JP2008532553A - 生合成経路の化学的に誘導可能な発現 - Google Patents

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Abstract

多酵素生合成経路において酵素をコード化する同義遺伝子の導入方法および構築物が提供される。1つの実施形態において、これらの構築物は、各々が誘導プロモーターの制御下にあり、かつ各々がポリアデニル化シグナルを有する、2またはそれ以上の酵素コード化遺伝子を含有する。これらの構築物は、形質転換植物を生産するために用いられる。これらの植物において、酵素の発現は、化学的誘導剤が適用された時に増加され、導入遺伝子によってコード化された一連の酵素の生合成産物が生成される。1または複数の導入遺伝子から発現されたアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化される1またはそれ以上のプロモーターの制御下にある2またはそれ以上の酵素コード化遺伝子を含有する構築物が用いられてもよい。導入遺伝子はこれら自体が、1またはそれ以上の誘導プロモーターの制御下にあり、化学物質の外部からの適用後にスイッチオンされる。

Description

(発明の分野)
本発明は一般に、多酵素経路の所望の産物の生成を増強するための、生物における代謝経路において2またはそれ以上の酵素をコード化する2またはそれ以上の遺伝子の化学的誘導を得るのに適したベクターもしくは構築物の構成および使用に関する。特に、植物中のポリヒドロキシアルカノエート生合成経路における2またはそれ以上の酵素の化学的誘導発現のためのこのようなベクターもしくは構築物の構成が開示される。これらのベクターもしくは構築物を用いた植物の生産、および多酵素経路の所望の産物の改良された生産も実証される。
(発明の背景)
植物作物は、変性植物油、ポリヒドロキシアルカノエート、アミノ酸、変性リグニン、変性デンプン、および栄養補助製品を包含する一連の代謝産物の生成にとって望ましい宿主である。非常に多くの場合、これらの新しい産物の生成は、酵素活性を有する2またはそれ以上のポリペプチドをコード化する2またはそれ以上の導入遺伝子の発現を必要とする。所望の産物の形成を最大限にするために、植物の成長サイクルの一時点において、2またはそれ以上の導入遺伝子を発現させうることが望ましい。ほかの例では、代謝経路のポリペプチドもしくは産物によって引起こされた植物成長もしくは収率に対する負の衝撃を緩和するため、代謝経路の発現をスイッチオンしうることが望ましい。
バイオプラスチックが緑色植物において経済的かつ持続可能に生成されうる農業システムの開発は、バイオプラスチックのコストを劇的に低減させるのみならず、COを封鎖する(sequester)可能性も有する。
ポリヒドロキシアルカノエート(PHA)は、植物中に生成しうる生物分解性バイオポリマーの一族である。植物中のPHA生成の所望の商業目標は、7.5%〜15%乾燥重量(dwt)である(非特許文献1)。現在まで、PHBは、次の植物種において生成され、成功していた:Arabidopsis thaliana、Brassica napus、およびZea mays(非特許文献2;非特許文献3;非特許文献4;非特許文献5)。しかしながら、3%dwt以上のPHBを生成する植物は多くの場合、黄白化性(chlorotic)表現型を発達させ、および/または完全なサイズが得られない(非特許文献6)。これらの要因は、結果として低い総ポリマー収率を生じ、PHAの植物ベース生成への主要な障害となる。PHB経路における単一遺伝子の発現を制御するために誘導プロモーターを用いて、低総収率の問題を克服しようとする試みが、非誘導植物において高レベルの漏出し易いポリマー生成を生じ、したがって植物は依然として成長が妨げられた(非特許文献7)。
Y.Poirier and K.J.Gruys,Biopolyesters,Y.Doi,A.Steinbuchel Eds.(Wiley−VCH,Weinheim;2002),pp.401−435 C.Nawrathら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1994)91,12760 K.Bohmertら、,Planta(2000)211,841 K.L.Houmielら、Planta(1999)209,547 Y.PoirierおよびK.J.Gruys,Biopolyesters、Y.Doi,A.Steinbuchel Eds.(Wiley−VCH,Weinheim;2002),pp.401−435 Bohmert,K.ら、Molecular Biology and Biotechnology of Plant Organelles.H.Daniell,C.D.Chase Eds.(Kluwer Academic Publishers,Netherlands;2004,pp.559−585 Bohmertら、Plant Physiol.(2002)128(4):1282−90
したがって、作物における代謝経路において2またはそれ以上の酵素活性をコード化する2またはそれ以上の遺伝子の誘導発現のためのベクターもしくは構築物を提供することが、本発明の1つの目的である。
これらのベクターもしくは構築物で植物を形質転換すること、および宿主植物における所望の生成物、例えばバイオポリマー、新規油、変性リグニン、変性デンプン、または栄養補助食品の効率的な形成に必要とされる2またはそれ以上の酵素活性をコード化する2またはそれ以上の導入遺伝子の配位発現を誘導する一方で、経路において酵素、例えば所望の産物の増強された形成につながるものをコード化する導入遺伝子の構成的発現と関連づけることができる有害な影響を制限することが、本発明のさらに1つの目的である。
遺伝子が発現され、代謝中間体の流れが、その経路の産物の生成を増強するのに適した代謝経路を通して導かれるように、化学的誘導剤の葉または根への適用によってこれらの遺伝子を誘導することが、この発明のさらにもう1つの目的である。
所望の産物の生成を増強するため、および植物物質を収穫し、該産物を回収するために、植物成長サイクルの間の最適な時点における葉または根への適用による化学的誘導剤の適用方法を提供することが、この発明のさらに1つの目的である。
(発明の要旨)
多酵素生合成経路において酵素をコード化する同義遺伝子の導入のための方法および構築物が提供される。1つの実施形態において、これらの構築物は、各々が誘導プロモーターの制御下にあり、かつ各々がポリアデニル化シグナルを有する、2またはそれ以上の酵素コード化遺伝子を含有する。これらの構築物は、形質転換植物を生産するために用いられる。これらの植物において、酵素の発現は、化学的誘導剤が適用された時に増加され、これらの導入遺伝子によってコード化された多酵素生合成経路の生合成産物が生成される。
別の実施形態において、この方法は、1または複数の導入遺伝子から発現されたアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化される1またはそれ以上のプロモーターの制御下にある2またはそれ以上の酵素コード化遺伝子を含有する構築物を利用する。導入遺伝子はこれら自体が、1またはそれ以上の誘導プロモーターの制御下にあり、化学物質の外部適用後にスイッチオンされる。アクチベータ分子もしくは複合体を発現する1または複数の導入遺伝子は、多酵素生合成経路において酵素をコード化する同義遺伝子を含有する同じ構築物中に含まれていてもよい。あるいはまた、アクチベータ分子もしくは複合体を発現する1または複数の導入遺伝子は、多酵素生合成経路において酵素をコード化する同義遺伝子を含有する構築物と異なる構築物上にあってもよい。アクチベータ分子は、不活性形態における構成的プロモーターを用いて発現させることができる。この不活性形態は、化学的誘導剤の適用後に活性化形態へ転化される。
生合成経路は、バイオポリマー、例えばポリヒドロキシアルカノエート(PHA)、脂肪酸を含有する植物油、および栄養補助食品化合物を包含するいくつかの産物を形成しうる。ほかの生合成経路は、トリカルボン酸(「TCA」)サイクル、ポリケチド合成経路、カロテノイド合成、解糖、糖新生、デンプン合成、リグニンおよび関連化合物の合成、殺虫剤、殺菌剤、または抗生物質として役立つ小さい分子の生成に関わる経路を包含する。同期的に生合成経路をコード化する遺伝子の転写を活性化するための誘導プロモーターの使用は、その産物の蓄積に最適な時点において所望の最終産物への代謝中間体の流れを結果として生じる。
(発明の詳細な説明)
同義遺伝子の形質転換のための構築物
これらの構築物は、2またはそれ以上の誘導プロモーター、タンパク質をコード化する2またはそれ以上の遺伝子からのコーディング領域、および2またはそれ以上のポリアデニル化シグナルを含んでいてもよい。あるいはまた、これらの構築物は、アクチベータ分子もしくはアクチベータ分子の成分によって活性化される1またはそれ以上のプロモーター、タンパク質をコード化する同義遺伝子からのコーディング領域、および1またはそれ以上のポリアデニル化シグナルを含有してもよい。これらの構築物は、1またはそれ以上の誘導プロモーター、アクチベータ分子もしくはアクチベータ分子の成分をコード化する1またはそれ以上の遺伝子のためのコーディング領域、および1またはそれ以上のポリアデニル化シグナルを含有する構築物とともに用いることができる。これらの構築物はまた、標的配列、例えばプラスチド標的配列をコード化する配列、ミトコンドリア標的配列、ペルオキシソーム標的配列、または組織特異的配列を含んでいてもよい。
1つの実施形態において、生合成経路核酸配列を多重誘導プロモーターの制御下に置く構築物は好ましくは、5’から3’方向において動作可能なように連結されて、2またはそれ以上のエレメントであって、各エレメントが、核酸配列の転写を導く(direct)誘導プロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含有するエレメントを含有する。
別の実施形態において、生合成経路核酸配列を多重誘導プロモーターの制御下に置く構築物は好ましくは、ポリヒドロキシアルカノエートシンターゼタンパク質をコード化する第一核酸配列の転写を導く第一誘導プロモーター;ポリヒドロキシアルカノエートシンターゼタンパク質をコード化する第一核酸配列;第一3’ポリアデニル化シグナル配列を(5’から3’方向において動作可能なように連結されて)含む第一エレメント;アセトアセチル−CoAレダクターゼタンパク質をコード化する第二核酸配列の転写を導く第二誘導プロモーター;アセトアセチル−CoAレダクターゼタンパク質をコード化する第二核酸配列;第二3’ポリアデニル化シグナル配列を(5’から3’方向において動作可能なように連結されて)含む第二エレメント;およびベータ−ケトチオラーゼタンパク質をコード化する第三核酸配列の転写を導く第三誘導プロモーター;ベータ−ケトチオラーゼタンパク質をコード化する第三核酸配列;および第三3’ポリアデニル化シグナル配列を(5’から3’方向において動作可能なように連結されて)含む第三エレメントを含有する。
1つの実施形態において、生合成経路において多重酵素を発現する遺伝子を含有する構築物は(5’から3’方向において動作可能なように連結されて)、2またはそれ以上の核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;タンパク質をコード化する2またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む。あるいはまたこの構築物は(5’から3’方向において動作可能なように連結されて)、2またはそれ以上のエレメントであって、各エレメントが、核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含有するエレメントを含有してもよい。
これらの構築物は、アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を(5’から3’方向において動作可能なように連結されて)含有する構築物とともに用いられてもよい。あるいはまたこの構築物は、2またはそれ以上のエレメントであって、各エレメントが、アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を(5’から3’方向において動作可能なように連結されて)含有してもよい。
別の実施形態において、構築物は、2またはそれ以上のエレメントであって、各エレメントの少なくとも1つが、アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を5’から3’方向において動作可能なように連結されて含み;該エレメントの少なくとも1つが、2またはそれ以上の核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;各々タンパク質をコード化する2またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を5’から3’方向において動作可能なように連結されて含むエレメントを含有する。
あるいはまた、この構築物は、3またはそれ以上のエレメントであって、該エレメントの少なくとも1つが、アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を5’から3’方向において動作可能なように連結されて含み;該エレメントの少なくとも2つが各々、核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を5’から3’方向において動作可能なように連結されて含むエレメントを含有する。
植物中の生合成産物の生成は、上記の構築物でこれらの植物を形質転換し、あらゆる数の薬剤(下に詳細に記載されている)で誘導プロモーターを活性化することによって得ることができる。化学薬品は、葉への噴霧および根浸漬を包含するいくつかの方法を用いて植物へ適用することができる。
A.誘導プロモーター、および遺伝子発現の制御
誘導プロモーター系は、該遺伝子の発現およびエフェクターカセットを必要とする。該遺伝子は、誘導プロモーターの制御下に置かれる。エフェクターカセットは、誘導プロモーターの調節に責任があるタンパク質をコード化する遺伝子、典型的には強い構成的プロモーターの制御下に発現される転写リプレッサーもしくはアクチベータからなる(C.Gatz and I.Lenk,Trends Plant Sci.3:352(1998))。細菌、酵母、植物、または哺乳類細胞中の発現のためのいくつかの化学的誘導プロモーターが公知であり、入手可能である。
同義遺伝子が適切な形質転換ベクター中に挿入された時に、プロモーターおよび転写終結配列がこの構築物へ添加されてもよい。これらの多くは、商品として入手可能である。例えば、入手可能な多くの植物形質転換ベクターの選択肢がある(Gene Transfer to Plants(1995),Potrykus,I.and Spangenberg,G.eds.Springer−Verlag Berlin Heidelberg New York;“Transgenic Plants:A Production System for Industrial and Pharmaceutical Proteins”(1996),Owen,M.R.L.and Pen,J.eds.John Wiley & Sons Ltd.England and Methods in Plant Molecular biology−a laboratory course manual(1995),Maliga,P.,Klessig,D.F.,Cashmore,A.R.,Gruissem,W.and Varner,J.E.eds.Cold Spring Laboratory Press,New York)。一般に、植物形質転換ベクターは、5’および3’調節配列の転写制御下の1またはそれ以上の該コーディング配列を含む。これは、プロモーター、転写終結および/またはポリアデニル化シグナル、および選択可能なもしくはスクリーニング可能なマーカー遺伝子を含む。5’調節配列の通常の必要条件は、プロモーター、転写開始部位、およびRNAプロセシングシグナルを包含する。
植物に用いられて成功した誘導プロモーター系は、広範囲に概説されている(M.Padidam,Curr.Opin.Plant Biol.6,169(2003);R.Wangら、Trans.Res.12,529(2003);C.Gatz and I.Lenk,Trends Plant Sci.3:352(1998))。これらの誘導系は、化学物質、例えばテトラサイクリン、プリスタマイシン、病原体、光、グルココルチコイド、エストロゲン、銅、除草剤毒性緩和剤(herbicaide safener)、エタノール、IPTG(イソ−プロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド)、および病原体によって活性化されうる。
好ましい実施形態において、プロモーターは、エクジソンおよびエクジソン類似体によって活性化される。エクジソン誘導プロモーターは、(例えば別の受容体、例えばグルココルチコイド受容体からの)DNA結合ドメインへ、およびトランス活性化ドメイン(例えばVP16トランス活性化ドメイン)へ融合されたエクジソンリガンド結合ドメイン(例えばHeliothis virescens、Martinezら、,1999a)を含有する。エクジソン誘導プロモーターを活性化する作用物質は、エクジソン、非ステロイドエクジソン類似体、例えばビアシルヒドラジン分子テブフェノジド(商業的殺虫剤Mimic(登録商標)の活性成分)、メトキシフェノジド(商業的殺虫剤Intrepid(登録商標)の活性成分)、フィトエクジステロイド、例えばムリステロンAおよびポナステロンA、および昆虫ステロイドホルモン20−ヒドロキシエクジソン(Lafont,L.& Dinan,L.J.Insect Science 3:7−95(2003))を包含する。光によって活性化されるまで実際に不活性であるケージβ−エクジソンもまた、用いることができる(Linら、Chemistry & Biology 9:1347−1353(2002))。
エクジソン誘導プロモーターは、植物、例えば形質転換タバコ(Martinezら、Plant J.19:97−106(1999));トウモロコシ縣濁細胞(Martinezら、Mol.Gen.Genet.261:546−552(1999));形質転換トウモロコシ(Ungerら、Trans.Res.11:455−465(2002));および形質転換Arabidopsis(Padidamら、Current Opinion Plant Biol.6:169−177(2003);Kooら、Plant J.37:439−448(2004))に用いられて成功であった。
グルココルチコイド誘導プロモーターは、グルココルチコイドリガンドおよびDNA結合ドメイン、例えばヒトグルココルチコイド受容体からのものを含有する。誘導剤は、ステロイド化合物、例えばデキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、およびプレドニゾンを包含する。これらのプロモーターは、植物、例えば形質転換タバコ(Aoyama and Chua,Plant J.11:605−612(1997);Bohnerら、Plant J.19:87−95(1999));Gremillonら、,Plant J.37:218−228(2004));タバコ縣濁細胞(Schenaら、,Proc.Natl.Acad.Sci.USA88:10421−10425(1991));形質転換Arabidopsis(Lloydら、,Science 266:436−439(1994));形質転換米(Ouwerkerkら、,Planta 213:370−378(2001));形質転換Nicotiana benthamiana(Moriら、Plant J.27:79−86(2001));およびVirginiaマツ細胞培養物(Tang and Newton,J.Exp.Botany 55:1499−1508(2004))に用いられて成功であった。
エストロゲン誘導プロモーターは、エストロゲン受容体のリガンド結合ドメイン、典型的にはヒトエストロゲン受容体のものを含有する。誘導剤は、β−エストラジオールを包含する。エストロゲン誘導プロモーターは、植物、例えば形質転換Arabidopsis(Zuoら、Plant J.24:265−273(2000));形質転換タバコ(Zuoら、Plant J.24:265−273(2000));形質転換Nicotinia benthamiana(Guoら、Plant J.34:383−392(2003));およびトウモロコシ縣濁細胞(Bruceら、Plant Cell 12:65−79(2000))に用いられて成功であった。
エタノール誘導プロモーターは、Aspergillus nidulansのalcレギュロンをベースとする。エタノール誘導プロモーターは、植物、例えば形質転換タバコ(Caddickら、,Nature Biotechnol.16:177−180(1998);Sweetmanら、Plant Physiol.129:943−948(2002))、形質転換ジャガイモ(Sweetmanら、,Plant Physiol.129:943−948(2002))、形質転換油料種子セイヨウアブラナ(Sweetmanら、,Plant Physiol.129:943−948(2002))、形質転換Arabidopsis(Roslanら、Plant J.28:225−235(2001))に用いられて成功であった。
除草剤毒性緩和剤誘導プロモーターは、トウモロコシIn2−2プロモーターに関与しうる。典型的な誘導剤は、除草剤毒性緩和剤、例えばベンゼンスルホンアミドおよびスルホニルウレア除草剤クロルスルフロンを包含する。除草剤毒性緩和剤誘導プロモーターは、植物に用いられて成功であった(De Veylderら、,Plant Cell Physiol.38:568−577(1997))。
銅誘導プロモーターは、Saccharomyces cerevisiaにおいて銅解毒遺伝子の発現を調節する制御エレメントをベースとする。典型的な誘導剤は、硫酸銅(CuSO)である。銅誘導プロモーターは、植物、例えば形質転換タバコ(Mettら、,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:4567−4571(1993))に用いられて成功であった。
テトラサイクリン誘導プロモーターは、E.coli.からのテトラサイクリン抵抗オペロンのエレメントからなることがある。これらのプロモーターは、アクチベータまたはリプレッサーとして、および二重制御を得るためにほかの誘導系と組み合わせて用いることができる。例えばtet誘導リプレッサー系は、厳密に制御されたオン/オフスイッチを得るために、グルココルチコイド誘導系と組み合わされてもよい(Bohnerら、,Plant J.19:87−95(1999))。このテトラサイクリン応答プロモーター/テトラサイクリン制御トランスアクチベータ(tTA)系は、当業界において周知である(Gossen M and Bujard H Proc Natl Acad Sci USA 89:5547−5551(1992);Adamsら、Mol.Pharmacol.55(6);1028−1036(1999))。テトラサイクリン誘導プロモーターは、植物、例えば形質転換タバコ(Bohnerら、,Plant J.19:87−95(1999))およびタバコプロトプラスト(Gatz and Quail,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:1394−1397(1988))に用いられて成功であった。
プリスタマイシン−誘導プロモーターは、PIPタンパク質、すなわちS.coelicolorのプリスタマイシンオペロンのリプレッサーからなる転写アクチベータ(PIT)をベースとする。誘導剤は、ストレプトグラミン抗生物質プリスタマイシンを包含する。プリスタマイシン誘導プロモーターは、植物、例えばタバコ縣濁細胞に用いられて成功であった(Freyら、,Biotechnol.& Bioengineering 74:154−163(2001))。
病原体誘導プロモーターは、ジャガイモからのPrpl−aプロモーターに関与しうる。誘発剤は、病原体攻撃を包含するが、これらのプロモーターは、化学物質、例えばベノチアジアゾール(BTH)およびサリチル酸に応答する。病原体誘導プロモーターは、植物、例えばArabidopsisおよびタバコに用いられて成功であった(Bohmertら、,Plant Physiol.128:1282−1290(2002))。
イソ−プロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド(IPTG)は、E.coli lacリプレッサーの合成非加水分解型誘導物質である。研究は、IPTGが、lacリプレッサー/オペレーター系によって制御された宿主細胞遺伝子の発現を誘導するために細胞中に用いうることを実証した(Wildeら、,EMBO J.11,1251−1259(1992);Itzhakiら、Nat.Genet.15:258−265(1997))。
これらのプロモーターの誘導は、誘導剤の安定性および/または取り込みを増加させるか、または誘導プロモーターのリガンド結合ドメインのための誘導剤の親和性を増加させることによって、誘導剤の効率を高めて最適化することができる。誘導剤の構造の化学的修飾および/または誘導剤を含有する溶液の配合は、これらの目標を達成するために用いることができるであろう。
これらの誘導プロモーターは、この系の誘導性を改良するために、リガンドおよび/またはDNA結合ドメインおよび/または最小プロモーターを増強するために遺伝子シャッフル技術を通して最適化することができるであろう。
植物プロモーターは、異なる植物組織または細胞小器官における導入遺伝子の発現を制御するために選択することができる。これらの方法のすべてについては、当業者に公知である(Gasser & Fraley,Science 244:1293−99(1989))。導入遺伝子の5’末端は、プラスチドまたはほかの細胞以下の細胞小器官標的ペプチド、例えば導入遺伝子とインフレーム連結されたプラスチド標的シグナルをコード化する配列を含むように作り変えられてもよい。
B.生合成経路における酵素
多酵素生合成経路において酵素をコード化する同義遺伝子の導入のための方法および構築物が提供される。
1つの実施形態において、これらの構築物は、各々が生合成経路中の異なるタンパク質をコード化する、同義遺伝子配列の発現を駆動する誘導プロモーターを含有する。これらの構築物は、この調節に責任があるタンパク質をコード化する遺伝子からなるエフェクターカセットを含有する。この遺伝子は、ポリアデニル化シグナルを有し、典型的には、強い構成的または組織特異的プロモーターの制御下に置かれる。これらの構築物は、各々が誘導プロモーターの制御下にあり、かつ各々がポリアデニル化シグナルを有する、2またはそれ以上の、例えば2〜12、好ましくは2〜8、より好ましくは2〜7酵素コード化遺伝子を含有し、形質転換生物を生成するために用いられる。これらの生物において、酵素の発現は、化学的誘導剤が適用された時に増加され、導入遺伝子によってコード化された一連の酵素の産物が生成される。一例としてPHB生合成経路を用いたこのような構築物の図解が、図1に示されている。
好ましい実施形態において、導入遺伝子の産物は、バイオポリマー、例えばポリヒドロキシアルカノエート(PHA)、所望の工業的または栄養的プロフィールを有する脂肪酸を含む植物油、または栄養補助食品化合物の生成のために必要とされる酵素およびほかの因子である。
この産物がPHAである場合、これは3−ヒドロキシブチレートのホモポリマーもしくはコポリマーであってもよい。この場合、導入遺伝子は、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHB(「短鎖」)シンターゼ、PHA(「長鎖」)シンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素から選択される酵素をコード化しうる。有用な遺伝子は、当業界において周知であり、例えばSnell and Peoples Metab.Eng.4:29−40(2002)およびBohmertら、Molecular Biology and Biotechnology of Plant Organelles.H.Daniell,C.D.Chase Eds.(Kluwer Academic Pubishers,Netherlands;2004,pp.559−585)によって開示され、図2および3において概略が示されている。
PHA合成の例は、中鎖長基質特異性を有するシンターゼ、例えばPseudomonas oleovoransからのphaC1(第WO91/00917号;Huismanら、J.Biol.Chem.266,2191−2198(1991))もしくはPseudomonas aeruginosa(Timm,A.& Steinbuchel,A.Eur.J.Biochem.209:15−30(1992))、短鎖長特異性を有するAlcaligenes eutrophusからのシンターゼ(Peoples,O.P.& Sinskey,A.J.J.Biol.Chem.264:15298−15303(1989))、または2つのサブユニットシンターゼ、例えばphaEおよびphaCによってコード化されたThiocapsa pfennigiiからのシンターゼ(米国特許第6,011,144号)を包含する。ほかの有用なPHAシンターゼ遺伝子が、例えばAeromonas caviae(Fukui & Doi,J.Bacteriol.179:4821−30(1997),Rhodospirillum rubrum(米国特許第5,849,894号)、Rhodococcus ruber(Pieper & Steinbuechel,FEMS Microbiol.Lett.96(1):73−80(1992)),およびNocardia corallina(Hallら、,Can.J.Microbiol.44:687−91(1998))から単離されている。3−ヒドロキシブチレートおよびより長鎖長(6〜14炭素原子)のヒドロキシ酸のコポリマーを生成するのに有用な幅広い基質特異性を有するPHAシンターゼもまた、Pseudomonas sp.A33(Appl.Microbiol.Biotechnol.42:901−909(1995))およびPseudomonas sp.61−3(Katoら、Appl.Microbiol.Biotechnol.45:363−370(1996))から単離されている。
様々なPHAシンターゼ遺伝子、およびPHA生合成において有用な追加の代謝工程をコード化する遺伝子が、Madison and Huisman,Microbiology and Molecular biology Reviews 63:21−53(1999)によって記載されている。
ベータ−酸化のアルファサブユニットは、ヒドラターゼおよびデヒドロゲナーゼ活性を最小限に有する多機能酵素に属する(図2)。このサブユニットはまた、エピメラーゼおよびΔ3−シス、Δ2−トランスイソメラーゼ活性も有することがある。ベータ−酸化のアルファサブユニットの例は、E.coliからのFadB(DiRusso,C.C.J.Bacteriol.1990,172,6459−6468)、Pseudomonas fragiからのFaoA(Sato,S.,Hayashi,ら、,J.Biochem.1992,111,8−15)、およびβ−酸化の多機能αサブユニットへの相同体を含むE.coliオープンリーディングフレームf714(Genbank Accession#1788682)である。β−酸化のβサブユニットは、そのパートナーのαサブユニットと多機能酵素錯体を形成しうるポリペプチドのことを言う。このβサブユニットは、チオラーゼ活性を有する(図2)。βサブユニットの例は、E.coliからのFadA(DiRusso,C.C.J.Bacteriol.172:6459−6468(1990))、Pseudomonas fragiからのFaoB(Sato,S.,Hayashi,M.,Imamura,S.,Ozeki,Y.,Kawaguchi,A.J.Biochem.111:8−15(1992))、およびβ−酸化のαサブユニットへの相同体を含むE.coliオープンリーディングフレームf436(Genbank Accession#AE000322;遺伝子b2342)である。
レダクターゼとは、β−ケトアシルCoAをR−3−OH−アシルCoAへ還元しうる酵素、例えばChromatium vinosumからのNADH依存性レダクターゼ(Liebergesell,M.,& Steinbuchel,A.Eur.J.Biochem.209:135−150(1992))、Alcaligenes eutrophusからのNADPH依存性レダクターゼ(Peoples,O.P.& Sinskey,A.J.J.Biol.Chem.264:15293−15297(1989))、Zoogloea ramigeraからのNADPHレダクターゼ(Peoples,O.P.& Sinskey,A.J.Molecular Microbiology 3:349−357(1989))、またはBacillus megateriumからのNADPHレダクターゼ(米国特許第6,835,820号)のことを言う。
ベータ−ケトチオラーゼとは、アセチルCoAおよびアシルCoAのβ−ケトアシルCoAへの転化であって、可逆性である反応を触媒しうる酵素のことを言う(図2)。このようなチオラーゼの一例は、Alcaligenes eutropusからのPhaA(Peoples,O.P.& Sinskey,A.J.J.Biol.Chem.264:15293−15297(1989))、およびAlcaligenes eutrophusからのBktB(Slaterら、J.Bacteriol.180(8):1979−87(1998))である。アシルCoAオキシダーゼとは、飽和アシルCoAをΔ2不飽和アシルCoAへ転化しうる酵素のことを言う(図2)。アシルCoAオキシダーゼの例は、Saccharomyces cerevisiaeからのPOX1(Dmochowska,ら、Gene,1990,88,247−252)およびArabidopsis thalianaからのACX1(Genbank Accession#AF057044)である。カタラーゼとは、過酸化水素を水素および酸素へ転化しうる酵素のことを言う。カタラーゼの例は、Pseudomonas aeruginosaからのKatB(Brown,ら、J.Bacteriol.177:6536−6544(1995))およびE.coliからのKatG(Triggs−Raine,B.L.& Loewen,P.C.Gene 52:121−128(1987))である。
導入遺伝子コード化酵素の産物が変性油である場合、これらの導入遺伝子は、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、および/またはトリアシル−グリセロール生合成酵素から選択される酵素をコード化しうる。これらの酵素は、米国特許第6,140,486号;米国特許第5,955,650号;米国特許第6,433,250号;米国特許第6,051,754号;米国特許第6,635,451号;Singhら、Plant Physiol.109:1498(1995);Tangら、Plant Physiol.119:364(1999);およびMadi and Prusky Plant Physiol.121:1057(1999))を包含する、いくつかの引例に開示されている。植物油産物は、工業用途のための改良された脂肪酸組成物、例えば高ヒドロキシ酸含量、高オレイン酸含量、またはより高いかまたはより低い不飽和脂肪酸含量を有していてもよい。菜種油のラウリン酸含量を増すための遺伝子および系は、Knutzonら、(1999,Plant Physiol.120.739−746)によって記載されており、図4に示されている。植物油産物が栄養特性を増強してしまっている場合、これは減少した不飽和脂肪酸含量、例えば高オレイン酸またはラウリン酸含量、または向上したレベルの長鎖多不飽和脂肪酸(PUFA)を有しうる。油料種子中のPUFAのレベルを高めるための遺伝子および系は、Qiら、Nature Biotechnology 22:739−745(2004)によって記載され、図5に概要が示されている。新しい油料種子作物の生産のための追加の代謝エンジニアリング戦略は、Drexlerら、J Plant Physiol 160:779−802(2003)によって概説されている。
導入遺伝子コード化酵素の産物はまた、栄養補助食品化合物、例えばβ−カロチン(プロビタミンA)であってもよい。形質転換米においてβ−カロチンを生成するための遺伝子および系は、Yeら、Science 287:303−305(2000)によって記載され、図6に概要が示されている。誘導発現カセット中の導入遺伝子は、図6の反応1〜5から選択される酵素活性をコード化しうる。
C.標的配列
多重酵素反応をコード化する導入遺伝子は、ネイティブ多酵素錯体、例えば微生物脂肪酸酸化錯体、またはアミノ酸経路酵素活性をコード化する二機能酵素、例えばトレオニン生成に関与するEscherichia coliホモセリンデヒドロゲナーゼ−アスパルトキナーゼをコード化しうる。多機能酵素をコード化するこのような遺伝子の多くの例が文献中に存在する。ほかの例では、導入遺伝子は、遺伝子融合技術を通して多機能酵素をコード化するように構成されてもよい。このような技術において、異なる遺伝子のコーディング配列は、個々の遺伝子の活性を有する単一タンパク質をコード化する単一遺伝子を得るために、リンカー配列をともなって、またはこれらをともなわずに融合される。このような合成融合遺伝子/酵素の組み合わせは、分子進化テクノロジーを用いて、さらに最適化することができる。
別の実施形態において、多酵素生合成経路において酵素をコード化する同義遺伝子を含有する構築物は、1または複数の導入遺伝子から発現されたアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化される1またはそれ以上のプロモーターの制御下に置かれる。これらの導入遺伝子は、1またはそれ以上の誘導プロモーターの制御下にあり、化学物質の外部適用後にスイッチオンされる。この状況において、形質転換生物は、アクチベータ分子もしくはアクチベータ分子の1成分の発現を増加させる化学的誘導剤で処理される。この分子はついで、代謝産物の生成に最適な時に多酵素活性をコード化する導入遺伝子の発現を増加させうる。
両方の実施形態において、誘導は理想的には、所望産物のレベルを向上させるために植物の成長サイクルにおける一時点において実施される。好ましくは化学的誘導剤は、葉への噴霧として適用される(Tominack,J Toxicol Clin Toxicol.38(2):129−35(2000))。ただし根浸漬は、有用な代替方法である(Holtら、Planta.196(2):295−302(1995))。代謝産物は、植物のあらゆる部分、例えば葉、茎、花、種子、またはこれらのあらゆる組み合わせにおいて生成されうる。
異種ヌクレオチド配列はさらに、発現されることになる酵素をコード化する領域内に、標的配列を含む1またはそれ以上のヌクレオチド配列を含んでいてもよい。「標的」配列は、酵素の一部として、タンパク質を特定の細胞区画へ導き、その結果としてこのタンパク質の局部化または区画化を生じるアミノ酸配列もしくはモチーフをコード化するヌクレオチド配列である。タンパク質における標的アミノ酸配列の存在は典型的には、細胞小器官を横断して細胞小器官内部中へ入る、標的されたタンパク質のすべてまたは一部の転座を結果として生じる。あるいはまたこれは、標的されたタンパク質を、細胞小器官膜中に埋め込まれたままにするように導くことができる。「標的」配列または標的タンパク質の領域は、隣接アミノ酸または一群の非隣接アミノ酸のストリングを含んでいてもよい。標的配列は、標的されたタンパク質を、植物細胞小器官、例えば核、ミクロボディー(例えばペルオキシソーム、またはこれの特殊化バージョン、例えばグリオキシソーム)、小胞体、エンドソーム、液胞、原形質膜、細胞壁、ミトコンドリア、葉緑体、またはプラスチドへ導くように選択することができる。
葉緑体標的配列は、タンパク質を葉緑体またはプラスチド、例えばアルファルファリブロース−ビホスフェートカルボキシラーゼの小さいサブユニットのトランジットペプチドへ標的することができるあらゆるペプチド配列である(Khoudiら、,Gene 1997,197,343−351)。ペルオキシソーム標的配列は、N−末端であれ、内部であれ、またはC−末端であれ、タンパク質をペルオキシソームへ標的することができるあらゆるペプチド配列、例えば植物C−末端標的トリペプチドSKLのことを言う(Banjoko,A.& Trelease,R.N.Plant Physiol.1995,107,1201−1208;T.P.Wallaceら、,“Plant Organellular Targeting Sequences”,Plant Molecular Biology,Ed.R.Croy,BIOS Scientific Publishers Limited(1993)pp.287−288。そして植物中のペルオキシソーム標的は、M.Volokita,The Plant J.,361−366(1991)に示されている)。
D.マーカー遺伝子
植物における使用のための選択可能マーカー遺伝子は、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子nptII(米国特許第5,034,322号、米国特許第5,530,196号)、ハイグロマイシン抵抗遺伝子(米国特許第5,668,298号)、およびホスフィノトリシンへの抵抗性をコード化するバー遺伝子(米国特許第5,276,268号)を包含する。第EP0530129A1号は、成長培地へ添加された不活性化合物を活性化する酵素をコード化する導入遺伝子を発現することによって、形質転換植物を、非形質転換株よりも早く成長させることができる正の選択系について記載している。米国特許第5,767,378号は、形質転換植物の正の選択のためのマンノースもしくはキシロースの使用について記載している。スクリーニング可能なマーカー遺伝子は、ベータ−グルクロニダーゼ遺伝子(Jeffersonら、,1987,EMBO J.6:3901−3907;米国特許第5,268,463号)およびネイティブまたは修飾グリーン蛍光タンパク質遺伝子(Cubittら、,1995,Trends Biochem Sci.20:448−455;Panら、,1996,Plant Physiol.112:893−900)を包含する。これらのマーカーのいくつかは、特徴、例えば除草剤抵抗性を該植物中に導入するという追加の利点を有し、インプット側に追加の農業価値を与える。
E.転写終結配列
転写の極端3’末端において、ポリアデニル化シグナルは作り変えることができる。ポリアデニル化シグナルとは、サイトソル、例えばノパリンシンターゼの3’領域へのmRNAの輸出に先立つ、核中のmRNAのポリアデニル化を結果として生じうるあらゆる配列のことを言う(Bevan,M.,Barnes,W.M.,Chilton,M.D.Nucleic Acids Res.1983,11,369−385)。
II.構築物の使用方法
A.形質転換
本明細書に記載された方法において有用なDNA構築物は、導入遺伝子を植物中へ導入しうる形質転換ベクターを包含する。本明細書において用いられているように、「形質転換(transgenic)」とは、異種ヌクレオチド配列を含有する核酸断片が導入されている生物のことを言う。形質転換生物中の導入遺伝子は好ましくは安定であり、遺伝性である。異種核酸断片は、宿主ゲノム中に統合されてもよく、統合されなくてもよい。
いくつかの植物形質転換ベクターの選択肢が利用可能である。これは、“Gene Transfer to Plants”(Potrykusら、,eds.)Springer−Verlag Berlin Heidelberg New York(1995);“Transgenic Plants:A Production System for Industrial and Pharmaceutical Proteins”(Owenら、,eds.)John Wiley & Sons Ltd.England(1996);および“Methods in Plant Molecular Biology:A Laboratory Course Manual”(Maligaら、eds.)Cold Spring Laboratory Press,New York(1995)に記載されているものを包含する。植物形質転換ベクターは一般に、5’および3’調節配列の転写制御下に1またはそれ以上の該コーディング配列を含む。これは、プロモーター、転写終結および/またはポリアデニル化シグナル、および選択可能もしくはスクリーニング可能マーカー遺伝子を包含する。単一転写からの2またはそれ以上のポリペプチドの発現のために、追加のRNAプロセシングシグナルおよびリボザイム配列は、この構築物へ作り変えることができる(米国特許第5,519,164号)。この研究方法は、多重導入遺伝子を単一座に配置するという利点を有する。このことは、その後の植物育種努力において有利である。追加の研究方法は、相同組換えによって植物プラスチド染色体を特異的に形質転換するためにベクターを用いることである(米国特許第5,545,818号)。この例では、プラスチドゲノムの原核生物の性質を利用し、いくつかの導入遺伝子をオペロンとして挿入することが可能である。
これらのベクターを用いた適切な農作物宿主の形質転換は、多様な方法および植物組織を用いて達成することができる。本明細書に開示された方法において有用な代表的植物は、napus、rappa,sp.carinata、およびjunceaを包含するアブラナ属;Arabidopsis thaliana;トウモロコシ;大豆;綿の実;ヒマワリ;ヤシ;ココナツ;サフラワー;ピーナッツ;Sinapis albaを包含するカラシナ;サトウキビおよび亜麻を包含する。バイオマスとして収穫された作物、例えばサイレージコーン、アルファルファ、スイッチグラス、サトウモロコシ、またはタバコもまた、本明細書に開示された方法の場合に有用である。これらのベクターを用いた形質転換にとって代表的な組織は、プロトプラスト、細胞、カルス組織、リーフディスク、花粉、および分裂組織(meristem)を包含する。代表的な形質転換手順は、アグロバクテリウム仲介形質転換、パーティクルガン(biolistic)、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、ポリエチレングリコール仲介プロトプラスト形質転換、リポソーム仲介形質転換、およびシリコン繊維−仲介形質転換を包含する(米国特許第5,464,765号;“Gene Transfer to Plants”(Potrykusら、,eds.)Springer−Verlag Berlin Heidelberg New York(1995);“Transgenic Plants:A Production System for Industrial and Pharmaceutical Proteins”(Owenら、,eds.)John Wiley & Sons Ltd.England(1996);および“Methods in Plant Molecular Biology:A Laboratory Course Manual”(Maligaら、eds.)Cold Spring Laboratory Press,New York(1995))。
大豆は、いくつかの報告されている手順によって形質転換することができる(米国特許第5,015,580号;米国特許第5,015,944号;米国特許第5,024,944号;米国特許第5,322,783号;米国特許第5,416,011号;米国特許第5,169,770号)。
形質転換トウモロコシ植物の生産のために、いくつかの形質転換手順が報告されている。これは、花粉形質転換(米国特許第5,629,183号)、シリコン繊維−仲介形質転換(米国特許第5,464,765号)、プロトプラストのエレクトロポレーション(米国特許第5,231,019号;米国特許第5,472,869号;米国特許第5,384,253号)、遺伝子ガン(米国特許第5,538,877号;米国特許第5,538,880号)、およびアグロバクテリウム仲介形質転換(第EP0604662A1号;第WO94/00977号)を包含する。アグロバクテリウム仲介手順が特に好ましいが、それは、形質転換構築物の単一統合事象が、その後の植物育種を非常に容易にするこの手順を用いて、より容易に得られるからである。綿は、パーティクルボンバードメントによって形質転換することができる(米国特許第5,004,863号;米国特許第5,159,135号)。ヒマワリは、パーティクルボンバードメントとアグロバクテリウム感染との組み合わせを用いて形質転換することができる(第EP0486233A2号;米国特許第5,030,572号)。亜麻は、パーティクルボンバードメントまたはアグロバクテリウム仲介形質転換のどちらかによって形質転換することができる。スイッチグラスは、パーティクルガンまたはアグロバクテリウム仲介方法のどちらかを用いて形質転換することができる(Richardsら、Plant Cell Rep.20:48−54(2001);Somlevaら、Crop Science 42:2080−2087(2002))。サトウキビ形質転換方法もまた記載されている(Franks & Birch Aust.J.Plant Physiol.18,471−480(1991);PCT第WO2002/037951号)。
本発明の実施において有用なリコンビナーゼテクノロジーは、cre−lox、FLP/FRT、およびGin系を包含する。これらのテクノロジーが、本明細書に記載された目的のために利用されうる方法は、例えば(米国特許第5,527,695号;Dale And Ow,1991,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:10558−10562;Medberryら、,1995,Nucleic Acids Res.23:485−490)に記載されている。
上に記載された方法のいずれか1つによる形質転換の後、次の手順は、導入遺伝子を発現する形質転換植物を得るために用いることができる:選択的媒質上で形質転換された植物細胞を選択する;差別化された植物を生産するために形質転換された植物細胞を再生する;所望の組織および細胞位置において所望レベルの1または複数の所望ポリペプチドを生成する導入遺伝子を発現する形質転換植物を選択する。
B.生合成産物の生成
多重酵素の発現は、例えば栄養性アミノ酸のレベルを増加させるため(Falcoら、Biotechnology 13:577(1995))、リグニン代謝を修飾するため(Baucherら、Crit.Rev.Biochem.Mol.Biol.38:305−350(2003))、油組成物を修飾するため(Drexlerら、J.Plant Physiol.160:779−802(2003))、デンプンを修飾するため、またはポリヒドロキシアルカノエートポリマーを生成するため(Huismann and Madison,Microbiol and Mol.Biol.Rev.63:21−53(1999);およびその中の参考文献)、植物の代謝の改変のために有用である。好ましい実施形態において、導入遺伝子の産物は、バイオポリマー、例えばポリヒドロキシアルカノエート(PHA)、所望の工業的または栄養的プロフィールを有する脂肪酸を含有する植物油、または栄養補助食品化合物である。
PHAバイオポリマーの生成
PHAバイオポリマーの生成のための植物の修飾は、どのようにしてこれらの構築物を用いることができるかの好ましい一例である。PHAバイオポリマーは、異なるモノマー組成および広い範囲の物理的性質を有する広い種類のポリエステルを包含する(Madison and Huismann,1999;Dudeshら、Prog.Polym.Sci.25:1503−1555(2000))。短鎖、中鎖、ならびに短鎖および中鎖長PHAのコポリマーは、ポリマーが蓄積されることになる細胞小器官において、PHAシンターゼの基質である3−ヒドロキシアシルCoAを生成するために、植物の自然代謝を操作することによって植物中に生成することができる。これは多くの場合、適切な細胞小器官標的シグナルが付着された、2またはそれ以上の組換えタンパク質の発現を必要とする。これらのタンパク質は、単一形質転換事象を介して植物中に導入された単一構築物から同調的に(coordinately)発現させることができる。一般にPHAは、1またはそれ以上のモノマー単位の重合(例えば酵素重合)によって形成される。このようなモノマー単位の例は、例えば3−ヒドロキシブチレート、グリコール酸、3−ヒドロキシプロピオネート、3−ヒドロキシバレレート、3−ヒドロキシヘキサノエート、3−ヒドロキシヘプタノエート、3−ヒドロキシオクタノエート、3−ヒドロキシノナノエート、3−ヒドロキシデカノエート、3−ヒドロキシドデカノエート、3−ヒドロキシドデセノエート、3−ヒドロキシテトラデカノエート、3−ヒドロキシヘキサデカノエート、3−ヒドロキシオクタデカノエート、4−ヒドロキシブチレート、4−ヒドロキシバレレート、5−ヒドロキシバレレート、および6−ヒドロキシヘキサノエートを包含する。
いくつかの実施形態において、このPHAは、化学式−OCR(CRCO−を有する少なくとも1つのモノマー単位を有する。nはゼロまたは整数(例えば1、2、3、4、5、6、7、8,9、10、11、12、13、14、15など)である。R、R、R、およびRの各々は、水素原子、飽和炭化水素基、または不飽和炭化水素基である。Rは、R、R、およびRの各々と同一または異なる。Rは、R、R、およびRの各々と同一または異なる。Rは、R、R、およびRの各々と同一または異なり、Rは、R、R、およびRの各々と同一または異なる。
いくつかの実施形態において、このPHAは、ホモポリマーである。このようなホモポリマーの例は、ポリ−4−ヒドロキシブチレート、ポリ−4−ヒドロキシバレレート、ポリ−3−ヒドロキシプロピオネート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート、ポリ−3−ヒドロキシヘキサノエート、ポリ−3−ヒドロキシヘプタノエート、ポリ−3−ヒドロキシオクタノエート、ポリ−3−ヒドロキシデカノエート、およびポリ−3−ヒドロキシドデカノエートを包含する。いくつかの実施形態において、このPHAは、2またはそれ以上の異なるモノマー単位を含有するコポリマーである。このようなコポリマーの例は、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシプロピオネート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシバレレート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシヘキサノエート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−4−ヒドロキシブチレート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−4−ヒドロキシバレレート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−6−ヒドロキシヘキサノエート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシヘプタノエート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシオクタノエート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシデカノエート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシドデカノエート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシオクタノエート−co−3−ヒドロキシデカノエート、ポリ−3−ヒドロキシデカノエート−co−3−ヒドロキシオクタノエート、およびポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシオクタデカノエートを包含する。
このPHAは、少なくとも約500ダルトン(例えば少なくとも約10,000ダルトン、少なくとも約50,000ダルトン)および/または約2,000,000ダルトン未満(例えば約1,000,000ダルトン未満、約800,000ダルトン未満)のポリスチレン当量重量平均分子量を有してもよい。本明細書において用いられているように、重量平均分子量は、PHAサンプルのための溶離液および希釈剤の両方として、例えばクロロホルムを用いて、ゲル透過クロマトグラフィーによって決定される。分子量を決定するための較正曲線は、ポリスチレン分子量標準を用いて発生させることができる。
このPHAがポリ−3−ヒドロキシブチレートコポリマー(例えばポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシプロピオネート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシバレレート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシヘキサノエート、および/またはポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−4−ヒドロキシブチレート、ポリ−3−ヒドロキシブチレート−co−3−ヒドロキシオクタノエート−co−3−ヒドロキシデカノエート−co−3−ヒドロキシドデカノエート)であるいくつかの実施形態において、これらのモノマー単位の大部分は、3−ヒドロキシブチレート(例えばこれらのモノマー単位の少なくとも約50%が、3−ヒドロキシブチレートであり、これらのモノマー単位の少なくとも約60%が、3−ヒドロキシブチレートである)である。
細菌において、各PHAモノマーは、特異的経路によって生成される。短い懸垂基PHAの場合、3つの酵素が関与している。すなわち、ベータ−キトチオラーゼ(図2、反応8)、アセトアセチル−CoAレダクターゼ(図2、反応9)、およびPHAシンターゼ(図2、反応10)である。短鎖長PHAシンターゼは典型的には、4−ヒドロキシおよび5−ヒドロキシ酸の両方の単位を包含するC−Cヒドロキシ酸モノマーの重合を可能にする。この生合成経路は、いくつかの細菌、例えばRalstonia eutropha、Alcaligenes latus、Zoogloea ramigeraなどに見られる(Madison,L.L.& Huisman,G.W.Microbiology and Molecular Biology Reviews 1999,63,21−53)。短鎖長PHA合成を促進するための活性は、単一形質転換事象を介して宿主植物中に導入することができる。必要であれば、これらの酵素をコード化する遺伝子は、成熟タンパク質を、この細胞の特定区画へスプライシングした後に標的するペプチド標的シグナルをコード化するDNA配列へ融合させることができる。
中鎖長懸垂基PHAは、多くの異なるPseudomonas細菌によって生成される。ヒドロキシアシル−コエンザイムAモノマー単位は、脂肪酸ベータ−酸化(図2)および脂肪酸生合成経路(図3)が起源であってもよい。これらのモノマー単位はついで、より大きいC−C14モノマー単位に有利に働く基質特異性を有するPHAシンターゼによってポリマーへ転化される(図2、反応7;図3、反応5;Madison,L.L.& Huisman,G.W.Microbiology and Molecular Biology Reviews 1999,63,21−53)。脂肪酸ベータ−酸化経路からの中鎖長PHA合成を促進する活性は、図2、反応1−7に記載された酵素から選択される、単一形質転換事象を介して宿主植物中に導入することができる。必要であれば、これらの酵素をコード化する遺伝子は、タンパク質を、この細胞特定の区画へ標的するペプチド標的シグナルをコード化するDNA配列へ融合させることができる。
PHA合成と脂肪酸生合成との間の酵素連結は、Pseudomonas putidaおよびPseudomonas aeruginosaの両方において報告されている(図3、反応1)。脂肪酸生合成からの炭素の転換(diversion)に責任があると考えられている酵素をコード化する遺伝子座は、phaGと命名された(Rehmら、Biol.Chem.1998,273,24044−24051;第WO98/06854号;米国特許第5,750,848号;Hoffmann,N.,Steinbuchel,A.,Rehm,B.H.A.FEMS Microbiology Letters,2000,184,253−259)。米国特許第6,586,658号は、脂肪酸生合成経路からPHAを生成するのに有用な追加遺伝子について記載している。脂肪酸生合成経路からの中鎖長PHA合成を促進するための活性は、これらの酵素が、図3、反応1−3に記載されたものから選択される構築物での単一形質転換事象を介して宿主植物中に導入することができる。必要であれば、これらの酵素をコード化する遺伝子は、成熟タンパク質を、この細胞、例えばプラスチドの特定区画へ標的するペプチド標的シグナルをコード化するDNA配列へ融合させることができる。
短鎖および中鎖長の両方の懸垂基からなるコポリマーもまた、広い基質特異性を有するPHAシンターゼを有する細菌中に生成することができる(図2、反応11;図3、反応5)。例えばPseudomonas sp.A33(Appl.Microbiol.Biotechnol.1995,42,901−909)、Pseudomonas sp.61−3(Katoら、Appl.Microbiol.Biotechnol.1996,45,363−370)、およびThiocapsa pfennigii(米国特許第6,011,144号)はすべて、短鎖および中鎖長モノマー単位のコポリマーを生成すると報告されているPHAシンターゼを有する。短鎖および中鎖長の両方の懸垂基のコポリマーの形成を促進するための活性は、単一形質転換事象を介して宿主植物中に導入することができ、脂肪酸分解経路(図2)については反応1〜11、および図3の脂肪酸生合成経路については反応1〜8を触媒するポリペプチドをコード化することができる。必要であれば、これらのポリペプチドをコード化する遺伝子は、成熟タンパク質を、この細胞、例えばプラスチドの特定区画へ標的するペプチド標的シグナルをコード化するDNA配列へ融合させることができる。
3−ヒドロキシバレレートの組み込みのための追加経路は、GruysらによるPCT第WO98/00557号によって記載されている。4−ヒドロキシブチレートの組み込みのための経路は、DennisおよびValentinによるPCT第WO98/36078号およびHuismanらによるPCT第WO99/14313号において詳しく記載されている。
工業的規模での植物からのPHAの生成に先立って、農業的価値の作物中のポリマー生成は、最適化されるべきである。農業的価値のいくつかの作物における予備研究が実施された(概論については、次のもの参照:Bohmertら、,2004 Metabolic Engineering:Plastids as Bioreactors.Molecular Biology and Biotechnology of Plant Organelles,H.Daniell and C.D.Chase,Editors.Kluwer Academic Publishers:Netherlands.p.559−585)。これは、トウモロコシにおけるPHB生成(Poirier & Gruys,2002,Production of polyhydroxyalkanoates in transgenic plants.Biopolymers,A.Steinbuchel,Editor.Wiley−VHC Verlag GmbH:Weinheim.p.401−435)、ならびに形質転換キャノーラおよび大豆種子におけるPHB生成(Gruysら、,PCT第WO98/00557号)を包含する。これらの研究において、観察されたポリマーのレベルは、ポリマーの経済的生成には低すぎた。農業的価値の作物におけるPHA生成の最適化は、所望の組成を有するポリマーへの高収率経路が得られるまで、多重酵素、標的シグナル、および生成部位のスクリーニングを利用する。これは、同義遺伝子が、単一形質転換事象中に挿入されるならば、単純化することができるタスクである。多遺伝子発現構築物の作製は、形質転換植物を農業的に有用なものにするのに必要とされる、伝統的な育種方法論の複雑さを減少させるのに有用である。
本発明は、次の非限定例を参照してさらに理解されるであろう。
実施例1:プラスミドの構成
PCR、DNA配列決定、形質転換、およびプラスミド精製を包含するすべてのDNA操作は、例えばSambrookら、,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press,New York(1989))によって記載されているような標準的手順を用いて実施された。
pUC18−C4PPDK−AAA−RBSは、35S−C4PPDKプロモーター(Chiuら、Curr.Biol.6:325(1996))、エンドウマメからのルビスコ(rubisco)の小さいサブユニットおよび成熟タンパク質の第一24aaのシグナルペプチドをコード化するDNA(Coruzziら、J Biol Chem.258(3):1399−1402(1983))、所望の導入遺伝子の融合を可能にするXbaI制限部位、およびノパリンシンターゼ遺伝子の3’ターミネーターを含有する3つのaaリンカーをコード化するDNA(Bevanら、,Nucleic Acids Res.11(2):369−395(1983))を含有する。このプラスミドは、次の多工程手順を用いて構成された。オリゴヌクレオチドBamXbaNot−AおよびBamXbaNot−Bはアニーリングされ、既にBamHIおよびNotIで消化されてしまったプラスミドpUC18−35S−C4PPDKsGFPnos(Chiuら、Biol.6:325(1996))中にライゲーションされた。その結果として生じたプラスミドは、pUC18−35S−C4PPDK−BXNP−nosと命名された。ルビスコ葉緑体標的シグナルおよび成熟タンパク質の第一24aaは、プライマーPEATSCおよびPEATSRを用いて、Pisum sativum Progress#9の拡張された若い緑葉から得られたゲノムDNAから増幅された。その結果生じた0.34kbp断片は、プラスミドpUC18−35S−C4PPDK−P.t.s.nosを形成するpUC18−35S−C4PPDK−BXNP−nosのBamHIおよびXbaI部位中へクローンされた。エンドウマメ標的シグナルからイントロンを除去するために、プラスミドpUC18−35S−C4PPDK−P.t.s.nosは、SphIおよびMfeIで消化された。リンカーP.t.s.noイントロンAおよびP.t.s.noイントロンBはアニーリングされ、pUC18−35S−C4PPDK−P.t.s.nosのSphIおよびMfeI部位中にライゲーションされ、pUC18−C4PPDK−rbcs−nosが作製された。プラスミドpUC18−C4PPDK−rbcs−nosからのシグナル配列の出発部位は、プラスミドpUC−C4PPDK−AAA−RBS−nosを形成するために、QuikChange(登録商標)Site−Directed Mutagenesis Kit(Stratagene,La Jolla,CA)を用いて、現存するTCCATGG配列をAAAATGGへ変更することによって、植物発現のために最適化された。
pCAM(RBCS−リンク)は、pCAMBIA2300バイナリーベクター(Center for Application of Molecular Biology to International Agriculture,Canberra,Australia)に由来し、プラスミドpUC18−C4PPDK−AAA−RBSについて既に記載されたプロモーター、シグナル配列、およびターミネーター断片を含有する。プラスミドpCAM(RBCS−リンク)は、次の多工程手順を用いて構成された。二本鎖合成リンカー1および2は、それぞれオリゴヌクレオチド1Aおよび1B、およびオリゴヌクレオチド2Aおよび2Bをアニーリングすることによって作製された。プロモーター、シグナル配列、およびターミネーターは、ユニークEcoRIおよびXhoI部位を用いて、プラスミドpUC−C4PPDK−AAA−RBS−nosから切除された。その結果として生じた1.1kbp断片は、リンカー1および2へアニーリングされ、5’末端においてHindIII、BstBI、PacI、XhoI制限部位によって、および3’ 末端においてEcoRI、PacI、AscI、AvrII、およびSacI部位によってフランキングされたプロモーター、シグナル配列、およびターミネーター断片が作製された。この断片は、植物形質転換ベクターpCAMBIA2300のSacIおよびHindIII部位中へクローンされて、pCAM(RBCS−リンク)が作製された。
pCAM(A)は、プライマーAB−FおよびA−Rを用いて、pAeT10(Peoples and Sinskey,J Biol Chem.264(26):15293−7.(1989))からphaA遺伝子を増幅することによって作製された。その結果として生じた断片は、pCAM(RBCS−リンク)のXbaIおよびPstI部位中へクローンされ、phaA遺伝子を有するエンドウマメ標的シグナルの翻訳融合を生じた。
pCAM(B)は、プライマーB−FおよびAB−Rを用いて、pAeT10(Peoples and Sinskey,J Biol.Chem.264(26):15293−7(1989))からphaB遺伝子を増幅し、pCAM(A)について既に記載された手順を用いて、DNA断片をpCAM(RBCS−リンク)中にクローンすることによって作製された。
pCAM(C)は、プライマーC−FおよびC−Rを用いて、ハイブリッドPseudomonas oleovorans/Zoogloea ramigeraシンターゼ(米国特許第6,316,262号)を含有するpCMYS106、すなわちpUC19(Yanisch−Perronら、,Gene 33:103−119(1985))ベースのプラスミドからシンターゼ遺伝子を増幅することによって作製された。PCR産物は、XbaIおよびNsiIで消化された。その結果として生じた断片は、pCAM(RBCS−リンク)のXbaIおよびPstI部位の和合性(compatible)付着性末端中へクローンされ、pCAM(C)が作製された。
pCAM(C+A+B)は、2工程プロセスを用いて構成された。pCAM(A+B)は、5’BstBIおよび3’AvrII部位を用いてpCAM(A)からphaAカセットを除去し、BstBI部位を平滑化し、その結果生じた挿入断片を、pCAM(B)のAvrIIおよび平滑化されたAscI部位中にクローンすることによって作製された。pCAM(C+A+B)は、5’BstBIおよび3’AvrII部位を用いてpCAM(A+B)からphaAおよびphaBカセットを除去し、BstBI部位を平滑化し、この挿入断片を、pCAM(C)のAvrIIおよび平滑化されたAscI部位中にクローンすることによって作製された。この構成的PHB発現ベクターは、CABと呼ばれる。
pNEB(greA) − 35S−C4PPDKプロモーター、プラスチド標的シグナル、チオラーゼ遺伝子、およびポリアデニル化シグナルを含む構成的チオラーゼ発現カセットは、AscIおよびPmeI消化物を用いて、pCAM(A)から除去された(Kourtzら、,Plant Biotechnol.3:435−447(2005))。その結果として生じた断片は、pNEB193(New England Biolabs,Beverly,MA)のAscIおよびPmeI部位中にクローンされ、pNEB(A)が作製された。グルココルチコイド誘導最小プロモーター6gre−6035SCaMVは、HindIIIおよび平滑化されたNcoI消化物を用いて、pBL221.9GRE6(Martinezら、Plant J.19:97−106(1999))から除去された。その結果生じた断片は、pNEB193のSmaIおよびHindIII部位中にクローンされ、pNEB(greMP)が作製された。pNEB(A)の構成的35SC4PPDKプロモーターは、Seamless Cloning(商標)技術(Stratagene,La Jolla,CA)を用いて、pNEB(greMP)の誘導プロモーターと交換された。誘導最小プロモーターは、プライマー
Figure 2008532553
を用いて、ユニーク3’および5’Eam1104I制限部位を含有するような方法で、pNEB(greMP)から増幅された。
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は、ベクターバックボーン、プラスチド標的シグナル、チオラーゼ遺伝子、およびポリアデニル化シグナルを含むが、35S−C4PPDK構成的プロモーターを含まない、pNEB(A)ほぼ全体を、結果として生じる断片が、ユニーク3’および5’Eam1104I制限部位によってフランキングされるような方法でPCRするために用いられた。PCR反応は、本質的に製造業者によって推奨されているように実施された。その結果として生じたPCR産物は、Eam1104Iで消化され、ライゲーションされて、pNEB(greA)を生成した。正確な産物は、誘導最小プロモーター中に配置されているが、構成的プロモーター中には存在しないBamHI部位についてスクリーニングすることによって同定された。
pCAM(greA)、pCAM(greB)、およびpCAM(greC) − pNEB(greA)が、BstBIおよびXbaIで切断され、GRE−60MP−TS断片を生じた。これは、グルココルチコイド応答エレメント(GRE)、カリフラワーモザイクウイルス(−60MP)からの最小35Sプロモーター、およびRBCS標的シグナル(TS)を含有する。pCAM(A)、pCAM(B)、またはpCAM(C)の構成的プロモーターおよび標的シグナル(Kourtzら、,Plant Biotechnol.3:435−447(2005))は、BstBIおよびXbaI消化物を介して除去された。その結果として生じたベクターは、GRE−60MP−TS断片へライゲーションされ、pCAM(greA)、pCAM(greB)、およびpCAM(greC)を生成した。
pCAM(CgreAB) − 最小誘導プロモーター、シグナル配列、およびチオラーゼphbA遺伝子を含有する誘導チオラーゼカセット、すなわちgreAは、BstBIおよびAvrII消化物で、pCAM(greA)から除去された。BstBI部位が平滑化され、その結果生じたスティッキー平滑断片は、pCAM(C)のAvrIIおよび平滑化されたAscI部位中にクローンされ、pCAM(CgreA)を生成した。同じ手順を用いて、構成的レダクターゼカセットがpCAM(greA)へ添加されて、pCAM(CgreAB)、pCAM(C)、およびpCAM(B)を生成した。
pUC18−C4PPDK−AAA−RBSは、35S−C4PPDKプロモーター(Chiuら、Curr.Biol.6:325(1996))、エンドウマメからのルビスコの小さいサブユニットおよび成熟タンパク質の第一24aaのシグナルペプチドをコード化するDNA(Coruzziら、J Biol Chem.258(3):1399−1402(1983))、所望の導入遺伝子の融合を可能にするXbaI制限部位、およびノパリンシンターゼ遺伝子の3’ターミネーターを含有する3つのaaリンカーをコード化するDNA(Bevanら、,Nucleic Acids Res.11(2):369−85(1983))を含有する。このプラスミドは、次の多工程手順を用いて構成された。オリゴヌクレオチドBamXbaNot−AおよびBamXbaNot−Bはアニーリングされ、既にBamHIおよびNotIで消化されてしまったプラスミドpUC18−35S−C4PPDKsGFPnos(Chiuら、Curr.Biol.6:325(1996))中にライゲーションされた。その結果として生じたプラスミドは、pUC18−35S−C4PPDK−BXNP−nosと命名された。ルビスコ葉緑体標的シグナルおよび成熟タンパク質の第一24aaは、プライマーPEATSCおよびPEATSRを用いて、Pisum sativum Progress#9の拡張された若い緑葉から得られたゲノムDNAから増幅された。その結果として生じた0.34kbp断片は、プラスミドpUC18−35S−C4PPDK−P.t.s.nosを形成するpUC18−35S−C4PPDK−BXNP−nosのBamHIおよびXbaI部位中へクローンされた。エンドウマメ標的シグナルからイントロンを除去するために、プラスミドpUC18−35S−C4PPDK−P.t.s.nosは、SphIおよびMfeIで消化された。リンカーP.t.s.noイントロンAおよびP.t.s.noイントロンBはアニーリングされ、pUC18−35S−C4PPDK−P.t.s.nosのSphIおよびMfeI部位中にライゲーションされ、pUC18−C4PPDK−rbcs−nosが作製された。プラスミドpUC18−C4PPDK−rbcs−nosからのシグナル配列の出発部位は、プラスミドpUC−C4PPDK−AAA−RBS−nosを形成するために、QuikChange(登録商標)Site−Directed Mutagenesis Kit(Stratagene,La Jolla,CA)を用いて、現存するTCCATGG配列をAAAATGGへ変更することによって、植物発現のために最適化された。
pCAM(RBCS−リンク)は、pCAMBIA2300バイナリーベクター(Center for Application of Molecular Biology to International Agriculture,Canberra,Australia)に由来し、プラスミドpUC18−C4PPDK−AAA−RBSについて既に記載されたプロモーター、シグナル配列、およびターミネーター断片を含有する。プラスミドpCAM(RBCS−リンク)は、次の多工程手順を用いて構成された。二本鎖合成リンカー1および2は、それぞれオリゴヌクレオチド1Aおよび1B、およびオリゴヌクレオチド2Aおよび2Bをアニーリングすることによって作製された。プロモーター、シグナル配列、およびターミネーターは、ユニークEcoRIおよびXhoI部位を用いて、プラスミドpUC−C4PPDK−AAA−RBS−nosから切除された。その結果として生じた1.1kbp断片は、リンカー1および2へアニーリングされ、5’末端においてHindIII、BstBI、PacI、XhoI制限部位によって、および3’ 末端においてEcoRI、PacI、AscI、AvrII、およびSacI部位によってフランキングされたプロモーター、シグナル配列、およびターミネーター断片が作製された。この断片は、植物形質転換ベクターpCAMBIA2300のSacIおよびHindIII部位中へクローンされて、pCAM(RBCS−リンク)が作製された。
pCAM(AB)は、プライマーAB−FおよびAB−Rを用いて、pTRC(AB)、すなわちphaA−phaB融合を含有するプラスミド(第WO00/06747号;Kourtzら、Plant Biotechnol.3:435−447(2005))からphaA−phaB融合を増幅することによって作製された。その結果として生じた断片は、pCAM(RBCS−リンク)のXbaIおよびPstI部位中へクローンされ、phaA−phaB遺伝子を有するエンドウマメ標的シグナルの翻訳融合を生じた。
pCAM(A)は、プライマーAB−FおよびA−Rを用いて、pAeT10(Peoples and Sinskey,J Biol Chem.264(26):15293−7.(1989))からphaA遺伝子を増幅することによって作製された。その結果として生じた断片は、pCAM(AB)について既に記載された手順を用いて、pCAM(RBCS−リンク)中へクローンされた。
pCAM(B)は、プライマーB−FおよびAB−Rを用いて、pAeT10(Peoples and Sinskey,J Biol Chem.264(26):15293−7.(1989))からphaB遺伝子を増幅し、このDNA断片を、pCAM(AB)について既に記載された手順を用いて、pCAM(RBCS−リンク)中へクローンすることによって作製された。
pCAM(C)は、プライマーC−FおよびC−Rを用いて、pCMYS106からシンターゼ遺伝子を増幅すること(Kourtzら、,(2005)Plant Biotechnol.3:435−447)によって作製された。このPCR産物は、XbaIおよびNsiIで消化された。その結果として生じた断片は、pCAM(RBCS−リンク)のXbaIおよびPstI部位の和合性付着性末端中へクローンされ、pCAM(C)が作製された。
pCAM(C+AB)は、5’BstBIおよび3’AvrII部位を用いて、pCAM(AB)からphaA−phaBカセットを除去することによって作製された。BstBI部位は、平滑化され、その結果として生じたDNA断片は、pCAM(C)のAvrIIおよび平滑化されたAscI部位中にクローンされた。
pCAM(C+A+B)は、2工程プロセスを用いて構成された。pCAM(A+B)は、5’BstBIおよび3’AvrII部位を用いて、pCAM(A)からphaAカセットを除去し、BstBI部位を平滑化し、その結果生じた挿入断片を、pCAM(B)のAvrIIおよび平滑化されたAscI部位中にクローンすることによって作製された。pCAM(C+A+B)は、5’BstBIおよび3’AvrII部位を用いてpCAM(A+B)からphaAおよびphaBカセットを除去し、BstBI部位を平滑化し、この挿入断片を、pCAM(C)のAvrIIおよび平滑化されたAscI部位中にクローンすることによって作製された。
pCAM(greCgreAgreB) − 最小誘導プロモーター、シグナル配列、およびチオラーゼphbA遺伝子を含有する誘導チオラーゼカセット、すなわちgreAは、BstBIおよびAvrII消化物でpCAM(greA)から除去された。BstBI部位が平滑化され、その結果生じたスティッキー平滑断片は、pCAM(greC)のAvrIIおよび平滑化されたAscI部位中にクローンされ、pCAM(greCgreA)を生成した。同じ手順を用いて、誘導リダクターゼカセットがpCAM(greCgreA)へ添加されて、pCAM(greCgreAgreB)を生成した。
pNEB(e35Sgrvhnos). グルココルチコイドDNA結合ドメイン、VP16トランス活性化ドメイン、およびHeliothis virescensエクジソン受容体を含有するキメラエクジソン受容体が、pMF6GRVP16HEcR、すなわちpMF6(Goffら、,(1990))EMBO J9:2517−2522)、すなわちMartinezおよびその共同研究者によって記載されたpGRVHEcRプラスミドの誘導体(Martinezら、(1999b)Plant J19:97−106))を含有するイントロンから、BamHI消化物を用いて除去された。その結果として生じた断片は、pNEB193のBamHI部位中にクローンされ、pNEB(grvh)を生成した。カリフラワーモザイクウイルス(e35SCaMV)プロモーターからの二重増強35Sプロモーターは、NcoIおよび平滑化されたBstXI消化物を用いて、pCAM2300(CAMBIA、Canberra,Australia)から除去された。その結果として生じた断片は、pNEB(grvh)のEcoR VおよびNcoI部位中にクローンされ、pNEB(e35Sgrvh)が作製された。このベクターの3’AscI部位は、AscIで消化し、DNAポリメラーゼIKlenow断片で平滑化し、ついでこのベクターをT4DNAリガーゼで再ライゲーションすることによって除去され、pNEB(e35SgrvhΔAscI)が作製された。ノパリンシンターゼ遺伝子の3’UTRは、オリゴヌクレオチドnosF
Figure 2008532553
を用いて、PCRを介してpMF6GRVP16HEcRから除去された。これらのプライマーは、nos断片へ、5’PacI部位および3’AscI、AvrII、およびXbaI部位を導入する。その結果として生じたPCR産物は、pNEB(e35SgrvhΔAscI)のPacIおよびXbaI部位中にクローンされ、pNEB(e35Sgrvh)が作製された。
pCAM(CgreABgrvh)およびpCAM(greCgreAgreBgrvh). キメラエクジソン受容体、構成的プロモーター、およびポリアデニル化配列を含有するエフェクターカセットが、AvrIIおよび平滑化されたSpeI消化物を介して、pNEB(35S−grvh−nos)から除去された。その結果として生じた断片は、pCAM(CgreAB)およびpCAM(greCgreAgreB)のAvrIIおよび平滑化されたAscI部位中にクローンされ、pCAM(CgreABgrvh)およびpCAM(greCgreAgreBgrvh)を生成した。
実施例2:植物形質転換および誘導
完全PHB生成経路に必要とされる遺伝子、β−ケトチオラーゼ(チオラーゼ)、NADPH−アセトアセチル−CoAレダクターゼ(レダクターゼ)、およびPHAシンターゼ(シンターゼ)は個々に、最小35Sエクジソン誘導プロモーターの制御下に置かれ、プラスチド標的シグナルへ融合され、キメラエクジソン受容体を含有するpCAMBIA(Centre for Application of Molecular Biology to International Agriculture,Canberra,Australia)ベースの多遺伝子プラスミド中にクローンされた(A.Martinez,C.Sparks,C.A.Hart,J.Thompson,I.Jepson,Plant J.19:97(1999))。この3遺伝子誘導構築物は、3Iと呼ばれる。1Iと呼ばれる単一遺伝子誘導構築物は、誘導プロモーターの制御下のチオラーゼ遺伝子を含有していたが、3I構築物とは異なって、これは、構成的35S−C4PPDKプロモーターの制御下のレダクターゼおよびシンターゼ遺伝子を発現した(W.Chiuら、Curr.Biol.6:325(1996))。
Arabidopsisの形質転換は、次のようにCloughおよびBent(S.J.Clough,A.F.Bent,Plant J.16:735(1998))に記載されているように実施された:Agrobacterium菌株GV3101/pMP90のエレクトロコンピテント細胞(Koncz and Schell,Mol.Gen.Genetics204:383−396(1986))が、プラスミドDNAで形質転換され、単一コロニーが、ゲンタマイシンおよびカナマイシンを含有するLBプレート上で単離された。Arabidopsis thaliana Columbia Col−0(Lehle Seeds,Round Rock,TX)が、土壌中で、20℃、70%湿度、および16時間の光、8時間の暗サイクルで成長させられた。植物は、Clough and Bent Plant J.16:735(1998)によって記載されたAgrobacterium仲介フローラルディップ手順を用いて形質転換された。成熟長角果からの種子が収穫され、滅菌され、1/2×Murashige Minimal Organics Medium(Life Technologies,Rockville,MD)、0.7%寒天、1×GamborgのB5ビタミン(Sigma,St.Louis,MO)、およびカナマイシン(50μg/mL)を含有する選択プレート上に広げられた。プレートは2日間4℃でインキュベーションされ、20℃、70%湿度、16時間の光、8時間の暗サイクルへ移された。7日後、グリーンカナマイシン抵抗性苗木が、土壌へ移され、植物の分析の準備が整うまで、同じ成長条件でインキュベーションされた。
Arabidopsis植物は、日常的な成長条件下に完全サイズに達するまで成長させられた。約30日で成熟に達した時、これらの植物は、根浸漬または葉への適用を介した誘導剤での処理に付された。用いられた誘導剤は、テブフェノジド、Mimic(登録商標)、およびIntrepid(登録商標)を含む。商業用殺虫剤であるMimic(登録商標)およびIntrepid(登録商標)(UAP Timberland(Monticell,AR)およびPolina Chemical Compounds(Hatfield,MA)から入手しうる)が、誘導剤として用いられたが、それは、これらの各々の活性成分であるテブフェノジドおよびメトキシフェノジドが、非ステロイドエクジソン類似体であるからである。根浸漬は、この誘導剤を、1/4×Hoaglands肥料溶液(Sigma,St.Louis,MO)中の所望の濃度へ希釈する工程、および結果として生じた溶液10mLを、各Arabidopsis植物の土壌へ直接適用する工程をともなった。葉への適用の間、植物はまず、1/4×Hoaglands肥料溶液で給水された。希釈された誘導剤はついで、Arabidopsis植物の葉へ、葉の表面が飽和され、浸漬されるまで、直接噴霧された。誘導剤の根浸漬および葉への適用は、3週間の間、1週間に2回、これらの植物の種子ができる(set seed)まで繰り返された。
実施例3:植物PHB分析および抽出
ナイルブルー染色での蛍光顕微鏡法が、既に記載されているように(Poirierら、Science 256:520−523(1992))、いくつかの修正をともなって実施された。葉の組織が、剃刀の刃でできるだけ薄くスライスされ、0.1M KHPO、pH8中の3%パラホルムアルデヒド(Electron Microscopy Sciences,Ft.Washington,PA)中に3時間固定された。固定サンプルは水で洗浄され、既に濾過された1%ナイルブルー(Sigma,St.Louis,MO)溶液で、5分間室温において染色された。サンプルは、水で洗浄され、8%酢酸で脱染された。サンプルは、さらに2回水で洗浄された。サンプルは、次のフィルターセット:エキサイター、HQ545/30;ビームスプリッター、Q5701p;エミッターD590/20(Chroma Technology,Brattleboro,Vt)を用いて、Zeiss HBO100蛍光アタッチメントおよび20×Ph−1レンズを備えたZeiss Axiolab光顕微鏡での蛍光顕微鏡法によって観察された。画像は、Kodak Elite Chrome 100フィルムを用いて、Zeiss MC80DX顕微鏡カメラで記録された。
植物ポリマー分析は、本質的にKourtzら(Kourtzら、,Plant Biotechnol.3:435−447(2005))に記載されているように、次の修正をともなって実施された。植物材料の予洗浄をともなう最初の工程は、乾燥植物材料が、ブタノール分解(butanolysis)、および不純物の水での抽出によって誘導体化される前に省略された。その結果として生じた有機相は、DB−225MSカラムおよびガードを備えた選択されるイオンモニターモードにおいてAgilent 5973GC/MSを用いたガスクロマトグラフィー/マススペクトロメトリーによって分析された。ブチル−3−ヒドロキシブチレートエステルの選択されるイオンは、87、89、および43.1原子質量単位であった。
PHB抽出については、誘導T3IArabidopsis植物が、0.5mM Intrepid(登録商標)の葉への適用のために処理された。組織が収穫され、標準的非水性プロトコルを用いてPHB抽出に先立って乾燥された。
実施例4:処理済みおよび未処理T1Iおよび3IArabidopsis植物におけるPHB収率
それぞれ1I構築物で形質転換された、発生後(old)30日の86の成熟第一世代T形質転換植物、および3I構築物で形質転換された発生後30日の108の成熟T形質転換植物の全体が、0.5mM Intrepid(登録商標)の葉への適用で処理されるか、または未処理のままにされた。
3遺伝子誘導構築物3Iを発現する植物は、誘導剤での処理の時、10%dwtまでのPHBを蓄積した。興味深いことに、最高のPHB−生成処理済み3I植物は、誘導の間に葉の黄白化を発生させたが、この表現型は、未処理植物においては観察されなかった。未処理3I植物は、0.37%dwt超のPHB蓄積ができず、平均してこれらは、同じ構築物を発現する処理済み植物よりも6ファクター小さい%dwtのPHBを生成した(表I)。
これに対して、1I構築物で形質転換された植物は、高レベルのPHBを蓄積することができず、誘導剤の存在下または不存在下に、0.039%dwt未満のPHBを生成した(表I)。この結果は意外であったが、その理由は、1I構築物の誘導チオラーゼカセットが、3I植物中の高レベルのPHBの生成に参加したからである。これに加えて、1I構築物の構成的レダクターゼおよびシンターゼカセットは、構成的チオラーゼの存在下に、構成的Arabidopsis植物中の11.5%dwtPHBの生成を触媒することが既に証明されている。追加の235T1I植物をスクリーニングすることによる1I構築物のさらなる分析は、誘導剤テブフェノジドの葉への適用の存在下および不存在下に、それぞれ2.5%および2.6%dwtPHBを生成しうる植物を同定した。この構築物が非誘導的にPHB生成を促進する能力は、最良のT1I植物の72T子孫の分析を通して確認された。処理済みおよび未処理T1I植物は、それぞれ誘導剤の存在下および不存在下に、平均して4.2±2.5%および4.7±1.4%dwtPHBを蓄積した。集合的にはこれらの結果は、最適な誘導PHB生成が、PHB生成経路の遺伝子のすべてが同時に誘導されるのでなければ発生しないことを実証している。
表I.処理済みおよび未処理T1Iおよび3IArabidopsis植物におけるPHB収率
処理済み植物が、0.5mM Intrepid(登録商標)の葉への適用に付された。平均および標準誤差が示されている。
Figure 2008532553
実施例5: 0.1mM Mimic(登録商標)で根浸漬されるか、または未処理のままにされたT3I植物の若い組織におけるPHB生成の増加
3I植物は、0.1mM Mimic(登録商標)で根浸漬を介して処理された。これは、根を通してエクジステロイド同化作用を推進すると考えられている技術である(E.Ungerら、,Trans.Res.11,455(2002);Schenaら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88,10421(1991))。この研究のために選択される植物は、3I植物7、11、および12のT子孫を包含する。これらのT3I植物は、1mM Mimic(登録商標)で噴霧された時、約2%dwtPHBを蓄積することが証明された。
植物表現型の分析は、未処理株7植物が、18日間にわたって青々と健康なままであることを明らかにした。これに対して、根浸漬された株7植物の若葉は、高レベルのPHBを構成的に生成する植物の総葉組織の特徴である、成長が妨げられた(stunted)黄白化性(chlorotic)表現型を示した(K.Bohmertら、,Planta 211,841(2000))。処理済み誘導植物によって示されたこの表現型は、青々と健康な通常サイズの植物が、異常に小さい黄色い葉を発生させたので、Mimic(登録商標)の最初の適用の12日以内に容易に目に見えるようになった。同様な結果が、株11および株12植物について得られた。表現型におけるこの変化は、直接、Mimic(登録商標)およびその成分への負の反応のせいであるとされたわけではなかった。それは、エンプティーベクターpCAM2300で形質転換された対照植物が、Mimic(登録商標)での根浸漬の間、青々と健康なままであったからである。それに加えて、構成的PHB生成対照植物(CAB)は、処理の間黄白化性のままであり、より古い葉の組織の割には若い葉を生成し、未処理CAB植物と同様な表現型を示した。集合的にはこれらのデータは、Mimic(登録商標)での根浸漬が、PHB生成に必要とされる遺伝子の発現を誘導すること、およびその結果として生じたPHB生成急増が、異常に小さい黄白化性葉の生成のきっかけとなることを示している。
定量的GC/MS分析が、上記のようにこれらの植物に対して実施された。未処理株7、11、および12植物は、2%dwt未満のPHBを含有していたが、同じ株からの処理済み植物は、若葉において14%dwt以上のPHBを蓄積した(表II)。平均して、T3I株7植物の若い組織において観察された%dwtPHBは、同じ株からの未処理植物の若い組織において検出されたものよりファクター12だけ大きかった。同様な結果が、T3I株11および12植物で得られた。これらは、未処理の若い組織に対して、若い処理済み葉において、ファクター14だけPHB蓄積の増加を示した。個々の株7植物からのポリマー含量の調査は、若葉のPHB含量が、根浸漬の21日後、ファクター37だけ増加したことを明らかにした(表III)。ポリマー生成のファクター179および316の増加は、それぞれ株11および12からの若い処理済み組織において記録された(表III)。平均して、処理済みT株7、11、および12植物からの若い組織は、同じ植物からのより古い組織よりも、それぞれファクター1.7、2.8、および2.0だけより多く蓄積した(表II)。例えば最良のT株11植物は、処理済み若葉において14%dwt以上のPHBを蓄積したが、より古い組織においては7.0%dwtのみのPHBを蓄積した(表II)。
表II. 0.1mM Mimic(登録商標)で根浸漬されたか、または未処理のままにされたT3I植物から収穫された若葉および古葉のPHB含量
最良の植物のPHB収率が示されている。10サンプルのPHB含量についての平均および標準誤差が示されている。
Figure 2008532553
表III. 0.1mM Mimic(登録商標)で根浸漬されたか、または未処理のままにされたT3I植物の若い組織におけるPHB生成の増加
Figure 2008532553
実施例6:漸増濃度のMimic(登録商標)およびIntrepid(登録商標)での根浸漬または葉への適用に付されたT3I植物におけるPHB収率
最良のT3I植物、株7−32、7−39、11−106、11−108、12−113、および12−119の子孫が、漸増濃度のMimic(登録商標)での根浸漬に付された。ポリマー生成は、わずか0.01mMのMimic(登録商標)の添加によって誘導されたが、PHB生成は、0.1mM(株7−32、7−39、11−106)または1.0mM(株11−108、12−113、および12−119)Mimic(登録商標)のどちらかでの処理によって増強された(図7A)。例えば株11−108は、誘導剤の不存在下でPHBの生成ができなかったが、それぞれ0.01mMおよび1mM Mimic(登録商標)で処理された時、平均して1.94±0.44および3.13±0.38%dwtPHBを蓄積した。誘導剤の不存在下での株7−32および7−39における低レベルのポリマーの蓄積は、これらの株が漏出し易いことを示唆している。
同様な結果が、Intrepid(登録商標)での根浸漬実験において得られた。低レベルのPHBが、0.01mMのIntrepid(登録商標)での処理の時に生成されたが、増強されたPHB収率は、0.1mM(株11−106)、0.5mM(株12−119)、および1.0mM(株7−32)Intrepid(登録商標)で得られた(図7B)。例えば株12−119植物の平均PHB含量は、未処理植物における0.43±0.17%dwtPHBから、それぞれ0.1mMおよび0.50mMのIntrepid(登録商標)で浸漬された植物における2.12±0.60および4.02±0.82%dwtPHBへ増加した。すべての例で、Intrepid(登録商標)で根浸漬された植物におけるポリマー生成は、Mimic(登録商標)処理された植物で観察されたものを超えた(図7A〜B)。この発見は、メトキシフェノジドのより高い予測された水溶解性とともに、Intrepid(登録商標)の葉への適用が、Intrepid(登録商標)およびMimic(登録商標)の根浸漬技術で観察されたものよりも高いレベルのPHBを誘導しうることを示している。
3I植物株7−32、11−106、および12−119は、0〜1.0mMのIntrepid(登録商標)の葉への適用で処理された。0.5mMのIntrepid(登録商標)の適用は、植物株7−32および11−106において最高のポリマー収率を誘導するのに十分であったが、植物株12−119において最良のPHB収率を誘導するのに、1.0mMのIntrepid(登録商標)が必要とされた(図7C)。例えば株7−32植物の平均PHB含量は、未処理植物における1.65±0.23%dwtPHBから、それぞれ0.1mMおよび0.5mMのIntrepid(登録商標)で噴霧された植物における2.59±0.41および7.57±2.60%dwtPHBへ増加した。3I−7−32−5と呼ばれる最良のT植物は、0.5mMのIntrepid(登録商標)で噴霧された時、全体で11.5%dwtPHBを蓄積した。全体として、Intrepid(登録商標)の葉への適用で処理された植物は、Mimic(登録商標)またはIntrepid(登録商標)のどちらかで根浸漬された植物よりも多くのPHBを蓄積した(図7A〜C)。この3I−7−32−5植物は、その親の明白な成長が妨げられた黄白化性若葉表現型を示さず、比較的通常サイズの黄白化性の若い葉および中程度の成長年齢の葉においてPHBを蓄積するように見えた。より古い葉は、優勢的に緑色のままにとどまったが、PHB生成のいくつかの黄白化特徴を示した。
集合的にこれらの結果は、誘導剤濃度、組成、および送達方法の最適化と組み合わされた、多重世代を通した植物の注意深い選択が、結果として総ポリマー収率の増加を生じうることを明らかにしている。これに加えて、これらの結果は、PHB生成に関わる全体の経路が、商業用殺虫剤の葉への適用によって誘導されうることを確認している。
PHB生合成経路を示している。この経路において、アセチル−CoAは、β−ケトチオラーゼによってアセトアセチル−CoAへ転化される。アセトアセチル−CoAレダクターゼは、アセトアセチル−CoAをβ−ヒドロキシブチリル−CoAへ転化する。PHAシンターゼは、β−ヒドロキシブチリル−CoAをPHBへ転化する。PHB生合成経路の3つの遺伝子すべてが誘導プロモーターの制御下に置かれている、植物発現ベクターが示されている。これらの遺伝子は、3’UTRによってフランキング(flank)されている。このベクターはまた、3’UTRによってフランキングされた構成的プロモーターの制御下のエフェクター遺伝子も含有する。この同義遺伝子ベクターはまた、構成的プロモーターの制御下にあり、かつ3’UTRによってフランキングされた選択可能なマーカーも含有する。 脂肪酸分解(脂肪酸ベータ酸化としても公知である)経路からの短鎖および中鎖長PHA生成へのルートを示している。脂肪酸分解からのPHA合成を促進するための活性は、次のものから選択することができる:アシルCoAデヒドロゲナーゼ(反応1a)、アシルCoAオキシダーゼ(反応1b)、カタラーゼ(反応2)、ベータ−酸化のアルファサブユニット(反応3、4、5)、ベータ−酸化のベータサブユニット(反応6)、中鎖長基質特異性を有するPHAシンターゼ(反応7)、ベータ−ケトチオラーゼ(反応8)、NADHもしくはNADPH依存性レダクターゼ(反応9)、短鎖長特異性を有するPHAシンターゼ(反応10)、および短鎖および中鎖長の両方の基質を組み込んでいるPHAシンターゼ(反応11)。選択される活性は、1または複数の適切な遺伝的構築物の形質転換によって宿主植物中に生成することができる。 脂肪酸生合成からの中鎖長PHA生成の経路の概略図である。脂肪酸生合成からのPHA合成を促進するための活性は、次のものから選択することができる:3−ヒドロキシアシル−アシルキャリヤータンパク質コエンザイムAトランスフェラーゼ(反応1)、チオエステラーゼ(反応2)、アシルCoAシンテターゼ(反応3)、CoAトランスフェラーゼ(反応4)、中鎖長シンターゼ(反応5)、ベータ−ケトチオラーゼ(反応6)、NADHもしくはNADPH依存性レダクターゼ(反応7)、および短鎖および中鎖長の両方の基質を組み込んでいるPHAシンターゼ(反応8)。選択される活性は、1または複数の適切な遺伝的構築物の形質転換によって宿主植物中に生成することができる。 高ラウレート含有油料種子の生成の概略経路である。油中の増加したラウレート含量を促進するための活性は、次のものから選択することができる:12:0−アシル−キャリヤータンパク質チオエステラーゼ(反応1)、および12:0−コエンザイムAの方を好むリゾホスファチチン(lysophosphatitic)酸アシルトランスフェラーゼ(反応2)。選択される活性は、1または複数の適切な遺伝的構築物の形質転換によって宿主植物中に生成することができる。 植物中の非常に長い鎖の多不飽和脂肪酸の生成の経路を示している。植物中のこれらの脂肪酸の合成を促進するための活性は、次のものから選択することができる:Δ−エロンガーゼ(反応1)、Δ−デサチュラーゼ(反応2)、Δ−エロンガーゼ(反応3)、Δ−デサチュラーゼ(反応4)、およびΔ−エロンガーゼ(反応5)。選択される活性は、1または複数の適切な遺伝的構築物の形質転換によって宿主植物中に生成することができる。 形質転換植物におけるβ−カロチン(プロビタミンA)生成の概略経路である。内生植物中間体ゲラニルゲラニルジホスゲートからβ−カロチン形成を促進するための活性は、次のものから選択することができる:フィトエンシンターゼ(反応1)、フィトエンをリコペンへ転化しうるカロチンデサチュラーゼ(反応2)、フィトエンデサチュラーゼ(反応3)、ζ−カロチンデサチュラーゼ(反応4)、およびリコペンβ−シクラーゼ(反応5)。選択される活性は、1または複数の適切な遺伝的構築物の形質転換によって宿主植物中に生成することができる。 漸増濃度のMimic(登録商標)およびIntrepid(登録商標)での根浸漬または葉への適用に付された第三世代(T)3I植物におけるPHB収率を示している。4つのサンプルについての平均および標準誤差が示されている。(A)様々な濃度のMimic(登録商標)で根浸漬されたT3I植物におけるPHB収率。 漸増濃度のMimic(登録商標)およびIntrepid(登録商標)での根浸漬または葉への適用に付された第三世代(T)3I植物におけるPHB収率を示している。4つのサンプルについての平均および標準誤差が示されている。(B)様々な濃度のIntrepid(登録商標)で根浸漬されたT3I植物におけるPHB収率。 漸増濃度のMimic(登録商標)およびIntrepid(登録商標)での根浸漬または葉への適用に付された第三世代(T)3I植物におけるPHB収率を示している。4つのサンプルについての平均および標準誤差が示されている。(C)Intrepid(登録商標)の葉への適用で処理されたT3I植物におけるPHB収率。

Claims (54)

  1. 2またはそれ以上のエレメントを含む生合成経路における酵素の発現のための組換えベクターであって、各エレメントが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む組換えベクター。
  2. 各エレメント中の前記誘導プロモーターが、テトラサイクリン誘導、プリスタマイシン誘導、病原体誘導、グルココルチコイド誘導、エストロゲン誘導、銅誘導、除草剤毒性緩和剤誘導、エタノール誘導、イソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド誘導、病原体誘導、およびエクジソン誘導プロモーターからなる群から選択される、請求項1に記載の組換えベクター。
  3. 前記プロモーターが、エクジソン、テブフェノジド、メトキシフェノジド、ムリステロンA、ポナステロンA、昆虫ステロイドホルモン20−ヒドロキシエクジソン、およびケージβ−エクジソンからなる群から選択される化合物によって活性化されるエクジソン誘導プロモーターである、請求項2に記載の組換えベクター。
  4. 各エレメント中の前記プロモーターが、同じプロモーターである、請求項1に記載の組換えベクター。
  5. 各エレメント中の前記プロモーターが、異なるプロモーターである、請求項1に記載の組換えベクター。
  6. 前記2またはそれ以上のエレメントが、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHBシンターゼ、PHAシンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素からなる群から選択されるタンパク質をコード化する核酸配列を含有する、請求項1に記載の組換えベクター。
  7. 前記2またはそれ以上のエレメントが、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、およびトリアシル−グリセロール生合成酵素からなる群から選択されるタンパク質をコード化する核酸配列を含有する、請求項1に記載の組換えベクター。
  8. 生合成経路における酵素の発現のための組換えベクターであって、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:2またはそれ以上の核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;各々タンパク質をコード化する2またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む組換えベクター。
  9. 2またはそれ以上のエレメントを含む生合成経路における酵素の発現のための組換えベクターであって、各エレメントが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む組換えベクター。
  10. 前記核酸配列が、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHBシンターゼ、PHAシンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素からなる群から選択されるタンパク質をコード化する、請求項8または9に記載の組換えベクター。
  11. 前記核酸配列が、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、およびトリアシル−グリセロール生合成酵素からなる群から選択されるタンパク質をコード化する、請求項8または9に記載の組換えベクター。
  12. 前記プロモーターが、テトラサイクリン応答性プロモーターである、請求項8または9に記載の組換えベクター。
  13. 2またはそれ以上のエレメントを含む生合成経路における酵素の発現のための組換えベクターであって、該エレメントの少なくとも1つが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含み;該エレメントの少なくとも1つが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:2またはそれ以上の核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;各々がタンパク質をコード化する2またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む組換えベクター。
  14. 3またはそれ以上のエレメントを含む生合成経路における酵素の発現のための組換えベクターであって、該エレメントの少なくとも1つが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含み;該エレメントの少なくとも2つが各々、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む組換えベクター。
  15. 前記誘導プロモーターは、テトラサイクリン誘導、プリスタマイシン誘導、病原体誘導、グルココルチコイド誘導、エストロゲン誘導、銅誘導、除草剤毒性緩和剤誘導、エタノール誘導、イソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド誘導、病原体誘導、およびエクジソン誘導プロモーターからなる群から選択され;前記アクチベータ分子もしくは複合体は、テトラサイクリン制御されたトランスアクチベータであり;前記アクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーターは、テトラサイクリン応答性プロモーターである、請求項13または14に記載の組換えベクター。
  16. 前記核酸配列によってコード化されたタンパク質は、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHBシンターゼ、PHAシンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素からなる群から選択される、請求項13または14に記載の組換えベクター。
  17. 前記核酸配列によってコード化されたタンパク質は、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、およびトリアシル−グリセロール生合成酵素からなる群から選択される、請求項13または14に記載の組換えベクター。
  18. 植物における発現のための、請求項8、9、13、または14のいずれか1項記載のベクター。
  19. 2またはそれ以上のエレメントを含む形質転換植物細胞であって、各エレメントが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて;:核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む形質転換植物細胞。
  20. 各エレメント中の前記誘導プロモーターは、テトラサイクリン誘導、プリスタマイシン誘導、病原体誘導、グルココルチコイド誘導、エストロゲン誘導、銅誘導、除草剤毒性緩和剤誘導、エタノール誘導、イソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド誘導、病原体誘導、およびエクジソン誘導プロモーターからなる群から選択される、請求項18に記載の形質転換植物細胞。
  21. 前記プロモーターは、エクジソン、テブフェノジド、メトキシフェノジド、ムリステロンA、ポナステロンA、昆虫ステロイドホルモン20−ヒドロキシエクジソン、およびケージβ−エクジソンからなる群から選択される化合物によって活性化されるエクジソン誘導プロモーターである、請求項20に記載の形質転換植物細胞。
  22. 各エレメント中の前記プロモーターが、同じプロモーターである、請求項19に記載の形質転換植物細胞。
  23. 前記プロモーターが、エクジソン誘導プロモーターである、請求項19に記載の形質転換植物細胞。
  24. 各エレメント中の前記プロモーターが、異なっている、請求項19に記載の形質転換植物細胞。
  25. 前記2またはそれ以上のエレメントが、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHBシンターゼ、PHAシンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素からなる群から選択される酵素をコード化する核酸配列を含有する、請求項19に記載の形質転換植物細胞。
  26. 前記2またはそれ以上のエレメントが、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、およびトリアシル−グリセロール生合成酵素からなる群から選択される酵素をコード化する核酸配列を含有する、請求項19に記載の形質転換植物細胞。
  27. 生合成経路における酵素の発現のための組換えベクターを含む形質転換植物細胞であって、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:2またはそれ以上の核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;各々タンパク質をコード化する2またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む形質転換植物細胞。
  28. 2つ以上のエレメントを含む生合成経路における酵素の発現のための組換えベクターを含む形質転換植物細胞であって、各エレメントが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む形質転換植物細胞。
  29. 前記核酸配列は、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHBシンターゼ、PHAシンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素からなる群から選択されるタンパク質をコード化する、請求項27または28に記載の形質転換植物細胞。
  30. 前記核酸配列は、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、およびトリアシル−グリセロール生合成酵素からなる群から選択されるタンパク質をコード化する、請求項27または28に記載の形質転換植物細胞。
  31. 前記プロモーターが、テトラサイクリン応答性プロモーターである、請求項27または28に記載の形質転換植物細胞。
  32. 2またはそれ以上のエレメントを含む生合成経路における酵素の発現のための組換えベクターを含む形質転換植物細胞であって、該エレメントの少なくとも1つが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含み;該エレメントの少なくとも1つが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:2またはそれ以上の核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;各々タンパク質をコード化する2またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む形質転換植物細胞。
  33. 3またはそれ以上のエレメントを含む生合成経路における酵素の発現のための組換えベクターを含む形質転換植物細胞であって、該エレメントの少なくとも1つが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含み;該エレメントの少なくとも2つが各々、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む形質転換植物細胞。
  34. 前記誘導プロモーターが、テトラサイクリン誘導、プリスタマイシン誘導、病原体誘導、グルココルチコイド誘導、エストロゲン誘導、銅誘導、除草剤毒性緩和剤誘導、エタノール誘導、イソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド誘導、病原体誘導、およびエクジソン誘導プロモーターからなる群から選択され;前記アクチベータ分子もしくは複合体は、テトラサイクリン制御されたトランスアクチベータであり;該アクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーターは、テトラサイクリン応答性プロモーターである、請求項32または33に記載の形質転換植物細胞。
  35. 前記核酸配列によってコード化されたタンパク質が、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHBシンターゼ、PHAシンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素からなる群から選択される、請求項32または33に記載の形質転換植物細胞。
  36. 前記核酸配列によってコード化されたタンパク質が、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、およびトリアシル−グリセロール生合成酵素からなる群から選択される、請求項32または33に記載の形質転換植物細胞。
  37. 植物において生合成産物を生成するための方法であって、
    a)2またはそれ以上のエレメントを含む組換えベクターを植物中に導入する工程であって、各エレメントが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む、工程、ならびに
    b)該誘導プロモーターを誘導剤で活性化する工程、
    を含む方法。
  38. 各エレメント中の前記誘導プロモーターが、テトラサイクリン誘導、プリスタマイシン誘導、病原体誘導、グルココルチコイド誘導、エストロゲン誘導、銅誘導、除草剤毒性緩和剤誘導、エタノール誘導、イソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド誘導、病原体誘導、およびエクジソン誘導プロモーターからなる群から選択される、請求項37に記載の方法。
  39. 前記誘導プロモーターが、エクジソン、テブフェノジド、メトキシフェノジド、ムリステロンA、ポナステロンA、昆虫ステロイドホルモン20−ヒドロキシエクジソン、およびケージβ−エクジソンからなる群から選択される化合物によって活性化されるエクジソン誘導プロモーターである、請求項38に記載の方法。
  40. 各エレメント中の前記プロモーターが、同じプロモーターである、請求項37に記載の方法。
  41. 各エレメント中の前記プロモーターが、異なるプロモーターである、請求項37に記載の方法。
  42. 前記誘導プロモーターは、葉への噴霧または根浸漬を介する化学物質によって活性化される、請求項37に記載の方法。
  43. 前記生合成産物が、ポリヒドロキシアルカノエートであり、前記2またはそれ以上のエレメントは、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHBシンターゼ、PHAシンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素からなる群から選択されるタンパク質をコード化する核酸配列を含有する、請求項37に記載の方法。
  44. 前記生合成産物が、変性油であり、前記2またはそれ以上のエレメントは、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、およびトリアシル−グリセロール生合成酵素からなる群から選択されるタンパク質をコード化する核酸配列を含有する、請求項37に記載の方法。
  45. 植物において生合成産物を生成するための方法であって、
    a)2またはそれ以上の組換えベクターを植物中に導入する工程であって、少なくとも1つの組換えベクターが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含み;少なくとも1つの組換えベクターが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:2またはそれ以上の核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;各々タンパク質をコード化する2またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む、工程、ならびに
    b)該誘導プロモーターを誘導剤で活性化する工程、
    を含む方法。
  46. 植物において生合成産物を生成するための方法であって、
    a)2またはそれ以上の組換えベクターを植物中に導入する工程であって、少なくとも1つの組換えベクターが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含み;少なくとも1つの組換えベクターが、2またはそれ以上のエレメントを含み、各エレメントが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む、工程、ならびに
    b)該誘導プロモーターを誘導剤で活性化する工程、
    を含む方法。
  47. 植物において生合成産物を生成するための方法であって、
    a)2またはそれ以上のエレメントを含む単一組換えベクターを植物中に導入する工程であって、該エレメントの少なくとも1つが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含み;該エレメントの少なくとも1つが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:2またはそれ以上の核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;各々タンパク質をコード化する2またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む、工程、ならびに
    b)該誘導プロモーターを誘導剤で活性化する工程、
    を含む方法。
  48. 植物において生合成産物を生成するための方法であって、
    a)3またはそれ以上のエレメントを含む単一組換えベクターを植物中に導入する工程であって、該エレメントの少なくとも1つが、5’から3’方向において動作可能なように連結されて:アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列の転写を導く誘導プロモーター;アクチベータ分子もしくは複合体をコード化する1またはそれ以上の核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含み;該エレメントの少なくとも2つが、各々5’から3’方向において動作可能なように連結されて:核酸配列の転写を導くアクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーター;タンパク質をコード化する核酸配列;および3’ポリアデニル化シグナル配列を含む、工程、ならびに
    b)該誘導プロモーターを誘導剤で活性化する工程、
    を含む方法。
  49. 前記生合成産物は、ポリヒドロキシアルカノエートであり、前記核酸配列によってコード化されたタンパク質は、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHBシンターゼ、PHAシンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素からなる群から選択される、請求項45〜48のいずれか1項記載の方法。
  50. 前記生合成産物は、変性油であり、前記核酸配列によってコード化されたタンパク質は、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、およびトリアシル−グリセロール生合成酵素からなる群から選択される、請求項45〜48のいずれか1項記載の方法。
  51. 前記誘導プロモーターが、テトラサイクリン誘導、プリスタマイシン誘導、病原体誘導、グルココルチコイド誘導、エストロゲン誘導、銅誘導、除草剤毒性緩和剤誘導、エタノール誘導、イソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド誘導、病原体誘導、およびエクジソン誘導プロモーターからなる群から選択され;前記アクチベータ分子もしくは複合体が、テトラサイクリン制御されたトランスアクチベータであり;該アクチベータ分子もしくは複合体によって活性化されるプロモーターが、テトラサイクリン応答性プロモーター、プリスタマイシン誘導プロモーターからなる群から選択される、請求項45〜48のいずれか1項記載の方法。
  52. 前記核酸配列によってコード化されたタンパク質は、ベータ−ケトチオラーゼ、アセトアセチル−CoAレダクターゼ、PHBシンターゼ、PHAシンターゼ、トレオニンデヒドラターゼ、デヒドラターゼ、イソメラーゼ、プロピオニル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAシンテターゼ、ヒドロキシアシル−CoAトランスフェラーゼ、チオエステラーゼ、脂肪酸合成酵素、および脂肪酸ベータ−酸化酵素からなる群から選択される、請求項45〜47のいずれか1項記載の方法。
  53. 前記核酸配列によってコード化されたタンパク質は、チオエステラーゼ、デルタ−9−デサチュラーゼ、オメガ−3−デサチュラーゼ、オメガ−6−デサチュラーゼ、脂肪酸エロンガーゼ、ヒドロキシラーゼ、およびトリアシル−グリセロール生合成酵素からなる群から選択される、請求項45〜48のいずれか1項記載の方法。
  54. 前記誘導プロモーターは、葉への噴霧または根浸漬を介する化学物質によって活性化される、請求項45〜48のいずれか1項記載の方法。
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