JP2012528567A5

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Publication number: JP2012528567A5
Application number: JP2012504107A
Authority: JP
Filing date: 2010-03-31
Publication date: 2013-05-09
Anticipated expiration: 2030-03-31

Claims

サンプル中の毒素産生クロストリジウムディフィシル菌を検出し、特性解析する方法であって、
ａ．前記サンプルが準備されるステップと、
ｂ．多重ＰＣＲアッセイにおいて、
ｉ．前記サンプルが、細胞毒素ｔｃｄＢ遺伝子の有無について解析され、
ｉｉ．前記サンプルが、ｔｃｄＣ遺伝子の、
ａ）SEQ ID No. 1のヌクレオチド３３０からヌクレオチド３４７までの１８ｂｐ欠失、
ｂ）SEQ ID No. 1のヌクレオチド３０１からヌクレオチド３３６までの３６ｂｐ欠失、
ｃ）SEQ ID No. 1のヌクレオチド３４１からヌクレオチド３７０までの３９ｂｐ欠失、
ｄ）SEQ ID No. 1のヌクレオチド３１３からヌクレオチド３６６までの５４ｂｐ欠失、
ｅ）SEQ ID No. 1の位置１１７における単一ヌクレオチド欠失、
の１又は複数の有無について解析される、ステップと、
を含む方法。
前記サンプルが、エンテロトキシンｔｃｄＡ遺伝子の１．８ｋｂ欠失の有無について付加的に解析される、請求項１に記載の方法。
前記サンプルが、バイナリトキシンｃｄｔＡ及び／又はｃｄｔＢの有無について付加的に解析される、請求項１又は２に記載の方法。
前記サンプルが、
ａ．SEQ ID No. 1のヌクレオチド３３０からヌクレオチド３４７までの１８ｂｐ欠失の有無、
ｂ． SEQ ID No. 1のヌクレオチド３４１からヌクレオチド３７０までの３９ｂｐ欠失の有無、
ｃ．SEQ ID No. 1の位置１１７の単一ヌクレオチド欠失の有無、
ｄ．細胞毒素ｔｃｄＢ遺伝子の有無、
ｅ．１．８ｋｂｔｃｄＡ欠失の有無、及び
ｆ．ｃｄｔＡ／Ｂバイナリトキシン遺伝子の有無、
について解析される、請求項１乃至３のいずれか１項に記載の方法。
ａ．前記ｔｃｄＢ遺伝子の配列が存在し、ｔｃｄＡ欠失が無く、SEQ ID No. 1の位置１１７の単一ヌクレオチド欠失が無く、１８ｂｐ欠失が無く、３９ｂｐ欠失が無い場合、前記サンプルは、毒素産生クロストリジウムディフィシルとしてスコアリングされ、
ｂ．前記ｔｃｄＢ遺伝子の配列が存在し、ｔｃｄＡ欠失が無く、SEQ ID No. 1の位置１１７の単一ヌクレオチド欠失が存在し、１８ｂｐ欠失が存在し、ｃｄｔＡ／Ｂバイナリトキシン遺伝子が存在する場合、前記サンプルは、リボタイプ０２７クロストリジウムディフィシル菌としてスコアリングされ、
ｃ．前記ｔｃｄＢ遺伝子の配列が存在し、ｔｃｄＡ欠失が存在し、SEQ ID No. 1の位置１１７の単一ヌクレオチド欠失が無く、１８ｂｐ欠失が無く、SEQ ID No. 1のヌクレオチド３４１からヌクレオチド３７０までの３９ｂｐ欠失が無く、ｃｄｔＡ／Ｂバイナリトキシン遺伝子が無い場合、前記サンプルは、リボタイプ０１７クロストリジウムディフィシル菌としてスコアリングされ、
ｄ．前記ｔｃｄＢ遺伝子の配列が存在し、ｔｃｄＡ欠失が無く、SEQ ID No. 1のヌクレオチド３４１からヌクレオチド３７０までの３９ｂｐ欠失が存在し、ｃｄｔＡ／Ｂバイナリトキシン遺伝子が存在する場合、前記サンプルは、リボタイプ０７８クロストリジウムディフィシル菌としてスコアリングされる、請求項１乃至４のいずれか１項に記載の方法。
前記多重ＰＣＲアッセイの多重増幅反応は、反応混合物中の蛍光指標の存在下で密閉システムにおいて行われ、前記蛍光指標は、前記増幅反応において各アンプリコンの存在及び／又は量に関連する光学的信号を生成し、前記増幅反応において前記蛍光指標の光学的信号を監視することが可能である、請求項１乃至５のいずれか１項に記載の方法。
前記密閉システムは、ユーザに、前記スコアリングの付与を示す光学的出力を与える、請求項５を引用する請求項６に記載の方法。
前記多重ＰＣＲアッセイの増幅産物が、６０乃至２００ｂｐの大きさである、請求項１乃至７のいずれか１項に記載の方法。
前記多重ＰＣＲ増幅が定量リアルタイムＰＣＲである、請求項１乃至８のいずれか１項に記載の方法。
前記サンプルは、人間又は動物の排泄物である、請求項１乃至９のいずれか１項に記載の方法。
（ｉ）細胞毒素ｔｃｄＢ遺伝子、
（ｉｉ）ｔｃｄＡ遺伝子の１．８ｋｂ欠失、
（ｉｉｉ）ｔｃｄＣ遺伝子のSEQ ID No. 1のヌクレオチド３３０からヌクレオチド３４７までの１８ｂｐ欠失、
（ｉｖ）ｔｃｄＣ遺伝子のSEQ ID No. 1のヌクレオチド３４１からヌクレオチド３７０までの３９ｂｐ欠失、
（ｖ）SEQ ID No. 1の位置１１７の単一ヌクレオチド欠失、を増幅し及び／又は検出するためのプライマ及び／又はプローブと、
（ｖｉ）バイナリトキシンｃｄｔＡ／Ｂ遺伝子を検出するためのプライマ及び／又はプローブと、
を含む１又は複数のチャネル又はチャンバを有する密閉システム増幅カートリッジ。
請求項１乃至１０のいずれか１項に記載の方法を実施するためのキットであって、
（ｉ）細胞毒素ｔｃｄＢ遺伝子、
（ｉｉ）ｔｃｄＡ遺伝子の１．８ｋｂの欠失、
（ｉｉｉ）ｔｃｄＣ遺伝子のSEQ ID No. 1のヌクレオチド３３０からヌクレオチド３４７までの１８ｂｐ欠失、
（ｉｖ）ｔｃｄＣ遺伝子のSEQ ID No. 1のヌクレオチド３４１からヌクレオチド３７０までの３９ｂｐ欠失、
（ｖ）SEQ ID No. 1の位置１１７の単一ヌクレオチド欠失、を増幅し及び／又は検出するためのプライマ及び／又はプローブと、
（ｖｉ）バイナリトキシンｃｄｔＡ／Ｂ遺伝子を検出するためのプライマ及び／又はプローブと、
を含むキット。