本発明は、心血管障害の診断および処置のための方法および組成物を提供する。本明細書中で用いられる場合、心臓に関する障害、すなわち、「心血管疾患」または「心血管障害」は、心血管系(例えば、心臓、血管、および/または血液)に影響を与える、疾患または障害を包含する。心血管障害は、動脈圧力における不均等、心臓の機能不全、または(例えば、血栓による)血管の閉塞によって引き起こされ得る。心血管障害としては、例えば、以下のような障害が挙げられるがこれらに限定されない:動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、心肥大、虚血再灌流障害、再狭窄、動脈炎症、血管壁再構築、心室再構築、急速心室ペーシング、冠状微小塞栓症、頻脈、徐脈、圧力過剰負荷、大動脈屈曲、冠状動脈結紮、脈管心臓病、弁の疾患(カルシウム沈着、リウマチ性心疾患、心内膜炎、または人工弁の合併症によって引き起こされる弁の変性を包含するがこれらに限定されない);心房細動、長QT症候群(long−QT syndrome)、うっ血性心不全、洞房結節機能不全(sinus node dysfunction)、アンギナ、心不全、高血圧、心房細動、心房粗動、心膜疾患(心内膜液浸出および心膜炎を包含するがこれらに限定されない);心筋症(例えば、拡張型心筋症または特発性心筋症)、心筋梗塞、冠状動脈疾患、冠状動脈痙攣、虚血性疾患、不整脈、突然の心臓死、および心血管発生障害(例えば、動静脈先天異常、動静脈瘻、レーノー症候群、神経性胸郭出口症候群、カウザルギー/反射性交感神経性ジストロフィー、血管腫、動脈瘤、海綿状様血管腫、大動脈弁狭窄、心房中隔欠損症、房室管、大動脈の縮窄、エブスタイン異常、左心室発育不全症候群、大動脈弓の中断、僧帽弁逸脱、動脈管、開存性卵円孔、部分肺静脈還流異常、心室中隔欠損を伴う肺動脈弁閉鎖、心室中隔欠損を伴わない肺動脈弁閉鎖、胎児循環の存続、肺動脈弁狭窄、単心室、総肺静脈還流異常、大血管転位、三尖弁閉鎖、総動脈幹、心室中隔欠損)。心血管疾患または心血管障害はまた、内皮細胞障害を包含し得る。
本明細書中で用いられる場合、「内皮細胞障害」は、異常であるか、調節されていないか、もしくは望まれていない内皮細胞活性(例えば、増殖、移動、新脈管形成、もしくは血管新生);または細胞表面接着分子または新脈管形成に関連した遺伝子(例えば、TIE−2、FLTおよびFLK)の異常な発現によって特徴付けられる障害を包含する。内皮細胞障害としては、腫瘍形成、腫瘍転移、乾癬、糖尿病性網膜症、子宮内膜症、グレーヴズ病、虚血性疾患(例えば、アテローム性動脈硬化症)、および慢性炎症疾患(例えば、慢性関節リウマチ)が挙げられる。
心血管疾患にはまた、血栓症が挙げられ得る。血栓症は、以下から生じ得る:血小板機能不全(例えば、心筋梗塞、アンギナ、高血圧、脂質障害、真性糖尿病において見られる);脊髄形成異常症候群(myelodysplastic syndrome)骨髄増殖性症候群(myeloproliferative yndromes)(真性赤血球増加症および血小板血症(thombocythemia)を含む);血栓性血小板減少性紫斑病;HIV誘導性血小板障害(AIDS−血小板減少);ヘパリン誘導性血小板減少;血小板の凝集/脱顆粒を導く壁細胞の変化/相互作用、血管内皮細胞の活性化/損傷、単球/マクロファージの管外遊出および平滑筋細胞の増殖;自己免疫疾患(例えば、脈管炎、抗リン脂質症候群、全身性エリテマトーデスであるが、これらに限定されない);炎症性疾患(例えば、免疫活性化であるが、これに限定されない);移植片対宿主病;放射線誘導性凝固亢進;遺伝性(常染色体優性または常染色体劣性)(例えば、プロテインC/S、抗−トロンビンIII欠損、および第V因子Leiden変異を含む凝固因子経路が挙げられるが、これらに限定されない)、または後天性(例えば、自己免疫疾患、凝固因子の癌関連性調節不全および薬物誘導性調節不全が挙げられるが、これらに限定されない)のいずれかの凝固因子調節不全。
本明細書中で使用される場合、「処置」とは、疾患もしくは障害を有する患者、疾患もしくは障害の症状を有する患者、あるいは疾患もしくは障害への素因を有する患者へかその患者由来の単離された組織もしくは細胞へ、その疾患もしくは障害、その疾患もしくは障害の少なくとも1つの症状、または疾患もしくは障害への素因を治療、治癒、緩和、軽減、変更、矯正、改良、改善または影響する目的での、治療剤の適用または投与として規定される。「治療剤」としては、低分子、ペプチド、抗体、リボザイム、およびアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。代表的な分子が本明細書中に記載される。
本発明は少なくとも一部、核酸分子およびタンパク質分子(以下に記載される)が、心血管疾患状態において、正常な状態、すなわち心血管疾患でない状態におけるそれらの発現と比較して示差的に発現されるという知見に基づく。本発明の方法に従って同定される本発明の分子の調節因子は、アテローム性動脈硬化症および血栓症を含むがこれらに限定されない心血管疾患を調節(例えば、阻害、処置または予防)または診断するために用いられ得る。
「示差的発現」は、本明細書中で使用される場合、遺伝子の時間的発現パターンおよび/または組織発現パターンにおける定量的相違および定性的相違の両方を包含する。従って、示差的に発現される遺伝子は、その発現が、正常な状態 対 心血管疾患状態(例えば、実験的な心血管疾患系(例えば、アロテーム性動脈硬化症についての動物モデル))において活性化または不活化され得る。発現が、正常状態と心血管疾患状態とで、またはコントロール状態と実験状態とで異なる程度は、標準的な特徴付け技術(例えば、定量的PCR、ノーザン分析、サブトラクティブハイブリダイゼーション)を介して可視化されるに充分に大きいことのみを必要とする。示差的に発現される遺伝子の発現パターンは、心血管疾患(例えば、アテローム性動脈硬化症および/または血栓症)評価の予後判定評価もしくは診断評価の一部として用いられ得るか、または心血管疾患(例えば、アテローム性動脈硬化症および/または血栓症)の処置に有用な化合物を同定するための方法において用いられ得る。さらに、心血管疾患に関与する示差的に発現される遺伝子は、標的遺伝子発現のレベルまたは標的遺伝子産物の活性のレベルの調節が、心血管疾患状態(例えば、アテローム性動脈硬化症および/または血栓症)を治療、治癒、緩和、軽減、変更、矯正、改良、改善または影響するように作用するように、標的遺伝子を提示し得る。標的遺伝子の発現または標的遺伝子産物の活性を調節する化合物は、心血管疾患の処置において用いられ得る。本明細書中に記載される遺伝子は、心血管疾患に関して示差的に発現され得、そして/またはそれらの産物は、心血管疾患にとって重要な遺伝子産物と相互作用し得るが、これらの遺伝子はまた、さらなる心血管疾患細胞プロセスに重要な機構に関与し得る。
(発明の分子)
(遺伝子番号1722)
ヒト1722配列(配列番号1)(セリン/スレオニンプロテインキナーゼ(プロテインキナーゼCμまたはPKD)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約3742ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号1の核酸およそ236〜2974に位置し、912アミノ酸のタンパク質(配列番号2)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、1722 mRNAが、種々のヒト組織(膀胱、腎臓、卵巣、下垂体、および静脈を含む)において発現された。さらに、1722 mRNA発現は、培養平滑筋細胞、内皮細胞および正常ヒト動脈において、発現された。昇圧剤で3日間処理されたラットにおいて、1722 mRNAの発現は、ビヒクルで処理されたコントロールと比較して、大動脈においてアップレギュレートされた。自然発生高血圧ラットにおいて、年齢が一致するWistar Kyoto(WKY)正常血圧コントロールと比較して、15週齢の発作の傾向がある系統の大動脈において、1722 mRNAの有意なアップレギュレーション(3倍)が存在した。レニントランスジェニックラットにおいて、5週齢および15週齢の野生型Sprague−Dawleyコントロールと比較して、大動脈において1722 mRNAのダウンレギュレーションが存在した。
1722は、プロテインキナーゼCμまたはPKDとして公知である、セリン/スレオニンプロテインキナーゼである(Zugazaら、J Biol Chem,272(8),23952〜23960)。これは、ホルボール−エステル/DAGにより刺激されるプロテインキナーゼである。脈管シグナル伝達に関与することが公知の因子(アンジオテンシン、エンドセリン、およびバソプレッシンが挙げられる)は、1722を活性化し、他のキナーゼ(例えば、JNKおよびMAPK)の下流の活性化を引き起こす。抗酸化剤であるレスベラトロールは、1722の自己リン酸化を阻害することが公知である(Biochem Pharmacol.2001 Dec 15;62(12):1647〜51)。レスベラトロールは、心血管疾患において有益な効果を示す、赤ワイン中で見出される物質である。他の発現および調節のデータは、1722の阻害が、周知の血管収縮剤シグナル伝達カスケードを低減することによって、有益な効果をもたらすことを示す。1722 mRNAの発現は、高血圧状態において増強され、そして血圧維持に関与する関連組織(静脈、動脈、腎臓および骨格筋)において発現される。平滑筋、内皮細胞および正常ヒト動脈における1722 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、1722活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の1722ポリペプチドは、1722活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号10280)
ヒト10280配列(配列番号3)(タンパク質L−イソアスパルチルメチルトランスフェラーゼ(PIMT))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1599ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号3の核酸およそ74〜757に位置し、227アミノ酸のタンパク質(配列番号4)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、10280 mRNA発現が、脳において、インビトロで生成された巨核球において、そしてインビトロにおいて生成された赤血球において、高レベルで発現された。さらに、10280 mRNA発現は、冠状動脈疾患を有する患者の血小板および正常ボランティア由来の血小板において、高レベルで発現された。
タンパク質L−イソアスパルチルメチルトランスフェラーゼまたはPIMT(10280)は、脱アミド化されたアスパラギニル残基におけるイソアスパルチル部位のカルボキシメチル化を触媒する[PNAS.1987.84(9):2595〜2599]。この活性は、タンパク質の修復/分解において役割を果すことが示唆される[PNAS.1997.94;6132〜6137]。血小板活性化の重要な媒介因子であるカルモジュリンは、PIMTの標的である。研究によって、PIMTの阻害は、カルモジュリンの分解を増加することが示されている[JBC.2002.277(32):28972〜28980;JBC.1998.273(4);28516〜28523]。この文献および本発明者らの発現データに基づいて、10280の阻害およびその後のカルモジュリンの分解は、血栓促進(prothrombotic)刺激に対して反応性が低い血小板を生じる。従って、10280の阻害は、血小板反応性および血栓形成を阻害するための手段を提供する。脳、インビトロで生成された巨核球、およびインビトロにおいて生成された赤血球における、10280 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、10280活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(血栓症およびアテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これらに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の10280ポリペプチドは、10280活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号59917)
ヒト59917配列(配列番号5)(コリントランスポーター様タンパク質)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約4301ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号5の核酸およそ43〜2016に位置し、657アミノ酸のタンパク質(配列番号6)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、59917 mRNA発現が、インビトロで生成された局亜吸および脳において、非常に高レベルで発現された。59917 mRNA発現はまた、内皮細胞において発現された。59917 mRNAは、冠状動脈疾患を有する患者の血小板において検出され、そして正常ボランティア由来の血小板において、より低いレベルで検出された。
59917またはコリントランスポーター様タンパク質は、樹状細胞において発現されることが公知である[JI.2001.167.5795〜5804]。コリン輸送は、形質膜の重要な構成成分であるホスファチジルコリンの形成における重要な調節段階であると推定される。従って、コリン取り込みが、血小板の反応性のために必要である。活性化された血小板は、生理活性リン脂質を血漿中に放出し、血漿において、その生理活性リン脂質は、止血に対して負の影響を与える[JBC.2002.277(50):48737〜48744]。この文献および本発明者らのデータに基づいて、59917の阻害は、血小板の反応性を減少し、そして血栓形成を阻害する。インビトロで生成された巨核球および脳における59917 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、59917活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(血栓症およびアテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これらに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の59917ポリペプチドは、59917活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号85553)
ヒト85553配列(配列番号7)(炭酸脱水酵素としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約3564ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号7の核酸およそ52〜840に位置し、262アミノ酸のタンパク質(配列番号8)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、85553 mRNA発現が、インビトロで生成された巨核球および脳において高レベルで発現された。85553 mRNAはまた、腎臓、小腸および結腸において、より低レベルで発現された。85553 RNAは、冠状動脈疾患を有する患者の血小板および正常ボランティア由来の血小板において、検出された。
85553は、ヒト炭酸脱水酵素と60%同一である。ヒト炭酸脱水酵素の阻害は、血小板凝集の減少をもたらす[BBRC.1984.121(1):266〜70]。8553は、炭酸脱水酵素の触媒ドメインを含む。このことは、85553は、ヒト炭酸脱水酵素と類似して機能することを示す。85553 mRNAの非常に限定された発現プロファイルは、その機能的ドメインとともに、85553の阻害が、血小板反応性を減少し、そして血栓形成を阻害することを示唆する。インビトロで生成された巨核球および脳における85553 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、85553活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(血栓症およびアテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これらに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の85553ポリペプチドは、85553活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号10653)
ヒト10653配列(配列番号9)(トランスケトラーゼ(EC 2.2.1.1)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2106ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号9の核酸およそ71〜1942に位置し、623アミノ酸のタンパク質(配列番号10)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、10653 mRNA発現が、アフリカミドリサルの肝臓において、コレステロールによってダウンレギュレートされた(1.5分の1、P=0.05)。このことは、コレステロール合成に関与するコントロール遺伝子HMGCoAのダウンレギュレーションに相関する。10653 mRNA発現はまた、アポリポタンパク質E(ApoE)ノックアウトマウスに2ヶ月および6ヶ月コレステロールを供給することによって、肝臓においてダウンレギュレートされた(1.3分の1)。10653 mRNAはまた、脂質低下治療(ナイアシン、プロブコール、セリバスタチン、フェノフィブレート、コレスチラミン、およびゲムフィブロジルを含む)で処理されたマルモセットの肝臓においても、ダウンレギュレートされた。
10653は、トランスケトラーゼ(TKT)であり、これは、ペントースリン酸経路における酵素であり、そしてこれは、肝臓において最も活性である(Mol Cell Biochem,1999,201:57〜63)。トランスケトラーゼは、ヘキソース一リン酸分路と解糖経路との間での可逆的リンクとして役立ち、NADPHおよびリボース−5リン酸合成を調節する。NADPHは、脂肪酸およびステロイド合成のために重要であることが公知である。トランスケトラーゼハプロインサフィシェント(haploinsufficent)マウスは、身体の脂肪を減少させ、そして肝臓重量を減少した(Mol Cell Biol.2002,22:6142〜6147)。TKT +/−マウスは、正常な成長ホルモンレベルを有したが、レプチンレベルが減少した。
コレステロール供給による肝臓における10653 mRNA発現のダウンレギュレーションは、10653がコレステロールのためのNADPHおよびVLDL生成のためのトリグリセリドの合成における役割を果すことと一致する。さらに、10653の調節は、ApoCIIの調節を模倣し、このことは、10653が、トリグリセリドリッチな粒子の生成および/または代謝において役割を果すことを示す。10653の阻害は、肝臓によるVLDL合成を減少し、それにより、血漿のVLDLコレステロール、LDLコレステロールおよびトリグリセリドを減少する。肝臓における10653 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、10653活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(心不全が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の10653ポリペプチドは、10653活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号9235)
ヒト9235配列(配列番号11)(グルコサミン−フルクトース−6−リン酸アミドトランスフェラーゼ(GFAT))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約3082ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号11の核酸およそ123〜2168に位置し、681アミノ酸のタンパク質(配列番号12)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、9235 mRNA発現が、アフリカミドリザルの肝臓において、コレステロールによりダウンレギュレートされた(1.3分の1、p=0.09)。この調節は、コレステロール合成に関与する遺伝子であるHMGCoAレダクターゼの調節を模倣する。9235 mRNAはまた、アポリポタンパク質E(ApoE)ノックアウトマウスに2ヶ月および6ヶ月コレステロールを供給することによって、肝臓においてダウンレギュレートされた(1.8分の1)。このことは、コレステロール合成に関与するコントロール遺伝子HMGCoAのダウンレギュレーションに相関する。9235 mRNAは、ナイアシン(1.3倍)およびコレスチラミン(1.4倍)で処理されたマルモセットの肝臓において、アップレギュレートされた。
9235の阻害は、潜在的には、ヘキサミン経路の活性化の減少をもたらし、従って、血漿のLDL−Cレベルおよびトリグリセリドレベルを減少する。9325の阻害は、グリケーション媒介性LDL取り込み、および高脂血症の血管壁における泡沫細胞形成に対する保護をもたらす。肝臓における9235 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、9235活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(心不全が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の9235ポリペプチドは、9235活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号21668)
ヒト21668配列(配列番号13)(17β−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ7型(17HSD7))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1453ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号13の核酸およそ12〜1037に位置し、341アミノ酸のタンパク質(配列番号14)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、21668 mRNA発現が、高コレステロール食を供給したWake Forestサルおよび高コレステロール食を供給していないWake Forestサルの対にした肝臓サンプルにおいて、ダウンレギュレートされた(6対)。21668 mRNAは、コレステロール食に起因して、0.71分の1に低下することが見出された。セリバスタチンおよびコレスチラミン(コレステロール低下剤)で処理したマルモセットモデルにおいて、21668 mRNA発現の顕著な増加が存在した。HMG−CoAシンターゼもまた、セリバスタチン処理サルにおいて、非常に増加された。
ヒト17HSD7は、染色体10p11.2にマッピングされており、これは、高脂血症、肥満、および糖尿病についての感受性遺伝子座に近い。比較系統発生分析および分子モデリングに関して報告された研究は、コレステロール生成における21668または17HSD7の役割を示唆する。21668または17HSD7は、エルゴステロール(酵母におけるコレステロール等価物)生合成に関与する酵母3−ケトステロイドレダクターゼに対する有意な相同性を示す(Breitlingら、Mol.Cell.Endocrinol.2001 Jan 22;171(1〜2):199〜204)。ERG27は、チモステロンをチモステロール(コレステロールおよびエルゴステロールの前駆体)へと変換する。
17HSD 1型、3型および7型は、エストロンをエストラジオールへと触媒することを担い、1型が、主要酵素である。しかし、7型は、ジヒドロテストステロンの不活化に加えて、他の経路において重要な役割を果すと考えられる。21668または17HSD7は、肝臓(コレステロール合成の主要部位)において発現されるので、種々のマイクロアレイプロファイリング実験におけるその発現パターンが、他のコレステロール合成酵素と類似するので、そしてこれは、ERG27と有意に相同であるので、17HSD7は、コレステロール合成に対する代替経路に潜在的に関与し、その経路において、コレステロールケトン前駆体を、対応するアルコールへと変換する。肝臓における21668 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、21668活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(心不全が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の21668ポリペプチドは、21668活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号17794)
ヒト17794配列(配列番号15)(ピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼ3(PDK3))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1599ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号15の核酸およそ23〜1243に位置し、406アミノ酸のタンパク質(配列番号16)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、17794 mRNAが、ヒト組織における完全に制限された発現プロファイル(動脈、静脈、中枢神経系構造、卵巣、および下垂体における高発現を含む)を有した。さらに、17794 mRNAはまた、培養平滑筋細胞および内皮細胞において、発現された。ヒトの弱っている心臓において、弱っていないコントロールと比較して、17794 mRNAの有意なアップレギュレーションが存在した(t検定、p<0.05)。
17794は、ピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼ3(PDK3)として公知であり、これは、この酵素のミトコンドリアアイソフォームである(J Biol Chem,Bakerら、275:15773〜15781、2000)。この17794タンパク質は、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体(これは、ピルビン酸をアセチルCoAへと変換する)を阻害するように作用する。PDKアイソフォームの非特異的インヒビターであるジクロロアセテート(DCA)は、ラットおよびヒトの両方において、心機能を改善することが示されている(Am J Physiol Heart Circ Physiol,Taniguchiら、280;H1762〜1769、2001およびClin Sci(Lond)、Ludvikら、80;47〜51、1991)。具体的には、DCAは、ヒトにおける2回の静脈内ボーラス投与の後に、末梢血管の抵抗を減少した。肺動脈高血圧を有する患者において、経口DCAは、電位型カリウムチャネル発現(Kv)を回復することによって、より酸化された酸化還元状態を促進した(Adv Exp Med Biol,Michelakisら、502;401〜418、2001)。DCAより特異的かつ強力な阻害剤を用いて17794を阻害すると、血管で富化されたK+電流の増加を生じ、Ca2+流入の減少および血管拡張をもたらす。さらに、心機能の改善は、グルコース酸化の増加およびATP利用に起因する、弱った虚血性心筋を生じる。動脈、静脈、中枢神経系構造、卵巣および下垂体における17794 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、17794活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(心不全およびアテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これらに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の17794ポリペプチドは、17794活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号2210)
ヒト2210配列(配列番号17)(CaMKKβ1)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1767ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号17の核酸およそ1〜1767に位置し、588アミノ酸のタンパク質(配列番号18)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、2210 mRNA発現が、ヒトの動脈、静脈、HUVEC(ヒト臍静脈細胞)、骨格筋、および脳皮質において発現された。さらに、TaqMan分析は、2210 mRNA発現が、自然発生高血圧で発作の傾向がある(SHP−SP)ラットの大動脈が、老齢では、SHRおよび正常血圧Wistar Kyoto(WKY)と比較して、アップレギュレートされたことを示した。2210 mRNAの発現はまた、昇圧剤で3日間処理したラットの大動脈において、アップレギュレートされた。最後に、2210 mRNAは、弱っていない心臓と比較して弱ったヒト心臓において、および心不全のマウスモデル(老齢でのイソプロテレノール注入、大動脈バンド固定/圧力過剰負荷)において、アップレギュレートされた。
CaMKKβ1の阻害は、CaMKIおよびCaMKIV活性の減少およびこれらのキナーゼの下流シグナル伝達経路のブロックを介して、脈管緊張および心不全に対して有益な効果を有する。CaMKの公知の標的は、EC(アテローム性動脈硬化症および心筋梗塞の病理に関連する)におけるアルドステロンシンターゼ(RAS経路)およびCD40L、ならびにカルシウムの取扱いを調節する細胞タンパク質(L型Caチャネル、リアノジンレセプターなど)のような標的の生成を刺激する、転写因子(例えば、CREB)である。CaMKIおよびCaMKIVは、インビトロで心筋細胞における肥大性応答を誘導する。CaMKIVを過剰発現するマウスは、心肥大を発症し、左室拡張末期直径が増加し、短縮率が減少する。CaMKIVは、インビボで、肥大心臓における翻訳後機構を介して、転写因子MEF2を活性化する。ヒトの心臓、静脈、HUVEC(ヒト臍静脈細胞)、骨格筋および脳皮質における2210 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、2210活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(脈管緊張および心不全が挙げられるが、これらに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の2210ポリペプチドは、2210活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号6169)
ヒト6169配列(配列番号19)(ヒトER25としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1465ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号19の核酸およそ91〜972に位置し、293アミノ酸のタンパク質(配列番号20)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、6169 mRNA発現が、以下の組織:脳皮質、肝臓(線維症)、赤血球、肝臓、腎臓および脊髄神経節において,発現された。6169 mRNAはまた、アフリカミドリザルにおいて、コレステロール供給によって肝臓に置いてダウンレギュレートされ(1.3分の1、p=0.02)、アフリカミドリザルの食餌におけるポリ不飽和脂肪酸によって、肝臓においてダウンレギュレートされた(1.8分の1、p=0.001)。6169 mRNAの発現はまた、ヒト初代肝細胞におけるメバスタチン処理によってアップレギュレートされ(2.4倍)、そしてマルモセット肝臓においてセリバスタチンによってアップレギュレートされた(2.4倍)。
6169は、酵素分類番号を与えられていない。6169の活性は、示されていないが、酵母メチルステロールオキシダーゼ(ERG25)に対するその38%の同一性に基づいて、示唆された。文献におけるデータは、哺乳動物ステロールメチルオキシダーゼが存在するが、この活性は、6169とは関連付けられていない。本発明者らのデータは、6169と、哺乳動物脂質代謝との間の連結を提供する。サルおよびヒトにおける脂質代謝のいくつかのモデルにおける実験は、6169遺伝子発現が、脂質供給(コレステロールおよびポリ不飽和脂肪酸)に対して、および化学的阻害(メバスタチンおよびセリバスタチン)によるコレステロール減少に対しての両方に応答することを示した。まとめると、このデータは、6169が、霊長類における脂質代謝において役割を果すことを示す。酵母メチルステロールオキシダーゼに対するその相同性を考慮すると、6169は、潜在的には、コレステロール代謝において、およびFXRおよびLXRを介する脂質代謝に関与する遺伝子の発現を調節するオキシステロールの代謝において、直接的役割を果す。いくつかの脂質代謝モデルにおける6169 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、6169活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の6169ポリペプチドは、6169活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号10102)
ヒト10102配列(配列番号21)(ヒトミオ−イノシトール−1(または4)−モノホスファターゼ(EC 3.1.3.25)(IMPアーゼ)(イノシトールモノホスファターゼ)(リチウム感受性ミオ−イノシトールモノホスファターゼA1))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約897ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号21の核酸およそ37〜870に位置し、277アミノ酸のタンパク質(配列番号22)をコードする。
ヒト組織群を使用するTaqMan分析によって測定される場合、10102 mRNA発現が、試験した40個の組織および細胞のすべてにおいて全く普遍的に発現された。10102 mRNAは、多くの脂質低下薬物(ナイアシン、コレスチラミン、ゲムフィブロジル、プロブコール、およびセリバスタチンが挙げられる)によって、有意にアップレギュレートされた。
10102の酵素活性は、ホスファチジルイノシトールおよびポリホスホイノシチドの合成のために必要なイノシトールを生成する際に、役割を果たすことが示されている。脂質低下剤による10102の調節は、10102が、コレステロール/脂質レベルの減少に対抗するようにアップレギュレートされ得ることを示す。10102は、シグナル伝達において役割を果たすことが公知であるので、10102の活性は、潜在的には、細胞に対する脂質利用性の検知およびシグナル伝達において役割を果たす。10102の阻害は、細胞での脂質合成の減少をもたらし、従って、アテローム性動脈硬化症性疾患において有害な過剰な脂質についての処置を提供する。脂質低下剤による10102のアップレギュレーション、およびその機能的役割に起因して、10102活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の10102ポリペプチドは、10102活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号21061)
ヒト21061配列(配列番号23)(ヒト(homo sapiens)チャネルキナーゼ1)(CHAK1、LTRPC7またはTRP−PLIK)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約7280ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号23の核酸およそ214〜5871に位置し、1885アミノ酸のタンパク質(配列番号24)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、21061 mRNA発現が、高度に血管形成された組織(例えば、心臓、骨格筋、肝臓および腎臓)において主に発現された。21061 mRNA発現は、ヒト脈管細胞(例えば、冠動脈平滑筋細胞、および臍静脈内皮細胞)において、高度に発現された。静脈と比較して、動脈において高く発現する傾向が存在する。中枢神経系構造(皮質および脊髄を含む)において、21061 mRNAの高い発現が存在する。ラット大動脈において、21061 mRNAが、高レベルで発現され、そして種々の脈管緊張モデルにおいて調節された。具体的には、21061 mRNAは、トランスジェニックレニンラット大動脈において、野生型と比較してダウンレギュレートされ、そして正常血圧ラットにおいて、アンジオテンシン1レセプターのブロックによってアップレギュレートされた。
21061は、ヒトチャネルキナーゼ1(CHAK1、LTRPC7またはTRP−PLIK)であり、TRPM(メラスタチン様)ファミリーに属する。チャネルキナーゼは、新規なαキナーゼ(EF2キナーゼ)ドメインを含み、21061は、自己リン酸化によって、チャネル活性を調節する(Runnels 2001 Science 291 1043;Nadlerら、Nature 411 590〜595)。その注釈に基づいて、21061は、カルシウム媒介性細胞応答の作用において機能する可能性がある。脈管反応性におけるカルシウムシグナル伝達の十分に特徴付けられた役割、および21061 mRNAの発現パターンに基づいて、21061の阻害は、細胞内カルシウムレベルを減少し、そして血管拡張および血圧低下を促進する。高度に脈管形成された組織における21061 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、21061活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の21061ポリペプチドは、21061活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号17662)
ヒト17662配列(配列番号25)(卵黄形成カルボキシペプチダーゼ様タンパク質(CPVL))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1638ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号265の核酸およそ70〜1500に位置し、476アミノ酸のタンパク質(配列番号26)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、17662 mRNAが、種々のヒト組織において、主に、脈管形成された組織(例えば、動脈、静脈、心臓、腎臓および骨格筋)において発現された。さらに、17662 mRNA発現は、単核細胞、脾臓、および赤血球前駆細胞において、発現された。17662 mRNAはまた、アテローム性動脈硬化症性のヒト動脈において、コントロールサンプルと比較して有意にアップレギュレートされた(t検定、p<0.01)。培養ヒト単球およびマクロファージにおいて、17662 mRNAが、激しく発現された。弱ったヒト心室においてまた、弱っていない心臓と比較して、17662 mRNAのアップレギュレーションが存在した。
17662は、ヒトマクロファージからクローン化された卵黄形成カルボキシペプチダーゼ様タンパク質(CPVL)として公知(Mahoney JAら、Genomics 2001)である、セリンカルボキシペプチダーゼである。17662は、単球からマクロファージへの成熟の間に誘導されることが示された。本発明者らのデータは、17662 mRNAの過剰発現は、ヒト脈管疾患の重篤度と関係があることを示す。17662の潜在的役割は、冠状動脈疾患における炎症カスケードへの関与およびアテローム性動脈硬化症の進行の減少を包含する。脈管形成された組織における17662 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、17662活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の17662ポリペプチドは、17662活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号1468)
ヒト1468配列(配列番号27)(造血細胞キナーゼ(HCK))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2015ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号27の核酸およそ169〜1686に位置し、505アミノ酸のタンパク質(配列番号28)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、1468 mRNAが、種々のヒト組織(心臓、脾臓、扁桃、肺、骨格筋および視床下部を含む)において発現された。さらに、1468 mRNA発現は、マクロファージ、好中球、および赤血球前駆細胞において、発現された。1468 mRNAはまた、ヒトアテローム性動脈硬化症において、コントロール組織と比較して有意にアップレギュレートされた(t検定、p<0.05)。培養ヒト単球およびマクロファージにおいて、1468 mRNAは、高度に発現され、そして酸化型LDLによる脂質負荷およびアポリポタンパク質A1による脱負荷によって、調節された。この発現は、IL1−βレベルと高度に相関し、このことは、この1468が、炎症マーカーと同様の様式で調節されたことを示す。培養ヒト単球およびマクロファージにおいて、この1468 mRNAは、18時間のCD40リガンド刺激によって、アップレギュレートされた。
1468は、チロシンキナーゼのsrcファミリーのメンバーであり、造血細胞キナーゼ(HCK)(Scott,MPら、2002、J Biol Chem、277:28238〜28246)と呼ばれる。1468は、食菌作用および単球におけるレセプター媒介性シグナル伝達において、役割を果たすと記載されている。1468についてのいくつかの特異的基質としては、ヴィスコット−オールドリッチ症候群タンパク質(WASP)、WASP相互作用タンパク質(WIP)(Scott,MPら、2002、J.Biol.Chem.277:28238〜28246)、およびVAV(English BKら、1997、J Leukoc Biol,62(6):859〜64)が挙げられる。これらの基質は、アクチン細胞骨格の公知のレギュレーターであり、炎症刺激によって活性化される。sE−セレクチンによる1468キナーゼの刺激は、単球走化性を促進する(Kumar,P.ら、2001、J Biol Chem,276;21039〜21045)。この文献は、血管疾患において有害な役割を果たすことが公知である単球およびマクロファージの活性における1468の役割を示す。従って、1468の阻害は、アテローム性動脈硬化症性プラークへの単球動員の減少、および病巣サイズの減少をもたらす。種々の脈管組織における1468 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、1468活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の1468ポリペプチドは、1468活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号12282)
ヒト12282配列(配列番号29)(Toll様レセプター8)(TLR8)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約3367ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号29の核酸およそ152〜3331に位置し、1059アミノ酸のタンパク質(配列番号30)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、12282 mRNA発現が、マクロファージ、PBMC細胞、肺、脾臓、滑膜、およびリンパ節において観察された。12282 mRNA発現はまた、アテローム性動脈硬化症性ヒト動脈において、正常組織と比較してアップレギュレートされた(t検定、p<0.05)。培養ヒト単球において、高度に発現され、そして酸化型LDLによる脂質負荷およびアポリポタンパク質A1による脱負荷によって、調節された。この発現は、IL1−βレベルと高度に相関し、このことは、12282が、炎症マーカーと同様の様式で調節されたことを示す。12282 mRNAは、18時間のインターフェロンγ刺激の後で、培養ヒト単球およびマクロファージにおいてアップレギュレートされた。ApoEノックアウトモデルにおいて、12282 mRNAは、20週齢動物および26週齢動物における、より疾患が少ない腹部大動脈セグメントと比較した場合に、大動脈弓においてアップレギュレートされた。
12282は、Toll様レセプター8(TLR8)として公知である。Toll様レセプターは、種々の転写事象の活性化を介して、先天免疫を媒介することが公知である。TLR8は、より早く特徴付けられたTLRの多くとは、アテローム性動脈硬化症において発現されることが以前に示されていないという点で、似ていない。TLRは、炎症において誘導されることが公知である多くの転写因子(例えば、NF−κB、STAT、およびAP−1)に対して作用する(Lee,JYら、2003、J Lipid Res,44:479〜486)。n−3ポリ不飽和脂肪酸によるこれらのレセプターの阻害は、有益であること、およびシクロオキシゲナーゼ2の発現を減少することが、示されている(Lee,JYら、2003、J Lipid Res,44:479〜486)。従って、酸化型脂質による12282の特異的調節および疾患脈管におけるその発現パターンは、12282は、アテローム性動脈硬化症の新規な阻害標的として同定する。ヒト動脈における12282 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、12282活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の12282ポリペプチドは、12282活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号6350)
ヒト6350配列(配列番号31)(カルボキシペプチダーゼM)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2085ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号31の核酸およそ76〜1407に位置し、443アミノ酸のタンパク質(配列番号32)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、6350 mRNAが、広範な範囲のヒト組織(主に、腎臓、脂肪組織、乳房、慢性閉塞性肺疾患を有する肺、血管腫、脳皮質、および視床下部を含む)において発現された。さらに、6350 mRNAは、動脈および静脈において、発現された。6350 mRNAはまた、アテローム性動脈硬化症性ヒト動脈において、正常組織と比較して非常に有意にアップレギュレートされた(t検定、p=0.0001)。培養ヒト単球において、6350は、酸化型LDLによる脂質負荷およびアポリポタンパク質A1による脱負荷によって、調節された。6350 mRNAはまた、中程度に酸化されアセチル化されたLDLの刺激によって、単球およびマクロファージの両方において調節された。6350 mRNAはまた、18時間のCD40リガンド刺激の後で、培養ヒトマクロファージにおいてアップレギュレートされた。
6350は、アルギニン/リジンカルボキシペプチダーゼである、膜結合型のカルボキシペプチダーゼMとして公知である(Skidgel,RAら、1989、J Biol Chem、264:2236〜2241)。6350の酵素機能としては、ペプチドホルモン(例えば、アナフィラトキシンおよびエンケファリン)をi)活性化またはii)不活化のいずれかをすることが挙げられる。6350の特異的基質の1つは、ブラジキニンである。ブラジキニンに対するカルボキシペプチダーゼMの作用は、des−Arg9−ブラジキニンの形成を引き起こす。このdes−Arg9−ブラジキニンは、B1レセプターサブタイプに対して作用する。B1レセプターの刺激は、炎症応答および脈管緊張の増加を引き起こすことが公知である。従って、6350の阻害は、ブラジキニンを構成する方向へのキニン反応のシフト、ならびに脈管拡張および酸化窒素形成を促進するB2レセプターに対する作用を生じ、これらは両方ともに、心血管疾患において有益であり得る。ヒト動脈における6350 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、6350活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(血管拡張が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の6350ポリペプチドは、6350活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号9035)
ヒト9035配列(配列番号33)(CD38)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1408ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号33の核酸およそ104〜1006に位置し、300アミノ酸のタンパク質(配列番号34)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、9035 mRNAが、種々のヒト組織(骨格筋、前立腺、扁桃、リンパ節、脾臓、脳皮質、および視床下部を含む)において発現された。さらに、9035 mRNAは、マクロファージおよび好中球において発現された。9035 mRNAは、アテローム性動脈硬化症性ヒト動脈において、正常組織と比較して有意にアップレギュレートされた(t検定、p<0.01)。培養ヒト単球において、9035は、酸化型LDLによる脂質負荷およびアポリポタンパク質A1による脱負荷によって、調節された。6350 mRNAは、18時間のインターフェロンγ刺激の後で、培養ヒト単球およびマクロファージにおいてアップレギュレートされた。ApoEノックアウトモデルにおいて、9035 mRNAは、動脈弓において、より疾患が少ない腹部動脈セグメントと比較して、劇的にアップレギュレートされた。
9035は、CD38として公知であり、これは、表面レセプターとして作用し、そしてNAD+をADPリボースへと変化する酵素活性を有する(Deaglio,Sら、2001、Leuk Res,25:1〜12)。CD38は、そのリガンドである内皮細胞上のCD31と弱く相互作用し、細胞−細胞接触を促進するように作用する。CD38により媒介される酵素反応からの最終産物(すなわち、サイクリックADPリボース)は、カルシウム放出を引き起こす周知のセカンドメッセンジャーである(Barone Fら、2002 FASEB Journal 16:697〜705)。細胞内カルシウムの変化は、接着分子の発現に対する一定範囲の毒性効果を、カルシウム依存性酵素の活性化から生じる。CD38の酵素機能およびシグナル伝達機能は、最も早い内皮細胞への単球およびリンパ球接着の事象から、単球およびマクロファージの活性化、および毒性炎症分子の生成までの、脈管壁のアテローム性動脈硬化症における疾患プロセスの主要な側面である。従って、9035の阻害は、単球接着の減少、および損傷脈管内皮への管外遊出、ならびにマクロファージおよび単球中のカルシム流入の減少を生じる。高度に脈管形成された組織における9035 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、9035活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の9035ポリペプチドは、9035活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号1820)
ヒト1820配列(配列番号35)(肥満細胞カイメース)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約769ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号35の核酸およそ16〜759に位置し、247アミノ酸のタンパク質(配列番号36)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、1820 mRNAが、脳、肥満細胞、およびインビトロで生成された巨核球において、最高レベルで発現された。1820 mRNAは、冠状動脈疾患を有する患者の血小板および正常ボランティア由来の血小板において、検出された。
肥満細胞カイメースは、巨核球/血小板生成物として以前には同定されていない。巨核球および血小板において見出される高レベルの1820 mRNAは、可溶性顆粒タンパク質である1820が、血小板脱顆粒の後に血餅形成を調節することを示す。従って、1820の阻害は、血小板が豊富な血栓の形成を調節するための手段を提供する。冠状動脈疾患を有する患者におけるにおける1820 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、1820活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(血栓症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の1820ポリペプチドは、1820活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号23652)
ヒト23652配列(配列番号37)(N−アセチルトランスフェラーゼ−6(NAT−6))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1727ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号37の核酸およそ212〜1072に位置し、286アミノ酸のタンパク質(配列番号38)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、23652 mRNAが、脳、インビトロで生成された巨核球、および内皮細胞培養物において発現された。23652 mRNAはまた、腎臓および心臓においても発現されたが、より低レベルであった。23652 mRNAは、冠状動脈疾患を有する患者の血小板および正常ボランティア由来の血小板において、検出された。
のダウンレギュレーションが存在した。
N−アセチルトランスフェラーゼ1および2は、肺癌に関係付けられているが、NAT−6または23652の機能は、以前には確認されていない。巨核球および血小板において見出される高レベルの23652 mRNAは、23652が、顆粒タンパク質の翻訳後修飾において役割を果たすことを示す。従って、23652は、血小板−顆粒媒介性血栓形成を阻害するための手段を提供する。冠状動脈疾患を有する患者における23652 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、23652活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(血栓症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の23652ポリペプチドは、23652活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号7301)
ヒト7301配列(配列番号39)(アドメット(Adomet)シンセターゼとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約3386ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号39の核酸およそ223〜1410に位置し、395アミノ酸のタンパク質(配列番号40)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、7301 mRNA発現が、脂質低下治療(例えば、ナイアシン、プロブコール、フェノフィブレート、ゲムフィブロジル、およびセリバスタチン)で処理されたマルモセットの肝臓において、ダウンレギュレートされた。7301 mRNAはまた、シプロフィブレートでの処理の間に、マウスの肝臓においてダウンレギュレートされた。
7301は、メチオニンおよびアデノシンをアドメット(Adomet)へと変換するタンパク質である、アドメット(Adomet)シンセターゼである。脂質低下治療による7301の増加および他の公知の遺伝子の増加は、肝臓におけるアドメット(Adomet)レベルの減少を引き起こす。アドメット(Adomet)は、肝臓における代謝センサーであり、それにより、肝臓において、代謝状態または修復状態のいずれかへと移動するようにシグナル伝達するアドメット(Adomet)のレベルを引き起こす。修復状態(例えば、肝切除による肝臓損傷後)の場合、肝臓は、超低密度リポタンパク質(VLDL)粒子の分泌を減少する。従って、7301の部分的阻害は、肝臓を、修復モードへと方向付け、そしてVLDL分泌の減少を生じる。このことは、高脂血症およびアテローム性動脈硬化症の処置のために有益である。種々の脂質モデルにおける7301 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、7301活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の7301ポリペプチドは、7301活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号8925)
ヒト8925配列(配列番号41)(アルデヒドオキシダーゼ(AO)(EC 1.2.3.1))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約4170ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号41の核酸およそ101〜4117に位置し、1338アミノ酸のタンパク質(配列番号42)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、8925 mRNAが、脂質低下治療(例えば、ナイアシン、コレスチラミン、およびセリバスタチン)で処理されたマルモセットの肝臓において、アップレギュレートされた。8925 mRNAは、試験した40種を超える組織および細胞のうち、肝臓および副腎においてのみ、発現された。
8925は、キサンチンオキシダーゼ、ならびに最近、同定されたマウスアルデヒドオキシダーゼホモログ1、2、および3を含むファミリーである、モリブド−フラボ酵素(MFE)に属するアルデヒドオキシダーゼ(AO)である。モリブデンは、生理活性補因子(MoCo)として作用する。8925またはAOは、−CH=N−化学機能(フタラジンおよびプリン)を含む芳香族アザヘテロ環、芳香族もしくは非芳香族の荷電アザヘテロ環(N1−メチルニコチンアミドおよびN−メチルフタラジニウム)、またはアルデヒド(例えば、ベンズアルデヒド、レチナールおよびバニリン)を、酸化する。脂質低下治療によるAOのアップレギュレーションを考慮すると、8925またはAOは、部分的には、VLDL合成を刺激する化合物の生成において役割を果たす。例えば、AOは、RXRおよびRARのような核ホルモンレセプターのリガンドであるレチノイン酸へと、レチナールを変換し得る。これらのレセプターは、他の核ホルモンレセプター(例えば、LXRおよびPXR)とヘテロダイマーを形成する。形成されたヘテロダイマーは、脂質合成および脂質代謝に関与する遺伝子の発現を調節し得る。従って、8925のインヒビターは、肝臓における脂質関連核モルホンのレベルを減少し、脂質合成遺伝子の発現に影響を与える。種々の脂質代謝モデルにおける8925 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、8925活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の8925ポリペプチドは、8925活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号8701)
ヒト8701配列(配列番号43)(アルコールデヒドロゲナーゼ(ADHFe1))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1981ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号43の核酸およそ15〜1418に位置し、467アミノ酸のタンパク質(配列番号44)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、8701 mRNAが、脂質低下治療(例えば、MTPインヒビター、コレスチラミン、ゲムフィブロジル、フェノフィブレート、およびセリバスタチン)で処理されたマルモセットのレベルにおいて、アップレギュレートされた。
8701は、NAD(P)を補因子として使用してアルコールからアルデヒドへの可逆的酸化を引き起こす、アルコールデヒドロゲナーゼ(ADHFe1)である。アルコール摂取が、HDLコレステロールおよび血漿ApoAIを増加することが、十分に確立されている(例えば、J Lipid Res 2001、42:2077〜83:Alcohol Clin Exp Res 2002、26:1430〜5)。遅く酸化する形態の別のアルコールデヒドロゲナーゼ(ADH3)についてホモ接合型である中程度の飲酒者は、より高いHDLレベルおよび実質的に減少した心筋梗塞のリスクを有することが示されている(N Engl J Med 2001、344:549〜555)。この防御が生じる機構は、未知である。8701は、脂質低下治療によって高度に調節されるので、8701の阻害は、HDLを増加し、LDLを減少し、そしてアテローム性動脈硬化症に対して防御する。種々の脂質代謝モデルにおける8701 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、8701活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の8701ポリペプチドは、8701活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号3533)
ヒト3533配列(配列番号45)(セリンプロテアーゼまたはヒトリーリン(reelin)(RELN)(EC 3.4.21))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約11580ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号45の核酸およそ176〜10558に位置し、3460アミノ酸のタンパク質(配列番号46)をコードする。
ヒト組織群を使用するTaqMan分析によって測定される場合、3533 mRNAが、試験された40種の組織および細胞のうち、脊髄神経節、脊髄、脳、および肝臓において、高度に発現された。3533 mRNAは、多くの脂質低下薬(例えば、ナイアシン、コレスチラミンおよびスタチン)によって、有意にダウンレギュレートされた。3533 mRNAはまた、T3によりダウンレギュレートされ、そして3533の可変調節が、フィブレートによって観察される。
リーリン(Reelin)または3533は、活性セリンプロテアーゼを含む大きな分泌分子であり、これは、発生中の神経系におけるニューロンの誘導において重要であることが示されている。リーリン(Reelin)は、大脳皮質および小脳におけるニューロンの層状化において役割を果たし、これは、ニューロンおよびニューロン移動において微小管機能を調節し、そしてこれは、脊髄において交感節前ニューロンの移動に影響を与え、ここで、リーリン(Reelin)は、ニューロン移動に対する障壁として作用するようである。リポタンパク質レセプターであるVLDLRおよびApoER2の細胞外ドメインへの結合は、Dab1のチロシンリン酸化およびTauリン酸化の調節を誘導する。リーリン(Reelin)は、VLDLレセプターおよびApoE2レセプターを介してシグナル伝達し得、そして血漿中で循環することが見出され得る。3533は、VLDLおよびLDLと会合する可能性があり、この会合の間に、3533のプロテアーゼ活性が、ECMを分解するように作用し、LDLおよびVLDLの経脈管移動を可能にする。一旦動脈壁と会合すると、3533は、ECMを分解し続け、そして発生中のプラークを不安定化し続けつる。従って、3533の阻害は、アテローム性動脈硬化症性プラークのサイズを減少し、そしてすでに形成されたプラークの安定性を増加する。この効果の組み合わせは、冠状動脈事象の数を減少する。脊髄神経節における3533 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、3533活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の3533ポリペプチドは、3533活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号9462)
ヒト9462配列(配列番号47)(ミクロソームエポキシドヒドロラーゼ)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1742ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号47の核酸およそ163〜1530に位置し、455アミノ酸のタンパク質(配列番号48)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、9462 mRNAが、MTPインヒビター、コレスチラミン、ナイアシン、フィブレート、およびスタチンによって、アップレギュレートした。9462 mRNAはまた、副腎、肝臓、卵巣、および中枢神経系において発現された。
9462は、ミクロソームエポキシドヒドロラーゼである。エポキシドは、内因性化合物およぶ生体異物化合物の酵素的酸化代謝(例えば、P450モノオキシゲナーゼ系)または化学的酸化代謝から得る、3員環である。エポキシドは、通常は、水性環境において不安定であり、化学反応性である。いくつかのエポキシドは、発癌性開始物質である。エポキシドヒドロラーゼは、エポキシドをジヒドロジオール生成物へと変換する。ミクロソームエポキシドヒドロラーゼは、広範な種類の脂肪族酸化物およびアレーン酸化物からトランス−ジヒドロジオールの加水分解を触媒する。これは、ERおよび核エンベロープにおいて見出され、ここで、これは、シトクロムP−450混合機能オキシダーゼ系に関係する。オキシステロールは、コレステロール合成酵素のレベルを減少するように作用する。従って、9462は、オキシステロールの代謝に関与する。この酵素の阻害は、オキシステロールレベルを増加し、コレステロール合成を減少する。これは、血清コレステロールレベルを減少し、冠状動脈疾患に対して防御効果を有する。副腎、肝臓、卵巣、および中枢神経系における9462 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、9462活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の9462ポリペプチドは、9462活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号9123)
ヒト9123配列(配列番号49)(アドメット(Adomet)デカルボキシラーゼ)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1805ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号49の核酸およそ249〜1253に位置し、334アミノ酸のタンパク質(配列番号50)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、9123 mRNAが、脂質低下治療(例えば、ナイアシン、プロブコール、フェノフィブレート、ゲムフィブロジル、およびセリバスタチン)で処理されたマルモセットの肝臓において、アップレギュレートされた。9123 mRNAはまた、シプロフィブレートでの処理の間に、マウスの肝臓においてダウンレギュレートされた。
9123は、アドメット(Adomet)デカルボキシラーゼである。アドメット(Adomet)シンセターゼの減少と、脂質低下治療による9123の増加との組み合わせは、肝臓におけるアドメット(Adomet)レベルの減少を引き起こす。アドメット(Adomet)は、肝臓における代謝センサーであり、アドメット(Adomet)のレベルは、肝臓にシグナル伝達して、代謝状態または修復状態のいずれかへと移動するようにさせる。修復状態(例えば、肝切除による肝臓損傷後)の場合、肝臓は、超低密度リポタンパク質(VLDL)粒子の分泌を減少する。従って、9123の部分的阻害は、肝臓を、修復モードへと方向付け、そしてVLDL分泌の減少を生じる。このことは、高脂血症およびアテローム性動脈硬化症の処置のために有益である。
種々の脂質代謝モデルにおける9123 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、9123活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の9123ポリペプチドは、9123活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号12788)
ヒト12788配列(配列番号51)(ホスホリパーゼ(PLC−β−4))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約3707ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号51の核酸およそ231〜3299に位置し、1022アミノ酸のタンパク質(配列番号52)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、12788 mRNA発現が、ヒト動脈、静脈、弱った心臓、結腸腫瘍、前立腺腫瘍、脳皮質、および視床下部において、高度に発現される。さらなるTaqMan分析は、12788 mRNAが、弱っていない心室と比較した場合に、ヒト心不全サンプル全体にわたる激しいアップレギュレーションを示したことを示した。自然発生高血圧性の発作の傾向があるモデルにおいて、12788 mRNAは、15週齢の動物において、Wistar Kyoto正常血圧コントロールと比較した場合にアップレギュレートされた。さらに、12788 mRNAは、2種の抗高血圧剤(AT1−レセプターブロッカーおよびL型カルシウムチャネルブロッカー)を用いて3日間処理したラット由来の大動脈において、アップレギュレートされた。
12788は、PLC−β−4として公知のホスホリパーゼである。12788は、Gタンパク質依存性経路を通して作用するPLCのファミリーのメンバーであり、脈管平滑筋細胞において発現される(BR J Pharmacol 1996 Jun;118:1003〜1011)。ホスホリパーゼCは、2つのセカンドメッセンジャー(すなわち、1,4,5−イノシトール三リン酸(IP3)および1,2ジアシルグリセロール(DAG)を生成する、ホスファチジルイノシトール4,5−二リン酸の加水分解を触媒する。これらの生成物は、細胞内カルシウム流入を調節し、プロテインキナーゼCを活性化することが、公知である。結果的には、このことは、脈管平滑筋細胞における脈管収縮を引き起こし、脈管緊張の増強をもたらす。従って、12788の阻害は、IP3およびDAGの形成を防止し、脈管弛緩を促進する。さらに、心臓疾患において12788をアンタゴナイズすると、類似の機構に有益である(弱った筋細胞におけるカルシウム増加の減少)可能性がある。ヒト脈管構造における12788 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、12788活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(心不全が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の12788ポリペプチドは、12788活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号17729)
ヒト17729配列(配列番号53)(ERG4/ERG24としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1443ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号53の核酸およそ127〜1383に位置し、418アミノ酸のタンパク質(配列番号54)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、17729 mRNAが、膵臓、脳皮質、CHF心臓、前立腺腫瘍および線維症肝臓において発現された。17729 mRNAは、マルモセットモデルにおいて、コレスチラミン、フィブレート、およびセリバスタチンによって、アップレギュレートされた。さらなるTaqMan分析は、17729 mRNAは、ApoEノックアウトマウスモデルにおけるコレステロール供給によってダウンレギュレートされたことを、示した。
17729は、ERG4/ERG24ファミリーのタンパク質のメンバーである。17729は、小胞体における内在性膜タンパク質である。17729は、ヒトTM7SF2遺伝子の生成物である。これは、ステロールレダクターゼ1(SR−1)と呼ばれている。酵母におけるSR−1の発現は、ステロールΔ−14−レダクターゼ活性、ステロールΔ−17−レダクターゼ活性またはステロールΔ−24−レダクターゼ活性を生じなかった(Biochim.Biophys.Acta 2000、1529:340〜356)。ヒトSR−1に対する類似性(92%類似性)を有するウシ肝臓由来の38kDaタンパク質は、機能的Δ−14−レダクターゼ活性を有した(Eur.J.Biochem.2002、269:283〜290)。
脂質低下治療によって17729 mRNAのアップレギュレーションおよびコレステロールによりそのダウンレギュレーションは、17729が、コレステロール合成に関与することを示唆する。何のΔ−14−レダクターゼ活性も、ヒトSR−1について検出されていなかったが、本発明者らは、SR−1が、実際にコレステロール合成に関与すること、およびSR−1は、未決定の活性の機能的ステロールレダクターゼであることを、示唆する。種々の心不全モデルにおける17729 mRNAの発現パターン、およびその機能的役割に起因して、17729活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(心不全が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の17729ポリペプチドは、17729活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号65552)
ヒト65552配列(配列番号55)(メタロプロテアーゼディスインテグリン15(ADAMTS15))としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2835ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号55の核酸およそ1〜2853に位置し、950アミノ酸のタンパク質(配列番号56)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、65552 mRNAが、種々のヒト組織(動脈、心臓、腎臓、骨格筋、脂肪および乳房を含む)において発現された。さらに、65552 mRNA発現は、動脈に対するその脈管発現プロフィールにおいて、静脈を超えて劇的に偏った。
65552は、メタロプロテアーゼディスインテグリン15(ADAMTS15)である(Cal,S.;Obaya A.J.;Llamazares,M.;Garabaya,C.;Quesada,V.;Lopez−Otin,C.:Cloning,expression analysis,and structural characterization of seven novel human ADAMTSs,a family of metalloproteinases with disintegrin and thrombospondin−1 domains.,Gene 283:49〜62.2002)。このメタロプロテイナーゼ(MP)は、最近発見されたADAM(ディスインテグリンおよびメタロプロテイナーゼドメイン)およびADAMTS(ディスインテグリンおよびメタロプロテイナーゼトロンボスポンジン)ファミリーをを包含する、分子の種類である。メタロプロテイナーゼは、細胞外マトリックス分解の重要な媒介因子である。心血管疾患におけるMPの十分に記載された役割は、発現プロフィールおよび動脈における豊富さとあわせて、65552の阻害は、マトリックス分解を減少することによって、脈管損傷およびアテローム性動脈硬化症に対する防御をもたらすことを示唆する。65552 mRNAの発現およびその機能的役割に起因して、65552活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の65552ポリペプチドは、65552活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号1261)
ヒト1261配列(配列番号57)(NR41_HUMANオーファン核レセプターHMRとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2481ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号57の核酸およそ110〜1906に位置し、598アミノ酸のタンパク質(配列番号58)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、1261 mRNAが、大きな動脈および大動脈における非常に高い発現を示し、そしてより低いが有意な発現を罹患検体において示した。1261 mRNAの発現は、脈管形成内皮細胞からほぼなる血管腫サンプルにおいて、それよりかなり低かった。さらなるTaqMan実験は、1261 mRNAが、層状剪断応力によって、および脈管内皮増殖因子(VEGF)によって、個々にアップレギュレートされ、層状剪断応力で処理し、その後3時間のVEGF処理を行った場合、相乗的にアップレギュレートされた。さらに、1261 mRNA発現の経時的研究は、統計的に培養した細胞またはVEGFで処理した剪断応力を受けた細胞において、1時間のVEGF処理にて強力なアップレギュレーションを示し、一方、アップレギュレーションは、剪断応力を受けた細胞において、もっと持続的であった。
細胞調節および組織発現データは、1261 mRNA発現が、脈管の安定性と相関することを示す。1261の高発現は、管形成アッセイにおいて測定した場合に、VEGFの脈管形成効果に対する抵抗に関連する。剪断応力+VEGF実験において、十分に特徴付けられた抗脈管形成因子Meth−1は、1261と同様に調節された。疾患脈管および脈管形成脈管における、健常な安定脈管と比較して減少した1261の発現は、この仮説と一致する。VEGF、TNF−α、IL−1βおよび血清添加、脈管形成刺激/炎症刺激を模倣する状態に応答した、一過性の1261アップレギュレーションは、1261が、脈管形成刺激に対抗する中間応答に関与することを示す。種々の脈管組織における1261 mRNAの発現、およびその機能的役割に起因して、1261活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の1261ポリペプチドは、1261活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号21476)
ヒト21476配列(配列番号59)(ガラクトシド2−α−L−フコシルトランスフェラーゼ2(EC2.4.1.69)(GDP−L−フコース:β−D−ガラクトシド2−α−L−フコシルトランスフェラーゼ2)(α(1,2)FT2)(フコシルトランスフェラーゼ2)(分泌器官血液群α−2−フコシルトランスフェラーゼとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1071ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号59の核酸およそ106〜918に位置し、270アミノ酸のタンパク質(配列番号60)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、21476 mRNAが、動脈、HUVEXC細胞、腎臓、卵巣、および肝臓線維症組織において、高度に発現された。21476 mRNAは、複数の素子起源由来のコンフルエント内皮細胞において、増殖中のコントロールと比較してアップレギュレートされた。コンフルエント細胞の血清飢餓は、21476 mRNA発現をさらに増加した。
21476はまた、内皮起源の細胞において特異的に発現されることが公知であるガラクトシド2−α−L−フコシルトランスフェラーゼ2として公知である。21476機能についての1つの可能な解釈は、活発に増殖中の細胞においてその発現を低下させると、増殖の増加をもたらすことである。しかし、細胞におけるこの調節パターンを有する他のいくつかの遺伝子は、インビボで脈管形成脈管においてアップレギュレートされることが示されている。このことは、反対の解釈もまた可能であることを示唆する。従って、21476のアンタゴニストは、新脈管形成を促進または阻害のいずれかをし得る。種々の脈管組織におけるにおける21476 mRNAの発現およびその機能的役割に起因して、21476活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の21476ポリペプチドは、21476活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号33770)
ヒト33770配列(配列番号61)(アルデヒドデヒドロゲナーゼ8 A1およびALDH12としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2156ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号61の核酸およそ39〜1502に位置し、487アミノ酸のタンパク質(配列番号62)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、33770 mRNA発現が、肝臓において最高レベルであり、それに腎臓および脳組織と続いた。33770 mRNAはまた、マウス肝臓において、シプロフィブレートによってダウンレギュレートされた(0.76分の1、p=0.02)。
33770は、アルデヒドデヒドロゲナーゼ8 A1およびALDH12としても公知である。33770は、他のアルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH 1、3、6および9)に対して、核酸レベルで43〜47%同一である(J Biol Chem 2000、275:40106〜12)。33770は、レチナールをレチノイン酸へと変換することが公知であり、すべてトランスのレチナールに対して、9−シスレチナールについていくらかの特異性を有することが公知である唯一のアルデヒドデヒドロゲナーゼである。レチノイン酸(具体的には、13−シスレチノイン酸および9−シスレチノイン酸)は、ヒトにおいて、総コレステロールレベル、LDL−コレステロールレベル、apoBレベルおよびトリグリセリドレベルを増加しHDL−コレステロールレベルを減少することが公知である。この不都合な脂質プロフィールは、33770 mRNAは、肝臓において高度に発現され、そして肝臓においてしプロフィブレートにてダウンレギュレートされることを示す。このデータは、不都合な脂質プロフィールを生じることが公知であるレチノイン酸を生成する際の33770の役割と一致する。従って、33770インヒビターの使用を介するレチノイン酸の合成をブロックすると、ヒトにおいてより不都合な脂質プロフィールを生じて、冠状動脈疾患における減少をもたらし得る。ヒト脂質における33770 mRNAの発現、およびその機能的役割に起因して、33770活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(心不全および冠状動脈疾患が挙げられるが、これらに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の33770ポリペプチドは、33770活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号9380)
ヒト9380配列(配列番号63)(ホモゲンチシン酸1,2−ジオキシゲナーゼ(HGD)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1712ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号63の核酸およそ168〜1505に位置し、445アミノ酸のタンパク質(配列番号64)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、9380 mRNA発現が、シプロフィブレートで処理されたマウスの肝臓においてダウンレギュレートされ、そして高コレステロール食を与えたApoEノックアウトマウスにおいてダウンレギュレートされた。9380 mRNAは、ミクロソームトリグリセリド転移タンパク質(MTP)インヒビター、コレスチラミン、ナイアシンおよびプロブコールで処理したマルモセットの肝臓において、アップレギュレートされた。
9380は、ホモゲンチシン酸をマレイルアセト酢酸へと変換する、チロシンおよびフェニルアラニンの分解に関与するタンパク質である、ホモゲンチシン酸1,2−ジオキシゲナーゼ(HGD)である。チロシン分解の終点は、フマル酸塩およびアセト酢酸塩の生成である。その後、フマル酸塩は、ATP生成のためにトリカルボン酸サイクル(TCAサイクル)に入る。アセト酢酸塩は、肝臓により合成される主要なケトン体の1つであり、ケトン体は、非肝臓組織(例えば、心筋および骨格筋)においてアセトアセチルCoAへと変換されてアセチルCoAを生成する、脂質ベースのエネルギーを生じる分子である。アセチルCoAは、その後、TCAサイクルに入って、最終的にはATPを生成する。肝臓において、アセチルCoAは、HMG CoAへと変換されて、コレステロール合成経路またはケトン体合成経路のいずれかに入る。従って、9380の阻害は、肝臓におけるフマル酸塩およびアセト酢酸塩のレベルを減少させる。この阻害は、2つのレベルにて影響を有する。第1に、より少ないフマル酸塩しかTCAサイクルに入らず、ATP生成を減少し、従って、エネルギーの必要性が増加する。第2に、アセト酢酸塩の減少は、末梢組織において利用可能なケトン体の減少、エネルギー代謝の減少、従って、エネルギー需要の増加をもたらす。全体として、コレステロール合成のために必要なアセチルCoAは、TCAサイクルに主に再導入されて、エネルギー代謝の減少を補償して、コレステロール合成の減少をもたらす。種々の心不全モデルにおける9380 mRNAのアップレギュレーション、およびその機能的役割に起因して、9380活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(高脂血症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の9380ポリペプチドは、9380活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号2569654)
ヒト2569654配列(配列番号65)(ベタイン−ホモシステインメチルトランスフェラーゼ(BHMT)(E.C.2.1.1.5)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2420ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号65の核酸およそ27〜1247に位置し、406アミノ酸のタンパク質(配列番号66)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、2569654 mRNAが、コレステロール供給したApoEノックアウト(KO)マウスの肝臓において、およびシプロフィブレートで処理したマウスにおいて、有意にダウンレギュレートされた。2569654 mRNAはまた、マルモセットモデルにおいて、T3、ナイアシン、およびコレスチラミン処理によってアップレギュレートされた。
2569654またはBHMTは、ベタイン(トリメチルグリシン)をメチルドナーとして使用してホモシステインを再メチル化することによって、メチオニンの合成を触媒する。ラット肝細胞癌細胞株であるMcArdle RH−7777において、ApoB mRNA発現は、増加するBHMT発現とともに有意に増加される(Sowdenら、Biochem.J.(1999)341:639〜645)。高レベルのBHMTタンパク質を分泌する細胞株において、ApoBリポタンパク質分泌が、増加された。ApoB 48発現が、ApoB 100発現において観察される増加よりも大きい程度まで、増加された。他のアポリポタンパク質のメッセージレベルは、BHMT発現によって影響されなかった。甲状腺摘出したニワトリにおいて、45KDaタンパク質の過剰発現が、観察され、その後、BMHTとして同定された(Shibataら、Poult Sci(2003)82(2):207〜213)。甲状腺摘出ニワトリの肝臓におけるBHMTの発現は、血漿のリン脂質、トリグリセリド、および全コレステロールレベルの増加に対応する。これらのデータは、BHMTの発現の増加は、ApoB mRNAの発現およびApoBリポタンパク質の分泌を増加することを、示す。さらに、コレステロール供給は、ApoE欠損マウスにおいてBHMTの発現を減少した。このことは、高レベルのコレステロールが、フィードバック様式でBHMTの発現を抑制することを示す。マウスにおけるシプロフィブレート処理(ヒトにおいて血漿脂質を低下するために使用される治療)もまた、BHMTをダウンレギュレートする。本発明者らのデータは、BHMTのダウンレギュレーションは、フィブレートによる防御機構の一部である。従って、BHMTの阻害は、ApoB、コレステロールおよびトリグリセリドのレベルの減少をもたらし、高脂血症のために有効な処置であり得る。高度に脈管形成された組織における2569654 mRNAの発現、およびその機能的役割に起因して、2569654活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(高脂血症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の2569654ポリペプチドは、2569654活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号33556)
ヒト33556配列(配列番号67)(ペプチド/ヒスチジントランスポーター2(PHT2)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2057ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号67の核酸およそ133〜1878に位置し、581アミノ酸のタンパク質(配列番号68)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、33556 mRNAが、種々のヒト組織において、主に脈管形成された組織(例えば、動脈、静脈、心臓、腎臓、および骨格筋)において発現された。さらに、33556 mRNA発現は、マクロファージ、脾臓、およびヒト臍静脈内皮細胞において、高度に発現された。33556 mRNAはまた、アテローム性動脈硬化症のヒト動脈において、正常動脈と比較してアップレギュレートされた(t検定、p<0.001)。培養ヒト単球およびマクロファージにおいて、33556 mRNAは、激しく発現され、そして18時間のCD401およびインターフェロンγでの刺激にて、マクロファージでアップレギュレートされた。12週齢で始めて35週齢まで通して継続して腹部大動脈と比較した場合、ApoE−/−大動脈弓において335556の劇的なアップレギュレーションが存在した。
33556は、ペプチド/ヒスチジントランスポーター2(PHT2)として公知である(Herrera−Ruiz,DおよびKnipp,GT,Journal of Pharmaceutical Science、2003、92(691〜714)。33556機能は、ヒスチジンに対する高い親和性とともに、ジペプチドの輸送に関連することが示されている。ヒスタジンは、酵素ヒスチジンデカルボキシラーゼによってヒスタミンへと変換される。ヒスチジンデカルボキシラーゼおよびその生成物(ヒスタミン)は、ヒトアテローム性動脈硬化症の進行に原因となって関連すると考えられる(Higuchi,S.ら、FEBS Letters,2001、505:217〜222)。従って、33556のブロックは、細胞質へのヒスチジン輸送を防止し、そしてヒスタミン生成の減少をもたらす。このことは、アテローム性動脈硬化症の開始および程度を減少させる。ヒト脈管構造における33556 mRNAの発現、およびその機能的役割に起因して、33556活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の33556ポリペプチドは、33556活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号53656)
ヒト53656配列(配列番号69)(有機アニオン輸送ポリペプチド(OATP8)または肝臓特異的有機アニオントランスポーター2(LST−2)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2109ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号69の核酸およそ1〜2109に位置し、702アミノ酸のタンパク質(配列番号70)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、53656 mRNAが、アフリカミドリザルの肝臓においてダウンレギュレートされた(1.3分の1)。53656 mRNAはまた、マルモセットの肝臓において、セリバスタチン(1.4倍)、コレスチラミン(1.8倍)、ナイアシン(1.4倍)、およびセリバスタチンとフェノフィブレートとの組み合わせ(2.0倍)によって、アップレギュレートされた。40種の組織および細胞の器官詳説モデルにおいて、53656 mRNAは、結腸腫瘍、肝臓、および肝臓線維症にについて非常に感受性であることが見いだされた。
有機アニオン輸送ポリペプチド(OATP)は、肝細胞中の基底外側(洞様毛細血管)ドメインに位置する。これは、循環からの有機アニオン(例えば、胆汁酸塩[タウロコール酸Naトランスポーターと協力して]、薬物、いくつかのペプチドホルモン)の除去において、役割を果たす。各々は、独特の組織発現を有し、いくらかの特異性重複が存在する。いくつかのトランスポーターは、独特のリガンドを有する。OATP8の公知のリガンドすべてのうちで、OATP8にとって独特の唯一のリガンドは、コレシストキニン8(CCK−8)である。CCK−8は、胃空腹(emptying)の減少(食欲抑制を引き起こす)において役割を果たす。CCK−8はまた、CCK−Bレセプターを介する単離された肝細胞におけるトリアシルグリセロール分泌の53%減少を引き起こし(Hepatology 1993、18:1232〜7)、OATP8は、その分解をもたらすCCK−8を選択的に除去する(Hepatology、1990、12:301〜5)。
53656またはOATP8の阻害は、肝細胞によるトリグリセリド分泌を減少するCCK−8のレベルの増加をもたらす。CCK−8の増加はまた、胆嚢を空にするのを増加し、胆汁酸合成の増加および肝臓コレステロールレベルの減少をもたらす。まとめると、このことは、血漿コレステロールおよびトリグリセリドの減少をもたらす。肝臓における53656 mRNAの発現、およびその機能的役割に起因して、53656活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(心不全が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の53656ポリペプチドは、53656活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号44143)
ヒト44143配列(配列番号71)(Cdc−42結合キナーゼβ/MRCKβとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約6780ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号71の核酸およそ290〜5425に位置し、1711アミノ酸のタンパク質(配列番号72)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、44143 mRNAが、脈管組織(例えば、動脈、心臓、膀胱、腎臓、および脳皮質)において優勢に発現された。さらに、44143 mRNA発現は、培養平滑筋細胞およびヒト臍静脈内皮細胞において、発現された。ミノキシジルまたはアンジオテンシンレセプターブロッカー(抗高血圧剤で28日間ソリしたラットにおいて、44143 mRNAの発現は、ビヒクル処理コントロールと比較して、大動脈においてアップレギュレートされた。自然発生高血圧(SHR)ラットにおいて、15週齢のSHRおよび発作の傾向がある系統の大動脈において、年齢が一致するWistar−Kyoto正常血圧コントロールと比較して、44143 mRNAのアップレギュレーションが存在した。
44143は、Cdc−42結合キナーゼβまたは筋緊張性ジストロフィー関連キナーゼβ(MRCKβ)として公知である。44143は、小Rho様GTPアーゼの下流シグナル伝達分子Cdc42である。Cdc42は、アクチンおよびミオシンの再構成をもたらす2つのキナーゼのファミリーのメンバーである(Leung,T.ら、Myotonic dystrophy kinase−related Cdc42−binding kinase acts as Cdc42 effector in promoting cytoskeletal reorganization、1989、Molecular and Cellular Biology,18:130〜140)。インビトロで、MRCKαは、ミオシン軽鎖をリン酸化することが示されており、これは、脈管収縮を引き起こすことが公知である。
従って、44143は、脈管構造に対してMRCKαと類似する効果を有し、従って、44143の阻害は、脈管弛緩を生じる。ヒト脈管構造における44143 mRNAの発現、およびその機能的役割に起因して、44143活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(脈管弛緩が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の44143ポリペプチドは、44143活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号32612)
ヒト32612配列(配列番号73)(ペプチド/ヒスチジントランスポーター1(PHT1)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2699ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号73の核酸およそ181〜1671に位置し、496アミノ酸のタンパク質(配列番号74)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、32612 mRNAが、種々の脈管形成された組織(例えば、動脈、静脈、心臓、腎臓、骨格筋および中枢神経系(CNS)構造(例えば、脳皮質および視床下部))おいて発現された。さらに、32612 mRNAは、種々の細胞型(特に、平滑筋細胞、上皮細胞、神経膠細胞、および内皮細胞)において高度に発現された。32612 mRNAはまた、正常ヒト動脈と比較した場合、疾患ヒト動脈においてアップレギュレートされた(t検定、p<0.05)。
32612は、ペプチド/ヒスチジントランスポーター1(PHT1)として公知である(Herrera−Ruiz,DおよびKnipp,GT,Journal of Pharmaceutical Sciences,2003、92;691〜714)。32612の機能は、ジペプチドの輸送に関連し、ヒスチジンに対して高い親和性を有することが示されている。ヒスチジンは、酵素ヒスチジンデカルボキシラーゼによってヒスタミンへと変換される。ヒスチジンデカルボキシラーゼおおびその生成物であるヒスタミinは、ヒトアテローム性動脈硬化症の進行に原因として関連すると考えられる(Higuchi,S.ら、FEBS Letters,2001,505:217〜222)。従って、32612またはPHT1は、細胞質へとヒスチジンの輸送を防止し、ヒスタミン生成の減少をもたらす。このことは、アテローム性動脈硬化症の開始および程度を減少する。ヒト脈管構造における32612 mRNAの発現、およびその機能的役割に起因して、32612活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の32612ポリペプチドは、32612活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号10671)
ヒト10671配列(配列番号75)(トリプトファン5−モノオキシゲナーゼとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1335ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号75の核酸およそ1〜1335に位置し、444アミノ酸のタンパク質(配列番号76)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、10671 mRNA発現が、少数のヒト組織に限定されることが見出された。10671 mRNAは、動脈(正常および疾患)ならびに静脈に制限されることが見出された。
10671は、トリプトファン5−モノオキシゲナーゼまたはTPHとして公知である。TPHは、中枢神経系におけるセロトニンの合成において律速段階を調節する。この酵素は、CNS構造(松果体、後部縫線核および中部縫線核、胃腸クロム親和細胞)において主に発現されることが示されている(Walther,DJら、Synthesis of serotonin by a second tryptophan hydroxylase isoform、2003、Science 299:76)。本発明者らのデータは、初めて、血管における10671の存在を記載し、初めて、末梢血管におけるserotoninの局所生成についての新規な役割を支持する。セロトニンについて、脈管緊張を促進し、増殖障害(例えば、アテローム性動脈硬化症)を進行することにおける十分に記載された役割が存在する(Watanabe,Tら、Oxidized low densityr lipoproteins potentiate the mitogenic effect of 5−hydroxytryptamine on vascular smooth muscle cells,2002、Jpn Heart H,43:35〜42、Kandabaski,Tら、Involvement of rho−kinase in agonists−induced contractions of arteriosclerotic human arteries、2002,22:243〜248)。従って、トリプトファンモノオキシゲナーゼを阻害することによってセロトニンのレベルを減少すると、局所的脈管弛緩を促進し、そしてアテローム性動脈硬化症において観察されるプラークの発生を減少する。ヒト脈管構造における10671 mRNAの発現、およびその機能的役割に起因して、10671活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の10671ポリペプチドは、10671活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号261)
ヒト261配列(配列番号77)(κ−3型オピオイドレセプターとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2534ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号77の核酸およそ118〜1230に位置し、370アミノ酸のタンパク質(配列番号78)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、261 mRNAが、限定数のヒト組織(すなわち、中枢神経系組織(例えば、動脈、静脈、心臓、腎臓、および骨格筋)において発現された。さらに、261 mRNA発現は、単核細胞、脾臓、および赤血球前駆細胞において、発現された。261 mRNAはまた、正常組織と比較して、アテローム性動脈硬化症のヒト動脈において有意にアップレギュレートされた(t検定、p<0.05)。261 mRNAは、培養ヒト単球およびマクロファージにおいて激しく発現された。261 mRNAはまた、インターフェロンγおよび可溶性CD40Lで処理した単球およびマクロファージにおいて、ダウンレギュレートされた。
261は、κ−3型オピオイドレセプターとして公知の脱オーファン(de−orphaned)Gタンパク質共役レセプターである。ノシセプチンは、このGPCRのリガンドとして同定されている。ノシセプチンレセプターは、孤束核においてシナプス前およびシナプス後にて密に発現される(Mao ,Wang JQ、Pharmacological activation of nociceptin receptors
in the nucleus tractus solitarius inhibits baroreceptor reflex in pentobarbital−anesthetized rats.2000;Neuroscience,101:435〜40)。これらの中心レセプターの活性化は、心拍数および血圧の調節に関与することが示されている(Mao L,Wang JQ.Microinjection of nociceptin(Orphanin FQ) into nucleus tractus solitarii elevates blood pressure and heart rate in both anesthetized and conscious rats.2000;J Pharmacol Exp Ther,294;255〜62)。ヒト脈管構造における261 mRNAの発現およびその機能的役割に起因して、261活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の261ポリペプチドは、261活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号44570)
ヒト44570配列(配列番号79)(ATP結合カセット、サブファミリーA(ABC1)メンバー6)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約5296ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号79の核酸およそ176〜5029に位置し、1617アミノ酸のタンパク質(配列番号80)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、44570 mRNAが、種々のヒト組織(動脈、静脈、心臓、肝臓、脳、卵巣、マクロファージおよび乳房組織を含む)において発現された。44570 mRNA発現は、脈管平滑筋および内皮細胞において、協力に発現された。44570 mRNAはまた、弱っていない心臓と比較した場合に、弱ったヒト心筋において有意にアップレギュレートされた(t検定、p=0.005)。インサイチュハイブリダイゼーション実験は、44570 mRNAが、ヒト心筋細胞において発現されたことを示した。
44570は、ATP結合カセット、サブファミリーA(ABC1)、メンバー6である。これは、ヒトマクロファージから、ABC Aトランスポーターサブファミリーの新規なメンバーとしてクローン化された(Kaminski WE、Wenzel JJ,Piehler A,Langmann T,Scimitz G.ABCA6,a novel a subclass ABC transpoeter.Biochem Biophys Res Commun.2001 Aug 3;285(5):1295〜301)。ATP結合カセット(ABC)トランスポーターは、単球由来のマクロファージにおいて発現され、ステロール依存性調節を受ける。ABCA6様トランスポーターは、マクロファージ脂質ホメオスタシスに関与すると考えられる。分権において、LXR/RXRおよびPPAR/RXRヘテロダイマーを含む核ホルモンレセプターが、他のトランスポーターの直接的または間接的な調節因子として作用し、そして心血管疾患における薬学的介入のための可能な標的であることが記載される(Schimitz,GおよびDrobnik,W,ATP−binding cassette transporters in macrophages:promising drug targets for treatment of cardiovascular disease.Curr Opin Investig Drugs.2002 Jun;3(6):853〜8)。この標的の豊富な脈管での発現およびヒト心不全における調節は、心血管疾患におけるABCA6の役割を示唆する。高度に脈管形成された組織における44570 mRNAの発現およびその機能的役割に起因して、44570活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の44570ポリペプチドは、44570活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号41922)
ヒト41922配列(配列番号81)(血漿グルタミン酸カルボキシペプチダーゼ(PGCP)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1928ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号81の核酸およそ167〜1585に位置し、472アミノ酸のタンパク質(配列番号82)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、41922 mRNAが、種々のヒト組織および細胞(膀胱、骨芽細胞、静脈、中枢神経系構造および膵臓を含む)において発現された。41922 mRNAは、正常ヒト動脈およびヒト臍静脈内皮細胞において協力に発現された。41922 mRNAは、弱っていない心臓と比較した場合に、先天性心不全サンプルにおいて有意にアップレギュレートされた(t検定、p=0.005)。高高血圧剤で28日間処理したラットにおいて、41922は、ビヒクル処理したコントロールの大動脈においてアップレギュレートされた。さらに、41922は、15週齢の自然発生高血圧の発作の傾向がある系統の大動脈において、年齢が一致するWistar Kyoto正常血圧コントロールと比較した場合に、有意に高いレベルで発現された。さらに、若齢(5週齢)でアップレギュレーションする傾向が存在する。このことは、平均動脈血圧のレベルに密接に相当する遺伝子発現の増加を示唆する。最後に、レニントランスジェニックSprague Dawleyラットにおいて、41922は、5週齢の体汚物と比較した場合に、15週齢のマウスの大動脈においてアップレギュレートされた。このことは、年齢依存性の増加を示唆する。
41922は、PGCPとして公知であるカルボキシペプチダーゼである。41922の特異的基質は、未知であるが、41922は、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼとして、ジペプチジルペプチダーゼとして、エンドペプチダーゼとして、およびエステラーゼとして機能することが、示されている(Gingras R,Richard C,El−Alfy M,Morales CR,Potier M,Pshezhetsky AV.Purification,cDNA cloning,and expression of a new human blood plasma glutamate carboxypeptidase homologous to N−acetyl−aspartyl−alpha−glutamate carboxypeptidase/prostate−specific membrane antigen.J Biol Chem.1999 Apr 23;274(17):11742〜50)。このカルボキシペプチダーゼは、ペプチドホルモン(例えば、ニューロペプチド)およびグルタミン酸塩のプロセシングおよび分解を担うと考えられる。研究によって、PGCPは、COS細胞から分泌され、そして血漿において発現されることが、示されている。本明細書中に記載される研究の結果は、41922が、動脈および血圧維持に関与する他の組織(静脈、HUVEC)において高度に発現されることを示す。さらに、41922は、高血圧状態において観察された。この発現および調節のデータは、41922が、血管運動緊張および心不全を調節することに関与することを示唆する。従って、41922活性の調節因子は、心血管疾患に関連する障害(血管運動緊張および心不全が挙げられるが、これに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の41922ポリペプチドは、41922活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号2552)
ヒト2552配列(配列番号83)(グルタミルアミノペプチダーゼ(EAP)(EC 3.4.11.7)、アミノペプチダーゼA(APA)および分化抗原GP160としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約3763ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号83の核酸およそ216〜3089に位置し、957アミノ酸のタンパク質(配列番号84)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、2552 mRNAが、種々のヒト組織および細胞(小腸、結腸、血管腫、腎臓および肝臓を含む)において発現された。マルモセット肝臓において、2552 mRNAは、ナイアシン、コレスチラミン、フィブレート/スタチンを用いる併用療法、およびプロブコール治療によって、アップレギュレートされた。2552 mRNAはまた、マルモセット肝臓およびヒト肝細胞において、フィブレートによってアップレギュレートされた。シルプロフィブレートは、マウスの肝臓において2552 mRNAをダウンレギュレートすることが示された。LDLRノックアウトマウス肝臓において、2552 mRNAは、そのマウスに高脂肪食を供給した場合に、ダウンレギュレートされることが示された。
従って、2552 mRNAの発現が、脂質低下治療および高脂肪食によって調節されることを考慮すると、2552は、肝臓において脂質および/または胆汁酸レベルに応答して調節されることが、明らかである。さらに、2552は、CCK8を切断することが公知である。CCK8は、胆嚢収縮を引き起こすペプチドホルモンである(Migaudら、The in vivo metabolism of cholecystokinin(CCK−8) is essentially ensured by aminopeptidase A.Peptides.1996;17(4):601〜607;Shaffer.Review article:control of gall−balder motor function.Ailment Pharmacol.Ther.May 2000;14 Suppl 2:2〜8を参照のこと)。理論によって拘束されることは望まないが、2552の阻害は、CCK8レベルの増加をもたらし、胆嚢を空にするのを増大すると仮説を立てている。胆嚢を空にすると、身体からコレステロールが除去され、従って、肝臓コレステロールの減少、その後の血漿コレステロールおよびトリグリセリドの減少が生じる。従って、2552の発現が、脂質低下治療おおび高脂肪食によって調節されることを考慮すると、2552は、心血管疾患に関連する障害(アテローム性動脈硬化症、異脂肪血症、および冠状動脈疾患が挙げられるが、これらに限定されない)を処置する際に有用である。本発明の2552ポリペプチドは、2552活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号2417)
ヒト2417(プリン産生性レセプターP2Y9としても公知)は、配列番号85のヌクレオチド配列によってコードされる。2417ヌクレオチド配列は、非翻訳領域を含めて、約1302ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号85の核酸およそ152〜1264に位置し、370アミノ酸のタンパク質(配列番号86)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、2417 mRNAが、種々のヒト組織および細胞(血小板、巨核球、HUVEC、脊髄、脳皮質、脳視床下部、乳房、卵巣、末梢血白血球を含む)において発現された。さらに、2417 mRNAの差次的発現が、正常ボランティアから得られた血小板を、冠状動脈疾患(例えば、不安定狭心症、安定狭心症、および心筋梗塞)を有する患者から得た血小板と比較した場合に、見出された。冠状動脈疾患を有する患者から得た血小板は、コントロール血小板より有意に高いレベルで、2417 mRNAを発現することが見出された。
2417(P2Y9としても公知である)は、P2Yレセプターとの配列同一性に基づいて、プリン産生性レセプターとして分類された。P2Y9は、リソホスファチジン酸に結合してアデニリルシクラーゼを活性化することが、最近が示された。(Noguchiら、(2003)Identification of P2Y9/GPR23 as a Novel G Protein−Coupled Receptor for Lysophosphatidic acid,Struturally Distant from the Edg Family.J of Biol.Chem.(印刷中)を参照のこと)。興味深いことに、アデニリルシクラーゼの阻害は、血小板の活性化および凝集に関与する。(KunapuliおよびDaniel.(1998)Biochem.J.;336:513〜523を参照のこと)。例えば、血小板凝集のインヒビターは、アデニル酸シクラーゼのADP誘導性阻害をブロックすることが示された(Kanielら(1998)J.Biol.Chem.273:2024〜2029)。
本発明は、少なくとも部分的には、2417が、血小板および巨核球において発現され、そして冠状動脈疾患と診断された患者から得た血小板において上昇したレベルで発現されるという発見に基づく。本明細書中の知見は、2417が、血栓症に関与するという結論を支持する。さらに、P2Y9は、アデニリルシクラーゼを活性化するという最近の発見は、2417が血栓症に関与するという本明細書中の知見を支持する。従って、本発明の2417ポリペプチドは、2417の調節因子についてスクリーニングする際に有用であり、2417の調節因子は、血栓症障害を処置する際に有用である。
(遺伝子番号19319)
ヒト19319配列(配列番号87)(パントテン酸キナーゼ1(EC2.7.1.33)(パントテン酸キナーゼ1)(hPanK1)(hPanK)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2510ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号87の核酸およそ152〜1096に位置し、314アミノ酸のタンパク質(配列番号88)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、19319 mRNAが、種々のヒト組織(肝臓、腎臓、骨格筋、および脳を含む)において発現された。19319 mRNA発現は、シプロフィブレートを投与されたマウスの肝臓においてアップレギュレートされた。19319 mRNAは、ApoEノックアウトマウスにおいてコレステロールによってダウンレギュレートされ、高脂肪食を投与されたLDLRノックアウトマウスにおいてダウンレギュレートされた。19319 mRNAはまた、マルモセットの肝臓において、コレスチラミンおよびセリバスタチンによってアップレギュレートされた。
19319またはPANK1は、パントテン酸キナーゼである。PANKファミリーの遺伝子の4つのメンバー(すなわち、PANK1、PANK2、PANK3、およびPANK4)が存在する。パントテン酸キナーゼは、細胞内CoA濃度を調節する際に役割を果たすことが公知である。このPANK酵素は、N−パントテノイル−システインおよびパンテテインのリン酸化を触媒する。パンテテインは、脂質低下効果を担う細胞外酵素であるバニン−1によって、加水分解される。パンテテインは、脂質低下薬物であり、バニン−1によるパンテテインの分解は、脂質低下効果を担う活性因子であるシステアミンを生成すると考えられる(Atherosclerosis.1987;68(1〜2):41〜49)。システアミンは、肝臓において天然で見出されることもまた、公知である(FEBS Letters 483(2000)149〜154)。本発明者らは、PANK1の阻害は、コレステロールを低下するために有益であると考える。理論によって拘束されることは望まないが、19319は、脂質レベルに応答すること、例えば、19319は、マウス肝臓においてシプロフィブレートによってアップレギュレートされ、ApoEノックアウトマウスにおいてコレステロール投与によってダウンレギュレートされ、そしてLDLRノックアウトマウス肝臓において高脂肪食によってダウンレギュレートされることが、本明細書中に存在する教示から明らかである。さらに、19319の発現パターン(例えば、肝臓)は、19319が異脂肪血症に関与することと一致する。さらに、19319は、加水分解によりパンテテインのレベルを減少し、肝臓においてシステアミンのレベルを減少する。従って、19319の阻害は、システアミンレベルの増加をもたらし、血清コレステロールおよびトリグリセリドを減少する。さらに、PANK1の阻害はまた、コレステロール前駆体であるHMGCoAの生成のために肝臓において利用可能なCoAのレベルの減少をもたらす。PANK1の阻害はまた、脂肪酸生成において重要な因子であるアシルキャリアタンパク質の生成の減少をもたらす。従って、本発明の19319ポリペプチドは、19319活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用であり、19319活性の調節因子には、コレステロールおよびトリグリセリドを低下するために有益であり得る。従って、19319調節因子は、心血管疾患(アテローム性動脈硬化症、および冠状動脈疾患が挙げられるが、これらに限定されない)を改善するために使用され得る。
(遺伝子番号43969)
ヒト43969配列(配列番号89)(HAOX1、グリコール酸オキシダーゼ、またはGOXとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1136ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号89の核酸およそ24〜1136に位置し、370アミノ酸のタンパク質(配列番号90)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、43969 mRNAが、肝臓においてほぼ独占的に発現された。43969は、脂質レベルを評価するために使用したいくつかのマウスモデルにおいて差次的に発現された。例えば、43969は、シプロフィブレートを投与されたマウスの肝臓において、コレステロールを投与されたApoEノックアウトマウスにおいて、そして高脂肪食にて維持されたLDLRノックアウトマウスにおいて、ダウンレギュレートされた。
43969またはグリコール酸オキシダーゼは、グリコール酸について優先性を有して2−ヒドロキシ酸を酸化するが、2−ヒドロキシ脂肪酸もまた利用し得る、酵素である。さらに、46476(配列番号129、130)は、グリオキシ酸レダクターゼであり、逆の反応を触媒する。研究によって、グリコール酸供給が、不明確な機構によってコレステロールおよびトリグリセリドを増加することが示された(Pharmacol Res.1993、27:289〜97)。コレステロールを供給したラットにおいて、高脂血症は、高シュウ酸尿症と関連した(Urol Res.2000,28:404〜15)。従って、グリコール酸がシュウ酸へと変換され得ることを考慮すると、グリコール酸の脂質上昇効果は、グリオキシル酸を介する可能性がある。グリオキシル酸に関する既知の情報と、この経路の遺伝子の調節を示す本発明者らのデータに基づいて、本発明者らは、グリオキシル酸および/またはグリコール酸が、肝臓の代謝センサーであると仮説を立てる。本発明者らのデータは、シプロフィブレートが、グリオキシル酸レベルの減少およびグリコール酸の増加をもたらす遺伝子変化を引き起こすことを示す。本発明者らは、PPARαアゴニストが、部分的には、β酸化に対するグリオキシル酸の阻害効果を開放することによって、脂質プロフィールを改善し得ると仮定した。本発明者らは、肝臓コレステロールおよびトリグリセリドの増加を引き起こすのが、グリコール酸からグリオキシル酸への変換であると仮定した。従って、43969の阻害は、グリコール酸からグリオキシル酸へと変換を制限することによって、肝臓におけるトリグリセリドおよびコレステロールの両方を減少する。従って、本発明の43969ポリペプチドは、43969の調節因子についてスクリーニングする際に有用であり、43969の調節因子は、心血管疾患(アテローム性動脈硬化症、異脂肪血症、および冠状動脈疾患が挙げられるが、これらに限定されない)を改善するために使用され得る。
(遺伝子番号8921)
ヒト8921配列(配列番号91)(ADHP_HUMANアルコールデヒドロゲナーゼクラスIIπ鎖前駆体(ADH4)(EC1.1.11)またはアルコールデヒドロゲナーゼ2(ADH2)クラスIIとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1981ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号91の核酸およそ62〜1240に位置し、392アミノ酸のタンパク質(配列番号92)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、8921 mRNAが、肝臓において主に発現され、そして小腸および皮膚においてかなり低く発現された。8921は、高脂肪食(1.25%コレステロール+0.5%コール酸ナトリウム)およびWestern食(0.15%コレステロール)にて維持したLDLレセプターノックアウトマウスにおいて、正常固形飼料(1グループ当たり、10個のマウス肝臓サンプル)と比較した場合、ダウンレギュレートされた。8921 mRNAは、高脂肪食およびWestern食において、それぞれ、0.76分の1(p=0.02)および0.77分の1(p=0.005)にダウンレギュレートされたことが見出された。マイクロアレイ実験を使用して、8921 mRNAは、シプロフィブレートで処理したマウスの肝臓サンプルを、コントロール肝臓サンプルと比較した場合に、0.59分の1(p=0.002)にダウンレギュレートされることが見出された。コレスチラミンおよびセリバスタチンで処理したマルモセットにおいて、8921 mRNA発現の顕著な増加(それぞれ、1.5倍および1.4倍)が、存在した。
ヒトADH2は、5つのクラスおよび7つのアイソフォームから構成される、アルコールデヒドロゲナーゼファミリーに属する。他のADHとは異なり、ADH2は、主に肝臓で発現される。ADHは、広範な種類の基質(エタノール、レチナール、他の脂肪族アルコール、ヒドロキシステロイド、および脂質過酸化物が挙げられる)を代謝すると考えられる。この7つの酵素は、アミノ酸配列および構造が類似するが、これらのADHは、その好ましい基質が異なる。ADH2は、エタノールに対して他のADHよりも低い親和性を有するが、中毒レベルでは、この酵素は、全エタノール酸化速度の40%を計上する。このADH2は、長鎖脂肪族アルコールおよび芳香族アルコールの酸化のために高い活性を示し、脂肪酸の合成のためにアルコールをアルデヒドに変換する。報告はまた、ADH2が、すべてトランスのレチノールの効率的な酸化のために、ADH4にのみ次ぐことを示す。しかし、高レベルのエタノールでは、ADH2は、エタノール酸化の40%を担う。エタノールは、ADH2についてレチノールに対する競合インヒビターであり、肝臓中のより高いアルコールレベルは、ADH2はレチノールではなくエタノールを酸化することが、仮定される。さらなる支持は、アルコール症費が、増加したHDL−コレステロールレベルを生じて心筋梗塞の危険を減少することが示されているという知見によって、明らかである。さらなる研究は、合成レチノイドは、ヒトにおける血漿コレステロールレベルに有害に影響して、全コレステロールレベルおよびLDL−コレステロールレベルの増加をもたらし、HDL−Cの減少をもたらす。さらに、ヒトにおけるADH2活性は、男性において女性よりも有意に高い。男性はまた、女性よりも低いHDL−Cを有することが公知である。従って、ADH2は、HDL−Cプロフィールに対するエタノール消費の有益な効果を担い、レチノール酸化の減少をもたらす可能性がある。従って、8921 mRNAの発現が、脂質低下治療ならびに高脂肪食によって調節されること、および今日までの研究を考慮すると、8921は、肝臓における脂質および/または胆汁酸レベルに応じて調節されることが、明らかである。従って、ADH2の阻害は、レチノール酸化の減少によって、脂質プロフィールに対して有益な効果を有し、ADH2のインヒビターは、心血管疾患(アテローム性動脈硬化症、異脂肪血症、および冠状動脈疾患が挙げられるが、これらに限定されない)を処置するために使用され得る。従って、本発明の8921ポリペプチドは、8921活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。8921活性の調節因子は、心血管疾患(アテローム性動脈硬化症、異脂肪血症、および冠状動脈疾患が挙げられるが、これらに限定されない)を処置する際に有用である。
(遺伝子番号8993)
ヒト8993配列(配列番号93)(ADP−リボシルアルギニンヒドロラーゼとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1365ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号93の核酸およそ106〜1179に位置し、357アミノ酸のタンパク質(配列番号94)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、8993 mRNAが、インビトロで生成された巨核球において、最高レベルで発現された。有意な8993 mRNA発現はまた、脾臓、末梢血単球、およびB細胞において、高レベルで観察された。8993 mRNAは、不安定狭心症または急性冠状動脈症候群を有する患者の血小板において、冠状動脈疾患を何も有さない患者由来の血小板よりも、有意に高いレベルで検出された。
アルギニンのモノ−ADP−リボシル化は、NAD:アルギニンADP−リボシルトランスフェラーゼおよびADP−リボシルアルギニンヒドロラーゼを用いる、タンパク質の可逆的修飾であり、このサイクルにおいて、反対の反応が触媒される(Journal of Biological Chemistry、1993、268(24):17837)。細胞内ADP−リボシル化酵素は、細胞シグナル伝達と関係付けられている(EMBO J.2003.22(9):1953)。8993は、推定シグナルペプチドを有さず、従って、おそらく、分泌酵素ではない。最後に、細胞骨格成分(例えば、アクチン)は、ADP−リボシル化の潜在的な標的である。アクチンのADPリボシル化は、血小板活性化における初期事象である、細胞骨格再構成を阻害する。
ADP−リボシルアルギニンヒドロラーゼの正確な細胞標的は、未知であるが、ADP−リボシルヒドロラーゼの阻害は、アデニリルシクラーゼ活性化の増加とその後のサイクリックAMPレベルの増加とをもたらし、これは、血小板脱顆粒の阻害を生じる。サイクリックAMPとは独立してか、または並行して、ADP−リボシルヒドロラーゼ阻害はまた、GPCRシグナル伝達と、血小板脱顆粒に必要な細胞骨格再構成とをブロックし得る。不安定狭心症を有する患者の血小板における、冠状動脈疾患を有さない患者と比較した8993 mRNAレベルの有意な増加は、血栓形成における8993の可能な役割を示唆する。従って、本明細書中に存在する教示(特に、冠状動脈疾患を有さない患者と比較した、冠状動脈疾患を有する患者において観察される8993 mRNAの発現の上昇)に基づいて、8993は血栓形成に関与し、8993の阻害は、血小板凝集および血栓形成を阻害することが、本発明である。本発明の8993ポリペプチドは、8993活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号955)
ヒト955配列(配列番号95)は、PTP−PESTとして知られ、ヒト非膜貫通タンパク質チロシンホスファターゼであり、そして、約3425ヌクレオチド長であり、非翻訳領域を含む。コード配列は、配列番号95の約核酸>1から2619に配置され、そして872アミノ酸のタンパク質(配列番号96)をコードする。
TaqMan分析によって決定されるように、955mRNAは、脳および巨核球において高度に発現された。さらに、955mRNAは、ヒト血小板において高度に発現された。
955は、タンパク質チロシンホスファターゼであり、これは、焦点結合(focal adhesion)タンパク質に関連し、そしてインテグリンの作用を介して細胞移動に関連すると報告されている(J.Cell Sci.2002;115(Pt22):4305)。さらに、955は、PDGFレセプターと相互作用することが示された(Biochemistry.2003;42(9):2691)。本明細書において提示される研究は、巨核球およびヒト血小板において発現されている。理論に束縛されることを所望しないが、PTP−PESTの阻害は、血小板活性化および血栓形成を阻害する手段を提供する。従って、955のインヒビターを用いて動脈血栓を処置することができる。本発明の955ポリペプチドは、955活性のモジュレータについてスクリーニングするにおいて有用である。
(遺伝子番号32345)
ヒト32345配列(配列番号97)は、tradキナーゼとして知られており(Gene.199;227:249−255)、非翻訳領域を含み約5355ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号97のおよそ核酸118−3987に配置され、1289アミノ酸タンパク質(配列番号98)をコードする。
TaqMan分析によって測定される場合、32345mRNAは、動脈(正常および疾患)、HUVEC、骨格筋、CNS構造および巨核球において最も高度に発現される。さらに、32345mRNAは、HUVEC中でHMG−CoAレダクターゼインヒビターであるメバスタチンによってアップレギュレートされる。ラット大動脈中では、32345mRNAは、WKYコントロールに比べて、加齢によりSHRおよびSHR−spにおいてアップレギュレートされる。32345mRNAのアップレギュレートはまた、3日または28日の高血圧処置薬での処置の存在下で観察された。
32345の細胞局在は、アクチン骨格エレメントと重複することを示す。一般的にDb1相同なグアニンヌクレオチド交換因子(DH−GEF)は、Rho・GTPaseの活性化を介してアクチン骨格再構成、細胞接着および遺伝子転写を調節する。32345に密接に関連するTrioは、ユニークなRho GEFである。なぜなら、これは、別個のGEFドメインであるGEFD1およびGEFD2を有するからである。これらは、GTPaseであるRhoG/Rac1およびRhoAをそれぞれ制御する。本発明は、32345のインヒビターが血管張力の減少および血圧の低減をもたらすことである。本発明は、少なくとも部分的に、32345がTrioに相同性であることを示した研究に基づく。この研究は、32345mRNAが血管組織において発現すること、HUVEC中でRhoインヒビターによりおよび張力モデル由来のラット大動脈において調節されることを示した本明細書において初めて開示した。32345のインヒビターを用いて、心臓血管疾患、特に、血管張力および血圧が問題である症例を処置することができる。本発明の32345ポリペプチドは、32345活性のモジュレータについてスクリーニングするにおいて有用である。
(遺伝子番号966)
ヒト966配列(配列番号99)は、R−PTPエプシロンとして知られ、非翻訳領域を含む約2160ヌクレオチド長である。コード配列は、配列番号99のおよそ核酸52−2154に配置され、700アミノ酸のタンパク質(配列番号100)をコードする。966は、タンパク質チロシンエプシロンであり、これは、細胞質および膜貫通の両方の形態を有するとして同定された。細胞質形態は、LPSによって誘導され、そしてマクロファージにおいて発現すると考えられる。
TaqMan分析によって測定される場合、966mRNAは、ヒト疾患動脈において、正常血管よりもアップレギュレートされた。さらに、ApoEノックアウトマウスの大動脈において、種々の年齢において、野生型の対応物よりも顕著にアップレギュレーションが見られた。966mRNAのマウス大動脈の弓でのアップレギュレーションは、ACEインヒビターであり抗あてローム発生剤であるカプトプリルがそのマウスに対して6〜12週間にわたり与えられたときに阻害された。
本発明は、R−PTPエプシロンがインターロイキンをマクロファージ中で脱リン酸化すること、IL−6およびIL−10により誘導されるJAK/STATシグナリングを阻害することを実証した研究に少なくとも一部基づいている。IL−10は、抗アテローム発生因子として知られ、そして過剰発現されると、マウスモデルにおいてアテローム性動脈硬化の進行が減少し得、そして逆に、IL−10の欠損は、アテローム発生を進行させる。さらに、本明細書において開示される研究は、疾患の動脈およびApoEノックアウトマウス大動脈において示差的な発現を実証した。従って、966の阻害は、IL−10の不活化を特異的に妨害し、そしてJAK/STATシグナリングを促進する。本発明は、966の阻害が、マクロファージ活性化およびアテローム性動脈硬化の外傷の形成の間の斑点促進を阻害し、従って966のインヒビターが心臓血管障害(アテローム性動脈硬化を含むがそれに限定されない)を処置するために用いられ得ることである。本発明の966ポリペプチドは、966活性のモジュレータについてスクリーニングするに於いて有用である。
(遺伝子番号1920)
ヒト1920配列(配列番号101)は、グルタミン酸レセプター2またはAMPA2として知られ、非翻訳領域を含み約3331ヌクレオチド長である。コード配列は、配列番号102のおよそ核酸161〜2812に配置され、883のアミノ酸のタンパク質(配列番号102)をコードする。
ヒト組織パネルを用いてTaqMan分析によって決定される場合、1920mRNA発現は、かなりヒト組織に限定され、ここで、最も豊富な発現は、脳皮質において見出され、次いで、海馬、下垂体、疾患大動脈、脊髄神経節および正常動脈において見出された。SHRおよびSHR−sp大動脈において、1920mRNAは、WKYコントロールに比べて高血圧状態の前およびその間(5週齢および15週齢)劇的にダウンレギュレートされていた(p<0.001)。1920mRNAはまた、ラット腸間膜血管床において顕著に発現していた。
L−グルタミン酸は、中枢神経系の多くのシナプスにおいて興奮性神経伝達物質として作用する。GLUのシナプス後作用は、その選択的なアゴニストに従って命名された種々のレセプターを介在する。このレセプターは、AMPA(キスカル酸塩)>グルタミン酸塩>カイニン酸塩の順序で結合する。2つのスプライスアイソフォーム(「flip」および「flop」と呼ばれる)が存在し、これらは、2つの選択的な隣接するエキソンが、4番目の膜貫通ドメインに先行することによって作製される。この2つのアイソフォームは、異なる機能、薬理学および局在を有する。さらに、1920は、1つのヌクレオチド
従って、1つのアミノ酸)の翻訳後RNAエディティングを受け、これは、機能的特性を変更し得る。
グルタミン酸塩による血管張力の調節は、新規疾患の仮説である。血管系におけるグルタミン酸レセプター(1920)の存在、および1920の調節および1920の高血圧状態での発現矯正は、神経上の伝達におけるその役割とは独立した、心臓血管系におけるグルタミン酸のシグナリングについての役割を示唆する。1920mRNAの発現およびその機能的役割に起因して、1920活性のモジュレータは、心臓血管疾患(アテローム性動脈硬化を含むがそれに限定されない)に関連する障害の処置において有用である。本発明の1920ポリペプチドは、1920活性のモジュレータについてのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号17318)
ヒト17318配列(配列番号103)は、GPR41として知られ、非翻訳領域を含み約1830ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号103のおよそ核酸449から1786に配置され、445アミノ酸のタンパク質(配列番号104)をコードする。
TaqMan分析によって決定される場合、17318mRNAは、血管、腎臓、心臓、結腸癌、肺癌、乳癌および前立腺がんを含む種々のヒト組織において、およびまたCNS構造において発現される。さらに、これは、マクロファージ、巨核球および赤芽球前駆体細胞において発現される。これはまた、アテローム性動脈硬化のヒト動脈において十分発現されそして顕著にアップレギュレートされる(p<0.05、t検定)
17318すなわちGPR41は、プロピオン酸および酪酸(短鎖脂肪酸、SCFA)についてのレセプターとしてオーファンリガンド状態から最近抜け出した(Brown et al.,JBC,2003;278: 11312−11319)。SCFAは、抗炎症効果が、インビトロおよびインビボにおいて有することが示されている(Cavaglieri et al.,Life Sci.2003 Aug 15;73(13):1683−90 and Rodriguez−Cabezas et al.,J Nutr.2002 Nov;132(11):3263−71)。これに関連する機構のいくつかは、リンパ球中のIL−2生成の減少;TNFαおよび一酸化窒素生成の減少およびIL−10生成の増加である。前炎症性メディエーター(例えば、NOおよびインターロイキン)の存在が血管壁のアテローム性動脈硬化において疾患経過の決定因子であるという事実に一部基づいて、本発明者らは、SCFAによって刺激されるGPCRのアゴニスト作用が、アテローム性斑点においてマクロファージ炎症応答の減少およびサイトカイン放出を生じ、従って外傷サイズを減少させると仮定する。従って、17318のインヒビターを用いて、心臓血管疾患(アテローム性動脈硬化および冠動脈疾患を含むがそれらに限定されない)を改善し得る。本発明の17318ポリペプチドは、17318活性のモジュレータについてのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号1510)
ヒト1510配列(配列番号105)は、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ8またはセリン/スレオニン特異的タンパク質キナーゼcot(cancer osaka thyroid oncogene)58K形態;または腫瘍進行遺伝子座2(tpl2)として知られ、非翻訳領域を含み約2763ヌクレオチド長である。コード配列は、配列番号105のおよそ核酸367−1770に配置され、467アミノ酸のタンパク質(配列番号106)をコードする。
TaqMan分析によって決定される場合、1510mRNAは、ヒト疾患血管において、正常血管と比較してアップレギュレートされていた。さらに、1510mRNAは、12週齢において、腹部の大動脈よりも、ApoEノックアウトマウスの大動脈弓においてアップレギュレートされていた。この発現上昇は、アンジオテンシン変換酵素インヒビターであるカプトプリルでブロックされ得た。
マイトジェン活性化されたタンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ8としてまたはセリン/スレオニンタンパク質キナーゼcot(cancer osaka thyroid oncogene)、58K形態;または腫瘍進行遺伝子座2(tpl2)として知られ、タンパク質キナーゼドメインを含み、セリン/スレオニンキナーゼ活性を有すると示されている(Aoki M,Hamada F,Sugimoto T,Sumida S,Akiyama T,Toyoshima K.;J Biol Chem.1993 Oct 25;268(30):22723−32)。1510のインヒビターは、NFκB媒介性の炎症性応答をマクロファージ内でブロックすると期待される。また、このキナーゼに関しては、ERKおよび他のMAPK(例えば、JNKおよびp38)の活性化における役割があり得る。これらはまた、マクロファージにおける炎症性プロセス(例えば、前炎症性サイトカインであるTNFαの生成)に関与することが知られているマクロファージにおける炎症性応答を抑制または緩衝すると、ヒトにおいてアテローム性動脈硬化の進行が妨害または停止することが期待される。従って、1510のインヒビターを用いて、心臓血管疾患(アテローム性動脈硬化および冠動脈の疾患を含むがそれらに限定されない)を改善することができる。本発明の1510ポリペプチドは、1510活性のモジュレータについてのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号14180)
ヒト14180配列(配列番号107)(ヒトRac−γセリン/トレオニンプロテインキナーゼ(EC 2.7.1.−)(RAC−PK−γ)(プロテインキナーゼAkt−3)(プロテインキナーゼB、γ)(PKB γ)としても公知)は、は、非翻訳領域を含めて、約2811ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号107の核酸およそ1〜1440に位置し、479アミノ酸のタンパク質(配列番号108)をコードする。
TaqMan分析によって測定したところ、14180 mRNAは、正常な脈管と比較して、罹病したヒト脈管においてアップレギュレートされた。顕著な14180 mRNAレベルが、脳において発現された。
ヒト14180またはヒトRac−γセリン/トレオニンプロテインキナーゼ(EC 2.7.1.−)(RAC−PK−γ)(プロテインキナーゼAkt−3)(プロテインキナーゼB、γ)(PKB γ)は、AKT/PKBファミリーのセリン/トレオニンキナーゼ3つのメンバー(AKT1、PKBα;AKT2、PKBβ;AKT3、PKB γ)のうちの1つである。各々は、別個の組織分布で発現され、そして80%を超えるアミノ酸類似性を共有する。PKB/Aktは、多様な刺激(例えば、ホルモン、増殖因子、および細胞外マトリクス成分)に曝露された細胞において活性化される。PKB/Aktは、代謝、アポトーシス、および増幅を含むプロセスに関与する、多くの細胞タンパク質の機能をリン酸化および調節する。白血球における活性の増大は、大いに妨げられるようである(これは、アポトーシス促進(pro−apoptotic)遺伝子を不活化する)。C(2)−セラミドは、RAW 264.7におけるAktの活性化をダウンレギュレートすることによってLPS誘発性NO産生を阻害することが示唆された。IFN−γは、初代ヒト末梢血単球においてセリン/トレオニンキナーゼAktのリン酸化を誘導する。ホスファチジルイノシトール−3キナーゼ(PI−3K)インヒビターによるIFN刺激性Akt活性化の抑止は、これらの細胞におけるIFN誘発性接着を防止する。それゆえ、このキナーゼのインヒビターは、マクロファージにおける炎症プロセスをブロックすると予想される。マクロファージにおける炎症応答のこのような抑制または鈍化は、ヒトにおけるアテローム性動脈硬化症の進行を妨害するかまたは停止させると予想される。それゆえ、14180のインヒビターは、アテローム性動脈硬化症および冠状動脈疾患を含むがこれらに限定されない心血管疾患を改善させるために有用である。本発明の14180ポリペプチドは、14180活性の調節因子についてスクリーニングするために有用である。
(遺伝子番号26005)
ヒト26005配列(配列番号109)は、アデノシンデアミナーゼであり、そして非翻訳領域を含めて、約3941ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号109の核酸およそ213〜1748に位置し、511アミノ酸のタンパク質(配列番号110)をコードする。
TaqMan分析によって測定したところ、26005 mRNAは、正常な脈管と比較した場合、罹病したヒト脈管においてアップレギュレートされた。
ヒト26005は、昆虫および軟体動物の増殖因子に対する配列類似性を示す。そのN末端は、分泌シグナルペプチドを含み、そしてC末端側の半分は、アデノシンデアミナーゼ(ADA)に対する顕著な類似性を(特に、保存された触媒ドメインにおいて)示す。
アデノシンデアミナーゼインヒビターは、炎症、高血圧、および虚血性損傷を調節する際に有用性を有することが見出されている。それゆえ、この酵素のインヒビターは、アデノシンのレベルを上昇させると予想され、従って、アテローム性動脈硬化症および冠状動脈疾患を含むがこれらに限定されない心血管疾患を改善させるために有用である。本発明の26005ポリペプチドは、26005活性の調節因子についてスクリーニングするために有用である。
(遺伝子番号554、遺伝子番号16408および遺伝子番号42028)
コレステロール合成経路は、かなり充分に記載されており、そしてこの経路におけるタンパク質またはそれらの酵素活性は、ほぼ全て公知である。対照的に、VLDL合成(ApoB合成、ホスファチジルコリン合成、トリグリセリド合成)を調節する経路はそれほど知られていない。脂質変更パラダイムの使用を通して、本発明者らは、遺伝子がコレステロール/脂質変換処理によって高度に調節される経路を見出した。この全体的経路は、VLDL合成の重大な成分としては記載されておらず、それゆえ、異脂肪血症(dyslipidemia)についての阻害標的であると記載されていない。孤立した、または組合せでの、個々の遺伝子の各々は、低分子インヒビターについての治療標的であり得る。
特に肝臓における経路は、ベタインへのベタインアルデヒドの変換(ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼを介する)によるかまたは554(ナトリウム依存性および塩化物依存性のベタイントランスポーター;γ−アミノ酪酸トランスポーター(BGT−1)とも呼ぶ)を介した肝臓へのベタインの取り込みによるかのいずれかでの、肝臓におけるベタインの流入を最初に含む。ベタインは、食餌において摂取され得る。ベタイン濃度が最も豊富な食品(mg/100g)は、以下である:コムギふすま(1339)、コムギ胚芽(1241)、ホウレンソウ(645)、プレッツェル(237)、エビ(218)およびコムギパン(201)。次いで、ベタインは、ベタイン−ホモシステインメチルトランスフェラーゼ(BHMT)によってホモシステインと合わされ、そしてメチオニンおよびジメチルグリシンへと変換される。このメチオニンは、MAT1aを介してS−アデノシルメチオニン(SAM)へと変換され、そしてSAMは、ホスファチジルエタノールアミンメチルトランスフェラーゼ(PEMT)を介してホスファチジルエタノールアミン(PE)からホスファチジルコリン(PC)を生成するメチルドナーである。この経路の部分は、胆汁産生のためのPC生合成について記載されている(Breslowら,2003,J.Lipid Res,6月16日)が、血漿コレステロールレベルの調節において役割を果たすことは明確には示されていない。BHMTから形成されるジメチルグリシンは、サルコシンへと変換され、次いでグリシンへと変換される。グリシンへのサルコシンの変換は42028によって媒介され、そして逆反応は、本明細書中に開示される16408によって媒介される。次いで、グリシンは、グリシン切断系を介してミトコンドリアにおいて切断されて、CO2になる。グリシン切断系の強力なインヒビターであるシステアミンは、グリシン切断をブロックし得る。それゆえ、ベタイン経路を通したメチル基の流入増加は、より高いレベルのPC産生を生じ、従ってより高いレベルの血漿VLDLおよびコレステロールを生じる(Am J Clin Nutr,2002,76:961−967;J Nutr Sci Vitaminol(Tokyo).1986,32:537−49;J Nutr Sci Vitaminol(Tokyo).1990,36 Suppl 2:S105−10;J Nutr.1999,129:1807−13;J Nutr Sci Vitaminol(Tokyo).1986,32:537−49;J Nutr Sci Vitaminol(Tokyo).1990,36 Suppl 2:S105−10;Int J Clin Pharmacol Ther Toxicol.1986;24:630−7;Clin Ter.1989;128:411−22;Acta Biomed Ateneo Parm 1987;58:143−52を参照のこと)。
(遺伝子番号554)
ヒト554配列(配列番号111)(ナトリウム依存性および塩化物依存性のベタイントランスポーター(Na+/Cl−ベタイン/GABAトランスポーター);γ−アミノ酪酸トランスポーター(BGT−1)とも呼ばれる)は、非翻訳領域を含めて、約1920ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号111の核酸およそ61〜1905に位置し、614アミノ酸のタンパク質(配列番号112)をコードする。
ヒト組織パネルを用いたTaqMan分析によって決定したところ、554 mRNAは、腎臓、脳皮質、および肝臓において高度に発現される。
高脂肪食餌(1.25%コレステロール+0.5%コール酸ナトリウム)および西洋式食餌(0.15%コレステロール)についてのLDLレセプターノックアウトマウスを、通常の固形飼料食餌についてのLDLレセプターノックアウトマウスと比較するマイクロアレイプロファイリング実験(1群あたり10個のマウス肝臓サンプル)によって決定したところ、554 mRNAは、高脂肪食餌および西洋式食餌についてのLDLレセプターノックアウトマウスにおいてダウンレギュレートされた。554 mRNAは、高い脂肪食餌および西洋式食事に起因して0.65倍低下することが見出された(p<0.001)。シプロフィブレート(ciprofibrate)で処置したマウスの肝臓について実施したさらなるマイクロアレイ実験は、コントロールの肝臓サンプルと比較して、シプロフィブレートで処置したマウスの肝臓において554 mRNAが0.68倍ダウンレギュレートされることを実証した(p=0.006)。554 mRNAはまた、アフリカミドリザルの肝臓においてコレステロールによってダウンレギュレートされることが示された。
西洋式食餌で0ヶ月、2ヶ月および6ヶ月にわたって維持したApoEノックアウトマウス中での554 mRNAの発現パターンを比較したさらなるマイクロアレイプロファイリング実験を実施した。結果は、554 mRNAが、西洋式食餌で6ヶ月目に、0ヶ月の時点を比較して、0.51倍ダウンレギュレートされることを実証した(p<0.001)。
554は、12個の推定膜貫通ヘリックスという共通構造を有し、かつGABA、ノルアドレナリン/アドレナリン、ドーパミン、セロトニン、プロリン、グリシン、コリン、ベタインおよびタウリンについてのキャリアを包含する、ナトリウム:神経伝達物質シンポーター(SNF)ファミリーに属する。高浸透圧環境では、BGT−1はアップレギュレートされ、そしてベタインは、2個のCl−イオンおよび3個のNa+イオンとともに細胞内に輸送される。ベタイン補充の研究は、肝臓中でのその蓄積に伴った血漿中でのベタインの増加を示す。ヒトでは、研究は、ベタイン補充食餌が血漿ホモシステイン濃度の減少、ならびにコントロール群と比較して、総コレステロール濃度およびLDLコレステロール濃度の小さいが有意な増加を示したことを示す。血漿ホモシステインは、心血管疾患のより高いリスクに関連する。BHMTは、ホモシステインおよびベタインを、メチオニンおよびジメチルグリシンへと変換する。メチオニンは、リポタンパク質合成を増加させると考えられる。それゆえ、554を特異的に阻害することは、アテローム性動脈硬化症に対して二重に有益な影響を有する。第1に、肝臓へのベタイン輸送の減少は、BHMTによるベタインおよびメチオニンの変換の減少をもたらし、それゆえ、MAT1aを介するS−アデノシルメチオニン(SAM)へと変換されるメチオニンの減少をもたらす。SAMは、PEMTを介してホスファチジルエタノールアミン(PE)からホスファチジルコリン(PC)を生成して、リポタンパク質粒子を生成するメチルドナーである。従って、リポタンパク質の合成および分泌の減少は、554の阻害から生じる。第2に、肝臓へのベタイン輸送の阻害は、血漿中でのベタインの増加をもたらす。高ベタインレベルは、血漿ホモシステインのレベルを低下させることが公知であるので、赤血球中にも存在するBHMTは、血漿ベタインおよびホモシステインをメチオニンおよびジメチルグリシンへと変換することを担い得、それゆえ、血中のホモシステインレベルを低下させることにより、正の影響を有する。
それゆえ、554の機能ならびにその特異的な発現および調節のパターンに基づいて、554活性の調節因子は、アテローム性動脈硬化症を含むがこれに限定されない心血管障害を処置する際に有用である。本発明の554ポリペプチドは、554活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号16408)
ヒト16408配列(配列番号113)(グリシンN−メチルトランスフェラーゼとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約1097ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号113の核酸およそ11〜898に位置し、295アミノ酸のタンパク質(配列番号114)をコードする。
ヒト組織パネルを用いるTaqMan分析によって決定したところ、16408 mRNA発現は、膵臓腫瘍、肝臓腫瘍、前立腺腫瘍および下垂体サンプルにおいて上昇した。さらに、マイクロアレイプロファイリング実験は、16408 mRNAが、高脂肪食餌を与えたLDLRノックアウトマウスの肝臓においてダウンレギュレートされることを実証した。さらに、マイクロアレイプロファイリング実験は、16408 mRNAが、シプロフィブレートで処置したマウスの肝臓においてダウンレギュレートすることを実証した。
16408は、グリシンN−メチルトランスフェラーゼ(GNMT)として公知である。グリシンN−メチルトランスフェラーゼ(GNMT;EC 2.1.1.20)は、メチルドナーとしてS−アデノシルメチオニン(AdoMet)を用いた、グリシンからのN−メチルグリシン(サルコシン)の合成を触媒する。GNMTは、S−アデノシルメチオニンのS−アデノシルホモシステイン(AdoHcy)に対する比を調節する酵素として作用し、そして肝臓細胞における解毒経路に関与する。それゆえ、16408の機能、ならびにその特異的な発現および調節のパターンに基づいて、16408活性の調節因子は、アテローム性動脈硬化症を含むがこれに限定されない心血管障害を処置する際に有用である。本発明の16408ポリペプチドは、16408活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号42028)
ヒト42028配列(配列番号115)(サルコシンデヒドロゲナーゼとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約3363ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号115の核酸およそ259〜3015に位置し、918アミノ酸のタンパク質(配列番号116)をコードする。
ヒト組織パネルを用いたTaqMan分析によって決定したところ、42028 mRNA発現は、膵臓サンプルおよび肝臓サンプルにおいて、次に膀胱サンプルにおいて上昇した。さらに、マイクロアレイプロファイリング実験は、42028が、高脂肪食餌を与えたLDLRノックアウトマウスの肝臓においてダウンレギュレートされることを実証した。さらに、マイクロアレイプロファイリング実験は、42028が、シプロフィブレートで処置されたマウスの肝臓においてダウンレギュレートされることを実証した。
42028は、サルコシンデヒドロゲナーゼとして公知である。サルコシンデヒドロゲナーゼ(SARDH;EC 1.5.99.1)は、サルコシン疾患の酸化的脱メチル化を触媒する、肝臓ミトコンドリアマトリックスフラボ酵素である。42028の阻害は、ベタイン−ホモシステイン−メチオニン変換経路の減少を引き起こし、それゆえ、VLDL合成における減少をもたらす。それゆえ、42028の機能、ならびにその特異的な発現および調節のパターンに基づいて、42028活性の調節因子は、アテローム性動脈硬化症を含むがこれに限定されない心血管障害を処置する際の有用である。本発明の42028ポリペプチドは、42028活性の調節因子についてのスクリーニングにおいて有用である。
本発明者らは、肝臓において、動物中のコレステロールレベルの操作により調節される3つの遺伝子(すなわち、554、16408および42028)を同定した。これらの遺伝子は、(おそらく、ホスファチジルコリン合成の調節を通して)VLDL合成に関与する可能性のある経路を強調する。それゆえ、肝臓中のこの経路の単一の遺伝子(またはこれらの遺伝子の組合せ)を特異的に阻害することは、血漿コレステロールにおける変化をもたらし、それゆえ、アテローム性動脈硬化症を含むがこれに限定されない心血管障害を処置する際に有用であり得る。
(遺伝子番号112091)
ヒト112091配列(配列番号117)(Na+およびH+共役アミノ酸輸送系Nとしても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2431ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号117の核酸およそ125〜1639に位置し、504アミノ酸のタンパク質(配列番号118)をコードする。
ヒト組織パネルを用いたTaqMan分析によって決定したところ、112091 mRNA発現は、肝臓サンプルにおいて、続いて膵臓サンプル、皮質サンプル、脊髄サンプル、視床下部サンプルおよび骨格筋サンプルにおいて上昇していた。さらに、112091は、アフリカミドリザルの肝臓においてコレステロールによってダウンレギュレートされ、これは、高脂肪食餌を与えられたLDLRノックアウトマウスの肝臓においてダウンレギュレートされ、そしてこれは、シプロフィブレートで処置した野生型マウスの肝臓においてダウンレギュレートされる。
112091は、アミノ酸トランスポーターである。これは、溶質キャリアファミリー38のメンバー3として、G17として、SN1として、そしてまた系N1 Na+およびH+共役グルタミントランスポーターとして公知である。これは、グルタミン流出ならびにグルタミン取り込みを媒介し得る。特定のアミノ酸の取り込みは、血漿コレステロールレベルに対して影響を有する。例えば、メチオニンは、血漿コレステロールを上昇させ(J Nutr Sci Vitaminol(Tokyo).1990,36 Suppl 2:S105−10;J Nutr.1999,129:1807−13)、そしてグリシンは、血漿コレステロールを低下させる(J Nutr Sci Vitaminol(Tokyo).1986,32:537−49;J Nutr Sci Vitaminol(Tokyo).1990,36補遺2:S105−10)。コレステロール関連モデルにおける112091の調節は、これがリポタンパク質およびコレステロールの代謝に関与し得ることを示唆する。112091の阻害は、血漿コレステロールレベルにおける低下をもたらすはずである。本発明の112091ポリペプチドは、112091活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子番号13886)
ヒト13886配列(配列番号119)(MAP/微小管親和性調節キナーゼ1(MARK1)としても公知)は、非翻訳領域を含めて、約2831ヌクレオチド長である。そのコード配列は、配列番号119の核酸およそ160〜2547に位置し、795アミノ酸のタンパク質(配列番号120)をコードする。
TaqMan分析により評価したところ、13886 mRNAは、種々のヒト組織において発現され、脈管組織(例えば、動脈、静脈、心臓)ならびに脳皮質および下垂体において優勢である。さらに、これは、ヒト臍静脈内皮細胞において高度に発現される。ミノキシジル、ニフェジピンまたはアンジオテンシンレセプターブロッカー(抗高血圧剤)で3日間処置したマウスにおいて、13886 mRNAの発現は、ビヒクルで処置したコントロールと比較して、大動脈において劇的にダウンレギュレートされる(p<0.001;ANOVA)。グアニル酸シクラーゼ刺激因子もしくはグアニル酸シクラーゼアクチベーターまたはL−NAME(一酸化窒素シンターゼインヒビター)で7日間にわたって処置したラットでは、13886 mRNAの発現もまた、ビヒクルで処置したコントロールと比較して、大動脈において有意にダウンレギュレートされる(p<0.005;ANOVA)。自然に高血圧のラットでは、WKYの正常血圧の年齢が一致したコントロールと比較して、15週齢の大動脈において、キナーゼのアップレギュレーションに向かうトレンドが存在する。
13886は、MAP/微小管親和性調節キナーゼ1(MARK1)として公知である。これは、微小管関連タンパク質τおよびMAPをリン酸化する、4つのMARKのファミリーのメンバーである(J Biol Chem.1996年5月3日;271(18):10834−43)。微小管は、いくつかの細胞型(例えば、線維芽細胞、心筋細胞、ならびに大きなサイズの動脈および中間サイズの動脈の血管平滑筋細胞)における収縮プロセスに対して影響を与え得る。1つの可能な緊張機構は、微小管の密度と関連する粘性の細胞内負荷の負担であると考えられる。これは、アクチン細胞骨格および収縮に対向する。コルヒチン、ノコダゾール(nocodazole)、デメコルチンは全て、単離したラット細動脈において、有意な血管収縮を引き起こした(基底緊張と比較して、33.9%、29.6%、32.7%)(Plattsら,Alteration of microtubule polymerization modulates arteriolar vasomotor tone.Am J Physiol.1999年7月;277(1第2部):H100−6)。ノコダゾールを介した微小管の破壊は、脈管緊張および細胞内カルシウムレベルにおける上昇(これは、冠状動脈における原因の脈管収縮であることが公知である)を引き起こすことが示された(Am J Physiol Heart Circ Physiol.2000年11月;279(5):H2493−501)。
MAPのリン酸化を介したMARK1は、脈管系内の微小管に対して類似の破壊効果を有し、そしてこのキナーゼの阻害は、微小管安定化を介して血管緊張低下をもたらすと考えられる。従って、13886のインヒビターは、アテローム性動脈硬化症および冠状動脈疾患を含むがこれらに限定されない心血管疾患を改善させるために用いられ得る。本発明の13886ポリペプチドは、13886活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子ID 13942)
ヒト13942配列(配列番号121)(マトリクスメタロプロテイナーゼ19(MMP19)として公知)は、非翻訳領域を含めて約1811ヌクレオチド長である。配列番号121のおよそ核酸102〜1628に位置するコード配列は、508アミノ酸のタンパク質をコードする(配列番号122)。
TaqMan分析により評価される場合、13942 mRNAは大部分がマクロファージで発現され、膵臓、脂肪、卵巣、および腎臓においていくらかの組織発現が見られた。また、ヒト疾患血管と正常血管とで差次的に発現されることが見出された。さらに、13942のマウスオルソログは、腹大動脈よりもアテローム硬化性病巣のより大部分を含む大動脈の領域(弓状)においてより高度に発現された。
この遺伝子の阻害は、インシュリン様成長因子結合タンパク質(IGFBP)III(およびおそらくは、I、II、およびIV)の分解を防止することにより、血管中に存在するインシュリン様成長因子(IGF)IおよびIIの量を減少させると考えられる。IGFBPは、MMP19の主用な基質のひとつである。増加したIGFIは、内皮細胞の新生血管形成を増加させ、マクロラージ由来の炎症性サイトカインの動員、分化、および発現を増加させる、公知の平滑筋細胞分裂促進因子および化学走性剤である。疾患血管におけるこれらの生物学的プロセスの阻害は、病巣の炎症性の生物学的、医学的肥厚(SMC増殖および移動)および血管新生を大いに軽減すると考えられる。
従って、13942のインヒビターは、心臓血管疾患(アテローム硬化および冠状動脈疾患を含むがこれらに限定されない)を改善するのに使用され得る。本発明の13942ポリペプチドは、13942活性のモジュレーターをスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子ID 1673)
ヒト1673配列(配列番号123)(KSYK_HUMANチロシンプロテインキナーゼSYK(EC2.7.1.112)(脾臓チロシンキナーゼ)として公知)は、非翻訳領域を含めて約2639ヌクレオチド長である。配列番号123のおよそ核酸148〜2055に位置するコード配列は、635アミノ酸のタンパク質をコードする(配列番号124)。
TaqMan分析により評価される場合、1673 mRNAは、大部分が、巨核球、前駆体、赤血球系細胞、および好中球において発現され、少量がマクロファージにおいて発現される。扁桃、膵臓、腎臓、リンパ節および脾臓においてもまた見出されている。1673 mRNAは、ヒト疾患血管と正常血管とで差次的に発現されることが見出された。1673 mRNAの発現は、疾患サル大動脈においてアップレギュレートされ、ApoEノックアウトarch/abマウスにおいて劇的にアップレギュレートされた。Sykは、マクロファージにおいてModLDLによりアップレギュレートされたが、単球においてはアップレギュレートされなかった。単球またはマクロファージにおいて、CD40LまたはIFNgによる見かけのアップレギュレーションは観察されなかった。さらに、1673のマウスオルソログは、腹大動脈よりもアテローム硬化性病巣のより大部分を含む大動脈の領域(弓状)においてより高度に発現された。
1673のインヒビターは、貪食作用および白血球接着/動員に対して重大な効果を有する。さらに、Sykは、マクロファージにおけるNFkBおよびERKの両方の経路の完全な活性化において役割を果たす。従って、Sykのインヒビターは、血管炎症部位における高度に活性化されたマクロファージの負荷を減少し、プラーク負荷を減少させると考えられる。さらに、これは、病巣を安定化し、新生血管形成を減少させる。これは、特に、反応性酸素種に応答して、NFkBのp65サブユニットの活性化の減少を通じて起こると考えられる(J Biol Chem.2003 Jun 27:278(26):24233−41.Epub 2003 Apr 23)。
従って、1673のインヒビターは、心臓血管疾患(アテローム硬化および冠状動脈疾患を含むがこれらに限定されない)を改善するのに使用され得る。本発明の1673ポリペプチドは、1673活性のモジュレーターをスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子ID 54946)
ヒト54946配列(配列番号125)(セリン/スレオニンプロテインキナーゼSgk2(EC.2.7.1.37)、血清/グルココルチコイド調節キナーゼ2として公知)は、非翻訳領域を含めて約2146ヌクレオチド長である。配列番号125のおよそ核酸220〜1503に位置するコード配列は、427アミノ酸のタンパク質をコードする(配列番号126)。
ヒト組織パネルを用いたTaqMan分析により評価される場合、54946 mRNA発現は、わずかに選択的であり、主に、ヒト腎臓、肝臓、膵臓、および脳において発現される。
マイクロアレイプロファイリング実験またはRT−PCR実験を用いたさらなる調節研究は、i)54946 mRNAがApo Eノックアウトマウスの肝臓において(それらの野生型コントロールと比較して)、コレステロールにより0.62倍(p=0.001)ダウンレギュレートされること;ii)54946 mRNAが、野生型(オスおよびメス)マウスに対して、Apo Eノックアウトマウスの肝臓においてダウンレギュレートされること;iii)54946 mRNAは、メスマウスよりもオスマウス(野生型およびノックアウトマウス)の肝臓においてより高度に発現されること;ならびにiv)54946 mRNAは、マウスの肝臓において、シプロフィブレートにより2.0倍(p=0.008)アップレギュレートされることを実証した。
54946は、SGK2として公知である。SGK2は、セリン/スレオニンキナーゼの大ファミリーのメンバーである。それに最も近いメンバーは、SGK1およびSGK3である。SGK1は、腎臓におけるナトリウムチャネルENaCの原形質膜レベルを調節する。54946は、グルコース輸送、グリコーゲン合成、DNA合成、抗アポトーシス活性、および細胞増殖に関与するAKT(プロテインキナーゼBとしても公知)を含む、サブファミリーに分類される。SGKは、原形質膜およびその成分に対して有意な影響を有するようである。その名称にもかかわらず、SGK2は(SGK1ではなく)、血清またはグルココルチコイドにより見かけ上調節されない。Ypk1は、SKG2の酵母ホモログであり得るが、SGK1と同様に類似する。Ypk1は、TOR経路を通じてかまたはTORとパラレルな機能的に関連する経路においてかのいずれかで、栄養シグナルに応答して翻訳開始を調節する(Genetics,2002 Aug;161(4):1453−64)。Ypk1は、Pkhキナーゼの下流に作用して、エンドサイトーシス機構の成分をリン酸化することによりエンドサイトーシスを制御する(J Cell Biol 2002 Jan 21;156(2):241−8)。このことは、このキナーゼのファミリーが、原形質膜上のタンパク質に対して影響を及ぼすという観念を支持する。SGK2について、2つのスプライス改変体(すなわち、SGK2−αおよびSGK2−β)が存在する。SGK2−αは、367アミノ酸のタンパク質(41kD)をコードする。SGK2−βは、代替の5’末端を有し、427アミノ酸(48kD)のタンパク質をコードする。SGK2は、その中心触媒ドメイン内で、SGK1およびSGK3と約80%の配列同一性を共有する。N末端およびC末端の両方は、ずっと低い類似性を共有する。Kobayashiら(Biochem J.1999,344 Pt 1:189−97)は、PKD1が、インビトロでSGK2−αをリン酸化および活性化することを見出した。
SGK1との類似性から、SGK2はおそらく、原形質膜タンパク質の調節において役割を果たす。SGK2は、膜タンパク質の安定化において役割を果たし、かつコレステロールの調製において役割を果たす類似の組織において発現されるリガンドをリン酸化する可能性がある。これら全ての基準を満たす1つのリガンドはPDZK1である。このタンパク質は、肝細胞の原形質膜上のSR−BIを安定化し、それによって、そのレベルを高い状態で維持する。PDZK1のSGK2リン酸化は、そのSR−BIとの相互作用を阻害する(これは、Nedd4−2とENaCとの相互作用の阻害におけるSGK1の役割と類似する)。SGK2の発現は、頂端膜上のNaトランスポーターの発現増加を誘導し、それによって、ナトリウム勾配を消去する。ナトリウム勾配は、胆汁輸送を駆動するので、胆汁の流れの減少を生じ、コレステロールが蓄積する。従って、SGK2の阻害は、肝臓におけるSR−BIレベルを増大させ、従って、コレステロール逆輸送を増加させる。また、SGK2の阻害は、胆汁の流れの増加を誘導し、同時に総血漿コレステロールを減少する。これにより、血漿コレステロールレベルが減少する。
従って、54946のインヒビターは、心臓血管疾患(アテローム硬化を含むがこれに限定されない)を改善するのに使用され得る。本発明の54946は、ポリペプチド54946活性のモジュレーターをスクリーニングする際に有用である。
(遺伝子ID 2419)
ヒト2419配列(配列番号127)(ヒトケモカインレセプター様1(CML1)またはGタンパク質共役レセプターDEZまたはChemR23として公知)は、非翻訳領域を含めて約1900ヌクレオチド長である。配列番号127のおよそ核酸514〜1629に位置するコード配列は、371アミノ酸のタンパク質をコードする(配列番号128)。
ヒト組織パネルを用いたTaqMan分析により評価される場合、2419 mRNAは、種々のヒト組織で発現され、最も高い発現が、動脈および静脈、心臓、結腸および胸部腫瘍、皮膚、ならびにCNS構造において見られた。さらに、2419 mRNAは、培養内皮細胞および原発性骨芽細胞において発現された。抗高血圧剤で3日または28日間処置したラットにおいて、2419の発現は、ビヒクル処置ラットと比較して、大動脈において微妙にアップレギュレートされた。突発性高血圧ラット(SHR)においては、Wistar Kyoto正常血圧年齢一致コントロールと比較して、SHR系統およびSHR発作性系統(15週齢)の大動脈において、2419 mRNAの有意な(t検定、p<0.05)アップレギュレーションがあった。さらに、そのリガンドであるケメリン(chemerin)は、ラットおよびヒトの両方の血管において高度に発現される。
2419は、そのリガンドであるケメリンにより活性される、最近非みなし児化されたGi共役GPCR(DEZまたはChemR23として公知)である(Wittamerら,J.Exp.Med.,198:977−985(2003);およびMethnerら,Biochem.Biophys.Res.Commun.233:336−342(1997))。ケメリンは、Tig−2(タザロテン(tazarotene)誘導遺伝子)によりコードされる新規のタンパク質である。ケメリンは、低い活性を有する前駆体として分泌され;C末端のタンパク質分解切断は、強力な、高度に選択的な、ChemR23のアゴニストを生成する。ケメリンは、ヒト腹水液および炎症サンプルにおいてng/ml濃度で発現される細胞外タンパク質である。2419は、いくつかの神経ペプチドおよび化学遊走レセプター(例えば、アンジオテンシンIIおよびC5aアナフィラトキシンレセプター)と高い相同性を有する。ケメリンによる2419レセプターの活性化は、カルシウム移動ならびに樹状細胞およびマクロファージの化学走性を促進することが示された(Wittamerら,J.Exp.Med.,198:977−985(2003))。本発明者らの発現および調節データは、このGPCRのアンタゴニズムが、周知の血管収縮シグナル伝達カスケード(すなわち、細胞内カルシウムの上昇、p42/44 MAPK活性化、およびcAMPレベル)を減少することにより有益な効果を生じることを示唆している。2419の発現は、高血圧状態で増強され、そして血圧管理に関与する関連組織(静脈、動脈、腎臓、および骨格筋)において発現される。従って、2419のインヒビターは、心臓血管疾患(アテローム硬化を含むがこれに限定されない)を改善するのに使用され得る。
本発明の種々の局面は、以下の小節においてさらに詳細に記載される。
(I.スクリーニングアッセイ)
本発明は、調節因子を同定するための方法(本明細書中で「スクリーニングアッセイ」ともいわれる)を提供し、調節因子とは、すなわち、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質に結合するか、例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の活性に対する刺激効果または阻害効果を有するか、あるいは、例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の基質の発現または活性に対する刺激効果または阻害効果を有する、候補化合物もしくは試験化合物または候補薬剤もしくは試験薬剤(例えば、ペプチド、ペプチド模倣物、低分子(有機低分子または無機低分子)または他の薬物)である。本明細書中に記載されるアッセイを使用して同定された化合物は、心血管疾患(例えば、アロテーム性動脈硬化症および/または血栓症)を処置するのに有用であり得る。
これらのアッセイは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質に結合する化合物、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質と相互作用する他の細胞内タンパク質または細胞外タンパク質に結合する化合物、および他の細胞内タンパク質または細胞外タンパク質と1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質との相互作用を干渉する化合物を同定するために設計される。例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質(これは、膜貫通型レセプター型タンパク質である)の場合において、このような技術は、このようなレセプターに対するリガンドを同定し得る。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質のリガンドまたは基質は、例えば、心血管疾患(例えば、アロテーム性動脈硬化症、虚血/再灌流、高血圧、再狭窄、動脈性炎症、血栓症および内皮細胞障害)を緩和するために使用され得る。このような化合物としては、ペプチド、抗体、または有機低分子もしくは無機低分子が挙げられ得るがこれらに限定されない。このような化合物はまた、他の細胞性タンパク質を含み得る。
アッセイ(例えば、本明細書に記載のアッセイ)によって同定される化合物は、例えば、心血管疾患(例えば、アロテーム性動脈硬化症および/または血栓症)を緩和するのに有用であり得る。心血管疾患が、細胞または組織における、全体的に低いレベルの1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子発現および/または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質により生じる例において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質と相互作用する化合物は、結合した1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の活性を強調するかまたは増幅する化合物を含み得る。このような化合物は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質活性のレベルの有効な増大を引き起し、したがって、症状を緩和する。
他の例において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子における変異は、心血管疾患にいたる有害な効果を有する、異常型または過剰量の、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質を生じ得る。同様に、生理学的状態は、心血管疾患に至る、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子発現の過剰な増大を引き起こし得る。このような場合、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質に結合する化合物は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の活性を阻害するタンパク質として同定され得る。本節で記載されるような技術によって同定される化合物の有効性を試験するためのアッセイは、本明細書中に議論されている。
1つの実施形態において、本発明は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質またはポリペプチドあるいはそれらの生物学的に活性な部分の基質である候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。別の実施形態において、本発明は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質もしくはポリペプチドまたはその生物学的活性な部分に結合するかまたはその活性を調節する候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物は、以下に挙げられる当該分野で公知のコンビナトリアルライブラリー法における多くのアプローチのうちの任意のものを使用して得られ得る:生物学的ライブラリー;空間的にアドレス可能な並列固相ライブラリーまたは液相ライブラリー;デコンボルーション処理を必要とする合成ライブラリー法;「1ビーズ1化合物」ライブラリー法;およびアフィニティクロマトグラフィー選択法を使用する合成ライブラリー法。生物学的ライブラリーアプローチは、ペプチドライブラリーに限定されるが、その一方で、他の4つのアプローチは、化合物の、ペプチドライブラリー、非ペプチドオリゴマーライブラリー、または低分子ライブラリーに適用可能である(Lam、K.S.(1997)Anticancer Drug Des.12:145)。
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、例えば、以下において、当該分野で見出され得る:DeWittら(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.90:6909;Erbら(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:11422;Zuckermannら(1994)、J.Med.Chem.37:2678;Choら(1993)Science 261:1303;Carrellら(1994)Angew.Chem.Int.Ed.Engl.33:2059;Carellら(1994)Angew.Chem.Int.Ed.Engl.33:2061;およびGallopら(1994)J.Med.Chem.37:1233。
化合物のライブラリーは、溶液中(例えば、Houghten(1992)Biotechniques 13:412〜421)、ビーズ上(Lam(1991)Nature 354:82〜84)、チップ上(Fodor(1993)Nature 364:555〜556)、細菌上(Ladner、米国特許第5,223,409号)、芽胞上(Ladner、USP’409号)、プラスミド上(Cullら(1992)ProcNatl Acad Sci USA 89:1865〜1869)またはファージ上(ScottおよびSmith(1990)Science 249:386〜390);(Devlin(1990)Science 249:404〜406);(Cwirlaら(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.87:6378〜6382);(Felici(1991)J.Mol.Biol.222:301〜310);(Ladner 前出)に示され得る。
1つの実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、ここで1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質またはその生物学的に活性な部分を発現する細胞を、試験化合物と接触させ、そして試験化合物が1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の活性を調節する能力を決定する。試験化合物が1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の活性を調節する能力の決定を、例えば、細胞内カルシウム濃度、IP3濃度、cAMP濃度、またはジアシルグリセロール濃度、細胞内タンパク質のリン酸化プロフィール、細胞増殖および/または細胞移動、例えば、細胞表面接着分子もしくは新脈管形成に関連する遺伝子の遺伝子発現、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419により調節される転写因子の活性をモニタリングすることによって達成し得る。この細胞は、哺乳動物起源(例えば、内皮細胞由来)であり得る。1つの実施形態において、レセプタードメインと相互作用する化合物が、リガンドとして(すなわち、レセプターに結合し、シグナル伝達経路を調節するよう)機能するそれらの能力についてスクリーニングされ得る。リガンドの同定、およびリガンド−レセプター複合体の活性の測定は、この相互作用の調節因子(例えば、アンタゴニスト)の同定を導く。このような調節因子は、心血管疾患の処置に有用であり得る。
試験化合物が、基質への1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の結合を調節する能力、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419に結合する能力もまた、決定し得る。基質への1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の結合を調節する試験化合物の能力の決定は、例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の基質を、放射性同位体または酵素標識とカップリングさせることによって達成され得、その結果、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419への1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の基質の結合は、複合体中の標識された1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の基質を検出することによって、決定され得る。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419はまた、放射性同位体または酵素標識とカップリングされて、複合体中の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の基質への1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の結合を調節する試験化合物の能力をモニタリングし得る。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419と結合する試験化合物の能力の決定は、例えば、その化合物と、放射性同位体または酵素標識とをカップリングさせることによって達成され、その結果、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419へのこの化合物の結合は、複合体中の標識された1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の化合物を検出することによって決定され得る。例えば、化合物(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、
9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のリガンドもしくは基質)を、125I、35S、14C、または3Hで、直接的または間接的のいずれかで標識し得、そしてこの放射性同位体が、放射線照射の直接的な計数によってか、またはシンチレーション計数によってかで検出され得る。化合物はさらに、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素標識され得、そして適切な基質の産物への変換を定量することによって、この酵素標識を検出し得る。
相互作用物質(interactant)のいずれの標識化も用いずに、化合物(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のリガンドもしくは基質)が、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419と相互作用する能力を決定することもまた、本発明の範囲内である。例えば、マイクロフィジオメーター(microphysiometer)を使用して、化合物の標識化も1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標識化もいずれも用いずに、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419との化合物の相互作用を検出し得る(McConnell,H.M.ら(1992)Science 257:1906−1912)。本明細書中で使用される場合、「マイクロフィジオメーター」(例えば、Cytosensor)は、光アドレス可能な電位差測定センサー(LAPS)を使用して、細胞がその環境を酸性化する速度を測定する、分析装置である。この酸性化速度の変化は、化合物と1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419との間の相互作用の指標として使用され得る。
別の実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の基質)を発現する細胞を、試験化合物と接触させる工程、および1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子の活性を調節する(例えば、刺激または阻害)する試験化合物の能力を決定する工程を包含する。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子の活性を調節する試験化合物の能力の決定は、例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子に結合するかまたは1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子と相互作用する、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の能力を決定することによって達成され得る。
1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子に結合するかまたはそれと相互作用する、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質またはその生物学的に活性なフラグメントの能力の決定は、直接結合の決定についての上記方法の1つにより達成され得る。好ましい実施形態において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子に結合するかまたはそれと相互作用する、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の能力の決定は、その標的分子の活性を決定することによって達成され得る。例えば、標的分子の活性は、標的の細胞性セカンドメッセンジャー(すなわち、細胞内Ca2+、ジアシルグリセロール、IP3、cAMP)の誘導を検出するか、適切な基質に対するその標的の触媒/酵素活性を検出するか、レポーター遺伝子(検出マーカー(例えば、ルシフェラーゼ)をコードする核酸に作動可能に連結された標的応答性調節エレメントを含む)の誘導を検出するか、または標的により調節される細胞応答(例えば、遺伝子発現)を検出することによって、決定され得る。
さらに別の実施形態において、本発明のアッセイは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質またはその生物学的に活性な部分が、試験化合物と接触され、そして1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合する試験化合物の能力が決定される、無細胞アッセイである。本発明のアッセイにおいて使用される1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の好ましい生物学的に活性な部分としては、非1722分子、非10280分子、非59917分子、非85553分子、非10653分子、非9235分子、非21668分子、非17794分子、非2210分子、非6169分子、非10102分子、非21061分子、非17662分子、非1468分子、非12282分子、非6350分子、非9035分子、非1820分子、非23652分子、非7301分子、非8925分子、非8701分子、非3533分子、非9462分子、非9123分子、非12788分子、非17729分子、非65552分子、非1261分子、非21476分子、非33770分子、非9380分子、非2569654分子、非33556分子、非53656分子、非44143分子、非32612分子、非10671分子、非261分子、非44570分子、非41922分子、非2552分子、非2417分子、非19319分子、非43969分子、非8921分子、非8993分子、非955分子、非32345分子、非966分子、非1920分子、非17318分子、非1510分子、非14180分子、非26005分子、非554分子、非16408分子、非42028分子、非112091分子、非13886分子、非13942分子、非1673分子、非54946分子、または非2419分子との相互作用に関与するフラグメント(例えば、高い表面確率スコアを有するフラグメント)が挙げられる。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質への試験化合物の結合は、上記のように直接的かまたは間接的かのいずれかで決定され得る。好ましい実施形態において、このアッセイは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質またはその生物学的に活性な部分と、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419に結合する既知の化合物とを接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物と、試験化合物とを接触させる工程、および1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程を包含し、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程は、既知の化合物と比較して、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する試験化合物の能力を決定する工程を包含する。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419と、既知の標的タンパク質との相互作用を調節する化合物は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、
14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質(特に、変異体の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質)の活性を調節するのに有用であり得る。
別の実施形態において、アッセイは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質またはその生物学的に活性な部分が試験化合物と接触され、そして1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節(例えば、刺激または阻害)する試験化合物の能力が決定される、無細胞アッセイである。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の活性を調節する試験化合物の能力の決定は、例えば、直接結合の決定についての上記の方法の1つにより、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子に結合する1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の能力を決定することによって達成され得る。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子に結合する1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の能力の決定はまた、リアルタイムBiomolecular Interaction Analysis(BIA)(Sjolander,S.およびUrbaniczky,C.(1991)Anal.Chem.63:2338−2345ならびにSzaboら(1995)Curr.Opin.Struct.Biol.5:699−705)のような技術を用いて達成され得る。本明細書中で使用する場合、「BIA」は、いかなる相互作用物質も標識することなく、生物特異的相互作用をリアルタイムで研究するための技術である(例えば、BIAcore)。表面プラズモン共鳴(SPR)の光学的現象の変化は、生物学的分子間のリアルタイムの反応の指標として使用され得る。
別の実施形態において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の活性を調節する試験化合物の能力の決定は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子の下流エフェクターの活性をさらに調節する、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の能力を決定することにより達成され得る。例えば、適切な標的に対するエフェクター分子の活性が決定され得るか、または適切な標的へのエフェクターの結合が、以前に記載されたように決定され得る。
なお別の実施形態において、無細胞アッセイは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質またはその生物学的に活性な部分と、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質に結合する既知の化合物とを接触させてアッセイ混合物を形成する工程、そのアッセイ混合物と試験化合物とを接触させる工程、および1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程(ここで、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の標的分子に優先的に結合するかまたはその活性を調節する、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の能力を決定する工程を包含する)を包含する。
本発明の上記アッセイ方法の1つより多くの実施形態において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419またはその標的分子のいずれかを固定化して、これらのタンパク質の1つまたは両方の複合体化形態と非複合体化形態との分離を容易にすること、およびこのアッセイの自動化に適応させることが望ましくあり得る。候補化合物の存在下および非存在下での、試験化合物と、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質との結合、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質と標的分子との相互作用は、反応物を収容するのに適した任意の容器中で達成され得る。このような容器の例としては、マイクロタイタープレート、試験管、およびマイクロ遠心分離管が挙げられる。1つの実施形態において、1つまたは両方のタンパク質がマトリクスに結合することを可能にするドメインを付加した融合タンパク質が、提供され得る。例えば、グルタチオン−S−トランスフェラーゼ/1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の融合タンパク質またはグルタチオン−S−トランスフェラーゼ/標的融合タンパク質が、グルタチオンセファロースビーズ(Sigma Chemical、St.Louis、MO)またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、これらは、次いで、試験化合物、あるいは試験化合物および非吸着標的タンパク質、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質のいずれかと合わされ、そしてこの混合物は、複合体形成が生じる条件(例えば、塩およびpHについての生理学的条件)下でインキュベートされる。インキュベーション後、このビーズまたはマイクロタイタープレートウェルは、いかなる非結合成分をも除去するために洗浄され、ビーズの場合、マトリクスが固定化され、複合体が、例えば、上記のように、直接的にかまたは間接的にかのいずれかで決定される。あるいは、複合体は、マトリクスから解離され得、そして標準的な技術を用いて、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の結合または活性のレベルが決定される。
タンパク質をマトリクス上に固定化するための他の技術がまた、本発明のスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の標的分子のいずれかは、ビオチンとストレプトアビジンとの結合体を使用して固定化され得る。ビオチン化された1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質または標的分子を、当該分野において公知の技術(例えば、ビオチン化キット、Pierce Chemicals、Rockford、IL)を使用して、ビオチン−NHS(N−ヒドロキシ−スクシンイミド)から調製し得、そしてストレプトアビジンでコーティングした96ウェルのプレート(Pierce Chemical)のウェル中に固定し得る。あるいは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質または標的分子と反応性であるが、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質のその標的分子への結合を干渉しない抗体を、プレートのウェルに誘導体化し得、そして非結合標的または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質が、抗体結合体によってウェルに捕捉される。このような複合体を検出する方法としては、GST固定化複合体についての上記方法に加えて、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質または標的分子と反応性の抗体を用いる複合体の免疫検出、および1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質または標的分子と関連する酵素活性の検出に基づく酵素連結アッセイが挙げられる。
別の実施形態において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現の調節因子は、細胞が候補化合物と接触され、そして細胞内での1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはタンパク質の発現が決定される方法が同定される。候補化合物の存在下での1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはタンパク質の発現のレベルは、候補化合物の非存在下での1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはタンパク質の発現のレベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づき、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現の調節因子として同定され得る。例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりも存在下で高い(統計的に有意に高い)場合、この候補化合物は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNA発現またはタンパク質発現の刺激物質として同定される。あるいは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりも存在下でより低い(統計学的に有意に低い)場合、この候補化合物は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNA発現またはタンパク質発現のインヒビターとして同定される。細胞内での1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはタンパク質の発現レベルは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはタンパク質の検出について本明細書中に記載される方法により決定され得る。
本発明のなお別の局面において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイ(例えば、米国特許第5,283,317号;Zervosら、(1993)Cell 72:223〜232;Maduraら(1993)J.Biol.Chem.268:12046〜12054;Bartelら(1993)Biotechniques 14:920〜924;Iwabuchiら(1993)Oncogene 8:1693−1696;およびBrent WO94/10300を参照のこと)において「ベイト(bait)タンパク質」として使用されて、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419と結合または相互作用する他のタンパク質(「1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の結合タンパク質」または「1722−bp、10280−bp、59917−bp、85553−bp、10653−bp、9235−bp、21668−bp、17794−bp、2210−bp、6169−bp、10102−bp、21061−bp、17662−bp、1468−bp、12282−bp、6350−bp、9035−bp、1820−bp、23652−bp、7301−bp、8925−bp、8701−bp、3533−bp、9462−bp、9123−bp、12788−bp、17729−bp、65552−bp、1261−bp、21476−bp、33770−bp、9380−bp、2569654−bp、33556−bp、53656−bp、44143−bp、32612−bp、10671−bp、261−bp、44570−bp、41922−bp、2552−bp、2417−bp、19319−bp、43969−bp、8921−bp、8993−bp、955−bp、32345−bp、966−bp、1920−bp、17318−bp、1510−bp、14180−bp、26005−bp、554−bp、16408−bp、42028−bp、112091−bp、13886−bp、13942−bp、1673−bp、54946−bp、または2419−bp」)、そして1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の活性に関連する他のタンパク質を同定し得る。このような1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の結合タンパク質はまた、例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419により媒介されるシグナル伝達経路の下流エレメントのような、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の標的によるシグナル伝達に関連する可能性がある。あるいは、このような1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の結合タンパク質は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のインヒビターである可能性がある。
ツーハイブリッドシステムは、分離可能なDNA結合ドメインおよび活性化ドメインからなる大半の転写因子のモジュラー性質に基づく。手短には、このアッセイは、2つの異なるDNA構築物を利用する。1つの構築物において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質をコードする遺伝子は、公知の転写因子(例えば、GAL−4)のDNA結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。もう一方の構築物において、同定されていないタンパク質(「プレイ(prey)」または「サンプル」)をコードするDNA配列のライブラリー由来のDNA配列は、公知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「ベイト」タンパク質および「プレイ」タンパク質がインビボで相互作用して1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419に依存する複合体を形成し得る場合、転写因子のDNA結合ドメインおよび活性化ドメインは、近接する。このように近接することにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結されたレポーター遺伝子(例えば、LacZ)の転写が可能になる。レポーター遺伝子の発現は検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーは、単離され得、そして1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質と相互作用するタンパク質をコードするクローン化遺伝子を得るために使用され得る。
別の局面において、本発明は、本明細書中に記載されるアッセイの2つ以上の組み合わせに関する。例えば、調節剤は、細胞ベースのアッセイまたは無細胞アッセイを用いて同定され得、そして1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の活性を調節する因子の能力は、例えば、動物(例えば、本明細書中に記載される、心血管疾患(例えば、アテローム性動脈硬化症および/または血栓症)の動物モデル)においてインビボで確認され得る。
本発明はさらに、上記のスクリーニングアッセイによって同定される新規因子に関する。従って、適切な動物モデルにおいて、本明細書中で記載されるように同定された因子をさらに使用することは本発明の範囲内である。例えば、本明細書中に記載されるように同定された因子(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の調節剤、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のアンチセンス核酸分子、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の特異的抗体、あるいは1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の結合パートナー)は、このような因子を用いる処置の効果、毒性、または副作用を決定するために、動物モデルにおいて使用され得る。あるいは、本明細書中に記載されるように同定される因子は、このような因子の作用の機構を決定するために、動物モデルにおいて使用され得る。さらに、本発明は、本明細書中に記載されるような処置のための上記スクリーニングアッセイによって同定された新規因子の使用に関する。
任意の化合物(上記アッセイ系において同定されるような化合物が挙げられるがこれらに限定されない)が、心血管疾患の症状を処置する能力について試験され得る。心血管疾患系を改善するこのような能力を示す化合物の同定のための細胞ベースのアッセイおよび動物モデルベースのアッセイは、本明細書中に記載される。
1つの局面において、本明細書中で記載される場合、細胞ベースの系は、少なくとも1つの心血管疾患の症状を処置するように作用し得る化合物を同定するために使用され得る。例えば、このような細胞系は、心血管疾患の症状を処置する能力を示すことが予測される化合物に、曝露された細胞における心血管疾患の症状のこのような改善を導くのに十分な濃度および十分な時間、曝露され得る。曝露後、この細胞は、1つ以上の心血管疾患の細胞表現型が、より正常またはより野生型の非心血管疾患の表現型と類似するように変更されるか否かを決定するために試験される。心血管疾患状態に関連した細胞表現型としては、異常な増殖および移動、新脈管形成、細胞外マトリクス成分の沈着、細胞内脂質の蓄積、ならびに成長因子、サイトカイン、および他の炎症メディエーターの発現が挙げられる。
さらに、動物ベースの心血管疾患系(例えば、本明細書中に記載されるような系)は、心血管疾患の症状を改善する能力を有する化合物を同定するために使用され得る。このような動物モデルは、心血管疾患を処置する上で有効であり得る薬物、医薬品、治療、および介入の同定のための試験基質として使用され得る。例えば、動物モデルは、心血管疾患の症状を改善する能力を示すことが予測される化合物に、曝露された動物における心血管疾患の症状のこのような改善を導くのに十分な濃度および十分な時間、曝露され得る。この曝露に対する動物の応答は、処置前および処置後の心血管疾患に関連する障害の逆転を評価することによって(例えば、アテローム性動脈硬化症プラークの数を計数することによって、および/またはそれらのサイズを測定することによって)モニタリングされ得る。
介入に関して、心血管疾患の症状の任意の局面を逆転する任意の処置が、ヒト心血管疾患治療介入の候補とみなされるべきである。試験因子の投薬量は、用量応答曲線を得ることによって決定され得る。
さらに、遺伝子発現パターンは、心血管疾患の症状を改善する化合物の能力を評価するために使用され得る。例えば、1つ以上の遺伝子の発現パターンは、「遺伝子発現プロフィール」または「転写プロフィール」の一部を形成し得、次いで、このような評価において使用され得る。本明細書中で使用される場合、「遺伝子発現プロフィール」または「転写プロフィール」は、所定のセットの条件下で、所定の組織または細胞型について獲得されるmRNA発現のパターンを含む。このような条件としては、アテローム性動脈硬化症、虚血/再灌流、高血圧症、再狭窄、および動脈性炎症(本明細書中に開示される任意のコントロール条件または実験条件を含む)(例えば、マクロファージのアテローム発生サイトカイン刺激)が挙げられ得るがこれらに限定されない。遺伝子発現プロフィールは、例えば、ディファレンシャルディスプレイ手順、ノーザン分析、および/またはRT−PCRを使用することによって、生成され得る。1つの実施形態において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子配列は、このような遺伝子発現プロフィールの作製および裏付けのためのプローブおよび/またはPCRプライマーとして使用され得る。
遺伝子発現プロフィールは、細胞ベースのモデル系および/または動物ベースのモデル系における、既知の状態(心血管疾患または正常のいずれか)について特徴付けられ得る。その後、これらの既知の遺伝子発現プロフィールは、効果を確認するために比較され得、試験化合物は、このような遺伝子発現プロフィールを改変する必要があり、そしてそのプロフィールがより望ましいプロフィールのものにより緊密に類似させる必要がある。
例えば、化合物の投与は、心血管疾患モデル系の遺伝子発現プロフィールを、コントロール系により緊密に類似させ得る。あるいは、化合物の投与は、コントロール系の遺伝子発現プロフィールに、心血管疾患状態を模倣させ得る。このような化合物は、例えば、目的の化合物のさらなる特徴付けにおいて使用され得るか、または、さらなる動物モデルの作製において使用され得る。
(細胞ベースおよび動物ベースのモデル系)
心血管疾患のためのモデルとして働く、細胞ベースおよび動物ベースの系が、本明細書中に記載される。これらの系は、種々の適用において使用され得る。例えば、細胞ベースおよび動物ベースのモデル系を使用して、心血管疾患に関連する、差次的に発現される遺伝子(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419)をさらに特徴付けし得る。さらに動物ベースおよび細胞ベースのアッセイは、以下に記載されるような心血管疾患の症状を改善する能力を有する化合物を同定するように設計された、スクリーニングストラテジーの一部として使用され得る。従って、動物ベースおよび細胞ベースのモデルを使用して、心血管疾患を処置する際に有効であり得る薬物、医薬品、治療および介入を同定し得る。さらに、このような動物モデルを使用して、動物被験体におけるLD50およびED50を決定し得、そしてこのようなデータを使用して、潜在的な心血管疾患処置のインビボでの効力を決定し得る。
(動物ベースの系)
心血管疾患の動物ベースのモデル系としては、非組換え動物および操作されたトランスジェニック動物が挙げられ得るがこれらに限定されない。
心血管疾患についての非組換え動物モデルとしては、例えば、遺伝的モデルが挙げられ得る。このような遺伝的な心血管疾患モデルとしては、例えば、ApoBまたはApoRを欠損したブタ(Rapaczら、1986,Science 234:1573−1577)およびWatanabe遺伝性高脂血症(WHHL)ウサギ(Kitaら、1987,Proc.Natl.Acad.Sci USA 84:5928−5931)が挙げられ得る。心血管疾患および新脈管形成におけるトランスジェニックマウスモデルは、Carmeliet,P.およびCollen,D.(2000)J.Pathol.190:387−405において総説されている。
アテローム性動脈硬化症の非組換えの非遺伝的動物モデルとしては、例えば、ブタ、ウサギ、またはラットのモデルが挙げられ得、ここで、この動物は、LDLの食事補充による化学的創傷またはバルーンカテーテル血管形成による機械的創傷のいずれかに曝される。心血管疾患の動物モデルとしてはまた、ラット心筋梗塞モデル(例えば、Schwarz,ERら(2000)J.Am.Coll.Cardiol.35:1323−1330に記載される)およびウサギにおける慢性心臓虚血モデル(例えば、Operschall,Cら(2000)J.Appl.Physiol.88:1438−1445に記載される)が挙げられる。
さらに、心血管疾患の症状を示す動物モデルは、例えば、当業者に周知であるトランスジェニック動物を作製するための技術とともに、上記の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子配列を使用することによって、操作され得る。例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子配列は、目的の動物のゲノムに導入され得、そしてこの目的の動物のゲノムにおいて過剰発現され得るか、あるいは内因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子配列が存在する場合、これらは、過剰発現され得るか、あるいはマウスにおけるApoEの破壊について記載されるように(Plumpら、1992、Cell 71:343−353)、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子発現を過少発現させるかあるいはこれらの遺伝子発現を不活化させるために破壊され得るかのいずれかであり得る。
本発明の宿主細胞をまた使用して、非ヒトトランスジェニック動物を作製し得る。例えば、1つの実施形態において、本発明の宿主細胞は、受精卵母細胞または胚性幹細胞であり、この細胞に、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のコード配列が導入されている。次いで、このような宿主細胞を使用して、非ヒトトランスジェニック動物を作製し得、ここにおいて、外因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の配列が、それらのゲノムまたは相同組換え動物に導入され、ここで、内因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の配列が、変更されている。このような動物は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の機能および/または活性を研究するため、ならびに1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の活性の調節因子を同定および/または評価するために、有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」は、非ヒト動物であり、好ましくは、哺乳動物であり、より好ましくは、ラットまたはマウスのようなげっ歯類であり、ここで、これらの動物の1つ以上の細胞が、導入遺伝子を含む。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが挙げられる。導入遺伝子は、外因性DNAであり、この外因性DNAは、トランスジェニック動物が発生する細胞のゲノムに取り込まれ、かつ成熟動物のゲノムにおいて維持され、それによってこのトランスジェニック動物の1つ以上の細胞型または組織における、コードされた遺伝子産物の発現を指向する。本明細書中で使用される場合、「相同組換え動物」は、非ヒト動物であり、好ましくは、哺乳動物であり、より好ましくは、マウスであり、ここで、内因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子は、この内因性遺伝子と、動物の発生前にこの動物の細胞(例えば、動物の胚細胞)に導入される外因性DNA分子との間の相同組換えによって変更されている。
本発明の方法において使用されるトランスジェニック動物は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のコード核酸を、受精卵母細胞の雄前核に、例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染によって導入し、そして卵母細胞を偽妊娠雌養母動物において発生させることによって作製され得る。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のcDNA配列は、導入遺伝子として、非ヒト動物のゲノムに導入され得る。あるいは、ヒトの1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子の非ヒトホモログ(例えば、マウスまたはラットの1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子)が、導入遺伝子として使用され得る。あるいは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子ホモログ(例えば、別の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のファミリーメンバー)は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のcDNA配列へのハイブリダイゼーションに基づいて単離され得、そして導入遺伝子として使用され得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた、導入遺伝子の発現の効力を増加させるように、この導入遺伝子に含まれ得る。組織特異的調節配列は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の導入遺伝子に作動可能に連結されて、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の発現を特定の細胞に指向し得る。胚操作およびマイクロインジェクションを介して、トランスジェニック動物(特に、マウスのような動物)を作製するための方法は、当該分野において慣習的であり、例えば、以下に記載されている:米国特許第4,736,866号および同第4,870,009号(両方とも、Lederらによる)、米国特許第4,873,191号(Wagnerらによる)、ならびにHogan,B.,Manipulating the Mouse Embryo(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,1986)。類似の方法が、他のトランスジェニック動物の作製のために使用される。トランスジェニックファウンダー(founder)動物は、そのゲノムにおける1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の導入遺伝子の存在、および/あるいは動物の組織または細胞における1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAの発現に基づいて、同定され得る。次いで、トランスジェニックファウンダー動物を使用して、導入遺伝子を保有するさらなる動物を産出し得る。さらに、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、
10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質をコードする導入遺伝子を有するトランスジェニック動物はさらに、他の導入遺伝子を有する他のトランスジェニック動物を産出し得る。
相同組換え動物を作製するために、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子の少なくとも一部を含むベクターが調製され、この遺伝子に、欠失、付加または置換が導入されて、それによって、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子が変更される(例えば、機能的に破壊される)。この1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子は、ヒト遺伝子であり得るが、より好ましくは、ヒトの1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子の非ヒトホモログである。例えば、ラットの1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子を使用して、マウスゲノムにおいて内因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子を変更するのに適切な、相同組換え核酸分子(例えば、ベクター)を構築し得る。好ましい実施形態において、相同組換え核酸分子は、相同組換えの際に、内因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子が機能的に破壊される(すなわち、もはや機能的タンパク質をコードしない;「ノックアウト」ベクターとも呼ばれる)ように、設計される。あるいは、相同組換え核酸分子は、相同組換えの際に、内因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子が変異されるか、さもなければ変更されるが依然として機能的タンパク質をコードする(例えば、上流の調節領域が変更され、それによって内因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質の発現を変更し得る)ように、設計され得る。相同組換え核酸分子において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子の変更された部分は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子のさらなる核酸配列によって、その5’末端および3’末端で隣接され、相同組換え核酸分子によって保有される外因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子と、細胞(例えば、胚性幹細胞)における内因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、
8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子との間に、相同組換えが生じることを可能にする。さらなる隣接の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の核酸配列は、内因性遺伝子との首尾よい相同組換えに十分な長さの核酸配列である。代表的には、(5’末端と3’末端との両方で)隣接したDNAの数キロベースが、この相同組換え核酸分子に含まれる(例えば、相同組換えベクターの記載については、Thomas,K.R.およびCapecchi,M.R.(1987)Cell 51:503を参照のこと)。相同組換え核酸分子は、細胞(例えば、胚性幹細胞株)に(例えば、エレクトロポーションによって)導入され、そして導入された1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子が内因性の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子と相同に組み換わる細胞が、選択される(例えば、Li,E.ら(1992)Cell 69:915を参照のこと)。次いで、この選択された細胞は、動物(例えば、マウス)の胚盤胞に注入され、凝集キメラを形成し得る。(例えば、Bradley,A.、Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cells:A Practical Approach,E.J.Robertson編(IRL,Oxford,1987)113−152頁を参照のこと)。次いで、キメラ胚は、適切な偽妊娠雌養母動物に移植され得、そしてこの胚は、出産(term)され得る。生殖細胞において相同組換えされたDNAを含む子孫を使用して、動物を繁殖させ得、この動物の全ての細胞は、導入遺伝子の生殖(細胞)系列伝達によって、相同組換えされたDNAを含む。相同組換え核酸分子(例えば、ベクター)または相同組換え動物を構築するための方法は、以下にさらに記載される:Bradley,A.(1991)Current Opinion in Biotechnology 2:823−829、およびLe MouellecらによるPCT国際公開番号WO 90/11354;SmithiesらによるWO 91/01140;ZijlstraらによるWO 92/0968;およびBernsらによるWO 93/04169。
別の実施形態において、本発明の方法において使用するためのトランスジェニック非ヒト動物が作製され得、この系は、導入遺伝子の調節された発現を可能にする、選択された系を含む。このような系の1つの例は、バクテリオファージP1のcre/loxPリコンビナーゼ系である。cre/loxPリコンビナーゼ系の記載については、例えば、Laksoら(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:6232−6236を参照のこと。リコンビナーゼ系の別の例は、Saccharomyces cerevisiaeのFLPリコンビナーゼ系である(O’Gormanら(1991)Science 251:1351−1355)。cre/loxPリコンビナーゼ系を使用して導入遺伝子の発現を調節する場合、Creリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が、必要とされる。このような動物は、「二重」トランスジェニック動物の構築によって(例えば、2種のトランスジェニック動物(一方は、選択されたタンパク質をコードするトランスジーンを含み、他方は、リコンビナーゼをコードするトランスジーンを含む)を交配させることによって)提供され得る。
本明細書中に記載される非ヒトトランスジェニック動物のクローンはまた、以下に記載される方法に従って作製され得る:Wilmut,I.ら(1997)Nature 385:810−813およびPCT国際公開番号WO 97/07668およびWO 97/07669。簡潔には、トランスジェニック動物由来の細胞(例えば、体細胞)が単離され得、そして増殖周期を出てG0期に入るように誘導され得る。次いで、休止細胞は、例えば、電気パルスの使用を介して、この休止細胞が単離される同じ種の動物由来の除核された卵母細胞に融合され得る。次いで、この再構築された卵母細胞は、桑実胚または胚盤胞まで成長するように培養され、次いで、偽妊娠雌養母動物に移される。この雌養母動物の子孫は、細胞(例えば、体細胞)が単離される動物のクローンである。
次いで、容易に検出可能なレベルで1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAあるいは1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のペプチド(1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のエピトープに対する抗体を使用して、免疫細胞化学的に検出される)を発現する、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のトランスジェニック動物は、特徴的な心血管疾患の症状を表示する動物を同定するために、さらに評価されるべきである。このような心血管疾患の症状としては、例えば、有病率の増加、ならびに脂肪線条および/または心血管疾患斑のサイズの増大が挙げられ得る。
さらに、トランスジェニック動物内の特定の細胞型(例えば、内皮細胞)が分析され得、そして心血管疾患に特徴的な細胞表現型についてアッセイされ得る。内皮細胞の場合、このような表現型としては、細胞増殖、細胞移動、脈管形成、炎症促進性成長因子(proinflammatory growth factor)およびサイトカインの産生、ならびに炎症性細胞への接着が挙げられるがこれらに限定されない。単球の場合、このような表現型としては、LDL取り込み速度の増加、内皮細胞への接着、遊出、泡沫細胞の形成、脂肪線条形成、および泡沫細胞特異的産物の産生が挙げられ得るがこれらに限定されない。細胞表現型としては、心血管疾患の症状を示す動物における、特定の細胞型の既知の発現プロフィールと比較した、心血管疾患に関連した遺伝子発現の特定の細胞型パターンが挙げられ得る。
(細胞ベースの系:)
1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質をコードする、1722遺伝子配列、10280遺伝子配列、59917遺伝子配列、85553遺伝子配列、10653遺伝子配列、9235遺伝子配列、21668遺伝子配列、17794遺伝子配列、2210遺伝子配列、6169遺伝子配列、10102遺伝子配列、21061遺伝子配列、17662遺伝子配列、1468遺伝子配列、12282遺伝子配列、6350遺伝子配列、9035遺伝子配列、1820遺伝子配列、23652遺伝子配列、7301遺伝子配列、8925遺伝子配列、8701遺伝子配列、3533遺伝子配列、9462遺伝子配列、9123遺伝子配列、12788遺伝子配列、17729遺伝子配列、65552遺伝子配列、1261遺伝子配列、21476遺伝子配列、33770遺伝子配列、9380遺伝子配列、2569654遺伝子配列、33556遺伝子配列、53656遺伝子配列、44143遺伝子配列、32612遺伝子配列、10671遺伝子配列、261遺伝子配列、44570遺伝子配列、41922遺伝子配列、2552遺伝子配列、2417遺伝子配列、19319遺伝子配列、43969遺伝子配列、8921遺伝子配列、8993遺伝子配列、955遺伝子配列、32345遺伝子配列、966遺伝子配列、1920遺伝子配列、17318遺伝子配列、1510遺伝子配列、14180遺伝子配列、26005遺伝子配列、554遺伝子配列、16408遺伝子配列、42028遺伝子配列、112091遺伝子配列、13886遺伝子配列、13942遺伝子配列、1673遺伝子配列、54946遺伝子配列、または2419遺伝子配列を含み、かつこれらを発現し、そしてさらに心血管疾患に関連する細胞表現型を示す細胞を使用して、抗心血管疾患活性を示す化合物を同定し得る。このような細胞としては、以下が挙げられ得る:非組換え単球細胞株(例えば、U937(ATCC番号CRL−1593)、THP−1(ATCC番号TIB−202)、およびP388D1(ATCC番号TIB−63));内皮細胞(例えば、ヒト臍静脈内皮細胞(HUVEC)、ヒト微小血管内皮細胞(HMVEC)、およびウシ大動脈内皮細胞(BAEC));ならびに、一般的な哺乳動物細胞株(例えば、HeLa細胞およびCOS細胞(例えば、COS−7(ATCC番号CRL−1651)))。さらに、このような細胞としては、組換え細胞株、トランスジェニック細胞株が挙げられ得る。例えば、上で議論される、本発明の心血管疾患の動物モデルを使用して、この障害についての細胞培養モデルとして使用され得る細胞株(これは、心血管疾患に関与する1種以上の細胞型を含有する)を作製し得る。本発明の心血管疾患のトランスジェニック動物由来の一次培養物が利用され得るが、連続した細胞株の作製が好ましい。トランスジェニック動物から連続した細胞株を誘導するために使用され得る技術の例については、Smallら(1985)Mol.Cell Biol.5:642−648を参照のこと。
あるいは、心血管疾患に関与することが既知である細胞型の細胞は、その細胞内の1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、もしくは2419遺伝子の発現の量を増大または減少し得る配列を用いてトランスフェクトされ得る。例えば、1722遺伝子配列、10280遺伝子配列、59917遺伝子配列、85553遺伝子配列、10653遺伝子配列、9235遺伝子配列、21668遺伝子配列、17794遺伝子配列、2210遺伝子配列、6169遺伝子配列、10102遺伝子配列、21061遺伝子配列、17662遺伝子配列、1468遺伝子配列、12282遺伝子配列、6350遺伝子配列、9035遺伝子配列、1820遺伝子配列、23652遺伝子配列、7301遺伝子配列、8925遺伝子配列、8701遺伝子配列、3533遺伝子配列、9462遺伝子配列、9123遺伝子配列、12788遺伝子配列、17729遺伝子配列、65552遺伝子配列、1261遺伝子配列、21476遺伝子配列、33770遺伝子配列、9380遺伝子配列、2569654遺伝子配列、33556遺伝子配列、53656遺伝子配列、44143遺伝子配列、32612遺伝子配列、10671遺伝子配列、261遺伝子配列、44570遺伝子配列、41922遺伝子配列、2552遺伝子配列、2417遺伝子配列、19319遺伝子配列、43969遺伝子配列、8921遺伝子配列、8993遺伝子配列、955遺伝子配列、32345遺伝子配列、966遺伝子配列、1920遺伝子配列、17318遺伝子配列、1510遺伝子配列、14180遺伝子配列、26005遺伝子配列、554遺伝子配列、16408遺伝子配列、42028遺伝子配列、112091遺伝子配列、13886遺伝子配列、13942遺伝子配列、1673遺伝子配列、54946遺伝子配列、または2419遺伝子配列は、目的の細胞のゲノムに導入され得、そしてこの細胞において過剰発現されるか、または内因性の1722遺伝子配列、10280遺伝子配列、59917遺伝子配列、85553遺伝子配列、10653遺伝子配列、9235遺伝子配列、21668遺伝子配列、17794遺伝子配列、2210遺伝子配列、6169遺伝子配列、10102遺伝子配列、21061遺伝子配列、17662遺伝子配列、1468遺伝子配列、12282遺伝子配列、6350遺伝子配列、9035遺伝子配列、1820遺伝子配列、23652遺伝子配列、7301遺伝子配列、8925遺伝子配列、8701遺伝子配列、3533遺伝子配列、9462遺伝子配列、9123遺伝子配列、12788遺伝子配列、17729遺伝子配列、65552遺伝子配列、1261遺伝子配列、21476遺伝子配列、33770遺伝子配列、9380遺伝子配列、2569654遺伝子配列、33556遺伝子配列、53656遺伝子配列、44143遺伝子配列、32612遺伝子配列、10671遺伝子配列、261遺伝子配列、44570遺伝子配列、41922遺伝子配列、2552遺伝子配列、2417遺伝子配列、19319遺伝子配列、43969遺伝子配列、8921遺伝子配列、8993遺伝子配列、955遺伝子配列、32345遺伝子配列、966遺伝子配列、1920遺伝子配列、17318遺伝子配列、1510遺伝子配列、14180遺伝子配列、26005遺伝子配列、554遺伝子配列、16408遺伝子配列、42028遺伝子配列、112091遺伝子配列、13886遺伝子配列、13942遺伝子配列、1673遺伝子配列、54946遺伝子配列、または2419遺伝子配列が存在する場合、そのような配列が過剰発現され得るか、代わりに1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の発現を過小発現または不活性化するために破壊され得る。
1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子遺伝子、54946遺伝子遺伝子、または2419遺伝子を過剰発現させるために遺伝子、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子のコード部分は、目的の細胞型(例えば、内皮細胞)において遺伝子発現を駆動し得る調節配列に連結され得る。このような調節領域は、当業者に周知であり、過度な実験なくして、利用され得る。標的遺伝子を発現させるための組換え法は、上記に記載される。
内因性の1722遺伝子配列、10280遺伝子配列、59917遺伝子配列、85553遺伝子配列、10653遺伝子配列、9235遺伝子配列、21668遺伝子配列、17794遺伝子配列、2210遺伝子配列、6169遺伝子配列、10102遺伝子配列、21061遺伝子配列、17662遺伝子配列、1468遺伝子配列、12282遺伝子配列、6350遺伝子配列、9035遺伝子配列、1820遺伝子配列、23652遺伝子配列、7301遺伝子配列、8925遺伝子配列、8701遺伝子配列、3533遺伝子配列、9462遺伝子配列、9123遺伝子配列、12788遺伝子配列、17729遺伝子配列、65552遺伝子配列、1261遺伝子配列、21476遺伝子配列、33770遺伝子配列、9380遺伝子配列、2569654遺伝子配列、33556遺伝子配列、53656遺伝子配列、44143遺伝子配列、32612遺伝子配列、10671遺伝子配列、261遺伝子配列、44570遺伝子配列、41922遺伝子配列、2552遺伝子配列、2417遺伝子配列、19319遺伝子配列、43969遺伝子配列、8921遺伝子配列、8993遺伝子配列、955遺伝子配列、32345遺伝子配列、966遺伝子配列、1920遺伝子配列、17318遺伝子配列、1510遺伝子配列、14180遺伝子配列、26005遺伝子配列、554遺伝子配列、16408遺伝子配列、42028遺伝子配列、112091遺伝子配列、13886遺伝子配列、13942遺伝子配列、1673遺伝子配列、54946遺伝子配列、または2419遺伝子配列の過小発現のために、このような配列は、目的の細胞型のゲノムに再び導入される場合に、内因性の1722対立遺伝子、10280対立遺伝子、59917対立遺伝子、85553対立遺伝子、10653対立遺伝子、9235対立遺伝子、21668対立遺伝子、17794対立遺伝子、2210対立遺伝子、6169対立遺伝子、10102対立遺伝子、21061対立遺伝子、17662対立遺伝子、1468対立遺伝子、12282対立遺伝子、6350対立遺伝子、9035対立遺伝子、1820対立遺伝子、23652対立遺伝子、7301対立遺伝子、8925対立遺伝子、8701対立遺伝子、3533対立遺伝子、9462対立遺伝子、9123対立遺伝子、12788対立遺伝子、17729対立遺伝子、65552対立遺伝子、1261対立遺伝子、21476対立遺伝子、33770対立遺伝子、9380対立遺伝子、2569654対立遺伝子、33556対立遺伝子、53656対立遺伝子、44143対立遺伝子、32612対立遺伝子、10671対立遺伝子、261対立遺伝子、44570対立遺伝子、41922対立遺伝子、2552対立遺伝子、2417対立遺伝子、19319対立遺伝子、43969対立遺伝子、8921対立遺伝子、8993対立遺伝子、955対立遺伝子、32345対立遺伝子、966対立遺伝子、1920対立遺伝子、17318対立遺伝子、1510対立遺伝子、14180対立遺伝子、26005対立遺伝子、554対立遺伝子、16408対立遺伝子、42028対立遺伝子、112091対立遺伝子、13886対立遺伝子、13942対立遺伝子、1673対立遺伝子、54946対立遺伝子、または2419対立遺伝子が不活性化されるように、単離および操作され得る。好ましくは、操作された1722配列、10280配列、59917配列、85553配列、10653配列、9235配列、21668配列、17794配列、2210配列、6169配列、10102配列、21061配列、17662配列、1468配列、12282配列、6350配列、9035配列、1820配列、23652配列、7301配列、8925配列、8701配列、3533配列、9462配列、9123配列、12788配列、17729配列、65552配列、1261配列、21476配列、33770配列、9380配列、2569654配列、33556配列、53656配列、44143配列、32612配列、10671配列、261配列、44570配列、41922配列、2552配列、2417配列、19319配列、43969配列、8921配列、8993配列、955配列、32345配列、966配列、1920配列、17318配列、1510配列、14180配列、26005配列、554配列、16408配列、42028配列、112091配列、13886配列、13942配列、1673配列、54946配列、または2419配列は、内因性の1722配列、10280配列、59917配列、85553配列、10653配列、9235配列、21668配列、17794配列、2210配列、6169配列、10102配列、21061配列、17662配列、1468配列、12282配列、6350配列、9035配列、1820配列、23652配列、7301配列、8925配列、8701配列、3533配列、9462配列、9123配列、12788配列、17729配列、65552配列、1261配列、21476配列、33770配列、9380配列、2569654配列、33556配列、53656配列、44143配列、32612配列、10671配列、261配列、44570配列、41922配列、2552配列、2417配列、19319配列、43969配列、8921配列、8993配列、955配列、32345配列、966配列、1920配列、17318配列、1510配列、14180配列、26005配列、554配列、16408配列、42028配列、112091配列、13886配列、13942配列、1673配列、54946配列、または2419配列が、細胞ゲノムに操作された1722配列、10280配列、59917配列、85553配列、10653配列、9235配列、21668配列、17794配列、2210配列、6169配列、10102配列、21061配列、17662配列、1468配列、12282配列、6350配列、9035配列、1820配列、23652配列、7301配列、8925配列、8701配列、3533配列、9462配列、9123配列、12788配列、17729配列、65552配列、1261配列、21476配列、33770配列、9380配列、2569654配列、33556配列、53656配列、44143配列、32612配列、10671配列、261配列、44570配列、41922配列、2552配列、2417配列、19319配列、43969配列、8921配列、8993配列、955配列、32345配列、966配列、1920配列、17318配列、1510配列、14180配列、26005配列、554配列、16408配列、42028配列、112091配列、13886配列、13942配列、1673配列、54946配列、または2419配列を組み込む際に破壊されるように、遺伝子標的化を介して導入され得る。宿主細胞の、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子を用いたトランスフェクションは、上記で議論される。
化合物で処理されるかまたは1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子でトランスフェクトされる細胞は、心血管疾患と関連する表現型について試験され得る。単球の場合、そのような表現型としては、LDL取込み速度の増加、内皮細胞への接着、遊出、泡沫細胞形成、脂肪線(fatty streak)形成、および泡沫細胞による増殖因子(例えば、bFGF、IGF−I、VEGF、IL−1、M−CSF、TGFβ、TGFα、TNFα、HB−EGF、PDGF、IFN−γ、およびGM−CSF)の産生が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、遊出速度は、内皮単層を横切り、そして部分内皮(subendothelial)空間のコラーゲン層へと遊出する単球の数を定量することにより、Navabら(1988)J.Clin.Invest.82:1853−1863のインビトロの系を用いて測定され得る。
同様に、内皮細胞が、試験化合物で処置され得るかまたは遺伝的に操作された1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子を用いてトランスフェクトされ得る。次いで、内皮細胞が、心血管疾患(細胞形態の変化、細胞増殖、細胞移動、および単核細胞接着が挙げられるが、これらに限定されない)に関連する表現型についてか;または心血管障害に関連する他のタンパク質(例えば、接着分子(例えば、ICAM、VCAM、Eセレクチン)、増殖因子およびサイトカイン(例えば、PDGF、IL−1β、TNFα、MCF))および新脈管形成に関連するタンパク質(例えば、FLK、FLT)の生成に対する効果について試験され得る。
1722核酸、10280核酸、59917核酸、85553核酸、10653核酸、9235核酸、21668核酸、17794核酸、2210核酸、6169核酸、10102核酸、21061核酸、17662核酸、1468核酸、12282核酸、6350核酸、9035核酸、1820核酸、23652核酸、7301核酸、8925核酸、8701核酸、3533核酸、9462核酸、9123核酸、12788核酸、17729核酸、65552核酸、1261核酸、21476核酸、33770核酸、9380核酸、2569654核酸、33556核酸、53656核酸、44143核酸、32612核酸、10671核酸、261核酸、44570核酸、41922核酸、2552核酸、2417核酸、19319核酸、43969核酸、8921核酸、8993核酸、955核酸、32345核酸、966核酸、1920核酸、17318核酸、1510核酸、14180核酸、26005核酸、554核酸、16408核酸、42028核酸、112091核酸、13886核酸、13942核酸、1673核酸、54946核酸、または2419核酸のトランスフェクションは、標準的な技術(例えば、Ausubel(1989)前出に記載される技術)を使用することにより達成され得る。トランスフェクトされた細胞は、組換え1722遺伝子配列、組換え10280遺伝子配列、組換え59917遺伝子配列、組換え85553遺伝子配列、組換え10653遺伝子配列、組換え9235遺伝子配列、組換え21668遺伝子配列、組換え17794遺伝子配列、組換え2210遺伝子配列、組換え6169遺伝子配列、組換え10102遺伝子配列、組換え21061遺伝子配列、組換え17662遺伝子配列、組換え1468遺伝子配列、組換え12282遺伝子配列、組換え6350遺伝子配列、組換え9035遺伝子配列、組換え1820遺伝子配列、組換え23652遺伝子配列、組換え7301遺伝子配列、組換え8925遺伝子配列、組換え8701遺伝子配列、組換え3533遺伝子配列、組換え9462遺伝子配列、組換え9123遺伝子配列、組換え12788遺伝子配列、組換え17729遺伝子配列、組換え65552遺伝子配列、組換え1261遺伝子配列、組換え21476遺伝子配列、組換え33770遺伝子配列、組換え9380遺伝子配列、組換え2569654遺伝子配列、組換え33556遺伝子配列、組換え53656遺伝子配列、組換え44143遺伝子配列、組換え32612遺伝子配列、組換え10671遺伝子配列、組換え261遺伝子配列、組換え44570遺伝子配列、組換え41922遺伝子配列、組換え2552遺伝子配列、組換え2417遺伝子配列、組換え19319遺伝子配列、組換え43969遺伝子配列、組換え8921遺伝子配列、組換え8993遺伝子配列、組換え955遺伝子配列、組換え32345遺伝子配列、組換え966遺伝子配列、組換え1920遺伝子配列、組換え17318遺伝子配列、組換え1510遺伝子配列、組換え14180遺伝子配列、組換え26005遺伝子配列、組換え554遺伝子配列、組換え16408遺伝子配列、組換え42028遺伝子配列、組換え112091遺伝子配列、組換え13886遺伝子配列、組換え13942遺伝子配列、組換え1673遺伝子配列、組換え54946遺伝子配列、または組換え2419遺伝子配列の存在について、1722mRNA、10280mRNA、59917mRNA、85553mRNA、10653mRNA、9235mRNA、21668mRNA、17794mRNA、2210mRNA、6169mRNA、10102mRNA、21061mRNA、17662mRNA、1468mRNA、12282mRNA、6350mRNA、9035mRNA、1820mRNA、23652mRNA、7301mRNA、8925mRNA、8701mRNA、3533mRNA、9462mRNA、9123mRNA、12788mRNA、17729mRNA、65552mRNA、1261mRNA、21476mRNA、33770mRNA、9380mRNA、2569654mRNA、33556mRNA、53656mRNA、44143mRNA、32612mRNA、10671mRNA、261mRNA、44570mRNA、41922mRNA、2552mRNA、2417mRNA、19319mRNA、43969mRNA、8921mRNA、8993mRNA、955mRNA、32345mRNA、966mRNA、1920mRNA、17318mRNA、1510mRNA、14180mRNA、26005mRNA、554mRNA、16408mRNA、42028mRNA、112091mRNA、13886mRNA、13942mRNA、1673mRNA、54946mRNA、または2419mRNAの発現および蓄積について、ならびに組換え1722タンパク質、組換え10280タンパク質、組換え59917タンパク質、組換え85553タンパク質、組換え10653タンパク質、組換え9235タンパク質、組換え21668タンパク質、組換え17794タンパク質、組換え2210タンパク質、組換え6169タンパク質、組換え10102タンパク質、組換え21061タンパク質、組換え17662タンパク質、組換え1468タンパク質、組換え12282タンパク質、組換え6350タンパク質、組換え9035タンパク質、組換え1820タンパク質、組換え23652タンパク質、組換え7301タンパク質、組換え8925タンパク質、組換え8701タンパク質、組換え3533タンパク質、組換え9462タンパク質、組換え9123タンパク質、組換え12788タンパク質、組換え17729タンパク質、組換え65552タンパク質、組換え1261タンパク質、組換え21476タンパク質、組換え33770タンパク質、組換え9380タンパク質、組換え2569654タンパク質、組換え33556タンパク質、組換え53656タンパク質、組換え44143タンパク質、組換え32612タンパク質、組換え10671タンパク質、組換え261タンパク質、組換え44570タンパク質、組換え41922タンパク質、組換え2552タンパク質、組換え2417タンパク質、組換え19319タンパク質、組換え43969タンパク質、組換え8921タンパク質、組換え8993タンパク質、組換え955タンパク質、組換え32345タンパク質、組換え966タンパク質、組換え1920タンパク質、組換え17318タンパク質、組換え1510タンパク質、組換え14180タンパク質、組換え26005タンパク質、組換え554タンパク質、組換え16408タンパク質、組換え42028タンパク質、組換え112091タンパク質、組換え13886タンパク質、組換え13942タンパク質、組換え1673タンパク質、組換え54946タンパク質、または組換え2419タンパク質の産生の存在について評価されるべきである。1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の発現の減少が所望される場合において、標準的な技術は、内因性の1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の発現における減少および/または1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の産生における減少が達成されるか否かを実証するために、使用され得る。
心血管疾患および新脈管形成の研究のための細胞モデルとしては、以下が挙げられる:Matrigel上の内皮細胞分化のモデル(Baatout,Sら、(1996)Rom.J.Intern.Med.34:263−269;Benelli,Rら(1999)Int.J.Biol.Markers 14:243−246)、脈管形態発生の胚性幹細胞モデル(Doetschman,Tら(1993)Hypertension 22:618−629)、生理学的ゲル中での微小血管フラグメントの培養(Hoying,JBら(1996)In Vitro Cell Dev.Biol.Anim.32:409−419;米国特許第5,976,782号)、ならびにアテローム発生因子および新脈管形成因子(増殖因子およびサイトカイン(例えば、IL−1β、PDGF、TNFα、VEGF)、ホモシステインおよびLDLが挙げられる)を用いる内皮細胞および平滑筋細胞の処理。インビトロでの新脈管形成モデルは、例えば、Black,AFら(1999)Cell Biol.Toxicol.15:81−90に記載されている。
内因性1722、内因性10280、内因性59917、内因性85553、内因性10653、内因性9235、内因性21668、内因性17794、内因性2210、内因性6169、内因性10102、内因性21061、内因性17662、内因性1468、内因性12282、内因性6350、内因性9035、内因性1820、内因性23652、内因性7301、内因性8925、内因性8701、内因性3533、内因性9462、内因性9123、内因性12788、内因性17729、内因性65552、内因性1261、内因性21476、内因性33770、内因性9380、内因性2569654、内因性33556、内因性53656、内因性44143、内因性32612、内因性10671、内因性261、内因性44570、内因性41922、内因性2552、内因性2417、内因性19319、内因性43969、内因性8921、内因性8993、内因性955、内因性32345、内因性966、内因性1920、内因性17318、内因性1510、内因性14180、内因性26005、内因性554、内因性16408、内因性42028、内因性112091、内因性13886、内因性13942、内因性1673、内因性54946、または内因性2149が、内因性1722遺伝子、内因性10280遺伝子、内因性59917遺伝子、内因性85553遺伝子、内因性10653遺伝子、内因性9235遺伝子、内因性21668遺伝子、内因性17794遺伝子、内因性2210遺伝子、内因性6169遺伝子、内因性10102遺伝子、内因性21061遺伝子、内因性17662遺伝子、内因性1468遺伝子、内因性12282遺伝子、内因性6350遺伝子、内因性9035遺伝子、内因性1820遺伝子、内因性23652遺伝子、内因性7301遺伝子、内因性8925遺伝子、内因性8701遺伝子、内因性3533遺伝子、内因性9462遺伝子、内因性9123遺伝子、内因性12788遺伝子、内因性17729遺伝子、内因性65552遺伝子、内因性1261遺伝子、内因性21476遺伝子、内因性33770遺伝子、内因性9380遺伝子、内因性2569654遺伝子、内因性33556遺伝子、内因性53656遺伝子、内因性44143遺伝子、内因性32612遺伝子、内因性10671遺伝子、内因性261遺伝子、内因性44570遺伝子、内因性41922遺伝子、内因性2552遺伝子、内因性2417遺伝子、内因性19319遺伝子、内因性43969遺伝子、内因性8921遺伝子、内因性8993遺伝子、内因性955遺伝子、内因性32345遺伝子、内因性966遺伝子、内因性1920遺伝子、内因性17318遺伝子、内因性1510遺伝子、内因性14180遺伝子、内因性26005遺伝子、内因性554遺伝子、内因性16408遺伝子、内因性42028遺伝子、内因性112091遺伝子、内因性13886遺伝子、内因性13942遺伝子、内因性1673遺伝子、内因性54946遺伝子、または内因性2419遺伝子の発現を通常は制御しない調節配列の制御下にある細胞またはその精製された調製物(例えば、ヒト細胞)もまた、提供される。細胞(細胞株または微生物)内の内因性遺伝子の発現特性は、異種DNA調節エレメントを細胞のゲノム中に挿入することによって改変され得、その挿入された調節エレメントが、内因性1722遺伝子、内因性10280遺伝子、内因性59917遺伝子、内因性85553遺伝子、内因性10653遺伝子、内因性9235遺伝子、内因性21668遺伝子、内因性17794遺伝子、内因性2210遺伝子、内因性6169遺伝子、内因性10102遺伝子、内因性21061遺伝子、内因性17662遺伝子、内因性1468遺伝子、内因性12282遺伝子、内因性6350遺伝子、内因性9035遺伝子、内因性1820遺伝子、内因性23652遺伝子、内因性7301遺伝子、内因性8925遺伝子、内因性8701遺伝子、内因性3533遺伝子、内因性9462遺伝子、内因性9123遺伝子、内因性12788遺伝子、内因性17729遺伝子、内因性65552遺伝子、内因性1261遺伝子、内因性21476遺伝子、内因性33770遺伝子、内因性9380遺伝子、内因性2569654遺伝子、内因性33556遺伝子、内因性53656遺伝子、内因性44143遺伝子、内因性32612遺伝子、内因性10671遺伝子、内因性261遺伝子、内因性44570遺伝子、内因性41922遺伝子、内因性2552遺伝子、内因性2417遺伝子、内因性19319遺伝子、内因性43969遺伝子、内因性8921遺伝子、内因性8993遺伝子、内因性955遺伝子、内因性32345遺伝子、内因性966遺伝子、内因性1920遺伝子、内因性17318遺伝子、内因性1510遺伝子、内因性14180遺伝子、内因性26005遺伝子、内因性554遺伝子、内因性16408遺伝子、内因性42028遺伝子、内因性112091遺伝子、内因性13886遺伝子、内因性13942遺伝子、内因性1673遺伝子、内因性54946遺伝子、または内因性2419遺伝子に作動可能に結合される。例えば、内因性1722遺伝子、内因性10280遺伝子、内因性59917遺伝子、内因性85553遺伝子、内因性10653遺伝子、内因性9235遺伝子、内因性21668遺伝子、内因性17794遺伝子、内因性2210遺伝子、内因性6169遺伝子、内因性10102遺伝子、内因性21061遺伝子、内因性17662遺伝子、内因性1468遺伝子、内因性12282遺伝子、内因性6350遺伝子、内因性9035遺伝子、内因性1820遺伝子、内因性23652遺伝子、内因性7301遺伝子、内因性8925遺伝子、内因性8701遺伝子、内因性3533遺伝子、内因性9462遺伝子、内因性9123遺伝子、内因性12788遺伝子、内因性17729遺伝子、内因性65552遺伝子、内因性1261遺伝子、内因性21476遺伝子、内因性33770遺伝子、内因性9380遺伝子、内因性2569654遺伝子、内因性33556遺伝子、内因性53656遺伝子、内因性44143遺伝子、内因性32612遺伝子、内因性10671遺伝子、内因性261遺伝子、内因性44570遺伝子、内因性41922遺伝子、内因性2552遺伝子、内因性2417遺伝子、内因性19319遺伝子、内因性43969遺伝子、内因性8921遺伝子、内因性8993遺伝子、内因性955遺伝子、内因性32345遺伝子、内因性966遺伝子、内因性1920遺伝子、内因性17318遺伝子、内因性1510遺伝子、内因性14180遺伝子、内因性26005遺伝子、内因性554遺伝子、内因性16408遺伝子、内因性42028遺伝子、内因性112091遺伝子、内因性13886遺伝子、内因性13942遺伝子、内因性1673遺伝子、内因性54946遺伝子、または内因性2419遺伝子(例えば、「転写的にサイレントな」遺伝子(例えば、通常は発現されないかまたは非常に低いレベルで発現される遺伝子))は、細胞において通常発現される遺伝子産物の発現を促進可能な調節エレメントを挿入することによって活性化され得る。標的化相同組換えのような技術が、例えば、Chappel、US 5,272,071;WO91/06667、1991年5月16日出願に記載されるような異種DNAを挿入するために使用され得る。
(予測医学:)
本発明はまた、予測医学の分野に関する。この分野において、診断アッセイ、予後アッセイ、およびモニタリング臨床試験が、診断(予測)目的のために使用され、それによって個体を予防的に処置する。従って、本発明の1つの局面は、生物学的サンプル(例えば、血液、血清、細胞(例えば、内皮細胞)、または組織(例えば、血管組織))の状況において、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質および/または1722核酸、10280核酸、59917核酸、85553核酸、10653核酸、9235核酸、21668核酸、17794核酸、2210核酸、6169核酸、10102核酸、21061核酸、17662核酸、1468核酸、12282核酸、6350核酸、9035核酸、1820核酸、23652核酸、7301核酸、8925核酸、8701核酸、3533核酸、9462核酸、9123核酸、12788核酸、17729核酸、65552核酸、1261核酸、21476核酸、33770核酸、9380核酸、2569654核酸、33556核酸、53656核酸、44143核酸、32612核酸、10671核酸、261核酸、44570核酸、41922核酸、2552核酸、2417核酸、19319核酸、43969核酸、8921核酸、8993核酸、955核酸、32345核酸、966核酸、1920核酸、17318核酸、1510核酸、14180核酸、26005核酸、554核酸、16408核酸、42028核酸、112091核酸、13886核酸、13942核酸、1673核酸、54946核酸、または2419核酸の発現、ならびに1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の活性を決定し、それによって、個体が、心血管疾患に罹患しているか否かを決定するための診断アッセイに関する。本発明はまた、個体が心血管障害を発症する危険性があるか否かを決定するための診断(または予測)アッセイを提供する。例えば、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子における変異が、生物学的サンプル中でアッセイされ得る。このようなアッセイは、診断目的または予測目的のために使用され、それによって個体は、心血管障害(例えば、アテローム硬化症)の発症前に、予防的に処置され得る。
本発明の別の局面は、臨床試験における、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現または活性に対する1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の調節因子(例えば、抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、または抗2419抗体、または1722リボザイム、10280リボザイム、59917リボザイム、85553リボザイム、10653リボザイム、9235リボザイム、21668リボザイム、17794リボザイム、2210リボザイム、6169リボザイム、10102リボザイム、21061リボザイム、17662リボザイム、1468リボザイム、12282リボザイム、6350リボザイム、9035リボザイム、1820リボザイム、23652リボザイム、7301リボザイム、8925リボザイム、8701リボザイム、3533リボザイム、9462リボザイム、9123リボザイム、12788リボザイム、17729リボザイム、65552リボザイム、1261リボザイム、21476リボザイム、33770リボザイム、9380リボザイム、2569654リボザイム、33556リボザイム、53656リボザイム、44143リボザイム、32612リボザイム、10671リボザイム、261リボザイム、44570リボザイム、41922リボザイム、2552リボザイム、2417リボザイム、19319リボザイム、43969リボザイム、8921リボザイム、8993リボザイム、955リボザイム、32345リボザイム、966リボザイム、1920リボザイム、17318リボザイム、1510リボザイム、14180リボザイム、26005リボザイム、554リボザイム、16408リボザイム、42028リボザイム、112091リボザイム、13886リボザイム、13942リボザイム、1673リボザイム、54946リボザイム、または2419リボザイム)の影響のモニタリングに関する。
これらおよび他の薬剤は、以下の節で、さらに詳細に記載される。
(心血管疾患についての診断アッセイ)
被験体が心血管疾患に罹患しているか否かを決定するために、生物学的サンプルが被験体から得られ、そしてその生物学的サンプルが、生物学的サンプル中の1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質、または1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質をコードする核酸(例えば、mRNAまたはゲノムDNA)を検出し得る化合物または薬剤と接触させられ得る。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはゲノムDNAを検出するのに好ましい薬剤は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはゲノムDNAにハイブリダイズし得る標識核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125または127に示される1722核酸、10280核酸、59917核酸、85553核酸、10653核酸、9235核酸、21668核酸、17794核酸、2210核酸、6169核酸、10102核酸、21061核酸、17662核酸、1468核酸、12282核酸、6350核酸、9035核酸、1820核酸、23652核酸、7301核酸、8925核酸、8701核酸、3533核酸、9462核酸、9123核酸、12788核酸、17729核酸、65552核酸、1261核酸、21476核酸、33770核酸、9380核酸、2569654核酸、33556核酸、53656核酸、44143核酸、32612核酸、10671核酸、261核酸、44570核酸、41922核酸、2552核酸、2417核酸、19319核酸、43969核酸、8921核酸、8993核酸、955核酸、32345核酸、966核酸、1920核酸、17318核酸、1510核酸、14180核酸、26005核酸、554核酸、16408核酸、42028核酸、112091核酸、13886核酸、13942核酸、1673核酸、54946核酸、または2419核酸またはそれらの一部(例えば、少なくとも15、20、25、30、25、40、45、50、100、250または500ヌクレオチド長であり、ストリンジェントな条件下で、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAまたはゲノムDNAに特異的にハイブリダイズするのに十分なオリゴヌクレオチド)であり得る。本発明の診断アッセイにおいて使用するのに適切な他のプローブが、本明細書中に記載されている。
サンプル中の1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091、13886、13942、1673、54946、または2419タンパク質を検出するのに好ましい薬剤は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナル抗体であり得、より好ましくは、モノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体、またはそのフラグメント(例えば、FabまたはF(ab’)2)が、使用され得る。用語「標識」は、プローブまたは抗体に関して、検出可能な物質をプローブまたは抗体に連結(すなわち、物理的に連結)することによるこのプローブまたは抗体の直接的な標識、ならびに直接的に標識された別の試薬との反応性によるこのプローブまたは抗体の間接的な標識を包含することが意図される。間接的な標識の例としては、蛍光標識された二次抗体を使用する一次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンで検出され得るように、ビオチンでDNAプローブの末端を標識する一次抗体の検出が挙げられる。
用語「生物学的サンプル」は、被験体から単離された組織、細胞、および生物学的流体、ならびに被験体内に存在する組織、細胞、および流体を含むことが意図される。すなわち、本発明の検出方法を使用して、インビトロおよびインビボで、生物学的サンプル中の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNA、タンパク質、またはゲノムDNAを検出し得る。例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のmRNAを検出するためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質を検出するためのインビトロ技術としては、酵素結合イムノソルベント検定法(ELISA)、ウエスタンブロット、免疫沈降、および免疫蛍光検査法が挙げられる。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のゲノムDNAを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質を検出するためのインビボ技術としては、被験体への標識抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、抗または2419抗体の導入が挙げられる。例えば、抗体は、被験体における存在および位置が、標準的な画像化技術によって検出され得る放射活性マーカーを用いて、標識され得る。
別の実施形態において、本方法はさらに、コントロール被験体からのコントロール生物学的サンプルを獲得する工程、コントロールサンプルと、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAを検出し得る化合物または薬剤とを接触させる工程(その結果、生物学的サンプルにおける1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの存在が、検出される)、およびコントロールサンプル中の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの存在と、試験サンプル中の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの存在とを比較する工程を包含する。
(心血管疾患についての予後アッセイ)
本発明はさらに、異常な1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現または活性に関連する心血管疾患を有するかまたは発症する危険を有する被験体を同定するための方法に関する。
本明細書中で使用される場合、用語「異常な」は、野生型の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現または活性から逸脱した、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現または活性を含む。異常な発現または活性としては、発現または活性の増加または減少、ならびに野生型の発現の発生的パターンまたは細胞下の発現のパターンに従わない、発現または活性が挙げられる。例えば、異常な1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現または活性は、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子における変異が、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の過少発現または過剰発現を引き起こす場合、ならびにこのような変異が、非機能的1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質あるいは野生型の様式で機能しないタンパク質(例えば、1722基質、10280基質、59917基質、85553基質、10653基質、9235基質、21668基質、17794基質、2210基質、6169基質、10102基質、21061基質、17662基質、1468基質、12282基質、6350基質、9035基質、1820基質、23652基質、7301基質、8925基質、8701基質、3533基質、9462基質、9123基質、12788基質、17729基質、65552基質、1261基質、21476基質、33770基質、9380基質、2569654基質、33556基質、53656基質、44143基質、32612基質、10671基質、261基質、44570基質、41922基質、2552基質、2417基質、19319基質、43969基質、8921基質、8993基質、955基質、32345基質、966基質、1920基質、17318基質、1510基質、14180基質、26005基質、554基質、16408基質、42028基質、112091基質、13886基質、13942基質、1673基質、54946基質、または2419基質と相互作用しないタンパク質、または非1722基質、非10280基質、非59917基質、非85553基質、非10653基質、非9235基質、非21668基質、非17794基質、非2210基質、非6169基質、非10102基質、非21061基質、非17662基質、非1468基質、非12282基質、非6350基質、非9035基質、非1820基質、非23652基質、非7301基質、非8925基質、非8701基質、非3533基質、非9462基質、非9123基質、非12788基質、非17729基質、非65552基質、非1261基質、非21476基質、非33770基質、非9380基質、非2569654基質、非33556基質、非53656基質、非44143基質、非32612基質、非10671基質、非261基質、非44570基質、非41922基質、非2552基質、非2417基質、非19319基質、非43969基質、非8921基質、非8993基質、非955基質、非32345基質、非966基質、非1920基質、非17318基質、非1510基質、非14180基質、非26005基質、非554基質、非16408基質、非42028基質、非112091基質、非13886基質、非13942基質、非1673基質、非54946基質、または非2419基質と相互作用するタンパク質)を生じる場合を含むことが意図される。
本明細書中で記載されるアッセイ(例えば、上述の診断アッセイまたは後述のアッセイ)は、心血管疾患(例えば、アテローム性硬化症、虚血/再灌流障害、高血圧、再狭窄、動脈炎症、および内皮細胞障害が挙げられるが、これらに限定されない)を有するかまたはそれを発症する危険を有する被験体を同定するために使用され得る。生物学的サンプルは、被験体から得られ、そして遺伝的変更の存在または非存在について試験される。例えば、このような遺伝的変更は、以下の少なくとも1つの存在を確認することにより検出され得る:1)1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子からの1つ以上のヌクレオチドの欠失;2)1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子への1つ以上のヌクレオチドの付加;3)1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の1つ以上のヌクレオチドの置換;4)1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の染色体再構築;5)1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子のメッセンジャーRNA転写物レベルの変更;6)ゲノムDNAのメチル化パターンのような、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の異常な改変;7)1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子のメッセンジャーRNA転写物の非野生型スプライシングパターンの存在;8)1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の非野生型レベル;
9)1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の対立遺伝子の喪失;ならびに10)1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の不適切な翻訳後修飾。
本明細書中に記載されるように、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子における遺伝的変更を検出するために使用され得る、当該分野において公知の多くのアッセイが、存在する。例えば、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の遺伝的変更は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)(例えば、米国特許第4,683,195号および同第4,683,202号を参照のこと)(例えば、アンカーPCRまたはRACE PCR)、あるいは、ライゲーション連鎖反応(LCR)(例えば、Landegranら(1988)Science 241:1077−1080;およびNakazawaら(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:360−364を参照のこと)におけるプローブ/プライマーを使用して検出され得、これらのうちの後者は、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子における点変異を検出するために特に有用であり得る(Abravayaら(1995)Nucleic Acids Res.23:675−682を参照のこと)。この方法は、被験体から生物学的サンプルを収集する工程、このサンプルから核酸(例えば、ゲノムDNA、mRNAまたはこれらの両方)を単離する工程、(存在するならば)1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で、この核酸サンプルを、1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子に特異的にハイブリダイズする1つ以上のプライマーと接触させる工程、ならびに増幅産物の存在または非存在を検出する工程、あるいは増幅産物のサイズを検出しそしてコントロールサンプルとその長さを比較する工程を包含する。PCRおよび/またはLCRが、本明細書中に記載される変異を検出するために使用される任意の技術と組合わせて予備的増幅工程として使用するに望ましくあり得ることが、予測される。
代替の増幅法としては以下が挙げられる:自己維持的配列複製(self sustained sequence replication)(Guatelli,J.C.ら(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:1874−1878)、転写増幅系(Kwoh,D.Y.ら(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:1173−1177)、Q−βレプリカーゼ(Lizardi,P.M.ら(1988)Bio−Technology 6:1197)、または他の核酸増幅法のいずれか、その後の当業者に周知の技術を使用する増幅分子の検出。これらの検出スキームは、このような分子が非常に少数で存在する場合に、核酸分子の検出に特に有用である。
代替の実施形態において、生物学的サンプル由来の1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変更によって同定され得る。例えば、サンプルDNAおよびコントロールDNAが、単離され、(必要に応じて)増幅され、1つ以上の制限エンドヌクレアーゼで消化され、そしてフラグメント長サイズが、ゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルDNAとコントロールDNAとの間のフラグメント長サイズの差異は、サンプルDNA中の変異を示す。さらに、配列特異的リボザイム(例えば、米国特許第5,498,531号を参照のこと)の使用は、リボザイム切断部位の発生または喪失によって、特定の変異の存在についてスコア付けするために使用され得る。
他の実施形態において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419における遺伝的変異は、誘導される生物学的サンプルおよびコントロール核酸(例えば、DNAまたはRNA)を、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイにハイブリダイズさせることによって同定され得る(Cronin,M.T.ら(1996)Human Mutation 7:244−255;Kozal,M.J.ら(1996)Nature Medicine 2:753−759)。例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419における遺伝的変異は、Cronin,M.T.ら(1996)(前出)に記載されるような光生成DNAプローブを含む2次元アレイにおいて同定され得る。簡単には、プローブの第1のハイブリダイゼーションアレイを使用して、連続的な重複プローブの線状アレイを作製することによって、サンプルおよびコントロールにおけるDNAの長鎖(long stretch)を通して走査して配列間の塩基変化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程の後に、検出される全ての改変体または変異に相補的なより小さな特定のプローブアレイを使用することによって、特定の変異の特徴付けを可能にする第2のハイブリダイゼーションアレイが続く。各変異アレイは、並行プローブセット、野生型遺伝子に対する1つの相補体、および変異遺伝子に対する他の相補体から構成される。
なお別の実施形態において、当該分野において公知の種々の配列決定反応のいずれかを使用して、生物学的サンプル中の1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子を直接的に配列決定に使用され得、そして生物学的サンプル中の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の配列を、対応する野生型(コントロール)配列と比較することによって変異を検出し得る。配列決定反応の例としては、MaxamおよびGilbert((1977)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 74:560)またはSanger((1977)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 74:5463)によって開発された技術に基づく反応が挙げられる。任意の種々の自動化配列決定手順が、質量分析法による配列決定(例えば、PCT国際公開番号WO94/16101;Cohenら(1996)Adv.Chromatogr.36:127−162;およびGriffinら(1993)Appl.Biochem.Biotechnol.38:147−159を参照のこと)を含む診断アッセイ(Naeve,C.W.(1995)Biotechniques 19:448−53)を行う場合に利用され得ることもまた、企図される。
1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断剤からの保護がRNA/RNA異種二重鎖またはRNA/DNA異種二重鎖中でミスマッチした塩基を検出するために使用される方法が挙げられる(Myersら(1985)Science 230:1242)。一般に、「ミスマッチ切断」の分野の技術は、野生型1722配列、野生型10280配列、野生型59917配列、野生型85553配列、野生型10653配列、野生型9235配列、野生型21668配列、野生型17794配列、野生型2210配列、野生型6169配列、野生型10102配列、野生型21061配列、野生型17662配列、野生型1468配列、野生型12282配列、野生型6350配列、野生型9035配列、野生型1820配列、野生型23652配列、野生型7301配列、野生型8925配列、野生型8701配列、野生型3533配列、野生型9462配列、野生型9123配列、野生型12788配列、野生型17729配列、野生型65552配列、野生型1261配列、野生型21476配列、野生型33770配列、野生型9380配列、野生型2569654配列、野生型33556配列、野生型53656配列、野生型44143配列、野生型32612配列、野生型10671配列、野生型261配列、野生型44570配列、野生型41922配列、野生型2552配列、野生型2417配列、野生型19319配列、野生型43969配列、野生型8921配列、野生型8993配列、野生型955配列、野生型32345配列、野生型966配列、野生型1920配列、野生型17318配列、野生型1510配列、野生型14180配列、野生型26005配列、野生型554配列、野生型16408配列、野生型42028配列、野生型112091配列、または野生型13886配列、野生型13942配列、野生型1673配列、野生型54946配列、野生型2419配列を含む(標識された)RNAまたはDNAを、組織サンプルより得られた潜在的変異RNAまたはDNAとハイブリダイズさせることによって形成される異種二重鎖を提供することによって開始する。二本鎖二重鎖は、コントロール鎖とサンプル鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在するような二重鎖の一本鎖領域を切断する薬剤で処理される。例えば、ミスマッチ領域を酵素的に消化するために、RNA/DNA二重鎖はRNaseで処理され得、DNA/DNAハイブリッドはS1ヌクレアーゼで処理され得る。他の実施形態において、DNA/DNA二重鎖またはRNA/DNA二本鎖のいずれかが、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムで処理され得、そして、ミスマッチ領域を消化するためにピペリジンで処理され得る。ミスマッチ領域の消化後、次いで、生じた物質が、変異部位を決定するために変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズにより分離される。例えば、Cottonら(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:4397およびSaleebaら(1992)Methods Enzymol.217:286−295を参照のこと。好ましい実施形態において、コントロールDNAまたはRNAが、検出のために標識され得る。
なお別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、細胞のサンプルより得られた1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のcDNAの中の点変異を検出およびマッピングするために規定された系において二本鎖DNA中のミスマッチ塩基対を認識する1つ以上のタンパク質(いわゆる「DNAミスマッチ修復」酵素)を使用する。例えば、E.coliのmutY酵素は、G/AミスマッチでAを切断し、そしてHeLa細胞由来のチミジンDNAグリコシラーゼは、G/TミスマッチでTを切断する(Hsuら(1994)Carcinogenesis 15:1657−1662)。例示的実施形態に従って、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の配列(例えば、野生型の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の配列)に基づくプローブは、試験細胞からのcDNA産物または他のDNA産物にハイブリダイズされる。二重鎖は、DNAミスマッチ修復酵素を用いて処理され、そしてその切断産物は、存在する場合、電気泳動的プロトコルなどから検出され得る。例えば、米国特許第5,459,039号を参照のこと。
他の実施形態において、電気泳動的移動度の変更を使用して、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子における変異を同定する。例えば、一本鎖コンフォーメーション多型(SSCP)を使用して、変異体核酸と野生型核酸との間の電気泳動的移動度の差異を検出し得る(Oritaら(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA:86:2766;Cotton(1993)Mutat.Res.285:125−144およびHayashi(1992)Genet.Anal.Tech.Appl.9:73−79もまた参照のこと)。サンプルおよびコントロールの1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の核酸の一本鎖DNAフラグメントは変性され、そして再生される。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変化し、電気泳動的移動度において生じた変更は、単一の塩基変化の検出さえ可能にする。DNAフラグメントは、標識されたプローブで標識されても検出されてもよい。このアッセイの感度は、二次構造が配列の変化により感受性である(DNAよりむしろ)RNAを用いることにより増強され得る。好ましい実施形態において、目的の方法は、電気泳動的移動度の変化に基づいて二本鎖へテロ二重鎖分子を分離するためにヘテロ二重鎖分析を利用する(Keenら(1991)Trends Genet 7:5)。
なお別の実施形態において、変性剤の勾配を含有するポリアクリルアミドゲル中での変異体フラグメントまたは野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)(Myersら(1985)Nature 313:495)を使用してアッセイされる。DGGEが分析法として使用される場合、DNAは、例えば、PCRによって約40bpの高温融解GCリッチDNAのGCクランプを付加することにより完全には変性していないことを確認するために改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールDNAおよびサンプルDNAの移動度の差異を同定するための変性勾配の代わりに使用される(RosenbaumおよびReissner(1987)Biophys Chem 265:12753)。
点変異を検出するための他の技術の例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない:選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーが調製され得、ここで、既知の変異が中心におかれ、次いで、完全な一致が見出される場合にのみハイブリダイゼーションを可能にする条件下で標的DNAにハイブリダイズする(Saikiら(1986)Nature 324:163);Saikiら(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:6230)。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイズ膜に結合しそして標識標的DNAとハイブリダイズする場合に、PCR増幅標的DNAまたは多くの種々の変異にハイブリダイズされる。
あるいは、選択的PCR増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術は、本発明と組合わせて使用され得る。増幅に特異的なプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心に目的の変異を保有し得る(その結果、増幅は、差示的ハイブリダイゼーションに依存する)(Gibbsら(1989)Nucleic Acids Res.17:2437−2448)、または適切な条件下で、ミスマッチが、ポリメラーゼ伸長を防ぎ得るかもしくは低減し得る場合、一方のプライマーの3’末端で目的の変異を保有し得る(Prossner(1993)Tibtech 11:238)。さらに、切断ベース検出を作製するために、変異領域中に新規の制限部位を導入することが、好ましくあり得る(Gaspariniら(1992)Mol.Cell Probes 6:1)。特定の実施形態において、増幅のためにTaqリガーゼを使用して増幅が行われ得ることもまた、明らかである(Barany(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:189)。このような場合に、連結は、5’配列の3’末端で完全なマッチが存在する場合にのみ生じ、これにより、増幅の存在または非存在を探索することによって特定の部位で既知の変異の存在を検出するのを可能にする。
さらに、本明細書中に記載される予後アッセイは、被験体に、心血管疾患(例えば、アテローム性硬化症)を効果的に処置するために1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の調節因子(例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸または低分子)を投与し得るか否かを決定するために用いられ得る。
(臨床試験の間の効果のモニタリング)
本発明はさらに、被験体における心血管疾患(例えば、アテローム性硬化症および/または血栓症)の処置における1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の調節因子(例えば、本明細書において同定される1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の調節因子)の有効性を決定するための方法を提供する。例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子の発現、タンパク質レベルを増加するか、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性をアップレギュレートする、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の調節因子の有効性は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子の発現、タンパク質レベルの減少、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性のダウンレギュレートを示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。あるいは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子の発現、タンパク質レベルを減少するか、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性をダウンレギュレートする1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の調節因子の有効性は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子の発現、タンパク質レベルの増加、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。このような臨床試験において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の遺伝子、および好ましくは、例えば、アテローム硬化症および/または血栓症に関与する他の遺伝子の発現または活性が、「読み出し」すなわち特定の細胞(例えば、血管内皮細胞)の表現型のマーカーとして使用され得る。
例えば(限定のためではなく)、(例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイにおいて同定される)1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の活性を調節する因子での処置によって細胞において調節される、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419を含む遺伝子が、同定され得る。よって、心血管疾患に罹患した被験体に対する1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の活性を調節する因子の効果を(例えば、臨床試験において)研究するために、細胞が単離され得、そしてRNAが調製され得、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419および心血管疾患に関連する他の遺伝子の発現レベルについて分析され得る。遺伝子発現レベル(例えば、遺伝子発現パターン)は、本明細書中に記載されるようなノザンブロット分析もしくはRT−PCRによって、あるいは本明細書中に記載されるような方法の1つによって産生されるタンパク質量を測定することによって、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419または他の遺伝子の活性レベルを測定することによって、定量され得る。この方法において、遺伝子発現パターンは、細胞の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を調節する因子に対する生理学的応答を示すマーカーとして働き得る。この応答状態は、個体を1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を調節する因子で処置する前、またはその間の種々の時点で測定され得る。
好ましい実施形態において、本発明は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を調節する因子(例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される低分子)での被験体の処置の有効性をモニタリングするための方法を提供し、この方法は、以下の工程を包含する:(i)この因子の投与前に投与前のサンプルを被験体から得る工程;(ii)この投与前のサンプル中の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの発現レベルを検出する工程;(iii)1つより多くの投与後のサンプルを被験体から得る工程;(iv)これらの投与後のサンプル中の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの発現レベルまたは活性レベルを検出する工程;(v)投与前のサンプル中の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの発現レベルまたは活性レベルを、投与後のサンプル中の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの発現レベルまたは活性レベルと比較する工程;ならびに(vi)それに従い、被験体に対するこの因子の投与を変更する工程。例えば、因子の投与増加は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現または活性を、検出された(すなわち、この因子の有効性を増加させる)レベルよりも高いレベルに増加することが、望ましくあり得る。あるいは、因子の投与減少は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現または活性を、検出された(すなわち、因子の有効性を減少させる)レベルよりも低いレベルに減少することが、望ましくあり得る。このような実施形態に従って、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現または活性は、観察可能な表現型応答の非存在下ですら、因子の有効性の指標として使用され得る。
(心血管疾患に罹患する被験体の処置方法:)
本発明は、被験体(例えば、アテローム硬化症、虚血/再灌流障害、高血圧、再狭窄、動脈炎症、血栓症、および内皮細胞障害のような心血管疾患の危険性のある(または疾患を罹患しそうな)ヒト)を処置する予防法および治療法の両方を提供する。処置の予防法および治療法の両方の観点で、このような処置は、薬理ゲノム学(pharmacogenomics)の分野から得られる知識に基いて、特異的に仕立てられ(tailore)得るかまたは改変され得る。本明細書中で使用される場合、「薬理ゲノム学」は、遺伝子配列決定、統計的遺伝学および遺伝子発現分析のようなゲノム技術の、臨床開発および市場での薬物に対する適用をいう。より詳細には、この用語は、患者の遺伝子がどのように薬物に対する患者の応答(例えば、患者の「薬物応答表現型」または「薬物応答遺伝子型」)を決定するのかについての研究をいう。
従って、本発明の別の局面は、個々の薬物応答遺伝子型に従って、本発明の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の分子、あるいは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の調節因子のいずれかを用いる被験体の予防処置または治療処置を仕立てるための方法を提供する。薬理ゲノム学によって、臨床医(clinician)または内科医(physician)は、この処置から最も利益を得る患者に対して予防処置または治療処置を標的化することが可能になり、そして毒性薬物関連副作用を被る患者の処置を避けることが可能になる。
(予防法)
1つの局面において、本発明は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現、あるいは1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の活性、例えば、カルシウム流入の調節、細胞移動、またはアテローム硬化型損傷の形成を調節する因子を被験体に投与することによって、被験体において心血管疾患を予防するための方法を提供する。心血管疾患(例えば、アテローム硬化症および/または血栓症)の危険性のある患者は、例えば、本明細書中に記載される診断アッセイまたは予防アッセイのいずれかまたはその組合わせによって、同定され得る。予防薬の投与は、異常な1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の発現または活性に特徴的な症状の徴候の前に生じ得、その結果、心血管疾患が、その進行において予防、または遅延される。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の異常の型に依存して、例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のアゴニスト剤、または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のアンタゴニスト剤が、被験体の処置のために使用され得る。適切な因子は、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイに基いて決定され得る。
(治療法)
心血管疾患の症状が改善され得る方法および組成物が、本明細書中に記載される。特定の心血管疾患が、過剰なレベルの遺伝子産物によってか、または異常な活性もしくは過剰な活性を示す遺伝子産物の存在によって、少なくとも部分的にもたらされる。従って、このような遺伝子産物のレベルおよび/または活性の減少は、心血管疾患の症状の改善をもたらす。遺伝子発現レベルまたはタンパク質活性の減少のための技術は、以下に議論される。
あるいは、特定の他の心血管疾患が、遺伝子発現レベルの非存在または減少によってかまたはタンパク質活性レベルの減少によって、少なくとも部分的にもたらされる。従って、このようなタンパク質の遺伝子発現および/または活性のレベルの増加は、心血管疾患の症状の改善をもたらす。
いくつかの場合において、疾患状態における遺伝子のアップレギュレーションは、疾患状態に対応するその遺伝子産物についての保護的役割を反映する。このような遺伝子発現の増加、または遺伝子産物の活性の増加は、それが発揮する保護的効果を強化する。いくつかの心血管疾患状態は、このような保護的遺伝子の異常に低いレベルの活性から生じ得る。これらの場合においてもまた、遺伝子発現のレベルの増加および/またはこのような遺伝子産物の活性の増加は、心血管疾患の症状の改善をもたらす。標的遺伝子発現レベルまたは標的遺伝子産物活性レベルを増加するための技術は、本明細書中に議論される。
従って、本発明の別の局面は、治療目的で1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の発現または活性を調節する方法に関する。よって、例示的実施形態において、本発明の調節方法は、細胞を、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419、あるいは細胞(例えば、内皮細胞、または卵巣細胞)に関連する1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質活性の1つ以上の活性を調節する因子と接触させる工程を、包含する。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質活性を調節する因子は、本明細書中に記載されるような因子(例えば、核酸またはタンパク質、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質の天然に存在する標的分子(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のリガンドまたは基質)、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の抗体、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のアゴニストまたはアンタゴニスト、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のアゴニストまたはアンタゴニストのペプチド模倣物、あるいは、他の低分子)であり得る。1つの実施形態において、この因子は、1つ以上の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を刺激する。このような刺激因子の例としては、活性な1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質、および細胞中に導入された1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419をコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、この因子は、1つ以上の1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、
もしくは2419の活性を阻害する。このような阻害因子の例としては、アンチセンス1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の核酸分子、抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、もしくは抗2419抗体、および1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のインヒビターが挙げられる。これらの調節法は、(例えば、細胞を因子とともに培養することによって)インビトロで、あるいは(例えば、因子を被験体に投与することによって)インビボで行われ得る。従って、本発明は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質または核酸分子の、異常な発現もしくは活性または所望されない発現もしくは活性によって特徴付けられる疾患または障害に罹患した個体を処置する方法を提供する。1つの実施形態において、本発明は、因子(例えば、本明細書中に記載される少なくともアッセイによって同定される因子)、あるいは1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の発現または活性を調節する(例えば、アップレギュレートまたはダウンする)因子の組み合わせを投与する工程を包含する。別の実施形態において、本方法は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の減少した異常な発現もしくは活性または所望されない発現もしくは活性を補う治療薬として、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質または核酸分子を投与する工程を包含する。
1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性の刺激は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419が異常にダウンレギュレートされる状況および/または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の増加した活性が有益な効果を有するようである状況において望ましい。同様に、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性の阻害は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419が異常にアップレギュレートされる状況および/または1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の減少した活性が有益な効果を有するようである状況において望ましい。
(標的遺伝子の発現、合成、または活性を阻害するための方法)
上で考察されるように、心血管障害に関連する遺伝子は、遺伝子活性の増加したレベルを介してこのような障害を引き起こし得る。いくつかの場合において、このようなアップレギュレーションは、疾患状態に対して原因となるかまたは増悪させる影響を有し得る。種々の技術が、このような遺伝子および/またはタンパク質の発現、合成、または活性を阻害するために使用され得る。
例えば、上記のアッセイを介して同定される化合物のような化合物(阻害性活性を示す)は、本発明に従って、心血管疾患の症状を軽減するために使用され得る。このような分子としては、有機低分子、ペプチド、抗体などが挙げられ得るが、これらに限定されない。
例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質に対する内因性リガンドと競合する化合物が投与され得る。リガンド結合した1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質の量に生じる減少は、内皮細胞生理学を調節する。この目的のために特に有用であり得る化合物は、例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質の可溶性タンパク質または可溶性ペプチド、1つ以上の細胞外ドメインを含むペプチド、またはその一部および/もしくはアナログ(例えば、Ig−テールド(tailed)融合タンパク質のような可溶性融合タンパク質を含む)が挙げられる(Ig−テールド融合タンパク質の産生についての考察について、例えば、米国特許第5,116,964号を参照のこと)。あるいは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のレセプター部位に結合するが、タンパク質を活性化しない、リガンドアナログまたは抗体のような化合物(例えば、レセプター−リガンドアンタゴニスト)は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質活性を阻害するのに有効であり得る。
さらに、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子の発現を阻害するアンチセンス分子およびリボザイム分子もまた、本発明に従って、異常な1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子活性を阻害するために使用され得る。なおさらに、3重らせん分子は、異常な1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子活性を阻害する際に利用され得る。
本発明の方法に使用されるアンチセンス核酸分子は、代表的に、被験体に投与されるかまたはインサイチュで産生され、その結果、これらは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質をコードする細胞性mRNAおよび/またはゲノムDNAにハイブリダイズするかまたは結合して、それによって、例えば、転写および/または翻訳を阻害することによって、タンパク質の発現を阻害する。ハイブリダイゼーションは、安定な二重鎖を形成するための従来のヌクレオチド相補性によって、または、例えば、DNA二重鎖に結合するアンチセンス核酸分子の場合、二重らせんの主溝における特異的な相互作用を介してであり得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与の経路の例としては、組織部位での直接的注射が挙げられる。あるいは、アンチセンス核酸分子を改変して、選択された細胞を標的とし、次いで、全身に投与し得る。例えば、全身投与に関して、アンチセンス分子は、例えば、細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に、アンチセンス核酸分子を連結することによって、このアンチセンス分子が、選択された細胞表面上で発現されたレセプターまたは抗原に特異的に結合するように改変され得る。このアンチセンス核酸分子はまた、本明細書中で記載されるベクターを使用して、細胞に送達され得る。アンチセンス分子の十分な細胞内濃度を達成するために、アンチセンス核酸分子が、強力なpol IIプロモーターまたはpol IIIプロモーターの制御下に配置されるベクター構築物が、好ましい。
なお別の実施形態において、本発明の方法に使用されるアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子である。α−アノマー核酸分子は、相補的RNAと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成する。ここでは、通常のβ−ユニットとは対照的に、鎖は互いに対して平行に走る(Gaultierら(1987)Nucleic Acids Res.15:6625−6641)。アンチセンス核酸分子はまた、2’−o−メチルリボヌクレオチド(Inoueら(1987)Nucleic Acids Res.15:6131−6148)またはキメラRNA−DNAアナログ(Inoueら(1987)FEBS Lett.215:327−330)を含み得る。
なお別の実施形態において、本発明の方法に使用されるアンチセンス核酸は、リボザイムである。リボザイムは、これらのリボザイムが相補的領域を有する、一本鎖核酸(例えば、mRNA)を切断し得るリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性RNA分子である。従って、リボザイム(例えば、ハンマーヘッドリボザイム(HaselhoffおよびGerlach(1988)Nature 334:585−591に記載される))は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のmRNA転写物を触媒的に切断するために使用されて、それによって、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のmRNAの翻訳を阻害し得る。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のコード核酸に対して特異性を有するリボザイムは、本明細書中に開示される1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のcDNA(すなわち、配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、111、113、115、117、119、121、123、125もしくは127)のヌクレオチド配列に基づいて設計され得る。例えば、Tetrahymena L−19 IVS RNAの誘導体は、活性部位のヌクレオチド配列が1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のコードmRNAにおいて切断されるべきヌクレオチド配列に対して相補的であるように構築され得る(例えば、Cechら、米国特許第4,987,071号;およびCechら、米国特許第5,116,742号を参照のこと)。あるいは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のmRNAを使用して、RNA分子のプールから特異的なリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性RNAを選択し得る(例えば、Bartel,D.およびSzostak,J.W.(1993)Science 261:1411−1418を参照のこと)。
1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子の発現はまた、標的細胞中で1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子の転写を阻害する三重ヘリックス構造を形成するために、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の調節領域(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のプロモーターまたはエンハンサー)に相補的なヌクレオチド配列を標的とすることによって阻害され得る(例えば、Helene,C.ら(1991)Anticancer Drug Des.6(6):569−84;Helene,C.(1992)Ann.N.Y.Acad.Sci.660:27−36;およびMaher,L.J.(1992)Bioassays 14(12):807−15を参照のこと)。
1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質に特異的であって、かつその活性を妨害する抗体もまた、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質機能を調節または阻害するために使用され得る。このような抗体は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質自体、あるいはこのタンパク質の部分に対応するペプチドに対して、本明細書中に記載される標準的技術を使用して作製され得る。このような抗体としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、Fabフラグメント、単鎖抗体、またはキメラ抗体が挙げられるが、これらに限定されない。
標的遺伝子タンパク質が細胞内にあり、かつ全抗体が使用される例において、内部移行(internalizing)抗体が好ましくあり得る。リポフェクチンリポソームは、標的エピトープを細胞に結合するFab領域の抗体またはフラグメントを送達するために使用され得る。抗体のフラグメントが使用される場合、標的タンパク質の結合ドメインに結合する最小の阻害性フラグメントが、好ましい。例えば、標的遺伝子タンパク質に結合する抗体の可変領域のドメインに対応するアミノ酸配列を有するペプチドが使用され得る。このようなペプチドは、当該分野で周知の方法を使用して、化学的に合成され得るかまたは組換えDNA技術を介して産生され得る(例えば、Creighton(1983)、上記;およびSambrookら、(1989)上記に記載される)。細胞内標的遺伝子エピトープに結合する単鎖中和抗体もまた、投与され得る。このような単鎖抗体は、例えば、Marascoら、(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:7889−7893に記載されるような技術を利用することにより、例えば、標的細胞集団内で単鎖抗体をコードするヌクレオチド配列を発現させることによって、投与され得る。
いくつかの例において、標的遺伝子タンパク質は、細胞外にあるか、または膜貫通タンパク質(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質)である。例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質の1つ以上の細胞外ドメインに特異的であり、かつその活性を妨害する抗体は、心血管疾患の処置に特に有用である。このような抗体は、特に効率的である。なぜなら、これらは、血流から直接的に標的ドメインにアクセスし得るからである。ペプチド投与に適切な、以下に記載される任意の投与技術が、阻害性標的遺伝子抗体をそれらの作用部位に効率的に投与するために利用され得る。
(標的遺伝子活性を再生または増大させる方法)
心血管疾患を生じる遺伝子は、心血管疾患状況内で過小発現され得る。あるいは、このような遺伝子のタンパク質産物の活性は、低下され得、心血管疾患の発症を導く。このような遺伝子発現のダウンレギュレートまたはタンパク質活性の低下は、疾患状態に対する原因的影響または悪化させる影響を有し得る。
いくつかの場合において、疾患状態においてアップレギュレートされる遺伝子は、保護効果を発揮し得る。種々の技術が、心血管疾患状態に対する保護効果を発揮する、遺伝子および/またはタンパク質の発現、合成、または活性を増大させるために用いられ得る。
この節に記載されるものは、心血管疾患の症状が改善されるレベルまで、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性のレベルが増大され得る方法である。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性のレベルは、例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子発現のレベルを増加させるか、または存在する活性な1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質のレベルを増加させることのいずれかによって、増加され得る。
例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質は、心血管疾患の症状を改善するのに十分なレベルで、このような症状を示す患者に投与され得る。以下で議論される技術のいずれかが、このような投与のために用いられ得る。当業者は、以下に記載されるような技術を利用して、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質の有効な、非毒性用量の濃度を決定する方法を容易に知る。
さらに、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質をコードするRNA配列は、心血管疾患症状を示す患者に、心血管疾患症状が改善される1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質のレベルを生じるのに十分な濃度で、直接投与され得る。化合物の細胞内投与を達成する以下に記載される技術(例えば、リポソーム投与)のいずれかは、このようなRNA分子の投与のために用いられ得る。RNA分子は、例えば、本明細書中に記載されるような組換え技術により作製され得る。
さらに、被験体は、遺伝子置換治療により処置され得る。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の機能を有する、正常な1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質の産生を指向する、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子、あるいはその部分の1以上のコピーは、DNAを細胞へと導入する他の粒子(例えば、リポソーム)に加えて、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、およびレトロウイルスベクターを含むが、これらに限定されない、ベクターを用いて細胞へと挿入され得る。さらに、上記のような技術は、ヒト細胞への、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の遺伝子配列の導入のために用いられ得る。
次いで、細胞、好ましくは、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の発現遺伝子配列を含む自系の細胞は、心血管疾患の症状の改善を可能にする位置で被験体へと導入または再導入され得る。このような細胞置換技術は、例えば、遺伝子産物が、分泌された、細胞外遺伝子産物である場合、好適であり得る。
(薬学的組成物)
本発明の別の局面は、心血管疾患、例えば、アテローム硬化症に罹患した被験体を処置するための方法に関する。これらの方法は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の発現または活性を調節する因子(例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイにより同定される因子)、またはこのような因子の組み合わせを、被験体に投与することを包含する。別の実施形態では、この方法は、低下した、異常な、または望ましくない、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の発現または活性を補償するための治療として、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質または核酸分子を、被験体に投与することを包含する。
1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性の刺激は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419が異常にダウンレギュレートされる、そして/あるいは増加した1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性が、有益な効果を有すると考えられる状況において好適である。同様に、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性の阻害は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419が、異常にアップレギュレートされる、そして/あるいは減少した1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性が、有益な効果を有すると考えられる状況、例えば、アテローム硬化症、腫瘍形成の阻害において好適である。
1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を調節する因子は、このような投与に適切な薬学的組成物を用いて、被験体に投与され得る。このような組成物は、代表的には、因子(例えば、核酸分子、タンパク質、または抗体)および薬学的に受容可能なキャリアを含む。本明細書中で使用される場合、語「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的投与に適合性の、任意および全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗細菌性および抗真菌性の薬剤、等張剤および吸収遅延剤などを含むことが意図される。このような媒体および薬剤の、薬学的に活性な物質のための使用は、当該分野で周知である。活性な化合物と非適合性の任意の従来の媒体または薬剤の範囲を除いて、このような媒体の本発明の組成物における使用が意図される。補助的な活性化合物もまた、この組成物に組み込まれ得る。
本発明の治療方法において用いられる薬学的組成物は、その意図される投与経路と適合性となるように処方される。投与経路の例としては、非経口的(例えば、静脈内)、皮内、皮下、経口(例えば、吸入)、経皮(局所的)、経粘膜、および直腸投与が挙げられる。非経口、皮内、または皮下適用のために使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る:滅菌希釈剤(例えば、注射のための水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒);抗細菌剤(例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン);抗酸化剤(例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム);キレート剤(例えば、エチレンジアミン四酢酸);緩衝液(例えば、酢酸塩、クエン酸塩、またはリン酸塩)、および張性を調整するための薬剤(例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース)。pHは、酸または塩基(例えば、塩酸または水酸化ナトリウム)を用いて調整され得る。非経口的調製物は、ガラス製またはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ、または複数用量のバイアルに封入され得る。
注射用途に適切な薬学的組成物は、滅菌注射溶液または分散液の即時調製物のための滅菌水溶液(水溶性の場合)または分散液、および滅菌粉末を含む。静脈内投与については、適切なキャリアには、生理学的生理食塩水、静菌水、Cremophor ELTM(BASF;Parsippany、NJ)またはリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)が挙げられる。全ての場合において、この組成物は、滅菌されなければならず、そして容易なシリンジ能力(syringability)が存在する程度にまで流動的にされるべきである。これは製造および貯蔵の条件下で安定でなければならず、そして微生物(例えば、細菌および真菌)の汚染作用に対して保存されなければならない。このキャリアは、溶媒または分散媒体(例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど)を含む)、ならびにそれらの安定な混合物であり得る。適切な流動性は、例えば、コーティング(例えば、レシチン)の使用によって、分散の場合に必要とされる粒子サイズの維持によって、および界面活性剤の使用によって維持され得る。微生物の作用の予防は、種々の抗細菌剤および抗真菌剤(例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど)によって達成され得る。多くの場合、等張剤(例えば、糖、ポリアルコール(例えば、マンニトール、ソルビトール)、および塩化ナトリウム)をこの組成物中に含むことが好ましい。注射用組成物の延長した吸収は、吸収を遅延させる薬剤(例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン)をこの組成物中に含むことによって、もたらされ得る。
滅菌注射用溶液は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を調節する因子(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419のタンパク質のフラグメント、あるいは抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、もしくは抗2419抗体)を、上記で列挙した成分の1以上の組合せを用いて、必要とされる量で、適切な溶媒中に取り込ませ、必要に応じて、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般に、分散剤は、活性化合物を、基礎となる分散媒体および上記に列挙された成分のうちの必要とされる他の成分を含む滅菌ビヒクル中に取り込むことによって調製される。滅菌注射用溶液の調製のための滅菌粉末の場合、調製の好ましい方法は、減圧乾燥および凍結乾燥であり、これらは、予め滅菌濾過された溶液から活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末を生じる。
経口組成物は、一般に、不活性希釈剤または食用キャリアを含む。これらは、ゼラチンカプセルに封入され得るか、または錠剤に加圧され得る。経口治療投与の目的で、この活性化合物は、賦形剤と共に組み込まれ、そして錠剤、トローチ、またはカプセルの形態で使用され得る。経口組成物はまた、うがい薬としての使用のための流体キャリアを使用して調製され得、ここで、流体キャリア中の化合物は、経口的に適用され、そしてスウィッシュ(swish)されて、吐き出されるか、または飲み込まれる。薬学的に適合性の結合剤、および/またはアジュバント材料が、この組成物の一部として含まれ得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、以下の成分のいずれかまたは同様の性質を有する化合物を含み得る:結合剤(例えば、微結晶セルロース、ガムトラガントまたはゼラチン);賦形剤(例えば、デンプンまたはラクトース)、崩壊剤(例えば、アルギン酸、Primogel、またはコーンスターチ);滑沢剤(例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはSterotes);グライダント(glidant)(例えば、コロイド状二酸化ケイ素);甘味剤(例えば、スクロースまたはサッカリン);あるいは矯味矯臭剤(例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジフレーバー)。
吸入による投与のために、化合物は、適切な噴霧剤(例えば、二酸化炭素のような気体)を含む加圧容器もしくはディスペンサー、またはネブライザーからのエアロゾルスプレーの形態で送達される。
全身投与もまた、経粘膜手段または経皮手段によってなされ得る。経粘膜投与または経皮投与のために、透過されるべき障壁に対して適切な透過剤が、処方物中に使用される。そのような透過剤は、当該分野で一般的に公知であり、そのような透過剤としては、例えば、経粘膜投与のためには、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、経鼻スプレーまたは坐剤の使用を介して達成され得る。経皮投与のために、活性化合物は、当該分野で一般的に公知であるような、軟膏、軟膏剤、ゲル、またはクリームへと処方される。
1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を調節する薬剤もまた、(例えば、カカオ脂および他のグリセリドのような、従来の坐剤基剤を用いて)坐剤の形態で調製され得るか、または経直腸送達のために保持浣腸の形態で調製され得る。
1つの実施形態において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を調節する薬剤は、その化合物が身体から迅速に排出されるのを防ぐキャリアを用いて調製される(例えば、移植物および微小カプセル化送達システムを含む、徐放性処方物)。生分解性の生体適合性ポリマー(例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸)が、使用され得る。そのような処方物の調製方法は、当業者にとって明らかである。それらの物質はまた、Alza CorporationおよびNova Pharmaceuticals,Inc.から商業的に入手され得る。リポソーム懸濁物(ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を含む、感染細胞に標的されるリポソームを含む)もまた、薬学的に受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば、米国特許第4,522,811号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
投与の容易さおよび投薬の均一性のために、投薬単位形態で、経口組成物または非経口組成物を処方することが、特に有益である。本明細書で使用される投薬単位形態は、処置される被験体のための単位投薬量として適切な、物理的に個々の単位をいい;各単位は、必要とされる薬学的キャリアと関連して、所望の治療的効果を生じるように計算された所定量の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての詳細は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、もしくは2419の活性を調節する因子の固有の特性、および達成される特定の治療効果、ならびに被験体の処置のためのこのような因子を調合する当該分野に固有の制限によって示され、そしてこれらに直接依存する。
このような因子の毒性および治療効率は、例えば、LD50(集団の50%に致死的な用量)およびED50(集団の50%において治療的に有効な用量)を決定するための、細胞培養または実験動物における標準的な薬学的手順によって決定され得る。毒性と治療効果との間での用量比は、治療指数であり、そしてこれは、LD50/ED50比として表され得る。大きな治療指数を示す因子が好ましい。毒性の副作用を示す因子が使用され得るが、感染していない細胞に対する可能性のある損傷を最少にし、それによって副作用が減少するように、患部組織の部位に対してそのような因子を標的化する送達システムを設計するように、注意するべきである。
細胞培養アッセイおよび動物研究から得られたデータは、ヒトでの使用のための投薬量の範囲を処方する際に使用され得る。このような1722調節因子、10280調節因子、59917調節因子、85553調節因子、10653調節因子、9235調節因子、21668調節因子、17794調節因子、2210調節因子、6169調節因子、10102調節因子、21061調節因子、17662調節因子、1468調節因子、12282調節因子、6350調節因子、9035調節因子、1820調節因子、23652調節因子、7301調節因子、8925調節因子、8701調節因子、3533調節因子、9462調節因子、9123調節因子、12788調節因子、17729調節因子、65552調節因子、1261調節因子、21476調節因子、33770調節因子、9380調節因子、2569654調節因子、33556調節因子、53656調節因子、44143調節因子、32612調節因子、10671調節因子、261調節因子、44570調節因子、41922調節因子、2552調節因子、2417調節因子、19319調節因子、43969調節因子、8921調節因子、8993調節因子、955調節因子、32345調節因子、966調節因子、1920調節因子、17318調節因子、1510調節因子、14180調節因子、26005調節因子、554調節因子、16408調節因子、42028調節因子、112091調節因子、13886調節因子、13942調節因子、1673調節因子、54946調節因子、または2419調節因子の投薬量は、好ましくは、わずかな毒性を有するかまたは毒性を全く有さないでED50を含む、循環濃度の範囲内である。投薬量は、使用される投薬形態および利用される投与の経路に依存して、この範囲内で変化し得る。本発明の治療方法において使用される任意の因子については、治療有効用量は、細胞培養アッセイから最初に概算され得る。用量は、細胞培養物中で決定されるような、IC50(すなわち、症状の最大の半分の抑制を達成する試験化合物の濃度)を含む、循環血漿濃度の範囲を達成するように、動物モデルにおいて処方され得る。このような情報は、ヒトにおける有用な用量をより正確に決定するために使用され得る。血漿中でのレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって測定され得る。
本明細書中に規定されるように、タンパク質またはポリペプチドの治療有効量(すなわち、有効投薬量)は、約0.001〜30mg/kg体重、好ましくは約0.01〜25mg/kg体重、より好ましくは約0.1〜20mg/kg体重、およびさらにより好ましくは約1〜10mg/kg、2〜9mg/kg、3〜8mg/kg、4〜7mg/kg、または5〜6mg/kg体重の範囲である。疾患または障害の重篤度、事前の処置、被験体の一般的な健康状態および/もしくは年齢、ならびに他の疾患の存在を含むがこれらに限定されない特定の要因が、被験体を効果的に処置するために必要とされる投薬量に影響を与え得ることが、当業者に理解される。さらに、治療有効量のタンパク質、ポリペプチドまたは抗体での被験体の処置は、単回の処置を含み得るか、または好ましくは、一連の処置を含み得る。
好ましい例においては、被験体は、約0.1〜20mg/kg体重の範囲の抗体、タンパク質またはポリペプチドを用いて、約1〜10週間の間、好ましくは2〜8週間の間、より好ましくは約3〜7週間の間、およびさらにより好ましくは約4、5、または6週間の間、1週間に1回、処置される。処置のために使用される抗体、タンパク質またはポリペプチドの有効投薬量が、特定の処置の経過にわたって増大し得るかまたは減少し得ることもまた、理解される。投薬量の変化が生じ得、そして本明細書中に記載されているような診断アッセイの結果から明白となる。
本発明は、発現または活性を調節する因子を含む。因子は、例えば、低分子であり得る。例えば、このような低分子としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない:ペプチド、ペプチド模倣物、アミノ酸、アミノ酸アナログ、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドアナログ、ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、約10,000g/モル未満の分子量を有する有機化合物または無機化合物(すなわち、へテロ有機化合物および有機金属化合物を含む)、約5,000g/モル未満の分子量を有する有機化合物または無機化合物、約1,000g/モル未満の分子量を有する有機化合物または無機化合物、約500g/モル未満の分子量を有する有機化合物または無機化合物、ならびにこのような化合物の塩、エステル、および薬学的に受容可能な他の形態。低分子因子の適切な用量が当該分野の医師、獣医師または研究者の知識内の多くの要因に依存することが、理解される。低分子の用量は、例えば、処置される被験体またはサンプルの正体、サイズおよび状態に依存して、適用可能な場合、この組成物が投与される経路、およびこの低分子が有していることを開業医が所望する、本発明の核酸またはポリペプチドに対する効果にさらに依存して、変化する。
例示的な用量は、被験体またはサンプル重量1kgあたりmgまたはμgの量の低分子を含む(例えば、約1μg/kg〜約500mg/kg、約100μg/kg〜約5mg/kg、または約1μg/kg〜約50μg/kg)。
低分子の適切な用量は、調節されるべき発現または活性に関するこの低分子の効力に依存することがさらに理解される。このような適切な用量は、本明細書中で記載されるアッセイを使用して、決定され得る。これらの低分子の1つ以上が、本発明のポリペプチドまたは核酸の発現または活性を調節するために、動物(例えば、ヒト)に投与される場合、医師、獣医または研究者は、例えば、初めに比較的低い用量を処方し、続いて、適切な応答が得られるまで、この用量を増加し得る。さらに、任意の特定の動物被験体についての特定の用量レベルは、用いられる特定の化合物の活性、被験体の年齢、体重、一般的な健康状態、性別および食餌、投与時間、投与経路、排泄速度、任意の薬物の組合せ、ならびに調節されるべき発現または活性の程度を含む種々の因子に依存することが、理解される。
さらに、抗体(またはそのフラグメント)が、治療的部分(例えば、細胞毒、治療剤または放射性金属イオン)に結合され得る。細胞毒または細胞傷害性剤としては、細胞に対して有害な任意の因子を含む。例としては、タキソール、サイトカラシンB、グラミシジンD、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンD、1−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロールおよびプロマイシン、ならびにそれらのアナログまたはホモログが挙げられる。治療剤としては、代謝拮抗剤(例えば、メトトレキサート、6−メルカプトプリン、6−チオグアニン、シタラビン、5−フルオロウラシルデカルバジン)、アルキル化剤(例えば、メクロレタミン、チオエパクロランブシル、メルファラン、カルムスチン(BSNU)およびロムスチン(CCNU)、シクロソスファミド(cyclothosphamide)、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンC、ならびにcis−ジクロロジアミン白金(II)(DDP)シスプラチン)、アントラサイクリン(例えば、ダウノルビシン(以前は、ダウノマイシン)およびドキソルビシン)、抗生物質(例えば、ダクチノマイシン(以前は、アクチノマイシン)、ブレオマイシン、ミトラマイシンおよびアントラマイシン(AMC))、ならびに抗有糸分裂剤(例えば、ビンクリスチンおよびビンブラスチン)が挙げられるが、これらに限定されない。
本発明の結合体は、所定の生物学的応答を変更するために使用され得、薬物部分は、古典的な化学療法剤に限定されると解釈されるべきではない。例えば、薬物部分は、所望の生物学的活性を保有するタンパク質またはポリペプチドであり得る。このようなタンパク質としては、例えば、毒素(例えば、アブリン、リシンA、プセウドモナス体外毒素またはジフテリア毒素;タンパク質(例えば、腫瘍壊死因子、α−インターフェロン、β−インターフェロン、神経成長因子、血小板由来増殖因子、組織プラスミノゲンアクチベータ;または生物学的応答調節因子(例えば、リンホカイン、インターロイキン−1(「IL−1」)、インターロイキン−2「IL−2」)、インターロイキン−6(「IL−6」)、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(「GM−CSF」)、顆粒球コロニー刺激因子(「G−CSF」)、または他の増殖因子が挙げられ得る。
このような治療的部分を抗体に結合するための技術は、周知である。例えば、Arnonら.,「Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy」,Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy,Reisfeldら(編),pp.243−56(Alan R.Liss,Inc.1985);Hellstromら,「Antibodies For Drug Delivery」,Controlled Drug Delivery(第2版),Robinsonら(編),pp.623−53(Marcel Dekker,Inc.1987);Thorpe,「Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy:A Review」,Monoclonal Antibodies ’84:Biological And Clinical Applications,Pincheraら(編),pp.475−506(1985);「Analysis,Results,And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy」,Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy,Baldwinら(編),pp.303−16(Academic Press 1985),およびThorpeら、「The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody−Toxin Conjugates」,Immunol.Rev.,62:119−58(1982)を参照のこと。あるいは、抗体は、米国特許第4,676,980号(Segal)により記載されるように、第2の抗体と結合されて、抗体ヘテロ結合体を形成し得る。
本発明の方法において使用される核酸分子は、ベクターに挿入され、遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈注射、局所投与(米国特許第5,328,470号を参照のこと)または定位注射(例えば、Chenら、(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:3054−3057を参照のこと)によって、被験体に送達され得る。遺伝子治療ベクターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中に遺伝子治療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれる徐放マトリクスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞(例えば、レトロウイルスベクター)からインタクトで産生され得る場合、薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する1つ以上の細胞を含み得る。
(薬理ゲノム学_Toc504466020(pharmacogenomics_Toc504466020))
本発明の治療方法と共に、薬理ゲノム学(すなわち、被験体の遺伝子型とこの被験体の外来化合物または薬物に対する応答との間の関係の研究)が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血液濃度との間の関係を変更することにより、重篤な毒性または治療の失敗をもたらし得る。従って、医師または臨床医は、1722活性、10280活性、59917活性、85553活性、10653活性、9235活性、21668活性、17794活性、2210活性、6169活性、10102活性、21061活性、17662活性、1468活性、12282活性、6350活性、9035活性、1820活性、23652活性、7301活性、8925活性、8701活性、3533活性、9462活性、9123活性、12788活性、17729活性、65552活性、1261活性、21476活性、33770活性、9380活性、2569654活性、33556活性、53656活性、44143活性、32612活性、10671活性、261活性、44570活性、41922活性、2552活性、2417活性、19319活性、43969活性、8921活性、8993活性、955活性、32345活性、966活性、1920活性、17318活性、1510活性、14180活性、26005活性、554活性、16408活性、42028活性、112091活性、13886活性、13942活性、1673活性、54946活性、または2419活性を調節する薬剤を投与するか否かを決定する際、ならびに1722活性、10280活性、59917活性、85553活性、10653活性、9235活性、21668活性、17794活性、2210活性、6169活性、10102活性、21061活性、17662活性、1468活性、12282活性、6350活性、9035活性、1820活性、23652活性、7301活性、8925活性、8701活性、3533活性、9462活性、9123活性、12788活性、17729活性、65552活性、1261活性、21476活性、33770活性、9380活性、2569654活性、33556活性、53656活性、44143活性、32612活性、10671活性、261活性、44570活性、41922活性、2552活性、2417活性、19319活性、43969活性、8921活性、8993活性、955活性、32345活性、966活性、1920活性、17318活性、1510活性、14180活性、26005活性、554活性、16408活性、42028活性、112091活性、13886活性、13942活性、1673活性、54946活性、または2419活性を調節する薬剤を用いる処置の投薬量および/または治療レジメンを変更する際に、関連の薬理ゲノム学研究において得られた知識を適用することを考慮し得る。
薬理ゲノム学は、変更された薬物素因および罹患した個人における異常な作用に起因する薬物に対する応答における、臨床学的に有意な遺伝的バリエーションを扱う。例えば、Eichelbaum,M.ら、(1996)Clin.Exp.Pharmacol.Physiol.23(10−11):983−985およびLinder,M.W.ら、(1997)Clin.Chem.43(2):254−266を参照のこと。一般に、2つの型の薬理遺伝子学条件は、区別され得る。遺伝的条件は、薬物が身体に作用する様式を変更する(変更された薬物作用)単一因子として伝わったか、または遺伝的条件は、身体が薬物に作用する様式を変更する(変更された薬物代謝)単一因子として伝わった。これらの薬理遺伝子学条件は、稀な遺伝子欠損としてかまたは天然に存在する多型としてかの、いずれかとして生じ得る。例えば、グルコース−6−ホスフェートアミノペプチダーゼ欠損(G6PD)は、一般的な遺伝性酵素病であり、ここで、主な臨床学的合併症は、酸化薬剤(抗マラリア薬、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン)の摂取およびソラマメの消費後の溶血である。
「ゲノムワイドアソシエーション(genome−wide association)」として知られている、薬物応答を予測する遺伝子を同定するための、1つの薬理ゲノム学アプローチは、すでに知られている遺伝子関連マーカー(例えば、「二座対立遺伝子」遺伝子マーカーマップ(これは、60,000〜100,000の多型またはヒトゲノム上の可変性部位からなり、これらの各々が、2つの改変体を有する))からなるヒトゲノムの高解像度マップに、主に依存する。このような高解像度遺伝地図は、特定の観察された薬物応答または副作用に関連したマーカーを同定するために、第II期/第III期の薬物試験に参加した統計学的に有意な数の患者の各々のゲノムのマップと比較され得る。あるいは、このような高解像度マップは、ヒトゲノムにおいて、数千万の公知の単一ヌクレオチド多型(SNP)の組み合わせから生じ得る。本明細書中で使用される場合、「SNP」は、DNAのストレッチにおいて、単一ヌクレオチド塩基において生じる一般的な変更である。例えば、SNPは、DNAの1000塩基毎に1回起き得る。SNPは、疾患プロセスに関与し得るが、大部分は、疾患に関連しないかもしれない。このようなSNPの発生に基づく遺伝地図が与えられると、個体は、これら個々のゲノムにおいて、SNPの特定のパターンに依存して、遺伝子のカテゴリーに分類され得る。このような様式において、処置レジメンは、遺伝学的に類似の個体の間で共通であり得る特性を考慮して、このような遺伝子学的に類似の個体の群に対して変更され得る。
あるいは、「候補遺伝子アプローチ」と呼ばれる方法は、薬物応答を予測する遺伝子を同定するために用いられ得る。この方法に従って、薬物標的をコードする遺伝子が既知である場合(例えば、本発明の方法において使用される1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質)、その遺伝子の全ての共通の改変体は、その集団においてかなり容易に同定され得、そして別の遺伝子バージョンに対して1つの遺伝子バージョンを有することが特定の薬物応答に関連するか否かが決定され得る。
例示的な実施形態として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強度および持続時間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素(例えば、N−アセチルトランスフェラーゼ2(NAT2)ならびにシトクロムP450酵素のCYP2D6およびCYP2C19)の遺伝的多型の発見は、なぜ何人かの患者が推定される薬物効果を得られないか、または標準的かつ安全な用量の薬物を摂取した後に過大な薬物応答および重篤な毒性を示すかについての説明を提供した。これらの多型は、集団における2つの表現型である、代謝が大量である人(EM)および代謝が少量である人(PM)において現れる。PMの有病率は、異なる集団の間で異なる。例えば、CYP2D6をコードする遺伝子は、高度に多型性であり、いくつかの変異が、PMにおいて同定されており、これらの全ては、機能的CYP2D6の非存在を生じる。CYP2D6およびCYP2C19の代謝が少量である人は、標準的な投薬量を受容した
場合、かなり頻繁に、過大な薬物応答および副作用を経験する。代謝産物が、活性な治療的部分である場合、PMは、CYP2D6形成代謝産物のモルヒネにより媒介されるコデインの鎮痛効果について証明されるように、治療的応答を示さない。他の極端な例は、標準的な投薬量に対して応答しない、いわゆる代謝が超迅速な人である。最近、超迅速な代謝の分子的根拠が、CYP2D6遺伝子増幅に起因することが同定された。
あるいは、「遺伝子発現プロファイリング」と呼ばれる方法が、薬物応答を予測する遺伝子を同定するために用いられ得る。例えば、薬物(例えば、本発明の方法において使用される1722分子、10280分子、59917分子、85553分子、10653分子、9235分子、21668分子、17794分子、2210分子、6169分子、10102分子、21061分子、17662分子、1468分子、12282分子、6350分子、9035分子、1820分子、23652分子、7301分子、8925分子、8701分子、3533分子、9462分子、9123分子、12788分子、17729分子、65552分子、1261分子、21476分子、33770分子、9380分子、2569654分子、33556分子、53656分子、44143分子、32612分子、10671分子、261分子、44570分子、41922分子、2552分子、2417分子、19319分子、43969分子、8921分子、8993分子、955分子、32345分子、966分子、1920分子、17318分子、1510分子、14180分子、26005分子、554分子、16408分子、42028分子、112091分子、13886分子、13942分子、1673分子、54946分子、または2419分子あるいは1722調節因子、10280調節因子、59917調節因子、85553調節因子、10653調節因子、9235調節因子、21668調節因子、17794調節因子、2210調節因子、6169調節因子、10102調節因子、21061調節因子、17662調節因子、1468調節因子、12282調節因子、6350調節因子、9035調節因子、1820調節因子、23652調節因子、7301調節因子、8925調節因子、8701調節因子、3533調節因子、9462調節因子、9123調節因子、12788調節因子、17729調節因子、65552調節因子、1261調節因子、21476調節因子、33770調節因子、9380調節因子、2569654調節因子、33556調節因子、53656調節因子、44143調節因子、32612調節因子、10671調節因子、261調節因子、44570調節因子、41922調節因子、2552調節因子、2417調節因子、19319調節因子、43969調節因子、8921調節因子、8993調節因子、955調節因子、32345調節因子、966調節因子、1920調節因子、17318調節因子、1510調節因子、14180調節因子、26005調節因子、554調節因子、16408調節因子、42028調節因子、112091調節因子、13886調節因子、13942調節因子、1673調節因子、54946調節因子、または2419調節因子)を投薬された動物の遺伝子発現は、毒性に関連する遺伝子経路が刺激されるか否かの指標を与え得る。
1より多い上記薬理ゲノム学的アプローチから得られる情報を使用して、被験体の予防的処置または治療的処置のための、適切な投薬量および処置レジメンを決定し得る。この知識は、投薬または薬物選択に適用される場合、有害反応または治療の失敗を回避し得、それによって、1722活性、10280活性、59917活性、85553活性、10653活性、9235活性、21668活性、17794活性、2210活性、6169活性、10102活性、21061活性、17662活性、1468活性、12282活性、6350活性、9035活性、1820活性、23652活性、7301活性、8925活性、8701活性、3533活性、9462活性、9123活性、12788活性、17729活性、65552活性、1261活性、21476活性、33770活性、9380活性、2569654活性、33556活性、53656活性、44143活性、32612活性、10671活性、261活性、44570活性、41922活性、2552活性、2417活性、19319活性、43969活性、8921活性、8993活性、955活性、32345活性、966活性、1920活性、17318活性、1510活性、14180活性、26005活性、554活性、16408活性、42028活性、112091活性、13886活性、13942活性、1673活性、54946活性、または2419活性を調節する因子で心血管疾患(例えば、アテローム性動脈硬化症)を罹患する被験体を処置する場合、治療効率または予防効率を増大させる。
(本発明の方法において使用される組換え発現ベクターおよび宿主細胞)
本発明の方法(例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイ)は、ベクター、好ましくは発現ベクター(1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質(またはその一部)をコードする核酸を含む)の使用を含む。本明細書中で使用される場合、用語「ベクター」とは、連結されている別の核酸を輸送し得る核酸分子をいう。ベクターの1つの型は、「プラスミド」であり、「プラスミド」とは、さらなるDNAセグメントが連結され得る環状二本鎖DNAループをいう。他の型のベクターは、ウイルスベクターであり、ウイルスベクターにおいて、さらなるDNAセグメントは、ウイルスゲノムに連結され得る。特定のベクター(例えば、細菌複製起源を有する細菌ベクターおよびエピソーム哺乳動物ベクター)は、これらが導入される宿主細胞中で自律的に複製し得る。他のベクター(例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター)が、宿主細胞に導入された場合に、この宿主細胞のゲノム中に組み込まれ、それによりこの宿主ゲノムと共に複製される。さらに、特定のベクターは、それらが作動可能に連結される遺伝子の発現を指向し得る。このようなベクターは、本明細書中で、「発現ベクター」と称される。一般に、組換えDNA技術において有用な発現ベクターは、しばしば、プラスミドの形態にある。本明細書において、「プラスミド」および「ベクター」は、プラスミドが最も一般的に使用される形態のベクターである場合、交換可能に使用され得る。しかし、本発明は、同等な機能を果たすこのような他の形態の発現ベクター(例えば、ウイルスベクター(例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス))を含むことを意図する。
本発明の方法で使用される組換え発現ベクターは、宿主細胞における核酸の発現に適切な形態で、本発明の核酸を含む。この適切な形態とは、この組換え発現ベクターが、発現のために使用されるべき宿主細胞に基づいて選択される1つ以上の調節配列を含むことを意味し、この調節配列は、発現されるべき核酸配列に作動可能に連結される。組換え発現ベクターにおいて、「作動可能に連結された」は、目的のヌクレオチド配列が、このヌクレオチド配列の発現を可能にする様式で、調節配列に連結されていることを意味することを意図する(例えば、インビトロでの転写/翻訳系において、またはベクターが宿主細胞に導入されている場合は、宿主細胞において)。用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサー、および他の発現制御エレメント(例えば、ポリアデニル化シグナル)を含むことが意図される。このような調節配列は、例えば、Goeddel(1990)Methods Enzymol.185:3−7に記載される。調節配列は、多くのタイプの宿主細胞におけるヌクレオチド配列の構成的発現を指向する配列、および特定の宿主細胞のみにおけるヌクレオチド配列(例えば、組織特異的調節配列)の発現を指向する配列を含む。発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択、所望されるタンパク質発現レベルなどのような因子に依存し得ることが、当業者に理解される。本発明の発現ベクターは、宿主細胞内に導入され得、これにより本明細書中に記載されるような核酸によってコードされるタンパク質またはペプチド(融合タンパク質またはペプチドを含む)(例えば、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の変異形態、融合タンパク質など)を産生し得る。
本発明の方法において使用される組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の発現のために設計され得る。例えば、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質は、細菌細胞(例えば、E.coli)、昆虫細胞(バキュロウイルス発現ベクターを使用して)、酵母細胞または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、さらにGoeddel,(1990)(前出)に議論される。あるいは、組換え発現ベクターは、例えば、T7プロモーター調節配列およびT7ポリメラーゼを使用して、インビトロで転写および翻訳され得る。
原核生物におけるタンパク質発現は、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを用いて、ほとんどE.coliにて行われる。融合ベクターは、多くのアミノ酸をそこにコードされるタンパク質に、通常、組換えタンパク質のアミノ末端に付加する。このような融合ベクターは、代表的に以下の3つの目的を果たす:1)組換えタンパク質の発現を増加させること;2)組換えタンパク質の溶解度を増加させること;および3)アフィニティ精製におけるリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製を補助すること。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解性切断部位が、融合部分と組換えタンパク質との連結部に導入され、そして融合部分からの組換えタンパク質の分離、続く融合タンパク質の精製を可能にする。このような酵素およびこれらの同族認識配列は、第Xa因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼを含む。代表的な融合発現ベクターとしては、pGEX(Pharmacia Biotech Inc;Smith,D.B.およびJohnson,K.S.(1988)Gene 67:31−40)、pMAL(New England Biolabs,Beverly,MA)およびpRIT5(Pharmacia,Piscataway,NJ)(これらはそれぞれ、グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)、マルトースE結合タンパク質、またはプロテインAを標的組換えタンパク質に融合する)が挙げられる。
精製された融合タンパク質は活性アッセイ、1722活性アッセイ、10280活性アッセイ、59917活性アッセイ、85553活性アッセイ、10653活性アッセイ、9235活性アッセイ、21668活性アッセイ、17794活性アッセイ、2210活性アッセイ、6169活性アッセイ、10102活性アッセイ、21061活性アッセイ、17662活性アッセイ、1468活性アッセイ、12282活性アッセイ、6350活性アッセイ、9035活性アッセイ、1820活性アッセイ、23652活性アッセイ、7301活性アッセイ、8925活性アッセイ、8701活性アッセイ、3533活性アッセイ、9462活性アッセイ、9123活性アッセイ、12788活性アッセイ、17729活性アッセイ、65552活性アッセイ、1261活性アッセイ、21476活性アッセイ、33770活性アッセイ、9380活性アッセイ、2569654活性アッセイ、33556活性アッセイ、53656活性アッセイ、44143活性アッセイ、32612活性アッセイ、10671活性アッセイ、261活性アッセイ、44570活性アッセイ、41922活性アッセイ、2552活性アッセイ、2417活性アッセイ、19319活性アッセイ、43969活性アッセイ、8921活性アッセイ、8993活性アッセイ、955活性アッセイ、32345活性アッセイ、966活性アッセイ、1920活性アッセイ、17318活性アッセイ、1510活性アッセイ、14180活性アッセイ、26005活性アッセイ、554活性アッセイ、16408活性アッセイ、42028活性アッセイ、112091活性アッセイ、13886活性アッセイ、13942活性アッセイ、1673活性アッセイ、54946活性アッセイ、または2419活性アッセイ(例えば、以下に詳細に記載される直接アッセイまたは競合アッセイ)において、あるいは1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質に特異的な抗体を生成するために使用され得る。好ましい実施形態において、本発明のレトロウイルス発現ベクターにおいて発現される1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、または2419融合タンパク質を使用して、骨髄細胞を感染し続いて照射したレシピエント中に移植し得る。次いで、被験体レシピエントの病理学は、十分な時間が経過した後(例えば、6週間)に試験される。
別の実施形態において、本発明の核酸を、哺乳動物発現ベクターを使用して、哺乳動物細胞において発現する。哺乳動物発現ベクターの例としては、pCDM8(Seed,B.(1987)Nature 329:840)およびpMT2PC(Kaufmanら(1987)EMBO J.6:187−195)が挙げられる。哺乳動物細胞において使用する場合、この発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウイルス調節エレメントによって付与される。例えば、一般的に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス2、サイトメガロウイルスおよびシミアンウイルス40由来である。原核生物細胞および真核生物細胞の両方に適切な他の発現系については、Sambrook,J.ら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual.第2版、Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY,1989の第16章および第17章を参照のこと。
別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターが、特定の細胞型において優先的に核酸の発現を指向し得る(例えば、組織特異的調節エレメントが核酸の発現に使用される)。
本発明の方法は、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされた本発明のDNA分子を含む、組換え発現ベクターをさらに使用し得る。すなわち、このDNA分子は、(DNA分子の転写によって)1722mRNA、10280mRNA、59917mRNA、85553mRNA、10653mRNA、9235mRNA、21668mRNA、17794mRNA、2210mRNA、6169mRNA、10102mRNA、21061mRNA、17662mRNA、1468mRNA、12282mRNA、6350mRNA、9035mRNA、1820mRNA、23652mRNA、7301mRNA、8925mRNA、8701mRNA、3533mRNA、9462mRNA、9123mRNA、12788mRNA、17729mRNA、65552mRNA、1261mRNA、21476mRNA、33770mRNA、9380mRNA、2569654mRNA、33556mRNA、53656mRNA、44143mRNA、32612mRNA、10671mRNA、261mRNA、44570mRNA、41922mRNA、2552mRNA、2417mRNA、19319mRNA、43969mRNA、8921mRNA、8993mRNA、955mRNA、32345mRNA、966mRNA、1920mRNA、17318mRNA、1510mRNA、14180mRNA、26005mRNA、554mRNA、16408mRNA、42028mRNA、112091mRNA、13886mRNA、13942mRNA、1673mRNA、54946mRNA、または2419mRNAに対してアンチセンスのRNA分子の発現を可能にする様式で、調節配列に作動可能に連結される。アンチセンス方向でクローニングされた核酸に作動可能に連結された調節配列が、選択され得、この調節配列は、種々の細胞型においてアンチセンスRNA分子の連続した発現を指向し、例えば、アンチセンスRNAの構成的な、組織特異的なまたは細胞型特異的な発現を指向する、ウイルスプロモーターおよび/もしくはウイルスエンハンサー、または調節配列が選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、アンチセンス核酸が高効率調節領域の制御下で産生される、組換えプラスミド、ファージミドまたは弱毒化ウイルスの形態であり得、その活性は、これらのベクターが導入される細胞型により決定され得る。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節の考察については、Weintraub,H.ら、Antisense RNA as a molecular tool for genetic analysis,Reviews−Trends in Genetics,Vol.1(1)1986を参照のこと。
本発明の別の局面は、本発明の1722核酸分子、10280核酸分子、59917核酸分子、85553核酸分子、10653核酸分子、9235核酸分子、21668核酸分子、17794核酸分子、2210核酸分子、6169核酸分子、10102核酸分子、21061核酸分子、17662核酸分子、1468核酸分子、12282核酸分子、6350核酸分子、9035核酸分子、1820核酸分子、23652核酸分子、7301核酸分子、8925核酸分子、8701核酸分子、3533核酸分子、9462核酸分子、9123核酸分子、12788核酸分子、17729核酸分子、65552核酸分子、1261核酸分子、21476核酸分子、33770核酸分子、9380核酸分子、2569654核酸分子、33556核酸分子、53656核酸分子、44143核酸分子、32612核酸分子、10671核酸分子、261核酸分子、44570核酸分子、41922核酸分子、2552核酸分子、2417核酸分子、19319核酸分子、43969核酸分子、8921核酸分子、8993核酸分子、955核酸分子、32345核酸分子、966核酸分子、1920核酸分子、17318核酸分子、1510核酸分子、14180核酸分子、26005核酸分子、554核酸分子、16408核酸分子、42028核酸分子、112091核酸分子、13886核酸分子、13942核酸分子、1673核酸分子、54946核酸分子、または2419核酸分子(例えば、組換え発現ベクター内の1722核酸分子、10280核酸分子、59917核酸分子、85553核酸分子、10653核酸分子、9235核酸分子、21668核酸分子、17794核酸分子、2210核酸分子、6169核酸分子、10102核酸分子、21061核酸分子、17662核酸分子、1468核酸分子、12282核酸分子、6350核酸分子、9035核酸分子、1820核酸分子、23652核酸分子、7301核酸分子、8925核酸分子、8701核酸分子、3533核酸分子、9462核酸分子、9123核酸分子、12788核酸分子、17729核酸分子、65552核酸分子、1261核酸分子、21476核酸分子、33770核酸分子、9380核酸分子、2569654核酸分子、33556核酸分子、53656核酸分子、44143核酸分子、32612核酸分子、10671核酸分子、261核酸分子、44570核酸分子、41922核酸分子、2552核酸分子、2417核酸分子、19319核酸分子、43969核酸分子、8921核酸分子、8993核酸分子、955核酸分子、32345核酸分子、966核酸分子、1920核酸分子、17318核酸分子、1510核酸分子、14180核酸分子、26005核酸分子、554核酸分子、16408核酸分子、42028核酸分子、112091核酸分子、13886核酸分子、13942核酸分子、1673核酸分子、54946核酸分子、または2419核酸分子、あるいは宿主細胞ゲノムの特定の部位中に相同組換えされることを可能とする配列を含む1722核酸分子、10280核酸分子、59917核酸分子、85553核酸分子、10653核酸分子、9235核酸分子、21668核酸分子、17794核酸分子、2210核酸分子、6169核酸分子、10102核酸分子、21061核酸分子、17662核酸分子、1468核酸分子、12282核酸分子、6350核酸分子、9035核酸分子、1820核酸分子、23652核酸分子、7301核酸分子、8925核酸分子、8701核酸分子、3533核酸分子、9462核酸分子、9123核酸分子、12788核酸分子、17729核酸分子、65552核酸分子、1261核酸分子、21476核酸分子、33770核酸分子、9380核酸分子、2569654核酸分子、33556核酸分子、53656核酸分子、44143核酸分子、32612核酸分子、10671核酸分子、261核酸分子、44570核酸分子、41922核酸分子、2552核酸分子、2417核酸分子、19319核酸分子、43969核酸分子、8921核酸分子、8993核酸分子、955核酸分子、32345核酸分子、966核酸分子、1920核酸分子、17318核酸分子、1510核酸分子、14180核酸分子、26005核酸分子、554核酸分子、16408核酸分子、42028核酸分子、112091核酸分子、13886核酸分子、13942核酸分子、1673核酸分子、54946核酸分子、または2419核酸分子)が導入される宿主細胞の使用に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で、交換可能に使用される。このような用語は、特定の被験細胞をいうのみでなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をいうことが理解される。変異または環境的影響のいずれかに起因して、特定の改変は次の世代において存在し得るので、このような子孫は、実際、親の細胞と同一でなくてもよく、本明細書中で使用されるようなこの用語の範囲内になお含まれる。
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質は、細菌細胞(例えば、E.coli)、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞(例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO)またはCOS細胞で発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
ベクターDNAは、従来的な形質転換技術またはトランスフェクション技術を介して原核生物細胞または真核生物細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸(例えば、DNA)を宿主細胞中に導入するための当該分野で認識される種々の技術をいうことを意図し、これらには、リン酸カルシウム共沈殿もしくは塩化カルシウム共沈殿、DEAEデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが挙げられる。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトするための適切な方法は、Sambrookら(Molecular Cloning:A Laboratory Manual.第2版、Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY,1989)、および他の実験説明書において見出され得る。
本発明の方法で使用される宿主細胞(例えば、培養物中の原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞)を使用して、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質を産生(すなわち、発現)し得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質を産生するための方法を提供する。1つの実施形態において、この方法は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質が産生されるような適切な培地中で、本発明の宿主細胞(この中に、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている)を培養する工程を、包含する。別の実施形態において、この方法はさらに、培地または宿主細胞から1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質を単離する工程を包含する。
(本発明の方法において使用される単離された核酸分子)
本発明の方法は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質をコードする単離された核酸分子あるいはその生物学的に活性な部分、ならびに1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419をコードする核酸分子(例えば、1722mRNA、10280mRNA、59917mRNA、85553mRNA、10653mRNA、9235mRNA、21668mRNA、17794mRNA、2210mRNA、6169mRNA、10102mRNA、21061mRNA、17662mRNA、1468mRNA、12282mRNA、6350mRNA、9035mRNA、1820mRNA、23652mRNA、7301mRNA、8925mRNA、8701mRNA、3533mRNA、9462mRNA、9123mRNA、12788mRNA、17729mRNA、65552mRNA、1261mRNA、21476mRNA、33770mRNA、9380mRNA、2569654mRNA、33556mRNA、53656mRNA、44143mRNA、32612mRNA、10671mRNA、261mRNA、44570mRNA、41922mRNA、2552mRNA、2417mRNA、19319mRNA、43969mRNA、8921mRNA、8993mRNA、955mRNA、32345mRNA、966mRNA、1920mRNA、17318mRNA、1510mRNA、14180mRNA、26005mRNA、554mRNA、16408mRNA、42028mRNA、112091mRNA、13886mRNA、13942mRNA、1673mRNA、54946mRNA、または2419mRNA)を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして使用するのに十分な核酸フラグメント、および1722核酸分子、10280核酸分子、59917核酸分子、85553核酸分子、10653核酸分子、9235核酸分子、21668核酸分子、17794核酸分子、2210核酸分子、6169核酸分子、10102核酸分子、21061核酸分子、17662核酸分子、1468核酸分子、12282核酸分子、6350核酸分子、9035核酸分子、1820核酸分子、23652核酸分子、7301核酸分子、8925核酸分子、8701核酸分子、3533核酸分子、9462核酸分子、9123核酸分子、12788核酸分子、17729核酸分子、65552核酸分子、1261核酸分子、21476核酸分子、33770核酸分子、9380核酸分子、2569654核酸分子、33556核酸分子、53656核酸分子、44143核酸分子、32612核酸分子、10671核酸分子、261核酸分子、44570核酸分子、41922核酸分子、2552核酸分子、2417核酸分子、19319核酸分子、43969核酸分子、8921核酸分子、8993核酸分子、955核酸分子、32345核酸分子、966核酸分子、1920核酸分子、17318核酸分子、1510核酸分子、14180核酸分子、26005核酸分子、554核酸分子、16408核酸分子、42028核酸分子、112091核酸分子、13886核酸分子、13942核酸分子、1673核酸分子、54946核酸分子、または2419核酸分子の増幅または変異のためのPCRプライマーとして使用するためのフラグメントの使用を含む。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、DNA分子(例えば、cDNAまたはゲノムDNA)およびRNA分子(例えばmRNA)、ならびにヌクレオチドアナログを使用して産生されるDNAまたはRNAのアナログを含むことを意図される。核酸分子は、一本鎖であっても二本鎖であってもよいが、二本鎖DNAが好ましい。
本発明の方法において使用される核酸分子(例えば、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127のヌクレオチド配列を有する核酸分子、またはその部分)は、本明細書中で提供される標準的な分子生物学的技術および配列情報を使用して単離され得る。配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127の核酸配列の全てまたは一部をハイブリダイゼーションプローブとして使用して、1722核酸分子、10280核酸分子、59917核酸分子、85553核酸分子、10653核酸分子、9235核酸分子、21668核酸分子、17794核酸分子、2210核酸分子、6169核酸分子、10102核酸分子、21061核酸分子、17662核酸分子、1468核酸分子、12282核酸分子、6350核酸分子、9035核酸分子、1820核酸分子、23652核酸分子、7301核酸分子、8925核酸分子、8701核酸分子、3533核酸分子、9462核酸分子、9123核酸分子、12788核酸分子、17729核酸分子、65552核酸分子、1261核酸分子、21476核酸分子、33770核酸分子、9380核酸分子、2569654核酸分子、33556核酸分子、53656核酸分子、44143核酸分子、32612核酸分子、10671核酸分子、261核酸分子、44570核酸分子、41922核酸分子、2552核酸分子、2417核酸分子、19319核酸分子、43969核酸分子、8921核酸分子、8993核酸分子、955核酸分子、32345核酸分子、966核酸分子、1920核酸分子、17318核酸分子、1510核酸分子、14180核酸分子、26005核酸分子、554核酸分子、16408核酸分子、42028核酸分子、112091核酸分子、13886核酸分子、13942核酸分子、1673核酸分子、54946核酸分子、または2419核酸分子は、標準的なハイブリダイゼーション技術およびクローニング技術を使用して単離され得る(例えば、Sambrook,J.,Fritsh,E.F.,およびManiatis,T.Molecular Cloning:A Laboratory Manual.第2版、Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY,1989に記載されるようにして)。
さらに、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127の全てまたは一部を含む核酸分子が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、または配列番号127の配列に基づいて設計された合成オリゴヌクレオチドプライマーを使用して、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって単離され得る。
本発明の方法において使用される核酸は、標準的なPCR増幅技術に従って、cDNA、mRNA、あるいはゲノムDNAをテンプレートとして使用し、適切なオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、増幅され得る。さらに、1722ヌクレオチド配列、10280ヌクレオチド配列、59917ヌクレオチド配列、85553ヌクレオチド配列、10653ヌクレオチド配列、9235ヌクレオチド配列、21668ヌクレオチド配列、17794ヌクレオチド配列、2210ヌクレオチド配列、6169ヌクレオチド配列、10102ヌクレオチド配列、21061ヌクレオチド配列、17662ヌクレオチド配列、1468ヌクレオチド配列、12282ヌクレオチド配列、6350ヌクレオチド配列、9035ヌクレオチド配列、1820ヌクレオチド配列、23652ヌクレオチド配列、7301ヌクレオチド配列、8925ヌクレオチド配列、8701ヌクレオチド配列、3533ヌクレオチド配列、9462ヌクレオチド配列、9123ヌクレオチド配列、12788ヌクレオチド配列、17729ヌクレオチド配列、65552ヌクレオチド配列、1261ヌクレオチド配列、21476ヌクレオチド配列、33770ヌクレオチド配列、9380ヌクレオチド配列、2569654ヌクレオチド配列、33556ヌクレオチド配列、53656ヌクレオチド配列、44143ヌクレオチド配列、32612ヌクレオチド配列、10671ヌクレオチド配列、261ヌクレオチド配列、44570ヌクレオチド配列、41922ヌクレオチド配列、2552ヌクレオチド配列、2417ヌクレオチド配列、19319ヌクレオチド配列、43969ヌクレオチド配列、8921ヌクレオチド配列、8993ヌクレオチド配列、955ヌクレオチド配列、32345ヌクレオチド配列、966ヌクレオチド配列、1920ヌクレオチド配列、17318ヌクレオチド配列、1510ヌクレオチド配列、14180ヌクレオチド配列、26005ヌクレオチド配列、554ヌクレオチド配列、16408ヌクレオチド配列、42028ヌクレオチド配列、112091ヌクレオチド配列、13886ヌクレオチド配列、13942ヌクレオチド配列、1673ヌクレオチド配列、54946ヌクレオチド配列、または2419ヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドは、標準的な合成技術によって、例えば、自動化DNA合成機を使用して、調製され得る。
好ましい実施形態において、本発明の方法において使用される単離された核酸分子は、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125もしくは配列番号127に示されるヌクレオチド配列、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125もしくは配列番号127で示されるヌクレオチド配列の相補体、またはこれらのヌクレオチド配列のいずれかの一部、を含む。配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127で示されるヌクレオチド配列に相補的な核酸分子は、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127で示されるヌクレオチド配列に対して十分に相補的である核酸分子であり、その結果、この核酸分子は、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127で示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズし得、それにより、安定な二重鎖を形成する。
さらに別の好ましい実施形態において、本発明の方法において使用される単離された核酸分子は、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125もしくは配列番号127で示されるヌクレオチド配列の全長、またはこのヌクレオチド配列のいずれかの一部と、少なくとも約55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、またはそれ以上同一であるヌクレオチド配列を含む。
さらに、本発明の方法において使用される核酸分子は、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127の核酸配列の一部のみを含み得る(例えば、プローブもしくはプライマーとして使用され得るフラグメント、または1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の一部(例えば、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の生物学的に活性な部分)をコードするフラグメント)。プローブ/プライマーは、代表的に、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含む。このオリゴヌクレオチドは、代表的に、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125もしくは配列番号127のセンス配列または配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125もしくは配列番号127のアンチセンス配列、あるいは配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127の天然に存在する対立遺伝子の改変体または変異体のうち、少なくとも約12または15個、好ましくは、約20または25個、より好ましくは約30、35、40、45、50、55、60、65、または75個の連続的なヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む。一つの実施形態において、本発明の方法において使用される核酸分子は、100、100−200、200−300、300−400、400−500、500−600、600−700、700−800、800−900、900−1000、1000−1100、1100−1200、1200−1300、またはそれより多くのヌクレオチドを超える長さであり、かつ配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127の核酸分子に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む。
本明細書中で使用される場合、用語「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」は、互いに対して有意に同一であるかまたは相同性であるヌクレオチド配列が、互いに対してハイブリダイズしたまま残存するハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件を記載することが意図される。好ましくは、この条件は、互いに対して、少なくとも約70%、より好ましくは、少なくとも約80%、さらにより好ましくは、少なくとも約85%または90%同一である配列が、互いに対してハイブリダイズしたまま残存する条件である。このようなストリンジェントな条件は、当業者に公知であり、そしてCurrent Protocols in Molecular Biology,Ausubelら編,John Wiley & Sons,Inc(1995),第2節,第4節および第6節に見出され得る。さらなるストリンジェント条件は、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Sambrookら,Cold Spring Harbor Press、Cold Spring Harbor、NY(1989),第7章、第9章および第11章に見出され得る。好ましい、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非制限例は、約65〜70℃における4×塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム(SSC)中でのハイブリダイゼーション(または約42〜50℃における4×SSC+50%ホルムアミド中でのハイブリダイゼーション)、続く約65〜70℃における1×SSCでの1回以上の洗浄を含む。好ましい、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非制限例は、約65〜70℃における1×SSC中でのハイブリダイゼーション(または約42〜50℃における1×SSC+50%ホルムアルデヒド中でのハイブリダイゼーション)、続く約65〜70℃における0.3×SSCでの1回以上の洗浄を含む。好ましい、低いストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非制限例は、約50〜60℃における4×SSC中でのハイブリダイゼーション(あるいは約40〜45℃における6×SSC+50%ホルムアミド中でのハイブリダイゼーション)、続く約50〜60℃における2×SSCでの1回以上の洗浄を含む。上で記載した値(例えば、65〜70℃または42〜50℃)に対する中間の範囲がまた、本発明によって含まれることが意図される。SSPE(1×SSPEは、0.15M NaCl、10mM NaH2PO4、および1.25mM EDTA,pH7.4である)を、ハイブリダイゼーションおよび洗浄緩衝液において、SSC(1×SSCは、0.15M NaClおよび15mM クエン酸ナトリウムである)の代わりに使用し得;ハイブリダイゼーションの完了後に、洗浄を、それぞれ15分間実施する。50未満の塩基対長と予測されるハイブリッドに対するハイブリダイゼーション温度は、ハイブリッドの融解温度(Tm)よりも5〜10℃低いはずであり、ここで、Tmは、以下の等式に従って決定される。18未満の塩基対長のハイブリッドに関しては、Tm(℃)=2(A+T塩基の数)+4(G+C塩基の数)である。18塩基対長と49塩基対長との間のハイブリッドに関しては、Tm(℃)=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(%G+C)−(600/N)であり、ここで、Nは、ハイブリッドにおける塩基の数であり、そして[Na+]は、ハイブリダイゼーション緩衝液におけるナトリウムイオンの濃度である(1×SSCについての[Na+]=0.165M)。さらなる試薬が、ハイブリダイゼーション緩衝液および/または洗浄緩衝液に添加され、核酸分子が膜(例えば、ニトロセルロースまたはナイロン膜)に非特異的にハイブリダイズすることを減少させ得ることがまた当業者に認識され、これらの試薬としては、保護剤(例えば、BSAまたはサケ精子キャリアDNAまたはニシン精子キャリアDNA)、洗浄剤(例えば、SDS)、キレート剤(例えば、EDTA)、フィコール、PVPなどが挙げられるが、これらに限定されない。ナイロン膜を使用する場合、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の特にさらに好ましい非制限実施例において、約65℃において0.25〜0.5M NaH2PO4、7% SDSで、ハイブリダイズさせ、続いて、65℃において0.02M NaH2PO4、1% SDSで1回以上洗浄させる(例えば、ChurchおよびGilbert(1984)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:1991−1995を参照のこと)(または、代わりに0.2×SSC、1% SDS)。
好ましい実施形態において、プローブは、さらに、プローブに結合される標識基を含み、例えば、この標識基は、放射線同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であり得る。このようなプローブは、例えば、被験体からの細胞のサンプル中の1722コード核酸、10280コード核酸、59917コード核酸、85553コード核酸、10653コード核酸、9235コード核酸、21668コード核酸、17794コード核酸、2210コード核酸、6169コード核酸、10102コード核酸、21061コード核酸、17662コード核酸、1468コード核酸、12282コード核酸、6350コード核酸、9035コード核酸、1820コード核酸、23652コード核酸、7301コード核酸、8925コード核酸、8701コード核酸、3533コード核酸、9462コード核酸、9123コード核酸、12788コード核酸、17729コード核酸、65552コード核酸、1261コード核酸、21476コード核酸、33770コード核酸、9380コード核酸、2569654コード核酸、33556コード核酸、53656コード核酸、44143コード核酸、32612コード核酸、10671コード核酸、261コード核酸、44570コード核酸、41922コード核酸、2552コード核酸、2417コード核酸、19319コード核酸、43969コード核酸、8921コード核酸、8993コード核酸、955コード核酸、32345コード核酸、966コード核酸、1920コード核酸、17318コード核酸、1510コード核酸、14180コード核酸、26005コード核酸、554コード核酸、16408コード核酸、42028コード核酸、112091コード核酸、13886コード核酸、13942コード核酸、1673コード核酸、54946コード核酸、または2419コード核酸のレベルを測定すること(例えば、1722mRNA、10280mRNA、59917mRNA、85553mRNA、10653mRNA、9235mRNA、21668mRNA、17794mRNA、2210mRNA、6169mRNA、10102mRNA、21061mRNA、17662mRNA、1468mRNA、12282mRNA、6350mRNA、9035mRNA、1820mRNA、23652mRNA、7301mRNA、8925mRNA、8701mRNA、3533mRNA、9462mRNA、9123mRNA、12788mRNA、17729mRNA、65552mRNA、1261mRNA、21476mRNA、33770mRNA、9380mRNA、2569654mRNA、33556mRNA、53656mRNA、44143mRNA、32612mRNA、10671mRNA、261mRNA、44570mRNA、41922mRNA、2552mRNA、2417mRNA、19319mRNA、43969mRNA、8921mRNA、8993mRNA、955mRNA、32345mRNA、966mRNA、1920mRNA、17318mRNA、1510mRNA、14180mRNA、26005mRNA、554mRNA、16408mRNA、42028mRNA、112091mRNA、13886mRNA、13942mRNA、1673mRNA、54946mRNA、または2419mRNAのレベルを検出すること)、あるいは1722ゲノム遺伝子、10280ゲノム遺伝子、59917ゲノム遺伝子、85553ゲノム遺伝子、10653ゲノム遺伝子、9235ゲノム遺伝子、21668ゲノム遺伝子、17794ゲノム遺伝子、2210ゲノム遺伝子、6169ゲノム遺伝子、10102ゲノム遺伝子、21061ゲノム遺伝子、17662ゲノム遺伝子、1468ゲノム遺伝子、12282ゲノム遺伝子、6350ゲノム遺伝子、9035ゲノム遺伝子、1820ゲノム遺伝子、23652ゲノム遺伝子、7301ゲノム遺伝子、8925ゲノム遺伝子、8701ゲノム遺伝子、3533ゲノム遺伝子、9462ゲノム遺伝子、9123ゲノム遺伝子、12788ゲノム遺伝子、17729ゲノム遺伝子、65552ゲノム遺伝子、1261ゲノム遺伝子、21476ゲノム遺伝子、33770ゲノム遺伝子、9380ゲノム遺伝子、2569654ゲノム遺伝子、33556ゲノム遺伝子、53656ゲノム遺伝子、44143ゲノム遺伝子、32612ゲノム遺伝子、10671ゲノム遺伝子、261ゲノム遺伝子、44570ゲノム遺伝子、41922ゲノム遺伝子、2552ゲノム遺伝子、2417ゲノム遺伝子、19319ゲノム遺伝子、43969ゲノム遺伝子、8921ゲノム遺伝子、8993ゲノム遺伝子、955ゲノム遺伝子、32345ゲノム遺伝子、966ゲノム遺伝子、1920ゲノム遺伝子、17318ゲノム遺伝子、1510ゲノム遺伝子、14180ゲノム遺伝子、26005ゲノム遺伝子、554ゲノム遺伝子、16408ゲノム遺伝子、42028ゲノム遺伝子、112091ゲノム遺伝子、13886ゲノム遺伝子、13942ゲノム遺伝子、1673ゲノム遺伝子、54946ゲノム遺伝子、または2419ゲノム遺伝子が変異または欠失しているか否かを決定することによって、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質を誤発現する細胞または組織を同定するための一組の診断用試験キットとして使用され得る。
本発明の方法は、さらに、ゲノムコードの縮退に起因して、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127に示されるヌクレオチド配列とは異なる核酸分子の使用を含み、従って、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127に示されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同一の1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質をコードする。別の実施形態において、本発明の方法に含まれる単離された核酸分子は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128に示されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。
本発明の方法はさらに、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のヒト対立遺伝子改変体(例えば、機能的または非機能的な対立遺伝子改変体)の使用を含む。機能的な対立遺伝子改変体は、1722活性、10280活性、59917活性、85553活性、10653活性、9235活性、21668活性、17794活性、2210活性、6169活性、10102活性、21061活性、17662活性、1468活性、12282活性、6350活性、9035活性、1820活性、23652活性、7301活性、8925活性、8701活性、3533活性、9462活性、9123活性、12788活性、17729活性、65552活性、1261活性、21476活性、33770活性、9380活性、2569654活性、33556活性、53656活性、44143活性、32612活性、10671活性、261活性、44570活性、41922活性、2552活性、2417活性、19319活性、43969活性、8921活性、8993活性、955活性、32345活性、966活性、1920活性、17318活性、1510活性、14180活性、26005活性、554活性、16408活性、42028活性、112091活性、13886活性、13942活性、1673活性、54946活性、または2419活性を維持する1722ヒトタンパク質、10280ヒトタンパク質、59917ヒトタンパク質、85553ヒトタンパク質、10653ヒトタンパク質、9235ヒトタンパク質、21668ヒトタンパク質、17794ヒトタンパク質、2210ヒトタンパク質、6169ヒトタンパク質、10102ヒトタンパク質、21061ヒトタンパク質、17662ヒトタンパク質、1468ヒトタンパク質、12282ヒトタンパク質、6350ヒトタンパク質、9035ヒトタンパク質、1820ヒトタンパク質、23652ヒトタンパク質、7301ヒトタンパク質、8925ヒトタンパク質、8701ヒトタンパク質、3533ヒトタンパク質、9462ヒトタンパク質、9123ヒトタンパク質、12788ヒトタンパク質、17729ヒトタンパク質、65552ヒトタンパク質、1261ヒトタンパク質、21476ヒトタンパク質、33770ヒトタンパク質、9380ヒトタンパク質、2569654ヒトタンパク質、33556ヒトタンパク質、53656ヒトタンパク質、44143ヒトタンパク質、32612ヒトタンパク質、10671ヒトタンパク質、261ヒトタンパク質、44570ヒトタンパク質、41922ヒトタンパク質、2552ヒトタンパク質、2417ヒトタンパク質、19319ヒトタンパク質、43969ヒトタンパク質、8921ヒトタンパク質、8993ヒトタンパク質、955ヒトタンパク質、32345ヒトタンパク質、966ヒトタンパク質、1920ヒトタンパク質、17318ヒトタンパク質、1510ヒトタンパク質、14180ヒトタンパク質、26005ヒトタンパク質、554ヒトタンパク質、16408ヒトタンパク質、42028ヒトタンパク質、112091ヒトタンパク質、13886ヒトタンパク質、13942ヒトタンパク質、1673ヒトタンパク質、54946ヒトタンパク質、または2419ヒトタンパク質の、天然に存在するアミノ酸配列改変体である。機能的な対立遺伝子改変体は、代表的に、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128の1個以上のアミノ酸の保存的置換のみ、またはタンパク質の非必須領域にある非必須残基の置換、欠失もしくは挿入を含む。
非機能的な対立遺伝子改変体は、1722活性、10280活性、59917活性、85553活性、10653活性、9235活性、21668活性、17794活性、2210活性、6169活性、10102活性、21061活性、17662活性、1468活性、12282活性、6350活性、9035活性、1820活性、23652活性、7301活性、8925活性、8701活性、3533活性、9462活性、9123活性、12788活性、17729活性、65552活性、1261活性、21476活性、33770活性、9380活性、2569654活性、33556活性、53656活性、44143活性、32612活性、10671活性、261活性、44570活性、41922活性、2552活性、2417活性、19319活性、43969活性、8921活性、8993活性、955活性、32345活性、966活性、1920活性、17318活性、1510活性、14180活性、26005活性、554活性、16408活性、42028活性、112091活性、13886活性、13942活性、1673活性、54946活性、または2419活性を有さないヒト1722タンパク質、ヒト10280タンパク質、ヒト59917タンパク質、ヒト85553タンパク質、ヒト10653タンパク質、ヒト9235タンパク質、ヒト21668タンパク質、ヒト17794タンパク質、ヒト2210タンパク質、ヒト6169タンパク質、ヒト10102タンパク質、ヒト21061タンパク質、ヒト17662タンパク質、ヒト1468タンパク質、ヒト12282タンパク質、ヒト6350タンパク質、ヒト9035タンパク質、ヒト1820タンパク質、ヒト23652タンパク質、ヒト7301タンパク質、ヒト8925タンパク質、ヒト8701タンパク質、ヒト3533タンパク質、ヒト9462タンパク質、ヒト9123タンパク質、ヒト12788タンパク質、ヒト17729タンパク質、ヒト65552タンパク質、ヒト1261タンパク質、ヒト21476タンパク質、ヒト33770タンパク質、ヒト9380タンパク質、ヒト2569654タンパク質、ヒト33556タンパク質、ヒト53656タンパク質、ヒト44143タンパク質、ヒト32612タンパク質、ヒト10671タンパク質、ヒト261タンパク質、ヒト44570タンパク質、ヒト41922タンパク質、ヒト2552タンパク質、ヒト2417タンパク質、ヒト19319タンパク質、ヒト43969タンパク質、ヒト8921タンパク質、ヒト8993タンパク質、ヒト955タンパク質、ヒト32345タンパク質、ヒト966タンパク質、ヒト1920タンパク質、ヒト17318タンパク質、ヒト1510タンパク質、ヒト14180タンパク質、ヒト26005タンパク質、ヒト554タンパク質、ヒト16408タンパク質、ヒト42028タンパク質、ヒト112091タンパク質、ヒト13886タンパク質、ヒト13942タンパク質、ヒト1673タンパク質、ヒト54946タンパク質、またはヒト2419タンパク質の天然に存在するアミノ酸配列改変体である。非機能的な対立遺伝子改変体は、代表的に、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128のアミノ酸配列の非保存的置換、欠失、もしくは挿入または成熟前切断、あるいはタンパク質の必須残基または必須領域の置換、挿入または欠失を含む。
本発明の方法は、さらに、ヒト1722タンパク質、ヒト10280タンパク質、ヒト59917タンパク質、ヒト85553タンパク質、ヒト10653タンパク質、ヒト9235タンパク質、ヒト21668タンパク質、ヒト17794タンパク質、ヒト2210タンパク質、ヒト6169タンパク質、ヒト10102タンパク質、ヒト21061タンパク質、ヒト17662タンパク質、ヒト1468タンパク質、ヒト12282タンパク質、ヒト6350タンパク質、ヒト9035タンパク質、ヒト1820タンパク質、ヒト23652タンパク質、ヒト7301タンパク質、ヒト8925タンパク質、ヒト8701タンパク質、ヒト3533タンパク質、ヒト9462タンパク質、ヒト9123タンパク質、ヒト12788タンパク質、ヒト17729タンパク質、ヒト65552タンパク質、ヒト1261タンパク質、ヒト21476タンパク質、ヒト33770タンパク質、ヒト9380タンパク質、ヒト2569654タンパク質、ヒト33556タンパク質、ヒト53656タンパク質、ヒト44143タンパク質、ヒト32612タンパク質、ヒト10671タンパク質、ヒト261タンパク質、ヒト44570タンパク質、ヒト41922タンパク質、ヒト2552タンパク質、ヒト2417タンパク質、ヒト19319タンパク質、ヒト43969タンパク質、ヒト8921タンパク質、ヒト8993タンパク質、ヒト955タンパク質、ヒト32345タンパク質、ヒト966タンパク質、ヒト1920タンパク質、ヒト17318タンパク質、ヒト1510タンパク質、ヒト14180タンパク質、ヒト26005タンパク質、ヒト554タンパク質、ヒト16408タンパク質、ヒト42028タンパク質、ヒト112091タンパク質、ヒト13886タンパク質、ヒト13942タンパク質、ヒト1673タンパク質、ヒト54946タンパク質、またはヒト2419タンパク質の非ヒトオルソログを使用し得る。ヒト1722タンパク質、ヒト10280タンパク質、ヒト59917タンパク質、ヒト85553タンパク質、ヒト10653タンパク質、ヒト9235タンパク質、ヒト21668タンパク質、ヒト17794タンパク質、ヒト2210タンパク質、ヒト6169タンパク質、ヒト10102タンパク質、ヒト21061タンパク質、ヒト17662タンパク質、ヒト1468タンパク質、ヒト12282タンパク質、ヒト6350タンパク質、ヒト9035タンパク質、ヒト1820タンパク質、ヒト23652タンパク質、ヒト7301タンパク質、ヒト8925タンパク質、ヒト8701タンパク質、ヒト3533タンパク質、ヒト9462タンパク質、ヒト9123タンパク質、ヒト12788タンパク質、ヒト17729タンパク質、ヒト65552タンパク質、ヒト1261タンパク質、ヒト21476タンパク質、ヒト33770タンパク質、ヒト9380タンパク質、ヒト2569654タンパク質、ヒト33556タンパク質、ヒト53656タンパク質、ヒト44143タンパク質、ヒト32612タンパク質、ヒト10671タンパク質、ヒト261タンパク質、ヒト44570タンパク質、ヒト41922タンパク質、ヒト2552タンパク質、ヒト2417タンパク質、ヒト19319タンパク質、ヒト43969タンパク質、ヒト8921タンパク質、ヒト8993タンパク質、ヒト955タンパク質、ヒト32345タンパク質、ヒト966タンパク質、ヒト1920タンパク質、ヒト17318タンパク質、ヒト1510タンパク質、ヒト14180タンパク質、ヒト26005タンパク質、ヒト554タンパク質、ヒト16408タンパク質、ヒト42028タンパク質、ヒト112091タンパク質、ヒト13886タンパク質、ヒト13942タンパク質、ヒト1673タンパク質、ヒト54946タンパク質、またはヒト2419タンパク質のオルソログは、非ヒト生物から単離され、そして同一の1722活性、10280活性、59917活性、85553活性、10653活性、9235活性、21668活性、17794活性、2210活性、6169活性、10102活性、21061活性、17662活性、1468活性、12282活性、6350活性、9035活性、1820活性、23652活性、7301活性、8925活性、8701活性、3533活性、9462活性、9123活性、12788活性、17729活性、65552活性、1261活性、21476活性、33770活性、9380活性、2569654活性、33556活性、53656活性、44143活性、32612活性、10671活性、261活性、44570活性、41922活性、2552活性、2417活性、19319活性、43969活性、8921活性、8993活性、955活性、32345活性、966活性、1920活性、17318活性、1510活性、14180活性、26005活性、554活性、16408活性、42028活性、112091活性、13886活性、13942活性、1673活性、54946活性、または2419活性を有するタンパク質である。
本発明の方法は、さらに、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはその一部の使用を含み、ここで、変異が導入される。この変異は、「非必須」アミノ酸残基または「必須」アミノ酸残基におけるアミノ酸置換を導き得る。「非必須」アミノ酸残基は、生物学的活性を変更することなく、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の野生型配列(例えば、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128の配列)から変更され得る残基であり、それに対して「必須」アミノ酸残基は、生物学的活性に必要とされる。例えば、本発明の1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質およびファミリーの他のメンバーの中で保存されるアミノ酸残基は、変更に影響を受けやすくないことが予想される。
変異は、標準的な技術(例えば、部位特異的変異およびPCR媒介変異)によって、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127に導入され得る。好ましくは、保存的なアミノ酸置換は、1個以上の推定非必須アミノ酸残基から作製される。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるアミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該分野で規定されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電極性側鎖(例えば、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、β分枝側鎖(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、および芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を有するアミノ酸が挙げられる。従って、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質中の予測される非必須アミノ酸残基は、好ましくは、同一側鎖ファミリー由来の別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態において、変異は、1722コード配列、10280コード配列、59917コード配列、85553コード配列、10653コード配列、9235コード配列、21668コード配列、17794コード配列、2210コード配列、6169コード配列、10102コード配列、21061コード配列、17662コード配列、1468コード配列、12282コード配列、6350コード配列、9035コード配列、1820コード配列、23652コード配列、7301コード配列、8925コード配列、8701コード配列、3533コード配列、9462コード配列、9123コード配列、12788コード配列、17729コード配列、65552コード配列、1261コード配列、21476コード配列、33770コード配列、9380コード配列、2569654コード配列、33556コード配列、53656コード配列、44143コード配列、32612コード配列、10671コード配列、261コード配列、44570コード配列、41922コード配列、2552コード配列、2417コード配列、19319コード配列、43969コード配列、8921コード配列、8993コード配列、955コード配列、32345コード配列、966コード配列、1920コード配列、17318コード配列、1510コード配列、14180コード配列、26005コード配列、554コード配列、16408コード配列、42028コード配列、112091コード配列、13886コード配列、13942コード配列、1673コード配列、54946コード配列、または2419コード配列の全てまたは一部に沿って無作為に導入され得(例えば、飽和変異誘発によって)、そして得られる変異体は、活性を保持する変異体を同定するために、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の生物学的活性についてスクリーニングされ得る。配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127の変異誘発の後、コードされるタンパク質は、組換え発現され得、そしてタンパク質の活性が、本明細書中に記載されるアッセイを使用して、決定され得る。
本発明の別の局面は、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125または配列番号127のヌクレオチド配列に対してアンチセンスである、単離された核酸分子の使用に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に対して相補的である(例えば、二重鎖cDNA分子のコード鎖に対して相補的であるか、またはmRNA配列に対して相補的である)ヌクレオチド配列を含む。従って、アンチセンス核酸は、センス核酸に対して水素結合し得る。このアンチセンス核酸は、全1722コード鎖、全10280コード鎖、全59917コード鎖、全85553コード鎖、全10653コード鎖、全9235コード鎖、全21668コード鎖、全17794コード鎖、全2210コード鎖、全6169コード鎖、全10102コード鎖、全21061コード鎖、全17662コード鎖、全1468コード鎖、全12282コード鎖、全6350コード鎖、全9035コード鎖、全1820コード鎖、全23652コード鎖、全7301コード鎖、全8925コード鎖、全8701コード鎖、全3533コード鎖、全9462コード鎖、全9123コード鎖、全12788コード鎖、全17729コード鎖、全65552コード鎖、全1261コード鎖、全21476コード鎖、全33770コード鎖、全9380コード鎖、全2569654コード鎖、全33556コード鎖、全53656コード鎖、全44143コード鎖、全32612コード鎖、全10671コード鎖、全261コード鎖、全44570コード鎖、全41922コード鎖、全2552コード鎖、全2417コード鎖、全19319コード鎖、全43969コード鎖、全8921コード鎖、全8993コード鎖、全955コード鎖、全32345コード鎖、全966コード鎖、全1920コード鎖、全17318コード鎖、全1510コード鎖、全14180コード鎖、全26005コード鎖、全554コード鎖、全16408コード鎖、全42028コード鎖、全112091コード鎖、全13886コード鎖、全13942コード鎖、全1673コード鎖、全54946コード鎖、または全2419コード鎖、またはその一部のみに対して相補的であり得る。一つの実施形態において、アンチセンス核酸分子は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「コード領域」に対してアンチセンスである。用語「コード領域」は、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含むヌクレオチド配列の領域をいう。別の実施形態において、アンチセンス核酸分子は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対してアンチセンスである。用語「非コード領域」は、アミノ酸に翻訳されないコード領域に隣接する5’配列および3’配列をいう(5’非翻訳領域および3’非翻訳領域ともいう)。
本明細書中に開示される1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419をコードするコード鎖配列を考慮して、本発明のアンチセンス核酸を、ワトソンおよびクリックの塩基対合の法則に従って設計し得る。アンチセンス核酸分子は、1722mRNA、10280mRNA、59917mRNA、85553mRNA、10653mRNA、9235mRNA、21668mRNA、17794mRNA、2210mRNA、6169mRNA、10102mRNA、21061mRNA、17662mRNA、1468mRNA、12282mRNA、6350mRNA、9035mRNA、1820mRNA、23652mRNA、7301mRNA、8925mRNA、8701mRNA、3533mRNA、9462mRNA、9123mRNA、12788mRNA、17729mRNA、65552mRNA、1261mRNA、21476mRNA、33770mRNA、9380mRNA、2569654mRNA、33556mRNA、53656mRNA、44143mRNA、32612mRNA、10671mRNA、261mRNA、44570mRNA、41922mRNA、2552mRNA、2417mRNA、19319mRNA、43969mRNA、8921mRNA、8993mRNA、955mRNA、32345mRNA、966mRNA、1920mRNA、17318mRNA、1510mRNA、14180mRNA、26005mRNA、554mRNA、16408mRNA、42028mRNA、112091mRNA、13886mRNA、13942mRNA、1673mRNA、54946mRNA、または2419mRNAのコード領域全体に対して相補的であり得るが、より好ましくは、1722mRNA、10280mRNA、59917mRNA、85553mRNA、10653mRNA、9235mRNA、21668mRNA、17794mRNA、2210mRNA、6169mRNA、10102mRNA、21061mRNA、17662mRNA、1468mRNA、12282mRNA、6350mRNA、9035mRNA、1820mRNA、23652mRNA、7301mRNA、8925mRNA、8701mRNA、3533mRNA、9462mRNA、9123mRNA、12788mRNA、17729mRNA、65552mRNA、1261mRNA、21476mRNA、33770mRNA、9380mRNA、2569654mRNA、33556mRNA、53656mRNA、44143mRNA、32612mRNA、10671mRNA、261mRNA、44570mRNA、41922mRNA、2552mRNA、2417mRNA、19319mRNA、43969mRNA、8921mRNA、8993mRNA、955mRNA、32345mRNA、966mRNA、1920mRNA、17318mRNA、1510mRNA、14180mRNA、26005mRNA、554mRNA、16408mRNA、42028mRNA、112091mRNA、13886mRNA、13942mRNA、1673mRNA、54946mRNA、または2419mRNAのコード領域または非コード領域のうちの一部分のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、1722mRNA、10280mRNA、59917mRNA、85553mRNA、10653mRNA、9235mRNA、21668mRNA、17794mRNA、2210mRNA、6169mRNA、10102mRNA、21061mRNA、17662mRNA、1468mRNA、12282mRNA、6350mRNA、9035mRNA、1820mRNA、23652mRNA、7301mRNA、8925mRNA、8701mRNA、3533mRNA、9462mRNA、9123mRNA、12788mRNA、17729mRNA、65552mRNA、1261mRNA、21476mRNA、33770mRNA、9380mRNA、2569654mRNA、33556mRNA、53656mRNA、44143mRNA、32612mRNA、10671mRNA、261mRNA、44570mRNA、41922mRNA、2552mRNA、2417mRNA、19319mRNA、43969mRNA、8921mRNA、8993mRNA、955mRNA、32345mRNA、966mRNA、1920mRNA、17318mRNA、1510mRNA、14180mRNA、26005mRNA、554mRNA、16408mRNA、42028mRNA、112091mRNA、13886mRNA、13942mRNA、1673mRNA、54946mRNA、または2419mRNAの翻訳開始部位周辺の領域に対して相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約5、10、15、20、25、30、35、40、45、または50ヌクレオチド長であり得る。本発明のアンチセンス核酸は、当該分野において公知の手順を使用する化学合成および酵素的連結反応を使用して構築され得る。例えば、アンチセンス核酸(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド)が、天然に存在するヌクレオチドまたは種々に改変されたヌクレオチドを使用して化学的に合成され得、この種々に改変されたヌクレオチドは、分子の生物学的安定性を増加させるように、またはアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成される二重鎖の物理的安定性を増加させるように設計される(例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドが使用され得る)。アンチセンス核酸を生成するために使用され得る改変ヌクレオチドの例としては、以下が挙げられる:5−フルオロウラシル、5−ブロモウラシル、5−クロロウラシル、5−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、4−アセチルシトシン、5−(カルボキシヒドロキシルメチル)ウラシル、5−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン、5−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−D−ガラクトシルクエオシン、イノシン、N6−イソペンテニルアデニン、1−メチルグアニン、1−メチルイノシン、2,2−ジメチルグアニン、2−メチルアデニン、2−メチルグアニン、3−メチルシトシン、5−メチルシトシン、N6−アデニン、7−メチルグアニン、5−メチルアミノメチルウラシル、5−メトキシアミノメチル−2−チオウラシル、β−D−マンノシルクエオシン、5’−メトキシカルボキシメチルウラシル、5−メトキシウラシル、2−メチルチオ−N6−イソペンテニルアデニン、ウラシル−5−オキシ酢酸(v)、ウイブトキソシン(wybutoxosine)、プソイドウラシル、クエオシン、2−チオシトシン、5−メチル−2−チオウラシル、2−チオウラシル、4−チオウラシル、5−メチルウラシル、ウラシル−5−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−5−オキシ酢酸(v)、5−メチル−2−チオウラシル、3−(3−アミノ−3−N−2−カルボキシプロピル)ウラシル、(acp3)wおよび2,6−ジアミノプリン。あるいは、アンチセンス核酸が、核酸がアンチセンス方向でサブクローニングされた発現ベクターを使用して、生物学的に生成され得る(すなわち、挿入された核酸から転写されたRNAは、目的の標的核酸に対してアンチセンス方向である)。本発明の方法において使用されるアンチセンス核酸分子は、上記節IVにさらに記載される。
なお別の実施形態において、本発明の方法において使用される1722核酸分子、10280核酸分子、59917核酸分子、85553核酸分子、10653核酸分子、9235核酸分子、21668核酸分子、17794核酸分子、2210核酸分子、6169核酸分子、10102核酸分子、21061核酸分子、17662核酸分子、1468核酸分子、12282核酸分子、6350核酸分子、9035核酸分子、1820核酸分子、23652核酸分子、7301核酸分子、8925核酸分子、8701核酸分子、3533核酸分子、9462核酸分子、9123核酸分子、12788核酸分子、17729核酸分子、65552核酸分子、1261核酸分子、21476核酸分子、33770核酸分子、9380核酸分子、2569654核酸分子、33556核酸分子、53656核酸分子、44143核酸分子、32612核酸分子、10671核酸分子、261核酸分子、44570核酸分子、41922核酸分子、2552核酸分子、2417核酸分子、19319核酸分子、43969核酸分子、8921核酸分子、8993核酸分子、955核酸分子、32345核酸分子、966核酸分子、1920核酸分子、17318核酸分子、1510核酸分子、14180核酸分子、26005核酸分子、554核酸分子、16408核酸分子、42028核酸分子、112091核酸分子、13886核酸分子、13942核酸分子、1673核酸分子、54946核酸分子、または2419核酸分子を、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格において改変し、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーション、または溶解度を改善し得る。例えば、核酸分子のデオキシリボースリン酸骨格は、ペプチド核酸を生成するために改変され得る(Hyrup B.ら、(1996)Bioorganic & Medicinal Chemistry 4(1):5−23を参照のこと)。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」または「PNA」は、デオキシリボースリン酸骨格が偽ペプチド骨格により置換され、そして4種の天然の核酸塩基(nucleobase)のみが保持されている、核酸模倣物(例えば、DNA模倣物)をいう。PNAの中性の骨格は、低イオン強度の条件下で、DNAおよびRNAに対する特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。PNAオリゴマーの合成は、Hyrup B.ら(1996)、前出;Perry−O’Keefeら(1996)、Proc.Natl.Acad.Sci.93:14670−675に記載のような、標準的固相ペプチド合成プロトコルを使用して実施され得る。
1722核酸分子、10280核酸分子、59917核酸分子、85553核酸分子、10653核酸分子、9235核酸分子、21668核酸分子、17794核酸分子、2210核酸分子、6169核酸分子、10102核酸分子、21061核酸分子、17662核酸分子、1468核酸分子、12282核酸分子、6350核酸分子、9035核酸分子、1820核酸分子、23652核酸分子、7301核酸分子、8925核酸分子、8701核酸分子、3533核酸分子、9462核酸分子、9123核酸分子、12788核酸分子、17729核酸分子、65552核酸分子、1261核酸分子、21476核酸分子、33770核酸分子、9380核酸分子、2569654核酸分子、33556核酸分子、53656核酸分子、44143核酸分子、32612核酸分子、10671核酸分子、261核酸分子、44570核酸分子、41922核酸分子、2552核酸分子、2417核酸分子、19319核酸分子、43969核酸分子、8921核酸分子、8993核酸分子、955核酸分子、32345核酸分子、966核酸分子、1920核酸分子、17318核酸分子、1510核酸分子、14180核酸分子、26005核酸分子、554核酸分子、16408核酸分子、42028核酸分子、112091核酸分子、13886核酸分子、13942核酸分子、1673核酸分子、54946核酸分子、または2419核酸分子のPNAは、本明細書中に記載される治療的適用および診断的適用において使用され得る。例えば、PNAは、遺伝子発現の配列特異的調節(例えば、転写または翻訳の停止を誘導すること、または複製を阻害することによる)のためのアンチセンス剤またはアンチジーン(antigene)剤として使用され得る。1722核酸分子、10280核酸分子、59917核酸分子、85553核酸分子、10653核酸分子、9235核酸分子、21668核酸分子、17794核酸分子、2210核酸分子、6169核酸分子、10102核酸分子、21061核酸分子、17662核酸分子、1468核酸分子、12282核酸分子、6350核酸分子、9035核酸分子、1820核酸分子、23652核酸分子、7301核酸分子、8925核酸分子、8701核酸分子、3533核酸分子、9462核酸分子、9123核酸分子、12788核酸分子、17729核酸分子、65552核酸分子、1261核酸分子、21476核酸分子、33770核酸分子、9380核酸分子、2569654核酸分子、33556核酸分子、53656核酸分子、44143核酸分子、32612核酸分子、10671核酸分子、261核酸分子、44570核酸分子、41922核酸分子、2552核酸分子、2417核酸分子、19319核酸分子、43969核酸分子、8921核酸分子、8993核酸分子、955核酸分子、32345核酸分子、966核酸分子、1920核酸分子、17318核酸分子、1510核酸分子、14180核酸分子、26005核酸分子、554核酸分子、16408核酸分子、42028核酸分子、112091核酸分子、13886核酸分子、13942核酸分子、1673核酸分子、54946核酸分子、または2419核酸分子のPNAはまた、(例えば、PNA指向PCRクランピング(PNA−directed PCR clamping)による)遺伝子内の一塩基対変異の分析において、他の酵素(例えば、S1ヌクレアーゼ(Hyrup B.ら(1996)、前出))と組み合わせて使用される場合の「人工制限酵素」として;またはDNA配列決定またはハイブリダイゼーションのプローブまたはプライマーとして(Hyrup B.ら(1996)、前出;Perry−O’Keefeら(1996)、前出)使用され得る。
別の実施形態において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のPNAは、PNAに対して脂肪親和性基または他のヘルパー基を結合することによって、PNA−DNAキメラの形成によって、あるいはリポソームまたは当該分野で公知の薬物送達の他の技術の使用によって、(例えば、それらの安定性または細胞性取り込みを増強するために)改変され得る。例えば、1722核酸分子、10280核酸分子、59917核酸分子、85553核酸分子、10653核酸分子、9235核酸分子、21668核酸分子、17794核酸分子、2210核酸分子、6169核酸分子、10102核酸分子、21061核酸分子、17662核酸分子、1468核酸分子、12282核酸分子、6350核酸分子、9035核酸分子、1820核酸分子、23652核酸分子、7301核酸分子、8925核酸分子、8701核酸分子、3533核酸分子、9462核酸分子、9123核酸分子、12788核酸分子、17729核酸分子、65552核酸分子、1261核酸分子、21476核酸分子、33770核酸分子、9380核酸分子、2569654核酸分子、33556核酸分子、53656核酸分子、44143核酸分子、32612核酸分子、10671核酸分子、261核酸分子、44570核酸分子、41922核酸分子、2552核酸分子、2417核酸分子、19319核酸分子、43969核酸分子、8921核酸分子、8993核酸分子、955核酸分子、32345核酸分子、966核酸分子、1920核酸分子、17318核酸分子、1510核酸分子、14180核酸分子、26005核酸分子、554核酸分子、16408核酸分子、42028核酸分子、112091核酸分子、13886核酸分子、13942核酸分子、1673核酸分子、54946核酸分子、または2419核酸分子のPNA−DNAキメラが生成され得、これは、PNAおよびDNAの有利な特性を合わせ得る。このようなキメラは、DNA認識酵素(例えば、RNAse HおよびDNAポリメラーゼ)がDNA部分と相互作用することを可能にし、一方PNA部分は、高い結合親和性および特異性を提供する。PNA−DNAキメラは、塩基スタッキング、核酸塩基間の結合数、および方向の点において選択される適切な長さのリンカーを使用して連結され得る(Hyrup B.ら、(1996)、前出)。PNA−DNAキメラの合成は、Hyrup B.ら(1996)、前出、およびFinn P.J.ら(1996)Nucleic Acids Res.24(17):3357−63に記載されるように実施され得る。例えば、DNA鎖は、標準的なホスホロアミダイト結合化学および改変されたヌクレオシドアナログ(例えば、5’−(4−メトキシトリチル)アミノ−5’−デオキシ−チミジンホスホロアミダイト)を使用して固体支持体上で合成され得、PNAとDNAの5’末端との間として使用され得る(Mag,Mら(1989)Nucleic Acid Res.17:5973〜88)。次いで、PNAモノマーは、段階的な様式で結合されて、5’PNAセグメントおよび3’DNAセグメントを有するキメラ分子を生成する(Finn P.J.ら(1996)、前出)。あるいは、キメラ分子は、5’DNAセグメントおよび3’PNAセグメントを用いて合成され得る(Peterser,K.H.ら(1975)Bioorganic Med.Chem.Lett.5:1119−11124)。
他の実施形態において、本発明の方法において使用されるオリゴヌクレオチドは、ペプチドのような他の付属基(例えば、インビボにおいて宿主細胞レセプターを標的化するため)、または細胞膜(例えば、Letsingerら(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:6553−6556;Lemaitreら(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:648−652;PCT公開番号WO88/09810を参照のこと)もしくは血液脳関門(例えば、PCT公開番号WO89/10134を参照のこと)を横切る輸送を容易にする薬剤を含み得る。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発(hybridization−triggered)切断剤(例えば、Krolら(1988)Bio−Techniques 6:958〜976を参照のこと)または挿入剤(例えば、Zon(1988)Pharm.Res.5:539〜549を参照のこと)を用いて改変され得る。この目的のために、オリゴヌクレオチドは、別の分子(例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送剤、またはハイブリダイゼーション誘発切断剤)に結合体化され得る。
(VII.本発明の方法において使用される単離された1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質および抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、または抗2419抗体)
本発明の方法は、単離された1722タンパク質、単離された10280タンパク質、単離された59917タンパク質、単離された85553タンパク質、単離された10653タンパク質、単離された9235タンパク質、単離された21668タンパク質、単離された17794タンパク質、単離された2210タンパク質、単離された6169タンパク質、単離された10102タンパク質、単離された21061タンパク質、単離された17662タンパク質、単離された1468タンパク質、単離された12282タンパク質、単離された6350タンパク質、単離された9035タンパク質、単離された1820タンパク質、単離された23652タンパク質、単離された7301タンパク質、単離された8925タンパク質、単離された8701タンパク質、単離された3533タンパク質、単離された9462タンパク質、単離された9123タンパク質、単離された12788タンパク質、単離された17729タンパク質、単離された65552タンパク質、単離された1261タンパク質、単離された21476タンパク質、単離された33770タンパク質、単離された9380タンパク質、単離された2569654タンパク質、単離された33556タンパク質、単離された53656タンパク質、単離された44143タンパク質、単離された32612タンパク質、単離された10671タンパク質、単離された261タンパク質、単離された44570タンパク質、単離された41922タンパク質、単離された2552タンパク質、単離された2417タンパク質、単離された19319タンパク質、単離された43969タンパク質、単離された8921タンパク質、単離された8993タンパク質、単離された955タンパク質、単離された32345タンパク質、単離された966タンパク質、単離された1920タンパク質、単離された17318タンパク質、単離された1510タンパク質、単離された14180タンパク質、単離された26005タンパク質、単離された554タンパク質、単離された16408タンパク質、単離された42028タンパク質、単離された112091タンパク質、単離された13886タンパク質、単離された13942タンパク質、単離された1673タンパク質、単離された54946タンパク質、または単離された2419タンパク質、およびその生物学的に活性な部分、ならびに抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、または抗2419抗体を惹起するための免疫原としての使用に適切なポリペプチドフラグメントの使用を含む。1つの実施形態において、ネイティブな1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を使用する適切な精製スキームによって細胞または組織供給源から単離され得る。別の実施形態において、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質は、組換えDNA技術によって産生される。組換え発現に代えて、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質またはポリペプチドは、標準的なペプチド合成技術を使用して化学的に合成され得る。
本明細書中で使用される場合、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の「生物学的に活性な部分」は、1722活性、10280活性、59917活性、85553活性、10653活性、9235活性、21668活性、17794活性、2210活性、6169活性、10102活性、21061活性、17662活性、1468活性、12282活性、6350活性、9035活性、1820活性、23652活性、7301活性、8925活性、8701活性、3533活性、9462活性、9123活性、12788活性、17729活性、65552活性、1261活性、21476活性、33770活性、9380活性、2569654活性、33556活性、53656活性、44143活性、32612活性、10671活性、261活性、44570活性、41922活性、2552活性、2417活性、19319活性、43969活性、8921活性、8993活性、955活性、32345活性、966活性、1920活性、17318活性、1510活性、14180活性、26005活性、554活性、16408活性、42028活性、112091活性、13886活性、13942活性、1673活性、54946活性、または2419活性を有する1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のフラグメントを含む。1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の生物学的に活性な部分は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のアミノ酸配列と実質的に同一か、またはこれに由来するアミノ酸配列(例えば、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128に示されるアミノ酸配列)を含むペプチドを含み、このペプチドは、1722全長タンパク質、10280全長タンパク質、59917全長タンパク質、85553全長タンパク質、10653全長タンパク質、9235全長タンパク質、21668全長タンパク質、17794全長タンパク質、2210全長タンパク質、6169全長タンパク質、10102全長タンパク質、21061全長タンパク質、17662全長タンパク質、1468全長タンパク質、12282全長タンパク質、6350全長タンパク質、9035全長タンパク質、1820全長タンパク質、23652全長タンパク質、7301全長タンパク質、8925全長タンパク質、8701全長タンパク質、3533全長タンパク質、9462全長タンパク質、9123全長タンパク質、12788全長タンパク質、17729全長タンパク質、65552全長タンパク質、1261全長タンパク質、21476全長タンパク質、33770全長タンパク質、9380全長タンパク質、2569654全長タンパク質、33556全長タンパク質、53656全長タンパク質、44143全長タンパク質、32612全長タンパク質、10671全長タンパク質、261全長タンパク質、44570全長タンパク質、41922全長タンパク質、2552全長タンパク質、2417全長タンパク質、19319全長タンパク質、43969全長タンパク質、8921全長タンパク質、8993全長タンパク質、955全長タンパク質、32345全長タンパク質、966全長タンパク質、1920全長タンパク質、17318全長タンパク質、1510全長タンパク質、14180全長タンパク質、26005全長タンパク質、554全長タンパク質、16408全長タンパク質、42028全長タンパク質、112091全長タンパク質、13886全長タンパク質、13942全長タンパク質、1673全長タンパク質、54946全長タンパク質、または2419全長タンパク質よりも短いアミノ酸を含み、そして1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、
53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の少なくとも一つの活性を示す。代表的に、生物学的に活性な部分は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の少なくとも1つの活性を有する、ドメインまたはモチーフを含む(例えば、アポトーシス活性の調節に関与すると考えられる、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のN末端領域)。1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、25、50、75、100、125、150、175、200、250、300以上のアミノ酸長である、ポリペプチドであり得る。1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の生物学的に活性な部分は、1722活性、10280活性、59917活性、85553活性、10653活性、9235活性、21668活性、17794活性、2210活性、6169活性、10102活性、21061活性、17662活性、1468活性、12282活性、6350活性、9035活性、1820活性、23652活性、7301活性、8925活性、8701活性、3533活性、9462活性、9123活性、12788活性、17729活性、65552活性、1261活性、21476活性、33770活性、9380活性、2569654活性、33556活性、53656活性、44143活性、32612活性、10671活性、261活性、44570活性、41922活性、2552活性、2417活性、19319活性、43969活性、8921活性、8993活性、955活性、32345活性、966活性、1920活性、17318活性、1510活性、14180活性、26005活性、554活性、16408活性、42028活性、112091活性、13886活性、13942活性、1673活性、54946活性、または2419活性を調節する因子を開発するための標的として使用され得る。
好ましい実施形態において、本発明の方法において使用される1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質は、配列番号2、配列番号4、 配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128と実質的に同一であり、そして配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128のタンパク質の機能的活性を保持し、なお、上記V小節において詳細に記載したように、天然の対立遺伝子改変体または変異体に起因するアミノ酸配列と異なる。従って、別の実施形態において、本発明の方法において使用される1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128に対して、少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、またはそれより多く同一のアミノ酸配列を含むタンパク質である。
2つのアミノ酸配列または2つの核酸配列の同一性のパーセントを決定するため、この配列を最適な比較目的のために整列させる(例えば、最適な整列のために第1のアミノ酸配列もしくは核酸配列および第2のアミノ酸配列もしくは核酸配列の1つもしくは両方にギャップが導入され得、そして非同一の配列は、比較目的のためには無視され得る)。好ましい実施形態において、比較目的のために整列された参照配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも30%、好ましくは少なくとも40%、より好ましくは少なくとも50%、さらにより好ましくは少なくとも60%、およびさらにより好ましくは少なくとも70%、80%、または90%である(例えば、500個のアミノ酸残基を有する配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126または配列番号128の1722アミノ酸配列、10280アミノ酸配列、59917アミノ酸配列、85553アミノ酸配列、10653アミノ酸配列、9235アミノ酸配列、21668アミノ酸配列、17794アミノ酸配列、2210アミノ酸配列、6169アミノ酸配列、10102アミノ酸配列、21061アミノ酸配列、17662アミノ酸配列、1468アミノ酸配列、12282アミノ酸配列、6350アミノ酸配列、9035アミノ酸配列、1820アミノ酸配列、23652アミノ酸配列、7301アミノ酸配列、8925アミノ酸配列、8701アミノ酸配列、3533アミノ酸配列、9462アミノ酸配列、9123アミノ酸配列、12788アミノ酸配列、17729アミノ酸配列、65552アミノ酸配列、1261アミノ酸配列、21476アミノ酸配列、33770アミノ酸配列、9380アミノ酸配列、2569654アミノ酸配列、33556アミノ酸配列、53656アミノ酸配列、44143アミノ酸配列、32612アミノ酸配列、10671アミノ酸配列、261アミノ酸配列、44570アミノ酸配列、41922アミノ酸配列、2552アミノ酸配列、2417アミノ酸配列、19319アミノ酸配列、43969アミノ酸配列、8921アミノ酸配列、8993アミノ酸配列、955アミノ酸配列、32345アミノ酸配列、966アミノ酸配列、1920アミノ酸配列、17318アミノ酸配列、1510アミノ酸配列、14180アミノ酸配列、26005アミノ酸配列、554アミノ酸配列、16408アミノ酸配列、42028アミノ酸配列、112091アミノ酸配列、13886アミノ酸配列、13942アミノ酸配列、1673アミノ酸配列、54946アミノ酸配列、または2419アミノ酸配列に対して第2配列を整列させる場合、少なくとも75個のアミノ酸残基、好ましく少なくとも150個のアミノ酸残基、より好ましくは少なくとも225個のアミノ酸残基、さらにより好ましくは少なくとも300個のアミノ酸残基、およびさらにより好ましくは少なくとも400個以上のアミノ酸残基が整列される)。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドが比較される。第1の配列位置が、第2の配列において対応する位置と同一のアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占有される場合、分子はその位置で同一である(本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と等価である)。2つの配列間の同一性のパーセントは、配列によって共有される同一位置の数の関数であり、2つの配列の最適な整列のために導入されることが必要であるギャップの数および各ギャップの長さを考慮する。
配列の比較および2つの配列間のパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。好ましい実施形態において、2つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、GCGソフトウェアパッケージにおいてGAPプログラムに組み込まれたNeedlemanおよびWunsch(J.Mol.Biol.48:444−453(1970))のアルゴリズムを用い、Blosum 62マトリクスまたはPAM250マトリクスのいずれか、ならびにギャップウェイト16、14、12、10、8、6、または4およびレングスウェイト(length weight)1、2、3、4、5、または6を用いて決定される。さらに別の好ましい実施形態において、2つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、GCGソフトウェアパッケージのGAPプログラムを用い、NWSgapdna.CMPマトリクスならびにギャップウェイト40、50、60、70、または80およびレングスウェイト1、2、3、4、5、または6を用いて決定される。別の実施形態において、2種のアミノ酸またはヌクレオチド配列間のパーセント同一性が、ALIGNプログラム(バージョン2.0または2.0U)に組み込まれたE.MeyersおよびW.Miller(Comput.Appl.Biosci.4:11−17(1988))のアルゴリズムを用い、PAM120ウェイト残基表、ギャップレングスペナルティー12およびギャップペナルティー4を用いて決定される。
本発明の方法はまた、1722キメラタンパク質、10280キメラタンパク質、59917キメラタンパク質、85553キメラタンパク質、10653キメラタンパク質、9235キメラタンパク質、21668キメラタンパク質、17794キメラタンパク質、2210キメラタンパク質、6169キメラタンパク質、10102キメラタンパク質、21061キメラタンパク質、17662キメラタンパク質、1468キメラタンパク質、12282キメラタンパク質、6350キメラタンパク質、9035キメラタンパク質、1820キメラタンパク質、23652キメラタンパク質、7301キメラタンパク質、8925キメラタンパク質、8701キメラタンパク質、3533キメラタンパク質、9462キメラタンパク質、9123キメラタンパク質、12788キメラタンパク質、17729キメラタンパク質、65552キメラタンパク質、1261キメラタンパク質、21476キメラタンパク質、33770キメラタンパク質、9380キメラタンパク質、2569654キメラタンパク質、33556キメラタンパク質、53656キメラタンパク質、44143キメラタンパク質、32612キメラタンパク質、10671キメラタンパク質、261キメラタンパク質、44570キメラタンパク質、41922キメラタンパク質、2552キメラタンパク質、2417キメラタンパク質、19319キメラタンパク質、43969キメラタンパク質、8921キメラタンパク質、8993キメラタンパク質、955キメラタンパク質、32345キメラタンパク質、966キメラタンパク質、1920キメラタンパク質、17318キメラタンパク質、1510キメラタンパク質、14180キメラタンパク質、26005キメラタンパク質、554キメラタンパク質、16408キメラタンパク質、42028キメラタンパク質、112091キメラタンパク質、13886キメラタンパク質、13942キメラタンパク質、1673キメラタンパク質、54946キメラタンパク質、もしくは2419キメラタンパク質または1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、もしくは2419融合タンパク質を使用し得る。本明細書中で使用される場合、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非1722ポリペプチド、非10280ポリペプチド、非59917ポリペプチド、非85553ポリペプチド、非10653ポリペプチド、非9235ポリペプチド、非21668ポリペプチド、非17794ポリペプチド、非2210ポリペプチド、非6169ポリペプチド、非10102ポリペプチド、非21061ポリペプチド、非17662ポリペプチド、非1468ポリペプチド、非12282ポリペプチド、非6350ポリペプチド、非9035ポリペプチド、非1820ポリペプチド、非23652ポリペプチド、非7301ポリペプチド、非8925ポリペプチド、非8701ポリペプチド、非3533ポリペプチド、非9462ポリペプチド、非9123ポリペプチド、非12788ポリペプチド、非17729ポリペプチド、非65552ポリペプチド、非1261ポリペプチド、非21476ポリペプチド、非33770ポリペプチド、非9380ポリペプチド、非2569654ポリペプチド、非33556ポリペプチド、非53656ポリペプチド、非44143ポリペプチド、非32612ポリペプチド、非10671ポリペプチド、非261ポリペプチド、非44570ポリペプチド、非41922ポリペプチド、非2552ポリペプチド、非2417ポリペプチド、非19319ポリペプチド、非43969ポリペプチド、非8921ポリペプチド、非8993ポリペプチド、非955ポリペプチド、非32345ポリペプチド、非966ポリペプチド、非1920ポリペプチド、非17318ポリペプチド、非1510ポリペプチド、非14180ポリペプチド、非26005ポリペプチド、非554ポリペプチド、非16408ポリペプチド、非42028ポリペプチド、非112091ポリペプチド、非13886ポリペプチド、非13942ポリペプチド、非1673ポリペプチド、非54946ポリペプチド、または非2419ポリペプチドに作動可能に連結された1722ポリペプチド、10280ポリペプチド、59917ポリペプチド、85553ポリペプチド、10653ポリペプチド、9235ポリペプチド、21668ポリペプチド、17794ポリペプチド、2210ポリペプチド、6169ポリペプチド、10102ポリペプチド、21061ポリペプチド、17662ポリペプチド、1468ポリペプチド、12282ポリペプチド、6350ポリペプチド、9035ポリペプチド、1820ポリペプチド、23652ポリペプチド、7301ポリペプチド、8925ポリペプチド、8701ポリペプチド、3533ポリペプチド、9462ポリペプチド、9123ポリペプチド、12788ポリペプチド、17729ポリペプチド、65552ポリペプチド、1261ポリペプチド、21476ポリペプチド、33770ポリペプチド、9380ポリペプチド、2569654ポリペプチド、33556ポリペプチド、53656ポリペプチド、44143ポリペプチド、32612ポリペプチド、10671ポリペプチド、261ポリペプチド、44570ポリペプチド、41922ポリペプチド、2552ポリペプチド、2417ポリペプチド、19319ポリペプチド、43969ポリペプチド、8921ポリペプチド、8993ポリペプチド、955ポリペプチド、32345ポリペプチド、966ポリペプチド、1920ポリペプチド、17318ポリペプチド、1510ポリペプチド、14180ポリペプチド、26005ポリペプチド、554ポリペプチド、16408ポリペプチド、42028ポリペプチド、112091ポリペプチド、13886ポリペプチド、13942ポリペプチド、1673ポリペプチド、54946ポリペプチド、または2419ポリペプチドを含む。「1722ポリペプチド、10280ポリペプチド、59917ポリペプチド、85553ポリペプチド、10653ポリペプチド、9235ポリペプチド、21668ポリペプチド、17794ポリペプチド、2210ポリペプチド、6169ポリペプチド、10102ポリペプチド、21061ポリペプチド、17662ポリペプチド、1468ポリペプチド、12282ポリペプチド、6350ポリペプチド、9035ポリペプチド、1820ポリペプチド、23652ポリペプチド、7301ポリペプチド、8925ポリペプチド、8701ポリペプチド、3533ポリペプチド、9462ポリペプチド、9123ポリペプチド、12788ポリペプチド、17729ポリペプチド、65552ポリペプチド、1261ポリペプチド、21476ポリペプチド、33770ポリペプチド、9380ポリペプチド、2569654ポリペプチド、33556ポリペプチド、53656ポリペプチド、44143ポリペプチド、32612ポリペプチド、10671ポリペプチド、261ポリペプチド、44570ポリペプチド、41922ポリペプチド、2552ポリペプチド、2417ポリペプチド、19319ポリペプチド、43969ポリペプチド、8921ポリペプチド、8993ポリペプチド、955ポリペプチド、32345ポリペプチド、966ポリペプチド、1920ポリペプチド、17318ポリペプチド、1510ポリペプチド、14180ポリペプチド、26005ポリペプチド、554ポリペプチド、16408ポリペプチド、42028ポリペプチド、112091ポリペプチド、13886ポリペプチド、13942ポリペプチド、1673ポリペプチド、54946ポリペプチド、または2419ポリペプチド」は、1722分子、10280分子、59917分子、85553分子、10653分子、9235分子、21668分子、17794分子、2210分子、6169分子、10102分子、21061分子、17662分子、1468分子、12282分子、6350分子、9035分子、1820分子、23652分子、7301分子、8925分子、8701分子、3533分子、9462分子、9123分子、12788分子、17729分子、65552分子、1261分子、21476分子、33770分子、9380分子、2569654分子、33556分子、53656分子、44143分子、32612分子、10671分子、261分子、44570分子、41922分子、2552分子、2417分子、19319分子、43969分子、8921分子、8993分子、955分子、32345分子、966分子、1920分子、17318分子、1510分子、14180分子、26005分子、554分子、16408分子、42028分子、112091分子、13886分子、13942分子、1673分子、54946分子、または2419分子に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいうが、「非1722ポリペプチド、非10280ポリペプチド、非59917ポリペプチド、非85553ポリペプチド、非10653ポリペプチド、非9235ポリペプチド、非21668ポリペプチド、
非17794ポリペプチド、非2210ポリペプチド、非6169ポリペプチド、非10102ポリペプチド、非21061ポリペプチド、非17662ポリペプチド、非1468ポリペプチド、非12282ポリペプチド、非6350ポリペプチド、非9035ポリペプチド、非1820ポリペプチド、非23652ポリペプチド、非7301ポリペプチド、非8925ポリペプチド、非8701ポリペプチド、非3533ポリペプチド、非9462ポリペプチド、非9123ポリペプチド、非12788ポリペプチド、非17729ポリペプチド、非65552ポリペプチド、非1261ポリペプチド、非21476ポリペプチド、非33770ポリペプチド、非9380ポリペプチド、非2569654ポリペプチド、非33556ポリペプチド、非53656ポリペプチド、非44143ポリペプチド、非32612ポリペプチド、非10671ポリペプチド、非261ポリペプチド、非44570ポリペプチド、非41922ポリペプチド、非2552ポリペプチド、非2417ポリペプチド、非19319ポリペプチド、非43969ポリペプチド、非8921ポリペプチド、非8993ポリペプチド、非955ポリペプチド、非32345ポリペプチド、非966ポリペプチド、非1920ポリペプチド、非17318ポリペプチド、非1510ポリペプチド、非14180ポリペプチド、非26005ポリペプチド、非554ポリペプチド、非16408ポリペプチド、非42028ポリペプチド、非112091ポリペプチド、非13886ポリペプチド、非13942ポリペプチド、非1673ポリペプチド、非54946ポリペプチド、非または2419ポリペプチド」は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質に対して実質的に相同ではないタンパク質(例えば、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質とは異なり、かつ同一または異なる生物体に由来するタンパク質)に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいう。1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、または2419融合タンパク質において、1722ポリペプチド、10280ポリペプチド、59917ポリペプチド、85553ポリペプチド、10653ポリペプチド、9235ポリペプチド、21668ポリペプチド、17794ポリペプチド、2210ポリペプチド、6169ポリペプチド、10102ポリペプチド、21061ポリペプチド、17662ポリペプチド、1468ポリペプチド、12282ポリペプチド、6350ポリペプチド、9035ポリペプチド、1820ポリペプチド、23652ポリペプチド、7301ポリペプチド、8925ポリペプチド、8701ポリペプチド、3533ポリペプチド、9462ポリペプチド、9123ポリペプチド、12788ポリペプチド、17729ポリペプチド、65552ポリペプチド、1261ポリペプチド、21476ポリペプチド、33770ポリペプチド、9380ポリペプチド、2569654ポリペプチド、33556ポリペプチド、53656ポリペプチド、44143ポリペプチド、32612ポリペプチド、10671ポリペプチド、261ポリペプチド、44570ポリペプチド、41922ポリペプチド、2552ポリペプチド、2417ポリペプチド、19319ポリペプチド、43969ポリペプチド、8921ポリペプチド、8993ポリペプチド、955ポリペプチド、32345ポリペプチド、966ポリペプチド、1920ポリペプチド、17318ポリペプチド、1510ポリペプチド、14180ポリペプチド、26005ポリペプチド、554ポリペプチド、16408ポリペプチド、42028ポリペプチド、112091ポリペプチド、13886ポリペプチド、13942ポリペプチド、1673ポリペプチド、54946ポリペプチド、または2419ポリペプチドは、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のすべてまたは一部分に対応し得る。
好ましい実施形態において、1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、または2419融合タンパク質は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の少なくとも1つの生物学的に活性な部分を含む。別の好ましい実施形態において、1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、または2419融合タンパク質は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の少なくとも2つの生物学的に活性な部分を含む。
融合タンパク質において、用語「作動可能に連結された」は、1722ポリペプチド、10280ポリペプチド、59917ポリペプチド、85553ポリペプチド、10653ポリペプチド、9235ポリペプチド、21668ポリペプチド、17794ポリペプチド、2210ポリペプチド、6169ポリペプチド、10102ポリペプチド、21061ポリペプチド、17662ポリペプチド、1468ポリペプチド、12282ポリペプチド、6350ポリペプチド、9035ポリペプチド、1820ポリペプチド、23652ポリペプチド、7301ポリペプチド、8925ポリペプチド、8701ポリペプチド、3533ポリペプチド、9462ポリペプチド、9123ポリペプチド、12788ポリペプチド、17729ポリペプチド、65552ポリペプチド、1261ポリペプチド、21476ポリペプチド、33770ポリペプチド、9380ポリペプチド、2569654ポリペプチド、33556ポリペプチド、53656ポリペプチド、44143ポリペプチド、32612ポリペプチド、10671ポリペプチド、261ポリペプチド、44570ポリペプチド、41922ポリペプチド、2552ポリペプチド、2417ポリペプチド、19319ポリペプチド、43969ポリペプチド、8921ポリペプチド、8993ポリペプチド、955ポリペプチド、32345ポリペプチド、966ポリペプチド、1920ポリペプチド、17318ポリペプチド、1510ポリペプチド、14180ポリペプチド、26005ポリペプチド、554ポリペプチド、16408ポリペプチド、42028ポリペプチド、112091ポリペプチド、13886ポリペプチド、13942ポリペプチド、1673ポリペプチド、54946ポリペプチド、または2419ポリペプチドおよび非1722ポリペプチド、非10280ポリペプチド、非59917ポリペプチド、非85553ポリペプチド、非10653ポリペプチド、非9235ポリペプチド、非21668ポリペプチド、非17794ポリペプチド、非2210ポリペプチド、非6169ポリペプチド、非10102ポリペプチド、非21061ポリペプチド、非17662ポリペプチド、非1468ポリペプチド、非12282ポリペプチド、非6350ポリペプチド、非9035ポリペプチド、非1820ポリペプチド、非23652ポリペプチド、非7301ポリペプチド、非8925ポリペプチド、非8701ポリペプチド、非3533ポリペプチド、非9462ポリペプチド、非9123ポリペプチド、非12788ポリペプチド、非17729ポリペプチド、非65552ポリペプチド、非1261ポリペプチド、非21476ポリペプチド、非33770ポリペプチド、非9380ポリペプチド、非2569654ポリペプチド、非33556ポリペプチド、非53656ポリペプチド、非44143ポリペプチド、非32612ポリペプチド、非10671ポリペプチド、非261ポリペプチド、非44570ポリペプチド、非41922ポリペプチド、非2552ポリペプチド、非2417ポリペプチド、非19319ポリペプチド、非43969ポリペプチド、非8921ポリペプチド、非8993ポリペプチド、非955ポリペプチド、非32345ポリペプチド、非966ポリペプチド、非1920ポリペプチド、非17318ポリペプチド、非1510ポリペプチド、非14180ポリペプチド、非26005ポリペプチド、非554ポリペプチド、非16408ポリペプチド、非42028ポリペプチド、非112091ポリペプチド、非13886ポリペプチド、非13942ポリペプチド、非1673ポリペプチド、非54946ポリペプチド、または非2419ポリペプチドが、互いにインフレームで融合されていることを示すことが意図される。非1722ポリペプチド、非10280ポリペプチド、非59917ポリペプチド、非85553ポリペプチド、非10653ポリペプチド、非9235ポリペプチド、非21668ポリペプチド、非17794ポリペプチド、非2210ポリペプチド、非6169ポリペプチド、非10102ポリペプチド、非21061ポリペプチド、非17662ポリペプチド、非1468ポリペプチド、非12282ポリペプチド、非6350ポリペプチド、非9035ポリペプチド、非1820ポリペプチド、非23652ポリペプチド、非7301ポリペプチド、非8925ポリペプチド、非8701ポリペプチド、非3533ポリペプチド、非9462ポリペプチド、非9123ポリペプチド、非12788ポリペプチド、非17729ポリペプチド、非65552ポリペプチド、非1261ポリペプチド、非21476ポリペプチド、非33770ポリペプチド、非9380ポリペプチド、非2569654ポリペプチド、非33556ポリペプチド、非53656ポリペプチド、非44143ポリペプチド、非32612ポリペプチド、非10671ポリペプチド、非261ポリペプチド、非44570ポリペプチド、非41922ポリペプチド、非2552ポリペプチド、非2417ポリペプチド、非19319ポリペプチド、非43969ポリペプチド、非8921ポリペプチド、非8993ポリペプチド、非955ポリペプチド、非32345ポリペプチド、非966ポリペプチド、非1920ポリペプチド、非17318ポリペプチド、非1510ポリペプチド、非14180ポリペプチド、非26005ポリペプチド、非554ポリペプチド、非16408ポリペプチド、非42028ポリペプチド、非112091ポリペプチド、非13886ポリペプチド、非13942ポリペプチド、非1673ポリペプチド、非54946ポリペプチド、または非2419ポリペプチドは、1722ポリペプチド、10280ポリペプチド、59917ポリペプチド、85553ポリペプチド、10653ポリペプチド、9235ポリペプチド、21668ポリペプチド、17794ポリペプチド、2210ポリペプチド、6169ポリペプチド、10102ポリペプチド、21061ポリペプチド、17662ポリペプチド、1468ポリペプチド、12282ポリペプチド、6350ポリペプチド、9035ポリペプチド、1820ポリペプチド、23652ポリペプチド、7301ポリペプチド、8925ポリペプチド、8701ポリペプチド、3533ポリペプチド、9462ポリペプチド、9123ポリペプチド、12788ポリペプチド、17729ポリペプチド、65552ポリペプチド、1261ポリペプチド、21476ポリペプチド、33770ポリペプチド、9380ポリペプチド、2569654ポリペプチド、33556ポリペプチド、53656ポリペプチド、44143ポリペプチド、32612ポリペプチド、10671ポリペプチド、261ポリペプチド、44570ポリペプチド、41922ポリペプチド、2552ポリペプチド、2417ポリペプチド、19319ポリペプチド、43969ポリペプチド、8921ポリペプチド、8993ポリペプチド、955ポリペプチド、32345ポリペプチド、966ポリペプチド、1920ポリペプチド、17318ポリペプチド、1510ポリペプチド、14180ポリペプチド、26005ポリペプチド、554ポリペプチド、16408ポリペプチド、42028ポリペプチド、112091ポリペプチド、13886ポリペプチド、13942ポリペプチド、1673ポリペプチド、54946ポリペプチド、または2419ポリペプチドのN末端またはC末端に融合され得る。
例えば、1つの実施形態において、融合タンパク質はGST−1722融合タンパク質、GST−10280融合タンパク質、GST−59917融合タンパク質、GST−85553融合タンパク質、GST−10653融合タンパク質、GST−9235融合タンパク質、GST−21668融合タンパク質、GST−17794融合タンパク質、GST−2210融合タンパク質、GST−6169融合タンパク質、GST−10102融合タンパク質、GST−21061融合タンパク質、GST−17662融合タンパク質、GST−1468融合タンパク質、GST−12282融合タンパク質、GST−6350融合タンパク質、GST−9035融合タンパク質、GST−1820融合タンパク質、GST−23652融合タンパク質、GST−7301融合タンパク質、GST−8925融合タンパク質、GST−8701融合タンパク質、GST−3533融合タンパク質、GST−9462融合タンパク質、GST−9123融合タンパク質、GST−12788融合タンパク質、GST−17729融合タンパク質、GST−65552融合タンパク質、GST−1261融合タンパク質、GST−21476融合タンパク質、GST−33770融合タンパク質、GST−9380融合タンパク質、GST−2569654融合タンパク質、GST−33556融合タンパク質、GST−53656融合タンパク質、GST−44143融合タンパク質、GST−32612融合タンパク質、GST−10671融合タンパク質、GST−261融合タンパク質、GST−44570融合タンパク質、GST−41922融合タンパク質、GST−2552融合タンパク質、GST−2417融合タンパク質、GST−19319融合タンパク質、GST−43969融合タンパク質、GST−8921融合タンパク質、GST−8993融合タンパク質、GST−955融合タンパク質、GST−32345融合タンパク質、GST−966融合タンパク質、GST−1920融合タンパク質、GST−17318融合タンパク質、GST−1510融合タンパク質、GST−14180融合タンパク質、GST−26005融合タンパク質、GST−554融合タンパク質、GST−16408融合タンパク質、GST−42028融合タンパク質、GST−112091融合タンパク質、GST−13886融合タンパク質、GST−13942融合タンパク質、GST−1673融合タンパク質、GST−54946融合タンパク質、またはGST−2419融合タンパク質であり、ここで1722配列、10280配列、59917配列、85553配列、10653配列、9235配列、21668配列、17794配列、2210配列、6169配列、10102配列、21061配列、17662配列、1468配列、12282配列、6350配列、9035配列、1820配列、23652配列、7301配列、8925配列、8701配列、3533配列、9462配列、9123配列、12788配列、17729配列、65552配列、1261配列、21476配列、33770配列、9380配列、2569654配列、33556配列、53656配列、44143配列、32612配列、10671配列、261配列、44570配列、41922配列、2552配列、2417配列、19319配列、43969配列、8921配列、8993配列、955配列、32345配列、966配列、1920配列、17318配列、1510配列、14180配列、26005配列、554配列、16408配列、42028配列、112091配列、13886配列、13942配列、1673配列、54946配列、または2419配列は、GST配列のC末端に融合される。このような融合タンパク質は、組換え1722、組換え10280、組換え59917、組換え85553、組換え10653、組換え9235、組換え21668、組換え17794、組換え2210、組換え6169、組換え10102、組換え21061、組換え17662、組換え1468、組換え12282、組換え6350、組換え9035、組換え1820、組換え23652、組換え7301、組換え8925、組換え8701、組換え3533、組換え9462、組換え9123、組換え12788、組換え17729、組換え65552、組換え1261、組換え21476、組換え33770、組換え9380、組換え2569654、組換え33556、組換え53656、組換え44143、組換え32612、組換え10671、組換え261、組換え44570、組換え41922、組換え2552、組換え2417、組換え19319、組換え43969、組換え8921、組換え8993、組換え955、組換え32345、組換え966、組換え1920、組換え17318、組換え1510、組換え14180、組換え26005、組換え554、組換え16408、組換え42028、組換え112091、組換え13886、組換え13942、組換え1673、組換え54946、または組換え2419の精製を容易にし得る。
別の実施形態において、この融合タンパク質は、そのN末端で異種シグナル配列を含む1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質である。特定の宿主細胞(例えば、哺乳動物宿主細胞)において、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の発現および/または分泌は、異種シグナル配列の使用を通じて増加され得る。
本発明の方法において使用される1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、または2419融合タンパク質は、薬学的組成物に組み込まれ、インビボで被験体に投与され得る。1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、または2419融合タンパク質は、1722基質、10280基質、59917基質、85553基質、10653基質、9235基質、21668基質、17794基質、2210基質、6169基質、10102基質、21061基質、17662基質、1468基質、12282基質、6350基質、9035基質、1820基質、23652基質、7301基質、8925基質、8701基質、3533基質、9462基質、9123基質、12788基質、17729基質、65552基質、1261基質、21476基質、33770基質、9380基質、2569654基質、33556基質、53656基質、44143基質、32612基質、10671基質、261基質、44570基質、41922基質、2552基質、2417基質、19319基質、43969基質、8921基質、8993基質、955基質、32345基質、966基質、1920基質、17318基質、1510基質、14180基質、26005基質、554基質、16408基質、42028基質、112091基質、13886基質、13942基質、1673基質、54946基質、または2419基質のバイオアベイラビリティーに影響するように使用され得る。1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、または2419融合タンパク質の使用は、例えば、(i)1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質をコードする遺伝子の異常な改変または変異;(ii)1722遺伝子、10280遺伝子、59917遺伝子、85553遺伝子、10653遺伝子、9235遺伝子、21668遺伝子、17794遺伝子、2210遺伝子、6169遺伝子、10102遺伝子、21061遺伝子、17662遺伝子、1468遺伝子、12282遺伝子、6350遺伝子、9035遺伝子、1820遺伝子、23652遺伝子、7301遺伝子、8925遺伝子、8701遺伝子、3533遺伝子、9462遺伝子、9123遺伝子、12788遺伝子、17729遺伝子、65552遺伝子、1261遺伝子、21476遺伝子、33770遺伝子、9380遺伝子、2569654遺伝子、33556遺伝子、53656遺伝子、44143遺伝子、32612遺伝子、10671遺伝子、261遺伝子、44570遺伝子、41922遺伝子、2552遺伝子、2417遺伝子、19319遺伝子、43969遺伝子、8921遺伝子、8993遺伝子、955遺伝子、32345遺伝子、966遺伝子、1920遺伝子、17318遺伝子、1510遺伝子、14180遺伝子、26005遺伝子、554遺伝子、16408遺伝子、42028遺伝子、112091遺伝子、13886遺伝子、13942遺伝子、1673遺伝子、54946遺伝子、または2419遺伝子の誤った調節;および(iii)1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の異常な翻訳後修飾によって引き起こされる障害の処置のために治療的に有用であり得る。
さらに、本発明の方法において使用される1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、または2419融合タンパク質は、被験体において抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、または抗2419抗体を産生するための免疫原として、1722リガンド、10280リガンド、59917リガンド、85553リガンド、10653リガンド、9235リガンド、21668リガンド、17794リガンド、2210リガンド、6169リガンド、10102リガンド、21061リガンド、17662リガンド、1468リガンド、12282リガンド、6350リガンド、9035リガンド、1820リガンド、23652リガンド、7301リガンド、8925リガンド、8701リガンド、3533リガンド、9462リガンド、9123リガンド、12788リガンド、17729リガンド、65552リガンド、1261リガンド、21476リガンド、33770リガンド、9380リガンド、2569654リガンド、33556リガンド、53656リガンド、44143リガンド、32612リガンド、10671リガンド、261リガンド、44570リガンド、41922リガンド、2552リガンド、2417リガンド、19319リガンド、43969リガンド、8921リガンド、8993リガンド、955リガンド、32345リガンド、966リガンド、1920リガンド、17318リガンド、1510リガンド、14180リガンド、26005リガンド、554リガンド、16408リガンド、42028リガンド、112091リガンド、13886リガンド、13942リガンド、1673リガンド、54946リガンド、または2419リガンドを精製するため、およびスクリーニングアッセイにおいて、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419と1722基質、10280基質、59917基質、85553基質、10653基質、9235基質、21668基質、17794基質、2210基質、6169基質、10102基質、21061基質、17662基質、1468基質、12282基質、6350基質、9035基質、1820基質、23652基質、7301基質、8925基質、8701基質、3533基質、9462基質、9123基質、12788基質、17729基質、65552基質、1261基質、21476基質、33770基質、9380基質、2569654基質、33556基質、53656基質、44143基質、32612基質、10671基質、261基質、44570基質、41922基質、2552基質、2417基質、19319基質、43969基質、8921基質、8993基質、955基質、32345基質、966基質、1920基質、17318基質、1510基質、14180基質、26005基質、554基質、16408基質、42028基質、112091基質、13886基質、13942基質、1673基質、54946基質、または2419基質の相互作用を阻害する分子を同定するために使用され得る。
好ましくは、本発明の方法において使用される1722キメラタンパク質、10280キメラタンパク質、59917キメラタンパク質、85553キメラタンパク質、10653キメラタンパク質、9235キメラタンパク質、21668キメラタンパク質、17794キメラタンパク質、2210キメラタンパク質、6169キメラタンパク質、10102キメラタンパク質、21061キメラタンパク質、17662キメラタンパク質、1468キメラタンパク質、12282キメラタンパク質、6350キメラタンパク質、9035キメラタンパク質、1820キメラタンパク質、23652キメラタンパク質、7301キメラタンパク質、8925キメラタンパク質、8701キメラタンパク質、3533キメラタンパク質、9462キメラタンパク質、9123キメラタンパク質、12788キメラタンパク質、17729キメラタンパク質、65552キメラタンパク質、1261キメラタンパク質、21476キメラタンパク質、33770キメラタンパク質、9380キメラタンパク質、2569654キメラタンパク質、33556キメラタンパク質、53656キメラタンパク質、44143キメラタンパク質、32612キメラタンパク質、10671キメラタンパク質、261キメラタンパク質、44570キメラタンパク質、41922キメラタンパク質、2552キメラタンパク質、2417キメラタンパク質、19319キメラタンパク質、43969キメラタンパク質、8921キメラタンパク質、8993キメラタンパク質、955キメラタンパク質、32345キメラタンパク質、966キメラタンパク質、1920キメラタンパク質、17318キメラタンパク質、1510キメラタンパク質、14180キメラタンパク質、26005キメラタンパク質、554キメラタンパク質、16408キメラタンパク質、42028キメラタンパク質、112091キメラタンパク質、13886キメラタンパク質、13942キメラタンパク質、1673キメラタンパク質、54946キメラタンパク質、または2419キメラタンパク質、あるいは1722融合タンパク質、10280融合タンパク質、59917融合タンパク質、85553融合タンパク質、10653融合タンパク質、9235融合タンパク質、21668融合タンパク質、17794融合タンパク質、2210融合タンパク質、6169融合タンパク質、10102融合タンパク質、21061融合タンパク質、17662融合タンパク質、1468融合タンパク質、12282融合タンパク質、6350融合タンパク質、9035融合タンパク質、1820融合タンパク質、23652融合タンパク質、7301融合タンパク質、8925融合タンパク質、8701融合タンパク質、3533融合タンパク質、9462融合タンパク質、9123融合タンパク質、12788融合タンパク質、17729融合タンパク質、65552融合タンパク質、1261融合タンパク質、21476融合タンパク質、33770融合タンパク質、9380融合タンパク質、2569654融合タンパク質、33556融合タンパク質、53656融合タンパク質、44143融合タンパク質、32612融合タンパク質、10671融合タンパク質、261融合タンパク質、44570融合タンパク質、41922融合タンパク質、2552融合タンパク質、2417融合タンパク質、19319融合タンパク質、43969融合タンパク質、8921融合タンパク質、8993融合タンパク質、955融合タンパク質、32345融合タンパク質、966融合タンパク質、1920融合タンパク質、17318融合タンパク質、1510融合タンパク質、14180融合タンパク質、26005融合タンパク質、554融合タンパク質、16408融合タンパク質、42028融合タンパク質、112091融合タンパク質、13886融合タンパク質、13942融合タンパク質、1673融合タンパク質、54946融合タンパク質、または2419融合タンパク質は、標準的組換えDNA技術により生成される。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするDNAフラグメントを、従来の技術に従って(例えば、連結のために平滑末端または付着末端(stagger−ended termini)を使用すること、適切な末端を提供するための制限酵素消化、適切な場合は付着末端(cohesive end)を埋めること(filling−in)、望ましくない結合を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的連結によって)インフレームでともに連結される。別の実施形態において、融合遺伝子は、自動化DNA合成機を含む従来の技術によって合成され得る。あるいは、遺伝子フラグメントのPCR増幅は、2つの連続する遺伝子フラグメント間の相補的オーバーハング(overhang)を生じるアンカープライマーを使用して実施され得、これらは、引き続いてキメラ遺伝子配列を生成するためにアニールされ、そして再増幅され得る(例えば、Current Protocols in Molecular Biology,Ausubelら編、John Wiley & Sons:1992を参照のこと)。さらに、すでに融合部分(例えば、GSTポリペプチド)をコードする、多くの発現ベクターが、市販されている。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419をコードする核酸は、このような発現ベクターへクローン化され得、その結果、融合部分は、インフレームで1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質に連結される。
本発明はまた、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の改変体の使用に関し、これらのタンパク質の改変体は、1722アゴニスト、10280アゴニスト、59917アゴニスト、85553アゴニスト、10653アゴニスト、9235アゴニスト、21668アゴニスト、17794アゴニスト、2210アゴニスト、6169アゴニスト、10102アゴニスト、21061アゴニスト、17662アゴニスト、1468アゴニスト、12282アゴニスト、6350アゴニスト、9035アゴニスト、1820アゴニスト、23652アゴニスト、7301アゴニスト、8925アゴニスト、8701アゴニスト、3533アゴニスト、9462アゴニスト、9123アゴニスト、12788アゴニスト、17729アゴニスト、65552アゴニスト、1261アゴニスト、21476アゴニスト、33770アゴニスト、9380アゴニスト、2569654アゴニスト、33556アゴニスト、53656アゴニスト、44143アゴニスト、32612アゴニスト、10671アゴニスト、261アゴニスト、44570アゴニスト、41922アゴニスト、2552アゴニスト、2417アゴニスト、19319アゴニスト、43969アゴニスト、8921アゴニスト、8993アゴニスト、955アゴニスト、32345アゴニスト、966アゴニスト、1920アゴニスト、17318アゴニスト、1510アゴニスト、14180アゴニスト、26005アゴニスト、554アゴニスト、16408アゴニスト、42028アゴニスト、112091アゴニスト、13886アゴニスト、13942アゴニスト、1673アゴニスト、54946アゴニスト、または2419アゴニスト(模倣物)、あるいは1722アンタゴニスト、10280アンタゴニスト、59917アンタゴニスト、85553アンタゴニスト、10653アンタゴニスト、9235アンタゴニスト、21668アンタゴニスト、17794アンタゴニスト、2210アンタゴニスト、6169アンタゴニスト、10102アンタゴニスト、21061アンタゴニスト、17662アンタゴニスト、1468アンタゴニスト、12282アンタゴニスト、6350アンタゴニスト、9035アンタゴニスト、1820アンタゴニスト、23652アンタゴニスト、7301アンタゴニスト、8925アンタゴニスト、8701アンタゴニスト、3533アンタゴニスト、9462アンタゴニスト、9123アンタゴニスト、12788アンタゴニスト、17729アンタゴニスト、65552アンタゴニスト、1261アンタゴニスト、21476アンタゴニスト、33770アンタゴニスト、9380アンタゴニスト、2569654アンタゴニスト、33556アンタゴニスト、53656アンタゴニスト、44143アンタゴニスト、32612アンタゴニスト、10671アンタゴニスト、261アンタゴニスト、44570アンタゴニスト、41922アンタゴニスト、2552アンタゴニスト、2417アンタゴニスト、19319アンタゴニスト、43969アンタゴニスト、8921アンタゴニスト、8993アンタゴニスト、955アンタゴニスト、32345アンタゴニスト、966アンタゴニスト、1920アンタゴニスト、17318アンタゴニスト、1510アンタゴニスト、14180アンタゴニスト、26005アンタゴニスト、554アンタゴニスト、16408アンタゴニスト、42028アンタゴニスト、112091アンタゴニスト、13886アンタゴニスト、13942アンタゴニスト、1673アンタゴニスト、54946アンタゴニスト、または2419アンタゴニストのいずれかとして機能する。1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の改変体を、変異誘発(例えば、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の個別の点変異または短縮化(truncation))により作製し得る。1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のアゴニストは、天然に存在する形態の1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の生物学的活性と実質的に同一な活性か、またはそのサブセットを保持し得る。
1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のアンタゴニストは、天然に存在する形態の1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の1つ以上の活性を、例えば、この1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の1722媒介活性、10280媒介活性、59917媒介活性、85553媒介活性、10653媒介活性、9235媒介活性、21668媒介活性、17794媒介活性、2210媒介活性、6169媒介活性、10102媒介活性、21061媒介活性、17662媒介活性、1468媒介活性、12282媒介活性、6350媒介活性、9035媒介活性、1820媒介活性、23652媒介活性、7301媒介活性、8925媒介活性、8701媒介活性、3533媒介活性、9462媒介活性、9123媒介活性、12788媒介活性、17729媒介活性、65552媒介活性、1261媒介活性、21476媒介活性、33770媒介活性、9380媒介活性、2569654媒介活性、33556媒介活性、53656媒介活性、44143媒介活性、32612媒介活性、10671媒介活性、261媒介活性、44570媒介活性、41922媒介活性、2552媒介活性、2417媒介活性、19319媒介活性、43969媒介活性、8921媒介活性、8993媒介活性、955媒介活性、32345媒介活性、966媒介活性、1920媒介活性、17318媒介活性、1510媒介活性、14180媒介活性、26005媒介活性、554媒介活性、16408媒介活性、42028媒介活性、112091媒介活性、13886媒介活性、13942媒介活性、1673媒介活性、54946媒介活性、または2419媒介活性を競合的に調節することによって阻害し得る。従って、特定の生物学的効果を、制限された機能の改変体で処理することにより誘発し得る。1つの実施形態において、このタンパク質の天然に存在する形態の生物学的活性のサブセットを有する改変体での被験体の処置は、天然に存在する形態の1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質での処置と比較して、被験体においてより少ない副作用を有する。
1つの実施形態において、1722アゴニスト、10280アゴニスト、59917アゴニスト、85553アゴニスト、10653アゴニスト、9235アゴニスト、21668アゴニスト、17794アゴニスト、2210アゴニスト、6169アゴニスト、10102アゴニスト、21061アゴニスト、17662アゴニスト、1468アゴニスト、12282アゴニスト、6350アゴニスト、9035アゴニスト、1820アゴニスト、23652アゴニスト、7301アゴニスト、8925アゴニスト、8701アゴニスト、3533アゴニスト、9462アゴニスト、9123アゴニスト、12788アゴニスト、17729アゴニスト、65552アゴニスト、1261アゴニスト、21476アゴニスト、33770アゴニスト、9380アゴニスト、2569654アゴニスト、33556アゴニスト、53656アゴニスト、44143アゴニスト、32612アゴニスト、10671アゴニスト、261アゴニスト、44570アゴニスト、41922アゴニスト、2552アゴニスト、2417アゴニスト、19319アゴニスト、43969アゴニスト、8921アゴニスト、8993アゴニスト、955アゴニスト、32345アゴニスト、966アゴニスト、1920アゴニスト、17318アゴニスト、1510アゴニスト、14180アゴニスト、26005アゴニスト、554アゴニスト、16408アゴニスト、42028アゴニスト、112091アゴニスト、13886アゴニスト、13942アゴニスト、1673アゴニスト、54946アゴニスト、または2419アゴニスト(模倣物)、あるいは1722アンタゴニスト、10280アンタゴニスト、59917アンタゴニスト、85553アンタゴニスト、10653アンタゴニスト、9235アンタゴニスト、21668アンタゴニスト、17794アンタゴニスト、2210アンタゴニスト、6169アンタゴニスト、10102アンタゴニスト、21061アンタゴニスト、17662アンタゴニスト、1468アンタゴニスト、12282アンタゴニスト、6350アンタゴニスト、9035アンタゴニスト、1820アンタゴニスト、23652アンタゴニスト、7301アンタゴニスト、8925アンタゴニスト、8701アンタゴニスト、3533アンタゴニスト、9462アンタゴニスト、9123アンタゴニスト、12788アンタゴニスト、17729アンタゴニスト、65552アンタゴニスト、1261アンタゴニスト、21476アンタゴニスト、33770アンタゴニスト、9380アンタゴニスト、2569654アンタゴニスト、33556アンタゴニスト、53656アンタゴニスト、44143アンタゴニスト、32612アンタゴニスト、10671アンタゴニスト、261アンタゴニスト、44570アンタゴニスト、41922アンタゴニスト、2552アンタゴニスト、2417アンタゴニスト、19319アンタゴニスト、43969アンタゴニスト、8921アンタゴニスト、8993アンタゴニスト、955アンタゴニスト、32345アンタゴニスト、966アンタゴニスト、1920アンタゴニスト、17318アンタゴニスト、1510アンタゴニスト、14180アンタゴニスト、26005アンタゴニスト、554アンタゴニスト、16408アンタゴニスト、42028アンタゴニスト、112091アンタゴニスト、13886アンタゴニスト、13942アンタゴニスト、1673アンタゴニスト、54946アンタゴニスト、または2419アンタゴニストのいずれかとして機能する1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の改変体は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のアゴニスト活性あるいは1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のアンタゴニスト活性について、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の変異体(例えば、短縮型変異体)のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって同定され得る。1つの実施形態において、1722改変体、10280改変体、59917改変体、85553改変体、10653改変体、9235改変体、21668改変体、17794改変体、2210改変体、6169改変体、10102改変体、21061改変体、17662改変体、1468改変体、12282改変体、6350改変体、9035改変体、1820改変体、23652改変体、7301改変体、8925改変体、8701改変体、3533改変体、9462改変体、9123改変体、12788改変体、17729改変体、65552改変体、1261改変体、21476改変体、33770改変体、9380改変体、2569654改変体、33556改変体、53656改変体、44143改変体、32612改変体、10671改変体、261改変体、44570改変体、41922改変体、2552改変体、2417改変体、19319改変体、43969改変体、8921改変体、8993改変体、955改変体、32345改変体、966改変体、1920改変体、17318改変体、1510改変体、14180改変体、26005改変体、554改変体、16408改変体、42028改変体、112091改変体、13886改変体、13942改変体、1673改変体、54946改変体、
または2419改変体の多様なライブラリーは、核酸レベルにおけるコンビナトリアル変異誘発によって生成され、そして多様な遺伝子ライブラリーによってコードされる。1722改変体、10280改変体、59917改変体、85553改変体、10653改変体、9235改変体、21668改変体、17794改変体、2210改変体、6169改変体、10102改変体、21061改変体、17662改変体、1468改変体、12282改変体、6350改変体、9035改変体、1820改変体、23652改変体、7301改変体、8925改変体、8701改変体、3533改変体、9462改変体、9123改変体、12788改変体、17729改変体、65552改変体、1261改変体、21476改変体、33770改変体、9380改変体、2569654改変体、33556改変体、53656改変体、44143改変体、32612改変体、10671改変体、261改変体、44570改変体、41922改変体、2552改変体、2417改変体、19319改変体、43969改変体、8921改変体、8993改変体、955改変体、32345改変体、966改変体、1920改変体、17318改変体、1510改変体、14180改変体、26005改変体、554改変体、16408改変体、42028改変体、112091改変体、13886改変体、13942改変体、1673改変体、54946改変体、または2419改変体の多様なライブラリーは、例えば、遺伝子配列に合成オリゴヌクレオチドの混合物を酵素的に連結することによって産生され得、その結果、潜在的な1722配列、10280配列、59917配列、85553配列、10653配列、9235配列、21668配列、17794配列、2210配列、6169配列、10102配列、21061配列、17662配列、1468配列、12282配列、6350配列、9035配列、1820配列、23652配列、7301配列、8925配列、8701配列、3533配列、9462配列、9123配列、12788配列、17729配列、65552配列、1261配列、21476配列、33770配列、9380配列、2569654配列、33556配列、53656配列、44143配列、32612配列、10671配列、261配列、44570配列、41922配列、2552配列、2417配列、19319配列、43969配列、8921配列、8993配列、955配列、32345配列、966配列、1920配列、17318配列、1510配列、14180配列、26005配列、554配列、16408配列、42028配列、112091配列、13886配列、13942配列、1673配列、54946配列、または2419配列の縮重セットが個々のポリペプチドとして、または代替的に、そこに1722配列、10280配列、59917配列、85553配列、10653配列、9235配列、21668配列、17794配列、2210配列、6169配列、10102配列、21061配列、17662配列、1468配列、12282配列、6350配列、9035配列、1820配列、23652配列、7301配列、8925配列、8701配列、3533配列、9462配列、9123配列、12788配列、17729配列、65552配列、1261配列、21476配列、33770配列、9380配列、2569654配列、33556配列、53656配列、44143配列、32612配列、10671配列、261配列、44570配列、41922配列、2552配列、2417配列、19319配列、43969配列、8921配列、8993配列、955配列、32345配列、966配列、1920配列、17318配列、1510配列、14180配列、26005配列、554配列、16408配列、42028配列、112091配列、13886配列、13942配列、1673配列、54946配列、または2419配列のセットを含む、より大きな融合タンパク質のセットとして(例えば、ファージディスプレイのために)発現可能である。縮重オリゴヌクレオチド配列から潜在的な1722改変体、10280改変体、59917改変体、85553改変体、10653改変体、9235改変体、21668改変体、17794改変体、2210改変体、6169改変体、10102改変体、21061改変体、17662改変体、1468改変体、12282改変体、6350改変体、9035改変体、1820改変体、23652改変体、7301改変体、8925改変体、8701改変体、3533改変体、9462改変体、9123改変体、12788改変体、17729改変体、65552改変体、1261改変体、21476改変体、33770改変体、9380改変体、2569654改変体、33556改変体、53656改変体、44143改変体、32612改変体、10671改変体、261改変体、44570改変体、41922改変体、2552改変体、2417改変体、19319改変体、43969改変体、8921改変体、8993改変体、955改変体、32345改変体、966改変体、1920改変体、17318改変体、1510改変体、14180改変体、26005改変体、554改変体、16408改変体、42028改変体、112091改変体、13886改変体、13942改変体、1673改変体、54946改変体、または2419改変体のライブラリーを産生するために使用し得る種々の方法が存在する。縮重遺伝子配列の化学合成は、自動化DNA合成機において実行され、次いで合成遺伝子は、適切な発現ベクターに連結され得る。
遺伝子の縮重セットの使用は、1つの混合物において、潜在的な1722配列、10280配列、59917配列、85553配列、10653配列、9235配列、21668配列、17794配列、2210配列、6169配列、10102配列、21061配列、17662配列、1468配列、12282配列、6350配列、9035配列、1820配列、23652配列、7301配列、8925配列、8701配列、3533配列、9462配列、9123配列、12788配列、17729配列、65552配列、1261配列、21476配列、33770配列、9380配列、2569654配列、33556配列、53656配列、44143配列、32612配列、10671配列、261配列、44570配列、41922配列、2552配列、2417配列、19319配列、43969配列、8921配列、8993配列、955配列、32345配列、966配列、1920配列、17318配列、1510配列、14180配列、26005配列、554配列、16408配列、42028配列、112091配列、13886配列、13942配列、1673配列、54946配列、または2419配列の所望のセットをコードする配列のすべての提供を可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成するための方法は、当該分野で公知である(例えば、Narang,S.A.(1983)Tetrahedron 39:3,Itakuraら(1984)Annu.Rev.Biochem.53:323;Itakuraら(1984)Science 198:1056;Ikeら(1983)Nucleic Acid Res.11:477を参照のこと)。
さらに、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のコード配列のフラグメントのライブラリーは、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の改変体のスクリーニングおよび引き続く選択のために1722フラグメント、10280フラグメント、59917フラグメント、85553フラグメント、10653フラグメント、9235フラグメント、21668フラグメント、17794フラグメント、2210フラグメント、6169フラグメント、10102フラグメント、21061フラグメント、17662フラグメント、1468フラグメント、12282フラグメント、6350フラグメント、9035フラグメント、1820フラグメント、23652フラグメント、7301フラグメント、8925フラグメント、8701フラグメント、3533フラグメント、9462フラグメント、9123フラグメント、12788フラグメント、17729フラグメント、65552フラグメント、1261フラグメント、21476フラグメント、33770フラグメント、9380フラグメント、2569654フラグメント、33556フラグメント、53656フラグメント、44143フラグメント、32612フラグメント、10671フラグメント、261フラグメント、44570フラグメント、41922フラグメント、2552フラグメント、2417フラグメント、19319フラグメント、43969フラグメント、8921フラグメント、8993フラグメント、955フラグメント、32345フラグメント、966フラグメント、1920フラグメント、17318フラグメント、1510フラグメント、14180フラグメント、26005フラグメント、554フラグメント、16408フラグメント、42028フラグメント、112091フラグメント、13886フラグメント、13942フラグメント、1673フラグメント、54946フラグメント、または2419フラグメントの多様な集団を生成するために使用され得る。1つの実施形態において、コード配列フラグメントのライブラリーは、1722コード配列、10280コード配列、59917コード配列、85553コード配列、10653コード配列、9235コード配列、21668コード配列、17794コード配列、2210コード配列、6169コード配列、10102コード配列、21061コード配列、17662コード配列、1468コード配列、12282コード配列、6350コード配列、9035コード配列、1820コード配列、23652コード配列、7301コード配列、8925コード配列、8701コード配列、3533コード配列、9462コード配列、9123コード配列、12788コード配列、17729コード配列、65552コード配列、1261コード配列、21476コード配列、33770コード配列、9380コード配列、2569654コード配列、33556コード配列、53656コード配列、44143コード配列、32612コード配列、10671コード配列、261コード配列、44570コード配列、41922コード配列、2552コード配列、2417コード配列、19319コード配列、43969コード配列、8921コード配列、8993コード配列、955コード配列、32345コード配列、966コード配列、1920コード配列、17318コード配列、1510コード配列、14180コード配列、26005コード配列、554コード配列、16408コード配列、42028コード配列、112091コード配列、13886コード配列、13942コード配列、1673コード配列、54946コード配列、または2419コード配列の二本鎖PCRフラグメントを、ニックが1分子あたり約1つだけ生じる条件下でヌクレアーゼで処理すること、二本鎖DNAを変性させること、DNAを再生させて、異なるニックを有する生成物からセンス/アンチセンス対を含み得る二本鎖DNAを形成すること、S1ヌクレアーゼを用いる処理によって、再形成された二重鎖から一本鎖部分を除去すること、および得られるフラグメントライブラリーを発現ベクターに連結すること、によって生成され得る。この方法によって、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の種々のサイズのN末端、C末端および内部フラグメントをコードする発現ライブラリーを誘導し得る。
点変異または短縮化によって作製されるコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするため、および選択された特性を有する遺伝子産物についてcDNAライブラリーをスクリーニングするためのいくつかの技術が、当該分野で公知である。このような技術は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質のコンビナトリアル変異誘発によって生成される遺伝子ライブラリーの迅速スクリーニングのために適合可能である。高スループット分析に従う、大きい遺伝子ライブラリーのスクリーニングのための最も広範に使用される技術は、代表的には、複製可能な発現ベクターへの遺伝子ライブラリーのクローニング、得られるベクターのライブラリーでの適切な細胞の形質転換、および所望の活性の検出が、遺伝子産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離を容易にする条件下でのコンビナトリアル遺伝子の発現を含む。帰納的アンサンブル変異誘発(recursive ensamble mutagenesis)(REM)は、ライブラリーにおける機能的変異体の頻度を高める新たな技術であり、1722改変体、10280改変体、59917改変体、85553改変体、10653改変体、9235改変体、21668改変体、17794改変体、2210改変体、6169改変体、10102改変体、21061改変体、17662改変体、1468改変体、12282改変体、6350改変体、9035改変体、1820改変体、23652改変体、7301改変体、8925改変体、8701改変体、3533改変体、9462改変体、9123改変体、12788改変体、17729改変体、65552改変体、1261改変体、21476改変体、33770改変体、9380改変体、2569654改変体、33556改変体、53656改変体、44143改変体、32612改変体、10671改変体、261改変体、44570改変体、41922改変体、2552改変体、2417改変体、19319改変体、43969改変体、8921改変体、8993改変体、955改変体、32345改変体、966改変体、1920改変体、17318改変体、1510改変体、14180改変体、26005改変体、554改変体、16408改変体、42028改変体、112091改変体、13886改変体、13942改変体、1673改変体、54946改変体、または2419改変体を同定するためにスクリーニングアッセイと組み合わせて使用され得る(ArkinおよびYourvan(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7811−7815;Delgraveら(1993)Protein Engieering 6(3):327−331)。
本発明の方法は、抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、または抗2419抗体の使用をさらに包含する。単離された1722タンパク質、単離された10280タンパク質、単離された59917タンパク質、単離された85553タンパク質、単離された10653タンパク質、単離された9235タンパク質、単離された21668タンパク質、単離された17794タンパク質、単離された2210タンパク質、単離された6169タンパク質、単離された10102タンパク質、単離された21061タンパク質、単離された17662タンパク質、単離された1468タンパク質、単離された12282タンパク質、単離された6350タンパク質、単離された9035タンパク質、単離された1820タンパク質、単離された23652タンパク質、単離された7301タンパク質、単離された8925タンパク質、単離された8701タンパク質、単離された3533タンパク質、単離された9462タンパク質、単離された9123タンパク質、単離された12788タンパク質、単離された17729タンパク質、単離された65552タンパク質、単離された1261タンパク質、単離された21476タンパク質、単離された33770タンパク質、単離された9380タンパク質、単離された2569654タンパク質、単離された33556タンパク質、単離された53656タンパク質、単離された44143タンパク質、単離された32612タンパク質、単離された10671タンパク質、単離された261タンパク質、単離された44570タンパク質、単離された41922タンパク質、単離された2552タンパク質、単離された2417タンパク質、単離された19319タンパク質、単離された43969タンパク質、単離された8921タンパク質、単離された8993タンパク質、単離された955タンパク質、単離された32345タンパク質、単離された966タンパク質、単離された1920タンパク質、単離された17318タンパク質、単離された1510タンパク質、単離された14180タンパク質、単離された26005タンパク質、単離された554タンパク質、単離された16408タンパク質、単離された42028タンパク質、単離された112091タンパク質、単離された13886タンパク質、単離された13942タンパク質、単離された1673タンパク質、単離された54946タンパク質、または単離された2419タンパク質、またはその一部分もしくはフラグメントは、ポリクローナル抗体調製およびモノクローナル抗体調製のための標準的な技術を使用して、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419を結合する抗体を生成するための免疫原として使用され得る。全長の1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質が使用され得るか、または代替的に、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の抗原性ペプチドフラグメントは、免疫原として使用され得る。1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の抗原性ペプチドは、配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126または128に示されるアミノ酸配列の少なくとも8アミノ酸残基を含み、そして1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419のエピトープを含み、その結果、そのペプチドに対して惹起された抗体は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質との特異的な免疫複合体を形成する。好ましくは、抗原性ペプチドは、少なくとも10アミノ酸残基、より好ましくは、少なくとも15アミノ酸残基、なおより好ましくは、少なくとも20アミノ酸残基、そして最も好ましくは、少なくとも30アミノ酸残基を含む。
その抗原性ペプチドによって含まれる好ましいエピトープは、そのタンパク質の表面に位置する1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の領域(例えば、親水性領域)ならびに高い抗原性を有する領域である。
代表的には、1722免疫原、10280免疫原、59917免疫原、85553免疫原、10653免疫原、9235免疫原、21668免疫原、17794免疫原、2210免疫原、6169免疫原、10102免疫原、21061免疫原、17662免疫原、1468免疫原、12282免疫原、6350免疫原、9035免疫原、1820免疫原、23652免疫原、7301免疫原、8925免疫原、8701免疫原、3533免疫原、9462免疫原、9123免疫原、12788免疫原、17729免疫原、65552免疫原、1261免疫原、21476免疫原、33770免疫原、9380免疫原、2569654免疫原、33556免疫原、53656免疫原、44143免疫原、32612免疫原、10671免疫原、261免疫原、44570免疫原、41922免疫原、2552免疫原、2417免疫原、19319免疫原、43969免疫原、8921免疫原、8993免疫原、955免疫原、32345免疫原、966免疫原、1920免疫原、17318免疫原、1510免疫原、14180免疫原、26005免疫原、554免疫原、16408免疫原、42028免疫原、112091免疫原、13886免疫原、13942免疫原、1673免疫原、54946免疫原、または2419免疫原を使用して、適切な被験体(例えば、ウサギ、ヤギ、マウスまたは他の哺乳動物)に免疫原を免疫することにより抗体を調製する。適切な免疫原性調製物は、例えば、組換え発現された1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質あるいは化学合成された1722ポリペプチド、10280ポリペプチド、59917ポリペプチド、85553ポリペプチド、10653ポリペプチド、9235ポリペプチド、21668ポリペプチド、17794ポリペプチド、2210ポリペプチド、6169ポリペプチド、10102ポリペプチド、21061ポリペプチド、17662ポリペプチド、1468ポリペプチド、12282ポリペプチド、6350ポリペプチド、9035ポリペプチド、1820ポリペプチド、23652ポリペプチド、7301ポリペプチド、8925ポリペプチド、8701ポリペプチド、3533ポリペプチド、9462ポリペプチド、9123ポリペプチド、12788ポリペプチド、17729ポリペプチド、65552ポリペプチド、1261ポリペプチド、21476ポリペプチド、33770ポリペプチド、9380ポリペプチド、2569654ポリペプチド、33556ポリペプチド、53656ポリペプチド、44143ポリペプチド、32612ポリペプチド、10671ポリペプチド、261ポリペプチド、44570ポリペプチド、41922ポリペプチド、2552ポリペプチド、2417ポリペプチド、19319ポリペプチド、43969ポリペプチド、8921ポリペプチド、8993ポリペプチド、955ポリペプチド、32345ポリペプチド、966ポリペプチド、1920ポリペプチド、17318ポリペプチド、1510ポリペプチド、14180ポリペプチド、26005ポリペプチド、554ポリペプチド、16408ポリペプチド、42028ポリペプチド、112091ポリペプチド、13886ポリペプチド、13942ポリペプチド、1673ポリペプチド、54946ポリペプチド、または2419ポリペプチドを含み得る。この調製物は、アジュバント(例えば、フロイント完全アジュバントまたはフロイント不完全アジュバント、または同様な免疫刺激剤)をさらに含み得る。適切な被験体を免疫原性の1722調製物、10280調製物、59917調製物、85553調製物、10653調製物、9235調製物、21668調製物、17794調製物、2210調製物、6169調製物、10102調製物、21061調製物、17662調製物、1468調製物、12282調製物、6350調製物、9035調製物、1820調製物、23652調製物、7301調製物、8925調製物、8701調製物、3533調製物、9462調製物、9123調製物、12788調製物、17729調製物、65552調製物、1261調製物、21476調製物、33770調製物、9380調製物、2569654調製物、33556調製物、53656調製物、44143調製物、32612調製物、10671調製物、261調製物、44570調製物、41922調製物、2552調製物、2417調製物、19319調製物、43969調製物、8921調製物、8993調製物、955調製物、32345調製物、966調製物、1920調製物、17318調製物、1510調製物、14180調製物、26005調製物、554調製物、16408調製物、42028調製物、112091調製物、13886調製物、13942調製物、1673調製物、54946調製物、または2419調製物で免疫することにより、ポリクローナル抗1722抗体応答、ポリクローナル抗10280抗体応答、ポリクローナル抗59917抗体応答、ポリクローナル抗85553抗体応答、ポリクローナル抗10653抗体応答、ポリクローナル抗9235抗体応答、ポリクローナル抗21668抗体応答、ポリクローナル抗17794抗体応答、ポリクローナル抗2210抗体応答、ポリクローナル抗6169抗体応答、ポリクローナル抗10102抗体応答、ポリクローナル抗21061抗体応答、ポリクローナル抗17662抗体応答、ポリクローナル抗1468抗体応答、ポリクローナル抗12282抗体応答、ポリクローナル抗6350抗体応答、ポリクローナル抗9035抗体応答、ポリクローナル抗1820抗体応答、ポリクローナル抗23652抗体応答、ポリクローナル抗7301抗体応答、ポリクローナル抗8925抗体応答、ポリクローナル抗8701抗体応答、ポリクローナル抗3533抗体応答、ポリクローナル抗9462抗体応答、ポリクローナル抗9123抗体応答、ポリクローナル抗12788抗体応答、ポリクローナル抗17729抗体応答、ポリクローナル抗65552抗体応答、ポリクローナル抗1261抗体応答、ポリクローナル抗21476抗体応答、ポリクローナル抗33770抗体応答、ポリクローナル抗9380抗体応答、ポリクローナル抗2569654抗体応答、ポリクローナル抗33556抗体応答、ポリクローナル抗53656抗体応答、ポリクローナル抗44143抗体応答、ポリクローナル抗32612抗体応答、ポリクローナル抗10671抗体応答、ポリクローナル抗261抗体応答、ポリクローナル抗44570抗体応答、ポリクローナル抗41922抗体応答、ポリクローナル抗2552抗体応答、ポリクローナル抗2417抗体応答、ポリクローナル抗19319抗体応答、ポリクローナル抗43969抗体応答、ポリクローナル抗8921抗体応答、ポリクローナル抗8993抗体応答、ポリクローナル抗955抗体応答、ポリクローナル抗32345抗体応答、ポリクローナル抗966抗体応答、ポリクローナル抗1920抗体応答、ポリクローナル抗17318抗体応答、ポリクローナル抗1510抗体応答、ポリクローナル抗14180抗体応答、ポリクローナル抗26005抗体応答、ポリクローナル抗554抗体応答、ポリクローナル抗16408抗体応答、ポリクローナル抗42028抗体応答、ポリクローナル抗112091抗体応答、ポリクローナル抗13886抗体応答、ポリクローナル抗13942抗体応答、ポリクローナル抗1673抗体応答、ポリクローナル抗54946抗体応答、またはポリクローナル抗2419抗体応答が惹起される。
用語「抗体」とは、本明細書中で用いられる場合、免疫グロブリン分子および免疫学的に活性な免疫グロブリン分子の一部(すなわち、抗原を特異的に結合する(抗原と免疫反応する)抗原結合部位を含む分子(例えば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419))をいう。免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分の例としては、酵素(例えば、ペプシン)で抗体を処理することにより生成され得るF(ab)フラグメントおよびF(ab’)2フラグメントが挙げられる。本発明は、1722分子、10280分子、59917分子、85553分子、10653分子、9235分子、21668分子、17794分子、2210分子、6169分子、10102分子、21061分子、17662分子、1468分子、12282分子、6350分子、9035分子、1820分子、23652分子、7301分子、8925分子、8701分子、3533分子、9462分子、9123分子、12788分子、17729分子、65552分子、1261分子、21476分子、33770分子、9380分子、2569654分子、33556分子、53656分子、44143分子、32612分子、10671分子、261分子、44570分子、41922分子、2552分子、2417分子、19319分子、43969分子、8921分子、8993分子、955分子、32345分子、966分子、1920分子、17318分子、1510分子、14180分子、26005分子、554分子、16408分子、42028分子、112091分子、13886分子、13942分子、1673分子、54946分子、または2419分子を結合するポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を提供する。用語「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」とは、本明細書中で使用される場合、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419の特定のエピトープと免疫反応し得る抗原結合部位の1種のみを含む抗体分子の集団をいう。従って、モノクローナル抗体組成物は、代表的には、これが免疫反応する特定の1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質に対する単一の結合親和性を提示する。
ポリクローナル抗1722抗体、ポリクローナル抗10280抗体、ポリクローナル抗59917抗体、ポリクローナル抗85553抗体、ポリクローナル抗10653抗体、ポリクローナル抗9235抗体、ポリクローナル抗21668抗体、ポリクローナル抗17794抗体、ポリクローナル抗2210抗体、ポリクローナル抗6169抗体、ポリクローナル抗10102抗体、ポリクローナル抗21061抗体、ポリクローナル抗17662抗体、ポリクローナル抗1468抗体、ポリクローナル抗12282抗体、ポリクローナル抗6350抗体、ポリクローナル抗9035抗体、ポリクローナル抗1820抗体、ポリクローナル抗23652抗体、ポリクローナル抗7301抗体、ポリクローナル抗8925抗体、ポリクローナル抗8701抗体、ポリクローナル抗3533抗体、ポリクローナル抗9462抗体、ポリクローナル抗9123抗体、ポリクローナル抗12788抗体、ポリクローナル抗17729抗体、ポリクローナル抗65552抗体、ポリクローナル抗1261抗体、ポリクローナル抗21476抗体、ポリクローナル抗33770抗体、ポリクローナル抗9380抗体、ポリクローナル抗2569654抗体、ポリクローナル抗33556抗体、ポリクローナル抗53656抗体、ポリクローナル抗44143抗体、ポリクローナル抗32612抗体、ポリクローナル抗10671抗体、ポリクローナル抗261抗体、ポリクローナル抗44570抗体、ポリクローナル抗41922抗体、ポリクローナル抗2552抗体、ポリクローナル抗2417抗体、ポリクローナル抗19319抗体、ポリクローナル抗43969抗体、ポリクローナル抗8921抗体、ポリクローナル抗8993抗体、ポリクローナル抗955抗体、ポリクローナル抗32345抗体、ポリクローナル抗966抗体、ポリクローナル抗1920抗体、ポリクローナル抗17318抗体、ポリクローナル抗1510抗体、ポリクローナル抗14180抗体、ポリクローナル抗26005抗体、ポリクローナル抗554抗体、ポリクローナル抗16408抗体、ポリクローナル抗42028抗体、ポリクローナル抗112091抗体、ポリクローナル抗13886抗体、ポリクローナル抗13942抗体、ポリクローナル抗1673抗体、ポリクローナル抗54946抗体、またはポリクローナル抗2419抗体は、適切な被験体に1722免疫原、10280免疫原、59917免疫原、85553免疫原、10653免疫原、9235免疫原、21668免疫原、17794免疫原、2210免疫原、6169免疫原、10102免疫原、21061免疫原、17662免疫原、1468免疫原、12282免疫原、6350免疫原、9035免疫原、1820免疫原、23652免疫原、7301免疫原、8925免疫原、8701免疫原、3533免疫原、9462免疫原、9123免疫原、12788免疫原、17729免疫原、65552免疫原、1261免疫原、21476免疫原、33770免疫原、9380免疫原、2569654免疫原、33556免疫原、53656免疫原、44143免疫原、32612免疫原、10671免疫原、261免疫原、44570免疫原、41922免疫原、2552免疫原、2417免疫原、19319免疫原、43969免疫原、8921免疫原、8993免疫原、955免疫原、32345免疫原、966免疫原、1920免疫原、17318免疫原、1510免疫原、14180免疫原、26005免疫原、554免疫原、16408免疫原、42028免疫原、112091免疫原、13886免疫原、13942免疫原、1673免疫原、54946免疫原、または2419免疫原を免疫することにより、上記のように調製され得る。免疫した被験体における抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、または抗2419抗体の力価は、標準的技術により(例えば、固定化した1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419を用いる酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)を用いて)経時的にモニターされ得る。所望であれば、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419に対する抗体分子は、哺乳動物から(例えば、血液から)単離され得、そしてさらに周知の技術(例えば、IgG画分を得るためのプロテインAクロマトグラフィー)により精製され得る。免疫後、適切な時間に、例えば、抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、または抗2419抗体の力価が最も高いときに、抗体生成細胞を被験体から獲得し得、そしてこれを使用して、標準的技術(例えば、初めは、KohlerおよびMilstein(1975)Nature 256:495−497により記載されたハイブリドーマ技術(Brownら(1981)J.Immunol.127:539−46;Brownら(1980)J.Biol.Chem.255:4980−83;Yehら(1976)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 76:2927−31;およびYehら(1982)Int.J.Cancer 29:269−75もまた参照のこと)、より最近のヒトB細胞ハイブリドーマ技術(Kozborら(1983)Immunol.Today 4:72)、EBVハイブリドーマ技術(Coleら(1985)、Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R.Liss,Inc.,77−96頁)またはトリオーマ(trioma)技術)によりモノクローナル抗体を調製し得る。モノクローナル抗体ハイブリドーマを生成する技術は、周知である(一般には、Kenneth,R.H.、Monoclonal Antibodies:A New Dimension In Biological Analyses,Plenum Publishing Corp.,New York,New York(1980);Lerner,E.A.(1981)Yale J.Biol.Med.54:387-402;Gefter,M.L.ら(1977)Somatic Cell Genet.3:231-36を参照のこと)。簡潔には、不死化細胞株(代表的には骨髄腫細胞)を、上記のように1722免疫原、10280免疫原、59917免疫原、85553免疫原、10653免疫原、9235免疫原、21668免疫原、17794免疫原、2210免疫原、6169免疫原、10102免疫原、21061免疫原、17662免疫原、1468免疫原、12282免疫原、6350免疫原、9035免疫原、1820免疫原、23652免疫原、7301免疫原、8925免疫原、8701免疫原、3533免疫原、9462免疫原、9123免疫原、12788免疫原、17729免疫原、65552免疫原、1261免疫原、21476免疫原、33770免疫原、9380免疫原、2569654免疫原、33556免疫原、53656免疫原、44143免疫原、32612免疫原、10671免疫原、261免疫原、44570免疫原、41922免疫原、2552免疫原、2417免疫原、19319免疫原、43969免疫原、8921免疫原、8993免疫原、955免疫原、32345免疫原、966免疫原、1920免疫原、17318免疫原、1510免疫原、14180免疫原、26005免疫原、554免疫原、16408免疫原、42028免疫原、112091免疫原、13886免疫原、13942免疫原、1673免疫原、54946免疫原、または2419免疫原で免疫した哺乳動物由来のリンパ球(代表的には、脾臓細胞)と融合し、そして得られたハイブリドーマ細胞の培養上清をスクリーニングして、1722、10280、59917、85553、10653、9235、
21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419を結合するモノクローナル抗体を生成するハイブリドーマを同定する。
リンパ球と不死化細胞株とを融合するために使用される任意の多くの周知のプロトコルは、抗1722モノクローナル抗体、抗10280モノクローナル抗体、抗59917モノクローナル抗体、抗85553モノクローナル抗体、抗10653モノクローナル抗体、抗9235モノクローナル抗体、抗21668モノクローナル抗体、抗17794モノクローナル抗体、抗2210モノクローナル抗体、抗6169モノクローナル抗体、抗10102モノクローナル抗体、抗21061モノクローナル抗体、抗17662モノクローナル抗体、抗1468モノクローナル抗体、抗12282モノクローナル抗体、抗6350モノクローナル抗体、抗9035モノクローナル抗体、抗1820モノクローナル抗体、抗23652モノクローナル抗体、抗7301モノクローナル抗体、抗8925モノクローナル抗体、抗8701モノクローナル抗体、抗3533モノクローナル抗体、抗9462モノクローナル抗体、抗9123モノクローナル抗体、抗12788モノクローナル抗体、抗17729モノクローナル抗体、抗65552モノクローナル抗体、抗1261モノクローナル抗体、抗21476モノクローナル抗体、抗33770モノクローナル抗体、抗9380モノクローナル抗体、抗2569654モノクローナル抗体、抗33556モノクローナル抗体、抗53656モノクローナル抗体、抗44143モノクローナル抗体、抗32612モノクローナル抗体、抗10671モノクローナル抗体、抗261モノクローナル抗体、抗44570モノクローナル抗体、抗41922モノクローナル抗体、抗2552モノクローナル抗体、抗2417モノクローナル抗体、抗19319モノクローナル抗体、抗43969モノクローナル抗体、抗8921モノクローナル抗体、抗8993モノクローナル抗体、抗955モノクローナル抗体、抗32345モノクローナル抗体、抗966モノクローナル抗体、抗1920モノクローナル抗体、抗17318モノクローナル抗体、抗1510モノクローナル抗体、抗14180モノクローナル抗体、抗26005モノクローナル抗体、抗554モノクローナル抗体、抗16408モノクローナル抗体、抗42028モノクローナル抗体、抗112091モノクローナル抗体、抗13886モノクローナル抗体、抗13942モノクローナル抗体、抗1673モノクローナル抗体、抗54946モノクローナル抗体、または抗2419モノクローナル抗体を生成する目的で適用され得る(例えば、G.Galfreら(1977)Nature 266:55052;Gefterら(1977)上記;Lerner(1981)上記;およびKenneth(1980)、上記を参照のこと)。さらに、当業者は、このような方法の多くのバリエーションが存在し、これらは、やはり有用であることを理解する。代表的には、不死化細胞株(例えば、骨髄腫細胞株)はリンパ球と同じ哺乳動物種に由来する。例えば、マウスハイブリドーマは、本発明の免疫原性調製物を免疫したマウス由来のリンパ球と不死化マウス細胞株とを融合することにより作製され得る。好ましい不死化細胞株は、ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジンを含む培養培地(「HAT培地」)に感受性であるマウス骨髄腫細胞株である。任意の多くの骨髄腫細胞株は、標準的技術に従う融合パートナーとして使用され得る(例えば、P3−NS1/1−Ag4−1、P3−x63−Ag8.653またはSp2/O−Ag14骨髄腫株)。これらの骨髄腫株は、ATCCから入手可能である。代表的には、HAT感受性マウス骨髄腫細胞を、ポリエチレングリコール(「PEG」)を使用してマウス脾臓細胞に融合する。次いで、融合から得られたハイブリドーマ細胞を、HAT培地を用いて選択する(このことにより、融合していない細胞および生成性でない融合骨髄腫細胞は死ぬ(融合していない脾臓細胞は、形質転換していないので数日後に死ぬ))。本発明のモノクローナル抗体を生成するハイブリドーマ細胞は、1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419を結合する抗体について、ハイブリドーマ培養上清をスクリーニングすることにより(例えば、標準的ELISAアッセイを使用して)検出される。
モノクローナル抗体分泌ハイブリドーマを調製するかわりに、モノクローナル抗1722抗体、モノクローナル抗10280抗体、モノクローナル抗59917抗体、モノクローナル抗85553抗体、モノクローナル抗10653抗体、モノクローナル抗9235抗体、モノクローナル抗21668抗体、モノクローナル抗17794抗体、モノクローナル抗2210抗体、モノクローナル抗6169抗体、モノクローナル抗10102抗体、モノクローナル抗21061抗体、モノクローナル抗17662抗体、モノクローナル抗1468抗体、モノクローナル抗12282抗体、モノクローナル抗6350抗体、モノクローナル抗9035抗体、モノクローナル抗1820抗体、モノクローナル抗23652抗体、モノクローナル抗7301抗体、モノクローナル抗8925抗体、モノクローナル抗8701抗体、モノクローナル抗3533抗体、モノクローナル抗9462抗体、モノクローナル抗9123抗体、モノクローナル抗12788抗体、モノクローナル抗17729抗体、モノクローナル抗65552抗体、モノクローナル抗1261抗体、モノクローナル抗21476抗体、モノクローナル抗33770抗体、モノクローナル抗9380抗体、モノクローナル抗2569654抗体、モノクローナル抗33556抗体、モノクローナル抗53656抗体、モノクローナル抗44143抗体、モノクローナル抗32612抗体、モノクローナル抗10671抗体、モノクローナル抗261抗体、モノクローナル抗44570抗体、モノクローナル抗41922抗体、モノクローナル抗2552抗体、モノクローナル抗2417抗体、モノクローナル抗19319抗体、モノクローナル抗43969抗体、モノクローナル抗8921抗体、モノクローナル抗8993抗体、モノクローナル抗955抗体、モノクローナル抗32345抗体、モノクローナル抗966抗体、モノクローナル抗1920抗体、モノクローナル抗17318抗体、モノクローナル抗1510抗体、モノクローナル抗14180抗体、モノクローナル抗26005抗体、モノクローナル抗554抗体、モノクローナル抗16408抗体、モノクローナル抗42028抗体、モノクローナル抗112091抗体、モノクローナル抗13886抗体、モノクローナル抗13942抗体、モノクローナル抗1673抗体、モノクローナル抗54946抗体、またはモノクローナル抗2419抗体を、組換えコンビナトリアル免疫グロブリンライブラリー(例えば、抗体ファージディスプレイライブラリー)を1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419を用いてスクリーニングすることにより同定および単離し得、それによって1722、10280、59917、85553、10653、9235、21668、17794、2210、6169、10102、21061、17662、1468、12282、6350、9035、1820、23652、7301、8925、8701、3533、9462、9123、12788、17729、65552、1261、21476、33770、9380、2569654、33556、53656、44143、32612、10671、261、44570、41922、2552、2417、19319、43969、8921、8993、955、32345、966、1920、17318、1510、14180、26005、554、16408、42028、112091、13886、13942、1673、54946、または2419を結合する免疫グロブリンライブラリーメンバーを単離し得る。ファージディスプレイライブラリーを生成し、そしてスクリーニングするためのキットは、市販されている(例えば、the Pharmacia Recombinant Phage Antibody System,カタログ番号27−9400−01;およびthe Stratagene SurfZAPTM Phage Display Kit,カタログ番号240612)。さらに、抗体ディスプレイライブラリーを生成し、そしてスクリーニングする際の使用に特になじみやすい方法および試薬の例は、例えば、Ladnerら、米国特許第5,223,409号;Kangら、PCT国際公開WO92/18619;Dowerら、PCT国際公開WO91/17271;Winterら、PCT国際公開WO92/20791;Marklandら、PCT国際公開WO92/15679;Breitlingら、PCT国際公開WO93/01288;McCaffertyら、PCT国際公開WO92/01047;Garrardら、PCT国際公開WO92/09690;Ladnerら、PCT国際公開WO90/02809;Fuchsら(1991)Bio/Technology 9:1370−1372;Hayら(1992)Hum.Antibod.Hybridomas 3:81−85;Huseら(1989)Science 246:1275−1281;Griffithsら(1993)EMBO J.12:725−734;Hawkinsら(1992)J.Mol.Biol.226:889−896;Clarksonら(1991)Nature 352:624−628;Gramら(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:3576−3580;Garradら(1991)Bio/Technology 9:1373−1377;Hoogenboomら(1991)Nuc.Acid Res.19:4133−4137;Barbasら(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:7978−7982;およびMcCaffertyら(1990)Nature 348:552−554に見出され得る。
さらに、ヒトおよび非ヒト部分の両方を含む組換え抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、または抗2419抗体(例えば、キメラおよびヒト化モノクローナル抗体)は、本発明の方法の範囲内であり、これは、標準的な組換えDNA技術を用いて作製され得る。このようなキメラおよびヒト化モノクローナル抗体は、当該分野で公知の組換えDNA技術により(例えば、Robinsonら、国際出願番号PCT/US86/02269;Akiraら、欧州特許出願第184,187号;Taniguchi,M.,欧州特許出願第171,496号;Morrisonら 欧州特許出願第173,494号;Neubergerら、PCT国際公開WO 86/01533;Cabillyら、米国特許第4,816,567号;Cabillyら、欧州特許出願番号第125,023号;Betterら(1988)Science 240:1041−1043;Liuら(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:3439−3443;Liuら(1987)J.Immunol.139:3521−3526;Sunら(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:214−218;Nishimuraら(1987)Canc.Res.47:999−1005;Woodら(1985)Nature 314:446−449;Shawら(1988)J.Natl.Cancer Inst.80:1553−1559;Morrison,S.L.(1985)Science 229:1202−1207;Oiら(1986)BioTechniques 4:214;Winter 米国特許第5,225,539号;Jonesら(1986)Nature 321:552−525;Verhoeyanら(1988)Science 239:1534;およびBeidlerら(1988)J.Immunol.141:4053−4060に記載される方法を使用して)生成され得る。
抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、または抗2419抗体は、1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質の発現の量およびパターンを評価するために、(例えば、細胞溶解物または細胞上清において)1722タンパク質、10280タンパク質、59917タンパク質、85553タンパク質、10653タンパク質、9235タンパク質、21668タンパク質、17794タンパク質、2210タンパク質、6169タンパク質、10102タンパク質、21061タンパク質、17662タンパク質、1468タンパク質、12282タンパク質、6350タンパク質、9035タンパク質、1820タンパク質、23652タンパク質、7301タンパク質、8925タンパク質、8701タンパク質、3533タンパク質、9462タンパク質、9123タンパク質、12788タンパク質、17729タンパク質、65552タンパク質、1261タンパク質、21476タンパク質、33770タンパク質、9380タンパク質、2569654タンパク質、33556タンパク質、53656タンパク質、44143タンパク質、32612タンパク質、10671タンパク質、261タンパク質、44570タンパク質、41922タンパク質、2552タンパク質、2417タンパク質、19319タンパク質、43969タンパク質、8921タンパク質、8993タンパク質、955タンパク質、32345タンパク質、966タンパク質、1920タンパク質、17318タンパク質、1510タンパク質、14180タンパク質、26005タンパク質、554タンパク質、16408タンパク質、42028タンパク質、112091タンパク質、13886タンパク質、13942タンパク質、1673タンパク質、54946タンパク質、または2419タンパク質を検出するために使用され得る。抗1722抗体、抗10280抗体、抗59917抗体、抗85553抗体、抗10653抗体、抗9235抗体、抗21668抗体、抗17794抗体、抗2210抗体、抗6169抗体、抗10102抗体、抗21061抗体、抗17662抗体、抗1468抗体、抗12282抗体、抗6350抗体、抗9035抗体、抗1820抗体、抗23652抗体、抗7301抗体、抗8925抗体、抗8701抗体、抗3533抗体、抗9462抗体、抗9123抗体、抗12788抗体、抗17729抗体、抗65552抗体、抗1261抗体、抗21476抗体、抗33770抗体、抗9380抗体、抗2569654抗体、抗33556抗体、抗53656抗体、抗44143抗体、抗32612抗体、抗10671抗体、抗261抗体、抗44570抗体、抗41922抗体、抗2552抗体、抗2417抗体、抗19319抗体、抗43969抗体、抗8921抗体、抗8993抗体、抗955抗体、抗32345抗体、抗966抗体、抗1920抗体、抗17318抗体、抗1510抗体、抗14180抗体、抗26005抗体、抗554抗体、抗16408抗体、抗42028抗体、抗112091抗体、抗13886抗体、抗13942抗体、抗1673抗体、抗54946抗体、抗または2419抗体は、例えば、所定の処置レジメの効力を決定するために、臨床試験の手順の一部として、組織におけるタンパク質レベルを診断的にモニターするために使用され得る。検出は、抗体を検出可能な物質と結合させる(すなわち、物理的に連結させる)ことによって容易にされ得る。検出可能な物質の例としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生体発光物質、および放射活性物質が挙げられる。適切な酵素の例には、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼが挙げられ;適切な補欠分子族複合体の例には、ストレプトアビジン/ビオチンおよびアビジン/ビオチンが挙げられ;適切な蛍光物質の例には、ウンベリフェロン(umbelliferone)、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロライド、またはフィコエリトリンが挙げられ;発光物質の例には、ルミノールが挙げられ;生体発光物質の例には、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが挙げられ;そして、適切な放射活性物質の例には、125I、131I、35S、または3Hが挙げられる。
本発明は、限定として解釈されるべきではない以下の実施例によって、さらに例示される。本明細書を通じて引用される全ての参考文献、特許および公開された特許出願の内容、ならびに図面および配列表は、本明細書中で参考として援用される。