JP2009521244A - 9種の呼吸器疾患と関連するバクテリア種を特異的に検出するためのプライマー、プローブ、マイクロアレイおよびその方法 - Google Patents
9種の呼吸器疾患と関連するバクテリア種を特異的に検出するためのプライマー、プローブ、マイクロアレイおよびその方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2009521244A JP2009521244A JP2008548414A JP2008548414A JP2009521244A JP 2009521244 A JP2009521244 A JP 2009521244A JP 2008548414 A JP2008548414 A JP 2008548414A JP 2008548414 A JP2008548414 A JP 2008548414A JP 2009521244 A JP2009521244 A JP 2009521244A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- oligonucleotide
- seq
- contiguous nucleotides
- probe
- complementary
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims abstract description 70
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 26
- 238000002493 microarray Methods 0.000 title claims abstract description 23
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 title abstract description 41
- 208000023504 respiratory system disease Diseases 0.000 title abstract description 25
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims abstract description 23
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 370
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 168
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 168
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims description 158
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims description 158
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 115
- 241000191967 Staphylococcus aureus Species 0.000 claims description 20
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 20
- 241000588747 Klebsiella pneumoniae Species 0.000 claims description 17
- 241000588655 Moraxella catarrhalis Species 0.000 claims description 17
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 claims description 17
- 241000589242 Legionella pneumophila Species 0.000 claims description 16
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 claims description 16
- 229940115932 legionella pneumophila Drugs 0.000 claims description 16
- 229940031000 streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 claims description 16
- 241001647372 Chlamydia pneumoniae Species 0.000 claims description 15
- 241000202934 Mycoplasma pneumoniae Species 0.000 claims description 15
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 claims description 14
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 11
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 10
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 10
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 8
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 229940047650 haemophilus influenzae Drugs 0.000 claims description 7
- 206010022000 influenza Diseases 0.000 claims description 3
- 229940045505 klebsiella pneumoniae Drugs 0.000 claims description 3
- 239000012857 radioactive material Substances 0.000 claims description 2
- 108700022487 rRNA Genes Proteins 0.000 description 32
- 241000894007 species Species 0.000 description 30
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 20
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 16
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 16
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 16
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 9
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 7
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 4
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 4
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 3
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 3
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 2
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 2
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 229940013390 mycoplasma pneumoniae Drugs 0.000 description 2
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 2
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 2
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 2
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 2
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 238000004528 spin coating Methods 0.000 description 2
- WYTZZXDRDKSJID-UHFFFAOYSA-N (3-aminopropyl)triethoxysilane Chemical compound CCO[Si](OCC)(OCC)CCCN WYTZZXDRDKSJID-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OKHIGGWUISQLMG-UHFFFAOYSA-N 3-diethoxysilylpropan-1-amine Chemical compound CCO[SiH](OCC)CCCN OKHIGGWUISQLMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- -1 Cy-5 Chemical compound 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- 108091092584 GDNA Proteins 0.000 description 1
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 1
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 1
- 241000606790 Haemophilus Species 0.000 description 1
- 241000204031 Mycoplasma Species 0.000 description 1
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 241000588769 Proteus <enterobacteria> Species 0.000 description 1
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 description 1
- 239000004809 Teflon Substances 0.000 description 1
- 229920006362 Teflon® Polymers 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N ammonium sulfate Chemical compound N.N.OS(O)(=O)=O BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052921 ammonium sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011130 ammonium sulphate Nutrition 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 230000014670 detection of bacterium Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 239000000428 dust Substances 0.000 description 1
- 101150042827 entE gene Proteins 0.000 description 1
- 210000002615 epidermis Anatomy 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
- C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Abstract
【選択図】なし
Description
実施例1では、9種のバクテリア種、すなわち、クラミドフィラ・ニューモニエ、ヘモフィルス・インフルエンザ、マイコプラズマ・ニューモニエ、クレブシエラ・ニューモニエ、レジオネラ・ニューモフィラ、モラクセラ・カタラーリス、シュードモナス・アエルギノーサ、スタフィロコッカス・アウレウス、およびストレプトコッカス・ニューモニエの23S rRNA遺伝子に共通した標的配列の選択および該標的配列を増幅できるプライマーセットを設計した。
実施例1で設計された前記4個のプライマーセットを利用して、前記9種の呼吸器疾患と関連するバクテリア種の23S rRNA遺伝子を増幅した。
9種の呼吸器疾患関連バクテリア種の培養分離株は、アジア太平洋感染症研究財団(Asian−Pacific Research Foundation for Infectious Diseases、ARFID)により提供されたものを使用した。
マルチプレックスPCRのためのPCRミックスは、最終的50μlに調製し、それは、蒸留水10.5μl、10xバッファ(750mM Tris−HCl(pH9)、150mM 硫酸アンモニウム、25mM MgCl2、1mg/ml BSA)7.5μl、dNTP 200μM(それぞれ)1μl、末端ラベリングされたプライマー400nM(それぞれ、Bioneer、韓国)20μl、抽出されたゲノムDNA 5μlおよびTaqポリメラーゼ5ユニット 1μlを含む。Human MODY exon9(‘9e’)DNAを、陽性対照群として使用した。
実施例3において、実施例2で得られたマルチプレックスPCR産物を、マイクロアレイ上に固定されてなるプローブとハイブリダイズさせ、プローブ−標的ハイブリダイゼーションの程度を決定して特定のバクテリア種から増幅したPCR産物が存在するかどうかを検出した。
エタノール中のGAPTES(γ−アミノプロピルトリエトキシシラン)溶液(濃度20%(v/v))またはGAPDES(γ−アミノプロピルジエトキシシラン)溶液(濃度20%(v/v))をウェーハにスピンコーティングした。スピンコーティングは、下記:初期コーティング500rpm/10秒、メインコーティング2000rpm/10秒、でスピンコーター(CEE社製 モデルCEE 70)を使用した。スピンコーティングが完了した後、基板をテフロン(登録商標)ウェーハキャリアに固定して120℃で40分間硬化した。硬化された基板は、水に10分間浸漬させた後、15分間超音波洗浄し、再び水に10分間浸漬した後乾燥させた。乾燥は、スピンドラヤーを利用して行った。あらゆる実験は、大部分のホコリ粒子が十分に除去されたクリーンルーム・クラス1000で行った。
前記PCR産物を直接マイクロアレイに添加した。前記マイクロアレイを42℃で1時間培養してプローブ・標的ハイブリダイゼーションを起こした。次いで、前記マイクロアレイを洗浄バッファで洗浄した。ハイブリダイズされたPCR産物から出る蛍光強度は、GenePix Scanner(Molecular Device社製、米国)を利用して測定した。前記マイクロアレイ上で特定のプローブと形成してハイブリッドされたものから出る蛍光強度の測定値を、表6に整理した。
Claims (26)
- 配列番号1の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号2の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号3の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号4の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号5の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドならびに配列番号6および7からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドセットと、
配列番号8の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号9の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
からなる群から選択される一つ以上のオリゴヌクレオチドセットを有する、オリゴヌクレオチドプライマーセット。 - 配列番号1の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号2の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号3の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号4の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号5の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドならびに配列番号6および7からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドセットと、
配列番号8の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号9の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
を有する、請求項1に記載のオリゴヌクレオチドプライマーセット。 - 配列番号1の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドと、配列番号2の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドと、を含むオリゴヌクレオチドセットを有する、請求項1に記載のオリゴヌクレオチドプライマーセット。
- 配列番号3の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドと、配列番号4の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドと、を含むオリゴヌクレオチドセットを有する、請求項1に記載のオリゴヌクレオチドプライマーセット。
- 配列番号5の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドと、
配列番号6および7からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドと、
からなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットを有する、請求項1に記載のオリゴヌクレオチドプライマーセット。 - 配列番号8の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドと、配列番号9の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドと、を含むオリゴヌクレオチドセットを有する、請求項1に記載のオリゴヌクレオチドプライマーセット。
- 配列番号1からなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号2からなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号3からなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号4からなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号5からなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号6または配列番号7からなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号8からなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号9からなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
を有する、請求項1に記載のオリゴヌクレオチドプライマーセット。 - 配列番号10の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号11〜14からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号15の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号16〜18からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号19の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号20の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号21〜23からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号24〜26からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号27の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号28の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号29の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号30および31からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号32〜35からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドプローブを有する、オリゴヌクレオチドプローブセット。 - 配列番号10の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセット。
- 配列番号11〜14からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号15の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドプローブを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセット。 - 配列番号16〜18からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセット。
- 配列番号19の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号20の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドプローブを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセット。 - 配列番号21〜23からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号24〜26からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドプローブを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセット。 - 配列番号27の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセット。
- 配列番号28の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号29の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドプローブを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセット。 - 配列番号30および31からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセット。
- 配列番号32〜35からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドまたはその相補的オリゴヌクレオチドを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセット。
- 配列番号10からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号11〜14からなる群から選択される配列からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号15からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号16〜18からなる群から選択される配列からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号19からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号20からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号21〜23からなる群から選択される配列からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号24〜26からなる群から選択される配列からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号27からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号28からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号29からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号30および31からなる群から選択される配列からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
配列番号32〜35からなる群から選択される配列からなるオリゴヌクレオチド、またはその相補的オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブと、
からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドプローブを有する、請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセットセット。 - 請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセットが基板上に固定されてなる、マイクロアレイ。
- 試料を請求項8に記載のオリゴヌクレオチドプローブセットと接触させて、前記試料中の標的配列と、オリゴヌクレオチドプローブと、をハイブリダイズさせる工程と、
前記オリゴヌクレオチドプローブと試料中の標的配列との間のハイブリダイズの程度を検出する工程と、
を含む、クラミドフィラ・ニューモニエ、ヘモフィルス・インフルエンザ、クレブシエラ・ニューモニエ、レジオネラ・ニューモフィラ、モラクセラ・カタラーリス、マイコプラズマ・ニューモニエ、シュードモナス・アエルギノーサ、スタフィロコッカス・アウレウスおよびストレプトコッカス・ニューモニエからなる群から選択されるバクテリア種を検出する方法。 - 前記試料が、PCR産物を含む、請求項20に記載の方法。
- 前記PCR産物が、
クラミドフィラ・ニューモニエ、ヘモフィルス・インフルエンザ、クレブシエラ・ニューモニエ、レジオネラ・ニューモフィラ、モラクセラ・カタラーリス、マイコプラズマ・ニューモニエ、シュードモナス・アエルギノーサ、スタフィロコッカス・アウレウスおよびストレプトコッカス・ニューモニエからなる群から選択されるバクテリア種から得られる鋳型DNAと、
配列番号1の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号2の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセット、配列番号3の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号4の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセット、配列番号5の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドならびに配列番号6および7からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセット、および配列番号8の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号9の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセット、からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドセットを有する、オリゴヌクレオチドプライマーセットと、
を使用したPCRによって得られてなる、請求項21に記載の方法。 - 前記オリゴヌクレオチドプライマーセットは、配列番号1の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号2の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号3の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号4の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号5の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドならびに配列番号6および7からなる群から選択される配列の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
配列番号8の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドおよび配列番号9の10個以上の連続ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットと、
を有する、請求項22に記載の方法。 - 前記標的配列が、検出可能なラベル物質でラベリングされている、請求項20に記載の方法。
- 前記ラベル物質が、蛍光性、燐光性または放射性物質である、請求項24に記載の方法。
- 前記オリゴヌクレオチドプローブセットが、マイクロアレイ基板上に固定されてなる、請求項20に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR10-2005-0130610 | 2005-12-27 | ||
KR20050130610 | 2005-12-27 | ||
PCT/KR2006/005704 WO2007075026A1 (en) | 2005-12-27 | 2006-12-26 | Primers, probes, microarray, and method for specific detection of nine respiratory disease-associated bacterial species |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2009521244A true JP2009521244A (ja) | 2009-06-04 |
JP4934679B2 JP4934679B2 (ja) | 2012-05-16 |
Family
ID=38218218
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008548414A Expired - Fee Related JP4934679B2 (ja) | 2005-12-27 | 2006-12-26 | 9種の呼吸器疾患と関連するバクテリア種を特異的に検出するためのプライマー、プローブ、マイクロアレイおよびその方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20100279884A1 (ja) |
EP (1) | EP1966392B1 (ja) |
JP (1) | JP4934679B2 (ja) |
KR (1) | KR100846511B1 (ja) |
WO (1) | WO2007075026A1 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2015128400A (ja) * | 2014-01-09 | 2015-07-16 | 東洋紡株式会社 | 肺炎マイコプラズマの検出方法 |
JP2017148008A (ja) * | 2016-02-26 | 2017-08-31 | 東ソー株式会社 | プライマー及びマイコプラズマ・ニューモニエの検出方法 |
Families Citing this family (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20110091886A1 (en) * | 2008-03-03 | 2011-04-21 | Saitama Medical University | Method of distinguishing inflammatory pathogen causing acute respiratory infection |
KR101424144B1 (ko) | 2012-11-19 | 2014-08-01 | 대한민국 | 산토모나스 디에이 동정방법 |
KR101535882B1 (ko) * | 2012-11-19 | 2015-07-22 | 대한민국 | 산토모나스 트랜스루센스 동정방법 |
KR102250376B1 (ko) * | 2019-10-18 | 2021-05-12 | 고려대학교 산학협력단 | 마이코플라즈마 폐렴균 및 마이코플라즈마 폐렴균 돌연변이 동시 검출용 프라이머와 프로브 및 이의 용도 |
KR102546046B1 (ko) * | 2022-12-29 | 2023-06-23 | 드림디엑스 주식회사 | 세균 감염 검출용 조성물 및 이를 이용한 검출방법 |
Family Cites Families (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE3486467T3 (de) * | 1983-01-10 | 2004-10-14 | Gen-Probe Inc., San Diego | Verfahren zum Nachweis, Identifizieren und Quantifizieren von Organismen und Viren |
US5288611A (en) * | 1983-01-10 | 1994-02-22 | Gen-Probe Incorporated | Method for detecting, identifying, and quantitating organisms and viruses |
JP2666142B2 (ja) * | 1987-02-04 | 1997-10-22 | 旭光学工業株式会社 | カメラの自動焦点検出装置 |
WO1990014444A1 (en) * | 1989-05-23 | 1990-11-29 | Gene-Trak Systems | Nucleic acid probes for the detection of staphylococcus aureus |
US5744101A (en) * | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US5143854A (en) * | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5472843A (en) * | 1991-04-25 | 1995-12-05 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid probes to Haemophilus influenzae |
US5681698A (en) * | 1991-04-25 | 1997-10-28 | Gen-Probe Incorporated | 23S rRNA nucleic acid probes to mycobacterium kansasii |
US5468852A (en) * | 1992-02-18 | 1995-11-21 | Shimadzu Corporation | Oligonucleotides for detecting bacteria |
US6001564A (en) * | 1994-09-12 | 1999-12-14 | Infectio Diagnostic, Inc. | Species specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories |
GB9904804D0 (en) * | 1999-03-02 | 1999-04-28 | King S College London | Identification of bacteria |
US6670130B1 (en) * | 1999-05-29 | 2003-12-30 | Sj Hightech Co., Ltd. | Oligonucleotide for detection and identification of Mycobacteria |
WO2000073436A1 (en) * | 1999-05-29 | 2000-12-07 | Sj Hightech Co., Ltd. | Oligonucleotide for detection and identification of mycobacteria |
US6251609B1 (en) | 2000-07-27 | 2001-06-26 | Becton, Dickinson And Company | Amplification and detection of Legionella pneumophila targeting the mip gene |
US6277582B1 (en) | 2000-07-27 | 2001-08-21 | Becton, Dickinson And Company | Amplification and detection of mycoplasma pneumoniae targeting the P1 gene |
SE518252C2 (sv) * | 2001-01-24 | 2002-09-17 | Goeteborg University Surgical | Metod för simulering av ett kirurgiskt moment, metod för simulering av kirurgisk operation och system för simulering av ett kirurgiskt moment |
KR100763906B1 (ko) * | 2004-12-23 | 2007-10-05 | 삼성전자주식회사 | 9 종의 박테리아의 표적 서열을 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 세트 및 상기 9 종의 박테리아 중 각 표적 서열에 특이적으로 혼성화하는 프로브 올리고뉴클레오티드 |
-
2006
- 2006-12-26 EP EP06835408.3A patent/EP1966392B1/en not_active Expired - Fee Related
- 2006-12-26 JP JP2008548414A patent/JP4934679B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2006-12-26 WO PCT/KR2006/005704 patent/WO2007075026A1/en active Application Filing
- 2006-12-27 KR KR1020060135548A patent/KR100846511B1/ko not_active IP Right Cessation
- 2006-12-27 US US11/616,516 patent/US20100279884A1/en not_active Abandoned
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2015128400A (ja) * | 2014-01-09 | 2015-07-16 | 東洋紡株式会社 | 肺炎マイコプラズマの検出方法 |
JP2017148008A (ja) * | 2016-02-26 | 2017-08-31 | 東ソー株式会社 | プライマー及びマイコプラズマ・ニューモニエの検出方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP1966392B1 (en) | 2013-11-20 |
KR100846511B1 (ko) | 2008-07-17 |
EP1966392A4 (en) | 2009-09-09 |
JP4934679B2 (ja) | 2012-05-16 |
WO2007075026A1 (en) | 2007-07-05 |
EP1966392A1 (en) | 2008-09-10 |
KR20070069086A (ko) | 2007-07-02 |
US20100279884A1 (en) | 2010-11-04 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5037905B2 (ja) | プローブ、プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
JP5201818B2 (ja) | プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
JP5596892B2 (ja) | プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
JP5596893B2 (ja) | プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
JP5596891B2 (ja) | プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
JP4934679B2 (ja) | 9種の呼吸器疾患と関連するバクテリア種を特異的に検出するためのプライマー、プローブ、マイクロアレイおよびその方法 | |
JP5037906B2 (ja) | プローブ、プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
US20090163382A1 (en) | Primer set for amplifying target sequence(s) of antibiotic-resistant bacterial species, probe or probe set specifically hybridizing with target sequence(s) of antibiotic-resistant bacterial species, method of detecting antibiotic-resistant bacterial species using the probe or probe set, and kit for detecting antibiotic-resistant bacterial species | |
JP5565781B2 (ja) | 核酸クロマトグラフ法を利用した肺炎原因菌の検出方法 | |
JP5596894B2 (ja) | プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
JP2004313181A (ja) | 感染症起炎菌検出用プローブ及びプローブセット、ならびに担体及び遺伝子検査方法 | |
JP2008118914A (ja) | プローブ、プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
JP2008118904A (ja) | プローブ、プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
JP2003527867A (ja) | ポリヌクレオチド配列改変のマイクロアレイベースの分析 | |
JP2008118908A (ja) | プローブ、プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 | |
JP4235645B2 (ja) | 呼吸器疾患と関連した10種のバクテリアに特異的なプライマーセット及びプローブオリゴヌクレオチド | |
US8222391B2 (en) | Oligonucleotide primer set for amplifying target sequence(s) of norovirus, oligonucleotide probe or probe set specifically hybridizing with target sequence(s) of norovirus, microarray immobilized with the probe or probe set, and method of detecting norovirus using the probe or probe set | |
US7659388B2 (en) | Method and compositions for detecting respiratory disease-causing bacterial species | |
JP2004000154A (ja) | 核酸の配列特異的検出 | |
SK10832003A3 (sk) | Spôsob stanovenia molekúl nukleových kyselín | |
JP2008079604A (ja) | アルコール分解能と宿酔の耐性とを予測するためのプライマーセット、プローブセット、方法及びキット | |
JP2007014351A (ja) | 感染症検出用プローブ、遺伝子検出用のプローブ、感染症起炎菌増幅反応用プライマー、感染症起炎菌増幅反応用プライマーセット及び感染症起炎菌検出方法 | |
EP3198027B1 (en) | Fast and highly specific dna-based multiplex detection | |
EP4012029B1 (en) | Method for capturing nucleic acid molecule, preparation method for nucleic acid library, and a sequencing method | |
WO2007132001A1 (en) | Design of capture molecules for the detection of amplicons with high sensitivity |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110329 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20110629 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20120131 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20120220 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20150224 Year of fee payment: 3 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |