JP2008536488A5

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Publication number: JP2008536488A5
Application number: JP2008502127A
Authority: JP
Filing date: 2006-03-16
Publication date: 2009-05-07

Description

^１ＨｏｍｏＳａｐｉｅｎｓ各遺伝子のヌクレオチドおよびアミノ酸配列の配列番号が、“Ｕｎｉｇｅｎｅ（ＨｏｍｏＳａｐｉｅｎｓ）”欄に示される。ＭｕｓＭｕｓｃｕｌｕｓ各遺伝子のヌクレオチドおよびアミノ酸配列の配列番号が、“Ｕｎｉｇｅｎｅ（ＭｕｓＭｕｓｃｕｌｕｓ）”欄に示される。ＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２について各々列挙されたプローブセットにおけるプローブの各々の配列番号が、“ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット”欄に示される。ＨＧ−Ｕ１３３Ａについて各々列挙されたプローブセットにおけるプローブの各々の配列番号が、“ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット”欄に示される。ＭＧ−Ｕ７４Ａについて各々列挙されたプローブの各々が、“ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット”欄に示される。
診断的および予後的な分類成績に基づいて、単一の最も成績の良い１１−遺伝子ＭＴＴＳ／ＰＮＳ署名を、さらなる検証解析のために選択した。上記の表２に提供される情報に基づいて、これらの遺伝子についてのさらなる情報が、数多くの供給源、例えば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／におけるＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙから（例えば、検索するデータベースの検索のために検索ウインドウのドロップダウンメニューから「Ｇｅｎｅ」を選択することおよび遺伝子名（例えば、ＧＢＸ２）についての検索を実施することによって）入手可能であることを当業者は理解するだろう。表２に示される遺伝子についての代表的なｃＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、本明細書に添付の配列表に含めた。いくつかの実施形態において、本発明の方法およびキットにおいて使用される配列は、配列表に含まれる例示された配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性を有する配列を含む。

^２各遺伝子についてのＨｏｍｏＳａｐｉｅｎｓヌクレオチドおよびＨｏｍｏＳａｐｉｅｎｓアミノ酸配列（アミノ酸配列が入手可能な場合）の配列番号が、「配列番号」欄に示される。
表９ａ、９ｂ、９ｃおよび９ｄに示される遺伝子の各々に対応するプローブおよびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセットＵ９５Ａｖ２からのプローブについてのＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブＩＤ番号は、「アレイファインダー（ＡｒｒａｙＦｉｎｄｅｒ）」および検索を実行するための識別子としてＧｅｎＢａｎｋＩＤまたはＵｎｉｇｅｎｅＩＤのいずれかを使用して、ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）ＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＵ９５セットについてｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ．ｃｏｍ／ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ａｒｒａｙｓ／ｓｐｅｃｉｆｉｃ／ｈｇｕ９５．ａｆｆｘにおいて検索することができる。さらに、Ｕ９５プローブセット内のすべてのプローブを示す表（各プローブＩＤおよび対応する遺伝子ならびに他の詳細を含む）は、ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ．ｃｏｍ／ａｎａｌｙｓｉｓ／ｎｅｔａｆｆｘ／ｓｈｏｗｒｅｓｕｌｔｓ．ａｆｆｘ．で見ることができる。

Claims

ＧＢＸ２、ＭＫＩ６７、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２、ＵＳＰ２２、ＨＣＦＣ１、ＲＮＦ２、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１ならびにそれらのマウスホモログからなる群から選択される少なくとも３つの遺伝子の発現を判定するためのキットであって、該少なくとも３つの遺伝子の発現を特異的に検出し、かつ他の遺伝子の発現を特異的に検出しないプローブセットを備え、該プローブセットは、核酸または抗体を含む、キット。
前記プローブセットが、前記少なくとも３つの遺伝子から転写されたＲＮＡ種または該ＲＮＡ種に由来するｃＤＮＡ種に通常のストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸である、請求項１に記載のキット。
前記プローブセットが、ＰＣＲプライマーである、請求項２に記載のキット。
前記ＰＣＲプライマーが、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１３、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される少なくとも３対のプライマーである、請求項３に記載のキット。
前記キットが、固相を備える、請求項２に記載のキット。
前記プローブセットが、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３３６８８＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット４１８＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３４７３６＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット４１０８１＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット４００４１＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３９８６６＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３７９１０＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３３４８４＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３６９６７＿ｇ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット１１４３＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３７２０３＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１０５６０＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１２０２２＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１４７１０＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１６２７７＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０４１６２＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１６９６４＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０２４７３＿ｘ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０５２１５＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０９４４２＿ｘ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０８２２８＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０９６１６＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９４２００＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９９４５７＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット１６０１５９＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット１０４０９７＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９３４４１＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９７９６０＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット１００９０１＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９３１６４＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９８４７７＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９３０９０＿ａｔおよびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット１０１５３８＿ｉ＿ａｔからなる群から選択される少なくとも３つのプローブセットからなる、請求項５に記載のキット。
前記少なくとも３つの遺伝子が、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２またはそれらのマウスホモログである、請求項１に記載のキット。
前記キットが、ＭＫＩ６７、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現を判定するためのキットであり、そして前記プローブセットが、ＭＫＩ６７、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現を特異的に検出する、請求項１に記載のキット。
前記キットが、ＧＢＸ２、ＭＫＩ６７、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２、ＵＳＰ２２、ＨＣＦＣ１、ＲＮＦ２、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現を判定するためのキットであり、そして前記プローブセットが、ＧＢＸ２、ＭＫＩ６７、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２、ＵＳＰ２２、ＨＣＦＣ１、ＲＮＦ２、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現を特異的に検出する、請求項１に記載のキット。
被験体における疾患状態についての臨床結果の予測を補助するための方法であって、
被験体から得られたサンプルから、ＧＢＸ２、ＭＫＩ６７、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２、ＵＳＰ２２、ＨＣＦＣ１、ＲＮＦ２、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログからなる群から選択される少なくとも３つの遺伝子についての遺伝子発現測定値のセットを測定する工程；および
該遺伝子発現測定値のセットと、該遺伝子のセットについての幹細胞および腫瘍細胞からの発現値を比較することによって得られた遺伝子発現測定値の対照基準セットとの間の相関係数を決定する工程であって、ここで、該相関係数のサインは、該疾患状態についての該臨床結果を予測する工程
を含む、方法。
前記幹細胞が、末梢神経系ニューロスフェアである、請求項１０に記載の方法。
前記腫瘍細胞が、転移性の前立腺腫瘍細胞である、請求項１０に記載の方法。
前記疾患状態が、癌である、請求項１０に記載の方法。
前記癌が、前立腺癌、乳癌、肺癌、卵巣癌、膀胱癌、リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、中皮腫、髄芽腫、神経膠腫および急性骨髄性白血病からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
前記少なくとも３つの遺伝子が、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２またはそれらのマウスホモログである、請求項１３に記載の方法。
前記遺伝子発現測定値のセットが、ＭＫＩ６７、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現測定値である、請求項１３に記載の方法。
前記遺伝子発現測定値のセットが、ＧＢＸ２、ＭＫＩ６７、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２、ＵＳＰ２２、ＨＣＦＣ１、ＲＮＦ２、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現測定値である、請求項１３に記載の方法。
前記臨床結果が、再発、治療失敗、転移の可能性、遠隔転移の可能性、無病生存率、侵襲性および所定期間における生存の可能性からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
前記癌が、前立腺癌である、請求項１４に記載の方法。
前立腺全摘除術前グリーソンスコア、切除断端評価、精嚢浸潤、年齢および被膜外進展からなる群から選択される、臨床病理学的特徴を解析する工程をさらに含む、請求項１９に記載の方法。
ＧＢＸ２、ＭＫＩ６７、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２、ＵＳＰ２２、ＨＣＦＣ１、ＲＮＦ２、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１ならびにそれらのマウスホモログからなる群から選択される少なくとも３つの遺伝子の発現を判定するためのキットであって、該少なくとも３つの遺伝子の発現を特異的に検出し、かつ他の遺伝子の発現を特異的に検出しないプローブセットを備え、該プローブセットは、核酸または抗体を含む、プローブのコレクション。
前記プローブセットが、前記少なくとも３つの遺伝子から転写されたＲＮＡ種または該ＲＮＡ種に由来するｃＤＮＡ種に通常のストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸である、請求項２１に記載のプローブのコレクション。
前記プローブセットが、ＰＣＲプライマーである、請求項２２に記載のプローブのコレクション。
前記ＰＣＲプライマーが、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１３、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される少なくとも３対のプライマーである、請求項２３に記載のプローブのコレクション。
前記キットが、固相を備える、請求項２２に記載のプローブのコレクション。
前記プローブセットが、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３３６８８＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット４１８＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３４７３６＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット４１０８１＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット４００４１＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３９８６６＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３７９１０＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３３４８４＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３６９６７＿ｇ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット１１４３＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２プローブセット３７２０３＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１０５６０＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１２０２２＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１４７１０＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１６２７７＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０４１６２＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２１６９６４＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０２４７３＿ｘ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０５２１５＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０９４４２＿ｘ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０８２２８＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨＧ−Ｕ１３３Ａプローブセット２０９６１６＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９４２００＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９９４５７＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット１６０１５９＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット１０４０９７＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９３４４１＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９７９６０＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット１００９０１＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９３１６４＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９８４７７＿ｓ＿ａｔ、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット９３０９０＿ａｔおよびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＧ−Ｕ７４Ａプローブセット１０１５３８＿ｉ＿ａｔからなる群から選択される少なくとも３つのプローブセットからなる、請求項２５に記載のプローブのコレクション。
前記少なくとも３つの遺伝子が、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２またはそれらのマウスホモログである、請求項２１に記載のプローブのコレクション。
前記キットが、ＭＫＩ６７、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現を判定するためのキットであり、そして前記プローブセットが、ＭＫＩ６７、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現を特異的に検出する、請求項２１に記載のプローブのコレクション。
前記キットが、ＧＢＸ２、ＭＫＩ６７、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２、ＵＳＰ２２、ＨＣＦＣ１、ＲＮＦ２、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現を判定するためのキットであり、そして前記プローブセットが、ＧＢＸ２、ＭＫＩ６７、ＣＣＮＢ１、ＢＵＢ１、ＫＮＴＣ２、ＵＳＰ２２、ＨＣＦＣ１、ＲＮＦ２、ＡＮＫ３、ＦＧＦＲ２およびＣＥＳ１またはそれらのマウスホモログの発現を特異的に検出する、請求項２１に記載のプローブのコレクション。