JP2011234673A - 体液遊離核酸検査における品質保証方法 - Google Patents
体液遊離核酸検査における品質保証方法 Download PDFInfo
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Abstract
【解決手段】1細胞中のコピー数(A)が、細胞由来のものが混入していない所定量の血清もしくは血漿中のコピー数(B)以上である遺伝子(たとえば18SrRNA)の、上記所定量の血清または血漿サンプル中のコピー数(C)またはそれを反映する指標値を測定するステップ、および上記サンプルに係るコピー数(C)またはそれを反映する指標値と、上記コピー数(B)またはそれを反映する指標値とを対比し、その結果を基に当該サンプル中に特定遺伝子を内包する細胞が混入しているか否かを判定するステップを含むことを特徴とする、血清または血漿サンプルの品質保証方法。
【選択図】なし
Description
本発明では、「1細胞中のコピー数(A)(以下、単に「コピー数(A)」とよぶこともある。)が、細胞由来のものが混入していない所定量の血清もしくは血漿中のコピー数(B)(以下、単に「コピー数(B)」とよぶこともある。)以上である遺伝子」、つまりコピー数(A)がコピー数(B)と同数かそれよりも多い遺伝子を用いる(本発明の説明において、このような遺伝子を「特定遺伝子」と呼ぶことにする)。
コピー数(A)がコピー数(B)よりも多いほど異常を精度よく検出できるようになり、たとえばコピー数(A)やコピー数(B)の100倍以上であることが好ましい。なお、コピー数(B)は0、つまり血清もしくは血漿中に遺伝子のコピーが全く含まれていなくてもよく、そのような遺伝子も上記特定遺伝子に含まれる。
本発明に係る血清または血漿サンプルの品質保証方法は、下記のステップ1および2を含むものである。必要に応じて適宜その他のステップを組み合わせてもよい。
血液3mLをテルモ社凝固促進剤入り真空採血管に採血後、転倒混和および10分間静置し、室温で1200G10分間遠心分離を行い、上清の血清を採取しコントロール血清とした。
一細胞単位混入を評価するため、GE社Ficoll paqueを用いてリンパ球細胞を抽出し、血球計算板により細胞数を任意の数で調整後PBS中に懸濁し、添加評価用血球細胞とした。
血清に細胞が混入したことを示すため、細胞混入血清モデルサンプルを作成した。コントロール血清200μLに対して、添加評価用血球細胞が血清200μL中5,50, 500, 5000個になるように添加し、細胞混入血清モデル(1, 5, 10, 100, 1000)とした。
コントロール血清、細胞混入血清各々200μLを用いてPromega社SV total RNA extraction Kitにより常法通りRNAを抽出操作を行った。最終的にはnuclease free water 20μLに溶出しRNA溶液とした。
RNA溶液全量を使って、ABI社TaqMan 18SrRNA expression KitおよびGene expression kitを用いてRT-qPCRを行いリアルタイムPCRを行いCt値を得た(表1および図1参照)。
コントロール血清とそれぞれの細胞混入血清モデルのCt値の間には有意差があった(t検定、p= 0.000408)。本発明により、数個レベルでの血球の混入を見分けられることが示された。
Claims (5)
- 1細胞中のコピー数(A)が、細胞由来のものが混入していない所定量の血清もしくは血漿中のコピー数(B)以上である遺伝子(以下「特定遺伝子」と呼ぶ。)の、上記所定量の血清または血漿サンプル中のコピー数(C)またはそれを反映する指標値を測定するステップ、および
上記サンプルに係るコピー数(C)またはそれを反映する指標値と、上記コピー数(B)またはそれを反映する指標値とを対比し、その結果を基に当該サンプル中に細胞が混入しているか否かを判定するステップを含むことを特徴とする、血清または血漿サンプルの品質保証方法。 - 前記特定遺伝子が18SrRNAであることを特徴とする、請求項1に記載の品質保証方法。
- 前記コピー数(A)が前記コピー数(B)の100倍以上であることを特徴とする、請求項1または2に記載の品質保証方法。
- 前記細胞が白血球、赤血球または血小板であることを特徴とする、請求項1〜3のいずれかに記載の品質保証方法。
- 前記対比が、前記サンプルに係るコピー数(C)またはそれを反映する指標値が、上記コピー数(B)またはそれを反映する指標値と統計学的に有意差があるか否かを検定する方法により行われることを特徴とする、請求項1〜4のいずれかに記載の品質保証方法。
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JPN6014015324; 新エネルギー・産業技術総合開発機構 技術評価委員会: '「血中遊離DNAによる癌の高感度遺伝子診断システムに関する基盤研究」事後評価報告書' 平成14年度 プロジェクトの評価報告書データベース [online] , 200302, 独立行政法人 新エネルギー・産業技術総合開発機構 * |
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