JP2011055729A - Znf512b遺伝子の一塩基多型に基づく筋萎縮性側索硬化症の検査方法 - Google Patents
Znf512b遺伝子の一塩基多型に基づく筋萎縮性側索硬化症の検査方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2011055729A JP2011055729A JP2009206279A JP2009206279A JP2011055729A JP 2011055729 A JP2011055729 A JP 2011055729A JP 2009206279 A JP2009206279 A JP 2009206279A JP 2009206279 A JP2009206279 A JP 2009206279A JP 2011055729 A JP2011055729 A JP 2011055729A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- base
- gene
- znf512b
- als
- lateral sclerosis
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
【解決手段】ヒトZNF512B遺伝子中に存在する一塩基多型(SNP)がALSの発症に関連することを同定した。そして、この多型を調べることにより筋萎縮性側索硬化症の発症リスクや発症を正確に検査できることを見出した。この知見に基づき、ZNF512B遺伝子上に存在する一塩基多型を分析し、該分析結果に基づいて筋萎縮性側索硬化症を検査する。
【選択図】なし
Description
SOD1(非特許文献2、3)
ALS2(非特許文献4、5)
SETX(非特許文献6)
VAPB(非特許文献7)
DCTN1(非特許文献8)
TARDBP(非特許文献9、10)
FUS/TLS(非特許文献11,12)
また、パラオキソナーゼ遺伝子クラスターにおける遺伝子多型も最近の大規模メタ解析では散発性ALSとの有意な相関は見られなかった(非特許文献14)。さらに、散発性ALSについてのゲノムワイド相関解析がITPR2およびDPP6 の2つの遺伝子座について報告されているが(非特許文献15,16)、最近のゲノムワイド相関解析はそれらの相関をサポートしていない(非特許文献17)。
しかしながら、ZNF512B遺伝子とALSの関係は知られていない。
(1)ZNF512B遺伝子の一塩基多型を分析し、該分析結果に基づいて筋萎縮性側索硬化症を検査する方法。
(2)前記一塩基多型が、配列番号1の塩基配列の塩基番号61番目の塩基に相当する塩基、または該塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型である、(1)の方法。
(3)配列番号1の塩基配列において、塩基番号61番目の塩基を含む10塩基以上の配列、又はその相補配列を有する筋萎縮性側索硬化症検査用プローブ。
(4)配列番号1の塩基配列において、塩基番号61番目の塩基を含む領域を増幅することのできる筋萎縮性側索硬化症検査用プライマー。
(5)ZNF512B遺伝子の発現量を分析し、該分析結果に基づいて筋萎縮性側索硬化症を検査する方法。
(6)次の工程を含む、筋萎縮性側索硬化症を検査する方法。
a) 被験者のZNF512B遺伝子の発現量を測定する工程、及び
b) 被験者のZNF512B遺伝子の発現量と正常者のZNF512B遺伝子の発現量とを比較する工程。
本発明の検査方法は、ZNF512B遺伝子上のSNPを分析し、該分析結果に基づいてALSを検査する方法である。なお、本発明において、「検査」とはALS発症のリスクの検査及びALS発症の有無の検査を含む。
rs2275294はGenBank Accession No. NT_011333.5の1330877番目の塩基におけるグアニン(G)/アデニン(A)の多型を意味し、Gは、ALS感受性アレルである。また、アレルを考慮して解析した場合は、rs2275294がGG>GA>AAの順でALSの感受性が高くなる。rs2275294はZNF512B遺伝子のイントロン12に存在するSNPである。
なお、rs2275294について、SNP塩基及びその前後60bpの領域を含む合計121bpの長さの配列を、配列番号1に示した。61番目の塩基が多型を有する。
また、検査するSNPの数は、一種類でもよいし、複数(ハプロタイプ解析)でもよい。
また、LAMP法(特許第3313358号明細書)、NASBA法(Nucleic Acid Sequence-Based Amplification;特許2843586号明細書)、ICAN法(特開2002-233379号公報)などによって増幅の有無を調べることもできる。その他、単鎖増幅法を用いてもよい。
ハイブリダイゼーションの有無を調べることによって多型の種類を解析することも可能である。すなわち、各塩基に対応するプローブを用意し、いずれのプローブにハイブリダイズするかを調べることによってSNPがいずれの塩基であるかを調べることもできる。
このようにしてSNPがいずれの塩基であるかを決定することで、ALSを検査するためのデータを得ることができる。
本発明はまた、ALSを検査するためのプライマーやプローブなどの検査試薬を提供する。このようなプローブとしては、ZNF512B遺伝子における上記SNP部位を含み、ハイブリダイズの有無によってSNP部位の塩基の種類を判定できるプローブが挙げられる。具体的には、配列番号1において塩基配列の61番目の塩基を含む配列、又はその相補配列を有する10塩基以上の長さのプローブが挙げられる。プローブの長さはより好ましくは、15〜35塩基であり、さらに好ましくは20〜35塩基である。
上記多型部位をシークエンシングするためのプライマーとしては、上記塩基の5’側領域、好ましくは30〜100塩基上流の配列を有するプライマーや、上記塩基の3’側領域、好ましくは30〜100塩基下流の領域に相補的な配列を有するプライマーが例示される。PCRによる増幅の有無で多型を判定するために用いるプライマーとしては、上記塩基を含む配列を有し、上記塩基を3’側に含むプライマーや、上記塩基を含む配列の相補配列を有し、上記塩基の相補塩基を3’側に含むプライマーなどが例示される。
なお、本発明の検査用試薬はこれらのプライマーやプローブに加えて、PCR用のポリメラーゼやバッファー、ハイブリダイゼーション用試薬などを含むものであってもよい。
703人分のALSサンプルはBiobank Japan projectから得た。そのうち66.1%が男性で平均年齢が60.8歳(28〜82歳)で、74.4%のALS症例は初発部位が脊髄発症型であり、19.6%は球麻痺発症型、6%は混合型またはその他であった。なお、これらのALSサンプルにおいてはSOD1, TARDBP および ANGには変異が検出されなかった。
Japanese consortium for ALS research (JaCALS)からの278人分のALS患者は、平均年齢61.6歳(30〜82歳)であり、63%が男性であった。そして、79%のALS症例は脊髄発症型であり、21%が球麻痺発症型であった。
コントロールサンプルは、日本国内の種々の医療機関から合計3,875人分集められ、平均年齢は62.6歳(18〜98歳)で51.8%が男性であった。
次に、rs2275294の各アレルによるZNF512Bの発現量の差を検討するため、luciferase assayを実施した。pGL3-promoter vectorのルシフェラーゼ遺伝子上流に当該SNPを含むZNF512Bのイントロン12の190番目から208番目の塩基を3回繰り返ししたDNA配列とZNF512B遺伝子のプロモーターとを挿入したコンストラクトをそれぞれのアレルについて作製し、これを神経芽腫細胞株であるSK_N_SH細胞およびSK_N_Be(2)C細胞へ遺伝子導入し、24時間後のluciferaseタンパクの発する蛍光を定量した。遺伝子導入の標準化のために、ウミシイタケの蛍光タンパクを同時に遺伝子導入した。その結果、ALSにおいて頻度の高いrs2275294 C alleleを持つコンストラクトを導入した細胞では、T allele を持つコンストラクトを導入した細胞に比べてluciferase活性が弱かった(図2a)。この結果から、rs2275294がZNF512B遺伝子の転写レベルに影響を与えていることがわかった。
Claims (6)
- ZNF512B遺伝子の一塩基多型を分析し、該分析結果に基づいて筋萎縮性側索硬化症を検査する方法。
- 前記一塩基多型が、配列番号1の塩基配列の塩基番号61番目の塩基に相当する塩基、または該塩基と連鎖不平衡の関係にある塩基における一塩基多型である、請求項1に記載の方法。
- 配列番号1の塩基配列において、塩基番号61番目の塩基を含む10塩基以上の配列、又はその相補配列を有する筋萎縮性側索硬化症検査用プローブ。
- 配列番号1の塩基配列において、塩基番号61番目の塩基を含む領域を増幅することのできる筋萎縮性側索硬化症検査用プライマー。
- ZNF512B遺伝子の発現量を分析し、該分析結果に基づいて筋萎縮性側索硬化症を検査する方法。
- 次の工程を含む、筋萎縮性側索硬化症を検査する方法。
a) 被験者のZNF512B遺伝子の発現量を測定する工程、及び
b) 被験者のZNF512B遺伝子の発現量と正常者のZNF512B遺伝子の発現量とを比較する工程。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2009206279A JP5643933B2 (ja) | 2009-09-07 | 2009-09-07 | Znf512b遺伝子の一塩基多型に基づく筋萎縮性側索硬化症の検査方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2009206279A JP5643933B2 (ja) | 2009-09-07 | 2009-09-07 | Znf512b遺伝子の一塩基多型に基づく筋萎縮性側索硬化症の検査方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2011055729A true JP2011055729A (ja) | 2011-03-24 |
JP5643933B2 JP5643933B2 (ja) | 2014-12-24 |
Family
ID=43944134
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2009206279A Expired - Fee Related JP5643933B2 (ja) | 2009-09-07 | 2009-09-07 | Znf512b遺伝子の一塩基多型に基づく筋萎縮性側索硬化症の検査方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP5643933B2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2015016392A1 (ja) * | 2013-08-02 | 2015-02-05 | 国立大学法人東京大学 | 筋萎縮性側索硬化症の新規病因遺伝子 |
JP2015133919A (ja) * | 2014-01-16 | 2015-07-27 | 国立大学法人北海道大学 | 筋萎縮性側索硬化症のバイオマーカー |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2003174883A (ja) * | 2001-12-11 | 2003-06-24 | Japan Science & Technology Corp | ヒト遺伝子の一塩基多型(2) |
-
2009
- 2009-09-07 JP JP2009206279A patent/JP5643933B2/ja not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2003174883A (ja) * | 2001-12-11 | 2003-06-24 | Japan Science & Technology Corp | ヒト遺伝子の一塩基多型(2) |
Non-Patent Citations (5)
Title |
---|
JPN6014004877; Frederic Colland et al.: 'Functional Proteomics Mapping of a Human Signaling Pathway' Genome Research Vol.14, 2004, pp.1324-1332 * |
JPN6014004879; Takahiro NAGASE et al.: 'Prediction of the Coding Sequences of Unidentified Human Genes. XV. The Complete Sequences of 100 Ne' DNA Research Vol.6, 1999, pp.337-345 * |
JPN6014004881; 飯田有俊: '大規模相関解析を用いた筋萎縮性側索硬化症感受性遺伝子の同定' 日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集 , 2008, p.142 * |
JPN6014004882; 飯田有俊: '大規模ゲノム関連解析を用いた筋萎縮性側索硬化症(ALS)感受性遺伝子の単離・同定' 日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集 , 2007, p.167 * |
JPN6014004884; Submitted SNP(ss) Details: ss3211348 [online] , 20010905, URL,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2015016392A1 (ja) * | 2013-08-02 | 2015-02-05 | 国立大学法人東京大学 | 筋萎縮性側索硬化症の新規病因遺伝子 |
JP2015133919A (ja) * | 2014-01-16 | 2015-07-27 | 国立大学法人北海道大学 | 筋萎縮性側索硬化症のバイオマーカー |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP5643933B2 (ja) | 2014-12-24 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11254984B2 (en) | Biomarkers for autism spectrum disorders | |
Xi et al. | Jump from pre-mutation to pathologic expansion in C9orf72 | |
Ren et al. | Genetic variation of promoter sequence modulates XBP1 expression and genetic risk for vitiligo | |
US20100092959A1 (en) | Single nucleotide polymorphisms as genetic markers for childhood leukemia | |
JP5899527B2 (ja) | 第6染色体短腕21.33領域の一塩基多型に基づく抗てんかん薬による薬疹リスクの検査方法 | |
JP5807894B2 (ja) | 一塩基多型に基づく前立腺癌の検査方法 | |
JP5643933B2 (ja) | Znf512b遺伝子の一塩基多型に基づく筋萎縮性側索硬化症の検査方法 | |
TWI351436B (en) | Method for detecting a risk of the development of | |
JP5895317B2 (ja) | 第10染色体長腕24領域の一塩基多型に基づく骨・関節疾患の検査方法 | |
CN105765077B (zh) | 测定抗甲状腺药物诱导的粒细胞缺乏症风险的检测方法以及测定用试剂盒 | |
JP5818194B2 (ja) | ヒト染色体5p15.3上の一塩基多型に基づく動脈硬化性疾患の検査方法 | |
JP6145837B2 (ja) | 第6染色体長腕24.1領域の一塩基多型に基づく骨・関節疾患の検査方法 | |
JP5263919B2 (ja) | メタボリック症候群の検査方法 | |
JP5327773B2 (ja) | メタボリック症候群の検査方法 | |
US20220017963A1 (en) | Methods, Compositions and Systems for Detecting PNPLA3 Allelic Variants | |
JP2011024478A (ja) | Nlrp3遺伝子の多型に基づくアレルギー疾患劇症化の検査方法 | |
JP7088519B2 (ja) | 側弯症の検査方法 | |
KR101492710B1 (ko) | Fgf23 유전자를 이용한 전립선암 진단용 마커 및 이를 이용한 전립선암 예측 및 진단 방법 | |
JP2021114946A (ja) | 側弯症の検査方法 | |
JP2014045729A (ja) | 一塩基多型に基づくアトピー性皮膚炎の検査方法 | |
JP5954724B2 (ja) | 第6染色体短腕22領域または第9染色体長腕21領域の一塩基多型に基づく肥満の検査方法 | |
WO2009116599A1 (ja) | Ii型糖尿病の検査方法 | |
WO2012063829A1 (ja) | 新規遺伝子およびfong遺伝子座の一塩基多型に基づく骨粗鬆症の検査方法 | |
Yaspan | Genetic Predisposition to Prostate Cancer: The Contribution of the HPCX locus and TGFB1 gene | |
JP2016149988A (ja) | 自閉症スペクトラムの検査方法。 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20120904 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20121212 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140212 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20140414 |
|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A711 Effective date: 20140512 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20140513 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20140819 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20140918 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5643933 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
S533 | Written request for registration of change of name |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313533 |
|
R360 | Written notification for declining of transfer of rights |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R360 |
|
R370 | Written measure of declining of transfer procedure |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R370 |
|
S533 | Written request for registration of change of name |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313533 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313117 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |