ES2302386T3 - Produccion de polihidroxialcanoatos a partir de polioles. - Google Patents

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Abstract

Una proteína de quimioquina CX3C aislada de aproximadamente 11000 a 12500 Daltons cuando está en forma no glicosilada y que contiene un motivo estructural CXXXC, en la que dicha proteína de quimioquina CX3C se une específicamente con un anticuerpo generado contra un inmunógeno seleccionado del grupo que consiste en (a) el polipéptido de SEQ ID NO:2 que comienza en Gln25; (b) el polipéptido maduro de SEQ ID NO:4; y (c) el polipéptido maduro de SEQ ID NO:8; y dicha quimioquina CX3C carece de los motivos estructurales de cisteína y secuencia característicos de una quimioquina C, CC, o CXC.

Description

Producción de polihidroxialcanoatos a partir de polioles.
Antecedentes de la invención
Esta invención se encuadra de forma general en el campo de la producción de polihidroxialcanoatos mediante ingeniería genética de enzimas bacterianas.
Numerosos microorganismos tienen la habilidad de acumular reservas intracelulares de los polímeros poli[(R)-3-hidroxialcanoato] (PHA). Los PHAs son materiales termoplásticos biodegradables y biocompatibles con un intervalo amplio de aplicaciones industriales y biomédicas (Williams y Peoples, 1996, CHEMTECH 26: 38-44). Los PHAs pueden producirse usando varios procesos de fermentación diferentes y ser recuperados usando una gama de técnicas de extracción (revisadas por Braunegg et al. 1998, J. Biotechnol. 65: 127-161; Choi y Lee, 1999). También están diseñándose genéticamente cultivos de plantas para producir estos polímeros que ofrecen una estructura de costos en línea con los aceites vegetales y competitividad del precio directo con polímeros basados en el petróleo (Williams y Peoples, 1996, CHEMTECH 26:38-44; Poirier, Y. 1999, Plant Biotechnology, págs. 181-185). Los PHAs se forman por la acción de una enzima PHA sintasa. Cuando las cadenas del polímero crecen, forman gránulos insolubles. Los PHAs pueden entonces recuperarse y luego convertirse en productos químicos o pueden convertirse en productos químicos durante el proceso de recuperación (Martin et al. PCT WO 97/15681). Por consiguiente, además de su utilidad como polímeros, los PHAs representan un mecanismo único para la provisión de nuevos productos químicos en ambos sistemas, tanto el microbiano como el de cultivo de plantas.
Los copolímeros del PHA que contienen 3-hidroxivalerato (3HV), especialmente PHBV, han sido extensamente descritos. Muchos microorganismos naturales son capaces de producir PHAs que contienen 3HV. El PHBV se ha producido comercialmente usando Ralstonia eutropha (anteriormente, Alcaligenes eutrophus) a partir de la glucosa y el propionato y de la glucosa e isobutirato. (Patente de EE.UU. 4.477.654 de Holmes et al.). Varios otros microorganismos y procesos son conocidos para aquellos expertos en la técnica (Braunegg et al. 1998, Journal of Biotechnology 65: 127-161). El homopolímero poli (3HV) se ha producido usando Chromobacterium violaceum a partir del valerato (Steinbüchel et al., 1993, Appl. Microbiol. Biotechnol. 39:443-449). También se han sintetizado PHAs que contienen unidades 3HV usando microorganismos recombinantes. Escherichia coli que alberga los genes de la biosíntesis de los PHAs de R. eutropha se ha usado para producir PHBV a partir de la glucosa y del propionato o valerato (Slater et al., 1992, Appl. Environ. Microbiol. 58:1089-1094) y a partir de la glucosa y de valina o treonina (Eschenlauer et al., 1996, Int. J. Biol. Macromol. 19:121-130). Klebsiella oxytoca que alberga los genes de la biosíntesis de los PHA de R. eutropha se ha usado para producir PHBV a partir de glucosa y propionato (Zhang et al., 1994, Appl. Environ. Microbiol. 60:1198-1205). R Eutropha que alberga el gen de la PHA sintasa de Aeromonas caviae se usó para producir poli(3HV-co-3HB-co-3HHp) a partir de los ácidos alcanoicos de números de carbono impares (Fukui et al., 1997, Biotechnol. Lett. 19:1093-1097).
También se han descrito copolímeros de PHA que contienen unidades 3-hidroxipropionato. Holmes et al. (Patente de EE.UU. 4.477.654) usaron R. eutropha para sintetizar poli(3HP-co-3HB-co-3HV) a partir de glucosa y 3-cloropropionato o acrilato. Doi et al. (1990, en E.A. Dawes (ed.), Novel Biodegradable Microbial Polymers, Kluwer Academic Publishers, the Netherlands, pp. 37-48) usaron R. eutropha para sintetizar poli(3HP-co-3HB) a partir de 3-hidroxipropionato, 1,5-pentanodiol, 1,7-heptanodiol, o 1,9-nonanodiol. Hiramitsu y Doi (1993, Polymer 34:4782-4786) usaron Alcaligenes latus para sintetizar poli(3HP-co-3HB) a partir de sacarosa y 3-hidroxipropionato. Shimamura et al. (1994, Macromolecules 27: 4429-4435) usaron el A. latus para sintetizar poli(3HP-co-3HB) a partir de 3-hidroxipropionato y 3-hidroxibutirato o sacarosa. El mayor nivel de 3-hidroxipropionato incorporado dentro de estos copolímeros fue 88 mol % (Shimamura et al., 1994, ibídem). Ningún recombinante de 3HP que contenga productores de PHA ha sido descrito en la técnica.
Es deseable poder producir de forma económica estos polímeros en especies transgénicas de cultivo. Los métodos para la producción de plantas se han descrito en las Patentes de EE.UU. No. 5.245.023 y No. 5.250.430; las Patentes de EE.UU. No. 5.502.273; No. 5.534.432; No. 5.602.321; No. 5.610.041; No. 5.650.555; No. 5.663.063; los documentos WO 9100917, WO 9219747, WO 9302187, WO 9302194, y WO 9412014, Poirier et al., 1992, Science 256, 520-523; Williams y Peoples, 1996, Chemtech 26, 38-44. Para lograr este objetivo es necesario transferir un gen, o genes en el caso de una PHA polimerasa con más de una subunidad, que codifican una PHA polimerasa a partir de un microorganismo en las células de la planta y obtener el nivel apropiado de producción de la enzima PHA polimerasa. Además puede ser necesario proporcionar genes adicionales de la biosíntesis del PHA, por ejemplo una cetoacil-CoA tiolasa, un gen de acatoicetil-CoA reductasa, un gen de 4-hidroxibutiril-CoA transferasa u otros genes que codifican las enzimas requeridas para sintetizar los sustratos para las enzimas PHA polimerasa. En muchos casos, se desea controlar la expresión en diferentes tejidos u organelas de la planta. Los métodos para controlar la expresión en los tejidos de la planta u organelas se conocen por los expertos en la técnica (Gasser y Fraley, 1989, Science 244:1293-1299; Gene Transfer to Plants, 1995, Potrykus, I. y Spangenberg G., eds Springer - Verlag Berlín Heidelberg Nueva York. y "Transgenic Plants: A Production System for Indutrial and Pharmaceutical Proteins", 1996, Owen, M.R.L. y Pen, J. Eds. John Wiley & Sons Ltd. Inglaterra).
Aunque los métodos para la producción de una variedad de copolímeros diferentes en los sistemas de fermentación bacterianos son conocidos, y se ha logrado la producción de PHAs en plantas, el intervalo de copolímeros posibles en las bacterias no se ha logrado en las plantas. Sería ventajoso ser capaz de producir copolímeros diferentes en plantas transgénicas, y tener más opciones con respecto a los sustratos a ser utilizados por las plantas transgénicas.
Por consiguiente, es un objeto de la presente invención proporcionar métodos y reactivos para la producción de PHAs en las plantas.
Es un objeto adicional de la presente invención proporcionar métodos y reactivos para la producción de PHAs usando azúcares y alcoholes simples como sustratos.
Es aún otro objeto de la presente invención proporcionar métodos y reactivos para la producción de copolímeros de forma diferente al PHB y al PHVB.
Sumario de la invención
La presente invención proporciona un método de producir polihidroxialcanoato que comprende:
(a) proporcionar organismos no humanos diseñados por ingeniería genética que recombinantemente expresen enzimas seleccionadas entre diol deshidratasa y aldehído deshidrogenasa vecinas;
(b) proporcionar dioles que puedan convertirse en los monómeros de 3-hidroxipropionato o 3-hidroxivalerato mediante las enzimas expresadas por los organismos; y
(c) cultivar los organismos bajo unas condiciones por las que el 3-hidroacipropionato o el 3-hidroxivalerato se conviertan en monómeros que polimericen para formar polihidroxialcanoatos.
Los organismos pueden ser bacterias o plantas. Los organismos pueden diseñarse genéticamente con plásmidos que codifican para uno o ambas de la diol deshidratasa y aldehído deshidrogenasa vecinas, o se diseñan genéticamente para incorporar los genes que codifican para una o ambas, la diol deshidratasa y aldehído deshidrogenasa vecinas dentro del cromosoma. La diol deshidratasa vecina puede ser diol deshidratasa, y adicionalmente, el organismo puede expresar recombinantemente al menos una enzima seleccionada a partir de la aldosa reductasa de cristalinos de rata, glicerol deshidrogenasa de la E. coli y metilglioxal sintasa.
La diol deshidratasa vecina puede ser glicerol deshidratasa y el organismo puede expresar también enzimas seleccionadas entre glicerol-3-fosfatasa y glicerol-3-fosfato deshidrogenasa y/o dihidroxiacetona fosfato deshidrogenasa y glicerol-3-fosfatasa. La enzima dihidroxiacetona fosfato deshidrogenasa puede ser DAR1. La enzima glicerol-3-fosfatasa puede ser GPP2. Los genes recombinantes que codifican para las enzimas dihidroxiacetona fosfato deshidrogenasa y glicerol-3-fosfatasa pueden ser ambos integradas cromosomáticamente.
También el organismo puede expresar la enzima 1,3-propanodiol oxidorreductasa.
El organismo también puede expresar recombinantemente al menos una enzima seleccionada entre acil-CoA transferasa, acil-CoA sintetasa, \beta-cetotiolasa, acetoacil-CoA reductasa, y PHA sintasa.
El método de la invención puede usar dioles seleccionados entre 1,2-propanodiol, 1,3-propanodiol y glicerol.
Pueden convertirse los dioles usados a monómeros seleccionados entre monómeros de 3-hidroxipropionato o 3-hidroxivalerato.
Además, el método puede comprender la adición de la coenzima B-12, o su precursor, para el cultivo, por ejemplo, a una concentración hasta 1 \muM, o hasta 20 nM.
La presente invención proporciona también un organismo no humano diseñado por ingeniería genética como se definió anteriormente.
Se proporcionan los organismos de la invención, los cuales expresan enzimas como glicerol deshidratasa, diol deshidratasa, acil-CoA transferasa, acil-CoA sintetasa \beta-cetotiolasa, acetoacetil-CoA reductasa, PHA sintasa, glicerol-3-fosfato deshidrogenasa y glicerol-3-fosfatasa, las cuales son útiles para la producción de PHAs. En algunos casos uno o más de estos genes son nativos para el organismo huésped y el resto se proporciona a partir de los transgenes. Estos organismos producen homopolímeros poli (3-hidroxialcanoato) o copolímeros que incorporan monómeros de 3-hidroxipropionato o 3-hidroxivalerato, en donde las unidades del 3-hidroxipropionato y 3-hidroxivalerato se derivan de la conversión de los dioles catalizada por la enzima. Dioles convenientes que pueden usarse incluyen 1,2-propanodiol, 1,3 propanodiol y glicerol. También se describen las trayectorias bioquímicas para obtener el glicerol a partir de los metabolitos celulares normales. Los polímeros de PHA se recuperan rápidamente y son industrialmente útiles como polímeros o como materiales de inicio para una gama de químicos intermedios incluyendo 1,3-propanodiol, 3-hidroxipropionaldehído, acrílicos, ácido malónico, ésteres y aminas.
Breve descripción de los dibujos
La Figura 1 es un esquema de flujo de la producción de 3-hidroxivaleril-CoA a partir de glicerol-3-P.
La Figura 2 es una representación esquemática de la estructura del plásmido pFS44C que codifica para glicerol deshidratasa (dhaB) y 4-bidroxibutiril-CoA transferasa (hbcT).
La Figura 3 es una representación esquemática de la estructura del plásmido pFS45 que codifica para dhaB, hbcT y phaC.
La Figura 4 es una representación esquemática de la estructura del plásmido pFS47A, que codifica para dhaT, dhaB, y hbcT.
La Figura 5 es una representación esquemática de la estructura del plásmido pFS48B, que codifica para dhaT, dhaB, hbcT, y phaC.
La Figura 6 es una representación esquemática de la estructura del plásmido pMS15, que codifica para dhaT, DAR1-GPP2 (DAR1, dihidroxiacetona fosfato deshidrogenasa; y GPP2, sn-glicerol-3-fosfato fosfatasa), dhaB, hbcT, y phaC.
La Figura 7 es una representación esquemática de la estructura del plásmido pFS51, que codifica para GPP2 y DAR1.
Descripción detallada de la invención
Se han desarrollado nuevas trayectorias metabólicas para la producción de PHAs que contienen unidades 3-hidroxivalerato a partir de 1,2-propanodiol, y de PHAs que contienen unidades 3-hidroxipropionato a partir de 1,3 propanodiol o glicerol. En el caso del glicerol, éste puede alimentarse al microorganismo, o puede producirse a partir de los intermedios metabólicos centrales. En la Figura 1 se ilustran los componentes claves de las enzimas de estas nuevas trayectorias metabólicas que conducen a estos monómeros y a su polimerización.
El 1,2-propanodiol y el glicerol son sustratos baratos que no son tóxicos a muchos microorganismos aún a altas concentraciones. Puede producirse 1,3-propanodiol de recursos renovables (Anton, D. "United Engineering Foundation Metabolic Engineering II conference", presentado en la II Conferencia de Ingeniería Metabólica de la Fundación de Ingeniería Unida, Elmau, Alemania, Oct. 27, 1998). El 1,2-propanodiol está presente en las corrientes de desechos industriales de la producción de propileno glicol. El glicerol puede también obtenerse del metabolismo en varios microbios y cultivos de planta. En muchos casos, éstos son reservas superiores de alimentos para la fermentación en comparación con los ácidos orgánicos, que generalmente se vuelven tóxicos a bajas concentraciones para muchos microorganismos. El ácido 3-Hidroxipropiónico no es químicamente estable y por consiguiente no está disponible comercialmente.
Organismos a ser diseñados
En una realización, se introducen genes en la producción del organismo para la trayectoria completa ilustrada en la Figura 1. Puede usarse un organismo que no produce PHAs de forma natural, como Escherichia coli. Varios sistemas de producción de PHB de la E. coli recombinante se han descrito (Madison y Huisman, 1999, Microbiology and Molecular Biology Reviews, 63: 21-53). Los genes que codifican para una diol deshidratasa vecina, a partir de un organismo que, de forma natural, puede convertir el glicerol a 3-hidroxipropionaldehido (Klebsiella pneumoniae, por ejemplo), se introducen en este huésped. En el caso de 1,2-propanodiol, la diol deshidratasa vecina convierte el sustrato a propionaldehido, el cual puede convertirse en propionil-CoA mediante el metabolismo endógeno del microorganismo, opcionalmente con la ayuda de una acil-CoA transferasa o acil-CoA sintetasa exógenas. Puede ser útil mutar y seleccionar las cepas con mayor resistencia al propionaldehido. Entonces el propionil-CoA puede aceptarse en sustitución de la cetoacil-CoA tiolasa en una condensación con acetil-CoA, formando así 3-hidroxivaleril-CoA. La cetoacil-CoA tiolasa también condensará acetil-CoA con acetil-CoA, formando así 3-hidroxibutiril-CoA. Ambos 3-hidroxivaleril-CoA y 3-hidroxibutiril-CoA pueden aceptarse mediante varias PHA sintasas como las expresadas en el huésped recombinante, y por tanto se sintetiza PHBV por el huésped recombinante.
El huésped descrito anteriormente también puede alimentarse de 1,3 propanodiol o glicerol durante el crecimiento o después de una fase de crecimiento separada, y un polímero 3HP se acumula dentro de las células. La E. coli no sintetiza ninguna coenzima B-12 de novo, y por consiguiente la coenzima B-12 o un precursor E. coli que puede también convertirse a coenzima B-12, como la vitamina B-12, también debe ser alimentada. En el caso del glicerol, la diol deshidratasa vecina convierte el sustrato a 3-hidroxipropionaldehido, el cual puede convertirse a 3-hidroxipropionil-CoA mediante el metabolismo endógeno del microorganismo, opcionalmente con la ayuda de una acil-CoA transferasa exógena o acil-CoA sintetasa. 3-Hidroxipropionil-CoA puede entonces ser polimerizado a P3HP mediante PHA sintasa. En adición al 3HP, también luego pueden incorporarse unidades del monómero hidroxiacil-CoA dentro del polímero. Si se expresan cetoacil-CoA tiolasa y reductasa, por ejemplo, entonces puede formarse un copolímero de 3-hidroxibutirato y 3-hidroxipropionato.
Para producir los polímeros 3HP directamente a partir de las reservas de alimentos de carbohidratos, la E. coli se diseña para expresar además glicerol-3-fosfato deshidrogenasa y glicerol-3-fosfatasa. Tales cepas de E. coli recombinante y los métodos para su construcción son conocidos en la técnica (Anton, D. "Biological production of 1,3-propanediol", presentado en la II Conferencia de Ingeniería Metabólica de la Fundación de Ingeniería Unida, Elmau, Alemania, Oct. 27, 1998; PCT WO 98/21339).
En otra realización, puede usarse un organismo recombinante que de forma natural contiene una diol deshidratasa vecina. Un ejemplo de tal organismo es Klebsiella oxytoca, aunque existen varios otros, como se indicó anteriormente. En esta realización ninguna diol deshidratasa vecina exógena necesita ser importada a partir de otro organismo. Sin embargo puede ser útil mutar este organismo y escoger los mutantes que expresan la deshidratasa durante el crecimiento aeróbico o puede ser diseñado por ingeniería genética para expresar el gen en condiciones aeróbicas. El caso general es que los organismos que contienen una o más coenzimas B-12-dependientes de las diol deshidratasas vecinas pueden sintetizar la coenzima B-12 de novo, y en esos casos no es necesario agregar a cualquier parte del cultivo la coenzima B-12 o precursores de ella estrechamente relacionados. En este caso, una PHA sintasa o una trayectoria biosintética completa de PHB y opcionalmente una acil-CoA transferasa o acil-CoA sintetasa exógenas se introducen en este organismo. Las técnicas para hacer esto son bien conocidas en la técnica (por ejemplo, Dennis et al., 1998, Journal of Biotechnology 64: 177-186). Para producir los polímeros 3HP directamente a partir de las reservas de alimentos con carbohidratos, se diseña además la cepa para expresar la glicerol-3-fosfato deshidrogenasa y glicerol-3-fosfatasa como se describió anteriormente.
En otra realización, puede usarse un organismo que produce de forma natural PHAs. Ejemplos de tales organismos incluyen Ralstonia eutropha, Alcaligenes latus y Azotobacter, pero muchos otros son muy conocidos por los expertos en la técnica (Braunegg et al. 1998, Journal of Biotechnology 65:127-161). La introducción de la diol deshidratasa se lleva a cabo usando técnicas estandarizadas como se describió por Peoples y Sinskey (1989, J. Biol. Chem. 164, 15298-15303). En estos casos puede ser útil mutar el organismo y seleccionarlo para aumentar la resistencia a 3-hidroxipropionaldehido. Los organismos que producen PHA varían en su habilidad para sintetizar la coenzima B-12 de novo, y por consiguiente, se agregaría la coenzima B-12 o un precursor que el organismo pueda convertir a coenzima B-12, cuando sea apropiado. El PHBV se produce entonces alimentando 1,2 propanodiol y por lo menos alguna otra reserva de alimento. El PHBP se produce alimentando 1,3 propanodiol o glicerol y alguna otra reserva de alimento, por ejemplo, glucosa. Para producir los polímeros de 3HP directamente de las reservas de alimentos con carbohidratos, la cepa se diseña además para expresar glicerol-3-fosfato deshidrogenasa y glicerol-3-fosfatasa como se describió anteriormente. Puede ser útil utilizar mutaciones que son beneficiosas para la producción de homopolímeros del P3HP en estos organismos. Las mutaciones específicas incluyen volver inactivos los genes de \beta-cetotiolasa y/o acetoacetil-CoA reductasa. Como estos genes generalmente se conocen bien y están disponibles o aislables, las rupturas del gen pueden llevarse a cabo sin esfuerzo como se describió por ejemplo por Slater et al., 1998 (J. Bacteriol.).
La aplicación de la producción de poli(3-hidroxipropionato) y sus copolímeros tampoco se limita a las bacterias como se describió en los ejemplos. Los mismos genes pueden introducirse en células eucarióticas, incluyendo pero no restringido a levadura y plantas, las cuales, como bacterias, también producen intermedios glicolíticos como fosfato de dihidroxiacetona, a partir del cual pueden derivarse el glicerol y finalmente el poli(3-hidroxipropionato).
Genes para Utilización de Sustratos
Los genes y técnicas para el desarrollo de productores recombinantes de PHA apropiados para el uso como se describió aquí, son generalmente conocidos por los expertos en la técnica (Madison y Huisman, 1999, Microbiology and Molecular Biology Reviews, 63: 21-53); PCT WO 99/14313). Debido a que se han clonado todos los genes necesarios para llevar a cabo la producción de poli(3-hidroxipropionato) a partir de los intermedios metabólicos centrales por la vía del glicerol, y están disponibles en forma genéticamente manipulables, puede usarse cualquier combinación de plásmido-resistivo y genes integrados, y la aplicación de esta trayectoria no está, por consiguiente, restringida a los esquemas esbozados aquí. Muchas implementaciones diferentes estarán claras para los expertos en la técnica.
La glicerol deshidratasa (EC 4.2.1.30) y la diol deshidratasa (EC 4.2.1.28) son diferentes a la coenzima B-12, requiriendo enzimas encontradas en varias especies de bacterias. A menudo la glicerol deshidratasa se induce durante el crecimiento anaerobio en glicerol, y la diol deshidratasa se induce durante el crecimiento anaerobio en glicerol o 1,2-propanodiol (Forage y Foster, 1979, Biochim. Biophys. Acta 569:249-258). Estas deshidratasas catalizan la formación de 3-hidroxipropionaldehido a partir del glicerol y del propionaldehido a partir de 1,2-propanodiol. Estos aldehídos normalmente se convierten a los alcoholes correspondientes mediante un deshidrogenasa. Típicamente, los organismos que contienen una o ambas deshidratasas son capaces de convertir glicerol a 3-hidroxipropionaldehido o 1,3-propanodiol. Especies bacterianas conocidas por esta habilidad incluyen Klebsiella pneumoniae (Streekstra et al., 1987, Arch. Microbiol. 147: 268-275), Klebsiella oxytoca (Homann et al., 1990, Appl. Microbiol. Biotechnol. 33: 121-126), Klebsiella planticola (Homann et al., 1990, ibídem) y Citrobacter freundii (Boenigk et al., 1993, Appl. Microbiol. Biotechnol. 38: 453-457), aunque en general se conocen muchos otros ejemplos. Ambas deshidratasas están formadas por tres subunidades, cada una de las cuales es homóloga a su complemento en la otra
enzima.
El intervalo de sustratos de la glicerol y diol deshidratasas (a los cuales también nos referiremos genéricamente en lo adelante como "diol deshidratasas vecinas") no se limita al glicerol y 1,2-propanodiol. Bachovchin et al. (1977, Biochemistry, 16:1082-1092), por ejemplo, demostró que los sustratos aceptados por la enzima del K. pneumoniae incluyen el glicerol, (R)-1,2-propanodiol, (S)-1,2-propanodiol, etilenglicol, tioglicerol, 3-cloro-1,2-propanodiol, 1,2-butanodiol, 2,3-butanodiol, glicol del isobutileno, y 3,3,3-trifluoro-1,2-propanodiol. En todos los casos, el producto de la reacción es el aldehído o la cetona formados por la eliminación efectiva de una molécula de agua a partir del sustrato.
Organismos que naturalmente producen glicerol a partir de azúcares a través del fosfoglicerato incluyen el Bacilo licheniformis (Neish et al., 1945, Can. J. Res. 23B: 290-296), Lactobacillus sp. (Nelson y Werkman, 1935, J. Bacteriol. 30: 547-557), Halobacterium cutirubrum (Wassef et al., 1970, Can. J. Biochem. 48: 63-67), Microcoleus chthonoplastes (Moezelaar et al., 1996, Appl. Environ. Microbiol. 62: 1752-1758), Zymomonas mobilis (Viikari, 1988, CRC Crit. Rev. Biotechnol. 7: 237-261), Phycomyces blakesleeanus (Van Schaftigen y Van Laere, 1985, Eur. J. Biochem. 148: 399-405), Saccharomyces cerevisiae (Tsuboi y Hudson, 1956, Arch. Biochem. Biophys. 61: 197-210), Saccharomyces carlsbergensis (Tonino y Steyn-Parvé, 1963, Biochim. Biophys. Acta 67: 453-469), Rhizopus javanicus (Lu et al., 1995, Appl. Biochem. Biotechnol. 51/52: 83-95), Candida magnoliae (Sahoo, D.K., 1991, Tesis de Doctorado, Instituto Indio de Tecnología, Delhi), Candida utilis (Gancedo et al., 1968, Eur. J. Biochem. 5: 165-172), Aspergillus niger (Legisa y Mattey, 1986, Enzime, Microb. Technol. 8: 607-609), Trichomonas vaginalis (Steinbüchel y Müller, 1986, Molec. Biochem. Parasitol. 20: 45-55), Dunaliella salina (Sussman y Avron, 1981, Biochim. Biophys. Acta 661: 199-204; Ben-Amotz et al., 1982, Experientia 38: 49-52), Asteromonas gracilis (Ben-Amotz et al., íbídem), Leishmania mexicana (Cazzulo et al., 1988, FEMS Microbiol. Lett. 51: 187-192), y Crithidia fasciculata (Cazzulo et al., ibídem). En muchos de estos organismos, se conoce que el glicerol se deriva de la dihidroxiacetona fosfato, un intermedio de la trayectoria del glicolítico. La Escherichia coli normalmente no sintetiza ningún glicerol en cantidades significativas cuando ha desarrollado en la mayoría de los azúcares (Baldomà y Aguilar, J., Bacteriol. 170:416, 1988). Sin embargo, se han descrito las cepas de E. coli transgénica que pueden formar glicerol a partir de azúcares comunes como la glucosa, por ejemplo, en el documento PCT WO 97/20292.
Se han descrito sistemas diseñados por ingeniería genética para la producción de glicerol a partir de azúcares (documento WO 98/21339), de 1,3-propanodiol a partir de glicerol (documentos WO 96/35796, WO 98/21339) y de 1,3-propanodiol a partir de azúcares. La E. coli que expresa los genes del DAR1 (dihidroxiacetona fosfato deshidrogenasa) y del GPP2 (sn-glicerol-3-fosfato fosfatasa) de Saccharomyces cerevisiae se mostraron para acumular altas concentraciones de glicerol en el medio cuando se desarrollaron en glucosa (Anton, D. "Biological production of 1,3-propanediol", presentado en la II Conferencia de Ingeniería Metabólica de la Fundación de Ingeniería Unida, Elmau, Alemania, Oct. 27, 1998).
Regulación de la expresión
En cualquiera de las realizaciones mencionadas, es posible controlar la composición del polímero producido controlando la expresión de la diol deshidratasa vecina o controlando la disponibilidad de coenzima B-12. A mayor actividad de la deshidratasa, más monómeros activados se derivarán como resultado de su actividad, hasta el punto donde se vuelve limitante otro factor como la disponibilidad del sustrato o la actividad de una enzima descendente de la deshidratasa. Los métodos para la modulación de la expresión del gen (y por tanto la actividad de la enzima) en varios organismos, son muy conocidos por los expertos en la técnica. Un método adicional para el control de la actividad de la diol deshidratasa vecina es la modulación de la disponibilidad de coenzima B-12 al microorganismo. Por ejemplo, muchas cepas de Escherichia Coli son incapaces de sintetizar la coenzima B-12 de novo, y por consiguiente la diol deshidratasa recombinante vecina, que depende de la coenzima B-12 para la actividad, no es activa en estas cepas a menos que se añada al medio la coenzima B-12 o un precursor conveniente como la vitamina B-12. En las cepas de Escherichia coli que albergan genes de la síntesis del PHA y una diol deshidratasa vecinas, se ha encontrado que sin la adición de la coenzima B-12, sólo se sintetiza PHB incluso aún cuando 1,2-propanodiol está presente en el medio. La adición de 1 \muM de la coenzima B-12 a un cultivo de la misma cepa en el mismo medio conduce a la formación de PHBV como se discutió en los ejemplos. Skraly et al. (1998, Appl. Environ. Microbiol. 64:98-105) encontraron que el transgénico de Escherichia coli sintetizaba niveles crecientes de 1,3-propanodiol a partir del glicerol cuando se suministraban en el medio concentraciones crecientes de la coenzima B-12, hasta una concentración de aproximadamente 20 nM, después de la cual no aumentó la cantidad producida de 1,3-propanodiol. Por consiguiente, pueden usarse concentraciones de la coenzima B-12 desde 0 a 20 nM para controlar la composición de PHBV en la Escherichia Coli que alberga genes de la síntesis del PHA y un gen de la diol deshidratasa vecina cultivada en un medio que contiene 1,2-propanodiol. La misma premisa básica es válida para derivar el poli(3-hidroxipropionato) del glicerol. Las células son capaces de hacer un PHA (como PHB) en presencia del comonómero cuando ninguna diol deshidratasa vecina está presente. El uso de la coenzima B-12 para controlar la composición del polímero puede lograrse con cualquier microorganismo que sea incapaz de sintetizar la coenzima B-12 de novo. Tales organismos incluyen aquéllos que naturalmente carecen de esta habilidad (como Escherichia Coli) y aquéllos que naturalmente poseen esta habilidad (como Klebsiella pneumoniae), pero han sido mutados para perder esta habilidad mediante el uso de mutagénesis química por métodos genéticos como la mutagénesis del trasposón.
En el caso de algunos microorganismos, parte de los genes pueden ser integrados en el cromosoma del huésped y otros ser proporcionados en un plásmido. En algunos casos, pueden usarse los sistemas compatibles del plásmido, por ejemplo, con varios pasos en la trayectoria codificados en un plásmido y los otros pasos codificados por un segundo plásmido. También puede usarse una combinación de las dos aproximaciones.
Sustratos
Como se discutió anteriormente, los sustratos que pueden usarse para hacer PHAs incluyen glicerol y glucosa. Pueden usarse con éxito varios otros sustratos, además de glicerol o glucosa. Ejemplos de otros sustratos incluyen almidón, sacarosa, lactosa, fructosa, xilosa, galactosa, aceite de maíz, aceite de soya, sebo, aceite de madera, ácidos grasos o combinaciones de ellos.
La presente invención se entenderá además por referencia a los siguientes ejemplos no limitantes.
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Ejemplo 1
Producción de PHBV a partir de glucosa y 1,2-propanodiol
La cepa de Escherichia Coli MBX769 (Huisman et al. PCT WO 99/14313) que expresa los genes de la síntesis de PHA a partir de Zoogloea ramigera (acetoacetil-CoA tiolasa, acetoacetil-CoA reductasa, y PHA sintasa) conteniendo el plásmido pFS44C fue usada para sintetizar PHBV a partir de glucosa y 1,2-propanodiol. El plásmido pFS44C (mostrado esquemáticamente en la Figura 2) contiene los genes que codifican para la deshidratasa glicerol de Klebsiella pneumoniae (dhaB), aislado a partir de pTC53 (Skraly et al., 1998, Appl. Environ. Microbiol. 64:98-105), y 4-hidroxibutiril-CoA transferasa del Clostridium kluyveri (hbcT), aislado a partir de pCK3 (Söhling y Gottschalk, 1996, J. Bacteriol. 178:871-880), ambos en un operón bajo el control del promotor trc. El pFS44C también contiene el gen del represor lac (lacI), un gen de resistencia del ampicilina (ampR), y un origen de repetición (ORI), todos derivados del vector pSE380 (Invitrogen; La Jolla, Calif.).
Las células fueron precultivadas en 100 ml de un medio conteniendo 25 g/l de polvo de caldo LB (Difco; Detroit, Mich.) y 100 mg/l de ampicilina. Fueron separadas de este medio por centrifugación (2000 x g, 10 minutos) y resuspendidas en 100 ml de un medio conteniendo, por litro: 5 g del polvo del caldo LB; 50 mmol de fosfato de potasio, pH 7; 10 g de 1,2-propanodiol; 2 g de glucosa; 1 \mumol de coenzima B-12; 100 \mug de ampicilina; y 0,1 mmol de isopropil-\beta-D-tiogalactopiranosida (IPTG). Las células se incubaron en este medio con agitación a 225 rpm a 30ºC durante 48 horas. Fueron separadas luego por centrifugación como antes, lavadas una vez con agua, y liofilizadas.
El mismo experimento se hizo en paralelo, excepto que no se agregó ninguna coenzima B-12. Aproximadamente 25 mg de masa celular liofilizada de cada frasco se sometió a extracción simultánea y butanólisis a 110ºC durante 3 horas en 2 ml de una mezcla conteniendo (en volumen) 90% de 1-butanol y 10% de ácido clorhídrico concentrado, con 2 mg/ml de ácido benzoico adicionado como un estándar interno. Los componentes solubles en agua de la mezcla resultante fueron separados por extracción con 3 ml de agua. La fase orgánica (1 \mul a una proporción de división de 1:50 a una proporción de flujo global de 2 ml/min) se analizó en una columna de CG capilar de sílice fundida SPB-1 (30 m; 0,32 mm DI; 0,25 \mum de película; Supelco; Bellefonte, Pa.) con el siguiente perfil de temperatura: 80ºC, 2 min; 10ºC por min a 250ºC; 250ºC, 2 min. El estándar usado para probar la presencia de unidades de 3-hidroxibutirato y 3-hidroxivalerato en el polímero fue el PHBV (Aldrich Chemical Co.; Milwaukee, Wis.). El polímero en el experimento con la coenzima B-12 adicionada se calculó para 60,9% del peso celular seco, y el 97,4% estaba compuesto de unidades 3-hidroxibutirato y 2,6% de unidades 3-hidroxivalerato.
El sobrenadante al final de este experimento se encontró por análisis de Cromatografía Líquida de Alta Resolución (HPLC) al contener 0,41 g/l de propanol, indicando que la glicerol deshidratasa era funcional. El polímero en el experimento sin la coenzima B-12 adicionada se calculó para 56,7% del peso celular seco, y era el homopolímero de PHB. El sobrenadante al final de este experimento no contenía propanol. El análisis de HPLC se hizo con una columna Aminex HPX-87H con ácido sulfúrico (pH 2) como la fase móvil a una velocidad de flujo de 0,6 ml/min y una temperatura de la columna de 50ºC. La detección fue por ambos índices, índice refractivo y absorción ultravioleta.
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Ejemplo 2
PHBV y crecimiento a partir de 1,2-propanodiol como única fuente de carbono
El MBX 184 fue seleccionado para el crecimiento en 1,2-PD, para obtener la cepa de E. coli MBX 1327. El MBX1327 fue transducido con los genes de PHB ABC5KAN a partir de MBX1164 para producir la cepa de E. coli MBX 1329. MBX1164 es MBX247::ABCSKAN. MBX247 es LJ5218 (Jenkins y Nunn, J. Bact. 1984 E. coli del centro de acción genética CGSC 6966) mutado con 1-metilo-3-nitro-1-nitrosoguanidina (NTG) por un procedimiento estándar (Miller, J., A short course in bacterial genetics, 1992, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY), y seleccionado por la habilidad de crecer con 1,2-propanodiol como única fuente de carbono. Se han descrito previamente las cepas de E. coli con esta habilidad y los métodos para la generación de tales cepas (Sridhara et al., 1969, J. Bacteriol. 93:87). La cepa de E. coli MBX1329 tiene tanto la capacidad para desarrollarse con 1,2-propanodiol como única fuente de carbono, como la de sintetizar PHB a partir de las fuentes de carbono que genera el acetil-CoA.
El MBX1329 que alberga el plásmido pFS44C (mostrado en la Figura 2) fue desarrollado en un medio conteniendo, por litro: 6,25 g de polvo de caldo LB; 3,5 g de fosfato de amonio sódico; 7,5 g de trihidrato de fosfato de potasio bibásico; 3,7 g de fosfato de potasio monobásico; 0,12 g de sulfato de magnesio; 2,78 mg de heptahidrato del sulfato de hierro (II); 1,98 mg de tetrahidrato de cloruro de manganeso (II); 2,81 mg de heptahidrato de sulfato de cobalto (II); 1,47 mg de cloruro de calcio dihidratado; 0,17 mg de dihidrato de cloruro de cobre (II); 0,29 mg de heptahidrato de cloruro de cinc (II); 10 mg de tiamina; 10 g de 1,2-propanodiol; 50 nmol de coenzima B-12; 100 \mug de ampicilina; y 0,05 mmol de isopropil-\beta-D-tiogalactopiranosida (IPTG). El volumen total fue 50 ml en un frasco Erlenmeyer de 250 ml; el inóculo fue 0,5 ml de un cultivo toda la noche en 25 g/l del polvo de caldo LB y 100 \mug/ml de ampicilina. Las células se incubaron en este medio durante 3 días a 37ºC con agitación a 200 rpm. Fueron separadas del medio por centrifugación (2000 x g, 10 minutos), lavadas una vez con agua, centrifugadas de nuevo, y liofilizadas.
El contenido intracelular del polímero se analizó por butanólisis como en el Ejemplo 1. Las células se desarrollaron a una densidad óptica (a 600 nM) de 9,8 y contenían PHBV hasta 6% del peso celular seco. El propio polímero estaba compuesto de 2,5% unidades del 3-hidroxivalerato y 97,5% unidades del 3-hidroxibutirato.
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Ejemplo 3
Poli(3-hidroxipropionato) a partir de 1,3-propanodiol y 1,3-propanodiol a partir de glicerol
La cepa de Escherichia coli MBX184, que es deficiente en el gen del fadR y expresa el gen del atoC constitutivamente, se usó para sintetizar 1,3-propanodiol a partir de glicerol y poli(3-hidroxipropionato) a partir de 1,3-propanodiol. En ambos casos las células albergaron el plásmido pFS45 (mostrado esquemáticamente en la Figura 3) el cual contiene genes que codifican para glicerol deshidratasa de Klebsiella pneumoniae, 4-hidroxibutiril-CoA transferasa de Clostridium kluyveri, y PHA sintasa de Ralstonia eutropha, todos en un operón bajo el control del promotor trc. Las células fueron cultivadas como se describió en el Ejemplo 1, excepto que el glicerol estaba presente en lugar de 1,2-propanodiol.
El análisis de HPLC mostró que las células en el medio que contenía coenzima B12 sintetizaron 1,3 g/l de 1,3-propanodiol mientras las células en el medio libre de coenzima B-12 no sintetizaron ningún 1,3-propanodiol. También se cultivó la misma cepa usando el método del Ejemplo 1, excepto que estaba presente 1,3-propanodiol en lugar de 1,2 - propanodiol, y no se adicionó ninguna coenzima B-12.
La masa de la célula liofilizada se analizó por CG como en el Ejemplo 1, con un estándar adicional de beta-propiolactona para cuantificar el poli(3-hidroxipropionato). Estas células se mostraron mediante el análisis de CG al contener el homopolímero poli(3-hidroxipropionato) en 7,8% del peso celular seco. La síntesis de poli(3-hidroxipropionato) a partir de glicerol probablemente no ocurrió debido a la acumulación de 3-hidroxipropionaldehido, que es muy tóxico para muchos microorganismos (Dobrogosz et al, 1989, Wenner-Gren Int. Symp. Ser. 52:283-292). Esta toxicidad puede dirigirse evitando la acumulación de 3-hidroxipropionaldehido por lo menos de dos maneras: 1) puede expresarse una 1,3-propanodiol oxidorreductasa como las mencionadas anteriormente a partir del organismo productor de 1,3-propanodiol, y 2) puede aumentarse la actividad de la deshidrogenasa endógena no identificada a partir de Escherichia coli, que es responsable de la formación de 1,3-propanodiol observada cuando la glicerol deshidratasa está presente, mediante la selección de las células que expresan la glicerol deshidratasa del Escherichia coli, para que se desarrollen bien en presencia tanto de glicerol como de la coenzima B-12. La segunda aproximación puede lograrse, por ejemplo, transformando la Escherichia Coli mutada con un plásmido como el pFS45, para que la mutagénesis no afecte al gen de glicerol deshidratasa, seguido por el enriquecimiento en un medio que contenga glicerol y coenzima B-12.
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Ejemplo 4
Poli(3-hidroxipropionato) a partir de glicerol
Las dos trayectorias en el Ejemplo 3 (glicerol a 1,3-propanodiol y 1,3-propanodiol a poli(3-hidroxipropionato) se activaron en el mismo recombinante de la Escherichia Coli. La cepa de E. coli MBX820, que expresa de forma estable genes de la biosíntesis del PHA phaA, phaB, y phaC a partir de Zoogloea ramigera, se transformó con el plásmido pFS47A (mostrado esquemáticamente en la Figura 4), que contiene, bajo control del promotor trc, los genes que codifican para 4-hidroxibutiril-CoA transferasa a partir de Clostridium kluyveri y glicerol deshidratasa y 1,3-propanodiol oxidorreductasa a partir de Klebsiella pneumoniae. El pFS47A se fabricó a partir del plásmido pFS 16, un predecesor del pFS47A, como sigue: El gen del Clostridium kluyveri orfZ se amplió por PCR a partir del plásmido pCK3 (Söhling y Gottschalk, 1996, J. Bacteriol. 178: 871-880) usando los siguientes cebadores oligonucleótidos:
5' - TCCCCTAGGATTCAGGAGGTTTTTATGGAGTGGGAAGAGATATATAAAG - 3' (orfz 5 ' AvrII)
5' - CCTTAAGTCGACAAATTCTAAAATCTCTTTTTAAATTC - 3' (orfz 3' SalI)
El producto orfZ se ligó a pTrcN, el cual se había digerido con XbaI (que es compatible con AvrII) y SalI.
Las células fueron precultivadas en 100 ml de un medio que contenía 25 g/l de polvo de caldo LB (Difco; Detroit, Mich.) y 100 mg/l de ampicilina. Éstas fueron separadas a partir de este medio por centrifugación (2000 x g, 10 minutos) y resuspendidas en 100 ml de un medio que contenía, por litro: 2,5 g del polvo del caldo LB; 50 mmol de fosfato de potasio, pH 7; 5 g de sustrato (glicerol; 1,2-propanodiol; o 1,3-propanodiol); 2 g de glucosa; 5 nmol de coenzima B-12; 100 \mug de ampicilina; y 0,1 mmol de isopropil-\beta-D-tiogalactopiranosida (IPTG). Las células se incubaron en este medio con agitación a 225 rpm a 30ºC durante 48 horas. Fueron separadas después por centrifugación como anteriormente, lavadas una vez con agua, y liofilizadas.
La masa celular liofilizada se analizó por CG como en el Ejemplo 1, con un estándar adicional de beta-propiolactona para cuantificar el poli(3-hidroxipropionato). Las células cultivadas en glicerol y 1,3-propanodiol ambas contenían un copolímero de unidades 3-hidroxibutirato y 3-hidroxipropionato, y las células cultivadas en 1,2-propanodiol contenían un copolímero de unidades 3-hidroxibutirato y 3-hidroxivalerato. En la Tabla 1 se dan las composiciones y cantidades del polímero como porcentaje de peso de la célula seca. Las células cultivadas en glicerol sintetizaron más polímeros que las células cultivadas en 1,3-propanodiol, pero el porcentaje de unidades 3-hidroxipropionato fue menor en las células cultivadas en glicerol. Estas diferencias pueden explicarse por el hecho de que el 3-hidroxipropionaldehído es tóxico y que es probable que se genere más rápidamente por la 1,3-propanodiol oxidorreductasa a partir de 1,3-propanodiol que por la glicerol deshidratasa a partir de glicerol. La toxicidad del 3-hidroxipropionaldehído puede impactar negativamente en la salud celular, y por consiguiente el contenido global del polímero, pero su formación a partir del glicerol es necesaria para la formación del 3-hidroxipropionil-CoA si el intermedio necesario es 3-hidroxipropionaldehído o 1,3-propanodiol.
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TABLA 1 Polímeros producidos por MBX820/pFS47A cultivados en varios sustratos
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Ejemplo 5
Control de la composición del polímero mediante la variación de la concentración de la coenzima B-12
Debido a que las diol deshidratasas vecinas dependen de la coenzima B-12 para su actividad, y a que la formación de 3-hidroxipropionil-CoA a partir del glicerol o del propionil-CoA a partir de 1,2-propanodiol depende de la actividad de la deshidratasa, la composición del copolímero en cualquier caso puede controlarse mediante la variación de la disponibilidad de la coenzima B-12 a la deshidratasa. En este ejemplo, esto fue cumplido mediante la variación de la concentración de la coenzima B-12 adicionada al medio en el cual la cepa de E. coli MBX820, que lleva el plásmido pFS47A, estaba produciendo PHA.
Las células fueron precultivadas en 100 ml de un medio conteniendo 25 g/l de polvo del caldo LB (Difco; Detroit, Mich.) y 100 mg/l de ampicilina. Fueron separadas de este medio por centrifugación (2000 x g, 10 minutos) y resuspendidas en 100 ml de un medio que contenía, por litro: 2,5 g del polvo del caldo LB; 50 mmol de fosfato de potasio, pH 7; 10 g de sustrato (glicerol o 1,2-propanodiol); 2 g de glucosa; 100 \mug de ampicilina; 0,1 mmol de isopropil-\beta-D-tiogalactopiranosida (IPTG); y 0, 5, 20, o 50 nmol de coenzima B-12. Las células se incubaron en este medio con agitación a 225 rpm a 30ºC durante 72 horas. Fueron separadas después por centrifugación como anteriormente, lavadas una vez con agua, y liofilizadas. La masa celular liofilizada se analizó por análisis de CG como en el Ejemplo 4.
La Tabla 2 muestra las cantidades y composiciones de los PHAs producidos de esta forma. La ausencia de coenzima B-12, si el sustrato fue glicerol o 1,2-propanodiol, resultó en la síntesis sólo de PHB. El glicerol fue más conducente a la formación de PHA en ausencia de actividad de la deshidratasa, como se muestra por la densidad óptica final y el contenido de polímero, probablemente porque la E. coli puede utilizar el glicerol como una fuente de carbono y energía en condiciones aeróbicas (Lin, Ann. Rev. Microbiol. 30:535, 1976), mientras que generalmente esto e falso para el 1,2-propanodiol (Baldomà y Aguilar, íbídem.). Cuando la coenzima B-12 se agrega en cantidades crecientes a células cultivadas con glicerol, el porcentaje de unidades 3-hidroxipropionato en el polímero aumenta, mientras el contenido total del polímero disminuye. Esta disminución se debe probablemente a la toxicidad del 3-hidroxipropionaldehído, lo cual resulta en una disminución de la salud de las células. Cuando la coenzima B-12 se agrega en cantidades crecientes a células cultivadas con 1,2-propanodiol, se incorporan unidades 3-hidroxivalerato dentro del polímero, pero el porcentaje de 3-hidroxivalerato en el polímero no aumenta en la misma magnitud que lo hizo el porcentaje de unidades 3-hidroxipropionato en el experimento del glicerol. Esto indica que la concentración de coenzima B-12 no está limitando a la síntesis de 3-hidroxivaleril-CoA cuando su concentración alcanza incluso unos pocos nanomolares, y que algún otro factor se vuelve limitante.
Este ejemplo demuestra que la composición de los PHAs derivada del uso de las deshidratasas dependientes de la coenzima B-12 puede ser controlada variando la concentración de coenzima B-12 que hizo disponible a la deshidratasa. La magnitud a la cual el control puede ejecutarse depende del sustrato del diol usado. Esto puede deberse a la preferencia del diol vecino por ciertos sustratos sobre otros y sobre el resto del metabolismo del huésped que lleva desde el aldehído derivado del diol al acil-CoA que sirve como el monómero activado para la formación de PHA.
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TABLA 2 Composición de polímeros producidos por MBX820/pFS47A a partir de glicerol y 1,2-propanodiol en medios con varias concentraciones de la coenzima B-12
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Ejemplo 6
Producción de poli(3-hidroxipropionato) a partir de intermedios metabólicos centrales
Los ejemplos 1-5 demuestran que es posible obtener el poli(3-hidroxipropionato) a partir del glicerol, y, como se discutió anteriormente, es posible tanto en organismos transgénicos como no transgénicos, producir el glicerol a partir de intermedios metabólicos centrales. Por consiguiente, una combinación de las dos trayectorias permitirá la síntesis de poli(3-hidroxipropionato) a partir de los intermedios metabólicos centrales. Estas trayectorias pueden combinarse introduciendo los genes de la síntesis del poli(3-hidroxipropionato) en un huésped productor de glicerol o introduciendo los genes de la síntesis de glicerol en un huésped capaz de la síntesis del poli(3-hidroxipropionato) a partir del glicerol, como se describió en los ejemplos anteriores.
En el caso anterior, los genes que codifican para una diol deshidratasa vecina, una PHA sintasa, y opcionalmente una aldehído deshidrogenasa, 1,3-propanodiol oxidorreductasa, y una hidroxiacil-CoA transferasa son expresados en un huésped capaz de producir glicerol a partir de intermedios metabólicos centrales. Un ejemplo de tal huésped es una Escherichia Coli que expresa el Saccharomyces cerevisiae del DAR1 (dihidroxiacetona fosfato deshidrogenasa) y los genes del GPP2 (sn-glicerol-3-fosfato fosfatasa) (Anton, D. "Biological production of 1,3-propanediol", presentado en la II Conferencia de Ingeniería Metabólica de la Fundación de Ingeniería Unida, Elmau, Alemania, Oct. 27, 1998; PCT WO 98/21339), como se describió anteriormente. Muchas cepas de E. coli expresan naturalmente 1,3-propanodiol oxidorreductasa y las actividades enzimáticas de la aldehído deshidrogenasa, pero sus niveles pueden aumentarse opcionalmente por mutagénesis o determinada sobrecarga de enzimas que lleven a cabo estas funciones. Los genes adicionales necesarios pueden introducirse en un plásmido como el pFS48B, el cual contiene, bajo el control del promotor trc, 4-hidroxibutiril-CoA transferasa a partir del Clostridium kluyveri; PHA sintasa a partir de Zoogloea ramigera y glicerol deshidratasa y 1,3-propanodiol oxidorreductasa a partir de Klebsiella. pneumoniae. Cualquiera de estos genes o todos pueden introducirse también por integración en el cromosoma, usando las técnicas normalizadas bien conocidas por los expertos en la técnica.
De forma similar, los genes de DAR1 y de GPP2 pueden introducirse en un huésped capaz de la síntesis del poli(3-hidroxipropionato), como MBX820/pFS47A, descrito anteriormente. Pueden introducirse los genes de DAR1 y de GPP2 en un plásmido compatible con el pFS47A (un plásmido que puede ser mantenido simultáneamente con el pFS47A), o pueden integrarse en el cromosoma. El MBX820 expresa de forma estable la acetoacetil-CoA tiolasa, 3-hidroxibutiril-CoA reductasa y PHA sintasa, y por consiguiente es capaz de sintetizar poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxipropionato). Si se desea el homopolímero poli(3-hidroxipropionato), puede usarse una cepa que exprese sólo PHA sintasa en lugar de los tres genes biosintéticos del PHB.
Para demostrar la trayectoria para la biosíntesis de PHP forma glucosa, fue fabricado el plásmido pMS 15 (mostrado esquemáticamente en la Figura 6) para expresar los siguientes genes como un operón a partir del promotor trc: PHB sintasa a partir de A. eutrophus, 4-hidroxibutiril-CoA transferasa a partir de C. kluyveri, la glicerol deshidratasa a partir de Klebsiella, el gen de DAR1 a partir de S. cerevisae, el gen de GPP2 a partir de S. cerevisae y la 1,3-propanodiol oxidorreductasa a partir de K. pneumoniae.
El plásmido pFS51 se formó ligando, uno a uno, los productos PCR DAR1 y GPP2 al pTrcN. El gen de DAR1 fue ampliado por PCR a partir del ADN genómico del S. cerevisiae que usa los siguientes cebadores oligonucleótidos:
5' - CTTCCGGATCCATTCAGGAGGTTTTTATGTCTGCTGCTGCTGATAGA - 3' (S. cer. DAR1 5' BamHI)
5' - CTTCCGCGGCCGCCTAATCTTCATGTAGATCTAATTC - 3' (S. cer. DAR1 3' NotI)
El gen de GPP2 fue ampliado de la misma manera usando los cebadores oligonucleótidos siguientes:
5' - CTTCCGCGGCCGCATTCAGGAGGTTTTTATGGGATTGACTACTAAACCTC - 3' (S. cer. GPP2 5' NotI)
5 ' - CCTTCTCGAGTTACCATTTCAACAGATCGTCC - 3' (S. cer. GPP2 3' XhoI)
El PCR para cada gen se llevó a cabo con la polimerasa de ADN Pfu (Stratagene; La Jolla, Calif.) en un volumen de la reacción de 50 \mul que contenía: 10 unidades de la polimerasa de Pfu, 1x buffer de reacción suministrado por el fabricante, 50 pmol de cada cebador, aproximadamente 200 ng del ADN genómico del S. cerevisiae y 200 \muM de cada dNTP. El perfil termal de las reacciones fue como sigue: 27 ciclos de (94ºC, 1 min; 55ºC, 2 min; 72ºC, 3 min), después 7 min a 72ºC. La polimerasa Pfu no se agregó hasta que la mezcla de la reacción había alcanzado 94ºC.
Los productos PCR fueron purificados a partir de un gel de agarosa de baja fusión al 1% y digeridos con la restricción de enzimas cuyos sitios correspondientes habían sido incluidos en los extremos 5' de los cebadores (BamHI y NotI para DAR1, NotI y XhoI para GPP2). El vector pTrcN es una versión de pTrc99a (Pharmacia; Uppsala, Suecia) modificado de tal forma que le falta un sitio NcoI. El pTrcN fue cortado con BamHI, NotI, y fosfatasa alcalino intestinal de ternero (CIAP; Promega; Madison, Wis.) para la inserción de DAR1 y con NotI, XhoI, y CIAP para la inserción de GPP2. Las ligaduras se llevaron a cabo con la ligasa de ADN T4 (New England Biolabs; Beverly, Mass.) según las instrucciones proporcionadas por el fabricante. Los productos de las ligaduras fueron pFS49 (DAR1) y pFS50 (GPP2). Para unir ambos genes en un plásmido, el pFS49 fue cortado con MluI y NotI, y el fragmento 2,3-kb que contenía el promotor trc y DAR1 fue ligado a pFS50 que había sido digerido con las mismas dos enzimas y CIAP. El plásmido resultante, que contenía el operón DAR1-GPP2 bajo el control del promotor trc, se identificó como pFS51.
La cepa de E. coli MBX184 que contenía el plásmido pMS15 (mostrado esquemáticamente en la Figura 6) fue desarrollada toda la noche en una botella cuadrada de 200-ml a 37ºC en 50 ml del medio LB, el cual también contenía 100 \mug/ml de ampicilina. Las células fueron extraídas de este cultivo por centrifugación durante 10 minutos a 2000 x g, y resuspendidas en 50 ml de un medio de glucosa e incubadas durante 72 horas a 30ºC con agitación a 200 rpm. El medio de glucosa contenía, por litro: 6,25 g de polvo LB; 100 \mug de ampicilina; 20 g de glucosa; 50 mmol de fosfato de potasio, pH 7; 10 \mumol de isopropil-\beta-D-tiogalactopiranosida (IPTG); y 0,10, ó 100 nmol de la coenzima B-12. Después de la incubación, las células fueron separadas del medio por centrifugación durante 10 minutos a 2000 x g, lavadas una vez con agua y centrifugadas de nuevo, después liofilizadas. El análisis de la masa celular liofilizada por cromatografía gaseosa (CG) mostró que, en el experimento con 10 nM de coenzima B-12, se produjo poli(3HP) hasta 0,11% del peso celular seco; en el experimento con 100 nM de la coenzima B-12, se produjo poli(3HP) hasta 0,13% del peso celular seco; y en el experimento sin la coenzima B-12, no se detectó poli(3HP). En ningún caso se encontró otro componente del polímero que no fuera el 3HP. El análisis de CG se condujo como sigue: 15 a 20 mg de la masa celular liofilizada se sometió a extracción y propanólisis simultáneas a 100ºC durante 3 horas en 2 ml de una mezcla que contenía (en volumen) 50% de 1,2-dicloroetano, 40% de 1-propanol, y 10% de ácido clorhídrico concentrado, con 2 mg/ml de ácido benzoico adicionado como un estándar interno. Los componentes solubles en agua de la mezcla resultante fueron removidos por extracción con 3 ml de agua. La fase orgánica (1 \mul a una relación de división de 1:50 a una velocidad de flujo global de 2 ml/min) se analizó en una columna de CG capilar de sílice fundida SPB-1 (30 m; 0,32 mm DI; 0,25 \mum de película; Supelco; Bellefonte, Pa.) con el siguiente perfil de temperatura: 80ºC, 2 min; 10ºC por min a 250ºC; 250ºC, 2 min. El estándar usado para probar la presencia de residuos de 3HP fue \beta-propiolactona. Ambos, poli(3HP) y \beta-propiolactona producen el 1-propil éster de 3-hidroxipropionato cuando se someten a propanólisis.
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Ejemplo 7
PHBV a partir de intermedios metabólicos centrales
Como se demostró anteriormente, es posible obtener PHBV a partir de 1,2-propanodiol con la adición opcional de otras fuentes de carbono como la glucosa, y es posible en ambos organismos, transgénicos y no transgénicos, producir 1,2-propanodiol a partir de intermedios metabólicos centrales (Cameron y otros, 1998, Biotechnol. Prog. 14 116-125). Por consiguiente, una combinación de las dos trayectorias permitirá la síntesis de PHBV a partir de intermedios metabólicos centrales. Estas trayectorias pueden combinarse introduciendo los genes de la síntesis del PHBV en un huésped productor de 1,2-propanodiol o introduciendo los genes de la síntesis del 1,2-propanodiol en un huésped capaz ya de la síntesis de PHBV a partir de 1,2-propanodiol, como se describió en los ejemplos
anteriores.
En el caso anterior, los genes que codifican para una diol deshidratasa vecina, una PHA sintasa, una 3-cetoacil-CoA tiolasa y reductasa, y opcionalmente una aldehído deshidrogenasa, 1-propanol oxidorreductasa, e hidroxiacil-CoA transferasa se expresan en un huésped capaz de producir 1,2-propanodiol a partir de los intermedios metabólicos centrales. Un ejemplo de tal huésped es una Escherichia Coli que expresa aldosa reductasa de los cristalinos de rata o sobrecarga la E. coli de la glicerol deshidrogenasa, como se describió anteriormente. Muchas cepas de E. coli naturalmente expresan actividades enzimáticas de la 1-propanol oxidorreductasa, aldehído deshidrogenasa, y propionil-CoA transferasa, pero sus niveles pueden aumentarse opcionalmente por mutagénesis o sobrecarga determinada de las enzimas que llevan a cabo estas funciones. Los genes adicionales necesarios pueden introducirse como genes llevados por el plásmido o pueden integrarse en el cromosoma, o puede usarse una combinación de los dos acercamientos. Por ejemplo, un plásmido como el pFS48B, el cual contiene, bajo el control del promotor trc, 4-hidroxibutiril de CoA transferasa a partir de Clostridium kluyveri; PHA sintasa a partir de Zoogloea ramigera y glicerol deshidratasa, y 1,3- propanodiol oxidorreductasa a partir de Klebsiella pneumoniae, pueden usarse en combinación con la integración de los genes de la síntesis del PHB en el cromosoma, empleando las técnicas normalizadas bien conocidas por los expertos en la técnica.
De forma similar, pueden introducirse la aldosa reductasa de los cristalinos de rata o genes de glicerol deshidrogenasa de la E. coli en un huésped ya capaz de la síntesis de PHBV, como el MBX769/pFS44C, descrito anteriormente. Una mejora adicional puede resultar de la sobrecarga de un gen de metilglioxal sintasa, como se sugirió por Cameron et al., 1998 (Biotechnol. Prog. 14 116-125). La aldosa reductasa de los cristalinos de rata o el gen de glicerol deshidrogenasa de la E. coli pueden ser introducidos en un plásmido compatible con el pFS44C (un plásmido que puede mantenerse simultáneamente con el pFS44C), o pueden ser integrados en el cromosoma.
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Ejemplo 8
Identificación de la actividad de la 3-hidroxipropionaldehido deshidrogenasa
La secuencia del gen de aldH a partir de E. coli está disponible a partir de GENBANK. Este gen fue clonado en el Acc65I y los sitios NotI del vector que clona pSE380 siguiendo la ampliación PCR usando el enfoque descrito en el Ejemplo 6 y los cebadores siguientes:
3
El plásmido recombinante resultante pALDH fue introducido en la E. coli alfa DH5 y desarrollado en 5 ml del medio LB con 100 \mug/ml de ampicilina a 37ºC. Al día siguiente unos 100 ml conteniendo 100 \mug/ml de ampicilina fue inoculado con 100 \mul del cultivo de toda la noche y desarrollado hasta que la absorbancia a 600 nm alcanzó 0,5, momento en el cual fue inducido el promotor trc con 1 mM de IPTG e incubado unas 3 horas más a 37ºC. Las células fueron recolectadas, lavadas y resuspendidas en 0,1M Tris.HCl pH 8,0 y lisado por sonicación. El lisado celular se ensayó para la actividad de aldehído deshidrogenasa usando 3-hidroxipropionaldehído con ambos, NAD y NADP como cofactor. Se realizaron los ensayos usando un espectrofotómetro de diodos en fila de Hewlett Packard. Las reacciones de la enzima se llevaron a cabo en cubetas de UV de 1,5 ml en una solución que contenía lo siguiente: 0,1 M Tris.HCl, pH 8,0, 1 mM de NAD o NADP, 6 mM de ditiotreitol y extracto crudo de la célula hasta un volumen final de 1 ml. La mezcla se incubó durante 20 segundos antes de comenzar la reacción agregando 1 mM de 3-hidroxipropionaldehido y supervisando la reacción a 340 nm. El lisado mostró actividad significante de la 3-hidroxipropionaldehido deshidrogenasa cuando NAD fue el cofactor (1,35 \mumol/min/mg de proteína) el cual no estaba presente en la muestra de control preparada usando el vector exclusivamente. Por consiguiente, el gen del aldH puede usarse para aumentar la actividad de la 3-hidroxiproionaldehido deshidrogenasa en las cepas descritas en los ejemplos
anteriores.
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Referencias citadas en la descripción Este listado de referencias citadas por el solicitante tiene como único fin la conveniencia del lector. No forma parte del documento de la Patente Europea. Aunque se ha puesto gran cuidado en la compilación de las referencias, no pueden excluirse errores u omisiones y la OEP rechaza cualquier responsabilidad en este sentido. Documentos de patentes citados en la descripción
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<223> Descripción de Secuencia Artificial: cebador oligonucleótido
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<211> 47
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Descripción de secuencia artificial: cebador oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 7
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ggtggtacct taagaggagg tttttatgaa ttttcatcac ctggctt
\hfill
47
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 8
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<211> 32
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Descripción de Secuencia Artificial: cebador oligonucleótido
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 8
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ggtgcggccg ctcaggcctc caggcttatc ca
\hfill
32
\vskip1.000000\baselineskip

Claims (19)

1. Un método de producir polihidroxialcanoato que comprende:
(a)
proporcionar organismos no humanos diseñados genéticamente que recombinantemente expresen enzimas seleccionadas entre la diol deshidratasa y aldehído deshidrogenasa vecinas;
(b)
proporcionar dioles que puedan ser convertidos en monómeros de 3-hidroxipropionato o 3-hidroxivalerato por las enzimas expresadas por los organismos; y
(c)
cultivar los organismos en condiciones en las cuales el 3-hidroxipropionato o 3-hidroxivalerato es convertido en monómeros, los cuales son polimerizados para formar polihidroxialcanoatos.
2. El método de la Reivindicación 1, en el que los organismos son bacterias o plantas.
3. El método de la Reivindicación 1 ó 2, en el que los organismos se diseñan genéticamente con plásmidos que codifican para una o ambas, diol deshidratasa y aldehído deshidrogenasa vecinas.
4. El método de la Reivindicación 1 ó 2, en el que los organismos se diseñan genéticamente para incorporar genes que codifican para una o ambas, diol deshidratasa y aldehído deshidrogenasa vecinas, al cromosoma.
5. El método de una cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en el que la diol deshidratasa vecina es diol deshidratasa.
6. El método de la Reivindicación 5, en el que, adicionalmente, el organismo expresa recombinantemente por lo menos una enzima seleccionada entre la aldosa reductasa de cristalinos de rata, la glicerol deshidrogenasa y la metilglioxal sintasa de la E. coli.
7. El método de una cualquiera de las Reivindicaciones 1 a 4, en el que la diol deshidratasa vecina es glicerol deshidratasa.
8. El método de la Reivindicación 7, en el que el organismo también expresa enzimas seleccionadas entre la glicerol-3-fosfatasa y la glicerol-3-fosfato deshidrogenasa.
9. El método de la Reivindicación 7 u 8, en el que el organismo coexpresa recombinantemente las enzimas de la dihidroxiacetona fosfato deshidrogenasa y de la glicerol-3-fosfatasa.
10. El método de la Reivindicación 9, en el que la enzima dihidroxiacetona fosfato deshidrogenasa es DAR1 y/o la enzima glicerol-3-fosfatasa es GPP2.
11. El método de la Reivindicación 9 ó 10, en el que los genes recombinantes que codifican las enzimas dihidroxiacetona fosfato deshidrogenasa y glicerol-3-fosfatasa están ambos integrados cromosomalmente.
12. El método de una cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en el que el organismo también expresa la enzima 1,3-propanodiol oxidorreductasa.
13. El método de una cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en el que, adicionalmente, el organismo expresa recombinantemente por lo menos una enzima seleccionada entre acil-CoA transferasa, acil-CoA sintetasa, \beta-cetotiolasa, acetoacil-CoA reductasa, y PHA sintasa.
14. El método de una cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en el que los dioles se seleccionan entre 1,2-propanodiol, 1,3-propanodiol y glicerol.
15. El método de una cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en el que los dioles son convertidos en monómeros seleccionados entre monómeros de 3-hidroxipropionato o 3-hidroxivalerato.
16. El método de una cualquiera de las reivindicaciones precedentes que comprende además la adición de la coenzima B-12, o su precursor, al cultivo.
17. El método de la Reivindicación 16, en el que la coenzima B-12, o su precursor, se adiciona al cultivo a una concentración de hasta 1 \muM.
18. El método de la Reivindicación 16, en el que la coenzima B-12, o su precursor, se adiciona al cultivo en una concentración hasta 20 nM.
19. Un organismo no humano diseñado por ingeniería genética como queda definido en cualquiera de las Reivindicaciones de 1 a 13.
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