130μLの上記レポーターコードセットおよび130μLのハイブリダイゼーション緩衝液を含むマスターミックスを、上記ハイブリダイゼーション緩衝液を、上記レポーターコードセットを含む上記チューブに添加することによって作った。上記マスターミックスを転倒混和し、遠心分離にかけた。
3.チューブにラベルを付けた。
4.20μLのマスターミックスを、上記12本のチューブの各々に添加した。
5.上記miRNAサンプル調製プロトコルのサンプルを、85℃において5分間にわたって変性させ、氷上で急冷した。上記miRNAサンプル調製プロトコルからの5μL アリコートを、各チューブに添加した。上記アッセイの設定の間に、上記チューブをたたくかもしくは転倒混和することによって、混合を行った。
6.上記サーモサイクラーを予め65℃へと温め、次いで、30μL 容積を使用してプログラムし、温度を計算し、ふたおよび「永遠」時間設定を加熱した。
7.5μLの捕捉プローブセットを、65℃に置く直前に各チューブに添加した。チューブにキャップをし、上記試薬を、上記ストリップチューブを数回転倒し、たたいて、完全に混合されることを確実にすることによって混合した。上記チューブを<1000rpmにおいて短時間遠心分離にかけ、直ぐに、上記チューブを、上記65℃のサーモサイクラーの中に入れた。
8.ハイブリダイゼーションアッセイを、少なくとも12時間にわたってインキュベートした。ハイブリダイゼーションを、加工処理の準備ができるまで65℃で放置した。最大ハイブリダイゼーション時間は、30時間を超えなかった。
9.上記サーモサイクラーからいったん外したら、本発明者らは、上記nCounter(登録商標) プレップステーションでハイブリダイゼーション後加工処理を直ぐに進めた。
55個の異なるmiRNAについてのアッセイの多重セットを、上記連結において3pMでおよび最終ハイブリダイゼーション反応において300fMで存在する個々の合成miRNA標的に対して行った(表5)。10個の標的に対する代表的データおよびその対応する10個のアッセイ(55個の多重アッセイの部分セット)を示す。データは、600視野あたりの計数である。上記多重セット内の各アッセイは、検出されるように設計されている上記miRNAに対して強い特異性を示す。
MiRNAは、ある範囲の組織において類似のレベルで発現され得るが、多くは、異なる組織タイプにおいて異なった発現も示す。これら実験において、619個のヒトmiRNAに対する多重nCounter(登録商標) miRNA発現アッセイを、種々のヒト組織から精製した総RNA(Ambion)に対して行った。上記組織としては、肺、骨格筋、結腸および心臓が挙げられる。データを、対様式のセットで比較した。数百ものマイクロRNAを、各サンプル中で特異的に検出した。図5A〜Dにおいて、対角線上にあるデータ点は、両方の組織において類似のレベルで発現されたmiRNAである。対角線の外側にあるものは、2つの組織タイプにおいて異なって調節されたmiRNAを代表する。これら結果は、非常に多重化した状況における上記nCounter(登録商標) miRNA発現アッセイキットが、数百もの低分子RNAの差次的発現を測定する能力があることを示す。
種々のサンプルタイプにおいてRNAを検出する能力は、遺伝子発現アッセイにおいて重要な特徴である。低分子RNAの分野における特に重要な興味は、臨床サンプル中のそれらの発現レベルを測定する能力である。ここでそれらは、予後情報、診断情報もしくは治療情報を提供し得る。臨床組織サンプルは、頻繁に、ホルマリン固定のパラフィン包埋(FFPE)サンプルとして保存される。このことは、上記標的RNA構造の改変をもたらす。すべての遺伝子発現アッセイが、FFPEサンプルから単離されたRNAと適合性であるわけではない。総RNAを、miREasy FFPEキット(Qiagen,Gaithersburg,MD)を使用して、製造業者の指示に従ってFFPEサンプルから単離し、これらサンプルを使用して上記nCounter(登録商標) miRNA発現アッセイキットから得たデータを、凍結サンプルとして貯蔵した同じ組織から単離した総RNAを使用して得たデータと比較した。これら実験の結果は、上記nCounter(登録商標) miRNA発現アッセイキットが、FFPEサンプル中の低分子RNAを、総RNA中と同じ特異性および感度で検出し得ることを実証する。図7に示される代表的データセットは、上記2つのサンプルタイプに由来するデータの間で極めて高い相関を示す(R2値は0.99より大きい)。
nCounter(登録商標) miRNA発現アッセイキットは、多重フォーマットにおいて再現性のあるデータを生じる。図8は、676個のヒトmiRNAに対する多重アッセイを、100ngのヒト脳参照総RNA(Stratagene,LaJolla,CA)に対して行った2回の技術的複製からのデータの相関を示す。上記2つの複製実験からのデータは、極めて高い相関を示す(R2値は0.999より大きい)。
miRNAの3’配列改変体を研究するために、nCounter(登録商標) miRNA発現アッセイブリッジを作り得る。これは、上記改変miRNAの上記タグ化を指向する。ここで、本発明者らは、目的の各miRNAについて2個の最も一般的な3’改変体(任意に改変体1および改変体2と称される)を測定した。各サンプルを、3つに分け、基準ブリッジプール、上記改変体1ブリッジプールおよび上記改変体2ブリッジプールで別個にアッセイした。この実験において、上記ブリッジは、上記改変体を上記基準配列と同じタグに指向し、従って、別個のアッセイにおいて検出されなければならなかった。各改変体を特有のタグに指向し、同じアッセイにおいてすべての改変体の検出を可能にするブリッジを設計することもまた可能である。上記プラットフォームの特異性は、5個の基準miRNA、改変体1、もしくは改変体2の合成miRNAの混合物を、上記3つのブリッジプールの各々でアッセイすることによって示された。本発明者らは、各ブリッジプールが、他の改変体の最小のバックグラウンド検出を伴って、上記目的のmiRNA種を信頼性高く区別することを見いだした(図9A)。本発明者らはまた、60% 基準miRNA、30% 改変体1、および10% 改変体2を含む合成miRNAの混合物をアッセイしたところ、一般に、基準miRNA 対 改変miRNAの正確な比が、識別され得ることを見いだした(図9B)。これら結果は、上記nCounter(登録商標) miRNA発現アッセイが、miRNAの3’配列改変体の発現を調査するために、強いプラットフォームを提供することを実証する。
本発明は、その詳細な説明とともに記載されてきたが、前述の説明は、本発明の範囲を例示するのであって、限定することは意図されない。本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲によって規定される。他の局面、利点、および改変は、以下の特許請求の範囲内にある。
Claims (17)
- (a)タグであって、ここで該タグは、第1のDNA配列、およびシグナルを生成する1個以上のレポーター分子が付着するレポーター付着領域を含み、ここで該第1のDNA配列は、異質DNA配列を含む、タグ;ならびに
(b)ブリッジであって、ここで該ブリッジは、RNA分子に相補的な第2のDNA配列、および該タグの該第1のDNA配列に相補的な第3のDNA配列を含む、ブリッジ
を含む組成物。 - 前記ブリッジの前記第2のDNA配列および前記第3のDNA配列は、連続している、請求項1に記載の組成物。
- 前記RNAは、非コードRNAを含む、請求項1に記載の組成物。
- 前記非コードRNAは、トランスファーRNA(tRNA)、核小体低分子RNA(snoRNA)、マイクロRNA(miRNA)、短い干渉RNA(siRNA)、短いヘアピンRNA(shRNA)、反復関連低分子干渉RNA(rasiRNA)、もしくはpiwi相互作用RNA(piRNA)である、請求項3に記載の組成物。
- 前記非コードRNAは、miRNAである、請求項1に記載の組成物。
- 前記ブリッジの前記第2のDNA配列および前記RNA分子は、37〜95℃の融解温度を有するDNA/RNAヘテロ二重鎖を形成する、請求項1に記載の組成物。
- 前記ブリッジの前記第2のDNA配列および前記RNA分子は、43〜52℃の融解温度を有するDNA/RNAヘテロ二重鎖を形成する、請求項1に記載の組成物。
- 前記ブリッジの前記第3のDNA配列および前記タグの前記第1の配列は、37〜95℃の融解温度を有するDNA/DNA二重鎖を形成する、請求項1に記載の組成物。
- 前記ブリッジの前記第3のDNA配列および前記タグの前記第1の配列は、43〜52℃の融解温度を有するDNA/DNA二重鎖を形成する、請求項1に記載の組成物。
- 前記ブリッジの前記第2のDNA配列および前記第3のDNA配列は、実質的に同じ融解温度を有する核酸二重鎖を形成する、請求項1に記載の組成物。
- 前記第3のDNA配列は、異質DNA配列を含む、請求項1に記載の組成物。
- 前記RNA分子および/もしくは前記タグは、完全な相補性で前記ブリッジに特異的にハイブリダイズする配列を含む、請求項1に記載の組成物。
- 前記RNA分子および/もしくは前記タグは、部分的な相補性で前記ブリッジに特異的にハイブリダイズする配列を含む、請求項1に記載の組成物。
- (a)組成物であって:
(1)タグであって、ここで該タグは、第1のDNA配列、およびシグナルを生成する1個以上のレポーター分子が付着するレポーター付着領域を含む、タグ;ならびに
(2)ブリッジであって、ここで該ブリッジは、RNA分子に相補的な第2のDNA配列、および該タグの該第1のDNA配列に相補的な第3のDNA配列を含む、ブリッジ
を含む、組成物;ならびに
(b)ボリュームエクスクルーダーおよびヌクレアーゼからなる群より選択される物質、
を含む、キット。 - RNA分子を検出する方法であって、該方法は、
(a)少なくとも1個のRNA分子を含むサンプルを提供する工程;
(b)タグを提供する工程であって、ここで該タグは、第1のDNA配列、およびシグナルを生成する1個以上のレポーター分子が付着するレポーター付着領域を含む、工程;
(c)ブリッジを提供する工程であって、ここで該ブリッジは、RNA分子に相補的な第2のDNA配列、および該タグの該第1のDNA配列に相補的な第3のDNA配列を含む、工程;
(d)緩衝液を提供する工程;
(e)該RNA分子、該ブリッジ、および該タグを、37〜95℃で特異的にアニーリングさせる工程;
(f)該アニーリング反応物を、37〜95℃で保持する工程;
(g)リガーゼ緩衝液を提供する工程;
(h)リガーゼを、37〜95℃でアニーリング反応物に直接提供する工程;
(i)該RNA分子を、37〜95℃の1つ以上の温度で該タグに連結する工程;ならびに
(j)該シグナルを検出する工程、
を包含する、方法。 - 複数のRNA分子の多重検出の方法であって、該方法は、
(a)複数のRNA分子を含むサンプルを提供する工程;
(b)複数のタグを提供する工程であって、ここで各タグは、第1のDNA配列、およびシグナルを生成する1個以上のレポーター分子が付着する少なくとも1個のレポーター付着領域を含む、工程;
(c)複数のブリッジを提供する工程であって、ここで各ブリッジは、1個のRNA分子に相補的な第2のDNA配列、および1個のタグの第1のDNA配列に相補的な第3のDNA配列を含み、ここで各ブリッジは、RNA分子のうちの1種およびタグのうちの1種に特異的にアニーリングし、ここで該タグのうちの1種は、該RNA分子のうちの1種が該タグに結合される場合にRNA分子のうちの他の種と比較して、該RNA分子のうちの1種を異なって標識するシグナルを生成する、工程;
(d)緩衝液を提供する工程;
(e)該RNA分子、該ブリッジ、および該タグを、37〜95℃で特異的にアニーリングさせる工程;
(f)該アニーリング反応物を、37〜95℃で保持する工程;
(g)リガーゼ緩衝液を提供する工程;
(h)リガーゼを、37〜95℃でアニーリング反応物に直接提供する工程;
(i)該RNA分子、該ブリッジ、該およびタグを、37〜95℃の1つ以上の温度で連結する工程;ならびに
(j)1種以上のシグナルを検出する工程、
を包含する、方法。 - 核酸ブリッジ分子を作製する方法であって、該方法は、
(a)RNA分子を選択する工程;
(b)該RNA分子のセグメントを選択する工程であって、該RNA分子のセグメントは、37〜95℃の融解温度を有する該RNA分子の該セグメントに特異的にハイブリダイズするDNA分子と、DNA/RNAヘテロ二重鎖を形成する、工程;
(c)37〜95℃の融解温度を有する該RNA分子の該セグメントに特異的にハイブリダイズする第1のDNAブリッジ分子を生成する工程;
(d)タグを選択する工程であって、ここで該タグは、異質配列であるDNA配列を含む、工程;
(e)該タグのセグメントを選択する工程であって、該タグのセグメントは、37〜95℃の融解温度を有する該タグの該セグメントに特異的にハイブリダイズするDNA分子と、DNA/DNA二重鎖を形成する、工程;
(f)37〜95℃の融解温度を有する該タグの該セグメントに特異的にハイブリダイズする第2のDNAブリッジ分子を生成する工程;ならびに
(g)該第1のDNAブリッジ分子と、該第2のDNAブリッジ分子とを一体化させ、37〜95℃の融解温度を有する該標的RNA分子の該セグメントおよび37〜95℃の融解温度を有する該タグの該セグメントに特異的にハイブリダイズする該核酸DNAブリッジ分子を形成する工程、
を包含する、方法。
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