JP2008512500A - ウィルス遺伝子発現を効率的に阻害する低分子干渉rnaおよびその使用方法 - Google Patents
ウィルス遺伝子発現を効率的に阻害する低分子干渉rnaおよびその使用方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2008512500A JP2008512500A JP2007531467A JP2007531467A JP2008512500A JP 2008512500 A JP2008512500 A JP 2008512500A JP 2007531467 A JP2007531467 A JP 2007531467A JP 2007531467 A JP2007531467 A JP 2007531467A JP 2008512500 A JP2008512500 A JP 2008512500A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- shrna
- sequence
- interfering rna
- small interfering
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
- C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/11—Antisense
- C12N2310/111—Antisense spanning the whole gene, or a large part of it
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/50—Physical structure
- C12N2310/53—Physical structure partially self-complementary or closed
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/24011—Flaviviridae
- C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/36011—Togaviridae
- C12N2770/36111—Alphavirus, e.g. Sindbis virus, VEE, EEE, WEE, Semliki
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Virology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
Description
本発明は、低分子干渉RNA(shRNAおよびsiRNA)を用いた、例えばC型肝炎IRESを介した遺伝子発現などのウィルス遺伝子発現の阻害に関する。
本出願は、米国特許法§119において、全体として参照により本明細書に組み入れられる、2004年9月10日に出願された、米国特許仮出願第60/608,574号の恩典を主張する。
本発明は、部分的に、National Institutes of Healthからのグラント第5R43AI056611号によって支援された仕事の間になされた。政府は、本発明における特定の権利を有し得る。
C型肝炎ウィルス(HCV)感染の処置および予防は、この世界的な健康問題を制御することに対する主要な難問である;既存の治療は、部分的にのみ効果的であり、ワクチンは現在利用できない。C型肝炎(HCV)ウィルスは、世界的に1億7千万人よりも多くに感染し、肝臓移植の主な原因である。リバビリンおよびPEG化(pegylated)インターフェロンアルファを含む既存の処置は、患者のおよそ50%においてのみ効果的であり、かつ実質的な副作用を有する。より効果的なHCV処置の開発は、良い小動物モデルの欠如、組織培養細胞におけるウィルスの安定培養の不可能性、および高いウィルス突然変異率によって妨げられる[1-3](非特許文献1〜3)。HCVレプリコンシステムの利用可能性は、HCV複製、宿主-細胞相互作用、および抗ウィルス剤の評価の調査を可能にし、より最近では、完全HCV感染を可能にするトランスジェニックキメラヒト化マウス肝臓モデルが開発された[4-7](非特許文献4〜7)。さらに、HCV IRES依存性レポーターシステムのインビボイメージングの使用は、同じ動物を使用して複数の時点にわたるマウス肝臓における抗HCV剤による送達および阻害の効率的な評価を容易にした[8](非特許文献8)。
本発明は、ウィルスにおけるIRESを介した遺伝子発現の阻害に対する方法、組成物、およびキットを提供する。
本発明は、ウィルス遺伝子発現を阻害するおよび/または哺乳類におけるウィルス感染を処置するための組成物、方法、およびキットを提供する。
本発明は、ウィルスを、ウィルスのポリヌクレオチド配列と少なくとも部分的に相補的でかつ相互作用することが可能である配列を含む本明細書において記載されるようなshRNAまたはsiRNAなどの低分子干渉RNAと接触させることを含む、ウィルスにおける遺伝子発現を阻害する方法を提供する。いくつかの態様において、ウィルスを接触させることは、低分子干渉RNAをウィルスを含む細胞、すなわちウィルス感染細胞に導入することを含む。本明細書において使用されるような「遺伝子発現を阻害すること」は、ウィルスの少なくとも一つの遺伝子の発現の軽減(すなわち、レベルにおける減少)または排除を指す。いくつかの態様において、遺伝子発現の阻害は、低分子干渉RNAが結合するウィルス標的配列の開裂によって遂行される。
本発明は、本明細書において記載されるような少なくとも一つの低分子干渉RNAを含む、ウィルス遺伝子発現を阻害するおよび/または哺乳類におけるウィルス感染を処置するための組成物を提供する。本発明の組成物は、本明細書において記載されるような、二つ以上の低分子干渉RNAを含み得る。本発明に従って、例えばshRNAまたはsiRNAなどの低分子干渉RNAは、約19〜約30ヌクレオチドのウィルスポリヌクレオチド配列と実質的に相補的である配列を含み、ウィルスのポリヌクレオチド配列との低分子干渉RNAの実質的に相補的な配列の相互作用が、例えばウィルスポリヌクレオチド配列の開裂によってウィルス遺伝子発現を阻害する。
本発明は、本明細書において記載されるような低分子干渉RNAを含むキットを提供する。いくつかの態様において、キットは、本明細書において記載されるウィルス遺伝子発現を阻害するための方法および/または哺乳類におけるウィルス感染の処置のための方法に用いられる説明書も含む。説明書は、印刷された形式、またはフロッピーディスク、CD、もしくはDVDなどの電子媒体の形式、またはそのような説明書が獲得され得るウェブサイトアドレスの形式で提供され得る。
実施例1. shRNA発現カセット、T7転写反応、およびレポーター遺伝子アッセイのデザインおよび構築
化学的合成オリゴヌクレオチドは、IDT(Coralville, IA)から獲得され、RNA分解酵素-およびピロゲン-フリー水(Biowhittaker)に懸濁され、以下に記載されるようにアニーリングされた。shRNAを作るための以下のオリゴヌクレオチドペアは、T7プロモーターエレメント(二重下線部)、センスおよびアンチセンスHCV IRES配列、ならびにmiR-23マイクロRNAループ構造(細胞質局在を促進すると報告されている[21, 22])を含む。
T7-HCVa-wt fw:
T7-HCVa-wt rev:
(T7プロモーター配列、二重下線部)。HCVa-mut shRNAに対するT7転写産物は、ヌクレオチド変化(G→CおよびC→G)が一重下線部残基における合成オリゴヌクレオチドへ組み入れられたこと以外は、同一であった。
オリゴヌクレオチドペアは、RNAポリメラーゼバッファー(例えば、120μlの各々の60μl 5×アニーリングバッファー(Promega; 1×=10 mM Tris-HCl(pH 7.5)、50 mM NaCl)における100μMオリゴヌクレオチド)において2分間95℃で一緒にインキュベートされ、40℃未満まで1時間にわたってゆっくりと冷却(アニーリング)された。オリゴヌクレオチドは、Bbs1/BamH1-分解pCRII-U6プラスミド(Bbs1およびBamH1認識部位または突出は、オリゴヌクレオチド配列において下線を引かれる)への迅速なクローニングに対して4-塩基突出を提供するようにデザインされた。pCRII-U6 pol III発現プラスミドは、TAクローニングキット(Invitrogen)を使用して、pCRIIベクター(Invitrogen)へ、プライマーならびに
[23]を使用してヒトHT-1080ゲノムDNAから獲得されたPCR産物をサブクローン化することによって調製された。アニーリングされたオリゴヌクレオチド(HCV IRES shRNAをコードする)からなるカセットは、Bbs1/BamH1-分解pCRII-U6プラスミドへライゲーションされた。発現shRNAは、細胞質局在を促進するためのmiR-23マイクロRNAループ構造を含む[21, 22]。最終pCRII-U6構築物は、シークエンシングによって確認された。使用されたプライマーペアは、
であった。下線部残基における適当な配列変化を含むオリゴヌクレオチド(上記を参照されたい)は、図1Bにおいて示されかつ上に記載されるように、pCRII-U6/HCVa-mut(二重突然変異)、HCVsnp1(5'側における単一の変化)、およびHCVsnp2(3'端における単一の変化)を生成するために使用された。コントロールpCRII-U6/229は、以下のオリゴヌクレオチドを使用して、同様の方式で調製された。
オリゴヌクレオチドペアは、RNAポリメラーゼバッファー(120μlの各々の60μl 5×転写バッファー(Promega)における100μMオリゴヌクレオチド)において2分間95℃でインキュベートされ、40℃未満まで1時間にわたってゆっくりと冷却(アニーリング)された。shRNAは、AmpliScribe T7 Flash転写キット(Epicentre Technologies)を使用して、5μMの結果として生じたアニーリングされたdsDNA鋳型から4時間42℃で転写され、その後、防腐剤を除去するためにリン酸緩衝生理食塩水(PBS)で3回徹底的に洗浄されたゲル濾過スピンカラム(Microspin G-50, Amersham Biosciences)上での精製が続いた。
siRNAは、RNAのアニーリング化学合成(Dharmacon)相補鎖によって調製され、各々は、適当な認識配列プラス3'端上の(突出)UU延長を含んだ。
ヒト293FT(Invitrogen)およびHuh7細胞(ATCC)は、2 mM L-グルタミンおよび1 mMピルビン酸ナトリウムで補足された、10%ウシ胎仔血清(HyClone)をともなうDMEM(Biowhittaker)において維持された。トランスフェクションの前日に、細胞は24ウェルプレートに1.7×105 細胞/ウェルで播種され、トランスフェクションの時間において〜80%の細胞コンフルエンシーを引き起こした。細胞は、製造業者の説明書に従って、Lipofectamine 2000(Invitrogen)を用いてトランスフェクションされた。阻害実験に対して、293FTまたはHuh7細胞は、40 ng pCDNA3/HCV IRESデュアルルシフェラーゼ(レニラおよびホタル)レポーター構築物、50 ng pSEAP2-コントロールプラスミド(BD Biosciences Clontech、トランスフェクションコントロールとして)、および示される量のT7生成shRNA(典型的な量1 pmole)またはpCRII-U6 shRNA発現構築物(710 ng)でコトランスフェクション(3回)された。補償pUC18プラスミドが、トランスフェクション混合に添加され、トランスフェクションあたり800 ng総核酸の最終濃度を与えた。48時間後、上清が除去され、15〜30分間65℃で加熱され、5〜10μlの上清が、150μl p-ニトロフェニルリン酸液体基質システム(pNPP、Sigma)に添加された。室温での30〜60分インキュベーションの後、試料は、Molecular Devices Thermomaxマイクロプレートリーダー上で読まれ(405 nm)、かつSOFTmaxソフトウェア(Molecular Devices)を使用して定量された。残った細胞は溶解され、Dual-Luciferase Reporterアッセイシステム(Promega)およびMicroLumat LB 96 P ルミノメーター(Berthold)を使用してルシフェラーゼ活性が測定された。
6週齢メスBalb/cマウスは、Stanford Universityの動物施設から獲得された。動物は、NIH Guidelines for Animal CareおよびGuidelines of Stanford Universityに従って処置された。
水圧尾静脈注入は、RNasinの省略を含むわずかな改変をともなって、McCaffreyおよび同僚によって記載されるように行なわれた[24]。阻害剤(RNAまたはプラスミド)を含む総体積1.8 mlのリン酸緩衝生理食塩水、10μgのpHCV Dual Lucプラスミド、および2μg pSEAP2-コントロールプラスミド(BD Biosciences Clontech、SV40早期プロモーターを含む)が、〜5秒にわたってマウス尾静脈へ間断なく注入された(群あたりN=4〜6動物)。示された時間において、100μlの30 mg/mlルシフェリンが、腹腔内に注入された。注入の10分後、生きた麻酔されたマウスは、IVIS7イメージングシステム(Xenogen Corp., Alameda, CA)を使用して解析され、結果として生じた光放出データは、LivingImageソフトウェア(Xenogen)を使用して定量された。生の値は、分あたりの相対検出光として報告され、各々の群(N=4〜5動物)に対する標準誤差が示される。
5日目に、マウスは、目の後眼窩静脈を介して出血させられた。血清は、マイクロ遠心によって血液細胞から分離され、内因性アルカリリン酸塩を不活性化するために30分間65℃で加熱され、5〜10μlの血清が、150μl pNPP液体基質システムに添加された(上記を参照されたい)。室温での30〜60分インキュベーションの後、試料は、上に記載されるように読まれ(405 nm)かつ定量された。
ヒト組織培養細胞におけるHCV IRESを介した遺伝子発現のshRNA阻害
この調査において、C型肝炎IRESの保存された領域を標的にするように実施例1におけるようにデザインされかつ構築された低分子干渉RNA(short interfering RNA)(shRNAおよびsiRNA)は、ヒト組織培養細胞におけるHCV IRESを介したレポーター発現を阻害するそれらの能力に対してテストされた。
マウスモデルシステムにおけるHCV IRESを介した遺伝子発現のshRNA阻害
標的遺伝子発現を阻害するHCV shRNAおよびHCV shRNA発現プラスミドの能力は、マウス肝臓へ核酸を送達するための水圧注入を使用して、マウスモデルシステムへと拡張された。図5は、pHCVデュアルLuc、pSEAP2、およびshRNA(shRNAまたはshRNAを発現するpol III発現ベクターのいずれかの質量に基づいて、標的に対して10倍過剰)を含む大体積のPBS(1.8 ml)を、マウスの尾静脈に注射した結果を示す(n=4〜5マウス)。図5Bにおいて示される時点において、ルシフェリンが腹腔内に注射され、マウスは、高解像度冷却CCDカメラでイメージングされた。(図5Aは、84時間の時点における各々のセット(セットあたり、4〜5マウス)から選ばれた代表的なマウスを示す。)テストされたすべての時点において、HCV shRNAは、shRNA阻害剤の代わりにpUC18を注射されたマウスと比較して、98(84時間の時点)〜94(48時間の時点)パーセント阻害の範囲で、ルシフェラーゼ発現を強固に阻害した。突然変異体(mut)またはコントロール(229)shRNAは、ほとんどまたは全く効果を有しなかった。おそらくDNAの欠損またはプロモーターサイレンシングにより[8]、ルシフェラーゼ活性が、時間とともに減少すること、およびデータが各々の時点内で標準化されることが留意されるべきである(上記の図5の説明を参照されたい)。
shRNAを使用したセムリキ森林熱ウィルス(SFV)の阻害
SFVは、より悪性のプラス鎖RNAウィルスに対するモデルシステムとして使用されている。SFV成長に対するRNAiの阻害性効果を検査するために、本発明者らは、4つのSFV遺伝子(nsp-1、nsp-2およびnsp-4、ならびにカプシド)およびnsp-4部位に対する一つのミスマッチコントロールを標的にするshRNAを生成し、U6プロモーターからそれらを発現させ、かつeGFPレポーター遺伝子を発現する複製能の高いSFV株SFV-A7のバージョンであるSFV-A7-EGFPの増殖を阻害するそれらの能力をテストした[49]。SFV-GFP複製の控えめな軽減(〜35%)は、nsp-1を標的にするshRNAで見られた(図7)が、nsp-2、nsp-4、もしくはカプシドコード領域、またはミスマッチsiRNAでは見られなかった(示されず)。
Claims (36)
- 低分子干渉RNAをウィルス含有細胞に導入する段階を含み、該低分子干渉RNAがウィルスのポリヌクレオチド配列と少なくとも部分的に相補的である配列を含み、該ウィルスのポリヌクレオチド配列との該低分子干渉RNAの少なくとも部分的に相補的な配列の相互作用がウィルスにおける遺伝子発現の阻害を引き起こす、ウィルスにおける遺伝子発現を阻害する方法。
- 低分子干渉RNAが、shRNAである、請求項1記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、siRNAである、請求項1記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、約19〜約30ヌクレオチドのウィルス配列を認識する、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
- ウィルスが、C型肝炎ウィルスである、請求項1記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、C型肝炎ウィルスの内部リボソームエントリー部位(IRES)配列内の配列と相互作用する、請求項5記載の方法。
- IRES配列が、配列番号:11において記載される配列を含む、請求項6記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、配列番号:26において記載される領域内の約19〜約30ヌクレオチドの配列を認識する、請求項7記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、shRNAである、請求項5〜8のいずれか一項記載の方法。
- shRNAが、配列番号:12、配列番号:17、配列番号:18、配列番号:27、配列番号:32、および配列番号:33からなる群より選択される配列を含む、請求項9記載の方法。
- shRNAが、配列番号:12において記載される配列を有する、請求項10記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、siRNAである、請求項5〜8のいずれか一項記載の方法。
- siRNAが、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、配列番号:24、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:32、および配列番号:33からなる群より選択される配列を含む、請求項12記載の方法。
- ウィルスのポリヌクレオチド配列と少なくとも部分的に相補的である配列を含む低分子干渉RNAの治療的有効量を含む組成物を哺乳類に投与する段階を含み、該ウィルスのポリヌクレオチド配列との該低分子干渉RNAの少なくとも部分的に相補的な配列の相互作用がウィルスにおける遺伝子発現の阻害を引き起こす、哺乳類におけるウィルス感染を処置する方法。
- 低分子干渉RNAが、shRNAである、請求項14記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、siRNAである、請求項14記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、約19〜約30ヌクレオチドのウィルス配列を認識する、請求項14〜16のいずれか一項記載の方法。
- 哺乳類がヒトであり、かつウィルス感染がC型肝炎ウィルスを含む、請求項14記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、C型肝炎ウィルスのIRES配列内のポリヌクレオチド配列と少なくとも部分的に相補的である配列を含む、請求項18記載の方法。
- IRES配列が、配列番号:11において記載される配列を含む、請求項19記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、配列番号:26において記載される領域内の約19〜約30ヌクレオチドの配列に結合し認識する、請求項20記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、shRNAである、請求項18〜21のいずれか一項記載の方法。
- shRNAが、配列番号:12、配列番号:17、配列番号:18、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、配列番号:24、および配列番号:25、配列番号:27、配列番号:32、および配列番号:33からなる群より選択される配列を含む、請求項22記載の方法。
- shRNAが、配列番号:12において記載される配列を有する、請求項23記載の方法。
- 低分子干渉RNAが、siRNAである、請求項18〜21のいずれか一項記載の方法。
- siRNAが、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、配列番号:24、および配列番号:25、配列番号:27、配列番号:32、および配列番号:33からなる群より選択される配列を含む、請求項25記載の方法。
- 配列番号:12、配列番号:17、配列番号:18、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、配列番号:24、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:32、および配列番号:33からなる群より選択される配列を含むshRNAを含む組成物。
- 配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、配列番号:24、配列番号:25、および配列番号:27、配列番号:32、および配列番号:33からなる群より選択される配列を含むsiRNAを含む組成物。
- 請求項27記載のshRNAおよび薬学的に許容される賦形剤を含む薬学的組成物。
- 請求項28記載のsiRNAおよび薬学的に許容される賦形剤を含む薬学的組成物。
- 請求項1、5〜8、14、および18〜21のいずれか一項記載の方法に用いられるshRNAおよび説明書を含むキット。
- shRNAが、配列番号:12、配列番号:17、配列番号:18、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、配列番号:24、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:32、および配列番号:33からなる群より選択される配列を含む、請求項31記載のキット。
- 請求項1、5〜8、14、および18〜21のいずれか一項記載の方法に用いられるsiRNAおよび説明書を含むキット。
- siRNAが、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、配列番号:24、配列番号:25、および配列番号:27、配列番号:32、および配列番号:33からなる群より選択される配列を含む、請求項33記載のキット。
- C型肝炎ウィルスが、遺伝型1aである、請求項18記載の方法。
- 哺乳類がヒトである、請求項14記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US60857404P | 2004-09-10 | 2004-09-10 | |
PCT/US2005/032768 WO2006031901A2 (en) | 2004-09-10 | 2005-09-12 | SMALL INTERFERING RNAs THAT EFFICIENTLY INHIBIT VIRAL GENE EXPRESSION AND METHODS OF USE THEREOF |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2012045015A Division JP2012136542A (ja) | 2004-09-10 | 2012-03-01 | ウィルス遺伝子発現を効率的に阻害する低分子干渉rnaおよびその使用方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2008512500A true JP2008512500A (ja) | 2008-04-24 |
Family
ID=36060681
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2007531467A Withdrawn JP2008512500A (ja) | 2004-09-10 | 2005-09-12 | ウィルス遺伝子発現を効率的に阻害する低分子干渉rnaおよびその使用方法 |
JP2012045015A Pending JP2012136542A (ja) | 2004-09-10 | 2012-03-01 | ウィルス遺伝子発現を効率的に阻害する低分子干渉rnaおよびその使用方法 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2012045015A Pending JP2012136542A (ja) | 2004-09-10 | 2012-03-01 | ウィルス遺伝子発現を効率的に阻害する低分子干渉rnaおよびその使用方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (4) | US20090170794A1 (ja) |
EP (1) | EP1793835A4 (ja) |
JP (2) | JP2008512500A (ja) |
IL (1) | IL190114A0 (ja) |
WO (1) | WO2006031901A2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008247818A (ja) * | 2007-03-30 | 2008-10-16 | Kyoto Univ | C型肝炎ウイルスの複製を制御するマイクロrna |
WO2013065791A1 (ja) * | 2011-11-02 | 2013-05-10 | 公立大学法人大阪市立大学 | 遺伝子発現抑制用二本鎖核酸分子 |
Families Citing this family (26)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1793835A4 (en) | 2004-09-10 | 2010-12-01 | Somagenics Inc | SMALL INTERFERING RNA EFFECTIVELY INHIBITING VIRAL GENE EXPRESSION AND METHODS OF USE THEREOF |
WO2007032794A2 (en) * | 2005-09-12 | 2007-03-22 | Somagenics Inc. | Inhibition of viral gene expression using small interfering rna |
US20090035861A1 (en) * | 2005-01-28 | 2009-02-05 | Hiroshi Takaku | RNAi Medicine Having No Adverse Effects |
US8227436B2 (en) * | 2007-01-16 | 2012-07-24 | University Of Queensland | Method of inducing an immune response |
PL2308514T3 (pl) | 2007-03-23 | 2013-11-29 | To Bbb Holding B V | Koniugaty do ukierunkowanego dostarczania leku poprzez barierę krew-mózg |
DK2279254T3 (en) | 2008-04-15 | 2017-09-18 | Protiva Biotherapeutics Inc | PRESENT UNKNOWN LIPID FORMS FOR NUCLEIC ACID ADMINISTRATION |
WO2010030396A2 (en) * | 2008-09-15 | 2010-03-18 | Stanford University | Novel shrna gene therapy for treatment of ischemic heart disease |
US8283460B2 (en) | 2008-10-15 | 2012-10-09 | Somagenics, Inc. | Short hairpin RNAs for inhibition of gene expression |
CN102325534B (zh) * | 2008-12-18 | 2016-02-17 | 戴瑟纳制药公司 | 延长的dicer酶底物和特异性抑制基因表达的方法 |
EP2443260A4 (en) * | 2009-06-19 | 2012-11-28 | Commw Scient Ind Res Org | VIRUS ASSAY |
ES2613498T3 (es) | 2009-07-01 | 2017-05-24 | Protiva Biotherapeutics Inc. | Nuevas formulaciones de lípidos para el suministro de agentes terapéuticos a tumores sólidos |
US8871730B2 (en) | 2009-07-13 | 2014-10-28 | Somagenics Inc. | Chemical modification of short small hairpin RNAs for inhibition of gene expression |
PL2561078T3 (pl) * | 2010-04-23 | 2019-02-28 | Cold Spring Harbor Laboratory | Nowe, strukturalnie zaprojektowane shRNA |
CA2818662C (en) | 2010-10-22 | 2021-07-06 | Sungkyunkwan University Foundation For Corporate Collaboration | Nucleic acid molecule inducing rna interference, and uses thereof |
US20120308642A1 (en) * | 2011-05-27 | 2012-12-06 | Xavier University Of Louisiana | Inhibiting hepatitis c viral replication with sirna combinations |
SG11201405157PA (en) | 2012-02-24 | 2014-10-30 | Protiva Biotherapeutics Inc | Trialkyl cationic lipids and methods of use thereof |
JP6139671B2 (ja) | 2012-05-22 | 2017-05-31 | オリックス ファーマシューティカルズ インコーポレイテッドOlix Pharmaceuticals Inc. | 細胞内貫通能を持ってrna干渉を誘導する核酸分子およびその用途 |
US10695548B1 (en) * | 2013-02-14 | 2020-06-30 | Transderm, Inc. | Gene silencing in skin using self-delivery siRNA delivered by a meso device |
JP6426268B2 (ja) * | 2014-04-04 | 2018-11-21 | バイオニア コーポレーションBioneer Corporation | 新規の二重らせんオリゴrnaおよびこれを含む線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物 |
JP7027311B2 (ja) | 2015-11-16 | 2022-03-01 | オリックス ファーマシューティカルズ,インコーポレーテッド | MyD88又はTLR3を標的とするRNA複合体を使用した加齢黄斑変性の治療 |
EP3411480A4 (en) | 2016-02-02 | 2020-01-22 | Olix Pharmaceuticals, Inc. | TREATMENT OF ATOPIC DERMATITIS AND ASTHMA USING RNA COMPLEXES THAT TARGETE IL4R, TRPA1, OR F2RL1 |
JP7003044B2 (ja) | 2016-02-02 | 2022-01-20 | オリックス ファーマシューティカルズ,インコーポレーテッド | Angpt2およびpdgfbを標的化するrna複合体を用いる血管新生関連疾患の処置 |
US10301628B2 (en) | 2016-04-11 | 2019-05-28 | Olix Pharmaceuticals, Inc. | Treatment of idiopathic pulmonary fibrosis using RNA complexes that target connective tissue growth factor |
KR101916652B1 (ko) | 2016-06-29 | 2018-11-08 | 올릭스 주식회사 | 작은 간섭 rna의 rna 간섭효과 증진용 화합물 및 이의 용도 |
US11591600B2 (en) | 2017-02-10 | 2023-02-28 | OliX Pharmaceuticals. Inc. | Long double-stranded RNA for RNA interference |
WO2023144798A1 (en) | 2022-01-31 | 2023-08-03 | Genevant Sciences Gmbh | Ionizable cationic lipids for lipid nanoparticles |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004305140A (ja) * | 2003-04-09 | 2004-11-04 | National Institute Of Advanced Industrial & Technology | C型肝炎ウイルスのタンパク質合成及び/又はc型肝炎ウイルスの複製を抑制することができる二本鎖オリゴヌクレオチド |
Family Cites Families (18)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6174868B1 (en) * | 1992-09-10 | 2001-01-16 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for treatment of hepatitis C virus-associated diseases |
JPH10503364A (ja) * | 1994-05-10 | 1998-03-31 | ザ ジェネラル ホスピタル コーポレーション | C型肝炎ウイルスのアンチセンス阻害 |
US20030228597A1 (en) * | 1998-04-13 | 2003-12-11 | Cowsert Lex M. | Identification of genetic targets for modulation by oligonucleotides and generation of oligonucleotides for gene modulation |
DE19956568A1 (de) | 1999-01-30 | 2000-08-17 | Roland Kreutzer | Verfahren und Medikament zur Hemmung der Expression eines vorgegebenen Gens |
HU230458B1 (hu) * | 2000-12-01 | 2016-07-28 | Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL) | Az RNS interferenciát közvetítő kis RNS molekulák |
EP1386004A4 (en) * | 2001-04-05 | 2005-02-16 | Ribozyme Pharm Inc | MODULATION OF GENE EXPRESSION ASSOCIATED WITH INFLAMMATORY PROLIFERATION AND GROWTH OF NEURITIES BY METHODS INVOLVING NUCLEIC ACID |
US20040209831A1 (en) * | 2002-02-20 | 2004-10-21 | Mcswiggen James | RNA interference mediated inhibition of hepatitis C virus (HCV) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA) |
US10590418B2 (en) | 2001-07-23 | 2020-03-17 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for RNAi mediated inhibition of gene expression in mammals |
CA2936534C (en) * | 2001-07-23 | 2021-01-26 | The Board Of Trustees Of Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for rnai mediated inhibition of gene expression in mammals |
US7294504B1 (en) * | 2001-12-27 | 2007-11-13 | Allele Biotechnology & Pharmaceuticals, Inc. | Methods and compositions for DNA mediated gene silencing |
AU2003219817B2 (en) * | 2002-02-20 | 2006-08-31 | Sirna Therapeutics, Inc. | RNA interference mediated inhibition of hepatitis C virus |
WO2004027030A2 (en) * | 2002-09-18 | 2004-04-01 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Efficient reduction of target rna’s by single- and double-stranded oligomeric compounds |
US7750144B2 (en) * | 2003-06-02 | 2010-07-06 | University Of Massachusetts | Methods and compositions for enhancing the efficacy and specificity of RNA silencing |
WO2005028646A1 (ja) * | 2003-09-22 | 2005-03-31 | Riken | 効率的なdna逆位反復構造の調製方法 |
US20050164210A1 (en) * | 2004-01-23 | 2005-07-28 | Vivek Mittal | Regulated polymerase III expression systems and related methods |
EP1793835A4 (en) | 2004-09-10 | 2010-12-01 | Somagenics Inc | SMALL INTERFERING RNA EFFECTIVELY INHIBITING VIRAL GENE EXPRESSION AND METHODS OF USE THEREOF |
US20060142228A1 (en) | 2004-12-23 | 2006-06-29 | Ambion, Inc. | Methods and compositions concerning siRNA's as mediators of RNA interference |
US8283460B2 (en) * | 2008-10-15 | 2012-10-09 | Somagenics, Inc. | Short hairpin RNAs for inhibition of gene expression |
-
2005
- 2005-09-12 EP EP05809901A patent/EP1793835A4/en not_active Withdrawn
- 2005-09-12 WO PCT/US2005/032768 patent/WO2006031901A2/en active Application Filing
- 2005-09-12 US US11/662,506 patent/US20090170794A1/en not_active Abandoned
- 2005-09-12 JP JP2007531467A patent/JP2008512500A/ja not_active Withdrawn
-
2006
- 2006-06-01 US US11/444,901 patent/US7902351B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2008
- 2008-03-11 IL IL190114A patent/IL190114A0/en unknown
-
2011
- 2011-03-02 US US13/039,100 patent/US8426380B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2012
- 2012-01-27 US US13/360,442 patent/US20120220033A1/en not_active Abandoned
- 2012-03-01 JP JP2012045015A patent/JP2012136542A/ja active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004305140A (ja) * | 2003-04-09 | 2004-11-04 | National Institute Of Advanced Industrial & Technology | C型肝炎ウイルスのタンパク質合成及び/又はc型肝炎ウイルスの複製を抑制することができる二本鎖オリゴヌクレオチド |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008247818A (ja) * | 2007-03-30 | 2008-10-16 | Kyoto Univ | C型肝炎ウイルスの複製を制御するマイクロrna |
WO2013065791A1 (ja) * | 2011-11-02 | 2013-05-10 | 公立大学法人大阪市立大学 | 遺伝子発現抑制用二本鎖核酸分子 |
JPWO2013065791A1 (ja) * | 2011-11-02 | 2015-04-02 | 公立大学法人大阪市立大学 | 遺伝子発現抑制用二本鎖核酸分子 |
US9593331B2 (en) | 2011-11-02 | 2017-03-14 | Osaka City University | Double-stranded nucleic acid molecule for gene expression control |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US7902351B2 (en) | 2011-03-08 |
IL190114A0 (en) | 2008-08-07 |
WO2006031901A3 (en) | 2006-09-08 |
US20070149470A1 (en) | 2007-06-28 |
US20110269816A1 (en) | 2011-11-03 |
WO2006031901A2 (en) | 2006-03-23 |
JP2012136542A (ja) | 2012-07-19 |
US20120220033A1 (en) | 2012-08-30 |
US8426380B2 (en) | 2013-04-23 |
EP1793835A2 (en) | 2007-06-13 |
EP1793835A4 (en) | 2010-12-01 |
US20090170794A1 (en) | 2009-07-02 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2012136542A (ja) | ウィルス遺伝子発現を効率的に阻害する低分子干渉rnaおよびその使用方法 | |
JP4763681B2 (ja) | RNAi作用媒介物の同時デリバリーのためのマルチプロモーター発現カセット | |
Lieber et al. | Elimination of hepatitis C virus RNA in infected human hepatocytes by adenovirus-mediated expression of ribozymes | |
Gallei et al. | RNA recombination in vivo in the absence of viral replication | |
Paek et al. | RNA-binding protein hnRNP D modulates internal ribosome entry site-dependent translation of hepatitis C virus RNA | |
Lee et al. | cis-acting RNA signals in the NS5B C-terminal coding sequence of the hepatitis C virus genome | |
EP1979480A2 (en) | Inhibition of viral gene expression using small interfering rna | |
Chevalier et al. | Inhibition of hepatitis C virus infection in cell culture by small interfering RNAs | |
Das et al. | A small yeast RNA blocks hepatitis C virus internal ribosome entry site (HCV IRES)-mediated translation and inhibits replication of a chimeric poliovirus under translational control of the HCV IRES element | |
Zekri et al. | Consensus siRNA for inhibition of HCV genotype-4 replication | |
KR100733186B1 (ko) | Hcv 유전자에 특이적인 작은 간섭 rna 및 그를유효성분으로 포함하는 c형 간염 치료제 | |
Das et al. | Inhibition of internal entry site (IRES)-mediated translation by a small yeast RNA: a novel strategy to block hepatitis C virus protein synthesis | |
Bhattacharyya et al. | An apical GAGA loop within 5’UTR of the coxsackievirus B3 RNA maintains structural organization of the IRES element required for efficient ribosome entry | |
Cheung et al. | Specific interaction of HeLa cell proteins with coxsackievirus B3 3′ UTR: La autoantigen binds the 3′ and 5′ UTR independently of the poly (A) tail | |
JP4228071B2 (ja) | C型肝炎ウイルスのタンパク質合成及び/又はc型肝炎ウイルスの複製を抑制することができる二本鎖オリゴヌクレオチド | |
WO2006090906A1 (ja) | RNAi耐性ウイルス株を克服する新手法 | |
Zhang et al. | Inhibition of viral replication by ribozyme: mutational analysis of the site and mechanism of antiviral activity | |
MX2008003504A (en) | Inhibition of viral gene expression using small interfering rna | |
Ding et al. | Stably silencing of CD81 expression by small interfering RNAs targeting 3'-NTR inhibits HCV infection | |
KR101384860B1 (ko) | 표적 물질 특이적으로 siRNA를 방출하는 RNA 간섭용 조성물 및 이를 이용한 HCV 관련 질환 치료용 조성물 | |
Kong et al. | Cytoplasmic Expression of mRNAs | |
JP2013223426A (ja) | Rrm2のアンタゴニストを有効成分として含有するc型肝炎治療剤 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20100825 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20101122 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20101130 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20110224 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20111109 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20120301 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20120302 |
|
A761 | Written withdrawal of application |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A761 Effective date: 20120403 |