JP2009533063A5 - - Google Patents

Description

本発明の一つまたは複数の態様の詳細が、添付の図面および下記の説明において示される。本発明の他の特徴、目的、および利点は、添付の図面および詳細な説明、ならびに添付の特許請求の範囲より明らかになるであろう。
[請求項101]
サイクル段階が増幅段階およびハイブリダイズ段階を含み、該増幅段階が、インフルエンザA型核酸分子が試料に存在する場合はインフルエンザA型増幅産物を生成するように試料をインフルエンザA型プライマーのペアと接触させることを含み、該ハイブリダイズ段階が、試料をインフルエンザA型プローブのペアと接触させることを含み、インフルエンザA型プローブの該ペアのメンバーが、互いに5ヌクレオチド以下の範囲内にハイブリダイズし、インフルエンザA型プローブの該ペアの第一のインフルエンザA型プローブが、供与体蛍光部分で標識され、かつインフルエンザA型プローブの該ペアの第二のインフルエンザA型プローブが、対応する受容体蛍光部分で標識されている、少なくとも1回のサイクル段階を行う工程;および
該第一のインフルエンザA型プローブの該供与体蛍光部分と該第二のインフルエンザA型プローブの該受容体蛍光部分との間のFRETの有無を検出する工程
を含む、個体由来の生物学的試料においてインフルエンザA型の有無を検出するための方法であって、
蛍光共鳴エネルギー転移(FRET)の存在が該試料におけるインフルエンザA型の存在を示し、かつFRETの不在が該試料におけるインフルエンザA型の不在を示す、方法。
[請求項102]
インフルエンザA型プライマーのペアが、第一のインフルエンザA型プライマーおよび第二のインフルエンザA型プライマーを含み、
該第一のインフルエンザA型プライマーが、配列

を含み、かつ該第二のインフルエンザA型プライマーが、配列

を含む、請求項101記載の方法。
[請求項103]
第一のインフルエンザA型プローブが、配列

を含み、かつ第二のインフルエンザA型プローブが、配列

を含む、請求項101記載の方法。
[請求項104]
インフルエンザA型プローブのペアのメンバーが、互いに2ヌクレオチド以下の範囲内にハイブリダイズする、請求項101記載の方法。
[請求項105]
インフルエンザA型プローブのペアのメンバーが、互いに1ヌクレオチド以下の範囲内にハイブリダイズする、請求項101記載の方法。
[請求項106]
供与体蛍光部分がフルオレセインである、請求項101記載の方法。
[請求項107]
対応する受容体蛍光部分が、LC-Red 640、LC-Red 705、Cy5、およびCy5.5からなる群より選択される、請求項101記載の方法。
[請求項108]
検出する工程が、供与体蛍光部分によって吸収される波長で試料を励起することと、対応する受容体蛍光部分によって放出される波長を視覚化および/または測定することとを含む、請求項101記載の方法。
[請求項109]
検出する工程がFRETを定量化することを含む、請求項101記載の方法。
[請求項110]
検出する工程が各サイクル段階後に行われる、請求項101記載の方法。
[請求項111]
検出する工程がリアルタイムで行われる、請求項101記載の方法。
[請求項112]
インフルエンザA型プローブの一方または両方とインフルエンザA型増幅産物との間の融解温度を決定する工程をさらに含む方法であって、該融解温度が該インフルエンザA型の有無を確認する、請求項101記載の方法。
[請求項113]
45回以内のサイクル段階でのFRETの存在が、個体におけるインフルエンザA型感染の存在を示す、請求項101記載の方法。
[請求項114]
40回以内のサイクル段階でのFRETの存在が、個体におけるインフルエンザA型感染の存在を示す、請求項101記載の方法。
[請求項115]
35回以内のサイクル段階でのFRETの存在が、個体におけるインフルエンザA型感染の存在を示す、請求項101記載の方法。
[請求項116]
混入核酸の増幅を防止する工程をさらに含む、請求項101記載の方法。
[請求項117]
防止する工程が、ウラシルの存在下で増幅段階を行うことを含む、請求項116記載の方法。
[請求項118]
防止する工程が、第一の増幅段階に先立って試料をウラシル-DNAグリコシラーゼで処置することをさらに含む、請求項117記載の方法。
[請求項119]
生物学的試料が、咽喉スワブ、咽喉洗浄液、鼻スワブ、および下気道由来の被検物からなる群より選択される、請求項101記載の方法。
[請求項120]
サイクル段階が対照試料に対して行われる、請求項101記載の方法。
[請求項121]
対照試料がインフルエンザA型核酸分子の一部を含む、請求項120記載の方法。
[請求項122]
サイクル段階において対照プライマーのペアおよび対照プローブのペアを使用し、該対照プライマーおよび該対照プローブがインフルエンザA型プライマーおよびインフルエンザA型プローブ以外であり、増幅段階において対照増幅産物を生成し、該対照プローブが該対照増幅産物にハイブリダイズする、請求項101記載の方法。
[請求項123]
インフルエンザA型プライマーのペア;
インフルエンザA型プローブのペア;ならびに
供与体蛍光部分および対応する受容体蛍光部分
を含む、製品。
[請求項124]
インフルエンザA型プライマーのペアが、第一のインフルエンザA型プライマーおよび第二のインフルエンザA型プライマーを含み、
該第一のインフルエンザA型プライマーが、配列

を含み、かつ該第二のインフルエンザA型プライマーが、配列

を含む、請求項123記載の製品。
[請求項125]
インフルエンザA型プローブのペアが、第一のインフルエンザA型プローブおよび第二のインフルエンザA型プローブを含み、
該第一のインフルエンザA型プローブが、配列

を含み、かつ該第二のインフルエンザA型プローブが、配列

を含む、請求項123記載の製品。
[請求項126]
第一のインフルエンザA型プローブが、供与体蛍光部分で標識され、かつ第二のインフルエンザA型プローブが、対応する受容体蛍光部分で標識されている、請求項125記載の製品。
[請求項127]
試料においてインフルエンザA型の有無を検出するために、インフルエンザA型プライマーのペアおよびインフルエンザA型プローブのペアを用いるための使用説明を文書上に有する添付文書をさらに含む、請求項123記載の製品。
[請求項128]
サイクル段階が増幅段階およびハイブリダイズ段階を含み、該増幅段階が、インフルエンザA型核酸分子が試料に存在する場合はインフルエンザA型増幅産物を生成するように試料をインフルエンザA型プライマーのペアと接触させることを含み、該ハイブリダイズ段階が、試料をインフルエンザA型プローブと接触させることを含み、該インフルエンザA型プローブが、供与体蛍光部分および対応する受容体蛍光部分で標識されている、少なくとも1回のサイクル段階を行う工程;および
該インフルエンザA型プローブの該供与体蛍光部分と該受容体蛍光部分との間の蛍光共鳴エネルギー転移(FRET)の有無を検出する工程
を含む、個体由来の生物学的試料においてインフルエンザA型の有無を検出するための方法であって、
蛍光の有無が該試料におけるインフルエンザA型の有無を示す、方法。
[請求項129]
増幅に、5'→3'エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼ酵素を使用する、請求項128記載の方法。
[請求項130]
第一および第二の蛍光部分が、プローブ上の互いに5ヌクレオチド以下の範囲内に在る、請求項129記載の方法。
[請求項131]
第二の蛍光部分が消光剤である、請求項130記載の方法。
[請求項132]
インフルエンザA型プローブが、二次構造形成を許容する核酸配列を含み、該二次構造形成が、第一と第二の蛍光部分の間に空間的接近をもたらす、請求項128記載の方法。
[請求項133]
第二の蛍光部分が消光剤である、請求項132記載の方法。
[請求項134]
サイクル段階が増幅段階および色素結合段階を含み、該増幅段階が、インフルエンザA型核酸分子が試料に存在する場合はインフルエンザA型増幅産物を生成するように試料をインフルエンザA型プライマーのペアと接触させることを含み、該色素結合段階が、該インフルエンザA型増幅産物を二本鎖DNA結合色素と接触させることを含む、少なくとも1回のサイクル段階を行う工程;および
該二本鎖DNA結合色素の該増幅産物中への結合の有無を検出する工程
を含む、個体由来の生物学的試料においてインフルエンザA型の有無を検出するための方法であって、
結合の存在が該試料におけるインフルエンザA型の存在を示し、かつ結合の不在が該試料におけるインフルエンザA型の不在を示す、方法。
[請求項135]
二本鎖DNA結合色素が臭化エチジウムである、請求項134記載の方法。
[請求項136]
インフルエンザA型増幅産物と二本鎖DNA結合色素との間の融解温度を決定する工程をさらに含む方法であって、該融解温度が該インフルエンザA型の有無を確認する、請求項134記載の方法。

Claims (15)

1. サイクル段階が増幅段階およびハイブリダイズ段階を含み、該増幅段階が、インフルエンザA型核酸分子が試料に存在する場合はインフルエンザA型増幅産物を生成するように試料をインフルエンザA型プライマーのペアと接触させることを含み、該ハイブリダイズ段階が、試料をインフルエンザA型プローブのペアと接触させることを含み、インフルエンザA型プローブの該ペアのメンバーが、互いに5ヌクレオチド以下の範囲内にハイブリダイズし、インフルエンザA型プローブの該ペアの第一のインフルエンザA型プローブが、供与体蛍光部分で標識され、かつインフルエンザA型プローブの該ペアの第二のインフルエンザA型プローブが、対応する受容体蛍光部分で標識されている、少なくとも1回のサイクル段階を行う工程；および
   該第一のインフルエンザA型プローブの該供与体蛍光部分と該第二のインフルエンザA型プローブの該受容体蛍光部分との間のFRETの有無を検出する工程
   を含む、個体由来の生物学的試料においてインフルエンザA型の有無を検出するための方法であって、
   蛍光共鳴エネルギー転移（FRET）の存在が該試料におけるインフルエンザA型の存在を示し、かつFRETの不在が該試料におけるインフルエンザA型の不在を示す、方法。
2. インフルエンザA型プライマーのペアが、第一のインフルエンザA型プライマーおよび第二のインフルエンザA型プライマーを含み、
   該第一のインフルエンザA型プライマーが、配列
   

   

   を含み、かつ該第二のインフルエンザA型プライマーが、配列
   

   

   を含む、請求項1記載の方法。
3. 第一のインフルエンザA型プローブが、配列
   

   

   を含み、かつ第二のインフルエンザA型プローブが、配列
   

   

   を含む、請求項1記載の方法。
4. 検出する工程がFRETを定量化することを含む、請求項1記載の方法。
5. 検出する工程が各サイクル段階後に行われる、請求項1記載の方法。
6. インフルエンザA型プローブの一方または両方とインフルエンザA型増幅産物との間の融解温度を決定する工程をさらに含む方法であって、該融解温度が該インフルエンザA型の有無を確認する、請求項1記載の方法。
7. 45回以内のサイクル段階でのFRETの存在が、個体におけるインフルエンザA型感染の存在を示す、請求項1記載の方法。
8. 混入核酸の増幅を防止する工程をさらに含む、請求項1記載の方法であって、防止する工程が、ウラシルの存在下で増幅段階を行うことを含み、かつ、第一の増幅段階に先立って試料をウラシル-DNAグリコシラーゼで処置することを含む、方法。
9. サイクル段階が対照試料に対して行われる、請求項1記載の方法であって、対照試料がインフルエンザA型核酸分子の一部を含む、方法。
10. サイクル段階において対照プライマーのペアおよび対照プローブのペアを使用し、該対照プライマーおよび該対照プローブがインフルエンザA型プライマーおよびインフルエンザA型プローブ以外であり、増幅段階において対照増幅産物を生成し、該対照プローブが該対照増幅産物にハイブリダイズする、請求項1記載の方法。
11. インフルエンザA型プライマーのペア；
    インフルエンザA型プローブのペア；ならびに
    供与体蛍光部分および対応する受容体蛍光部分
    を含む、製品。
12. インフルエンザA型プライマーのペアが、第一のインフルエンザA型プライマーおよび第二のインフルエンザA型プライマーを含み、
    該第一のインフルエンザA型プライマーが、配列
    

    

    を含み、かつ該第二のインフルエンザA型プライマーが、配列
    

    

    を含む、請求項11記載の製品。
13. インフルエンザA型プローブのペアが、第一のインフルエンザA型プローブおよび第二のインフルエンザA型プローブを含み、
    該第一のインフルエンザA型プローブが、配列
    

    

    を含み、かつ該第二のインフルエンザA型プローブが、配列
    

    

    を含む、請求項11記載の製品。
14. サイクル段階が増幅段階およびハイブリダイズ段階を含み、該増幅段階が、インフルエンザA型核酸分子が試料に存在する場合はインフルエンザA型増幅産物を生成するように試料をインフルエンザA型プライマーのペアと接触させることを含み、該ハイブリダイズ段階が、試料をインフルエンザA型プローブと接触させることを含み、該インフルエンザA型プローブが、供与体蛍光部分および対応する受容体蛍光部分で標識されている、少なくとも1回のサイクル段階を行う工程；および
    該インフルエンザA型プローブの該供与体蛍光部分と該受容体蛍光部分との間の蛍光共鳴エネルギー転移（FRET）の有無を検出する工程
    を含む、個体由来の生物学的試料においてインフルエンザA型の有無を検出するための方法であって、
    蛍光の有無が該試料におけるインフルエンザA型の有無を示す、方法。
15. サイクル段階が増幅段階および色素結合段階を含み、該増幅段階が、インフルエンザA型核酸分子が試料に存在する場合はインフルエンザA型増幅産物を生成するように試料をインフルエンザA型プライマーのペアと接触させることを含み、該色素結合段階が、該インフルエンザA型増幅産物を二本鎖DNA結合色素と接触させることを含む、少なくとも1回のサイクル段階を行う工程；および
    該二本鎖DNA結合色素の該増幅産物中への結合の有無を検出する工程
    を含む、個体由来の生物学的試料においてインフルエンザA型の有無を検出するための方法であって、
    結合の存在が該試料におけるインフルエンザA型の存在を示し、かつ結合の不在が該試料におけるインフルエンザA型の不在を示す、方法。