JP2010506592A5 - - Google Patents

Description

増幅（ＣＴ）及びアンプリコン産物の形成は、鋳型の出発濃度の対数にそれぞれ反比例及び正比例した。

以下、本発明を要約すると、下記のとおりである。
１．配列番号１及び配列番号２に記載のビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列の対。２．上記１に記載のビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列の対を含むビブリオ・ハーベイの検出用キット。
３．耐熱性ポリメラーゼ、４つの異なるデオキシヌクレオチド三リン酸の混合物、核酸結合性蛍光分子、試料内部対照プライマーの少なくとも１つの対、少なくとも１つの鋳型内部対照及び鋳型内部対照プライマーの少なくとも１つの対、並びにビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列の対により増幅可能なビブリオ・ハーベイゲノム内の核酸の少なくとも１つの領域の一部分と相補的な配列を含んでなるプローブからなる群から選択された少なくとも１つの試薬をさらに含む、上記２に記載のビブリオ・ハーベイの検出用キット。４．試料中のビブリオ・ハーベイの存在を検出するための方法であって、
（ｉ）ビブリオ・ハーベイを含むことが疑われる試料からＤＮＡを提供する工程と、
（ii）好適なハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１または配列番号２に記載の単離されたビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列に由来するプローブにより前記ＤＮＡを探索する工程と、
を含み、ハイブリダイズ可能な核酸断片が同定されると、それがビブリオ・ハーベイの存在の確証となる、方法。
５．単離されたビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列に由来するプローブが、配列番号１、配列番号２、配列番号３及びそれらの完全相補配列からなる群から選択される、上記４に記載の試料中のビブリオ・ハーベイの存在を検出するための方法。
６．プローブが３’末端に複製阻害部分を含む、上記４に記載の方法。
７．複製阻害部分が、ジデオキシヌクレオチド、３’デオキシヌクレオチド、ミスマッチヌクレオシド又はヌクレオチドの配列、３’リン酸基及び化学剤からなる群から選択される、上記６に記載の方法。
８．３’デオキシヌクレオチドがコルジセピンである、上記７に記載の方法。
９．試料中のビブリオ・ハーベイの存在を検出するための方法であって、
（ｉ）ビブリオ・ハーベイを含むことが疑われる試料からＤＮＡを提供する工程と、
（ii）増幅産物が生成されるよう、配列番号１及び配列番号２に記載のビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列の対により前記ＤＮＡを増幅する工程と、
を含み、増幅産物が存在すると、それがビブリオ・ハーベイの存在の確証となる、方法。１０．（ii）の増幅工程がポリメラーゼ連鎖反応を用いて行われる、上記９に記載の試料中のビブリオ・ハーベイの存在を検出するための方法。
１１．（ii）の増幅工程が核酸結合性蛍光剤又は蛍光標識プローブの存在下で行われ、増幅産物の存在が蛍光検出を用いて確認される、上記９に記載の試料中のビブリオ・ハーベイの存在を検出するための方法。
１２．蛍光標識プローブが、配列番号８及び配列番号９からなる群から選択される、上記１１に記載の方法。
１３．試料内部対照プライマーの少なくとも１つの対が（ii）の増幅工程に含まれることにより試料内部対照産物が産生される、上記９に記載の方法。
１４．試料内部対照プライマーの少なくとも１つの対が、配列番号４、５及び配列番号６、７からなる群から選択される、上記１３に記載の方法。
１５．鋳型内部対照プライマーの少なくとも１つの対及び少なくとも１つの鋳型内部対照が、（ii）の増幅工程に含まれることにより鋳型内部対照産物が産生される、上記９に記載の方法。
１６．試料中のビブリオ・ハーベイの量を定量するための方法であって、
（ｉ）ビブリオ・ハーベイを含むことが疑われる試料からＤＮＡを提供する工程と、
（ii）核酸結合性蛍光剤又は蛍光標識プローブの存在下での少なくとも変性温度と伸長温度との間の熱サイクリングによって、配列番号１及び配列番号２に記載のビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列の対により前記ＤＮＡを増幅する工程と、
（iii）前記熱サイクリング中に前記核酸結合性蛍光剤又は前記蛍光標識プローブにより生成される蛍光量を測定する工程と、
（iv）前記核酸結合性蛍光剤又は前記蛍光標識プローブにより生成された蛍光量が基礎値を上回る固定閾値に達するときの閾値サイクル数を決定する工程と、
（ｖ）前記試料中のビブリオ・ハーベイについて決定された前記閾値サイクル数を、既知の濃度の標準溶液を用いて決定された鋳型濃度の対数に対する前記閾値サイクル数の標準曲線と比較することにより、前記試料中のビブリオ・ハーベイの量を計算する工程と、を含む、方法。
１７．蛍光標識プローブが、配列番号８及び配列番号９からなる群から選択される、上記１６に記載の方法。
１８．ビブリオ・ハーベイ不活化の評価に用いられる、上記４、９、又は１６のいずれかに記載の方法。
１９．エビの健康及び発育を向上させるために化学的処置と組み合わせて用いられる、上記４、９、又は１６のいずれかに記載の方法。

Claims (5)

1. 配列番号１及び配列番号２に記載のビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列の対。
2. 請求項１に記載のビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列の対を含むビブリオ・ハーベイの検出用キット。
3. 試料中のビブリオ・ハーベイの存在を検出するための方法であって、
   （ｉ）ビブリオ・ハーベイを含むことが疑われる試料からＤＮＡを提供する工程と、
   （ii）好適なハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１または配列番号２に記載の単離されたビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列に由来するプローブにより前記ＤＮＡを探索する工程と、
   を含み、ハイブリダイズ可能な核酸断片が同定されると、それがビブリオ・ハーベイの存在の確証となる、方法。
4. 試料中のビブリオ・ハーベイの存在を検出するための方法であって、
   （ｉ）ビブリオ・ハーベイを含むことが疑われる試料からＤＮＡを提供する工程と、
   （ii）増幅産物が生成されるよう、配列番号１及び配列番号２に記載のビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列の対により前記ＤＮＡを増幅する工程と、
   を含み、増幅産物が存在すると、それがビブリオ・ハーベイの存在の確証となる、方法。
5. 試料中のビブリオ・ハーベイの量を定量するための方法であって、
   （ｉ）ビブリオ・ハーベイを含むことが疑われる試料からＤＮＡを提供する工程と、
   （ii）核酸結合性蛍光剤又は蛍光標識プローブの存在下での少なくとも変性温度と伸長温度との間の熱サイクリングによって、配列番号１及び配列番号２に記載のビブリオ・ハーベイ診断用プライマー配列の対により前記ＤＮＡを増幅する工程と、
   （iii）前記熱サイクリング中に前記核酸結合性蛍光剤又は前記蛍光標識プローブにより生成される蛍光量を測定する工程と、
   （iv）前記核酸結合性蛍光剤又は前記蛍光標識プローブにより生成された蛍光量が基礎値を上回る固定閾値に達するときの閾値サイクル数を決定する工程と、
   （ｖ）前記試料中のビブリオ・ハーベイについて決定された前記閾値サイクル数を、既知の濃度の標準溶液を用いて決定された鋳型濃度の対数に対する前記閾値サイクル数の標準曲線と比較することにより、前記試料中のビブリオ・ハーベイの量を計算する工程と、を含む、方法。