JP2008541737A - マイクロrna発現の変化した細胞を標的とすること - Google Patents
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Abstract
【選択図】図1
Description
この特許出願は2005年6月3日、提出されたUnited States Provisional Patent Application
No.60/687,547から優先権が請求されている。
-アセチルシトシン、5- (カルボキシルヒドロキシルメチル)ウラシル、5 -カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン、5-カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ-D-ガラクトシルケオシン、イノシン、N6-イソペンテニルアデニン、1-メチルグアニン、1-メチルイノシン、2,2-ジメチルグアニン、2-メチルアデニン、2-メチルグアニン、3-メチルシトシン、5-メチルシトシン、N6-アデニン、7-メチルグアニン、5-メチルアミノメチルウラシル、5-メトキシアミノメチル-2-チオウラシル、ベータD-マンノシルケオシン、5’ -メトキシカルボキシメチルウラシル、5-メトキシウラシル、2-メトキシチオ-N6-イソペンテニルアデニン、ウラシル-5-オキシ酢酸(v)、ウィブトキソシン、プソイドウラシル、ケオシン、2-チオシトシン、5-メチル-2-チオウラシル、2-チオウラシル、4-チオウラシル、5-メチルウラシル、ウラシル-5-オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル-5-オキシ酢酸(v)、5-メチル-2-チオウラシル、3-(3-アミノ-3-N-2-カルボキシプロヒル)ウラシル、(acp3)w、および2.6ジアミノプリンを含む群から選定した少なくとも1つの修飾された塩基部分を含んでもよい。
前記のように、本発明は、細胞内のマイクロRNA活性および/もしくは濃度が、結果として細胞の発現を調節するのに十分な細胞内の活性および/もしくは濃度に至る、細胞の発現を調節する方法を1つの形態で可能にするものであって、この方法は細胞の発現を調節する能力を有する核酸を細胞内に導入する段階を含むものであって、この核酸はマイクロRNAの結合部位を含む。
, Fritsch , E F . およびManiatis , T , Molecular Cloning : A Laboratory
Mannual 第2版Cold Spring Harbor
Laboratory Press , ニューヨーク(1989)に記載されている通りである。
Physiol. 187(1): 22-36に記載された通りであり、単純ヘルペスチミジンキナーゼ[NC_001798: c 48000-46870 (HSV2 ゲノム) ] [gi| 9629267]、E. coli シトシンデアミナーゼ[NC_000913: 355395_356678 (E . Ccli ゲノム) ] [gi| 49175990] 、細菌性E. Coliニトロリダクターゼ[NC_000913 : c603994 604647] [ gi| 49175990 , P . aeruginosa
カルボキシペプチダーゼ G2 [AE 0047061: 3474_4712]、ワサビダイコン過酸化酵素[×57564] [gi| 16095] 、およびE. coli プリンヌクレオシド加リン酸分解酵素[U00096.2: 4618906_4619625(E. coli genome) [gi|
48994873]を含む。これらの遺伝子の活性フラグメントを用いてもよく、機能的変異体を用いてもよい。
ID NO. 151と表される。
ID NO. 152と表される。この場合には、開始コドンは哺乳動物の発現構造についてGTGからATGまで変化することに注目すべきである。
: O17131;gi|967132]。
hsa-let-7a-1 pre-miRNA
precursor:
ugggaugagguaguagguuguauaguuuuagggucacacccaccacugggagauaacuauacaaucuacugucuuuccua
(SEQ ID NO.1)
hsa-let-7 mature miRNA:
ugagguaguagguuguauaguu
(SEQ ID NO.2)
hsa-let-7a-2 pre-miRNA
precursor:
agguugagguaguagguuguauaguuuagaauuacaucaagggagauaacuguacagccu
ccuagcuuuccu (SEQ ID
NO.3)
hsa-let-7a mature
miRNA:
ugagguaguagguuguauaguu
(SEQ ID NO.4)
hsa-let-7a-3 pre-miRNA
precursor:
gggugagguaguagguuguauaguuuggggcucugcccugcuaugggauaacuauacaaucuacugucuuuccu
(SEQ ID NO.5)
hsa-let-7a mature
miRNA:
ugagguaguagguuguauaguu
(SEQ ID NO.6)
hsa-let-7b pre-miRNA
precursor:
cggggugagguaguagguugugugguuucagggcagugauguugccccucggaagauaacuauacaaccuacugccuucccug
(SEQ ID NO.7)
hsa-let-7b mature
miRNA:
ugagguaguagguugugugguu
(SEQ ID NO.8)
hsa-let-7c pre-miRNA
precursor:
gcauccggguugagguaguagguuguaugguuuagaguuacacccugggaguuaacuguacaaccuucuagcuuuccuuggagc
(SEQ ID NO.9)
hsa-let-7c mature
miRNA:
ugagguaguagguuguaugguu
(SEQ ID NO.10)
hsa-let-7f-1 pre-miRNA
precursor:
ucagagugagguaguagauuguauaguugugggguagugauuuuacccuguucaggagauaacuauacaaucuauugccuucccuga
(SEQ ID NO.11)
hsa-let-7f mature
miRNA:
ugagguaguagauuguauaguu
(SEQ ID NO.12)
hsa-let-7f-2 pre-miRNA
precursor:
ugugggaugagguaguagauuguauaguuuuagggucauaccccaucuuggagauaacuauacagucuacugucuuucccacg
(SEQ ID NO.13)
hsa-let-7f mature
miRNA:
ugagguaguagauuguauaguu
(SEQ ID NO.14)
hsa-mir-10b pre-miRNA
precursor:
ccagagguuguaacguugucuauauauacccuguagaaccgaauuugugugguauccguauagucacagauucgauucuaggggaauauauggucgaugcaaaaacuuca
(SEQ ID NO.15)
hsa-miR-10b mature
miRNA:
uacccuguagaaccgaauuugu
(SEQ ID NO.16)
hsa-mir-15b pre-miRNA
precursor:
uugaggccuuaaaguacuguagcagcacaucaugguuuacaugcuacagucaagaugcgaaucauuauuugcugcucuagaaauuuaaggaaauucau
(SEQ ID NO.17)
hsa-miR-15b mature
miRNA:
uagcagcacaucaugguuuaca
(SEQ ID NO.18)
hsa-mir-16-1 pre-miRNA
precursor:
gucagcagugccuuagcagcacguaaauauuggcguuaagauucuaaaauuaucuccaguauuaacugugcugcugaaguaagguugac
(SEQ ID NO.19)
hsa-miR-16 mature
miRNA:
uagcagcacguaaauauuggcg
(SEQ ID NO.20)
hsa-mir-16-2 pre-miRNA
precursor:
guuccacucuagcagcacguaaauauuggcguagugaaauauauauuaaacaccaauauuacugugcugcuuuagugugac
(SEQ ID NO.21)
hsa-miR-16 mature
miRNA:
uagcagcacguaaauauuggcg
(SEQ ID NO.22)
hsa-mir-19b-1 pre-miRNA
precursor:
cacuguucuaugguuaguuuugcagguuugcauccagcugugugauauucugcugugcaaauccaugcaaaacugacugugguagug
(SEQ ID NO.23)
hsa-miR-19b mature
miRNA:
ugugcaaauccaugcaaaacuga
(SEQ ID NO.24)
hsa-mir-19b-2 pre-miRNA
precursor:
acauugcuacuuacaauuaguuuugcagguuugcauuucagcguauauauguauauguggcugugcaaauccaugcaaaacugauugugauaaugu
(SEQ ID NO.25)
hsa-miR-19b mature
miRNA:
ugugcaaauccaugcaaaacuga
(SEQ ID NO.26)
hsa-mir-20 pre-miRNA
precursor:
guagcacuaaagugcuuauagugcagguaguguuuaguuaucuacugcauuaugagcacuuaaaguacugc
(SEQ ID NO.27)
hsa-miR-20 mature
miRNA:
uaaagugcuuauagugcagguag
(SEQ ID NO.28)
hsa-mir-21 pre-miRNA
precursor:
ugucggguagcuuaucagacugauguugacuguugaaucucauggcaacaccagucgaugggcugucugaca
(SEQ ID NO.29)
hsa-miR-21 mature
miRNA:
uagcuuaucagacugauguuga
(SEQ ID NO.30)
hsa-mir-22 pre-miRNA
precursor:
ggcugagccgcaguaguucuucaguggcaagcuuuauguccugacccagcuaaagcugccaguugaagaacuguugcccucugcc
(SEQ ID NO.31)
hsa-miR-22 mature
miRNA:
aagcugccaguugaagaacugu
(SEQ ID NO.32)
hsa-mir-23a pre-miRNA
precursor:
ggccggcugggguuccuggggaugggauuugcuuccugucacaaaucacauugccagggauuuccaaccgacc
(SEQ ID NO.33)
hsa-miR-23a mature
miRNA:
aucacauugccagggauuucc
(SEQ ID NO.34)
hsa-mir-24-1 pre-miRNA
precursor:
cuccggugccuacugagcugauaucaguucucauuuuacacacuggcucaguucagcaggaacaggag
(SEQ ID NO.35)
hsa-miR-24 mature
miRNA:
uggcucaguucagcaggaacag
(SEQ ID NO.36)
hsa-miR-189 mature
miRNA:
gugccuacugagcugauaucagu
(SEQ ID NO.37)
hsa-mir-24-2 pre-miRNA
precursor:
cucugccucccgugccuacugagcugaaacacaguugguuuguguacacuggcucaguucagcaggaacaggg
(SEQ ID NO.38)
hsa-miR-24 mature
miRNA:
uggcucaguucagcaggaacag
(SEQ ID NO.39)
hsa-mir-26a-1 pre-miRNA
precursor:
guggccucguucaaguaauccaggauaggcugugcaggucccaaugggccuauucuugguuacuugcacggggacgc
(SEQ ID NO.40)
hsa-miR-26 mature
miRNA:
auucaaguaauccaggauaggc
(SEQ ID NO.41)
hsa-mir-26b pre-miRNA
precursor:
ccgggacccaguucaaguaauucaggauagguugugugcuguccagccuguucuccauuacuuggcucggggaccgg
(SEQ ID NO.42)
hsa-miR-26b mature miRNA:
uucaaguaauucaggauagguu
(SEQ ID NO.43)
hsa-mir-26a-2 pre-miRNA
precursor:
ggcuguggcuggauucaaguaauccaggauaggcuguuuccaucugugaggccuauucuugauuacuuguuucuggaggcagcu
(SEQ ID NO.44)
hsa-miR-26a mature
miRNA:
uucaaguaauccaggauaggc
(SEQ ID NO.45)
hsa-mir-27b pre-miRNA
precursor:
accucucuaacaaggugcagagcuuagcugauuggugaacagugauugguuuccgcuuuguucacaguggcuaaguucugcaccugaagagaaggug
(SEQ ID NO.46)
hsa-miR-27b mature
miRNA:
uucacaguggcuaaguucugc
(SEQ ID NO.47)
hsa-mir-29a pre-miRNA
precursor:
augacugauuucuuuugguguucagagucaauauaauuuucuagcaccaucugaaaucgguuau
(SEQ ID NO.48)
hsa-miR-29a mature
miRNA:
uagcaccaucugaaaucgguu
(SEQ ID NO.49)
hsa-mir-30a pre-miRNA
precursor:
gcgacuguaaacauccucgacuggaagcugugaagccacagaugggcuuucagucggauguuugcagcugc
(SEQ ID NO.50)
hsa-miR-30a-3p mature
miRNA:
cuuucagucggauguuugcagc
(SEQ ID NO.51)
hsa-miR-30a-5p mature
miRNA:
uguaaacauccucgacuggaag
(SEQ ID NO.52)
hsa-mir-141 pre-miRNA
precursor:
cggccggcccuggguccaucuuccaguacaguguuggauggucuaauugugaagcuccuaacacugucugguaaagauggcucccggguggguuc
(SEQ ID NO.53)
hsa-miR-141 mature
miRNA:
uaacacugucugguaaagaugg
(SEQ ID NO.54)
hsa-mir-142 pre-miRNA
precursor:
gacagugcagucacccauaaaguagaaagcacuacuaacagcacuggaggguguaguguuuccuacuuuauggaugaguguacugug
(SEQ ID NO.55)
hsa-miR-142-5p mature
miRNA:
cauaaaguagaaagcacuac (SEQ
ID NO.56)
hsa-miR-142-3p mature
miRNA:
uguaguguuuccuacuuuaugga
(SEQ ID NO.57)
hsa-mir-143 pre-miRNA
precursor:
gcgcagcgcccugucucccagccugaggugcagugcugcaucucuggucaguugggagucugagaugaagcacuguagcucaggaagagagaaguuguucugcagc
(SEQ ID NO.58)
hsa-miR-143 mature
miRNA:
ugagaugaagcacuguagcuca
(SEQ ID NO.59)
hsa-mir-145 pre-miRNA
precursor:
caccuuguccucacgguccaguuuucccaggaaucccuuagaugcuaagauggggauuccuggaaauacuguucuugaggucaugguu
(SEQ ID NO.60)
hsa-miR-145 mature
miRNA:
guccaguuuucccaggaaucccuu
(SEQ ID NO.61)
hsa-mir-192 pre-miRNA
precursor:
gccgagaccgagugcacagggcucugaccuaugaauugacagccagugcucucgucuccccucuggcugccaauuccauaggucacagguauguucgccucaaugccagc
(SEQ ID NO.62)
hsa-miR-192 mature
miRNA:
cugaccuaugaauugacagcc
(SEQ ID NO.63)
hsa-mir-194-1 pre-miRNA
precursor:
augguguuaucaaguguaacagcaacuccauguggacuguguaccaauuuccaguggagaugcuguuacuuuugaugguuaccaa
(SEQ ID NO.64)
hsa-miR-194 mature
miRNA:
uguaacagcaacuccaugugga
(SEQ ID NO.65)
hsa-mir-194-2 pre-miRNA
precursor:
ugguucccgcccccuguaacagcaacuccauguggaagugcccacugguuccaguggggcugcuguuaucuggggcgagggccag
(SEQ ID NO.66)
hsa-miR-194 mature
miRNA:
uguaacagcaacuccaugugga
(SEQ ID NO.67)
]
hsa-mir-199b pre-miRNA
precursor:
ccagaggacaccuccacuccgucuacccaguguuuagacuaucuguucaggacucccaaauuguacaguagucugcacauugguuaggcugggcuggguuagacccucgg
(SEQ ID NO.68)
hsa-miR-199b mature
miRNA:
cccaguguuuagacuaucuguuc
(SEQ ID NO.69)
hsa-mir-200b pre-miRNA
precursor:
ccagcucgggcagccguggccaucuuacugggcagcauuggauggagucaggucucuaauacugccugguaaugaugacggcggagcccugcacg
(SEQ ID NO.70)
hsa-miR-200b mature
miRNA:
uaauacugccugguaaugaugac
(SEQ ID NO.71)
hsa-mir-200c pre-miRNA
precursor:
cccucgucuuacccagcaguguuugggugcgguugggagucucuaauacugccggguaaugauggagg
(SEQ ID NO.72)
hsa-miR-200c mature
miRNA:
uaauacugccggguaaugaugg
(SEQ ID NO.73)
hsa-mir-320 pre-miRNA
precursor:
gcuucgcuccccuccgccuucucuucccgguucuucccggagucgggaaaagcuggguugagagggcgaaaaaggaugaggu
(SEQ ID NO.74)
hsa-miR-320 mature
miRNA:
aaaagcuggguugagagggcgaa
(SEQ ID NO.75)
hsa-miR-321 mature
miRNA:
uaagccagggauuguggguuc
(SEQ ID NO.76)
hsa-mir-30a pre-miRNA
precursor:
gcgacuguaaacauccucgacuggaagcugugaagccacagaugggcuuucagucggauguuugcagcugc
(SEQ ID NO.77)
hsa-miR-30a-3p mature
miRNA:
cuuucagucggauguuugcagc
(SEQ ID NO.78)
hsa-miR-30a-5p mature
miRNA:
uguaaacauccucgacuggaag
(SEQ ID NO.79)
hsa-mir-29b-1 pre-miRNA
precursor:
cuucaggaagcugguuucauauggugguuuagauuuaaauagugauugucuagcaccauuugaaaucaguguucuuggggg
(SEQ ID NO.80)
hsa-miR-29b mature
miRNA:
uagcaccauuugaaaucaguguu
(SEQ ID NO.81)
hsa-mir-125b-1
pre-miRNA precursor:
ugcgcuccucucagucccugagacccuaacuugugauguuuaccguuuaaauccacggguuaggcucuugggagcugcgagucgugcu
(SEQ ID NO.82)
hsa-miR-125b mature
miRNA:
ucccugagacccuaacuuguga
(SEQ ID NO.83)
hsa-mir-125a pre-miRNA
precursor:
ugccagucucuaggucccugagacccuuuaaccugugaggacauccagggucacaggugagguucuugggagccuggcgucuggcc
(SEQ ID NO.84)
hsa-miR-125a mature
miRNA:
ucccugagacccuuuaaccugug
(SEQ ID NO.85)
hsa-mir-125b-2
pre-miRNA precursor:
accagacuuuuccuagucccugagacccuaacuugugagguauuuuaguaacaucacaagucaggcucuugggaccuaggcggagggga
(SEQ ID NO.86)
hsa-miR-125b mature
miRNA:
ucccugagacccuaacuuguga (SEQ
ID NO.87)
hsa-mir-15a pre-miRNA
precursor:
ccuuggaguaaaguagcagcacauaaugguuuguggauuuugaaaaggugcaggccauauugugcugccucaaaaauacaagg
(SEQ ID NO.88)
hsa-miR-15a mature
miRNA:
uagcagcacauaaugguuugug
(SEQ ID NO.89)
hsa-mir-126 pre-miRNA
precursor:
cgcuggcgacgggacauuauuacuuuugguacgcgcugugacacuucaaacucguaccgugaguaauaaugcgccguccacggca
(SEQ ID NO.90)
hsa-miR-126* mature
miRNA:
cauuauuacuuuugguacgcg
(SEQ ID NO.91)
hsa-miR-126 mature
miRNA:
ucguaccgugaguaauaaugc
(SEQ ID NO.92)
hsa-mir-188 pre-miRNA
precursor:
ugcucccucucucacaucccuugcaugguggagggugagcuuucugaaaaccccucccac
augcaggguuugcaggauggcgagcc
(SEQ ID NO.93)
hsa-miR-188 mature
miRNA:
caucccuugcaugguggagggu
(SEQ ID NO.94)
hsa-mir-331 pre-miRNA
precursor:
gaguuugguuuuguuuggguuuguucuagguauggucccagggaucccagaucaaaccag
gccccugggccuauccuagaaccaaccuaagcuc
(SEQ ID NO.95)
hsa-miR-331 mature
miRNA:
gccccugggccuauccuagaa
(SEQ ID NO.96)
hsa-mir-155 pre-miRNA
precursor:
cuguuaaugcuaaucgugauagggguuuuugccuccaacugacuccuacauauuagcauu
aacag (SEQ ID NO.97)
hsa-miR-155 mature
miRNA:
uuaaugcuaaucgugauagggg
(SEQ ID NO.98)
hsa-mir-375 pre-miRNA
precursor:
ccccgcgacgagccccucgcacaaaccggaccugagcguuuuguucguucggcucgcgugaggc
(SEQ ID NO. 160)
hsa-miR-375 mature
miRNA:
uuuguucguucggcucgcguga
(SEQ ID NO.161)
(B 連鎖細胞分化):
hsa-mir-181b-1
pre-miRNA precursor:
ccugugcagagauuauuuuuuaaaaggucacaaucaacauucauugcugucgguggguugaacuguguggacaagcucacugaacaaugaaugcaacuguggccccgcuu
(SEQ ID NO. 162)
hsa-miR-181b mature
miRNA:
aacauucauugcugucgguggg
(SEQ ID NO. 163)
hsa-mir-124a-3
pre-miRNA precursor:
UGAGGGCCCCUCUGCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUGUCUAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGCGCCUCC
(SEQ ID NO. 166)
hsa-miR-124a mature
miRNA:
UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
(SEQ ID NO. 167)
hsa-mir-9-2 pre-miRNA
precursor:
GGAAGCGAGUUGUUAUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGUAUUGGUCUUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAAAAACUCCUUCA
(SEQ ID NO. 168)
hsa-miR-9 mature miRNA:
UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA
(SEQ ID NO. 169)
hsa-let-7a-2, hsa-let-7a-3, hsa-let-7b, hsa-let-7c, hsa-let-7f, hsa-miR-10b,
hsa-miR-15a, hsa-miR-15b, hsa-miR-16, hsa-miR-19b mature miRNA, hsa-miR-20,
hsa-miR-21, hsa-miR-22, hsa-miR-23a, hsa-miR-24, hsa-miR-189, hsa-miR-24,
hsa-miR-26, hsa-miR-26b, hsa-miR-26a, hsa-miR-27b, hsa-miR-29a, hsa-miR-30a-3p,
hsa-miR-141, hsa-miR-142-5p, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-143, hsa-miR-145,
hsa-miR-192, hsa-miR-194, hsa-miR-199b, hsa-miR-200b, hsa-miR-200c,
hsa-miR-320, hsa-miR-321, hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-30a-5p, hsa-miR-29b,
hsa-miR-125b, hsa-miR-125a, hsa-miR-125b, hsa-miR-126*, hsa-miR-126,
hsa-miR-188, hsa-miR-331, hsa-miR-155, hsa-miR-181b-1, hsa-miR-124a, hsa-miR-9およびこれらに対応する他の種由来のオルソログを提供する。
mouse microRNA遺伝子のような、対応するオルソログを確認する方法は当業者にはよく知られている。FEBS J. 272(1): 59-73。
seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human
genes are microRNA targets. Cell 120(1):15-20 and Saetrom O, Snove O Jr,
Saetrom P., (2005) Weighted sequence motifs as an improved seeding step in
microRNA target prediction algorithms. RNA 11(7):995-1003.
hsa-let-7 mature miRNA
target site:
AACUAUACAACCUACUACCUCA
(SEQ ID NO. 99)
hsa-let-7a mature miRNA
target site:
AACUAUACAACCUACUACCUCA
(SEQ ID NO. 100)
hsa-let-7a mature miRNA
target site:
AACUAUACAACCUACUACCUCA
(SEQ ID NO. 101)
hsa-let-7b mature miRNA
target site:
AACCACACAACCUACUACCUCA
(SEQ ID NO. 102)
hsa-let-7c mature miRNA
target site:
AACCAUACAACCUACUACCUCA
(SEQ ID NO. 103)
hsa-let-7f mature miRNA
target site:
AACUAUACAAUCUACUACCUCA
(SEQ ID NO. 104)
hsa-let-7f mature miRNA
target site:
AACUAUACAAUCUACUACCUCA
(SEQ ID NO. 105)
hsa-miR-10b mature
miRNA target site:
ACAAAUUCGGUUCUACAGGGUA
(SEQ ID NO. 106)
hsa-miR-15b mature
miRNA target site:
UGUAAACCAUGAUGUGCUGCUA
(SEQ ID NO. 107)
hsa-miR-16 mature miRNA
target site:
CGCCAAUAUUUACGUGCUGCUA
(SEQ ID NO. 108)
hsa-miR-16 mature miRNA
target site:
CGCCAAUAUUUACGUGCUGCUA
(SEQ ID NO. 109)
hsa-miR-19b mature
miRNA target site:
UCAGUUUUGCAUGGAUUUGCACA
(SEQ ID NO. 110)
hsa-miR-19b mature
miRNA target site:
UCAGUUUUGCAUGGAUUUGCACA
(SEQ ID NO. 111)
hsa-miR-20 mature miRNA
target site:
CUACCUGCACUAUAAGCACUUUA
(SEQ ID NO. 112)
hsa-miR-21 mature miRNA
target site:
UCAACAUCAGUCUGAUAAGCUA
(SEQ ID NO. 113)
hsa-miR-22 mature miRNA
target site:
ACAGUUCUUCAACUGGCAGCUU
(SEQ ID NO. 114)
hsa-miR-23a mature
miRNA target site:
GGAAAUCCCUGGCAAUGUGAU
(SEQ ID NO. 115)
hsa-miR-24 mature miRNA
target site:
CUGUUCCUGCUGAACUGAGCCA
(SEQ ID NO. 116)
hsa-miR-189 mature
miRNA target site:
ACUGAUAUCAGCUCAGUAGGCAC
(SEQ ID NO. 117)
hsa-miR-24 mature miRNA
target site:
CUGUUCCUGCUGAACUGAGCCA
(SEQ ID NO. 118)
hsa-miR-26 mature miRNA
target site:
GCCUAUCCUGGAUUACUUGAAU
(SEQ ID NO. 119)
hsa-miR-26b mature
miRNA target site:
AACCUAUCCUGAAUUACUUGAA
(SEQ ID NO. 120)
hsa-miR-26a mature
miRNA target site:
GCCUAUCCUGGAUUACUUGAA
(SEQ ID NO. 121)
hsa-miR-27b mature
miRNA target site:
GCAGAACUUAGCCACUGUGAA
(SEQ ID NO. 122)
hsa-miR-29a mature
miRNA target site:
AACCGAUUUCAGAUGGUGCUA
(SEQ ID NO. 123)
hsa-miR-30a-3p mature
miRNA target site:
GCUGCAAACAUCCGACUGAAAG
(SEQ ID NO. 124)
hsa-miR-30a-5p mature
miRNA target site:
CUUCCAGUCGAGGAUGUUUACA
(SEQ ID NO. 125)
hsa-miR-141 mature
miRNA target site:
CCAUCUUUACCAGACAGUGUUA
(SEQ ID NO. 126)
hsa-miR-142-5p mature
miRNA target site:
GUAGUGCUUUCUACUUUAUG
(SEQ ID NO. 127)
hsa-miR-142-3p mature
miRNA:
UCCAUAAAGUAGGAAACACUACA
(SEQ ID NO. 128)
hsa-miR-143 mature
miRNA target site:
UGAGCUACAGUGCUUCAUCUCA
(SEQ ID NO. 129)
hsa-miR-145 mature
miRNA target site:
AAGGGAUUCCUGGGAAAACUGGAC
(SEQ ID NO. 130)
hsa-miR-192 mature
miRNA target site:
GGCUGUCAAUUCAUAGGUCAG
(SEQ ID NO. 131)
hsa-miR-194 mature
miRNA target site:
UCCACAUGGAGUUGCUGUUACA
(SEQ ID NO. 132)
hsa-miR-194 mature
miRNA target site:
UCCACAUGGAGUUGCUGUUACA
(SEQ ID NO. 133)
hsa-miR-199b mature
miRNA target site:
GAACAGAUAGUCUAAACACUGGG
(SEQ ID NO. 134)
hsa-miR-200b mature
miRNA target site:
GUCAUCAUUACCAGGCAGUAUUA
(SEQ ID NO. 135)
hsa-miR-200c mature
miRNA target site:
CCAUCAUUACCCGGCAGUAUUA
(SEQ ID NO. 136)
hsa-miR-320 mature miRNA
target site:
UUCGCCCUCUCAACCCAGCUUUU
(SEQ ID NO. 137)
hsa-miR-321 mature
miRNA target site:
GAACCCACAAUCCCUGGCUUA
(SEQ ID NO. 138)
hsa-miR-30a-3p mature
miRNA target site:
GCUGCAAACAUCCGACUGAAAG
(SEQ ID NO. 139)
hsa-miR-30a-5p mature
miRNA target site:
CUUCCAGUCGAGGAUGUUUACA
(SEQ ID NO. 140)
hsa-miR-29b mature
miRNA target site:
AACACUGAUUUCAAAUGGUGCUA
(SEQ ID NO. 141)
hsa-miR-125b mature
miRNA target site:
UCACAAGUUAGGGUCUCAGGGA
(SEQ ID NO. 142)
hsa-miR-125a mature
miRNA target site:
CACAGGUUAAAGGGUCUCAGGGA
(SEQ ID NO. 143)
hsa-miR-125b mature
miRNA target site:
UCACAAGUUAGGGUCUCAGGGA
(SEQ ID NO. 144)
hsa-miR-15a mature
miRNA target site:
CACAAACCAUUAUGUGCUGCUA
(SEQ ID NO. 145)
hsa-miR-126* mature
miRNA target site:
CGCGUACCAAAAGUAAUAAUG
(SEQ ID NO. 146)
hsa-miR-126 mature
miRNA target site:
GCAUUAUUACUCACGGUACGA
(SEQ ID NO. 147)
hsa-miR-188 mature
miRNA target site:
ACCCUCCACCAUGCAAGGGAUG
(SEQ ID NO. 148)
hsa-miR-331 mature
miRNA target site:
UUCUAGGAUAGGCCCAGGGGC
(SEQ ID NO. 149)
hsa-miR-155 mature
miRNA target site:
CCCCUAUCACGAUUAGCAUUAA
(SEQ ID NO. 150)
hsa-miR-375 mature
miRNA target site:
UCACGCGAGCCGAACGAACAAA
(SEQ ID NO.164)
hsa-miR-181b mature
miRNA target site:
CCCACCGACAGCAAUGAAUGUU
(SEQ ID NO. 165)
hsa-miR-124a mature
miRNA target site:
UGGCAUUCACCGCGUGCCUUAA
(SEQ ID NO. 170)
hsa-miR-9 mature miRNA
target site:
UCAUACAGCUAGAUAACCAAAGA
(SEQ ID NO. 171)
T. Molecular Cloning: A Laboratoy Mannual 第2版Cold Spring Harbor Laboratory Press, ニューヨーク(1989)に記載されている通りである。
Res. 16: 3209に記載されているような方法で合成することができる。その後、この標的部位は当業者にはよく知られた方法で核酸内に導入することができる。例えば、結合部位を含む相補性オリゴヌクレオチドはアニーリングし、その後適切なプラスミドの制限部位に導入することができる。
このような結合部位の例はこの文書の中で先に論じた通りであり、miR-143および/もしくはmiR-145マイクロRNSに対する結合部位を含む。
J, Fritsch, E. F. およびManiatis, T. Molecular Cloning: A Laboratory
Manual第2版Cold Spring Harbor
Laboratory Press, ニューヨーク(1989)に記載された通りである。
J, Fritsch , E. F. およびManiatis, T. Molecular Cloning: A Laboratory
Manual第2版Cold Spring Harbor
Laboratory Press, ニューヨーク(1989)に記載された通りである。
O17131; gi|967132]。
Therapeutic Aspects of Biomolecules” John Wiley & Sons Ltd.に記載された通りである。
and Protocols” Edited by Jules G Constant, Curtis A Machida (2003) Humana Press
Inc., “Gene Delivery to Mammalian Cells: Viral Gene Transfer Techniques” Edited
by William C Heiser (2004) Humana Press Inc., “Viruses in Human Gene Therapy”
Edited by J.H. Vos (1995) Carolina Academic Press, and “Viral Therapy Of Human
Cancers” Edited by J.G. Sinkovics and J.C. Horwath (2005) Marcel Dekkerに記載された通りである。
癌細胞あるいは前癌細胞におけるリポーター核酸の発現レベルを測定すること、また非癌細胞におけるリポーター核酸の発現レベルを測定すること;そして
非癌細胞におけるリポーター核酸の発現レベルに比較して、癌細胞におけるリポーター核酸の発現の増大による癌細胞におけるマイクロRNA活性の低下を確認すること
の段階を含む。
Molecular Biology, John Wiley & Sons, ニューヨーク, ニューヨーク州を参照のこと。
参考文献は本発明の前記の一般的原則を実施する実験に対して作成されるであろう。しかしながら、以下の記載内容は前記の記載の一般的原則を限定するものではないということを理解すべきである。
(組織検体および細胞系からのRNA分離)
細胞系は適切な培養液内で維持できる。結腸直腸腫瘍およびそれに一致する正常な粘膜は、患者からのインフォームドコンセントに従って新鮮な外科的切除標本から入手し、その後標準的な組織病理学的分類法に従って分類することができる。
P..sacchi, N. (1987). Anal Biochem. 162: 156-159の手法を用いて直腸結腸組織から精製することができる。
(マイクロRNAのクローニング)
miRNAは、本質的にElbashiraら(2001) Genes Dev. 15: 188-200によって報告されたとおりクローン化できるが、例外として核酸がBiotrapシステム(SchleicherおよびSchnell GmbH,
Dassel, ドイツ)を用いてアクリルアミドゲルスライスから電気的に溶出される可能性がある。簡潔に言えば、塩基18と26の間の小さなRNAフラクションが、変性したポリアクリルアミドゲル上で大きさが選定される可能性がある。アダプターであるEcoRI制限部位を含むオリゴヌクレオチドはRNA分子と指向性をもって結合される可能性がある。その後アダプターが結合したRNAはRT-PCRによって増幅することができる。200 bpと650bpの間に、再結合しEcoRIで蒸解されたPCR産物の多量体を含むコンカタマーとなったフラグメントは、アガロースゲル上に大きさが選択され電気的溶出によって回復した。その後コンカタマーは末端修復され、Taq DNAポリメラーゼによってdAが末端につながれ、製造業者の指示に従ってpGEM T-easy(Promega、マディソン、ウィスコンシン州)あるいはpTOPO (Invitrogen)内にクローン化された。選択された挿入断片の核酸配列はその後ExoSAP-ITプロトコール(USB社、クリーブランド、オハイオ州)に従って、Esonuclease IとShrimp
Alkaline Phosphataseを用いてPCR産物の処理後確認された。この手法によって作成されたクローンはPCR産物のコンカタマーを含み、一般的に2つから5つまでの独立した小さなRNAを表すと考えられる。
(ノーザン分析)
15%の変性したポリアクリルアミドゲル上に全量のRNA(20μg)を分解して取り出した。ローディングが臭化エチジウム染色によって視覚化される。その後RNAは半乾きのブロッティングによって、Hybond
N+ナイロン膜に移入することができる(OWL Separation Systems、ポーツマス、ニューハンプシャー州)。プローブはT4ポリヌクレオチドキナーゼ(New
England Biolabs、ビバリー、マサチューセッツ州)が関与する[γ-32P]ATPを有するDNAオリゴヌクレオチドの末端標識によって作成することができる。このプローブの特異的作用を増大させるために、miRNA配列は直接反復の三量体としてコンカタマーとなる可能性があり、その後M13 forwardプライマーおよびreverseプライマーを有するPCRを用いて増幅されたpGEM T-easyとこの挿入断片内にクローン化した。その後アンチセンスプローブは、Taqpolymeraseを生成した線状増幅を用いてSephadex
G-50精製PCR産物から合成され、複数の[γ-32P]dCTP塩基を組み込んだ。
D.J. (1988) Proc, Natl. Acad. Sci. USA, 85: 2444-2448に報告されたとおり)。
(結腸直腸マイクロRNAの確認)
結腸腺癌およびそれと一致した正常な粘膜から共に精製された、RNA全体の小さいRNAフラグメント(塩基18から27まで)を大きさによって分画し、クローン化することができる。その後癌由来の検体から得られたクローンおよび正常な粘膜を示すクローンの配列を決定できる。配列分析と比較は、多くのクローンの同定と転写のための可能なゲノム開始点に対する割付を可能にする。
(結腸直腸組織および癌細胞系におけるマイクロRNAの蓄積)
様々な配列がmiRNAとして蓄積されることを確認するために、またmiRNAの安定状態のレベルにおける変化が腫瘍上皮に関連があるかどうか検討するために、ノーザンブロット解析法が一致した結腸直腸癌と正常な粘膜標本由来のRNAのパネルに対して実施できる。
(miR145標的配列のGFP内へのクローニング)
哺乳動物のEnhanced Green Fluorescence Protein (EGFP) 発現カセット(pMM043; 図2)は、BamHI/NotI線状 pcDNA3.1(+)
(Invitrogen)内に、BglII/NotI としてpEGFP1 (Clontech) からEGFPコーディング配列を指向性を有して挿入することによって作成される。miRNA相補性標的配列およびin vivoにおける予測された標的配列の挿入の便宜的な部位を提供された、リポーター遺伝子3’非翻訳領域における、この独自のNotIとXbaI部位はオリゴヌクレオチド#527(5’-CTAGCAGATCCTGGGAAAACTGGAC-3’;
SEQ ID NO.1)と#528(5’-CTAGGTCCAGTTTTCCCAGGATCTG-3’;
SEQ ID NO.2)をアニーリングすることによって作成され、その後pMMo43のXbal部位に、予測されたRICS遺伝子miR145標的配列を含むハイブリッドに結合する。pMM095のヌクレオチド配列は配列一覧表に記載されSEQ ID NO.153と表される。
(miR145前駆体分子を過剰発現する細胞においてmiR145標的配列によるGFPの発現が抑制される)
(i)Pri-miR145発現コントラクト:
Pri-miR145転写のフラグメントは、cDNAクローンFLJ36638 fis(Genbank ID : 21752921)の184と734の位置に一致した配列のPCR増幅によってクローン化された。循環条件:94℃ 3分;40増幅サイクル94℃ 30秒 , 55℃ 30秒 , 72℃1分 , 72℃ 10分と最終的な延長72℃ 10分で、鋳型として50ngのHeLaゲノムDNAを用いた標準的PCR反応において、用いられたオリゴヌクレオチドは#556(5’-TCCGGTACTTTTCAGGGCAA-3’;SEQ
ID NO.4)および(5’-CAAGAAACGCATGCCTGACG-3’;SEQ ID NO.5)であった。550bp産物は、プラスミドpMM105を作るために精製されpGEMT-easy
(Promega) 内にクローン化されたアガロースゲルであった。その後pMM105(SEQ ID NO.154)のEcoRI挿入断片はEcoRI線状pcDNA3.1(+)(Invitrogen)に結合し発現コンストラクト:pMM109(1本鎖センス挿入断片;図8),pMM106(1本鎖アンチセンス挿入断片;図6),およびpMM107(縦列センス挿入断片;図7)を作る。pMM106のヌクレオチド配列は配列一覧表に記載され、SEQ ID NO.155と表されている。pMM107のヌクレオチド配列は配列一覧表に記載され、SEQ ID NO.157と表されている。pMM109のヌクレオチド配列は配列一覧表に記載されSEQ ID NO.157と表される。
HeLa細胞のコトランスフェクションには、標準FuGene6(Roche)プロトコールを用いて、24ウェル培養プレートにおいて0.1μgから1μgまでのpri-miR145発現ベクター(pMM107、pMM106、pMM107)を用いた0.1μgのpMM095のFuGene6(Roche)が関与するトランスフェクションが含まれる。EGFP活性は、生きた細胞の直接の蛍光として、トランスフェクションの3日後に、Typhoon fluorimager(Amersham Biosciences)上に検出され、Imagequantソフトウェアを用いて定量した。
(miRNA標的配列をリポーターおよび細胞毒性遺伝子に組み込むこと)
構成的発現ベクター内のリポーター遺伝子(EGFP、LacZ、Renillaルシフェラーゼ)の3UTRにおいてmiR143とmiR145に対する相補性標的配列の組み合わせを含むよう一連のコンストラクトが作られるであろう。これらのベクターにはプラスミド(リポソームが関与するトランスフェクションおよびマウス形質転換)およびレンチウイルス系が含まれるであろう。
17-30 によって報告された合成のコドンによって最適化されたβ-ガラクトシダーゼ配列に基づいているであろう
(培養された細胞におけるmiRNA標的配列の効果)
miR143とmiR145によってもたらされた抑制機能の欠如した疾患(癌)細胞によって、我々がこれらの細胞における治療用遺伝子の発現を制御するこの現象を利用できる可能性が検討できるようになる。
LacZ , ルシフェラーゼ)活性および細胞毒性遺伝子(単純ヘルペスウィルスチミジンキナーゼ)機能を抑制するために必要であるかどうかin vitroにおいて確認できるようになるであろう。
(初代結腸細胞におけるmiRNA標的配列の効果)
哺乳動物の組織において、miR143およびmiR145 MREが移植遺伝子の疾患特異性発現を可能にするかどうか確認することが必要である。結腸上皮と腺癌におけるmiR143/miR145遅延遺伝子発現の迅速検定法を開発するために、また腫瘍細胞における発現と比較するために、結腸粘膜におけるLacZ(+/−多発性3’UTRにおけるmiR145 MRE)の発現が検討されるであろう。
Gastroenterology 117: 858-65によって報告された通りである。
Med. 5: 829-838、およびFullerおよび Anson (2001) Human
Gene Therapy 12: 2081-2093に報告されたようにレンチウイルスベクターシステムに挿入され、培養された移植体を感染させるために用いられる。
(in vivoにおける遺伝子発現に対するmiRNA標的配列の効果)
構成的プロモーター(CMV)の制御下で、3’UTRの複数のmiR145およびmiR143相補性配列を含む、LacZリポーター遺伝子を発現するトランスジェニックマウスが作成されるであろう。移植遺伝子コンストラクトはさらにこのような標的配列を含まず、同じプロモーターを用いるセカンドリポーター遺伝子(EGFP)から成るであろう。LacZ活性に対して染色される細胞群はマイクロRNAが関与するサイレンシングによって影響されない細胞群を示しているものの、直接蛍光法(あるいはEGFP免疫組織学的検定法)によって移植遺伝子発現の組織分布が決定されるであろう。
Antibody: Contech)は免疫組織化学的検出法のために用いられるであろう。
Cancer 115: 561-567) p53ノックアウトマウス株を用いて交配させるであろう。この交雑種の子孫は、周囲の上皮に関連のある主要細胞におけるLacZ発現の促進について検討されるであろう。
589-601に報告されているように、注射された配列の適切なゲノム挿入に対して遺伝子型が決定されるであろう(PCRによって)。
反応において移入遺伝子mRNA特異性プライマーとcDNA鋳型が利用されるであろう。PCR増幅および検出のためにCorbett Rotorgene 2000 (Corbett Research Pty.社、オーストラリア) が用いられるであろう。
(幹細胞における遺伝子発現に対するmiRNA標的配列とその誘導体の作用)
リポーターと治療用遺伝子の3’UTRにおけるマイクロRNA標的配列は定められた細胞系と組織に対する移入遺伝子発現を制限するために組織(あるいは細胞系)特異性マイクロRNAを利用する可能性を評価するために用いられるであろう。
31-40の間質細胞由来の導入法を用いて)。リポーター遺伝子活性は、細胞系によって導入された遺伝子が発現できる、またmiR9/124aの関与するサイレンシングを示す分子マーカーの発現に相関するであろう。あるいは、形質導入されたネズミES細胞は、安定したトランスジェニック細菌系が作成されるキメラマウスを作成するために胞胚内に運搬される(Pheifer(2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:
2140-2145)。リポーター遺伝子の空間的広がりのある発現は直接検出法(EGFP蛍光法またはβガラクトシダーゼ染色法)あるいは免疫組織化学法を用いて測定されるであろう。
12: 585-591に報告された通り実施できる。
(移植遺伝子の3’UTRにおけるmiRNA標的配列の増加の影響)
安定したpMM 110トランスジェニックHela Tet On細胞系の細胞であるHTO 110eは2μgのドキシサイクリン/mL培養液の存在下であるいは非存在下で成長し、塗布の1日後に80μgのプラスミドによってFuGen6を移入した。トランスフェクションに用いられたプラスミドはすべてpMM043由来であり、EGFP 3’UTRNotI部位に挿入された様々な数のmiR145標的配列を有していた。プラスミドは:pMM043(標的はなし)、pMM095(1つの標的)、pMM117(2つの標的)、pMM119(8つの標的)。この細胞系におぃて、ドキシサイクリンはHeLa細胞に存在する低いバックグラウンドを超えて成熟miR145の発現を誘発する。示された値は、トランスフェクションの46時間後の平均蛍光強度(n=3)である。
Claims (77)
- 細胞内のマイクロRNAの活性および/もしくは濃度が、結果として細胞の発現を調節するのに十分な細胞内の核酸の活性および/もしくは濃度のレベルに至る、細胞の発現を調節する方法であって、この方法は細胞の発現を調節する能力を有した核酸を細胞内に導入する段階を含み、この核酸はマイクロRNAの結合の標的部位を含む方法。
- 核酸が細胞の発現を阻害する能力を有する、請求項1記載の方法。
- 核酸が細胞毒性を有する、あるいは細胞増殖抑制作用を有する請求項2記載の方法。
- 核酸が、単純ヘルペスチミジンキナーゼ、E. coliシトシンデアミナーゼ、E. coliニトロリダクターゼ、P. aeruginosaカルボキシペプチダーゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、およびE. coliプリンヌクレオシドホスホリラーゼ、あるいはこれらの遺伝子のいずれかの活性を示すフラグメントまたは変異体からなる群から選択される遺伝子をコードする、請求項3記載の方法。
- 細胞が、癌細胞、前癌細胞、胚性幹細胞、成熟幹細胞、造血性前駆体細胞を含む造血細胞、脂肪細胞、ニューロン細胞、精子細胞または精子産生細胞、膵臓のランゲルハンス島細胞、およびウイルスにより感染した細胞からなる群から選択される、請求項1から4のいずれか1つに記載の方法。
- 癌細胞が結腸直腸癌細胞、肺癌細胞、胸腺癌細胞、膀胱癌細胞、乳癌細胞、前立腺癌細胞あるいは癌性B細胞である請求項5記載の方法。
- 方法が、マイクロRNAの活性および/もしくは濃度が低下した細胞の発現を阻害するために用いられる請求項2から7のいずれかに記載の方法。
- 方法が、細胞を除去するために用いられる請求項7記載の方法。
- マイクロRNAがhsa-let-7a-1,
hsa-let-7a-2, hsa-let-7a-3, hsa-let-7b, hsa-let-7c, hsa-let-7f, hsa-miR-10b,
hsa-miR-15a, hsa-miR-15b, hsa-miR-16, hsa-miR-19b mature miRNA, hsa-miR-20,
hsa-miR-21, hsa-miR-22, hsa-miR-23a, hsa-miR-24, hsa-miR-189, hsa-miR-24,
hsa-miR-26, hsa-miR-26b, hsa-miR-26a, hsa-miR-27b, hsa-miR-29a, hsa-miR-30a-3p,
hsa-miR-141, hsa-miR-142-5p, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-143, hsa-miR-145,
hsa-miR-192, hsa-miR-194, hsa-miR-199b, hsa-miR-200b, hsa-miR-200c,
hsa-miR-320, hsa-miR-321, hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-30a-5p, hsa-miR-29b,
hsa-miR-125b, hsa-miR-125a, hsa-miR-125b, hsa-miR-126*, hsa-miR-126,
hsa-miR-188, hsa-miR-331, hsa-miR-155, hsa-miR-181b-1, hsa-miR-124a, hsa-miR-9およびこれらに対応する前記のオルソログからなる群から選択される、請求項8に記載の方法。 - 核酸が細胞の発現を促進する能力を有する、請求項1記載の方法。
- 核酸がサイトカイン、治療用タンパク、あるいは前記の活性を示すフラグメントまたは変異体をコードする核酸である、請求項2記載の方法。
- マイクロRNAの活性および/もしくは濃度が低下した細胞の発現を促進するために用いられる請求項10または11記載の方法。
- 核酸が同一のあるいは異なる2つ以上のマイクロRNA結合の標的部位を含む、請求項1から12記載の方法。
- 細胞が動物あるいはヒト被験者の細胞である、請求項1から13記載の方法。
- 方法が動物あるいはヒト被験者の疾患(disease)、異常(condition)あるいは状態(state)を予防および/もしくは治療するために用いられる、請求項1から14のいずれか1つに記載の方法。
- 細胞の発現を調節する能力を有する核酸であって、この核酸はマイクロRNAの結合部位を含む核酸。
- 核酸が細胞の発現を阻害する能力を有する、請求項16記載の核酸。
- 核酸が細胞毒性あるいは細胞増殖抑制作用を有する、請求項17記載の核酸。
- 核酸が、単純ヘルペスチミジンキナーゼ、E. coliシトシンデアミナーゼ、E. coliニトロリダクターゼ、P. aeruginosaカルボキシペプチダーゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、およびE. coliプリンヌクレオシドホスホリラーゼ、あるいはこれらの遺伝子のいずれかの活性を示すフラグメントまたは変異体からなる群から選択される遺伝子をコードする、請求項18記載の核酸。
- 結合部位がhsa-let-7a-1, hsa-let-7a-2, hsa-let-7a-3,
hsa-let-7b, hsa-let-7c, hsa-let-7f, hsa-miR-10b, hsa-miR-15a, hsa-miR-15b,
hsa-miR-16, hsa-miR-19b mature miRNA, hsa-miR-20, hsa-miR-21, hsa-miR-22,
hsa-miR-23a, hsa-miR-24, hsa-miR-189, hsa-miR-24, hsa-miR-26, hsa-miR-26b,
hsa-miR-26a, hsa-miR-27b, hsa-miR-29a, hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-141,
hsa-miR-142-5p, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-143, hsa-miR-145, hsa-miR-192,
hsa-miR-194, hsa-miR-199b, hsa-miR-200b, hsa-miR-200c, hsa-miR-320,
hsa-miR-321, hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-30a-5p, hsa-miR-29b, hsa-miR-125b,
hsa-miR-125a, hsa-miR-125b, hsa-miR-126*, hsa-miR-126, hsa-miR-188,
hsa-miR-331, hsa-miR-155, hsa-miR-181b-1, hsa-miR-124a, hsa-miR-9およびこれらに対応する前記のマイクロRNAのオルソログから成る群から選択されるマイクロRNAの結合部位である、請求項16から19までのいずれか1つに記載の核酸 - 核酸が同一のあるいは異なる2つ以上のマイクロRNA結合の標的部位を含む、請求項16から20記載の核酸。
- 核酸が細胞の発現を促進する能力を有する、請求項16記載の核酸。
- 核酸がサイトカイン、治療用タンパク、あるいは前記の活性を示すフラグメントまたは変異体をコードする核酸である、請求項22記載の核酸。
- 結合部位が他と異なって発現されるおよび/もしくは他と異なって活性を示すマイクロRNAの結合部位である、請求項16から23のいずれか1つに記載の核酸。
- 請求項16から24のいずれか1つに記載の核酸を含むベクター。
- ベクターがウイルスベクターである、請求項25記載のベクター。
- 動物あるいはヒト被験者に対する投与のための組成物であって、この組成物は請求項16から26のいずれか1つに記載の核酸を含む組成物。
- 請求項16から26のいずれか1つに記載の核酸を含む細胞。
- 請求項28に記載の細胞を含む動物。
- 核酸が動物あるいはヒト被験者の細胞の発現を阻害するために用いられる核酸である、請求項16から26のいずれか1つに記載の核酸。
- 核酸が動物あるいはヒト被験者の細胞を除去するために用いられる核酸である、請求項30に記載の核酸。
- 他と異なって発現されるおよび/もしくは他と異なって活性を示す人工的に発生したマイクロRNAの結合部位を含む核酸。
- 同様の非癌細胞に比較して、癌細胞において、結合部位が他と異なって発現されるおよび/もしくは他と異なって活性を示すマイクロRNAの結合部位である、請求項32に記載の核酸。
- 結合部位が、非癌細胞に比較して、癌細胞においてダウンレギュレートされるマイクロRNAの結合部位である、請求項32または33記載の核酸。
- 結合部位がhsa-let-7a-1, hsa-let-7a-2, hsa-let-7a-3,
hsa-let-7b, hsa-let-7c, hsa-let-7f, hsa-miR-10b, hsa-miR-15a, hsa-miR-15b,
hsa-miR-16, hsa-miR-19b mature miRNA, hsa-miR-20, hsa-miR-21, hsa-miR-22,
hsa-miR-23a, hsa-miR-24, hsa-miR-189, hsa-miR-24, hsa-miR-26, hsa-miR-26b,
hsa-miR-26a, hsa-miR-27b, hsa-miR-29a, hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-141, hsa-miR-142-5p,
hsa-miR-142-3p, hsa-miR-143, hsa-miR-145, hsa-miR-192, hsa-miR-194,
hsa-miR-199b, hsa-miR-200b, hsa-miR-200c, hsa-miR-320, hsa-miR-321,
hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-30a-5p, hsa-miR-29b, hsa-miR-125b, hsa-miR-125a,
hsa-miR-125b, hsa-miR-126*, hsa-miR-126, hsa-miR-188, hsa-miR-331, hsa-miR-155,
hsa-miR-181b-1, hsa-miR-124a, hsa-miR-9およびこれらに対応する前記のマイクロRNAのオルソログから成る群から選択されるマイクロRNAの結合部位である、請求項32から34までのいずれか1つに記載の核酸。 - 拡散が、他と異なって発現されるおよび/もしくは他と異なって活性を示す、同一のあるいは異なるマイクロRNA結合の2つ以上の結合部位を含む、請求項32から35のいずれか1つに記載の核酸。
- 核酸が細胞の発現を阻害する能力を有する、請求項32から36のいずれか1つに記載の核酸。
- 核酸が細胞毒性あるいは細胞増殖抑制作用を有する、請求項37記載の核酸。
- 核酸が、単純ヘルペスチミジンキナーゼ、E. coliシトシンデアミナーゼ、E. coliニトロリダクターゼ、P. aeruginosaカルボキシペプチダーゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、およびE. coliプリンヌクレオシドホスホリラーゼ、あるいはこれらの遺伝子のいずれかの活性を示すフラグメントまたは変異体からなる群から選択される遺伝子をコードする、請求項37または38記載の核酸。
- 核酸が細胞の発現を促進する能力を有する、請求項32記載の核酸。
- 核酸がサイトカイン、治療用タンパク、あるいは前記の活性を示すフラグメントまたは変異体をコードする核酸である、請求項40記載の核酸。
- 請求項32から41のいずれか1つに記載の核酸を含むベクター。
- ベクターがウイルスベクターである請求項42記載のベクター。
- 動物あるいはヒト被験者に対する投与のための組成物であって、この組成物は請求項32から43のいずれか1つに記載の核酸を含む組成物。
- 請求項32から43のいずれか1つに記載の核酸を含む細胞。
- 請求項45記載の細胞を含む動物。
- 核酸が、動物あるいはヒト被験者の細胞の発現を調節するために用いられる請求項32から43のいずれか1つに記載の核酸。
- 核酸が、動物あるいはヒト被験者の細胞の発現を阻害するために用いられる請求項47記載の核酸。
- 核酸が、動物あるいはヒト被験者の細胞を除去するために用いられる請求項47記載の核酸。
- 癌細胞において、同様の非癌細胞に比較して、マイクロRNAの活性および/もしくは濃度が低下した、マイクロRNAの結合部位を含む外因性核酸を含む癌細胞。
- 癌細胞が結腸直腸癌細胞、肺癌細胞、胸腺癌細胞、膀胱癌細胞、乳癌細胞、前立腺癌細胞あるいは癌性B細胞である請求項50記載の方法。
- マイクロRNAがhsa-let-7a-1,
hsa-let-7a-2, hsa-let-7a-3, hsa-let-7b, hsa-let-7c, hsa-let-7f, hsa-miR-10b,
hsa-miR-15a, hsa-miR-15b, hsa-miR-16, hsa-miR-19b mature miRNA, hsa-miR-20,
hsa-miR-21, hsa-miR-22, hsa-miR-23a, hsa-miR-24, hsa-miR-189, hsa-miR-24,
hsa-miR-26, hsa-miR-26b, hsa-miR-26a, hsa-miR-27b, hsa-miR-29a, hsa-miR-30a-3p,
hsa-miR-141, hsa-miR-142-5p, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-143, hsa-miR-145,
hsa-miR-192, hsa-miR-194, hsa-miR-199b, hsa-miR-200b, hsa-miR-200c,
hsa-miR-320, hsa-miR-321, hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-30a-5p, hsa-miR-29b,
hsa-miR-125b, hsa-miR-125a, hsa-miR-125b, hsa-miR-126*, hsa-miR-126,
hsa-miR-188, hsa-miR-331, hsa-miR-155, hsa-miR-181b-1, hsa-miR-124a, hsa-miR-9およびこれらに対応する前記のマイクロRNAのオルソログから成る群から選択される、請求項50から51までに記載の癌細胞。 - 外因性核酸が、癌細胞において他と異なって発現されるおよび/もしくは他と異なって活性を示す同一のあるいは異なる2つ以上のマイクロRNA結合の標的部位を含む、請求項50から52のいずれか1つに記載の癌細胞。
- 外因性核酸が、細胞の発現を阻害する能力を有する請求項50から53のいずれか1つに記載の癌細胞。
- 核酸が細胞毒性あるいは細胞増殖抑制作用を有する、請求項54記載の癌細胞。
- 外因性核酸が、単純ヘルペスチミジンキナーゼ、E. coliシトシンデアミナーゼ、E. coliニトロリダクターゼ、P. aeruginosaカルボキシペプチダーゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、およびE. coliプリンヌクレオシドホスホリラーゼ、あるいはこれらの遺伝子のいずれかの活性を示すフラグメントまたは変異体からなる群から選択される遺伝子をコードする、請求項55記載の癌細胞。
- 請求項50から56のいずれか1つに記載の癌細胞を含む動物。
- 動物が形質転換した動物である、請求項57記載の動物。
- 癌細胞と非癌細胞の間に他と異なって発現したマイクロRNAを確認するために用いられる、請求項57または58記載の動物。
- 標的細胞におけるマイクロRNAの活性が被験者の標的細胞発現を調節するのに十分な核酸の活性レベルに至る、被験者の標的細胞に関連した疾患(disease)、異常(condition)あるいは状態(state)を予防するかつ/もしくは治療する方法であって、前記の方法は細胞の発現を調節する能力を有する核酸を被験者の細胞に導入する段階を含むものであって、前記の核酸がマイクロRNA結合の標的部位を含む方法。
- 疾患(disease)、異常(condition)あるいは状態(state)が、結腸直腸癌、肺癌、胸腺癌、膀胱癌、乳癌および前立腺癌のような癌;ヒトB細胞慢性リンパ球性白血病;B細胞(Burkitt)リンパ腫;糖尿病のような膵内分泌細胞の障害;EBV、HIV、肝炎およびヘルペス感染細胞のような細胞のウイルス性感染に関連した疾患(disease)および異常(condition);5q-骨髄異形成症候群(大赤血球性貧血症);造血機能不全に関連した疾患(disease)および異常(condition);自己免疫疾患および炎症性疾患(例えばクローン病);fragileX精神遅滞;Di George症候群・ウイルス腫瘍;脂肪細胞機能不全に関連した疾患(disease)あるいは異常(condition);胚性または成人幹細胞を用いた治療が可能な疾患(disease);および精子産生細胞に関連した疾患(disease)および異常(condition)から成る群から選択される請求項60記載の方法。
- 疾患が癌である、請求項61記載の方法。
- 標的細胞が癌細胞あるいは前癌細胞である、請求項62記載の方法。
- 癌細胞あるいは前癌細胞が、結腸直腸癌細胞、肺癌細胞、胸腺癌細胞、膀胱癌細胞、乳癌細胞、前立腺癌細胞あるいは癌性B細胞である請求項63記載の方法。
- 核酸が細胞の発現を阻害する能力を有する、請求項60から64のいずれか1つに記載の方法。
- 核酸が細胞毒性あるいは細胞増殖抑制作用を有する、請求項65記載の方法。
- 核酸が、単純ヘルペスチミジンキナーゼ、E. coliシトシンデアミナーゼ、E. coliニトロリダクターゼ、P. aeruginosaカルボキシペプチダーゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、およびE. coliプリンヌクレオシドホスホリラーゼ、あるいはこれらの遺伝子のいずれかの活性を示すフラグメントまたは変異体からなる群から選択される遺伝子をコードする、請求項66記載の方法。
- 標的細胞において、マイクロRNAの活性および/もしくは濃度が低下した、請求項60から67のいずれか1つに記載の方法。
- 被験者の標的細胞を除去するために用いられる請求項60から68のいずれか1つに記載の方法。
- マイクロRNAがhsa-let-7a-1,
hsa-let-7a-2, hsa-let-7a-3, hsa-let-7b, hsa-let-7c, hsa-let-7f, hsa-miR-10b,
hsa-miR-15a, hsa-miR-15b, hsa-miR-16, hsa-miR-19b mature miRNA, hsa-miR-20,
hsa-miR-21, hsa-miR-22, hsa-miR-23a, hsa-miR-24, hsa-miR-189, hsa-miR-24,
hsa-miR-26, hsa-miR-26b, hsa-miR-26a, hsa-miR-27b, hsa-miR-29a, hsa-miR-30a-3p,
hsa-miR-141, hsa-miR-142-5p, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-143, hsa-miR-145,
hsa-miR-192, hsa-miR-194, hsa-miR-199b, hsa-miR-200b, hsa-miR-200c,
hsa-miR-320, hsa-miR-321, hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-30a-5p, hsa-miR-29b,
hsa-miR-125b, hsa-miR-125a, hsa-miR-125b, hsa-miR-126*, hsa-miR-126,
hsa-miR-188, hsa-miR-331, hsa-miR-155, hsa-miR-181b-1, hsa-miR-124a, hsa-miR-9およびこれらに対応する前記のマイクロRNAのオルソログから成る群から選択される、請求項60から69のいずれかに記載の方法。 - 核酸が細胞の発現を促進する能力を有する、請求項60記載の方法。
- 核酸がサイトカイン、治療用タンパク、あるいは前記の活性を示すフラグメントまたは変異体をコードする核酸である、請求項71記載の方法。
- 方法が、マイクロRNAの活性および/もしくは濃度が低下した細胞の発現を促進するために用いられる、請求項71から72のいずれか1つに記載の方法。
- マイクロRNAの活性および/もしくは濃度の低下が、細胞の発現を阻害するのに十分な細胞内核酸の活性および/もしくは濃度に至る、細胞の発現を阻害する方法であって、この細胞はマイクロRNAの活性および/もしくは濃度が低下した細胞であって、この方法は細胞の発現を阻害する能力を有する核酸を細胞内に導入する段階を含む方法であって、この核酸はマイクロRNA結合の標的部位をふくむ核酸。
- マイクロRNAの活性および/もしくは濃度の低下が、細胞の発現を促進するのに十分な細胞内核酸の活性および/もしくは濃度に至る、細胞の発現を阻害する方法であって、この細胞はマイクロRNAの活性および/もしくは濃度が低下した細胞であって、この方法は細胞の発現を阻害する能力を有する核酸を細胞内に導入する段階を含む方法であって、この核酸はマイクロRNA結合の標的部位をふくむ核酸。
- 本発明は、癌細胞あるいは前癌細胞におけるマイクロRNA活性および/もしくは濃度の変化を確認する方法であって、この方法は:
癌細胞あるいは前癌細胞におけるリポーター核酸の発現レベルを測定すること、また非癌細胞におけるリポーター核酸の発現レベルを測定する段階;そして
非癌細胞におけるリポーター核酸の発現レベルに比較して、癌細胞におけるリポーター核酸の発現の増大によって癌細胞におけるマイクロRNA活性の低下を確認する段階、
の段階を含む方法。 - 癌細胞において発現した核酸の濃度を調節する方法であって、この癌細胞は同様の非癌細胞に比較して、マイクロRNA活性および/もしくは濃度の変化した癌細胞であって、この方法は細胞内に発現するはずの核酸に対するマイクロRNA結合の標的部位を導入する段階を含む方法。
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