JP2012504801A5 - - Google Patents
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Description
代替的な態様では、本明細書で説明する方法により同定されるミスフォールディング特異的エピトープのほか、ミスフォールティング特異的エピトープに対して免疫反応性の抗体も、本発明の範囲内に包含される。このようなエピトープは、タンパク質のミスフォールディング、細胞増殖、および他の疾患を管理するための診断ツールおよび治療ツールとして有用でありうる。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
対象とするタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定するシステムを動作する方法であって、前記システムは、入力ユニット、候補選択ユニット、自由エネルギー計算ユニット、およびエピトープ同定ユニットを含み、前記方法は:
(a)前記入力ユニットにより、前記対象とするタンパク質の構造の少なくとも一部を表わすモデルを受け取るステップと;
(b)前記候補選択ユニットにより、前記モデルから、1または複数のセットを選択するステップであって、各セットは1または複数のアミノ酸残基を含む、ステップと;
(c)前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップと;
(d)前記エピトープ同定ユニットにより、前記エピトープを
(i)孤立した前記セットの1または複数のアンフォールディングの自由エネルギーに基づき各セットのアンフォールディングの全確率を決定し、アンフォールディングの全確率が最小の確率を上回るセットから前記エピトープを同定すること;または
(ii)アンフォールディングの自由エネルギーが最小のエネルギーを下回るセットから前記エピトープを同定すること
によって同定するステップと
を含む、方法。
(項目2)
(a)前記方法が、前記入力ユニットにより、前記モデル内の領域の選択されたものを受け取るステップをさらに含み;
(b)前記候補選択ユニットにより選択された前記1または複数のセットの各々が、前記領域内における少なくとも1つの残基を含む、
項目1に記載の方法。
(項目3)
前記モデルが、前記対象とするタンパク質の少なくとも一部の構造である、項目1に記載の方法。
(項目4)
前記モデルが、前記対象とするタンパク質の少なくとも一部の予測された構造である、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記予測された構造が、前記対象とするタンパク質、またはその一部の一次配列から予測されるか、あるいは前記対象とするタンパク質に対して相同的な、1もしくは複数の他のタンパク質、またはその一部の構造から予測される、項目4に記載の方法。
(項目6)
前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステップが、前記モデル内の1または複数の連続するアミノ酸残基の配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含む、項目1に記載の方法。
(項目7)
前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステップが、前記モデル内の1または複数の連続する残基の配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含み、各セットが前記領域内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含む、項目2に記載の方法。
(項目8)
前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステップが、前記モデル内の1または複数の連続するアミノ酸残基の、2つ以上の連続しない配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含む、項目1に記載の方法。
(項目9)
前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステッ
プが、前記モデル内の1または複数のアミノ酸残基の、2つ以上の連続しない配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含み、各セットが前記領域内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含む、項目2に記載の方法。
(項目10)
各配列が、最小の長さと最大の長さとの間の長さを含む、項目6、7、8、または9に記載の方法。
(項目11)
前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップが、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップを含む、項目1に記載の方法。
(項目12)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)(i)前記セット内の少なくとも1つの極性原子から構成され、(ii)前記モデルのアミノ酸配列中において1つより多いアミノ酸残基分、離れており、かつ(iii)互いからカットオフ距離内にある、前記モデル内の極性原子対の総数を決定するステップと;
(b)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを、(a)で決定された前記対の総数に、一定の相互作用エネルギーをかけた積として決定するステップと
を含む、項目11に記載の方法。
(項目13)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)(i)極性原子または非極性原子から構成され、(ii)前記セット内の少なくとも1つの原子から構成され、(ii)前記モデルのアミノ酸配列中において1つより多いアミノ酸残基分、離れており、かつ(iii)互いからカットオフ距離内にある、前記モデル内の原子対の総数を決定するステップと;
(b)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを、(a)で決定された前記対の総数に、一定の相互作用エネルギーをかけた積として決定するステップと
を含む、項目11に記載の方法。
(項目14)
前記カットオフ距離が、約2オングストローム〜約7オングストロームである、項目12または13に記載の方法。
(項目15)
前記一定の相互作用エネルギーが、約0.5kcal/mol/相互作用〜約2kcal/mol/相互作用である、項目12または13に記載の方法。
(項目16)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、前記セット内の少なくとも1つの原子から構成される、前記モデル内の各極性原子対について、以下の式:
を解いた結果を合計するステップを含み、ここで、式中、
ΔHは、前記極性原子対のアンフォールディングのエンタルピーであり;
は、フィッティングパラメータであり;
θは、前記極性原子に関与する炭素に対する共有結合の間の角度であり;
rは、前記極性原子対の間の距離であり;
βは、フィッティングパラメータである、
項目11に記載の方法。
(項目17)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、(i)前記セット内の少なくとも1つの原子から構成され、(ii)極性原子または非極性原子から構成される、前記モデル内の各原子対について、以下の式:
を解いた結果を合計するステップを含み、ここで式中、
ΔHは、前記極性原子対のアンフォールディングのエンタルピーであり;
は、フィッティングパラメータであり;
θは、前記原子に関与する炭素に対する共有結合の間の角度であり;
rは、前記原子対の間の距離であり;
βは、フィッティングパラメータである、
項目11に記載の方法。
(項目18)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)前記モデル内のアミノ酸残基を含む、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;
(b)前記セットを除去した、前記モデル内のアミノ酸残基を含む、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;
(c)孤立した前記セットのアミノ酸残基を含む、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;
(d)(a)で決定された極性官能基の溶媒露出表面積を差し引いた、(b)および(c)で決定された極性官能基の溶媒露出表面積の和を決定するステップ;
(e)(a)で決定された非極性官能基の溶媒露出表面積を差し引いた、(b)および(c)で決定された非極性官能基の溶媒露出表面積の和を決定するステップ;
(f)(a)で決定されたヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を差し引いた、(b)および(c)で決定されたヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積の和を決定するステップ;
(g)以下の式:
を解くことにより、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップであって、ここで式中、
ΔHは、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーの変化であり;
Tは、温度であり;
ΔASA 極性 は、(d)で決定される非極性官能基の溶媒露出表面積の変化であり;
ΔASA 非極性 は、(e)で決定される非極性官能基の溶媒露出表面積の変化であり;
ΔASA ヒドロキシル は、(f)で決定されるヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積の変化である、
ステップ、
を含む、項目11に記載の方法。
(項目19)
孤立した前記セットの、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップが、
(a)前記対象とするタンパク質のN末端またはC末端に位置しない、前記セット内の各アミノ酸残基について、
(i)前記アミノ酸残基と、前記対象とするタンパク質のアミノ酸配列内のアミノ酸残基に最も近接する第1の数のアミノ酸残基とにより形成されるポリペプチドを選択するステップ;
(ii)分子動力学シミュレーションにおいて孤立した前記ポリペプチドの運動をシミュレートすることにより、前記ポリペプチドの複数の構造を得るステップ;
(iii)各構造の極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;ならびに
(iv)すべての前記構造にわたり、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積の各々を平均するステップ;
(b)前記対象とするタンパク質のN末端またはC末端に位置する、前記セット内の各アミノ酸残基について、
(i)前記アミノ酸残基と、前記対象とするタンパク質のアミノ酸配列内のアミノ酸残基に最も近接する第2の数の近傍アミノ酸残基とにより形成されるポリペプチドを選択するステップ;
(ii)分子動力学シミュレーションにおいて孤立した前記ポリペプチドの運動をシミュレートすることにより、前記ポリペプチドの複数の構造を得るステップ;
(iii)各構造の極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;ならびに
(iv)すべての前記構造にわたり、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の決定された溶媒露出表面積の各々を平均するステップ
を含む、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記第1の数が2であり、前記第2の数が1である、項目19に記載の方法。
(項目21)
前記自由エネルギー計算ユニットにより、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)分子動力学シミュレーションにおいて、前記モデルの運動をシミュレートするステップと;
(b)前記モデル内のすべてのアミノ酸残基対間の相互作用エネルギーを合計するステップであって、各対が前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸を含む、ステップと;
(c)分子動力学シミュレーションにおいて、前記セットがアンフォールド状態にある前記モデルの運動をシミュレートするステップと;
(d)前記アンフォールド状態にある前記セット内のすべてのアミノ酸残基対間の相互作用エネルギーを合計するステップと;
(e)(b)において決定された相互作用エネルギーから、(d)において決定された相互作用エネルギーを差し引くステップと
を含む、項目11に記載の方法。
(項目22)
前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップが、前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップを含む、項目1に記載の方法。
(項目23)
前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップが、互いからカットオフ距離内にある、前記モデル内の、正反対に荷電したアミノ酸残基の各対間においてクーロンエネルギーの和を決定するステップを含み、ここで、各対は、前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸を含み、前記クーロンエネルギーは、前記タンパク質内の一定の誘電率を仮定して決定される、項目22に記載の方法。
(項目24)
前記カットオフ距離が、約7オングストロームである、項目23に記載の方法。
(項目25)
前記一定の誘電率が、約4〜約20である、項目23に記載の方法。
(項目26)
前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップが、前記モデル内のアミノ酸残基の各対間において、クーロンエネルギーの和を決定するステップを含み、ここで、各対は、前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸を含み、前記クーロンエネルギーは、前記タンパク質内の一定の誘電率を仮定して決定される、項目24に記載の方法。
(項目27)
前記一定の誘電率が、約4〜約20である、項目26に記載の方法。
(項目28)
各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップが、以下の式:
を解くことにより、前記自由エネルギーに対する1または複数のグリカンの影響を決定するステップを含み、ここで式中、
ΔG ptm は、アンフォールディングの前記自由エネルギーに対するグリカンの影響であり;
Rは、理想気体定数であり;
Tは、温度であり;
aは、前記グリカンの半径であり;
r 0 は、前記グリカンの中心から測定した、前記グリカンの周囲にある前記セットの開始位置であり;
erfは、誤差関数であり;
bは、アンフォールドされた前記セットの持続長であり;
nは、アンフォールドされた前記セット内の残基数である、
項目1に記載の方法。
(項目29)
前記セットのうちの1または複数のアンフォールディングの自由エネルギーに基づき各セットのアンフォールディングの全確率を決定するステップが、各セットについて、前記セットのアミノ酸残基の配列を含む、すべての前記セットのアンフォールディングの平衡確率の和を決定するステップを含み、各セットのアンフォールディングの平衡確率が、前記セットのアンフォールディングの自由エネルギーに基づき決定される、項目1または2に記載の方法。
(項目30)
前記最小の確率が、同じ長さを有するすべてのセットのアンフォールディングの平均確率の倍数である、項目1に記載の方法。
(項目31)
前記倍数が、少なくとも10である、項目30に記載の方法。
(項目32)
前記倍数が、少なくとも100である、項目30に記載の方法。
(項目33)
前記最小のエネルギーが、同じ長さを有するすべてのセットのアンフォールディングの平均自由エネルギーより小さい、一定の量である、項目1または2に記載の方法。
(項目34)
前記一定の量が、少なくとも1.4kcal/molである、項目33に記載の方法。
(項目35)
前記最小のエネルギーが、8kcal/mol以下である、項目1または2に記載の方法。
(項目36)
タンパク質の天然フォールド形態と比べて、前記タンパク質のミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を作製するのに有用な免疫原を得るための方法であって、前記方法は:
(a)項目1から31のいずれかに記載の方法を適用して、前記タンパク質のミスフォールド形態により固有に提示されるエピトープを同定するステップと;
(b)前記タンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを含むペプチドを含む免疫原を作製するステップと
を含む、方法。
(項目37)
場合を問わず、項目36に記載の方法により作製される免疫原。
(項目38)
タンパク質の天然フォールド形態と比べて、前記タンパク質のミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るための方法であって、前記方法は:
(a)項目1から31のいずれかに記載の方法を適用して、前記タンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定するステップと;
(b)前記エピトープに選択的に結合する抗体を作製し、これにより、前記タンパク質の前記ミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るステップと
を含む、方法。
(項目39)
場合を問わず、項目40に記載の方法により調製される抗体。
(項目40)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示す被験体を処置するのに有用な医薬組成物を得るための方法であって、前記方法は、薬学的に許容される担体と、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのミスフォールド形態に固有のエピトープに結合し、また、項目1から31のいずれかに記載の方法を用いて同定された、医療的に有用な量の抗体またはその結合断片とを組み合わせるステップを含む、方法。
(項目41)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示す被験体を処置するための方法であって、前記方法は、前記被験体に、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのミスフォールド形態に固有のエピトープに選択的に結合する、有効量の抗体またはその結合断片を含む医薬組成物を投与するステップを含み、前記エピトープが、項目1から31のいずれかに記載の方法を適用することにより同定された、方法。
(項目42)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示す被験体を処置するための方法であって、前記方法は、前記被験体に、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのミスフォールド形態に固有のエピトープを含むペプチドを組み込む免疫原を含む、有効量のワクチンを含む医薬組成物を投与するステップを含み、前記エピトープが、項目1から31のいずれかに記載の方法を適用することにより同定された、方法。
(項目43)
試料中におけるタンパク質のミスフォールド形態を検出するための方法であって、前記方法は、
(a)前記タンパク質のミスフォールド形態を含有することが疑われる試料を、そのタンパク質の天然フォールド形態と比べて、前記ミスフォールドタンパク質により固有に提示されるエピトープに選択的に結合する抗体または結合断片により処理するステップであって、前記エピトープが、項目1から31のいずれかに記載の方法を適用することにより同定されている、ステップと;
(b)抗原:抗体複合体が形成されているかどうかを決定し、その形成により、前記試料中における、前記タンパク質のミスフォールド形態の存在が示されるステップと
を含む、方法。
(項目44)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を診断する方法であって、前記方法は、
(a)被験体から得られ、また、前記タンパク質の前記ミスフォールド形態を含有することが疑われる試料を、そのタンパク質の天然フォールド形態と比べて、前記ミスフォールドタンパク質により固有に提示されるエピトープに選択的に結合する抗体または結合断片により処理するステップであって、前記エピトープが、項目1から31のいずれかに記載の方法を適用することにより同定されている、ステップと;
(b)抗原:抗体複合体が形成されているかどうかを決定し、その形成により、前記試料中における、前記タンパク質のミスフォールド形態の存在が示されるステップと
を含む、方法。
(項目45)
タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るための方法であって、前記方法は、
(a)ペプチドが配列番号5、7、27〜40、または76の配列を有さないという条件で、配列番号1〜80のうちの1つを有するペプチド内に常在する、任意の3つの連続するアミノ酸を含む免疫原を得るステップと;
(b)前記免疫原を用いて、前記エピトープに選択的に結合する抗体を作製し、これにより、前記タンパク質の前記ミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るステップと
を含む、方法。
(項目46)
配列番号1〜4、6、8〜26、28、29、31〜36、41〜75、および77〜80を有するペプチド内に常在する、少なくとも3つの連続するアミノ酸を包含するエピトープに結合する抗体。
(項目47)
治療有効量の項目46に記載の抗体と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
(項目48)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示すか、またはそのリスクを有する被験体を処置するための方法であって、処置を必要とする被験体に、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープに選択的に結合する、抗体またはその結合断片を含む有効量の医薬組成物を投与するステップを含み、前記抗体が結合する前記ミスフォールドタンパク質が、タウ、Aベータ、SO
D1 α−シヌクレイン、PrP C 、TTR、β2−ミクログロブリン、EGFR、CD20、CD38、CD44、FasR、およびNotch1から選択される方法。
(項目49)
前記抗体が結合するエピトープが、配列番号1〜4、6、8〜26、28、29、31〜36、41〜75、および77〜80のうちのいずれか1つを有するペプチド内に常在する、少なくとも3つの連続するアミノ酸を含む、項目48に記載の方法。
(項目50)
前記抗体および処置される疾患が、
(a)CJDまたは関連のプリオン病に罹患した被験体を処置するための、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10、また特に、3、4、6、7、8、9、または10により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(b)家族性アミロイド性多発性神経障害もしくは老人性全身性アミロイドーシス、またはミスフォールドTTRの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号16、17、18、19、20、21、または22により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(c)β2ミクログロブリンアミロイド沈着物の腎臓での蓄積、またはミスフォールドβ2ミクログロブリンの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号23、24、25、または26により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(d)筋委縮性側索硬化症(ALS)またはミスフォールドSOD1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40、また特に、28、29、31、32、33、34、35、および36により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(e)白血病もしくは骨髄腫、またはミスフォールドCD38の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号41、42、43、44、または45により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(f)結腸癌転移および/またはミスフォールドCD44の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号46、47、f8、49、または50により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(g)Fas受容体が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号51、52、53、54、または55により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(h)子宮頚癌、頭頚部癌、子宮内膜癌、肺癌および乳癌、胸膜中皮腫、悪性黒色腫、ホジキンリンパ腫、未分化大細胞非ホジキンリンパ腫を含めた癌、または特定の急性骨髄性白血病およびB細胞型慢性リンパ球性白血病を含めた、ミスフォールドNOTCH1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号56、57、58、59、または60により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(i)Fas受容体の活性化が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号61、62、63、64、または65により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(j)ミスフォールドEGFRが関与する特定の癌および関連障害に罹患した被験体を処置するための、配列番号76を除外するという任意選択の条件で、配列番号66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、または80により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と
から選択される、項目49に記載の方法。
(項目51)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示すか、またはそのリスクを有する被験体を処置するための方法であって、前記方法は、前記被験体に、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを構成するペプチドを組み込む免疫原を含むワクチンを投与するステップを含み、前記エピ
トープが、配列番号1〜4、6、8〜26、28、29、31〜36、41〜75、および77〜80のうちのいずれか1つを有するペプチド内に常在する、少なくとも3つの連続するアミノ酸を含む、方法。
(項目52)
前記ワクチンおよび前記処置される疾患が、
(a)CJDまたは関連のプリオン病に罹患した被験体を処置するための、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10、また特に、3、4、6、7、8、9、または10により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(b)BSEまたは関連のプリオン病のリスクを有する被験体、特に畜牛における予防のための、配列番号11、12、13、14、または15により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(c)家族性アミロイド性多発性神経障害もしくは老人性全身性アミロイドーシス、またはミスフォールドTTRの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号16、17、18、19、20、21、または22により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(d)β2ミクログロブリンアミロイド沈着物の腎臓での蓄積、またはミスフォールドβ2ミクログロブリンの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号23、24、25、または26により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(e)筋委縮性側索硬化症(ALS)またはミスフォールドSOD1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40、また特に、28、29、31、32、33、34、35、および36により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(f)白血病もしくは骨髄腫、またはミスフォールドCD38の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号41、42、43、44、または45により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(g)結腸癌転移および/またはミスフォールドCD44の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号46、47、48、49、または50により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(h)Fas受容体の活性化が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号51、52、53、54、または55により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(i)子宮頚癌、頭頚部癌、子宮内膜癌、肺癌および乳癌、胸膜中皮腫、悪性黒色腫、ホジキンリンパ腫、未分化大細胞非ホジキンリンパ腫を含めた癌、または特定の急性骨髄性白血病およびB細胞型慢性リンパ球性白血病を含めた、ミスフォールドNOTCH1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号56、57、58、59、または60により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(j)Fas受容体の活性化が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号61、62、63、64、または65により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(k)ミスフォールドEGFRが関与する特定の癌および関連障害に罹患した被験体を処置するための、配列番号76を除外するという任意選択の条件で、配列番号66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、または80により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと
から選択される、項目51に記載の方法。
(項目53)
配列番号1〜80のうちのいずれか1つに示されるアミノ酸配列を有する、単離形態のペプチド。
(項目54)
アミノ酸置換を含む、項目53に記載のペプチド。
(項目55)
アミノ酸欠失により、7残基を超えない長さまで短縮した変異体である、項目53に記載のペプチド。
(項目56)
少なくとも7残基の長さまでのアミノ酸付加により伸長した変異体である、項目53に記載のペプチド。
(項目57)
タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定するための、項目1から31のいずれかに記載の方法の使用。
(項目58)
抗体を作製するための、項目1から31のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープの使用であって、前記抗体は前記エピトープに選択的に結合する、使用。
(項目59)
タンパク質のミスフォールド形態を検出するための、項目1から31のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープに結合する抗体の使用であって、前記タンパク質は、前記エピトープを提示する、使用。
(項目60)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患または障害を処置するための、項目1から31のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープに結合する抗体の使用であって、前記タンパク質は、前記エピトープを提示する、使用。
(項目61)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患または障害を処置するワクチンを作製するための、項目1から31のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープの使用であって、前記タンパク質は、前記エピトープを提示する、使用。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
対象とするタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定するシステムを動作する方法であって、前記システムは、入力ユニット、候補選択ユニット、自由エネルギー計算ユニット、およびエピトープ同定ユニットを含み、前記方法は:
(a)前記入力ユニットにより、前記対象とするタンパク質の構造の少なくとも一部を表わすモデルを受け取るステップと;
(b)前記候補選択ユニットにより、前記モデルから、1または複数のセットを選択するステップであって、各セットは1または複数のアミノ酸残基を含む、ステップと;
(c)前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップと;
(d)前記エピトープ同定ユニットにより、前記エピトープを
(i)孤立した前記セットの1または複数のアンフォールディングの自由エネルギーに基づき各セットのアンフォールディングの全確率を決定し、アンフォールディングの全確率が最小の確率を上回るセットから前記エピトープを同定すること;または
(ii)アンフォールディングの自由エネルギーが最小のエネルギーを下回るセットから前記エピトープを同定すること
によって同定するステップと
を含む、方法。
(項目2)
(a)前記方法が、前記入力ユニットにより、前記モデル内の領域の選択されたものを受け取るステップをさらに含み;
(b)前記候補選択ユニットにより選択された前記1または複数のセットの各々が、前記領域内における少なくとも1つの残基を含む、
項目1に記載の方法。
(項目3)
前記モデルが、前記対象とするタンパク質の少なくとも一部の構造である、項目1に記載の方法。
(項目4)
前記モデルが、前記対象とするタンパク質の少なくとも一部の予測された構造である、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記予測された構造が、前記対象とするタンパク質、またはその一部の一次配列から予測されるか、あるいは前記対象とするタンパク質に対して相同的な、1もしくは複数の他のタンパク質、またはその一部の構造から予測される、項目4に記載の方法。
(項目6)
前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステップが、前記モデル内の1または複数の連続するアミノ酸残基の配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含む、項目1に記載の方法。
(項目7)
前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステップが、前記モデル内の1または複数の連続する残基の配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含み、各セットが前記領域内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含む、項目2に記載の方法。
(項目8)
前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステップが、前記モデル内の1または複数の連続するアミノ酸残基の、2つ以上の連続しない配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含む、項目1に記載の方法。
(項目9)
前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステッ
プが、前記モデル内の1または複数のアミノ酸残基の、2つ以上の連続しない配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含み、各セットが前記領域内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含む、項目2に記載の方法。
(項目10)
各配列が、最小の長さと最大の長さとの間の長さを含む、項目6、7、8、または9に記載の方法。
(項目11)
前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップが、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップを含む、項目1に記載の方法。
(項目12)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)(i)前記セット内の少なくとも1つの極性原子から構成され、(ii)前記モデルのアミノ酸配列中において1つより多いアミノ酸残基分、離れており、かつ(iii)互いからカットオフ距離内にある、前記モデル内の極性原子対の総数を決定するステップと;
(b)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを、(a)で決定された前記対の総数に、一定の相互作用エネルギーをかけた積として決定するステップと
を含む、項目11に記載の方法。
(項目13)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)(i)極性原子または非極性原子から構成され、(ii)前記セット内の少なくとも1つの原子から構成され、(ii)前記モデルのアミノ酸配列中において1つより多いアミノ酸残基分、離れており、かつ(iii)互いからカットオフ距離内にある、前記モデル内の原子対の総数を決定するステップと;
(b)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを、(a)で決定された前記対の総数に、一定の相互作用エネルギーをかけた積として決定するステップと
を含む、項目11に記載の方法。
(項目14)
前記カットオフ距離が、約2オングストローム〜約7オングストロームである、項目12または13に記載の方法。
(項目15)
前記一定の相互作用エネルギーが、約0.5kcal/mol/相互作用〜約2kcal/mol/相互作用である、項目12または13に記載の方法。
(項目16)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、前記セット内の少なくとも1つの原子から構成される、前記モデル内の各極性原子対について、以下の式:
を解いた結果を合計するステップを含み、ここで、式中、
ΔHは、前記極性原子対のアンフォールディングのエンタルピーであり;
θは、前記極性原子に関与する炭素に対する共有結合の間の角度であり;
rは、前記極性原子対の間の距離であり;
βは、フィッティングパラメータである、
項目11に記載の方法。
(項目17)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、(i)前記セット内の少なくとも1つの原子から構成され、(ii)極性原子または非極性原子から構成される、前記モデル内の各原子対について、以下の式:
を解いた結果を合計するステップを含み、ここで式中、
ΔHは、前記極性原子対のアンフォールディングのエンタルピーであり;
は、フィッティングパラメータであり;
θは、前記原子に関与する炭素に対する共有結合の間の角度であり;
rは、前記原子対の間の距離であり;
βは、フィッティングパラメータである、
項目11に記載の方法。
(項目18)
前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)前記モデル内のアミノ酸残基を含む、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;
(b)前記セットを除去した、前記モデル内のアミノ酸残基を含む、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;
(c)孤立した前記セットのアミノ酸残基を含む、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;
(d)(a)で決定された極性官能基の溶媒露出表面積を差し引いた、(b)および(c)で決定された極性官能基の溶媒露出表面積の和を決定するステップ;
(e)(a)で決定された非極性官能基の溶媒露出表面積を差し引いた、(b)および(c)で決定された非極性官能基の溶媒露出表面積の和を決定するステップ;
(f)(a)で決定されたヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を差し引いた、(b)および(c)で決定されたヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積の和を決定するステップ;
(g)以下の式:
を解くことにより、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップであって、ここで式中、
ΔHは、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーの変化であり;
Tは、温度であり;
ΔASA 極性 は、(d)で決定される非極性官能基の溶媒露出表面積の変化であり;
ΔASA 非極性 は、(e)で決定される非極性官能基の溶媒露出表面積の変化であり;
ΔASA ヒドロキシル は、(f)で決定されるヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積の変化である、
ステップ、
を含む、項目11に記載の方法。
(項目19)
孤立した前記セットの、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップが、
(a)前記対象とするタンパク質のN末端またはC末端に位置しない、前記セット内の各アミノ酸残基について、
(i)前記アミノ酸残基と、前記対象とするタンパク質のアミノ酸配列内のアミノ酸残基に最も近接する第1の数のアミノ酸残基とにより形成されるポリペプチドを選択するステップ;
(ii)分子動力学シミュレーションにおいて孤立した前記ポリペプチドの運動をシミュレートすることにより、前記ポリペプチドの複数の構造を得るステップ;
(iii)各構造の極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;ならびに
(iv)すべての前記構造にわたり、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積の各々を平均するステップ;
(b)前記対象とするタンパク質のN末端またはC末端に位置する、前記セット内の各アミノ酸残基について、
(i)前記アミノ酸残基と、前記対象とするタンパク質のアミノ酸配列内のアミノ酸残基に最も近接する第2の数の近傍アミノ酸残基とにより形成されるポリペプチドを選択するステップ;
(ii)分子動力学シミュレーションにおいて孤立した前記ポリペプチドの運動をシミュレートすることにより、前記ポリペプチドの複数の構造を得るステップ;
(iii)各構造の極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;ならびに
(iv)すべての前記構造にわたり、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の決定された溶媒露出表面積の各々を平均するステップ
を含む、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記第1の数が2であり、前記第2の数が1である、項目19に記載の方法。
(項目21)
前記自由エネルギー計算ユニットにより、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)分子動力学シミュレーションにおいて、前記モデルの運動をシミュレートするステップと;
(b)前記モデル内のすべてのアミノ酸残基対間の相互作用エネルギーを合計するステップであって、各対が前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸を含む、ステップと;
(c)分子動力学シミュレーションにおいて、前記セットがアンフォールド状態にある前記モデルの運動をシミュレートするステップと;
(d)前記アンフォールド状態にある前記セット内のすべてのアミノ酸残基対間の相互作用エネルギーを合計するステップと;
(e)(b)において決定された相互作用エネルギーから、(d)において決定された相互作用エネルギーを差し引くステップと
を含む、項目11に記載の方法。
(項目22)
前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップが、前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップを含む、項目1に記載の方法。
(項目23)
前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップが、互いからカットオフ距離内にある、前記モデル内の、正反対に荷電したアミノ酸残基の各対間においてクーロンエネルギーの和を決定するステップを含み、ここで、各対は、前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸を含み、前記クーロンエネルギーは、前記タンパク質内の一定の誘電率を仮定して決定される、項目22に記載の方法。
(項目24)
前記カットオフ距離が、約7オングストロームである、項目23に記載の方法。
(項目25)
前記一定の誘電率が、約4〜約20である、項目23に記載の方法。
(項目26)
前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップが、前記モデル内のアミノ酸残基の各対間において、クーロンエネルギーの和を決定するステップを含み、ここで、各対は、前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸を含み、前記クーロンエネルギーは、前記タンパク質内の一定の誘電率を仮定して決定される、項目24に記載の方法。
(項目27)
前記一定の誘電率が、約4〜約20である、項目26に記載の方法。
(項目28)
各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップが、以下の式:
を解くことにより、前記自由エネルギーに対する1または複数のグリカンの影響を決定するステップを含み、ここで式中、
ΔG ptm は、アンフォールディングの前記自由エネルギーに対するグリカンの影響であり;
Rは、理想気体定数であり;
Tは、温度であり;
aは、前記グリカンの半径であり;
r 0 は、前記グリカンの中心から測定した、前記グリカンの周囲にある前記セットの開始位置であり;
erfは、誤差関数であり;
bは、アンフォールドされた前記セットの持続長であり;
nは、アンフォールドされた前記セット内の残基数である、
項目1に記載の方法。
(項目29)
前記セットのうちの1または複数のアンフォールディングの自由エネルギーに基づき各セットのアンフォールディングの全確率を決定するステップが、各セットについて、前記セットのアミノ酸残基の配列を含む、すべての前記セットのアンフォールディングの平衡確率の和を決定するステップを含み、各セットのアンフォールディングの平衡確率が、前記セットのアンフォールディングの自由エネルギーに基づき決定される、項目1または2に記載の方法。
(項目30)
前記最小の確率が、同じ長さを有するすべてのセットのアンフォールディングの平均確率の倍数である、項目1に記載の方法。
(項目31)
前記倍数が、少なくとも10である、項目30に記載の方法。
(項目32)
前記倍数が、少なくとも100である、項目30に記載の方法。
(項目33)
前記最小のエネルギーが、同じ長さを有するすべてのセットのアンフォールディングの平均自由エネルギーより小さい、一定の量である、項目1または2に記載の方法。
(項目34)
前記一定の量が、少なくとも1.4kcal/molである、項目33に記載の方法。
(項目35)
前記最小のエネルギーが、8kcal/mol以下である、項目1または2に記載の方法。
(項目36)
タンパク質の天然フォールド形態と比べて、前記タンパク質のミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を作製するのに有用な免疫原を得るための方法であって、前記方法は:
(a)項目1から31のいずれかに記載の方法を適用して、前記タンパク質のミスフォールド形態により固有に提示されるエピトープを同定するステップと;
(b)前記タンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを含むペプチドを含む免疫原を作製するステップと
を含む、方法。
(項目37)
場合を問わず、項目36に記載の方法により作製される免疫原。
(項目38)
タンパク質の天然フォールド形態と比べて、前記タンパク質のミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るための方法であって、前記方法は:
(a)項目1から31のいずれかに記載の方法を適用して、前記タンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定するステップと;
(b)前記エピトープに選択的に結合する抗体を作製し、これにより、前記タンパク質の前記ミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るステップと
を含む、方法。
(項目39)
場合を問わず、項目40に記載の方法により調製される抗体。
(項目40)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示す被験体を処置するのに有用な医薬組成物を得るための方法であって、前記方法は、薬学的に許容される担体と、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのミスフォールド形態に固有のエピトープに結合し、また、項目1から31のいずれかに記載の方法を用いて同定された、医療的に有用な量の抗体またはその結合断片とを組み合わせるステップを含む、方法。
(項目41)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示す被験体を処置するための方法であって、前記方法は、前記被験体に、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのミスフォールド形態に固有のエピトープに選択的に結合する、有効量の抗体またはその結合断片を含む医薬組成物を投与するステップを含み、前記エピトープが、項目1から31のいずれかに記載の方法を適用することにより同定された、方法。
(項目42)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示す被験体を処置するための方法であって、前記方法は、前記被験体に、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのミスフォールド形態に固有のエピトープを含むペプチドを組み込む免疫原を含む、有効量のワクチンを含む医薬組成物を投与するステップを含み、前記エピトープが、項目1から31のいずれかに記載の方法を適用することにより同定された、方法。
(項目43)
試料中におけるタンパク質のミスフォールド形態を検出するための方法であって、前記方法は、
(a)前記タンパク質のミスフォールド形態を含有することが疑われる試料を、そのタンパク質の天然フォールド形態と比べて、前記ミスフォールドタンパク質により固有に提示されるエピトープに選択的に結合する抗体または結合断片により処理するステップであって、前記エピトープが、項目1から31のいずれかに記載の方法を適用することにより同定されている、ステップと;
(b)抗原:抗体複合体が形成されているかどうかを決定し、その形成により、前記試料中における、前記タンパク質のミスフォールド形態の存在が示されるステップと
を含む、方法。
(項目44)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を診断する方法であって、前記方法は、
(a)被験体から得られ、また、前記タンパク質の前記ミスフォールド形態を含有することが疑われる試料を、そのタンパク質の天然フォールド形態と比べて、前記ミスフォールドタンパク質により固有に提示されるエピトープに選択的に結合する抗体または結合断片により処理するステップであって、前記エピトープが、項目1から31のいずれかに記載の方法を適用することにより同定されている、ステップと;
(b)抗原:抗体複合体が形成されているかどうかを決定し、その形成により、前記試料中における、前記タンパク質のミスフォールド形態の存在が示されるステップと
を含む、方法。
(項目45)
タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るための方法であって、前記方法は、
(a)ペプチドが配列番号5、7、27〜40、または76の配列を有さないという条件で、配列番号1〜80のうちの1つを有するペプチド内に常在する、任意の3つの連続するアミノ酸を含む免疫原を得るステップと;
(b)前記免疫原を用いて、前記エピトープに選択的に結合する抗体を作製し、これにより、前記タンパク質の前記ミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るステップと
を含む、方法。
(項目46)
配列番号1〜4、6、8〜26、28、29、31〜36、41〜75、および77〜80を有するペプチド内に常在する、少なくとも3つの連続するアミノ酸を包含するエピトープに結合する抗体。
(項目47)
治療有効量の項目46に記載の抗体と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
(項目48)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示すか、またはそのリスクを有する被験体を処置するための方法であって、処置を必要とする被験体に、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープに選択的に結合する、抗体またはその結合断片を含む有効量の医薬組成物を投与するステップを含み、前記抗体が結合する前記ミスフォールドタンパク質が、タウ、Aベータ、SO
D1 α−シヌクレイン、PrP C 、TTR、β2−ミクログロブリン、EGFR、CD20、CD38、CD44、FasR、およびNotch1から選択される方法。
(項目49)
前記抗体が結合するエピトープが、配列番号1〜4、6、8〜26、28、29、31〜36、41〜75、および77〜80のうちのいずれか1つを有するペプチド内に常在する、少なくとも3つの連続するアミノ酸を含む、項目48に記載の方法。
(項目50)
前記抗体および処置される疾患が、
(a)CJDまたは関連のプリオン病に罹患した被験体を処置するための、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10、また特に、3、4、6、7、8、9、または10により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(b)家族性アミロイド性多発性神経障害もしくは老人性全身性アミロイドーシス、またはミスフォールドTTRの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号16、17、18、19、20、21、または22により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(c)β2ミクログロブリンアミロイド沈着物の腎臓での蓄積、またはミスフォールドβ2ミクログロブリンの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号23、24、25、または26により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(d)筋委縮性側索硬化症(ALS)またはミスフォールドSOD1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40、また特に、28、29、31、32、33、34、35、および36により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(e)白血病もしくは骨髄腫、またはミスフォールドCD38の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号41、42、43、44、または45により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(f)結腸癌転移および/またはミスフォールドCD44の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号46、47、f8、49、または50により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(g)Fas受容体が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号51、52、53、54、または55により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(h)子宮頚癌、頭頚部癌、子宮内膜癌、肺癌および乳癌、胸膜中皮腫、悪性黒色腫、ホジキンリンパ腫、未分化大細胞非ホジキンリンパ腫を含めた癌、または特定の急性骨髄性白血病およびB細胞型慢性リンパ球性白血病を含めた、ミスフォールドNOTCH1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号56、57、58、59、または60により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(i)Fas受容体の活性化が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号61、62、63、64、または65により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(j)ミスフォールドEGFRが関与する特定の癌および関連障害に罹患した被験体を処置するための、配列番号76を除外するという任意選択の条件で、配列番号66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、または80により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と
から選択される、項目49に記載の方法。
(項目51)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示すか、またはそのリスクを有する被験体を処置するための方法であって、前記方法は、前記被験体に、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを構成するペプチドを組み込む免疫原を含むワクチンを投与するステップを含み、前記エピ
トープが、配列番号1〜4、6、8〜26、28、29、31〜36、41〜75、および77〜80のうちのいずれか1つを有するペプチド内に常在する、少なくとも3つの連続するアミノ酸を含む、方法。
(項目52)
前記ワクチンおよび前記処置される疾患が、
(a)CJDまたは関連のプリオン病に罹患した被験体を処置するための、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10、また特に、3、4、6、7、8、9、または10により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(b)BSEまたは関連のプリオン病のリスクを有する被験体、特に畜牛における予防のための、配列番号11、12、13、14、または15により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(c)家族性アミロイド性多発性神経障害もしくは老人性全身性アミロイドーシス、またはミスフォールドTTRの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号16、17、18、19、20、21、または22により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(d)β2ミクログロブリンアミロイド沈着物の腎臓での蓄積、またはミスフォールドβ2ミクログロブリンの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号23、24、25、または26により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(e)筋委縮性側索硬化症(ALS)またはミスフォールドSOD1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40、また特に、28、29、31、32、33、34、35、および36により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(f)白血病もしくは骨髄腫、またはミスフォールドCD38の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号41、42、43、44、または45により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(g)結腸癌転移および/またはミスフォールドCD44の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号46、47、48、49、または50により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(h)Fas受容体の活性化が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号51、52、53、54、または55により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(i)子宮頚癌、頭頚部癌、子宮内膜癌、肺癌および乳癌、胸膜中皮腫、悪性黒色腫、ホジキンリンパ腫、未分化大細胞非ホジキンリンパ腫を含めた癌、または特定の急性骨髄性白血病およびB細胞型慢性リンパ球性白血病を含めた、ミスフォールドNOTCH1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号56、57、58、59、または60により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(j)Fas受容体の活性化が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号61、62、63、64、または65により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(k)ミスフォールドEGFRが関与する特定の癌および関連障害に罹患した被験体を処置するための、配列番号76を除外するという任意選択の条件で、配列番号66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、または80により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと
から選択される、項目51に記載の方法。
(項目53)
配列番号1〜80のうちのいずれか1つに示されるアミノ酸配列を有する、単離形態のペプチド。
(項目54)
アミノ酸置換を含む、項目53に記載のペプチド。
(項目55)
アミノ酸欠失により、7残基を超えない長さまで短縮した変異体である、項目53に記載のペプチド。
(項目56)
少なくとも7残基の長さまでのアミノ酸付加により伸長した変異体である、項目53に記載のペプチド。
(項目57)
タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定するための、項目1から31のいずれかに記載の方法の使用。
(項目58)
抗体を作製するための、項目1から31のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープの使用であって、前記抗体は前記エピトープに選択的に結合する、使用。
(項目59)
タンパク質のミスフォールド形態を検出するための、項目1から31のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープに結合する抗体の使用であって、前記タンパク質は、前記エピトープを提示する、使用。
(項目60)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患または障害を処置するための、項目1から31のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープに結合する抗体の使用であって、前記タンパク質は、前記エピトープを提示する、使用。
(項目61)
タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患または障害を処置するワクチンを作製するための、項目1から31のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープの使用であって、前記タンパク質は、前記エピトープを提示する、使用。
Claims (29)
- 対象とするタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定するシステムを動作する方法であって、前記システムは、入力ユニット、候補選択ユニット、自由エネルギー計算ユニット、およびエピトープ同定ユニットを含み、前記方法は:
(a)前記入力ユニットにより、前記対象とするタンパク質の構造の少なくとも一部を表わすモデルを受け取るステップと;
(b)前記候補選択ユニットにより、前記モデルから、1または複数のセットを選択するステップであって、各セットは1または複数のアミノ酸残基を含む、ステップと;
(c)前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップと;
(d)前記エピトープ同定ユニットにより、前記エピトープを
(i)孤立した前記セットの1または複数のアンフォールディングの自由エネルギーに基づき各セットのアンフォールディングの全確率を決定し、アンフォールディングの全確率が最小の確率を上回るセットから前記エピトープを同定すること;または
(ii)アンフォールディングの自由エネルギーが最小のエネルギーを下回るセットから前記エピトープを同定すること
によって同定するステップと
を含む、方法。 - (a)前記方法が、前記入力ユニットにより、前記モデル内の領域の選択されたものを受け取るステップをさらに含み;
(b)前記候補選択ユニットにより選択された前記1または複数のセットの各々が、前記領域内における少なくとも1つの残基を含む、
請求項1に記載の方法。 - (a)前記モデルが、前記対象とするタンパク質の少なくとも一部の構造であるか;または
(b)前記モデルが、前記対象とするタンパク質の少なくとも一部の予測された構造であるか;または
(c)前記モデルが、前記対象とするタンパク質の少なくとも一部の予測された構造であり、前記予測された構造が、前記対象とするタンパク質、またはその一部の一次配列から予測されるか、あるいは前記対象とするタンパク質に対して相同的な、1もしくは複数の他のタンパク質、またはその一部の構造から予測されるか;または
(d)各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップが、以下の式:
を解くことにより、前記自由エネルギーに対する1または複数のグリカンの影響を決定するステップを含み、ここで式中、
ΔG ptm は、アンフォールディングの前記自由エネルギーに対するグリカンの影響であり;
Rは、理想気体定数であり;
Tは、温度であり;
aは、前記グリカンの半径であり;
r 0 は、前記グリカンの中心から測定した、前記グリカンの周囲にある前記セットの開始位置であり;
erfは、誤差関数であり;
bは、アンフォールドされた前記セットの持続長であり;
nは、アンフォールドされた前記セット内の残基数であるか;または
(e)前記最小の確率が、同じ長さを有するすべてのセットのアンフォールディングの平均確率の倍数であるか;または
(f)前記最小の確率が、同じ長さを有するすべてのセットのアンフォールディングの平均確率の倍数であり、前記倍数が、少なくとも10であるか;または
(g)前記最小の確率が、同じ長さを有するすべてのセットのアンフォールディングの平均確率の倍数であり、前記倍数が、少なくとも100である、請求項1に記載の方法。 - 前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステップが、
(a)前記モデル内の1または複数の連続するアミノ酸残基の配列;または
(b)前記モデル内の1または複数の連続するアミノ酸残基の、2つ以上の連続しない配列、
を含む、すべてのセットを選択するステップを含む、請求項1に記載の方法。 - 前記候補選択ユニットにより、前記モデルから1または複数のセットを選択するステップが、
(a)前記モデル内の1または複数の連続する残基の配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含み、各セットが前記領域内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含むか;または
(b)前記モデル内の1または複数のアミノ酸残基の、2つ以上の連続しない配列を含む、すべてのセットを選択するステップを含み、各セットが前記領域内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含む、請求項2に記載の方法。 - 各配列が、最小の長さと最大の長さとの間の長さを含む、請求項4または5に記載の方法。
- 前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップが、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップを含む、請求項1に記載の方法。
- (i)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)(i)前記セット内の少なくとも1つの極性原子から構成され、(ii)前記モデルのアミノ酸配列中において1つより多いアミノ酸残基分、離れており、かつ(iii)互いからカットオフ距離内にある、前記モデル内の極性原子対の総数を決定するステップと;
(b)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを、(a)で決定された前記対の総数に、一定の相互作用エネルギーをかけた積として決定するステップと
を含むか;あるいは
(ii)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)(i)極性原子または非極性原子から構成され、(ii)前記セット内の少なくとも1つの原子から構成され、(ii)前記モデルのアミノ酸配列中において1つより多いアミノ酸残基分、離れており、かつ(iii)互いからカットオフ距離内にある、前記モデル内の原子対の総数を決定するステップと;
(b)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを、(a)で決定された前記対の総数に、一定の相互作用エネルギーをかけた積として決定するステップと
を含む、請求項7に記載の方法。 - (a)前記カットオフ距離が、約2オングストローム〜約7オングストロームであるか、または
(b)前記一定の相互作用エネルギーが、約0.5kcal/mol/相互作用〜約2kcal/mol/相互作用である、請求項8に記載の方法。 - (a)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、前記セット内の少なくとも1つの原子から構成される、前記モデル内の各極性原子対について、以下の式:
ΔHは、前記極性原子対のアンフォールディングのエンタルピーであり;
θは、前記極性原子に関与する炭素に対する共有結合の間の角度であり;
rは、前記極性原子対の間の距離であり;
βは、フィッティングパラメータであるか;あるいは
(b)前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、(i)前記セット内の少なくとも1つの原子から構成され、(ii)極性原子または非極性原子から構成される、前記モデル内の各原子対について、以下の式:
を解いた結果を合計するステップを含み、ここで式中、
ΔHは、前記極性原子対のアンフォールディングのエンタルピーであり;
は、フィッティングパラメータであり;
θは、前記原子に関与する炭素に対する共有結合の間の角度であり;
rは、前記原子対の間の距離であり;
βは、フィッティングパラメータであるか;あるいは
(c)前記自由エネルギー計算ユニットにより、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(i)分子動力学シミュレーションにおいて、前記モデルの運動をシミュレートするステップと;
(ii)前記モデル内のすべてのアミノ酸残基対間の相互作用エネルギーを合計するステップであって、各対が前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含む、ステップと;
(iii)分子動力学シミュレーションにおいて、前記セットがアンフォールド状態にある前記モデルの運動をシミュレートするステップと;
(iv)前記アンフォールド状態にある前記セット内のすべてのアミノ酸残基対間の相互作用エネルギーを合計するステップと;
(v)(ii)において決定された相互作用エネルギーから、(iv)において決定された相互作用エネルギーを差し引くステップと
を含む、請求項7に記載の方法。 - 前記セットのアンフォールディングのエンタルピーを決定するステップが、
(a)前記モデル内のアミノ酸残基を含む、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;
(b)前記セットを除去した、前記モデル内のアミノ酸残基を含む、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;
(c)孤立した前記セットのアミノ酸残基を含む、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;
(d)(a)で決定された極性官能基の溶媒露出表面積を差し引いた、(b)および(c)で決定された極性官能基の溶媒露出表面積の和を決定するステップ;
(e)(a)で決定された非極性官能基の溶媒露出表面積を差し引いた、(b)および(c)で決定された非極性官能基の溶媒露出表面積の和を決定するステップ;
(f)(a)で決定されたヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を差し引いた、(b)および(c)で決定されたヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積の和を決定するステップ;
(g)以下の式:
ΔHは、前記セットのアンフォールディングのエンタルピーの変化であり;
Tは、温度であり;
ΔASA極性は、(d)で決定される非極性官能基の溶媒露出表面積の変化であり;
ΔASA非極性は、(e)で決定される非極性官能基の溶媒露出表面積の変化であり;
ΔASAヒドロキシルは、(f)で決定されるヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積の変化である、
ステップ、
を含む、請求項7に記載の方法。 - 孤立した前記セットの、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップが、
(a)前記対象とするタンパク質のN末端またはC末端に位置しない、前記セット内の各アミノ酸残基について、
(i)前記アミノ酸残基と、前記対象とするタンパク質のアミノ酸配列内のアミノ酸残基に最も近接する第1の数のアミノ酸残基とにより形成されるポリペプチドを選択するステップ;
(ii)分子動力学シミュレーションにおいて孤立した前記ポリペプチドの運動をシミュレートすることにより、前記ポリペプチドの複数の構造を得るステップ;
(iii)各構造の極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;ならびに
(iv)すべての前記構造にわたり、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積の各々を平均するステップ;
(b)前記対象とするタンパク質のN末端またはC末端に位置する、前記セット内の各アミノ酸残基について、
(i)前記アミノ酸残基と、前記対象とするタンパク質のアミノ酸配列内のアミノ酸残基に最も近接する第2の数の近傍アミノ酸残基とにより形成されるポリペプチドを選択するステップ;
(ii)分子動力学シミュレーションにおいて孤立した前記ポリペプチドの運動をシミュレートすることにより、前記ポリペプチドの複数の構造を得るステップ;
(iii)各構造の極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の溶媒露出表面積を決定するステップ;ならびに
(iv)すべての前記構造にわたり、極性官能基、非極性官能基、およびヒドロキシル官能基の決定された溶媒露出表面積の各々を平均するステップ
を含み、必要に応じて、前記第1の数が2であり、前記第2の数が1である、請求項11に記載の方法。 - 前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップが、前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップが、互いからカットオフ距離内にある、前記モデル内の、正反対に荷電したアミノ酸残基の各対間においてクーロンエネルギーの和を決定するステップを含み、ここで、各対は、前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含み、前記クーロンエネルギーは、前記タンパク質内の一定の誘電率を仮定して決定される、請求項13に記載の方法。
- (a)前記カットオフ距離が、約7オングストロームであるか;または
(b)前記一定の誘電率が、約4〜約20であるか;または
(c)前記カットオフ距離が、約7オングストロームであり、前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップが、前記モデル内のアミノ酸残基の各対間において、クーロンエネルギーの和を決定するステップを含み、ここで、各対は、前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含み、前記クーロンエネルギーは、前記タンパク質内の一定の誘電率を仮定して決定されるか;または
(d)前記カットオフ距離が、約7オングストロームであり、前記セットをアンフォールディングさせることにより、前記モデル内の1または複数の塩橋を切断する自由エネルギーを決定するステップが、前記モデル内のアミノ酸残基の各対間において、クーロンエネルギーの和を決定するステップを含み、ここで、各対は、前記セット内の少なくとも1つのアミノ酸残基を含み、前記クーロンエネルギーは、前記タンパク質内の一定の誘電率を仮定して決定され、前記一定の誘電率が、約4〜約20である、請求項14に記載の方法。 - (a)前記セットのうちの1または複数のアンフォールディングの自由エネルギーに基づき各セットのアンフォールディングの全確率を決定するステップが、各セットについて、前記セットのアミノ酸残基の配列を含む、すべての前記セットのアンフォールディングの平衡確率の和を決定するステップを含み、各セットのアンフォールディングの平衡確率が、前記セットのアンフォールディングの自由エネルギーに基づき決定されるか;または
(b)前記最小のエネルギーが、同じ長さを有するすべてのセットのアンフォールディングの平均自由エネルギーより小さい、一定の量であるか;または
(c)前記最小のエネルギーが、同じ長さを有するすべてのセットのアンフォールディングの平均自由エネルギーより小さい、一定の量であり、前記一定の量が、少なくとも1.4kcal/molであるか;または
(d)前記最小のエネルギーが、8kcal/mol以下である、請求項1または2に記載の方法。 - タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るための方法であって、前記方法は、
(a)ペプチドが配列番号5、7、27〜40、または76の配列を有さないという条件で、配列番号1〜80のうちの1つを有するペプチド内に常在する、任意の3つの連続するアミノ酸を含む免疫原を得るステップと;
(b)前記免疫原を用いて、前記エピトープに選択的に結合する抗体を作製し、これにより、前記タンパク質の前記ミスフォールド形態に選択的に結合する抗体を得るステップと
を含む、方法。 - 配列番号1〜4、6、8〜26、28、29、31〜36、41〜75、および77〜80を有するペプチド内に常在する、少なくとも3つの連続するアミノ酸を包含するエピトープに結合する抗体。
- 治療有効量の請求項18に記載の抗体と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
- タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示すか、またはそのリスクを有する被験体を処置するための医薬組成物であって、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープに選択的に結合する、抗体またはその結合断片を含み、前記抗体が結合する前記ミスフォールドタンパク質が、タウ、Aベータ、SOD1 α−シヌクレイン、PrPC、TTR、β2−ミクログロブリン、EGFR、CD20、CD38、CD44、FasR、およびNotch1から選択される医薬組成物。
- 前記抗体が結合するエピトープが、配列番号1〜4、6、8〜26、28、29、31〜36、41〜75、および77〜80のうちのいずれか1つを有するペプチド内に常在する、少なくとも3つの連続するアミノ酸を含む、請求項20に記載の医薬組成物。
- 前記抗体および処置される疾患が、
(a)CJDまたは関連のプリオン病に罹患した被験体を処置するための、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10、また特に、3、4、6、7、8、9、または10により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(b)家族性アミロイド性多発性神経障害もしくは老人性全身性アミロイドーシス、またはミスフォールドTTRの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号16、17、18、19、20、21、または22により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(c)β2ミクログロブリンアミロイド沈着物の腎臓での蓄積、またはミスフォールドβ2ミクログロブリンの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号23、24、25、または26により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(d)筋委縮性側索硬化症(ALS)またはミスフォールドSOD1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40、また特に、配列番号28、29、31、32、33、34、35、および36により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(e)白血病もしくは骨髄腫、またはミスフォールドCD38の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号41、42、43、44、または45により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(f)結腸癌転移および/またはミスフォールドCD44の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号46、47、48、49、または50により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(g)Fas受容体が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号51、52、53、54、または55により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(h)子宮頚癌、頭頚部癌、子宮内膜癌、肺癌および乳癌、胸膜中皮腫、悪性黒色腫、ホジキンリンパ腫、未分化大細胞非ホジキンリンパ腫を含めた癌、または特定の急性骨髄性白血病およびB細胞型慢性リンパ球性白血病を含めた、ミスフォールドNOTCH1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号56、57、58、59、または60により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(i)Fas受容体の活性化が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号61、62、63、64、または65により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と;
(j)ミスフォールドEGFRが関与する特定の癌および関連障害に罹患した被験体を処置するための、配列番号76を除外するという任意選択の条件で、配列番号66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、または80により指定されるエピトープに選択的に結合する抗体と
から選択される、請求項20または21に記載の医薬組成物。 - タンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患を示すか、またはそのリスクを有する被験体を処置するためのワクチンであって、前記ワクチンは、前記タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを構成するペプチドを組み込む免疫原を含み、前記エピトープが、配列番号1〜4、6、8〜26、28、29、31〜36、41〜75、および77〜80のうちのいずれか1つを有するペプチド内に常在する、少なくとも3つの連続するアミノ酸を含む、ワクチン。
- 前記ワクチンおよび前記処置される疾患が、
(a)CJDまたは関連のプリオン病に罹患した被験体を処置するための、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10、また特に、配列番号3、4、6、7、8、9、または10により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(b)BSEまたは関連のプリオン病のリスクを有する被験体、特に畜牛における予防のための、配列番号11、12、13、14、または15により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(c)家族性アミロイド性多発性神経障害もしくは老人性全身性アミロイドーシス、またはミスフォールドTTRの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号16、17、18、19、20、21、または22により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(d)β2ミクログロブリンアミロイド沈着物の腎臓での蓄積、またはミスフォールドβ2ミクログロブリンの存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号23、24、25、または26により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(e)筋委縮性側索硬化症(ALS)またはミスフォールドSOD1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40、また特に、配列番号28、29、31、32、33、34、35、および36により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(f)白血病もしくは骨髄腫、またはミスフォールドCD38の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号41、42、43、44、または45により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(g)結腸癌転移および/またはミスフォールドCD44の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号46、47、48、49、または50により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(h)Fas受容体の活性化が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号51、52、53、54、または55により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(i)子宮頚癌、頭頚部癌、子宮内膜癌、肺癌および乳癌、胸膜中皮腫、悪性黒色腫、ホジキンリンパ腫、未分化大細胞非ホジキンリンパ腫を含めた癌、または特定の急性骨髄性白血病およびB細胞型慢性リンパ球性白血病を含めた、ミスフォールドNOTCH1の存在と関連する疾患に罹患した被験体を処置するための、配列番号56、57、58、59、または60により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(j)Fas受容体の活性化が関与する癌に罹患した被験体を処置するための、配列番号61、62、63、64、または65により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと;
(k)ミスフォールドEGFRが関与する特定の癌および関連障害に罹患した被験体を処置するための、配列番号76を除外するという任意選択の条件で、配列番号66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、または80により指定されるエピトープを含む免疫原を組み込むワクチンと
から選択される、請求項23に記載のワクチン。 - 配列番号1〜80のうちのいずれか1つに示されるアミノ酸配列を有する、単離形態のペプチド。
- タンパク質の天然フォールド形態と比べて、そのタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定するための、請求項1から16のいずれかに記載の方法の使用。
- 請求項1から16のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープに選択的に結合する抗体を作製するための、または
前記エピトープを提示するタンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患もしくは障害を処置するためのワクチンを作製するための、
請求項25に記載のペプチドの使用。 - 請求項1から16のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープを提示するタンパク質のミスフォールド形態の検出のための、請求項25に記載のペプチドに結合する抗体の使用。
- 請求項1から16のいずれかに記載の方法により同定されるエピトープを提示するタンパク質のミスフォールド形態と関連する疾患または障害を処置するための組成物であって、請求項25に記載のペプチドに結合する抗体を含む、組成物。
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