JP2008545400A - 甲状腺穿刺吸引分子分析 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】 本発明は、甲状腺癌腫の診断、甲状腺癌腫と良性甲状腺病変との間の識別、未確定の甲状腺小結節の甲状腺穿刺吸引試料の検定、ならびに、患者のプロトコルおよび転帰の決定を対象とする方法と、構成物と、物品とを提供する。
【選択図】図1
Description
米国において毎年診断される新たな甲状腺癌の症例はおよそ25,600であり、1,400人の患者がこの病気によって死亡する。全ての甲状腺癌の約75%は、甲状腺乳頭癌型に属する。残りは、10%の濾胞性癌、5%から9%の甲状腺髄様癌、1%から2%の未分化癌、1%から3%のリンパ腫、ならびに、1%未満の肉腫および他の稀な腫瘍、からなる。通常、甲状腺のしこり(小結節)は甲状腺癌の最初の兆候である。単発性甲状腺結節を有する人々は米国内で1000万から1800万人おり、毎年およそ490,000人が臨床的に顕著になる。幸いなことに、これらの小結節の約5%だけが癌性である。
本発明は、以下のステップにより甲状腺癌を診断する方法を含む。すなわち、患者から生体試料を取得するステップと、mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の上記試料中の発現レベルを測定するステップであって、上記mRNAが、配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、であり、所定のカットオフレベルより高いまたは低い上記遺伝子の発現レベルが甲状腺癌を示すステップと、である。
本研究における目的は、甲状腺癌腫と良性甲状腺病変を識別するための、DNAチップに基づく分析等の分析において使用できる特性を同定することであった。31の原発性甲状腺乳頭腫瘍、21の濾胞性甲状腺癌、33の濾胞性腺腫試料、および、13の良性甲状腺病変が、アフィメトリクス社製ヒトU133A遺伝子チップを使用して分析された。甲状腺癌と良性組織の間の遺伝子発現プロファイルの比較は、2つの特性、すなわち百分率分析および手動選択によって同定された5−遺伝子特性と、線形判別分析(LDA)アプローチによって選択された4−遺伝子特性と、の同定を可能にした。これらの2つの特性は、感度/特異性がそれぞれ、92%/70%および92%/61%の性能を有し、74の個別の甲状腺試料で検証された。本明細書で示された結果は、これらの候補の特性が、現在利用できる診断手法よりも優れた感度および特異性で、甲状腺癌の診断を促進することを示す。これらの2つの特性は、未確定のFNA試料の検定における使用に適している。
I(psid)=括弧内のプローブセットの強度の底2の対数
d(CP)=癌陽性群に対する判別関数
d(CN)=癌陰性群に対する判別関数
P(CP)=癌陽性群に対する事後p値
P(CN)=癌陰性群に対する事後p値、である。
I(psid)=括弧内のプローブセットの強度の底2の対数
d(CP)=癌陽性群に対する判別関数
d(CN)=癌陰性群に対する判別関数
P(CP)=癌陽性群に対する事後p値
P(CN)=癌陰性群に対する事後p値、である。
材料および方法
組織試料
甲状腺良性病変、濾胞性腺腫、濾胞性癌、および、乳頭癌の新鮮凍結試料が、ゲノミクスコラボラティブ社(Genomics Collaborative, Inc.)(ケンブリッジ、マサチューセッツ州)、アステランド社(Asterand)(デトロイト、ミシガン州)、プロテオジェネクス社(Proteogenex)(ロサンゼルス、カリフォルニア州)を含む、異なった商用ベンダーから取得された。全ての試料は、治験審査委員会承認プロトコルにしたがって収集された。患者の人口統計および病理学的情報もまた収集された。診断、試料の保存、および、腫瘍の含有量を確認するために、各々の試料の組織病理学的特徴が再調査された。
全てのRNAの単離に対して、標準的なTriZolプロトコルが使用された。組織は、TriZol試薬(インビトロジェン(Invitrogen)、カールズバッド、カリフォルニア州)中でホモジナイズされた。TriZolから全RNAを単離し、−20℃でイソプロピルアルコールを用いて沈殿させた。RNAのペレットは75%エタノールで洗浄され、水に溶解され、使用まで−80℃で保管された。RNAの完全性は、アグリエント2100バイオアナライザーRNA6000ナノアッセイ(Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 NanoAssay)(アグリエントテクノロジー社(Agilent Technologies)、パロアルト、カリフォルニア州)を用いて検討された。
以下のステップを使用して線形判別分析が行われた。本ステップとは、共通の(プールされていた)共分散行列および群内平均値を計算するステップと、上記共通の共分散および群内平均値から線形判別関数のセットを計算するステップと、線形判別関数を使用して分類を行うステップと、である。
4−遺伝子特性に対し、
d(CP)=−50.9964+0.220424(I(32128_at))+1.520185(I(209810_at))+3.09431(I(210078_s_at))+6.11283(I(213423_x_at))
d(CN)=−46.7445+0.374751(I(32128_at))+1.010852(I(209810_at))+3.645515(I(210078_s_at))+5.337296(I(213423_x_at))
5−遺伝子特性に対し、
d(CP)=−135.931+4.737838(I(202363_at))−1.23763(I(203256_at))+1.984148(I(203889_at))+6.638082(I(210342_s_at)+10.7704(I(212464_s_at))
d(CN)=−128.978+4.610498(I(202363_at))−1.28685(I(203256_at))+1.656772(I(203889_at))+6.859133(I(210342_s_at)+10.24482(I(212464_s_at))
I(psid)=括弧内のプローブセットの強度の底2の対数
d(CP)=癌陽性群に対する判別関数
d(CN)=癌陰性群に対する判別関数
P(CP)=癌陽性群に対する事後p値
P(CN)=癌陰性群に対する事後p値、である。
aRNAは、リボビースト2−ラウンドアミノアリル−aRNA増幅キット(RiboBeast 2-Round Aminoallyl-aRNA Amplification kit)(エピセンター(Epicentre)、ウィスコンシン州)(T7をベースにしたRNA線形増幅プロトコル)をいくつか改変して使用し、10ngの全RNAから増幅された。全RNAは、T7RNAポリメラーゼプロモーター配列を含むオリゴ(dT)プライマーおよびスーパースクリプトIII RT(Superscript III RT)を使用して逆転写された。第2の鎖の合成は、BstDNAポリメラーゼを使用して行われた。バックグランドノイズを減少させるために、Exo IとExo VIIのエキソヌクレアーゼ混合液と共にインキュベートする追加のステップが行われた。二本鎖cDNAは、in vitro転写によるT7を介した線形増幅のための鋳型として使用された。増幅の第2のラウンドのためには、リボビースト試薬を使用する代わりにENZOバイオアレイ高収率RNA転写標識キット(ENZO BioArray HighYield RNA Transcript Labeling kit)(アフィメトリクス社、カリフォルニア州)が、アミノアリル−aRNAのin vitro転写ステップと入れ替えて、使用された。aRNAはアグリエントナノチップ(Agilent Nano Chip)技術によって定量された。
マイクロアレイ解析
標識されたcRNAが調製され、合計22,000プローブセットを含む高密度オリゴヌクレオチドアレイHu133A遺伝子チップ(アフィメトリクス社、サンタクララ、カリフォルニア州)とハイブリダイズされた。ハイブリダイゼーションは、製造元によって供給される標準的プロトコルにしたがって行われた。アレイは、アフィメトリクス社のプロトコルおよびスキャナーを使用してスキャンされた。続く解析のために、各々のプローブセットは個別の遺伝子と見なされた。各々の遺伝子に対する発現値が、アフィメトリクス社遺伝子チップ解析ソフトウェアMAS5.0を使用して計算された。全てのチップは以下の品質管理基準に合致した。この品質管理基準では、「Present」判定の割合、倍率、バックグランドレベル、および、ノイズレベルが、平均のプラスまたはマイナス3標準偏差の範囲内である必要がある。続く解析に使用された全てのチップは、上記の品質管理基準を通過した。特性選択および検証のための試料のコレクションは、表1に要約されている。
特性同定の結果
A.遺伝子選択
31の原発性甲状腺乳頭癌、21の濾胞性甲状腺癌、33の濾胞性腺腫、および、13の良性甲状腺組織を含む合計98の試料が、アフィメトリクス社ヒトU133A遺伝子チップを使用して分析された。後に続く遺伝子マーカーまたは特性の同定のための限られた数の遺伝子を取得するために、全てのデータセットに対して以下の5つの遺伝子選択基準が適用された。
1.この試料セット中で、少なくとも1つの「Present」判定を持つ遺伝子が検討された。
2.12のPBL試料中で、1つより多い「Present」判定を持つ遺伝子は、除外された。
3.全ての試料中で、200より大きいチップ強度を持つ遺伝子だけが選択された。
4.上記3つの基準を通過した遺伝子を使用して、発明者らは、表2に挙げられたような種々の分析を行い、甲状腺腫瘍中で発現亢進または発現抑制されている遺伝子を同定した。
5.最後に、1.4倍より大きい発現の変化を持つ遺伝子が選択された。
発明者らは、線形判別式(linear discriminator)によって評価された事後エラーが0.1より少ないかまたは0.1に等しくなるまで、一回に1つの遺伝子を加える前進選択工程(forward selection process)を使用した。本アプローチを322の遺伝子に使用することにより、4遺伝子特性が発見された。上記4遺伝子の同定は、表5および表16に示されており、これらのチップのデータは、表6および表7に示されている。
個々の遺伝子は、RT−PCRに基づいた分析を構成することを目標として選別された。甲状腺癌と非癌性組織の間の遺伝子発現プロファイルの比較は、322の遺伝子から5−遺伝子特性を同定した。これら5−遺伝子の同定は、表8および表16に示されており、チップのデータは、表9に示されている。この特性の性能は、98の試料中でLDAを使用して判定され、特性は92%の感度および70%の特異性を与える(表10に示す)。ROC曲線は、図2に示されるように、0.88のAVCを与えた。
74の個別の甲状腺試料が、U133Aチップを用いて処理され、プロファイリングされた。これらの2つの特性に対するチップのデータは表11に示されている。4−遺伝子および5−遺伝子特性の性能は、LDAを用いて判定された。両特性は、98のトレーニング試料と比較して、74の試料中で同等の性能を与えた。両特性に対する感度および特異性は、表12に示されており、ROC曲線は図3aおよび図3bに示されている。
98の甲状腺試料および12のPBL試料を使用して、発明者らは、試料採取対照として2つの群の遺伝子を選択した。第1の群は、甲状腺中では発現されているがPBL中では発現されていない遺伝子からなり、第2の群は、PBL中では発現されているが甲状腺中では発現されていない遺伝子を含む。全遺伝子のリストおよび対応するチップのデータは、表13aおよび表13bに示されている。これらの遺伝子から、発明者らは、量が豊富であり、甲状腺とPBLの間の差が比較的大きい6つの遺伝子を選択した。6つの遺伝子の発現プロファイルは、74の個別の甲状腺試料中で検証された。上記6つの遺伝子の同定は、表14に示されており、これらのチップのデータは、表15aおよび表15bに示されている。
発明者らはさらに、5−遺伝子および4−遺伝子特性を、遺伝子チップデータ正規化アルゴリズムと同様に、上記遺伝子を3つの選択された甲状腺対照遺伝子に正規化することによって、検討した。3つの甲状腺対照遺伝子の平均の蛍光強度が、特性遺伝子の信号正規化のために使用された。上記2つの特性が正規化された場合、両特性の性能はわずかに向上した。上記2つの特性の感度と特異性は、表16に示されており、ROC曲線は、図4aおよび図4bに示されている。
標的RNAの1−ラウンドの増幅後、すなわち2−ラウンドの増幅において、FNA試料がアフィメトリクス社U133a遺伝子チップにハイブリダイズするための十分なプローブ材料を提供する必要量の甲状腺細胞を欠いているかを決定する目的で、発明者らは、74の個別の検証試料セットに含まれる47の試料を用いて2−ラウンドの増幅を行った。取得されたデータは、5−遺伝子および4−遺伝子特性の性能が1−ラウンドまたは2−ラウンドの増幅のいずれかと同等であることを示す。2種類の異なった目的物調製の2つの遺伝子特性のROC曲線は、図5a、図5b、図5c、および、図5dに示されている。
個別の試料を使用した相互検証
A.83の個別の新鮮凍結甲状腺試料を使用した相互検証
83の個別の甲状腺試料が、U133aチップを用いて処理され、プロファイリングされた。各々のカテゴリー中の試料数を、表17に記載している。
47の甲状腺FNA試料が、U133aチップを用いて処理され、プロファイリングされた。各々のカテゴリーの試料数を、表19に記載している。
83の新鮮凍結試料および47のFNA試料の収集物の中には、同じ患者からの28の試料がある。これらの対になった試料における上記特性の直接の比較は、上記特性がどれだけ良く最終的な分子分析に翻訳されるかを示す。4−遺伝子特性および5−遺伝子特性の性能は、LDAモデルを用いて判定された。両特性は、新鮮凍結試料およびFNA試料中で同等の性能を与えた。これらの結果は、本発明者らの4−遺伝子および5−遺伝子特性が、両試料型において同様に良く機能できることを示し、新鮮凍結試料を遺伝子/特性同定に使用するアプローチが妥当であることを証明した。両特性の感度と特異性は、表21に示されており、ROC曲線は、図8aおよび図8bに示されている。
リアルタイム定量RT−PCR
試料採取:
遺伝子プロファイルおよび/または対照の一部が、RT−PCRで適切な特異性および感度を与えるかどうか決定するために、以下の実験が行われた。以下は、1−ラウンドのRNA増幅しか必要としないという利点を持っている。
プライマーおよび加水分解プローブは、Oligo 6.0および甲状腺癌状態のマーカーに対するジーンバンクの配列(表22)を使用して設計された。これらのプライマーおよびプローブセットは、プライマーのアニーリング温度が62℃に、プローブのアニーリング温度がそれより5〜10℃高くなるように、増幅生成物の長さが100〜150塩基対の範囲になるようにデザインされた。ゲノムDNA増幅は、本発明者らのプライマーをエクソン−イントロンスプライシング部位の近傍にデザインすることによって除外された。加水分解プローブは、5’ヌクレオチド側ではレポーター染料としてFAMで標識され、3’ヌクレオチド側では消光染料としてTAMRAで標識された。
21の甲状腺癌状態遺伝子およびハウスキーピング遺伝子の遺伝子特異的リアルタイム定量RT−PCR増幅が、TaqManワンステップRT−PCRマスター混合液(TaqMan One-Step RT-PCR Master Mix)(2×)(アプライドバイオシステムズ社(Applied Biosystems))およびABI Prism 7900HT配列検出システム(アプライドバイオシステムズ社)を使用して行われた。25μLの1ステップ反応では、1× RT−PCRマスター混合液、Multiscribe酵素 0.25U/μL、プライマー 0.6μM、および、プローブ 0.25μM、を含む混合液に全RNA(10ng)が加えられた。サイクルパラメータは、48℃で30分、95℃で10分、続いて、95℃で15秒と62℃で1分を40サイクル、であった。リアルタイムのPCRモニタリングは、各サイクルのアニーリング段階の終わりにおける蛍光信号を測定することによって達成された。蛍光閾値に達するためのサイクル数は、サイクル閾値(Ct値)として定義された。試料中のRNAの完全性から生じるエラーを最小化するために、β−アクチンのmRNAが内部対照として増幅された。外部標準は、既知の甲状腺癌陽性のRNAの10倍希釈系列によって調製され、本発明者らの分析を通じて、線形性を確認するために使用された。結果は平均Ct値で表わされ、標準偏差が1より大きい試料は除外された。結果は、表23a、表23b、表23c、表24a、および表24bに提供されている。
(1)甲状腺癌を診断する方法において、
a.患者から生体試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップと、
を含み、
所定のカットオフレベルより高いまたは低い前記遺伝子発現レベルは、甲状腺癌を示す、方法。
a.患者から試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップと、
を含み、
所定のカットオフレベルより高いまたは低い前記遺伝子発現レベルは、甲状腺癌腫を示す、方法。
a.患者から生体試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354、に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップと、
を含み、
所定のカットオフレベルより高いまたは低い前記遺伝子発現レベルは、甲状腺癌腫を示す、方法。
a.甲状腺癌患者から生体試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップと、
を含み、
所定のカットオフレベルより高いかまたは低い前記遺伝子発現レベルは、病変を治療するために推奨される手術および/または治療のタイプを、医師が決定することを可能にするのに十分に癌を示す、方法。
a.甲状腺癌患者から生体試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、であり、
所定のカットオフレベルより高いまたは低い前記遺伝子発現レベルは、癌を示す、ステップと、
c.前記患者が癌陽性の場合には、甲状腺切除術で前記患者を治療するステップと、
を含む、方法。
前記配列識別番号は、36、53、73、211、および、242である、方法。
(7)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記配列識別番号は、199、207、255、および、354である、方法。
(8)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記配列識別番号は、45、215、65、29、190、199、207、255、および、354である、方法。
(9)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記試料は、穿刺吸引、組織塊標本、および、レーザーキャプチャーマイクロダイセクションからなる群から選択される方法によって調製される、方法。
(10)実施態様9に記載の方法において、
前記組織塊標本は、生検または手術検体から取得される、方法。
mRNAをコードする少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
a.配列識別番号142、219、および、309に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号9、12、および、18に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号130、190、および、276に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号9、12、および、18に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップ、
をさらに含む、方法。
(12)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記試料中に構成的に発現されている少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを測定するステップ、
をさらに含む、方法。
(13)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記特異性は、少なくとも40%である、方法。
(14)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記特異性は、少なくとも50%である、方法。
前記特異性は、少なくとも60%である、方法。
(16)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記感度は、少なくとも90%である、方法。
(17)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記感度は、少なくとも92%である、方法。
(18)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
発現パターンの比較が、パターン認識法を用いて行われる、方法。
(19)実施態様18に記載の方法において、
前記パターン認識法は、コックスの比例ハザード解析の使用を含む、方法。
(20)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記所定のカットオフレベルは、良性細胞または正常組織と比較して、前記試料中での少なくとも約1.5倍の過剰発現または過少発現(about 1.5-fold over- or under- expression)である、方法。
(21)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
前記所定のカットオフレベルは、良性細胞または正常組織と比較して、甲状腺癌腫細胞を有する前記試料中での少なくとも統計的に有意なp値の過剰発現を有する、方法。
(22)実施態様21に記載の方法において、
前記p値は、約0.05未満である、方法。
遺伝子発現は、マイクロアレイまたは遺伝子チップ上で測定される、方法。
(24)実施態様23に記載の方法において、
前記マイクロアレイは、cDNAアレイまたはオリゴヌクレオチドアレイである、方法。
(25)実施態様24に記載の方法において、
前記マイクロアレイまたは遺伝子チップは、1つまたはそれ以上の内部対照試薬をさらに含む、方法。
(26)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
遺伝子発現は、前記試料から抽出されるRNAのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって行われる核酸増幅によって決定される、方法。
(27)実施態様26に記載の方法において、
前記PCRは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)である、方法。
(28)実施態様27に記載の方法において、
前記RT−PCRは、1つまたはそれ以上の内部対照試薬をさらに含む、方法。
(29)実施態様28に記載の方法において、
前記内部対照試薬は、PAX8遺伝子発現を検出する方法である、方法。
前記PAX8遺伝子発現は、配列識別番号409〜411を使用して測定される、方法。
(31)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
遺伝子発現は、前記遺伝子によってコードされるタンパク質を測定または検出することによって検出される、方法。
(32)実施態様31に記載の方法において、
前記タンパク質は、当該タンパク質に特異的な抗体によって検出される、方法。
(33)実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法において、
遺伝子発現は、当該遺伝子の特性を測定することによって検出される、方法。
(34)実施態様33に記載の方法において、
測定される前記特性は、DNAの増幅、メチル化、変異、および、対立遺伝子変異からなる群から選択される、方法。
a.統計的に有意な数の患者の生体試料から遺伝子発現データを取得するステップと、
b.試料の順番をランダム化するステップと、
c.試料の約10〜50%からのデータを除外することを設定するステップと、
d.残試料に対して、全ての変数に関して関心のある要素に対する計算を行い、p値カットオフ(p)に見合う変数を選択するステップと、
e.順方向検索を使用して予測モデルに合致する変数を選択し、所定のエラー率に達するまでトレーニングエラーを評価するステップと、
f.前記除外されていた試料の10〜50%に対して前記予測モデルを検定するステップと、
g.ステップc.からステップg.まで(steps c., -g.)を除外されていた試料の新たなセットを用いて繰り返すステップと、
h.ステップc)〜ステップg)を、100%の試料が検定されるまで継続し、分類性能を記録するステップと、
を含む、方法。
前記ステップh.で取得される前記遺伝子発現データは、mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子によって表わされ、前記mRNAは、
a.配列識別番号1、4、7、8、10〜11、13〜17、19〜24、26〜27、29〜31、33〜35、37〜38、40〜52、54〜72、75〜82、84〜135、138〜141、144〜151、153〜159、161〜162、164、166〜173、176〜198、200〜201、203〜206、208〜209、212〜213、215〜218、220〜221、223、227〜233、235〜241、243〜244、246〜249、251、253〜254、256〜263、265〜289、291〜293、295〜308、310〜331、333〜341、343〜345、347〜348、350〜353、および、355〜363、に対応するmRNA、または、
b.配列識別番号1、4、7、8、10〜11、13〜17、19〜24、26〜27、29〜31、33〜35、37〜38、40〜52、54〜72、75〜82、84〜135、138〜141、144〜151、153〜159、161〜162、164、166〜173、176〜198、200〜201、203〜206、208〜209、212〜213、215〜218、220〜221、223、227〜233、235〜241、243〜244、246〜249、251、253〜254、256〜263、265〜289、291〜293、295〜308、310〜331、333〜341、343〜345、347〜348、350〜353、および、355〜363、に対応する、表25中のpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、である、方法。
a.統計的に有意な数の患者の生体試料から遺伝子発現データを取得するステップと、
b.前記遺伝子発現データ内の情報源の変動を正規化するステップと、
c.関心のある要素に対して、事前に選択された全ての変数に関する計算を行うステップと、
d.前記試料に対して予測モデルを検定し、分類性能を記録するステップと、
を含む、方法。
前記ステップd.で取得される前記遺伝子発現データは、mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子によって表わされ、前記mRNAは、
a.配列識別番号1、4、7、8、10〜11、13〜17、19〜24、26〜27、29〜31、33〜35、37〜38、40〜52、54〜72、75〜82、84〜135、138〜141、144〜151、153〜159、161〜162、164、166〜173、176〜198、200〜201、203〜206、208〜209、212〜213、215〜218、220〜221、223、227〜233、235〜241、243〜244、246〜249、251、253〜254、256〜263、265〜289、291〜293、295〜308、310〜331、333〜341、343〜345、347〜348、350〜353、および、355〜363、に対応するmRNA、または、
b.配列識別番号1、4、7、8、10〜11、13〜17、19〜24、26〜27、29〜31、33〜35、37〜38、40〜52、54〜72、75〜82、84〜135、138〜141、144〜151、153〜159、161〜162、164、166〜173、176〜198、200〜201、203〜206、208〜209、212〜213、215〜218、220〜221、223、227〜233、235〜241、243〜244、246〜249、251、253〜254、256〜263、265〜289、291〜293、295〜308、310〜331、333〜341、343〜345、347〜348、350〜353、および、355〜363、に対応する、表25中のpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、である、方法。
実施態様37または実施態様38に記載の方法によって取得される、遺伝子プロファイル。
(40)甲状腺癌腫患者の診断を可能にする事後確率スコアを生成する方法において、
a.統計的に有意な数の患者の生体試料から遺伝子発現データを取得するステップと、
b.選択される遺伝子を取得するために前記データに線形判別分析を適用するステップと、
c.事後確率スコアとして適用されることができる予測モデルを取得するために、判別関数因子を用いて(with discriminate function factor)、前記選択された遺伝子に対して、重み付けされた発現レベルを適用するステップと、
を含む、方法。
(41)実施態様40に記載の方法において、
前記線形判別分析は、下記の数式を使用して計算され、
I(psid)=括弧内のプローブセットの強度の底2の対数
d(CP)=癌陽性群に対する判別関数
d(CN)=癌陰性群に対する判別関数
P(CP)=癌陽性群に対する事後p値
P(CN)=癌陰性群に対する事後p値、である、方法。
a.前記患者から生体試料を取得するステップと、
b.前記試料の遺伝子発現を測定するステップと、
c.ステップb.の結果に再発ハザードスコアを適用するステップと、
d.ステップc.で取得された結果を前記報告書を作成するために使用するステップと、
を含む、方法。
(43)実施態様42に記載の方法において、
前記報告書は、患者の転帰および/または患者集団と比較した危険性の確率の評価を含む、方法。
(44)患者報告書において、
実施態様42に記載の方法によって作成された、患者報告書。
(45)成分において、
配列識別番号36、53、73、211、および、242、ならびに/もしくは、配列識別番号199、207、255、および、354、または、配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsid、ならびに/もしくは、表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354からなる群から選択される、少なくとも1つのプローブのセットを含む、成分。
mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の組み合わせの、単離された核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部を検出するための材料であって、前記mRNAは、
a.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、である、材料、
を含む、キット。
(47)実施態様46に記載のキットにおいて、
前記配列識別番号は、36、53、73、211、および、242である、キット。
(48)実施態様46に記載のキットにおいて、
前記配列識別番号は、199、207、255、および、354である、キット。
前記配列識別番号は、45、215、65、29、190、199、207、255、および、354である、キット。
(50)実施態様46に記載のキットにおいて、
マイクロアレイ解析を行うための試薬、
をさらに含む、キット。
(51)実施態様46に記載のキットにおいて、
媒体であって、前記核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部が、前記媒体を介して分析される、媒体、
をさらに含む、キット。
mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の組み合わせの、単離された核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部を検出するための材料であって、前記mRNAは、
a.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、材料、
を含む、物品。
(53)実施態様52に記載の物品において、
前記配列識別番号は、36、53、73、211、および、242である、物品。
(54)実施態様52に記載の物品において、
前記配列識別番号は、199、207、255、および、354である、物品。
前記配列識別番号は、45、215、65、29、190、199、207、255、および、354である、物品。
(56)実施態様52に記載の物品において、
マイクロアレイ解析を行うための試薬、
をさらに含む、物品。
(57)実施態様52に記載の物品において、
媒体であって、前記核酸配列、前記配列の相補配列、または前記配列および前記相補配列の一部が、前記媒体を介して分析される、媒体、
をさらに含む、物品。
(58)マイクロアレイまたは遺伝子チップにおいて、
実施態様1から実施態様5の1つに記載の方法を施行するための、マイクロアレイまたは遺伝子チップ。
mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の組み合わせの、単離された核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部、
を含み、
前記mRNAは、
a.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAであり、
前記組み合わせは、生体試料中の甲状腺癌腫または再発の危険性を特徴付ける(characterize)のに十分である、マイクロアレイ。
(60)実施態様59に記載のマイクロアレイにおいて、
前記測定または特徴付け(characterization)が、少なくとも約1.5倍の過剰発現または過少発現である、マイクロアレイ。
前記測定が、統計的に有意なp値の過剰発現または過少発現を提供する、マイクロアレイ。
(62)実施態様59に記載のマイクロアレイにおいて、
前記p値は、約0.05未満である、マイクロアレイ。
(63)実施態様59に記載のマイクロアレイにおいて、
cDNAアレイ、またはオリゴヌクレオチドアレイ、
を含む、マイクロアレイ。
(64)実施態様59に記載のマイクロアレイにおいて、
1つ以上の内部対照試薬、
をさらに含む、マイクロアレイ。
mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の組み合わせの、単離された核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部、
を含み、
前記mRNAは、
a.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識される、mRNAであり、
前記組み合わせは、生体試料中の甲状腺癌腫の状態または再発の危険性を特徴付けるのに十分である、診断/予後診断ポートフォリオ。
(66)実施態様65に記載のポートフォリオにおいて、
前記測定または特徴付けが、少なくとも約1.5倍の過剰発現または過少発現である、ポートフォリオ。
前記測定が、統計的に有意なp値の過剰発現または過少発現を提供する、ポートフォリオ。
(68)実施態様65に記載のポートフォリオにおいて、
前記p値は、約0.05未満である、ポートフォリオ。
Claims (68)
- 甲状腺癌を診断する方法において、
a.患者から生体試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップと、
を含み、
所定のカットオフレベルより高いまたは低い前記遺伝子発現レベルは、甲状腺癌を示す、方法。 - 甲状腺癌腫と良性甲状腺病変とを識別する方法において、
a.患者から試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップと、
を含み、
所定のカットオフレベルより高いまたは低い前記遺伝子発現レベルは、甲状腺癌腫を示す、方法。 - 未確定の甲状腺穿刺吸引(FNA)甲状腺結節試料を検査する方法において、
a.患者から生体試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354、に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップと、
を含み、
所定のカットオフレベルより高いまたは低い前記遺伝子発現レベルは、甲状腺癌腫を示す、方法。 - 甲状腺癌患者の治療プロトコルを決定する方法において、
a.甲状腺癌患者から生体試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップと、
を含み、
所定のカットオフレベルより高いかまたは低い前記遺伝子発現レベルは、病変を治療するために推奨される手術および/または治療のタイプを、医師が決定することを可能にするのに十分に癌を示す、方法。 - 甲状腺癌患者を治療する方法において、
a.甲状腺癌患者から生体試料を取得するステップと、
b.mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の、前記試料中の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
i.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
ii.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
iii.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
iv.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、であり、
所定のカットオフレベルより高いまたは低い前記遺伝子発現レベルは、癌を示す、ステップと、
c.前記患者が癌陽性の場合には、甲状腺切除術で前記患者を治療するステップと、
を含む、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記配列識別番号は、36、53、73、211、および、242である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記配列識別番号は、199、207、255、および、354である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記配列識別番号は、45、215、65、29、190、199、207、255、および、354である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記試料は、穿刺吸引、組織塊標本、および、レーザーキャプチャーマイクロダイセクションからなる群から選択される方法によって調製される、方法。 - 請求項9に記載の方法において、
前記組織塊標本は、生検または手術検体から取得される、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
mRNAをコードする少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを測定するステップであって、前記mRNAは、
a.配列識別番号142、219、および、309に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号9、12、および、18に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号130、190、および、276に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号9、12、および、18に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、ステップ、
をさらに含む、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記試料中に構成的に発現されている少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを測定するステップ、
をさらに含む、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記特異性は、少なくとも40%である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記特異性は、少なくとも50%である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記特異性は、少なくとも60%である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記感度は、少なくとも90%である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記感度は、少なくとも92%である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
発現パターンの比較が、パターン認識法を用いて行われる、方法。 - 請求項18に記載の方法において、
前記パターン認識法は、コックスの比例ハザード解析の使用を含む、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記所定のカットオフレベルは、良性細胞または正常組織と比較して、前記試料中での少なくとも約1.5倍の過剰発現または過少発現である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
前記所定のカットオフレベルは、良性細胞または正常組織と比較して、甲状腺癌腫細胞を有する前記試料中での少なくとも統計的に有意なp値の過剰発現を有する、方法。 - 請求項21に記載の方法において、
前記p値は、約0.05未満である、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
遺伝子発現は、マイクロアレイまたは遺伝子チップ上で測定される、方法。 - 請求項23に記載の方法において、
前記マイクロアレイは、cDNAアレイまたはオリゴヌクレオチドアレイである、方法。 - 請求項24に記載の方法において、
前記マイクロアレイまたは遺伝子チップは、1つまたはそれ以上の内部対照試薬をさらに含む、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
遺伝子発現は、前記試料から抽出されるRNAのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって行われる核酸増幅によって決定される、方法。 - 請求項26に記載の方法において、
前記PCRは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)である、方法。 - 請求項27に記載の方法において、
前記RT−PCRは、1つまたはそれ以上の内部対照試薬をさらに含む、方法。 - 請求項28に記載の方法において、
前記内部対照試薬は、PAX8遺伝子発現を検出する方法である、方法。 - 請求項29に記載の方法において、
前記PAX8遺伝子発現は、配列識別番号409〜411を使用して測定される、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
遺伝子発現は、前記遺伝子によってコードされるタンパク質を測定または検出することによって検出される、方法。 - 請求項31に記載の方法において、
前記タンパク質は、当該タンパク質に特異的な抗体によって検出される、方法。 - 請求項1から請求項5の1つに記載の方法において、
遺伝子発現は、当該遺伝子の特性を測定することによって検出される、方法。 - 請求項33に記載の方法において、
測定される前記特性は、DNAの増幅、メチル化、変異、および、対立遺伝子変異からなる群から選択される、方法。 - 甲状腺癌腫患者に対する遺伝子発現プロファイルを相互検証する方法において、
a.統計的に有意な数の患者の生体試料から遺伝子発現データを取得するステップと、
b.試料の順番をランダム化するステップと、
c.試料の約10〜50%からのデータを除外することを設定するステップと、
d.残試料に対して、全ての変数に関して関心のある要素に対する計算を行い、p値カットオフ(p)に見合う変数を選択するステップと、
e.順方向検索を使用して予測モデルに合致する変数を選択し、所定のエラー率に達するまでトレーニングエラーを評価するステップと、
f.前記除外されていた試料の10〜50%に対して前記予測モデルを検定するステップと、
g.ステップc.からステップg.までを除外されていた試料の新たなセットを用いて繰り返すステップと、
h.ステップc)〜ステップg)を、100%の試料が検定されるまで継続し、分類性能を記録するステップと、
を含む、方法。 - 請求項35に記載の方法において、
前記ステップh.で取得される前記遺伝子発現データは、mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子によって表わされ、前記mRNAは、
a.配列識別番号1、4、7、8、10〜11、13〜17、19〜24、26〜27、29〜31、33〜35、37〜38、40〜52、54〜72、75〜82、84〜135、138〜141、144〜151、153〜159、161〜162、164、166〜173、176〜198、200〜201、203〜206、208〜209、212〜213、215〜218、220〜221、223、227〜233、235〜241、243〜244、246〜249、251、253〜254、256〜263、265〜289、291〜293、295〜308、310〜331、333〜341、343〜345、347〜348、350〜353、および、355〜363、に対応するmRNA、または、
b.配列識別番号1、4、7、8、10〜11、13〜17、19〜24、26〜27、29〜31、33〜35、37〜38、40〜52、54〜72、75〜82、84〜135、138〜141、144〜151、153〜159、161〜162、164、166〜173、176〜198、200〜201、203〜206、208〜209、212〜213、215〜218、220〜221、223、227〜233、235〜241、243〜244、246〜249、251、253〜254、256〜263、265〜289、291〜293、295〜308、310〜331、333〜341、343〜345、347〜348、350〜353、および、355〜363、に対応する、表25中のpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、である、方法。 - 甲状腺癌腫患者に対する遺伝子発現プロファイルを個別に検証する方法において、
a.統計的に有意な数の患者の生体試料から遺伝子発現データを取得するステップと、
b.前記遺伝子発現データ内の情報源の変動を正規化するステップと、
c.関心のある要素に対して、事前に選択された全ての変数に関する計算を行うステップと、
d.前記試料に対して予測モデルを検定し、分類性能を記録するステップと、
を含む、方法。 - 請求項37に記載の方法において、
前記ステップd.で取得される前記遺伝子発現データは、mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子によって表わされ、前記mRNAは、
a.配列識別番号1、4、7、8、10〜11、13〜17、19〜24、26〜27、29〜31、33〜35、37〜38、40〜52、54〜72、75〜82、84〜135、138〜141、144〜151、153〜159、161〜162、164、166〜173、176〜198、200〜201、203〜206、208〜209、212〜213、215〜218、220〜221、223、227〜233、235〜241、243〜244、246〜249、251、253〜254、256〜263、265〜289、291〜293、295〜308、310〜331、333〜341、343〜345、347〜348、350〜353、および、355〜363、に対応するmRNA、または、
b.配列識別番号1、4、7、8、10〜11、13〜17、19〜24、26〜27、29〜31、33〜35、37〜38、40〜52、54〜72、75〜82、84〜135、138〜141、144〜151、153〜159、161〜162、164、166〜173、176〜198、200〜201、203〜206、208〜209、212〜213、215〜218、220〜221、223、227〜233、235〜241、243〜244、246〜249、251、253〜254、256〜263、265〜289、291〜293、295〜308、310〜331、333〜341、343〜345、347〜348、350〜353、および、355〜363、に対応する、表25中のpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、である、方法。 - 遺伝子プロファイルにおいて、
請求項37または請求項38に記載の方法によって取得される、遺伝子プロファイル。 - 甲状腺癌腫患者の診断を可能にする事後確率スコアを生成する方法において、
a.統計的に有意な数の患者の生体試料から遺伝子発現データを取得するステップと、
b.選択される遺伝子を取得するために前記データに線形判別分析を適用するステップと、
c.事後確率スコアとして適用されることができる予測モデルを取得するために、判別関数因子を用いて、前記選択された遺伝子に対して、重み付けされた発現レベルを適用するステップと、
を含む、方法。 - 甲状腺癌腫予後診断の患者報告書を作成する方法において、
a.前記患者から生体試料を取得するステップと、
b.前記試料の遺伝子発現を測定するステップと、
c.ステップb.の結果に再発ハザードスコアを適用するステップと、
d.ステップc.で取得された結果を前記報告書を作成するために使用するステップと、
を含む、方法。 - 請求項42に記載の方法において、
前記報告書は、患者の転帰および/または患者集団と比較した危険性の確率の評価を含む、方法。 - 患者報告書において、
請求項42に記載の方法によって作成された、患者報告書。 - 成分において、
配列識別番号36、53、73、211、および、242、ならびに/もしくは、配列識別番号199、207、255、および、354、または、配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsid、ならびに/もしくは、表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354からなる群から選択される、少なくとも1つのプローブのセットを含む、成分。 - 生体試料中で甲状腺癌腫の予後診断を決定するための分析を行うためのキットにおいて、
mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の組み合わせの、単離された核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部を検出するための材料であって、前記mRNAは、
a.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、である、材料、
を含む、キット。 - 請求項46に記載のキットにおいて、
前記配列識別番号は、36、53、73、211、および、242である、キット。 - 請求項46に記載のキットにおいて、
前記配列識別番号は、199、207、255、および、354である、キット。 - 請求項46に記載のキットにおいて、
前記配列識別番号は、45、215、65、29、190、199、207、255、および、354である、キット。 - 請求項46に記載のキットにおいて、
マイクロアレイ解析を行うための試薬、
をさらに含む、キット。 - 請求項46に記載のキットにおいて、
媒体であって、前記核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部が、前記媒体を介して分析される、媒体、
をさらに含む、キット。 - 甲状腺癌腫の状態を評価するための物品において、
mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の組み合わせの、単離された核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部を検出するための材料であって、前記mRNAは、
a.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAである、材料、
を含む、物品。 - 請求項52に記載の物品において、
前記配列識別番号は、36、53、73、211、および、242である、物品。 - 請求項52に記載の物品において、
前記配列識別番号は、199、207、255、および、354である、物品。 - 請求項52に記載の物品において、
前記配列識別番号は、45、215、65、29、190、199、207、255、および、354である、物品。 - 請求項52に記載の物品において、
マイクロアレイ解析を行うための試薬、
をさらに含む、物品。 - 請求項52に記載の物品において、
媒体であって、前記核酸配列、前記配列の相補配列、または前記配列および前記相補配列の一部が、前記媒体を介して分析される、媒体、
をさらに含む、物品。 - マイクロアレイまたは遺伝子チップにおいて、
請求項1から請求項5の1つに記載の方法を施行するための、マイクロアレイまたは遺伝子チップ。 - 請求項58に記載のマイクロアレイにおいて、
mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の組み合わせの、単離された核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部、
を含み、
前記mRNAは、
a.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNAであり、
前記組み合わせは、生体試料中の甲状腺癌腫または再発の危険性を特徴付けるのに十分である、マイクロアレイ。 - 請求項59に記載のマイクロアレイにおいて、
前記測定または特徴付けが、少なくとも約1.5倍の過剰発現または過少発現である、マイクロアレイ。 - 請求項59に記載のマイクロアレイにおいて、
前記測定が、統計的に有意なp値の過剰発現または過少発現を提供する、マイクロアレイ。 - 請求項59に記載のマイクロアレイにおいて、
前記p値は、約0.05未満である、マイクロアレイ。 - 請求項59に記載のマイクロアレイにおいて、
cDNAアレイ、またはオリゴヌクレオチドアレイ、
を含む、マイクロアレイ。 - 請求項59に記載のマイクロアレイにおいて、
1つ以上の内部対照試薬、
をさらに含む、マイクロアレイ。 - 診断/予後診断ポートフォリオにおいて、
mRNAをコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の組み合わせの、単離された核酸配列、前記配列の相補配列、または、前記配列および前記相補配列の一部、
を含み、
前記mRNAは、
a.配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するmRNA、ならびに/もしくは、
b.配列識別番号199、207、255、および、354に対応するmRNA、または、
c.表25に示す配列識別番号36、53、73、211、および、242に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識されるmRNA、ならびに/もしくは、
d.表25に示す配列識別番号199、207、255、および、354に対応するpsidからなる群から選択されるプローブのセットによって特異的に認識される、mRNAであり、
前記組み合わせは、生体試料中の甲状腺癌腫の状態または再発の危険性を特徴付けるのに十分である、診断/予後診断ポートフォリオ。 - 請求項65に記載のポートフォリオにおいて、
前記測定または特徴付けが、少なくとも約1.5倍の過剰発現または過少発現である、ポートフォリオ。 - 請求項65に記載のポートフォリオにおいて、
前記測定が、統計的に有意なp値の過剰発現または過少発現を提供する、ポートフォリオ。 - 請求項65に記載のポートフォリオにおいて、
前記p値は、約0.05未満である、ポートフォリオ。
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