JP2010154843A - バイオマーカーとしてのマイクロrnaを用いた婦人科がんの診断・治療選択 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】特定の塩基配列を有するマイクロRNA群から選ばれる1又は2種以上のマイクロRNAを、バイオマーカーとして使用する、婦人科がんの判定方法。
【選択図】なし
Description
慶應義塾大学医学部の倫理委員会の承認のもと、慶應義塾大学病院の婦人科外来を受診した患者を選定し、サンプル提供の依頼対象者とした。その上で、その対象者からインフォームド・コンセントを得た後、4人の各対象者から、4種類のサンプル組織(図1の“sample ID 1-4”)を採取した。これら4種類のサンプル組織における組織の種類(図1の“tissues”の項目)としては、子宮内膜ポリープ(endometrial polyp)と子宮体がん(endometrial cancer)の2種類であり、組織の状態(図1の“samples”の項目)としては、ポリープ(polyp)、がん(cancer)の2種類であった。
後述のマイクロアレイに用いるため、実施例1で冷凍保存した各組織からRNAを抽出した。具体的には、mirVana miRNA Isolation Kit(Applied Biosystems社製)を添付のプロトコールにしたがって用いて、前述の各組織から、マイクロRNAを含むトータルRNAを抽出した。
Agilent Human miRNA V2 (Agilent Technologies社製)を用いて、ヒトのマイクロRNA723種につき網羅的解析を行った。前述のAgilent Human miRNA V2のマイクロアレイは、miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-337-3p、miR-337-5p及びmiR-127-3p用のプローブとして、それぞれ配列番号1〜23、25〜27に示されるヌクレオチド配列に相補的なDNA配列を有している。解析の方法は、Agilent Technologies社のmiRNA Microarray protocol Version 1.5に記載の方法にしたがった。具体的には、以下のような方法で解析を行った。なお、試薬の量は1サンプル用の分量で記載する。
慶應義塾大学医学部の倫理委員会の承認のもと、慶應義塾大学病院の婦人科外来を受診した患者を選定し、サンプル提供の依頼対象者とした。その上で、その対象者からインフォームド・コンセントを得た後、5人の各対象者から、5種類のサンプル組織(図9のsample ID“42”、“06-072”、“05-034”、“04-010”、“06-082”)を採取した。これら5種類のサンプル組織における組織の種類(図9の“samples”の項目)としては、子宮内膜(endometrium)と子宮体がん(endometrial cancer)の2種類であり、がんのグレード(図9の“grade”の項目)としては、G1及びG3の2種類であり、がんの進行期(図9の“進行期”の項目)としては、Ib及びIIIcの2種類であった。
後述のリアルタイムPCRに用いるため、実施例4で冷凍保存した各組織からRNAを抽出した。具体的には、mirVana miRNA Isolation Kit(Applied Biosystems社製)を添付のプロトコールにしたがって用いて、前述の各組織から、マイクロRNAを含むトータルRNAを抽出した。
前述の実施例5で抽出した各RNA及びTaqMan(登録商標)MicroRNA Assays(Applied Biosystems社製)を用いて、リアルタイムPCR法により、ヒトのマイクロRNAにつき網羅的解析を行った。定量の方法は、添付のプロトコールに記載の方法にしたがった。各RNAサンプルについて、miR-135a*、miR-137、miR-138、miR-203、miR-205及びmiR-488を定量した結果を図11に、miR-489、miR-629*、miR-643、miR-885-5p及びmiR-888を定量した結果を図12に、miR-34c-5p、miR-127-3p、miR-299-5p、miR-323-3p、miR-337-5p、miR-376b、miR-411、miR-424及びmiR-432を定量した結果を図13に、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584を定量した結果を図14にそれぞれ示す。図11〜12に示されるように、miR-135a*、miR-137、miR-138、miR-203、miR-205、miR-488、miR-489、miR-629*、miR-643、miR-885-5p及びmiR-888についてはそれぞれ、子宮内膜正常組織(normal)における発現と比較して子宮体がん組織における発現の増加が確認でき、図13〜14に示されるように、miR-34c-5p、miR-127-3p、miR-299-5p、miR-323-3p、miR-337-5p、miR-376b、miR-411、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584についてはそれぞれ、子宮内膜正常組織(normal)における発現と比較して子宮体がん組織における発現の低下が確認できた。
Claims (11)
- miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-885-5p、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-888、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584からなるマイクロRNA群から選ばれる1又は2種以上のマイクロRNAを婦人科がんのバイオマーカーとして使用する方法。
- miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-885-5p、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-888、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584が、それぞれ配列番号1〜27、50〜63に示されるヌクレオチド配列において1又は2個以上のヌクレオチドが欠失、置換、若しくは付加されたRNAからなり、かつ、婦人科がん組織又は婦人科がん被検体の血液においてコントロールと比較して発現が増加又は低下するRNAであることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 以下の工程を備えたことを特徴とする婦人科がんの判定方法:
(A)婦人科検体組織中又は被検体の血液中のRNAを抽出する工程:
(B)抽出したRNA中の、miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-885-5p、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-888、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584から選択される1又は2種以上のマイクロRNAの発現量を測定する工程:
(C)コントロールとしての、検体組織と同種の非がん組織又は被検体と同種の正常被検体の血液におけるマイクロRNAの発現量と比較・評価する工程: - miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-885-5p、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-888、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584が、それぞれ配列番号1〜27、50〜63に示されるヌクレオチド配列において1又は2個以上のヌクレオチドが欠失、置換、若しくは付加されたRNAからなり、かつ、婦人科がん組織又は婦人科がん被検体の血液においてコントロールと比較して発現が増加又は低下するRNAであることを特徴とする請求項3に記載の婦人科がんの判定方法。
- 抽出したRNA中の、miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-885-5p及びmiR-888からなるマイクロRNA群から選ばれる1又は2種以上のマイクロRNAの発現量が、コントロールと比較して増加している場合に婦人科がんであると評価することを特徴とする請求項3又は4に記載の婦人科がんの判定方法。
- 抽出したRNA中の、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584からなるマイクロRNA群から選ばれる1又は2種以上のマイクロRNAの発現量が、コントロールと比較して低下している場合に婦人科がんであると評価することを特徴とする請求項3又は4に記載の婦人科がんの判定方法。
- miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-885-5p、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-888、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584からなるマイクロRNA群から選ばれる1又は2種以上のマイクロRNAの発現量を測定することができる、前記マイクロRNAの配列に相補的な核酸配列からなるポリヌクレオチド又はその一部を備えたマイクロアレイを含んでいることを特徴とする婦人科がんの判定キット。
- miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-885-5p、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-888、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584からなるマイクロRNA群から選ばれる1又は2種以上のマイクロRNAの配列を増幅し得るプライマーセットと、前記マイクロRNAの配列に相補的な核酸配列からなるポリヌクレオチド又はその一部を含む蛍光プローブを備えたことを特徴とする婦人科がんの判定キット。
- miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-885-5p、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-888、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584が、それぞれ配列番号1〜27、50〜63に示されるヌクレオチド配列において1又は2個以上のヌクレオチドが欠失、置換、若しくは付加されたRNAからなり、かつ、婦人科がん組織又は婦人科がん被検体の血液においてコントロールと比較して発現が増加又は低下するRNAであることを特徴とする請求項7又は8に記載の判定キット。
- 以下の工程を含むことを特徴とする婦人科がん治療薬のスクリーニング方法:
(A)婦人科がんに罹患した非ヒト動物に被検物質を投与する工程:
(B)前記非ヒト動物における婦人科がん組織中又は血液中の、miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-885-5p、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-888、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584からなるマイクロRNA群から選ばれる1又は2種以上のマイクロRNAの発現量を測定する工程:
(C)コントロールとしての、被検物質を未投与の場合におけるマイクロRNAの発現量と比較・評価する工程: - miR-592、miR-629*、miR-517a、miR-205、miR-184、miR-509-5p、miR-135a*、miR-137、miR-602、miR-186*、miR-181a-2*、miR-193b*、miR-377*、miR-449b、miR-449a、miR-369-3p、miR-323-3p、miR-329、miR-299-5p、miR-34b、miR-411、miR-34c-5p、miR-376b、miR-885-5p、miR-337-3p、miR-337-5p、miR-127-3p、miR-138、miR-203、miR-488、miR-489、miR-643、miR-888、miR-424、miR-432、miR-433、miR-450a、miR-503、miR-542-3p、miR-542-5p及びmiR-584が、それぞれ配列番号1〜27、50〜63に示されるヌクレオチド配列において1又は2個以上のヌクレオチドが欠失、置換、若しくは付加されたRNAからなり、かつ、婦人科がん組織又は婦人科がん被検体の血液においてコントロールと比較して発現が増加又は低下するRNAであることを特徴とする請求項10に記載のスクリーニング方法。
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